Archaeopteryx wird häufig als Beispiel für ein Übergangsfossil (d. h. eine Form, die Merkmale aufweist, die zwei getrennten Gruppen gemeinsam sind) zitiert. Dies wird von Anti-Evolutionisten angezweifelt, die behaupten, dass Archaeopteryx ein vollständiger Vogel sei und daher nicht transitional sein könne. Diese FAQ beschreibt kurz die Fossilien und diskutiert dann die große Anzahl von Merkmalen, die zwischen Archaeopteryx und Dinosauriern gemeinsam sind. Es wurde behauptet, dass Archaeopteryx genau wie moderne Vögel fliegen konnte. Die Mechanik des Fluges wird kurz beschrieben und es wird gezeigt, dass Archaeopteryx Merkmale fehlten, die für das Fliegen wie moderne Vögel unerlässlich wären. Die Abstammung von Archaeopteryx wird diskutiert, ebenso wie die umstrittene Position von Protoavis.

Die meisten anti-evolutionären Argumente über Archaeopteryx drehen sich darum, dass es sich um einen vollständigen Vogel handelt und daher nicht transitional ist. Allerdings hat eine Gruppe von Menschen, angeführt von Prof. Fred Hoyle und Dr. N. Wickramasinghe, einen anderen Ansatz gewählt, indem sie vorschlugen, dass Archaeopteryx eine Fälschung ist. Sie behaupten, dass die Federabdrücke auf ein kleines Reptil-Skelett aufgemalt wurden und machen den damaligen Direktor des Natural History Museum in London, Sir Richard Owen, dafür verantwortlich. Nicht unüblicherweise wurden diese Behauptungen vom Natural History Museum angefochten. Diese FAQ stellt die von beiden Seiten aufgestellten Behauptungen dar und zeigt, dass die Fälschungs-Vorstellung durch die Beweise nicht gestützt wird.

Die detailliertesten anti-evolutionären Behauptungen, die über Archaeopteryx aufgestellt wurden, finden sich in "Evolution: the Challenge of the Fossil Record" von Dr. D.T. Gish. Dieses Buch, erstmals 1985 veröffentlicht, ist wahrscheinlich eine der bekanntesten Quellen für anti-evolutionäre Argumente. Es wurde nun durch ein neues Buch ersetzt, "Evolution: The Fossils Still Say NO", veröffentlicht 1995. Allerdings ist es angesichts der bekannten Halbwertszeit von anti-evolutionärem Material auch Jahre nach seinem Ersatz nützlich, die in dem Buch von 1985 aufgestellten Behauptungen zu prüfen, ob sie der Prüfung standhalten. Das tun sie nicht.