Anpassungsstrahlung

@misc{walls1942the4,
    author = "Walls, G. L",
    title = "The Vertebrate Eye and its Adaptive Radiation",
    year = "1942",
    howpublished = "Bloomfield Hills, Michigan, The Cranbrook Institute of Science",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Walls, G. L., 1942, The Vertebrate Eye and its Adaptive Radiation: Bloomfield Hills, Michigan, The Cranbrook Institute of Science.}"
}

Dieses Buch ist der neunzehnte Bulletin des Cranbrook Institute of Science, ein massives Werk voller Illustrationen. Das Material behandelt die verschiedenen Phasen des Wirbeltierauges. Der erste Teil ist als „grundlegend" gekennzeichnet. Er befasst sich mit Licht und seinen Eigenschaften, insbesondere in Bezug auf die Wahrnehmung durch ein Auge. Anschließend wird das Auge selbst, das menschliche Auge, aus allen Perspektiven diskutiert und sezziert, beginnend mit der Embryologie, über die makroskopische und mikroskopische Anatomie hinweg und endend mit der Physiologie des Sehens. Dieser Teil ist in einfacher Sprache gut geschrieben. Der zweite Teil ist der ökologische; hier werden die notwendigen Anpassungen diskutiert, die das visuelle Organ erfahren hat und noch erfährt, damit das Elterntier unter verschiedenen Bedingungen überleben kann. Für den klinischen Augenarzt wird ein Großteil dieses Abschnitts völlig neu sein, und er wird überrascht sein, wie viel davon auf seinen täglichen Ablauf zutrifft. Der dritte

@article{doi101001jama194302840160064031,
    author = "WALLS, Gordon Lynn",
    title = "The Vertebrate Eye and Its Adaptive Radiation",
    year = "1943",
    journal = "Journal of the American Medical Association",
    abstract = {Dieses Buch ist der neunzehnte Bulletin des Cranbrook Institute of Science, ein massives Werk voller Illustrationen. Das Material behandelt die verschiedenen Phasen des Wirbeltierauges. Der erste Teil ist als „grundlegend" gekennzeichnet. Er befasst sich mit Licht und seinen Eigenschaften, insbesondere in Bezug auf die Wahrnehmung durch ein Auge. Anschließend wird das Auge selbst, das menschliche Auge, aus allen Perspektiven diskutiert und sezziert, beginnend mit der Embryologie, über die makroskopische und mikroskopische Anatomie hinweg und endend mit der Physiologie des Sehens. Dieser Teil ist in einfacher Sprache gut geschrieben. Der zweite Teil ist der ökologische; hier werden die notwendigen Anpassungen diskutiert, die das visuelle Organ erfahren hat und noch erfährt, damit das Elterntier unter verschiedenen Bedingungen überleben kann. Für den klinischen Augenarzt wird ein Großteil dieses Abschnitts völlig neu sein, und er wird überrascht sein, wie viel davon auf seinen täglichen Ablauf zutrifft. Der dritte},
    url = "https://doi.org/10.1001/jama.1943.02840160064031",
    doi = "10.1001/jama.1943.02840160064031",
    openalex = "W2024935827"
}

@article{doi1023071437897,
    author = "Merriman, Daniel und Walls, Gordon L.",
    title = "The Vertebrate Eye and Its Adaptive Radiation",
    year = "1943",
    journal = "Copeia",
    url = "https://doi.org/10.2307/1437897",
    doi = "10.2307/1437897",
    openalex = "W2318517747"
}

@inproceedings{cole1958sketches2,
    author = "Cole, L. C",
    title = "Sketches of general and comparative demography",
    year = "1958",
    booktitle = "Cold Spring Harbor Symposium on Quantitative Biology, v. 22, p. 1-15",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cole, L. C., 1958, Sketches of general and comparative demography: Cold Spring Harbor Symposium on Quantitative Biology, v. 22, p. 1-15.}"
}

@book{bowman1961morphological1,
    author = "Bowman, R. L",
    title = "Morphologische Differenzierung und Anpassung an die Galapagos-Finken",
    year = "1961",
    publisher = "University of California Publications in Zoology, v. 58, p. 326 pp.; University of California Press, Berkeley",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Bowman, R. L., 1961, Morphologische Differenzierung und Anpassung an die Galapagos-Finken: University of California Publications in Zoology, v. 58, p. 326 pp.; University of California Press, Berkeley.}"
}

Das rechte Schienbein eines Ornithopoden-Dinosauriers wurde in vermeintlichen Willow Creek-Schichten im Two Medicine-Tal südöstlich von Browning, Montana, gefunden. Dies ist der erste Bericht über Dinosaurierknochen aus der Formation auf der östlichen Seite des Alberta-Synklinals. Das Exemplar wird Thescelosaurus? sp. zugeordnet, es gibt jedoch einige Hinweise auf das frühere Genus Camptosaurus.

@article{russell1968a,
    author = "Russell, Loris S.",
    title = "A dinosaur bone from Willow Creek beds in Montana",
    year = "1968",
    journal = "Canadian Journal of Earth Sciences",
    abstract = "The right tibia of an ornithopod dinosaur has been found in supposed Willow Creek beds in the Two Medicine valley southeast of Browning, Montana. This is the first report of dinosaur bones from the formation on the east side of the Alberta syncline. The specimen is referred to Thescelosaurus? sp., but there is some suggestion of the earlier genus Camptosaurus.",
    url = "https://doi.org/10.1139/e68-034",
    doi = "10.1139/e68-034",
    number = "2",
    pages = "327-329",
    volume = "5"
}

@article{brazzell1981comparative,
    author = "Brazzell, Jan F. und Gillespie, Mary K.",
    title = "Comparative Demography",
    year = "1981",
    journal = "Comparative Sociology",
    url = "https://doi.org/10.1163/156854281x00091",
    doi = "10.1163/156854281x00091",
    number = "3",
    openalex = "W4205299391",
    pages = "141-168",
    volume = "22"
}

@incollection{brazzell1982comparative,
    author = "Brazzell, Jan F. und Gillespie, Mary K.",
    title = "Comparative Demography",
    year = "1982",
    booktitle = "Comparative soziologische Forschung in den 1960er und 1970er Jahren",
    url = "https://doi.org/10.1163/9789004473942\_010",
    doi = "10.1163/9789004473942\_010",
    openalex = "W4298855657",
    pages = "141-168"
}

@incollection{ricklefs1983comparative,
    author = "Ricklefs, Robert E.",
    title = "Comparative Avian Demography",
    year = "1983",
    booktitle = "Current Ornithology",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-4615-6781-3\_1",
    doi = "10.1007/978-1-4615-6781-3\_1",
    openalex = "W6573412",
    pages = "1-32",
    references = "doi1010160022519366901846, doi101086282461, doi101086282697, doi101086409052, doi101111j1474919x1947tb04155x, doi1015159781400881376, doi1023072828, doi1023072874"
}

Das Aussterben der Dinosaurier in Montana, Alberta und Wyoming war ein gradueller Prozess, der 7 Millionen Jahre vor dem Ende des Kreidezeits begann und sich in den letzten 0,3 Millionen Jahren des Kreidezeits rapide beschleunigte, während des Intervalls des scheinbaren Wettbewerbs durch sich schnell entwickelnde, einwandernde Ungulate. Dieses Intervall umfasst eine rapide Verringerung sowohl der Vielfalt als auch der Populationsdichte der Dinosaurier. Die letzten bekannten Dinosaurier stammen aus einem Kanal, der Zähne von Mantuanen Säugetieren, sieben Dinosaurier-Arten und Paläozän-Pollen enthält. Die Oberseite dieses Kanals liegt 1,3 Meter über der wahrscheinlichen Position der Iridium-Anomalie, der Kreide/Tertiär-Grenze.

@article{sloan1986gradual,
    author = "Sloan, Robert E. und Rigby, J. Keith und Van Valen, Leigh M. und Gabriel, Diane",
    title = "Graduelle Dinosaurier-Aussterben und gleichzeitige Ungulat-Strahlung in der Hell Creek Formation",
    year = "1986",
    journal = "Science",
    abstract = "Das Aussterben der Dinosaurier in Montana, Alberta und Wyoming war ein gradueller Prozess, der 7 Millionen Jahre vor dem Ende des Kreidezeits begann und sich in den letzten 0,3 Millionen Jahren des Kreidezeits rapide beschleunigte, während des Intervalls des scheinbaren Wettbewerbs durch sich schnell entwickelnde, einwandernde Ungulate. Dieses Intervall umfasst eine rapide Verringerung sowohl der Vielfalt als auch der Populationsdichte der Dinosaurier. Die letzten bekannten Dinosaurier stammen aus einem Kanal, der Zähne von Mantuanen Säugetieren, sieben Dinosaurier-Arten und Paläozän-Pollen enthält. Die Oberseite dieses Kanals liegt 1,3 Meter über der wahrscheinlichen Position der Iridium-Anomalie, der Kreide/Tertiär-Grenze.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.232.4750.629",
    doi = "10.1126/science.232.4750.629",
    number = "4750",
    pages = "629-633",
    volume = "232"
}

@misc{sloan1986gradual3,
    author = "Sloan, R. E. et al",
    title = "Gradualer Dinosaurieraussterben und gleichzeitige Hornknochen-Strahlung in der Hell Creek Formation",
    year = "1986",
    howpublished = "Science, v. 232, p. 629-633",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Sloan, R. E. et al., 1986, Gradualer Dinosaurieraussterben und gleichzeitige Hornknochen-Strahlung in der Hell Creek Formation: Science, v. 232, p. 629-633.}"
}

Sind Messungen der quantitativen genetischen Variation nützlich, um langfristige adaptive Evolution vorherzusagen? Um diese Frage zu beantworten, konzentriere ich mich auf g max, die multivariate Richtung der größten additiven genetischen Varianz innerhalb von Populationen. Originale Daten über Dornensebende (Gasterosteus aculeatus) zusammen mit veröffentlichten genetischen Messungen von anderen Wirbeltieren zeigen, dass die morphologische Differenzierung zwischen Arten seit mindestens vier Millionen Jahren in Richtung von g max verzerrt war, trotz Beweisen, dass natürliche Selektion die Ursache der Differenzierung ist. Diese Verzerrung in Richtung der Evolution neigt dazu, mit der Zeit abzunehmen. Die Rate der morphologischen Divergenz zwischen Arten ist umgekehrt proportional zu θ, dem Winkel zwischen der Richtung der Divergenz und der Richtung der größten genetischen Variation. Die Richtung der größten phänotypischen Varianz ist nicht identisch mit g max, ist aber für diese Daten fast ebenso erfolgreich bei der Vorhersage der Richtung der artspezifischen Divergenz. Ich interpretiere die Befunde so, dass genetische Varianzen und Kovarianzen adaptive Veränderungen in quantitativen Merkmalen für vernünftige Zeiträume einschränken. Eine alternative Hypothese kann jedoch nicht ausgeschlossen werden: dass die morphologische Differenzierung in Richtung g max verzerrt ist, weil sowohl Divergenz als auch g max von denselben natürlichen Selektionsdrücken geformt werden. Auf jeden Fall zeigen die Ergebnisse, dass adaptive Differenzierung hauptsächlich entlang „genetischer Linien der kleinsten Widerstände" stattfindet.

@article{doi101111j155856461996tb03563x,
    author = "Schluter, Dolph",
    title = "ANPASSUNGSRADIALISIERUNG ENTLANG GENETISCHER LINIEN DER KLEINSTEN WIDERSTÄNDE",
    year = "1996",
    journal = "Evolution",
    abstract = {Sind Messungen der quantitativen genetischen Variation nützlich, um langfristige adaptive Evolution vorherzusagen? Um diese Frage zu beantworten, konzentriere ich mich auf g max, die multivariate Richtung der größten additiven genetischen Varianz innerhalb von Populationen. Originale Daten über Dornensebende (Gasterosteus aculeatus) zusammen mit veröffentlichten genetischen Messungen von anderen Wirbeltieren zeigen, dass die morphologische Differenzierung zwischen Arten seit mindestens vier Millionen Jahren in Richtung von g max verzerrt war, trotz Beweisen, dass natürliche Selektion die Ursache der Differenzierung ist. Diese Verzerrung in Richtung der Evolution neigt dazu, mit der Zeit abzunehmen. Die Rate der morphologischen Divergenz zwischen Arten ist umgekehrt proportional zu θ, dem Winkel zwischen der Richtung der Divergenz und der Richtung der größten genetischen Variation. Die Richtung der größten phänotypischen Varianz ist nicht identisch mit g max, ist aber für diese Daten fast ebenso erfolgreich bei der Vorhersage der Richtung der artspezifischen Divergenz. Ich interpretiere die Befunde so, dass genetische Varianzen und Kovarianzen adaptive Veränderungen in quantitativen Merkmalen für vernünftige Zeiträume einschränken. Eine alternative Hypothese kann jedoch nicht ausgeschlossen werden: dass die morphologische Differenzierung in Richtung g max verzerrt ist, weil sowohl Divergenz als auch g max von denselben natürlichen Selektionsdrücken geformt werden. Auf jeden Fall zeigen die Ergebnisse, dass adaptive Differenzierung hauptsächlich entlang „genetischer Linien der kleinsten Widerstände" stattfindet.},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1996.tb03563.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1996.tb03563.x",
    openalex = "W1963703713",
    references = "doi1010160169534787900280, doi101086285404, doi1023074785"
}

Adaptive Radiation Therapy ist ein geschlossener Regelkreis für die Strahlentherapie, bei dem der Behandlungsplan unter Verwendung eines systematischen Feedbacks von Messungen angepasst werden kann. Adaptive Radiation Therapy zielt darauf ab, die Strahlentherapie zu verbessern, indem Behandlungsvariationen systematisch überwacht und in die frühe Reoptimierung des Behandlungsplans während des Behandlungsverlaufs einbezogen werden. In diesem Prozess können Feldmarge und Behandlungsdosis routinemäßig für jeden einzelnen Patienten angepasst werden, um eine sichere Dosissteigerung zu erreichen.

@article{doi10108800319155421008,
    author = "Yan, Di und Vicini, Frank A. und Wong, John W. und Martínez, Álvaro",
    title = "Adaptive Radiation Therapy",
    year = "1997",
    journal = "Physics in Medicine and Biology",
    abstract = "Adaptive Radiation Therapy ist ein geschlossener Regelkreis für die Strahlentherapie, bei dem der Behandlungsplan unter Verwendung eines systematischen Feedbacks von Messungen angepasst werden kann. Adaptive Radiation Therapy zielt darauf ab, die Strahlentherapie zu verbessern, indem Behandlungsvariationen systematisch überwacht und in die frühe Reoptimierung des Behandlungsplans während des Behandlungsverlaufs einbezogen werden. In diesem Prozess können Feldmarge und Behandlungsdosis routinemäßig für jeden einzelnen Patienten angepasst werden, um eine sichere Dosissteigerung zu erreichen.",
    url = "https://doi.org/10.1088/0031-9155/42/1/008",
    doi = "10.1088/0031-9155/42/1/008",
    openalex = "W1967172105",
    references = "doi1010160167814093902557, doi1010160360301685903669, doi1010160360301687902665, doi1010160360301689909723, doi101016036030169190172z, doi10108009553009214552071, doi10108800319155386001, doi10310902841868409136037, doi10310902841868709104364, openalexw2346397638"
}

Vergleichende Studien unterscheiden sich tendenziell von Studien zur Optimalität und Funktionalität in der Behandlung der Anpassung. Während der vergleichende Ansatz sich auf den Ursprung und die Veränderung von Merkmalen konzentriert, gehen Optimalitätsstudien davon aus, dass Anpassungen durch stabilisierende Selektion auf einem Optimum erhalten bleiben. Dieser Artikel präsentiert ein Modell der adaptiven Evolution auf einer makroevolutionären Zeitskala, das die Erhaltung von Merkmalen auf adaptiven Optima durch stabilisierende Selektion als dominierende evolutionäre Kraft einschließt. Artübergreifende Variation wird als Variation in der Position adaptiver Optima behandelt. Das Modell veranschaulicht, wie phylogenetische Einschränkungen nicht nur zu Korrelationen zwischen phylogenetisch verwandten Arten führen, sondern auch zu unvollkommenen Anpassungen. Aus diesem Modell wird eine statistische vergleichende Methode abgeleitet, die verwendet werden kann, um die Wirkung eines selektiven Faktors auf adaptive Optima auf eine Weise zu schätzen, die mit einer Optimalitätsstudie der Anpassung an diesen Faktor konsistent ist. Die Methode wird mit einer Analyse der Zahnevolution bei fossilen Pferden veranschaulicht. Auch die Verwendung vergleichender Methoden zur Untersuchung evolutionärer Trends wird diskutiert.

@article{doi101111j155856461997tb01457x,
    author = "Hansen, Thomas F.",
    title = "STABILIZIERENDE SELEKTION UND DER VERGLEICHENDE ANALYSE DER ANPASSUNG",
    year = "1997",
    journal = "Evolution",
    abstract = "Vergleichende Studien unterscheiden sich tendenziell von Studien zur Optimalität und Funktionalität in der Behandlung der Anpassung. Während der vergleichende Ansatz sich auf den Ursprung und die Veränderung von Merkmalen konzentriert, gehen Optimalitätsstudien davon aus, dass Anpassungen durch stabilisierende Selektion auf einem Optimum erhalten bleiben. Dieser Artikel präsentiert ein Modell der adaptiven Evolution auf einer makroevolutionären Zeitskala, das die Erhaltung von Merkmalen auf adaptiven Optima durch stabilisierende Selektion als dominierende evolutionäre Kraft einschließt. Artübergreifende Variation wird als Variation in der Position adaptiver Optima behandelt. Das Modell veranschaulicht, wie phylogenetische Einschränkungen nicht nur zu Korrelationen zwischen phylogenetisch verwandten Arten führen, sondern auch zu unvollkommenen Anpassungen. Aus diesem Modell wird eine statistische vergleichende Methode abgeleitet, die verwendet werden kann, um die Wirkung eines selektiven Faktors auf adaptive Optima auf eine Weise zu schätzen, die mit einer Optimalitätsstudie der Anpassung an diesen Faktor konsistent ist. Die Methode wird mit einer Analyse der Zahnevolution bei fossilen Pferden veranschaulicht. Auch die Verwendung vergleichender Methoden zur Untersuchung evolutionärer Trends wird diskutiert.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1997.tb01457.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1997.tb01457.x",
    openalex = "W2328578724",
    references = "doi10100703064746897, doi101017s009483730001157x, doi101086286013, doi101093aesa383396, doi101111j1469185x1988tb00630x, doi101111j155856461979tb04694x, doi1023071446122, doi105860choice304997"
}

@article{doi10103827900,
    author = "Rainey, Paul B. und Travisano, Michael",
    title = "Adaptive Radiation in einer heterogenen Umgebung",
    year = "1998",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/27900",
    doi = "10.1038/27900",
    openalex = "W1583030352",
    references = "doi1010160169534787900280, doi101017cbo9780511623387, doi101038scientificamerican0779122, doi101073pnas91156808, doi101086285289, doi101111j155856461982tb05068x, doi101126science7701342, doi1023071933500, doi1023072409350, doi1023072409372, doi1023074785, doi105860choice273873, doi105860choice332720, openalexw1493831303"
}

Die Launen der Geschichte führen zur Vorhersage, dass wiederholte Fälle evolutionärer Diversifizierung zu unterschiedlichen Ergebnissen führen werden, auch wenn die Ausgangsbedingungen ähnlich sind. Wir haben diese These geprüft, indem wir die evolutionäre Radiation von Anolis-Lurchen auf den vier Inseln der Großen Antillen untersuchten. Morphometrische Analysen zeigen, dass derselbe Satz von Habitat-Spezialisten, die als Ecomorphs bezeichnet werden, auf allen vier Inseln vorkommt. Obwohl diese ähnlichen Assemblagen auf eine einzige evolutionäre Herkunft jedes Ecomorphs zurückzuführen sein könnten, gefolgt von Ausbreitung oder Vicariance, zeigt die phylogenetische Analyse, dass die Ecomorphs auf jeder Insel unabhängig entstanden sind. Somit kann adaptive Radiation in ähnlichen Umgebungen historische Kontingenzen überwinden und auffällig ähnliche evolutionäre Ergebnisse hervorzubringen.

@article{doi101126science27953592115,
    author = "Losos, Jonathan B. und Jackman, Todd R. und Larson, Allan und de Queiroz, Kevin und Rodrı́guez-Schettino, Lourdes",
    title = "Kontingenz und Determinismus in replizierten adaptiven Radiationen von Insellurchen",
    year = "1998",
    journal = "Science",
    abstract = "Die Launen der Geschichte führen zur Vorhersage, dass wiederholte Fälle evolutionärer Diversifizierung zu unterschiedlichen Ergebnissen führen werden, auch wenn die Ausgangsbedingungen ähnlich sind. Wir haben diese These geprüft, indem wir die evolutionäre Radiation von Anolis-Lurchen auf den vier Inseln der Großen Antillen untersuchten. Morphometrische Analysen zeigen, dass derselbe Satz von Habitat-Spezialisten, die als Ecomorphs bezeichnet werden, auf allen vier Inseln vorkommt. Obwohl diese ähnlichen Assemblagen auf eine einzige evolutionäre Herkunft jedes Ecomorphs zurückzuführen sein könnten, gefolgt von Ausbreitung oder Vicariance, zeigt die phylogenetische Analyse, dass die Ecomorphs auf jeder Insel unabhängig entstanden sind. Somit kann adaptive Radiation in ähnlichen Umgebungen historische Kontingenzen überwinden und auffällig ähnliche evolutionäre Ergebnisse hervorzubringen.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.279.5359.2115",
    doi = "10.1126/science.279.5359.2115",
    openalex = "W2103549209",
    references = "doi101007bf02100115, doi101017cbo9780511608568, doi101017s0094837300011350, doi101093oso97801985464120010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva025706, doi101111j155856461983tb05533x, doi1023071943062, doi1023072408332, doi105860choice273873, doi105860choice295104, openalexw2273605253"
}

Vorwort Liste der Mitwirkenden Teil I. Einführung: 1. Adaptive Radiation und molekulare Evolution: Konzepte und Forschungsfragen Thomas J. Givnish 2. Homoplasy in molekularen vs. morphologischen Daten: die Wahrscheinlichkeit korrekter phylogenetischer Inferenz Thomas J. Givnish und Kenneth J. Sytsma Teil II. Integrative Studien: 3. Adaptive Radiation der hawaiischen Silberschwert-Allianz: Kongruenz und Konflikt phylogenetischer Beweise aus molekularen und nicht-molekularen Untersuchungen Bruce G. Baldwin 4. Die Chronik der Beuteltier-Evolution Mark S. Springer, John A. W. Kirsch und Judd A. Chase 5. Evolutionäre Ursprünge der phänotypischen Vielfalt in Daphnia John K. Colbourne, Paul D. N. Hebert und Derek J. Taylor 6. Evolutionäre Trends in der Ökologie neuweltlicher Affen, abgeleitet aus einer kombinierten phylogenetischen Analyse nuklearer, mitochondrialer und morphologischer Daten Ines Horovitz und Axel Meye 7. Adaptive Radiation in der aquatischen Pflanzenfamilie Pontederiaceae: Erkenntnisse aus phylogenetischer Analyse Spencer C. H. Barrett und Sean W. Graham 8. Molekulare Evolution und adaptive Radiation in Brocchinia (Bromeliaceae: Pitcairnioideae) auf Tepuis des Guayana-Schildes Thomas J. Givnish, Kenneth J. Sytsma, James F. Smith, William J. Hahn, David H. Benzing und Elizabeth M. Burkhardt Teil III. Konvergenz: 9. Du bist nicht immer das, was du isst: Evolution des Nektartrinkens bei alten Welt-Fledermäusen (Megachiroptera: Pteropodidae) John A. W. Kirsch und Francois-Joseph Lapointe 10. Chloroplasten-DNA-Restriktionsstellen und Blüten- versus nicht-blütenbezogene Merkmale bei obligaten Zweig-Epiphyten in der Untertribus Oncidiinae (Orchidaceae) Mark W. Chase und Jeffrey D. Palmer 11. Anpassung, Kladogenese und die Evolution der Habitatassoziation bei nordamerikanischen Tigerkäfern: eine phylogenetische Perspektive Alfried P. Vogler Teil IV. Schnelle Radiationen: 12. Molekulare phylogenetische Tests von sympatrischen Artbildungsmodellen bei Malawisee-Zikliden Peter N. Reinthal und Axel Mey 13. Eine schnelle adaptive Radiation aufgrund einer Schlüsselinnovation in Aquilegia Scott Hodges 14. Ursprung und Evolution von Argyranthemum (Asteraceae: Anthemideae) in Makaronesien Javier Francisco-Ortega, Daniel J. Crawford, Arnoldo Santos-Guerra und Robert K. Jansen Teil V. Reproduktionsstrategien: 15. Blüten-Diversifizierung, Bestäubungsbiologie und molekulare Evolution in Platanthera (Orchidaceae) Jeffrey R. Hapeman und Kenneth Inoue 16. Phylogenetische Perspektiven auf die Evolution der Diozie: adaptive Radiation in den endemischen hawaiischen Gattungen Schiedea und Alsinodendron (Caryophyllaceae: Alsinoideae) Ann K. Sakai, Stephen G. Weller, Warren L. Wagner und Pamela S. Soltis 17. Ökologische und reproduktive Verschiebungen bei der Diversifizierung der endemischen hawaiischen Drosophila Michael P. Kambysellis und Elysse M. Craddock Teil VI. Charakterdivergenz und Gemeinschaftsformation: 18. Geschichte der ökologischen Selektion bei Stichlingen – Vereinigung experimenteller und phylogenetischer Ansätze Eric B. Taylor, James D. McPhail und Dalph Schluter 19. Phylogenetische Studien zu konvergenten adaptiven Radiationen bei karibischen Anolis-Echsen Todd Jackman, Jonathan B. Losos, Allan Larson und Kevin de Queiros Teil VII. Makroevolutionäre Muster: 20. Molekulare und morphologische Evolution während der post-paläozoischen Diversifizierung von Echinoidea Andrew B. Smith und D. T. J. Littlewood 21. Wie schnell ist Artbildung: molekulare, geologische und phylogenetische Beweise aus adaptiven Radiationen von Fischen Amy R. McCune Index.

@article{doi1023072419593,
    author = "Gottlieb, L. D. and Givnish, Thomas J. and Sytsma, Kenneth J.",
    title = "Molekulare Evolution und adaptive Strahlung.",
    year = "1998",
    journal = "Systematic Botany",
    abstract = "Vorwort Liste der Mitwirkenden Teil I. Einleitung: 1. Adaptive Strahlung und molekulare Evolution: Konzepte und Forschungsfragen Thomas J. Givnish 2. Homoplasie in molekularen vs. morphologischen Daten: die Wahrscheinlichkeit korrekter phylogenetischer Inferenz Thomas J. Givnish und Kenneth J. Sytsma Teil II. Integrative Studien: 3. Adaptive Strahlung der hawaiischen Silberblatt-Allianz: Kongruenz und Konflikt phylogenetischer Beweise aus molekularen und nicht-molekularen Untersuchungen Bruce G. Baldwin 4. Die Chronik der Beuteltier-Evolution Mark S. Springer, John A. W. Kirsch und Judd A. Chase 5. Evolutionäre Ursprünge der phänotypischen Vielfalt in Daphnia John K. Colbourne, Paul D. N. Hebert und Derek J. Taylor 6. Evolutionäre Trends in der Ökologie neuweltlicher Affen, abgeleitet aus einer kombinierten phylogenetischen Analyse nuklearer, mitochondrialer und morphologischer Daten Ines Horovitz und Axel Meye 7. Adaptive Strahlung in der aquatischen Pflanzenfamilie Pontederiaceae: Erkenntnisse aus der phylogenetischen Analyse Spencer C. H. Barrett und Sean W. Graham 8. Molekulare Evolution und adaptive Strahlung in Brocchinia (Bromeliaceae: Pitcairnioideae) auf Tepuis des Guayana-Schildes Thomas J. Givnish, Kenneth J. Sytsma, James F. Smith, William J. Hahn, David H. Benzing und Elizabeth M. Burkhardt Teil III. Konvergenz: 9. Du bist nicht immer das, was du isst: Evolution des Nektartrinkens bei alten Welt-Fledermäusen (Megachiroptera: Pteropodidae) John A. W. Kirsch und Francois-Joseph Lapointe 10. Chloroplasten-DNA-Restriktionsstellen und Blüten- versus nicht-blütenbezogene Merkmale bei obligaten Zweig-Epiphyten in der Untertribus Oncidiinae (Orchidaceae) Mark W. Chase und Jeffrey D. Palmer 11. Anpassung, Kladogenese und die Evolution der Habitatassoziation bei nordamerikanischen Tigerkäfern: eine phylogenetische Perspektive Alfried P. Vogler Teil IV. Schnelle Strahlungen: 12. Molekulare phylogenetische Tests von sympatrischen Artbildungsmodellen bei Malawisee-Zikliden Peter N. Reinthal und Axel Mey 13. Eine schnelle adaptive Strahlung aufgrund einer Schlüsselinnovation in Aquilegia Scott Hodges 14. Ursprung und Evolution von Argyranthemum (Asteraceae: Anthemideae) in Makaronesien Javier Francisco-Ortega, Daniel J. Crawford, Arnoldo Santos-Guerra und Robert K. Jansen Teil V. Reproduktionsstrategien: 15. Blüten-Diversifizierung, Bestäubungsbiologie und molekulare Evolution in Platanthera (Orchidaceae) Jeffrey R. Hapeman und Kenneth Inoue 16. Phylogenetische Perspektiven auf die Evolution der Diozie: adaptive Strahlung in den endemischen hawaiischen Gattungen Schiedea und Alsinodendron (Caryophyllaceae: Alsinoideae) Ann K. Sakai, Stephen G. Weller, Warren L. Wagner und Pamela S. Soltis 17. Ökologische und reproduktive Verschiebungen bei der Diversifizierung der endemischen hawaiischen Drosophila Michael P. Kambysellis und Elysse M. Craddock Teil VI. Charakterdivergenz und Gemeinschaftsformation: 18. Geschichte der ökologischen Selektion bei Stichlingen - Vereinigung experimenteller und phylogenetischer Ansätze Eric B. Taylor, James D. McPhail und Dalph Schluter 19. Phylogenetische Studien zu konvergenten adaptiven Strahlungen bei karibischen Anolis-Echsen Todd Jackman, Jonathan B. Losos, Allan Larson und Kevin de Queiros Teil VII. Makroevolutionäre Muster: 20. Molekulare und morphologische Evolution während der post-paläozoischen Diversifizierung von Echinoidea Andrew B. Smith und D. T. J. Littlewood 21. Wie schnell ist Artbildung: molekulare, geologische und phylogenetische Beweise aus adaptiven Strahlungen von Fischen Amy R. McCune Index.",
    url = "https://doi.org/10.2307/2419593",
    doi = "10.2307/2419593",
    openalex = "W2052217453"
}

Zusammenfassung Die adaptive Strahlung ist ein spektakuläres Merkmal der Evolution. Sie ist auch weit verbreitet, noch mehr als die Liste bekannter Fälle, einschließlich der Galapagos-Finken, der Buntbarsche der ostafrikanischen Seen und der hawaiischen Silversword-Allianz, allein vermuten lassen würde. Ein Großteil der Vielfalt des Lebens, vielleicht sogar der größte Teil, ist während ähnlicher Episoden der Artbildung sowie der phänotypischen und ökologischen Divergenz entstanden. Mein Hauptziel in diesem Buch ist es, zu bewerten, wie weit wir in der Erfassung der Ursachen dieses bemerkenswerten Prozesses gekommen sind. Bevor ich das Buch begann, hielt ich die naive Vorstellung, dass meine Jahre der Forschung an den Galapagos-Finken, wo meine Faszination für die adaptive Strahlung begann, an afrikanischen und amerikanischen Finken und kürzlich an Fischen postglazialer Seen, mir genug über die adaptive Strahlung beigebracht hatten, sodass meine Aufgabe nur wenig mehr als das Aufschreiben dessen, was ich wusste, bevor ich es vergaß, umfassen würde. Als das Buch in Gang kam, wurden die Grenzen meines Wissens erschreckend deutlich, und ich fühle mich jetzt so, als hätte ich den Großteil seines Inhalts unterwegs gelernt. Hier stelle ich die Ergebnisse vieler Studien zusammen, um zu fragen, ob sie mit der dominierenden „ökologischen" Theorie der adaptiven Strahlung übereinstimmen, die in der ersten Hälfte des letzten Jahrhunderts formuliert wurde, oder ihr widersprechen.

@book{doi101093oso97801985052350010001,
    author = "Schluter, Dolph",
    title = "The Ecology of Adaptive Radiation",
    year = "2000",
    abstract = "Zusammenfassung Die adaptive Strahlung ist ein spektakuläres Merkmal der Evolution. Sie ist auch weit verbreitet, noch mehr als die Liste bekannter Fälle, einschließlich der Galapagos-Finken, der Buntbarsche der ostafrikanischen Seen und der hawaiischen Silversword-Allianz, allein vermuten lassen würde. Ein Großteil der Vielfalt des Lebens, vielleicht sogar der größte Teil, ist während ähnlicher Episoden der Artbildung sowie der phänotypischen und ökologischen Divergenz entstanden. Mein Hauptziel in diesem Buch ist es, zu bewerten, wie weit wir in der Erfassung der Ursachen dieses bemerkenswerten Prozesses gekommen sind. Bevor ich das Buch begann, hielt ich die naive Vorstellung, dass meine Jahre der Forschung an den Galapagos-Finken, wo meine Faszination für die adaptive Strahlung begann, an afrikanischen und amerikanischen Finken und kürzlich an Fischen postglazialer Seen, mir genug über die adaptive Strahlung beigebracht hatten, sodass meine Aufgabe nur wenig mehr als das Aufschreiben dessen, was ich wusste, bevor ich es vergaß, umfassen würde. Als das Buch in Gang kam, wurden die Grenzen meines Wissens erschreckend deutlich, und ich fühle mich jetzt so, als hätte ich den Großteil seines Inhalts unterwegs gelernt. Hier stelle ich die Ergebnisse vieler Studien zusammen, um zu fragen, ob sie mit der dominierenden „ökologischen" Theorie der adaptiven Strahlung übereinstimmen, die in der ersten Hälfte des letzten Jahrhunderts formuliert wurde, oder ihr widersprechen.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oso/9780198505235.001.0001",
    doi = "10.1093/oso/9780198505235.001.0001",
    openalex = "W1603923763"
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Zusammenfassung Vor der Evolutionären Synthese wurde der Begriff „phylogenetische Trägheit" mit Theorien der Orthogenese in Verbindung gebracht, die behaupteten, Organismen besäßen ein endogenes perfektionierendes Prinzip. Das Konzept in der modernen Literatur geht auf Simpson (1944) zurück, der „evolutionäre Trägheit" als Beschreibung von Mustern im Fossilbericht verwendete. Wilson (1975) verwendete „phylogenetische Trägheit", um populations- oder organismenebene Eigenschaften zu beschreiben, die den Verlauf der Evolution in Reaktion auf Selektion beeinflussen können. Viele aktuelle Autoren betrachten die phylogenetische Trägheit heute als alternative Hypothese zur Anpassung durch natürliche Selektion, wenn sie versuchen, interspezifische Variation, Kovariation oder deren Fehlen bei phänotypischen Merkmalen zu erklären. Einige phylogenetische vergleichende Methoden wurden als geeignet zur Quantifizierung und Prüfung der phylogenetischen Trägheit beansprucht. Obwohl einige bestehende Methoden gültige Tests ermöglichen, ob verwandte Arten dazu neigen, sich gegenseitig zu ähneln, was wir als „phylogenetisches Signal" bezeichnen, handelt es sich hierbei lediglich um Mustererkennung und impliziert keinen zugrundeliegenden Prozess. Darüber hinaus umfassen vergleichende Datensätze im Allgemeinen keine Informationen, die eine strenge Inferenz bezüglich der kausalen Prozesse ermöglichen würden, die solchen Mustern zugrunde liegen. Das Konzept der phylogenetischen Trägheit muss mit derselben Sorgfalt definiert und untersucht werden wie „Anpassung".

@article{doi101046j14209101200200472x,
    author = "Blomberg, Simon P. und Garland, Theodore",
    title = "Tempo und Modus in der Evolution: phylogenetische Trägheit, Anpassung und vergleichende Methoden",
    year = "2002",
    journal = "Journal of Evolutionary Biology",
    abstract = "Zusammenfassung Vor der Evolutionären Synthese wurde der Begriff „phylogenetische Trägheit" mit Theorien der Orthogenese in Verbindung gebracht, die behaupteten, Organismen besäßen ein endogenes perfektionierendes Prinzip. Das Konzept in der modernen Literatur geht auf Simpson (1944) zurück, der „evolutionäre Trägheit" als Beschreibung von Mustern im Fossilbericht verwendete. Wilson (1975) verwendete „phylogenetische Trägheit", um populations- oder organismenebene Eigenschaften zu beschreiben, die den Verlauf der Evolution in Reaktion auf Selektion beeinflussen können. Viele aktuelle Autoren betrachten die phylogenetische Trägheit heute als alternative Hypothese zur Anpassung durch natürliche Selektion, wenn sie versuchen, interspezifische Variation, Kovariation oder deren Fehlen bei phänotypischen Merkmalen zu erklären. Einige phylogenetische vergleichende Methoden wurden als geeignet zur Quantifizierung und Prüfung der phylogenetischen Trägheit beansprucht. Obwohl einige bestehende Methoden gültige Tests ermöglichen, ob verwandte Arten dazu neigen, sich gegenseitig zu ähneln, was wir als „phylogenetisches Signal" bezeichnen, handelt es sich hierbei lediglich um Mustererkennung und impliziert keinen zugrundeliegenden Prozess. Darüber hinaus umfassen vergleichende Datensätze im Allgemeinen keine Informationen, die eine strenge Inferenz bezüglich der kausalen Prozesse ermöglichen würden, die solchen Mustern zugrunde liegen. Das Konzept der phylogenetischen Trägheit muss mit derselben Sorgfalt definiert und untersucht werden wie „Anpassung".",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1420-9101.2002.00472.x",
    doi = "10.1046/j.1420-9101.2002.00472.x",
    openalex = "W2152910720",
    references = "doi101086303327, doi101086physzool67430163866, doi101093aesa383396, doi101111j001438202001tb00731x, doi107312simp92414"
}

Der primäre Grund für die Verwendung phylogenetisch basierter statistischer Methoden ist, dass das phylogenetische Signal, die Tendenz verwandter Arten, sich einander zu ähneln, allgegenwärtig ist. Ob diese Aussage für ein gegebenes Merkmal in einer gegebenen Linie zutrifft, ist eine empirische Frage, aber allgemeine Werkzeuge zur Erkennung und Quantifizierung des phylogenetischen Signals sind unzureichend entwickelt. Wir stellen neue Methoden für kontinuierlich wertige Merkmale vor, die entweder mit phylogenetisch unabhängigen Kontrasten oder mit verallgemeinerten kleinsten-Quadrate-Modellen implementiert werden können. Erstens ermöglicht ein einfaches Randomisierungsverfahren die Prüfung der Nullhypothese, wonach kein Ähnlichkeitsmuster unter Verwandten besteht. Der Test zeigt die korrekte Fehlerquote vom Typ I bei einem nominalen Alpha = 0,05 und eine gute Power (0,8) für simulierte Datensätze mit 20 oder mehr Arten. Zweitens leiten wir einen deskriptiven Statistiken, K, ab, der gültige Vergleiche der Menge des phylogenetischen Signals über Merkmale und Bäume hinweg ermöglicht. Drittens stellen wir zwei biologisch motivierte Verzweigungslängen-Transformationen vor, eine basierend auf dem Ornstein-Uhlenbeck (OU)-Modell der stabilisierenden Selektion, die andere basierend auf einem neuen Modell, in dem die Charakterentwicklung in der Rate beschleunigen oder verlangsamen kann (ACDC) (z. B. wie es während oder nach einer adaptiven Radiation auftreten kann). Die Maximum-Likelihood-Schätzung der OU (d) und ACDC (g) Parameter kann als Test für phylogenetisches Signal dienen, da eine Schätzung von d oder g nahe Null impliziert, dass eine Phylogenie mit wenig hierarchischer Struktur (ein Stern) eine gute Anpassung an die Daten bietet. Transformationen, die die Anpassung eines Baumes an vergleichende Daten verbessern, erhöhen die Power zur Erkennung des phylogenetischen Signals und können auch für weitere vergleichende Analysen, wie z. B. die von korrelierter Charakterentwicklung, bevorzugt werden. Die Anwendung der Methoden auf Daten aus der Literatur ergab, dass für Bäume mit 20 oder mehr Arten 92 % der Merkmale ein signifikantes phylogenetisches Signal aufwiesen (Randomisierungs-Test), einschließlich verhaltensbezogener und ökologischer Merkmale, die als relativ evolutionär formbar (z. B. hoch adaptiv) und/oder unter relativ starken Umwelt (nicht-genetischen) Einflüssen oder hohen Messfehlern zu leiden haben. Unabhängig von der Stichprobengröße zeigten die meisten Merkmale (aber nicht die Körpergröße im Durchschnitt) weniger Signal als unter Berücksichtigung der Topologie, der Verzweigungslängen und eines Brownian-Motion-Modells der Evolution erwartet wurde (d. h. K war kleiner als eins), was auf Anpassung und/oder Messfehler im weiteren Sinne (einschließlich Fehler in Schätzungen von Phänotypen, Verzweigungslängen und Topologie) zurückzuführen sein kann. Die Varianzanalyse von log K für alle 121 Merkmale (aus 35 Bäumen) zeigte, dass verhaltensbezogene Merkmale ein niedrigeres Signal aufweisen als Körpergröße, morphologische, Lebenszyklus- oder physiologische Merkmale. Zusätzlich zeigten physiologische Merkmale (korrigiert für Körpergröße) weniger Signal als die Körpergröße selbst. Für Bäume mit 20 oder mehr Arten unterschied sich der geschätzte OU (25 % der Merkmale) und/oder ACDC (40 %) Transformationsparameter signifikant sowohl von Null als auch von Eins, was darauf hindeutet, dass eine hierarchische Baumstruktur mit weniger (oder gelegentlich mehr) Struktur als der ursprüngliche besser zu den Daten passt und somit für vergleichende Analysen bevorzugt werden könnte.

@article{doi101111j001438202003tb00285x,
    author = "Blomberg, Simon P. und Garland, Theodore und Ives, Anthony R.",
    title = "TESTING FOR PHYLOGENETIC SIGNAL IN COMPARATIVE DATA: BEHAVIORAL TRAITS ARE MORE LABILE",
    year = "2003",
    journal = "Evolution",
    abstract = "Die primäre Begründung für die Verwendung phylogenetisch basierter statistischer Methoden ist, dass phylogenetisches Signal, die Tendenz verwandter Arten, sich gegenseitig zu ähneln, allgegenwärtig ist. Ob diese Aussage für ein gegebenes Merkmal in einer gegebenen Linie zutrifft, ist eine empirische Frage, aber allgemeine Werkzeuge zur Erkennung und Quantifizierung phylogenetischen Signals sind unzureichend entwickelt. Wir stellen neue Methoden für kontinuierlich wertige Merkmale vor, die entweder mit phylogenetisch unabhängigen Kontrasten oder mit verallgemeinerten kleinsten-Quadrate-Modellen implementiert werden können. Erstens ermöglicht ein einfaches Randomisierungsverfahren, die Nullhypothese eines fehlenden Ähnlichkeitsmusters unter Verwandten zu testen. Der Test zeigt die korrekte Fehlerquote vom Typ I bei einem nominalen Alpha = 0,05 und eine gute Leistung (0,8) für simulierte Datensätze mit 20 oder mehr Arten. Zweitens leiten wir einen deskriptiven Statistiken, K, ab, der gültige Vergleiche der Menge an phylogenetischem Signal über Merkmale und Bäume hinweg ermöglicht. Drittens stellen wir zwei biologisch motivierte Verzweigungslängen-Transformationen bereit, eine basierend auf dem Ornstein-Uhlenbeck (OU)-Modell der stabilisierenden Selektion, die andere basierend auf einem neuen Modell, in dem die Merkmalsentwicklung in der Geschwindigkeit beschleunigen oder verlangsamen kann (ACDC) (z. B. wie es während oder nach einer adaptiven Strahlung auftreten kann). Die Maximum-Likelihood-Schätzung der OU (d) und ACDC (g) Parameter kann als Test für phylogenetisches Signal dienen, da eine Schätzung von d oder g nahe Null impliziert, dass eine Phylogenie mit wenig hierarchischer Struktur (ein Stern) eine gute Anpassung an die Daten bietet. Transformationen, die die Anpassung eines Baumes an vergleichende Daten verbessern, erhöhen die Leistung zur Erkennung phylogenetischen Signals und können auch für weitere vergleichende Analysen, wie z. B. die von korrelierter Merkmalsentwicklung, bevorzugt werden. Die Anwendung der Methoden auf Daten aus der Literatur ergab, dass für Bäume mit 20 oder mehr Arten 92 % der Merkmale ein signifikantes phylogenetisches Signal aufwiesen (Randomisierungs-Test), einschließlich verhaltensbezogener und ökologischer Merkmale, die als relativ evolutionär formbar (z. B. hoch anpassungsfähig) und/oder anfällig für relativ starke Umwelt (nicht-genetische) Effekte oder hohe Messfehler angesehen werden. Unabhängig von der Stichprobengröße zeigten die meisten Merkmale (aber nicht die Körpergröße im Durchschnitt) weniger Signal als erwartet, gegeben die Topologie, Verzweigungslängen und ein Brownian-Motion-Modell der Evolution (d. h. K war kleiner als eins), was auf Anpassung und/oder Messfehler im weiteren Sinne (einschließlich Fehler in Schätzungen von Phänotypen, Verzweigungslängen und Topologie) zurückzuführen sein kann. Die Varianzanalyse von log K für alle 121 Merkmale (aus 35 Bäumen) zeigte, dass verhaltensbezogene Merkmale ein niedrigeres Signal aufweisen als Körpergröße, morphologische, Lebenszyklus- oder physiologische Merkmale. Zusätzlich zeigten physiologische Merkmale (korrigiert für Körpergröße) weniger Signal als die Körpergröße selbst. Für Bäume mit 20 oder mehr Arten unterschied sich der geschätzte OU (25 % der Merkmale) und/oder ACDC (40 %) Transformationsparameter signifikant sowohl von Null als auch von Eins, was darauf hindeutet, dass eine hierarchische Baumstruktur mit weniger (oder gelegentlich mehr) Struktur als der ursprüngliche besser zu den Daten passt und somit für vergleichende Analysen bevorzugt werden kann.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.0014-3820.2003.tb00285.x",
    doi = "10.1111/j.0014-3820.2003.tb00285.x",
    openalex = "W1990221500",
    references = "doi1010079781489945419, doi1010160164070486900273, doi10103844766, doi101086284325, doi101086286013, doi101086303327, doi101086343873, doi101086physzool67430163866, doi101093auk1002507, doi101093oso97801985464120010001, doi101093sysbio41118, doi101098rstb19890106, doi101111j001438202000tb00026x, doi101111j001438202001tb00731x, doi1023072412182, doi102307jctt1xp3v3r, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice295104, doi105860choice304983, openalexw1550375751, openalexw1558456135"
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@article{doi101016jtree200401003,
    author = "Seehausen, Ole",
    title = "Hybridisierung und adaptive Radiation",
    year = "2004",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2004.01.003",
    doi = "10.1016/j.tree.2004.01.003",
    openalex = "W2055997230",
    references = "doi101016s0169534700020267, doi101038347550a0, doi101038sjhdy6886170, doi101046j1365294x200101216x, doi101093oso97801950997440010001, doi101093oso97801985052350010001, doi101098rspb19990641, doi101111j155856461981tb04864x, doi101126science27753331808, doi101126science27953592115, doi101146annurevecolsys281359, doi101146annureves16110185000553, doi101579004474472912, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice350883"
}

Die Radiationen der afrikanischen Buntbarsche sind die artenreichsten existierenden Tierstrahlungen und bieten ein einzigartiges System, um Vorhersagen der Artbildungs- und adaptiven Radiationstheorie zu testen. In den letzten Jahren gab es bedeutende Fortschritte in der Phylogenie, der evolutionären Biogeographie und der Ökologie der Buntbarsche. Die meisten dieser Arbeiten konzentrieren sich auf die artenreichsten Radiationen. Leider wurden eine große Anzahl kleiner Radiationen und „nicht-strahlender" Gruppen übersehen, was den Beitrag des Buntbarschsystems zu unserem Verständnis der Artbildung und der adaptiven Radiation potenziell einschränken könnte. Ich habe die Literatur überprüft, um 33 intralacustrine Radiationen und 76 gescheiterte Radiationen zu identifizieren. Für so viele wie möglich habe ich Informationen über Seegröße, Alter und phylogenetische Beziehungen gesammelt. Ich verwende diese Daten, um zwei Fragen zu beantworten: (i) ob die Artbildungsrate und die daraus resultierende Artenvielfalt mit zeitlichen und räumlichen Variationen der ökologischen Gelegenheit zusammenhängen und (ii) ob die Wahrscheinlichkeit, eine adaptive Radiation durchzumachen, für verschiedene afrikanische Buntbarsch-Linien ähnlich ist. Erstere ist eine zentrale Vorhersage der ökologischen Theorie der adaptiven Radiation, die als wahr vorausgesetzt wurde, aber für Buntbarsch-Radiationen noch nicht getestet wurde. Die zweite basiert auf der Hypothese, dass die Neigung der Buntbarsche zur Radiation auf einer Schlüssel-Evolutionären Innovation beruht, die von allen afrikanischen Buntbarschen geteilt wird. Die Beweise deuten darauf hin, dass die Artbildungsrate im Laufe der Zeit abnimmt, da sich Nischen während der adaptiven Radiation füllen: Junge Radiationen und frühe Stadien alter Radiationen zeichnen sich durch hohe Artbildungsraten aus, während die Artbildung mindestens 0,5 Myr in eine Radiation hinein deutlich seltener wird. Die Anzahl der Arten in Buntbarsch-Radiationen nimmt mit der Seegröße zu, was die Vorhersage unterstützt, dass die Artenvielfalt mit der Habitat-Heterogenität zunimmt, aber auch mit der Möglichkeit der Isolation durch Distanz. Schließlich deuten die Daten darauf hin, dass die Neigung, innerhalb von Seen zu strahlen, eine abgeleitete Eigenschaft ist, die sich während der evolutionären Geschichte einiger afrikanischer Buntbarsche entwickelt hat, und deren Auftreten nicht mit dem Auftreten vorgeschlagener Schlüsselinnovationen in Morphologie und Lebensgeschichte zusammenfällt.

@article{doi101098rspb20063539,
    author = "Seehausen, Ole",
    title = "Afrikanische Buntbarsche: ein Modellsystem in der adaptiven Radiationsforschung",
    year = "2006",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Die Radiationen der afrikanischen Buntbarsche sind die artenreichsten existierenden Tierstrahlungen und bieten ein einzigartiges System, um Vorhersagen der Artbildungs- und adaptiven Radiationstheorie zu testen. In den letzten Jahren gab es bedeutende Fortschritte in der Phylogenie, der evolutionären Biogeographie und der Ökologie der Buntbarsche. Die meisten dieser Arbeiten konzentrieren sich auf die artenreichsten Radiationen. Leider wurden eine große Anzahl kleiner Radiationen und „nicht-strahlender" Gruppen übersehen, was den Beitrag des Buntbarschsystems zu unserem Verständnis der Artbildung und der adaptiven Radiation potenziell einschränken könnte. Ich habe die Literatur überprüft, um 33 intralacustrine Radiationen und 76 gescheiterte Radiationen zu identifizieren. Für so viele wie möglich habe ich Informationen über Seegröße, Alter und phylogenetische Beziehungen gesammelt. Ich verwende diese Daten, um zwei Fragen zu beantworten: (i) ob die Artbildungsrate und die daraus resultierende Artenvielfalt mit zeitlichen und räumlichen Variationen der ökologischen Gelegenheit zusammenhängen und (ii) ob die Wahrscheinlichkeit, eine adaptive Radiation durchzumachen, für verschiedene afrikanische Buntbarsch-Linien ähnlich ist. Erstere ist eine zentrale Vorhersage der ökologischen Theorie der adaptiven Radiation, die als wahr vorausgesetzt wurde, aber für Buntbarsch-Radiationen noch nicht getestet wurde. Die zweite basiert auf der Hypothese, dass die Neigung der Buntbarsche zur Radiation auf einer Schlüssel-Evolutionären Innovation beruht, die von allen afrikanischen Buntbarschen geteilt wird. Die Beweise deuten darauf hin, dass die Artbildungsrate im Laufe der Zeit abnimmt, da sich Nischen während der adaptiven Radiation füllen: Junge Radiationen und frühe Stadien alter Radiationen zeichnen sich durch hohe Artbildungsraten aus, während die Artbildung mindestens 0,5 Myr in eine Radiation hinein deutlich seltener wird. Die Anzahl der Arten in Buntbarsch-Radiationen nimmt mit der Seegröße zu, was die Vorhersage unterstützt, dass die Artenvielfalt mit der Habitat-Heterogenität zunimmt, aber auch mit der Möglichkeit der Isolation durch Distanz. Schließlich deuten die Daten darauf hin, dass die Neigung, innerhalb von Seen zu strahlen, eine abgeleitete Eigenschaft ist, die sich während der evolutionären Geschichte einiger afrikanischer Buntbarsche entwickelt hat, und deren Auftreten nicht mit dem Auftreten vorgeschlagener Schlüsselinnovationen in Morphologie und Lebensgeschichte zusammenfällt.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2006.3539",
    doi = "10.1098/rspb.2006.3539",
    openalex = "W2097509699",
    references = "doi101038nrg1316, doi101073pnas0506330102"
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Biologen sind seit langem von der außergewöhnlich hohen Vielfalt fasziniert, die von einigen evolutionären Gruppen gezeigt wird. Adaptive Radiation in solchen Klades ist nicht nur spektakulär, sondern auch ein extrem komplexer Prozess, der von einer Vielzahl ökologischer, genetischer und entwicklungsbiologischer Faktoren beeinflusst wird und stark von historischen Zufälligkeiten abhängt. Unter Verwendung von Modellierungsansätzen identifizieren wir 10 allgemeine Muster bezüglich der zeitlichen, räumlichen und genetischen/morphologischen Eigenschaften der adaptiven Radiation. Einige davon werden stark durch empirische Arbeiten gestützt, während für andere die empirische Unterstützung eher vorläufig ist. In fast allen Fällen sind mehr Daten erforderlich. Zukünftige Fortschritte in unserem Verständnis der adaptiven Radiation werden am erfolgreichsten sein, wenn theoretische und empirische Ansätze integriert werden, wie es in anderen Bereichen der Evolutionsbiologie der Fall ist.

@article{doi101126science1157966,
    author = "Gavrilets, Sergey und Losos, Jonathan B.",
    title = "Adaptive Radiation: Theorie mit Daten kontrastieren",
    year = "2009",
    journal = "Science",
    abstract = "Biologen sind seit langem von der außergewöhnlich hohen Vielfalt fasziniert, die von einigen evolutionären Gruppen gezeigt wird. Adaptive Radiation in solchen Klades ist nicht nur spektakulär, sondern auch ein extrem komplexer Prozess, der von einer Vielzahl ökologischer, genetischer und entwicklungsbiologischer Faktoren beeinflusst wird und stark von historischen Zufälligkeiten abhängt. Unter Verwendung von Modellierungsansätzen identifizieren wir 10 allgemeine Muster bezüglich der zeitlichen, räumlichen und genetischen/morphologischen Eigenschaften der adaptiven Radiation. Einige davon werden stark durch empirische Arbeiten gestützt, während für andere die empirische Unterstützung eher vorläufig ist. In fast allen Fällen sind mehr Daten erforderlich. Zukünftige Fortschritte in unserem Verständnis der adaptiven Radiation werden am erfolgreichsten sein, wenn theoretische und empirische Ansätze integriert werden, wie es in anderen Bereichen der Evolutionsbiologie der Fall ist.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1157966",
    doi = "10.1126/science.1157966",
    openalex = "W1968716653",
    references = "doi101016jtree200401003, doi101038nature07285, doi101073pnas0506330102, doi101093oso97801985052350010001, doi101098rspb20080630, doi101111j15585646200800317x, doi101146annurevecolsys281129, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi101146annurevecolsys36102803095431, doi1015159780691187051, doi1023072405671, doi1023072407738, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice455580, doi107312simp93764"
}

Adaptive Radiation bezieht sich auf die Diversifizierung von einer Stammart, die Nachkommen hervorbringt, die an die Nutzung einer großen Vielfalt unterschiedlicher ökologischer Nischen angepasst sind. In diesem Überblick untersuche ich zwei Aspekte der adaptiven Radiation: erstens, dass sie aus ökologischer Gelegenheit resultiert, und zweitens, dass sie hinsichtlich ihres Ergebnisses und ihrer evolutionären Trajektorie deterministisch ist. Ökologische Gelegenheit ist in der Regel eine Voraussetzung für adaptive Radiation, obwohl in einigen Fällen Radiation auch ohne vorherbestehende Gelegenheit auftreten kann. Dennoch scheitern viele Klade daran zu radiieren, obwohl sie scheinbar in Anwesenheit ökologischer Gelegenheit zu sein scheinen; bis Methoden entwickelt werden, um ökologische Gelegenheit zu identifizieren und zu quantifizieren, wird das Konzept wenig prädiktiven Nutzen beim a priori Verständnis haben, wann eine Klade erwartet wird zu radiieren. Obwohl von der Theorie vorhergesagt, treten replizierte adaptive Radiations nur selten auf, meist bei eng verwandten und schlecht dispergierenden Taxa, die in derselben Region auf Inseln oder in Seen gefunden werden. Kontingenzen verschiedener Art können in der Regel enge Ähnlichkeiten im Ergebnis der evolutionären Diversifizierung in anderen Situationen ausschließen. Ob Radiations in der Regel in derselben allgemeinen Sequenz ablaufen, ist unklar aufgrund der Unzuverlässigkeit von Methoden, die phylogenetische Rekonstruktion von Vorfahrenereignissen erfordern. Die Synthese von ökologischen, phylogenetischen, experimentellen und genomischen Fortschritten verspricht, die kommenden Jahre zu einem goldenen Zeitalter für die Studie der adaptiven Radiation zu machen; natürliche Geschichte Daten werden jedoch immer entscheidend sein zum Verständnis der Kräfte, die Anpassung und evolutionäre Diversifizierung formen.

@article{doi101086652433,
    author = "Losos, Jonathan B.",
    title = "Adaptive Radiation, Ecological Opportunity, and Evolutionary Determinism",
    year = "2010",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Adaptive radiation refers to diversification from an ancestral species that produces descendants adapted to use a great variety of distinct ecological niches. In this review, I examine two aspects of adaptive radiation: first, that it results from ecological opportunity and, second, that it is deterministic in terms of its outcome and evolutionary trajectory. Ecological opportunity is usually a prerequisite for adaptive radiation, although in some cases, radiation can occur in the absence of preexisting opportunity. Nonetheless, many clades fail to radiate although seemingly in the presence of ecological opportunity; until methods are developed to identify and quantify ecological opportunity, the concept will have little predictive utility in understanding a priori when a clade might be expected to radiate. Although predicted by theory, replicated adaptive radiations occur only rarely, usually in closely related and poorly dispersing taxa found in the same region on islands or in lakes. Contingencies of a variety of types may usually preclude close similarity in the outcome of evolutionary diversification in other situations. Whether radiations usually unfold in the same general sequence is unclear because of the unreliability of methods requiring phylogenetic reconstruction of ancestral events. The synthesis of ecological, phylogenetic, experimental, and genomic advances promises to make the coming years a golden age for the study of adaptive radiation; natural history data, however, will always be crucial to understanding the forces shaping adaptation and evolutionary diversification.",
    url = "https://doi.org/10.1086/652433",
    doi = "10.1086/652433",
    openalex = "W2148362488",
    references = "doi101038nature04843, doi101038nature07893, doi101038nrg1316, doi101073pnas101092598, doi10108010292389509380518, doi101086284196, doi101098rspb20080630, doi101111j15585646200800317x, doi101111j15585646201001026x, doi101126science1098095, doi1023072412953, doi105860choice415285"
}

@incollection{crossref2013adaptive,
    title = "Adaptive Demography",
    year = "2013",
    booktitle = "The Fire Ants",
    url = "https://doi.org/10.2307/j.ctv1dp0txz.34",
    doi = "10.2307/j.ctv1dp0txz.34",
    openalex = "W4239753217",
    pages = "295-303"
}

@article{kapralov2013molecular,
    author = "Kapralov, Maxim V. und Votintseva, Antonina A. und Filatov, Dmitry A.",
    title = "Molekulare Anpassung während einer schnellen adaptiven Radiation",
    year = "2013",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/mst013",
    doi = "10.1093/molbev/mst013",
    number = "5",
    openalex = "W2099176711",
    pages = "1051-1059",
    volume = "30",
    references = "doi101016s0022283605803602, doi101093bioinformatics149817, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093bioinformaticsbtm404, doi101093molbevmsm088, doi101093molbevmsm092, doi101093molbevmsn083, doi101111j251761611995tb02031x, doi105962bhltitle59991, doi105962bhltitle82303"
}

Zebrabuntbarsche sind berühmt für große, diverse und wiederholte adaptive Strahlungen in den Großen Seen Ostafrikas. Um die molekularen Mechanismen zu verstehen, die der phänotypischen Vielfalt der Zebrabuntbarsche zugrunde liegen, haben wir die Genome und Transkriptomsequenzen von fünf Linien afrikanischer Zebrabuntbarsche sequenziert: den Nilbuntbarsch (Oreochromis niloticus), eine urtümliche Linie mit geringer Vielfalt; und vier Mitglieder der ostafrikanischen Linie: Neolamprologus brichardi/pulcher (ältere Strahlung, Tanganjikasee), Metriaclima zebra (jüngere Strahlung, Malawisee), Pundamilia nyererei (sehr junge Strahlung, Viktoriasee) und Astatotilapia burtoni (fließgewässerlebende Art rund um den Tanganjikasee). Wir fanden einen Überschuss an Genduplikationen in der ostafrikanischen Linie im Vergleich zum Nilbuntbarsch und anderen Knochenfischen, eine Fülle an Divergenz nicht-kodierender Elemente, eine beschleunigte Evolution der kodierenden Sequenzen, Expressionsdivergenz im Zusammenhang mit Insertionen transponierbarer Elemente und Regulation durch neue microRNAs. Zusätzlich analysierten wir Sequenzdaten von sechzig Individuen, die sechs eng verwandte Arten aus dem Viktoriasee repräsentieren, und zeigen eine genomweite diversifizierende Selektion auf kodierende und regulatorische Varianten, von denen einige aus alten Polymorphismen rekrutiert wurden. Wir schließen, dass eine Reihe molekularer Mechanismen die Genome der ostafrikanischen Zebrabuntbarsche geformt haben und dass die Anhäufung bestehender Variation während Perioden gelockter reinigender Selektion möglicherweise wichtig für die Förderung der anschließenden evolutionären Diversifizierung war.

@article{doi101038nature13726,
    author = "Brawand, David and Wagner, Catherine E. and Li, Yang and Malinsky, Milan and Keller, Irene and Fan, Shaohua and Simakov, Oleg and Ng, Alvin Yu Jin and Lim, Zhi Wei and Bezault, Étienne and Turner-Maier, Jason and Johnson, Jeremy and Alcazar, Rosa and Noh, Hyun Ji and Russell, Pamela and Aken, Bronwen and Alföldi, Jessica and Amemiya, Chris T. and Azzouzi, Naoual and Baroiller, Jean‐François and Barloy-Hubler, Frédérique and Berlin, Aaron and Bloomquist, Ryan F. and Carleton, Karen L. and Conte, Matthew A. and D'Cotta, Hélèna and Eshel, Orly and Gaffney, Leslie and Galibert, Francis and Gante, Hugo F. and Gnerre, Sante and Greuter, Lucie and Guyon, Richard and Haddad, Natalie S. and Haerty, Wilfried and Harris, H. and Hofmann, Hans A. and Hourlier, Thibaut and Hulata, Gideon and Jaffe, David B. and Lara, Marcia and Lee, Alison and MacCallum, Iain and Mwaiko, Salome and Nikaido, Masato and Nishihara, Hidenori and Ozouf‐Costaz, Catherine and Penman, David J. and Przybylski, Dariusz and Rakotomanga, Michaëlle and Renn, Suzy C. P. and Ribeiro, Filipe J. and Ron, Micha and Salzburger, Walter and Sánchez‐Pulido, Luis and Santos, M. Emília and Searle, Steve and Sharpe, Ted and Swofford, Ross and Tan, Frederick J. and Williams, Louise and Young, Sarah and Yin, Shuangye and Okada, Norihiro and Kocher, Thomas D. and Miska, Eric A. and Lander, Eric S. and Venkatesh, Byrappa and Fernald, Russell D. and Meyer, Axel and Ponting, Chris P. and Streelman, J. Todd and Lindblad‐Toh, Kerstin and Seehausen, Ole and Palma, Federica Di",
    title = "The genomic substrate for adaptive radiation in African cichlid fish",
    year = "2014",
    journal = "Nature",
    abstract = "Cichlid fishes are famous for large, diverse and replicated adaptive radiations in the Great Lakes of East Africa. To understand the molecular mechanisms underlying cichlid phenotypic diversity, we sequenced the genomes and transcriptomes of five lineages of African cichlids: the Nile tilapia (Oreochromis niloticus), an ancestral lineage with low diversity; and four members of the East African lineage: Neolamprologus brichardi/pulcher (older radiation, Lake Tanganyika), Metriaclima zebra (recent radiation, Lake Malawi), Pundamilia nyererei (very recent radiation, Lake Victoria), and Astatotilapia burtoni (riverine species around Lake Tanganyika). We found an excess of gene duplications in the East African lineage compared to tilapia and other teleosts, an abundance of non-coding element divergence, accelerated coding sequence evolution, expression divergence associated with transposable element insertions, and regulation by novel microRNAs. In addition, we analysed sequence data from sixty individuals representing six closely related species from Lake Victoria, and show genome-wide diversifying selection on coding and regulatory variants, some of which were recruited from ancient polymorphisms. We conclude that a number of molecular mechanisms shaped East African cichlid genomes, and that amassing of standing variation during periods of relaxed purifying selection may have been important in facilitating subsequent evolutionary diversification.",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature13726",
    doi = "10.1038/nature13726",
    openalex = "W2165933771",
    references = "doi10100703064746897, doi101016jtree200709008, doi101038nature10842, doi101038nature10944, doi101038nrg1316, doi101038nrg3079, doi101093aesa383396, doi101111j15585646200800450x, doi101126science27352781091, doi101126science29054941151, doi1043249780203509104"
}

Wegen seiner besonderen geologischen Geschichte ist das neukaledonische Archipel ein Mosaik aus Bodentypen, und in Kombination mit klimatischen Bedingungen führt dies zu einer heterogenen Umwelt über relativ kurze Distanzen. Eine Gruppe von über 20 endemischen Diospyros-Arten (Ebenaceae) hat sich nach einem einzigen Fernausbreitungereignis schnell und kürzlich auf dem Archipel radiert. Die meisten Diospyros-Arten in der radiierenden Gruppe sind morphologisch und ökologisch gut differenziert, weisen jedoch niedrige DNA-Variabilität auf. Um die Prozesse zu untersuchen, die die Diversifizierung dieser Gruppe geformt haben, haben wir Sequenzierung mit Restriktionsstellen-assoziiertem DNA (RADseq) eingesetzt. Über 8400 gefilterte SNPs bestätigen im Allgemeinen die Artgrenzen und erzeugen einen gut unterstützten phylogenetischen Baum. Unsere Analysen dokumentieren lokale Introgression, zeigen aber nur ein begrenztes Potenzial für Genfluss über längere Distanzen. Die phylogenetischen Beziehungen deuten auf eine frühe regionale Clusterbildung unter Populationen und Arten hin, was darauf hindeutet, dass allopatrische Artbildung in Bezug auf Makrohabitat (d. h. klimatische Bedingungen) möglicherweise eine Rolle bei der anfänglichen Differenzierung innerhalb der Gruppe gespielt hat. Eine spätere, schnellere Radiation umfasste Divergenz in Bezug auf Mikrohabitat (d. h. Bodenpräferenz). Mehrere Schwesternarten in der Gruppe zeigen eine parallele Divergenz in der edaphischen Präferenz. Suchen nach genomischen Regionen, die bei dieser replizierten phänotypischen Divergenz systematisch differenziert sind, wiesen Loci auf, die möglicherweise an Ionenbindung und zellulären Transport beteiligt sind. Diese Loci erscheinen im Kontext von Anpassungen an Bodentypen, die sich in Schwermetall- und Mineralgehalt unterscheiden, sinnvoll. Identische Nukleotidveränderungen betrafen nur zwei dieser Loci, was darauf hindeutet, dass Introgression möglicherweise nur eine begrenzte Rolle in ihrer Evolution gespielt hat. Unsere Ergebnisse legen nahe, dass sowohl allopatrische Diversifizierung als auch (parapatrische) ökologische Divergenz aufeinanderfolgende Runden der Artbildung in der Diospyros-Radiation auf Neukaledonien geformt haben.

@article{doi101093sysbiosyv076,
    author = "Paun, Ovidiu und Turner, Barbara und Trucchi, Emiliano und Munzinger, Jérôme und Chase, Mark W. und Samuel, Rosabelle",
    title = "Prozesse, die die adaptive Radiation eines tropischen Baumes (Diospyros, Ebenaceae) in Neukaledonien, einem Biodiversitäts-Hotspot, antreiben",
    year = "2015",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Wegen seiner besonderen geologischen Geschichte ist das neukaledonische Archipel ein Mosaik aus Bodentypen, und in Kombination mit klimatischen Bedingungen führt dies zu einer heterogenen Umwelt über relativ kurze Distanzen. Eine Gruppe von über 20 endemischen Diospyros-Arten (Ebenaceae) hat sich nach einem einzigen Fernausbreitungereignis schnell und kürzlich auf dem Archipel radiert. Die meisten Diospyros-Arten in der radiierenden Gruppe sind morphologisch und ökologisch gut differenziert, weisen jedoch niedrige DNA-Variabilität auf. Um die Prozesse zu untersuchen, die die Diversifizierung dieser Gruppe geformt haben, haben wir Sequenzierung mit Restriktionsstellen-assoziiertem DNA (RADseq) eingesetzt. Über 8400 gefilterte SNPs bestätigen im Allgemeinen die Artgrenzen und erzeugen einen gut unterstützten phylogenetischen Baum. Unsere Analysen dokumentieren lokale Introgression, zeigen aber nur ein begrenztes Potenzial für Genfluss über längere Distanzen. Die phylogenetischen Beziehungen deuten auf eine frühe regionale Clusterbildung unter Populationen und Arten hin, was darauf hindeutet, dass allopatrische Artbildung in Bezug auf Makrohabitat (d. h. klimatische Bedingungen) möglicherweise eine Rolle bei der anfänglichen Differenzierung innerhalb der Gruppe gespielt hat. Eine spätere, schnellere Radiation umfasste Divergenz in Bezug auf Mikrohabitat (d. h. Bodenpräferenz). Mehrere Schwesternarten in der Gruppe zeigen eine parallele Divergenz in der edaphischen Präferenz. Suchen nach genomischen Regionen, die bei dieser replizierten phänotypischen Divergenz systematisch differenziert sind, wiesen Loci auf, die möglicherweise an Ionenbindung und zellulären Transport beteiligt sind. Diese Loci erscheinen im Kontext von Anpassungen an Bodentypen, die sich in Schwermetall- und Mineralgehalt unterscheiden, sinnvoll. Identische Nukleotidveränderungen betrafen nur zwei dieser Loci, was darauf hindeutet, dass Introgression möglicherweise nur eine begrenzte Rolle in ihrer Evolution gespielt hat. Unsere Ergebnisse legen nahe, dass sowohl allopatrische Diversifizierung als auch (parapatrische) ökologische Divergenz aufeinanderfolgende Runden der Artbildung in der Diospyros-Radiation auf Neukaledonien geformt haben.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syv076",
    doi = "10.1093/sysbio/syv076",
    openalex = "W2179433510",
    references = "doi101007s1268601195487, doi10103835002501, doi101038nmeth2109, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093genetics1552945, doi101093molbevmss075, doi101109gce20105676129, doi101111j1365294x200502553x, doi101111j14718286200501155x, kapralov2013molecular, openalexw3217097258"
}

Der Prozess der adaptiven Strahlung – die Vermehrung von Arten aus einem einzigen Vorfahren und die Diversifizierung in viele ökologisch unterschiedliche Formen – hat seit Darwin das große Interesse evolutionärer Biologen geweckt. Seit der Mitte des letzten Jahrhunderts wird die ökologische Gelegenheit als ein möglicher Schlüssel zum Verständnis von wann und wie adaptive Strahlung stattfindet, herangezogen. Das Interesse am Thema der ökologischen Gelegenheit hat sich beschleunigt, da die Forschung zur adaptiven Strahlung ein Revival erfahren hat, das teilweise durch Fortschritte in phylogenetischen Ansätzen zur Untersuchung der evolutionären Diversifizierung angetrieben wurde. Dennoch wird derzeit diskutiert, was der Begriff tatsächlich bedeutet, geschweige denn, wie er mechanistisch zu adaptiver Diversifizierung führt; ob der Begriff einen prädiktiven Wert hat oder nur ein Heuristik ist, das ausschließlich für nachträgliche Erklärungen nützlich ist, bleibt ebenfalls unklar. Die jüngere Erkenntnis, dass evolutionäre Veränderungen schnell auftreten können und auf einer Zeitskala, die mit ökologischen Prozessen übereinstimmt, deutet darauf hin, dass es Zeit ist, ökologische und evolutionäre Ansätze zur Untersuchung der Gemeinschaftsbildung und der evolutionären Diversifizierung zu synthetisieren.

@article{doi101146annurevecolsys121415032254,
    author = "Stroud, James T. und Losos, Jonathan B.",
    title = "Ökologische Gelegenheiten und adaptive Strahlung",
    year = "2016",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "Der Prozess der adaptiven Strahlung – die Vermehrung von Arten aus einem einzigen Vorfahren und die Diversifizierung in viele ökologisch unterschiedliche Formen – hat seit Darwin das große Interesse evolutionärer Biologen geweckt. Seit der Mitte des letzten Jahrhunderts wird die ökologische Gelegenheit als ein möglicher Schlüssel zum Verständnis von wann und wie adaptive Strahlung stattfindet, herangezogen. Das Interesse am Thema der ökologischen Gelegenheit hat sich beschleunigt, da die Forschung zur adaptiven Strahlung ein Revival erfahren hat, das teilweise durch Fortschritte in phylogenetischen Ansätzen zur Untersuchung der evolutionären Diversifizierung angetrieben wurde. Dennoch wird derzeit diskutiert, was der Begriff tatsächlich bedeutet, geschweige denn, wie er mechanistisch zu adaptiver Diversifizierung führt; ob der Begriff einen prädiktiven Wert hat oder nur ein Heuristik ist, das ausschließlich für nachträgliche Erklärungen nützlich ist, bleibt ebenfalls unklar. Die jüngere Erkenntnis, dass evolutionäre Veränderungen schnell auftreten können und auf einer Zeitskala, die mit ökologischen Prozessen übereinstimmt, deutet darauf hin, dass es Zeit ist, ökologische und evolutionäre Ansätze zur Untersuchung der Gemeinschaftsbildung und der evolutionären Diversifizierung zu synthetisieren.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-ecolsys-121415-032254",
    doi = "10.1146/annurev-ecolsys-121415-032254",
    openalex = "W2327977699",
    references = "doi101007978146124018114, doi101016jcub201311063, doi101016jearscirev201004001, doi101038nature13726, doi101038ncomms5087, doi101038ngeo1475, doi101073pnas1302642110, doi101086282505, doi101086284196, doi101093behecoart058, doi101093oso97801951223430010001, doi101093oso97801985052350010001, doi101093sysbiosyt050, doi101098rspb20080630, doi101111j14209101201002029x, doi101111j14698137200601864x, doi101111j155856461964tb01674x, doi101111j15585646200800317x, doi101111j15585646201001026x, doi101111nph13230, doi101126sciadv1400253, doi101126science1161833, doi101146annurevearth271463, doi101146annurevecolsys281129, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi101146annurevecolsys39110707173447, doi101371journalpone0089543, doi1015159780691224244, doi1015159781400847266, doi1023072412953, doi1023073545850, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice485062"
}

Artbildungsereignisse treten oft in schnellen Ausbrüchen der Diversifizierung auf, doch die ökologischen und genetischen Faktoren, die diese Strahlungen fördern, sind nach wie vor stark umstritten. Unter Verwendung von gesamten Transkriptomen aller 13 Arten im ökologisch und reproduktiv vielfältigen Wildtomaten-Klade (Solanum sect. Lycopersicon) leiten wir die Artenphylogenie und Muster genetischer Vielfalt in dieser Gruppe ab. Trotz weit verbreiteter phylogenetischer Diskrepanzen aufgrund der Sortierung ancestraler Variation datieren wir den Ursprung dieser Strahlung auf etwa vor 2,5 Millionen Jahren und finden Hinweise auf mindestens drei Quellen adaptiver genetischer Variation, die die Diversifizierung antreiben. Erstens detektieren wir Introgression sowohl historisch zwischen frühen Verzweigungslinien als auch kürzlich zwischen einzelnen Populationen an spezifischen Loci, deren Funktionen wahrscheinlich adaptive Vorteile anzeigen. Zweitens finden wir Hinweise auf linien-spezifische de novo Evolution für viele Gene, einschließlich Loci, die an der Produktion von roter Fruchtfarbe beteiligt sind. Schließlich, unter Verwendung eines „PhyloGWAS"-Ansatzes, detektieren wir eine umweltspezifische Sortierung ancestraler Variation zwischen Populationen, die aus verschiedenen Arten stammen, aber gemeinsame Umweltbedingungen teilen. Geschätzt über den gesamten Klade hinweg werden kleine, aber beträchtliche und ungefähr gleiche Anteile des eukromatischen Teils des Genoms als Beitrag zu jeder dieser drei Quellen adaptiver genetischer Variation abgeleitet. Diese Ergebnisse deuten darauf hin, dass mehrere genetische Quellen schnelle Diversifizierung und Artbildung als Reaktion auf neue ökologische Gelegenheiten fördern können, im Einklang mit unserem sich entwickelnden phylogenomischen Verständnis der Komplexität sowohl alter als auch neuer Artenstrahlungen.

@article{doi101371journalpbio1002379,
    author = "Pease, James B. und Haak, David C. und Hahn, Matthew W. und Moyle, Leonie C.",
    title = "Phylogenomics enthüllt drei Quellen adaptiver Variation während einer schnellen Strahlung",
    year = "2016",
    journal = "PLoS Biology",
    abstract = {Artbildungsereignisse treten oft in schnellen Ausbrüchen der Diversifizierung auf, doch die ökologischen und genetischen Faktoren, die diese Strahlungen fördern, sind nach wie vor stark umstritten. Unter Verwendung von gesamten Transkriptomen aller 13 Arten im ökologisch und reproduktiv vielfältigen Wildtomaten-Klade (Solanum sect. Lycopersicon) leiten wir die Artenphylogenie und Muster genetischer Vielfalt in dieser Gruppe ab. Trotz weit verbreiteter phylogenetischer Diskrepanzen aufgrund der Sortierung ancestraler Variation datieren wir den Ursprung dieser Strahlung auf etwa vor 2,5 Millionen Jahren und finden Hinweise auf mindestens drei Quellen adaptiver genetischer Variation, die die Diversifizierung antreiben. Erstens detektieren wir Introgression sowohl historisch zwischen frühen Verzweigungslinien als auch kürzlich zwischen einzelnen Populationen an spezifischen Loci, deren Funktionen wahrscheinlich adaptive Vorteile anzeigen. Zweitens finden wir Hinweise auf linien-spezifische de novo Evolution für viele Gene, einschließlich Loci, die an der Produktion von roter Fruchtfarbe beteiligt sind. Schließlich, unter Verwendung eines „PhyloGWAS"-Ansatzes, detektieren wir eine umweltspezifische Sortierung ancestraler Variation zwischen Populationen, die aus verschiedenen Arten stammen, aber gemeinsame Umweltbedingungen teilen. Geschätzt über den gesamten Klade hinweg werden kleine, aber beträchtliche und ungefähr gleiche Anteile des eukromatischen Teils des Genoms als Beitrag zu jeder dieser drei Quellen adaptiver genetischer Variation abgeleitet. Diese Ergebnisse deuten darauf hin, dass mehrere genetische Quellen schnelle Diversifizierung und Artbildung als Reaktion auf neue ökologische Gelegenheiten fördern können, im Einklang mit unserem sich entwickelnden phylogenomischen Verständnis der Komplexität sowohl alter als auch neuer Artenstrahlungen.},
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1002379",
    doi = "10.1371/journal.pbio.1002379",
    openalex = "W2272393905",
    references = "doi101038nature10158, doi101038nature11119, doi101038nature13726, doi101093bioinformatics182337, doi101093bioinformaticsbtp352, doi101093bioinformaticsbts635, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093jxberf068, doi101093molbevmsm088, doi101093oso97801985052350010001, doi101111mec12415, doi101126science1157966, doi101126science1188021, doi101126science1194585, doi101146annurevecolsys110512135800, doi101146annurevecolsys39110707173447"
}

Das Verständnis, warum sich einige evolutionäre Linien außergewöhnlich hohe Artenvielfalt erzeugen, ist ein wichtiges Ziel der Evolutionsbiologie. Die Haplochromine-Cichlidenfische der Region um den Viktoriasee in Afrika umfassen >700 diverse Arten, die alle innerhalb der letzten 150.000 Jahre entstanden sind. Wie dieser 'Superflock der Region um den Viktoriasee' sich auf solch kurzen Zeitskalen entwickeln konnte, ist eine anhaltende Fragestellung. Hier zeigen wir, dass Hybridisierung zwischen zwei divergenten Linien diesen Prozess förderte, indem sie genetische Variation bereitstellte, die anschließend rekombiniert und in viele neue Arten sortiert wurde. Bemerkenswerterweise erzeugte das Hybridisierungsereignis eine außergewöhnliche Variation an Allelen in einem Opsin-Gen, das für Anpassung und Artbildung bekanntermaßen involviert ist. Allgemein wird die Differenzierung zwischen neuen Arten um Varianten herum betont, die feste Unterschiede zwischen den Elternlinien waren und die nun in vielen neuen Kombinationen in den Arten der Radiation erscheinen. Wir schließen, dass Hybridisierung zwischen divergenten Linien, wenn sie mit ökologischer Gelegenheit einhergeht, schnelle und ausgedehnte adaptive Radiation fördern kann.

@article{doi101038ncomms14363,
    author = "Meier, Joana I. und Marques, David A. und Mwaiko, Salome und Wagner, Catherine E. und Excoffier, Laurent und Seehausen, Ole",
    title = "Ancient hybridization fuels rapid cichlid fish adaptive radiations",
    year = "2017",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "Das Verständnis, warum sich einige evolutionäre Linien außergewöhnlich hohe Artenvielfalt erzeugen, ist ein wichtiges Ziel der Evolutionsbiologie. Die Haplochromine-Cichlidenfische der Region um den Viktoriasee in Afrika umfassen >700 diverse Arten, die alle innerhalb der letzten 150.000 Jahre entstanden sind. Wie dieser 'Superflock der Region um den Viktoriasee' sich auf solch kurzen Zeitskalen entwickeln konnte, ist eine anhaltende Fragestellung. Hier zeigen wir, dass Hybridisierung zwischen zwei divergenten Linien diesen Prozess förderte, indem sie genetische Variation bereitstellte, die anschließend rekombiniert und in viele neue Arten sortiert wurde. Bemerkenswerterweise erzeugte das Hybridisierungsereignis eine außergewöhnliche Variation an Allelen in einem Opsin-Gen, das für Anpassung und Artbildung bekanntermaßen involviert ist. Allgemein wird die Differenzierung zwischen neuen Arten um Varianten herum betont, die feste Unterschiede zwischen den Elternlinien waren und die nun in vielen neuen Kombinationen in den Arten der Radiation erscheinen. Wir schließen, dass Hybridisierung zwischen divergenten Linien, wenn sie mit ökologischer Gelegenheit einhergeht, schnelle und ausgedehnte adaptive Radiation fördern kann.",
    url = "https://doi.org/10.1038/ncomms14363",
    doi = "10.1038/ncomms14363",
    openalex = "W2587197905",
    references = "doi101016jtree200401003, doi101038nature05706, doi101038nature13726, doi101038nmeth1923, doi101073pnas86166196, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093bioinformaticsbtr330, doi101111j14209101201202599x, doi101111j155856461954tb01504x, doi101111j17550998201002847x, doi101111mec12354, doi101126science1188021, doi101126science29054941151, doi101371journalpcbi1003537, doi1014601phytopatholmediterr14998u129, doi101579004474472912"
}

Die Untertribus Espeletiinae (Asteraceae), die endemisch in den Hochlagen der nördlichen Anden vorkommt, zeigt eine außergewöhnliche Vielfalt an Arten, Wuchsformen und Reproduktionsstrategien. Dieses Komplex aus 140 Arten umfasst große Bäume, dichotome Bäume, Sträucher und die außergewöhnlichen riesigen stielbildenden Rosetten, die als klassisches Beispiel für Anpassung in tropischen Hochlage-Ökosystemen gelten. Die Untertribus wurde ebenfalls lange als ein prominentes Beispiel für adaptive Radiation anerkannt, doch das Verständnis ihrer Evolution wurde durch einen Mangel an phylogenetischer Auflösung behindert. Hier präsentieren wir die erste vollständig aufgelöste Phylogenie aller morphologischen Gruppen der Espeletiinae, unter Verwendung ganzer Plastome und etwa einer Million nuklearer Nukleotide, die mit einem ursprünglichen de novo-Montagungsverfahren ohne Referenzgenom gewonnen und mit traditionellen sowie koaleszenzbasierten Ansätzen analysiert wurden, die den möglichen Einfluss unvollständiger Linien-Sortierung und Hybridisierung auf die phylogenetische Inferenz berücksichtigen. Wir zeigen, dass die Diversifizierung der Espeletiinae vor etwa 2,3 Millionen Jahren von einer Rosetten-Vorfahrin ausging, nach dem letzten Anstieg der nördlichen Anden. Dies wurde von zwei unabhängigen Radiationen in den kolumbianischen und venezolanischen Anden gefolgt, mit wenigen trans-kordilleranen Ausbreitungsevents unter den Niedriglage-Baum-Linien, aber keiner unter den Hochlage-Rosetten. Wir demonstrieren komplexe Szenarien morphologischer Veränderungen in den Espeletiinae, die meist die konvergente Evolution von Wuchsformen mit häufigem Verlust/Gewinn verschiedener Merkmale implizieren. Zum Beispiel entwickelten sich stielbildende Rosetten unabhängig in beiden Ländern, wahrscheinlich als konvergente Anpassungen an das Leben in tropischen Hochlage-Habitaten. Baum-Wuchsformen entwickelten sich unabhängig dreimal durch wiederholte Besiedlung niedrigerer Lagen durch Hochlage-Rosetten-Vorfahren. Die Rate der morphologischen Diversifizierung stieg während der frühen Phase der Radiation an, danach nahm sie stetig bis zur Gegenwart ab. Auf der anderen Seite war die Rate der Art-Diversifizierung in der am besten untersuchten venezolanischen Radiation im Durchschnitt sehr hoch (3,1 Arten/My), mit signifikanten Ratenvariationen zwischen den Wuchsformen (viel höher bei polykarpen stielbildenden Rosetten). Unsere Ergebnisse deuten auf ein Szenario hin, in dem sowohl adaptive morphologische Evolution als auch geografische Isolation aufgrund von pleistozänen klimatischen Oszillationen eine außergewöhnlich schnelle Radiation für eine kontinentale Pflanzengruppe auslösten.

@article{doi101093sysbiosyy022,
    author = "Pouchon, Charles and Fernández, Ángel and Nassar, Jafet M. and Boyer, Frédéric and Aubert, S. and Lavergne, Sébastien and Mavárez, Jesús",
    title = "Phylogenomic Analysis of the Explosive Adaptive Radiation of the Espeletia Complex (Asteraceae) in the Tropical Andes",
    year = "2018",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Die Untertribus Espeletiinae (Asteraceae), die endemisch in den Hochlagen der nördlichen Anden vorkommt, zeigt eine außergewöhnliche Vielfalt an Arten, Wuchsformen und Reproduktionsstrategien. Dieses Komplex aus 140 Arten umfasst große Bäume, dichotome Bäume, Sträucher und die außergewöhnlichen riesigen stielbildenden Rosetten, die als klassisches Beispiel für Anpassung in tropischen Hochlage-Ökosystemen gelten. Die Untertribus wurde ebenfalls lange als ein prominentes Beispiel für adaptive Radiation anerkannt, doch das Verständnis ihrer Evolution wurde durch einen Mangel an phylogenetischer Auflösung behindert. Hier präsentieren wir die erste vollständig aufgelöste Phylogenie aller morphologischen Gruppen der Espeletiinae, unter Verwendung ganzer Plastome und etwa einer Million nuklearer Nukleotide, die mit einem ursprünglichen de novo-Montagungsverfahren ohne Referenzgenom gewonnen und mit traditionellen sowie koaleszenzbasierten Ansätzen analysiert wurden, die den möglichen Einfluss unvollständiger Linien-Sortierung und Hybridisierung auf die phylogenetische Inferenz berücksichtigen. Wir zeigen, dass die Diversifizierung der Espeletiinae vor etwa 2,3 Millionen Jahren von einer Rosetten-Vorfahrin ausging, nach dem letzten Anstieg der nördlichen Anden. Dies wurde von zwei unabhängigen Radiationen in den kolumbianischen und venezolanischen Anden gefolgt, mit wenigen trans-kordilleranen Ausbreitungsevents unter den Niedriglage-Baum-Linien, aber keiner unter den Hochlage-Rosetten. Wir demonstrieren komplexe Szenarien morphologischer Veränderungen in den Espeletiinae, die meist die konvergente Evolution von Wuchsformen mit häufigem Verlust/Gewinn verschiedener Merkmale implizieren. Zum Beispiel entwickelten sich stielbildende Rosetten unabhängig in beiden Ländern, wahrscheinlich als konvergente Anpassungen an das Leben in tropischen Hochlage-Habitaten. Baum-Wuchsformen entwickelten sich unabhängig dreimal durch wiederholte Besiedlung niedrigerer Lagen durch Hochlage-Rosetten-Vorfahren. Die Rate der morphologischen Diversifizierung stieg während der frühen Phase der Radiation an, danach nahm sie stetig bis zur Gegenwart ab. Auf der anderen Seite war die Rate der Art-Diversifizierung in der am besten untersuchten venezolanischen Radiation im Durchschnitt sehr hoch (3,1 Arten/My), mit signifikanten Ratenvariationen zwischen den Wuchsformen (viel höher bei polykarpen stielbildenden Rosetten). Unsere Ergebnisse deuten auf ein Szenario hin, in dem sowohl adaptive morphologische Evolution als auch geografische Isolation aufgrund von pleistozänen klimatischen Oszillationen eine außergewöhnlich schnelle Radiation für eine kontinentale Pflanzengruppe auslösten.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syy022",
    doi = "10.1093/sysbio/syy022",
    openalex = "W2794322919",
    references = "doi101038ncomms12384"
}

Die adaptive Radiation der Ziklidenfische im ostafrikanischen Malawisee umfasst über 500 Arten, die sich innerhalb der letzten 800.000 Jahre aus einer gemeinsamen Gründerpopulation entwickelt haben sollen. Es wurde vorgeschlagen, dass Hybridisierung zwischen vorläufigen Abstammungslinien das genetische Rohmaterial liefern kann, um solche außergewöhnlich hohen Diversifizierungsraten anzutreiben, und Beweise dafür wurden kürzlich für die Zikliden-Superflocke im Lake-Victoria-Gebiet vorgelegt. Hier berichten wir, dass die Genome der Malawisee-Zikliden ebenfalls Hinweise auf Hybridisierung zwischen zwei Linien zeigen, die vor 3–4 Millionen Jahren (Ma) gespalten wurden und heute durch Zikliden im Lake Victoria und den flussbewohnenden Astatotilapia sp. "ruaha blue" repräsentiert werden. Die beiden Abstammungen in den Malawisee-Ziklid-Genomen sind in großen Blöcken von mehreren Kilobasen vorhanden, jedoch gibt es wenig Variation in diesem Muster zwischen den Malawisee-Ziklid-Arten, was darauf hindeutet, dass die großräumige Mosaikstruktur der Genome weitgehend vor der Radiation etabliert wurde. Dennoch sind zehntausende polymorphe Varianten, die offensichtlich aus der Hybridisierung abgeleitet sind, im Genom verstreut. Diese Loci zeigen einen auffälligen Überschuss an Differenzierung über ökologische Untergruppen hinweg in der Malawisee-Ziklid-Assemblage, und die elterlichen Allele sortieren sich unterschiedlich in benthische und pelagische Malawisee-Ziklid-Linien, was mit einer starken differentiellen Selektion auf diese Loci während der Artbildung konsistent ist. Darüber hinaus sind diese Loci angereichert mit Genen, die an Immunantwort und Sehen beteiligt sind, einschließlich Opsin-Gene, die zuvor als wichtig für die Artbildung identifiziert wurden. Unsere Ergebnisse untermauern die Rolle der ancestralen Hybridisierung in der explosiven Diversifizierung, indem sie ihre Bedeutung in einer der größten jüngsten Wirbeltier-adaptiven Radiationen demonstrieren.

@article{doi101093molbevmsz294,
    author = "Svardal, Hannes und Quah, Fu Xiang und Malinsky, Milan und Ngatunga, Benjamin P. und Miska, Eric A. und Salzburger, Walter und Genner, Martin J. und Turner, George F. und Durbin, Richard",
    title = "Ancestrale Hybridisierung förderte die Artbildung in der adaptiven Radiation der Malawisee-Zikliden",
    year = "2019",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = {Die adaptive Radiation der Ziklidenfische im ostafrikanischen Malawisee umfasst über 500 Arten, die sich innerhalb der letzten 800.000 Jahre aus einer gemeinsamen Gründerpopulation entwickelt haben sollen. Es wurde vorgeschlagen, dass Hybridisierung zwischen vorläufigen Abstammungslinien das genetische Rohmaterial liefern kann, um solche außergewöhnlich hohen Diversifizierungsraten anzutreiben, und Beweise dafür wurden kürzlich für die Zikliden-Superflocke im Lake-Victoria-Gebiet vorgelegt. Hier berichten wir, dass die Genome der Malawisee-Zikliden ebenfalls Hinweise auf Hybridisierung zwischen zwei Linien zeigen, die vor 3–4 Millionen Jahren (Ma) gespalten wurden und heute durch Zikliden im Lake Victoria und den flussbewohnenden Astatotilapia sp. "ruaha blue" repräsentiert werden. Die beiden Abstammungen in den Malawisee-Ziklid-Genomen sind in großen Blöcken von mehreren Kilobasen vorhanden, jedoch gibt es wenig Variation in diesem Muster zwischen den Malawisee-Ziklid-Arten, was darauf hindeutet, dass die großräumige Mosaikstruktur der Genome weitgehend vor der Radiation etabliert wurde. Dennoch sind zehntausende polymorphe Varianten, die offensichtlich aus der Hybridisierung abgeleitet sind, im Genom verstreut. Diese Loci zeigen einen auffälligen Überschuss an Differenzierung über ökologische Untergruppen hinweg in der Malawisee-Ziklid-Assemblage, und die elterlichen Allele sortieren sich unterschiedlich in benthische und pelagische Malawisee-Ziklid-Linien, was mit einer starken differentiellen Selektion auf diese Loci während der Artbildung konsistent ist. Darüber hinaus sind diese Loci angereichert mit Genen, die an Immunantwort und Sehen beteiligt sind, einschließlich Opsin-Gene, die zuvor als wichtig für die Artbildung identifiziert wurden. Unsere Ergebnisse untermauern die Rolle der ancestralen Hybridisierung in der explosiven Diversifizierung, indem sie ihre Bedeutung in einer der größten jüngsten Wirbeltier-adaptiven Radiationen demonstrieren.},
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msz294",
    doi = "10.1093/molbev/msz294",
    openalex = "W2994857231",
    references = "doi101038s415590180717x, doi101038s4157601800439"
}

Ein zentrales Ergebnis der Evolution durch natürliche Selektion ist die Anpassung. Seit Beginn der Ära der Genetik haben sich evolutionäre Biologen auf die Evolution von Kerngenen als Grundlage für die Anpassung konzentriert. Veränderungen des mitochondrialen Genoms wurden lange als Ergebnis der genetischen Drift betrachtet und für die Fitness des Organismus als unwichtig angesehen. Neue Theorien und empirische Beobachtungen deuten jedoch darauf hin, dass Veränderungen der mitochondrialen Funktion ein zentraler Bestandteil der Anpassung im Zusammenhang mit Temperatur, Sauerstoffdruck und Ernährung sind. Die neuartige mitochondriale Funktion, die der adaptiven Evolution zugrunde liegt, ist das Ergebnis interagierender mitochondrialer und nukleärer Gene, die Veränderungen des Elektronentransportsystems bewirken, und Variationen in mitochondrialen Genotypen haben eine Schlüsselrolle bei der adaptiven Evolution von Eukaryoten gespielt. Es gibt zunehmend Hinweise darauf, dass Veränderungen der mitochondrialen Funktion, die aus der mitonukleären Koevolution resultieren, grundlegende evolutionäre Innovationen mit großen adaptiven Strahlungen, einschließlich des Übergangs von terrestrischer Fortbewegung zum Flug, zugrunde liegen. Ich bespreche die empirischen Belege, die eine Schlüsselrolle der mitonukleären Koevolution in der Anpassung und der adaptiven Strahlung unterstützen, sowie die Implikationen für grundlegende Ideen in Ökologie und Evolution.

@incollection{hill2019adaptation,
    author = "Hill, Geoffrey E.",
    title = "Anpassung und adaptive Strahlung",
    year = "2019",
    booktitle = "Mitonucleäre Ökologie",
    abstract = "Ein zentrales Ergebnis der Evolution durch natürliche Selektion ist die Anpassung. Seit Beginn der Ära der Genetik haben sich evolutionäre Biologen auf die Evolution von Kerngenen als Grundlage für die Anpassung konzentriert. Veränderungen des mitochondrialen Genoms wurden lange als Ergebnis der genetischen Drift betrachtet und für die Fitness des Organismus als unwichtig angesehen. Neue Theorien und empirische Beobachtungen deuten jedoch darauf hin, dass Veränderungen der mitochondrialen Funktion ein zentraler Bestandteil der Anpassung im Zusammenhang mit Temperatur, Sauerstoffdruck und Ernährung sind. Die neuartige mitochondriale Funktion, die der adaptiven Evolution zugrunde liegt, ist das Ergebnis interagierender mitochondrialer und nukleärer Gene, die Veränderungen des Elektronentransportsystems bewirken, und Variationen in mitochondrialen Genotypen haben eine Schlüsselrolle bei der adaptiven Evolution von Eukaryoten gespielt. Es gibt zunehmend Hinweise darauf, dass Veränderungen der mitochondrialen Funktion, die aus der mitonukleären Koevolution resultieren, grundlegende evolutionäre Innovationen mit großen adaptiven Strahlungen, einschließlich des Übergangs von terrestrischer Fortbewegung zum Flug, zugrunde liegen. Ich bespreche die empirischen Belege, die eine Schlüsselrolle der mitonukleären Koevolution in der Anpassung und der adaptiven Strahlung unterstützen, sowie die Implikationen für grundlegende Ideen in Ökologie und Evolution.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oso/9780198818250.003.0009",
    doi = "10.1093/oso/9780198818250.003.0009",
    openalex = "W2950118603",
    pages = "199-243"
}

Adaptive Radiation ist ein evolutionärer Prozess, der in einigen Klades als Erklärung für die Artenvielfalt und die Disparität morphologischer Formen über ökologische Gradienten hinweg propagiert wurde. Studien, die darauf ausgelegt sind, die Mechanismen und Ursachen der adaptiven Radiation aufzuklären, haben sich weitgehend auf tierische Systeme konzentriert, aber pflanzliche Klades haben enormes Potenzial, um schwer zu beantwortende Fragen bezüglich adaptiver Radiationen zu klären. Die Ziele dieser Übersicht sind (1) die Schaffung eines synthetischen Verständnisses adaptiver Radiationen durch Studien, die pflanzliche Systeme untersucht haben, (2) eine kritische Reflexion über zeitgenössische Studien, um hervorzuheben, wie Ansätze sowohl erfolgreich als auch limitierend waren, und (3) die Darstellung von Lücken in unserem Verständnis adaptiver Radiationen unter der Betonung, dass Pflanzen ideale Eigenschaften besitzen, um zukünftige Fragen zu beantworten. 35 adaptive Radiation-Klades werden hervorgehoben, von denen mehrere durch mehrere Beweislinien gestützt werden, wie die hawaiianischen Silberschwerter, hawaiianischen Lobelien und Stiefmütterchen. Beispiele für pflanzliche adaptive Radiationen sind häufig insulär, im Miozän oder Pliozän diversifiziert, mit dispersal-vermittelten ökologischen Gelegenheiten verbunden, polyploid und haben Hybridisierung erfahren. Aus diesen Studien wird ein allgemeines Modell der pflanzlichen insularen adaptiven Radiation vorgeschlagen. Die Grenzen der aktuellen Abhängigkeit von phylogenetischen vergleichenden Ansätzen zur Erkennung adaptiver Radiationen werden betrachtet, und ein integrativer Ansatz, der Phylogenetik, Genomik und evolutionäre Ökologie einschließt, wird befürwortet. Die Übersicht schließt mit einem Aufruf zu weiteren Studien ab, die notwendig sind, bevor wir adaptive Radiationen vollständig verstehen können, und diese umfassen Folgendes: (1) wie beeinflussen biologische Interaktionen adaptive Radiationen, (2) welche Rolle spielt Umweltveränderung bei der Generierung ökologischer Gelegenheiten, (3) wie treibt genetische Evolution adaptive Radiation an, (4) erklären Modelle den Prozess der adaptiven Radiation adäquat, (5) welche Rolle spielt Hybridisierung, und (6) warum unterliegen einige Gruppen nach ökologischer Gelegenheit keiner adaptiven Radiation?

@article{doi101086713445,
    author = "Schenk, John J.",
    title = "The Next Generation of Adaptive Radiation Studies in Plants",
    year = "2021",
    journal = "International Journal of Plant Sciences",
    abstract = "Adaptive radiation is an evolutionary process that has been promulgated in some clades as an explanation for species richness and disparity in morphological forms across ecological gradients. Studies designed to elucidate the mechanisms and causes of adaptive radiation have largely focused on animal systems, but plant clades have tremendous potential to answer elusive questions regarding adaptive radiations. The goals of this review are to (1) produce a synthetic understanding of adaptive radiations through studies that have investigated plants systems, (2) critically reflect on contemporary studies to highlight how approaches have been successful as well as limiting, and (3) outline gaps in our understanding of adaptive radiations while emphasizing that plants have ideal characteristics to answer future questions. Thirty-five adaptive radiation clades are highlighted, of which several are supported with multiple lines of evidence, such as the Hawaiian silverswords, Hawaiian lobeliads, and columbines. Plant adaptive radiation examples are commonly insular, diversified in the Miocene or Pliocene, are associated with dispersal-mediated ecological opportunities, are polyploids, and have experienced hybridization. From those studies, a general model of plant insular adaptive radiation is proposed. The limitations of the current reliance on phylogenetic comparative approaches to detect adaptive radiations are considered, and an integrative approach that includes phylogenetics, genomics, and evolutionary ecology is advocated. The review concludes with a call for additional studies that are needed before we are to fully understand adaptive radiations, and they include the following: (1) how do biological interactions influence adaptive radiations, (2) what role does environmental change play in generating ecological opportunity, (3) how does genetic evolution drive adaptive radiation, (4) do models adequately explain the adaptive radiation process, (5) what is the role of hybridization, and (6) why do some groups not undergo adaptive radiation after ecological opportunity?",
    url = "https://doi.org/10.1086/713445",
    doi = "10.1086/713445",
    openalex = "W3126856616",
    references = "doi101016jtree200401003, doi10103827900, doi10103844766, doi101038nrg3095, doi101093bioinformaticsbtm538, doi101111j001438202003tb00285x, doi101126science1086949, doi101126science1090228, doi101146annureves18110187001321, doi1023072411924, kapralov2013molecular"
}

Anpassungsradiationen sind reichhaltige Labore zur Erforschung, Überprüfung und zum Verständnis grundlegender Theorien in der Evolution und Ökologie, da sie spektakuläre Beispiele für Artbildung und ökologische Anpassung bieten. Besondere Herausforderungen für die Erforschung von Anpassungsradiationen sind hohe Artenvielfalt, schnelle Artbildung und Genfluss zwischen Arten. In den letzten Jahrzehnten haben Hochdurchsatz-Sequenzierungstechnologien und der Zugang zu populationsgenomischen Daten diese Herausforderungen verringert, indem sie die Analyse von Proben vieler Individuen auf Whole-Genome-Ebene ermöglichen. Hier überprüfen wir, wie populationsgenomische Daten unser Wissen über Anpassungsradiationen in fünf Schlüsselbereichen gefördert haben: (1) Phylogenie, (2) Hybridisierung, (3) Timing und Raten der Diversifizierung, (4) die genomische Basis der Merkmalsentwicklung und (5) die Rolle der Genomstruktur in der Divergenz. Wir überprüfen den aktuellen Stand des Wissens in jedem Bereich, heben herausstehende Fragen hervor und konzentrieren uns auf Methoden, die die Erkennung komplexer Muster in der Divergenz und Demografie von Populationen über die Zeit erleichtern. Es ist klar, dass populationsgenomische Daten die Fähigkeit zur Rekonstruktion der evolutionären Geschichte in schnell diversifizierenden Kladen revolutionieren. Darüber hinaus betonen Studien zunehmend die zentrale Rolle des Genflusses, der Wiederverwendung bestehender genetischer Variation während der Anpassung und struktureller genomischer Elemente als Förderer des Artbildungsprozesses in Anpassungsradiationen. Wir heben Hybridisierung und die hypothetischen Prozesse hervor, durch die sie die Diversifizierung gestaltet, sowie Fragen, die darauf abzielen, die Lücke zwischen mikroevolutionären und makroevolutionären Prozessen zu überbrücken, als reichhaltige Bereiche für zukünftige Studien. Insgesamt hat der Zugang zu populationsgenomischen Daten eine aufregende Ära in der Forschung zu Anpassungsradiationen ermöglicht, mit Implikationen für ein tieferes Verständnis grundlegender evolutionärer Prozesse über den Baum des Lebens hinweg.

@article{doi101111mec17574,
    author = "Combrink, Lucia L. und Golcher‐Benavides, Jimena und Lewanski, Alexander L. und Rick, Jessica A. und Rosenthal, William C. und Wagner, Catherine E.",
    title = "Population Genomics of Adaptive Radiation",
    year = "2024",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "Anpassungsradiationen sind reichhaltige Labore zur Erforschung, Überprüfung und zum Verständnis grundlegender Theorien in der Evolution und Ökologie, da sie spektakuläre Beispiele für Artbildung und ökologische Anpassung bieten. Besondere Herausforderungen für die Erforschung von Anpassungsradiationen sind hohe Artenvielfalt, schnelle Artbildung und Genfluss zwischen Arten. In den letzten Jahrzehnten haben Hochdurchsatz-Sequenzierungstechnologien und der Zugang zu populationsgenomischen Daten diese Herausforderungen verringert, indem sie die Analyse von Proben vieler Individuen auf Whole-Genome-Ebene ermöglichen. Hier überprüfen wir, wie populationsgenomische Daten unser Wissen über Anpassungsradiationen in fünf Schlüsselbereichen gefördert haben: (1) Phylogenie, (2) Hybridisierung, (3) Timing und Raten der Diversifizierung, (4) die genomische Basis der Merkmalsentwicklung und (5) die Rolle der Genomstruktur in der Divergenz. Wir überprüfen den aktuellen Stand des Wissens in jedem Bereich, heben herausstehende Fragen hervor und konzentrieren uns auf Methoden, die die Erkennung komplexer Muster in der Divergenz und Demografie von Populationen über die Zeit erleichtern. Es ist klar, dass populationsgenomische Daten die Fähigkeit zur Rekonstruktion der evolutionären Geschichte in schnell diversifizierenden Kladen revolutionieren. Darüber hinaus betonen Studien zunehmend die zentrale Rolle des Genflusses, der Wiederverwendung bestehender genetischer Variation während der Anpassung und struktureller genomischer Elemente als Förderer des Artbildungsprozesses in Anpassungsradiationen. Wir heben Hybridisierung und die hypothetischen Prozesse hervor, durch die sie die Diversifizierung gestaltet, sowie Fragen, die darauf abzielen, die Lücke zwischen mikroevolutionären und makroevolutionären Prozessen zu überbrücken, als reichhaltige Bereiche für zukünftige Studien. Insgesamt hat der Zugang zu populationsgenomischen Daten eine aufregende Ära in der Forschung zu Anpassungsradiationen ermöglicht, mit Implikationen für ein tieferes Verständnis grundlegender evolutionärer Prozesse über den Baum des Lebens hinweg.",
    url = "https://doi.org/10.1111/mec.17574",
    doi = "10.1111/mec.17574",
    openalex = "W4405759961",
    references = "doi101086713445"
}