Botanik

Einführung Als ich an Bord der H.M.S. „Beagle" als Naturforscher war, wurde ich stark beeindruckt von bestimmten Tatsachen in der Verteilung der Bewohner Südamerikas und in den geologischen Beziehungen der Gegenwart zu den früheren Bewohnern dieses Kontinents. Diese Tatsachen schienen mir...

@book{doi105962bhltitle59991,
    author = "Darwin, Charles und Darwin, Charles und Remnants, Edmonds \\&",
    title = "On the origin of species by means of natürlicher Selektion, oder, Die Erhaltung begünstigter Rassen im Kampf ums Leben /",
    year = "1859",
    booktitle = "John Murray eBooks",
    abstract = "Einführung Als ich an Bord der H.M.S. „Beagle" als Naturforscher war, wurde ich stark beeindruckt von bestimmten Tatsachen in der Verteilung der Bewohner Südamerikas und in den geologischen Beziehungen der Gegenwart zu den früheren Bewohnern dieses Kontinents. Diese Tatsachen schienen mir...",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.59991",
    doi = "10.5962/bhl.title.59991",
    openalex = "W2883512297"
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@book{doi105962bhltitle82303,
    author = "Darwin, Charles und Murray, John und Clowes, William und Sons und Evans., Bradbury \\&",
    title = "On the origin of species by means of natürlicher Selektion, oder, The preservation of favoured races in the struggle for life",
    year = "1859",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.82303",
    doi = "10.5962/bhl.title.82303",
    openalex = "W4299541734"
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@article{crossref1870botany,
    title = "Botanik",
    year = "1870",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/270557",
    doi = "10.1086/270557",
    number = "3",
    pages = "183-188",
    volume = "4"
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@article{crossref1874botany,
    title = "Botanik",
    year = "1874",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/271273",
    doi = "10.1086/271273",
    number = "2",
    pages = "116-120",
    volume = "8"
}

@article{crossref1879botany,
    title = "Botanik",
    year = "1879",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/272411",
    doi = "10.1086/272411",
    number = "9",
    pages = "580-582",
    volume = "13"
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@article{crossref1880botany,
    title = "BOTANY",
    year = "1880",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.os-1.26.306",
    doi = "10.1126/science.os-1.26.306",
    number = "26",
    pages = "306-306",
    volume = "os-1"
}

@article{crossref1889botany,
    title = "Botanik",
    year = "1889",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/274993",
    doi = "10.1086/274993",
    number = "272",
    pages = "723-725",
    volume = "23"
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@article{crossref1890botany,
    title = "Botanik",
    year = "1890",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/275129",
    doi = "10.1086/275129",
    number = "281",
    pages = "473-476",
    volume = "24"
}

@misc{clements1920plant9,
    author = "Clements, F. E",
    title = "Plant Succession",
    year = "1920",
    howpublished = "An Analysis of the Development of Vegetation: Washington, D.C., Carnegie Institute, 388 p.; Publication No. 290",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Clements, F. E., 1920, Plant Succession: An Analysis of the Development of Vegetation: Washington, D.C., Carnegie Institute, 388 p.; Publication No. 290.}"
}

@misc{braunblanquet1932plant5,
    author = "Braun-Blanquet, J",
    title = "Plant Sociology",
    year = "1932",
    howpublished = "The study of plant communities: New York, McGraw-Hill, 439 p.; [Translated and edited by G.D. Fuller and H.C. Conrad]",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Braun-Blanquet, J., 1932, Plant Sociology: The study of plant communities: New York, McGraw-Hill, 439 p.; [Translated and edited by G.D. Fuller and H.C. Conrad].}"
}

@misc{copeland1936yellowstone11,
    author = "Copeland, J. J",
    title = "Yellowstone thermal myxophyceae",
    year = "1936",
    howpublished = "Annals of the New York Academy of Sciences, v. 36, p. 1-232",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Copeland, J. J., 1936, Yellowstone thermal myxophyceae: Annals of the New York Academy of Sciences, v. 36, p. 1-232.}"
}

@misc{doctersvanleeuwen1936krakatau15,
    author = "Docters van Leeuwen, W. M",
    title = "Krakatau, 1833 bis 1933",
    year = "1936",
    howpublished = "Ann. Jard. Botan. Buitenzorg, v. 56-57, p. 1-506",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Docters van Leeuwen, W. M., 1936, Krakatau, 1833 bis 1933: Ann. Jard. Botan. Buitenzorg, v. 56-57, p. 1-506.}"
}

@misc{seward1938the29,
    author = "Seward, A. C",
    title = "The story of the maidenhair tree",
    year = "1938",
    howpublished = "Science Programs, v. 32, p. 420-440",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Seward, A. C., 1938, The story of the maidenhair tree: Science Programs, v. 32, p. 420-440.}"
}

@misc{elias1942tertiary17,
    author = "Elias, M. K",
    title = "Tertiäre Präriegräser und andere Kräuter aus den High Plains, 41 der Geological Society of America, Special Paper",
    year = "1942",
    howpublished = "p. 1-176",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Elias, M. K., 1942, Tertiary prairie grasses and other herbs from the High Plains, 41 of Geological Society of America, Special Paper: p. 1-176.}"
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@article{brown1943some6,
    author = "Brown, R. W",
    title = "Some prehistoric trees of the United States",
    year = "1943",
    journal = "Journal of Forestry, v. 41, p. 861-868",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Brown, R. W., 1943, Some prehistoric trees of the United States: Journal of Forestry, v. 41, p. 861-868.}"
}

@misc{arnold1947introduction2,
    author = "Arnold, C. A",
    title = "Einführung in die Paläobotanik",
    year = "1947",
    howpublished = "New York, McGraw-Hill, 433 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Arnold, C. A., 1947, Einführung in die Paläobotanik: New York, McGraw-Hill, 433 p.}"
}

@book{daubenmire1947plants12,
    author = "Daubenmire, R. F",
    title = "Plants and Environment",
    year = "1947",
    publisher = "New York, Wiley, 424 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Daubenmire, R. F., 1947, Plants and Environment: New York, Wiley, 424 p.}"
}

@misc{cheney1948metasequoia8,
    author = "Cheney, R. W",
    title = "Metasequoia-Erkundung",
    year = "1948",
    howpublished = "American Scientist, v. 36, p. 490- 494",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cheney, R. W., 1948, Metasequoia-Erkundung: American Scientist, v. 36, p. 490- 494.}"
}

@misc{clements1949dynamics10,
    author = "Clements, F. E",
    title = "Dynamics of Vegetation",
    year = "1949",
    howpublished = "New York, Hafner, 296 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Clements, F. E., 1949, Dynamics of Vegetation: New York, Hafner, 296 p.}"
}

@book{stebbins1949rates30,
    author = "Stebbins, G. L. und Jr",
    title = "Rates of evolution in plants, in Jepsen, G. L., Simpson, G. G., und Mayr, E., eds., Genetics, Paleontology and Evolution",
    year = "1949",
    publisher = "Princeton, Princeton University Press, p. 229-242; 474 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Stebbins, G. L., Jr., 1949, Rates of evolution in plants, in Jepsen, G. L., Simpson, G. G., und Mayr, E., eds., Genetics, Paleontology and Evolution: Princeton, Princeton University Press, p. 229-242; 474 p.}"
}

@article{cain1950lifeforms7,
    author = "Cain, S. A",
    title = "Life-forms and phytoclimate",
    year = "1950",
    journal = "Botanical Review, v. 16, p. 1- 32",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cain, S. A., 1950, Life-forms and phytoclimate: Botanical Review, v. 16, p. 1- 32.}"
}

@misc{florin1951evolution19,
    author = "Florin, R",
    title = "Evolution in cordiates and conifers",
    year = "1951",
    howpublished = "Acta Horticulture Bergiani, v. 15, p. 285-388",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Florin, R., 1951, Evolution in cordiates and conifers: Acta Horticulture Bergiani, v. 15, p. 285-388.}"
}

@misc{daubenmire1956climate13,
    author = "Daubenmire, R. F",
    title = "Climate as a determinant of vegetation distribution in eastern Washington and northern Idaho",
    year = "1956",
    howpublished = "Ecological Monographs, v. 26, p. 131-154",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Daubenmire, R. F., 1956, Climate as a determinant of vegetation distribution in eastern Washington and northern Idaho: Ecological Monographs, v. 26, p. 131-154.}"
}

@book{andrews1961studies1,
    author = "Andrews, H. N. und Jr",
    title = "Studies in Paleobotany",
    year = "1961",
    publisher = "New York, Wiley",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Andrews, H. N., Jr., 1961, Studies in Paleobotany: New York, Wiley.}"
}

@misc{erhlich1964butterflies18,
    author = "Erhlich, P. R. und Raven, P. H",
    title = "Schmetterlinge und Pflanzen",
    year = "1964",
    howpublished = "eine Studie zur Koevolution: Evolution, v. 18, S. 586-608",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Erhlich, P. R., und Raven, P. H., 1964, Schmetterlinge und Pflanzen: eine Studie zur Koevolution: Evolution, v. 18, S. 586-608.}"
}

Die meisten Pflanzengemeinschaften bestehen aus mehreren oder vielen Arten, die um Licht, Wasser und Nährstoffe konkurrieren. Arten in einer gegebenen Gemeinschaft können nach ihrem relativen Erfolg im Wettbewerb gerankt werden; die Produktivität scheint das beste Maß für ihren Erfolg oder ihre Bedeutung in der Gemeinschaft zu sein. Kurven abnehmender Produktivität verbinden die wenigen wichtigsten Arten (die Dominanten) mit einer größeren Anzahl von Arten mittlerer Bedeutung (deren Anzahl primär die Vielfalt oder Artenreichtum der Gemeinschaft bestimmt) und einer kleineren Anzahl seltener Arten. Diese Kurven weisen unterschiedliche Formen auf und werden als Ausdruck verschiedener Wettbewerbsmuster und Nischendifferenzierungen in Gemeinschaften angesehen. Wahrscheinlich gilt für Pflanzen, wie für Tiere, dass keine zwei Arten in einer stabilen Gemeinschaft dieselbe Nische besetzen. Die Evolution der Nischendifferenzierung ermöglicht das gemeinsame Vorkommen vieler Pflanzenarten, die teilweise statt direkter Konkurrenten sind. Arten entwickeln sich tendenziell auch zur Habitatdifferenzierung, zur Streuung ihrer Zentren maximaler Populationsdichte in Bezug auf Umweltgradienten, sodass sich wenige Arten in ihren Populationszentren gegenseitig konkurrieren. Die Evolution sowohl der Nischen- als auch der Habitatdifferenzierung erlaubt es vielen Arten, gemeinsam in Gemeinschaften als teilweise Konkurrenten zu existieren, mit weitgehend und kontinuierlich überlappenden Verteilungen, wodurch die Landschaft viele ineinander übergehende Gemeinschaften bildet.

@article{doi101126science1473655250,
    author = "Whittaker, R. H.",
    title = "Dominance and Diversity in Land Plant Communities",
    year = "1965",
    journal = "Science",
    abstract = "Die meisten Pflanzengemeinschaften bestehen aus mehreren oder vielen Arten, die um Licht, Wasser und Nährstoffe konkurrieren. Arten in einer gegebenen Gemeinschaft können nach ihrem relativen Erfolg im Wettbewerb gerankt werden; die Produktivität scheint das beste Maß für ihren Erfolg oder ihre Bedeutung in der Gemeinschaft zu sein. Kurven abnehmender Produktivität verbinden die wenigen wichtigsten Arten (die Dominanten) mit einer größeren Anzahl von Arten mittlerer Bedeutung (deren Anzahl primär die Vielfalt oder Artenreichtum der Gemeinschaft bestimmt) und einer kleineren Anzahl seltener Arten. Diese Kurven weisen unterschiedliche Formen auf und werden als Ausdruck verschiedener Wettbewerbsmuster und Nischendifferenzierungen in Gemeinschaften angesehen. Wahrscheinlich gilt für Pflanzen, wie für Tiere, dass keine zwei Arten in einer stabilen Gemeinschaft dieselbe Nische besetzen. Die Evolution der Nischendifferenzierung ermöglicht das gemeinsame Vorkommen vieler Pflanzenarten, die teilweise statt direkter Konkurrenten sind. Arten entwickeln sich tendenziell auch zur Habitatdifferenzierung, zur Streuung ihrer Zentren maximaler Populationsdichte in Bezug auf Umweltgradienten, sodass sich wenige Arten in ihren Populationszentren gegenseitig konkurrieren. Die Evolution sowohl der Nischen- als auch der Habitatdifferenzierung erlaubt es vielen Arten, gemeinsam in Gemeinschaften als teilweise Konkurrenten zu existieren, mit weitgehend und kontinuierlich überlappenden Verteilungen, wodurch die Landschaft viele ineinander übergehende Gemeinschaften bildet.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.147.3655.250",
    doi = "10.1126/science.147.3655.250",
    openalex = "W2035166278",
    references = "beauchamp1932competitive, doi101038163688a0, doi101086282070, doi101086282106, doi101086282286, doi101093biomet3812196, doi101126science13134091292, doi1023071411, doi1023071931600, doi1023071931976, doi1023071932254, doi1023071942268, doi1023071943563, doi1023072407089, doi1023072411924, doi104159harvard9780674865327, doi105962bhltitle4489, openalexw3035987306"
}

@misc{scagel1965an28,
    author = "Scagel, R. F. et al",
    title = "An Evolutionary Survey of the Plant Kingdom",
    year = "1965",
    howpublished = "Belmont, Wadsworth, 658 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Scagel, R. F. et al., 1965, An Evolutionary Survey of the Plant Kingdom: Belmont, Wadsworth, 658 p.}"
}

@misc{daubenmire1968plant14,
    author = "Daubenmire, R. F",
    title = "Plant Communities",
    year = "1968",
    howpublished = "New York, Harper \& Row, 300 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Daubenmire, R. F., 1968, Plant Communities: New York, Harper \& Row, 300 p.}"
}

@misc{mcneilly1968evolutionary27,
    author = "McNeilly, T. und Bradshaw, A. D",
    title = "Evolutionäre Prozesse in Populationen von kupfertoleranter Agrostis tenuis Sibth",
    year = "1968",
    howpublished = "Evolution, v. 22, S. 108-118",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {McNeilly, T., und Bradshaw, A. D., 1968, Evolutionäre Prozesse in Populationen von kupfertoleranter Agrostis tenuis Sibth: Evolution, v. 22, S. 108-118.}"
}

@article{crossref1969botany,
    title = "Botany: Roadside Botany",
    year = "1969",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/2211090a0",
    doi = "10.1038/2211090a0",
    number = "5186",
    pages = "1090-1090",
    volume = "221"
}

@inproceedings{whittaker1969evolution31,
    author = "Whittaker, R. H",
    title = "Evolution of diversity in plant communities",
    year = "1969",
    booktitle = "Brookhaven Symposium on Biology, v. 22, p. 178-196",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Whittaker, R. H., 1969, Evolution of diversity in plant communities: Brookhaven Symposium on Biology, v. 22, p. 178-196.}"
}

@book{joravsky1970the25,
    author = "Joravsky, D",
    title = "The Lysenko Affair",
    year = "1970",
    publisher = "Cambridge, Mass., Harvard University Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Joravsky, D., 1970, The Lysenko Affair: Cambridge, Mass., Harvard University Press.}"
}

@article{gottlieb1973genetic24,
    author = "Gottlieb, L. D",
    title = "Genetic differentiation, sympatric speciation, and the origin of a diploid species of Stephanomeria",
    year = "1973",
    journal = "American Journal of Botany, v. 60, p. 545-553",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gottlieb, L. D., 1973, Genetic differentiation, sympatric speciation, and the origin of a diploid species of Stephanomeria: American Journal of Botany, v. 60, p. 545-553.}"
}

@article{crossref1974botany,
    title = "Botany",
    year = "1974",
    journal = "Science News",
    url = "https://doi.org/10.2307/3959424",
    doi = "10.2307/3959424",
    number = "16",
    pages = "252",
    volume = "106"
}

@techreport{mcandrews1976fossil26,
    author = "McAndrews, J. H",
    title = "Fossil history of man's impact on the Canadian flora",
    year = "1976",
    howpublished = "an example from southern Ontario: Canadian Botanical Association Bulletin, v. 9, p. 1-6",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {McAndrews, J. H., 1976, Fossil history of man's impact on the Canadian flora: an example from southern Ontario: Canadian Botanical Association Bulletin, v. 9, p. 1-6.}"
}

Es wird vorgeschlagen, dass die Evolution bei Pflanzen mit dem Auftreten von drei primären Strategien verbunden sein kann, die jeweils anhand einer Reihe von Merkmalen identifiziert werden können, einschließlich morphologischer Merkmale, Ressourcenallokation, Phänologie und Stressreaktion. Die kompetitive Strategie herrscht in produktiven, relativ wenig gestörten Vegetationen vor, die stress-tolerante Strategie ist mit kontinuierlich unproduktiven Bedingungen verbunden, und die ruderalische Strategie ist charakteristisch für stark gestörte, aber potenziell produktive Lebensräume. Ein dreieckiges Modell, das auf den drei Strategien basiert, lässt sich mit der Theorie der r- und K-Selektion in Einklang bringen, bietet Einblicke in die Prozesse der Vegetationsnachfolge und Dominanz und scheint in der Lage zu sein, auf Pilze und Tiere erweitert zu werden.

@article{doi101086283244,
    author = "Grime, J. P.",
    title = "Evidence for the Existence of Three Primary Strategies in Plants and Its Relevance to Ecological and Evolutionary Theory",
    year = "1977",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Es wird vorgeschlagen, dass die Evolution bei Pflanzen mit dem Auftreten von drei primären Strategien verbunden sein kann, die jeweils anhand einer Reihe von Merkmalen identifiziert werden können, einschließlich morphologischer Merkmale, Ressourcenallokation, Phänologie und Stressreaktion. Die kompetitive Strategie herrscht in produktiven, relativ wenig gestörten Vegetationen vor, die stress-tolerante Strategie ist mit kontinuierlich unproduktiven Bedingungen verbunden, und die ruderalische Strategie ist charakteristisch für stark gestörte, aber potenziell produktive Lebensräume. Ein dreieckiges Modell, das auf den drei Strategien basiert, lässt sich mit der Theorie der r- und K-Selektion in Einklang bringen, bietet Einblicke in die Prozesse der Vegetationsnachfolge und Dominanz und scheint in der Lage zu sein, auf Pilze und Tiere erweitert zu werden.",
    url = "https://doi.org/10.1086/283244",
    doi = "10.1086/283244",
    openalex = "W2055424972",
    references = "doi101038242344a0, doi101038250026a0, doi101086282454, doi101086282455, doi1015159781400881376, doi102307213332, doi1023072258728, doi10230725528056, doi1023073241344, doi105962bhltitle59991"
}

@misc{franks1979plants20,
    author = "Franks, J",
    title = "Pflanzen, in Steel, R., und Harvey, A., Hgg., The Encyclopedia of Prehistoric Life",
    year = "1979",
    howpublished = "New York, McGraw-Hill, S. 163",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Franks, J., 1979, Pflanzen, in Steel, R., und Harvey, A., Hgg., The Encyclopedia of Prehistoric Life: New York, McGraw-Hill, S. 163.}"
}

@misc{galston1979the22,
    author = "Galston, A. W. und Slayman, C. L",
    title = "THe Not-So-Secret Life of Plants",
    year = "1979",
    howpublished = "American Scientist, v. 67, p. 337-344",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Galston, A. W., und Slayman, C. L., 1979, THe Not-So-Secret Life of Plants: American Scientist, v. 67, p. 337-344.}"
}

@book{edwards1980early16,
    author = "Edwards, D",
    title = "Early Land Floras, in Panchen, A. L., ed., The Terrestrial Environment and the Origin of Land Vertebrates",
    year = "1980",
    publisher = "London, Academic Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Edwards, D., 1980, Early Land Floras, in Panchen, A. L., ed., The Terrestrial Environment and the Origin of Land Vertebrates: London, Academic Press.}"
}

@misc{baltscheffsky1981stepwise3,
    author = "Baltscheffsky, H",
    title = "Stepwise molecular evolution of bacterial photosynthetic energy conversion",
    year = "1981",
    howpublished = "BioSystems, v. 14, p. 49-56",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Baltscheffsky, H., 1981, Stepwise molecular evolution of bacterial photosynthetic energy conversion: BioSystems, v. 14, p. 49-56.}"
}

@misc{bisacre1984the4,
    author = "Bisacre, M. und Carlisle, R. und Robertson, D. und Ruck, J",
    title = "The Illustrated Encyclopedia of Plants",
    year = "1984",
    howpublished = "New York, Exeter Books",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Bisacre, M., Carlisle, R., Robertson, D., und Ruck, J., 1984, The Illustrated Encyclopedia of Plants: New York, Exeter Books.}"
}

@article{schmid1986origin,
    author = "Schmid, Rudolf und Hara, H.",
    title = "Ursprung und Evolution der Vielfalt in Pflanzen und Pflanzengemeinschaften",
    year = "1986",
    journal = "Taxon",
    url = "https://doi.org/10.2307/1221326",
    doi = "10.2307/1221326",
    number = "2",
    openalex = "W2325499884",
    pages = "446",
    volume = "35"
}

@misc{goldberg1988plants23,
    author = "Goldberg, R. B",
    title = "Pflanzen",
    year = "1988",
    howpublished = "Neuartige Entwicklungsprozesse: Science, v. 240, p. 1460-1467",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Goldberg, R. B., 1988, Pflanzen: Neuartige Entwicklungsprozesse: Science, v. 240, p. 1460-1467.}"
}

@misc{freidman1990double21,
    author = "Freidman, W. E",
    title = "Doppelte Befruchtung bei Ephedra, einer nichtblühenden Pflanze; ihre Bedeutung für den Ursprung der Angiospermen",
    year = "1990",
    howpublished = "Science, v. 247, p. 951",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Freidman, W. E., 1990, Doppelte Befruchtung bei Ephedra, einer nichtblühenden Pflanze; ihre Bedeutung für den Ursprung der Angiospermen: Science, v. 247, p. 951.}"
}

@article{doi1023073243920,
    author = "Schuster, R. M. und Stewart, Wilson N. und Rothwell, Gar W.",
    title = "Paleobotany and the Evolution of Plants",
    year = "1994",
    journal = "The Bryologist",
    url = "https://doi.org/10.2307/3243920",
    doi = "10.2307/3243920",
    openalex = "W1977838623"
}

Zusammenfassung. Es herrscht viel Verwirrung in der englischsprachigen Literatur über Pflanzeninvasionen bezüglich der Begriffe „naturalized" und „invasive" sowie ihrer zugehörigen Konzepte. Mehrere Autoren haben diese Begriffe verwendet, um Schemata zur Konzeption der Ereignissequenz von der Einführung bis zur Invasion vorzuschlagen, oft jedoch ungenau, fehlerhaft oder widersprüchlich. Dies erschwert die Formulierung robuster Verallgemeinerungen in der Invasionsekolgie erheblich. Basierend auf einer umfassenden und kritischen Literaturrecherche haben wir einen minimalen Satz von Schlüsselbegriffen definiert, die sich auf ein grafisches Schema beziehen, das den Prozess der Naturalisierung/Invasion konzeptualisiert. Einführung bedeutet, dass die Pflanze (oder ihr Propagula) vom Menschen über eine große geografische Barriere transportiert wurde. Naturalisierung beginnt, wenn abiotische und biotische Barrieren für das Überwinden überwunden werden und verschiedene Barrieren für die regelmäßige Fortpflanzung überwunden werden. Invasion erfordert ferner, dass eingeführte Pflanzen in Gebieten, die weit entfernt von den Einführungsstellen liegen, reproduktive Nachkommen produzieren (ungefähre Skalen: > 100 m über 6 m/3 Jahre für Taxa, die sich durch Wurzeln, Rhizome, Stolonen oder kriechende Stängel ausbreiten). Taxa, die mit der abiotischen Umwelt und der Biota im allgemeinen Gebiet zurechtkommen, können gestörte, seminaturale Gemeinschaften invadieren. Invasion von sukzessionell reifen, ungestörten Gemeinschaften erfordert in der Regel, dass das fremde Taxon eine andere Kategorie von Barrieren überwindet. Wir schlagen vor, dass der Begriff „invasive" ohne jegliche Inferenz auf Umwelt- oder wirtschaftliche Auswirkungen verwendet werden sollte. Begriffe wie „Schädlinge" und „Unkräuter" sind geeignete Bezeichnungen für die 50–80% der Invasoren, die schädliche Auswirkungen haben. Etwa 10% der invasiven Pflanzen, die den Charakter, Zustand, die Form oder die Natur von Ökosystemen über erhebliche Flächen verändern, können als „Transformierer" bezeichnet werden.

@article{doi101046j14724642200000083x,
    author = "Richardson, David M. und Pyšek, Petr und Rejmánek, Marcel und Barbour, Michael G. und Panetta, F. D. und West, Carol J.",
    title = "Naturalisierung und Invasion fremder Pflanzen: Konzepte und Definitionen",
    year = "2000",
    journal = "Diversity and Distributions",
    abstract = "Zusammenfassung. Es herrscht viel Verwirrung in der englischsprachigen Literatur über Pflanzeninvasionen bezüglich der Begriffe „naturalized" und „invasive" sowie ihrer zugehörigen Konzepte. Mehrere Autoren haben diese Begriffe verwendet, um Schemata zur Konzeption der Ereignissequenz von der Einführung bis zur Invasion vorzuschlagen, oft jedoch ungenau, fehlerhaft oder widersprüchlich. Dies erschwert die Formulierung robuster Verallgemeinerungen in der Invasionsekolgie erheblich. Basierend auf einer umfassenden und kritischen Literaturrecherche haben wir einen minimalen Satz von Schlüsselbegriffen definiert, die sich auf ein grafisches Schema beziehen, das den Prozess der Naturalisierung/Invasion konzeptualisiert. Einführung bedeutet, dass die Pflanze (oder ihr Propagula) vom Menschen über eine große geografische Barriere transportiert wurde. Naturalisierung beginnt, wenn abiotische und biotische Barrieren für das Überwinden überwunden werden und verschiedene Barrieren für die regelmäßige Fortpflanzung überwunden werden. Invasion erfordert ferner, dass eingeführte Pflanzen in Gebieten, die weit entfernt von den Einführungsstellen liegen, reproduktive Nachkommen produzieren (ungefähre Skalen: > 100 m über 6 m/3 Jahre für Taxa, die sich durch Wurzeln, Rhizome, Stolonen oder kriechende Stängel ausbreiten). Taxa, die mit der abiotischen Umwelt und der Biota im allgemeinen Gebiet zurechtkommen, können gestörte, seminaturale Gemeinschaften invadieren. Invasion von sukzessionell reifen, ungestörten Gemeinschaften erfordert in der Regel, dass das fremde Taxon eine andere Kategorie von Barrieren überwindet. Wir schlagen vor, dass der Begriff „invasive" ohne jegliche Inferenz auf Umwelt- oder wirtschaftliche Auswirkungen verwendet werden sollte. Begriffe wie „Schädlinge" und „Unkräuter" sind geeignete Bezeichnungen für die 50–80% der Invasoren, die schädliche Auswirkungen haben. Etwa 10% der invasiven Pflanzen, die den Charakter, Zustand, die Form oder die Natur von Ökosystemen über erhebliche Flächen verändern, können als „Transformierer" bezeichnet werden.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1472-4642.2000.00083.x",
    doi = "10.1046/j.1472-4642.2000.00083.x",
    openalex = "W2163826476",
    references = "doi1010079781489972149, doi1010079789400958517, doi101046j13652745200000473x, doi101093auk1002507, doi1018900012965819990801522gpopia20co2, doi1023072257385, doi105281zenodo18199125, doi105962bhltitle59991, doi105962bhltitle82303, openalexw1550375751, openalexw2101875448, openalexw2990282461"
}

Zusammenfassung Das Konzept des pflanzlichen Funktionstyps schlägt vor, dass Arten nach gemeinsamen Reaktionen auf die Umwelt und/oder gemeinsamen Auswirkungen auf Ökosystemprozesse gruppiert werden können. Allerdings bleibt das Wissen über die Beziehungen zwischen Merkmalen, die mit der Reaktion von Pflanzen auf Umweltfaktoren wie Ressourcen und Störungen (Reaktionsmerkmale) assoziiert sind, und Merkmalen, die die Auswirkungen von Pflanzen auf Ökosystemfunktionen (Effektmerkmale) bestimmen, wie biogeochemische Kreisläufe oder Anfälligkeit für Störungen, rudimentär. Wir präsentieren einen Rahmen, der Konzepte und Ergebnisse aus der Gemeinschaftsökologie, der Ökosystemökologie und der Evolutionsbiologie verwendet, um diese Verbindung herzustellen. Das Ökosystemfunktionieren ist das Endergebnis des Betriebs mehrerer Umweltfilter in einer Hierarchie von Skalen, die durch die Auswahl von Individuen mit angemessenen Reaktionen Assemblagen mit variierender Merkmalszusammensetzung ergeben. Funktionelle Verknüpfungen und Kompromisse zwischen Merkmalen, von denen jedes sich auf einen oder mehrere Prozesse bezieht, bestimmen, ob das Filtern durch verschiedene Faktoren zu einer Übereinstimmung führt und ob Ökosystemauswirkungen leicht aus dem Wissen über die Filter abgeleitet werden können. Um diesen Rahmen zu veranschaulichen, analysieren wir eine Reihe von Schlüssel-Umweltfaktoren und Ökosystemprozessen. Während Merkmale, die mit der Reaktion auf Nährstoffgradienten assoziiert sind, stark mit denen überlappen, die die Netto-Primärproduktion bestimmen, wurde nur wenig direkte Überlappung zwischen der Reaktion auf Feuer und Brennbarkeit gefunden. Wir vermuten, dass diese Muster allgemeine Trends widerspiegeln. Reaktionen auf die Verfügbarkeit von Ressourcen würden durch Merkmale bestimmt, die auch an biogeochemischen Kreisläufen beteiligt sind, da sowohl diese Reaktionen als auch Auswirkungen durch den Kompromiss zwischen Akquisition und Konservierung angetrieben werden. Auf der anderen Seite wären Regenerations- und demografische Merkmale, die mit der Reaktion auf Störungen assoziiert sind, die bekanntermaßen wenig Verbindung zu adulten Merkmalen haben, die an der Pflanzenökophysiologie beteiligt sind, für Ökosystemprozesse von geringer Relevanz. Dieser Rahmen ist wahrscheinlich weit anwendbar, obwohl Vorsicht geboten ist, um Merkmalsverknüpfungen und Kompromisse zu verwenden, die für die Skala, die Umweltbedingungen und den evolutionären Kontext angemessen sind. Er kann die Auswahl von pflanzlichen Funktionstypen für Vegetationsmodelle auf einer Reihe von Skalen leiten und bei der Gestaltung experimenteller Studien zu Beziehungen zwischen pflanzlicher Vielfalt und Ökosystemeigenschaften helfen.

@article{doi101046j13652435200200664x,
    author = "Lavorel, Sandra und Garnier, Éric",
    title = "Vorhersage von Änderungen in der Gemeinschaftszusammensetzung und im Ökosystemfunktionieren aus Pflanzenmerkmalen: eine Neubewertung des Heiligen Grals",
    year = "2002",
    journal = "Functional Ecology",
    abstract = "Zusammenfassung Das Konzept des pflanzlichen Funktionstyps schlägt vor, dass Arten nach gemeinsamen Reaktionen auf die Umwelt und/oder gemeinsamen Auswirkungen auf Ökosystemprozesse gruppiert werden können. Allerdings bleibt das Wissen über die Beziehungen zwischen Merkmalen, die mit der Reaktion von Pflanzen auf Umweltfaktoren wie Ressourcen und Störungen (Reaktionsmerkmale) assoziiert sind, und Merkmalen, die die Auswirkungen von Pflanzen auf Ökosystemfunktionen (Effektmerkmale) bestimmen, wie biogeochemische Kreisläufe oder Anfälligkeit für Störungen, rudimentär. Wir präsentieren einen Rahmen, der Konzepte und Ergebnisse aus der Gemeinschaftsökologie, der Ökosystemökologie und der Evolutionsbiologie verwendet, um diese Verbindung herzustellen. Das Ökosystemfunktionieren ist das Endergebnis des Betriebs mehrerer Umweltfilter in einer Hierarchie von Skalen, die durch die Auswahl von Individuen mit angemessenen Reaktionen Assemblagen mit variierender Merkmalszusammensetzung ergeben. Funktionelle Verknüpfungen und Kompromisse zwischen Merkmalen, von denen jedes sich auf einen oder mehrere Prozesse bezieht, bestimmen, ob das Filtern durch verschiedene Faktoren zu einer Übereinstimmung führt und ob Ökosystemauswirkungen leicht aus dem Wissen über die Filter abgeleitet werden können. Um diesen Rahmen zu veranschaulichen, analysieren wir eine Reihe von Schlüssel-Umweltfaktoren und Ökosystemprozessen. Während Merkmale, die mit der Reaktion auf Nährstoffgradienten assoziiert sind, stark mit denen überlappen, die die Netto-Primärproduktion bestimmen, wurde nur wenig direkte Überlappung zwischen der Reaktion auf Feuer und Brennbarkeit gefunden. Wir vermuten, dass diese Muster allgemeine Trends widerspiegeln. Reaktionen auf die Verfügbarkeit von Ressourcen würden durch Merkmale bestimmt, die auch an biogeochemischen Kreisläufen beteiligt sind, da sowohl diese Reaktionen als auch Auswirkungen durch den Kompromiss zwischen Akquisition und Konservierung angetrieben werden. Auf der anderen Seite wären Regenerations- und demografische Merkmale, die mit der Reaktion auf Störungen assoziiert sind, die bekanntermaßen wenig Verbindung zu adulten Merkmalen haben, die an der Pflanzenökophysiologie beteiligt sind, für Ökosystemprozesse von geringer Relevanz. Dieser Rahmen ist wahrscheinlich weit anwendbar, obwohl Vorsicht geboten ist, um Merkmalsverknüpfungen und Kompromisse zu verwenden, die für die Skala, die Umweltbedingungen und den evolutionären Kontext angemessen sind. Er kann die Auswahl von pflanzlichen Funktionstypen für Vegetationsmodelle auf einer Reihe von Skalen leiten und bei der Gestaltung experimenteller Studien zu Beziehungen zwischen pflanzlicher Vielfalt und Ökosystemeigenschaften helfen.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1365-2435.2002.00664.x",
    doi = "10.1046/j.1365-2435.2002.00664.x",
    openalex = "W2168173042",
    references = "doi1010079783642809132, doi101007bf00002772, doi101023a1004327224729, openalexw2097450069, openalexw2169917233"
}

Vier Linien von Gefäßpflanzen, die Farne, Sphenopsiden, Progymnospermen und Samenpflanzen, entwickelten im Paläozoikum laminierte Blätter. Eine Hauptkomponentenanalyse von 641 Blattarten aus nordamerikanischen und europäischen Floras, die vom mittleren Devon bis zum Ende des Permiums reichen, zeigt, dass die Klade parallele Evolutionsverläufe verfolgten: Jede Klade zeigt eine schnelle Radiation von Blattmorphologien von einfachen (und ähnlichen) Formen im späten Devon/frühen Karbon zu diversen, differenzierten Blattformen, mit einer starken Einschränkung weiterer Diversifizierung, die im mittleren Karbon begann. Ähnliche Morphospace-Verläufe wurden in Studien zur morphologischen Evolution bei Tieren dokumentiert; jedoch bieten Pflanzenfossilien einzigartige Möglichkeiten, die Entwicklungsprozesse zu verstehen, die solchen Mustern zugrunde liegen. Eine detaillierte Vergleich der Venation bei paläozoischen Blättern mit jener moderner Blätter, bei denen Entwicklungsmechanismen bekannt sind, deutet auf entwicklungsbiologische Interpretationen für die Entstehung und frühe Evolution von Blättern hin. Die parallele Evolution eines Randmeristems durch die Modifikation der in den gemeinsamen Vorfahren aller Gruppen verfügbaren Entwicklungsmechanismen führte zum Muster der Blattentwicklung, das von jeder Klade wiederholt wurde. Den frühen Schritten der Blattentwicklung folgte eine Einschränkung weiterer Diversifizierung, da die möglichen Elaborationen des Randwachstums erschöpft waren. Hypothesen zur Entwicklung bei paläozoischen Blättern können durch die Untersuchung lebender Pflanzen mit analogen Blattmorphologien getestet werden.

@article{doi1016660094837320020280070eodpat20co2,
    author = "Boyce, C. Kevin und Knoll, Andrew H.",
    title = "Evolution des Entwicklungspotenzials und die mehrfach unabhängigen Ursprünge von Blättern bei paläozoischen Gefäßpflanzen",
    year = "2002",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Vier Linien von Gefäßpflanzen, die Farne, Sphenopsiden, Progymnospermen und Samenpflanzen, entwickelten im Paläozoikum laminierte Blätter. Eine Hauptkomponentenanalyse von 641 Blattarten aus nordamerikanischen und europäischen Floras, die vom mittleren Devon bis zum Ende des Permiums reichen, zeigt, dass die Klade parallele Evolutionsverläufe verfolgten: Jede Klade zeigt eine schnelle Radiation von Blattmorphologien von einfachen (und ähnlichen) Formen im späten Devon/frühen Karbon zu diversen, differenzierten Blattformen, mit einer starken Einschränkung weiterer Diversifizierung, die im mittleren Karbon begann. Ähnliche Morphospace-Verläufe wurden in Studien zur morphologischen Evolution bei Tieren dokumentiert; jedoch bieten Pflanzenfossilien einzigartige Möglichkeiten, die Entwicklungsprozesse zu verstehen, die solchen Mustern zugrunde liegen. Eine detaillierte Vergleich der Venation bei paläozoischen Blättern mit jener moderner Blätter, bei denen Entwicklungsmechanismen bekannt sind, deutet auf entwicklungsbiologische Interpretationen für die Entstehung und frühe Evolution von Blättern hin. Die parallele Evolution eines Randmeristems durch die Modifikation der in den gemeinsamen Vorfahren aller Gruppen verfügbaren Entwicklungsmechanismen führte zum Muster der Blattentwicklung, das von jeder Klade wiederholt wurde. Den frühen Schritten der Blattentwicklung folgte eine Einschränkung weiterer Diversifizierung, da die möglichen Elaborationen des Randwachstums erschöpft waren. Hypothesen zur Entwicklung bei paläozoischen Blättern können durch die Untersuchung lebender Pflanzen mit analogen Blattmorphologien getestet werden.",
    url = "https://doi.org/10.1666/0094-8373(2002)028<0070:eodpat>2.0.co;2",
    doi = "10.1666/0094-8373(2002)028<0070:eodpat>2.0.co;2",
    openalex = "W2138585600",
    references = "doi101002j153721971959tb07030x, doi101002j153721971989tb11359x"
}

@article{doi101046j109583392003t01100158x,
    author = "GROUP*, THE ANGIOSPERM PHYLOGENY",
    title = "An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG II",
    year = "2003",
    journal = "Botanical Journal of the Linnean Society",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1095-8339.2003.t01-1-00158.x",
    doi = "10.1046/j.1095-8339.2003.t01-1-00158.x",
    openalex = "W2980373194",
    references = "doi1023072399846"
}

Molekulare Daten haben das Feld der Pflanzenklassifikation tiefgreifend beeinflusst, und die Anwendung von DNA-Sequenzdaten auf phylogenetische Probleme ist mittlerweile Routine. Die meisten Daten, die in Studien zur molekularen Phylogenie von Pflanzen verwendet werden, stammen aus chloroplastischer DNA und nuklearem rDNA, während die Verwendung von Genen mit niedriger Kopienzahl im Kern nicht weit verbreitet ist. Dies liegt zumindest teilweise an der größeren Schwierigkeit, Gene mit niedriger Kopienzahl zu isolieren und zu charakterisieren, im Vergleich zu chloroplastischen und rDNA-Sequenzen, die mit universellen Primern leicht amplifiziert werden können. Das höhere Niveau der Sequenzvariation, das für Gene mit niedriger Kopienzahl charakteristisch ist, kompensiert jedoch oft den experimentellen Aufwand, der für ihre Gewinnung erforderlich ist. In diesem Überblicksdiskurs besprechen wir kurz die Stärken und Grenzen von chloroplastischen und rDNA-Sequenzen und konzentrieren uns dann auf die Verwendung von Sequenzen mit niedriger Kopienzahl. Vorteile von Sequenzen mit niedriger Kopienzahl umfassen eine höhere Evolutionsrate als bei Organellensequenzen, das Potenzial, Datensätze aus mehreren unverbundenen Loci anzusammeln, und die biparentale Vererbung. Herausforderungen, die intrinsisch mit der Verwendung von Sequenzen mit niedriger Kopienzahl verbunden sind, umfassen die Unterscheidung orthologer Loci von divergenten paralogen Loci innerhalb derselben Genfamilie, die Beachtung der Komplikationen, die aus konzertierter Evolution oder Rekombination unter paralogen Sequenzen entstehen, sowie das Vorhandensein von artspezifischem, populationsinternem und individualem Polymorphismus. Schließlich stellen wir ein detailliertes Protokoll für die Isolierung, Charakterisierung und Verwendung von Sequenzen mit niedriger Kopienzahl für phylogenetische Studien bereit.

@article{doi101071sb03015,
    author = "Small, Randall L. und Cronn, Richard und Wendel, Jonathan F.",
    title = "Verwendung nuklearer Gene für die Phylogenie-Rekonstruktion bei Pflanzen",
    year = "2004",
    journal = "Australian Systematic Botany",
    abstract = "Molekulare Daten haben das Feld der Pflanzenklassifikation tiefgreifend beeinflusst, und die Anwendung von DNA-Sequenzdaten auf phylogenetische Probleme ist mittlerweile Routine. Die meisten Daten, die in Studien zur molekularen Phylogenie von Pflanzen verwendet werden, stammen aus chloroplastischer DNA und nuklearem rDNA, während die Verwendung von Genen mit niedriger Kopienzahl im Kern nicht weit verbreitet ist. Dies liegt zumindest teilweise an der größeren Schwierigkeit, Gene mit niedriger Kopienzahl zu isolieren und zu charakterisieren, im Vergleich zu chloroplastischen und rDNA-Sequenzen, die mit universellen Primern leicht amplifiziert werden können. Das höhere Niveau der Sequenzvariation, das für Gene mit niedriger Kopienzahl charakteristisch ist, kompensiert jedoch oft den experimentellen Aufwand, der für ihre Gewinnung erforderlich ist. In diesem Überblicksdiskurs besprechen wir kurz die Stärken und Grenzen von chloroplastischen und rDNA-Sequenzen und konzentrieren uns dann auf die Verwendung von Sequenzen mit niedriger Kopienzahl. Vorteile von Sequenzen mit niedriger Kopienzahl umfassen eine höhere Evolutionsrate als bei Organellensequenzen, das Potenzial, Datensätze aus mehreren unverbundenen Loci anzusammeln, und die biparentale Vererbung. Herausforderungen, die intrinsisch mit der Verwendung von Sequenzen mit niedriger Kopienzahl verbunden sind, umfassen die Unterscheidung orthologer Loci von divergenten paralogen Loci innerhalb derselben Genfamilie, die Beachtung der Komplikationen, die aus konzertierter Evolution oder Rekombination unter paralogen Sequenzen entstehen, sowie das Vorhandensein von artspezifischem, populationsinternem und individualem Polymorphismus. Schließlich stellen wir ein detailliertes Protokoll für die Isolierung, Charakterisierung und Verwendung von Sequenzen mit niedriger Kopienzahl für phylogenetische Studien bereit.",
    url = "https://doi.org/10.1071/sb03015",
    doi = "10.1071/sb03015",
    openalex = "W1929440565"
}

In den letzten zwei Jahrzehnten haben molekulare phylogenetische Daten die Bewertung von Hypothesen zur Evolution der Grünalgen auf Basis vegetativer morphologischer und ultrastruktureller Merkmale ermöglicht. Höhere Taxa werden nun allgemein auf Basis ultrastruktureller Merkmale erkannt. Molekulare Analysen haben vor allem nukleare kleine Untereinheiten rDNA (18S) und Plastid-rbcL-Daten sowie Daten zu Intron-Akkumulation, kompletter Genomsequenzierung und mitochondrialen Sequenzen verwendet. Molekular gestützte Revisionen der Klassifikation auf nahezu allen Ebenen haben stattgefunden, von der Aufspaltung lang etablierter Gattungen und Familien in mehrere Klassen bis hin zur Abgrenzung zweier Hauptlinien innerhalb der Grünalgen. Eine Linie, die chlorophyten Algen oder Chlorophyta sensu stricto, umfasst den Großteil dessen, was üblicherweise als Grünalgen bezeichnet wird, und schließt die meisten Mitglieder der Stufe der putativ urtümlichen schuppigen Flagellaten in den Prasinophyceae sowie Mitglieder der Ulvophyceae, Trebouxiophyceae und Chlorophyceae ein. Die andere Linie (charophyten Algen und embryophyte Landpflanzen) umfasst mindestens fünf monophyletische Gruppen von Grünalgen sowie Embryophyten. Eine jüngste Multigen-Analyse bestätigt eine enge Beziehung zwischen Mesostigma (ehemals in den Prasinophyceae) und den charophyten Algen, obwohl Sequenzdaten der mitochondrialen Genomanalyse von Mesostigma das Genus als Schwestergruppe zu charophyten und chlorophyten Algen einordnet. Diese Studien unterstützen auch Charales als Schwestergruppe der Landpflanzen. Die durch molekulare Analysen angestoßene Reorganisation der Taxa wird voraussichtlich weitergehen, während mehr Daten gesammelt und neue Taxa und Lebensräume untersucht werden.

@article{doi103732ajb91101535,
    author = "Lewis, Louise A. und McCourt, Richard M.",
    title = "Grünalgen und der Ursprung der Landpflanzen",
    year = "2004",
    journal = "American Journal of Botany",
    abstract = "In den letzten zwei Jahrzehnten haben molekulare phylogenetische Daten die Bewertung von Hypothesen zur Evolution der Grünalgen auf Basis vegetativer morphologischer und ultrastruktureller Merkmale ermöglicht. Höhere Taxa werden nun allgemein auf Basis ultrastruktureller Merkmale erkannt. Molekulare Analysen haben vor allem nukleare kleine Untereinheiten rDNA (18S) und Plastid-rbcL-Daten sowie Daten zu Intron-Akkumulation, kompletter Genomsequenzierung und mitochondrialen Sequenzen verwendet. Molekular gestützte Revisionen der Klassifikation auf nahezu allen Ebenen haben stattgefunden, von der Aufspaltung lang etablierter Gattungen und Familien in mehrere Klassen bis hin zur Abgrenzung zweier Hauptlinien innerhalb der Grünalgen. Eine Linie, die chlorophyten Algen oder Chlorophyta sensu stricto, umfasst den Großteil dessen, was üblicherweise als Grünalgen bezeichnet wird, und schließt die meisten Mitglieder der Stufe der putativ urtümlichen schuppigen Flagellaten in den Prasinophyceae sowie Mitglieder der Ulvophyceae, Trebouxiophyceae und Chlorophyceae ein. Die andere Linie (charophyten Algen und embryophyte Landpflanzen) umfasst mindestens fünf monophyletische Gruppen von Grünalgen sowie Embryophyten. Eine jüngste Multigen-Analyse bestätigt eine enge Beziehung zwischen Mesostigma (ehemals in den Prasinophyceae) und den charophyten Algen, obwohl Sequenzdaten der mitochondrialen Genomanalyse von Mesostigma das Genus als Schwestergruppe zu charophyten und chlorophyten Algen einordnet. Diese Studien unterstützen auch Charales als Schwestergruppe der Landpflanzen. Die durch molekulare Analysen angestoßene Reorganisation der Taxa wird voraussichtlich weitergehen, während mehr Daten gesammelt und neue Taxa und Lebensräume untersucht werden.",
    url = "https://doi.org/10.3732/ajb.91.10.1535",
    doi = "10.3732/ajb.91.10.1535",
    openalex = "W2121480880",
    references = "doi101007bf01403990"
}

@article{doi101016jcell200602008,
    author = "Chisholm, Stephen T. und Coaker, Gitta und Day, Brad und Staskawicz, Brian J.",
    title = "Host-Microbe Interactions: Shaping the Evolution of the Plant Immune Response",
    year = "2006",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.02.008",
    doi = "10.1016/j.cell.2006.02.008",
    openalex = "W2040210770"
}

Wir berichten über die Entwurfssequenzierung des Genoms des Modell-Mooses Physcomitrella patens und vergleichen seine Merkmale mit denen von Blütenpflanzen, von denen es sich durch mehr als 400 Millionen Jahre getrennt hat, sowie von einzelligen aquatischen Algen. Dieser Vergleich offenbart genomische Veränderungen, die mit dem evolutionären Übergang an Land einhergehen, darunter eine allgemeine Zunahme der Komplexität von Genfamilien; den Verlust von Genen, die mit aquatischen Umgebungen assoziiert sind (z. B. Flagellenarme); die Akquisition von Genen zur Toleranz gegenüber terrestrischen Stressfaktoren (z. B. Temperaturschwankungen und Wasserverfügbarkeit); sowie die Entwicklung der Auxin- und Abscisinsäure-Signalwege zur Koordination von mehrzelligem Wachstum und Dehydratationsreaktion. Das Physcomitrella-Genom stellt eine Ressource für phylogenetische Schlussfolgerungen über die Genfunktion und für die experimentelle Analyse von Pflanzenprozessen durch die einzigartige Fähigkeit dieser Pflanze zur reversen Genetik dar.

@article{doi101126science1150646,
    author = "Rensing, Stefan A. und Lang, Daniel und Zimmer, Andreas und Terry, Astrid und Salamov, Asaf und Shapiro, Harris und Nishiyama, Tomoaki und Perroud, Pierre‐François und Lindquist, Erika und Kamisugi, Yasuko und Tanahashi, Takako und Sakakibara, Keiko und Fujita, Tomomichi und Oishi, Kazuko und Shin‐I, Tadasu und Kuroki, Yoko und Toyoda, Atsushi und Suzuki, Yutaka und Hashimoto, Shinichi und Yamaguchi, Kazuo und Sugano, Sumio und Kohara, Yuji und Fujiyama, Asao und Anterola, Aldwin M. und Aoki, Setsuyuki und Ashton, Neil W. und Barbazuk, W. Brad und Barker, Elizabeth I. und Bennetzen, Jeffrey L. und Blankenship, Robert E. und Cho, Sung Hyun und Dutcher, Susan K. und Estelle, Mark und Fawcett, Jeffrey A. und Gundlach, Heidrun und Hanada, Kousuke und Heyl, Alexander und Hicks, Karen A. und Hughes, Jon und Lohr, Martin und Mayer, Klaus und Melkozernov, Alexander N. und Murata, Takashi und Nelson, David R. und Pils, Birgit und Prigge, Michael J. und Reiss, Bernd und Renner, Tanya und Rombauts, Stéphane und Rushton, Paul J. und Sanderfoot, Anton A. und Schween, Gabriele und Shiu, Shin‐Han und Stueber, Kurt und Theodoulou, Frederica L. und Tu, Hank und de Peer, Yves Van und Verrier, Paul und Waters, Elizabeth R. und Wood, Andrew J. und Yang, Lixing und Cove, David J. und Cuming, Andrew C. und Hasebe, Mitsuyasu und Lucas, Susan und Mishler, Brent D. und Reski, Ralf und Grigoriev, Igor V. und Quatrano, Ralph S. und Boore, Jeffrey L.",
    title = "The Physcomitrella Genome Reveals Evolutionary Insights into the Conquest of Land by Plants",
    year = "2007",
    journal = "Science",
    abstract = "Wir berichten über die Entwurfssequenzierung des Genoms des Modell-Mooses Physcomitrella patens und vergleichen seine Merkmale mit denen von Blütenpflanzen, von denen es sich durch mehr als 400 Millionen Jahre getrennt hat, sowie von einzelligen aquatischen Algen. Dieser Vergleich offenbart genomische Veränderungen, die mit dem evolutionären Übergang an Land einhergehen, darunter eine allgemeine Zunahme der Komplexität von Genfamilien; den Verlust von Genen, die mit aquatischen Umgebungen assoziiert sind (z. B. Flagellenarme); die Akquisition von Genen zur Toleranz gegenüber terrestrischen Stressfaktoren (z. B. Temperaturschwankungen und Wasserverfügbarkeit); sowie die Entwicklung der Auxin- und Abscisinsäure-Signalwege zur Koordination von mehrzelligem Wachstum und Dehydratationsreaktion. Das Physcomitrella-Genom stellt eine Ressource für phylogenetische Schlussfolgerungen über die Genfunktion und für die experimentelle Analyse von Pflanzenprozessen durch die einzigartige Fähigkeit dieser Pflanze zur reversen Genetik dar.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1150646",
    doi = "10.1126/science.1150646",
    openalex = "W2153488363",
    references = "doi10103837918, doi101126science1128691, doi101126science29054941151"
}

Es wird eine überarbeitete und aktualisierte Klassifikation für die Familien der Blütenpflanzen bereitgestellt. Viele kürzlich durchgeführte Studien haben zunehmend detaillierte Beweise für die Positionen früher nicht zugeordneter Familien erbracht, was zur Einführung einer Reihe neuer Ordnungen führte, darunter Amborellales, Berberidopsidales, Bruniales, Buxales, Chloranthales, Escalloniales, Huerteales, Nymphaeales, Paracryphiales, Petrosaviales, Picramniales, Trochodendrales, Vitales und Zygophyllales. Eine Reihe zuvor nicht zugeordneter Gattungen und Familien werden hier in Ordnungen aufgenommen, wodurch die Anzahl der nicht zugeordneten Taxa erheblich reduziert wird; dazu gehören Hydatellaceae (Nymphaeales), Haptanthaceae (Buxales), Peridiscaceae (Saxifragales), Huaceae (Oxalidales), Centroplacaceae und Rafflesiaceae (beide Malpighiales), Aphloiaceae, Geissolomataceae und Strasburgeriaceae (alle Crossosomatales), Picramniaceae (Picramniales), Dipentodontaceae und Gerrardinaceae (beide Huerteales), Cytinaceae (Malvales), Balanophoraceae (Santalales), Mitrastemonaceae (Ericales) und Boraginaceae (nun mindestens als Mitglied des lamiid Clades bekannt). Neu getrennte Familien für Gattungen, die zuvor als zu anderen von der APG anerkannten Familien gehörig verstanden wurden, umfassen Petermanniaceae (Liliales), Calophyllaceae (Malpighiales), Capparaceae und Cleomaceae (beide Brassicales), Schoepfiaceae (Santalales), Anacampserotaceae, Limeaceae, Lophiocarpaceae, Montiaceae und Talinaceae (alle Caryophyllales) sowie Linderniaceae und Thomandersiaceae (beide Lamiales). Die Verwendung von geklammerten Familien wird aufgrund ihrer Unbeliebtheit aufgegeben, und in den meisten Fällen werden die breiteren Umfassungen beibehalten; dazu gehören Amaryllidaceae, Asparagaceace und Xanthorrheaceae (alle Asparagales), Passifloraceae (Malpighiales), Primulaceae (Ericales) und mehrere andere kleinere Familien. Separate Artikel in diesem Band befassen sich mit einer neuen linearen Ordnung für die APG, Subfamilien-Namen, die für eine genauere Kommunikation in Amaryllidaceae s.l., Asparagaceace s.l. und Xanthorrheaceae s.l. (alle Asparagales) verwendet werden können, sowie mit einer formellen supraordinalen Klassifikation für die Blütenpflanzen.

@article{doi101111j10958339200900996x,
    author = "GROUP, THE ANGIOSPERM PHYLOGENY",
    title = "An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG III",
    year = "2009",
    journal = "Botanical Journal of the Linnean Society",
    abstract = "A revised and updated classification for the families of flowering plants is provided. Many recent studies have yielded increasingly detailed evidence for the positions of formerly unplaced families, resulting in a number of newly adopted orders, including Amborellales, Berberidopsidales, Bruniales, Buxales, Chloranthales, Escalloniales, Huerteales, Nymphaeales, Paracryphiales, Petrosaviales, Picramniales, Trochodendrales, Vitales and Zygophyllales. A number of previously unplaced genera and families are included here in orders, greatly reducing the number of unplaced taxa; these include Hydatellaceae (Nymphaeales), Haptanthaceae (Buxales), Peridiscaceae (Saxifragales), Huaceae (Oxalidales), Centroplacaceae and Rafflesiaceae (both Malpighiales), Aphloiaceae, Geissolomataceae and Strasburgeriaceae (all Crossosomatales), Picramniaceae (Picramniales), Dipentodontaceae and Gerrardinaceae (both Huerteales), Cytinaceae (Malvales), Balanophoraceae (Santalales), Mitrastemonaceae (Ericales) and Boraginaceae (now at least known to be a member of lamiid clade). Newly segregated families for genera previously understood to be in other APG-recognized families include Petermanniaceae (Liliales), Calophyllaceae (Malpighiales), Capparaceae and Cleomaceae (both Brassicales), Schoepfiaceae (Santalales), Anacampserotaceae, Limeaceae, Lophiocarpaceae, Montiaceae and Talinaceae (all Caryophyllales) and Linderniaceae and Thomandersiaceae (both Lamiales). Use of bracketed families is abandoned because of its unpopularity, and in most cases the broader circumscriptions are retained; these include Amaryllidaceae, Asparagaceace and Xanthorrheaceae (all Asparagales), Passifloraceae (Malpighiales), Primulaceae (Ericales) and several other smaller families. Separate papers in this same volume deal with a new linear order for APG, subfamilial names that can be used for more accurate communication in Amaryllidaceae s.l., Asparagaceace s.l. and Xanthorrheaceae s.l. (all Asparagales) and a formal supraordinal classification for the flowering plants.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1095-8339.2009.00996.x",
    doi = "10.1111/j.1095-8339.2009.00996.x",
    openalex = "W4245471709",
    references = "doi101046j109583392003t01100158x, doi101073pnas0708072104, doi101073pnas0709121104, doi101073pnas0813376106, doi101111j175348871981tb06752x, doi1023072484473, doi1023072992015, doi103732ajb0800047, doi103732ajb891132, doi105860choice453190, openalexw2961549061"
}

@article{openalexw3148514506,
    author = "Apg",
    title = "An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG III",
    year = "2009",
    journal = "Botanical Journal of the Linnean Society",
    openalex = "W3148514506"
}

@article{doi101038nature09916,
    author = "Jiao, Yuannian und Wickett, Norman J. und Ayyampalayam, Saravanaraj und Chanderbali, André S. und Landherr, Lena und Ralph, Paula E. und Tomsho, Lynn P. und Hu, Yi und Liang, Haiying und Soltis, Pamela S. und Soltis, Pamela S. und Clifton, Sandra W. und Schlarbaum, Scott E. und Schuster, Stephan C. und Mā, Hong und Leebens‐Mack, Jim und dePamphilis, Claude W.",
    title = "Ancestrale Polyploidie bei Samenpflanzen und Angiospermen",
    year = "2011",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature09916",
    doi = "10.1038/nature09916",
    openalex = "W2001374342",
    references = "doi1010020471250953bi0203s00, doi1010079783642866593, doi10103837918, doi10103875556, doi101038nature06148, doi101073pnas0900906106, doi101093bioinformatics179847, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093bioinformaticsbtp348, doi101093nargkh340, doi101093nargkl315, doi101093sysbio274401, doi101126science1128691, doi101196annals1438005, doi1023072412923"
}

Zusammenfassung Pflanzeneigenschaften – die morphologischen, anatomischen, physiologischen, biochemischen und phänologischen Merkmale von Pflanzen und ihren Organen – bestimmen, wie Primärproduzenten auf Umweltfaktoren reagieren, beeinflussen andere trophische Ebenen, wirken auf Ökosystemprozesse und -dienstleistungen ein und stellen eine Verbindung von Artenvielfalt zu funktionaler Ökosystemvielfalt her. Eigenschaftsdaten stellen somit das Rohmaterial für eine breite Palette von Forschungsbereichen dar, von der Evolutionsbiologie über die Gemeinschafts- und funktionelle Ökologie bis zur Biogeographie. Hier stellen wir die globale Datenbankinitiative namens TRY vor, die eine breite Palette der weltweit tätigen Pflanzenforschungsgemeinschaft vereint und einen beispiellosen Datenbeitrag von Eigenschaftsdaten erzielt hat: bisher wurden 93 Eigenschaftsdatenbanken eingereicht. Das Datenarchiv enthält derzeit fast drei Millionen Eigenschaftseinträge für 69 000 von weltweit 300 000 Pflanzenarten, mit einem Schwerpunkt auf 52 Gruppen von Eigenschaften, die die vegetativen und Regenerationsphasen des Pflanzenlebenszyklus charakterisieren, einschließlich Wachstum, Ausbreitung, Etablierung und Persistenz. Eine erste Datenanalyse zeigt, dass die meisten Pflanzeneigenschaften ungefähr log-normalverteilt sind, mit weit unterschiedlichen Variationsspannen über die Eigenschaften hinweg. Die meisten Eigenschaftsvariationen liegen zwischen Arten (interspezifisch), jedoch wird auch eine signifikante intraspezifische Variation dokumentiert, bis zu 40 % der gesamten Variation. Pflanzentypen (PFTs), wie sie häufig in Vegetationsmodellen verwendet werden, erfassen einen beträchtlichen Anteil der beobachteten Variation – aber für mehrere Eigenschaften tritt die meiste Variation innerhalb der PFTs auf, bis zu 75 % der gesamten Variation. Im Kontext von Vegetationsmodellen sollten diese Eigenschaften besser durch Zustandsvariablen als durch feste Parameterwerte dargestellt werden. Die verbesserte Verfügbarkeit von Pflanzeneigenschaftsdaten in der einheitlichen globalen Datenbank wird voraussichtlich einen Paradigmenwechsel von der artbasierten zur eigenschaftsbasierten Ökologie unterstützen, neue Möglichkeiten für synthetische Pflanzenforschung bieten und eine realistischere und empirisch fundierte Darstellung terrestrischer Vegetation in Erdsystemmodellen ermöglichen.

@article{doi101111j13652486201102451x,
    author = "Kattge, Jens und Dı́az, Soledad und Lavorel, Sandra und Prentice, I. Colin und Leadley, Paul und Bönisch, Gerhard und Garnier, Éric und Westoby, Mark und Reich, Peter B. und Wright, Ian J. und Cornelissen, J. H. C. und Violle, Cyrille und Harrison, Sandy P. und van Bodegom, Peter M. und Reichstein, Markus und Enquist, Brian J. und Soudzilovskaia, Nadejda A. und Ackerly, David D. und Anand, M. und Atkin, Owen K. und Bahn, Michael und Baker, Timothy R. und Baldocchi, Dennis und Bekker, R.M. und Blanco, C. und Blonder, Benjamin und Bond, William J. und Bradstock, Ross A. und Bunker, Dan und Casanoves, Fernando und Cavender‐Bares, Jeannine und Chambers, Jeffrey Q. und Chapin, F. Stuart und Chave, Jérôme und Coomes, David A. und Cornwell, William K. und Craine, Joseph M. und Dobrin, Barbara und Duarte, Leandro und Durka, Walter und Elser, James J. und Esser, G. und Estiarte, Marc und Fagan, William F. und Fang, Jinwei und Fernández‐Méndez, Fernando und Fidélis, Alessandra und Finegan, Bryan und Flores, Olivier und FORD, HENRY und Frank, Dorothea und Freschet, Grégoire T. und Fyllas, Nikolaos M. und Gallagher, Rachael V. und GREEN, W. A. und Gutiérrez, Álvaro G. und Hickler, Thomas und Higgins, Steven I. und Hodgson, J. G. und Jalili, Amir und Jansen, Steven und Joly, Carlos Alfredo und Kerkhoff, Andrew J. und Kirkup, Donald W. und Kitajima, Kaoru und Kleyer, Michael und Klotz, Stefan und Knops, Johannes M. H. und Krämer, K. und Kühn, Ingolf und Kurokawa, H. und Laughlin, Daniel C. und Lee, Tali D. und Leishman, Michelle R. und Lens, Frederic und Lenz, Tanja I. und Lewis, Simon L. und Lloyd, Jon und Llusià, Joan und Louault, Frédérique und Ma, Sai und Mahecha, Miguel D. und Manning, Peter und Massad, Tara Joy und Medlyn, Belinda E. und Messier, J. und Moles, Angela T. und Müller, Sandra Cristina und Nadrowski, Karin und NAEEM, S. und Niinemets, Ülo und Nöllert, Stephanie und Nuske, Alison und Ogaya, Romà und Oleksyn, Jacek und Onipchenko, V. G. und Onoda, Yusuke und Ordóñez, Jenny und Overbeck, Gerhard E. und Ozinga, W.A.",
    title = "TRY – eine globale Datenbank von Pflanzenmerkmalen",
    year = "2011",
    journal = "Global Change Biology",
    abstract = "Abstract Pflanzenmerkmale – die morphologischen, anatomischen, physiologischen, biochemischen und phänologischen Eigenschaften von Pflanzen und ihren Organen – bestimmen, wie Primärproduzenten auf Umweltfaktoren reagieren, andere trophische Ebenen beeinflussen, Ökosystemprozesse und -leistungen prägen und eine Verbindung von Artenvielfalt zu funktionaler Ökosystemvielfalt herstellen. Merkmalsdaten stellen somit das Rohmaterial für eine breite Palette von Forschungsbereichen dar, von der Evolutionsbiologie über die Gemeinschafts- und Funktionsökologie bis hin zur Biogeographie. Hier stellen wir die globale Datenbankinitiative namens TRY vor, die eine breite Palette der weltweit tätigen Pflanzenmerkmal-Forschergemeinschaft vereint und einen beispiellosen Zugang zu Merkmalsdaten ermöglicht: bisher wurden 93 Merkmalsdatenbanken beigetragen. Das Datenarchiv enthält derzeit fast drei Millionen Merkmalseinträge für 69 000 von weltweit 300 000 Pflanzenarten, mit einem Schwerpunkt auf 52 Gruppen von Merkmalen, die die vegetativen und Regenerationsphasen des Pflanzenlebenszyklus charakterisieren, einschließlich Wachstum, Ausbreitung, Etablierung und Persistenz. Eine erste Datenanalyse zeigt, dass die meisten Pflanzenmerkmale annähernd log-normalverteilt sind, mit weit unterschiedlichen Variationsspannen über die Merkmale hinweg. Die meisten Merkmalsvariationen liegen zwischen Arten (interspezifisch), jedoch wird auch eine signifikante intraspezifische Variation dokumentiert, bis zu 40% der gesamten Variation. Funktionelle Pflanzentypen (PFTs), wie sie in Vegetationsmodellen üblich sind, erfassen einen beträchtlichen Anteil der beobachteten Variation – jedoch tritt bei mehreren Merkmalen die meisten Variation innerhalb der PFTs auf, bis zu 75% der gesamten Variation. Im Kontext von Vegetationsmodellen sollten diese Merkmale besser durch Zustandsvariablen als durch feste Parameterwerte dargestellt werden. Die verbesserte Verfügbarkeit von Pflanzenmerkmalen in der einheitlichen globalen Datenbank wird voraussichtlich einen Paradigmenwechsel von der artbasierten zur merkmalsbasierten Ökologie unterstützen, neue Möglichkeiten für synthetische Pflanzenmerkmal-Forschung bieten und eine realistischere und empirisch fundiertere Darstellung terrestrischer Vegetation in Erdsystemmodellen ermöglichen.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-2486.2011.02451.x",
    doi = "10.1111/j.1365-2486.2011.02451.x",
    openalex = "W2162584119",
    references = "doi101007bf00386231, doi1010160165176580900245, doi101016jtree200602002, doi101023a1004327224729, doi101038nature02403, doi101046j13652435200200664x, doi101046j13652486200300569x, doi101071bt02124, doi101086283244, doi101111j00301299200715559x, doi101111j14610248200600924x, doi101111j14610248200801219x, doi101146annurevecolsys33010802150452, doi1011552009421425"
}

Die Rekonstruktion des Ursprungs und der Evolution von Landpflanzen und ihren algalen Verwandten ist ein grundlegendes Problem der Pflanzenphylogenetik und unerlässlich für das Verständnis, wie kritische Anpassungen entstanden sind, einschließlich des Embryos, des Gefäßgewebes, der Samen und der Blüten. Trotz Fortschritte in der molekularen Systematik bleiben einige Hypothesen über Verwandtschaftsbeziehungen schwach aufgelöst. Das Inferieren tiefer Phylogenien mit Phasen schneller Diversifizierung kann problematisch sein; jedoch sollten genomweite Daten die Anzahl informativer Merkmale für Analysen erheblich erhöhen. Kürzlich durchgeführte phylogenomische Rekonstruktionen, die sich auf die Hauptdivergenzen von Pflanzen konzentrierten, führten zu vielversprechenden, aber inkonsistenten Ergebnissen. Eine Einschränkung ist das spärliche Taxon-Sampling, das wahrscheinlich auf die Schwierigkeit und Kosten der Datenerzeugung zurückzuführen ist. Um diese Einschränkung zu adressieren, wurden Transkriptomdaten für 92 Streptophyta-Taxa erzeugt und analysiert, zusammen mit 11 veröffentlichten Pflanzen-Genomsequenzen. Phylogenetische Rekonstruktionen wurden durchgeführt, basierend auf bis zu 852 nuklearen Genen und 1.701.170 ausgerichteten Stellen. Es wurden 69 Analysen durchgeführt, um die Robustheit phylogenetischer Inferenzen gegenüber Permutationen der Datenmatrix oder phylogenetischen Methoden zu testen, einschließlich Supermatrix-, Supertree- und koaleszenzbasierter Ansätze, Maximum-Likelihood- und Bayes'scher Methoden, partitionierter und unpartitionierter Analysen sowie Aminosäure- versus DNA-Ausrichtungen. Unter anderem finden wir robuste Unterstützung für eine Schwestergruppen-Beziehung zwischen Landpflanzen und einer Gruppe von Streptophyta-Grünalgen, den Zygnematophyceae. Starke und robuste Unterstützung für einen Kladus, der Lebermoose und Moose umfasst, steht im Widerspruch zu einer weit verbreiteten Ansicht über die frühe Evolution von Landpflanzen und deutet darauf hin, dass phylogenetische Hypothesen, die verwendet werden, um die Evolution grundlegender Pflanzenmerkmale zu verstehen, neu bewertet werden sollten.

@article{doi101073pnas1323926111,
    author = "Wickett, Norman J. und Mirarab, Siavash und Nguyen, Nam und Warnow, Tandy und Carpenter, Eric und Matasci, Naim und Ayyampalayam, Saravanaraj und Barker, Michael S. und Burleigh, J. Gordon und Gitzendanner, Matthew A. und Ruhfel, Brad R. und Wafula, Eric und Der, Joshua P. und Graham, Sean W. und Mathews, Sarah und Melkonian, Michael und Soltis, Pamela S. und Soltis, Pamela S. und Miles, Nicholas W. und Rothfels, Carl J. und Pokorny, Lisa und Shaw, A. Jonathan und DeGironimo, Lisa und Stevenson, Dennis und Surek, Barbara und Villarreal, Juan Carlos und Roure, Béatrice und Philippe, Hervé und dePamphilis, Claude W. und Chen, Tao und Deyholos, Michael K. und Baucom, Regina S. und Kutchan, Toni M. und Augustin, Megan M. und Wang, Jun und Zhang, Yong und Tian, Zhijian und Yan, Zhixiang und Wu, Xiaolei und Sun, Xiao und Wong, Gane Ka‐Shu und Leebens-Mack, James",
    title = "Phylotranskriptomische Analyse des Ursprungs und der frühen Diversifizierung von Landpflanzen",
    year = "2014",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Die Rekonstruktion des Ursprungs und der Evolution von Landpflanzen und ihren algalen Verwandten ist ein grundlegendes Problem der Pflanzenphylogenetik und unerlässlich für das Verständnis, wie kritische Anpassungen entstanden sind, einschließlich des Embryos, des Gefäßgewebes, der Samen und der Blüten. Trotz Fortschritte in der molekularen Systematik bleiben einige Hypothesen über Verwandtschaftsbeziehungen schwach aufgelöst. Das Inferieren tiefer Phylogenien mit Phasen schneller Diversifizierung kann problematisch sein; jedoch sollten genomweite Daten die Anzahl informativer Merkmale für Analysen erheblich erhöhen. Kürzlich durchgeführte phylogenomische Rekonstruktionen, die sich auf die Hauptdivergenzen von Pflanzen konzentrierten, führten zu vielversprechenden, aber inkonsistenten Ergebnissen. Eine Einschränkung ist das spärliche Taxon-Sampling, das wahrscheinlich auf die Schwierigkeit und Kosten der Datenerzeugung zurückzuführen ist. Um diese Einschränkung zu adressieren, wurden Transkriptomdaten für 92 Streptophyta-Taxa erzeugt und analysiert, zusammen mit 11 veröffentlichten Pflanzen-Genomsequenzen. Phylogenetische Rekonstruktionen wurden durchgeführt, basierend auf bis zu 852 nuklearen Genen und 1.701.170 ausgerichteten Stellen. Es wurden 69 Analysen durchgeführt, um die Robustheit phylogenetischer Inferenzen gegenüber Permutationen der Datenmatrix oder phylogenetischen Methoden zu testen, einschließlich Supermatrix-, Supertree- und koaleszenzbasierter Ansätze, Maximum-Likelihood- und Bayes'scher Methoden, partitionierter und unpartitionierter Analysen sowie Aminosäure- versus DNA-Ausrichtungen. Unter anderem finden wir robuste Unterstützung für eine Schwestergruppen-Beziehung zwischen Landpflanzen und einer Gruppe von Streptophyta-Grünalgen, den Zygnematophyceae. Starke und robuste Unterstützung für einen Kladus, der Lebermoose und Moose umfasst, steht im Widerspruch zu einer weit verbreiteten Ansicht über die frühe Evolution von Landpflanzen und deutet darauf hin, dass phylogenetische Hypothesen, die verwendet werden, um die Evolution grundlegender Pflanzenmerkmale zu verstehen, neu bewertet werden sollten.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1323926111",
    doi = "10.1073/pnas.1323926111",
    openalex = "W2013277649",
    references = "doi101016jtree200901009, doi101016s0022283605803602, doi10103837918, doi101046j109583392003t01100158x, doi101093bioinformatics83275, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093sysbio463523, doi101093sysbiosyt022, doi101111boj12385, doi101111j10958339200900996x, doi101111j10960031200800217x, doi1011861471214811104, doi101371journalpcbi1002195, doi1023072346830, openalexw3148514506"
}

Zusammenfassung Das Blattökonomie-Spektrum (LES) bietet einen nützlichen Rahmen zur Untersuchung von Artenstrategien, die durch ihre evolutionäre Geschichte geformt wurden. Allerdings umfasste dieses Spektrum in seiner ursprünglichen Beschreibung nur zwei Schlüsselfaktoren (Kohlenstoff und Nährstoffe) und eines der drei wirtschaftlich wichtigen Pflanzenteile. Hier wird bewertet, ob die Idee des Ökonomie-Spektrums auf Wasser – den dritten Schlüsselfaktor – Stängel, Wurzeln und ganze Pflanzen sowie auf Individuum-, Gemeinschafts- und Ökosystemebene allgemein erweitert werden kann. Meine übergeordnete Hypothese ist, dass starke Selektion entlang der Achsen von Merkmalstauschen, in Kombination mit biophysikalischen Einschränkungen, zu einer Konvergenz für jede Taxa auf eine einheitlich schnelle, mittlere oder langsame Strategie (d. h. Raten der Ressourcenerfassung und -verarbeitung) für alle Organe und alle Ressourcen führt. Es gibt Belege für ökonomische Merkmalspektren bei Stängeln und Wurzeln sowie bei Blättern und für Merkmale im Zusammenhang mit Wasser sowie Kohlenstoff und Nährstoffen. Diese gelten allgemein innerhalb und über Skalen hinweg (innerhalb und über Gemeinschaften, Klimazonen, Biome und Abstammungslinien). Es bestehen Verbindungen zwischen Organen und Kopplungen zwischen Ressourcen, was zu einem integrierten Ökonomie-Spektrum der gesamten Pflanze führt. Arten, die Wasser schnell bewegen können, weisen eine geringe Gewebedichte, eine kurze Lebensdauer des Gewebes und hohe Raten der Ressourcenerfassung und des Flusses auf Organ- und Individualebene auf. Das Gegenteil gilt für Arten mit der langsamen Strategie. Verschiedene Merkmale können unter verschiedenen Bedingungen wichtig sein, aber da Schnelligkeit in einem Aspekt im Allgemeinen Schnelligkeit in anderen erfordert, ist das Sein schnell oder langsam ein allgemeines Merkmal von Arten. Ökonomische Merkmale beeinflussen Leistung und Fitness im Einklang mit der merkmalsbasierten Theorie über zugrunde liegende adaptive Mechanismen. Merkmale helfen, Unterschiede im Wachstum und Überleben über Ressourcenverläufe hinweg zu erklären und tragen somit dazu bei, die Verteilung von Arten und die Zusammenstellung von Gemeinschaften über Licht-, Wasser- und Nährstoffverläufe hinweg zu erklären. Merkmale skalieren auf – schnelle Merkmale sind mit schnelleren Raten von Ökosystemprozessen wie Zersetzung oder Primärproduktion verbunden, und langsame Merkmale mit langsamen Prozessraten. Synthese. Merkmale zählen. Ein einzelnes „schnell-langsam“-Pflanzenökonomie-Spektrum, das Blätter, Stängel und Wurzeln integriert, ist ein Schlüsselelement der Pflanzenwelt und hilft, individuelle ökologische Strategien, Gemeinschaftsbildungsprozesse und das Funktionieren von Ökosystemen zu erklären.

@article{doi1011111365274512211,
    author = "Reich, Peter B.",
    title = "The world‐wide 'fast–slow' plant economics spectrum: a traits manifesto",
    year = "2014",
    journal = "Journal of Ecology",
    abstract = "Zusammenfassung Das Blattökonomie-Spektrum (LES) bietet einen nützlichen Rahmen zur Untersuchung von Artenstrategien, die durch ihre evolutionäre Geschichte geformt wurden. Allerdings umfasste dieses Spektrum in seiner ursprünglichen Beschreibung nur zwei Schlüsselfaktoren (Kohlenstoff und Nährstoffe) und eines der drei wirtschaftlich wichtigen Pflanzenteile. Hier wird bewertet, ob die Idee des Ökonomie-Spektrums auf Wasser – den dritten Schlüsselfaktor – Stängel, Wurzeln und ganze Pflanzen sowie auf Individuum-, Gemeinschafts- und Ökosystemebene allgemein erweitert werden kann. Meine übergeordnete Hypothese ist, dass starke Selektion entlang der Achsen von Merkmalstauschen, in Kombination mit biophysikalischen Einschränkungen, zu einer Konvergenz für jede Taxa auf eine einheitlich schnelle, mittlere oder langsame Strategie (d. h. Raten der Ressourcenerfassung und -verarbeitung) für alle Organe und alle Ressourcen führt. Es gibt Belege für ökonomische Merkmalspektren bei Stängeln und Wurzeln sowie bei Blättern und für Merkmale im Zusammenhang mit Wasser sowie Kohlenstoff und Nährstoffen. Diese gelten allgemein innerhalb und über Skalen hinweg (innerhalb und über Gemeinschaften, Klimazonen, Biome und Abstammungslinien). Es bestehen Verbindungen zwischen Organen und Kopplungen zwischen Ressourcen, was zu einem integrierten Ökonomie-Spektrum der gesamten Pflanze führt. Arten, die Wasser schnell bewegen können, weisen eine geringe Gewebedichte, eine kurze Lebensdauer des Gewebes und hohe Raten der Ressourcenerfassung und des Flusses auf Organ- und Individualebene auf. Das Gegenteil gilt für Arten mit der langsamen Strategie. Verschiedene Merkmale können unter verschiedenen Bedingungen wichtig sein, aber da Schnelligkeit in einem Aspekt im Allgemeinen Schnelligkeit in anderen erfordert, ist das Sein schnell oder langsam ein allgemeines Merkmal von Arten. Ökonomische Merkmale beeinflussen Leistung und Fitness im Einklang mit der merkmalsbasierten Theorie über zugrunde liegende adaptive Mechanismen. Merkmale helfen, Unterschiede im Wachstum und Überleben über Ressourcenverläufe hinweg zu erklären und tragen somit dazu bei, die Verteilung von Arten und die Zusammenstellung von Gemeinschaften über Licht-, Wasser- und Nährstoffverläufe hinweg zu erklären. Merkmale skalieren auf – schnelle Merkmale sind mit schnelleren Raten von Ökosystemprozessen wie Zersetzung oder Primärproduktion verbunden, und langsame Merkmale mit langsamen Prozessraten. Synthese. Merkmale zählen. Ein einzelnes „schnell-langsam“-Pflanzenökonomie-Spektrum, das Blätter, Stängel und Wurzeln integriert, ist ein Schlüsselelement der Pflanzenwelt und hilft, individuelle ökologische Strategien, Gemeinschaftsbildungsprozesse und das Funktionieren von Ökosystemen zu erklären.",
    url = "https://doi.org/10.1111/1365-2745.12211",
    doi = "10.1111/1365-2745.12211",
    openalex = "W2127928904",
    references = "doi101023a1004327224729, doi101038nature02403, doi101046j13652435200200664x, doi101046j13652745199800306x, doi101086283244, doi101098rspb20081919, doi101104pp107101352, doi101111j00301299200715559x, doi101111j109583121989tb00492x, doi101111j13652486201102451x, doi101111j14610248200801219x, doi101111j14610248200901285x, doi101111j14610248200901314x, doi101111j14610248200901410x, doi101146annureves11110180001313, doi1018900012965819970781958cafasa20co2, doi1023072259756, doi1023074549, doi1034172009143, openalexw1564371012, openalexw2097450069, openalexw2169917233"
}

Die Rekonstruktion der phylogenetischen Beziehungen, die alle Linien vereinen (der Stammbaum des Lebens), ist eine große Herausforderung. Die Knappheit homologer Charakterdaten über disparat verwandte Linien hinweg macht derzeit eine direkte phylogenetische Inferenz unhaltbar. Um einen umfassenden Stammbaum des Lebens zu rekonstruieren, haben wir daher veröffentlichte Phylogenien zusammen mit taxonomischen Klassifikationen für Taxa, die noch nie in eine Phylogenie aufgenommen wurden, synthetisiert. Wir präsentieren einen Entwurf eines Baumes mit 2,3 Millionen Enden – dem Open Tree of Life. Die Realisierung dieses Baumes erforderte die Zusammenstellung zweier zusätzlicher Gemeinschaftsressourcen: (i) einer umfassenden globalen Referenztaxonomie und (ii) einer Datenbank veröffentlichter phylogenetischer Bäume, die auf diese Taxonomie abgebildet wurden. Unser Open-Source-Rahmenwerk ermöglicht Kommentare und Beiträge der Gemeinschaft und ermöglicht es, den Baum kontinuierlich zu aktualisieren, wenn neue phylogenetische und taxonomische Daten digital verfügbar werden. Obwohl die Datenabdeckung und phylogenetische Konflikte über den Open Tree of Life Lücken sowohl in den zugrunde liegenden Daten für die phylogenetische Rekonstruktion als auch in der Veröffentlichung von Bäumen als digitale Objekte aufzeigen, bietet der Baum einen überzeugenden Ausgangspunkt für die Gemeinschaftsbeiträge. Dieser umfassende Baum wird grundlegende Forschung zur Natur der biologischen Vielfalt antreiben und letztendlich aktuelle Phylogenien für nachgelagerte Anwendungen in der vergleichenden Biologie, Ökologie, Naturschutzbiologie, Klimawandel, Landwirtschaft und Genomik bereitstellen.

@article{doi101073pnas1423041112,
    author = "Hinchliff, Cody E. und Smith, Stephen A. und Allman, James F. und Burleigh, J. Gordon und Chaudhary, Ruchi und Coghill, Lyndon M. und Crandall, Keith A. und Deng, Jiabin und Drew, Bryan T. und Gazis, Romina und Gude, Karl und Hibbett, David S. und Katz, Laura A. und Laughinghouse, Haywood Dail und McTavish, Emily Jane und Midford, Peter und Owen, Christopher L. und Ree, Richard H. und Rees, Jonathan und Soltis, Pamela S. und Williams, Tiffani L. und Cranston, Karen",
    title = "Synthese von Phylogenie und Taxonomie zu einem umfassenden Stammbaum des Lebens",
    year = "2015",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Die Rekonstruktion der phylogenetischen Beziehungen, die alle Linien vereinen (der Stammbaum des Lebens), ist eine große Herausforderung. Die Knappheit homologer Charakterdaten über disparat verwandte Linien hinweg macht derzeit eine direkte phylogenetische Inferenz unhaltbar. Um einen umfassenden Stammbaum des Lebens zu rekonstruieren, haben wir daher veröffentlichte Phylogenien zusammen mit taxonomischen Klassifikationen für Taxa, die noch nie in eine Phylogenie aufgenommen wurden, synthetisiert. Wir präsentieren einen Entwurf eines Baumes mit 2,3 Millionen Enden – dem Open Tree of Life. Die Realisierung dieses Baumes erforderte die Zusammenstellung zweier zusätzlicher Gemeinschaftsressourcen: (i) einer umfassenden globalen Referenztaxonomie und (ii) einer Datenbank veröffentlichter phylogenetischer Bäume, die auf diese Taxonomie abgebildet wurden. Unser Open-Source-Rahmenwerk ermöglicht Kommentare und Beiträge der Gemeinschaft und ermöglicht es, den Baum kontinuierlich zu aktualisieren, wenn neue phylogenetische und taxonomische Daten digital verfügbar werden. Obwohl die Datenabdeckung und phylogenetische Konflikte über den Open Tree of Life Lücken sowohl in den zugrunde liegenden Daten für die phylogenetische Rekonstruktion als auch in der Veröffentlichung von Bäumen als digitale Objekte aufzeigen, bietet der Baum einen überzeugenden Ausgangspunkt für die Gemeinschaftsbeiträge. Dieser umfassende Baum wird grundlegende Forschung zur Natur der biologischen Vielfalt antreiben und letztendlich aktuelle Phylogenien für nachgelagerte Anwendungen in der vergleichenden Biologie, Ökologie, Naturschutzbiologie, Klimawandel, Landwirtschaft und Genomik bereitstellen.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1423041112",
    doi = "10.1073/pnas.1423041112",
    openalex = "W2951002538",
    references = "doi101073pnas1110633108, doi105962bhltitle46292, doi105962bhltitle68064"
}

Alle Pflanzen beherbergen im Inneren diverse mikrobielle Gemeinschaften, die bakterielle, archaeale, pilzliche und protistische Taxa umfassen. Diese Mikroorganismen, die endophytische Lebensweisen zeigen, spielen entscheidende Rollen in der Entwicklung, dem Wachstum, der Fitness und der Diversifizierung von Pflanzen. Das wachsende Bewusstsein und die zunehmenden Informationen über Endophyten bieten Einblicke in die Komplexität des Pflanzenmikrobioms. Die Natur der Wechselwirkungen zwischen Pflanzen und Endophyten reicht von Mutualismus bis zu Pathogenität. Dies hängt von einer Reihe von abiotischen und biotischen Faktoren ab, einschließlich der Genotypen von Pflanzen und Mikroben, Umweltbedingungen und dem dynamischen Netzwerk von Wechselwirkungen innerhalb des Pflanzenbioms. In diesem Review befassen wir uns mit dem Konzept des Endophytismus unter Berücksichtigung der neuesten Erkenntnisse zur Evolution, zum Funktionieren von Pflanzenökosystemen und zu mehrteiligen Wechselwirkungen.

@article{doi101128mmbr0005014,
    author = "Hardoim, Pablo R. und van Overbeek, Leonard S. und Berg, Gabriele und Pirttilä, Anna Maria und Compant, Stéphane und Campisano, Andrea und Döring, Matthias und Sessitsch, Angela",
    title = "The Hidden World within Plants: Ecological and Evolutionary Considerations for Defining Functioning of Microbial Endophytes",
    year = "2015",
    journal = "Microbiology and Molecular Biology Reviews",
    abstract = "Alle Pflanzen beherbergen im Inneren diverse mikrobielle Gemeinschaften, die bakterielle, archaeale, pilzliche und protistische Taxa umfassen. Diese Mikroorganismen, die endophytische Lebensweisen zeigen, spielen entscheidende Rollen in der Entwicklung, dem Wachstum, der Fitness und der Diversifizierung von Pflanzen. Das wachsende Bewusstsein und die zunehmenden Informationen über Endophyten bieten Einblicke in die Komplexität des Pflanzenmikrobioms. Die Natur der Wechselwirkungen zwischen Pflanzen und Endophyten reicht von Mutualismus bis zu Pathogenität. Dies hängt von einer Reihe von abiotischen und biotischen Faktoren ab, einschließlich der Genotypen von Pflanzen und Mikroben, Umweltbedingungen und dem dynamischen Netzwerk von Wechselwirkungen innerhalb des Pflanzenbioms. In diesem Review befassen wir uns mit dem Konzept des Endophytismus unter Berücksichtigung der neuesten Erkenntnisse zur Evolution, zum Funktionieren von Pflanzenökosystemen und zu mehrteiligen Wechselwirkungen.",
    url = "https://doi.org/10.1128/mmbr.00050-14",
    doi = "10.1128/mmbr.00050-14",
    openalex = "W2172598864",
    references = "doi101016b9780123705266x50016, doi101016jtplants201204001, doi101038nrmicro3109, doi101146annurevarplant050312120106, doi101146annurevcellbio21012704131001, openalexw1486903121"
}

© 2016 The Linnean Society of London. Eine Aktualisierung der Klassifikation der Ordnungen und Familien der Angiospermen durch die Angiosperm Phylogeny Group (APG) wird vorgestellt. Mehrere neue Ordnungen werden anerkannt: Boraginales, Dilleniales, Icacinales, Metteniusiales und Vahliales. Dies bringt die Gesamtzahl der in der APG-Systematik anerkannten Ordnungen und Familien auf 64 bzw. 416. Wir schlagen zwei zusätzliche informelle Hauptklade vor, Superrosids und Superasterids, die jeweils die zusätzlichen Ordnungen umfassen, die in den größeren Klade dominiert von den Rosiden und Asteriden enthalten sind. Familien, die potenziell monofamiliale Ordnungen bildeten, Dasypogonaceae und Sabiaceae, werden stattdessen den Arecales und Proteales zugeordnet. Zwei parasitäre Familien, deren Position früher unsicher war, werden nun platziert: Cynomoriaceae in Saxifragales und Apodanthaceae in Cucurbitales. Obwohl es Hinweise darauf gibt, dass einige in APG III anerkannten Familien nicht monophyletisch sind, führen wir keine Änderungen in Dioscoreales und Santalales gegenüber APG III durch und lassen einige Gattungen in Lamiales unplatziert (z. B. Peltanthera). Diese Änderungen in der familiären Umkreisung und Anerkennung sind alle auf neue Ergebnisse zurückzuführen, die seit APG III veröffentlicht wurden, mit Ausnahme einiger Änderungen, die einfach aufgrund nomenklatorischer Fragen vorliegen, zu denen das Ersetzen von Xanthorrhoeaceae durch Asphodelaceae (Asparagales) und von Melianthaceae durch Francoaceae (Geraniales) gehören; jedoch schließen wir in Francoaceae auch Bersamaceae, Ledocarpaceae, Rhynchothecaceae und Vivianiaceae ein. Andere Änderungen an den familiären Grenzen sind nicht drastisch oder zahlreich und konzentrieren sich hauptsächlich auf einige Mitglieder der Lamiiden, insbesondere die ehemalige Icacinaceae, die lange Zeit problematisch war, wobei mehrere Gattungen zur ehemals monogenerischen Metteniusaceae verlegt wurden, aber geringfügige Änderungen in der Umkreisung umfassen Aristolochiaceae (jetzt einschließlich Lactoridaceae und Hydnoraceae; Aristolochiales), Maundiaceae (aus Juncaginaceae entfernt; Alismatales), Restionaceae (jetzt erneut einschließlich Anarthriaceae und Centrolepidaceae; Poales), Buxaceae (jetzt einschließlich Haptanthaceae; Buxales), Peraceae (aus Euphorbiaceae getrennt; Malpighiales), Anerkennung von Petenaeaceae (Huerteales), Kewaceae, Limeaceae, Macarthuriaceae und Microteaceae (alle Caryophyllales), Aufspaltung von Petiveriaceae von Phytolaccaceae (Caryophyllales), Änderungen an der generischen Zusammensetzung von Ixonanthaceae und Irvingiaceae (mit Übertragung von Allantospermum von der einen zur anderen; Malpighiales), Übertragung von Pakaraimaea (ehemals Dipterocarpaceae) zu Cistaceae (Malvales), Übertragung von Borthwickia, Forchhammeria, Stixis und Tirania (ehemals alle Capparaceae) zu Resedaceae (Brassicales), Aufspaltung von Nyssaceae von Cornaceae (Cornales), Verschiebung von Pteleocarpa zu Gelsemiaceae (Gentianales), Änderungen an der generischen Zusammensetzung von Gesneriaceae (Sanango von Loganiaceae entfernt) und Orobanchaceae (jetzt einschließlich Lindenbergiaceae und Rehmanniaceae) und Anerkennung von Mazaceae als von Phrymaceae getrennt (alle Lamiales).

@article{doi101111boj12385,
    author = "Group, The Angiosperm Phylogeny",
    title = "An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG IV",
    year = "2016",
    journal = "Botanical Journal of the Linnean Society",
    abstract = "© 2016 The Linnean Society of London. Eine Aktualisierung der Klassifikation der Angiosperm Phylogeny Group (APG) für die Ordnungen und Familien der Angiospermen wird vorgestellt. Mehrere neue Ordnungen werden anerkannt: Boraginales, Dilleniales, Icacinales, Metteniusiales und Vahliales. Dies bringt die Gesamtzahl der in dem APG-System anerkannten Ordnungen und Familien auf 64 bzw. 416. Wir schlagen zwei zusätzliche informelle Hauptklade vor, Superrosids und Superasterids, die jeweils die zusätzlichen Ordnungen umfassen, die in den größeren Klade dominiert von den Rosiden und Asteriden enthalten sind. Familien, die potenziell monofamiliale Ordnungen bildeten, Dasypogonaceae und Sabiaceae, werden stattdessen den Arecales und Proteales zugeordnet. Zwei parasitäre Familien, deren Position früher unsicher war, werden nun platziert: Cynomoriaceae in Saxifragales und Apodanthaceae in Cucurbitales. Obwohl es Hinweise darauf gibt, dass einige Familien, die in APG III anerkannt sind, nicht monophyletisch sind, machen wir keine Änderungen in Dioscoreales und Santalales im Vergleich zu APG III und lassen einige Gattungen in Lamiales unplatziert (z. B. Peltanthera). Diese Änderungen der familiären Umgrenzung und Anerkennung sind alle auf neue Ergebnisse zurückzuführen, die seit APG III veröffentlicht wurden, mit Ausnahme einiger Änderungen, die einfach aufgrund nomenklatorischer Fragen entstanden sind, die den Ersatz von Asphodelaceae durch Xanthorrhoeaceae (Asparagales) und Francoaceae durch Melianthaceae (Geraniales) umfassen; jedoch schließen wir in Francoaceae auch Bersamaceae, Ledocarpaceae, Rhynchothecaceae und Vivianiaceae ein. Andere Änderungen der familiären Grenzen sind nicht drastisch oder zahlreich und konzentrieren sich hauptsächlich auf einige Mitglieder der Lamiids, insbesondere die früheren Icacinaceae, die lange Zeit problematisch waren, wobei mehrere Gattungen in die ehemals monogenerische Metteniusaceae verlegt wurden, aber geringfügige Änderungen der Umgrenzung umfassen Aristolochiaceae (jetzt einschließlich Lactoridaceae und Hydnoraceae; Aristolochiales), Maundiaceae (aus Juncaginaceae entfernt; Alismatales), Restionaceae (jetzt erneut einschließlich Anarthriaceae und Centrolepidaceae; Poales), Buxaceae (jetzt einschließlich Haptanthaceae; Buxales), Peraceae (aus Euphorbiaceae getrennt; Malpighiales), Anerkennung von Petenaeaceae (Huerteales), Kewaceae, Limeaceae, Macarthuriaceae und Microteaceae (alle Caryophyllales), Petiveriaceae aus Phytolaccaceae getrennt (Caryophyllales), Änderungen der generischen Zusammensetzung von Ixonanthaceae und Irvingiaceae (mit Übertragung von Allantospermum von der einen zur anderen; Malpighiales), Übertragung von Pakaraimaea (ehemals Dipterocarpaceae) zu Cistaceae (Malvales), Übertragung von Borthwickia, Forchhammeria, Stixis und Tirania (ehemals alle Capparaceae) zu Resedaceae (Brassicales), Nyssaceae aus Cornaceae getrennt (Cornales), Pteleocarpa zu Gelsemiaceae verlegt (Gentianales), Änderungen der generischen Zusammensetzung von Gesneriaceae (Sanango aus Loganiaceae entfernt) und Orobanchaceae (jetzt einschließlich Lindenbergiaceae und Rehmanniaceae) und Anerkennung von Mazaceae als von Phrymaceae unterschiedlich (alle Lamiales).",
    url = "https://doi.org/10.1111/boj.12385",
    doi = "10.1111/boj.12385",
    openalex = "W2166152751",
    references = "doi1010079783642143977, doi101046j109583392003t01100158x, doi101073pnas1323926111, doi101111j10958339200900996x, doi101111j109600311996tb00196x, doi101111j155856461985tb00420x, doi1023071222465, doi1023072399846, doi10230725065646, doi103732ajb0800047, openalexw3148514506, openalexw70084438"
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Zusammenfassung Die Phylogenie hat die Klassifizierung der Pteridophyten lange Zeit beeinflusst. Da sich unsere Fähigkeit zur Inferenz evolutionärer Bäume verbessert hat, sind Klassifikationen, die darauf abzielen, natürliche Gruppen zu erkennen, zunehmend prädiktiv und stabil. Hier stellen wir eine moderne, umfassende Klassifizierung für Lauchfarne und Farne bis auf die Gattungsebene vor, die einen community-basierten Ansatz nutzt. Wir verwenden Monophylie als primäres Kriterium für die Anerkennung von Taxa, zielen aber auch darauf ab, bestehende Taxa und Abgrenzungen zu bewahren, die sowohl weitgehend akzeptiert sind als auch mit unserem Verständnis der Phylogenie der Pteridophyten übereinstimmen. Insgesamt behandelt diese Klassifizierung geschätzte 11 916 Arten in 337 Gattungen, 51 Familien, 14 Ordnungen und zwei Klassen. Diese Klassifizierung ist nicht als das letzte Wort zur Taxonomie von Lauchfarne und Farnen gedacht, sondern vielmehr als eine Zusammenfassungsäußerung aktueller Hypothesen, die aus den besten verfügbaren Daten abgeleitet und von denen geformt wurden, die sich am besten mit den betreffenden Pflanzen auskennen. Wir hoffen, dass sie als Ressource für diejenigen dienen wird, die Referenzen zur jüngsten Literatur zur Phylogenie und Klassifizierung der Pteridophyten suchen, ein Rahmenwerk zur Führung zukünftiger Untersuchungen und ein Anreiz für weitere Diskussionen.

@article{doi101111jse12229,
    author = "I, PPG",
    title = "A community‐derived classification for extant lycophytes and ferns",
    year = "2016",
    journal = "Journal of Systematics and Evolution",
    abstract = "Zusammenfassung Die Phylogenie hat die Klassifizierung der Pteridophyten lange Zeit beeinflusst. Da sich unsere Fähigkeit zur Inferenz evolutionärer Bäume verbessert hat, sind Klassifikationen, die darauf abzielen, natürliche Gruppen zu erkennen, zunehmend prädiktiv und stabil. Hier stellen wir eine moderne, umfassende Klassifizierung für Lauchfarne und Farne bis auf die Gattungsebene vor, die einen community-basierten Ansatz nutzt. Wir verwenden Monophylie als primäres Kriterium für die Anerkennung von Taxa, zielen aber auch darauf ab, bestehende Taxa und Abgrenzungen zu bewahren, die sowohl weitgehend akzeptiert sind als auch mit unserem Verständnis der Phylogenie der Pteridophyten übereinstimmen. Insgesamt behandelt diese Klassifizierung geschätzte 11 916 Arten in 337 Gattungen, 51 Familien, 14 Ordnungen und zwei Klassen. Diese Klassifizierung ist nicht als das letzte Wort zur Taxonomie von Lauchfarne und Farnen gedacht, sondern vielmehr als eine Zusammenfassungsäußerung aktueller Hypothesen, die aus den besten verfügbaren Daten abgeleitet und von denen geformt wurden, die sich am besten mit den betreffenden Pflanzen auskennen. Wir hoffen, dass sie als Ressource für diejenigen dienen wird, die Referenzen zur jüngsten Literatur zur Phylogenie und Klassifizierung der Pteridophyten suchen, ein Rahmenwerk zur Führung zukünftiger Untersuchungen und ein Anreiz für weitere Diskussionen.",
    url = "https://doi.org/10.1111/jse.12229",
    doi = "10.1111/jse.12229",
    openalex = "W2552168024",
    references = "doi101073pnas1323926111, doi101111boj12385, doi101111j10958339200900996x"
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@article{doi101016jcell201709030,
    author = "Bowman, John L. und Kohchi, Takayuki und Yamato, Katsuyuki T. und Jenkins, Jerry und Shu, Shengqiang und Ishizaki, Kimitsune und Yamaoka, Shohei und Nishihama, Ryuichi und Nakamura, Yasukazu und Berger, Frédéric und Adam, Catherine und Aki, Shiori S. und Althoff, Felix und Araki, Takashi und Arteaga‐Vázquez, Mario A. und Balasubrmanian, Sureshkumar und Barry, Kerrie und Bauer, Diane und Boehm, Christian R. und Briginshaw, Liam N. und Caballero-Pérez, Juan und Catarino, Bruno und Chen, Feng und Chiyoda, Shota und Chovatia, Mansi und Davies, Kevin M. und Delmans, Mihails und Demura, Taku und Dierschke, Tom und Dolan, Liam und Dorantes-Acosta, Ana E. und Eklund, D. Magnus und Florent, Stevie N. und Flores‐Sandoval, Eduardo und Fujiyama, Asao und Fukuzawa, Hideya und Galik, Bence und Grimanelli, Daniel und Grimwood, Jane und Grossniklaus, Ueli und Hamada, Takahiro und Haseloff, Jim und Hetherington, Alexander J. und Higo, Asuka und Hirakawa, Yuki und Hundley, Hope N. und Ikeda, Yoko und Inoue, Keisuke und Inoue, Shin‐ichiro und Ishida, Sakiko und Jia, Qidong und Kakita, Mitsuru und Kanazawa, Takehiko und Kawai, Yosuke und Kawashima, Tomokazu und Kennedy, Megan und Kinose, Keita und Kinoshita, Toshinori und Kohara, Yuji und Koide, Eri und Komatsu, Kenji und Kopischke, Sarah und Kubo, Minoru und Kyozuka, Junko und Lagercrantz, Ulf und Lin, Shih‐Shun und Lindquist, Erika und Lipzen, Anna und Lu, Chia-Wei und Luna, Efraín De und Martienssen, Robert A. und Minamino, Naoki und Mizutani, Masaharu und Mizutani, Miya und Mochizuki, Nobuyoshi und Monte, Isabel und Mosher, Rebecca A. und Nagasaki, Hideki und Nakagami, Hirofumi und Naramoto, Satoshi und Nishitani, Kazuhiko und Ohtani, Misato und Okamoto, Takashi und Okumura, Masaki und Phillips, Jeremy und Pollak, Bernardo und Reinders, Anke und Rövekamp, Moritz und Sano, Ryosuke und Sawa, Shinichiro und Schmid, Marc W. und Shirakawa, Makoto und Solano, Roberto und Spunde, Alex und Suetsugu, Noriyuki und Sugano, Sumio und Sugiyama, Akifumi und Sun, Rui und Suzuki, Yutaka und Takenaka, Mizuki",
    title = "Einblicke in die Evolution der Landpflanzen gewonnen aus dem Marchantia polymorpha-Genom",
    year = "2017",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.09.030",
    doi = "10.1016/j.cell.2017.09.030",
    openalex = "W2763628303",
    references = "doi101038nrg201726, doi101073pnas1323926111, doi101111nph12643"
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Diese Studie zeigt einen Weg, verfügbare Ressourcen zu kombinieren, um eine datierte Phylogenie für Pflanzen zu erstellen. Dieser Ansatz ist jedoch ein erster Schritt, und weitere Entwicklungen sind erforderlich, um Daten hinzuzufügen, die zugrunde liegende Unsicherheiten besser zu berücksichtigen, und die Auflösung zu verbessern. Die hier diskutierten Methoden können auch auf andere große Klades im Baum des Lebens angewendet werden.

@article{doi101002ajb21019,
    author = "Smith, Stephen A. und Brown, Joseph W.",
    title = "Aufbau einer weit gefassten Phylogenie von Samenpflanzen",
    year = "2018",
    journal = "American Journal of Botany",
    abstract = "Diese Studie zeigt einen Weg, verfügbare Ressourcen zu kombinieren, um eine datierte Phylogenie für Pflanzen zu erstellen. Dieser Ansatz ist jedoch ein erster Schritt, und weitere Entwicklungen sind erforderlich, um Daten hinzuzufügen, die zugrunde liegende Unsicherheiten besser zu berücksichtigen, und die Auflösung zu verbessern. Die hier diskutierten Methoden können auch auf andere große Klades im Baum des Lebens angewendet werden.",
    url = "https://doi.org/10.1002/ajb2.1019",
    doi = "10.1002/ajb2.1019",
    openalex = "W2792688220",
    references = "doi101038nature11631, doi101038nature12872, doi101038ncomms16047, doi101038ncomms2958, doi101073pnas1323926111, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101111nph13264, doi101111syen12037"
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-fixing Cyanobakterien, und wir zeigen ein klares Muster der Koevolution zwischen den beiden Partnern. Darüber hinaus fehlt dem Azolla-Genom Genen, die für arbuskuläre Mykorrhiza und Wurzelknöllchen-Symbiosen gemeinsam sind, und wir identifizieren mehrere putative Transporter-Gene, die spezifisch für die Azolla-Cyanobakterien-Symbiose sind. Diese genomischen Ressourcen werden helfen, das biotechnologische Potenzial von Azolla zu erforschen und grundlegende Fragen in der Evolution des Pflanzenlebens zu beantworten.

@article{doi101038s4147701801888,
    author = "Li, Fay‐Wei und Brouwer, Paul und Carretero‐Paulet, Lorenzo und Cheng, Shifeng und de Vries, Jan und Delaux, Pierre‐Marc und Eily, Ariana Noel und Koppers, Nils und Kuo, Li‐Yaung und Li, Zheng und Simenc, Mathew und Small, Ian und Wafula, Eric und Angarita, Stephany und Barker, Michael S. und Bräutigam, Andrea und dePamphilis, Claude W. und Gould, Sven B. und Hosmani, Prashant S. und Huang, Yao-Moan und Hüettel, Bruno und Kato, Yoichiro und Liu, Xin und Maere, Steven und McDowell, Rose und Mueller, Lukas A. und Nierop, Klaas G.J. und Rensing, Stefan A. und Robison, Tanner A. und Rothfels, Carl J. und Sigel, Erin M. und Song, Yue und Timilsena, Prakash Raj und de Peer, Yves Van und Wang, Hongli und Wilhelmsson, Per K.I. und Wolf, Paul G. und Xu, Xun und Der, Joshua P. und Schluepmann, Henriette und Wong, Gane Ka‐Shu und Pryer, Kathleen M.",
    title = "Fernen-Genome klären die Evolution von Landpflanzen und Cyanobakterien-Symbiosen",
    year = "2018",
    journal = "Nature Plants",
    abstract = "-fixing Cyanobakterien, und wir zeigen ein klares Muster der Koevolution zwischen den beiden Partnern. Darüber hinaus fehlt dem Azolla-Genom Genen, die für arbuskuläre Mykorrhiza und Wurzelknöllchen-Symbiosen gemeinsam sind, und wir identifizieren mehrere putative Transporter-Gene, die spezifisch für die Azolla-Cyanobakterien-Symbiose sind. Diese genomischen Ressourcen werden helfen, das biotechnologische Potenzial von Azolla zu erforschen und grundlegende Fragen in der Evolution des Pflanzenlebens zu beantworten.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41477-018-0188-8",
    doi = "10.1038/s41477-018-0188-8",
    openalex = "W2809850047",
    references = "doi101093nargkt371, doi101186s128590182129y, doi103732apps1600016"
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Die Festlegung der Zeitskala der frühen Evolution der Landpflanzen ist unerlässlich, um Hypothesen zur Koevolution von Landpflanzen und dem Erdsystem zu testen. Die Seltenheit von Megafossilien früher Landpflanzen und stratigraphische Kontrollen ihrer Verteilung machen den Fossilbericht zu einem unzuverlässigen Leitfaden, sodass nur die molekulare Uhr verbleibt. Allerdings wird die Anwendung der molekularen Uhr-Methode durch den aktuellen Stillstand bei Versuchen, die evolutionären Beziehungen zwischen den lebenden Bryophyten und Tracheophyten aufzulösen, herausgefordert. Hier etablieren wir eine Zeitskala für die frühe Evolution der Landpflanzen, die topologische Unsicherheit integriert, indem wir die Auswirkungen konkurrierender Hypothesen über Bryophyt-Tracheophyt-Beziehungen unter anderem Variablen auf die Schätzung der Divergenzzeiten untersuchen. Wir kodifizieren 37 Fossilkalibrierungen für Viridiplantae nach bestem Praktiken. Wir wenden diese Kalibrierungen in einer bayesianischen relaxierten molekularen Uhr-Analyse eines phylogenomischen Datensatzes an, der die Vielfalt der Embryophyta und ihrer Verwandten innerhalb der Viridiplantae umfasst. Topologie und Datensatzgrößen haben wenig Einfluss auf Altersschätzungen, während größere Unterschiede zwischen alternativen Uhr-Modellen und Kalibrierungsstrategien bestehen. Für alle Analysen wird ein kambriischer Ursprung der Embryophyta mit höchster Wahrscheinlichkeit rekonstruiert. Die geschätzten Altersangaben für Kronentracheophyten reichen vom späten Ordovizium bis zum späten Silur. Diese Zeitskala impliziert eine frühe Etablierung terrestrischer Ökosysteme durch Landpflanzen, die in engem Einklang mit jüngsten Schätzungen für den Ursprung terrestrischer Tierlinien steht. Biogeochemische Modelle, die durch den Fossilbericht früher Landpflanzen eingeschränkt sind oder versuchen, ihre Auswirkungen zu erklären, müssen die Implikationen eines viel früheren, mittlkambriischen bis frühen ordovizischen Ursprungs berücksichtigen.

@article{doi101073pnas1719588115,
    author = "Morris, Jennifer L. und Puttick, Mark N. und Clark, James und Edwards, Dianne und Kenrick, Paul und Pressel, Silvia und Wellman, Charles H. und Yang, Ziheng und Schneider, Harald und Donoghue, Philip C. J.",
    title = "The timescale of early land plant evolution",
    year = "2018",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Die Festlegung der Zeitskala der frühen Evolution der Landpflanzen ist unerlässlich, um Hypothesen zur Koevolution von Landpflanzen und dem Erdsystem zu testen. Die Seltenheit von Megafossilien früher Landpflanzen und stratigraphische Kontrollen ihrer Verteilung machen den Fossilbericht zu einem unzuverlässigen Leitfaden, sodass nur die molekulare Uhr verbleibt. Allerdings wird die Anwendung der molekularen Uhr-Methode durch den aktuellen Stillstand bei Versuchen, die evolutionären Beziehungen zwischen den lebenden Bryophyten und Tracheophyten aufzulösen, herausgefordert. Hier etablieren wir eine Zeitskala für die frühe Evolution der Landpflanzen, die topologische Unsicherheit integriert, indem wir die Auswirkungen konkurrierender Hypothesen über Bryophyt-Tracheophyt-Beziehungen unter anderem Variablen auf die Schätzung der Divergenzzeiten untersuchen. Wir kodifizieren 37 Fossilkalibrierungen für Viridiplantae nach bestem Praktiken. Wir wenden diese Kalibrierungen in einer bayesianischen relaxierten molekularen Uhr-Analyse eines phylogenomischen Datensatzes an, der die Vielfalt der Embryophyta und ihrer Verwandten innerhalb der Viridiplantae umfasst. Topologie und Datensatzgrößen haben wenig Einfluss auf Altersschätzungen, während größere Unterschiede zwischen alternativen Uhr-Modellen und Kalibrierungsstrategien bestehen. Für alle Analysen wird ein kambriischer Ursprung der Embryophyta mit höchster Wahrscheinlichkeit rekonstruiert. Die geschätzten Altersangaben für Kronentracheophyten reichen vom späten Ordovizium bis zum späten Silur. Diese Zeitskala impliziert eine frühe Etablierung terrestrischer Ökosysteme durch Landpflanzen, die in engem Einklang mit jüngsten Schätzungen für den Ursprung terrestrischer Tierlinien steht. Biogeochemische Modelle, die durch den Fossilbericht früher Landpflanzen eingeschränkt sind oder versuchen, ihre Auswirkungen zu erklären, müssen die Implikationen eines viel früheren, mittlkambriischen bis frühen ordovizischen Ursprungs berücksichtigen.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1719588115",
    doi = "10.1073/pnas.1719588115",
    openalex = "W2789151108",
    references = "doi101016jgca200511032, doi101073pnas1001225107, doi101073pnas1323926111, doi101093molbevmsm193, doi101093sysbiosyr107, doi101098rstb19980195, doi101098rstb20110271, doi101111j14698137201103794x, doi102475ajs3012182"
}

Seit der Besiedlung des Landes durch urtümliche Pflanzenlinien vor 450 Millionen Jahren interagieren Pflanzen und ihre assoziierten Mikroben miteinander und bilden eine Artengemeinschaft, die häufig als „Holobiont" bezeichnet wird. Selektionsdruck auf Holobiont-Komponenten hat wahrscheinlich pflanzenassoziierte mikrobielle Gemeinschaften geformt und Wirt-anangepasste Mikroorganismen begünstigt, die die Fitness der Pflanze beeinflussen. Die hohen mikrobiellen Dichten, die auf Pflanzengewebe detektiert werden, zusammen mit der schnellen Generationszeit der Mikroben und ihrem älteren Ursprung im Vergleich zu ihrem Wirt, deuten darauf hin, dass auch Mikroben-Mikroben-Interaktionen wichtige selektive Kräfte sind, die komplexe mikrobielle Gemeinschaften in den Phyllosphären-, Rhizosphären- und Pflanzenendosphären-Kompartimenten formen. Reduktionistische Ansätze, die unter Laborbedingungen durchgeführt wurden, waren entscheidend, um die Strategien zu entschlüsseln, die spezifische Mikroben zur Kooperation und zum Wettbewerb innerhalb oder außerhalb von Pflanzengewebe einsetzen. Dennoch bleibt unser Verständnis dieser mikrobiellen Interaktionen bei der Gestaltung komplexerer pflanzenassoziiierter mikrobieller Gemeinschaften sowie ihrer Relevanz für die Wirts Gesundheit in einem natürlicheren Kontext lückenhaft. Unter Verwendung von Beispielen aus reduktionistischen und gemeinschaftsbasierten Ansätzen diskutieren wir die fundamentale Rolle von Mikroben-Mikroben-Interaktionen (Prokaryoten und Mikro-Eukaryoten) für die Struktur mikrobieller Gemeinschaften und die Pflanzengesundheit. Wir stellen ein konzeptionelles Rahmenwerk bereit, das zeigt, dass Interaktionen zwischen Mitgliedern des Mikrobioms entscheidend für die Etablierung und Aufrechterhaltung der Wirt-Mikroben-Homöostase sind.

@article{doi101186s4016801804450,
    author = "Hassani, M. Amine und Durán, Paloma und Hacquard, Stéphane",
    title = "Mikrobielle Interaktionen innerhalb des pflanzlichen Holobionts",
    year = "2018",
    journal = "Microbiome",
    abstract = {Seit der Besiedlung des Landes durch urtümliche Pflanzenlinien vor 450 Millionen Jahren interagieren Pflanzen und ihre assoziierten Mikroben miteinander und bilden eine Artengemeinschaft, die häufig als „Holobiont" bezeichnet wird. Selektionsdruck auf Holobiont-Komponenten hat wahrscheinlich pflanzenassoziierte mikrobielle Gemeinschaften geformt und Wirt-anangepasste Mikroorganismen begünstigt, die die Fitness der Pflanze beeinflussen. Die hohen mikrobiellen Dichten, die auf Pflanzengewebe detektiert werden, zusammen mit der schnellen Generationszeit der Mikroben und ihrem älteren Ursprung im Vergleich zu ihrem Wirt, deuten darauf hin, dass auch Mikroben-Mikroben-Interaktionen wichtige selektive Kräfte sind, die komplexe mikrobielle Gemeinschaften in den Phyllosphären-, Rhizosphären- und Pflanzenendosphären-Kompartimenten formen. Reduktionistische Ansätze, die unter Laborbedingungen durchgeführt wurden, waren entscheidend, um die Strategien zu entschlüsseln, die spezifische Mikroben zur Kooperation und zum Wettbewerb innerhalb oder außerhalb von Pflanzengewebe einsetzen. Dennoch bleibt unser Verständnis dieser mikrobiellen Interaktionen bei der Gestaltung komplexerer pflanzenassoziiierter mikrobieller Gemeinschaften sowie ihrer Relevanz für die Wirts Gesundheit in einem natürlicheren Kontext lückenhaft. Unter Verwendung von Beispielen aus reduktionistischen und gemeinschaftsbasierten Ansätzen diskutieren wir die fundamentale Rolle von Mikroben-Mikroben-Interaktionen (Prokaryoten und Mikro-Eukaryoten) für die Struktur mikrobieller Gemeinschaften und die Pflanzengesundheit. Wir stellen ein konzeptionelles Rahmenwerk bereit, das zeigt, dass Interaktionen zwischen Mitgliedern des Mikrobioms entscheidend für die Etablierung und Aufrechterhaltung der Wirt-Mikroben-Homöostase sind.},
    url = "https://doi.org/10.1186/s40168-018-0445-0",
    doi = "10.1186/s40168-018-0445-0",
    openalex = "W2795321853",
    references = "doi101126science1256688, doi101371journalpbio1002226, doi101371journalpbio1002352"
}

Grüne Pflanzen (Viridiplantae) umfassen rund 450.000–500.000 Arten 1,2 mit großer Vielfalt und spielen wichtige Rollen in terrestrischen und aquatischen Ökosystemen. Hier, als Teil der One Thousand Plant Transcriptomes Initiative, sequenzierten wir die vegetativen Transkriptome von 1.124 Arten, die die Vielfalt der Pflanzen im weiteren Sinne (Archaeplastida) abdecken, einschließlich grüner Pflanzen (Viridiplantae), Glaucophyten (Glaucophyta) und Rotalgen (Rhodophyta). Unsere Analyse liefert einen robusten phylogenomischen Rahmen zur Untersuchung der Evolution grüner Pflanzen. Die meisten inferred Artenbeziehungen sind über mehrere Artenbaum- und Supermatrixanalysen hinweg gut gestützt, aber Diskrepanzen zwischen Plastid- und Kerngen-Bäumen an einigen wichtigen Knoten heben die Komplexität der Pflanzen-Genom-Evolution hervor, einschließlich Polyploidie, Perioden schneller Artbildung und Aussterben. Unvollständige Sortierung von ancestraler Variation, Polyploidisierung und massive Expansionen von Genfamilien durchziehen die evolutionäre Geschichte grüner Pflanzen. Bemerkenswerterweise finden wir, dass große Expansionen von Genfamilien den Ursprüngen grüner Pflanzen, Landpflanzen und Gefäßpflanzen vorausgingen, während Whole-Genome-Duplikationen wiederholt während der Evolution von Blütenpflanzen und Farne inferiert wurden. Die zunehmende Verfügbarkeit hochwertiger Pflanzen-Genom-Sequenzen und Fortschritte in der funktionalen Genomik ermöglichen Forschung zur Genom-Evolution über den grünen Baum des Lebens hinweg.

@article{doi101038s4158601916932,
    author = "Initiative, One Thousand Plant Transcriptomes",
    title = "One thousand plant transcriptomes and the phylogenomics of green plants",
    year = "2019",
    journal = "Nature",
    abstract = "Grüne Pflanzen (Viridiplantae) umfassen rund 450.000–500.000 Arten 1,2 mit großer Vielfalt und spielen wichtige Rollen in terrestrischen und aquatischen Ökosystemen. Hier, als Teil der One Thousand Plant Transcriptomes Initiative, sequenzierten wir die vegetativen Transkriptome von 1.124 Arten, die die Vielfalt der Pflanzen im weiteren Sinne (Archaeplastida) abdecken, einschließlich grüner Pflanzen (Viridiplantae), Glaucophyten (Glaucophyta) und Rotalgen (Rhodophyta). Unsere Analyse liefert einen robusten phylogenomischen Rahmen zur Untersuchung der Evolution grüner Pflanzen. Die meisten inferred Artenbeziehungen sind über mehrere Artenbaum- und Supermatrixanalysen hinweg gut gestützt, aber Diskrepanzen zwischen Plastid- und Kerngen-Bäumen an einigen wichtigen Knoten heben die Komplexität der Pflanzen-Genom-Evolution hervor, einschließlich Polyploidie, Perioden schneller Artbildung und Aussterben. Unvollständige Sortierung von ancestraler Variation, Polyploidisierung und massive Expansionen von Genfamilien durchziehen die evolutionäre Geschichte grüner Pflanzen. Bemerkenswerterweise finden wir, dass große Expansionen von Genfamilien den Ursprüngen grüner Pflanzen, Landpflanzen und Gefäßpflanzen vorausgingen, während Whole-Genome-Duplikationen wiederholt während der Evolution von Blütenpflanzen und Farne inferiert wurden. Die zunehmende Verfügbarkeit hochwertiger Pflanzen-Genom-Sequenzen und Fortschritte in der funktionalen Genomik ermöglichen Forschung zur Genom-Evolution über den grünen Baum des Lebens hinweg.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41586-019-1693-2",
    doi = "10.1038/s41586-019-1693-2",
    openalex = "W2981543307",
    references = "doi101016jtree200901009, doi101038nature09916, doi101073pnas1323926111, doi10108014786440109462720, doi101093aobmcp044, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093bioinformaticsbtv351, doi101093genetics15141531, doi101093molbevmsm088, doi101093molbevmsx116, doi101093nargkf436, doi101093nargkh340, doi101093nargkr944, doi101371journalpcbi1002195, doi101371journalpone0009490, doi1023072346830"
}

@incollection{birks2020expedition,
    author = "Birks, John",
    title = "Expedition Botany/Hobby Botany",
    year = "2020",
    booktitle = "Curious about Nature",
    url = "https://doi.org/10.1017/9781108552172.014",
    doi = "10.1017/9781108552172.014",
    pages = "151-155"
}

Lebermoose (Hornworts) umfassen eine Mooslinie, die vor mehr als 400 Millionen Jahren von anderen existierenden Landpflanzen abgezwiegt wurde und einzigartige biologische Merkmale aufweist, darunter eine spezifische Sporophyt-Architektur, Cyanobakterien-Symbiose und einen pyrenoidbasierten Kohlenstoffkonzentrationsmechanismus (CCM). Hier stellen wir drei hochwertige Genome von Anthoceros-Lebermoosen vor. Phylogenomische Analysen platzieren Lebermoose als Schwesterklade zu Lebermoosen plus Moosen mit hoher Unterstützung. Die Anthoceros-Genome fehlen repetitionsdichte Zentromere sowie eine Ganzgenom-Duplikation und enthalten ein begrenztes Transkriptionsfaktor-Repertoire. Mehrere Gene, die an der Funktion des Meristems und der Stomata bei Angiospermen beteiligt sind, sind in Anthoceros konserviert und während der Sporophyt-Entwicklung hochreguliert, was mögliche Homologien auf genetischer Ebene nahelegt. Wir identifizierten Kandidatengene, die an der Cyanobakterien-Symbiose beteiligt sind, und stellten fest, dass LCIB, ein Chlamydomonas-CCM-Gen, in Lebermoosen vorhanden ist, aber in anderen Pflanzenlinien fehlt, was eine mögliche konservative Rolle in der CCM-Funktion impliziert. Wir erwarten, dass diese Lebermoos-Genome als wesentliche Referenzen für zukünftige Lebermoosforschung und vergleichende Studien über Landpflanzen hinweg dienen werden.

@article{doi101038s4147702006182,
    author = "Li, Fay‐Wei und Nishiyama, Tomoaki und Waller, Manuel und Frangedakis, Eftychios und Keller, Jean und Li, Zheng und Fernández‐Pozo, Noé und Barker, Michael S. und Bennett, Tom und Blázquez, Miguel Á. und Cheng, Shifeng und Cuming, Andrew C. und de Vries, Jan und de Vries, Sophie und Delaux, Pierre‐Marc und Diop, Issa und Harrison, C. J. O. und Hauser, Duncan und Hernández‐García, Jorge und Kirbis, Alexander und Meeks, John C. und Monte, Isabel und Mutte, Sumanth und Neubauer, Anna und Quandt, Dietmar und Robison, Tanner A. und Shimamura, Masaki und Rensing, Stefan A. und Villarreal, Juan Carlos und Weijers, Dolf und Wicke, Susann und Wong, Gane Ka‐Shu und Sakakibara, Keiko und Szövényi, Péter",
    title = "Anthoceros-Genome beleuchten den Ursprung von Landpflanzen und die einzigartige Biologie von Lebermoosen",
    year = "2020",
    journal = "Nature Plants",
    abstract = "Lebermoose (Hornworts) umfassen eine Mooslinie, die vor mehr als 400 Millionen Jahren von anderen existierenden Landpflanzen abgezwiegt wurde und einzigartige biologische Merkmale aufweist, darunter eine spezifische Sporophyt-Architektur, Cyanobakterien-Symbiose und einen pyrenoidbasierten Kohlenstoffkonzentrationsmechanismus (CCM). Hier stellen wir drei hochwertige Genome von Anthoceros-Lebermoosen vor. Phylogenomische Analysen platzieren Lebermoose als Schwesterklade zu Lebermoosen plus Moosen mit hoher Unterstützung. Die Anthoceros-Genome fehlen repetitionsdichte Zentromere sowie eine Ganzgenom-Duplikation und enthalten ein begrenztes Transkriptionsfaktor-Repertoire. Mehrere Gene, die an der Funktion des Meristems und der Stomata bei Angiospermen beteiligt sind, sind in Anthoceros konserviert und während der Sporophyt-Entwicklung hochreguliert, was mögliche Homologien auf genetischer Ebene nahelegt. Wir identifizierten Kandidatengene, die an der Cyanobakterien-Symbiose beteiligt sind, und stellten fest, dass LCIB, ein Chlamydomonas-CCM-Gen, in Lebermoosen vorhanden ist, aber in anderen Pflanzenlinien fehlt, was eine mögliche konservative Rolle in der CCM-Funktion impliziert. Wir erwarten, dass diese Lebermoos-Genome als wesentliche Referenzen für zukünftige Lebermoosforschung und vergleichende Studien über Landpflanzen hinweg dienen werden.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41477-020-0618-2",
    doi = "10.1038/s41477-020-0618-2",
    openalex = "W3011850984",
    references = "doi101038s4158601916932"
}

Die Enthüllung des Baumes des Lebens der Angiospermen (Blütenpflanzen) in den letzten drei Jahrzehnten gehört zu den großen Erfolgsgeschichten der modernen Pflanzenbiologie. Blütenpflanzen bilden die Grundlage für die meisten terrestrischen Biome: Sie fixieren enorme Mengen terrestrischen Kohlenstoffs, produzieren damit einen beträchtlichen Anteil des planetaren Sauerstoffs und treiben wichtige biogeochemische Kreisläufe an. Der Großteil der menschlichen Kalorien stammt entweder direkt (Kulturen) oder indirekt (Futter) aus Angiospermen, ebenso wie viele Medikamente, Kraftstoffe, Farbstoffe, Getränke, Holz, Fasern und andere Materialien. Zahllose unverzichtbare und alltägliche Gegenstände, die das menschliche Dasein beeinflussen, haben ihren Ursprung in Blütenpflanzen, und ohne sie wäre das Leben entschieden düsterer – stellen Sie sich zum Beispiel eine Welt ohne Kräuter, Gewürze oder Gartenblumen vor. In diesem Kontext kann die Bedeutung eines umfassenden Verständnisses des Baumes des Lebens der Angiospermen nicht genug betont werden. Der Baum des Lebens ist die grundlegende biologische Landkarte für die Evolution und Eigenschaften von Pflanzen (z. B. Wong et al., 2020). Für Evolutionsbiologen ermöglichen Phylogenien ein besseres Verständnis des spektakulären Aufstiegs der Blütenpflanzen zur Dominanz in den letzten etwa 140 Millionen Jahren (z. B. Lutzoni et al., 2018; Ramírez-Barahona et al., 2020). Informationen über phylogenetische Beziehungen bei Angiospermen bilden auch die Grundlage für die moderne Klassifikation von Angiospermen (z. B. APG IV, 2016) und helfen uns, die Ursprünge und Grenzen von Arten besser zu verstehen (z. B. Fazekas et al., 2009). Heute erlebt die Forschung am Baum des Lebens eine Renaissance aufgrund der Entwicklung leistungsstarker, neuer phylogenomischer Methoden (Dodsworth et al., 2019). In diesem Sonderheft des American Journal of Botany, zusammen mit einem Begleitheft von Applications in Plant Sciences, sammeln wir eine Reihe von Artikeln, die sich auf ein neues, gemeinsames phylogenomisches Werkzeug, den Angiosperms353-Proben-Satz (Johnson et al., 2019), konzentrieren und sein Potenzial für die evolutionäre Synthese durch die Förderung einer offenen Zusammenarbeit innerhalb unserer Gemeinschaft veranschaulichen.

@article{doi101002ajb21703,
    author = "Baker, William J. und Dodsworth, Steven und Forest, Félix und Graham, Sean W. und Johnson, Matthew G. und McDonnell, Angela und Pokorny, Lisa und Tate, Jennifer A. und Wicke, Susann und Wickett, Norman J.",
    title = "Exploring Angiosperms353: An open, community toolkit for collaborative phylogenomic research on flowering plants",
    year = "2021",
    journal = "American Journal of Botany",
    abstract = "The unveiling of the angiosperm (flowering plant) tree of life over the past three decades has been one of the great success stories of modern plant biology. Flowering plants underpin most terrestrial biomes: they fix vast amounts of terrestrial carbon, in turn producing a substantial fraction of planetary oxygen, and drive major biogeochemical cycles. The bulk of human calories are derived either directly (crops) or indirectly (fodder) from angiosperms, as are many medicines, fuel, dyes, beverages, timber, fibers, and other materials. Countless indispensable and mundane items that impact human existence find their origins in flowering plants, and without them, life would be decidedly drearier—imagine a world without herbs, spices, or garden flowers, for example. In this context, the importance of a comprehensive understanding of the angiosperm tree of life cannot be overstated. The tree of life is the fundamental, biological roadmap to the evolution and properties of plants (e.g., Wong et al., 2020). For evolutionary biologists, phylogenies allow us to better understand the spectacular rise of the flowering plants to dominance over the past 140 million or so years (e.g., Lutzoni et al., 2018; Ramírez-Barahona et al., 2020). Information about angiosperm phylogenetic relationships also underpins modern angiosperm classification (e.g., APG IV, 2016), and helps us to better understand species origins and boundaries (e.g., Fazekas et al., 2009). Today, tree of life research is undergoing a renaissance due to the development of powerful, new phylogenomic methods (Dodsworth et al., 2019). In this special issue of the American Journal of Botany, together with a companion issue of Applications in Plant Sciences, we gather a set of papers that focus on a new, common phylogenomic toolkit, the Angiosperms353 probe set (Johnson et al., 2019), and illustrate its potential for evolutionary synthesis by promoting open collaboration across our community.",
    url = "https://doi.org/10.1002/ajb2.1703",
    doi = "10.1002/ajb2.1703",
    openalex = "W3184323062",
    references = "doi101038s4158601916932, doi101073pnas0905845106, doi101073pnas1323926111, doi101073pnas1720115115, doi101073pnas84249054, doi101093sysbio463523, doi101111boj12385, doi101186s128590182129y, doi1023072399846, doi103732apps1600016"
}

Target enrichment represents a useful, cost-effective method for researchers working on the Phylogenie der nicht-modellorganismen (z. B. Cronn et al., 2012; Hale et al., 2020). Die Fähigkeit, ein anpassbares, vordefiniertes genomisches Subset für mehrere Dutzend oder sogar Hunderte von Taxa zu sequenzieren, ermöglicht tiefgehende Analysen und die Überprüfung phylogenetischer Hypothesen auf Weise, die zuvor nicht möglich war (siehe Übersicht in McKain et al., 2018). Die beliebtesten Methoden für die gezielte Sequenzierung genomischer Loci in der Phylogenetik umfassen (lang-)Amplicon-Sequenzierung (Rothfels et al., 2017) und Hybridisierungscapture (Mandel et al., 2014; Weitemier et al., 2014). Die gezielte Amplicon-Sequenzierung basiert auf der Amplifikation einzelner Fragmente mittels PCR oder auf der Verwendung von Multiplexing-Methoden wie einer mikrofluidischen PCR-basierten Amplifikation mehrerer vorab ausgewählter genomischer Regionen (z. B. Zhang und Ozdemir, 2009; Ho et al., 2014), die anschließend zusammengeführt und sequenziert werden können. Massiv parallele Amplicon-Sequenzierung wurde erstmals in der medizinischen Diagnostik eingesetzt (Turner et al., 2009) und wurde später auf die Metazoen-Phylogenetik angewendet (Bybee et al., 2011; O’Neill et al., 2013). Mikrofluidische PCR und lang-Amplicon-Sequenzierung wurden anschließend in der Pflanzen-Systematik angewendet (Uribe-Convers et al., 2014, 2016; Gostel et al., 2015). Amplicon-basierte Methoden können zeitaufwändig sein, da sie eine sorgfältige Optimierung und Validierung von Primern erfordern. Diese Methoden sind auch anfällig für viele der häufigen Probleme in der PCR (wie unspezifische Produkte, Unfähigkeit, große Loci in ihrer Gesamtheit zu amplifizieren oder einfach keine Produkte). Kürzlich wurden Amplicon-Ansätze weitgehend durch hybridierungsbasiertes Target Enrichment ersetzt, das eine relativ schnelle Probenentwicklung in Bezug auf wenige verwandte Transkriptome oder Genome ermöglicht und die gleichzeitige und effiziente Gewinnung von Hunderten von Genen erlaubt. Target Enrichment über hybridierungsbasierte Sequenzierungscapture kann benutzerdefinierte oder universelle Proben (kurze Nukleotidfragmente zwischen 80 und 120 bp Länge, auch als Baits bezeichnet) verwenden. Dieser vielseitige und leistungsstarke Ansatz stützt sich auf Proben, um komplementäre Sätze genomischer Ziele aus ganomomischer DNA oder cDNA-Proben unter Verwendung von Festphasen- oder in-Solution-Hybridisierung zu erfassen (Gnirke et al., 2009; Mamanova et al., 2010; Cronn et al., 2012). Um häufige (alte) ganze Genom-Duplizierungsereignisse zu berücksichtigen, können Pflanzen-Systematiker Sätze von konsistent niedrig- bis Einzelkopie-Markern identifizieren, die zwei häufige Probleme ausgleichen: die Sicherstellung der Gewinnung über einen breiten Bereich von Taxa hinweg, während gleichzeitig ausreichende phylogenetische Informativität enthalten wird. Zielregionen können anpassbar gestaltet werden, um spezifische Forschungsfragen zu adressieren, einschließlich des Zielgens, die für einen Stoffwechselweg gemeinsam sind (Gardner et al., 2016; Folk et al., 2021) oder Gene von agronomischem Interesse (Witek et al., 2016; Soto Gomez et al., 2019). Die Ziele sind oft vollständige Gene oder exone Sequenzen, aber nicht-kodierende DNA wie Introns oder nicht übersetzte Regionen kann ebenfalls angereichert werden. Die in-Solution-Erfassung der Probenziele hängt von der Thermodynamik der Hybridisierung ab. Dieser Prozess wird teilweise von der DNA-Komplexität des Baits und der Probenlänge gesteuert. Längere Proben tolerieren mehr Mismatches, wodurch sie besser geeignet sind für die Erfassung über verschiedene Arten hinweg. Höhere Tiling-Dichte (der Grad, in dem sich Proben überlappen, z. B. 75%) kann für das Versagen spezifischer Proben zur Hybridisierung oder für Material niedriger Qualität kompensieren, wie es bei historischen Herbariensammlungen der Fall ist, sogenannten herbariomic-Ansätzen (Brewer et al., 2019). Während überlappende Proben die Chance erhöhen, das Ziel von Interesse über benachbarte Proben zu erfassen, gibt es einen Kompromiss, da eine höhere Tiling-Dichte tendenziell die Anzahl der Loci reduziert, die pro Capture-Kit untersucht werden können. Das gezielte Enrichment von Kerngenen überwindet auch mehrere potenzielle Nachteile der Schätzung von Phylogenien allein aus Organellendaten. Das Einzellocus-Verhalten von OrganellendNA bedeutet, dass nur eine einzige Geschichte bereitgestellt wird: das gesamte Plastid-Genom soll als eine einzige Verknüpfungsgruppe funktionieren (Birky, 2001; siehe jedoch Zhang et al., 2020). Organellendaten sind auch anfällig für hohe Raten von genetischer Drift in kleinen Populationsgrößen, was zu einer weniger genauen Schätzung der Linien-Differenzierung führen könnte, im Vergleich zu großen Sätzen von Kerngenen (siehe Übersicht in Wicke und Schneeweiss, 2015). Obwohl Target-Capture-Daten viele mehr Gen-Historien liefern, erfordert die Analyse dieser Daten spezifische bioinformatische Ansätze, einschließlich der Assemblierung von Gen-Sequenzen ohne genomische Referenzen und der Erkennung lokaler Gen-Duplizierungsereignisse, die die Annahmen der Orthologie verletzen. In dieser Hinsicht hat die Pflanzen-Systematik-Community innovativ die damit verbundenen rechnerischen Herausforderungen angegangen, was zur weit verbreiteten Adoption von Target-Sequenzierung für die Pflanzen-Systematik in den letzten Jahren geführt hat. Angiosperms353 ist ein Werkzeug, das eine phylogenomische Analyse jeder Angiospermengruppe in jedem Maßstab ermöglicht; die gezielten Gene und die damit verbundenen Proben (Johnson et al., 2019) wurden aus einem Satz von niedrig-kopigen Kerngenen entwickelt, die verwendet wurden, um die Phylogenie aller grünen Pflanzen zu erschließen (One Thousand Plant Transcriptomes Initiative et al., 2019), um die Sammlung phylogenomischer Daten auf eine relativ kosteneffektive und wiederholbare Weise zu erleichtern. Wenn man Angiosperms353 betrachtet, ist es wichtig, zwischen den niedrig-kopigen orthologen Genen zu unterscheiden, die in allen Angiospermen vorkommen, und den 120-bp-Proben-Sequenzen, die verwendet werden, um genomische Bibliotheken anzureichern. Die Gene wurden basierend auf der Kopienzahl ausgewählt (idealerweise Gene, die über mehr als 1400 verfügbare Pflanzen-Transkriptome hinweg als Einzelkopie vorliegen) und enthalten nützliches phylogenetisches Signal auf tiefen und jüngeren Zeitskalen. Die Proben-Sequenzen wurden aus ~600 Angiosperm-Transkriptomen und Genomen entwickelt und wurden ausgewählt, um die Sequenzähnlichkeit zu anderen Angiospermen zu maximieren, während die Anzahl der Sequenzen, die für die Probenentwicklung verwendet werden, minimiert wird. Das Unterscheiden der Gene von den Proben ist wichtig, wenn man die Vorteile, Grenzen und zukünftigen Richtungen für Angiosperms353 in der phylogenetischen Systematik, wie unten diskutiert. Obwohl die ersten Berichte über die Nützlichkeit der Angiosperms353-Gene und -Sonden vielversprechend waren (Dodsworth et al., 2019), bleiben einige wesentliche Fragen offen: (1) Können Angiosperms353-Sonden wirklich zuverlässig verwendet werden, um orthologe Gene über alle Gruppen von Blütenpflanzen hinweg zu rekonstruieren?; (2) Ist ein weitreichendes Sonden-Design für Angiospermen das effizienteste für alle gezielten Sequenzierungsprojekte?; (3) Welche neuen Bioinformatik-Tools sind erforderlich, um Angiosperms353-Gene auf zuvor unlösbare Forschungsfragen anzuwenden?; und (4) Sind Angiosperms353-Gene innerhalb von Arten variabel genug, um die Nützlichkeit der Sonden auf populationsgenetische Studien auszudehnen? In diesem Sonderheft und dem begleitenden Heft im American Journal of Botany (Baker et al., 2021b) befassen sich die gesammelten Artikel mit diesen Fragen und demonstrieren eine Reihe von Möglichkeiten, wie Forschung, die Angiosperms353 einsetzt, zukünftige angiospermische phylogenetische Studien unterstützen wird. Dieses Heft von Applications in Plant Sciences konzentriert sich auf eine Vielzahl methodischer Fragen, einschließlich Vergleichen zwischen dem Angiosperms353-Sonden-Satz und taxonspezifischen Sonden-Sätzen, der Entwicklung neuer Tools für spezifische Linien, einer neuen Labortechnik zur gleichzeitigen Anreicherung von Bibliotheken unter Verwendung von Angiosperms353 und taxonspezifischen Sonden-Sätzen sowie bioinformatischen Ansätzen zur Förderung einer sorgfältigen Assemblierung und Analyse von Daten, die mit dem Angiosperms353-Kit gewonnen wurden. Niedrig- bis Einzelkopie-nukleäre Marker haben sich als wichtiges Werkzeug in evolutionären Studien von Angiospermen erwiesen (z. B., Small et al., 2004; Wu et al., 2006; Duarte et al., 2010). Die Identifizierung eines Satzes von Hunderten von nukleären Markern, die über Angiospermen hinweg geteilt werden, hat das Design von Sonden für gezielte Anreicherung und nachfolgende Hochdurchsatz-Sequenzierung erleichtert (Johnson et al., 2019). In diesem Heft befassen sich drei Artikel mit der Anwendung und Erweiterung der Angiosperms353-Loci. Diese Artikel bauen auf bestehenden Ressourcen auf, um neue linien-spezifische Sonden zu entwerfen, die die Angiosperms353-Loci enthalten (Eserman et al., 2021; Ufimov et al., 2021), sorgfältige Vergleiche der Leistung eines bestehenden linien-spezifischen Sonden-Satzes mit dem Angiosperms353-Sonden-Satz durchzuführen (Siniscalchi et al., 2021) und die Wirksamkeit der gleichzeitigen Anreicherung von Bibliotheken unter Verwendung von universellen und linien-spezifischen Sonden in einer einzigen Hybridisierungsreaktion zu untersuchen (Hendriks et al., 2021). Eserman et al. (2021) beschreiben die Entwicklung von Orchidaceae963, einem neuen Köder-Satz, der 254 der Angiosperms353-Loci integriert, die sie an Mitgliedern von drei Unterfamilien der Orchidaceae getestet haben. Diese Ressource wird systematische Arbeiten in der Familie erleichtern und voraussichtlich auch in populations- und Erhaltungs-genomischen Studien nützlich sein. Die Integration der Angiosperms353-Loci zusammen mit benutzerdefinierten Marker-Genen wird häufiger (Yardeni et al., 2019; Jantzen et al., 2020; Christe et al., 2021; Ogutcen et al., 2021), und wird die Zusammenarbeit zwischen Forschungsteams fördern und den Datenaustausch über Studien hinweg ermöglichen. Vergleichende Analysen der benutzerdefinierten Sätze und des Angiosperms353-Satzes werden natürlich folgen (z. B., siehe Larridon et al., 2020; Shah et al., 2021). Zum Beispiel fanden Ufimov et al. (2021) in ihrer Studie der Rosaceae-Untertribus Malinae eine ähnliche Anzahl von parsimonie-informativen Stellen unter Verwendung des Angiosperms353-Sonden-Satzes und eines benutzerdefinierten Sonden-Satzes. Sie zeigten auch, dass die benutzerdefinierten Sonden zu verbesserten Locus-Erholungsquoten über Proben hinweg und niedrigeren Ebenen von Genbaum-Diskrepanzen führten (siehe jedoch Yardeni et al., 2019). Siniscalchi et al. (2021) verglichen ihre linien-spezifischen Compositae1061-Sonden mit den Angiosperms353-Sonden bei acht Mitgliedern der Sonnenblumenfamilie. Obwohl sie im Durchschnitt mehr Loci mit den linien-spezifischen Sonden rekonstruieren konnten, fanden sie niedrigere Ebenen von Paralogie in den Genbäumen, die auf den Angiosperms353-Loci basieren, was die nachgelagerte Analyse der letzteren gegenüber den ersteren vereinfachen könnte. Hendriks et al. (2021) führten einen Testfall für die Kombination sowohl von linien-spezifischen (d. h., Brassicaceae) als auch von universellen Sonden in einer einzigen Hybridisierungsreaktion durch, um Bibliotheken für beide Sätze von Loci gleichzeitig anzureichern. Sie fanden hohe Ebenen der Anreicherung und Locus-Erholung für beide Sätze von Zielen über 26 Brassicaceae-Proben hinweg, die 16 Proben aus einem einzigen Stamm und 10 Proben widerspiegeln, die eine breitere Abdeckung über die Familie hinweg zeigen. Ihre Studie zeigt, dass es möglich ist, Daten für mehrere Sonden-Sätze mit wenig zusätzlichen Kosten oder Aufwand pro Probe zu generieren. Zusammenfassend heben diese Artikel hervor, dass Forscher mehrere Optionen haben, wenn sie Loci für die Zielerfassung bei Blütenpflanzen wählen. Die Angiosperms353-Gene bieten einen sofort verfügbaren Satz von Loci, die niedrig kopiert sind und zuverlässig mit den universellen Angiosperms353-Sonden oder durch Verwendung von benutzerdefinierten Sonden, die mit Orthologen der Angiosperms353-Gene aus den Ziel-Taxa entworfen wurden, rekonstruiert werden können. Die Machbarkeit der Kombination von Sonden-Sätzen während der Hybridisierung deutet auf zusätzliche Flexibilität hin. Es gibt einen Kompromiss, da benutzerdefinierte Sonden-Designs höhere Kosten pro Probe haben und vorhandene Sequenzdaten in der Fokusgruppe erfordern. Allerdings werden für die Angiosperms353-Gene in einem benutzerdefinierten Design weit weniger Sonden benötigt, was zusätzliche Loci für eine gegebene Anzahl von Sonden ermöglicht. Welcher auch immer die Wahl getroffen wird, wird durch die Einbeziehung von Angiosperms353 in ein Zielerfassungsprojekt die gesamte phylogenetische Gemeinschaft durch die Ermöglichung einer Meta-Analyse unterstützen, die der breiten Einführung von Einzelgen-Markern in vergangenen Jahrzehnten entspricht. Die Entwicklung von Angiosperms353 zu einem gemeinsamen Werkzeug für molekulare Phylogenetik und Populationsgenetik wurde von der Notwendigkeit neuer analytischer Workflows begleitet. Eines der aktivsten Gebiete der Tool-Entwicklung ist die Verwendung von Erweiterungen bestehender Tools zur Förderung der Analyse von Angiosperms353-Daten. In diesem Heft verbinden sich drei Tools speziell mit HybPiper (Johnson et al., 2016), einem beliebten Tool für die Assemblierung und Wiederherstellung von Genen und flankierenden Regionen aus Zielerfassungs-Sequenzierungs-Lesungen. Ein häufiges Problem, das bei Angiosperms353-Daten, die mit HybPiper zusammengestellt wurden, weisen eine relativ geringe Sequenzrückgewinnung auf (z. B. Gaynor et al., 2020), doch es ist oft unklar, ob das Problem bei den molekularen Werkzeugen (d. h. schlechte Hybridisierung zwischen Sonden und Ziel-DNA) oder bei den bioinformatischen Werkzeugen (d. h. schlechte Rückgewinnung in HybPiper oder anderen Werkzeugen) liegt. Um dies zu testen, entwickelten McLay et al. (2021) neue Zieldateien, um die Zuordnungshäufigkeit von Reads zu Angiosperms353-Zielgenen zu verbessern; ein Ergebnis, das unabhängig von Slimp et al. (2021) und Lee et al. (2021) bestätigt wurde. McLay et al. (2021) stellen zudem einen Workflow bereit, der ein verborgenes Markov-Modell verwendet, um kladenspezifische Zielsequenzen aus einer Datenbank potenzieller Angiosperms353-Sequenzen auszuwählen. Ihre Ergebnisse deuten darauf hin, dass die Sequenzdivergenz zwischen den Angiosperms353-Sondensequenzen und der Ziel-DNA von Angiospermen während der Nukleinsäure-Hybridisierung und der nachfolgenden Sequenzierung toleranter ist als der Effekt derselben Divergenz auf die Genrückgewinnung während der bioinformatischen Analyse. Für Forscher, die mit einer schlechten Zielanreicherungs-Effizienz bei der Verwendung von Angiosperms353 kämpfen, bieten McLay et al. eine potenzielle bioinformatische Lösung, die den Bedarf an einer erneuten Anreicherung von Bibliotheken reduzieren könnte. Ihr Ansatz besteht darin, die Zieldatei zu verbessern, die zur Rückgewinnung von Genen in HybPiper verwendet wird, indem sie passendere Orthologe der Angiosperms353-Gene auswählen. Nauheimer et al. (2021) beschreiben HybPhaser, eine Methode zur Erkennung von Hybrid-Taxa unter Verwendung von HybPiper-Sammlungen. Unter Verwendung eines für Nepenthes gesammelten Angiosperms353-Datensatzes wenden sie eine innovative zweistufige Strategie an, bei der zunächst eine Phylogenie verwendet wird, um Vertreter verschiedener Klade zu identifizieren, die eine niedrige Heterozygotie aufweisen (und daher presumibel keine Hybride sind). Im zweiten Schritt werden Reads von potenziellen Hybriden auf diese ausgewählten Kladendarsteller gemappt. Differential-Mapping-Informationen werden dann verwendet, um Hybridsequenzen zu phasen, die anschließend auf einem mehrfach beschrifteten Baum platziert werden können, um Hybridursprünge zu identifizieren. Die HybPhaser-Methode verspricht zudem, ein häufiges Problem in der zielgerichteten Erfassungs-Phylogenetik zu adressieren: die Identifizierung von Paralog-Genen. Dies baut auf früheren Arbeiten auf, die Kladereferenzen zur Identifizierung von Paralogen verwendeten (Gardner et al., 2021), doch die Entwicklung eines allgemeineren Workflows in HybPhaser wird für viele Forscher nützlich sein, die unsicher sind, ob zielgerichtet erfasste Gene in ihren Daten als Einzelkopie vorliegen. Slimp et al. (2021) beschreiben zudem neue Methoden für die nachgelagerte Analyse von HybPiper-Ausgaben, für den Einsatz in populationsgenomischen Studien und die Berechnung von innerhalb-der-Art demografischen Parametern. Ihre Methode passt zuvor beschriebene Workflows (Kates et al., 2018) an, um HybPiper „Supercontigs" (zielgerichtete kodierende Regionen und flankierende nicht-kodierende Regionen) als Referenzsequenzen innerhalb einer Art zu verwenden. Innerhalb-der-Art-Varianten können dann gemeinsam bewertet und mit Standard-Programmen der Populationsgenomik verwendet werden (siehe auch Beck et al., 2021 und Wenzell et al., 2021). Slimp et al. zeigen ferner nach, dass die Angiosperms353-Loci innerhalb von Populationen mehrerer Arten variabel sind, was darauf hindeutet, dass die genomweite Schätzung von Populationsparametern nun ohne die Notwendigkeit, taxonspezifische Methoden zu entwickeln, machbar ist. Seit seiner ersten Veröffentlichung gab es eine schnelle und erhebliche Aufnahme von Angiosperms353, um systematische Fragen zu adressieren. Die Artikel in dieser Ausgabe und das begleitende American Journal of Botany-Heft veranschaulichen ferner, dass die Nützlichkeit von Daten, die durch zielgerichtete Anreicherung erzeugt werden, über die Phylogenomik hinausgeht, mit vielversprechenden Anwendungen in der Populations- und Erhaltungs-Genomik. Natürlich geht mit der Anpassungsfähigkeit von Daten die Anforderung nach flexiblen und innovativen Methoden zur Verarbeitung und Analyse dieser Daten einher. Während neue Methoden und neuartige Anwendungen bereits entstehen, erkennen wir, dass einige Herausforderungen und Verbesserungen noch bevorstehen. Die Notwendigkeit, die Effizienz der Rückgewinnung der Ziel-Loci sowohl in vitro als auch in silico zu bewerten, spiegelt sich in mehreren Artikeln dieser Ausgabe wider und hebt den Unterschied zwischen zielgerichteten Angiosperms353-Genen und den Sonden hervor, die zur Rückgewinnung verwendet werden. Die hier und im begleitenden Heft vorgestellten Artikel liefern weitere Beweise dafür, dass die Angiosperms353-Gene über die Vielfalt der Blütenpflanzenarten hinweg zuverlässig zurückgewonnen werden können, mit einem starken phylogenetischen Signal auf Skalen von der tiefen Zeit bis zum Populationsniveau. Mehrere Artikel in dieser Ausgabe beschreiben Innovationen bei der Rückgewinnung dieser Zielgene. Maßgeschneiderte Sondensätze können weiterhin zusätzliche phylogenetische Auflösung innerhalb von Fokus-Taxa bieten, indem sie mit der gleichen Anzahl von Sonden mehr Gene erfassen, doch die Einbeziehung von Angiosperms353-Loci zusammen mit maßgeschneiderten Sondensätzen wird Meta-Analysen ermöglichen, um Arten über Blütenpflanzen hinweg zu vergleichen. In silico bietet die Verwendung verbesserter Zieldateien potenzielle Verbesserungen für die Assemblierung von angereicherten Sequenzbibliotheken und veranschaulicht, dass neu verfügbare genomische Daten verwendet werden können, um das ursprüngliche Angiosperms353-Zieldatei- und Sondenset zu ergänzen. In dieser Hinsicht sollte die Verfügbarkeit einer immer größer werdenden Anzahl vollständiger Blütenpflanzen-Genom- und Transkriptom-Sequenzen (z. B. One Thousand Plant Transcriptomes Initiative et al., 2019) sowie der massive Anstieg verfügbarer Sequenzdaten, der durch Angiosperms353 ermöglicht wird, eine zukünftige Verfeinerung der Sonden und die Auswahl von Zielsequenzen erlauben, um die Vielfalt der Angiospermen besser darzustellen und die Länge der zurückgewonnenen Sequenzen über einen breiteren Satz von Taxa hinweg zu maximieren, einschließlich solcher mit extrem veränderten Lebensstilen, die die Rate der Sequenzentwicklung beeinflussen, wie bei heterotrophen Taxa (z. B. Lam et al., 2018). Natürlich hängt die Nützlichkeit von Angiosperms353-Daten oder jedem anderen Satz von zielgerichteten Anreicherungsdaten von der Zugänglichkeit dieser genomischen Ressourcen ab. Derzeit gibt es kein zentrales Datenarchiv, das speziell darauf ausgelegt ist, zielgerichtete Anreicherungsdaten auf eine Weise zugänglich zu machen, die nicht taxonspezifisch ist. Der Kew Tree of Life Explorer (https://treeoflife.kew.org/) wurde kürzlich gestartet (Baker et al., 2021a), um kostenlosenly verfügbare pre- und post-publication Angiosperms353-Daten für Tausende von Taxa. Die weitere Entwicklung zugänglicher Werkzeuge zum Speichern und Verteilen dieser Daten wird den bisherigen Fortschritt beschleunigen. Zum Beispiel würde die Fähigkeit, eine bestimmte Genmenge für eine bestimmte Taxa-Menge aus einem zentralen Repository herunterzuladen, anstatt mehrere Datensätze aus publication-spezifischen Repositories herunterladen und dann filtern zu müssen, die Fähigkeit erheblich verbessern, vorhandene Daten für die Beantwortung neuer Forschungsfragen zu integrieren. Ähnlich erleichtert ein zentralisiertes Repository zum Hochladen von assemblierten und annotierten target enrichment-Daten, die für jedes Taxon über den gesamten Lebensbaum hinweg generiert wurden, Standardisierung und Zugänglichkeit. Eine strukturierte Reihe von Werkzeugen zur Identifizierung von Angiosperms353-Homologen für den Aufbau benutzerdefinierter Proben-Sets würde die Effizienz der Datenerhebung ebenfalls erhöhen, ähnlich wie MarkerMiner (Chamala et al., 2015) einen Weg bietet, Orthologe aus einem Ausgangsdatensatz zu identifizieren. Die Einführung von Angiosperms353 und target enrichment allgemein in der Angiosperm-Systematik sollte weiteres Wachstum in Daten und Methoden fördern, wie wir es in diesem Special Issue gesehen haben. Je mehr Menschen diese Daten und Methoden nutzen, desto mehr werden sich die Möglichkeiten für positive Entwicklungen erhöhen, und Verbesserungen bestehender Proben-Sets, die Entwicklung neuer Proben-Sets, Möglichkeiten zur Lösung von Herausforderungen wie der Auflösung von Paralogen und die Einrichtung von Begleitdatenbanken werden wahrscheinlich direkt angegangen und von der Angiosperm-Systematik-Community aufgenommen. Wir danken allen Autoren und Gutachtern für ihre wertvollen Beiträge zu diesem Special Issue von Applications in Plant Sciences. Wir erkennen auch die unermüdliche Arbeit des APPS-Publikationsteams an, insbesondere der Managing Editor Beth Parada und der Editor-in-Chief Theresa Culley.

@article{doi101002aps311443,
    author = "McDonnell, Angela and Baker, William J. and Dodsworth, Steven and Forest, Félix and Graham, Sean W. and Johnson, Matthew G. and Pokorny, Lisa and Tate, Jennifer A. and Wicke, Susann and Wickett, Norman J.",
    title = "Exploring Angiosperms353: Developing and applying a universal toolkit for flowering plant phylogenomics",
    year = "2021",
    journal = "Applications in Plant Sciences",
    abstract = "Target enrichment represents a useful, cost-effective method for researchers working on the phylogenomics of non-model organisms (e.g., Cronn et al., 2012; Hale et al., 2020). The ability to sequence a customizable predefined genomic subset for several dozens or even hundreds of taxa allows in-depth analyses and the testing of phylogenetic hypotheses in ways that were not previously possible (reviewed in McKain et al., 2018). The most popular methods for targeted sequencing of genomic loci in phylogenomics include (long-)amplicon sequencing (Rothfels et al., 2017) and hybridization capture (Mandel et al., 2014; Weitemier et al., 2014). Targeted amplicon sequencing is based on single-fragment PCR amplification or by using multiplexing methods such as a microfluidic PCR-based amplification of multiple pre-selected genomic regions (e.g., Zhang and Ozdemir, 2009; Ho et al., 2014), which can then be pooled and sequenced. Massively parallel amplicon sequencing was first used in medical diagnostics (Turner et al., 2009) and was later applied to metazoan phylogenetics (Bybee et al., 2011; O’Neill et al., 2013). Microfluidic PCR and long-amplicon sequencing were subsequently applied in plant systematics (Uribe-Convers et al., 2014, 2016; Gostel et al., 2015). Amplicon-based methods can be time consuming as they require careful optimization and validation of primers. These methods are also susceptible to many of the common problems in PCR (such as nonspecific products, inability to amplify large loci in their entirety, or simply no products). Recently, amplicon approaches have been largely supplanted by hybridization-based targeted enrichment, which allows for relatively rapid probe design with reference to a few related transcriptomes or genomes, and allows simultaneous and efficient recovery of many hundreds of genes. Target enrichment via hybridization-based sequence capture can use customized or universal probes (short nucleotide fragments between 80 and 120 bp in length, also called baits). This versatile and powerful approach relies on probes to capture complementary sets of genomic targets from whole genome DNA or cDNA samples using solid-phase or in-solution hybridization (Gnirke et al., 2009; Mamanova et al., 2010; Cronn et al., 2012). To account for frequent (ancient) whole genome duplication events, plant systematists can identify sets of consistently low-to-single-copy markers that balance two common issues: ensuring recovery across a broad range of taxa, while containing sufficient phylogenetic informativeness. Target regions can be customized to address specific research questions, including targeting genes common to a metabolic pathway (Gardner et al., 2016; Folk et al., 2021) or genes of agronomic interest (Witek et al., 2016; Soto Gomez et al., 2019). The targets are often complete genes or exonic sequences, but non-coding DNA such as introns or untranslated regions can also be enriched. In-solution capture of the probe targets depends on the thermodynamics of hybridization. This process is governed, in part, by the DNA complexity of the bait and the probe length. Longer probes tolerate more mismatches, making them more suitable for capture across different species. Higher tiling density (the degree to which probes overlap, e.g., 75\%) can compensate for failures of specific probes to hybridize or for low-quality input material, such as those stemming from historical herbarium specimens, so-called herbariomic approaches (Brewer et al., 2019). While overlapping probes increase the chance of capturing the target of interest via neighboring probes, there is a trade-off, as a higher tiling density tends to reduce the number of loci that can be examined per capture kit. Targeted enrichment of nuclear genes also overcomes several potential drawbacks of estimating phylogenies from organelle data alone. The single-locus behavior of organellar DNAs means that only a single history is provided: the entire plastid genome is expected to function as a single linkage group (Birky, 2001; but see Zhang et al., 2020). Organellar data are also prone to high rates of genetic drift in small population sizes, which could lead to a less accurate estimate of lineage differentiation, compared with large sets of nuclear genes (reviewed in Wicke and Schneeweiss, 2015). Although target capture data provide many more gene histories, analysis of these data requires specific bioinformatic approaches, including assembly of gene sequences without genomic references and detection of local gene duplication events that violate assumptions of orthology. In this regard, the plant systematics community has been innovative in addressing the related computational challenges, resulting in the wide adoption of targeted sequencing for plant systematics in recent years. Angiosperms353 is a tool for enabling phylogenomic-level analysis of any angiosperm group at any scale; the targeted genes and associated probes (Johnson et al., 2019) were developed from a set of low-copy nuclear genes used to infer the phylogeny of all green plants (One Thousand Plant Transcriptomes Initiative et al., 2019) to facilitate the collection of phylogenomic data in a relatively cost-effective and repeatable way. When considering Angiosperms353, it is important to distinguish between the low-copy orthologous genes found in all angiosperms and the 120-bp probe sequences used to enrich genomic libraries. The genes were selected based on copy number (ideally, genes that are single copy across more than 1400 available plant transcriptomes) and contain useful phylogenetic signal at deep and recent time scales. The probe sequences were designed from \textasciitilde 600 angiosperm transcriptomes and genomes, and were selected to maximize sequence similarity to other angiosperms, while minimizing the number of sequences used for probe design. Distinguishing the genes from the probes is important when considering the advantages, limitations, and future directions for Angiosperms353 in phylogenetic systematics, as discussed below. Although initial reports of the utility of Angiosperms353 genes and probes have been promising (Dodsworth et al., 2019), a few key questions remain: (1) Can Angiosperms353 probes truly be used to reliably recover orthologous genes across all groups of flowering plants?; (2) Is an angiosperm-wide probe design the most efficient for all targeted sequencing projects?; (3) What new bioinformatics tools are needed to apply Angiosperms353 genes to previously intractable research questions?; and (4) Are Angiosperms353 genes variable enough within species to extend the utility of the probes to population genetic studies? In this special issue and its companion issue in the American Journal of Botany (Baker et al., 2021b), the papers collected address these questions and demonstrate a number of ways in which research employing Angiosperms353 will benefit future angiosperm phylogenomic studies. This issue of Applications in Plant Sciences is focused on a variety of methodological issues, including comparisons between the Angiosperms353 probe set and taxon-specific probe sets, the development of new tools for specific lineages, a new lab technique to enrich libraries using Angiosperms353 and taxon-specific probe sets simultaneously, and bioinformatic approaches to facilitate careful assembly and analysis of data obtained using the Angiosperms353 kit. Low-to-single-copy nuclear markers have been an important tool in evolutionary studies of angiosperms (e.g., Small et al., 2004; Wu et al., 2006; Duarte et al., 2010). The identification of a set of hundreds of nuclear markers shared across angiosperms has facilitated the design of probes for targeted enrichment and subsequent high-throughput sequencing (Johnson et al., 2019). In this issue, three papers address the application and expansion of the Angiosperms353 loci. These papers build on existing resources to design new lineage-specific probes that contain the Angiosperms353 loci (Eserman et al., 2021; Ufimov et al., 2021), generate careful comparisons of the performance of an existing lineage-specific probe set with the Angiosperms353 probe set (Siniscalchi et al., 2021), and investigate the efficacy of simultaneous enrichment of libraries using universal and lineage-specific probes in a single hybridization reaction (Hendriks et al., 2021). Eserman et al. (2021) describe the development of Orchidaceae963, a new bait set that incorporates 254 of the Angiosperms353 loci, which they tested on members of three subfamilies of Orchidaceae. This resource will facilitate systematic work in the family and is also expected to be useful in population and conservation genomic studies. The incorporation of the Angiosperms353 loci along with custom marker genes is becoming more common (Yardeni et al., 2019; Jantzen et al., 2020; Christe et al., 2021; Ogutcen et al., 2021), and will allow collaboration between research teams and foster data sharing across studies. Comparative analyses of the custom sets and the Angiosperms353 set will naturally follow (e.g., see Larridon et al., 2020; Shah et al., 2021). For example, Ufimov et al. (2021) found a similar amount of parsimony informative sites using the Angiosperms353 probe set and a custom probe set in their study of Rosaceae subtribe Malinae. They also showed that the custom probes allowed for improved locus recovery rates across samples and lower levels of gene tree discordance (but see Yardeni et al., 2019). Siniscalchi et al. (2021) compared their lineage-specific Compositae1061 probes with the Angiosperms353 probes in eight members of the sunflower family. Although they were able to recover more loci on average with the lineage-specific probes, they found lower levels of paralogy in the gene trees based on the Angiosperms353 loci, which may simplify downstream analyses of the latter versus the former. Hendriks et al. (2021) performed a test case for combining both lineage-specific (i.e., Brassicaceae) and universal probes in a single hybridization reaction to simultaneously enrich libraries for both sets of loci. They found high levels of enrichment and locus recovery for both sets of targets across 26 Brassicaceae samples that included 16 samples from a single tribe and 10 samples reflecting broader sampling across the family. Their study shows that it is possible to generate data for multiple probe sets with little extra cost or work per sample. Taken together, these papers highlight that researchers have several options when choosing loci for target capture in flowering plants. The Angiosperms353 genes provide a ready set of loci that are low copy and reliably recovered using the universal Angiosperms353 probes, or by using custom probes designed with orthologs of the Angiosperms353 genes from the target taxa. The feasibility of combining probe sets during hybridization suggests additional flexibility. There is a trade-off, as custom probe designs will have higher per-sample costs and require existing sequence data in the focal group. However, far fewer probes will be needed for the Angiosperms353 genes in a custom design, allowing for additional loci for a given number of probes. Whichever choice is made, by including Angiosperms353 in a target capture project, researchers will benefit the entire phylogenetics community by enabling meta-analysis that parallels the broad adoption of single-gene markers in past decades. The development of Angiosperms353 into a common tool for molecular phylogenetics and population genetics has been paralleled by the need for new analytical workflows. One of the most active areas of tool development is in using extensions to existing tools to facilitate analysis of Angiosperms353 data. In this issue, three tools specifically tie in with HybPiper (Johnson et al., 2016), a popular tool for assembly and recovery of genes and flanking regions from target-capture sequencing reads. A common issue identified with Angiosperms353 data assembled using HybPiper is relatively low sequence recovery (e.g., Gaynor et al., 2020), but it is often unclear whether the issue lies with the molecular tools (i.e., poor hybridization between probes and target DNA) or bioinformatic tools (i.e., poor recovery in HybPiper or other tools). To test this, McLay et al. (2021) developed new target files to improve the mapping frequency of reads to Angiosperms353 target genes, a result independently confirmed by Slimp et al. (2021) and Lee et al. (2021). McLay et al. (2021) also provide a workflow that uses a hidden Markov model to choose clade-specific target sequences from a database of potential Angiosperms353 sequences. Their results indicate that the sequence divergence between the Angiosperms353 probe sequences and the target DNA of angiosperms during nucleic acid hybridization and subsequent sequencing is more forgiving than the effect of the same divergence on gene recovery during bioinformatic analysis. For researchers struggling with poor target enrichment efficiency using Angiosperms353, McLay et al. provide a potential bioinformatic solution that may reduce the need to re-enrich libraries. Their approach is to improve the target file used to recover genes in HybPiper by selecting more appropriate orthologs of the Angiosperms353 genes. Nauheimer et al. (2021) describe HybPhaser, a method for detecting hybrid taxa using HybPiper assemblies. Using an Angiosperms353 data set collected for Nepenthes, they employ an innovative two-step strategy in which an initial phylogeny is first used to identify representatives of different clades that have low heterozygosity (and are thus presumably not hybrids). In the second step, reads from putative hybrids are mapped to these chosen clade representatives. Differential mapping information is then used to phase hybrid sequences, which can then be placed on a multiply-labeled tree to identify hybrid origins. The HybPhaser method also has promise for addressing a common issue in target-capture phylogenetics: the identification of paralogous genes. This builds upon previous work using clade references to identify paralogs (Gardner et al., 2021), but the development of a more generalizable workflow in HybPhaser will be of use to many researchers unsure about whether target-captured genes are single copy in their data. Slimp et al. (2021) also describe new methods for downstream analysis of HybPiper output, for use in population genomic studies and the calculation of within-species demographic parameters. Their method adapts previously described workflows (Kates et al., 2018) to use HybPiper “supercontigs” (targeted coding regions and flanking non-coding regions) as reference sequences within species. Within-species variants can then be assessed jointly and used with standard population genomics programs (also see Beck et al., 2021 and Wenzell et al., 2021). Slimp et al. further demonstrate that the Angiosperms353 loci are variable within populations of several species, which suggests that genome-scale estimation of population parameters is now feasible without the need to develop taxon-specific methods. Since its initial publication, there has been a rapid and substantial uptake of Angiosperms353 to address systematics questions. The papers in this issue and its companion American Journal of Botany issue further illustrate that the utility of data generated through target enrichment extends beyond phylogenomics, with promising applications into population and conservation genomics. Of course, with the adaptability of data comes a requirement for flexible and innovative methods to process and analyze these data. While new methods and novel applications are already emerging, we recognize that there are some challenges and improvements that lie ahead. The need to evaluate the efficiency of recovering the targeted loci, both in vitro and in silico, is reflected in several papers in this issue, highlighting the distinction between targeted Angiosperms353 genes and the probes used to recover them. The papers presented here and in the companion issue build further evidence that the Angiosperms353 genes can be reliably recovered across the diversity of flowering plant species, with strong phylogenetic signal at scales ranging from deep time to the population level. Several papers in this issue describe innovations in how these target genes are recovered. Custom probe sets can still provide additional phylogenetic resolution within focal taxa by capturing more genes with the same number of probes, but the inclusion of Angiosperms353 loci along with custom probe sets will enable meta-analyses to compare species across flowering plants. In silico, the use of enhanced target files offers potential improvements for the assembly of enriched sequence libraries and illustrates that newly available genomic data can be used to complement the original Angiosperms353 target file and probe set. In this regard, the availability of an ever-increasing number of complete flowering plant genome and transcriptome sequences (e.g., One Thousand Plant Transcriptomes Initiative et al., 2019), and the massive increase in available sequence data facilitated by Angiosperms353, should allow for future refinement of the probes and choice of target sequences to better represent the diversity of angiosperms and maximize the length of sequences recovered across a broader set of taxa, including those with extremely altered lifestyles that affect the rate of sequence evolution, such as in heterotrophic taxa (e.g., Lam et al., 2018). Of course, the utility of Angiosperms353 data, or any other set of target enrichment data, relies on the accessibility of these genomic resources. Currently, there is no central data repository specifically tailored to access target enrichment data in a way that is not taxon specific. The Kew Tree of Life Explorer (https://treeoflife.kew.org/) was recently launched (Baker et al., 2021a) to make freely available pre- and post-publication Angiosperms353 data for thousands of taxa. The continued development of accessible tools to store and distribute these data will accelerate the progress that has been made thus far. For example, the ability to download a specific set of genes for a specific set of taxa from a central repository, rather than having to download and then filter multiple data sets from publication-specific repositories, would significantly improve the ability to incorporate existing data for addressing new research questions. Similarly, a centralized repository for uploading assembled and annotated target enrichment data generated for any taxon across the entire tree of life facilitates standardization and accessibility. A streamlined set of tools for identifying Angiosperms353 homologs for building custom probe sets would also increase the efficiency of data collection, much like how MarkerMiner (Chamala et al., 2015) provides a way to identify orthologs from a starting data set. The adoption of Angiosperms353 and target enrichment more generally in angiosperm systematics should cultivate further growth in data and in methods, as we have seen in this special issue. As more people use these data and methods, the opportunities for positive developments will only increase further, and improvements to existing probe sets, the development of new probe sets, opportunities to create solutions to challenges such as the resolution of paralogs, and the establishment of companion databases are all likely to be addressed head-on and embraced by the angiosperm systematics community. We thank all authors and reviewers for their valuable contributions to this special issue of Applications in Plant Sciences. We also acknowledge the tireless work of the APPS publications team, especially Managing Editor Beth Parada and Editor-in-Chief Theresa Culley.",
    url = "https://doi.org/10.1002/aps3.11443",
    doi = "10.1002/aps3.11443",
    openalex = "W3185917419",
    references = "doi101002ajb21703, doi101002aps311443, doi101038nbt1523, doi101038nbt3540, doi101038nmeth1419, doi101038s4158601916932, doi101071sb03015, doi101093sysbiosyy086, doi101146annurevgenet35102401090231, doi101186147121481061, doi103732apps1400042, doi103732apps1600016"
}

@article{doi101016jmolp202106028,
    author = "Hansen, Cecilie Cetti und Nelson, David R. und Møller, Birger Lindberg und Werck‐Reichhart, Danièle",
    title = "Plastizität und Evolution von Pflanzen-Cytochrom P450",
    year = "2021",
    journal = "Molecular Plant",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.molp.2021.06.028",
    doi = "10.1016/j.molp.2021.06.028",
    openalex = "W3174736387",
    references = "doi101038s4158601916932, doi101146annurevarplant050213040027"
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Die Interaktion von Pflanzen mit komplexen mikrobiellen Gemeinschaften ist das Ergebnis einer Koevolution über Millionen von Jahren und hat zum Übergang und zur Anpassung der Pflanzen an Land beigetragen. Die Fähigkeit der Pflanzen, ein wesentlicher Bestandteil komplexer und hochdynamischer Ökosysteme zu sein, hängt von ihrer Interaktion mit diversen mikrobiellen Gemeinschaften ab. Die Pflanzenmikrobiota kann die vielfältigen Funktionen der Pflanzen unterstützen und sogar ermöglichen und ist entscheidend für die Aufrechterhaltung der Pflanzenfitness unter oft schnell veränderlichen Umweltbedingungen. Die Zusammensetzung und Vielfalt der Mikrobiota unterscheiden sich zwischen Pflanzen- und Bodenkompartmenten. Dies deutet darauf hin, dass mikrobielle Gemeinschaften in diesen Kompartmenten nicht statisch sind, sondern durch die Umwelt sowie durch inter-mikrobielle und pflanzen-mikroben-Kommunikation angepasst werden. Hormone spielen eine entscheidende Rolle bei der Zusammenstellung von Pflanzen-Mikrobiomen, und Pflanzen sowie Mikroben verwenden oft dieselben Hormone mit völlig unterschiedlichen Absichten. Hier wird die Funktion von Hormonen als Vermittler zwischen Pflanzen und Mikroben zur Beeinflussung der Form von Pflanzen-Mikrobiengemeinschaften diskutiert. Die Vielseitigkeit von pflanzen- und mikrobengestammten Hormonen trägt im Wesentlichen zur Schaffung von Lebensräumen bei, die der Ursprung der Vielfalt und somit der Multifunktionalität von Pflanzen, ihrer Mikrobiota und letztlich der Ökosysteme sind.

@article{doi101111tpj15135,
    author = "Eichmann, Ruth und Richards, Luke und Schäfer, Patrick",
    title = "Hormone als Vermittler bei der Zusammenstellung des Pflanzen-Mikrobioms.",
    year = "2021",
    journal = "The Plant journal: for cell and molecular biology",
    abstract = "Die Interaktion von Pflanzen mit komplexen mikrobiellen Gemeinschaften ist das Ergebnis einer Koevolution über Millionen von Jahren und hat zum Übergang und zur Anpassung der Pflanzen an Land beigetragen. Die Fähigkeit der Pflanzen, ein wesentlicher Bestandteil komplexer und hochdynamischer Ökosysteme zu sein, hängt von ihrer Interaktion mit diversen mikrobiellen Gemeinschaften ab. Die Pflanzenmikrobiota kann die vielfältigen Funktionen der Pflanzen unterstützen und sogar ermöglichen und ist entscheidend für die Aufrechterhaltung der Pflanzenfitness unter oft schnell veränderlichen Umweltbedingungen. Die Zusammensetzung und Vielfalt der Mikrobiota unterscheiden sich zwischen Pflanzen- und Bodenkompartmenten. Dies deutet darauf hin, dass mikrobielle Gemeinschaften in diesen Kompartmenten nicht statisch sind, sondern durch die Umwelt sowie durch inter-mikrobielle und pflanzen-mikroben-Kommunikation angepasst werden. Hormone spielen eine entscheidende Rolle bei der Zusammenstellung von Pflanzen-Mikrobiomen, und Pflanzen sowie Mikroben verwenden oft dieselben Hormone mit völlig unterschiedlichen Absichten. Hier wird die Funktion von Hormonen als Vermittler zwischen Pflanzen und Mikroben zur Beeinflussung der Form von Pflanzen-Mikrobiengemeinschaften diskutiert. Die Vielseitigkeit von pflanzen- und mikrobengestammten Hormonen trägt im Wesentlichen zur Schaffung von Lebensräumen bei, die der Ursprung der Vielfalt und somit der Multifunktionalität von Pflanzen, ihrer Mikrobiota und letztlich der Ökosysteme sind.",
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8629125/",
    doi = "10.1111/tpj.15135",
    openalex = "W3110836224",
    pmcid = "PMC8629125",
    pmid = "33332645",
    references = "doi101016jtplants201204001, doi101038nature05286, doi101038nprot2007199, doi101038nrmicro3109, doi101146annurevarplant042809112122, doi101146annurevarplant050312120106, doi101146annurevcellbio092910154055, doi101146annurevphyto082712102340, doi101146annurevphyto43040204135923, doi1060642012963401"
}

Die durch Sequenzierungstechnologien der nächsten Generation und Long-Read-Sequenzierung beschleunigten Fortschritte liefern weiterhin Antriebskraft für die phylogenetische Pflanzenforschung. In den letzten zehn Jahren haben sich zahlreiche phylogenetische Studien etabliert, die Hunderte bis Tausende von Genen über eine Fülle von Kladi hinweg verwenden, und haben die Pflanzenphylogenetik und -evolution in eine neue Ära geführt. Gleichzeitig wird eine Roadmap für Forscher bei Entscheidungen über verschiedene Ansätze für ihr phylogenomisches Forschungsdesign dringend benötigt. Dieser Aufsatz konzentriert sich auf die Nützlichkeit genomischer Daten (von Organellengenomen bis hin zu reduzierter Repräsentation und Whole-Genome-Sequenzierung) in phylogenetischen und evolutionären Untersuchungen, beschreibt die Basismethodik experimenteller und analytischer Verfahren und fasst den jüngsten Fortschritt in der phylogenomischen Forschung an Ordnungs-, Familien-, Tribus- und niedrigeren Ebenen zusammen. Wir diskutieren auch Herausforderungen wie den negativen Einfluss auf die Orthologie-Inferenz und die phylogenetische Rekonstruktion aufgrund systematischer Fehler sowie zugrunde liegende biologische Faktoren wie Whole-Genome-Duplikation, Hybridisierung/Introgression und unvollständige Linien-Sortierung, was zusammen darauf hindeutet, dass ein bifurkierender Baum möglicherweise nicht das beste Modell für den Stammbaum des Lebens ist. Schließlich diskutieren wir vielversprechende Wege für zukünftige phylogenomische Pflanzenstudien.

@article{doi101111jipb13415,
    author = "Guo, Cen und Luo, Yang und Gao, Lian‐Ming und Yi, Ting‐Shuang und Li, Hongtao und Yang, Junbo und D, Li",
    title = "Phylogenomics und der Stammbaum der Blütenpflanzen",
    year = "2022",
    journal = "Journal of Integrative Plant Biology",
    abstract = "Die durch Sequenzierungstechnologien der nächsten Generation und Long-Read-Sequenzierung beschleunigten Fortschritte liefern weiterhin Antriebskraft für die phylogenetische Pflanzenforschung. In den letzten zehn Jahren haben sich zahlreiche phylogenetische Studien etabliert, die Hunderte bis Tausende von Genen über eine Fülle von Kladi hinweg verwenden, und haben die Pflanzenphylogenetik und -evolution in eine neue Ära geführt. Gleichzeitig wird eine Roadmap für Forscher bei Entscheidungen über verschiedene Ansätze für ihr phylogenomisches Forschungsdesign dringend benötigt. Dieser Aufsatz konzentriert sich auf die Nützlichkeit genomischer Daten (von Organellengenomen bis hin zu reduzierter Repräsentation und Whole-Genome-Sequenzierung) in phylogenetischen und evolutionären Untersuchungen, beschreibt die Basismethodik experimenteller und analytischer Verfahren und fasst den jüngsten Fortschritt in der phylogenomischen Forschung an Ordnungs-, Familien-, Tribus- und niedrigeren Ebenen zusammen. Wir diskutieren auch Herausforderungen wie den negativen Einfluss auf die Orthologie-Inferenz und die phylogenetische Rekonstruktion aufgrund systematischer Fehler sowie zugrunde liegende biologische Faktoren wie Whole-Genome-Duplikation, Hybridisierung/Introgression und unvollständige Linien-Sortierung, was zusammen darauf hindeutet, dass ein bifurkierender Baum möglicherweise nicht das beste Modell für den Stammbaum des Lebens ist. Schließlich diskutieren wir vielversprechende Wege für zukünftige phylogenomische Pflanzenstudien.",
    url = "https://doi.org/10.1111/jipb.13415",
    doi = "10.1111/jipb.13415",
    openalex = "W4309766482",
    references = "doi101002ajb21703, doi101016jympev201812023, doi101038nbt1883, doi101038nmeth2109, doi101038nrg2484, doi101038s415980160028x, doi101073pnas1903871116, doi101093bioinformaticsbtp348, doi101093bioinformaticsbtu170, doi101093molbevmsu300, doi101093nargkf436, doi101093oxfordjournalsmolbeva026334, doi101093sysbiosyaa013, doi101093sysbiosyab035, doi101111boj12385, doi101111jipb13246, doi101186s1291502000931z, doi101186s13059020021545"
}

Hybridisierung wurde lange als ein grundlegender evolutionärer Prozess bei Pflanzen anerkannt, doch war unser Verständnis ihrer phylogenetischen Verteilung und biologischen Bedeutung über große evolutionäre Zeitskalen hinweg bis vor kurzem weitgehend unklar. In den letzten Jahrzehnten haben genomische und phylogenomische Datensätze gezeigt, vielleicht nicht überraschend, dass Hybridisierung, die oft mit Polyploidie einhergeht, während der gesamten evolutionären Geschichte der Pflanzen, insbesondere in verschiedenen Linien der Blütenpflanzen, weit verbreitet war. Phylogenomische Studien haben jedoch auch die Herausforderungen hervorgehoben, Signale alter Hybridisierung von anderen Quellen genomischer Konflikte (insbesondere unvollständiger Linien-Sortierung) zu trennen. Hier bieten wir eine kritische Übersicht über alte Hybridisierung bei Gefäßpflanzen, indem wir gut dokumentierte Fälle alter Hybridisierung über die Pflanzenphylogenie hinweg sowie die einzigartigen Herausforderungen bei der Dokumentation alter gegenüber neuer Hybridisierung darlegen. Wir geben eine Definition für alte Hybridisierung an, die, soweit uns bekannt ist, zuvor nicht explizit versucht wurde. Die weitere Dokumentation des Ausmaßes tiefer Reticulation bei Pflanzen sollte ein wichtiges Forschungsfokus bleiben, insbesondere da veröffentlichte Beispiele wahrscheinlich nur die Spitze des Eisbergs in Bezug auf das gesamte Ausmaß alter Hybridisierung darstellen. Zukünftige Forschung sollte jedoch zunehmend die makroevolutionäre Bedeutung dieses Prozesses erforschen, insbesondere hinsichtlich seines Einflusses auf evolutionäre Trajektorien (z. B. wie beeinflusst Hybridisierung die Merkmalsentwicklung oder die Entstehung der Biodiversität über lange Zeitskalen?), sowie darüber, wie Lebensgeschichte und ökologische Faktoren die Häufigkeit der Hybridisierung über geologische Zeit und Pflanzenphylogenie geformt haben oder formen. Schließlich betrachten wir die Implikationen der ubiquitären alten Hybridisierung für die Art und Weise, wie wir Pflanzenphylogenie konzeptualisieren, analysieren und klassifizieren. Netzwerke stellen im Gegensatz zu bifurkierenden Bäumen in vielen Fällen genauere Darstellungen der evolutionären Geschichte dar, obwohl unsere Fähigkeit, Netzwerke für vergleichende Analysen zu inferieren, zu visualisieren und zu nutzen, stark eingeschränkt ist. Die Entwicklung verbesserter Methoden zur Generierung, Visualisierung und Nutzung von Netzwerken stellt eine kritische zukünftige Richtung für die Pflanzenbiologie dar. Aktuelle Klassifikationssysteme erlauben im Allgemeinen auch nicht die Anerkennung retikulärer Linien, und unsere Klassifikationen selbst basieren weitgehend auf Beweisen aus dem Chloroplastengenom. Die Aktualisierung der Pflanzenklassifikation, um die Kernphylogenien besser widerzuspiegeln, sowie die Überlegung, ob und wie Hybridisierung in Klassifikationssystemen anerkannt werden soll, wird eine wichtige Herausforderung für die Pflanzen-Systematik-Gemeinschaft darstellen.

@article{doi101111tpj16142,
    author = "Stull, Gregory W. and Pham, Kasey and Soltis, Pamela S. and Soltis, Pamela S.",
    title = "Deep reticulation: the long legacy of hybridization in vascular plant evolution",
    year = "2023",
    journal = "The Plant Journal",
    abstract = "Hybridisierung wurde lange als ein grundlegender evolutionärer Prozess bei Pflanzen anerkannt, doch war unser Verständnis ihrer phylogenetischen Verteilung und biologischen Bedeutung über große evolutionäre Zeitskalen hinweg bis vor kurzem weitgehend unklar. In den letzten Jahrzehnten haben genomische und phylogenomische Datensätze gezeigt, vielleicht nicht überraschend, dass Hybridisierung, die oft mit Polyploidie einhergeht, während der gesamten evolutionären Geschichte der Pflanzen, insbesondere in verschiedenen Linien der Blütenpflanzen, weit verbreitet war. Phylogenomische Studien haben jedoch auch die Herausforderungen hervorgehoben, Signale alter Hybridisierung von anderen Quellen genomischer Konflikte (insbesondere unvollständiger Linien-Sortierung) zu trennen. Hier bieten wir eine kritische Übersicht über alte Hybridisierung bei Gefäßpflanzen, indem wir gut dokumentierte Fälle alter Hybridisierung über die Pflanzenphylogenie hinweg sowie die einzigartigen Herausforderungen bei der Dokumentation alter gegenüber neuer Hybridisierung darlegen. Wir geben eine Definition für alte Hybridisierung an, die, soweit uns bekannt ist, zuvor nicht explizit versucht wurde. Die weitere Dokumentation des Ausmaßes tiefer Reticulation bei Pflanzen sollte ein wichtiges Forschungsfokus bleiben, insbesondere da veröffentlichte Beispiele wahrscheinlich nur die Spitze des Eisbergs in Bezug auf das gesamte Ausmaß alter Hybridisierung darstellen. Zukünftige Forschung sollte jedoch zunehmend die makroevolutionäre Bedeutung dieses Prozesses erforschen, insbesondere hinsichtlich seines Einflusses auf evolutionäre Trajektorien (z. B. wie beeinflusst Hybridisierung die Merkmalsentwicklung oder die Entstehung der Biodiversität über lange Zeitskalen?), sowie darüber, wie Lebensgeschichte und ökologische Faktoren die Häufigkeit der Hybridisierung über geologische Zeit und Pflanzenphylogenie geformt haben oder formen. Schließlich betrachten wir die Implikationen der ubiquitären alten Hybridisierung für die Art und Weise, wie wir Pflanzenphylogenie konzeptualisieren, analysieren und klassifizieren. Netzwerke stellen im Gegensatz zu bifurkierenden Bäumen in vielen Fällen genauere Darstellungen der evolutionären Geschichte dar, obwohl unsere Fähigkeit, Netzwerke für vergleichende Analysen zu inferieren, zu visualisieren und zu nutzen, stark eingeschränkt ist. Die Entwicklung verbesserter Methoden zur Generierung, Visualisierung und Nutzung von Netzwerken stellt eine kritische zukünftige Richtung für die Pflanzenbiologie dar. Aktuelle Klassifikationssysteme erlauben im Allgemeinen auch nicht die Anerkennung retikulärer Linien, und unsere Klassifikationen selbst basieren weitgehend auf Beweisen aus dem Chloroplastengenom. Die Aktualisierung der Pflanzenklassifikation, um die Kernphylogenien besser widerzuspiegeln, sowie die Überlegung, ob und wie Hybridisierung in Klassifikationssystemen anerkannt werden soll, wird eine wichtige Herausforderung für die Pflanzen-Systematik-Gemeinschaft darstellen.",
    url = "https://doi.org/10.1111/tpj.16142",
    doi = "10.1111/tpj.16142",
    openalex = "W4320494454",
    references = "doi101016jppees201002002, doi101093sysbiosyab035"
}

Das Krankheitsdreieck ist ein strukturell einfaches, aber konzeptionell reichhaltiges Modell, das in der Pflanzenpathologie und anderen Forschungsbereichen verwendet wird, um Infektionskrankheiten als Ergebnis der dreifachen Beziehung zwischen einem Wirt, einem Erreger und ihrer Umwelt zu erklären. Es dient auch als Leitfaden zur Suche nach Lösungen zur Behandlung, Vorhersage und Prävention solcher Krankheiten. Durch die omics-gestützte, evidenzbasierte Erkenntnis, dass die Häufigkeit und Aktivität eines Erregers durch die Nähe und Interaktion mit einer vielfältigen Vielzahl anderer Mikroorganismen beeinflusst wird, die denselben Wirt besiedeln, entwickelte sich das Krankheitsdreieck zu einer Tetraederform, die eine zusätzliche vierte Dimension aufweist, die die mit dem Wirt assoziierte Mikrobiota darstellt. Eine weitere Variante des Krankheitsdreiecks entstand aus dem kürzlich formulierten Pathobiom-Paradigma, das von der klassischen „einziger Erreger"-Ätiologie von Infektionskrankheiten abweicht und stattdessen ein Szenario favorisiert, in dem die Krankheit ein bedingtes Ergebnis komplexer Wechselwirkungen zwischen und unter einem Wirt, seiner Mikrobiota (einschließlich Mikroben mit pathogenem Potenzial) und der Umwelt darstellt. Das Ergebnis ist eine Version des ursprünglichen Krankheitsdreiecks, bei der „Erreger" durch „Mikrobiota" ersetzt wird. Hier, als Teil einer sorgfältigen und prägnanten Überprüfung des Ursprungs, der Geschichte und der Verwendung des Krankheitsdreiecks, schlage ich einen nächsten Schritt in seiner Evolution vor, der darin besteht, das Wort „Krankheit" in der Mitte der Wirt-Mikrobiota-Umwelt-Triade durch das Wort „Gesundheit" zu ersetzen. Dieses Dreieck hebt Gesundheit als erwünschtes Ergebnis (statt Krankheit als unerwünschter Zustand) und als emergente Eigenschaft von Wirt-Mikrobiota-Umwelt-Interaktionen hervor. Angewendet auf die Disziplin der Pflanzenpathologie bietet das Gesundheitsdreieck einen erweiterten Bereich von Zielen und Ansätzen für die Diagnose, Vorhersage, Wiederherstellung und Aufrechterhaltung von Pflanzen-Gesundheitsergebnissen. Seine Anwendungen beschränken sich nicht nur auf Infektionskrankheiten, und sein zugrunde liegendes Rahmenwerk ist inklusiver für alle mikrobiellen Beiträge zum Pflanzenwohl, einschließlich solcher durch Mykorrhiza-Pilze und stickstofffixierende Bakterien, für die es im Pflanzen-Krankheitsdreieck nie einen angemessenen Platz gab. Das Pflanzen-Gesundheitsdreieck könnte auch als ein Werkzeug für Bildung und Kommunikation von Vorteil sein, um die Bedeutung gesunder Pflanzen und ihrer assoziierten Mikrobiota für eine breitere Öffentlichkeit und Stakeholder zu vermitteln und zu betonen.

@article{doi101146annurevphyto121423042021,
    author = "Leveau, Johan H. J.",
    title = "Re-Envisioning the Plant Disease Triangle: Full Integration of the Host Microbiota and a Focal Pivot to Health Outcomes",
    year = "2024",
    journal = "Annual Review of Phytopathology",
    abstract = {The disease triangle is a structurally simple but conceptually rich model that is used in plant pathology and other fields of study to explain infectious disease as an outcome of the three-way relationship between a host, a pathogen, and their environment. It also serves as a guide for finding solutions to treat, predict, and prevent such diseases. With the omics-driven, evidence-based realization that the abundance and activity of a pathogen are impacted by proximity to and interaction with a diverse multitude of other microorganisms colonizing the same host, the disease triangle evolved into a tetrahedron shape, which features an added fourth dimension representing the host-associated microbiota. Another variant of the disease triangle emerged from the recently formulated pathobiome paradigm, which deviates from the classical "one pathogen" etiology of infectious disease in favor of a scenario in which disease represents a conditional outcome of complex interactions between and among a host, its microbiota (including microbes with pathogenic potential), and the environment. The result is a version of the original disease triangle where "pathogen" is substituted with "microbiota." Here, as part of a careful and concise review of the origin, history, and usage of the disease triangle, I propose a next step in its evolution, which is to replace the word "disease" in the center of the host-microbiota-environment triad with the word "health." This triangle highlights health as a desirable outcome (rather than disease as an unwanted state) and as an emergent property of host-microbiota-environment interactions. Applied to the discipline of plant pathology, the health triangle offers an expanded range of targets and approaches for the diagnosis, prediction, restoration, and maintenance of plant health outcomes. Its applications are not restricted to infectious diseases only, and its underlying framework is more inclusive of all microbial contributions to plant well-being, including those by mycorrhizal fungi and nitrogen-fixing bacteria, for which there never was a proper place in the plant disease triangle. The plant health triangle also may have an edge as an education and communication tool to convey and stress the importance of healthy plants and their associated microbiota to a broader public and stakeholdership.},
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-phyto-121423-042021",
    doi = "10.1146/annurev-phyto-121423-042021",
    openalex = "W4396212608",
    references = "doi101146annurevarplant102820032704"
}

Target capture hat sich schnell zu einer bevorzugten Methode für die systematische und evolutionäre Forschung an Pflanzen entwickelt und stellt einen Wendepunkt in der Generierung von Daten für die phylogenetische Inferenz dar. Obwohl diese Entwicklung die Klärung vieler phylogenetischer Beziehungen ermöglicht hat, wird phylogenetischer Konflikt weiterhin gemeldet und oft auf Genomduplikation, Reticulation, tiefe Koaleszenz oder schnelle Artbildung zurückgeführt – Prozesse, die in der Pflanzenentwicklung besonders häufig sind. Die Proliferation von Methoden zur Analyse von Target-Capture-Daten unter Berücksichtigung dieser Prozesse kann für viele Forscher, insbesondere für Studierende, überwältigend sein. In diesem Review führen wir Forscher durch den bioinformatischen Workflow für Target Capture, mit einem besonderen Fokus auf robuste phylogenetische Inferenz in Anwesenheit von Konflikt. Im Rahmen des Workflows heben wir wichtige Überlegungen zur Reduktion artifiziellen Konflikts hervor, synthetisieren Strategien zum Umgang mit Paralogen, erklären die Ursachen und Messung von Konflikt und fassen aktuelle Methoden zur Untersuchung der biologischen Prozesse zusammen, die dem Konflikt zugrunde liegen. Obwohl wir Beispiele aus der australischen Flora heranziehen, ist dieser Review für jeden Forscher, der mit Target-Capture-Daten arbeitet, allgemein relevant. Wir schließen daraus, dass Konflikt in der phylogenetischen Forschung an Pflanzen oft inhärent und unvermeidbar ist, aber wenn er ordnungsgemäß verwaltet wird, können Target-Capture-Daten beispiellose Einblicke in die außergewöhnlichen und komplexen evolutionären Geschichte der Pflanzen liefern.

@misc{doi1032942x2wp6v,
    author = "Joyce, Elizabeth und Schmidt‐Lebuhn, Alexander N. und Orel, Harvey K. und Nge, Francis J. und Anderson, Benjamin und Hammer, Timothy und McLay, Todd G. B.",
    title = "Navigating phylogenetic conflict and evolutionary inference in plants with target capture data",
    year = "2024",
    abstract = "Target capture hat sich schnell zu einer bevorzugten Methode für die systematische und evolutionäre Forschung an Pflanzen entwickelt und stellt einen Wendepunkt in der Generierung von Daten für die phylogenetische Inferenz dar. Obwohl diese Entwicklung die Klärung vieler phylogenetischer Beziehungen ermöglicht hat, wird phylogenetischer Konflikt weiterhin gemeldet und oft auf Genomduplikation, Reticulation, tiefe Koaleszenz oder schnelle Artbildung zurückgeführt – Prozesse, die in der Pflanzenentwicklung besonders häufig sind. Die Proliferation von Methoden zur Analyse von Target-Capture-Daten unter Berücksichtigung dieser Prozesse kann für viele Forscher, insbesondere für Studierende, überwältigend sein. In diesem Review führen wir Forscher durch den bioinformatischen Workflow für Target Capture, mit einem besonderen Fokus auf robuste phylogenetische Inferenz in Anwesenheit von Konflikt. Im Rahmen des Workflows heben wir wichtige Überlegungen zur Reduktion artifiziellen Konflikts hervor, synthetisieren Strategien zum Umgang mit Paralogen, erklären die Ursachen und Messung von Konflikt und fassen aktuelle Methoden zur Untersuchung der biologischen Prozesse zusammen, die dem Konflikt zugrunde liegen. Obwohl wir Beispiele aus der australischen Flora heranziehen, ist dieser Review für jeden Forscher, der mit Target-Capture-Daten arbeitet, allgemein relevant. Wir schließen daraus, dass Konflikt in der phylogenetischen Forschung an Pflanzen oft inhärent und unvermeidbar ist, aber wenn er ordnungsgemäß verwaltet wird, können Target-Capture-Daten beispiellose Einblicke in die außergewöhnlichen und komplexen evolutionären Geschichte der Pflanzen liefern.",
    url = "https://doi.org/10.32942/x2wp6v",
    doi = "10.32942/x2wp6v",
    openalex = "W4399038239",
    references = "doi103389fpls20231063174"
}

Target Capture hat sich schnell zu einer bevorzugten Herangehensweise für pflanzliche systematische und evolutionäre Forschung entwickelt und stellt einen Schrittwechsel in der Generierung von Daten für die phylogenetische Inferenz dar. Obwohl diese Entwicklung die Klärung vieler Beziehungen ermöglicht hat, wird phylogenetischer Konflikt weiterhin gemeldet und wird oft auf Genomduplikation, Reticulation, unvollständige Linien-Sortierung oder schnelle Artbildung zurückgeführt – gemeinsame Prozesse in der pflanzlichen Evolution. Die Proliferation von Methoden zur Analyse von Target-Capture-Daten in Anwesenheit dieser Prozesse kann für viele Forscher, insbesondere Studierende, überwältigend sein. In diesem Review zerlegen wir die Ursachen von Konflikten und führen Forscher durch einen Target-Capture-Bioinformatik-Workflow, mit einem besonderen Fokus auf robuste phylogenetische Inferenz in Anwesenheit von Konflikten. Durch den Workflow heben wir wichtige Überlegungen zur Reduktion artifizieller Konflikte, zum Management von Paralogen und zur Bewertung von Konflikten hervor und diskutieren aktuelle Methoden zur Untersuchung von Konfliktursachen. Obwohl wir Beispiele aus der australischen Flora heranziehen, ist dieser Review allgemein relevant für jeden Forscher, der mit Target-Capture-Daten arbeitet. Wir schließen, dass Konflikt oft inhärent in pflanzlichen phylogenomischen Datensätzen ist und, obwohl weitere methodische Entwicklung notwendig ist, wenn Konflikt sorgfältig untersucht wird, Target-Capture-Daten beispiellose Einblicke in die außergewöhnlichen evolutionären Geschichten von Pflanzen bieten können.

@article{doi101071sb24011,
    author = "Joyce, Elizabeth und Schmidt‐Lebuhn, Alexander N. und Orel, Harvey K. und Nge, Francis J. und Anderson, Brendan M. und Hammer, Timothy und McLay, Todd G. B.",
    title = "Navigating phylogenetischen Konflikts und evolutionärer Inferenz bei Pflanzen mit Target-Capture-Daten",
    year = "2025",
    journal = "Australian Systematic Botany",
    abstract = "Target Capture hat sich schnell zu einer bevorzugten Herangehensweise für pflanzliche systematische und evolutionäre Forschung entwickelt und stellt einen Schrittwechsel in der Generierung von Daten für die phylogenetische Inferenz dar. Obwohl diese Entwicklung die Klärung vieler Beziehungen ermöglicht hat, wird phylogenetischer Konflikt weiterhin gemeldet und wird oft auf Genomduplikation, Reticulation, unvollständige Linien-Sortierung oder schnelle Artbildung zurückgeführt – gemeinsame Prozesse in der pflanzlichen Evolution. Die Proliferation von Methoden zur Analyse von Target-Capture-Daten in Anwesenheit dieser Prozesse kann für viele Forscher, insbesondere Studierende, überwältigend sein. In diesem Review zerlegen wir die Ursachen von Konflikten und führen Forscher durch einen Target-Capture-Bioinformatik-Workflow, mit einem besonderen Fokus auf robuste phylogenetische Inferenz in Anwesenheit von Konflikten. Durch den Workflow heben wir wichtige Überlegungen zur Reduktion artifizieller Konflikte, zum Management von Paralogen und zur Bewertung von Konflikten hervor und diskutieren aktuelle Methoden zur Untersuchung von Konfliktursachen. Obwohl wir Beispiele aus der australischen Flora heranziehen, ist dieser Review allgemein relevant für jeden Forscher, der mit Target-Capture-Daten arbeitet. Wir schließen, dass Konflikt oft inhärent in pflanzlichen phylogenomischen Datensätzen ist und, obwohl weitere methodische Entwicklung notwendig ist, wenn Konflikt sorgfältig untersucht wird, Target-Capture-Daten beispiellose Einblicke in die außergewöhnlichen evolutionären Geschichten von Pflanzen bieten können.",
    url = "https://doi.org/10.1071/sb24011",
    doi = "10.1071/sb24011",
    openalex = "W4410110220",
    references = "doi103389fpls20231063174"
}

Die Generierung und Analyse von genomweiten Daten – Genomik – treibt einen rapiden Anstieg des Wissens über die Pflanzenvielfalt voran. Allerdings stellen die Geschwindigkeit und Komplexität des technologischen Fortschritts in der Genomik Herausforderungen für die flächendeckende Anwendung der Genomik in der Evolutions- und Naturschutzbiologie dar. Wir stellen und beschreiben eine landesweite Zusammenarbeit vor, die konzipiert wurde, um genomische Ressourcen und Kompetenzen für das Verständnis der australischen Flora zu schaffen: die Genomics for Australian Plants (GAP) Framework Initiative. Wir skizzieren (a) die Geschichte des Projekts einschließlich des kollaborativen Rahmens, der Partner und der Finanzierung; (b) GAP-Prinzipien wie Sorgfalt im Design, Probenverifizierung und Dokumentation, Datenmanagement und Datenzugänglichkeit; und (c) die Struktur des Konsortiums und die vier damit verbundenen Aktivitätsströme (Referenzgenome, Phylogenomik, Konservierungs-Genomik und Ausbildung) mit den Gründen und Zielen für jeden dieser Bereiche. Wir zeigen durch die Diskussion von Erfolgen und Herausforderungen den Wert dieses mehrinstitutionellen Konsortiums-Ansatzes und die Enabler, wie gut kuratierte Sammlungen und nationale kollaborative Forschungsinfrastruktur, die alle zu einem erheblichen Anstieg der Kapazität und der Lieferung von Ergebnissen im Bereich des Wissens über die Biodiversität geführt haben.

@article{doi101071sb24022,
    author = "Simpson, Lalita und Cantrill, David J. und Byrne, Margaret und Allnutt, Theodore R. und King, Graham J.W. und Lum, Mabel und Bkhetan, Ziad Al und Andrew, Rose L. und Baker, William J. und Barrett, Matthew D. und Batley, Jacqueline und Berry, Oliver und Binks, Rachel M. und Bragg, Jason G. und Broadhurst, Linda und Brown, Gillian K. und Bruhl, Jeremy J. und Edwards, Richard J. und Ferguson, Scott und Forest, Félix und Gustafsson, Johan und Hammer, Timothy und Holmes, Gareth D. und Jackson, Chris und James, Elizabeth A. und Jones, Ashley und Kersey, Paul und Leitch, Ilia J. und Maurin, Olivier und McLay, Todd G. B. und Murphy, Daniel J. und Nargar, Katharina und Nauheimer, Lars und Sauquet, Hervé und Schmidt‐Lebuhn, Alexander N. und Shepherd, Kelly Anne und Syme, Anna und Waycott, Michelle und Wilson, Trevor und Crayn, Darren M.",
    title = "The Genomics for Australian Plants (GAP) framework initiative – developing genomic resources for understanding the evolution and conservation of the Australian flora",
    year = "2025",
    journal = "Australian Systematic Botany",
    abstract = "Die Generierung und Analyse von genomweiten Daten – Genomik – treibt einen rapiden Anstieg des Wissens über die Pflanzenvielfalt voran. Allerdings stellen die Geschwindigkeit und Komplexität des technologischen Fortschritts in der Genomik Herausforderungen für die flächendeckende Anwendung der Genomik in der Evolutions- und Naturschutzbiologie dar. Wir stellen und beschreiben eine landesweite Zusammenarbeit vor, die konzipiert wurde, um genomische Ressourcen und Kompetenzen für das Verständnis der australischen Flora zu schaffen: die Genomics for Australian Plants (GAP) Framework Initiative. Wir skizzieren (a) die Geschichte des Projekts einschließlich des kollaborativen Rahmens, der Partner und der Finanzierung; (b) GAP-Prinzipien wie Sorgfalt im Design, Probenverifizierung und Dokumentation, Datenmanagement und Datenzugänglichkeit; und (c) die Struktur des Konsortiums und die vier damit verbundenen Aktivitätsströme (Referenzgenome, Phylogenomik, Konservierungs-Genomik und Ausbildung) mit den Gründen und Zielen für jeden dieser Bereiche. Wir zeigen durch die Diskussion von Erfolgen und Herausforderungen den Wert dieses mehrinstitutionellen Konsortiums-Ansatzes und die Enabler, wie gut kuratierte Sammlungen und nationale kollaborative Forschungsinfrastruktur, die alle zu einem erheblichen Anstieg der Kapazität und der Lieferung von Ergebnissen im Bereich des Wissens über die Biodiversität geführt haben.",
    url = "https://doi.org/10.1071/sb24022",
    doi = "10.1071/sb24022",
    openalex = "W4410109179",
    references = "doi101111nph20263, doi103389fpls20231063174"
}