Chordata

@article{bateson1886the,
    author = "Bateson, William",
    title = "The Ancestry of the Chordata",
    year = "1886",
    journal = "Journal of Cell Science",
    url = "https://doi.org/10.1242/jcs.s2-26.104.535",
    doi = "10.1242/jcs.s2-26.104.535",
    number = "104",
    openalex = "W2572595438",
    pages = "535-572",
    volume = "S2-26"
}

@article{bateson1886the3,
    author = "Bateson, W",
    title = "The ancestry of the Chordata",
    year = "1886",
    journal = "Quarterly Journal of Microscopical Science, v. 26, p. 535-571",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Bateson, W., 1886, The ancestry of the Chordata: Quarterly Journal of Microscopical Science, v. 26, p. 535-571.}"
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@misc{garstang1894preliminary6,
    author = "Garstang, W",
    title = "Vorläufige Notiz zu einer neuen Theorie der Phylogenie der Chordata",
    year = "1894",
    howpublished = "Zoologischer Anzeiger, v. 17, p. 122-125",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Garstang, W., 1894, Vorläufige Notiz zu einer neuen Theorie der Phylogenie der Chordata: Zoologischer Anzeiger, v. 17, p. 122-125.}"
}

@misc{gaskell1908the8,
    author = "Gaskell, W. H",
    title = "The Origin of Vertebrates",
    year = "1908",
    howpublished = "London, Longman",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gaskell, W. H., 1908, The Origin of Vertebrates: London, Longman.}"
}

@article{garstang1928the7,
    author = "Garstang, W",
    title = "The morphology of the Tunicata and its bearings on the Phylogenie der Chordata",
    year = "1928",
    journal = "Quarterly Journal of Microscopical Science, v. 72, p. 51-187",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Garstang, W., 1928, The morphology of the Tunicata and its bearings on the Phylogenie der Chordata: Quarterly Journal of Microscopical Science, v. 72, p. 51-187.}"
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@article{barrington1938the1,
    author = "Barrington, E. J. W",
    title = "The digestive system of Amphioxus ( Branchiostoma) lanceolatus",
    year = "1938",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society, London B, v. 228, p. 269-311",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Barrington, E. J. W., 1938, The digestive system of Amphioxus ( Branchiostoma) lanceolatus: Philosophical Transactions of the Royal Society, London B, v. 228, p. 269-311.}"
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@article{barrington1940observations2,
    author = "Barrington, E. J. W",
    title = "Observations on feeding and digestion in Glossobalanus minutus",
    year = "1940",
    journal = "Quarterly Journal of Microscopical Science, v. 82, p. 227-260",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Barrington, E. J. W., 1940, Observations on feeding and digestion in Glossobalanus minutus: Quarterly Journal of Microscopical Science, v. 82, p. 227-260.}"
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@article{crossref1951the,
    title = "The Chordates",
    year = "1951",
    journal = "Gastroenterology",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0016-5085(51)80057-x",
    doi = "10.1016/s0016-5085(51)80057-x",
    number = "1",
    openalex = "W4252394996",
    pages = "150",
    volume = "18"
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Mit dem Aufkommen relativ objektiver Klassifikationen, wie der phänetischen Klassifikationen, die durch die operativen Techniken der numerischen Taxonomie erzeugt wurden (Sokal und Sneath, 1963), war es unvermeidlich, dass Biologen sich fragten, welche phylogenetischen Schlüsse daraus gezogen werden könnten und mit welcher Zuverlässigkeit. Wenn diese phänetischen Taxonomien nicht alle Elemente der Phylogenetik widerspiegelten (Sokal und Camin, 1965), könnten Techniken entwickelt werden, um diese abzuleiten? Zum Beispiel könnten operative Methoden entwickelt werden, um die cladistischen Beziehungen zwischen Taxa abzuleiten, so dass, bei gleicher Ausgangsinformation, verschiedene Forscher dieselben Ergebnisse erhalten würden? Unter cladistischen Beziehungen verstehen wir die evolutionären Verzweigungssequenzen zwischen taxonomischen Einheiten, ohne Rücksicht auf phänetische Ähnlichkeiten zwischen ihnen oder auf eine absolute Zeitskala. Es besteht kein Zweifel, dass Phylogenien wahrscheinlich fehlerfrei für jede taxonomische Gruppe rekonstruiert werden könnten, wenn vollständige Fossilsequenzen für diese Gruppe verfügbar wären. Allerdings können cladistische Rekonstruktionen in jedem Grad durchgeführt werden 1 Dieser Aufsatz wurde am 29. Dezember 1964 auf einem Symposium mit dem Titel "Interaktionen zwischen numerischen und orthodoxen Taxonomien" in Knoxville, Tennessee, vor der Society of Systematic Zoology vorgestellt.2 Beitrag Nr.

@article{doi101111j155856461965tb01722x,
    author = "Camin, Joseph H. und Sokal, Robert R.",
    title = "A METHOD FOR DEDUCING BRANCHING SEQUENCES IN PHYLOGENY",
    year = "1965",
    journal = "Evolution",
    abstract = {Mit dem Aufkommen relativ objektiver Klassifikationen, wie der phänetischen Klassifikationen, die durch die operativen Techniken der numerischen Taxonomie erzeugt wurden (Sokal und Sneath, 1963), war es unvermeidlich, dass Biologen sich fragten, welche phylogenetischen Schlüsse daraus gezogen werden könnten und mit welcher Zuverlässigkeit. Wenn diese phänetischen Taxonomien nicht alle Elemente der Phylogenetik widerspiegelten (Sokal und Camin, 1965), könnten Techniken entwickelt werden, um diese abzuleiten? Zum Beispiel könnten operative Methoden entwickelt werden, um die cladistischen Beziehungen zwischen Taxa abzuleiten, so dass, bei gleicher Ausgangsinformation, verschiedene Forscher dieselben Ergebnisse erhalten würden? Unter cladistischen Beziehungen verstehen wir die evolutionären Verzweigungssequenzen zwischen taxonomischen Einheiten, ohne Rücksicht auf phänetische Ähnlichkeiten zwischen ihnen oder auf eine absolute Zeitskala. Es besteht kein Zweifel, dass Phylogenien wahrscheinlich fehlerfrei für jede taxonomische Gruppe rekonstruiert werden könnten, wenn vollständige Fossilsequenzen für diese Gruppe verfügbar wären. Allerdings können cladistische Rekonstruktionen in jedem Grad durchgeführt werden 1 Dieser Aufsatz wurde am 29. Dezember 1964 auf einem Symposium mit dem Titel "Interaktionen zwischen numerischen und orthodoxen Taxonomien" in Knoxville, Tennessee, vor der Society of Systematic Zoology vorgestellt.2 Beitrag Nr.},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1965.tb01722.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1965.tb01722.x",
    openalex = "W2120653759",
    references = "doi101038202147a0, doi1015159783112551080005, doi1023071377831, doi1023072411550, doi1023072411730, doi104324978020376680411, doi105962bhltitle84425, openalexw1541749163, openalexw3201999275"
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@article{doi101111j155856461965tb01734x,
    author = "Dillon, L.",
    title = "THE HYDROCOEL UND DIE URSPRÜNGLICHKEIT DER CHORDATEN",
    year = "1965",
    journal = "Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1965.tb01734.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1965.tb01734.x",
    is_oa = "true",
    number = "3",
    pages = "436-446",
    semanticscholar_citation_count = "6",
    semanticscholar_id = "d372bec96512a803a7bf29e0d2a6dc93a163a468",
    volume = "19"
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@article{crossref1973palaeozoology,
    title = "Palaeozoologie: Abstammung der Chordaten",
    year = "1973",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/245123c0",
    doi = "10.1038/245123c0",
    number = "5421",
    pages = "123-124",
    volume = "245"
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Lagynocystis pyramidalis (Barrande) aus dem marinen Unteren Ordovizium von Böhmen (Šárka-Formation (Llanvirn)) weist Merkmale auf, die darauf hindeuten, dass es urtümlich ist oder es zumindest sehr nahe kommt, zu lebenden Cephalochordaten wie Amphioxus (Branchiostoma). L. pyramidalis gehört zu einer seltsamen Gruppe von Fossilien, die von einigen Forschern als „carpoider" Echinodermata (Stamm Echinodermata, Unterstamm Homalozoa, Klasse Stylophora) klassifiziert wurden. Sie sind jedoch besser als primitive Chordaten mit Echinodermata-Affinitäten zu sehen (Stamm Chordata, Unterstamm Calcichordata Jefferies, 1967, Klasse Stylophora). Das auffälligste echinodermatähnliche Merkmal der Calcichordaten ist ihr Calcit-Skelett, bei dem jede Platte ein einzelner Calcitkristall ist. Ihre Chordaten-Merkmale umfassen: (1) Kiemenspalten; (2) einen postanal Schwanz (Stamm) mit Muskelblöcken, Notochord, dorsalem Nervenkordel und segmentalen Ganglien; (3) ein Gehirn und ein kraniales Nervensystem, wie bei einem Fisch; und (4) verschiedene Asymmetrien, wie bei jüngeren primitiven Chordaten. Die Calcichordaten sind in eine urtümlichere Ordnung, Cornuta, und eine fortschrittlichere Ordnung Mitrata unterteilt, die sich von Cornuta entwickelt hat. L. pyramidalis ist ein spezialisiertes Mitglied der Ordnung Mitrata. Formen, die bisher mit ihr in der Unterordnung Lagynocystida der Mitrata assoziiert wurden, sollten besser von ihr getrennt werden, um eine neue Unterordnung Peltocystida (Kirkocystidae plus Peltocystidae) zu bilden. Die Merkmale, die L. pyramidalis mit Amphioxus verbinden, sind wie folgt: (1) ein medianes ventrales Atrium, das durch ein medianes ventrales Atriopore öffnet; (2) ein wahrscheinlich exkretorisches hinteres Coelom, das durch das nach oben wachsende Wachstum der Kiemenöffnungen zu den Nephridien von Amphioxus führen könnte; (3) Belege dafür, dass der After extern auf der linken Seite öffnete; (4) Belege dafür, dass der Mund und die Mundhöhle stärker von links als von rechts innerviert waren; (5) Belege, die darauf hindeuten, dass L. pyramidalis, wenn es schwamm, sich um seine Längsachse drehen würde, im Uhrzeigersinn, wie von hinten gesehen, wie spätlarvaler Amphioxus und larvale Tunicaten. Die amphioxusähnlichen Merkmale von L. pyramidalis werden auf das Muster eines sehr primitiven Mitraten aufgedrückt. Es existierte somit: (1) ein gut entwickeltes Gehirn und die kranialen Nerven waren mehr nach dem Muster der Wirbeltiere als nach denen von Amphioxus; (2) linke und rechte Kiemenöffnungen zusätzlich zum medianen Atriopore; und (3) der Schwanz oder Stamm hatte gepaarte segmentale Ganglien. Der jüngste gemeinsame Vorfahr von Wirbeltieren und Amphioxus wäre ein primitiver Mitrater. Es folgt, da Lagynocystis ein Calcit-Skelett hatte, dass ein solches Skelett in der Evolution der Chordaten mindestens zweimal verloren gegangen ist.

@article{doi101098rstb19730032,
    author = "Jefferies, R.",
    title = "The Ordovician Fossil Lagynocystis pyramidalis (Barrande) and the Ancestry of Amphioxus",
    year = "1973",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B",
    abstract = "Lagynocystis pyramidalis (Barrande) aus dem marinen Unteren Ordovizium von Böhmen (Šárka-Formation (Llanvirn)) weist Merkmale auf, die darauf hindeuten, dass es urtümlich ist oder es zumindest sehr nahe kommt, zu lebenden Cephalochordaten wie Amphioxus (Branchiostoma). L. pyramidalis gehört zu einer seltsamen Gruppe von Fossilien, die von einigen Forschern als „carpoider" Echinodermata (Stamm Echinodermata, Unterstamm Homalozoa, Klasse Stylophora) klassifiziert wurden. Sie sind jedoch besser als primitive Chordaten mit Echinodermata-Affinitäten zu sehen (Stamm Chordata, Unterstamm Calcichordata Jefferies, 1967, Klasse Stylophora). Das auffälligste echinodermatähnliche Merkmal der Calcichordaten ist ihr Calcit-Skelett, bei dem jede Platte ein einzelner Calcitkristall ist. Ihre Chordaten-Merkmale umfassen: (1) Kiemenspalten; (2) einen postanal Schwanz (Stamm) mit Muskelblöcken, Notochord, dorsalem Nervenkordel und segmentalen Ganglien; (3) ein Gehirn und ein kraniales Nervensystem, wie bei einem Fisch; und (4) verschiedene Asymmetrien, wie bei jüngeren primitiven Chordaten. Die Calcichordaten sind in eine urtümlichere Ordnung, Cornuta, und eine fortschrittlichere Ordnung Mitrata unterteilt, die sich von Cornuta entwickelt hat. L. pyramidalis ist ein spezialisiertes Mitglied der Ordnung Mitrata. Formen, die bisher mit ihr in der Unterordnung Lagynocystida der Mitrata assoziiert wurden, sollten besser von ihr getrennt werden, um eine neue Unterordnung Peltocystida (Kirkocystidae plus Peltocystidae) zu bilden. Die Merkmale, die L. pyramidalis mit Amphioxus verbinden, sind wie folgt: (1) ein medianes ventrales Atrium, das durch ein medianes ventrales Atriopore öffnet; (2) ein wahrscheinlich exkretorisches hinteres Coelom, das durch das nach oben wachsende Wachstum der Kiemenöffnungen zu den Nephridien von Amphioxus führen könnte; (3) Belege dafür, dass der After extern auf der linken Seite öffnete; (4) Belege dafür, dass der Mund und die Mundhöhle stärker von links als von rechts innerviert waren; (5) Belege, die darauf hindeuten, dass L. pyramidalis, wenn es schwamm, sich um seine Längsachse drehen würde, im Uhrzeigersinn, wie von hinten gesehen, wie spätlarvaler Amphioxus und larvale Tunicaten. Die amphioxusähnlichen Merkmale von L. pyramidalis werden auf das Muster eines sehr primitiven Mitraten aufgedrückt. Es existierte somit: (1) ein gut entwickeltes Gehirn und die kranialen Nerven waren mehr nach dem Muster der Wirbeltiere als nach denen von Amphioxus; (2) linke und rechte Kiemenöffnungen zusätzlich zum medianen Atriopore; und (3) der Schwanz oder Stamm hatte gepaarte segmentale Ganglien. Der jüngste gemeinsame Vorfahr von Wirbeltieren und Amphioxus wäre ein primitiver Mitrater. Es folgt, da Lagynocystis ein Calcit-Skelett hatte, dass ein solches Skelett in der Evolution der Chordaten mindestens zweimal verloren gegangen ist.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/ca5b8f2f3a69f4cfcceb8adb101609f40eb57b2e",
    doi = "10.1098/RSTB.1973.0032",
    is_oa = "true",
    number = "871",
    pages = "409-469",
    semanticscholar_citation_count = "50",
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    volume = "265"
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Lagynocystis pyramidalis (Barrande) aus dem marinen unteren Ordovizium von Böhmen (Šárka-Formation (Llanvirn)) weist Merkmale auf, die darauf hindeuten, dass es urtümlich ist oder es zumindest sehr nahe kommt, zu lebenden Cephalochordaten wie Amphioxus (Branchiostoma). L. pyramidalis gehört zu einer seltsamen Gruppe von Fossilien, die von einigen Forschern als „carpoider" Echinodermata (Stamm Echinodermata, Unterstamm Homalozoa, Klasse Stylophora) klassifiziert wurden. Sie sind jedoch besser als primitive Chordaten mit Echinodermata-Zugehörigkeit zu sehen (Stamm Chordata, Unterstamm Calcichordata Jefferies, 1967, Klasse Stylophora). Das auffälligste echinodermatähnliche Merkmal der Calcichordaten ist ihr Kalkskelett, bei dem jede Platte ein einzelner Kalkitkristall ist. Ihre Chordaten-Merkmale umfassen: (1) Kiemenspalten; (2) einen postanal Schwanz (Stamm) mit Muskelblöcken, Notochord, dorsalem Nervenkordel und segmentalen Ganglien; (3) ein Gehirn und ein Hirnnervensystem, wie sie bei Fischen vorkommen; und (4) verschiedene Asymmetrien, wie sie bei jüngeren primitiven Chordaten zu finden sind. Die Calcichordaten werden in eine urtümlichere Ordnung, Cornuta, und eine fortschrittlichere Ordnung Mitrata unterteilt, die sich aus Cornuta entwickelt hat. L. pyramidalis ist ein spezialisiertes Mitglied der Ordnung Mitrata. Formen, die bisher mit ihm in der Unterordnung Lagynocystida der Mitrata assoziiert wurden, sollten besser von ihm getrennt werden, um eine neue Unterordnung Peltocystida (Kirkocystidae plus Peltocystidae) zu bilden. Die Merkmale, die L. pyramidalis mit Amphioxus verbinden, sind folgende: (1) ein medianes ventrales Atrium, das durch ein medianes ventrales Atrioporus öffnet; (2) ein wahrscheinlich exkretorisches hinteres Coelom, das durch das nach oben wachsende Wachstum der Kiemenöffnungen zu den Nephridien von Amphioxus führen könnte; (3) Belege dafür, dass der After extern auf der linken Seite öffnete; (4) Belege dafür, dass Mund und Mundhöhle stärker von links als von rechts innerviert waren; (5) Belege, die darauf hindeuten, dass L. pyramidalis, wenn es schwamm, sich um seine Längsachse im Uhrzeigersinn drehen würde, wie es bei späteren larvalen Amphioxus und larvalen Tunicaten der Fall ist. Die amphioxusähnlichen Merkmale von L. pyramidalis werden auf das Muster eines sehr primitiven Mitraten aufgedrückt. Es existierte somit: (1) ein gut entwickeltes Gehirn, und die Hirnnerven waren mehr nach dem Muster der Wirbeltiere als nach denen von Amphioxus; (2) linke und rechte Kiemenöffnungen zusätzlich zum medianen Atrioporus; und (3) der Schwanz oder Stamm hatte gepaarte segmentale Ganglien. Der jüngste gemeinsame Vorfahr von Wirbeltieren und Amphioxus wäre ein primitiver Mitrater. Es folgt daraus, da Lagynocystis ein Kalkskelett hatte, dass ein solches Skelett sich in der Evolution der Chordaten mindestens zweimal verloren hat.

@article{jefferies1973the,
    author = "Jefferies, R. P. S.",
    title = "The Ordovician fossil Lagynocystis pyramidalis (Barrande) and the ancestry of amphioxus",
    year = "1973",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society of London. B, Biological Sciences",
    abstract = "Lagynocystis pyramidalis (Barrande) aus dem marinen unteren Ordovizium von Böhmen (Šárka-Formation (Llanvirn)) weist Merkmale auf, die darauf hindeuten, dass es urtümlich ist oder es zumindest sehr nahe kommt, zu lebenden Cephalochordaten wie Amphioxus (Branchiostoma). L. pyramidalis gehört zu einer seltsamen Gruppe von Fossilien, die von einigen Forschern als „carpoider" Echinodermata (Stamm Echinodermata, Unterstamm Homalozoa, Klasse Stylophora) klassifiziert wurden. Sie sind jedoch besser als primitive Chordaten mit Echinodermata-Zugehörigkeit zu sehen (Stamm Chordata, Unterstamm Calcichordata Jefferies, 1967, Klasse Stylophora). Das auffälligste echinodermatähnliche Merkmal der Calcichordaten ist ihr Kalkskelett, bei dem jede Platte ein einzelner Kalkitkristall ist. Ihre Chordaten-Merkmale umfassen: (1) Kiemenspalten; (2) einen postanal Schwanz (Stamm) mit Muskelblöcken, Notochord, dorsalem Nervenkordel und segmentalen Ganglien; (3) ein Gehirn und ein Hirnnervensystem, wie sie bei Fischen vorkommen; und (4) verschiedene Asymmetrien, wie sie bei jüngeren primitiven Chordaten zu finden sind. Die Calcichordaten werden in eine urtümlichere Ordnung, Cornuta, und eine fortschrittlichere Ordnung Mitrata unterteilt, die sich aus Cornuta entwickelt hat. L. pyramidalis ist ein spezialisiertes Mitglied der Ordnung Mitrata. Formen, die bisher mit ihm in der Unterordnung Lagynocystida der Mitrata assoziiert wurden, sollten besser von ihm getrennt werden, um eine neue Unterordnung Peltocystida (Kirkocystidae plus Peltocystidae) zu bilden. Die Merkmale, die L. pyramidalis mit Amphioxus verbinden, sind folgende: (1) ein medianes ventrales Atrium, das durch ein medianes ventrales Atrioporus öffnet; (2) ein wahrscheinlich exkretorisches hinteres Coelom, das durch das nach oben wachsende Wachstum der Kiemenöffnungen zu den Nephridien von Amphioxus führen könnte; (3) Belege dafür, dass der After extern auf der linken Seite öffnete; (4) Belege dafür, dass Mund und Mundhöhle stärker von links als von rechts innerviert waren; (5) Belege, die darauf hindeuten, dass L. pyramidalis, wenn es schwamm, sich um seine Längsachse im Uhrzeigersinn drehen würde, wie es bei späteren larvalen Amphioxus und larvalen Tunicaten der Fall ist. Die amphioxusähnlichen Merkmale von L. pyramidalis werden auf das Muster eines sehr primitiven Mitraten aufgedrückt. Es existierte somit: (1) ein gut entwickeltes Gehirn, und die Hirnnerven waren mehr nach dem Muster der Wirbeltiere als nach denen von Amphioxus; (2) linke und rechte Kiemenöffnungen zusätzlich zum medianen Atrioporus; und (3) der Schwanz oder Stamm hatte gepaarte segmentale Ganglien. Der jüngste gemeinsame Vorfahr von Wirbeltieren und Amphioxus wäre ein primitiver Mitrater. Es folgt daraus, da Lagynocystis ein Kalkskelett hatte, dass ein solches Skelett sich in der Evolution der Chordaten mindestens zweimal verloren hat.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1973.0032",
    doi = "10.1098/rstb.1973.0032",
    number = "871",
    pages = "409-469",
    volume = "265"
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@article{jefferies1973the10,
    author = "Jefferies, R. P. S",
    title = "The Ordovician fossil Lagynocystis pyramidalis (Barrande) und die Abstammung des Amphioxus",
    year = "1973",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society, London B, v. 265, S. 409-469",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Jefferies, R. P. S., 1973, The Ordovician fossil Lagynocystis pyramidalis (Barrande) und die Abstammung des Amphioxus: Philosophical Transactions of the Royal Society, London B, v. 265, S. 409-469.}"
}

@book{godeaux1974primitive9,
    author = "Godeaux, J. E. A",
    title = "Primitive Deuterostomians, in Florkin, M., and Scheer, B. T., eds., Chemical Zoology",
    year = "1974",
    publisher = "London, Academic Press, v. VIII, p. 4-60",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Godeaux, J. E. A., 1974, Primitive Deuterostomians, in Florkin, M., and Scheer, B. T., eds., Chemical Zoology: London, Academic Press, v. VIII, p. 4-60.}"
}

@incollection{berrill1975chordata4,
    author = "Berrill, N. J",
    editor = "Giese, A. C. und Pearse, J. S.",
    title = "Chordata: Tunicata",
    year = "1975",
    booktitle = "Fortpflanzung von marinen Wirbellosen II. Ectoprocta und kleinere Coelomaten",
    publisher = "New York, Academic Press, S. 241-282",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Berrill, N. J., 1975, Chordata: Tunicata, in Giese, A. C., und Pearse, J. S., Hgg., Fortpflanzung von marinen Wirbellosen II. Ectoprocta und kleinere Coelomaten: New York, Academic Press, S. 241-282.}"
}

@inproceedings{jefferies1975fossil11,
    author = "Jefferies, R. P. S",
    title = "Fossil evidence concerning the origin of the chordates",
    year = "1975",
    booktitle = "Symposium of the Zoological Society, London, v. 36, p. 253-318",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Jefferies, R. P. S., 1975, Fossil evidence concerning the origin of the chordates: Symposium of the Zoological Society, London, v. 36, p. 253-318.}"
}

@inproceedings{watts1975evolution12,
    author = "Watts, D. C",
    title = "Evolution von Phosphagen-Kinasen in der Chordatenlinie",
    year = "1975",
    booktitle = "Symposium der Zoologischen Gesellschaft, London, v. 36, S. 105-127",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Watts, D. C., 1975, Evolution von Phosphagen-Kinasen in der Chordatenlinie: Symposium der Zoologischen Gesellschaft, London, v. 36, S. 105-127.}"
}

@incollection{wickstead1975chordata13,
    author = "Wickstead, J. H",
    editor = "Giese, A. C. and Pearse, J. S.",
    title = "Chordata: Acrania (Cephalochordata)",
    year = "1975",
    booktitle = "Reproduction of Marine Invertebrates II, Entoprocts and Lesser Coelomates",
    publisher = "New York, Academic Press, p. 283-319",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Wickstead, J. H., 1975, Chordata: Acrania (Cephalochordata), in Giese, A. C., and Pearse, J. S., eds., Reproduction of Marine Invertebrates II, Entoprocts and Lesser Coelomates: New York, Academic Press, p. 283-319.}"
}

@incollection{crossref1976chordates,
    title = "Chordates",
    year = "1976",
    booktitle = "Animal Biochromes and Structural Colours",
    url = "https://doi.org/10.1525/9780520339422-020",
    doi = "10.1525/9780520339422-020",
    openalex = "W4246051787",
    pages = "138-181"
}

* *1. Entwurf * Teil I: Rückblick *2. Die Analogistische Tradition von Anaximander bis Bonnet * Die Samen der Recapitulation in der griechischen Wissenschaft? * Ontogenie und Phylogenie im Konflikt zwischen Epigenese und Epigenese: Das Idyll von Charles Bonnet * Anhang: Die Revolution in *3. Transzendentale Ursprünge, 1793--1860 * Naturphilosophie: Ein Ausdruck des Entwicklungsdeterminismus * Zwei führende Recapitulationisten unter den Naturphilosophen: Oken und Meckel * Okens Klassifikation der Tiere: Lineare Addition von Organen * J. F. Meckels nüchterne Darstellung derselben Prinzipien * Serres und die französischen Transzendentalisten * Recapitulation und die Theorie der Entwicklungsarrests * Von Baers Kritik an der Recapitulation * Die Richtung der Entwicklung und die Klassifikation der Tiere * Von Baer und Naturphilosophie: Was ist die universelle Richtung der Entwicklung? * Louis Agassiz und das dreifache Parallelismus *4. Evolutionärer Triumph, 1859--1900 * Evolutionstheorie und zoologische Praxis * Darwin und die Evolution von Baers Gesetze * Evolution und die Mechanik der Recapitulation * Ernst Haeckel: Phylogenie als mechanische Ursache der Ontogenie * Der Mechanismus der Recapitulation * Die amerikanischen Neolamarckianer: Das Gesetz der Beschleunigung als Motor der Evolution * Progressive Evolution durch Beschleunigung * Das Ausmaß des Parallelismus * Warum dominiert die Recapitulation die Geschichte des Lebens? * Alpheus Hyatt und universelle Beschleunigung * Lamarckismus und die Analogie des Gedächtnisses * Recapitulation und Darwinismus * Anhang: Die evolutionäre Übersetzung von Baers Gesetze *5. Durchdringender Einfluss * Kriminalanthropologie * Rassismus * Kindesentwicklung * Grundschule * Freudianische Psychoanalyse * Epilog *6. Niedergang, Fall und Verallgemeinerung * Ein schlauer Argument * Eine empirische Kritik * Organe oder Vorfahren: Die Transformation von Haeckels Heterochronie * Interpolationen in juvenile Stadien * Einführung von juvenilen Merkmalen in die Erwachsenen der Nachkommen * Was war aus von Baers Kritik geworden? * Wohltätige Vernachlässigung: Recapitulation und der Aufstieg der experimentellen Embryologie * Die vorausgesetzten Annahmen der Recapitulation * Wilhelm His und seine physiologische Embryologie: Ein vorläufiger Skirmisch * Rouxs Entwicklungsmechanik und das biogenetische Gesetz * Recapitulation und substantielle Fragen in der experimentellen Embryologie: Der neue Präformationsismus * Mendels Auferstehung, Haeckels Fall und die Verallgemeinerung der Recapitulation * Teil II: Heterochronie und Paedomorphose *7. Heterochronie und das Parallel der Ontogenie und Phylogenie * Beschleunigung und Verzögerung * Verwirrung in und nach Haeckels Nachlass * Richtlinien für eine Lösung * Die Reduktion von de Beers Kategorien der Heterochronie auf Beschleunigung und Verzögerung * Ein historisches Paradoxon: Die vermeintliche Dominanz der Recapitulation * Dissozierbarkeit und Heterochronie * Korrelation und Dissozierbarkeit * Dissociation der drei Prozesse * Ein Maß für Dissociation * Zeitverschiebung als Mechanismus der Dissociation * Eine Uhrenmodell der Heterochronie * Anhang: Eine Anmerkung zur multivariaten Darstellung der Dissociation *8. Die ökologische und evolutionäre Bedeutung der Heterochronie * Das Argument der Häufigkeit * Die Bedeutung der Recapitulation * Die Bedeutung von Heterochronischen Veränderungen: Ausgewählte Fälle * Häufigkeit von Paedomorphose bei der Entstehung höherer Taxa * Eine Kritik der klassischen Bedeutung der Heterochronie * Die klassischen Argumente * Retrospektive und unmittelbare Bedeutung * Heterochronie, Ökologie und Lebenszyklusstrategien * Das potenzielle Leichtigkeit und Schnelligkeit von Heterochronischen Veränderungen * Die Kontrolle der Metamorphose bei Insekten * Amphibien-Paedomorphose und die Schilddrüse *9. Progenese und Neotenie Insekten-Progenese * Prothetely und Metathetely * Paedogenese (parthenogenetische Progenese) bei Gallmücken und Käfern * Progenese bei flügellosen, parthenogenetischen Blattläusen * Zusätzliche Fälle von Progenese mit einem ähnlichen ökologischen Grund * Neotenische Einzelheuschrecken: Sind sie eine Ausnahme von der Regel? * Amphibien-Neotenie * Die ökologischen Determinanten der Progenese * Instabile Umgebungen * Kolonisation * Parasiten * Männliche Ausbreitung * Progenese als adaptive Reaktion auf Druck für kleine Größe * Die Rolle der Heterochronie in der Makroevolution: Kontrastierende Flexibilitäten für Progenese und Neotenie * Progenese * Neotenie * Die sozialen Korrelate der Neotenie bei höheren Wirbeltieren *10. Verzögerung und Neotenie in der menschlichen Evolution * Die Samen der Neotenie * Die fetale Theorie von Louis Bolk * Bolks Daten * Bolks Interpretation * Bolks evolutionäre Theorie * Eine Tradition des Arguments * Verzögerung in der menschlichen Evolution * Morphologie im Kontext der Verzögerung * Von der Enumeration * Von Prototypen * Von Korrelation * Die adaptive Bedeutung der verzögerten Entwicklung *11. Epilog * Anmerkungen * Bibliographie * Glossar * Index

@book{openalexw2506868775,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "Ontogeny and Phylogeny",
    year = "1977",
    abstract = "* *1. Prospectus * Teil I: Recapitulation *2. Die Analogistische Tradition von Anaximander bis Bonnet * Die Samen der Recapitulation in der griechischen Wissenschaft? * Ontogenie und Phylogenie im Konflikt von Epigenese: Das Idyll von Charles Bonnet * Anhang: Die Revolution in *3. Transzendentale Ursprünge, 1793--1860 * Naturphilosophie: Ein Ausdruck des Developmentalismus * Zwei führende Recapitulationisten unter den Naturphilosophen: Oken und Meckel * Okens Klassifikation der Tiere: Lineare Additionen von Organen * J. F. Meckels nüchterne Darstellung derselben Prinzipien * Serres und die französischen Transzendentalisten * Recapitulation und die Theorie der Entwicklungsarrests * Von Baers Kritik der Recapitulation * Die Richtung der Entwicklung und Klassifikation der Tiere * Von Baer und Naturphilosophie: Was ist die universelle Richtung der Entwicklung? * Louis Agassiz und das dreifache Parallelismus *4. Evolutionärer Triumph, 1859--1900 * Evolutionstheorie und zoologische Praxis * Darwin und die Evolution von Baers Gesetze * Evolution und die Mechanik der Recapitulation * Ernst Haeckel: Phylogenie als mechanische Ursache der Ontogenie * Der Mechanismus der Recapitulation * Die amerikanischen Neolamarckianer: Das Gesetz der Beschleunigung als Motor der Evolution * Progressive Evolution durch Beschleunigung * Das Ausmaß des Parallelismus * Warum dominiert die Recapitulation die Geschichte des Lebens? * Alpheus Hyatt und universelle Beschleunigung * Lamarckismus und die Analogie des Gedächtnisses * Recapitulation und Darwinismus * Anhang: Die evolutionäre Übersetzung von Baers Gesetze *5. Durchgreifender Einfluss * Kriminalanthropologie * Rassismus * Kindesentwicklung * Grundschule * Freudianische Psychoanalyse * Epilog *6. Niedergang, Fall und Verallgemeinerung * Ein kluger Argument * Eine empirische Kritik * Organe oder Vorfahren: Die Transformation von Haeckels Heterochronie * Interpolationen in juvenile Stadien * Einführung von juvenilen Merkmalen in die Erwachsenen der Nachkommen * Was war aus von Baers Kritik geworden? * Wohltätige Vernachlässigung: Recapitulation und der Aufstieg der experimentellen Embryologie * Die vorausgesetzten Annahmen der Recapitulation * Wilhelm His und seine physiologische Embryologie: Ein vorläufiger Skirmish * Rouxs Entwicklungsmechanik und das Biogenetische Gesetz * Recapitulation und substantielle Fragen in der experimentellen Embryologie: Der neue Präformationismus * Mendels Auferstehung, Haeckels Fall und die Verallgemeinerung der Recapitulation * Teil II: Heterochronie und Paedomorphose *7. Heterochronie und das Parallel von Ontogenie und Phylogenie * Beschleunigung und Verlangsamung * Verwirrung in und nach Haeckels Nachlass * Richtlinien für eine Lösung * Die Reduktion von de Beers Kategorien der Heterochronie auf Beschleunigung und Verlangsamung * Ein historisches Paradoxon: Die vermeintliche Dominanz der Recapitulation * Dissociabilität und Heterochronie * Korrelation und Dissociabilität * Dissociation der drei Prozesse * Ein Maß für Dissociation * Zeitverschiebung als Mechanismus der Dissociation * Eine Uhr-Modell der Heterochronie * Anhang: Eine Anmerkung zur multivariaten Darstellung der Dissociation *8. Die ökologische und evolutionäre Bedeutung der Heterochronie * Das Argument der Häufigkeit * Die Bedeutung der Recapitulation * Die Bedeutung der heterochronischen Veränderung: Ausgewählte Fälle * Häufigkeit der Paedomorphose im Ursprung höherer Taxa * Eine Kritik der klassischen Bedeutung der Heterochronie * Die klassischen Argumente * Retrospektive und unmittelbare Bedeutung * Heterochronie, Ökologie und Lebenszyklus-Strategien * Das potenzielle Leichtigkeit und Schnelligkeit der heterochronischen Veränderung * Die Kontrolle der Metamorphose bei Insekten * Amphibien-Paedomorphose und die Schilddrüse *9. Progenese und Neotenie Insekten-Progenese * Prothetely und Metathetely * Paedogenese (parthenogenetische Progenese) bei Gallmücken und Käfern * Progenese bei flügellosen, parthenogenetischen Blattläusen * Zusätzliche Fälle von Progenese mit einem ähnlichen ökologischen Grund * Neotenische Einzelheuschrecken: Sind sie eine Ausnahme von der Regel? * Amphibien-Neotenie * Die ökologischen Determinanten der Progenese * Instabile Umgebungen * Kolonisation * Parasiten * Männliche Ausbreitung * Progenese als adaptive Reaktion auf Druck für kleine Größe * Die Rolle der Heterochronie in der Makroevolution: Kontrastierende Flexibilitäten für Progenese und Neotenie * Progenese * Neotenie * Die sozialen Korrelate der Neotenie bei höheren Wirbeltieren *10. Verlangsamung und Neotenie in der menschlichen Evolution * Die Samen der Neotenie * Die fetale Theorie von Louis Bolk * Bolks Daten * Bolks Interpretation * Bolks evolutionäre Theorie * Eine Tradition des Arguments * Verlangsamung in der menschlichen Evolution * Morphologie im Kontext der Verlangsamung * Von der Enumeration * Von Prototypen * Von Korrelation * Die adaptive Bedeutung der verzögerten Entwicklung *11. Epilog * Anmerkungen * Bibliographie * Glossar * Index",
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    references = "doi101086409052, doi101146annureves08110177001045"
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Placocystites forbesianus de Koninck, aus dem silurischen Dudley-Kalkstein in der Nähe von Dudley, West Midlands, wird hier als primitiver Chordater mit einem Kalkskelett vom Echinoderm-Typ interpretiert. Dies stimmt mit früheren Arbeiten des Erstautors überein und widerspricht der Arbeit von Ubaghs (1968 etc.). Unter Anwendung der Terminologie von Hennig gehört Placocystites wahrscheinlich zur Stammgruppe der Wirbeltiere und wirft daher Licht auf die Anatomie primitiver Wirbeltiere. Es gehört auch zur Gruppe Calcichordata, die von einem von uns als Unterstamm (Jefferies 1967) etabliert wurde. Die Calcichordata sind jedoch in ihrer phylogenetischen Position nicht mit den lebenden Chordaten-Unterstämmen vergleichbar, sodass der Begriff „calcichordate" von nun an nur informell für jeden Chordaten mit einem Skelett vom Echinoderm-Typ verwendet wird. Ubaghs, der eine völlig andere Interpretation entwickelt hat, weist Placocystites dem Unterstamm Homalozoa des Stammes Echinodermata zu. In der Zuordnung zu diesem Stamm ist die Arbeit von Ubaghs traditioneller als die unsere. Innerhalb der Calcichordata gehört Placocystites forbesianus zur fortschrittlicheren Gruppe, den Mitraten. Diese unterscheiden sich von primitiveren Calcichordaten (Cornuten) dadurch, dass sie neben den linken auch rechte Kiemenspalten aufweisen. Innerhalb der Mitraten ist es möglich, die Stammgruppen im hennigianischen Sinne von Acraniaten, Tunicaten und Wirbeltieren vorzuschlagen. Der Begriff „standard vertebrate" wird vorgeschlagen, um Wirbeltiere im üblichen Sinne zu bezeichnen, im Gegensatz zu jenen Stammwirbeltieren, die in den Mitraten enthalten sind. Die beiden offensichtlichen Teile eines Calcichordaten, früher als Theca und Stamm oder Körper und Schwanz bezeichnet, sollten am besten als Kopf und Schwanz bezeichnet werden, basierend auf der Homologie mit Standardwirbeltieren. Mitraten entsprechen dem tunicatenähnlichen, kaulquappenartigen Protowirbeltel von „antisegmentationistischen" Morphologen wie Froriep, Starck und Romer. Der gleichmäßig segmentierte Protowirbeltel von „segmentationistischen" Morphologen wie Goodrich würde eine reale, aber spätere Entwicklungsstufe in der Abstammung der Standardwirbeltiere darstellen, die von einem Mtrate abstammen. Die Somiten von Standardwirbeltieren und Acraniaten können plausibel innerhalb der Calcichordaten identifiziert werden. Die prämandibulären und mandibulären Somiten würden sich im Kopf befinden, zusammen mit der Mundhöhle, dem Pharynx, den Kiemenspalten und den Organen. Die linken und rechten mandibulären Somiten waren bei den Mitraten wahrscheinlich durch die linken und rechten vorderen Coelome vertreten. Die gepaarten prämandibulären Somiten würden durch einen sichelförmigen Körper vertreten, der sich im hinteren Teil des Kopfes direkt vor dem Gehirn befindet. Die hyoidean Somiten wären das vorderste Paar der Somiten des Schwanzes, vollständig getrennt von den Kiemenspalten und Kiemenbalken. Weitere hintere Somiten würden sich ebenfalls im Schwanz befinden, hinter den hyoidean Somiten. Die Homologe der gepaarten Augen von Standardwirbeltieren können auch als in den Mitraten vorhanden gewesen zu sein erkannt werden (cispharyngeale Augen). Die vermuteten prämandibulären, mandibulären und hyoidean Somiten waren um sie herum gruppiert in einer Anordnung, die zur Entstehung der extrinsischen Augenmuskeln von Standardwirbeltieren führen könnte. Die Ohren der Mitraten lagen lateral zu den hyoidean Somiten, wie sie es bei lebenden Wirbeltierembryonen tun. Das Nervensystem von Placocystites und seinen Verwandten ist vergleichbar mit dem eines Fisches. Das Gehirn war in zwei Teile unterteilt, die grob dem Prosencephalon und Rhombencephalon eines frühen Standardwirbeltieres entsprechen (obwohl das Rhombencephalon der Wirbeltiere auch Ableitungen des Mratenschwanzes einschließt). Die Hirnnerven wurden als einschließlich olfaktorischer, möglicherweise terminaler, optischer, trigeminaler und acusticolateraler Komplexe abgeleitet. Der trigeminale Komplex umfasste opthalmicus superficialis- und opthalmicus profundus-Aste sowie ein einzelnes Paar Ganglien. Im Gegensatz zur klassischen Theorie wurde er nicht in profundus- und „echte" trigeminale Unterkomplexe unterteilt. Der Pharynx von Placocystites und verwandten Mitraten war wie der eines Tunicaten, insbesondere in bestimmten Asymmetrien. Details des Skeletts deuten stark darauf hin, dass der Pharynx im Leben einen endostylaren Schleimfang vom Tunicaten- oder ammocoete-Typ enthalten hätte, wie die klassische Theorie vorhersagen würde. Die Neuraldrüse („Hypophyse") scheint dieselben Beziehungen gehabt zu haben wie bei einem vollständig ausgebildeten tunicatenähnlichen Kaulquappe, war aber wahrscheinlich endodermalen Ursprungs und homolog mit Seessels Tasche eines Wirbeltieres. Die Anatomie des Kopfes des primitiven Calcichordaten Cothurnocystis, der ein Cornute war und wie andere Cornuten und larvale Amphioxus nur linke Kiemenspalten aufwies, wird durch Rückwärtsarbeiten von den Mitraten ausgehend und durch direkte Beweise aus seinem Skelett rekonstruiert. Der hypothetisch jüngste gemeinsame Vorfahre von Lampreten und Gnathostomen wird abgeleitet. Die Teile, die vom Mratenkopf abgeleitet sind, können von denen unterschieden werden, die vom Mratenschwanz abgeleitet sind. Das Tier besaß wahrscheinlich einen notochordalen Kopfbereich und einen Rumpf. Diese wären entstanden, als Kiemenspalten und Organe nach hinten ventral zum vorderen Teil des Mratenschwanzes migrierten. Das Perikard wäre durch ventrales Wachstum der Mratenschwanzsomiten entlang der Kiemenbalken und deren ventrale Fusion zur Bildung einer Höhle entstanden. Der viszerale Coelom entstand durch das ventrale Wachstum der Mratenschwanzsomiten um die Organe, begleitet von der Entwicklung und Fusion von Hohlräumen in den ventralen Teilen dieser Somiten. Die branchialen Nerven von Standardwirbeltieren sind eine Mischung aus placodalen Elementen, die wahrscheinlich vom Mratenkopf abgeleitet sind, und Neuralkristallelementen, die wahrscheinlich vom Mratenschwanz abgeleitet sind. Dieses hypothetische Tier hat sich wahrscheinlich von den Mitraten entwickelt, als einer von ihnen zur Gewohnheit des Vorwärtsschwimmens überging. Placocystites kroch wahrscheinlich rückwärts durch das Sediment direkt unter dem Meeresboden, gezogen vom Schwanz. Ein Paar Dornen in der Nähe des Mundes würden dazu dienen, in das Sediment einzuschneiden, wahrscheinlich unterstützt durch Wasser, das entlang ihnen aus der Mundhöhle gespritzt wurde.

@article{doi101098rstb19780013,
    author = "Jefferies, R. and Lewis, D. N.",
    title = "The English Silurian fossil Placocystites forbesianus and the ancestry of the vertebrates",
    year = "1978",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B",
    abstract = "Placocystites forbesianus de Koninck, from the Silurian Dudley Limestone, near Dudley, West Midlands, is here interpreted as a primitive chordate with a calcite skeleton of echinoderm type. This agrees with earlier papers by the senior author and disagrees with the work of Ubaghs (1968 etc.). Applying Hennig’s terminology, Placocystites probably belongs to the stem group of the vertebrates and therefore throws light on primitive vertebrate anatomy. It also belongs to the group Calcichordata, set up by one of us as a subphylum (Jefferies 1967). The Calcichordata, however, are not comparable in phylogenetic position with the living chordate subphyla, so the word calcichordate will henceforth be used only informally, for any chordate with a skeleton of echinoderm type. Ubaghs, who has developed a totally different interpretation, assigns Placocystites to the subphylum Homalozoa of the phylum Echinodermata. In assigning it to that phylum, Ubaghs’s work is more traditional than ours. Within the calcichordates, Placocystites forbesianus belongs to the more advanced group known as mitrates. These are distinguished from more primitive calcichordates (cornutes) by having right gill slits in addition to left ones. Within the mitrates it is possible to suggest the stem groups, in the Hennigian sense, of acraniates, tunicates and vertebrates. The term standard vertebrate is proposed to denote vertebrates in the usual sense, as contrasted with those stem vertebrates included in the mitrates. The two obvious parts of a calcichordate, formerly called theca and stem, or body and tail, are best called head and tail by homology with standard vertebrates. Mitrates correspond to the tunicate-tadpole-like protovertebrate of ‘antisegmentationist’ morphologists such as Froriep, Starck and Romer. The uniformly segmented protovertebrate of 'segmentationist’ morphologists such as Goodrich would represent a real but later stage in the ancestry of standard vertebrates, descended from a mitrate. The somites of standard vertebrates and acraniates can be plausibly identified inside calcichordates. The premandibular and mandibular somites would be located in the head, along with the buccal cavity, pharynx, gill slits and viscera. The left and right mandibular somites were probably represented in mitrates by the left and right anterior coeloms. The paired premandibular somites would be represented by a crescentic body situated in the posterior part of the head just in front of the brain. The hyoidean somites would be the most anterior pair of somites of the tail, totally separated from gill slits and gill bars. More posterior somites would also be in the tail, behind the hyoidean somites. The homologues of the paired eyes of standard vertebrates can also be recognized as having existed in mitrates (cispharyngeal eyes). The presumed premandibular, mandibular and hyoidean somites were grouped round them in an arrangement which could give rise to the extrinsic eye muscles of standard vertebrates. The ears of mitrates were lateral to the hyoidean somites as they are in living vertebrate embryos. The nervous system of Placocystites and its relatives is comparable with that of a fish. The brain was divided into two parts broadly corresponding to the prosencephalon and rhombencephalon of an early standard vertebrate (though the rhombencephalon of vertebrates also includes derivatives of the mitrate tail). The cranial nerves are deduced to have included olfactory, perhaps terminalis, optic, trigeminal and acusticolateralis complexes. The trigeminal complex included opthalmicus superficialis and ophthalmicus profundus branches and a single pair of ganglia. Contrary to classical theory, it was not divided into profundus and ‘true’ trigeminal subcomplexes. The pharynx of Placocystites and related mitrates was like that of a tunicate, particularly in certain asymmetries. Details of the skeleton strongly indicate that the pharynx in life would have contained an endostylar mucous trap of tunicate or ammocoete type, as classical theory would predict. The neural gland (‘hypophysis’) seems to have had the same relations as in a fully formed tunicate tadpole, but was probably endodermal in origin, homologous with Seessel’s pouch of a vertebrate. The anatomy of the head of the primitive calcichordate Cothurnocystis, which was a cornute, and like other cornutes and larval amphioxus had left gill slits only, is reconstructed by working backwards from mitrates and by direct evidence from its skeleton. The hypothetical latest common ancestor of lampreys and gnathostomes is deduced. The parts derived from the mitrate head can be distinguished from those derived from the mitrate tail. The animal probably possessed a notochordal head region and a trunk. These would have formed when gill slits and viscera migrated backwards ventral to the anterior part of the mitrate tail. The pericardium would have arisen by ventral growth of mitrate tail somites down the gill bars and their fusion ventrally to form a cavity. The visceral coelom arose by the ventral growth of mitrate tail somites round the viscera, accompanied by the development and fusion of cavities in the ventral parts of these somites. The branchial nerves of standard vertebrates are a mixture of placodal elements, probably derived from the mitrate head, and neural crest elements, probably derived from the mitrate tail. This hypothetical animal probably evolved from the mitrates when one of them took to habitual forwards swimming. Placocystites probably crept backwards through the sediment just below the sea bottom, pulled by the tail. A pair of spines near the mouth would serve to cut into the sediment, probably assisted by water squirted along them from the buccal cavity.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/16b6f461c900ef5cd7480fbcd4ca74bc161ac131",
    doi = "10.1098/RSTB.1978.0013",
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    pages = "205-323",
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@misc{bone1979the5,
    author = "Bone, Q",
    title = "The Origin of the Chordates [2nd ed.]",
    year = "1979",
    howpublished = "Burlington, N.C., Carolina Biological Supply",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Bone, Q., 1979, The Origin of the Chordates [2nd ed.]: Burlington, N.C., Carolina Biological Supply.}"
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Wir stellen eine quantitative Methode zur Beschreibung vor, wie heterochronische Veränderungen in der Ontogenie mit phyletischen Trends zusammenhängen. Dies ist ein Schritt in Richtung eines einheitlichen Verständnisses der Entwicklungsbiologie und der evolutionären Ökologie in der Erforschung der morphologischen Evolution. Unter Verwendung dieser Darstellung erhalten wir ein stark vereinfachtes und logisches Klassifikationsschema. Wir glauben, dass dieses Schema besonders nützlich sein wird, um Daten der Paläontologie und vergleichenden Morphologie zu untersuchen und Prozesse zu analysieren, die zur adaptiven Radiation führen. Wir illustrieren dieses Schema anhand von Beispielen aus der Literatur und unserer eigenen Arbeit.

@article{doi101017s0094837300006588,
    author = "Alberch, Pere und Gould, Stephen Jay und Oster, George und Wake, David B.",
    title = "Größe und Form in Ontogenie und Phylogenie",
    year = "1979",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Wir stellen eine quantitative Methode zur Beschreibung vor, wie heterochronische Veränderungen in der Ontogenie mit phyletischen Trends zusammenhängen. Dies ist ein Schritt in Richtung eines einheitlichen Verständnisses der Entwicklungsbiologie und der evolutionären Ökologie in der Erforschung der morphologischen Evolution. Unter Verwendung dieser Darstellung erhalten wir ein stark vereinfachtes und logisches Klassifikationsschema. Wir glauben, dass dieses Schema besonders nützlich sein wird, um Daten der Paläontologie und vergleichenden Morphologie zu untersuchen und Prozesse zu analysieren, die zur adaptiven Radiation führen. Wir illustrieren dieses Schema anhand von Beispielen aus der Literatur und unserer eigenen Arbeit.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300006588",
    doi = "10.1017/s0094837300006588",
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Vergleichende Studien der Beziehung zwischen zwei Phänotypen oder zwischen einem Phänotyp und einer Umwelt werden häufig durch ungültige statistische Methoden durchgeführt. Die meisten Regressions-, Korrelations- und Kontingenztafelmethoden, einschließlich nichtparametrischer Methoden, gehen davon aus, dass die Punkte unabhängig aus einer gemeinsamen Verteilung gezogen werden. Wenn Arten aus einer verzweigten Phylogenie entnommen werden, sind sie offensichtlich nicht unabhängig. Die Verwendung einer statistischen Methode, die Unabhängigkeit annimmt, führt zu einer Überschätzung der Signifikanz in Hypothesentests. Einige illustrative Beispiele für diese Phänomene wurden gegeben, und die Grenzen früherer Vorschläge zur Korrektur der Nicht-Unabhängigkeit wurden diskutiert. Eine Methode zur Korrektur der Phylogenie wurde vorgeschlagen. Sie erfordert, dass wir sowohl die Baumtopologie als auch die Astlängen kennen und bereit sind, die Charaktere durch Brownsche Bewegung auf einer linearen Skala zu modellieren. Unter diesen Bedingungen definiert die Phylogenie eine Menge von Kontrasten zwischen Arten, Kontrasten, die statistisch unabhängig sind und in Regressions- oder Korrelationsstudien verwendet werden können. Die erheblichen Hindernisse für die praktische Anwendung dieser Technik wurden diskutiert.

@article{doi101086284325,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "Phylogenies and the Comparative Method",
    year = "1985",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Vergleichende Studien der Beziehung zwischen zwei Phänotypen oder zwischen einem Phänotyp und einer Umwelt werden häufig durch ungültige statistische Methoden durchgeführt. Die meisten Regressions-, Korrelations- und Kontingenztafelmethoden, einschließlich nichtparametrischer Methoden, gehen davon aus, dass die Punkte unabhängig aus einer gemeinsamen Verteilung gezogen werden. Wenn Arten aus einer verzweigten Phylogenie entnommen werden, sind sie offensichtlich nicht unabhängig. Die Verwendung einer statistischen Methode, die Unabhängigkeit annimmt, führt zu einer Überschätzung der Signifikanz in Hypothesentests. Einige illustrative Beispiele für diese Phänomene wurden gegeben, und die Grenzen früherer Vorschläge zur Korrektur der Nicht-Unabhängigkeit wurden diskutiert. Eine Methode zur Korrektur der Phylogenie wurde vorgeschlagen. Sie erfordert, dass wir sowohl die Baumtopologie als auch die Astlängen kennen und bereit sind, die Charaktere durch Brownsche Bewegung auf einer linearen Skala zu modellieren. Unter diesen Bedingungen definiert die Phylogenie eine Menge von Kontrasten zwischen Arten, Kontrasten, die statistisch unabhängig sind und in Regressions- oder Korrelationsstudien verwendet werden können. Die erheblichen Hindernisse für die praktische Anwendung dieser Technik wurden diskutiert.",
    url = "https://doi.org/10.1086/284325",
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Die kürzlich entwickelte statistische Methode, bekannt als "Bootstrap", kann verwendet werden, um Vertrauensintervalle für Phylogenien zu bestimmen. Sie beinhaltet das Zurückgewinnen von Datenpunkten aus den eigenen Daten, mit Zurücklegen, um eine Reihe von Bootstrap-Stichproben der gleichen Größe wie die ursprünglichen Daten zu erstellen. Jede dieser Stichproben wird analysiert, und die Variation zwischen den daraus resultierenden Schätzwerten wird als Indikator für die Größe des Fehlers genommen, der beim Schätzen aus den ursprünglichen Daten involviert ist. Im Fall von Phylogenien wird argumentiert, dass die richtige Methode des Zurückgewinnens darin besteht, alle ursprünglichen Arten beizubehalten, während Merkmale mit Zurücklegen abgetastet werden, unter der Annahme, dass die Merkmale unabhängig vom Systematiker gezogen wurden und unabhängig voneinander evolviert sind. Konsensusbäume nach der Mehrheitsregel können verwendet werden, um eine Phylogenie zu konstruieren, die alle inferred monophyletischen Gruppen zeigt, die in der Mehrheit der Bootstrap-Stichproben auftraten. Wenn eine Gruppe 95% der Zeit oder mehr auftritt, wird die Evidenz für sie als statistisch signifikant betrachtet. Bestehende Computerprogramme können verwendet werden, um verschiedene Bootstrap-Stichproben zu analysieren, indem Gewichte auf die Merkmale angewendet werden; das Gewicht eines Merkmals ist die Anzahl der Male, in denen es beim Bootstrap-Abtasten gezogen wurde. Wenn alle Merkmale perfekt kompatibel sind, wie von Hennig vorgestellt, wird das Bootstrap-Abtasten unnötig; die Bootstrap-Methode würde signifikante Evidenz für eine Gruppe zeigen, wenn sie durch drei oder mehr Merkmale definiert ist.

@article{doi101111j155856461985tb00420x,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "CONFIDENCE LIMITS ON PHYLOGENIES: AN APPROACH USING THE BOOTSTRAP",
    year = "1985",
    journal = "Evolution",
    abstract = {Die kürzlich entwickelte statistische Methode, bekannt als "Bootstrap", kann verwendet werden, um Vertrauensintervalle für Phylogenien zu bestimmen. Sie beinhaltet das Zurückgewinnen von Datenpunkten aus den eigenen Daten, mit Zurücklegen, um eine Reihe von Bootstrap-Stichproben der gleichen Größe wie die ursprünglichen Daten zu erstellen. Jede dieser Stichproben wird analysiert, und die Variation zwischen den daraus resultierenden Schätzwerten wird als Indikator für die Größe des Fehlers genommen, der beim Schätzen aus den ursprünglichen Daten involviert ist. Im Fall von Phylogenien wird argumentiert, dass die richtige Methode des Zurückgewinnens darin besteht, alle ursprünglichen Arten beizubehalten, während Merkmale mit Zurücklegen abgetastet werden, unter der Annahme, dass die Merkmale unabhängig vom Systematiker gezogen wurden und unabhängig voneinander evolviert sind. Konsensusbäume nach der Mehrheitsregel können verwendet werden, um eine Phylogenie zu konstruieren, die alle inferred monophyletischen Gruppen zeigt, die in der Mehrheit der Bootstrap-Stichproben auftraten. Wenn eine Gruppe 95% der Zeit oder mehr auftritt, wird die Evidenz für sie als statistisch signifikant betrachtet. Bestehende Computerprogramme können verwendet werden, um verschiedene Bootstrap-Stichproben zu analysieren, indem Gewichte auf die Merkmale angewendet werden; das Gewicht eines Merkmals ist die Anzahl der Male, in denen es beim Bootstrap-Abtasten gezogen wurde. Wenn alle Merkmale perfekt kompatibel sind, wie von Hennig vorgestellt, wird das Bootstrap-Abtasten unnötig; die Bootstrap-Methode würde signifikante Evidenz für eine Gruppe zeigen, wenn sie durch drei oder mehr Merkmale definiert ist.},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1985.tb00420.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1985.tb00420.x",
    openalex = "W2030966943",
    references = "doi1010160025556478900895, doi101038scientificamerican0583116, doi10108000031305198310483087, doi101111j155856461965tb01722x, doi101111j155856461983tb05533x, doi10113719781611970319, doi101214aos1176344552, doi1023072413323, doi1023072685844, doi102307sysbio342152"
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@article{doi1023072408678,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "Confidence Limits on Phylogenies: An Approach Using the Bootstrap",
    year = "1985",
    journal = "Evolution",
    url = "https://doi.org/10.2307/2408678",
    doi = "10.2307/2408678",
    openalex = "W4254275792"
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Ein schnelles Sequenzierungsmethode für ribosomale RNA wurde zur Aufklärung evolutionärer Beziehungen zwischen Metazoa angewendet. Vertreter von 22 Klassen in 10 Tierstämmen wurden verwendet, um phylogenetische Beziehungen zu erschließen, basierend auf evolutionären Entfernungen, die aus paarweisen Vergleichen der 18S-ribosomalen RNA-Sequenzen bestimmt wurden. Die klassischen Eumetazoa werden in zwei Gruppen unterteilt. Cnidaria entstanden aus einem Protisten-Ursprung, der sich von der zweiten Gruppe, den Bilateria, unterscheidet. Innerhalb der Bilateria führte ein früherer Split zu Platyhelminthes (Flachwürmern) und der Coelomaten-Linie. Coelomaten sind somit monophyletisch und radiierten schnell in vier Gruppen aus: Chordatiere, Echinodermata, Arthropoda und eucoelomate Protostomia.

@article{doi101126science3277277,
    author = "Field, Katharine G. und Olsen, Gary J. und Lane, David und Giovannoni, Stephen J. und Ghiselin, Michael T. und Raff, Elizabeth C. und Pace, Norman R. und Raff, Rudolf A.",
    title = "Molecular Phylogeny of the Animal Kingdom",
    year = "1988",
    journal = "Science",
    abstract = "A rapid sequencing method for ribosomal RNA was applied to the resolution of evolutionary relationships among Metazoa. Representatives of 22 classes in 10 animal phyla were used to infer phylogenetic relationships, based on evolutionary distances determined from pairwise comparisons of the 18S ribosomal RNA sequences. The classical Eumetazoa are divided into two groups. Cnidarians arose from a protist ancestry different from the second group, the Bilateria. Within the Bilateria, an early split gave rise to Platyhelminthes (flatworms) and the coelomate lineage. Coelomates are thus monophyletic, and they radiated rapidly into four groups: chordates, echinoderms, arthropods, and eucoelomate protostomes.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.3277277",
    doi = "10.1126/science.3277277",
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    references = "cloud1976beginnings, crossref1977patterns, doi101007bf01653945, doi101016c20130056265, doi101017s009483730000498x, doi101073pnas74125463, doi101073pnas82206955, doi101073pnas8351383, doi101093oxfordjournalsmolbeva040362, doi101126science1553760279, doi101126science202030, doi101126science3082006, doi101128mr5122212711987"
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@article{doi1010160092867489909471,
    author = "Patel, Nipam H. und Martı́n-Blanco, Enrique und Coleman, Kevin und Poole, Stephen J. und Ellis, Michael C. und Kornberg, Thomas B. und Goodman, Corey S.",
    title = "Expression of engrailed proteins in arthropods, annelids, and chordates",
    year = "1989",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/0092-8674(89)90947-1",
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@incollection{crossref1990primitive,
    title = "Primitive chordates",
    year = "1990",
    booktitle = "Animals",
    url = "https://doi.org/10.1017/cbo9780511565267.013",
    doi = "10.1017/cbo9780511565267.013",
    openalex = "W209725464",
    pages = "295-322"
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Zeitschriftenartikel Phylogenie als zentrales Prinzip in der Taxonomie: Phylogenetische Definitionen von Taxon-Namen Zugriff erhalten Kevin de Queiroz, Kevin de Queiroz Abteilung für Herpetologie, California Academy of SciencesGolden Gate Park, San Francisco, Kalifornien 94118 Suchen Sie nach weiteren Werken dieses Autors auf: Oxford Academic PubMed Google Scholar Jacques Gauthier Jacques Gauthier Abteilung für Herpetologie, California Academy of SciencesGolden Gate Park, San Francisco, Kalifornien 94118 Suchen Sie nach weiteren Werken dieses Autors auf: Oxford Academic PubMed Google Scholar Systematic Biology, Band 39, Ausgabe 4, Dezember 1990, Seiten 307–322, https://doi.org/10.2307/2992353 Veröffentlicht: 01. Dezember 1990 Artikelverlauf Eingegangen: 13. Februar 1990 Angenommen: 25. Juni 1990 Veröffentlicht: 01. Dezember 1990

@article{doi1023072992353,
    author = "de Queiroz, Kevin und Gauthier, Jacques",
    title = "Phylogenie als zentrales Prinzip in der Taxonomie: Phylogenetische Definitionen von Taxon-Namen",
    year = "1990",
    journal = "Systematic Zoology",
    abstract = "Zeitschriftenartikel Phylogenie als zentrales Prinzip in der Taxonomie: Phylogenetische Definitionen von Taxon-Namen Zugriff erhalten Kevin de Queiroz, Kevin de Queiroz Abteilung für Herpetologie, California Academy of SciencesGolden Gate Park, San Francisco, Kalifornien 94118 Suchen Sie nach weiteren Werken dieses Autors auf: Oxford Academic PubMed Google Scholar Jacques Gauthier Jacques Gauthier Abteilung für Herpetologie, California Academy of SciencesGolden Gate Park, San Francisco, Kalifornien 94118 Suchen Sie nach weiteren Werken dieses Autors auf: Oxford Academic PubMed Google Scholar Systematic Biology, Band 39, Ausgabe 4, Dezember 1990, Seiten 307–322, https://doi.org/10.2307/2992353 Veröffentlicht: 01. Dezember 1990 Artikelverlauf Eingegangen: 13. Februar 1990 Angenommen: 25. Juni 1990 Veröffentlicht: 01. Dezember 1990",
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    doi = "10.2307/2992353",
    openalex = "W2004477458",
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@article{doi101038376479a0,
    author = "Carroll, Sean B.",
    title = "Homeotische Gene und die Evolution von Gliederfüßern und Chordaten",
    year = "1995",
    journal = "Nature",
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    references = "doi1010079783642866593, doi101016009286749290471n, doi1010160092867494902909, doi101038095550b0, doi101038276565a0, doi101038308428a0, doi101038361219a0, doi101038370563a0, doi101126science860134, doi101242dev1212333, doi101242dev1994supplement125, doi1023071437764, doi1023073514548, openalexw2506868775"
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Die links-rechts-Asymmetrie bei Dexiothetica (= Echinodermata + Chordata) resultiert hauptsächlich aus dem Dexiothetismus – einem Abschnitt in ihrer Abstammungsgeschichte, als ein Tier, das dem heutigen Pterobranch Cephalodiscus ähnelte, kopfüber auf dem Meeresboden lag. Castericystis sprinklei gehört zur dexiotheten Stammgruppe. Die Geschichte der Echinodermen-Stammgruppe wird rekonstruiert. Die bilaterale Symmetrie der Chordaten entwickelte sich durch sechs aufeinanderfolgende Schritte. Der Überlappung von Schwanz und Kopf trat unabhängig bei Craniaten und Acraniaten auf. Der Neuralleist wäre im spätesten gemeinsamen Vorfahren der heutigen Chordaten oder sogar früher existiert. Grobe Asymmetrien treten bei heutigen Chordaten in Organen auf, die vom calcichordaten Kopf abgeleitet sind, aber nicht in denen, die vom calcichordaten Schwanz abgeleitet sind. Die anteriore Grenze der hox-Genexpression bei Wirbeltieren entspricht dem vorderen Ende des calcichordaten Schwanzes. Die links-rechte Organpaarung (ein wichtiger Schritt in der Entstehung der chordaten bilateralen Symmetrie) könnte die Interaktion eines symmetrisierenden Morphogens, das vom vorderen Ende des Schwanzes produziert wird, mit einem lateralen Morphogen (Wilhelmis Morphogen), das in der Ontogenese zunächst von links und später von rechts produziert wird, involviert haben. Dieser Mechanismus könnte noch bei der Metamorphose von Amphioxus und beim Spiegeln bei Wirbeltierzwillingen wirken. Wilhelmis Morphogen könnte mit einem oder mehreren Mitgliedern des dorsalen Kaskadensystems von Drosophila in Verbindung stehen.

@article{doi101111j146363951996tb01256x,
    author = "Jefferies, R. und Brown, N. A. und Daley, Paul E. J.",
    title = "The Early Phylogeny of Chordates and Echinoderms and the Origin of Chordate Left–Right Asymmetry and Bilateral Symmetry",
    year = "1996",
    journal = "Acta Zoologica",
    abstract = "Die links-rechts-Asymmetrie bei Dexiothetica (= Echinodermata + Chordata) resultiert hauptsächlich aus dem Dexiothetismus – einem Abschnitt in ihrer Abstammungsgeschichte, als ein Tier, das dem heutigen Pterobranch Cephalodiscus ähnelte, kopfüber auf dem Meeresboden lag. Castericystis sprinklei gehört zur dexiotheten Stammgruppe. Die Geschichte der Echinodermen-Stammgruppe wird rekonstruiert. Die bilaterale Symmetrie der Chordaten entwickelte sich durch sechs aufeinanderfolgende Schritte. Der Überlappung von Schwanz und Kopf trat unabhängig bei Craniaten und Acraniaten auf. Der Neuralleist wäre im spätesten gemeinsamen Vorfahren der heutigen Chordaten oder sogar früher existiert. Grobe Asymmetrien treten bei heutigen Chordaten in Organen auf, die vom calcichordaten Kopf abgeleitet sind, aber nicht in denen, die vom calcichordaten Schwanz abgeleitet sind. Die anteriore Grenze der hox-Genexpression bei Wirbeltieren entspricht dem vorderen Ende des calcichordaten Schwanzes. Die links-rechte Organpaarung (ein wichtiger Schritt in der Entstehung der chordaten bilateralen Symmetrie) könnte die Interaktion eines symmetrisierenden Morphogens, das vom vorderen Ende des Schwanzes produziert wird, mit einem lateralen Morphogen (Wilhelmis Morphogen), das in der Ontogenese zunächst von links und später von rechts produziert wird, involviert haben. Dieser Mechanismus könnte noch bei der Metamorphose von Amphioxus und beim Spiegeln bei Wirbeltierzwillingen wirken. Wilhelmis Morphogen könnte mit einem oder mehreren Mitgliedern des dorsalen Kaskadensystems von Drosophila in Verbindung stehen.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/ed43e37abb0502fb22eb83089d464f5feeaab118",
    doi = "10.1111/J.1463-6395.1996.TB01256.X",
    is_oa = "true",
    number = "2",
    pages = "101-122",
    semanticscholar_citation_count = "92",
    semanticscholar_id = "ed43e37abb0502fb22eb83089d464f5feeaab118",
    volume = "77",
    references = "doi101126science1403568820, doi101242jcss231123445, doi101242jcss232126183"
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@article{doi10103841710,
    author = "Shubin, Neil und Tabin, Cliff und Carroll, Sean B.",
    title = "Fossilien, Gene und die Evolution von Tiergliedmaßen",
    year = "1997",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/41710",
    doi = "10.1038/41710",
    openalex = "W1601043516",
    references = "doi101002jez1401080304, doi1010160092867493906262, doi1010160092867493906273, doi1010160092867493906284, doi101016s0092867400811149, doi101017s0263593300006787, doi101038368208a0, doi101038376479a0, doi10108011035899509546213, doi101093aesa283408, doi101111j109636421995tb00110x, doi101111j109636421995tb00119x, doi101111j150239311996tb01839x, doi101126science2504981658, doi10182618200376605199601, doi1023072992562, doi1023073223017, doi105281zenodo16171435, doi107208chicago97802262565730010001"
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Morphologische (einschließlich ultrastrukturelle) und entwicklungsbiologische Merkmale, die in der jüngeren Literatur verwendet werden, werden kritisch überprüft als Grundlage zur Neubewertung der phylogenetischen Beziehungen von Gastropoden. Das Ziel dieses Artikels ist es, einen Rahmen von Merkmalen für zukünftige Studien und eine überprüfbare phylogenetische Hypothese bereitzustellen. Dies ist einer der ersten Versuche, solche Merkmale zu verwenden, um die Beziehungen aller Hauptkladen unter Verwendung von Parsimonie-Methoden zu bewerten. Die Analyse verwendet 117 Merkmale und umfasst 40 Taxa, überwiegend 'Prosobranchia'. Fünf Außengruppentaxa sind enthalten, die vier conchiferan Gruppen und Polyplacophora repräsentieren. Von den 117 überprüften und in die Analysen einbezogenen Merkmalen sind neun Schalenmerkmale (vier davon betreffen die Schalenstruktur), zwei operkular, zwei muskulär, vier ktenidial, 12 renoperikardial und 24 reproduktiv (einschließlich 17 basierend auf Spermien und Spermatogenese), 27 des Verdauungssystems, 32 des Nervensystems und Sinnesorgane; der Rest ist entwicklungsbiologisch (3) und betrifft den Fuß und die Hypobranchialdrüse. In der ersten Analyse umfasste der Datensatz eine Mischung aus binären und multistaten Merkmalen, bei denen alle Merkmale unsortiert waren. Diese Daten wurden auch nach Skalierung analysiert, so dass jedes Merkmal das gleiche Gewicht hatte. Ein dritter Datensatz wurde erstellt, in dem alle Merkmale als binäre Merkmale kodiert wurden. Diese Analysen führten zu einigen unplausiblen Merkmalsumwandlungen, hauptsächlich involvierend die Wiedererlangung verloren gegangener pallialer Strukturen. Zusätzliche Analysen wurden an allen drei Datensätzen durchgeführt, nachdem fünf Merkmale entfernt wurden, die die unwahrscheinlichsten Umwandlungen zeigten. Diese Analysen führten zu im Allgemeinen ähnlichen Topologien. Die Robustheit der Kladen wurde unter Verwendung von Kladenzerfall getestet. Die adaptive Radiation von Gastropoden und ihre Lebensgeschichtseigenschaften werden kurz beschrieben und diskutiert, und die Terminologie für simultane Hermaphroditismus wird verfeinert. Ein Szenario für die Evolution der Torsion, die mit dem Fossilbericht gleichgesetzt wird, wird vorgeschlagen, und die Auswirkungen der Torsion und des Windens auf Gastropoden werden diskutiert, zusammen mit der Asymmetrie, die durch limpenförmige Körperformen auferlegt wird. Es wird vorgeschlagen, dass die ersten Gastropoden ultradextral waren. Die Idee, dass Heterochronie eine wesentliche Rolle in der Gastropoden-Evolution gespielt hat, wird entwickelt und diskutiert, insbesondere der paedomorphe Stempel, der auf die Apogastropoden auferlegt wurde. Die Veliger-Larven von Caenogastropoden und Heterobranchia werden kontrastiert und zeigen sich in vielerlei Hinsicht unterschiedlich. Die Evolution der Planktotrophie innerhalb der Gastropoden wird diskutiert. Jüngere phylogenetische Hypothesen für Gastropoden, die auf molekularen Daten basieren, stimmen im Allgemeinen weitgehend mit den vorliegenden Ergebnissen überein. Auf der Grundlage unserer Analysen diskutieren wir die wichtigsten monophyletischen Gruppen innerhalb der Gastropoden. Gastropoden scheinen eine monophyletische Klade zu sein und teilen sich in zwei Hauptgruppen auf, die Eogastropoda (einschließlich der Patellogastropoden und ihrer (wahrscheinlich sinistral gewundenen) Vorfahren) und die Orthogastropoda – der Rest der Gastropoden. Orthogastropoda umfasst mehrere gut definierte Klade. Die vetigastropodische Klade umfasst die meisten Gruppen, die zuvor in die paraphyletischen Archaeogastropoda (Fissurelliden, Trochoideen, Scissurelloideen, Halioroideen, Pleurotomarioideen) sowie Lepeto-Driloideen und Lepetelloideen-Limpen und Seguenziden einbezogen wurden. Die Position der heißen Quellen-Taxa Peltospiridae und Neomphalidae variiert bei jeder Analyse, wahrscheinlich weil es an ultrastrukturellen Daten für diese Taxa mangelt und Parallelismus in vielen Merkmalen vorliegt. Sie bilden entweder eine paraphyletische oder monophyletische Gruppe am oder nahe der Basis der Vetigastropoden oder eine Klade mit den Neritopsinen und Cocculinoideen. Die Neritopsinen (Neritoidea etc.) bilden konsistent eine Klade mit den cocculinoideen Limpen, aber ihre Position auf dem Baum unterscheidet sich auch je nach verwendetem Datensatz und (im Fall der skalierten Daten), ob das vollständige Set von Merkmalen verwendet wird oder nicht. Sie sind entweder die Schwestergruppe des Restes der Orthogastropoden oder der Apogastropoden. Caenogastropoden [Mesogastropoda (+ architaenioglossane Gruppen) + Neogastropoda] sind konsistent monophyletisch, wie auch die Heterobranchia ('Heterostropha' + Opisthobranchia + Pulmonata). Die Caenogastropoden und Heterobranchia bilden auch in allen Analysen eine Klade, und der Name Apogastropoda wird neu definiert, um diese Gruppe einzuschließen. Neue Taxa werden vorgeschlagen, Sorbeoconcha für die Caenogastropoden ausschließlich der architaenioglossanen Taxa, und Hypsogastropoda für die 'höheren Caenogastropoden' – die Sorbeoconcha ausschließlich der Cerithioidea und Campaniloidea.

@article{doi101111j109636421997tb00137x,
    author = "Ponder, Winston F. and Lindberg, David R.",
    title = "Towards a phylogeny of gastropod molluscs: an analysis using morphological characters",
    year = "1997",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Morphologische (einschließlich ultrastrukturelle) und entwicklungsbiologische Merkmale, die in der jüngeren Literatur verwendet wurden, werden kritisch rezensiert als Grundlage zur Neubewertung der phylogenetischen Beziehungen von Gastropoden. Das Ziel dieses Artikels ist es, einen Rahmen von Merkmalen für zukünftige Studien und eine überprüfbare phylogenetische Hypothese bereitzustellen. Dies ist einer der ersten Versuche, solche Merkmale zu verwenden, um die Beziehungen aller Hauptklades unter Verwendung von Parsimonie-Methoden zu bewerten. Die Analyse verwendet 117 Merkmale und umfasst 40 Taxa, überwiegend 'Prosobranchia'. Fünf Außengruppentaxa sind enthalten, die vier conchiferane Gruppen und Polyplacophora repräsentieren. Von den 117 rezensierten und in die Analysen einbezogenen Merkmalen sind neun Schalenmerkmale (vier davon Schalenstruktur), zwei operkular, zwei muskulär, vier ktenidial, 12 renoperikardial und 24 reproduktiv (einschließlich 17 basierend auf Spermien und Spermatogenese), 27 des Verdauungssystems, 32 des Nervensystems und Sinnesorgane; der Rest ist entwicklungsbiologisch (3) und des Fußes und der Hypobranchialdrüse. In der ersten Analyse umfasste der Datensatz eine Mischung aus binären und multistaten Merkmalen, bei denen alle Merkmale ungeordnet waren. Diese Daten wurden auch nach Skalierung analysiert, so dass jedes Merkmal das gleiche Gewicht hatte. Ein dritter Datensatz wurde erstellt, in dem alle Merkmale als binäre Merkmale kodiert wurden. Diese Analysen führten zu einigen unplausiblen Merkmalsumwandlungen, hauptsächlich involvierend die Wiedererlangung verloren gegangener pallialer Strukturen. Zusätzliche Analysen wurden an allen drei Datensätzen durchgeführt, nachdem fünf Merkmale entfernt wurden, die die unwahrscheinlichsten Umwandlungen zeigten. Diese Analysen führten zu allgemein ähnlichen Topologien. Die Robustheit der Klades wurde unter Verwendung von Kladezerfall getestet. Die adaptive Radiation von Gastropoden und ihre Lebensgeschichtseigenschaften werden kurz beschrieben und diskutiert, und die Terminologie für simultane Hermaphroditismus wurde verfeinert. Ein Szenario für die Evolution der Torsion, die mit dem Fossilbericht gleichgesetzt wird, wird vorgeschlagen, und die Auswirkungen von Torsion und Windung auf Gastropoden werden diskutiert zusammen mit der Asymmetrie, die durch limpenförmige Körperformen auferlegt wird. Es wird vorgeschlagen, dass die ersten Gastropoden ultradextral waren. Die Idee, dass Heterochronie einen wesentlichen Teil der Gastropoden-Evolution gespielt hat, wird entwickelt und diskutiert, insbesondere der paedomorphe Stempel, der auf die Apogastropoden auferlegt wurde. Die Veliger-Larven von Caenogastropoden und Heterobranchia werden kontrastiert und sich in vielen Aspekten unterscheiden. Die Evolution der Planktotrophie innerhalb von Gastropoden wird diskutiert. Jüngere phylogenetische Hypothesen für Gastropoden, die auf molekularen Daten basieren, stimmen im Allgemeinen weitgehend mit den vorliegenden Ergebnissen überein. Auf der Grundlage unserer Analysen diskutieren wir die wichtigsten monophyletischen Gruppen innerhalb von Gastropoden. Gastropoden scheinen eine monophyletische Klade zu sein und teilen sich in zwei Hauptgruppen auf, die Eogastropoda (einschließlich der Patellogastropoden und ihrer (wahrscheinlich sinistral gewundenen) Vorfahren und die Orthogastropoda - der Rest der Gastropoden. Orthogastropoda umfasst mehrere gut definierte Klades. Die vetigastropode Klade umfasst die meisten Gruppen, die zuvor in das paraphyletische Archaeogastropoda (Fissurelliden, Trochoideen, Scissurelloideen, Halioroideen, Pleurotomarioideen) sowie Lepeto-Driloideen und Lepetelloideen-Limpen und Seguenziden einbezogen wurden. Die Position der heißen Quellen-Taxa Peltospiridae und Neomphalidae variiert mit jeder Analyse, wahrscheinlich weil es einen Mangel an ultrastrukturellen Daten für diese Taxa und Parallelismus in vielen Merkmalen gibt. Sie bilden entweder eine paraphyletische oder monophyletische Gruppe an oder nahe der Basis der Vetigastropoden oder eine Klade mit den Neritopsinen und Cocculinoideen. Die Neritopsinen (Neritoidea etc.) bilden konsistent eine Klade mit den cocculinoideen Limpen, aber ihre Position auf dem Baum unterscheidet sich auch je nach verwendetem Datensatz und (im Fall der skalierten Daten), ob das vollständige Set von Merkmalen verwendet wird oder nicht. Sie sind entweder die Schwestergruppe des Restes der Orthogastropoden oder der Apogastropoden. Caenogastropoden [Mesogastropoda (+ architaenioglossane Gruppen) + Neogastropoda] sind konsistent monophyletisch wie auch die Heterobranchia ('Heterostropha' + Opisthobranchia + Pulmonata). Die Caenogastropoden und Heterobranchia bilden auch in allen Analysen eine Klade, und der Name Apogastropoda wird neu definiert, um diese Gruppe einzuschließen. Neue Taxa werden vorgeschlagen, Sorbeoconcha für die Caenogastropoden ausschließlich der architaenioglossanen Taxa, und Hypsogastropoda für die 'höheren Caenogastropoden' – die Sorbeoconcha ausschließlich der Cerithioidea und Campaniloidea.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-3642.1997.tb00137.x",
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    openalex = "W1971435248",
    references = "doi1010079781489957405, doi101007bf02537225, doi1010160012825272900724, doi1010160016003258902862, doi1010160305197885900559, doi101016b9780122825057500129, doi101017s0022336000021454, doi101017s0094837300006588, doi101017s0094837300012793, doi10110809504120610655222, doi101111j146363951995tb00988x, doi101111j1469185x1950tb00585x, doi101126science3277277, doi1023071292581, doi1023072412182, doi1023072992272, doi1023073225209, openalexw2264583994, openalexw2506868775, openalexw638862129, openalexw659399033"
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Zusammenfassung. Die Interpretation der frühen Deuterostomia-Evolution und ihrer Verwandtschaftsbeziehungen wurde in den meisten Gruppen durch den Mangel an Weichkörpererhaltung behindert. Darüber hinaus wurde die kürzlich enthüllte „auf den Kopf gestellte" Lebenshaltung der Wirbeltiere (die einzigen echten Notoneuralia) im Vergleich zu anderen bilateralen Tieren fälschlicherweise als Beleg für ein einzigartiges Körperbauplan bei allen Deuterostomia gewertet, was jede Suche nach Verwandten in die Irre führte. Hinsichtlich der Echinodermata ist die Vielfalt der Baupläne verwirrend. Die Interpretation einiger Fossilien mit Echinodermen-ähnlichen Kalzit-Skeletten als „calcichordate" Vorfahren der Chordata erfordert jedoch eine hypothetische Rekonstruktion eines ungewöhnlichen Bauplans und eine lange Reihe hypothetischer Übergänge. Die Anzahl der notwendigen Schritte ist deutlich geringer, wenn Cephalochordata (Amphioxus oder Lanzettfischchen) direkt von hemichordaten Enteropneusta abgeleitet werden. „Sensationelle Interpretationen" von Fossilien (Yunnanozoon, Cathaymyrus) aus Burgess-Schiefer-artigen Ablagerungen haben die Verwirrung weiter verschärft. Die Weichkörpererhaltung von Conodontentieren, die V-förmige Myomeren und einen Notochord aufweisen, zeigt, dass es sich um segmentierte Chordata handelte, während die wahrscheinlichen Augen und Zähne darauf hindeuten, dass sie bereits auf der Seite der Wirbeltiere standen. doi: 10.1002/mmng.19980010106

@article{doi101002mmng19980010106,
    author = "Bergström, J. and Naumann, W. and Viehweg, J. and Martí-Mus, M.",
    title = "Conodonts, Calcichordates and the Origin of Vertebrates",
    year = "1998",
    journal = "Fossil Record",
    abstract = "Abstract. Interpretation of early deuterostome evolution and relationships has been hampered by the lack of soft-part preservation in most groups. In addition, a recently revealed upside-down life orientation of vertebrates (the only real notoneuralians) compared to other bilateral animals has been misinterpreted as evidence for a unique body design in all deuterostomes, misleading any search for relatives. Regarding echinoderms, the variety of body plans is confusing. The interpretation of some fossils with echinoderm-type calcite skeletons as “calcichordate” ancestors of chordates, however, involves a hypothetical reconstruction of an unusual body plan and a long series of hypothetical transitions. The number of necessary steps is much lower if cephalochordates (amphioxus or lancelet) are derived directly from hemichordate enteropneusts. “Sensation interpretations” of fossils (Yunnanozoon, Cathaymyrus) from Burgess Shale type deposits have added further confusion. Soft-part preservation of conodont animals, with V-shaped myomeres and a notochord, shows that they were segmented chordates, while probable eyes and teeth suggest that they were already on the vertebrate side. Die Interpretation fruher Deuterostomia hinsichtlich ihrer Evolution und verwandtschaftlichen Beziehungen ist in den meisten Gruppen durch den Mangel an Weichkorpererhaltung sehr erschwert. Die kurzlich entdeckte Tatsache, das Vertebraten, d. h. die einzigen echten Notoneuralia, im Gegensatz zu anderen bilateral symmetrischen Organismen eine mit ihrer ursprunglichen Oberseite nach unten gerichtete Lebensstellung einnehmen, hat zu der irrtumlichen Ansicht gefuhrt, das alle Deuostomia uber einen im Tierreich einzigartigen Bauplan verfugen. Diese Interpretation brachte naturgemas jede Suche nach Verwandtschaftsverhaltnissen auf Abwege. Hinsichtlich der Echinodermata ist die bauplanmasige Variation in der Tat verwirrend. Die Interpretation einiger Fossilien mit Echinodermen-ahnlichen Kalzitskeletten als “calcichordate” Vorfahren der Chordata setzt jedoch die hypothetische Rekonstruktion eines ungewohnlichen Bauplans sowie eine lange Serie hypothetischer Ubergange voraus. Die Anzahl der notwendigen Schritte ist sehr viel geringer. wenn Cephalochordaten (Amphioxus oder das Lanzettfischchen) von hemichordaten Enteropneusta abgeleitet werden. Zusatzliche Verwirrung hat es durch sensationelle Interpretationen von Fossilien, Wie Yunnanozoon und Cathaymyrus aus Burgess-Schiefer-artigen Ablagerungen gegeben. Weichkorpererhaltung von Conodontentieren, die V-formige Myomere sowie einen Notochord besitzen, zeigen, das es sich um segmentierte Chordata handelte, wahrend sie die Prasenz moglicher Augenstrukturen und Zahne bereits auf die Seite der Vertebraten stellt. doi: 10.1002/mmng.19980010106",
    url = "https://fr.copernicus.org/articles/1/81/1998/fr-1-81-1998.pdf",
    doi = "10.1002/MMNG.19980010106",
    is_oa = "true",
    number = "1",
    pages = "81-91",
    semanticscholar_citation_count = "20",
    semanticscholar_id = "f366bb142ee9180100c34ce2b6934f0ff4dc6d40",
    volume = "1"
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Es wurde lange angenommen, dass die existierenden bilateralen Phyla im Allgemeinen ihren Ursprung in der kambrierten Explosion haben, als sie in einer im Wesentlichen modernen Form erscheinen. Beide Annahmen sind fragwürdig. Eine strikte Anwendung von Stamm- und Kronengruppen-Konzepten auf Phyla zeigt, dass zwar die Verzweigungspunkte vieler Klade möglicherweise im frühen Kambrium oder davor stattgefunden haben, die Erscheinung der modernen Körperpläne in den meisten Fällen später war: sehr wenige bilaterale Phyla sensu stricto haben nachweisbare Vertreter im frühesten Kambrium. Da die frühen Verzweigungspunkte großer Klade ein unvermeidliches Ergebnis der Geometrie der Klade-Diversifizierung ist, wird das behauptete Phänomen des frühen Auftretens von Phyla und des morphologisch statischen Verbleibens als nicht erfordern einer besonderen Erklärung angesehen. Verwirrung in der Definition eines Phylums hat somit zu Versuchen geführt, ein Merkmal zu erklären (besonders aus einer entwicklungsbiologischen Perspektive), das teilweise unvermeidlich, teilweise illusorisch ist. Wir diskutieren kritisch Modelle für die proterozoische Diversifizierung, die auf kleiner Körpergröße, begrenzter Entwicklungskapazität und schlechter Erhaltung sowie kryptischen Gewohnheiten basieren, und zeigen, dass die Aussicht auf eine frühe Linien-Diversifizierung im Proterozoik auf Gründen der Parsimonie und der funktionellen Morphologie als unwahrscheinlich angesehen werden kann. Tatsächlich demonstriert die Kombination des Körper- und Spurenfossilberichts eine progressive Diversifizierung bis zum Ende des Proterozoik tief in das Kambrium und darüber hinaus, ein Bild, das mit der Idee übereinstimmt, dass Körperpläne während dieser Zeit zusammengebaut wurden. Körperplan-Merkmale wurden wahrscheinlich monophyletisch in der Geschichte der Bilateria erworben, und ein Modell, das die Vielfalt in nur einem von ihnen, dem Coelom, erklärt, wird vorgestellt. Diese Analyse weist auf die Notwendigkeit einer sorgfältigen Anwendung systematischer Methodik hin, bevor Erklärungen für behauptete Muster von Einschränkung und Flexibilität gesucht werden.

@article{doi101017s000632310000548x,
    author = "Budd, Graham E. und Jensen, Sören",
    title = "Eine kritische Neubewertung des Fossilberichts der bilateralen Phyla",
    year = "2000",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews der Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "Es wurde lange angenommen, dass die existierenden bilateralen Phyla im Allgemeinen ihren Ursprung in der kambrierten Explosion haben, als sie in einer im Wesentlichen modernen Form erscheinen. Beide Annahmen sind fragwürdig. Eine strikte Anwendung von Stamm- und Kronengruppen-Konzepten auf Phyla zeigt, dass zwar die Verzweigungspunkte vieler Klade möglicherweise im frühen Kambrium oder davor stattgefunden haben, die Erscheinung der modernen Körperpläne in den meisten Fällen später war: sehr wenige bilaterale Phyla sensu stricto haben nachweisbare Vertreter im frühesten Kambrium. Da die frühen Verzweigungspunkte großer Klade ein unvermeidliches Ergebnis der Geometrie der Klade-Diversifizierung ist, wird das behauptete Phänomen des frühen Auftretens von Phyla und des morphologisch statischen Verbleibens als nicht erfordern einer besonderen Erklärung angesehen. Verwirrung in der Definition eines Phylums hat somit zu Versuchen geführt, ein Merkmal zu erklären (besonders aus einer entwicklungsbiologischen Perspektive), das teilweise unvermeidlich, teilweise illusorisch ist. Wir diskutieren kritisch Modelle für die proterozoische Diversifizierung, die auf kleiner Körpergröße, begrenzter Entwicklungskapazität und schlechter Erhaltung sowie kryptischen Gewohnheiten basieren, und zeigen, dass die Aussicht auf eine frühe Linien-Diversifizierung im Proterozoik auf Gründen der Parsimonie und der funktionellen Morphologie als unwahrscheinlich angesehen werden kann. Tatsächlich demonstriert die Kombination des Körper- und Spurenfossilberichts eine progressive Diversifizierung bis zum Ende des Proterozoik tief in das Kambrium und darüber hinaus, ein Bild, das mit der Idee übereinstimmt, dass Körperpläne während dieser Zeit zusammengebaut wurden. Körperplan-Merkmale wurden wahrscheinlich monophyletisch in der Geschichte der Bilateria erworben, und ein Modell, das die Vielfalt in nur einem von ihnen, dem Coelom, erklärt, wird vorgestellt. Diese Analyse weist auf die Notwendigkeit einer sorgfältigen Anwendung systematischer Methodik hin, bevor Erklärungen für behauptete Muster von Einschränkung und Flexibilität gesucht werden.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s000632310000548x",
    doi = "10.1017/s000632310000548x",
    openalex = "W2148377177",
    references = "doi101002aja1002030302, doi101002jmor1050540103, doi101017s0022336000024963, doi101017s0094837300012793, doi101017s009483730001681x, doi10103835318, doi101038361490a0, doi101038377720a0, doi101038382127a0, doi101038387489a0, doi10103846965, doi101098rstb19780005, doi101098rstb19790006, doi101098rstb19950029, doi101111j109583121996tb01693x, doi101111j109600311991tb00045x, doi101111j146363951991tb00312x, doi101111j146363951995tb00988x, doi101111j146364091991tb00303x, doi101111j1469185x1988tb00631x, doi101111j150239311975tb01311x, doi101111j150239311990tb01373x, doi101111j150239311998tb00509x, doi101126science28354091919, doi101126science28454232129, doi101126science7886451, doi101139e87124, doi101508300037918, doi101826182003741571989, doi101826182003769311997, doi1023073515360, doi1023073515362, doi1023073515363, doi105281zenodo16238847, dzik1988the, openalexw2055967869, openalexw2598873191, openalexw2754161204"
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Die Analyse von DNA-Sequenzen diktiert eine neue Interpretation phylogenetischer Bäume. Taxa, die einst als aufeinanderfolgende Stufen der Komplexität am Grund des metazoischen Baumes galten, werden in viel höhere Positionen innerhalb des Baumes verlagert. Dies lässt keine evolutionären „Intermediaten" zu und zwingt uns, die Entstehung der bilateralen Komplexität neu zu überdenken.

@article{doi101073pnas9794453,
    author = "Adoutte, André und Balavoine, Guillaume und Lartillot, Nicolas und Lespinet, Olivier und Prud'homme, Benjamin und de Rosa, Renaud",
    title = "The new animal phylogeny: Reliability and implications",
    year = "2000",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {Die Analyse von DNA-Sequenzen diktiert eine neue Interpretation phylogenetischer Bäume. Taxa, die einst als aufeinanderfolgende Stufen der Komplexität am Grund des metazoischen Baumes galten, werden in viel höhere Positionen innerhalb des Baumes verlagert. Dies lässt keine evolutionären „Intermediaten" zu und zwingt uns, die Entstehung der bilateralen Komplexität neu zu überdenken.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.97.9.4453",
    doi = "10.1073/pnas.97.9.4453",
    openalex = "W2162160001",
    references = "doi101111j109600311998tb00338x, doi101126science28354091919, doi101126science7886451, doi105860choice334500"
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Die Chordata sind eine Gruppe von Tieren, die durch einen dorsalen tubulären Nervenstrang, ein Notochord und Kielspalten gekennzeichnet sind. Die Gruppe umfasst die Vertebrata (Craniata), Tunicata, Acrania und Conodonta.

@misc{bone2001chordata,
    author = "Bone, Quentin",
    title = "Chordata (Chordatiere)",
    year = "2001",
    booktitle = "Encyclopedia of Life Sciences",
    abstract = "Die Chordata sind eine Gruppe von Tieren, die durch einen dorsalen tubulären Nervenstrang, ein Notochord und Kielspalten gekennzeichnet sind. Die Gruppe umfasst die Vertebrata (Craniata), Tunicata, Acrania und Conodonta.",
    url = "https://doi.org/10.1038/npg.els.0001528",
    doi = "10.1038/npg.els.0001528"
}

Ein Verständnis des Ursprungs und der frühen Evolution der Tierstämme erfordert ein Verständnis davon, wie Tiergruppen miteinander verwandt sind. Daher unternahmen wir die Analyse von 138 morphologischen Merkmalen aus 40 Metazoen-Gruppen und 304 18S rDNA-Sequenzen, sowohl getrennt als auch zusammen, um die Tierphylogenie mit maximaler Parsimonie zu erforschen. Beide Datentypen stimmen darin überein, dass Gliederfüßer nicht eng mit Ringelwürmern verwandt sind: Die erstere Gruppe mit Nematoden und anderen häutenden Tieren (Ecdysozoa), und die letztere Gruppe mit Weichtieren und anderen Taxa mit spiraler Teilung. Darüber hinaus gruppieren sich weder Brachiopoden noch Chaetognaten mit Deuterostomen; Brachiopoden sind mit Weichtieren und Ringelwürmern (Lophotrochozoa) verwandt, wohingegen Chaetognaten mit den Ecdysozoa verwandt sind. Die Hauptdiskrepanz zwischen den beiden Datentypen betrifft die Verwurzelung der Bilateria und das Schwester-Taxon der Bilateria. Die Morphologie deutet darauf hin, dass die Wurzel zwischen Deuterostomen und Protostomen liegt, mit Ctenophoren als Schwestergruppe der Bilateria, wohingegen 18S rDNA darauf hindeutet, dass die Wurzel innerhalb der Lophotrochozoa liegt, mit Acoel-Plattwürmern und Gnathostomuliden als basalsten Bilateria, und mit Cnidaria als Schwestergruppe der Bilateria. Wir schlagen vor, dass diese basale Position von Acoelen und Gnathostomuliden artifiziell ist, da bei 1.000 replikativen phylogenetischen Analysen mit einer zufälligen Sequenz als Ausgruppe die Mehrheit mit einem Acoel-Plattwurm oder Gnathostomuliden als basaler ingroup-Linie verwurzelt. Wenn diese problematischen Taxa aus der Matrix entfernt werden, deutet die kombinierte Analyse darauf hin, dass die Wurzel zwischen den Deuterostomen und Protostomen liegt, und Ctenophora ist die Schwestergruppe der Bilateria. Wir schlagen vor, dass Chaetognaten und Lophophoraten, Taxa, die traditionell mit Deuterostomen verbunden sind, basale Positionen innerhalb ihrer jeweiligen protostomischen Klade einnehmen, Deuterostomie höchstwahrscheinlich eine Reihe von Merkmalen darstellt, die für Bilateria plesiomorph sind.

@article{doi101046j1525142x2001003003170x,
    author = "Peterson, Kevin J. and Eernisse, Douglas J.",
    title = "Animal phylogeny and the ancestry of bilaterians: inferences from morphology and 18S rDNA gene sequences",
    year = "2001",
    journal = "Evolution \& Entwicklung",
    abstract = "Ein Verständnis des Ursprungs und der frühen Evolution der Tierstämme erfordert ein Verständnis davon, wie Tiergruppen miteinander verwandt sind. Daher unternahmen wir die Analyse von 138 morphologischen Merkmalen aus 40 Metazoen-Gruppen und 304 18S rDNA-Sequenzen, sowohl getrennt als auch zusammen, um die Tierphylogenie mit maximaler Parsimonie zu erforschen. Beide Datentypen stimmen darin überein, dass Gliederfüßer nicht eng mit Ringelwürmern verwandt sind: Die erstere Gruppe mit Nematoden und anderen häutenden Tieren (Ecdysozoa), und die letztere Gruppe mit Weichtieren und anderen Taxa mit spiraler Teilung. Darüber hinaus gruppieren sich weder Brachiopoden noch Chaetognaten mit Deuterostomen; Brachiopoden sind mit Weichtieren und Ringelwürmern (Lophotrochozoa) verwandt, wohingegen Chaetognaten mit den Ecdysozoa verwandt sind. Die Hauptdiskrepanz zwischen den beiden Datentypen betrifft die Verwurzelung der Bilateria und das Schwester-Taxon der Bilateria. Die Morphologie deutet darauf hin, dass die Wurzel zwischen Deuterostomen und Protostomen liegt, mit Ctenophoren als Schwestergruppe der Bilateria, wohingegen 18S rDNA darauf hindeutet, dass die Wurzel innerhalb der Lophotrochozoa liegt, mit Acoel-Plattwürmern und Gnathostomuliden als basalsten Bilateria, und mit Cnidaria als Schwestergruppe der Bilateria. Wir schlagen vor, dass diese basale Position von Acoelen und Gnathostomuliden artifiziell ist, da bei 1.000 replikativen phylogenetischen Analysen mit einer zufälligen Sequenz als Ausgruppe die Mehrheit mit einem Acoel-Plattwurm oder Gnathostomuliden als basaler ingroup-Linie verwurzelt. Wenn diese problematischen Taxa aus der Matrix entfernt werden, deutet die kombinierte Analyse darauf hin, dass die Wurzel zwischen den Deuterostomen und Protostomen liegt, und Ctenophora ist die Schwestergruppe der Bilateria. Wir schlagen vor, dass Chaetognaten und Lophophoraten, Taxa, die traditionell mit Deuterostomen verbunden sind, basale Positionen innerhalb ihrer jeweiligen protostomischen Klade einnehmen, Deuterostomie höchstwahrscheinlich eine Reihe von Merkmalen darstellt, die für Bilateria plesiomorph sind.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1525-142x.2001.003003170.x",
    doi = "10.1046/j.1525-142x.2001.003003170.x",
    openalex = "W2128919173",
    references = "burdonjones1952development, doi1010079789401149044, doi101016b9780122825057x50015, doi101017s0022336000059977, doi10103821631, doi101038387489a0, doi101073pnas972111359, doi101073pnas9794469, doi101093oxfordjournalsmolbeva026241, doi101093oxfordjournalsmolbeva040071, doi101098rspb20001111, doi101098rstb19940059, doi101098rstb19950029, doi101111j109600311995tb00092x, doi101111j109600311998tb00338x, doi101111j109600311999tb00277x, doi101111j109600311999tb00278x, doi101111j146363951991tb00312x, doi101111j146364091997tb00412x, doi101111j1469185x1988tb00631x, doi101111j150239311995tb01591x, doi101111j155856461985tb00420x, doi101111j155856461988tb02497x, doi101126science28354091919, doi101126science2905493972, doi101126science7886451, doi105860choice334500, doi105860choice501469, openalexw654005152, openalexw659399033"
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Evolutionäre Biologen haben einfache Likelihood-Modelle für die Schätzung von Vorfahrzuständen und die Bewertung der Unabhängigkeit von Merkmalen auf spezifizierten Phylogenien übernommen; jedoch bleibt für die Schätzung von Phylogenien unter Verwendung diskreter morphologischer Daten die maximale Parsimonie die einzige Option. Dieser Artikel untersucht die Möglichkeit, standardisierte, gut verhaltene Markov-Modelle zur Schätzung morphologischer Phylogenien (einschließlich Astlängen) unter dem Likelihood-Kriterium zu verwenden. Eine wichtige Modifikation standardisierter Markov-Modelle besteht darin, das Likelihood bedingt auf die Variabilität der Merkmale zu machen, da konstante Merkmale in morphologischen Datensätzen fehlen. Ohne diese Modifikation werden Astlängen häufig überschätzt, was zu potenziell schwerwiegenden Verzerrungen bei der Auswahl der Baumtopologie führt. Ein explizit modellbasierter Ansatz zur phylogenetischen Analyse diskreter morphologischer Daten eröffnet mehrere neue Forschungsrichtungen, einschließlich kombinierter-Daten-Likelihood-Analysen (Morphologie + Sequenzdaten), Likelihood-Verhältnis-Tests und Bayesian-Analysen.

@article{doi101080106351501753462876,
    author = "Lewis, Paul O.",
    title = "A Likelihood Approach to Estimating Phylogeny from Discrete Morphological Character Data",
    year = "2001",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Evolutionäre Biologen haben einfache Likelihood-Modelle für die Schätzung von Vorfahrzuständen und die Bewertung der Unabhängigkeit von Merkmalen auf spezifizierten Phylogenien übernommen; jedoch bleibt für die Schätzung von Phylogenien unter Verwendung diskreter morphologischer Daten die maximale Parsimonie die einzige Option. Dieser Artikel untersucht die Möglichkeit, standardisierte, gut verhaltene Markov-Modelle zur Schätzung morphologischer Phylogenien (einschließlich Astlängen) unter dem Likelihood-Kriterium zu verwenden. Eine wichtige Modifikation standardisierter Markov-Modelle besteht darin, das Likelihood bedingt auf die Variabilität der Merkmale zu machen, da konstante Merkmale in morphologischen Datensätzen fehlen. Ohne diese Modifikation werden Astlängen häufig überschätzt, was zu potenziell schwerwiegenden Verzerrungen bei der Auswahl der Baumtopologie führt. Ein explizit modellbasierter Ansatz zur phylogenetischen Analyse diskreter morphologischer Daten eröffnet mehrere neue Forschungsrichtungen, einschließlich kombinierter-Daten-Likelihood-Analysen (Morphologie + Sequenzdaten), Likelihood-Verhältnis-Tests und Bayesian-Analysen.",
    url = "https://doi.org/10.1080/106351501753462876",
    doi = "10.1080/106351501753462876",
    openalex = "W2122082385",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi101007bf02338839, doi101016b9781483232119500097, doi101093oxfordjournalsmolbeva025811, doi101093oxfordjournalsmolbeva026160, doi101098rspb19940006, doi1012019781003456285, openalexw2994240441"
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Als Disziplin wird die Phylogenetik durch einen Strom molekularer Daten transformiert. Diese Daten ermöglichen es, umfassende Fragen zur Geschichte des Lebens zu stellen, stellen aber auch schwierige statistische und rechnerische Probleme dar. Die bayessche Inferenz der Phylogenie bringt eine neue Perspektive auf eine Reihe herausragender Fragen der Evolutionären Biologie, einschließlich der Analyse großer phylogenetischer Bäume und komplexer evolutionärer Modelle sowie der Detektion des Fußabdrucks der natürlichen Selektion in DNA-Sequenzen.

@article{doi101126science1065889,
    author = "Huelsenbeck, John P. und Ronquist, Fredrik und Nielsen, Rasmus und Bollback, Jonathan P.",
    title = "Bayesian Inference of Phylogeny and Its Impact on Evolutionary Biology",
    year = "2001",
    journal = "Science",
    abstract = "Als Disziplin wird die Phylogenetik durch einen Strom molekularer Daten transformiert. Diese Daten ermöglichen es, umfassende Fragen zur Geschichte des Lebens zu stellen, stellen aber auch schwierige statistische und rechnerische Probleme dar. Die bayessche Inferenz der Phylogenie bringt eine neue Perspektive auf eine Reihe herausragender Fragen der Evolutionären Biologie, einschließlich der Analyse großer phylogenetischer Bäume und komplexer evolutionärer Modelle sowie der Detektion des Fußabdrucks der natürlichen Selektion in DNA-Sequenzen.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1065889",
    doi = "10.1126/science.1065889",
    openalex = "W2141913814",
    references = "doi101093bioinformatics178754, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi1023072412923"
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@article{doi101016s1055790302003329,
    author = "Miya, Masaki und Takeshima, Hirohiko und Endo, Hiromitsu und Ishiguro, Naoya B. und Inoue, Jun und Mukai, Takahiko und Satoh, Takashi und Yamaguchi, Motoomi und Kawaguchi, Akira und Mabuchi, Kohji und Shirai, Shigeru und Nishida, Mutsumi",
    title = "Major patterns of higher teleostean phylogenies: a new perspective based on 100 complete mitochondrial DNA sequences",
    year = "2002",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/s1055-7903(02)00332-9",
    doi = "10.1016/s1055-7903(02)00332-9",
    openalex = "W2170114989",
    references = "applegate1967phyletic, bonde1974interrelationships, doi101007bf00160154, doi101016s0016699588800664, doi101093bioinformatics149817, doi101093oxfordjournalsmolbeva003741, doi101111j109600311996tb00196x, doi101111j109600311999tb00277x, doi101111j155856461982tb05453x, doi101111j155856461983tb05533x, doi101111j155856461988tb02497x, doi101146annureven10010165000525, doi1023071375442, doi1023071437499, doi1023071444873, doi1023073514548, openalexw571605905"
}

Der Anstieg der Anzahl großer Datensätze und die Komplexität aktueller probabilistischer Sequenz-Evolutionsmodelle erfordern schnelle und zuverlässige Methoden zur Phylogenie-Rekonstruktion. Wir beschreiben einen neuen Ansatz, der auf dem Maximum-Likelihood-Prinzip basiert und diese Anforderungen eindeutig erfüllt. Der Kern dieser Methode ist ein einfacher Hill-Climbing-Algorithmus, der Baumtopologie und Astlängen gleichzeitig anpasst. Dieser Algorithmus beginnt mit einem initialen Baum, der von einer schnellen distanzbasierten Methode erstellt wurde, und modifiziert diesen Baum in jeder Iteration, um seine Likelihood zu verbessern. Aufgrund dieser gleichzeitigen Anpassung von Topologie und Astlängen reichen nur wenige Iterationen aus, um ein Optimum zu erreichen. Wir verwendeten umfangreiche und realistische Computersimulationen, um zu zeigen, dass die topologische Genauigkeit dieser neuen Methode mindestens so hoch ist wie die bestehender Maximum-Likelihood-Programme und deutlich höher als die Leistung distanzbasierter und Parsimonie-Ansätze. Die Reduktion der Rechenzeit ist im Vergleich zu anderen Maximum-Likelihood-Paketen dramatisch, während die Fähigkeit zur Likelihood-Maximierung tendenziell höher ist. Zum Beispiel waren auf einem Standard-Personalcomputer nur 12 Minuten erforderlich, um einen Datensatz zu analysieren, der aus 500 rbcL-Sequenzen mit 1.428 Basenpaaren von Pflanzenplastiden besteht, wodurch eine Geschwindigkeit erreicht wurde, die derselben Größenordnung entspricht wie einige beliebte distanzbasierte und Parsimonie-Algorithmen. Diese neue Methode ist im PHYML-Programm implementiert, das auf unserer Webseite kostenlos verfügbar ist: http://www.lirmm.fr/w3ifa/MAAS/.

@article{doi10108010635150390235520,
    author = "Guindon, Stéphane und Gascuel, Olivier",
    title = "A Simple, Fast, and Accurate Algorithm to Estimate Large Phylogenies by Maximum Likelihood",
    year = "2003",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Der Anstieg der Anzahl großer Datensätze und die Komplexität aktueller probabilistischer Sequenz-Evolutionsmodelle erfordern schnelle und zuverlässige Methoden zur Phylogenie-Rekonstruktion. Wir beschreiben einen neuen Ansatz, der auf dem Maximum-Likelihood-Prinzip basiert und diese Anforderungen eindeutig erfüllt. Der Kern dieser Methode ist ein einfacher Hill-Climbing-Algorithmus, der Baumtopologie und Astlängen gleichzeitig anpasst. Dieser Algorithmus beginnt mit einem initialen Baum, der von einer schnellen distanzbasierten Methode erstellt wurde, und modifiziert diesen Baum in jeder Iteration, um seine Likelihood zu verbessern. Aufgrund dieser gleichzeitigen Anpassung von Topologie und Astlängen reichen nur wenige Iterationen aus, um ein Optimum zu erreichen. Wir verwendeten umfangreiche und realistische Computersimulationen, um zu zeigen, dass die topologische Genauigkeit dieser neuen Methode mindestens so hoch ist wie die bestehender Maximum-Likelihood-Programme und deutlich höher als die Leistung distanzbasierter und Parsimonie-Ansätze. Die Reduktion der Rechenzeit ist im Vergleich zu anderen Maximum-Likelihood-Paketen dramatisch, während die Fähigkeit zur Likelihood-Maximierung tendenziell höher ist. Zum Beispiel waren auf einem Standard-Personalcomputer nur 12 Minuten erforderlich, um einen Datensatz zu analysieren, der aus 500 rbcL-Sequenzen mit 1.428 Basenpaaren von Pflanzenplastiden besteht, wodurch eine Geschwindigkeit erreicht wurde, die derselben Größenordnung entspricht wie einige beliebte distanzbasierte und Parsimonie-Algorithmen. Diese neue Methode ist im PHYML-Programm implementiert, das auf unserer Webseite kostenlos verfügbar ist: http://www.lirmm.fr/w3ifa/MAAS/.",
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150390235520",
    doi = "10.1080/10635150390235520",
    openalex = "W2103546861",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf01731581, doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi101016b9781483232119500097, doi101093bioinformatics178754, doi101093oxfordjournalsmolbeva025664, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101093oxfordjournalsmolbeva040454, doi101111j155856461985tb00420x, openalexw2002446259, openalexw2170120409, openalexw2994240441, openalexw3199943451, openalexw3217097258"
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▪ Zusammenfassung Molekulare Werkzeuge haben unser Verständnis der Metazoen-Phylogenie tiefgreifend verändert. Ursprünglich auf dem nuklearen kleinen ribosomalen Untereinheit (SSU oder 18S)-Gen basierend, wurden jüngste Hypothesen durch mehrere Datenquellen bestätigt (einschließlich des nuklearen großen ribosomalen Untereinheit, Hox-Gene, mitochondriale Genordnung, concatenated mitochondriale Gene und das Myosin II-Schwerketten-Gen). Hierin wird der Beleg für unser gegenwärtiges Verständnis auf einer Kladus-für-Kladus-Basis diskutiert. Bilaterale Tiere bestehen aus drei Kladen: Deuterostomia, Lophotrochozoa und Ecdysozoa. Jede Klade wird durch molekulare und morphologische Daten gestützt. Deuterostomia ist kleiner als traditionell anerkannt, bestehend aus Hemichordata, Echinodermata, Chordata und Xenoturbella (ein rätselhaftes wurmartiges Tier). Lophotrochozoa gruppiert Tiere mit einem Lophophor-Fütterungsapparat (Brachiopoda, Bryozoa und Phoronida) und Trochophoren-Larven (z. B. Anneliden und Mollusken), sowie mehrere andere anerkannte Phyla (z. B. Platyhelminthes, Sipunculida, Nemertea). Ecdysozoa umfasst häutende Tiere (z. B. Arthropoda, Nematoda, Tardigrada, Priapulida), gruppiert zwei wichtige Modellorganismen (Drosophila und Caenorhabditis) in derselben Linie. Platyhelminthes scheinen nicht monophyletisch zu sein, wobei Acoelomorpha eine basale Position in Bilateria einnimmt. Vor dem Aufkommen bilateraler Tiere spalteten sich Schwämme, Ctenophora, Cnidaria und Placozoa von der Haupttierlinie ab, aber die Reihenfolge der Divergenz ist weniger sicher. Viele Fragen bestehen weiterhin bezüglich Beziehungen innerhalb von Ecdysozoa und Lophotrochozoa, Porifera-Monophylie und der Platzierung vieler weniger untersuchter Taxa (z. B. Kinorhyncha, Gastrotricha, Gnathostomulida und Entoprocta).

@article{doi101146annurevecolsys35112202130124,
    author = "Halanych, Kenneth M.",
    title = "The New View of Animal Phylogeny",
    year = "2004",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "▪ Zusammenfassung Molekulare Werkzeuge haben unser Verständnis der Metazoen-Phylogenie tiefgreifend verändert. Ursprünglich auf dem nuklearen kleinen ribosomalen Untereinheit (SSU oder 18S)-Gen basierend, wurden jüngste Hypothesen durch mehrere Datenquellen bestätigt (einschließlich des nuklearen großen ribosomalen Untereinheit, Hox-Gene, mitochondriale Genordnung, concatenated mitochondriale Gene und das Myosin II-Schwerketten-Gen). Hierin wird der Beleg für unser gegenwärtiges Verständnis auf einer Kladus-für-Kladus-Basis diskutiert. Bilaterale Tiere bestehen aus drei Kladen: Deuterostomia, Lophotrochozoa und Ecdysozoa. Jede Klade wird durch molekulare und morphologische Daten gestützt. Deuterostomia ist kleiner als traditionell anerkannt, bestehend aus Hemichordata, Echinodermata, Chordata und Xenoturbella (ein rätselhaftes wurmartiges Tier). Lophotrochozoa gruppiert Tiere mit einem Lophophor-Fütterungsapparat (Brachiopoda, Bryozoa und Phoronida) und Trochophoren-Larven (z. B. Anneliden und Mollusken), sowie mehrere andere anerkannte Phyla (z. B. Platyhelminthes, Sipunculida, Nemertea). Ecdysozoa umfasst häutende Tiere (z. B. Arthropoda, Nematoda, Tardigrada, Priapulida), gruppiert zwei wichtige Modellorganismen (Drosophila und Caenorhabditis) in derselben Linie. Platyhelminthes scheinen nicht monophyletisch zu sein, wobei Acoelomorpha eine basale Position in Bilateria einnimmt. Vor dem Aufkommen bilateraler Tiere spalteten sich Schwämme, Ctenophora, Cnidaria und Placozoa von der Haupttierlinie ab, aber die Reihenfolge der Divergenz ist weniger sicher. Viele Fragen bestehen weiterhin bezüglich Beziehungen innerhalb von Ecdysozoa und Lophotrochozoa, Porifera-Monophylie und der Platzierung vieler weniger untersuchter Taxa (z. B. Kinorhyncha, Gastrotricha, Gnathostomulida und Entoprocta).",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.35.112202.130124",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.35.112202.130124",
    openalex = "W2114395497",
    references = "doi1010079789401149044, doi101016003101829390065q, doi101016jtig200312003, doi101016s0092867403004690, doi101017s0006323198005167, doi10103835318, doi101038387489a0, doi10103846965, doi101038nature01851, doi101046j1525142x2001003003170x, doi101073pnas972111359, doi101073pnas9794469, doi101093oxfordjournalsmolbeva004134, doi101093oxfordjournalsmolbeva026241, doi101098rspb20032631, doi101098rstb19950029, doi101111j109600311998tb00338x, doi101111j146363951987tb00892x, doi101111j146364091997tb00412x, doi101126science2705236598, doi101126science28354091919, doi101126science28454232129, doi101126science3277277, doi101146annurevge22120188002513, doi105860choice501469, openalexw2076004673"
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Der ursprüngliche Chordaten-Nervrohr hatte eine dreiteilige Struktur, bestehend aus vorderen, Mittelhirn-Hirnstamm-Grenze (MHB) und hinteren Regionen. Die vorderste Region umfasst sowohl Vorderhirn als auch Mittelhirn bei Wirbeltieren. Es ist nicht klar, wann oder wie sich die Unterscheidung zwischen diesen beiden funktional und entwicklungsbiologisch unterschiedlichen Regionen in der Evolution entwickelte. Kürzlich berichteten wir über ein Mäus-PRD-Klasse Homeobox-Gen, Dmbx1, das in dem vermuteten Mittelhirn in frühen Entwicklungsstadien und im Hirnstamm in späteren Stadien exprimiert wird, mit Ausschluss aus der MHB. Dieses Gen bietet einen Weg, um die Evolution der Mittelhirnentwicklung zu untersuchen. Wir berichten über das Klonieren, die genomische Struktur, Phylogenie und embryonale Expression von Dmbx-Genen aus Amphioxus und aus Ciona, die die beiden am nächsten verwandten Linien zu den Wirbeltieren darstellen. Unsere Analysen zeigen, dass Dmbx-Gene eine distincte, alte, Homeobox-Genfamilie bilden, mit hochkonservierter Sequenz und genomischer Organisation, obwohl sie bei Ciona mehr divergent sind. Bei Amphioxus wird keine Dmbx-Expression im Nervrohr beobachtet, was frühere Argumente unterstützt, dass die MHB-äquivalente Region sekundär in der Evolution modifiziert wurde. Bei Ciona wird das CiDmbx-Gen in Nervenzellen kaudal zu Pax2/5/8-positiven Zellen (MHB-Homolog), in der Hox-positiven Region nachgewiesen, aber, interessant, nicht in irgendwelchen Zellen rostral zu ihnen. Diese Ergebnisse deuten darauf hin, dass ein Mittelhirn-Homolog bei Ciona fehlt, und argumentieren, dass die Mittelhirnentwicklung eine Neuheit ist, die spezifisch auf der Wirbeltier-Linie evolvierte. Wir diskutieren die Evolution der Mittelhirnentwicklung im Zusammenhang mit der Abstammung des dreiteiligen neuronalen Grundplans und dem Ursprung des MHB-Organisators.

@article{doi101242dev01201,
    author = "Takahashi, Tokiharu und Holland, P.",
    title = "Amphioxus und ascidian Dmbx Homeobox-Gene geben Hinweise auf die Wirbeltier-Ursprünge der Mittelhirnentwicklung",
    year = "2004",
    journal = "Development",
    abstract = "Der ursprüngliche Chordaten-Nervrohr hatte eine dreiteilige Struktur, bestehend aus vorderen, Mittelhirn-Hirnstamm-Grenze (MHB) und hinteren Regionen. Die vorderste Region umfasst sowohl Vorderhirn als auch Mittelhirn bei Wirbeltieren. Es ist nicht klar, wann oder wie sich die Unterscheidung zwischen diesen beiden funktional und entwicklungsbiologisch unterschiedlichen Regionen in der Evolution entwickelte. Kürzlich berichteten wir über ein Mäus-PRD-Klasse Homeobox-Gen, Dmbx1, das in dem vermuteten Mittelhirn in frühen Entwicklungsstadien und im Hirnstamm in späteren Stadien exprimiert wird, mit Ausschluss aus der MHB. Dieses Gen bietet einen Weg, um die Evolution der Mittelhirnentwicklung zu untersuchen. Wir berichten über das Klonieren, die genomische Struktur, Phylogenie und embryonale Expression von Dmbx-Genen aus Amphioxus und aus Ciona, die die beiden am nächsten verwandten Linien zu den Wirbeltieren darstellen. Unsere Analysen zeigen, dass Dmbx-Gene eine distincte, alte, Homeobox-Genfamilie bilden, mit hochkonservierter Sequenz und genomischer Organisation, obwohl sie bei Ciona mehr divergent sind. Bei Amphioxus wird keine Dmbx-Expression im Nervrohr beobachtet, was frühere Argumente unterstützt, dass die MHB-äquivalente Region sekundär in der Evolution modifiziert wurde. Bei Ciona wird das CiDmbx-Gen in Nervenzellen kaudal zu Pax2/5/8-positiven Zellen (MHB-Homolog), in der Hox-positiven Region nachgewiesen, aber, interessant, nicht in irgendwelchen Zellen rostral zu ihnen. Diese Ergebnisse deuten darauf hin, dass ein Mittelhirn-Homolog bei Ciona fehlt, und argumentieren, dass die Mittelhirnentwicklung eine Neuheit ist, die spezifisch auf der Wirbeltier-Linie evolvierte. Wir diskutieren die Evolution der Mittelhirnentwicklung im Zusammenhang mit der Abstammung des dreiteiligen neuronalen Grundplans und dem Ursprung des MHB-Organisators.",
    url = "http://dev.biologists.org/content/131/14/3285.full.pdf",
    doi = "10.1242/dev.01201",
    is_oa = "true",
    number = "14",
    pages = "3285-3294",
    semanticscholar_citation_count = "78",
    semanticscholar_id = "34d71e3f355023009bea8722d4b8b13d41ae1156",
    volume = "131"
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Die taxonomische Revision durch molekulare Phylogenie ist erforderlich, um Mitglieder der Gattung Echinococcus (Cestoda: Taeniidae) zu kategorisieren. Wir haben die phylogenetischen Beziehungen von E. oligarthrus, E. vogeli, E. multilocularis, E. shiquicus, E. equinus, E. ortleppi, E. granulosus sensu stricto und drei Genotypen von E. granulosus sensu lato (G6, G7 und G8) aus ihren vollständigen mitochondrialen Genomen rekonstruiert. Maximum-Likelihood- und partitionierte Bayes-Analysen unter Verwendung von zusammengeführten Datensätzen von Nukleotid- und Aminosäuresequenzen zeigten phylogenetische Bäume mit derselben Topologie. Die drei E. granulosus-Genotypen, die den Kamel-, Schwein- und Hirschwirten entsprechen, waren monophyletisch, und ihr hohes Maß an genetischer Ähnlichkeit unterstützte die taxonomische Vereinigung dieser Genotypen zu E. canadensis. Schwesterarten-Beziehungen wurden zwischen E. ortleppi und E. canadensis sowie zwischen E. multilocularis und E. shiquicus bestätigt, unabhängig vom eingesetzten analytischen Ansatz. Die basalen Positionen des phylogenetischen Baumes wurden von den neotropischen Endemiten E. oligarthrus und E. vogeli eingenommen, deren definitive Wirte von Fleischfressern abstammen, die nach der Bildung der panamaischen Landbrücke aus Nordamerika einwanderten. Vergleiche der Koevolution von Wirt und Parasit deuten darauf hin, dass das ursprüngliche Heimatland von Echinococcus Nordamerika oder Asien war, je nachdem, ob die ursprünglichen definitiven Wirte Caniden oder Feliden waren.

@article{doi101017s0031182006001934,
    author = "Nakao, Miki und McManus, Donald P. und Schantz, Peter M. und Craig, Philip S. und Ito, Akira",
    title = "Eine molekulare Phylogenie der Gattung Echinococcus, abgeleitet aus vollständigen mitochondrialen Genomen",
    year = "2006",
    journal = "Parasitology",
    abstract = "Die taxonomische Revision durch molekulare Phylogenie ist erforderlich, um Mitglieder der Gattung Echinococcus (Cestoda: Taeniidae) zu kategorisieren. Wir haben die phylogenetischen Beziehungen von E. oligarthrus, E. vogeli, E. multilocularis, E. shiquicus, E. equinus, E. ortleppi, E. granulosus sensu stricto und drei Genotypen von E. granulosus sensu lato (G6, G7 und G8) aus ihren vollständigen mitochondrialen Genomen rekonstruiert. Maximum-Likelihood- und partitionierte Bayes-Analysen unter Verwendung von zusammengeführten Datensätzen von Nukleotid- und Aminosäuresequenzen zeigten phylogenetische Bäume mit derselben Topologie. Die drei E. granulosus-Genotypen, die den Kamel-, Schwein- und Hirschwirten entsprechen, waren monophyletisch, und ihr hohes Maß an genetischer Ähnlichkeit unterstützte die taxonomische Vereinigung dieser Genotypen zu E. canadensis. Schwesterarten-Beziehungen wurden zwischen E. ortleppi und E. canadensis sowie zwischen E. multilocularis und E. shiquicus bestätigt, unabhängig vom eingesetzten analytischen Ansatz. Die basalen Positionen des phylogenetischen Baumes wurden von den neotropischen Endemiten E. oligarthrus und E. vogeli eingenommen, deren definitive Wirte von Fleischfressern abstammen, die nach der Bildung der panamaischen Landbrücke aus Nordamerika einwanderten. Vergleiche der Koevolution von Wirt und Parasit deuten darauf hin, dass das ursprüngliche Heimatland von Echinococcus Nordamerika oder Asien war, je nachdem, ob die ursprünglichen definitiven Wirte Caniden oder Feliden waren.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0031182006001934",
    doi = "10.1017/s0031182006001934",
    openalex = "W2160073440",
    references = "doi101073pnas972111359, doi101126science1122277"
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@article{doi101038nature05241,
    author = "Bourlat, Sarah J. und Juliusdottir, Thorhildur und Lowe, Christopher J. und Freeman, Robert M. und Aronowicz, Jochanan und Kirschner, Mark und Lander, Eric S. und Thorndyke, Michael C. und Nakano, Hiroaki und Kohn, Andrea B. und Heyland, Andreas und Moroz, Leonid L. und Copley, Richard R. und Telford, Maximilian J.",
    title = "Deuterostome Phylogenie zeigt monophyletische Chordatiere und das neue Phylum Xenoturbellida",
    year = "2006",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature05241",
    doi = "10.1038/nature05241",
    openalex = "W2062955619",
    references = "doi101016s0092867403004690, doi101038nature01851, doi101038nature02975, doi101038nature04336, doi101073pnas972111359, doi10108010635150500234583, doi101093molbevmsi111, doi101093molbevmsj055, doi101093sysbio274401, doi101126science28354091919, doi101126science7886451, doi101139z04158, doi1023072412923"
}

Wir haben die dorsoventrale Entwicklung von Hemichordata und Chordata verglichen, um die Organisation ihres gemeinsamen Vorfahren zu erschließen und somit die evolutionären Modifikationen des Chordaten-Körperachse nach der Aufspaltung der Linien zu identifizieren. Im Embryo von Hemichordata werden Gene, die für knochenmorphogene Proteine (Bmp) 2/4 und 5/8 kodieren, sowie mehrere Gene für Modulatoren der Bmp-Aktivität, in einem dünnen Streifen von Ektoderm an einer Mittellinie exprimiert, der historisch als „dorsal" bezeichnet wurde. An der gegenüberliegenden Mittellinie werden die Gene für Chordin und Anti-dorsalizing morphogenetic protein (Admp) exprimiert. Somit finden wir eine Bmp-Chordin-Entwicklungsachse, die der anatomischen dorsoventralen Achse von Hemichordata vorausgeht und ihr zugrunde liegt, was die Beweise aus Drosophila und Chordata ergänzt, dass diese Achse mindestens so alt sein könnte wie die ersten bilateralen Tiere. Zahlreiche Gene, die für Transkriptionsfaktoren und Signal-Liganden kodieren, werden in den drei Keimblättern von Hemichordata-Embryonen in unterschiedlichen dorsoventralen Domänen exprimiert, wie pox neuro, pituitary homeobox, distalless und tbx2/3 auf der Bmp-Seite und netrin, mnx, mox und single-minded auf der Chordin-Admp-Seite. Wenn wir den Embryo einem Überschuss an Bmp-Protein aussetzen oder das endogene Bmp durch Injektionen von small interfering RNA entziehen, erweitern oder kontrahieren sich diese Expressionsdomänen, was ihre Aktivierung oder Repression durch Bmp widerspiegelt, und die Embryonen entwickeln sich als dorsalisierte oder ventralisierte Grenzförmigkeiten. Die dorsoventrale Musterbildung ist unabhängig von der anterior/posterior Musterbildung, wie bei Drosophila, aber nicht bei Chordaten. Im Gegensatz zu sowohl Chordaten als auch Drosophila wird die neuronale Genexpression bei Hemichordata nicht durch hohe Bmp-Level unterdrückt, was mit ihrer Entwicklung eines diffusen statt eines zentralisierten Nervensystems übereinstimmt. Wir schlagen vor, dass der gemeinsame Vorfahre von Hemichordata und Chordata seine Bmp-Chordin-Achse nicht zur Segregation von epidermalen und neuronalen Ektoderm verwendet hat, sondern zur Musterung vieler anderer dorsoventraler Aspekte der Keimblätter, einschließlich neuronaler Zellbestimmungen innerhalb eines diffusen Nervensystems. Demzufolge wurde die Zentralisierung in der Chordaten-Linie durch neuronale-Epidermale-Segregation hinzugefügt, vermittelt durch die bereits vorhandene Bmp-Chordin-Achse. Schließlich entwickeln Hemichordata den Mund auf der nicht-Bmp-Seite, wie Arthropoden, aber im Gegensatz zu Chordaten, sodass sich der Mund und die Bmp-Chordin-Achse in der Chordaten-Linie möglicherweise gegeneinander neu angeordnet haben.

@article{doi101371journalpbio0040291,
    author = "Lowe, Christopher J. and Terasaki, Mark and Wu, Michael and Freeman, Robert M. and Runft, Linda L. and Kwan, Kristen M. and Haigo, Saori L. and Aronowicz, Jochanan and Lander, Eric S. and Gruber, Chris and Smith, Mark A. and Kirschner, Marc W. and Gerhart, John C.",
    title = "Dorsoventral Patterning in Hemichordates: Insights into Early Chordate Evolution",
    year = "2006",
    journal = "PLoS Biology",
    abstract = {Wir haben die dorsoventrale Entwicklung von Hemichordata und Chordata verglichen, um die Organisation ihres gemeinsamen Vorfahren zu erschließen und somit die evolutionären Modifikationen des Chordaten-Körperachse nach der Aufspaltung der Linien zu identifizieren. Im Embryo von Hemichordata werden Gene, die für knochenmorphogene Proteine (Bmp) 2/4 und 5/8 kodieren, sowie mehrere Gene für Modulatoren der Bmp-Aktivität, in einem dünnen Streifen von Ektoderm an einer Mittellinie exprimiert, der historisch als „dorsal" bezeichnet wurde. An der gegenüberliegenden Mittellinie werden die Gene für Chordin und Anti-dorsalizing morphogenetic protein (Admp) exprimiert. Somit finden wir eine Bmp-Chordin-Entwicklungsachse, die der anatomischen dorsoventralen Achse von Hemichordata vorausgeht und ihr zugrunde liegt, was die Beweise aus Drosophila und Chordata ergänzt, dass diese Achse mindestens so alt sein könnte wie die ersten bilateralen Tiere. Zahlreiche Gene, die für Transkriptionsfaktoren und Signal-Liganden kodieren, werden in den drei Keimblättern von Hemichordata-Embryonen in unterschiedlichen dorsoventralen Domänen exprimiert, wie pox neuro, pituitary homeobox, distalless und tbx2/3 auf der Bmp-Seite und netrin, mnx, mox und single-minded auf der Chordin-Admp-Seite. Wenn wir den Embryo einem Überschuss an Bmp-Protein aussetzen oder das endogene Bmp durch Injektionen von small interfering RNA entziehen, erweitern oder kontrahieren sich diese Expressionsdomänen, was ihre Aktivierung oder Repression durch Bmp widerspiegelt, und die Embryonen entwickeln sich als dorsalisierte oder ventralisierte Grenzförmigkeiten. Die dorsoventrale Musterbildung ist unabhängig von der anterior/posterior Musterbildung, wie bei Drosophila, aber nicht bei Chordaten. Im Gegensatz zu sowohl Chordaten als auch Drosophila wird die neuronale Genexpression bei Hemichordata nicht durch hohe Bmp-Level unterdrückt, was mit ihrer Entwicklung eines diffusen statt eines zentralisierten Nervensystems übereinstimmt. Wir schlagen vor, dass der gemeinsame Vorfahre von Hemichordata und Chordata seine Bmp-Chordin-Achse nicht zur Segregation von epidermalen und neuronalen Ektoderm verwendet hat, sondern zur Musterung vieler anderer dorsoventraler Aspekte der Keimblätter, einschließlich neuronaler Zellbestimmungen innerhalb eines diffusen Nervensystems. Demzufolge wurde die Zentralisierung in der Chordaten-Linie durch neuronale-Epidermale-Segregation hinzugefügt, vermittelt durch die bereits vorhandene Bmp-Chordin-Achse. Schließlich entwickeln Hemichordata den Mund auf der nicht-Bmp-Seite, wie Arthropoden, aber im Gegensatz zu Chordaten, sodass sich der Mund und die Bmp-Chordin-Achse in der Chordaten-Linie möglicherweise gegeneinander neu angeordnet haben.},
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040291",
    doi = "10.1371/journal.pbio.0040291",
    openalex = "W2129829180",
    references = "doi101007s004270050225, doi1010160092867493906273, doi1010160092867494904219, doi1010160092867494905142, doi1010160092867495902767, doi101016jgde200506004, doi101016s009286740081795x, doi101016s0092867403004690, doi10103835049541, doi101038nature01851, doi101038nature02415, doi101038nrn1175, openalexw1809736813, openalexw659399033"
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In den letzten Jahren wurde die aviaire Systematik durch eine verminderte reliance auf morphologische Kladistik moderner Taxa, intensive paläornithologische Forschung, angestoßen durch neue Entdeckungen, und eine Flut von Analysen auf Basis von DNA-Sequenzen gekennzeichnet. Leider bleibt im Gegensatz zu signifikanten Einblicken in die basalen Ursprünge das breite Bild der Neornithen-Phylogenie weitgehend ungelöst. Morphologische Studien haben Merkmale betont, die in paläontologischen Kontexten nützlich sind. Molekulare Studien, gefolgt von der Enttäuschung über die bahnbrechende, aber nicht kladistische Arbeit von Sibley und Ahlquist, haben sich in Methoden und Ergebnissen deutlich voneinander und von morphologischen Arbeiten unterschieden. Folglich waren zum Jahrtausendwechsel die Punkte der robusten Übereinstimmung zwischen Schulen bezüglich der höheren Ordnung der Neornithen-Phylogenie auf die zwei basalsten und mehrere mittlere, primäre Gruppen beschränkt. Diese Arbeit beschreibt eine phylogenetische (kladistische) Analyse von 150 Taxa der Neornithes, einschließlich Exempla aus allen nicht-passeriformen Familien und subordinalen Vertretern der Passeriformes. 35 Outgroup-Taxa, umfassend Crocodylia, überwiegend theropode Dinosaurier und ausgewählte mesozoische Vögel, wurden verwendet, um die Bäume zu verankern. Basierend auf der Untersuchung von Exemplaren und der Literatur wurden 2954 morphologische Merkmale definiert; diese Merkmale wurden in einer Begleitarbeit beschrieben, von denen etwa ein Drittel mehrstufig (d. h. umfassten mindestens drei Zustände) waren, und die Zustände innerhalb von mehr als der Hälfte dieser mehrstufigen Merkmale wurden für die Analyse geordnet. Vollständige heuristische Suchen mit 10 000 zufälligen Hinzufügungs-Replikaten ergaben einen Gesamtlösungssatz von 97 gut aufgelösten, höchst parsimonischen Bäumen (MPTs). Der Satz der MPTs wurde durch eine erweiterte heuristische Suche basierend auf 10 000 zufälligen Hinzufügungs-Replikaten und eine vollständige ratchet-ergänzte Exploration zur Feststellung globaler Optima bestätigt. Ein strenger Konsensusbaum der MPTs enthielt nur sechs Trichotomien, d. h. Knoten, die topologisch unter den MPTs unterschieden. Bootstrapping (basierend auf 10 000 Replikaten) Prozentsätze und ratchet-minimierte Unterstützung (Bremer) Indizes deuteten an, dass die meisten Knoten robust seien. Mehrere fossile Neornithes (z. B. Dinornithiformes, Aepyornithiformes) wurden a posteriori innerhalb der Ingroup entweder durch unbeschränkte, heuristische Suchen basierend auf der vollständigen Matrix, erweitert durch diese Taxa separat, oder unter Verwendung von Backbone-Beschränkungen platziert. Die Analyse bestätigte die Topologie unter den Outgroup-Theropoda und erreichte eine robuste Auflösung auf nahezu allen Ebenen der Neornithes. Die Ergebnisse umfassten die Monophylie der paläognathen Vögel, bestehend aus den Schwester-Taxa Tinamiformes und Ratiten, bzw. den Anseriformes und Galliformes als monophyletische Schwestergruppen, die zusammen die Schwestergruppe zu anderen Neornithen bilden, exklusiv der Palaeognathae (Neoaves). Bemerkenswerte Schlussfolgerungen umfassen: (i) die Schwestergruppe zu den verbleibenden Neoaves umfasst eine Vielfalt von Meeres- und Watvögeln; (ii) Podicipedidae sind die Schwestergruppe der Gaviidae und nicht eng mit den Phoenicopteridae verwandt, wie kürzlich vorgeschlagen; (iii) die traditionellen Pelecaniformes, einschließlich des Schnabels (Balaeniceps rex) als Schwester-Taxon zu anderen Mitgliedern, sind monophyletisch; (iv) traditionelle Ciconiiformes sind monophyletisch; (v) Strigiformes und Falconiformes sind Schwestergruppen; (vi) Cathartidae ist die Schwestergruppe der verbleibenden Falconiformes; (vii) Ralliformes (Rallidae und Heliornithidae) sind die Schwestergruppe zu den monophyletischen Charadriiformes, wobei die traditionell zusammengesetzten Gruiformes und Turniciformes (Turnicidae und Mesitornithidae) sequentiell paraphyletisch zu dem gesamten vorhergehenden Kladus sind; (viii) Opisthocomus hoazin ist das Schwester-Taxon zu den Cuculiformes (einschließlich der Musophagidae); (ix) traditionelle Caprimulgiformes sind monophyletisch und die Schwestergruppe der Apodiformes; (x) Trogoniformes sind die Schwestergruppe der Coliiformes; (xi) Coraciiformes, Piciformes und Passeriformes sind wechselseitig monophyletisch und eng verwandt; und (xii) die Galbulae werden innerhalb der Piciformes beibehalten. Ungelöste Teile der Neornithes (Knoten mit mehr als einer höchst parsimonischen Lösung) umfassten drei Teile des Baumes: (a) mehrere interfamiliale Knoten innerhalb der Charadriiformes; (b) eine Trichotomie, bestehend aus (i) Psittaciformes, (ii) Columbiformes und (iii) Trogonomorphae (Trogoniformes, Coliiformes) + Passerimorphae (Coraciiformes, Piciformes, Passeriformes); und (c) eine Trichotomie, bestehend aus den Coraciiformes, Piciformes und Passeriformes. Die verbleibenden Polytomien waren unter den Outgroups, obwohl einige der höchsten Ordnungsknoten nur marginal unterstützt waren; jedoch wurden die meisten Knoten aufgelöst und erfüllten oder übertrafen konventionelle Standards der Unterstützung. Quantitative Vergleiche mit alternativen Hypothesen, Untersuchung hoch unterstützender und diagnostischer Merkmale für höhere Taxa, Korrespondenzen mit früheren Studien, Komplementarität und philosophische Unterschiede mit paläontologischer Phylogenetik, Versprechen und Herausforderungen der Paläogeographie und Kalibrierung evolutionärer Raten von Vögeln, sowie Klassen vielversprechender Evidenz und zukünftiger Forschungsrichtungen werden überprüft. Homologie, wie sie auf aviaire Beispiele scheinbarer Homologe angewendet wird, wird im Hinblick auf die jüngste Theorie betrachtet, und eine überarbeitete annotierte Klassifikation höherer Taxa der Neornithes und anderer eng verwandter Theropoda wird vorgeschlagen. (c) 2007 The Linnean Society of London, Zoological Journal of the Linnean Society, 2007, 149, 1-95.

@article{doi101111j10963642200600293x,
    author = "Livezey, Bradley C. and Zusi, Richard L.",
    title = "Higher-order phylogeny of modern birds (Theropoda, Aves: Neornithes) based on comparative anatomy. II. Analysis and discussion",
    year = "2007",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "In recent years, avian systematics has been characterized by a diminished reliance on morphological cladistics of modern taxa, intensive palaeornithogical research stimulated by new discoveries and an inundation by analyses based on DNA sequences. Unfortunately, in contrast to significant insights into basal origins, the broad picture of neornithine phylogeny remains largely unresolved. Morphological studies have emphasized characters of use in palaeontological contexts. Molecular studies, following disillusionment with the pioneering, but non-cladistic, work of Sibley and Ahlquist, have differed markedly from each other and from morphological works in both methods and findings. Consequently, at the turn of the millennium, points of robust agreement among schools concerning higher-order neornithine phylogeny have been limited to the two basalmost and several mid-level, primary groups. This paper describes a phylogenetic (cladistic) analysis of 150 taxa of Neornithes, including exemplars from all non-passeriform families, and subordinal representatives of Passeriformes. Thirty-five outgroup taxa encompassing Crocodylia, predominately theropod Dinosauria, and selected Mesozoic birds were used to root the trees. Based on study of specimens and the literature, 2954 morphological characters were defined; these characters have been described in a companion work, approximately one-third of which were multistate (i.e. comprised at least three states), and states within more than one-half of these multistate characters were ordered for analysis. Complete heuristic searches using 10 000 random-addition replicates recovered a total solution set of 97 well-resolved, most-parsimonious trees (MPTs). The set of MPTs was confirmed by an expanded heuristic search based on 10 000 random-addition replicates and a full ratchet-augmented exploration to ascertain global optima. A strict consensus tree of MPTs included only six trichotomies, i.e. nodes differing topologically among MPTs. Bootstrapping (based on 10 000 replicates) percentages and ratchet-minimized support (Bremer) indices indicated most nodes to be robust. Several fossil Neornithes (e.g. Dinornithiformes, Aepyornithiformes) were placed within the ingroup a posteriori either through unconstrained, heursitic searches based on the complete matrix augmented by these taxa separately or using backbone-constraints. Analysis confirmed the topology among outgroup Theropoda and achieved robust resolution at virtually all levels of the Neornithes. Findings included monophyly of the palaeognathous birds, comprising the sister taxa Tinamiformes and ratites, respectively, and the Anseriformes and Galliformes as monophyletic sister-groups, together forming the sister-group to other Neornithes exclusive of the Palaeognathae (Neoaves). Noteworthy inferences include: (i) the sister-group to remaining Neoaves comprises a diversity of marine and wading birds; (ii) Podicipedidae are the sister-group of Gaviidae, and not closely related to the Phoenicopteridae, as recently suggested; (iii) the traditional Pelecaniformes, including the shoebill (Balaeniceps rex) as sister-taxon to other members, are monophyletic; (iv) traditional Ciconiiformes are monophyletic; (v) Strigiformes and Falconiformes are sister-groups; (vi) Cathartidae is the sister-group of the remaining Falconiformes; (vii) Ralliformes (Rallidae and Heliornithidae) are the sister-group to the monophyletic Charadriiformes, with the traditionally composed Gruiformes and Turniciformes (Turnicidae and Mesitornithidae) sequentially paraphyletic to the entire foregoing clade; (viii) Opisthocomus hoazin is the sister-taxon to the Cuculiformes (including the Musophagidae); (ix) traditional Caprimulgiformes are monophyletic and the sister-group of the Apodiformes; (x) Trogoniformes are the sister-group of Coliiformes; (xi) Coraciiformes, Piciformes and Passeriformes are mutually monophyletic and closely related; and (xii) the Galbulae are retained within the Piciformes. Unresolved portions of the Neornithes (nodes having more than one most-parsimonious solution) comprised three parts of the tree: (a) several interfamilial nodes within the Charadriiformes; (b) a trichotomy comprising the (i) Psittaciformes, (ii) Columbiformes and (iii) Trogonomorphae (Trogoniformes, Coliiformes) + Passerimorphae (Coraciiformes, Piciformes, Passeriformes); and (c) a trichotomy comprising the Coraciiformes, Piciformes and Passeriformes. The remaining polytomies were among outgroups, although several of the highest-order nodes were only marginally supported; however, the majority of nodes were resolved and met or surpassed conventional standards of support. Quantitative comparisons with alternative hypotheses, examination of highly supportive and diagnostic characters for higher taxa, correspondences with prior studies, complementarity and philosophical differences with palaeontological phylogenetics, promises and challenges of palaeogeography and calibration of evolutionary rates of birds, and classes of promising evidence and future directions of study are reviewed. Homology, as applied to avian examples of apparent homologues, is considered in terms of recent theory, and a revised annotated classification of higher-order taxa of Neornithes and other closely related Theropoda is proposed. (c) 2007 The Linnean Society of London, Zoological Journal of the Linnean Society, 2007, 149, 1-95.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-3642.2006.00293.x",
    doi = "10.1111/j.1096-3642.2006.00293.x",
    openalex = "W2153165351",
    references = "crossref1995systematics, doi101002jmor10382, doi101002jmor10406, doi101002jmor1052090107, doi101007bf02101113, doi101016b978012249408650011x, doi101017s0006323197005100, doi101017s1464793102006103, doi101017s1464793105006779, doi101038nature03150, doi101073pnas0507106102, doi10108002724634199410011524, doi10108010635150500234583, doi10108010635150590950326, doi101093oso97801951223430010001, doi101093oso97801985052350010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva026092, doi101093sysbio33183, doi101093sysbio422182, doi101098rspb20001368, doi101111j109600311989tb00573x, doi101111j109600311993tb00217x, doi101111j109600312003tb00387x, doi101111j109636422001tb01313x, doi101111j109636422001tb01314x, doi101111j1469185x1997tb00024x, doi101111j146979981991tb04794x, doi101111j155856461959tb03005x, doi101111j155856461985tb00420x, doi101126science2665186779, doi1012060003008220023870001tmappo20co2, doi1012060003009020042860001mptaso20co2, doi1016660094837320050310192meam20co2, doi1023072408678, doi1023072413134, doi1023072992540, doi10230740168337, doi102992014590582006371pon20co2, doi105860choice323881, doi105860choice343307, doi105860choice392183, doi105860choice405235, doi105962bhltitle106607, gregor1988the, openalexw2506868775, openalexw3217097258"
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Das CAT-Modell scheint robuster als WAG gegenüber Artefakten der langen Ast-Anziehung zu sein, hauptsächlich, weil es die hohe Wahrscheinlichkeit von Konvergenzen und Reversionen korrekt antizipiert, die durch die geringe effektive Größe des Aminosäure-Alphabets an jeder Stelle der Ausrichtung impliziert wird. Allgemeiner liefern unsere Ergebnisse starke Beweise dafür, dass standortspezifische Merkmale im Substitutionsprozess berücksichtigt werden müssen, um zuverlässigere phylogenetische Bäume zu erhalten.

@article{doi101186147121487s1s4,
    author = "Lartillot, Nicolas und Brinkmann, Henner und Philippe, Hervé",
    title = "Unterdrückung von Artefakten der langen Ast-Anziehung in der tierischen Phylogenie unter Verwendung eines standortspezifischen Modells",
    year = "2007",
    journal = "BMC Evolution",
    abstract = "Das CAT-Modell scheint robuster als WAG gegenüber Artefakten der langen Ast-Anziehung zu sein, hauptsächlich, weil es die hohe Wahrscheinlichkeit von Konvergenzen und Reversionen korrekt antizipiert, die durch die geringe effektive Größe des Aminosäure-Alphabets an jeder Stelle der Ausrichtung impliziert wird. Allgemeiner liefern unsere Ergebnisse starke Beweise dafür, dass standortspezifische Merkmale im Substitutionsprozess berücksichtigt werden müssen, um zuverlässigere phylogenetische Bäume zu erhalten.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1471-2148-7-s1-s4",
    doi = "10.1186/1471-2148-7-s1-s4",
    openalex = "W2131527832",
    references = "doi101093molbevmsi111"
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Stachelhäuter ('Amphioxus') sind die modernen Überlebenden einer alten chordaten Linie, mit einem Fossilbericht, der bis in die Kambrische Periode zurückreicht. Hier beschreiben wir die Struktur und den Geninhalt des hochpolymorphen etwa 520-Megabase großen Genoms des Florida-Stachelhäuters Branchiostoma floridae und analysieren es im Kontext der chordaten Evolution. Vergleiche des gesamten Genoms erhellen die unklaren Beziehungen zwischen den drei chordaten Gruppen (Tunicaten, Stachelhäuter und Wirbeltiere) und ermöglichen nicht nur die Rekonstruktion des Genkomplements des letzten gemeinsamen chordaten Vorfahrens, sondern auch eine teilweise Rekonstruktion seiner genomischen Organisation sowie eine Beschreibung von zwei genomweiten Verdopplungen und nachfolgenden Neuorganisationen in der Wirbeltierlinie. Diese Genom-Ereignisse formten das Wirbeltiergenom und stellten zusätzliche genetische Variation für die Ausbeutung während der Wirbeltierevolution bereit.

@article{doi101038nature06967,
    author = "Putnam, Nicholas H. und Butts, Thomas und Ferrier, David und Furlong, Rebecca F. und Hellsten, Uffe und Kawashima, Takeshi und Robinson‐Rechavi, Marc und Shoguchi, Eiichi und Terry, Astrid und Yu, Jr‐Kai und Benito-Gutiérrez, E`lia und Dubchak, Inna und García‐Fernàndez, Jordi und Gibson-Brown, Jeremy J. und Grigoriev, Igor V. und Horton, Amy C. und de Jong, Pieter J. und Jurka, Jerzy und Kapitonov, Vladimir V. und Kohara, Yuji und Kuroki, Yoko und Lindquist, Erika und Lucas, Susan und Osoegawa, Kazutoyo und Pennacchio, L und Salamov, Asaf A. und Satou, Yutaka und Sauka‐Spengler, Tatjana und Schmutz, Jeremy und Shin‐I, Tadasu und Toyoda, Atsushi und Bronner‐Fraser, Marianne und Fujiyama, Asao und Holland, Linda Z. und Holland, Peter W. H. und Satoh, Nori und Rokhsar, Daniel S.",
    title = "Das Amphioxus-Genom und die Evolution des chordaten Karyotyps",
    year = "2008",
    journal = "Nature",
    abstract = "Stachelhäuter ('Amphioxus') sind die modernen Überlebenden einer alten chordaten Linie, mit einem Fossilbericht, der bis in die Kambrische Periode zurückreicht. Hier beschreiben wir die Struktur und den Geninhalt des hochpolymorphen etwa 520-Megabase großen Genoms des Florida-Stachelhäuters Branchiostoma floridae und analysieren es im Kontext der chordaten Evolution. Vergleiche des gesamten Genoms erhellen die unklaren Beziehungen zwischen den drei chordaten Gruppen (Tunicaten, Stachelhäuter und Wirbeltiere) und ermöglichen nicht nur die Rekonstruktion des Genkomplements des letzten gemeinsamen chordaten Vorfahrens, sondern auch eine teilweise Rekonstruktion seiner genomischen Organisation sowie eine Beschreibung von zwei genomweiten Verdopplungen und nachfolgenden Neuorganisationen in der Wirbeltierlinie. Diese Genom-Ereignisse formten das Wirbeltiergenom und stellten zusätzliche genetische Variation für die Ausbeutung während der Wirbeltierevolution bereit.",
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    doi = "10.1038/nature06967",
    openalex = "W2131871062",
    references = "doi1010079783642866593, doi101016jtree200504008, doi101016s0092867403004690, doi10103835057062, doi101038370563a0, doi101038377720a0, doi101038nature04336, doi101038nature05241, doi101038scientificamerican0779122, doi101073pnas9794469, doi10108010635150390235520, doi101093bioinformatics178754, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093molbevmsi225, doi101093nar22224673, doi101093nar25173389, doi101093oxfordjournalsmolbeva026334, doi101101gr073676107, doi101126science1058040, doi101126science1080049, doi101126science1128691, doi101242dev1994supplement125, doi101371journalpbio0030007, doi101371journalpbio0030314, openalexw3217097258"
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Deuterostome sind eine monophyletische Tiergruppe, die die Wirbeltiere, wirbellose Chordatiere, Ambulacraria und Xenoturbellida umfasst. Fossile Vertreter aus den meisten großen Deuterostome-Gruppen, einschließlich einiger Stammebene-Kronengruppen, wurden im Unterkambrium gefunden, was darauf hindeutet, dass die evolutionäre Divergenz im späten Präkambrium stattfand, was mit einigen molekularen Uhr-Schätzungen übereinstimmt. Molekulare Phylogenien, Larvenmorphologie und das erwachsene Herz/Nieren-Komplex unterstützen Echinodermen und Hemichordaten als eine Schwestergruppe (Ambulacraria). Xenoturbellida sind ein relativ neu entdecktes Phylum wurmartiger Deuterostome, das keinen Fossilbericht aufweist, aber molekulare Hinweise deuten darauf hin, dass diese Tiere eine Schwestergruppe der Ambulacraria sind. Innerhalb der Chordatiere teilen Cephalochordaten große Abschnitte chromosomaler Syntenie mit den Wirbeltieren, besitzen ein vollständiges Hox-Komplex und sind basierend auf ribosomaler und mitochondrialer Genevidenz eine Schwestergruppe der Wirbeltiere. Im Gegensatz dazu haben Tunicaten einen stark abgeleiteten erwachsenen Körperplan und sind basierend auf der Analyse von konkatениerten genomischen Sequenzen eine Schwestergruppe der Wirbeltiere. Cephalochordaten und Hemichordaten teilen Kiemenritzen und eine akelluläre Knorpel, was darauf hindeutet, dass der ursprüngliche Deuterostome auch diese Merkmale teilte. Gen-Netzwerkdaten deuten darauf hin, dass der Deuterostome-Vorfahre einen vorder-hinteren Körperachse durch Hox- und Wnt-Gene spezifiziert, eine dorsale-ventrale Achse durch einen BMP/chordin-Gradienten spezifiziert und bilateral symmetrisch war, wobei die links-rechts-Asymmetrie durch die Expression von nodal bestimmt wurde.

@article{doi101098rstb20072246,
    author = "Swalla, Billie J. und Smith, Andrew B.",
    title = "Deciphering deuterostome phylogeny: molecular, morphological and palaeontological perspectives",
    year = "2008",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Deuterostomes are a monophyletic group of animals that include the vertebrates, invertebrate chordates, ambulacrarians and xenoturbellids. Fossil representatives from most major deuterostome groups, including some phylum-level crown groups, are found in the Lower Cambrian, suggesting that evolutionary divergence occurred in the Late Precambrian, in agreement with some molecular clock estimates. Molecular phylogenies, larval morphology and the adult heart/kidney complex all support echinoderms and hemichordates as a sister grouping (Ambulacraria). Xenoturbellids are a relatively newly discovered phylum of worm-like deuterostomes that lacks a fossil record, but molecular evidence suggests that these animals are a sister group to the Ambulacraria. Within the chordates, cephalochordates share large stretches of chromosomal synteny with the vertebrates, have a complete Hox complex and are sister group to the vertebrates based on ribosomal and mitochondrial gene evidence. In contrast, tunicates have a highly derived adult body plan and are sister group to the vertebrates based on the analyses of concatenated genomic sequences. Cephalochordates and hemichordates share gill slits and an acellular cartilage, suggesting that the ancestral deuterostome also shared these features. Gene network data suggest that the deuterostome ancestor had an anterior-posterior body axis specified by Hox and Wnt genes, a dorsoventral axis specified by a BMP/chordin gradient, and was bilaterally symmetrical with left-right asymmetry determined by expression of nodal.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.2007.2246",
    doi = "10.1098/rstb.2007.2246",
    openalex = "W2102660198",
    references = "doi101038377720a0, doi101038nature01264, doi101093oxfordjournalsmolbeva025897, doi101139z04158, doi101139z04160, doi101139z04190, doi101146annureves10110179001551, doi101371journalpbio0040291, morris1979the"
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@incollection{crossref2009chordates,
    title = "Chordates",
    year = "2009",
    booktitle = "Encyclopedia of Neuroscience",
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    doi = "10.1007/978-3-540-29678-2\_1012",
    openalex = "W4249900450",
    pages = "709-709"
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@incollection{crossref2009phylogeny,
    title = "Phylogenie und Evolution der Chordaten",
    year = "2009",
    booktitle = "Encyclopedia of Neuroscience",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-540-29678-2\_4581",
    doi = "10.1007/978-3-540-29678-2\_4581",
    pages = "3160-3160"
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@incollection{mallatt2009evolution,
    author = "Mallatt, Jon",
    title = "Evolution und Phylogenie der Chordaten",
    year = "2009",
    booktitle = "Encyclopedia of Neuroscience",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-540-29678-2\_3116",
    doi = "10.1007/978-3-540-29678-2\_3116",
    pages = "1201-1208"
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@article{doi101016jympev201110008,
    author = "Park, Eunji und Hwang, Dae‐Sik und Lee, Jae‐Seong und Song, Jun‐Im und Seo, Tae‐Kun und Won, Yong‐Jin",
    title = "Schätzung der Divergenzzeiten in der Evolution der Nesseltiere basierend auf mitochondrialen protein-codierenden Genen und dem Fossilbericht",
    year = "2011",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
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    openalex = "W2057007227",
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@article{doi101016jcub201410016,
    author = "Cannon, Johanna T. und Kocot, Kevin M. und Waits, Damien S. und Weese, David und Swalla, Billie J. und Santos, Scott R. und Halanych, Kenneth M.",
    title = "Phylogenomische Auflösung des Hemichordata- und Echinodermata-Klades",
    year = "2014",
    journal = "Current Biology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cub.2014.10.016",
    doi = "10.1016/j.cub.2014.10.016",
    openalex = "W1986400158",
    references = "doi101016jcub200905063, doi101111j15023931201200319x, doi101139z04190"
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Zusammenfassung Motivation: Phylogenien werden zunehmend in allen Bereichen der medizinischen und biologischen Forschung eingesetzt. Darüber hinaus wachsen die Datensätze, die für die Durchführung phylogenetischer Analysen verwendet werden, aufgrund der Revolution der Sequenzierung der nächsten Generation mit beispielloser Geschwindigkeit. RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) ist ein beliebtes Programm für phylogenetische Analysen großer Datensätze unter Maximum Likelihood. Seit dem letzten RAxML-Papier im Jahr 2006 wurde es kontinuierlich gepflegt und erweitert, um den zunehmend wachsenden Eingabedatensätzen gerecht zu werden und die Bedürfnisse der Benutzercommunity zu erfüllen. Ergebnisse: Ich stelle einige der bemerkenswertesten neuen Funktionen und Erweiterungen von RAxML vor, wie eine erhebliche Erweiterung von Substitutionsmodellen und unterstützten Datentypen, die Einführung von SSE3, AVX und AVX2 Vektorintrinsics, Techniken zur Reduzierung der Speicheranforderungen des Codes und eine Fülle von Operationen zur Durchführung von Nachanalysen auf Sätzen von Bäumen. Zusätzlich ist ein aktueller 50-seitiger Benutzerhandbuch verfügbar, das alle neuen RAxML-Optionen abdeckt. Verfügbarkeit und Implementierung: Der Code steht unter GNU GPL unter https://github.com/stamatak/standard-RAxML zur Verfügung. Kontakt: alexandros.stamatakis@h-its.org Zusätzliche Informationen: Zusätzliche Daten sind online bei Bioinformatics verfügbar.

@article{doi101093bioinformaticsbtu033,
    author = "Stamatakis, Alexandros",
    title = "RAxML version 8: ein Werkzeug für die Phylogenie-Analyse und die Nachanalyse großer Phylogenien",
    year = "2014",
    journal = "Bioinformatics",
    abstract = "Zusammenfassung Motivation: Phylogenien werden zunehmend in allen Bereichen der medizinischen und biologischen Forschung eingesetzt. Darüber hinaus wachsen die Datensätze, die für die Durchführung phylogenetischer Analysen verwendet werden, aufgrund der Revolution der Sequenzierung der nächsten Generation mit beispielloser Geschwindigkeit. RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) ist ein beliebtes Programm für phylogenetische Analysen großer Datensätze unter Maximum Likelihood. Seit dem letzten RAxML-Papier im Jahr 2006 wurde es kontinuierlich gepflegt und erweitert, um den zunehmend wachsenden Eingabedatensätzen gerecht zu werden und die Bedürfnisse der Benutzercommunity zu erfüllen. Ergebnisse: Ich stelle einige der bemerkenswertesten neuen Funktionen und Erweiterungen von RAxML vor, wie eine erhebliche Erweiterung von Substitutionsmodellen und unterstützten Datentypen, die Einführung von SSE3, AVX und AVX2 Vektorintrinsics, Techniken zur Reduzierung der Speicheranforderungen des Codes und eine Fülle von Operationen zur Durchführung von Nachanalysen auf Sätzen von Bäumen. Zusätzlich ist ein aktueller 50-seitiger Benutzerhandbuch verfügbar, das alle neuen RAxML-Optionen abdeckt. Verfügbarkeit und Implementierung: Der Code steht unter GNU GPL unter https://github.com/stamatak/standard-RAxML zur Verfügung. Kontakt: alexandros.stamatakis@h-its.org Zusätzliche Informationen: Zusätzliche Daten sind online bei Bioinformatics verfügbar.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu033",
    doi = "10.1093/bioinformatics/btu033",
    openalex = "W2141052558",
    references = "doi101038nature12130, doi101080106351501753462876, doi10108010635150802429642, doi101089cmb20090179, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093molbevmss112, doi101093molbevmst024, doi101093sysbiosyq010, doi101093sysbiosyr010, doi101109ipdps201370"
}

@article{osugi2014evolutionary,
    author = "Osugi, Tomohiro und Okamura, Tomoki und Son, You Lee und Ohkubo, Makoto und Ubuka, Takayoshi und Henmi, Yasuhisa und Tsutsui, Kazuyoshi",
    title = "Evolutionary Origin of GnIH and NPFF in Chordates: Insights from Novel Amphioxus RFamide Peptides",
    year = "2014",
    journal = "PLoS ONE",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0100962",
    doi = "10.1371/journal.pone.0100962",
    number = "7",
    openalex = "W2071326593",
    pages = "e100962",
    volume = "9",
    references = "doi101006bbrc20003350, doi101006jmbi19970951, doi101016jyfrne201003001, doi101016s0006899399019095, doi101038nature04336, doi101093molbevmsr121, doi101093nar14114683, doi101126science1132040, doi101210en20111110, doi101371journalpbio0050101"
}

@article{doi101016jympev201510009,
    author = "Zheng, Yuchi und Wiens, John J.",
    title = "Kombination phylogenomischer und Supermatrix-Ansätze sowie eine zeitkalibrierte Phylogenie für Schuppenkriechtiere (Eidechsen und Schlangen) basierend auf 52 Genen und 4162 Arten",
    year = "2015",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ympev.2015.10.009",
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    openalex = "W2175367716",
    references = "doi101038nature09864, doi10108010635150500234583, doi101093molbevmsu080"
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@incollection{crossref2016chordates,
    title = "Chordates",
    year = "2016",
    booktitle = "The Marine World",
    url = "https://doi.org/10.1515/9780691232447-022",
    doi = "10.1515/9780691232447-022",
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    pages = "306-313"
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@misc{s27fd27686b95842cdc75b89c9ea4da5d36ad5f61b,
    author = "Subbotin, V.",
    title = "Argumente zum Ursprung der Wirbeltierleber und des Amphioxus-hepatischen Divertikels: Eine Hypothese zu evolutionären Neuheiten *",
    year = "2017",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/7fd27686b95842cdc75b89c9ea4da5d36ad5f61b",
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    semanticscholar_citation_count = "5",
    semanticscholar_id = "7fd27686b95842cdc75b89c9ea4da5d36ad5f61b"
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@incollection{berman2019phylogeny,
    author = "Berman, Jules J.",
    title = "Phylogenie: Von Eukaryoten zu Chordaten",
    year = "2019",
    booktitle = "Evolution's Clinical Guidebook",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-12-817126-4.00005-9",
    doi = "10.1016/b978-0-12-817126-4.00005-9",
    pages = "173-205"
}

Große, zeitkalibrierte Phylogenien sind grundlegend für die Verbindung evolutionärer Prozesse mit modernen Mustern der biologischen Vielfalt. Die Inferenz zuverlässiger phylogenetischer Bäume für Tausende von Arten beinhaltet jedoch zahlreiche Kompromisse, die deren Nutzen für vergleichende Biologen eingeschränkt haben. Um eine robuste evolutionäre Zeitskala für alle etwa 6.000 lebenden Säugetierarten zu erstellen, haben wir glaubwürdige Bäume entwickelt, die die Unsicherheit von der Wurzel bis zur Spitze in Topologie und Divergenzzeiten erfassen. Unser "Backbone-and-Patch"-Ansatz zur Baumerstellung wendet eine neu zusammengestellte Supermatrix mit 31 Genen auf zwei Ebenen der bayesianischen Inferenz an: (1) Backbone-Beziehungen und Altersangaben zwischen Hauptlinien, unter Verwendung von Fossil-Knoten- oder Spitzen-Datierung, und (2) artspezifische "Patch"-Phylogenien mit nicht überlappenden Untergruppen, die jeweils einer repräsentativen Linie im Backbone entsprechen. Arten, für die keine DNA-Proben vorliegen, werden entweder ausgeschlossen ("DNA-only"-Bäume) oder innerhalb taxonomischer Grenzen durch Imputation rekonstruiert, wobei Astlängen aus lokalen Geburts-Todes-Modellen entnommen werden ("completed"-Bäume). Das Anbinden zeitkalibrierter Patches an Backbones ergibt artspezifische Bäume von extanten Mammalia, bei denen alle Äste unter dem gleichen Modellierungsrahmen geschätzt werden, wodurch Vergleichsrechnungen von Raten zwischen so unterschiedlichen Linien wie Beuteltieren und Plazentaten erleichtert werden. Wir vergleichen unsere phylogenetischen Bäume mit früheren Schätzungen der Säugetier-Phylogenie und Divergenzzeiten und finden, dass (1) Knotenalter zwischen Studien weitgehend übereinstimmen und (2) aktuelle (Spitzen-Ebene) Raten der Artbildung in unserer Studie genauer geschätzt werden als in früheren "Supertree"-Ansätzen, bei denen ungelöste Knoten zu Artefakten der Astlängen führten. Glaubwürdige Sätze der phylogenetischen Geschichte von Säugetieren sind nun zum Download unter http://vertlife.org/phylosubsets verfügbar und ermöglichen die Untersuchung langjähriger Fragen der vergleichenden Biologie.

@article{doi101371journalpbio3000494,
    author = "Upham, Nathan S. und Esselstyn, Jacob A. und Jetz, Walter",
    title = "Inferring the mammal tree: Species-level sets of phylogenies for questions in ecology, evolution, and conservation",
    year = "2019",
    journal = "PLoS Biology",
    abstract = {Große, zeitkalibrierte Phylogenien sind grundlegend für die Verbindung evolutionärer Prozesse mit modernen Mustern der biologischen Vielfalt. Die Inferenz zuverlässiger phylogenetischer Bäume für Tausende von Arten beinhaltet jedoch zahlreiche Kompromisse, die deren Nutzen für vergleichende Biologen eingeschränkt haben. Um eine robuste evolutionäre Zeitskala für alle etwa 6.000 lebenden Säugetierarten zu erstellen, haben wir glaubwürdige Bäume entwickelt, die die Unsicherheit von der Wurzel bis zur Spitze in Topologie und Divergenzzeiten erfassen. Unser "Backbone-and-Patch"-Ansatz zur Baumerstellung wendet eine neu zusammengestellte Supermatrix mit 31 Genen auf zwei Ebenen der bayesianischen Inferenz an: (1) Backbone-Beziehungen und Altersangaben zwischen Hauptlinien, unter Verwendung von Fossil-Knoten- oder Spitzen-Datierung, und (2) artspezifische "Patch"-Phylogenien mit nicht überlappenden Untergruppen, die jeweils einer repräsentativen Linie im Backbone entsprechen. Arten, für die keine DNA-Proben vorliegen, werden entweder ausgeschlossen ("DNA-only"-Bäume) oder innerhalb taxonomischer Grenzen durch Imputation rekonstruiert, wobei Astlängen aus lokalen Geburts-Todes-Modellen entnommen werden ("completed"-Bäume). Das Anbinden zeitkalibrierter Patches an Backbones ergibt artspezifische Bäume von extanten Mammalia, bei denen alle Äste unter dem gleichen Modellierungsrahmen geschätzt werden, wodurch Vergleichsrechnungen von Raten zwischen so unterschiedlichen Linien wie Beuteltieren und Plazentaten erleichtert werden. Wir vergleichen unsere phylogenetischen Bäume mit früheren Schätzungen der Säugetier-Phylogenie und Divergenzzeiten und finden, dass (1) Knotenalter zwischen Studien weitgehend übereinstimmen und (2) aktuelle (Spitzen-Ebene) Raten der Artbildung in unserer Studie genauer geschätzt werden als in früheren "Supertree"-Ansätzen, bei denen ungelöste Knoten zu Artefakten der Astlängen führten. Glaubwürdige Sätze der phylogenetischen Geschichte von Säugetieren sind nun zum Download unter http://vertlife.org/phylosubsets verfügbar und ermöglichen die Untersuchung langjähriger Fragen der vergleichenden Biologie.},
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3000494",
    doi = "10.1371/journal.pbio.3000494",
    openalex = "W2991998196",
    references = "doi10100703064746897, doi101007s1091401693638, doi101023a1011317930838, doi101038416816a, doi101038nature05634, doi101038nature06277, doi101038nature10291, doi101038nature11631, doi101038nature22897, doi101038nature25794, doi101073pnas1319091111, doi101073pnas1519387112, doi101093acprofoso97801985670280010001, doi101093bioinformaticsbts199, doi101093jmammalgyx147, doi101093jmammalgyy179, doi101093molbevmsm193, doi101093molbevmsv037, doi101093sysbiosyr047, doi101093sysbiosyr107, doi101093sysbiosyv080, doi101098rspb20120683, doi101111evo12681, doi101126science1157704, doi101126science1211028, doi101126science1229237, doi101371journalpone0089543, doi101371journalpone0183070, doi1026879424"
}

Deuterostomen sind die Hauptabteilung des Tierlebens, die Seesterne, Ackerwürmer und Menschen sowie eine Vielzahl ökologisch und morphologisch unterschiedlicher Taxa umfasst. Ihre frühe Evolution ist jedoch schlecht verstanden, teilweise aufgrund ihrer Vielfalt, die das Identifizieren von Gemeinsamkeiten erschwert, sowie ihres relativ schlechten frühen Fossilberichts. Hier überprüfen wir die verfügbaren morphologischen, paläontologischen, entwicklungsbiologischen und molekularen Daten, um einen Rahmen für die Erforschung der Ursprünge dieser wichtigen und rätselhaften Gruppe zu erstellen. Jüngste Fossilfunde unterstützen stark einen wurmförmigen Vorfahren für die Gruppe Hemichordata und einen fusiformen aktiven Schwimmer als Vorfahren für Chordata. Die vielfältige und anatomisch verwirrende Vielfalt der Formen unter den frühen Echinodermen zeigt Hinweise auf sowohl bilaterale als auch radiale Symmetrie. Wir betrachten vier Merkmale, die am kritischsten für das Verständnis der Form und Funktion des letzten gemeinsamen Vorfahren der Deuterostomia sind: Hox-Gen-Ausdrucksmuster, Larvenmorphologie, die Fähigkeit zur Biomineralisierung und die Morphologie des Pharynxbereichs. Wir postulieren einen deuterostomen letzten gemeinsamen Vorfahren mit einem ähnlichen antero-posterioren Genregulationssystem wie dem, das bei modernen Ackerwürmern und Cephalochordaten gefunden wird, einer einfachen planktonischen Larvenform, die später in der ambulakraren Linie weiterentwickelt wurde, die Fähigkeit, Kalziumminerale in begrenztem Maße zu sezernieren, und einen pharyngealen respiratorischen Bereich, der aus einfachen Poren besteht. Dieses Tier war wahrscheinlich in adulten Form beweglich, im Gegensatz zu den sessilen Ursprüngen, die historisch vorgeschlagen wurden. Jüngste Debatten über die Monophylie der Deuterostomen sowie die breite Palette von deuterostom-affilierten Problemfällen deuten weiter darauf hin, dass diese Merkmale nicht nur im letzten gemeinsamen Vorfahren der Deuterostomia vorhanden waren, sondern möglicherweise auch im Ur-Bilaterian. Die Morphologie und Entwicklung der frühen Deuterostomen stützen daher einige der bedeutendsten Fragen in der Erforschung der Metazoan-Evolution.

@article{doi101111brv12908,
    author = "Nanglu, Karma und Cole, Selina R. und Wright, David F. und Souto, Camilla",
    title = "Würmer und Kiemen, Platten und Dornen: die evolutionären Ursprünge und die unglaubliche Vielfalt der Deuterostomen, die durch Fossilien, Gene und Entwicklung enthüllt werden",
    year = "2022",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "Deuterostomen sind die Hauptabteilung des Tierlebens, die Seesterne, Ackerwürmer und Menschen sowie eine Vielzahl ökologisch und morphologisch unterschiedlicher Taxa umfasst. Ihre frühe Evolution ist jedoch schlecht verstanden, teilweise aufgrund ihrer Vielfalt, die das Identifizieren von Gemeinsamkeiten erschwert, sowie ihres relativ schlechten frühen Fossilberichts. Hier überprüfen wir die verfügbaren morphologischen, paläontologischen, entwicklungsbiologischen und molekularen Daten, um einen Rahmen für die Erforschung der Ursprünge dieser wichtigen und rätselhaften Gruppe zu erstellen. Jüngste Fossilfunde unterstützen stark einen wurmförmigen Vorfahren für die Gruppe Hemichordata und einen fusiformen aktiven Schwimmer als Vorfahren für Chordata. Die vielfältige und anatomisch verwirrende Vielfalt der Formen unter den frühen Echinodermen zeigt Hinweise auf sowohl bilaterale als auch radiale Symmetrie. Wir betrachten vier Merkmale, die am kritischsten für das Verständnis der Form und Funktion des letzten gemeinsamen Vorfahren der Deuterostomia sind: Hox-Gen-Ausdrucksmuster, Larvenmorphologie, die Fähigkeit zur Biomineralisierung und die Morphologie des Pharynxbereichs. Wir postulieren einen deuterostomen letzten gemeinsamen Vorfahren mit einem ähnlichen antero-posterioren Genregulationssystem wie dem, das bei modernen Ackerwürmern und Cephalochordaten gefunden wird, einer einfachen planktonischen Larvenform, die später in der ambulakraren Linie weiterentwickelt wurde, die Fähigkeit, Kalziumminerale in begrenztem Maße zu sezernieren, und einen pharyngealen respiratorischen Bereich, der aus einfachen Poren besteht. Dieses Tier war wahrscheinlich in adulten Form beweglich, im Gegensatz zu den sessilen Ursprüngen, die historisch vorgeschlagen wurden. Jüngste Debatten über die Monophylie der Deuterostomen sowie die breite Palette von deuterostom-affilierten Problemfällen deuten weiter darauf hin, dass diese Merkmale nicht nur im letzten gemeinsamen Vorfahren der Deuterostomia vorhanden waren, sondern möglicherweise auch im Ur-Bilaterian. Die Morphologie und Entwicklung der frühen Deuterostomen stützen daher einige der bedeutendsten Fragen in der Erforschung der Metazoan-Evolution.",
    url = "https://doi.org/10.1111/brv.12908",
    doi = "10.1111/brv.12908",
    openalex = "W4306738504",
    references = "doi101016jcub202002054, doi101017jpa201720, doi101017pab201942, doi101111brv12614, doi101111j1469185x201200220x, doi101111j15023931201200319x, doi101111pala12475, doi101139z04190, doi101144jgs2015017, doi101186s1291501602714, doi101242dev066712, doi101371journalpone0009586, jefferies1973the"
}

Unser Verständnis des evolutionären Ursprungs von Chordata, einer der disparatesten und ökologisch bedeutsamsten Tierstämme, wird durch den Mangel an eindeutigen Stammgruppenverwandten behindert. Problematische kambriische Fossilien, die als Kandidaten für Chordaten betrachtet wurden, umfassen Vetulicolien,1 Yunnanozoon,2 und das ikonische Pikaia.3 Allerdings ist ihre phylogenetische Einordnung schlecht eingeschränkt geblieben, was Rekonstruktionen der Charakterevolution entlang der chordatischen Stammgruppe behindert. Hier reinterpretieren wir die Morphologie von Pikaia und liefern Beweise für einen Darmkanal und, entscheidend, für einen dorsalen Nervenstrang – eine robuste chordatische Synapomorphie. Die Identifizierung dieser Strukturen stützt ein neues anatomisches Modell von Pikaia, das zeigt, dass dieses Fossil zuvor verkehrt herum interpretiert wurde. Wir offenbaren eine Myomeren-Konfiguration, die zwischen Amphioxus und Wirbeltieren intermediär ist, und etablieren morphologische Verbindungen zwischen Yunnanozoon, Pikaia und unumstrittenen Chordaten. In diesem Licht führen wir eine neue phylogenetische Analyse durch, unter Verwendung eines revidierten, umfassenden Deuterostomendatensatzes, und etablieren eine chordatische Stammgruppe. Wir lösen Vetulicolien als eine paraphyletische Gruppe auf, die die frühesten divergierenden Stammchordaten umfasst und eine Gruppe abgeleiteterer Stammgruppenchordaten, die Yunnanozoon und Pikaia umfassen, unterstützt. Unsere phylogenetischen Ergebnisse offenbaren die schrittweise Akquisition von Merkmalen, die für die chordatische Kronengruppe diagnostisch sind. Darüber hinaus kartieren sie eine Phase in der frühen chordatischen Evolution, die durch die schrittweise Integration des Pharynxbereichs mit einer segmentierten axialen Muskulatur definiert ist, was klassischen evolutionären-entwicklungsbiologischen Hypothesen über den Ursprung der Chordaten4 entspricht und ein „verlorenes Kapitel" in der Geschichte des Stammes enthüllt.

@article{doi101016jcub202405026,
    author = "Mussini, Giovanni and Smith, M. P. and Vinther, Jakob and Rahman, Imran A. and Murdock, Duncan J. E. and Harper, D. and Dunn, F. S.",
    title = "A new interpretation of Pikaia reveals the origins of the chordate body plan.",
    year = "2024",
    journal = "Current biology : CB",
    abstract = {Our understanding of the evolutionary origin of Chordata, one of the most disparate and ecologically significant animal phyla, is hindered by a lack of unambiguous stem-group relatives. Problematic Cambrian fossils that have been considered as candidate chordates include vetulicolians,1Yunnanozoon,2 and the iconic Pikaia.3 However, their phylogenetic placement has remained poorly constrained, impeding reconstructions of character evolution along the chordate stem lineage. Here we reinterpret the morphology of Pikaia, providing evidence for a gut canal and, crucially, a dorsal nerve cord-a robust chordate synapomorphy. The identification of these structures underpins a new anatomical model of Pikaia that shows that this fossil was previously interpreted upside down. We reveal a myomere configuration intermediate between amphioxus and vertebrates and establish morphological links between Yunnanozoon, Pikaia, and uncontroversial chordates. In this light, we perform a new phylogenetic analysis, using a revised, comprehensive deuterostome dataset, and establish a chordate stem lineage. We resolve vetulicolians as a paraphyletic group comprising the earliest diverging stem chordates, subtending a grade of more derived stem-group chordates comprising Yunnanozoon and Pikaia. Our phylogenetic results reveal the stepwise acquisition of characters diagnostic of the chordate crown group. In addition, they chart a phase in early chordate evolution defined by the gradual integration of the pharyngeal region with a segmented axial musculature, supporting classical evolutionary-developmental hypotheses of chordate origins4 and revealing a "lost chapter" in the history of the phylum.},
    url = "http://www.cell.com/article/S0960982224006699/pdf",
    doi = "10.1016/j.cub.2024.05.026",
    is_oa = "true",
    number = "13",
    pages = "2980-2989.e2",
    semanticscholar_citation_count = "10",
    semanticscholar_id = "b304b4ce4cef6e205468689c766d7bb9d61fbda4",
    volume = "34"
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Zusammenfassung Die Deuterostomia sind eine monophyletische Gruppe, bestehend aus den Ambulacraria mit zwei Phyla, Hemichordata und Echinodermata, sowie dem Phylum Chordata, das die Unterphyla Cephalochordata (Stachelhäuter oder Amphioxus), Tunicata (Urochordata) und Vertebrata enthält. Hemichordaten und Stachelhäuter sind Schwestergruppen und entscheidend für das Verständnis des deuterostomen Vorfahrens sowie des Ursprungs und der Evolution der Chordaten innerhalb der Deuterostomia. Enteropneusta, wurmartige Hemichordaten, teilen viele chordatische Merkmale als Erwachsene, einschließlich eines postanalen Schwanzes, Kiemenritzen und eines zentralen Nervensystems (ZNS), das ähnliche entwicklungsbiologische genetische Regulationsnetzwerke (GRNs) einsetzt. Genomische Vergleiche zeigen, dass Cephalochordaten Syntenie und einen wurmartigen Körperplan teilen, der dem von Wirbeltieren ähnelt, aber phylogenomische Analysen platzieren Tunicaten als Schwestergruppe der Wirbeltiere. Tunicaten haben einen U-förmigen Darm und einen sehr unterschiedlichen erwachsenen Körperplan als der Rest der Chordaten, und alle Tunicaten haben kleine Genome und viele Genverluste, obwohl die GRNs, die spezifischen Geweben wie dem Notochord und Muskeln zugrunde liegen, konserviert sind. Stachelhäuter und Wirbeltiere haben umfangreiche Fossilberichte, wobei weniger Exemplare für Tunicaten und Enteropneusta oder wurmartige Hemichordaten gefunden wurden. Die Daten deuten darauf hin, dass der deuterostome Vorfahre ein komplexer benthischer Wurm mit Kiemenritzen, einem knorpeligen Skelett und einem ZNS war. Zwei existierende Gruppen, Stachelhäuter und Tunicaten, haben hoch abgeleitete Körperpläne entwickelt, die bemerkenswert vom deuterostomen Vorfahren abweichen. Wir überprüfen die aktuellen genomischen und GRN-Daten zu den verschiedenen Gruppen von deuterostomen Merkmalen, um verschiedene Hypothesen zum Ursprung der Chordaten neu zu bewerten. Der Verlust des Notochords bei Stachelhäutern und Hemichordaten ist ebenso parsimonisch wie der Gewinn des Notochords bei Chordaten, hat aber Implikationen für den deuterostomen Vorfahren. Der chordatische Vorfahre verlor ein ancestrales Nervennetz, behielt das ZNS bei und entwickelte Neuralleistenzellen.

@article{doi101093icbicae134,
    author = "Swalla, B.",
    title = "Deuterostome-Vorfahren und Ursprung der Chordaten.",
    year = "2024",
    journal = "Integrative und vergleichende Biologie",
    abstract = "Zusammenfassung Die Deuterostomia sind eine monophyletische Gruppe, bestehend aus den Ambulacraria mit zwei Phyla, Hemichordata und Echinodermata, sowie dem Phylum Chordata, das die Unterphyla Cephalochordata (Stachelhäuter oder Amphioxus), Tunicata (Urochordata) und Vertebrata enthält. Hemichordaten und Stachelhäuter sind Schwestergruppen und entscheidend für das Verständnis des deuterostomen Vorfahrens sowie des Ursprungs und der Evolution der Chordaten innerhalb der Deuterostomia. Enteropneusta, wurmartige Hemichordaten, teilen viele chordatische Merkmale als Erwachsene, einschließlich eines postanalen Schwanzes, Kiemenritzen und eines zentralen Nervensystems (ZNS), das ähnliche entwicklungsbiologische genetische Regulationsnetzwerke (GRNs) einsetzt. Genomische Vergleiche zeigen, dass Cephalochordaten Syntenie und einen wurmartigen Körperplan teilen, der dem von Wirbeltieren ähnelt, aber phylogenomische Analysen platzieren Tunicaten als Schwestergruppe der Wirbeltiere. Tunicaten haben einen U-förmigen Darm und einen sehr unterschiedlichen erwachsenen Körperplan als der Rest der Chordaten, und alle Tunicaten haben kleine Genome und viele Genverluste, obwohl die GRNs, die spezifischen Geweben wie dem Notochord und Muskeln zugrunde liegen, konserviert sind. Stachelhäuter und Wirbeltiere haben umfangreiche Fossilberichte, wobei weniger Exemplare für Tunicaten und Enteropneusta oder wurmartige Hemichordaten gefunden wurden. Die Daten deuten darauf hin, dass der deuterostome Vorfahre ein komplexer benthischer Wurm mit Kiemenritzen, einem knorpeligen Skelett und einem ZNS war. Zwei existierende Gruppen, Stachelhäuter und Tunicaten, haben hoch abgeleitete Körperpläne entwickelt, die bemerkenswert vom deuterostomen Vorfahren abweichen. Wir überprüfen die aktuellen genomischen und GRN-Daten zu den verschiedenen Gruppen von deuterostomen Merkmalen, um verschiedene Hypothesen zum Ursprung der Chordaten neu zu bewerten. Der Verlust des Notochords bei Stachelhäutern und Hemichordaten ist ebenso parsimonisch wie der Gewinn des Notochords bei Chordaten, hat aber Implikationen für den deuterostomen Vorfahren. Der chordatische Vorfahre verlor ein ancestrales Nervennetz, behielt das ZNS bei und entwickelte Neuralleistenzellen.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/93487d300190de7211de1d528192f4364b31d1ec",
    doi = "10.1093/icb/icae134",
    is_oa = "true",
    number = "5",
    pages = "1175-1181",
    semanticscholar_citation_count = "4",
    semanticscholar_id = "93487d300190de7211de1d528192f4364b31d1ec",
    volume = "64",
    references = "doi101186s12915022012827"
}

@misc{crossrefNoneevolution,
    title = "Evolution aplacophorer Mollusken",
    year = "None",
    booktitle = "AccessScience",
    url = "https://doi.org/10.1036/1097-8542.yb150943",
    doi = "10.1036/1097-8542.yb150943"
}