Cladistik

@article{macfadden1976cladistic,
    author = "MacFadden, Bruce J.",
    title = "Cladistic Analysis of Primitive Equids, with Notes on Other Perissodactyls",
    year = "1976",
    journal = "Systematic Zoology",
    url = "https://doi.org/10.2307/2412774",
    doi = "10.2307/2412774",
    number = "1",
    openalex = "W2124811114",
    pages = "1",
    volume = "25",
    references = "doi101086394242, doi101111j109636421952tb00784x, doi1023072405671, doi1023072412606, doi1023073037993, doi105281zenodo18028696, doi105962bhltitle156460, doi107312simp92414, openalexw1988829823, openalexw3135630760"
}

@misc{macfadden1976cladistic2,
    author = "MacFadden, B. J",
    title = "Cladistische Analyse primitiver Equiden mit Anmerkungen zu anderen Perissodaktylen",
    year = "1976",
    howpublished = "Systematic Zoology, v. 25, p. 1-15",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {MacFadden, B. J., 1976, Cladistische Analyse primitiver Equiden mit Anmerkungen zu anderen Perissodaktylen: Systematic Zoology, v. 25, p. 1-15.}"
}

@misc{gould1977the1,
    author = "Gould, S. J. und Raup, D. M. und Sepkoski, J. J. und Schopf, T. J. M. und Simberloff, D. S",
    title = "The shape of evolution",
    year = "1977",
    howpublished = "A comparison of real and random clades: Paleobiology, v. 3, p. 23-40",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gould, S. J., Raup, D. M., Sepkoski, J. J., Schopf, T. J. M., und Simberloff, D. S., 1977, The shape of evolution: A comparison of real and random clades: Paleobiology, v. 3, p. 23-40.}"
}

@article{doi1023072413039,
    author = "Brooks, Daniel R. und Nelson, Gareth und Platnick, Norman I.",
    title = "Systematics and Biogeographie: Cladistics und Vicariance.",
    year = "1982",
    journal = "Systematic Zoology",
    url = "https://doi.org/10.2307/2413039",
    doi = "10.2307/2413039",
    openalex = "W2321544600"
}

@article{benton1990the,
    author = "Benton, Michael J.",
    title = "The evolution of perissodactyls",
    year = "1990",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/0169-5347(90)90187-i",
    doi = "10.1016/0169-5347(90)90187-i",
    number = "10",
    openalex = "W2094377919",
    pages = "347",
    volume = "5",
    references = "doi1010160169534788900468, doi1010160169534788901048, doi101111j109600311986tb00463x"
}

@article{crossref1990the,
    title = "Die Evolution der Perissodactyla",
    year = "1990",
    journal = "Choice Reviews Online",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.27-5770",
    doi = "10.5860/choice.27-5770",
    number = "10",
    openalex = "W116621164",
    pages = "27-5770-27-5770",
    volume = "27"
}

@incollection{crossref1990transformed,
    title = "Transformed cladistics and evolution",
    year = "1990",
    booktitle = "Transformed Cladistics, Taxonomy and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1017/cbo9780511525759.008",
    doi = "10.1017/cbo9780511525759.008",
    openalex = "W2490755409",
    pages = "160-184"
}

Zusammenfassung— Die logische Äquivalenz zwischen den Begriffen Homologie und Synapomorphie wird überprüft und gestützt. Die sogenannte transformationale Homologie umfasst zwei distincte logische Komponenten, eine im Zusammenhang mit Vergleichen zwischen verschiedenen Organismen und die andere auf Vergleiche innerhalb desselben Organismus beschränkt. Die erstere ist im Wesentlichen hierarchischer Natur und stellt somit tatsächlich eine weniger offensichtliche Form der taxonomischen Homologie dar. Die letztere ist logisch äquivalent zur sogenannten seriellen Homologie im weiteren Sinne (einschließlich Homonomie, Massenhomologie oder iterativer Homologie). Von den drei bis dato vorgeschlagenen Tests der Homologie (Ähnlichkeit, Konjunktion und Kongruenz) dient nur die Kongruenz als Test im strengen Sinne. Ähnlichkeit steht auf einer grundlegenden Ebene in Homologie-Propositionen und ist die Quelle der Homologie-Vermutung an erster Stelle. Konjunktion ist zweifellos ein Indikator für Nicht-Homologie, ist aber nicht spezifisch bezüglich des paarweisen Vergleichs, in dem Nicht-Homologie vorhanden ist, und hängt von einem spezifischen Beziehungsplan ab, um eine Hypothese der Homologie zu widerlegen. Der Kongruenztest wurde zuvor als Anwendung der Kompatibilitätsanalyse gesehen. Allerdings ist die Kongruenz eher als Ausdruck einer strengen Parsimonie-Analyse zu betrachten. Es wird eine allgemeine theoretische Lösung vorgeschlagen, um die Evolution von Merkmalen mit mehrdeutigen Verteilungen zu bestimmen, basierend auf der Idee der Maximierung von Homologie-Propositionen. Gemäß dieser Idee sollten mehrdeutige Merkmalszustandsverteilungen durch eine Optimierung gelöst werden, die Reversionen relativ zu Parallelismen maximiert. Die Konzepte der Homologie in der Morphologie und der Molekularbiologie sind im Wesentlichen dieselben. Die gegenwärtige Tendenz, für die beiden Datenquellen unterschiedliche Terminologien zu verwenden, sollte vermieden werden, um die fundamentale Einheitlichkeit des Homologie-Konzepts in der vergleichenden Biologie nicht zu verschleiern. „Eine ähnliche Hierarchie findet sich sowohl in ‚Strukturen' als auch in ‚Funktionen'. Letztendlich können Struktur (d.h. Anordnung der Teile) und Funktion (Anordnung der Prozesse) dasselbe Ding sein […].“ L. von Bertalanffy „[…] es ist die Tatsache, dass bestimmte Kriterien es uns ermöglichen, Teile von Dingen konsistent zuzuordnen, was darauf hindeutet, dass Mechanismen bestimmter Art an ihrer Entstehung beteiligt gewesen sein müssen.“ N. Jardine und C. Jardine

@article{doi101111j109600311991tb00045x,
    author = "de Pinna, Mário C. C.",
    title = "KONZEpte UND TESTS DER HOMOLOGIE IM KLADISTISCHEN PARADIGMA",
    year = "1991",
    journal = "Cladistics",
    abstract = "Zusammenfassung— Die logische Äquivalenz zwischen den Begriffen Homologie und Synapomorphie wird überprüft und gestützt. Die sogenannte transformationale Homologie umfasst zwei distincte logische Komponenten, eine im Zusammenhang mit Vergleichen zwischen verschiedenen Organismen und die andere auf Vergleiche innerhalb desselben Organismus beschränkt. Die erstere ist im Wesentlichen hierarchischer Natur und stellt somit tatsächlich eine weniger offensichtliche Form der taxonomischen Homologie dar. Die letztere ist logisch äquivalent zur sogenannten seriellen Homologie im weiteren Sinne (einschließlich Homonomie, Massenhomologie oder iterativer Homologie). Von den drei bis dato vorgeschlagenen Tests der Homologie (Ähnlichkeit, Konjunktion und Kongruenz) dient nur die Kongruenz als Test im strengen Sinne. Ähnlichkeit steht auf einer grundlegenden Ebene in Homologie-Propositionen und ist die Quelle der Homologie-Vermutung an erster Stelle. Konjunktion ist zweifellos ein Indikator für Nicht-Homologie, ist aber nicht spezifisch bezüglich des paarweisen Vergleichs, in dem Nicht-Homologie vorhanden ist, und hängt von einem spezifischen Beziehungsplan ab, um eine Hypothese der Homologie zu widerlegen. Der Kongruenztest wurde zuvor als Anwendung der Kompatibilitätsanalyse gesehen. Allerdings ist die Kongruenz eher als Ausdruck einer strengen Parsimonie-Analyse zu betrachten. Es wird eine allgemeine theoretische Lösung vorgeschlagen, um die Evolution von Merkmalen mit mehrdeutigen Verteilungen zu bestimmen, basierend auf der Idee der Maximierung von Homologie-Propositionen. Gemäß dieser Idee sollten mehrdeutige Merkmalszustandsverteilungen durch eine Optimierung gelöst werden, die Reversionen relativ zu Parallelismen maximiert. Die Konzepte der Homologie in der Morphologie und der Molekularbiologie sind im Wesentlichen dieselben. Die gegenwärtige Tendenz, für die beiden Datenquellen unterschiedliche Terminologien zu verwenden, sollte vermieden werden, um die fundamentale Einheitlichkeit des Homologie-Konzepts in der vergleichenden Biologie nicht zu verschleiern. „Eine ähnliche Hierarchie findet sich sowohl in ‚Strukturen' als auch in ‚Funktionen'. Letztendlich können Struktur (d.h. Anordnung der Teile) und Funktion (Anordnung der Prozesse) dasselbe Ding sein […].“ L. von Bertalanffy „[…] es ist die Tatsache, dass bestimmte Kriterien es uns ermöglichen, Teile von Dingen konsistent zuzuordnen, was darauf hindeutet, dass Mechanismen bestimmter Art an ihrer Entstehung beteiligt gewesen sein müssen.“ N. Jardine und C. Jardine",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.1991.tb00045.x",
    doi = "10.1111/j.1096-0031.1991.tb00045.x",
    openalex = "W2142398288",
    references = "doi101007bf02603120, doi101093sysbio19183, doi101093sysbio242233, doi101126science7280687, doi101146annureven10010165000525, doi1023072411550, doi1023072412028, doi1023072412448, doi1023072413454, doi1023072806339, doi1023072992444, doi107312crac92306005, openalexw1988829823, openalexw3184837389"
}

Wir haben zuvor einen cladistischen Ansatz entwickelt, um Teilmengen von Haplotypen zu identifizieren, die durch Restriktionsendonuklease-Mapping oder DNA-Sequenzierung definiert sind und mit signifikanten phänotypischen Abweichungen assoziiert sind. Unser Ansatz war auf DNA-Segmente beschränkt, in denen nur wenig Rekombination auftritt. In solchen Fällen kann aus den Restriktionsstellen- oder Sequenzdaten ein Cladogramm erstellt werden, das die evolutionären Schritte darstellt, die die beobachteten Haplotypen miteinander verbinden. Das Cladogramm wird verwendet, um ein verschachteltes statistisches Design zu definieren, um mutatorische Schritte zu identifizieren, die mit signifikanten phänotypischen Abweichungen verbunden sind. Die zentrale Annahme hinter dieser Strategie ist, dass jede nicht erkannte Mutation, die einen phänotypischen Effekt verursacht, in derselben evolutionären Geschichte eingebettet ist, die durch das Cladogramm dargestellt wird. Die Leistungsfähigkeit dieses Ansatzes hängt von dem Vertrauen ab, das man in das bestimmte Cladogramm hat, das zur Ableitung von Schlussfolgerungen verwendet wird. In diesem Artikel präsentieren wir eine Strategie zur Schätzung der Menge von Cladogrammen, die mit einer bestimmten Stichprobe entweder von Restriktionsstellen- oder Nukleotidsequenzdaten konsistent sind und die Möglichkeit der Rekombination einschließen. Wir bewerten zunächst die Grenzen der Parsimonie beim Erstellen von Cladogrammen. Sobald diese Grenzen bestimmt sind, erstellen wir die Menge von parsimonischen und nicht-parsimonischen Cladogrammen, die mit diesen Grenzen konsistent sind. Unser Schätzverfahren identifiziert auch Haplotypen, die Kandidaten für Produkte der Rekombination sind. Wenn die Rekombination ausgedehnt ist, unterteilt unser Algorithmus den DNA-Bereich in zwei oder mehr Abschnitte, wobei jeder Abschnitt nur wenig oder keine interne Rekombination aufweist. Wir wenden dieses Schätzverfahren auf drei Datensätze an, um unterschiedliche Grade von Cladogramm-Ambiguität und Rekombination zu veranschaulichen.

@article{doi101093genetics1322619,
    author = "Templeton, Alan R. und Crandall, Keith A. und Sing, Charles F.",
    title = "Eine cladistische Analyse phänotypischer Assoziationen mit Haplotypen, die aus Restriktionsendonuklease-Mapping- und DNA-Sequenzdaten abgeleitet wurden. III. Cladogramm-Schätzung.",
    year = "1992",
    journal = "Genetics",
    abstract = "Wir haben zuvor einen cladistischen Ansatz entwickelt, um Teilmengen von Haplotypen zu identifizieren, die durch Restriktionsendonuklease-Mapping oder DNA-Sequenzierung definiert sind und mit signifikanten phänotypischen Abweichungen assoziiert sind. Unser Ansatz war auf DNA-Segmente beschränkt, in denen nur wenig Rekombination auftritt. In solchen Fällen kann aus den Restriktionsstellen- oder Sequenzdaten ein Cladogramm erstellt werden, das die evolutionären Schritte darstellt, die die beobachteten Haplotypen miteinander verbinden. Das Cladogramm wird verwendet, um ein verschachteltes statistisches Design zu definieren, um mutatorische Schritte zu identifizieren, die mit signifikanten phänotypischen Abweichungen verbunden sind. Die zentrale Annahme hinter dieser Strategie ist, dass jede nicht erkannte Mutation, die einen phänotypischen Effekt verursacht, in derselben evolutionären Geschichte eingebettet ist, die durch das Cladogramm dargestellt wird. Die Leistungsfähigkeit dieses Ansatzes hängt von dem Vertrauen ab, das man in das bestimmte Cladogramm hat, das zur Ableitung von Schlussfolgerungen verwendet wird. In diesem Artikel präsentieren wir eine Strategie zur Schätzung der Menge von Cladogrammen, die mit einer bestimmten Stichprobe entweder von Restriktionsstellen- oder Nukleotidsequenzdaten konsistent sind und die Möglichkeit der Rekombination einschließen. Wir bewerten zunächst die Grenzen der Parsimonie beim Erstellen von Cladogrammen. Sobald diese Grenzen bestimmt sind, erstellen wir die Menge von parsimonischen und nicht-parsimonischen Cladogrammen, die mit diesen Grenzen konsistent sind. Unser Schätzverfahren identifiziert auch Haplotypen, die Kandidaten für Produkte der Rekombination sind. Wenn die Rekombination ausgedehnt ist, unterteilt unser Algorithmus den DNA-Bereich in zwei oder mehr Abschnitte, wobei jeder Abschnitt nur wenig oder keine interne Rekombination aufweist. Wir wenden dieses Schätzverfahren auf drei Datensätze an, um unterschiedliche Grade von Cladogramm-Ambiguität und Rekombination zu veranschaulichen.",
    url = "https://doi.org/10.1093/genetics/132.2.619",
    doi = "10.1093/genetics/132.2.619",
    openalex = "W1901627773",
    references = "doi101007bf01734101, doi101111j155856461983tb05533x, doi101146annurevge22120188002513"
}

Zusammenfassung - Daten, die für cladistische Analysen bewertet wurden, können quantitativ oder qualitativ, kontinuierlich oder diskret sein und zeigen überlappende oder nicht überlappende Werte zwischen Taxa. Quantitativ und qualitativ sind Ausdrucksformen von Daten, während kontinuierlich oder diskret sich auf Eigenschaften der Menge von Zahlen beziehen, die die Daten ausdrücken; beide Paare von Begriffen wurden mit überlappend und nicht überlappend verwechselt. Der Grad der Überlappung von Werten zwischen Taxa wird oft verwendet, um Merkmale in cladistischen Analysen zu filtern: Wenn ein Mindestmaß an Überlappung überschritten wird oder ein Mindestmaß an Disjunktion nicht erreicht wird, werden Merkmale als „nicht cladistisch" abgelehnt. Dies beruht jedoch auf einer Verwechslung zwischen Merkmalen von Taxa und Merkmalen einzelner Organismen (Attributen). Cladistische Merkmale sind Merkmale von Taxa und umfassen Häufigkeitsverteilungen von Attributwerten über Individuen eines Taxons. Cladistische Merkmale können logisch nicht überlappen, obwohl Taxa überlappende Attributwerte haben können. Daher ist die a priori Ablehnung von Merkmalen, die überlappende Attributwerte haben, unsinnig. Solche Daten können dennoch aus der Betrachtung für cladistische Analysen ausgeschlossen werden, wenn nachgewiesen werden kann, dass sie wenig wiederherstellbares phylogenetisches Signal enthalten. Wenige veröffentlichte Analysen haben dies empirisch getestet. Eine Analyse überlappender morphometrischer Daten aus drei Reihen von Banksia deutet darauf hin, dass sie in diesen Fällen die Phylogenie fast so genau abbilden wie konventionellere, qualitative morphologische Daten. Während weitere solcher Tests erforderlich sind, sollten morphometrische Daten nicht a priori aus cladistischen Analysen ausgeschlossen werden.

@article{doi101111j109600311993tb00226x,
    author = "Thiele, Kevin R.",
    title = "THE HOLY GRAIL OF THE PERFECT CHARACTER: THE CLADISTIC TREATMENT OF MORPHOMETRIC DATA",
    year = "1993",
    journal = "Cladistics",
    abstract = {Zusammenfassung - Daten, die für cladistische Analysen bewertet wurden, können quantitativ oder qualitativ, kontinuierlich oder diskret sein und zeigen überlappende oder nicht überlappende Werte zwischen Taxa. Quantitativ und qualitativ sind Ausdrucksformen von Daten, während kontinuierlich oder diskret sich auf Eigenschaften der Menge von Zahlen beziehen, die die Daten ausdrücken; beide Paare von Begriffen wurden mit überlappend und nicht überlappend verwechselt. Der Grad der Überlappung von Werten zwischen Taxa wird oft verwendet, um Merkmale in cladistischen Analysen zu filtern: Wenn ein Mindestmaß an Überlappung überschritten wird oder ein Mindestmaß an Disjunktion nicht erreicht wird, werden Merkmale als „nicht cladistisch" abgelehnt. Dies beruht jedoch auf einer Verwechslung zwischen Merkmalen von Taxa und Merkmalen einzelner Organismen (Attributen). Cladistische Merkmale sind Merkmale von Taxa und umfassen Häufigkeitsverteilungen von Attributwerten über Individuen eines Taxons. Cladistische Merkmale können logisch nicht überlappen, obwohl Taxa überlappende Attributwerte haben können. Daher ist die a priori Ablehnung von Merkmalen, die überlappende Attributwerte haben, unsinnig. Solche Daten können dennoch aus der Betrachtung für cladistische Analysen ausgeschlossen werden, wenn nachgewiesen werden kann, dass sie wenig wiederherstellbares phylogenetisches Signal enthalten. Wenige veröffentlichte Analysen haben dies empirisch getestet. Eine Analyse überlappender morphometrischer Daten aus drei Reihen von Banksia deutet darauf hin, dass sie in diesen Fällen die Phylogenie fast so genau abbilden wie konventionellere, qualitative morphologische Daten. Während weitere solcher Tests erforderlich sind, sollten morphometrische Daten nicht a priori aus cladistischen Analysen ausgeschlossen werden.},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.1993.tb00226.x",
    doi = "10.1111/j.1096-0031.1993.tb00226.x",
    openalex = "W2077186234",
    references = "doi1023072412452"
}

Mit der Technik der Kladistik konnten der Autor und seine Mitautoren die Phylogenie innerhalb der Asteraceae (Compositae)-Familie rekonstruieren.

@book{openalexw2094558211,
    author = "Bremer, Kåre und Anderberg, Arne A.",
    title = "Asteraceae: Kladistik und Klassifikation",
    year = "1994",
    abstract = "Mit der Technik der Kladistik konnten der Autor und seine Mitautoren die Phylogenie innerhalb der Asteraceae (Compositae)-Familie rekonstruieren.",
    url = "https://openalex.org/W2094558211",
    openalex = "W2094558211"
}

Eine Reihe von cladistischen Analysen bewertet den Status und die Zugehörigkeit des Taxons Polychaeta. Die verfügbare Literatur und eine Übersicht von Fauchald & Rouse (1997) über die 80 anerkannten Familien der Polychaeta werden verwendet, um Merkmale und Datenmatrizen zu entwickeln. Neben den Polychaeten-Familien werden auch nicht-polychaete Taxa, wie die Echiura, Euarthropoda, Onychophora, Pogonophora (als Frenulata und Vestimentifera), Clitellata, Aeolosomatidae und Potamodrilidae, in die Analysen einbezogen. Alle Bäume werden mit den Sipuncula als Ausgruppierung verwurzelt. Die Merkmale basieren auf Eigenschaften (sofern vorhanden) wie dem Prostomium, Peristomium, Antennen, Palpen, Nuchalorganen, Parapodien, Stomodaeum, segmentaler Organstruktur und -verteilung, Zirkulation und Chaetae. Eine Reihe von Analysen werden durchgeführt, die verschiedene Methoden zur Kodierung und Gewichtung der Merkmale sowie die Anzahl der einbezogenen Taxa umfassen. Für einige dieser Analysen werden Transformationsreihen bereitgestellt. Eine der Analysen wird ausgewählt, um eine neue Klassifikation zu liefern. Die Annelida erweisen sich als monophyletisch, wenn auch schwach unterstützt, und umfassen die Clitellata und Polychaeta. Die Polychaeta sind nur dann monophyletisch, wenn Taxa wie die Pogonophora, Aeolosomatidae und Potamodrilidae einbezogen werden, und sind ebenfalls schwach unterstützt. Die Pogonophora wird auf den Rang einer Familie innerhalb der Polychaeta herabgestuft und kehrt zum Namen Siboglinidae Caullery, 1914 zurück. Die neue Klassifikation verwendet keine Linnaeischen Kategorien, und die Polychaeta umfassen zwei Klade, die Scolecida und Palpata. Die Palpata hat die Klade Aciculata und Canalipalpata. Die Aciculata enthält die Phyllodocida und Eunicida. Die Canalipalpata hat drei Klade; die Sabellida (einschließlich der Siboglinidae) Spionida und Terebellida. Die Position einer Reihe von Familien erfordert weitere Untersuchungen.

@article{doi101111j146364091997tb00412x,
    author = "Rouse, Greg W. und Fauchald, Kristian",
    title = "Cladistics und polychaetes",
    year = "1997",
    journal = "Zoologica Scripta",
    abstract = "Eine Reihe von cladistischen Analysen bewertet den Status und die Zugehörigkeit des Taxons Polychaeta. Die verfügbare Literatur und eine Übersicht von Fauchald \& Rouse (1997) über die 80 anerkannten Familien der Polychaeta werden verwendet, um Merkmale und Datenmatrizen zu entwickeln. Neben den Polychaeten-Familien werden auch nicht-polychaete Taxa, wie die Echiura, Euarthropoda, Onychophora, Pogonophora (als Frenulata und Vestimentifera), Clitellata, Aeolosomatidae und Potamodrilidae, in die Analysen einbezogen. Alle Bäume werden mit den Sipuncula als Ausgruppierung verwurzelt. Die Merkmale basieren auf Eigenschaften (sofern vorhanden) wie dem Prostomium, Peristomium, Antennen, Palpen, Nuchalorganen, Parapodien, Stomodaeum, segmentaler Organstruktur und -verteilung, Zirkulation und Chaetae. Eine Reihe von Analysen werden durchgeführt, die verschiedene Methoden zur Kodierung und Gewichtung der Merkmale sowie die Anzahl der einbezogenen Taxa umfassen. Für einige dieser Analysen werden Transformationsreihen bereitgestellt. Eine der Analysen wird ausgewählt, um eine neue Klassifikation zu liefern. Die Annelida erweisen sich als monophyletisch, wenn auch schwach unterstützt, und umfassen die Clitellata und Polychaeta. Die Polychaeta sind nur dann monophyletisch, wenn Taxa wie die Pogonophora, Aeolosomatidae und Potamodrilidae einbezogen werden, und sind ebenfalls schwach unterstützt. Die Pogonophora wird auf den Rang einer Familie innerhalb der Polychaeta herabgestuft und kehrt zum Namen Siboglinidae Caullery, 1914 zurück. Die neue Klassifikation verwendet keine Linnaeischen Kategorien, und die Polychaeta umfassen zwei Klade, die Scolecida und Palpata. Die Palpata hat die Klade Aciculata und Canalipalpata. Die Aciculata enthält die Phyllodocida und Eunicida. Die Canalipalpata hat drei Klade; die Sabellida (einschließlich der Siboglinidae) Spionida und Terebellida. Die Position einer Reihe von Familien erfordert weitere Untersuchungen.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1463-6409.1997.tb00412.x",
    doi = "10.1111/j.1463-6409.1997.tb00412.x",
    openalex = "W2099988673",
    references = "doi101007978140206754912413, doi1010160305197885900559, doi101093oso97801985464120010001, doi101111j109600311994tb00179x, doi101111j109600311995tb00092x, doi101111j146364091997tb00411x, doi101111j1469185x1974tb01572x, doi101111j1469185x1988tb00631x, doi101111j155856461988tb02497x, doi1023072408870, doi1023072412182, doi1023072413134, doi105860choice295104, openalexw1575297980, openalexw1809736813, openalexw659399033"
}

"Systematik bildet die Grundlage der gesamten Biologie. Cladistik ist eine Methode der systematischen Klassifikation, die darauf abzielt, Genealogien auf der Basis gemeinsamer Abstammung zu rekonstruieren und damit die phylogenetischen Beziehungen zwischen Taxa aufzudecken. Ihre Anwendungen reichen von der linguistischen Analyse bis zur Erforschung von Naturschutz und biologischer Vielfalt, und sie hat sich als Methode der Wahl für vergleichende Studien in allen Bereichen der Biologie etabliert." "Für alle Studierenden, die sich für die systematischen Beziehungen zwischen Organismen interessieren, bietet dieses Buch eine integrierte, aktuelle Darstellung der Techniken und Methoden der modernen Cladistik sowie deren praktische Anwendung."--BUCHRÜCKEN.

@book{openalexw634659594,
    author = "Kitching, Ian J.",
    title = "Cladistics: The Theory and Practice of Parsimony Analysis",
    year = "1998",
    abstract = {"Systematics underpins all of biology. Cladistics is a method of systematic classification that aims to reconstruct genealogies based on common ancestry, thus revealing the phylogenetic relationships between taxa. Its applications vary from linguistic analysis to the study of conservation and biodiversity, and it has become a method of choice for comparative studies in all fields of biology." "For all students interested in the systematic relationships among organisms, this book provides an integrated, state-of-the-art account of the techniques and methods of modern cladistics, and how to put them into practice."--BOOK JACKET.},
    url = "https://openalex.org/W634659594",
    openalex = "W634659594"
}

Trotz eines hervorragenden Fossilberichts ist die Phylogenie der Perissodaktyla nicht gut verstanden, sowohl hinsichtlich der Beziehungen innerhalb der Perissodaktyla als auch der Position der Perissodaktyla unter den Ordnungen der Säugetiere. Dieser Artikel liefert eine phylogenetische Analyse einer wichtigen perissodaktylen Linie, der Tapiromorpha. Diese Analyse kombiniert eine umfassendere Stichprobe von Merkmalen und Taxa mit rigorosen Baum-Suchmethoden, um eine neue Hypothese der tapiromorphen Beziehungen zu erstellen. Die Phylogenie der tapiromorphen Perissodaktyla wird unter Verwendung von 45 Merkmalen des Schädels, des postkranialen Skeletts und der Zähne analysiert, die für 29 Taxa bewertet wurden, einschließlich drei nicht-tapiromorpher Ausgruppierungen. Phylogenetische taxonomische Definitionen werden für supragenerische Taxa erstellt. Nach den Ergebnissen dieser Analyse können die Chalicotherioidea nicht eindeutig den Tapiromorpha zugeordnet werden, noch können Homogalax oder Cardiolophus. Isectolophus, Tapiroidea und Rhinocerotoidea sind eindeutige Mitglieder der Tapiromorpha. Heptodon wird in eine monophyletische Tapiroidea aufgenommen. Amynodontide Rhinocerotoidea ergeben sich als Schwestergruppe der Rhinocerotiden, und Indricotheren fallen nicht in die Hyracodontidae. Die Ergebnisse dieser Studie liefern weitere Argumente dafür, dass Tapiromorphen (und vermutete Tapiromorphen) wichtig für das Verständnis der ursprünglichen Morphologie der Perissodaktyla sein können.

@article{doi101111j109600311999tb00270x,
    author = "Holbrook, Luke",
    title = "The Phylogeny and Classification of Tapiromorph Perissodactyls (Mammalia)",
    year = "1999",
    journal = "Cladistics",
    abstract = "Despite an excellent fossil record, the phylogeny of Perissodactyla is not well understood, in terms of both the relationships within Perissodactyla and the position of the Perissodactyla among the orders of mammals. This paper provides a phylogenetic analysis of one major perissodactyl lineage, the Tapiromorpha. This analysis combines a more comprehensive sampling of characters and taxa with rigorous tree‐searching methods to create a new hypothesis of tapiromorph relationships. The phylogeny of tapiromorph perissodactyls is analyzed using 45 characters of the skull, postcranial skeleton, and dentition scored for 29 taxa, including three nontapiromorph outgroups. Phylogenetic taxonomic definitions are constructed for suprageneric taxa. According to the results of this analysis, the Chalicotherioidea cannot be unequivocally assigned to the Tapiromorpha, nor can Homogalax or Cardiolophus. Isectolophus, Tapiroidea, and Rhinocerotoidea are unequivocal members of the Tapiromorpha. Heptodon is included in a monophyletic Tapiroidea. Amynodontid rhinocerotoids come out as the sister group to rhinocerotids, and indricotheres do not fall within the Hyracodontidae. The results of this study provide further arguments that tapiromorphs (and putative tapiromorphs) may be important for understanding the ancestral morphology of Perissodactyla.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.1999.tb00270.x",
    doi = "10.1111/j.1096-0031.1999.tb00270.x",
    openalex = "W4242212312",
    references = "doi10100797814684216682, doi101111j109600311993tb00234x, doi101111j109636421994tb00311x, doi101144gsljgs1848004010221, doi1023071375443, doi1023072992353, doi105281zenodo18028457, doi105281zenodo18028696, doi105860choice355657, doi105860choice392183, macfadden1976cladistic, openalexw638862129"
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@article{doi101006jasc20010681,
    author = "O’Brien, Michael J. und Darwent, John und Lyman, R. Lee",
    title = "Cladistics Is Useful for Reconstructing Archaeological Phylogenies: Palaeoindian Points from the Southeastern United States",
    year = "2001",
    journal = "Journal of Archaeological Science",
    url = "https://doi.org/10.1006/jasc.2001.0681",
    doi = "10.1006/jasc.2001.0681",
    openalex = "W1973175607",
    references = "doi101017s0094837300005224, doi101086200289, doi101093auk1002507, doi101146annureven10010165000525, doi101722611310, doi1023071367778, doi1023071377078, doi104324978020376680411, doi105962bhltitle59991, doi105962bhltitle68064, openalexw1550375751, openalexw1988829823, openalexw3135630760, openalexw634659594"
}

Es wurde eine neue und stark vereinfachte Methodik zur Bewertung der Ernährungsanpassungen bei lebenden und fossilen Taxa entwickelt, die es ermöglicht, Mikrowear-Schramm-Topografien bei geringer Vergrößerung (35×) mit einem Standard-Stereomikroskop genau zu analysieren. Neben den traditionellen Kratz- und Grübchenzahlen führen wir vier qualitative Variablen ein: Schrammtextur, Kreuzschrammen, große Grübchen und Kerben, die feinere Unterteilungen innerhalb der grundlegenden Ernährungs Kategorien ermöglichen. Eine große bestehende vergleichbare Datenbank für Ungulaten-Mikrowear (809 Individuen; 50 Arten) wird vorgestellt und interpretiert, um die Ernährung bestehender Ungulat zu erläutern. Wir unterscheiden drei Haupttrophiephasen bei bestehenden Ungulaten: traditionelle Blätterfresser und Weidenfresser, zwei Phasen, die nur von wenigen Arten vertreten sind, und eine Blätterfresser-Weidenfresser-Übergangsphase, in die die meisten Arten fallen, einschließlich aller Mischfresser. Es gibt zwei Arten von Mischfressern: saisonale oder regionale Mischfresser und Mahlzeit-für-Mahlzeit-Mischfresser. Einige Arten haben Ergebnisse, die sie von traditionellen Mitgliedern ihrer Trophiegruppe trennen; d.h. Blätterfresser, Weidenfresser und Mischfresser. Duiker sind einzigartig, da sie fast den gesamten Ernährungsspektrum abdecken. Okapia, Tapirus, Tragulus und Moschus-Arten haben einen Verschleiß, der dem von Duikern ähnelt. Probazoiden fallen in die Blätterfresser-Weidenfresser-Übergangsphase, ebenso wie die beiden untersuchten Suiden. Letztere unterscheiden sich voneinander durch ihr Ausmaß des Wurzeln. Archaische fossile Equiden, die den supposed Blätterfresser-Weidenfresser-Übergang überspannen, wurden mit bestehenden Ungulaten verglichen. Zwei Hauptcluster werden erkannt: (1) Hyracotherium hat einen Mikrowear, der dem des Duikers Cephalopus silvicultor am ähnlichsten ist und ein Obst/Samen fressender Blätterfresser war. (2) Mesohippus spp., M. bairdii, Mesohippus hypostylus, Meso-Miohippus (eine Übergangsform größer als M. bairdii), Parahippus spp. und Merychippus insignis unterscheiden sich von Hyracotherium und sind dem bestehenden Cervus canadensis am ähnlichsten. Gruppe (2) wird durch feine Schrammen gekennzeichnet, die das Ergebnis von C3-Weiden sind, eine initiale Phase der Weide bei Equiden, die höchstwahrscheinlich nicht in offenen Lebensräumen auftrat. Eine feinere Differenzierung der Ernährung von Gruppe (2) zeigt eine Ernährungsumstellung in der erwarteten Richtung (zur Aufnahme von mehr Gras in der Ernährung) und folgt dem erwarteten evolutionären Übergang vom Eozän zum Oligozän und frühen Miozän. Folglich werden diese Equid-Taxa hier als Mischfresser rekonstruiert, die auf Wald-C3-Gräsern weiden. Die feinere Ernährungsdifferenzierung zeigt einen progressiven Rückgang der Anzahl der Schrammen und Grübchen. Mesohippus hat die meisten Grübchen und Schrammen, gefolgt von Parahippus und dann Merychippus (der die wenigsten hat). Das Taxon, das in diesem Array das meiste Gras in sein Ernährungsregime aufnimmt, ist Merychippus. Bei Mesohippus-Parahippus versus Merychippus sind Unterschiede in der Zahnmorphologie erheblich, aber Mikrowear-Unterschiede sind gering.

@article{doi1012060003008220023660001aitrou20co2,
    author = "Solounias, Nikos und Semprebon, Gina M.",
    title = "Fortschritte bei der Rekonstruktion der Ekomorphologie von Huftieren mit Anwendung auf frühe fossile Pferde",
    year = "2002",
    journal = "American Museum Novitates",
    abstract = "Eine neue und stark vereinfachte Methodik zur Bewertung der Ernährungsgewohnheiten bei lebenden und fossilen Taxa wurde entwickelt, die es ermöglicht, Mikrowear-Schramm-Topografien bei geringer Vergrößerung (35×) mit einem Standard-Stereomikroskop genau zu analysieren. Zusätzlich zu den traditionellen Zählungen von Schrammen und Grübchen führen wir vier qualitative Variablen ein: Schrammtextur, kreuzförmige Schrammen, große Grübchen und Kerben, die feinere Unterteilungen innerhalb der grundlegenden Ernährungsgruppen ermöglichen. Eine umfangreiche vergleichende Datenbank für Mikrowear bei lebenden Huftieren (809 Individuen; 50 Arten) wird vorgestellt und interpretiert, um die Ernährung lebender Huftiere aufzuklären. Wir unterscheiden drei Haupttrophiephasen bei lebenden Huftieren: traditionelle Blätterfresser und Gräserfresser, zwei Phasen, die nur von wenigen Arten vertreten sind, und eine Übergangsphase zwischen Blätter- und Gräserfressern, in die die meisten Arten fallen, einschließlich aller Mischfresser. Es gibt zwei Arten von Mischfressern: saisonale oder regionale Mischfresser und Mahlzeit-für-Mahlzeit-Mischfresser. Bei einigen Arten zeigen die Ergebnisse, dass sie sich von traditionellen Mitgliedern ihrer Trophiegruppe unterscheiden; d. h. Blätterfresser, Gräserfresser und Mischfresser. Duiker sind einzigartig, da sie fast den gesamten Ernährungsspektrum abdecken. Okapia, Tapirus, Tragulus und Moschus-Arten weisen einen Abrieb auf, der dem von Duikern ähnelt. Probazoiden fallen in die Übergangsphase zwischen Blätter- und Gräserfressern, ebenso wie die beiden untersuchten Schweineartigen. Letztere unterscheiden sich voneinander durch das Ausmaß ihres Wühlverhaltens. Archaische fossile Pferde, die den vermeintlichen Übergang zwischen Blätter- und Gräserfressern abdecken, wurden mit lebenden Huftieren verglichen. Zwei Hauptcluster lassen sich unterscheiden: (1) Hyracotherium weist einen Mikrowear auf, der dem des Duikers Cephalopus silvicultor am ähnlichsten ist, und war ein Obst-/Samenfressender Blätterfresser. (2) Mesohippus spp., M. bairdii, Mesohippus hypostylus, Meso-Miohippus (eine Übergangsform, die größer als M. bairdii ist), Parahippus spp. und Merychippus insignis unterscheiden sich von Hyracotherium und ähneln am meisten dem lebenden Cervus canadensis. Gruppe (2) zeichnet sich durch feine Schrammen aus, die das Ergebnis von C3-Grasfressen sind, einer initialen Phase des Grasfressens bei Pferden, die höchstwahrscheinlich nicht in offenen Lebensräumen stattfand. Eine feinere Differenzierung der Ernährung von Gruppe (2) zeigt eine Ernährungsumstellung in der erwarteten Richtung (hin zur Aufnahme mehr Gras in die Ernährung) und folgt dem erwarteten evolutionären Übergang vom Eozän zum Oligozän und frühen Miozän. Folglich werden diese Pferdetaxa hier als Mischfresser rekonstruiert, die auf Wald-C3-Gräsern grasen. Die feinere Ernährungsdifferenzierung zeigt einen progressiven Rückgang der Anzahl von Schrammen und Grübchen. Mesohippus weist die meisten Grübchen und Schrammen auf, gefolgt von Parahippus und dann Merychippus (der die wenigsten aufweist). Das Taxon, das in diesem Array am meisten Gras in sein Ernährungsregime aufnimmt, ist Merychippus. Bei Mesohippus-Parahippus versus Merychippus sind Unterschiede in der Zahnmorphologie erheblich, während Mikrowear-Unterschiede gering sind.",
    url = "https://doi.org/10.1206/0003-0082(2002)366<0001:aitrou>2.0.co;2",
    doi = "10.1206/0003-0082(2002)366<0001:aitrou>2.0.co;2",
    openalex = "W2169973548",
    references = "doi101007bf00378733, doi101086394242, doi101111j1469185x1982tb00370x, doi101111j1469185x1988tb00630x"
}

Zusammenfassung Die unabhängige Entwicklung von hochkronigen Backenzähnen (Hypsodontie) in mehreren Huftier-Stämmen (z. B. Kamelen, Equiden, Nashörnern) im frühen bis mittleren Miozän Nordamerikas wurde klassisch als Hinweis darauf verwendet, dass die Savannenvegetation zu dieser Zeit ausgedehnt wurde. In dieser Interpretation liegt die ungetestete Annahme, dass Hypsodontie eine evolutionäre Reaktion auf das Füttern in offenen Lebensräumen war, sei es aufgrund einer Änderung der Nahrungsquelle (von Blättern zu Gras) oder aufgrund einer erhöhten Aufnahme von luftgetragenen Sandkörnern in der Nahrung. Ich untersuchte die adaptive Erklärung für Hypsodontie bei Equiden unter Verwendung von Kriterien, die sich auf den Prozess und das Muster von Anpassungen beziehen, wie sie in der Literatur zu Vergleichsmethoden festgelegt wurden. Insbesondere testete ich, ob Hypsodontie zeitgleich mit oder kurz nach der Ausbreitung offener, grasdominierter Lebensräume in den Great Plains Nordamerikas auftrat. Die Phytolith-Analyse (Pflanzenopal) von 99 Phytolithen-Assemblagen, die aus Sedimentproben aus Montana/Idaho, Nebraska/Wyoming und Colorado extrahiert wurden, wurde verwendet, um den ersten kontinuierlichen Aufschluss über Vegetationsveränderungen vom mittleren Eozän bis zum späten Miozän in den nördlichen bis zentralen Great Plains zu erstellen. Dieser Aufschluss wurde mit dem Fossilbericht von Equiden aus demselben Gebiet in einem phylogenetischen Rahmen verglichen. Die Studie zeigte, dass Lebensräume, die von C3-Gräsern dominiert wurden, in den zentralen Great Plains bereits im frühen späten Arikaree (≥21,9 Ma) etabliert waren, mindestens 4 Myr vor dem Auftreten hypsodonter Equiden (Equinae). Dennoch konnte die adaptive Hypothese für Hypsodontie bei Equiden nicht verworfen werden, da die frühesten Savannen-Wälder ungefähr zeitgleich mit Mitgliedern der Gruppe auftraten, die die nächsten Ausgruppen zu Equinae („Parahippus") bildeten und mesodonten Zahnstellung aufwiesen. Erklärungen für die langsame Entwicklung von vollständiger Hypsodontie können schwache und sich ändernde Selektionsdrücke und/oder phylogenetische Trägheit umfassen. Diese Ergebnisse legen nahe, dass bei der alleinigen Verwendung der funktionellen Morphologie zur Rekonstruktion von Lebensraumveränderungen Vorsicht geboten ist.

@article{doi10166600948373200632236eohiet20co2,
    author = "Strömberg, Caroline A. E.",
    title = "Evolution von Hypsodontie bei Equiden: Test einer Anpassungshypothese",
    year = "2006",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Zusammenfassung Die unabhängige Entwicklung von hochkronigen Backenzähnen (Hypsodontie) in mehreren Huftier-Stämmen (z. B. Kamelen, Equiden, Nashörnern) im frühen bis mittleren Miozän Nordamerikas wurde klassisch als Hinweis darauf verwendet, dass die Savannenvegetation zu dieser Zeit ausgedehnt wurde. In dieser Interpretation liegt die ungetestete Annahme, dass Hypsodontie eine evolutionäre Reaktion auf das Füttern in offenen Lebensräumen war, sei es aufgrund einer Änderung der Nahrungsquelle (von Blättern zu Gras) oder aufgrund einer erhöhten Aufnahme von luftgetragenen Sandkörnern in der Nahrung. Ich untersuchte die adaptive Erklärung für Hypsodontie bei Equiden unter Verwendung von Kriterien, die sich auf den Prozess und das Muster von Anpassungen beziehen, wie sie in der Literatur zu Vergleichsmethoden festgelegt wurden. Insbesondere testete ich, ob Hypsodontie zeitgleich mit oder kurz nach der Ausbreitung offener, grasdominierter Lebensräume in den Great Plains Nordamerikas auftrat. Die Phytolith-Analyse (Pflanzenopal) von 99 Phytolithen-Assemblagen, die aus Sedimentproben aus Montana/Idaho, Nebraska/Wyoming und Colorado extrahiert wurden, wurde verwendet, um den ersten kontinuierlichen Aufschluss über Vegetationsveränderungen vom mittleren Eozän bis zum späten Miozän in den nördlichen bis zentralen Great Plains zu erstellen. Dieser Aufschluss wurde mit dem Fossilbericht von Equiden aus demselben Gebiet in einem phylogenetischen Rahmen verglichen. Die Studie zeigte, dass Lebensräume, die von C3-Gräsern dominiert wurden, in den zentralen Great Plains bereits im frühen späten Arikaree (≥21,9 Ma) etabliert waren, mindestens 4 Myr vor dem Auftreten hypsodonter Equiden (Equinae). Dennoch konnte die adaptive Hypothese für Hypsodontie bei Equiden nicht verworfen werden, da die frühesten Savannen-Wälder ungefähr zeitgleich mit Mitgliedern der Gruppe auftraten, die die nächsten Ausgruppen zu Equinae („Parahippus") bildeten und mesodonten Zahnstellung aufwiesen. Erklärungen für die langsame Entwicklung von vollständiger Hypsodontie können schwache und sich ändernde Selektionsdrücke und/oder phylogenetische Trägheit umfassen. Diese Ergebnisse legen nahe, dass bei der alleinigen Verwendung der funktionellen Morphologie zur Rekonstruktion von Lebensraumveränderungen Vorsicht geboten ist.",
    url = "https://doi.org/10.1666/0094-8373(2006)32[236:eohiet]2.0.co;2",
    doi = "10.1666/0094-8373(2006)32[236:eohiet]2.0.co;2",
    openalex = "W2176339957",
    references = "crossref1990the, doi10100703064746897, doi101017s0094837300004310, doi101017s009483730001157x, doi101086394242, doi101093icb232347, doi101111j155856461997tb01457x, doi101146annurevecolsys311367, doi1015159781400820108, doi1023072576242, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice295104, doi105860choice396411, macfadden1976cladistic"
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@article{andersen2009some,
    author = "Andersen, N. Møller",
    title = "Some principles and methods of cladistic analysis with notes on the uses of cladistics in classification and biogeography",
    year = "2009",
    journal = "Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1439-0469.1978.tb00679.x",
    doi = "10.1111/j.1439-0469.1978.tb00679.x",
    number = "4",
    openalex = "W2152249538",
    pages = "242-255",
    volume = "16",
    references = "doi101093sysbio20163, doi101111j155856461965tb01722x, doi101146annureven10010165000525, doi1023071793007, doi1023072411550, doi1023072412182, doi1023072412452, doi1023073151168, doi107312simp93764"
}

Zusammenfassung Beide Arten von Evolutionsereignissen, Aufspaltung und Anagenese, können nicht innerhalb einer einzigen Klassifikation kombiniert werden. Nur eine kladistische Klassifikation ist objektiv und überprüfbar. Eine evolutionäre Klassifikation bleibt subjektiv und mehrdeutig, enthält aber trotz dessen viel wertvolle Informationen. Daher sollten beide Klassifikationstypen überlagert werden. Zusammenfassung Kladistische oder evolutionäre Klassifikation - eine endlose Debatte? In der immer mehr mit philosophischen Argumenten geführten Debatte über kladistische oder evo-lutionäre Klassifikation in "Systematic Zoology" wird immer wieder gefordert, daß eine Klassifikation beide Evolutionsereignisse, Aufspaltung und Anagenese, widerspiegeln sollte. Es wird gezeigt, daß das unmóglich ist und daß nur eine kladistische Klassifikation objektiv und falsifizierbar ist, daß aber eine notwendigerweise mehr oder wenier subjektive evolutionäre Klassifikation auch so viel Information enthält, daß man beide Klassifikationen nebeneinanderstellen sollte.

@article{doi101111j143904691979tb00714x,
    author = "Weygoldt, Peter",
    title = "Cladistic versus phenetic classification - an endless debate?",
    year = "2009",
    journal = "Journal of Zoological Systematics \& Evolutionary Research",
    abstract = "Summary Both types of evolution events, splitting and anagenesis, cannot be combined within one classification. Only a cladisti classification is objective and testable. An evolutionary classification remains subjective and ambiguous but in spite of this contains much valuable information. Therefore, both types of classification should be superimposed. Zusammenfassung Kladistische oder evolutionäre Klassifikation - eine endlose Debatte? In der immer mehr mit philosophischen Argumenten geführten Debatte über kladistische oder evo-lutionäre Klassifikation in "Systematic Zoology" wird immer wieder gefordert, daß eine Klassifikation beide Evolutionsereignisse, Aufspaltung und Anagenese, widerspiegeln sollte. Es wird gezeigt, daß das unmóglich ist und daß nur eine kladistische Klassifikation objektiv und falsifizierbar ist, daß aber eine notwendigerweise mehr oder wenier subjektive evolutionäre Klassifikation auch so viel Information enthält, daß man beide Klassifikationen nebeneinanderstellen sollte.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1439-0469.1979.tb00714.x",
    doi = "10.1111/j.1439-0469.1979.tb00714.x",
    openalex = "W1971833370",
    references = "andersen2009some, doi101146annureven10010165000525, doi1023072412606, doi1023072412883, doi1023072412889, doi1023072412890, doi1023072412891"
}

ration in tooth enamel of perissodactyl mammals. Acta Palaeontologica Polonica 56 (1): 11–32. Four different Hunter−Schreger Band (HSB) configurations were observed in the teeth of fossil and extant Perissodactyla. This variability exceeds that observed in Artiodactyla or Proboscidea. The four HSB configurations represent two different evolutionary pathways. Transverse HSB found in many mammalian taxa outside the Perissodactyla represents the most primitive HSB configuration. It occurs in several primitive perissodactyl families and is retained in Palaeotheriidae and ex− tant Equidae. Curved HSB evolved from transverse HSB and occurs in Tapiridae, Helaletidae, and Lophiodontidae, as well as in Ancylopoda and Titanotheriomorpha. This likely indicates independent evolution of curved HSB in two or more lin− eages, but the number of instances of parallelism of this configuration is obscured by uncertainty in the relationships among these taxa and by a lack of data for some important basal taxa. A second evolutionary pathway leads from transverse HSB via compound HSB to vertical HSB. Compound HSB were detected in Hyrachyidae, Deperetellidae, and the early rhinocerotid Uintaceras. Vertical HSB configuration characterizes the molar dentition of other Rhinocerotidae, Hyra− codontidae, Indricotheriidae, and Amynodontidae. Often, the incisors of rhinocerotids retain traces of compound HSB. Thus the HSB configuration reflects phylogenetic relationships to some degree. The selective value of the modified HSB configu− rations is interpreted functionally as a mechanism to reduce abrasion during mastication, assuming that the perpendicular in− tersection of prisms with the actual grinding surfaces resists wear better than prisms running parallel to the occlusal surface.

@article{doi104202app20100021,
    author = "von Koenigswald, Wighart and Holbrook, Luke and Rose, Kenneth D.",
    title = "Diversity and Evolution of Hunter-Schreger Band Configuration in Tooth Enamel of Perissodactyl Mammals",
    year = "2010",
    journal = "Acta Palaeontologica Polonica",
    abstract = "ration in tooth enamel of perissodactyl mammals. Acta Palaeontologica Polonica 56 (1): 11–32. Four different Hunter−Schreger Band (HSB) configurations were observed in the teeth of fossil and extant Perissodactyla. This variability exceeds that observed in Artiodactyla or Proboscidea. The four HSB configurations represent two different evolutionary pathways. Transverse HSB found in many mammalian taxa outside the Perissodactyla represents the most primitive HSB configuration. It occurs in several primitive perissodactyl families and is retained in Palaeotheriidae and ex− tant Equidae. Curved HSB evolved from transverse HSB and occurs in Tapiridae, Helaletidae, and Lophiodontidae, as well as in Ancylopoda and Titanotheriomorpha. This likely indicates independent evolution of curved HSB in two or more lin− eages, but the number of instances of parallelism of this configuration is obscured by uncertainty in the relationships among these taxa and by a lack of data for some important basal taxa. A second evolutionary pathway leads from transverse HSB via compound HSB to vertical HSB. Compound HSB were detected in Hyrachyidae, Deperetellidae, and the early rhinocerotid Uintaceras. Vertical HSB configuration characterizes the molar dentition of other Rhinocerotidae, Hyra− codontidae, Indricotheriidae, and Amynodontidae. Often, the incisors of rhinocerotids retain traces of compound HSB. Thus the HSB configuration reflects phylogenetic relationships to some degree. The selective value of the modified HSB configu− rations is interpreted functionally as a mechanism to reduce abrasion during mastication, assuming that the perpendicular in− tersection of prisms with the actual grinding surfaces resists wear better than prisms running parallel to the occlusal surface.",
    url = "https://doi.org/10.4202/app.2010.0021",
    doi = "10.4202/app.2010.0021",
    openalex = "W2071964024",
    references = "doi101111j109600311999tb00270x"
}

Zusammenfassung 1. Hier stelle ich ein neues, multifunktionales Paket für die Phylogenetik, phytools, für die R-Umgebung der statistischen Datenverarbeitung vor. 2. Der Fokus des Pakets liegt auf Methoden für die phylogenetische vergleichende Biologie; es enthält jedoch auch Werkzeuge für die Schätzung von Bäumen, die Eingabe/Ausgabe von Phylogenien, das Erstellen von Diagrammen, die Manipulation und mehrere andere Aufgaben. 3. Ich beschreibe und tabelliere die wichtigsten in phytools implementierten Methoden und liefere zusätzlich einige Demonstrationen seiner Anwendung in Form von zwei anschaulichen Beispielen. 4. Abschließend beschreibe ich kurz einen aktiven Web-Log, den ich verwende, um gegenwärtige und zukünftige Entwicklungen für phytools zu dokumentieren. Ich verweise zudem auf andere Web-Ressourcen für die Phylogenetik in der R-Rechenumgebung.

@article{doi101111j2041210x201100169x,
    author = "Revell, Liam J.",
    title = "phytools: ein R-Paket für die phylogenetische vergleichende Biologie (und andere Dinge)",
    year = "2011",
    journal = "Methods in Ecology and Evolution",
    abstract = "Zusammenfassung 1. Hier stelle ich ein neues, multifunktionales Paket für die Phylogenetik, phytools, für die R-Umgebung der statistischen Datenverarbeitung vor. 2. Der Fokus des Pakets liegt auf Methoden für die phylogenetische vergleichende Biologie; es enthält jedoch auch Werkzeuge für die Schätzung von Bäumen, die Eingabe/Ausgabe von Phylogenien, das Erstellen von Diagrammen, die Manipulation und mehrere andere Aufgaben. 3. Ich beschreibe und tabelliere die wichtigsten in phytools implementierten Methoden und liefere zusätzlich einige Demonstrationen seiner Anwendung in Form von zwei anschaulichen Beispielen. 4. Abschließend beschreibe ich kurz einen aktiven Web-Log, den ich verwende, um gegenwärtige und zukünftige Entwicklungen für phytools zu dokumentieren. Ich verweise zudem auf andere Web-Ressourcen für die Phylogenetik in der R-Rechenumgebung.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.2041-210x.2011.00169.x",
    doi = "10.1111/j.2041-210x.2011.00169.x",
    openalex = "W1605984840",
    references = "doi1010179781316276259010, doi10103844766, doi10108010635150802302427, doi101086284325, doi101086343873, doi101086383584, doi101086660020, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093bioinformaticsbtq706, doi101093oso97801985464120010001, doi101111j001438202003tb00285x, doi101111j15585646201001026x, doi10118614712105788, doi105860choice295104, openalexw1549853756, openalexw229097380"
}

Das Genus Equus ist im Fossilbericht reich vertreten, doch unser Verständnis der taxonomischen Beziehungen innerhalb dieses Genus bleibt begrenzt. Um die phylogenetischen Beziehungen zwischen modernen Pferden, Zebras, Eseln und Maultieren zu schätzen, erstellten wir den ersten Datensatz, der vollständige mitochondriale Sequenzen aus allen sieben existierenden Linien innerhalb des Genus Equus umfasst. Die bayesianische und Maximum-Likelihood-phylogenetische Inferenz bestätigt, dass Zebras innerhalb des Genus monophyletisch sind, und die Plains- und Grevy-Zebras bilden eine gut unterstützte monophyletische Gruppe. Unter Verwendung von antiker DNA-Techniken charakterisieren wir weiter die vollständigen mitochondrialen Genome von drei ausgestorbenen Equiden-Linien (die neuweltlichen Stelzenbein-Pferden, NWSLH; die UnterGattung Sussemionus; und das Quagga, Equus quagga quagga). Vergleiche mit existierenden Taxa bestätigen die NWSLH als Teil der caballines und das Quagga sowie die Plains-Zebras als konspezifisch. Die evolutionären Beziehungen zwischen den nicht-caballinen Linien, einschließlich der nun ausgestorbenen UnterGattung Sussemionus, bleiben jedoch ungelöst, höchstwahrscheinlich aufgrund einer extrem schnellen Strahlung innerhalb dieser Gruppe. Die nächsten lebenden Ausgroups (Nashörner und Tapire) erwiesen sich als zu phylogenetisch entfernt, um zuverlässige molekulare Uhren zu kalibrieren. Zusätzliche mitochondriale Genomsequenzdaten, einschließlich radiokohlenstoffdatierter antiker Equiden, werden erforderlich sein, bevor das genaue Timing der Linienstrahlung, die zu modernen Equiden führte, erneut untersucht wird, die für den Moment möglicherweise einen gemeinsamen Vorfahren bis zu 4 Millionen Jahren vor heute (Mya) geteilt haben könnten.

@article{doi101371journalpone0055950,
    author = "Vilstrup, Julia T. und Seguin‐Orlando, Andaine und Stiller, Mathias und Ginolhac, Aurélien und Raghavan, Maanasa und Nielsen, Sandra C. A. und Weinstock, Jacobo und Froese, Duane und Vasiliev, Sergei K. und Ovodov, Nikolai D. und Clary, Joël und Helgen, Kristofer M. und Fleischer, Robert C. und Cooper, Alan und Shapiro, Beth und Orlando, Ludovic",
    title = "Mitochondriale Phylogenomik moderner und fossiler Equiden",
    year = "2013",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "Das Genus Equus ist im Fossilbericht reich vertreten, doch unser Verständnis der taxonomischen Beziehungen innerhalb dieses Genus bleibt begrenzt. Um die phylogenetischen Beziehungen zwischen modernen Pferden, Zebras, Eseln und Maultieren zu schätzen, erstellten wir den ersten Datensatz, der vollständige mitochondriale Sequenzen aus allen sieben existierenden Linien innerhalb des Genus Equus umfasst. Die bayesianische und Maximum-Likelihood-phylogenetische Inferenz bestätigt, dass Zebras innerhalb des Genus monophyletisch sind, und die Plains- und Grevy-Zebras bilden eine gut unterstützte monophyletische Gruppe. Unter Verwendung von antiker DNA-Techniken charakterisieren wir weiter die vollständigen mitochondrialen Genome von drei ausgestorbenen Equiden-Linien (die neuweltlichen Stelzenbein-Pferden, NWSLH; die UnterGattung Sussemionus; und das Quagga, Equus quagga quagga). Vergleiche mit existierenden Taxa bestätigen die NWSLH als Teil der caballines und das Quagga sowie die Plains-Zebras als konspezifisch. Die evolutionären Beziehungen zwischen den nicht-caballinen Linien, einschließlich der nun ausgestorbenen UnterGattung Sussemionus, bleiben jedoch ungelöst, höchstwahrscheinlich aufgrund einer extrem schnellen Strahlung innerhalb dieser Gruppe. Die nächsten lebenden Ausgroups (Nashörner und Tapire) erwiesen sich als zu phylogenetisch entfernt, um zuverlässige molekulare Uhren zu kalibrieren. Zusätzliche mitochondriale Genomsequenzdaten, einschließlich radiokohlenstoffdatierter antiker Equiden, werden erforderlich sein, bevor das genaue Timing der Linienstrahlung, die zu modernen Equiden führte, erneut untersucht wird, die für den Moment möglicherweise einen gemeinsamen Vorfahren bis zu 4 Millionen Jahren vor heute (Mya) geteilt haben könnten.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0055950",
    doi = "10.1371/journal.pone.0055950",
    openalex = "W2003372336",
    references = "doi101093sysbio293272"
}

@incollection{crossref2014cladistics,
    title = "Cladistics",
    year = "2014",
    booktitle = "CIRP Enzyklopädie der Produktionstechnik",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-642-20617-7\_100063",
    doi = "10.1007/978-3-642-20617-7\_100063",
    openalex = "W4235739240",
    pages = "194-194"
}

Studien zu evolutionären Korrelationen verwenden häufig phylogenetische Regression (d. h. unabhängige Kontraste und phylogenetische generalisierte kleinste Quadrate), um die Kovariation von Merkmalen in einem phylogenetischen Kontext zu bewerten. Allerdings ist dieser Ansatz zwar geeignet, um Trends bei einem oder wenigen Merkmalen zu bewerten, kann jedoch Muster in hochmultivariaten Daten nicht erfassen, da die große Anzahl von Variablen im Verhältnis zur Stichprobengröße die Berechnung parametrischer Teststatistiken verhindert. Dies stellt für vergleichende Biologen eine ernste Einschränkung dar, die entweder vereinfachen müssen, wie sie phänotypische Merkmale quantifizieren, oder die biologischen Hypothesen ändern, die sie untersuchen möchten. In diesem Artikel schlage ich ein neues statistisches Verfahren vor, um ANOVA- und Regressionsmodelle in einem phylogenetischen Kontext durchzuführen, das hochdimensionale Datensätze berücksichtigen kann. Der Ansatz leitet sich aus der statistischen Äquivalenz zwischen parametrischen Methoden unter Verwendung von Kovarianzmatrizen und Methoden auf Basis von Distanzmatrizen ab. Unter Verwendung von Simulationen unter Brownscher Bewegung zeige ich, dass das Verfahren angemessene Fehlerquoten vom Typ I und statistische Leistung aufweist, während standardmäßige parametrische Verfahren eine abnehmende Leistung aufweisen, wenn die Daten-Dimensionalität zunimmt. Somit bietet das neue Verfahren einen nützlichen Weg, um die Kovariation von Merkmalen über eine Reihe von Taxa zu bewerten, die durch eine Phylogenie miteinander verbunden sind, und ermöglicht makroevolutionären Biologen, Hypothesen zur Anpassung und zum phänotypischen Wandel in hochdimensionalen Datensätzen zu testen.

@article{doi101111evo12463,
    author = "Adams, Dean C.",
    title = "A METHOD FOR ASSESSING PHYLOGENETIC LEAST SQUARES MODELS FOR SHAPE AND OTHER HIGH-DIMENSIONAL MULTIVARIATE DATA",
    year = "2014",
    journal = "Evolution",
    abstract = "Studien zu evolutionären Korrelationen verwenden häufig phylogenetische Regression (d. h. unabhängige Kontraste und phylogenetische generalisierte kleinste Quadrate), um die Kovariation von Merkmalen in einem phylogenetischen Kontext zu bewerten. Allerdings ist dieser Ansatz zwar geeignet, um Trends bei einem oder wenigen Merkmalen zu bewerten, kann jedoch Muster in hochmultivariaten Daten nicht erfassen, da die große Anzahl von Variablen im Verhältnis zur Stichprobengröße die Berechnung parametrischer Teststatistiken verhindert. Dies stellt für vergleichende Biologen eine ernste Einschränkung dar, die entweder vereinfachen müssen, wie sie phänotypische Merkmale quantifizieren, oder die biologischen Hypothesen ändern, die sie untersuchen möchten. In diesem Artikel schlage ich ein neues statistisches Verfahren vor, um ANOVA- und Regressionsmodelle in einem phylogenetischen Kontext durchzuführen, das hochdimensionale Datensätze berücksichtigen kann. Der Ansatz leitet sich aus der statistischen Äquivalenz zwischen parametrischen Methoden unter Verwendung von Kovarianzmatrizen und Methoden auf Basis von Distanzmatrizen ab. Unter Verwendung von Simulationen unter Brownscher Bewegung zeige ich, dass das Verfahren angemessene Fehlerquoten vom Typ I und statistische Leistung aufweist, während standardmäßige parametrische Verfahren eine abnehmende Leistung aufweisen, wenn die Daten-Dimensionalität zunimmt. Somit bietet das neue Verfahren einen nützlichen Weg, um die Kovariation von Merkmalen über eine Reihe von Taxa zu bewerten, die durch eine Phylogenie miteinander verbunden sind, und ermöglicht makroevolutionären Biologen, Hypothesen zur Anpassung und zum phänotypischen Wandel in hochdimensionalen Datensätzen zu testen.",
    url = "https://doi.org/10.1111/evo.12463",
    doi = "10.1111/evo.12463",
    openalex = "W2102871571",
    references = "doi101093sysbiosyp106, doi101093sysbiosyt053, doi101111j14209101201102427x"
}

Die frühesten Perissodaktylen werden durch einige basale equoide Fossilien aus Euramerika nahe der Grenze zwischen Paläozän und Eozän vertreten. Uneingeschränkte frühe Equiden wurden bisher noch nicht aus dem frühen Eozän Asiens gemeldet, obwohl andere Gruppen früher Perissodaktylen tatsächlich in Asien vorhanden waren. Hier berichten wir über den frühesten eozänen asiatischen Equiden, Erihippus tingae gen. et sp. nov., basierend auf Teilstücken, die zunächst der ceratomorphen Orientolophus hengdongensis zugeordnet wurden, aus dem Hengyang-Becken der Provinz Hunan, China. Die zuvor der 'Propachynolophus' hengyangensis aus derselben Lingcha-Fauna zugeordneten Exemplare werden aufgespalten und nun als ein ancylopoder Protomoropus? hengyangensis und ein Brontotherium Danjiangia lambdodon sp. nov. neu zugeordnet. Das nahezu gleichzeitige Auftreten von Equiden, Ceratomorphen, Ankylopoden und Brontotheren im Hengyang-Becken deutet darauf hin, dass die vier Hauptgruppen der Perissodaktylen so früh wie oder nicht später als das Beginn des Eozäns (etwa 56 Ma) divergierten und während des frühen Eozäns unterschiedliche Ausbreitungsszenarien zeigten.

@article{bai2018the,
    author = "Bai, Bin und Wang, Yuan-Qing und Meng, Jin",
    title = "Die Divergenz und Ausbreitung früher Perissodaktylen, wie durch frühe Eozän-Equiden aus Asien belegt",
    year = "2018",
    journal = "Communications Biology",
    abstract = "Die frühesten Perissodaktylen werden durch einige basale equoide Fossilien aus Euramerika nahe der Grenze zwischen Paläozän und Eozän vertreten. Uneingeschränkte frühe Equiden wurden bisher noch nicht aus dem frühen Eozän Asiens gemeldet, obwohl andere Gruppen früher Perissodaktylen tatsächlich in Asien vorhanden waren. Hier berichten wir über den frühesten eozänen asiatischen Equiden, Erihippus tingae gen. et sp. nov., basierend auf Teilstücken, die zunächst der ceratomorphen Orientolophus hengdongensis zugeordnet wurden, aus dem Hengyang-Becken der Provinz Hunan, China. Die zuvor der 'Propachynolophus' hengyangensis aus derselben Lingcha-Fauna zugeordneten Exemplare werden aufgespalten und nun als ein ancylopoder Protomoropus? hengyangensis und ein Brontotherium Danjiangia lambdodon sp. nov. neu zugeordnet. Das nahezu gleichzeitige Auftreten von Equiden, Ceratomorphen, Ankylopoden und Brontotheren im Hengyang-Becken deutet darauf hin, dass die vier Hauptgruppen der Perissodaktylen so früh wie oder nicht später als das Beginn des Eozäns (etwa 56 Ma) divergierten und während des frühen Eozäns unterschiedliche Ausbreitungsszenarien zeigten.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s42003-018-0116-5",
    doi = "10.1038/s42003-018-0116-5",
    number = "1",
    openalex = "W2885310723",
    volume = "1",
    references = "doi101038nature14249, doi101046j10963642200200005x, doi101073pnas0511296103, doi10108002724634199910011129, doi101098rspb20142671, doi101111j109636421994tb00311x, doi101126science1068700, doi101130spe369, doi101371journalpone0107447, doi105860choice355657, doi105860choice432801, openalexw16475780, openalexw2896296657"
}

@misc{bai2020the,
    author = "Bai, B und Wang, Y und Meng, J",
    title = "Die Divergenz und Ausbreitung früher Perissodactylen, wie sie durch frühe Eozän-Pferde aus Asien belegt sind [X25498] Frühe Pferde aus Asien",
    year = "2020",
    booktitle = "MorphoBank-Datensätze",
    url = "https://doi.org/10.7934/x25498",
    doi = "10.7934/x25498",
    openalex = "W2908400088"
}