Echini

@misc{agassiz1872revision,
    author = "Agassiz, Alexander",
    title = "Revision der Echini / von Alexander Agassiz",
    year = "1872",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.40080",
    doi = "10.5962/bhl.title.40080",
    openalex = "W2479287064"
}

@article{crossref1873revision,
    title = "Revision der Echini im illustrierten Katalog des Museums für vergleichende Zoologie am Harvard College. Nr. Vii. Revision der Echini. Alexander Agassiz",
    year = "1873",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/271121",
    doi = "10.1086/271121",
    number = "4",
    openalex = "W4236833109",
    pages = "224-226",
    volume = "7"
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@article{crossref1874revision,
    title = "Revision der Echini. Alexander Agassiz",
    year = "1874",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/271299",
    doi = "10.1086/271299",
    number = "4",
    openalex = "W4236861180",
    pages = "215-215",
    volume = "8"
}

Dieses bescheidene kleine Werk ist das einflussreichste wissenschaftliche Werk des 19. Jahrhunderts. Darwins erste Veröffentlichung seiner Theorie der Evolution war für Laien geschrieben und erregte weit verbreitetes und sofortiges Interesse. Darwin war ein hervorragender Wissenschaftler; seine Erkenntnisse wurden ernst genommen, und die von ihm vorgelegten Beweise lösten wissenschaftliche, philosophische und religiöse Diskussionen aus. Innerhalb von zwei Jahrzehnten herrschte allgemeine wissenschaftliche Übereinstimmung darüber, dass die Evolution mit einem verzweigten Muster der gemeinsamen Abstammung stattgefunden hatte, doch Wissenschaftler waren langsam, der natürlichen Selektion die Bedeutung beizumessen, die Darwin für angemessen hielt. Mit der Entwicklung der modernen evolutionären Synthese in den 1930er und 1940er Jahren wurde Darwins Konzept der evolutionären Anpassung durch natürliche Selektion zum zentralen Bestandteil der modernen evolutionären Theorie, und es ist nun zum vereinheitlichenden Konzept der Lebenswissenschaften geworden.

@article{doi101093nqs9viii207495b,
    title = "The Origin of Species by Means of Natural Selection",
    year = "1901",
    journal = "Notes and Queries",
    abstract = "Dieses bescheidene kleine Werk ist das einflussreichste wissenschaftliche Werk des 19. Jahrhunderts. Darwins erste Veröffentlichung seiner Theorie der Evolution war für Laien geschrieben und erregte weit verbreitetes und sofortiges Interesse. Darwin war ein hervorragender Wissenschaftler; seine Erkenntnisse wurden ernst genommen, und die von ihm vorgelegten Beweise lösten wissenschaftliche, philosophische und religiöse Diskussionen aus. Innerhalb von zwei Jahrzehnten herrschte allgemeine wissenschaftliche Übereinstimmung darüber, dass die Evolution mit einem verzweigten Muster der gemeinsamen Abstammung stattgefunden hatte, doch Wissenschaftler waren langsam, der natürlichen Selektion die Bedeutung beizumessen, die Darwin für angemessen hielt. Mit der Entwicklung der modernen evolutionären Synthese in den 1930er und 1940er Jahren wurde Darwins Konzept der evolutionären Anpassung durch natürliche Selektion zum zentralen Bestandteil der modernen evolutionären Theorie, und es ist nun zum vereinheitlichenden Konzept der Lebenswissenschaften geworden.",
    url = "https://doi.org/10.1093/nq/s9-viii.207.495b",
    doi = "10.1093/nq/s9-viii.207.495b",
    openalex = "W4243601689"
}

@book{doi105962bhltitle4630,
    author = "Jackson, Robert T.",
    title = "Phylogenie der Echini, mit einer Revision der paläozoischen Arten",
    year = "1912",
    journal = "Memoirs read before the Boston Society of Natural History",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.4630",
    doi = "10.5962/bhl.title.4630",
    openalex = "W658384462"
}

@misc{jackson1912phylogeny,
    author = "Jackson, Robert Tracy",
    title = "Phylogenie der Echini, mit einer Revision der Paläozoischen Arten",
    year = "1912",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.28491",
    doi = "10.5962/bhl.title.28491",
    openalex = "W4206354819"
}

@misc{jackson1912phylogeny1,
    author = "Jackson, R. T",
    title = "Phylogenie der Echiniden, mit einer Revision der paläozoischen Arten",
    year = "1912",
    howpublished = "Boston Society of Natural History, Memoirs, v. 7, p. 1-491",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Jackson, R. T., 1912, Phylogenie der Echiniden, mit einer Revision der paläozoischen Arten: Boston Society of Natural History, Memoirs, v. 7, p. 1-491.}"
}

Seeigel sind marine Wirbellose von unübertroffener Formenvielfalt und Komplexität der Skelettorganisation. Sie reichen von der frühen Ordovizium-Zeit bis zur Gegenwart, aber ihre Entwicklung in Arten und Zahlen kulminierte während des Paläozoikums.

@incollection{doi101130spe46p1,
    author = "Moore, Raymond C. und Laudon, L. R.",
    title = "Evolution und Klassifikation der paläozoischen Seeigel",
    year = "1943",
    booktitle = "Geological Society of America Special Papers",
    abstract = "Seeigel sind marine Wirbellose von unübertroffener Formenvielfalt und Komplexität der Skelettorganisation. Sie reichen von der frühen Ordovizium-Zeit bis zur Gegenwart, aber ihre Entwicklung in Arten und Zahlen kulminierte während des Paläozoikums.",
    url = "https://doi.org/10.1130/spe46-p1",
    doi = "10.1130/spe46-p1",
    openalex = "W2339692250"
}

@misc{sando1965revision,
    author = "Sando, W.J.",
    title = "Revision einiger paläozoischer Korallenarten aus den Vereinigten Staaten des Westens",
    year = "1965",
    booktitle = "Professional Paper",
    url = "https://doi.org/10.3133/pp503e",
    doi = "10.3133/pp503e",
    openalex = "W950288184"
}

@article{doi101007bf01796042,
    author = "Fitch, Walter M. und Farris, James S.",
    title = "Evolutionäre Bäume mit minimalen Nukleotid-Ersetzungen aus Aminosäuresequenzen",
    year = "1974",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf01796042",
    doi = "10.1007/bf01796042",
    openalex = "W2024977466"
}

Viele evolutionäre Trends werden bei den post-paläozoischen Echinoidea beschrieben, und ihre funktionellen Vorteile werden diskutiert. In den Ambulakra erschien die zusammengesetzte Platte erstmals im späten Trias, wurde während des Mesozoikums ausgeprägter und erreichte ihren Höhepunkt im Känozoikum. Die Zusammensetzung ermöglichte es dem Echinoid, eine größere Anzahl von Röhrenfüßen zu haben, stärkte das Test und erhöhte die Größe der ambulakralen Tuberkel und Stacheln. Diese größeren Stacheln boten einen besseren Schutz vor Räubern und ermöglichten eine schnellere Fortbewegung. Petalen erschienen erstmals im mittleren Jura und wurden für eine effizientere Atmung entwickelt. Die ersten abgeflachten Petalen traten im späten Jura auf, und bis zum späten Kreidezeit hatten viele Echinoidea abgeflachte Petalen, die im Känozoikum zu tiefen Petalen führten. Diese Vertiefungen kanalisiert Wasser über die respiratorischen Röhrenfüße, erhöhten die Breite der Ambulakra und ihrer Röhrenfüße und ermöglichten es diesen Röhrenfüßen, durch das Überbiegen von Stacheln über sie vor Räubern geschützt zu werden. Eine anteriore Furche ist im mittleren Jura leicht entwickelt, im Kreidezeit deutlich und im Känozoikum am tiefsten. Diese Furche bot einen Durchgang für Nahrung und Unterschlupf für die großen penicillierten Röhrenfüße. Phyllodes treten erstmals im unteren Jura sowohl bei den regulären als auch bei den irregulären Echinoidea auf. Während des Mesozoikums wurde die Anzahl der Poren in den Phylloden der irregulären Echinoidea reduziert, und bei den meisten Arten wurde eines von einem Porenpaar eliminiert. Die Phyllodes boten eine große Anzahl von Nahrungsröhrenfüßen in der Nähe des Peristoms. Im apikalen System der irregulären Echinoidea brach das Periprokt im unteren Jura aus. Seine posteriore Bewegung diente dazu, den Kot des Echinoidea von seinen Nährungs- und respiratorischen Bereichen zu trennen. Die Anzahl der Genitalplatten wurde bei den Cassiduloidea bis zum späten Kreidezeit auf eine einzige Platte reduziert, aber diese Reduktion trat bei den Holasteroidea und Spatangoidea später ein; viele heute lebende Arten haben mehr als eine Genitalplatte. Die triasischen und frühen jurassischen Echinoidea waren klein; aber während des zweiten Teils des Juras traten größere Arten auf, insbesondere unter den Irregulären und Echinothurioidea. Alle triasischen Echinoidea außer einem waren im Randumriss kreisförmig, aber während des Juras wurde das Test bei vielen Irregulären länglich, was es dem Echinoid ermöglichte, eine einseitige Bewegung zu entwickeln. Die Abflachung des Tests ermöglichte es dem Echinoid, sein Test leichter zu bedecken, wodurch das Tier weniger auffällig war, weniger von Wellenbewegungen betroffen war und mehr der nahrungssammelnden Röhrenfüße mit dem Meeresboden in Kontakt kamen. Der triasische Laternen hatte gerippte Zähne und eine flache Foramina, aber bis zum unteren Jura hatten einige Laternen ein tieferes Foramen magnum. Bis zum mittleren Jura waren gezähnte Zähne vorhanden, und bis zum späten Kreidezeit hatten einige Laternen zusammengewachsene Epiphysen. Diese Veränderungen ermöglichten es der Laternen, beweglicher zu sein und stärkten die Zähne und Epiphysen. Die Laternenstützen bei allen triasischen Echinoidea sind Auswüchse der interambulakralen Platten, aber im unteren Jura haben viele Arten ambulakrale Stützen. Bis zum mittleren Juras sind diese Stützen bei einigen Arten zusammengewachsen, um einen Bogen zu bilden. Diese Veränderungen erhöhten auch die Beweglichkeit und Kraft der Bewegung der Laternen. Kielspalten erschienen erstmals im unteren Jura (Hettangium) und waren bis zum Toarcium gut entwickelt. Die Tuberkel und ihre Stacheln waren im Trias groß und nahmen bei einigen Arten im Laufe des Mesozoikums allmählich an Größe ab. Diese Reduktion ermöglichte es diesen Echinoidea mit kleineren Stacheln, ihre Tests mit Sediment zu bedecken. Die Rate der Einführung neuer Platten war im Trias niedrig und nahm im Jura zu. Diese Zunahme betraf hauptsächlich die Ambulakra und diente dazu, die Anzahl der Röhrenfüße zu erhöhen. Bei den Holasteroidea-Spatangoidea vergrößerten sich einige ventrale interambulakrale Platten relativ zu benachbarten Platten während des Mesozoikums und Känozoikums, wodurch das Labrum und das Plastron gebildet wurden. Diese Veränderungen ermöglichten die Entwicklung des „herzförmigen" Tests und eine anteriore Verschiebung des Peristoms. Die Vielfalt der Echinoidea nahm seit dem Trias mit der Entwicklung verschiedener Arten von Echinoidea zu, die in vielen verschiedenen Lebensräumen leben konnten. Alle triasischen Echinoidea lebten auf dem Substrat, aber im Jura begannen die irregulären Echinoidea, im Sediment zu graben. Sie nahmen während des Mesozoikums an der Anzahl der Arten zu und sind jetzt in der Anzahl der Arten zahlreicher als die regulären Echinoidea. Der Unterschied zwischen jurassischen und triasischen Arten ist nicht so abrupt, wie früher gedacht, und alle jurassischen Echinoidea gelten als einen cidaroiden Vorfahren gehabt zu haben.

@article{doi101017s0022336000061321,
    author = "Kier, Porter M.",
    title = "Evolutionstrends und ihre funktionale Bedeutung bei postpaleozoischen Echinoidea",
    year = "1974",
    journal = "Journal of Paleontology",
    abstract = "Viele Evolutionstrends werden bei postpaleozoischen Echinoidea beschrieben und ihre funktionellen Vorteile diskutiert. In den Ambulakren erschien die zusammengesetzte Platte erstmals im späten Trias, wurde im Mesozoikum ausgeprägter und erreichte im Känozoikum ihren Höhepunkt. Die Zusammensetzung ermöglichte den Echinoidea eine größere Anzahl von Röhrenfüßen, stärkte die Test und vergrößerte die ambulakralen Tuberkel und Dornen. Diese größeren Dornen boten einen besseren Schutz vor Räubern und ermöglichten eine schnellere Fortbewegung. Petalen erschienen erstmals im mittleren Jura und wurden für eine effizientere Atmung entwickelt. Die ersten abgeflachten Petalen traten im späten Jura auf, und bis zum späten Kreidezeit hatten viele Echinoidea abgeflachte Petalen, die im Känozoikum zu tiefen Petalen führten. Diese Vertiefungen kanalisiert Wasser über die respiratorischen Röhrenfüße, vergrößerten die Breite der Ambulakren und ihrer Röhrenfüße und ermöglichten es diesen Röhrenfüßen, durch das Überbiegen von Dornen über sie vor Räubern geschützt zu werden. Eine anteriore Furche ist im mittleren Jura leicht entwickelt, im Kreidezeit deutlich und im Känozoikum am tiefsten. Diese Furche bot einen Durchgang für Nahrung und Unterschlupf für die großen penicillierten Röhrenfüße. Phyllodes treten erstmals im unteren Jura sowohl bei regulären als auch bei irregulären Echinoidea auf. Während des Mesozoikums wurde die Anzahl der Poren in den Phylloden der irregulären Echinoidea reduziert, und bei den meisten Arten wurde ein Porenpaar eliminiert. Die Phyllodes boten eine große Anzahl von Nahrungsaufnahme-Röhrenfüßen in der Nähe des Peristoms. Im apikalen System der irregulären Echinoidea brach das Periprokt im unteren Jura aus. Seine posteriore Bewegung diente dazu, den Kot des Echinoidea von seinen Nahrungsaufnahme- und respiratorischen Bereichen zu trennen. Die Anzahl der Genitalplatten wurde bei den Cassiduloidea bis zum späten Kreidezeit auf eine einzige Platte reduziert, aber diese Reduktion erfolgte später bei den Holasteroidea und Spatangoidea; viele heute lebende Arten haben mehr als eine Genitalplatte. Die triasischen und frühen jurassischen Echinoidea waren klein; aber während des zweiten Teils des Juras traten größere Arten auf, insbesondere unter den Irregulären und Echinothurioidea. Alle triasischen Echinoidea außer einem waren im Randumriss kreisförmig, aber während des Juras wurde die Test bei vielen Irregulären länglich, was es dem Echinoidea ermöglichte, eine einseitige Bewegung zu entwickeln. Die Abflachung der Test ermöglichte es dem Echinoidea, seine Test leichter zu bedecken, wodurch das Tier weniger auffällig war, weniger von Wellenbewegungen betroffen war und mehr der Nahrungssammel-Röhrenfüße mit dem Meeresboden in Kontakt kamen. Der triasische Laternen hatte gerillte Zähne und eine flache Foramina, aber bis zum unteren Jura hatten einige Laternen ein tieferes Foramen magnum. Bis zum mittleren Jura waren gekielte Zähne vorhanden, und bis zum späten Kreidezeit hatten einige Laternen zusammengeführte Epiphysen. Diese Veränderungen ermöglichten es der Laternen, beweglicher zu sein und stärkten die Zähne und Epiphysen. Die Laternenstützen bei allen triasischen Echinoidea sind Auswüchse der interambulakralen Platten, aber im unteren Jura haben viele Arten ambulakrale Stützen. Bis zum mittleren Jura sind diese Stützen bei einigen Arten zusammengeführt, um einen Bogen zu bilden. Diese Veränderungen erhöhten auch die Beweglichkeit und Kraft der Bewegung der Laternen. Gill-Nischen erschienen erstmals im unteren Jura (Hettangium) und waren bis zum Toarcium gut entwickelt. Die Tuberkel und ihre Dornen waren im Trias groß und nahmen bei einigen Arten im Laufe des Mesozoikums allmählich an Größe ab. Diese Reduktion ermöglichte es diesen Echinoidea mit kleineren Dornen, ihre Tests mit Sediment zu bedecken. Die Rate der Einführung neuer Platten war im Trias niedrig und nahm im Jura zu. Diese Zunahme erfolgte hauptsächlich in den Ambulakren und diente dazu, die Anzahl der Röhrenfüße zu erhöhen. Bei den Holasteroidea-Spatangoidea vergrößerten sich einige ventrale interambulakrale Platten relativ zu benachbarten Platten während des Mesozoikums und Känozoikums, wodurch das Labrum und das Plastron gebildet wurden. Diese Veränderungen ermöglichten die Entwicklung der „herzförmigen" Test und eine anteriore Verschiebung des Peristoms. Die Vielfalt der Echinoidea nahm seit dem Trias zu mit der Entwicklung verschiedener Arten von Echinoidea, die viele verschiedene Lebensräume bewohnen konnten. Alle triasischen Echinoidea lebten auf dem Substrat, aber im Jura begannen irreguläre Echinoidea, im Sediment zu graben. Sie nahmen während des Mesozoikums an der Anzahl der Arten zu und sind jetzt in der Anzahl der Arten zahlreicher als die regulären Echinoidea. Der Unterschied zwischen jurassischen und triasischen Arten ist nicht so abrupt wie früher gedacht, und alle jurassischen Echinoidea werden als cidaroide Vorfahren betrachtet.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0022336000061321",
    doi = "10.1017/s0022336000061321",
    openalex = "W2947356994",
    references = "doi101017s0025315400017574, doi101098rstb19590007, doi101126science17740541065, doi105962bhltitle11376, doi105962bhltitle30642, doi105962bhltitle4630, doi105962bhltitle54256, openalexw137635259, openalexw1522518756, openalexw2603113571"
}

(Hochgeladen von Plazi aus dem Biodiversity Heritage Library) Keine Zusammenfassung bereitgestellt.

@article{doi105281zenodo16046014,
    author = "Smith, Andrew B.",
    title = "Implikationen der Laternenmorphologie für die Phylogenie post-paläozoischer Echinoide",
    year = "1981",
    journal = "Biodiversity Heritage Library (Smithsonian Institution)",
    abstract = "(Hochgeladen von Plazi aus dem Biodiversity Heritage Library) Keine Zusammenfassung bereitgestellt.",
    url = "https://doi.org/10.5281/zenodo.16046014",
    doi = "10.5281/zenodo.16046014",
    openalex = "W2951959006"
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Zusammenfassung 1. Lebende Echinodermen zeichnen sich durch ein weitverzweigtes Wasserzirkulationssystem aus, das sich aus dem larvalen linken Hydrocoel entwickelt hat, einem komplexen, mehrschichtigen Endoskelett mit Stereom-Struktur und Pentamerie. Fossile Belege zeigen, dass das Stereom vor der Pentamerie evolvierte, aber beide Merkmale wurden im unteren Kambrium erworben. 2. Eine cladistische Analyse von Genera des unteren Kambriums zeigt sehr wenige gemeinsame Merkmale zwischen Karpoideen und echten Echinodermen und dass die Trennung zwischen ihnen die erste fundamentale evolutionäre Dichotomie innerhalb der Dexiothetica war. 3. Helicoplacoiden sind Stammgruppen-Echinodermen mit spiralförmiger Plättchenbildung und drei ambulakralen Systemen, die radial um einen seitlichen Mund angeordnet sind. Sie sind die primitivsten Echinodermen und die ersten, die eine radiale Anordnung des Wasserzirkulationssystems und des ambulakralen Systems zeigen. Im Gegensatz zu späteren Echinodermen zeigt ihr Skelett keine dorsale/ventrale (aborale/orale) Differenzierung. Sie waren wahrscheinlich sessile Suspensionsfresser. 4. Camptostroma ist der primitivste bekannte pentaradiäre Echinoderm und, unserer Ansicht nach, möglicherweise ein gemeinsamer Vorfahre aller lebenden Gruppen. Es hatte eine kurze konische dorsale (aborale) Oberfläche mit imbricatierter Plättchenbildung, eine gerippte laterale Wand und eine leicht gewölbte ventrale (orale) Oberfläche mit fünf gekrümmten ambulakralen Systemen in einer 2-1-2-Anordnung, die vom triradiären Muster der Helicoplacoiden vererbt wurde. Die interambulakralen Bereiche trugen Epispires, und das CD-Interambulakrum enthielt den After, den Hydroporen und/oder den Gonoporen. Alle Teile der Theca hatten Platten in mindestens zwei Schichten. 5. Alle anderen Echinodermen gehören zu einem der beiden monophyletischen Subphyla, den Pelmatozoa und den Eleutherozoa. 6. Stromatocystites ist der früheste bekannte Eleutherozoer und unterscheidet sich von Camptostroma dadurch, dass er einen Test mit nur einer Schicht von Platten hat und die dorsale Verlängerung verloren hat. Bei Stromatocystites ist die dorsale Oberfläche flach und die Plättchenbildung tesselliert. Stromatocystites war ein ungebundener, niedrigstufiger Suspensionsfresser. 7. Die Lepidocystoiden sind die frühesten bekannten Pelmatozoer. Sie unterscheiden sich von Camptostroma dadurch, dass sie einen angehefteten dorsalen Stiel haben, der die primitive imbricate Plättchenbildung beibehielt, und durch die Entwicklung aufrechter Fütterungsstrukturen entlang der ambulakralen Systeme. Bei Kinzercystis sind die ambulakralen Systeme auf die Theca-Oberfläche beschränkt und aufrechte, biserialen Brachiole entstehen abwechselnd auf jeder Seite. Lepidocystis hat eine ähnliche Anordnung, außer dass der distale Teil jedes ambulakralen Systems den Rand der Theca als freien Arm überragt. 8. Pelmatozoer spalteten sich mehr oder weniger sofort in Seelilien auf, mit mehreren freien Armen, die aus uniserialen Platten bestehen, und in Cystoiden im weiteren Sinne, die Brachiole beibehielten. Gogia (unteres bis mittleres Kambrium) ist der primitivste bekannte Cystoid und unterscheidet sich von Kinzercystis hauptsächlich dadurch, dass alle Plättchenbildung tesselliert ist, während Echmatocrinus (mittleres Kambrium) der primitivste bekannte Seelilie ist und sich von Lepidocystis dadurch unterscheidet, dass er keine Brachiole hat und mehr als fünf freie Arme mit uniserialen Platten besitzt. 9. Die Differenzierung der pelmatozoischen Gruppen nach dem unteren Kambrium verlief schnell und nutzte den primitiven Suspensionsfresser-Lebensstil aus. Die maximale morphologische Vielfalt wurde im Ordovizium erreicht, aber danach verdrängten Seelilien schrittweise Cystoid-Gruppen und erreichten ihre höchste Vielfalt im Karbon. Die Eleutherozoer diversifizierten sich langsamer, aber bereits im Arenig hatten die frühesten „Seesterne" (in Wirklichkeit fortgeschrittene Mitglieder der eleutherozoischen Stammgruppe) ihre Lebensorientierung umgekehrt und begonnen, einen Deposit-Fresser-Lebensstil auszunutzen. Diese führten ihrerseits zu den Ophiuroiden, Echinoidea und Holothuroidea. 10. Das grundlegende Echinoderm-Ambulakrum war bereits in den Helicoplacoiden vorhanden. Es hatte biserialen, abwechselnden Bodenplatten und komplex plattierte Blätter von Deckplatten auf jeder Seite. Das radiale Wasserrohr lag im Boden des Ambulakrums, außerhalb der Leibeshöhle, und gab ventral kurze, laterale Äste (Vorläufer der Röhrenfüße) ab, die verwendet wurden, um die Deckplattenblätter zu öffnen, und dorsal war es mit internen Kompensationsbläschen verbunden, die als Flüssigkeitsreservoirs dienten (und für eine Rolle im Gasaustausch voradaptiert waren). Die Plättchenbildung auf den Deckplattenblättern war organisiert und reflektierte die Positionen der lateralen Äste vom radialen Wasserrohr. Bei Camptostroma hatten die Deckplattenblätter biserial ausgerichtete Reihen von Deckplatten, die mit den lateralen Ästen assoziiert waren. 11. Brachiole entstanden durch Verlängerung der lateralen Äste des radialen Wasserrohrs und der damit verbundenen seriell ausgerichteten Deckplatten, die in Camptostroma gefunden wurden. Sie tragen eine einzelne abwechselnde Reihe von Deckplatten. Bei Lepidocystis erstreckten sich die ambulakralen Systeme über den Rand der oralen Oberfläche hinaus als wahre Arme. Brachiale Platten der Arme sind Homologe der primären ambulakralen Bodenplatten, und Arme tragen mehrere Reihen von Deckplatten. Uniserial ambulakrale Plättchenbildung ist ein abgeleitetes Merkmal und entwickelte sich unabhängig in Seelilien, Paraseelilien und Isorophiden Edrioasteroiden. Pinnulen in Seelilien entstanden unabhängig in Inadunaten und Cameraten durch eine zunehmend ungleiche Verzweigung der Arme. Somit sind alle Teile des subvektiven Systems in Seelilien intern homolog, während bei Cystoiden, Brachiole und Armen (oder ambulakralen Systemen) keine homologen Strukturen vorliegen. 12. Die Position des Hydroporen ist der beste Referenzpunkt zur Orientierung von Echinodermen. Carpenters System zur Identifizierung von ambulakralen Systemen durch Buchstaben, im Uhrzeigersinn in oraler Ansicht angeordnet mit dem A-Ambulakrum gegenüber dem Hydroporen, ist bei allen Echinodermen-Klassen konsistent. Bei allen unteren Kambrium pentaradiären Echinodermen liegen der After, der Gonoporen und der Hydroporen im CD-Interambulakrum, und dies wird als primitive Anordnung akzeptiert. Bei Helicoplacoiden schlagen wir vor, dass das A-Ambulakrum spiralförmig vom Mund herabging, während die beiden ambulakralen Systeme, die spiralförmig aufwärts gingen, die B+C und D+E ambulakralen Systeme repräsentieren. 13. Der pelmatozoische Stamm entstand von einem mehrschichtigen Stiel über einen merischen Stamm zu einer wahren Säule mit holomerischen (einzelstückigen) Columnals. Dies geschah unabhängig bei den Seelilien und den Cystoiden. 14. Unsere Analyse der Echinodermen-Phylogenie führt uns zu der Empfehlung, folgende Änderungen an der höheren Klassifikation der Echinodermen vorzunehmen: Das Stamm Echinodermata umfasst nur jene Gruppen, bei denen eine radiale Symmetrie auf einer grundlegenden larvalen Asymmetrie aufliegt. Es besitzt eine Stammgruppe, die die triradiaten Helicoplacoiden enthält, und eine Kronengruppe, der alle anderen (pentaradiaten) Echinodermen angehören. Die Kronengruppe umfasst zwei monophyletische Unterstämme, die Pelmatozoa und die Eleutherozoa, und die Pelmatozoa enthalten zwei Überklassen, die Crinoidea, die noch existieren, und die Cystoidea, die ausgestorben sind.

@article{doi101111j1469185x1984tb00411x,
    author = "Paul, C. R. C. and Smith, A. B.",
    title = "THE EARLY RADIATION AND PHYLOGENY OF ECHINODERMS",
    year = "1984",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "Summary 1. Living echinoderms are characterized by an extensive water vascular system developed from the larval left hydrocoel, a complex, multi‐plated endoskeleton with stereom structure, and pentamery. Fossil evidence shows that stereom evolved before pentamery, but both were acquired during the Lower Cambrian. 2. Cladistic analysis of Lower Cambrian genera reveals very few characters in common between carpoids and true echinoderms, and that the split between them was the first fundamental evolutionary dichotomy within the Dexiothetica. 3. Helicoplacoids are stem group echinoderms with spiral plating and three ambulacra arranged radially around a lateral mouth. They are the most primitive echinoderms and the first to show a radial arrangement of the water vascular and ambulacral systems. Unlike later echinoderms, their skeleton shows no dorsal/ventral (aboral/oral) differentiation. They were probably sedentary suspension feeders. 4. Camptostroma is the most primitive known pentaradiate echinoderm and, in our view, possibly a common ancestor of all living groups. It had a short conical dorsal (aboral) surface with imbricate plating, a ridged lateral wall and a slightly domed ventral (oral) surface with five curved ambulacra in a 2‐1‐2 arrangement inherited from the triradiate pattern of the helicoplacoids. Interambulacral areas bore epispires and the CD interambulacrum contained the anus, hydropore and/or gonopore. All parts of the theca had plates in at least two layers. 5. All other echinoderms belong to one of two monophyletic subphyla, the Pelmatozoa and the Eleutherozoa. 6. Stromatocystites is the earliest known eleutherozoan and differs from Camptostroma in having a test with only one layer of plates and having lost the dorsal elongation. In Stromatocystites the dorsal surface is flat and the plating tesselate. Stromatocystites was an unattached, low‐level suspension feeder. 7. The lepidocystoids are the earliest known pelmatozoans. They differ from Camptostroma in having an attached dorsal stalk which retained the primitive imbricate plating, and by developing erect feeding structures along the ambulacra. In Kinzercystis, the ambulacra are confined to the thecal surface and erect, biserial brachioles arise alternately on either side. Lepidocystis has a similar arrangement except that, the distal part of each ambulacrum extends beyond the edge of the theca as a free arm. 8. Pelmatozoans diverged more or less immediately into crinoids, with multiple free arms composed of uniserial plates, and cystoids sensu lato, which retained brachioles. Gogia (Lower to Middle Cambrian) is the most primitive known cystoid and differs from Kinzercystis principally in having all plating tesselate, while Echmatocrinus (Middle Cambrian) is the most primitive known crinoid and differs from Lepidocystis in lacking brachioles and in having more than five free arms with uniserial plates. 9. Post Lower Cambrian differentiation of pelmatozoan groups proceeded rapidly, exploiting the primitive suspension‐feeding mode of life. Maximum morphological diversity was reached in the Ordovician, but thereafter crinoids progressively displaced cystoid groups and reached their peak diversity during the Carboniferous. The eleutherozoans were slower to diversify, but by the Arenig the earliest ‘sea‐stars’ (in reality, advanced members of the eleutherozoan stem group) had reversed their living orientation and had begun to exploit a deposit‐feeding mode of life. These in turn led to the ophiuroids, echinoids and holothuroids. 10. The basic echinoderm ambulacrum was already present in the helicoplacoids. It had biserial, alternate flooring plates and complexly plated sheets of cover plates on either side. The radial water vessel lay in the floor of the ambulacrum, external to the body cavity, and gave rise ventrally to short, lateral branches (fore‐runners of tube feet) that were used to open the cover plate sheets, and dorsally was connected to internal compensation sacs which acted as fluid reservoirs (and were preadapted for a role in gaseous exchange). Plating on the cover plate sheets was organized and reflected the positions of the lateral branches from the radial water vessel. In Camptostroma, the cover plate sheets had biserially aligned rows of cover plates associated with the lateral branches. 11. Brachioles arose by extension of the lateral branches of the radial water vessel and associated serially aligned cover plates found in Camptostroma. They bear a single alternate series of cover plates. In Lepidocystis the ambulacra extended beyond the edge of the oral surface as true arms. Brachial plates of arms are homologues of primary ambulacral flooring plates, and arms bear multiple series of cover plates. Uniserial ambulacral plating is a derived condition and evolved independently in crinoids, paracrinoids and isorophid edrioasteroids. Pinnules in crinoids arose independently in inadunates and camerates by a progressively more unequal branching of the arms. Thus all parts of the subvective system in crinoids are internally homologous, whereas in cystoids, brachioles and arms (or ambulacra) are not homologous structures. 12. The position of the hydropore is the best reference point in orientating echinoderms. Carpenter's system of identifying ambulacra by letters, arranged clock‐wise in oral view with the A ambulacrum opposite the hydropore, is consistent in all echinoderm classes. In all Lower Cambrian pentaradiate echinoderms the anus, gonopore and hydropore lie in the CD interambulacrum and this is accepted as the primitive arrangement. In helicoplacoids we tentatively suggest that the A ambulacrum spiralled down from the mouth while the two ambulacra that spiralled up represent the B + C and D + E ambulacra combined. 13. The pelmatozoan stem arose from a polyplated stalk, via a meric stem to a true column with holomeric (single piece) columnals. This happened independently in the crinoids and the cystoids. 14. Our analysis of echinoderm phylogeny leads us to recommend the following changes to the higher level classification of echinoderms: The phylum Echinodermata includes only those groups with radial symmetry superimposed upon a fundamental larval asymmetry. It has a stem group that contains the triradiate helicoplacoids and a crown group to which all other (pentaradiate) echinoderms belong. The crown group contains two monophyletic subphyla, the Pelmatozoa and the Eleutherozoa, and the Pelmatozoa contains two superclasses, the Crinoidea which are extant and the Cystoidea, which are extinct.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-185x.1984.tb00411.x",
    doi = "10.1111/j.1469-185x.1984.tb00411.x",
    openalex = "W2111237039",
    references = "doi101007bf03160383, doi101007bf03190413, doi1010160012825280900641, doi101098rstb19630010, doi101111j1469185x1979tb00845x, doi101126science1403568820, doi101146annurevea03050175000455, doi103133ofr81743, doi105281zenodo16118842, doi105962bhltitle66379, openalexw3034464084, openalexw3157064287"
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Vergleichende Studien der Beziehung zwischen zwei Phänotypen oder zwischen einem Phänotyp und einer Umwelt werden häufig durch ungültige statistische Methoden durchgeführt. Die meisten Regressions-, Korrelations- und Kontingenztafelmethoden, einschließlich nichtparametrischer Methoden, gehen davon aus, dass die Punkte unabhängig aus einer gemeinsamen Verteilung gezogen werden. Wenn Arten aus einer verzweigenden Phylogenie entnommen werden, sind sie offensichtlich nicht unabhängig. Die Verwendung einer statistischen Methode, die Unabhängigkeit annimmt, führt zu einer Überschätzung der Signifikanz in Hypothesentests. Einige illustrative Beispiele für diese Phänomene wurden gegeben, und die Grenzen früherer Vorschläge zur Korrektur der Nicht-Unabhängigkeit wurden diskutiert. Eine Methode zur Korrektur der Phylogenie wurde vorgeschlagen. Sie erfordert, dass wir sowohl die Baumtopologie als auch die Astlängen kennen und bereit sind, die Charaktere durch Brownsche Bewegung auf einer linearen Skala zu modellieren. Unter diesen Bedingungen definiert die Phylogenie eine Menge von Kontrasten zwischen Arten, Kontrasten, die statistisch unabhängig sind und in Regressions- oder Korrelationsstudien verwendet werden können. Die erheblichen Hindernisse für die praktische Anwendung dieser Technik wurden diskutiert.

@article{doi101086284325,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "Phylogenies and the Comparative Method",
    year = "1985",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Vergleichende Studien der Beziehung zwischen zwei Phänotypen oder zwischen einem Phänotyp und einer Umwelt werden häufig durch ungültige statistische Methoden durchgeführt. Die meisten Regressions-, Korrelations- und Kontingenztafelmethoden, einschließlich nichtparametrischer Methoden, gehen davon aus, dass die Punkte unabhängig aus einer gemeinsamen Verteilung gezogen werden. Wenn Arten aus einer verzweigenden Phylogenie entnommen werden, sind sie offensichtlich nicht unabhängig. Die Verwendung einer statistischen Methode, die Unabhängigkeit annimmt, führt zu einer Überschätzung der Signifikanz in Hypothesentests. Einige illustrative Beispiele für diese Phänomene wurden gegeben, und die Grenzen früherer Vorschläge zur Korrektur der Nicht-Unabhängigkeit wurden diskutiert. Eine Methode zur Korrektur der Phylogenie wurde vorgeschlagen. Sie erfordert, dass wir sowohl die Baumtopologie als auch die Astlängen kennen und bereit sind, die Charaktere durch Brownsche Bewegung auf einer linearen Skala zu modellieren. Unter diesen Bedingungen definiert die Phylogenie eine Menge von Kontrasten zwischen Arten, Kontrasten, die statistisch unabhängig sind und in Regressions- oder Korrelationsstudien verwendet werden können. Die erheblichen Hindernisse für die praktische Anwendung dieser Technik wurden diskutiert.",
    url = "https://doi.org/10.1086/284325",
    doi = "10.1086/284325",
    openalex = "W2013410948",
    references = "doi101007bf01734359, doi101038290699a0, doi101038293057a0, doi101093sysbio274401, doi101111j155856461981tb04991x, doi101126science1864167892, doi101126science6407108, doi101146annureves14110183001525, openalexw191281502, openalexw3045142570"
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Es wird eine überarbeitete Klassifikation und Phylogenie auf der Familien- und darüberliegenden Ebene für post-paläozoische Seesterne vorgestellt. Die Monophylie der Gruppe wird durch ein Merkmalsspektrum aus der ambulakralen Säule begründet, das bisher nur bei einem paläozoischen Genus erkannt wurde. Im Vergleich zu früheren Studien legte die Merkmalsauswahl hier relativ stärkeren Wert auf Morphologie und Anordnung von Ossikeln und ossikulären Systemen. Die funktionellen Implikationen vieler Merkmale werden untersucht. Es werden 34 Familien, drei davon ausgestorben, anerkannt, und eine Reihe älterer familiärer Konzepte wird zurückgewiesen; die ausgestorbene Familie Trichasteropsidae wird vorgeschlagen. Für die Valvatida werden Überfamilien anerkannt. Acht Ordnungen, einschließlich der neuen, ausgestorbenen Ordnung Trichasteropsida, und drei Überordnungen werden anerkannt. Kein lebender Seestern ist im Sinne einer Nähe zu urtümlichen Seesternen und anderen Echinodermen-Gruppen primitiv; die Paxillosida, die häufig als primitiv betrachtet wurde, wird hier als spezialisiert angesehen.

@article{doi10108000222938700771141,
    author = "Blake, Daniel B.",
    title = "A classification and phylogeny of post-Palaeozoic sea stars (Asteroidea: Echinodermata)",
    year = "1987",
    journal = "Journal of Natural History",
    abstract = "A revised classification and phylogeny at the family level and above are presented for post-Palaeozoic sea stars. Monophyly of the group is established by a character suite taken from the ambulacral column that thus far has been recognized in only one Palaeozoic genus. Compared to earlier studies, character selection here placed relatively greater emphasis on morphology and arrangement of ossicles and ossicular systems. Functional implications of many features are surveyed. Thirty-four families, three extinct, are recognized and a number of older familial concepts are suppressed; the extinct Trichasteropsidae is proposed. Superfamilies are recognized for the Valvatida. Eight orders, including the new, extinct Trichasteropsida, and three superorders are recognized. No living sea star is primitive in the sense of being close to ancestral sea stars and other echinoderm groups; the Paxillosida, which commonly has been considered primitive, is here considered specialized.",
    url = "https://doi.org/10.1080/00222938700771141",
    doi = "10.1080/00222938700771141",
    openalex = "W2038881251",
    references = "doi1010160031018268900989, doi103998mpub9690664"
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Zusammenfassung - Mehrere prominente Kladisten haben die Bedeutung von Fossilien für die phylogenetische Inferenz in Frage gestellt, und es wird zunehmend populär, ausgestorbene Formen, wenn sie überhaupt berücksichtigt werden, einfach einem Kladogramm der rezenten Taxa anzupassen. Die Studie von Gardiner (1982) und Løvtrup (1985) zur Phylogenie der Amnioten exemplifiziert diese differenzielle Behandlung, und wir konzentrierten uns auf diese Gruppe von Organismen, um die These zu testen, dass Fossilien eine auf der rezenten Biota basierende Theorie der Beziehungen nicht umstürzen können. Unsere Parsimonieanalyse der Amnioten-Phylogenie, wobei spezielles Wissen, das von Fossilien beigesteuert wird, sorgfältig vermieden wurde, führte zur folgenden besten Anpassung, die der neuartigen Hypothese ähnelt, die Gardiner veröffentlichte: (lepidosauria (schildkröten (säugetiere (vögel, krokodile)))). Allerdings führte das Hinzufügen von Fossilien zu einem deutlich anderen höchst parsimonischen Kladogramm der rezenten Taxa: (säugetiere (schildkröten (lepidosauria (vögel, krokodile)))). Diese Klassifikation ähnelt der traditionellen Hypothese und bietet eine bessere Anpassung an den stratigraphischen Bericht. Um die ausgestorbenen Taxa zu isolieren, die für diese letztere Klassifikation verantwortlich sind, wurden die Daten bei jeder phylogenetischen Analyse sukzessive partitioniert, und wir schlossen, dass: (1) die Ingroup-Fossilien, nicht die Outgroup-Fossilien, wichtig waren; (2) Synapsid-Fossilien, nicht Reptilien-Fossilien, entscheidend waren; (3) bestimmte Synapsid-Fossilien, nicht die frühesten oder spätesten, verantwortlich waren. Die kritische Natur der Synapsid-Fossilien schien in der besonderen Kombination von primitiven und abgeleiteten Charakterlisten zu liegen, die sie zeigten. Die Klassifizierung dieser Fossilien zusammen mit Säugetieren als Schwestergruppe der Linie, bestehend aus Vögeln und Krokodilen, führte zu einer relativ schlechten Anpassung an die Daten; eine, die eine 2-4-fache Zunahme evolutionärer Reversalien involvierte! Daher scheint die Bedeutung der kritischen Fossilien, kollektiv oder individuell, in ihrer relativen Primitivität zu liegen, und die einfachste Erklärung für ihre konservativere Natur ist, dass sie weniger Zeit hatten, sich zu entwickeln. Während Fossilien möglicherweise nur unter bestimmten Bedingungen in der phylogenetischen Inferenz wichtig sein können, gibt es keinen zwingenden Grund, ihren Beitrag vorab zu urteilen. Wir drängen Systematiker, alle verfügbaren Beweise fair zu bewerten.

@article{doi101111j109600311988tb00514x,
    author = "Gauthier, Jacques and Kluge, Arnold G. and Rowe, Timothy",
    title = "AMNIOTE PHYLOGENY AND THE IMPORTANCE OF FOSSILS",
    year = "1988",
    journal = "Cladistics",
    abstract = "Zusammenfassung - Mehrere prominente Kladisten haben die Bedeutung von Fossilien für die phylogenetische Inferenz in Frage gestellt, und es wird zunehmend populär, ausgestorbene Formen, wenn sie überhaupt berücksichtigt werden, einfach einem Kladogramm der rezenten Taxa anzupassen. Die Studie von Gardiner (1982) und Løvtrup (1985) zur Phylogenie der Amnioten exemplifiziert diese differenzielle Behandlung, und wir konzentrierten uns auf diese Gruppe von Organismen, um die These zu testen, dass Fossilien eine auf der rezenten Biota basierende Theorie der Beziehungen nicht umstürzen können. Unsere Parsimonieanalyse der Amnioten-Phylogenie, wobei spezielles Wissen, das von Fossilien beigesteuert wird, sorgfältig vermieden wurde, führte zur folgenden besten Anpassung, die der neuartigen Hypothese ähnelt, die Gardiner veröffentlichte: (lepidosauria (schildkröten (säugetiere (vögel, krokodile)))). Allerdings führte das Hinzufügen von Fossilien zu einem deutlich anderen höchst parsimonischen Kladogramm der rezenten Taxa: (säugetiere (schildkröten (lepidosauria (vögel, krokodile)))). Diese Klassifikation ähnelt der traditionellen Hypothese und bietet eine bessere Anpassung an den stratigraphischen Bericht. Um die ausgestorbenen Taxa zu isolieren, die für diese letztere Klassifikation verantwortlich sind, wurden die Daten bei jeder phylogenetischen Analyse sukzessive partitioniert, und wir schlossen, dass: (1) die Ingroup-Fossilien, nicht die Outgroup-Fossilien, wichtig waren; (2) Synapsid-Fossilien, nicht Reptilien-Fossilien, entscheidend waren; (3) bestimmte Synapsid-Fossilien, nicht die frühesten oder spätesten, verantwortlich waren. Die kritische Natur der Synapsid-Fossilien schien in der besonderen Kombination von primitiven und abgeleiteten Charakterlisten zu liegen, die sie zeigten. Die Klassifizierung dieser Fossilien zusammen mit Säugetieren als Schwestergruppe der Linie, bestehend aus Vögeln und Krokodilen, führte zu einer relativ schlechten Anpassung an die Daten; eine, die eine 2-4-fache Zunahme evolutionärer Reversalien involvierte! Daher scheint die Bedeutung der kritischen Fossilien, kollektiv oder individuell, in ihrer relativen Primitivität zu liegen, und die einfachste Erklärung für ihre konservativere Natur ist, dass sie weniger Zeit hatten, sich zu entwickeln. Während Fossilien möglicherweise nur unter bestimmten Bedingungen in der phylogenetischen Inferenz wichtig sein können, gibt es keinen zwingenden Grund, ihren Beitrag vorab zu urteilen. Wir drängen Systematiker, alle verfügbaren Beweise fair zu bewerten.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.1988.tb00514.x",
    doi = "10.1111/j.1096-0031.1988.tb00514.x",
    openalex = "W1978557909",
    references = "crossref1943the, currie1985cranial, doi101001jama194302840160064031, doi1010079781468488517, doi101007978146848851721, doi101016002555648290027x, doi1010160169534789901626, doi101016b9781483198279500198, doi101016b9781483231426500124, doi101017cbo9780511693281002, doi101038142004a0, doi10108002724634198810011708, doi101086628623, doi101093sysbio1811, doi101093sysbio33183, doi1010970000505319311100000026, doi101098rstb19830079, doi101111j109636421977tb01031x, doi101111j109636421985tb01796x, doi101146annureven10010165000525, doi1023071005355, doi1023071220820, doi1023071292217, doi1023071441916, doi1023072412407, doi1023072412685, doi1023072413134, doi1023072413259, doi1023072413454, doi1023072485224, doi105281zenodo16171435, doi10560219780801847806, doi105962bhltitle6408, doi105962bhltitle82144, openalexw1534787790, openalexw1534857865, openalexw2954279587, openalexw2983381470, openalexw3146596760, openalexw3184837389, openalexw575222456, roaf1943the"
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Teil 1 Stammesmerkmale: Wie charakterisiert man die Echinodermata – einige Implikationen der Schwestergruppenbeziehung zwischen Echinodermen und Chordaten – die Bedeutung entwicklungsbedingter Asymmetrie für die Echinodermen-Evolution – eine neue Interpretation. Teil 2 Klassenbeziehungen: Molekulare Analyse entfernter phylogenetischer Beziehungen bei Echinodermen – Kollagen-Biochemie und die Phylogenie der Echinodermen-Larven, Phylogenie und von Baers Gesetz – die phylogenetische Beziehung der Holothurien – eine cladistische Analyse der existierenden Echinodermen-Klassen – fossile Belege für die Beziehung der existierenden Echinodermen-Klassen und ihre Zeiten der Divergenz. Teil 3 Moleküle und Beziehungen: DNA-Evolution und Echinodermen-Systematik – DNA-DNA-Hybridisierung, der Fossilbericht, phylogenetische Rekonstruktion und die Evolution der Clypeasteroiden-Echinoiden – phylogenetische Implikationen genomischer Umlagerung und Sequenz-Evolution in der mitochondrialen DNA von Echinodermen – was die Molekularbiologie über das genomische Programm für die Entwicklung verrät. Teil 4 Ontogenie und Phylogenie: Heterochronie und die Evolution der Echinoiden – Rollen von Allometrie und Ökologie in der Echinoiden-Evolution – ein biomechanischer Ansatz zur Ontogenie und Phylogenie der Echinoiden – experimentelle Embryologie als Werkzeug zur Erforschung der Evolution der Echinodermen-Lebenszyklen. Teil 5 Fossilien und Evolution: Die Phylogenie der Cystoiden – die evolutionäre Paläoökologie der Blaistoidea – die frühe Evolution der Crinoidea – Ontogenie und Phylogenie disparider Crinoidea – die Evolution der Nahrungsverhältnisse bei paläozoischen Crinoidea – die Phylogenie postpaläozoischer Crinoidea. Teil 6 Evolutionäre Biologie: Die Ultrastruktur der Röhrenfüße-Epithelzellen und Sekrete – ihre Beziehung zur Duo-Glandular-Hypothese und die Phylogenie der Echinodermen-Klassen – kristallographische Achsen von Echinoiden-Genitalplatten spiegeln die Larvenform wider – einige phylogenetische Implikationen – veränderliche kollagene Gewebe und ihre Bedeutung für die Echinodermen-Paläontologie und Phylogenie – Ursprünge der Tiefsee-Hoasteroiden-Fauna – Ernährungs- und respiratorische Strategien bei Stylophora.

@book{openalexw635257420,
    author = "Paul, C. R. C. und Smith, Andrew B.",
    title = "Echinoderm-Phylogenie und evolutionäre Biologie",
    year = "1988",
    abstract = "Teil 1 Stammesmerkmale: Wie charakterisiert man die Echinodermata – einige Implikationen der Schwestergruppenbeziehung zwischen Echinodermen und Chordaten – die Bedeutung entwicklungsbedingter Asymmetrie für die Echinodermen-Evolution – eine neue Interpretation. Teil 2 Klassenbeziehungen: Molekulare Analyse entfernter phylogenetischer Beziehungen bei Echinodermen – Kollagen-Biochemie und die Phylogenie der Echinodermen-Larven, Phylogenie und von Baers Gesetz – die phylogenetische Beziehung der Holothurien – eine cladistische Analyse der existierenden Echinodermen-Klassen – fossile Belege für die Beziehung der existierenden Echinodermen-Klassen und ihre Zeiten der Divergenz. Teil 3 Moleküle und Beziehungen: DNA-Evolution und Echinodermen-Systematik – DNA-DNA-Hybridisierung, der Fossilbericht, phylogenetische Rekonstruktion und die Evolution der Clypeasteroiden-Echinoiden – phylogenetische Implikationen genomischer Umlagerung und Sequenz-Evolution in der mitochondrialen DNA von Echinodermen – was die Molekularbiologie über das genomische Programm für die Entwicklung verrät. Teil 4 Ontogenie und Phylogenie: Heterochronie und die Evolution der Echinoiden – Rollen von Allometrie und Ökologie in der Echinoiden-Evolution – ein biomechanischer Ansatz zur Ontogenie und Phylogenie der Echinoiden – experimentelle Embryologie als Werkzeug zur Erforschung der Evolution der Echinodermen-Lebenszyklen. Teil 5 Fossilien und Evolution: Die Phylogenie der Cystoiden – die evolutionäre Paläoökologie der Blaistoidea – die frühe Evolution der Crinoidea – Ontogenie und Phylogenie disparider Crinoidea – die Evolution der Nahrungsverhältnisse bei paläozoischen Crinoidea – die Phylogenie postpaläozoischer Crinoidea. Teil 6 Evolutionäre Biologie: Die Ultrastruktur der Röhrenfüße-Epithelzellen und Sekrete – ihre Beziehung zur Duo-Glandular-Hypothese und die Phylogenie der Echinodermen-Klassen – kristallographische Achsen von Echinoiden-Genitalplatten spiegeln die Larvenform wider – einige phylogenetische Implikationen – veränderliche kollagene Gewebe und ihre Bedeutung für die Echinodermen-Paläontologie und Phylogenie – Ursprünge der Tiefsee-Hoasteroiden-Fauna – Ernährungs- und respiratorische Strategien bei Stylophora.",
    openalex = "W635257420"
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Späte Osagean- bis Meramecian-Platycrinites und Eucladocrinus aus Illinois, Iowa und Missouri werden anhand der Typenmaterialien neu beschrieben und neu definiert. Drei der ältesten Arten wurden fälschlicherweise mit P. sarae synonymisiert, und diese Korrektur führt zu einer Neuausrichtung der Art-Systematik innerhalb von Platycrinites. Demzufolge werden sechs Arten von Platycrinites und eine Art von Eucladocrinus im Keokuk-Kalkstein bis zum St. Louis-Kalkstein des Stratotyp-Gebiets als gültig betrachtet. Zu den gültigen Arten gehören Platycrinites saffordi (Hall), P. sarae (Hall), P. georgii (Hall), P. pumilus (Hall), P. brevinodus (Hall), P. niotensis (Meek und Worthen) sowie Eucladocrinus millebrachiatus Wahsmuth und Springer. Nomenklatorische Änderungen umfassen Folgendes: 1) P. sarae wird neu beschrieben und alle jüngeren Synonyme werden entfernt; 2) P. georgii ist ein gültiges Senior-Synonym von P. bonoensis (White), P. aeternalis (Miller), P. boonvillensis (Miller) und P. cauducus; 3) P. pentagonus (Miller) ist ein jüngeres Synonym von P. niotensis; 4) P. pumilus ist ein gültiges Senior-Synonym von P. prattenanus (Meek und Worthen) und P. monroensis (Worthen); 5) P. bloomfieldensis (Miller) wird als nomen dubium bezeichnet; und 6) Eucladocrinus millebrachiatus immaturus ist ein jüngeres Synonym von E. millebrachiatus. Die Evolution neuer Arten in Platycrinites erfolgte durch eine Kombination von Kladogenese und möglicherweise Anagenese. Platycrinites sarae entwickelte sich möglicherweise durch Anagenese von P. saffordi, P. pumilus entwickelte sich durch Kladogenese von P. niotensis, und P. hemisphaericus entwickelte sich durch Kladogenese von P. brevinodus, obwohl P. hemisphaericus nicht im geografischen Bereich dieser Studie vorkommt.

@article{doi101017s0022336000018977,
    author = "Ausich, William I. und Kammer, Thomas",
    title = "Systematik und Phylogenie der späten Osagean- und Meramecian-Krinoiden Platycrinites und Eucladocrinus aus der Mississippian-Stratotyp-Region",
    year = "1990",
    journal = "Journal of Paleontology",
    abstract = "Späte Osagean- bis Meramecian-Platycrinites und Eucladocrinus aus Illinois, Iowa und Missouri werden anhand der Typenmaterialien neu beschrieben und neu definiert. Drei der ältesten Arten wurden fälschlicherweise mit P. sarae synonymisiert, und diese Korrektur führt zu einer Neuausrichtung der Art-Systematik innerhalb von Platycrinites. Demzufolge werden sechs Arten von Platycrinites und eine Art von Eucladocrinus im Keokuk-Kalkstein bis zum St. Louis-Kalkstein des Stratotyp-Gebiets als gültig betrachtet. Zu den gültigen Arten gehören Platycrinites saffordi (Hall), P. sarae (Hall), P. georgii (Hall), P. pumilus (Hall), P. brevinodus (Hall), P. niotensis (Meek und Worthen) sowie Eucladocrinus millebrachiatus Wahsmuth und Springer. Nomenklatorische Änderungen umfassen Folgendes: 1) P. sarae wird neu beschrieben und alle jüngeren Synonyme werden entfernt; 2) P. georgii ist ein gültiges Senior-Synonym von P. bonoensis (White), P. aeternalis (Miller), P. boonvillensis (Miller) und P. cauducus; 3) P. pentagonus (Miller) ist ein jüngeres Synonym von P. niotensis; 4) P. pumilus ist ein gültiges Senior-Synonym von P. prattenanus (Meek und Worthen) und P. monroensis (Worthen); 5) P. bloomfieldensis (Miller) wird als nomen dubium bezeichnet; und 6) Eucladocrinus millebrachiatus immaturus ist ein jüngeres Synonym von E. millebrachiatus. Die Evolution neuer Arten in Platycrinites erfolgte durch eine Kombination von Kladogenese und möglicherweise Anagenese. Platycrinites sarae entwickelte sich möglicherweise durch Anagenese von P. saffordi, P. pumilus entwickelte sich durch Kladogenese von P. niotensis, und P. hemisphaericus entwickelte sich durch Kladogenese von P. brevinodus, obwohl P. hemisphaericus nicht im geografischen Bereich dieser Studie vorkommt.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0022336000018977",
    doi = "10.1017/s0022336000018977",
    openalex = "W2383024533",
    references = "doi101130spe46p1"
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Zeitschriftenartikel Phylogenie als zentrales Prinzip in der Taxonomie: Phylogenetische Definitionen von Taxon-Namen Zugriff erhalten Kevin de Queiroz, Kevin de Queiroz Abteilung für Herpetologie, California Academy of SciencesGolden Gate Park, San Francisco, Kalifornien 94118 Suchen Sie nach weiteren Werken dieses Autors auf: Oxford Academic PubMed Google Scholar Jacques Gauthier Jacques Gauthier Abteilung für Herpetologie, California Academy of SciencesGolden Gate Park, San Francisco, Kalifornien 94118 Suchen Sie nach weiteren Werken dieses Autors auf: Oxford Academic PubMed Google Scholar Systematic Biology, Band 39, Ausgabe 4, Dezember 1990, Seiten 307–322, https://doi.org/10.2307/2992353 Veröffentlicht: 01. Dezember 1990 Artikelverlauf Eingegangen: 13. Februar 1990 Angenommen: 25. Juni 1990 Veröffentlicht: 01. Dezember 1990

@article{doi1023072992353,
    author = "de Queiroz, Kevin und Gauthier, Jacques",
    title = "Phylogenie als zentrales Prinzip in der Taxonomie: Phylogenetische Definitionen von Taxon-Namen",
    year = "1990",
    journal = "Systematic Zoology",
    abstract = "Zeitschriftenartikel Phylogenie als zentrales Prinzip in der Taxonomie: Phylogenetische Definitionen von Taxon-Namen Zugriff erhalten Kevin de Queiroz, Kevin de Queiroz Abteilung für Herpetologie, California Academy of SciencesGolden Gate Park, San Francisco, Kalifornien 94118 Suchen Sie nach weiteren Werken dieses Autors auf: Oxford Academic PubMed Google Scholar Jacques Gauthier Jacques Gauthier Abteilung für Herpetologie, California Academy of SciencesGolden Gate Park, San Francisco, Kalifornien 94118 Suchen Sie nach weiteren Werken dieses Autors auf: Oxford Academic PubMed Google Scholar Systematic Biology, Band 39, Ausgabe 4, Dezember 1990, Seiten 307–322, https://doi.org/10.2307/2992353 Veröffentlicht: 01. Dezember 1990 Artikelverlauf Eingegangen: 13. Februar 1990 Angenommen: 25. Juni 1990 Veröffentlicht: 01. Dezember 1990",
    url = "https://doi.org/10.2307/2992353",
    doi = "10.2307/2992353",
    openalex = "W2004477458",
    references = "doi10108002724634198810011708, doi101086288811, doi1023071793007, doi1023072412685, doi1023072412744, doi1023072806339, doi1023072992272, doi1023073243026, doi105281zenodo16171435, openalexw2065464699, openalexw78510971"
}

Verschiedene Metriken, einschließlich des durchschnittlichen Unterschieds zwischen Arten, des Bereichs des besetzten morphologischen Raums und der Anzahl der Merkmalszustandskombinationen, werden verwendet, um die morphologische Diversifizierung paläozoischer Seeigel zu untersuchen. Trotz mehrerer Phasen der taxonomischen Diversifizierung blieb das maximale Niveau der Disparität, das im Ordovizium erreicht wurde, im Wesentlichen unübertroffen. Obwohl nach dem Devon neue Regionen im morphologischen Raum besetzt wurden, waren diese nicht so ausgedehnt wie diejenigen, die vor dem Karbon geräumt worden waren. Diese Diskrepanz zwischen ausgedehnter Gesamtveränderung der Morphologie und begrenzter Nettoveränderung unterstützt frühere Argumente für die Bedeutung morphologischer Einschränkungen in der Evolution der Seeigel weiter. Große Veränderungen in der Besetzung des morphologischen Raums korrelieren mit Veränderungen der taxonomischen Vielfalt innerhalb bestimmter höherer Taxa. Das Ausmaß, in dem fortgeschrittene Cladiden (Poteriocrinina) scheinbar in neuen morphologischen Raum expandieren, wird durch die große Anzahl sehr ähnlicher Arten in dieser Gruppe übertrieben. Werden weniger Arten untersucht, indem nur solche Formen berücksichtigt werden, die sich voneinander um mindestens einen vorgeschriebenen Betrag unterscheiden, erscheinen Poteriocrinina morphologisch weniger extrem. Im Gegensatz dazu scheinen andere Gruppen, die scheinbar einzigartige Regionen im morphologischen Raum besetzen, dies auch dann zu tun, wenn weniger von ihnen untersucht werden. Die großen Seeigel-Clade—Camerata und Cladida+Flexibilia—zeigen nicht dasselbe evolutionäre Muster wie Crinoidea, sondern weisen stattdessen eine allmählichere Diversifizierung der Morphologie auf. Diese Beobachtung liefert zusätzliche Unterstützung für die Existenz qualitativer Unterschiede zwischen Taxa unterschiedlicher Rangordnung.

@article{doi101017s0094837300013300,
    author = "Foote, Mike",
    title = "Morphologische Diversifizierung paläozoischer Seeigel",
    year = "1995",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Verschiedene Metriken, einschließlich des durchschnittlichen Unterschieds zwischen Arten, des Bereichs des besetzten morphologischen Raums und der Anzahl der Merkmalszustandskombinationen, werden verwendet, um die morphologische Diversifizierung paläozoischer Seeigel zu untersuchen. Trotz mehrerer Phasen der taxonomischen Diversifizierung blieb das maximale Niveau der Disparität, das im Ordovizium erreicht wurde, im Wesentlichen unübertroffen. Obwohl nach dem Devon neue Regionen im morphologischen Raum besetzt wurden, waren diese nicht so ausgedehnt wie diejenigen, die vor dem Karbon geräumt worden waren. Diese Diskrepanz zwischen ausgedehnter Gesamtveränderung der Morphologie und begrenzter Nettoveränderung unterstützt frühere Argumente für die Bedeutung morphologischer Einschränkungen in der Evolution der Seeigel weiter. Große Veränderungen in der Besetzung des morphologischen Raums korrelieren mit Veränderungen der taxonomischen Vielfalt innerhalb bestimmter höherer Taxa. Das Ausmaß, in dem fortgeschrittene Cladiden (Poteriocrinina) scheinbar in neuen morphologischen Raum expandieren, wird durch die große Anzahl sehr ähnlicher Arten in dieser Gruppe übertrieben. Werden weniger Arten untersucht, indem nur solche Formen berücksichtigt werden, die sich voneinander um mindestens einen vorgeschriebenen Betrag unterscheiden, erscheinen Poteriocrinina morphologisch weniger extrem. Im Gegensatz dazu scheinen andere Gruppen, die scheinbar einzigartige Regionen im morphologischen Raum besetzen, dies auch dann zu tun, wenn weniger von ihnen untersucht werden. Die großen Seeigel-Clade—Camerata und Cladida+Flexibilia—zeigen nicht dasselbe evolutionäre Muster wie Crinoidea, sondern weisen stattdessen eine allmählichere Diversifizierung der Morphologie auf. Diese Beobachtung liefert zusätzliche Unterstützung für die Existenz qualitativer Unterschiede zwischen Taxa unterschiedlicher Rangordnung.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300013300",
    doi = "10.1017/s0094837300013300",
    openalex = "W1934468248",
    references = "doi101130spe46p1"
}

Phylogenetische Beziehungen höherer Taxa von Echinoidea wurden unter Verwendung einer morphologischen Datenbank mit 163 Merkmalen und molekularen Sequenzen aus großen und kleinen Untereinheiten (LSU und SSU) ribosomaler RNA (rRNA)-Genen untersucht. Das vollständige SSU-rRNA-Gen wurde für 21 Taxa sequenziert, darunter Vertreter von neun der 14 existierenden Ordnungen der Echinoidea. Teilweise LSU-Sequenzen, die die ersten 400 Basenpaare (b.p.) vom 5'-Ende darstellen, wurden ebenfalls für drei Taxa sequenziert, um eine bestehende Datenbank von zehn Taxa zu ergänzen. Die beiden molekularen Sequenzen lieferten insgesamt 371 variable Stellen, von denen 143 phylogenetisch informativ waren (verglichen mit 145 phylogenetisch informativen Stellen aus morphologischen Daten). Morphologische, LSU- und SSU-Daten wurden separat und gemeinsam analysiert. Morphologische und SSU-Sequenzdaten erzeugen Topologien, die sich nicht signifikant widersprechen (unter Templetons Test), aber das starke Signal, das Arbaciiden mit Clypeasteroiden in der aus LSU abgeleiteten Baumstruktur paart, kennzeichnet die LSU-Sequenzdaten als anomal für dieses Taxon. Ein Ansatz mit „totaler Evidenz" ergab einen Baum, der in der Topologie sehr ähnlich zu dem ist, der aus morphologischen Daten abgeleitet wurde. Wurzelnd auf der Stammgruppen-Echinoid Archaeocidaris deutete unser Baum mit totaler Evidenz die Beziehungen höherer Taxa wie folgt an: Cidaroida (Phormosomatidae (Echinothuriidae (Diadematidae ((Spatangoida (Clypeasteroida, Cassiduloida)) ((Calycina, Arbacioida) (Stomopneustidae (Glyphocidaridae (Temnopleuridae (Echinometridae (Echinidae, Stronglyocentridae)))))))))). Phylogenetische Analysen, die sowohl mit als auch ohne Schlüssel-Fossil-Taxa durchgeführt wurden, ergaben leicht unterschiedliche Topologien. Es ist wichtig, Fossil-Taxa in eine phylogenetische Analyse einzubeziehen, wenn es lange Stammgruppenäste gibt oder wenn die Kronengruppe stark abgeleitet ist.

@article{doi101098rstb19950023,
    author = "Littlewood, D. Timothy J. und Smith, Andrew",
    title = "Eine kombinierte morphologische und molekulare Phylogenie für Seeigel (Echinoidea: Echinodermata)",
    year = "1995",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Phylogenetische Beziehungen höherer Taxa von Echinoidea wurden unter Verwendung einer morphologischen Datenbank mit 163 Merkmalen und molekularen Sequenzen aus großen und kleinen Untereinheiten (LSU und SSU) ribosomaler RNA (rRNA)-Genen untersucht. Das vollständige SSU-rRNA-Gen wurde für 21 Taxa sequenziert, darunter Vertreter von neun der 14 existierenden Ordnungen der Echinoidea. Teilweise LSU-Sequenzen, die die ersten 400 Basenpaare (b.p.) vom 5'-Ende darstellen, wurden ebenfalls für drei Taxa sequenziert, um eine bestehende Datenbank von zehn Taxa zu ergänzen. Die beiden molekularen Sequenzen lieferten insgesamt 371 variable Stellen, von denen 143 phylogenetisch informativ waren (verglichen mit 145 phylogenetisch informativen Stellen aus morphologischen Daten). Morphologische, LSU- und SSU-Daten wurden separat und gemeinsam analysiert. Morphologische und SSU-Sequenzdaten erzeugen Topologien, die sich nicht signifikant widersprechen (unter Templetons Test), aber das starke Signal, das Arbaciiden mit Clypeasteroiden in der aus LSU abgeleiteten Baumstruktur paart, kennzeichnet die LSU-Sequenzdaten als anomal für dieses Taxon. Ein Ansatz mit „totaler Evidenz" ergab einen Baum, der in der Topologie sehr ähnlich zu dem ist, der aus morphologischen Daten abgeleitet wurde. Wurzelnd auf der Stammgruppen-Echinoid Archaeocidaris deutete unser Baum mit totaler Evidenz die Beziehungen höherer Taxa wie folgt an: Cidaroida (Phormosomatidae (Echinothuriidae (Diadematidae ((Spatangoida (Clypeasteroida, Cassiduloida)) ((Calycina, Arbacioida) (Stomopneustidae (Glyphocidaridae (Temnopleuridae (Echinometridae (Echinidae, Stronglyocentridae)))))))))). Phylogenetische Analysen, die sowohl mit als auch ohne Schlüssel-Fossil-Taxa durchgeführt wurden, ergaben leicht unterschiedliche Topologien. Es ist wichtig, Fossil-Taxa in eine phylogenetische Analyse einzubeziehen, wenn es lange Stammgruppenäste gibt oder wenn die Kronengruppe stark abgeleitet ist.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1995.0023",
    doi = "10.1098/rstb.1995.0023",
    openalex = "W2037668986",
    references = "doi105281zenodo16046014"
}

Dieser Artikel stellt eine Schätzung der Phylogenie aller 203 Primatenspezies vor. Der zusammengesetzte Stammbaum wird durch Anwendung eines Parsimoniealgorithmus auf über hundert vorherige Schätzungen abgeleitet und ist gut aufgelöst, mit 160 Knoten. Die Altersangaben von über der Hälfte der Klade im Baum wurden aus Informationen in der Literatur geschätzt. Bootstrapping wurde verwendet, um den Grad der Sicherheit, der mit jeder Klade verbunden ist, anzugeben. Der Baum wird ein nützliches Gerüst für vergleichende Biologen sein und zeigt, welche Bereiche der Primatenphylogenie noch nur lückenhaft bekannt sind.

@article{doi101098rstb19950078,
    author = "Purvis, Andy",
    title = "Eine zusammengesetzte Schätzung der Primatenphylogenie",
    year = "1995",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Dieser Artikel stellt eine Schätzung der Phylogenie aller 203 Primatenspezies vor. Der zusammengesetzte Stammbaum wird durch Anwendung eines Parsimoniealgorithmus auf über hundert vorherige Schätzungen abgeleitet und ist gut aufgelöst, mit 160 Knoten. Die Altersangaben von über der Hälfte der Klade im Baum wurden aus Informationen in der Literatur geschätzt. Bootstrapping wurde verwendet, um den Grad der Sicherheit, der mit jeder Klade verbunden ist, anzugeben. Der Baum wird ein nützliches Gerüst für vergleichende Biologen sein und zeigt, welche Bereiche der Primatenphylogenie noch nur lückenhaft bekannt sind.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1995.0078",
    doi = "10.1098/rstb.1995.0078",
    openalex = "W2081030047",
    references = "doi101016002555648290027x, openalexw638862129"
}

SEAVIEW und PHYLO_WIN sind zwei grafische Werkzeuge für X Windows-Unix-Computer, die dem Sequenzalignment und der molekularen Phylogenetik gewidmet sind. SEAVIEW ist ein Sequenzalignment-Editor, der manuelles oder automatisches Alignment über eine Schnittstelle zum CLUSTALW-Programm ermöglicht. Das Alignment großer Sequenzen mit umfangreichen Längenunterschieden wird durch eine auf Dot-Plots basierende Routine erleichtert. Das PHYLO_WIN-Programm ermöglicht den Aufbau phylogenetischer Bäume nach den meisten üblichen Methoden (Neighbor-Joining mit zahlreichen Distanzschätzungen, maximale Parsimonie, maximale Wahrscheinlichkeit) und eine Bootstrap-Analyse mit einer davon. Rekonstruierte Bäume können gezeichnet, bearbeitet, gedruckt, gespeichert und nach zahlreichen Kriterien bewertet werden. Taxonomische Artengruppen und Sätze konservierter Regionen können per Maus definiert und in Sequenzdateien gespeichert werden, wodurch mehrere Datendateien vermieden werden. Beide Werkzeuge sind vollständig mausgesteuert. Online-Hilfe macht sie einfach zu bedienen. Sie sind anonym per FTP unter biom3.univ-lyon1.fr/pub/ mol_phylogeny oder http:@acnuc.univ-lyon1.fr/ verfügbar, oder per E-Mail an galtier@biomserv.univ-lyon1.fr.

@article{doi101093bioinformatics126543,
    author = "Galtier, Nicolas und Gouy, Manolo und Gautier, Christian",
    title = "SEAVIEW und PHYLO\_WIN: zwei grafische Werkzeuge für Sequenzalignment und molekulare Phylogenie",
    year = "1996",
    journal = "Computer applications in the biosciences",
    abstract = "SEAVIEW und PHYLO\_WIN sind zwei grafische Werkzeuge für X Windows-Unix-Computer, die dem Sequenzalignment und der molekularen Phylogenetik gewidmet sind. SEAVIEW ist ein Sequenzalignment-Editor, der manuelles oder automatisches Alignment über eine Schnittstelle zum CLUSTALW-Programm ermöglicht. Das Alignment großer Sequenzen mit umfangreichen Längenunterschieden wird durch eine auf Dot-Plots basierende Routine erleichtert. Das PHYLO\_WIN-Programm ermöglicht den Aufbau phylogenetischer Bäume nach den meisten üblichen Methoden (Neighbor-Joining mit zahlreichen Distanzschätzungen, maximale Parsimonie, maximale Wahrscheinlichkeit) und eine Bootstrap-Analyse mit einer davon. Rekonstruierte Bäume können gezeichnet, bearbeitet, gedruckt, gespeichert und nach zahlreichen Kriterien bewertet werden. Taxonomische Artengruppen und Sätze konservierter Regionen können per Maus definiert und in Sequenzdateien gespeichert werden, wodurch mehrere Datendateien vermieden werden. Beide Werkzeuge sind vollständig mausgesteuert. Online-Hilfe macht sie einfach zu bedienen. Sie sind anonym per FTP unter biom3.univ-lyon1.fr/pub/ mol\_phylogeny oder http:@acnuc.univ-lyon1.fr/ verfügbar, oder per E-Mail an galtier@biomserv.univ-lyon1.fr.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bioinformatics/12.6.543",
    doi = "10.1093/bioinformatics/12.6.543",
    openalex = "W2149160071",
    references = "doi101007978140206754912413, doi101007bf02407308, doi101093oxfordjournalsmolbeva040343"
}

@article{doi101007bf00987959,
    author = "Oxelman, Bengt und Lidén, Magnus und Berglund, Daniel",
    title = "Chloroplastrps16-Intron-Phylogenie der Tribus Sileneae (Caryophyllaceae)",
    year = "1997",
    journal = "Plant Systematics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00987959",
    doi = "10.1007/bf00987959",
    openalex = "W30417703",
    references = "doi101111j109600311989tb00573x, openalexw638862129"
}

Ein schrittweiser Ansatz wird verwendet, um die Phylogenie der ersten Krinoiden-Strahlung während der Arenig- und Llanvirn-Serie des Ordoviziums zu bestimmen. Eine auf Parsimonie basierende Charakteranalyse wird zunächst für Arenig-Krinoiden durchgeführt und dann für kombinierte Arenig- und Llanvirn-Krinoiden. Die Topologie aus gut aufgelösten Bäumen dieser frühen Krinoiden-Strahlung deutet darauf hin, dass die Crinoidea in sechs Unterklassen unterteilt werden sollten. Eine neue Unterklasse und ein neuer Ordnung, Aethocrinea und Aethocrinida, werden jeweils für Krinoiden mit vier Ringen von Platten in der aboralen Tasse vorgeschlagen: Lintels, Infrabasals, Basals und Radials. Diese aborale Tassenkonstruktion wird am besten durch Aethocrinus dargestellt, einen der ältesten bekannten Krinoiden (?Tremadoc-Arenig). Allerdings ist diese primitive aborale Tassenkonstruktion auch in zwei Llanvirn-Krinoiden, Perittocrinus und Tetracionocrinus, vorhanden. Die Aethocrinea war eine kleine, kurzlebige Strahlung von Krinoiden mit diesem Design, die sich von denen anderer Krinoiden unterschied. Zwei Familien in der Aethocrinida sind die Aethocrinidae, die Aethocrinus einschließt, und die Perittocrinidae, die Perittocrinus und Tetracionocrinus einschließt. Neben der Aethocrinea werden folgende Krinoiden-Unterklassen basierend auf Charakteranalysen dieser frühesten Krinoiden anerkannt: Cladida, Camerata, Disparida, Flexibilia und Articulata.

@article{doi101017s0022336000024276,
    author = "Ausich, William I.",
    title = "Early phylogeny and subclass division of the Crinoidea (Phylum Echinodermata)",
    year = "1998",
    journal = "Journal of Paleontology",
    abstract = "A stepwise approach is employed to determine the phylogeny of the initial crinoid radiation during the Arenig and Llanvirn series of the Ordovician. Parsimony-based character analysis is completed first on Arenig crinoids and then for Arenig and Llanvirn crinoids combined. The topology from well-resolved trees of this early crinoid radiation indicates that the Crinoidea should be subdivided into six subclasses. A new subclass and new order, Aethocrinea and Aethocrinida, respectively, are proposed for crinoids with four circlets of plates in the aboral cup: lintels, infrabasals, basals, and radials. This aboral cup construction is best displayed by Aethocrinus, one of the oldest known crinoids (?Tremadoc-Arenig). However, this primitive aboral cup construction is also present in two Llanvirn crinoids, Perittocrinus and Tetracionocrinus. The Aethocrinea was a small, short-lived radiation of crinoids with this design that was different from those of other crinoids. Two families in the Aethocrinida are the Aethocrinidae, which includes Aethocrinus, and the Perittocrinidae, which includes Perittocrinus and Tetracionocrinus. In addition to the Aethocrinea, the following crinoid subclasses are recognized based on character analyses of these earliest crinoids: Cladida, Camerata, Disparida, Flexibilia, and Articulata.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0022336000024276",
    doi = "10.1017/s0022336000024276",
    openalex = "W2367231388",
    references = "doi101130spe46p1"
}

@article{doi101023a1001761008817,
    author = "Kurtzman, Cletus P. und Robnett, Christie J.",
    title = "Identification and phylogeny of ascomycetous yeasts from analysis of nuclear large subunit (26S) ribosomal DNA partial sequences",
    year = "1998",
    journal = "Antonie van Leeuwenhoek",
    url = "https://doi.org/10.1023/a:1001761008817",
    doi = "10.1023/a:1001761008817",
    openalex = "W1868830645",
    references = "doi101007978140206754912413, doi101093sysbio422182, doi1023072992540"
}

▪ Zusammenfassung Die Silur-Devonische primäre Radiation der Landbiota ist das terrestrische Äquivalent der viel diskutierten kambrischen „Explosion" mariner Faunen. Beide zeigen die Merkmale von Neuheitsradiationen (phänotypische Vielfalt nimmt viel schneller zu als die Artenvielfalt über eine ökologisch ungesättigte und somit wettbewerbsarme Landschaft), und beide endeten mit der Bildung evolutionärer und ökologischer Rahmenwerke, die denen moderner Ökosysteme analog sind. Tiefgreifende Verbesserungen im Verständnis der frühen Evolution von Landpflanzen spiegeln jüngste Befreiungen von mehreren Forschungsbeschränkungen wider: Kladistische Techniken plus DNA-Sequenzdaten von lebenden Verwandten haben revolutionäre Neuinterpretationen der Landpflanzenphylogenie und damit der Systematik und Muster der Charakterzustandsakquisition ausgelöst. Biomechanische und physiologische experimentelle Techniken, die für lebende Pflanzen entwickelt wurden, wurden auf fossile Arten extrapoliert, wobei die Interpretationen sowohl durch das jüngste Wissen unterstützt als auch erschwert werden, dass globale Landmassenpositionen, Strömungen, Klimata und atmosphärische Zusammensetzungen durch das Phanerozoikum hinweg tiefgreifend variabel (und somit nicht-uniformitar) waren. Die Kombination von phylogenetischen und paleoökologischen Daten bietet potenzielle Einblicke in die Identität und Funktion von Schlüsselinnovationen, obwohl aktuelle Hinweise darauf hindeuten, dass die Anhäufung innerhalb von Linien einer kritischen Masse phänotypischer Merkmale wichtig ist. Herausforderungen für weiteren Fortschritt umfassen das Fehlen von Sequenzdaten und die Knappheit phänotypischer Merkmale unter den frühen Landpflanzenkladen sowie einen Fossilbericht, der immer noch unzureichend ist, um bestimmte entscheidende evolutionäre und ökologische Ereignisse genau zu datieren.

@article{doi101146annurevecolsys291263,
    author = "Bateman, Richard M. und Crane, Peter R. und DiMichele, William A. und Kenrick, Paul und Rowe, Nick und Speck, Thomas und Stein, William E.",
    title = "EARLY EVOLUTION OF LAND PLANTS: Phylogenie, Physiologie und Ökologie der primären terrestrischen Radiation",
    year = "1998",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "▪ Zusammenfassung Die Silur-Devonische primäre Radiation der Landbiota ist das terrestrische Äquivalent der viel diskutierten kambrischen „Explosion" mariner Faunen. Beide zeigen die Merkmale von Neuheitsradiationen (phänotypische Vielfalt nimmt viel schneller zu als die Artenvielfalt über eine ökologisch ungesättigte und somit wettbewerbsarme Landschaft), und beide endeten mit der Bildung evolutionärer und ökologischer Rahmenwerke, die denen moderner Ökosysteme analog sind. Tiefgreifende Verbesserungen im Verständnis der frühen Evolution von Landpflanzen spiegeln jüngste Befreiungen von mehreren Forschungsbeschränkungen wider: Kladistische Techniken plus DNA-Sequenzdaten von lebenden Verwandten haben revolutionäre Neuinterpretationen der Landpflanzenphylogenie und damit der Systematik und Muster der Charakterzustandsakquisition ausgelöst. Biomechanische und physiologische experimentelle Techniken, die für lebende Pflanzen entwickelt wurden, wurden auf fossile Arten extrapoliert, wobei die Interpretationen sowohl durch das jüngste Wissen unterstützt als auch erschwert werden, dass globale Landmassenpositionen, Strömungen, Klimata und atmosphärische Zusammensetzungen durch das Phanerozoikum hinweg tiefgreifend variabel (und somit nicht-uniformitar) waren. Die Kombination von phylogenetischen und paleoökologischen Daten bietet potenzielle Einblicke in die Identität und Funktion von Schlüsselinnovationen, obwohl aktuelle Hinweise darauf hindeuten, dass die Anhäufung innerhalb von Linien einer kritischen Masse phänotypischer Merkmale wichtig ist. Herausforderungen für weiteren Fortschritt umfassen das Fehlen von Sequenzdaten und die Knappheit phänotypischer Merkmale unter den frühen Landpflanzenkladen sowie einen Fossilbericht, der immer noch unzureichend ist, um bestimmte entscheidende evolutionäre und ökologische Ereignisse genau zu datieren.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.29.1.263",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.29.1.263",
    openalex = "W2167760809",
    references = "doi101017s0031819100009189, doi101017s009483730001280x, doi1023073515409"
}

Zusammenfassung Das Muster der unterschiedlichen Artenlebensdauern unter fünf Osagean–Meramecian-Krinoiden-Cladus wird auf seine evolutionäre Bedeutung hin analysiert. Unterschiede in der mittleren Artenlebensdauer zwischen Cladus könnten auf Artensortierung basierend auf Eurytopy (Nischenbreite) zurückzuführen sein. Um den Zusammenhang zwischen Lebensdauer und Eurytopy zu testen, war es zunächst notwendig, Generalisten (Eurytopen) vs. Spezialisten (Stenotopen) objektiv zu erkennen. Drei verschiedene Ansätze wurden verwendet: (1) der „Eurytopy-Index" (EI), der ein Maß für die mittlere Anzahl von Fazies pro Art ist; (2) Analyse der funktionellen Morphologie von Krinoiden; und (3) Verwendung der kanonischen Diskriminanzanalyse, um die Artenverteilungen zwischen Fazies zu analysieren, um Generalisten von Spezialisten zu trennen. Die mittlere Artenlebensdauer für jeden Cladus wurde mit vier verschiedenen Ansätzen bewertet: (1) Rarefaktion wurde verwendet, um Unterschiede in der Stichprobengröße, einschließlich sowohl Artenvielfalt als auch Anzahl der Vorkommen, zwischen Cladus zu kontrollieren; (2) die potenzielle Fazieskontrolle der Artenlebensdauer wurde durch ein Bootstrap bewertet, das die beobachteten Daten mit einem Nullmodell verglich, bei dem die Artenlebensdauer nur durch die tatsächlichen Vorkommen jeder Art bekannten Fazies über die Zeit begrenzt war; (3) die Gleichmäßigkeit der Cladus-Artenvielfalt über die Zeit wurde durch den „Index der Gleichmäßigkeit für Artenvielfalt" bewertet, basierend auf der Standardabweichung der Cladus-Artenvielfalt über die Zeitintervalle; und (4) potenzielle Artenbereichstrunkationen wurden durch eine biostratigraphische Lückenanalyse basierend auf der Binomialverteilung bewertet. Die allgemeine Reihenfolge zunehmender Lebensdauer und Eurytopy ist (von geringster zu höchster): flexibles, advanced cladids, camerates, disparids und primitive cladids. Im Allgemeinen waren die pinnulaten Krinoiden (advanced cladids und camerates) Spezialisten mit niedrigerer mittlerer Artenlebensdauer, und die nicht-pinnulaten Krinoiden (disparids und primitive cladids) waren Generalisten mit höherer mittlerer Artenlebensdauer. Pinnulate Krinoiden waren für das Fressen in hochenergetischen Strömungen spezialisiert und daher in ihrer Faziesverteilung begrenzt und vermutlich anfälliger für Aussterben. Die nicht-pinnulaten konnten sowohl in niedrig- als auch in hochenergetischen Strömungen fressen und waren daher weniger in ihrer Faziesverteilung begrenzt und vermutlich weniger anfällig für Aussterben. Die flexibles waren die Ausnahme, da sie nicht-pinnulat waren, aber die niedrigste mittlere Artenlebensdauer hatten, apparently weil sie für tiefere Wasser clastische Umgebungen spezialisiert waren. Im Durchschnitt haben Generalisten-Cladus mittlere Artenlebensdauern, die mindestens bis zu 45 % (≈1,0 ± 0,7 m.y.) länger sind als bei Spezialisten-Cladus. Allerdings verlieh eine größere mittlere Artenlebensdauer nicht unbedingt langfristige Vorteile an einen Cladus. Die spezialisierten advanced cladids wurden zum dominanten Krinoiden-Cladus des späten Paläozoikum und gaben die articulierten Krinoiden des post-Paläozoikum. Dies könnte auf den schnelleren Artenumsatz von Stenotopen zurückzuführen sein, der adaptive evolutionäre Neuheiten für ihren Cladus schuf. Alternativ könnte es einfach das Ergebnis stochastischer Prozesse sein. Die feinere Unterteilung des Nischenraums durch Spezialisten hat frühere Forscher dazu veranlasst, vorherzusagen, dass Spezialisten-Cladus eine höhere Artenvielfalt haben sollten als Generalisten-Cladus. Die vorliegende Studie unterstützt diese Vorhersage.

@article{doi1016660094837319980240155esodsl23co2,
    author = "Kammer, Thomas and Baumiller, Tomasz K. and Ausich, William I.",
    title = "Evolutionäre Bedeutung unterschiedlicher Artenlebensdauern in Osagean–Meramecian (Mississippium) Crinoid-Claden",
    year = "1998",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Abstract Das Muster unterschiedlicher Artenlebensdauern bei fünf Osagean–Meramecian Crinoid-Claden wird auf seine evolutionäre Bedeutung hin analysiert. Unterschiede in der mittleren Artenlebensdauer zwischen Claden könnten auf Artensortierung basierend auf Eurytopy (Nischenbreite) zurückzuführen sein. Um die Beziehung zwischen Lebensdauer und Eurytopy zu testen, war es zunächst notwendig, Generalisten (Eurytopen) vs. Spezialisten (Stenotopen) objektiv zu erkennen. Drei verschiedene Ansätze wurden verwendet: (1) der „Eurytopy-Index" (EI), der ein Maß für die mittlere Anzahl von Fazies pro Art ist; (2) Analyse der Crinoid-Funktionsmorphologie; und (3) Verwendung der kanonischen Diskriminanzanalyse, um die Artenverteilungen zwischen Fazies zu analysieren, um Generalisten von Spezialisten zu trennen. Die mittlere Artenlebensdauer für jeden Claden wurde mit vier verschiedenen Ansätzen bewertet: (1) Rarefaktion wurde verwendet, um Unterschiede in der Stichprobengröße, einschließlich sowohl Artenvielfalt als auch Anzahl der Vorkommen, zwischen Claden zu kontrollieren; (2) die potenzielle Fazies-Kontrolle der Artenlebensdauer wurde durch ein Bootstrap bewertet, das die beobachteten Daten mit einem Nullmodell verglich, bei dem die Artenlebensdauer nur durch die tatsächlichen Vorkommen jeder bekannten Art über die Zeit begrenzt war; (3) die Gleichmäßigkeit der Claden-Artenvielfalt über die Zeit wurde durch den „Index der Gleichmäßigkeit für Artenvielfalt" bewertet, basierend auf der Standardabweichung der Claden-Artenvielfalt über die Zeitintervalle; und (4) potenzielle Artenbereichstrunkationen wurden durch eine biostratigraphische Lückenanalyse basierend auf der Binomialverteilung bewertet. Die allgemeine Reihenfolge zunehmender Lebensdauer und Eurytopy ist (von geringster zu höchster): flexibles, fortgeschrittene Cladiden, Cameraten, Dispariden und primitive Cladiden. Im Allgemeinen waren die pinnulaten Crinoiden (fortgeschrittene Cladiden und Cameraten) Spezialisten mit niedrigerer mittlerer Artenlebensdauer, und die nicht-pinnulaten Crinoiden (Dispariden und primitive Cladiden) waren Generalisten mit höherer mittlerer Artenlebensdauer. Pinnulate Crinoiden waren für das Fressen in Strömungen mit hoher Energie spezialisiert und daher in ihrer Faziesverteilung begrenzt und vermutlich anfälliger für Aussterben. Die nicht-pinnulaten konnten sowohl in Strömungen mit niedriger als auch mit hoher Energie fressen und waren daher weniger in ihrer Faziesverteilung begrenzt und vermutlich weniger anfällig für Aussterben. Die Flexibles waren die Ausnahme, da sie nicht-pinnulat waren, aber die niedrigste mittlere Artenlebensdauer hatten, apparently weil sie für tiefere Wasser-klastische Umgebungen spezialisiert waren. Im Durchschnitt haben Generalisten-Claden mittlere Artenlebensdauern, die mindestens bis zu 45\% (≈1,0 ± 0,7 m.y.) länger sind als bei Spezialisten-Claden. Allerdings verlieh eine größere mittlere Artenlebensdauer nicht unbedingt langfristige Vorteile an einen Claden. Die spezialisierten fortgeschrittenen Cladiden wurden zum dominanten Crinoid-Claden des späten Paläozoikum und gaben die articulierten Crinoiden des post-Paläozoikum. Dies könnte auf den schnelleren Artenumsatz von Stenotopen zurückzuführen sein, der adaptive evolutionäre Neuheiten für ihren Claden schuf. Alternativ könnte es einfach das Ergebnis stochastischer Prozesse sein. Die feinere Unterteilung des Nischenraums durch Spezialisten hat frühere Forscher dazu veranlasst, vorherzusagen, dass Spezialisten-Claden eine höhere Artenvielfalt haben sollten als Generalisten-Claden. Die vorliegende Studie unterstützt diese Vorhersage.",
    url = "https://doi.org/10.1666/0094-8373(1998)024[0155:esodsl]2.3.co;2",
    doi = "10.1666/0094-8373(1998)024[0155:esodsl]2.3.co;2",
    openalex = "W2167883380",
    references = "doi101130spe46p1"
}

Die paläozoischen und postpaläozoischen Radiationen von Seeigeln bieten die Möglichkeit, genomische und ökologische Erklärungen für Muster der morphologischen Diversifizierung zu untersuchen. Die Analyse von Daten diskreter Merkmale, die die Hauptmerkmale des Seeigel-Skeletts abdecken, zeigt, dass sowohl die paläozoischen als auch die postpaläozoischen Zunahmen der morphologischen Disparität abrupt waren; dies ist mit einer schnellen Ausbeutung offener ökologischer Gelegenheiten in beiden Fällen konsistent. Für die postpaläozoische Radiation ist dieses Ergebnis empfindlich gegenüber einigen Aspekten der Datenanalyse und Stichprobenziehung, sodass es nicht als uneingeschränkt gültig betrachtet werden kann. Die Verlangsamung der morphologischen Diversifizierung innerhalb jeder Radiation ist mit einem beobachteten Rückgang der Raten der taxonomischen Entstehung sowie mit dem Erreichen funktionaler oder struktureller Grenzen konsistent. Trotz dieser Ähnlichkeiten in den beiden Radiationen nutzten paläozoische Seeigel ein breiteres Spektrum morphologischer Designs als ihre postpaläozoischen Nachfolger. Postpaläozoische Seeigel nutzten ein breites Spektrum ökologischer Strategien, obwohl sie in vielen Aspekten der Form stereotyp waren. Dieser Unterschied zwischen den Radiationen ist mit einer Zunahme der Starrheit genetischer und entwicklungsbiologischer Systeme konsistent. Das Spektrum postpaläozoischer Designs ist im Wesentlichen kein Teilmenge des paläozoischen Spektrums. Die beiden Radiationen führten zu morphologischen Verteilungen, die weitgehend nicht überlappen, was möglicherweise auf ein unterschiedliches Spektrum ökologischer Strategien zurückzuführen ist.

@article{doi101017s0094837300020236,
    author = "Foote, Mike",
    title = "Morphologische Vielfalt in der evolutionären Radiation von paläozoischen und postpaläozoischen Seeigeln",
    year = "1999",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Die paläozoischen und postpaläozoischen Radiationen von Seeigeln bieten die Möglichkeit, genomische und ökologische Erklärungen für Muster der morphologischen Diversifizierung zu untersuchen. Die Analyse von Daten diskreter Merkmale, die die Hauptmerkmale des Seeigel-Skeletts abdecken, zeigt, dass sowohl die paläozoischen als auch die postpaläozoischen Zunahmen der morphologischen Disparität abrupt waren; dies ist mit einer schnellen Ausbeutung offener ökologischer Gelegenheiten in beiden Fällen konsistent. Für die postpaläozoische Radiation ist dieses Ergebnis empfindlich gegenüber einigen Aspekten der Datenanalyse und Stichprobenziehung, sodass es nicht als uneingeschränkt gültig betrachtet werden kann. Die Verlangsamung der morphologischen Diversifizierung innerhalb jeder Radiation ist mit einem beobachteten Rückgang der Raten der taxonomischen Entstehung sowie mit dem Erreichen funktionaler oder struktureller Grenzen konsistent. Trotz dieser Ähnlichkeiten in den beiden Radiationen nutzten paläozoische Seeigel ein breiteres Spektrum morphologischer Designs als ihre postpaläozoischen Nachfolger. Postpaläozoische Seeigel nutzten ein breites Spektrum ökologischer Strategien, obwohl sie in vielen Aspekten der Form stereotyp waren. Dieser Unterschied zwischen den Radiationen ist mit einer Zunahme der Starrheit genetischer und entwicklungsbiologischer Systeme konsistent. Das Spektrum postpaläozoischer Designs ist im Wesentlichen kein Teilmenge des paläozoischen Spektrums. Die beiden Radiationen führten zu morphologischen Verteilungen, die weitgehend nicht überlappen, was möglicherweise auf ein unterschiedliches Spektrum ökologischer Strategien zurückzuführen ist.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300020236",
    doi = "10.1017/s0094837300020236",
    openalex = "W4249583477",
    references = "doi101111j150239311977tb00628x"
}

Die Phylogenie beschreibt das hierarchische Abstammungsmuster einer Gruppe von Arten von einem gemeinsamen Vorfahren. Wenn Informationen über die Charakterzustände der gegenwärtigen Arten verfügbar sind, wird die Möglichkeit eröffnet, diese Informationen in Kombination mit der Phylogenie zu verwenden, um die historischen Ereignisse der Evolution zu rekonstruieren. Diese Rekonstruktionen können verwendet werden, um ein Bild der Welt zu gewinnen, wie die Arten sich entlang dessen entwickelten, was später die Äste der Phylogenie bilden würde. Dies bietet wiederum einen Weg, Hypothesen über Evolution und Anpassung zu testen. Methoden, die auf dem Prinzip der Parsimonie basieren, rekonstruieren die ancestralen Charakterzustände, um die Anzahl der historischen Charakterveränderungen zu minimieren, die erforderlich sind, um die unter den gegenwärtigen Arten beobachtete Vielfalt zu erzeugen (siehe Maddison et al., 1984, für eine allgemeine Darstellung). Eine Alternative zu Ansätzen der Parsimonie nutzt das Prinzip der maximalen Wahrscheinlichkeit. Maximale-Wahrscheinlichkeits-Lösungen machen die beobachteten Daten am wahrscheinlichsten gegeben ein Modell des untersuchten Prozesses (siehe Edwards, 1972). In einem phylogenetischen Kontext bedeutet dies, die ancestralen Charakterzustände so zu rekonstruieren, dass die unter den gegenwärtigen Arten beobachteten Charakterzustände am wahrscheinlichsten sind, gegeben ein statistisches Modell des Ablaufs der Evolution. Maximale-Wahrscheinlichkeits-Lösungen können oder können nicht die parsimonöseste Lösung sein. Ich beschränke mich hier darauf, maximale-Wahrscheinlichkeits-Modelle zu verwenden, um ancestrale Charakterzustände für binäre diskrete Charaktere abzuleiten, das heißt, für Charaktere, die nur zwei Zustände annehmen können, obwohl die Verallgemeinerung auf mehr als zwei Zustände keine neuen Konzepte erfordert. Mein Ansatz zur Rekonstruktion ancestraler Zustände nutzt ein Markov-Modell der binären Charakterevolution auf Phylogenien (Pagel, 1994). Sanderson (1993) beschreibt ein verwandtes Modell zur Untersuchung von Raten des Gewinns und Verlusts von Charakteren, für die die ancestralen Zustände als bekannt angenommen werden. Schluter (1995), Yang et al. (1995) und Koshi und Goldstein (1996) leiten Methoden ab, die den von mir hier beschriebenen Verfahren ähnlich sind. Allerdings verwenden Yang et al. (1995) und Koshi und Goldstein (1996) das, was ich „globale“ Methoden nennen werde, zur Schätzung ancestraler Charaktere; ich argumentiere für einen „lokalen“ Ansatz mit der Begründung, dass die globale Methode keine maximale-Wahrscheinlichkeits-Schätzung der interessierenden Hypothese liefert. Schluter (1995) berichtete in seiner Untersuchung von artiodactylen Ribonukleasen über globale und lokale Schätzer, und Schluter et al. (1997) berichteten über globale Schätzer. In mehreren jüngeren Arbeiten wies Schluter (1995; Schluter et al., 1997) auf die Nützlichkeit der Rekonstruktion ancestraler Charakterzustände für das Testen von Ideen über Anpassung und Evolution hin, und ein Großteil dessen, was ich hier sage, verdankt seine Inspiration diesen Untersuchungen. Mooers und Schluter (1999) liefern nun wichtige zusätzliche Beispiele dafür, wie maximale-Wahrscheinlichkeits-Methoden sowohl mehr Informationen über ancestrale Charakterzustände zurückgeben können als Ansätze der Parsimonie, als auch Informationen, die im Widerspruch zu Parsimonie-Rekonstruktionen stehen. Ich beabsichtige, diesen Artikel als Einführung für diejenigen zu dienen, die an die Verwendung von maximalen-Wahrscheinlichkeits-Methoden interessiert sind, aber möglicherweise nicht mit der Mathematik des Ansatzes vertraut sind. Demzufolge beginne ich mit dem einfachsten Fall der Schätzung des ancestralen Zustands von zwei Arten.

@article{doi101080106351599260184,
    author = "Pagel, Mark",
    title = "The Maximum Likelihood Approach to Reconstructing Ancestral Character States of Discrete Characters on Phylogenies",
    year = "1999",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Eine Phylogenie beschreibt das hierarchische Abstammungsmuster einer Gruppe von Arten von einem gemeinsamen Vorfahren. Wenn Informationen über die Charakterzustände der gegenwärtigen Arten verfügbar sind, wird die Möglichkeit eröffnet, diese Informationen in Kombination mit der Phylogenie zu verwenden, um die historischen Ereignisse der Evolution zu rekonstruieren. Diese Rekonstruktionen können verwendet werden, um ein Bild der Welt zu erhalten, wie die Arten sich entlang dessen entwickelten, was später die Äste der Phylogenie bilden würde. Dies wiederum bietet einen Weg, Hypothesen über Evolution und Anpassung zu testen. Methoden, die auf dem Prinzip der Parsimonie basieren, rekonstruieren die ancestralen Charakterzustände, um die Anzahl der historischen Charakterveränderungen zu minimieren, die erforderlich sind, um die unter den gegenwärtigen Arten beobachtete Diversität zu erzeugen (siehe Maddison et al., 1984, für eine allgemeine Darstellung). Eine Alternative zu Ansätzen der Parsimonie macht vom Prinzip der maximalen Wahrscheinlichkeit Gebrauch. Maximale-Wahrscheinlichkeits-Lösungen machen die beobachteten Daten am wahrscheinlichsten gegeben ein Modell des untersuchten Prozesses (siehe Edwards, 1972). In einem phylogenetischen Kontext bedeutet dies, die ancestralen Charakterzustände so zu rekonstruieren, dass die unter den gegenwärtigen Arten beobachteten Charakterzustände am wahrscheinlichsten sind, gegeben ein statistisches Modell der Art und Weise, wie die Evolution verläuft. Maximale-Wahrscheinlichkeits-Lösungen können oder können nicht die parsimonöseste Lösung sein. Ich beschränke mich hier darauf, maximale-Wahrscheinlichkeits-Modelle zu verwenden, um ancestrale Charakterzustände für binäre diskrete Charaktere abzuleiten, das heißt, für Charaktere, die nur zwei Zustände annehmen können, obwohl die Verallgemeinerung auf mehr als zwei Zustände keine neuen Konzepte erfordert. Mein Ansatz zur Rekonstruktion ancestraler Zustände macht von einem Markov-Modell der binären Charakterevolution auf Phylogenien Gebrauch (Pagel, 1994). Sanderson (1993) beschreibt ein verwandtes Modell zur Untersuchung von Raten des Gewinns und Verlusts von Charakteren, für die die ancestralen Zustände als bekannt angenommen werden. Schluter (1995), Yang et al. (1995) und Koshi und Goldstein (1996) leiten Methoden ab, die den von mir hier beschriebenen Verfahren ähnlich sind. Allerdings verwenden Yang et al. (1995) und Koshi und Goldstein (1996) das, was ich als „globale" Methoden bezeichnen werde, zur Schätzung ancestraler Charaktere; ich argumentiere für einen „lokalen" Ansatz mit der Begründung, dass die globale Methode keine maximale-Wahrscheinlichkeits-Schätzung der interessierenden Hypothese liefert. Schluter (1995) berichtete über globale und lokale Schätzer in seiner Untersuchung von artiodactylen Ribonukleasen, und Schluter et al. (1997) berichteten über globale Schätzer. In mehreren jüngeren Arbeiten wies Schluter (1995; Schluter et al., 1997) auf die Nützlichkeit der Rekonstruktion ancestraler Charakterzustände für das Testen von Ideen über Anpassung und Evolution hin, und ein Großteil dessen, was ich hier sage, verdankt seine Inspiration diesen Untersuchungen. Mooers und Schluter (1999) liefern nun wichtige zusätzliche Beispiele dafür, wie maximale-Wahrscheinlichkeits-Methoden sowohl mehr Informationen über ancestrale Charakterzustände zurückgeben können als Ansätze der Parsimonie, als auch Informationen, die im Widerspruch zu Parsimonie-Rekonstruktionen stehen. Ich beabsichtige, diesen Artikel als Einführung für diejenigen zu dienen, die an der Verwendung maximaler-Wahrscheinlichkeits-Methoden interessiert sind, aber möglicherweise nicht mit der Mathematik des Ansatzes vertraut sind. Demzufolge beginne ich mit dem einfachsten Fall der Schätzung des ancestralen Zustands von zwei Arten.",
    url = "https://doi.org/10.1080/106351599260184",
    doi = "10.1080/106351599260184",
    openalex = "W2114075279",
    references = "doi101093sysbio33183, doi101111j146364091997tb00423x, doi1023072413134"
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Die paläozoischen und postpaläozoischen Radiationen von Seeigeln bieten die Möglichkeit, genomische und ökologische Erklärungen für Muster der morphologischen Diversifizierung zu untersuchen. Die Analyse von Daten diskreter Merkmale, die die Hauptmerkmale des Seeigel-Skeletts abdecken, zeigt, dass sowohl die paläozoischen als auch die postpaläozoischen Zunahmen der morphologischen Disparität abrupt waren; dies ist konsistent mit einer schnellen Ausbeutung offener ökologischer Gelegenheiten in beiden Fällen. Für die postpaläozoische Radiation ist dieses Ergebnis empfindlich gegenüber einigen Aspekten der Datenanalyse und Stichprobenziehung, sodass es nicht als uneingeschränkt gültig betrachtet werden kann. Die Verlangsamung der morphologischen Diversifizierung innerhalb jeder Radiation ist konsistent mit einem beobachteten Rückgang der Raten der taxonomischen Entstehung sowie mit dem Erreichen funktionaler oder struktureller Grenzen. Trotz dieser Ähnlichkeiten in den beiden Radiationen nutzten paläozoische Seeigel ein breiteres Spektrum morphologischer Designs als ihre postpaläozoischen Nachfolger. Postpaläozoische Seeigel nutzten ein breites Spektrum ökologischer Strategien, obwohl sie in vielen Aspekten der Form stereotyp waren. Dieser Unterschied zwischen den Radiationen ist konsistent mit einer Zunahme der Starrheit genetischer und entwicklungsbiologischer Systeme. Das Spektrum postpaläozoischer Designs ist im Wesentlichen kein Teilmenge des paläozoischen Spektrums. Die beiden Radiationen führten zu morphologischen Verteilungen, die weitgehend nicht überlappen, was vielleicht auf ein unterschiedliches Spektrum ökologischer Strategien zurückzuführen ist.

@article{doi101666009483731999251mditer20co2,
    author = "Foote, Mike",
    title = "Morphologische Vielfalt in der evolutionären Radiation von paläozoischen und postpaläozoischen Seeigeln",
    year = "1999",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Die paläozoischen und postpaläozoischen Radiationen von Seeigeln bieten die Möglichkeit, genomische und ökologische Erklärungen für Muster der morphologischen Diversifizierung zu untersuchen. Die Analyse von Daten diskreter Merkmale, die die Hauptmerkmale des Seeigel-Skeletts abdecken, zeigt, dass sowohl die paläozoischen als auch die postpaläozoischen Zunahmen der morphologischen Disparität abrupt waren; dies ist konsistent mit einer schnellen Ausbeutung offener ökologischer Gelegenheiten in beiden Fällen. Für die postpaläozoische Radiation ist dieses Ergebnis empfindlich gegenüber einigen Aspekten der Datenanalyse und Stichprobenziehung, sodass es nicht als uneingeschränkt gültig betrachtet werden kann. Die Verlangsamung der morphologischen Diversifizierung innerhalb jeder Radiation ist konsistent mit einem beobachteten Rückgang der Raten der taxonomischen Entstehung sowie mit dem Erreichen funktionaler oder struktureller Grenzen. Trotz dieser Ähnlichkeiten in den beiden Radiationen nutzten paläozoische Seeigel ein breiteres Spektrum morphologischer Designs als ihre postpaläozoischen Nachfolger. Postpaläozoische Seeigel nutzten ein breites Spektrum ökologischer Strategien, obwohl sie in vielen Aspekten der Form stereotyp waren. Dieser Unterschied zwischen den Radiationen ist konsistent mit einer Zunahme der Starrheit genetischer und entwicklungsbiologischer Systeme. Das Spektrum postpaläozoischer Designs ist im Wesentlichen kein Teilmenge des paläozoischen Spektrums. Die beiden Radiationen führten zu morphologischen Verteilungen, die weitgehend nicht überlappen, was vielleicht auf ein unterschiedliches Spektrum ökologischer Strategien zurückzuführen ist.",
    url = "https://doi.org/10.1666/0094-8373(1999)25[1:mditer]2.0.co;2",
    doi = "10.1666/0094-8373(1999)25[1:mditer]2.0.co;2",
    openalex = "W2177267176",
    references = "doi101007bf03190413, doi101017s0094837300003778, doi101017s0094837300012306, doi101017s009483730001263x, doi101038361219a0, doi101093biomet5334325, doi101126science2064415217, doi101126science21545391501, doi10113719781611970319, doi101146annurevecolsys281129, doi105962bhltitle66379"
}

Evolutionäre Biologen haben einfache Likelihood-Modelle für die Schätzung von Vorfahrzuständen und die Bewertung der Unabhängigkeit von Merkmalen auf angegebenen Phylogenien übernommen; jedoch bleibt für die Schätzung von Phylogenien unter Verwendung diskreter morphologischer Daten die maximale Parsimonie die einzige Option. Dieser Artikel untersucht die Möglichkeit, standardisierte, gut verhaltene Markov-Modelle zur Schätzung morphologischer Phylogenien (einschließlich Astlängen) unter dem Likelihood-Kriterium zu verwenden. Eine wichtige Modifikation standardisierter Markov-Modelle besteht darin, das Likelihood bedingt auf die Variabilität der Merkmale zu machen, da konstante Merkmale in morphologischen Datensätzen fehlen. Ohne diese Modifikation werden Astlängen häufig überschätzt, was zu potenziell schwerwiegenden Verzerrungen bei der Auswahl der Baumtopologie führt. Ein explizit modellbasierter Ansatz zur phylogenetischen Analyse diskreter morphologischer Daten eröffnet mehrere neue Forschungsrichtungen, einschließlich kombinierter-Daten-Likelihood-Analysen (Morphologie + Sequenzdaten), Likelihood-Quoten-Tests und Bayesianischer Analysen.

@article{doi101080106351501753462876,
    author = "Lewis, Paul O.",
    title = "A Likelihood Approach to Estimating Phylogeny from Discrete Morphological Character Data",
    year = "2001",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Evolutionäre Biologen haben einfache Likelihood-Modelle für die Schätzung von Vorfahrzuständen und die Bewertung der Unabhängigkeit von Merkmalen auf angegebenen Phylogenien übernommen; jedoch bleibt für die Schätzung von Phylogenien unter Verwendung diskreter morphologischer Daten die maximale Parsimonie die einzige Option. Dieser Artikel untersucht die Möglichkeit, standardisierte, gut verhaltene Markov-Modelle zur Schätzung morphologischer Phylogenien (einschließlich Astlängen) unter dem Likelihood-Kriterium zu verwenden. Eine wichtige Modifikation standardisierter Markov-Modelle besteht darin, das Likelihood bedingt auf die Variabilität der Merkmale zu machen, da konstante Merkmale in morphologischen Datensätzen fehlen. Ohne diese Modifikation werden Astlängen häufig überschätzt, was zu potenziell schwerwiegenden Verzerrungen bei der Auswahl der Baumtopologie führt. Ein explizit modellbasierter Ansatz zur phylogenetischen Analyse diskreter morphologischer Daten eröffnet mehrere neue Forschungsrichtungen, einschließlich kombinierter-Daten-Likelihood-Analysen (Morphologie + Sequenzdaten), Likelihood-Quoten-Tests und Bayesianischer Analysen.",
    url = "https://doi.org/10.1080/106351501753462876",
    doi = "10.1080/106351501753462876",
    openalex = "W2122082385",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi101007bf02338839, doi101016b9781483232119500097, doi101093oxfordjournalsmolbeva025811, doi101093oxfordjournalsmolbeva026160, doi101098rspb19940006, doi1012019781003456285, openalexw2994240441"
}

MacClade ist ein Computerprogramm mit begleitendem Handbuch, das Theorie und Werkzeuge für die grafische und interaktive Analyse molekularer und morphologischer Daten, der Phylogenie und der Charakterevolution bietet. Systematiker und andere evolutionäre Biologen können ihre flexiblen Werkzeuge nutzen, um die Phylogenie und die Charakterevolution zu analysieren, doch seine Benutzerfreundlichkeit ermöglicht es auch Anfängern, phylogenetische Prinzipien in einer interaktiven Umgebung zu erfassen.

@article{doi105860choice392183,
    title = "MacClade 4.0: Analyse der Phylogenie und der Charakterevolution",
    year = "2001",
    journal = "Choice Reviews Online",
    abstract = "MacClade ist ein Computerprogramm mit begleitendem Handbuch, das Theorie und Werkzeuge für die grafische und interaktive Analyse molekularer und morphologischer Daten, der Phylogenie und der Charakterevolution bietet. Systematiker und andere evolutionäre Biologen können ihre flexiblen Werkzeuge nutzen, um die Phylogenie und die Charakterevolution zu analysieren, doch seine Benutzerfreundlichkeit ermöglicht es auch Anfängern, phylogenetische Prinzipien in einer interaktiven Umgebung zu erfassen.",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.39-2183",
    doi = "10.5860/choice.39-2183",
    openalex = "W1522592213"
}

▪ Zusammenfassung Mit der Verfügbarkeit besserer phylogenetischer Hypothesen für viele Organismengruppen können Studien zur Community Ecology durch Kenntnisse der evolutionären Beziehungen zwischen koexistierenden Arten informiert werden. Wir weisen auf drei primäre Ansätze zur Integration phylogenetischer Informationen in Studien zur Community-Organisation hin: 1. Untersuchung der phylogenetischen Struktur von Community-Assemblagen, 2. Erforschung der phylogenetischen Grundlage der Community-Nischenstruktur und 3. Hinzufügen eines Community-Kontexts zu Studien zur Merkmalsentwicklung und Biogeographie. Wir erkennen ein gemeinsames Muster phylogenetischer Konservierung bei ökologischen Merkmalen und heben die Herausforderungen bei der Verwendung von Phylogenien partieller Abstammungslinien hervor. Zudem rezensieren wir phylogenetische Ansätze für drei emergente Eigenschaften von Communities: Artenvielfalt, relative Abundanzverteilungen und Verbreitungsgrößen. Methodische Fortschritte bei der Konstruktion phylogenetischer Superbäume, der Merkmalsrekonstruktion, Nullmodellen für die Community-Zusammensetzung und Merkmalsentwicklung sowie Metriken der Community-phylogenetischen Struktur bilden die Grundlage für den jüngeren Fortschritt in diesen Bereichen. Wir heben das Potenzial hervor, dass Community-Ökologen von phylogenetischem Wissen profitieren können, und schlagen mehrere Wege für zukünftige Forschung vor.

@article{doi101146annurevecolsys33010802150448,
    author = "Webb, Campbell O. und Ackerly, David D. und McPeek, Mark A. und Donoghue, Michael J.",
    title = "Phylogenie und Community Ecology",
    year = "2002",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "▪ Zusammenfassung Mit der Verfügbarkeit besserer phylogenetischer Hypothesen für viele Organismengruppen können Studien zur Community Ecology durch Kenntnisse der evolutionären Beziehungen zwischen koexistierenden Arten informiert werden. Wir weisen auf drei primäre Ansätze zur Integration phylogenetischer Informationen in Studien zur Community-Organisation hin: 1. Untersuchung der phylogenetischen Struktur von Community-Assemblagen, 2. Erforschung der phylogenetischen Grundlage der Community-Nischenstruktur und 3. Hinzufügen eines Community-Kontexts zu Studien zur Merkmalsentwicklung und Biogeographie. Wir erkennen ein gemeinsames Muster phylogenetischer Konservierung bei ökologischen Merkmalen und heben die Herausforderungen bei der Verwendung von Phylogenien partieller Abstammungslinien hervor. Zudem rezensieren wir phylogenetische Ansätze für drei emergente Eigenschaften von Communities: Artenvielfalt, relative Abundanzverteilungen und Verbreitungsgrößen. Methodische Fortschritte bei der Konstruktion phylogenetischer Superbäume, der Merkmalsrekonstruktion, Nullmodellen für die Community-Zusammensetzung und Merkmalsentwicklung sowie Metriken der Community-phylogenetischen Struktur bilden die Grundlage für den jüngeren Fortschritt in diesen Bereichen. Wir heben das Potenzial hervor, dass Community-Ökologen von phylogenetischem Wissen profitieren können, und schlagen mehrere Wege für zukünftige Forschung vor.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.33.010802.150448",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.33.010802.150448",
    openalex = "W2109628725",
    references = "doi10100797814615696881, doi101007978303487527124, doi101007bf02806171, doi101016s0169534701021619, doi101038363342a0, doi10108010292389509380518, doi101086282106, doi101086282505, doi101086284325, doi101086285258, doi101086285357, doi101086627905, doi101093oso97801985052350010001, doi101093oso97801985464120010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi101098rstb19950125, doi101111j001438202001tb00826x, doi101111j109583122001tb01368x, doi101126science20343871299, doi101126science2354785167, doi101126science2785338692, doi101126science27953592115, doi101126science28554311265, doi101146annurevecolsys311343, doi1015159781400881376, doi1023071446122, doi1023071939377, doi1023072412182, doi1023072413039, doi1023072485224, doi1023073071998, doi1023073544421, doi1023075503, doi102307jctv1nzfgj7, doi105860choice295104, doi105860choice375647, doi105860choice392183, openalexw2273605253, openalexw3035987306"
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Homologie bildet das Fundament vergleichender Studien in der Biologie auf allen Ebenen von Genen bis zu Phänotypen. Homologie ist Ähnlichkeit aufgrund gemeinsamer Abstammung und Verwandtschaft; Homoplasie ist Ähnlichkeit, die durch unabhängige Evolution erreicht wurde. Allerdings gibt es nur einen Baum des Lebens, sodass alle Organismen und daher alle Merkmale von Organismen in gewissem Maße miteinander verwandt und ähnlich sind. Dieses Teilen kann Ähnlichkeit oder sogar Identität von Struktur und das Teilen eines jüngsten gemeinsamen Vorfahren widerspiegeln – wie bei der Homologie der Arme von Menschen und Affen – oder es kann einen gewissen (oft kleinen) Grad an Ähnlichkeit widerspiegeln, wie etwa zwischen den Flügeln von Insekten und den Flügeln von Vögeln, Gruppen, deren gemeinsamer Vorfahre tief in der evolutionären Geschichte der Metazoa liegt. Es kann das Teilen ganzer Entwicklungswege, teilweise Teilen oder divergenter Wege widerspiegeln. Diese Übersicht vergleicht Merkmale, die als homolog klassifiziert werden, mit den Klassen von Merkmalen, die normalerweise als homoplastisch gruppiert werden, wobei letztere Konvergenz, Parallelismus, Rückbildungen, Rudimente, Relikte und Atavismen umfassen. Einerseits können Entwicklungsmechanismen konserviert bleiben, selbst wenn eine vollständige Struktur nicht gebildet wird (Rudimente, Relikte) oder wenn eine Struktur nur bei einigen Individuen auftritt (Atavismen). Andererseits können unterschiedliche Entwicklungsmechanismen ähnliche (homologe) Merkmale erzeugen. Eine gemeinsame Untersuchung der Verwandtschaftsnähe und des Grades geteilter Entwicklung offenbart ein Kontinuum innerhalb einer erweiterten Kategorie der Homologie, das sich von Homologie → Rückbildungen → Rudimente → Relikte → Atavismen → Parallelismus erstreckt, wobei Konvergenz die einzige Klasse der Homoplasie ist, eine Idee, die sich als überraschend alt herausstellt. Diese Neuausrichtung bietet einen ersten Ansatz, um phylogenetische und entwicklungsbiologische Ansätze zur Homologie und Homoplasie zu verbinden, eine Brücke, die eine wichtige Säule für die evolutionäre Entwicklungsbiologie (Evo-Devo) bilden sollte. Sie wird und kann in praktischer Hinsicht nicht ändern, wie homoplastische Merkmale in phylogenetischen Analysen identifiziert werden. Aber das Betrachten von Rudimenten, Rückbildungen, Relikten, Atavismen und Parallelismus als näher an der Homologie als an der Homoplasie sollte uns dazu führen, nach den gemeinsamen Elementen zu suchen, die der Bildung des Phänotyps zugrunde liegen (was einige als die tiefe Homologie genetischer und/oder zellulärer Mechanismen bezeichnet haben), anstatt Merkmale in Bezug auf geteilte oder unabhängige Evolution zu diskutieren.

@article{doi101017s1464793102006097,
    author = "Hall, Brian K.",
    title = "Descent with modification: the unity underlying homology and homoplasy as seen through an analysis of development and evolution",
    year = "2003",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "Homologie bildet das Fundament vergleichender Studien in der Biologie auf allen Ebenen von Genen bis zu Phänotypen. Homologie ist Ähnlichkeit aufgrund gemeinsamer Abstammung und Verwandtschaft; Homoplasie ist Ähnlichkeit, die durch unabhängige Evolution erreicht wurde. Allerdings gibt es nur einen Baum des Lebens, sodass alle Organismen und daher alle Merkmale von Organismen in gewissem Maße miteinander verwandt und ähnlich sind. Dieses Teilen kann Ähnlichkeit oder sogar Identität von Struktur und das Teilen eines jüngsten gemeinsamen Vorfahren widerspiegeln – wie bei der Homologie der Arme von Menschen und Affen – oder es kann einen gewissen (oft kleinen) Grad an Ähnlichkeit widerspiegeln, wie etwa zwischen den Flügeln von Insekten und den Flügeln von Vögeln, Gruppen, deren gemeinsamer Vorfahre tief in der evolutionären Geschichte der Metazoa liegt. Es kann das Teilen ganzer Entwicklungswege, teilweise Teilen oder divergenter Wege widerspiegeln. Diese Übersicht vergleicht Merkmale, die als homolog klassifiziert werden, mit den Klassen von Merkmalen, die normalerweise als homoplastisch gruppiert werden, wobei letztere Konvergenz, Parallelismus, Rückbildungen, Rudimente, Relikte und Atavismen umfassen. Einerseits können Entwicklungsmechanismen konserviert bleiben, selbst wenn eine vollständige Struktur nicht gebildet wird (Rudimente, Relikte) oder wenn eine Struktur nur bei einigen Individuen auftritt (Atavismen). Andererseits können unterschiedliche Entwicklungsmechanismen ähnliche (homologe) Merkmale erzeugen. Eine gemeinsame Untersuchung der Verwandtschaftsnähe und des Grades geteilter Entwicklung offenbart ein Kontinuum innerhalb einer erweiterten Kategorie der Homologie, das sich von Homologie → Rückbildungen → Rudimente → Relikte → Atavismen → Parallelismus erstreckt, wobei Konvergenz die einzige Klasse der Homoplasie ist, eine Idee, die sich als überraschend alt herausstellt. Diese Neuausrichtung bietet einen ersten Ansatz, um phylogenetische und entwicklungsbiologische Ansätze zur Homologie und Homoplasie zu verbinden, eine Brücke, die eine wichtige Säule für die evolutionäre Entwicklungsbiologie (Evo-Devo) bilden sollte. Sie wird und kann in praktischer Hinsicht nicht ändern, wie homoplastische Merkmale in phylogenetischen Analysen identifiziert werden. Aber das Betrachten von Rudimenten, Rückbildungen, Relikten, Atavismen und Parallelismus als näher an der Homologie als an der Homoplasie sollte uns dazu führen, nach den gemeinsamen Elementen zu suchen, die der Bildung des Phänotyps zugrunde liegen (was einige als die tiefe Homologie genetischer und/oder zellulärer Mechanismen bezeichnet haben), anstatt Merkmale in Bezug auf geteilte oder unabhängige Evolution zu diskutieren.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s1464793102006097",
    doi = "10.1017/s1464793102006097",
    openalex = "W2168524476",
    references = "doi10100797814899175155, doi1010079789401579261, doi1016680003156920000400718bgadbt20co2, doi1023071377078, doi1023072992444, openalexw1511255518, openalexw1593551567, openalexw1600651929, openalexw2163836228, openalexw635257420"
}

In diesem Artikel untersuchen wir das Paradoxon, warum morphologische Daten derzeit weniger genutzt werden als DNA-Sequenzdaten, obwohl die meisten unserer Kenntnisse über Phylogenie aus Klassifikationen stammen, die auf morphologischen Daten basieren. Der entscheidende Unterschied zwischen den beiden Datenquellen betrifft die Anzahl der potenziell unmissverständlichen Merkmale, die Einfachheit und Geschwindigkeit ihrer Entdeckung sowie ihre Eignung für die Analyse unter Verwendung von transformativen Modellen. Wir sind der Ansicht, dass die verstärkte Nutzung von DNA-Sequenzdaten im Vergleich zur Morphologie für die Phylogenie-Rekonstruktion unvermeidlich und gut begründet ist, dass jedoch ein entscheidendes Problem bezüglich der Rolle der Morphologie in der Rekonstruktion bestehen bleibt. Wir vertreten die Auffassung, dass rigorose und kritische anatomische Studien weniger morphologischer Merkmale im Kontext molekularer Phylogenien ein fruchtbarer Ansatz zur Integration der Stärken morphologischer Daten mit denen von Sequenzdaten ist. Dieser Ansatz ist vorzuziehen gegenüber der Zusammenstellung größerer Datenmatrizen zunehmend unklarer und problematischer morphologischer Merkmale. Wir argumentieren weiter unten, dass eine Hauptbeschränkung der morphologiebasierten phylogenetischen Inferenz in der begrenzten Anzahl unmissverständlicher Merkmale besteht, die für die Analyse in einem transformativen Rahmen verfügbar sind. Dieses Problem der begrenzten Anzahl unmissverständlicher Merkmale wird durch Hindernisse für eine genaue Homologie-Bewertung und Merkmalskodierung weiter verschärft, was die Anzahl der für die Analyse verfügbaren Merkmale weiter reduziert. Wir diskutieren und widersprechen der Ansicht, dass mehr morphologische Daten in der Rekonstruktion verwendet werden sollten. Darüber hinaus betrachten wir die Behauptung, dass die größte Stärke morphologischer Daten die erhöhte Taxon-Abtastung sei, als irreführend. In der folgenden Diskussion verwenden wir den Begriff Phylogenie-Rekonstruktion für die computerbasierten algorithmischen Analysen, die heute routinemäßig in der Systematik durchgeführt werden.

@article{doi10108010635150390223613,
    author = "Scotland, Robert W. und Olmstead, Richard G. und Bennett, Jonathan R.",
    title = "Phylogenie-Rekonstruktion: Die Rolle der Morphologie",
    year = "2003",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "In diesem Artikel untersuchen wir das Paradoxon, warum morphologische Daten derzeit weniger genutzt werden als DNA-Sequenzdaten, obwohl die meisten unserer Kenntnisse über Phylogenie aus Klassifikationen stammen, die auf morphologischen Daten basieren. Der entscheidende Unterschied zwischen den beiden Datenquellen betrifft die Anzahl der potenziell unmissverständlichen Merkmale, die Einfachheit und Geschwindigkeit ihrer Entdeckung sowie ihre Eignung für die Analyse unter Verwendung von transformativen Modellen. Wir sind der Ansicht, dass die verstärkte Nutzung von DNA-Sequenzdaten im Vergleich zur Morphologie für die Phylogenie-Rekonstruktion unvermeidlich und gut begründet ist, dass jedoch ein entscheidendes Problem bezüglich der Rolle der Morphologie in der Rekonstruktion bestehen bleibt. Wir vertreten die Auffassung, dass rigorose und kritische anatomische Studien weniger morphologischer Merkmale im Kontext molekularer Phylogenien ein fruchtbarer Ansatz zur Integration der Stärken morphologischer Daten mit denen von Sequenzdaten ist. Dieser Ansatz ist vorzuziehen gegenüber der Zusammenstellung größerer Datenmatrizen zunehmend unklarer und problematischer morphologischer Merkmale. Wir argumentieren weiter unten, dass eine Hauptbeschränkung der morphologiebasierten phylogenetischen Inferenz in der begrenzten Anzahl unmissverständlicher Merkmale besteht, die für die Analyse in einem transformativen Rahmen verfügbar sind. Dieses Problem der begrenzten Anzahl unmissverständlicher Merkmale wird durch Hindernisse für eine genaue Homologie-Bewertung und Merkmalskodierung weiter verschärft, was die Anzahl der für die Analyse verfügbaren Merkmale weiter reduziert. Wir diskutieren und widersprechen der Ansicht, dass mehr morphologische Daten in der Rekonstruktion verwendet werden sollten. Darüber hinaus betrachten wir die Behauptung, dass die größte Stärke morphologischer Daten die erhöhte Taxon-Abtastung sei, als irreführend. In der folgenden Diskussion verwenden wir den Begriff Phylogenie-Rekonstruktion für die computerbasierten algorithmischen Analysen, die heute routinemäßig in der Systematik durchgeführt werden.",
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150390223613",
    doi = "10.1080/10635150390223613",
    openalex = "W2111931534",
    references = "crossref1995systematics, doi101111j109600311991tb00045x, doi101111j109600311995tb00092x, doi1023072992444, doi105860choice323881"
}

Die genaue Datierung des Auftretens der ersten bilateral symmetrischen Tiere ist entscheidend für unser Verständnis der frühen Tierentwicklung. Die frühesten eindeutig bilaterianen Fossilien sind etwa 555 Millionen Jahre alt. Im Gegensatz dazu schätzen molekulare-Uhr-Analysen, die durch den Fossilbericht der Wirbeltiere kalibriert wurden, dass sich Wirbeltiere vor etwa 900 Millionen Jahren (Ma) von Dipteren (Drosophila) abgespalten haben. Dennoch deuten vergleichende genomische Analysen darauf hin, dass zwischen Wirbeltieren und Dipteren ein signifikanter Ratenunterschied besteht, da der prozentuale Unterschied zwischen den Genomen von Mücken und Fliegen größer ist als zwischen Fisch und Maus, obwohl die Wirbeltier-Divergenz fast doppelt so groß ist wie die der Dipteren. Hier zeigen wir, dass die dipterane Rate der molekularen Evolution anderen wirbellosen Taxa (Echinodermen und zweischaligen Muscheln) ähnelt, aber nicht den Wirbeltieren, die ihre Rate der molekularen Evolution im Vergleich zu Wirbellosen signifikant verringert haben. Unter Verwendung eines Datensatzes, der die Konkatination von sieben verschiedenen Aminosäuresequenzen aus 23 ingroup Taxa umfasst (was insgesamt 11 verschiedene wirbellose Kalibrierungspunkte im gesamten bilaterianen Baum und über das Phanerozoikum verteilt ergibt), schätzen wir, dass der letzte gemeinsame Vorfahre der Bilateria irgendwo zwischen 573 und 656 Ma entstanden ist, abhängig vom Wert, der dem Parameter zugewiesen wird, der die Heterogenität der molekularen Substitutionsrate skaliert. Diese Ergebnisse stimmen mit dem bekannten Fossilbericht überein und stützen die Ansicht, dass die Kambrium-Explosion teilweise die Diversifizierung der bilaterianen Phyla widerspiegelt.

@article{doi101073pnas0401670101,
    author = "Peterson, Kevin J. und Lyons, Jessica B. und Nowak, Kristin S. und Takacs, Carter M. und Wargo, Matthew J. und McPeek, Mark A.",
    title = "Estimating metazoan divergence times with a molecular clock",
    year = "2004",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Accurately dating when the first bilaterally symmetrical animals arose is crucial to our understanding of early animal evolution. The earliest unequivocally bilaterian fossils are approximately 555 million years old. In contrast, molecular-clock analyses calibrated by using the fossil record of vertebrates estimate that vertebrates split from dipterans (Drosophila) approximately 900 million years ago (Ma). Nonetheless, comparative genomic analyses suggest that a significant rate difference exists between vertebrates and dipterans, because the percentage difference between the genomes of mosquito and fly is greater than between fish and mouse, even though the vertebrate divergence is almost twice that of the dipteran. Here we show that the dipteran rate of molecular evolution is similar to other invertebrate taxa (echinoderms and bivalve molluscs) but not to vertebrates, which significantly decreased their rate of molecular evolution with respect to invertebrates. Using a data set consisting of the concatenation of seven different amino acid sequences from 23 ingroup taxa (giving a total of 11 different invertebrate calibration points scattered throughout the bilaterian tree and across the Phanerozoic), we estimate that the last common ancestor of bilaterians arose somewhere between 573 and 656 Ma, depending on the value assigned to the parameter scaling molecular substitution rate heterogeneity. These results are in accord with the known fossil record and support the view that the Cambrian explosion reflects, in part, the diversification of bilaterian phyla.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0401670101",
    doi = "10.1073/pnas.0401670101",
    openalex = "W2143124634",
    references = "doi101017s009483730001681x, openalexw635257420"
}

Eine phylogenetische Analyse von 36 Arten liefert einen Test für die Taxonomie und die Geschichte der frühen Kreidezeitlichen Spatangoiden. Die meisten taxonomischen Einheiten von Gattungen bis zu Unterordnungen sind mit dem vorgeschlagenen phylogenetischen Rahmen vereinbar. Wir behalten Hemiasterina, Micrasterina, Hemiasteridae, Schizasteridae, Hemiaster, Heteraster, Mecaster und Periaster als ursprüngliche monophyletische Gruppen bei. Allerdings entstehen all diese Klade ohne die klassischen Apomorphien, die ihnen normalerweise zugeschrieben werden. Wir schlagen eine Revision ihrer Diagnosen und der gattungszuordnungen der basalen Arten vor. Einige schlecht definierte, 'primitive' und paraphyletische Taxa werden erkannt: Toxaster, Epiaster, Palhemiaster und Toxasteridae. Auch wenn sie keine phylogenetische Bedeutung haben, werden sie hier beibehalten, bis eine umfassendere Revision erfolgt.

@article{doi101111j00310239200400364x,
    author = "Villier, Loïc und Néraudeau, Didier und Clavel, Bernard und Neumann, Christian und David, Bruno",
    title = "Phylogenie der frühen Kreidezeitlichen Spatangoiden (Echinodermata: Echinoidea) und taxonomische Implikationen",
    year = "2004",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "Eine phylogenetische Analyse von 36 Arten liefert einen Test für die Taxonomie und die Geschichte der frühen Kreidezeitlichen Spatangoiden. Die meisten taxonomischen Einheiten von Gattungen bis zu Unterordnungen sind mit dem vorgeschlagenen phylogenetischen Rahmen vereinbar. Wir behalten Hemiasterina, Micrasterina, Hemiasteridae, Schizasteridae, Hemiaster, Heteraster, Mecaster und Periaster als ursprüngliche monophyletische Gruppen bei. Allerdings entstehen all diese Klade ohne die klassischen Apomorphien, die ihnen normalerweise zugeschrieben werden. Wir schlagen eine Revision ihrer Diagnosen und der gattungszuordnungen der basalen Arten vor. Einige schlecht definierte, 'primitive' und paraphyletische Taxa werden erkannt: Toxaster, Epiaster, Palhemiaster und Toxasteridae. Auch wenn sie keine phylogenetische Bedeutung haben, werden sie hier beibehalten, bis eine umfassendere Revision erfolgt.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.0031-0239.2004.00364.x",
    doi = "10.1111/j.0031-0239.2004.00364.x",
    openalex = "W2170259396",
    references = "doi101007978140206754912413, doi101016002555648290027x, doi101017s0022336000061321, doi101093oso97801985771880010001, doi1012019781003077831, doi10120197810030789205, doi1016660094837320000260056cefisg20co2, doi1023071483846, doi105281zenodo16046014, openalexw635257420"
}

Die phylogenetischen Beziehungen zwischen deuterostomen Tieren werden seit vielen Jahren diskutiert, und basierend auf sowohl morphologischen als auch molekularen Daten wurden eine Vielzahl von Hypothesen vorgeschlagen. Hier haben wir Sequenzen von 217 nukleär kodierten Proteinen zusammengestellt, um spezifische Fragen zu ihren Beziehungen und Entstehungszeiten zu beantworten. Wir erzielten signifikante Unterstützung für Urochordata als die nächsten Verwandten der Wirbeltiere mit einer Analyse von 59 Proteinen (17.400 Aminosäuren) und schlagen vor, dass die basale Position der Urochordata, die in früheren molekularen Studien gefunden wurde, das Ergebnis von Verzerrungen durch langastige Attraktion sein könnte. Unsere Ergebnisse unterstützen auch Ambulacraria, die Paarung von Hemichordata mit Echinodermata (neun Proteine; 2.382 Aminosäuren), und Cyclostomata, die Paarung von Lampreten mit Seepferdchen (25 Proteine; 6.895 Aminosäuren). Zusätzlich wurden 325 gemeinsame Proteine (102.110 Aminosäuren) aus den vollständigen Genomen von sechs Wirbeltieren und einem Urochordaten für phylogenetische Analysen und die Schätzung der Divergenzzeiten gewonnen. Eine evolutionäre Zeitskala wurde mit einer lokalen (Bayesian) molekularen Uhr-Methode geschätzt. Wir fanden heraus, dass die meisten Hauptlinien der Deuterostomia vor der Kambrium-Explosion der Fossilien (ungefähr 520 MYA) entstanden sind und dass mehrere Linien vor Perioden der globalen Vergletscherung im Präkambrium entstanden waren.

@article{doi101093molbevmsi225,
    author = "Blair, Jaime E. and Hedges, S. Blair",
    title = "Molecular Phylogeny and Divergence Times of Deuterostome Animals",
    year = "2005",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Die phylogenetischen Beziehungen zwischen deuterostomen Tieren werden seit vielen Jahren diskutiert, und basierend auf sowohl morphologischen als auch molekularen Daten wurden eine Vielzahl von Hypothesen vorgeschlagen. Hier haben wir Sequenzen von 217 nukleär kodierten Proteinen zusammengestellt, um spezifische Fragen zu ihren Beziehungen und Entstehungszeiten zu beantworten. Wir erzielten signifikante Unterstützung für Urochordata als die nächsten Verwandten der Wirbeltiere mit einer Analyse von 59 Proteinen (17.400 Aminosäuren) und schlagen vor, dass die basale Position der Urochordata, die in früheren molekularen Studien gefunden wurde, das Ergebnis von Verzerrungen durch langastige Attraktion sein könnte. Unsere Ergebnisse unterstützen auch Ambulacraria, die Paarung von Hemichordata mit Echinodermata (neun Proteine; 2.382 Aminosäuren), und Cyclostomata, die Paarung von Lampreten mit Seepferdchen (25 Proteine; 6.895 Aminosäuren). Zusätzlich wurden 325 gemeinsame Proteine (102.110 Aminosäuren) aus den vollständigen Genomen von sechs Wirbeltieren und einem Urochordaten für phylogenetische Analysen und die Schätzung der Divergenzzeiten gewonnen. Eine evolutionäre Zeitskala wurde mit einer lokalen (Bayesian) molekularen Uhr-Methode geschätzt. Wir fanden heraus, dass die meisten Hauptlinien der Deuterostomia vor der Kambrium-Explosion der Fossilien (ungefähr 520 MYA) entstanden sind und dass mehrere Linien vor Perioden der globalen Vergletscherung im Präkambrium entstanden waren.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msi225",
    doi = "10.1093/molbev/msi225",
    openalex = "W1975553093",
    references = "doi101007bf02101113, doi101017s0006323199005472, doi10103835057062, doi10103846965, doi101038nature01262, doi101038nature01851, doi101073pnas9794469, doi101086425183, doi101093bib52150, doi101093nar25173389, doi101093nar25244876, doi101093oxfordjournalsmolbeva004134, doi101093oxfordjournalsmolbeva025664, doi101093oxfordjournalsmolbeva025897, doi101093oxfordjournalsmolbeva026201, doi101111j109600311998tb00338x, doi101126science1058040, doi101126science28153811342, doi101126science28754612185, doi101130g205191, doi1023072413259, nieuwenhuys1998the, openalexw635257420"
}

@article{doi101038nature05110,
    author = "James, Timothy Y. und Kauff, Frank und Schoch, Conrad L. und Matheny, P. Brandon und Hofstetter, Valérie und Cox, Cymon J. und Celio, Gail J. und Gueidan, Cécile und Fraker, Emily und Miądlikowska, Jolanta und Lumbsch, H. Thorsten und Rauhut, Alexandra und Reeb, Valérie und Arnold, A. Elizabeth und Wynns, Anja Amtoft und Stajich, Jason und Hosaka, Kentaro und Sung, Gi‐Ho und Johnson, Desiree und O’Rourke, Ben und Crockett, Michael und Binder, Manfred und Curtis, Judd M. und Slot, Jason C. und Wang, Zheng und Wilson, Andrew W. und Schüßler, Arthur und Longcore, Joyce E. und O’Donnell, Kerry und Mozley-Standridge, Sharon E. und Porter, David und Letcher, Peter M. und Powell, Martha J. und Taylor, John W. und White, Merlin M. und Griffith, Gareth und Davies, D. R. und Humber, Richard A. und Morton, Joseph B. und Sugiyama, Junta und Rossman, Amy Y. und Rogers, Jack D. und Pfister, D.H. und Hewitt, David und Hansen, Karen und Hambleton, Sarah und Shoemaker, R. A. und Kohlmeyer, Jan und Volkmann‐Kohlmeyer, Brigitte und Spotts, Robert A. und Serdani, Maryna und Crous, P.W. und Hughes, Karen W. und Matsuura, Kenji und Langer, Ewald und Langer, Gitta Jutta und Untereiner, Wendy A. und Lücking, Robert und Büdel, Burkhard und Geiser, David M. und Aptroot, André und Diederich, Paul und Schmitt, Imke und Schultz, Matthias und Yahr, Rebecca und Hibbett, David S. und Lutzoni, François und McLaughlin, David J. und Spatafora, Joseph W. und Vilgalys, Rytas",
    title = "Rekonstruktion der frühen Evolution von Pilzen mittels einer Phylogenie auf Basis von sechs Genen",
    year = "2006",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature05110",
    doi = "10.1038/nature05110",
    openalex = "W2054908644",
    references = "doi10108010635150290069913, doi101093bioinformatics183502, openalexw2611511275"
}

Die Erfassung der sehr großen Anzahl unbeschriebener Insektenarten könnte durch automatisierte DNA-basierte Ansätze erheblich beschleunigt werden, jedoch fehlen derzeit Verfahren zur großflächigen Entdeckung von Arten aus Sequenzdaten. Hier verwenden wir mitochondriale DNA-Variation, um Arten in einer wenig bekannten Käferstrahlung der Gattung Rivacindela aus aridem Australien abzugrenzen. Unter 468 Individuen, die von 65 Standorten und mehreren morphologisch unterscheidbaren Typen gesammelt wurden, war die Sequenzvariation in drei mtDNA-Genen (Cytochrom-c-Oxidase-Untereinheit 1, Cytochrom b, 16S ribosomale RNA) stark zwischen 46 oder 47 potenziellen Arten partitioniert, die mit quantitativen Methoden der Artenerkennung basierend auf feststehenden einzigartigen („diagnostischen") Merkmalen identifiziert wurden. Die Grenzen zwischen den Gruppen waren auch aus einem auffälligen Anstieg der Verzweigungsrate in nach dem Uhrmodell kalibrierten Bäumen erkennbar. Modelle des stochastischen Linienwachstums (Yule-Modelle) wurden mit der Koaleszenztheorie kombiniert, um eine neue Likelihood-Methode zu entwickeln, die den Übergangspunkt von artenlevel (Artbildung und Aussterben) zu populationslevel (Koaleszenz) evolutionären Prozessen bestimmt. Die Anpassung der Position der Übergänge von Artbildungs- zu Koaleszenzknoten auf dem ultrametrischen Baum von Rivacindela ergab einen Übergang in der Verzweigungsrate, der vor 0,43 Millionen Jahren stattfand, was zu einer Schätzung von 48 potenziellen Arten führte (Vertrauensintervall für die Schwelle von 47 bis 51 Clustern innerhalb von 2 logL-Einheiten). Entitäten, die auf diese Weise abgegrenzt wurden, zeigten biologische Eigenschaften traditionell definierter Arten, einschließlich Kohärenz geografischer Verbreitungsgebiete, breiter Übereinstimmung mit morphologisch erkannten Arten und Sequenzdivergenzniveaus, die für eng verwandte Insektenarten typisch sind. Die Feststellung diskontinuierlicher evolutionärer Gruppierungen, die in Mustern der Sequenzvariation leicht erkennbar sind, ermöglicht eine weitgehend automatisierte Artabgrenzung aus DNA-Erhebungen lokaler Gemeinschaften als Gerüst für die Taxonomie in dieser wenig bekannten Insektengruppe.

@article{doi10108010635150600852011,
    author = "Pons, Joan und Barraclough, Timothy G. und Gómez‐Zurita, Jesús und Cardoso, Anabela und Duran, Daniel P. und Hazell, Steaphan P. und Kamoun, Sophien und Sumlin, W D und Vogler, Alfried P.",
    title = "Sequence-Based Species Delimitation for the DNA Taxonomy of Undescribed Insects",
    year = "2006",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = {Die Erfassung der sehr großen Anzahl unbeschriebener Insektenarten könnte durch automatisierte DNA-basierte Ansätze erheblich beschleunigt werden, jedoch fehlen derzeit Verfahren zur großflächigen Entdeckung von Arten aus Sequenzdaten. Hier verwenden wir mitochondriale DNA-Variation, um Arten in einer wenig bekannten Käferstrahlung der Gattung Rivacindela aus aridem Australien abzugrenzen. Unter 468 Individuen, die von 65 Standorten und mehreren morphologisch unterscheidbaren Typen gesammelt wurden, war die Sequenzvariation in drei mtDNA-Genen (Cytochrom-c-Oxidase-Untereinheit 1, Cytochrom b, 16S ribosomale RNA) stark zwischen 46 oder 47 potenziellen Arten partitioniert, die mit quantitativen Methoden der Artenerkennung basierend auf feststehenden einzigartigen („diagnostischen") Merkmalen identifiziert wurden. Die Grenzen zwischen den Gruppen waren auch aus einem auffälligen Anstieg der Verzweigungsrate in nach dem Uhrmodell kalibrierten Bäumen erkennbar. Modelle des stochastischen Linienwachstums (Yule-Modelle) wurden mit der Koaleszenztheorie kombiniert, um eine neue Likelihood-Methode zu entwickeln, die den Übergangspunkt von artenlevel (Artbildung und Aussterben) zu populationslevel (Koaleszenz) evolutionären Prozessen bestimmt. Die Anpassung der Position der Übergänge von Artbildungs- zu Koaleszenzknoten auf dem ultrametrischen Baum von Rivacindela ergab einen Übergang in der Verzweigungsrate, der vor 0,43 Millionen Jahren stattfand, was zu einer Schätzung von 48 potenziellen Arten führte (Vertrauensintervall für die Schwelle von 47 bis 51 Clustern innerhalb von 2 logL-Einheiten). Entitäten, die auf diese Weise abgegrenzt wurden, zeigten biologische Eigenschaften traditionell definierter Arten, einschließlich Kohärenz geografischer Verbreitungsgebiete, breiter Übereinstimmung mit morphologisch erkannten Arten und Sequenzdivergenzniveaus, die für eng verwandte Insektenarten typisch sind. Die Feststellung diskontinuierlicher evolutionärer Gruppierungen, die in Mustern der Sequenzvariation leicht erkennbar sind, ermöglicht eine weitgehend automatisierte Artabgrenzung aus DNA-Erhebungen lokaler Gemeinschaften als Gerüst für die Taxonomie in dieser wenig bekannten Insektengruppe.},
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150600852011",
    doi = "10.1080/10635150600852011",
    openalex = "W2102883209",
    references = "doi101007978140206754912413, doi10100797814615678136, doi101016s0169534701021619, doi101046j1365294x200001020x, doi101073pnas0406166101, doi101073pnas89178322, doi101073pnas91146491, doi101080106351502753475880, doi101093genetics1322619, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101098rspb20022218, doi101111j109600311999tb00277x, doi101146annurevecolsys34011802132421, doi101146annureven10010165000525, doi101371journalpbio0020312, doi101371journalpbio0030422, doi1023072413039"
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Die Parsimonieanalyse (Kladistik) ist seit langem eine der am weitesten verbreiteten Methoden der phylogenetischen Inferenz in den Bereichen der systematischen und evolutionären Biologie. Darüber hinaus verfügt sie über mathematische Eigenschaften, die sich für den Einsatz mit komplexen, genomweiten Datensätzen eignen. In diesem Buch überprüfen Spezialisten philosophische, statistische, methodologische und mathematische Aspekte der Parsimonieanalyse und demonstrieren das Potenzial, das diese leistungsstarke Methode zur hierarchischen Datenzusammenfassung für die strukturelle und funktionelle Genomikforschung hat.

@book{doi101093acprofoso97801992973060010001,
    author = "Albert, Victor A.",
    title = "Parsimony, Phylogeny, and Genomics",
    year = "2006",
    booktitle = "Oxford University Press eBooks",
    abstract = "Parsimony analysis (cladistics) has long been one of the most widely used methods of phylogenetic inference in the fields of systematic and evolutionary biology. Moreover, it has mathematical attributes that lend themselves for use with complex, genomic-sacle data sets. In this book, specialists review philosophical, statistical, methodological, and mathematical aspects of parsimony analysis, and demonstrate the potential that this powerful hierarchical data summarization method has for both structural and functional genomics research.",
    url = "https://doi.org/10.1093/acprof:oso/9780199297306.001.0001",
    doi = "10.1093/acprof:oso/9780199297306.001.0001",
    openalex = "W1527858535",
    references = "doi101016002555648290027x, doi101111j109600311995tb00092x, doi1023071220820, doi1023072412452, doi1023072992272"
}

Die stochastische Charakterzuordnung, wie sie in der SIMMAP-Software implementiert ist, ermöglicht es Benutzern, Fragen zu beantworten, die eine Zuordnung von Merkmalen auf Phylogenien erfordern, wobei ein probabilistischer Ansatz verwendet wird, der nicht auf Parsimonie angewiesen ist. Analysen können mit einem vollständig bayesschen Ansatz durchgeführt werden, der nicht davon abhängt, eine einzelne Topologie, eine Menge von Substitutionsmodellparametern oder die Rekonstruktion von Vorfahrzuständen zu betrachten. Unsicherheiten in diesen Größen werden durch die Verwendung von MCMC-Stichproben aus ihren jeweiligen posterior-Verteilungen berücksichtigt.

@article{doi10118614712105788,
    author = "Bollback, Jonathan P.",
    title = "SIMMAP: Stochastische Charakterzuordnung diskreter Merkmale auf Phylogenien",
    year = "2006",
    journal = "BMC Bioinformatics",
    abstract = "Die stochastische Charakterzuordnung, wie sie in der SIMMAP-Software implementiert ist, ermöglicht es Benutzern, Fragen zu beantworten, die eine Zuordnung von Merkmalen auf Phylogenien erfordern, wobei ein probabilistischer Ansatz verwendet wird, der nicht auf Parsimonie angewiesen ist. Analysen können mit einem vollständig bayesschen Ansatz durchgeführt werden, der nicht davon abhängt, eine einzelne Topologie, eine Menge von Substitutionsmodellparametern oder die Rekonstruktion von Vorfahrzuständen zu betrachten. Unsicherheiten in diesen Größen werden durch die Verwendung von MCMC-Stichproben aus ihren jeweiligen posterior-Verteilungen berücksichtigt.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-88",
    doi = "10.1186/1471-2105-7-88",
    openalex = "W2118207809",
    references = "doi101007bf01734359, doi101016b9781483232119500097, doi10103844766, doi101080106351501753462876, doi101086284325, doi101093bioinformatics178754, doi101093oso97801985464120010001, doi105860choice295104, doi105860choice392183, openalexw2611511275, openalexw638862129"
}

In den letzten Jahren wurde die aviaire Systematik durch eine verringerte Abhängigkeit von morphologischen Kladistiken moderner Taxa, intensive paläornithologische Forschung, angeregt durch neue Entdeckungen, und eine Flut von Analysen auf Basis von DNA-Sequenzen gekennzeichnet. Leider bleibt im Gegensatz zu bedeutenden Einblicken in die basalen Ursprünge das breite Bild der Neornithes-Phylogenie weitgehend ungelöst. Morphologische Studien haben Merkmale betont, die in paläontologischen Kontexten nützlich sind. Molekulare Studien, die nach der Enttäuschung über die bahnbrechende, aber nicht kladistische Arbeit von Sibley und Ahlquist, sich in Methoden und Ergebnissen deutlich von einander und von morphologischen Arbeiten unterschieden. Folglich waren zum Jahrtausendwechsel die Punkte der robusten Übereinstimmung zwischen Schulen bezüglich der höheren Ordnung der Neornithes-Phylogenie auf die zwei basalmosten und mehrere mittlere, primäre Gruppen beschränkt. Dieser Artikel beschreibt eine phylogenetische (kladistische) Analyse von 150 Taxa der Neornithes, einschließlich Beispielen aus allen nicht-passeriformen Familien und subordinalen Vertretern der Passeriformes. 35 Outgroup-Taxa, die Crocodylia, überwiegend theropode Dinosaurier und ausgewählte mesozoische Vögel umfassen, wurden verwendet, um die Bäume zu verankern. Basierend auf der Untersuchung von Exemplaren und der Literatur wurden 2954 morphologische Merkmale definiert; diese Merkmale wurden in einem Begleitwerk beschrieben, von denen etwa ein Drittel mehrstufig (d. h. umfassten mindestens drei Zustände) waren, und die Zustände innerhalb von mehr als der Hälfte dieser mehrstufigen Merkmale wurden für die Analyse geordnet. Vollständige heuristische Suchen mit 10 000 zufälligen Hinzufügungs-Replikaten ergaben einen Gesamtlösungssatz von 97 gut aufgelösten, höchst parsimonischen Bäumen (MPTs). Der Satz der MPTs wurde durch eine erweiterte heuristische Suche basierend auf 10 000 zufälligen Hinzufügungs-Replikaten und eine vollständige ratchet-ergänzte Exploration zur Feststellung globaler Optima bestätigt. Ein strenger Konsensusbaum der MPTs enthielt nur sechs Trichotomien, d. h. Knoten, die topologisch unter den MPTs unterschieden. Bootstrapping (basierend auf 10 000 Replikaten) Prozentsätze und ratchet-minimierte Unterstützung (Bremer) Indizes deuteten an, dass die meisten Knoten robust seien. Mehrere fossile Neornithes (z. B. Dinornithiformes, Aepyornithiformes) wurden a posteriori entweder durch unbeschränkte, heuristische Suchen basierend auf der vollständigen Matrix, die durch diese Taxa separat erweitert wurde, oder unter Verwendung von Backbone-Beschränkungen innerhalb der Ingroup platziert. Die Analyse bestätigte die Topologie unter den Outgroup-Theropoda und erreichte eine robuste Auflösung auf nahezu allen Ebenen der Neornithes. Die Ergebnisse umfassten die Monophylie der paläognathen Vögel, bestehend aus den Schwester-Taxa Tinamiformes und Ratiten, bzw. den Anseriformes und Galliformes als monophyletische Schwestergruppen, die zusammen die Schwestergruppe zu anderen Neornithes bilden, die die Palaeognathae (Neoaves) ausschließen. Bemerkenswerte Schlussfolgerungen umfassen: (i) die Schwestergruppe zu den verbleibenden Neoaves umfasst eine Vielfalt von Meeres- und Watvögeln; (ii) Podicipedidae sind die Schwestergruppe der Gaviidae und nicht eng mit den Phoenicopteridae verwandt, wie kürzlich vorgeschlagen; (iii) die traditionellen Pelecaniformes, einschließlich des Schuhschnabels (Balaeniceps rex) als Schwester-Taxon zu anderen Mitgliedern, sind monophyletisch; (iv) traditionelle Ciconiiformes sind monophyletisch; (v) Strigiformes und Falconiformes sind Schwestergruppen; (vi) Cathartidae ist die Schwestergruppe der verbleibenden Falconiformes; (vii) Ralliformes (Rallidae und Heliornithidae) sind die Schwestergruppe zu den monophyletischen Charadriiformes, wobei die traditionell zusammengesetzten Gruiformes und Turniciformes (Turnicidae und Mesitornithidae) sequentiell paraphyletisch zu dem gesamten vorhergehenden Kladus sind; (viii) Opisthocomus hoazin ist das Schwester-Taxon zu den Cuculiformes (einschließlich der Musophagidae); (ix) traditionelle Caprimulgiformes sind monophyletisch und die Schwestergruppe der Apodiformes; (x) Trogoniformes sind die Schwestergruppe der Coliiformes; (xi) Coraciiformes, Piciformes und Passeriformes sind gegenseitig monophyletisch und eng verwandt; und (xii) die Galbulae werden innerhalb der Piciformes beibehalten. Ungelöste Teile der Neornithes (Knoten mit mehr als einer höchst parsimonischen Lösung) umfassten drei Teile des Baumes: (a) mehrere interfamiliale Knoten innerhalb der Charadriiformes; (b) eine Trichotomie, bestehend aus (i) Psittaciformes, (ii) Columbiformes und (iii) Trogonomorphae (Trogoniformes, Coliiformes) + Passerimorphae (Coraciiformes, Piciformes, Passeriformes); und (c) eine Trichotomie, bestehend aus den Coraciiformes, Piciformes und Passeriformes. Die verbleibenden Polytomien waren unter den Outgroups, obwohl einige der höchsten Ordnungsknoten nur marginal unterstützt waren; jedoch wurden die meisten Knoten aufgelöst und erfüllten oder übertrafen konventionelle Standards der Unterstützung. Quantitative Vergleiche mit alternativen Hypothesen, Untersuchung hoch unterstützender und diagnostischer Merkmale für höhere Taxa, Korrespondenzen mit früheren Studien, Komplementarität und philosophische Unterschiede mit paläontologischer Phylogenie, Versprechen und Herausforderungen der Paläogeographie und Kalibrierung der Evolutionsraten von Vögeln, sowie Klassen vielversprechender Evidenz und zukünftiger Forschungsrichtungen werden überprüft. Homologie, wie sie auf aviaire Beispiele scheinbarer Homologe angewendet wird, wird im Hinblick auf die jüngste Theorie betrachtet, und eine überarbeitete annotierte Klassifikation höherer Taxa der Neornithes und anderer eng verwandter Theropoda wird vorgeschlagen. (c) 2007 The Linnean Society of London, Zoological Journal of the Linnean Society, 2007, 149, 1-95.

@article{doi101111j10963642200600293x,
    author = "Livezey, Bradley C. and Zusi, Richard L.",
    title = "Higher-order phylogeny of modern birds (Theropoda, Aves: Neornithes) based on comparative anatomy. II. Analysis and discussion",
    year = "2007",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "In recent years, avian systematics has been characterized by a diminished reliance on morphological cladistics of modern taxa, intensive palaeornithogical research stimulated by new discoveries and an inundation by analyses based on DNA sequences. Unfortunately, in contrast to significant insights into basal origins, the broad picture of neornithine phylogeny remains largely unresolved. Morphological studies have emphasized characters of use in palaeontological contexts. Molecular studies, following disillusionment with the pioneering, but non-cladistic, work of Sibley and Ahlquist, have differed markedly from each other and from morphological works in both methods and findings. Consequently, at the turn of the millennium, points of robust agreement among schools concerning higher-order neornithine phylogeny have been limited to the two basalmost and several mid-level, primary groups. This paper describes a phylogenetic (cladistic) analysis of 150 taxa of Neornithes, including exemplars from all non-passeriform families, and subordinal representatives of Passeriformes. Thirty-five outgroup taxa encompassing Crocodylia, predominately theropod Dinosauria, and selected Mesozoic birds were used to root the trees. Based on study of specimens and the literature, 2954 morphological characters were defined; these characters have been described in a companion work, approximately one-third of which were multistate (i.e. comprised at least three states), and states within more than one-half of these multistate characters were ordered for analysis. Complete heuristic searches using 10 000 random-addition replicates recovered a total solution set of 97 well-resolved, most-parsimonious trees (MPTs). The set of MPTs was confirmed by an expanded heuristic search based on 10 000 random-addition replicates and a full ratchet-augmented exploration to ascertain global optima. A strict consensus tree of MPTs included only six trichotomies, i.e. nodes differing topologically among MPTs. Bootstrapping (based on 10 000 replicates) percentages and ratchet-minimized support (Bremer) indices indicated most nodes to be robust. Several fossil Neornithes (e.g. Dinornithiformes, Aepyornithiformes) were placed within the ingroup a posteriori either through unconstrained, heursitic searches based on the complete matrix augmented by these taxa separately or using backbone-constraints. Analysis confirmed the topology among outgroup Theropoda and achieved robust resolution at virtually all levels of the Neornithes. Findings included monophyly of the palaeognathous birds, comprising the sister taxa Tinamiformes and ratites, respectively, and the Anseriformes and Galliformes as monophyletic sister-groups, together forming the sister-group to other Neornithes exclusive of the Palaeognathae (Neoaves). Noteworthy inferences include: (i) the sister-group to remaining Neoaves comprises a diversity of marine and wading birds; (ii) Podicipedidae are the sister-group of Gaviidae, and not closely related to the Phoenicopteridae, as recently suggested; (iii) the traditional Pelecaniformes, including the shoebill (Balaeniceps rex) as sister-taxon to other members, are monophyletic; (iv) traditional Ciconiiformes are monophyletic; (v) Strigiformes and Falconiformes are sister-groups; (vi) Cathartidae is the sister-group of the remaining Falconiformes; (vii) Ralliformes (Rallidae and Heliornithidae) are the sister-group to the monophyletic Charadriiformes, with the traditionally composed Gruiformes and Turniciformes (Turnicidae and Mesitornithidae) sequentially paraphyletic to the entire foregoing clade; (viii) Opisthocomus hoazin is the sister-taxon to the Cuculiformes (including the Musophagidae); (ix) traditional Caprimulgiformes are monophyletic and the sister-group of the Apodiformes; (x) Trogoniformes are the sister-group of Coliiformes; (xi) Coraciiformes, Piciformes and Passeriformes are mutually monophyletic and closely related; and (xii) the Galbulae are retained within the Piciformes. Unresolved portions of the Neornithes (nodes having more than one most-parsimonious solution) comprised three parts of the tree: (a) several interfamilial nodes within the Charadriiformes; (b) a trichotomy comprising the (i) Psittaciformes, (ii) Columbiformes and (iii) Trogonomorphae (Trogoniformes, Coliiformes) + Passerimorphae (Coraciiformes, Piciformes, Passeriformes); and (c) a trichotomy comprising the Coraciiformes, Piciformes and Passeriformes. The remaining polytomies were among outgroups, although several of the highest-order nodes were only marginally supported; however, the majority of nodes were resolved and met or surpassed conventional standards of support. Quantitative comparisons with alternative hypotheses, examination of highly supportive and diagnostic characters for higher taxa, correspondences with prior studies, complementarity and philosophical differences with palaeontological phylogenetics, promises and challenges of palaeogeography and calibration of evolutionary rates of birds, and classes of promising evidence and future directions of study are reviewed. Homology, as applied to avian examples of apparent homologues, is considered in terms of recent theory, and a revised annotated classification of higher-order taxa of Neornithes and other closely related Theropoda is proposed. (c) 2007 The Linnean Society of London, Zoological Journal of the Linnean Society, 2007, 149, 1-95.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-3642.2006.00293.x",
    doi = "10.1111/j.1096-3642.2006.00293.x",
    openalex = "W2153165351",
    references = "crossref1995systematics, doi101002jmor10382, doi101002jmor10406, doi101002jmor1052090107, doi101007bf02101113, doi101016b978012249408650011x, doi101017s0006323197005100, doi101017s1464793102006103, doi101017s1464793105006779, doi101038nature03150, doi101073pnas0507106102, doi10108002724634199410011524, doi10108010635150500234583, doi10108010635150590950326, doi101093oso97801951223430010001, doi101093oso97801985052350010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva026092, doi101093sysbio33183, doi101093sysbio422182, doi101098rspb20001368, doi101111j109600311989tb00573x, doi101111j109600311993tb00217x, doi101111j109600312003tb00387x, doi101111j109636422001tb01313x, doi101111j109636422001tb01314x, doi101111j1469185x1997tb00024x, doi101111j146979981991tb04794x, doi101111j155856461959tb03005x, doi101111j155856461985tb00420x, doi101126science2665186779, doi1012060003008220023870001tmappo20co2, doi1012060003009020042860001mptaso20co2, doi1016660094837320050310192meam20co2, doi1023072408678, doi1023072413134, doi1023072992540, doi10230740168337, doi102992014590582006371pon20co2, doi105860choice323881, doi105860choice343307, doi105860choice392183, doi105860choice405235, doi105962bhltitle106607, gregor1988the, openalexw2506868775, openalexw3217097258"
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Echinodermen zeichnen sich seit langem durch das Vorhandensein von Ambulakren aus, die pentaradiale Symmetrie aufweisen und fünf primäre Körperachsen definieren. In Wirklichkeit ist eine wahrhaft pentaradiale ambulakrale Symmetrie ein Zustand, der sich in der evolutionären Geschichte der Echinodermen nur einmal entwickelt hat und auf Eleutherozoa beschränkt ist, die Gruppe, die die meisten lebenden Echinodermenspezies enthält. Im Gegensatz dazu haben frühe Echinodermen eine bilateral symmetrische 2-1-2-Anordnung mit drei von der Mundöffnung aus strahlenden Ambulakren. Die Verzweigung der beiden seitlichen Ambulakren während der Ontogenese erzeugt die fünf adulten Strahlen. Während der Kambrium-Explosion und der Ordovizium-Strahlung entwickelten sich etwa 30 Stämme von Echinodermen, von denen viele aberrante ambulakrale Systeme mit einem bis vier Strahlen aufweisen. Leider hat sich kein zugrundeliegendes Modell entwickelt, das ambulakrale Homologien zwischen disparaten Formen erklärt. Hier zeigen wir, dass die meisten paläozoischen Echinodermen durch eindeutig identifizierbare Ambulakren gekennzeichnet sind, die in drei distincten postlarvalen Stadien entwickeln. Fast alle „aberranten" Echinoderm-Morphologien können durch das paedomorphe ambulakrale Reduktionsmodell (PAR) erklärt werden, durch den Verlust einer bestimmten Kombination dieser Wachstumsstadien während der Ontogenese. Oberflächlich ähnliche Muster der ambulakralen Reduktion in weit entfernten Stämmen sind auf den parallelen Verlust homologer Ambulakren während der Ontogenese zurückzuführen. Die pseudo-fünffache Symmetrie, die bei Blastoidea beobachtet wird, und die wahre fünffache Symmetrie, die bei Eleutherozoa beobachtet wird, resultieren aus einer starken Reduktion bzw. einem vollständigen Verlust der 2–1–2-Symmetrie früh in der Ontogenese. Diese ambulakralen Variationen deuten darauf hin, dass sowohl entwicklungsbiologische als auch ökologische Constraints die Evolution neuer Echinoderm-Körperbaupläne beeinflussen.

@article{doi101666060531,
    author = "Sumrall, Colin D. und Wray, Gregory A.",
    title = "Ontogeny im Fossilbericht: Diversifizierung von Körperbauplänen und die Evolution von „aberranter" Symmetrie bei paläozoischen Echinodermen",
    year = "2007",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Echinodermen zeichnen sich seit langem durch das Vorhandensein von Ambulakren aus, die pentaradiale Symmetrie aufweisen und fünf primäre Körperachsen definieren. In Wirklichkeit ist eine wahrhaft pentaradiale ambulakrale Symmetrie ein Zustand, der sich in der evolutionären Geschichte der Echinodermen nur einmal entwickelt hat und auf Eleutherozoa beschränkt ist, die Gruppe, die die meisten lebenden Echinodermenspezies enthält. Im Gegensatz dazu haben frühe Echinodermen eine bilateral symmetrische 2-1-2-Anordnung mit drei von der Mundöffnung aus strahlenden Ambulakren. Die Verzweigung der beiden seitlichen Ambulakren während der Ontogenese erzeugt die fünf adulten Strahlen. Während der Kambrium-Explosion und der Ordovizium-Strahlung entwickelten sich etwa 30 Stämme von Echinodermen, von denen viele aberrante ambulakrale Systeme mit einem bis vier Strahlen aufweisen. Leider hat sich kein zugrundeliegendes Modell entwickelt, das ambulakrale Homologien zwischen disparaten Formen erklärt. Hier zeigen wir, dass die meisten paläozoischen Echinodermen durch eindeutig identifizierbare Ambulakren gekennzeichnet sind, die in drei distincten postlarvalen Stadien entwickeln. Fast alle „aberranten" Echinoderm-Morphologien können durch das paedomorphe ambulakrale Reduktionsmodell (PAR) erklärt werden, durch den Verlust einer bestimmten Kombination dieser Wachstumsstadien während der Ontogenese. Oberflächlich ähnliche Muster der ambulakralen Reduktion in weit entfernten Stämmen sind auf den parallelen Verlust homologer Ambulakren während der Ontogenese zurückzuführen. Die pseudo-fünffache Symmetrie, die bei Blastoidea beobachtet wird, und die wahre fünffache Symmetrie, die bei Eleutherozoa beobachtet wird, resultieren aus einer starken Reduktion bzw. einem vollständigen Verlust der 2–1–2-Symmetrie früh in der Ontogenese. Diese ambulakralen Variationen deuten darauf hin, dass sowohl entwicklungsbiologische als auch ökologische Constraints die Evolution neuer Echinoderm-Körperbaupläne beeinflussen.",
    url = "https://doi.org/10.1666/06053.1",
    doi = "10.1666/06053.1",
    openalex = "W2020391426"
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HINTERGRUND: Adaptive Radiation, die Evolution ökologischer und phänotypischer Vielfalt von einem gemeinsamen Vorfahren, ist ein zentrales Konzept in der Evolutionären Biologie und charakterisiert die evolutionären Geschichtverläufe vieler Organismengruppen. Eine solche Gruppe sind die Mustelidae, die artenreichste Familie innerhalb der Säugetierordnung Carnivora, umfassend 59 Arten, die in 22 Gattungen klassifiziert sind. Lebende Musteliden zeigen eine umfangreiche ekomorphologische Vielfalt, wobei verschiedene Linien sich in eine Reihe adaptiver Zonen entwickelt haben, von grabenden Dachsen bis zu halbwasserlebenden Ottern. Musteliden sind auch weit verbreitet, wobei mehrere Gattungen auf verschiedenen Kontinenten gefunden werden. Wie bei anderen Gruppen, die eine adaptive Radiation durchlaufen haben, stellt die Aufklärung der phylogenetischen Geschichte der Musteliden eine Reihe von Herausforderungen dar, da ekomorphologische Konvergenz potenziell phylogenetische Schlüsse auf morphologischer Basis verwirren kann und weil adaptive Radiationen oft einen oder mehrere Perioden schneller Kladogenese umfassen, die zur Lösung eine große Menge an Daten erfordern. ERGEBNISSE: Wir haben eine nahezu vollständige Gattungsebene Phylogenie der Mustelidae mit einem Datenmatrix bestehend aus 22 Genabschnitten (ungefähr 12.000 Basenpaaren) konstruiert, die mit Methoden der maximalen Parsimonie, maximalen Wahrscheinlichkeit und bayesianischer Inferenz analysiert wurden. Wir zeigen, dass Musteliden konsistent mit hoher Knotenunterstützung in vier Hauptkladen und drei monotypischen Linien aufgelöst werden. Unter Verwendung von bayesianischen Datierungstechniken liefern wir Beweise dafür, dass Musteliden zwei Diversifizierungsschüben durchlaufen haben, die mit großen paläoumweltlichen und biotischen Veränderungen übereinstimmen, die während des Neogens auftraten, und die mit ähnlichen Schüben der Kladogenese in anderen Wirbeltiergruppen korrespondieren. Biogeographische Analysen deuten darauf hin, dass die meisten der extanten Vielfalt der Musteliden in Eurasien entstanden ist und dass Musteliden Afrika, Nordamerika und Südamerika zu mehreren Gelegenheiten kolonisiert haben. SCHLUSSFOLGERUNG: In Kombination mit Informationen aus dem Fossilbericht deuten unsere phylogenetischen und Datierungsanalysen darauf hin, dass die Musteliden-Diversifizierung möglicherweise durch eine Kombination von Faunumsatz-Ereignissen und Diversifizierung auf niedrigeren trophischen Ebenen angestoßen wurde, die letztlich durch klimatisch getriebene Umweltveränderungen verursacht wurden. Unsere biogeographischen Analysen zeigen Eurasien als das Zentrum des Ursprungs der Musteliden-Vielfalt und dass Musteliden in Afrika, Nordamerika und Südamerika im Laufe der Zeit weitgehend durch Ausbreitung zusammengesetzt wurden, was wichtige Implikationen für das Verständnis der Ökologie von Mustelidengemeinschaften hat.

@article{doi10118617417007610,
    author = "Koepfli, Klaus‐Peter and Deere, Kerry A and Slater, Graham J. and Begg, Colleen and Begg, Keith S. and Grassman, Lon I. and Lucherini, Mauro and Veron, Géraldine and Wayne, Robert K.",
    title = "Multigene phylogeny of the Mustelidae: Resolving relationships, tempo and biogeographic history of a mammalian adaptive radiation",
    year = "2008",
    journal = "BMC Biology",
    abstract = "BACKGROUND: Adaptive radiation, the evolution of ecological and phenotypic diversity from a common ancestor, is a central concept in evolutionary biology and characterizes the evolutionary histories of many groups of organisms. One such group is the Mustelidae, the most species-rich family within the mammalian order Carnivora, encompassing 59 species classified into 22 genera. Extant mustelids display extensive ecomorphological diversity, with different lineages having evolved into an array of adaptive zones, from fossorial badgers to semi-aquatic otters. Mustelids are also widely distributed, with multiple genera found on different continents. As with other groups that have undergone adaptive radiation, resolving the phylogenetic history of mustelids presents a number of challenges because ecomorphological convergence may potentially confound morphologically based phylogenetic inferences, and because adaptive radiations often include one or more periods of rapid cladogenesis that require a large amount of data to resolve. RESULTS: We constructed a nearly complete generic-level phylogeny of the Mustelidae using a data matrix comprising 22 gene segments (approximately 12,000 base pairs) analyzed with maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian inference methods. We show that mustelids are consistently resolved with high nodal support into four major clades and three monotypic lineages. Using Bayesian dating techniques, we provide evidence that mustelids underwent two bursts of diversification that coincide with major paleoenvironmental and biotic changes that occurred during the Neogene and correspond with similar bursts of cladogenesis in other vertebrate groups. Biogeographical analyses indicate that most of the extant diversity of mustelids originated in Eurasia and mustelids have colonized Africa, North America and South America on multiple occasions. CONCLUSION: Combined with information from the fossil record, our phylogenetic and dating analyses suggest that mustelid diversification may have been spurred by a combination of faunal turnover events and diversification at lower trophic levels, ultimately caused by climatically driven environmental changes. Our biogeographic analyses show Eurasia as the center of origin of mustelid diversity and that mustelids in Africa, North America and South America have been assembled over time largely via dispersal, which has important implications for understanding the ecology of mustelid communities.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1741-7007-6-10",
    doi = "10.1186/1741-7007-6-10",
    openalex = "W1969810115",
    references = "doi101093oso97801985771880010001, doi101126science1122277"
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@article{doi101016jtree201005002,
    author = "Quental, Tiago B. und Marshall, Charles R.",
    title = "Diversity dynamics: molekulare Phylogenien brauchen den Fossilbericht",
    year = "2010",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2010.05.002",
    doi = "10.1016/j.tree.2010.05.002",
    openalex = "W2157452947",
    references = "doi101017s0094837300016134, doi101073pnas111144698, doi101111j14754983200600612x"
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Es wurde argumentiert, dass Zunahmen der Räuberaktivität über geologische Zeiträume zu Zunahmen in defensiven Anpassungen bei Beutetaxa führen sollten. Jüngste in situ- und Laborbeobachtungen zeigen, dass cidaroider Seestachelfische lebende gestielte Seelilien fressen und dabei deutliche Bissspuren auf ihren Skelettelementen hinterlassen. Ähnliche Bissspuren an fossilen Seelilien aus Polen deuten stark darauf hin, dass diese Tiere seit dem Trias der Seestachelfisch-Räuber ausgesetzt waren. Nach ihrem fast vollständigen Aussterben während der End-Permian-Extinktion durchliefen Seelilien eine große evolutionäre Strahlung während des Mittel- bis Spättrias, die zu deutlichen morphologischen und verhaltensbezogenen Neuheiten führte, insbesondere zu motilen Taxa, die sich stark von den überwiegend sessilen paläozoischen Seelilienfaunen unterschieden. Wir schlagen vor, dass das Auftreten und der anschließende evolutionäre Erfolg motiler Seelilien mit der bodenbewohnenden Räuberaktivität post-paläozoischer Seestachelfische mit ihrem stärkeren und aktiveren Fütterungsapparat zusammenhängen und dass, im Fall der Seelilien, die räubergetriebene mesozoische Meeresrevolution früher begann als bei anderen Gruppen, vielleicht bald nach der End-Permian-Extinktion.

@article{doi101073pnas0914199107,
    author = "Baumiller, Tomasz K. und Salamon, Mariusz A. und Gorzelak, Przemysław und Mooi, Rich und Messing, Charles G. und Gahn, Forest J.",
    title = "Post-Paleozoische Seelilienstrahlung als Reaktion auf bodenbewohnende Räuber ging der mesozoischen Meeresrevolution voraus",
    year = "2010",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Es wurde argumentiert, dass Zunahmen der Räuberaktivität über geologische Zeiträume zu Zunahmen in defensiven Anpassungen bei Beutetaxa führen sollten. Jüngste in situ- und Laborbeobachtungen zeigen, dass cidaroider Seestachelfische lebende gestielte Seelilien fressen und dabei deutliche Bissspuren auf ihren Skelettelementen hinterlassen. Ähnliche Bissspuren an fossilen Seelilien aus Polen deuten stark darauf hin, dass diese Tiere seit dem Trias der Seestachelfisch-Räuber ausgesetzt waren. Nach ihrem fast vollständigen Aussterben während der End-Permian-Extinktion durchliefen Seelilien eine große evolutionäre Strahlung während des Mittel- bis Spättrias, die zu deutlichen morphologischen und verhaltensbezogenen Neuheiten führte, insbesondere zu motilen Taxa, die sich stark von den überwiegend sessilen paläozoischen Seelilienfaunen unterschieden. Wir schlagen vor, dass das Auftreten und der anschließende evolutionäre Erfolg motiler Seelilien mit der bodenbewohnenden Räuberaktivität post-paläozoischer Seestachelfische mit ihrem stärkeren und aktiveren Fütterungsapparat zusammenhängen und dass, im Fall der Seelilien, die räubergetriebene mesozoische Meeresrevolution früher begann als bei anderen Gruppen, vielleicht bald nach der End-Permian-Extinktion.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0914199107",
    doi = "10.1073/pnas.0914199107",
    openalex = "W2064012062",
    references = "doi101017s0022336000061321, doi105281zenodo16046014, kier1974evolutionary"
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Die Verwandtschaftsverhältnisse postpaläozoischer Echinoidea auf Familienebene wurden durch phylogenetische Analyse von 169 Taxa und 306 Skelettmerkmalen (ohne Pedicellarien) ermittelt. Vorherige phylogenetische Analysen von Echinoidea haben entweder spezifische Untergruppen im Detail untersucht oder sich auf eine relativ kleine Anzahl von Taxa konzentriert, die aus der gesamten Klasse ausgewählt wurden; eine spärliche Stichprobenziehung kann die Zuverlässigkeit der Ergebnisse nachteilig beeinträchtigen. Unsere neuen Analysen stellen einen Kompromiss dar, der die Vielfalt der Formen umfasst, während die Anzahl der Taxa auf einem Niveau gehalten wird, das eine strenge Analyse nicht unnötig zeitaufwändig macht. Bei der Erstellung der Taxon-Merkmals-Datenmatrix sind wir auf eine überraschende Lücke an Primärdaten zu Plattenmustern, Laternen und Gürtelstruktur für viele angeblich „bekannte" Taxa gestoßen. Eine gut aufgelöste phylogenetische Hypothese wurde gewonnen und dient als Grundlage für eine formale Klassifikation. Merkmale weisen im Allgemeinen einen hohen Retentionsindex (>0,7) auf, aber einen niedrigen Konsistenzindex (<0,25), was darauf hindeutet, dass zwar Merkmale nach ihrer ersten Entstehung weitgehend beibehalten werden, die meisten jedoch gelegentlich Rückbildungen oder Konvergenzen durchlaufen. Obwohl Teile der resultierenden Bäume nur schwach unterstützt sind (z. B. die präzise Schwestergruppe der Irregularia), sind andere Teile eindeutig aufgelöst. Nicht unerwartet werden tiefe Knoten oft nicht durch einzigartige Apomorphien gestützt, und höhere Taxa erwerben ihre charakteristische Merkmalsmenge im Laufe der Zeit. Diagnosen, die auf Kronengruppen-Taxa basieren, umfassen daher oft fossile Stammgruppenmitglieder nicht ausreichend. Die Ermittlung der Verwandtschaftsverhältnisse von Taxa an der Wurzel großer Gruppen wird durch begrenzte Merkmalsauflösung behindert. Der Einfluss fossiler Taxa auf die Topologie wurde untersucht, indem die Baumtopologien mit und ohne deren Einbeziehung verglichen wurden. Wir zeigen, dass das Entfernen von Fossilien aus Stammgruppen keinen Unterschied macht, wenn ihre Kronengruppe morphologisch konservativ ist, aber einen großen Einfluss hat, wenn rezente Schwestergruppen durch große morphologische Lücken getrennt sind. Die Vollständigkeit des Echinoidea-Archivs und seine Übereinstimmung mit dem stratigraphischen Archiv der ersten Vorkommen wurde mit verschiedenen Metriken getestet und als hochgradig kongruent gefunden, wobei irreguläre Echinoidea eine höhere Kongruenz aufweisen als reguläre.

@article{doi10108014772011003603556,
    author = "Kroh, Andreas and Smith, Andrew B.",
    title = "The phylogeny and classification of post-Palaeozoic echinoids",
    year = "2010",
    journal = "Journal of Systematic Palaeontology",
    abstract = {Die Verwandtschaftsverhältnisse postpaläozoischer Echinoidea auf Familienebene wurden durch phylogenetische Analyse von 169 Taxa und 306 Skelettmerkmalen (ohne Pedicellarien) ermittelt. Vorherige phylogenetische Analysen von Echinoidea haben entweder spezifische Untergruppen im Detail untersucht oder sich auf eine relativ kleine Anzahl von Taxa konzentriert, die aus der gesamten Klasse ausgewählt wurden; eine spärliche Stichprobenziehung kann die Zuverlässigkeit der Ergebnisse nachteilig beeinträchtigen. Unsere neuen Analysen stellen einen Kompromiss dar, der die Vielfalt der Formen umfasst, während die Anzahl der Taxa auf einem Niveau gehalten wird, das eine strenge Analyse nicht unnötig zeitaufwändig macht. Bei der Erstellung der Taxon-Merkmals-Datenmatrix sind wir auf eine überraschende Lücke an Primärdaten zu Plattenmustern, Laternen und Gürtelstruktur für viele angeblich „bekannte" Taxa gestoßen. Eine gut aufgelöste phylogenetische Hypothese wurde gewonnen und dient als Grundlage für eine formale Klassifikation. Merkmale weisen im Allgemeinen einen hohen Retentionsindex (>0,7) auf, aber einen niedrigen Konsistenzindex (<0,25), was darauf hindeutet, dass zwar Merkmale nach ihrer ersten Entstehung weitgehend beibehalten werden, die meisten jedoch gelegentlich Rückbildungen oder Konvergenzen durchlaufen. Obwohl Teile der resultierenden Bäume nur schwach unterstützt sind (z. B. die präzise Schwestergruppe der Irregularia), sind andere Teile eindeutig aufgelöst. Nicht unerwartet werden tiefe Knoten oft nicht durch einzigartige Apomorphien gestützt, und höhere Taxa erwerben ihre charakteristische Merkmalsmenge im Laufe der Zeit. Diagnosen, die auf Kronengruppen-Taxa basieren, umfassen daher oft fossile Stammgruppenmitglieder nicht ausreichend. Die Ermittlung der Verwandtschaftsverhältnisse von Taxa an der Wurzel großer Gruppen wird durch begrenzte Merkmalsauflösung behindert. Der Einfluss fossiler Taxa auf die Topologie wurde untersucht, indem die Baumtopologien mit und ohne deren Einbeziehung verglichen wurden. Wir zeigen, dass das Entfernen von Fossilien aus Stammgruppen keinen Unterschied macht, wenn ihre Kronengruppe morphologisch konservativ ist, aber einen großen Einfluss hat, wenn rezente Schwestergruppen durch große morphologische Lücken getrennt sind. Die Vollständigkeit des Echinoidea-Archivs und seine Übereinstimmung mit dem stratigraphischen Archiv der ersten Vorkommen wurde mit verschiedenen Metriken getestet und als hochgradig kongruent gefunden, wobei irreguläre Echinoidea eine höhere Kongruenz aufweisen als reguläre.},
    url = "https://doi.org/10.1080/14772011003603556",
    doi = "10.1080/14772011003603556",
    openalex = "W2072979411",
    references = "doi1010160031018268900989, doi101017s0022336000061321, doi101017s0094837300005248, doi101038019118a0, doi101038114085a0, doi10108010635150290102339, doi101093nqs5vi146318i, doi101111j00310239200400364x, doi101111j109600311999tb00277x, doi101111j10960031200800209x, doi101111j14636409200500201x, doi101111j146979981833tb06418x, doi101126science972526482b, doi103133pp321, doi105281zenodo16046014, doi105962bhltitle126954, doi105962bhltitle156765, doi105962bhltitle542, kier1974evolutionary, openalexw2894525608, openalexw635257420"
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@article{doi101016jympev201209018,
    author = "Rouse, Greg W. und Jermiin, Lars S. und Wilson, Nerida G. und Eeckhaut, Igor und Lanterbecq, Déborah und Oji, Tatsuo und Young, Craig M. und Browning, Teena L. und Cisternas, Paula und Helgen, Lauren E. und Stuckey, Michelle und Messing, Charles G.",
    title = "Fixed, free, and fixed: The fickle phylogeny of extant Crinoidea (Echinodermata) and their Permian–Triassic origin",
    year = "2012",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ympev.2012.09.018",
    doi = "10.1016/j.ympev.2012.09.018",
    openalex = "W2116958898",
    references = "doi10101600310182689009898, doi101111j1469185x1984tb00411x"
}

Phylogenien werden in der Regel durch Kalibrierung interner Knoten gegen den Fossilbericht datiert. Dies stützt sich auf indirekte Methoden, die im schlimmsten Fall die Fossilinformationen verfälschen. Hier kontrastieren wir eine solche Knotendatierung mit einem Ansatz, der Fossilien zusammen mit den lebenden Taxa in einer bayesianischen Total-Evidence-Analyse einschließt. Als Testfall konzentrieren wir uns auf die frühe Radiation der Hymenoptera, die größtenteils durch schlecht erhaltene Impressionsfossilien dokumentiert ist, die phylogenetisch schwer zu platzieren sind. Konkret vergleichen wir die Knotendatierung unter Verwendung von neun Kalibrierungspunkten, die aus dem Fossilbericht abgeleitet wurden, mit der Total-Evidence-Datierung, die auf 343 morphologischen Merkmalen basiert, die für 45 fossile (4–20 vollständig) und 68 lebende Taxa bewertet wurden. In beiden Fällen verwenden wir molekulare Daten von sieben Markern (∼5 kb) für die lebenden Taxa. Da es schwierig ist, Artbildung, Aussterben, Stichprobenahme und Fossilserhaltung realistisch zu modellieren, entwickeln wir einen einfachen uniformen Prior für Uhrenbäume mit Fossilien, und wir verwenden relaxierte Uhrenmodelle, um Ratenvariationen über den Baum hinweg zu berücksichtigen. Trotz erheblicher Unsicherheit bei der Platzierung der meisten Fossilien finden wir, dass sie in der Total-Evidence-Analyse erheblich zur Schätzung der Divergenzzeiten beitragen. Insbesondere sind die Posteriorverteilungen der Divergenzzeiten weniger empfindlich gegenüber Priorannahmen und neigen dazu, präziser zu sein als bei der Knotendatierung. Die Total-Evidence-Analyse zeigt auch, dass vier der sieben Hymenoptera-Kalibrierungspunkte, die in der Knotendatierung verwendet wurden, wahrscheinlich auf fehlerhaften oder zweifelhaften Annahmen über die Fossilplatzierung basieren. Hinsichtlich der frühen Radiation der Hymenoptera deuten unsere Ergebnisse darauf hin, dass die Kronengruppe bis in das Karbon zurückreicht, ∼309 Ma (95%-Intervall: 291–347 Ma), und sich viel früher als zuvor angenommen in große lebende Linien diversifiziert hat, lange vor dem Trias. [Bayesianische Inferenz; Fossil-Datierung; morphologische Evolution; relaxierte Uhr; statistische Phylogenetik.].

@article{doi101093sysbiosys058,
    author = "Ronquist, Fredrik und Klopfstein, Seraina und Vilhelmsen, Lars und Schulmeister, Susanne und Murray, Debra L. und Rasnitsyn, Alexandr P.",
    title = "A Total-Evidence Approach to Dating with Fossils, Applied to the Early Radiation of the Hymenoptera",
    year = "2012",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Phylogenien werden in der Regel durch Kalibrierung interner Knoten gegen den Fossilbericht datiert. Dies stützt sich auf indirekte Methoden, die im schlimmsten Fall die Fossilinformationen verfälschen. Hier kontrastieren wir eine solche Knotendatierung mit einem Ansatz, der Fossilien zusammen mit den lebenden Taxa in einer bayesianischen Total-Evidence-Analyse einschließt. Als Testfall konzentrieren wir uns auf die frühe Radiation der Hymenoptera, die größtenteils durch schlecht erhaltene Impressionsfossilien dokumentiert ist, die phylogenetisch schwer zu platzieren sind. Konkret vergleichen wir die Knotendatierung unter Verwendung von neun Kalibrierungspunkten, die aus dem Fossilbericht abgeleitet wurden, mit der Total-Evidence-Datierung, die auf 343 morphologischen Merkmalen basiert, die für 45 fossile (4–20 vollständig) und 68 lebende Taxa bewertet wurden. In beiden Fällen verwenden wir molekulare Daten von sieben Markern (∼5 kb) für die lebenden Taxa. Da es schwierig ist, Artbildung, Aussterben, Stichprobenahme und Fossilserhaltung realistisch zu modellieren, entwickeln wir einen einfachen uniformen Prior für Uhrenbäume mit Fossilien, und wir verwenden relaxierte Uhrenmodelle, um Ratenvariationen über den Baum hinweg zu berücksichtigen. Trotz erheblicher Unsicherheit bei der Platzierung der meisten Fossilien finden wir, dass sie in der Total-Evidence-Analyse erheblich zur Schätzung der Divergenzzeiten beitragen. Insbesondere sind die Posteriorverteilungen der Divergenzzeiten weniger empfindlich gegenüber Priorannahmen und neigen dazu, präziser zu sein als bei der Knotendatierung. Die Total-Evidence-Analyse zeigt auch, dass vier der sieben Hymenoptera-Kalibrierungspunkte, die in der Knotendatierung verwendet wurden, wahrscheinlich auf fehlerhaften oder zweifelhaften Annahmen über die Fossilplatzierung basieren. Hinsichtlich der frühen Radiation der Hymenoptera deuten unsere Ergebnisse darauf hin, dass die Kronengruppe bis in das Karbon zurückreicht, ∼309 Ma (95\% Intervall: 291–347 Ma), und sich viel früher als zuvor angenommen in große lebende Linien diversifiziert hat, lange vor dem Trias. [Bayesianische Inferenz; Fossil-Datierung; morphologische Evolution; relaxierte Uhr; statistische Phylogenetik.].",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/sys058",
    doi = "10.1093/sysbio/sys058",
    openalex = "W2159597448",
    references = "doi101016jympev201104003, doi10108010635150290102456, doi101093molbevmsm193, doi101093sysbiosyq085, doi101093sysbiosyr047, doi101093sysbiosyr107, openalexw1900040508, openalexw2733548038"
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@incollection{doi101016b9780123964915000010,
    author = "Smith, Andrew B. und Kroh, Andreas",
    title = "Phylogenie der Seesterne",
    year = "2013",
    booktitle = "Entwicklungen in der Aquakultur- und Fischereiwissenschaft",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-12-396491-5.00001-0",
    doi = "10.1016/b978-0-12-396491-5.00001-0",
    openalex = "W28941992",
    references = "doi101111j00310239200400364x"
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Ein zentrales Maß für den globalen Einfluss des Menschen ist, um wie viel er die Aussterberaten von Arten erhöht hat. Bekannte Aussagen besagen, dass diese 100-1000-mal höher sind als die vor-menschlichen oder Hintergrund-Aussterberaten. Die Schätzung der jüngsten Raten ist einfach, aber die Festlegung einer Hintergrundrate zum Vergleich ist es nicht. Frühere Forscher wählten einen ungefähren Referenzwert von 1 Aussterben pro Million Arten pro Jahr (E/MSY). Wir untersuchten unterschiedliche Belege, die auf eine deutlich niedrigere Schätzung hindeuten. Fossile Daten liefern direkte Schätzungen der Aussterberaten, sind aber zeitlich grob, meist auf marine, harte Körper beschränkte Taxa begrenzt und beziehen sich im Allgemeinen auf Gattungen, nicht auf Arten. Basierend auf diesen Daten beträgt der typische Hintergrundverlust 0,01 Gattungen pro Million Gattungen pro Jahr. Molekulare Phylogenien stehen für mehr Taxa und Ökosysteme zur Verfügung, aber es wird diskutiert, ob sie verwendet werden können, um separat Artbildungs- und Aussterberaten zu schätzen. Wir wählten Daten aus, um bekannte Bedenken zu adressieren, und nutzten sie, um mittlere Aussterberschätzungen aus statistischen Verteilungen wahrscheinlicher Werte für terrestrische Pflanzen und Tiere zu ermitteln. Anschließend erstellten wir Simulationen, um die Auswirkungen der Verletzung von Modellannahmen zu untersuchen. Schließlich stellten wir Schätzungen der Diversifizierung zusammen – den Unterschied zwischen Artbildungs- und Aussterberaten für verschiedene Taxa. Die mittleren Schätzungen der Aussterberaten lagen zwischen 0,023 und 0,135 E/MSY. Die Simulationsergebnisse deuteten darauf hin, dass Über- und Unterschätzungen des Aussterbens aus einzelnen Phylogenien sich teilweise aufheben, wenn große Mengen von Phylogenien analysiert werden. Es gab keine Hinweise auf jüngere und weit verbreitete vor-menschliche allgemeine Rückgänge der Vielfalt. Dies impliziert, dass durchschnittliche Aussterberaten niedriger sind als durchschnittliche Diversifizierungsraten. Die mittleren Diversifizierungsraten betrugen 0,05–0,2 neue Arten pro Million Arten pro Jahr. Auf der Grundlage dieser Ergebnisse schlossen wir, dass typische Raten des Hintergrundsterbens möglicherweise näher an 0,1 E/MSY liegen. Somit sind die aktuellen Aussterberaten 1.000-mal höher als die natürlichen Hintergrundaussterberaten, und zukünftige Raten werden wahrscheinlich 10.000-mal höher sein.

@article{doi101111cobi12380,
    author = "de Vos, Jurriaan M. und Joppa, Lucas und Gittleman, John L. und Stephens, Patrick R. und Pimm, Stuart L.",
    title = "Schätzung der normalen Hintergrundrate des Artensterbens",
    year = "2014",
    journal = "Conservation Biology",
    abstract = "Ein zentrales Maß für den globalen Einfluss des Menschen ist, um wie viel er die Aussterberaten von Arten erhöht hat. Bekannte Aussagen besagen, dass diese 100-1000-mal höher sind als die vor-menschlichen oder Hintergrund-Aussterberaten. Die Schätzung der jüngsten Raten ist einfach, aber die Festlegung einer Hintergrundrate zum Vergleich ist es nicht. Frühere Forscher wählten einen ungefähren Referenzwert von 1 Aussterben pro Million Arten pro Jahr (E/MSY). Wir untersuchten unterschiedliche Belege, die auf eine deutlich niedrigere Schätzung hindeuten. Fossile Daten liefern direkte Schätzungen der Aussterberaten, sind aber zeitlich grob, meist auf marine, harte Körper beschränkte Taxa begrenzt und beziehen sich im Allgemeinen auf Gattungen, nicht auf Arten. Basierend auf diesen Daten beträgt der typische Hintergrundverlust 0,01 Gattungen pro Million Gattungen pro Jahr. Molekulare Phylogenien stehen für mehr Taxa und Ökosysteme zur Verfügung, aber es wird diskutiert, ob sie verwendet werden können, um separat Artbildungs- und Aussterberaten zu schätzen. Wir wählten Daten aus, um bekannte Bedenken zu adressieren, und nutzten sie, um mittlere Aussterberschätzungen aus statistischen Verteilungen wahrscheinlicher Werte für terrestrische Pflanzen und Tiere zu ermitteln. Anschließend erstellten wir Simulationen, um die Auswirkungen der Verletzung von Modellannahmen zu untersuchen. Schließlich stellten wir Schätzungen der Diversifizierung zusammen – den Unterschied zwischen Artbildungs- und Aussterberaten für verschiedene Taxa. Die mittleren Schätzungen der Aussterberaten lagen zwischen 0,023 und 0,135 E/MSY. Die Simulationsergebnisse deuteten darauf hin, dass Über- und Unterschätzungen des Aussterbens aus einzelnen Phylogenien sich teilweise aufheben, wenn große Mengen von Phylogenien analysiert werden. Es gab keine Hinweise auf jüngere und weit verbreitete vor-menschliche allgemeine Rückgänge der Vielfalt. Dies impliziert, dass durchschnittliche Aussterberaten niedriger sind als durchschnittliche Diversifizierungsraten. Die mittleren Diversifizierungsraten betrugen 0,05–0,2 neue Arten pro Million Arten pro Jahr. Auf der Grundlage dieser Ergebnisse schlossen wir, dass typische Raten des Hintergrundsterbens möglicherweise näher an 0,1 E/MSY liegen. Somit sind die aktuellen Aussterberaten 1.000-mal höher als die natürlichen Hintergrundaussterberaten, und zukünftige Raten werden wahrscheinlich 10.000-mal höher sein.",
    url = "https://doi.org/10.1111/cobi.12380",
    doi = "10.1111/cobi.12380",
    openalex = "W2114051274",
    references = "doi101017s0094837300016134, doi101038ncomms2958, doi101098rspb20080630, doi101146annurevecolsys37091305110035, doi1016660094837320050310006poaeit20co2, doi10560219780801882210"
}

Die Zusammenfassung strap (Stratigraphic Tree Analysis for Palaeontology) ist ein neues Paket für die frei verfügbare statistische Programmiersprache R, das für die Durchführung von drei Hauptaufgaben entwickelt wurde: (1) die zeitliche Skalierung von Phylogenieen fossiler Taxa; (2) das Plotten dieser zeitlich skalierten Bäume gegen die Stratigraphie; und (3) die Bewertung der Kongruenz zwischen Phylogenieen und Stratigraphie. Die zeitliche Skalierung wird mit der DatePhylo-Funktion durchgeführt, wobei drei Ansätze angeboten werden. Das Plotten von Bäumen gegen eine Auswahl von fünf verschiedenen geologischen Zeitskalen ist mit der geoscalePhylo-Funktion möglich. Schließlich berechnet die Funktion StratPhyloCongruence stratigraphische Kongruenzmaße für eine oder mehrere Eingabe-Phylogenieen, ohne Taxonbegrenzung. Alle drei wichtigsten Kongruenzmaße werden angeboten: Stratigraphic Consistency Index (SCI), Manhattan Stratigraphic Measure (MSM *) und das gap excess ratio (GER; einschließlich GER t und GER *), sowie das Pseudo-Kongruenzmaß, der Relative Completeness Index (RCI). Jedes Maß verfügt über einen begleitenden Signifikanztest, der funktioniert, indem die Eingabe-Bäume gegen eine vom Benutzer definierte Anzahl von zufällig generierten Topologien mit demselben Taxonset und Altersbereichen verglichen werden. Zusätzliche Optionen zur Generierung dieser zufälligen Topologien ermöglichen es dem Benutzer, die Outgroup festzulegen oder die Eingabe-Baumform beizubehalten, um fairere Vergleiche durchzuführen. Ein Tutorial, das keine Vorkenntnisse in R voraussetzt, stellt alle drei Funktionen mit zwei verschiedenen Beispieldatensätzen vor.

@article{doi101111pala12142,
    author = "Bell, Mark A. und Lloyd, Graeme T.",
    title = "strap: ein R-Paket zum Plotten von Phylogenieen gegen Stratigraphie und zur Bewertung ihrer stratigraphischen Kongruenz",
    year = "2014",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "Die Zusammenfassung strap (Stratigraphic Tree Analysis for Palaeontology) ist ein neues Paket für die frei verfügbare statistische Programmiersprache R, das für die Durchführung von drei Hauptaufgaben entwickelt wurde: (1) die zeitliche Skalierung von Phylogenieen fossiler Taxa; (2) das Plotten dieser zeitlich skalierten Bäume gegen die Stratigraphie; und (3) die Bewertung der Kongruenz zwischen Phylogenieen und Stratigraphie. Die zeitliche Skalierung wird mit der DatePhylo-Funktion durchgeführt, wobei drei Ansätze angeboten werden. Das Plotten von Bäumen gegen eine Auswahl von fünf verschiedenen geologischen Zeitskalen ist mit der geoscalePhylo-Funktion möglich. Schließlich berechnet die Funktion StratPhyloCongruence stratigraphische Kongruenzmaße für eine oder mehrere Eingabe-Phylogenieen, ohne Taxonbegrenzung. Alle drei wichtigsten Kongruenzmaße werden angeboten: Stratigraphic Consistency Index (SCI), Manhattan Stratigraphic Measure (MSM *) und das gap excess ratio (GER; einschließlich GER t und GER *), sowie das Pseudo-Kongruenzmaß, der Relative Completeness Index (RCI). Jedes Maß verfügt über einen begleitenden Signifikanztest, der funktioniert, indem die Eingabe-Bäume gegen eine vom Benutzer definierte Anzahl von zufällig generierten Topologien mit demselben Taxonset und Altersbereichen verglichen werden. Zusätzliche Optionen zur Generierung dieser zufälligen Topologien ermöglichen es dem Benutzer, die Outgroup festzulegen oder die Eingabe-Baumform beizubehalten, um fairere Vergleiche durchzuführen. Ein Tutorial, das keine Vorkenntnisse in R voraussetzt, stellt alle drei Funktionen mit zwei verschiedenen Beispieldatensätzen vor.",
    url = "https://doi.org/10.1111/pala.12142",
    doi = "10.1111/pala.12142",
    openalex = "W2058630418",
    references = "crossref1995systematics, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093sysbio1811, doi101093sysbiosys058, doi101098rspb20080715, doi101111j10960031200800217x, doi101111j2041210x201200223x, doi101126science1161833, doi101126science1252243, doi1018814epiiugs2013v36i3002, doi1023072412407, doi1023072412810, doi105860choice323881, openalexw2611511275, openalexw2989049194, openalexw592572837"
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Wie sich ökologische und morphologische Vielfalt über geologische Zeiträume hinweg entwickelt, wurde von Paläobiologen intensiv diskutiert. Hinweise aus dem Fossilbericht deuten darauf hin, dass viele Klade früh in ihrer evolutionären Geschichte maximale Vielfalt erreichen, gefolgt von einem Rückgang der Evolutionsraten, wenn der ökologische Raum gefüllt wird oder aufgrund interner Einschränkungen. Hier wenden wir kürzlich entwickelte Methoden zur Schätzung von Raten der morphologischen Evolution während der post-paläozoischen Geschichte eines wichtigen wirbellosen Klades, der Echinoidea, an. Im Gegensatz zu den Erwartungen waren die Evolutionsraten während der anfänglichen Phase der Diversifizierung nach dem Perm-Trias-Massenaussterben am niedrigsten und nahmen im Laufe der Zeit zu. Darüber hinaus zeigen zwar mehrere Unterkladen hohe Anfangsraten und Nettoabnahmen der Evolutionsraten, was mit „frühen Ausbrüchen" der morphologischen Diversifizierung übereinstimmt, erscheinen diese Ausbrüche auf höheren taxonomischen Ebenen jedoch als episodische Spitzen. Die Spitzenraten fielen mit wesentlichen Verschiebungen in der ökologischen Morphologie zusammen, die primär mit Innovationen in Ernährungsstrategien verbunden sind. Trotz ähnlicher Artenzahlen in den heutigen Ozeanen haben regelmäßige Echinoidea aufgrund niedrigerer intrinsischer Raten der morphologischen Evolution und weniger morphologischer Innovationen weit weniger morphologische Vielfalt akkumuliert als unregelmäßige Echinoidea, wobei letztere auf eingeschränkte oder begrenzte Evolution hinweisen. Diese Ergebnisse zeigen, dass Evolutionsraten über die Zeit extrem heterogen sind und ihre Interpretation von der zeitlichen und taxonomischen Skala der Analyse abhängt.

@article{doi101073pnas1418153112,
    author = "Hopkins, Melanie J. und Smith, Andrew B.",
    title = "Dynamische evolutionäre Veränderungen bei post-paläozoischen Echinoidea und die Bedeutung der Skala bei der Interpretation von Veränderungen in den Evolutionsraten",
    year = "2015",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {Wie sich ökologische und morphologische Vielfalt über geologische Zeiträume hinweg entwickelt, wurde von Paläobiologen intensiv diskutiert. Hinweise aus dem Fossilbericht deuten darauf hin, dass viele Klade früh in ihrer evolutionären Geschichte maximale Vielfalt erreichen, gefolgt von einem Rückgang der Evolutionsraten, wenn der ökologische Raum gefüllt wird oder aufgrund interner Einschränkungen. Hier wenden wir kürzlich entwickelte Methoden zur Schätzung von Raten der morphologischen Evolution während der post-paläozoischen Geschichte eines wichtigen wirbellosen Klades, der Echinoidea, an. Im Gegensatz zu den Erwartungen waren die Evolutionsraten während der anfänglichen Phase der Diversifizierung nach dem Perm-Trias-Massenaussterben am niedrigsten und nahmen im Laufe der Zeit zu. Darüber hinaus zeigen zwar mehrere Unterkladen hohe Anfangsraten und Nettoabnahmen der Evolutionsraten, was mit „frühen Ausbrüchen" der morphologischen Diversifizierung übereinstimmt, erscheinen diese Ausbrüche auf höheren taxonomischen Ebenen jedoch als episodische Spitzen. Die Spitzenraten fielen mit wesentlichen Verschiebungen in der ökologischen Morphologie zusammen, die primär mit Innovationen in Ernährungsstrategien verbunden sind. Trotz ähnlicher Artenzahlen in den heutigen Ozeanen haben regelmäßige Echinoidea aufgrund niedrigerer intrinsischer Raten der morphologischen Evolution und weniger morphologischer Innovationen weit weniger morphologische Vielfalt akkumuliert als unregelmäßige Echinoidea, wobei letztere auf eingeschränkte oder begrenzte Evolution hinweisen. Diese Ergebnisse zeigen, dass Evolutionsraten über die Zeit extrem heterogen sind und ihre Interpretation von der zeitlichen und taxonomischen Skala der Analyse abhängt.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1418153112",
    doi = "10.1073/pnas.1418153112",
    openalex = "W2068132819",
    references = "doi10108014772011003603556, doi1016660094837320000260056cefisg20co2"
}

Zusammenfassung Phylogenetische Beziehungen zwischen frühen Kissenkorallen werden bewertet, indem parsimonische-informative Merkmale maximiert werden, die unsortiert und ungewichtet sind. Hauptsächlich T remadocian– D arriwilian (E arly– M iddle O rdovician) Taxa werden analysiert. Stratigraphische Kongruenzmetriken unterstützen die beste phylogenetische Hypothese, die unter Verwendung von Parsimonie-Methoden abgeleitet wurde. Diese Studie bestätigt die traditionell anerkannten Linien paläozoischer Kissenkorallen und liefert neue Informationen über die Verzweigungsordnung sich entwickelnder Linien. Cameraten sind basale Kissenkorallen, wobei fortschreitend mehr nach den Spitzen hin gerichtete Gruppen (aus einer O rdovician-Perspektive) Protocrinoiden, Cladiden (paraphyletisch), Hybocriniden und Dispariden sind. Die P rotocrinoida sollten beibehalten werden, aber die A ethocrinida sollten innerhalb der C ladida platziert werden. Die Ergebnisse dieser Studie identifizieren phylogenetische Strukturen unter den wichtigsten frühen Kissenkorallen-Linien und grenzen die relativen Positionen höherer Kissenkorallen-Taxa entlang eines Baumes ab. Jedes gültige höhere Taxon, das hier diskutiert wird, erfordert eine umfassende Behandlung, um innerhalb-Linien-phylogenetische Beziehungen zu begrenzen.

@article{doi101111pala12204,
    author = "Ausich, William I. und Kammer, Thomas und Rhenberg, Elizabeth C. und Wright, David F.",
    title = "Early phylogeny of crinoids within the pelmatozoan clade",
    year = "2015",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "Zusammenfassung Phylogenetische Beziehungen zwischen frühen Kissenkorallen werden bewertet, indem parsimonische-informative Merkmale maximiert werden, die unsortiert und ungewichtet sind. Hauptsächlich T remadocian– D arriwilian (E arly– M iddle O rdovician) Taxa werden analysiert. Stratigraphische Kongruenzmetriken unterstützen die beste phylogenetische Hypothese, die unter Verwendung von Parsimonie-Methoden abgeleitet wurde. Diese Studie bestätigt die traditionell anerkannten Linien paläozoischer Kissenkorallen und liefert neue Informationen über die Verzweigungsordnung sich entwickelnder Linien. Cameraten sind basale Kissenkorallen, wobei fortschreitend mehr nach den Spitzen hin gerichtete Gruppen (aus einer O rdovician-Perspektive) Protocrinoiden, Cladiden (paraphyletisch), Hybocriniden und Dispariden sind. Die P rotocrinoida sollten beibehalten werden, aber die A ethocrinida sollten innerhalb der C ladida platziert werden. Die Ergebnisse dieser Studie identifizieren phylogenetische Strukturen unter den wichtigsten frühen Kissenkorallen-Linien und grenzen die relativen Positionen höherer Kissenkorallen-Taxa entlang eines Baumes ab. Jedes gültige höhere Taxon, das hier diskutiert wird, erfordert eine umfassende Behandlung, um innerhalb-Linien-phylogenetische Beziehungen zu begrenzen.",
    url = "https://doi.org/10.1111/pala.12204",
    doi = "10.1111/pala.12204",
    openalex = "W1934510031"
}

Zusammenfassung Xiphosuriden sind eine archaische Gruppe von aquatischen cheliceraten Gliederfüßern, die allgemein durch den umgangssprachlichen Fehlnamen 'Schnabelkrebse' bekannt sind. Bekannt aus marinen Umgebungen seit dem frühen Ordovizium, werden Schnabelkrebse allgemein als 'lebende Fossilien' betrachtet – Nachkommen einer bradytelischen Linie, die im Laufe der geologischen Zeit wenig morphologische oder ökologische Variation aufweisen. Allerdings sind Xiphosuriden aus Süßwassersedimenten im Paläozoikum und Mesozoikum bekannt; zudem wurde die Behauptung, dass Xiphosuriden wenig morphologische Variation zeigen, noch nie empirisch getestet. Versuche, dies zu testen, werden durch das Fehlen eines modernen phylogenetischen Rahmens behindert, mit dem verschiedene evolutionäre Szenarien untersucht werden können. Hier präsentiere ich eine phylogenetische Analyse der Xiphosurida und untersuche Muster der Morphospace- und Umweltbesetzung der Gruppe im Phanerozoikum. Es zeigt sich, dass Schnabelkrebse nicht-marine Umgebungen unabhängig mindestens fünfmal im Laufe ihrer evolutionären Geschichte besiedelt haben, wobei dies zweimal zur Radiation von Hauptkladen – Bellinurinen und Austrolimuliden – führte, die neue Regionen des Morphospace besetzten. Diese Klade zeigen ein konvergentes ökologisches Muster von Differenzierung, Artbildung und anschließender Aussterben. Schnabelkrebse zeigen eine dynamischere und komplexere evolutionäre Geschichte als zuvor angenommen, wobei die existierenden Arten nur einen Bruchteil der vergangenen ökologischen und morphologischen Vielfalt der Gruppe darstellen.

@article{doi101111pala12220,
    author = "Lamsdell, James C.",
    title = "Horseshoe crab phylogeny and independent colonizations of fresh water: ecological invasion as a driver for morphological innovation",
    year = "2015",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "Zusammenfassung Xiphosuriden sind eine archaische Gruppe von aquatischen cheliceraten Gliederfüßern, die allgemein durch den umgangssprachlichen Fehlnamen 'Schnabelkrebse' bekannt sind. Bekannt aus marinen Umgebungen seit dem frühen Ordovizium, werden Schnabelkrebse allgemein als 'lebende Fossilien' betrachtet – Nachkommen einer bradytelischen Linie, die im Laufe der geologischen Zeit wenig morphologische oder ökologische Variation aufweisen. Allerdings sind Xiphosuriden aus Süßwassersedimenten im Paläozoikum und Mesozoikum bekannt; zudem wurde die Behauptung, dass Xiphosuriden wenig morphologische Variation zeigen, noch nie empirisch getestet. Versuche, dies zu testen, werden durch das Fehlen eines modernen phylogenetischen Rahmens behindert, mit dem verschiedene evolutionäre Szenarien untersucht werden können. Hier präsentiere ich eine phylogenetische Analyse der Xiphosurida und untersuche Muster der Morphospace- und Umweltbesetzung der Gruppe im Phanerozoikum. Es zeigt sich, dass Schnabelkrebse nicht-marine Umgebungen unabhängig mindestens fünfmal im Laufe ihrer evolutionären Geschichte besiedelt haben, wobei dies zweimal zur Radiation von Hauptkladen – Bellinurinen und Austrolimuliden – führte, die neue Regionen des Morphospace besetzten. Diese Klade zeigen ein konvergentes ökologisches Muster von Differenzierung, Artbildung und anschließender Aussterben. Schnabelkrebse zeigen eine dynamischere und komplexere evolutionäre Geschichte als zuvor angenommen, wobei die existierenden Arten nur einen Bruchteil der vergangenen ökologischen und morphologischen Vielfalt der Gruppe darstellen.",
    url = "https://doi.org/10.1111/pala.12220",
    doi = "10.1111/pala.12220",
    openalex = "W2173155428",
    references = "doi101111j14754983201101103x, doi101111pala12142"
}

Trotz ihrer tiefgreifenden Anpassungen an das aquatische Reich und ihres offensichtlichen Erfolgs während des Trias und des Jura erloschen Ichthyosaurier etwa 30 Millionen Jahre vor der end-kreidezeitlichen Massenaussterben. Aktuelle Hypothesen für diesen frühen Untergang beinhalten relativ geringfügige biotische Ereignisse, stehen jedoch im Widerspruch zum jüngeren Verständnis des Ichthyosaurier-Fossilberichts. Hier zeigen wir, dass Ichthyosaurier während des frühen Kreidezeitalters eine hohe, aber abnehmende Artenvielfalt und Disparität aufrechterhielten. Die letzten Ichthyosaurier zeichnen sich durch reduzierte Entstehungs- und phänotypische Evolutionsraten aus, und ihre erhöhten Aussterberaten korrelieren mit erhöhter Umweltvolatilität. Darüber hinaus finden wir, dass Ichthyosaurier einem tiefgreifenden frühen Cenomanium-Aussterben zum Opfer fielen, das ihre ökologische Vielfalt reduzierte und wahrscheinlich zu ihrem endgültigen Aussterben am Ende des Cenomaniums beitrug. Unsere Ergebnisse stützen eine wachsende Evidenz, die zeigt, dass globale Umweltveränderungen zu einem wichtigen, zeitlich gestaffelten Turnover-Ereignis führten, das die marinen Ökosysteme während des Cenomaniums tiefgreifend reorganisierte.

@article{doi101038ncomms10825,
    author = "Fischer, Valentin und Bardet, Nathalie und Benson, Roger und Arkhangelsky, M. S. und Friedman, Matt",
    title = "Aussterben fischförmiger Meeresreptilien im Zusammenhang mit reduzierten Evolutionsraten und globaler Umweltvolatilität",
    year = "2016",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "Trotz ihrer tiefgreifenden Anpassungen an das aquatische Reich und ihres offensichtlichen Erfolgs während des Trias und des Jura erloschen Ichthyosaurier etwa 30 Millionen Jahre vor der end-kreidezeitlichen Massenaussterben. Aktuelle Hypothesen für diesen frühen Untergang beinhalten relativ geringfügige biotische Ereignisse, stehen jedoch im Widerspruch zum jüngeren Verständnis des Ichthyosaurier-Fossilberichts. Hier zeigen wir, dass Ichthyosaurier während des frühen Kreidezeitalters eine hohe, aber abnehmende Artenvielfalt und Disparität aufrechterhielten. Die letzten Ichthyosaurier zeichnen sich durch reduzierte Entstehungs- und phänotypische Evolutionsraten aus, und ihre erhöhten Aussterberaten korrelieren mit erhöhter Umweltvolatilität. Darüber hinaus finden wir, dass Ichthyosaurier einem tiefgreifenden frühen Cenomanium-Aussterben zum Opfer fielen, das ihre ökologische Vielfalt reduzierte und wahrscheinlich zu ihrem endgültigen Aussterben am Ende des Cenomaniums beitrug. Unsere Ergebnisse stützen eine wachsende Evidenz, die zeigt, dass globale Umweltveränderungen zu einem wichtigen, zeitlich gestaffelten Turnover-Ereignis führten, das die marinen Ökosysteme während des Cenomaniums tiefgreifend reorganisierte.",
    url = "https://doi.org/10.1038/ncomms10825",
    doi = "10.1038/ncomms10825",
    openalex = "W2295669701",
    references = "doi101016jcub201410064, doi101016jgloplacha201312007, doi101017cbo9780511802461005, doi101017s0016756812000994, doi1010292001pa000623, doi10108002724634199910011160, doi101080027246342011595464, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101098rspb20091845, doi101111brv12038, doi101111brv12203, doi101111j2041210x201200223x, doi101111pala12142, doi101126scienceaaa3716, doi101371journalpone0029234, doi101371journalpone0031838, doi101371journalpone0103152, doi1023071268794, doi1023073802723, druckenmiller2010a, openalexw2896296657"
}

Die Systematik der Ophiuroidea befindet sich derzeit in einem Zustand des Umbruchs, wobei sich jüngste molekulare Schätzungen grundlegend mit traditionellen, auf der Morphologie basierenden Klassifikationen widersprechen. Hier versuchen wir eine längst überfällige Neuauflage einer morphologischen Phylogenie-Schätzung der Ophiuroidea unter Berücksichtigung neuester Erkenntnisse über mikrostrukturelle Merkmale des Armskeletts. Unsere endgültige Schätzung basiert auf insgesamt 45 Ingroup-Taxa, einschließlich 41 rezenter Arten, die den gesamten Bereich der extanten Ophiuroidea-Hochrangtaxon-Diversität abdecken, und 4 fossilen Arten, die aus außergewöhnlich gut erhaltenem Material bekannt sind, sowie dem unterkarbonischen Aganaster gregarius als Outgroup. Insgesamt wurden 130 Merkmale direkt an Exemplaren bewertet. Der aus der bayesianischen Inferenzanalyse der vollständigen Datenmatrix resultierende Baum ist relativ gut aufgelöst und gut unterstützt und widerlegt alle vorherigen Klassifikationen, wobei die meisten traditionellen Familien als poly- oder paraphyletisch diskreditiert werden. Im Gegensatz dazu stimmt unser Baum remarkably gut mit der neuesten molekularen Schätzung überein und ebnet so den Weg zu einer integrierten neuen Klassifikation der Ophiuroidea. Unter den Merkmalen, die qualitativ am besten mit unserer Baumtopologie übereinzustimmen scheinen, haben wir eine Liste potenzieller Synapomorphien für zukünftige formale Klade-Definitionen ausgewählt. Darüber hinaus ergab eine Analyse mit 13 der Ingroup-Taxa, reduziert auf die Merkmale der lateralen Armplatten, einen Baum, der im Wesentlichen dem Baum des vollständigen Datensatzes ähnelt. Dies deutet darauf hin, dass dissoziierte laterale Armplatten in Kombination mit vollständig bekannten Taxa analysiert werden können und somit effektiv die umfangreiche Aufzeichnung fossiler lateraler Armplatten für phylogenetische Schätzungen erschließt. Schließlich impliziert das Alter und die Position innerhalb unseres Baums, dass sich die Ophiuroidea-Crown-Gruppe bis zum frühen Trias zu diversifizieren begonnen hatte.

@article{doi101371journalpone0156140,
    author = "Thuy, Ben und Stöhr, Sabine",
    title = "Eine neue morphologische Phylogenie der Ophiuroidea (Echinodermata) stimmt mit molekularen Belegen überein und macht Mikrofossilien für die Kladistik zugänglich",
    year = "2016",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "Die Systematik der Ophiuroidea befindet sich derzeit in einem Zustand des Umbruchs, wobei sich jüngste molekulare Schätzungen grundlegend mit traditionellen, auf der Morphologie basierenden Klassifikationen widersprechen. Hier versuchen wir eine längst überfällige Neuauflage einer morphologischen Phylogenie-Schätzung der Ophiuroidea unter Berücksichtigung neuester Erkenntnisse über mikrostrukturelle Merkmale des Armskeletts. Unsere endgültige Schätzung basiert auf insgesamt 45 Ingroup-Taxa, einschließlich 41 rezenter Arten, die den gesamten Bereich der extanten Ophiuroidea-Hochrangtaxon-Diversität abdecken, und 4 fossilen Arten, die aus außergewöhnlich gut erhaltenem Material bekannt sind, sowie dem unterkarbonischen Aganaster gregarius als Outgroup. Insgesamt wurden 130 Merkmale direkt an Exemplaren bewertet. Der aus der bayesianischen Inferenzanalyse der vollständigen Datenmatrix resultierende Baum ist relativ gut aufgelöst und gut unterstützt und widerlegt alle vorherigen Klassifikationen, wobei die meisten traditionellen Familien als poly- oder paraphyletisch diskreditiert werden. Im Gegensatz dazu stimmt unser Baum remarkably gut mit der neuesten molekularen Schätzung überein und ebnet so den Weg zu einer integrierten neuen Klassifikation der Ophiuroidea. Unter den Merkmalen, die qualitativ am besten mit unserer Baumtopologie übereinzustimmen scheinen, haben wir eine Liste potenzieller Synapomorphien für zukünftige formale Klade-Definitionen ausgewählt. Darüber hinaus ergab eine Analyse mit 13 der Ingroup-Taxa, reduziert auf die Merkmale der lateralen Armplatten, einen Baum, der im Wesentlichen dem Baum des vollständigen Datensatzes ähnelt. Dies deutet darauf hin, dass dissoziierte laterale Armplatten in Kombination mit vollständig bekannten Taxa analysiert werden können und somit effektiv die umfangreiche Aufzeichnung fossiler lateraler Armplatten für phylogenetische Schätzungen erschließt. Schließlich impliziert das Alter und die Position innerhalb unseres Baums, dass sich die Ophiuroidea-Crown-Gruppe bis zum frühen Trias zu diversifizieren begonnen hatte.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0156140",
    doi = "10.1371/journal.pone.0156140",
    openalex = "W2408106615",
    references = "doi10108014772011003603556"
}

@article{doi101016jympev201702014,
    author = "Miller, Allison K. und Kerr, Alexander M. und Paulay, Gustav und Reich, Mike und Wilson, Nerida G. und Carvajal, Jose I. und Rouse, Greg W.",
    title = "Molekulare Phylogenie der extanten Holothuroidea",
    year = "2017",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ympev.2017.02.014",
    doi = "10.1016/j.ympev.2017.02.014",
    openalex = "W2593325434",
    references = "doi101111j1469185x1984tb00411x"
}

Zusammenfassung Die Unterklasse Camerata (Crinoidea, Echinodermata) ist eine wichtige Gruppe paläozoischer Crinoiden, die eine frühe Abzweigung in der evolutionären Geschichte und morphologischen Diversifizierung der Klasse Crinoidea darstellt, wobei die phylogenetischen Beziehungen zwischen frühen Cameraten jedoch noch ungelöst sind. Diese Studie führte eine Reihe quantitativer phylogenetischer Analysen unter Verwendung von Parsimonie-Methoden durch, um die Beziehungen aller gut erhaltenen ordovizischen cameraten Gattungen (52 Taxa) zu erschließen, die Verzweigungssequenz der frühen Cameraten festzulegen und die Monophylie traditionell anerkannter höherer Taxa zu testen, einschließlich der Ordnungen Monobathrida und Diplobathrida. Die erste phylogenetische Analyse identifizierte einen geeigneten Outgroup zur Verwurzelung des ordovizischen cameraten Baumes und untersuchte die Verwandtschaftsverhältnisse der atypischen dicyclischen Familie Reteocrinidae. Die zweite Analyse schloss die Phylogenie aller gut erhaltenen ordovizischen cameraten Gattungen ab. Die erschlossenen Phylogenien bestätigen: (1) die Tremadokischen Gattungen Cnemecrinus und Eknomocrinus sind Schwestergruppen der Camerata; (2) wie historisch definiert, stellen die Ordnungen Monobathrida und Diplobathrida keine monophyletischen Gruppen dar; (3) mit minimaler Revision können Monobathrida und Diplobathrida neu diagnostiziert werden, um monophyletische Klade zu repräsentieren; (4) die Familie Reteocrinidae ist enger mit Cameraten verwandt als mit anderen Crinoidengruppen, die derzeit auf Unterklassenebene anerkannt sind; und (5) mehrere Gattungen in der Unterklasse Camerata repräsentieren Stamm-Taxa, die weder als echte Monobathriden noch als echte Diplobathriden klassifiziert werden können. Die Klade, die Monobathrida und Diplobathrida enthält, wie sie hier anerkannt werden, wird Eucamerata genannt, um ihre Bestandstaxa von taxonomisch basal positionierten Taxa zu unterscheiden, die als Stamm-Eucameraten bezeichnet werden. Die Ergebnisse dieser Studie liefern einen phylogenetischen Rahmen zur Revision der cameraten Klassifikation, zur Aufklärung von Mustern der morphologischen Evolution und zur Information der Outgroup-Auswahl für zukünftige phylogenetische Analysen post-ordovizischer Cameraten.

@article{doi101017jpa2016137,
    author = "Cole, Selina R.",
    title = "Phylogenie und morphologische Evolution der ordovizischen Camerata (Klasse Crinoidea, Stamm Echinodermata)",
    year = "2017",
    journal = "Journal of Paleontology",
    abstract = "Zusammenfassung Die Unterklasse Camerata (Crinoidea, Echinodermata) ist eine wichtige Gruppe paläozoischer Crinoiden, die eine frühe Abzweigung in der evolutionären Geschichte und morphologischen Diversifizierung der Klasse Crinoidea darstellt, wobei die phylogenetischen Beziehungen zwischen frühen Cameraten jedoch noch ungelöst sind. Diese Studie führte eine Reihe quantitativer phylogenetischer Analysen unter Verwendung von Parsimonie-Methoden durch, um die Beziehungen aller gut erhaltenen ordovizischen cameraten Gattungen (52 Taxa) zu erschließen, die Verzweigungssequenz der frühen Cameraten festzulegen und die Monophylie traditionell anerkannter höherer Taxa zu testen, einschließlich der Ordnungen Monobathrida und Diplobathrida. Die erste phylogenetische Analyse identifizierte einen geeigneten Outgroup zur Verwurzelung des ordovizischen cameraten Baumes und untersuchte die Verwandtschaftsverhältnisse der atypischen dicyclischen Familie Reteocrinidae. Die zweite Analyse schloss die Phylogenie aller gut erhaltenen ordovizischen cameraten Gattungen ab. Die erschlossenen Phylogenien bestätigen: (1) die Tremadokischen Gattungen Cnemecrinus und Eknomocrinus sind Schwestergruppen der Camerata; (2) wie historisch definiert, stellen die Ordnungen Monobathrida und Diplobathrida keine monophyletischen Gruppen dar; (3) mit minimaler Revision können Monobathrida und Diplobathrida neu diagnostiziert werden, um monophyletische Klade zu repräsentieren; (4) die Familie Reteocrinidae ist enger mit Cameraten verwandt als mit anderen Crinoidengruppen, die derzeit auf Unterklassenebene anerkannt sind; und (5) mehrere Gattungen in der Unterklasse Camerata repräsentieren Stamm-Taxa, die weder als echte Monobathriden noch als echte Diplobathriden klassifiziert werden können. Die Klade, die Monobathrida und Diplobathrida enthält, wie sie hier anerkannt werden, wird Eucamerata genannt, um ihre Bestandstaxa von taxonomisch basal positionierten Taxa zu unterscheiden, die als Stamm-Eucameraten bezeichnet werden. Die Ergebnisse dieser Studie liefern einen phylogenetischen Rahmen zur Revision der cameraten Klassifikation, zur Aufklärung von Mustern der morphologischen Evolution und zur Information der Outgroup-Auswahl für zukünftige phylogenetische Analysen post-ordovizischer Cameraten.",
    url = "https://doi.org/10.1017/jpa.2016.137",
    doi = "10.1017/jpa.2016.137",
    openalex = "W2586606587",
    references = "doi1010029781444313918, doi1010160031018268900989, doi101017jpa2016142, doi101017jpa201720, doi101017s009483730001280x, doi101017s0094837300016134, doi101111j109600311989tb00573x, doi101111pala12142, doi101130spe46p1, doi101666009483731999251mditer20co2, doi105860choice323881, openalexw2611511275"
}

Zusammenfassung Das Wissen über phylogenetische Beziehungen zwischen Arten ist grundlegend für das Verständnis grundlegender Muster in der Evolution und bildet die Basis für fast alle Forschungsprogramme in Biologie und Paläontologie. Allerdings berücksichtigen die meisten Methoden der phylogenetischen Inferenz, die typischerweise von Paläontologen verwendet werden, die Eigenheiten fossiler Daten nicht und nutzen daher nicht das gesamte von dem Fossilbericht bereitgestellte Informationsangebot. Die Einführung von Bayesschen „Tip-Dating"-Ansätzen zur Phylogenie-Schätzung ist besonders vielversprechend für Paläosystematiker, da zeitgestempelte Vergleichsdaten mit probabilistischen Modellen kombiniert werden können, die speziell auf die Untersuchung fossiler Taxa zugeschnitten sind. Unter einem Bayesschen Rahmen bietet der kürzlich entwickelte fossilisierte Geburts–Todes-Prozess (FBD) ein realistischeres Baum-Vorlaufmodell für paläontologische Daten, das makroevolutionäre Dynamiken, Erhaltung und Stichprobenziehung berücksichtigt, wenn phylogenetische Bäume mit Fossilien abgeleitet werden. Darüber hinaus ermöglicht der FBD-Baum-Vorlauf die Möglichkeit, ancestrale Morphotaxa zu stichproben. Obwohl Paläontologen probabilistische phylogenetische Methoden zunehmend annehmen, wurden diese jüngsten Entwicklungen bisher nicht auf den tiefenzeitlichen Wirbellosen-Fossilbericht angewendet. Hier untersuche ich phylogenetische Beziehungen zwischen Ordovizium bis Devon Crinoiden unter Verwendung eines Bayesschen Tip-Dating-Ansatzes. Die Ergebnisse stützen mehrere Klade, die in früheren Analysen, die nur Ordovizium-Taxa stichproben, anerkannt wurden, zeigen aber auch Fälle, in denen phylogenetische Affinitäten komplexer sind und umfassende Überarbeitungen notwendig sind, insbesondere unter den Cladida. Der Name Porocrinoidea wird für eine gut gestützte Klade von Ordovizium „cyathocrinen" Cladiden und Hybocriniden vorgeschlagen. Eucladida wird als Klade-Name für die Schwestergruppe der Flexibilia vorgeschlagen, die hier aus Cladiden besteht, die von anderen Autoren verschiedentlich als „cyathocrines", „dendrocrines" und/oder „poteriocrines" betrachtet werden.

@article{doi101017jpa2016141,
    author = "Wright, David F.",
    title = "Bayesian estimation of fossil phylogenies and the evolution of early to middle Paleozoic crinoids (Echinodermata)",
    year = "2017",
    journal = "Journal of Paleontology",
    abstract = "Zusammenfassung Das Wissen über phylogenetische Beziehungen zwischen Arten ist grundlegend für das Verständnis grundlegender Muster in der Evolution und bildet die Basis für fast alle Forschungsprogramme in Biologie und Paläontologie. Allerdings berücksichtigen die meisten Methoden der phylogenetischen Inferenz, die typischerweise von Paläontologen verwendet werden, die Eigenheiten fossiler Daten nicht und nutzen daher nicht das gesamte von dem Fossilbericht bereitgestellte Informationsangebot. Die Einführung von Bayesschen „Tip-Dating"-Ansätzen zur Phylogenie-Schätzung ist besonders vielversprechend für Paläosystematiker, da zeitgestempelte Vergleichsdaten mit probabilistischen Modellen kombiniert werden können, die speziell auf die Untersuchung fossiler Taxa zugeschnitten sind. Unter einem Bayesschen Rahmen bietet der kürzlich entwickelte fossilisierte Geburts–Todes-Prozess (FBD) ein realistischeres Baum-Vorlaufmodell für paläontologische Daten, das makroevolutionäre Dynamiken, Erhaltung und Stichprobenziehung berücksichtigt, wenn phylogenetische Bäume mit Fossilien abgeleitet werden. Darüber hinaus ermöglicht der FBD-Baum-Vorlauf die Möglichkeit, ancestrale Morphotaxa zu stichproben. Obwohl Paläontologen probabilistische phylogenetische Methoden zunehmend annehmen, wurden diese jüngsten Entwicklungen bisher nicht auf den tiefenzeitlichen Wirbellosen-Fossilbericht angewendet. Hier untersuche ich phylogenetische Beziehungen zwischen Ordovizium bis Devon Crinoiden unter Verwendung eines Bayesschen Tip-Dating-Ansatzes. Die Ergebnisse stützen mehrere Klade, die in früheren Analysen, die nur Ordovizium-Taxa stichproben, anerkannt wurden, zeigen aber auch Fälle, in denen phylogenetische Affinitäten komplexer sind und umfassende Überarbeitungen notwendig sind, insbesondere unter den Cladida. Der Name Porocrinoidea wird für eine gut gestützte Klade von Ordovizium „cyathocrinen" Cladiden und Hybocriniden vorgeschlagen. Eucladida wird als Klade-Name für die Schwestergruppe der Flexibilia vorgeschlagen, die hier aus Cladiden besteht, die von anderen Autoren verschiedentlich als „cyathocrines", „dendrocrines" und/oder „poteriocrines" betrachtet werden.",
    url = "https://doi.org/10.1017/jpa.2016.141",
    doi = "10.1017/jpa.2016.141",
    openalex = "W2586407476",
    references = "doi10100703064746897, doi1010160016003258906884, doi1010160025556481900432, doi1010160031018268900989, doi101017jpa2016137, doi101017jpa2016142, doi101017jpa201720, doi10108001621459199510476572, doi101080106351501753462876, doi101086284325, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101111pala12142, doi101130spe46p1, doi101186147121487214, doi101214ss1177011136, doi101306st6398c26, openalexw3135630760"
}

Zusammenfassung Evolutionäre Übergänge zu marinen Lebensräumen traten häufig bei mesozoischen Reptilien auf. Nur eine solche Klade überdauerte bis heute: Meeresschildkröten (Chelonioidea). Andere marine Schildkröten entstanden während des Mesozoikums, doch unklare Verwandtschaftsbeziehungen wichtiger Fossilien haben die Anzahl der Übergänge zum marinen Leben sowie den Zeitpunkt der Entstehung der marinen Anpassung bei Chelonioiden verschleiert. Phylogenetische Studien unterstützen entweder eine hochgradig inklusive chelonioide Gesamtgruppe, die fossile marine Klade aus dem Jura und dem Kreidezeitraum einschließt (z. B. Protostegidae, Thalassochelydidae, Sandownidae), oder eine weniger inklusive chelonioide Gesamtgruppe, die diese Klade ausschließt. Unter diesem Paradigma gehören diese Klade außerhalb der Cryptodira und stellen mindestens einen zusätzlichen evolutionären Übergang zum marinen Leben bei Schildkröten dar. Wir präsentieren eine neue phylogenetische Hypothese, die durch hochauflösende Computertomographie-Daten lebender und fossiler Taxa informiert ist. Neben einer gut gestützten Chelonioidea, die Protostegidae einschließt, rekonstruieren wir eine zuvor unbekannte Klade von Stammgruppen-Schildkröten, Angolachelonia, die die spätjurassischen Thalassochelydidae und die kreide-paläogene Sandownidae einschließt. Unter Berücksichtigung des triassischen Odontochelys deuten unsere Ergebnisse auf drei unabhängige evolutionäre Übergänge zum marinen Leben bei nicht-pleurodirenen Schildkröten hin (plus zwei bis drei weitere bei Pleurodire). Unter allen unabhängigen Ursprüngen mariner Lebensweisen entwickelte sich eine pelagische Ökologie nur einmal, bei Chelonioiden. Alle Schildkröten-Gruppen, die unabhängig im Jura-Kreidezeitraum marine Lebensräume besiedelten (Chelonioidea, Angolachelonia, Bothremyde-Pleurodire), überlebten das massenhafte Aussterbeereignis am Ende der Kreidezeit. Dies unterstreicht die extensive Überlebensfähigkeit mariner Schildkröten im Vergleich zu anderen marinen Reptilien. Darüber hinaus werden tief verschachtelte Klade wie Chelonioidea bereits im mittleren frühen Kreidezeitraum gefunden, was auf eine schnelle Diversifizierung der Kronengruppen-Schildkröten während des frühen Kreidezeitraums hindeutet.

@article{doi101111pala12384,
    author = "Evers, Serjoscha und Benson, Roger",
    title = "Eine neue phylogenetische Hypothese für Schildkröten mit Implikationen für den Zeitpunkt und die Anzahl evolutionärer Übergänge zu marinen Lebensweisen in der Gruppe",
    year = "2018",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "Zusammenfassung Evolutionäre Übergänge zu marinen Lebensräumen traten häufig bei mesozoischen Reptilien auf. Nur eine solche Klade überdauerte bis heute: Meeresschildkröten (Chelonioidea). Andere marine Schildkröten entstanden während des Mesozoikums, doch unklare Verwandtschaftsbeziehungen wichtiger Fossilien haben die Anzahl der Übergänge zum marinen Leben sowie den Zeitpunkt der Entstehung der marinen Anpassung bei Chelonioiden verschleiert. Phylogenetische Studien unterstützen entweder eine hochgradig inklusive chelonioide Gesamtgruppe, die fossile marine Klade aus dem Jura und dem Kreidezeitraum einschließt (z. B. Protostegidae, Thalassochelydidae, Sandownidae), oder eine weniger inklusive chelonioide Gesamtgruppe, die diese Klade ausschließt. Unter diesem Paradigma gehören diese Klade außerhalb der Cryptodira und stellen mindestens einen zusätzlichen evolutionären Übergang zum marinen Leben bei Schildkröten dar. Wir präsentieren eine neue phylogenetische Hypothese, die durch hochauflösende Computertomographie-Daten lebender und fossiler Taxa informiert ist. Neben einer gut gestützten Chelonioidea, die Protostegidae einschließt, rekonstruieren wir eine zuvor unbekannte Klade von Stammgruppen-Schildkröten, Angolachelonia, die die spätjurassischen Thalassochelydidae und die kreide-paläogene Sandownidae einschließt. Unter Berücksichtigung des triassischen Odontochelys deuten unsere Ergebnisse auf drei unabhängige evolutionäre Übergänge zum marinen Leben bei nicht-pleurodirenen Schildkröten hin (plus zwei bis drei weitere bei Pleurodire). Unter allen unabhängigen Ursprüngen mariner Lebensweisen entwickelte sich eine pelagische Ökologie nur einmal, bei Chelonioiden. Alle Schildkröten-Gruppen, die unabhängig im Jura-Kreidezeitraum marine Lebensräume besiedelten (Chelonioidea, Angolachelonia, Bothremyde-Pleurodire), überlebten das massenhafte Aussterbeereignis am Ende der Kreidezeit. Dies unterstreicht die extensive Überlebensfähigkeit mariner Schildkröten im Vergleich zu anderen marinen Reptilien. Darüber hinaus werden tief verschachtelte Klade wie Chelonioidea bereits im mittleren frühen Kreidezeitraum gefunden, was auf eine schnelle Diversifizierung der Kronengruppen-Schildkröten während des frühen Kreidezeitraums hindeutet.",
    url = "https://doi.org/10.1111/pala.12384",
    doi = "10.1111/pala.12384",
    openalex = "W2883587102",
    references = "doi101007s1205200901192, doi101016jympev201705008, doi10103827421, doi101086425183, doi101098rsbl20080022, doi101111brv12038, doi101111pala12142, doi10166612149, doi1033740140580105"
}

Zusammenfassung Die Ordnung Diplobathrida ist eine wichtige Klade der cameraten Krinoiden, die das Ordovizium–Mississippium umfasst, doch phylogenetische Beziehungen wurden bisher nur für ordovizische Taxa abgeleitet. Dies hat Bemühungen behindert, einen umfassenden Stammbaum des Lebens für Krinoiden zu erstellen und ein Klassifikationsschema zu entwickeln, das die evolutionäre Geschichte der Diplobathriden angemessen widerspiegelt. Hier wende ich Methoden der maximalen Parsimonie und der bayesianischen Phylogenie auf den Fossilbericht der Diplobathriden an, um den bisher größten Stammbaum fossiler Krinoiden abzuleiten, der über 100 Gattungen umfasst. Die rekonstruierten Bäume bieten einen Rahmen zur Bewertung der aktuellen Klassifikation der Diplobathriden. Bemerkenswerterweise werden frühere Unterordnungsteilungen nicht unterstützt, und Überfamilien-Einteilungen werden erhebliche Änderungen erfordern. Obwohl zahlreiche Revisionen für Familien erforderlich sind, können die meisten durch Neuordnung der Gattungen beibehalten werden. Zusätzlich wurden die rekonstruierten Bäume verwendet, um phylogeniebasierte Schätzungen der Linienvielfalt der Diplobathriden zu erstellen. Durch Berücksichtigung von Geisterlinien bieten phylogeniebasierte Reichheitsschätzungen einen tieferen Einblick in Diversifizierungs- und Auslöschungsprozesse als traditionelle taxonomische Ansätze allein und liefern eine detaillierte Zusammenfassung der ~150 Millionen Jahre langen evolutionären Geschichte der Diplobathrida. Diese Studie stellt einen wichtigen Schritt zur Erstellung einer Phylogenie der Crinoidea und zur Dokumentation der Krinoiden-Diversitätsdynamik dar. Darüber hinaus wird sie als Rahmen für nachfolgende phylogeniebasierte Untersuchungen makroevolutionärer Fragen dienen.

@article{doi101111pala12401,
    author = "Cole, Selina R.",
    title = "Phylogenie und evolutionäre Geschichte der Diplobathriden-Krone (Echinodermata)",
    year = "2018",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "Zusammenfassung Die Ordnung Diplobathrida ist eine wichtige Klade der cameraten Krinoiden, die das Ordovizium–Mississippium umfasst, doch phylogenetische Beziehungen wurden bisher nur für ordovizische Taxa abgeleitet. Dies hat Bemühungen behindert, einen umfassenden Stammbaum des Lebens für Krinoiden zu erstellen und ein Klassifikationsschema zu entwickeln, das die evolutionäre Geschichte der Diplobathriden angemessen widerspiegelt. Hier wende ich Methoden der maximalen Parsimonie und der bayesianischen Phylogenie auf den Fossilbericht der Diplobathriden an, um den bisher größten Stammbaum fossiler Krinoiden abzuleiten, der über 100 Gattungen umfasst. Die rekonstruierten Bäume bieten einen Rahmen zur Bewertung der aktuellen Klassifikation der Diplobathriden. Bemerkenswerterweise werden frühere Unterordnungsteilungen nicht unterstützt, und Überfamilien-Einteilungen werden erhebliche Änderungen erfordern. Obwohl zahlreiche Revisionen für Familien erforderlich sind, können die meisten durch Neuordnung der Gattungen beibehalten werden. Zusätzlich wurden die rekonstruierten Bäume verwendet, um phylogeniebasierte Schätzungen der Linienvielfalt der Diplobathriden zu erstellen. Durch Berücksichtigung von Geisterlinien bieten phylogeniebasierte Reichheitsschätzungen einen tieferen Einblick in Diversifizierungs- und Auslöschungsprozesse als traditionelle taxonomische Ansätze allein und liefern eine detaillierte Zusammenfassung der \textasciitilde 150 Millionen Jahre langen evolutionären Geschichte der Diplobathrida. Diese Studie stellt einen wichtigen Schritt zur Erstellung einer Phylogenie der Crinoidea und zur Dokumentation der Krinoiden-Diversitätsdynamik dar. Darüber hinaus wird sie als Rahmen für nachfolgende phylogeniebasierte Untersuchungen makroevolutionärer Fragen dienen.",
    url = "https://doi.org/10.1111/pala.12401",
    doi = "10.1111/pala.12401",
    openalex = "W2897788581",
    references = "doi101017jpa2016137, doi101017jpa2016142, doi101017jpa2017151, doi101017jpa201720, doi101017s0094837300003778, doi101093acprofosobl97801995871000010001, doi101093sysbiosys029, doi101111j2041210x201200223x, doi101126science1160006, doi101126science21545391501, doi101146annurevearth33092203122654, doi1012019781003077831, doi107312webb12678, openalexw2611511275"
}

Zeitskalen sind für die Evolutionsbiologie von grundlegender Bedeutung, da sie Hypothesentests historischer Evolutionsprozesse ermöglichen. Durch die Einbeziehung von Fossilvorkommensdaten bietet der fossilisierte Geburts-Tod-Prozess (FBD) einen Rahmen zur Schätzung von Divergenzzeiten unter Verwendung mehr paläontologischer Daten als traditionelle Knotenkalibrierungsansätze es zulassen. Die Einbeziehung mehrerer Daten kann die Schätzungen der evolutionären Zeitskalen verfeinern, aber für viele taxonomische Gruppen ist es rechnerisch nicht durchführbar, alle verfügbaren Fossilvorkommensdaten einzubeziehen. Hier nutzen wir sowohl empirische Daten als auch ein Simulationsframework, um Ansätze zur Stichprobenziehung von Fossilvorkommensdaten zu identifizieren, die die genauesten Schätzungen der Divergenzzeiten liefern. Um dies zu erreichen, bewerten wir die Leistung des FBD-Skyline-Modells bei der Implementierung mehrerer Ansätze zur Einbeziehung von stichproben gezogenen Fossilvorkommensdaten. Unsere Ergebnisse zeigen, dass es notwendig ist, alle verfügbaren Fossilvorkommensdaten zu berücksichtigen, um die genauesten Schätzungen des Alters von Klades zu erreichen. Wir zeigen, dass dies erreicht werden kann, wenn ein empirischer Bayes-Ansatz, der die Fossilentnahme über die Zeit berücksichtigt, auf den FBD-Prozess angewendet wird. Eine zufällige Stichprobenziehung von Vorkommensdaten kann zu Schätzungen des Kladealters führen, die mit fossilen Beweisen unvereinbar sind, wenn keine Kontrolle über die Affinitäten von Fossilvorkommnissen durchgesetzt wird. Unsere Ergebnisse werfen die Genauigkeit früherer Divergenzzeitstudien in Frage, die den FBD-Prozess einbezogen haben und nur einen Teil der verfügbaren Fossilvorkommensdaten verwendet haben.

@article{doi101093sysbiosyz037,
    author = "O’Reilly, Joseph und Donoghue, Philip C. J.",
    title = "The Effect of Fossil Sampling on the Estimation of Divergence Times with the Fossilized Birth–Death Process",
    year = "2019",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Zeitskalen sind für die Evolutionsbiologie von grundlegender Bedeutung, da sie Hypothesentests historischer Evolutionsprozesse ermöglichen. Durch die Einbeziehung von Fossilvorkommensdaten bietet der fossilisierte Geburts-Tod-Prozess (FBD) einen Rahmen zur Schätzung von Divergenzzeiten unter Verwendung mehr paläontologischer Daten als traditionelle Knotenkalibrierungsansätze es zulassen. Die Einbeziehung mehrerer Daten kann die Schätzungen der evolutionären Zeitskalen verfeinern, aber für viele taxonomische Gruppen ist es rechnerisch nicht durchführbar, alle verfügbaren Fossilvorkommensdaten einzubeziehen. Hier nutzen wir sowohl empirische Daten als auch ein Simulationsframework, um Ansätze zur Stichprobenziehung von Fossilvorkommensdaten zu identifizieren, die die genauesten Schätzungen der Divergenzzeiten liefern. Um dies zu erreichen, bewerten wir die Leistung des FBD-Skyline-Modells bei der Implementierung mehrerer Ansätze zur Einbeziehung von stichproben gezogenen Fossilvorkommensdaten. Unsere Ergebnisse zeigen, dass es notwendig ist, alle verfügbaren Fossilvorkommensdaten zu berücksichtigen, um die genauesten Schätzungen des Alters von Klades zu erreichen. Wir zeigen, dass dies erreicht werden kann, wenn ein empirischer Bayes-Ansatz, der die Fossilentnahme über die Zeit berücksichtigt, auf den FBD-Prozess angewendet wird. Eine zufällige Stichprobenziehung von Vorkommensdaten kann zu Schätzungen des Kladealters führen, die mit fossilen Beweisen unvereinbar sind, wenn keine Kontrolle über die Affinitäten von Fossilvorkommnissen durchgesetzt wird. Unsere Ergebnisse werfen die Genauigkeit früherer Divergenzzeitstudien in Frage, die den FBD-Prozess einbezogen haben und nur einen Teil der verfügbaren Fossilvorkommensdaten verwendet haben.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syz037",
    doi = "10.1093/sysbio/syz037",
    openalex = "W2946805451",
    references = "doi101017jpa2016141"
}

Zusammenfassung Mitglieder der Echinoide-Ordnung Spatangoida, eine hoch diverse und abundante marine Wirbellose-Clade, waren wichtige Bewohner des Kreidezeitlichen Western Interior Seaway (WIS), eines epicontinentalen Seewegs, der Nordamerika während eines Intervalls von Treibhausbedingungen zwischen ungefähr 100 und 65 Millionen Jahren vor heute in zwei Teile teilte. Eine phylogenetische Analyse von Spatangoiden wurde durchgeführt unter Verwendung einer Charaktermatrix von 32 Charakteren aus 21 Arten. Arten, die im WIS vorkommen, wurden umfassend berücksichtigt, und Arten aus anderen Regionen wie Südamerika, Europa und Nordafrika wurden ebenfalls in die Analyse einbezogen. Die zurückgewonnenen phylogenetischen Muster sind weitgehend kongruent mit vorbestehenden familienlevel-Klassifikationen; jedoch müssen Arten innerhalb mehrerer Gattungen, insbesondere Hemiaster und Heteraster, neu zugeordnet werden, damit die Klassifikation besser die Phylogenie widerspiegelt. Die Gattungen Washitaster und Heteraster sind eng verwandt, ebenso wie Mecaster, Palhemiaster und Proraster; Pliotoxaster, Macraster und Hemiaster; sowie Micraster und Diplodetus. Biogeographische Muster wurden ebenfalls unter Verwendung der Phylogenie betrachtet, und mehrere Episoden von Vicariance und Bereichserweiterung wurden identifiziert. Diese standen möglicherweise in Zusammenhang mit einigen der verschiedenen großen Episoden des Meeresspiegelanstiegs und -rückgangs während der Kreidezeit. Insbesondere können Valangian–mittlerer Aptian-Rückgänge eine Vicariance innerhalb von Heteraster und Washitaster verursacht haben, während andere frühe spatangoid Vicariance mit Rückgängen während des späten Aptian–frühen Cenomanian in Verbindung stehen könnte. Weiterhin kann Vicariance, verursacht durch Rückgänge während des mittleren Cenomanian–Maastrichtian, die Diversifizierung innerhalb von Micraster und Diplodetus angetrieben haben. Schließlich scheinen Transgressionen während des späten Aptian–frühen Cenomanian prominente Bereichserweiterungen in Mecaster und Hemiaster ausgelöst zu haben.

@article{doi101017jpa2020102,
    author = "Byrum, Steven und Lieberman, Bruce S.",
    title = "Phylogenie und Biogeographie einiger Kreidezeitlicher Spatangoider Echinoide mit besonderem Schwerpunkt auf Taxa aus dem Western Interior Seaway",
    year = "2020",
    journal = "Journal of Paleontology",
    abstract = "Zusammenfassung Mitglieder der Echinoide-Ordnung Spatangoida, eine hoch diverse und abundante marine Wirbellose-Clade, waren wichtige Bewohner des Kreidezeitlichen Western Interior Seaway (WIS), eines epicontinentalen Seewegs, der Nordamerika während eines Intervalls von Treibhausbedingungen zwischen ungefähr 100 und 65 Millionen Jahren vor heute in zwei Teile teilte. Eine phylogenetische Analyse von Spatangoiden wurde durchgeführt unter Verwendung einer Charaktermatrix von 32 Charakteren aus 21 Arten. Arten, die im WIS vorkommen, wurden umfassend berücksichtigt, und Arten aus anderen Regionen wie Südamerika, Europa und Nordafrika wurden ebenfalls in die Analyse einbezogen. Die zurückgewonnenen phylogenetischen Muster sind weitgehend kongruent mit vorbestehenden familienlevel-Klassifikationen; jedoch müssen Arten innerhalb mehrerer Gattungen, insbesondere Hemiaster und Heteraster, neu zugeordnet werden, damit die Klassifikation besser die Phylogenie widerspiegelt. Die Gattungen Washitaster und Heteraster sind eng verwandt, ebenso wie Mecaster, Palhemiaster und Proraster; Pliotoxaster, Macraster und Hemiaster; sowie Micraster und Diplodetus. Biogeographische Muster wurden ebenfalls unter Verwendung der Phylogenie betrachtet, und mehrere Episoden von Vicariance und Bereichserweiterung wurden identifiziert. Diese standen möglicherweise in Zusammenhang mit einigen der verschiedenen großen Episoden des Meeresspiegelanstiegs und -rückgangs während der Kreidezeit. Insbesondere können Valangian–mittlerer Aptian-Rückgänge eine Vicariance innerhalb von Heteraster und Washitaster verursacht haben, während andere frühe spatangoid Vicariance mit Rückgängen während des späten Aptian–frühen Cenomanian in Verbindung stehen könnte. Weiterhin kann Vicariance, verursacht durch Rückgänge während des mittleren Cenomanian–Maastrichtian, die Diversifizierung innerhalb von Micraster und Diplodetus angetrieben haben. Schließlich scheinen Transgressionen während des späten Aptian–frühen Cenomanian prominente Bereichserweiterungen in Mecaster und Hemiaster ausgelöst zu haben.",
    url = "https://doi.org/10.1017/jpa.2020.102",
    doi = "10.1017/jpa.2020.102",
    openalex = "W3112581246",
    references = "arachchige2019taxonomy, doi101016002555648290027x, doi101016jgloplacha201312007, doi101017jpa201879, doi10108014772011003603556, doi101111j109600311994tb00179x, doi101144gslsp19880370119, doi101306m56578, doi1023073515270, doi105962bhltitle40014, openalexw3217097258, openalexw592572837"
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Phylogenomische und paläontologische Daten stellen komplementäre Ressourcen für die Aufklärung der phylogenetischen Beziehungen und Divergenzzeiten von Linien dar, doch nur wenige Studien haben versucht, sie vollständig zu integrieren. Mehrere einzigartige Eigenschaften von Echinoidea (Seesterne) machen sie besonders nützlich für solche synthetisierenden Ansätze, darunter einen bemerkenswerten Fossilbericht, der in explizite phylogenetische Hypothesen einbezogen werden kann. Wir überarbeiten die Phylogenie der Kronengruppe Echinoidea unter Verwendung eines total-evidence-dating-Ansatzes, der den größten phylogenomischen Datensatz für die Klade, eine groß angelegte morphologische Matrix mit dichter Fossilprobenahme und ein neuartiges Kompendium von Endpunkt- und Knotenaltersbeschränkungen kombiniert. Zu diesem Zweck entwickeln wir eine neuartige Methode zur Subprobenahme phylogenomischer Datensätze, die Loci mit hohem phylogenetischem Signal, geringen systematischen Verzerrungen und verbessertem uhrähnlichem Verhalten auswählt. Unsere Ergebnisse zeigen, dass die Kombination verschiedener Datenquellen die topologische Genauigkeit erhöht und hilft, Konflikte zwischen molekularen und morphologischen Daten aufzulösen. Bemerkenswerterweise präsentieren wir eine neue Hypothese für den Ursprung von Sanddollars und reorganisieren die Beziehungen zwischen Stamm- und Kronengruppe-Echinoidea auf eine Weise, die eine lange Phase unentdeckter evolutionärer Geschichte der Kronengruppe im späten Paläozoikum impliziert. Unsere Bemühungen helfen, die Lücke zwischen Phylogenomik und phylogenetischer Paläontologie zu überbrücken und bieten ein Modellbeispiel für die Vorteile der Kombination beider Ansätze. [Echinoidea; Fossilien; Paläontologie; Phylogenomik; Zeitkalibrierung; Total Evidence.].

@article{doi101093sysbiosyaa069,
    author = "Koch, Nicolás Mongiardino and Thompson, Jeffrey R.",
    title = "A Total-Evidence Dated Phylogeny of Echinoidea Combining Phylogenomic and Paleontological Data",
    year = "2020",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Phylogenomische und paläontologische Daten stellen komplementäre Ressourcen für die Aufklärung der phylogenetischen Beziehungen und Divergenzzeiten von Linien dar, doch nur wenige Studien haben versucht, sie vollständig zu integrieren. Mehrere einzigartige Eigenschaften von Echinoidea (Seesterne) machen sie besonders nützlich für solche synthetisierenden Ansätze, darunter einen bemerkenswerten Fossilbericht, der in explizite phylogenetische Hypothesen einbezogen werden kann. Wir überarbeiten die Phylogenie der Kronengruppe Echinoidea unter Verwendung eines total-evidence-dating-Ansatzes, der den größten phylogenomischen Datensatz für die Klade, eine groß angelegte morphologische Matrix mit dichter Fossilprobenahme und ein neuartiges Kompendium von Endpunkt- und Knotenaltersbeschränkungen kombiniert. Zu diesem Zweck entwickeln wir eine neuartige Methode zur Subprobenahme phylogenomischer Datensätze, die Loci mit hohem phylogenetischem Signal, geringen systematischen Verzerrungen und verbessertem uhrähnlichem Verhalten auswählt. Unsere Ergebnisse zeigen, dass die Kombination verschiedener Datenquellen die topologische Genauigkeit erhöht und hilft, Konflikte zwischen molekularen und morphologischen Daten aufzulösen. Bemerkenswerterweise präsentieren wir eine neue Hypothese für den Ursprung von Sanddollars und reorganisieren die Beziehungen zwischen Stamm- und Kronengruppe-Echinoidea auf eine Weise, die eine lange Phase unentdeckter evolutionärer Geschichte der Kronengruppe im späten Paläozoikum impliziert. Unsere Bemühungen helfen, die Lücke zwischen Phylogenomik und phylogenetischer Paläontologie zu überbrücken und bieten ein Modellbeispiel für die Vorteile der Kombination beider Ansätze. [Echinoidea; Fossilien; Paläontologie; Phylogenomik; Zeitkalibrierung; Total Evidence.].",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syaa069",
    doi = "10.1093/sysbio/syaa069",
    openalex = "W3083369987",
    references = "doi101017s0022336000061321, doi10108014772011003603556, doi101093sysbiosyw107, doi105281zenodo16046014, kier1974evolutionary"
}

Zusammenfassung Kambrierende zweischalige Arthropoden sind eine polyphyletische Gruppe von Panzertragenden Arthropoden, die Stamm-Euarthropoden, Stamm-Mandibulaten und Krebstiere umfasst. Hier beschreiben wir Pakucaris apatis gen. et sp. nov., einen neuen Stamm-Mandibulat-zweischaligen Arthropoden aus dem mittleren Kambrium (Wuliuan-Stufe) Burgess Shale (Marble Canyon, Kootenay National Park, British Columbia, Kanada). Zwei Morphotypen dieses kleinen Arthropoden (11,6–26,6 mm lang) werden unterschieden, die sich hauptsächlich in ihrer Größe und Anzahl der Segmente unterscheiden, was möglicherweise auf geschlechtsspezifische Dimorphismus oder verschiedene anamorphe Stadien hinweist. Der Panzer zeigt einen dorsalen Kamm, der sich anterior in ein kleines gekrümmtes Rostrum und zwei anterolaterale Prozesse erstreckt. Rund 20 % der hintersten Körpersegmente und Gliedmaßen sind von einem großen Dorntragenden Schild bedeckt. Der Kopf trägt ein Paar Augen, ein mögliches Paar unsegmentierter appendikulärer Projektionen und zwei Paare segmentierter Gliedmaßen. Der Thorax ist multisegmentiert, homonum, mit schwach sklerotisierten Segmenten, die biramous Gliedmaßen tragen, bestehend aus einem stenopoden Endopod mit ca. 20 Podomeren und einem paddelförmigen Exopod. Pakucaris wird als nektobenthischer Suspensionsernährer interpretiert. Die bayesianische phylogenetische Analyse impliziert eine Position innerhalb der Hymenocarina als Stamm-Mandibulaten. Der hintere Schild wird als Pygidium betrachtet und stellt einen Fall von morphofunktionaler konvergenter Evolution zwischen Mandibulaten, Artiopoden und Mollisoniiden dar. Darüber hinaus fügt Pakucaris zu einer wachsenden Anzahl von Pygidiumtragenden Arthropoden hinzu und deutet möglicherweise auf ein gemeinsames Entwicklungsmuster über die frühe Arthropoden-Evolution hin. Diese Studie erhöht nicht nur unser Verständnis der frühen Evolution der Mandibulaten, sondern illustriert auch einen einzigartigen Fall von früher evolutionärer Konvergenz während der Kambrieren-Explosion.

@article{doi101002spp21366,
    author = "Izquierdo‐López, Alejandro und Caron, Jean‐Bernard",
    title = "Ein Burgess-Shale-Mandibulat-Arthropod mit Pygidium: ein Fall von konvergenter Evolution",
    year = "2021",
    journal = "Papers in Palaeontology",
    abstract = "Zusammenfassung Kambrierende zweischalige Arthropoden sind eine polyphyletische Gruppe von Panzertragenden Arthropoden, die Stamm-Euarthropoden, Stamm-Mandibulaten und Krebstiere umfasst. Hier beschreiben wir Pakucaris apatis gen. et sp. nov., einen neuen Stamm-Mandibulat-zweischaligen Arthropoden aus dem mittleren Kambrium (Wuliuan-Stufe) Burgess Shale (Marble Canyon, Kootenay National Park, British Columbia, Kanada). Zwei Morphotypen dieses kleinen Arthropoden (11,6–26,6 mm lang) werden unterschieden, die sich hauptsächlich in ihrer Größe und Anzahl der Segmente unterscheiden, was möglicherweise auf geschlechtsspezifische Dimorphismus oder verschiedene anamorphe Stadien hinweist. Der Panzer zeigt einen dorsalen Kamm, der sich anterior in ein kleines gekrümmtes Rostrum und zwei anterolaterale Prozesse erstreckt. Rund 20 % der hintersten Körpersegmente und Gliedmaßen sind von einem großen Dorntragenden Schild bedeckt. Der Kopf trägt ein Paar Augen, ein mögliches Paar unsegmentierter appendikulärer Projektionen und zwei Paare segmentierter Gliedmaßen. Der Thorax ist multisegmentiert, homonum, mit schwach sklerotisierten Segmenten, die biramous Gliedmaßen tragen, bestehend aus einem stenopoden Endopod mit ca. 20 Podomeren und einem paddelförmigen Exopod. Pakucaris wird als nektobenthischer Suspensionsernährer interpretiert. Die bayesianische phylogenetische Analyse impliziert eine Position innerhalb der Hymenocarina als Stamm-Mandibulaten. Der hintere Schild wird als Pygidium betrachtet und stellt einen Fall von morphofunktionaler konvergenter Evolution zwischen Mandibulaten, Artiopoden und Mollisoniiden dar. Darüber hinaus fügt Pakucaris zu einer wachsenden Anzahl von Pygidiumtragenden Arthropoden hinzu und deutet möglicherweise auf ein gemeinsames Entwicklungsmuster über die frühe Arthropoden-Evolution hin. Diese Studie erhöht nicht nur unser Verständnis der frühen Evolution der Mandibulaten, sondern illustriert auch einen einzigartigen Fall von früher evolutionärer Konvergenz während der Kambrieren-Explosion.",
    url = "https://doi.org/10.1002/spp2.1366",
    doi = "10.1002/spp2.1366",
    openalex = "W3171801394",
    references = "doi101016jcub202002054, doi101098rsos191350"
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