Evolutionäre Biologie

@article{openalexw2591687711,
    author = "de Beer, G. R.",
    title = "Evolution. Essays on aspects of evolutionary biology.",
    year = "1938",
    url = "https://openalex.org/W2591687711",
    openalex = "W2591687711"
}

@misc{ehrilch1963the1,
    author = "Ehrilch, P. R. und Holm, R. W",
    title = "Der Prozess der Evolution",
    year = "1963",
    howpublished = "New York, McGraw-Hill, 347 S",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Ehrilch, P. R., und Holm, R. W., 1963, Der Prozess der Evolution: New York, McGraw-Hill, 347 S.}"
}

@misc{erlich1967evolutionary2,
    author = "Erlich, P. und Birch, L. C",
    title = "Evolutionäre Geschichte und Populationsbiologie",
    year = "1967",
    howpublished = "Nature, v. 214, p. 349-352",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Erlich, P., und Birch, L. C., 1967, Evolutionäre Geschichte und Populationsbiologie: Nature, v. 214, p. 349-352.}"
}

Der allgemeine Maximum-Likelihood-Ansatz zur statistischen Schätzung von Phylogenien wird skizziert, für Daten, bei denen für jedes Merkmal eine Anzahl diskreter Zustände vorliegt. Die Details der Maximum-Likelihood-Methode hängen von den Details des angenommenen probabilistischen Evolutionsmodells ab. Es gibt eine sehr große Anzahl möglicher Evolutionsmodelle. Für einige der einfacheren Modelle wird die Berechnung der Wahrscheinlichkeit eines evolutionären Baumes skizziert. Für diese Modelle ist der Maximum-Likelihood-Baum identisch mit dem „am meisten parsimonischen" (oder minimum-steps) Baum, wenn die Wahrscheinlichkeit von Änderungen während der Evolution der Gruppe a priori als sehr klein angenommen wird. Allerdings erfordern die meisten Datensätze zu viele angenommene Zustandsänderungen pro Merkmal, um mit dieser Annahme vereinbar zu sein. Farris (1973) hat argumentiert, dass Maximum-Likelihood- und Parsimonie-Methoden unter einem viel weniger restriktiven Satz von Annahmen identisch sind. Es wird argumentiert, dass die gegenwärtigen Methoden vorzuziehen sind, und ein Gegenbeispiel zu seiner Argumentation wird vorgestellt. Ein Algorithmus, der eine schnelle Berechnung der Wahrscheinlichkeit einer Phylogenie ermöglicht, wird beschrieben.

@article{doi101093sysbio223240,
    author = "Felsenstein, Joe",
    title = "Maximum Likelihood and Minimum-Steps Methods for Estimating Evolutionary Trees from Data on Discrete Characters",
    year = "1973",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Der allgemeine Maximum-Likelihood-Ansatz zur statistischen Schätzung von Phylogenien wird skizziert, für Daten, bei denen für jedes Merkmal eine Anzahl diskreter Zustände vorliegt. Die Details der Maximum-Likelihood-Methode hängen von den Details des angenommenen probabilistischen Evolutionsmodells ab. Es gibt eine sehr große Anzahl möglicher Evolutionsmodelle. Für einige der einfacheren Modelle wird die Berechnung der Wahrscheinlichkeit eines evolutionären Baumes skizziert. Für diese Modelle ist der Maximum-Likelihood-Baum identisch mit dem „am meisten parsimonischen" (oder minimum-steps) Baum, wenn die Wahrscheinlichkeit von Änderungen während der Evolution der Gruppe a priori als sehr klein angenommen wird. Allerdings erfordern die meisten Datensätze zu viele angenommene Zustandsänderungen pro Merkmal, um mit dieser Annahme vereinbar zu sein. Farris (1973) hat argumentiert, dass Maximum-Likelihood- und Parsimonie-Methoden unter einem viel weniger restriktiven Satz von Annahmen identisch sind. Es wird argumentiert, dass die gegenwärtigen Methoden vorzuziehen sind, und ein Gegenbeispiel zu seiner Argumentation wird vorgestellt. Ein Algorithmus, der eine schnelle Berechnung der Wahrscheinlichkeit einer Phylogenie ermöglicht, wird beschrieben.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/22.3.240",
    doi = "10.1093/sysbio/22.3.240",
    openalex = "W2157001909"
}

@article{doi101111j155856461975tb00851x,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "THE GENETIC BASIS OF EVOLUTIONARY CHANGE",
    year = "1975",
    journal = "Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1975.tb00851.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1975.tb00851.x",
    openalex = "W1547248981"
}

@book{gould1977eternal4,
    author = "Gould, S. J",
    title = "Ewige Metaphern der Paläontologie, in Hallam, A., ed., Muster der Evolution wie sie im Fossilbericht illustriert werden",
    year = "1977",
    publisher = "Amsterdam, Elsevier, S. 1-26",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gould, S. J., 1977, Ewige Metaphern der Paläontologie, in Hallam, A., ed., Muster der Evolution wie sie im Fossilbericht illustriert werden: Amsterdam, Elsevier, S. 1-26.}"
}

@misc{gould1977punctuated6,
    author = "Gould, S. J. und Eldredge, N",
    title = "Punctuated Equilibria",
    year = "1977",
    howpublished = "The Tempo and Mode of Evolution Reconsidered: Paleobiology, v. 3, p. 115-151",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gould, S. J., und Eldredge, N., 1977, Punctuated Equilibria: The Tempo and Mode of Evolution Reconsidered: Paleobiology, v. 3, p. 115-151.}"
}

Felsenstein, J. (Department of Genetics, University of Washington, Seattle, Washington 98195) 1978. The number of evolutionary trees. Syst. Zool. 27:27–33.—Es wird eine einfache Methode zur Zählung der Anzahl möglicher evolutionärer Bäume vorgestellt. Die Bäume werden als wurzelhaft angenommen, mit beschrifteten Enden, aber unbeschrifteter Wurzel und unbeschrifteten inneren Knoten. Die Methode erlaubt sowohl Multifurkationen als auch Bifurkationen. Sie nutzt eine einfache Rekurrenzrelation für T(n,m), die Anzahl der Bäume mit n beschrifteten Enden und m unbeschrifteten inneren Knoten. Eine Tabelle der Gesamtanzahl der Bäume wird bis n = 22 vorgestellt. Es gibt 282.137.824 verschiedene Bäume mit 10 Endarten und über 8,87 × 1023 verschiedene Bäume mit 20 Endarten. Die Methode wird erweitert, um Bäume zu zählen, bei denen einige ihrer inneren Knoten beschriftet sein können. Die Hauptanwendungen dieser Zahlen werden darin bestehen, Algorithmen und Notationssysteme zu überprüfen und Taxonomen zu erschrecken.

@article{doi1023072412810,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "The Number of Evolutionary Trees",
    year = "1978",
    journal = "Systematic Zoology",
    abstract = "Felsenstein, J. (Department of Genetics, University of Washington, Seattle, Washington 98195) 1978. The number of evolutionary trees. Syst. Zool. 27:27–33.—Es wird eine einfache Methode zur Zählung der Anzahl möglicher evolutionärer Bäume vorgestellt. Die Bäume werden als wurzelhaft angenommen, mit beschrifteten Enden, aber unbeschrifteter Wurzel und unbeschrifteten inneren Knoten. Die Methode erlaubt sowohl Multifurkationen als auch Bifurkationen. Sie nutzt eine einfache Rekurrenzrelation für T(n,m), die Anzahl der Bäume mit n beschrifteten Enden und m unbeschrifteten inneren Knoten. Eine Tabelle der Gesamtanzahl der Bäume wird bis n = 22 vorgestellt. Es gibt 282.137.824 verschiedene Bäume mit 10 Endarten und über 8,87 × 1023 verschiedene Bäume mit 20 Endarten. Die Methode wird erweitert, um Bäume zu zählen, bei denen einige ihrer inneren Knoten beschriftet sein können. Die Hauptanwendungen dieser Zahlen werden darin bestehen, Algorithmen und Notationssysteme zu überprüfen und Taxonomen zu erschrecken.",
    url = "https://doi.org/10.2307/2412810",
    doi = "10.2307/2412810",
    openalex = "W2043887813"
}

@misc{futuyma1979evolutionary3,
    author = "Futuyma, D. J",
    title = "Evolution",
    year = "1979",
    howpublished = "Sunderland, Mass., Sinauer Associates",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Futuyma, D. J., 1979, Evolution: Sunderland, Mass., Sinauer Associates.}"
}

@article{doi101007bf01731581,
    author = "Kimura, Motoo",
    title = "Eine einfache Methode zur Schätzung evolutionärer Raten von Basen substitutionsen durch vergleichende Studien von Nukleotidsequenzen",
    year = "1980",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf01731581",
    doi = "10.1007/bf01731581",
    openalex = "W2065461553",
    references = "doi101007bf01653945, doi101007bf01732067, doi101007bf01732340, doi101016b9781483232119500097, doi101016s0021925817401566, doi101038217624a0, doi101038267275a0, doi101038scientificamerican117998, doi101073pnas7172848, doi101126science1643881788"
}

@misc{gould1980is5,
    author = "Gould, S. J",
    title = "Entsteht eine neue und allgemeine Theorie der Evolution?",
    year = "1980",
    howpublished = "Paleobiology, v. 6, p. 119-130",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gould, S. J., 1980, Entsteht eine neue und allgemeine Theorie der Evolution?: Paleobiology, v. 6, p. 119-130.}"
}

@article{doi101007bf01734359,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "Evolutionäre Bäume aus DNA-Sequenzen: Ein Maximum-Likelihood-Ansatz",
    year = "1981",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf01734359",
    doi = "10.1007/bf01734359",
    openalex = "W2102424972",
    references = "doi101007bf01659159, doi101007bf01797451, doi101093sysbio223240, doi101093sysbio274401, doi101111j155856461965tb01722x, doi101111j251761611977tb01600x, doi101126science1553760279, doi101159000152448, doi1023072412810, doi1023072412923, openalexw2341059552, openalexw3141390961"
}

Mit dem Ziel, Daten über DNA-Polymorphismus zu analysieren und zu interpretieren, die durch DNA-Sequenzierung oder Restriktionsenzym-Technik gewonnen wurden, wird eine mathematische Theorie zur erwarteten evolutionären Beziehung zwischen DNA-Sequenzen (Nukleonen) entwickelt, die untersucht wurden, unter der Annahme, dass die evolutionäre Veränderung von Nukleonen ausschließlich durch Mutation und zufällige genetische Drift bestimmt wird. Die statistischen Eigenschaften der Anzahl der Nukleotidunterschiede zwischen zufällig ausgewählten Nukleonen und der Heterozygotie oder Nukleon-Diversität werden mit dieser Theorie untersucht. Diese Studien zeigen, dass die Schätzungen der durchschnittlichen Anzahl von Nukleotidunterschieden und Nukleon-Diversität eine große Varianz aufweisen und ein großer Teil dieser Varianz auf stochastische Faktoren zurückzuführen ist. Daher hilft eine Vergrößerung der Stichprobengröße nicht, die Varianz signifikant zu reduzieren. Die Verteilung der Stichproben-Allelfrequenzen (Nukleomorph-Frequenzen) wird ebenfalls untersucht, und es wird gezeigt, dass eine kleine Anzahl von Proben ausreicht, um das Verteilungsmuster zu kennen.

@article{doi101093genetics1052437,
    author = "Tajima, Fumio",
    title = "EVOLUTIONÄRE BEZIEHUNG VON DNA-SEQUENZEN IN ENDLICHEN POPULATIONEN",
    year = "1983",
    journal = "Genetics",
    abstract = "Mit dem Ziel, Daten über DNA-Polymorphismus zu analysieren und zu interpretieren, die durch DNA-Sequenzierung oder Restriktionsenzym-Technik gewonnen wurden, wird eine mathematische Theorie zur erwarteten evolutionären Beziehung zwischen DNA-Sequenzen (Nukleonen) entwickelt, die untersucht wurden, unter der Annahme, dass die evolutionäre Veränderung von Nukleonen ausschließlich durch Mutation und zufällige genetische Drift bestimmt wird. Die statistischen Eigenschaften der Anzahl der Nukleotidunterschiede zwischen zufällig ausgewählten Nukleonen und der Heterozygotie oder Nukleon-Diversität werden mit dieser Theorie untersucht. Diese Studien zeigen, dass die Schätzungen der durchschnittlichen Anzahl von Nukleotidunterschieden und Nukleon-Diversität eine große Varianz aufweisen und ein großer Teil dieser Varianz auf stochastische Faktoren zurückzuführen ist. Daher hilft eine Vergrößerung der Stichprobengröße nicht, die Varianz signifikant zu reduzieren. Die Verteilung der Stichproben-Allelfrequenzen (Nukleomorph-Frequenzen) wird ebenfalls untersucht, und es wird gezeigt, dass eine kleine Anzahl von Proben ausreicht, um das Verteilungsmuster zu kennen.",
    url = "https://doi.org/10.1093/genetics/105.2.437",
    doi = "10.1093/genetics/105.2.437",
    openalex = "W1928220195",
    references = "doi1010160040580972900354, doi1010160040580974900252, doi1010160040580975900209, doi101017s000186780003994x, doi101073pnas7763605, doi101093genetics1032287, doi101093genetics893583, doi101093genetics971145, doi101111j155856461983tb05528x, doi1023072408186"
}

(Hochgeladen von Plazi für das Bat Literature Project) Keine Zusammenfassung bereitgestellt.

@article{doi101146annureves18110187001321,
    author = "Charlesworth, Deborah und Charlesworth, Brian",
    title = "INBREEDING DEPRESSION AND ITS EVOLUTIONARY CONSEQUENCES",
    year = "1987",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "(Hochgeladen von Plazi für das Bat Literature Project) Keine Zusammenfassung bereitgestellt.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.es.18.110187.001321",
    doi = "10.1146/annurev.es.18.110187.001321",
    openalex = "W2167243456",
    references = "doi101017s0305004100015644, doi101073pnas4211855, doi101111j155856461975tb00851x, doi105962bhltitle122451, doi107312steb94536, openalexw2062594085"
}

@book{doi107312nei92038,
    author = "Nei, Masatoshi",
    title = "Molekulare Evolutionsgenetik",
    year = "1987",
    booktitle = "Columbia University Press eBooks",
    url = "https://doi.org/10.7312/nei-92038",
    doi = "10.7312/nei-92038",
    openalex = "W93588716"
}

@article{doi101007bf02100115,
    author = "Kishino, Hirohisa und Hasegawa, Masami",
    title = "Evaluation of the maximum likelihood estimate of the evolutionary tree topologies from DNA sequence data, and the branching order in hominoidea",
    year = "1989",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf02100115",
    doi = "10.1007/bf02100115",
    openalex = "W2037667459",
    references = "doi101007978146121694015, doi101007bf01731581, doi101007bf01734101, doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi1010160016003259903680, doi101093sysbio274401, doi101109tac19741100705, doi101111j155856461985tb00420x, doi101126science15838051200, doi101214aoms1177729694, doi1023072412923, doi107312nei92038, sarich1967immunological"
}

Alle heute lebenden Organismen werden in drei Hauptreiche eingeteilt, Eubakterien, Eukaryoten und Archaebakterien. Die molekulare evolutionären Studien zum Ursprung und zur Evolution der Archaebakterien bis dato wurden durchgeführt, indem ein molekularer phylogenetischer Baum der Hauptreiche abgeleitet wurde, basierend auf dem Vergleich eines einzelnen Moleküls aus einer Vielzahl von heute lebenden Arten. Aus solchem Vergleich war es nicht möglich, die genaue evolutionäre Beziehung zwischen den Hauptreichen herzuleiten, da die Wurzel des Baumes nicht eindeutig bestimmt werden konnte. Um diese Schwierigkeit zu überwinden, verglichen wir ein Paar duplizierter Gene, die Elongationsfaktoren Tu und G, sowie die alpha- und beta-Untereinheiten der ATPase, die vor der Divergenz der Hauptreiche durch Gen-Duplikation divergiert sein sollen. Mit jedem Proteinpaar schlossen wir einen zusammengesetzten phylogenetischen Baum mit zwei Clustern ab, die verschiedenen Proteinen entsprechen, aus dem die evolutionäre Beziehung der Hauptreiche eindeutig bestimmt wird. Die abgeleiteten zusammengesetzten Bäume zeigen, dass Archaebakterien in allen Fällen enger mit Eukaryoten als mit Eubakterien verwandt sind. Durch Bootstrap-Resampling wird diese Beziehung mit Wahrscheinlichkeiten von 0,96, 0,79, 1,0 und 1,0 für die Elongationsfaktoren Tu und G sowie für die ATPase-Untereinheiten alpha und beta reproduziert. Es gibt auch mehrere Belege für die enge Sequenzähnlichkeit zwischen Archaebakterien und Eukaryoten. Daher schlagen wir vor, dass diese Baumtopologie die allgemeine evolutionäre Beziehung zwischen den drei Hauptreichen darstellt.

@article{doi101073pnas86239355,
    author = "Iwabe, Naoyuki und Kuma, K und Hasegawa, M. und Osawa, S. und Miyata, Takaki",
    title = "Evolutionäre Beziehungen von Archaebakterien, Eubakterien und Eukaryoten, abgeleitet aus phylogenetischen Bäumen duplizierter Gene.",
    year = "1989",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Alle heute lebenden Organismen werden in drei Hauptreiche eingeteilt, Eubakterien, Eukaryoten und Archaebakterien. Die molekulare evolutionären Studien zum Ursprung und zur Evolution der Archaebakterien bis dato wurden durchgeführt, indem ein molekularer phylogenetischer Baum der Hauptreiche abgeleitet wurde, basierend auf dem Vergleich eines einzelnen Moleküls aus einer Vielzahl von heute lebenden Arten. Aus solchem Vergleich war es nicht möglich, die genaue evolutionäre Beziehung zwischen den Hauptreichen herzuleiten, da die Wurzel des Baumes nicht eindeutig bestimmt werden konnte. Um diese Schwierigkeit zu überwinden, verglichen wir ein Paar duplizierter Gene, die Elongationsfaktoren Tu und G, sowie die alpha- und beta-Untereinheiten der ATPase, die vor der Divergenz der Hauptreiche durch Gen-Duplikation divergiert sein sollen. Mit jedem Proteinpaar schlossen wir einen zusammengesetzten phylogenetischen Baum mit zwei Clustern ab, die verschiedenen Proteinen entsprechen, aus dem die evolutionäre Beziehung der Hauptreiche eindeutig bestimmt wird. Die abgeleiteten zusammengesetzten Bäume zeigen, dass Archaebakterien in allen Fällen enger mit Eukaryoten als mit Eubakterien verwandt sind. Durch Bootstrap-Resampling wird diese Beziehung mit Wahrscheinlichkeiten von 0,96, 0,79, 1,0 und 1,0 für die Elongationsfaktoren Tu und G sowie für die ATPase-Untereinheiten alpha und beta reproduziert. Es gibt auch mehrere Belege für die enge Sequenzähnlichkeit zwischen Archaebakterien und Eukaryoten. Daher schlagen wir vor, dass diese Baumtopologie die allgemeine evolutionäre Beziehung zwischen den drei Hauptreichen darstellt.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.86.23.9355",
    doi = "10.1073/pnas.86.23.9355",
    openalex = "W1991207390",
    references = "doi1010160378111988903344, doi101038331184a0, doi101038scientificamerican117998, doi101073pnas74115088, doi101073pnas81123786, doi101073pnas86124569, doi101093oxfordjournalsmolbeva040454, doi101093oxfordjournalsmolbeva040455, doi101111j174966321987tb40596x, doi101128mr5122212711987"
}

Diese Übersicht behandelt die folgenden sieben Aspekte der skeletogenen und odontogenen Gewebe bei Wirbeltieren. 1. Die evolutionäre Sequenz, in der diese Gewebe unter den niedrigeren Craniata auftraten. 2. Die topographische Assoziation zwischen skeletalen (Knorpel, Knochen) und dentalen (Zahnschmelz, Zement, Email) Geweben bei den ältesten Wirbeltieren jeder Hauptgruppe. 3. Der separate entwicklungsbiologische Ursprung des Exo- und Endoskeletts. 4. Der Neuralleisten-Ursprung der skeletogenen und odontogenen Gewebe im Kopf bei existierenden Wirbeltieren. 5. Der Neuralleisten-Ursprung der skeletogenen und odontogenen Gewebe in der Haut des Rumpfes bei existierenden Wirbeltieren. 6. Die Entwicklungsprozesse, die die Differenzierung der skeletogenen und odontogenen Gewebe bei existierenden Wirbeltieren steuern. 7. Aufrechterhaltung der entwicklungsbiologischen Interaktionen, die die skeletogene/odontogene Differenzierung über Wirbeltiergruppen hinweg regulieren. Wir leiten zwölf Postulate ab, acht betreffen die frühesten skeletogenen und odontogenen Gewebe bei Wirbeltieren und vier betreffen die Entwicklung dieser Gewebe bei existierenden Wirbeltieren und extrapolieren die entwicklungsbiologischen Daten zurück auf den evolutionären Ursprung der wirbeltierischen skeletogenen und odontogenen Gewebe. Die Schlussfolgerungen, die wir aus dieser Analyse ziehen, sind folgende. 8. Das dermale Exoskelett von Thelodonten, Heterostrakern und Osteostrakern bestand aus Zahnschmelz, Anbindungsgewebe (Zement oder Knochen) und Knochen. 9. Knorpel (unmineralisiert) kann als vorhanden bei Heterostrakern und Osteostrakern angenommen werden, und kugelförmiger mineralisierter Knorpel war bei Eriptychius vorhanden, einem frühen mittelordovizischen Wirbeltier, dem keine etablierte Gruppe zugeordnet werden kann, aber der als Stammform der Agnathen angenommen wird. 10. Email und möglicherweise auch Emailoid waren bei einigen frühen Agnathen mit unklarer Verwandtschaft vorhanden. Die Mehrheit der Zahnschmelz-Tuberkel war nackt. 11. Das gleichzeitige Auftreten von zellulärem und akzellulärem Knochen bei Heterostrakern und Osteostrakern während des Ordoviziums gibt keinen Hinweis darauf, ob das eine primitiver ist als das andere. 12. Wir interpretieren Aspidin als entwicklungsbiologisch verwandt mit den odontogenen Anbindungsgeweben, entweder näher am Zahnschmelz oder als eine Form von Zement, anstatt als vom Knochen abgeleitet. 13. Zahnschmelz ist in stratigraphisch ältesten (Kambrium) angenommenen Wirbeltier-Fossilien vorhanden, die derzeit nur als Problematica aufgenommen sind, und ist kladistisch primitiv im Vergleich zum Knochen. 14. Die erste wirbeltierische skeletogene Fähigkeit des Exoskeletts wurde als Denticuli aus Zahnschmelz ausgedrückt. 15. Zahnschmelz, der Knochen der Anbindung, der mit dem Zahnschmelz assoziiert ist, das Basalknochengewebe, an dem dermale Denticuli verschmolzen sind, und der Knorpel des ordovizischen agnathischen dermalen Exoskeletts waren alle vom Neuralleist abgeleitet und nicht vom Mesoderm. Daher waren die frühesten wirbeltierischen skeletogenen/odontogenen Gewebe vom Neuralleist abgeleitet. (ZUSAMMENFASSUNG AUF 400 WÖRTER KURZGEHALTEN)

@article{doi101111j1469185x1990tb01427x,
    author = "Smith, Moya Meredith and Hall, Brian K.",
    title = "ENTWICKLUNG UND EVOLUTIONÄRE URSPRÜNGE VON VERTEBRATEN SKELETOGENEN UND ODONTOGENEN GEBILDEN",
    year = "1990",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "Diese Übersicht behandelt die folgenden sieben Aspekte der vertebraten skeletogenen und odontogenen Gewebe. 1. Die evolutionäre Sequenz, in der diese Gewebe unter den niederen Craniata auftraten. 2. Die topographische Assoziation zwischen skeletalen (Knorpel, Knochen) und dentalen (Zahnbein, Zement, Email) Geweben bei den ältesten Vertretern jeder Hauptgruppe. 3. Der separate entwicklungsbiologische Ursprung von Exo- und Endoskelett. 4. Der Neuralleisten-Ursprung der skeletogenen und odontogenen Gewebe im Kopf bei lebenden Wirbeltieren. 5. Der Neuralleisten-Ursprung der skeletogenen und odontogenen Gewebe der Haut im Rumpf bei lebenden Wirbeltieren. 6. Die Entwicklungsprozesse, die die Differenzierung skeletogener und odontogener Gewebe bei lebenden Wirbeltieren steuern. 7. Aufrechterhaltung der entwicklungsbiologischen Interaktionen, die die skeletogene/odontogene Differenzierung über Wirbeltiergruppen hinweg regulieren. Wir leiten zwölf Postulate ab, acht betreffen die frühesten skeletogenen und odontogenen Gewebe der Wirbeltiere und vier betreffen die Entwicklung dieser Gewebe bei lebenden Wirbeltieren und extrapolieren die entwicklungsbiologischen Daten zurück auf den evolutionären Ursprung der skeletogenen und odontogenen Gewebe der Wirbeltiere. Die Schlussfolgerungen, die wir aus dieser Analyse ziehen, sind folgende. 8. Das dermale Exoskelett von Thelodonten, Heterostrakern und Osteostrakern bestand aus Zahnbein, Haftgewebe (Zement oder Knochen) und Knochen. 9. Knorpel (unmineralisiert) kann als vorhanden bei Heterostrakern und Osteostrakern angenommen werden, und kugelförmiges mineralisierter Knorpel war bei Eriptychius vorhanden, einem frühen mittelordovizischen Wirbeltier, das keiner etablierten Gruppe zugeordnet werden kann, aber als Stammform der Agnathen angenommen wird. 10. Email und möglicherweise auch Emailoid waren bei einigen frühen Agnathen mit unklarer Verwandtschaft vorhanden. Die Mehrheit der Zahnbeinhöcker war nackt. 11. Das gleichzeitige Auftreten von zellulärem und akzellulärem Knochen bei Heterostrakern und Osteostrakern während des Ordoviziums gibt keinen Hinweis darauf, ob das eine primitiver ist als das andere. 12. Wir interpretieren Aspidin als entwicklungsbiologisch verwandt mit den odontogenen Haftgeweben, entweder näher am Zahnbein oder als eine Form von Zement, anstatt als von Knochen abgeleitet. 13. Zahnbein ist in stratigraphisch ältesten (Kambrium) angenommenen Wirbeltierfossilien vorhanden, die derzeit nur als Problematica aufgenommen sind, und ist kladistisch primitiv im Vergleich zu Knochen. 14. Die erste skeletogene Fähigkeit des Wirbeltier-Exoskeletts wurde als Denticula aus Zahnbein ausgedrückt. 15. Zahnbein, der Knochen der Haftstruktur, der mit dem Zahnbein assoziiert ist, das Basalknochen, an dem dermale Denticula verschmolzen sind, und der Knorpel des ordovizischen agnathischen dermalen Exoskeletts waren alle von der Neuralleiste abgeleitet und nicht vom Mesoderm. Daher waren die frühesten skeletogenen/odontogenen Gewebe der Wirbeltiere von Neuralleisten-Ursprung.(ABSTRACT TRUNCATED AT 400 WORDS)",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-185x.1990.tb01427.x",
    doi = "10.1111/j.1469-185x.1990.tb01427.x",
    openalex = "W2104126911",
    references = "doi10100797814615696887, doi101007bf02058654, doi1010160012160683903184, doi101017cbo9780511897948, doi101017s0016756800082856, doi101017s0080456800035237, doi101038282831a0, doi101038282833a0, doi101038scientificamerican0779122, doi10108002724634198110011886, doi10108002724634198410012014, doi101086413055, doi101093aesa323657, doi101111j109636421986tb00876x, doi101111j146363951940tb00339x, doi101111j146364091979tb00640x, doi101111j146364091980tb00660x, doi101111j1469185x1973tb01005x, doi101111j150239311983tb01993x, doi101111j150239311986tb00741x, doi101126science15737951472, doi101126science2204594268, doi101130gsab3153, doi1023072413259, doi1023072413454, doi1023072992444, doi105962bhltitle5752, doi105962bhltitle82144, halstead1969calcified, halstead1979agnathans, openalexw115975037, openalexw251296685, openalexw2591687711, openalexw2732375649, openalexw587905045"
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Ein Computer-Programm-Paket namens MEGA wurde entwickelt, um evolutionäre Entfernungen zu schätzen, phylogenetische Bäume zu rekonstruieren und grundlegende statistische Größen aus molekularen Daten zu berechnen. Es ist in C++ geschrieben und soll auf IBM- und IBM-kompatiblen Personalcomputern verwendet werden. In diesem Programm sind verschiedene Methoden zur Schätzung evolutionärer Entfernungen aus Nukleotid- und Aminosäuresequenzdaten, drei verschiedene Methoden der phylogenetischen Inferenz (UPGMA, neighborjoining und maximum parsimony) sowie zwei statistische Tests topologischer Unterschiede enthalten. Für die maximum parsimony-Methode wurden neue Algorithmen für Branch-and-Bound- und heuristische Suchen implementiert. Darüber hinaus berechnet MEGA statistische Größen wie Nukleotid- und Aminosäurefrequenzen, Transition/Transversion-Biases, Codon-Frequenzen (Codon-Usage-Tabellen) und die Anzahl der variablen Stellen in bestimmten Segmenten von Nukleotid- und Aminosäuresequenzen. Fortgeschrittene On-Screen-Sequenzdaten- und phylogenetische Baum-Editoren erleichtern die Erstellung von Publikationsqualität ausgaben mit einer Vielzahl von Druckern. Integrierte und interaktive Designs, Online-Kontext-sensitive Hilfen und ein Textdatei-Editor machen MEGA einfach zu bedienen.

@article{doi101093bioinformatics102189,
    author = "Kumar, Sudhir und Tamura, Koichiro und Nei, Masatoshi",
    title = "MEGA: Molecular Evolutionary Genetics Analysis software for microcomputers",
    year = "1994",
    journal = "Computer applications in the biosciences",
    abstract = "Ein Computer-Programm-Paket namens MEGA wurde entwickelt, um evolutionäre Entfernungen zu schätzen, phylogenetische Bäume zu rekonstruieren und grundlegende statistische Größen aus molekularen Daten zu berechnen. Es ist in C++ geschrieben und soll auf IBM- und IBM-kompatiblen Personalcomputern verwendet werden. In diesem Programm sind verschiedene Methoden zur Schätzung evolutionärer Entfernungen aus Nukleotid- und Aminosäuresequenzdaten, drei verschiedene Methoden der phylogenetischen Inferenz (UPGMA, neighborjoining und maximum parsimony) sowie zwei statistische Tests topologischer Unterschiede enthalten. Für die maximum parsimony-Methode wurden neue Algorithmen für Branch-and-Bound- und heuristische Suchen implementiert. Darüber hinaus berechnet MEGA statistische Größen wie Nukleotid- und Aminosäurefrequenzen, Transition/Transversion-Biases, Codon-Frequenzen (Codon-Usage-Tabellen) und die Anzahl der variablen Stellen in bestimmten Segmenten von Nukleotid- und Aminosäuresequenzen. Fortgeschrittene On-Screen-Sequenzdaten- und phylogenetische Baum-Editoren erleichtern die Erstellung von Publikationsqualität ausgaben mit einer Vielzahl von Druckern. Integrierte und interaktive Designs, Online-Kontext-sensitive Hilfen und ein Textdatei-Editor machen MEGA einfach zu bedienen.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bioinformatics/10.2.189",
    doi = "10.1093/bioinformatics/10.2.189",
    openalex = "W2097403532"
}

Vorwort Die Enterische Bakterienzelle und das Zeitalter der Bakterien Variationen eines Themas von Escherichia Teil I: Molekulare Architektur und Zusammenbau von Zellteilen (11 Kapitel) Teil II: Stoffwechsel und allgemeine Physiologie (58 Kapitel) Teil III: Nutzung von Energie für Zellaktivitäten (7 Kapitel) Teil IV: Regulation der Genexpression (19 Kapitel) Teil V: Wachstum von Zellen und Kulturen (12 Kapitel) Teil VI: Genom, Genetik und Evolution (40 Kapitel) Teil VII: Molekulare Pathogenese (7 Kapitel)

@book{openalexw1512810258,
    author = "Neidhardt, Frederick C.",
    title = "Escherichia coli und Salmonella: Zellular- und Molekularbiologie",
    year = "1996",
    booktitle = "ASM Press eBooks",
    abstract = "Vorwort Die Enterische Bakterienzelle und das Zeitalter der Bakterien Variationen eines Themas von Escherichia Teil I: Molekulare Architektur und Zusammenbau von Zellteilen (11 Kapitel) Teil II: Stoffwechsel und allgemeine Physiologie (58 Kapitel) Teil III: Nutzung von Energie für Zellaktivitäten (7 Kapitel) Teil IV: Regulation der Genexpression (19 Kapitel) Teil V: Wachstum von Zellen und Kulturen (12 Kapitel) Teil VI: Genom, Genetik und Evolution (40 Kapitel) Teil VII: Molekulare Pathogenese (7 Kapitel)",
    openalex = "W1512810258"
}

Jede Verhaltensform wird durch Versuch und Irrtum geformt. Solche schrittweise Anpassung kann durch individuelles Lernen oder durch natürliche Selektion, die Grundlage der Evolution, erfolgen. Seit der Arbeit von Maynard Smith und anderen wurde erkannt, wie die Spieltheorie diesen Prozess modellieren kann. Die evolutionäre Spieltheorie ersetzt die statischen Lösungen der klassischen Spieltheorie durch einen dynamischen Ansatz, der sich nicht auf das Konzept rationaler Spieler, sondern auf die Populationsdynamik von Verhaltensprogrammen konzentriert. In diesem Buch untersuchen die Autoren die nichtlineare Dynamik der Selbstregulierung von sozialem und ökonomischem Verhalten sowie der eng damit verbundenen Interaktionen zwischen Arten in ökologischen Gemeinschaften. Replikatorgleichungen beschreiben, wie erfolgreiche Strategien sich ausbreiten und dadurch neue Bedingungen schaffen, die die Grundlage ihres Erfolgs verändern können, d. h. um uns zu ermöglichen, die strategischen und genetischen Grundlagen der endlosen Chronik von Invasionen und Aussterben zu verstehen, die die Evolution durchsetzen. Kurz gesagt, beschreibt die evolutionäre Spieltheorie, wann ein Konflikt eskaliert werden sollte, wie Kooperation hervorgerufen werden kann, warum ein Geschlechtergleichgewicht erwartet werden sollte und wie natürliche Selektion in mathematischen Begriffen verstanden werden kann.

@book{doi101017cbo9781139173179,
    author = "Hofbauer, Josef and Sigmund, Karl",
    title = "Evolutionary Games and Population Dynamics",
    year = "1998",
    booktitle = "Cambridge University Press eBooks",
    abstract = "Jede Verhaltensform wird durch Versuch und Irrtum geformt. Solche schrittweise Anpassung kann durch individuelles Lernen oder durch natürliche Selektion, die Grundlage der Evolution, erfolgen. Seit der Arbeit von Maynard Smith und anderen wurde erkannt, wie die Spieltheorie diesen Prozess modellieren kann. Die evolutionäre Spieltheorie ersetzt die statischen Lösungen der klassischen Spieltheorie durch einen dynamischen Ansatz, der sich nicht auf das Konzept rationaler Spieler, sondern auf die Populationsdynamik von Verhaltensprogrammen konzentriert. In diesem Buch untersuchen die Autoren die nichtlineare Dynamik der Selbstregulierung von sozialem und ökonomischem Verhalten sowie der eng damit verbundenen Interaktionen zwischen Arten in ökologischen Gemeinschaften. Replikatorgleichungen beschreiben, wie erfolgreiche Strategien sich ausbreiten und dadurch neue Bedingungen schaffen, die die Grundlage ihres Erfolgs verändern können, d. h. um uns zu ermöglichen, die strategischen und genetischen Grundlagen der endlosen Chronik von Invasionen und Aussterben zu verstehen, die die Evolution durchsetzen. Kurz gesagt, beschreibt die evolutionäre Spieltheorie, wann ein Konflikt eskaliert werden sollte, wie Kooperation hervorgerufen werden kann, warum ein Geschlechtergleichgewicht erwartet werden sollte und wie natürliche Selektion in mathematischen Begriffen verstanden werden kann.",
    url = "https://doi.org/10.1017/cbo9781139173179",
    doi = "10.1017/cbo9781139173179",
    openalex = "W2085728653",
    references = "doi101007978146847862422, doi1010160040580977900429, doi101038119012b0, doi101086282272, doi1023071578, doi1023072965538, doi1023074549, doi1023075530, doi105962bhltitle4489"
}

@article{doi10103832160,
    author = "Blaxter, Mark und Ley, Paul De und Garey, James R. und Liu, Leo X. und Scheldeman, Patsy und Vierstraete, Andy und Vanfleteren, Jacques R. und Mackey, Laura Y. und Dorris, Mark und Frisse, L.M. und Vida, J. T. und Thomas, W. Kelley",
    title = "A molecular evolutionary framework for the phylum Nematoda",
    year = "1998",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/32160",
    doi = "10.1038/32160",
    openalex = "W2170946319",
    references = "doi101007978364260458421, doi101038387489a0, doi10107997808519942150000, doi101093bioinformatics105569, doi101093molbevmsab120, doi101093sysbio274401, doi101126science11536722, doi101144gsjgs15420265, doi1023072412923, doi1023073221805, openalexw1596387560"
}

Wir beschreiben die nicht-fliegende Säugetierfauna des Rio Juruá im westlichen Amazonasgebiet Brasiliens, basierend auf Sammlungen, die während einer einjährigen Flussuntersuchung gemacht wurden. Wir, zusammen mit unseren Kollegen Drs. Claude Gascon und Carlos Peres, haben das Feldprojekt entworfen, um die Auswirkungen des Flusses auf die Differenzierung terrestrischer Wirbeltiere (Säugetiere, Vögel, Amphibien und Reptilien) sowohl auf Gemeinschafts- als auch auf Populationsniveau zu untersuchen. Diese Monographie untersucht ausschließlich die Muster der geografischen Variation und der Gemeinschaftsstruktur der kleinen Säugetiere. Arteninventare wurden an 16 primären Fangstellen erstellt, die in acht Paare von Flussquerungsstellen unterteilt sind, wobei zwei Paare in jeder von vier Regionen vom Flussmündungsbereich bis zum Quellgebiet des Rio Juruá liegen. Insgesamt wurden 81 Arten nicht-fliegender Säugetiere erfasst, darunter neun, die neu für die Wissenschaft sind. Vier davon werden hier beschrieben; die anderen wurden bereits anderswo beschrieben. Wir verwendeten ein standardisiertes Fangprotokoll, um die Gemeinschaftsstruktur an jeder der 16 Standorte zu bewerten, die terrestrische und Kronenfangstationen in Überschwemmungsflächen (várzea) und Hochland (terra firme) Waldformationen umfassten. Ergänzende Fangmaßnahmen wurden in sekundären Habitaten an allen Standorten durchgeführt. Wir beschreiben diese Standorte, den eingesetzten Fangaufwand und die Platzierung der Fangstationen im Verhältnis zu lokalen Habitaten. Wir beschreiben ferner jede Art von Beuteltier, Sciuriden-Rodent, Muriden-Rodent und Echimyiden-Rodent, die angetroffen wurden; kommentieren ihre Systematik; und fassen Aspekte der Habitatnutzung, Lebensgeschichte, geografischen Verbreitung und geografischen Differenzierung basierend auf morphologischen und molekularen Merkmalen zusammen. Wir untersuchen Muster der Differenzierung im mitochondrialen Cytochrom-b-Gen für Proben von 41 der 45 Arten von Beuteltieren und Rodentien, die innerhalb des Rio Juruá-Beckens gewonnen wurden, und diskutieren diese Muster aus der Perspektive des gesamten Amazonas und in einigen Fällen der Mata Atlântica im Küstenbereich Brasiliens. Wir untersuchen zudem Muster der Gemeinschaftsorganisation innerhalb des Rio Juruá-Beckens und im gesamten Amazonasgebiet und lenken die Aufmerksamkeit auf die geografische Verteilung dessen, was scheinbar große Fauneneinheiten sind, die unabhängig von Habitatunterschieden sind. Schließlich verwenden wir Prinzipien der Phylogeographie, um Muster der geografischen Differenzierung unter den nicht-fliegenden Säugetieren im Hinblick auf die Riverine Barrier Hypothesis zu analysieren. Wir zeigen, dass es zwar wenige Beispiele für Taxa gibt, für die der Rio Juruá offensichtlich eine Barriere darstellt, aber die meisten Taxa entweder weitgehend im gesamten Becken undifferenziert sind oder scharf in reziprok monophyletische mtDNA-Haplotyp-Kladen unterteilt sind, die in aufwärts- und abwärtsgerichtete Einheiten separiert werden können. Wir argumentieren, dass die Übereinstimmung in der geografischen Platzierung der Kladen-Grenzen eine gemeinsame Geschichte nahelegt; zudem deuten sowohl das Alter dieser Kladen als auch ihre geografische Position im Verhältnis zu den zugrunde liegenden geologischen Merkmalen darauf hin, dass die Landformentwicklung ein wichtiger, aber unterschätzter Bestandteil der Diversifizierung im westlichen Amazonasgebiet war.

@article{doi1012060003009020002440001motrja20co2,
    author = "Patton, James L. and SILVA, MARIA NAZARETH F. DA und Malcolm, Jay R.",
    title = "MAMMALS OF THE RIO JURUÁ UND DIE EVOLUTIONÄRE UND ÖKOLOGISCHE DIVERSIFIZIERUNG AMAZONIENS",
    year = "2000",
    journal = "Bulletin of the American Museum of Natural History",
    abstract = "Wir beschreiben die nichtfliegende Säugetierfauna des Rio Juruá im westlichen Amazonas Brasiliens, basierend auf Sammlungen, die während einer einjährigen Flussuntersuchung erstellt wurden. Wir, zusammen mit unseren Kollegen Drs. Claude Gascon und Carlos Peres, haben das Feldprojekt entworfen, um die Auswirkungen des Flusses auf die Differenzierung terrestrischer Wirbeltiere (Säugetiere, Vögel, Amphibien und Reptilien) sowohl auf Gemeinschafts- als auch auf Populationsniveau zu untersuchen. Diese Monographie untersucht ausschließlich die Muster der geografischen Variation und der Gemeinschaftsstruktur der kleinen Säugetiere. Arteninventare wurden an 16 primären Fangstellen erstellt, die in acht Paare von Flussquerungsstellen unterteilt sind, wobei zwei Paare in jeder von vier Regionen vom Flussmündungsbereich bis zum Quellgebiet des Rio Juruá liegen. Insgesamt wurden 81 Arten nichtfliegender Säugetiere erfasst, darunter neun, die neu für die Wissenschaft sind. Vier davon werden hier beschrieben; die anderen wurden bereits anderweitig beschrieben. Wir verwendeten ein standardisiertes Fangprotokoll, um die Gemeinschaftsstruktur an jeder der 16 Standorte zu bewerten, die terrestrische und Kronenfangstationen in Überschwemmungsflächen (várzea) und Hochland (terra firme) Waldformationen umfassten. Ergänzende Fangversuche wurden in sekundären Habitaten an allen Standorten durchgeführt. Wir beschreiben diese Standorte, den aufgewendeten Fangaufwand und die Platzierung der Fangstationen im Verhältnis zu lokalen Habitaten. Wir beschreiben ferner jede Art von Beuteltier, Sciuriden-Rodent, Muriden-Rodent und Echimyiden-Rodent, die angetroffen wurden; kommentieren ihre Systematik und fassen Aspekte der Habitatnutzung, Lebensgeschichte, geografischen Verbreitung und geografischen Differenzierung basierend auf morphologischen und molekularen Merkmalen zusammen. Wir untersuchen Muster der Differenzierung im mitochondrialen Cytochrom-b-Gen für Proben von 41 der 45 Arten von Beuteltieren und Rodentien, die innerhalb des Rio Juruá Beckens gewonnen wurden, und diskutieren diese Muster aus der Perspektive des gesamten Amazonas und, in einigen Fällen, der Mata Atlântica im Küstenbereich Brasiliens. Wir untersuchen zudem Muster der Gemeinschaftsorganisation innerhalb des Rio Juruá Beckens und in ganz Amazonien und lenken die Aufmerksamkeit auf die geografische Verteilung von scheinbar großen Fauneneinheiten, die unabhängig von Habitatunterschieden sind. Schließlich verwenden wir Prinzipien der Phylogeographie, um Muster der geografischen Differenzierung unter den nichtfliegenden Säugetieren im Hinblick auf die Riverine Barrier Hypothesis zu analysieren. Wir zeigen, dass es zwar nur wenige Beispiele für Taxa gibt, für die der Rio Juruá offensichtlich eine Barriere darstellt, die meisten Taxa jedoch entweder weitgehend im gesamten Becken undifferenziert sind oder scharf in reziprok monophyletische mtDNA-Haplotyp-Clades unterteilt sind, die in aufwärts- und abwärtsgerichtete Einheiten separiert werden können. Wir argumentieren, dass die Übereinstimmung in der geografischen Platzierung der Clade-Grenzen auf eine gemeinsame Geschichte hindeutet; zudem deuten sowohl das Alter dieser Clades als auch ihre geografische Position im Verhältnis zu den zugrunde liegenden geologischen Merkmalen darauf hin, dass die Landform-Evolution ein wichtiger, aber unterschätzter Bestandteil der Diversifizierung im westlichen Amazonas war.",
    url = "https://doi.org/10.1206/0003-0090(2000)244<0001:motrja>2.0.co;2",
    doi = "10.1206/0003-0090(2000)244<0001:motrja>2.0.co;2",
    openalex = "W2135738065",
    references = "doi101093molbevmsab120, doi101111j155856461988tb04164x"
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s.kumar@asu.edu

@article{doi101093bioinformatics17121244,
    author = "Kumar, Sudhir und Tamura, Koichiro und Jakobsen, Ingrid B. und Nei, Masatoshi",
    title = "MEGA2: Software zur Analyse der molekularen evolutionären Genetik",
    year = "2001",
    journal = "Bioinformatics",
    abstract = "s.kumar@asu.edu",
    url = "https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.12.1244",
    doi = "10.1093/bioinformatics/17.12.1244",
    openalex = "W2156434383",
    references = "doi101007bf00173196, doi101093bioinformatics102189, doi101093oso97801951358480010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva040259, doi102307jctvcm4gbm10, openalexw2002446259"
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Neben der Veränderung der globalen Ökologie beeinflussen Technologie und das Wachstum der menschlichen Bevölkerung auch evolutionäre Verläufe und beschleunigen den evolutionären Wandel bei anderen Arten dramatisch, insbesondere bei kommerziell wichtigen, schädlichen und krankheitsverursachenden Organismen. Solche Veränderungen sind in der Resistenz gegen Antibiotika und das menschliche Immunschwächevirus (HIV) gegenüber Medikamenten, der Resistenz von Pflanzen und Insekten gegen Pestizide, schnellen Veränderungen bei invasiven Arten, lebensgeschichtlichen Veränderungen in der kommerziellen Fischerei und der Anpassung von Schädlingen an Produkte der biologischen Technik ersichtlich. Diese beschleunigte Evolution kostet in den Vereinigten Staaten mindestens 33 bis 50 Milliarden Dollar pro Jahr. Das Verlangsamen und Kontrollieren von Wettrüsten im Krankheits- und Schädlingsmanagement war in verschiedenen ökologischen und wirtschaftlichen Systemen erfolgreich und zeigt, wie angewandte evolutionäre Prinzipien dazu beitragen können, die Auswirkung des Menschen auf die Evolution zu verringern.

@article{doi101126science29355361786,
    author = "Palumbi, Stephen R.",
    title = "Humans as the World's Greatest Evolutionary Force",
    year = "2001",
    journal = "Science",
    abstract = "In addition to altering global ecology, technology and human population growth also affect evolutionary trajectories, dramatically accelerating evolutionary change in other species, especially in commercially important, pest, and disease organisms. Such changes are apparent in antibiotic and human immunodeficiency virus (HIV) resistance to drugs, plant and insect resistance to pesticides, rapid changes in invasive species, life-history change in commercial fisheries, and pest adaptation to biological engineering products. This accelerated evolution costs at least $33 billion to $50 billion a year in the United States. Slowing and controlling arms races in disease and pest management have been successful in diverse ecological and economic systems, illustrating how applied evolutionary principles can help reduce the impact of humankind on evolution.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.293.5536.1786",
    doi = "10.1126/science.293.5536.1786",
    openalex = "W2117753850"
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▪ Abstract Beiträge aus dem Bereich der Populationsbiologie bieten vielversprechende Ansätze zum Verständnis und zur Bewältigung der Invasivität; invasive Arten bieten zudem hervorragende Möglichkeiten, grundlegende Prozesse in der Populationsbiologie zu untersuchen. Studien zur Lebensgeschichte und demografische Modelle können wertvoll sein, um die Einführung invasiver Arten zu untersuchen und Lebensphasen zu identifizieren, in denen Managementmaßnahmen am wirksamsten sind. Evolutionsprozesse können Schlüsselfaktoren sein, die bestimmen, ob sich invasive Arten etablieren und ausbreiten. Untersuchungen zur genetischen Vielfalt und evolutionären Veränderungen sollten nützlich sein, um das Potenzial für Kolonisation und Etablierung, geografische Muster der Invasion und Ausbreitung, Latenzzeiten sowie das Potenzial für evolutionäre Reaktionen auf neue Umgebungen, einschließlich Managementpraktiken, zu verstehen. Die Folgen biologischer Invasionen ermöglichen die Untersuchung grundlegender Evolutionsprozesse, da sich Eindringlinge oft schnell an neue abiotische und biotische Bedingungen anpassen und einheimische Arten als Reaktion auf die Invasion evolvieren.

@article{doi101146annurevecolsys32081501114037,
    author = "Sakai, Ann K. und Allendorf, Fred W. und Holt, Jodie S. und Lodge, David M. und Molofsky, Jane und With, Kimberly A. und Baughman, Syndallas und Cabin, Robert J. und Cohen, Joel E. und Ellstrand, Norman C. und McCauley, David E. und O’Neil, Pamela und Parker, Ingrid M. und Thompson, John N. und Weller, Stephen G.",
    title = "The Population Biology of Invasive Species",
    year = "2001",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "▪ Abstract Beiträge aus dem Bereich der Populationsbiologie bieten vielversprechende Ansätze zum Verständnis und zur Bewältigung der Invasivität; invasive Arten bieten zudem hervorragende Möglichkeiten, grundlegende Prozesse in der Populationsbiologie zu untersuchen. Studien zur Lebensgeschichte und demografische Modelle können wertvoll sein, um die Einführung invasiver Arten zu untersuchen und Lebensphasen zu identifizieren, in denen Managementmaßnahmen am wirksamsten sind. Evolutionsprozesse können Schlüsselfaktoren sein, die bestimmen, ob sich invasive Arten etablieren und ausbreiten. Untersuchungen zur genetischen Vielfalt und evolutionären Veränderungen sollten nützlich sein, um das Potenzial für Kolonisation und Etablierung, geografische Muster der Invasion und Ausbreitung, Latenzzeiten sowie das Potenzial für evolutionäre Reaktionen auf neue Umgebungen, einschließlich Managementpraktiken, zu verstehen. Die Folgen biologischer Invasionen ermöglichen die Untersuchung grundlegender Evolutionsprozesse, da sich Eindringlinge oft schnell an neue abiotische und biotische Bedingungen anpassen und einheimische Arten als Reaktion auf die Invasion evolvieren.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.32.081501.114037",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.32.081501.114037",
    openalex = "W2112388438",
    references = "doi1010079781489972149, doi1010079789400958517, doi1010160169534794902488, doi101016s0169534701021012, doi101023a1010086329619, doi10103835016000, doi101086282697, doi101126science28754591770, doi101146annurevecolsys27183, doi1015159781400881376, doi1018900012965819990801455tecoci20co2, doi1018901051076120000100689bicegc20co2, doi1023072257385, doi1023072529912, doi105962bhltitle27468, openalexw2169917233"
}

@article{doi101016s0169534702025545,
    author = "Lee, Carol Eunmi",
    title = "Evolutionäre Genetik invasiver Arten",
    year = "2002",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0169-5347(02)02554-5",
    doi = "10.1016/s0169-5347(02)02554-5",
    openalex = "W2155928419",
    references = "doi101038sjhdy6886170, doi101073pnas97137043, doi101073pnas97137051, doi101111j155856461951tb02788x, doi101126science2925517673, doi1016410006356820000500053eaecon23co2, doi1023072261425, doi1023072265769, doi1023072412809, doi104159harvard9780674865327, openalexw1554403518, openalexw1584633894"
}

@book{doi102307jctvjsf433,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "The Structure of Evolutionary Theory",
    year = "2002",
    booktitle = "Harvard University Press eBooks",
    url = "https://doi.org/10.2307/j.ctvjsf433",
    doi = "10.2307/j.ctvjsf433",
    openalex = "W4300925890"
}

Mit seiner theoretischen Grundlage, die fest in der molekularen evolutionären und Populationsgenetik verankert ist, spielt die vergleichende DNA- und Proteinsequenzanalyse eine zentrale Rolle bei der Rekonstruktion der evolutionären Geschichte von Arten und Multigenfamilien, bei der Schätzung von Raten der molekularen Evolution und bei der Inferenz der Natur und des Ausmaßes der selektiven Kräfte, die die Evolution von Genen und Genomen prägen. Der Umfang dieser Untersuchungen hat sich nun stark erweitert, dank der Entwicklung von Hochdurchsatz-Sequenzierungstechniken und neuer statistischer und computergestützter Methoden. Diese Methoden erfordern benutzerfreundliche Computerprogramme. Ein solcher Versuch bestand darin, die Software für die Analyse der molekularen evolutionären Genetik (MEGA) zu entwickeln, mit dem Fokus auf die Förderung der Erforschung und Analyse der DNA- und Proteinsequenzvariation aus evolutionärer Perspektive. In seiner dritten Hauptversion enthält MEGA3 Funktionen für automatisches und manuelles Sequenzalignment, webbasierte Datenbanksuche, Inferenz phylogenetischer Bäume, Schätzung evolutionärer Distanzen und Testung evolutionärer Hypothesen. Dieser Artikel bietet einen Überblick über die statistischen Methoden, computergestützten Werkzeuge und visuellen Erforschungsmodule für die Dateneingabe sowie die in MEGA erhältlichen Ergebnisse.

@article{doi101093bib52150,
    author = "Kumar, Sudhir",
    title = "MEGA3: Integrated software for Molecular Evolutionary Genetics Analysis and sequence alignment",
    year = "2004",
    journal = "Briefings in Bioinformatics",
    abstract = "Mit seiner theoretischen Grundlage, die fest in der molekularen evolutionären und Populationsgenetik verankert ist, spielt die vergleichende DNA- und Proteinsequenzanalyse eine zentrale Rolle bei der Rekonstruktion der evolutionären Geschichte von Arten und Multigenfamilien, bei der Schätzung von Raten der molekularen Evolution und bei der Inferenz der Natur und des Ausmaßes der selektiven Kräfte, die die Evolution von Genen und Genomen prägen. Der Umfang dieser Untersuchungen hat sich nun stark erweitert, dank der Entwicklung von Hochdurchsatz-Sequenzierungstechniken und neuer statistischer und computergestützter Methoden. Diese Methoden erfordern benutzerfreundliche Computerprogramme. Ein solcher Versuch bestand darin, die Software für die Analyse der molekularen evolutionären Genetik (MEGA) zu entwickeln, mit dem Fokus auf die Förderung der Erforschung und Analyse der DNA- und Proteinsequenzvariation aus evolutionärer Perspektive. In seiner dritten Hauptversion enthält MEGA3 Funktionen für automatisches und manuelles Sequenzalignment, webbasierte Datenbanksuche, Inferenz phylogenetischer Bäume, Schätzung evolutionärer Distanzen und Testung evolutionärer Hypothesen. Dieser Artikel bietet einen Überblick über die statistischen Methoden, computergestützten Werkzeuge und visuellen Erforschungsmodule für die Dateneingabe sowie die in MEGA erhältlichen Ergebnisse.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bib/5.2.150",
    doi = "10.1093/bib/5.2.150",
    openalex = "W2146396346",
    references = "doi101007bf01731581, doi101007bf02407308, doi101016b9781483232119500097, doi101093bioinformatics17121244, doi101093genetics1233585, doi101093nar22224673, doi101093nar25173389, doi101093oso97801951358480010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101093oxfordjournalsmolbeva040259, doi101093oxfordjournalsmolbeva040343, doi101093oxfordjournalsmolbeva040410, doi101093oxfordjournalsmolbeva040454, doi101093oxfordjournalsmolbeva040771, doi101111j155856461985tb00420x, doi1023072408678, doi1023072412074, doi105860choice392183, openalexw2032279931, openalexw3217097258"
}

(1) Wir zeigen, dass ML unter der Annahme eines molekularen Uhrwerks weiterhin rechnerisch unlösbar (NP-schwer) ist. (2) Wir zeigen, dass es nicht nur rechnerisch unlösbar ist, den exakten ML-Baum zu finden, sondern selbst das Approximieren des Logarithmus der ML für jeden multiplikativen Faktor kleiner als 1,00175 rechnerisch unlösbar ist. (3) Wir entwickeln einen Algorithmus zur Approximierung der Log-Likelihood unter der Bedingung, dass die Eingabesequenzen dünn besetzt sind. Er verwendet jeden Approximationsalgorithmus für Parsimonie und erreicht asymptotisch dasselbe Approximationsverhältnis. Wir bemerken, dass die ML-Rekonstruktion für dünn besetzte Eingaben unter dieser Bedingung immer noch schwierig ist und darüber hinaus viele reale Datensätze diese Bedingung erfüllen.

@article{doi101093bioinformaticsbti1027,
    author = "Chor, Benny und Tuller, Tamir",
    title = "Maximum likelihood of evolutionary trees: hardness and approximation",
    year = "2005",
    journal = "Computer applications in the biosciences",
    abstract = "(1) Wir zeigen, dass ML unter der Annahme eines molekularen Uhrwerks weiterhin rechnerisch unlösbar (NP-schwer) ist. (2) Wir zeigen, dass es nicht nur rechnerisch unlösbar ist, den exakten ML-Baum zu finden, sondern selbst das Approximieren des Logarithmus der ML für jeden multiplikativen Faktor kleiner als 1,00175 rechnerisch unlösbar ist. (3) Wir entwickeln einen Algorithmus zur Approximierung der Log-Likelihood unter der Bedingung, dass die Eingabesequenzen dünn besetzt sind. Er verwendet jeden Approximationsalgorithmus für Parsimonie und erreicht asymptotisch dasselbe Approximationsverhältnis. Wir bemerken, dass die ML-Rekonstruktion für dünn besetzte Eingaben unter dieser Bedingung immer noch schwierig ist und darüber hinaus viele reale Datensätze diese Bedingung erfüllen.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti1027",
    doi = "10.1093/bioinformatics/bti1027",
    openalex = "W2101464940"
}

Die evolutionäre Geschichte einer Gruppe von Taxa wird üblicherweise durch einen phylogenetischen Baum dargestellt, und dieses Modell hat die Diskussion und Überprüfung von Hypothesen erheblich erleichtert. Es ist jedoch gut bekannt, dass komplexere evolutionäre Szenarien durch solche Modelle schlecht beschrieben werden. Weiterhin ist selbst dann, wenn die Evolution auf eine baumartige Weise verläuft, die Analyse der Daten möglicherweise nicht am besten durch Methoden unterstützt, die eine Baumstruktur erzwingen, sondern durch eine reichhaltigere Visualisierung der Daten, um ihre Eigenschaften zu bewerten, zumindest als wesentlichen ersten Schritt. Daher sollten phylogenetische Netzwerke eingesetzt werden, wenn retikuläre Ereignisse wie Hybridisierung, horizontale Genübertragung, Rekombination oder Genverdopplung und -verlust als beteiligt angesehen werden, und selbst in Abwesenheit solcher Ereignisse spielen phylogenetische Netzwerke eine nützliche Rolle. Dieser Artikel überprüft die für phylogenetische Netzwerke verwendete Terminologie und behandelt sowohl Split-Netzwerke als auch retikuläre Netzwerke, wie sie definiert sind und wie sie interpretiert werden können. Darüber hinaus skizziert der Artikel die Anfänge eines umfassenden statistischen Rahmens für die Anwendung von Split-Netzwerk-Methoden. Wir zeigen, wie Split-Netzwerke Vertrauensmengen von Bäumen darstellen können, und führen einen konservativen statistischen Test ein, um zu prüfen, ob das widersprüchliche Signal in einem Netzwerk baumartig ist. Schließlich beschreibt dieser Artikel ein neues Programm, SplitsTree4, ein interaktives und umfassendes Werkzeug zur Inferenz verschiedener Arten von phylogenetischen Netzwerken aus Sequenzen, Entfernungen und Bäumen.

@article{doi101093molbevmsj030,
    author = "Huson, Daniel H. und Bryant, David",
    title = "Anwendung phylogenetischer Netzwerke in evolutionären Studien",
    year = "2005",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Die evolutionäre Geschichte einer Gruppe von Taxa wird üblicherweise durch einen phylogenetischen Baum dargestellt, und dieses Modell hat die Diskussion und Überprüfung von Hypothesen erheblich erleichtert. Es ist jedoch gut bekannt, dass komplexere evolutionäre Szenarien durch solche Modelle schlecht beschrieben werden. Weiterhin ist selbst dann, wenn die Evolution auf eine baumartige Weise verläuft, die Analyse der Daten möglicherweise nicht am besten durch Methoden unterstützt, die eine Baumstruktur erzwingen, sondern durch eine reichhaltigere Visualisierung der Daten, um ihre Eigenschaften zu bewerten, zumindest als wesentlichen ersten Schritt. Daher sollten phylogenetische Netzwerke eingesetzt werden, wenn retikuläre Ereignisse wie Hybridisierung, horizontale Genübertragung, Rekombination oder Genverdopplung und -verlust als beteiligt angesehen werden, und selbst in Abwesenheit solcher Ereignisse spielen phylogenetische Netzwerke eine nützliche Rolle. Dieser Artikel überprüft die für phylogenetische Netzwerke verwendete Terminologie und behandelt sowohl Split-Netzwerke als auch retikuläre Netzwerke, wie sie definiert sind und wie sie interpretiert werden können. Darüber hinaus skizziert der Artikel die Anfänge eines umfassenden statistischen Rahmens für die Anwendung von Split-Netzwerk-Methoden. Wir zeigen, wie Split-Netzwerke Vertrauensmengen von Bäumen darstellen können, und führen einen konservativen statistischen Test ein, um zu prüfen, ob das widersprüchliche Signal in einem Netzwerk baumartig ist. Schließlich beschreibt dieser Artikel ein neues Programm, SplitsTree4, ein interaktives und umfassendes Werkzeug zur Inferenz verschiedener Arten von phylogenetischen Netzwerken aus Sequenzen, Entfernungen und Bäumen.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msj030",
    doi = "10.1093/molbev/msj030",
    openalex = "W2055298722",
    references = "doi101016s0169534700020267, doi101038nrg929, doi10108010635150390235520, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093molbevmsi111, doi101093sysbio463523, doi101111j155856461985tb00420x"
}

Zusammenfassung: Kürzlich durchgeführte Studien haben die Geschwindigkeit der Evolution ökologisch wichtiger Phänotypen dokumentiert, die so schnell ist, dass sie das Ergebnis ökologischer Interaktionen während ihres Verlaufs beeinflussen kann. Beobachtungen dieser Art widersprechen der etablierten Weisheit, dass ökologische und evolutionäre Dynamiken auf sehr unterschiedlichen Zeitskalen ablaufen. Während einige Autoren die Schnelligkeit einer gemessenen evolutionären Rate durch Vergleich mit der gesamten Verteilung gemessener evolutionärer Raten bewertet haben, glauben wir, dass Ökologen sich hauptsächlich wegen des Potenzials schneller Evolution, ökologische Prozesse zu beeinflussen, für diese interessieren. Wir schlagen daher vor, schnelle Evolution als eine genetische Veränderung zu definieren, die schnell genug auftritt, um einen messbaren Einfluss auf gleichzeitige ökologische Veränderungen zu haben. Unter Verwendung dieser Definition schlagen wir einen Rahmen vor, um die Raten ökologischer Veränderungen in Komponenten zu zerlegen, die durch gleichzeitige evolutionäre Veränderungen und durch Veränderungen in einem nicht-evolutionären Faktor (z. B. dichteabhängige Populationsdynamiken, abiotische Umweltveränderungen) angetrieben werden. Evolution wird in diesem ökologischen Kontext als schnell beurteilt, wenn ihr Beitrag zur ökologischen Veränderung im Vergleich zum Beitrag anderer Faktoren groß ist. Wir stellen ein durchgerechnetes Beispiel dieses Ansatzes basierend auf einer theoretischen Räuber–Beute-Interaktion [Abrams, P. & Matsuda, H. (1997). Evolution, 51, 1740] vor und finden, dass in diesem System der Einfluss der Beute-Evolution auf die pro-Kopf-Wachstumsrate des Räubers 63 % derjenigen der internen ökologischen Dynamik beträgt. Anschließend schlagen wir analytische Methoden zur Messung dieser Beiträge in Feldsituationen vor und wenden sie auf zwei Langzeitdatensätze an, für die geeignete ökologische und evolutionäre Daten vorliegen. Für beide Datensätze wurden relativ hohe Raten evolutionärer Veränderungen festgestellt, wenn sie als Charakterveränderung in Standardabweichungen pro Generation (Haldanes) gemessen werden. Für Darwins Finken, die auf schwankende Niederschläge reagieren [Grant, P.R. & Grant, B.R. (2002). Science, 296, 707], schätzen wir, dass die evolutionäre Veränderung um den Faktor 2,2 schneller war als die ökologische Veränderung. Für eine Population von Süßwasser-Copepoden, deren Lebensgeschichte auf schwankende Fischprädation reagiert [Hairston, N.G. Jr & Dillon, T.A. (1990). Evolution, 44, 1796], finden wir, dass die evolutionäre Veränderung etwa ein Viertel der Rate der ökologischen Veränderung betrug – weniger als im Finken-Beispiel, aber dennoch beträchtlich. Diese Analysen unterstützen die Ansicht, dass es entscheidend ist, den Grad zu betrachten, in dem die Attribute des untersuchten Systems gleichzeitig als Ergebnis schneller Evolution verändert werden, um zeitliche Dynamiken in ökologischen Prozessen zu verstehen.

@article{doi101111j14610248200500812x,
    author = "Hairston, Nelson G. und Ellner, Stephen P. und Geber, Monica A. und Yoshida, Takehito und Fox, Jennifer",
    title = "Schnelle Evolution und die Konvergenz von ökologischen und evolutionären Zeitskalen",
    year = "2005",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "Abstract Kürzlich durchgeführte Studien haben die Raten der Evolution ökologisch wichtiger Phänotypen dokumentiert, die so schnell sind, dass sie das Ergebnis ökologischer Interaktionen während ihres Verlaufs beeinflussen können. Beobachtungen dieser Art widersprechen der etablierten Weisheit, dass ökologische und evolutionäre Dynamiken auf sehr unterschiedlichen Zeitskalen ablaufen. Während einige Autoren die Schnelligkeit einer gemessenen evolutionären Rate durch Vergleich mit der Gesamtverteilung gemessener evolutionärer Raten bewertet haben, glauben wir, dass Ökologen sich hauptsächlich wegen des Potenzials der schnellen Evolution, ökologische Prozesse zu beeinflussen, für diese interessieren. Wir schlagen daher vor, schnelle Evolution als eine genetische Veränderung zu definieren, die schnell genug auftritt, um einen messbaren Einfluss auf gleichzeitige ökologische Veränderungen zu haben. Unter Verwendung dieser Definition schlagen wir einen Rahmen vor, um die Raten ökologischer Veränderungen in Komponenten zu zerlegen, die durch gleichzeitige evolutionäre Veränderungen und durch Veränderungen in einem nicht-evolutionären Faktor (z. B. dichteabhängige Populationsdynamiken, abiotische Umweltveränderungen) angetrieben werden. Evolution wird in diesem ökologischen Kontext als schnell eingestuft, wenn ihr Beitrag zu ökologischen Veränderungen im Vergleich zum Beitrag anderer Faktoren groß ist. Wir stellen ein durchgerechnetes Beispiel dieses Ansatzes basierend auf einer theoretischen Räuber–Beute-Interaktion [Abrams, P. \& Matsuda, H. (1997). Evolution, 51, 1740] vor und finden, dass in diesem System der Einfluss der Evolution der Beute auf die pro-Kopf-Wachstumsrate des Räubers 63 % derjenigen der internen ökologischen Dynamik beträgt. Anschließend schlagen wir analytische Methoden vor, um diese Beiträge in Feldsituationen zu messen, und wenden sie auf zwei langfristige Datensätze an, für die geeignete ökologische und evolutionäre Daten vorliegen. Für beide Datensätze wurden relativ hohe Raten evolutionärer Veränderungen festgestellt, wenn sie als Charakterveränderung in Standardabweichungen pro Generation (Haldanes) gemessen werden. Für Darwin's Finchen, die auf schwankende Niederschläge reagieren [Grant, P.R. \& Grant, B.R. (2002). Science, 296, 707], schätzen wir, dass die evolutionäre Veränderung um einen Faktor von 2,2 schneller war als die ökologische Veränderung. Für eine Population von Süßwasser-Copepoden, deren Lebensgeschichte auf schwankende Fischprädation reagiert [Hairston, N.G. Jr \& Dillon, T.A. (1990). Evolution, 44, 1796], finden wir, dass die evolutionäre Veränderung etwa ein Viertel der Rate der ökologischen Veränderung betrug – weniger als im Finchen-Beispiel, aber dennoch beträchtlich. Diese Analysen unterstützen die Ansicht, dass es entscheidend ist, den Grad zu berücksichtigen, in dem die Attribute des untersuchten Systems gleichzeitig als Ergebnis schneller Evolution verändert werden, um zeitliche Dynamiken in ökologischen Prozessen zu verstehen.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1461-0248.2005.00812.x",
    doi = "10.1111/j.1461-0248.2005.00812.x",
    openalex = "W1541870771",
    references = "doi10100797894010058529, doi1010160169534787900280, doi101023a1013311015886, doi101038nature01767, doi101093aibsbulletin2214b, doi101126science1070315, doi101126science2224620159, doi101126science2925517673, doi1015159781400885695, doi101890030788, doi1023071435536, doi1023071445906, doi1023074785, doi105860choice306153"
}

▪ Zusammenfassung Niche Conservatism ist die Tendenz von Arten, ihre ursprünglichen ökologischen Merkmale beizubehalten. In der jüngeren Literatur hat sich eine Debatte entwickelt, ob Nischen konserviert werden. Wir schlagen vor, dass es nicht besonders hilfreich oder interessant ist, einfach zu testen, ob Nischen konserviert werden, und dass ein nützlicherer Fokus auf den Mustern liegt, die Niche Conservatism möglicherweise (oder möglicherweise nicht) erzeugt. Wir konzentrieren uns speziell darauf, wie Niche Conservatism in klimatischen Toleranzen die geografische Ausdehnung des Verbreitungsgebiets begrenzen kann und wie diese eine Art von Niche Conservatism wichtig sein kann in (a) allopatrischer Artbildung, (b) historischer Biogeographie, (c) Mustern der Artenvielfalt, (d) Gemeinschaftsstruktur, (e) der Ausbreitung invasiver, vom Menschen eingeführter Arten, (f) Reaktionen von Arten auf den globalen Klimawandel und (g) der menschlichen Geschichte, von vor 13.000 Jahren bis heute. Wir beschreiben, wie diese Effekte von Niche Conservatism mit neuen Werkzeugen für die ökologische Nischenmodellierung untersucht werden können.

@article{doi101146annurevecolsys36102803095431,
    author = "Wiens, John J. und Graham, Catherine H.",
    title = "Niche Conservatism: Integrating Evolution, Ecology, and Conservation Biology",
    year = "2005",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "▪ Zusammenfassung Niche Conservatism ist die Tendenz von Arten, ihre ursprünglichen ökologischen Merkmale beizubehalten. In der jüngeren Literatur hat sich eine Debatte entwickelt, ob Nischen konserviert werden. Wir schlagen vor, dass es nicht besonders hilfreich oder interessant ist, einfach zu testen, ob Nischen konserviert werden, und dass ein nützlicherer Fokus auf den Mustern liegt, die Niche Conservatism möglicherweise (oder möglicherweise nicht) erzeugt. Wir konzentrieren uns speziell darauf, wie Niche Conservatism in klimatischen Toleranzen die geografische Ausdehnung des Verbreitungsgebiets begrenzen kann und wie diese eine Art von Niche Conservatism wichtig sein kann in (a) allopatrischer Artbildung, (b) historischer Biogeographie, (c) Mustern der Artenvielfalt, (d) Gemeinschaftsstruktur, (e) der Ausbreitung invasiver, vom Menschen eingeführter Arten, (f) Reaktionen von Arten auf den globalen Klimawandel und (g) der menschlichen Geschichte, von vor 13.000 Jahren bis heute. Wir beschreiben, wie diese Effekte von Niche Conservatism mit neuen Werkzeugen für die ökologische Nischenmodellierung untersucht werden können.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.36.102803.095431",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.36.102803.095431",
    openalex = "W2113375225",
    references = "doi101016jtree200409011, doi101016s0169534702000447, doi101017cbo9780511623387, doi101093oso97801985491780010001, doi101111j001438202004tb00461x, doi101111j109583122001tb01368x, doi101126science27953592115, doi101126science28554311265, doi101126science7701342, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi101146annurevecolsys34012103144032, doi1023071444927, doi1023071933500, doi1023073515466, doi105860choice332720, openalexw2037503630, openalexw2273605253"
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Ökologische Veränderungen in der Phänologie und Verbreitung von Pflanzen und Tieren finden in allen gut untersuchten marinen, Süßwasser- und terrestrischen Gruppen statt. Diese beobachteten Veränderungen sind stark in den von der globalen Erwärmung vorhergesagten Richtungen verzerrt und wurden durch Korrelationen zwischen Klima und biologischer Variation, Feld- und Laborversuchen sowie physiologischen Forschungsergebnissen mit lokalem oder regionalem Klimawandel in Verbindung gebracht. Arten mit begrenztem Verbreitungsgebiet, insbesondere polare und Berggipfelarten, zeigen schwere Verbreitungsgebietseinengungen und waren die ersten Gruppen, in denen ganze Arten aufgrund des jüngsten Klimawandels ausgestorben sind. Tropische Korallenriffe und Amphibien wurden am stärksten negativ betroffen. Räuber-Beute- und Pflanzen-Insekten-Interaktionen wurden gestört, wenn interagierende Arten unterschiedlich auf die Erwärmung reagierten. Evolutionäre Anpassungen an wärmere Bedingungen haben im Inneren der Verbreitungsgebiete von Arten stattgefunden, und die Ressourcennutzung und Ausbreitung haben sich an den sich ausdehnenden Verbreitungsgrenzen schnell entwickelt. Beobachtete genetische Verschiebungen modulieren lokale Effekte des Klimawandels, aber es gibt wenig Beweise dafür, dass sie negative Effekte auf Artenebene mildern werden.

@article{doi101146annurevecolsys37091305110100,
    author = "Parmesan, Camille",
    title = "Ecological and Evolutionary Responses to Recent Climate Change",
    year = "2006",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "Ecological changes in the phenology and distribution of plants and animals are occurring in all well-studied marine, freshwater, and terrestrial groups. These observed changes are heavily biased in the directions predicted from global warming and have been linked to local or regional climate change through correlations between climate and biological variation, field and laboratory experiments, and physiological research. Range-restricted species, particularly polar and mountaintop species, show severe range contractions and have been the first groups in which entire species have gone extinct due to recent climate change. Tropical coral reefs and amphibians have been most negatively affected. Predator-prey and plant-insect interactions have been disrupted when interacting species have responded differently to warming. Evolutionary adaptations to warmer conditions have occurred in the interiors of species' ranges, and resource use and dispersal have evolved rapidly at expanding range margins. Observed genetic shifts modulate local effects of climate change, but there is little evidence that they will mitigate negative effects at the species level.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.37.091305.110100",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.37.091305.110100",
    openalex = "W2135858501",
    references = "doi1010160169534794902488, doi10103835079180, doi101038369448a0, doi101038382146a0, doi101038386698a0, doi101038nature01286, doi101038nature04095, doi101038nature04246, doi101071mf99078, doi101093aesa492190, doi101126science28954872068, doi101126science2925517673, doi1023071939337, doi1023071940431, doi105860choice301495, openalexw1500291103, openalexw2151235472"
}

Making Sense of Evolution untersucht die zeitgenössische Evolution und konzentriert sich auf die Elemente von Theorien – Selektion, Anpassung und Arten –, die komplex sind und mehreren möglichen Interpretationen offenstehen, von denen viele untereinander und mit anderen anerkannten Praktiken in der Disziplin unvereinbar sind. Bestimmte experimentelle Methoden verlangen beispielsweise ein Verständnis der Selektion, während die Anwendung desselben Konzepts auf einem anderen Gebiet der Evolution eine ganz andere Definition erfordern könnte. Indem diese konzeptionellen Schwierigkeiten beleuchtet und alternative theoretische Interpretationen vorgestellt werden, die diese Unvereinbarkeit mildern, weben Massimo Pigliucci und Jonathan Kaplan wissenschaftliche und philosophische Analyse zu einem kohärenten Bild der Evolution. Innovativ und kontrovers ermutigt Making Sense of Evolution zur weiteren Entwicklung der Modernen Synthese und skizziert, was für die weitere Verfeinerung dieses sich entwickelnden Feldes notwendig sein könnte.

@book{openalexw1524234678,
    author = "Pigliucci, Massimo und Kaplan, Jonathan Michael",
    title = "Making Sense of Evolution: The Conceptual Foundations of Evolutionary Biology",
    year = "2006",
    abstract = "Making Sense of Evolution untersucht die zeitgenössische Evolution und konzentriert sich auf die Elemente von Theorien – Selektion, Anpassung und Arten –, die komplex sind und mehreren möglichen Interpretationen offenstehen, von denen viele untereinander und mit anderen anerkannten Praktiken in der Disziplin unvereinbar sind. Bestimmte experimentelle Methoden verlangen beispielsweise ein Verständnis der Selektion, während die Anwendung desselben Konzepts auf einem anderen Gebiet der Evolution eine ganz andere Definition erfordern könnte. Indem diese konzeptionellen Schwierigkeiten beleuchtet und alternative theoretische Interpretationen vorgestellt werden, die diese Unvereinbarkeit mildern, weben Massimo Pigliucci und Jonathan Kaplan wissenschaftliche und philosophische Analyse zu einem kohärenten Bild der Evolution. Innovativ und kontrovers ermutigt Making Sense of Evolution zur weiteren Entwicklung der Modernen Synthese und skizziert, was für die weitere Verfeinerung dieses sich entwickelnden Feldes notwendig sein könnte.",
    url = "https://openalex.org/W1524234678",
    openalex = "W1524234678"
}

Wir kündigen die Veröffentlichung der vierten Version der MEGA-Software an, die die bestehenden Funktionen zur Bearbeitung von DNA-Sequenzdaten von Autosequenzern, zum Auswerten von Web-Datenbanken, zum automatischen und manuellen Sequenzalignment, zur Analyse von Sequenzalignments zur Schätzung evolutionärer Distanzen, zum Inferieren phylogenetischer Bäume und zum Testen evolutionärer Hypothesen erweitert. Version 4 umfasst eine einzigartige Funktion zur Generierung von Bildunterschriften im Format von Bildlegenden, um natürliche Sprachbeschreibungen der in den Analysen verwendeten Modelle und Methoden bereitzustellen. Diese Funktion zielt darauf ab, ein besseres Verständnis der zugrunde liegenden Annahmen, die in den Analysen verwendet werden, sowie der generierten Ergebnisse zu fördern. Eine weitere neue Funktion ist die Maximum Composite Likelihood (MCL)-Methode zur Schätzung evolutionärer Distanzen zwischen allen Sequenzpaaren gleichzeitig, mit und ohne Berücksichtigung von Ratenvariationen zwischen den Standorten und Substitutionsmuster-Heterogenitäten zwischen den Linien. Diese MCL-Methode kann auch verwendet werden, um den Übergang/Transversion-Bias und das Nukleotid-Substitutionsmuster ohne Kenntnis des phylogenetischen Baums zu schätzen. Diese neue Version ist eine native 32-Bit-Windows-Anwendung mit Multi-Thread- und Multi-User-Unterstützung und ist auch zum Ausführen in einer Linux-Desktop-Umgebung (über die Wine-Kompatibilitätsschicht) und auf Intel-basierten Macintosh-Computern unter dem Parallels-Programm verfügbar. Die aktuelle Version von MEGA ist kostenlos erhältlich unter (http://www.megasoftware.net).

@article{doi101093molbevmsm092,
    author = "Tamura, Koichiro und Dudley, Joel T. und Nei, M und Kumar, Sudhir",
    title = "MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) Software Version 4.0",
    year = "2007",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Wir kündigen die Veröffentlichung der vierten Version der MEGA-Software an, die die bestehenden Funktionen zur Bearbeitung von DNA-Sequenzdaten von Autosequenzern, zum Auswerten von Web-Datenbanken, zum automatischen und manuellen Sequenzalignment, zur Analyse von Sequenzalignments zur Schätzung evolutionärer Distanzen, zum Inferieren phylogenetischer Bäume und zum Testen evolutionärer Hypothesen erweitert. Version 4 umfasst eine einzigartige Funktion zur Generierung von Bildunterschriften im Format von Bildlegenden, um natürliche Sprachbeschreibungen der in den Analysen verwendeten Modelle und Methoden bereitzustellen. Diese Funktion zielt darauf ab, ein besseres Verständnis der zugrunde liegenden Annahmen, die in den Analysen verwendet werden, sowie der generierten Ergebnisse zu fördern. Eine weitere neue Funktion ist die Maximum Composite Likelihood (MCL)-Methode zur Schätzung evolutionärer Distanzen zwischen allen Sequenzpaaren gleichzeitig, mit und ohne Berücksichtigung von Ratenvariationen zwischen den Standorten und Substitutionsmuster-Heterogenitäten zwischen den Linien. Diese MCL-Methode kann auch verwendet werden, um den Übergang/Transversion-Bias und das Nukleotid-Substitutionsmuster ohne Kenntnis des phylogenetischen Baums zu schätzen. Diese neue Version ist eine native 32-Bit-Windows-Anwendung mit Multi-Thread- und Multi-User-Unterstützung und ist auch zum Ausführen in einer Linux-Desktop-Umgebung (über die Wine-Kompatibilitätsschicht) und auf Intel-basierten Macintosh-Computern unter dem Parallels-Programm verfügbar. Die aktuelle Version von MEGA ist kostenlos erhältlich unter (http://www.megasoftware.net).",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msm092",
    doi = "10.1093/molbev/msm092",
    openalex = "W2125121305",
    references = "doi101007bf01733904, doi101073pnas0404206101, doi101093bib52150, doi101093bioinformaticsbtm239, doi101093nar22224673, doi101093oxfordjournalsmolbeva025625, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101093oxfordjournalsmolbeva040454, openalexw1588193375"
}

Zusammenfassung Natürliche und vom Menschen verursachte Störungen stellen Herausforderungen für das Schicksal von Populationen dar, fördern aber die zeitgenössische Evolution (Evolution über menschlich beobachtbare Zeitskalen). Hier fragen wir, ob eine solche Evolution ausreicht, um den Unterschied zwischen dem Aussterben einer Population und ihrer Persistenz zu machen. Um diese Frage zu beantworten, ist ein Wechsel vom üblichen Fokus auf die Entwicklung von Merkmalen zu den emergenten „eco‐evolutionären" Dynamiken erforderlich, die durch die Wechselwirkungen von Evolution, ihren Fitnessfolgen und der Populationsdichte entstehen. Durch die Kombination von Theorie, Modellen und Erkenntnissen aus empirischen Studien zur zeitgenössischen Evolution stellen wir eine Bewertung von drei Kontexten vor: Persistenz von Populationen in situ, Persistenz von kolonisierenden Populationen und Persistenz unter Genfluss und in Metapopulationen. Zeitgenössische Evolution kann wahrscheinlich einige, aber nicht alle Populationen retten, die Umweltveränderungen ausgesetzt sind. Populationen können teilweise aufgrund der demografischen Kosten der Selektion scheitern. Zeitgenössische Evolution, die positives Populationswachstum einleitet, wie selektive Gründungsprozesse, kann einen „Persistenzwirbel" erzeugen, der die Probleme kleiner Populationen überwindet. Komplexe, sogar sich verändernde, Beziehungen zwischen Genfluss und Anpassung können die Persistenz von Subpopulationen sowie die Persistenz und Expansion von Metapopulationen fördern. Eine eco‐evolutionäre Perspektive legt nahe, dass wir unseren Fokus über die akuten Probleme gefährdeter Populationen und wachsender Invasionen hinaus erweitern, um zu betrachten, wie zeitgenössische evolutionäre Mechanismen zu solchen Problemen beitragen oder ihre Lösung beeinflussen.

@article{doi101111j13652435200701278x,
    author = "Kinnison, Michael T. und Hairston, Nelson G.",
    title = "Eco‐evolutionäre Erhaltungsbiologie: zeitgenössische Evolution und die Dynamik der Persistenz",
    year = "2007",
    journal = "Functional Ecology",
    abstract = "Zusammenfassung Natürliche und vom Menschen verursachte Störungen stellen Herausforderungen für das Schicksal von Populationen dar, fördern aber die zeitgenössische Evolution (Evolution über menschlich beobachtbare Zeitskalen). Hier fragen wir, ob eine solche Evolution ausreicht, um den Unterschied zwischen dem Aussterben einer Population und ihrer Persistenz zu machen. Um diese Frage zu beantworten, ist ein Wechsel vom üblichen Fokus auf die Entwicklung von Merkmalen zu den emergenten „eco‐evolutionären" Dynamiken erforderlich, die durch die Wechselwirkungen von Evolution, ihren Fitnessfolgen und der Populationsdichte entstehen. Durch die Kombination von Theorie, Modellen und Erkenntnissen aus empirischen Studien zur zeitgenössischen Evolution stellen wir eine Bewertung von drei Kontexten vor: Persistenz von Populationen in situ, Persistenz von kolonisierenden Populationen und Persistenz unter Genfluss und in Metapopulationen. Zeitgenössische Evolution kann wahrscheinlich einige, aber nicht alle Populationen retten, die Umweltveränderungen ausgesetzt sind. Populationen können teilweise aufgrund der demografischen Kosten der Selektion scheitern. Zeitgenössische Evolution, die positives Populationswachstum einleitet, wie selektive Gründungsprozesse, kann einen „Persistenzwirbel" erzeugen, der die Probleme kleiner Populationen überwindet. Komplexe, sogar sich verändernde, Beziehungen zwischen Genfluss und Anpassung können die Persistenz von Subpopulationen sowie die Persistenz und Expansion von Metapopulationen fördern. Eine eco‐evolutionäre Perspektive legt nahe, dass wir unseren Fokus über die akuten Probleme gefährdeter Populationen und wachsender Invasionen hinaus erweitern, um zu betrachten, wie zeitgenössische evolutionäre Mechanismen zu solchen Problemen beitragen oder ihre Lösung beeinflussen.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-2435.2007.01278.x",
    doi = "10.1111/j.1365-2435.2007.01278.x",
    openalex = "W2118992195",
    references = "doi101038nature02121, doi101093oso97801985406630010001, doi101098rstb19900188, doi101126science2925517673, doi101126science3420403, doi101126science3576198, doi1018901051076120000100689bicegc20co2, doi1023072259756, doi1023074549, doi105962bhltitle27468, openalexw2037503630"
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BEAST ist ein leistungsstarkes und flexibles Analysepaket für evolutionäre Analysen molekularer Sequenzvariationen. Es stellt zudem eine Ressource für die weitere Entwicklung neuer Modelle und statistischer Methoden der evolutionären Analyse bereit.

@article{doi101186147121487214,
    author = "Drummond, Alexei J. und Rambaut, Andrew",
    title = "BEAST: Bayesian evolutionäre Analyse durch Stichproben von Bäumen",
    year = "2007",
    journal = "BMC Evolutionary Biology",
    abstract = "BEAST ist ein leistungsstarkes und flexibles Analysepaket für evolutionäre Analysen molekularer Sequenzvariationen. Es stellt zudem eine Ressource für die weitere Entwicklung neuer Modelle und statistischer Methoden der evolutionären Analyse bereit.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1471-2148-7-214",
    doi = "10.1186/1471-2148-7-214",
    openalex = "W2110835349",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf02101694, doi101007bf02101990, doi101016b9781483227344500176, doi101016s0169534703002167, doi10106311699114, doi101073pnas6341088, doi10108010635150290102456, doi101093bioinformatics178754, doi101093biomet57197, doi101093molbevmsi103, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi101093oxfordjournalsmolbeva040153, doi101126science1101074, doi101371journalpbio0040088, rambaut1998estimating"
}

Wechselwirkungen zwischen natürlicher Selektion und Umweltveränderungen sind gut bekannt und bilden das Kernstück der Ökologie und der Evolutionsbiologie. Reziproke Wechselwirkungen zwischen Ökologie und Evolution, also öko-evolutionäre Rückkopplungen, sind weniger gut untersucht, obwohl sie für das Verständnis der Evolution biologischer Vielfalt, der Struktur von Gemeinschaften und der Funktion von Ökosystemen von entscheidender Bedeutung sein können. Öko-evolutionäre Rückkopplungen erfordern, dass Populationen ihre Umwelt verändern (Nischenkonstruktion) und dass diese Umweltveränderungen zurückwirken und die nachfolgende Evolution der Population beeinflussen. Es gibt starke Hinweise darauf, dass Organismen ihre Umwelt durch Prädation, Nährstoffausscheidung und Habitatmodifikation beeinflussen und dass Populationen auf Veränderungen ihrer Umwelt zu Zeitskalen reagieren, die mit ökologischen Veränderungen übereinstimmen (zeitgenössische Evolution). Hier skizzieren wir, wie Nischenkonstruktion und zeitgenössische Evolution interagieren, um die Richtung der Evolution sowie die Struktur und Funktion von Gemeinschaften und Ökosystemen zu verändern. Anschließend stellen wir fünf empirische Systeme vor, die wichtige Merkmale öko-evolutionärer Rückkopplungen hervorheben: Rotatorien-Algen-Chemostaten; Wechselwirkungen zwischen Alewife und Zooplankton in Seen; die Lebensgeschichte-Evolution von Guppys und Nährstoffkreisläufe in Bächen; Vogel-Samenfresser und Pflanzen; sowie Baumblattchemie und Bodenprozesse. Das Alewife-Zooplankton-System liefert den umfassendsten Beweis für öko-evolutionäre Rückkopplungen, während andere Systeme das Potenzial für öko-evolutionäre Rückkopplungen in einer Vielzahl natürlicher Systeme verdeutlichen.

@article{doi101098rstb20090012,
    author = "Post, David M. und Palkovacs, Eric P.",
    title = "Öko-evolutionäre Rückkopplungen in der Gemeinschafts- und Ökosystemökologie: Wechselwirkungen zwischen dem ökologischen Theater und dem evolutionären Spiel",
    year = "2009",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Wechselwirkungen zwischen natürlicher Selektion und Umweltveränderungen sind gut bekannt und bilden das Kernstück der Ökologie und der Evolutionsbiologie. Reziproke Wechselwirkungen zwischen Ökologie und Evolution, also öko-evolutionäre Rückkopplungen, sind weniger gut untersucht, obwohl sie für das Verständnis der Evolution biologischer Vielfalt, der Struktur von Gemeinschaften und der Funktion von Ökosystemen von entscheidender Bedeutung sein können. Öko-evolutionäre Rückkopplungen erfordern, dass Populationen ihre Umwelt verändern (Nischenkonstruktion) und dass diese Umweltveränderungen zurückwirken und die nachfolgende Evolution der Population beeinflussen. Es gibt starke Hinweise darauf, dass Organismen ihre Umwelt durch Prädation, Nährstoffausscheidung und Habitatmodifikation beeinflussen und dass Populationen auf Veränderungen ihrer Umwelt zu Zeitskalen reagieren, die mit ökologischen Veränderungen übereinstimmen (zeitgenössische Evolution). Hier skizzieren wir, wie Nischenkonstruktion und zeitgenössische Evolution interagieren, um die Richtung der Evolution sowie die Struktur und Funktion von Gemeinschaften und Ökosystemen zu verändern. Anschließend stellen wir fünf empirische Systeme vor, die wichtige Merkmale öko-evolutionärer Rückkopplungen hervorheben: Rotatorien-Algen-Chemostaten; Wechselwirkungen zwischen Alewife und Zooplankton in Seen; die Lebensgeschichte-Evolution von Guppys und Nährstoffkreisläufe in Bächen; Vogel-Samenfresser und Pflanzen; sowie Baumblattchemie und Bodenprozesse. Das Alewife-Zooplankton-System liefert den umfassendsten Beweis für öko-evolutionäre Rückkopplungen, während andere Systeme das Potenzial für öko-evolutionäre Rückkopplungen in einer Vielzahl natürlicher Systeme verdeutlichen.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.2009.0012",
    doi = "10.1098/rstb.2009.0012",
    openalex = "W2113720451",
    references = "doi101007978146124018114, doi101016b0122268652001759, doi101016s016953470102198x, doi101086282400, doi101111j13652435200701275x, doi101111j13652435200701278x, doi101111j13652435200701289x, doi101126science150369228, doi101146annurevecolsys31179, doi1015159781400847266, doi1023071312990, doi1023073545850, doi107208chicago97802261186970010001, openalexw1973833797, openalexw2040817479"
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Evolutionäre Ökologen und Populationsbiologen haben kürzlich erwogen, dass ökologische und evolutionäre Veränderungen eng miteinander verknüpft sind und auf derselben Zeitskala auftreten können. Jüngste theoretische Entwicklungen haben gezeigt, wie das Feedback zwischen ökologischen und evolutionären Dynamiken verknüpft werden kann, und es gibt nun empirische Belege, die zeigen, dass ökologische Veränderungen zu schnellen evolutionären Veränderungen führen können. Wir haben auch Beweise dafür, dass mikroevolutionäre Veränderungen ein ökologisches Signal hinterlassen können. Wir befinden uns in einer Phase, in der die Integration von Ökologie und Evolution ein notwendiger Schritt zu wesentlichen Fortschritten in unserem Verständnis der Prozesse ist, die die Biodiversität formen und aufrechterhalten. Diese Sonderausgabe über „öko-evolutionäre Dynamik" bringt Biologen aus empirischen und theoretischen Hintergründen zusammen, um die Lücke zwischen Ökologie und Evolution zu überbrücken und eine Reihe von Beiträgen zu liefern, die darauf abzielen, die Wechselwirkungen zwischen diesen grundlegenden Prozessen zu quantifizieren.

@article{doi101098rstb20090027,
    author = "Pelletier, Fanie und Garant, Dany und Hendry, Andrew P.",
    title = "Öko-evolutionäre Dynamik",
    year = "2009",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Evolutionäre Ökologen und Populationsbiologen haben kürzlich erwogen, dass ökologische und evolutionäre Veränderungen eng miteinander verknüpft sind und auf derselben Zeitskala auftreten können. Jüngste theoretische Entwicklungen haben gezeigt, wie das Feedback zwischen ökologischen und evolutionären Dynamiken verknüpft werden kann, und es gibt nun empirische Belege, die zeigen, dass ökologische Veränderungen zu schnellen evolutionären Veränderungen führen können. Wir haben auch Beweise dafür, dass mikroevolutionäre Veränderungen ein ökologisches Signal hinterlassen können. Wir befinden uns in einer Phase, in der die Integration von Ökologie und Evolution ein notwendiger Schritt zu wesentlichen Fortschritten in unserem Verständnis der Prozesse ist, die die Biodiversität formen und aufrechterhalten. Diese Sonderausgabe über „öko-evolutionäre Dynamik" bringt Biologen aus empirischen und theoretischen Hintergründen zusammen, um die Lücke zwischen Ökologie und Evolution zu überbrücken und eine Reihe von Beiträgen zu liefern, die darauf abzielen, die Wechselwirkungen zwischen diesen grundlegenden Prozessen zu quantifizieren.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.2009.0027",
    doi = "10.1098/rstb.2009.0027",
    openalex = "W4241722143",
    references = "doi101098rstb20090012, doi102307177366"
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Die zunehmende Verfügbarkeit phylogenetischer Daten, Rechenleistung und informatischer Werkzeuge hat eine rasche Expansion von Studien ermöglicht, die phylogenetische Daten und Methoden auf die Gemeinschaftsökologie anwenden. Verschiedene Schlüsselbereiche werden besprochen, in denen phylogenetische Informationen dazu beitragen, langjährige Kontroversen in der Gemeinschaftsökologie aufzulösen, frühere Annahmen in Frage zu stellen und neue Untersuchungsbereiche zu eröffnen. Insbesondere haben Studien in der phylogenetischen Gemeinschaftsökologie dazu beigetragen, die Vielzahl von Prozessen aufzudecken, die die Gemeinschaftsbildung antreiben, und die Bedeutung der Evolution im Prozess der Gemeinschaftsbildung demonstriert. Phylogenetische Ansätze haben auch das Verständnis der Konsequenzen von Gemeinschaftsinteraktionen für die Artbildung, Anpassung und Aussterben verbessert. Schließlich bietet die phylogenetische Gemeinschaftsstruktur und -zusammensetzung vielversprechende Möglichkeiten zur Vorhersage von Ökosystemprozessen und Auswirkungen des globalen Wandels. Große Herausforderungen für die Weiterentwicklung dieser Bereiche bestehen weiterhin. Insbesondere ist es entscheidend für das Verständnis der Ursachen der phylogenetischen Gemeinschaftsstruktur und ihrer evolutionären und ökologischen Konsequenzen, den Grad zu bestimmen, in dem ökologisch relevante Merkmale phylogenetisch konserviert oder konvergent sind, und über welche zeitliche Skala dies gilt. Die Nutzung phylogenetischer Informationen, um Veränderungen in der Vielfalt und Dynamik von Gemeinschaften zu verstehen und vorherzusagen, ist ein entscheidender Schritt im Management und der Wiederherstellung der Erdbiota in einer Zeit schnellen globalen Wandels.

@article{doi101111j14610248200901314x,
    author = "Cavender‐Bares, Jeannine und Kozak, Kenneth H. und Fine, Paul V. A. und Kembel, Steven W.",
    title = "The merging of community ecology and phylogenetic biology",
    year = "2009",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "Die zunehmende Verfügbarkeit phylogenetischer Daten, Rechenleistung und informatischer Werkzeuge hat eine rasche Expansion von Studien ermöglicht, die phylogenetische Daten und Methoden auf die Gemeinschaftsökologie anwenden. Verschiedene Schlüsselbereiche werden besprochen, in denen phylogenetische Informationen dazu beitragen, langjährige Kontroversen in der Gemeinschaftsökologie aufzulösen, frühere Annahmen in Frage zu stellen und neue Untersuchungsbereiche zu eröffnen. Insbesondere haben Studien in der phylogenetischen Gemeinschaftsökologie dazu beigetragen, die Vielzahl von Prozessen aufzudecken, die die Gemeinschaftsbildung antreiben, und die Bedeutung der Evolution im Prozess der Gemeinschaftsbildung demonstriert. Phylogenetische Ansätze haben auch das Verständnis der Konsequenzen von Gemeinschaftsinteraktionen für die Artbildung, Anpassung und Aussterben verbessert. Schließlich bietet die phylogenetische Gemeinschaftsstruktur und -zusammensetzung vielversprechende Möglichkeiten zur Vorhersage von Ökosystemprozessen und Auswirkungen des globalen Wandels. Große Herausforderungen für die Weiterentwicklung dieser Bereiche bestehen weiterhin. Insbesondere ist es entscheidend für das Verständnis der Ursachen der phylogenetischen Gemeinschaftsstruktur und ihrer evolutionären und ökologischen Konsequenzen, den Grad zu bestimmen, in dem ökologisch relevante Merkmale phylogenetisch konserviert oder konvergent sind, und über welche zeitliche Skala dies gilt. Die Nutzung phylogenetischer Informationen, um Veränderungen in der Vielfalt und Dynamik von Gemeinschaften zu verstehen und vorherzusagen, ist ein entscheidender Schritt im Management und der Wiederherstellung der Erdbiota in einer Zeit schnellen globalen Wandels.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1461-0248.2009.01314.x",
    doi = "10.1111/j.1461-0248.2009.01314.x",
    openalex = "W2102384105",
    references = "doi1010160006320792912013, doi101016jppees200710001, doi101016jtree200409011, doi101038nature02403, doi10108010635150802302427, doi101086282505, doi101086282687, doi101093aibsbulletin2214b, doi101098rspb20080630, doi101111j14610248200701020x, doi101111j155856461964tb01674x, doi101111j15585646200800317x, doi101126science2304728895, doi101126science2354785167, doi101126science27953592115, doi101146annurevecolsys311343, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi1015159781400881376, doi101722611310, doi1023071435536, doi1023071446122, doi1023072259756, doi1023073071998, doi1023073544421, doi1023074549, doi105860choice432194, doi105962bhltitle56234, doi107208chicago97802261186970010001, openalexw2273605253"
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Die Evolutionstheorie befindet sich in einer intensiven Phase der Diskussion und Neubewertung. Dies ist, im Gegensatz zu den irreführenden Behauptungen von Kreationisten und anderen Pseudowissenschaftlern, kein Anzeichen für eine Krise, sondern das Gegenteil: Das Feld expandiert dramatisch sowohl in Bezug auf empirische Entdeckungen als auch neue Ideen. In diesem Aufsatz skizziere ich kurz die konzeptuelle Geschichte der Evolutionstheorie vom Darwinismus zum Neodarwinismus und von der modernen Synthese zu dem, was ich als die erweiterte Synthese bezeichne, einen umfassenderen konzeptuellen Rahmen, der unter anderem Evo-Devo, eine erweiterte Theorie der Vererbung, Elemente der Komplexitätstheorie, Ideen zur Evolvierbarkeit und eine Neubewertung der Selektionsstufen enthält. Ich argumentiere, dass die Evolutionsbiologie nie einen Paradigmenwechsel im philosophischen Sinne des Begriffs erlebt hat, außer als sie sich in der Mitte des 19. Jahrhunderts von der natürlichen Theologie zur empirischen Wissenschaft wandte. Die erweiterte Synthese ist dementsprechend eine Erweiterung der modernen Synthese der 1930er und 1940er Jahre und wird, wie ihre Vorgängerin, wahrscheinlich Jahrzehnte dauern, um abgeschlossen zu werden.

@article{doi101111j17496632200904578x,
    author = "Pigliucci, Massimo",
    title = "An Extended Synthesis for Evolutionary Biology",
    year = "2009",
    journal = "Annals of the New York Academy of Sciences",
    abstract = "Evolutionary theory is undergoing an intense period of discussion and reevaluation. This, contrary to the misleading claims of creationists and other pseudoscientists, is no harbinger of a crisis but rather the opposite: the field is expanding dramatically in terms of both empirical discoveries and new ideas. In this essay I briefly trace the conceptual history of evolutionary theory from Darwinism to neo-Darwinism, and from the Modern Synthesis to what I refer to as the Extended Synthesis, a more inclusive conceptual framework containing among others evo-devo, an expanded theory of heredity, elements of complexity theory, ideas about evolvability, and a reevaluation of levels of selection. I argue that evolutionary biology has never seen a paradigm shift, in the philosophical sense of the term, except when it moved from natural theology to empirical science in the middle of the 19th century. The Extended Synthesis, accordingly, is an expansion of the Modern Synthesis of the 1930s and 1940s, and one that--like its predecessor--will probably take decades to complete.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1749-6632.2009.04578.x",
    doi = "10.1111/j.1749-6632.2009.04578.x",
    openalex = "W2007542899",
    references = "doi101017cbo9780511498541, doi101017s0080456800012163, doi10106313050879, doi101093aibsbulletin2214b, doi101093oso97801951223430010001, doi101111j13652435200701283x, doi1015159780691183978018, doi101722611310, doi1023072217783, doi105860choice422215, doi107312steb94536, openalexw1524234678, openalexw3135630760"
}

Heutige Wissenschaftler stehen vor der enormen Herausforderung, vorherzusagen, wie der Klimawandel die Verbreitungsgebiete von Arten und Artenverbände beeinflussen wird. Um dies zu tun, verwenden Ökologen weitgehend phänomenologische Modelle der Artenverbreitung, die hauptsächlich auf dem Konzept der Art-Nische basieren und in der Regel die Demografie der Arten, das adaptive Potenzial der Arten und biotische Interaktionen ignorieren. Diese Übersicht untersucht die potenzielle Rolle der aufkommenden synthetischen Disziplin der evolutionären Gemeinschaftsökologie bei der Verbesserung unseres Verständnisses davon, wie der Klimawandel die zukünftige Verteilung der Biodiversität verändern wird. Wir überprüfen theoretische und empirische Fortschritte bezüglich der Rolle der Nischen-Evolution, interspezifischer Interaktionen und ihrer Wechselwirkung bei der Veränderung der geografischen Verbreitungsgebiete von Arten und der Gemeinschaftsbildung. Wir diskutieren mögliche Wege, um komplexe Rückkopplungen zwischen Ökologie und Evolution in der ökologischen Prognose zu integrieren. Wir weisen auch auf eine Reihe von Einschränkungen in unserem Verständnis der ökologisch-evolutionären Folgen des Klimawandels hin und heben mehrere Herausforderungen für zukünftige Forschung hervor.

@article{doi101146annurevecolsys102209144628,
    author = "Lavergne, Sébastien und Mouquet, Nicolas und Thuiller, Wilfried und Ronce, Ophélie",
    title = "Biodiversität und Klimawandel: Integration evolutionärer und ökologischer Reaktionen von Arten und Gemeinschaften",
    year = "2010",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "Heutige Wissenschaftler stehen vor der enormen Herausforderung, vorherzusagen, wie der Klimawandel die Verbreitungsgebiete von Arten und Artenverbände beeinflussen wird. Um dies zu tun, verwenden Ökologen weitgehend phänomenologische Modelle der Artenverbreitung, die hauptsächlich auf dem Konzept der Art-Nische basieren und in der Regel die Demografie der Arten, das adaptive Potenzial der Arten und biotische Interaktionen ignorieren. Diese Übersicht untersucht die potenzielle Rolle der aufkommenden synthetischen Disziplin der evolutionären Gemeinschaftsökologie bei der Verbesserung unseres Verständnisses davon, wie der Klimawandel die zukünftige Verteilung der Biodiversität verändern wird. Wir überprüfen theoretische und empirische Fortschritte bezüglich der Rolle der Nischen-Evolution, interspezifischer Interaktionen und ihrer Wechselwirkung bei der Veränderung der geografischen Verbreitungsgebiete von Arten und der Gemeinschaftsbildung. Wir diskutieren mögliche Wege, um komplexe Rückkopplungen zwischen Ökologie und Evolution in der ökologischen Prognose zu integrieren. Wir weisen auch auf eine Reihe von Einschränkungen in unserem Verständnis der ökologisch-evolutionären Folgen des Klimawandels hin und heben mehrere Herausforderungen für zukünftige Forschung hervor.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-ecolsys-102209-144628",
    doi = "10.1146/annurev-ecolsys-102209-144628",
    openalex = "W2170175048",
    references = "doi101038nature01286, doi10108010635150802302427, doi101093oso97801985052350010001, doi101098rstb20090012, doi101111j13652435200701275x, doi101111j13652435200701278x, doi101111j13652435200701289x, doi101111j14610248200500792x, doi101111j14610248200500812x, doi101146annurevecolsys110308120159, doi101146annurevecolsys110308120317, doi101146annurevecolsys311343, doi101146annurevecolsys37091305110100, doi1015159780691206912, doi1023072260079, doi1023073071998, doi105860choice185809, doi105962bhltitle59991, openalexw2045291252, openalexw2151235472"
}

@article{doi101007s1095601193009,
    author = "Nehm, Ross H. und Ha, Minsu und Mayfield, Elijah",
    title = "Transforming Biology Assessment with Machine Learning: Automated Scoring of Written Evolutionary Explanations",
    year = "2011",
    journal = "Journal of Science Education and Technology",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10956-011-9300-9",
    doi = "10.1007/s10956-011-9300-9",
    openalex = "W2074360952",
    references = "openalexw1524234678"
}

Referenz-Phylogenien sind entscheidend, um ein taxonomisches Rahmenwerk für die Interpretation von Marker-Gen- und Metagenomik-Erhebungen bereitzustellen, die weiterhin neue Arten mit bemerkenswerter Geschwindigkeit aufdecken. Greengenes ist eine dedizierte Datenbank für vollständige 16S rRNA-Gene, die Benutzern eine kuratierte Taxonomie auf Basis de novo Baumableitung bietet. Wir haben einen 'Taxonomie-zu-Baum'-Ansatz entwickelt, um Gruppennamen von einer bestehenden Taxonomie auf eine Baumtopologie zu übertragen, und haben ihn angewendet, um die Greengenes-, National Center for Biotechnology Information (NCBI)- und cyanoDB (nur Cyanobakterien)-Taxonomien auf einen de novo Baum mit 408.315 Sequenzen anzuwenden. Wir haben auch explizite Ranginformationen, die von der NCBI-Taxonomie bereitgestellt werden, für Gruppennamen (durch Präfixierung von Rangbezeichnungen) integriert, um eine bessere Benutzerorientierung und Klassifikationskonsistenz zu gewährleisten. Die resultierende kombinierte Taxonomie verbesserte die Klassifizierung von 75 % der Sequenzen um einen oder mehrere Ränge im Vergleich zur ursprünglichen NCBI-Taxonomie, wobei die ausgeprägtesten Verbesserungen bei unterklassifizierten Umweltsequenzen auftraten. Wir haben auch Kandidaten-Phyla (Divisionen) bewertet, die derzeit von der NCBI definiert sind, und stellen Empfehlungen zur Konsolidierung von 34 redundant benannten Gruppen vor. Alle Zwischenergebnisse aus dem Pipeline, das Baumableitung, Jackknifing und Transfer einer Spender-Taxonomie auf einen Empfängerbaum (tax2tree) umfasst, stehen zum Download zur Verfügung. Die verbesserte Greengenes-Taxonomie sollte wichtige Infrastruktur für eine breite Palette von Mega-Sequenzierungsprojekten bieten, die Ökosysteme auf Skalen untersuchen, die von unseren eigenen Körpern (Human Microbiome Project) bis zum gesamten Planeten (Earth Microbiome Project) reichen. Die Implementierung der Software kann unter http://sourceforge.net/projects/tax2tree/ erhalten werden.

@article{doi101038ismej2011139,
    author = "McDonald, Daniel und Price, Morgan N. und Goodrich, Julia K. und Nawrocki, Eric P. und DeSantis, Todd Z. und Probst, Alexander J. und Andersen, Gary L. und Knight, Rob und Hugenholtz, Philip",
    title = "An improved Greengenes taxonomy with explicit ranks for ecological and evolutionary analyses of bacteria and archaea",
    year = "2011",
    journal = "The ISME Journal",
    abstract = "Referenz-Phylogenien sind entscheidend, um ein taxonomisches Rahmenwerk für die Interpretation von Marker-Gen- und Metagenomik-Erhebungen bereitzustellen, die weiterhin neue Arten mit bemerkenswerter Geschwindigkeit aufdecken. Greengenes ist eine dedizierte Datenbank für vollständige 16S rRNA-Gene, die Benutzern eine kuratierte Taxonomie auf Basis de novo Baumableitung bietet. Wir haben einen 'Taxonomie-zu-Baum'-Ansatz entwickelt, um Gruppennamen von einer bestehenden Taxonomie auf eine Baumtopologie zu übertragen, und haben ihn angewendet, um die Greengenes-, National Center for Biotechnology Information (NCBI)- und cyanoDB (nur Cyanobakterien)-Taxonomien auf einen de novo Baum mit 408.315 Sequenzen anzuwenden. Wir haben auch explizite Ranginformationen, die von der NCBI-Taxonomie bereitgestellt werden, für Gruppennamen (durch Präfixierung von Rangbezeichnungen) integriert, um eine bessere Benutzerorientierung und Klassifikationskonsistenz zu gewährleisten. Die resultierende kombinierte Taxonomie verbesserte die Klassifizierung von 75\% der Sequenzen um einen oder mehrere Ränge im Vergleich zur ursprünglichen NCBI-Taxonomie, wobei die ausgeprägtesten Verbesserungen bei unterklassifizierten Umweltsequenzen auftraten. Wir haben auch Kandidaten-Phyla (Divisionen) bewertet, die derzeit von der NCBI definiert sind, und stellen Empfehlungen zur Konsolidierung von 34 redundant benannten Gruppen vor. Alle Zwischenergebnisse aus dem Pipeline, das Baumableitung, Jackknifing und Transfer einer Spender-Taxonomie auf einen Empfängerbaum (tax2tree) umfasst, stehen zum Download zur Verfügung. Die verbesserte Greengenes-Taxonomie sollte wichtige Infrastruktur für eine breite Palette von Mega-Sequenzierungsprojekten bieten, die Ökosysteme auf Skalen untersuchen, die von unseren eigenen Körpern (Human Microbiome Project) bis zum gesamten Planeten (Earth Microbiome Project) reichen. Die Implementierung der Software kann unter http://sourceforge.net/projects/tax2tree/ erhalten werden.",
    url = "https://doi.org/10.1038/ismej.2011.139",
    doi = "10.1038/ismej.2011.139",
    openalex = "W2154026962",
    references = "doi101371journalpone0009490, doi1073260003481911154487, doi1073260003481911253913"
}

@article{doi101038nature09670,
    author = "Hoffmann, Ary A. und Sgrò, Carla M.",
    title = "Climate change and evolutionary adaptation",
    year = "2011",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature09670",
    doi = "10.1038/nature09670",
    openalex = "W2008951609",
    references = "doi101038nature01286, doi101098rspb20081957, doi101111j1365294x200703428x, doi101111j14610248200801277x, doi101126science1070315, doi101146annurevecolsys110308120159, doi101146annurevecolsys271237"
}

Der vergleichende Analyse molekularer Sequenzdaten ist für die Rekonstruktion der evolutionären Geschichte von Arten und das Schließen auf die Natur und den Umfang der selektiven Kräfte, die die Evolution von Genen und Arten prägen, von wesentlicher Bedeutung. Hier kündigen wir die Veröffentlichung von Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 5 (MEGA5) an, einer benutzerfreundlichen Software zur Auswertung von Online-Datenbanken, zum Aufbau von Sequenzalignments und phylogenetischen Bäumen sowie zur Anwendung von Methoden der evolutionären Bioinformatik in der Grundlagenbiologie, der Biomedizin und der Evolution. Die neueste Ergänzung in MEGA5 ist eine Sammlung von Maximum-Likelihood (ML)-Analysen zum Schließen evolutionärer Bäume, zur Auswahl der besten Anpassungs-Substitutionsmodelle (Nukleotid oder Aminosäure), zum Schließen von Vorfahrenzuständen und -sequenzen (zusammen mit Wahrscheinlichkeiten) sowie zur Schätzung evolutionärer Raten siteweise. In Computersimulationen verglichen ML-Baumschließungsalgorithmen in MEGA5 in Bezug auf die Recheneffizienz und die Genauigkeit der Schätzungen phylogenetischer Bäume, Substitutionsparameter und Ratenvariationen zwischen Sites günstig mit anderen Softwarepaketen. Die MEGA-Benutzeroberfläche wurde nun so verbessert, dass sie aktivitätsgetrieben ist, um die Nutzung sowohl für Anfänger als auch für erfahrene Wissenschaftler zu erleichtern. Diese Version von MEGA ist für die Windows-Plattform vorgesehen und wurde für eine effektive Nutzung auf Mac OS X- und Linux-Desktops konfiguriert. Sie steht kostenlos unter http://www.megasoftware.net zur Verfügung.

@article{doi101093molbevmsr121,
    author = "Tamura, Koichiro und Peterson, Daniel G. und Peterson, Nora und Stecher, Glen und Nei, M und Kumar, Sudhir",
    title = "MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods",
    year = "2011",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Der vergleichende Analyse molekularer Sequenzdaten ist für die Rekonstruktion der evolutionären Geschichte von Arten und das Schließen auf die Natur und den Umfang der selektiven Kräfte, die die Evolution von Genen und Arten prägen, von wesentlicher Bedeutung. Hier kündigen wir die Veröffentlichung von Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 5 (MEGA5) an, einer benutzerfreundlichen Software zur Auswertung von Online-Datenbanken, zum Aufbau von Sequenzalignments und phylogenetischen Bäumen sowie zur Anwendung von Methoden der evolutionären Bioinformatik in der Grundlagenbiologie, der Biomedizin und der Evolution. Die neueste Ergänzung in MEGA5 ist eine Sammlung von Maximum-Likelihood (ML)-Analysen zum Schließen evolutionärer Bäume, zur Auswahl der besten Anpassungs-Substitutionsmodelle (Nukleotid oder Aminosäure), zum Schließen von Vorfahrenzuständen und -sequenzen (zusammen mit Wahrscheinlichkeiten) sowie zur Schätzung evolutionärer Raten siteweise. In Computersimulationen verglichen ML-Baumschließungsalgorithmen in MEGA5 in Bezug auf die Recheneffizienz und die Genauigkeit der Schätzungen phylogenetischer Bäume, Substitutionsparameter und Ratenvariationen zwischen Sites günstig mit anderen Softwarepaketen. Die MEGA-Benutzeroberfläche wurde nun so verbessert, dass sie aktivitätsgetrieben ist, um die Nutzung sowohl für Anfänger als auch für erfahrene Wissenschaftler zu erleichtern. Diese Version von MEGA ist für die Windows-Plattform vorgesehen und wurde für eine effektive Nutzung auf Mac OS X- und Linux-Desktops konfiguriert. Sie steht kostenlos unter http://www.megasoftware.net zur Verfügung.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msr121",
    doi = "10.1093/molbev/msr121",
    openalex = "W2132632499",
    references = "doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi10108010635150390235520, doi10108010635150490522304, doi101093bioinformatics149817, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093biomet762297, doi101093oso97801951358480010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101093oxfordjournalsmolbeva040454, doi101093sysbiosyq010, doi101111j155856461985tb00420x, doi101186147121055113, openalexw3217097258"
}

Die Wirkung ökologischer Veränderungen auf die Evolution war lange Zeit ein Schwerpunkt wissenschaftlicher Forschung. Umgekehrt – wie evolutionäre Dynamiken ökologische Merkmale beeinflussen – hat erst kürzlich unsere Aufmerksamkeit erregt, mit der Erkenntnis, dass Evolution über ökologische Zeitskalen stattfinden kann. Diese neu hervorgehobene kausale Richtung und der implizite Rückkopplungsmechanismus – öko-evolutionäre Dynamiken – beleben sowohl Ökologen als auch Evolutionsbiologen und verwischen die Grenze zwischen ihnen. Trotz einiger neuer relevanter Studien ist die Bedeutung des Weges von der Evolution zur Ökologie über verschiedene Systeme hinweg immer noch unbekannt. Nur ein umfangreiches Forschungsunternehmen, das mehrere experimentelle Ansätze – insbesondere Langzeit-Feldexperimente – über eine Vielzahl ökologischer Gemeinschaften hinweg einbezieht, wird die Antwort liefern.

@article{doi101126science1193954,
    author = "Schoener, Thomas W.",
    title = "The Newest Synthesis: Understanding the Interplay of Evolutionary and Ecological Dynamics",
    year = "2011",
    journal = "Science",
    abstract = "The effect of ecological change on evolution has long been a focus of scientific research. The reverse--how evolutionary dynamics affect ecological traits--has only recently captured our attention, however, with the realization that evolution can occur over ecological time scales. This newly highlighted causal direction and the implied feedback loop--eco-evolutionary dynamics--is invigorating both ecologists and evolutionists and blurring the distinction between them. Despite some recent relevant studies, the importance of the evolution-to-ecology pathway across systems is still unknown. Only an extensive research effort involving multiple experimental approaches-particularly long-term field experiments--over a variety of ecological communities will provide the answer.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1193954",
    doi = "10.1126/science.1193954",
    openalex = "W2083310645",
    references = "doi101007978940100585212, doi101016s0169534798013780, doi101038nature02430, doi101038nrg1877, doi101086282160, doi101086510633, doi101111j13652435200701275x, doi101111j13652435200701278x, doi101111j13652435200701289x, doi101111j14610248200500812x, doi101111j14610248200801179x, doi101111j155856461983tb00236x, doi101111j155856461999tb04550x, doi101126science2224620159, doi101146annurevecolsys31179, doi1023072408842, doi105860choice455580"
}

Vor fünfzig Jahren veröffentlichte Ernst Mayr einen hoch einflussreichen Artikel über die Natur der Kausalität in der Biologie, in dem er zwischen proximalen und ultimativen Ursachen unterschied. Mayr gleichete proximale Kausalität mit unmittelbaren Faktoren (zum Beispiel Physiologie) und ultimative Kausalität mit evolutionären Erklärungen (zum Beispiel natürliche Selektion) gleich. Er argumentierte, dass proximale und ultimative Ursachen unterschiedliche Fragen adressierten und keine Alternativen waren. Mayrs Darstellung der Kausalität bleibt heute weitgehend akzeptiert, sowohl mit positiven als auch negativen Auswirkungen. Mehrere aktuelle Debatten in der Biologie (zum Beispiel über Evolution und Entwicklung, Nischenkonstruktion, Kooperation und die Evolution der Sprache) sind durch eine gemeinsame Achse der Akzeptanz/Abkehr von Mayrs Modell der Kausalität verbunden. Wir argumentieren, dass Mayrs Formulierung dazu beigetragen hat, das dominante evolutionäre Paradigma gegen Veränderungen zu stabilisieren, aber nun möglicherweise Fortschritte in den biologischen Wissenschaften behindern könnte.

@article{doi101126science1210879,
    author = "Laland, Kevin N. und Sterelny, Kim und Odling‐Smee, John und Hoppitt, William und Uller, Tobias",
    title = "Cause and Effect in Biology Revisited: Ist Mayrs Proximate-Ultimate-Dichotomie noch nützlich?",
    year = "2011",
    journal = "Science",
    abstract = "Vor fünfzig Jahren veröffentlichte Ernst Mayr einen hoch einflussreichen Artikel über die Natur der Kausalität in der Biologie, in dem er zwischen proximalen und ultimativen Ursachen unterschied. Mayr gleichete proximale Kausalität mit unmittelbaren Faktoren (zum Beispiel Physiologie) und ultimative Kausalität mit evolutionären Erklärungen (zum Beispiel natürliche Selektion) gleich. Er argumentierte, dass proximale und ultimative Ursachen unterschiedliche Fragen adressierten und keine Alternativen waren. Mayrs Darstellung der Kausalität bleibt heute weitgehend akzeptiert, sowohl mit positiven als auch negativen Auswirkungen. Mehrere aktuelle Debatten in der Biologie (zum Beispiel über Evolution und Entwicklung, Nischenkonstruktion, Kooperation und die Evolution der Sprache) sind durch eine gemeinsame Achse der Akzeptanz/Abkehr von Mayrs Modell der Kausalität verbunden. Wir argumentieren, dass Mayrs Formulierung dazu beigetragen hat, das dominante evolutionäre Paradigma gegen Veränderungen zu stabilisieren, aber nun möglicherweise Fortschritte in den biologischen Wissenschaften behindern könnte.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1210879",
    doi = "10.1126/science.1210879",
    openalex = "W1964687630",
    references = "doi101016jevolhumbehav201008001, doi101017cbo9781139164856, doi101017s0140525x0999094x, doi101098rstb20090012, openalexw2591687711"
}

http://www.megasoftware.net/.

@article{doi101093bioinformaticsbts507,
    author = "Kumar, Sudhir und Stecher, Glen und Peterson, Daniel S. und Tamura, Koichiro",
    title = "MEGA-CC: computing core of molecular evolutionary genetics analysis program for automated and iterative data analysis",
    year = "2012",
    journal = "Bioinformatics",
    abstract = "http://www.megasoftware.net/.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts507",
    doi = "10.1093/bioinformatics/bts507",
    openalex = "W2121552166"
}

MCScan ist ein Algorithmus, der in der Lage ist, mehrere Genome oder Subgenome zu scannen, um potenziell homologe chromosomale Regionen zu identifizieren und diese Regionen unter Verwendung von Genen als Anker auszurichten. Das MCScanX-Werkzeug implementiert einen angepassten MCScan-Algorithmus zur Erkennung von Syntenie und Kollinearität, der die ursprüngliche Software erweitert, indem er 14 Hilfsprogramme zur Visualisierung der Ergebnisse und zusätzliche nachgelagerte Analysen integriert. Anwendungen von MCScanX auf mehrere sequenzierte Pflanzen Genome und Genfamilien werden als Beispiele gezeigt. MCScanX kann effektiv verwendet werden, um chromosomale Strukturveränderungen zu analysieren und die Geschichte von Genfamilien-Expansionen aufzudecken, die möglicherweise zur Anpassung von Linien und Taxa beitragen. Eine integrierte Sichtweise verschiedener Gen-Duplikationsmodi kann die traditionelle Genbaum-Analyse in spezifischen Familien ergänzen. Der Quellcode und die Dokumentation von MCScanX sind frei verfügbar unter http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/.

@article{doi101093nargkr1293,
    author = "Wang, Yupeng und Tang, Haibao und DeBarry, Jeremy D. und Tan, Xu und Li, Jun und Wang, Xuewen und Lee, Taeyoung und Jin, H. und Marler, Barry S. und Guo, Hui und Kissinger, Jessica C. und Paterson, A. H.",
    title = "MCScanX: ein Werkzeug zur Erkennung und evolutionären Analyse von Gen-Syntenie und Kollinearität",
    year = "2012",
    journal = "Nucleic Acids Research",
    abstract = "MCScan ist ein Algorithmus, der in der Lage ist, mehrere Genome oder Subgenome zu scannen, um potenziell homologe chromosomale Regionen zu identifizieren und diese Regionen unter Verwendung von Genen als Anker auszurichten. Das MCScanX-Werkzeug implementiert einen angepassten MCScan-Algorithmus zur Erkennung von Syntenie und Kollinearität, der die ursprüngliche Software erweitert, indem er 14 Hilfsprogramme zur Visualisierung der Ergebnisse und zusätzliche nachgelagerte Analysen integriert. Anwendungen von MCScanX auf mehrere sequenzierte Pflanzen Genome und Genfamilien werden als Beispiele gezeigt. MCScanX kann effektiv verwendet werden, um chromosomale Strukturveränderungen zu analysieren und die Geschichte von Genfamilien-Expansionen aufzudecken, die möglicherweise zur Anpassung von Linien und Taxa beitragen. Eine integrierte Sichtweise verschiedener Gen-Duplikationsmodi kann die traditionelle Genbaum-Analyse in spezifischen Familien ergänzen. Der Quellcode und die Dokumentation von MCScanX sind frei verfügbar unter http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/.",
    url = "https://doi.org/10.1093/nar/gkr1293",
    doi = "10.1093/nar/gkr1293",
    openalex = "W2020134788",
    references = "doi101006jmbi19909999, doi101038nature06148, doi101038nature09916, doi101093oxfordjournalsmolbeva040410, doi101093sysbiosyq010, doi101146annurevgenet341401"
}

Als Charles Darwin 1859 in der Origin of Species die zentralen Prinzipien der Evolutionstheorie formulierte und die Architekten der modernen Synthese fast ein Jahrhundert später diese Prinzipien mit der Populationsgenetik verbanden, waren die Hauptobjekte der Evolutionstheorie, wenn nicht sogar die einzigen, mehrzellige Eukaryoten, vor allem Tiere und Pflanzen. Vor dem Aufkommen effizienter Gen-Sequenzierung waren alle Versuche, evolutionäre Studien auf Bakterien auszudehnen, vergeblich. Die Sequenzierung der rRNA-Gene in Tausenden von Mikroben ermöglichte die Konstruktion des dreidomainigen „ribosomalen Baumes des Lebens", der weit verbreitet als gelöst für die evolutionären Beziehungen zwischen den zellulären Lebensformen galt. Allerdings zeigten spätere massive Sequenzierungen zahlreicher, vollständiger mikrobieller Genome neue evolutionäre Phänomene, von denen das fundamentalste ist: (1) weit verbreiteter horizontaler Gentransfer (HGT), der zum großen Teil durch Viren und Plasmide vermittelt wird und die Genome von Archaeen und Bakterien prägt, was eine radikale Revision (wenn nicht Aufgabe) des Baum-des-Lebens-Konzepts erfordert, (2) Lamarck-artige Vererbung, die für die antivirale Abwehr und andere Formen der Anpassung bei Prokaryoten entscheidend zu sein scheint, und (3) Evolution der Evolvierbarkeit, d. h. dedizierte Mechanismen für die Evolution wie Vehikel für HGT und stressinduzierte Mutagenese-Systeme. Im nicht-zellulären Teil der mikrobiellen Welt zeigten Phylogenomik und Metagenomik von Viren und verwandten egoistischen genetischen Elementen enorme genetische und molekulare Vielfalt sowie eine extrem hohe Häufigkeit von Viren, die als dominante biologische Entitäten auf der Erde erscheinen. Darüber hinaus ist das ewige Wettrüsten zwischen Viren und ihren Wirten einer der bestimmenden Faktoren der Evolution. Somit fügt die mikrobielle Phylogenomik neue Dimensionen zum grundlegenden Bild der Evolution hinzu, während das Prinzip der veränderlichen Abstammung, das von Darwin entdeckt wurde, und die Gesetze der Populationsgenetik weiterhin im Kern der Evolutionstheorie stehen.

@article{doi103389fcimb201200119,
    author = "Koonin, Eugene V. und Wolf, Yuri I.",
    title = "Evolution of microbes and viruses: a paradigm shift in evolutionary biology?",
    year = "2012",
    journal = "Frontiers in Cellular and Infection Microbiology",
    abstract = {Als Charles Darwin 1859 in der Origin of Species die zentralen Prinzipien der Evolutionstheorie formulierte und die Architekten der modernen Synthese fast ein Jahrhundert später diese Prinzipien mit der Populationsgenetik verbanden, waren die Hauptobjekte der Evolutionstheorie, wenn nicht sogar die einzigen, mehrzellige Eukaryoten, vor allem Tiere und Pflanzen. Vor dem Aufkommen effizienter Gen-Sequenzierung waren alle Versuche, evolutionäre Studien auf Bakterien auszudehnen, vergeblich. Die Sequenzierung der rRNA-Gene in Tausenden von Mikroben ermöglichte die Konstruktion des dreidomainigen „ribosomalen Baumes des Lebens", der weit verbreitet als gelöst für die evolutionären Beziehungen zwischen den zellulären Lebensformen galt. Allerdings zeigten spätere massive Sequenzierungen zahlreicher, vollständiger mikrobieller Genome neue evolutionäre Phänomene, von denen das fundamentalste ist: (1) weit verbreiteter horizontaler Gentransfer (HGT), der zum großen Teil durch Viren und Plasmide vermittelt wird und die Genome von Archaeen und Bakterien prägt, was eine radikale Revision (wenn nicht Aufgabe) des Baum-des-Lebens-Konzepts erfordert, (2) Lamarck-artige Vererbung, die für die antivirale Abwehr und andere Formen der Anpassung bei Prokaryoten entscheidend zu sein scheint, und (3) Evolution der Evolvierbarkeit, d. h. dedizierte Mechanismen für die Evolution wie Vehikel für HGT und stressinduzierte Mutagenese-Systeme. Im nicht-zellulären Teil der mikrobiellen Welt zeigten Phylogenomik und Metagenomik von Viren und verwandten egoistischen genetischen Elementen enorme genetische und molekulare Vielfalt sowie eine extrem hohe Häufigkeit von Viren, die als dominante biologische Entitäten auf der Erde erscheinen. Darüber hinaus ist das ewige Wettrüsten zwischen Viren und ihren Wirten einer der bestimmenden Faktoren der Evolution. Somit fügt die mikrobielle Phylogenomik neue Dimensionen zum grundlegenden Bild der Evolution hinzu, während das Prinzip der veränderlichen Abstammung, das von Darwin entdeckt wurde, und die Gesetze der Populationsgenetik weiterhin im Kern der Evolutionstheorie stehen.},
    url = "https://doi.org/10.3389/fcimb.2012.00119",
    doi = "10.3389/fcimb.2012.00119",
    openalex = "W2105364540",
    references = "doi101038nrmicro1750, doi10106313050879, doi101073pnas74115088, doi101073pnas87124576, doi101084jem792137, doi101093aibsbulletin2214b, doi101722611310, doi103929ethzb000667478, doi105962bhltitle27468"
}

@article{doi101016janbehav201212031,
    author = "Snell‐Rood, Emilie C.",
    title = "An overview of the evolutionary causes and consequences of behavioural plasticity",
    year = "2013",
    journal = "Animal Behaviour",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.anbehav.2012.12.031",
    doi = "10.1016/j.anbehav.2012.12.031",
    openalex = "W1968021996",
    references = "doi101007bf02763457, doi101111j1469185x201000164x, doi101126science2114485887"
}

Die Software für die Analyse der molekularen evolutionären Genetik (MEGA) hat sich weiterentwickelt und enthält nun eine umfangreiche Sammlung von Methoden und Werkzeugen der computergestützten molekularen Evolution. Hier beschreiben wir neue Ergänzungen, die MEGA zu einem umfassenderen Werkzeug für die Erstellung von Zeitbäumen von Arten, Krankheitserregern und Genfamilien mittels schneller Relaxed-Clock-Methoden machen. Methoden zur Schätzung von Divergenzzeiten und Konfidenzintervallen wurden implementiert, um Wahrscheinlichkeitsdichten für Kalibrierungsbedingungen bei der Knoten-Datierung und Sequenz-Sampling-Daten bei der Spitzen-Datierungsanalyse zu verwenden. Sie werden durch neue Optionen unterstützt, um Sequenzen mit räumlich-zeitlichen Sampling-Informationen zu kennzeichnen, einen erweiterten interaktiven Editor für Knotenkalibrierungen und einen erweiterten Tree Explorer zur Darstellung von Zeitbäumen. Zudem wurde eine Bayes'sche Methode zur Schätzung neutraler evolutionärer Wahrscheinlichkeiten von Allelen in einer Art unter Verwendung von Mehrarten-Sequenzalignments sowie eine Machine-Learning-Methode zum Testen auf Autokorrelation evolutionärer Raten in Phylogenien hinzugefügt. Die Anforderungen an den Arbeitsspeicher für die Maximum-Likelihood-Analyse wurden durch Neuimplementierung erheblich reduziert, und die grafische Benutzeroberfläche wurde für sehr große Datensätze reaktionsschneller und interaktiver gestaltet. Diese Verbesserungen werden die Benutzererfahrung, die Qualität der Ergebnisse und das Tempo biologischer Entdeckungen verbessern. Native kompilierte grafische Benutzeroberflächen- und Kommandozeilen-Versionen von MEGA11 sind für Microsoft Windows, Linux und macOS unter www.megasoftware.net verfügbar.

@article{doi101093molbevmst197,
    author = "Tamura, Koichiro und Stecher, Glen und Peterson, Daniel S. und Filipski, Alan und Kumar, Sudhir",
    title = "MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0",
    year = "2013",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Die Software für die Analyse der molekularen evolutionären Genetik (MEGA) hat sich weiterentwickelt und enthält nun eine umfangreiche Sammlung von Methoden und Werkzeugen der computergestützten molekularen Evolution. Hier beschreiben wir neue Ergänzungen, die MEGA zu einem umfassenderen Werkzeug für die Erstellung von Zeitbäumen von Arten, Krankheitserregern und Genfamilien mittels schneller Relaxed-Clock-Methoden machen. Methoden zur Schätzung von Divergenzzeiten und Konfidenzintervallen wurden implementiert, um Wahrscheinlichkeitsdichten für Kalibrierungsbedingungen bei der Knoten-Datierung und Sequenz-Sampling-Daten bei der Spitzen-Datierungsanalyse zu verwenden. Sie werden durch neue Optionen unterstützt, um Sequenzen mit räumlich-zeitlichen Sampling-Informationen zu kennzeichnen, einen erweiterten interaktiven Editor für Knotenkalibrierungen und einen erweiterten Tree Explorer zur Darstellung von Zeitbäumen. Zudem wurde eine Bayes'sche Methode zur Schätzung neutraler evolutionärer Wahrscheinlichkeiten von Allelen in einer Art unter Verwendung von Mehrarten-Sequenzalignments sowie eine Machine-Learning-Methode zum Testen auf Autokorrelation evolutionärer Raten in Phylogenien hinzugefügt. Die Anforderungen an den Arbeitsspeicher für die Maximum-Likelihood-Analyse wurden durch Neuimplementierung erheblich reduziert, und die grafische Benutzeroberfläche wurde für sehr große Datensätze reaktionsschneller und interaktiver gestaltet. Diese Verbesserungen werden die Benutzererfahrung, die Qualität der Ergebnisse und das Tempo biologischer Entdeckungen verbessern. Native kompilierte grafische Benutzeroberflächen- und Kommandozeilen-Versionen von MEGA11 sind für Microsoft Windows, Linux und macOS unter www.megasoftware.net verfügbar.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/mst197",
    doi = "10.1093/molbev/mst197",
    openalex = "W2152207030",
    references = "doi101038scientificamerican117998, doi101073pnas1213199109, doi101093bib52150, doi101093bioinformatics102189, doi101093bioinformatics17121244, doi101093bioinformaticsbts507, doi101093molbevmsr121, doi101093oso97801951358480010001, doi101126science1211028, openalexw3217097258"
}

@article{doi101016jtree201406005,
    author = "Carlson, Stephanie M. und Cunningham, Curry J. und Westley, Peter A. H.",
    title = "Evolutionärer Rettung in einer sich verändernden Welt",
    year = "2014",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2014.06.005",
    doi = "10.1016/j.tree.2014.06.005",
    openalex = "W2053063524",
    references = "doi10100703064746897, doi101016jtree200709008, doi101016s0169534702024977, doi101016s0169534799016833, doi101038415680a, doi101093aesa383396, doi101098rstb20120085, doi101111eva12137, doi101111j13652435200701278x, doi101126science29355361786, doi1023071935620, doi1023073547011"
}

@article{doi101038nsmb2879,
    author = "Swarts, Daan C. und Makarova, Kira S. und Wang, Yanli und Nakanishi, Kotaro und Ketting, René F. und Koonin, Eugene V. und Patel, Dinshaw J. und van der Oost, John",
    title = "The evolutionary journey of Argonaute proteins",
    year = "2014",
    journal = "Nature Structural \& Molecular Biology",
    url = "https://doi.org/10.1038/nsmb.2879",
    doi = "10.1038/nsmb.2879",
    openalex = "W2068056297",
    references = "doi101093nargkt157"
}

Viren wurden als einer der beiden Haupttypen von Organismen in der Biosphäre definiert, nämlich als kapsid-kodierende Organismen im Gegensatz zu Ribosom-kodierenden Organismen, d. h. allen zellulären Lebensformen. Strukturell ähnliche, offensichtlich homologe Kapside sind in einer riesigen Vielfalt von ikosaedrischen Viren vorhanden, die Bakterien, Archaeen und Eukaryoten infizieren. Diese Befunde führten zum Konzept der Kapsid als dem Virus-"Selbst", das die Identität tiefer, alter viraler Linien definiert. Allerdings kodieren mehrere andere weit verbreitete virale "Markierungs-Gene" Schlüsselkomponenten des viralen Replikationsapparats (wie Polymerasen und Helikasen) und kombinieren mit verschiedenen Kapsidproteinen, angesichts des inhärent modularen Charakters der viralen Evolution. Darüber hinaus teilen diverse, weit verbreitete, kapsidlose egoistische genetische Elemente, wie Plasmide und verschiedene Arten von Transposons, Markierungs-Gene mit Viren. Viren scheinen sich in mehreren Gelegenheiten während der Evolution aus kapsidlosen egoistischen Elementen entwickelt zu haben, und umgekehrt. In der frühesten, präzellulären Phase der Evolution des Lebens traten kapsidlose genetische Parasiten wahrscheinlich zuerst auf und gaben subsequently zu verschiedenen Klassen von Viren Anlass. In diesem Review entwickeln wir das Konzept einer größeren Virus-Welt, die ein evolutionäres Netzwerk bildet, das durch geteilte konservierte Gene zusammengehalten wird und sowohl echte kapsid-kodierende Viren als auch verschiedene Klassen von kapsidlosen Replikon umfasst. Theoretische Studien deuten darauf hin, dass egoistische Replikon (genetische Parasiten) unvermeidlich in jedem ausreichend komplexen sich entwickelnden Ensemble von Replikatoren entstehen. Daher ist das Schlüsselmerkmal der größeren Virus-Welt nicht das Vorhandensein einer Kapsid, sondern vielmehr das genetische, informationelle Parasitismus selbst, d. h. verschiedene Grade der Abhängigkeit von den Informationsverarbeitungssystemen des Wirts.

@article{doi101128mmbr0004913,
    author = "Koonin, Eugene V. und Dolja, Valerian V.",
    title = "Virus World als evolutionäres Netzwerk von Viren und kapsidlosen egoistischen Elementen",
    year = "2014",
    journal = "Microbiology and Molecular Biology Reviews",
    abstract = {Viren wurden als einer der beiden Haupttypen von Organismen in der Biosphäre definiert, nämlich als kapsid-kodierende Organismen im Gegensatz zu Ribosom-kodierenden Organismen, d. h. allen zellulären Lebensformen. Strukturell ähnliche, offensichtlich homologe Kapside sind in einer riesigen Vielfalt von ikosaedrischen Viren vorhanden, die Bakterien, Archaeen und Eukaryoten infizieren. Diese Befunde führten zum Konzept der Kapsid als dem Virus-"Selbst", das die Identität tiefer, alter viraler Linien definiert. Allerdings kodieren mehrere andere weit verbreitete virale "Markierungs-Gene" Schlüsselkomponenten des viralen Replikationsapparats (wie Polymerasen und Helikasen) und kombinieren mit verschiedenen Kapsidproteinen, angesichts des inhärent modularen Charakters der viralen Evolution. Darüber hinaus teilen diverse, weit verbreitete, kapsidlose egoistische genetische Elemente, wie Plasmide und verschiedene Arten von Transposons, Markierungs-Gene mit Viren. Viren scheinen sich in mehreren Gelegenheiten während der Evolution aus kapsidlosen egoistischen Elementen entwickelt zu haben, und umgekehrt. In der frühesten, präzellulären Phase der Evolution des Lebens traten kapsidlose genetische Parasiten wahrscheinlich zuerst auf und gaben subsequently zu verschiedenen Klassen von Viren Anlass. In diesem Review entwickeln wir das Konzept einer größeren Virus-Welt, die ein evolutionäres Netzwerk bildet, das durch geteilte konservierte Gene zusammengehalten wird und sowohl echte kapsid-kodierende Viren als auch verschiedene Klassen von kapsidlosen Replikon umfasst. Theoretische Studien deuten darauf hin, dass egoistische Replikon (genetische Parasiten) unvermeidlich in jedem ausreichend komplexen sich entwickelnden Ensemble von Replikatoren entstehen. Daher ist das Schlüsselmerkmal der größeren Virus-Welt nicht das Vorhandensein einer Kapsid, sondern vielmehr das genetische, informationelle Parasitismus selbst, d. h. verschiedene Grade der Abhängigkeit von den Informationsverarbeitungssystemen des Wirts.},
    url = "https://doi.org/10.1128/mmbr.00049-13",
    doi = "10.1128/mmbr.00049-13",
    openalex = "W2007786086",
    references = "doi101016jplrev201206001, doi103389fcimb201200119"
}

Wir stellen eine neue Open-Source-, erweiterbare und flexible Softwareplattform für die bayesianische evolutionäre Analyse namens BEAST 2 vor. Diese Softwareplattform ist ein Redesign der beliebten BEAST 1-Plattform, um strukturelle Mängel zu korrigieren, die sich zeigten, als die BEAST 1-Software sich entwickelte. Zu den wichtigsten dieser Mängel gehörte das Fehlen einer Nachbereitungs-Erweiterbarkeit. BEAST 2 verfügt nun über ein vollständig entwickeltes Paketverwaltungssystem, das es Drittanbieter-Entwicklern ermöglicht, zusätzliche Funktionalität zu schreiben, die direkt über einen Paketmanager auf die BEAST 2-Analyseplattform installiert werden kann, ohne dass eine neue Softwarefreigabe der Plattform erforderlich ist. Diese Paketarchitektur wird mit einer Reihe kürzlich veröffentlichter neuer Modelle demonstriert, die Geburts-Tod-Stichproben-Baumvorhersagen, Phylogenetik und Modellaveraging für Substitutionsmodelle sowie Standortpartitionierung umfassen. Eine zweite wesentliche Verbesserung ist die Fähigkeit, den gesamten Zustand der MCMC-Kette auf der Festplatte zu lesen und zu schreiben, was es ermöglicht, sie leicht zwischen mehreren Instanzen der BEAST-Software zu teilen. Dies erleichtert das Checkpointing und bietet eine bessere Unterstützung für Mehrprozessor- und High-End-Computing-Erweiterungen. Schließlich kann die Funktionalität in neuen Paketen durch einen einfachen XML-Vorlagen-basierten Mechanismus leicht an die Benutzeroberfläche (BEAUti 2) hinzugefügt werden, da BEAST 2 so neu gestaltet wurde, dass eine größere Integration zwischen dem Analyse-Engine und der Benutzeroberfläche gewährleistet ist, sodass beispielsweise BEAST und BEAUti genau das gleiche XML-Dateiformat verwenden.

@article{doi101371journalpcbi1003537,
    author = "Bouckaert, Remco und Heled, Joseph und Kühnert, Denise und Vaughan, Tim und Wu, Chieh‐Hsi und Xie, Dong und Suchard, Marc A. und Rambaut, Andrew und Drummond, Alexei J.",
    title = "BEAST 2: Eine Softwareplattform für die bayesianische Evolutionäre Analyse",
    year = "2014",
    journal = "PLoS Computational Biology",
    abstract = "Wir stellen eine neue Open-Source-, erweiterbare und flexible Softwareplattform für die bayesianische evolutionäre Analyse namens BEAST 2 vor. Diese Softwareplattform ist ein Redesign der beliebten BEAST 1-Plattform, um strukturelle Mängel zu korrigieren, die sich zeigten, als die BEAST 1-Software sich entwickelte. Zu den wichtigsten dieser Mängel gehörte das Fehlen einer Nachbereitungs-Erweiterbarkeit. BEAST 2 verfügt nun über ein vollständig entwickeltes Paketverwaltungssystem, das es Drittanbieter-Entwicklern ermöglicht, zusätzliche Funktionalität zu schreiben, die direkt über einen Paketmanager auf die BEAST 2-Analyseplattform installiert werden kann, ohne dass eine neue Softwarefreigabe der Plattform erforderlich ist. Diese Paketarchitektur wird mit einer Reihe kürzlich veröffentlichter neuer Modelle demonstriert, die Geburts-Tod-Stichproben-Baumvorhersagen, Phylogenetik und Modellaveraging für Substitutionsmodelle sowie Standortpartitionierung umfassen. Eine zweite wesentliche Verbesserung ist die Fähigkeit, den gesamten Zustand der MCMC-Kette auf der Festplatte zu lesen und zu schreiben, was es ermöglicht, sie leicht zwischen mehreren Instanzen der BEAST-Software zu teilen. Dies erleichtert das Checkpointing und bietet eine bessere Unterstützung für Mehrprozessor- und High-End-Computing-Erweiterungen. Schließlich kann die Funktionalität in neuen Paketen durch einen einfachen XML-Vorlagen-basierten Mechanismus leicht an die Benutzeroberfläche (BEAUti 2) hinzugefügt werden, da BEAST 2 so neu gestaltet wurde, dass eine größere Integration zwischen dem Analyse-Engine und der Benutzeroberfläche gewährleistet ist, sodass beispielsweise BEAST und BEAUti genau das gleiche XML-Dateiformat verwenden.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003537",
    doi = "10.1371/journal.pcbi.1003537",
    openalex = "W2026062398",
    references = "doi101007bf01731581, doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi101093molbevmsi103, doi101093molbevmsp274, doi101093molbevmss075, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101186147121487214, doi101371journalpbio0040088, openalexw1593676244"
}

@article{doi101038nrmicro3569,
    author = "Makarova, Kira S. und Wolf, Yuri I. und Alkhnbashi, Omer S. und Costa, Fabrizio und Shah, Shiraz A. und Saunders, Sita J. und Barrangou, Rodolphe und Brouns, Stan J. J. und Charpentier, Emmanuelle und Haft, Daniel H. und Horvath, Philippe und Moineau, Sylvain und Mojica, Francisco J. M. und Terns, Rebecca M. und Terns, Michael P. und White, Malcolm F. und Yakunin, Alexander F. und Garrett, Roger A. und van der Oost, John und Backofen, Rolf und Koonin, Eugene V.",
    title = "An updated evolutionary classification of CRISPR–Cas systems",
    year = "2015",
    journal = "Nature Reviews Microbiology",
    url = "https://doi.org/10.1038/nrmicro3569",
    doi = "10.1038/nrmicro3569",
    openalex = "W2199695484",
    references = "doi101016jmolcel201403011, doi101038nature09523, doi101038nature09886, doi101038nature10886, doi101038nbt2842, doi101038nrmicro2577, doi101093nargkt157, doi101099mic0280480, doi101126science1138140, doi101126science1159689, doi101126science1165771, doi101126science1225829, doi10118617456150442, doi103389fcimb201200119"
}

Wir stellen die neueste Version der Molecular Evolutionary Genetics Analysis (Mega)-Software vor, die viele ausgefeilte Methoden und Werkzeuge für Phylogenomik und Phylomedizin enthält. In diesem großen Upgrade wurde Mega für die Verwendung auf 64-Bit-Computersystemen zur Analyse größerer Datensätze optimiert. Forscher können nun in Mega zehntausende von Sequenzen erkunden und analysieren. Die neue Version bietet zudem einen erweiterten Assistenten zum Erstellen von Zeitbäumen und umfasst eine neue Funktionalität zur automatischen Vorhersage von Genduplizierungsereignissen in Genfamilienbäumen. Die 64-Bit-Mega steht in zwei Schnittstellen zur Verfügung: grafisch und Kommandozeile. Die grafische Benutzeroberfläche (GUI) ist eine native Microsoft Windows-Anwendung, die auch auf Mac OS X verwendet werden kann. Die Kommandozeilen-Version von Mega ist als native Anwendung für Windows, Linux und Mac OS X verfügbar. Sie sind für den Einsatz in Hochdurchsatz- und skriptgesteuerten Analysen gedacht. Beide Versionen sind kostenlos unter www.megasoftware.net verfügbar.

@article{doi101093molbevmsw054,
    author = "Kumar, Sudhir und Stecher, Glen und Tamura, Koichiro",
    title = "MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 7.0 für größere Datensätze",
    year = "2016",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Wir stellen die neueste Version der Molecular Evolutionary Genetics Analysis (Mega)-Software vor, die viele ausgefeilte Methoden und Werkzeuge für Phylogenomik und Phylomedizin enthält. In diesem großen Upgrade wurde Mega für die Verwendung auf 64-Bit-Computersystemen zur Analyse größerer Datensätze optimiert. Forscher können nun in Mega zehntausende von Sequenzen erkunden und analysieren. Die neue Version bietet zudem einen erweiterten Assistenten zum Erstellen von Zeitbäumen und umfasst eine neue Funktionalität zur automatischen Vorhersage von Genduplizierungsereignissen in Genfamilienbäumen. Die 64-Bit-Mega steht in zwei Schnittstellen zur Verfügung: grafisch und Kommandozeile. Die grafische Benutzeroberfläche (GUI) ist eine native Microsoft Windows-Anwendung, die auch auf Mac OS X verwendet werden kann. Die Kommandozeilen-Version von Mega ist als native Anwendung für Windows, Linux und Mac OS X verfügbar. Sie sind für den Einsatz in Hochdurchsatz- und skriptgesteuerten Analysen gedacht. Beide Versionen sind kostenlos unter www.megasoftware.net verfügbar.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msw054",
    doi = "10.1093/molbev/msw054",
    openalex = "W2311203695",
    references = "doi101073pnas1213199109, doi101093bioinformatics102189, doi101093bioinformaticsbts507, doi101093molbevmst197, doi101093molbevmsv037, doi101093nargks1219, doi101093nargkt1209, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101093oxfordjournalsmolbeva040454, doi101186147121055113"
}

Der Grad der evolutionären Konservierung einer Aminosäure in einem Protein oder einer Nukleinsäure in DNA/RNA spiegelt ein Gleichgewicht zwischen ihrer natürlichen Tendenz zur Mutation und dem allgemeinen Bedürfnis wider, die strukturelle Integrität und Funktion des Makromoleküls zu erhalten. Der ConSurf-Webserver (http://consurf.tau.ac.il), der vor über 15 Jahren eingerichtet wurde, analysiert das evolutionäre Muster der Aminosäuren/Nukleinsäuren des Makromoleküls, um Bereiche aufzudecken, die für Struktur und/oder Funktion wichtig sind. Ausgehend von einer Abfrage-Sequenz oder -Struktur sammelt der Server automatisch Homologe, leitet ihre Mehrfachsequenzalignment ab und rekonstruiert einen phylogenetischen Baum, der ihre evolutionären Beziehungen widerspiegelt. Diese Daten werden dann innerhalb eines probabilistischen Rahmens verwendet, um die evolutionären Raten jeder Sequenzposition zu schätzen. Hier führen wir mehrere neue Funktionen in ConSurf ein, einschließlich der automatischen Auswahl des besten evolutionären Modells, das zur Inferenz der Raten verwendet wird, der Fähigkeit, Abfrageproteine homology-modellieren, die Vorhersage der Sekundärstruktur von Abfrage-RNA-Molekülen aus der Sequenz, die Fähigkeit, die biologische Assemblierung einer Abfrage (zusätzlich zur Einzelkette) anzusehen, die Kartierung der Konservierungsgrade auf 2D-RNA-Modelle und eine erweiterte Ansicht des phylogenetischen Baums, die es ermöglicht, ConSurf interaktiv mit den Taxa eines Unterbaums neu durchzuführen.

@article{doi101093nargkw408,
    author = "Ashkenazy, Haim und Abadi, Shiran und Martz, Eric und Chay, Ofer und Mayrose, Itay und Pupko, Tal und Ben‐Tal, Nir",
    title = "ConSurf 2016: Eine verbesserte Methodik zur Schätzung und Visualisierung evolutionärer Konservierung in Makromolekülen",
    year = "2016",
    journal = "Nucleic Acids Research",
    abstract = "Der Grad der evolutionären Konservierung einer Aminosäure in einem Protein oder einer Nukleinsäure in DNA/RNA spiegelt ein Gleichgewicht zwischen ihrer natürlichen Tendenz zur Mutation und dem allgemeinen Bedürfnis wider, die strukturelle Integrität und Funktion des Makromoleküls zu erhalten. Der ConSurf-Webserver (http://consurf.tau.ac.il), der vor über 15 Jahren eingerichtet wurde, analysiert das evolutionäre Muster der Aminosäuren/Nukleinsäuren des Makromoleküls, um Bereiche aufzudecken, die für Struktur und/oder Funktion wichtig sind. Ausgehend von einer Abfrage-Sequenz oder -Struktur sammelt der Server automatisch Homologe, leitet ihre Mehrfachsequenzalignment ab und rekonstruiert einen phylogenetischen Baum, der ihre evolutionären Beziehungen widerspiegelt. Diese Daten werden dann innerhalb eines probabilistischen Rahmens verwendet, um die evolutionären Raten jeder Sequenzposition zu schätzen. Hier führen wir mehrere neue Funktionen in ConSurf ein, einschließlich der automatischen Auswahl des besten evolutionären Modells, das zur Inferenz der Raten verwendet wird, der Fähigkeit, Abfrageproteine homology-modellieren, die Vorhersage der Sekundärstruktur von Abfrage-RNA-Molekülen aus der Sequenz, die Fähigkeit, die biologische Assemblierung einer Abfrage (zusätzlich zur Einzelkette) anzusehen, die Kartierung der Konservierungsgrade auf 2D-RNA-Modelle und eine erweiterte Ansicht des phylogenetischen Baums, die es ermöglicht, ConSurf interaktiv mit den Taxa eines Unterbaums neu durchzuführen.",
    url = "https://doi.org/10.1093/nar/gkw408",
    doi = "10.1093/nar/gkw408",
    openalex = "W2376573086",
    references = "doi101006jmbi19909999, doi101006jmbi19931626, doi101007bf02498640, doi101016s0022283605803602, doi101038nmeth2109, doi101093bioinformaticsbtl158, doi101093bioinformaticsbts565, doi101093molbevmsn067, doi101093molbevmsr121, doi101093molbevmst010, doi101093nar281235, doi101093oxfordjournalsmolbeva040752, doi101109tac19741100705"
}

Anpassungsimmunologie wurde lange als ein ausschließliches Merkmal von Tieren betrachtet. Die Entdeckung des CRISPR-Cas-Abwehrsystems, das in fast der Hälfte der prokaryotischen Genome vorkommt, widerlegt dies jedoch. Aufgrund des ewigen Parasit-Wirt-Rennens hat sich CRISPR-Cas durch horizontalen Transfer ganzer Loci oder einzelner Module schnell entwickelt, was zu extremer struktureller und funktioneller Vielfalt geführt hat. CRISPR-Cas-Systeme sind in zwei distincte Klassen unterteilt, die jeweils aus drei Typen und mehreren Subtypen bestehen. Wir diskutieren jüngste Fortschritte in der CRISPR-Cas-Forschung, die aufwendige molekulare Mechanismen offenlegen und ein plausibles Szenario der CRISPR-Cas-Evolution bieten. Wir beschreiben zudem kurz die neuesten Entwicklungen einer breiten Palette von CRISPR-basierten Anwendungen.

@article{doi101126scienceaad5147,
    author = "Mohanraju, Prarthana und Makarova, Kira S. und Zetsche, Bernd und Zhang, Feng und Koonin, Eugene V. und van der Oost, John",
    title = "Diverse evolutionary roots and mechanistic variations of the CRISPR-Cas systems",
    year = "2016",
    journal = "Science",
    abstract = "Anpassungsimmunologie wurde lange als ein ausschließliches Merkmal von Tieren betrachtet. Die Entdeckung des CRISPR-Cas-Abwehrsystems, das in fast der Hälfte der prokaryotischen Genome vorkommt, widerlegt dies jedoch. Aufgrund des ewigen Parasit-Wirt-Rennens hat sich CRISPR-Cas durch horizontalen Transfer ganzer Loci oder einzelner Module schnell entwickelt, was zu extremer struktureller und funktioneller Vielfalt geführt hat. CRISPR-Cas-Systeme sind in zwei distincte Klassen unterteilt, die jeweils aus drei Typen und mehreren Subtypen bestehen. Wir diskutieren jüngste Fortschritte in der CRISPR-Cas-Forschung, die aufwendige molekulare Mechanismen offenlegen und ein plausibles Szenario der CRISPR-Cas-Evolution bieten. Wir beschreiben zudem kurz die neuesten Entwicklungen einer breiten Palette von CRISPR-basierten Anwendungen.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.aad5147",
    doi = "10.1126/science.aad5147",
    openalex = "W2502856725",
    references = "doi101016jmolcel201403011, doi101093nargkt157, doi107554elife03401"
}

Polyomaviren sind eine Familie von DNA-Tumorviren, die bekanntermaßen Säugetiere und Vögel infizieren. Um die tiefere evolutionäre Geschichte der Familie zu untersuchen, haben wir eine Kombination aus viraler Metagenomik, Bioinformatik und strukturellen Modellierungsansätzen verwendet, um Polyomavirus-Sequenzen zu identifizieren und zu charakterisieren, die mit Fischen und Gliederfüßern assoziiert sind. Analysen, die auf den divergenten neuen Sequenzen basieren, deuten darauf hin, dass Polyomaviren seit mindestens einer halben Milliarde Jahren allmählich mit ihren tierischen Wirten ko-evolviert sind. Phylogenetische Analysen einzelner Polyomavirus-Gene legen nahe, dass einige moderne Polyomavirus-Arten nach alten Rekombinationsereignissen entstanden sind, die entfernt verwandte Polyomavirus-Linien betrafen. Das verbesserte evolutionäre Modell bietet eine nützliche Plattform für die Entwicklung eines genaueren taxonomischen Klassifikationssystems für die Virusfamilie Polyomaviridae.

@article{doi101371journalppat1005574,
    author = "Buck, Christopher B. und Doorslaer, Koenraad Van und Peretti, Alberto und Geoghegan, Eileen M. und Tisza, Michael J. und An, Ping und Katz, Joshua P. und Pipas, James M. und McBride, Alison A. und Camus, Alvin C. und McDermott, Alexa J. und Dill, Jennifer A. und Delwart, Eric und Ng, Terry F. F. und Farkas, Kata und Austin, Charlotte und Kraberger, Simona und Davison, William und Pastrana, Diana V. und Varsani, Arvind",
    title = "The Ancient Evolutionary History of Polyomaviruses",
    year = "2016",
    journal = "PLoS Pathogens",
    abstract = "Polyomaviren sind eine Familie von DNA-Tumorviren, die bekanntermaßen Säugetiere und Vögel infizieren. Um die tiefere evolutionäre Geschichte der Familie zu untersuchen, haben wir eine Kombination aus viraler Metagenomik, Bioinformatik und strukturellen Modellierungsansätzen verwendet, um Polyomavirus-Sequenzen zu identifizieren und zu charakterisieren, die mit Fischen und Gliederfüßern assoziiert sind. Analysen, die auf den divergenten neuen Sequenzen basieren, deuten darauf hin, dass Polyomaviren seit mindestens einer halben Milliarde Jahren allmählich mit ihren tierischen Wirten ko-evolviert sind. Phylogenetische Analysen einzelner Polyomavirus-Gene legen nahe, dass einige moderne Polyomavirus-Arten nach alten Rekombinationsereignissen entstanden sind, die entfernt verwandte Polyomavirus-Linien betrafen. Das verbesserte evolutionäre Modell bietet eine nützliche Plattform für die Entwicklung eines genaueren taxonomischen Klassifikationssystems für die Virusfamilie Polyomaviridae.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1005574",
    doi = "10.1371/journal.ppat.1005574",
    openalex = "W2337421297",
    references = "doi101371journalpone0108277"
}

Polyomaviren sind eine Familie von DNA-Tumorviren, die bekanntermaßen Säugetiere und Vögel infizieren. Um die tiefere evolutionäre Geschichte der Familie zu untersuchen, haben wir eine Kombination aus viraler Metagenomik, Bioinformatik und strukturellen Modellierungsansätzen verwendet, um Polyomavirus-Sequenzen zu identifizieren und zu charakterisieren, die mit Fischen und Gliederfüßern assoziiert sind. Analysen, die auf den divergenten neuen Sequenzen basieren, deuten darauf hin, dass Polyomaviren seit mindestens einer halben Milliarde Jahren allmählich mit ihren tierischen Wirten ko-evolvieren. Phylogenetische Analysen einzelner Polyomavirus-Gene legen nahe, dass einige moderne Polyomavirus-Arten nach alten Rekombinationsereignissen entstanden sind, die entfernt verwandte Polyomavirus-Linien betrafen. Das verbesserte evolutionäre Modell bietet eine nützliche Plattform für die Entwicklung eines genaueren taxonomischen Klassifikationssystems für die Virusfamilie Polyomaviridae.

@article{openalexw3143678695,
    author = "Buck, CB und Van Doorslaer, K und Peretti, A und Geoghegan, EM und Tisza, MJ und An, P und Katz, JP und Pipas, JM und McBride, AA und Camus, AC und McDermott, AJ und Dill, JA und Delwart, E und Ng, TFF und Farkas, K und Austin, C und Kraberger, S und Davison, W und Pastrana, DV und Varsani, A",
    title = "The Ancient Evolutionary History of Polyomaviruses",
    year = "2016",
    journal = "D-Scholarship@Pitt (University of Pittsburgh)",
    abstract = "Polyomaviren sind eine Familie von DNA-Tumorviren, die bekanntermaßen Säugetiere und Vögel infizieren. Um die tiefere evolutionäre Geschichte der Familie zu untersuchen, haben wir eine Kombination aus viraler Metagenomik, Bioinformatik und strukturellen Modellierungsansätzen verwendet, um Polyomavirus-Sequenzen zu identifizieren und zu charakterisieren, die mit Fischen und Gliederfüßern assoziiert sind. Analysen, die auf den divergenten neuen Sequenzen basieren, deuten darauf hin, dass Polyomaviren seit mindestens einer halben Milliarde Jahren allmählich mit ihren tierischen Wirten ko-evolvieren. Phylogenetische Analysen einzelner Polyomavirus-Gene legen nahe, dass einige moderne Polyomavirus-Arten nach alten Rekombinationsereignissen entstanden sind, die entfernt verwandte Polyomavirus-Linien betrafen. Das verbesserte evolutionäre Modell bietet eine nützliche Plattform für die Entwicklung eines genaueren taxonomischen Klassifikationssystems für die Virusfamilie Polyomaviridae.",
    openalex = "W3143678695",
    references = "doi101371journalpone0108277"
}

Die Evolution von Bakterien und Archaeen beinhaltet einen unaufhörlichen Wettkampf gegen eine enorme Vielfalt genetischer Parasiten. Daher sind ein beträchtlicher Anteil der Gene in den meisten Bakterien und Archaeen der antiparasitären Verteidigung gewidmet. Die Funktionen dieser Verteidigungssysteme folgen mehreren unterschiedlichen Strategien, einschließlich angeborener Immunität; adaptiver Immunität; und der Induktion von Dormanz oder programmiertem Zelltod. Kürzlich durchgeführte vergleichende Genomstudien, die die sich erweiternde Datenbank mikrobieller Genome und Metagenome nutzen, kombiniert mit direkten Experimenten, führten zur Entdeckung mehrerer zuvor unbekannter Verteidigungssysteme, einschließlich angeborener Immunität, die sich auf Argonaute-Proteine konzentriert, Bakteriophagen-Ausschluss und neue Typen von CRISPR-Cas-Systemen der adaptiven Immunität. Einige allgemeine Prinzipien der Funktion und Evolution von Verteidigungssystemen beginnen sich zu kristallisieren, insbesondere die extensive Gewinnung und der Verlust von Verteidigungsgenen während der Evolution von Prokaryoten; die Bildung genomischer Verteidigungsinseln; evolutionäre Verbindungen zwischen mobilen genetischen Elementen und Verteidigung, wobei Gene mobiler Elemente wiederholt für Verteidigungsfunktionen rekrutiert werden; das teilweise egoistische und süchtig machende Verhalten der Verteidigungssysteme; und die Kopplung zwischen Immunität und der Induktion von Dormanz/programmiertem Zelltod.

@article{doi101146annurevmicro090816093830,
    author = "Koonin, Eugene V. und Makarova, Kira S. und Wolf, Yuri I.",
    title = "Evolutionary Genomics of Defense Systems in Archaea and Bacteria",
    year = "2017",
    journal = "Annual Review of Microbiology",
    abstract = "Evolution of bacteria and archaea involves an incessant arms race against an enormous diversity of genetic parasites. Accordingly, a substantial fraction of the genes in most bacteria and archaea are dedicated to antiparasite defense. The functions of these defense systems follow several distinct strategies, including innate immunity; adaptive immunity; and dormancy induction, or programmed cell death. Recent comparative genomic studies taking advantage of the expanding database of microbial genomes and metagenomes, combined with direct experiments, resulted in the discovery of several previously unknown defense systems, including innate immunity centered on Argonaute proteins, bacteriophage exclusion, and new types of CRISPR-Cas systems of adaptive immunity. Some general principles of function and evolution of defense systems are starting to crystallize, in particular, extensive gain and loss of defense genes during the evolution of prokaryotes; formation of genomic defense islands; evolutionary connections between mobile genetic elements and defense, whereby genes of mobile elements are repeatedly recruited for defense functions; the partially selfish and addictive behavior of the defense systems; and coupling between immunity and dormancy induction/programmed cell death.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-micro-090816-093830",
    doi = "10.1146/annurev-micro-090816-093830",
    openalex = "W2602907179",
    references = "doi101007s0023900400463, doi101016jcell201402001, doi101038nature04160, doi101038nmicrobiol201648, doi101038nrmicro1750, doi101038nrmicro2315, doi101038nrmicro2577, doi101038nrmicro3569, doi101126science1102513, doi101126scienceaaf5573, doi10118617456150442, doi103109104092382011600437, doi103389fcimb201200119"
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@incollection{doi101016b9780124095489105482,
    author = "Pigeon, Gabriel und Pelletier, Fanie",
    title = "Eco-Evolutionary Dynamics",
    year = "2018",
    booktitle = "Elsevier eBooks",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-12-409548-9.10548-2",
    doi = "10.1016/b978-0-12-409548-9.10548-2",
    openalex = "W2153615431",
    references = "doi101098rstb20090012, doi101111j13652435200701289x, doi1018900012965820000810642alhvac20co2"
}

Die Software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (Mega) implementiert viele analytische Methoden und Werkzeuge für Phylogenomik und Phylomedizin. Hier berichten wir über eine Transformation von Mega, um die plattformübergreifende Nutzung auf Microsoft Windows- und Linux-Betriebssystemen zu ermöglichen. Mega X erfordert keine Virtualisierungs- oder Emulationssoftware und bietet eine einheitliche Benutzererfahrung über alle Plattformen hinweg. Mega X wurde zudem aufgewertet, um mehrere Rechenkerne für viele molekulare evolutionäre Analysen zu nutzen. Mega X ist in zwei Schnittstellen (grafisch und Kommandozeile) verfügbar und kann kostenlos von www.megasoftware.net heruntergeladen werden.

@article{doi101093molbevmsy096,
    author = "Kumar, Sudhir und Stecher, Glen und Li, Michael und Knyaz, Christina und Tamura, Koichiro",
    title = "MEGA X: Molecular Evolutionary Genetics Analysis across Computing Platforms",
    year = "2018",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Die Software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (Mega) implementiert viele analytische Methoden und Werkzeuge für Phylogenomik und Phylomedizin. Hier berichten wir über eine Transformation von Mega, um die plattformübergreifende Nutzung auf Microsoft Windows- und Linux-Betriebssystemen zu ermöglichen. Mega X erfordert keine Virtualisierungs- oder Emulationssoftware und bietet eine einheitliche Benutzererfahrung über alle Plattformen hinweg. Mega X wurde zudem aufgewertet, um mehrere Rechenkerne für viele molekulare evolutionäre Analysen zu nutzen. Mega X ist in zwei Schnittstellen (grafisch und Kommandozeile) verfügbar und kann kostenlos von www.megasoftware.net heruntergeladen werden.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msy096",
    doi = "10.1093/molbev/msy096",
    openalex = "W2799524357",
    references = "doi101093bioinformatics17121244, doi101093molbevmsw054"
}

@article{doi101038s4155901908808,
    author = "Visser, Marcel E. und Gienapp, Phillip",
    title = "Evolutionäre und demografische Konsequenzen von phänologischen Fehlanpassungen",
    year = "2019",
    journal = "Nature Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41559-019-0880-8",
    doi = "10.1038/s41559-019-0880-8",
    openalex = "W2939724619",
    references = "doi101098rstb20100148"
}

@article{doi101038s415790190299x,
    author = "Makarova, Kira S. und Wolf, Yuri I. und Iranzo, Jaime und Shmakov, Sergey und Alkhnbashi, Omer S. und Brouns, Stan J. J. und Charpentier, Emmanuelle und Cheng, David R. und Haft, Daniel H. und Horvath, Philippe und Moineau, Sylvain und Mojica, Francisco J. M. und Scott, David und Shah, Shiraz A. und Šikšnys, Virginijus und Terns, Michael P. und Venclovas, Česlovas und White, Malcolm F. und Yakunin, Alexander F. und Yan, Winston X. und Zhang, Feng und Garrett, Roger A. und Backofen, Rolf und van der Oost, John und Barrangou, Rodolphe und Koonin, Eugene V.",
    title = "Evolutionäre Klassifizierung von CRISPR–Cas-Systemen: ein Ausbruch von Klasse-2- und abgeleiteten Varianten",
    year = "2019",
    journal = "Nature Reviews Microbiology",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41579-019-0299-x",
    doi = "10.1038/s41579-019-0299-x",
    openalex = "W2995081665",
    references = "doi101038nature21031, doi101038nrmicro3569, doi101038s4157901800762, doi101146annurevmicro090816093830"
}

Die Software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) ermöglicht den vergleichenden Analyse molekularer Sequenzen in der Phylogenie und der evolutionären Medizin. Hier stellen wir die macOS-Version der MEGA-Software vor. Diese neue Version eliminiert die Notwendigkeit von Virtualisierungs- und Emulationsprogrammen, die zuvor für die Verwendung von MEGA auf Apple-Computern erforderlich waren. MEGA für macOS nutzt Speicher- und Rechenressourcen effizient für die Durchführung evolutionärer Analysen auf macOS. Es verfügt über eine native Cocoa-Benutzeroberfläche, die so programmiert ist, dass sie ein konsistentes Benutzererlebnis über macOS, Windows und Linux hinweg bietet. MEGA für macOS ist unter www.megasoftware.net kostenlos erhältlich.

@article{doi101093molbevmsz312,
    author = "Stecher, Glen und Tamura, Koichiro und Kumar, Sudhir",
    title = "Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) für macOS",
    year = "2019",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Die Software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) ermöglicht den vergleichenden Analyse molekularer Sequenzen in der Phylogenie und der evolutionären Medizin. Hier stellen wir die macOS-Version der MEGA-Software vor. Diese neue Version eliminiert die Notwendigkeit von Virtualisierungs- und Emulationsprogrammen, die zuvor für die Verwendung von MEGA auf Apple-Computern erforderlich waren. MEGA für macOS nutzt Speicher- und Rechenressourcen effizient für die Durchführung evolutionärer Analysen auf macOS. Es verfügt über eine native Cocoa-Benutzeroberfläche, die so programmiert ist, dass sie ein konsistentes Benutzererlebnis über macOS, Windows und Linux hinweg bietet. MEGA für macOS ist unter www.megasoftware.net kostenlos erhältlich.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msz312",
    doi = "10.1093/molbev/msz312",
    openalex = "W2999168229",
    references = "doi101093molbevmsw054"
}

Der globale Klimawandel (GCC) bedroht die Biodiversität zunehmend durch den Verlust von Arten und die Transformation ganzer Ökosysteme. Viele Arten werden durch das Tempo des GCC herausgefordert, da sie möglicherweise nicht schnell genug auf sich ändernde biotische und abiotische Bedingungen reagieren können. Arten können entweder durch Verschiebung ihres Verbreitungsgebiets oder durch Persistenz in ihrem lokalen Lebensraum reagieren. Wenn Populationen persistieren, können sie klimatische Veränderungen durch phänotypische Plastizität tolerieren oder sich genetisch an veränderte Bedingungen anpassen, abhängig von ihrer genetischen Variabilität und der Zählpopulation, um de novo Mutationen zu ermöglichen. Andernfalls werden Populationen demografische Kollaps erleben und Arten können aussterben. Aktuelle Ansätze zur Vorhersage von Artenreaktionen auf den GCC beginnen, ökologische und evolutionäre Informationen für die Modellierung von Artenverteilungen zu kombinieren. Die Einbeziehung einer evolutionären Dimension wird die Projektionen von Artenverteilungen erheblich verbessern, die bisher keine Schlüsselprozesse wie Dispersal, adaptive genetische Veränderung, Demografie oder Arteninteraktionen berücksichtigt haben. Eco-evolutionäre Modelle erfordern jedoch neue Daten und Methoden zur Schätzung des adaptiven Potenzials einer Art, die bisher nur für eine kleine Anzahl von Modellarten verfügbar waren. Um die globale Biodiversität abzubilden, müssen wir groß angelegte Datenerhebungsstrategien entwickeln, um die Ökologie und das evolutionäre Potenzial eines breiten Spektrums von Arten, insbesondere von Schlüsselarten von Ökosystemen, zu definieren. Wir benötigen auch standardisierte und replizierbare Modellierungsansätze, die diese neuen Daten integrieren, um eco-evolutionäre Prozesse bei der Vorhersage der Auswirkungen des GCC auf das Überleben von Arten zu berücksichtigen. Hier diskutieren wir verschiedene genomische Ansätze, die verwendet werden können, um Artenreaktionen auf den GCC zu untersuchen und vorherzusagen. Dies kann als Leitfaden für Forscher dienen, die nach dem geeigneten experimentellen Aufbau für ihr spezifisches System suchen. Wir heben zudem zukünftige Richtungen hervor, um im Feld voranzukommen und verfügbare Ressourcen effektiver zu verteilen, um Minderungsmaßnahmen zu implementieren, bevor Arten aussterben und Ökosysteme wichtige Funktionen verlieren.

@article{doi101002evl3154,
    author = "Waldvogel, Ann‐Marie und Feldmeyer, Barbara und Rolshausen, Gregor und Expósito‐Alonso, Moisés und Rellstab, Christian und Kofler, Robert und Möck, Thomas und Schmid, Karl und Schmitt, Imke und Bataillon, Thomas und Savolainen, Outi und Bergland, Alan O. und Flatt, Thomas und Guillaume, Frédéric und Pfenninger, Markus",
    title = "Evolutionary genomics kann die Vorhersage von Artenreaktionen auf den Klimawandel verbessern",
    year = "2020",
    journal = "Evolution Letters",
    abstract = "Der globale Klimawandel (GCC) bedroht die Biodiversität zunehmend durch den Verlust von Arten und die Transformation ganzer Ökosysteme. Viele Arten werden durch das Tempo des GCC herausgefordert, da sie möglicherweise nicht schnell genug auf sich ändernde biotische und abiotische Bedingungen reagieren können. Arten können entweder durch Verschiebung ihres Verbreitungsgebiets oder durch Persistenz in ihrem lokalen Lebensraum reagieren. Wenn Populationen persistieren, können sie klimatische Veränderungen durch phänotypische Plastizität tolerieren oder sich genetisch an veränderte Bedingungen anpassen, abhängig von ihrer genetischen Variabilität und der Zählpopulation, um de novo Mutationen zu ermöglichen. Andernfalls werden Populationen demografische Kollaps erleben und Arten können aussterben. Aktuelle Ansätze zur Vorhersage von Artenreaktionen auf den GCC beginnen, ökologische und evolutionäre Informationen für die Modellierung von Artenverteilungen zu kombinieren. Die Einbeziehung einer evolutionären Dimension wird die Projektionen von Artenverteilungen erheblich verbessern, die bisher keine Schlüsselprozesse wie Dispersal, adaptive genetische Veränderung, Demografie oder Arteninteraktionen berücksichtigt haben. Eco-evolutionäre Modelle erfordern jedoch neue Daten und Methoden zur Schätzung des adaptiven Potenzials einer Art, die bisher nur für eine kleine Anzahl von Modellarten verfügbar waren. Um die globale Biodiversität abzubilden, müssen wir groß angelegte Datenerhebungsstrategien entwickeln, um die Ökologie und das evolutionäre Potenzial eines breiten Spektrums von Arten, insbesondere von Schlüsselarten von Ökosystemen, zu definieren. Wir benötigen auch standardisierte und replizierbare Modellierungsansätze, die diese neuen Daten integrieren, um eco-evolutionäre Prozesse bei der Vorhersage der Auswirkungen des GCC auf das Überleben von Arten zu berücksichtigen. Hier diskutieren wir verschiedene genomische Ansätze, die verwendet werden können, um Artenreaktionen auf den GCC zu untersuchen und vorherzusagen. Dies kann als Leitfaden für Forscher dienen, die nach dem geeigneten experimentellen Aufbau für ihr spezifisches System suchen. Wir heben zudem zukünftige Richtungen hervor, um im Feld voranzukommen und verfügbare Ressourcen effektiver zu verteilen, um Minderungsmaßnahmen zu implementieren, bevor Arten aussterben und Ökosysteme wichtige Funktionen verlieren.",
    url = "https://doi.org/10.1002/evl3.154",
    doi = "10.1002/evl3.154",
    openalex = "W3000026902",
    references = "doi101016jtree201406005"
}

Viren sind integrale Bestandteile aller Ökosysteme und Mikrobiome auf der Erde. Durch weit verbreitete Infektionen ihrer zellulären Wirte können Viren die Struktur mikrobieller Gemeinschaften umgestalten und den globalen Nährstoffkreislauf antreiben. In den letzten zehn Jahren haben virale Sequenzen, die aus Genomen und Metagenomen identifiziert wurden, einen beispiellosen Einblick in die Vielfalt viraler Genome in der Natur ermöglicht. Seit 2016 bietet die IMG/VR-Datenbank Zugang zur größten Sammlung viraler Sequenzen, die aus (Meta)genomen gewonnen wurden. Hier stellen wir die dritte Version von IMG/VR vor, bestehend aus 18 373 kultivierten und 2 314 329 nicht kultivierten viralen Genomen (UViGs), was die Gesamtzahl der Sequenzen im Vergleich zur vorherigen Version fast verdreifacht. Diese gruppierten sich in 935 362 virale operationelle taxonomische Einheiten (vOTUs), darunter 188 930 mit zwei oder mehr Mitgliedern. UViGs in IMG/VR werden nun als einzelne virale Kontigs, integrierte Proviren oder Genome-Bins berichtet und mit einem neuen standardisierten Pipeline annotiert, einschließlich der Schätzung der Genomqualität unter Verwendung von CheckV, einer taxonomischen Klassifizierung, die die neueste ICTV-Update widerspiegelt, und einer erweiterten Vorhersage der Wirtstaxonomie. Die neue IMG/VR-Schnittstelle ermöglicht es Benutzern, UViGs effizient nach Genommerkmalen und/oder Sequenzähnlichkeit zu durchsuchen, zu suchen und auszuwählen. IMG/VR v3 ist unter https://img.jgi.doe.gov/vr verfügbar, und die zugrunde liegenden Daten können unter https://genome.jgi.doe.gov/portal/IMG\_VR heruntergeladen werden.

@article{doi101093nargkaa946,
    author = "Roux, Simon und Páez-Espino, David und Chen, I-Min A. und Palaniappan, Krishna und Ratner, Anna und Chu, Ken und Reddy, T. B. K. und Nayfach, Stephen und Schulz, Frederik und Call, Lee und Neches, Russell Y. und Woyke, Tanja und Ivanova, Natalia und Eloe‐Fadrosh, Emiley A. und Kyrpides, Nikos C.",
    title = "IMG/VR v3: ein integriertes ökologisches und evolutionäres Rahmenwerk zur Untersuchung von Genomen nicht kultivierter Viren",
    year = "2020",
    journal = "Nucleic Acids Research",
    abstract = "Viren sind integrale Bestandteile aller Ökosysteme und Mikrobiome auf der Erde. Durch weit verbreitete Infektionen ihrer zellulären Wirte können Viren die Struktur mikrobieller Gemeinschaften umgestalten und den globalen Nährstoffkreislauf antreiben. In den letzten zehn Jahren haben virale Sequenzen, die aus Genomen und Metagenomen identifiziert wurden, einen beispiellosen Einblick in die Vielfalt viraler Genome in der Natur ermöglicht. Seit 2016 bietet die IMG/VR-Datenbank Zugang zur größten Sammlung viraler Sequenzen, die aus (Meta)genomen gewonnen wurden. Hier stellen wir die dritte Version von IMG/VR vor, bestehend aus 18 373 kultivierten und 2 314 329 nicht kultivierten viralen Genomen (UViGs), was die Gesamtzahl der Sequenzen im Vergleich zur vorherigen Version fast verdreifacht. Diese gruppierten sich in 935 362 virale operationelle taxonomische Einheiten (vOTUs), darunter 188 930 mit zwei oder mehr Mitgliedern. UViGs in IMG/VR werden nun als einzelne virale Kontigs, integrierte Proviren oder Genome-Bins berichtet und mit einem neuen standardisierten Pipeline annotiert, einschließlich der Schätzung der Genomqualität unter Verwendung von CheckV, einer taxonomischen Klassifizierung, die die neueste ICTV-Update widerspiegelt, und einer erweiterten Vorhersage der Wirtstaxonomie. Die neue IMG/VR-Schnittstelle ermöglicht es Benutzern, UViGs effizient nach Genommerkmalen und/oder Sequenzähnlichkeit zu durchsuchen, zu suchen und auszuwählen. IMG/VR v3 ist unter https://img.jgi.doe.gov/vr verfügbar, und die zugrunde liegenden Daten können unter https://genome.jgi.doe.gov/portal/IMG\_VR heruntergeladen werden.",
    url = "https://doi.org/10.1093/nar/gkaa946",
    doi = "10.1093/nar/gkaa946",
    openalex = "W3097008984",
    references = "doi101128mmbr0006119"
}

Das Mikrobiom prägt viele Merkmale des Wirts, doch die Biologie von Mikrobiomen stellt traditionelle evolutionäre Modelle in Frage. Hier zeigen wir, wie die Integration des Mikrobioms in die quantitative Genetik dazu beitragen kann, die Komplexitäten der Wirt-Mikrobiom-Evolution zu entschlüsseln. Wir beschreiben zwei allgemeine Wege, auf denen das Mikrobiom das evolutionäre Potenzial des Wirts beeinflussen kann: durch Verschiebung des mittleren Wirt-Phänotyps und durch Veränderung der Varianz des Wirt-Phänotyps in der Population. Wir synthetisieren die Literatur über diverse Taxa hinweg und diskutieren, wie diese Szenarien die Wirtsantwort auf Selektion gestalten könnten. Abschließend skizzieren wir wichtige Forschungsrichtungen, um unser Verständnis der komplexen Wechselwirkung zwischen Wirten und Mikrobiomen zu verbessern.

@article{doi101038s4146702125315x,
    author = "Henry, Lucas P. und Bruijning, Marjolein und Forsberg, Simon K. G. und Ayroles, Julien F.",
    title = "The microbiome extends host evolutionary potential",
    year = "2021",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "The microbiome shapes many host traits, yet the biology of microbiomes challenges traditional evolutionary models. Here, we illustrate how integrating the microbiome into quantitative genetics can help untangle complexities of host-microbiome evolution. We describe two general ways in which the microbiome may affect host evolutionary potential: by shifting the mean host phenotype and by changing the variance in host phenotype in the population. We synthesize the literature across diverse taxa and discuss how these scenarios could shape the host response to selection. We conclude by outlining key avenues of research to improve our understanding of the complex interplay between hosts and microbiomes.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41467-021-25315-x",
    doi = "10.1038/s41467-021-25315-x",
    openalex = "W3195370685",
    references = "doi101016jcell201409053, doi101016jtree201101009, doi101016jzool201802004, doi101038nature11550, doi101038nature12820, doi101038nature25973, doi101038nm4517, doi101038nrg3182, doi101038nrmicro201787, doi101073pnas1218525110, doi101111j13652435200701283x, doi103389fcimb201200119"
}

Zusammenfassung Die Software für die Analyse der molekularen evolutionären Genetik (MEGA) hat sich weiterentwickelt und enthält nun eine große Sammlung von Methoden und Werkzeugen der computergestützten molekularen Evolution. Hier beschreiben wir neue Ergänzungen, die MEGA zu einem umfassenderen Werkzeug für die Erstellung von Zeitbäumen von Arten, Krankheitserregern und Genfamilien mittels schneller Relaxed-Clock-Methoden machen. Methoden zur Schätzung von Divergenzzeiten und Konfidenzintervallen wurden implementiert, um Wahrscheinlichkeitsdichten für Kalibrierungsbedingungen bei der Knoten-Datierung und Sequenz-Sampling-Daten bei der Spitzen-Datierungsanalyse zu verwenden. Sie werden durch neue Optionen zur Kennzeichnung von Sequenzen mit räumlich-zeitlichen Sampling-Informationen, einen erweiterten interaktiven Editor für Knotenkalibrierungen und einen erweiterten Tree Explorer zur Anzeige von Zeitbäumen unterstützt. Zudem wurde eine Bayes'sche Methode zur Schätzung neutraler evolutionärer Wahrscheinlichkeiten von Allelen in einer Art unter Verwendung von Mehrarten-Sequenzalignments und eine maschinelles Lernverfahren zum Testen auf Autokorrelation evolutionärer Raten in Phylogenieen hinzugefügt. Die Anforderungen an den Arbeitsspeicher für die Maximum-Likelihood-Analyse wurden durch Neuimplementierung erheblich reduziert, und die grafische Benutzeroberfläche wurde für sehr große Datensätze reaktionsschneller und interaktiver gestaltet. Diese Verbesserungen werden die Benutzererfahrung, die Qualität der Ergebnisse und das Tempo biologischer Entdeckungen verbessern. Native kompilierte grafische Benutzeroberflächen- und Kommandozeilen-Versionen von MEGA11 sind für Microsoft Windows, Linux und macOS unter www.megasoftware.net verfügbar.

@article{doi101093molbevmsab120,
    author = "Tamura, Koichiro und Stecher, Glen und Kumar, Sudhir",
    title = "MEGA11: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 11",
    year = "2021",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Zusammenfassung Die Software für die Analyse der molekularen evolutionären Genetik (MEGA) hat sich weiterentwickelt und enthält nun eine große Sammlung von Methoden und Werkzeugen der computergestützten molekularen Evolution. Hier beschreiben wir neue Ergänzungen, die MEGA zu einem umfassenderen Werkzeug für die Erstellung von Zeitbäumen von Arten, Krankheitserregern und Genfamilien mittels schneller Relaxed-Clock-Methoden machen. Methoden zur Schätzung von Divergenzzeiten und Konfidenzintervallen wurden implementiert, um Wahrscheinlichkeitsdichten für Kalibrierungsbedingungen bei der Knoten-Datierung und Sequenz-Sampling-Daten bei der Spitzen-Datierungsanalyse zu verwenden. Sie werden durch neue Optionen zur Kennzeichnung von Sequenzen mit räumlich-zeitlichen Sampling-Informationen, einen erweiterten interaktiven Editor für Knotenkalibrierungen und einen erweiterten Tree Explorer zur Anzeige von Zeitbäumen unterstützt. Zudem wurde eine Bayes'sche Methode zur Schätzung neutraler evolutionärer Wahrscheinlichkeiten von Allelen in einer Art unter Verwendung von Mehrarten-Sequenzalignments und eine maschinelles Lernverfahren zum Testen auf Autokorrelation evolutionärer Raten in Phylogenieen hinzugefügt. Die Anforderungen an den Arbeitsspeicher für die Maximum-Likelihood-Analyse wurden durch Neuimplementierung erheblich reduziert, und die grafische Benutzeroberfläche wurde für sehr große Datensätze reaktionsschneller und interaktiver gestaltet. Diese Verbesserungen werden die Benutzererfahrung, die Qualität der Ergebnisse und das Tempo biologischer Entdeckungen verbessern. Native kompilierte grafische Benutzeroberflächen- und Kommandozeilen-Versionen von MEGA11 sind für Microsoft Windows, Linux und macOS unter www.megasoftware.net verfügbar.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msab120",
    doi = "10.1093/molbev/msab120",
    openalex = "W4251751280",
    references = "doi101073pnas1213199109, doi101093bib52150, doi101093bioinformatics102189, doi101093bioinformatics17121244, doi101093molbevmsr121, doi101093molbevmst197, doi101093molbevmsw054, doi101093molbevmsy096, doi101093molbevmsz312, doi101126science1211028"
}

Seit den frühen 1990er Jahren haben Ökologen und Evolutionsbiologen primäre Forschung mit meta-analytischen Methoden aggregiert, um ökologische und evolutionäre Phänomene zu verstehen. Meta-Analysen können langjährige Streitigkeiten auflösen, irreführende Behauptungen widerlegen und neue Forschungsfragen generieren. In ihrem schlimmsten Fall sind jedoch Meta-Analyse-Publikationen Wölfe in Schafskleidern: subjektiv mit verzerrten Schlussfolgerungen, verdeckt unter Mänteln objektiver Autorität. Schlussfolgerungen können durch unangemessene statistische Methoden, Probleme bei den Methoden zur Auswahl der primären Forschung oder Probleme innerhalb der primären Forschung selbst als unzuverlässig erweisen. Aufgrund dieser Risiken werden Meta-Analysen zunehmend als Teil systematischer Reviews durchgeführt, die strukturierte, transparente und reproduzierbare Methoden verwenden, um Beweise zusammenzufassen und zu summarisieren. Damit Leser bestimmen können, ob die Schlussfolgerungen aus einem systematischen Review oder einer Meta-Analyse vertrauenswürdig sind – und um auf das Review aufbauen zu können – müssen Autoren berichten, was sie getan haben, warum sie es getan haben und was sie gefunden haben. Vollständige, transparente und reproduzierbare Berichterstattung wird durch „Berichterstattungsqualität" gemessen. Um die Wahrnehmungen und Standards der Berichterstattungsqualität von systematischen Reviews und Meta-Analysen, die in Ökologie und Evolutionsbiologie veröffentlicht wurden, zu bewerten, haben wir 208 Forscher mit relevanter Erfahrung (als Autoren, Gutachter oder Herausgeber) befragt und detaillierte Bewertungen von 102 systematischen Review- und Meta-Analyse-Papieren durchgeführt, die zwischen 2010 und 2019 veröffentlicht wurden. Die Berichterstattungsqualität lag weit unter dem Optimalen und war annähernd normalverteilt. Die gemessene Berichterstattungsqualität war niedriger als von der Gemeinschaft wahrgenommen, insbesondere für die systematischen Review-Methoden, die erforderlich sind, um Vertrauenswürdigkeit zu messen. Die Minderheit der bewerteten Papiere, die eine Richtlinie referenzierten (~16%), zeigte eine deutlich höhere Berichterstattungsqualität als der Durchschnitt, und die befragten Forscher zeigten Interesse daran, eine Berichterstattungsrichtlinie zu verwenden, um die Berichterstattungsqualität zu verbessern. Die führende Richtlinie zur Verbesserung der Berichterstattungsqualität von systematischen Reviews ist die Preferred Reporting Items for Systematic reviews and Meta-Analyses (PRISMA)-Erklärung. Hier enthüllen wir eine Erweiterung von PRISMA, um der Meta-Analyse-Community in Ökologie und Evolutionsbiologie zu dienen: PRISMA-EcoEvo (Version 1.0). PRISMA-EcoEvo ist eine Checkliste von 27 Hauptpunkten, die, wenn anwendbar, in systematischen Review- und Meta-Analyse-Publikationen berichtet werden sollten, die primäre Forschung in Ökologie und Evolutionsbiologie zusammenfassen. In diesem Erklärungsdokument und Elaboration-Dokument bieten wir Leitfäden für Autoren, Gutachter und Herausgeber, mit Erklärungen für jeden Punkt der Checkliste, einschließlich ergänzender Beispiele aus veröffentlichten Papieren. Autoren können diese PRISMA-EcoEvo-Richtlinie sowohl in der Planungs- als auch in der Schreibphase eines systematischen Reviews und einer Meta-Analyse konsultieren, um die Berichterstattungsqualität eingereichter Manuskripte zu erhöhen. Gutachter und Herausgeber können die Checkliste verwenden, um die Berichterstattungsqualität in den von ihnen bewerteten Manuskripten zu bewerten. Insgesamt ist PRISMA-EcoEvo eine Ressource für die Ökologie- und Evolutionsbiologie-Community, um transparente und umfassend berichtete systematische Reviews und Meta-Analysen zu erleichtern.

@article{doi101111brv12721,
    author = "O’Dea, Rose E. and Lagisz, Malgorzata and Jennions, Michael D. and Koricheva, Julia and Noble, Daniel W. A. and Parker, Timothy and Gurevitch, Jessica and Page, Matthew J. and Stewart, Gavin and Moher, David and Nakagawa, Shinichi",
    title = "Preferred reporting items for systematic reviews and meta‐analyses in ecology and evolutionary biology: a PRISMA extension",
    year = "2021",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "Seit den frühen 1990er Jahren aggregieren Ökologen und Evolutionsbiologen primäre Forschung unter Verwendung meta-analytischer Methoden, um ökologische und evolutionäre Phänomene zu verstehen. Meta-Analysen können langjährige Streitigkeiten auflösen, irreführende Behauptungen widerlegen und neue Forschungsfragen generieren. In ihrem schlimmsten Fall sind jedoch Meta-Analyse-Publikationen Wölfe in Schafskleidern: subjektiv mit verzerrten Schlussfolgerungen, verdeckt unter Mänteln objektiver Autorität. Schlussfolgerungen können durch unangemessene statistische Methoden, Probleme bei den Methoden zur Auswahl der primären Forschung oder Probleme innerhalb der primären Forschung selbst als unzuverlässig erachtet werden. Aufgrund dieser Risiken werden Meta-Analysen zunehmend als Teil systematischer Reviews durchgeführt, die strukturierte, transparente und reproduzierbare Methoden verwenden, um Beweise zu sammeln und zusammenzufassen. Damit Leser bestimmen können, ob die Schlussfolgerungen aus einem systematischen Review oder einer Meta-Analyse vertrauenswürdig sind – und um auf dem Review aufbauen zu können – müssen Autoren berichten, was sie getan haben, warum sie es getan haben und was sie gefunden haben. Vollständige, transparente und reproduzierbare Berichterstattung wird durch „Berichtsqualität" gemessen. Um die Wahrnehmungen und Standards der Berichtsqualität systematischer Reviews und Meta-Analysen zu bewerten, die in Ökologie und Evolutionsbiologie veröffentlicht wurden, haben wir 208 Forscher mit relevanter Erfahrung (als Autoren, Gutachter oder Herausgeber) befragt und detaillierte Bewertungen von 102 systematischen Reviews und Meta-Analyse-Artikeln durchgeführt, die zwischen 2010 und 2019 veröffentlicht wurden. Die Berichtsqualität lag weit unter dem Optimalen und war annähernd normalverteilt. Die gemessene Berichtsqualität war niedriger als von der Gemeinschaft wahrgenommen, insbesondere für die systematischen Review-Methoden, die erforderlich sind, um Vertrauenswürdigkeit zu messen. Die Minderheit der bewerteten Artikel, die eine Richtlinie referenzierten (~16%), zeigte eine deutlich höhere Berichtsqualität als der Durchschnitt, und die befragten Forscher zeigten Interesse daran, eine Berichtsrichtlinie zu verwenden, um die Berichtsqualität zu verbessern. Die führende Richtlinie zur Verbesserung der Berichtsqualität systematischer Reviews ist die Preferred Reporting Items for Systematic reviews and Meta-Analyses (PRISMA)-Erklärung. Hier enthüllen wir eine Erweiterung von PRISMA, um der Meta-Analyse-Community in Ökologie und Evolutionsbiologie zu dienen: PRISMA-EcoEvo (Version 1.0). PRISMA-EcoEvo ist eine Checkliste mit 27 Hauptpunkten, die, wenn anwendbar, in systematischen Reviews und Meta-Analyse-Publikationen berichtet werden sollten, die primäre Forschung in Ökologie und Evolutionsbiologie zusammenfassen. In diesem Erklärungsdokument stellen wir Leitfäden für Autoren, Gutachter und Herausgeber bereit, mit Erklärungen für jeden Punkt der Checkliste, einschließlich ergänzender Beispiele aus veröffentlichten Artikeln. Autoren können diese PRISMA-EcoEvo-Richtlinie sowohl in der Planungs- als auch in der Schreibphase eines systematischen Reviews und einer Meta-Analyse konsultieren, um die Berichtsqualität eingereichter Manuskripte zu erhöhen. Gutachter und Herausgeber können die Checkliste verwenden, um die Berichtsqualität in den von ihnen bewerteten Manuskripten zu bewerten. Insgesamt ist PRISMA-EcoEvo eine Ressource für die Ökologie- und Evolutionsbiologie-Community, um transparente und umfassend berichtete systematische Reviews und Meta-Analysen zu erleichtern.",
    url = "https://doi.org/10.1111/brv.12721",
    doi = "10.1111/brv.12721",
    openalex = "W3158015415",
    references = "doi101016jbiocon201506006, doi101038s4155901704025"
}

Evolution ist das Markenzeichen des Lebens. Beschreibungen der Evolution von Mikroorganismen haben eine Fülle von Informationen geliefert, aber das Wissen darüber, „was passiert ist", hat ein tieferes Verständnis davon verhindert, „wie" die Evolution voranschreitet, wie im Fall der antimikrobiellen Resistenz. Die Schwierigkeit, die Frage des „Wie" zu beantworten, liegt in den mehrstufigen Dimensionen evolutionärer Prozesse, die in komplexen Netzwerken eingebettet sind und alle Einheiten der Selektion umfassen, von Genen bis hin zu Gemeinschaften und Ökosystemen. Auf der einfachsten ontologischen Ebene (wie bei Resistenzgenen) verläuft die Evolution durch zufällige (Mutation und Drift) und gerichtete (natürliche Selektion) Prozesse; jedoch können gelegentlich sequentielle Pfade adaptiver Variation beobachtet werden, und unter festen Umständen (bestimmte Fitnesslandschaften) ist die Evolution vorhersagbar. Auf der höchsten Ebene (wie bei Plasmiden, Klonen, Arten, Mikrobiota) nehmen die Freiheitsgrade der Systeme dramatisch zu, bedingt durch die variable Ausbreitung, Fragmentierung, Verwandtschaft oder Koaleszenz bakterieller Populationen, abhängig von heterogenen und sich verändernden Nischen und Selektionsgradienten in komplexen Umgebungen. Evolutionäre Trajektorien der Antibiotikaresistenz finden ihren Weg in diese sich verändernden Landschaften, die zufälligen Variationen unterliegen, werden hochgradig entropisch und daher unvorhersehbar. Experimentelle, phylogenetische und ökogenetische Analysen zeigen jedoch bevorzugte frequentierte Pfade (Autobahnen), auf denen Antibiotikaresistenz fließt und sich ausbreitet, was ein gewisses Verständnis der evolutionären Dynamik, Modellierung und Gestaltung von Interventionen ermöglicht. Studien zur Antibiotikaresistenz haben einen angewandten Aspekt in der Verbesserung der individuellen Gesundheit, One Health und Global Health sowie einen akademischen Wert für das Verständnis der Evolution. Wichtigsten haben sie eine heuristische Bedeutung als Modell, um den negativen Einfluss anthropogener Effekte auf die Umwelt zu reduzieren.

@article{doi101128cmr0005019,
    author = "Baquero, F. und Martínez, J. L. und Lanza, V. F. und Rodríguez-Beltrán, J. und Galán, J. C. und Millán, A. San und Cantón, R. und Coque, T. M.",
    title = "Evolutionäre Pfade und Trajektorien in der Antibiotikaresistenz",
    year = "2021",
    journal = "Clinical Microbiology Reviews",
    abstract = {Evolution ist das Markenzeichen des Lebens. Beschreibungen der Evolution von Mikroorganismen haben eine Fülle von Informationen geliefert, aber das Wissen darüber, „was passiert ist", hat ein tieferes Verständnis davon verhindert, „wie" die Evolution voranschreitet, wie im Fall der antimikrobiellen Resistenz. Die Schwierigkeit, die Frage des „Wie" zu beantworten, liegt in den mehrstufigen Dimensionen evolutionärer Prozesse, die in komplexen Netzwerken eingebettet sind und alle Einheiten der Selektion umfassen, von Genen bis hin zu Gemeinschaften und Ökosystemen. Auf der einfachsten ontologischen Ebene (wie bei Resistenzgenen) verläuft die Evolution durch zufällige (Mutation und Drift) und gerichtete (natürliche Selektion) Prozesse; jedoch können gelegentlich sequentielle Pfade adaptiver Variation beobachtet werden, und unter festen Umständen (bestimmte Fitnesslandschaften) ist die Evolution vorhersagbar. Auf der höchsten Ebene (wie bei Plasmiden, Klonen, Arten, Mikrobiota) nehmen die Freiheitsgrade der Systeme dramatisch zu, bedingt durch die variable Ausbreitung, Fragmentierung, Verwandtschaft oder Koaleszenz bakterieller Populationen, abhängig von heterogenen und sich verändernden Nischen und Selektionsgradienten in komplexen Umgebungen. Evolutionäre Trajektorien der Antibiotikaresistenz finden ihren Weg in diese sich verändernden Landschaften, die zufälligen Variationen unterliegen, werden hochgradig entropisch und daher unvorhersehbar. Experimentelle, phylogenetische und ökogenetische Analysen zeigen jedoch bevorzugte frequentierte Pfade (Autobahnen), auf denen Antibiotikaresistenz fließt und sich ausbreitet, was ein gewisses Verständnis der evolutionären Dynamik, Modellierung und Gestaltung von Interventionen ermöglicht. Studien zur Antibiotikaresistenz haben einen angewandten Aspekt in der Verbesserung der individuellen Gesundheit, One Health und Global Health sowie einen akademischen Wert für das Verständnis der Evolution. Wichtigsten haben sie eine heuristische Bedeutung als Modell, um den negativen Einfluss anthropogener Effekte auf die Umwelt zu reduzieren.},
    url = "https://doi.org/10.1128/cmr.00050-19",
    doi = "10.1128/cmr.00050-19",
    openalex = "W3175889552",
    references = "doi101002bies201000127, doi101007bf01731581, doi101016jscitotenv201301032, doi101038nrmicro3028, doi101073pnas9563140, doi101093oso97801985459960010001, doi101098rstb19520012, doi101126science1227079, doi101128cmr0008817, doi101128microbiolspecplas00392014, doi101128mmbr0001610, doi101371journalpgen1000713, doi102307jctvjsf433, doi103389fcimb201200119"
}

Veränderungen (z. B. horizontale Genübertragung). Schließlich fassen wir zusammen, wie beobachtete mikrobielle Assemblagen das dynamische Ergebnis sowohl erfolgreicher als auch erfolgloser Dispersal-Ereignisse von Taxa sind, und diskutieren diese Konzepte im Einklang mit der Literatur, wodurch ein reichhaltigeres Verständnis dieses Prozesses in der Mikrobiomforschung ermöglicht wird.

@article{doi103389fmicb2022855859,
    author = "Custer, Gordon und Bresciani, Luana und Dini‐Andreote, Francisco",
    title = "Ökologische und evolutionäre Implikationen der mikrobiellen Dispersal",
    year = "2022",
    journal = "Frontiers in Microbiology",
    abstract = "Veränderungen (z. B. horizontale Genübertragung). Schließlich fassen wir zusammen, wie beobachtete mikrobielle Assemblagen das dynamische Ergebnis sowohl erfolgreicher als auch erfolgloser Dispersal-Ereignisse von Taxa sind und diskutieren diese Konzepte im Einklang mit der Literatur, wodurch ein reichhaltigeres Verständnis dieses Prozesses in der Mikrobiomforschung ermöglicht wird.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.855859",
    doi = "10.3389/fmicb.2022.855859",
    openalex = "W4226315715",
    references = "doi101111ele13568, doi101128cmr0005019"
}

@article{doi101038s41579023009025,
    author = "Sanz‐García, Fernando und Gil‐Gil, Teresa und Laborda, Pablo und Blanco, Paula und Ochoa-Sánchez, Luz Edith und Baquero, Fernando und Martínez, José Luis und Hernando‐Amado, Sara",
    title = "Übersetzung der Öko-Evolutionären Biologie in die Therapie zur Bekämpfung von Antibiotikaresistenz",
    year = "2023",
    journal = "Nature Reviews Microbiology",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41579-023-00902-5",
    doi = "10.1038/s41579-023-00902-5",
    openalex = "W4377090310",
    references = "doi101128cmr0005019"
}

Wir stellen die 12. Version der Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA12)-Software vor. Diese neueste Version bringt viele signifikante Verbesserungen durch die Reduzierung der Rechenzeit, die für die Auswahl optimaler Substitutionsmodelle und die Durchführung von Bootstrap-Tests auf Phylogenien unter Verwendung von Maximum-Likelihood (ML)-Methoden erforderlich ist. Diese Verbesserungen werden durch die Implementierung von Heuristiken erreicht, die wahrscheinlich unnötige Berechnungen minimieren. Analysen empirischer und simulierter Datensätze zeigen erhebliche Zeitersparnisse durch den Einsatz dieser Heuristiken, ohne die Genauigkeit der Ergebnisse zu beeinträchtigen. MEGA12 integriert zudem einen evolutionären Ansatz des sparsamen Lernens, um fragile Klade und zugehörige Sequenzen in evolutionären Bäumen zu identifizieren, die durch phylogenomische Analysen abgeleitet wurden. Darüber hinaus umfasst diese Version eine feingranulare Parallelisierung für ML-Analysen, Unterstützung für Monitore mit hoher Auflösung und einen verbesserten Tree Explorer. MEGA12 kann heruntergeladen werden unter https://www.megasoftware.net.

@article{doi101093molbevmsae263,
    author = "Kumar, Sudhir und Stecher, Glen und Suleski, Michael und Sanderford, Maxwell und Sharma, Sudip und Tamura, Koichiro",
    title = "MEGA12: Molecular Evolutionary Genetic Analysis Version 12 für Adaptive und Green Computing",
    year = "2024",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Wir stellen die 12. Version der Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA12)-Software vor. Diese neueste Version bringt viele signifikante Verbesserungen durch die Reduzierung der Rechenzeit, die für die Auswahl optimaler Substitutionsmodelle und die Durchführung von Bootstrap-Tests auf Phylogenien unter Verwendung von Maximum-Likelihood (ML)-Methoden erforderlich ist. Diese Verbesserungen werden durch die Implementierung von Heuristiken erreicht, die wahrscheinlich unnötige Berechnungen minimieren. Analysen empirischer und simulierter Datensätze zeigen erhebliche Zeitersparnisse durch den Einsatz dieser Heuristiken, ohne die Genauigkeit der Ergebnisse zu beeinträchtigen. MEGA12 integriert zudem einen evolutionären Ansatz des sparsamen Lernens, um fragile Klade und zugehörige Sequenzen in evolutionären Bäumen zu identifizieren, die durch phylogenomische Analysen abgeleitet wurden. Darüber hinaus umfasst diese Version eine feingranulare Parallelisierung für ML-Analysen, Unterstützung für Monitore mit hoher Auflösung und einen verbesserten Tree Explorer. MEGA12 kann heruntergeladen werden unter https://www.megasoftware.net.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msae263",
    doi = "10.1093/molbev/msae263",
    openalex = "W4405670661",
    references = "doi101073pnas1213199109, doi101093molbevmsab120"
}