Evolutionäre Raten

@misc{dobzhansky1950evolution1,
    author = "Dobzhansky, T",
    title = "Evolution in the Tropics",
    year = "1950",
    howpublished = "American Scientist, v. 38, p. 208-221",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Dobzhansky, T., 1950, Evolution in the Tropics: American Scientist, v. 38, p. 208-221.}"
}

@incollection{doi101016b9781483227344500176,
    author = "Zuckerkandl, Emile und Pauling, Linus",
    title = "Evolutionäre Divergenz und Konvergenz in Proteinen",
    year = "1965",
    booktitle = "Elsevier eBooks",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-1-4832-2734-4.50017-6",
    doi = "10.1016/b978-1-4832-2734-4.50017-6",
    openalex = "W1534406401",
    references = "doi1043249781315081083"
}

@misc{kimura1968evolutionary2,
    author = "Kimura, M",
    title = "Evolutionary rate at the molecular level",
    year = "1968",
    howpublished = "Nature, v. 217, p. 624-626",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Kimura, M., 1968, Evolutionary rate at the molecular level: Nature, v. 217, p. 624-626.}"
}

Der Inhalt dieses Artikels wurde als Präsidentenrede an die Society for the Study of Evolution am 30. Dezember 1969 in Boston, Massachusetts, gehalten. Es wird auf evolutionäre Studien in den Tropen hingewiesen, die das Fachgebiet signifikant vorantreiben. Anschließend wird im Detail auf die möglichen evolutionären Grundlagen des auffälligsten biologischen Merkmals der Tropen eingegangen: die außerordentliche floristische und faunistische Vielfalt tropischer Ökosysteme. Da die meisten Beiträge zur Diskussion dieses Themas von Zoologen stammen, liegt der Schwerpunkt hier auf botanischen Aspekten. Es wird geschlossen, dass jede von mehreren potenziellen Erklärungen für die Vielfalt gültig sein kann und dass für die Zukunft eine Synthese statt eines Schiedsprüchs zwischen Theorien dringend erforderlich ist. ES GIBT VIELE GRÜNDE, warum wir, wenn wir Ende der 1960er Jahre stehen, auf das achten sollten, was in der Erforschung der Evolution in den Tropen geschieht. Nach vielen Jahren der Vernachlässigung erhalten die Tropen mehr Aufmerksamkeit von Ökologen – und wo die Ökologen ihre Anregung und ihre Informationen finden, gibt es auch Material für Evolutionisten, sofern wir, wie sie, weiterhin an der Anpassung interessiert sind. Trotz neuerer Behauptungen molekularbiologischer Forscher (z. B. King und Jukes 1969, Wilson und Sarich 1969) für eine nicht-selektive biochemische Evolution glaube ich, dass die durch natürliche Selektion aufrechterhaltene Anpassung weiterhin das Fundament des evolutionären Gebäudes ist – und die Tropen bieten hervorragende Möglichkeiten, um vielfältige Beispiele von Anpassung in Aktion zu untersuchen. Vor kurzem gab es in mehreren Bereichen der tropischen Biologie wichtige Fortschritte mit evolutionärer Bedeutung, und ich möchte auf einige davon aufmerksam machen. Zum Beispiel ist eine der aufregendsten Entwicklungen in der Pflanzenphysiologie der letzten Jahre die Demonstration gewesen, dass es mindestens zwei biochemische Wege gibt, auf denen die Photosynthese bei Blütenpflanzen ablaufen kann. Der konventionelle oder Calvin-Weg (Calvin und Bassham 1962) umfasst phosphorylierte chemische Verbindungen mit drei Kohlenstoffatomen, während der kürzlich entdeckte Weg (Hatch und Slack 1966) vier-kohlenstoffhaltige, dicarbonsäurehaltige Verbindungen als frühe Produkte der Photosynthese beinhaltet. Pflanzen, die den vier-kohlenstoffhaltigen Weg nutzen, können Kohlendioxid mit Raten fixieren, die bis zum Doppelten derjenigen reichen, die den konventionellen Mechanismus nutzen, zumindest teilweise, weil sie bei der Photorespiration nichts verschwenden. Entsprechend sind ihre Kohlendioxid-Kompensationspunkte (der CO2-Gehalt in der Atmosphäre, bei dem die Atmung gerade die Photosynthese ausgleicht) extrem niedrig. Darüber hinaus weisen sie Besonderheiten in den Bündelscheiden der Blätter (Laetsch 1968) auf, anhand derer sie erkannt werden können, sowie Blätterstrukturen, die den Gasaustausch reduzieren. Die Anreicherung von Kohlendioxid wird unter bestimmten dunklen Umständen erleichtert und, da die C4-Photosynthese durch die während der Beleuchtung anreichende Sauerstoffkonzentration nicht gehemmt wird (Olle Bjorkman, pers. comm.), steigen ihre Photosyntheseraten weiter an, bis Lichtintensitäten erreicht werden, die dem Maximum entsprechen, das bei Tageslicht erlebt wird. Die Photosynthese setzt sich auch fort, selbst wenn die gelösten Kohlendioxidkonzentrationen in den Zellen auf niedrige Werte reduziert werden.

@article{doi1023072989767,
    author = "Baker, Herbert G.",
    title = "Evolution in the Tropics",
    year = "1970",
    journal = "Biotropica",
    abstract = "Der Inhalt dieses Artikels wurde als Präsidentenansprache der Society for the Study of Evolution am 30. Dezember 1969 in Boston, Massachusetts, gehalten. Es wird auf evolutionäre Studien in den Tropen hingewiesen, die das Fachgebiet signifikant vorantreiben. Anschließend wird im Detail auf die möglichen evolutionären Grundlagen des auffälligsten biologischen Merkmals der Tropen eingegangen: die außerordentliche floristische und faunistische Vielfalt tropischer Ökosysteme. Da die meisten Beiträge zur Diskussion dieses Themas von Zoologen stammen, liegt der Schwerpunkt hier auf botanischen Aspekten. Es wird geschlossen, dass jede von mehreren potenziellen Erklärungen für die Vielfalt gültig sein kann und dass für die Zukunft eine Synthese statt einer Schlichtung zwischen Theorien dringend erforderlich ist. ES GIBT VIELE GRÜNDE, warum wir, wenn wir Ende der 1960er Jahre stehen, auf das achten sollten, was in der Erforschung der Evolution in den Tropen geschieht. Nach vielen Jahren der Vernachlässigung erhalten die Tropen mehr Aufmerksamkeit von Ökologen – und wo die Ökologen ihre Anregung und ihre Informationen finden, gibt es auch Material für Evolutionisten, sofern wir, wie sie, weiterhin an der Anpassung interessiert sind. Trotz neuerer Behauptungen von Molekularbiologen (z. B. King und Jukes 1969, Wilson und Sarich 1969) für eine nicht-selektive biochemische Evolution glaube ich, dass die durch natürliche Selektion aufrechterhaltene Anpassung weiterhin das Fundament des evolutionären Gebäudes ist – und die Tropen bieten hervorragende Möglichkeiten, um vielfältige Beispiele von Anpassung in Aktion zu untersuchen. Vor kurzem gab es in mehreren Bereichen der tropischen Biologie wichtige Fortschritte mit evolutionärer Bedeutung, und ich möchte auf einige davon aufmerksam machen. Zum Beispiel ist eine der aufregendsten Entwicklungen in der Pflanzenphysiologie in den letzten Jahren die Demonstration gewesen, dass es mindestens zwei biochemische Wege gibt, über die die Photosynthese bei Blütenpflanzen ablaufen kann. Der konventionelle oder Calvin-Weg (Calvin und Bassham 1962) umfasst phosphorylierte chemische Verbindungen mit drei Kohlenstoffatomen, während der kürzlich entdeckte Weg (Hatch und Slack 1966) vier-kohlenstoffhaltige, dicarboxylische Säuren als frühe Produkte der Photosynthese beinhaltet. Pflanzen, die den vier-kohlenstoffhaltigen Weg nutzen, können Kohlendioxid mit Raten bis zu doppelt so hoch fixieren wie diejenigen, die den konventionellen Mechanismus nutzen, zumindest teilweise, weil sie bei der Photorespiration nichts verschwenden. Entsprechend sind ihre Kohlendioxid-Kompensationspunkte (der CO2-Gehalt in der Atmosphäre, bei dem die Atmung gerade die Photosynthese ausgleicht) extrem niedrig. Darüber hinaus weisen sie Besonderheiten in den Bündelscheiden der Blätter (Laetsch 1968) auf, anhand derer sie erkannt werden können, sowie Blätterstrukturen, die den Gasaustausch reduzieren. Die Anreicherung von Kohlendioxid wird unter bestimmten Dunkelbedingungen erleichtert, und da die C4-Photosynthese nicht durch die während der Beleuchtung anreichenden Sauerstoffmengen gehemmt wird (Olle Bjorkman, pers. comm.), steigen ihre Photosyntheseraten weiter an, bis Lichtintensitäten erreicht werden, die dem Maximum entsprechen, das bei Tageslicht erfahren wird. Die Photosynthese setzt sich auch fort, selbst wenn die gelösten Kohlendioxidkonzentrationen in den Zellen auf niedrige Werte reduziert werden",
    url = "https://doi.org/10.2307/2989767",
    doi = "10.2307/2989767",
    openalex = "W2321539134"
}

@article{doi101126science1090005,
    author = "King, Mary‐Claire und Wilson, Allan C.",
    title = "Evolution auf zwei Ebenen bei Menschen und Schimpansen",
    year = "1975",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1090005",
    doi = "10.1126/science.1090005",
    openalex = "W2128969076",
    references = "doi101007bf00485780, doi101016002228367190324x, doi101016s002192581861823x, doi1010179781316276259010, doi101038224149a0, doi101073pnas581142, doi101073pnas6341088, doi101073pnas7183028, doi101093genetics701113, doi101126science15838051200, doi1023073001850, doi1043249781315081083, sarich1967immunological"
}

Es wird vorgeschlagen, dass die Evolution bei Pflanzen mit dem Auftreten von drei primären Strategien verbunden sein kann, die jeweils anhand einer Reihe von Merkmalen identifiziert werden können, einschließlich morphologischer Merkmale, Ressourcenallokation, Phänologie und Stressreaktion. Die kompetitive Strategie herrscht in produktiven, relativ wenig gestörten Vegetationen vor, die stress-tolerante Strategie ist mit kontinuierlich unproduktiven Bedingungen verbunden, und die ruderalische Strategie ist charakteristisch für stark gestörte, aber potenziell produktive Lebensräume. Ein dreieckiges Modell, das auf den drei Strategien basiert, lässt sich mit der Theorie der r- und K-Selektion in Einklang bringen, bietet Einblicke in die Prozesse der Vegetationssukzession und Dominanz und scheint in der Lage zu sein, auf Pilze und Tiere erweitert zu werden.

@article{doi101086283244,
    author = "Grime, J. P.",
    title = "Evidence for the Existence of Three Primary Strategies in Plants and Its Relevance to Ecological and Evolutionary Theory",
    year = "1977",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Es wird vorgeschlagen, dass die Evolution bei Pflanzen mit dem Auftreten von drei primären Strategien verbunden sein kann, die jeweils anhand einer Reihe von Merkmalen identifiziert werden können, einschließlich morphologischer Merkmale, Ressourcenallokation, Phänologie und Stressreaktion. Die kompetitive Strategie herrscht in produktiven, relativ wenig gestörten Vegetationen vor, die stress-tolerante Strategie ist mit kontinuierlich unproduktiven Bedingungen verbunden, und die ruderalische Strategie ist charakteristisch für stark gestörte, aber potenziell produktive Lebensräume. Ein dreieckiges Modell, das auf den drei Strategien basiert, lässt sich mit der Theorie der r- und K-Selektion in Einklang bringen, bietet Einblicke in die Prozesse der Vegetationssukzession und Dominanz und scheint in der Lage zu sein, auf Pilze und Tiere erweitert zu werden.",
    url = "https://doi.org/10.1086/283244",
    doi = "10.1086/283244",
    openalex = "W2055424972",
    references = "doi101038242344a0, doi101038250026a0, doi101086282454, doi101086282455, doi1015159781400881376, doi102307213332, doi1023072258728, doi10230725528056, doi1023073241344, doi105962bhltitle59991"
}

@article{doi101038scientificamerican117998,
    author = "Kimura, Motoo",
    title = "The Neutral Theory of Molecular Evolution",
    year = "1979",
    journal = "Scientific American",
    url = "https://doi.org/10.1038/scientificamerican1179-98",
    doi = "10.1038/scientificamerican1179-98",
    openalex = "W2045391589"
}

@article{doi101007bf01734359,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "Evolutionäre Bäume aus DNA-Sequenzen: Ein Maximum-Likelihood-Ansatz",
    year = "1981",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf01734359",
    doi = "10.1007/bf01734359",
    openalex = "W2102424972",
    references = "doi101007bf01659159, doi101007bf01797451, doi101093sysbio223240, doi101093sysbio274401, doi101111j155856461965tb01722x, doi101111j251761611977tb01600x, doi101126science1553760279, doi101159000152448, doi1023072412810, doi1023072412923, openalexw2341059552, openalexw3141390961"
}

Artenverbreitungsmodelle (SDMs) sind numerische Werkzeuge, die Beobachtungen zum Vorkommen oder zur Häufigkeit von Arten mit Umweltabschätzungen kombinieren. Sie werden verwendet, um ökologische und evolutionäre Erkenntnisse zu gewinnen und Verbreitungen über Landschaften hinweg vorherzusagen,...Weiterlesen

@article{doi101146annureves18110187000323,
    author = "Hillis, David M.",
    title = "MOLECULAR VERSUS MORPHOLOGICAL APPROACHES TO SYSTEMATICS",
    year = "1987",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "Artenverbreitungsmodelle (SDMs) sind numerische Werkzeuge, die Beobachtungen zum Vorkommen oder zur Häufigkeit von Arten mit Umweltabschätzungen kombinieren. Sie werden verwendet, um ökologische und evolutionäre Erkenntnisse zu gewinnen und Verbreitungen über Landschaften hinweg vorherzusagen,...Weiterlesen",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.es.18.110187.000323",
    doi = "10.1146/annurev.es.18.110187.000323",
    openalex = "W2100983857",
    references = "doi101017s0094837300005224, doi101038325031a0, doi101073pnas581142, doi101073pnas7641967, doi101093genetics762379, doi101093genetics893583, doi101093sysbio234536, doi101093sysbio33183, doi101111j155856461982tb05453x, doi1023072412685, doi1023072413259, doi1023072528001, doi1023072529912, doi104159harvard9780674865327, openalexw2032279931, openalexw3135630760"
}

Ribosomale DNA (rDNA)-Sequenzen wurden bei einer Reihe von Lebewesen ausgerichtet und verglichen, und dieser Ansatz hat eine Fülle von Informationen über phylogenetische Beziehungen geliefert. Studien zu rDNA-Sequenzen wurden verwendet, um die phylogenetische Geschichte über ein sehr breites Spektrum zu erschließen, von Untersuchungen unter den basalsten Linien des Lebens bis hin zu Beziehungen zwischen eng verwandten Arten und Populationen. Gründe für die systematische Vielseitigkeit der rDNA umfassen die zahlreichen Evolutionsraten unter verschiedenen Regionen der rDNA (sowohl zwischen als auch innerhalb von Genen), das Vorhandensein vieler Kopien der meisten rDNA-Sequenzen pro Genom und das Muster der konzertierten Evolution, das zwischen wiederholten Kopien auftritt. Diese Merkmale erleichtern die Analyse der rDNA durch direkte RNA-Sequenzierung, DNA-Sequenzierung (entweder durch Klonierung oder Amplifikation) und Restriktionsenzym-Methoden. Einschränkungen, die durch die Sekundärstruktur der rRNA und die konzertierte Evolution auferlegt werden, müssen in phylogenetischen Analysen berücksichtigt werden, doch diese Einschränkungen scheinen die Nützlichkeit der rDNA nicht ernsthaft zu behindern. Eine Analyse ausgerichteter Sequenzen der vier nukleären und zwei mitochondrialen rRNA-Gene identifizierte Regionen dieser Gene, die wahrscheinlich nützlich sind, um phylogenetische Probleme über einen weiten Bereich von Divergenzniveaus zu lösen. Im Allgemeinen scheinen die kleinen Untereinheiten der nukleären Sequenzen am besten geeignet zu sein, um präkambrische Divergenzen aufzuklären, die großen Untereinheiten der nukleären Sequenzen für paläozoische und mesozoische Divergenzen und die Organell-Sequenzen beider Untereinheiten für zänozoische Divergenzen. Primärsequenzen wurden entwickelt, um das gesamte nukleäre rDNA-Array in 15 Abschnitten durch Verwendung der Polymerase-Kettenreaktion zu amplifizieren; diese „universellen" Primer ergänzen zuvor beschriebene Primer für die mitochondrialen rRNA-Gene. Primerpaare können in Verbindung mit der Analyse der Divergenz der rRNA-Gene ausgewählt werden, um systematische Probleme in der gesamten Hierarchie des Lebens zu lösen.

@article{doi101086417338,
    author = "Hillis, David M. und Dixon, Michael T.",
    title = "Ribosomale DNA: Molekulare Evolution und phylogenetische Inferenz",
    year = "1991",
    journal = "The Quarterly Review of Biology",
    abstract = {Ribosomale DNA (rDNA)-Sequenzen wurden bei einer Reihe von Lebewesen ausgerichtet und verglichen, und dieser Ansatz hat eine Fülle von Informationen über phylogenetische Beziehungen geliefert. Studien zu rDNA-Sequenzen wurden verwendet, um die phylogenetische Geschichte über ein sehr breites Spektrum zu erschließen, von Untersuchungen unter den basalsten Linien des Lebens bis hin zu Beziehungen zwischen eng verwandten Arten und Populationen. Gründe für die systematische Vielseitigkeit der rDNA umfassen die zahlreichen Evolutionsraten unter verschiedenen Regionen der rDNA (sowohl zwischen als auch innerhalb von Genen), das Vorhandensein vieler Kopien der meisten rDNA-Sequenzen pro Genom und das Muster der konzertierten Evolution, das zwischen wiederholten Kopien auftritt. Diese Merkmale erleichtern die Analyse der rDNA durch direkte RNA-Sequenzierung, DNA-Sequenzierung (entweder durch Klonierung oder Amplifikation) und Restriktionsenzym-Methoden. Einschränkungen, die durch die Sekundärstruktur der rRNA und die konzertierte Evolution auferlegt werden, müssen in phylogenetischen Analysen berücksichtigt werden, doch diese Einschränkungen scheinen die Nützlichkeit der rDNA nicht ernsthaft zu behindern. Eine Analyse ausgerichteter Sequenzen der vier nukleären und zwei mitochondrialen rRNA-Gene identifizierte Regionen dieser Gene, die wahrscheinlich nützlich sind, um phylogenetische Probleme über einen weiten Bereich von Divergenzniveaus zu lösen. Im Allgemeinen scheinen die kleinen Untereinheiten der nukleären Sequenzen am besten geeignet zu sein, um präkambrische Divergenzen aufzuklären, die großen Untereinheiten der nukleären Sequenzen für paläozoische und mesozoische Divergenzen und die Organell-Sequenzen beider Untereinheiten für zänozoische Divergenzen. Primärsequenzen wurden entwickelt, um das gesamte nukleäre rDNA-Array in 15 Abschnitten durch Verwendung der Polymerase-Kettenreaktion zu amplifizieren; diese „universellen" Primer ergänzen zuvor beschriebene Primer für die mitochondrialen rRNA-Gene. Primerpaare können in Verbindung mit der Analyse der Divergenz der rRNA-Gene ausgewählt werden, um systematische Probleme in der gesamten Hierarchie des Lebens zu lösen.},
    url = "https://doi.org/10.1086/417338",
    doi = "10.1086/417338",
    openalex = "W1969194381",
    references = "doi101073pnas74115088, doi101093nar20suppl2075, doi101126science202030, doi101126science2911720, doi101126science3277277, doi101146annureves18110187000323"
}

Zusammenfassung Seit Darwin ist es für Evolutionsbiologen zur zweiten Natur geworden, vergleichend zu denken, da Vergleiche die Allgemeingültigkeit evolutionärer Phänomene begründen. Verlangsamen große Genome die Entwicklung? Welche Lebensweisen selektieren für große Gehirne? Stehen Aussterberaten mit der Körpergröße in Zusammenhang? Dies sind alle Fragen für die vergleichende Methode, und dieses Buch behandelt, wie solche Fragen beantwortet werden können. Das erste Kapitel erläutert geeignete Fragen für den vergleichenden Ansatz und zeigt, wie er andere Problemlösungsansätze in der Evolution ergänzt. Das zweite Kapitel identifiziert die biologischen Ursachen für Ähnlichkeiten zwischen eng verwandten Arten für fast jedes beobachtete Merkmal. Das dritte Kapitel diskutiert Methoden zur Rekonstruktion phylogenetischer Bäume und ancestraler Merkmalszustände. Das vierte Kapitel entwickelt statistische Tests, die bestimmen sollen, ob verschiedene Merkmale, die in diskreten Zuständen existieren, Hinweise auf korrelierte Evolution zeigen. Kapitel 5 wendet sich vergleichenden Analysen kontinuierlich variierender Merkmale zu. Kapitel 6 betrachtet Allometrie, um die zuvor diskutierten Themen und Methoden zu exemplifizieren, während das letzte Kapitel die zukünftige Entwicklung des vergleichenden Ansatzes in der molekularen und organismischen Biologie betrachtet.

@book{doi101093oso97801985464120010001,
    author = "Harvey, Paul und Pagel, Mark",
    title = "The Comparative Method in Evolutionary Biology",
    year = "1991",
    abstract = "Zusammenfassung Seit Darwin ist es für Evolutionsbiologen zur zweiten Natur geworden, vergleichend zu denken, da Vergleiche die Allgemeingültigkeit evolutionärer Phänomene begründen. Verlangsamen große Genome die Entwicklung? Welche Lebensweisen selektieren für große Gehirne? Stehen Aussterberaten mit der Körpergröße in Zusammenhang? Dies sind alle Fragen für die vergleichende Methode, und dieses Buch behandelt, wie solche Fragen beantwortet werden können. Das erste Kapitel erläutert geeignete Fragen für den vergleichenden Ansatz und zeigt, wie er andere Problemlösungsansätze in der Evolution ergänzt. Das zweite Kapitel identifiziert die biologischen Ursachen für Ähnlichkeiten zwischen eng verwandten Arten für fast jedes beobachtete Merkmal. Das dritte Kapitel diskutiert Methoden zur Rekonstruktion phylogenetischer Bäume und ancestraler Merkmalszustände. Das vierte Kapitel entwickelt statistische Tests, die bestimmen sollen, ob verschiedene Merkmale, die in diskreten Zuständen existieren, Hinweise auf korrelierte Evolution zeigen. Kapitel 5 wendet sich vergleichenden Analysen kontinuierlich variierender Merkmale zu. Kapitel 6 betrachtet Allometrie, um die zuvor diskutierten Themen und Methoden zu exemplifizieren, während das letzte Kapitel die zukünftige Entwicklung des vergleichenden Ansatzes in der molekularen und organismischen Biologie betrachtet.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oso/9780198546412.001.0001",
    doi = "10.1093/oso/9780198546412.001.0001",
    openalex = "W4388245928"
}

DNA-Sequenzen und andere molekulare Daten, die zwischen Organismen verglichen werden, können phylogenetisches Signal enthalten oder sie können bezüglich der phylogenetischen Geschichte randomisiert sein. Es ist eine Methode erforderlich, um phylogenetisches Signal von zufälligem Rauschen zu unterscheiden, um die Analyse von Daten zu vermeiden, die bezüglich der historischen Beziehungen der verglichenen Taxa randomisiert wurden. Wir analysierten 8.000 zufällige Datenmatrizen, bestehend aus 10-500 binären oder vierzuständigen Merkmalen und 5-25 Taxa, um verschiedene Optionen zur Erkennung von Signalen in systematischen Datenbanken zu untersuchen. Die Analyse von zufälligen Daten liefert oft einen einzigen höchstparsimonischen Baum, insbesondere wenn die Anzahl der untersuchten Merkmale groß und die Anzahl der untersuchten Taxa klein ist (beides ist in molekularen Studien oft der Fall). Der aus zufälligen Daten abgeleitete höchstparsimonische Baum kann auch erheblich kürzer sein als die zweitbeste Alternative. Die Verteilung der Baumängen aller Baumtopologien (oder einer zufälligen Stichprobe davon) liefert ein sensibles Maß für phylogenetisches Signal: Datenmatrizen mit phylogenetischem Signal erzeugen Baumängenverteilungen, die stark nach links verschoben sind, wohingegen solche, die aus zufälligem Rauschen bestehen, näher an der Symmetrie liegen. In Simulationen der Phylogenie mit variierenden Mutationsraten (bis zu Stufen, die zufällige Variationen zwischen Taxa erzeugen), ist die Schiefe der Baumängenverteilungen eng mit dem Erfolg der Parsimonie bei der Ermittlung der wahren Phylogenie verbunden. Tabellen mit kritischen Werten eines Schiefheitsteststatistikums, g1, werden für binäre und vierzuständige Merkmale für 10-500 Merkmale und 5-25 Taxa bereitgestellt. Diese Tabellen können in einem schnellen und effizienten Test für signifikante Strukturen in Datenmatrizen für die phylogenetische Analyse verwendet werden.

@article{doi101093oxfordjournalsjhereda111190,
    author = "Hillis, David M. und Huelsenbeck, John P.",
    title = "Signal, Noise, and Reliability in Molecular Phylogenetic Analyses",
    year = "1992",
    journal = "Journal of Heredity",
    abstract = "DNA-Sequenzen und andere molekulare Daten, die zwischen Organismen verglichen werden, können phylogenetisches Signal enthalten oder sie können bezüglich der phylogenetischen Geschichte randomisiert sein. Es ist eine Methode erforderlich, um phylogenetisches Signal von zufälligem Rauschen zu unterscheiden, um die Analyse von Daten zu vermeiden, die bezüglich der historischen Beziehungen der verglichenen Taxa randomisiert wurden. Wir analysierten 8.000 zufällige Datenmatrizen, bestehend aus 10-500 binären oder vierzuständigen Merkmalen und 5-25 Taxa, um verschiedene Optionen zur Erkennung von Signalen in systematischen Datenbanken zu untersuchen. Die Analyse von zufälligen Daten liefert oft einen einzigen höchstparsimonischen Baum, insbesondere wenn die Anzahl der untersuchten Merkmale groß und die Anzahl der untersuchten Taxa klein ist (beides ist in molekularen Studien oft der Fall). Der aus zufälligen Daten abgeleitete höchstparsimonische Baum kann auch erheblich kürzer sein als die zweitbeste Alternative. Die Verteilung der Baumängen aller Baumtopologien (oder einer zufälligen Stichprobe davon) liefert ein sensibles Maß für phylogenetisches Signal: Datenmatrizen mit phylogenetischem Signal erzeugen Baumängenverteilungen, die stark nach links verschoben sind, wohingegen solche, die aus zufälligem Rauschen bestehen, näher an der Symmetrie liegen. In Simulationen der Phylogenie mit variierenden Mutationsraten (bis zu Stufen, die zufällige Variationen zwischen Taxa erzeugen), ist die Schiefe der Baumängenverteilungen eng mit dem Erfolg der Parsimonie bei der Ermittlung der wahren Phylogenie verbunden. Tabellen mit kritischen Werten eines Schiefheitsteststatistikums, g1, werden für binäre und vierzuständige Merkmale für 10-500 Merkmale und 5-25 Taxa bereitgestellt. Diese Tabellen können in einem schnellen und effizienten Test für signifikante Strukturen in Datenmatrizen für die phylogenetische Analyse verwendet werden.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.jhered.a111190",
    doi = "10.1093/oxfordjournals.jhered.a111190",
    openalex = "W2270430976",
    references = "doi101146annureves18110187000323"
}

Die Rekonstruktion von Phylogenien aus molekularen Daten ist zu einer wichtigen und zunehmend verbreiteten Herangehensweise in der Systematik geworden. Das Ergebnis solcher Studien ist ein Genbaum, der Beziehungen zwischen Genen oder Genomen hypothetisiert. Dieser Genbaum kann aufgrund verschiedener biologischer Phänomene wie Introgression, Linien-Sorting oder falscher Orthologie grundlegend inkongruent mit der wahren Art-Phylogenie sein. In solchen Umständen können alle Genbaum-Charaktere, die die Beziehungen molekularer Taxa (Haplotypen) definieren, notwendigerweise korreliert sein, und das Gen oder das Genom kann sich wie ein einzelner Artbaum-Charakter verhalten. In diesen Umständen ist die Robustheit der Gen-Hypothese als Maß für das Vertrauen in die Art-phylogenetische Hypothese bedeutungslos. Inkongruenz zwischen einer phylogenetischen Hypothese, die auf zahlreichen, presumably unabhängigen, nicht-molekularen Charakteren basiert, und einem einzelnen Genbaum sollte nicht als auf Rauschen in nicht-molekularen Daten beruhend angenommen werden. Wie bei anderen Charakteren kann eine Charakter-Phylogenie, in diesem Fall ein Genbaum, am besten durch eine Parsimonie-Analyse getestet werden, in der andere Charaktere enthalten sind. Wenn Unabhängigkeit molekularer Charaktere angenommen wird, ist jeder ein äquivalentes phylogenetisches Hypothesen, wie jeder nicht-molekulare Charakter, was zur Empfehlung führt, dass direkte Kombination angemessen ist. Swamping wird zu einem Problem, wenn ein großes molekularer Datensatz sich wie ein einzelner Charakter verhalten kann. Um dieses Problem zu lindern, kann ein Genbaum als ein einzelner Multistate-Charakter, entweder geordnet oder ungeordnet, behandelt und mit nicht-molekularen Daten kombiniert werden, um ein global parsimonisches Ergebnis zu erhalten. Ein Beispiel wird gegeben unter Verwendung veröffentlichter molekularer und nicht-molekularer Daten aus den Asteraceae.

@article{doi1023072419070,
    author = "Doyle, Jeff J.",
    title = "Gene Trees and Species Trees: Molecular Systematics as One-Character Taxonomy",
    year = "1992",
    journal = "Systematic Botany",
    abstract = "Die Rekonstruktion von Phylogenien aus molekularen Daten ist zu einer wichtigen und zunehmend verbreiteten Herangehensweise in der Systematik geworden. Das Ergebnis solcher Studien ist ein Genbaum, der Beziehungen zwischen Genen oder Genomen hypothetisiert. Dieser Genbaum kann aufgrund verschiedener biologischer Phänomene wie Introgression, Linien-Sorting oder falscher Orthologie grundlegend inkongruent mit der wahren Art-Phylogenie sein. In solchen Umständen können alle Genbaum-Charaktere, die die Beziehungen molekularer Taxa (Haplotypen) definieren, notwendigerweise korreliert sein, und das Gen oder das Genom kann sich wie ein einzelner Artbaum-Charakter verhalten. In diesen Umständen ist die Robustheit der Gen-Hypothese als Maß für das Vertrauen in die Art-phylogenetische Hypothese bedeutungslos. Inkongruenz zwischen einer phylogenetischen Hypothese, die auf zahlreichen, presumably unabhängigen, nicht-molekularen Charakteren basiert, und einem einzelnen Genbaum sollte nicht als auf Rauschen in nicht-molekularen Daten beruhend angenommen werden. Wie bei anderen Charakteren kann eine Charakter-Phylogenie, in diesem Fall ein Genbaum, am besten durch eine Parsimonie-Analyse getestet werden, in der andere Charaktere enthalten sind. Wenn Unabhängigkeit molekularer Charaktere angenommen wird, ist jeder ein äquivalentes phylogenetisches Hypothesen, wie jeder nicht-molekulare Charakter, was zur Empfehlung führt, dass direkte Kombination angemessen ist. Swamping wird zu einem Problem, wenn ein großes molekularer Datensatz sich wie ein einzelner Charakter verhalten kann. Um dieses Problem zu lindern, kann ein Genbaum als ein einzelner Multistate-Charakter, entweder geordnet oder ungeordnet, behandelt und mit nicht-molekularen Daten kombiniert werden, um ein global parsimonisches Ergebnis zu erhalten. Ein Beispiel wird gegeben unter Verwendung veröffentlichter molekularer und nicht-molekularer Daten aus den Asteraceae.",
    url = "https://doi.org/10.2307/2419070",
    doi = "10.2307/2419070",
    openalex = "W2007270568",
    references = "doi101016b9780123987600500262, doi101093oxfordjournalsmolbeva040517, doi101093sysbio274401, doi1010970000505319941100000014, doi101111j155856461983tb05533x, doi101146annureves18110187000323, doi101146annureves18110187002421, doi1023072412448, doi1023072413039, doi107312nei92038"
}

Die vergleichende Methode zur Erforschung der Anpassung: Warum sich um die Phylogenie kümmern? Rekonstruktion phylogenetischer Bäume und ancestraler Charakterzustände vergleichende Analyse diskreter Daten vergleichende Analyse kontinuierlicher Variablen Bestimmung der Form vergleichender Beziehungen.

@article{doi105860choice295104,
    title = "The comparative method in evolutionary biology",
    year = "1992",
    journal = "Choice Reviews Online",
    abstract = "The comparative method for studying adaptation why worry about phylogeny? reconstructing phylogenetic trees and ancestral character states comparative analysis of discrete data comparative analysis of continuous variables determining the form of comparative relationships.",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.29-5104",
    doi = "10.5860/choice.29-5104",
    openalex = "W1488393970"
}

Phylogenien, die aus gegenwärtigen Taxa rekonstruiert wurden, enthalten keine Informationen über ausgestorbene Linien. Wir leiten Wahrscheinlichkeitsmodelle für solche Phylogenien ab, die es ermöglichen, reale Daten mit spezifizierten Nullmodellen der Evolution zu vergleichen und Geburts- und Sterberaten von Linien zu schätzen.

@article{doi101098rstb19940068,
    author = "Nee, Sean und May, Robert M. und Harvey, Paul",
    title = "The reconstructed evolutionary process",
    year = "1994",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Phylogenies reconstructed from contemporary taxa do not contain information about lineages that have gone extinct. We derive probability models for such phylogenies, allowing real data to be compared with specified null models of evolution, and lineage birth and death rates to be estimated.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1994.0068",
    doi = "10.1098/rstb.1994.0068",
    openalex = "W2154552181",
    references = "doi101086627905"
}

Variable molekulare Sequenzen, die aus einer Population entnommen wurden, können verwendet werden, um ihre dynamische Geschichte zu rekonstruieren. Es werden grafische Methoden entwickelt und auf reale Daten angewendet, die Wege zur Navigation im Hypothesenraum mit zwei Referenzpunkten veranschaulichen: konstante Populationsgröße und exponentiell wachsende Populationsgröße.

@article{doi101098rstb19950087,
    author = "Nee, Sean und Holmes, Eddie C. und Rambaut, Andrew und Harvey, Paul",
    title = "Inferring population history from molecular phylogenies",
    year = "1995",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Variable molekulare Sequenzen, die aus einer Population entnommen wurden, können verwendet werden, um ihre dynamische Geschichte zu rekonstruieren. Es werden grafische Methoden entwickelt und auf reale Daten angewendet, die Wege zur Navigation im Hypothesenraum mit zwei Referenzpunkten veranschaulichen: konstante Populationsgröße und exponentiell wachsende Populationsgröße.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1995.0087",
    doi = "10.1098/rstb.1995.0087",
    openalex = "W1978546114"
}

@article{doi101007bf02338839,
    author = "Rannala, Bruce und Yang, Ziheng",
    title = "Wahrscheinlichkeitsverteilung molekularer evolutionärer Bäume: Eine neue Methode der phylogenetischen Inferenz",
    year = "1996",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf02338839",
    doi = "10.1007/bf02338839",
    openalex = "W2150783480",
    references = "doi101093oxfordjournalsmolbeva040259, doi101093sysbio422182, doi1023072992540"
}

▪ Zusammenfassung Die Untersuchung natürlicher Pflanzenpopulationen hat einige der stärksten und überzeugendsten Fälle für die Operation der natürlichen Selektion geliefert, die derzeit bekannt sind, teilweise aufgrund der Eignung für Reziprozitätstransplant-Experimente, Arbeit in gemeinsamen Gärten und langfristige in situ Manipulation. Genetische Differenzierung zwischen Pflanzenpopulationen über kleine Skalen (einige cm bis einige hundert cm) wurde dokumentiert und wird hier in krautigen Ein- und Mehrjährigen, holzigen Mehrjährigen, Aquatischen, Terrestriellen, schmalen Endemiten und weit verbreiteten Arten überprüft. Charakterdifferenzierung wurde für die meisten wichtigen Merkmale der Pflanzenstruktur und -funktion dokumentiert. Beispiele sind für Samenmerkmale, Blattmerkmale, Phänologie, physiologische und biochemische Aktivitäten, Schwermetalltoleranz, Herbizidresistenz, Parasitenresistenz, Wettbewerbsfähigkeit, Organellenmerkmale, Züchtungssysteme und Lebensgeschichte bekannt. Zu den Kräften, die diese Muster der Differenzierung geformt haben, gehören giftige Böden, Düngemittel, Mähen und Weiden, Bodenfeuchtigkeit, Temperatur, Lichtintensität, bestäubende Vektoren, Parasitismus, Genfluss und natürliche Dynamiken. Die Breite und Tiefe der hier überprüften Evidenz unterstützen stark die Idee, dass die natürliche Selektion die Hauptkraft ist, die die genetische Architektur in natürlichen Pflanzenpopulationen formt; diese Sichtweise muss mehr verbreitet geschätzt werden als es derzeit der Fall ist.

@article{doi101146annurevecolsys271237,
    author = "Linhart, Yan B. und Grant, Michael C.",
    title = "EVOLUTIONÄRE BEDEUTUNG LOKALER GENETISCHER DIFFERENZIERUNG BEI PFLANZEN",
    year = "1996",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "▪ Zusammenfassung Die Untersuchung natürlicher Pflanzenpopulationen hat einige der stärksten und überzeugendsten Fälle für die Operation der natürlichen Selektion geliefert, die derzeit bekannt sind, teilweise aufgrund der Eignung für Reziprozitätstransplant-Experimente, Arbeit in gemeinsamen Gärten und langfristige in situ Manipulation. Genetische Differenzierung zwischen Pflanzenpopulationen über kleine Skalen (einige cm bis einige hundert cm) wurde dokumentiert und wird hier in krautigen Ein- und Mehrjährigen, holzigen Mehrjährigen, Aquatischen, Terrestriellen, schmalen Endemiten und weit verbreiteten Arten überprüft. Charakterdifferenzierung wurde für die meisten wichtigen Merkmale der Pflanzenstruktur und -funktion dokumentiert. Beispiele sind für Samenmerkmale, Blattmerkmale, Phänologie, physiologische und biochemische Aktivitäten, Schwermetalltoleranz, Herbizidresistenz, Parasitenresistenz, Wettbewerbsfähigkeit, Organellenmerkmale, Züchtungssysteme und Lebensgeschichte bekannt. Zu den Kräften, die diese Muster der Differenzierung geformt haben, gehören giftige Böden, Düngemittel, Mähen und Weiden, Bodenfeuchtigkeit, Temperatur, Lichtintensität, bestäubende Vektoren, Parasitismus, Genfluss und natürliche Dynamiken. Die Breite und Tiefe der hier überprüften Evidenz unterstützen stark die Idee, dass die natürliche Selektion die Hauptkraft ist, die die genetische Architektur in natürlichen Pflanzenpopulationen formt; diese Sichtweise muss mehr verbreitet geschätzt werden als es derzeit der Fall ist.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.27.1.237",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.27.1.237",
    openalex = "W2130703487",
    references = "doi101002j153721971987tb08586x, doi10100797814615694425, doi1010079781489930439, doi101016037811199090073z, doi101038scientificamerican117998, doi101111j155856461993tb01215x, doi101126science15739260, doi101146annureves06110175002011, doi101146annureves10110179001133, doi101146annureves15110184000433, doi101146annureves18110187000323, doi101146annureves19110188000551, doi101146annurevge25120191000245, doi1015159781400820108, doi1023072444338, doi104159harvard9780674865327, openalexw2080618944, openalexw2146778590"
}

Es wird eine neue Methode zur Schätzung von Divergenzzeiten vorgeschlagen, wenn sich evolutionäre Raten zwischen Abstammungslinien unterscheiden. Die Methode, nichtparametrische Raten-Glättung (NPRS) genannt, stützt sich auf die Minimierung lokaler Ratenänderungen zwischen Vorfahren und Nachkommen und wird durch die Wahrscheinlichkeit motiviert, dass sich evolutionäre Raten im Zeitverlauf autokorrelieren. Fossilinformationen bezüglich der minimalen und/oder maximalen Altersangaben von Knoten in einer Phylogenie werden durch Techniken der eingeschränkten Optimierung in die Algorithmen integriert. Die Genauigkeit von NPRS wurde durch Vergleich mit einer auf Uhren basierenden Maximum-Likelihood-Methode in Computersimulationen untersucht. NPRS liefert genauere Schätzungen der Divergenzzeiten, wenn (1) Sequenzlängen ausreichend lang sind, (2) die Raten wirklich nicht-uhrenartig sind und (3) die Raten im Zeitverlauf moderat bis stark autokorreliert sind. Die Algorithmen wurden angewendet, um Divergenzzeiten bei Samenpflanzen basierend auf Daten aus dem Chloroplasten-Gen rbcL zu schätzen. Sowohl eingeschränkte als auch uneingeschränkte NPRS-Methoden neigten dazu, Schätzungen der Divergenzzeiten zu liefern, die mit paläobotanischen Beweisen übereinstimmten, wohingegen dies bei auf Uhren basierenden Schätzungen nicht der Fall war.

@article{doi101093oxfordjournalsmolbeva025731,
    author = "Sanderson, Michael J.",
    title = "A Nonparametric Approach to Estimating Divergence Times in the Absence of Rate Constancy",
    year = "1997",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "A new method for estimating divergence times when evolutionary rates are variable across lineages is proposed. The method, called nonparametric rate smoothing (NPRS), relies on minimization of ancestor-descendant local rate changes and is motivated by the likelihood that evolutionary rates are autocorrelated in time. Fossil information pertaining to minimum and/or maximum ages of nodes in a phylogeny is incorporated into the algorithms by constrained optimization techniques. The accuracy of NPRS was examined by comparison to a clock-based maximum-likelihood method in computer simulations. NPRS provides more accurate estimates of divergence times when (1) sequence lengths are sufficiently long, (2) rates are truly nonclocklike, and (3) rates are moderately to highly autocorrelated in time. The algorithms were applied to estimate divergence times in seed plants based on data from the chloroplast rbcL gene. Both constrained and unconstrained NPRS methods tended to produce divergence time estimates more consistent with paleobotanical evidence than did clock-based estimates.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a025731",
    doi = "10.1093/oxfordjournals.molbev.a025731",
    openalex = "W1964575260",
    references = "doi101007bf01797451, doi101126science2715248470, doi10113000917613198311503tdonag20co2"
}

Phylogenien, die aus Gen-Sequenzen rekonstruiert wurden, können verwendet werden, um das Tempo und die Art der Artbildung zu untersuchen. Hier entwickeln und verwenden wir neue statistische Methoden, um vergangene Muster der Artbildung und des Aussterbens aus molekularen Phylogenien abzuleiten. Insbesondere testen wir die Nullhypothese, dass die pro Linie verlaufende Artbildungs- und Aussterberate im Laufe der Zeit konstant geblieben ist. Die Ablehnung dieser Hypothese könnte Beweise für evolutionäre Ereignisse wie adaptive Radiationen oder Schlüsselanpassungen liefern. Im Gegensatz zu früheren Ansätzen sind unsere Methoden robust gegenüber unvollständiger Taxon-Abtastung und konservativ bezüglich des Aussterbens. Mittels Simulation untersuchen wir zunächst die nachteiligen Auswirkungen des Nichtberücksichtigens unvollständiger Abtastung und zweitens die Leistungsfähigkeit und Zuverlässigkeit unserer Tests. Wenn auf veröffentlichte Phylogenien angewendet, deuten unsere Tests an, dass in einigen Fällen die Artbildungsrate im Laufe der Zeit abgenommen hat.

@article{doi101098rspb20001278,
    author = "Pybus, Oliver G. und Harvey, Paul",
    title = "Testing macro–evolutionary models using incomplete molecular phylogenies",
    year = "2000",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Phylogenies reconstructed from gene sequences can be used to investigate the tempo and mode of species diversification. Here we develop and use new statistical methods to infer past patterns of speciation and extinction from molecular phylogenies. Specifically, we test the null hypothesis that per-lineage speciation and extinction rates have remained constant through time. Rejection of this hypothesis may provide evidence for evolutionary events such as adaptive radiations or key adaptations. In contrast to previous approaches, our methods are robust to incomplete taxon sampling and are conservative with respect to extinction. Using simulation we investigate, first, the adverse effects of failing to take incomplete sampling into account and, second, the power and reliability of our tests. When applied to published phylogenies our tests suggest that, in some cases, speciation rates have decreased through time.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2000.1278",
    doi = "10.1098/rspb.2000.1278",
    openalex = "W2118610143",
    references = "doi101086627905"
}

Die Identifizierung allgemeiner Eigenschaften evolutionärer Radiationen wurde durch den Mangel an einem allgemeinen statistischen und phylogenetischen Ansatz behindert, der auf diverse Taxa anwendbar ist. Wir präsentieren einen vergleichbaren analytischen Rahmen zur Untersuchung phylogenetischer Muster der Diversifizierung und morphologischer Disparität mit Daten von vier iguanischen Eidechs-Taxa, die substantiell unterschiedliche Muster der Evolution aufweisen. Taxa, deren Diversifizierung überproportional früh in ihrer evolutionären Geschichte stattfand, verteilen einen größeren Anteil ihrer morphologischen Disparität zwischen, anstatt innerhalb, von Subkladen. Diese inverse Beziehung zwischen dem Zeitpunkt der Diversifizierung und der morphologischen Disparität innerhalb von Subkladen könnte ein allgemeines Merkmal sein, das die historisch kontingenten Eigenschaften verschiedener evolutionärer Radiationen überschreitet.

@article{doi101126science1084786,
    author = "Harmon, Luke J. und Schulte, James A. und Larson, Allan und Losos, Jonathan B.",
    title = "Tempo und Mode der evolutionären Radiation bei Iguanischen Eidechsen",
    year = "2003",
    journal = "Science",
    abstract = "Die Identifizierung allgemeiner Eigenschaften evolutionärer Radiationen wurde durch den Mangel an einem allgemeinen statistischen und phylogenetischen Ansatz behindert, der auf diverse Taxa anwendbar ist. Wir präsentieren einen vergleichbaren analytischen Rahmen zur Untersuchung phylogenetischer Muster der Diversifizierung und morphologischer Disparität mit Daten von vier iguanischen Eidechs-Taxa, die substantiell unterschiedliche Muster der Evolution aufweisen. Taxa, deren Diversifizierung überproportional früh in ihrer evolutionären Geschichte stattfand, verteilen einen größeren Anteil ihrer morphologischen Disparität zwischen, anstatt innerhalb, von Subkladen. Diese inverse Beziehung zwischen dem Zeitpunkt der Diversifizierung und der morphologischen Disparität innerhalb von Subkladen könnte ein allgemeines Merkmal sein, das die historisch kontingenten Eigenschaften verschiedener evolutionärer Radiationen überschreitet.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1084786",
    doi = "10.1126/science.1084786",
    openalex = "W2002820714",
    references = "doi101017s0094837300015864, doi101111j109583121996tb01693x, doi101146annurevecolsys281129"
}

▪ Zusammenfassung Beim gemischten Befruchtungssystem, bei dem hermaphroditische Pflanzenarten sich sowohl durch Selbst- als auch durch Fremdbefruchtung fortpflanzen, handelt es sich um eine herausfordernde Aufgabe für Evolutionsbiologen. Die Theorie besagt, dass Inzuchtdepression, der Hauptselektionsfaktor, der der Evolution der Selbstbefruchtung entgegenwirkt, durch Selbstbefruchtung eliminiert werden kann, ein Prozess, der dazu führen sollte, dass sich reine Strategien entweder der Fremdbefruchtung oder der Selbstbefruchtung durchsetzen. Hier präsentieren wir aktualisierte Belege, die darauf hindeuten, dass gemischte Befruchtungssysteme bei Samenpflanzen häufig sind. Wir skizzieren die blüten- und Bestäubungsmechanismen, die zu einer intermediären Fremdbefruchtung führen können, überblicken die theoretischen Modelle, die die Stabilität der intermediären Fremdbefruchtung behandeln, und untersuchen relevante empirische Belege. Eine vergleichende Analyse der geschätzten Inzucht-Koeffizienten und Fremdbefruchtungs-Raten deutet darauf hin, dass gemischte Befruchtung trotz starker Inzuchtdepression oft evolviert. Die adaptive Bedeutung der gemischten Befruchtung ist für jede Art noch nicht vollständig erklärt worden. Jüngere theoretische und empirische Arbeiten deuten darauf hin, dass zukünftige Fortschritte von einer besseren Integration von Studien zu blütenmechanismen, Genetik und Ökologie sowie von der Anerkennung der räumlichen und zeitlichen Variation von Selektionsdrücken abhängen werden.

@article{doi101146annurevecolsys36091704175539,
    author = "Goodwillie, Carol und Kalisz, Susan und Eckert, Christopher G.",
    title = "The Evolutionary Enigma of Mixed Mating Systems in Plants: Occurrence, Theoretical Explanations, and Empirical Evidence",
    year = "2005",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "▪ Zusammenfassung Beim gemischten Befruchtungssystem, bei dem hermaphroditische Pflanzenarten sich sowohl durch Selbst- als auch durch Fremdbefruchtung fortpflanzen, handelt es sich um eine herausfordernde Aufgabe für Evolutionsbiologen. Die Theorie besagt, dass Inzuchtdepression, der Hauptselektionsfaktor, der der Evolution der Selbstbefruchtung entgegenwirkt, durch Selbstbefruchtung eliminiert werden kann, ein Prozess, der dazu führen sollte, dass sich reine Strategien entweder der Fremdbefruchtung oder der Selbstbefruchtung durchsetzen. Hier präsentieren wir aktualisierte Belege, die darauf hindeuten, dass gemischte Befruchtungssysteme bei Samenpflanzen häufig sind. Wir skizzieren die blüten- und Bestäubungsmechanismen, die zu einer intermediären Fremdbefruchtung führen können, überblicken die theoretischen Modelle, die die Stabilität der intermediären Fremdbefruchtung behandeln, und untersuchen relevante empirische Belege. Eine vergleichende Analyse der geschätzten Inzucht-Koeffizienten und Fremdbefruchtungs-Raten deutet darauf hin, dass gemischte Befruchtung trotz starker Inzuchtdepression oft evolviert. Die adaptive Bedeutung der gemischten Befruchtung ist für jede Art noch nicht vollständig erklärt worden. Jüngere theoretische und empirische Arbeiten deuten darauf hin, dass zukünftige Fortschritte von einer besseren Integration von Studien zu blütenmechanismen, Genetik und Ökologie sowie von der Anerkennung der räumlichen und zeitlichen Variation von Selektionsdrücken abhängen werden.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.36.091704.175539",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.36.091704.175539",
    openalex = "W2127588110",
    references = "doi10100797814615694425, doi101111j109583122000tb01221x, doi101146annureves15110184000433, doi105860choice355054, doi105962bhltitle110800, openalexw2491318968"
}

Phylemon ist eine Online-Plattform für phylogenetische und evolutionäre Analysen molekularer Sequenzdaten. Es wurde als Web-Server entwickelt, der eine Suite verschiedener Tools integriert, die unter den beliebtesten Standalone-Programmen für phylogenetische und evolutionäre Analysen ausgewählt wurden. Es wurde als natürliche Antwort auf die wachsende Nachfrage nach Datenanalysen durch viele experimentelle Wissenschaftler konzipiert, die einen Einblick in molekulare Evolution und Phylogenetik in ihre Forschung einbringen möchten. Die in Phylemon enthaltenen Tools decken ein breites, jedoch ausgewähltes Spektrum von Programmen ab: von den grundlegendsten für das Multiple-Sequence-Alignment bis hin zu elaborierten statistischen Methoden der phylogenetischen Rekonstruktion, einschließlich Methoden für die Analyse evolutionärer Raten und molekularer Anpassung. Phylemon verfügt über mehrere Merkmale, die es von anderen Ressourcen unterscheiden: (i) Es bietet eine integrierte Umgebung, die die direkte Verkettung evolutionärer Analysen, die Speicherung von Ergebnissen und die erforderlichen Datenformatkonvertierungen ermöglicht, (ii) Sobald eine Ausgabedatei erzeugt wurde, schlägt Phylemon die nächsten möglichen Analysen vor, wodurch der Benutzer geführt und die Integration mehrstufiger Analysen erleichtert wird, und (iii) Benutzer können vollständige Pipelines für spezifische phylogenetische Analysen definieren und speichern, die in nachfolgenden Sitzungen automatisch für viele Gene oder in einer einzigen Sitzung für mehrere Gene verwendet werden (Phylogenomik). Der Phylemon-Web-Server ist unter http://phylemon.bioinfo.cipf.es verfügbar.

@article{doi101093nargkm224,
    author = "Tárraga, Joaquín und Medina, Ignacio und Arbiza, Leonardo und Huerta‐Cepas, Jaime und Gabaldón, Toni und Dopazo, Joaquı́n und Dopazo, Hernán",
    title = "Phylemon: Eine Suite von Web-Tools für molekulare Evolution, Phylogenetik und Phylogenomik",
    year = "2007",
    journal = "Nucleic Acids Research",
    abstract = "Phylemon ist eine Online-Plattform für phylogenetische und evolutionäre Analysen molekularer Sequenzdaten. Es wurde als Web-Server entwickelt, der eine Suite verschiedener Tools integriert, die unter den beliebtesten Standalone-Programmen für phylogenetische und evolutionäre Analysen ausgewählt wurden. Es wurde als natürliche Antwort auf die wachsende Nachfrage nach Datenanalysen durch viele experimentelle Wissenschaftler konzipiert, die einen Einblick in molekulare Evolution und Phylogenetik in ihre Forschung einbringen möchten. Die in Phylemon enthaltenen Tools decken ein breites, jedoch ausgewähltes Spektrum von Programmen ab: von den grundlegendsten für das Multiple-Sequence-Alignment bis hin zu elaborierten statistischen Methoden der phylogenetischen Rekonstruktion, einschließlich Methoden für die Analyse evolutionärer Raten und molekularer Anpassung. Phylemon verfügt über mehrere Merkmale, die es von anderen Ressourcen unterscheiden: (i) Es bietet eine integrierte Umgebung, die die direkte Verkettung evolutionärer Analysen, die Speicherung von Ergebnissen und die erforderlichen Datenformatkonvertierungen ermöglicht, (ii) Sobald eine Ausgabedatei erzeugt wurde, schlägt Phylemon die nächsten möglichen Analysen vor, wodurch der Benutzer geführt und die Integration mehrstufiger Analysen erleichtert wird, und (iii) Benutzer können vollständige Pipelines für spezifische phylogenetische Analysen definieren und speichern, die in nachfolgenden Sitzungen automatisch für viele Gene oder in einer einzigen Sitzung für mehrere Gene verwendet werden (Phylogenomik). Der Phylemon-Web-Server ist unter http://phylemon.bioinfo.cipf.es verfügbar.",
    url = "https://doi.org/10.1093/nar/gkm224",
    doi = "10.1093/nar/gkm224",
    openalex = "W2095319152"
}

BEAST ist ein leistungsstarkes und flexibles Analysepaket für evolutionäre Analysen molekularer Sequenzvariationen. Es stellt zudem eine Ressource für die weitere Entwicklung neuer Modelle und statistischer Methoden der evolutionären Analyse bereit.

@article{doi101186147121487214,
    author = "Drummond, Alexei J. und Rambaut, Andrew",
    title = "BEAST: Bayesian evolutionäre Analyse durch Stichproben von Bäumen",
    year = "2007",
    journal = "BMC Evolutionary Biology",
    abstract = "BEAST ist ein leistungsstarkes und flexibles Analysepaket für evolutionäre Analysen molekularer Sequenzvariationen. Es stellt zudem eine Ressource für die weitere Entwicklung neuer Modelle und statistischer Methoden der evolutionären Analyse bereit.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1471-2148-7-214",
    doi = "10.1186/1471-2148-7-214",
    openalex = "W2110835349",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf02101694, doi101007bf02101990, doi101016b9781483227344500176, doi101016s0169534703002167, doi10106311699114, doi101073pnas6341088, doi10108010635150290102456, doi101093bioinformatics178754, doi101093biomet57197, doi101093molbevmsi103, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi101093oxfordjournalsmolbeva040153, doi101126science1101074, doi101371journalpbio0040088, rambaut1998estimating"
}

@article{doi101038nrg2323,
    author = "Duffy, Siobain und Shackelton, Laura A. und Holmes, Edward C.",
    title = "Rates of evolutionary change in viruses: patterns and determinants",
    year = "2008",
    journal = "Nature Reviews Genetics",
    url = "https://doi.org/10.1038/nrg2323",
    doi = "10.1038/nrg2323",
    openalex = "W2020939898",
    references = "doi1010021521187820001222121057aidbies330co2w, doi101016s0169534703002167, doi101038nrg2146, doi101371journalpbio0040088"
}

Das Aufkommen und die Reifung von Algorithmen zur Schätzung von Artbäumen – phylogenetischen Bäumen, die die Heterogenität von Genbäumen zulassen und deren Endpunkte Linien, Populationen und Arten, im Gegensatz zu Genen, repräsentieren – stellen eine aufregende Konvergenz von Phylogenetik, Phylogeographie und Populationsgenetik dar und eröffnen eine neue Generation von Konzepten und Herausforderungen für den molekularen Systematiker. In diesem Aufsatz argumentiere ich, dass wir, um besser mit den großen Multilokus-Datensätzen umzugehen, die durch Phylogenomik entstehen, und um die Felder der Phylogeographie und Phylogenetik besser zu harmonisieren, die Vorherrschaft von Artbäumen annehmen sollten, nicht nur als neues und nützliches praktisches Werkzeug für die Systematik, sondern auch als langjähriges konzeptionelles Ziel der Systematik, das in den letzten Jahrzehnten weitgehend aufgrund des Mangels an geeigneten computergestützten Werkzeugen in den Hintergrund gerückt ist. Ich schlage vor, dass Phylogenien als Genbäume ein „lokales Optimum" für die Systematik darstellen und überprüfe ich jüngste Fortschritte, die uns zum breiteren Optimum führen werden, das in Artbäumen inhärent ist. Neben der Einführung neuer Methoden der phylogenetischen Analyse (und idealerweise der Reservierung des Begriffs „Phylogenie" für Artbäume statt für Genbäume) deutet das neue Paradigma auf Verschiebungen in einer Reihe von Praktiken hin, wie z. B. die Stichprobenahme von Daten, um nicht nur die Anzahl der akkumulierten Standorte, sondern auch die Anzahl der unabhängig segregierenden Gene zu maximieren; die routinemäßige Verwendung von Koaleszenz- oder anderen Modellen in Computersimulationen, um die Heterogenität von Genbäumen zu ermöglichen; und ein besseres Verständnis der Rolle der Konkatenation bei der Beeinflussung von Topologien und dem Vertrauen in Phylogenien. Durch den Aufbau auf dem Fundament, das durch Konzepte von Genbäumen und Koaleszenztheorie gelegt wurde, und durch die Entnahme von Hinweisen aus jüngsten Trends in der Multilokus-Phylogeographie steht die molekulare Systematik zu bereichern. Viele der Herausforderungen und Lehren, die für die Schätzung von Genbäumen gewonnen wurden, werden sich auf die Herausforderung der Schätzung von Artbäumen übertragen, obwohl die Annahme des Artbaumparadigmas viele Fragen klären wird (wie die Natur von Polytomien und das Sternbaumparadoxon), neue konzeptionelle Herausforderungen aufwerfen oder neue Antworten auf alte Fragen liefern.

@article{doi101111j15585646200800549x,
    author = "Edwards, Scott V.",
    title = "IST EINE NEUE UND ALLGEMEINE THEORIE DER MOLEKULÄREN SYSTEMATIK IM ENTWICKLUNG?",
    year = "2008",
    journal = "Evolution",
    abstract = {Das Aufkommen und die Reifung von Algorithmen zur Schätzung von Artbäumen – phylogenetischen Bäumen, die die Heterogenität von Genbäumen zulassen und deren Endpunkte Linien, Populationen und Arten, im Gegensatz zu Genen, repräsentieren – stellen eine aufregende Konvergenz von Phylogenetik, Phylogeographie und Populationsgenetik dar und eröffnen eine neue Generation von Konzepten und Herausforderungen für den molekularen Systematiker. In diesem Aufsatz argumentiere ich, dass wir, um besser mit den großen Multilokus-Datensätzen umzugehen, die durch Phylogenomik entstehen, und um die Felder der Phylogeographie und Phylogenetik besser zu harmonisieren, die Vorherrschaft von Artbäumen annehmen sollten, nicht nur als neues und nützliches praktisches Werkzeug für die Systematik, sondern auch als langjähriges konzeptionelles Ziel der Systematik, das in den letzten Jahrzehnten weitgehend aufgrund des Mangels an geeigneten computergestützten Werkzeugen in den Hintergrund gerückt ist. Ich schlage vor, dass Phylogenien als Genbäume ein „lokales Optimum" für die Systematik darstellen und überprüfe ich jüngste Fortschritte, die uns zum breiteren Optimum führen werden, das in Artbäumen inhärent ist. Neben der Einführung neuer Methoden der phylogenetischen Analyse (und idealerweise der Reservierung des Begriffs „Phylogenie" für Artbäume statt für Genbäume) deutet das neue Paradigma auf Verschiebungen in einer Reihe von Praktiken hin, wie z. B. die Stichprobenahme von Daten, um nicht nur die Anzahl der akkumulierten Standorte, sondern auch die Anzahl der unabhängig segregierenden Gene zu maximieren; die routinemäßige Verwendung von Koaleszenz- oder anderen Modellen in Computersimulationen, um die Heterogenität von Genbäumen zu ermöglichen; und ein besseres Verständnis der Rolle der Konkatenation bei der Beeinflussung von Topologien und dem Vertrauen in Phylogenien. Durch den Aufbau auf dem Fundament, das durch Konzepte von Genbäumen und Koaleszenztheorie gelegt wurde, und durch die Entnahme von Hinweisen aus jüngsten Trends in der Multilokus-Phylogeographie steht die molekulare Systematik zu bereichern. Viele der Herausforderungen und Lehren, die für die Schätzung von Genbäumen gewonnen wurden, werden sich auf die Herausforderung der Schätzung von Artbäumen übertragen, obwohl die Annahme des Artbaumparadigmas viele Fragen klären wird (wie die Natur von Polytomien und das Sternbaumparadoxon), neue konzeptionelle Herausforderungen aufwerfen oder neue Antworten auf alte Fragen liefern.},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.2008.00549.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.2008.00549.x",
    openalex = "W2037654474",
    references = "doi101038nature04336, doi101038nature04789, doi101038nature06614, doi101073pnas0502030102, doi101073pnas0610699104, doi101086510633, doi101093sysbio3817, doi101111j155856461982tb05068x, doi101146annureves18110187000323, doi1023072419070, openalexw2611511275"
}

@article{doi101038ncomms2958,
    author = "Rabosky, Daniel L. und Santini, Francesco und Eastman, Jonathan M. und Smith, Stephen A. und Sidlauskas, Brian L. und Chang, Jonathan und Alfaro, Michael E.",
    title = "Rates of speciation and morphological evolution are correlated across the largest vertebrate radiation",
    year = "2013",
    journal = "Nature Communications",
    url = "https://doi.org/10.1038/ncomms2958",
    doi = "10.1038/ncomms2958",
    openalex = "W2054715003",
    references = "doi10100797894010058529, doi101016jtree201204012, doi101017s009483730001280x, doi101023a1013311015886, doi10103714088000, doi101038248107a0, doi101038nature07893, doi101038nature10516, doi101038nrg2278, doi101073pnas0704088104, doi101086303327, doi101093bibbbn013, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093biomet824711, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101093oxfordjournalsmolbeva025811, doi101111j155856461971tb01868x, doi101111j15585646201001026x, doi101146annurevecolsys281129, doi101146annurevecolsys291293, doi101186147121055113, doi1011861471214811275, doi1023072405671, doi105962bhltitle82303, doi107312simp93764"
}

Wir stellen eine neue Open-Source-, erweiterbare und flexible Softwareplattform für die bayesianische evolutionäre Analyse namens BEAST 2 vor. Diese Softwareplattform ist ein Redesign der beliebten BEAST 1-Plattform, um strukturelle Mängel zu korrigieren, die sich zeigten, als die BEAST 1-Software sich entwickelte. Zu den wichtigsten Mängeln gehörte die fehlende Erweiterbarkeit nach der Bereitstellung. BEAST 2 verfügt nun über ein vollständig entwickeltes Paketverwaltungssystem, das es Drittanbieter-Entwicklern ermöglicht, zusätzliche Funktionalität zu schreiben, die direkt über einen Paketmanager auf die BEAST 2-Analyseplattform installiert werden kann, ohne dass eine neue Softwareversion der Plattform erforderlich ist. Diese Paketarchitektur wird mit einer Reihe kürzlich veröffentlichter neuer Modelle demonstriert, die Geburts-Tod-Abtastung-Baum-Vorgänger, Phylogenetik und Modellaveraging für Substitutionsmodelle sowie Standortpartitionierung umfassen. Eine zweite wesentliche Verbesserung ist die Fähigkeit, den gesamten Zustand der MCMC-Kette von/zum Disk zu lesen/schreiben, was es ermöglicht, ihn leicht zwischen mehreren Instanzen der BEAST-Software zu teilen. Dies erleichtert das Checkpointing und bietet eine bessere Unterstützung für Multi-Prozessor- und High-End-Computing-Erweiterungen. Schließlich kann die Funktionalität in neuen Paketen durch einen einfachen XML-Vorlagen-basierten Mechanismus leicht an die Benutzeroberfläche (BEAUti 2) hinzugefügt werden, da BEAST 2 so neu gestaltet wurde, dass eine größere Integration zwischen dem Analyse-Engine und der Benutzeroberfläche gewährleistet ist, sodass beispielsweise BEAST und BEAUti genau dasselbe XML-Dateiformat verwenden.

@article{doi101371journalpcbi1003537,
    author = "Bouckaert, Remco und Heled, Joseph und Kühnert, Denise und Vaughan, Tim und Wu, Chieh‐Hsi und Xie, Dong und Suchard, Marc A. und Rambaut, Andrew und Drummond, Alexei J.",
    title = "BEAST 2: Eine Softwareplattform für die bayesianische Evolutionäre Analyse",
    year = "2014",
    journal = "PLoS Computational Biology",
    abstract = "Wir stellen eine neue Open-Source-, erweiterbare und flexible Softwareplattform für die bayesianische evolutionäre Analyse namens BEAST 2 vor. Diese Softwareplattform ist ein Redesign der beliebten BEAST 1-Plattform, um strukturelle Mängel zu korrigieren, die sich zeigten, als die BEAST 1-Software sich entwickelte. Zu den wichtigsten Mängeln gehörte die fehlende Erweiterbarkeit nach der Bereitstellung. BEAST 2 verfügt nun über ein vollständig entwickeltes Paketverwaltungssystem, das es Drittanbieter-Entwicklern ermöglicht, zusätzliche Funktionalität zu schreiben, die direkt über einen Paketmanager auf die BEAST 2-Analyseplattform installiert werden kann, ohne dass eine neue Softwareversion der Plattform erforderlich ist. Diese Paketarchitektur wird mit einer Reihe kürzlich veröffentlichter neuer Modelle demonstriert, die Geburts-Tod-Abtastung-Baum-Vorgänger, Phylogenetik und Modellaveraging für Substitutionsmodelle sowie Standortpartitionierung umfassen. Eine zweite wesentliche Verbesserung ist die Fähigkeit, den gesamten Zustand der MCMC-Kette von/zum Disk zu lesen/schreiben, was es ermöglicht, ihn leicht zwischen mehreren Instanzen der BEAST-Software zu teilen. Dies erleichtert das Checkpointing und bietet eine bessere Unterstützung für Multi-Prozessor- und High-End-Computing-Erweiterungen. Schließlich kann die Funktionalität in neuen Paketen durch einen einfachen XML-Vorlagen-basierten Mechanismus leicht an die Benutzeroberfläche (BEAUti 2) hinzugefügt werden, da BEAST 2 so neu gestaltet wurde, dass eine größere Integration zwischen dem Analyse-Engine und der Benutzeroberfläche gewährleistet ist, sodass beispielsweise BEAST und BEAUti genau dasselbe XML-Dateiformat verwenden.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003537",
    doi = "10.1371/journal.pcbi.1003537",
    openalex = "W2026062398",
    references = "doi101007bf01731581, doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi101093molbevmsi103, doi101093molbevmsp274, doi101093molbevmss075, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101186147121487214, doi101371journalpbio0040088, openalexw1593676244"
}

Der Grad der evolutionären Konservierung einer Aminosäure in einem Protein oder einer Nukleinsäure in DNA/RNA spiegelt ein Gleichgewicht zwischen ihrer natürlichen Tendenz zur Mutation und dem allgemeinen Bedarf wider, die strukturelle Integrität und Funktion des Makromoleküls zu erhalten. Der ConSurf-Webserver (http://consurf.tau.ac.il), der vor über 15 Jahren eingerichtet wurde, analysiert das evolutionäre Muster der Aminosäuren/Nukleinsäuren des Makromoleküls, um Bereiche aufzudecken, die für Struktur und/oder Funktion wichtig sind. Ausgehend von einer Abfrage-Sequenz oder -Struktur sammelt der Server automatisch Homologe, leitet ihre multiple Sequenzalignment her und rekonstruiert einen phylogenetischen Baum, der ihre evolutionären Beziehungen widerspiegelt. Diese Daten werden dann innerhalb eines probabilistischen Rahmens verwendet, um die evolutionären Raten jeder Sequenzposition zu schätzen. Hier führen wir mehrere neue Funktionen in ConSurf ein, darunter die automatische Auswahl des besten evolutionären Modells zur Inferenz der Raten, die Fähigkeit, Abfrageproteine homology-modellieren, die Vorhersage der Sekundärstruktur von Abfrage-RNA-Molekülen aus der Sequenz, die Möglichkeit, die biologische Assemblierung einer Abfrage (zusätzlich zur Einzelkette) anzusehen, die Kartierung der Konservierungsgrade auf 2D-RNA-Modelle und eine erweiterte Ansicht des phylogenetischen Baums, die es ermöglicht, ConSurf interaktiv mit den Taxa eines Unterbaums neu durchzuführen.

@article{doi101093nargkw408,
    author = "Ashkenazy, Haim und Abadi, Shiran und Martz, Eric und Chay, Ofer und Mayrose, Itay und Pupko, Tal und Ben‐Tal, Nir",
    title = "ConSurf 2016: Eine verbesserte Methodik zur Schätzung und Visualisierung evolutionärer Konservierung in Makromolekülen",
    year = "2016",
    journal = "Nucleic Acids Research",
    abstract = "Der Grad der evolutionären Konservierung einer Aminosäure in einem Protein oder einer Nukleinsäure in DNA/RNA spiegelt ein Gleichgewicht zwischen ihrer natürlichen Tendenz zur Mutation und dem allgemeinen Bedarf wider, die strukturelle Integrität und Funktion des Makromoleküls zu erhalten. Der ConSurf-Webserver (http://consurf.tau.ac.il), der vor über 15 Jahren eingerichtet wurde, analysiert das evolutionäre Muster der Aminosäuren/Nukleinsäuren des Makromoleküls, um Bereiche aufzudecken, die für Struktur und/oder Funktion wichtig sind. Ausgehend von einer Abfrage-Sequenz oder -Struktur sammelt der Server automatisch Homologe, leitet ihre multiple Sequenzalignment her und rekonstruiert einen phylogenetischen Baum, der ihre evolutionären Beziehungen widerspiegelt. Diese Daten werden dann innerhalb eines probabilistischen Rahmens verwendet, um die evolutionären Raten jeder Sequenzposition zu schätzen. Hier führen wir mehrere neue Funktionen in ConSurf ein, darunter die automatische Auswahl des besten evolutionären Modells zur Inferenz der Raten, die Fähigkeit, Abfrageproteine homology-modellieren, die Vorhersage der Sekundärstruktur von Abfrage-RNA-Molekülen aus der Sequenz, die Möglichkeit, die biologische Assemblierung einer Abfrage (zusätzlich zur Einzelkette) anzusehen, die Kartierung der Konservierungsgrade auf 2D-RNA-Modelle und eine erweiterte Ansicht des phylogenetischen Baums, die es ermöglicht, ConSurf interaktiv mit den Taxa eines Unterbaums neu durchzuführen.",
    url = "https://doi.org/10.1093/nar/gkw408",
    doi = "10.1093/nar/gkw408",
    openalex = "W2376573086",
    references = "doi101006jmbi19909999, doi101006jmbi19931626, doi101007bf02498640, doi101016s0022283605803602, doi101038nmeth2109, doi101093bioinformaticsbtl158, doi101093bioinformaticsbts565, doi101093molbevmsn067, doi101093molbevmsr121, doi101093molbevmst010, doi101093nar281235, doi101093oxfordjournalsmolbeva040752, doi101109tac19741100705"
}

High-throughput sequencing studies generate vast amounts of taxonomic data. Evolutionary ecological hypotheses of the recovered taxa and Species Hypotheses are difficult to test due to problems with alignments and the lack of a phylogenetic backbone. We propose an updated phylum- and class-level fungal classification accounting for monophyly and divergence time so that the main taxonomic ranks are more informative. Based on phylogenies and divergence time estimates, we adopt phylum rank to Aphelidiomycota, Basidiobolomycota, Calcarisporiellomycota, Glomeromycota, Entomophthoromycota, Entorrhizomycota, Kickxellomycota, Monoblepharomycota, Mortierellomycota and Olpidiomycota. We accept nine subkingdoms to accommodate these 18 phyla. We consider the kingdom Nucleariae (phyla Nuclearida and Fonticulida) as a sister group to the Fungi. We also introduce a perl script and a newick-formatted classification backbone for assigning Species Hypotheses into a hierarchical taxonomic framework, using this or any other classification system. We provide an example of testing evolutionary ecological hypotheses based on a global soil fungal data set.

@article{doi101007s1322501804010,
    author = "Tedersoo, Leho and Sánchez‐Ramírez, Santiago and Kõljalg, Urmas and Bahram, Mohammad and Döring, Markus and Schigel, Dmitry and May, Tom W. and Ryberg, Martin and Abarenkov, Kessy",
    title = "High-level classification of the Fungi and a tool for evolutionary ecological analyses",
    year = "2018",
    journal = "Fungal Diversity",
    abstract = "High-throughput sequencing studies generate vast amounts of taxonomic data. Evolutionary ecological hypotheses of the recovered taxa and Species Hypotheses are difficult to test due to problems with alignments and the lack of a phylogenetic backbone. We propose an updated phylum- and class-level fungal classification accounting for monophyly and divergence time so that the main taxonomic ranks are more informative. Based on phylogenies and divergence time estimates, we adopt phylum rank to Aphelidiomycota, Basidiobolomycota, Calcarisporiellomycota, Glomeromycota, Entomophthoromycota, Entorrhizomycota, Kickxellomycota, Monoblepharomycota, Mortierellomycota and Olpidiomycota. We accept nine subkingdoms to accommodate these 18 phyla. We consider the kingdom Nucleariae (phyla Nuclearida and Fonticulida) as a sister group to the Fungi. We also introduce a perl script and a newick-formatted classification backbone for assigning Species Hypotheses into a hierarchical taxonomic framework, using this or any other classification system. We provide an example of testing evolutionary ecological hypotheses based on a global soil fungal data set.",
    url = "https://doi.org/10.1007/s13225-018-0401-0",
    doi = "10.1007/s13225-018-0401-0",
    openalex = "W2803566787",
    references = "doi101073pnas1110633108, doi101146annurevmicro030117020324, doi101186s1286201708906"
}

ape wird über das Comprehensive R Archive Network verteilt: http://cran.r-project.org/package=ape. Weitere Informationen finden Sie unter http://ape-package.ird.fr/.

@article{doi101093bioinformaticsbty633,
    author = "Paradis, Emmanuel und Schliep, Klaus",
    title = "ape 5.0: eine Umgebung für moderne Phylogenie und evolutionäre Analysen in R",
    year = "2018",
    journal = "Bioinformatics",
    abstract = "ape wird über das Comprehensive R Archive Network verteilt: http://cran.r-project.org/package=ape. Weitere Informationen finden Sie unter http://ape-package.ird.fr/.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty633",
    doi = "10.1093/bioinformatics/bty633",
    openalex = "W2883251903",
    references = "doi1010079781461468684, doi101016jxcrm2020100098, doi101038nmeth3252, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093gigasciencegiaa060, doi10110120200210942748, doi101186147121059532, doi101186s12862020016316, doi1032614rmanuals, doi103389fmed202000161"
}

ModelTest-NG ist eine von Grund auf neu implementierte Version von jModelTest und ProtTest, zwei beliebten Werkzeugen zur Auswahl der besten Passform für Nukleotid- und Aminosäure-Substitutionsmodelle. ModelTest-NG ist ein- bis zwei Größenordnungen schneller als jModelTest und ProtTest, aber ebenso genau und führt mehrere neue Funktionen ein, wie die Korrektur von Ascertaint-Bias, Mischungs- und Free-Rate-Modelle oder die automatische Verarbeitung einzelner Partitionen. ModelTest-NG steht unter einer GNU GPL3-Lizenz zur Verfügung unter https://github.com/ddarriba/modeltest, zuletzt abgerufen am 2. September 2019.

@article{doi101093molbevmsz189,
    author = "Darriba, Diego und Posada, David und Kozlov, Alexey M. und Stamatakis, Alexandros und Morel, Benoît und Flouri, Tomáš",
    title = "ModelTest-NG: Ein neues und skalierbares Werkzeug zur Auswahl von DNA- und Protein-Evolutionsmodellen",
    year = "2019",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "ModelTest-NG ist eine von Grund auf neu implementierte Version von jModelTest und ProtTest, zwei beliebten Werkzeugen zur Auswahl der besten Passform für Nukleotid- und Aminosäure-Substitutionsmodelle. ModelTest-NG ist ein- bis zwei Größenordnungen schneller als jModelTest und ProtTest, aber ebenso genau und führt mehrere neue Funktionen ein, wie die Korrektur von Ascertaint-Bias, Mischungs- und Free-Rate-Modelle oder die automatische Verarbeitung einzelner Partitionen. ModelTest-NG steht unter einer GNU GPL3-Lizenz zur Verfügung unter https://github.com/ddarriba/modeltest, zuletzt abgerufen am 2. September 2019.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msz189",
    doi = "10.1093/molbev/msz189",
    openalex = "W2969866109",
    references = "doi101038nmeth4285, doi101093molbevmsn083, doi101093sysbiosys029"
}

HYpothesis testing using PHYlogenies (HyPhy) ist ein skriptbares, quelloffenes Paket zur Anpassung einer breiten Palette evolutionärer Modelle an multiple Sequenzalignments sowie zur anschließenden Parameterschätzung und Hypothesentestung, hauptsächlich im Rahmen der Maximum-Likelihood-Statistik. Es hat sich als beliebte Wahl zur Charakterisierung verschiedener Aspekte des evolutionären Prozesses etabliert: natürliche Selektion, evolutionäre Raten, Rekombination und Koevolution. Die Version 2.5 (verfügbar unter www.hyphy.org) umfasst einen vollständig neu entwickelten rechnerischen Kern und eine Analysebibliothek, die neue Klassen evolutionärer Modelle und statistischer Tests einführt, erhebliche Leistungs- und Stabilitätsverbesserungen bietet, die Benutzerfreundlichkeit verbessert, End-to-End-Analyse-Workflows vereinfacht, die Entwicklung benutzerdefinierter Analysen erleichtert und größtenteils rückwärtskompatibel zu früheren HyPhy-Versionen ist.

@article{doi101093molbevmsz197,
    author = "Pond, Sergei L. Kosakovsky und Poon, Art F. Y. und Velazquez, Ryan und Weaver, Steven und Hepler, N. Lance und Murrell, Ben und Shank, Stephen D. und Magalis, Brittany Rife und Bouvier, Dave und Nekrutenko, Anton und Wisotsky, Sadie R und Spielman, Stephanie J. und Frost, Simon D. W. und Muse, Spencer V.",
    title = "HyPhy 2.5—Eine anpassbare Plattform für das Testen evolutionärer Hypothesen unter Verwendung von Phylogenien",
    year = "2019",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "HYpothesis testing using PHYlogenies (HyPhy) ist ein skriptbares, quelloffenes Paket zur Anpassung einer breiten Palette evolutionärer Modelle an multiple Sequenzalignments sowie zur anschließenden Parameterschätzung und Hypothesentestung, hauptsächlich im Rahmen der Maximum-Likelihood-Statistik. Es hat sich als beliebte Wahl zur Charakterisierung verschiedener Aspekte des evolutionären Prozesses etabliert: natürliche Selektion, evolutionäre Raten, Rekombination und Koevolution. Die Version 2.5 (verfügbar unter www.hyphy.org) umfasst einen vollständig neu entwickelten rechnerischen Kern und eine Analysebibliothek, die neue Klassen evolutionärer Modelle und statistischer Tests einführt, erhebliche Leistungs- und Stabilitätsverbesserungen bietet, die Benutzerfreundlichkeit verbessert, End-to-End-Analyse-Workflows vereinfacht, die Entwicklung benutzerdefinierter Analysen erleichtert und größtenteils rückwärtskompatibel zu früheren HyPhy-Versionen ist.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msz197",
    doi = "10.1093/molbev/msz197",
    openalex = "W2970147901",
    references = "doi101371journalpcbi1006650"
}

Multigen- und genomische Datensätze sind im Bereich der Phylogenie mittlerweile üblich, doch viele bestehende Werkzeuge sind nicht für solche Datensätze konzipiert, was die Analyse oft zeitaufwändig und mühsam macht. Hier stellen wir PhyloSuite vor, eine benutzerfreundliche Workflow-Desktop-Plattform (cross-platform, Open-Source, standalone Python-Grafische Benutzeroberfläche), die sich darauf spezialisiert hat, die Verwaltung molekularer Sequenzdaten und evolutionäre phylogenetische Studien zu vereinfachen. Sie nutzt ein plugin-basiertes System, das mehrere phylogenetische und bioinformatische Werkzeuge integriert und dadurch das gesamte Verfahren von der Datenerfassung bis zur Annotation phylogenetischer Bäume (in Kombination mit iTOL) vereinfacht. Es verfügt über folgende Funktionen: (a) eine grafische Benutzeroberfläche mit Klick-und-Ziehen- und Drag-and-Drop-Funktion; (b) einen Arbeitsplatz zur Verwaltung und Organisation molekularer Sequenzdaten und Analyseergebnisse; (c) Extraktion von GenBank-Einträgen und vergleichende Statistik; und (d) einen phylogenetischen Workflow mit Batch-Verarbeitungsfähigkeit, der Sequenzalignment (mafft und macse), Alignment-Optimierung (trimAl, HmmCleaner und Gblocks), Datensatz-Konkatenation, beste Partitionierungsschemata und Auswahl des besten evolutionären Modells (PartitionFinder und modelfinder) sowie phylogenetische Inferenz (MrBayes und iq-tree) umfasst. PhyloSuite ist sowohl für Anfänger als auch für erforschte Forscher konzipiert, wobei es den Erstgenannten ermöglicht, schnell in die phylogenetische Analyse einzusteigen, und den Letzteren erlaubt, ihre Arbeit auf effiziente Weise durchzuführen, zu speichern und zu verwalten, und mehr Zeit für die Untersuchung wissenschaftlicher Fragen zu verwenden, anstatt sie mit dem Übertragen von Dateien von einem Softwareprogramm zum anderen zu verschwenden.

@article{doi1011111755099813096,
    author = "Zhang, Dong und Gao, Fangluan und Jakovlić, Ivan und Zou, Hong und Zhang, Jin und Li, Wen X. und Wang, Gui T.",
    title = "PhyloSuite: Eine integrierte und skalierbare Desktop-Plattform für die effiziente Verwaltung molekularer Sequenzdaten und evolutionäre phylogenetische Studien",
    year = "2019",
    journal = "Molecular Ecology Resources",
    abstract = "Multigen- und genomische Datensätze sind im Bereich der Phylogenie mittlerweile üblich, doch viele bestehende Werkzeuge sind nicht für solche Datensätze konzipiert, was die Analyse oft zeitaufwändig und mühsam macht. Hier stellen wir PhyloSuite vor, eine benutzerfreundliche Workflow-Desktop-Plattform (cross-platform, Open-Source, standalone Python-Grafische Benutzeroberfläche), die sich darauf spezialisiert hat, die Verwaltung molekularer Sequenzdaten und evolutionäre phylogenetische Studien zu vereinfachen. Sie nutzt ein plugin-basiertes System, das mehrere phylogenetische und bioinformatische Werkzeuge integriert und dadurch das gesamte Verfahren von der Datenerfassung bis zur Annotation phylogenetischer Bäume (in Kombination mit iTOL) vereinfacht. Es verfügt über folgende Funktionen: (a) eine grafische Benutzeroberfläche mit Klick-und-Ziehen- und Drag-and-Drop-Funktion; (b) einen Arbeitsplatz zur Verwaltung und Organisation molekularer Sequenzdaten und Analyseergebnisse; (c) Extraktion von GenBank-Einträgen und vergleichende Statistik; und (d) einen phylogenetischen Workflow mit Batch-Verarbeitungsfähigkeit, der Sequenzalignment (mafft und macse), Alignment-Optimierung (trimAl, HmmCleaner und Gblocks), Datensatz-Konkatenation, beste Partitionierungsschemata und Auswahl des besten evolutionären Modells (PartitionFinder und modelfinder) sowie phylogenetische Inferenz (MrBayes und iq-tree) umfasst. PhyloSuite ist sowohl für Anfänger als auch für erforschte Forscher konzipiert, wobei es den Erstgenannten ermöglicht, schnell in die phylogenetische Analyse einzusteigen, und den Letzteren erlaubt, ihre Arbeit auf effiziente Weise durchzuführen, zu speichern und zu verwalten, und mehr Zeit für die Untersuchung wissenschaftlicher Fragen zu verwenden, anstatt sie mit dem Übertragen von Dateien von einem Softwareprogramm zum anderen zu verschwenden.",
    url = "https://doi.org/10.1111/1755-0998.13096",
    doi = "10.1111/1755-0998.13096",
    openalex = "W2979811825",
    references = "doi101016jtree200901009, doi101038nmeth4285, doi10108010635150701472164, doi101093bioinformaticsbtp348, doi101093bioinformaticsbts199, doi101093molbevmst010, doi101093sysbiosys029"
}

Die Weiterentwicklung bayesscher phylogenetischer Inferenzmethoden hat in den letzten Jahren mit großem Tempo fortgeschritten, mit bedeutenden neuen Fortschritten in fast allen Aspekten der gemeinsamen Modellierung evolutionärer Daten. Es wird zunehmend anerkannt, dass einige evolutionäre Fragen nur durch die Kombination von Beweisen aus mehreren unabhängigen Datenquellen angemessen beantwortet werden können, einschließlich Genomsequenzen, Stichprobenzeitpunkte, phänotypischer Daten, Radiokohlenstoffdatierungen, Fossilvorkommen und biogeographischer Verbreitungsdaten unter anderem. Die Einbeziehung aller relevanten Daten in ein einziges gemeinsames Modell ist sowohl konzeptionell als auch rechnerisch sehr herausfordernd. Fortgeschrittene computergestützte Softwarepakete, die eine robuste Entwicklung kompatibler (Sub-)Modelle ermöglichen, die zu einer vollständigen Modellhierarchie zusammengefügt werden können, haben eine Schlüsselrolle in diesen Entwicklungen gespielt. Die Entwicklung solcher Softwarerahmen ist zunehmend eine eigenständige wissenschaftliche Aktivität von erheblicher Bedeutung und bringt spezifische Herausforderungen mit sich, von praktischen Herausforderungen im Software-Design, der Entwicklung und dem Engineering bis hin zu statistischen und konzeptionellen Modellierungs-Herausforderungen. BEAST 2 ist eine solche computergestützte Softwareplattform und wurde erstmals vor über 4 Jahren angekündigt. Hier beschreiben wir eine Reihe bedeutender neuer Entwicklungen in der BEAST 2 Kernplattform und Modellhierarchie, die seit der ersten Veröffentlichung der Software stattgefunden haben und in der jüngsten Version 2.5 gipfeln.

@article{doi101371journalpcbi1006650,
    author = "Bouckaert, Remco und Vaughan, Timothy G. und Barido‐Sottani, Joëlle und Duchêne, Sebastián und Fourment, Mathieu und Gavryushkina, Alexandra und Heled, Joseph und Jones, Graham und Kühnert, Denise und Maio, Nicola De und Matschiner, Michael und Mendes, Fábio K. und Müller, Nicola F. und Ogilvie, Huw A. und du Plessis, Louis und Popinga, Alex und Rambaut, Andrew und Rasmussen, David A. und Siveroni, Igor und Suchard, Marc A. und Wu, Chieh‐Hsi und Xie, Dong und Zhang, Chi und Stadler, Tanja und Drummond, Alexei J.",
    title = "BEAST 2.5: Eine fortschrittliche Softwareplattform für die bayessche evolutionäre Analyse",
    year = "2019",
    journal = "PLoS Computational Biology",
    abstract = "Die Weiterentwicklung bayesscher phylogenetischer Inferenzmethoden hat in den letzten Jahren mit großem Tempo fortgeschritten, mit bedeutenden neuen Fortschritten in fast allen Aspekten der gemeinsamen Modellierung evolutionärer Daten. Es wird zunehmend anerkannt, dass einige evolutionäre Fragen nur durch die Kombination von Beweisen aus mehreren unabhängigen Datenquellen angemessen beantwortet werden können, einschließlich Genomsequenzen, Stichprobenzeitpunkte, phänotypischer Daten, Radiokohlenstoffdatierungen, Fossilvorkommen und biogeographischer Verbreitungsdaten unter anderem. Die Einbeziehung aller relevanten Daten in ein einziges gemeinsames Modell ist sowohl konzeptionell als auch rechnerisch sehr herausfordernd. Fortgeschrittene computergestützte Softwarepakete, die eine robuste Entwicklung kompatibler (Sub-)Modelle ermöglichen, die zu einer vollständigen Modellhierarchie zusammengefügt werden können, haben eine Schlüsselrolle in diesen Entwicklungen gespielt. Die Entwicklung solcher Softwarerahmen ist zunehmend eine eigenständige wissenschaftliche Aktivität von erheblicher Bedeutung und bringt spezifische Herausforderungen mit sich, von praktischen Herausforderungen im Software-Design, der Entwicklung und dem Engineering bis hin zu statistischen und konzeptionellen Modellierungs-Herausforderungen. BEAST 2 ist eine solche computergestützte Softwareplattform und wurde erstmals vor über 4 Jahren angekündigt. Hier beschreiben wir eine Reihe bedeutender neuer Entwicklungen in der BEAST 2 Kernplattform und Modellhierarchie, die seit der ersten Veröffentlichung der Software stattgefunden haben und in der jüngsten Version 2.5 gipfeln.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006650",
    doi = "10.1371/journal.pcbi.1006650",
    openalex = "W2901954177",
    references = "doi101016jtree200901009, doi101038nature10231, doi101038nature13726, doi101073pnas1319091111, doi101073pnas89178322, doi101080106351501753462876, doi101093acprofoso97801985670280010001, doi101093genetics1551431, doi101093molbevmsp274, doi101093sysbiosyq085, doi101093sysbiosyr047, doi101093sysbiosyv080, doi101093vevey016, doi101098rspa19270118, doi101186147121487214, doi101186s1286201708906, doi1012019780429258411, doi101371journalpbio0040088, doi101371journalpcbi1003537"
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Seit Darwin und Wallace haben sich evolutionäre Biologen für die Prozesse interessiert, die die Evolution der Biodiversität, der Artenvielfalt, der Ökologie und der Morphologie antreiben. Die Kombination phylogenetischer, geologischer, paläontologischer, ökologischer und klimatischer Perspektiven kann Einblicke in evolutionäre Muster über große Zeitskalen geben und Fragen zur Evolution der Biodiversität beantworten. Gleichzeitig kann der Blick auf kleinere Zeitskalen, an denen sich Arten zunächst bilden und divergieren, Einblicke in phylogeographische Aspekte der Evolution liefern. In dieser Dissertation verwende ich zwei Tiergruppen mit vergleichbarem Alter, um evolutionäre Prozesse sowohl auf großen als auch auf kleinen Zeitskalen zu verstehen. Pythons (Pythonidae) sind eine vielfältige Gruppe von Schlangen, die sich über die Tropen und Subtropen der Alten Welt verteilen. Ihre moderate Artenvielfalt (44 derzeit anerkannte Arten) wird von ihrer bemerkenswerten morphologischen und ökologischen Vielfalt übertroffen. Liolaemid-Eidechsen (Liolaemidae), die im südlichen Teil Südamerikas vorkommen, sind ebenfalls in ihrer Habitatnutzung, ihrem Reproduktionsmodus und ihrer thermischen Nische vielfältig, aber extrem artenreich mit fast 300 derzeit anerkannten Arten. Sowohl Pythons als auch Liolaemid-Eidechsen wurden aufgrund unterschiedlicher und gemeinsamer Merkmale als Beispiele für eine adaptive Radiation anerkannt. Meine Forschung zu Pythons wird in den ersten drei Kapiteln zusammengefasst. In Kapitel 1 verwende ich ein phylogenomisches Datensatz von über 300 Loci und mitochondrialen Genomen zusammen mit Fossil-Kalibrierungen, um einen zeitkalibrierten Stammbaum der Arten zu rekonstruieren. Biogeographische Rekonstruktionsanalysen zeigen, dass Pythons wahrscheinlich in Asien entstanden sind und erst vor kurzem Wallace'sche Linie in Australo-Papua überquert haben. Analysen zur Abstammung und morphologischen Diversifizierung zeigen, dass Pythons nach dem Überqueren dieser Linie einen plötzlichen Ausbruch an Arten-, ökologischer und morphologischer Vielfalt aufweisen, was mit ökologischen Möglichkeiten nach der Besiedlung einer neuen Umgebung mit neuen Nischen übereinstimmt. In Kapitel 2 rekonstruiere ich ontogenetische allometrische Trajektorien, um Veränderungen in der Kopf- und Körperform von Pythons von juvenilen Stadien bis zu Erwachsenen zu veranschaulichen. Ich finde, dass Heterochronie (eine Dissoziation von Größe, Form und Alter) der initiale Entwicklungsprozess ist, der für die morphologische Divergenz der Pythons verantwortlich ist. Obwohl dieser Prozess eine Verschiebung der Entwicklungsrate und -zeit beinhaltet, erfordert er dennoch, dass die Richtung der Veränderung im morphologischen Raum gleich bleibt. Allerdings finde ich auch, dass auf tieferen evolutionären Ebenen die Richtung der Formveränderung mit der Größe evolvierbar wird, was Pythons ermöglicht, extreme Phänotypen zu erkunden, die zuvor nicht verfügbar waren. Kapitel 3 betrachtet phylogeographische Muster einer der ikonischsten Schlangen der Welt: der grünen Baumpython (Morelia viridis complex). Unter Verwendung eines ähnlichen Datensatzes wie oben beschrieben, jedoch in einem Rahmen der Artabgrenzung und Populationsstruktur analysiert, identifizierte ich eine tiefe phylogeographische Struktur innerhalb der Gruppe und erkenne zwei Arten, von denen eine drei Unterarten umfasst. Diese Taxa sind hochgradig kryptisch, und die zentrale Cordillera Neuguineas hat wahrscheinlich eine Schlüsselrolle bei der Aufrechterhaltung der Isolation zwischen den Abstammungslinien gespielt, was ihre Divergenz ermöglichte. Kapitel 4 wechselt den Fokus auf die Liolaemid-Eidechsen. Ich habe zunächst mitochondriale Loci für 40 Arten sequenziert, für die genetische Daten nicht existierten, und diese mit Daten aus früheren Studien kombiniert, um einen zeitkalibrierten Baum mit 258 Endtaxa zu erstellen, die vollständigste phylogenetische Inferenz der Gruppe bis dato. Ich habe mehrere Hypothesen zur Diversifizierung und evolutionären Dynamik der Liolaemiden getestet, die alle auf der Bedeutung des Anstiegs der Andenberge bei der Generierung von Biodiversität zentriert waren. Ich finde, dass die meisten Abstammungslinien in andinischen Regionen entstanden sind, bevor sie in umliegende Biome ausbreiteten. In Kombination mit Befunden, dass Artbildungsrate mit steigenden Höhen korreliert, postuliere ich, dass die Anden als Artpumpe für die artenreichste Eidechsengruppe Südamerikas dienten. Darüber hinaus, unter Verwendung verfügbarer Daten zu Verbreitung, thermischer Nische und Reproduktionsmodus (Eierlegerei versus Lebendgeburt), finde ich, dass Lebendgeburt der Schlüsselfaktor war, der es Liolaemiden ermöglichte, sich an die hohen Berge der Anden anzupassen. Wichtig ist, dass, wenn Abstammungslinien zurück in die Tiefländer ausbreiteten, meine Ergebnisse für Liolaemus, die artenreichste Gattung in der Familie, darauf hindeuten, dass mehrere Rückkehrungen zur Eierlegerei stattgefunden haben müssen. Dies ist einer der sehr wenigen bekannten Fälle, in denen diese Rückkehrung im Reproduktionsmodus stattgefunden hat. In Kapitel 5 konzentriere ich mich auf die Liolaemus (sensu stricto) UnterGattung, die hauptsächlich um die Anden zwischen Chile und Argentinien verteilt ist. Sehr schnelle Diversifizierungsereignisse haben die phylogenetischen Beziehungen innerhalb dieser Gruppe extrem schwer auflösbar gemacht. Ich habe Gewebeproben von fast 400 Proben aus den 87 beschriebenen und 13 Kandidatenarten erhalten. Ich habe mitochondriale Daten mittels Sanger-Sequenzierung und nukleare Single Nucleotide Polymorphismen (SNPs) mittels ddRADSeq sequenziert und moderne phylogenetische Rekonstruktionsmethoden verwendet, um die evolutionäre Geschichte der Gruppe aufzulösen. Ich finde sehr hohe Diskrepanzniveaus zwischen mitochondrialen und nuklearen Daten, was auf umfangreiche vergangene Introgression zwischen Abstammungslinien hindeutet und zeigt, dass einzelne genetische Marker und Concatenationsmethoden von geringer用处 sind, um systematische Beziehungen innerhalb der Gruppe aufzulösen. Dies wird durch die umfangreichen Reticulationsereignisse bestätigt, die durch phylogenetische Netzwerke abgeleitet wurden. Dennoch stellen diese Ergebnisse einen großen Schritt in Richtung des Verständnisses der evolutionären Muster von Liolaemus im Kontext der geologischen Geschichte der Anden dar und helfen auch, eine historisch verworrene Taxonomie zu verbessern, mit der Synonymie vieler Arten und dem wahrscheinlich artlichen Status vieler unbeschriebener Taxa. Schließlich erforsche ich in Kapitel 6 die flacheren evolutionären Muster einer der interessantesten Gruppen von Liolaemus, der Leoparden-Eidechsen (Liolaemus leopardinus). Die meisten Arten in diesem Kladus finden sich in den Andenbergen, aber eine ist in der isolierten CostaKordilleren. Die mitochondriale Genealogie deutet darauf hin, dass das Taxon in den Bergkuppen von Costa die Schwestergruppe des Restes ist, während die Phylogenien, die aus Tausenden unabhängiger SNPs geschätzt wurden, stattdessen darauf hindeuten, dass das Muster, wonach alle andinen Arten einen Kladus bilden, ein Artefakt vergangener Introgression ist. Meine Ergebnisse der molekularen Datierung legen nahe, dass sich diese Gruppe während des Pleistozäns, einer Zeitspanne, die durch intermittierende glaziale und interglaziale Zyklen gekennzeichnet ist, abgespalten hat. Ich schlage vor, dass die vergangene Introgression während der glazialen Maxima stattfand, als Taxa gezwungen wurden, die Berge hinabzusteigen, was es ihnen ermöglichte, in den Tiefländern zu kreuzen, gefolgt von Isolation auf den Berggipfeln während der interglazialen Perioden. Ich überarbeite ihre Taxonomie, indem ich eine Art heruntersetze und eine andere beschreibe. Meine Dissertation hebt die Bedeutung hervor, verschiedene evolutionäre Zeitskalen, geografische Regionen und geohistorische Prozesse zu betrachten, um zu verstehen, wie Biodiversität auf allen Ebenen entsteht.

@misc{esquerregheur2019old,
    author = "Esquerre Gheur, Damien",
    title = "Old World Serpents and New World Dragons: The Evolutionary Dynamics of Pythons and Liolaemid Lizards",
    year = "2019",
    publisher = "The Australian National University",
    abstract = "Since Darwin and Wallace, evolutionary biologists have been fascinated with the processes driving the evolution of biodiversity, species richness, ecology and morphology. Combining phylogenetic, geological, paleontological, ecological and climatic perspectives can shed light on evolutionary patterns at deep time scales to answer questions about the evolution of biodiversity. At the same time, looking at more shallow scales, where species are initially forming and diverging, can shed light on phylogeographic aspects of evolution. In this thesis I use two animal systems with comparable ages to understand evolutionary processes at both deep and shallow time-scales. Pythons (Pythonidae) are a diverse group of snakes distributed across the tropics and subtropics of the Old World. Their moderate species diversity (44 currently recognized species), is eclipsed by their remarkable morphological and ecological diversity. Liolaemid lizards (Liolaemidae), found in the southern portion of South America, also are diverse in their habitat use, reproductive mode and thermal niche, but are extremely species rich, with almost 300 currently recognized species. Both pythons and liolaemid lizards, based on different and common attributes, have been recognized as examples of an adaptive radiation. My research on pythons is summarized in the first three chapters. In Chapter 1, I use a phylogenomic dataset of over 300 loci and mitochondrial genomes, along with fossil calibrations, to reconstruct a time-calibrated species tree. Biogeographic reconstruction analyses reveal pythons likely originated in Asia, and only recently crossed Wallace’s line into Australo-Papua. Lineage and morphological diversification analyses show that once they crossed this line, pythons display a sudden burst of species, ecological and morphological diversity, consistent with ecological opportunity following colonization of a new environment with novel niches. In Chapter 2, I reconstruct ontogenetic allometric trajectories to illustrate changes in python head and body shape from juveniles to adults. I find that heterochrony (a dissociation of size, shape and age) is the initial developmental process responsible for pythons to diverge in morphology. Although this process involves shifting the rate and timing of development, it still requires that the direction of change along morphological space remain the same. However, I also find that at deeper evolutionary levels, the direction of shape change with size becomes evolvable, allowing pythons to explore more extreme phenotypes than previously available. Chapter 3 looks at phylogeographic patterns of one of the most iconic snakes in the world: the green tree pythons (Morelia viridis complex). Using a similar dataset as described above, but analysed in a species-delimitation and population structure framework, I identified deep phylogeographic structure within the group, and recognize two species, one of which comprises three subspecies. These taxa are highly cryptic, and the central cordillera of New Guinea likely played a key role in maintaining isolation between the lineages, allowing them to diverge. Chapter 4 switches the focus to the liolaemid lizards. I first sequenced mitochondrial loci for 40 species for which genetic data did not exist, and combined this with data from previous studies to build a time-calibrated tree with 258 terminal taxa, the most complete phylogenetic inference of the group to date. I tested multiple hypotheses on the diversification and evolutionary dynamics of liolaemids, all of which centered on the importance of the uplift of the Andes mountains in generating biodiversity. I find that most lineages originated in Andean regions before dispersing into surrounding biomes. Combined with findings that speciation rates are correlated with rising altitudes, I postulate the Andes acted as a species pump for the most diverse lizard group of South America. Moreover, using available data on distribution, thermal niche and reproductive mode (oviparity versus viviparity), I find that viviparity was the key factor in enabling liolamids to adapt to the high mountains of the Andes. Importantly, when lineages dispersed back into the lowlands, my results for Liolaemus, the most diverse genus in the family, suggest that several reversals back to oviparity must have occurred. This is one of the very few known cases where this reversal in reproductive mode has taken place. In Chapter 5 I focused on the Liolaemus (sensu stricto) subgenus, which is mostly distributed around the Andes between Chile and Argentina. Very rapid diversification events have rendered the phylogenetic relationships within this group extremely hard to resolve. I obtained tissues from almost 400 samples from the 87 described and 13 candidate species. I sequenced mitochondrial data using Sanger sequencing, and nuclear Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) using ddRADSeq, and used cutting edge phylogenetic reconstruction methods to resolve the evolutionary history of the group. I find very high levels of discordance between mitochondrial and nuclear data, suggesting extensive past introgression between lineages, highlighting single genetic markers and concatenation methods are of little use for resolving systematic relationships within the group. This is confirmed by the extensive reticulation events inferred by phylogenetic networks. Nevertheless, these results provide a huge step towards understanding the evolutionary patterns of Liolaemus in the context of the geological history of the Andes, and also help to improve a historically messy taxonomy, with the synonymy of many species and the likely species level status of many undescribed taxa. Finally, in Chapter 6, I explore the shallower evolutionary patterns of one of the most interesting groups of Liolaemus, the leopard lizards (Liolaemus leopardinus). Most species in this clade are found in the Andes mountains, but one is found in the isolated Costa cordillera. The mitochondrial genealogy suggests the taxon in the Costa mountains is sister to the rest, but the phylogenies estimated from thousands of independent SNPs instead suggest the pattern of all Andean species forming a clade is an artifact of past introgression. My molecular dating results suggest this group diverged during the Pleistocene, a period in time characterized by intermittent glacial and interglacial cycles. I suggest that past introgression occurred during glacial maxima, when taxa were forced down the mountains, enabling them to interbreed in the lowlands, followed by isolation in mountain tops during interglacial periods. I revise their taxonomy, sinking one species and describing another. My thesis highlights the importance of looking at different evolutionary timescales, geographic regions, and geohistorical processes to understand how biodiversity, is generated at all levels.",
    url = "https://openresearch-repository.anu.edu.au/handle/1885/165154",
    doi = "10.25911/5d778320337d4",
    openalex = "W2973085688"
}

Die Krebstierordnung Stomatopoda umfasst etwa 500 Arten von Mantisschrecken. Diese marinen Räuber, die in tropischen und subtropischen Gewässern häufig vorkommen, verfügen über ausgeklügelte visuelle Systeme und spezialisierte Jagdanhänge. In dieser Studie leiten wir die evolutionären Beziehungen innerhalb der Stomatopoda unter Verwendung eines kombinierten Datensatzes von 77 morphologischen Merkmalen, ganzer mitochondrialer Genome und drei nukleärer Marker ab. Unser Datensatz umfasst Vertreter aller sieben Stomatopoda-Superfamilien, einschließlich der ersten Sequenzdaten von Erythrosquilloidea. Unter Verwendung einer bayesianischen relaxierten molekularen Uhr mit auf Fossilien basierenden Kalibrierungsvorgaben schätzen wir, dass die Kronengruppe der unipeltatanen Mantisschrecken vor etwa 143 (95 % glaubwürdiger Intervall 199-98) Millionen Jahren im Mesozoikum erschien. Darüber hinaus stützen unsere Ergebnisse die Hypothese, dass spezialisierte zerschlagende und speerartige Anhänge früh in der evolutionären Geschichte der Unipeltata erschienen. Wir fanden keine Hinweise auf eine Korrelation zwischen den Raten der morphologischen und molekularen Evolution über die Phylogenie hinweg, identifizierten jedoch sehr hohe Niveaus der Ratenvariation zwischen den Linien in den morphologischen Merkmalen. Unsere Total-Evidence-Analyse erholte evolutionäre Signale aus sowohl molekularen als auch morphologischen Datensätzen und demonstriert den Nutzen, diese Informationsquellen für phylogenetische Inferenz und evolutionäre Analyse zu kombinieren.

@article{doi101016jympev2025108346,
    author = "Van Der Wal, Cara und Ahyong, Shane T und Adams, Maxim W D und Lo, Nathan und Ho, Simon Y W",
    title = "Total-evidence phylogenetische Analyse löst die evolutionäre Zeitskala der Mantisschrecken (Stomatopoda) auf und liefert Einblicke in ihre molekularen und morphologischen evolutionären Raten.",
    year = "2025",
    journal = "Molecular phylogenetics and evolution",
    abstract = "Die Krebstierordnung Stomatopoda umfasst etwa 500 Arten von Mantisschrecken. Diese marinen Räuber, die in tropischen und subtropischen Gewässern häufig vorkommen, verfügen über ausgeklügelte visuelle Systeme und spezialisierte Jagdanhänge. In dieser Studie leiten wir die evolutionären Beziehungen innerhalb der Stomatopoda unter Verwendung eines kombinierten Datensatzes von 77 morphologischen Merkmalen, ganzer mitochondrialer Genome und drei nukleärer Marker ab. Unser Datensatz umfasst Vertreter aller sieben Stomatopoda-Superfamilien, einschließlich der ersten Sequenzdaten von Erythrosquilloidea. Unter Verwendung einer bayesianischen relaxierten molekularen Uhr mit auf Fossilien basierenden Kalibrierungsvorgaben schätzen wir, dass die Kronengruppe der unipeltatanen Mantisschrecken vor etwa 143 (95 % glaubwürdiger Intervall 199-98) Millionen Jahren im Mesozoikum erschien. Darüber hinaus stützen unsere Ergebnisse die Hypothese, dass spezialisierte zerschlagende und speerartige Anhänge früh in der evolutionären Geschichte der Unipeltata erschienen. Wir fanden keine Hinweise auf eine Korrelation zwischen den Raten der morphologischen und molekularen Evolution über die Phylogenie hinweg, identifizierten jedoch sehr hohe Niveaus der Ratenvariation zwischen den Linien in den morphologischen Merkmalen. Unsere Total-Evidence-Analyse erholte evolutionäre Signale aus sowohl molekularen als auch morphologischen Datensätzen und demonstriert den Nutzen, diese Informationsquellen für phylogenetische Inferenz und evolutionäre Analyse zu kombinieren.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40194643/",
    doi = "10.1016/j.ympev.2025.108346",
    openalex = "W4409229529",
    pmid = "40194643",
    references = "doi101016jympev201208023, doi101080106351501753462876, doi101093molbevmsaa015, doi101093nargkh340, doi101093sysbiosys029, doi101093sysbiosyy032, doi101146annureves18110187000323, doi101186s1286201708906, doi101371journalpbio0040088, doi101371journalpcbi1006650"
}

Zusammenfassung Die Evolution der riesigen genetischen und morphologischen Vielfalt der Erde wurde durch eine Reihe makroevolutionärer Modelle erklärt. An den entgegengesetzten Enden des Spektrums liegen zwei kontrastierende evolutionäre Modelle: phyletischer Gradualismus und unterbrochene Gleichgewichte. Unter einem phyletischen Gradualismus-Framework akkumuliert sich evolutionärer Wandel entlang von Linien, und Arten werden im Laufe der Zeit stetig in neue Formen transformiert. Im Gegensatz dazu tritt unter unterbrochenen Gleichgewichten evolutionärer Wandel tendenziell in Ausbrüchen bei Artbildungsereignissen auf. Vorherige Studien zu molekularen und morphologischen Daten haben unterschiedliche Unterstützungsniveaus für die beiden evolutionären Modelle gefunden. Wir untersuchten diese Modelle unter Verwendung umfassender molekularer und morphologischer Datensätze aus 40 Klades über das gesamte Baum des Lebens hinweg. Beim Testen auf Assoziationen zwischen Artenvielfalt und der Menge des evolutionären Wandels in Schwesterkladen finden wir wenig Belege, die das Modell der unterbrochenen Gleichgewichte unterstützen. Allerdings fanden wir hohe Niveaus der zwischenlinienrate-Variation in der molekularen Evolution und insbesondere in der morphologischen Evolution. Unser Vergleich von kodierenden und nicht-kodierenden genomischen Regionen enthüllte kontrastierende Muster der zwischenlinienrate-Variation, ohne klare Trends über Taxa hinweg. Unsere Studie bestätigt, dass Heterotachie ein dominantes Merkmal in der Makroevolution ist und dass molekulare und morphologische Evolution nicht einfach durch ein graduales oder unterbrochenes Modell beschrieben werden können.

@misc{doi10110120250720665814,
    author = "Estrada, Ernesto und Asar, Yasmin und Sauquet, Hervé und Ho, Simon Y. W.",
    title = "Unveiling the tempo of molecular and morphological evolution across the Tree of Life",
    year = "2025",
    booktitle = "bioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)",
    abstract = "Zusammenfassung Die Evolution der riesigen genetischen und morphologischen Vielfalt der Erde wurde durch eine Reihe makroevolutionärer Modelle erklärt. An den entgegengesetzten Enden des Spektrums liegen zwei kontrastierende evolutionäre Modelle: phyletischer Gradualismus und unterbrochene Gleichgewichte. Unter einem phyletischen Gradualismus-Framework akkumuliert sich evolutionärer Wandel entlang von Linien, und Arten werden im Laufe der Zeit stetig in neue Formen transformiert. Im Gegensatz dazu tritt unter unterbrochenen Gleichgewichten evolutionärer Wandel tendenziell in Ausbrüchen bei Artbildungsereignissen auf. Vorherige Studien zu molekularen und morphologischen Daten haben unterschiedliche Unterstützungsniveaus für die beiden evolutionären Modelle gefunden. Wir untersuchten diese Modelle unter Verwendung umfassender molekularer und morphologischer Datensätze aus 40 Klades über das gesamte Baum des Lebens hinweg. Beim Testen auf Assoziationen zwischen Artenvielfalt und der Menge des evolutionären Wandels in Schwesterkladen finden wir wenig Belege, die das Modell der unterbrochenen Gleichgewichte unterstützen. Allerdings fanden wir hohe Niveaus der zwischenlinienrate-Variation in der molekularen Evolution und insbesondere in der morphologischen Evolution. Unser Vergleich von kodierenden und nicht-kodierenden genomischen Regionen enthüllte kontrastierende Muster der zwischenlinienrate-Variation, ohne klare Trends über Taxa hinweg. Unsere Studie bestätigt, dass Heterotachie ein dominantes Merkmal in der Makroevolution ist und dass molekulare und morphologische Evolution nicht einfach durch ein graduales oder unterbrochenes Modell beschrieben werden können.",
    url = "https://doi.org/10.1101/2025.07.20.665814",
    doi = "10.1101/2025.07.20.665814",
    openalex = "W4412527719",
    references = "doi101016jympev2025108346, doi101038nature10516, doi101038ncomms2958, doi101038nmeth4285, doi101073pnas0811087106, doi101093icb204653, doi101093molbevmsaa015, doi101093sysbio41118, doi101126science1084786, doi101126science1090005, doi104159harvard9780674865327"
}

Die Unterfamilie Microsoroideae stellt die drittgrößte Unterfamilie innerhalb der Polypodiaceae dar. Aufgrund unzureichender Stichproben, begrenzter informativer Stellen und erheblicher morphologischer Diversifizierung war die Klassifikation auf der Gattungsebene innerhalb der Microsoroideae jedoch umstritten. Darüber hinaus bleibt die Entstehung und die Diversifizierungsgeschichte dieser Unterfamilie unklar. Mit der bisher umfangreichsten Stichprobe bieten wir eine umfassende und systematische Aufklärung der Evolutionärgeschichte der Microsoroideae. Unsere wichtigsten Erkenntnisse umfassen Folgendes: (1) Die Microsoroideae können basierend auf dem Plastom-Datensatz in 5 Superklade und 17 vollständig unterstützte Klade unterteilt werden, während der Kerngen-Datensatz die Aufteilung der Microsoroideae in 6 Superklade und 19 monophyletische Klade unterstützt; (2) innerhalb der Microsoroideae bestehen erhebliche cytonukleäre Diskrepanzen und Konflikte in den Genbäumen, die durch unvollständige Linien-Sortierung – insbesondere hinsichtlich der widersprüchlichen phylogenetischen Positionen von Bosmania – und introgressiver Hybridisierung erklärt werden können; (3) molekulare Datierung zeigt konsistent an, dass die Microsoroideae im frühen Eozän entstanden und sich um das mittlere Eozän zu diversifizieren begannen; (4) die Rekonstruktion des Vorfahrenareals unterstützt den asiatischen Kontinent sowohl als Ursprungs- als auch als Diversifizierungszentrum der Microsoroideae; (5) paläoumweltbedingte Veränderungen, geologische Ereignisse und eine Reihe von Ausbreitungs- und Vicariance-Ereignisse sind die Haupttreiber der aktuellen Verbreitung der Microsoroideae; (6) Analysen der Diversifizierungsrate zeigen, dass abrupte Änderungen der Diversifizierungsrate der mütterlichen Linien der Microsoroideae mit dem mittleren Eozän-Klimatum verbunden sind; (7) Kerngen-Daten zeigen, dass die Diversifizierungsrate der Lecanopteris-Klade signifikant höher ist als bei anderen Klade, was mit ihren einzigartigen Ameisen-assoziierten Merkmalen zusammenhängt; und (8) die aus Kerngen-Daten abgeleiteten Diversifizierungsraten der Microsoroideae zeigen unterschiedliche Trends im Vergleich zu denen, die aus Plastom-Daten abgeleitet wurden. Diese Diskrepanz kann auf häufige Hybridisierung und Polyploidisierung zurückzuführen sein, die Umweltbelastungen puffern. Die Erkenntnisse haben nicht nur erhebliche Implikationen für die Klassifikation der Microsoroideae, sondern bieten auch Einblicke in die adaptive Evolution von Farnen.

@article{doi101111cla70024,
    author = "Zhao, Jing and Wang, Jia-Guan and Niu, Hong-Bin and Pan, Wei-Hao and Huang, Chuan-Jie and Liang, Zhen-Long and He, Zhao-Rong and Jiang, Li-Ju and Zhou, Xin-Mao",
    title = "Phylogeny and evolutionary history of subfamily Microsoroideae (Polypodiaceae): new insights from plastome and nuclear gene data.",
    year = "2026",
    journal = "Cladistics: the international journal of the Willi Hennig Society",
    abstract = "Subfamily Microsoroideae represent the third largest subfamily within Polypodiaceae. However, due to insufficient sampling, limited informative sites and considerable morphological diversification, the generic-level classification within Microsoroideae has been contentious. Furthermore, the origin and diversification history of this subfamily remain unclear. With the most extensive sampling to date, we provide a comprehensive and systematic elucidation of the evolutionary history of Microsoroideae. Our key findings include the following: (1) Microsoroideae can be divided into 5 superclades and 17 fully supported clades based on the plastome dataset, while nuclear gene dataset supports the division of Microsoroideae into 6 superclades and 19 monophyletic clades; (2) significant cytonuclear discordance and gene tree conflicts exist within Microsoroideae and can be explained by incomplete lineage sorting-particularly regarding the conflicting phylogenetic positions of Bosmania, and introgressive hybridization; (3) molecular dating consistently indicates that Microsoroideae originated in the early Eocene and began to diversify around the middle Eocene; (4) ancestral area reconstruction supports the Asian continent as both the origin and diversification centres of Microsoroideae; (5) paleoenvironmental changes, geological events and a series of dispersal and vicariance events are the primary drivers of the current distribution of Microsoroideae; (6) diversification rate analyses reveal that abrupt changes in the diversification rate of the maternal lineages of Microsoroideae are associated with the Middle Eocene Climatic Optimum; (7) nuclear gene data show that the diversification rate of the Lecanopteris clade is significantly higher than other clades, which is linked to its unique ant-associated traits; and (8) the diversification rates of Microsoroideae inferred from nuclear gene data exhibit different trends compared with those inferred from plastome data. This discrepancy may arise from frequent hybridization and polyploidization, which buffer environmental pressures. The findings not only have significant implications for the classification of Microsoroideae but also provide insights for the adaptive evolution of ferns.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41480809/",
    doi = "10.1111/cla.70024",
    openalex = "W7117959445",
    pmid = "41480809",
    references = "doi101038nbt1883, doi101038nmeth4285, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093bioinformaticsbtp348, doi101093bioinformaticsbty191, doi101093bioinformaticsbty560, doi101093gigasciencegiab008, doi101093molbevmst010, doi101093molbevmsu300, doi101093sysbiosys029"
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