Feliden

@techreport{matthew1910the1,
    author = "Matthew, W. D",
    title = "Die Phylogenie der Felidae",
    year = "1910",
    howpublished = "American Museum of Natural History Bulletin, v. 28, p. 289-316",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Matthew, W. D., 1910, Die Phylogenie der Felidae: American Museum of Natural History Bulletin, v. 28, p. 289-316.}"
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Zeitschriftenartikel The Phylogeny of Dogs Zugang erhalten W. D. Matthew W. D. Matthew Suchen Sie nach weiteren Werken dieses Autors auf: Oxford Academic Google Scholar Journal of Mammalogy, Band 11, Ausgabe 2, 9. Mai 1930, Seiten 117–138, https://doi.org/10.2307/1374061 Veröffentlicht: 09. Mai 1930

@article{doi1023071374061,
    author = "Matthew, W. D.",
    title = "The Phylogeny of Dogs",
    year = "1930",
    journal = "Journal of Mammalogy",
    abstract = "Zeitschriftenartikel The Phylogeny of Dogs Zugang erhalten W. D. Matthew W. D. Matthew Suchen Sie nach weiteren Werken dieses Autors auf: Oxford Academic Google Scholar Journal of Mammalogy, Band 11, Ausgabe 2, 9. Mai 1930, Seiten 117–138, https://doi.org/10.2307/1374061 Veröffentlicht: 09. Mai 1930",
    url = "https://doi.org/10.2307/1374061",
    doi = "10.2307/1374061",
    openalex = "W2043325306"
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Der Hörbereich der nordamerikanischen fossilen Feliden wird im Detail beschrieben. Bei den oligozänen Feliden ähneln die Merkmale dieses Bereichs, insbesondere die Foramina, die mit den Venen und Arterien des Kopfes verbunden sind, denen der modernen Caniden eher als denen der Feliden. Im Gegensatz dazu besitzen alle Gattungen des mittleren Miozäns (nach John Day) und späterer Zeit in diesem Teil des Schädels typische felide Merkmale. Dies hat tiefgreifende Bedeutung für die Phylogenie und die Haupttaxonomie der Familie. Wenn eine der Arten der oligozänen Feliden Vorfahr der modernen Formen ist, muss eine Evolution sowohl des venösen als auch des arteriellen Systems des Kopfes als auch der auditiven Bulla stattgefunden haben. Dies ist durchaus möglich, da es nicht nur theoretische Unterstützung in der Ontogenie moderner Gattungen gibt, sondern auch Arten, die Merkmale aufweisen, die die Paleofeliden mit den Neofeliden verbinden. Dennoch ist die Annahme einer solchen Evolution ein radikaler Schritt, da sie die Gültigkeit der aktuellen Superfamilien-Klassifikation der Carnivora in Frage stellt. Diese Anordnung basiert primär auf der Homologie der zweikammerigen Bulla und dem Vorhandensein oder Fehlen des postglenoiden Foramen. Wenn, wie dieser Aufsatz zu zeigen versucht, diese Strukturen nicht homolog sind, sondern unabhängig in den Viverridae und Feliden (und in anderen Familien) evolviert sind, haben die Kategorien Aeluroidea und Arctoidea von Flower (Feloidea und Canoidea von Simpson) keine phylogenetische Bedeutung, sondern sind bestenfalls bequeme Einteilungen, die nur auf moderne Gattungen anwendbar sind.

@article{doi103133pp243g,
    author = "Hough, Jean",
    title = "Auditory region in North American fossil Felidae; its significance in phylogeny",
    year = "1953",
    journal = "USGS professional paper",
    abstract = "Der Hörbereich der nordamerikanischen fossilen Feliden wird im Detail beschrieben. Bei den oligozänen Feliden ähneln die Merkmale dieses Bereichs, insbesondere die Foramina, die mit den Venen und Arterien des Kopfes verbunden sind, denen der modernen Caniden eher als denen der Feliden. Im Gegensatz dazu besitzen alle Gattungen des mittleren Miozäns (nach John Day) und späterer Zeit in diesem Teil des Schädels typische felide Merkmale. Dies hat tiefgreifende Bedeutung für die Phylogenie und die Haupttaxonomie der Familie. Wenn eine der Arten der oligozänen Feliden Vorfahr der modernen Formen ist, muss eine Evolution sowohl des venösen als auch des arteriellen Systems des Kopfes als auch der auditiven Bulla stattgefunden haben. Dies ist durchaus möglich, da es nicht nur theoretische Unterstützung in der Ontogenie moderner Gattungen gibt, sondern auch Arten, die Merkmale aufweisen, die die Paleofeliden mit den Neofeliden verbinden. Dennoch ist die Annahme einer solchen Evolution ein radikaler Schritt, da sie die Gültigkeit der aktuellen Superfamilien-Klassifikation der Carnivora in Frage stellt. Diese Anordnung basiert primär auf der Homologie der zweikammerigen Bulla und dem Vorhandensein oder Fehlen des postglenoiden Foramen. Wenn, wie dieser Aufsatz zu zeigen versucht, diese Strukturen nicht homolog sind, sondern unabhängig in den Viverridae und Feliden (und in anderen Familien) evolviert sind, haben die Kategorien Aeluroidea und Arctoidea von Flower (Feloidea und Canoidea von Simpson) keine phylogenetische Bedeutung, sondern sind bestenfalls bequeme Einteilungen, die nur auf moderne Gattungen anwendbar sind.",
    url = "https://doi.org/10.3133/pp243g",
    doi = "10.3133/pp243g",
    openalex = "W1520885139",
    references = "doi1010970000505319400100000088, doi101111j146979981869tb07286x, doi1023071374061, doi1023072405524, openalexw2596252908, openalexw2809958608, openalexw609226402"
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@article{doi101111j1469185x1966tb01624x,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "ALLOMETRY AND SIZE IN ONTOGENY AND PHYLOGENY",
    year = "1966",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
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    doi = "10.1111/j.1469-185x.1966.tb01624.x",
    openalex = "W2082598566",
    references = "colbert1948evolution, doi101001jama196203050110085031, doi101007bf02982279, doi101038114895a0, doi101038137780b0, doi101038164820b0, doi101086280573, doi101093biomet371230, doi101111j155856461949tb00010x, doi101152physrev1947274511, doi1015159780691183978018, doi1023071538742, doi1023072405671, doi1023072527939, doi1023072532815, doi107312rens91062, doi107312simp93764, kermack1954a"
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* *1. Entwurf * Teil I: Rückblick *2. Die Analogistische Tradition von Anaximander bis Bonnet * Die Samen der Recapitulation in der griechischen Wissenschaft? * Ontogenie und Phylogenie im Konflikt zwischen Epigenese und Epigenese: Das Idyll von Charles Bonnet * Anhang: Die Revolution in *3. Transzendentale Ursprünge, 1793--1860 * Naturphilosophie: Ein Ausdruck des Entwicklungsdeterminismus * Zwei führende Recapitulationisten unter den Naturphilosophen: Oken und Meckel * Okens Klassifikation der Tiere: Lineare Additionen von Organen * J. F. Meckels nüchterne Darstellung derselben Prinzipien * Serres und die französischen Transzendentalisten * Recapitulation und die Theorie der Entwicklungsarrests * Von Baers Kritik an der Recapitulation * Die Richtung der Entwicklung und die Klassifikation der Tiere * Von Baer und Naturphilosophie: Was ist die universelle Richtung der Entwicklung? * Louis Agassiz und das dreifache Parallelismus *4. Evolutionärer Triumph, 1859--1900 * Evolutionstheorie und zoologische Praxis * Darwin und die Evolution von Baers Gesetze * Evolution und die Mechanik der Recapitulation * Ernst Haeckel: Phylogenie als mechanische Ursache der Ontogenie * Der Mechanismus der Recapitulation * Die amerikanischen Neolamarckianer: Das Gesetz der Beschleunigung als Motor der Evolution * Progressive Evolution durch Beschleunigung * Das Ausmaß des Parallelismus * Warum dominiert die Recapitulation die Geschichte des Lebens? * Alpheus Hyatt und universelle Beschleunigung * Lamarckismus und die Analogie des Gedächtnisses * Recapitulation und Darwinismus * Anhang: Die evolutionäre Übersetzung von Baers Gesetze *5. Durchgreifender Einfluss * Kriminalanthropologie * Rassismus * Kindesentwicklung * Grundschule * Freudianische Psychoanalyse * Epilog *6. Niedergang, Fall und Verallgemeinerung * Ein schlauer Argument * Eine empirische Kritik * Organe oder Vorfahren: Die Transformation von Haeckels Heterochronie * Interpolationen in juvenile Stadien * Einführung von juvenilen Merkmalen in die Erwachsenen der Nachkommen * Was war aus von Baers Kritik geworden? * Wohltätige Vernachlässigung: Recapitulation und der Aufstieg der experimentellen Embryologie * Die vorausgesetzten Annahmen der Recapitulation * Wilhelm His und seine physiologische Embryologie: Ein vorläufiger Skirmisch * Rouxs Entwicklungsmechanik und das biogenetische Gesetz * Recapitulation und substantielle Fragen in der experimentellen Embryologie: Der neue Präformationismus * Mendels Auferstehung, Haeckels Fall und die Verallgemeinerung der Recapitulation * Teil II: Heterochronie und Paedomorphose *7. Heterochronie und das Parallel der Ontogenie und Phylogenie * Beschleunigung und Verlangsamung * Verwirrung in und nach Haeckels Nachlass * Richtlinien für eine Lösung * Die Reduktion von de Beers Kategorien der Heterochronie auf Beschleunigung und Verlangsamung * Ein historisches Paradoxon: Die vermeintliche Dominanz der Recapitulation * Dissociabilität und Heterochronie * Korrelation und Dissociabilität * Dissociation der drei Prozesse * Ein Maßstab für Dissociation * Zeitverschiebung als Mechanismus der Dissociation * Eine Uhrenmodell der Heterochronie * Anhang: Eine Anmerkung zur multivariaten Darstellung der Dissociation *8. Die ökologische und evolutionäre Bedeutung der Heterochronie * Das Argument der Häufigkeit * Die Bedeutung der Recapitulation * Die Bedeutung der heterochronischen Veränderung: Ausgewählte Fälle * Häufigkeit der Paedomorphose bei der Entstehung höherer Taxa * Eine Kritik der klassischen Bedeutung der Heterochronie * Die klassischen Argumente * Retrospektive und unmittelbare Bedeutung * Heterochronie, Ökologie und Lebenszyklusstrategien * Das potenzielle Einfache und Schnelle der heterochronischen Veränderung * Die Kontrolle der Metamorphose bei Insekten * Amphibien-Paedomorphose und die Schilddrüse *9. Progenese und Neotenie Insekten-Progenese * Prothetely und Metathetely * Paedogenese (parthenogenetische Progenese) bei Gallmücken und Käfern * Progenese bei flügellosen, parthenogenetischen Blattläusen * Zusätzliche Fälle von Progenese mit einem ähnlichen ökologischen Grund * Neotenische Einzelheuschrecken: Sind sie eine Ausnahme von der Regel? * Amphibien-Neotenie * Die ökologischen Determinanten der Progenese * Instabile Umgebungen * Kolonisation * Parasiten * Männliche Ausbreitung * Progenese als adaptive Reaktion auf Druck für kleine Größe * Die Rolle der Heterochronie in der Makroevolution: Kontrastierende Flexibilitäten für Progenese und Neotenie * Progenese * Neotenie * Die sozialen Korrelate der Neotenie bei höheren Wirbeltieren *10. Verlangsamung und Neotenie in der menschlichen Evolution * Die Samen der Neotenie * Die fetale Theorie von Louis Bolk * Bolks Daten * Bolks Interpretation * Bolks evolutionäre Theorie * Eine Tradition des Arguments * Verlangsamung in der menschlichen Evolution * Morphologie im Kontext der Verlangsamung * Von der Enumeration * Von Prototypen * Von Korrelation * Die adaptive Bedeutung der verzögerten Entwicklung *11. Epilog * Anmerkungen * Bibliographie * Glossar * Index

@book{openalexw2506868775,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "Ontogeny and Phylogeny",
    year = "1977",
    abstract = "* *1. Prospectus * Teil I: Recapitulation *2. Die Analogistische Tradition von Anaximander bis Bonnet * Die Samen der Recapitulation in der griechischen Wissenschaft? * Ontogenie und Phylogenie im Konflikt von Epigenese: Das Idyll von Charles Bonnet * Anhang: Die Revolution in *3. Transzendentale Ursprünge, 1793--1860 * Naturphilosophie: Ein Ausdruck des Entwicklungsdeterminismus * Zwei führende Recapitulationisten unter den Naturphilosophen: Oken und Meckel * Okens Klassifikation der Tiere: Lineare Addition von Organen * J. F. Meckels nüchterne Darstellung derselben Prinzipien * Serres und die französischen Transzendentalisten * Recapitulation und die Theorie der Entwicklungsarrests * Von Baers Kritik an der Recapitulation * Die Richtung der Entwicklung und Klassifikation der Tiere * Von Baer und Naturphilosophie: Was ist die universelle Richtung der Entwicklung? * Louis Agassiz und das dreifache Parallelismus *4. Evolutionärer Triumph, 1859--1900 * Evolutionstheorie und zoologische Praxis * Darwin und die Evolution von Baers Gesetze * Evolution und die Mechanik der Recapitulation * Ernst Haeckel: Phylogenie als mechanische Ursache der Ontogenie * Der Mechanismus der Recapitulation * Die amerikanischen Neolamarckianer: Das Gesetz der Beschleunigung als Motor der Evolution * Progressive Evolution durch Beschleunigung * Das Ausmaß des Parallelismus * Warum dominiert die Recapitulation die Geschichte des Lebens? * Alpheus Hyatt und universelle Beschleunigung * Lamarckismus und die Analogie des Gedächtnisses * Recapitulation und Darwinismus * Anhang: Die evolutionäre Übersetzung von Baers Gesetze *5. Durchgreifender Einfluss * Kriminalanthropologie * Rassismus * Kindesentwicklung * Primärbildung * Freudianische Psychoanalyse * Epilog *6. Niedergang, Fall und Verallgemeinerung * Ein schlauer Argument * Eine empirische Kritik * Organe oder Vorfahren: Die Transformation von Haeckels Heterochronie * Interpolationen in juvenile Stadien * Einführung von juvenilen Merkmalen in die Erwachsenen der Nachkommen * Was war aus von Baers Kritik geworden? * Wohltätige Vernachlässigung: Recapitulation und der Aufstieg der experimentellen Embryologie * Die vorausgesetzten Annahmen der Recapitulation * Wilhelm His und seine physiologische Embryologie: Ein vorläufiger Skirmisch * Rouxs Entwicklungsmechanik und das Biogenetische Gesetz * Recapitulation und substantielle Fragen in der experimentellen Embryologie: Der neue Präformationismus * Mendels Auferstehung, Haeckels Fall und die Verallgemeinerung der Recapitulation * Teil II: Heterochronie und Paedomorphose *7. Heterochronie und das Parallel der Ontogenie und Phylogenie * Beschleunigung und Verlangsamung * Verwirrung in und nach Haeckels Nachlass * Richtlinien für eine Lösung * Die Reduktion von de Beers Kategorien der Heterochronie auf Beschleunigung und Verlangsamung * Ein historisches Paradoxon: Die vermeintliche Dominanz der Recapitulation * Dissociabilität und Heterochronie * Korrelation und Dissociabilität * Dissociation der drei Prozesse * Ein Maß für Dissociation * Zeitverschiebung als Mechanismus der Dissociation * Eine Uhr-Modell der Heterochronie * Anhang: Eine Anmerkung zur multivariaten Darstellung der Dissociation *8. Die ökologische und evolutionäre Bedeutung der Heterochronie * Das Argument der Häufigkeit * Die Bedeutung der Recapitulation * Die Bedeutung der heterochronischen Veränderung: Ausgewählte Fälle * Häufigkeit der Paedomorphose im Ursprung höherer Taxa * Eine Kritik der klassischen Bedeutung der Heterochronie * Die klassischen Argumente * Retrospektive und unmittelbare Bedeutung * Heterochronie, Ökologie und Lebenszyklus-Strategien * Das potenzielle Leichtigkeit und Schnelligkeit der heterochronischen Veränderung * Die Kontrolle der Metamorphose bei Insekten * Amphibien-Paedomorphose und die Schilddrüse *9. Progenese und Neotenie Insekten-Progenese * Prothetely und Metathetely * Paedogenese (parthenogenetische Progenese) bei Gallmücken und Käfern * Progenese bei flügellosen, parthenogenetischen Blattläusen * Zusätzliche Fälle von Progenese mit einem ähnlichen ökologischen Grund * Neotenische Einzelheuschrecken: Sind sie eine Ausnahme von der Regel? * Amphibien-Neotenie * Die ökologischen Determinanten der Progenese * Instabile Umgebungen * Kolonisation * Parasiten * Männliche Ausbreitung * Progenese als adaptive Reaktion auf Druck für kleine Größe * Die Rolle der Heterochronie in der Makroevolution: Kontrastierende Flexibilitäten für Progenese und Neotenie * Progenese * Neotenie * Die sozialen Korrelate der Neotenie bei höheren Wirbeltieren *10. Verlangsamung und Neotenie in der menschlichen Evolution * Die Samen der Neotenie * Die Fetalisierungstheorie von Louis Bolk * Bolks Daten * Bolks Interpretation * Bolks Evolutionstheorie * Eine Tradition des Arguments * Verlangsamung in der menschlichen Evolution * Morphologie im Kontext der Verlangsamung * Von der Enumeration * Von Prototypen * Von Korrelation * Die adaptive Bedeutung der verzögerten Entwicklung *11. Epilog * Anmerkungen * Bibliographie * Glossar * Index",
    openalex = "W2506868775",
    references = "doi101086409052, doi101146annureves08110177001045"
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Vergleichende Studien der Beziehung zwischen zwei Phänotypen oder zwischen einem Phänotyp und einer Umwelt werden häufig mit ungültigen statistischen Methoden durchgeführt. Die meisten Regressions-, Korrelations- und Kontingenztafelmethoden, einschließlich nichtparametrischer Methoden, gehen davon aus, dass die Punkte unabhängig aus einer gemeinsamen Verteilung gezogen werden. Wenn Arten aus einer verzweigenden Phylogenie entnommen werden, sind sie offensichtlich nicht unabhängig. Die Verwendung einer statistischen Methode, die Unabhängigkeit annimmt, führt zu einer Überschätzung der Signifikanz in Hypothesentests. Einige illustrative Beispiele für diese Phänomene wurden gegeben, und die Grenzen früherer Vorschläge zur Korrektur der Nichtunabhängigkeit wurden diskutiert. Eine Methode zur Korrektur der Phylogenie wurde vorgeschlagen. Sie erfordert, dass wir sowohl die Baumtopologie als auch die Astlängen kennen und bereit sind, die Charaktere durch Brownsche Bewegung auf einer linearen Skala zu modellieren. Unter diesen Bedingungen definiert die Phylogenie eine Menge von Kontrasten zwischen Arten, Kontrasten, die statistisch unabhängig sind und in Regressions- oder Korrelationsstudien verwendet werden können. Die erheblichen Hindernisse für die praktische Anwendung dieser Technik wurden diskutiert.

@article{doi101086284325,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "Phylogenies and the Comparative Method",
    year = "1985",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Vergleichende Studien der Beziehung zwischen zwei Phänotypen oder zwischen einem Phänotyp und einer Umwelt werden häufig mit ungültigen statistischen Methoden durchgeführt. Die meisten Regressions-, Korrelations- und Kontingenztafelmethoden, einschließlich nichtparametrischer Methoden, gehen davon aus, dass die Punkte unabhängig aus einer gemeinsamen Verteilung gezogen werden. Wenn Arten aus einer verzweigenden Phylogenie entnommen werden, sind sie offensichtlich nicht unabhängig. Die Verwendung einer statistischen Methode, die Unabhängigkeit annimmt, führt zu einer Überschätzung der Signifikanz in Hypothesentests. Einige illustrative Beispiele für diese Phänomene wurden gegeben, und die Grenzen früherer Vorschläge zur Korrektur der Nichtunabhängigkeit wurden diskutiert. Eine Methode zur Korrektur der Phylogenie wurde vorgeschlagen. Sie erfordert, dass wir sowohl die Baumtopologie als auch die Astlängen kennen und bereit sind, die Charaktere durch Brownsche Bewegung auf einer linearen Skala zu modellieren. Unter diesen Bedingungen definiert die Phylogenie eine Menge von Kontrasten zwischen Arten, Kontrasten, die statistisch unabhängig sind und in Regressions- oder Korrelationsstudien verwendet werden können. Die erheblichen Hindernisse für die praktische Anwendung dieser Technik wurden diskutiert.",
    url = "https://doi.org/10.1086/284325",
    doi = "10.1086/284325",
    openalex = "W2013410948",
    references = "doi101007bf01734359, doi101038290699a0, doi101038293057a0, doi101093sysbio274401, doi101111j155856461981tb04991x, doi101126science1864167892, doi101126science6407108, doi101146annureves14110183001525, openalexw191281502, openalexw3045142570"
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Zusammenfassung - Mehrere prominente Kladisten haben die Bedeutung von Fossilien für die phylogenetische Inferenz in Frage gestellt, und es wird zunehmend populär, ausgestorbene Formen, wenn sie überhaupt berücksichtigt werden, einfach einem Kladogramm von aktuellen Taxa anzupassen. Die Studie von Gardiner (1982) und Løvtrup (1985) zur Phylogenie der Amnioten veranschaulicht diese unterschiedliche Behandlung, und wir konzentrierten uns auf diese Gruppe von Organismen, um die These zu testen, dass Fossilien eine auf der aktuellen Biota basierende Theorie der Verwandtschaft nicht umstürzen können. Unsere Parsimonieanalyse der Amnioten-Phylogenie, wobei spezielles Wissen, das von Fossilien beigesteuert wird, sorgfältig vermieden wurde, führte zur folgenden besten Anpassung, die der neuartigen Hypothese ähnelt, die Gardiner veröffentlichte: (lepidosauria (schildkröten (säugetiere (vögel, krokodile)))). Allerdings führte das Hinzufügen von Fossilien zu einem deutlich anderen höchst parsimonischen Kladogramm der extanten Taxa: (säugetiere (schildkröten (lepidosauria (vögel, krokodile)))). Diese Klassifikation ähnelt der traditionellen Hypothese und bietet eine bessere Anpassung an den stratigraphischen Bericht. Um die ausgestorbenen Taxa zu isolieren, die für diese letztere Klassifikation verantwortlich sind, wurden die Daten bei jeder phylogenetischen Analyse sukzessive partitioniert, und wir schlossen, dass: (1) die Ingroup-Fossilien, nicht die Outgroup-Fossilien, wichtig waren; (2) Synapsid-Fossilien, nicht Reptilien-Fossilien, entscheidend waren; (3) bestimmte Synapsid-Fossilien, nicht die frühesten oder spätesten, verantwortlich waren. Die kritische Natur der Synapsid-Fossilien schien in der besonderen Kombination von primitiven und abgeleiteten Charakterlisten zu liegen, die sie zeigten. Die Klassifizierung dieser Fossilien zusammen mit Säugetieren als Schwestergruppe der Linie, bestehend aus Vögeln und Krokodilen, führte zu einer relativ schlechten Anpassung an die Daten; eine, die eine 2-4-fache Zunahme evolutionärer Reversalien involvierte! Daher scheint die Bedeutung der kritischen Fossilien, kollektiv oder individuell, in ihrer relativen Primitivität zu liegen, und die einfachste Erklärung für ihre konservativere Natur ist, dass sie weniger Zeit hatten, sich zu entwickeln. Obwohl Fossilien möglicherweise nur unter bestimmten Bedingungen in der phylogenetischen Inferenz wichtig sind, gibt es keinen zwingenden Grund, ihren Beitrag vorab zu bewerten. Wir drängen Systematiker, alle verfügbaren Beweise fair zu bewerten.

@article{doi101111j109600311988tb00514x,
    author = "Gauthier, Jacques and Kluge, Arnold G. and Rowe, Timothy",
    title = "AMNIOTE PHYLOGENY AND THE IMPORTANCE OF FOSSILS",
    year = "1988",
    journal = "Cladistics",
    abstract = "Zusammenfassung - Mehrere prominente Kladisten haben die Bedeutung von Fossilien für die phylogenetische Inferenz in Frage gestellt, und es wird zunehmend populär, ausgestorbene Formen, wenn sie überhaupt berücksichtigt werden, einfach einem Kladogramm von aktuellen Taxa anzupassen. Die Studie von Gardiner (1982) und Løvtrup (1985) zur Phylogenie der Amnioten veranschaulicht diese unterschiedliche Behandlung, und wir konzentrierten uns auf diese Gruppe von Organismen, um die These zu testen, dass Fossilien eine auf der aktuellen Biota basierende Theorie der Verwandtschaft nicht umstürzen können. Unsere Parsimonieanalyse der Amnioten-Phylogenie, wobei spezielles Wissen, das von Fossilien beigesteuert wird, sorgfältig vermieden wurde, führte zur folgenden besten Anpassung, die der neuartigen Hypothese ähnelt, die Gardiner veröffentlichte: (lepidosauria (schildkröten (säugetiere (vögel, krokodile)))). Allerdings führte das Hinzufügen von Fossilien zu einem deutlich anderen höchst parsimonischen Kladogramm der extanten Taxa: (säugetiere (schildkröten (lepidosauria (vögel, krokodile)))). Diese Klassifikation ähnelt der traditionellen Hypothese und bietet eine bessere Anpassung an den stratigraphischen Bericht. Um die ausgestorbenen Taxa zu isolieren, die für diese letztere Klassifikation verantwortlich sind, wurden die Daten bei jeder phylogenetischen Analyse sukzessive partitioniert, und wir schlossen, dass: (1) die Ingroup-Fossilien, nicht die Outgroup-Fossilien, wichtig waren; (2) Synapsid-Fossilien, nicht Reptilien-Fossilien, entscheidend waren; (3) bestimmte Synapsid-Fossilien, nicht die frühesten oder spätesten, verantwortlich waren. Die kritische Natur der Synapsid-Fossilien schien in der besonderen Kombination von primitiven und abgeleiteten Charakterlisten zu liegen, die sie zeigten. Die Klassifizierung dieser Fossilien zusammen mit Säugetieren als Schwestergruppe der Linie, bestehend aus Vögeln und Krokodilen, führte zu einer relativ schlechten Anpassung an die Daten; eine, die eine 2-4-fache Zunahme evolutionärer Reversalien involvierte! Daher scheint die Bedeutung der kritischen Fossilien, kollektiv oder individuell, in ihrer relativen Primitivität zu liegen, und die einfachste Erklärung für ihre konservativere Natur ist, dass sie weniger Zeit hatten, sich zu entwickeln. Obwohl Fossilien möglicherweise nur unter bestimmten Bedingungen in der phylogenetischen Inferenz wichtig sind, gibt es keinen zwingenden Grund, ihren Beitrag vorab zu bewerten. Wir drängen Systematiker, alle verfügbaren Beweise fair zu bewerten.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.1988.tb00514.x",
    doi = "10.1111/j.1096-0031.1988.tb00514.x",
    openalex = "W1978557909",
    references = "crossref1943the, currie1985cranial, doi101001jama194302840160064031, doi1010079781468488517, doi101007978146848851721, doi101016002555648290027x, doi1010160169534789901626, doi101016b9781483198279500198, doi101016b9781483231426500124, doi101017cbo9780511693281002, doi101038142004a0, doi10108002724634198810011708, doi101086628623, doi101093sysbio1811, doi101093sysbio33183, doi1010970000505319311100000026, doi101098rstb19830079, doi101111j109636421977tb01031x, doi101111j109636421985tb01796x, doi101146annureven10010165000525, doi1023071005355, doi1023071220820, doi1023071292217, doi1023071441916, doi1023072412407, doi1023072412685, doi1023072413134, doi1023072413259, doi1023072413454, doi1023072485224, doi105281zenodo16171435, doi10560219780801847806, doi105962bhltitle6408, doi105962bhltitle82144, openalexw1534787790, openalexw1534857865, openalexw2954279587, openalexw2983381470, openalexw3146596760, openalexw3184837389, openalexw575222456, roaf1943the"
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Systematiker und evolutionäre Genetiker sprechen sich nicht oft aus, und sie betrachten regelmäßig die Arbeit des jeweils anderen als wenig relevant für die Evolution. Systematiker greifen manchmal das Argument der Punctuationisten auf, wonach die meisten evolutionären Veränderungen nicht durch individuelle Selektion entstehen und daher Phänomene innerhalb von Populationen weitgehend irrelevant für die Evolution sind. Manchmal vertreten sie die Auffassung der Pattern-Cladisten, dass evolutionäre Prozesse nicht aus Beobachtungen über das Muster abgeleitet werden können, und dass auch Kenntnisse über evolutionäre Prozesse keine Rückschlüsse auf das Muster zulassen. Häufiger empfinden Systematiker mit gutem Grund, dass evolutionäre Genetiker sich einfach nicht mit morphologischen Merkmalen und Daten zu Unterschieden zwischen Arten beschäftigt haben. Evolutionäre Genetiker wiederum lehnen die Idee ab, dass Studien, die Arten vergleichen, die vor langer Zeit divergiert sind, morphologische Merkmale verwenden, die weit entfernt vom Niveau des Gens liegen, und nichtquantitative Methoden anwenden, entweder in ihren Schlussfolgerungen über das Muster haltbar sein können oder viel Licht auf evolutionäre Prozesse werfen können. Änderungen in den Methoden der Datenerhebung und -analyse machen einige dieser Ansichten ungültig. Molekulare Daten, wie Nukleinsäuresequenzen, liefern uns Beobachtungen auf der Ebene des Gens, die über viele Arten hinweg vergleichbar sind, und die Berücksichtigung dieser Daten hat Populationsgenetiker über die Artgrenze hinweg geführt. Die Verfügbarkeit von Mikrocomputern und Digitalisierern führt zu einer stärkeren Quantifizierung morphologischer Daten durch Systematiker, und das Feld der

@article{doi101146annureves19110188002305,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "PHYLOGENIES AND QUANTITATIVE CHARACTERS",
    year = "1988",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "Systematiker und evolutionäre Genetiker sprechen sich nicht oft aus, und sie betrachten regelmäßig die Arbeit des jeweils anderen als wenig relevant für die Evolution. Systematiker greifen manchmal das Argument der Punctuationisten auf, wonach die meisten evolutionären Veränderungen nicht durch individuelle Selektion entstehen und daher Phänomene innerhalb von Populationen weitgehend irrelevant für die Evolution sind. Manchmal vertreten sie die Auffassung der Pattern-Cladisten, dass evolutionäre Prozesse nicht aus Beobachtungen über das Muster abgeleitet werden können, und dass auch Kenntnisse über evolutionäre Prozesse keine Rückschlüsse auf das Muster zulassen. Häufiger empfinden Systematiker mit gutem Grund, dass evolutionäre Genetiker sich einfach nicht mit morphologischen Merkmalen und Daten zu Unterschieden zwischen Arten beschäftigt haben. Evolutionäre Genetiker wiederum lehnen die Idee ab, dass Studien, die Arten vergleichen, die vor langer Zeit divergiert sind, morphologische Merkmale verwenden, die weit entfernt vom Niveau des Gens liegen, und nichtquantitative Methoden anwenden, entweder in ihren Schlussfolgerungen über das Muster haltbar sein können oder viel Licht auf evolutionäre Prozesse werfen können. Änderungen in den Methoden der Datenerhebung und -analyse machen einige dieser Ansichten ungültig. Molekulare Daten, wie Nukleinsäuresequenzen, liefern uns Beobachtungen auf der Ebene des Gens, die über viele Arten hinweg vergleichbar sind, und die Berücksichtigung dieser Daten hat Populationsgenetiker über die Artgrenze hinweg geführt. Die Verfügbarkeit von Mikrocomputern und Digitalisierern führt zu einer stärkeren Quantifizierung morphologischer Daten durch Systematiker, und das Feld der",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.es.19.110188.002305",
    doi = "10.1146/annurev.es.19.110188.002305",
    openalex = "W2110224102"
}

@incollection{doi101007978146130855319,
    author = "Wozencraft, W. Chris",
    title = "The Phylogeny of the Recent Carnivora",
    year = "1989",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-4613-0855-3\_19",
    doi = "10.1007/978-1-4613-0855-3\_19",
    openalex = "W4211065429",
    references = "andgray1843list, doi101002jmor1051430103, doi10100797814684216682, doi1010160011747173900107, doi10108011035898309454564, doi101146annureven10010165000525, doi1023071441916, doi1023072992297, doi1023073280934, doi103133pp243g, doi105281zenodo18028696, openalexw1988829823"
}

@incollection{doi101007978147574716419,
    author = "Wozencraft, W. Chris",
    title = "The Phylogeny of the Recent Carnivora",
    year = "1989",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-4757-4716-4\_19",
    doi = "10.1007/978-1-4757-4716-4\_19",
    openalex = "W1485845513",
    references = "doi103133pp243g"
}

@article{openalexw3199943451,
    author = "Felsenstein, Joe",
    title = "PHYLIP-Phylogenie-Inferenzpaket (Version 3.2)",
    year = "1989",
    journal = "Cladistics",
    openalex = "W3199943451"
}

@article{doi101098rspb19940006,
    title = "Detecting correlated evolution on phylogenies: a general method for the comparative analysis of discrete characters",
    year = "1994",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.1994.0006",
    doi = "10.1098/rspb.1994.0006",
    openalex = "W2134871125",
    references = "doi101098rstb19890106"
}

Variable molekulare Sequenzen, die aus einer Population entnommen wurden, können verwendet werden, um ihre dynamische Geschichte zu erschließen. Es werden grafische Methoden entwickelt und auf reale Daten angewendet, die Wege zur Navigation durch den Hypothesenraum mit zwei Referenzpunkten veranschaulichen: konstante Populationsgröße und exponentiell wachsende Populationsgröße.

@article{doi101098rstb19950087,
    author = "Nee, Sean und Holmes, Eddie C. und Rambaut, Andrew und Harvey, Paul",
    title = "Inferring population history from molecular phylogenies",
    year = "1995",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Variable molekulare Sequenzen, die aus einer Population entnommen wurden, können verwendet werden, um ihre dynamische Geschichte zu erschließen. Es werden grafische Methoden entwickelt und auf reale Daten angewendet, die Wege zur Navigation durch den Hypothesenraum mit zwei Referenzpunkten veranschaulichen: konstante Populationsgröße und exponentiell wachsende Populationsgröße.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1995.0087",
    doi = "10.1098/rstb.1995.0087",
    openalex = "W1978546114"
}

Bruce G. Baldwin, Michael J. Sanderson, J. Mark Porter, Martin F. Wojciechowski, Christopher S. Campbell, Michael J. Donoghue, The its Region of Nuclear Ribosomal DNA: A Valuable Source of Evidence on Angiosperm Phylogeny, Annals of the Missouri Botanical Garden, Vol. 82, No. 2 (1995), pp. 247-277

@article{doi1023072399880,
    author = "Baldwin, Bruce G. und Sanderson, Michael J. und Porter, J. Mark und Wojciechowski, Martin F. und Campbell, Christopher S. und Donoghue, Michael J.",
    title = "The its Region of Nuclear Ribosomal DNA: A Valuable Source of Evidence on Angiosperm Phylogeny",
    year = "1995",
    journal = "Annals of the Missouri Botanical Garden",
    abstract = "Bruce G. Baldwin, Michael J. Sanderson, J. Mark Porter, Martin F. Wojciechowski, Christopher S. Campbell, Michael J. Donoghue, The its Region of Nuclear Ribosomal DNA: A Valuable Source of Evidence on Angiosperm Phylogeny, Annals of the Missouri Botanical Garden, Vol. 82, No. 2 (1995), pp. 247-277",
    url = "https://doi.org/10.2307/2399880",
    doi = "10.2307/2399880",
    openalex = "W2315674852",
    references = "doi101073pnas86239355, doi101093sysbio3817, doi1023072399846, doi1023072419070, doi105860choice392183"
}

@article{doi101006mpev19960085,
    author = "Masuda, Ryuichi und Lopez, Jose V. und Slattery, Jill Pecon und Yuhki, Naoya und O’Brien, Stephen J.",
    title = "Molekulare Phylogenie mitochondrialer Cytochrom-b- und 12S rRNA-Sequenzen in den Felidae: Ozelot- und Hauskatzen-Linien",
    year = "1996",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1006/mpev.1996.0085",
    doi = "10.1006/mpev.1996.0085",
    openalex = "W2066181980",
    references = "doi1010079781461523819, doi101007bf01731581, doi101038290457a0, doi101073pnas74125463, doi101073pnas86166196, doi101093oxfordjournalsmolbeva040454, doi10113719781611970319, doi1023072992540, openalexw2144634347, openalexw3199943451"
}

SEAVIEW und PHYLO_WIN sind zwei grafische Werkzeuge für X Windows-Unix-Computer, die dem Sequenzalignment und der molekularen Phylogenetik gewidmet sind. SEAVIEW ist ein Sequenzalignment-Editor, der manuelles oder automatisches Alignment durch eine Schnittstelle zum CLUSTALW-Programm ermöglicht. Das Alignment großer Sequenzen mit umfangreichen Längenunterschieden wird durch eine auf Dot-Plots basierende Routine erleichtert. Das PHYLO_WIN-Programm ermöglicht den Aufbau phylogenetischer Bäume nach den meisten üblichen Methoden (Neighbor-Joining mit zahlreichen Distanzschatzungen, maximale Parsimonie, maximale Wahrscheinlichkeit) und eine Bootstrap-Analyse mit einer davon. Rekonstruierte Bäume können gezeichnet, bearbeitet, gedruckt, gespeichert und nach zahlreichen Kriterien bewertet werden. Taxonomische Artengruppen und Sätze konservierter Regionen können per Maus definiert und in Sequenzdateien gespeichert werden, wodurch mehrere Datendateien vermieden werden. Beide Werkzeuge sind vollständig mausgesteuert. Online-Hilfe macht sie einfach zu bedienen. Sie sind anonym per FTP unter biom3.univ-lyon1.fr/pub/ mol_phylogeny oder http:@acnuc.univ-lyon1.fr/ verfügbar, oder per E-Mail an galtier@biomserv.univ-lyon1.fr.

@article{doi101093bioinformatics126543,
    author = "Galtier, Nicolas und Gouy, Manolo und Gautier, Christian",
    title = "SEAVIEW und PHYLO\_WIN: zwei grafische Werkzeuge für Sequenzalignment und molekulare Phylogenie",
    year = "1996",
    journal = "Computer applications in the biosciences",
    abstract = "SEAVIEW und PHYLO\_WIN sind zwei grafische Werkzeuge für X Windows-Unix-Computer, die dem Sequenzalignment und der molekularen Phylogenetik gewidmet sind. SEAVIEW ist ein Sequenzalignment-Editor, der manuelles oder automatisches Alignment durch eine Schnittstelle zum CLUSTALW-Programm ermöglicht. Das Alignment großer Sequenzen mit umfangreichen Längenunterschieden wird durch eine auf Dot-Plots basierende Routine erleichtert. Das PHYLO\_WIN-Programm ermöglicht den Aufbau phylogenetischer Bäume nach den meisten üblichen Methoden (Neighbor-Joining mit zahlreichen Distanzschatzungen, maximale Parsimonie, maximale Wahrscheinlichkeit) und eine Bootstrap-Analyse mit einer davon. Rekonstruierte Bäume können gezeichnet, bearbeitet, gedruckt, gespeichert und nach zahlreichen Kriterien bewertet werden. Taxonomische Artengruppen und Sätze konservierter Regionen können per Maus definiert und in Sequenzdateien gespeichert werden, wodurch mehrere Datendateien vermieden werden. Beide Werkzeuge sind vollständig mausgesteuert. Online-Hilfe macht sie einfach zu bedienen. Sie sind anonym per FTP unter biom3.univ-lyon1.fr/pub/ mol\_phylogeny oder http:@acnuc.univ-lyon1.fr/ verfügbar, oder per E-Mail an galtier@biomserv.univ-lyon1.fr.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bioinformatics/12.6.543",
    doi = "10.1093/bioinformatics/12.6.543",
    openalex = "W2149160071",
    references = "doi101007978140206754912413, doi101007bf02407308, doi101093oxfordjournalsmolbeva040343"
}

Dieser Artikel betrachtet die statistischen Fragen, die für die vergleichende Methode in der Evolutionsbiologie relevant sind. Ein verallgemeinertes lineares Modell (GLM) wird für die Analyse von vergleichenden Daten vorgestellt, das verwendet werden kann, um Fragen bezüglich der Beziehung zwischen Merkmalen oder zwischen Merkmalen und Umgebungen, der Rate der phänotypischen Evolution, dem Grad des phylogenetischen Effekts und dem Vorfahrenzustand eines Merkmals zu beantworten. Unser Ansatz betont somit die Ähnlichkeit zwischen den evolutionären Fragen, die in vergleichenden Studien gestellt werden. Anschließend diskutieren wir Möglichkeiten, die Fehlerquellen, die in einer vergleichenden Studie involviert sind (z. B. Messfehler, Fehler aufgrund von Evolution entlang einer Phylogenie, Fehler aufgrund von Fehlspezifikation einer Phylogenie), zu spezifizieren und zeigen, wie der Einfluss dieser Fehlerquellen in einer vergleichenden Analyse berücksichtigt werden kann. Im Gegensatz zu den meisten bestehenden phylogenetischen vergleichenden Methoden bietet unser Verfahren eine erhebliche Flexibilität bei der Wahl der mikroevolutionären Annahmen, die der statistischen Analyse zugrunde liegen, und ermöglicht es Forschern, Annahmen zu wählen, die für ihren jeweiligen Datensatz und ihre evolutionäre Frage am besten geeignet sind. Bei der Entwicklung des Ansatzes schlagen wir auch neue Wege vor, um innerhalbartliche Variation und/oder Messfehler in phylogenetische Analysen einzubeziehen, um Vorfahrenzustände zu schätzen und sowohl kontinuierliche (quantitative) als auch kategorische (qualitative oder „Zustands-") Merkmale in derselben Analyse zu betrachten.

@article{doi101086286013,
    author = "Martins, Emı́lia P. und Hansen, Thomas F.",
    title = "Phylogenies and the Comparative Method: A General Approach to Incorporating Phylogenetic Information into the Analysis of Interspecific Data",
    year = "1997",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = {Dieser Artikel betrachtet die statistischen Fragen, die für die vergleichende Methode in der Evolutionsbiologie relevant sind. Ein verallgemeinertes lineares Modell (GLM) wird für die Analyse von vergleichenden Daten vorgestellt, das verwendet werden kann, um Fragen bezüglich der Beziehung zwischen Merkmalen oder zwischen Merkmalen und Umgebungen, der Rate der phänotypischen Evolution, dem Grad des phylogenetischen Effekts und dem Vorfahrenzustand eines Merkmals zu beantworten. Unser Ansatz betont somit die Ähnlichkeit zwischen den evolutionären Fragen, die in vergleichenden Studien gestellt werden. Anschließend diskutieren wir Möglichkeiten, die Fehlerquellen, die in einer vergleichenden Studie involviert sind (z. B. Messfehler, Fehler aufgrund von Evolution entlang einer Phylogenie, Fehler aufgrund von Fehlspezifikation einer Phylogenie), zu spezifizieren und zeigen, wie der Einfluss dieser Fehlerquellen in einer vergleichenden Analyse berücksichtigt werden kann. Im Gegensatz zu den meisten bestehenden phylogenetischen vergleichenden Methoden bietet unser Verfahren eine erhebliche Flexibilität bei der Wahl der mikroevolutionären Annahmen, die der statistischen Analyse zugrunde liegen, und ermöglicht es Forschern, Annahmen zu wählen, die für ihren jeweiligen Datensatz und ihre evolutionäre Frage am besten geeignet sind. Bei der Entwicklung des Ansatzes schlagen wir auch neue Wege vor, um innerhalbartliche Variation und/oder Messfehler in phylogenetische Analysen einzubeziehen, um Vorfahrenzustände zu schätzen und sowohl kontinuierliche (quantitative) als auch kategorische (qualitative oder „Zustands-") Merkmale in derselben Analyse zu betrachten.},
    url = "https://doi.org/10.1086/286013",
    doi = "10.1086/286013",
    openalex = "W1963617394",
    references = "doi10100703872725509, doi101086284325, doi101093sysbio41118, doi101098rstb19890106, doi101111j155856461949tb00004x, doi101111j155856461976tb00911x, doi101111j155856461985tb05699x, doi101111j155856461996tb03914x, doi1023072290548, doi1023072992183, doi105860choice295104, openalexw63174745"
}

@article{doi101023a1001761008817,
    author = "Kurtzman, Cletus P. und Robnett, Christie J.",
    title = "Identification and phylogeny of ascomycetous yeasts from analysis of nuclear large subunit (26S) ribosomal DNA partial sequences",
    year = "1998",
    journal = "Antonie van Leeuwenhoek",
    url = "https://doi.org/10.1023/a:1001761008817",
    doi = "10.1023/a:1001761008817",
    openalex = "W1868830645",
    references = "doi101007978140206754912413, doi101093sysbio422182, doi1023072992540"
}

Das Feld der geometrischen Morphometrie ist relativ neu (siehe Bookstein, 1991; Rohlf und Marcus, 1993) und hat in den letzten Jahren sehr schnelle Fortschritte gezeigt. Wie in einer Phase rascher Entwicklung zu erwarten ist, können in einigen der Pionierstudien technische Probleme auftreten, während Biologen versuchen, die neuen Werkzeuge anzuwenden. Erst jetzt wird klar, wie die neuen Techniken kombiniert werden sollten, um umfassende Analysen realer Datensätze durchzuführen. Bookstein (1996b) gab eine Liste von Empfehlungen für solche Anwendungen an, und Bookstein (1996a) gab mehrere umfassende Beispiele morphometrischer Analysen. Diese Darstellungen behandeln jedoch nicht einige der Anwendungstypen, die in der systematischen Biologie von besonderem Interesse sind. Bookstein (1994) wies auf Probleme bei der Verwendung geometrischer morphometrischer Methoden in den üblichen charakterbasierten cladistischen Studien hin. Er betonte, dass die Morphometrie homologe Formcharaktere nicht liefern kann. Der Zweck dieser Notiz ist es, einige jüngste Anwendungen morphometrischer Methoden in der systematischen Biologie zu kommentieren. Diese Notiz befasst sich insbesondere mit den morphometrischen Methoden, die von Zelditch et al. (1992, 1993, 1995), Swiderski (1993), Fink und Zelditch (1995) sowie Zelditch und Fink (1995) verwendet wurden. Diese Methoden wurden auch von Burke et al. (1996) verwendet. Zur Bequemlichkeit werden diese Studien mit dem Akronym Z&F bezeichnet. In diesen Studien untersuchten die Autoren die Verwendung von Partial Warps (Bookstein, 1991) als Variablen in ontogenetischen und taxonomischen Studien. Sie waren beeindruckt von ihrer Beobachtung, dass Unterschiede in Partial Warp Scores (Rohlf, 1993b) Formunterschieden entsprechen

@article{doi101080106351598261094,
    author = "Rohlf, F. James",
    title = "On Applications of Geometric Morphometrics to Studies of Ontogeny and Phylogeny",
    year = "1998",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Das Feld der geometrischen Morphometrie ist relativ neu (siehe Bookstein, 1991; Rohlf und Marcus, 1993) und hat in den letzten Jahren sehr schnelle Fortschritte gezeigt. Wie in einer Phase rascher Entwicklung zu erwarten ist, können in einigen der Pionierstudien technische Probleme auftreten, während Biologen versuchen, die neuen Werkzeuge anzuwenden. Erst jetzt wird klar, wie die neuen Techniken kombiniert werden sollten, um umfassende Analysen realer Datensätze durchzuführen. Bookstein (1996b) gab eine Liste von Empfehlungen für solche Anwendungen an, und Bookstein (1996a) gab mehrere umfassende Beispiele morphometrischer Analysen. Diese Darstellungen behandeln jedoch nicht einige der Anwendungstypen, die in der systematischen Biologie von besonderem Interesse sind. Bookstein (1994) wies auf Probleme bei der Verwendung geometrischer morphometrischer Methoden in den üblichen charakterbasierten cladistischen Studien hin. Er betonte, dass die Morphometrie homologe Formcharaktere nicht liefern kann. Der Zweck dieser Notiz ist es, einige jüngste Anwendungen morphometrischer Methoden in der systematischen Biologie zu kommentieren. Diese Notiz befasst sich insbesondere mit den morphometrischen Methoden, die von Zelditch et al. (1992, 1993, 1995), Swiderski (1993), Fink und Zelditch (1995) sowie Zelditch und Fink (1995) verwendet wurden. Diese Methoden wurden auch von Burke et al. (1996) verwendet. Zur Bequemlichkeit werden diese Studien mit dem Akronym Z&F bezeichnet. In diesen Studien untersuchten die Autoren die Verwendung von Partial Warps (Bookstein, 1991) als Variablen in ontogenetischen und taxonomischen Studien. Sie waren beeindruckt von ihrer Beobachtung, dass Unterschiede in Partial Warp Scores (Rohlf, 1993b) Formunterschieden entsprechen",
    url = "https://doi.org/10.1080/106351598261094",
    doi = "10.1080/106351598261094",
    openalex = "W2155970995",
    references = "doi101017cbo9780511529870"
}

Phylogenien, die aus Gen-Sequenzen rekonstruiert wurden, können verwendet werden, um das Tempo und die Art der Artbildung zu untersuchen. Hier entwickeln und verwenden wir neue statistische Methoden, um vergangene Muster der Artbildung und des Aussterbens aus molekularen Phylogenien abzuleiten. Insbesondere testen wir die Nullhypothese, dass die pro Linie verlaufende Artbildungs- und Aussterberate im Laufe der Zeit konstant geblieben ist. Die Ablehnung dieser Hypothese könnte Beweise für evolutionäre Ereignisse wie adaptive Radiationen oder Schlüsselanpassungen liefern. Im Gegensatz zu früheren Ansätzen sind unsere Methoden robust gegenüber unvollständiger Taxon-Abtastung und konservativ hinsichtlich des Aussterbens. Mittels Simulation untersuchen wir zunächst die negativen Auswirkungen, wenn unvollständige Abtastung nicht berücksichtigt wird, und zweitens die Leistungsfähigkeit und Zuverlässigkeit unserer Tests. Wenn auf veröffentlichte Phylogenien angewendet, deuten unsere Tests an, dass in einigen Fällen die Artbildungsrate im Laufe der Zeit abgenommen hat.

@article{doi101098rspb20001278,
    author = "Pybus, Oliver G. und Harvey, Paul",
    title = "Testing macro–evolutionary models using incomplete molecular phylogenies",
    year = "2000",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Phylogenien, die aus Gen-Sequenzen rekonstruiert wurden, können verwendet werden, um das Tempo und die Art der Artbildung zu untersuchen. Hier entwickeln und verwenden wir neue statistische Methoden, um vergangene Muster der Artbildung und des Aussterbens aus molekularen Phylogenien abzuleiten. Insbesondere testen wir die Nullhypothese, dass die pro Linie verlaufende Artbildungs- und Aussterberate im Laufe der Zeit konstant geblieben ist. Die Ablehnung dieser Hypothese könnte Beweise für evolutionäre Ereignisse wie adaptive Radiationen oder Schlüsselanpassungen liefern. Im Gegensatz zu früheren Ansätzen sind unsere Methoden robust gegenüber unvollständiger Taxon-Abtastung und konservativ hinsichtlich des Aussterbens. Mittels Simulation untersuchen wir zunächst die negativen Auswirkungen, wenn unvollständige Abtastung nicht berücksichtigt wird, und zweitens die Leistungsfähigkeit und Zuverlässigkeit unserer Tests. Wenn auf veröffentlichte Phylogenien angewendet, deuten unsere Tests an, dass in einigen Fällen die Artbildungsrate im Laufe der Zeit abgenommen hat.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2000.1278",
    doi = "10.1098/rspb.2000.1278",
    openalex = "W2118610143",
    references = "doi101086627905"
}

Die Phylogenie der Felidae wird unter Verwendung eines total-evidence-Ansatzes rekonstruiert, der Sequenzen aus den Genen 12S rRNA, 16S rRNA, NADH-5 und Cytochrom b mit morphologischen und karyologischen Merkmalen kombiniert. Der Datensatz mit 1504 Merkmalen erzeugte zwei gleich parsimonische Bäume (CI = 0,413, 1795 Schritte), von denen ein strikter Konsens eine Polytomie bei der Platzierung der Gruppe der Bay-Katzen aufdeckte. Der Baum unterstützt mehrere traditionelle Gruppierungen, wie die Gattungen Panthera und Lynx sowie die Gruppe der Ozelots, kleiner südamerikanischer Katzen, und liefert zusätzliche Auflösung der Beziehungen innerhalb und zwischen den Hauptlinien der Felidae. Die Kombination von phylogenetischen, verteilungsbezogenen und ökologischen Daten zeigt, dass die vicariante Artbildung eine relativ geringe Rolle bei der Diversifizierung der Felidae gespielt hat (ungefähr 26 % der Ereignisse), während die sympatrische Artbildung wichtiger war als theoretisch erwartet (ungefähr 51,8 % der Ereignisse), obwohl die Ausbreitung nach der Artbildung die Grenzen zwischen sympatrischer, parapatrischer und peripher isolierter Artbildungsarten möglicherweise verwischt hat. Eine Untersuchung der ökologischen Veränderungen auf dem Felidae-Baum zeigt wiederkehrende Muster der Ressourcenverteilung in der Zeit (Aktivitätsmuster), im Raum (bevorzugter Habitattyp) und bei der Nahrung (gemessen an der Körpergröße) zwischen eng verwandten Arten. Die schnelle Diversifizierung der Katzen scheint daher eher mit ökologischen als mit geologischen Trennungen verbunden gewesen zu sein.

@article{doi101111j109600312000tb00354x,
    author = "Mattern, Michelle und McLennan, Deborah A.",
    title = "Phylogenie und Artbildung bei Katzen",
    year = "2000",
    journal = "Cladistics",
    abstract = "Die Phylogenie der Felidae wird unter Verwendung eines total-evidence-Ansatzes rekonstruiert, der Sequenzen aus den Genen 12S rRNA, 16S rRNA, NADH-5 und Cytochrom b mit morphologischen und karyologischen Merkmalen kombiniert. Der Datensatz mit 1504 Merkmalen erzeugte zwei gleich parsimonische Bäume (CI = 0,413, 1795 Schritte), von denen ein strikter Konsens eine Polytomie bei der Platzierung der Gruppe der Bay-Katzen aufdeckte. Der Baum unterstützt mehrere traditionelle Gruppierungen, wie die Gattungen Panthera und Lynx sowie die Gruppe der Ozelots, kleiner südamerikanischer Katzen, und liefert zusätzliche Auflösung der Beziehungen innerhalb und zwischen den Hauptlinien der Felidae. Die Kombination von phylogenetischen, verteilungsbezogenen und ökologischen Daten zeigt, dass die vicariante Artbildung eine relativ geringe Rolle bei der Diversifizierung der Felidae gespielt hat (ungefähr 26\% der Ereignisse), während die sympatrische Artbildung wichtiger war als theoretisch erwartet (ungefähr 51,8\% der Ereignisse), obwohl die Ausbreitung nach der Artbildung die Grenzen zwischen sympatrischer, parapatrischer und peripher isolierter Artbildungsarten möglicherweise verwischt hat. Eine Untersuchung der ökologischen Veränderungen auf dem Felidae-Baum zeigt wiederkehrende Muster der Ressourcenverteilung in der Zeit (Aktivitätsmuster), im Raum (bevorzugter Habitattyp) und bei der Nahrung (gemessen an der Körpergröße) zwischen eng verwandten Arten. Die schnelle Diversifizierung der Katzen scheint daher eher mit ökologischen als mit geologischen Trennungen verbunden gewesen zu sein.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.2000.tb00354.x",
    doi = "10.1111/j.1096-0031.2000.tb00354.x",
    openalex = "W2088764137",
    references = "doi101007978140206754912413, doi101038260204c0, doi101086282070, doi101086282505, doi101126science185414527, doi101146annureven10010165000525, doi101353book59141, doi1023072485224, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice392183"
}

MacClade ist ein Computerprogramm mit begleitender Anleitung, das Theorie und Werkzeuge für die grafische und interaktive Analyse molekularer und morphologischer Daten, der Phylogenie und der Charakterevolution bereitstellt. Systematiker und andere evolutionäre Biologen können ihre flexiblen Werkzeuge nutzen, um die Phylogenie und die Charakterevolution zu analysieren, doch seine Benutzerfreundlichkeit ermöglicht es auch Anfängern, phylogenetische Prinzipien in einer interaktiven Umgebung zu verstehen.

@article{doi105860choice392183,
    title = "MacClade 4.0: Analyse der Phylogenie und der Charakterevolution",
    year = "2001",
    journal = "Choice Reviews Online",
    abstract = "MacClade ist ein Computerprogramm mit begleitender Anleitung, das Theorie und Werkzeuge für die grafische und interaktive Analyse molekularer und morphologischer Daten, der Phylogenie und der Charakterevolution bereitstellt. Systematiker und andere evolutionäre Biologen können ihre flexiblen Werkzeuge nutzen, um die Phylogenie und die Charakterevolution zu analysieren, doch seine Benutzerfreundlichkeit ermöglicht es auch Anfängern, phylogenetische Prinzipien in einer interaktiven Umgebung zu verstehen.",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.39-2183",
    doi = "10.5860/choice.39-2183",
    openalex = "W1522592213"
}

▪ Zusammenfassung Mit der Verfügbarkeit besserer phylogenetischer Hypothesen für viele Organismengruppen können Studien zur Gemeinschaftsökologie durch Kenntnisse der evolutionären Beziehungen zwischen koexistierenden Arten informiert werden. Wir stellen drei primäre Ansätze zur Integration phylogenetischer Informationen in Studien zur Gemeinschaftsorganisation vor: 1. Untersuchung der phylogenetischen Struktur von Gemeinschaftsverbänden, 2. Erforschung der phylogenetischen Grundlage der Gemeinschaftsnischenstruktur und 3. Hinzufügen eines Gemeinschaftskontexts zu Studien zur Merkmalsentwicklung und Biogeographie. Wir erkennen ein gemeinsames Muster phylogenetischer Konservierung bei ökologischen Merkmalen und heben die Herausforderungen bei der Verwendung von Phylogenien partieller Abstammungslinien hervor. Zudem rezensieren wir phylogenetische Ansätze für drei emergente Eigenschaften von Gemeinschaften: Artenvielfalt, relative Häufigkeitsverteilungen und Verbreitungsgrößen. Methodische Fortschritte bei der Konstruktion phylogenetischer Superbäume, der Merkmalsrekonstruktion, Nullmodellen für die Gemeinschaftsformation und Merkmalsentwicklung sowie Metriken der phylogenetischen Gemeinschaftsstruktur bilden die Grundlage für den jüngeren Fortschritt in diesen Bereichen. Wir betonen das Potenzial für Gemeinschaftsökologen, von phylogenetischem Wissen zu profitieren, und schlagen mehrere Wege für zukünftige Forschung vor.

@article{doi101146annurevecolsys33010802150448,
    author = "Webb, Campbell O. and Ackerly, David D. and McPeek, Mark A. and Donoghue, Michael J.",
    title = "Phylogenies and Community Ecology",
    year = "2002",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "▪ Zusammenfassung Mit der Verfügbarkeit besserer phylogenetischer Hypothesen für viele Organismengruppen können Studien zur Gemeinschaftsökologie durch Kenntnisse der evolutionären Beziehungen zwischen koexistierenden Arten informiert werden. Wir stellen drei primäre Ansätze zur Integration phylogenetischer Informationen in Studien zur Gemeinschaftsorganisation vor: 1. Untersuchung der phylogenetischen Struktur von Gemeinschaftsverbänden, 2. Erforschung der phylogenetischen Grundlage der Gemeinschaftsnischenstruktur und 3. Hinzufügen eines Gemeinschaftskontexts zu Studien zur Merkmalsentwicklung und Biogeographie. Wir erkennen ein gemeinsames Muster phylogenetischer Konservierung bei ökologischen Merkmalen und heben die Herausforderungen bei der Verwendung von Phylogenien partieller Abstammungslinien hervor. Zudem rezensieren wir phylogenetische Ansätze für drei emergente Eigenschaften von Gemeinschaften: Artenvielfalt, relative Häufigkeitsverteilungen und Verbreitungsgrößen. Methodische Fortschritte bei der Konstruktion phylogenetischer Superbäume, der Merkmalsrekonstruktion, Nullmodellen für die Gemeinschaftsformation und Merkmalsentwicklung sowie Metriken der phylogenetischen Gemeinschaftsstruktur bilden die Grundlage für den jüngeren Fortschritt in diesen Bereichen. Wir betonen das Potenzial für Gemeinschaftsökologen, von phylogenetischem Wissen zu profitieren, und schlagen mehrere Wege für zukünftige Forschung vor.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.33.010802.150448",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.33.010802.150448",
    openalex = "W2109628725",
    references = "doi10100797814615696881, doi101007978303487527124, doi101007bf02806171, doi101016s0169534701021619, doi101038363342a0, doi10108010292389509380518, doi101086282106, doi101086282505, doi101086284325, doi101086285258, doi101086285357, doi101086627905, doi101093oso97801985052350010001, doi101093oso97801985464120010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi101098rstb19950125, doi101111j001438202001tb00826x, doi101111j109583122001tb01368x, doi101126science20343871299, doi101126science2354785167, doi101126science2785338692, doi101126science27953592115, doi101126science28554311265, doi101146annurevecolsys311343, doi1015159781400881376, doi1023071446122, doi1023071939377, doi1023072412182, doi1023072413039, doi1023072485224, doi1023073071998, doi1023073544421, doi1023075503, doi102307jctv1nzfgj7, doi105860choice295104, doi105860choice375647, doi105860choice392183, openalexw2273605253, openalexw3035987306"
}

@article{doi101038nature02053,
    author = "Rokas, Antonis und Williams, Barry L. und King, Nicole und Carroll, Sean B.",
    title = "Genome-scale approaches to resolving incongruence in molecular phylogenies",
    year = "2003",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature02053",
    doi = "10.1038/nature02053",
    openalex = "W2068225247",
    references = "doi10103835054550, doi101038387489a0, doi101093sysbio463523, doi101126science28454232129, doi1014601phytopatholmediterr14998u129"
}

Die Muroiden Nagetiere sind die größte Überfamilie der Säugetiere und beinhalten fast ein Drittel aller Säugetierarten. Wir berichten über eine phylogenetische Studie, die 53 Gattungen umfasst, die für vier nukleare Gene, GHR, BRCA1, RAG1 und c-myc, sequenziert wurden, insgesamt bis zu 6400 Nukleotide. Die meisten Beziehungen zwischen den Unterfamilien sind geklärt. Alle vier Gene ergeben nahezu identische Phylogenien, die sich nur in fünf Schlüsselregionen unterscheiden, von denen vier möglicherweise besonders schnelle Strahlungen darstellen. Die Unterstützung für eine fundamentale Trennung der Maulwurfsarten der Unterfamilien Spalacinae und Rhizomyinae von allen anderen Muroiden ist sehr stark. Unter den anderen „Kern"-Muroiden führte eine schnelle Strahlung zu mindestens vier distincten Linien: dem asiatischen Calomyscus, einem afrikanischen Kladus von mindestens vier endemischen Unterfamilien, einschließlich der vielfältigen Nesomyinae Madagaskars, einem Hamster-Kladus mit maximaler Vielfalt in der Neuen Welt und einem Alten-Welt-Kladus, der Gerbils und die vielfältigen Alten-Welt-Mäuse und -Ratten (Murinae) umfasst. Die Deomyinae, kürzlich von den Murinae getrennt, wird gut unterstützt als Schwestergruppe der Gerbils (Gerbillinae). Vier Schlüsselregionen scheinen schnelle Strahlungen darzustellen und bleiben trotz einer großen Menge an Sequenzdaten schlecht aufgelöst: die Basis der „Kern"-Muroiden, unter den fünf cricetiden (Hamster-) Unterfamilien, innerhalb eines großen Kladus von Sigmodontinae, der endemisch in Südamerika vorkommt, und unter den wichtigsten geografischen Linien der Alten-Welt-Murinae. Aufgrund der detaillierten Taxon-Abtastung innerhalb der Murinae können wir die Fossil-Kalibrierung eines rate-glätteten molekularen Uhr verfeinern und diese Uhr anwenden, um Schlüsselereignisse in der Muroiden-Evolution zu datieren. Wir berechnen Ratenunterschiede zwischen den Genregionen und setzen diese Unterschiede in Beziehung zum relativen Beitrag jedes Gens zur Unterstützung verschiedener Knoten. Die zwischen-den-Gen-Varianz in der Unterstützung ist am größten für die kürzesten Äste. Wir präsentieren eine überarbeitete Klassifikation für diese größte, aber am wenigsten geklärte Säugetier-Überfamilie.

@article{doi10108010635150490468701,
    author = "Steppan, Scott J. und Adkins, Ronald M. und Anderson, Joel",
    title = "Phylogenie und Schätzungen der Divergenzdaten für schnelle Strahlungen bei Muroiden Nagetieren basierend auf mehreren nuklearen Genen",
    year = "2004",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = {Die Muroiden Nagetiere sind die größte Überfamilie der Säugetiere und beinhalten fast ein Drittel aller Säugetierarten. Wir berichten über eine phylogenetische Studie, die 53 Gattungen umfasst, die für vier nukleare Gene, GHR, BRCA1, RAG1 und c-myc, sequenziert wurden, insgesamt bis zu 6400 Nukleotide. Die meisten Beziehungen zwischen den Unterfamilien sind geklärt. Alle vier Gene ergeben nahezu identische Phylogenien, die sich nur in fünf Schlüsselregionen unterscheiden, von denen vier möglicherweise besonders schnelle Strahlungen darstellen. Die Unterstützung für eine fundamentale Trennung der Maulwurfsarten der Unterfamilien Spalacinae und Rhizomyinae von allen anderen Muroiden ist sehr stark. Unter den anderen „Kern"-Muroiden führte eine schnelle Strahlung zu mindestens vier distincten Linien: dem asiatischen Calomyscus, einem afrikanischen Kladus von mindestens vier endemischen Unterfamilien, einschließlich der vielfältigen Nesomyinae Madagaskars, einem Hamster-Kladus mit maximaler Vielfalt in der Neuen Welt und einem Alten-Welt-Kladus, der Gerbils und die vielfältigen Alten-Welt-Mäuse und -Ratten (Murinae) umfasst. Die Deomyinae, kürzlich von den Murinae getrennt, wird gut unterstützt als Schwestergruppe der Gerbils (Gerbillinae). Vier Schlüsselregionen scheinen schnelle Strahlungen darzustellen und bleiben trotz einer großen Menge an Sequenzdaten schlecht aufgelöst: die Basis der „Kern"-Muroiden, unter den fünf cricetiden (Hamster-) Unterfamilien, innerhalb eines großen Kladus von Sigmodontinae, der endemisch in Südamerika vorkommt, und unter den wichtigsten geografischen Linien der Alten-Welt-Murinae. Aufgrund der detaillierten Taxon-Abtastung innerhalb der Murinae können wir die Fossil-Kalibrierung eines rate-glätteten molekularen Uhr verfeinern und diese Uhr anwenden, um Schlüsselereignisse in der Muroiden-Evolution zu datieren. Wir berechnen Ratenunterschiede zwischen den Genregionen und setzen diese Unterschiede in Beziehung zum relativen Beitrag jedes Gens zur Unterstützung verschiedener Knoten. Die zwischen-den-Gen-Varianz in der Unterstützung ist am größten für die kürzesten Äste. Wir präsentieren eine überarbeitete Klassifikation für diese größte, aber am wenigsten geklärte Säugetier-Überfamilie.},
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150490468701",
    doi = "10.1080/10635150490468701",
    openalex = "W2164341121"
}

Biologen versuchen häufig, die Charakterzustände an den Vorfahrenknoten einer Phylogenie aus der Verteilung von Merkmalen abzuleiten, die bei gegenwärtigen Organismen beobachtet werden. Da Phylogenien normalerweise aus Daten abgeleitete Inferenzen sind, ist es wünschenswert, die Unsicherheit in den Schätzungen des Baumes und seiner Astlängen zu berücksichtigen, wenn man Inferenzen über Vorfahrenzustände oder andere vergleichende Parameter vornimmt. Hier stellen wir einen allgemeinen Bayes'schen Ansatz zur Überprüfung vergleichbarer Hypothesen über statistisch gerechtfertigte Stichproben von Phylogenien vor, wobei wir uns auf das spezifische Problem der Rekonstruktion von Vorfahrenzuständen konzentrieren. Die Methode verwendet Markov-Chain-Monte-Carlo-Techniken zum Stichproben von phylogenetischen Bäumen und zur Untersuchung der Parameter eines statistischen Modells der Merkmalsentwicklung. Wir beschreiben, wie man Informationen über die Unsicherheit der Phylogenie mit der Unsicherheit in der Schätzung des Vorfahrenzustands kombinieren kann. Unser Ansatz schränkt die Stichprobe der Bäume nicht nur auf diejenigen ein, die den Vorfahrenknoten oder die von Interesse sind, und wir zeigen, wie man Vorfahrenzustände unsicherer Knoten mit einem most-recent-common-ancestor-Ansatz rekonstruieren kann. Wir illustrieren die Methoden mit Daten zur Ribonuklease-Evolution in den Artiodactyla. Software, die die Methoden implementiert (BayesMultiState), ist bei den Autoren erhältlich.

@article{doi10108010635150490522232,
    author = "Pagel, Mark und Meade, Andrew und Barker, Daniel",
    title = "Bayesian Estimation of Ancestral Character States on Phylogenies",
    year = "2004",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Biologen versuchen häufig, die Charakterzustände an den Vorfahrenknoten einer Phylogenie aus der Verteilung von Merkmalen abzuleiten, die bei gegenwärtigen Organismen beobachtet werden. Da Phylogenien normalerweise aus Daten abgeleitete Inferenzen sind, ist es wünschenswert, die Unsicherheit in den Schätzungen des Baumes und seiner Astlängen zu berücksichtigen, wenn man Inferenzen über Vorfahrenzustände oder andere vergleichende Parameter vornimmt. Hier stellen wir einen allgemeinen Bayes'schen Ansatz zur Überprüfung vergleichbarer Hypothesen über statistisch gerechtfertigte Stichproben von Phylogenien vor, wobei wir uns auf das spezifische Problem der Rekonstruktion von Vorfahrenzuständen konzentrieren. Die Methode verwendet Markov-Chain-Monte-Carlo-Techniken zum Stichproben von phylogenetischen Bäumen und zur Untersuchung der Parameter eines statistischen Modells der Merkmalsentwicklung. Wir beschreiben, wie man Informationen über die Unsicherheit der Phylogenie mit der Unsicherheit in der Schätzung des Vorfahrenzustands kombinieren kann. Unser Ansatz schränkt die Stichprobe der Bäume nicht nur auf diejenigen ein, die den Vorfahrenknoten oder die von Interesse sind, und wir zeigen, wie man Vorfahrenzustände unsicherer Knoten mit einem most-recent-common-ancestor-Ansatz rekonstruieren kann. Wir illustrieren die Methoden mit Daten zur Ribonuklease-Evolution in den Artiodactyla. Software, die die Methoden implementiert (BayesMultiState), ist bei den Autoren erhältlich.",
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150490522232",
    doi = "10.1080/10635150490522232",
    openalex = "W2096484952",
    references = "doi10103844766, doi101080106351501753462876, doi101111j146364091997tb00423x"
}

Die Katzenfamilie Felidae wurde als Stammbaum verwendet, um die phylogenetische Leistung von Genen und ihren eingebetteten SINE-Elementen innerhalb der nichtrekombinierenden Region des Y-Chromosoms (NRY) zu bewerten. Genomsegmente aus Single-Copy X-Y-Homologen SMCY, UBE1Y und ZFY (3.604 bp) wurden bei 36 Katzenarten amplifiziert. Diese Gene befinden sich innerhalb der X-degenerierten Region des NRY und gelten als molekulare „Fossilien", die die konventionelle Rekombination mit dem X-Chromosom bereits früh in der Evolution der Plazentatiere eingestellt haben. Das Muster und der Tempo der Evolution dieser drei Gene sind angesichts der jüngsten, schnellen Evolution der Familie über etwa 12 Myr von Bedeutung und bieten außergewöhnliche Unterstützung für jede der acht anerkannten Feliden-Linien sowie klare diagnostische Substitutionen, die fast alle Arten identifizieren. Bootstrap-Unterstützung und bayesianische Posterior-Wahrscheinlichkeiten sind für die Definition jeder der acht monophyletischen Linien einheitlich hoch. Darüber hinaus wird die bevorzugte Verwendung spezifischer Target-Site-Motive, die die SINE-Einfügung erleichtern, durch Sequenzanalysen von SINEs, die in den drei Genen eingebettet sind, empirisch unterstützt. Die Target-Site-Einfügung soll den Widerspruch zwischen Introns-Phylogenie und Ergebnissen der SMCY SINE-Phylogenie erklären, die entfernt verwandte Arten vereint. Insgesamt deuten unsere Daten darauf hin, dass X-degenerierte Gene innerhalb des NRY singulär mächtige Marker sind und eine wertvolle patrilineare Perspektive in der Artenentwicklung bieten.

@article{doi101093molbevmsh241,
    author = "Pecon‐Slattery, Jill und Wilkerson, Alison J. Pearks und Murphy, William J. und O'Brien, Stephen J.",
    title = "Phylogenetische Bewertung von Introns und SINEs innerhalb des Y-Chromosoms unter Verwendung der Katzenfamilie Felidae als Stammbaum",
    year = "2004",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = {Die Katzenfamilie Felidae wurde als Stammbaum verwendet, um die phylogenetische Leistung von Genen und ihren eingebetteten SINE-Elementen innerhalb der nichtrekombinierenden Region des Y-Chromosoms (NRY) zu bewerten. Genomsegmente aus Single-Copy X-Y-Homologen SMCY, UBE1Y und ZFY (3.604 bp) wurden bei 36 Katzenarten amplifiziert. Diese Gene befinden sich innerhalb der X-degenerierten Region des NRY und gelten als molekulare „Fossilien", die die konventionelle Rekombination mit dem X-Chromosom bereits früh in der Evolution der Plazentatiere eingestellt haben. Das Muster und der Tempo der Evolution dieser drei Gene sind angesichts der jüngsten, schnellen Evolution der Familie über etwa 12 Myr von Bedeutung und bieten außergewöhnliche Unterstützung für jede der acht anerkannten Feliden-Linien sowie klare diagnostische Substitutionen, die fast alle Arten identifizieren. Bootstrap-Unterstützung und bayesianische Posterior-Wahrscheinlichkeiten sind für die Definition jeder der acht monophyletischen Linien einheitlich hoch. Darüber hinaus wird die bevorzugte Verwendung spezifischer Target-Site-Motive, die die SINE-Einfügung erleichtern, durch Sequenzanalysen von SINEs, die in den drei Genen eingebettet sind, empirisch unterstützt. Die Target-Site-Einfügung soll den Widerspruch zwischen Introns-Phylogenie und Ergebnissen der SMCY SINE-Phylogenie erklären, die entfernt verwandte Arten vereint. Insgesamt deuten unsere Daten darauf hin, dass X-degenerierte Gene innerhalb des NRY singulär mächtige Marker sind und eine wertvolle patrilineare Perspektive in der Artenentwicklung bieten.},
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msh241",
    doi = "10.1093/molbev/msh241",
    openalex = "W2148153874",
    references = "doi101038nature01722, doi101073pnas0334222100, doi10108010635150290069913, doi101093bioinformatics149817, doi101093bioinformatics178754, doi101093nar25244876, doi101126science1998119, doi101126science2785338675, doi101126science2865441964, openalexw3217097258"
}

Fledermäuse machen mehr als 20% der heute lebenden Säugetiere aus, doch ihre evolutionäre Geschichte ist weitgehend unbekannt aufgrund eines begrenzten Fossilberichts und widersprüchlicher oder unvollständiger Phylogenien. Hier stellen wir eine hochaufgelöste molekulare Phylogenie für alle heute lebenden Fledermausfamilien vor. Unsere Ergebnisse stützen die Hypothese, dass Megafledermäuse innerhalb von vier großen Mikrofledermaus-Linien eingebettet sind, die im frühen Eozän [52 bis 50 Millionen Jahre vor heute (Mya)] entstanden, zeitgleich mit einem signifikanten globalen Temperaturanstieg, einer Zunahme der Pflanzenvielfalt und -abundanz sowie dem Höhepunkt der Tertiär-Insektenvielfalt. Unsere Daten deuten darauf hin, dass Fledermäuse in Laurasien entstanden sind, möglicherweise in Nordamerika, und dass drei der großen Mikrofledermaus-Linien laurasischen Ursprungs sind, während die vierte gongwanischen Ursprungs ist. Durch die Kombination von Prinzipien der Ghost-Lineage-Analyse mit molekularen Divergenzdaten schätzen wir, dass der Fossilbericht von Fledermäusern die ersten Vorkommen im Durchschnitt um 73% unterschätzt (unrepräsentierte Basalastabstrecke, UBBL) und dass die Summe der fehlenden Fossilgeschichte 61% beträgt.

@article{doi101126science1105113,
    author = "Teeling, Emma C. und Springer, Mark S. und Madsen, Ole und Bates, Paul J. J. und O'Brien, Stephen J. und Murphy, William J.",
    title = "A Molecular Phylogeny for Bats Illuminates Biogeography and the Fossil Record",
    year = "2005",
    journal = "Science",
    abstract = "Fledermäuse machen mehr als 20% der heute lebenden Säugetiere aus, doch ihre evolutionäre Geschichte ist weitgehend unbekannt aufgrund eines begrenzten Fossilberichts und widersprüchlicher oder unvollständiger Phylogenien. Hier stellen wir eine hochaufgelöste molekulare Phylogenie für alle heute lebenden Fledermausfamilien vor. Unsere Ergebnisse stützen die Hypothese, dass Megafledermäuse innerhalb von vier großen Mikrofledermaus-Linien eingebettet sind, die im frühen Eozän [52 bis 50 Millionen Jahre vor heute (Mya)] entstanden, zeitgleich mit einem signifikanten globalen Temperaturanstieg, einer Zunahme der Pflanzenvielfalt und -abundanz sowie dem Höhepunkt der Tertiär-Insektenvielfalt. Unsere Daten deuten darauf hin, dass Fledermäuse in Laurasien entstanden sind, möglicherweise in Nordamerika, und dass drei der großen Mikrofledermaus-Linien laurasischen Ursprungs sind, während die vierte gongwanischen Ursprungs ist. Durch die Kombination von Prinzipien der Ghost-Lineage-Analyse mit molekularen Divergenzdaten schätzen wir, dass der Fossilbericht von Fledermäusern die ersten Vorkommen im Durchschnitt um 73% unterschätzt (unrepräsentierte Basalastabstrecke, UBBL) und dass die Summe der fehlenden Fossilgeschichte 61% beträgt.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1105113",
    doi = "10.1126/science.1105113",
    openalex = "W1997655974",
    references = "doi101007bf01454359, doi101017cbo9780511529924, doi10103835003188, doi10103835055536, doi101073pnas0334222100, doi101073pnas111551998, doi101126science1067179, doi101126science11536548, doi101126science15437541333, doi101126science28454232153, doi1023071223169"
}

Die taxonomische Revision durch molekulare Phylogenie ist erforderlich, um Mitglieder der Gattung Echinococcus (Cestoda: Taeniidae) zu kategorisieren. Wir haben die phylogenetischen Beziehungen von E. oligarthrus, E. vogeli, E. multilocularis, E. shiquicus, E. equinus, E. ortleppi, E. granulosus sensu stricto und 3 Genotypen von E. granulosus sensu lato (G6, G7 und G8) aus ihren vollständigen mitochondrialen Genomen rekonstruiert. Maximum-Likelihood- und partitionierte Bayes-Analysen unter Verwendung von zusammengeführten Datensätzen von Nukleotid- und Aminosäuresequenzen zeigten phylogenetische Bäume mit derselben Topologie. Die drei E. granulosus-Genotypen, die den Kamel-, Schwein- und Hirschwirten entsprechen, waren monophyletisch, und ihr hohes Maß an genetischer Ähnlichkeit unterstützte die taxonomische Vereinigung dieser Genotypen zu E. canadensis. Schwesterarten-Beziehungen wurden zwischen E. ortleppi und E. canadensis sowie zwischen E. multilocularis und E. shiquicus bestätigt, unabhängig vom eingesetzten analytischen Ansatz. Die basalen Positionen des phylogenetischen Baumes wurden von den neotropischen endemischen Arten E. oligarthrus und E. vogeli eingenommen, deren definitive Wirte von Fleischfressern abstammen, die nach der Bildung der panamaischen Landbrücke aus Nordamerika einwanderten. Vergleiche der Koevolution von Wirt und Parasit deuten darauf hin, dass das ursprüngliche Heimatland von Echinococcus Nordamerika oder Asien war, je nachdem, ob die ursprünglichen definitiven Wirte Caniden oder Feliden waren.

@article{doi101017s0031182006001934,
    author = "Nakao, Miki und McManus, Donald P. und Schantz, Peter M. und Craig, Philip S. und Ito, Akira",
    title = "Eine molekulare Phylogenie der Gattung Echinococcus, abgeleitet aus vollständigen mitochondrialen Genomen",
    year = "2006",
    journal = "Parasitology",
    abstract = "Die taxonomische Revision durch molekulare Phylogenie ist erforderlich, um Mitglieder der Gattung Echinococcus (Cestoda: Taeniidae) zu kategorisieren. Wir haben die phylogenetischen Beziehungen von E. oligarthrus, E. vogeli, E. multilocularis, E. shiquicus, E. equinus, E. ortleppi, E. granulosus sensu stricto und 3 Genotypen von E. granulosus sensu lato (G6, G7 und G8) aus ihren vollständigen mitochondrialen Genomen rekonstruiert. Maximum-Likelihood- und partitionierte Bayes-Analysen unter Verwendung von zusammengeführten Datensätzen von Nukleotid- und Aminosäuresequenzen zeigten phylogenetische Bäume mit derselben Topologie. Die drei E. granulosus-Genotypen, die den Kamel-, Schwein- und Hirschwirten entsprechen, waren monophyletisch, und ihr hohes Maß an genetischer Ähnlichkeit unterstützte die taxonomische Vereinigung dieser Genotypen zu E. canadensis. Schwesterarten-Beziehungen wurden zwischen E. ortleppi und E. canadensis sowie zwischen E. multilocularis und E. shiquicus bestätigt, unabhängig vom eingesetzten analytischen Ansatz. Die basalen Positionen des phylogenetischen Baumes wurden von den neotropischen endemischen Arten E. oligarthrus und E. vogeli eingenommen, deren definitive Wirte von Fleischfressern abstammen, die nach der Bildung der panamaischen Landbrücke aus Nordamerika einwanderten. Vergleiche der Koevolution von Wirt und Parasit deuten darauf hin, dass das ursprüngliche Heimatland von Echinococcus Nordamerika oder Asien war, je nachdem, ob die ursprünglichen definitiven Wirte Caniden oder Feliden waren.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0031182006001934",
    doi = "10.1017/s0031182006001934",
    openalex = "W2160073440",
    references = "doi101073pnas972111359, doi101126science1122277"
}

Es ist mittlerweile gut bekannt, dass unvollständige Linien-Sortierung (incomplete lineage sorting) ernsthafte Schwierigkeiten für die phylogenetische Inferenz verursachen kann, doch wenig Aufmerksamkeit wurde den Methoden gewidmet, die versuchen, diese Schwierigkeiten zu überwinden, indem sie die Prozesse, die sie hervorrufen, explizit berücksichtigen. Hier untersuchen wir Ansätze zur phylogenetischen Inferenz, die darauf ausgelegt sind, die Retention und Sortierung von ancestraler Polymorphismus zu berücksichtigen. Wir untersuchen, wie die Rekonstruierbarkeit einer Art- (oder Populations-) Phylogenie durch (a) die Anzahl der Loci, die zur Schätzung der Phylogenie verwendet werden, und (b) die Anzahl der pro Art gesampelten Individuen beeinflusst wird. Selbst in schwierigen Fällen mit beträchtlicher unvollständiger Linien-Sortierung (Zeiten zwischen Divergenzen weniger als 1 N(e) Generationen) stellten wir fest, dass die rekonstruierten Artbäume in mindestens drei von fünf Partitionen mit den „wahren" Artbäumen übereinstimmten, solange eine angemessene Anzahl von Individuen pro Art gesampelt wurde. Wir untersuchten auch den Trade-off zwischen dem Sammeln mehrer Loci versus mehr Individuen. Obwohl eine Erhöhung der Anzahl der Loci für eine gegebene Sampling-Bemühung genauere Bäume bei tieferen Artbäumen liefert (z. B. Gesamttiefe von 10 N(e) Generationen), liefert das Sammeln mehrer Individuen oft bessere Ergebnisse als das Sammeln mehrer Loci bei flacheren Artbäumen (z. B. Tiefe = 1 N(e)). Zusammengefasst zeigen diese Ergebnisse, dass Gen-Sequenzen genug Signal behalten, um trotz weit verbreiteter unvollständiger Linien-Sortierung eine genaue Schätzung der Phylogenie zu erreichen. Die weitere Verbesserung unserer Methoden zur Rekonstruktion der Phylogenie auf der Art-Ebene wird einen Wechsel zu einem zusammengesetzten Modell erfordern, das nicht nur Nukleotid- oder Charakterzustands-Substitutionen berücksichtigt, sondern auch die Populationsgenetik-Prozesse der Linien-Sortierung. [Coalescence; Divergenz; Population; Artbildung.].

@article{doi10108010635150500354928,
    author = "Maddison, Wayne P. und Knowles, L. Lacey",
    title = "Inferring Phylogeny Despite Incomplete Lineage Sorting",
    year = "2006",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = {Es ist mittlerweile gut bekannt, dass unvollständige Linien-Sortierung ernsthafte Schwierigkeiten für die phylogenetische Inferenz verursachen kann, doch wenig Aufmerksamkeit wurde den Methoden gewidmet, die versuchen, diese Schwierigkeiten zu überwinden, indem sie die Prozesse, die sie hervorrufen, explizit berücksichtigen. Hier untersuchen wir Ansätze zur phylogenetischen Inferenz, die darauf ausgelegt sind, die Retention und Sortierung von ancestraler Polymorphismus zu berücksichtigen. Wir untersuchen, wie die Rekonstruierbarkeit einer Art- (oder Populations-) Phylogenie durch (a) die Anzahl der Loci, die zur Schätzung der Phylogenie verwendet werden, und (b) die Anzahl der pro Art gesampelten Individuen beeinflusst wird. Selbst in schwierigen Fällen mit beträchtlicher unvollständiger Linien-Sortierung (Zeiten zwischen Divergenzen weniger als 1 N(e) Generationen) stellten wir fest, dass die rekonstruierten Artbäume in mindestens drei von fünf Partitionen mit den „wahren" Artbäumen übereinstimmten, solange eine angemessene Anzahl von Individuen pro Art gesampelt wurde. Wir untersuchten auch den Trade-off zwischen dem Sammeln mehrer Loci versus mehr Individuen. Obwohl eine Erhöhung der Anzahl der Loci für eine gegebene Sampling-Bemühung genauere Bäume bei tieferen Artbäumen liefert (z. B. Gesamttiefe von 10 N(e) Generationen), liefert das Sammeln mehrer Individuen oft bessere Ergebnisse als das Sammeln mehrer Loci bei flacheren Artbäumen (z. B. Tiefe = 1 N(e)). Zusammengefasst zeigen diese Ergebnisse, dass Gen-Sequenzen genug Signal behalten, um trotz weit verbreiteter unvollständiger Linien-Sortierung eine genaue Schätzung der Phylogenie zu erreichen. Die weitere Verbesserung unserer Methoden zur Rekonstruktion der Phylogenie auf der Art-Ebene wird einen Wechsel zu einem zusammengesetzten Modell erfordern, das nicht nur Nukleotid- oder Charakterzustands-Substitutionen berücksichtigt, sondern auch die Populationsgenetik-Prozesse der Linien-Sortierung. [Coalescence; Divergenz; Population; Artbildung.].},
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150500354928",
    doi = "10.1080/10635150500354928",
    openalex = "W2128252278",
    references = "doi101146annureven10010165000525, doi1023072419070"
}

Die Bedeutung der geografischen Isolation bei der Artbildung wird seit dem 19. Jahrhundert diskutiert. Seit Beginn des 20. Jahrhunderts herrscht Konsens darüber, dass die meisten Artbildungen eine Divergenz in Allopatrie beinhalten. Dieser Konsens basierte weitgehend auf jahrzehntelangen Beobachtungen von Naturforschern und verbalen Argumenten gegen Artbildung ohne Isolation. Versuche, die Bedeutung von allopatrischer gegenüber sympatrischer Artbildung mit vergleichenden Methoden namens „Alter-Bereich-Korrelation" (ARC) zu quantifizieren, deuten darauf hin, dass allopatrische Artbildung häufiger ist als sympatrische Artbildung. Allerdings wurden sehr wenige Taxa untersucht, und es bestehen Bedenken hinsichtlich der Angemessenheit der Methoden. Wir schlagen methodische Verbesserungen vor, einschließlich Änderungen bei der Quantifizierung des Überlappens zwischen Klades und Monte-Carlo-Methoden, um die Nullhypothese eines Zusammenhangs zwischen phylogenetischer Verwandtschaft und geografischem Bereichsüberlappung zu testen. Wir analysieren 14 Klades von Säugetieren, die aufgrund der Datenverfügbarkeit und des Konsenses unter Säugetierkennern gewählt wurden, dass Artbildung routinemäßig allopatrisch ist. Obwohl Daten aus wenigen Klades eindeutig auf allopatrische Artbildung hinweisen, ist eine Divergenz mit Genfluss bei anderen plausibel, und viele Ergebnisse sind unentschieden. Die relative Seltenheit signifikanter Korrelationen zwischen phylogenetischer Distanz und Bereichsüberlappung kann drei unterschiedliche Ursachen haben: (1) Bereichsänderungen nach der Artbildung, (2) relative Seltenheit von Bereichsüberlappung und (3) eine Mischung geografischer Artbildungsmodi. Unsere Ergebnisse stützen Skepsis gegenüber der Leistungsfähigkeit von ARC zur Inferenz der Biogeographie der Artbildung. Dennoch können meta-analytische Ansätze wie ARC, selbst wenn nur wenige Klades klare Signale liefern, Grenzen für die Prävalenz alternativer Artbildungsmodi setzen.

@article{doi101111j001438202006tb01140x,
    author = "Fitzpatrick, Benjamin M. and Turelli, Michael",
    title = "THE GEOGRAPHY OF MAMMALIAN SPECIATION: MIXED SIGNALS FROM PHYLOGENIES AND RANGE MAPS",
    year = "2006",
    journal = "Evolution",
    abstract = {The importance of geographic isolation in speciation has been debated since the 19th century. Since the beginning of the 20th century, the consensus has been that most speciation involves divergence in allopatry. This consensus was based largely on decades of observations by naturalists and verbal arguments against speciation without isolation. Recent attempts to quantify the importance of allopatric versus sympatric speciation using comparative methods called "age-range correlation" (ARC) suggest that allopatric speciation is more common than sympatric speciation. However, very few taxa have been studied and there are concerns about the adequacy of the methods. We propose methodological improvements including changes in the way overlap between clades is quantified and Monte Carlo methods to test the null hypothesis of no relationship between phylogenetic relatedness and geographic range overlap. We analyze 14 clades of mammals, chosen because of the availability of data and the consensus among mammalogists that speciation is routinely allopatric. Although data from a few clades clearly indicate allopatric speciation, divergence with gene flow is plausible in others and many results are inconclusive. The relative rarity of significant correlations between phylogenetic distance and range overlap may have three distinct causes: (1) post-speciation range changes, (2) relative rarity of range overlap, and (3) a mixture of geographic modes of speciation. Our results support skepticism about ARC's power for inferring the biogeography of speciation. Yet, even if few clades provide clear signals, meta-analytic approaches such as ARC may set bounds on the prevalence of alternative modes of speciation.},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.0014-3820.2006.tb01140.x",
    doi = "10.1111/j.0014-3820.2006.tb01140.x",
    openalex = "W2175331942",
    references = "doi101007bf00125354, doi101086282771, doi101086284325, doi101093bioinformatics149817, doi101111j109600312000tb00354x, doi1023073669094, doi102307jctvjsf433, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice396411, doi105962bhltitle59991, openalexw1840956397, openalexw3217097258"
}

Moderne Felidenarten stammen von relativ jüngeren (<11 Millionen Jahre vor heute) Divergenz- und Artbildungsereignissen ab, die erfolgreiche räuberische Fleischfresser weltweit hervorbrachten, aber die taxonomische Klassifizierung verwirrt haben. Eine hochaufgelöste molekulare Phylogenie mit Divergenzdaten für alle lebenden Katzenarten, abgeleitet aus autosomalen, X-verknüpften, Y-verknüpften und mitochondrialen Genabschnitten (22.789 Basenpaare) sowie 16 Fossilkalibrierungen, definiert acht Hauptlinien, die durch mindestens 10 interkontinentale Migrationen entstanden sind, die durch Schwankungen des Meeresspiegels erleichtert wurden. Eine Analyse der „Geisterlinien" zeigt, dass verfügbare Felidenfossilien das erste Auftreten im Durchschnitt um 76 % unterschätzen (d. h. unrepräsentierte Basalastänge), was eine geringe Repräsentation von Felidenlinien in paläontologischen Überresten offenbart. Die phylogenetische Leistung verschiedener Genklassen zeigte, dass Y-Chromosom-Abschnitte bei der Auflösung der schnellen Felidae-Artstrahlung deutlich informativer sind als mitochondriale DNA, X-verknüpfte oder autosomale Gene.

@article{doi101126science1122277,
    author = "Johnson, Warren E. und Eizirik, Eduardo und Pecon‐Slattery, Jill und Murphy, William J. und Antunes, Agostinho und Teeling, Emma C. und O’Brien, Stephen J.",
    title = "The Late Miocene Radiation of Modern Felidae: A Genetic Assessment",
    year = "2006",
    journal = "Science",
    abstract = "Moderne Felidenarten stammen von relativ jüngeren (<11 Millionen Jahre vor heute) Divergenz- und Artbildungsereignissen ab, die erfolgreiche räuberische Fleischfresser weltweit hervorbrachten, aber die taxonomische Klassifizierung verwirrt haben. Eine hochaufgelöste molekulare Phylogenie mit Divergenzdaten für alle lebenden Katzenarten, abgeleitet aus autosomalen, X-verknüpften, Y-verknüpften und mitochondrialen Genabschnitten (22.789 Basenpaare) sowie 16 Fossilkalibrierungen, definiert acht Hauptlinien, die durch mindestens 10 interkontinentale Migrationen entstanden sind, die durch Schwankungen des Meeresspiegels erleichtert wurden. Eine Analyse der „Geisterlinien" zeigt, dass verfügbare Felidenfossilien das erste Auftreten im Durchschnitt um 76 % unterschätzen (d. h. unrepräsentierte Basalastänge), was eine geringe Repräsentation von Felidenlinien in paläontologischen Überresten offenbart. Die phylogenetische Leistung verschiedener Genklassen zeigte, dass Y-Chromosom-Abschnitte bei der Auflösung der schnellen Felidae-Artstrahlung deutlich informativer sind als mitochondriale DNA, X-verknüpfte oder autosomale Gene.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1122277",
    doi = "10.1126/science.1122277",
    openalex = "W2101139153",
    references = "doi1010079781475747164, doi101007bf00163806, doi101038nature02053, doi101093molbevmsg050, doi101093molbevmsh241, doi101098rstb20031394, doi101111j109600312000tb00354x, doi101126science1105113, doi101126science23547931156, doi101353book59141, doi105860choice355657, openalexw604002547"
}

@article{doi101016jympev200710019,
    author = "Pagès, Marie und Calvignac‐Spencer, Sébastien und Klein, Catherine J. und Paris, Mathilde und Hughes, Sandrine und Hänni, Catherine",
    title = "Combined analysis of fourteen nuclear genes refines the Ursidae phylogeny",
    year = "2007",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ympev.2007.10.019",
    doi = "10.1016/j.ympev.2007.10.019",
    openalex = "W1997402834",
    references = "doi101093molbevmsh241"
}

Die kontinuierliche Erzeugung enormer Mengen genomischer Sequenzdaten aus unzähligen Wirbeltieren bietet beispiellose Möglichkeiten, um definitive phylogenetische Beziehungen zwischen Arten zu etablieren. Die Größe und Komplexität solcher vergleichender Sequenzdatensätze ermöglichen es nicht nur, kleinere und schwierigere Verzweigungen aufzulösen, sondern stellen auch einzigartige Herausforderungen dar, darunter hohe rechnerische Anforderungen und negative Folgen systematischer Verzerrungen. Um diese Fragen zu untersuchen und die phylogenetischen Beziehungen zwischen Säugetieren zu klären, haben wir einen großen Datensatz von über 60 Megabasenpaaren (Mb) hochwertiger genomischer Sequenz analysiert, den wir aus 41 Säugetieren und 3 weiteren Wirbeltieren generiert haben. Alle Sequenzen sind ortholog zu einem 1,9-Mb-Region des menschlichen Genoms, die das Gen für den zystischen Fibrose-transmembranären Leitfähigkeitsregulator (CFTR) umfasst. Um die Eigenschaften und Herausforderungen, die mit phylogenetischen Analysen eines solchen großen Datensatzes verbunden sind, zu verstehen, haben wir die Sequenzdaten auf verschiedene Weise unterteilt und Maximum-Likelihood-, Maximum-Parsimony- und Neighbor-Joining-Algorithmen verwendet, die parallel auf Linux-Clustern implementiert wurden. Diese Studien ergaben gut gestützte phylogenetische Bäume, die weitgehend andere jüngste molekulare phylogenetische Analysen bestätigen. Unsere Ergebnisse liefern Unterstützung für die Verankerung des Baums der Plazentatiere zwischen Atlantogenata (Xenarthra und Afrotheria) und Boreoeutheria (Euarchontoglires und Laurasiatheria), veranschaulichen die Schwierigkeit, einige Verzweigungen auch bei großen Datenmengen aufzulösen (z. B. im Fall von Laurasiatheria), und demonstrieren die wertvolle Rolle, die sehr große vergleichende Sequenzdatensätze bei der Verfeinerung unseres Verständnisses der evolutionären Beziehungen der Wirbeltiere spielen können.

@article{doi101093molbevmsn104,
    author = "Prasad, Arjun und Allard, Marc W. und Program, NISC Comparative Sequencing und Green, Eric D.",
    title = "Confirming the Phylogeny of Mammals by Use of Large Comparative Sequence Data Sets",
    year = "2008",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Die kontinuierliche Erzeugung enormer Mengen genomischer Sequenzdaten aus unzähligen Wirbeltieren bietet beispiellose Möglichkeiten, um definitive phylogenetische Beziehungen zwischen Arten zu etablieren. Die Größe und Komplexität solcher vergleichender Sequenzdatensätze ermöglichen es nicht nur, kleinere und schwierigere Verzweigungen aufzulösen, sondern stellen auch einzigartige Herausforderungen dar, darunter hohe rechnerische Anforderungen und negative Folgen systematischer Verzerrungen. Um diese Fragen zu untersuchen und die phylogenetischen Beziehungen zwischen Säugetieren zu klären, haben wir einen großen Datensatz von über 60 Megabasenpaaren (Mb) hochwertiger genomischer Sequenz analysiert, den wir aus 41 Säugetieren und 3 weiteren Wirbeltieren generiert haben. Alle Sequenzen sind ortholog zu einem 1,9-Mb-Region des menschlichen Genoms, die das Gen für den zystischen Fibrose-transmembranären Leitfähigkeitsregulator (CFTR) umfasst. Um die Eigenschaften und Herausforderungen, die mit phylogenetischen Analysen eines solchen großen Datensatzes verbunden sind, zu verstehen, haben wir die Sequenzdaten auf verschiedene Weise unterteilt und Maximum-Likelihood-, Maximum-Parsimony- und Neighbor-Joining-Algorithmen verwendet, die parallel auf Linux-Clustern implementiert wurden. Diese Studien ergaben gut gestützte phylogenetische Bäume, die weitgehend andere jüngste molekulare phylogenetische Analysen bestätigen. Unsere Ergebnisse liefern Unterstützung für die Verankerung des Baums der Plazentatiere zwischen Atlantogenata (Xenarthra und Afrotheria) und Boreoeutheria (Euarchontoglires und Laurasiatheria), veranschaulichen die Schwierigkeit, einige Verzweigungen auch bei großen Datenmengen aufzulösen (z. B. im Fall von Laurasiatheria), und demonstrieren die wertvolle Rolle, die sehr große vergleichende Sequenzdatensätze bei der Verfeinerung unseres Verständnisses der evolutionären Beziehungen der Wirbeltiere spielen können.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msn104",
    doi = "10.1093/molbev/msn104",
    openalex = "W2051254500",
    references = "doi101093molbevmsh241"
}

HINTERGRUND: Adaptive Radiation, die Evolution ökologischer und phänotypischer Vielfalt von einem gemeinsamen Vorfahren, ist ein zentrales Konzept in der Evolutionären Biologie und charakterisiert die evolutionären Geschichtverläufe vieler Organismengruppen. Eine solche Gruppe sind die Mustelidae, die artenreichste Familie innerhalb der Säugetierordnung Carnivora, die 59 Arten umfasst, die in 22 Gattungen klassifiziert sind. Lebende Musteliden zeigen eine umfangreiche ekomorphologische Vielfalt, wobei verschiedene Linien sich in eine Reihe adaptiver Zonen entwickelt haben, von grabenden Dachsen bis zu halbwasserlebenden Ottern. Musteliden sind auch weit verbreitet, wobei mehrere Gattungen auf verschiedenen Kontinenten gefunden werden. Wie bei anderen Gruppen, die eine adaptive Radiation durchlaufen haben, stellt die Aufklärung der phylogenetischen Geschichte der Musteliden eine Reihe von Herausforderungen dar, da ekomorphologische Konvergenz potenziell morphologisch basierte phylogenetische Schlüsse verwirren kann und weil adaptive Radiationen oft einen oder mehrere Perioden schneller Kladogenese umfassen, die eine große Menge an Daten zur Lösung erfordern. ERGEBNISSE: Wir haben eine nahezu vollständige Gattungsebene Phylogenie der Mustelidae mit einem Datenmatrix bestehend aus 22 Genabschnitten (ungefähr 12.000 Basenpaaren) konstruiert, die mit Methoden der maximalen Parsimonie, maximalen Wahrscheinlichkeit und bayesianischer Inferenz analysiert wurden. Wir zeigen, dass Musteliden konsistent mit hoher Knotenunterstützung in vier Hauptkladen und drei monotypischen Linien aufgelöst werden. Unter Verwendung von bayesianischen Datierungstechniken liefern wir Beweise dafür, dass Musteliden zwei Diversifizierungsschüben durchlaufen haben, die mit großen paläoumweltlichen und biotischen Veränderungen übereinstimmen, die während des Neogens auftraten, und die mit ähnlichen Schüben der Kladogenese in anderen Wirbeltiergruppen korrespondieren. Biogeographische Analysen deuten darauf hin, dass der Großteil der extanten Vielfalt der Musteliden in Eurasien entstanden ist und dass Musteliden Afrika, Nordamerika und Südamerika mehrfach besiedelt haben. SCHLUSSFOLGERUNG: In Kombination mit Informationen aus dem Fossilbericht deuten unsere phylogenetischen und Datierungsanalysen darauf hin, dass die Musteliden-Diversifizierung möglicherweise durch eine Kombination von Faunumschwenk-Ereignissen und Diversifizierung auf niedrigeren trophischen Ebenen angestoßen wurde, die letztendlich durch klimatisch getriebene Umweltveränderungen verursacht wurden. Unsere biogeographischen Analysen zeigen Eurasien als das Zentrum des Ursprungs der Musteliden-Vielfalt und dass Musteliden in Afrika, Nordamerika und Südamerika im Laufe der Zeit größtenteils durch Ausbreitung zusammengesetzt wurden, was wichtige Implikationen für das Verständnis der Ökologie von Mustelidengemeinschaften hat.

@article{doi10118617417007610,
    author = "Koepfli, Klaus‐Peter and Deere, Kerry A and Slater, Graham J. and Begg, Colleen and Begg, Keith S. and Grassman, Lon I. and Lucherini, Mauro and Veron, Géraldine and Wayne, Robert K.",
    title = "Multigene phylogeny of the Mustelidae: Resolving relationships, tempo and biogeographic history of a mammalian adaptive radiation",
    year = "2008",
    journal = "BMC Biology",
    abstract = "BACKGROUND: Adaptive radiation, the evolution of ecological and phenotypic diversity from a common ancestor, is a central concept in evolutionary biology and characterizes the evolutionary histories of many groups of organisms. One such group is the Mustelidae, the most species-rich family within the mammalian order Carnivora, encompassing 59 species classified into 22 genera. Extant mustelids display extensive ecomorphological diversity, with different lineages having evolved into an array of adaptive zones, from fossorial badgers to semi-aquatic otters. Mustelids are also widely distributed, with multiple genera found on different continents. As with other groups that have undergone adaptive radiation, resolving the phylogenetic history of mustelids presents a number of challenges because ecomorphological convergence may potentially confound morphologically based phylogenetic inferences, and because adaptive radiations often include one or more periods of rapid cladogenesis that require a large amount of data to resolve. RESULTS: We constructed a nearly complete generic-level phylogeny of the Mustelidae using a data matrix comprising 22 gene segments (approximately 12,000 base pairs) analyzed with maximum parsimony, maximum likelihood and Bayesian inference methods. We show that mustelids are consistently resolved with high nodal support into four major clades and three monotypic lineages. Using Bayesian dating techniques, we provide evidence that mustelids underwent two bursts of diversification that coincide with major paleoenvironmental and biotic changes that occurred during the Neogene and correspond with similar bursts of cladogenesis in other vertebrate groups. Biogeographical analyses indicate that most of the extant diversity of mustelids originated in Eurasia and mustelids have colonized Africa, North America and South America on multiple occasions. CONCLUSION: Combined with information from the fossil record, our phylogenetic and dating analyses suggest that mustelid diversification may have been spurred by a combination of faunal turnover events and diversification at lower trophic levels, ultimately caused by climatically driven environmental changes. Our biogeographic analyses show Eurasia as the center of origin of mustelid diversity and that mustelids in Africa, North America and South America have been assembled over time largely via dispersal, which has important implications for understanding the ecology of mustelid communities.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1741-7007-6-10",
    doi = "10.1186/1741-7007-6-10",
    openalex = "W1969810115",
    references = "doi101093oso97801985771880010001, doi101126science1122277"
}

@article{doi101016jympev200910033,
    author = "Agnarsson, Ingi und Kuntner, Matjaž und May‐Collado, Laura J.",
    title = "Hunde, Katzen und Verwandte: Eine molekulare Phylogenie auf Artenebene der Carnivora",
    year = "2009",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ympev.2009.10.033",
    doi = "10.1016/j.ympev.2009.10.033",
    openalex = "W2037909707",
    references = "doi101006mpev19960085, doi101007bf00160154, doi101016s0022519305801043, doi101017s0952836904005242, doi10108010635150490522304, doi101086284325, doi101093bioinformatics149817, doi101093bioinformatics178754, doi101093oso97801985464120010001, doi101111j109600312000tb00354x, doi105860choice295104, doi105962bhltitle59991, openalexw2611511275"
}

Picante ist ein Paket für die R-Statistik-Sprache und das R-Umfeld, das in R und C geschrieben wurde, unter einer GPL v2 Open-Source-Lizenz veröffentlicht und frei im Web (http://picante.r-forge.r-project.org) und von CRAN (http://cran.r-project.org) verfügbar.

@article{doi101093bioinformaticsbtq166,
    author = "Kembel, Steven W. und Cowan, Peter D. und Helmus, Matthew R. und Cornwell, William K. und Morlon, Hélène und Ackerly, David D. und Blomberg, Simon P. und Webb, Campbell O.",
    title = "Picante: R-Tools zur Integration von Phylogenie und Ökologie",
    year = "2010",
    journal = "Bioinformatics",
    abstract = "Picante ist ein Paket für die R-Statistik-Sprache und das R-Umfeld, das in R und C geschrieben wurde, unter einer GPL v2 Open-Source-Lizenz veröffentlicht und frei im Web (http://picante.r-forge.r-project.org) und von CRAN (http://cran.r-project.org) verfügbar.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq166",
    doi = "10.1093/bioinformatics/btq166",
    openalex = "W2133360663",
    references = "doi1010160006320792912013, doi101046j14610248200100230x, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101111j001438202003tb00285x, doi101111j14610248200901314x, doi101146annurevecolsys33010802150448"
}

Eine vollständige Erklärung der Vielfalt tierischer Farbmuster erfordert ein Verständnis sowohl der entwicklungsbiologischen Mechanismen, die sie erzeugen, als auch ihres Anpassungswertes. Bisher haben jedoch nur zwei Studien, die computergenerierte, sich entwickelnde Beute einbezogen, versucht, diesen Zusammenhang herzustellen. Diese Studie untersucht die Variation der Tarnmuster, die auf den Flanken vieler Katzenartiger zu sehen sind. Nach Kontrolle der Effekte der gemeinsamen Abstammung unter Verwendung einer vollständig aufgelösten molekularen Phylogenie zeigt diese Studie, wie Phänotypen aus plausiblem Mechanismen zur Erzeugung von Katzenartigen Fellmustern mit der Ökologie zusammenhängen. Wir fanden heraus, dass die Wahrscheinlichkeit der Musterbildung und Musterattribute wie Komplexität und Unregelmäßigkeit mit den Lebensräumen der Katzenartigen, ihrer Baumbewohnung und ihrer Nachttätigkeit zusammenhängen. Unsere Analyse deutet auch darauf hin, dass die disruptive Selektion eine wahrscheinliche Erklärung für die Verbreitung melanistischer Formen in den Felidae ist. Darüber hinaus zeigen wir, dass im visuellen Erscheinungsbild der Musterbildung bei Katzenartigen kaum ein phylogenetisches Signal zu erkennen ist, was darauf hindeutet, dass sich die Tarnung an die Ökologie über relativ kurze Zeiträume anpasst. Unsere Methode könnte auf jedes Taxon angewendet werden, das Farbmuster aufweist, die vernünftig mit Reaktions-Diffusions- und ähnlichen Modellen übereinstimmen, bei denen die Kinetik der Reaktion zwischen zwei oder mehr anfänglich zufällig verteilten Morphogenen das Ergebnis der Musterentwicklung bestimmt.

@article{doi101098rspb20101734,
    author = "Allen, William L. und Cuthill, Innes C. und Scott‐Samuel, Nicholas E. und Baddeley, Roland",
    title = "Warum der Leopard seine Flecken bekam: Zusammenhang zwischen Musterentwicklung und Ökologie bei Katzenartigen",
    year = "2010",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Eine vollständige Erklärung der Vielfalt tierischer Farbmuster erfordert ein Verständnis sowohl der entwicklungsbiologischen Mechanismen, die sie erzeugen, als auch ihres Anpassungswertes. Bisher haben jedoch nur zwei Studien, die computergenerierte, sich entwickelnde Beute einbezogen, versucht, diesen Zusammenhang herzustellen. Diese Studie untersucht die Variation der Tarnmuster, die auf den Flanken vieler Katzenartiger zu sehen sind. Nach Kontrolle der Effekte der gemeinsamen Abstammung unter Verwendung einer vollständig aufgelösten molekularen Phylogenie zeigt diese Studie, wie Phänotypen aus plausiblem Mechanismen zur Erzeugung von Katzenartigen Fellmustern mit der Ökologie zusammenhängen. Wir fanden heraus, dass die Wahrscheinlichkeit der Musterbildung und Musterattribute wie Komplexität und Unregelmäßigkeit mit den Lebensräumen der Katzenartigen, ihrer Baumbewohnung und ihrer Nachttätigkeit zusammenhängen. Unsere Analyse deutet auch darauf hin, dass die disruptive Selektion eine wahrscheinliche Erklärung für die Verbreitung melanistischer Formen in den Felidae ist. Darüber hinaus zeigen wir, dass im visuellen Erscheinungsbild der Musterbildung bei Katzenartigen kaum ein phylogenetisches Signal zu erkennen ist, was darauf hindeutet, dass sich die Tarnung an die Ökologie über relativ kurze Zeiträume anpasst. Unsere Methode könnte auf jedes Taxon angewendet werden, das Farbmuster aufweist, die vernünftig mit Reaktions-Diffusions- und ähnlichen Modellen übereinstimmen, bei denen die Kinetik der Reaktion zwischen zwei oder mehr anfänglich zufällig verteilten Morphogenen das Ergebnis der Musterentwicklung bestimmt.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2010.1734",
    doi = "10.1098/rspb.2010.1734",
    openalex = "W2147027233",
    references = "doi101007b98869, doi10103844766, doi101086343873, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101098rstb19890106, doi101111j143903101963tb01161x, doi101353book59141, doi1023072285423, doi1023072937121, doi105860choice392183"
}

Die Phylogenie und Taxonomie von Säugetierarten basierten ursprünglich auf gemeinsamen oder abgeleiteten morphologischen Merkmalen. Genetische Analysen haben jedoch in jüngerer Zeit eine zunehmend wichtige Rolle bei der Bestätigung bestehender oder der Etablierung oft radikal unterschiedlicher Säugetier-Gruppierungen und Phylogenien gespielt. Die beiden am häufigsten verwendeten genetischen Loci in der Artidentifikation sind das Cytochrom-Oxidase-I-Gen (COI) und das Cytochrom-b-Gen (cyt b). Diese Studie liefert erstmals einen detaillierten Vergleich der Effektivität dieser beiden Loci bei der Rekonstruktion der Phylogenie von Säugetieren auf verschiedenen Ebenen der taxonomischen Hierarchie, um eine Grundlage für die Standardisierung von Methoden in der Zukunft zu schaffen. Inter- und intraspezifische Variation wird bewertet, und erstmals, so weit uns bekannt ist, wird statistisches Vertrauen auf Sequenzvergleiche angewendet. Der Vergleich der DNA-Sequenzen von 217 Säugetierarten zeigt, dass cyt b die Phylogenie dieser Arten und die bekannten Beziehungen zwischen Arten basierend auf anderen molekularen und morphologischen Analysen auf Super-Ordnung, Ordnung, Familie und Gattungsebene genauer rekonstruiert. cyt b ordnete 95,85 % der Säugetierarten korrekt der Super-Ordnung, 94,31 % der Ordnung und 98,16 % der Familie zu, verglichen mit 78,34 %, 93,36 % und 96,93 % für COI. cyt b bietet auch eine bessere Auflösung bei der Trennung von Arten basierend auf Sequenzdaten. Unter Verwendung eines Kimura-2-Parameter-p-Abstands (x100)-Schwellenwerts von 1,5–2,5 bietet cyt b eine bessere Auflösung zur Trennung von Arten mit einer niedrigeren Falsch-Positiv-Rate und einem höheren positiven prädiktiven Wert als COI.

@article{doi101371journalpone0014156,
    author = "Tobe, Shanan S. und Kitchener, Andrew C. und Linacre, Adrian",
    title = "Rekonstruktion von Säugetier-Phylogenien: Eine detaillierte Vergleichsanalyse der Cytochrom-b- und Cytochrom-Oxidase-Subunit-I-Mitochondrien-Gene",
    year = "2010",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "Die Phylogenie und Taxonomie von Säugetierarten basierten ursprünglich auf gemeinsamen oder abgeleiteten morphologischen Merkmalen. Genetische Analysen haben jedoch in jüngerer Zeit eine zunehmend wichtige Rolle bei der Bestätigung bestehender oder der Etablierung oft radikal unterschiedlicher Säugetier-Gruppierungen und Phylogenien gespielt. Die beiden am häufigsten verwendeten genetischen Loci in der Artidentifikation sind das Cytochrom-Oxidase-I-Gen (COI) und das Cytochrom-b-Gen (cyt b). Diese Studie liefert erstmals einen detaillierten Vergleich der Effektivität dieser beiden Loci bei der Rekonstruktion der Phylogenie von Säugetieren auf verschiedenen Ebenen der taxonomischen Hierarchie, um eine Grundlage für die Standardisierung von Methoden in der Zukunft zu schaffen. Inter- und intraspezifische Variation wird bewertet, und erstmals, so weit uns bekannt ist, wird statistisches Vertrauen auf Sequenzvergleiche angewendet. Der Vergleich der DNA-Sequenzen von 217 Säugetierarten zeigt, dass cyt b die Phylogenie dieser Arten und die bekannten Beziehungen zwischen Arten basierend auf anderen molekularen und morphologischen Analysen auf Super-Ordnung, Ordnung, Familie und Gattungsebene genauer rekonstruiert. cyt b ordnete 95,85 % der Säugetierarten korrekt der Super-Ordnung, 94,31 % der Ordnung und 98,16 % der Familie zu, verglichen mit 78,34 %, 93,36 % und 96,93 % für COI. cyt b bietet auch eine bessere Auflösung bei der Trennung von Arten basierend auf Sequenzdaten. Unter Verwendung eines Kimura-2-Parameter-p-Abstands (x100)-Schwellenwerts von 1,5–2,5 bietet cyt b eine bessere Auflösung zur Trennung von Arten mit einer niedrigeren Falsch-Positiv-Rate und einem höheren positiven prädiktiven Wert als COI.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0014156",
    doi = "10.1371/journal.pone.0014156",
    openalex = "W2100621850",
    references = "doi101016jympev200910033"
}

Der molekulare Taktometer bietet einen leistungsstarken Weg, um Artbildungszeiten zu schätzen. Wenn Informationen über einige Artbildungszeiten aus dem Fossilbericht oder dem geologischen Record verfügbar sind, können sie verwendet werden, um eine Phylogenie zu kalibrieren und Artbildungszeiten für alle Knoten im Baum zu schätzen. Die Bayes'sche Methode bietet einen natürlichen Rahmen, um verschiedene Informationsquellen bezüglich Artbildungszeiten einzubeziehen, wie z. B. Informationen aus Fossil- und Molekular-Daten. Aktuelle Modelle der Sequenz-Evolution sind in einem Bayes'schen Setting unlösbar, und Markov chain Monte Carlo (MCMC) wird verwendet, um die Posterior-Verteilung von Artbildungszeiten und evolutionären Raten zu generieren. Diese Methode ist rechenintensiv, da sie die wiederholte Berechnung der Likelihood-Funktion beinhaltet. Hier untersuchen wir die Verwendung der Taylor-Reihe, um die Likelihood während der MCMC-Iteration zu approximieren. Die Approximation ist viel schneller als die konventionelle Likelihood-Berechnung. Allerdings ist die Approximation schlecht, wenn die vorgeschlagenen Parameter weit vom Likelihood-Peak entfernt sind. Wir untersuchen die Verwendung von Parametertransformationen (Quadratwurzel, Logarithmus und Arcussinus), um die Approximation der Likelihood-Kurve zu verbessern. Wir fanden, dass die neuen Methoden, insbesondere die auf Arcussinus basierende Transformation, sehr gute Approximationen unter relaxed clock models und auch unter dem global clock model lieferten, wenn der globale Taktometer nicht ernsthaft verletzt wird. Die Approximation ist schlechter für Analysen unter dem global clock model, wenn der globale Taktometer ernsthaft falsch ist und sollte daher nicht verwendet werden. Die Ergebnisse deuten darauf hin, dass die approximative Methode für Bayes'sche Datierungsanalysen mit großen Datensätzen nützlich sein kann.

@article{doi101093molbevmsr045,
    author = "dos Reis, Mario und Yang, Zu-Xing",
    title = "Approximate Likelihood Calculation on a Phylogeny for Bayesian Estimation of Divergence Times",
    year = "2011",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Der molekulare Taktometer bietet einen leistungsstarken Weg, um Artbildungszeiten zu schätzen. Wenn Informationen über einige Artbildungszeiten aus dem Fossilbericht oder dem geologischen Record verfügbar sind, können sie verwendet werden, um eine Phylogenie zu kalibrieren und Artbildungszeiten für alle Knoten im Baum zu schätzen. Die Bayes'sche Methode bietet einen natürlichen Rahmen, um verschiedene Informationsquellen bezüglich Artbildungszeiten einzubeziehen, wie z. B. Informationen aus Fossil- und Molekular-Daten. Aktuelle Modelle der Sequenz-Evolution sind in einem Bayes'schen Setting unlösbar, und Markov chain Monte Carlo (MCMC) wird verwendet, um die Posterior-Verteilung von Artbildungszeiten und evolutionären Raten zu generieren. Diese Methode ist rechenintensiv, da sie die wiederholte Berechnung der Likelihood-Funktion beinhaltet. Hier untersuchen wir die Verwendung der Taylor-Reihe, um die Likelihood während der MCMC-Iteration zu approximieren. Die Approximation ist viel schneller als die konventionelle Likelihood-Berechnung. Allerdings ist die Approximation schlecht, wenn die vorgeschlagenen Parameter weit vom Likelihood-Peak entfernt sind. Wir untersuchen die Verwendung von Parametertransformationen (Quadratwurzel, Logarithmus und Arcussinus), um die Approximation der Likelihood-Kurve zu verbessern. Wir fanden, dass die neuen Methoden, insbesondere die auf Arcussinus basierende Transformation, sehr gute Approximationen unter relaxed clock models und auch unter dem global clock model lieferten, wenn der globale Taktometer nicht ernsthaft verletzt wird. Die Approximation ist schlechter für Analysen unter dem global clock model, wenn der globale Taktometer ernsthaft falsch ist und sollte daher nicht verwendet werden. Die Ergebnisse deuten darauf hin, dass die approximative Methode für Bayes'sche Datierungsanalysen mit großen Datensätzen nützlich sein kann.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msr045",
    doi = "10.1093/molbev/msr045",
    openalex = "W2131633033",
    references = "doi101126science1122277"
}

Trotz ihrer offensichtlichen Nützlichkeit fehlen detaillierte phylogenetische Bäume auf Artenebene für viele Gruppen, einschließlich mehrerer wichtiger Säugetierlinien wie Fledermäuse. Hier stellen wir eine Genealogie des Cytochrom-b-Gens für über 50 % der Fledermausarten (648 Endtaxa) vor. Basierend auf früheren Analysen verwandter Säugetiergruppen stellt sich cytb als ein besonders zuverlässiger phylogenetischer Marker heraus, und da unsere Ergebnisse weitgehend mit dem bisherigen Wissen übereinstimmen, sollte die Phylogenie ein nützliches Werkzeug für vergleichende Analysen sein. Dennoch betonen wir, dass eine Einzelgen-Analyse einer so großen und alten Gruppe nicht als mehr als eine grobe Schätzung des Fledermaus-Artbaums interpretiert werden kann. Die Analyse des vollständigen Datensatzes unterstützt die traditionelle Einteilung der Fledermäuse in Macrochiroptera und Microchiroptera, nicht jedoch die kürzlich vorgeschlagene Einteilung in Yinpterochiroptera und Yangochiroptera. Unsere Ergebnisse lehnen jedoch nur schwach die erstere und unterstützen die letztere Gruppe stark, und darüber hinaus findet eine zeitkalibrierte Analyse eines gekürzten Datensatzes, bei dem die meisten eingeschlossenen Taxa die gesamte 1140 bp lange cytb-Sequenz haben, monophyletische Yinpterochiroptera. Die meisten Fledermausfamilien und viele höhere Gruppen werden unterstützt, die Beziehungen zwischen den Familien sind jedoch im Allgemeinen schwach unterstützt, wie auch viele der tieferen Knoten des Baums. Die Ausnahmen sind in den meisten Fällen offensichtlich auf die Fehlplatzierung von Arten mit wenig verfügbaren Daten zurückzuführen, während die Ergebnisse in einigen Fällen vermutete Probleme mit der aktuellen Klassifikation andeuten, wie z. B. die Nicht-Monophylie der Mormoopidae. Wir stellen diese phylogenetische Hypothese und eine Analyse der Divergenzzeiten als Werkzeuge für evolutionäre und ökologische Studien bereit, die nützlich sein werden, bis umfassendere Studien mit mehreren Loci verfügbar sind.

@article{doi101371currentsrrn1212,
    author = "Agnarsson, Ingi und Zambrana‐Torrelio, Carlos und Flores-Saldana, Nadia Paola und May‐Collado, Laura J.",
    title = "Eine zeitkalibrierte phylogenie auf Artenebene von Fledermäusen (Chiroptera, Mammalia)",
    year = "2011",
    journal = "PLoS Currents",
    abstract = "Trotz ihrer offensichtlichen Nützlichkeit fehlen detaillierte phylogenetische Bäume auf Artenebene für viele Gruppen, einschließlich mehrerer wichtiger Säugetierlinien wie Fledermäuse. Hier stellen wir eine Genealogie des Cytochrom-b-Gens für über 50 % der Fledermausarten (648 Endtaxa) vor. Basierend auf früheren Analysen verwandter Säugetiergruppen stellt sich cytb als ein besonders zuverlässiger phylogenetischer Marker heraus, und da unsere Ergebnisse weitgehend mit dem bisherigen Wissen übereinstimmen, sollte die Phylogenie ein nützliches Werkzeug für vergleichende Analysen sein. Dennoch betonen wir, dass eine Einzelgen-Analyse einer so großen und alten Gruppe nicht als mehr als eine grobe Schätzung des Fledermaus-Artbaums interpretiert werden kann. Die Analyse des vollständigen Datensatzes unterstützt die traditionelle Einteilung der Fledermäuse in Macrochiroptera und Microchiroptera, nicht jedoch die kürzlich vorgeschlagene Einteilung in Yinpterochiroptera und Yangochiroptera. Unsere Ergebnisse lehnen jedoch nur schwach die erstere und unterstützen die letztere Gruppe stark, und darüber hinaus findet eine zeitkalibrierte Analyse eines gekürzten Datensatzes, bei dem die meisten eingeschlossenen Taxa die gesamte 1140 bp lange cytb-Sequenz haben, monophyletische Yinpterochiroptera. Die meisten Fledermausfamilien und viele höhere Gruppen werden unterstützt, die Beziehungen zwischen den Familien sind jedoch im Allgemeinen schwach unterstützt, wie auch viele der tieferen Knoten des Baums. Die Ausnahmen sind in den meisten Fällen offensichtlich auf die Fehlplatzierung von Arten mit wenig verfügbaren Daten zurückzuführen, während die Ergebnisse in einigen Fällen vermutete Probleme mit der aktuellen Klassifikation andeuten, wie z. B. die Nicht-Monophylie der Mormoopidae. Wir stellen diese phylogenetische Hypothese und eine Analyse der Divergenzzeiten als Werkzeuge für evolutionäre und ökologische Studien bereit, die nützlich sein werden, bis umfassendere Studien mit mehreren Loci verfügbar sind.",
    url = "https://doi.org/10.1371/currents.rrn1212",
    doi = "10.1371/currents.rrn1212",
    openalex = "W2073591031",
    references = "doi101016jympev200910033"
}

Vergleichende genomische Analysen von Primaten bieten erhebliches Potenzial, um die Prozesse zu definieren und zu verstehen, die das menschliche Genom formen, gestalten und transformieren. Allerdings ist die Primatentaxonomie sowohl komplex als auch umstritten, mit einem nur marginalen einheitsstiftenden Konsens über die evolutionäre Hierarchie der existierenden Primatenspezies. Hier stellen wir neue genomische Sequenzen (~8 Mb) von 186 Primaten vor, die 61 (~90 %) der beschriebenen Gattungen repräsentieren, und wir beinhalten Artengruppen aus Dermoptera, Scandentia und Lagomorpha. Die resultierende Phylogenie ist außergewöhnlich robust und beleuchtet Ereignisse in der Primatenevolution von antiken bis zu jüngsten, klärt zahlreiche taxonomische Kontroversen und liefert neue Daten zur menschlichen Evolution. Laufende Artbildung, netzartige Evolution, alte Reliktlinien, ungleiche Evolutionsraten und disparate Verteilungen von Insertionen/Deletionen unter den rekonstruierten Primatenlinien werden aufgedeckt. Unsere Auflösung der Primatenphylogenie bietet ein essentielles evolutionäres Rahmenwerk mit weitreichenden Anwendungen, einschließlich: menschliche Selektion und Anpassung, globale Entstehung zoonotischer Krankheiten, vergleichende Mammalgenomik, Primatentaxonomie und Erhaltung gefährdeter Arten.

@article{doi101371journalpgen1001342,
    author = "Perelman, Polina L. und Johnson, Warren E. und Roos, Christian und Seuánez, Héctor N. und Horvath, Julie E. und Moreira, Miguel A. M. und Kessing, Bailey und Pontius, Joan und Roelke, Melody E. und Rumpler, Y. und Schneider, Maria Paula Cruz und Silva, Artur und O’Brien, Stephen J. und Pecon‐Slattery, Jill",
    title = "A Molecular Phylogeny of Living Primates",
    year = "2011",
    journal = "PLoS Genetics",
    abstract = "Vergleichende genomische Analysen von Primaten bieten erhebliches Potenzial, um die Prozesse zu definieren und zu verstehen, die das menschliche Genom formen, gestalten und transformieren. Allerdings ist die Primatentaxonomie sowohl komplex als auch umstritten, mit einem nur marginalen einheitsstiftenden Konsens über die evolutionäre Hierarchie der existierenden Primatenspezies. Hier stellen wir neue genomische Sequenzen (\textasciitilde 8 Mb) von 186 Primaten vor, die 61 (\textasciitilde 90\%) der beschriebenen Gattungen repräsentieren, und wir beinhalten Artengruppen aus Dermoptera, Scandentia und Lagomorpha. Die resultierende Phylogenie ist außergewöhnlich robust und beleuchtet Ereignisse in der Primatenevolution von antiken bis zu jüngsten, klärt zahlreiche taxonomische Kontroversen und liefert neue Daten zur menschlichen Evolution. Laufende Artbildung, netzartige Evolution, alte Reliktlinien, ungleiche Evolutionsraten und disparate Verteilungen von Insertionen/Deletionen unter den rekonstruierten Primatenlinien werden aufgedeckt. Unsere Auflösung der Primatenphylogenie bietet ein essentielles evolutionäres Rahmenwerk mit weitreichenden Anwendungen, einschließlich: menschliche Selektion und Anpassung, globale Entstehung zoonotischer Krankheiten, vergleichende Mammalgenomik, Primatentaxonomie und Erhaltung gefährdeter Arten.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1001342",
    doi = "10.1371/journal.pgen.1001342",
    openalex = "W2144820135",
    references = "doi10103835054550, doi10108010635150701472164, doi101093bibbbn013, doi101093molbevmsh241, doi101126science1122277, doi101353book59141"
}

Die Knochenmorphologie der Katzen (Mammalia: Felidae) wird durch viele Faktoren beeinflusst, einschließlich des Fortbewegungsmodus, der Körpergröße, der Jagdmethode, der Beutegröße und der Phylogenie. Hier untersuchen wir die Form der proximalen und distalen humeralen Epiphysen bei existierenden Arten der Feliden, basierend auf zweidimensionalen Landmark-Konfigurationen. Geometrische morphometrische Techniken wurden verwendet, um Formunterschiede im Kontext von Phylogenie, Allometrie und Fortbewegung zu beschreiben. Der Einfluss dieser Faktoren auf die epiphysale Form wurde mittels Hauptkomponentenanalyse, linearer Diskriminanzfunktionen und multivariater Regression bewertet. Phylogenetische generalisierte kleinste Quadrate wurden verwendet, um die Assoziation zwischen Größe oder Fortbewegung und humeraler epiphysaler Form zu untersuchen, nachdem ein phylogenetischer Fehlerterm berücksichtigt wurde. Die Ergebnisse zeigen deutliche Unterschiede in der epiphysalen Form zwischen Feliden-Stämmen, mit einem relativ großen phylogenetischen Einfluss. Zusätzlich werden die adaptiven Einflüsse von Größe und Fortbewegung nachgewiesen, und ihr Einfluss ist in den meisten, aber nicht allen Fällen unabhängig von der Phylogenie. Mehrere Merkmale der epiphysalen Form sind für die größten terrestrischen Feliden gemeinsam, einschließlich einer relativen Verringerung der Oberfläche des humeralen Kopfes und einer erhöhten Robustizität von Strukturen, die die Anheftung für gelenkstabilisierende Muskeln ermöglichen, einschließlich des medialen Epikondylus und des großen und kleinen Tuberkels. Diese erhöhte Robustizität ist eine funktionelle Reaktion auf die erhöhten Belastungskräfte, die auf die Gelenke aufgrund der großen Körpermasse ausgeübt werden.

@article{doi101002jmor20084,
    author = "Walmsley, A. D. und Elton, Sarah und Louys, Julien und Bishop, Laura C. und Meloro, Carlo",
    title = "Humeral epiphyseal shape in the felidae: The influence of phylogeny, allometry, and locomotion",
    year = "2012",
    journal = "Journal of Morphology",
    abstract = "Die Knochenmorphologie der Katzen (Mammalia: Felidae) wird durch viele Faktoren beeinflusst, einschließlich des Fortbewegungsmodus, der Körpergröße, der Jagdmethode, der Beutegröße und der Phylogenie. Hier untersuchen wir die Form der proximalen und distalen humeralen Epiphysen bei existierenden Arten der Feliden, basierend auf zweidimensionalen Landmark-Konfigurationen. Geometrische morphometrische Techniken wurden verwendet, um Formunterschiede im Kontext von Phylogenie, Allometrie und Fortbewegung zu beschreiben. Der Einfluss dieser Faktoren auf die epiphysale Form wurde mittels Hauptkomponentenanalyse, linearer Diskriminanzfunktionen und multivariater Regression bewertet. Phylogenetische generalisierte kleinste Quadrate wurden verwendet, um die Assoziation zwischen Größe oder Fortbewegung und humeraler epiphysaler Form zu untersuchen, nachdem ein phylogenetischer Fehlerterm berücksichtigt wurde. Die Ergebnisse zeigen deutliche Unterschiede in der epiphysalen Form zwischen Feliden-Stämmen, mit einem relativ großen phylogenetischen Einfluss. Zusätzlich werden die adaptiven Einflüsse von Größe und Fortbewegung nachgewiesen, und ihr Einfluss ist in den meisten, aber nicht allen Fällen unabhängig von der Phylogenie. Mehrere Merkmale der epiphysalen Form sind für die größten terrestrischen Feliden gemeinsam, einschließlich einer relativen Verringerung der Oberfläche des humeralen Kopfes und einer erhöhten Robustizität von Strukturen, die die Anheftung für gelenkstabilisierende Muskeln ermöglichen, einschließlich des medialen Epikondylus und des großen und kleinen Tuberkels. Diese erhöhte Robustizität ist eine funktionelle Reaktion auf die erhöhten Belastungskräfte, die auf die Gelenke aufgrund der großen Körpermasse ausgeübt werden.",
    url = "https://doi.org/10.1002/jmor.20084",
    doi = "10.1002/jmor.20084",
    openalex = "W2095297834",
    references = "doi1010079781475790832, doi101016c20100662092, doi101080106351599260526, doi10108011250000409356545, doi101086286013, doi101111j001438202001tb00731x, doi101126science1122277, doi1023072532725, doi1023072534038, doi105860choice483867"
}

@misc{christiansen2014phylogeny,
    author = "Christiansen, C",
    title = "Phylogenie der Säbelzahntiger (Carnivora: Felidae: Machairodontinae) (Projekt)",
    year = "2014",
    booktitle = "MorphoBank-Datensätze",
    url = "https://doi.org/10.7934/p681",
    doi = "10.7934/p681",
    openalex = "W2907140659"
}

@misc{doi107934p681,
    author = "Christiansen, C",
    title = "Phylogenie der Säbelzahntiger (Carnivora: Felidae: Machairodontinae) (Projekt)",
    year = "2014",
    booktitle = "MorphoBank-Datensätze",
    url = "https://doi.org/10.7934/p681",
    doi = "10.7934/p681",
    openalex = "W2907140659"
}

Die Evolution der Körpermasse ist ein grundlegendes Thema in der Evolutionären Biologie, da sie eng mit mannigfaltigen Lebenszyklus- und ökologischen Merkmalen verknüpft ist und für viele ausgestorbene Taxa leicht geschätzt werden kann. In dieser Studie untersuchen wir Muster der Körpermasse-Evolution in Felidae (Placentalia, Carnivora), um die Auswirkungen der Phylogenie, des Evolutionsmodus und des Zusammenhangs zwischen Körpermasse und Beutewahl in diesem charismatischen Säugetier-Klade zu bewerten. Unser Datensatz umfasst 39 lebende und 26 ausgestorbene Taxa, wobei veröffentlichte Körpermassendaten durch Schätzungen basierend auf der Condylobasallänge ergänzt werden. Diese Daten wurden durch 'SURFACE' und 'bayou' geführt, um Muster der Körpermasse-Evolution und Konvergenz zwischen Taxa zu testen. Körpermassen von Feliden unterscheiden sich signifikant zwischen Beutewahl-Gruppierungen (klein, gemischt und groß). Wir finden, dass die Evolution der Körpermasse bei Katzen stark von der Phylogenie beeinflusst wird, aber unterschiedliche Muster entstanden, abhängig von der Einbeziehung ausgestorbener Taxa und Annahmen über Astlängen. Ein einzelnes Ornstein-Uhlenbeck-Optimum erklärt die Verteilung der Körpermassen am besten, wenn Erstauftretungsdaten für die fossilen Taxa verwendet wurden. Wenn jedoch mittlere Auftretungsdaten oder letzte bekannte Auftretungsdaten verwendet wurden, wurden in den meisten Analysen zwei selektive Optima für die Körpermasse von Feliden rekonstruiert: ein kleines Optimum um 5 kg und ein großes um 100 kg. Über lebende und ausgestorbene Katzen hinweg inferieren wir wiederholte evolutionäre Konvergenzen zu beiden Optima, aber, wahrscheinlich aufgrund der verzerrten Auslöschung großer Taxa, verschieben sich unsere Ergebnisse zu Unterstützung eines Brownian-Motion-Modells, wenn nur lebende Taxa in Analysen einbezogen werden.

@article{doi101111jeb12671,
    author = "Cuff, Andrew R. und Randau, Marcela und Head, Jason J. und Hutchinson, John R. und Pierce, Stephanie E. und Goswami, Anjali",
    title = "Big cat, small cat: Rekonstruktion der Evolution der Körpergröße bei lebenden und ausgestorbenen Felidae",
    year = "2015",
    journal = "Journal of Evolutionary Biology",
    abstract = "Die Evolution der Körpermasse ist ein grundlegendes Thema in der Evolutionären Biologie, da sie eng mit mannigfaltigen Lebenszyklus- und ökologischen Merkmalen verknüpft ist und für viele ausgestorbene Taxa leicht geschätzt werden kann. In dieser Studie untersuchen wir Muster der Körpermasse-Evolution in Felidae (Placentalia, Carnivora), um die Auswirkungen der Phylogenie, des Evolutionsmodus und des Zusammenhangs zwischen Körpermasse und Beutewahl in diesem charismatischen Säugetier-Klade zu bewerten. Unser Datensatz umfasst 39 lebende und 26 ausgestorbene Taxa, wobei veröffentlichte Körpermassendaten durch Schätzungen basierend auf der Condylobasallänge ergänzt werden. Diese Daten wurden durch 'SURFACE' und 'bayou' geführt, um Muster der Körpermasse-Evolution und Konvergenz zwischen Taxa zu testen. Körpermassen von Feliden unterscheiden sich signifikant zwischen Beutewahl-Gruppierungen (klein, gemischt und groß). Wir finden, dass die Evolution der Körpermasse bei Katzen stark von der Phylogenie beeinflusst wird, aber unterschiedliche Muster entstanden, abhängig von der Einbeziehung ausgestorbener Taxa und Annahmen über Astlängen. Ein einzelnes Ornstein-Uhlenbeck-Optimum erklärt die Verteilung der Körpermassen am besten, wenn Erstauftretungsdaten für die fossilen Taxa verwendet wurden. Wenn jedoch mittlere Auftretungsdaten oder letzte bekannte Auftretungsdaten verwendet wurden, wurden in den meisten Analysen zwei selektive Optima für die Körpermasse von Feliden rekonstruiert: ein kleines Optimum um 5 kg und ein großes um 100 kg. Über lebende und ausgestorbene Katzen hinweg inferieren wir wiederholte evolutionäre Konvergenzen zu beiden Optima, aber, wahrscheinlich aufgrund der verzerrten Auslöschung großer Taxa, verschieben sich unsere Ergebnisse zu Unterstützung eines Brownian-Motion-Modells, wenn nur lebende Taxa in Analysen einbezogen werden.",
    url = "https://doi.org/10.1111/jeb.12671",
    doi = "10.1111/jeb.12671",
    openalex = "W2136520319",
    references = "doi10103846266, doi101093bioinformaticsbtm538, doi101093bioinformaticsbtq166, doi101111j001438202003tb00285x, doi101111j155856461973tb05912x, doi101111j15585646201001025x, doi101126science1122277, doi101643004585112002002117020co2, doi105860choice483867, doi107208chicago97802265182370010001"
}

Säugetierfresser halten sich an zwei unterschiedliche Ernährungsstrategien im Verhältnis zu ihrer Körpermasse. Große Räuber jagen Tiere, die gleich groß oder größer als sie selbst sind, während kleine Räuber kleinere Wirbeltiere und Wirbellose jagen. Der eurasische Luchs (Lynx lynx) fällt zwischen diese beiden Kategorien. Luchse stammen von größeren Formen ab, die wahrscheinlich große Beutespezialisten waren, wurden aber während des Pleistozäns zu Jägern kleiner Beute. Der moderne eurasische Luchs könnte eine evolutionäre Rückkehr zur Spezialisierung auf große Beute sein. Wir hypothesierten, dass die muskuloskelettale Anatomie von Luchsen Merkmale zur Jagd auf große Beute aufweisen sollte. Um unsere Hypothese zu testen, sezirierten wir die Vordergliedmaßenmuskulatur von sechs eurasischen Luchsen und verglichen unsere Ergebnisse mit veröffentlichten Daten für andere Katzenarten. Wir maßen die Knochen und verglichen ihre Abmessungen mit dem veröffentlichten Material. Unser Material zeigte eine gut entwickelte Brustgürtelmuskulatur mit einigen einzigartig ausgedehnten Muskelansätzen. Die Oberarmmuskulatur ähnelte der der pantherinen Katzen und wahrscheinlich auch den ausgestorbenen Säbelzahnkatzen, und auch die Muskeln, die für die Supination und Pronation verantwortlich sind, waren denen bei großen Katzen ähnlich. Die Muskeln, die den Daumen kontrollieren, waren gut entwickelt. Die Skelettindizes waren jedoch denen von Jägern kleiner Beute ähnlich. Unsere Ergebnisse zeigen, dass Luchse das topographische Muster der Muskelursprungs- und -einsetzungsstellen wie bei großen Katzen aufweisen. J. Morphol. 277:753-765, 2016. © 2016 Wiley Periodicals, Inc.

@article{doi101002jmor20532,
    author = "Viranta, Suvi und Lommi, Hanna und Holmala, Katja und Laakkonen, Juha",
    title = "Muskuloskelettale Anatomie des eurasischen Luchses, Lynx lynx (Carnivora: Felidae) Vordergliedmaße: Anpassungen zur Jagd auf große Beute?",
    year = "2016",
    journal = "Journal of Morphology",
    abstract = "Säugetierfresser halten sich an zwei unterschiedliche Ernährungsstrategien im Verhältnis zu ihrer Körpermasse. Große Räuber jagen Tiere, die gleich groß oder größer als sie selbst sind, während kleine Räuber kleinere Wirbeltiere und Wirbellose jagen. Der eurasische Luchs (Lynx lynx) fällt zwischen diese beiden Kategorien. Luchse stammen von größeren Formen ab, die wahrscheinlich große Beutespezialisten waren, wurden aber während des Pleistozäns zu Jägern kleiner Beute. Der moderne eurasische Luchs könnte eine evolutionäre Rückkehr zur Spezialisierung auf große Beute sein. Wir hypothesierten, dass die muskuloskelettale Anatomie von Luchsen Merkmale zur Jagd auf große Beute aufweisen sollte. Um unsere Hypothese zu testen, sezirierten wir die Vordergliedmaßenmuskulatur von sechs eurasischen Luchsen und verglichen unsere Ergebnisse mit veröffentlichten Daten für andere Katzenarten. Wir maßen die Knochen und verglichen ihre Abmessungen mit dem veröffentlichten Material. Unser Material zeigte eine gut entwickelte Brustgürtelmuskulatur mit einigen einzigartig ausgedehnten Muskelansätzen. Die Oberarmmuskulatur ähnelte der der pantherinen Katzen und wahrscheinlich auch den ausgestorbenen Säbelzahnkatzen, und auch die Muskeln, die für die Supination und Pronation verantwortlich sind, waren denen bei großen Katzen ähnlich. Die Muskeln, die den Daumen kontrollieren, waren gut entwickelt. Die Skelettindizes waren jedoch denen von Jägern kleiner Beute ähnlich. Unsere Ergebnisse zeigen, dass Luchse das topographische Muster der Muskelursprungs- und -einsetzungsstellen wie bei großen Katzen aufweisen. J. Morphol. 277:753-765, 2016. © 2016 Wiley Periodicals, Inc.",
    url = "https://doi.org/10.1002/jmor.20532",
    doi = "10.1002/jmor.20532",
    openalex = "W2301964202",
    references = "doi101002jmor20303"
}

@article{doi101007s1312701603044,
    author = "Randau, Marcela und Cuff, Andrew R. und Hutchinson, John R. und Pierce, Stephanie E. und Goswami, Anjali",
    title = "Regional differentiation of felid vertebral column evolution: a study of 3D shape trajectories",
    year = "2016",
    journal = "Organisms Diversity \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/s13127-016-0304-4",
    doi = "10.1007/s13127-016-0304-4",
    openalex = "W2535389874",
    references = "doi101002jmor20084, doi101007s116920099055x, doi10103846266, doi101086284325, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093sysbio423265, doi1011112041210x12035, doi101111j1469185x1966tb01624x, doi101111zoj12403, doi101371journalpone0085574, doi104404hystrix2416283, doi105860choice431300, doi107208chicago97802265182370010001"
}

Mitglieder der Säugetierfamilie Felidae (lebende und ausgestorbene Katzen) sind grob phänotypisch ähnlich, zeigen aber eine 300-fache Spanne in der Körpergröße, von weniger als 1 kg bis zu mehr als 300 kg. Neben Unterschieden in der Körpermasse zeigen Feliden-Arten Ernährungs- und Fortbewegungsspezialisierungen, die mit osteologischen Messungen von Schädel und Gliedmaßen korrelieren, wie Form oder Querschnittsfläche. Ökologische Korrelate für das Axialskelett sind jedoch noch nicht getestet. Hier bauen wir auf vorherige Studien zur biomechanischen und morphologischen Evolution des Feliden-Appendikularskeletts auf, indem wir eine quantitative Analyse der Morphologie und Allometrie in der präsakralen Wirbelsäule über lebende Katzen hinweg durchführen. Unsere Ergebnisse zeigen, dass Wirbelsäulen von baumlebenden, kletternden und terrestrischen Feliden in der Morphologie signifikant unterschiedlich sind, insbesondere im Lendenbereich, während kein Unterschied basierend auf Ernährungspezialisierung gefunden wurde. Die Körpergröße beeinflusst die Wirbelmorphologie signifikant, mit einer klaren regionalen Aufteilung der Allometrie entlang der Wirbelsäule, was darauf hindeutet, dass vordere (Hals- und Brustwirbel) und hintere (Lendenwirbel) Wirbel möglicherweise unabhängig unterschiedlichen Selektionsdrücken ausgesetzt sind.

@article{doi101111zoj12403,
    author = "Randau, Marcela und Goswami, Anjali und Hutchinson, John R. und Cuff, Andrew R. und Pierce, Stephanie E.",
    title = "Cryptic complexity in felid vertebral evolution: shape differentiation and allometry of the axial skeleton",
    year = "2016",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Mitglieder der Säugetierfamilie Felidae (lebende und ausgestorbene Katzen) sind grob phänotypisch ähnlich, zeigen aber eine 300-fache Spanne in der Körpergröße, von weniger als 1 kg bis zu mehr als 300 kg. Neben Unterschieden in der Körpermasse zeigen Feliden-Arten Ernährungs- und Fortbewegungsspezialisierungen, die mit osteologischen Messungen von Schädel und Gliedmaßen korrelieren, wie Form oder Querschnittsfläche. Ökologische Korrelate für das Axialskelett sind jedoch noch nicht getestet. Hier bauen wir auf vorherige Studien zur biomechanischen und morphologischen Evolution des Feliden-Appendikularskeletts auf, indem wir eine quantitative Analyse der Morphologie und Allometrie in der präsakralen Wirbelsäule über lebende Katzen hinweg durchführen. Unsere Ergebnisse zeigen, dass Wirbelsäulen von baumlebenden, kletternden und terrestrischen Feliden in der Morphologie signifikant unterschiedlich sind, insbesondere im Lendenbereich, während kein Unterschied basierend auf Ernährungspezialisierung gefunden wurde. Die Körpergröße beeinflusst die Wirbelmorphologie signifikant, mit einer klaren regionalen Aufteilung der Allometrie entlang der Wirbelsäule, was darauf hindeutet, dass vordere (Hals- und Brustwirbel) und hintere (Lendenwirbel) Wirbel möglicherweise unabhängig unterschiedlichen Selektionsdrücken ausgesetzt sind.",
    url = "https://doi.org/10.1111/zoj.12403",
    doi = "10.1111/zoj.12403",
    openalex = "W2301353392",
    references = "doi101002jmor20084, doi101086284325, doi101086286013, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093sysbio423265, doi101093sysbiosyt053, doi101111j15585646200900804x, doi101111j2041210x201100153x, doi101111jeb12671, doi101126science2740914, doi105860choice483867, openalexw2183707334, openalexw2611511275"
}

Morphologische Integration und Modularität, die die Beziehungen zwischen morphologischen Attributen beschreiben und genetische, entwicklungsbiologische und funktionelle Interaktionen widerspiegeln, wurden als wesentliche Einflüsse auf die Reaktionen von Merkmalen auf Selektion und somit auf die morphologische Evolution vermutet. Die säulenförmige Wirbelsäule vor dem Sakrum bei Säugetieren zeigt nur geringe Variationen in der Wirbelzahl, sodass die Spezialisierung für Funktionen hauptsächlich durch Modifikationen der Wirbelgestalt erfolgt. Allerdings wurde vorgeschlagen, dass die Wirbelgestalt einer starken Kontrolle durch die entwicklungsbiologische Kanalisierung unterliegt, was jedoch noch nie explizit getestet wurde. Hier bewerten wir Hypothesen über entwicklungsbiologische Module in den Wirbeln von Katzenartigen, um zu bestimmen, ob entwicklungsbiologische Interaktionen einen primären Einfluss auf die Wirbelmodularität haben. Zusätzlich analysieren wir die Größen sowohl der intravertebralen Integration als auch der Disparität, um zu bewerten, ob das Niveau der Integration entlang der Wirbelsäule variiert und, falls ja, ob Integration und Disparität miteinander assoziiert sind. Unsere Ergebnisse bestätigen die Hypothese der entwicklungsbiologischen Wirbelmodularität, wobei die meisten Wirbel vor dem Sakrum zwei Module aufweisen. Ausnahmen konzentrieren sich auf die Grenzen zwischen traditionellen und funktionellen Regionen, was darauf hindeutet, dass die intravertebrale Modularität möglicherweise eine größere Modularität der Wirbelsäule bei Katzenartigen widerspiegelt. Wir zeigen ferner, dass die Gesamtintegration und Disparität in den hinteren Wirbeln am höchsten sind, wodurch ein empirisches Beispiel für Integration bereitgestellt wird, die potenziell größere morphologische Reaktionen auf Selektion fördern kann.

@article{doi101111ede12218,
    author = "Randau, Marcela und Goswami, Anjali",
    title = "Unravelling intravertebral integration, modularity and disparity in Felidae (Mammalia)",
    year = "2017",
    journal = "Evolution \& Entwicklung",
    abstract = "Morphologische Integration und Modularität, die die Beziehungen zwischen morphologischen Attributen beschreiben und genetische, entwicklungsbiologische und funktionelle Interaktionen widerspiegeln, wurden als wesentliche Einflüsse auf die Reaktionen von Merkmalen auf Selektion und somit auf die morphologische Evolution vermutet. Die säulenförmige Wirbelsäule vor dem Sakrum bei Säugetieren zeigt nur geringe Variationen in der Wirbelzahl, sodass die Spezialisierung für Funktionen hauptsächlich durch Modifikationen der Wirbelgestalt erfolgt. Allerdings wurde vorgeschlagen, dass die Wirbelgestalt einer starken Kontrolle durch die entwicklungsbiologische Kanalisierung unterliegt, was jedoch noch nie explizit getestet wurde. Hier bewerten wir Hypothesen über entwicklungsbiologische Module in den Wirbeln von Katzenartigen, um zu bestimmen, ob entwicklungsbiologische Interaktionen einen primären Einfluss auf die Wirbelmodularität haben. Zusätzlich analysieren wir die Größen sowohl der intravertebralen Integration als auch der Disparität, um zu bewerten, ob das Niveau der Integration entlang der Wirbelsäule variiert und, falls ja, ob Integration und Disparität miteinander assoziiert sind. Unsere Ergebnisse bestätigen die Hypothese der entwicklungsbiologischen Wirbelmodularität, wobei die meisten Wirbel vor dem Sakrum zwei Module aufweisen. Ausnahmen konzentrieren sich auf die Grenzen zwischen traditionellen und funktionellen Regionen, was darauf hindeutet, dass die intravertebrale Modularität möglicherweise eine größere Modularität der Wirbelsäule bei Katzenartigen widerspiegelt. Wir zeigen ferner, dass die Gesamtintegration und Disparität in den hinteren Wirbeln am höchsten sind, wodurch ein empirisches Beispiel für Integration bereitgestellt wird, die potenziell größere morphologische Reaktionen auf Selektion fördern kann.",
    url = "https://doi.org/10.1111/ede.12218",
    doi = "10.1111/ede.12218",
    openalex = "W2615000196",
    references = "doi101007s1312701603044, doi101111zoj12403"
}

Unter den Fleischfressern zeigen Katzen vergleichsweise wenig morphologische Disparität insgesamt, wobei sich die Arten hauptsächlich in der Körpergröße unterscheiden. Detaillierte Formanalysen einzelner osteologischer Strukturen, wie Gliedmaßen oder Schädel, haben jedoch gezeigt, dass Feliden signifikante morphologische Unterschiede aufweisen, die mit ihren beobachteten ökologischen und verhaltensbezogenen Bereichen korrelieren. Kürzlich wurden diese Formanalysen auf das axiale Skelett der Feliden erweitert. Die Ergebnisse zeigen eine funktionell aufgeteilte Wirbelsäule, wobei die Regionen in Bezug auf den Korrelationsgrad zwischen Form und Ökologie stark variieren. Darüber hinaus ist eine klare Unterscheidung zwischen einem phylogenetisch eingeschränkten Nackenbereich und einem selektionsresponsiven hinteren Rückenbereich evident. Hier testen wir, ob diese in der Form der Wirbelsäule reflektierte Regionalisierung der Funktion auch in unterschiedliche Grade der phänotypischen Integration zwischen dieser Struktur und den meisten anderen Skelettelementen übersetzt wird. Wir erreichen diesen Vergleich durch Durchführung von paarweisen Tests der Integration zwischen Wirbeln und anderen osteologischen Einheiten, die mit 3D-geometrischen morphometrischen Daten quantifiziert und sowohl mit als auch ohne phylogenetische Korrektur analysiert werden. Soweit unser Wissen geht, ist dies die erste Studie, die die Integration über eine umfassende Stichprobe ganzer Skelettelemente hinweg testet. Unsere Ergebnisse zeigen, dass vor den Korrekturen eine starke Kovariation zwischen Wirbeln entlang der Wirbelsäule und allen anderen Elementen vorliegt, mit Ausnahme des Femurs. Die meisten dieser signifikanten Korrelationen verschwinden jedoch nach der Korrektur für Phylogenie, die einen signifikanten Einfluss auf die Schädel- und Gliedmaßenmorphologie von Feliden und anderen Fleischfressern hat. Unsere Ergebnisse deuten somit darauf hin, dass die Wirbelsäule von Katzen eine relative Unabhängigkeit von anderen Skelettelementen aufweist und mehrere distincte evolutionäre morphologische Module repräsentieren könnte.

@article{doi101007s1169201794436,
    author = "Randau, Marcela and Goswami, Anjali",
    title = "Shape Covariation (or the Lack Thereof) Between Vertebrae and Other Skeletal Traits in Felids: The Whole is Not Always Greater than the Sum of Parts",
    year = "2018",
    journal = "Evolutionary Biology",
    abstract = "Within carnivorans, cats show comparatively little disparity in overall morphology, with species differing mainly in body size. However, detailed shape analyses of individual osteological structures, such as limbs or skulls, have shown that felids display significant morphological differences that correlate with their observed ecological and behavioural ranges. Recently, these shape analyses have been extended to the felid axial skeleton. Results demonstrate a functionally-partitioned vertebral column, with regions varying greatly in level of correlation between shape and ecology. Moreover, a clear distinction is evident between a phylogenetically-constrained neck region and a selection-responsive posterior spine. Here, we test whether this regionalisation of function reflected in vertebral column shape is also translated into varying levels of phenotypic integration between this structure and most other skeletal elements. We accomplish this comparison by performing pairwise tests of integration between vertebral and other osteological units, quantified with 3D geometric morphometric data and analysed both with and without phylogenetic correction. To our knowledge, this is the first study to test for integration across a comprehensive sample of whole-skeleton elements. Our results show that, prior to corrections, strong covariation is present between vertebrae across the vertebral column and all other elements, with the exception of the femur. However, most of these significant correlations disappear after correcting for phylogeny, which is a significant influence on cranial and limb morphology of felids and other carnivorans. Our results thus suggest that the vertebral column of cats displays relative independence from other skeletal elements and may represent several distinct evolutionary morphological modules.",
    url = "https://doi.org/10.1007/s11692-017-9443-6",
    doi = "10.1007/s11692-017-9443-6",
    openalex = "W2783273734",
    references = "doi101007s1312701603044, doi101111evo12566, doi101111jeb12671, doi101111zoj12403, doi1011861471214814129, doi101371journalpone0085574, doi10166612001"
}

Seit den frühen 2000er Jahren hat sich die Wiederbelebung der Vorstellung einer Verwandtschaft zwischen Barbourofelinae und Feliden aufgrund neuer Entdeckungen von fragmentarischen Fossilien aus Afrika als populär erwiesen. Nach dieser Auffassung leiten sich die Barbourofelinae ihren gemeinsamen Vorfahren mit den Feliden über geteilte Ähnlichkeiten in der Zahnmorphologie zurück, die bis in das frühe Miozän Afrikas und Europas reichen. Ob jedoch eine solche Idee in der basikranialen Morphologie vertreten ist, einem konservativen Bereich von hoher Bedeutung für verwandtschaftliche Beziehungen auf Familienebene, muss noch getestet werden. Ein nahezu vollständiger Schädel von Oriensmilus liupanensis gen. und sp. nov. aus dem Tongxin-Becken im nördlichen China des mittleren Miozäns stellt den am primitivsten bekannten Barbourofelinen mit einem intakten basikranialen Bereich dar und bietet die Gelegenheit, die Verwandtschaft zwischen Feliden und Nimraviden erneut zu untersuchen. Wir präsentieren zudem eine Aktualisierung der Aufzeichnungen über Barbourofelinae in Ostasien. Der neue Schädel von Oriensmilus besitzt eine Reihe von Merkmalen, die mit Nimraviden geteilt werden, wie z. B. das Fehlen eines ossifizierten (entotympanischen) Bullarbodens, das Fehlen eines intrabullaren Septums, das Fehlen eines ventralen Promontorialprozesses des Petrosals, das Vorhandensein eines kleinen rostralen Entotympanikums auf der dorsalen Seite des kaudalen Entotympanikums sowie einen deutlichen kaudalen Eintritt der Arteria carotis interna und des Nervus caroticus, der das kaudale Entotympanicum an der Stelle des Übergangs zwischen dem ossifizierten und unossifizierten kaudalen Entotympanicum durchdringt. Das Fehlen eines ossifizierten Bullarbodens bei O. liupanensis und dessen Vorhandensein bei Exemplaren aus dem mittleren Miozän von Sansan, Frankreich, helfen somit, den Übergang dieses Merkmals einzugrenzen, der im frühen Teil des mittleren Miozäns stattgefunden haben muss. Die räumlichen Beziehungen zwischen der Bullarkonstruktion und der Mittelohrkonfiguration der Arteria carotis interna bei Oriensmilus ähneln stark denen bei Nimraviden, unterscheiden sich jedoch deutlich von denen bei Feliden und anderen basalsten Feliformen. Trotz der attraktiven Vorstellung, dass frühe Barbourofelinae von einem miozänen Vorfahren abstammen, der auch die Ursprünge der Feliden bildete, spricht die basikraniale Evidenz gegen diese Auffassung.http://zoobank.org/urn:http://lsid:zoobank.org:pub:2DE98DBC-4D02-4E18-9788-0B0D8587E73F

@article{doi1010801477201920191691066,
    author = "Wang, Xiaoming und White, Stuart C. und Guan, Jian",
    title = "Eine neue Gattung und Art von Säbelzahnkatze, Oriensmilus liupanensis (Barbourofelinae, Nimravidae, Carnivora), aus dem mittleren Miozän Chinas deutet darauf hin, dass Barbourofelinae Nimraviden und keine Feliden sind",
    year = "2020",
    journal = "Journal of Systematic Palaeontology",
    abstract = "Seit den frühen 2000er Jahren hat sich die Wiederbelebung der Vorstellung einer Verwandtschaft zwischen Barbourofelinae und Feliden aufgrund neuer Entdeckungen von fragmentarischen Fossilien aus Afrika als populär erwiesen. Nach dieser Auffassung leiten sich die Barbourofelinae ihren gemeinsamen Vorfahren mit den Feliden über geteilte Ähnlichkeiten in der Zahnmorphologie zurück, die bis in das frühe Miozän Afrikas und Europas reichen. Ob jedoch eine solche Idee in der basikranialen Morphologie vertreten ist, einem konservativen Bereich von hoher Bedeutung für verwandtschaftliche Beziehungen auf Familienebene, muss noch getestet werden. Ein nahezu vollständiger Schädel von Oriensmilus liupanensis gen. und sp. nov. aus dem Tongxin-Becken im nördlichen China des mittleren Miozäns stellt den am primitivsten bekannten Barbourofelinen mit einem intakten basikranialen Bereich dar und bietet die Gelegenheit, die Verwandtschaft zwischen Feliden und Nimraviden erneut zu untersuchen. Wir präsentieren zudem eine Aktualisierung der Aufzeichnungen über Barbourofelinae in Ostasien. Der neue Schädel von Oriensmilus besitzt eine Reihe von Merkmalen, die mit Nimraviden geteilt werden, wie z. B. das Fehlen eines ossifizierten (entotympanischen) Bullarbodens, das Fehlen eines intrabullaren Septums, das Fehlen eines ventralen Promontorialprozesses des Petrosals, das Vorhandensein eines kleinen rostralen Entotympanikums auf der dorsalen Seite des kaudalen Entotympanikums sowie einen deutlichen kaudalen Eintritt der Arteria carotis interna und des Nervus caroticus, der das kaudale Entotympanicum an der Stelle des Übergangs zwischen dem ossifizierten und unossifizierten kaudalen Entotympanicum durchdringt. Das Fehlen eines ossifizierten Bullarbodens bei O. liupanensis und dessen Vorhandensein bei Exemplaren aus dem mittleren Miozän von Sansan, Frankreich, helfen somit, den Übergang dieses Merkmals einzugrenzen, der im frühen Teil des mittleren Miozäns stattgefunden haben muss. Die räumlichen Beziehungen zwischen der Bullarkonstruktion und der Mittelohrkonfiguration der Arteria carotis interna bei Oriensmilus ähneln stark denen bei Nimraviden, unterscheiden sich jedoch deutlich von denen bei Feliden und anderen basalsten Feliformen. Trotz der attraktiven Vorstellung, dass frühe Barbourofelinae von einem miozänen Vorfahren abstammen, der auch die Ursprünge der Feliden bildete, spricht die basikraniale Evidenz gegen diese Auffassung.http://zoobank.org/urn:http://lsid:zoobank.org:pub:2DE98DBC-4D02-4E18-9788-0B0D8587E73F",
    url = "https://doi.org/10.1080/14772019.2019.1691066",
    doi = "10.1080/14772019.2019.1691066",
    openalex = "W3000580878",
    references = "doi101111jeb12671, doi103133pp243g"
}

Zusammenfassung Der Pampaskater Leopardus colocola war über die Jahre Gegenstand widersprüchlicher Klassifikationen. Derzeit wird eine polytypische Art mit sieben Unterarten anerkannt, aber eine integrative taxonomische Studie für diese umstrittene Gruppe wurde noch nie durchgeführt. Hier kombinieren wir die umfassendste morphologische Abdeckung des Pampaskaters bis dato mit molekularen Daten und ökologischen Nischenmodellen, um seine Artenzusammensetzung zu klären und die Gültigkeit kürzlich vorgeschlagener Unterarten zu testen. Die verschiedenen Beweislinien, die aus morphologischen, molekularen, biogeographischen und klimatischen Nischendatensätzen abgeleitet wurden, führten zur Anerkennung von fünf monotypischen Arten: L. braccatus, L. colocola, L. garleppi (inklusive thomasi, budini, steinbachi, crespoi und wolffsohni als Synonyme), L. munoai und L. pajeros (inklusive crucina als Synonym). Diese fünf Arten sind morphologisch anhand von Haut- und Schädelmerkmalen unterscheidbar, haben sich in unterschiedlichen klimatischen Nischenräumen entwickelt und wurden in der molekularen Artabgrenzung rekonstruiert. Im Gegensatz zu früheren taxonomischen Anordnungen erkennen wir keine Unterarten bei Pampaskatern an. Um die beiden umstrittensten Arten objektiv zu definieren, bezeichnen wir Neotypen für L. colocola und L. pajeros. Die Diversifizierung der Pampaskater ist mit den mittleren pleistozänen Vereisungen verbunden, aber zusätzliche genetische Proben aus dem zentralen andinen Raum sind immer noch erforderlich, um seine evolutionäre Geschichte abschließend zu rekonstruieren.

@article{doi101093zoolinneanzlaa043,
    author = "do Nascimento, Fábio Oliveira und Cheng, Jilong und Feijó, Anderson",
    title = "Taxonomische Revision des Pampaskaters Leopardus colocola-Komplex (Carnivora: Felidae): ein integrativer Ansatz",
    year = "2020",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Zusammenfassung Der Pampaskater Leopardus colocola war über die Jahre Gegenstand widersprüchlicher Klassifikationen. Derzeit wird eine polytypische Art mit sieben Unterarten anerkannt, aber eine integrative taxonomische Studie für diese umstrittene Gruppe wurde noch nie durchgeführt. Hier kombinieren wir die umfassendste morphologische Abdeckung des Pampaskaters bis dato mit molekularen Daten und ökologischen Nischenmodellen, um seine Artenzusammensetzung zu klären und die Gültigkeit kürzlich vorgeschlagener Unterarten zu testen. Die verschiedenen Beweislinien, die aus morphologischen, molekularen, biogeographischen und klimatischen Nischendatensätzen abgeleitet wurden, führten zur Anerkennung von fünf monotypischen Arten: L. braccatus, L. colocola, L. garleppi (inklusive thomasi, budini, steinbachi, crespoi und wolffsohni als Synonyme), L. munoai und L. pajeros (inklusive crucina als Synonym). Diese fünf Arten sind morphologisch anhand von Haut- und Schädelmerkmalen unterscheidbar, haben sich in unterschiedlichen klimatischen Nischenräumen entwickelt und wurden in der molekularen Artabgrenzung rekonstruiert. Im Gegensatz zu früheren taxonomischen Anordnungen erkennen wir keine Unterarten bei Pampaskatern an. Um die beiden umstrittensten Arten objektiv zu definieren, bezeichnen wir Neotypen für L. colocola und L. pajeros. Die Diversifizierung der Pampaskater ist mit den mittleren pleistozänen Vereisungen verbunden, aber zusätzliche genetische Proben aus dem zentralen andinen Raum sind immer noch erforderlich, um seine evolutionäre Geschichte abschließend zu rekonstruieren.",
    url = "https://doi.org/10.1093/zoolinnean/zlaa043",
    doi = "10.1093/zoolinnean/zlaa043",
    openalex = "W3031127939",
    references = "doi101006mpev19960085, doi101093molbevmsh241"
}