1. Eldredge, Niles, 1971, THE ALLOPATRIC MODEL AND PHYLOGENY IN PALEOZOIC INVERTEBRATES: Evolution.
DOI: 10.1111/j.1558-5646.1971.tb01868.x
Zusammenfassung
Zeitschriftenartikel THE ALLOPATRIC MODEL AND PHYLOGENY IN PALEOZOIC INVERTEBRATES Zugang erhalten Niles Eldredge Niles Eldredge The American Museum of Natural History Central Park West at 79th New York New York 10024 Suchen Sie nach weiteren Werken dieses Autors auf: Oxford Academic Google Scholar Evolution, Band 25, Ausgabe 1, 1. März 1971, Seiten 156–167, https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1971.tb01868.x Veröffentlicht: 01. März 1971 Artikelverlauf Eingegangen: 10. Juni 1970 Veröffentlicht: 01. März 1971
BibTeX
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2. Stanley, Steven M., 1978, Chronospecies' longevities, the origin of genera, and the punctuational model of evolution: Paleobiology.
DOI: 10.1017/s0094837300005662
Zusammenfassung
Systematiker, die mit spät-zenozoischen Faunen arbeiten, betrachten lebende Arten tendenziell als Ausgangspunkte für die Bewertung von Chronospezies (d. h. Segmente evolutionärer Linien, die subjektiv als Arten bezeichnet werden), die sich vom Recent bis in die Vergangenheit erstrecken. Diese Praxis ermöglicht es, eine Überlebenskurve für spät-zenozoische Chronospezies zu erstellen, indem alle fossilen Linien bewertet werden, die bis zum heutigen Tag überlebt haben sollen. Eine Überlebenskurve wird erzeugt, indem der Anteil dieser Linien, die zu einem bestimmten Zeitpunkt existieren und nicht genug phyletische Evolution durchlaufen haben, so dass ihre lebenden Vertreter neuen Arten zugeordnet werden, aufgetragen wird. Eine solche Überlebenskurve wurde für Chronospezies von Säugetieren aufgetragen, wobei der Beginn des Würm statt des Recent als Endpunkt verwendet wurde, um die Auswirkungen des Würm und der post-Würm-Massensterben zu vermeiden. Die Überlebenskurve zeigt, dass alle außer einem kleinen Anteil der etablierten Chronospezies im Vergleich zu Intervallen, in denen distinctive höhere Taxa entstanden sind, lange Dauern haben. Der phyletische Turnover von Arten war bemerkenswert langsam. Die meisten Netto-Evolutionären Veränderungen müssen mit saltationaler Artbildung verbunden gewesen sein. Selbst die große Mehrheit der Gattungen muss sich schnell durch ein oder mehrere divergente Artbildungsereignisse gebildet haben. Schätzungen der Aussterberaten deuten darauf hin, dass der Flaschenhalseffekt, bei dem die Verengung einer Linie gefolgt von einer Wiedererweiterung als eine distincte Art ist, keine wesentliche Quelle evolutionärer Veränderungen sein kann. Diese Schlussfolgerungen, basierend auf der Bewertung der Säugetier-Phylogenie, scheinen auch auf andere Tier-Taxa zuzutreffen und unterstützen das punctuational Modell der Evolution. Die langen Dauern von Hominiden-Arten implizieren, dass die Evolution des Menschen, wie die anderer Säugetiere, diesem Modell entspricht.
BibTeX
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3. Stanley, Steven M., 1978, Chronospecies' longevities, the origin of genera, and the punctuational model of evolution: Paleobiology: v. 4, no. 1: p. 26-40.
DOI: 10.1017/s0094837300005662
Zusammenfassung
Systematiker, die mit spät-zenozoischen Faunen arbeiten, neigen dazu, lebende Arten als Ausgangspunkte für die Bewertung von Chronospezies (d. h. Abschnitte evolutionärer Linien, die subjektiv als Arten bezeichnet werden) zu betrachten, die sich vom Jüngsten bis in die Vergangenheit erstrecken. Diese Praxis ermöglicht es, eine Überlebenskurve für spät-zenozoische Chronospezies zu erstellen, indem alle fossilen Linien bewertet werden, die bis zum heutigen Tag überlebt haben sollen. Eine Überlebenskurve wird erzeugt, indem der Anteil dieser Linien, die zu einem bestimmten Zeitpunkt existieren und nicht genug phyletische Evolution durchlaufen haben, so dass ihre noch lebenden Vertreter neuen Arten zugeordnet werden, aufgetragen wird. Eine solche Überlebenskurve wurde für Chronospezies von Säugetieren mit dem Beginn des Würm statt mit dem Jüngsten als Endpunkt erstellt, um die Auswirkungen des Würm und der post-Würm-Massensterben zu vermeiden. Die Überlebenskurve zeigt, dass alle außer einem kleinen Anteil der etablierten Chronospezies im Vergleich zu Intervallen, in denen sich distinctive höhere Taxa entwickelt haben, lange Dauern aufweisen. Der phyletische Turnover von Arten war bemerkenswert langsam. Die meisten Netto-Evolutionären Veränderungen müssen mit saltationaler Artbildung verbunden gewesen sein. Selbst die große Mehrheit der Gattungen muss sich schnell durch ein oder mehrere divergente Artbildungsereignisse entwickelt haben. Schätzungen der Aussterberaten deuten darauf hin, dass der Flaschenhalseffekt, bei dem die Verengung einer Linie gefolgt von einer Wiedererweiterung als eine distincte Art ist, keine wesentliche Quelle evolutionärer Veränderungen sein kann. Diese Schlussfolgerungen, basierend auf der Bewertung der Säugetier-Phylogenie, scheinen auch auf andere Tier-Taxa zuzutreffen und unterstützen das punctuational Modell der Evolution. Die langen Dauern von Hominiden-Arten implizieren, dass die Evolution des Menschen, wie die anderer Säugetiere, diesem Modell entspricht.
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4. Stanley, S. M, 1978, Chronospecies' longevities, the origin of genera, and the punctuational model of Evolution.
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5. Stanley, Steven M, 1989, Der empirische Fall für das diskontinuierliche Modell der Evolution: Journal of Social and Biological Structures: v. 12, no. 2-3: p. 159-172.
DOI: 10.1016/0140-1750(89)90042-0
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6. Bak, Per und Sneppen, Kim, 1993, Punctuated equilibrium und kritische Phänomene in einem einfachen Modell der Evolution: Physical Review Letters.
DOI: 10.1103/physrevlett.71.4083
Zusammenfassung
Ein einfaches und robustes Modell der biologischen Evolution einer Ökologie interagierender Arten wird vorgestellt. Das Modell organisiert sich selbst in einen kritischen stationären Zustand mit intermittierenden ko-evolutionären Avalanches aller Größen; d. h., es zeigt ein Verhalten der „punctuated equilibrium". Diese kollaborative Evolution ist viel schneller als nicht-kollaborative Szenarien, da keine großen und koordinierten und somit prohibitiv unwahrscheinlichen Mutationen beteiligt sind.
BibTeX
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7. Clube, S. V. M., 1996, Evolution, Punctuational Crises and the Threat to Civilization: Worlds in Interaction: Small Bodies and Planets of the Solar System: p. 433-440.
DOI: 10.1007/978-94-009-0209-1_54
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8. Hall, Matt und Christensen, Kim und di Collobiano, Simone A. und Jensen, Henrik Jeldtoft, 2002, Zeitabhängige Aussterberate und Artenhäufigkeit in einem vernetzten-Natur-Modell der biologischen Evolution: Physical review. E, Statistical physics, plasmas, fluids, and related interdisciplinary topics.
DOI: 10.1103/physreve.66.011904
Zusammenfassung
Wir präsentieren ein Modell der evolutionären Ökologie, bestehend aus einem Netzwerk interagierender Individuen, einem tangle-nature-Modell. Die Reproduktionsrate von Individuen, die durch ihr Genom charakterisiert sind, hängt von der Zusammensetzung der Population im Genotyp-Raum ab. Ökologische Merkmale wie die Taxonomie und der makroevolutionäre Modus der Dynamik sind emergente Eigenschaften. Die Makrodynamik zeigt intermittierendes Umschalten zwischen zwei Modi mit einer allmählich abnehmenden Aussterberate. Die generierten Ökosysteme werden allmählich besser angepasst sowie komplexer im kollektiven Sinne. Die Form der Artenhäufigkeitskurve stimmt gut mit beobachteten Funktionsformen überein. Die Fehlergrenze des Modells kann in Bezug auf die Eigenschaften der beiden dynamischen Modi des Systems verstanden werden.
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9. Johnson, Jerald B. und Omland, Kristian Shawn, 2003, Model selection in ecology and evolution: Trends in Ecology & Evolution.
DOI: 10.1016/j.tree.2003.10.013
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10. 2006, Graduelle versus Punctuative Evolution: Science: v. 314, no. 5796: p. 13g-13g.
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11. Pagel, Mark und Venditti, Chris und Meade, Andrew, 2006, Large Punctuational Contribution of Speciation to Evolutionary Divergence at the Molecular Level: Science.
Zusammenfassung
Ein langjähriger Streitpunkt in der Evolutionsbiologie betrifft die Frage, ob sich Arten allmählich über die Zeit hinweg oder durch punktuale Episoden zum Zeitpunkt der Artbildung voneinander unterscheiden. Wir stellten fest, dass etwa 22 % der substitutionsbedingten Veränderungen auf DNA-Ebene der punktuellen Evolution zugeschrieben werden können, während der Rest aus einer allmählichen Hintergrunddivergenz akkumuliert. Punktuale Effekte treten bei Pflanzen und Pilzen mit mehr als dem Doppelten der Rate auf als bei Tieren, doch der Anteil der gesamten Divergenz, der der punktuellen Veränderung zugeschrieben wird, variiert nicht zwischen diesen Gruppen. Punktuale Veränderungen führen zu Abweichungen von einem uhrähnlichen Tempo der Evolution, was darauf hindeutet, dass sie bei der Ableitung von Daten aus Phylogenien berücksichtigt werden sollten. Punktuale Episoden der Evolution könnten eine größere Rolle bei der Förderung der evolutionären Divergenz spielen, als bisher anerkannt wurde.
BibTeX
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12. Rosenblum, Erica Bree und Sarver, Brice A. J. und Brown, Joseph W. und Roches, Simone Des und Hardwick, Kayla M. und Hether, Tyler und Eastman, Jonathan M. und Pennell, Matthew W. und Harmon, Luke J., 2012, Goldilocks trifft Santa Rosalia: Ein ephemeres Artbildungsmodell erklärt Muster der Diversifizierung über Zeitskalen hinweg: Evolutionary Biology.
DOI: 10.1007/s11692-012-9171-x
Zusammenfassung
Das Verständnis der Rate, mit der neue Arten entstehen, ist eine zentrale Frage bei der Erforschung der Evolution des Lebens auf der Erde. Hier überprüfen wir unser aktuelles Verständnis von Artbildungsraten, wobei wir uns auf Studien stützen, die auf dem Fossilbericht, Phylogenien und mathematischen Modellen basieren. Wir finden, dass Artbildungsraten, die aus diesen verschiedenen Studien geschätzt werden, dramatisch unterschiedlich sein können: einige Studien finden, dass neue Arten schnell und häufig entstehen, während andere finden, dass neue Arten viel weniger häufig entstehen. Wir schlagen vor, dass Unterschiede in Artbildungsraten über verschiedene Skalen hinweg nicht widersprüchlich sind, sondern durch ein gemeinsames Modell in Einklang gebracht werden können. Unter dem „ephemeren Artbildungsmodell" ist Artbildung sehr häufig und sehr schnell, aber die neu entstandenen Arten bestehen fast nie. Daher sollten evolutionäre Studien sich nicht nur auf die Entstehung, sondern auch auf die Persistenz neuer Arten konzentrieren.
BibTeX
@article{doi101007s116920129171x,
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references = "doi101016jtree200611004, doi101017s0094837300005662, doi10108010635150600852011, doi101086282070, doi101093aesa383396, doi101093oso97801985052350010001, doi1023073071998, doi102307jctv1nzfgj7, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice375647, openalexw2764433274, stanley1978chronospecies"
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13. Wright, April und Hillis, David M., 2014, Bayesian Analysis Using a Simple Likelihood Model Outperforms Parsimony for Estimation of Phylogeny from Discrete Morphological Data: PLoS ONE.
DOI: 10.1371/journal.pone.0109210
Abstract
Trotz der Einführung likelihoodbasierter Methoden zur Schätzung phylogenetischer Bäume aus phänotypischen Daten bleibt die Parsimonie das am weitesten verbreitete Optimalitätskriterium zum Aufbau von Bäumen aus diskreten morphologischen Daten. Es ist jedoch seit Jahrzehnten bekannt, dass es Bereiche im Lösungsraum gibt, in denen die Parsimonie ein schlechter Schätzer der Baumtopologie ist. Es existieren zahlreiche Software-Implementierungen likelihoodbasierter Modelle zur Schätzung der Phylogenie aus diskreten morphologischen Daten, insbesondere für das Mk-Modell der diskreten Charakterevolution. Hier untersuchen wir die Wirksamkeit der bayesianischen Schätzung der Phylogenie unter Verwendung des Mk-Modells unter Bedingungen, die in paläontologischen Studien häufig vorkommen. Unter Verwendung simulierter Daten beschreiben wir die relativen Leistungen der Parsimonie und des Mk-Modells unter einer Reihe realistischer Bedingungen, die gängige Szenarien fehlender Daten und Ratenheterogenität umfassen.
BibTeX
@article{doi101371journalpone0109210,
author = "Wright, April und Hillis, David M.",
title = "Bayesian Analysis Using a Simple Likelihood Model Outperforms Parsimony for Estimation of Phylogeny from Discrete Morphological Data",
year = "2014",
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abstract = "Trotz der Einführung likelihoodbasierter Methoden zur Schätzung phylogenetischer Bäume aus phänotypischen Daten bleibt die Parsimonie das am weitesten verbreitete Optimalitätskriterium zum Aufbau von Bäumen aus diskreten morphologischen Daten. Es ist jedoch seit Jahrzehnten bekannt, dass es Bereiche im Lösungsraum gibt, in denen die Parsimonie ein schlechter Schätzer der Baumtopologie ist. Es existieren zahlreiche Software-Implementierungen likelihoodbasierter Modelle zur Schätzung der Phylogenie aus diskreten morphologischen Daten, insbesondere für das Mk-Modell der diskreten Charakterevolution. Hier untersuchen wir die Wirksamkeit der bayesianischen Schätzung der Phylogenie unter Verwendung des Mk-Modells unter Bedingungen, die in paläontologischen Studien häufig vorkommen. Unter Verwendung simulierter Daten beschreiben wir die relativen Leistungen der Parsimonie und des Mk-Modells unter einer Reihe realistischer Bedingungen, die gängige Szenarien fehlender Daten und Ratenheterogenität umfassen.",
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doi = "10.1371/journal.pone.0109210",
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references = "doi10108010635150802022231, doi101111j10963642200600293x, doi101111j15585646201201723x"
}
14. Hunt, Gene und Hopkins, Melanie J. sowie Lidgard, Scott, 2015, Einfache versus komplexe Modelle der Merkmalsentwicklung und Stase als Reaktion auf Umweltveränderungen: Proceedings of the National Academy of Sciences.
Zusammenfassung
Vorherige Analysen evolutionärer Muster oder Modi in fossilen Linien haben sich überwiegend auf drei einfache Modelle konzentriert: Stase, Random Walks und gerichtete Evolution. Hier verwenden wir Likelihood-Methoden, um ein erweitertes Set evolutionärer Modelle an eine große Zusammenstellung von Vorfahr-Nachfahren-Reihen von Populationen aus dem Fossilbericht anzupassen. Neben den drei Standardmodellen bewerten wir komplexere Modelle mit Pausen und Verschiebungen von einem evolutionären Modus zu einem anderen. Wie in früheren Studien finden wir, dass Stase im Fossilbericht häufig ist, ebenso wie eine strikte Version der Stase, die keine echten evolutionären Veränderungen beinhaltet. Die Häufigkeit gerichteter Evolution ist relativ niedrig (13%), aber höher als in früheren Studien, da unser analytischer Ansatz verrauschte Trends empfindlicher detektieren kann. Komplexe evolutionäre Modelle werden oft bevorzugt, überwiegend für Sequenzen, die viele Proben umfassen. Diese Erkenntnis ist konsistent mit evolutionären Dynamiken, die in der Realität komplexer sind als jedes der von uns betrachteten Modelle. Darüber hinaus variiert der Zeitpunkt von Verschiebungen in den evolutionären Dynamiken zwischen Merkmalen, die aus derselben Reihe gemessen werden. Schließlich verwenden wir unsere empirische Sammlung evolutionärer Sequenzen und einen langen, hochaufgelösten Proxy für das globale Klima, um Simulationen zu informieren, in denen sich Merkmale anpassungsfähig an Temperaturveränderungen über die Zeit anpassen. Wenn realistisch kalibriert, finden wir, dass dieses einfache Modell wichtige Aspekte unserer paläontologischen Ergebnisse reproduzieren kann. Wir schließen, dass beobachtete paläontologische Muster, einschließlich der Prävalenz von Stase, nicht notwendigerweise mit adaptiver Evolution unvereinbar sind, selbst angesichts instabiler physikalischer Umgebungen.
BibTeX
@article{doi101073pnas1403662111,
author = "Hunt, Gene und Hopkins, Melanie J. und Lidgard, Scott",
title = "Einfache versus komplexe Modelle der Merkmalsentwicklung und Stase als Reaktion auf Umweltveränderungen",
year = "2015",
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abstract = "Vorherige Analysen evolutionärer Muster oder Modi in fossilen Linien haben sich überwiegend auf drei einfache Modelle konzentriert: Stase, Random Walks und gerichtete Evolution. Hier verwenden wir Likelihood-Methoden, um ein erweitertes Set evolutionärer Modelle an eine große Zusammenstellung von Vorfahr-Nachfahren-Reihen von Populationen aus dem Fossilbericht anzupassen. Neben den drei Standardmodellen bewerten wir komplexere Modelle mit Pausen und Verschiebungen von einem evolutionären Modus zu einem anderen. Wie in früheren Studien finden wir, dass Stase im Fossilbericht häufig ist, ebenso wie eine strikte Version der Stase, die keine echten evolutionären Veränderungen beinhaltet. Die Häufigkeit gerichteter Evolution ist relativ niedrig (13%), aber höher als in früheren Studien, da unser analytischer Ansatz verrauschte Trends empfindlicher detektieren kann. Komplexe evolutionäre Modelle werden oft bevorzugt, überwiegend für Sequenzen, die viele Proben umfassen. Diese Erkenntnis ist konsistent mit evolutionären Dynamiken, die in der Realität komplexer sind als jedes der von uns betrachteten Modelle. Darüber hinaus variiert der Zeitpunkt von Verschiebungen in den evolutionären Dynamiken zwischen Merkmalen, die aus derselben Reihe gemessen werden. Schließlich verwenden wir unsere empirische Sammlung evolutionärer Sequenzen und einen langen, hochaufgelösten Proxy für das globale Klima, um Simulationen zu informieren, in denen sich Merkmale anpassungsfähig an Temperaturveränderungen über die Zeit anpassen. Wenn realistisch kalibriert, finden wir, dass dieses einfache Modell wichtige Aspekte unserer paläontologischen Ergebnisse reproduzieren kann. Wir schließen, dass beobachtete paläontologische Muster, einschließlich der Prävalenz von Stase, nicht notwendigerweise mit adaptiver Evolution unvereinbar sind, selbst angesichts instabiler physikalischer Umgebungen.",
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doi = "10.1073/pnas.1403662111",
openalex = "W2157019229",
references = "doi101002bimj200810425, doi10100703064746897, doi101017s0094837300005224, doi1010292004pa001071, doi101046j14724642199900046x, doi101086303400, doi101093aesa383396, doi1023072485224, doi105860choice396411, openalexw3135630760, stanley1989the"
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15. Clavel, Julien und Escarguel, Gilles und Merceron, Gildas, 2015, mv morph: ein R-Paket zur Anpassung multivariater evolutionärer Modelle an morphometrische Daten: Methods in Ecology and Evolution.
Zusammenfassung
Zusammenfassung Wir stellen mv morph vor, ein Paket multivariater phylogenetischer vergleichender Methoden für die R-Statistik-Umgebung. mv morph ist kostenlos im cran-Paket-Repository verfügbar (http://cran.r-project.org/web/packages/mvMORPH/). mv morph ermöglicht die Anpassung einer Reihe multivariater evolutionärer Modelle unter einem Maximum-Likelihood-Kriterium. Ursprünglich im Kontext der phylogenetischen Analyse mehrerer morphometrischer Merkmale entwickelt, kann seine Anwendung auf jeden biologischen Datensatz mit einem oder mehreren kovariierenden kontinuierlichen Merkmalen erweitert werden. Alle Anpassungsmodelle beinhalten die Möglichkeit, simmap-artige Zuordnungen zu verwenden, was für die Anpassung von Änderungen entlang von Abstammungslinien zu einem bestimmten Zeitpunkt nützlich sein kann. Alle Modelle bieten diagnostische Metriken für Konvergenz und Zuverlässigkeit der Schätzungen sowie die Möglichkeit, Messfehler von Merkmalen in die Modellschätzungen einzubeziehen. Neue Funktionen des mv morph-Pakets umfassen die Möglichkeit, Modelle mit Änderungen im Evolutionsmodus entlang der Phylogenie anzupassen, was in vergleichenden Analysen, die ausgestorbene Taxa einschließen, besonders bedeutsam sein wird, beispielsweise beim Testen von Änderungen im Evolutionsmodus, die mit globalen biotischen/abiotischen Ereignissen verbunden sind. Wir beschreiben kurz die bereits in mv morph enthaltenen Modelle und geben einige Demonstrationen der Verwendung des Pakets mit zwei simulierten Beispielen.
BibTeX
@article{doi1011112041210x12420,
author = "Clavel, Julien und Escarguel, Gilles und Merceron, Gildas",
title = "mv morph: ein R-Paket zur Anpassung multivariater evolutionärer Modelle an morphometrische Daten",
year = "2015",
journal = "Methods in Ecology and Evolution",
abstract = "Zusammenfassung Wir stellen mv morph vor, ein Paket multivariater phylogenetischer vergleichender Methoden für die R-Statistik-Umgebung. mv morph ist kostenlos im cran-Paket-Repository verfügbar (http://cran.r-project.org/web/packages/mvMORPH/). mv morph ermöglicht die Anpassung einer Reihe multivariater evolutionärer Modelle unter einem Maximum-Likelihood-Kriterium. Ursprünglich im Kontext der phylogenetischen Analyse mehrerer morphometrischer Merkmale entwickelt, kann seine Anwendung auf jeden biologischen Datensatz mit einem oder mehreren kovariierenden kontinuierlichen Merkmalen erweitert werden. Alle Anpassungsmodelle beinhalten die Möglichkeit, simmap-artige Zuordnungen zu verwenden, was für die Anpassung von Änderungen entlang von Abstammungslinien zu einem bestimmten Zeitpunkt nützlich sein kann. Alle Modelle bieten diagnostische Metriken für Konvergenz und Zuverlässigkeit der Schätzungen sowie die Möglichkeit, Messfehler von Merkmalen in die Modellschätzungen einzubeziehen. Neue Funktionen des mv morph-Pakets umfassen die Möglichkeit, Modelle mit Änderungen im Evolutionsmodus entlang der Phylogenie anzupassen, was in vergleichenden Analysen, die ausgestorbene Taxa einschließen, besonders bedeutsam sein wird, beispielsweise beim Testen von Änderungen im Evolutionsmodus, die mit globalen biotischen/abiotischen Ereignissen verbunden sind. Wir beschreiben kurz die bereits in mv morph enthaltenen Modelle und geben einige Demonstrationen der Verwendung des Pakets mit zwei simulierten Beispielen.",
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doi = "10.1111/2041-210x.12420",
openalex = "W1527504944",
references = "doi1010079783662024522, doi1010079783662053898, doi10103844766, doi101086284325, doi101086383584, doi1011112041210x12035, doi101111j001438202003tb00285x, doi101111j155856461979tb04694x, doi101111j155856461983tb00236x, doi101111j15585646201201723x, doi101111j2041210x201100169x, doi10118614712105788, doi1023073802723"
}
16. Warren, Ben H. und Simberloff, Daniel und Ricklefs, Robert E. und Aguilée, Robin und Condamine, Fabien L. und Gravel, Dominique und Morlon, Hélène und Mouquet, Nicolas und Rosindell, James und Casquet, Juliane und Conti, Elena und Cornuault, Josselin und Fernández‐Palacios, José María und Hengl, Tomislav und Norder, Sietze J. und Rijsdijk, Kenneth F. und Sanmartín, Isabel und Strasberg, Dominique und Triantis, Kostas A. und Valente, Luís und Whittaker, Robert J. und Gillespie, Rosemary G. und Emerson, Brent C. und Thébaud, Christophe, 2015, Islands as model systems in ecology and evolution: prospects fifty years after MacArthur‐Wilson: Ecology Letters.
Zusammenfassung
Die Untersuchung von Inseln als Modellsysteme hat eine wichtige Rolle bei der Entwicklung evolutionärer und ökologischer Theorien gespielt. Das 50-jährige Jubiläum des Artikels von MacArthur und Wilson (Dezember 1963) „An equilibrium theory of insular zoogeography" war ein kürzlicher Meilenstein für dieses Thema. Seit 1963 haben Inselsysteme neue Einblicke in die Entstehung ökologischer Gemeinschaften geliefert. Hier, aufbauend auf solche Entwicklungen, heben wir die Perspektiven für die Forschung auf Inseln hervor, um unser Verständnis der Ökologie und Evolution von Gemeinschaften im Allgemeinen zu verbessern. Wir betonen dabei, wie Eigenschaften von Inseln zusammenwirken, um ungewöhnliche Forschungsmöglichkeiten zu bieten, deren Implikationen weit über Inseln hinausreichen. Molekulare Werkzeuge und zunehmende Datenerfassung erlauben nun eine Neubewertung einiger grundlegender Fragen, die MacArthur und Wilson interessierten. Dazu gehören die Bildung ökologischer Netzwerke, Verteilungen der Artenabundanz und der Beitrag der Evolution zur Gemeinschaftsbildung. Wir erweitern unsere Perspektiven auch auf andere Bereiche der Ökologie und Evolution – das Verständnis des Ökosystemfunktionierens, der Artbildung und Diversifizierung – wobei wir häufig die Vorteile ozeanischer Inseln nutzen, um den geografischen Bereich abzuleiten, in dem Evolution stattgefunden hat, und potenzielle Barrieren für den Genfluss. Obwohl inselbasierte Theorien kontinuierlich bereichert werden, wird die Einbeziehung nicht-gleichgewichtiger Dynamiken als eine große Herausforderung für die Zukunft identifiziert.
BibTeX
@article{doi101111ele12398,
author = "Warren, Ben H. und Simberloff, Daniel und Ricklefs, Robert E. und Aguilée, Robin und Condamine, Fabien L. und Gravel, Dominique und Morlon, Hélène und Mouquet, Nicolas und Rosindell, James und Casquet, Juliane und Conti, Elena und Cornuault, Josselin und Fernández‐Palacios, José María und Hengl, Tomislav und Norder, Sietze J. und Rijsdijk, Kenneth F. und Sanmartín, Isabel und Strasberg, Dominique und Triantis, Kostas A. und Valente, Luís und Whittaker, Robert J. und Gillespie, Rosemary G. und Emerson, Brent C. und Thébaud, Christophe",
title = "Islands as model systems in ecology and evolution: prospects fifty years after MacArthur‐Wilson",
year = "2015",
journal = "Ecology Letters",
abstract = "Die Untersuchung von Inseln als Modellsysteme hat eine wichtige Rolle bei der Entwicklung evolutionärer und ökologischer Theorien gespielt. Das 50-jährige Jubiläum des Artikels von MacArthur und Wilson (Dezember 1963) „An equilibrium theory of insular zoogeography" war ein kürzlicher Meilenstein für dieses Thema. Seit 1963 haben Inselsysteme neue Einblicke in die Entstehung ökologischer Gemeinschaften geliefert. Hier, aufbauend auf solche Entwicklungen, heben wir die Perspektiven für die Forschung auf Inseln hervor, um unser Verständnis der Ökologie und Evolution von Gemeinschaften im Allgemeinen zu verbessern. Wir betonen dabei, wie Eigenschaften von Inseln zusammenwirken, um ungewöhnliche Forschungsmöglichkeiten zu bieten, deren Implikationen weit über Inseln hinausreichen. Molekulare Werkzeuge und zunehmende Datenerfassung erlauben nun eine Neubewertung einiger grundlegender Fragen, die MacArthur und Wilson interessierten. Dazu gehören die Bildung ökologischer Netzwerke, Verteilungen der Artenabundanz und der Beitrag der Evolution zur Gemeinschaftsbildung. Wir erweitern unsere Perspektiven auch auf andere Bereiche der Ökologie und Evolution – das Verständnis des Ökosystemfunktionierens, der Artbildung und Diversifizierung – wobei wir häufig die Vorteile ozeanischer Inseln nutzen, um den geografischen Bereich abzuleiten, in dem Evolution stattgefunden hat, und potenzielle Barrieren für den Genfluss. Obwohl inselbasierte Theorien kontinuierlich bereichert werden, wird die Einbeziehung nicht-gleichgewichtiger Dynamiken als eine große Herausforderung für die Zukunft identifiziert.",
url = "https://doi.org/10.1111/ele.12398",
doi = "10.1111/ele.12398",
openalex = "W2156521347",
references = "doi101038nature07893, doi101038nrg3644, doi101126science1157966, doi101126science1193954"
}
17. Pontarp, Mikael und Bunnefeld, Lynsey und Cabral, Juliano Sarmento und Etienne, Rampal S. und Fritz, Susanne A. und Gillespie, Rosemary G. und Graham, Catherine H. und Hagen, Oskar und Härtig, Florian und Huang, Shan und Jansson, Roland und Maliet, Odile und Münkemüller, Tamara und Pellissier, Loïc und Rangel, Thiago F. und Štorch, David und Wiegand, Thorsten und Hurlbert, Allen H., 2018, The Latitudinal Diversity Gradient: Novel Understanding through Mechanistic Eco-evolutionary Models: Trends in Ecology & Evolution.
DOI: 10.1016/j.tree.2018.11.009
BibTeX
@article{doi101016jtree201811009,
author = "Pontarp, Mikael und Bunnefeld, Lynsey und Cabral, Juliano Sarmento und Etienne, Rampal S. und Fritz, Susanne A. und Gillespie, Rosemary G. und Graham, Catherine H. und Hagen, Oskar und Härtig, Florian und Huang, Shan und Jansson, Roland und Maliet, Odile und Münkemüller, Tamara und Pellissier, Loïc und Rangel, Thiago F. und Štorch, David und Wiegand, Thorsten und Hurlbert, Allen H.",
title = "The Latitudinal Diversity Gradient: Novel Understanding through Mechanistic Eco-evolutionary Models",
year = "2018",
journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
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doi = "10.1016/j.tree.2018.11.009",
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18. Rangel, Thiago F. und Edwards, Neil R. und Holden, Philip B. und Diniz‐Filho, José Alexandre Felizola und Gosling, William D. und Coelho, Marco Túlio Pacheco und Cassemiro, Fernanda A. S. und Rahbek, Carsten und Colwell, Robert K., 2018, Modeling the ecology and evolution of biodiversity: Biogeographical cradles, museums, and graves: Science.
Abstract
Individuelle Prozesse, die geografische Muster der Biodiversität prägen, werden zunehmend verstanden, doch ihre komplexen Wechselwirkungen auf großen räumlichen und zeitlichen Skalen bleiben jenseits der Reichweite analytischer Modelle und traditioneller Experimente. Um dieser Herausforderung zu begegnen, haben wir ein räumlich explizites, mechanistisches Simulationsmodell entwickelt, das Anpassung, Verschiebungen des Verbreitungsgebiets, Fragmentierung, Artbildung, Ausbreitung, Konkurrenz und Aussterben implementiert, angetrieben durch modellierte Klimata der letzten 800.000 Jahre in Südamerika. Experimentelle topographische Glättung bestätigte den Einfluss der Klimaheterogenität auf die Diversifizierung. Die Simulationen identifizierten Regionen und Episoden der Artbildung (Cradles), Persistenz (Museen) und des Aussterbens (Gräber). Obwohl die Simulationen kein Zielmuster hatten und nicht mit empirischen Daten parametrisiert wurden, ähnelten die entstehenden Reichweitenkarten eng den zeitgenössischen Karten für Haupttaxa und bestätigten damit die mächtigen Rollen der Evolution und Diversifizierung, die durch Topographie und Klima angetrieben werden.
BibTeX
@article{doi101126scienceaar5452,
author = "Rangel, Thiago F. und Edwards, Neil R. und Holden, Philip B. und Diniz‐Filho, José Alexandre Felizola und Gosling, William D. und Coelho, Marco Túlio Pacheco und Cassemiro, Fernanda A. S. und Rahbek, Carsten und Colwell, Robert K.",
title = "Modeling the ecology and evolution of biodiversity: Biogeographical cradles, museums, and graves",
year = "2018",
journal = "Science",
abstract = "Individuelle Prozesse, die geografische Muster der Biodiversität prägen, werden zunehmend verstanden, doch ihre komplexen Wechselwirkungen auf großen räumlichen und zeitlichen Skalen bleiben jenseits der Reichweite analytischer Modelle und traditioneller Experimente. Um dieser Herausforderung zu begegnen, haben wir ein räumlich explizites, mechanistisches Simulationsmodell entwickelt, das Anpassung, Verschiebungen des Verbreitungsgebiets, Fragmentierung, Artbildung, Ausbreitung, Konkurrenz und Aussterben implementiert, angetrieben durch modellierte Klimata der letzten 800.000 Jahre in Südamerika. Experimentelle topographische Glättung bestätigte den Einfluss der Klimaheterogenität auf die Diversifizierung. Die Simulationen identifizierten Regionen und Episoden der Artbildung (Cradles), Persistenz (Museen) und des Aussterbens (Gräber). Obwohl die Simulationen kein Zielmuster hatten und nicht mit empirischen Daten parametrisiert wurden, ähnelten die entstehenden Reichweitenkarten eng den zeitgenössischen Karten für Haupttaxa und bestätigten damit die mächtigen Rollen der Evolution und Diversifizierung, die durch Topographie und Klima angetrieben werden.",
url = "https://doi.org/10.1126/science.aar5452",
doi = "10.1126/science.aar5452",
openalex = "W2885016372",
references = "doi101002joc1276, doi10100797894010058529, doi101016jtree201208024, doi101016jtree201406005, doi1010292004pa001071, doi101038nature22897, doi101046j14429993200101070x, doi101093genetics1312479, doi101111j14429993200101070ppx, doi101126science13134091292, doi101126scienceaac4315, doi101146annurevecolsys110308120327, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi101371journalpone0103958, doi1015159780691209418, doi1023072485224, doi105962bhltitle82303"
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19. Butler, George und Amend, Sarah R. und Venditti, Chris und Pienta, Kenneth J., 2025, Punctuational Evolution ist allgegenwärtig in der metastatischen Kolonisation entfernter Gewebestellen: Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences: v. 292, no. 2039.
Zusammenfassung
Die Evolution der Metastasierung, die Ausbreitung von Krebs auf entfernte Stellen im Körper, stellt eine tödliche Phase der Krebsprogression dar. Dennoch bleiben die evolutionären Dynamiken, die das Entstehen metastatischer Erkrankungen formen, ungeklärt. Hier zeigen wir unter Verwendung von Einzelschicht-Linienverfolgungsdaten in Kombination mit phylogenetischen statistischen Methoden, dass die evolutionäre Trajektorie metastatischer Erkrankungen mit Ausbrüchen schneller molekularer Veränderungen übersät ist, wenn neue Zellsubpopulationen erscheinen, ein Muster, das als punctuational evolution bekannt ist. Als Nächstes zeigen wir durch die Messung der punctuational evolution über den metastatischen Kaskaden hinweg, dass punctuational Effekte innerhalb der Bildung sekundärer Tumore an distalen metastatischen Stellen konzentriert sind, was darauf hindeutet, dass qualitativ unterschiedliche Evolutionsmodi die Progression primärer und metastatischer Tumore antreiben können. Insgesamt liefern unsere Ergebnisse empirische Belege für unterschiedliche Muster molekularer Evolution in frühen und späten Stadien metastatischer Erkrankungen, und unser Ansatz bietet einen Rahmen, um die Evolution der Metastasierung auf einem feineren Niveau zu untersuchen als dies bisher möglich war.
BibTeX
@article{butler2025punctuational,
author = "Butler, George und Amend, Sarah R. und Venditti, Chris und Pienta, Kenneth J.",
title = "Punctuational evolution is pervasive in distal site metastatic colonization",
year = "2025",
journal = "Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences",
abstract = "Die Evolution der Metastasierung, die Ausbreitung von Krebs auf entfernte Stellen im Körper, stellt eine tödliche Phase der Krebsprogression dar. Dennoch bleiben die evolutionären Dynamiken, die das Entstehen metastatischer Erkrankungen formen, ungeklärt. Hier zeigen wir unter Verwendung von Einzelschicht-Linienverfolgungsdaten in Kombination mit phylogenetischen statistischen Methoden, dass die evolutionäre Trajektorie metastatischer Erkrankungen mit Ausbrüchen schneller molekularer Veränderungen übersät ist, wenn neue Zellsubpopulationen erscheinen, ein Muster, das als punctuational evolution bekannt ist. Als Nächstes zeigen wir durch die Messung der punctuational evolution über den metastatischen Kaskaden hinweg, dass punctuational Effekte innerhalb der Bildung sekundärer Tumore an distalen metastatischen Stellen konzentriert sind, was darauf hindeutet, dass qualitativ unterschiedliche Evolutionsmodi die Progression primärer und metastatischer Tumore antreiben können. Insgesamt liefern unsere Ergebnisse empirische Belege für unterschiedliche Muster molekularer Evolution in frühen und späten Stadien metastatischer Erkrankungen, und unser Ansatz bietet einen Rahmen, um die Evolution der Metastasierung auf einem feineren Niveau zu untersuchen als dies bisher möglich war.",
url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2024.2850",
doi = "10.1098/rspb.2024.2850",
number = "2039",
openalex = "W4406640873",
volume = "292",
references = "doi101007bf00160154, doi101016jcell201303021, doi101016jcell201611037, doi101017s0094837300005224, doi10103844766, doi101038nature10762, doi101038nature14347, doi101056nejmoa1616288, doi10108010635150490522232, openalexw3135630760"
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20. Stanley, Steven M., 2025, Warum das punktuale Modell der Evolution gültig ist: Paleobiology.
Zusammenfassung
Zusammenfassung Ich habe zwei Tests entwickelt, die den Konflikt zwischen Punctuationalismus und Gradualismus untersuchen. Der erste ist der Test der adaptiven Strahlung, den ich auf Familien von mittlerem Eozän-Mammalia und spätem Kreidezeit-Bivalvia anwende. Dieser Test zeigt, dass Arten in beiden dieser Klassen viel zu lange existierten, damit Evolution innerhalb von ihnen (phyletische Evolution) die neuen Familien hervorbringen konnte, die während kurzer Zeitintervalle entstanden. Dieser Test würde für viele andere Taxa ähnliche Ergebnisse liefern. Er unterstützt das punktuale Modell, ebenso wie der Test der lebenden Fossilien, der vorhersagt, dass lange, schlanke Klade, die wenig Artbildung erfahren haben, wenig Evolution durchlaufen sollten. Begrenzt weitgehend auf phyletische Evolution, ist dies genau das, was ihnen widerfuhr. Mehrere multivariate morphologische Studien zahlreicher fossiler Linien haben festgestellt, dass wenig oder gar keine graduelle Evolution die Norm war. Eine dieser umfasste 153 Linienmerkmale und eine andere 250. Eine weitere erzeugte eine rechteckige stratophenetische Phylogenie, mit inferred horizontalen Artbildungereignissen, die vertikale Linien verbinden. Zusammen genommen bieten diese Studien überwältigende Unterstützung für das punktuale Modell. Viele Studien haben gezeigt, dass schnelle Artbildungereignisse häufig auftreten und einige punktuell sind. Quallen, die kürzlich in Salzwasserseen auf der pazifischen Insel Palau erschienen, sind bemerkenswerte Beispiele für punktuale Artbildung, ebenso wie das plötzliche Auftreten der neuen Sanddollar-Familie Dendrasteridae im kalifornischen Miozän. Das punktuale Modell zeigt, dass der Wert der sexuellen Fortpflanzung darin bestehen muss, langlebige adaptive Strahlungen zu erzeugen, während Klone schnell aussterben.
BibTeX
@article{doi101017pab202510058,
author = "Stanley, Steven M.",
title = "Warum das punktuale Modell der Evolution gültig ist",
year = "2025",
journal = "Paleobiology",
abstract = "Zusammenfassung Ich habe zwei Tests entwickelt, die den Konflikt zwischen Punctuationalismus und Gradualismus untersuchen. Der erste ist der Test der adaptiven Strahlung, den ich auf Familien von mittlerem Eozän-Mammalia und spätem Kreidezeit-Bivalvia anwende. Dieser Test zeigt, dass Arten in beiden dieser Klassen viel zu lange existierten, damit Evolution innerhalb von ihnen (phyletische Evolution) die neuen Familien hervorbringen konnte, die während kurzer Zeitintervalle entstanden. Dieser Test würde für viele andere Taxa ähnliche Ergebnisse liefern. Er unterstützt das punktuale Modell, ebenso wie der Test der lebenden Fossilien, der vorhersagt, dass lange, schlanke Klade, die wenig Artbildung erfahren haben, wenig Evolution durchlaufen sollten. Begrenzt weitgehend auf phyletische Evolution, ist dies genau das, was ihnen widerfuhr. Mehrere multivariate morphologische Studien zahlreicher fossiler Linien haben festgestellt, dass wenig oder gar keine graduelle Evolution die Norm war. Eine dieser umfasste 153 Linienmerkmale und eine andere 250. Eine weitere erzeugte eine rechteckige stratophenetische Phylogenie, mit inferred horizontalen Artbildungereignissen, die vertikale Linien verbinden. Zusammen genommen bieten diese Studien überwältigende Unterstützung für das punktuale Modell. Viele Studien haben gezeigt, dass schnelle Artbildungereignisse häufig auftreten und einige punktuell sind. Quallen, die kürzlich in Salzwasserseen auf der pazifischen Insel Palau erschienen, sind bemerkenswerte Beispiele für punktuale Artbildung, ebenso wie das plötzliche Auftreten der neuen Sanddollar-Familie Dendrasteridae im kalifornischen Miozän. Das punktuale Modell zeigt, dass der Wert der sexuellen Fortpflanzung darin bestehen muss, langlebige adaptive Strahlungen zu erzeugen, während Klone schnell aussterben.",
url = "https://doi.org/10.1017/pab.2025.10058",
doi = "10.1017/pab.2025.10058",
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21. Stanley, Steven M., 2025, Warum das punktuale Modell der Evolution gültig ist: Paleobiology: v. 51, no. 4: p. 631-644.
Zusammenfassung
Ich habe zwei Tests entwickelt, die den Konflikt zwischen Punctuationalismus und Gradualismus untersuchen. Der erste ist der Test der adaptiven Strahlung, den ich auf Familien von mittlerem Eozän-Mammalia und spätkreidezeitlichen Bivalvia anwende. Dieser Test zeigt, dass Arten in beiden Klassen viel zu lange existierten, damit Evolution innerhalb von ihnen (phyletische Evolution) die neuen Familien hervorbringen konnte, die in kurzen Zeitintervallen entstanden. Dieser Test würde für viele andere Taxa ähnliche Ergebnisse liefern. Er unterstützt das punktuale Modell, ebenso wie der Test der lebenden Fossilien, der vorhersagt, dass lange, schlanke Klade, die wenig Artbildung erfahren haben, wenig Evolution durchlaufen haben sollten. Begrenzt weitgehend auf phyletische Evolution, ist dies genau das, was ihnen widerfuhr. Mehrere multivariate morphologische Studien zahlreicher fossiler Linien haben festgestellt, dass wenig oder gar keine graduelle Evolution die Norm war. Eine dieser umfasste 153 Linienmerkmale und eine andere 250. Eine weitere erzeugte eine rechteckige stratophenetische Phylogenie, mit inferred horizontalen Artbildungsereignissen, die vertikale Linien verbinden. Zusammen genommen bieten diese Studien überwältigende Unterstützung für das punktuale Modell. Viele Studien haben gezeigt, dass schnelle Artbildungsereignisse häufig auftreten und einige punktuell sind. Quallen, die kürzlich in Salzwasserseen auf der pazifischen Insel Palau erschienen, sind bemerkenswerte Beispiele für punktuale Artbildung, ebenso wie das plötzliche Auftreten der neuen Sanddollar-Familie Dendrasteridae im kalifornischen Miozän. Das punktuale Modell zeigt, dass der Wert der sexuellen Fortpflanzung darin bestehen muss, langlebige adaptive Strahlungen zu erzeugen, während Klone schnell aussterben.
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