Immunologie

Mehrere Forscher haben beobachtet, dass es eine extrem enge immunologische Ähnlichkeit zwischen den Serumalbuminen von Affen und Menschen gibt. Unsere Studien mit der quantitativen Mikro-Komplementfixierungsmethode bestätigen diese Beobachtung. Um die enge Ähnlichkeit zu erklären, schlugen frühere Forscher vor, dass sich die Albumin-Evolution seit der Trennung von Affen und Menschen verlangsamt hat. Neuere Hinweise deuten jedoch darauf hin, dass sich das Albumin-Molekül mit konstanter Geschwindigkeit entwickelt hat. Daher schlagen wir vor, dass Affen und Menschen einen jüngeren gemeinsamen Vorfahren haben, als allgemein angenommen wird. Unsere Berechnungen führen zu der Vermutung, dass, wenn Menschen und Altweltaffen vor 30 Millionen Jahren letzten gemeinsamen Vorfahren teilten, dann Menschen und Afrikanische Affen vor 5 Millionen Jahren einen gemeinsamen Vorfahren teilten, das heißt, in der Pliozän-Ära.

@article{sarich1967immunological,
    author = "Sarich, Vincent M. and Wilson, Allan C.",
    title = "Immunologische Zeitskala für die Evolution der Hominiden",
    year = "1967",
    journal = "Science",
    abstract = "Mehrere Forscher haben beobachtet, dass es eine extrem enge immunologische Ähnlichkeit zwischen den Serumalbuminen von Affen und Menschen gibt. Unsere Studien mit der quantitativen Mikro-Komplementfixierungsmethode bestätigen diese Beobachtung. Um die enge Ähnlichkeit zu erklären, schlugen frühere Forscher vor, dass sich die Albumin-Evolution seit der Trennung von Affen und Menschen verlangsamt hat. Neuere Hinweise deuten jedoch darauf hin, dass sich das Albumin-Molekül mit konstanter Geschwindigkeit entwickelt hat. Daher schlagen wir vor, dass Affen und Menschen einen jüngeren gemeinsamen Vorfahren haben, als allgemein angenommen wird. Unsere Berechnungen führen zu der Vermutung, dass, wenn Menschen und Altweltaffen vor 30 Millionen Jahren letzten gemeinsamen Vorfahren teilten, dann Menschen und Afrikanische Affen vor 5 Millionen Jahren einen gemeinsamen Vorfahren teilten, das heißt, in der Pliozän-Ära.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.158.3805.1200",
    doi = "10.1126/science.158.3805.1200",
    number = "3805",
    openalex = "W2048918147",
    pages = "1200-1203",
    volume = "158",
    references = "doi101002ajpa1330260211, doi1010160002934366901458, doi101016s006532330860128x, doi101038202147a0, doi101038205135a0, doi101038213155a0, doi101073pnas581142, doi101126science147365368, doi101159000155026, doi1043249781315081083"
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@misc{sarich1967immunological1,
    author = "Sarich, V. und Wilson, A",
    title = "Immunologische Zeitskala für die Evolution der Homoniden",
    year = "1967",
    howpublished = "Science, v. 158, p. 1200-1203",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Sarich, V., und Wilson, A., 1967, Immunologische Zeitskala für die Evolution der Homoniden: Science, v. 158, p. 1200-1203.}"
}

Wir diskutieren veröffentlichte molekulare Beweise bezüglich der Beziehung des Menschen zu afrikanischen Affen und alten Welt Affen. Quantitative Vergleiche ihrer Serumalbumine, Transferrine, Hämoglobine und DNA zeigen, dass der Mensch genetisch viel ähnlicher zu den afrikanischen Affen ist als zu den alten Welt Affen. Die Aminosäuresequenzen von Hämoglobinen aus Menschen, Schimpansen, Gorillas und Rhesusaffen sind mit der Hypothese konsistent, dass die Wahrscheinlichkeit eines Aminosäureaustauschs in einem gegebenen Zeitintervall für jede Hämoglobin-Linie gleich ist. Dies ermöglicht die Verwendung dieser Daten als Hämoglobin-Evolutionstakt, genau wie wir es zuvor mit den Albuminen getan haben. Es wird gezeigt, dass Übereinstimmung zwischen den Hämoglobin- und Albumin-Ergebnissen besteht und dass beide die Vermutung unterstützen, dass die menschliche Linie sich viel kürzlich von der Linie getrennt hat, die zu den afrikanischen Affen führt, als allgemein angenommen. Wenn wir sowohl die Albumin- als auch die Hämoglobin-Daten berücksichtigen, würden wir das wahrscheinlichste Datum auf 4 bis 5 Millionen Jahre setzen.

@article{doi101073pnas6341088,
    author = "Wilson, Allan C. und Sarich, Vincent M.",
    title = "A MOLECULAR TIME SCALE FOR HUMAN EVOLUTION",
    year = "1969",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Wir diskutieren veröffentlichte molekulare Beweise bezüglich der Beziehung des Menschen zu afrikanischen Affen und alten Welt Affen. Quantitative Vergleiche ihrer Serumalbumine, Transferrine, Hämoglobine und DNA zeigen, dass der Mensch genetisch viel ähnlicher zu den afrikanischen Affen ist als zu den alten Welt Affen. Die Aminosäuresequenzen von Hämoglobinen aus Menschen, Schimpansen, Gorillas und Rhesusaffen sind mit der Hypothese konsistent, dass die Wahrscheinlichkeit eines Aminosäureaustauschs in einem gegebenen Zeitintervall für jede Hämoglobin-Linie gleich ist. Dies ermöglicht die Verwendung dieser Daten als Hämoglobin-Evolutionstakt, genau wie wir es zuvor mit den Albuminen getan haben. Es wird gezeigt, dass Übereinstimmung zwischen den Hämoglobin- und Albumin-Ergebnissen besteht und dass beide die Vermutung unterstützen, dass die menschliche Linie sich viel kürzlich von der Linie getrennt hat, die zu den afrikanischen Affen führt, als allgemein angenommen. Wenn wir sowohl die Albumin- als auch die Hämoglobin-Daten berücksichtigen, würden wir das wahrscheinlichste Datum auf 4 bis 5 Millionen Jahre setzen.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.63.4.1088",
    doi = "10.1073/pnas.63.4.1088",
    openalex = "W2031209673",
    references = "doi101007bf02476695, doi1010160022283668902945, doi101038217624a0, doi1010382191335a0, doi101073pnas581142, doi101126science15137171530, doi101126science1613841529, doi101146annurevbi37070168003455, doi101515bchm219613251283, sarich1967immunological"
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@article{bauer1970an,
    author = "Bauer, Klausdieter",
    title = "An immunological time scale for primate evolution consistent with fossil evidence",
    year = "1970",
    journal = "Human Genetics",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00278772",
    doi = "10.1007/bf00278772",
    number = "4",
    openalex = "W1999884902",
    pages = "344-350",
    volume = "10",
    references = "doi1010382191335a0, doi101073pnas6341088, doi101111j174966321969tb20453x, doi101126science1683931578, doi101159000313795, doi101159000391318, doi101159000391328, openalexw2565219170, openalexw788933220, sarich1967immunological"
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Obwohl es scheinbar eine regelmäßige Beziehung zwischen Proteinveränderung und Zeit über eine exponentielle Gleichung der Form ID =e(kt) gibt, deutet eine Prüfung der Daten darauf hin, dass eine solche exponentielle Anpassung möglicherweise vorzeitig ist. Zwei andere Modelle, ID = kt + b und ID = bt(k) + c, stellen bessere Anpassungen dar. Ohne bessere Daten scheint keines der Modelle überzeugend.

@article{doi101126science1683931578,
    author = "Read, Dwight und Lestrel, Pete E.",
    title = "Hominid Phylogeny and Immunology: Eine kritische Würdigung",
    year = "1970",
    journal = "Science",
    abstract = "Obwohl es scheinbar eine regelmäßige Beziehung zwischen Proteinveränderung und Zeit über eine exponentielle Gleichung der Form ID =e(kt) gibt, deutet eine Prüfung der Daten darauf hin, dass eine solche exponentielle Anpassung möglicherweise vorzeitig ist. Zwei andere Modelle, ID = kt + b und ID = bt(k) + c, stellen bessere Anpassungen dar. Ohne bessere Daten scheint keines der Modelle überzeugend.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.168.3931.578",
    doi = "10.1126/science.168.3931.578",
    openalex = "W2079424709",
    references = "doi101016b9780123955623x50012, doi101126science15137171530, doi1043249781315081083, openalexw616142447"
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Neuberechnung des Zeitpunkts der Divergenz der Pongidae und Hominidae nach Korrektur des immunologischen Abstands durch Einbeziehung der Generationenlänge ergibt Mindestdaten von etwa 14 Millionen Jahren vor heute.

@article{doi101126science1764036803,
    author = "Lovejoy, C. Owen und Burstein, Albert H. und Heiple, Kingsbury G.",
    title = "Primaten-Phylogenie und immunologischer Abstand",
    year = "1972",
    journal = "Science",
    abstract = "Neuberechnung des Zeitpunkts der Divergenz der Pongidae und Hominidae nach Korrektur des immunologischen Abstands durch Einbeziehung der Generationenlänge ergibt Mindestdaten von etwa 14 Millionen Jahren vor heute.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.176.4036.803",
    doi = "10.1126/science.176.4036.803",
    openalex = "W1997728089",
    references = "doi101126science1683931578"
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@article{doi101007bf00273638,
    author = "Bauer, Klausdieter",
    title = "Age determination by immunological techniques of the last common ancestor of man and chimpanzee",
    year = "1973",
    journal = "Human Genetics",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00273638",
    doi = "10.1007/bf00273638",
    openalex = "W2070816758",
    references = "doi101007bf00281036"
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@article{doi101126science17940781144,
    author = "Sarich, Vincent M. und Wilson, Allan C.",
    title = "Generation Time and Genomic Evolution in Primates",
    year = "1973",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.179.4078.1144",
    doi = "10.1126/science.179.4078.1144",
    openalex = "W2092437348",
    references = "doi101007bf01659390, doi101007bf01659392, doi101007bf01659396, doi101038202147a0, doi101038224149a0, doi101073pnas581142, doi101073pnas6341088, doi101126science1553760279, doi101126science15838051200, doi101146annurevmi23100169002415, uzzell1971phyletic"
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@article{mettler1984immunological,
    author = "Mettler, L. und Paul, S.",
    title = "Immunologische Aspekte pathologischer Schwangerschaft (Unfruchtbarkeit-Immunologie)",
    year = "1984",
    journal = "Gynecologic and Obstetric Investigation",
    url = "https://doi.org/10.1159/000299094",
    doi = "10.1159/000299094",
    number = "6",
    openalex = "W2049106428",
    pages = "281-288",
    volume = "18"
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@article{howard1985cellular,
    author = "Howard, Jonathan C.",
    title = "Cellular immunology: Immunological help at last",
    year = "1985",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/314494a0",
    doi = "10.1038/314494a0",
    number = "6011",
    openalex = "W1969798121",
    pages = "494-495",
    volume = "314",
    references = "doi101002eji1830010104, doi101016s0065277608609190, doi101038314537a0, doi101073pnas791175, doi101084jem1582303, doi101084jem16041102, doi104049jimmunol12061809, doi104049jimmunol12631075, doi104049jimmunol12751869, openalexw1530422829"
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@article{soni1990immunology,
    author = "Soni, N",
    title = "Immunologie, immunologische Mediatoren und AIDS",
    year = "1990",
    journal = "Current Opinion in Anaesthesiology",
    url = "https://doi.org/10.1097/00001503-199006000-00026",
    doi = "10.1097/00001503-199006000-00026",
    number = "3",
    openalex = "W2033462912",
    pages = "444-448",
    volume = "3"
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Es gibt zunehmende Hinweise auf Variationen der Nukleotidsubstitutionsraten zwischen divergierenden taxonomischen Gruppen. Hier fassen wir veröffentlichte Raten-Daten zusammen und zeigen eine starke Beziehung zwischen Substitutionsrate und Körpergröße. Zum Beispiel sind Raten der nuklearen und mtDNA-Evolution bei Walen langsam, bei Primaten intermediär und bei Nagetieren schnell. Eine ähnliche Beziehung besteht für poikilotherme Wirbeltiere. Diese Taxa haben jedoch insgesamt langsamere mtDNA-Substitutionsraten als Homiothermen ähnlicher Größe. Eine Reihe physiologischer und lebensgeschichtlicher Variablen korrelieren stark mit der Körpergröße. Davon erklären Generationsdauer und Stoffwechselrate einige Muster der Raten-Heterogenität gleich gut. In vielen Fällen erklären jedoch Unterschiede in der Stoffwechselrate wichtige Ausnahmen vom Generationszeitmodell. Die Korrelation zwischen Stoffwechselrate und Nukleotidsubstitution kann durch (i) die mutagene Wirkung von Sauerstoffradikalen vermittelt werden, die reichhaltige Nebenprodukte der aeroben Atmung sind, und (ii) erhöhte Raten der DNA-Synthese und Nukleotid-Ersatz in Organismen mit höherer Stoffwechselrate. Beide Faktoren erhöhen die Mutationsrate, indem sie die „Nukleotid-Generationszeit" verkürzen, die durchschnittliche Zeitdauer, bevor ein Nukleotid entweder durch Replikation oder Reparatur kopiert wird. Eine Neubetrachtung der Generationszeit-Hypothese unter Einbeziehung physiologischer Effekte wie der Stoffwechselrate verbessert die theoretischen Grundlagen der molekularen Evolution.

@article{doi101073pnas9094087,
    author = "Martin, A. P. und Palumbi, Stephen R.",
    title = "Körpergröße, Stoffwechselrate, Generationsdauer und die molekulare Uhr.",
    year = "1993",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {Es gibt zunehmende Hinweise auf Variationen der Nukleotidsubstitutionsraten zwischen divergierenden taxonomischen Gruppen. Hier fassen wir veröffentlichte Raten-Daten zusammen und zeigen eine starke Beziehung zwischen Substitutionsrate und Körpergröße. Zum Beispiel sind Raten der nuklearen und mtDNA-Evolution bei Walen langsam, bei Primaten intermediär und bei Nagetieren schnell. Eine ähnliche Beziehung besteht für poikilotherme Wirbeltiere. Diese Taxa haben jedoch insgesamt langsamere mtDNA-Substitutionsraten als Homiothermen ähnlicher Größe. Eine Reihe physiologischer und lebensgeschichtlicher Variablen korrelieren stark mit der Körpergröße. Davon erklären Generationsdauer und Stoffwechselrate einige Muster der Raten-Heterogenität gleich gut. In vielen Fällen erklären jedoch Unterschiede in der Stoffwechselrate wichtige Ausnahmen vom Generationszeitmodell. Die Korrelation zwischen Stoffwechselrate und Nukleotidsubstitution kann durch (i) die mutagene Wirkung von Sauerstoffradikalen vermittelt werden, die reichhaltige Nebenprodukte der aeroben Atmung sind, und (ii) erhöhte Raten der DNA-Synthese und Nukleotid-Ersatz in Organismen mit höherer Stoffwechselrate. Beide Faktoren erhöhen die Mutationsrate, indem sie die „Nukleotid-Generationszeit" verkürzen, die durchschnittliche Zeitdauer, bevor ein Nukleotid entweder durch Replikation oder Reparatur kopiert wird. Eine Neubetrachtung der Generationszeit-Hypothese unter Einbeziehung physiologischer Effekte wie der Stoffwechselrate verbessert die theoretischen Grundlagen der molekularen Evolution.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.90.9.4087",
    doi = "10.1073/pnas.90.9.4087",
    openalex = "W2074097929"
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Aminosäuresequenzdaten von 57 verschiedenen Enzymen wurden verwendet, um die Divergenzzeiten der großen biologischen Gruppen zu bestimmen. Deuterostomen und Protostomen trennten sich vor etwa 670 Millionen Jahren, und Pflanzen, Tiere und Pilze teilten sich vor etwa einer Milliarde Jahren den letzten gemeinsamen Vorfahren. Hinsichtlich dieser Proteinsequenzen sind Pflanzen etwas ähnlicher mit Tieren als die Pilze. Im Gegensatz dazu zeigt die phylogenetische Analyse derselben Sequenzen, dass Pilze und Tiere einen gemeinsamen Vorfahren kürzlich geteilt haben als entweder von ihnen mit Pflanzen, wobei der größere Unterschied darauf zurückzuführen ist, dass die Pilzlinie sich über die letzten 965 Millionen Jahre schneller verändert hat als die Tier- und Pflanzenlinien. Die großen Protistenlinien haben sich mit etwas schnellerer Rate als andere Eukaryoten verändert und trennten sich vor etwa 1230 Millionen Jahren. Wenn sich die Änderungsrate ungefähr konstant verhalten hat, dann haben Prokaryoten und Eukaryoten vor etwa 2 Milliarden Jahren den letzten gemeinsamen Vorfahren geteilt, wobei archäbakterielle Sequenzen messbar ähnlicher zu eukaryotischen als zu eubakteriellen sind.

@article{doi101126science2715248470,
    author = "Doolittle, Russell F. und Feng, Da-Fei und Tsang, Simon K. und Cho, Glen und Little, Elizabeth",
    title = "Bestimmung der Divergenzzeiten der großen Reiche lebender Organismen mit einem Protein-Uhrwerk",
    year = "1996",
    journal = "Science",
    abstract = "Aminosäuresequenzdaten von 57 verschiedenen Enzymen wurden verwendet, um die Divergenzzeiten der großen biologischen Gruppen zu bestimmen. Deuterostomen und Protostomen trennten sich vor etwa 670 Millionen Jahren, und Pflanzen, Tiere und Pilze teilten sich vor etwa einer Milliarde Jahren den letzten gemeinsamen Vorfahren. Hinsichtlich dieser Proteinsequenzen sind Pflanzen etwas ähnlicher mit Tieren als die Pilze. Im Gegensatz dazu zeigt die phylogenetische Analyse derselben Sequenzen, dass Pilze und Tiere einen gemeinsamen Vorfahren kürzlich geteilt haben als entweder von ihnen mit Pflanzen, wobei der größere Unterschied darauf zurückzuführen ist, dass die Pilzlinie sich über die letzten 965 Millionen Jahre schneller verändert hat als die Tier- und Pflanzenlinien. Die großen Protistenlinien haben sich mit etwas schnellerer Rate als andere Eukaryoten verändert und trennten sich vor etwa 1230 Millionen Jahren. Wenn sich die Änderungsrate ungefähr konstant verhalten hat, dann haben Prokaryoten und Eukaryoten vor etwa 2 Milliarden Jahren den letzten gemeinsamen Vorfahren geteilt, wobei archäbakterielle Sequenzen messbar ähnlicher zu eukaryotischen als zu eubakteriellen sind.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.271.5248.470",
    doi = "10.1126/science.271.5248.470",
    openalex = "W1970473208",
    references = "doi101007bf02101113, doi101007bf02111276, doi101007bf02603120, doi1010160022283670900574, doi101016b9781483227344500176, doi101016b9781483232119500097, doi101038202147a0, doi101038361219a0, doi101073pnas86239355, doi101126science1604319, doi101126science17940781144, doi101126science2605108640, doi101128mr5749539941993, doi1023072412448, doi107312nei92038"
}

Zusammenfassung Das erste Drittel (ca. 1200 bp) des Exons 1 des nuklearen Gens, das das interstitielle Retinoid-bindende Protein (IRBP) kodiert, wurde für 12 repräsentative Primaten, die zu den Lemuriformes, Lorisiformes, Tarsiiformes, Platyrrhini und Catarrhini gehören, sequenziert und mit verfügbaren Daten (13 weitere Primaten, 11 nicht-primaten Plazentaten und 2 Beuteltieren) kombiniert. Phylogenetische Analysen unter Verwendung der Maximum-Likelihood-Methode auf Nukleotiden und Aminosäuren unterstützen robust die Monophylie von Primaten, Strepsirrhini, Lemuriformes, Lorisiformes, Anthropoidea, Catarrhini und Platyrrhini. Es ist interessant zu bemerken, dass 1) Tarsiidae mit Anthropoidea gruppiert wurden, und die Unterstützung für diesen Knoten von den betrachteten molekularen Merkmalen abhängt; 2) Cheirogaleidae innerhalb der Lemuriformes gruppiert wurden; und 3) Daubentonia die Schwestergruppe aller anderen Lemuriformes war. Die Untersuchung der evolutionären Rate von IRBP zeigt eine hohe Heterogenität innerhalb der Plazentaten und auch innerhalb der Primaten. Maximum-Likelihood-lokale molekulare Uhren wurden drei Klades zugewiesen, die signifikant kontrastierende evolutionäre Raten aufweisen. Paenungulata wurden als 2,5–3-mal schneller evolvierend gezeigt als Perissodactyla und Lemuriformes. Sechs unabhängige Kalibrierungspunkte wurden verwendet, um die Spaltzeiten der Hauptprimatenkladeschätzungen zu schätzen, und ihre Kompatibilität wurde bewertet. Divergenzalter wurden für die folgenden Kronengruppen ermittelt: 13,8–14,2 MY für Lorisiformes, 26,5–27,2 MY für Lemuroidea, 39,6–40,7 MY für Lemuriformes, 45,4–46,7 MY für Strepsirrhini und 56,7–58,4 MY für Haplorrhini. Die Inkonsistenz zwischen einigen paläontologischen und molekularen Schätzungen kann auf die Unvollständigkeit des plazentalen Fossilberichts hinweisen und/oder darauf, dass die variablen IRBP-evolutionären Raten nicht vollständig durch lokale molekulare Uhren berücksichtigt werden. Am J Phys Anthropol, 2003. © 2003 Wiley‐Liss, Inc.

@article{doi101002ajpa10322,
    author = "Poux, Céline und Douzery, Emmanuel",
    title = "Primatenphylogenie, evolutionäre Ratenvariationen und Divergenzzeiten: Ein Beitrag des nuklearen Gens IRBP",
    year = "2003",
    journal = "American Journal of Physical Anthropology",
    abstract = "Zusammenfassung Das erste Drittel (ca. 1200 bp) des Exons 1 des nuklearen Gens, das das interstitielle Retinoid-bindende Protein (IRBP) kodiert, wurde für 12 repräsentative Primaten, die zu den Lemuriformes, Lorisiformes, Tarsiiformes, Platyrrhini und Catarrhini gehören, sequenziert und mit verfügbaren Daten (13 weitere Primaten, 11 nicht-primaten Plazentaten und 2 Beuteltieren) kombiniert. Phylogenetische Analysen unter Verwendung der Maximum-Likelihood-Methode auf Nukleotiden und Aminosäuren unterstützen robust die Monophylie von Primaten, Strepsirrhini, Lemuriformes, Lorisiformes, Anthropoidea, Catarrhini und Platyrrhini. Es ist interessant zu bemerken, dass 1) Tarsiidae mit Anthropoidea gruppiert wurden, und die Unterstützung für diesen Knoten von den betrachteten molekularen Merkmalen abhängt; 2) Cheirogaleidae innerhalb der Lemuriformes gruppiert wurden; und 3) Daubentonia die Schwestergruppe aller anderen Lemuriformes war. Die Untersuchung der evolutionären Rate von IRBP zeigt eine hohe Heterogenität innerhalb der Plazentaten und auch innerhalb der Primaten. Maximum-Likelihood-lokale molekulare Uhren wurden drei Klades zugewiesen, die signifikant kontrastierende evolutionäre Raten aufweisen. Paenungulata wurden als 2,5–3-mal schneller evolvierend gezeigt als Perissodactyla und Lemuriformes. Sechs unabhängige Kalibrierungspunkte wurden verwendet, um die Spaltzeiten der Hauptprimatenkladeschätzungen zu schätzen, und ihre Kompatibilität wurde bewertet. Divergenzalter wurden für die folgenden Kronengruppen ermittelt: 13,8–14,2 MY für Lorisiformes, 26,5–27,2 MY für Lemuroidea, 39,6–40,7 MY für Lemuriformes, 45,4–46,7 MY für Strepsirrhini und 56,7–58,4 MY für Haplorrhini. Die Inkonsistenz zwischen einigen paläontologischen und molekularen Schätzungen kann auf die Unvollständigkeit des plazentalen Fossilberichts hinweisen und/oder darauf, dass die variablen IRBP-evolutionären Raten nicht vollständig durch lokale molekulare Uhren berücksichtigt werden. Am J Phys Anthropol, 2003. © 2003 Wiley‐Liss, Inc.",
    url = "https://doi.org/10.1002/ajpa.10322",
    doi = "10.1002/ajpa.10322",
    openalex = "W1969394126",
    references = "doi101111j109583121997tb01480x"
}

@article{knapp2003evolution,
    author = "Knapp, Leslie A.",
    title = "Evolution und Immunologie",
    year = "2003",
    journal = "Evolutionary Anthropology: Issues, News, and Reviews",
    url = "https://doi.org/10.1002/evan.10077",
    doi = "10.1002/evan.10077",
    number = "S1",
    openalex = "W2111901725",
    pages = "140-144",
    volume = "11",
    references = "doi101034j139900392000550314x, doi101038335167a0, doi101038352595a0, doi101038352619a0, doi101038360434a0, doi101038nm0496405, doi101073pnas863958, doi101073pnas952011745, doi101093oxfordjournalsmolbeva040626, doi103201eid0303970301"
}

@article{inman2009cattle,
    author = "Inman, Charlotte und Hudson, Chris",
    title = "Rinderimmunologie: Impfung und immunologischer Test",
    year = "2009",
    journal = "Livestock",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.2044-3870.2009.tb00295.x",
    doi = "10.1111/j.2044-3870.2009.tb00295.x",
    number = "4",
    openalex = "W1979274972",
    pages = "35-39",
    volume = "14",
    references = "doi101111j204438702009tb00208x"
}

@article{shay2013immunological,
    author = "Shay, Tal und Kang, Joonsoo",
    title = "Immunological Genome Project und systemische Immunologie",
    year = "2013",
    journal = "Trends in Immunologie",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.it.2013.03.004",
    doi = "10.1016/j.it.2013.03.004",
    number = "12",
    openalex = "W2171711783",
    pages = "602-609",
    volume = "34",
    references = "doi101002j153873051948tb01338x, doi101016jcell201101004, doi101016jcell201209016, doi101038nature11247, doi101038ni10081091, doi101038ni2370, doi101038ni2416, doi101038ni2419, doi10106313067010, doi101126science1198704"
}

@article{wu2014t,
    author = "Wu, Xiuli und Przybylski, Grzegorz K. und Yang, Qintai und Liu, Qifa",
    title = "T-Zellen Immunologie in den Immunologischen Erkrankungen",
    year = "2014",
    journal = "Journal of Immunology Research",
    url = "https://doi.org/10.1155/2014/690324",
    doi = "10.1155/2014/690324",
    openalex = "W2090644321",
    pages = "1-2",
    volume = "2014"
}

Primaten waren lange Zeit ein Testfall für die Entwicklung phylogenetischer Methoden zur Schätzung von Divergenzzeiten. Trotz einer großen Anzahl von Studien bleibt jedoch der Zeitpunkt der Entstehung der Krone-Primaten relativ zur Kreide-Paläogen-Grenze (K-Pg) sowie der Zeitpunkt der Diversifizierung der Hauptkrone-Gruppen umstritten. Hier analysieren wir einen Datensatz von 372 Taxa (367 Primaten und 5 Ausgruppungen, 3,4 Millionen ausgerichtete Basenpaare), der neun Primateng Genome umfasst. Wir untersuchen systematisch die Auswirkungen verschiedener Interpretationen von Fossilkalibrierungen und molekularer Uhr-Modelle auf die Schätzung der Divergenzzeiten bei Primaten. Wir finden, dass selbst kleine Unterschiede bei der Konstruktion von Fossilkalibrierungen einen spürbaren Einfluss auf die geschätzten Divergenzzeiten haben können, insbesondere für die ältesten Knoten im Baum. Bemerkenswerterweise hat die Wahl des molekularen Ratenmodells (autokorrelierte oder unabhängig verteilte Raten) einen besonders starken Effekt auf die geschätzten Zeiten, wobei das Modell mit unabhängigen Raten für die tieferen Knoten in der Phylogenie deutlich ältere Altersschätzungen liefert. Wir implementieren die thermodynamische Integration, kombiniert mit Gaußscher Quadratur, im Programm MCMCTree und verwenden sie zur Berechnung von Bayes-Faktoren für Uhr-Modelle. Die bayesianische Modellauswahl zeigt, dass das Modell mit autokorrelierten Raten die Primatendaten deutlich besser beschreibt, und wir schließen, dass die Zeitabschätzungen unter diesem Modell bevorzugt werden sollten. Wir zeigen, dass für acht Kernknoten in der Phylogenie die Unsicherheit in den Zeitabschätzungen nahe am theoretischen Limit liegt, das durch Fossilunsicherheiten gesetzt wird. Daher ist es unwahrscheinlich, dass diese Schätzungen durch die Sammlung zusätzlicher molekularer Sequenzdaten verbessert werden können. Alle Analysen platzieren den Ursprung der Primaten nahe der K-Pg-Grenze, entweder in der Kreide oder über die Grenze hinweg in das Paläogen.

@article{doi101093sysbiosyy001,
    author = "dos Reis, Mario und Gunnell, Gregg F. und Barba‐Montoya, Jose und Wilkins, Alex und Yang, Ziheng und Yoder, Anne D.",
    title = "Using Phylogenomic Data to Explore the Effects of Relaxed Clocks and Calibration Strategies on Divergence Time Estimation: Primates as a Test Case",
    year = "2018",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Primaten waren lange Zeit ein Testfall für die Entwicklung phylogenetischer Methoden zur Schätzung von Divergenzzeiten. Trotz einer großen Anzahl von Studien bleibt jedoch der Zeitpunkt der Entstehung der Krone-Primaten relativ zur Kreide-Paläogen-Grenze (K-Pg) sowie der Zeitpunkt der Diversifizierung der Hauptkrone-Gruppen umstritten. Hier analysieren wir einen Datensatz von 372 Taxa (367 Primaten und 5 Ausgruppungen, 3,4 Millionen ausgerichtete Basenpaare), der neun Primateng Genome umfasst. Wir untersuchen systematisch die Auswirkungen verschiedener Interpretationen von Fossilkalibrierungen und molekularer Uhr-Modelle auf die Schätzung der Divergenzzeiten bei Primaten. Wir finden, dass selbst kleine Unterschiede bei der Konstruktion von Fossilkalibrierungen einen spürbaren Einfluss auf die geschätzten Divergenzzeiten haben können, insbesondere für die ältesten Knoten im Baum. Bemerkenswerterweise hat die Wahl des molekularen Ratenmodells (autokorrelierte oder unabhängig verteilte Raten) einen besonders starken Effekt auf die geschätzten Zeiten, wobei das Modell mit unabhängigen Raten für die tieferen Knoten in der Phylogenie deutlich ältere Altersschätzungen liefert. Wir implementieren die thermodynamische Integration, kombiniert mit Gaußscher Quadratur, im Programm MCMCTree und verwenden sie zur Berechnung von Bayes-Faktoren für Uhr-Modelle. Die bayesianische Modellauswahl zeigt, dass das Modell mit autokorrelierten Raten die Primatendaten deutlich besser beschreibt, und wir schließen, dass die Zeitabschätzungen unter diesem Modell bevorzugt werden sollten. Wir zeigen, dass für acht Kernknoten in der Phylogenie die Unsicherheit in den Zeitabschätzungen nahe am theoretischen Limit liegt, das durch Fossilunsicherheiten gesetzt wird. Daher ist es unwahrscheinlich, dass diese Schätzungen durch die Sammlung zusätzlicher molekularer Sequenzdaten verbessert werden können. Alle Analysen platzieren den Ursprung der Primaten nahe der K-Pg-Grenze, entweder in der Kreide oder über die Grenze hinweg in das Paläogen.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syy001",
    doi = "10.1093/sysbio/syy001",
    openalex = "W2762173626",
    references = "doi101016jympev201402023, doi101038nature14120, doi101093sysbiosyv080, doi101126science1683931578"
}

Das Verständnis des schützenden Influenza-Immuns und die Identifizierung von Immunkorrelaten des Schutzes stellen eine große Herausforderung dar und erfordern ein Verständnis des Immunsystems in all seiner Komplexität. Während adaptive Immunantworten wie neutralisierende Antikörper und Influenza-spezifische T-Lymphozyten zur Kontrolle des Influenza-Virus beitragen, sind Schlüsselfaktoren des langfristigen Schutzes nicht gut definiert. Durch die Anwendung der Systems Immunologie, eines Ansatzes, der experimentelle und computergestützte Methoden kombiniert, können wir den systemischen Zustand des schützenden Immuns erfassen und die wesentlichen Wege aufzeigen, die involviert sind. Neue Ansätze und technologische Entwicklungen in der Systems Immunologie bieten die Möglichkeit, die Rollen und Wechselwirkungen klinischer, biologischer und genetischer Faktoren bei der Kontrolle der Influenza-Infektion zu untersuchen und haben das Potenzial, neue Erkenntnisse über das Influenza-Immuns zu liefern, die für die Entwicklung wirksamerer Impfstoffe zur Verhinderung zukünftiger Pandemien unerlässlich sind. Hier überblicken wir jüngste Entwicklungen in der Systems Immunologie, die dazu beitragen, Schlüsselfaktoren zu offenbaren, die das schützende Immuns vermitteln.

@article{tomic2021systems,
    author = "Tomic, Adriana und Pollard, Andrew J. und Davis, Mark M.",
    title = "Systems Immunology: Revealing Influenza Immunological Imprint",
    year = "2021",
    journal = "Viruses",
    abstract = "Das Verständnis des schützenden Influenza-Immuns und die Identifizierung von Immunkorrelaten des Schutzes stellen eine große Herausforderung dar und erfordern ein Verständnis des Immunsystems in all seiner Komplexität. Während adaptive Immunantworten wie neutralisierende Antikörper und Influenza-spezifische T-Lymphozyten zur Kontrolle des Influenza-Virus beitragen, sind Schlüsselfaktoren des langfristigen Schutzes nicht gut definiert. Durch die Anwendung der Systems Immunologie, eines Ansatzes, der experimentelle und computergestützte Methoden kombiniert, können wir den systemischen Zustand des schützenden Immuns erfassen und die wesentlichen Wege aufzeigen, die involviert sind. Neue Ansätze und technologische Entwicklungen in der Systems Immunologie bieten die Möglichkeit, die Rollen und Wechselwirkungen klinischer, biologischer und genetischer Faktoren bei der Kontrolle der Influenza-Infektion zu untersuchen und haben das Potenzial, neue Erkenntnisse über das Influenza-Immuns zu liefern, die für die Entwicklung wirksamerer Impfstoffe zur Verhinderung zukünftiger Pandemien unerlässlich sind. Hier überblicken wir jüngste Entwicklungen in der Systems Immunologie, die dazu beitragen, Schlüsselfaktoren zu offenbaren, die das schützende Immuns vermitteln.",
    url = "https://doi.org/10.3390/v13050948",
    doi = "10.3390/v13050948",
    number = "5",
    openalex = "W3161006937",
    pages = "948",
    volume = "13",
    references = "doi1010020471142727mb2129s109, doi101016s0140673617332932, doi101038nature08182, doi101038ni1688, doi101038nrg3920, doi101038s4157301900245, doi101038s4157601900937, doi101056nejmoa2001017, doi101126science1198704, doi101161circulationaha115001593"
}