Wirbellose Tiere

@misc{moore1952invertebrate41,
    author = "Moore, R. C. und Lalicker, C. G. und Fischer, A. G",
    title = "Invertebrate Fossils",
    year = "1952",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Moore, R. C., Lalicker, C. G., und Fischer, A. G., 1952, Invertebrate Fossils:}"
}

@misc{schrock1953principles50,
    author = "Schrock, R. R. und Twenhofel, W. H",
    title = "Principles of Invertebrate",
    year = "1953",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Schrock, R. R., und Twenhofel, W. H., 1953, Principles of Invertebrate}"
}

@misc{wells1956scleractinia58,
    author = "Wells, J. W",
    title = "Scleractinia",
    year = "1956",
    howpublished = "p.F328-F444, in Moore, R. C., ed., Treatise",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Wells, J. W., 1956, Scleractinia: p.F328-F444, in Moore, R. C., ed., Treatise}"
}

@misc{arkell1957mesozoic3,
    author = "Arkell, W. J. und Kummel, B. und Wright, C. W",
    title = "Mesozoic Ammonoidea, in",
    year = "1957",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Arkell, W. J., Kummel, B., und Wright, C. W., 1957, Mesozoic Ammonoidea, in}"
}

@misc{scott1959intraspecific52,
    author = "Scott, A. J. und Collinson, C",
    title = "Intraspezifische Variabilität bei Conodonten -",
    year = "1959",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Scott, A. J., und Collinson, C., 1959, Intraspezifische Variabilität bei Conodonten -}"
}

Unter der Prämisse, dass Oszillationen für jedes System gefährlich sind und heftige Oszillationen tödlich sein können, kontrastiert dieser Artikel die hochstabilen Produktionssysteme tropischer Gewässer mit den saisonalen und langfristigen Oszillationen gemäßiger und polarer Gewässer. Die Unterschiede sind klimatisch bestimmt, und da der gegenwärtige Gletscherklima-Typ in der klimatischen Geschichte der Erde jung ist, werden die ökologischen Systeme höherer Breiten als unreif und auf einem niedrigen Anpassungsniveau betrachtet. Dass sie sich im Prozess der Evolution hin zu größerer Stabilität befinden, wird durch eine Reihe von Phänomenen angedeutet, wie die Entwicklung großer, langsam atmender, langsam wachsender Individuen und die Produktion des Nachwuchses bei vielen arktischen Wirbellosen im späten Winter oder Herbst. Diese und andere beobachtete Besonderheiten der Hochbreitenfauna neigen dazu, die verfügbare pflanzliche Nahrung am effizientesten zu nutzen und den Druck der Ernte so weit wie möglich über das ganze Jahr zu verteilen. Ozeanische Vögel werden als Beispiele zitiert, bei denen stabile Populationen durch die Evolution niedriger Brutraten erreicht wurden, und die Phosphat- und Nitratzyklen in den oberen Schichten tropischer Meere werden diskutiert. Es wird betont, dass hier die Selektion auf der Ebene des Ökosystems wirkt; der Wettbewerb findet zwischen Systemen statt, nicht zwischen Individuen oder spezifischen Populationen.

@article{doi101086282114,
    author = "Dunbar, M. J.",
    title = "Die Evolution der Stabilität in marinen Umgebungen: Natürliche Selektion auf der Ebene des Ökosystems",
    year = "1960",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Unter der Prämisse, dass Oszillationen für jedes System gefährlich sind und heftige Oszillationen tödlich sein können, kontrastiert dieser Artikel die hochstabilen Produktionssysteme tropischer Gewässer mit den saisonalen und langfristigen Oszillationen gemäßiger und polarer Gewässer. Die Unterschiede sind klimatisch bestimmt, und da der gegenwärtige Gletscherklima-Typ in der klimatischen Geschichte der Erde jung ist, werden die ökologischen Systeme höherer Breiten als unreif und auf einem niedrigen Anpassungsniveau betrachtet. Dass sie sich im Prozess der Evolution hin zu größerer Stabilität befinden, wird durch eine Reihe von Phänomenen angedeutet, wie die Entwicklung großer, langsam atmender, langsam wachsender Individuen und die Produktion des Nachwuchses bei vielen arktischen Wirbellosen im späten Winter oder Herbst. Diese und andere beobachtete Besonderheiten der Hochbreitenfauna neigen dazu, die verfügbare pflanzliche Nahrung am effizientesten zu nutzen und den Druck der Ernte so weit wie möglich über das ganze Jahr zu verteilen. Ozeanische Vögel werden als Beispiele zitiert, bei denen stabile Populationen durch die Evolution niedriger Brutraten erreicht wurden, und die Phosphat- und Nitratzyklen in den oberen Schichten tropischer Meere werden diskutiert. Es wird betont, dass hier die Selektion auf der Ebene des Ökosystems wirkt; der Wettbewerb findet zwischen Systemen statt, nicht zwischen Individuen oder spezifischen Populationen.",
    url = "https://doi.org/10.1086/282114",
    doi = "10.1086/282114",
    openalex = "W1983080188"
}

@misc{easton1960invertebrate24,
    author = "Easton, W. H",
    title = "Invertebrate Paleontology",
    year = "1960",
    howpublished = "New York, Harper, 701 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Easton, W. H., 1960, Invertebrate Paleontology: New York, Harper, 701 p.}"
}

@misc{knight1960monoplacophora39,
    author = "Knight, J. B. und Yochelson, E. L",
    title = "Monoplacophora",
    year = "1960",
    howpublished = "P. I77-I84, in",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Knight, J. B., und Yochelson, E. L., 1960, Monoplacophora: P. I77-I84, in}"
}

@book{borradale1961the10,
    author = "Borradale, L. A. et al",
    title = "The Invertebrata",
    year = "1961",
    publisher = "Cambridge, Cambridge University",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Borradale, L. A. et al., 1961, The Invertebrata: Cambridge, Cambridge University}"
}

@misc{connell1961the15,
    author = "Connell, J. H",
    title = "Die Auswirkungen von Konkurrenz, Prädation durch Thais lapillus",
    year = "1961",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Connell, J. H., 1961, Die Auswirkungen von Konkurrenz, Prädation durch Thais lapillus}"
}

@misc{connell1961the18,
    author = "Connell, J. H",
    title = "Der Einfluss von interspezifischer Konkurrenz und anderen Faktoren auf die",
    year = "1961",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Connell, J. H., 1961, Der Einfluss von interspezifischer Konkurrenz und anderen Faktoren auf die}"
}

@misc{ross1962pennsylvanian48,
    author = "Ross, C. A. und Ross, J. P",
    title = "Pennsylvanian, Permian rugose corals, Glass",
    year = "1962",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Ross, C. A., und Ross, J. P., 1962, Pennsylvanian, Permian rugose corals, Glass}"
}

@article{doi101111j1469185x1966tb01624x,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "ALLOMETRY AND SIZE IN ONTOGENY AND PHYLOGENY",
    year = "1966",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-185x.1966.tb01624.x",
    doi = "10.1111/j.1469-185x.1966.tb01624.x",
    openalex = "W2082598566",
    references = "colbert1948evolution, doi101001jama196203050110085031, doi101007bf02982279, doi101038114895a0, doi101038137780b0, doi101038164820b0, doi101086280573, doi101093biomet371230, doi101111j155856461949tb00010x, doi101152physrev1947274511, doi1015159780691183978018, doi1023071538742, doi1023072405671, doi1023072527939, doi1023072532815, doi107312rens91062, doi107312simp93764, kermack1954a"
}

Stratigraphische und paläontologische Studien im östlichen Nevada und westlichen Utah zeigen, dass in Gesteinen des frühen Permiums mindestens acht große marine und paralische Fossilgemeinschaften vorkommen. Die acht Gemeinschaften, benannt nach charakteristischen faunalen Elementen, sind: palaeotextulariid, fusulinid, coral, dictyoclostid- Composita, chonetoid, Heteralosia, nuculanid und euphemitid. Die palaeotextulariid-, fusulinid-, coral-, dictyoclostid- Composita- und chonetoid-Gemeinschaften benötigten wahrscheinlich eine Salinität nahe 35 Promille. Die palaeotextulariid-Gemeinschaft lebte wahrscheinlich in einer Tiefe von 50–70 m; die fusulinid in 20–50 m; und die coral in 10–30 m. Die dictyoclostid- Composita- und chonetoid-Gemeinschaften könnten in einer Tiefe von 4–10 m gelebt haben, wobei letztere in einem Umfeld mit geringerer Energie als die erstere. Die Heteralosia-, nuculanid- und euphemitid-Gemeinschaften waren offenbar euryhalin und besetzten sehr flache Böden.

@article{doi101130001676061966771121pioepf20co2,
    author = "Stevens, Calvin H.",
    title = "Paleoecologische Implikationen früher permischer Fossilgemeinschaften im östlichen Nevada und westlichen Utah",
    year = "1966",
    journal = "Geological Society of America Bulletin",
    abstract = "Stratigraphische und paläontologische Studien im östlichen Nevada und westlichen Utah zeigen, dass in Gesteinen des frühen Permiums mindestens acht große marine und paralische Fossilgemeinschaften vorkommen. Die acht Gemeinschaften, benannt nach charakteristischen faunalen Elementen, sind: palaeotextulariid, fusulinid, coral, dictyoclostid- Composita, chonetoid, Heteralosia, nuculanid und euphemitid. Die palaeotextulariid-, fusulinid-, coral-, dictyoclostid- Composita- und chonetoid-Gemeinschaften benötigten wahrscheinlich eine Salinität nahe 35 Promille. Die palaeotextulariid-Gemeinschaft lebte wahrscheinlich in einer Tiefe von 50–70 m; die fusulinid in 20–50 m; und die coral in 10–30 m. Die dictyoclostid- Composita- und chonetoid-Gemeinschaften könnten in einer Tiefe von 4–10 m gelebt haben, wobei letztere in einem Umfeld mit geringerer Energie als die erstere. Die Heteralosia-, nuculanid- und euphemitid-Gemeinschaften waren offenbar euryhalin und besetzten sehr flache Böden.",
    url = "https://doi.org/10.1130/0016-7606(1966)77[1121:pioepf]2.0.co;2",
    doi = "10.1130/0016-7606(1966)77[1121:pioepf]2.0.co;2",
    openalex = "W2132239955"
}

@misc{beaver1967morphology6,
    author = "Beaver, H. H",
    title = "Morphology, in Moore, R",
    year = "1967",
    howpublished = "C., ed., Treatise on",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Beaver, H. H., 1967, Morphology, in Moore, R. C., ed., Treatise on}"
}

@article{doi1010160025322767900515,
    author = "Seilacher, Adolf",
    title = "Bathymetrie von Spurenfossilien",
    year = "1967",
    journal = "Marine Geology",
    url = "https://doi.org/10.1016/0025-3227(67)90051-5",
    doi = "10.1016/0025-3227(67)90051-5",
    openalex = "W1975115126",
    references = "doi1010079783662010204, doi101007bf01820746, doi101007bf02986976, doi101086626811, doi101126science150369260, doi10130674d70c452b2111d78648000102c1865d, doi1023071483846, openalexw2049573044, openalexw2343619380, openalexw574363047"
}

@misc{fay1967phylogeny27,
    author = "Fay, R. O",
    title = "Phylogenie und Evolution, S",
    year = "1967",
    howpublished = "S392-S396, in Moore, R. C",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Fay, R. O., 1967, Phylogenie und Evolution, S. S392-S396, in Moore, R. C.,}"
}

Gemeinschaften von paläozoischen Plattform-Invertebraten unterzogen sich unterschiedlichen Raten der Veränderung in der Faunen-Zusammensetzung. Bemerkenswerte Veränderungen ereigneten sich während der späten Devon- bis frühen Mississippium-Zeit und waren am deutlichsten in küstennahen Brachiopoden-dominierten Gemeinschaften. Küstennahe Mollusken-Gemeinschaften blieben während des gesamten Paläozoikum relativ stabil.

@article{bretsky1968evolution,
    author = "Bretsky, Peter W.",
    title = "Evolution of Paleozoic Marine Invertebrate Communities",
    year = "1968",
    journal = "Science",
    abstract = "Gemeinschaften von paläozoischen Plattform-Invertebraten unterzogen sich unterschiedlichen Raten der Veränderung in der Faunen-Zusammensetzung. Bemerkenswerte Veränderungen ereigneten sich während der späten Devon- bis frühen Mississippium-Zeit und waren am deutlichsten in küstennahen Brachiopoden-dominierten Gemeinschaften. Küstennahe Mollusken-Gemeinschaften blieben während des gesamten Paläozoikum relativ stabil.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.159.3820.1231",
    doi = "10.1126/science.159.3820.1231",
    number = "3820",
    openalex = "W2087658969",
    pages = "1231-1233",
    volume = "159",
    references = "doi101038207270a0, doi101086282070, doi101086282114, doi101130001676061966771121pioepf20co2, doi101130gsab48403, doi101130mem67v1p461, doi105962bhltitle7199, openalexw2602415691, openalexw574363047"
}

@misc{beklemishev1969principles8,
    author = "Beklemishev, W. N",
    title = "Principles of Comparative Anatomy of Invertebrates",
    year = "1969",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Beklemishev, W. N., 1969, Principles of Comparative Anatomy of Invertebrates:}"
}

@misc{glaessner1969decapoda33,
    author = "Glaessner, M. F",
    title = "Decapoda, p",
    year = "1969",
    howpublished = "R399-R533, in Moore, R. C., ed",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Glaessner, M. F., 1969, Decapoda, p. R399-R533, in Moore, R. C., ed.,}"
}

@misc{kaufmann1969form37,
    author = "Kaufmann, E. G",
    title = "Form, Funktion, und Evolution",
    year = "1969",
    howpublished = "P. N129-N205, in Moore",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Kaufmann, E. G., 1969, Form, Funktion, und Evolution: P. N129-N205, in Moore,}"
}

@misc{connell1970a21,
    author = "Connell, J. H",
    title = "Ein Räuber-Beute-System in der marinen Gezeitenzone",
    year = "1970",
    howpublished = "I. Balanus",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Connell, J. H., 1970, Ein Räuber-Beute-System in der marinen Gezeitenzone. I. Balanus}"
}

Meeresbodenbewohnende Wirbellose in sauerstoffarmen Regionen des Schwarzen Meeres, des Golfs von Kalifornien und der Becken vor Südkalifornien bilden drei Hauptbiofazies, die mit folgenden Konzentrationen an gelöstem Sauerstoff verbunden sind: (1) eine azoische Region (≤ 0,1 ml/l), (2) eine niedrige Diversität, kleine, weiche Infauna (0,3–1,0 ml/l) und (3) eine diverse kalkhaltige Fauna (≥ 1,0 ml/l). Diese Biofazies wiederholen die chronologische Erscheinung von präkambrischen Spurenfossilien, gefolgt von einer diversen verkalkten Fauna im Kambrium. Das Beckenmodell wurde verwendet, um einen unterkambrischen Sauerstoffgehalt von 0,1 P.A.L. (gegenwärtiger atmosphärischer Wert) zu rekonstruieren. Dieser Wert ist das Zehnfache dessen, was in der Berkner-Marshall-Hypothese vorgeschlagen wurde.

@article{doi101111j150239311971tb01864x,
    author = "Rhoads, Donald C. und Morse, John W.",
    title = "EVOLUTIONÄRE UND ÖKOLOGISCHE BEDEUTUNG VON Sauerstoff-armen MEERESBECKEN",
    year = "1971",
    journal = "Lethaia",
    abstract = "Meeresbodenbewohnende Wirbellose in sauerstoffarmen Regionen des Schwarzen Meeres, des Golfs von Kalifornien und der Becken vor Südkalifornien bilden drei Hauptbiofazies, die mit folgenden Konzentrationen an gelöstem Sauerstoff verbunden sind: (1) eine azoische Region (≤ 0,1 ml/l), (2) eine niedrige Diversität, kleine, weiche Infauna (0,3–1,0 ml/l) und (3) eine diverse kalkhaltige Fauna (≥ 1,0 ml/l). Diese Biofazies wiederholen die chronologische Erscheinung von präkambrischen Spurenfossilien, gefolgt von einer diversen verkalkten Fauna im Kambrium. Das Beckenmodell wurde verwendet, um einen unterkambrischen Sauerstoffgehalt von 0,1 P.A.L. (gegenwärtiger atmosphärischer Wert) zu rekonstruieren. Dieser Wert ist das Zehnfache dessen, was in der Berkner-Marshall-Hypothese vorgeschlagen wurde.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1502-3931.1971.tb01864.x",
    doi = "10.1111/j.1502-3931.1971.tb01864.x",
    openalex = "W2032752559",
    references = "doi101007bf00355712, doi101007bf00367496, doi1010160012825266900407, doi101017s0022336000061655, doi101073pnas5361205, doi101073pnas5361205a, doi101073pnas654781, doi101093icb93881, doi101111j150239311970tb01265x, doi101111j150239311970tb01854x, doi101126science1543750766, doi101144gslsp19670020104, doi1011751520046919650220225otoaro20co2"
}

@misc{eldredge1971the25,
    author = "Eldredge, N",
    title = "Das allopatrische Modell und die Phylogenie des Paläozoikums",
    year = "1971",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Eldredge, N., 1971, Das allopatrische Modell und die Phylogenie des Paläozoikums}"
}

@misc{stenzel1971oysters55,
    author = "Stenzel, H. B",
    title = "Oysters",
    year = "1971",
    howpublished = "p. N953-N1214, in Moore, R. C., ed., Treatise",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Stenzel, H. B., 1971, Oysters: p. N953-N1214, in Moore, R. C., ed., Treatise}"
}

Einfaunale Muscheln, die in Tiefen von 1 Meter oder weniger leben können, weisen deutlich breitere geografische Verbreitungen auf als einfaunale Muscheln, die auf tiefere Gewässer beschränkt sind (ohne Tiefseearten). Shallowere Arten tolerieren einen breiteren Bereich von Umweltbedingungen und haben wahrscheinlich langlebigere Larven als Arten, die auf Tiefen größer als 1 Meter beschränkt sind. Infolge von Unterschieden in der geografischen Verbreitung sollten Arten, die bis zu 1 Meter flach leben können, weniger wahrscheinlich zur Artbildung neigen oder aussterben als Arten, die auf tiefere Gewässer beschränkt sind. Niedrig-diverse Artenassoziationen (⩽ 1 Meter) sollten daher auch evolutionär stabiler sein als hoch-diverse (>1 Meter) Assoziationen. Diese Vorhersagen werden durch Belege aus dem Fossilbericht gestützt.

@article{doi101086282933,
    author = "Jackson, Jeremy B. C.",
    title = "Biogeografische Konsequenzen von Eurytopy und Stenotopy bei marinen Muscheln und ihre evolutionäre Bedeutung",
    year = "1974",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = "Einfaunale Muscheln, die in Tiefen von 1 Meter oder weniger leben können, weisen deutlich breitere geografische Verbreitungen auf als einfaunale Muscheln, die auf tiefere Gewässer beschränkt sind (ohne Tiefseearten). Shallowere Arten tolerieren einen breiteren Bereich von Umweltbedingungen und haben wahrscheinlich langlebigere Larven als Arten, die auf Tiefen größer als 1 Meter beschränkt sind. Infolge von Unterschieden in der geografischen Verbreitung sollten Arten, die bis zu 1 Meter flach leben können, weniger wahrscheinlich zur Artbildung neigen oder aussterben als Arten, die auf tiefere Gewässer beschränkt sind. Niedrig-diverse Artenassoziationen (⩽ 1 Meter) sollten daher auch evolutionär stabiler sein als hoch-diverse (>1 Meter) Assoziationen. Diese Vorhersagen werden durch Belege aus dem Fossilbericht gestützt.",
    url = "https://doi.org/10.1086/282933",
    doi = "10.1086/282933",
    openalex = "W2037439741",
    references = "bretsky1968evolution"
}

Die Verteilung der Anzahl von Arten und die mittlere Anzahl von Arten aus 386 ausgewählten fossilen Gemeinschaften werden für hochbelastete, variable küstennahe und offene marine Umgebungen während des Unterkambriums, Mittelkambriums und Oberkambriums, des Mesozoikums und des Känozoikums tabelliert. Die Anzahl der Arten nimmt immer von hochbelasteten Umgebungen zu variablen küstennahen Umgebungen und dann zu offenen marinen Umgebungen zu. Die Variation der Artenzahl innerhalb eines Lebensraums ist für lange Intervalle des Phanerozoikums gering. Die mittlere Anzahl der Arten in Gemeinschaften aus hochbelasteten Umgebungen bleibt vom Kambrium bis zum Pleistozän bei etwa 8 konstant. In offenen marinen Umgebungen liegt die Mitte bei etwa 30 für das Mittel- und Oberkambrium und fast gleich für das Mesozoikum. Erhöhungen der mittleren Artenzahl um 50 % zwischen dem Unterkambrium und dem Mittelkambrium und um das Doppelte zwischen dem Mesozoikum und dem Känozoikum treten in offenen marinen Umgebungen auf, begleitet von parallelen, aber weniger ausgeprägten Erhöhungen in variablen küstennahen Umgebungen. Die Bedingungen, die die gesamte Artenvielfalt innerhalb eines Lebensraums steuern, änderten sich zu diesen Zeiten. Diese Änderungen korrelieren nicht direkt mit der Evolution neuer Haupttaxa, Änderungen der physikalischen Bedingungen, Prädation, der Verfügbarkeit von Raum oder der Sauerstoffversorgung. Sie könnten mit Änderungen der Ressourcenverfügbarkeit zusammenhängen, die durch Faktoren wie die sich entwickelnde terrestrische Flora beeinflusst werden, mit der im Evolutionsprozess der Diversifikation inhärenten Verzögerungszeit oder mit noch nicht bestimmten Faktoren. Obwohl die Provinzialität die gesamte Artenvielfalt für die Biosphäre bestimmt, deuten die Daten innerhalb des Lebensraums darauf hin, dass die Anzahl der marinen Wirbellosenarten weltweit seit dem Mittelkambrium zugenommen hat, im Gegensatz zur Behauptung von Raup (1976b), möglicherweise jedoch nur um etwa das Vierfache und nicht um den von Valentine (1970) vorgeschlagenen Größenordnung oder mehr.

@article{doi101017s0094837300005236,
    author = "Bambach, Richard K.",
    title = "Species richness in marine benthic habitats through the Phanerozoic",
    year = "1977",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Die Verteilung der Anzahl von Arten und die mittlere Anzahl von Arten aus 386 ausgewählten fossilen Gemeinschaften werden für hochbelastete, variable küstennahe und offene marine Umgebungen während des Unterkambriums, Mittelkambriums und Oberkambriums, des Mesozoikums und des Känozoikums tabelliert. Die Anzahl der Arten nimmt immer von hochbelasteten Umgebungen zu variablen küstennahen Umgebungen und dann zu offenen marinen Umgebungen zu. Die Variation der Artenzahl innerhalb eines Lebensraums ist für lange Intervalle des Phanerozoikums gering. Die mittlere Anzahl der Arten in Gemeinschaften aus hochbelasteten Umgebungen bleibt vom Kambrium bis zum Pleistozän bei etwa 8 konstant. In offenen marinen Umgebungen liegt die Mitte bei etwa 30 für das Mittel- und Oberkambrium und fast gleich für das Mesozoikum. Erhöhungen der mittleren Artenzahl um 50 % zwischen dem Unterkambrium und dem Mittelkambrium und um das Doppelte zwischen dem Mesozoikum und dem Känozoikum treten in offenen marinen Umgebungen auf, begleitet von parallelen, aber weniger ausgeprägten Erhöhungen in variablen küstennahen Umgebungen. Die Bedingungen, die die gesamte Artenvielfalt innerhalb eines Lebensraums steuern, änderten sich zu diesen Zeiten. Diese Änderungen korrelieren nicht direkt mit der Evolution neuer Haupttaxa, Änderungen der physikalischen Bedingungen, Prädation, der Verfügbarkeit von Raum oder der Sauerstoffversorgung. Sie könnten mit Änderungen der Ressourcenverfügbarkeit zusammenhängen, die durch Faktoren wie die sich entwickelnde terrestrische Flora beeinflusst werden, mit der im Evolutionsprozess der Diversifikation inhärenten Verzögerungszeit oder mit noch nicht bestimmten Faktoren. Obwohl die Provinzialität die gesamte Artenvielfalt für die Biosphäre bestimmt, deuten die Daten innerhalb des Lebensraums darauf hin, dass die Anzahl der marinen Wirbellosenarten weltweit seit dem Mittelkambrium zugenommen hat, im Gegensatz zur Behauptung von Raup (1976b), möglicherweise jedoch nur um etwa das Vierfache und nicht um den von Valentine (1970) vorgeschlagenen Größenordnung oder mehr.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300005236",
    doi = "10.1017/s0094837300005236",
    openalex = "W2148395366",
    references = "dayton1971competition, doi1010079783642659232, doi1010160031018268900473, doi101017s0094837300004930, doi101086282070, doi101086282400, doi101086282541, doi101086627723, doi101111j155856461963tb03295x, doi101130001676061968791315tailif20co2, doi101146annureves05110174001441, doi1015159781400881376, doi1023071948498, doi1023072258550, doi1023072485224, doi103133pp323, doi105281zenodo16238847, openalexw574363047"
}

@article{cloney1978ascidian12,
    author = "Cloney, R. A",
    title = "Ascidien-Metamorphose",
    year = "1978",
    journal = "Review und Analyse, in Chia, F",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cloney, R. A., 1978, Ascidian metamorphosis: review and analysis, in Chia, F.}"
}

@misc{plough1978sea43,
    author = "Plough, H. H",
    title = "Seequiden des atlantischen Kontinentalschelfs von Maine bis",
    year = "1978",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Plough, H. H., 1978, Seequiden des atlantischen Kontinentalschelfs von Maine bis}"
}

@misc{ford1979precambrian30,
    author = "Ford, T. D",
    title = "Fossilien des Präkambriums und der Ursprung der Phyla, in House",
    year = "1979",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Ford, T. D., 1979, Fossilien des Präkambriums und der Ursprung der Phyla, in House,}"
}

@misc{rolf1980early45,
    author = "Rolf, W. D. I",
    title = "Early Invertebrate Terrestrial Faunas, in Panchen, A",
    year = "1980",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Rolf, W. D. I., 1980, Early Invertebrate Terrestrial Faunas, in Panchen, A.}"
}

@article{bengtson1981fossils,
    author = "Bengtson, Stefan",
    title = "Fossils, phylogeny, evolution and science",
    year = "1981",
    journal = "Lethaia",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1502-3931.1981.tb01921.x",
    doi = "10.1111/j.1502-3931.1981.tb01921.x",
    number = "2",
    openalex = "W2076884206",
    pages = "166-166",
    volume = "14"
}

Angaben zur Anzahl mariner Familien innerhalb von 91 Metazoenklassen, die aus dem Fossilbericht des Phanerozoik bekannt sind, werden analysiert. Die Verteilung der 2800 fossilen Familien auf die Klassen ist sehr ungleich, wobei die meisten zu einer kleinen Minderheit der Klassen gehören. Ebenso ist die stratigraphische Verteilung der Klassen sehr ungleich, wobei die meisten erstmals früh im Paläozoikum erscheinen und viele der kleineren Klassen vor dem Ende dieser Ära aussterben. Dennoch deutet eine Q-Modus-Faktoranalyse darauf hin, dass die Struktur dieser Daten eher einfach ist. Nur drei Faktoren sind erforderlich, um mehr als 90 % der Daten zu erklären. Diese Faktoren werden als Abbildung der drei großen „evolutionären Faunen" des marinen Fossilberichts des Phanerozoik interpretiert: eine trilobiten-dominierte kambriische Fauna, eine brachiopoden-dominierte spätpaläozoische Fauna und eine muschel-dominierte mesozoisch-känozoische oder „moderne" Fauna. Kleinere Faktoren beziehen sich auf den langsamen taxonomischen Wandel innerhalb der großen Faunen im Laufe der Zeit sowie auf einzigartige Aspekte bestimmter Taxa und Zeiten. Jede der drei großen Faunen scheint eine eigene charakteristische Vielfalt aufzuweisen, so dass ihre Expansion oder Kontraktion eng mit einer bestimmten Phase in der Geschichte der gesamten marinen Vielfalt verbunden erscheint. Die kambriische Fauna expandiert während der frühen kambrischen Radiationen schnell und behält ihre Dominanz während des mittleren bis späten kambrischen „Gleichgewichts". Die paläozoische Fauna steigt dann während der ordovizischen Radiationen zur Dominanz auf, die die Vielfalt dramatisch erhöhen; diese neue Fauna behält dann die Dominanz während des langen Intervalls des scheinbaren Gleichgewichts, das bis zum Ende des Paläozoikums anhält. Die moderne Fauna, die während des Paläozoikums langsam an Bedeutung gewinnt, steigt schnell mit den späten permischen Aussterbeereignissen zur Dominanz auf und behält diesen Status während des allgemeinen Anstiegs der Vielfalt bis zum scheinbaren Maximum im Neogen bei. Der mit der Expansion jeder neuen Fauna verbundene Anstieg der Vielfalt scheint mit einem etwa exponentiellen Rückgang der zuvor dominierenden Fauna zu übereinstimmen, was eine mögliche Verdrängung jeder evolutionären Fauna durch ihre Nachfolger nahelegt.

@article{doi101017s0094837300003778,
    author = "Sepkoski, J. John",
    title = "Eine faktoranalytische Beschreibung des Fossilberichts mariner Organismen des Phanerozoik",
    year = "1981",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Angaben zur Anzahl mariner Familien innerhalb von 91 Metazoenklassen, die aus dem Fossilbericht des Phanerozoik bekannt sind, werden analysiert. Die Verteilung der 2800 fossilen Familien auf die Klassen ist sehr ungleich, wobei die meisten zu einer kleinen Minderheit der Klassen gehören. Ebenso ist die stratigraphische Verteilung der Klassen sehr ungleich, wobei die meisten erstmals früh im Paläozoikum erscheinen und viele der kleineren Klassen vor dem Ende dieser Ära aussterben. Dennoch deutet eine Q-Modus-Faktoranalyse darauf hin, dass die Struktur dieser Daten eher einfach ist. Nur drei Faktoren sind erforderlich, um mehr als 90\% der Daten zu erklären. Diese Faktoren werden als Abbildung der drei großen „evolutionären Faunen" des marinen Fossilberichts des Phanerozoik interpretiert: eine trilobiten-dominierte kambriische Fauna, eine brachiopoden-dominierte spätpaläozoische Fauna und eine muschel-dominierte mesozoisch-känozoische oder „moderne" Fauna. Kleinere Faktoren beziehen sich auf den langsamen taxonomischen Wandel innerhalb der großen Faunen im Laufe der Zeit sowie auf einzigartige Aspekte bestimmter Taxa und Zeiten. Jede der drei großen Faunen scheint eine eigene charakteristische Vielfalt aufzuweisen, so dass ihre Expansion oder Kontraktion eng mit einer bestimmten Phase in der Geschichte der gesamten marinen Vielfalt verbunden erscheint. Die kambriische Fauna expandiert während der frühen kambrischen Radiationen schnell und behält ihre Dominanz während des mittleren bis späten kambrischen „Gleichgewichts". Die paläozoische Fauna steigt dann während der ordovizischen Radiationen zur Dominanz auf, die die Vielfalt dramatisch erhöhen; diese neue Fauna behält dann die Dominanz während des langen Intervalls des scheinbaren Gleichgewichts, das bis zum Ende des Paläozoikums anhält. Die moderne Fauna, die während des Paläozoikums langsam an Bedeutung gewinnt, steigt schnell mit den späten permischen Aussterbeereignissen zur Dominanz auf und behält diesen Status während des allgemeinen Anstiegs der Vielfalt bis zum scheinbaren Maximum im Neogen bei. Der mit der Expansion jeder neuen Fauna verbundene Anstieg der Vielfalt scheint mit einem etwa exponentiellen Rückgang der zuvor dominierenden Fauna zu übereinstimmen, was eine mögliche Verdrängung jeder evolutionären Fauna durch ihre Nachfolger nahelegt.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300003778",
    doi = "10.1017/s0094837300003778",
    openalex = "W2505144080",
    references = "doi10100797814613088367, doi1010160012825272900724, doi101017s0094837300004917, doi101017s009483730000508x, doi101017s0094837300005236, doi101017s0094837300005352, doi101017s0094837300005649, doi101017s0094837300005972, doi101017s0094837300012549, doi101126science17740541065, doi101126science2064415217, doi101130spe89p63, doi1023071483846, doi1023071796560, doi1023072405671, doi1023072412725, doi1023072412728, doi1023072806339, doi107312simp93764, openalexw1504049102, openalexw645218623"
}

Wegen grundlegender Unterschiede zwischen Spurenfossilien und Körpern sind die ichnologische Nomenklatur mit Schwierigkeiten behaftet. Vor allem ist die inkonsistente Behandlung durch die Internationale Kommission für Zoologische Nomenklatur (Fehlen der Anerkennung für Namen nach 1930, Verwirrung über die Prioritätsregel) und unzureichende Kuratierung von Typusexemplaren. Allerdings haben Ichnologen ihre eigenen Probleme durch unzureichende Diagnosen und Beschreibungen, Missverständnisse ichnologischer und taxonomischer Prinzipien, Proliferation von Namen und Versäumnis, sich auf echte monographische Revisionen einzulassen, beigetragen. Alle diese Schwierigkeiten werden in einer gründlichen Neubewertung der Ichnogenera Planolites Nicholson und Palaeophycus Hall veranschaulicht. Im Gegensatz zu einem populären, aber unbegründeten Schema, in dem diese Ichnogenera lediglich anhand des Vorhandenseins oder Fehlens von Ästen unterschieden werden, ist Planolites ein unliniertes Graben, das mit Sedimenten gefüllt ist, die texturale und strukturelle Merkmale aufweisen, die denen des Wirtsgesteins unähnlich sind, während Palaeophycus ein liniertes Graben ist, das mit Sedimenten gefüllt ist, die typischerweise identisch mit denen der umgebenden Matrix sind. Planolites repräsentiert aktives Nachfüllen von Sediment in einem ephemeren Graben, der von einem mobilen Sedimentfresser konstruiert wurde, und Palaeophycus repräsentiert passive Sedimentation innerhalb eines offenen Wohngrabens, der von einem räuberischen oder filtrierenden Tier konstruiert wurde. Neben ichnologischer Nomenklatur und Ethologie sind die Implikationen wichtig für die Paläoökologie, Sedimentologie und diagenetische Studien. Zu den derzeit anerkannten Ichnospezies von Planolites gehören P. montanus Richter, P. beverleyensis (Billings) und P. annularis Walcott. Die von Palaeophycus sind P. heberti (Saporta), P. tubularis Hall, P. striatus Hall, P. sulcatus (Miller und Dyer) und P. alternatus n. ichnosp.

@article{openalexw2344228935,
    author = "Pemberton, S. George und Frey, Robert W.",
    title = "Trace fossil nomenclature and the Planolites-Palaeophycus dilemma",
    year = "1982",
    journal = "Journal of Paleontology",
    abstract = "Wegen grundlegender Unterschiede zwischen Spurenfossilien und Körpern sind die ichnologische Nomenklatur mit Schwierigkeiten behaftet. Vor allem ist die inkonsistente Behandlung durch die Internationale Kommission für Zoologische Nomenklatur (Fehlen der Anerkennung für Namen nach 1930, Verwirrung über die Prioritätsregel) und unzureichende Kuratierung von Typusexemplaren. Allerdings haben Ichnologen ihre eigenen Probleme durch unzureichende Diagnosen und Beschreibungen, Missverständnisse ichnologischer und taxonomischer Prinzipien, Proliferation von Namen und Versäumnis, sich auf echte monographische Revisionen einzulassen, beigetragen. Alle diese Schwierigkeiten werden in einer gründlichen Neubewertung der Ichnogenera Planolites Nicholson und Palaeophycus Hall veranschaulicht. Im Gegensatz zu einem populären, aber unbegründeten Schema, in dem diese Ichnogenera lediglich anhand des Vorhandenseins oder Fehlens von Ästen unterschieden werden, ist Planolites ein unliniertes Graben, das mit Sedimenten gefüllt ist, die texturale und strukturelle Merkmale aufweisen, die denen des Wirtsgesteins unähnlich sind, während Palaeophycus ein liniertes Graben ist, das mit Sedimenten gefüllt ist, die typischerweise identisch mit denen der umgebenden Matrix sind. Planolites repräsentiert aktives Nachfüllen von Sediment in einem ephemeren Graben, der von einem mobilen Sedimentfresser konstruiert wurde, und Palaeophycus repräsentiert passive Sedimentation innerhalb eines offenen Wohngrabens, der von einem räuberischen oder filtrierenden Tier konstruiert wurde. Neben ichnologischer Nomenklatur und Ethologie sind die Implikationen wichtig für die Paläoökologie, Sedimentologie und diagenetische Studien. Zu den derzeit anerkannten Ichnospezies von Planolites gehören P. montanus Richter, P. beverleyensis (Billings) und P. annularis Walcott. Die von Palaeophycus sind P. heberti (Saporta), P. tubularis Hall, P. striatus Hall, P. sulcatus (Miller und Dyer) und P. alternatus n. ichnosp.",
    openalex = "W2344228935",
    references = "doi1010079783642659232, doi101111j150239311980tb00632x, doi101130gsab10199, doi1023071485443, openalexw3127114020, openalexw574363047"
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@incollection{doi101007978147570740311,
    author = "Thayer, Charles W.",
    title = "Sediment-Mediated Biological Disturbance and the Evolution of Marine Benthos",
    year = "1983",
    booktitle = "Topics in geobiology",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-4757-0740-3\_11",
    doi = "10.1007/978-1-4757-0740-3\_11",
    openalex = "W119980067",
    references = "doi1010160022098181901118, doi101016s0920544608703261, doi101038207270a0"
}

Zusammenfassung 1. Entwicklungsformen der Larven spielen wichtige Rollen in der Ökologie, Biogeographie und Evolution mariner benthischer Organismen. Studien zur Larvenökologie fossiler Organismen können erheblich zu unserem Verständnis solcher Rollen beitragen, indem sie es uns ermöglichen, Effekte auf evolutionären Zeitskalen zu untersuchen. 2. Entwicklungsformen können für gut erhaltene Molluskenfossilien abgeleitet werden, da die Größe des initialen Larvenschalen (Protoconch I bei Gastropoden, Prodissoconch I bei Bivalven) die Eigröße widerspiegelt. Es stehen weitere morphologische Kriterien zur Verfügung, und ein vergleichender Ansatz, der auf verwandten Taxa mit bekannter Entwicklung basiert, könnte die zuverlässigste Methode sein. Durch die Kombination von Larven- und Adultmerkmalen ist es möglich, Entwicklungsformen der Larven bei zumindest einigen fossilen Bryozoen, Brachiopoden und Echinodermen ebenfalls zu erkennen. (a) Planktotrophe Larven entstehen aus kleinen Eiern, werden in enormen Zahlen freigesetzt mit geringer elterlicher Investition pro Nachkommen und erleiden enorme Sterblichkeit während und kurz nach einer planktischen Existenz. Diese Larven ernähren sich während der Entwicklung vom Plankton und sind häufig in der Lage zu einer verlängerten frei-schwimmenden Existenz und somit zu einer weiten Ausbreitung. (b) Nichtplanktotrophe Larven (die sowohl planktische lecitotrophe Formen als auch „direkte Entwickler" umfassen) entstehen im Allgemeinen aus großen Eiern, wobei relativ wenige Junge pro Elternteil produziert werden. Im Vergleich zu planktotrophen Larven erhalten nichtplanktotrophe Larven im Allgemeinen eine größere elterliche Investition pro Larve, und die Larvensterblichkeit ist im Allgemeinen niedriger. Diese Larven verlassen sich auf Dotter für die Ernährung während der Entwicklung, und planktische Dauern sind im Allgemeinen viel kürzer als bei Arten mit planktotrophen Larven, so dass die Ausbreitungsfähigkeit erheblich geringer ist. Die energetische Investition pro Ei ist im Allgemeinen höher als bei Planktrotrophen, aber da es auch niedrigere Fertilitäten gibt, ist es schwierig, über die gesamte energetische Kosten einer Reproduktionsform gegenüber der anderen zu verallgemeinern. 3. Aufgrund der hohen Ausbreitungsfähigkeit planktotroher Larven wurde vorgeschlagen, dass Arten mit solchen Larven geografisch weit verbreitet sein werden, geologisch langreichweitig sein werden und niedrige Artbildungs- und Aussterberaten aufweisen werden. Arten mit nichtplanktotrophen Larven werden tendenziell geografisch eingeschränkter sein, geologisch kurzreichweitig sein und hohe Artbildungs- und Aussterberaten aufweisen (wiederum als Folge ihrer charakteristisch niedrigen Larvenausbreitungsfähigkeiten). 4. Die Anerkennung unterschiedlicher Ausbreitungsfähigkeiten kann eine Rolle in paläobiogeographischen Analysen spielen. Eine gleichzeitige Untersuchung der Verteilung von Gruppen mit kontrastierenden Entwicklungsformen wird es ermöglichen, Hypothesen über Timing, Größenordnungen und Häufigkeiten von Migrations- und Vicariance-Ereignissen zu testen. 5. Larventypen sind nicht zufällig in den Ozeanen verteilt, aber Beziehungen zu anderen Aspekten der Biologie und Lebensräume der Organismen sind sehr komplex. Die Entwicklungsform variiert mit: (a) Ökologie. Ein einfaches r–––K-Modell adaptiver Strategien ist eindeutig unzureichend, um die beobachteten Beziehungen zu erklären: während viele „Gleichgewichts"-Arten nichtplanktotrophe Larven haben und Organismen, die in weniger prädiktiven Umgebungen leben, oft planktotrophe Larven haben, haben einige der opportunistischsten marinen Arten nichtplanktotrophe Larven. Dennoch scheint planktotrophe Entwicklung am besten für die Ausbeutung von fleckigen, aber weit verbreiteten Lebensräumen geeignet. (b) Breite. Bei Regal-Tiefen ist Planktotrophie in den Tropen vorherrschend und nimmt an hohen Breiten stark ab. (c) Tiefe. Die Häufigkeit von Planktotrophie nimmt mit der Tiefe über dem Kontinentalschelf ab, zumindest bei einigen Taxa. Jenseits des Schelfs sind viele Tiefseeeorganismen nichtplanktotroph (z.B. die meisten Bivalven, peracaride Krebstiere), aber planktotrophe Entwicklung scheint in anderen Gruppen vorhanden zu sein (Prosobranch-Gastropoden, Ophiuroiden und Bivalven, die in transienten Lebensräumen wie versunkenem Holz und hydrothermalen Quellen leben). Diese Trends in Entwicklungstypen werden von Trends in Evolutionsraten und -mustern begleitet, wie oben dargelegt. Die Untersuchung der Larvenökologie durch Paläobiologen wird Einblicke in die Prozesse liefern, die zu alten evolutionären und biogeographischen Mustern geführt haben, und wird die Entwicklung und Prüfung von Hypothesen über die Ursprünge der in modernen Meeren beobachteten Muster ermöglichen.

@article{doi101111j1469185x1983tb00380x,
    author = "Jablonski, David und Lutz, Richard A.",
    title = "LARVENÖKOLOGIE MEERESBENTHISCHER INVERTEBRATEN: PALEOBIOLOGISCHE IMPLIKATIONEN",
    year = "1983",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "Zusammenfassung 1. Entwicklungsmodi der Larven spielen wichtige Rollen in der Ökologie, Biogeographie und Evolution mariner benthischer Organismen. Studien zur Larvenökologie fossiler Organismen können unser Verständnis solcher Rollen erheblich fördern, indem sie es uns ermöglichen, Effekte auf evolutionären Zeitskalen zu untersuchen. 2. Entwicklungsmodi können für gut erhaltene Molluskenfossilien abgeleitet werden, da die Größe des initialen Larvenschalen (Protoconch I bei Gastropoden, Prodissoconch I bei Bivalven) die Eigröße widerspiegelt. Es stehen weitere morphologische Kriterien zur Verfügung, und ein vergleichender Ansatz, der auf verwandten Taxa mit bekannter Entwicklung basiert, könnte die zuverlässigste Methode sein. Durch die Kombination von Larven- und Adultmerkmalen ist es möglich, Entwicklungsmodi der Larven bei zumindest einigen fossilen Bryozoen, Brachiopoden und Echinodermen zu erkennen. (a) Planktotrophe Larven entstehen aus kleinen Eiern, werden in enormen Zahlen freigesetzt mit geringer elterlicher Investition pro Nachkommen und erleiden enorme Sterblichkeit während und kurz nach einer planktischen Existenz. Diese Larven ernähren sich während der Entwicklung vom Plankton und sind häufig in der Lage, eine verlängerte frei-schwimmende Existenz zu führen, und somit eine weite Ausbreitung. (b) Nichtplanktotrophe Larven (die sowohl planktische lecitotrophe Formen als auch „direkte Entwickler" umfassen) entstehen im Allgemeinen aus großen Eiern, wobei relativ wenige Junge pro Elternteil produziert werden. Im Vergleich zu planktotrophen Larven erhalten nichtplanktotrophe Larven im Allgemeinen eine größere elterliche Investition pro Larve, und die Larvensterblichkeit ist im Allgemeinen niedriger. Diese Larven verlassen sich auf Dotter für die Ernährung während der Entwicklung, und planktische Dauern sind im Allgemeinen viel kürzer als bei Arten mit planktotrophen Larven, so dass die Ausbreitungsfähigkeit erheblich geringer ist. Die energetische Investition pro Ei ist im Allgemeinen höher als bei Planktrotrophs, aber da es auch niedrigere Fertilitäten gibt, ist es schwierig, über die gesamte energetische Kosten eines Reproduktionsmodus gegenüber dem anderen zu verallgemeinern. 3. Aufgrund der hohen Ausbreitungsfähigkeit planktotroher Larven wurde vorgeschlagen, dass Arten mit solchen Larven geografisch weit verbreitet sein werden, geologisch langreichweitig sein werden und niedrige Artbildungs- und Aussterberaten aufweisen werden. Arten mit nichtplanktotrophen Larven werden tendenziell geografisch stärker eingeschränkt sein, geologisch kurzreichweitig sein und hohe Artbildungs- und Aussterberaten aufweisen (wiederum als Folge ihrer charakteristisch niedrigen larvalen Ausbreitungsfähigkeiten). 4. Die Anerkennung unterschiedlicher Ausbreitungsfähigkeiten kann eine Rolle in paläobiogeographischen Analysen spielen. Eine gleichzeitige Studie der Verteilung von Gruppen mit kontrastierenden Entwicklungsmodi wird es ermöglichen, Hypothesen über Timing, Magnituden und Häufigkeiten von Migrations- und Vicariance-Ereignissen zu testen. 5. Larventypen sind nicht zufällig in den Ozeanen verteilt, aber Beziehungen zu anderen Aspekten der Biologie und Lebensräume der Organismen sind sehr komplex. Der Entwicklungsmodus variiert mit: (a) Ökologie. Ein einfaches r–––K-Modell adaptiver Strategien ist eindeutig unzureichend, um die beobachteten Beziehungen zu erklären: während viele „Gleichgewichts"-Arten nichtplanktotrophe Larven haben und Organismen, die in weniger prädiktiven Umgebungen leben, oft planktotrophe Larven haben, haben einige der opportunistischsten marinen Arten nichtplanktotrophe Larven. Dennoch scheint planktotrophe Entwicklung am besten für die Ausbeutung von patchigen, aber weit verbreiteten Lebensräumen geeignet. (b) Breite. Bei Regal-Tiefen ist Planktotrophie in den Tropen vorherrschend und nimmt an hohen Breiten stark ab. (c) Tiefe. Die Häufigkeit von Planktotrophie nimmt mit der Tiefe über dem Kontinentalschelf ab, zumindest bei einigen Taxa. Jenseits des Schelfs sind viele Tiefseeeorganismen nichtplanktotroph (z.B. die meisten Bivalven, peracaride Krebstiere), aber planktotrophe Entwicklung scheint in anderen Gruppen vorhanden zu sein (prosobranche Gastropoden, Ophiuroiden und Bivalven, die in transienten Lebensräumen wie versunkenem Holz und hydrothermalen Quellen leben). Diese Trends in Entwicklungstypen werden von Trends in Evolutionsraten und -mustern begleitet, wie oben dargelegt. Die Studie der Larvenökologie durch Paläobiologen wird Einblicke in die Prozesse liefern, die zu alten evolutionären und biogeographischen Mustern geführt haben, und wird die Entwicklung und Prüfung von Hypothesen über die Ursprünge der in modernen Meeren beobachteten Muster ermöglichen.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-185x.1983.tb00380.x",
    doi = "10.1111/j.1469-185x.1983.tb00380.x",
    openalex = "W2060347297",
    references = "doi1010160016003258902862, doi1010160302352475900389, doi101016b9780122825057500129, doi101016b9780122825057x50015, doi101017s0094837300003778, doi101017s0094837300005224, doi101017s0094837300005236, doi101017s0094837300005649, doi101017s0094837300005662, doi101017s0094837300016894, doi101086282697, doi101086409052, doi101093icb153717, doi101111j150239311977tb00628x, doi101111j155856461978tb04642x, doi101126science150369228, doi101126science18040931377, doi1015159781400881376, doi101525aa195052402a00270, doi1023071292581, doi1023071483846, doi1023072407204, doi1025773v5jaxgtq24, doi104159harvard9780674865327, hartnoll1975chemoreception, howells1950genetics, openalexw1549886310, openalexw2506868775, openalexw2531009674, openalexw3135630760, openalexw3208881761, openalexw565715315, stanley1978chronospecies"
}

@book{ali1984photoreception1,
    author = "Ali, M. A",
    title = "Photoreception and Vision in Invertebrates",
    year = "1984",
    publisher = "New York, Plenum Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Ali, M. A., 1984, Photoreception and Vision in Invertebrates: New York, Plenum Press.}"
}

Vier grundlegende Typen von Skelettansammlungen werden ausschließlich in Bezug auf Änderungen der Sedimentationsrate modelliert. Das Modell kategorisiert fossile Ansammlungen auf der relativ objektiven Grundlage ihrer Lagerkontakten und nutzt dieses Kriterium, um gerichtete Verschiebungen der Netto-Sedimentation zu erschließen. Diese radikale Vereinfachung der Akkumulationsgeschichten, bei der der Input von Hartteilen konstant gehalten wird, ergibt ein überraschend leistungsfähiges Modell, das ein breites Spektrum tafonomischer und paläobiologischer Phänomene vorhersagen kann. Typ-I-Ansammlungen gehen von weniger fossilreichen Sedimenten aus und enden in Omissionsflächen; wenn der Hartteilnachschub konstant gehalten wird, dokumentieren sie eine Verlangsamung von positiver auf null Netto-Sedimentation. Typ-II-Ansammlungen sind identisch mit Typ-I, enden jedoch in Erosionsflächen (Verlangsamung auf negative Netto-Sedimentation), und Typ-III- und Typ-IV-Ansammlungen zeichnen sich durch basale Erosion bzw. Omissionsflächen aus, gehen nach oben in weniger fossilreiche Sedimente über und dokumentieren Anstiege der Netto-Sedimentation von negativen oder null Raten auf positive Raten. Nach dem Modell werden Proben, die aus aufeinanderfolgenden Horizonten innerhalb dieser Muschelbetten gesammelt wurden, in Bezug auf das Ausmaß und die Art des postmortalen Bias unterschiedlich sein, aufgrund unterschiedlicher Expositionsgeschichten von Hartteilen an der Ablagerungsfläche. Darüber hinaus, da die Raten der Sedimentakkumulation die Häufigkeit von Hartteilen an der Ablagerungsfläche bestimmen und damit viele physikalische Merkmale des benthischen Lebensraums beeinflussen, haben die Dynamiken der fossilen Akkumulation direkte Konsequenzen für die Struktur benthischer Gemeinschaften (tafonomisches Feedback) und für die ökologisch kontrollierte Artenmorphometrie. Das Modell ist gegenüber Schwankungen im Hartteilinput hochgradig robust, wie sich an seiner Fähigkeit zeigt, die Bildungsmodi von Ansammlungen in synthetischen stratigraphischen Abschnitten korrekt zu erschließen. Zusätzlich zeigen Feldbeispiele von Typ-I–IV-Ansammlungen unabhängige Belege für die Bildung während Intervallen reduzierter Netto-Sedimentation, und viele weisen Trends in tafonomischen und paläobiologischen Merkmalen auf, die von den postulierten Änderungen der Netto-Sedimentation erwartet werden. Das Modell stellt somit eine überprüfbare Arbeitshypothese für die Akkumulation von fossilem Material in einer breiten Palette von Umgebungen dar und sollte auf Ansammlungen jeder taxonomischen Zusammensetzung, Erhaltungszustands oder geologischen Alters anwendbar sein. Die Leistungsfähigkeit und Robustheit dieses heuristischen Modells argumentieren tatsächlich dafür, dass fossilreiche und fossilarme Schichten grundlegend unterschiedliche Aufzeichnungen vergangener Bedingungen liefern, und dass die Sedimentation statt des Hartteilinputs die primäre Kontrolle über die Natur des Fossilberichts ist.

@article{doi101017s0094837300002943,
    author = "Kidwell, Susan M.",
    title = "Models for fossil concentrations: paleobiologic implications",
    year = "1986",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Four basic types of skeletal concentrations are modeled in terms of changes in sedimentation rate alone. The model categorizes fossil concentrations on the relatively objective basis of their bed contacts, and uses this criterion to infer directional shifts in net sedimentation. This radical simplification of accumulation histories, in which hardpart input is held constant, yields a surprisingly powerful model capable of predicting a broad spectrum of taphonomic and paleobiologic phenomena. Type I concentrations grade from less fossiliferous sediments and terminate in omission surfaces; if hardpart supply is held constant, they record a slowdown from positive to zero net sedimentation. Type II concentrations are the same as Type I but terminate in erosion surfaces (slowdown to negative net sedimentation), and Type III and IV concentrations are characterized by basal erosion or omission surfaces, respectively, grade upward into less fossiliferous sediments, and record increases in net sedimentation from negative or zero rates to positive rates. According to the model, samples collected from successive horizons within any of these shell beds will differ in the degree and type of post-mortem bias owing to differing histories of hardpart exposure at the depositional interface. Moreover, because rates of sediment accumulation govern the abundance of hardparts at the depositional interface and thus many of the physical characteristics of the benthic habitat, the dynamics of fossil accumulation have direct consequences for the structure of benthic communities (taphonomic feedback) and for ecologically controlled species morphometry. The model is highly robust to fluctuations in hardpart input, as judged by its ability to correctly infer modes of formation of concentrations in synthetic stratigraphic sections. In addition, field examples of Type I–IV concentrations show independent evidence of formation during intervals of reduced net sedimentation, and many exhibit trends in taphonomic and paleobiologic features expected from the postulated changes in net sedimentation. The model thus provides a testable working hypothesis for the accumulation of fossil material in a wide range of environments, and should be applicable to concentrations of any taxonomic composition, state of preservation, or geologic age. The power and robustness of this heuristic model in fact argue that fossil-rich and fossil-poor strata provide fundamentally different records of past conditions, and that sedimentation rather than hardpart input is the primary control on the nature of the fossil record.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300002943",
    doi = "10.1017/s0094837300002943",
    openalex = "W1810485278",
    references = "doi101007978364265923211, openalexw574363047"
}

@misc{jablonski1986larval35,
    author = "Jablonski, D",
    title = "Larval ecology and macroevolution in marine invertebrates",
    year = "1986",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Jablonski, D., 1986, Larval ecology and macroevolution in marine invertebrates:}"
}

Actualistische Experimente haben die Rate des anaeroben Verfalls und die damit verbundene Mineralisierung um proteinhaltige Makroorganismen quantifiziert. Kadaver des Polychaetenwurm Nereis und der Eumalacostraken Nephrops und Palaemon wurden in luftdichten Glasgefäßen mit Sediment und Wasser aus marinen, brackigen und lacustrinen Umgebungen begraben. Über einen Zeitraum von 25 Wochen wurden der Inhalt untersucht, um den Verfallszustand zu bestimmen, und chemisch analysiert, um die frühe diagenetische Mineralisierung zu überwachen (zwei Methoden für solche Analysen werden besprochen). Die Verfallsprozesse waren unter den experimentellen Bedingungen trotz Anoxie aktiv und hatten die Kadaver innerhalb von 25 Wochen praktisch zerstört. Allerdings war die Verfallsrate im sulfatreduzierenden marinen System höher als in den methanogenen Süßwasserumgebungen. Petrologische und geochemische Analysen der organischen Überreste identifizierten diskrete Schichten von authigenem Eisenmonosulfid (einem Pyrit-Vorstufe) auf der Oberfläche des verfallenden Nephrops-Kutikels innerhalb weniger Wochen nach Beginn des Experiments. Die chemische Analyse des zerfallenden Fleisches zeigte einen deutlichen Anstieg des Porenwasser-Kalziumgehalts mit der Zeit. Die Ergebnisse zeigen eindeutig, dass Anoxie als langfristiges Konservierungsmittel bei der Erhaltung von Weichkörperfossilien wirkungslos ist. Allerdings kann verfallinduzierte Mineralisierung sehr schnell sein, so dass selbst eine geringe Verringerung der Verfallsrate zu verbesserten Niveaus der Fossil-Erhaltung führen kann. Traditionell gelten Stagnation und schnelle Begräbnis als die Hauptvoraussetzungen für die Erhaltung von Weichkörperfossilien und die Bildung von Konservat-Lagerstätten. Offensichtlich sind diese Faktoren nur wichtig, da sie die frühe diagenetische Mineralisierung fördern. Dies ist der einzige Weg, um Informationsverlust durch Verfall zu stoppen.

@article{allison1988the,
    author = "Allison, Peter A.",
    title = "The role of anoxia in the decay and mineralization of proteinaceous macro-fossils",
    year = "1988",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Actualistische Experimente haben die Rate des anaeroben Verfalls und die damit verbundene Mineralisierung um proteinhaltige Makroorganismen quantifiziert. Kadaver des Polychaetenwurm Nereis und der Eumalacostraken Nephrops und Palaemon wurden in luftdichten Glasgefäßen mit Sediment und Wasser aus marinen, brackigen und lacustrinen Umgebungen begraben. Über einen Zeitraum von 25 Wochen wurden der Inhalt untersucht, um den Verfallszustand zu bestimmen, und chemisch analysiert, um die frühe diagenetische Mineralisierung zu überwachen (zwei Methoden für solche Analysen werden besprochen). Die Verfallsprozesse waren unter den experimentellen Bedingungen trotz Anoxie aktiv und hatten die Kadaver innerhalb von 25 Wochen praktisch zerstört. Allerdings war die Verfallsrate im sulfatreduzierenden marinen System höher als in den methanogenen Süßwasserumgebungen. Petrologische und geochemische Analysen der organischen Überreste identifizierten diskrete Schichten von authigenem Eisenmonosulfid (einem Pyrit-Vorstufe) auf der Oberfläche des verfallenden Nephrops-Kutikels innerhalb weniger Wochen nach Beginn des Experiments. Die chemische Analyse des zerfallenden Fleisches zeigte einen deutlichen Anstieg des Porenwasser-Kalziumgehalts mit der Zeit. Die Ergebnisse zeigen eindeutig, dass Anoxie als langfristiges Konservierungsmittel bei der Erhaltung von Weichkörperfossilien wirkungslos ist. Allerdings kann verfallinduzierte Mineralisierung sehr schnell sein, so dass selbst eine geringe Verringerung der Verfallsrate zu verbesserten Niveaus der Fossil-Erhaltung führen kann. Traditionell gelten Stagnation und schnelle Begräbnis als die Hauptvoraussetzungen für die Erhaltung von Weichkörperfossilien und die Bildung von Konservat-Lagerstätten. Offensichtlich sind diese Faktoren nur wichtig, da sie die frühe diagenetische Mineralisierung fördern. Dies ist der einzige Weg, um Informationsverlust durch Verfall zu stoppen.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s009483730001188x",
    doi = "10.1017/s009483730001188x",
    number = "2",
    openalex = "W2487864689",
    pages = "139-154",
    volume = "14",
    references = "doi1010160016703784900899, doi101017s0094837300005996, doi101017s009483730000676x, doi101098rstb19850134, doi101130001676061968791315tailif20co2, doi1015159780691209401, doi102475ajs26811, doi104319lo19842920236, doi105962bhlpart22969, doi105962bhltitle7199, openalexw2754161204, openalexw599354073, schopf1978fossilization"
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@article{doi1010160031018288900545,
    author = "Gray, Jane",
    title = "Evolution of the freshwater ecosystem: The fossil record",
    year = "1988",
    journal = "Palaeogeography Palaeoclimatology Palaeoecology",
    url = "https://doi.org/10.1016/0031-0182(88)90054-5",
    doi = "10.1016/0031-0182(88)90054-5",
    openalex = "W1984241346",
    references = "applegate1967phyletic, doi1010079783642814983, doi1010079789400958517, doi1010160031018275900279, doi1010160031018279901123, doi1010160304377087900416, doi101038164766a0, doi10108002724634198410012014, doi10108003115518108567003, doi101093icb12177, doi101130001676061972831299peboto20co2, doi10113000917613198614567ltpots20co2, doi1023071292217, doi1023071441916, doi1023071442263, doi1023071797104, doi1023071933240, doi1023072258117, doi102475ajs242274, doi102475ajs2628975, doi102475ajs28211, doi103133pp690, doi105281zenodo16298542, doi105281zenodo3382461, doi105962bhltitle54054, doi105962p150189, openalexw1504637003, openalexw2163397885, openalexw2246336267, openalexw2982931797, openalexw337536883, openalexw568207017, openalexw637324698, sohl1960archeogastropoda, thomson1969the"
}

@incollection{doi101016b9780126709506500047,
    author = "de Carvalho, Marcelo R.",
    title = "Higher-Level Elasmobranch Phylogeny, Basal Squaleans, and Paraphyly",
    year = "1996",
    booktitle = "Elsevier eBooks",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-012670950-6/50004-7",
    doi = "10.1016/b978-012670950-6/50004-7",
    openalex = "W2496781023",
    references = "doi101093icb172303, doi101111j109636421996tb02189x, doi101111j146363951940tb00339x, openalexw595691412"
}

@article{doi10103841710,
    author = "Shubin, Neil und Tabin, Cliff und Carroll, Sean B.",
    title = "Fossilien, Gene und die Evolution von Tiergliedmaßen",
    year = "1997",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/41710",
    doi = "10.1038/41710",
    openalex = "W1601043516",
    references = "doi101002jez1401080304, doi1010160092867493906262, doi1010160092867493906273, doi1010160092867493906284, doi101016s0092867400811149, doi101017s0263593300006787, doi101038368208a0, doi101038376479a0, doi10108011035899509546213, doi101093aesa283408, doi101111j109636421995tb00110x, doi101111j109636421995tb00119x, doi101111j150239311996tb01839x, doi101126science2504981658, doi10182618200376605199601, doi1023072992562, doi1023073223017, doi105281zenodo16171435, doi107208chicago97802262565730010001"
}

Viele benthische marine Wirbellose entwickeln sich durch frei lebende, dispersive larvale Stadien. Die vermuteten Vorteile solcher Larven umfassen die Vermeidung von Konkurrenz um Ressourcen mit Erwachsenen, eine vorübergehende Reduktion der benthischen Mortalität während der Planktonphase, eine verringerte Wahrscheinlichkeit von Inzucht in der nächsten Generation und eine erhöhte Fähigkeit, lokalen Aussterbeereignissen standzuhalten. Allerdings scheint die Richtung des evolutionären Wandels bei vielen Kladien allgemein auf den Verlust von Larven ausgerichtet zu sein, was impliziert, dass Larven in gewisser Hinsicht nachteilig sind. Mögliche Nachteile umfassen die Ausbreitung von günstigen Lebensräumen weg, Diskrepanzen zwischen den physiologischen Toleranzen von Larven und juvenilen Stadien, eine höhere Anfälligkeit für Umweltstressoren, eine höhere Anfälligkeit für Prädation sowie verschiedene Kosten, die mit der Metamorphose in Reaktion auf spezifische chemische Signale und dem Verschieben der Metamorphose in Abwesenheit dieser Signale verbunden sein können. Das Verständnis der Kräfte, die für die gegenwärtige Verteilung larvaler und nicht-larvaler (aplanktonischer) Entwicklung bei benthischen marinen Wirbellosen verantwortlich sind, und der potenziellen Einflüsse menschlicher Aktivitäten auf die Richtung zukünftiger evolutionärer Veränderungen in Reproduktionsmustern, wird ein besseres Verständnis der folgenden Fragen erfordern: die Rolle makro-evolutionärer Kräfte bei der Selektion für oder gegen dispersive Larven, die relativen Toleranzen von inkapsulierten Embryonen und frei lebenden Larven gegenüber Salinität, Schadstoffen und anderen Umweltstressoren; der Grad, in dem Eiermassen, Eikapseln und Brutkammern sich entwickelnde Embryonen vor Umweltstressoren schützen; das relative Ausmaß der Prädation durch planktonische und benthische Räuber auf sowohl Larven als auch frühe Juvenilen; die Art und Weise, in der larvale und juvenile Größe die Anfälligkeit für Räuber beeinflussen; das Ausmaß, in dem Inkapselung und Brutpflege vor Räubern schützen; die Menge des genetischen Wandels, die mit dem Verlust von Larven aus Wirbellosen-Lebenszyklen verbunden ist, und die dafür benötigte Zeit; sowie der Grad, in dem die kontinuierliche Zufuhr von Larven aus anderen Populationen die Selektion gegen dispersive Larven hemmt. Die Prominenz larvaler Entwicklung in modernen Lebenszyklen könnte Schwierigkeiten beim Verlust von Larven aus Lebenszyklen widerspiegeln, mehr als die Selektion für deren Erhaltung.

@article{doi103354meps177269,
    author = "Pechenik, JA",
    title = "On the advantages and disadvantages of larval stages in benthic marine invertebrate life cycles",
    year = "1999",
    journal = "Marine Ecology Progress Series",
    abstract = "many benthic marine invertebrates develop by means of free-livlng, dispersive larval stages. The presumed advantages of such larvae include the avoidance of competition for resources with adults, temporary reduct\textasciitilde on of benthic mortality while in the plankton, decreased likelihood of inbreeding in the next generation, and increased ability to withstand local extinction However, the direct\textasciitilde on of evolutionary change appears generally b \textasciitilde a s e d toward the loss of larvae in many clades, implying that larvae are somehow disadvantageous. Poss\textasciitilde ble disadvantages include dispersal away from favorable habitat, mismatches between larval and luvenile physiological tolerances, greater sus-ceptib\textasciitilde lity to env\textasciitilde ronmental stresses, greater susceptibihty to predation. and vanous costs that may be associated with n\textasciitilde etanlorphosing in response to specific chemical cues and postponing n\textasciitilde etamorphosis in the absence of those cues. Understanding the forces responsible for the present distribution of larval and non-larval (aplanktonlc) development among benthic marine invertebrates, and the potential influence of human activities on the direct\textasciitilde on of future evolutionary change in 1-eproductlve patterns, will require a better understanding of the following issues. the role of macro-evolutionary forces in selecting for or against dispersive larvae, the relative tolerances of encapsulated embryos and free-living larvae to salinity, pollutant, and other environmental stresses; the degree to which egg masses, e g g capsules, and brood chambers protect developing embryos from environmental stresses; the relative magmtude of predation by planktonic and benthic predators on both larvae and early juveniles; the way In which larval and juvenile size affect vulnerability to predators; the extent to w h \textasciitilde c h encapsulation and brooding protect against predators; the amount of genetic change associated with loss of larvae from invertebrate life cycles and the time required to accomplish that change; and the degree to which continued input of larvae from other populations deters selection against dispersive larvae The prominence of larval development in modern life cycles may reflect difficulties In loslng larvae from llfe cycles more than selection for their retention.",
    url = "https://doi.org/10.3354/meps177269",
    doi = "10.3354/meps177269",
    openalex = "W2065268282",
    references = "doi1010160169534796100288, doi101016b9780122825057x50015, doi101016s006528810860187x, doi10103841710, doi101126science11538249, doi101146annurevecolsys271237, doi101146annurevecolsys271477, doi101146annureves16110185002011, doi101146annureves16110185002141, doi105860choice341536, thorson1950reproductive"
}

@misc{doi10100797836425967425,
    author = "Zapata, A. und Amemiya, Chris T.",
    title = "Phylogenie der niederen Wirbeltiere und ihrer immunologischen Strukturen",
    year = "2000",
    booktitle = "Current topics in microbiology and immunology",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-642-59674-2\_5",
    doi = "10.1007/978-3-642-59674-2\_5",
    openalex = "W1611932380",
    references = "crossref1997interrelationships, doi101001jama281242351, doi101002j146020751992tb05120x, doi101002jmor1051730108, doi1010079783642866593, doi1010160145305x81900458, doi1010160145305x87900103, doi101016b9780126709506500035, doi101016b9780126709506500187, doi10103831927, doi101073pnas89188794, doi10108002724634198110011886, doi101093icb112183, doi101093icb172303, doi101126science28253941711, doi101146annureven10010165000525, doi101242dev1994supplement125, doi1023071442263, doi1023073514548, openalexw2081952897, openalexw3041320757, openalexw3211386673"
}

Ein Verständnis der Entstehung und frühen Evolution der Tierstämme erfordert ein Verständnis davon, wie Tiergruppen miteinander verwandt sind. Daher unternahmen wir die Analyse von 138 morphologischen Merkmalen aus 40 Metazoen-Gruppen und 304 18S rDNA-Sequenzen, sowohl getrennt als auch zusammen, um die Tierphylogenie mit maximaler Parsimonie zu erforschen. Beide Datentypen stimmen darin überein, dass Gliederfüßer nicht eng mit Ringelwürmern verwandt sind: Die erstere Gruppe mit Nematoden und anderen häutungsierenden Tieren (Ecdysozoa), und die letztere Gruppe mit Weichtieren und anderen Taxa mit spiraler Teilung. Darüber hinaus gruppieren sich weder Brachiopoden noch Chaetognaten mit Deuterostomen; Brachiopoden sind mit Weichtieren und Ringelwürmern (Lophotrochozoa) verbunden, wohingegen Chaetognaten mit den Ecdysozoa verbunden sind. Die Hauptdiskrepanz zwischen den beiden Datentypen betrifft die Verwurzelung der Bilateria und das Schwester-Taxon der Bilateria. Die Morphologie deutet darauf hin, dass die Wurzel zwischen Deuterostomen und Protostomen liegt, mit Ctenophoren als Schwestergruppe der Bilateria, wohingegen 18S rDNA darauf hindeutet, dass die Wurzel innerhalb der Lophotrochozoa liegt, mit Acoel-Plattwürmern und Gnathostomuliden als basalsten Bilateria, und mit Cnidaria als Schwestergruppe der Bilateria. Wir schlagen vor, dass diese basale Position von Acoelen und Gnathostomuliden artifiziell ist, da bei 1.000 replizierten phylogenetischen Analysen mit einer zufälligen Sequenz als Outgroup die Mehrheit mit einem Acoel-Plattwurm oder Gnathostomuliden als basaler ingroup-Linie verwurzelt. Wenn diese problematischen Taxa aus der Matrix entfernt werden, deutet die kombinierte Analyse darauf hin, dass die Wurzel zwischen den Deuterostomen und Protostomen liegt, und Ctenophora ist die Schwestergruppe der Bilateria. Wir schlagen vor, dass Chaetognaten und Lophophoraten, Taxa, die traditionell mit Deuterostomen verbunden sind, basale Positionen innerhalb ihrer jeweiligen protostomischen Klade einnehmen, Deuterostomie höchstwahrscheinlich eine Reihe von Merkmalen darstellt, die für Bilateria plesiomorph sind.

@article{doi101046j1525142x2001003003170x,
    author = "Peterson, Kevin J. and Eernisse, Douglas J.",
    title = "Animal phylogeny and the ancestry of bilaterians: inferences from morphology and 18S rDNA gene sequences",
    year = "2001",
    journal = "Evolution \& Entwicklung",
    abstract = "Ein Verständnis der Entstehung und frühen Evolution der Tierstämme erfordert ein Verständnis davon, wie Tiergruppen miteinander verwandt sind. Daher unternahmen wir die Analyse von 138 morphologischen Merkmalen aus 40 Metazoen-Gruppen und 304 18S rDNA-Sequenzen, sowohl getrennt als auch zusammen, um die Tierphylogenie mit maximaler Parsimonie zu erforschen. Beide Datentypen stimmen darin überein, dass Gliederfüßer nicht eng mit Ringelwürmern verwandt sind: Die erstere Gruppe mit Nematoden und anderen häutungsierenden Tieren (Ecdysozoa), und die letztere Gruppe mit Weichtieren und anderen Taxa mit spiraler Teilung. Darüber hinaus gruppieren sich weder Brachiopoden noch Chaetognaten mit Deuterostomen; Brachiopoden sind mit Weichtieren und Ringelwürmern (Lophotrochozoa) verbunden, wohingegen Chaetognaten mit den Ecdysozoa verbunden sind. Die Hauptdiskrepanz zwischen den beiden Datentypen betrifft die Verwurzelung der Bilateria und das Schwester-Taxon der Bilateria. Die Morphologie deutet darauf hin, dass die Wurzel zwischen Deuterostomen und Protostomen liegt, mit Ctenophoren als Schwestergruppe der Bilateria, wohingegen 18S rDNA darauf hindeutet, dass die Wurzel innerhalb der Lophotrochozoa liegt, mit Acoel-Plattwürmern und Gnathostomuliden als basalsten Bilateria, und mit Cnidaria als Schwestergruppe der Bilateria. Wir schlagen vor, dass diese basale Position von Acoelen und Gnathostomuliden artifiziell ist, da bei 1.000 replizierten phylogenetischen Analysen mit einer zufälligen Sequenz als Outgroup die Mehrheit mit einem Acoel-Plattwurm oder Gnathostomuliden als basaler ingroup-Linie verwurzelt. Wenn diese problematischen Taxa aus der Matrix entfernt werden, deutet die kombinierte Analyse darauf hin, dass die Wurzel zwischen den Deuterostomen und Protostomen liegt, und Ctenophora ist die Schwestergruppe der Bilateria. Wir schlagen vor, dass Chaetognaten und Lophophoraten, Taxa, die traditionell mit Deuterostomen verbunden sind, basale Positionen innerhalb ihrer jeweiligen protostomischen Klade einnehmen, Deuterostomie höchstwahrscheinlich eine Reihe von Merkmalen darstellt, die für Bilateria plesiomorph sind.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1525-142x.2001.003003170.x",
    doi = "10.1046/j.1525-142x.2001.003003170.x",
    openalex = "W2128919173",
    references = "burdonjones1952development, doi1010079789401149044, doi101016b9780122825057x50015, doi101017s0022336000059977, doi10103821631, doi101038387489a0, doi101073pnas972111359, doi101073pnas9794469, doi101093oxfordjournalsmolbeva026241, doi101093oxfordjournalsmolbeva040071, doi101098rspb20001111, doi101098rstb19940059, doi101098rstb19950029, doi101111j109600311995tb00092x, doi101111j109600311998tb00338x, doi101111j109600311999tb00277x, doi101111j109600311999tb00278x, doi101111j146363951991tb00312x, doi101111j146364091997tb00412x, doi101111j1469185x1988tb00631x, doi101111j150239311995tb01591x, doi101111j155856461985tb00420x, doi101111j155856461988tb02497x, doi101126science28354091919, doi101126science2905493972, doi101126science7886451, doi105860choice334500, doi105860choice501469, openalexw654005152, openalexw659399033"
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Evolutionäre Biologen haben einfache Likelihood-Modelle für die Schätzung von Vorfahrzuständen und die Bewertung der Unabhängigkeit von Merkmalen auf spezifizierten Phylogenien übernommen; jedoch bleibt für die Schätzung von Phylogenien unter Verwendung diskreter morphologischer Daten die maximale Parsimonie die einzige Option. Dieser Artikel untersucht die Möglichkeit, standardisierte, gut verhaltene Markov-Modelle zur Schätzung morphologischer Phylogenien (einschließlich Astlängen) unter dem Likelihood-Kriterium zu verwenden. Eine wichtige Modifikation standardisierter Markov-Modelle besteht darin, die Likelihood bedingt auf die Variabilität der Merkmale zu machen, da konstante Merkmale in morphologischen Datensätzen fehlen. Ohne diese Modifikation werden Astlängen häufig überschätzt, was zu potenziell schwerwiegenden Verzerrungen bei der Auswahl der Baumtopologie führt. Ein explizit modellbasierter Ansatz zur phylogenetischen Analyse diskreter morphologischer Daten eröffnet mehrere neue Forschungsrichtungen, einschließlich kombinierter-Daten-Likelihood-Analysen (Morphologie + Sequenzdaten), Likelihood-Quoten-Tests und Bayes'scher Analysen.

@article{doi101080106351501753462876,
    author = "Lewis, Paul O.",
    title = "A Likelihood Approach to Estimating Phylogeny from Discrete Morphological Character Data",
    year = "2001",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Evolutionäre Biologen haben einfache Likelihood-Modelle für die Schätzung von Vorfahrzuständen und die Bewertung der Unabhängigkeit von Merkmalen auf spezifizierten Phylogenien übernommen; jedoch bleibt für die Schätzung von Phylogenien unter Verwendung diskreter morphologischer Daten die maximale Parsimonie die einzige Option. Dieser Artikel untersucht die Möglichkeit, standardisierte, gut verhaltene Markov-Modelle zur Schätzung morphologischer Phylogenien (einschließlich Astlängen) unter dem Likelihood-Kriterium zu verwenden. Eine wichtige Modifikation standardisierter Markov-Modelle besteht darin, die Likelihood bedingt auf die Variabilität der Merkmale zu machen, da konstante Merkmale in morphologischen Datensätzen fehlen. Ohne diese Modifikation werden Astlängen häufig überschätzt, was zu potenziell schwerwiegenden Verzerrungen bei der Auswahl der Baumtopologie führt. Ein explizit modellbasierter Ansatz zur phylogenetischen Analyse diskreter morphologischer Daten eröffnet mehrere neue Forschungsrichtungen, einschließlich kombinierter-Daten-Likelihood-Analysen (Morphologie + Sequenzdaten), Likelihood-Quoten-Tests und Bayes'scher Analysen.",
    url = "https://doi.org/10.1080/106351501753462876",
    doi = "10.1080/106351501753462876",
    openalex = "W2122082385",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi101007bf02338839, doi101016b9781483232119500097, doi101093oxfordjournalsmolbeva025811, doi101093oxfordjournalsmolbeva026160, doi101098rspb19940006, doi1012019781003456285, openalexw2994240441"
}

@article{doi101016s1055790302003329,
    author = "Miya, Masaki und Takeshima, Hirohiko und Endo, Hiromitsu und Ishiguro, Naoya B. und Inoue, Jun und Mukai, Takahiko und Satoh, Takashi und Yamaguchi, Motoomi und Kawaguchi, Akira und Mabuchi, Kohji und Shirai, Shigeru und Nishida, Mutsumi",
    title = "Major patterns of higher teleostean phylogenies: a new perspective based on 100 complete mitochondrial DNA sequences",
    year = "2002",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/s1055-7903(02)00332-9",
    doi = "10.1016/s1055-7903(02)00332-9",
    openalex = "W2170114989",
    references = "applegate1967phyletic, bonde1974interrelationships, doi101007bf00160154, doi101016s0016699588800664, doi101093bioinformatics149817, doi101093oxfordjournalsmolbeva003741, doi101111j109600311996tb00196x, doi101111j109600311999tb00277x, doi101111j155856461982tb05453x, doi101111j155856461983tb05533x, doi101111j155856461988tb02497x, doi101146annureven10010165000525, doi1023071375442, doi1023071437499, doi1023071444873, doi1023073514548, openalexw571605905"
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@article{doi101016s0012825202001319,
    author = "Taylor, Paul D. und Wilson, Mark A.",
    title = "Paläoökologie und Evolution mariner Hartsubstrat-Gemeinschaften",
    year = "2003",
    journal = "Earth-Science Reviews",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0012-8252(02)00131-9",
    doi = "10.1016/s0012-8252(02)00131-9",
    openalex = "W1998311295",
    references = "crossref1977patterns, doi1010079781475707403, doi1010079783642659232, doi101007s003380000129, doi1010160037073894900264, doi101016c20090029031, doi101016s0301926896000617, doi101016s0967065397808939, doi101017s0022336000025567, doi101017s0022336000038932, doi101017s0094837300005352, doi101046j13653091200000003x, doi10108008927019809378348, doi101086283381, doi101086629241, doi101111j136530911990tb00147x, doi101111j136530911993tb01364x, doi101111j1469185x1983tb00380x, doi101126science11538249, doi1011300091761319980261091afrfoh23co2, doi101144pygs5211, doi101146annurevecolsys271477, doi1012019781003077831, doi1023071936969, doi1023072403105, doi1023073514631, doi1023073514786, doi1023073515314, doi1023073515363, doi103354meps058175, jablonski1983larval, openalexw1528487914, openalexw1608366422, openalexw2152529191, simpson1978patterns"
}

Die Entwicklung der subtropischen (30–35°N) oberen Ozeantemperaturen während der Kreidezeit wird aus den Sauerstoffisotopenzusammensetzungen von 64 Fischzähnen (Schmelz) aus der westlichen Tethys-Plattform abgeleitet. Die mittleren δ 18 O-Werte von 22‰ am Berriasian-Valanginian-Grenze nehmen ab, mit Schwankungen bis 18,5‰ um die Cenomanian-Turonian-Grenze, und steigen bis zum Ende der Kreidezeit schrittweise auf 21,5‰ an. Die Ähnlichkeit dieser Sauerstoffisotopenkurve für Bioapatite aus Plattformumgebungen mit denen von Foraminiferen und Bulk-Karbonaten, die in tieferen Gewässern und an anderen paläobreiten abgelagert wurden, deutet darauf hin, dass sie globale Klimasignale aufzeichnen. Wichtige Abkühlungsereignisse im Millionen-Jahres-Maßstab können unterschieden werden: (1) an der Berriasian-Valanginian-Grenze und (2) während des frühesten späten Valanginian. Ein drittes Abkühlungsereignis wird während des frühesten Aptian detektiert. Diese Ereignisse, die bereits als Eiszeit-Interludes während der unteren Kreidezeit vorgeschlagen wurden, werden auch an subtropischen Breiten aufgezeichnet. Eine schrittweise Erwärmung wird vom Aptian bis zum Cenomanian-Turonian-Intervall identifiziert, die einem thermischen Optimum entspricht, und dann nahmen die oberen Ozeantemperaturen bis zum Maastrichtian ab. Minimale isotopische Temperaturen reichen von 15°C bis 28°C, unter der Annahme eines δ 18 O Meerwasser von −1‰, für eine eisfreie Welt. Unter Berücksichtigung realistischerer δ 18 O Meerwasserwerte von ∼0‰ für tropische Gewässer, während glazialer Perioden (innerhalb des Berriasian-Valanginian-Intervalls und frühesten Aptian) oder mit überdurchschnittlichen Salinitäten (möglicherweise das Maastrichtian), werden die Temperaturen um 4–5°C erhöht. Temperaturunterschiede zwischen klimatischen Extremen des Valanginian und Cenomanian-Turonian werden auf 10°C geschätzt. Latitudinale thermische Gradienten für das Albian-Cenomanian, Turonian und Maastrichtian betrugen 0,2–0,3°C/° Breite und waren somit schwächer als moderne ozeanische Werte bei etwa 0,4°C/° Breite.

@article{doi1010292002pa000823,
    author = "Pucéat, Emmanuelle und Lécuyer, Christophe und Sheppard, Simon M.F. und Dromart, Gilles und Reboulet, Stéphane und Grandjean, Patricia",
    title = "Thermische Evolution der Kreidezeitlichen Tethys-Meerwasser, abgeleitet aus der Sauerstoffisotopenzusammensetzung von Fischzahn-Schmelz",
    year = "2003",
    journal = "Paleoceanography",
    abstract = "Die Entwicklung der subtropischen (30–35°N) oberen Ozeantemperaturen während der Kreidezeit wird aus den Sauerstoffisotopenzusammensetzungen von 64 Fischzähnen (Schmelz) aus der westlichen Tethys-Plattform abgeleitet. Die mittleren δ 18 O-Werte von 22‰ am Berriasian-Valanginian-Grenze nehmen ab, mit Schwankungen bis 18,5‰ um die Cenomanian-Turonian-Grenze, und steigen bis zum Ende der Kreidezeit schrittweise auf 21,5‰ an. Die Ähnlichkeit dieser Sauerstoffisotopenkurve für Bioapatite aus Plattformumgebungen mit denen von Foraminiferen und Bulk-Karbonaten, die in tieferen Gewässern und an anderen paläobreiten abgelagert wurden, deutet darauf hin, dass sie globale Klimasignale aufzeichnen. Wichtige Abkühlungsereignisse im Millionen-Jahres-Maßstab können unterschieden werden: (1) an der Berriasian-Valanginian-Grenze und (2) während des frühesten späten Valanginian. Ein drittes Abkühlungsereignis wird während des frühesten Aptian detektiert. Diese Ereignisse, die bereits als Eiszeit-Interludes während der unteren Kreidezeit vorgeschlagen wurden, werden auch an subtropischen Breiten aufgezeichnet. Eine schrittweise Erwärmung wird vom Aptian bis zum Cenomanian-Turonian-Intervall identifiziert, die einem thermischen Optimum entspricht, und dann nahmen die oberen Ozeantemperaturen bis zum Maastrichtian ab. Minimale isotopische Temperaturen reichen von 15°C bis 28°C, unter der Annahme eines δ 18 O Meerwasser von −1‰, für eine eisfreie Welt. Unter Berücksichtigung realistischerer δ 18 O Meerwasserwerte von ∼0‰ für tropische Gewässer, während glazialer Perioden (innerhalb des Berriasian-Valanginian-Intervalls und frühesten Aptian) oder mit überdurchschnittlichen Salinitäten (möglicherweise das Maastrichtian), werden die Temperaturen um 4–5°C erhöht. Temperaturunterschiede zwischen klimatischen Extremen des Valanginian und Cenomanian-Turonian werden auf 10°C geschätzt. Latitudinale thermische Gradienten für das Albian-Cenomanian, Turonian und Maastrichtian betrugen 0,2–0,3°C/° Breite und waren somit schwächer als moderne ozeanische Werte bei etwa 0,4°C/° Breite.",
    url = "https://doi.org/10.1029/2002pa000823",
    doi = "10.1029/2002pa000823",
    openalex = "W1639686691",
    references = "doi1010160012821x89900186, doi101016s0012825299000483, doi101126science28253972241, doi10113000917613198614703pefcnp20co2, doi1011300091761319880160022lctvan23co2, doi1011300091761319980260995adswat23co2"
}

Der Anstieg der Anzahl großer Datensätze und die Komplexität aktueller probabilistischer Sequenz-Evolutionsmodelle erfordern schnelle und zuverlässige Methoden zur Phylogenie-Rekonstruktion. Wir beschreiben einen neuen Ansatz, der auf dem Maximum-Likelihood-Prinzip basiert und diese Anforderungen eindeutig erfüllt. Der Kern dieser Methode ist ein einfacher Hill-Climbing-Algorithmus, der Baumtopologie und Astlängen gleichzeitig anpasst. Dieser Algorithmus beginnt mit einem initialen Baum, der von einer schnellen distanzbasierten Methode erstellt wurde, und modifiziert diesen Baum, um seine Likelihood bei jeder Iteration zu verbessern. Aufgrund dieser simultanen Anpassung von Topologie und Astlängen reichen nur wenige Iterationen aus, um ein Optimum zu erreichen. Wir verwendeten umfangreiche und realistische Computersimulationen, um zu zeigen, dass die topologische Genauigkeit dieser neuen Methode mindestens so hoch ist wie die bestehender Maximum-Likelihood-Programme und deutlich höher als die Leistung distanzbasierter und Parsimonie-Ansätze. Die Reduzierung der Rechenzeit ist im Vergleich zu anderen Maximum-Likelihood-Paketen dramatisch, während die Fähigkeit zur Likelihood-Maximierung tendenziell höher ist. Beispielsweise waren nur 12 Minuten auf einem Standard-Personalcomputer erforderlich, um einen Datensatz zu analysieren, der aus 500 rbcL-Sequenzen mit 1.428 Basenpaaren von Pflanzenplastiden besteht, wodurch eine Geschwindigkeit erreicht wurde, die derselben Größenordnung entspricht wie einige beliebte distanzbasierte und Parsimonie-Algorithmen. Diese neue Methode ist im PHYML-Programm implementiert, das auf unserer Webseite kostenlos verfügbar ist: http://www.lirmm.fr/w3ifa/MAAS/.

@article{doi10108010635150390235520,
    author = "Guindon, Stéphane und Gascuel, Olivier",
    title = "A Simple, Fast, and Accurate Algorithm to Estimate Large Phylogenies by Maximum Likelihood",
    year = "2003",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Der Anstieg der Anzahl großer Datensätze und die Komplexität aktueller probabilistischer Sequenz-Evolutionsmodelle erfordern schnelle und zuverlässige Methoden zur Phylogenie-Rekonstruktion. Wir beschreiben einen neuen Ansatz, der auf dem Maximum-Likelihood-Prinzip basiert und diese Anforderungen eindeutig erfüllt. Der Kern dieser Methode ist ein einfacher Hill-Climbing-Algorithmus, der Baumtopologie und Astlängen gleichzeitig anpasst. Dieser Algorithmus beginnt mit einem initialen Baum, der von einer schnellen distanzbasierten Methode erstellt wurde, und modifiziert diesen Baum, um seine Likelihood bei jeder Iteration zu verbessern. Aufgrund dieser simultanen Anpassung von Topologie und Astlängen reichen nur wenige Iterationen aus, um ein Optimum zu erreichen. Wir verwendeten umfangreiche und realistische Computersimulationen, um zu zeigen, dass die topologische Genauigkeit dieser neuen Methode mindestens so hoch ist wie die bestehender Maximum-Likelihood-Programme und deutlich höher als die Leistung distanzbasierter und Parsimonie-Ansätze. Die Reduzierung der Rechenzeit ist im Vergleich zu anderen Maximum-Likelihood-Paketen dramatisch, während die Fähigkeit zur Likelihood-Maximierung tendenziell höher ist. Beispielsweise waren nur 12 Minuten auf einem Standard-Personalcomputer erforderlich, um einen Datensatz zu analysieren, der aus 500 rbcL-Sequenzen mit 1.428 Basenpaaren von Pflanzenplastiden besteht, wodurch eine Geschwindigkeit erreicht wurde, die derselben Größenordnung entspricht wie einige beliebte distanzbasierte und Parsimonie-Algorithmen. Diese neue Methode ist im PHYML-Programm implementiert, das auf unserer Webseite kostenlos verfügbar ist: http://www.lirmm.fr/w3ifa/MAAS/.",
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150390235520",
    doi = "10.1080/10635150390235520",
    openalex = "W2103546861",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf01731581, doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi101016b9781483232119500097, doi101093bioinformatics178754, doi101093oxfordjournalsmolbeva025664, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101093oxfordjournalsmolbeva040454, doi101111j155856461985tb00420x, openalexw2002446259, openalexw2170120409, openalexw2994240441, openalexw3199943451, openalexw3217097258"
}

@article{doi101086383584,
    author = "Wooding, Stephen",
    title = "Inferring Phylogenies.",
    year = "2004",
    journal = "The American Journal of Human Genetics",
    url = "https://doi.org/10.1086/383584",
    doi = "10.1086/383584",
    openalex = "W4233815609"
}

Ein phylogenetischer Ansatz zur Entstehung und Aufrechterhaltung der Artenvielfalt erfordert idealerweise die Erfassung aller Arten innerhalb eines Kladus, die Bestätigung, dass sie evolutionär distincte Einheiten sind, und Kenntnisse über ihre geografischen Verbreitungsgebiete. In den marinen Tropen beschränken sich solche Studien meist auf Fische und riffassoziierte Organismen, die in der Regel eine hohe Ausbreitungsfähigkeit aufweisen. Im Gegensatz dazu sind Schnecken der Gattung Echinolittorina (Littorinidae) auf felsige Küsten beschränkt, haben eine pelagische Entwicklungsdauer von vier Wochen (und eine dokumentierte Ausbreitung bis zu 1400 km) und zeigen unterschiedliche evolutionäre Muster. Wir präsentieren eine vollständige molekulare Phylogenie von Echinolittorina, die aus einer bayesianischen Analyse von Sequenzen aus nuklearen 28S rRNA- und mitochondrialen 12S rRNA- sowie COI-Genen abgeleitet wurde (Knotensupport durch posteriore Wahrscheinlichkeiten, Maximum-Likelihood und Neighbor-Joining-Bootstrap angegeben). Dies umfasst 59 evolutionär signifikante Einheiten (ESUs), einschließlich aller 50 bekannten taxonomischen Arten. Die 26 ESUs, die in der Region Indischer-Westpazifik gefunden wurden, bilden einen einzigen Kladus, während die Arten des östlichen Pazifiks und des Atlantiks basal sind. Das älteste Fossil trat während des mittleren Eozäns im Tethys-Ozean auf, und wir schlagen vor, dass der Kladus des Indischen-Westpazifiks seit der Schließung des Tethys-Seewegs im frühen Miozän isoliert war. Die geografischen Verbreitungsgebiete aller Arten (basierend auf mehr als 3700 Lokalitätsaufzeichnungen) scheinen durch Barrieren niedriger Temperaturen, ungeeigneter sedimentärer Lebensräume, Wasserstrecken, die etwa 1400 km überschreiten, und Unterschiede in den ozeanographischen Bedingungen entlang des Kontinuums zwischen ozeanischen und kontinentalen Gebieten begrenzt zu sein. Die geografischen Verbreitungsgebiete von Schwesterarten zeigen wenig bis keinen Überlappung, was darauf hindeutet, dass der Artbildungsmodus überwiegend allopatrisch ist. Darüber hinaus scheint die Verbreitungserweiterung nach der Artbildung begrenzt gewesen zu sein, da ein hohes Maß an Allopatrie durch drei bis fünf Verzweigungspunkte der Phylogenie aufrechterhalten wird. Dies könnte durch seltene Langstreckenkolonisation, Habitat-Spezialisierung entlang des ozeanischen/kontinentalen Gradienten und möglicherweise durch interspezifische Konkurrenz erklärt werden. Im östlichen Pazifik plus Atlantik identifizieren wir fünf Fälle von Divergenz auf beiden Seiten des Panamakanals, aber unsere Altersschätzungen gehen der Entstehung des Panamakanals voraus. Es gibt drei Beispiele von Schwesterbeziehungen zwischen Arten im westlichen und östlichen Atlantik, die alle auf eine Ausbreitung nach Osten zurückzuführen sind. Innerhalb des Indischen-Westpazifiks finden wir kein geografisches Muster von Artbildungsereignissen; eng endemische Arten jüngeren Ursprungs sind sowohl in peripheren als auch in zentralen Teilen der Region vorhanden. Hinweise aus geschätzten Divergenzzeiten von Schwesterarten und aus einem Plot der Anzahl der Linien über die Zeit deuten darauf hin, dass es während der glazio-eustatischen Zyklen des Plio-Pleistozäns zu keiner Beschleunigung der Diversifizierung gekommen ist. Im Vergleich zu riffassoziierten Organismen sind Arten von Echinolittorina auf felsigen Küsten möglicherweise weniger anfällig für Aussterben oder Isolation während Meeresschwankungen. Die Artenvielfalt von Echinolittorina in den klassischen biogeografischen Provinzen entspricht dem gemeinsamen Muster der höchsten Vielfalt (11 Arten) im zentralen „Dreieck der Ostindien" des Indischen-Westpazifiks, mit einem Nebenschwerpunkt im östlichen Pazifik und westlichen Atlantik und der geringsten Vielfalt im östlichen Atlantik. Der Vielfaltsschwerpunkt im Dreieck der Ostindien wird durch ein Mosaik aus eingeschränkt allopatrischen Arten und dem Überlappung weniger weit verbreiteter Arten erzeugt und ist das Ergebnis von Habitat-Spezialisierung statt historischer Vikarianz. Diese Studie betont die Pluralität biogeografischer Geschichten und Artbildungsmuster in den marinen Tropen.

@article{doi101111j001438202004tb01600x,
    author = "Williams, S T and Reid, D G",
    title = "Artbildung und Vielfalt an tropischen Felsküsten: eine globale Phylogenie von Schnecken der Gattung Echinolittorina.",
    year = "2004",
    journal = "Evolution; international journal of organic evolution",
    abstract = {Ein phylogenetischer Ansatz zur Entstehung und Aufrechterhaltung der Artenvielfalt erfordert idealerweise die Stichprobenentnahme aller Arten innerhalb eines Klades, die Bestätigung, dass sie evolutionär distincte Einheiten sind, und Kenntnisse ihrer geografischen Verbreitung. In den marinen Tropen beschränken sich solche Studien meist auf Fische und riffassoziierte Organismen, die in der Regel eine hohe Ausbreitungsfähigkeit aufweisen. Im Gegensatz dazu sind Schnecken der Gattung Echinolittorina (Littorinidae) auf Felsküsten beschränkt, haben eine pelagische Entwicklungsdauer von vier Wochen (und eine dokumentierte Ausbreitung bis zu 1400 km) und zeigen unterschiedliche evolutionäre Muster. Wir präsentieren eine vollständige molekulare Phylogenie von Echinolittorina, die aus einer Bayes'schen Analyse von Sequenzen aus nuklearen 28S rRNA- und mitochondrialen 12S rRNA- und COI-Genen abgeleitet wurde (Knotensupport durch posteriore Wahrscheinlichkeiten, Maximum-Likelihood und Neighbor-Joining-Bootstrap angegeben). Dies besteht aus 59 evolutionär signifikanten Einheiten (ESUs), einschließlich aller 50 bekannten taxonomischen Arten. Die 26 ESUs, die in der Region Indischer Ozean-Westpazifik gefunden wurden, bilden ein einzelnes Klad, während die Arten des östlichen Pazifiks und des Atlantiks basal sind. Das älteste Fossil trat während des mittleren Eozäns im Tethys auf, und wir schlagen vor, dass das Klad des Indischen Ozeans-Westpazifiks seit der Schließung des Tethys-Verbindungswegs im frühen Miozän isoliert war. Die geografischen Verbreitungen aller Arten (basierend auf mehr als 3700 Lokalitätsaufzeichnungen) scheinen durch Barrieren niedriger Temperaturen, ungeeigneter sedimentärer Lebensräume, Abschnitte offenen Wassers, die etwa 1400 km überschreiten, und Unterschiede in den ozeanographischen Bedingungen entlang des Kontinuums zwischen ozeanischen und kontinentalen Gebieten begrenzt zu sein. Die geografischen Verbreitungen von Schwesterarten zeigen wenig oder keinen Überlappung, was darauf hindeutet, dass der Artbildungsmodus überwiegend allopatrisch ist. Darüber hinaus scheint die Verbreitungserweiterung nach der Artbildung begrenzt gewesen zu sein, da ein hohes Maß an Allopatrie durch drei bis fünf Verzweigungspunkte der Phylogenie aufrechterhalten wird. Dies kann durch seltene Fernkolonisation, Habitat-Spezialisierung entlang des ozeanischen/kontinentalen Gradienten und möglicherweise durch interspezifische Konkurrenz erklärt werden. Im östlichen Pazifik plus Atlantik identifizieren wir fünf Fälle von Divergenz auf beiden Seiten des Isthmus von Panama, aber unsere Altersschätzungen gehen der Entstehung des Isthmus voraus. Es gibt drei Beispiele von Schwesterbeziehungen zwischen Arten im westlichen und östlichen Atlantik, die alle auf eine Ausbreitung nach Osten zurückzuführen sind. Innerhalb des Indischen Ozeans-Westpazifiks finden wir kein geografisches Muster von Artbildungsereignissen; eng endemische Arten jüngeren Ursprungs sind sowohl in peripheren als auch in zentralen Teilen der Region vorhanden. Hinweise aus geschätzten Divergenzzeiten von Schwesterarten und aus einem Plot der Anzahl von Linien über die Zeit deuten darauf hin, dass es während der glazio-eustatischen Zyklen des Plio-Pleistozäns zu keiner Beschleunigung der Diversifizierung gekommen ist. Im Vergleich zu riffassoziierten Organismen können Arten von Echinolittorina an Felsküsten weniger anfällig für Aussterben oder Isolation während Meeresschwankungen sein. Die Artenvielfalt von Echinolittorina in den klassischen biogeografischen Provinzen entspricht dem gemeinsamen Muster der höchsten Vielfalt (11 Arten) im zentralen „East Indies Triangle" des Indischen Ozeans-Westpazifiks, mit einem sekundären Fokus im östlichen Pazifik und westlichen Atlantik und der geringsten Vielfalt im östlichen Atlantik. Der Vielfaltsfokus im East Indies Triangle wird durch ein Mosaik aus eingeschränkt allopatrischen Arten und Überlappung weniger weit verbreiteter Arten erzeugt und ist das Ergebnis von Habitat-Spezialisierung statt historischer Vikarianz. Diese Studie betont die Pluralität biogeografischer Geschichten und Artbildungsmuster in den marinen Tropen.},
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15562687/",
    doi = "10.1111/j.0014-3820.2004.tb01600.x",
    openalex = "W2180951634",
    pmid = "15562687",
    references = "doi101016s016953470102198x, doi101038324137a0, doi101073pnas86166196, doi101093bioinformatics178754, doi101093nar22224673, doi101093nar25244876, doi1023071447682, openalexw1505736461, openalexw1840956397, openalexw3217097258"
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Die Ursprünge evolutionärer Innovationen wurden intensiv untersucht, doch über ihre großräumlichen ökologischen Muster ist relativ wenig bekannt. Bei post-paläozoischen benthischen marinen Wirbellosen, die den reichsten und am dichtesten beprobten Fossilbericht aufweisen, treten Ordnungen als Taxa tendenziell zuerst in küstennahen, gestörten Lebensräumen auf, selbst bei Gruppen, die heute ausschließlich in Tiefwasser vorkommen (so dass heutige Verbreitungen keine verlässlichen Indikatoren für ursprüngliche Lebensräume sind). Neue hier präsentierte Ergebnisse zeigen, dass das Muster der küstennahen Entstehung robust gegenüber Verschiebungen in taxonomischen Methoden und neuen paläontologischen Entdeckungen ist, und die wenigen verfügbaren Studien deuten darauf hin, dass dieses Muster auch als Ausflüge im Morphoraum oder als Erwerbung abgeleiteter Charakterzustände interpretiert werden kann, ohne Bezug auf taxonomische Kategorien. Das ökologische Muster auf hohen Ebenen unterscheidet sich signifikant von der Entstehung niedrigstufiger Neuheiten (wie definierter Gattungen und Familien) bei Seelilien, Seeigel und Bryozoen, bei denen die ersten Auftritte tendenziell ihren kladenspezifischen bathymetrischen Diversitätsgradienten entsprechen. Diese Diskrepanz scheint potenzielle treibende Mechanismen auszuschließen, die einfach genetische oder ökologische Prozesse innerhalb von Populationen hochskalieren. Wenig ist über die Faktoren bekannt, die die küstenwärts-offshore Expansion von Ordnungen über das Kontinentalschelf fördern, oder die einige Klade dazu treiben, ancestrale Lebensräume für eine ausschließlich tiefwasserbezogene Verteilung aufzugeben. Die Entstehung evolutionärer Innovation muss letztlich in entwicklungsbiologischen Veränderungen residieren, aber die Verzerrung der küstennahen Entstehung könnte aus zwei verschiedenen Dynamiken hervorgehen: das Muster könnte primär genetisch und entwicklungsbiologisch sein, d. h., Innovationen entstehen wirklich küstenwärts; oder primär ökologisch, d. h., Innovationen entstehen zufällig, überleben aber bevorzugt küstenwärts. Unabhängig von den letztendlichen treibenden Mechanismen zeigen diese makroevolutionären Muster, dass Theorien über großräumige evolutionäre Neuheiten eine ökologische Dimension einschließen müssen.

@article{doi101002jezb21075,
    author = "Jablonski, David",
    title = "Evolutionäre Innovationen im Fossilbericht: der Schnittpunkt von Ökologie, Entwicklung und Makroevolution",
    year = "2005",
    journal = "Journal of Experimental Zoology Part B Molecular and Developmental Evolution",
    abstract = "Die Ursprünge evolutionärer Innovationen wurden intensiv untersucht, doch über ihre großräumlichen ökologischen Muster ist relativ wenig bekannt. Bei post-paläozoischen benthischen marinen Wirbellosen, die den reichsten und am dichtesten beprobten Fossilbericht aufweisen, treten Ordnungen als Taxa tendenziell zuerst in küstennahen, gestörten Lebensräumen auf, selbst bei Gruppen, die heute ausschließlich in Tiefwasser vorkommen (so dass heutige Verbreitungen keine verlässlichen Indikatoren für ursprüngliche Lebensräume sind). Neue hier präsentierte Ergebnisse zeigen, dass das Muster der küstennahen Entstehung robust gegenüber Verschiebungen in taxonomischen Methoden und neuen paläontologischen Entdeckungen ist, und die wenigen verfügbaren Studien deuten darauf hin, dass dieses Muster auch als Ausflüge im Morphoraum oder als Erwerbung abgeleiteter Charakterzustände interpretiert werden kann, ohne Bezug auf taxonomische Kategorien. Das ökologische Muster auf hohen Ebenen unterscheidet sich signifikant von der Entstehung niedrigstufiger Neuheiten (wie definierter Gattungen und Familien) bei Seelilien, Seeigel und Bryozoen, bei denen die ersten Auftritte tendenziell ihren kladenspezifischen bathymetrischen Diversitätsgradienten entsprechen. Diese Diskrepanz scheint potenzielle treibende Mechanismen auszuschließen, die einfach genetische oder ökologische Prozesse innerhalb von Populationen hochskalieren. Wenig ist über die Faktoren bekannt, die die küstenwärts-offshore Expansion von Ordnungen über das Kontinentalschelf fördern, oder die einige Klade dazu treiben, ancestrale Lebensräume für eine ausschließlich tiefwasserbezogene Verteilung aufzugeben. Die Entstehung evolutionärer Innovation muss letztlich in entwicklungsbiologischen Veränderungen residieren, aber die Verzerrung der küstennahen Entstehung könnte aus zwei verschiedenen Dynamiken hervorgehen: das Muster könnte primär genetisch und entwicklungsbiologisch sein, d. h., Innovationen entstehen wirklich küstenwärts; oder primär ökologisch, d. h., Innovationen entstehen zufällig, überleben aber bevorzugt küstenwärts. Unabhängig von den letztendlichen treibenden Mechanismen zeigen diese makroevolutionären Muster, dass Theorien über großräumige evolutionäre Neuheiten eine ökologische Dimension einschließen müssen.",
    url = "https://doi.org/10.1002/jez.b.21075",
    doi = "10.1002/jez.b.21075",
    openalex = "W2071059397",
    references = "bretsky1968evolution, doi1016660094837320000260056cefisg20co2"
}

Die Parsimonieanalyse (Kladistik) ist seit langem eine der am weitesten verbreiteten Methoden der phylogenetischen Inferenz in den Bereichen der systematischen und evolutionären Biologie. Darüber hinaus verfügt sie über mathematische Eigenschaften, die sich für den Einsatz mit komplexen, genomweiten Datensätzen eignen. In diesem Buch überprüfen Spezialisten philosophische, statistische, methodologische und mathematische Aspekte der Parsimonieanalyse und demonstrieren das Potenzial, das diese leistungsstarke Methode zur hierarchischen Datenzusammenfassung für die strukturelle und funktionelle Genomikforschung hat.

@book{doi101093acprofoso97801992973060010001,
    author = "Albert, Victor A.",
    title = "Parsimony, Phylogeny, and Genomics",
    year = "2006",
    booktitle = "Oxford University Press eBooks",
    abstract = "Parsimony analysis (cladistics) has long been one of the most widely used methods of phylogenetic inference in the fields of systematic and evolutionary biology. Moreover, it has mathematical attributes that lend themselves for use with complex, genomic-sacle data sets. In this book, specialists review philosophical, statistical, methodological, and mathematical aspects of parsimony analysis, and demonstrate the potential that this powerful hierarchical data summarization method has for both structural and functional genomics research.",
    url = "https://doi.org/10.1093/acprof:oso/9780199297306.001.0001",
    doi = "10.1093/acprof:oso/9780199297306.001.0001",
    openalex = "W1527858535",
    references = "doi101016002555648290027x, doi101111j109600311995tb00092x, doi1023071220820, doi1023072412452, doi1023072992272"
}

Americanae entsteht als gemeinsames Projekt innerhalb des Europäischen Netzwerks für Information und Dokumentation über Lateinamerika (REDIAL) und wurde von der Bibliothek der Spanischen Agentur für Internationale Zusammenarbeit für Entwicklung (AECID) vorangetrieben. Diese neue virtuelle Bibliothek macht digitale Bücher zum Thema Amerikanistik für Forscher und interessierte Nutzer aus der ganzen Welt zugänglicher.

@incollection{doi1012019781420006391ch7,
    author = "Thiel, Martín und Haye, Pilar A.",
    title = "The Ecology Of Rafting In The Marine Environment. Iii. Biogeographical And Evolutionary Consequences",
    year = "2006",
    booktitle = "Oceanography and Marine Biology/Oceanography and marine biology - ein jährliches Review",
    abstract = "Americanae entsteht als gemeinsames Projekt innerhalb des Europäischen Netzwerks für Information und Dokumentation über Lateinamerika (REDIAL) und wurde von der Bibliothek der Spanischen Agentur für Internationale Zusammenarbeit für Entwicklung (AECID) vorangetrieben. Diese neue virtuelle Bibliothek macht digitale Bücher zum Thema Amerikanistik für Forscher und interessierte Nutzer aus der ganzen Welt zugänglicher.",
    url = "https://doi.org/10.1201/9781420006391.ch7",
    doi = "10.1201/9781420006391.ch7",
    openalex = "W24039824",
    references = "doi101111j001438202004tb01600x"
}

Die Temperatur steuert die Geschwindigkeit grundlegender biochemischer Prozesse und reguliert damit Organismus-Attribute, einschließlich Entwicklungsrate und Überlebensfähigkeit. Der Anstieg der Stoffwechselrate mit der Temperatur erklärt erhebliche zwischenartliche Variationen in Lebensgeschichtseigenschaften, Populationsdynamiken und Ökosystemprozessen. Die Temperatur kann auch innerhalb von Arten Variabilität der Stoffwechselrate verursachen. Hier vergleichen wir die Wirkung der Temperatur auf einen Schlüsselbestandteil mariner Lebenszyklen bei einer geografisch und taxonomisch diversen Gruppe mariner Fische und Wirbelloser. Obwohl unzählige Laborstudien den negativen Effekt der Temperatur auf die Larvenentwicklungszeit dokumentieren, ist wenig über die Allgemeingültigkeit versus Taxon-Abhängigkeit dieser Beziehung bekannt. Wir präsentieren ein einheitliches, parametrisiertes Modell für die Temperaturabhängigkeit der Larvenentwicklung bei Meerestieren. Da die Dauer des Larvenstadiums bekanntermaßen die Larvenstreuungsstrecke und das Überleben beeinflusst, könnten Änderungen der Ozeantemperatur einen direkten und vorhersehbaren Einfluss auf die Populationsvernetzung, die Gemeinschaftsstruktur und regionale bis globale Biodiversitätsmuster haben.

@article{doi101073pnas0603422104,
    author = "O’Connor, Mary I. und Bruno, John F. und Gaines, Steven D. und Halpern, Benjamin S. und Lester, Sarah E. und Kinlan, Brian P. und Weiss, Jack M.",
    title = "Temperature control of larval dispersal and the implications for marine ecology, evolution, and conservation",
    year = "2007",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Die Temperatur steuert die Geschwindigkeit grundlegender biochemischer Prozesse und reguliert damit Organismus-Attribute, einschließlich Entwicklungsrate und Überlebensfähigkeit. Der Anstieg der Stoffwechselrate mit der Temperatur erklärt erhebliche zwischenartliche Variationen in Lebensgeschichtseigenschaften, Populationsdynamiken und Ökosystemprozessen. Die Temperatur kann auch innerhalb von Arten Variabilität der Stoffwechselrate verursachen. Hier vergleichen wir die Wirkung der Temperatur auf einen Schlüsselbestandteil mariner Lebenszyklen bei einer geografisch und taxonomisch diversen Gruppe mariner Fische und Wirbelloser. Obwohl unzählige Laborstudien den negativen Effekt der Temperatur auf die Larvenentwicklungszeit dokumentieren, ist wenig über die Allgemeingültigkeit versus Taxon-Abhängigkeit dieser Beziehung bekannt. Wir präsentieren ein einheitliches, parametrisiertes Modell für die Temperaturabhängigkeit der Larvenentwicklung bei Meerestieren. Da die Dauer des Larvenstadiums bekanntermaßen die Larvenstreuungsstrecke und das Überleben beeinflusst, könnten Änderungen der Ozeantemperatur einen direkten und vorhersehbaren Einfluss auf die Populationsvernetzung, die Gemeinschaftsstruktur und regionale bis globale Biodiversitätsmuster haben.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0603422104",
    doi = "10.1073/pnas.0603422104",
    openalex = "W2157367008",
    references = "doi101016b9780122825057x50015, doi101086381872, doi101111j1469185x1950tb00585x, doi101146annureves16110185002011, thorson1950reproductive"
}

Die Bedeutung ökologischer Interaktionen für die Evolution von Tieren war Gegenstand intensiver Debatten unter Paläontologen, Evolutionsbiologen und Makroökologen. Um zu testen, ob die Intensität solcher Interaktionen mit dem säkularen evolutionären Trend der globalen Biodiversität korreliert, haben wir eine Artenebene-Datenbank der Prädationsintensität zusammengestellt, gemessen an der Häufigkeit häufiger Prädationsspuren (Bohrungen und Reparaturnarben mit einem Alter von Ediacaran bis Holozän). Die Ergebnisse zeigen, dass die Häufigkeit von Prädationsspuren im Ordovizium deutlich zunahm und nicht im mittleren Paläozoikum, wie von mehreren früheren Studien vorgeschlagen. Wichtig ist, dass diese Schätzungen der Prädationsintensität und der globalen Vielfalt mariner Metazoen sich im gesamten Phanerozoischen Fossilbericht korrelieren, unabhängig von den angewandten Korrekturen und Methoden. Diese Übereinstimmung könnte (i) ein ökologisches Signal darstellen: langfristige Kopplung von Vielfalt und Prädation; (ii) eine von der Vielfalt getriebene Diffusion von Prädationsverhalten: eine erhöhte Wahrscheinlichkeit, dass komplexere Prädationsstrategien auf höheren Diversitätsniveaus auftreten; oder (iii) eine irreführende Übereinstimmung in der Signalerfassung: ein Artefakt, bei dem seltene Arten und weniger häufige (z. B. spurbildende) Prädationsverhalten zu Zeiten besser detektierbar sind, wenn die Stichprobengröße verbessert wird. Die Kopplung von Prädations- und Vielfaltsaufzeichnungen deutet darauf hin, dass makroevolutionäre und makroökologische Muster gemeinsame kausale Mechanismen teilen, die entweder historische Prozesse oder Stichprobenartefakte widerspiegeln könnten.

@article{doi101073pnas0704960104,
    author = "Huntley, John Warren und Kowalewski, Michał",
    title = "Starke Kopplung der Prädationsintensität und der Vielfalt im Phanerozoischen Fossilbericht",
    year = "2007",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Die Bedeutung ökologischer Interaktionen für die Evolution von Tieren war Gegenstand intensiver Debatten unter Paläontologen, Evolutionsbiologen und Makroökologen. Um zu testen, ob die Intensität solcher Interaktionen mit dem säkularen evolutionären Trend der globalen Biodiversität korreliert, haben wir eine Artenebene-Datenbank der Prädationsintensität zusammengestellt, gemessen an der Häufigkeit häufiger Prädationsspuren (Bohrungen und Reparaturnarben mit einem Alter von Ediacaran bis Holozän). Die Ergebnisse zeigen, dass die Häufigkeit von Prädationsspuren im Ordovizium deutlich zunahm und nicht im mittleren Paläozoikum, wie von mehreren früheren Studien vorgeschlagen. Wichtig ist, dass diese Schätzungen der Prädationsintensität und der globalen Vielfalt mariner Metazoen sich im gesamten Phanerozoischen Fossilbericht korrelieren, unabhängig von den angewandten Korrekturen und Methoden. Diese Übereinstimmung könnte (i) ein ökologisches Signal darstellen: langfristige Kopplung von Vielfalt und Prädation; (ii) eine von der Vielfalt getriebene Diffusion von Prädationsverhalten: eine erhöhte Wahrscheinlichkeit, dass komplexere Prädationsstrategien auf höheren Diversitätsniveaus auftreten; oder (iii) eine irreführende Übereinstimmung in der Signalerfassung: ein Artefakt, bei dem seltene Arten und weniger häufige (z. B. spurbildende) Prädationsverhalten zu Zeiten besser detektierbar sind, wenn die Stichprobengröße verbessert wird. Die Kopplung von Prädations- und Vielfaltsaufzeichnungen deutet darauf hin, dass makroevolutionäre und makroökologische Muster gemeinsame kausale Mechanismen teilen, die entweder historische Prozesse oder Stichprobenartefakte widerspiegeln könnten.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0704960104",
    doi = "10.1073/pnas.0704960104",
    openalex = "W2043156007",
    references = "doi101038337695c0, doi1011300091761319980261091afrfoh23co2"
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Das CAT-Modell scheint robuster als WAG gegenüber Artefakten der langen Ast-Anziehung zu sein, hauptsächlich, weil es die hohe Wahrscheinlichkeit von Konvergenzen und Reversionen korrekt antizipiert, die durch die kleine effektive Größe des Aminosäure-Alphabets an jeder Stelle der Ausrichtung impliziert wird. Allgemeinere liefern unsere Ergebnisse starke Beweise dafür, dass stand-spezifische Merkmale im Substitutionsprozess berücksichtigt werden müssen, um zuverlässigere phylogenetische Bäume zu erhalten.

@article{doi101186147121487s1s4,
    author = "Lartillot, Nicolas und Brinkmann, Henner und Philippe, Hervé",
    title = "Unterdrückung von Artefakten der langen Ast-Anziehung in der tierischen Phylogenie unter Verwendung eines stand-spezifischen Modells",
    year = "2007",
    journal = "BMC Evolution",
    abstract = "Das CAT-Modell scheint robuster als WAG gegenüber Artefakten der langen Ast-Anziehung zu sein, hauptsächlich, weil es die hohe Wahrscheinlichkeit von Konvergenzen und Reversionen korrekt antizipiert, die durch die kleine effektive Größe des Aminosäure-Alphabets an jeder Stelle der Ausrichtung impliziert wird. Allgemeinere liefern unsere Ergebnisse starke Beweise dafür, dass stand-spezifische Merkmale im Substitutionsprozess berücksichtigt werden müssen, um zuverlässigere phylogenetische Bäume zu erhalten.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1471-2148-7-s1-s4",
    doi = "10.1186/1471-2148-7-s1-s4",
    openalex = "W2131527832",
    references = "doi101093molbevmsi111"
}

Assoziationen fossiler Gattungen und Arten zeigen in stratigraphischen Abschnitten häufig wiederholte und vorhersehbare Muster des Wandels. Diese Veränderungen weisen gewisse Analogien zum Phänomen der ökologischen Sukzession auf, stellen jedoch langfristigere allogene zeitliche Veränderungen dar, die sich über Zeitskalen von Zehntausenden bis Hunderttausenden von Jahren erstrecken und als biotische (faunistisch-floristische) Ersatzprozesse bezeichnet werden sollten. Habitat-Tracking ist einer von mehreren möglichen Mechanismen des biotischen Ersatzes, der jedoch in bestimmten marinen Settings von Bedeutung sein kann. Hinweise auf Tracking umfassen (1) das Wiederkehren ähnlicher Ersatzreihen unterschiedlichen Alters; (2) das Spiegelbildliche der vertikalen Ersatzung von Faunen durch laterale Gradienten von Artenassoziationen entlang einzelner Zeitebenen; (3) das Vorkommen ähnlicher Gradientenquerprofile an verschiedenen Zeitebenen; (4) die Korrelierbarkeit von Hochs und Tiefs quantitativer Faunenkurven (z. B. Variationen von Scores der detrended correspondence analysis) an verschiedenen Lokalitäten trotz Verschiebungen absoluter Scores; und (5) die hohe Fidelity-Wiederkehr stenotoper Arten in bestimmten Assoziationen, die eng definierte Umgebungen repräsentieren. Der Grad der ökologischen Fidelity (z. B. Ähnlichkeit der Artenvielfalt, der Gildenstruktur), der während des Trackings aufrechterhalten wird, ist variabel. Wiederkehrende Assemblagen in verschiedenen Zyklen, die durch bis zu mehrere Millionen Jahre getrennt sind, können sich hinsichtlich der Artenzusammensetzung und der trophischen Struktur sehr ähnlich sein. Gemeinsame Arten können jedoch signifikante Unterschiede in Rang und relativen Häufigkeiten aufweisen. Diese Evidenz deutet auf ein individualistisches Tracking bevorzugter Habitate durch verschiedene Arten hin. In Settings flacher Schelfe und Rampen können Seespiegelschwankungen etwa symmetrische Muster des biotischen Ersatzes erzeugen, bei denen Biofazies typischerweise in länglichen Gürteln parallel zur Ablagerungsstreik angeordnet sind. Asymmetrien sind jedoch häufig und können auf Variationen der Sedimentzufuhr während der Seespiegelschwankung zurückzuführen sein. Daher begünstigt der typisch niedrige siliklastische Input von Transgressionen vorhersagbar jene Organismen, die niedrigere Sedimentation oder Trübung benötigen und vielleicht Festgründe (hardgrounds), wohingegen der regressiv verlaufende Halbzklus bei analogen Tiefen eurytopen Organismen begünstigt, die höhere Sedimentation oder Trübung tolerieren oder bevorzugen. Das Phänomen des Trackings kann in der evolutionären Paläoökologie von erheblicher Bedeutung sein. Tracking impliziert, dass Arten häufig auf langfristige physikalische Veränderungen nicht durch Anpassung, sondern primär durch Migration von Arten in bevorzugte Habitate reagieren, wenn die Rate oder das Ausmaß der Umweltveränderung nicht zu groß ist. Unter der Voraussetzung, dass dieselbe grundlegende Umwelt über die Zeit bestand, trotz lateraler Verschiebungen bis zu Hunderten von Kilometern, waren die meisten Arten von benthischen Wirbellosen in der Lage, mit wenig oder keiner evolutionären Veränderung zu überleben. Tracking könnte die primäre Grundlage für Muster morphologischer Stasis sowie für relative Stabilität in Biofazies-Reichtum, -Zusammensetzung und -trophischer Struktur sein.

@article{doi102110palo2005p05028r,
    author = "BRETT, C. E. and Hendy, Austin und Bartholomew, Alexander und Bonelli, James R. und McLaughlin, Patrick I.",
    title = "REAKTION VON SHALLOW MARINEN BIOTAS AUF MEERESSPIEGEL-SCHWANKUNGEN: EINE ÜBERSICHT ÜBER FAUNALE ERSETZUNG UND DEN PROZESS DER HABITAT-TRACKING",
    year = "2007",
    journal = "Palaios",
    abstract = "Assoziationen fossiler Gattungen und Arten zeigen häufig wiederholte und vorhersehbare Muster des Wandels in stratigraphischen Abschnitten. Diese Veränderungen weisen einige Analogien zum Phänomen der ökologischen Sukzession auf, sind jedoch längerfristige allogene zeitliche Veränderungen, die über Zeitskalen von Zehntausenden bis Hunderttausenden von Jahren stattfinden und als biotische (faunale-florale) Ersetzung bezeichnet werden sollten. Habitat-Tracking ist einer von mehreren möglichen Mechanismen der biotischen Ersetzung, der jedoch in bestimmten marinen Settings von Bedeutung sein kann. Hinweise auf Tracking umfassen (1) Wiederkehr ähnlicher Ersetzungsreihen unterschiedlichen Alters; (2) Spiegelung der vertikalen Ersetzung von Faunen durch laterale Gradienten von Artenassoziationen entlang einzelner Zeitebenen; (3) das Vorkommen ähnlicher Gradienten-Querschnitte an verschiedenen Zeitebenen; (4) die Korrelierbarkeit von Hochs und Tiefs quantitativer Faunen-Kurven (z. B. Variationen von Scores der detrended correspondence analysis) an verschiedenen Standorten trotz Verschiebungen absoluter Scores; und (5) die hohe Fidelity-Wiederkehr stenotoper Arten in bestimmten Assoziationen, die eng definierte Umgebungen repräsentieren. Der Grad der ökologischen Fidelity (z. B. Ähnlichkeit der Artenvielfalt, Giltenstruktur), die während des Trackings aufrechterhalten wird, ist variabel. Wiederkehrende Assemblagen in verschiedenen Zyklen, die durch bis zu mehrere Millionen Jahre getrennt sind, können sich in Bezug auf Artenzusammensetzung und trophische Struktur sehr ähnlich sein. Gemeinsame Arten können jedoch signifikante Unterschiede in Rang und relativen Häufigkeiten aufweisen. Diese Evidenz deutet auf eine individualistische Tracking von bevorzugten Habitaten durch verschiedene Arten hin. In shallow-shelf und ramp Settings können Meeresspiegel-Schwankungen etwa symmetrische Muster der biotischen Ersetzung erzeugen, bei denen Biofazies typischerweise in länglichen Gürteln parallel zum Ablagerungsstreik angeordnet sind. Asymmetrien sind jedoch häufig und können auf Variationen im Sedimentangebot während der Meeresspiegel-Schwankung zurückzuführen sein. Daher begünstigt der typisch niedrige siliklastische Input von Transgressionen vorhersagbar jene Organismen, die niedrigere Sedimentation oder Trübung benötigen und vielleicht firmgrounds to hardgrounds, während der regressiven Hälfte-Zyklus bei analogen Tiefen mehr eurytopen Organismen begünstigt, die höhere Sedimentation oder Trübung tolerieren oder bevorzugen. Das Phänomen des Trackings kann von erheblicher Bedeutung für die evolutionäre Paläoökologie sein. Tracking impliziert, dass Arten häufig auf langfristige physikalische Veränderungen reagieren, nicht durch Anpassung, sondern primär durch Migration von Arten zu bevorzugten Habitaten, wenn die Rate oder das Ausmaß der Umweltveränderung nicht zu groß ist. Unter der Voraussetzung, dass derselbe grundlegende Umweltzustand über die Zeit bestand, trotz lateraler Verschiebungen bis zu Hunderten von Kilometern, waren die meisten Arten von benthischen Wirbellosen in der Lage, mit wenig oder keiner evolutionären Veränderung zu überleben. Tracking kann die primäre Grundlage für Muster morphologischer Stasis sowie relative Stabilität in Biofazies-Reichtum, Zusammensetzung und trophischer Struktur sein.",
    url = "https://doi.org/10.2110/palo.2005.p05-028r",
    doi = "10.2110/palo.2005.p05-028r",
    openalex = "W2029752719",
    references = "doi101038207270a0, doi101111j150239311978tb01893x, doi101111j150239311985tb00697x, doi1023073515180"
}

@article{openalexw2898156694,
    author = "Klug, Stefanie und Kriwet, Jürgen und Lirio, Mary Rose und Núñez, Héctor",
    title = "Mesozoic Fische 4 - Homologie und Phylogenie",
    year = "2008",
    openalex = "W2898156694",
    references = "brinkman2002teleost, doi1010029780470715253ch10, doi101029pa002i001p00001, doi101093icesjms233366, doi101126science1059412, doi1016710272463420010210172dteotr20co2, doi1023071269588, doi1023071292845, doi1023071445079, doi1023071446835, openalexw2040817479, openalexw2588677549"
}

PhyML ist ein Phylogenie-Softwarepaket, das auf dem Maximum-Likelihood-Prinzip basiert. Frühe PhyML-Versionen verwendeten einen schnellen Algorithmus, der Nachbarschaftstausch durchführt, um eine vernünftige Startbaumtopologie zu verbessern. Seit der ursprünglichen Veröffentlichung (Guindon S., Gascuel O. 2003. A simple, fast and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood. Syst. Biol. 52:696-704) wurde PhyML weit verbreitet verwendet (>2500 Zitationen in ISI Web of Science) aufgrund seiner Einfachheit und eines fairen Kompromisses zwischen Genauigkeit und Geschwindigkeit. In der Zwischenzeit hat die Forschung rund um PhyML weitergediehen, und dieser Artikel beschreibt die neuen Algorithmen und Methoden, die im Programm implementiert wurden. Erstens stellen wir einen neuen Algorithmus vor, um den Baumraum mit benutzerdefinierter Intensität zu durchsuchen, unter Verwendung von Subbaum-Entfernung und -Neuanpflanzung topologischer Bewegungen. Das Parsimoniekriterium wird hier verwendet, um die vielversprechendsten Topologieänderungen im Hinblick auf die Likelihood-Funktion zu filtern. Die Analyse einer großen Sammlung realer Nukleotid- und Aminosäure-Datensätze verschiedener Größen demonstriert die gute Leistungsfähigkeit dieser Methode. Zweitens beschreiben wir einen neuen Test, um die Unterstützung der Daten für interne Äste einer Phylogenie zu bewerten. Dieser Ansatz erweitert den kürzlich vorgeschlagenen approximierten Likelihood-Quotienten-Test und stützt sich auf ein nichtparametrisches, Shimodaira-Hasegawa-ähnliches Verfahren. Eine detaillierte Analyse realer Alignments wirft Licht auf die Verbindungen zwischen diesem neuen Ansatz und der klassischeren nichtparametrischen Bootstrap-Methode. Insgesamt zeigen unsere Tests, dass die letzte Version (3.0) von PhyML schnell, genau, stabil und einsatzbereit ist. Ein Web-Server und Binärdateien sind unter http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/ verfügbar.

@article{doi101093sysbiosyq010,
    author = "Guindon, Stéphane und Dufayard, Jean-François und Lefort, Vincent und Anisimova, Maria und Hordijk, Wim und Gascuel, Olivier",
    title = "Neue Algorithmen und Methoden zur Schätzung von Maximum-Likelihood-Phylogenien: Bewertung der Leistungsfähigkeit von PhyML 3.0",
    year = "2010",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "PhyML ist ein Phylogenie-Softwarepaket, das auf dem Maximum-Likelihood-Prinzip basiert. Frühe PhyML-Versionen verwendeten einen schnellen Algorithmus, der Nachbarschaftstausch durchführt, um eine vernünftige Startbaumtopologie zu verbessern. Seit der ursprünglichen Veröffentlichung (Guindon S., Gascuel O. 2003. A simple, fast and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood. Syst. Biol. 52:696-704) wurde PhyML weit verbreitet verwendet (>2500 Zitationen in ISI Web of Science) aufgrund seiner Einfachheit und eines fairen Kompromisses zwischen Genauigkeit und Geschwindigkeit. In der Zwischenzeit hat die Forschung rund um PhyML weitergediehen, und dieser Artikel beschreibt die neuen Algorithmen und Methoden, die im Programm implementiert wurden. Erstens stellen wir einen neuen Algorithmus vor, um den Baumraum mit benutzerdefinierter Intensität zu durchsuchen, unter Verwendung von Subbaum-Entfernung und -Neuanpflanzung topologischer Bewegungen. Das Parsimoniekriterium wird hier verwendet, um die vielversprechendsten Topologieänderungen im Hinblick auf die Likelihood-Funktion zu filtern. Die Analyse einer großen Sammlung realer Nukleotid- und Aminosäure-Datensätze verschiedener Größen demonstriert die gute Leistungsfähigkeit dieser Methode. Zweitens beschreiben wir einen neuen Test, um die Unterstützung der Daten für interne Äste einer Phylogenie zu bewerten. Dieser Ansatz erweitert den kürzlich vorgeschlagenen approximierten Likelihood-Quotienten-Test und stützt sich auf ein nichtparametrisches, Shimodaira-Hasegawa-ähnliches Verfahren. Eine detaillierte Analyse realer Alignments wirft Licht auf die Verbindungen zwischen diesem neuen Ansatz und der klassischeren nichtparametrischen Bootstrap-Methode. Insgesamt zeigen unsere Tests, dass die letzte Version (3.0) von PhyML schnell, genau, stabil und einsatzbereit ist. Ein Web-Server und Binärdateien sind unter http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/ verfügbar.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syq010",
    doi = "10.1093/sysbio/syq010",
    openalex = "W2111211467",
    references = "doi101007bf02100115, doi101007bf02101990, doi101016b9781483232119500097, doi10108010635150390235520, doi10108010635150802429642, doi101086383584, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093molbevmsn067, doi101093oxfordjournalsmolbeva026201, doi101111j155856461985tb00420x, doi101146annurevge22120188002513, doi101371journalpone0009490"
}

Der Fossilbericht zeigt, dass jede große taxonomische Gruppe eine konsistente Netto-Diversifikationsrate und eine Grenze ihrer Artenvielfalt aufweist. Es wurde angenommen, dass langfristige Änderungen in der Dominanz großer taxonomischer Gruppen aus diesen Merkmalen vorhergesagt werden können. Neuere Analysen zeigen jedoch, dass Diversitätsgrenzen als Reaktion auf adaptive Radiationen oder Aussterbeereignisse steigen oder fallen können. Diese Änderungen sind idiosynkratisch und treten in jeder Taxa zu unterschiedlichen Zeiten auf. Zum Beispiel hat das End-Perm-Massenaussterben die Vielfalt wichtiger, zuvor dominanter Gruppen wie Brachiopoden und Krinoiden dauerhaft reduziert. Die aktuelle globale Krise kann daher die taxonomische Zusammensetzung der Biosphäre dauerhaft verändern, indem sie die Regeln der Evolution ändert.

@article{doi101126science1189910,
    author = "Alroy, John",
    title = "The Shifting Balance of Diversity Among Major Marine Animal Groups",
    year = "2010",
    journal = "Science",
    abstract = "Der Fossilbericht zeigt, dass jede große taxonomische Gruppe eine konsistente Netto-Diversifikationsrate und eine Grenze ihrer Artenvielfalt aufweist. Es wurde angenommen, dass langfristige Änderungen in der Dominanz großer taxonomischer Gruppen aus diesen Merkmalen vorhergesagt werden können. Neuere Analysen zeigen jedoch, dass Diversitätsgrenzen als Reaktion auf adaptive Radiationen oder Aussterbeereignisse steigen oder fallen können. Diese Änderungen sind idiosynkratisch und treten in jeder Taxa zu unterschiedlichen Zeiten auf. Zum Beispiel hat das End-Perm-Massenaussterben die Vielfalt wichtiger, zuvor dominanter Gruppen wie Brachiopoden und Krinoiden dauerhaft reduziert. Die aktuelle globale Krise kann daher die taxonomische Zusammensetzung der Biosphäre dauerhaft verändern, indem sie die Regeln der Evolution ändert.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1189910",
    doi = "10.1126/science.1189910",
    openalex = "W1980420809",
    references = "doi101017s0022336000040026, doi101017s0094837300003778, doi101017s0094837300005352, doi101017s0094837300005972, doi101017s0094837300006539, doi101017s0094837300008186, doi101073pnas0802597105, doi101126science1156963, doi101126science21545391501, doi101126science7701342"
}

Cephalopods are extraordinary molluscs equipped with vertebrate-like intelligence and a unique buoyancy system for locomotion. A growing body of evidence from the fossil record, embryology and Bayesian molecular divergence estimations provides a comprehensive picture of their origins and evolution. Cephalopods evolved during the Cambrian (∼530 Ma) from a monoplacophoran-like mollusc in which the conical, external shell was modified into a chambered buoyancy apparatus. During the mid-Palaeozoic (∼416 Ma) cephalopods diverged into nautiloids and the presently dominant coleoids. Coleoids (i.e. squids, cuttlefish and octopods) internalised their shells and, in the late Palaeozoic (∼276 Ma), diverged into Vampyropoda and the Decabrachia. This shell internalisation appears to be a unique evolutionary event. In contrast, the loss of a mineralised shell has occurred several times in distinct coleoid lineages. The general tendency of shell reduction reflects a trend towards active modes of life and much more complex behaviour.

@article{doi101002bies201100001,
    author = "Kröger, Björn and Vinther, Jakob and Fuchs, Dirk",
    title = "Cephalopod origin and evolution: A congruent picture emerging from fossils, development and molecules",
    year = "2011",
    journal = "BioEssays",
    abstract = "Cephalopods are extraordinary molluscs equipped with vertebrate-like intelligence and a unique buoyancy system for locomotion. A growing body of evidence from the fossil record, embryology and Bayesian molecular divergence estimations provides a comprehensive picture of their origins and evolution. Cephalopods evolved during the Cambrian (∼530 Ma) from a monoplacophoran-like mollusc in which the conical, external shell was modified into a chambered buoyancy apparatus. During the mid-Palaeozoic (∼416 Ma) cephalopods diverged into nautiloids and the presently dominant coleoids. Coleoids (i.e. squids, cuttlefish and octopods) internalised their shells and, in the late Palaeozoic (∼276 Ma), diverged into Vampyropoda and the Decabrachia. This shell internalisation appears to be a unique evolutionary event. In contrast, the loss of a mineralised shell has occurred several times in distinct coleoid lineages. The general tendency of shell reduction reflects a trend towards active modes of life and much more complex behaviour.",
    url = "https://doi.org/10.1002/bies.201100001",
    doi = "10.1002/bies.201100001",
    openalex = "W1924968197",
    references = "doi1010079781402068065, doi1023072406301"
}

Unsere Fähigkeit, die biologische Evolution mit Klimawandel, geologischer Evolution und anderen historischen Mustern zu korrelieren, ist unerlässlich für das Verständnis der Prozesse, die die Biodiversität prägen. Die Kombination von Daten aus dem Fossilbericht mit der molekularen Phylogenetik stellt einen spannenden synthetischen Ansatz für diese Herausforderung dar. Die erste Analyse der molekularen Divergenzdatierung (Zuckerkandl und Pauling 1962) basierte auf einer Messung der Aminosäureunterschiede im Hämoglobinmolekül, wobei die Ersatzraten (kalibriert) unter Verwendung paläontologischer Altersschätzungen aus Lehrbüchern (z. B. Dodson 1960) ermittelt wurden. Seitdem hat sich die Menge an molekularen Sequenzdaten dramatisch erhöht, was immer größere Möglichkeiten bietet, molekulare Divergenzansätze auf grundlegende Probleme der Evolutionsbiologie anzuwenden.

@article{doi101093sysbiosyr107,
    author = "Parham, James F. und Donoghue, Philip C. J. und Bell, Christopher J. und Calway, Tyler und Head, Jason J. und Holroyd, Patricia A. und Inoue, Jun und Irmis, Randall B. und Joyce, Walter G. und Ksepka, Daniel T. und Patané, José Salvatore Leister und Smith, Nathan D. und Tarver, James E. und van Tuinen, Marcel und Yang, Ziheng und Angielczyk, Kenneth D. und Greenwood, Jenny M. und Hipsley, Christy A. und Jacobs, Louis L. und Makovicky, Peter J. und Müller, Johannes und Smith, Krister T. und Theodor, Jessica M. und Warnock, Rachel C. M. und Benton, Michael J.",
    title = "Best Practices for Justifying Fossil Calibrations",
    year = "2011",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Unsere Fähigkeit, die biologische Evolution mit Klimawandel, geologischer Evolution und anderen historischen Mustern zu korrelieren, ist unerlässlich für das Verständnis der Prozesse, die die Biodiversität prägen. Die Kombination von Daten aus dem Fossilbericht mit der molekularen Phylogenetik stellt einen spannenden synthetischen Ansatz für diese Herausforderung dar. Die erste Analyse der molekularen Divergenzdatierung (Zuckerkandl und Pauling 1962) basierte auf einer Messung der Aminosäureunterschiede im Hämoglobinmolekül, wobei die Ersatzraten (kalibriert) unter Verwendung paläontologischer Altersschätzungen aus Lehrbüchern (z. B. Dodson 1960) ermittelt wurden. Seitdem hat sich die Menge an molekularen Sequenzdaten dramatisch erhöht, was immer größere Möglichkeiten bietet, molekulare Divergenzansätze auf grundlegende Probleme der Evolutionsbiologie anzuwenden.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syr107",
    doi = "10.1093/sysbio/syr107",
    openalex = "W2113525598",
    references = "doi101016jepsl200909013, doi101016jgca201006017, doi101016jtig200403007, doi101017cbo9780511536045, doi101038nature08745, doi101093molbevmsj024, doi101093molbevmsl150, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi101093sysbio3817, doi101111j00310239200300301x, doi101111j14698137201103794x, doi101126science1101012, doi101126science13334591105, doi1012060003009020073021taoeoa20co2, doi101371journalpbio0040088, doi101371journalpone0009329, doi1023072992432, doi104095215638, openalexw1535663436, openalexw2989049194, openalexw592572837"
}

Strahlenflossige Fische machen die Hälfte aller lebenden Wirbeltierarten aus. Fast alle strahlenflossigen Fische sind Teleostei, zu denen die meisten kommerziell wichtigen Fischarten, mehrere Modellorganismen für Genomik und Entwicklungsbiologie sowie der dominante Bestandteil der marinen und Süßwasserwirbeltierfaunen gehören. Trotz der wirtschaftlichen und wissenschaftlichen Bedeutung der strahlenflossigen Fische hat das Fehlen einer einzigen umfassenden Phylogenie mit entsprechenden Divergenzzeit-Schätzungen unser Verständnis der Evolution und Diversifizierung dieser Strahlung begrenzt. Unsere Analysen, die mehrere nukleare Gen-Sequenzen zusammen mit 36 Fossil-Altersbeschränkungen verwenden, ergeben eine gut gestützte Phylogenie aller wichtigen strahlenfischigen Fischlinien und molekulare Altersschätzungen, die im Allgemeinen mit dem Fossilbericht übereinstimmen. Diese Phylogenie beleuchtet drei langjährige Probleme: die spezifische Identifizierung von Elopomorphen (Aale und Tarpons) als Schwesterlinie aller anderen Teleostei, die Bereitstellung einer einzigartigen Hypothese zur Strahlung früher Euteleostei und die Bereitstellung einer vielversprechenden Strategie zur Lösung des „Busches an der Spitze des Baumes", der Percomorphen und anderer stachelflossiger Teleostei umfasst. Durch den Vergleich unserer Divergenzzeit-Schätzungen mit Studien, die ein einzelnes nukleares Gen oder ganze mitochondriale Genome verwenden, stellen wir fest, dass die ersteren die Altersschätzungen der ältesten Divergenzen strahlenflossiger Fische unterschätzen, während die letzteren die Altersschätzungen für abgeleitete Teleostei-Linien dramatisch überschätzen. Unsere zeitkalibrierte Phylogenie zeigt, dass ein Großteil der Diversifizierung, die zu den heutigen Teleostei-Gruppen führte, zwischen dem späten Mesozoikum und dem frühen Känozoikum stattfand, wobei dieser Zeitraum als „Zweite Ära der Fische" identifiziert wird.

@article{doi101073pnas1206625109,
    author = "Near, Thomas J. und Eytan, Ron I. und Dornburg, Alex und Kuhn, Kristen L. und Moore, Jon A. und Davis, Matthew P. und Wainwright, Peter C. und Friedman, Matt und Smith, W. Leo",
    title = "Resolution of ray-finned fish phylogeny and timing of diversification",
    year = "2012",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {Strahlenflossige Fische machen die Hälfte aller lebenden Wirbeltierarten aus. Fast alle strahlenflossigen Fische sind Teleostei, zu denen die meisten kommerziell wichtigen Fischarten, mehrere Modellorganismen für Genomik und Entwicklungsbiologie sowie der dominante Bestandteil der marinen und Süßwasserwirbeltierfaunen gehören. Trotz der wirtschaftlichen und wissenschaftlichen Bedeutung der strahlenflossigen Fische hat das Fehlen einer einzigen umfassenden Phylogenie mit entsprechenden Divergenzzeit-Schätzungen unser Verständnis der Evolution und Diversifizierung dieser Strahlung begrenzt. Unsere Analysen, die mehrere nukleare Gen-Sequenzen zusammen mit 36 Fossil-Altersbeschränkungen verwenden, ergeben eine gut gestützte Phylogenie aller wichtigen strahlenfischigen Fischlinien und molekulare Altersschätzungen, die im Allgemeinen mit dem Fossilbericht übereinstimmen. Diese Phylogenie beleuchtet drei langjährige Probleme: die spezifische Identifizierung von Elopomorphen (Aale und Tarpons) als Schwesterlinie aller anderen Teleostei, die Bereitstellung einer einzigartigen Hypothese zur Strahlung früher Euteleostei und die Bereitstellung einer vielversprechenden Strategie zur Lösung des „Busches an der Spitze des Baumes", der Percomorphen und anderer stachelflossiger Teleostei umfasst. Durch den Vergleich unserer Divergenzzeit-Schätzungen mit Studien, die ein einzelnes nukleares Gen oder ganze mitochondriale Genome verwenden, stellen wir fest, dass die ersteren die Altersschätzungen der ältesten Divergenzen strahlenflossiger Fische unterschätzen, während die letzteren die Altersschätzungen für abgeleitete Teleostei-Linien dramatisch überschätzen. Unsere zeitkalibrierte Phylogenie zeigt, dass ein Großteil der Diversifizierung, die zu den heutigen Teleostei-Gruppen führte, zwischen dem späten Mesozoikum und dem frühen Känozoikum stattfand, wobei dieser Zeitraum als „Zweite Ära der Fische" identifiziert wird.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1206625109",
    doi = "10.1073/pnas.1206625109",
    openalex = "W2081778808",
    references = "doi101016b9780126709506500138, doi101016s1055790302003329, doi101073pnas0811087106, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093bioinformaticsbtq228, doi101093oso97801985404720010001, doi101111j14754983201201165x, doi101126science1157704, doi101126science1211028, doi101186147121487214, doi101371journalpbio0040088, doi1023072412685, openalexw653978695"
}

Phylogenien werden in der Regel durch Kalibrierung interner Knoten gegen den Fossilbericht datiert. Dies stützt sich auf indirekte Methoden, die im schlimmsten Fall die Fossilinformationen verfälschen. Hier kontrastieren wir eine solche Knoten-Datierung mit einem Ansatz, der Fossilien zusammen mit den lebenden Taxa in einer bayesianischen Total-Evidence-Analyse einschließt. Als Testfall konzentrieren wir uns auf die frühe Radiation der Hymenoptera, die größtenteils durch schlecht erhaltene Impressionsfossilien dokumentiert ist, die phylogenetisch schwer zu platzieren sind. Konkret vergleichen wir die Knoten-Datierung unter Verwendung von neun Kalibrierungspunkten, die aus dem Fossilbericht abgeleitet wurden, mit der Total-Evidence-Datierung, die auf 343 morphologischen Merkmalen basiert, die für 45 fossile (4–20 vollständig) und 68 lebende Taxa bewertet wurden. In beiden Fällen verwenden wir molekulare Daten von sieben Markern (∼5 kb) für die lebenden Taxa. Da es schwierig ist, Artbildung, Aussterben, Stichprobenziehung und Fossil-Erhaltung realistisch zu modellieren, entwickeln wir einen einfachen uniformen Prior für Uhren-Bäume mit Fossilien, und wir verwenden relaxierte Uhren-Modelle, um Ratenvariationen über den Baum hinweg zu berücksichtigen. Trotz erheblicher Unsicherheit bei der Platzierung der meisten Fossilien finden wir, dass sie in der Total-Evidence-Analyse erheblich zur Schätzung der Divergenzzeiten beitragen. Insbesondere sind die Posterior-Verteilungen der Divergenzzeiten weniger empfindlich gegenüber Prior-Annahmen und neigen dazu, präziser zu sein als bei der Knoten-Datierung. Die Total-Evidence-Analyse zeigt auch, dass vier der sieben Hymenoptera-Kalibrierungspunkte, die in der Knoten-Datierung verwendet wurden, wahrscheinlich auf fehlerhaften oder zweifelhaften Annahmen über die Fossil-Platzierung basieren. Hinsichtlich der frühen Radiation der Hymenoptera deuten unsere Ergebnisse darauf hin, dass die Kronengruppe bis in das Karbon zurückreicht, ∼309 Ma (95%-Intervall: 291–347 Ma), und sich viel früher als zuvor angenommen in große lebende Linien diversifiziert hat, lange vor dem Trias. [Bayesianische Inferenz; Fossil-Datierung; morphologische Evolution; relaxierte Uhr; statistische Phylogenetik.].

@article{doi101093sysbiosys058,
    author = "Ronquist, Fredrik und Klopfstein, Seraina und Vilhelmsen, Lars und Schulmeister, Susanne und Murray, Debra L. und Rasnitsyn, Alexandr P.",
    title = "A Total-Evidence Approach to Dating with Fossils, Applied to the Early Radiation of the Hymenoptera",
    year = "2012",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Phylogenien werden in der Regel durch Kalibrierung interner Knoten gegen den Fossilbericht datiert. Dies stützt sich auf indirekte Methoden, die im schlimmsten Fall die Fossilinformationen verfälschen. Hier kontrastieren wir eine solche Knoten-Datierung mit einem Ansatz, der Fossilien zusammen mit den lebenden Taxa in einer bayesianischen Total-Evidence-Analyse einschließt. Als Testfall konzentrieren wir uns auf die frühe Radiation der Hymenoptera, die größtenteils durch schlecht erhaltene Impressionsfossilien dokumentiert ist, die phylogenetisch schwer zu platzieren sind. Konkret vergleichen wir die Knoten-Datierung unter Verwendung von neun Kalibrierungspunkten, die aus dem Fossilbericht abgeleitet wurden, mit der Total-Evidence-Datierung, die auf 343 morphologischen Merkmalen basiert, die für 45 fossile (4–20 vollständig) und 68 lebende Taxa bewertet wurden. In beiden Fällen verwenden wir molekulare Daten von sieben Markern (∼5 kb) für die lebenden Taxa. Da es schwierig ist, Artbildung, Aussterben, Stichprobenziehung und Fossil-Erhaltung realistisch zu modellieren, entwickeln wir einen einfachen uniformen Prior für Uhren-Bäume mit Fossilien, und wir verwenden relaxierte Uhren-Modelle, um Ratenvariationen über den Baum hinweg zu berücksichtigen. Trotz erheblicher Unsicherheit bei der Platzierung der meisten Fossilien finden wir, dass sie in der Total-Evidence-Analyse erheblich zur Schätzung der Divergenzzeiten beitragen. Insbesondere sind die Posterior-Verteilungen der Divergenzzeiten weniger empfindlich gegenüber Prior-Annahmen und neigen dazu, präziser zu sein als bei der Knoten-Datierung. Die Total-Evidence-Analyse zeigt auch, dass vier der sieben Hymenoptera-Kalibrierungspunkte, die in der Knoten-Datierung verwendet wurden, wahrscheinlich auf fehlerhaften oder zweifelhaften Annahmen über die Fossil-Platzierung basieren. Hinsichtlich der frühen Radiation der Hymenoptera deuten unsere Ergebnisse darauf hin, dass die Kronengruppe bis in das Karbon zurückreicht, ∼309 Ma (95\% Intervall: 291–347 Ma), und sich viel früher als zuvor angenommen in große lebende Linien diversifiziert hat, lange vor dem Trias. [Bayesianische Inferenz; Fossil-Datierung; morphologische Evolution; relaxierte Uhr; statistische Phylogenetik.].",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/sys058",
    doi = "10.1093/sysbio/sys058",
    openalex = "W2159597448",
    references = "doi101016jympev201104003, doi10108010635150290102456, doi101093molbevmsm193, doi101093sysbiosyq085, doi101093sysbiosyr047, doi101093sysbiosyr107, openalexw1900040508, openalexw2733548038"
}

Die Unterklasse Elasmobranchii wird heutzutage weitgehend als Schwestergruppe der Unterklasse Holocephali betrachtet, obwohl chimärenartige Fische ursprünglich zusammen mit modernen Haifischen und Rochen als Elasmobranchii klassifiziert wurden. Während diese moderne systematische Behandlung ein genaues Abbild der phylogenetischen Beziehungen zwischen den heute lebenden Taxa darstellt, wird die Klassifizierung vieler ausgestorbener, nicht-holocephaler, haifischer Knorpelfische als Elasmobranchii in Frage gestellt. Es wird eine revidierte, auf Apomorphien basierende Definition von Elasmobranchii vorgestellt, in der sie als Äquivalent zu Neoselachianern betrachtet werden, d. h. als monophyletische Gruppe moderner Haie und Rochen, die nicht nur alle Stamm- und Kronenholocephalen ausschließt, sondern auch viele paläozoische, haifische Knorpelfische und sogar nahe ausgestorbene Verwandte von Neoselachianern wie Hybodonten. Der Fossilbericht der Elasmobranchii (d. h. Neoselachianer) wird überprüft, wobei nicht nur ihre frühesten Funde, sondern auch ihre nachfolgenden Verbreitungsmuster über die Zeit im Fokus stehen. Der Wert und die Grenzen des Fossilberichts bei der Beantwortung von Fragen zur Elasmobranchier-Phylogenie werden diskutiert. Aussterben wird als ein wesentlicher Faktor bei der Gestaltung der frühen Elasmobranchier-Geschichte angesehen, insbesondere während des Trias. Auch Aussterbeereignisse könnten zur Gestaltung der modernen Lamniformen-Diversität beigetragen haben, trotz Unsicherheiten bezüglich der phylogenetischen Affinitäten angeblich ausgestorbener Klade wie Cretoxyrhiniden, Anacoraciden und Odontiden. Abgesehen von diesen Beispielen und dem angeblichen Kretazischen Aussterben der „Sclerorhynchiden" betraf die Elasmobranchier-Evolution seit dem Jura vor allem eine verstärkte Diversifizierung (insbesondere während des Kretaziums). Die biogeographische Verteilung früher Elasmobranchier könnte durch Stichprobenverzerrung verdeckt sein, doch liegen die frühesten Funde zahlreicher Gruppen innerhalb des Tethys-Raums. Der Zerfall von Gondwana und insbesondere die Öffnung des Südatlantiks (zusammen mit der Entwicklung von epicontinentalen Seewegen über Brasilien und Afrika während des Kretaziums) boten wiederholte Möglichkeiten zur Ausbreitung sowohl vom östlichen (europäischen) als auch vom westlichen (karibischen) Tethys in neu gebildete Ozeanbecken.

@article{doi101111j10958649201203245x,
    author = "Maisey, John G.",
    title = "Was ist ein „Elasmobranchier"? Der Einfluss der Paläontologie beim Verständnis der Elasmobranchier-Phylogenie und -Evolution",
    year = "2012",
    journal = "Journal of Fish Biology",
    abstract = "Die Unterklasse Elasmobranchii wird heutzutage weitgehend als Schwestergruppe der Unterklasse Holocephali betrachtet, obwohl chimärenartige Fische ursprünglich zusammen mit modernen Haifischen und Rochen als Elasmobranchii klassifiziert wurden. Während diese moderne systematische Behandlung ein genaues Abbild der phylogenetischen Beziehungen zwischen den heute lebenden Taxa darstellt, wird die Klassifizierung vieler ausgestorbener, nicht-holocephaler, haifischer Knorpelfische als Elasmobranchii in Frage gestellt. Es wird eine revidierte, auf Apomorphien basierende Definition von Elasmobranchii vorgestellt, in der sie als Äquivalent zu Neoselachianern betrachtet werden, d. h. als monophyletische Gruppe moderner Haie und Rochen, die nicht nur alle Stamm- und Kronenholocephalen ausschließt, sondern auch viele paläozoische, haifische Knorpelfische und sogar nahe ausgestorbene Verwandte von Neoselachianern wie Hybodonten. Der Fossilbericht der Elasmobranchii (d. h. Neoselachianer) wird überprüft, wobei nicht nur ihre frühesten Funde, sondern auch ihre nachfolgenden Verbreitungsmuster über die Zeit im Fokus stehen. Der Wert und die Grenzen des Fossilberichts bei der Beantwortung von Fragen zur Elasmobranchier-Phylogenie werden diskutiert. Aussterben wird als ein wesentlicher Faktor bei der Gestaltung der frühen Elasmobranchier-Geschichte angesehen, insbesondere während des Trias. Auch Aussterbeereignisse könnten zur Gestaltung der modernen Lamniformen-Diversität beigetragen haben, trotz Unsicherheiten bezüglich der phylogenetischen Affinitäten angeblich ausgestorbener Klade wie Cretoxyrhiniden, Anacoraciden und Odontiden. Abgesehen von diesen Beispielen und dem angeblichen Kretazischen Aussterben der „Sclerorhynchiden" betraf die Elasmobranchier-Evolution seit dem Jura vor allem eine verstärkte Diversifizierung (insbesondere während des Kretaziums). Die biogeographische Verteilung früher Elasmobranchier könnte durch Stichprobenverzerrung verdeckt sein, doch liegen die frühesten Funde zahlreicher Gruppen innerhalb des Tethys-Raums. Der Zerfall von Gondwana und insbesondere die Öffnung des Südatlantiks (zusammen mit der Entwicklung von epicontinentalen Seewegen über Brasilien und Afrika während des Kretaziums) boten wiederholte Möglichkeiten zur Ausbreitung sowohl vom östlichen (europäischen) als auch vom westlichen (karibischen) Tethys in neu gebildete Ozeanbecken.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1095-8649.2012.03245.x",
    doi = "10.1111/j.1095-8649.2012.03245.x",
    openalex = "W2036104980",
    references = "doi101016b9780126709506500035, doi101038003342a0, doi101038142004a0, doi101093icb172303, doi101093oso97801985404720010001, doi1012060003009020042840001fsotgr20co2, doi101371journalpone, doi1016710272463420050250478r20co2, doi1023071441916, doi105860choice421559, doi105962bhltitle20094, doi105962bhltitle82144, openalexw3041320757"
}

@incollection{doi101201b118674,
    author = "Naylor, Gavin J. P. und Caira, Janine N. und Jensen, Kirsten und Rosana, K. A. M. und Straube, Nicolas und Lakner, Clemens",
    title = "Elasmobranch-Phylogenie",
    year = "2012",
    booktitle = "Marine biology/CRC marine biology series",
    url = "https://doi.org/10.1201/b11867-4",
    doi = "10.1201/b11867-4",
    openalex = "W4243664349"
}

Das Interesse an der Biodiversität und Taxonomie der Elasmobranchier hat in den letzten Jahren zugenommen, hauptsächlich katalysiert durch vier Einflüsse: (1) die große Anzahl neuer Arten, die in den letzten 30 Jahren beschrieben wurden (z. B., Last und Stevens, 2009); (2) die Erkenntnis, dass viele Arten von Elasmobranchiern, von denen einige noch nicht formell beschrieben wurden, durch Fangdruck und Zerstörung des Lebensraums vom Aussterben bedroht sein können (Stevens et al., 2000); (3) das wachsende Interesse an der DNA-„Barcode"-Methode als Werkzeug zur Ergänzung der taxonomischen Beschreibung (z. B., Ward et al., 2007); und (4) eine aufkommende Anerkennung der wichtigen Rolle, die Elasmobranchier als Spitzenprädatoren in marinen Ökosystemen spielen (Heithaus et al., 2008).

@incollection{doi101201b118679,
    author = "Naylor, Janine N. Caira Gavin",
    title = "Elasmobranch Phylogeny: A Mitochondrial Estimate Based on 595 Species",
    year = "2012",
    abstract = "Interest in elasmobranch biodiversity and taxonomy has grown in recent years, catalyzed primarily by four inuences: (1) the large number of new species that have been described over the past 30 years (e.g., Last and Stevens, 2009); (2) the recognition that many species of elasmobranchs, several of which have not yet been formally described, may be threatened with extinction from shing pressures and habitat destruction (Stevens et al., 2000); (3) the growing interest in DNA “barcoding” as a tool to augment taxonomic description (e.g., Ward et al., 2007); and (4) an emerging recognition of the important role that elasmobranchs play as top predators in marine ecosystems (Heithaus et al., 2008).",
    url = "https://doi.org/10.1201/b11867-9",
    doi = "10.1201/b11867-9",
    openalex = "W2500401673",
    references = "doi101093icb172303, doi101111j109636421996tb02189x, doi1012060003009020042840001fsotgr20co2, doi1023071447424, openalexw3211386673"
}

@article{doi101038ncomms2633,
    author = "Neenan, James M. und Klein, Nicole und Scheyer, Torsten M.",
    title = "European origin of placodont marine reptiles and the evolution of crushing dentition in Placodontia",
    year = "2013",
    journal = "Nature Communications",
    url = "https://doi.org/10.1038/ncomms2633",
    doi = "10.1038/ncomms2633",
    openalex = "W1977901493"
}

Stachelstrahlige Fische, oder Acanthomorphen, umfassen nahezu ein Drittel aller lebenden Wirbeltiere. Trotz ihrer dominierenden Rolle in aquatischen Ökosystemen ist die evolutionäre Geschichte und das Tempo der Acanthomorph-Diversifizierung schlecht verstanden. Wir untersuchen das Muster der Linien-Diversifizierung bei Acanthomorphen, indem wir eine gut aufgelöste, zeitkalibrierte Phylogenie verwenden, die aus einer nuklearen Gen-Supermatrix abgeleitet wurde und 520 Acanthomorph-Arten sowie 37 fossile Altersbeschränkungen umfasst. Diese Phylogenie bietet eine Auflösung für das, was klassisch als „Busch an der Spitze" des Teleost-Baums bezeichnet wurde, und zeigt, dass Acanthomorphen im frühen Kreidezeit entstanden sind. Paläontologische Hinweise deuten darauf hin, dass Acanthomorphen nach dem Ende-Kreide-Massenaussterben einen Puls der morphologischen Diversifizierung zeigen; jedoch bleibt die Rolle dieses Ereignisses für die Akkumulation der lebenden Acanthomorph-Vielfalt unklar. Die Linien-Diversifizierungsraten über die Zeit zeigen keine Verschiebungen, die mit dem Ende-Kreide-Massenaussterben verbunden sind, aber es gibt einen globalen Rückgang der Linien-Diversifizierungsraten vor 50 Ma, der während einer Periode auftritt, in der die morphologische Disparität unter fossilen Acanthomorphen stark zunimmt. Die Analyse von clade-spezifischen Verschiebungen in den Diversifizierungsraten zeigt, dass die Hyperdiversität der lebenden Acanthomorphen durch mehrere schnell strahlende Linien hervorgehoben wird, darunter Thunfische, Grundeln, Blennien, Schneckenfische und afro-amerikanische Buntbarsche. Diese Linien mit hohen Diversifizierungsraten sind nicht mit einer einzigen Lebensraumart, wie Korallenriffen, verbunden, was darauf hindeutet, dass es keine einzige Erklärung für den Erfolg der Acanthomorphen gibt, da außergewöhnliche Phasen der Diversifizierung in einer breiten Palette von marinen und Süßwasserlebensräumen stattgefunden haben.

@article{doi101073pnas1304661110,
    author = "Near, Thomas J. und Dornburg, Alex und Eytan, Ron I. und Keck, Benjamin P. und Smith, W. Leo und Kuhn, Kristen L. und Moore, Jon A. und Price, Samantha A. und Burbrink, Frank T. und Friedman, Matt und Wainwright, Peter C.",
    title = "Phylogenie und Tempo der Diversifizierung in der Superradiation der stachelstrahligen Fische",
    year = "2013",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Stachelstrahlige Fische, oder Acanthomorphen, umfassen nahezu ein Drittel aller lebenden Wirbeltiere. Trotz ihrer dominierenden Rolle in aquatischen Ökosystemen ist die evolutionäre Geschichte und das Tempo der Acanthomorph-Diversifizierung schlecht verstanden. Wir untersuchen das Muster der Linien-Diversifizierung bei Acanthomorphen, indem wir eine gut aufgelöste, zeitkalibrierte Phylogenie verwenden, die aus einer nuklearen Gen-Supermatrix abgeleitet wurde und 520 Acanthomorph-Arten sowie 37 fossile Altersbeschränkungen umfasst. Diese Phylogenie bietet eine Auflösung für das, was klassisch als „Busch an der Spitze" des Teleost-Baums bezeichnet wurde, und zeigt, dass Acanthomorphen im frühen Kreidezeit entstanden sind. Paläontologische Hinweise deuten darauf hin, dass Acanthomorphen nach dem Ende-Kreide-Massenaussterben einen Puls der morphologischen Diversifizierung zeigen; jedoch bleibt die Rolle dieses Ereignisses für die Akkumulation der lebenden Acanthomorph-Vielfalt unklar. Die Linien-Diversifizierungsraten über die Zeit zeigen keine Verschiebungen, die mit dem Ende-Kreide-Massenaussterben verbunden sind, aber es gibt einen globalen Rückgang der Linien-Diversifizierungsraten vor 50 Ma, der während einer Periode auftritt, in der die morphologische Disparität unter fossilen Acanthomorphen stark zunimmt. Die Analyse von clade-spezifischen Verschiebungen in den Diversifizierungsraten zeigt, dass die Hyperdiversität der lebenden Acanthomorphen durch mehrere schnell strahlende Linien hervorgehoben wird, darunter Thunfische, Grundeln, Blennien, Schneckenfische und afro-amerikanische Buntbarsche. Diese Linien mit hohen Diversifizierungsraten sind nicht mit einer einzigen Lebensraumart, wie Korallenriffen, verbunden, was darauf hindeutet, dass es keine einzige Erklärung für den Erfolg der Acanthomorphen gibt, da außergewöhnliche Phasen der Diversifizierung in einer breiten Palette von marinen und Süßwasserlebensräumen stattgefunden haben.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1304661110",
    doi = "10.1073/pnas.1304661110",
    openalex = "W2073550716",
    references = "doi101073pnas1110395108, doi101073pnas1206625109, doi101073pnas1211526110, doi101371currentstol53ba26640df0ccaee75bb165c8c26288"
}

Wir integrierten die Evidenz für evolutionäre und plastische Merkmalveränderungen in situ als Reaktion auf den Klimawandel bei Süßwasserwirbellosen (aquatische Insekten und Zooplankton). Die Synthese der Merkmalveränderungen als Reaktion auf die erwarteten Reduktionen der Hydroperiod und Zunahmen der Salinität deutete auf wenig Evidenz für adaptive, plastische und genetische Merkmalveränderungen sowie für lokale Anpassung hin. Hinsichtlich der Reaktionen auf die Temperatur gibt es viele Studien zu zeitlichen Merkmalveränderungen in der Phänologie und Körpergröße in der Wildnis, die als durch Temperaturerhöhungen angetrieben angesehen werden, jedoch mangelt es im Allgemeinen an einer rigorosen Demonstration, ob diese Merkmalveränderungen genetisch begründet, adaptiv und kausal durch den Klimawandel getrieben sind. Der aktuelle Nachweis für genetische Merkmalveränderungen unter dem Klimawandel bei Süßwasserwirbellosen stammt von einem begrenzten Satz von Common-Garden-Experimenten, die zeitlich repliziert wurden. Experimentelle thermische Evolutionsstudien und Common-Garden-Erwärmungsstudien, die mit Raum-für-Zeit-Substitutionen entlang latitudinaler Gradienten verbunden sind, deuten darauf hin, dass neben genetischen Veränderungen auch phänotypische Plastizität und die Evolution der Plastizität wahrscheinlich zu den beobachteten phänotypischen Veränderungen unter dem Klimawandel bei aquatischen Wirbellosen beitragen. Abgesehen von plastischen und genetischen thermischen Anpassungen sind auch genetische Photoperioden-Anpassungen weit verbreitet und können sogar die beobachteten phänologischen Verschiebungen dominieren.

@article{doi101111eva12108,
    author = "Stoks, Robby und Geerts, Aurora und Meester, Luc De",
    title = "Evolutionäre und plastische Reaktionen von Süßwasserwirbellosen auf den Klimawandel: realisierte Muster und zukünftiges Potenzial",
    year = "2013",
    journal = "Evolutionary Applications",
    abstract = "Wir integrierten die Evidenz für evolutionäre und plastische Merkmalveränderungen in situ als Reaktion auf den Klimawandel bei Süßwasserwirbellosen (aquatische Insekten und Zooplankton). Die Synthese der Merkmalveränderungen als Reaktion auf die erwarteten Reduktionen der Hydroperiod und Zunahmen der Salinität deutete auf wenig Evidenz für adaptive, plastische und genetische Merkmalveränderungen sowie für lokale Anpassung hin. Hinsichtlich der Reaktionen auf die Temperatur gibt es viele Studien zu zeitlichen Merkmalveränderungen in der Phänologie und Körpergröße in der Wildnis, die als durch Temperaturerhöhungen angetrieben angesehen werden, jedoch mangelt es im Allgemeinen an einer rigorosen Demonstration, ob diese Merkmalveränderungen genetisch begründet, adaptiv und kausal durch den Klimawandel getrieben sind. Der aktuelle Nachweis für genetische Merkmalveränderungen unter dem Klimawandel bei Süßwasserwirbellosen stammt von einem begrenzten Satz von Common-Garden-Experimenten, die zeitlich repliziert wurden. Experimentelle thermische Evolutionsstudien und Common-Garden-Erwärmungsstudien, die mit Raum-für-Zeit-Substitutionen entlang latitudinaler Gradienten verbunden sind, deuten darauf hin, dass neben genetischen Veränderungen auch phänotypische Plastizität und die Evolution der Plastizität wahrscheinlich zu den beobachteten phänotypischen Veränderungen unter dem Klimawandel bei aquatischen Wirbellosen beitragen. Abgesehen von plastischen und genetischen thermischen Anpassungen sind auch genetische Photoperioden-Anpassungen weit verbreitet und können sogar die beobachteten phänologischen Verschiebungen dominieren.",
    url = "https://doi.org/10.1111/eva.12108",
    doi = "10.1111/eva.12108",
    openalex = "W2141011783",
    references = "doi101146annurevento120710100557"
}

Die Purbeck- und Wealden-Formationen Sünglenglands repräsentieren eine marginale marine und kontinentale Ablagerung während der späten Jurazeit und des frühen Kreidezeitalters. Berühmter für ihre fossilen Dinosaurier und Säugetiere, liefern diese Einheiten auch Überreste von Fischen. In dieser Arbeit, erstmals zwischen 1916 und 1919 in drei Teilen veröffentlicht, bietet Arthur Smith Woodward (1864–1944) den umfassendsten Überblick über die Purbeck- und Wealden-Ichthyofauna, indem er etwa dreißig Gattungen von Knorpelfischen, Lungenfischen und Strahlenflossern beschreibt und illustriert. Woodward findet die Erhaltung der Fische aus beiden Ablagerungen suboptimal, kommt dennoch zu einigen wichtigen Schlussfolgerungen: Er zeigt, dass die Fischfauna des englischen Wealden fast identisch ist mit der der berühmten gleichzeitigen Ablagerungen von Bernissart in Belgien, und stellt fest, dass die Arten aus dem Wealden und der Purbeck eine engere Verwandtschaft zu jurassischen Formen aufweisen als zu späteren Kreide-Linien wie denen, die in seiner Monographie über Fische aus dem Chalk beschrieben werden.

@book{doi101017cbo9781139680851,
    author = "Woodward, Arthur Smith",
    title = "The Fossil Fishes of the English Wealden and Purbeck Formations",
    year = "2014",
    booktitle = "Cambridge University Press eBooks",
    abstract = "The Purbeck and Wealden formations of southern England represent marginal marine and continental deposition during the latest Jurassic and Early Cretaceous periods. More famous for their fossil dinosaurs and mammals, these units also yield the remains of fishes. In this work, first published in three parts between 1916 and 1919, Arthur Smith Woodward (1864–1944) provides the most extensive overview of the Purbeck and Wealden ichthyofauna, describing and illustrating some thirty genera of cartilaginous, lobe-finned, and ray-finned fishes. Woodward finds the preservation of fishes from both deposits to be suboptimal, but nevertheless comes to some important conclusions: he shows that the fish fauna of the English Wealden is nearly identical to that of the famous coeval deposits of Bernissart in Belgium, and finds that the species from both the Wealden and Purbeck show closer affinities with Jurassic forms than with later Cretaceous lineages like those described in his monograph on fishes from the Chalk.",
    url = "https://doi.org/10.1017/cbo9781139680851",
    doi = "10.1017/cbo9781139680851",
    openalex = "W612406501"
}

Zusammenfassung Motivation: Phylogenien werden zunehmend in allen Bereichen der medizinischen und biologischen Forschung eingesetzt. Darüber hinaus wachsen die Datensätze, die für die Durchführung phylogenetischer Analysen verwendet werden, aufgrund der Revolution der Sequenzierung der nächsten Generation mit beispielloser Geschwindigkeit. RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) ist ein beliebtes Programm für phylogenetische Analysen großer Datensätze unter Maximum Likelihood. Seit dem letzten RAxML-Papier im Jahr 2006 wurde es kontinuierlich gepflegt und erweitert, um den zunehmend wachsenden Eingabedatensätzen gerecht zu werden und die Bedürfnisse der Benutzercommunity zu erfüllen. Ergebnisse: Ich stelle einige der bemerkenswertesten neuen Funktionen und Erweiterungen von RAxML vor, wie eine erhebliche Erweiterung von Substitutionsmodellen und unterstützten Datentypen, die Einführung von SSE3, AVX und AVX2 Vektorintrinsics, Techniken zur Reduzierung der Speicheranforderungen des Codes und eine Fülle von Operationen zur Durchführung von Nachanalysen auf Satzen von Bäumen. Zusätzlich ist ein aktueller 50-seitiger Benutzerhandbuch verfügbar, das alle neuen RAxML-Optionen abdeckt. Verfügbarkeit und Implementierung: Der Code steht unter GNU GPL unter https://github.com/stamatak/standard-RAxML zur Verfügung. Kontakt: alexandros.stamatakis@h-its.org Zusätzliche Informationen: Zusätzliche Daten sind online bei Bioinformatics verfügbar.

@article{doi101093bioinformaticsbtu033,
    author = "Stamatakis, Alexandros",
    title = "RAxML version 8: ein Werkzeug für die Phylogenie-Analyse und die Nachanalyse großer Phylogenien",
    year = "2014",
    journal = "Bioinformatics",
    abstract = "Zusammenfassung Motivation: Phylogenien werden zunehmend in allen Bereichen der medizinischen und biologischen Forschung eingesetzt. Darüber hinaus wachsen die Datensätze, die für die Durchführung phylogenetischer Analysen verwendet werden, aufgrund der Revolution der Sequenzierung der nächsten Generation mit beispielloser Geschwindigkeit. RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) ist ein beliebtes Programm für phylogenetische Analysen großer Datensätze unter Maximum Likelihood. Seit dem letzten RAxML-Papier im Jahr 2006 wurde es kontinuierlich gepflegt und erweitert, um den zunehmend wachsenden Eingabedatensätzen gerecht zu werden und die Bedürfnisse der Benutzercommunity zu erfüllen. Ergebnisse: Ich stelle einige der bemerkenswertesten neuen Funktionen und Erweiterungen von RAxML vor, wie eine erhebliche Erweiterung von Substitutionsmodellen und unterstützten Datentypen, die Einführung von SSE3, AVX und AVX2 Vektorintrinsics, Techniken zur Reduzierung der Speicheranforderungen des Codes und eine Fülle von Operationen zur Durchführung von Nachanalysen auf Satzen von Bäumen. Zusätzlich ist ein aktueller 50-seitiger Benutzerhandbuch verfügbar, das alle neuen RAxML-Optionen abdeckt. Verfügbarkeit und Implementierung: Der Code steht unter GNU GPL unter https://github.com/stamatak/standard-RAxML zur Verfügung. Kontakt: alexandros.stamatakis@h-its.org Zusätzliche Informationen: Zusätzliche Daten sind online bei Bioinformatics verfügbar.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu033",
    doi = "10.1093/bioinformatics/btu033",
    openalex = "W2141052558",
    references = "doi101038nature12130, doi101080106351501753462876, doi10108010635150802429642, doi101089cmb20090179, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093molbevmss112, doi101093molbevmst024, doi101093sysbiosyq010, doi101093sysbiosyr010, doi101109ipdps201370"
}

Large phylogenomics data sets require fast tree inference methods, especially for maximum-likelihood (ML) phylogenies. Fast programs exist, but due to inherent heuristics to find optimal trees, it is not clear whether the best tree is found. Thus, there is need for additional approaches that employ different search strategies to find ML trees and that are at the same time as fast as currently available ML programs. We show that a combination of hill-climbing approaches and a stochastic perturbation method can be time-efficiently implemented. If we allow the same CPU time as RAxML and PhyML, then our software IQ-TREE found higher likelihoods between 62.2% and 87.1% of the studied alignments, thus efficiently exploring the tree-space. If we use the IQ-TREE stopping rule, RAxML and PhyML are faster in 75.7% and 47.1% of the DNA alignments and 42.2% and 100% of the protein alignments, respectively. However, the range of obtaining higher likelihoods with IQ-TREE improves to 73.3-97.1%. IQ-TREE is freely available at http://www.cibiv.at/software/iqtree.

@article{doi101093molbevmsu300,
    author = "Nguyen, Lam-Tung and Schmidt, Heiko A. and von Haeseler, Arndt and Minh, Bùi Quang",
    title = "IQ-TREE: A Fast and Effective Stochastic Algorithm for Estimating Maximum-Likelihood Phylogenies",
    year = "2014",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Large phylogenomics data sets require fast tree inference methods, especially for maximum-likelihood (ML) phylogenies. Fast programs exist, but due to inherent heuristics to find optimal trees, it is not clear whether the best tree is found. Thus, there is need for additional approaches that employ different search strategies to find ML trees and that are at the same time as fast as currently available ML programs. We show that a combination of hill-climbing approaches and a stochastic perturbation method can be time-efficiently implemented. If we allow the same CPU time as RAxML and PhyML, then our software IQ-TREE found higher likelihoods between 62.2\% and 87.1\% of the studied alignments, thus efficiently exploring the tree-space. If we use the IQ-TREE stopping rule, RAxML and PhyML are faster in 75.7\% and 47.1\% of the DNA alignments and 42.2\% and 100\% of the protein alignments, respectively. However, the range of obtaining higher likelihoods with IQ-TREE improves to 73.3-97.1\%. IQ-TREE is freely available at http://www.cibiv.at/software/iqtree.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msu300",
    doi = "10.1093/molbev/msu300",
    openalex = "W2111647009",
    references = "doi101002fedr4910860506, doi101007bf00160154, doi101007bf01734359, doi101007bf02101990, doi10108010635150390235520, doi101086383584, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093molbevmst024, doi101093sysbio204406, doi101093sysbiosyq010, doi1023072412116, openalexw1514875444, openalexw3217097258"
}

Coleoid Cephalopoden-Mollusken umfassen Tintenfische, Sepien und Oktopusse und stellen nahezu die gesamte Vielfalt moderner Cephalopoden dar. Sophistizierte Anpassungen wie die Verwendung von Farbe für Tarnung und Kommunikation, Strahltriebwerke und der Tintensack heben die einzigartige Natur der Gruppe hervor. Trotz dieser auffälligen Anpassungen gibt es klare Parallelen in der Ökologie zwischen Coleoiden und Knochenfischen. Der Coleoid-Fossilbericht ist jedoch begrenzt, was eine vertrauenswürdige Analyse des Tempos und Musters ihrer Evolution behindert. Hier verwenden wir einen molekularen Datensatz (180 Gene, ca. 36 000 Aminosäuren) von 26 Cephalopoden-Arten, um die Phylogenie und das Timing der Cephalopoden-Evolution zu untersuchen. Wir zeigen, dass Kronen-Cephalopoden im Silur-Devon divergierten, während Kronen-Coleoiden ihre Ursprünge im späten Paläozoikum hatten. Während der Tiefsee-Vampire-Tintenfisch und Dumbo-Oktopusse alte Ursprünge bis in das frühe Mesozoikum, 242 ± 38 Ma, haben, diversifizierten sich inkirrate Oktopusse und die Decabrachian-Coleoiden (10-ärmige Tintenfische) im Jura-Zeitalter. Diese Divergenzschätzungen heben die moderne Vielfalt der Coleoid-Cephalopoden hervor, die in der Mesozoic Marine Revolution entstanden, eine Periode, die auch die Radiation der meisten Strahlenflosser-Fischgruppen sowie anderer mariner Wirbeltiere erlebte. Dies deutet darauf hin, dass der Ursprung der modernen Cephalopoden-Biodiversität von ökologischer Konkurrenz mit marinen Wirbeltieren abhängig war.

@article{doi101098rspb20162818,
    author = "Tanner, Alastair R und Fuchs, Dirk und Winkelmann, Inger E und Gilbert, M Thomas P und Pankey, M Sabrina und Ribeiro, Ângela M und Kocot, Kevin M und Halanych, Kenneth M und Oakley, Todd H und da Fonseca, Rute R und Pisani, Davide und Vinther, Jakob",
    title = "Molecular clocks indicate turnover and diversification of modern coleoid cephalopods during the Mesozoic Marine Revolution.",
    year = "2017",
    journal = "Proceedings. Biological sciences",
    abstract = "Coleoid Cephalopoden-Mollusken umfassen Tintenfische, Sepien und Oktopusse und stellen nahezu die gesamte Vielfalt moderner Cephalopoden dar. Sophistizierte Anpassungen wie die Verwendung von Farbe für Tarnung und Kommunikation, Strahltriebwerke und der Tintensack heben die einzigartige Natur der Gruppe hervor. Trotz dieser auffälligen Anpassungen gibt es klare Parallelen in der Ökologie zwischen Coleoiden und Knochenfischen. Der Coleoid-Fossilbericht ist jedoch begrenzt, was eine vertrauenswürdige Analyse des Tempos und Musters ihrer Evolution behindert. Hier verwenden wir einen molekularen Datensatz (180 Gene, ca. 36 000 Aminosäuren) von 26 Cephalopoden-Arten, um die Phylogenie und das Timing der Cephalopoden-Evolution zu untersuchen. Wir zeigen, dass Kronen-Cephalopoden im Silur-Devon divergierten, während Kronen-Coleoiden ihre Ursprünge im späten Paläozoikum hatten. Während der Tiefsee-Vampire-Tintenfisch und Dumbo-Oktopusse alte Ursprünge bis in das frühe Mesozoikum, 242 ± 38 Ma, haben, diversifizierten sich inkirrate Oktopusse und die Decabrachian-Coleoiden (10-ärmige Tintenfische) im Jura-Zeitalter. Diese Divergenzschätzungen heben die moderne Vielfalt der Coleoid-Cephalopoden hervor, die in der Mesozoic Marine Revolution entstanden, eine Periode, die auch die Radiation der meisten Strahlenflosser-Fischgruppen sowie anderer mariner Wirbeltiere erlebte. Dies deutet darauf hin, dass der Ursprung der modernen Cephalopoden-Biodiversität von ökologischer Konkurrenz mit marinen Wirbeltieren abhängig war.",
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5360930/",
    doi = "10.1098/rspb.2016.2818",
    openalex = "W2593801679",
    pmcid = "PMC5360930",
    pmid = "28250188",
    references = "doi101017s0094837300005352, doi101073pnas1206625109, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093molbevmsm193, doi101093molbevmsn067, doi101093sysbiosyt022, doi101098rspb20162818, doi101111j1469185x1972tb00975x, doi101126science1116412, doi101146annurevearth040809152556, doi1015159780691224244, openalexw1528487914"
}

@article{doi101038nbt4229,
    author = "Parks, Donovan H. und Chuvochina, Maria und Waite, David W. und Rinke, Christian und Skarshewski, Adam und Chaumeil, Pierre-Alain und Hugenholtz, Philip",
    title = "A standardized bacterial taxonomy based on genome phylogeny substantially revises the tree of life",
    year = "2018",
    journal = "Nature Biotechnology",
    url = "https://doi.org/10.1038/nbt.4229",
    doi = "10.1038/nbt.4229",
    openalex = "W2889019390",
    references = "doi101038nature12352, doi101038nature14486, doi101038nmicrobiol201648, doi101038nrmicro1341, doi101038nrmicro3330, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093molbevmsn067, doi101093molbevmsx116, doi101371journalpcbi1002195"
}

Unser Verständnis der phylogenetischen Beziehungen zwischen Knochenfischen wurde durch die Analyse einer kleinen Anzahl von Genen transformiert, doch Unsicherheiten bestehen weiterhin bei kritischen Knoten. Bisherige Inferenzen im Genom-Skala haben nur eine begrenzte Anzahl von Taxa und Genen abgedeckt. Hier haben wir 144 Genome und 159 Transkriptomdaten genutzt, um die Fisch-Evolution mit einem beispiellosen Maß an Daten zu untersuchen: >0,5 Mb aus 1.105 orthologen Exon-Sequenzen von 303 Arten, die 66 von 72 Ordnungen der Strahlenflosser repräsentieren. Wir wenden phylogenetische Tests an, die entwickelt wurden, um die Auswirkungen von Whole-Genome-Duplikationsereignissen auf Genbäume zu verfolgen, und finden paralogie-freie Loci unter Verwendung eines Bioinformatik-Ansatzes. Genomweite Daten unterstützen die Struktur der Fisch-Phylogenie, und Hypothesentest-Verfahren, die für phylogenomische Datensätze geeignet sind und eine explizite Gen-Genalogie-Interrogation verwenden, klären einige langjährige Unsicherheiten, wie die Verzweigungsordnung an der Basis der Teleostei und unter den frühen Euteleostei sowie die Schwesterlinie zu den Acanthomorphen und Percomorphen-Strahlungen. Umfassende Fossil-Kalibrierungen datieren den Ursprung aller wichtigen Fisch-Linien vor dem Ende der Kreidezeit.

@article{doi101073pnas1719358115,
    author = "Hughes, Lily C. und Ortı́, Guillermo und Huang, Yu und Sun, Ying und Baldwin, Carole C. und Thompson, Andrew W. und Arcila, Dahiana und Betancur‐R, Ricardo und Li, Chenhong und Becker, L.A. und Bellora, Nicolás und Zhao, Xiaomeng und Li, Xiaofeng und Wang, Min und Fang, Chao und Xie, Bing und Zhou, Zhuocheng und Huang, Hai und Chen, Songlin und Venkatesh, Byrappa und Shi, Qiong",
    title = "Comprehensive phylogeny of ray-finned fishes (Actinopterygii) based on transcriptomic and genomic data",
    year = "2018",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Unser Verständnis der phylogenetischen Beziehungen zwischen Knochenfischen wurde durch die Analyse einer kleinen Anzahl von Genen transformiert, doch Unsicherheiten bestehen weiterhin bei kritischen Knoten. Bisherige Inferenzen im Genom-Skala haben nur eine begrenzte Anzahl von Taxa und Genen abgedeckt. Hier haben wir 144 Genome und 159 Transkriptomdaten genutzt, um die Fisch-Evolution mit einem beispiellosen Maß an Daten zu untersuchen: >0,5 Mb aus 1.105 orthologen Exon-Sequenzen von 303 Arten, die 66 von 72 Ordnungen der Strahlenflosser repräsentieren. Wir wenden phylogenetische Tests an, die entwickelt wurden, um die Auswirkungen von Whole-Genome-Duplikationsereignissen auf Genbäume zu verfolgen, und finden paralogie-freie Loci unter Verwendung eines Bioinformatik-Ansatzes. Genomweite Daten unterstützen die Struktur der Fisch-Phylogenie, und Hypothesentest-Verfahren, die für phylogenomische Datensätze geeignet sind und eine explizite Gen-Genalogie-Interrogation verwenden, klären einige langjährige Unsicherheiten, wie die Verzweigungsordnung an der Basis der Teleostei und unter den frühen Euteleostei sowie die Schwesterlinie zu den Acanthomorphen und Percomorphen-Strahlungen. Umfassende Fossil-Kalibrierungen datieren den Ursprung aller wichtigen Fisch-Linien vor dem Ende der Kreidezeit.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1719358115",
    doi = "10.1073/pnas.1719358115",
    openalex = "W2803572653",
    references = "doi101073pnas1206625109, doi10108010635150290069913, doi101093bioinformatics17121246, doi101093bioinformaticsbtt403, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093bioinformaticsbtu462, doi101093molbevmsm088, doi101093sysbiosys004, doi101111j109636421981tb01575x, doi101186s1286201709583, doi101371currentstol53ba26640df0ccaee75bb165c8c26288, doi101371journalpbio0030314, doi1023072412448"
}

@article{doi101016jcub201904057,
    author = "Giribet, Gonzalo und Edgecombe, Gregory D.",
    title = "Die Phylogenie und evolutionäre Geschichte der Arthropoden",
    year = "2019",
    journal = "Current Biology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cub.2019.04.057",
    doi = "10.1016/j.cub.2019.04.057",
    openalex = "W2950592321",
    references = "doi101007s0042700600854, doi101016jasd200910002, doi101016jasd201610011, doi101016jcub201205018, doi101038nature10689, doi101038nature12520, doi101038nature14256, doi101038ncomms3485, doi101038s41467019102447, doi101073pnas1719962115, doi101093molbevmss216, doi101098rsos172206, doi101111brv12168, doi101111j10960031201200413x, doi101111j14754983201101124x, doi1011861471214812162, doi101186s1286201710887, doi1023072412988"
}

@article{doi101016jearscirev201902020,
    author = "Klompmaker, Adiël A. und Kelley, Patricia H. und Chattopadhyay, Devapriya und Clements, Jeff C. und Huntley, John Warren und Kowalewski, Michał",
    title = "Predation in the marine fossil record: Studies, data, recognition, environmental factors, and behavior",
    year = "2019",
    journal = "Earth-Science Reviews",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.earscirev.2019.02.020",
    doi = "10.1016/j.earscirev.2019.02.020",
    openalex = "W2917611271",
    references = "doi101016001669959180043y, doi1010160195667182900416, doi101016jpalaeo200909010, doi101016jpalwor201104001, doi101016s001282520300014x, doi101080027246342011601714, doi101111j150239312002tb00062x, doi101111pala12042, doi101111pala12254, doi101146annureves10110179001551, doi101371journalpone0052200, morris1979the"
}

Das Verständnis der Heterogenität in der Artenvielfalt zwischen eng verwandten Kladen ist eine zentrale Forschungsfrage in der Ökologie und der Evolutionsbiologie. Es wurden mehrere Hypothesen vorgeschlagen, um solche Diversitätskontraste über den Baum des Lebens zu interpretieren, wobei die meisten Studien sich auf die Artbildungsrate konzentrieren, um die evolutionären Radiationen von Kladen zu erklären, während sie oft die Aussterberaten vernachlässigen. Hier untersuchen wir ein berüchtigtes biologisches Modell, wie es sich in den Schwesterbeziehungen zwischen Makrelenhaien (Lamniformes, 15 existierende Arten) und Grundhaien (Carcharhiniformes, ∼290 existierende Arten) zeigt. Unter Verwendung eines umfassenden Fossilberichts fanden wir, dass die Diversitätsdynamik der Lamniformen nach wiederholten Zyklen von Radiation-Phasen und Rückgangsphasen schwankte. Die Radiation-Phasen erreichten Spitzenwerte von bis zu 3-mal der aktuellen Vielfalt im frühen späten Kreidezeit. In den letzten 20 Millionen Jahren ging die Gruppe auf ihre heutige Vielfalt zurück. Zusammen mit einem höheren Aussterberisiko für junge Arten zeigen wir weiter, dass dieses Rückgangsmuster wahrscheinlich einer Kombination aus abiotischen und biotischen Faktoren zugeschrieben werden kann, mit einer kühlungsgesteuerten Aussterbe (negative Korrelation zwischen Temperatur und Aussterben) und Klad-Wettbewerb mit einigen Grundhaien. Wettbewerb von mehreren Kladen trieb nacheinander den Untergang und Ersatz der Makrelenhaie aufgrund einer Unfähigkeit zur Entstehung angesichts des Aufstiegs der Grundhaie, insbesondere seit dem Eozän, voran. Diese Effekte stammten von ökologisch ähnlichen carcharhiniformen Arten, die die Diversifizierung mittelgroßer und großer Lamniformen hemmten. Diese Ergebnisse implizieren, dass das Zusammenspiel zwischen abiotischen und biotischen Treibern eine wesentliche Rolle bei Aussterben und Artbildung spielte, was den sequentiellen Aufstieg und Rückgang von marinen Spitzenprädatoren bestimmt.

@article{doi101073pnas1902693116,
    author = "Condamine, Fabien L. und Romieu, Jules und Guinot, Guillaume",
    title = "Klimakühlung und Klad-Wettbewerb dürften den Rückgang der Lamniformen-Haie verursacht haben",
    year = "2019",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Das Verständnis der Heterogenität in der Artenvielfalt zwischen eng verwandten Kladen ist eine zentrale Forschungsfrage in der Ökologie und der Evolutionsbiologie. Es wurden mehrere Hypothesen vorgeschlagen, um solche Diversitätskontraste über den Baum des Lebens zu interpretieren, wobei die meisten Studien sich auf die Artbildungsrate konzentrieren, um die evolutionären Radiationen von Kladen zu erklären, während sie oft die Aussterberaten vernachlässigen. Hier untersuchen wir ein berüchtigtes biologisches Modell, wie es sich in den Schwesterbeziehungen zwischen Makrelenhaien (Lamniformes, 15 existierende Arten) und Grundhaien (Carcharhiniformes, ∼290 existierende Arten) zeigt. Unter Verwendung eines umfassenden Fossilberichts fanden wir, dass die Diversitätsdynamik der Lamniformen nach wiederholten Zyklen von Radiation-Phasen und Rückgangsphasen schwankte. Die Radiation-Phasen erreichten Spitzenwerte von bis zu 3-mal der aktuellen Vielfalt im frühen späten Kreidezeit. In den letzten 20 Millionen Jahren ging die Gruppe auf ihre heutige Vielfalt zurück. Zusammen mit einem höheren Aussterberisiko für junge Arten zeigen wir weiter, dass dieses Rückgangsmuster wahrscheinlich einer Kombination aus abiotischen und biotischen Faktoren zugeschrieben werden kann, mit einer kühlungsgesteuerten Aussterbe (negative Korrelation zwischen Temperatur und Aussterben) und Klad-Wettbewerb mit einigen Grundhaien. Wettbewerb von mehreren Kladen trieb nacheinander den Untergang und Ersatz der Makrelenhaie aufgrund einer Unfähigkeit zur Entstehung angesichts des Aufstiegs der Grundhaie, insbesondere seit dem Eozän, voran. Diese Effekte stammten von ökologisch ähnlichen carcharhiniformen Arten, die die Diversifizierung mittelgroßer und großer Lamniformen hemmten. Diese Ergebnisse implizieren, dass das Zusammenspiel zwischen abiotischen und biotischen Treibern eine wesentliche Rolle bei Aussterben und Artbildung spielte, was den sequentiellen Aufstieg und Rückgang von marinen Spitzenprädatoren bestimmt.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1902693116",
    doi = "10.1073/pnas.1902693116",
    openalex = "W2976793806",
    references = "doi101016jearscirev200712003, doi101017s1464793104006517, doi101038nature06588, doi101038ncomms2958, doi101073pnas0603587103, doi101111brv12203, doi101126science1061967, doi101126science1116412, doi101126science1157719, doi101198016214502760047131, doi101371journalpone0185185, doi105860choice344488"
}

Große, zeitkalibrierte Phylogenien sind grundlegend für die Verbindung evolutionärer Prozesse mit modernen Mustern der biologischen Vielfalt. Das Ableiten zuverlässiger phylogenetischer Bäume für Tausende von Arten beinhaltet jedoch zahlreiche Kompromisse, die deren Nutzen für vergleichende Biologen eingeschränkt haben. Um eine robuste evolutionäre Zeitskala für alle etwa 6.000 lebenden Säugetierarten zu erstellen, entwickelten wir glaubwürdige Baumensembles, die die Unsicherheit von der Wurzel bis zur Spitze in Topologie und Divergenzzeiten erfassen. Unser „Backbone-and-Patch"-Ansatz zur Baumerstellung wendet eine neu zusammengestellte Supermatrix von 31 Genen auf zwei Ebenen der bayesianischen Inferenz an: (1) Backbone-Beziehungen und Altersangaben zwischen Hauptlinien, unter Verwendung von Fossil-Knoten- oder Endpunkt-Datierung, und (2) artspezifische „Patch"-Phylogenien mit nicht überlappenden Untergruppen, die jeweils einer repräsentativen Linie im Backbone entsprechen. Arten, für die keine DNA-Proben vorliegen, werden entweder ausgeschlossen („DNA-only"-Bäume) oder unter Berücksichtigung taxonomischer Einschränkungen mittels Astlängen, die aus lokalen Geburts-Todes-Modellen abgeleitet wurden, interpoliert („komplette" Bäume). Das Anbinden zeitkalibrierter Patches an Backbones ergibt artspezifische Bäume von extanten Mammalia, bei denen alle Äste unter dem gleichen Modellierungsrahmen geschätzt werden, wodurch Vergleiche von Raten zwischen so unterschiedlichen Linien wie Beuteltieren und Plazentaten erleichtert werden. Wir vergleichen unsere phylogenetischen Bäume mit früheren Schätzungen der Säugetier-Phylogenie und Divergenzzeiten und finden, dass (1) Knotenalter zwischen Studien weitgehend übereinstimmen und (2) aktuelle (Endpunkt-Ebene) Raten der Artbildung in unserer Studie genauer geschätzt werden als in früheren „Supertree"-Ansätzen, bei denen ungelöste Knoten zu Artefakten der Astlängen führten. Glaubwürdige Ensembles der Säugetier-Phylogenie sind nun zum Download unter http://vertlife.org/phylosubsets verfügbar und ermöglichen die Untersuchung langjähriger Fragen der vergleichenden Biologie.

@article{doi101371journalpbio3000494,
    author = "Upham, Nathan S. und Esselstyn, Jacob A. und Jetz, Walter",
    title = "Inferring the mammal tree: Species-level sets of phylogenies for questions in ecology, evolution, and conservation",
    year = "2019",
    journal = "PLoS Biology",
    abstract = {Große, zeitkalibrierte Phylogenien sind grundlegend für die Verbindung evolutionärer Prozesse mit modernen Mustern der biologischen Vielfalt. Das Ableiten zuverlässiger phylogenetischer Bäume für Tausende von Arten beinhaltet jedoch zahlreiche Kompromisse, die deren Nutzen für vergleichende Biologen eingeschränkt haben. Um eine robuste evolutionäre Zeitskala für alle etwa 6.000 lebenden Säugetierarten zu erstellen, entwickelten wir glaubwürdige Baumensembles, die die Unsicherheit von der Wurzel bis zur Spitze in Topologie und Divergenzzeiten erfassen. Unser „Backbone-and-Patch"-Ansatz zur Baumerstellung wendet eine neu zusammengestellte Supermatrix von 31 Genen auf zwei Ebenen der bayesianischen Inferenz an: (1) Backbone-Beziehungen und Altersangaben zwischen Hauptlinien, unter Verwendung von Fossil-Knoten- oder Endpunkt-Datierung, und (2) artspezifische „Patch"-Phylogenien mit nicht überlappenden Untergruppen, die jeweils einer repräsentativen Linie im Backbone entsprechen. Arten, für die keine DNA-Proben vorliegen, werden entweder ausgeschlossen („DNA-only"-Bäume) oder unter Berücksichtigung taxonomischer Einschränkungen mittels Astlängen, die aus lokalen Geburts-Todes-Modellen abgeleitet wurden, interpoliert („komplette" Bäume). Das Anbinden zeitkalibrierter Patches an Backbones ergibt artspezifische Bäume von extanten Mammalia, bei denen alle Äste unter dem gleichen Modellierungsrahmen geschätzt werden, wodurch Vergleiche von Raten zwischen so unterschiedlichen Linien wie Beuteltieren und Plazentaten erleichtert werden. Wir vergleichen unsere phylogenetischen Bäume mit früheren Schätzungen der Säugetier-Phylogenie und Divergenzzeiten und finden, dass (1) Knotenalter zwischen Studien weitgehend übereinstimmen und (2) aktuelle (Endpunkt-Ebene) Raten der Artbildung in unserer Studie genauer geschätzt werden als in früheren „Supertree"-Ansätzen, bei denen ungelöste Knoten zu Artefakten der Astlängen führten. Glaubwürdige Ensembles der Säugetier-Phylogenie sind nun zum Download unter http://vertlife.org/phylosubsets verfügbar und ermöglichen die Untersuchung langjähriger Fragen der vergleichenden Biologie.},
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3000494",
    doi = "10.1371/journal.pbio.3000494",
    openalex = "W2991998196",
    references = "doi10100703064746897, doi101007s1091401693638, doi101023a1011317930838, doi101038416816a, doi101038nature05634, doi101038nature06277, doi101038nature10291, doi101038nature11631, doi101038nature22897, doi101038nature25794, doi101073pnas1319091111, doi101073pnas1519387112, doi101093acprofoso97801985670280010001, doi101093bioinformaticsbts199, doi101093jmammalgyx147, doi101093jmammalgyy179, doi101093molbevmsm193, doi101093molbevmsv037, doi101093sysbiosyr047, doi101093sysbiosyr107, doi101093sysbiosyv080, doi101098rspb20120683, doi101111evo12681, doi101126science1157704, doi101126science1211028, doi101126science1229237, doi101371journalpone0089543, doi101371journalpone0183070, doi1026879424"
}

Lamniformes (Chondrichthyes: Elasmobranchii) ist eine Gruppe von Haifischen, die aus 15 existierenden Arten mit einer breiten Bandbreite morphologischer Vielfalt besteht. Der seltenste gefangene Lamniform ist Odontaspis noronhai, und viele Aspekte seiner Biologie bleiben bis heute unbekannt. In dieser Studie wurde die Skelettanatomie eines zuvor beschriebenen Exemplars von O. noronhai mittels Computertomographie untersucht. Die neuen Skelettdaten wurden dann zu einer zuvor veröffentlichten auf Morphologie basierenden Charaktermatrix hinzugefügt, um eine neue phylogenetische Analyse der Lamniformes durchzuführen. Unsere phylogenetische Studie deutet stark auf die Nicht-Monophylie der Odontaspididae hin, die traditionell aus Carcharias taurus, O. ferox und O. noronhai bestand. Daher wird die Familie Carchariidae formell wiederbelebt für das Genus Carcharias, um es von der Familie Odontaspididae sensu stricto für Odontaspis zu trennen. Die allgemeine Topologie unserer phylogenetischen Bäume ähnelt der zuvor veröffentlichter auf Morphologie basierender Bäume und unterscheidet sich drastisch von der Baumtopologie, die allgemein durch molekulare Daten erreicht wird, die Alopias, Megachasma, Odontaspis und Pseudocarcharias zusammen als einen separaten Kladen gruppieren. Die Haupttopologie-Discrepanz zwischen molekularen und morphologischen Bäumen kann auf ungewöhnlich asynchrone Raten zwischen morphologischer und molekularer Evolution zurückgeführt werden, zumindest bei bestimmten Arten innerhalb der Lamniformes, zusammen mit der wahrscheinlichen Manifestation von Mosaik-Evolution. Die Anerkennung der Familie Carchariidae ist wichtig für die Naturschutzbiologie, weil die Aussterben von C. taurus nicht nur die Eliminierung des Genus Carcharias bedeuten würde, sondern auch die gesamte Familie Carchariidae. Unsere Studie demonstriert die Bedeutung der Integration sowohl morphologischer als auch molekularer Informationen, um die Organismen-Evolution zu verstehen.

@article{doi101643cg18160,
    author = "Stone, Nicholas R. und Shimada, Kenshu",
    title = "Skelettanatomie des Bigeye Sand Tiger Sharks, Odontaspis noronhai (Lamniformes: Odontaspididae), und seine Implikationen für Lamniform-Phylogenie, Taxonomie und Naturschutzbiologie",
    year = "2019",
    journal = "Copeia",
    abstract = "Lamniformes (Chondrichthyes: Elasmobranchii) ist eine Gruppe von Haifischen, die aus 15 existierenden Arten mit einer breiten Bandbreite morphologischer Vielfalt besteht. Der seltenste gefangene Lamniform ist Odontaspis noronhai, und viele Aspekte seiner Biologie bleiben bis heute unbekannt. In dieser Studie wurde die Skelettanatomie eines zuvor beschriebenen Exemplars von O. noronhai mittels Computertomographie untersucht. Die neuen Skelettdaten wurden dann zu einer zuvor veröffentlichten auf Morphologie basierenden Charaktermatrix hinzugefügt, um eine neue phylogenetische Analyse der Lamniformes durchzuführen. Unsere phylogenetische Studie deutet stark auf die Nicht-Monophylie der Odontaspididae hin, die traditionell aus Carcharias taurus, O. ferox und O. noronhai bestand. Daher wird die Familie Carchariidae formell wiederbelebt für das Genus Carcharias, um es von der Familie Odontaspididae sensu stricto für Odontaspis zu trennen. Die allgemeine Topologie unserer phylogenetischen Bäume ähnelt der zuvor veröffentlichter auf Morphologie basierender Bäume und unterscheidet sich drastisch von der Baumtopologie, die allgemein durch molekulare Daten erreicht wird, die Alopias, Megachasma, Odontaspis und Pseudocarcharias zusammen als einen separaten Kladen gruppieren. Die Haupttopologie-Discrepanz zwischen molekularen und morphologischen Bäumen kann auf ungewöhnlich asynchrone Raten zwischen morphologischer und molekularer Evolution zurückgeführt werden, zumindest bei bestimmten Arten innerhalb der Lamniformes, zusammen mit der wahrscheinlichen Manifestation von Mosaik-Evolution. Die Anerkennung der Familie Carchariidae ist wichtig für die Naturschutzbiologie, weil die Aussterben von C. taurus nicht nur die Eliminierung des Genus Carcharias bedeuten würde, sondern auch die gesamte Familie Carchariidae. Unsere Studie demonstriert die Bedeutung der Integration sowohl morphologischer als auch molekularer Informationen, um die Organismen-Evolution zu verstehen.",
    url = "https://doi.org/10.1643/cg-18-160",
    doi = "10.1643/cg-18-160",
    openalex = "W2986461835",
    references = "doi101002jmor10342"
}

Vorwort Muster und Vielfalt in Fortpflanzung und Entwicklung, L.A. Levin und T.S. Bridges Variation in Größe, Energiegehalt und biochemischer Zusammensetzung von Invertebraten-Eiern: Korrelate zum Modus der Larvenentwicklung, W.B. Jaeckle Evolutionäre Ökologie von Larventypen, J.N. Havenhand Die Ökologie der Befruchtung bei frei laichenden Invertebraten, D.R. Levitan Der Zeitpunkt der Larvenfreisetzung, S.G. Morgan Mechanismen und Raten der Suspensionsernährung, M.W. Hart und R.R. Strathmann Larvenernährung, I.F. Boidron-Metairon Verhalten und Fortbewegung während der Dispersionsphase des Larvenlebens, C.M. Young Leben und Tod im Plankton: Larvensterblichkeit und Anpassung, S.G. Morgan Mechanismen der Querregal-Dispersal von Larven-Invertebraten und Fischen, A.L. Shanks Nutzung der Genetik als indirekter Schätzer der Larvendispersal, S.R. Palumbi Modellierung der Dynamik mariner Arten: Die Bedeutung der Einbeziehung der Larvendispersal, S.D. Gaines und K.D. Lafferty Evolution von Larven und Entwicklungsmodi, G.A. Wray Index

@book{doi1012019780138758950,
    author = "McEdward, Larry R.",
    title = "Ökologie mariner Invertebratenlarven",
    year = "2020",
    abstract = "Vorwort Muster und Vielfalt in Fortpflanzung und Entwicklung, L.A. Levin und T.S. Bridges Variation in Größe, Energiegehalt und biochemischer Zusammensetzung von Invertebraten-Eiern: Korrelate zum Modus der Larvenentwicklung, W.B. Jaeckle Evolutionäre Ökologie von Larventypen, J.N. Havenhand Die Ökologie der Befruchtung bei frei laichenden Invertebraten, D.R. Levitan Der Zeitpunkt der Larvenfreisetzung, S.G. Morgan Mechanismen und Raten der Suspensionsernährung, M.W. Hart und R.R. Strathmann Larvenernährung, I.F. Boidron-Metairon Verhalten und Fortbewegung während der Dispersionsphase des Larvenlebens, C.M. Young Leben und Tod im Plankton: Larvensterblichkeit und Anpassung, S.G. Morgan Mechanismen der Querregal-Dispersal von Larven-Invertebraten und Fischen, A.L. Shanks Nutzung der Genetik als indirekter Schätzer der Larvendispersal, S.R. Palumbi Modellierung der Dynamik mariner Arten: Die Bedeutung der Einbeziehung der Larvendispersal, S.D. Gaines und K.D. Lafferty Evolution von Larven und Entwicklungsmodi, G.A. Wray Index",
    url = "https://doi.org/10.1201/9780138758950",
    doi = "10.1201/9780138758950",
    openalex = "W641111994"
}

Ecdysozoa (Stämme Arthropoda, Kinorhyncha, Loricifera, Nematoda, Nematomorpha, Onychophora, Priapulida, Tardigrada) sind wirbellose Tiere mit einer robusten, periodisch häuteten Cuticula, die sie zu einer außergewöhnlichen Erhaltung prädisponiert. Ecdysozoa dominieren die ältesten außergewöhnlich erhaltenen bilateralen Tierbiota im frühen bis mittleren Kambrium (ca. 520–508 Ma), mit möglichen Spurfossilien im spätesten Ediacaran (<556 Ma). Der Fossilbericht der Ecdysozoa gehört zu den am besten verstandenen der großen Tierklade und wird als gut dokumentierend für ihre Ursprünge und evolutionäre Geschichte angesehen. Auffällig ist jedoch, dass molekulare Uhr-Analysen einen deutlich tieferen präkambrischen Ursprung für die Ecdysozoa implizieren, viel älter als ihre frühesten Fossilien. Hier verwenden wir einen verbesserten Satz von Fossilkalibrierungen, um bayesianische Analysen durchzuführen, um einen evolutionären Zeitbaum für die Ecdysozoa zu schätzen und dabei alle acht Stämme erstmals zu berücksichtigen. Unsere Ergebnisse rekonstruieren Scalidophora als Schwestergruppe von Nematoida + Panarthropoda (= Cryptovermes nov.) und legen nahe, dass die Ediacaran-Abspaltung der Ecdysozoa mindestens 23 myr vor den ersten potenziellen ecdysozoischen Spurfossilien stattfand. Dieser Befund ist unempfindlich gegenüber der Verwendung aller plausiblen Phylogenien, Fossil-Vorverteilungsannahmen, evolutionären Ratenmodelle und Matrix-Partitionierungsstrategien. Arthropoden zeigen eine höhere Präzision und weniger Inkongruenz zwischen fossil- und uhrbasierten Schätzungen der Klade-Alter als andere ecdysozoische Stämme. Ergänzende Materialien: Die vollständigen verwendeten Methoden und ein Anhang mit Fossilkalibrierungspunkten sind verfügbar unter https://doi.org/10.6084/m9.figshare.c.5811381 Thematische Sammlung: Dieser Artikel ist Teil der Sammlung „Advances in the Cambrian Explosion", verfügbar unter: https://www.lyellcollection.org/cc/advances-cambrian-explosion

@article{doi101144jgs2021107,
    author = "Howard, Richard J. und Giacomelli, Mattia und Lozano-Fernández, Jesús und Edgecombe, Gregory D. und Fleming, James F. und Kristensen, Reinhardt Møbjerg und Ma, Xiaoya und Olesen, Jørgen und Sørensen, Martin V. und Thomsen, Philip Francis und Wills, Matthew A. und Donoghue, Philip C. J. und Pisani, Davide",
    title = "Der Ediacaran-Ursprung der Ecdysozoa: Integration von Fossil- und phylogenomischen Daten",
    year = "2022",
    journal = "Journal of the Geological Society",
    abstract = "Ecdysozoa (Stämme Arthropoda, Kinorhyncha, Loricifera, Nematoda, Nematomorpha, Onychophora, Priapulida, Tardigrada) sind wirbellose Tiere mit einer robusten, periodisch häuteten Cuticula, die sie zu einer außergewöhnlichen Erhaltung prädisponiert. Ecdysozoa dominieren die ältesten außergewöhnlich erhaltenen bilateralen Tierbiota im frühen bis mittleren Kambrium (ca. 520–508 Ma), mit möglichen Spurfossilien im spätesten Ediacaran (<556 Ma). Der Fossilbericht der Ecdysozoa gehört zu den am besten verstandenen der großen Tierklade und wird als gut dokumentierend für ihre Ursprünge und evolutionäre Geschichte angesehen. Auffällig ist jedoch, dass molekulare Uhr-Analysen einen deutlich tieferen präkambrischen Ursprung für die Ecdysozoa implizieren, viel älter als ihre frühesten Fossilien. Hier verwenden wir einen verbesserten Satz von Fossilkalibrierungen, um bayesianische Analysen durchzuführen, um einen evolutionären Zeitbaum für die Ecdysozoa zu schätzen und dabei alle acht Stämme erstmals zu berücksichtigen. Unsere Ergebnisse rekonstruieren Scalidophora als Schwestergruppe von Nematoida + Panarthropoda (= Cryptovermes nov.) und legen nahe, dass die Ediacaran-Abspaltung der Ecdysozoa mindestens 23 myr vor den ersten potenziellen ecdysozoischen Spurfossilien stattfand. Dieser Befund ist unempfindlich gegenüber der Verwendung aller plausiblen Phylogenien, Fossil-Vorverteilungsannahmen, evolutionären Ratenmodelle und Matrix-Partitionierungsstrategien. Arthropoden zeigen eine höhere Präzision und weniger Inkongruenz zwischen fossil- und uhrbasierten Schätzungen der Klade-Alter als andere ecdysozoische Stämme. Ergänzende Materialien: Die vollständigen verwendeten Methoden und ein Anhang mit Fossilkalibrierungspunkten sind verfügbar unter https://doi.org/10.6084/m9.figshare.c.5811381 Thematische Sammlung: Dieser Artikel ist Teil der Sammlung „Advances in the Cambrian Explosion", verfügbar unter: https://www.lyellcollection.org/cc/advances-cambrian-explosion",
    url = "https://doi.org/10.1144/jgs2021-107",
    doi = "10.1144/jgs2021-107",
    openalex = "W4210420449",
    references = "doi101038s415590160022, doi101093gbeevz097, doi101098rspb20182505, doi101111ter12368, doi102110palo2009p09004r"
}

Die phylogenetische Analyse ist in die Genomik (Multilokus)-Ära eingetreten. Für weniger erfahrene Forscher kann die Beherrschung der großen Anzahl von Softwareprogrammen, die für eine multilokusbasierte phylogenetische Rekonstruktion erforderlich sind, etwas einschüchternd und zeitaufwändig sein. PhyloSuite, eine Software mit einer benutzerfreundlichen GUI, wurde entwickelt, um diesen Prozess zugänglicher zu machen, indem sie mehrere Softwareprogramme integriert, die für multilokus- und Single-Gene-Phylogenien benötigt werden, und den gesamten Prozess weiter vereinfacht. In diesem Protokoll zielen wir darauf ab, zu erklären, wie jeder Schritt des phylogenetischen Pipelines und der baubasierten Analysen in PhyloSuite durchgeführt wird. Wir stellen auch eine neue Version von PhyloSuite (v1.2.3) vor, in der wir einige Fehler behoben, einige Optimierungen vorgenommen und einige neue Funktionen eingeführt haben, darunter eine Reihe von baubasierten Analysen wie Signal-zu-Rausch-Berechnung, Sättigungsanalyse, Identifizierung von falschen Arten und andere. Das schrittweise Protokoll enthält Hintergrundinformationen (d. h., was der Schritt tut), Gründe (d. h., warum man den Schritt durchführt) und Operationen (d. h., wie man es macht). Dieses Protokoll wird Forschern helfen, ihren Weg durch die multilokus-phylogenetische Analyse schnell zu beginnen, insbesondere diejenigen, die an der Durchführung von Organell-basierten Analysen interessiert sind.

@article{doi101002imt287,
    author = "Xiang, Chuan‐Yu und Gao, Fangluan und Jakovlić, Ivan und Lei, Hong‐Peng und Hu, Ye und Zhang, Hong und Zou, Hong und Wang, Gui‐Tang und Zhang, Dong",
    title = "Verwendung von PhyloSuite für molekulare Phylogenie und baumbasierte Analysen",
    year = "2023",
    journal = "iMeta",
    abstract = "Die phylogenetische Analyse ist in die Genomik (Multilokus)-Ära eingetreten. Für weniger erfahrene Forscher kann die Beherrschung der großen Anzahl von Softwareprogrammen, die für eine multilokusbasierte phylogenetische Rekonstruktion erforderlich sind, etwas einschüchternd und zeitaufwändig sein. PhyloSuite, eine Software mit einer benutzerfreundlichen GUI, wurde entwickelt, um diesen Prozess zugänglicher zu machen, indem sie mehrere Softwareprogramme integriert, die für multilokus- und Single-Gene-Phylogenien benötigt werden, und den gesamten Prozess weiter vereinfacht. In diesem Protokoll zielen wir darauf ab, zu erklären, wie jeder Schritt des phylogenetischen Pipelines und der baubasierten Analysen in PhyloSuite durchgeführt wird. Wir stellen auch eine neue Version von PhyloSuite (v1.2.3) vor, in der wir einige Fehler behoben, einige Optimierungen vorgenommen und einige neue Funktionen eingeführt haben, darunter eine Reihe von baubasierten Analysen wie Signal-zu-Rausch-Berechnung, Sättigungsanalyse, Identifizierung von falschen Arten und andere. Das schrittweise Protokoll enthält Hintergrundinformationen (d. h., was der Schritt tut), Gründe (d. h., warum man den Schritt durchführt) und Operationen (d. h., wie man es macht). Dieses Protokoll wird Forschern helfen, ihren Weg durch die multilokus-phylogenetische Analyse schnell zu beginnen, insbesondere diejenigen, die an der Durchführung von Organell-basierten Analysen interessiert sind.",
    url = "https://doi.org/10.1002/imt2.87",
    doi = "10.1002/imt2.87",
    openalex = "W4321242087",
    references = "doi101038s41467019102447, doi101093molbevmsu080, doi101371journalpone0051629"
}

Der Ursprung der gepaarten Gliedmaßen bei Wirbeltieren ist eines der am intensivsten untersuchten und diskutierten Beispiele für evolutionäre Neuheiten 1-7. Gepaarte Gliedmaßen werden weitgehend als Schlüsselinnovationen betrachtet, die neue Möglichkeiten für kontrolliertes Schwimmen und Kiemenbelüftung ermöglichten und Voraussetzungen für den endgültigen Übergang vom Wasser zum Land waren. Die Debatte der letzten 150 Jahre 8-10 wurde von zwei umstrittenen Theorien 4,5 geprägt: der ventrolateralen Faltentheorie 9,10 und der Archipterygium-Hypothese 8. Letztere schlägt vor, dass Flossen und Gürtel von einem ursprünglichen Kiemenbogen abstammen. Obwohl Studien zur Tierentwicklung das Interesse an dieser Idee wiederbelebt haben 11-13, wird sie apparently durch Fossilien nicht gestützt. Hier präsentieren wir paläontologische Belege für einen pharyngealen Ursprung des Wirbeltier-Schultergürtels. Wir verwenden Computertomographie-Scans, um Details des Schädels von Kolymaspis sibirica 14, einem frühen devonischen Placodermen Fisch aus Sibirien, zu enthüllen, die auf einen pharyngealen Anteil des Schultergürtels hindeuten. Wir kombinieren diese Befunde mit aktualisierter vergleichender Anatomie von Placodermen und kieferlosen Ausgroups, um den Ursprung des Schultergürtels auf den sechsten Kiemenbogen zu verorten. Diese Befunde bieten einen neuen Rahmen zum Verständnis des Ursprungs des Schultergürtels. Unsere Beweise klären die Lage der mutmaßlichen Kopf-Rumpf-Grenze bei kieferlosen Fischen auf und erklären die Einschränkung der Anzahl der Kiemenbögen bei Gnathostomen 15. Die Ergebnisse beleben einen wichtigen Aspekt der Archipterygium-Hypothese und helfen, diese mit dem ventrolateralen Faltensmodell in Einklang zu bringen.

@article{doi101038s41586023067024,
    author = "Brazeau, Martin und Castiello, Marco und Fehri, Amin El Fassi El und Hamilton, Louis und Ivanov, Alexander O. und Johanson, Zerina und Friedman, Matt",
    title = "Fossil evidence for a pharyngeal origin of the vertebrate pectoral girdle",
    year = "2023",
    journal = "Nature",
    abstract = "Der Ursprung der gepaarten Gliedmaßen bei Wirbeltieren ist eines der am intensivsten untersuchten und diskutierten Beispiele für evolutionäre Neuheiten 1-7. Gepaarte Gliedmaßen werden weitgehend als Schlüsselinnovationen betrachtet, die neue Möglichkeiten für kontrolliertes Schwimmen und Kiemenbelüftung ermöglichten und Voraussetzungen für den endgültigen Übergang vom Wasser zum Land waren. Die Debatte der letzten 150 Jahre 8-10 wurde von zwei umstrittenen Theorien 4,5 geprägt: der ventrolateralen Faltentheorie 9,10 und der Archipterygium-Hypothese 8. Letztere schlägt vor, dass Flossen und Gürtel von einem ursprünglichen Kiemenbogen abstammen. Obwohl Studien zur Tierentwicklung das Interesse an dieser Idee wiederbelebt haben 11-13, wird sie apparently durch Fossilien nicht gestützt. Hier präsentieren wir paläontologische Belege für einen pharyngealen Ursprung des Wirbeltier-Schultergürtels. Wir verwenden Computertomographie-Scans, um Details des Schädels von Kolymaspis sibirica 14, einem frühen devonischen Placodermen Fisch aus Sibirien, zu enthüllen, die auf einen pharyngealen Anteil des Schultergürtels hindeuten. Wir kombinieren diese Befunde mit aktualisierter vergleichender Anatomie von Placodermen und kieferlosen Ausgroups, um den Ursprung des Schultergürtels auf den sechsten Kiemenbogen zu verorten. Diese Befunde bieten einen neuen Rahmen zum Verständnis des Ursprungs des Schultergürtels. Unsere Beweise klären die Lage der mutmaßlichen Kopf-Rumpf-Grenze bei kieferlosen Fischen auf und erklären die Einschränkung der Anzahl der Kiemenbögen bei Gnathostomen 15. Die Ergebnisse beleben einen wichtigen Aspekt der Archipterygium-Hypothese und helfen, diese mit dem ventrolateralen Faltensmodell in Einklang zu bringen.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41586-023-06702-4",
    doi = "10.1038/s41586-023-06702-4",
    openalex = "W4388126757",
    references = "doi101002dvdy192, doi101038nature20806, doi101111cla12524"
}

Die Klade Pancrustacea, bestehend aus Krebstieren und Hexapoden, ist die artenreichste Tiergruppe auf der Erde und umfasst über 80 % der Tierarten sowie die Hälfte der tierischen Biomasse. Sie war Gegenstand mehrerer neuer phylogenomischer Analysen, doch zeigen die Beziehungen innerhalb der Pancrustacea eine bemerkenswerte mangelnde Stabilität. Hier wird die Phylogenie mit erweitertem Taxon-Sampling geschätzt, insbesondere von Malacostraken. Wir zeigen, dass kleine Änderungen im Taxon-Sampling große Auswirkungen auf die phylogenetische Schätzung haben. Durch die Analyse identischer Orthologe zwischen zwei leicht unterschiedlichen Taxon-Sets zeigen wir, dass die Unterschiede in den resultierenden Topologien primär auf die Effekte des Taxon-Samplings auf die phylogenetische Rekonstruktionsmethode zurückzuführen sind. Wir vergleichen Bäume, die aus unseren phylogenomischen Analysen resultieren, mit denen aus der Literatur, um den großen Baumraum pancrustaceaner phylogenetischer Hypothesen zu erforschen, und finden, dass statistische Topologietests die zuvor veröffentlichten Bäume zugunsten der hier erzeugten Maximum-Likelihood-Bäume ablehnen. Unsere Ergebnisse lehnen mehrere Kladen ab, darunter Caridoida, Eucarida, Multicrustacea, Vericrustacea und Syncarida. Bemerkenswerterweise finden wir Copepoda innerhalb von Allotriocarida mit hoher Unterstützung eingebettet und rekonstruieren eine neue Beziehung zwischen Decapoden, Euphausiiden und Syncariden, die wir als Syneucarida bezeichnen. Mit dichterer Taxon-Sampling finden wir Stomatopoda als Schwestergruppe zu dieser letzteren Klade, die wir kollektiv Stomatocarida nennen, wodurch Malacostraca in drei Kladen unterteilt werden: Leptostraca, Peracarida und Stomatocarida. Eine neue bayesianische Schätzung der Divergenzzeit wird unter Verwendung von 13 geprüften Fossilien durchgeführt. Wir rekapitulieren unsere Ergebnisse im Kontext anderer pancrustaceaner phylogenetischer Hypothesen und heben 15 Schlüssel-Taxa hervor, die in zukünftigen Studien zu sampeln sind.

@article{doi101093molbevmsad175,
    author = "Bernot, James P. und Owen, Christopher L. und Wolfe, Joanna M. und Meland, Kenneth und Olesen, Jørgen und Crandall, Keith A.",
    title = "Major Revisions in Pancrustacean Phylogeny and Evidence of Sensitivity to Taxon Sampling",
    year = "2023",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Die Klade Pancrustacea, bestehend aus Krebstieren und Hexapoden, ist die artenreichste Tiergruppe auf der Erde und umfasst über 80 % der Tierarten sowie die Hälfte der tierischen Biomasse. Sie war Gegenstand mehrerer neuer phylogenomischer Analysen, doch zeigen die Beziehungen innerhalb der Pancrustacea eine bemerkenswerte mangelnde Stabilität. Hier wird die Phylogenie mit erweitertem Taxon-Sampling geschätzt, insbesondere von Malacostraken. Wir zeigen, dass kleine Änderungen im Taxon-Sampling große Auswirkungen auf die phylogenetische Schätzung haben. Durch die Analyse identischer Orthologe zwischen zwei leicht unterschiedlichen Taxon-Sets zeigen wir, dass die Unterschiede in den resultierenden Topologien primär auf die Effekte des Taxon-Samplings auf die phylogenetische Rekonstruktionsmethode zurückzuführen sind. Wir vergleichen Bäume, die aus unseren phylogenomischen Analysen resultieren, mit denen aus der Literatur, um den großen Baumraum pancrustaceaner phylogenetischer Hypothesen zu erforschen, und finden, dass statistische Topologietests die zuvor veröffentlichten Bäume zugunsten der hier erzeugten Maximum-Likelihood-Bäume ablehnen. Unsere Ergebnisse lehnen mehrere Kladen ab, darunter Caridoida, Eucarida, Multicrustacea, Vericrustacea und Syncarida. Bemerkenswerterweise finden wir Copepoda innerhalb von Allotriocarida mit hoher Unterstützung eingebettet und rekonstruieren eine neue Beziehung zwischen Decapoden, Euphausiiden und Syncariden, die wir als Syneucarida bezeichnen. Mit dichterer Taxon-Sampling finden wir Stomatopoda als Schwestergruppe zu dieser letzteren Klade, die wir kollektiv Stomatocarida nennen, wodurch Malacostraca in drei Kladen unterteilt werden: Leptostraca, Peracarida und Stomatocarida. Eine neue bayesianische Schätzung der Divergenzzeit wird unter Verwendung von 13 geprüften Fossilien durchgeführt. Wir rekapitulieren unsere Ergebnisse im Kontext anderer pancrustaceaner phylogenetischer Hypothesen und heben 15 Schlüssel-Taxa hervor, die in zukünftigen Studien zu sampeln sind.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msad175",
    doi = "10.1093/molbev/msad175",
    openalex = "W4385652026",
    references = "doi101038s41586023059366, doi101073pnas1719962115, doi101093gbeevz097, doi101353book31448"
}

@inproceedings{andzhou2024applications,
    author = "Zhou, Ethan und Ess, Madeline P. und Banker, Roxanne M.W. und Maciech, Samantha A. und Tyler, Carrie L.",
    title = "ANWENDUNGEN FÜR 3D GEFORSCHTE FOSSILE VON ORDOVISCHEN MEERESINVERTEBRATEN",
    year = "2024",
    booktitle = "Geological Society of America Abstracts with Programs",
    url = "https://doi.org/10.1130/abs/2024am-401300",
    doi = "10.1130/abs/2024am-401300",
    openalex = "W4403859025"
}

Der fossile Fisch Ptychodus Agassiz, 1834, gekennzeichnet durch eine hochgradig distinctive Mahnzähne und eine geschätzte gigantische Körpergröße (bis zu etwa 10 m), ist seit fast zwei Jahrhunderten eines der rätselhaftesten ausgestorbenen Elasmobranchier (d. h. Haie, Rochen und Störe) geblieben. Dieses weit verbreitete Kreidezeitalter Taxon ist in Albian bis Campanian Ablagerungen von fast allen Kontinenten häufig. Allerdings bestehen Proben meist aus isolierten Zähnen oder mehr oder weniger vollständigen Zahnreihen, während Schädel- und post-kraniale Skelettelemente sehr selten sind. Hier beschreiben wir neu entdecktes Material aus dem frühen späten Kreidezeitalter von Mexiko, einschließlich vollständiger articulated Exemplare mit erhaltener Körperkontur, die entscheidende Informationen über die Anatomie und systematische Position von Ptychodus liefert. Unsere phylogenetischen und ecomorphologischen Analysen deuten darauf hin, dass Ptychodontiden Hochgeschwindigkeits (tachypelagic) durophagous Lamniforms (Makrelenhaie) waren, die eine spezialisierte räuberische Nische besetzten, die zuvor in fossilen und lebenden Elasmobranchier unbekannt war. Unsere Ergebnisse unterstützen die Ansicht, dass Lamniformen ecomorphologisch hoch divers waren und die dominante Gruppe von Haie in Kreidezeitlichen marinen Ökosystemen darstellten. Ptychodus könnte sich hauptsächlich auf nektonische hartschalige Beutetiere wie Ammoniten und Meeresschildkröten statt auf benthische Wirbellose ernährt haben, und seine Aussterben während der Campanian, gut vor der end-Kreide-Krise, könnte mit der Konkurrenz mit aufkommenden stumpfzähnigen globidensine und prognathodontine Mosasaurier zusammenhängen.

@article{doi101098rspb20240262,
    author = "Vullo, Romain und Villalobos-Segura, Eduardo und Amadori, Manuel und Kriwet, Jürgen und Frey, Eberhard und González González, Margarito A und Padilla Gutiérrez, José M und Ifrim, Christina und Stinnesbeck, Eva S und Stinnesbeck, Wolfgang",
    title = "Ausgezeichnet erhaltene Haifosslile aus Mexiko klären das langjährige Rätsel des kreidezeitlichen Elasmobranchier Ptychodus.",
    year = "2024",
    journal = "Proceedings. Biological sciences",
    abstract = "Der fossile Fisch Ptychodus Agassiz, 1834, gekennzeichnet durch eine hochgradig distinctive Mahnzähne und eine geschätzte gigantische Körpergröße (bis zu etwa 10 m), ist seit fast zwei Jahrhunderten eines der rätselhaftesten ausgestorbenen Elasmobranchier (d. h. Haie, Rochen und Störe) geblieben. Dieses weit verbreitete Kreidezeitalter Taxon ist in Albian bis Campanian Ablagerungen von fast allen Kontinenten häufig. Allerdings bestehen Proben meist aus isolierten Zähnen oder mehr oder weniger vollständigen Zahnreihen, während Schädel- und post-kraniale Skelettelemente sehr selten sind. Hier beschreiben wir neu entdecktes Material aus dem frühen späten Kreidezeitalter von Mexiko, einschließlich vollständiger articulated Exemplare mit erhaltener Körperkontur, die entscheidende Informationen über die Anatomie und systematische Position von Ptychodus liefert. Unsere phylogenetischen und ecomorphologischen Analysen deuten darauf hin, dass Ptychodontiden Hochgeschwindigkeits (tachypelagic) durophagous Lamniforms (Makrelenhaie) waren, die eine spezialisierte räuberische Nische besetzten, die zuvor in fossilen und lebenden Elasmobranchier unbekannt war. Unsere Ergebnisse unterstützen die Ansicht, dass Lamniformen ecomorphologisch hoch divers waren und die dominante Gruppe von Haie in Kreidezeitlichen marinen Ökosystemen darstellten. Ptychodus könnte sich hauptsächlich auf nektonische hartschalige Beutetiere wie Ammoniten und Meeresschildkröten statt auf benthische Wirbellose ernährt haben, und seine Aussterben während der Campanian, gut vor der end-Kreide-Krise, könnte mit der Konkurrenz mit aufkommenden stumpfzähnigen globidensine und prognathodontine Mosasaurier zusammenhängen.",
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11040243/",
    doi = "10.1098/rspb.2024.0262",
    openalex = "W4395081355",
    pmcid = "PMC11040243",
    pmid = "38654646",
    references = "doi101002jmor10342, doi101016b9780126709506500035, doi101016jzool2020125799, doi101073pnas1902693116, doi101093icb172303, doi101098rspb20240262, doi101111cla12456, doi101111cla12524, doi105962p150189, openalexw3126673768"
}

Der umfangreiche Fossilbericht der Chondrichthyer erstreckt sich über mehr als 400 Millionen Jahre und weist eine globale Verbreitung auf. Paläontologische Studien bieten eine Grundlage aus Beschreibung und Taxonomie, um tiefere Einblicke in Ökologie und Evolution zu ermöglichen, wobei geografische, morphologische und funktionale Veränderungen über die Zeit unter Berücksichtigung von nicht-analogen Arten und Klimazuständen analysiert werden. Obwohl chondrichthyer Zähne am häufigsten untersucht werden, nehmen Analysen von Dermal-Dentikel-Metriken und Weichteilabdrücken zu. Kürzlich erzielte methodische Fortschritte in Morphologie und Geochemie klären feine Details auf, während große Datensätze und ökologische Modellierung taxonomische, zeitliche und geografische Perspektiven erweitern. Die Kombination von ökologischen Metriken und Modellierung mit Umweltrekonstruktion und Klimasimulationen eröffnet neue Horizonte, um Form und Funktion, demografische Dynamiken und Nahrungsnetzstrukturen in alten marinen Ökosystemen zu erforschen. Schließlich tragen die Merkmale und Taxa, die während der vielen katastrophalen Umwälzungsereignisse in der Erdgeschichte überlebten oder ausstarben, zur konservativen Paläobiologie bei, was eine dringend benötigte Perspektive für existierende Chondrichthyer darstellt. ▪ Die Langlebigkeit und Häufigkeit des chondrichthyer Fossilberichts klärt Aspekte ökologischer, evolutionärer und umweltbezogener Historien auf. ▪ Obwohl sie postkraniale, mineralisierte Skelette fehlen, bewahren dentaler Enameloid und dermale Dentikel die Morphologie und Geochemie exquisit. ▪ Technische Fortschritte in Bildgebung, Geochemie und Modellierung klären die Zusammenhänge zwischen Form und Funktion im Hinblick auf Physiologie, Ernährung und Umwelt auf. ▪ Konservierungsmaßnahmen können von der zeitlichen und räumlichen Perspektive der chondrichthyer Persistenz durch vergangene globale Veränderungsereignisse profitieren.

@article{doi101146annurevearth040523010455,
    author = "Kim, Sora L. und Balk, Meghan A. und Sibert, Elizabeth C und Whitenack, Lisa B.",
    title = "Diving Deeper: Leveraging the Chondrichthyan Fossil Record to Investigate Environmental, Ecological, and Biological Change",
    year = "2024",
    journal = "Annual Review of Earth and Planetary Sciences",
    abstract = "Der umfangreiche Fossilbericht der Chondrichthyer erstreckt sich über mehr als 400 Millionen Jahre und weist eine globale Verbreitung auf. Paläontologische Studien bieten eine Grundlage aus Beschreibung und Taxonomie, um tiefere Einblicke in Ökologie und Evolution zu ermöglichen, wobei geografische, morphologische und funktionale Veränderungen über die Zeit unter Berücksichtigung von nicht-analogen Arten und Klimazuständen analysiert werden. Obwohl chondrichthyer Zähne am häufigsten untersucht werden, nehmen Analysen von Dermal-Dentikel-Metriken und Weichteilabdrücken zu. Kürzlich erzielte methodische Fortschritte in Morphologie und Geochemie klären feine Details auf, während große Datensätze und ökologische Modellierung taxonomische, zeitliche und geografische Perspektiven erweitern. Die Kombination von ökologischen Metriken und Modellierung mit Umweltrekonstruktion und Klimasimulationen eröffnet neue Horizonte, um Form und Funktion, demografische Dynamiken und Nahrungsnetzstrukturen in alten marinen Ökosystemen zu erforschen. Schließlich tragen die Merkmale und Taxa, die während der vielen katastrophalen Umwälzungsereignisse in der Erdgeschichte überlebten oder ausstarben, zur konservativen Paläobiologie bei, was eine dringend benötigte Perspektive für existierende Chondrichthyer darstellt. ▪ Die Langlebigkeit und Häufigkeit des chondrichthyer Fossilberichts klärt Aspekte ökologischer, evolutionärer und umweltbezogener Historien auf. ▪ Obwohl sie postkraniale, mineralisierte Skelette fehlen, bewahren dentaler Enameloid und dermale Dentikel die Morphologie und Geochemie exquisit. ▪ Technische Fortschritte in Bildgebung, Geochemie und Modellierung klären die Zusammenhänge zwischen Form und Funktion im Hinblick auf Physiologie, Ernährung und Umwelt auf. ▪ Konservierungsmaßnahmen können von der zeitlichen und räumlichen Perspektive der chondrichthyer Persistenz durch vergangene globale Veränderungsereignisse profitieren.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-earth-040523-010455",
    doi = "10.1146/annurev-earth-040523-010455",
    openalex = "W4405708318",
    references = "doi101006jmsc20000724, doi101016jcub202108062, doi101093icb232347, doi101098rspb20240262, doi101126science1205106, doi101126science1239352, doi101126science1251817, doi101126science2795352860, doi101126scienceaad2622, doi101126scienceaad8745, doi107554elife00590"
}

Zusammenfassung Die Gattung der Megazahnhaie Otodus wurde bisher nur an einer Lokalität im westlichen Bundesstaat Washington, USA, nachgewiesen: Otodus auriculatus im unteren Eozän (Ypresium) der Crescent Formation im Gebiet des Hamma Hamma River, östliche Olympic-Halbinsel. Bisher unveröffentlichte Fossilien aus Washington erweitern das Otodus-Aufkommen vom frühen Eozän bis zum frühen oder frühen mittleren Miozän. Neue Exemplare von O. auriculatus stammen aus dem mittleren Eozän (Lutetium) der Crescent Formation im Canyon River-Gebiet, südliche Olympic-Halbinsel, und ein fragmentarischer Zahn aus dem mittleren Eozän (Bartonium) der Aldwell Formation. Die obersten Eozän- oder unteren Oligozän-Schichten der unteren Lincoln Creek Formation südlich der Olympic Mountains ergaben einen Zahnfragment und einen großen Wirbel von Otodus sp., und ein großer, teilweise erhaltener Zahn, der O. angustidens zugeordnet wird, stammt aus dem obersten Oligozän der Pysht Formation, nördliche Olympic-Halbinsel. Otodus cf. chubutensis wird aus dem unteren bis mittleren Miozän der Astoria Formation im südwestlichen Washington und im Küstenbereich von Oregon gemeldet. Obwohl selten, zeigen die Fossilien, dass Otodus den nordöstlichen Pazifik-Ozean seit mindestens dem frühen Eozän bewohnte und sogar weit nach der Abkühlungsphase nach dem Eozän/Oligozän-Übergang. Zusammen bilden diese Fossilien den nördlichsten Fossilbericht der Gattung Otodus für den östlichen Pazifik-Ozean.

@article{doi101007s12542025007585,
    author = "Goedert, James L. und Anderson, Katherine L. und Burns, Casey und Kiel, Steffen",
    title = "Fossilien des Megazahns Otodus (Chondrichthyes, Lamniformes) aus dem Bundesstaat Washington, USA",
    year = "2025",
    journal = "Paläontologische Zeitschrift",
    abstract = "Zusammenfassung Die Gattung der Megazahnhaie Otodus wurde bisher nur an einer Lokalität im westlichen Bundesstaat Washington, USA, nachgewiesen: Otodus auriculatus im unteren Eozän (Ypresium) der Crescent Formation im Gebiet des Hamma Hamma River, östliche Olympic-Halbinsel. Bisher unveröffentlichte Fossilien aus Washington erweitern das Otodus-Aufkommen vom frühen Eozän bis zum frühen oder frühen mittleren Miozän. Neue Exemplare von O. auriculatus stammen aus dem mittleren Eozän (Lutetium) der Crescent Formation im Canyon River-Gebiet, südliche Olympic-Halbinsel, und ein fragmentarischer Zahn aus dem mittleren Eozän (Bartonium) der Aldwell Formation. Die obersten Eozän- oder unteren Oligozän-Schichten der unteren Lincoln Creek Formation südlich der Olympic Mountains ergaben einen Zahnfragment und einen großen Wirbel von Otodus sp., und ein großer, teilweise erhaltener Zahn, der O. angustidens zugeordnet wird, stammt aus dem obersten Oligozän der Pysht Formation, nördliche Olympic-Halbinsel. Otodus cf. chubutensis wird aus dem unteren bis mittleren Miozän der Astoria Formation im südwestlichen Washington und im Küstenbereich von Oregon gemeldet. Obwohl selten, zeigen die Fossilien, dass Otodus den nordöstlichen Pazifik-Ozean seit mindestens dem frühen Eozän bewohnte und sogar weit nach der Abkühlungsphase nach dem Eozän/Oligozän-Übergang. Zusammen bilden diese Fossilien den nördlichsten Fossilbericht der Gattung Otodus für den östlichen Pazifik-Ozean.",
    url = "https://doi.org/10.1007/s12542-025-00758-5",
    doi = "10.1007/s12542-025-00758-5",
    openalex = "W4417216703",
    references = "doi10268791502"
}

und lebende Parascylliidae besitzen eine charakteristische Wirbelsäulenmorphologie, die zuvor nur bei Carcharhiniformes beschrieben wurde und einen skelettbezogenen Beitrag zur aus makroevolutionären Analysen von küstennahen, kleinleibigen Ursprüngen für Galeomorphs entstehenden Gesamtbild liefert.

@article{doi101098rsos242011,
    author = "Dearden, Richard P. und Johanson, Zerina und O’Neill, Helen L. und Miles, K.J. und Bernard, Emma und Clark, Brett und Underwood, Charlie J. und Rücklin, Martin",
    title = "Dreidimensionale Fossilien eines kreidezeitlichen Kragen-Mantelhaies (Parascylliidae, Orectolobiformes) werfen Licht auf die Skelettentwicklung bei Galeomorphs",
    year = "2025",
    journal = "Royal Society Open Science",
    abstract = "und lebende Parascylliidae besitzen eine charakteristische Wirbelsäulenmorphologie, die zuvor nur bei Carcharhiniformes beschrieben wurde und einen skelettbezogenen Beitrag zur aus makroevolutionären Analysen von küstennahen, kleinleibigen Ursprüngen für Galeomorphs entstehenden Gesamtbild liefert.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rsos.242011",
    doi = "10.1098/rsos.242011",
    openalex = "W4409912826",
    references = "doi101038s4155901704484, doi101093bioinformaticsbty633, doi101093sysbiosyr107, doi101093sysbiosys029, doi101093sysbiosyy032, doi101098rspb20240262, doi101126science1155674, doi101201b118674, doi101666040691, openalexw2898156694, openalexw349215600"
}

Mit einer neuen Charaktermatrix, die aus revidierten Matrizen vorheriger Analysen und neuen morphologischen Befunden besteht, wird die Phylogenie der Malacostraca (Pancrustacea) erneut mit 207 Charakteren für 35 Endtaxa über alle anerkannten Ordnungen hinweg analysiert. Besonderes Augenmerk wurde auf methodische Vielseitigkeit gelegt, einschließlich verschiedener Grade impliziter Gewichtung und einer der ersten Anwendungen von Methoden, die kürzlich in TNT entwickelt wurden (mit dem xlinks-Befehl), um Charakterabhängigkeiten zu berücksichtigen. Mit >67% ontologischer Abhängigkeiten bietet unsere Charaktermatrix eine perfekte Gelegenheit, diese neue Methodik zu testen. Insbesondere können wir den signifikanten Einfluss von Charakterabhängigkeiten demonstrieren und die Nützlichkeit von "xlinks" (oder der Berücksichtigung von Charakterabhängigkeiten im Allgemeinen) abschließend begründen. Darüber hinaus ermöglicht das multimethodische Rahmenwerk auch eine vergleichende Bewertung etablierter und neuer Ansätze sowie der daraus resultierenden Kladogramme. Obwohl unsere verschiedenen Ergebnisse viele Fragen zur Phylogenie der Malacostraca unbeantwortet lassen, zeigt sich für einige Monophyle klare Unterstützung, während einige überraschende Befunde Anlass zur methodischen Reflexion geben. Auch die Notwendigkeit einer verstärkten Aufmerksamkeit hinsichtlich der Taxon-Abtastung und zusätzlicher Charakteruntersuchungen in bestimmten Gruppen wird offensichtlich. Wir stellen hiermit (i) eine R-Funktion zur automatischen Übersetzung der von Grams und Richter vorgeschlagenen Syntax für Charakterabhängigkeiten (Cladistics, 2023, 39, 437) in xlinks-Befehle für TNT bereit; und (ii) ein TNT-Skript zur schrittweisen Analyse einer Charaktermatrix unter verschiedenen k-Werten für implizite Gewichtung.

@article{doi101111cla12611,
    author = "Grams, Markus und Torres, Ambrosio und Wirkner, Christian S. und Richter, Stefan",
    title = "Eine neue morphologische Phylogenie der Malacostraca unter Vergleich der Anwendung von Charakterabhängigkeiten und implizitem Gewichtung",
    year = "2025",
    journal = "Cladistics",
    abstract = {Mit einer neuen Charaktermatrix, die aus revidierten Matrizen vorheriger Analysen und neuen morphologischen Befunden besteht, wird die Phylogenie der Malacostraca (Pancrustacea) erneut mit 207 Charakteren für 35 Endtaxa über alle anerkannten Ordnungen hinweg analysiert. Besonderes Augenmerk wurde auf methodische Vielseitigkeit gelegt, einschließlich verschiedener Grade impliziter Gewichtung und einer der ersten Anwendungen von Methoden, die kürzlich in TNT entwickelt wurden (mit dem xlinks-Befehl), um Charakterabhängigkeiten zu berücksichtigen. Mit >67% ontologischer Abhängigkeiten bietet unsere Charaktermatrix eine perfekte Gelegenheit, diese neue Methodik zu testen. Insbesondere können wir den signifikanten Einfluss von Charakterabhängigkeiten demonstrieren und die Nützlichkeit von "xlinks" (oder der Berücksichtigung von Charakterabhängigkeiten im Allgemeinen) abschließend begründen. Darüber hinaus ermöglicht das multimethodische Rahmenwerk auch eine vergleichende Bewertung etablierter und neuer Ansätze sowie der daraus resultierenden Kladogramme. Obwohl unsere verschiedenen Ergebnisse viele Fragen zur Phylogenie der Malacostraca unbeantwortet lassen, zeigt sich für einige Monophyle klare Unterstützung, während einige überraschende Befunde Anlass zur methodischen Reflexion geben. Auch die Notwendigkeit einer verstärkten Aufmerksamkeit hinsichtlich der Taxon-Abtastung und zusätzlicher Charakteruntersuchungen in bestimmten Gruppen wird offensichtlich. Wir stellen hiermit (i) eine R-Funktion zur automatischen Übersetzung der von Grams und Richter vorgeschlagenen Syntax für Charakterabhängigkeiten (Cladistics, 2023, 39, 437) in xlinks-Befehle für TNT bereit; und (ii) ein TNT-Skript zur schrittweisen Analyse einer Charaktermatrix unter verschiedenen k-Werten für implizite Gewichtung.},
    url = "https://doi.org/10.1111/cla.12611",
    doi = "10.1111/cla.12611",
    openalex = "W4409183060",
    references = "doi101111cla12456, doi101111cla12581"
}

Extreme morphologische Disparität innerhalb Mollusca hat lange die Bemühungen zur Rekonstruktion einer stabilen Rückgrat-Phylogenie für das Stammesgebiet verwirrt. Bekannte Molluska-Gruppen-Gastropoden, Bivalven und Kopffüßer-jede repräsentiert eine diverse Strahlung mit unzähligen morphologischen, ökologischen und verhaltensbezogenen Anpassungen. Das Stammesgebiet umfasst ferner viele weitere unbekannte Experimente in der Evolution des Körperplans von Tieren. In dieser Arbeit haben wir die Phylogenie für lebende Mollusca auf der Grundlage von metazoaren BUSCO (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) Genen rekonstruiert, die aus 77 (13 neuen) Genomen extrahiert wurden, einschließlich mehrerer Mitglieder aller acht Klassen mit zwei hochwertigen Genomassemblierungen für Monoplacophoren. Unsere Analysen bestätigen eine von der Morphologie vorgeschlagene Phylogenie und zeigen weit verbreitete genomische Variation. Die Flexibilität des Molluska-Genoms erklärt wahrscheinlich sowohl historische Herausforderungen mit ihren Genomen als auch ihren evolutionären Erfolg.

@article{doi101126scienceads0215,
    author = "Chen, Zeyuan und Baeza, J. Antonio und Chen, Chong und González, María Teresa und González, Vanessa L. und Greve, Carola und Kocot, Kevin M. und Arbizu, Pedro Martínez und Moles, Juan und Schell, Tilman und Schwabe, Enrico und Sun, Jin und Wong, Nur Leena W. S. und Yap-Chiongco, Meghan K. und Sigwart, Julia D.",
    title = "Eine auf dem Genom basierende Phylogenie für Mollusca stimmt mit Fossilien und Morphologie überein",
    year = "2025",
    journal = "Science",
    abstract = "Extreme morphologische Disparität innerhalb Mollusca hat lange die Bemühungen zur Rekonstruktion einer stabilen Rückgrat-Phylogenie für das Stammesgebiet verwirrt. Bekannte Molluska-Gruppen-Gastropoden, Bivalven und Kopffüßer-jede repräsentiert eine diverse Strahlung mit unzähligen morphologischen, ökologischen und verhaltensbezogenen Anpassungen. Das Stammesgebiet umfasst ferner viele weitere unbekannte Experimente in der Evolution des Körperplans von Tieren. In dieser Arbeit haben wir die Phylogenie für lebende Mollusca auf der Grundlage von metazoaren BUSCO (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) Genen rekonstruiert, die aus 77 (13 neuen) Genomen extrahiert wurden, einschließlich mehrerer Mitglieder aller acht Klassen mit zwei hochwertigen Genomassemblierungen für Monoplacophoren. Unsere Analysen bestätigen eine von der Morphologie vorgeschlagene Phylogenie und zeigen weit verbreitete genomische Variation. Die Flexibilität des Molluska-Genoms erklärt wahrscheinlich sowohl historische Herausforderungen mit ihren Genomen als auch ihren evolutionären Erfolg.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.ads0215",
    doi = "10.1126/science.ads0215",
    openalex = "W4408016799",
    references = "doi101038s4146702229748w, doi101038s41559021014486, doi101093sysbiosyae010, doi101093sysbiosyu105, doi101111brv12614"
}