Linien

@article{doi101007bf00137351,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "Dollo über Dollos Gesetz: Irreversibilität und der Status evolutionärer Gesetze",
    year = "1970",
    journal = "Journal of the History of Biology",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00137351",
    doi = "10.1007/bf00137351",
    openalex = "W1971035778"
}

@article{openalexw2145250129,
    author = "Valen, Leigh Van",
    title = "A NEW EVOLUTIONARY LAW.",
    year = "1973",
    journal = "Medical Entomology and Zoology",
    openalex = "W2145250129"
}

Die Rarifizierungsanalyse von Aussterbeereignissen im späten Perm zeigt, dass möglicherweise bis zu 96 Prozent aller marinen Arten ausgestorben sind, wodurch die marine Biosphäre gezwungen wurde, einen kleinen Flaschenhals zu durchlaufen. Bei einer solchen Schwere des Aussterbens wäre die zufällige Eliminierung bestimmter biologischer Gruppen wahrscheinlich gewesen. Einige der beobachteten Veränderungen in der biologischen Zusammensetzung am permo-triassischen Übergang können als ein evolutionärer Gründereffekt erklärt werden, der dem Flaschenhals folgte.

@article{doi101126science2064415217,
    author = "Raup, David M.",
    title = "Größe des permo-triassischen Flaschenhalses und seine evolutionären Implikationen",
    year = "1979",
    journal = "Science",
    abstract = "Die Rarifizierungsanalyse von Aussterbeereignissen im späten Perm zeigt, dass möglicherweise bis zu 96 Prozent aller marinen Arten ausgestorben sind, wodurch die marine Biosphäre gezwungen wurde, einen kleinen Flaschenhals zu durchlaufen. Bei einer solchen Schwere des Aussterbens wäre die zufällige Eliminierung bestimmter biologischer Gruppen wahrscheinlich gewesen. Einige der beobachteten Veränderungen in der biologischen Zusammensetzung am permo-triassischen Übergang können als ein evolutionärer Gründereffekt erklärt werden, der dem Flaschenhals folgte.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.206.4415.217",
    doi = "10.1126/science.206.4415.217",
    openalex = "W2067885793",
    references = "doi101017s0094837300002633, doi101017s0094837300004917, doi101017s0094837300005972, doi101017s0094837300006539, doi101086282541, doi101086282781, doi101098rstb19250002, doi101126science17740541065, doi101126science2034379458, doi1023071934145, doi105281zenodo16226412, valentine1978a"
}

@article{crossref1987asymmetry,
    title = "Asymmetrie von Linien und die Richtung der evolutionären Zeit",
    year = "1987",
    journal = "Deep Sea Research Part B. Oceanographic Literature Review",
    url = "https://doi.org/10.1016/0198-0254(87)96146-2",
    doi = "10.1016/0198-0254(87)96146-2",
    number = "12",
    openalex = "W4233080495",
    pages = "1077",
    volume = "34"
}

Die evolutionäre Zeit weist eine charakteristische Richtung auf, wie sich an der Asymmetrie von Kladendiversitätsdiagrammen in großen statistischen Stichproben zeigt. Evolutionäre Gruppen konzentrieren die Vielfalt in der Regel während ihrer frühen Geschichte, was zu einer Überwiegtheit von unten-lastigen Kladen unter denen führt, die früh in der Geschichte einer größeren Gruppe entstehen. Dieses Muster gilt über taxonomische Ebenen hinweg und über Unterschiede in Anatomie und Ökologie hinweg (marine Wirbellose, terrestrische Säugetiere). Die quantitative Untersuchung der Richtungsabhängigkeit in der Geschichte des Lebens (als Ersatz für vage, nicht überprüfbare und kulturell belastete Vorstellungen von „Fortschritt") sollte mehr Aufmerksamkeit von Paläobiologen erhalten.

@article{doi101126science23648071437,
    author = "Gould, S J und Gilinsky, N L und German, R Z",
    title = "Asymmetrie von Abstammungslinien und die Richtung der evolutionären Zeit.",
    year = "1987",
    journal = "Science (New York, N.Y.)",
    abstract = {Die evolutionäre Zeit weist eine charakteristische Richtung auf, wie sich an der Asymmetrie von Kladendiversitätsdiagrammen in großen statistischen Stichproben zeigt. Evolutionäre Gruppen konzentrieren die Vielfalt in der Regel während ihrer frühen Geschichte, was zu einer Überwiegtheit von unten-lastigen Kladen unter denen führt, die früh in der Geschichte einer größeren Gruppe entstehen. Dieses Muster gilt über taxonomische Ebenen hinweg und über Unterschiede in Anatomie und Ökologie hinweg (marine Wirbellose, terrestrische Säugetiere). Die quantitative Untersuchung der Richtungsabhängigkeit in der Geschichte des Lebens (als Ersatz für vage, nicht überprüfbare und kulturell belastete Vorstellungen von „Fortschritt") sollte mehr Aufmerksamkeit von Paläobiologen erhalten.},
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17793231/",
    doi = "10.1126/science.236.4807.1437",
    openalex = "W1986740993",
    pmid = "17793231",
    references = "doi101017s009483730000508x, doi101017s0094837300008186, doi101038293435a0, doi101086627905, doi101093sysbio233305, doi101126science2064415217, doi1023072412538, doi1023072694382, openalexw2754161204, openalexw659460302"
}

Die evolutionäre Zeit weist eine charakteristische Richtung auf, wie durch die Asymmetrie von Kladendiversitätsdiagrammen in großen statistischen Stichproben demonstriert wird. Evolutionäre Gruppen konzentrieren die Diversität im Allgemeinen während ihrer frühen Geschichte, wodurch eine Überwiegende Anzahl von unten schweren Klades unter denen entsteht, die früh in der Geschichte einer größeren Gruppe entstehen. Dieses Muster gilt über taxonomische Ebenen hinweg und über Unterschiede in Anatomie und Ökologie (marine Wirbellose, terrestrische Säugetiere) hinweg. Die quantitative Untersuchung der Richtungsabhängigkeit in der Geschichte des Lebens (Ersetzung vager, nicht überprüfbarer und kulturell belasteter Vorstellungen von „Fortschritt") sollte mehr Aufmerksamkeit von Paläobiologen erhalten.

@article{gould1987asymmetry,
    author = "Gould, Stephen Jay und Gilinsky, Norman L. und German, Rebecca Z.",
    title = "Asymmetrie von Linien und die Richtung der Evolutionären Zeit",
    year = "1987",
    journal = "Science",
    abstract = {Die evolutionäre Zeit weist eine charakteristische Richtung auf, wie durch die Asymmetrie von Kladendiversitätsdiagrammen in großen statistischen Stichproben demonstriert wird. Evolutionäre Gruppen konzentrieren die Diversität im Allgemeinen während ihrer frühen Geschichte, wodurch eine Überwiegende Anzahl von unten schweren Klades unter denen entsteht, die früh in der Geschichte einer größeren Gruppe entstehen. Dieses Muster gilt über taxonomische Ebenen hinweg und über Unterschiede in Anatomie und Ökologie (marine Wirbellose, terrestrische Säugetiere) hinweg. Die quantitative Untersuchung der Richtungsabhängigkeit in der Geschichte des Lebens (Ersetzung vager, nicht überprüfbarer und kulturell belasteter Vorstellungen von „Fortschritt") sollte mehr Aufmerksamkeit von Paläobiologen erhalten.},
    url = "https://doi.org/10.1126/science.236.4807.1437",
    doi = "10.1126/science.236.4807.1437",
    number = "4807",
    openalex = "W1986740993",
    pages = "1437-1441",
    volume = "236",
    references = "doi101017s009483730000508x, doi101017s0094837300008022, doi101017s0094837300008186, doi101038293435a0, doi101086627905, doi101093sysbio233305, doi101126science2064415217, doi1023072412538, doi1023072694382, openalexw2754161204, openalexw659460302"
}

@misc{gould1987asymmetry1,
    author = "Gould, S. J. und Gilinsky, N. L. und German, R. Z",
    title = "Asymmetrie von Linien und die Richtungen der evolutionären Zeit",
    year = "1987",
    howpublished = "Science, v. 236, p. 1437-1441",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gould, S. J., Gilinsky, N. L., und German, R. Z., 1987, Asymmetrie von Linien und die Richtungen der evolutionären Zeit: Science, v. 236, p. 1437-1441.}"
}

Disparität ist ein Maß für den Umfang oder die Bedeutung der Morphologie in einer gegebenen Stichprobe von Organismen, im Gegensatz zur Diversität, die sich auf die Anzahl (und manchmal die Rangfolge) von Taxa bezieht. Derzeit gibt es keine vereinbarte Definition von Disparität, geschweige denn einen Konsens darüber, wie sie gemessen werden soll. Hier werden zwei mögliche Kategorien von Metriken betrachtet, eine unabhängig von jeder Hypothese über Verwandtschaft (Phenetik), die andere innerhalb eines evolutionären Rahmens eingeschränkt (Kladistik). Die frühe kambriische Radiation war eindeutig eine Periode signifikanter morphologischer und taxonomischer Diversifizierung. Wir stellen jedoch die Interpretation ihrer ersten Generationserzeugnisse als zahlreiche Körperbaupläne auf höchster Ebene in Frage. Vier phenetische und zwei kladistische Maße wurden verwendet, um die Disparität unter kambriischen Arthropoden mit der in der lebenden Fauna zu vergleichen. Phenetische Methoden, die die Variabilität von Merkmalzuständen und den von morphologischen Attributen eingenommenen Raum bewerten, liefern für kambriische und gegenwärtige Arthropoden ähnliche Ergebnisse. Bewertungen der Disparität innerhalb eines taxonomischen Rahmens beruhen auf der Identifizierung bestimmter Merkmale, die höhere Ebenen von Körperbauplänen abgrenzen. Dies erfordert eine phylogenetische Interpretation, eine kladistische Untersuchung der hierarchischen Struktur in den Daten. Beide Arthropoden-Gruppen fallen in dieselben Hauptklade, und innerhalb dieses kladistischen Rahmens ist die Menge an Evolution von Merkmalzuständen in den beiden Gruppen vergleichbar. Keine dieser Methoden identifiziert eine deutlich größere Disparität unter den kambriischen im Vergleich zu den gegenwärtigen Taxa. Obwohl die Maße der Disparität hier auf eine Betrachtung der kambriischen Radiation angewendet werden, haben die Metriken eindeutig ein viel breiteres Potenzial zur Schätzung makroevolutionärer Trends unabhängig von bestehenden taxonomischen Rahmenwerken. Geometrische Morphometrie ist ideal zur Messung der morphologischen Vielfalt auf niedrigeren taxonomischen Ebenen, erfordert aber die Erkennung homologer Landmarken in allen verglichenen Formen oder die Identifizierung ganzer homologer Strukturen. Konventionelle Phenetik hat eine viel breitere Anwendung, da sie auf Daten arbeiten kann, die als diskrete homologe Merkmalzustände kodiert sind (diese Einrichtung ist auch eine Anforderung der Kladistik), die eine geeignetere Grundlage für den Vergleich der Disparität in deutlich unterschiedlichen Formen darstellen.

@article{doi101017s009483730001263x,
    author = "Wills, Matthew A. and Briggs, Derek E. G. and Fortey, Richard A.",
    title = "Disparity as an evolutionary index: a comparison of Cambrian and Recent arthropods",
    year = "1994",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Disparity is a measure of the range or significance of morphology in a given sample of organisms, as opposed to diversity, which is expressed in terms of the number (and sometimes ranking) of taxa. At present there is no agreed definition of disparity, much less any consensus on how to measure it. Two possible categories of metric are considered here, one independent of any hypothesis of relationship (phenetics), the other constrained within an evolutionary framework (cladistics). The Early Cambrian radiation was clearly a period of significant morphologic and taxonomic diversification. However, we question the interpretation of its first generation products as numerous body plans at the highest level. Four phenetic and two cladistic measures have been used to compare disparity among Cambrian arthropods with that in the living fauna. Phenetic methods assessing character-state variability and the amount of morphological attribute space occupied yield similar results for Cambrian and Recent arthropods. Assessments of disparity within a taxonomic framework rely on the identification of particular characters that delineate higher level body plans. This requires a phylogenetic interpretation, a cladistic investigation of hierarchical structure in the data. Both sets of arthropods fall within the same major clades, and within this cladistic framework the amount of character-state evolution in the two groups is comparable. None of these methods identifies markedly greater disparity among the Cambrian compared with the Recent taxa. Although measures of disparity are applied here to a consideration of the Cambrian radiation, the metrics clearly have a much wider potential for estimating macroevolutionary trends independently from existing taxonomic frameworks. Geometric morphometry is ideal for measuring morphological variety at lower taxonomic levels, but it requires the recognition of homologous landmarks in all the forms under comparison, or the identification of entire homologous structures. Conventional phenetics has much wider application as it can operate on data coded as discrete homologous character states (this facility is also a requirement of cladistics), which are a more appropriate basis for comparing disparity in markedly dissimilar forms.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s009483730001263x",
    doi = "10.1017/s009483730001263x",
    openalex = "W2131955742",
    references = "crossref1977chapter, doi101007bf02289565, doi101007bf02289630, doi101007bf02289694, doi101017s0094837300015864, doi101093biomet5334325, doi101098rstb19810007, doi101098rstb19830020, doi101098rstb19850005, doi101111j155856461982tb05453x, doi10113719781611970319, doi101144gsjgs14940631, doi1023072288218, doi1023072346439, doi103133ofr81743, doi105281zenodo16435756, doi105860choice273873, openalexw2754161204, openalexw2944885317"
}

Phylogenien, die aus gegenwärtigen Taxa rekonstruiert wurden, enthalten keine Informationen über ausgestorbene Linien. Wir leiten Wahrscheinlichkeitsmodelle für solche Phylogenien ab, die es ermöglichen, reale Daten mit spezifizierten Nullmodellen der Evolution zu vergleichen und Geburts- und Sterberaten von Linien zu schätzen.

@article{doi101098rstb19940068,
    author = "Nee, Sean und May, Robert M. und Harvey, Paul",
    title = "Der rekonstruierte evolutionäre Prozess",
    year = "1994",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Phylogenien, die aus gegenwärtigen Taxa rekonstruiert wurden, enthalten keine Informationen über ausgestorbene Linien. Wir leiten Wahrscheinlichkeitsmodelle für solche Phylogenien ab, die es ermöglichen, reale Daten mit spezifizierten Nullmodellen der Evolution zu vergleichen und Geburts- und Sterberaten von Linien zu schätzen.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1994.0068",
    doi = "10.1098/rstb.1994.0068",
    openalex = "W2154552181",
    references = "doi101086627905"
}

Großräumige evolutionäre Trends können das Ergebnis treibender Kräfte oder passiver Diffusion in begrenzten Räumen sein. Solche Trends sind anhaltende gerichtete Veränderungen in höheren Taxa, die signifikante Zeiträume geologischer Zeit umfassen; Beispiele sind die häufig zitierten langfristigen Trends in Größe, Komplexität und Fitness im Leben insgesamt, sowie Trends in geringeren supraspezifischen Taxa und Trends im Raum. Bei einem getriebenen Trend steigt der Verteilungsmittelwert aufgrund einer Kraft (die sich als Verzerrung in Richtung der Veränderung äußern kann), die auf Abstammungslinien im gesamten Raum wirkt, in dem Diversifizierung stattfindet. In einem passiven System gibt es keine durchgehende Kraft oder Verzerrung, aber der Mittelwert steigt, weil Veränderungen in eine Richtung durch eine Grenze oder andere Inhomogenität in einem begrenzten Bereich des Raums blockiert werden. Zwei Tests wurden verwendet, um diese Trendmechanismen zu unterscheiden: (1) der Test, der sich auf das Verhalten des Minimums stützt; und (2) der Vorfahr-Nachkomme-Test, der auf Vergleichen in einer zufälligen Stichprobe von Vorfahr-Nachkomme-Paaren basiert, die weit von jedem möglichen unteren Grenzwert entfernt liegen. Für schief verteilte Daten wird hier ein dritter Test eingeführt: (3) der Subklade-Test, der sich auf den mittleren Schiefe einer Stichprobe von Subkladen stützt, die aus dem Schwanz einer terminalen Verteilung gezogen wurden. Unter bestimmten Einschränkungen ist ein System getrieben, wenn das Minimum steigt, wenn die Zunahmen unter Vorfahr-Nachkomme-Paaren die Abnahmen signifikant überwiegen und wenn die mittlere Schiefe der Subkladen signifikant positiv ist. Ein passiver Mechanismus ist schwieriger nachzuweisen, ist aber der wahrscheinlichere Mechanismus, wenn Abnahmen die Zunahmen überwiegen und wenn die mittlere Schiefe der Subkladen negativ ist. Im Gegensatz zu den anderen Tests erfordert der Subklade-Test keine detaillierte Phylogenie oder paläontologische Zeitreihen, sondern nur terminale (z. B. moderne) Verteilungen. Monte-Carlo-Simulationen der Diversifizierung einer Klade werden verwendet, um zu zeigen, wie der Subklade-Test funktioniert. In den untersuchten empirischen Fällen ergaben die drei Tests übereinstimmende Ergebnisse, was zunächst darauf hindeutet, dass sie funktionieren, und zweitens, dass die passiven und getriebenen Mechanismen natürlichen Kategorien von Ursachen für großräumige Trends entsprechen können.

@article{doi101111j155856461994tb02211x,
    author = "McShea, Daniel W.",
    title = "MECHANISMEN GROSSER EVOLUTIONÄRER TRENDS",
    year = "1994",
    journal = "Evolution",
    abstract = "Großräumige evolutionäre Trends können das Ergebnis treibender Kräfte oder passiver Diffusion in begrenzten Räumen sein. Solche Trends sind anhaltende gerichtete Veränderungen in höheren Taxa, die signifikante Zeiträume geologischer Zeit umfassen; Beispiele sind die häufig zitierten langfristigen Trends in Größe, Komplexität und Fitness im Leben insgesamt, sowie Trends in geringeren supraspezifischen Taxa und Trends im Raum. Bei einem getriebenen Trend steigt der Verteilungsmittelwert aufgrund einer Kraft (die sich als Verzerrung in Richtung der Veränderung äußern kann), die auf Abstammungslinien im gesamten Raum wirkt, in dem Diversifizierung stattfindet. In einem passiven System gibt es keine durchgehende Kraft oder Verzerrung, aber der Mittelwert steigt, weil Veränderungen in eine Richtung durch eine Grenze oder andere Inhomogenität in einem begrenzten Bereich des Raums blockiert werden. Zwei Tests wurden verwendet, um diese Trendmechanismen zu unterscheiden: (1) der Test, der sich auf das Verhalten des Minimums stützt; und (2) der Vorfahr-Nachkomme-Test, der auf Vergleichen in einer zufälligen Stichprobe von Vorfahr-Nachkomme-Paaren basiert, die weit von jedem möglichen unteren Grenzwert entfernt liegen. Für schief verteilte Daten wird hier ein dritter Test eingeführt: (3) der Subklade-Test, der sich auf den mittleren Schiefe einer Stichprobe von Subkladen stützt, die aus dem Schwanz einer terminalen Verteilung gezogen wurden. Unter bestimmten Einschränkungen ist ein System getrieben, wenn das Minimum steigt, wenn die Zunahmen unter Vorfahr-Nachkomme-Paaren die Abnahmen signifikant überwiegen und wenn die mittlere Schiefe der Subkladen signifikant positiv ist. Ein passiver Mechanismus ist schwieriger nachzuweisen, ist aber der wahrscheinlichere Mechanismus, wenn Abnahmen die Zunahmen überwiegen und wenn die mittlere Schiefe der Subkladen negativ ist. Im Gegensatz zu den anderen Tests erfordert der Subklade-Test keine detaillierte Phylogenie oder paläontologische Zeitreihen, sondern nur terminale (z. B. moderne) Verteilungen. Monte-Carlo-Simulationen der Diversifizierung einer Klade werden verwendet, um zu zeigen, wie der Subklade-Test funktioniert. In den untersuchten empirischen Fällen ergaben die drei Tests übereinstimmende Ergebnisse, was zunächst darauf hindeutet, dass sie funktionieren, und zweitens, dass die passiven und getriebenen Mechanismen natürlichen Kategorien von Ursachen für großräumige Trends entsprechen können.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1994.tb02211.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1994.tb02211.x",
    openalex = "W1992960291",
    references = "doi101007bf00132234, doi101017s0022336000059126, doi101038365748a0, doi101111j109583121992tb00630x, doi1023072412538, doi1023073514444"
}

Die Eskalationshypothese besagt, dass Feinde-Wettbewerber, Räuber und gefährliche Beute-die wichtigsten Agenten der natürlichen Selektion unter einzelnen Organismen sind, und dass an Feinde gebundene Anpassungen und Reaktionen langfristige evolutionäre Trends in der Morphologie, dem Verhalten und der Verbreitung von Organismen über den Verlauf des Phanerozoikums bewirkt haben. Im Gegensatz zu dieser top-down Sichtweise der Rolle von Organismen bei der Bestimmung der Richtungen der Evolution besagt die Koevolutionshypothese, dass zwei interagierende Arten oder Gruppen von Arten gegenseitig aufeinander reagieren. Ich überprüfe und bewerte diese Hypothesen im Lichte von Kritikpunkten bezüglich der Existenz evolutionärer Trends und der Rolle von Artwechselwirkungen in der Evolution. Modelle, die die evolutionären Effekte beschreiben, die Organismen aufeinander haben, basieren weitgehend auf Populationsdynamik und auf Kosten-Nutzen-Analysen des Nettoergebnisses von Wechselwirkungen zwischen Arten. Dennoch sind die Hypothesen der Eskalation und Koevolution Aussagen über die Natur, Häufigkeit, Ursachen und Rolle der Selektion. Obwohl diese Modelle wertvolle Einblicke geliefert und einige Modifikationen in den Hypothesen der Eskalation erzwungen haben, werden Studien, die darauf abzielen, Eskalation und Koevolution zu unterscheiden, empirische Beobachtungen und Kosten-Nutzen-Bewertungen der diskreten Interaktionsevents erfordern, die gemeinsam die von Organismen verursachte Selektion konstituieren.

@article{doi101146annureves25110194001251,
    author = "Vermeij, Geerat J.",
    title = "THE EVOLUTIONARY INTERACTION AMONG SPECIES: Selection, Escalation, and Coevolution",
    year = "1994",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "Die Eskalationshypothese besagt, dass Feinde-Wettbewerber, Räuber und gefährliche Beute-die wichtigsten Agenten der natürlichen Selektion unter einzelnen Organismen sind, und dass an Feinde gebundene Anpassungen und Reaktionen langfristige evolutionäre Trends in der Morphologie, dem Verhalten und der Verbreitung von Organismen über den Verlauf des Phanerozoikums bewirkt haben. Im Gegensatz zu dieser top-down Sichtweise der Rolle von Organismen bei der Bestimmung der Richtungen der Evolution besagt die Koevolutionshypothese, dass zwei interagierende Arten oder Gruppen von Arten gegenseitig aufeinander reagieren. Ich überprüfe und bewerte diese Hypothesen im Lichte von Kritikpunkten bezüglich der Existenz evolutionärer Trends und der Rolle von Artwechselwirkungen in der Evolution. Modelle, die die evolutionären Effekte beschreiben, die Organismen aufeinander haben, basieren weitgehend auf Populationsdynamik und auf Kosten-Nutzen-Analysen des Nettoergebnisses von Wechselwirkungen zwischen Arten. Dennoch sind die Hypothesen der Eskalation und Koevolution Aussagen über die Natur, Häufigkeit, Ursachen und Rolle der Selektion. Obwohl diese Modelle wertvolle Einblicke geliefert und einige Modifikationen in den Hypothesen der Eskalation erzwungen haben, werden Studien, die darauf abzielen, Eskalation und Koevolution zu unterscheiden, empirische Beobachtungen und Kosten-Nutzen-Bewertungen der diskreten Interaktionsevents erfordern, die gemeinsam die von Organismen verursachte Selektion konstituieren.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.es.25.110194.001251",
    doi = "10.1146/annurev.es.25.110194.001251",
    openalex = "W2112937332",
    references = "doi101017s0022336000059126, doi101017s0094837300011350, doi101017s0094837300012793, doi101017s0094837300013920, doi101111j155856461959tb03005x"
}

@article{doi101038374227a0,
    author = "Szathmáry, Eörs und Smith, John Maynard",
    title = "Die großen evolutionären Übergänge",
    year = "1995",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/374227a0",
    doi = "10.1038/374227a0",
    openalex = "W2058598267",
    references = "doi10100797836427811004, doi101007bf00450633, doi101007bf00623322, doi1010160022519364900384, doi101016s0022519389801699, doi101017s0140525x00081061, doi101038371215a0, doi101111j155856461995tb04464x, doi101128mr5244524841988, doi1015159781400820108, doi1015159781400858712, doi1023072063069, doi1023072576242, doi107312rens91062, openalexw2624262714"
}

Schlüsse über makroevolutionäre Prozesse haben sich traditionell ausschließlich auf den Fossilbericht gestützt, doch können solche Schlüsse durch die Berücksichtigung der Formen der phylogenetischen Bäume, die lebende Taxa verbinden, gestärkt werden. Die Erkenntnis, dass Phylogenien makroevolutionäre Prozesse widerspiegeln, hat zu einer wachsenden Literatur theoretischer und vergleichender Studien zur Baumform geführt. Zwei Aspekte der Baumform sind besonders wichtig: die Baumbalance und die Verteilung der Astlängen. Wir untersuchen und bewerten jüngste Entwicklungen und Verbindungen zwischen diesen beiden Aspekten und schlagen Richtungen für zukünftige Forschung vor. Studien zur Baumform versprechen nützliche und leistungsfähige Tests makroevolutionärer Hypothesen. Mit angemessener weiterer Forschung kann die Baumform uns helfen, Massenaussterben und adaptive Radiationen zu erkennen, kontinuierliche Variationen in Artbildungs- und Aussterberaten zu messen und Änderungen dieser Raten mit ökologischen oder biogeographischen Ursachen in Verbindung zu bringen. Die Nützlichkeit der Baumform erstreckt sich weit über die Erforschung der Makroevolution hinaus. Wir diskutieren Anwendungen in anderen Bereichen der Biologie, einschließlich Koevolution, phylogenetischer Inferenz, Populationsbiologie und Entwicklungsbiologie.

@article{doi101086419657,
    author = "Mooers, Arne Ø. und Heard, Stephen B.",
    title = "Inferring Evolutionary Process from Phylogenetic Tree Shape",
    year = "1997",
    journal = "The Quarterly Review of Biology",
    abstract = "Inferences about macroevolutionary processes have traditionally depended solely on the fossil record, but such inferences can be strengthened by also considering the shapes of the phylogenetic trees that link extant taxa. The realization that phylogenies reflect macroevolutionary processes has led to a growing literature of theoretical and comparative studies of tree shape. Two aspects of tree shape are particularly important: tree balance and the distribution of branch lenghts. We examine and evaluate recent developments in and connections between these two aspects, and suggest directions for future research. Studies of tree shape promise useful and powerful tests of macroevolutionary hypotheses. With appropriate further research, tree shape may help us detect mass extinctions and adaptive radiations, measure continuos variation in speciation and extinction rates, and associate changes in these rates with ecological or biogeographical causes. The usefulness of tree shape extends well beyond the study of macroevolution. We discuss applications to other areas of biology, including coevolution, phylogenetic inference, population biology, and developmental biology.",
    url = "https://doi.org/10.1086/419657",
    doi = "10.1086/419657",
    openalex = "W2117055771",
    references = "doi101017s009483730000508x, doi10108010292389509380518, doi101098rspb19960088, doi101126science22246281123, doi10129879780300237856, doi1023072412808"
}

Es wird eine neue Methode zur Schätzung von Divergenzzeiten vorgeschlagen, wenn sich evolutionäre Raten zwischen Abstammungslinien unterscheiden. Die Methode, nichtparametrische Glättung der Raten (NPRS) genannt, beruht auf der Minimierung lokaler Ratenänderungen zwischen Vorfahren und Nachkommen und wird durch die Wahrscheinlichkeit motiviert, dass sich evolutionäre Raten über die Zeit autokorrelieren. Fossilinformationen bezüglich der minimalen und/oder maximalen Altersgrenzen von Knoten in einer Phylogenie werden durch Techniken der eingeschränkten Optimierung in die Algorithmen integriert. Die Genauigkeit von NPRS wurde durch Vergleich mit einer auf Uhren basierenden Maximum-Likelihood-Methode in Computersimulationen untersucht. NPRS liefert genauere Schätzungen der Divergenzzeiten, wenn (1) Sequenzlängen ausreichend lang sind, (2) die Raten tatsächlich nicht-uhrenartig sind und (3) sich die Raten über die Zeit moderat bis stark autokorrelieren. Die Algorithmen wurden angewendet, um Divergenzzeiten bei Samenpflanzen basierend auf Daten aus dem Chloroplasten-Gen rbcL zu schätzen. Sowohl eingeschränkte als auch uneingeschränkte NPRS-Methoden neigten dazu, Schätzungen der Divergenzzeiten zu produzieren, die mit paläobotanischen Beweisen übereinstimmten, wohingegen dies bei auf Uhren basierenden Schätzungen nicht der Fall war.

@article{doi101093oxfordjournalsmolbeva025731,
    author = "Sanderson, Michael J.",
    title = "A Nonparametric Approach to Estimating Divergence Times in the Absence of Rate Constancy",
    year = "1997",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "A new method for estimating divergence times when evolutionary rates are variable across lineages is proposed. The method, called nonparametric rate smoothing (NPRS), relies on minimization of ancestor-descendant local rate changes and is motivated by the likelihood that evolutionary rates are autocorrelated in time. Fossil information pertaining to minimum and/or maximum ages of nodes in a phylogeny is incorporated into the algorithms by constrained optimization techniques. The accuracy of NPRS was examined by comparison to a clock-based maximum-likelihood method in computer simulations. NPRS provides more accurate estimates of divergence times when (1) sequence lengths are sufficiently long, (2) rates are truly nonclocklike, and (3) rates are moderately to highly autocorrelated in time. The algorithms were applied to estimate divergence times in seed plants based on data from the chloroplast rbcL gene. Both constrained and unconstrained NPRS methods tended to produce divergence time estimates more consistent with paleobotanical evidence than did clock-based estimates.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a025731",
    doi = "10.1093/oxfordjournals.molbev.a025731",
    openalex = "W1964575260",
    references = "doi101007bf01797451, doi101126science2715248470, doi10113000917613198311503tdonag20co2"
}

@article{doi105860choice344488,
    title = "Evolutionäre Paläobiologie",
    year = "1997",
    journal = "Choice Reviews Online",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.34-4488",
    doi = "10.5860/choice.34-4488",
    openalex = "W4249025931"
}

Phylogenien, die aus Gen-Sequenzen rekonstruiert wurden, können verwendet werden, um das Tempo und die Art der Artbildung zu untersuchen. Hier entwickeln und verwenden wir neue statistische Methoden, um vergangene Muster der Artbildung und des Aussterbens aus molekularen Phylogenien abzuleiten. Insbesondere testen wir die Nullhypothese, dass die pro Linie verlaufende Artbildungs- und Aussterberate im Laufe der Zeit konstant geblieben ist. Die Ablehnung dieser Hypothese könnte Hinweise auf evolutionäre Ereignisse wie adaptive Radiationen oder Schlüsselanpassungen liefern. Im Gegensatz zu früheren Ansätzen sind unsere Methoden robust gegenüber unvollständiger Taxon-Abtastung und konservativ hinsichtlich des Aussterbens. Mittels Simulation untersuchen wir zunächst die negativen Auswirkungen, wenn unvollständige Abtastung nicht berücksichtigt wird, und zweitens die Leistungsfähigkeit und Zuverlässigkeit unserer Tests. Wenn auf veröffentlichte Phylogenien angewendet, deuten unsere Tests darauf hin, dass in einigen Fällen die Artbildungsrate im Laufe der Zeit abgenommen hat.

@article{doi101098rspb20001278,
    author = "Pybus, Oliver G. und Harvey, Paul",
    title = "Testing macro–evolutionary models using incomplete molecular phylogenies",
    year = "2000",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Phylogenien, die aus Gen-Sequenzen rekonstruiert wurden, können verwendet werden, um das Tempo und die Art der Artbildung zu untersuchen. Hier entwickeln und verwenden wir neue statistische Methoden, um vergangene Muster der Artbildung und des Aussterbens aus molekularen Phylogenien abzuleiten. Insbesondere testen wir die Nullhypothese, dass die pro Linie verlaufende Artbildungs- und Aussterberate im Laufe der Zeit konstant geblieben ist. Die Ablehnung dieser Hypothese könnte Hinweise auf evolutionäre Ereignisse wie adaptive Radiationen oder Schlüsselanpassungen liefern. Im Gegensatz zu früheren Ansätzen sind unsere Methoden robust gegenüber unvollständiger Taxon-Abtastung und konservativ hinsichtlich des Aussterbens. Mittels Simulation untersuchen wir zunächst die negativen Auswirkungen, wenn unvollständige Abtastung nicht berücksichtigt wird, und zweitens die Leistungsfähigkeit und Zuverlässigkeit unserer Tests. Wenn auf veröffentlichte Phylogenien angewendet, deuten unsere Tests darauf hin, dass in einigen Fällen die Artbildungsrate im Laufe der Zeit abgenommen hat.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2000.1278",
    doi = "10.1098/rspb.2000.1278",
    openalex = "W2118610143",
    references = "doi101086627905"
}

Die Gen-Duplikation wurde allgemein als notwendige Quelle für das Entstehen evolutionärer Neuheiten betrachtet, doch es ist unklar, wie häufig Gen-Duplikate entstehen und wie oft sie neue Funktionen entwickeln. Beobachtungen aus den Genomdatenbanken mehrerer eukaryotischer Arten deuten darauf hin, dass Duplikate mit einer sehr hohen Rate entstehen, im Durchschnitt 0,01 pro Gen pro Millionen Jahre. Die meisten duplizierten Gene durchlaufen zu Beginn ihrer Geschichte eine kurze Phase gelockerter Selektion, wobei ein moderater Anteil von ihnen während dieser Phase in einer effektiv neutralen Weise evolviert. Die überwältigende Mehrheit der Gen-Duplikate wird jedoch innerhalb weniger Millionen Jahre stillgelegt, wobei die wenigen Überlebenden anschließend einer starken reinigenden Selektion ausgesetzt sind. Obwohl duplizierte Gene nur selten neue Funktionen entwickeln, kann das stochastische Stilllegen solcher Gene eine signifikante Rolle bei der passiven Entstehung neuer Arten spielen.

@article{doi101126science29054941151,
    author = "Lynch, Michael und Conery, John S.",
    title = "The Evolutionary Fate and Consequences of Duplicate Genes",
    year = "2000",
    journal = "Science",
    abstract = "Gene duplication has generally been viewed as a necessary source of material for the origin of evolutionary novelties, but it is unclear how often gene duplicates arise and how frequently they evolve new functions. Observations from the genomic databases for several eukaryotic species suggest that duplicate genes arise at a very high rate, on average 0.01 per gene per million years. Most duplicated genes experience a brief period of relaxed selection early in their history, with a moderate fraction of them evolving in an effectively neutral manner during this period. However, the vast majority of gene duplicates are silenced within a few million years, with the few survivors subsequently experiencing strong purifying selection. Although duplicate genes may only rarely evolve new functions, the stochastic silencing of such genes may play a significant role in the passive origin of new species.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.290.5494.1151",
    doi = "10.1126/science.290.5494.1151",
    openalex = "W2019591778",
    references = "doi101023a1006392424384, doi101038387489a0, doi101046j14390388200200356x, doi101093genetics15141531, doi101093genetics1541459, doi101093nar25173389, doi101098rspb19940058, doi101126science28253941711, doi101126science28754612204, doi101242dev1994supplement125, doi1023072412932"
}

@book{doi102307jctvjsf433,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "The Structure of Evolutionary Theory",
    year = "2002",
    booktitle = "Harvard University Press eBooks",
    url = "https://doi.org/10.2307/j.ctvjsf433",
    doi = "10.2307/j.ctvjsf433",
    openalex = "W4300925890"
}

* *1. Definition und Revision der Struktur der Evolutionstheorie * Teil I: Die Geschichte der darwinistischen Logik und Debatte *2. Das Wesen des Darwinismus und die Grundlage der modernen Orthodoxie: Eine Auslegung des Ursprungs der Arten *3. Samen der Hierarchie *4. Internalismus und Gesetze der Form: Prädarwinische Alternativen zum Funktionalismus *5. Die fruchtbaren Facetten von Galtons Polyeder: Kanäle und Saltationen im postdarwinistischen Formalismus *6. Muster und Fortschritt auf der geologischen Bühne *7. Die moderne Synthese als begrenzter Konsens * Teil II: Hin zu einer revidierten und erweiterten Evolutionstheorie *8. Arten als Individuen in der hierarchischen Selektionstheorie *9. Punctuated Equilibrium und die Validierung der makroevolutionären Theorie *10. Die Integration von Constraint und Anpassung (Struktur und Funktion) in Ontogenie und Phylogenie: Historische Constraints und die Evolution der Entwicklung *11. Die Integration von Constraint und Anpassung (Struktur und Funktion) in Ontogenie und Phylogenie: Strukturelle Constraints, Spandrels und die Zentralität der Exaptation in der Makroevolution *12. Ebenen der Zeit und Versuche der Extrapolation, mit einem Epilog über die Interaktion von Allgemeiner Theorie und kontingenter Geschichte * Bibliographie * Index

@article{doi105860choice396411,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "The structure of evolutionary theory",
    year = "2002",
    journal = "Choice Reviews Online",
    abstract = "* *1. Defining and Revising the Structure of Evolutionary Theory * Part I: The History of Darwinian Logic and Debate *2. The Essence of Darwinism and the Basis of Modern Orthodoxy: An Exegesis of the Origin of Species *3. Seeds of Hierarchy *4. Internalism and Laws of Form: Pre-Darwinian Alternatives to Functionalism *5. The Fruitful Facets of Galton's Polyhedron: Channels and Saltations in Post-Darwinian Formalism *6. Pattern and Progress on the Geological Stage *7. The Modern Synthesis as a Limited Consensus * Part II: Towards a Revised and Expanded Evolutionary Theory *8. Species as Individuals in the Hierarchical Theory of Selection *9. Punctuated Equilibrium and the Validation of Macroevolutionary Theory *10. The Integration of Constraint and Adaptation (Structure and Function) in Ontogeny and Phylogeny: Historical Constraints and the Evolution of Development *11. The Integration of Constraint and Adaptation (Structure and Function) in Ontogeny and Phylogeny: Structural Constraints, Spandrels, and the Centrality of Exaptation in Macroevolution *12. Tiers of Time and Trials of Extrapolationism, With an Epilog on the Interaction of General Theory and Contingent History * Bibliography * Index",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.39-6411",
    doi = "10.5860/choice.39-6411",
    openalex = "W1539968307"
}

Die Identifizierung allgemeiner Eigenschaften evolutionärer Radiationen wurde durch den Mangel an einem allgemeinen statistischen und phylogenetischen Ansatz behindert, der auf diverse Taxa anwendbar ist. Wir präsentieren einen vergleichbaren analytischen Rahmen zur Untersuchung phylogenetischer Muster der Diversifizierung und morphologischen Disparität mit Daten von vier iguanischen Eidechsen-Taxa, die substantiell unterschiedliche Muster der Evolution aufweisen. Taxa, deren Diversifizierung unverhältnismäßig früh in ihrer evolutionären Geschichte stattfand, verteilen einen größeren Anteil ihrer morphologischen Disparität zwischen, statt innerhalb, von Subkladen. Diese inverse Beziehung zwischen dem Zeitpunkt der Diversifizierung und der morphologischen Disparität innerhalb von Subkladen könnte ein allgemeines Merkmal sein, das die historisch kontingenten Eigenschaften verschiedener evolutionärer Radiationen überschreitet.

@article{doi101126science1084786,
    author = "Harmon, Luke J. und Schulte, James A. und Larson, Allan und Losos, Jonathan B.",
    title = "Tempo und Mode der evolutionären Radiation bei Iguanischen Eidechsen",
    year = "2003",
    journal = "Science",
    abstract = "Die Identifizierung allgemeiner Eigenschaften evolutionärer Radiationen wurde durch den Mangel an einem allgemeinen statistischen und phylogenetischen Ansatz behindert, der auf diverse Taxa anwendbar ist. Wir präsentieren einen vergleichbaren analytischen Rahmen zur Untersuchung phylogenetischer Muster der Diversifizierung und morphologischen Disparität mit Daten von vier iguanischen Eidechsen-Taxa, die substantiell unterschiedliche Muster der Evolution aufweisen. Taxa, deren Diversifizierung unverhältnismäßig früh in ihrer evolutionären Geschichte stattfand, verteilen einen größeren Anteil ihrer morphologischen Disparität zwischen, statt innerhalb, von Subkladen. Diese inverse Beziehung zwischen dem Zeitpunkt der Diversifizierung und der morphologischen Disparität innerhalb von Subkladen könnte ein allgemeines Merkmal sein, das die historisch kontingenten Eigenschaften verschiedener evolutionärer Radiationen überschreitet.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1084786",
    doi = "10.1126/science.1084786",
    openalex = "W2002820714",
    references = "doi101017s0094837300015864, doi101111j109583121996tb01693x, doi101146annurevecolsys281129"
}

@incollection{doi101007978366206278418,
    author = "Bown, Paul R. und Lees, Jackie A. und Young, J. R.",
    title = "Evolution und Vielfalt kalkhaltiger Nannoplankton über die Zeit",
    year = "2004",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-662-06278-4\_18",
    doi = "10.1007/978-3-662-06278-4\_18",
    openalex = "W138655657",
    references = "doi1010079789401149020, doi1010160011747167900654, doi1010160012825273900925, doi1010160031018291900753, doi101016s0012825200000374, doi101017cbo9780511628948, doi101017s0094837300013178, doi1010292001pa000623, doi101093oso97801985491780010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva026092, doi101126science1059412, doi101126science23547931156, doi101126science23648071437, doi101130spe332, doi101144gsjgs15420265, doi102110pec95040129, doi1023073515466, doi102687999013, gould1987asymmetry"
}

@article{doi101016jtree200702010,
    author = "Després, Laurence und David, Jean‐Philippe und Gallet, Christiane",
    title = "Die evolutionäre Ökologie der Insektenresistenz gegen Pflanzenchemikalien",
    year = "2007",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2007.02.010",
    doi = "10.1016/j.tree.2007.02.010",
    openalex = "W2029436323",
    references = "doi101016s0378111900005333, doi101111j13652583200400529x, doi101146annurevento47091201145121"
}

Diese Open-Source-Software ist vollständig in der R-Sprache geschrieben und ist über das Comprehensive R Archive Network (CRAN) unter http://cran.r-project.org/ frei verfügbar.

@article{doi101093bioinformaticsbtm538,
    author = "Harmon, Luke J. und Weir, Jason T. und Brock, Chad D. und Glor, Richard E. und Challenger, Wendell",
    title = "GEIGER: Untersuchung evolutionärer Strahlungen",
    year = "2007",
    journal = "Bioinformatics",
    abstract = "Diese Open-Source-Software ist vollständig in der R-Sprache geschrieben und ist über das Comprehensive R Archive Network (CRAN) unter http://cran.r-project.org/ frei verfügbar.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm538",
    doi = "10.1093/bioinformatics/btm538",
    openalex = "W2117368100",
    references = "doi10103844766, doi101093oso97801985052350010001, doi101111j001438202001tb00826x"
}

Die selektive Entnahme nach Größe, bei der große Individuen einer bestimmten Art bevorzugt entnommen werden, ist sowohl in marinen als auch in terrestrischen Lebensräumen verbreitet. Die bevorzugte Entfernung größerer Individuen einer Art hat sich als negativ auf deren Demografie, Lebensgeschichte und Ökologie auswirken zu zeigen, und empirische Studien dokumentieren zunehmend solche Auswirkungen. Doch es bleibt eine Herausforderung, festzustellen, ob die beobachteten Veränderungen auf eine evolutionäre Antwort oder phänotypische Plastizität zurückzuführen sind. Darüber hinaus wird das Problem in den meisten Managementplänen für Fische und marine Wirbellose nicht berücksichtigt, die weiterhin eine Mindestgrößenbeschränkung vorschreiben. Wir verwenden Beispiele aus sowohl aquatischen als auch terrestrischen Lebensräumen, um einige der biologischen Konsequenzen der selektiven Entnahme nach Größe zu veranschaulichen und mögliche zukünftige Forschungsrichtungen sowie Änderungen der Managementpolitik zu diskutieren, die notwendig sind, um ihre negativen biologischen Auswirkungen zu mildern.

@article{doi101111j1365294x200703522x,
    author = "Fenberg, Phillip B. und Roy, Kaustuv",
    title = "Ökologische und evolutionäre Konsequenzen der selektiven Entnahme nach Größe: Wie viel wissen wir?",
    year = "2007",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "Die selektive Entnahme nach Größe, bei der große Individuen einer bestimmten Art bevorzugt entnommen werden, ist sowohl in marinen als auch in terrestrischen Lebensräumen verbreitet. Die bevorzugte Entfernung größerer Individuen einer Art hat sich als negativ auf deren Demografie, Lebensgeschichte und Ökologie auswirken zu zeigen, und empirische Studien dokumentieren zunehmend solche Auswirkungen. Doch es bleibt eine Herausforderung, festzustellen, ob die beobachteten Veränderungen auf eine evolutionäre Antwort oder phänotypische Plastizität zurückzuführen sind. Darüber hinaus wird das Problem in den meisten Managementplänen für Fische und marine Wirbellose nicht berücksichtigt, die weiterhin eine Mindestgrößenbeschränkung vorschreiben. Wir verwenden Beispiele aus sowohl aquatischen als auch terrestrischen Lebensräumen, um einige der biologischen Konsequenzen der selektiven Entnahme nach Größe zu veranschaulichen und mögliche zukünftige Forschungsrichtungen sowie Änderungen der Managementpolitik zu diskutieren, die notwendig sind, um ihre negativen biologischen Auswirkungen zu mildern.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-294x.2007.03522.x",
    doi = "10.1111/j.1365-294x.2007.03522.x",
    openalex = "W2139419519",
    references = "doi101017s0022336000059126"
}

Die Evolution kann von biotischen Faktoren dominiert werden, wie im Red-Queen-Modell, oder von abiotischen Faktoren, wie im Court-Jester-Modell, oder von einer Mischung aus beiden. Die beiden Modelle scheinen vorwiegend über unterschiedliche geografische und zeitliche Skalen zu wirken: Konkurrenz, Prädation und andere biotische Faktoren gestalten Ökosysteme lokal und über kurze Zeiträume, während externe Faktoren wie Klima und ozeanografische sowie tektonische Ereignisse großräumige Muster regional und global über Tausende und Millionen von Jahren prägen. Paläobiologische Studien deuten darauf hin, dass die Artenvielfalt weitgehend von abiotischen Faktoren wie Klima, Landschaft oder Nahrungsvorrat angetrieben wird, und vergleichende phylogenetische Ansätze bieten neue Einblicke in die Dynamik von Klade.

@article{doi101126science1157719,
    author = "Benton, Michael J.",
    title = "The Red Queen and the Court Jester: Species Diversity and the Role of Biotic and Abiotic Factors Through Time",
    year = "2009",
    journal = "Science",
    abstract = "Evolution may be dominated by biotic factors, as in the Red Queen model, or abiotic factors, as in the Court Jester model, or a mixture of both. The two models appear to operate predominantly over different geographic and temporal scales: Competition, predation, and other biotic factors shape ecosystems locally and over short time spans, but extrinsic factors such as climate and oceanographic and tectonic events shape larger-scale patterns regionally and globally, and through thousands and millions of years. Paleobiological studies suggest that species diversity is driven largely by abiotic factors such as climate, landscape, or food supply, and comparative phylogenetic approaches offer new insights into clade dynamics.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1157719",
    doi = "10.1126/science.1157719",
    openalex = "W2092302011",
    references = "doi101017s0094837300008186, doi101073pnas092150999, doi101098rspb20080715, doi101111j14754983200600611x, doi101111j14754983200600612x, doi101111j15585646200800317x, doi101126science1130880, doi101126science1156963, doi101126science1161833, doi101126science7701342, doi1016710272463420010210172dteotr20co2"
}

Die Evolution der Eusozialität ist eine der wichtigsten Übergänge in der Evolution, doch die zugrundeliegenden genomischen Veränderungen sind unbekannt. Wir verglichen die Genome von 10 Bienenarten, die in ihrer sozialen Komplexität variieren und mehrere unabhängige Übergänge in der sozialen Evolution repräsentieren, und berichten über drei wesentliche Erkenntnisse. Erstens zeigen viele wichtige Gene Hinweise auf eine neutrale Evolution als Folge einer gelockerten Selektion mit zunehmender sozialer Komplexität. Zweitens gibt es keinen einzigen Fahrplan zur Eusozialität; unabhängige evolutionäre Übergänge in der Sozialität haben unabhängige genetische Grundlagen. Drittens weisen diese Übergänge, obwohl sie im Detail klar unabhängig sind, ähnliche allgemeine Merkmale auf, darunter eine Zunahme der eingeschränkten Proteinevolution, begleitet von einer Zunahme des Potenzials für Genregulation und einer Abnahme der Vielfalt und Häufigkeit von Transposons. Eusozialität kann jedes Mal durch unterschiedliche Mechanismen entstehen, würde aber wahrscheinlich immer eine Zunahme der Komplexität von Gennetzwerken beinhalten.

@article{doi101126scienceaaa4788,
    author = "Kapheim, Karen M. und Pan, Hailin und Li, Cai und Salzberg, Steven L. und Puiu, Daniela und Magoč, Tanja und Robertson, Hugh M. und Hudson, Matthew E. und Venkat, Aarti und Fischman, Brielle J. und Hernández, Álvaro González und Yandell, Mark und Ence, Daniel und Holt, Carson und Yocum, George D. und Kemp, William P. und Bosch, Jordi und Waterhouse, Robert M. und Zdobnov, Evgeny M. und Stolle, Eckart und Kraus, Frank Bernhard und Helbing, Sophie und Moritz, Robin F. A. und Glastad, Karl M. und Hunt, Brendan G. und Goodisman, Michael A. D. und Hauser, Frank und Grimmelikhuijzen, Cornelis J.P. und Pinheiro, Daniel Guariz und Nunes, Francis Morais Franco und Soares, Michelle Prioli Miranda und Tanaka, Erica D. und Simões, Zilá Luz Paulino und Hartfelder, Klaus und Evans, Jay D. und Barribeau, Seth M. und Johnson, Reed M. und Massey, Jonathan H. und Southey, Bruce R. und Hasselmann, Martin und Hamacher, Daniel und Biewer, Matthias und Kent, Clement F. und Zayed, Amro und Blatti, Charles und Sinha, Saurabh und Johnston, J. Spencer und Hanrahan, Shawn J. und Kocher, Sarah D. und Wang, Jun und Robinson, Gene E. und Zhang, Guojie",
    title = "Genomische Signaturen evolutionärer Übergänge von Einzel- zu Gruppenleben",
    year = "2015",
    journal = "Science",
    abstract = "Die Evolution der Eusozialität ist eine der wichtigsten Übergänge in der Evolution, doch die zugrundeliegenden genomischen Veränderungen sind unbekannt. Wir verglichen die Genome von 10 Bienenarten, die in ihrer sozialen Komplexität variieren und mehrere unabhängige Übergänge in der sozialen Evolution repräsentieren, und berichten über drei wesentliche Erkenntnisse. Erstens zeigen viele wichtige Gene Hinweise auf eine neutrale Evolution als Folge einer gelockerten Selektion mit zunehmender sozialer Komplexität. Zweitens gibt es keinen einzigen Fahrplan zur Eusozialität; unabhängige evolutionäre Übergänge in der Sozialität haben unabhängige genetische Grundlagen. Drittens weisen diese Übergänge, obwohl sie im Detail klar unabhängig sind, ähnliche allgemeine Merkmale auf, darunter eine Zunahme der eingeschränkten Proteinevolution, begleitet von einer Zunahme des Potenzials für Genregulation und einer Abnahme der Vielfalt und Häufigkeit von Transposons. Eusozialität kann jedes Mal durch unterschiedliche Mechanismen entstehen, würde aber wahrscheinlich immer eine Zunahme der Komplexität von Gennetzwerken beinhalten.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.aaa4788",
    doi = "10.1126/science.aaa4788",
    openalex = "W1592395964",
    references = "doi101016jbbapap201006012"
}

@article{doi101007s1169201693890,
    author = "Gontier, Nathalie",
    title = "Guest-Editorial Introduction: Converging Evolutionary Patterns in Life and Culture",
    year = "2016",
    journal = "Evolutionary Biology",
    url = "https://doi.org/10.1007/s11692-016-9389-0",
    doi = "10.1007/s11692-016-9389-0",
    openalex = "W2531608350",
    references = "doi10100797833191504517"
}

Diskrete Charakter-Taxon-Matrizen werden zunehmend verwendet, um das Muster und den Tempo der morphologischen Evolution zu verstehen; jedoch sind methodische Raffinesse und maßgeschneiderte Software-Implementierungen hinterhergeblieben. In der vorliegenden Studie wird versucht, einen Stand-der-Technik-Beschreibung der Methoden zu liefern und ein neues R-Paket (Claddis) zur Durchführung grundlegender Disparitäts- (morphologische Diversität) und Ratenberechnungen einzuführen. Simulationen mit seinen Kernfunktionen zeigen, dass: (1) von den beiden am häufigsten verwendeten Distanzmetriken (Generalisierte euklidische Distanz und Gowers Koeffizient) letzterer tendiert, mehr des wahren Signals weiterzutragen; (2) ein neuartiges Distanzmetrik die Signalretention weiter verbessern könnte; (3) diese Signalretention könnte auf Kosten des Ausschnitts unvollständiger Taxa aus dem Datensatz kommen; und (4) die Nützlichkeit bivariater Plots von Ordnungsräumen durch ihre häufig extrem niedrigen Varianzen untergraben wird. Im Gegensatz dazu werden Herausforderungen zur Schätzung des morphologischen Tempos qualitativ dargestellt, wie z. B. wie Bäume zeitgestuft werden und Änderungen gezählt werden. Sowohl Disparität als auch Raten verdienen bessere Zeitreihenansätze, die neue makroevolutionäre Analysen freischalten könnten. Diese Herausforderungen müssen jedoch nicht fatal sein, und mehrere potenzielle zukünftige Lösungen und Richtungen werden vorgeschlagen.

@article{doi101111bij12746,
    author = "Lloyd, Graeme T.",
    title = "Estimating morphological diversity and tempo with discrete character-taxon matrices: implementation, challenges, progress, and future directions",
    year = "2016",
    journal = "Biological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Discrete character-taxon matrices are increasingly being used in an attempt to understand the pattern and tempo of morphological evolution; however, methodological sophistication and bespoke software implementations have lagged behind. In the present study, an attempt is made to provide a state-of-the-art description of methodologies and introduce a new R package (Claddis) for performing foundational disparity (morphologic diversity) and rate calculations. Simulations using its core functions show that: (1) of the two most commonly used distance metrics (Generalized Euclidean Distance and Gower's Coefficient), the latter tends to carry forward more of the true signal; (2) a novel distance metric may improve signal retention further; (3) this signal retention may come at the cost of pruning incomplete taxa from the data set; and (4) the utility of bivariate plots of ordination spaces are undermined by their frequently extremely low variances. By contrast, challenges to estimating morphologic tempo are presented qualitatively, such as how trees are time-scaled and changes are counted. Both disparity and rates deserve better time series approaches that could unlock new macroevolutionary analyses. However, these challenges need not be fatal, and several potential future solutions and directions are suggested.",
    url = "https://doi.org/10.1111/bij.12746",
    doi = "10.1111/bij.12746",
    openalex = "W2280099985",
    references = "doi101016jcub201408034, doi101073pnas1302642110, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093biomet5234591, doi101093sysbio204406, doi101111brv12038, doi101111j10960031200800217x, doi101111j10963642200900571x, doi101111j2041210x201100169x, doi101111j2041210x201200223x, doi101111j251761611995tb02031x, doi101111pala12142, doi101126science1252243, doi101371journalpcbi1003537, doi101666009483731999251mditer20co2, doi1018637jssv022i04, doi1023072412116, doi102992014590582006371pon20co2, openalexw3217097258, openalexw586972754"
}

@article{doi101038nature21074,
    author = "Cooney, Christopher R. und Bright, Jen A. und Capp, Elliot J. R. und Chira, Angela M. und Hughes, Emma C. und Moody, Christopher J. und Nouri, L. O. und Varley, Zoë K. und Thomas, Gavin H.",
    title = "Mega-evolutionäre Dynamik der adaptiven Radiation von Vögeln",
    year = "2017",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature21074",
    doi = "10.1038/nature21074",
    openalex = "W2585565608",
    references = "doi10100703064746897, doi101016c20100662092, doi101016jcub201508003, doi101038nature10516, doi101038nature11631, doi101038nature15697, doi101073pnas1302642110, doi101093molbevmss075, doi1011112041210x12035, doi101111j2041210x201100169x, doi101126science1157704, doi101126science1160662, doi1018637jssv033i02, doi105860choice485062"
}

@incollection{doi101007978331972478230,
    author = "Gontier, Nathalie",
    title = "On How Epistemologie und Ontologie durch Evolution konvergieren: Der angewandte evolutionäre epistemologische Ansatz",
    year = "2018",
    booktitle = "˜The œfrontiers collection",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-319-72478-2\_30",
    doi = "10.1007/978-3-319-72478-2\_30",
    openalex = "W2789395182",
    references = "doi10100797833191504517"
}

Schmetterlinge und Motten (Lepidoptera) gehören zu den wichtigsten Superradiationen der Insekten und umfassen fast 160.000 beschriebene lebende Arten. Als Herbivoren, Bestäuber und Beute spielen Lepidoptera eine fundamentale Rolle in fast jedem terrestrischen Ökosystem. Lepidoptera sind auch Indikatoren für Umweltveränderungen und dienen als Modelle für Forschung zu Mimikry und Genetik. Sie waren zentral für die Entwicklung koevolutionärer Hypothesen, wie Schmetterlinge mit blühenden Pflanzen und der evolutionäre Wettkampf von Motten mit ortungsfähigen Fledermäusen. Diese Hypothesen wurden jedoch nicht rigoros getestet, da eine robuste Lepidoptera-Phylogenie und das Timing evolutionärer Neuheiten fehlen. Um diese Probleme zu adressieren, schlossen wir eine umfassende Phylogenie der Lepidoptera ab, unter Verwendung des größten Datensatzes, der für die Ordnung zusammengestellt wurde (2.098 orthologe protein-kodierende Gene aus Transkriptomen von 186 Arten, die fast alle Superfamilien repräsentieren), und datierten sie mit sorgfältig evaluierten Synapomorphie-basierten Fossilien. Die ältesten Mitglieder der Lepidoptera-Kronengruppe erschienen im späten Karbon (∼300 Ma) und ernährten sich von nicht gefäßbildenden Landpflanzen. Lepidoptera entwickelten die röhrenartige Rüssel im mittleren Trias (∼241 Ma), was ihnen ermöglichte, Nektar von blühenden Pflanzen zu gewinnen. Diese morphologische Innovation, zusammen mit anderen Merkmalen, förderte wahrscheinlich die außerordentliche Diversifizierung von Superfamilien-Level Lepidoptera-Kronengruppen. Der Vorfahre der Schmetterlinge war wahrscheinlich nachtaktiv, und unsere Ergebnisse deuten darauf hin, dass Schmetterlinge im späten Kreidezeit (∼98 Ma) zum Tagfliegen übergingen. Motten-Hörorgane entstanden mehrfach vor dem evolutionären Wettkampf zwischen Motten und Fledermäusen, vielleicht zunächst eine breite Palette von Schallfrequenzen detektierend, bevor sie dazu co-optiert wurden, spezifisch Fledermaus-Sonar zu detektieren. Unsere Studie bietet ein essentielles Rahmenwerk für zukünftige vergleichende Studien zur Schmetterlings- und Mottevolution.

@article{doi101073pnas1907847116,
    author = "Kawahara, Akito Y. und Plotkin, David und Espeland, Marianne und Meusemann, Karen und Toussaint, Emmanuel F. A. und Donath, Alexander und Gimnich, France und Frandsen, Paul B. und Zwick, Andreas und dos Reis, Mario und Barber, Jesse R. und Peters, Ralph S. und Liu, Shanlin und Zhou, Xin und Mayer, Christoph und Podsiadłowski, Lars und Storer, Caroline und Yack, Jayne E. und Misof, Bernhard und Breinholt, Jesse W.",
    title = "Phylogenomics reveals the evolutionary timing and pattern of butterflies and moths",
    year = "2019",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Schmetterlinge und Motten (Lepidoptera) gehören zu den wichtigsten Superradiationen der Insekten und umfassen fast 160.000 beschriebene lebende Arten. Als Herbivoren, Bestäuber und Beute spielen Lepidoptera eine fundamentale Rolle in fast jedem terrestrischen Ökosystem. Lepidoptera sind auch Indikatoren für Umweltveränderungen und dienen als Modelle für Forschung zu Mimikry und Genetik. Sie waren zentral für die Entwicklung koevolutionärer Hypothesen, wie Schmetterlinge mit blühenden Pflanzen und der evolutionäre Wettkampf von Motten mit ortungsfähigen Fledermäusen. Diese Hypothesen wurden jedoch nicht rigoros getestet, da eine robuste Lepidoptera-Phylogenie und das Timing evolutionärer Neuheiten fehlen. Um diese Probleme zu adressieren, schlossen wir eine umfassende Phylogenie der Lepidoptera ab, unter Verwendung des größten Datensatzes, der für die Ordnung zusammengestellt wurde (2.098 orthologe protein-kodierende Gene aus Transkriptomen von 186 Arten, die fast alle Superfamilien repräsentieren), und datierten sie mit sorgfältig evaluierten Synapomorphie-basierten Fossilien. Die ältesten Mitglieder der Lepidoptera-Kronengruppe erschienen im späten Karbon (∼300 Ma) und ernährten sich von nicht gefäßbildenden Landpflanzen. Lepidoptera entwickelten die röhrenartige Rüssel im mittleren Trias (∼241 Ma), was ihnen ermöglichte, Nektar von blühenden Pflanzen zu gewinnen. Diese morphologische Innovation, zusammen mit anderen Merkmalen, förderte wahrscheinlich die außerordentliche Diversifizierung von Superfamilien-Level Lepidoptera-Kronengruppen. Der Vorfahre der Schmetterlinge war wahrscheinlich nachtaktiv, und unsere Ergebnisse deuten darauf hin, dass Schmetterlinge im späten Kreidezeit (∼98 Ma) zum Tagfliegen übergingen. Motten-Hörorgane entstanden mehrfach vor dem evolutionären Wettkampf zwischen Motten und Fledermäusen, vielleicht zunächst eine breite Palette von Schallfrequenzen detektierend, bevor sie dazu co-optiert wurden, spezifisch Fledermaus-Sonar zu detektieren. Unsere Studie bietet ein essentielles Rahmenwerk für zukünftige vergleichende Studien zur Schmetterlings- und Mottevolution.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1907847116",
    doi = "10.1073/pnas.1907847116",
    openalex = "W2982062771",
    references = "doi101073pnas1213621109, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093molbevmsm088, doi101093molbevmst010, doi101093molbevmsu300, doi101093molbevmsw260, doi101093molbevmsx281, doi101093nargkl315, doi101093sysbiosyq010, doi101098rspb20120683, doi101111evo12681, doi101111j155856461964tb01674x, doi101111j2041210x201100169x, doi101186s128590182129y"
}

Die vergleichende Methode war lange Zeit ein grundlegendes exploratives Werkzeug in der Evolution, doch dieser ehrwürdige Ansatz wurde 1985 revolutioniert, als Felsenstein "Phylogenies and the Comparative Method" in The American Naturalist veröffentlichte. Dieser Artikel zwang vergleichende Biologen dazu, bei der statistischen Analyse der korrelierten Anpassung phylogenetisch zu denken, anstatt einfach konventionelle statistische Methoden anzuwenden, die evolutionäre Beziehungen ignorieren. Dies gelang durch die Einführung einer neuen analytischen Methode (phylogenetisch "unabhängige Kontraste"), die eine phylogenetische Topologie mit Astlängen erforderte und ein Brownsches-Bewegungs-Modell der Anpassung annahm. Unabhängige Kontraste ermöglichten es vergleichenden Biologen, dem statistischen Dilemma der Nicht-Unabhängigkeit von Artenwerten, das aus gemeinsamer Abstammung resultiert, auszuweichen, jedoch auf Kosten der Notwendigkeit einer detaillierten Phylogenie und der Akzeptanz eines spezifischen Modells der Merkmaländerung. Dennoch revitalisierte dieser Artikel nicht nur die vergleichende Biologie, sondern förderte sogar Studien, die darauf abzielten, Phylogenien zu schätzen. Felsensteins charakteristisch klare und knappe Darstellung des Problems (illustriert mit kraftvollen Grafiken), gepaart mit einem anrollenden Strom neuer molekularer Daten und Techniken zur Schätzung von Phylogenien, führte dazu, dass Felsensteins Artikel von 1985 zum zweithäufig zitierten Artikel in der Geschichte dieser Zeitschrift wurde. Hier präsentieren wir eine persönliche Übersicht über die vergleichende Biologie vor, während und nach Joe's Artikel. Zum historischen Kontext fügen wir eine Perspektive bei, die von Joe selbst geschrieben wurde und beschreibt, wie sein Artikel entstand, unveränderte Transkripte von Rezensionen seines eingereichten Manuskripts und eine Anleitung zu einigen nicht-trivialen Berechnungen. Diese zusätzlichen Materialien helfen zu betonen, dass der Prozess der Wissenschaft nicht immer allmählich oder vorhersagbar abläuft.

@article{doi101086703055,
    author = "Huey, Raymond B. und Garland, Theodore und Turelli, Michael",
    title = "Revisiting a Key Innovation in Evolutionary Biology: Felsenstein's "Phylogenies and the Comparative Method"",
    year = "2019",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = {Die vergleichende Methode war lange Zeit ein grundlegendes exploratives Werkzeug in der Evolution, doch dieser ehrwürdige Ansatz wurde 1985 revolutioniert, als Felsenstein "Phylogenies and the Comparative Method" in The American Naturalist veröffentlichte. Dieser Artikel zwang vergleichende Biologen dazu, bei der statistischen Analyse der korrelierten Anpassung phylogenetisch zu denken, anstatt einfach konventionelle statistische Methoden anzuwenden, die evolutionäre Beziehungen ignorieren. Dies gelang durch die Einführung einer neuen analytischen Methode (phylogenetisch "unabhängige Kontraste"), die eine phylogenetische Topologie mit Astlängen erforderte und ein Brownsches-Bewegungs-Modell der Anpassung annahm. Unabhängige Kontraste ermöglichten es vergleichenden Biologen, dem statistischen Dilemma der Nicht-Unabhängigkeit von Artenwerten, das aus gemeinsamer Abstammung resultiert, auszuweichen, jedoch auf Kosten der Notwendigkeit einer detaillierten Phylogenie und der Akzeptanz eines spezifischen Modells der Merkmaländerung. Dennoch revitalisierte dieser Artikel nicht nur die vergleichende Biologie, sondern förderte sogar Studien, die darauf abzielten, Phylogenien zu schätzen. Felsensteins charakteristisch klare und knappe Darstellung des Problems (illustriert mit kraftvollen Grafiken), gepaart mit einem anrollenden Strom neuer molekularer Daten und Techniken zur Schätzung von Phylogenien, führte dazu, dass Felsensteins Artikel von 1985 zum zweithäufig zitierten Artikel in der Geschichte dieser Zeitschrift wurde. Hier präsentieren wir eine persönliche Übersicht über die vergleichende Biologie vor, während und nach Joe's Artikel. Zum historischen Kontext fügen wir eine Perspektive bei, die von Joe selbst geschrieben wurde und beschreibt, wie sein Artikel entstand, unveränderte Transkripte von Rezensionen seines eingereichten Manuskripts und eine Anleitung zu einigen nicht-trivialen Berechnungen. Diese zusätzlichen Materialien helfen zu betonen, dass der Prozess der Wissenschaft nicht immer allmählich oder vorhersagbar abläuft.},
    url = "https://doi.org/10.1086/703055",
    doi = "10.1086/703055",
    openalex = "W2933507162",
    references = "doi101073pnas0704088104, doi101086660020, doi101086physzool67430163866, doi101093sysbiosyy031, doi101242jeb01745"
}