Mathematische Biologie

@book{eden1967inadequacies2,
    author = "Eden, M",
    title = "Unzulänglichkeiten der neodarwinistischen Evolution als wissenschaftliche Theorie, in Moorehead, P. S., und Kaplan, M. M., Hgg., Mathematische Herausforderungen an die neodarwinistische Interpretation der Evolution",
    year = "1967",
    publisher = "Philadelphia, Pa., Wistar Institute Press, S. 5-19",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Eden, M., 1967, Unzulänglichkeiten der neodarwinistischen Evolution als wissenschaftliche Theorie, in Moorehead, P. S., und Kaplan, M. M., Hgg., Mathematische Herausforderungen an die neodarwinistische Interpretation der Evolution: Philadelphia, Pa., Wistar Institute Press, S. 5-19.}"
}

@techreport{wright1967comments4,
    author = "Wright, S",
    title = "Bemerkungen zu den vorläufigen Arbeitspapieren von Eden und Waddington, in Moorehead, P. S., und Kaplan, M. M., Hgg., Mathematische Herausforderungen an die neodarwinistische Theorie der Evolution, 5. Wistar-Institut-Symposium",
    year = "1967",
    howpublished = "Philadelphia, Wistar Institute, p. 117-120",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Wright, S., 1967, Bemerkungen zu den vorläufigen Arbeitspapieren von Eden und Waddington, in Moorehead, P. S., und Kaplan, M. M., Hgg., Mathematische Herausforderungen an die neodarwinistische Theorie der Evolution, 5. Wistar-Institut-Symposium: Philadelphia, Wistar Institute, p. 117-120.}"
}

@article{gale1968mathematical,
    author = "GALE, J",
    title = "Mathematical challenges to the Neo-Darwinian interpretation of evolution Edited by P. S. Moorhead and M. M. Kaplan. Pp xi + 140. The Wistar Institute Press, Philadelphia. 1967. $5",
    year = "1968",
    journal = "Endeavour",
    url = "https://doi.org/10.1016/0160-9327(68)90113-0",
    doi = "10.1016/0160-9327(68)90113-0",
    number = "101",
    openalex = "W1965607512",
    pages = "103",
    volume = "27"
}

@article{hamilton1969review,
    author = "Hamilton, John M.",
    title = "Review: Mathematical Challenges to the Neo-Darwinian Interpretation of Evolution, by Paul S. Moorhead and Martin M. Kaplan",
    year = "1969",
    journal = "The American Biology Teacher",
    url = "https://doi.org/10.2307/4442469",
    doi = "10.2307/4442469",
    number = "3",
    pages = "186-187",
    volume = "31"
}

@techreport{easton1973a1,
    author = "Easton, T. A",
    title = "Eine Anmerkung zur Mathematik der Mikrosphärenteilung",
    year = "1973",
    howpublished = "Bulletin of Mathematical Biology, v. 35, p. 259-262",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Easton, T. A., 1973, Eine Anmerkung zur Mathematik der Mikrosphärenteilung: Bulletin of Mathematical Biology, v. 35, p. 259-262.}"
}

@misc{spotila1973a3,
    author = "Spotila, J. R. et al",
    title = "Ein mathematisches Modell für die Körpertemperaturen großer Reptilien",
    year = "1973",
    howpublished = "Implikationen für die Dinosaurierökologie: American Naturalist, v. 107, p. 391-404",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Spotila, J. R. et al., 1973, Ein mathematisches Modell für die Körpertemperaturen großer Reptilien: Implikationen für die Dinosaurierökologie: American Naturalist, v. 107, p. 391-404.}"
}

@incollection{kostitzin1978mathematical,
    author = "Kostitzin, V. A.",
    title = "Mathematical Biology: Kapitel 15 Evolution",
    year = "1978",
    booktitle = "Lecture Notes in Biomathematics",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-642-50151-7\_18",
    doi = "10.1007/978-3-642-50151-7\_18",
    openalex = "W987053169",
    pages = "413-423"
}

@incollection{rechenberg1984the,
    author = "Rechenberg, Ingo",
    title = "The Evolution Strategy. Ein mathematisches Modell der darwinistischen Evolution",
    year = "1984",
    booktitle = "Springer Series in Synergetics",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-642-69540-7\_13",
    doi = "10.1007/978-3-642-69540-7\_13",
    openalex = "W23797105",
    pages = "122-132",
    references = "doi101002fedr4910860506, doi1010160378475482901173, doi1023072581158, openalexw1514875444"
}

Zusammenfassung Diese jährliche Reihe beginnt holprig. Drei der im Vorab-Verkaufsblatt versprochenen Artikel fehlen in Band 1, und es gibt keinerlei editorischen Beitrag oder Einleitung. Trotz der angesehnen Herausgeber haben zwei von acht Aufsätzen auf dem Inhaltsverzeichnis falsche Titel; die Figurenanordnung ist schlecht (z. B. S. 44); die sechs Abbildungen auf S. 53 haben eine durchgehende Bildunterschrift, die sich über 20 Zeilen auf zwei Seiten erstreckt, und werden im Text in umgekehrter Reihenfolge erwähnt; das Inhaltsverzeichnis ist unzureichend, z. B. „natürliche Selektion, 52" (es wird an anderer Stelle erwähnt); und ich fand sechs Rechtschreibfehler. Für ein schmales Werk, das mit NZ$100 gepreist wird, sollte sich jemand schämen.

@article{doi10108003036758198610418172,
    author = "Flux, John E. C.",
    title = "Oxford Surveys in Evolutionary Biology, edited by R.Dawkins und M.Ridley. Oxford University Press; Band 1, S. 222; Band 2, S. 243; 1984, 1985. NZ$100 (ungefähr) pro Stück.",
    year = "1986",
    journal = "Journal of the Royal Society of New Zealand",
    abstract = "Zusammenfassung Diese jährliche Reihe beginnt holprig. Drei der im Vorab-Verkaufsblatt versprochenen Artikel fehlen in Band 1, und es gibt keinerlei editorischen Beitrag oder Einleitung. Trotz der angesehnen Herausgeber haben zwei von acht Aufsätzen auf dem Inhaltsverzeichnis falsche Titel; die Figurenanordnung ist schlecht (z. B. S. 44); die sechs Abbildungen auf S. 53 haben eine durchgehende Bildunterschrift, die sich über 20 Zeilen auf zwei Seiten erstreckt, und werden im Text in umgekehrter Reihenfolge erwähnt; das Inhaltsverzeichnis ist unzureichend, z. B. „natürliche Selektion, 52" (es wird an anderer Stelle erwähnt); und ich fand sechs Rechtschreibfehler. Für ein schmales Werk, das mit NZ$100 gepreist wird, sollte sich jemand schämen.",
    url = "https://doi.org/10.1080/03036758.1986.10418172",
    doi = "10.1080/03036758.1986.10418172",
    openalex = "W2079542219"
}

Darwinian Evolution. Anthony Flew. New Brunswick, NJ: Transaction Publishers, 1997.150 pp.

@article{bowler1998darwinian,
    author = "Bowler, Peter J.",
    title = "Darwinian Evolution",
    year = "1998",
    journal = "American Anthropologist",
    abstract = "Darwinian Evolution. Anthony Flew. New Brunswick, NJ: Transaction Publishers, 1997.150 pp.",
    url = "https://doi.org/10.1525/aa.1998.100.3.806",
    doi = "10.1525/aa.1998.100.3.806",
    number = "3",
    openalex = "W4230133078",
    pages = "806-807",
    volume = "100"
}

@article{doi101016jenvsoft201409013,
    author = "Maier, Holger R. und Kapelan, Zoran und Kasprzyk, Joseph und Kollat, Joshua B. und Matott, L. Shawn und da Conceição Cunha, Maria und Dandy, Graeme C. und Gibbs, Matthew S. und Keedwell, Edward und Marchi, Angela und Ostfeld, Avi und Savić, Dragan und Solomatine, Dimitri und Vrugt, Jasper A. und Zecchin, Aaron C. und Minsker, Barbara und Barbour, Emily und Kuczera, G. und Pasha, Fayzul und Castelletti, Andrea und Giuliani, Matteo und Reed, Patrick M.",
    title = "Evolutionäre Algorithmen und andere Metaheuristiken in der Wasserressourcenforschung: Aktueller Stand, Forschungsfragen und zukünftige Richtungen",
    year = "2014",
    journal = "Environmental Modelling \& Software",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.envsoft.2014.09.013",
    doi = "10.1016/j.envsoft.2014.09.013",
    openalex = "W2108750696",
    references = "doi101016jpaerosci200502001, doi1010292011wr011527, doi101061ascewr194354520000053, doi10108003052159508941193"
}

Die Aminosäuresequenz eines Proteins beeinflusst sowohl seine Struktur als auch seine Funktion. Daher eröffnet die Fähigkeit, die Sequenz und damit die Struktur und Aktivität einzelner Proteins auf systematische Weise zu modifizieren, viele Möglichkeiten, sowohl wissenschaftlich als auch (wie wir uns hier darauf konzentrieren) für die Ausnutzung in der Biokatalyse. Moderne Methoden der synthetischen Biologie, bei denen zunehmend größere DNA-Sequenzen de novo synthetisiert werden können, ermöglichen eine beispiellose Fähigkeit, Proteine mit neuen Funktionen zu konstruieren. Allerdings ist die Anzahl der möglichen Proteine weit zu groß, um sie einzeln zu testen, sodass wir Mittel benötigen, um den Suchraum möglicher Proteinsequenzen effizient und zuverlässig zu durchsuchen, um gewünschte Aktivitäten und andere Eigenschaften zu finden. Enzymologen unterscheiden Bindungs- (Kd) und katalytische (kcat) Schritte. Auf ähnliche Weise haben judikative Strategien das Design (für Bindung, Spezifität und Modellierung des aktiven Zentrums) mit den eher empirischen Methoden der klassischen gerichteten Evolution (DE) zur Verbesserung von kcat (wo die natürliche Evolution selten die höchsten Werte anstrebt) kombiniert, insbesondere hinsichtlich von Resten, die weit vom aktiven Zentrum entfernt sind, und wo die funktionellen Verknüpfungen, die die Enzymdynamik tragen, sowohl unbekannt als auch schwer vorherzusagen sind. Epistasis (wo das 'beste' Aminosäure an einer Stelle von dem oder denen an anderen abhängt) ist eine bemerkenswerte Eigenschaft der gerichteten Evolution. Das Ziel dieser Übersicht ist es, einige der Ansätze hervorzuheben, die entwickelt werden, um uns zu ermöglichen, die gerichtete Evolution zur Verbesserung von Enzymeigenschaften, oft dramatisch, zu nutzen. Wir weisen darauf hin, dass die gerichtete Evolution sich in vielerlei Hinsicht von der natürlichen Evolution unterscheidet, einschließlich insbesondere der verfügbaren Mechanismen und der wahrscheinlichen Selektionsdrücke. Daher betonen wir die Möglichkeiten, die durch Techniken ermöglicht werden, die es ermöglichen, Sequenz zu (Struktur und) Aktivität in silico abzubilden, als ein effektives Mittel zur Modellierung und Erforschung von Proteinlandschaften. Da bekannte Landschaften gleichzeitig als Ganzes bewertet und begründet werden können, bietet dies Möglichkeiten zur Proteinoptimierung, die der natürlichen Evolution auf kurzen Zeitskalen nicht readily available sind. Intelligente Landschaftsnavigation, informiert durch Sequenz-Aktivitäts-Beziehungen und gekoppelt mit den aufkommenden Methoden der synthetischen Biologie, bietet Möglichkeiten für die Entwicklung neuer Biokatalysatoren, die sowohl hochaktiv als auch robust sind.

@article{doi101039c4cs00351a,
    author = "Currin, Andrew und Swainston, Neil und Day, Philip J. und Kell, Douglas B.",
    title = "Synthetic biology for the directed evolution of protein biocatalysts: navigating sequence space intelligently",
    year = "2014",
    journal = "Chemical Society Reviews",
    abstract = "Die Aminosäuresequenz eines Proteins beeinflusst sowohl seine Struktur als auch seine Funktion. Daher eröffnet die Fähigkeit, die Sequenz und damit die Struktur und Aktivität einzelner Proteins auf systematische Weise zu modifizieren, viele Möglichkeiten, sowohl wissenschaftlich als auch (wie wir uns hier darauf konzentrieren) für die Ausnutzung in der Biokatalyse. Moderne Methoden der synthetischen Biologie, bei denen zunehmend größere DNA-Sequenzen de novo synthetisiert werden können, ermöglichen eine beispiellose Fähigkeit, Proteine mit neuen Funktionen zu konstruieren. Allerdings ist die Anzahl der möglichen Proteine weit zu groß, um sie einzeln zu testen, sodass wir Mittel benötigen, um den Suchraum möglicher Proteinsequenzen effizient und zuverlässig zu durchsuchen, um gewünschte Aktivitäten und andere Eigenschaften zu finden. Enzymologen unterscheiden Bindungs- (Kd) und katalytische (kcat) Schritte. Auf ähnliche Weise haben judikative Strategien das Design (für Bindung, Spezifität und Modellierung des aktiven Zentrums) mit den eher empirischen Methoden der klassischen gerichteten Evolution (DE) zur Verbesserung von kcat (wo die natürliche Evolution selten die höchsten Werte anstrebt) kombiniert, insbesondere hinsichtlich von Resten, die weit vom aktiven Zentrum entfernt sind, und wo die funktionellen Verknüpfungen, die die Enzymdynamik tragen, sowohl unbekannt als auch schwer vorherzusagen sind. Epistasis (wo das 'beste' Aminosäure an einer Stelle von dem oder denen an anderen abhängt) ist eine bemerkenswerte Eigenschaft der gerichteten Evolution. Das Ziel dieser Übersicht ist es, einige der Ansätze hervorzuheben, die entwickelt werden, um uns zu ermöglichen, die gerichtete Evolution zur Verbesserung von Enzymeigenschaften, oft dramatisch, zu nutzen. Wir weisen darauf hin, dass die gerichtete Evolution sich in vielerlei Hinsicht von der natürlichen Evolution unterscheidet, einschließlich insbesondere der verfügbaren Mechanismen und der wahrscheinlichen Selektionsdrücke. Daher betonen wir die Möglichkeiten, die durch Techniken ermöglicht werden, die es ermöglichen, Sequenz zu (Struktur und) Aktivität in silico abzubilden, als ein effektives Mittel zur Modellierung und Erforschung von Proteinlandschaften. Da bekannte Landschaften gleichzeitig als Ganzes bewertet und begründet werden können, bietet dies Möglichkeiten zur Proteinoptimierung, die der natürlichen Evolution auf kurzen Zeitskalen nicht readily available sind. Intelligente Landschaftsnavigation, informiert durch Sequenz-Aktivitäts-Beziehungen und gekoppelt mit den aufkommenden Methoden der synthetischen Biologie, bietet Möglichkeiten für die Entwicklung neuer Biokatalysatoren, die sowohl hochaktiv als auch robust sind.",
    url = "https://doi.org/10.1039/c4cs00351a",
    doi = "10.1039/c4cs00351a",
    openalex = "W2160719116",
    references = "doi101007bfb0015249, doi101038nrg3744"
}

@book{flew2018darwinian,
    author = "Flew, Antony",
    title = "Darwinian Evolution",
    year = "2018",
    url = "https://doi.org/10.4324/9781351312844",
    doi = "10.4324/9781351312844",
    openalex = "W4234260069"
}

@incollection{crossref2021darwinian,
    title = "Darwinian Evolution",
    year = "2021",
    booktitle = "A Philosopher Looks at Human Beings",
    url = "https://doi.org/10.1017/9781108907057.004",
    doi = "10.1017/9781108907057.004",
    openalex = "W4249678390",
    pages = "48-74"
}