Molekularbiologie

@article{crick1968the2,
    author = "Crick, F. H. C",
    title = "The origin of the genetic code",
    year = "1968",
    journal = "Journal of Molecular Biology, v. 38, p. 367-379",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Crick, F. H. C., 1968, The origin of the genetic code: Journal of Molecular Biology, v. 38, p. 367-379.}"
}

@misc{lewin1985molecular4,
    author = "Lewin, R",
    title = "Molecular clocks scrutinized",
    year = "1985",
    howpublished = "Science, v. 228, p. 571",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Lewin, R., 1985, Molecular clocks scrutinized: Science, v. 228, p. 571.}"
}

@misc{britten1986rates1,
    author = "Britten, R. J",
    title = "Rates of DNA sequence evolution differ between taxonomic groups",
    year = "1986",
    howpublished = "Science, v. 231, p. 1393-1398",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Britten, R. J., 1986, Rates of DNA sequence evolution differ between taxonomic groups: Science, v. 231, p. 1393-1398.}"
}

@misc{vawter1986nuclear5,
    author = "Vawter, L. und Brown, W",
    title = "Vergleiche zwischen nuklearen und mitochondrialen DNA-Sequenzen zeigen extreme Ratenvariationen im molekularen Uhrwerk",
    year = "1986",
    howpublished = "Science, v. 234, p. 194-196",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Vawter, L., und Brown, W., 1986, Vergleiche zwischen nuklearen und mitochondrialen DNA-Sequenzen zeigen extreme Ratenvariationen im molekularen Uhrwerk: Science, v. 234, p. 194-196.}"
}

@book{glover1989genes3,
    author = "Glover, D. M. und Hames, B. D",
    title = "Genes and Embryos",
    year = "1989",
    publisher = "New York, Oxford University Press, 228 S",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Glover, D. M., und Hames, B. D., 1989, Genes and Embryos: New York, Oxford University Press, 228 S.}"
}

HINTERGRUND: Zirkadiane Uhren sind biologische Oszillatoren, die molekulare, physiologische und Verhaltensrhythmen in einer Vielzahl von Organismen regulieren. Während Verhaltensrhythmen in der Regel über viele Zyklen hinweg überwacht werden, war ein ähnlicher Ansatz für molekulare Rhythmen bis vor kurzem nicht möglich; die Einführung der Echtzeitanalyse mit transgenen Reportern ermöglicht nun ebenfalls die Beobachtung von molekularen Rhythmen über viele Zyklen. Diese Entwicklung deutet darauf hin, dass neue Details über das Verhältnis zwischen molekularen und Verhaltensrhythmen aufgedeckt werden können. Dennoch wurden Verhaltens- und molekulare Rhythmen mit unterschiedlichen Methoden analysiert, was solche Vergleiche schwierig macht. Um diese und andere Mängel zu beheben, haben wir eine Reihe integrierter analytischer Werkzeuge entwickelt, um die Analyse biologischer Rhythmen über verschiedene Modalitäten hinweg zu vereinheitlichen. ERGEBNISSE: Wir zeigen eine Anpassung der digitalen Signalanalyse, die eine ähnliche Behandlung sowohl von Verhaltens- als auch von molekularen Daten aus unseren Studien an Drosophila ermöglicht. Für beide Datentypen wenden wir digitale Filter an, um Details von Interesse zu extrahieren und zu verdeutlichen; wir verwenden Methoden der Autokorrelation und Spektralanalyse, um Rhythmus und Periodenschätzung zu bewerten; wir bewerten Phasenverschiebungen mit Kreuzkorrelation; und wir verwenden zirkulare Statistik, um Informationen über die Phase zu extrahieren. SCHLUSSFOLGERUNG: Unter Verwendung von Daten, die durch unsere Untersuchung von Rhythmen in Drosophila erzeugt wurden, zeigen wir, wie eine einzigartige Aggregation analytischer Werkzeuge verwendet werden kann, um Verhaltens- und molekulare Rhythmen zu analysieren und zu vergleichen. Diese Methoden erweisen sich als vielseitig und werden sich auch für weitere Experimente anpassen lassen, zum Teil aufgrund der nicht proprietären Natur des von uns entwickelten Codes.

@article{doi1011861471220231,
    author = "Levine, Joel D und Funes, Pablo und Dowse, Harold B und Hall, Jeffrey C",
    title = "Signal analysis of behavioral and molecular cycles.",
    year = "2002",
    journal = "BMC neuroscience",
    abstract = "HINTERGRUND: Zirkadiane Uhren sind biologische Oszillatoren, die molekulare, physiologische und Verhaltensrhythmen in einer Vielzahl von Organismen regulieren. Während Verhaltensrhythmen in der Regel über viele Zyklen hinweg überwacht werden, war ein ähnlicher Ansatz für molekulare Rhythmen bis vor kurzem nicht möglich; die Einführung der Echtzeitanalyse mit transgenen Reportern ermöglicht nun ebenfalls die Beobachtung von molekularen Rhythmen über viele Zyklen. Diese Entwicklung deutet darauf hin, dass neue Details über das Verhältnis zwischen molekularen und Verhaltensrhythmen aufgedeckt werden können. Dennoch wurden Verhaltens- und molekulare Rhythmen mit unterschiedlichen Methoden analysiert, was solche Vergleiche schwierig macht. Um diese und andere Mängel zu beheben, haben wir eine Reihe integrierter analytischer Werkzeuge entwickelt, um die Analyse biologischer Rhythmen über verschiedene Modalitäten hinweg zu vereinheitlichen. ERGEBNISSE: Wir zeigen eine Anpassung der digitalen Signalanalyse, die eine ähnliche Behandlung sowohl von Verhaltens- als auch von molekularen Daten aus unseren Studien an Drosophila ermöglicht. Für beide Datentypen wenden wir digitale Filter an, um Details von Interesse zu extrahieren und zu verdeutlichen; wir verwenden Methoden der Autokorrelation und Spektralanalyse, um Rhythmus und Periodenschätzung zu bewerten; wir bewerten Phasenverschiebungen mit Kreuzkorrelation; und wir verwenden zirkulare Statistik, um Informationen über die Phase zu extrahieren. SCHLUSSFOLGERUNG: Unter Verwendung von Daten, die durch unsere Untersuchung von Rhythmen in Drosophila erzeugt wurden, zeigen wir, wie eine einzigartige Aggregation analytischer Werkzeuge verwendet werden kann, um Verhaltens- und molekulare Rhythmen zu analysieren und zu vergleichen. Diese Methoden erweisen sich als vielseitig und werden sich auch für weitere Experimente anpassen lassen, zum Teil aufgrund der nicht proprietären Natur des von uns entwickelten Codes.",
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC65508/",
    doi = "10.1186/1471-2202-3-1",
    pmcid = "PMC65508",
    pmid = "11825337"
}

@article{cranston2005molecular,
    author = "Cranston, K und Rannala, B",
    title = "Molekulare Uhren: Die Lücke zwischen Gestein und Uhr schließen",
    year = "2005",
    journal = "Heredity",
    url = "https://doi.org/10.1038/sj.hdy.6800644",
    doi = "10.1038/sj.hdy.6800644",
    number = "5",
    pages = "461-462",
    volume = "94"
}

@inproceedings{chapelet2007comparisons,
    author = "Chapelet, F. und Guéna, J. und Rovera, D. und Laurent, P. und Rosenbusch, P. und Santarelli, G. und Bize, S. und Clairon, A. und Tobar, M. E. und Abgrall, M.",
    title = "Vergleiche zwischen 3 Fontänen-Uhren am LNE-SYRTE",
    year = "2007",
    booktitle = "SPIE Proceedings",
    url = "https://doi.org/10.1117/12.734125",
    doi = "10.1117/12.734125",
    pages = "66730B",
    volume = "6673"
}

@incollection{petit2014atomic,
    author = "Petit, Gérard und Wolf, Peter und Delva, Pacôme",
    title = "Atomic time, clocks, and clock comparisons in relativistic spacetime: a review",
    year = "2014",
    booktitle = "Applications and Experiments",
    url = "https://doi.org/10.1515/9783110345667.249",
    doi = "10.1515/9783110345667.249",
    pages = "249-279"
}

Der zirkadiane Rhythmus ist die etwa 24-stündige Periodizität, die Physiologie und Verhalten bei einer Vielzahl von Organismen reguliert. Das zirkadiane System der Säugetiere ist hierarchisch organisiert. Molekulare zirkadiane Oszillationen, die durch genetische Rückkopplungsschleifen angetrieben werden, finden sich in einzelnen Zellen, während zirkadiane Rhythmen in verschiedenen Systemen des Körpers vom Master-Uhrwerk im suprachiasmatischen Nucleus (SCN) des vorderen Hypothalamus orchestriert werden. Der SCN erhält photische Eingaben vom Auge und synchronisiert endogene Rhythmen mit den externen Licht/Dunkel-Zyklen. Der SCN reguliert zirkadiane Rhythmen in den peripheren Oszillatoren über neuronale und humoralen Signale, die für die täglichen Schwankungen der physiologischen Prozesse in diesen Organen verantwortlich sind. Eine Störung der zirkadianen Rhythmen kann zu Gesundheitsproblemen führen, und eine zirkadiane Dysfunktion wurde mit vielen menschlichen Krankheiten in Verbindung gebracht.

@misc{cao2019molecular,
    author = "Cao, Ruifeng",
    title = "Molecular Biology and Physiology of Circadian Clocks",
    year = "2019",
    booktitle = "Oxford Research Encyclopedia of Neuroscience",
    abstract = "Circadian rhythm is the approximately 24-hour rhythmicity that regulates physiology and behavior in a variety of organisms. The mammalian circadian system is organized in a hierarchical manner. Molecular circadian oscillations driven by genetic feedback loops are found in individual cells, whereas circadian rhythms in different systems of the body are orchestrated by the master clock in the suprachiasmatic nucleus (SCN) of the anterior hypothalamus. SCN receives photic input from retina and synchronizes endogenous rhythms with the external light/dark cycles. SCN regulates circadian rhythms in the peripheral oscillators via neural and humoral signals, which account for daily fluctuations of the physiological processes in these organs. Disruption of circadian rhythms can cause health problems and circadian dysfunction has been linked to many human diseases.",
    url = "https://doi.org/10.1093/acrefore/9780190264086.013.28",
    doi = "10.1093/acrefore/9780190264086.013.28"
}

@article{xu2021molecular,
    author = "Xu, Weiyi und Jain, Mukesh K und Zhang, Lilei",
    title = "Molekularer Zusammenhang zwischen zirkadianen Uhren und Herzfunktion: ein Netzwerk aus Kernuhr, Sklavenuhr und Effektoren",
    year = "2021",
    journal = "Current Opinion in Pharmacology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.coph.2020.10.006",
    doi = "10.1016/j.coph.2020.10.006",
    pages = "28-40",
    volume = "57"
}

Strontium-Optikgitteruhren: Uhrenvergleiche für Anwendungen in der fundamentalen Physik und Zeitskalen. Diese Dissertation widmet sich den jüngsten Fortschritten bei den Strontium-Optikgitteruhren des LNE-SYRTE, Observatoire de Paris. Die systematische Unsicherheit und die Stabilität der optischen Uhren sind zwei Größenordnungen besser als die Mikrowellen-Atomuhren mit Cäsium, die die SI-Sekunde realisieren, und profitieren nun Anwendungen in der fundamentalen Physik, Astronomie und Geowissenschaften. In naher Zukunft wird eine Neudefinition der SI-Sekunde erwartet, wenn sich die optischen Uhren als ebenso zuverlässig und reproduzierbar erwiesen haben wie die Mikrowellenuhren. Die Dissertation stellt drei entscheidende Schritte in diese Richtung vor. Wir präsentieren eine nahezu kontinuierliche Funktionsweise unserer Sr-Uhren über mehrere Wochen. Lokale und ferne Frequenzvergleiche mit verschiedenen Mikrowellen- und optischen Frequenzreferenzen zeigen, dass optische Uhren von unabhängigen Laboren reproduzierbar sind. Wir haben das erste rein optische Netzwerk zwischen optischen Uhren auf Kontinentalskala demonstriert. Sr-Uhren wurden verwendet, um 5 Kalibrierungsberichte des Internationalen Atomzeits (TAI) vorzubereiten, die vom BIPM als erste Beitrag optischer Uhren zum TAI validiert wurden. Einige dieser Ergebnisse wurden verwendet, um die Amplitude einer möglichen Verletzung der Lorentz-Invarianz zu begrenzen, indem ferne Uhrenvergleiche analysiert wurden. Schließlich haben wir eine vollständige Charakterisierung der Frequenzverschiebungen durchgeführt, die mit den Halbleiter-Laserquellen verbunden sind, die zum Einfangen von Atomen in der Optik für Anwendungen bei transportablen und räumlichen Uhren verwendet werden.

@misc{andbilickiNonestrontium,
    author = "Bilicki, Sławomir",
    title = "Strontium optical lattice clocks: clock comparisons for timescales and fundamental physics applications",
    year = "None",
    abstract = "Strontium-Optikgitteruhren: Uhrenvergleiche für Anwendungen in der fundamentalen Physik und Zeitskalen. Diese Dissertation widmet sich den jüngsten Fortschritten bei den Strontium-Optikgitteruhren des LNE-SYRTE, Observatoire de Paris. Die systematische Unsicherheit und die Stabilität der optischen Uhren sind zwei Größenordnungen besser als die Mikrowellen-Atomuhren mit Cäsium, die die SI-Sekunde realisieren, und profitieren nun Anwendungen in der fundamentalen Physik, Astronomie und Geowissenschaften. In naher Zukunft wird eine Neudefinition der SI-Sekunde erwartet, wenn sich die optischen Uhren als ebenso zuverlässig und reproduzierbar erwiesen haben wie die Mikrowellenuhren. Die Dissertation stellt drei entscheidende Schritte in diese Richtung vor. Wir präsentieren eine nahezu kontinuierliche Funktionsweise unserer Sr-Uhren über mehrere Wochen. Lokale und ferne Frequenzvergleiche mit verschiedenen Mikrowellen- und optischen Frequenzreferenzen zeigen, dass optische Uhren von unabhängigen Laboren reproduzierbar sind. Wir haben das erste rein optische Netzwerk zwischen optischen Uhren auf Kontinentalskala demonstriert. Sr-Uhren wurden verwendet, um 5 Kalibrierungsberichte des Internationalen Atomzeits (TAI) vorzubereiten, die vom BIPM als erste Beitrag optischer Uhren zum TAI validiert wurden. Einige dieser Ergebnisse wurden verwendet, um die Amplitude einer möglichen Verletzung der Lorentz-Invarianz zu begrenzen, indem ferne Uhrenvergleiche analysiert wurden. Schließlich haben wir eine vollständige Charakterisierung der Frequenzverschiebungen durchgeführt, die mit den Halbleiter-Laserquellen verbunden sind, die zum Einfangen von Atomen in der Optik für Anwendungen bei transportablen und räumlichen Uhren verwendet werden.",
    url = "https://doi.org/10.70675/4b3e81f4z8872z4d16z8156z517133a256ac",
    doi = "10.70675/4b3e81f4z8872z4d16z8156z517133a256ac"
}