Monophylie

@article{crossref1926heilmann,
    title = "Heilmann über 'The Origin of Birds' The Origin of Birds Gerhard Heilmann",
    year = "1926",
    journal = "The Auk",
    url = "https://doi.org/10.2307/4075461",
    doi = "10.2307/4075461",
    number = "3",
    pages = "390-391",
    volume = "43"
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@incollection{swinton1960the,
    author = "SWINTON, W.E.",
    title = "The Origin of Birds",
    year = "1960",
    booktitle = "Biology and Comparative Physiology of Birds",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-1-4832-3142-6.50006-9",
    doi = "10.1016/b978-1-4832-3142-6.50006-9",
    pages = "1-14"
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@article{valen1968monophyly,
    author = "Valen, Leigh Van",
    title = "MONOPHYLY OR DIPHYLY IN THE ORIGIN OF WHALES",
    year = "1968",
    journal = "Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1968.tb03446.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1968.tb03446.x",
    number = "1",
    pages = "37-41",
    volume = "22"
}

@article{doi101111j155856461970tb01775x,
    author = "Galton, P.",
    title = "ORNITHISCHIAN DINOSAURS AND THE ORIGIN OF BIRDS",
    year = "1970",
    journal = "Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1970.tb01775.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1970.tb01775.x",
    is_oa = "true",
    number = "2",
    pages = "448-462",
    semanticscholar_citation_count = "37",
    semanticscholar_id = "d49bad7f9650d2e659f488b75b2cbde8c1f98494",
    volume = "24"
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@article{ostrom1975the,
    author = "Ostrom, John H.",
    title = "The Origin of Birds",
    year = "1975",
    journal = "Annual Review of Earth and Planetary Sciences",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ea.03.050175.000415",
    doi = "10.1146/annurev.ea.03.050175.000415",
    number = "1",
    pages = "55-77",
    volume = "3"
}

(Hochgeladen von Plazi aus dem Biodiversity Heritage Library) Keine Zusammenfassung bereitgestellt.

@article{gauthier1986saurischian,
    author = "Gauthier, Jacques",
    title = "Saurischian Monophylie und der Ursprung der Vögel",
    year = "1986",
    publisher = "The Academy",
    abstract = "(Hochgeladen von Plazi aus dem Biodiversity Heritage Library) Keine Zusammenfassung bereitgestellt.",
    url = "https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.16171435",
    doi = "10.5281/zenodo.16171435"
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(Hochgeladen von Plazi aus dem Biodiversity Heritage Library) Keine Zusammenfassung bereitgestellt.

@article{s25fa512b11dd3cb39575b0e1b6ca7c486b5f6c73d,
    author = "Gauthier, J.",
    title = "Saurischian Monophylie und der Ursprung der Vögel",
    year = "1986",
    publisher = "The Academy",
    abstract = "(Hochgeladen von Plazi aus dem Biodiversity Heritage Library) Keine Zusammenfassung bereitgestellt.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/5fa512b11dd3cb39575b0e1b6ca7c486b5f6c73d",
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    semanticscholar_citation_count = "1363",
    semanticscholar_id = "5fa512b11dd3cb39575b0e1b6ca7c486b5f6c73d"
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Inter- und intrafamiliäre Beziehungen innerhalb der Neuweltpiciformes wurden durch eine elektrophoretische Analyse von 20 protein-kodierenden Loci untersucht (19 davon variierten zwischen den Taxa). Ein Individuum von jeder von 26 Arten, die 25 Gattungen und 5 Familien repräsentieren, wurde analysiert; Monotus momota (Coraciiformes, Momotidae) wurde als Ausgruppierung verwendet. Obwohl die Grade der genetischen Differenzierung hoch waren (der mittlere Neis unbefugte Abstand betrug 1,07), erwiesen sich die Daten als nützlich für die phylogenetische Inferenz. Die Jackknife-Technik wurde verwendet, um die Robustheit phylogenetischer Hypothesen zu schätzen. Auf der interfamiliären Ebene deuten die Ergebnisse auf folgende Gruppierungen hin: [[[(Bucconidae) (Galbulidae)]{(Picidae)[(Capitonidae) (Ramphastidae)]}]]. Diese Ergebnisse waren konsistent mit Hypothesen über Familienbeziehungen, die von zwei jüngsten cladistischen Analysen morphologischer Charakterkomplexe vorgeschlagen wurden (Simpson und Cracraft 1981, Swierczewski und Raikow 1981). Unsere Daten stellen jedoch die derzeit akzeptierte Monophylie der Piciformes in ähnlicher Weise in Frage wie DNA-DNA-Hybridisierungsdaten. Die Übereinstimmung zwischen unabhängig abgeleiteten Hypothesen über interfamiliäre Beziehungen deutet auf Vertrauen in unser Wissen über evolutionäre Muster bei piciform Taxa hin. Hypothesen über intrafamiliäre Beziehungen, von denen einige mit morphologischen Mustern übereinstimmten, die in anderen Studien gewonnen wurden, wurden vorgestellt. Diese Studie zeigt, dass Starch-Gel-Elektrophorese auf höheren taxonomischen Ebenen nützlich sein kann.

@article{doi101093auk1044724,
    author = "Lanyon, S. und Zink, R.",
    title = "Genetische Variation bei piciform Vögeln: Monophylie und Gattungs- sowie Familienbeziehungen",
    year = "1987",
    journal = "The Auk",
    abstract = "Inter- und intrafamiliäre Beziehungen innerhalb der Neuweltpiciformes wurden durch eine elektrophoretische Analyse von 20 protein-kodierenden Loci untersucht (19 davon variierten zwischen den Taxa). Ein Individuum von jeder von 26 Arten, die 25 Gattungen und 5 Familien repräsentieren, wurde analysiert; Monotus momota (Coraciiformes, Momotidae) wurde als Ausgruppierung verwendet. Obwohl die Grade der genetischen Differenzierung hoch waren (der mittlere Neis unbefugte Abstand betrug 1,07), erwiesen sich die Daten als nützlich für die phylogenetische Inferenz. Die Jackknife-Technik wurde verwendet, um die Robustheit phylogenetischer Hypothesen zu schätzen. Auf der interfamiliären Ebene deuten die Ergebnisse auf folgende Gruppierungen hin: [[[(Bucconidae) (Galbulidae)]{(Picidae)[(Capitonidae) (Ramphastidae)]}]]. Diese Ergebnisse waren konsistent mit Hypothesen über Familienbeziehungen, die von zwei jüngsten cladistischen Analysen morphologischer Charakterkomplexe vorgeschlagen wurden (Simpson und Cracraft 1981, Swierczewski und Raikow 1981). Unsere Daten stellen jedoch die derzeit akzeptierte Monophylie der Piciformes in ähnlicher Weise in Frage wie DNA-DNA-Hybridisierungsdaten. Die Übereinstimmung zwischen unabhängig abgeleiteten Hypothesen über interfamiliäre Beziehungen deutet auf Vertrauen in unser Wissen über evolutionäre Muster bei piciform Taxa hin. Hypothesen über intrafamiliäre Beziehungen, von denen einige mit morphologischen Mustern übereinstimmten, die in anderen Studien gewonnen wurden, wurden vorgestellt. Diese Studie zeigt, dass Starch-Gel-Elektrophorese auf höheren taxonomischen Ebenen nützlich sein kann.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/a1c1890db02077eff1558be2f2e8c91bd6cf69fa",
    doi = "10.1093/AUK/104.4.724",
    is_oa = "true",
    number = "4",
    pages = "724-732",
    semanticscholar_citation_count = "35",
    semanticscholar_id = "a1c1890db02077eff1558be2f2e8c91bd6cf69fa",
    volume = "104"
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@misc{gauthier1987saurischian1,
    author = "Gauthier, J",
    title = "Saurischian Monophylie und der Ursprung der Vögel",
    year = "1987",
    howpublished = "Memoirs of the California Academy of Science, v. 8, p. 1-55",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gauthier, J., 1987, Saurischian Monophylie und der Ursprung der Vögel: Memoirs of the California Academy of Science, v. 8, p. 1-55.}"
}

Inter- und intrafamiliäre Beziehungen innerhalb der Neuweltpiciformes wurden durch eine elektrophoretische Analyse von 20 protein-kodierenden Loci untersucht (19 davon variierten zwischen den Taxa). Ein Individuum von jeweils 26 Arten, die 25 Gattungen und 5 Familien repräsentieren, wurde analysiert; Monotus momota (Coraciiformes, Momotidae) wurde als Ausgruppierung verwendet. Obwohl die Grade der genetischen Differenzierung hoch waren (der mittlere Neis unbefugte Abstand betrug 1,07), erwiesen sich die Daten als nützlich für die Phylogenie-Schlussfolgerung. Die Jackknife-Technik wurde verwendet, um die Robustheit der Phylogenie-Hypothesen zu schätzen. Auf der interfamiliären Ebene deuten die Ergebnisse auf folgende Gruppierungen hin: [[[(Bucconidae) (Galbulidae)]{(Picidae)[(Capitonidae) (Ramphastidae)]}]]. Diese Ergebnisse waren konsistent mit Hypothesen zu familiären Beziehungen, die von zwei jüngsten kladistischen Analysen morphologischer Charakterkomplexe vorgeschlagen wurden (Simpson und Cracraft 1981, Swierczewski und Raikow 1981). Unsere Daten stellen jedoch die derzeit akzeptierte Monophylie der Piciformes in ähnlicher Weise in Frage wie DNA-DNA-Hybridisierungsdaten. Die Übereinstimmung zwischen unabhängig abgeleiteten Hypothesen zu interfamiliären Beziehungen deutet auf Vertrauen in unser Wissen über evolutionäre Muster bei piciform Taxa hin. Hypothesen zu intrafamiliären Beziehungen, von denen einige mit morphologischen Mustern übereinstimmten, die in anderen Studien gewonnen wurden, wurden vorgestellt. Diese Studie zeigt, dass die Starch-Gel-Elektrophorese auf höheren taxonomischen Ebenen nützlich sein kann.

@article{lanyon1987genetic,
    author = "Lanyon, Scott M. and Zink, Robert M.",
    title = "Genetic Variation in Piciform Birds: Monophyly and Generic and Familial Relationships",
    year = "1987",
    journal = "The Auk",
    abstract = "Inter- und intrafamiliäre Beziehungen innerhalb der Neuweltpiciformes wurden durch eine elektrophoretische Analyse von 20 protein-kodierenden Loci untersucht (19 davon variierten zwischen den Taxa). Ein Individuum von jeweils 26 Arten, die 25 Gattungen und 5 Familien repräsentieren, wurde analysiert; Monotus momota (Coraciiformes, Momotidae) wurde als Ausgruppierung verwendet. Obwohl die Grade der genetischen Differenzierung hoch waren (der mittlere Neis unbefugte Abstand betrug 1,07), erwiesen sich die Daten als nützlich für die Phylogenie-Schlussfolgerung. Die Jackknife-Technik wurde verwendet, um die Robustheit der Phylogenie-Hypothesen zu schätzen. Auf der interfamiliären Ebene deuten die Ergebnisse auf folgende Gruppierungen hin: [[[(Bucconidae) (Galbulidae)]{(Picidae)[(Capitonidae) (Ramphastidae)]}]]. Diese Ergebnisse waren konsistent mit Hypothesen zu familiären Beziehungen, die von zwei jüngsten kladistischen Analysen morphologischer Charakterkomplexe vorgeschlagen wurden (Simpson und Cracraft 1981, Swierczewski und Raikow 1981). Unsere Daten stellen jedoch die derzeit akzeptierte Monophylie der Piciformes in ähnlicher Weise in Frage wie DNA-DNA-Hybridisierungsdaten. Die Übereinstimmung zwischen unabhängig abgeleiteten Hypothesen zu interfamiliären Beziehungen deutet auf Vertrauen in unser Wissen über evolutionäre Muster bei piciform Taxa hin. Hypothesen zu intrafamiliären Beziehungen, von denen einige mit morphologischen Mustern übereinstimmten, die in anderen Studien gewonnen wurden, wurden vorgestellt. Diese Studie zeigt, dass die Starch-Gel-Elektrophorese auf höheren taxonomischen Ebenen nützlich sein kann.",
    url = "https://doi.org/10.1093/auk/104.4.724",
    doi = "10.1093/auk/104.4.724",
    number = "4",
    pages = "724-732",
    volume = "104"
}

@article{crossref1989the,
    title = "Der Ursprung der Vögel",
    year = "1989",
    journal = "The Ballarat Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.5962/p.383994",
    doi = "10.5962/p.383994",
    pages = "5-5",
    volume = "(1989:Mar)"
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@article{doi101127njgpa180199021,
    author = "Sereno, P. und Arcucci, A.",
    title = "Die Monophylie der Crurotarsier und der Ursprung der Gelenke von Vogel- und Krokodil-Füßen",
    year = "1990",
    journal = "Neues Jahrbuch für Geologie und Paläontologie - Abhandlungen",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/63f8e112c27231d62beaf709876aacb861a6384f",
    doi = "10.1127/njgpa/180/1990/21",
    is_oa = "true",
    number = "1",
    pages = "21-52",
    semanticscholar_citation_count = "87",
    semanticscholar_id = "63f8e112c27231d62beaf709876aacb861a6384f",
    volume = "180"
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@incollection{prideaux2004monophyly,
    author = "Prideaux, Gavin J.",
    title = "Monophylie und Ursprung",
    year = "2004",
    booktitle = "Systematik und Evolution der Sthenurin-Kängurus",
    url = "https://doi.org/10.1525/california/9780520098459.003.0004",
    doi = "10.1525/california/9780520098459.003.0004",
    pages = "207-250"
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@article{s2e568f2c09496d3da8d217caa9a6c548e0aa8cdc6,
    author = "Witmer, L.",
    title = "New Aspects of Avian Origins : Roundtable Report",
    year = "2007",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/e568f2c09496d3da8d217caa9a6c548e0aa8cdc6",
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    semanticscholar_citation_count = "1",
    semanticscholar_id = "e568f2c09496d3da8d217caa9a6c548e0aa8cdc6"
}

Das vorgeschlagene nomenklatorische System für lamina-begrenzte Höhlen bringt Klarheit in die Beschreibungen komplexer Wirbel und ermöglicht es, diese Strukturen als Merkmalsdaten für phylogenetische Analysen heranzuziehen. Diese anatomischen Begriffe bezeichnen potenziell homologe pneumatische Strukturen innerhalb der Saurischia, können aber auf jedes Wirbeltier angewendet werden, das Wirbellamellen aufweist, die Räume umschließen, unabhängig von ihrem Entwicklungsursprung oder ihrer phylogenetischen Verteilung.

@article{doi101371journalpone0017114,
    author = "Wilson, Jeffrey A. and D’Emic, Michael D. and Ikejiri, Takehito and Moacdieh, Emile M. and Whitlock, John A.",
    title = "A Nomenclature for Vertebral Fossae in Sauropods and Other Saurischian Dinosaurs",
    year = "2011",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "The proposed nomenclatural system for lamina-bounded fossae adds clarity to descriptions of complex vertebrae and allows these structures to be sourced as character data for phylogenetic analyses. These anatomical terms denote potentially homologous pneumatic structures within Saurischia, but they could be applied to any vertebrate with vertebral laminae that enclose spaces, regardless of their developmental origin or phylogenetic distribution.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0017114",
    doi = "10.1371/journal.pone.0017114",
    openalex = "W2038699903",
    references = "crossref1976allosaurus, doi101002jez513, doi101002jmor10470, doi101046j10963642200200029x, doi10108002724634199710011027, doi10108002724634199810011115, doi10108002724634199910011178, doi101098rstb19850092, doi101111j109600311988tb00514x, doi101130spe40p1, doi101371journalpone0001230, doi101371journalpone0003303, doi101525california97805202462320010001, doi10167102724634200727127tpasom20co2, doi1023073889325, doi105962p234818, doi105962p234849, openalexw2788234611"
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@misc{crossref2016the,
    title = "The Origin of Birds",
    year = "2016",
    booktitle = "Avian Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1002/9781119020677.ch2",
    doi = "10.1002/9781119020677.ch2",
    pages = "18-42"
}

Wir untersuchten die Phylogenie, Biogeographie und Diversifizierung von Suboscinenvögeln der Gattung Scytalopus (Rhinocryptidae), einer weit verbreiteten, artenreichen und taxonomisch herausfordernden Gruppe neotropischer Vögel. Wir analysierten nukleare (Exons, Regionen flankierender ultraerhaltener Elemente) und mitochondriale (ND2) DNA-Sequenzdaten für eine taxonomisch und geografisch umfassende Stichprobe von Exemplaren, die von Costa Rica bis Patagonien und östliches Brasilien gesammelt wurden. Wir stellten fest, dass Scytalopus eine monophyletische Gruppe ist, die Schwestergruppe von Eugralla ist, und aus drei Hauptkladen besteht, die grob in (1) den Südanden, (2) östliches Brasilien und (3) den Tropischen Anden und Mittelamerika verteilt sind. Die Klade aus den Südanden und die aus östlichem Brasilien sind gegenseitig Schwestergruppen. Trotz ihrer verwirrenden allgemeinen Einheitlichkeit in der Gefiederfärbung, Körperform und Gesamterscheinung sind die Raten der Artenakkumulation über die Zeit in Scytalopus seit dem Ursprung der Klade im späten Miozän ungewöhnlich hoch im Vergleich zu denen anderer Vögel, was eine schnelle nicht-adaptive Diversifizierung in der Gruppe nahelegt, die wir auf ihre begrenzten Ausbreitungsfähigkeiten zurückführen, die sie artbildungsbereit machen, und ihr Vorkommen in einer komplexen Landschaft mit zahlreichen Barrieren, die allopatrische Differenzierung fördern. Divergenzzeiten zwischen Arten und Einbrüche in den Artenakkumulationsraten in jüngster Zeit deuten darauf hin, dass die meisten Artbildungsereignisse in Scytalopus vor den klimatischen Schwankungen des Pleistozäns stattfanden. Unsere Analysen identifizierten verschiedene Fälle starker genetischer Struktur innerhalb von Arten und Fehlen der Monophylie von Taxa, was Populationen markiert, die wahrscheinlich zusätzliche Studien verdienen, um ihren taxonomischen Status zu klären. Insbesondere sind detaillierte Analysen der Artgrenzen bei S. parvirostris, S. latrans, S. speluncae, dem S. atratus-Komplex und der Südanden-Klade erforderlich.

@article{doi101101600775,
    author = "Cadena, C. und Cuervo, Andrés M. und Céspedes, Laura N. und Bravo, Gustavo A. und Krabbe, N. und Schulenberg, T. und Derryberry, Graham E. und Silveira, L. F. und Derryberry, E. und Brumfield, R. T. und Fjeldså, J.",
    title = "Systematik, Biogeographie und Diversifizierung von Scytalopus tapaculos (Rhinocryptidae), einer rätselhaften Strahlung neotropischer Bergvögel",
    year = "2019",
    journal = "Ornithology",
    abstract = "Wir untersuchten die Phylogenie, Biogeographie und Diversifizierung von Suboscinenvögeln der Gattung Scytalopus (Rhinocryptidae), einer weit verbreiteten, artenreichen und taxonomisch herausfordernden Gruppe neotropischer Vögel. Wir analysierten nukleare (Exons, Regionen flankierender ultraerhaltener Elemente) und mitochondriale (ND2) DNA-Sequenzdaten für eine taxonomisch und geografisch umfassende Stichprobe von Exemplaren, die von Costa Rica bis Patagonien und östliches Brasilien gesammelt wurden. Wir stellten fest, dass Scytalopus eine monophyletische Gruppe ist, die Schwestergruppe von Eugralla ist, und aus drei Hauptkladen besteht, die grob in (1) den Südanden, (2) östliches Brasilien und (3) den Tropischen Anden und Mittelamerika verteilt sind. Die Klade aus den Südanden und die aus östlichem Brasilien sind gegenseitig Schwestergruppen. Trotz ihrer verwirrenden allgemeinen Einheitlichkeit in der Gefiederfärbung, Körperform und Gesamterscheinung sind die Raten der Artenakkumulation über die Zeit in Scytalopus seit dem Ursprung der Klade im späten Miozän ungewöhnlich hoch im Vergleich zu denen anderer Vögel, was eine schnelle nicht-adaptive Diversifizierung in der Gruppe nahelegt, die wir auf ihre begrenzten Ausbreitungsfähigkeiten zurückführen, die sie artbildungsbereit machen, und ihr Vorkommen in einer komplexen Landschaft mit zahlreichen Barrieren, die allopatrische Differenzierung fördern. Divergenzzeiten zwischen Arten und Einbrüche in den Artenakkumulationsraten in jüngster Zeit deuten darauf hin, dass die meisten Artbildungsereignisse in Scytalopus vor den klimatischen Schwankungen des Pleistozäns stattfanden. Unsere Analysen identifizierten verschiedene Fälle starker genetischer Struktur innerhalb von Arten und Fehlen der Monophylie von Taxa, was Populationen markiert, die wahrscheinlich zusätzliche Studien verdienen, um ihren taxonomischen Status zu klären. Insbesondere sind detaillierte Analysen der Artgrenzen bei S. parvirostris, S. latrans, S. speluncae, dem S. atratus-Komplex und der Südanden-Klade erforderlich.",
    url = "https://academic.oup.com/auk/article-pdf/137/2/ukz077/33666749/ukz077.pdf",
    doi = "10.1101/600775",
    is_oa = "true",
    semanticscholar_citation_count = "23",
    semanticscholar_id = "6c6e36136fd1088cb818a8df73282a08a4d6dd59"
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ZUSAMMENFASSUNG Wir untersuchten die Phylogenie, Biogeographie und Diversifizierung von Suboscin-Passerinen in der Gattung Scytalopus (Rhinocryptidae), einer weit verbreiteten, artenreichen und taxonomisch herausfordernden Gruppe neotropischer Vögel. Wir analysierten nukleare (Exons, Regionen flankierender ultraerhaltener Elemente) und mitochondriale (ND2) DNA-Sequenzdaten für einen taxonomisch und geografisch umfassenden Stichprobenumfang von Exemplaren, die von Costa Rica bis Patagonien und Brasilien gesammelt wurden. Wir stellten fest, dass Scytalopus eine monophyletische Gruppe ist, die Schwestergruppe von Eugralla ist und aus drei Hauptkladen besteht, die grob in (1) den südlichen Anden, (2) östlichem Brasilien und (3) den tropischen Anden und Mittelamerika verteilt sind. Die Klade aus den südlichen Anden und östlichem Brasilien sind Schwestergruppen zueinander. Trotz ihrer verwirrenden Einheitlichkeit in Federfärbung, Körperform und Gesamterscheinung sind die Raten der Artenakkumulation über die Zeit in Scytalopus seit dem Ursprung der Klade im späten Miozän ungewöhnlich hoch im Vergleich zu anderen Vögeln, was eine schnelle nicht-adaptive Diversifizierung in der Gruppe nahelegt. Wir schreiben dies ihren begrenzten Ausbreitungsfähigkeiten zu, die sie artbildungsbereit machen, und ihrem Vorkommen in einer komplexen Landschaft mit zahlreichen Barrieren, die allopatrische Differenzierung fördern. Divergenzzeiten zwischen Arten und Einbrüche in den Artenakkumulationsraten in jüngster Zeit deuten darauf hin, dass die meisten Artbildungsereignisse in Scytalopus vor den klimatischen Schwankungen des Pleistozäns stattfanden. Unsere Analysen identifizierten verschiedene Fälle einer starken genetischen Struktur innerhalb von Arten und einem Mangel an Monophylie von Taxa, was Populationen markiert, die wahrscheinlich zusätzliche Studien verdienen, um ihren taxonomischen Status zu klären. Insbesondere sind detaillierte Analysen der Artgrenzen bei S. parvirostris, S. latrans, S. speluncae, dem S. atratus-Komplex und der Klade der südlichen Anden erforderlich.

@article{doi101093aukukz077,
    author = "Cadena, C. und Cuervo, Andrés M. und Céspedes, Laura N. und Bravo, Gustavo A. und Krabbe, N. und Schulenberg, T. und Derryberry, Graham E. und Silveira, L. F. und Derryberry, E. und Brumfield, R. T. und Fjeldså, J.",
    title = "Systematik, Biogeographie und Diversifizierung von Scytalopus tapaculos (Rhinocryptidae), einer rätselhaften Strahlung neotropischer Bergvögel",
    year = "2020",
    journal = "The Auk",
    abstract = "ZUSAMMENFASSUNG Wir untersuchten die Phylogenie, Biogeographie und Diversifizierung von Suboscin-Passerinen in der Gattung Scytalopus (Rhinocryptidae), einer weit verbreiteten, artenreichen und taxonomisch herausfordernden Gruppe neotropischer Vögel. Wir analysierten nukleare (Exons, Regionen flankierender ultraerhaltener Elemente) und mitochondriale (ND2) DNA-Sequenzdaten für einen taxonomisch und geografisch umfassenden Stichprobenumfang von Exemplaren, die von Costa Rica bis Patagonien und Brasilien gesammelt wurden. Wir stellten fest, dass Scytalopus eine monophyletische Gruppe ist, die Schwestergruppe von Eugralla ist und aus drei Hauptkladen besteht, die grob in (1) den südlichen Anden, (2) östlichem Brasilien und (3) den tropischen Anden und Mittelamerika verteilt sind. Die Klade aus den südlichen Anden und östlichem Brasilien sind Schwestergruppen zueinander. Trotz ihrer verwirrenden Einheitlichkeit in Federfärbung, Körperform und Gesamterscheinung sind die Raten der Artenakkumulation über die Zeit in Scytalopus seit dem Ursprung der Klade im späten Miozän ungewöhnlich hoch im Vergleich zu anderen Vögeln, was eine schnelle nicht-adaptive Diversifizierung in der Gruppe nahelegt. Wir schreiben dies ihren begrenzten Ausbreitungsfähigkeiten zu, die sie artbildungsbereit machen, und ihrem Vorkommen in einer komplexen Landschaft mit zahlreichen Barrieren, die allopatrische Differenzierung fördern. Divergenzzeiten zwischen Arten und Einbrüche in den Artenakkumulationsraten in jüngster Zeit deuten darauf hin, dass die meisten Artbildungsereignisse in Scytalopus vor den klimatischen Schwankungen des Pleistozäns stattfanden. Unsere Analysen identifizierten verschiedene Fälle einer starken genetischen Struktur innerhalb von Arten und einem Mangel an Monophylie von Taxa, was Populationen markiert, die wahrscheinlich zusätzliche Studien verdienen, um ihren taxonomischen Status zu klären. Insbesondere sind detaillierte Analysen der Artgrenzen bei S. parvirostris, S. latrans, S. speluncae, dem S. atratus-Komplex und der Klade der südlichen Anden erforderlich.",
    url = "https://academic.oup.com/auk/article-pdf/137/2/ukz077/33666749/ukz077.pdf",
    doi = "10.1093/auk/ukz077",
    is_oa = "true",
    number = "2",
    semanticscholar_citation_count = "28",
    semanticscholar_id = "3a0bda6f0f2fbcd40a32bf4f75b2610c70c302b0",
    volume = "137"
}

Eines der bemerkenswertesten Merkmale bei Sauropoden-Dinosauriern ist ihr pneumatisiertes Skelett, das von einem vogelähnlichen Luftsack-System durchzogen ist. Viele Studien beschrieben die späte Evolution und Diversifizierung dieses Merkmals bei mittlere bis späte mesozoische Formen, doch nur wenige konzentrierten sich auf den Ursprung der invasiven respiratorischen Divertikel bei Sauropodomorphen. Zum Glück ist es möglich, dies zu lösen, dank des Booms neuer Arten, die in den letzten Jahrzehnten beschrieben wurden, sowie der breiten Zugänglichkeit neuer Technologien. Hier analysieren wir den unaysauriden Sauropodomorphen Macrocollum itaquii aus dem späten Trias (frühes Norium) Südbrasiliens mittels Mikro-Computertomographie. Wir beschreiben das chronologisch älteste und phylogenetisch früheste unmissverständliche Beweismaterial für ein invasives Luftsack-System bei einem Dinosaurier. Überraschenderweise zeigte diese Art ein einzigartiges Pneumatisierungsmuster bei nicht-sauropoden Sauropodomorphen, mit pneumatischen Foramina in den posterioren zervikalen und anterioren dorsalen Wirbeln. Dies deutet darauf hin, dass Pneumatisierungsmuster vor der Ankunft der jurassischen Eusauropoden nicht kladistisch konsistent waren. Zusätzlich beschreiben wir das Protokamerae-Gewebe, einen neuen Typ von pneumatischem Gewebe mit Eigenschaften sowohl von Camellae als auch von Camerae. Dies widerlegt die vorherige Hypothese, die besagte, dass die skelettale Pneumatisierung zunächst zu Camarae evolvierte und in zarte trabekuläre Anordnungen überging. Dieses Gewebe ist ein Beweis für die Entwicklung von dünnem, camellae-ähnlichem Gewebe in größere Kammern. Schließlich ist Macrocollum ein Beispiel für die schrittweise Evolution von Skelettgeweben, die auf das sich schnell spezialisierende respiratorische System der saurischianischen Dinosaurier reagieren.

@article{doi101002ar25209,
    author = "Aureliano, T. und Ghilardi, A. und Müller, R. und Kerber, L. und Fernandes, M. und Ricardi-Branco, F. und Wedel, M.",
    title = "The origin of an invasive air sac system in sauropodomorph dinosaurs",
    year = "2023",
    journal = "The Anatomical Record",
    abstract = "Eines der bemerkenswertesten Merkmale bei Sauropoden-Dinosauriern ist ihr pneumatisiertes Skelett, das von einem vogelähnlichen Luftsack-System durchzogen ist. Viele Studien beschrieben die späte Evolution und Diversifizierung dieses Merkmals bei mittlere bis späte mesozoische Formen, doch nur wenige konzentrierten sich auf den Ursprung der invasiven respiratorischen Divertikel bei Sauropodomorphen. Zum Glück ist es möglich, dies zu lösen, dank des Booms neuer Arten, die in den letzten Jahrzehnten beschrieben wurden, sowie der breiten Zugänglichkeit neuer Technologien. Hier analysieren wir den unaysauriden Sauropodomorphen Macrocollum itaquii aus dem späten Trias (frühes Norium) Südbrasiliens mittels Mikro-Computertomographie. Wir beschreiben das chronologisch älteste und phylogenetisch früheste unmissverständliche Beweismaterial für ein invasives Luftsack-System bei einem Dinosaurier. Überraschenderweise zeigte diese Art ein einzigartiges Pneumatisierungsmuster bei nicht-sauropoden Sauropodomorphen, mit pneumatischen Foramina in den posterioren zervikalen und anterioren dorsalen Wirbeln. Dies deutet darauf hin, dass Pneumatisierungsmuster vor der Ankunft der jurassischen Eusauropoden nicht kladistisch konsistent waren. Zusätzlich beschreiben wir das Protokamerae-Gewebe, einen neuen Typ von pneumatischem Gewebe mit Eigenschaften sowohl von Camellae als auch von Camerae. Dies widerlegt die vorherige Hypothese, die besagte, dass die skelettale Pneumatisierung zunächst zu Camarae evolvierte und in zarte trabekuläre Anordnungen überging. Dieses Gewebe ist ein Beweis für die Entwicklung von dünnem, camellae-ähnlichem Gewebe in größere Kammern. Schließlich ist Macrocollum ein Beispiel für die schrittweise Evolution von Skelettgeweben, die auf das sich schnell spezialisierende respiratorische System der saurischianischen Dinosaurier reagieren.",
    url = "https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdfdirect/10.1002/ar.25209",
    doi = "10.1002/ar.25209",
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    number = "4",
    pages = "1084-1092",
    semanticscholar_citation_count = "13",
    semanticscholar_id = "67c27ddb9ea80818b40988561771f551fdeb8023",
    volume = "307"
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Die bemerkenswerte morphologische Vielfalt und die Artenvielfalt der Knochenfische bieten eine wertvolle Ressource zum Verständnis der Wirbeltierevolution. In Phase I des Fish10K-Projekts wurden Genome von 110 Knochenfischarten sequenziert und assembliert, wodurch Lücken in 3 zuvor nicht vertretenen Ordnungen gefüllt wurden, und mit bestehenden Daten integriert, um eine 464-Arten-Ganzgenom-Alignment über alle Knochenfischordnungen zu generieren – die größte solche Ressource neben Säugetieren und Vögeln. Vergleichende Analysen zeigen distinctive genomische Merkmale, einschließlich progressiver Genomverdichtung mit verkürzten Intronlängen im Vergleich zu nicht-knochenfischigen Strahlenflossern. Die Analyse der Transposable-Element-(TE)-Landschaft deutet auf eine mögliche Assoziation zwischen TE-Expansion in Knochenfischgenomen und verschiedenen Lebensräumen hin, sowie auf die Einzigartigkeit der DNA-dominierten Transposon-Zusammensetzung der Knochenfische unter den Wirbeltieren. Genome-weite phylogenetische Analysen widerlegen die weitgehend akzeptierte Monophylie der „Siluriphysi"-Hypothese und unterstützen die Hypothese eines einzigen Ursprungs der Elektrorezeption gefolgt von sekundärem Verlust in den Characiformes. Eine verfeinerte evolutionäre Zeitleiste der Knochenfische durch Ganzgenom-Alignment-Ressource platzierte Knochenfische bei ∼253 Millionen Jahren vor unserer Zeitrechnung, vor dem Perm-Trias-Aussterben, und definiert drei Diversifizierungsphasen, die durch Massenaussterben unterbrochen sind, was kontinuierliche post-Kreide-Paläogen-Beschleunigungsmodelle herausfordert. Diese Studie etabliert eine großangelegte genomische Datenbank und eine grundlegende Ganzgenom-Alignment-Ressource, die Erkenntnisse in die Landschaft der Knochenfisch-Genomarchitektur und Makroevolution vorantreibt.

@article{doi101016jxinn2025101177,
    author = "Song, Yue and Yuan, Zengbao and Fang, Chengchi and Zhang, Suyu and Yang, Liandong and Hu, Mingliang and Seim, Inge and Liu, Shanshan and Tian, Xiaolin and Wang, Cheng and Zhang, Yaolei and Pan, Zhaohui and Qu, Qingming and Liu, Hongyue and Li, Yuanning and Pan, Luyuan and Zhu, Chenglong and Yang, Hengjia and Chen, Xiao and Zhang, Mengqi and Hou, G. and Liu, Meiru and Wang, Jiahao and Liu, Qun and Gan, Xiaoni and Zeng, Honghui and Xu, Wenjie and Feng, Chenguang and Wang, Mengjun and Zhou, Zhuocheng and He, Song and Liu, Chenglong and Yu, Mengjun and Li, Hanbo and Liang, Jian and Zhang, He and Li, Yongxin and Lee, Simon Ming-Yuen and Sun, Yonghua and Qiu, Qiang and Liu, Xin and Kristiansen, Karsten and Wang, Wen and Wang, Jian and Zhu, Min and Yang, Huanming and Chen, Songlin and Gui, Jianfang and Chen, Yiyu and Zhang, Guojie and Xu, Xun and Wang, Kun and Fan, Guangyi and He, Shunping",
    title = "A genomic compendium of hundreds of teleost fishes reveals their evolutionary landscape.",
    year = "2025",
    journal = "Innovation (Cambridge (Mass.))",
    abstract = {The remarkable morphological diversity and species abundance of teleost fishes offer a valuable resource for understanding vertebrate evolution. In phase I of the Fish10K project, genomes of 110 teleost species were sequenced and assembled, filling gaps in 3 previously unrepresented orders, and integrated with existing data to generate a 464 species whole-genome alignment spanning all teleost orders-the largest such resource beyond mammals and birds. Comparative analyses reveal distinctive genomic features, including progressive genome compaction with shortened intron lengths relative to non-teleost ray-finned fishes. Analysis of the transposable element (TE) landscape suggests a potential association between TE expansion in teleost genomes and different habitats, as well as the uniqueness of teleosts' DNA-dominated transposon composition among vertebrates. Genome-wide phylogenetic analyses refute the widely accepted monophyly of "Siluriphysi" hypothesis and support the hypothesis of a single origin of electroreception followed by secondary loss in Characiformes. A refined evolutionary timeline of teleosts by whole-genome alignment resource placed teleosts at ∼253 million years ago, predating the Permian-Triassic extinction, and delineates three diversification phases punctuated by mass extinctions, challenging continuous post-Cretaceous-Palaeogene acceleration models. This study establishes a large-scale genomic database and a foundational whole-genome alignment resource, advancing insights into the landscape of teleost genomic architecture and macroevolution.},
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/5435c4e71880224ebb1458a87db8ff83f16fb711",
    doi = "10.1016/j.xinn.2025.101177",
    is_oa = "true",
    number = "3",
    pages = "101177",
    semanticscholar_citation_count = "3",
    semanticscholar_id = "5435c4e71880224ebb1458a87db8ff83f16fb711",
    volume = "7"
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