Phylogenetische Bäume

@article{fitch1967construction,
    author = "Fitch, Walter M. und Margoliash, Emanuel",
    title = "Construction of Phylogenetic Trees",
    year = "1967",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.155.3760.279",
    doi = "10.1126/science.155.3760.279",
    number = "3760",
    pages = "279-284",
    volume = "155"
}

@misc{fitch1967construction1,
    author = "Fitch, W. M. und Margoliash, E",
    title = "Konstruktion phylogenetischer Bäume",
    year = "1967",
    howpublished = "Science, v. 155, p. 279-284",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Fitch, W. M., und Margoliash, E., 1967, Konstruktion phylogenetischer Bäume: Science, v. 155, p. 279-284.}"
}

@article{crossref1971paleontology,
    title = "Paläontologie-Worträtsel",
    year = "1971",
    journal = "Rocks \& Minerals",
    url = "https://doi.org/10.1080/00357529.1971.11763747",
    doi = "10.1080/00357529.1971.11763747",
    number = "5",
    pages = "333-333",
    volume = "46"
}

@article{rose1971paleontology,
    author = "Rose, Harcher und Rose, Le",
    title = "Paläontologie-Kreuzworträtsel",
    year = "1971",
    journal = "Rocks \& Minerals",
    url = "https://doi.org/10.1080/00357529.1971.11763720",
    doi = "10.1080/00357529.1971.11763720",
    number = "4",
    pages = "254-256",
    volume = "46"
}

@incollection{schaeffer1972phylogeny,
    author = "Schaeffer, Bobb und Hecht, Max K. und Eldredge, Niles",
    title = "Phylogenie und Paläontologie",
    year = "1972",
    booktitle = "Evolutionary Biology",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-4684-9063-3\_2",
    doi = "10.1007/978-1-4684-9063-3\_2",
    pages = "31-46"
}

@article{gingerich1976paleontology2,
    author = "Gingerich, P. D",
    title = "Paleontologie und Phylogenie",
    year = "1976",
    journal = "Muster der Evolution auf der Artenebene in frühen Tertiärmammalieren: American Journal of Science, v. 276, S. 1-28",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gingerich, P. D., 1976, Paleontologie und Phylogenie: Muster der Evolution auf der Artenebene in frühen Tertiärmammalieren: American Journal of Science, v. 276, S. 1-28.}"
}

@misc{gribbin1982the3,
    author = "Gribbin, J. und Cherfas, J",
    title = "The Monkey Puzzle",
    year = "1982",
    howpublished = "Reshaping the Evolutionary Tree: New York, McGraw-Hill",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gribbin, J., und Cherfas, J., 1982, The Monkey Puzzle: Reshaping the Evolutionary Tree: New York, McGraw-Hill.}"
}

Ein Algorithmus zur Konstruktion phylogenetischer Bäume wird beschrieben. Der Algorithmus basiert auf der progressiven Korrektur von Daten entlang der Baumkonstruktion. Für die Korrektur wird der Durchschnittswert der Differenz zwischen jedem Paar benachbarter Elemente zum Rest der Tabelle betrachtet.

@article{tohá1989algorithm,
    author = "Tohá, José und Soto, M. A. und Chinga, H.",
    title = "Algorithmus zur Konstruktion phylogenetischer Bäume",
    year = "1989",
    journal = "Zeitschrift für Naturforschung C",
    abstract = "Ein Algorithmus zur Konstruktion phylogenetischer Bäume wird beschrieben. Der Algorithmus basiert auf der progressiven Korrektur von Daten entlang der Baumkonstruktion. Für die Korrektur wird der Durchschnittswert der Differenz zwischen jedem Paar benachbarter Elemente zum Rest der Tabelle betrachtet.",
    url = "https://doi.org/10.1515/znc-1989-3-421",
    doi = "10.1515/znc-1989-3-421",
    number = "3-4",
    pages = "312-316",
    volume = "44"
}

Diese kluge, lustige Geschichte wird bei Ihrer Klasse sicher gut ankommen, die sich über den eingängigen Rhythmus und das Reimschema freuen wird. Sie werden es als perfektes Buch zum Vorlesen finden. Von Jenny Etheredge.

@article{donaldson2003monkey,
    author = "Donaldson, Julia und Scheffler, Axel",
    title = "Monkey Puzzle",
    year = "2003",
    journal = "Early Years Educator",
    abstract = "Diese kluge, lustige Geschichte wird bei Ihrer Klasse sicher gut ankommen, die sich über den eingängigen Rhythmus und das Reimschema freuen wird. Sie werden es als perfektes Buch zum Vorlesen finden. Von Jenny Etheredge.",
    url = "https://doi.org/10.12968/eyed.2003.5.6.14545",
    doi = "10.12968/eyed.2003.5.6.14545",
    number = "6",
    pages = "42-46",
    volume = "5"
}

@article{miller2008monkey,
    author = "Miller, Matt",
    title = "Monkey Puzzle",
    year = "2008",
    journal = "Southern Spaces",
    url = "https://doi.org/10.18737/m7s59t",
    doi = "10.18737/m7s59t"
}

@incollection{creevey2009trees,
    author = "Creevey, Christopher J. und McInerney, James O.",
    title = "Trees from Trees: Construction of Phylogenetic Supertrees Using Clann",
    year = "2009",
    booktitle = "Methods in Molecular Biology",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-59745-251-9\_7",
    doi = "10.1007/978-1-59745-251-9\_7",
    pages = "139-161"
}

@incollection{challa2019phylogenetic,
    author = "Challa, Surekha und Neelapu, Nageswara Rao Reddy",
    title = "Phylogenetische Bäume: Anwendungen, Konstruktion und Bewertung",
    year = "2019",
    booktitle = "Essentials of Bioinformatik, Band III",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-030-19318-8\_10",
    doi = "10.1007/978-3-030-19318-8\_10",
    pages = "167-192"
}

Beständige Bemühungen im Bereich der Sequenzierungstechnologien der nächsten Generation verändern das Feld der Taxonomie. Die Zunahme der Anzahl aufgelöster Genome hat die traditionelle Taxonomie von Arten veraltet gemacht. Mit phylogenie-basierten Methoden werden Taxonomien aktualisiert und verfeinert. Obwohl solche Methoden die Lücke zwischen Phylogenie und Taxonomie überbrücken, fehlt der phylogenie-basierten Taxonomie derzeit an interaktiven Visualisierungsansätzen. Angetrieben durch die Bereicherung und Steigerung der Konsistenz sowohl evolutionärer als auch taxonomischer Studien schlagen wir Context-Aware Phylogenetic Trees (CAPT) als interaktives Web-Tool vor, um Benutzer bei explorativen und validierungsbezogenen Aufgaben zu unterstützen. Um phylogenetische Informationen mit einer phylogenie-basierten Taxonomie zu ergänzen, bieten wir das Verknüpfen zweier interaktiver Visualisierungen an, die zwei gleichzeitige Ansichten bilden: die phylogenetische Baumansicht und die taxonomische Icicle-Ansicht. Dank ihrer raumfüllenden Eigenschaften folgt die Icicle-Visualisierung der Intuition hinter Taxonomien, wonach verschiedene hierarchische Rangfolgen mit gleicher Anzahl von Kind-Elementen mit gleich großen rechteckigen Flächen dargestellt werden können. Mit anderen Worten bietet sie Partitionen unterschiedlicher Größen abhängig von der Anzahl der enthaltenen Elemente. Die Icicle-Ansicht integriert sieben taxonomische Rangfolgen: Domain, Phylum, Klasse, Ordnung, Familie, Gattung und Art. CAPT bereichert die Klade in der phylogenetischen Baumansicht mit Kontext aus genomischen Daten und unterstützt interaktive Techniken wie Verknüpfen und Bürsten, um die Korrespondenz zwischen den beiden Ansichten hervorzuheben. Vier verschiedene Anwendungsfälle, die aus der Genome Taxonomy DataBase extrahiert wurden, wurden verwendet, um vier Szenarien mit unserem Ansatz zu erstellen. CAPT wurde erfolgreich eingesetzt, um phylogenetische Bäume sowie taxonomische Daten zu erkunden, indem Kontext bereitgestellt und Interaktionstechniken genutzt wurden. Dieses Tool ist unerlässlich, um die Genauigkeit der Kategorisierung neu identifizierter Arten zu erhöhen und aktualisierte Taxonomien zu validieren. Der Quellcode und die Daten sind frei verfügbar unter https://github.com/ghattab/CAPT.

@article{kaya2022contextaware,
    author = "Kaya, Gizem und Ezekannagha, Chisom und Heider, Dominik und Hattab, Georges",
    title = "Context-Aware Phylogenetic Trees für die Visualisierung einer Phylogenie-basierten Taxonomie",
    year = "2022",
    journal = "Frontiers in Genetics",
    abstract = "Beständige Bemühungen im Bereich der Sequenzierungstechnologien der nächsten Generation verändern das Feld der Taxonomie. Die Zunahme der Anzahl aufgelöster Genome hat die traditionelle Taxonomie von Arten veraltet gemacht. Mit phylogenie-basierten Methoden werden Taxonomien aktualisiert und verfeinert. Obwohl solche Methoden die Lücke zwischen Phylogenie und Taxonomie überbrücken, fehlt der phylogenie-basierten Taxonomie derzeit an interaktiven Visualisierungsansätzen. Angetrieben durch die Bereicherung und Steigerung der Konsistenz sowohl evolutionärer als auch taxonomischer Studien schlagen wir Context-Aware Phylogenetic Trees (CAPT) als interaktives Web-Tool vor, um Benutzer bei explorativen und validierungsbezogenen Aufgaben zu unterstützen. Um phylogenetische Informationen mit einer phylogenie-basierten Taxonomie zu ergänzen, bieten wir das Verknüpfen zweier interaktiver Visualisierungen an, die zwei gleichzeitige Ansichten bilden: die phylogenetische Baumansicht und die taxonomische Icicle-Ansicht. Dank ihrer raumfüllenden Eigenschaften folgt die Icicle-Visualisierung der Intuition hinter Taxonomien, wonach verschiedene hierarchische Rangfolgen mit gleicher Anzahl von Kind-Elementen mit gleich großen rechteckigen Flächen dargestellt werden können. Mit anderen Worten bietet sie Partitionen unterschiedlicher Größen abhängig von der Anzahl der enthaltenen Elemente. Die Icicle-Ansicht integriert sieben taxonomische Rangfolgen: Domain, Phylum, Klasse, Ordnung, Familie, Gattung und Art. CAPT bereichert die Klade in der phylogenetischen Baumansicht mit Kontext aus genomischen Daten und unterstützt interaktive Techniken wie Verknüpfen und Bürsten, um die Korrespondenz zwischen den beiden Ansichten hervorzuheben. Vier verschiedene Anwendungsfälle, die aus der Genome Taxonomy DataBase extrahiert wurden, wurden verwendet, um vier Szenarien mit unserem Ansatz zu erstellen. CAPT wurde erfolgreich eingesetzt, um phylogenetische Bäume sowie taxonomische Daten zu erkunden, indem Kontext bereitgestellt und Interaktionstechniken genutzt wurden. Dieses Tool ist unerlässlich, um die Genauigkeit der Kategorisierung neu identifizierter Arten zu erhöhen und aktualisierte Taxonomien zu validieren. Der Quellcode und die Daten sind frei verfügbar unter https://github.com/ghattab/CAPT.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fgene.2022.891240",
    doi = "10.3389/fgene.2022.891240",
    volume = "13"
}