Polyphyletisch

@book{hottinger1963les1,
    author = "Hottinger, L",
    title = "Les alvolines palognes, exemple d'un genre polyphyltique, in von Koenigswald, G. H. R., ed., Evolutionary Trends in Foraminifera",
    year = "1963",
    publisher = "Amsterdam, Elsevier, p. 298-314",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Hottinger, L., 1963, Les alvolines palognes, exemple d'un genre polyphyltique, in von Koenigswald, G. H. R., ed., Evolutionary Trends in Foraminifera: Amsterdam, Elsevier, p. 298-314.}"
}

@article{vanvalen1965evolutionary,
    author = "van Valen, Leigh",
    title = "Evolutionary Trends in Foraminifera. G. H. R. von Koenigswald, J. D. Emeis, W. L. Buning, C. W. Wagner",
    year = "1965",
    journal = "The Quarterly Review of Biology",
    url = "https://doi.org/10.1086/404560",
    doi = "10.1086/404560",
    number = "2",
    pages = "188-189",
    volume = "40"
}

@article{norris1994evolutionary,
    author = "Norris, R.D. und Corfield, R.M. und Cartlidge, J.E.",
    title = "Evolutionary ecology of Globorotalia (Globoconella) (planktic foraminifera)",
    year = "1994",
    journal = "Marine Micropaleontology",
    url = "https://doi.org/10.1016/0377-8398(94)90004-3",
    doi = "10.1016/0377-8398(94)90004-3",
    number = "2",
    pages = "121-145",
    volume = "23"
}

@misc{hancock2004polyphyletic,
    author = "Hancock, John M.",
    title = "Polyphyletisch",
    year = "2004",
    booktitle = "Dictionary of Bioinformatics and Computational Biology",
    url = "https://doi.org/10.1002/0471650129.dob0550",
    doi = "10.1002/0471650129.dob0550"
}

@misc{crossref2007polyphyletic,
    title = "Polyphyletisch",
    year = "2007",
    booktitle = "Hawley's Condensed Chemical Dictionary",
    url = "https://doi.org/10.1002/9780470114735.hawley13186",
    doi = "10.1002/9780470114735.hawley13186",
    pages = "1017-1018"
}

@incollection{ernoult2007la,
    author = "Ernoult, Nathalie",
    title = "La guerre et le genre: le contre-exemple platonicien",
    year = "2007",
    booktitle = "Problèmes du genre en Grèce ancienne",
    url = "https://doi.org/10.4000/books.psorbonne.33280",
    doi = "10.4000/books.psorbonne.33280",
    pages = "171-184"
}

@article{gonzalezdonoso2007the,
    author = "Gonzalez-Donoso, J. M. und Linares, D. und Robaszynski, F.",
    title = "THE ROTALIPORIDS, A POLYPHYLETIC GROUP OF ALBIAN-CENOMANIAN PLANKTONIC FORAMINIFERA: EMENDATION OF GENERA",
    year = "2007",
    journal = "The Journal of Foraminiferal Research",
    url = "https://doi.org/10.2113/gsjfr.37.2.175",
    doi = "10.2113/gsjfr.37.2.175",
    number = "2",
    pages = "175-186",
    volume = "37"
}

@incollection{crossref2008polyphyletic,
    title = "Polyphyletisch",
    year = "2008",
    booktitle = "Encyclopedia of Genetics, Genomics, Proteomics and Informatics",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-4020-6754-9\_13231",
    doi = "10.1007/978-1-4020-6754-9\_13231",
    pages = "1533-1533"
}

@article{egan2016parsing,
    author = "Egan, Ashley N. und Vatanparast, Mohammad und Cagle, William",
    title = "Parsing polyphyletic Pueraria: Delimiting distinct evolutionary lineages through phylogeny",
    year = "2016",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ympev.2016.08.001",
    doi = "10.1016/j.ympev.2016.08.001",
    pages = "44-59",
    volume = "104"
}

@incollection{crossref2018koenigswald,
    title = "Koenigswald",
    year = "2018",
    booktitle = "Koch, Jurij - Kokontis",
    url = "https://doi.org/10.1515/9783110579024-087",
    doi = "10.1515/9783110579024-087",
    pages = "164-165"
}

Hintergrund: Isoprenoide gehören zu den ältesten und wichtigsten Klassen von Metaboliten, die in allen Organismen entweder über den Mevalonat-(MVA)- und/oder den Methylerythritol-Diphosphat-(MEP)-Stoffwechselweg produziert werden. Der MEP-Stoffwechselweg ist in allen Organismen mit Plastiden und den meisten Eubakterien vorhanden. Allerdings gibt es keine umfassende Studie, die den Ursprung und die evolutionären Merkmale der Gene des MEP-Stoffwechselwegs in Eukaryoten aufdeckt. Ergebnisse: Hier liefern detaillierte Bioinformatikanalysen des MEP-Stoffwechselwegs ein tiefgreifendes Verständnis der evolutionären Geschichte dieses unverzichtbaren biochemischen Weges und bieten eine Grundlage für das Nebeneinanderbestehen des cytosolischen MVA- und des plastidialen MEP-Stoffwechselwegs in Pflanzen, angesichts des etablierten Austauschs der Endprodukte zwischen den beiden Isoprenoid-Biosynthesewegen. Hier zeigen phylogenetische Analysen die Beiträge sowohl von Cyanobakterien- als auch von Chlamydiae-Sequenzen zu den Genen des MEP-Stoffwechselwegs der Pflanzen. Darüber hinaus zeigen phylogenetische und interspezifische syntenieblock-Analysen, dass sechs der sieben Gene des MEP-Stoffwechselwegs trotz mehrfacher Whole-Genome-Duplikationsereignisse (WGDs) überwiegend als Einzelkopie in Landpflanzen verblieben sind. Substitutionsraten- und Domänenstudien zeigen die evolutionäre Konservierung dieser Gene, die durch ihre hohen Expressionsniveaus verstärkt wird. Unterschiedliche phänotypische Variationen bei Pflanzen mit reduzierten Expressionsniveaus einzelner Gene des MEP-Stoffwechselwegs bestätigen die unverzichtbare Funktion jedes nukleär kodierten, plastid-zielgerichteten Enzyms des MEP-Stoffwechselwegs für das Pflanzenwachstum und die Entwicklung. Schlussfolgerung: Zusammenfassend zeigen diese Befunde den polyphyletischen Ursprung und die eingeschränkte Konservierung der Gene des MEP-Stoffwechselwegs und unterstreichen die potenzielle Funktion der einzelnen Enzyme über die Produktion der Isoprenoid-Intermediaten hinaus.

@misc{zeng2020the,
    author = "Zeng, Liping und Dehesh, Katayoon",
    title = "Die MEP-Stoffwechselweg-Gene haben einen polyphyletischen Ursprung und sind evolutionär konserviert",
    year = "2020",
    abstract = "Hintergrund: Isoprenoide gehören zu den ältesten und wichtigsten Klassen von Metaboliten, die in allen Organismen entweder über den Mevalonat-(MVA)- und/oder den Methylerythritol-Diphosphat-(MEP)-Stoffwechselweg produziert werden. Der MEP-Stoffwechselweg ist in allen Organismen mit Plastiden und den meisten Eubakterien vorhanden. Allerdings gibt es keine umfassende Studie, die den Ursprung und die evolutionären Merkmale der Gene des MEP-Stoffwechselwegs in Eukaryoten aufdeckt. Ergebnisse: Hier liefern detaillierte Bioinformatikanalysen des MEP-Stoffwechselwegs ein tiefgreifendes Verständnis der evolutionären Geschichte dieses unverzichtbaren biochemischen Weges und bieten eine Grundlage für das Nebeneinanderbestehen des cytosolischen MVA- und des plastidialen MEP-Stoffwechselwegs in Pflanzen, angesichts des etablierten Austauschs der Endprodukte zwischen den beiden Isoprenoid-Biosynthesewegen. Hier zeigen phylogenetische Analysen die Beiträge sowohl von Cyanobakterien- als auch von Chlamydiae-Sequenzen zu den Genen des MEP-Stoffwechselwegs der Pflanzen. Darüber hinaus zeigen phylogenetische und interspezifische syntenieblock-Analysen, dass sechs der sieben Gene des MEP-Stoffwechselwegs trotz mehrfacher Whole-Genome-Duplikationsereignisse (WGDs) überwiegend als Einzelkopie in Landpflanzen verblieben sind. Substitutionsraten- und Domänenstudien zeigen die evolutionäre Konservierung dieser Gene, die durch ihre hohen Expressionsniveaus verstärkt wird. Unterschiedliche phänotypische Variationen bei Pflanzen mit reduzierten Expressionsniveaus einzelner Gene des MEP-Stoffwechselwegs bestätigen die unverzichtbare Funktion jedes nukleär kodierten, plastid-zielgerichteten Enzyms des MEP-Stoffwechselwegs für das Pflanzenwachstum und die Entwicklung. Schlussfolgerung: Zusammenfassend zeigen diese Befunde den polyphyletischen Ursprung und die eingeschränkte Konservierung der Gene des MEP-Stoffwechselwegs und unterstreichen die potenzielle Funktion der einzelnen Enzyme über die Produktion der Isoprenoid-Intermediaten hinaus.",
    url = "https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-112826/v1",
    doi = "10.21203/rs.3.rs-112826/v1"
}