Pseudogene: Anpassung ad-hoc-Rationalisierungen an eingeschränkte Erklärungen

Beitrag des Monats: Juli 2014

von
Howard Hershey

Betreff:    | Aus der Sicht eines biblischen Kreationisten ...
Datum:      | 04. Juli 2014
Message-ID: | ef319927-e824-4598-bcf5-a5a120caf3cf@googlegroups.com

Die erste zitierte Antwort stammt von einem biblischen Vertreter des Junge-Erde-Kreationismus namens itbgcthate9, der hier behauptet, dass die Bezeichnung „Pseudogen" eine evolutionistische Interpretation sei.
Alle ungeraden Einrückungen („>" und „>>>") stammen von ihm.
Die geraden Einrückungen („>>" und „>>>>") sind frühere Antworten von Roger Shrubber.

> Meine Terminologie war korrekt. Dass Pseudogene nicht-funktional sind, ist eine evolutionäre
> Interpretation. Molekularbiologen beginnen, zu einem anderen Schluss zu kommen.

Howard Hershey beginnt seinen Beitrag des Monats:
That pseudogenes cannot produce a full-length protein that has the same function as the related non-pseudogene is an interpretation based on an understanding of how the genetic code works (known since about the mid-1960s). That is, it is based on a knowledge of molecular biology. The *identification* of pseudogenes required the ability to sequence DNA and identify similarities in sequence. How, exactly, does any of this, either recognizing that a sequence cannot produce a functional protein or that two sequences are related, involve an evolutionary interpretation as an a priori assumption?

Ich stimme zu, dass die Entdeckung solcher verwandter, aber nicht-funktionalen Sequenzen, kombiniert mit dem Wissen, dass Duplikationen/Löschungen von DNA-Abschnitten zu den *bereits bekannten* Mutationsarten gehören, die in Organismen auftreten können (und oft ohne signifikante Schädigung der Organismenfunktion), dazu führt, dass man zu dem Schluss kommt, dass solche Duplikationen (an sich schädlich) die weitere Anhäufung von Mutationen ermöglichen könnten, die zu einer DNA-Sequenz mit mehreren Fehlern im Hinblick auf die Übersetzung in ein Protein führen würden. Das heißt, die Evolution kann gewiss *erklären*, warum Pseudogene in der Organismen-DNA gefunden werden können. Das ist, was wissenschaftliche Theorien tun. Und nichts an dieser Erklärung würde die Möglichkeit ausschließen, dass ein Teil der Pseudogene eine neue Funktionalität erlangt. Tatsächlich ist bekannt, dass einige funktionelle Gene durch die Fusion zweier nicht verwandter Gene entstanden sind.

Ihre Theorie, dass *alle* identifizierten Pseudogene entscheidend wichtige Funktionen haben müssen und für diese Funktion entworfen worden sein müssen, erscheint unhaltbar. Die Entdeckung einiger Beispiele von Pseudogenen, die eine gewisse nachweisbare Funktion haben, ist kein Beweis dafür, dass *alle* Pseudogene funktionsfähig sind. Der richtige Weg, um Ihre Idee zu testen, wäre, ein Pseudogen zu löschen und zu beobachten, ob dies eine signifikante biologische Konsequenz hat. Am besten wählt man ein Pseudogen wie dasjenige, das Vitamin C herstellt.

Von "Roger Shrubber" hier
>>>> We have observed such pseudogenes to arise by well understood mechanisms of mutation.
>>>> That's a fact. No evolutionary theory yet.

Von "itbgcthate9" hier
>>> Mutation is a fact, we agree on that.

>>>> Wenn wir die Evolutionstheorie hinzufügen, erwarten wir, dass wenn dieser Art von Schäden an nicht-essentiellen Genen auftreten, diese von nachfolgenden Generationen vererbt werden, aber der Mutationsrate unterliegen, ohne selektiven Druck, nicht zu mutieren.
>>>>

Das heißt, die Evolution kann *erklären*, warum Sequenzen existieren, die einem funktionalen protein-kodierenden Gen verwandt sind, das tatsächlich kein funktionales Protein kodiert. Das ist genau das, was eine Theorie tut.

>>> Wie wissen Sie, dass sie 'nicht essentiell' sind? Ich habe den Begriff 'Junk-DNA' verwendet, aber Sie haben nicht
>>> und vielleicht ist es auch nicht. Ich habe gesagt, dass ich denke, wir müssen viel mehr darüber lernen, ob dies tatsächlich
>>> Junk-DNA ist. Es könnte sich herausstellen, dass es der Evolution nicht förderlich ist.

Die Deletion ist ein ziemlich guter (wenn auch nicht perfekter) Test für die Nicht-Essentialität. Kreationisten sind diejenigen, die behaupten, dass *alle* DNA "essentiell" ist. Sie müssen diese universelle Essentialität beweisen. Ich würde sagen, dass kein beobachtbarer Effekt nach der Deletion und keine Fähigkeit, ein Protein oder ein vollständiges, funktionelles Protein zu produzieren, ziemlich faire Tests sind (letzteres kann allein aus der Sequenz abgeleitet werden). Darüber hinaus gibt es viel DNA, die nicht in Pseudogenen, funktionellen Genen oder in Regionen liegt, die einen offensichtlichen regulatorischen Effekt in Genen haben, bei denen die umgebende Sequenz nach Sequenzen durchsucht wird, die einen signifikanten regulatorischen Effekt (zum Beispiel durch Mutationen) auf ein Gen haben. Zusätzlich ist klar, dass selbst innerhalb von kodierenden Sequenzen eine beträchtliche Sequenzänderung stattfindet, die wenig oder keinen Effekt hat (was erklärt, warum dasselbe Protein bei relativ weit entfernten Tieren unterschiedlich sein kann).

Von "Roger Shrubber" hier
>> In the case of biosynthetic routes for vitamins that are found in ready supply in food
>> stuffs, those routes are non-essential. That's pretty obvious. There are organisms that
>> can synthesize all 20 genetically encoded amino acids but many that do not. Those that
>> do not get those amino acids from their diet. Vitamins work the same way. This is a
>> familiar concept to those who have studied biology, or at least it should be. It also
>> forms part of evidences for evolution.

> Sie haben angenommen, dass Pseudogene nicht an der Synthese beteiligt sind,

Sie bilden kein funktionelles Protein (oft gar keines), wenn Sie damit "an der Synthese teilnehmen" meinen.

> sie erfüllen keine biologische Funktion. Diese Annahme mag zutreffen, aber evolutionäre
> Vorurteile haben die Forschung in diesem Bereich behindert,

Nein, das ist nicht der Fall. Jeder hat anerkannt, dass nicht-codierende Sequenzen *können* regulatorische Effekte haben. Tatsächlich wurde viel Arbeit in das Finden der typischerweise kurzen Sequenzen investiert, die in langen DNA-Strecken eingebettet sind und signifikante regulatorische Effekte haben. Das hat Wissenschaftler zu Regionen wie HOX-Boxen geführt.

> und Funktionen könnten noch gefunden werden.

Aber das wird wahrscheinlich nicht passieren. Wiederum haben zahlreiche Mutationsstudien gezeigt, dass große Teile der eukaryotischen DNA-Sequenz erheblich mutiert werden können, einschließlich durch Deletionen sowie Punktmutationen, mit wenig oder keinem nachweisbaren funktionellen Konsequenz. Selbst kodierende Sequenzen können erheblich verändert werden (einschließlich kleiner Deletionen, die das Leserahmen nicht verändern) und dennoch Proteine produzieren, die in ihrer Funktion völlig normal funktionieren und funktional äquivalent sind. Dies lässt sich daran erkennen, dass es viele Proteine in verschiedenen Organismen gibt, die dieselbe Funktion mit völlig unterschiedlichen Sequenzen erfüllen.

> Sie sollten sich mehr darum kümmern, wie evolutionäre Mechanismen diese komplexen
> Routen überhaupt erst geschaffen haben, anstatt wie leicht sie diese zu brechen scheinen (unter der
> Annahme, dass sie gebrochen sind).

Interessanterweise führt oft derselbe Mechanismus, der zu Pseudogenen führt (Duplikation gefolgt von weiterer Mutation), auch zur Entstehung verwandter Proteine mit leicht unterschiedlichen Funktionen. Deshalb sehen wir oft *Familien* von Genen. Ähnlich sehen wir manchmal (aber seltener) Fusionsgene (aufgrund von Deletionen oder bestimmten Arten von Duplikationen oder DNA-Umordnungen), die eine neue oder neuartige Funktionalität besitzen.

>>>> Unsere Beobachtungen von Pseudogenen zeigen, dass sie in einer Weise übereinstimmen, die mit unseren Modellen der gemeinsamen Abstammung übereinstimmt, die zuvor durch den Fossilbericht bestimmt wurden.
>>>>

>>> Dies ist eine Interpretation.

Natürlich ist das. Genau das tut eine wissenschaftliche Theorie; sie erklärt (interpretiert) Beobachtungen auf eine konsistente und eingeschränkte Weise.

>>> Eine andere ist, dass Gott denselben 'Bauplan' in seiner Schöpfung verwendet hat.

Der Unterschied zwischen einer wissenschaftlichen Theorie und Ihrer religiösen „Theorie" oder Erklärung besteht darin, dass Ihre Theorie ungebunden ist und alles durch einen Rückgriff auf das alte „das ist der Weg, wie Gott es in seinem unerklärten 'Bauplan' wollte" erklären kann. Sie steht auch im Widerspruch zu den Beweisen, da Sie implizieren, dass alle DNA genau die Sequenz haben muss, die sie haben, während wir *wissen*, dass nicht alle einzelnen Organismen dieselbe Sequenz aufweisen und viele dennoch sehr gut funktionieren.

>> Das ist eine ad-hoc-Rationalisierung. Verstehen Sie den Unterschied zwischen einer wissenschaftlichen Schlussfolgerung aus Daten und einer Rationalisierung zur Unterstützung einer vorab festgelegten Schlussfolgerung?
>>

> Das Problem ist, dass Ihre "wissenschaftliche Schlussfolgerung" nichts anderes als eine Interpretation ist, die auf
> Annahmen und unvollständigen Daten basiert.

Gerne. Und so ist es auch bei Ihrer. Der Unterschied besteht darin, dass die wissenschaftliche Erklärung mit den Beweisen übereinstimmt und auf nicht-supernatürliche Erklärungen beschränkt ist, während Ihre Interpretation mit den Beweisen unvereinbar ist (unter der Annahme, dass Sie behaupten, alle DNA habe signifikante Nützlichkeit) und zudem unbegrenzt ist, indem sie sich auf Berufungen an eine übernatürliche Entität stützt, die alles erklären kann.

>>>>> Was jedoch seltsam ist, ist, dass die natürliche Selektion diesen so genannten
>>>>> Schrott nicht eliminiert hat. Weiterhin, aufgrund des Mangels an selektiver Druck, warum
>>>>> hat sich dieser Schrott nicht über alle Anerkennung hinaus mutiert?

Themenwechsel: Selektionsdruck (oder nicht) auf Junk-DNA
There is a difference between selective pressure to eliminate 'non-coding' sequence and the lack of selective pressure to eliminate it. Only *if* there is selective pressure to eliminate it would most (excluding only the most recent examples) non-coding DNA be eliminated. The opposite of selection (positive or negative) is neutral drift. That is what happens to 'junk'.

Bei genügend Zeit würde sich Müll tatsächlich im Laufe der Zeit so stark mutieren, dass er nicht mehr erkennbar wäre. In diesem Fall wäre es einfach nicht kodierendes DNA, das keinen nachweisbaren funktionellen Gegenpart (entweder intern oder in einer anderen Spezies) aufweist. Pseudogene unterscheiden sich in ihrem Grad der Ähnlichkeit zu ihrem funktionellen Gegenpart: von solchen, die kaum unterschiedlich sind (eine Punktmutation, die sich manchmal wieder in Funktion zurückverwandeln kann), bis hin zu solchen, die kaum noch als solche erkennbar sind.

>>>> Warum finden Sie das seltsam? Wir kennen die Mutationsrate. Wir kennen die Kosten des
>>>> Tragens von zusätzlichem DNA. Die Kosten sind so vernachlässigbar, dass es keinen echten
>>>> Selektionsdruck gibt, um zusätzliches DNA zu eliminieren.

Das gilt für die meisten Eukaryoten, aber nicht für alle. Bei einigen Hefen scheint tatsächlich eine Selektion für kleine Genome vorzuliegen.

>>> Die Kosten sind erheblich, und es sind Mechanismen zur Entfernung bekannt.

Wirklich? Beweise. Insbesondere für die Mechanismen der Entfernung. Die Deletion würde funktionieren, aber wir sprechen hier von der Entfernung nur solcher Sequenzen, die keine kodierende, regulatorische oder andere Funktion erfüllen. Das ist deutlich schwieriger zu bewerkstelligen.

>> Die Kosten sind nicht erheblich. Der metabolische Aufwand zur Aufrechterhaltung des gesamten menschlichen Genoms
>> beträgt weniger als 0,02 % der Energie einer Zelle. Das ist das gesamte Genom. Die Kosten
>> eines einzelnen Gens werden mehr als 100.000-fach geringer sein. Also weniger als 2 Teile
>> pro Million der Energiekosten zur Aufrechterhaltung einer Zelle. Wenn man die grobe
>> Annäherung, dass dies ein Überlebensvorteil sei, als Selektionsvorteil betrachten würde,
>> wäre der Selektionskoeffizient zu gering, um innerhalb von 40 Millionen Generationen
>> eliminiert zu werden.

>> Ich denke, Sie verstehen die Evolutionstheorie, die Sie ablehnen wollen, gar nicht.
>>

> Sie haben die Kosten für die Herstellung dieses "Mülls" von vornherein weggelassen.

Duplikation. Umlagerung (Translokation, Inversion). Einzelne Ereignisse können beträchtliche Mengen an repetitivem DNA erzeugen. Fast keine Kosten.

> Selbst wenn die Kosten im Vergleich zu anderen zellulären Aktivitäten gering sind, stellen sie, wenn sie über 90% des Genoms ausmachen und sich über den Verlauf von Millionen von Generationen hinweg summieren, eine erhebliche Belastung dar. Es wird noch schlimmer, wenn ein Teil des „Junk"-DNA übersetzt wird, was angeblich eine Voraussetzung für die Evolution ist.

Haben Sie nicht gelesen, was er geschrieben hat? Oder haben Sie es nicht verstanden? Und die Evolution hat keine Fähigkeit, die Zukunft vorherzusagen. Sie kann nur auf den Einfluss der Veränderung reagieren, nachdem sie eingetreten ist, im Vergleich zu dem, was ohne diese Veränderung existiert. Und die Kosten der meisten kleinen Duplikationen (oder sogar der Polyploidie bei vielen Organismen) sind energetisch vernachlässigbar.

>>>> Pseudogene gewinnen zwar im Laufe der Zeit zusätzliche Mutationen, bleiben aber als sehr ähnliche Varianten zuvor funktionsfähiger Gene erkennbar, die mutiert sind.
>>>>

>>> Eine andere Interpretation. Es gibt viele Orte, an denen man suchen kann. Es ist nicht überraschend, dass Ähnlichkeiten gefunden werden können.
>>>

Wie erwähnt, gibt es bei Pseudogenen ein Spektrum an Ähnlichkeit. Wenn eine Sequenz nicht genügend Ähnlichkeit zu einem funktionellen Gen aufweist, wird sie einfach nicht als Pseudogen bezeichnet. Sie wird lediglich als nicht-kodierende DNA bezeichnet. Und davon gibt es viel, von der meisten davon ist auch keine nachweisbare regulatorische Funktion bekannt.

>> Das ist Ihr schlechtester Ausreden bisher. Wenn es sich um zufällige Sequenzübereinstimmungen handeln würde, würde man erwarten, dass viele
>> solcher zufälligen Übereinstimmungen auf ein oder zwei Exons verstreut über das Genom auftreten, anstatt alle 6
>> Exons und alle 5 Introns in Reihe. Das ist nicht der Fall. Stattdessen sehen Sie eine Anhäufung von
>> Mutationen, die mit dem Fehlen einer Selektion für die Sequenz übereinstimmen und eine evolutionäre
>> Trennung widerspiegeln, die mit den Mutationsraten übereinstimmt, die wir heute beobachten.

> Wenn Sie die DNA von zwei beliebigen Organismen vergleichen, unabhängig davon, wo sie auf dem
> Baum des Lebens des Evolutionisten stehen, gibt es zwangsläufig einen Abschnitt fast identischer DNA.

Mindestlänge eines DNA-Segments für eindeutige Identifizierung
A stretch of random artificial DNA needs to be about 17 nt long to include all possible sequences present only once in a hypothetical 17 billion nt genome. So any identical sequences significantly longer than 18-30 nts can be assumed to be related by more than chance alone. Either they are closely related genes or duplicates or repetitive elements of various kinds. Similar arguments can be made for longer sequences that differ by x nts. The longer and more similar the sequences the more obvious it is that the sequences are not similar by chance alone. Pseudogenes, to be identified and called pseudogenes, must have significant detectable similarity *and* also have mutations that prevent them from producing functional proteins.

> Dies ist tatsächlich ein Beweis für einen gemeinsamen Schöpfer, nicht für gemeinsame Abstammung (das nicht-kodierende
> DNA sollte insbesondere über alle Anerkennung hinaus mutiert sein).

Nicht kodierende DNA, die sich mit der für DNA ändert, die keiner Selektion (positiver oder negativer) unterliegt, ändert sich mit einer Rate von u pro nt (die Fixierungsrate einer selektiv neutralen Mutation). [u ist die Mutationsrate pro nt/Generation. In einer Population der Größe N werden zu einem bestimmten Zeitpunkt u*N Mutationen an einem spezifischen nt in einem Genduplikat auftreten. Die Wahrscheinlichkeit der eventualen Fixierung einer spezifischen Mutation beträgt 1/N. Somit beträgt die Fixierungsrate u*N/N = u pro nt-Stelle pro Generation. u liegt typischerweise bei etwa 10^-8. Somit würde eine 1000 nt lange nicht funktionale Duplikation (z. B. eine, bei der nur die Hälfte der Protein-kodierenden Sequenz vorhanden ist) pro Generation etwa eine Chance von 10^-5 haben, dass eine neue Mutation fixiert wird. Ohne auf die Mathematik einzugehen, ist es ziemlich klar, dass unter Bedingungen der selektiven Neutralität eine signifikante Anzahl von Generationen vergehen würde, bevor die Hälfte der 500 nts sich in etwas anderes geändert hätte.

> Darüber hinaus sehen wir nicht nur eine zufällige Anhäufung von Mutationen. Es gibt
> erhebliche Hinweise darauf, dass einige Mutationen nicht zufällig sind, was darauf
> hindeutet, dass Genome so gestaltet wurden, dass sie an bestimmten „Hotspots" mutieren.

Leider gibt es keine Korrelation zwischen diesen mutationalen Hotspots und der funktionellen Auswirkung einer solchen Veränderung. Achondroplastische Zwergwüchsigkeit ist eine der häufigsten genetischen Anomalien beim Menschen und wird durch einen mutationalen Hotspot verursacht (in diesem Fall eine Punktmutation). Es gibt weitere Hotspots für Inversionen, Deletionen und Translokationen (oft an oder in der Nähe repetitiver Sequenzen; z. B. Fragiles-X-Syndrom). Und weitere Hotspots für kleine Duplikations-/Deletionsereignisse (z. B. Huntington-Chorea). Wenn dies Teil des „Entwurfs" ist, den Ihr Gott beabsichtigte, sieht er nicht besonders nett aus.

[Übrigens, der wahrscheinliche Grund, warum solche Stellen nicht stark negativ selektiert werden, liegt genau darin, dass selbst die Hotspot-Mutationen selten sind.]

> Und es gibt noch eine weitere Komplikation: in den sogenannten „ultrakonservierten" Regionen gab es in den vermeintlichen hundert Millionen Jahren praktisch gar keine Mutation.
>

Diese sind leicht zu erklären. Es ist nicht so, dass Mutationen an diesen Stellen nicht auftreten. Es ist vielmehr so, dass das Ergebnis, wenn sie auftreten, tödlich oder hochgradig schädlich ist und die Mutanten gegen die Selektion aussortiert werden. Dies tritt typischerweise bei Proteinen auf, bei denen fast jede Aminosäure im Protein mit dem Substrat verbunden ist, wie z. B. Histone oder Cytochrom c. Typischerweise handelt es sich um kleine Proteine.

Aber das ist ein anderes Tier als eine nt-Stelle, die aufgrund ihrer flankierenden Sequenz schwieriger zu mutieren ist als die durchschnittliche nt-Stelle, und zwar auf die entgegengesetzte Weise, indem sie ein mutagener Hotspot ist. Es ist wahrscheinlich, dass solche Stellen, die schwieriger als durchschnittlich zu mutieren sind, auch nicht unter starkem selektiven Druck stehen, aber ich weiß das nicht sicher.

> Selbst für einen Evolutionisten muss die logische Schlussfolgerung sein, dass Pseudogene
> irgendeine Art von Funktion erfüllen.

Lassen Sie uns das betrachten. Pseudogene sind relativ einfach durch irgendeine Art von Duplizierung zu erzeugen. Aber sie stehen nicht unter starkem (oder sogar signifikantem) selektivem Druck, entweder unverändert zu bleiben oder durch einen Mechanismus eliminiert zu werden, der keinen weiteren Schaden einführen würde. Es ist schwer, den Mechanismus zu erkennen, der *spezifisch* nur die Duplikate entfernen würde. Ich sehe nicht ein, warum die logische Schlussfolgerung sein sollte, dass Pseudogene einen bestimmten Zweck erfüllen. Und es gibt Deletions- und Mutationsversuche, die darauf hinweisen, dass sie für eine allgemeine Zellfunktion nicht besonders entscheidend sind (obwohl das diese Möglichkeit nicht ausschließt).

>>>> Ich dachte, Sie behaupteten zu verstehen, was die Evolution behauptet? Es scheint nicht so,
>>>> dass Sie das tun. Tatsächlich wiederholen Sie in Ihren obigen Kommentaren einige
>>>> verbreitete Missverständnisse über die Evolution.

>>> Entschuldigung, aber Ihre Erläuterungen haben mir nicht geholfen.

Unterschiede in der DNA-Sequenz zwischen Schimpansen und Menschen
>> Pay more attention. Do you know the rate of mutation that we observe today and how we
>> observe it?

> Die Messung von Mutationsraten ist keine exakte Wissenschaft. Ich glaube nicht, dass jemand weiß, was die tatsächlichen Raten sind, oder ob die aktuellen Schätzungen sogar genau sind. Zum Beispiel ist eine Methode, die beobachtete „Fehlerquote" der DNA-Replikation zu verwenden, aber die Ergebnisse können stark variieren.
> Weiterhin ist die Replikation nicht die einzige Quelle von Mutationen, und das Problem kann durch Mutationen in den Reparaturmechanismen selbst noch verstärkt werden. Eine andere Methode misst Unterschiede in den Genomen verwandter Individuen, aber die Identifizierung echter neuer Mutationen ist schwierig, und erneut scheinen die Ergebnisse unentschieden (sogar in den eng gefassten Bereichen, die erforscht wurden).

> Also lautet die Antwort auf Ihre Frage nein, ich kenne nicht die Mutationsrate, die wir heute beobachten.
> Sie sind herzlich eingeladen, mich aufzuklären.

Ich sehe, dass es viele Dinge gibt, die Sie nicht wissen. Das sollten Sie. Oder könnten, wenn Sie sich die tatsächliche Wissenschaft ansehen.

>> Kennen Sie die Rate, mit der sich Unterschiede zwischen verschiedenen Affen gemäß evolutionären Modellen anscheinend angesammelt haben?
>>

> Der am häufigsten zitierte Wert scheint 2,5 * 10^-8 pro Basenpaar pro Generation zu sein. Aber
> dies basiert auf der Messung von Nukleotidsubstitutionen zwischen Menschen und Schimpansen,
> unter Annahmen über die Zeit seit der „Divergenz" und die Populationsgröße des „MRCA"
> (unter anderem). So wird die gemeinsame Abstammung vorausgesetzt und dann durch nachfolgende
> Berechnungen „bewiesen"!

Falsch wieder. Die gestellte Frage war: „Ist die Menge der *beobachteten* Unterschiede in den DNA-Sequenzen von modernen Menschen und modernen Schimpansen mit der Hypothese vereinbar, dass die meisten dieser Unterschiede selektiv neutral sind (was auf dem *langsamsten* Mechanismus der DNA-Veränderung beruhen würde), unter der Annahme, dass die Zeit der Divergenz 5–7 mybp beträgt (was die beste aktuelle wissenschaftliche Schätzung ist) und unter der Annahme einer bestimmten Generationenlänge (die Größe des MRCA [Muster von Vorfahren] hat damit sehr wenig zu tun). Die Antwort lautet: Unter diesen Annahmen (die besten, die wir haben), lautet die Antwort „Ja".

Nun, wenn Sie *Beweise* haben, dass Menschen und Schimpansen keine gemeinsame Abstammung teilen, können Sie diese Beweise vorlegen. Wenn Sie Beweise haben, dass Menschen und Schimpansen vor nur 3000 Jahren divergierten, können Sie diese Beweise vorlegen. Wenn Sie Beweise haben, dass *irgendeine* der Annahmen falsch ist, können Sie diese Beweise natürlich vorlegen.

Das Argument, das Wissenschaftler vorbringen, dass die beobachtete genetische Divergenz zwischen Mensch und Schimpanse sich nach der Trennung ansammeln kann, *wenn* Mensch und Schimpanse sich tatsächlich getrennt haben, *wenn* die Populationen vor so vielen Jahren voneinander getrennt wurden, *wenn* die heute beobachteten Mutationsraten in diesem Zeitraum konstant waren und unzählige andere Annahmen, ist kein „Beweis". Es ist vielmehr ein weiterer Beleg dafür, dass die *beobachteten Ergebnisse* mit anderen Beweisen im Rahmen der Evolution übereinstimmen.

Wählen Sie erneut eine Annahme und zeigen Sie uns den Beweis, dass sie falsch ist. Klagen Sie nicht darüber, dass die Ergebnisse, angesichts der Beweise, die wir über Zeiten, Mutationsraten, Generationen usw. haben, mit einer evolutionären Erklärung übereinstimmen. Greifen Sie die Annahmen an, indem Sie uns zeigen, dass sie falsch sind. Dass die *Beweise* tatsächlich zeigen, dass die Menge an DNA-Unterschieden, die wir beobachten, nicht erklärt werden kann, weil Sie Beweise haben, dass beispielsweise menschliche und Schimpansen-Fossilien identisch, unverändert und in allen geologischen Schichten bis zum Beginn des Lebens auf diesem Planeten vorhanden sind. Zeigen Sie uns *Beweise*, dass es wirklich nur 4000 Jahre seit der Schöpfung des Universums gibt. Zeigen Sie uns, dass sich die Mutationsraten zwischen ägyptischen Mumien und modernen Menschen dramatisch verändert haben. Egal was. Etwas, das die eigentlichen Annahmen wirklich angreift.

>> Kennen Sie die Korrespondenz zwischen diesen beiden Raten?

> Jeder Zusammenhang zwischen der beobachteten Rate und der Rate, die auf der Annahme der
> gemeinsamen Abstammung basiert, existiert nur in der Vorstellung eines Evolutionisten. Und dies
> wäre auch dann wahr, wenn die beobachtete Rate genau bekannt wäre. Die angenommene Rate
> kann leicht post-hoc manipuliert werden, indem unterschiedliche Parameter eingegeben werden,
> sodass sie nichts erklärt.

Tatsächlich ist die einzige Annahme, dass die beiden Abstammungslinien mit einer identischen Sequenz beginnen. Offensichtlich ist der einfachste Weg, dass die beiden Abstammungslinien zu diesem Zeitpunkt Mitglieder einer sich fortpflanzenden Population sind (bzw. der MRCA). Aber Sie können auch postulieren, dass die Abstammungslinien der beiden modernen Arten, trotz identischer oder nahezu identischer DNA, getrennt erschaffen wurden, und dennoch waren die beiden damals als Schimpanse und Mensch identifizierbar (anstatt weder moderne Arten zu sein; als Fossilien kennen wir wirklich nur die menschliche Seite der Dinge). Vielleicht spielte die DNA damals nicht so eine große Rolle. Die Entdeckung des fossilen modernen Menschen und des modernen Schimpansen in geologischen Schichten, in denen wir nur Hominiden-Arten sehen, die heute ausgestorben sind, würde Ihrer Sache helfen. Besonders da Sie wahrscheinlich auch denken, dass all diese Arten (moderne und ausgestorbene) zur gleichen Zeit (und in einem sehr kurzen Zeitraum, bloß einer Woche) erschaffen wurden.

>>>>> Aus Sicht des Jungen-Erde-Kreationismus würden wir eine gewisse Gemeinsamkeit zwischen allen geschaffenen Formen erwarten
>>>>> (was auf einen einzigen Gestalter hindeuten würde). Allerdings denke ich, dass wir noch viel mehr lernen müssen, bevor wir vorschnelle Schlüsse über so genannte Junk-DNA ziehen.

>>>> Sie wissen doch, dass das keinen Sinn ergibt, oder?

>>> Nein, tut mir leid.

Mutation der Vitamin-C-Synthese, die allen großen Affen gemeinsam ist
>>>> Why would you expect all great apes to have stretches of DNA that look like the final
>>>> gene needed to make Vitamin C but that don't work to make vitamin C?

>>> Mutation.

Sicher. Aber Mutation in welcher Spezies? Alle großen Affen gleichzeitig? Alle mit Nachweis derselben anfänglichen inaktivierenden Mutation? Statt dass ein Vorfahre die Mutation besaß, die weitergegeben wurde, mit anschließenden Veränderungen in verschiedenen Abstammungslinien, an alle Nachkommen? Wenn Sie Mutation annehmen, müssen Sie wahrscheinlich davon ausgehen, dass es sich um eine Mutation handelt, die „entworfen" wurde, um in alle großen Affen eingefügt zu werden. Oder nicht. Aber wie erklärt man es? Ist es Mutation als natürliches Ereignis? Oder ist es Mutation, die von Gott entworfen wurde? Wenn natürlich, ist gemeinsame Abstammung der beste Weg, um das Muster bei den Primaten zu erklären. Wenn von Gott, warum dann eine gemeinsame Mutation in einem Gen entwerfen, das jetzt nicht mehr funktioniert?

>>>> Und Sie haben „Designer" statt „Schöpfer" gesagt, aber auch YEC. Bedeutet das, dass Sie denken,
>>>> dass etwas, nicht unbedingt der Gott der Bibel, das Leben vor kurzem entworfen hat? Aber
>>>> apparently glauben Sie, dass sie nicht jede Art unabhängig entworfen haben, sondern DNA
>>>> von anderen erschaffenen Arten wiederverwenden mussten, sogar Teile, die nicht funktionierten?

>>> Ich meinte, der Gott der Bibel sei der Gestalter.

>> Warum würde Ihr Schöpfergott defekte Gene in seine neu geschaffenen Genome einfügen?

> Nach dem Fall wurde die gesamte Schöpfung verflucht.

Sind also die Mutationen natürliche Ereignisse nach dem Fall? Sind sie einfach zufällig bei allen Primaten eingetreten? Oder wurden sie von Gott absichtlich mutiert, um die gemeinsame Abstammung anzudeuten?

>> Anscheinend schließe Sie daraus etwas über einen "gemeinsamen Bauplan". Aber dann scheint der Bauplan sich ebenfalls verändert zu haben. Und dieser sich verändernde Bauplan verändert sich auf Weise, die das Muster erzeugt, das die evolutionäre Theorie als Ergebnis der gemeinsamen Abstammung ableitet.

Gemeinsamer Bauplan
> It appears that the protein coding genes are informationally simplistic - the "common
> blueprint" used to "build" all the different organisms. Evidence for this is the
> identical genetic patterns that are identified in all organisms, regardless of how they
> are separated in evolutionary terms.

Können Sie erklären, was das oben bedeutet? Wovon sprechen Sie mit „identischem genetischen Muster"? Den kanonischen genetischen Code (der nicht universell ist)? DNA (oder RNA) als genetisches Material? Das ist sicherlich konsistent (noch mehr, wenn man die Ausnahmen im genetischen Code berücksichtigt) mit der gemeinsamen Abstammung.

> Die Seeanemone zeigt beispielsweise eine signifikante genetische Homologie zum Menschen, aber nicht zur Fruchtfliege (so viel für die gemeinsame Abstammung). Tatsächlich ist es durchaus möglich, dass die nicht-kodierende DNA zur Erzeugung genetischer Vielfalt beiträgt, und wenn sich dies bestätigen sollte, würde dies ein unglaublich effizientes, gut gestaltetes System demonstrieren.

Sie (oder wahrscheinlicher Ihre „kreationistische" Quelle für Fehlinformationen) interpretieren diese Daten falsch. Was sie zeigen, ist, dass Fruchtfliegen und Nematoden mehr Genfamilien verloren haben als Menschen im Vergleich zur Seeanemone. Dass die Anemone komplexer ist (hinsichtlich der Anzahl der Genfamilien) als Nematoden und Fruchtfliegen in Bezug auf die Anzahl der Genfamilien. Dies stimmt mit anderen früheren Studien überein, wonach Fruchtfliegen und Nematoden Gene verloren haben.

http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/25223/title/Surprises-in-sea-anemone-genome/

Allerdings besitzen Seeanemonen sowohl tierähnliche als auch pflanzenähnliche Regulationsysteme.

http://medienportal.univie.ac.at/presse/aktuelle-pressemeldungen/detailansicht/artikel/sea-anemone-is-genetically-half-animal-half-plant/

>> Es ist sicherlich möglich, einfach zu sagen "weil Gott es so gemacht hat", aber das ist eine Rationalisierung, keine Schlussfolgerung, die auf einem einfachen Modell basiert. Wenn dieselbe Rationalisierung verwendet werden kann, um "alles" zu "erklären", dann erklärt sie in der Tat nichts, da sie nicht dazu dient, zwischen dem Warum dieses und nicht jenes oder der anderen Dinge zu unterscheiden.

Die Evolution kann verwendet werden, um jede Beobachtung zu erklären
> The same applies to "evolution did it". See above for an example of circular reasoning.

Nein, die Evolution als wissenschaftliche Erklärung ist durch die Beweise stark eingeschränkt. Wenn die Beweise anders wären, sagen wir durch klare Hinweise darauf, dass die Erde nur 4000 Jahre alt ist, wäre die Evolution, wie wir sie kennen, unmöglich. Wenn wir fossile moderne Menschen und alle anderen modernen Tiere und Pflanzen sowie ausgestorbene Tiere und Pflanzen in geologischen Schichten entweder zufällig oder nach Ökosystem verteilt fänden, wäre dies mit der gemeinsamen Abstammung unvereinbar und könnte auf eine globale Flut oder einen anderen Mechanismus zurückzuführen sein. Wenn wir feststellen würden, dass es keine verzweigten Ähnlichkeiten in DNA- und Proteinsequenzen gibt oder dass die Unterschiede immer mehr auf funktionale Unterschiede als auf Unterschiede in der seit der Divergenz vergangenen Zeit zurückzuführen sind, könnten wir die Unterschiede eher auf „Entwurfsnotwendigkeit" zurückführen. Doch keines von dem ist der Fall.

Austausch zwischen Arten in nichtfunktionalen Genomregionen
>>>> Because you did not simply say, "I don't know", you said you expect the commonality.
>>>> But that commonality extends far beyond what is functional, and that is an observed
>>>> fact, not some theoretical result.

>>> Nein, es ist eine Interpretation. Es besteht immer noch die Möglichkeit, dass Pseudogene sich als Feind der Evolution erweisen.
>>>

Wunschdenken.

>> Es gab einige Fälle, in denen Hinweise gefunden wurden, dass bestimmte
>> Pseudogene die Fähigkeit besitzen könnten, als transkribierte RNA an ähnliche Sequenz-DNA
>> Gene zu binden, die keine Pseudogene sind. Allerdings zeigten einige Fälle, die eingehend
>> untersucht wurden, dass die beobachteten Effekte Artefakte schlecht konzipierter Experimente
>> waren. Es wird nur postuliert, dass eine Minderheit der Pseudogene diesen Effekt aufweisen
>> könnte. Biochemisch betrachtet weisen Pseudogene daher keine phänotypischen Auswirkungen
>> auf Zellen auf. Dies steht im Einklang mit der aktuellen Theorie der Evolution.

Darüber hinaus wäre Ihre Position, dass *alle* Pseudogene und *alle* nicht-codierende DNA (es gibt viel mehr davon) eine wichtige (d. h. selektiv wertvolle) Funktion haben müssen. Es gibt mehr als genug Informationen, um zu sagen, dass dies nicht zutrifft.

Bekannte Funktion von Pseudogenen
> I think your information is out-of-date. Pseudogenes are now known to play a role in
> gene expression, gene regulation and generation of genetic diversity.

Beweise? Ich würde nicht behaupten, dass Pseudogene keine Art von „Funktion" haben können. Aber das ist eine Frage der Quantität, nicht der Qualität. Welcher Prozentsatz der Pseudogene hat diese „Funktionen", von denen Sie sprechen? 1% oder 95%? Und welche Beweise haben Sie, um diese Menge zu untermauern?

> Leider könnte die evolutionäre Vorannahme, dass „Junk-DNA" lediglich eine Ansammlung molekularer
> Fossilien ist, uns viele Jahre zurückgeworfen haben. Jetzt, da es endlich untersucht wird, wiederhole ich
> meine Behauptung, dass die Möglichkeit besteht, dass Pseudogene sich als keine Freunde der Evolution erweisen.

Die Evolution nutzt „nützliche" Zufälle. Das bedeutet nicht, dass sie *alle* Zufälle nutzt. Nur diejenigen, die zu einer bestimmten Zeit und an einem bestimmten Ort (lokale Umwelt) einen Nutzen haben. Und „Nutzen" in der Evolution wird anhand des Maßstabs des relativen Fortpflanzungserfolgs gemessen. Pseudogene sind Zufälle. Wir wissen, wie sie durch Mutation entstehen. Wir wissen, dass sie *durch* Mutation entstehen. Warum sollten wir schockiert sein, wenn einige dieser Zufälle nach dem Maßstab des Fortpflanzungserfolgs nützlich sind? Ich würde auch nicht schockiert sein, wenn einige von ihnen nach dem Maßstab des Fortpflanzungserfolgs schädlich wären. Und ich würde gar nicht schockiert sein, wenn die meisten von ihnen selektiv neutral wären.