Radiação adaptativa

@misc{walls1942the4,
    author = "Walls, G. L",
    title = "The Vertebrate Eye and its Adaptive Radiation",
    year = "1942",
    howpublished = "Bloomfield Hills, Michigan, The Cranbrook Institute of Science",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Walls, G. L., 1942, The Vertebrate Eye and its Adaptive Radiation: Bloomfield Hills, Michigan, The Cranbrook Institute of Science.}"
}

@inproceedings{cole1958sketches2,
    author = "Cole, L. C",
    title = "Sketches of general and comparative demography",
    year = "1958",
    booktitle = "Cold Spring Harbor Symposium on Quantitative Biology, v. 22, p. 1-15",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cole, L. C., 1958, Sketches of general and comparative demography: Cold Spring Harbor Symposium on Quantitative Biology, v. 22, p. 1-15.}"
}

@book{bowman1961morphological1,
    author = "Bowman, R. L",
    title = "Diferenciação morfológica e adaptação nos tentilhões das Galápagos",
    year = "1961",
    publisher = "Publicações da Universidade da Califórnia em Zoologia, v. 58, p. 326 pp.; University of California Press, Berkeley",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Bowman, R. L., 1961, Diferenciação morfológica e adaptação nos tentilhões das Galápagos: Publicações da Universidade da Califórnia em Zoologia, v. 58, p. 326 pp.; University of California Press, Berkeley.}"
}

@article{brazzell1981comparative,
    author = "Brazzell, Jan F. e Gillespie, Mary K.",
    title = "Comparative Demography",
    year = "1981",
    journal = "Comparative Sociology",
    url = "https://doi.org/10.1163/156854281x00091",
    doi = "10.1163/156854281x00091",
    number = "3",
    openalex = "W4205299391",
    pages = "141-168",
    volume = "22"
}

@incollection{ricklefs1983comparative,
    author = "Ricklefs, Robert E.",
    title = "Comparative Avian Demography",
    year = "1983",
    booktitle = "Current Ornithology",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-4615-6781-3\_1",
    doi = "10.1007/978-1-4615-6781-3\_1",
    openalex = "W6573412",
    pages = "1-32",
    references = "doi1010160022519366901846, doi101086282461, doi101086282697, doi101086409052, doi101111j1474919x1947tb04155x, doi1015159781400881376, doi1023072828, doi1023072874"
}

@misc{sloan1986gradual3,
    author = "Sloan, R. E. et al",
    title = "Extinção gradual de dinossauros e radiação simultânea de ungulados na Formação Hell Creek",
    year = "1986",
    howpublished = "Science, v. 232, p. 629-633",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Sloan, R. E. et al., 1986, Extinção gradual de dinossauros e radiação simultânea de ungulados na Formação Hell Creek: Science, v. 232, p. 629-633.}"
}

Medidas de variação genética quantitativa são úteis para prever evolução adaptativa de longo prazo? Para responder a essa pergunta, foquei em g max, a direção multivariada de maior variância genética aditiva dentro de populações. Dados originais sobre espinhos de três espinhos, juntamente com medidas genéticas publicadas de outros vertebrados, mostram que a diferenciação morfológica entre espécies tem sido enviesada na direção de g max há pelo menos quatro milhões de anos, apesar de evidências de que a seleção natural é a causa da diferenciação. Esse viés na direção da evolução tende a decair com o tempo. A taxa de divergência morfológica entre espécies é inversamente proporcional a θ, o ângulo entre a direção de divergência e a direção de maior variação genética. A direção de maior variância fenotípica não é idêntica a g max, mas, para esses dados, é quase tão bem-sucedida na previsão da direção de divergência das espécies. Interpreto as descobertas como significando que as variâncias e covariâncias genéticas restringem a mudança adaptativa em características quantitativas por períodos de tempo razoavelmente longos. No entanto, uma hipótese alternativa não pode ser descartada: que a diferenciação morfológica é enviesada na direção de g max porque a divergência e g max são ambas moldadas pelas mesmas pressões de seleção natural. De qualquer forma, os resultados revelam que a diferenciação adaptativa ocorre principalmente ao longo de "linhas genéticas de menor resistência."

@article{doi101111j155856461996tb03563x,
    author = "Schluter, Dolph",
    title = "RADIAÇÃO ADAPTATIVA AO LONGO DE LINHAS GENÉTICAS DE MENOR RESISTÊNCIA",
    year = "1996",
    journal = "Evolução",
    abstract = {Medidas de variação genética quantitativa são úteis para prever evolução adaptativa de longo prazo? Para responder a essa pergunta, foquei em g max, a direção multivariada de maior variância genética aditiva dentro de populações. Dados originais sobre espinhos de três espinhos, juntamente com medidas genéticas publicadas de outros vertebrados, mostram que a diferenciação morfológica entre espécies tem sido enviesada na direção de g max há pelo menos quatro milhões de anos, apesar de evidências de que a seleção natural é a causa da diferenciação. Esse viés na direção da evolução tende a decair com o tempo. A taxa de divergência morfológica entre espécies é inversamente proporcional a θ, o ângulo entre a direção de divergência e a direção de maior variação genética. A direção de maior variância fenotípica não é idêntica a g max, mas, para esses dados, é quase tão bem-sucedida na previsão da direção de divergência das espécies. Interpreto as descobertas como significando que as variâncias e covariâncias genéticas restringem a mudança adaptativa em características quantitativas por períodos de tempo razoavelmente longos. No entanto, uma hipótese alternativa não pode ser descartada: que a diferenciação morfológica é enviesada na direção de g max porque a divergência e g max são ambas moldadas pelas mesmas pressões de seleção natural. De qualquer forma, os resultados revelam que a diferenciação adaptativa ocorre principalmente ao longo de "linhas genéticas de menor resistência."},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1996.tb03563.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1996.tb03563.x",
    openalex = "W1963703713",
    references = "doi1010160169534787900280, doi101086285404, doi1023074785"
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Estudos comparativos tendem a diferir dos estudos de otimalidade e funcionalidade na forma como tratam a adaptação. Enquanto a abordagem comparativa foca na origem e mudança de traços, os estudos de otimalidade assumem que as adaptações são mantidas em um ótimo pela seleção estabilizadora. Este artigo apresenta um modelo de evolução adaptativa em uma escala de tempo macroevolutiva que inclui a manutenção de traços em ótimos adaptativos pela seleção estabilizadora como a força evolutiva dominante. A variação interespecífica é tratada como variação na posição dos ótimos adaptativos. O modelo ilustra como as restrições filogenéticas não apenas levam a correlações entre espécies filogeneticamente relacionadas, mas também a adaptações imperfeitas. A partir deste modelo, é derivado um método comparativo estatístico que pode ser usado para estimar o efeito de um fator seletivo nos ótimos adaptativos de uma forma que seria consistente com um estudo de otimalidade da adaptação a este fator. O método é ilustrado com uma análise da evolução dentária em cavalos fósseis. Também é discutido o uso de métodos comparativos para estudar tendências evolutivas.

@article{doi101111j155856461997tb01457x,
    author = "Hansen, Thomas F.",
    title = "SELEÇÃO ESTABILIZADORA E A ANÁLISE COMPARATIVA DA ADAPTAÇÃO",
    year = "1997",
    journal = "Evolução",
    abstract = "Estudos comparativos tendem a diferir dos estudos de otimalidade e funcionalidade na forma como tratam a adaptação. Enquanto a abordagem comparativa foca na origem e mudança de traços, os estudos de otimalidade assumem que as adaptações são mantidas em um ótimo pela seleção estabilizadora. Este artigo apresenta um modelo de evolução adaptativa em uma escala de tempo macroevolutiva que inclui a manutenção de traços em ótimos adaptativos pela seleção estabilizadora como a força evolutiva dominante. A variação interespecífica é tratada como variação na posição dos ótimos adaptativos. O modelo ilustra como as restrições filogenéticas não apenas levam a correlações entre espécies filogeneticamente relacionadas, mas também a adaptações imperfeitas. A partir deste modelo, é derivado um método comparativo estatístico que pode ser usado para estimar o efeito de um fator seletivo nos ótimos adaptativos de uma forma que seria consistente com um estudo de otimalidade da adaptação a este fator. O método é ilustrado com uma análise da evolução dentária em cavalos fósseis. Também é discutido o uso de métodos comparativos para estudar tendências evolutivas.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1997.tb01457.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1997.tb01457.x",
    openalex = "W2328578724",
    references = "doi10100703064746897, doi101017s009483730001157x, doi101086286013, doi101093aesa383396, doi101111j1469185x1988tb00630x, doi101111j155856461979tb04694x, doi1023071446122, doi105860choice304997"
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@article{doi10103827900,
    author = "Rainey, Paul B. e Travisano, Michael",
    title = "Radiação adaptativa em um ambiente heterogêneo",
    year = "1998",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/27900",
    doi = "10.1038/27900",
    openalex = "W1583030352",
    references = "doi1010160169534787900280, doi101017cbo9780511623387, doi101038scientificamerican0779122, doi101073pnas91156808, doi101086285289, doi101111j155856461982tb05068x, doi101126science7701342, doi1023071933500, doi1023072409350, doi1023072409372, doi1023074785, doi105860choice273873, doi105860choice332720, openalexw1493831303"
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As vicissitudes da história levam à previsão de que instâncias repetidas de diversificação evolutiva levarão a resultados distintos, mesmo que as condições iniciais sejam semelhantes. Testamos essa proposição examinando a radiação evolutiva de lagartos Anolis nas quatro ilhas das Antilhas Maiores. As análises morfométricas indicam que o mesmo conjunto de especialistas de habitat, denominados ecomorfos, ocorre em todas as quatro ilhas. Embora essas assemblagens semelhantes possam resultar de uma única origem evolutiva de cada ecomorfo, seguida de dispersão ou vicariância, a análise filogenética indica que os ecomorfos originaram-se independentemente em cada ilha. Assim, a radiação adaptativa em ambientes semelhantes pode superar contingências históricas para produzir resultados evolutivos surpreendentemente semelhantes.

@article{doi101126science27953592115,
    author = "Losos, Jonathan B. e Jackman, Todd R. e Larson, Allan e de Queiroz, Kevin e Rodrı́guez-Schettino, Lourdes",
    title = "Contingência e Determinismo em Radiações Adaptativas Replicadas de Lagartos Insulares",
    year = "1998",
    journal = "Science",
    abstract = "As vicissitudes da história levam à previsão de que instâncias repetidas de diversificação evolutiva levarão a resultados distintos, mesmo que as condições iniciais sejam semelhantes. Testamos essa proposição examinando a radiação evolutiva de lagartos Anolis nas quatro ilhas das Antilhas Maiores. As análises morfométricas indicam que o mesmo conjunto de especialistas de habitat, denominados ecomorfos, ocorre em todas as quatro ilhas. Embora essas assemblagens semelhantes possam resultar de uma única origem evolutiva de cada ecomorfo, seguida de dispersão ou vicariância, a análise filogenética indica que os ecomorfos originaram-se independentemente em cada ilha. Assim, a radiação adaptativa em ambientes semelhantes pode superar contingências históricas para produzir resultados evolutivos surpreendentemente semelhantes.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.279.5359.2115",
    doi = "10.1126/science.279.5359.2115",
    openalex = "W2103549209",
    references = "doi101007bf02100115, doi101017cbo9780511608568, doi101017s0094837300011350, doi101093oso97801985464120010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva025706, doi101111j155856461983tb05533x, doi1023071943062, doi1023072408332, doi105860choice273873, doi105860choice295104, openalexw2273605253"
}

Prólogo Lista de Contribuintes Parte I. Introdução: 1. Radiação adaptativa e evolução molecular: conceitos e questões de pesquisa Thomas J. Givnish 2. Homoplasia em dados moleculares vs. morfológicos: a probabilidade de inferência filogenética correta Thomas J. Givnish, e Kenneth J. Sytsma Parte II. Estudos Integrativos: 3. Radiação adaptativa da aliança das espadas-de-prata havaianas: congruência e conflito de evidências filogenéticas de investigações moleculares e não moleculares Bruce G. Baldwin 4. O cronograma da evolução dos marsupiais Mark S. Springer, John A. W. Kirsch, e Judd A. Chase 5. Origens evolutivas da diversidade fenotípica em Daphnia John K. Colbourne, Paul D. N. Hebert, e Derek J. Taylor 6. Tendências evolutivas na ecologia dos macacos das Américas do Sul inferidas de uma análise filogenética combinada de dados nucleares, mitocondriais e morfológicos Ines Horovitz, e Axel Meye 7. Radiação adaptativa na família de plantas aquáticas Pontederiaceae: insights de análise filogenética Spencer C. H. Barrett, e Sean W. Graham 8. Evolução molecular e radiação adaptativa em Brocchinia (Bromeliaceae: Pitcairnioideae) no topo dos tepuis do Escudo da Guiana Thomas J. Givnish, Kenneth J. Sytsma, James F. Smith, William J. Hahn, David H. Benzing, e Elizabeth M. Burkhardt Parte III. Convergência: 9. Você nem sempre é o que come: evolução da alimentação por néctar entre os morcegos frugívoros do Velho Mundo (Megachiroptera: Pteropodidae) John A. W. Kirsch, e Francois-Joseph Lapointe 10. Sítios de restrição de DNA de cloroplasto e caracteres florais versus não florais nos epífitas obrigatórias de galhos na subtribo Oncidiinae (Orchidaceae) Mark W. Chase, e Jeffrey D. Palmer 11. Adaptação, cladogênese, e evolução da associação de habitat em besouros-tigre da América do Norte: uma perspectiva filogenética Alfried P. Vogler Parte IV. Radiações Rápidas: 12. Testes filogenéticos moleculares de modelos de especiação simpátrica em peixes cíclidos do Lago Malawi Peter N. Reinthal, e Axel Mey 13. Uma radiação adaptativa rápida devido a uma inovação chave em Aquilegia Scott Hodges 14. Origem e evolução de Argyranthemum (Asteraceae: Anthemideae) na Macaronesia Javier Francisco-Ortega, Daniel J. Crawford, Arnoldo Santos-Guerra, e Robert K. Jansen Parte V. Estratégias Reprodutivas: 15. Diversificação floral, biologia da polinização, e evolução molecular em Platanthera (Orchidaceae) Jeffrey R. Hapeman, e Kenneth Inoue 16. Perspectivas filogenéticas sobre a evolução da dioecia: radiação adaptativa nos gêneros endêmicos havaianos Schiedea e Alsinodendron (Caryophyllaceae: Alsinoideae) Ann K. Sakai, Stephen G. Weller, Warren L. Wagner, e Pamela S. Soltis 17. Mudanças ecológicas e reprodutivas na diversificação das Drosophila endêmicas havaianas Michael P. Kambysellis, e Elysse M. Craddock Parte VI. Divergência de Caracteres e Montagem de Comunidades: 18. História da seleção ecológica em espinhosos - unindo abordagens experimentais e filogenéticas Eric B. Taylor, James D. McPhail, e Dalph Schluter 19. Estudos filogenéticos de radiações adaptativas convergentes em lagartos Anolis do Caribe Todd Jackman, Jonathan B. Losos, Allan Larson, e Kevin de Queiros Parte VII. Padrões Macroevolutivos: 20. Evolução molecular e morfológica durante a diversificação pós-Paleozóica dos equinodermos Andrew B. Smith, e D. T. J. Littlewood 21. Quão rápida é a especiação: evidências moleculares, geológicas e filogenéticas de radiações adaptativas de peixes Amy R. McCune Índice.

@article{doi1023072419593,
    author = "Gottlieb, L. D. and Givnish, Thomas J. and Sytsma, Kenneth J.",
    title = "Evolução Molecular e Radiação Adaptativa.",
    year = "1998",
    journal = "Systematic Botany",
    abstract = "Prefácio Lista de Contribuintes Parte I. Introdução: 1. Radiação adaptativa e evolução molecular: conceitos e questões de pesquisa Thomas J. Givnish 2. Homoplasia em dados moleculares vs. morfológicos: a probabilidade de inferência filogenética correta Thomas J. Givnish, e Kenneth J. Sytsma Parte II. Estudos Integrativos: 3. Radiação adaptativa da aliança das espadas-de-prata havaianas: congruência e conflito de evidências filogenéticas de investigações moleculares e não moleculares Bruce G. Baldwin 4. O cronograma da evolução dos marsupiais Mark S. Springer, John A. W. Kirsch, e Judd A. Chase 5. Origens evolutivas da diversidade fenotípica em Daphnia John K. Colbourne, Paul D. N. Hebert, e Derek J. Taylor 6. Tendências evolutivas na ecologia dos macacos das Américas do Sul inferidas de uma análise filogenética combinada de dados nucleares, mitocondriais e morfológicos Ines Horovitz, e Axel Meye 7. Radiação adaptativa na família de plantas aquáticas Pontederiaceae: insights da análise filogenética Spencer C. H. Barrett, e Sean W. Graham 8. Evolução molecular e radiação adaptativa em Brocchinia (Bromeliaceae: Pitcairnioideae) no topo dos tepuis do Escudo da Guiana Thomas J. Givnish, Kenneth J. Sytsma, James F. Smith, William J. Hahn, David H. Benzing, e Elizabeth M. Burkhardt Parte III. Convergência: 9. Você nem sempre é o que come: evolução da alimentação por néctar entre os morcegos frugívoros das Velhas Mundos (Megachiroptera: Pteropodidae) John A. W. Kirsch, e Francois-Joseph Lapointe 10. Sítios de restrição de DNA de cloroplasto e caracteres florais versus não florais nos epífitas obrigatórias de galhos na subtribo Oncidiinae (Orchidaceae) Mark W. Chase, e Jeffrey D. Palmer 11. Adaptação, cladogênese, e evolução da associação de habitat em besouros-tigre da América do Norte: uma perspectiva filogenética Alfried P. Vogler Parte IV. Radiações Rápidas: 12. Testes filogenéticos moleculares de modelos de especiação simpátrica em peixes cíclidos do Lago Malawi Peter N. Reinthal, e Axel Mey 13. Uma rápida radiação adaptativa devido a uma inovação chave em Aquilegia Scott Hodges 14. Origem e evolução de Argyranthemum (Asteraceae: Anthemideae) na Macaronesia Javier Francisco-Ortega, Daniel J. Crawford, Arnoldo Santos-Guerra, e Robert K. Jansen Parte V. Estratégias Reprodutivas: 15. Diversificação floral, biologia da polinização, e evolução molecular em Platanthera (Orchidaceae) Jeffrey R. Hapeman, e Kenneth Inoue 16. Perspectivas filogenéticas sobre a evolução da dioecia: radiação adaptativa nos gêneros endêmicos havaianos Schiedea e Alsinodendron (Caryophyllaceae: Alsinoideae) Ann K. Sakai, Stephen G. Weller, Warren L. Wagner, e Pamela S. Soltis 17. Mudanças ecológicas e reprodutivas na diversificação das Drosophila endêmicas havaianas Michael P. Kambysellis, e Elysse M. Craddock Parte VI. Divergência de Caracteres e Montagem de Comunidades: 18. História da seleção ecológica em espinhosos - unindo abordagens experimentais e filogenéticas Eric B. Taylor, James D. McPhail, e Dalph Schluter 19. Estudos filogenéticos de radiações adaptativas convergentes em lagartos Anolis do Caribe Todd Jackman, Jonathan B. Losos, Allan Larson, e Kevin de Queiros Parte VII. Padrões Macroevolutivos: 20. Evolução molecular e morfológica durante a diversificação pós-Paleozóica dos equinodermos Andrew B. Smith, e D. T. J. Littlewood 21. Quão rápida é a especiação: evidências moleculares, geológicas e filogenéticas de radiações adaptativas de peixes Amy R. McCune Índice.",
    url = "https://doi.org/10.2307/2419593",
    doi = "10.2307/2419593",
    openalex = "W2052217453"
}

A principal justificativa para o uso de métodos estatísticos baseados em filogenia é que o sinal filogenético, a tendência de espécies relacionadas se assemelharem umas às outras, é ubíquo. Se essa afirmação é verdadeira para um determinado traço em uma linhagem específica é uma questão empírica, mas ferramentas gerais para detectar e quantificar o sinal filogenético são insuficientemente desenvolvidas. Apresentamos novos métodos para caracteres de valor contínuo que podem ser implementados com contrastes filogeneticamente independentes ou modelos de mínimos quadrados generalizados. Primeiro, um procedimento de randomização simples permite testar a hipótese nula de ausência de padrão de similaridade entre parentes. O teste demonstra taxa de erro Tipo I correta em um alfa nominal = 0,05 e boa potência (0,8) para conjuntos de dados simulados com 20 ou mais espécies. Segundo, derivamos uma estatística descritiva, K, que permite comparações válidas da quantidade de sinal filogenético entre traços e árvores. Terceiro, fornecemos duas transformações de comprimento de ramo motivadas biologicamente, uma baseada no modelo de seleção estabilizadora de Ornstein-Uhlenbeck (OU), a outra baseada em um novo modelo no qual a evolução dos caracteres pode acelerar ou desacelerar (ACDC) em taxa (por exemplo, como pode ocorrer durante ou após uma radiação adaptativa). A estimação de máxima verossimilhança dos parâmetros OU (d) e ACDC (g) pode servir como testes para sinal filogenético porque uma estimativa de d ou g próxima de zero implica que uma filogenia com pouca estrutura hierárquica (uma estrela) oferece um bom ajuste aos dados. Transformações que melhoram o ajuste de uma árvore aos dados comparativos aumentarão a potência para detectar sinal filogenético e também podem ser preferíveis para análises comparativas adicionais, como a de evolução de caracteres correlacionados. A aplicação dos métodos a dados da literatura revelou que, para árvores com 20 ou mais espécies, 92% dos traços exibiram sinal filogenético significativo (teste de randomização), incluindo traços comportamentais e ecológicos que são considerados relativamente maleáveis evolutivamente (por exemplo, altamente adaptativos) e/ou sujeitos a efeitos ambientais relativamente fortes (nogenéticos) ou altos níveis de erro de medição. Independentemente do tamanho da amostra, a maioria dos traços (mas não o tamanho corporal, em média) mostrou menos sinal do que o esperado dada a topologia, os comprimentos dos ramos e um modelo de movimento browniano da evolução (ou seja, K foi menor que um), o que pode ser atribuído à adaptação e/ou erro de medição no sentido amplo (incluindo erros nas estimativas de fenótipos, comprimentos de ramos e topologia). A análise de variância do log K para todos os 121 traços (de 35 árvores) indicou que traços comportamentais exibem menor sinal do que tamanho corporal, morfológicos, de história de vida ou fisiológicos. Além disso, traços fisiológicos (corrigidos para tamanho corporal) mostraram menos sinal do que o próprio tamanho corporal. Para árvores com 20 ou mais espécies, o parâmetro de transformação estimado OU (25% dos traços) e/ou ACDC (40%) diferiu significativamente de zero e de unidade, indicando que uma árvore hierárquica com menos (ou ocasionalmente mais) estrutura do que a original se ajustou melhor aos dados e, portanto, poderia ser preferida para análises comparativas.

@article{doi101111j001438202003tb00285x,
    author = "Blomberg, Simon P. e Garland, Theodore e Ives, Anthony R.",
    title = "TESTING FOR PHYLOGENETIC SIGNAL IN COMPARATIVE DATA: BEHAVIORAL TRAITS ARE MORE LABILE",
    year = "2003",
    journal = "Evolução",
    abstract = "A principal razão para o uso de métodos estatísticos baseados em filogenia é que o sinal filogenético, a tendência de espécies relacionadas se assemelharem umas às outras, é ubíquo. Se essa afirmação é verdadeira para um determinado traço em uma linhagem específica é uma questão empírica, mas ferramentas gerais para detectar e quantificar o sinal filogenético são insuficientemente desenvolvidas. Apresentamos novos métodos para caracteres de valor contínuo que podem ser implementados com contrastes filogeneticamente independentes ou modelos de mínimos quadrados generalizados. Primeiro, um procedimento simples de randomização permite testar a hipótese nula de nenhuma padrão de similaridade entre parentes. O teste demonstra uma taxa correta de erro Tipo I em um alfa nominal = 0,05 e boa potência (0,8) para conjuntos de dados simulados com 20 ou mais espécies. Segundo, derivamos uma estatística descritiva, K, que permite comparações válidas da quantidade de sinal filogenético entre traços e árvores. Terceiro, fornecemos duas transformações de comprimento de ramo motivadas biologicamente, uma baseada no modelo de seleção estabilizadora de Ornstein-Uhlenbeck (OU), a outra baseada em um novo modelo no qual a evolução de caracteres pode acelerar ou desacelerar (ACDC) em taxa (por exemplo, como pode ocorrer durante ou após uma radiação adaptativa). A estimação de máxima verossimilhança dos parâmetros OU (d) e ACDC (g) pode servir como testes para sinal filogenético porque uma estimativa de d ou g próxima de zero implica que uma filogenia com pouca estrutura hierárquica (uma estrela) oferece um bom ajuste aos dados. Transformações que melhoram o ajuste de uma árvore aos dados comparativos aumentarão a potência para detectar sinal filogenético e também podem ser preferíveis para análises comparativas adicionais, como a de evolução de caracteres correlacionados. A aplicação dos métodos a dados da literatura revelou que, para árvores com 20 ou mais espécies, 92% dos traços exibiram sinal filogenético significativo (teste de randomização), incluindo traços comportamentais e ecológicos que são considerados relativamente maleáveis evolutivamente (por exemplo, altamente adaptativos) e/ou sujeitos a efeitos ambientais relativamente fortes (nogenéticos) ou altos níveis de erro de medição. Independentemente do tamanho da amostra, a maioria dos traços (mas não o tamanho do corpo, em média) mostrou menos sinal do que o esperado dada a topologia, os comprimentos dos ramos e um modelo de movimento browniano da evolução (ou seja, K foi menor que um), o que pode ser atribuído à adaptação e/ou erro de medição no sentido amplo (incluindo erros nas estimativas de fenótipos, comprimentos de ramos e topologia). A análise de variância de log K para todos os 121 traços (de 35 árvores) indicou que traços comportamentais exibem menor sinal do que tamanho do corpo, morfológicos, de história de vida ou fisiológicos. Além disso, traços fisiológicos (corrigidos para tamanho do corpo) mostraram menos sinal do que o próprio tamanho do corpo. Para árvores com 20 ou mais espécies, o parâmetro de transformação estimado OU (25% dos traços) e/ou ACDC (40%) diferiu significativamente de zero e da unidade, indicando que uma árvore hierárquica com menos (ou ocasionalmente mais) estrutura do que a original se ajustou melhor aos dados e, portanto, poderia ser preferida para análises comparativas.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.0014-3820.2003.tb00285.x",
    doi = "10.1111/j.0014-3820.2003.tb00285.x",
    openalex = "W1990221500",
    references = "doi1010079781489945419, doi1010160164070486900273, doi10103844766, doi101086284325, doi101086286013, doi101086303327, doi101086343873, doi101086physzool67430163866, doi101093auk1002507, doi101093oso97801985464120010001, doi101093sysbio41118, doi101098rstb19890106, doi101111j001438202000tb00026x, doi101111j001438202001tb00731x, doi1023072412182, doi102307jctt1xp3v3r, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice295104, doi105860choice304983, openalexw1550375751, openalexw1558456135"
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@article{doi101016jtree200401003,
    author = "Seehausen, Ole",
    title = "Hibridização e radiação adaptativa",
    year = "2004",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2004.01.003",
    doi = "10.1016/j.tree.2004.01.003",
    openalex = "W2055997230",
    references = "doi101016s0169534700020267, doi101038347550a0, doi101038sjhdy6886170, doi101046j1365294x200101216x, doi101093oso97801950997440010001, doi101093oso97801985052350010001, doi101098rspb19990641, doi101111j155856461981tb04864x, doi101126science27753331808, doi101126science27953592115, doi101146annurevecolsys281359, doi101146annureves16110185000553, doi101579004474472912, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice350883"
}

As radiações de peixes cíclidos africanos são as radiações animais existentes mais diversas e fornecem um sistema único para testar previsões sobre especiação e teoria de radiação adaptativa. Nos últimos anos, houve avanços significativos na filogenia, biogeografia evolutiva e ecologia de peixes cíclidos. A maior parte deste trabalho concentrou-se nas radiações mais diversas. Infelizmente, um grande número de pequenas radiações e 'não-radiações' foi negligenciado, potencialmente limitando a contribuição do sistema cíclido para nossa compreensão da especiação e radiação adaptativa. Revisei a literatura para identificar 33 radiações intralacustres e 76 radiações falhas. Para o maior número possível, coletei informações sobre o tamanho do lago, idade e relações filogenéticas. Uso esses dados para abordar duas questões: (i) se a taxa de especiação e a riqueza resultante de espécies estão relacionadas à variação temporal e espacial na oportunidade ecológica e (ii) se a probabilidade de sofrer radiação adaptativa é similar para diferentes linhagens de cíclidos africanos. A primeira é uma previsão chave da teoria ecológica da radiação adaptativa que foi presumida verdadeira, mas permanece não testada para radiações cíclidas. A segunda baseia-se na hipótese de que a propensão dos cíclidos a radiar deve-se a uma inovação evolutiva chave compartilhada por todos os cíclidos africanos. As evidências sugerem que a taxa de especiação declina com o tempo conforme os nichos são preenchidos durante a radiação adaptativa: radiações jovens e estágios iniciais de radiações antigas são caracterizadas por altas taxas de especiação, enquanto pelo menos 0,5 Myr após o início de uma radiação, a especiação torna-se muito menos frequente. O número de espécies em radiações cíclidas aumenta com o tamanho do lago, apoiando a previsão de que a diversidade de espécies aumenta com a heterogeneidade do habitat, mas também com a oportunidade de isolamento por distância. Finalmente, os dados sugerem que a propensão a radiar dentro de lagos é uma propriedade derivada que evoluiu durante a história evolutiva de alguns cíclidos africanos, e a aparência da qual não coincide com a aparência de inovações chave propostas em morfologia e história de vida.

@article{doi101098rspb20063539,
    author = "Seehausen, Ole",
    title = "Peixes cíclidos africanos: um sistema modelo em pesquisa de radiação adaptativa",
    year = "2006",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "As radiações de peixes cíclidos africanos são as radiações animais existentes mais diversas e fornecem um sistema único para testar previsões sobre especiação e teoria de radiação adaptativa. Nos últimos anos, houve avanços significativos na filogenia, biogeografia evolutiva e ecologia de peixes cíclidos. A maior parte deste trabalho concentrou-se nas radiações mais diversas. Infelizmente, um grande número de pequenas radiações e 'não-radiações' foi negligenciado, potencialmente limitando a contribuição do sistema cíclido para nossa compreensão da especiação e radiação adaptativa. Revisei a literatura para identificar 33 radiações intralacustres e 76 radiações falhas. Para o maior número possível, coletei informações sobre o tamanho do lago, idade e relações filogenéticas. Uso esses dados para abordar duas questões: (i) se a taxa de especiação e a riqueza resultante de espécies estão relacionadas à variação temporal e espacial na oportunidade ecológica e (ii) se a probabilidade de sofrer radiação adaptativa é similar para diferentes linhagens de cíclidos africanos. A primeira é uma previsão chave da teoria ecológica da radiação adaptativa que foi presumida verdadeira, mas permanece não testada para radiações cíclidas. A segunda baseia-se na hipótese de que a propensão dos cíclidos a radiar deve-se a uma inovação evolutiva chave compartilhada por todos os cíclidos africanos. As evidências sugerem que a taxa de especiação declina com o tempo conforme os nichos são preenchidos durante a radiação adaptativa: radiações jovens e estágios iniciais de radiações antigas são caracterizadas por altas taxas de especiação, enquanto pelo menos 0,5 Myr após o início de uma radiação, a especiação torna-se muito menos frequente. O número de espécies em radiações cíclidas aumenta com o tamanho do lago, apoiando a previsão de que a diversidade de espécies aumenta com a heterogeneidade do habitat, mas também com a oportunidade de isolamento por distância. Finalmente, os dados sugerem que a propensão a radiar dentro de lagos é uma propriedade derivada que evoluiu durante a história evolutiva de alguns cíclidos africanos, e a aparência da qual não coincide com a aparência de inovações chave propostas em morfologia e história de vida.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2006.3539",
    doi = "10.1098/rspb.2006.3539",
    openalex = "W2097509699",
    references = "doi101038nrg1316, doi101073pnas0506330102"
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@incollection{crossref2013adaptive,
    title = "Demografia Adaptativa",
    year = "2013",
    booktitle = "As Formigas Fogo",
    url = "https://doi.org/10.2307/j.ctv1dp0txz.34",
    doi = "10.2307/j.ctv1dp0txz.34",
    openalex = "W4239753217",
    pages = "295-303"
}

@article{kapralov2013molecular,
    author = "Kapralov, Maxim V. e Votintseva, Antonina A. e Filatov, Dmitry A.",
    title = "Adaptação Molecular durante uma Radiação Adaptativa Rápida",
    year = "2013",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/mst013",
    doi = "10.1093/molbev/mst013",
    number = "5",
    openalex = "W2099176711",
    pages = "1051-1059",
    volume = "30",
    references = "doi101016s0022283605803602, doi101093bioinformatics149817, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093bioinformaticsbtm404, doi101093molbevmsm088, doi101093molbevmsm092, doi101093molbevmsn083, doi101111j251761611995tb02031x, doi105962bhltitle59991, doi105962bhltitle82303"
}

Peixes ciclídeos são famosos por grandes, diversas e replicadas radiações adaptativas nos Grandes Lagos da África Oriental. Para compreender os mecanismos moleculares subjacentes à diversidade fenotípica dos ciclídeos, sequenciamos os genomas e transcriptomas de cinco linhagens de ciclídeos africanos: o tilápia do Nilo (Oreochromis niloticus), uma linhagem ancestral com baixa diversidade; e quatro membros da linhagem da África Oriental: Neolamprologus brichardi/pulcher (radiação mais antiga, Lago Tanganyika), Metriaclima zebra (radiação recente, Lago Malawi), Pundamilia nyererei (radiação muito recente, Lago Vitória) e Astatotilapia burtoni (espécie de água doce ao redor do Lago Tanganyika). Encontramos um excesso de duplicações gênicas na linhagem da África Oriental em comparação com o tilápia e outros teleósteos, uma abundância de divergência de elementos não codificantes, evolução acelerada de sequências codificantes, divergência de expressão associada a inserções de elementos transponíveis e regulação por microRNAs novos. Além disso, analisamos dados de sequenciamento de sessenta indivíduos representando seis espécies estreitamente relacionadas do Lago Vitória, e mostramos seleção diversificadora em todo o genoma em variantes codificantes e regulatórias, algumas das quais foram recrutadas de polimorfismos antigos. Concluímos que vários mecanismos moleculares moldaram os genomas dos ciclídeos da África Oriental e que o acúmulo de variação existente durante períodos de seleção purificadora relaxada pode ter sido importante para facilitar a subsequente diversificação evolutiva.

@article{doi101038nature13726,
    author = "Brawand, David and Wagner, Catherine E. and Li, Yang and Malinsky, Milan and Keller, Irene and Fan, Shaohua and Simakov, Oleg and Ng, Alvin Yu Jin and Lim, Zhi Wei and Bezault, Étienne and Turner-Maier, Jason and Johnson, Jeremy and Alcazar, Rosa and Noh, Hyun Ji and Russell, Pamela and Aken, Bronwen and Alföldi, Jessica and Amemiya, Chris T. and Azzouzi, Naoual and Baroiller, Jean‐François and Barloy-Hubler, Frédérique and Berlin, Aaron and Bloomquist, Ryan F. and Carleton, Karen L. and Conte, Matthew A. and D'Cotta, Hélèna and Eshel, Orly and Gaffney, Leslie and Galibert, Francis and Gante, Hugo F. and Gnerre, Sante and Greuter, Lucie and Guyon, Richard and Haddad, Natalie S. and Haerty, Wilfried and Harris, H. and Hofmann, Hans A. and Hourlier, Thibaut and Hulata, Gideon and Jaffe, David B. and Lara, Marcia and Lee, Alison and MacCallum, Iain and Mwaiko, Salome and Nikaido, Masato and Nishihara, Hidenori and Ozouf‐Costaz, Catherine and Penman, David J. and Przybylski, Dariusz and Rakotomanga, Michaëlle and Renn, Suzy C. P. and Ribeiro, Filipe J. and Ron, Micha and Salzburger, Walter and Sánchez‐Pulido, Luis and Santos, M. Emília and Searle, Steve and Sharpe, Ted and Swofford, Ross and Tan, Frederick J. and Williams, Louise and Young, Sarah and Yin, Shuangye and Okada, Norihiro and Kocher, Thomas D. and Miska, Eric A. and Lander, Eric S. and Venkatesh, Byrappa and Fernald, Russell D. and Meyer, Axel and Ponting, Chris P. and Streelman, J. Todd and Lindblad‐Toh, Kerstin and Seehausen, Ole and Palma, Federica Di",
    title = "The genomic substrate for adaptive radiation in African cichlid fish",
    year = "2014",
    journal = "Nature",
    abstract = "Cichlid fishes are famous for large, diverse and replicated adaptive radiations in the Great Lakes of East Africa. To understand the molecular mechanisms underlying cichlid phenotypic diversity, we sequenced the genomes and transcriptomes of five lineages of African cichlids: the Nile tilapia (Oreochromis niloticus), an ancestral lineage with low diversity; and four members of the East African lineage: Neolamprologus brichardi/pulcher (older radiation, Lake Tanganyika), Metriaclima zebra (recent radiation, Lake Malawi), Pundamilia nyererei (very recent radiation, Lake Victoria), and Astatotilapia burtoni (riverine species around Lake Tanganyika). We found an excess of gene duplications in the East African lineage compared to tilapia and other teleosts, an abundance of non-coding element divergence, accelerated coding sequence evolution, expression divergence associated with transposable element insertions, and regulation by novel microRNAs. In addition, we analysed sequence data from sixty individuals representing six closely related species from Lake Victoria, and show genome-wide diversifying selection on coding and regulatory variants, some of which were recruited from ancient polymorphisms. We conclude that a number of molecular mechanisms shaped East African cichlid genomes, and that amassing of standing variation during periods of relaxed purifying selection may have been important in facilitating subsequent evolutionary diversification.",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature13726",
    doi = "10.1038/nature13726",
    openalex = "W2165933771",
    references = "doi10100703064746897, doi101016jtree200709008, doi101038nature10842, doi101038nature10944, doi101038nrg1316, doi101038nrg3079, doi101093aesa383396, doi101111j15585646200800450x, doi101126science27352781091, doi101126science29054941151, doi1043249780203509104"
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O processo de radiação adaptativa — a proliferação de espécies a partir de um único ancestral e a diversificação em muitas formas ecologicamente diferentes — tem sido de grande interesse para os biólogos evolutivos desde Darwin. Desde meados do século passado, a oportunidade ecológica tem sido invocada como uma chave potencial para entender quando e como a radiação adaptativa ocorre. O interesse no tópico da oportunidade ecológica acelerou à medida que a pesquisa sobre radiação adaptativa experimentou um ressurgimento, impulsionado em parte por avanços nas abordagens filogenéticas para estudar a diversificação evolutiva. Não obstante, o que o termo realmente significa, muito menos como ele leva mecanicamente à diversificação adaptativa, é atualmente debatido; se o termo tem algum valor preditivo ou é uma heurística útil apenas para explicação post hoc também permanece incerto. O reconhecimento recente de que a mudança evolutiva pode ocorrer rapidamente e em uma escala de tempo compatível com os processos ecológicos sugere que é hora de sintetizar as abordagens ecológicas e evolutivas para o estudo da montagem de comunidades e da diversificação evolutiva.

@article{doi101146annurevecolsys121415032254,
    author = "Stroud, James T. e Losos, Jonathan B.",
    title = "Oportunidade Ecológica e Radiação Adaptativa",
    year = "2016",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "O processo de radiação adaptativa — a proliferação de espécies a partir de um único ancestral e a diversificação em muitas formas ecologicamente diferentes — tem sido de grande interesse para os biólogos evolutivos desde Darwin. Desde meados do século passado, a oportunidade ecológica tem sido invocada como uma chave potencial para entender quando e como a radiação adaptativa ocorre. O interesse no tópico da oportunidade ecológica acelerou à medida que a pesquisa sobre radiação adaptativa experimentou um ressurgimento, impulsionado em parte por avanços nas abordagens filogenéticas para estudar a diversificação evolutiva. Não obstante, o que o termo realmente significa, muito menos como ele leva mecanicamente à diversificação adaptativa, é atualmente debatido; se o termo tem algum valor preditivo ou é uma heurística útil apenas para explicação post hoc também permanece incerto. O reconhecimento recente de que a mudança evolutiva pode ocorrer rapidamente e em uma escala de tempo compatível com os processos ecológicos sugere que é hora de sintetizar as abordagens ecológicas e evolutivas para o estudo da montagem de comunidades e da diversificação evolutiva.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-ecolsys-121415-032254",
    doi = "10.1146/annurev-ecolsys-121415-032254",
    openalex = "W2327977699",
    references = "doi101007978146124018114, doi101016jcub201311063, doi101016jearscirev201004001, doi101038nature13726, doi101038ncomms5087, doi101038ngeo1475, doi101073pnas1302642110, doi101086282505, doi101086284196, doi101093behecoart058, doi101093oso97801951223430010001, doi101093oso97801985052350010001, doi101093sysbiosyt050, doi101098rspb20080630, doi101111j14209101201002029x, doi101111j14698137200601864x, doi101111j155856461964tb01674x, doi101111j15585646200800317x, doi101111j15585646201001026x, doi101111nph13230, doi101126sciadv1400253, doi101126science1161833, doi101146annurevearth271463, doi101146annurevecolsys281129, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi101146annurevecolsys39110707173447, doi101371journalpone0089543, doi1015159780691224244, doi1015159781400847266, doi1023072412953, doi1023073545850, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice485062"
}

Eventos de especiação frequentemente ocorrem em rajadas rápidas de diversificação, mas os fatores ecológicos e genéticos que promovem essas radiações ainda são muito debatidos. Usando transcriptomas completos de todas as 13 espécies no clado de tomate selvagem ecologicamente e reprodutivamente diverso (Solanum sect. Lycopersicon), inferimos a filogenia das espécies e os padrões de diversidade genética neste grupo. Apesar da discordância filogenética generalizada devido à ordenação da variação ancestral, datamos a origem dessa radiação para aproximadamente 2,5 milhões de anos atrás e encontramos evidências de pelo menos três fontes de variação genética adaptativa que impulsionam a diversificação. Primeiro, detectamos introgressão tanto historicamente entre linhagens de ramificação inicial quanto recentemente entre populações individuais, em loci específicos cujas funções indicam benefícios adaptativos prováveis. Segundo, encontramos evidências de evolução de novo específica de linhagem para muitos genes, incluindo loci envolvidos na produção de cor vermelha de frutos. Finalmente, usando uma abordagem "PhyloGWAS", detectamos ordenação específica do ambiente da variação ancestral entre populações que vêm de espécies diferentes, mas compartilham condições ambientais comuns. Estimado em todo o clado, frações pequenas, mas substanciais e aproximadamente iguais da porção eucromática do genoma são inferidas para contribuir para cada uma dessas três fontes de variação genética adaptativa. Estes resultados indicam que múltiplas fontes genéticas podem promover rápida diversificação e especiação em resposta a nova oportunidade ecológica, em conformidade com nossa compreensão filogenômica emergente da complexidade tanto de radiações de espécies antigas quanto recentes.

@article{doi101371journalpbio1002379,
    author = "Pease, James B. e Haak, David C. e Hahn, Matthew W. e Moyle, Leonie C.",
    title = "Filogenômica Revela Três Fontes de Variação Adaptativa Durante uma Radiação Rápida",
    year = "2016",
    journal = "PLoS Biology",
    abstract = {Eventos de especiação frequentemente ocorrem em rajadas rápidas de diversificação, mas os fatores ecológicos e genéticos que promovem essas radiações ainda são muito debatidos. Usando transcriptomas completos de todas as 13 espécies no clado de tomate selvagem ecologicamente e reprodutivamente diverso (Solanum sect. Lycopersicon), inferimos a filogenia das espécies e os padrões de diversidade genética neste grupo. Apesar da discordância filogenética generalizada devido à ordenação da variação ancestral, datamos a origem dessa radiação para aproximadamente 2,5 milhões de anos atrás e encontramos evidências de pelo menos três fontes de variação genética adaptativa que impulsionam a diversificação. Primeiro, detectamos introgressão tanto historicamente entre linhagens de ramificação inicial quanto recentemente entre populações individuais, em loci específicos cujas funções indicam benefícios adaptativos prováveis. Segundo, encontramos evidências de evolução de novo específica de linhagem para muitos genes, incluindo loci envolvidos na produção de cor vermelha de frutos. Finalmente, usando uma abordagem "PhyloGWAS", detectamos ordenação específica do ambiente da variação ancestral entre populações que vêm de espécies diferentes, mas compartilham condições ambientais comuns. Estimado em todo o clado, frações pequenas, mas substanciais e aproximadamente iguais da porção eucromática do genoma são inferidas para contribuir para cada uma dessas três fontes de variação genética adaptativa. Estes resultados indicam que múltiplas fontes genéticas podem promover rápida diversificação e especiação em resposta a nova oportunidade ecológica, em conformidade com nossa compreensão filogenômica emergente da complexidade tanto de radiações de espécies antigas quanto recentes.},
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1002379",
    doi = "10.1371/journal.pbio.1002379",
    openalex = "W2272393905",
    references = "doi101038nature10158, doi101038nature11119, doi101038nature13726, doi101093bioinformatics182337, doi101093bioinformaticsbtp352, doi101093bioinformaticsbts635, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093jxberf068, doi101093molbevmsm088, doi101093oso97801985052350010001, doi101111mec12415, doi101126science1157966, doi101126science1188021, doi101126science1194585, doi101146annurevecolsys110512135800, doi101146annurevecolsys39110707173447"
}

A subtribo Espeletiinae (Asteraceae), endêmica das altas elevações nos Andes do Norte, exibe uma diversidade excepcional de espécies, formas de crescimento e estratégias reprodutivas. Este complexo de 140 espécies inclui árvores grandes, árvores dicotômicas, arbustos e as extraordinárias rosetas gigantes caulescentes, consideradas um exemplo clássico de adaptação em ecossistemas de altas elevações tropicais. A subtribo também tem sido reconhecida há muito tempo como um caso proeminente de radiação adaptativa, mas a compreensão de sua evolução tem sido dificultada pela falta de resolução filogenética. Aqui, produzimos a primeira filogenia totalmente resolvida de todos os grupos morfológicos de Espeletiinae, utilizando plastomas inteiros e cerca de um milhão de nucleotídeos nucleares obtidos com um procedimento original de montagem de novo sem genoma de referência, e analisados com abordagens tradicionais e baseadas em coalescência que consideram o possível impacto do ordenamento incompleto de linhagens e hibridização na inferência filogenética. Mostramos que a diversificação de Espeletiinae começou a partir de um ancestral em roseta há cerca de 2,3 Ma, após o último levantamento dos Andes do Norte. Isso foi seguido por duas radiações independentes nos Andes colombianos e venezuelanos, com alguns eventos de dispersão trans-cordilheira entre linhagens arbóreas de baixa elevação, mas nenhum entre rosetas de alta elevação. Demonstramos cenários complexos de mudança morfológica em Espeletiinae, geralmente implicando a evolução convergente de formas de crescimento com perda/ganho frequente de vários traços. Por exemplo, as rosetas caulescentes evoluíram independentemente em ambos os países, provavelmente como adaptações convergentes à vida em habitats de altas elevações tropicais. As formas de crescimento arbóreo evoluíram independentemente três vezes a partir da colonização repetida de elevações mais baixas por ancestrais de rosetas de alta elevação. A taxa de diversificação morfológica aumentou durante a fase inicial da radiação, após a qual diminuiu continuamente até o presente. Por outro lado, a taxa de diversificação de espécies na radiação venezuelana melhor amostrada foi, em média, muito alta (3,1 spp/My), com variação significativa de taxa entre as formas de crescimento (muito maior em rosetas caulescentes polícarpicas). Nossos resultados apontam para um cenário onde tanto a evolução morfológica adaptativa quanto o isolamento geográfico devido às oscilações climáticas do Pleistoceno desencadearam uma radiação excepcionalmente rápida para um grupo de plantas continental.

@article{doi101093sysbiosyy022,
    author = "Pouchon, Charles and Fernández, Ángel and Nassar, Jafet M. and Boyer, Frédéric and Aubert, S. and Lavergne, Sébastien and Mavárez, Jesús",
    title = "Phylogenomic Analysis of the Explosive Adaptive Radiation of the Espeletia Complex (Asteraceae) in the Tropical Andes",
    year = "2018",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "The subtribe Espeletiinae (Asteraceae), endemic to the high-elevations in the Northern Andes, exhibits an exceptional diversity of species, growth-forms, and reproductive strategies. This complex of 140 species includes large trees, dichotomous trees, shrubs and the extraordinary giant caulescent rosettes, considered as a classic example of adaptation in tropical high-elevation ecosystems. The subtribe has also long been recognized as a prominent case of adaptive radiation, but the understanding of its evolution has been hampered by a lack of phylogenetic resolution. Herein, we produce the first fully resolved phylogeny of all morphological groups of Espeletiinae, using whole plastomes and about a million nuclear nucleotides obtained with an original de novo assembly procedure without reference genome, and analyzed with traditional and coalescent-based approaches that consider the possible impact of incomplete lineage sorting and hybridization on phylogenetic inference. We show that the diversification of Espeletiinae started from a rosette ancestor about 2.3 Ma, after the final uplift of the Northern Andes. This was followed by two independent radiations in the Colombian and Venezuelan Andes, with a few trans-cordilleran dispersal events among low-elevation tree lineages but none among high-elevation rosettes. We demonstrate complex scenarios of morphological change in Espeletiinae, usually implying the convergent evolution of growth-forms with frequent loss/gains of various traits. For instance, caulescent rosettes evolved independently in both countries, likely as convergent adaptations to life in tropical high-elevation habitats. Tree growth-forms evolved independently three times from the repeated colonization of lower elevations by high-elevation rosette ancestors. The rate of morphological diversification increased during the early phase of the radiation, after which it decreased steadily towards the present. On the other hand, the rate of species diversification in the best-sampled Venezuelan radiation was on average very high (3.1 spp/My), with significant rate variation among growth-forms (much higher in polycarpic caulescent rosettes). Our results point out a scenario where both adaptive morphological evolution and geographical isolation due to Pleistocene climatic oscillations triggered an exceptionally rapid radiation for a continental plant group.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syy022",
    doi = "10.1093/sysbio/syy022",
    openalex = "W2794322919",
    references = "doi101038ncomms12384"
}

A radiação adaptativa de peixes cíclidos no Lago Malawi, na África Oriental, abrange mais de 500 espécies que são acreditadas ter evoluído nos últimos 800.000 anos a partir de uma população fundadora comum. Propôs-se que a hibridização entre linhagens ancestrais pode fornecer a matéria-prima genética para impulsionar taxas de diversificação excepcionalmente altas, e evidências para isso foram recentemente apresentadas para o supergrupo de cíclidos da região do Lago Vitória. Aqui, relatamos que os genomas de cíclidos do Lago Malawi também mostram evidências de hibridização entre duas linhagens que se separaram há 3-4 Ma, hoje representadas por cíclidos do Lago Vitória e o Astatotilapia sp. "ruaha blue" de água doce. As duas ancestralidades nos genomas de cíclidos de Malawi estão presentes em grandes blocos de vários quilobases, mas há pouca variação neste padrão entre as espécies de cíclidos de Malawi, sugerindo que a estrutura mosaica em grande escala dos genomas foi estabelecida em grande parte antes da radiação. No entanto, dezenas de milhares de variantes polimórficas aparentemente derivadas da hibridização estão espalhadas nos genomas. Esses loci mostram um excesso marcante de diferenciação entre subgrupos ecológicos no conjunto de cíclidos do Lago Malawi, e alelos parentais se separam diferencialmente em linhagens de cíclidos de Malawi bentônicos e pelágicos, consistente com uma forte seleção diferencial nesses loci durante a divergência das espécies. Além disso, esses loci são enriquecidos para genes envolvidos na resposta imune e visão, incluindo genes opsin previamente identificados como importantes para a especiação. Nossos resultados reforçam o papel da hibridização ancestral na diversificação explosiva ao demonstrar sua significância em uma das maiores radiações adaptativas recentes de vertebrados.

@article{doi101093molbevmsz294,
    author = "Svardal, Hannes e Quah, Fu Xiang e Malinsky, Milan e Ngatunga, Benjamin P. e Miska, Eric A. e Salzburger, Walter e Genner, Martin J. e Turner, George F. e Durbin, Richard",
    title = "Hibridização Ancestral Facilitou a Diversificação de Espécies na Radiação Adaptativa de Peixes Cíclidos do Lago Malawi",
    year = "2019",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = {A radiação adaptativa de peixes cíclidos no Lago Malawi, na África Oriental, abrange mais de 500 espécies que são acreditadas ter evoluído nos últimos 800.000 anos a partir de uma população fundadora comum. Propôs-se que a hibridização entre linhagens ancestrais pode fornecer a matéria-prima genética para impulsionar taxas de diversificação excepcionalmente altas, e evidências para isso foram recentemente apresentadas para o supergrupo de cíclidos da região do Lago Vitória. Aqui, relatamos que os genomas de cíclidos do Lago Malawi também mostram evidências de hibridização entre duas linhagens que se separaram há 3-4 Ma, hoje representadas por cíclidos do Lago Vitória e o Astatotilapia sp. "ruaha blue" de água doce. As duas ancestralidades nos genomas de cíclidos de Malawi estão presentes em grandes blocos de vários quilobases, mas há pouca variação neste padrão entre as espécies de cíclidos de Malawi, sugerindo que a estrutura mosaica em grande escala dos genomas foi estabelecida em grande parte antes da radiação. No entanto, dezenas de milhares de variantes polimórficas aparentemente derivadas da hibridização estão espalhadas nos genomas. Esses loci mostram um excesso marcante de diferenciação entre subgrupos ecológicos no conjunto de cíclidos do Lago Malawi, e alelos parentais se separam diferencialmente em linhagens de cíclidos de Malawi bentônicos e pelágicos, consistente com uma forte seleção diferencial nesses loci durante a divergência das espécies. Além disso, esses loci são enriquecidos para genes envolvidos na resposta imune e visão, incluindo genes opsin previamente identificados como importantes para a especiação. Nossos resultados reforçam o papel da hibridização ancestral na diversificação explosiva ao demonstrar sua significância em uma das maiores radiações adaptativas recentes de vertebrados.},
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msz294",
    doi = "10.1093/molbev/msz294",
    openalex = "W2994857231",
    references = "doi101038s415590180717x, doi101038s4157601800439"
}

As radiações adaptativas são laboratórios ricos para explorar, testar e compreender teorias-chave na evolução e ecologia porque oferecem espetaculares demonstrações de especiação e adaptação ecológica. Desafios particulares para o estudo da radiação adaptativa incluem altos níveis de riqueza de espécies, especiação rápida e fluxo gênico entre espécies. Ao longo da última década, tecnologias de sequenciamento de alto rendimento e acesso a dados genômicos de populações reduziram esses desafios ao permitir a análise de amostras de muitos organismos individuais em escalas de genoma completo. Aqui, revisamos como os dados genômicos de populações facilitaram nosso conhecimento sobre radiação adaptativa em cinco áreas-chave: (1) filogenia, (2) hibridização, (3) tempo e taxas de diversificação, (4) a base genômica da evolução de traços e (5) o papel da estrutura do genoma na divergência. Revisamos o conhecimento atual em cada área, destacamos questões em aberto e focamos em métodos que facilitam a detecção de padrões complexos na divergência e demografia de populações ao longo do tempo. É claro que os dados genômicos de populações estão revolucionando a capacidade de reconstruir a história evolutiva em clados em rápida diversificação. Além disso, os estudos estão cada vez mais enfatizando o papel central do fluxo gênico, a reutilização de variação genética existente durante a adaptação e elementos genômicos estruturais como facilitadores do processo de especiação em radiações adaptativas. Destacamos a hibridização e os processos hipotetizados pelos quais ela molda a diversificação, bem como questões que buscam preencher a lacuna entre processos microevolutivos e macroevolutivos como áreas ricas para estudos futuros. No geral, o acesso a dados genômicos de populações facilitou uma era empolgante na pesquisa de radiação adaptativa, com implicações para uma compreensão mais profunda de processos evolutivos fundamentais em toda a árvore da vida.

@article{doi101111mec17574,
    author = "Combrink, Lucia L. e Golcher‐Benavides, Jimena e Lewanski, Alexander L. e Rick, Jessica A. e Rosenthal, William C. e Wagner, Catherine E.",
    title = "Genômica de Populações da Radiação Adaptativa",
    year = "2024",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "As radiações adaptativas são laboratórios ricos para explorar, testar e compreender teorias-chave na evolução e ecologia porque oferecem espetaculares demonstrações de especiação e adaptação ecológica. Desafios particulares para o estudo da radiação adaptativa incluem altos níveis de riqueza de espécies, especiação rápida e fluxo gênico entre espécies. Ao longo da última década, tecnologias de sequenciamento de alto rendimento e acesso a dados genômicos de populações reduziram esses desafios ao permitir a análise de amostras de muitos organismos individuais em escalas de genoma completo. Aqui, revisamos como os dados genômicos de populações facilitaram nosso conhecimento sobre radiação adaptativa em cinco áreas-chave: (1) filogenia, (2) hibridização, (3) tempo e taxas de diversificação, (4) a base genômica da evolução de traços e (5) o papel da estrutura do genoma na divergência. Revisamos o conhecimento atual em cada área, destacamos questões em aberto e focamos em métodos que facilitam a detecção de padrões complexos na divergência e demografia de populações ao longo do tempo. É claro que os dados genômicos de populações estão revolucionando a capacidade de reconstruir a história evolutiva em clados em rápida diversificação. Além disso, os estudos estão cada vez mais enfatizando o papel central do fluxo gênico, a reutilização de variação genética existente durante a adaptação e elementos genômicos estruturais como facilitadores do processo de especiação em radiações adaptativas. Destacamos a hibridização e os processos hipotetizados pelos quais ela molda a diversificação, bem como questões que buscam preencher a lacuna entre processos microevolutivos e macroevolutivos como áreas ricas para estudos futuros. No geral, o acesso a dados genômicos de populações facilitou uma era empolgante na pesquisa de radiação adaptativa, com implicações para uma compreensão mais profunda de processos evolutivos fundamentais em toda a árvore da vida.",
    url = "https://doi.org/10.1111/mec.17574",
    doi = "10.1111/mec.17574",
    openalex = "W4405759961",
    references = "doi101086713445"
}