ATP

@article{doi101016s0016003243913729,
    author = "Oppermann, R.H.",
    title = "Proteínas, aminoácidos e peptídeos",
    year = "1943",
    journal = "Journal of the Franklin Institute",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0016-0032(43)91372-9",
    doi = "10.1016/s0016-0032(43)91372-9",
    openalex = "W2320600355"
}

A cicloheximida e a acetoxicicloheximida inibem especificamente a síntese de proteínas em células L em cultura de suspensão. Em extratos de fígado de rato, os fármacos inibem a transferência de aminoácido do RNA solúvel ao polipeptídeo. Diferentemente da puromicina, esses fármacos não aceleram a liberação de cadeias polipeptídicas nascentes. Os fármacos não têm efeito sobre a síntese de proteínas em extratos de Escherichia coli.

@article{doi101126science14636501474,
    author = "Ennis, Herbert L. e Lubin, Martin",
    title = "Cicloheximida: Aspectos da Inibição da Síntese de Proteínas em Células Mamíferas",
    year = "1964",
    journal = "Science",
    abstract = "A cicloheximida e a acetoxicicloheximida inibem especificamente a síntese de proteínas em células L em cultura de suspensão. Em extratos de fígado de rato, os fármacos inibem a transferência de aminoácido do RNA solúvel ao polipeptídeo. Diferentemente da puromicina, esses fármacos não aceleram a liberação de cadeias polipeptídicas nascentes. Os fármacos não têm efeito sobre a síntese de proteínas em extratos de Escherichia coli.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.146.3650.1474",
    doi = "10.1126/science.146.3650.1474",
    openalex = "W1980224338"
}

Resumo Examinamos a relação funcional in vivo entre o tamanho do pool de trifosfato de ribonucleosídeo purínico e a taxa de acumulação de RNA. Nossas descobertas são as seguintes. A imposição de stringência leva a uma queda de aproximadamente 40% no pool de GTP, que ocorre muito rapidamente; está completa em menos de 10 minutos e ocorre simultaneamente com, ou logo antes, do desligamento da acumulação de RNA. Uma queda um pouco mais lenta de 30% no pool de ATP também foi observada. Em um mutante relaxado, há uma encolhimento momentâneo de ambos os pools, mas eles rapidamente retornam ao normal e, em seguida, expandem. O encolhimento dos pools de ATP e GTP durante a stringência não pode ser explicado como uma resposta de feedback ao bloqueio da acumulação de RNA; quando a acumulação de RNA é bloqueada diretamente por privação de uracila, os pools de ATP e GTP expandem em vez de contrair. O encolhimento dos pools de trifosfato de ribonucleosídeo purínico pode ser suficiente para explicar a taxa reduzida de acumulação de RNA durante a stringência. Quando a síntese de ATP e GTP é bloqueada diretamente por privação de purina, a taxa de acumulação de RNA cai drasticamente com apenas cerca de 40% de encolhimento dos dois pools. Assim, a síntese líquida de RNA in vivo é muito mais sensível à concentração de trifosfato de ribonucleosídeo purínico do que a atividade da RNA polimerase in vitro. O encolhimento apenas do pool de GTP pode ser suficiente para explicar a resposta da acumulação de RNA à stringência. Quando a síntese de GTP é bloqueada diretamente por privação de guanina ou guanósina, uma diminuição moderada no pool de GTP resulta em uma redução desproporcional na síntese líquida de RNA. Apesar da inibição virtualmente completa da síntese líquida de RNA durante a privação de guanósina, a síntese de proteínas prossegue a cerca de 25% da taxa normal. Isso sugere que a síntese e o turnover de RNA mensageiro são muito menos afetados por uma diminuição moderada de GTP do que a acumulação de formas estáveis de RNA.

@article{doi101016s0021925818931054,
    author = "Gallant, Jonathan e Harada, B.",
    title = "The Control of Ribonucleic Acid Synthesis in Escherichia coli",
    year = "1969",
    journal = "Journal of Biological Chemistry",
    abstract = "Resumo Examinamos a relação funcional in vivo entre o tamanho do pool de trifosfato de ribonucleosídeo purínico e a taxa de acumulação de RNA. Nossas descobertas são as seguintes. A imposição de stringência leva a uma queda de aproximadamente 40% no pool de GTP, que ocorre muito rapidamente; está completa em menos de 10 minutos e ocorre simultaneamente com, ou logo antes, do desligamento da acumulação de RNA. Uma queda um pouco mais lenta de 30% no pool de ATP também foi observada. Em um mutante relaxado, há um encolhimento momentâneo de ambos os pools, mas eles rapidamente retornam ao normal e, em seguida, expandem. O encolhimento dos pools de ATP e GTP durante a stringência não pode ser explicado como uma resposta de feedback ao bloqueio da acumulação de RNA; quando a acumulação de RNA é bloqueada diretamente por privação de uracila, os pools de ATP e GTP expandem em vez de contrair. O encolhimento dos pools de trifosfato de ribonucleosídeo purínico pode ser suficiente para explicar a taxa reduzida de acumulação de RNA durante a stringência. Quando a síntese de ATP e GTP é bloqueada diretamente por privação de purina, a taxa de acumulação de RNA cai drasticamente com apenas cerca de 40% de encolhimento dos dois pools. Assim, a síntese líquida de RNA in vivo é muito mais sensível à concentração de trifosfato de ribonucleosídeo purínico do que a atividade da RNA polimerase in vitro. O encolhimento apenas do pool de GTP pode ser suficiente para explicar a resposta da acumulação de RNA à stringência. Quando a síntese de GTP é bloqueada diretamente por privação de guanina ou guanósina, uma diminuição moderada no pool de GTP resulta em uma redução desproporcional na síntese líquida de RNA. Apesar da inibição virtualmente completa da síntese líquida de RNA durante a privação de guanósina, a síntese de proteínas prossegue a cerca de 25% da taxa normal. Isso sugere que a síntese e o turnover de RNA mensageiro são muito menos afetados por uma diminuição moderada de GTP do que a acumulação de formas estáveis de RNA.",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0021-9258(18)93105-4",
    doi = "10.1016/s0021-9258(18)93105-4",
    openalex = "W1592201898"
}

@article{doi1010160005278772904807,
    author = "van Venrooij, W.J.W. e Henshaw, Edgar C. e Hirsch, Carl A.",
    title = "Efeitos da privação de glicose ou de aminoácidos individuais na distribuição de polirribossomos e na taxa de síntese proteica em células mamíferas cultivadas",
    year = "1972",
    journal = "Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Ácidos Nucleicos e Síntese de Proteínas",
    url = "https://doi.org/10.1016/0005-2787(72)90480-7",
    doi = "10.1016/0005-2787(72)90480-7",
    openalex = "W2028193958",
    references = "doi1010160022283669903209, doi1010160022283670900914, doi101016s0015626466805734, doi101016s0021925818625098, doi101016s0021925818649889, doi101016s0021925818931054, doi101038226607a0, doi101038227913a0, doi101042bj0620315, openalexw1785914557"
}

Uma fórmula para a diferença entre aminoácidos combina propriedades que melhor correlacionam com as frequências de substituição de resíduos proteicos: composição, polaridade e volume molecular. As frequências de substituição concordam muito melhor com a diferença química geral entre os resíduos trocados do que com as mudanças mínimas de bases entre seus códons. Os coeficientes de correlação mostram que a fixação de mutações entre aminoácidos dissimilares é geralmente rara.

@article{doi101126science1854154862,
    author = "Grantham, Richard",
    title = "Fórmula de Diferença de Aminoácidos para Ajudar a Explicar a Evolução de Proteínas",
    year = "1974",
    journal = "Science",
    abstract = "Uma fórmula para a diferença entre aminoácidos combina propriedades que melhor correlacionam com as frequências de substituição de resíduos proteicos: composição, polaridade e volume molecular. As frequências de substituição concordam muito melhor com a diferença química geral entre os resíduos trocados do que com as mudanças mínimas de bases entre seus códons. Os coeficientes de correlação mostram que a fixação de mutações entre aminoácidos dissimilares é geralmente rara.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.185.4154.862",
    doi = "10.1126/science.185.4154.862",
    openalex = "W2044573154"
}

@incollection{doi101016b9780080177083500100,
    author = "Munro, Hamish N. e Hübert, Christine e Baliga, B S",
    title = "Regulação da Síntese de Proteínas em Relação ao Fornecimento de Aminoácidos—Uma Revisão**Experimentos não publicados relatados aqui por nós foram apoiados pelas subvenções do Serviço de Saúde Pública dos EUA CA 08893–05 e AM 15364–02.",
    year = "1975",
    booktitle = "Elsevier eBooks",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-08-017708-3.50010-0",
    doi = "10.1016/b978-0-08-017708-3.50010-0",
    openalex = "W9410359",
    references = "doi1010160005278772904807"
}

@article{nakashima1980synthesis,
    author = "Nakashima, T. e Fox, S. W.",
    title = "Síntese de peptídeos a partir de aminoácidos e ATP com proteinóide rico em lisina",
    year = "1980",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf01733146",
    doi = "10.1007/bf01733146",
    number = "4",
    openalex = "W4230509606",
    pages = "363-363",
    volume = "15"
}

@article{nakashima1981formation,
    author = "Nakashima, Tadayoshi e Fox, Sidney W.",
    title = "Formação de peptídeos a partir de aminoácidos por adições únicas ou múltiplas de ATP a suspensões de micropartículas nucleoproteoide",
    year = "1981",
    journal = "Biosystems",
    url = "https://doi.org/10.1016/0303-2647(81)90064-2",
    doi = "10.1016/0303-2647(81)90064-2",
    number = "2",
    openalex = "W1965193662",
    pages = "151-161",
    volume = "14",
    references = "doi101007bf00405480, doi101007bf00927027, doi101007bf01734482, doi1010160303264780900131, doi101016c20090031365, doi101016s0047248478800529, doi101021ja01499a069, doi101038282189a0, openalexw2282054059, openalexw3038835020"
}

@misc{nakashima1981formulation3,
    author = "Nakashima, T. e Fox, S. W",
    title = "Formulação de peptídeos por adições únicas ou múltiplas de ATP a suspensões de micropartículas nucleoproteinoides",
    year = "1981",
    howpublished = "BioSystems, v. 14, p. 151- 161",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Nakashima, T., e Fox, S. W., 1981, Formulação de peptídeos por adições únicas ou múltiplas de ATP a suspensões de micropartículas nucleoproteinoides: BioSystems, v. 14, p. 151- 161.}"
}

Recentemente, relatamos que o controle translacional da síntese proteica por glicose 6-fosfato em lisado de retículo de coelho filtrado por gel é exercido sobre a atividade do fator de iniciação eucariótica (eIF)-2B, o fator que catalisa a troca de GTP por GDP ligado ao eIF-2, por um mecanismo que é independente da fosforilação do eIF-2 (subunidade alfa). Agora demonstramos que duas outras condições regulam a atividade do eIF-2B no lisado de retículo de coelho: poliaminas (espermidina e espermina) e deficiência de aminoácidos. Na ausência de poliaminas adicionadas, a síntese proteica no lisado filtrado por gel é reduzida a cerca de 70% e a atividade do eIF-2B a cerca de 35% do ótimo. O primeiro é provavelmente resultado do segundo, pois encontramos que o lisado de retículo tem cerca do dobro do eIF-2B necessário para reciclar o eIF-2.GDP gerado sob condições de síntese proteica ótima. Em contraste, a redução na atividade do eIF-2B (para cerca de 50% do ótimo) ocorrendo na ausência de aminoácidos adicionados em lisado não fracionado ou filtrado por gel é insuficiente, por si só, para diminuir a taxa de síntese proteica, e a inibição da síntese proteica que realmente ocorre com deficiência de aminoácidos é exercida sobre o alongamento da cadeia de polipeptídeo, não sobre a iniciação. A redução na atividade do eIF-2B ocorrendo com deficiência de aminoácidos não pode ser revertida adicionando mais glicose 6-fosfato ou poliaminas, nem a redução na atividade do eIF-2B vista com deficiência de poliaminas pode ser superada aumentando a glicose 6-fosfato, sugerindo que esses três componentes regulam a atividade do eIF-2B por mecanismos diferentes.

@article{doi101016s0021925820882660,
    author = "Gross, Martin e Rubino, Mark",
    title = "Regulação da Atividade do Fator de Iniciação Eucariótica-2B por Poliaminas e Fome de Aminoácidos em Lisado de Retículo de Coelho",
    year = "1989",
    journal = "Journal of Biological Chemistry",
    abstract = "Recentemente, relatamos que o controle translacional da síntese proteica por glicose 6-fosfato em lisado de retículo de coelho filtrado por gel é exercido sobre a atividade do fator de iniciação eucariótica (eIF)-2B, o fator que catalisa a troca de GTP por GDP ligado ao eIF-2, por um mecanismo que é independente da fosforilação do eIF-2 (subunidade alfa). Agora demonstramos que duas outras condições regulam a atividade do eIF-2B no lisado de retículo de coelho: poliaminas (espermidina e espermina) e deficiência de aminoácidos. Na ausência de poliaminas adicionadas, a síntese proteica no lisado filtrado por gel é reduzida a cerca de 70\% e a atividade do eIF-2B a cerca de 35\% do ótimo. O primeiro é provavelmente resultado do segundo, pois encontramos que o lisado de retículo tem cerca do dobro do eIF-2B necessário para reciclar o eIF-2.GDP gerado sob condições de síntese proteica ótima. Em contraste, a redução na atividade do eIF-2B (para cerca de 50\% do ótimo) ocorrendo na ausência de aminoácidos adicionados em lisado não fracionado ou filtrado por gel é insuficiente, por si só, para diminuir a taxa de síntese proteica, e a inibição da síntese proteica que realmente ocorre com deficiência de aminoácidos é exercida sobre o alongamento da cadeia de polipeptídeo, não sobre a iniciação. A redução na atividade do eIF-2B ocorrendo com deficiência de aminoácidos não pode ser revertida adicionando mais glicose 6-fosfato ou poliaminas, nem a redução na atividade do eIF-2B vista com deficiência de poliaminas pode ser superada aumentando a glicose 6-fosfato, sugerindo que esses três componentes regulam a atividade do eIF-2B por mecanismos diferentes.",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0021-9258(20)88266-0",
    doi = "10.1016/s0021-9258(20)88266-0",
    openalex = "W1511858736",
    references = "doi1010160005278772904807"
}

Em experimentos modelando ambientes vulcânicos ou hidrotermais, aminoácidos foram convertidos em seus peptídeos por uso de (Ni,Fe)S e CO coprecipitados em conjunto com H2S (ou CH3SH) como catalisador e agente de condensação a 100 grausC e pH 7 a 10 sob condições anaeróbicas e aquosas. Estes resultados demonstram que aminoácidos podem ser ativados sob condições geoquimicamente relevantes. Eles apoiam uma origem termofílica da vida e uma aparência precoce de peptídeos na evolução de um metabolismo primordial.

@article{doi101126science2815377670,
    author = "Huber, Claudia e Wächtershäuser, Günter",
    title = "Peptídeos por Ativação de Aminoácidos com CO em Superfícies (Ni,Fe)S: Implicações para a Origem da Vida",
    year = "1998",
    journal = "Science",
    abstract = "Em experimentos modelando ambientes vulcânicos ou hidrotermais, aminoácidos foram convertidos em seus peptídeos por uso de (Ni,Fe)S e CO coprecipitados em conjunto com H2S (ou CH3SH) como catalisador e agente de condensação a 100 grausC e pH 7 a 10 sob condições anaeróbicas e aquosas. Estes resultados demonstram que aminoácidos podem ser ativados sob condições geoquimicamente relevantes. Eles apoiam uma origem termofílica da vida e uma aparência precoce de peptídeos na evolução de um metabolismo primordial.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.281.5377.670",
    doi = "10.1126/science.281.5377.670",
    openalex = "W2166068250",
    references = "doi101016s0047248478800529"
}

A depsipeptídeo cíclico phomalide [cyclo(Val-(E)-Aba-Hpp-Hmp-(R)-Leu); Aba = ácido 2-amino-2-butênico, Hpp = (2S)-2-hidróxi-3-fenilpropanoico, Hmp = (2S)-2-hidróxi-4-metilpentanoico] é a fitotoxina seletiva ao hospedeiro produzida pelo fungo [Leptosphaeria maculans (Desm.) Ces. et de Not., estágio assexuado Phoma lingam (Tode ex Fr.) Desm.] que causa a doença blackleg (uma doença devastadora de várias culturas de brassica economicamente importantes). São descritas sínteses totais eficientes da phomalide, do seu isômero (Z) isophomalide e dos dois análogos di-hidro [(R)-dihydrophomalide e (S)-dihydrophomalide]. Um acoplamento de fragmento [2 + 3] de Cbz-Val-(Z)-Aba com Hpp-Hmp-D-Leu-OBn seguido de desproteção e ciclização forneceu isophomalide, que foi isomerizado diastereosseletivamente para phomalide por adição conjugada de PhSeH seguida de eliminação do correspondente selenóxido. Os análogos di-hidro foram preparados de forma semelhante usando Cbz-Val-(R)-Abu ou Cbz-Val-(S)-Abu (Abu = ácido 2-aminobutanoico) em vez de Cbz-Val-(Z)-Aba. Avaliações biológicas da phomalide, isophomalide e dos dihydrophomalides revelaram que apenas a phomalide (10(-)(5) M) causou lesões necróticas, cloróticas e avermelhadas em folhas de canola (Brassica napus e Brassica rapa; suscetíveis à blackleg), enquanto nenhum dano foi observado em folhas de mostarda marrom (Brassica juncea; resistente à blackleg) ou mostarda branca (Sinapis alba; resistente à blackleg), mesmo em concentrações significativamente mais altas (10(-)(4) M). Assim, tanto a presença quanto a configuração da ligação dupla são cruciais para a fitotoxicidade seletiva. Esta é a primeira síntese relatada de um produto natural contendo (E)-Aba e, importante, a abordagem de isomerização (Z) --> (E) deve ser aplicável a outros alvos (depsi)peptídicos, permitindo assim investigar o efeito da configuração da ligação dupla sobre várias propriedades.

@article{doi101021jo982376p,
    author = "Ward, Dale E. and Vázquez, Alfredo Macías and Pedras, M. Soledade C.",
    title = "Probing Host-Selective Phytotoxicity: Synthesis and Biological Activity of Phomalide, Isophomalide, and Dihydrophomalide",
    year = "1999",
    journal = "The Journal of Organic Chemistry",
    abstract = "The cyclic depsipeptide phomalide [cyclo(Val-(E)-Aba-Hpp-Hmp-(R)-Leu); Aba = 2-amino-2-butenoic acid, Hpp = (2S)-2-hydroxy-3-phenylpropanoic acid, Hmp = (2S)-2-hydroxy-4-methylpentanoic acid] is the host-selective phytotoxin produced by the fungus [Leptosphaeria maculans (Desm.) Ces. et de Not., asexual stage Phoma lingam (Tode ex Fr.) Desm.] which causes blackleg disease (a devastating disease of several economically important brassica crops). Efficient total syntheses of phomalide, its (Z)-isomer isophomalide, and the two dihydro analogues [(R)-dihydrophomalide and (S)-dihydrophomalide] are described. A [2 + 3] fragment coupling of Cbz-Val-(Z)-Aba with Hpp-Hmp-D-Leu-OBn followed by deprotection and cyclization gave isophomalide which was diastereoselectively isomerized to phomalide by conjugate addition of PhSeH followed by elimination of the corresponding selenoxide. The dihydro analogues were prepared similarly using Cbz-Val-(R)-Abu or Cbz-Val-(S)-Abu (Abu = 2-aminobutanoic acid) in place of Cbz-Val-(Z)-Aba. Biological evaluations of phomalide, isophomalide, and the dihydrophomalides revealed that only phomalide (10(-)(5) M) caused necrotic, chlorotic, and reddish lesions on canola (Brassica napus and Brassica rapa; susceptible to blackleg) leaves whereas no damage was observed on brown mustard (Brassica juncea; resistant to blackleg) or white mustard (Sinapis alba; resistant to blackleg) leaves, even at significantly higher concentrations (10(-)(4) M). Thus, both the presence and configuration of the double bond is crucial for selective phytotoxicity. This is the first reported synthesis of an (E)-Aba-containing natural product, and importantly, the (Z) --> (E) isomerization approach should be applicable to other (depsi)peptide targets thereby allowing investigation of the effect of the double-bond configuration on various properties.",
    url = "https://doi.org/10.1021/jo982376p",
    doi = "10.1021/jo982376p",
    openalex = "W2027670418",
    references = "mazur1983synthesis"
}

Quase todas as discussões sobre química pré-biótica assumem que os aminoácidos, nucleotídeos e possivelmente outros monômeros foram primeiro formados na Terra ou trazidos a ela em cometas e meteoritos, e depois condensados não enzimaticamente para formar produtos oligoméricos. No entanto, tentativas de demonstrar plausivelmente reações de polimerização pré-biótica tiveram sucesso limitado. Mostramos que o sulfeto de carbonila (COS), um gás vulcânico simples, provoca a formação de peptídeos a partir de aminoácidos sob condições brandas em solução aquosa. Dependendo das condições da reação e dos aditivos utilizados, a exposição de aminoácidos alfa ao COS gera peptídeos com rendimentos de até 80% em minutos a horas à temperatura ambiente.

@article{doi101126science1102722,
    author = "Leman, Luke J. e Orgel, Leslie E. e Ghadiri, M. Reza",
    title = "Formação Pré-biótica de Peptídeos Mediada por Sulfeto de Carbonila",
    year = "2004",
    journal = "Science",
    abstract = "Quase todas as discussões sobre química pré-biótica assumem que os aminoácidos, nucleotídeos e possivelmente outros monômeros foram primeiro formados na Terra ou trazidos a ela em cometas e meteoritos, e depois condensados não enzimaticamente para formar produtos oligoméricos. No entanto, tentativas de demonstrar plausivelmente reações de polimerização pré-biótica tiveram sucesso limitado. Mostramos que o sulfeto de carbonila (COS), um gás vulcânico simples, provoca a formação de peptídeos a partir de aminoácidos sob condições brandas em solução aquosa. Dependendo das condições da reação e dos aditivos utilizados, a exposição de aminoácidos alfa ao COS gera peptídeos com rendimentos de até 80\% em minutos a horas à temperatura ambiente.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1102722",
    doi = "10.1126/science.1102722",
    openalex = "W2165194928"
}

As aminoacil-tRNA sintetases catalisam a ligação de aminoácidos cognatos a moléculas específicas de tRNA. Para prevenir erros potenciais na síntese proteica causados pela ativação incorreta de aminoácidos não cognatos, algumas sintetases evoluíram mecanismos de edição para hidrolisar aminoácidos mal ativados (edição pré-transferência) ou tRNAs mal aminoacilados (edição pós-transferência). No caso da edição pós-transferência, as sintetases empregam um domínio de edição separado que é distinto do sítio de ativação de aminoácidos, e o mecanismo acredita-se envolver o transporte do extremo flexível CCA-3' do tRNA do sítio ativo sintético para o sítio de hidrólise. O mecanismo de edição pré-transferência é menos bem compreendido e, na maioria dos casos, o sítio exato de edição pré-transferência não foi conclusivamente identificado. Aqui, investigamos a atividade de edição pré-transferência de prolil-tRNA sintetases da classe II de cinco espécies representando todos os três reinos da vida. Para localizar o sítio de edição pré-transferência, foram construídos mutantes truncados deletando o domínio de inserção característico de espécies bacterianas de prolil-tRNA sintetase, que é o sítio de edição pós-transferência, ou os domínios de extensão N- ou C-terminal de enzimas eucarióticas e arqueais. Além disso, o mecanismo de edição pré-transferência da prolil-tRNA sintetase de Escherichia coli foi investigado em detalhes. Estes estudos mostram que um domínio de edição separado não é necessário para a edição pré-transferência pela prolil-tRNA sintetase. O sítio ativo de aminoacilação desempenha um papel significativo na preservação da fidelidade da tradução ao atuar como um filtro que libera seletivamente adenilatos não cognatos para a solução, enquanto protege o adenilato cognato da hidrólise.

@article{doi101074jbcm605856200,
    author = "Hati, Sanchita e Ziervogel, Brigitte e Sternjohn, Julius e Wong, Fai-Chu e Nagan, Maria C e Rosen, Abbey E e Siliciano, Paul G e Chihade, Joseph W e Musier-Forsyth, Karin",
    title = {Edição pré-transferência pela prolil-tRNA sintetase da classe II: papel do sítio ativo de aminoacilação na "liberação seletiva" de aminoácidos não cognatos.},
    year = "2006",
    journal = "The Journal of biological chemistry",
    abstract = "As aminoacil-tRNA sintetases catalisam a ligação de aminoácidos cognatos a moléculas específicas de tRNA. Para prevenir erros potenciais na síntese proteica causados pela ativação incorreta de aminoácidos não cognatos, algumas sintetases evoluíram mecanismos de edição para hidrolisar aminoácidos mal ativados (edição pré-transferência) ou tRNAs mal aminoacilados (edição pós-transferência). No caso da edição pós-transferência, as sintetases empregam um domínio de edição separado que é distinto do sítio de ativação de aminoácidos, e o mecanismo acredita-se envolver o transporte do extremo flexível CCA-3' do tRNA do sítio ativo sintético para o sítio de hidrólise. O mecanismo de edição pré-transferência é menos bem compreendido e, na maioria dos casos, o sítio exato de edição pré-transferência não foi conclusivamente identificado. Aqui, investigamos a atividade de edição pré-transferência de prolil-tRNA sintetases da classe II de cinco espécies representando todos os três reinos da vida. Para localizar o sítio de edição pré-transferência, foram construídos mutantes truncados deletando o domínio de inserção característico de espécies bacterianas de prolil-tRNA sintetase, que é o sítio de edição pós-transferência, ou os domínios de extensão N- ou C-terminal de enzimas eucarióticas e arqueais. Além disso, o mecanismo de edição pré-transferência da prolil-tRNA sintetase de Escherichia coli foi investigado em detalhes. Estes estudos mostram que um domínio de edição separado não é necessário para a edição pré-transferência pela prolil-tRNA sintetase. O sítio ativo de aminoacilação desempenha um papel significativo na preservação da fidelidade da tradução ao atuar como um filtro que libera seletivamente adenilatos não cognatos para a solução, enquanto protege o adenilato cognato da hidrólise.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/16864571/",
    doi = "10.1074/jbc.M605856200",
    openalex = "W2063309485",
    pmid = "16864571",
    references = "doi101016s0021925818968419, doi101016s0092867400001823, doi101016s0092867400807461, doi101016s1097276503000984, doi101038347203a0, doi101073pnas494517, doi101073pnas71104135, doi101126science2805363578, doi101126science28554301074, doi101126science7530860"
}

@misc{crossref2007fungicides,
    title = "Fungicidas que atuam sobre aminoácidos e síntese proteica",
    year = "2007",
    booktitle = "Compostos modernos de proteção de culturas",
    url = "https://doi.org/10.1002/9783527619580.ch14",
    doi = "10.1002/9783527619580.ch14",
    openalex = "W2484495979",
    pages = "539-560",
    references = "doi1010160732889386900441, doi101016c20130036511, doi101016s0261219499000745, doi101094pd750287, doi101126science14636501474, doi101128mr5711381631993, doi101146annurevmi25100171002415, doi101146annurevphyto40120301093927, doi103181003797275514461, doi105860choice410673"
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@misc{buchenauer2011fungicides,
    author = "Buchenauer, Heinrich e Walker, Frank e Gisi, Ulrich e Müller, Urs",
    title = "Fungicidas que atuam sobre Aminoácidos e Síntese de Proteínas",
    year = "2011",
    booktitle = "Compostos Modernos de Proteção de Cultivos",
    url = "https://doi.org/10.1002/9783527644179.ch16",
    doi = "10.1002/9783527644179.ch16",
    openalex = "W1564701801",
    pages = "693-714",
    references = "doi1010160732889386900441, doi101016s0261219499000745, doi101094pd750287, doi101126science14636501474, doi101128mr5711381631993, doi101146annurevmi25100171002415, doi101146annurevphyto40120301093927, doi103181003797275514461, doi105860choice410673, openalexw2992285622"
}

A pesquisa sobre a origem de ácidos nucleicos e proteínas tem sido abordada por meio de síntese multietapa ou reações simples de um pote, mas a exploração de sua química pré-biótica é normalmente feita separadamente. No entanto, se nucleotídeos e aminoácidos coexistissem na Terra primitiva, suas interações mútuas e reatividade devem ser consideradas ao explorar o surgimento de sistemas químicos complexos que podem evoluir. Para explorar essa ideia, propusemos investigar a formação de nucleotídeos/nucleosídeos por uma simples reação de desidratação dos blocos constituintes (açúcar, fosfato e base nitrogenada) na presença de aminoácidos (ou seja, glicina, arginina, ácido glutâmico, treonina, metionina, fenilalanina e triptofano). Aqui, relatamos o primeiro exemplo de formação simultânea de ligações glicosídicas entre ribose, purinas e pirimidinas em condições brandas sem catalisador ou reagentes ativados, bem como troca de base nitrogenada. Observamos não apenas a formação simultânea de isômeros de nucleotídeo e nucleosídeo a partir de várias bases nitrogenadas, mas também a seleção da distribuição de produtos de glicosilação quando a glicina estava presente. Este trabalho mostra como as redes de reação de nucleotídeos e aminoácidos devem ser consideradas ao explorar o surgimento de redes catalíticas no contexto da evolução molecular.

@misc{doi1026434chemrxiv6972785,
    author = "Suárez-Marina, Irene e Turk-MacLeod, Rebecca e Abul‐Haija, Yousef M. e Gromski, Piotr S. e Cooper, Geoffrey M. e Cronin, Leroy",
    title = "Síntese Integrada de Nucleotídeos e Nucleosídeos Dirigidos por Aminoácidos",
    year = "2018",
    booktitle = "ChemRxiv",
    abstract = "A pesquisa sobre a origem de ácidos nucleicos e proteínas tem sido abordada por meio de síntese multietapa ou reações simples de um pote, mas a exploração de sua química pré-biótica é normalmente feita separadamente. No entanto, se nucleotídeos e aminoácidos coexistissem na Terra primitiva, suas interações mútuas e reatividade devem ser consideradas ao explorar o surgimento de sistemas químicos complexos que podem evoluir. Para explorar essa ideia, propusemos investigar a formação de nucleotídeos/nucleosídeos por uma simples reação de desidratação dos blocos constituintes (açúcar, fosfato e base nitrogenada) na presença de aminoácidos (ou seja, glicina, arginina, ácido glutâmico, treonina, metionina, fenilalanina e triptofano). Aqui, relatamos o primeiro exemplo de formação simultânea de ligações glicosídicas entre ribose, purinas e pirimidinas em condições brandas sem catalisador ou reagentes ativados, bem como troca de base nitrogenada. Observamos não apenas a formação simultânea de isômeros de nucleotídeo e nucleosídeo a partir de várias bases nitrogenadas, mas também a seleção da distribuição de produtos de glicosilação quando a glicina estava presente. Este trabalho mostra como as redes de reação de nucleotídeos e aminoácidos devem ser consideradas ao explorar o surgimento de redes catalíticas no contexto da evolução molecular.",
    url = "https://doi.org/10.26434/chemrxiv.6972785",
    doi = "10.26434/chemrxiv.6972785",
    openalex = "W4240956472",
    references = "doi101016jcelrep201512015, doi101016jchembiol201303012, doi101021cr2004844, doi101021jo062586z, doi101038nature08013, doi101038ncomms11328, doi101038ncomms9385, doi101126science1102722, doi101126science1174577, doi101126scienceaad2808, nakashima1980synthesis"
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A pesquisa sobre a origem de ácidos nucleicos e proteínas tem sido abordada por meio de síntese multietapa ou reações simples em uma única etapa, mas a exploração de sua química pré-biótica é normalmente feita separadamente. No entanto, se nucleotídeos e aminoácidos coexistissem na Terra primitiva, suas interações mútuas e reatividade devem ser consideradas ao explorar o surgimento de sistemas químicos complexos que podem evoluir. Para explorar essa ideia, propusemos investigar a formação de nucleotídeos/nucleosídeos por uma simples reação de desidratação dos blocos constituintes (açúcar, fosfato e base nitrogenada) na presença de aminoácidos (ou seja, glicina, arginina, ácido glutâmico, treonina, metionina, fenilalanina e triptofano). Aqui, relatamos o primeiro exemplo de formação simultânea de ligações glicosídicas entre ribose, purinas e pirimidinas em condições brandas sem catalisador ou reagentes ativados, bem como troca de base nitrogenada. Observamos não apenas a formação simultânea de isômeros de nucleotídeos e nucleosídeos a partir de várias bases nitrogenadas, mas também a seleção da distribuição de produtos de glicosilação quando a glicina estava presente. Este trabalho mostra como as redes de reação de nucleotídeos e aminoácidos devem ser consideradas ao explorar o surgimento de redes catalíticas no contexto da evolução molecular.

@misc{doi1026434chemrxiv6972785v1,
    author = "Suárez-Marina, Irene e Turk-MacLeod, Rebecca e Abul‐Haija, Yousef M. e Gromski, Piotr S. e Cooper, Geoffrey M. e Cronin, Leroy",
    title = "Síntese Integrada de Nucleotídeos e Nucleosídeos Dirigidos por Aminoácidos",
    year = "2018",
    booktitle = "ChemRxiv",
    abstract = "A pesquisa sobre a origem de ácidos nucleicos e proteínas tem sido abordada por meio de síntese multietapa ou reações simples em uma única etapa, mas a exploração de sua química pré-biótica é normalmente feita separadamente. No entanto, se nucleotídeos e aminoácidos coexistissem na Terra primitiva, suas interações mútuas e reatividade devem ser consideradas ao explorar o surgimento de sistemas químicos complexos que podem evoluir. Para explorar essa ideia, propusemos investigar a formação de nucleotídeos/nucleosídeos por uma simples reação de desidratação dos blocos constituintes (açúcar, fosfato e base nitrogenada) na presença de aminoácidos (ou seja, glicina, arginina, ácido glutâmico, treonina, metionina, fenilalanina e triptofano). Aqui, relatamos o primeiro exemplo de formação simultânea de ligações glicosídicas entre ribose, purinas e pirimidinas em condições brandas sem catalisador ou reagentes ativados, bem como troca de base nitrogenada. Observamos não apenas a formação simultânea de isômeros de nucleotídeos e nucleosídeos a partir de várias bases nitrogenadas, mas também a seleção da distribuição de produtos de glicosilação quando a glicina estava presente. Este trabalho mostra como as redes de reação de nucleotídeos e aminoácidos devem ser consideradas ao explorar o surgimento de redes catalíticas no contexto da evolução molecular.",
    url = "https://doi.org/10.26434/chemrxiv.6972785.v1",
    doi = "10.26434/chemrxiv.6972785.v1",
    openalex = "W4254625127",
    references = "doi101016jcelrep201512015, doi101016jchembiol201303012, doi101021cr2004844, doi101021jo062586z, doi101038nature08013, doi101038ncomms11328, doi101038ncomms9385, doi101126science1102722, doi101126science1174577, doi101126scienceaad2808, nakashima1980synthesis"
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@misc{crossref2019fungicides,
    title = "Fungicidas que atuam sobre aminoácidos e síntese proteica",
    year = "2019",
    booktitle = "Compostos modernos de proteção de culturas",
    url = "https://doi.org/10.1002/9783527699261.ch16",
    doi = "10.1002/9783527699261.ch16",
    openalex = "W4238007333",
    pages = "749-759",
    references = "doi101002chem200801831, doi101002ps3506, doi1010079783319233710, doi101016s0261219499000745, doi101094pdis09130970re, doi101094phyto9820205, doi101111mpp12384, doi101128aem0265512, doi103389fmicb201702361, doi105860choice410673"
}

Os papéis fundamentais que os peptídeos e as proteínas desempenham na biologia de hoje tornam quase indiscutível que os peptídeos foram jogadores-chave na origem da vida. Na medida em que é apropriado extrapolar para trás da biologia existente para o mundo pré-biótico, deve-se reconhecer a importância crítica que redes moleculares interconectadas, provavelmente com peptídeos como componentes-chave, teriam desempenhado na origem da vida. Nesta revisão, resumimos processos químicos envolvendo peptídeos que poderiam ter contribuído para a evolução química inicial, com ênfase nas interações moleculares entre peptídeos e outras classes de moléculas orgânicas. Primeiro, resumimos mecanismos pelos quais aminoácidos e blocos de construção semelhantes poderiam ter sido produzidos e elaborados em proto-peptídeos. Em seguida, são discutidas as interações não covalentes de peptídeos com outros peptídeos, bem como com ácidos nucleicos, lipídios, carboidratos, íons metálicos e moléculas aromáticas, em relação aos possíveis papéis dessas interações na evolução química da estrutura e função. Finalmente, descrevemos pesquisas envolvendo alternativas estruturais aos peptídeos e adutos covalentes entre aminoácidos/peptídeos e outras classes de moléculas. Propomos que futuros avanços abundantes na química da origem da vida emergirão de investigações de sistemas químicos interconectados nos quais interações sinérgicas entre diferentes classes de moléculas surgem.

@article{doi101021acschemrev9b00664,
    author = "Frenkel‐Pinter, Moran e Samanta, Mousumi e Ashkenasy, Gonen e Leman, Luke J.",
    title = "Peptídeos Pré-bióticos: Hubs Moleculares na Origem da Vida",
    year = "2020",
    journal = "Chemical Reviews",
    abstract = "Os papéis fundamentais que os peptídeos e as proteínas desempenham na biologia de hoje tornam quase indiscutível que os peptídeos foram jogadores-chave na origem da vida. Na medida em que é apropriado extrapolar para trás da biologia existente para o mundo pré-biótico, deve-se reconhecer a importância crítica que redes moleculares interconectadas, provavelmente com peptídeos como componentes-chave, teriam desempenhado na origem da vida. Nesta revisão, resumimos processos químicos envolvendo peptídeos que poderiam ter contribuído para a evolução química inicial, com ênfase nas interações moleculares entre peptídeos e outras classes de moléculas orgânicas. Primeiro, resumimos mecanismos pelos quais aminoácidos e blocos de construção semelhantes poderiam ter sido produzidos e elaborados em proto-peptídeos. Em seguida, são discutidas as interações não covalentes de peptídeos com outros peptídeos, bem como com ácidos nucleicos, lipídios, carboidratos, íons metálicos e moléculas aromáticas, em relação aos possíveis papéis dessas interações na evolução química da estrutura e função. Finalmente, descrevemos pesquisas envolvendo alternativas estruturais aos peptídeos e adutos covalentes entre aminoácidos/peptídeos e outras classes de moléculas. Propomos que futuros avanços abundantes na química da origem da vida emergirão de investigações de sistemas químicos interconectados nos quais interações sinérgicas entre diferentes classes de moléculas surgem.",
    url = "https://doi.org/10.1021/acs.chemrev.9b00664",
    doi = "10.1021/acs.chemrev.9b00664",
    openalex = "W3008483803",
    references = "doi101002anie201208397, doi101007pl00006565, doi101021cr2004844, doi101021ja01499a069, doi101038nchem2878, doi101038s415700160012, doi101073pnas9784112, doi101098rsob130156, doi101101cshperspecta034801, doi101126science1161527, doi1011861759220832, fox1958thermal"
}

As proteínas de choque térmico da família de 70-kDa (Hsp70s) são chaperonas moleculares altamente abundantes e conservadas que ajudam a preservar a proteostase, principalmente facilitando o dobramento adequado de proteínas. A proteína de choque térmico da família de 110-kDa (Hsp110s), um ramo especializado da superfamília Hsp70/Hsp110, funciona tanto como co-chaperona do fator de troca de nucleotídeos (NEF) para Hsp70s quanto como chaperona independente "holdase" que estabiliza polipeptídeos não nativos para prevenir agregação e facilitar o redobramento subsequente por Hsp70s. Embora a atividade NEF de Hsp110 seja bem caracterizada, as consequências da ligação de adenosina 5'-trifosfato (ATP) para o comportamento holdase de Hsp110 permaneceram em grande parte inexploradas. Embora a atividade holdase seja geralmente considerada independente de nucleotídeos, relatos de efeitos dependentes de ATP levantaram questões sobre o mecanismo subjacente. Aqui, examinamos as propriedades bioquímicas de Multicopy Suppressor of ira1 3 (Msi3), a única Hsp110 em Candida albicans, para dissecar o papel do ATP na função holdase. Primeiro, identificamos um efeito inibitório de concentrações elevadas de Mg2+ na atividade holdase de Msi3. Este efeito inibitório é contrabalançado pelo segmento C-terminal intrinsecamente desordenado, revelando um papel de estabilização distinto para esta região, anteriormente de função desconhecida. Além disso, o ATP alivia a inibição por Mg2+ elevado, fornecendo uma explicação para uma aparente dependência de ATP observada anteriormente. Curiosamente, embora dispensável para a supressão de agregação, o ATP modula a atividade holdase de Msi3 para competência de redobramento ao ampliar a faixa de concentração na qual permanece produtivo. Aumentar a concentração de Msi3 melhorou a recuperação geral de redobramento subsequente, mas retardou a cinética de redobramento, e o ATP aliviou essa restrição cinética. As análises de Hsp105, a principal Hsp110 humana, sugerem que essas propriedades bioquímicas são em grande parte conservadas. Juntos, essas descobertas sugerem que o ATP modula a atividade holdase de Hsp110 ajustando o equilíbrio entre sequestro de substrato e dinâmica de engajamento, revelando uma dimensão regulatória dependente de ATP da função holdase de Hsp110 que é mecanisticamente distinta de sua atividade NEF.

@article{doi101002pro70575,
    author = "Kidd, Justin M e Sun, Cancan e Garay, Alissa e Keplinger, Mitchell e Richter, Colin e May, Aaron E e Liu, Qinglian",
    title = "ATP modula a atividade holdase de proteínas de choque térmico fúngicas e humanas de 110-kilodalton para promover o dobramento de proteínas.",
    year = "2026",
    journal = "Protein science: uma publicação da Protein Society",
    abstract = {As proteínas de choque térmico da família de 70-kDa (Hsp70s) são chaperonas moleculares altamente abundantes e conservadas que ajudam a preservar a proteostase, principalmente facilitando o dobramento adequado de proteínas. A proteína de choque térmico da família de 110-kDa (Hsp110s), um ramo especializado da superfamília Hsp70/Hsp110, funciona tanto como co-chaperona do fator de troca de nucleotídeos (NEF) para Hsp70s quanto como chaperona independente "holdase" que estabiliza polipeptídeos não nativos para prevenir agregação e facilitar o redobramento subsequente por Hsp70s. Embora a atividade NEF de Hsp110 seja bem caracterizada, as consequências da ligação de adenosina 5'-trifosfato (ATP) para o comportamento holdase de Hsp110 permaneceram em grande parte inexploradas. Embora a atividade holdase seja geralmente considerada independente de nucleotídeos, relatos de efeitos dependentes de ATP levantaram questões sobre o mecanismo subjacente. Aqui, examinamos as propriedades bioquímicas de Multicopy Suppressor of ira1 3 (Msi3), a única Hsp110 em Candida albicans, para dissecar o papel do ATP na função holdase. Primeiro, identificamos um efeito inibitório de concentrações elevadas de Mg2+ na atividade holdase de Msi3. Este efeito inibitório é contrabalançado pelo segmento C-terminal intrinsecamente desordenado, revelando um papel de estabilização distinto para esta região, anteriormente de função desconhecida. Além disso, o ATP alivia a inibição por Mg2+ elevado, fornecendo uma explicação para uma aparente dependência de ATP observada anteriormente. Curiosamente, embora dispensável para a supressão de agregação, o ATP modula a atividade holdase de Msi3 para competência de redobramento ao ampliar a faixa de concentração na qual permanece produtivo. Aumentar a concentração de Msi3 melhorou a recuperação geral de redobramento subsequente, mas retardou a cinética de redobramento, e o ATP aliviou essa restrição cinética. As análises de Hsp105, a principal Hsp110 humana, sugerem que essas propriedades bioquímicas são em grande parte conservadas. Juntos, essas descobertas sugerem que o ATP modula a atividade holdase de Hsp110 ajustando o equilíbrio entre sequestro de substrato e dinâmica de engajamento, revelando uma dimensão regulatória dependente de ATP da função holdase de Hsp110 que é mecanisticamente distinta de sua atividade NEF.},
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42043290/",
    doi = "10.1002/pro.70575",
    pmid = "42043290"
}