Biogênese

@misc{valleryradot1922fermentations41,
    author = "Vallery-Radot, P",
    title = "Fermentations et Générations dites Spontanées",
    year = "1922",
    howpublished = "Paris, Masson et Cie, v. II",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Vallery-Radot, P., 1922, Fermentations et Générations dites Spontanées: Paris, Masson et Cie, v. II.}"
}

@misc{haldane1929the8,
    author = "Haldane, J. B. S",
    title = "A Origem da Vida, em Bernal, J. D., ed., A Origem da Vida",
    year = "1929",
    howpublished = "Londres, Weidenfeld and Nicolson, p. 242-249; Originalmente publicado em The Rationalist Annual , 1929",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Haldane, J. B. S., 1929, A Origem da Vida, em Bernal, J. D., ed., A Origem da Vida: Londres, Weidenfeld and Nicolson, p. 242-249; Originalmente publicado em The Rationalist Annual , 1929.}"
}

@article{doi1023072420646,
    author = "Just, Th. e Опарин, А. И. e Morgulis, Sergius",
    title = "A Origem da Vida.",
    year = "1938",
    journal = "The American Midland Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.2307/2420646",
    doi = "10.2307/2420646",
    openalex = "W2000676511"
}

@misc{herrera1942a9,
    author = "Herrera, A. L",
    title = "Uma nova teoria sobre a origem e a natureza da vida",
    year = "1942",
    howpublished = "Science, v. 96, p. 2497",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Herrera, A. L., 1942, Uma nova teoria sobre a origem e a natureza da vida: Science, v. 96, p. 2497.}"
}

Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), uma revista revisada por pares da National Academy of Sciences (NAS) - uma fonte autoritária de pesquisa original de alto impacto que abrange amplamente as ciências biológicas, físicas e sociais.

@article{doi101073pnas384351,
    author = "Urey, Harold C.",
    title = "On the Early Chemical History of the Earth and the Origin of Life",
    year = "1952",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), uma revista revisada por pares da National Academy of Sciences (NAS) - uma fonte autoritária de pesquisa original de alto impacto que abrange amplamente as ciências biológicas, físicas e sociais.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.38.4.351",
    doi = "10.1073/pnas.38.4.351",
    openalex = "W2081145627",
    references = "doi101126science1142964416"
}

@book{wigner1961the44,
    author = "Wigner, E",
    title = "A probabilidade da existência de uma unidade auto-reprodutora, em The Logic of Personal Knowledge",
    year = "1961",
    publisher = "Glencoe, Ill., The Free Press, p. 231-238",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Wigner, E., 1961, A probabilidade da existência de uma unidade auto-reprodutora, em The Logic of Personal Knowledge: Glencoe, Ill., The Free Press, p. 231-238.}"
}

@incollection{vegotsky1962protein42,
    author = "Vegotsky, A. e Fox, S. W",
    editor = "Florkin, M. e Mason, H. S.",
    title = "Moléculas de proteínas: variações intraespecíficas e interespecíficas",
    year = "1962",
    booktitle = "Bioquímica Comparativa",
    publisher = "Nova York, Academic Press, v. IV, p. 185-224",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Vegotsky, A., e Fox, S. W., 1962, Moléculas de proteínas: variações intraespecíficas e interespecíficas, em Florkin, M., e Mason, H. S., eds., Bioquímica Comparativa: Nova York, Academic Press, v. IV, p. 185-224.}"
}

@misc{bernal1967the1,
    author = "Bernal, J. D",
    title = "A Origem da Vida",
    year = "1967",
    howpublished = "Londres, Weidenfeld and Nicolson, 345 p",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Bernal, J. D., 1967, A Origem da Vida: Londres, Weidenfeld and Nicolson, 345 p.}"
}

@misc{rohlfing1967the30,
    author = "Rohlfing, D. L",
    title = "A decarboxilação catalítica do ácido oxaloacético por poliaminoácidos preparados termicamente",
    year = "1967",
    howpublished = "Archives of Biochemistry and Biophysiology, v. 118, p. 468-474",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Rohlfing, D. L., 1967, A decarboxilação catalítica do ácido oxaloacético por poliaminoácidos preparados termicamente: Archives of Biochemistry and Biophysiology, v. 118, p. 468-474.}"
}

@misc{usdin1967inhibition40,
    author = "Usdin, V. R. e Mitz, M. A. e Killos, P. J",
    title = "Inibição e reativação da atividade catalítica de um copolímero de aminoácidos térmicos",
    year = "1967",
    howpublished = "Archives of Biochemistry and Biophysiology, v. 122, p. 258-261",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Usdin, V. R., Mitz, M. A., e Killos, P. J., 1967, Inibição e reativação da atividade catalítica de um copolímero de aminoácidos térmicos: Archives of Biochemistry and Biophysiology, v. 122, p. 258-261.}"
}

@misc{karmpitz1968glutaminsureoxydoreductase11,
    author = "Karmpitz, G. e Haas, W. e Baars-Diehl, S",
    title = "Glutaminsure-Oxydoreductase- Aktivitt von Polyanhydro--Aminosuren (Proteinoiden)",
    year = "1968",
    howpublished = "Naturwissenschaften, v. 55, p. 345-346",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Karmpitz, G., Haas, W., e Baars-Diehl, S., 1968, Glutaminsure-Oxydoreductase- Aktivitt von Polyanhydro--Aminosuren (Proteinoiden): Naturwissenschaften, v. 55, p. 345-346.}"
}

@book{oparin1968genesis24,
    author = "Oparin, A. I",
    title = "Genesis and Evolutionary Development of Life",
    year = "1968",
    publisher = "New York, Academic Press, 203 p.; Traduzido por E. Maass",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Oparin, A. I., 1968, Genesis and Evolutionary Development of Life: New York, Academic Press, 203 p.; Traduzido por E. Maass.}"
}

@misc{oshima1968the25,
    author = "Oshima, T",
    title = "A hidrólise catalítica de ligações éster fosfato por polímeros térmicos de aminoácidos",
    year = "1968",
    howpublished = "Archives of Biochemistry and Biophysiology, v. 126, p. 478-485",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Oshima, T., 1968, A hidrólise catalítica de ligações éster fosfato por polímeros térmicos de aminoácidos: Archives of Biochemistry and Biophysiology, v. 126, p. 478-485.}"
}

@article{doi101038228636a0,
    author = "Paecht‐Horowitz, Mella e Berger, Julius e Katchalsky, A.",
    title = "Síntese Prébiótica de Polipeptídeos por Policondensação Heterogênea de Adenilatos de Aminoácidos",
    year = "1970",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/228636a0",
    doi = "10.1038/228636a0",
    openalex = "W2070032819",
    references = "doi101126science12933571221a"
}

@book{cairnssmith1971the2,
    author = "Cairns-Smith, A. G",
    title = "The Life Puzzle",
    year = "1971",
    publisher = "On Crystals and Organisms and on the Possibility of a Crystal As an Ancestor: Toronto, University of Toronto Press, 165 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cairns-Smith, A. G., 1971, The Life Puzzle: On Crystals and Organisms and on the Possibility of a Crystal As an Ancestor: Toronto, University of Toronto Press, 165 p.}"
}

@article{doi101038233136a0,
    author = "Hall, D.O. e Cammack, Richard e Rao, Krishna",
    title = "Papel dos Ferredoxinas na Origem da Vida e Evolução Biológica",
    year = "1971",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/233136a0",
    doi = "10.1038/233136a0",
    openalex = "W2060939270",
    references = "lemmon1970chemical"
}

@misc{monod1971chance18,
    author = "Monod, J",
    title = "Chance and Necessity",
    year = "1971",
    howpublished = "New York, A.A. Knopf; Translated by A. Wainhouse",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Monod, J., 1971, Chance and Necessity: New York, A.A. Knopf; Translated by A. Wainhouse.}"
}

@misc{mueller1972organic20,
    author = "Mueller, G",
    title = "Esferas microorgânicas do Pré-Cambriano da África do Sul-Oeste",
    year = "1972",
    howpublished = "Nature, v. 235, p. 90-95",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Mueller, G., 1972, Esferas microorgânicas do Pré-Cambriano da África do Sul-Oeste: Nature, v. 235, p. 90-95.}"
}

@article{osterberg1972polyphosphate26,
    author = "Osterberg, R. e Orgel, L. E",
    title = "Formação de polifosfato e trimetafosfato sob condições potencialmente pré-bióticas",
    year = "1972",
    journal = "Journal of Molecular Evolution, v. 1, p. 241-248",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Osterberg, R., e Orgel, L. E., 1972, Formação de polifosfato e trimetafosfato sob condições potencialmente pré-bióticas: Journal of Molecular Evolution, v. 1, p. 241-248.}"
}

@book{wood1972light46,
    author = "Wood, A. e Hardebeck, H. G",
    title = "Decarboxilações aprimoradas pela luz por proteinoides, em Rohlfing, D. L., e Oparin, A. I., eds., Evolução Molecular",
    year = "1972",
    publisher = "Nova York, Plenum Press, p. 233-245",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Wood, A., e Hardebeck, H. G., 1972, Decarboxilações aprimoradas pela luz por proteinoides, em Rohlfing, D. L., e Oparin, A. I., eds., Evolução Molecular: Nova York, Plenum Press, p. 233-245.}"
}

@book{iben1973molecules10,
    author = "Iben, I. and Jr",
    title = "Molecules in the Galatic Environment",
    year = "1973",
    publisher = "New York, John Wiley",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Iben, I., Jr., 1973, Molecules in the Galatic Environment: New York, John Wiley.}"
}

@misc{kenyon1973a12,
    author = "Kenyon, D. H",
    title = "Uma teoria da biogênese",
    year = "1973",
    howpublished = "Science, v. 179, p. 789",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Kenyon, D. H., 1973, Uma teoria da biogênese: Science, v. 179, p. 789.}"
}

@misc{schopf1973the35,
    author = "Schopf, J. W",
    title = "A evolução das primeiras células",
    year = "1973",
    howpublished = "Scientific American, v. 239, no. 3, p. 111-138",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Schopf, J. W., 1973, A evolução das primeiras células: Scientific American, v. 239, no. 3, p. 111-138.}"
}

@book{keosian1974lifes13,
    author = "Keosian, J",
    title = "Life's beginnings-origin or evolution?, in Dose, K., Fox, S. W., Deborin, G. A., and Pavlovskaya, T. E., eds., The Origins of Life and Evolutionary Biochemistry",
    year = "1974",
    publisher = "New York, Plenum Press, p. 221-231",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Keosian, J., 1974, Life's beginnings-origin or evolution?, in Dose, K., Fox, S. W., Deborin, G. A., and Pavlovskaya, T. E., eds., The Origins of Life and Evolutionary Biochemistry: New York, Plenum Press, p. 221-231.}"
}

@misc{turcotte1974evolution39,
    author = "Turcotte, D. L. e Nordmann, J. C. e Cisne, J. L",
    title = "Evolução da órbita da Lua e a origem da vida",
    year = "1974",
    howpublished = "Nature, v. 251, p. 124-125",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Turcotte, D. L., Nordmann, J. C., e Cisne, J. L., 1974, Evolução da órbita da Lua e a origem da vida: Nature, v. 251, p. 124-125.}"
}

@misc{snyder1975a37,
    author = "Snyder, W. D. e Fox, S",
    title = "Um modelo para a origem de protocélulas estáveis em um oceano alcalino primitivo",
    year = "1975",
    howpublished = "BioSystems, v. 7, p. 222-229",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Snyder, W. D., e Fox, S., 1975, Um modelo para a origem de protocélulas estáveis em um oceano alcalino primitivo: BioSystems, v. 7, p. 222-229.}"
}

@article{temussi1976structural38,
    author = "Temussi, P. A. e Paolillo, L. e Ferrara, L. e Benedetti, E. e Andini, S",
    title = "Caracterização estrutural de polipeptídeos pré-bióticos térmicos",
    year = "1976",
    journal = "Journal of Molecular Evolution, v. 7, p. 105-110",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Temussi, P. A., Paolillo, L., Ferrara, L., Benedetti, E., e Andini, S., 1976, Caracterização estrutural de polipeptídeos pré-bióticos térmicos: Journal of Molecular Evolution, v. 7, p. 105-110.}"
}

@misc{fox1977molecular6,
    author = "Fox, S. W. and Dose, K",
    title = "Evolução Molecular e a Origem da Vida",
    year = "1977",
    howpublished = "Nova York e Basel, Marcel Dekker, Inc., 370 p",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Fox, S. W., and Dose, K., 1977, Evolução Molecular e a Origem da Vida: Nova York e Basel, Marcel Dekker, Inc., 370 p.}"
}

@article{nakashima1977a23,
    author = "Nakashima, T. e Jungck, J. R. e Fox, S. W. e Lederer, E. e Das, B. C",
    title = "Um teste para aleatoriedade em peptídeos isolados de um poliaminoácido térmico",
    year = "1977",
    journal = "International Journal of Quantum Chemistry, v. QBS4, p. 65-72",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Nakashima, T., Jungck, J. R., Fox, S. W., Lederer, E., e Das, B. C., 1977, Um teste para aleatoriedade em peptídeos isolados de um poliaminoácido térmico: International Journal of Quantum Chemistry, v. QBS4, p. 65-72.}"
}

@article{doi101016s0047248478800529,
    author = "Fox, Sidney Walter e Dose, Klaus 1928-",
    title = "Evolução molecular e a origem da vida",
    year = "1978",
    journal = "Journal of Human Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0047-2484(78)80052-9",
    doi = "10.1016/s0047-2484(78)80052-9",
    openalex = "W1511390927"
}

@misc{morris1978thermodynamics19,
    author = "Morris, H. M",
    title = "Termodinâmica e a origem da vida",
    year = "1978",
    howpublished = "ICR Impact Series, v. 57, p. i-iv",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Morris, H. M., 1978, Termodinâmica e a origem da vida: ICR Impact Series, v. 57, p. i-iv.}"
}

@misc{schopf1978the36,
    author = "Schopf, J. W",
    title = "A evolução das primeiras células",
    year = "1978",
    howpublished = "Scientific American, v. 239, p. 110-135",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Schopf, J. W., 1978, A evolução das primeiras células: Scientific American, v. 239, p. 110-135.}"
}

@phdthesis{nakashima1980synthesis21,
    author = "Nakashima, T. e Fox, S. W",
    title = "Síntese de peptídeos a partir de aminoácidos e ATP com protenoid rico em lisina",
    year = "1980",
    publisher = "Journal of Molecular Evolution, v. 15, p. 161-168",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Nakashima, T., e Fox, S. W., 1980, Síntese de peptídeos a partir de aminoácidos e ATP com protenoid rico em lisina: Journal of Molecular Evolution, v. 15, p. 161-168.}"
}

@misc{crick1981life4,
    author = "Crick, F. J",
    title = "Life Itself",
    year = "1981",
    howpublished = "Its Origin and Nature: New York, Simon and Schuster",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Crick, F. J., 1981, Life Itself: Its Origin and Nature: New York, Simon and Schuster.}"
}

@misc{kuhn1981model14,
    author = "Kuhn, H",
    title = "Considerações de modelo para a origem da vida",
    year = "1981",
    howpublished = "Naturwissenschaften, v. 63, p. 68-80",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Kuhn, H., 1981, Considerações de modelo para a origem da vida: Naturwissenschaften, v. 63, p. 68-80.}"
}

@misc{kuhn1981molecular15,
    author = "Kuhn, H",
    title = "Auto-organização molecular e a origem da vida",
    year = "1981",
    howpublished = "Agnew. Chem. Internat. Ed. Engl., v. 20, p. 500-520",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Kuhn, H., 1981, Auto-organização molecular e a origem da vida: Agnew. Chem. Internat. Ed. Engl., v. 20, p. 500-520.}"
}

@misc{nakashima1981formulation22,
    author = "Nakashima, T. e Fox, S. W",
    title = "Formulação de peptídeos por adições únicas ou múltiplas de ATP a suspensões de micropartículas nucleoproteinoides",
    year = "1981",
    howpublished = "BioSystems, v. 14, p. 151- 161",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Nakashima, T., e Fox, S. W., 1981, Formulação de peptídeos por adições únicas ou múltiplas de ATP a suspensões de micropartículas nucleoproteinoides: BioSystems, v. 14, p. 151- 161.}"
}

@misc{pivcova1981nmr27,
    author = "Pivcova, H. e Saudek, V. e Drobnik, J. e Vlasak, J",
    title = "Estudo de Ressonância Magnética Nuclear de polí (ácido aspártico) I. - e -ligações peptídicas em polí (ácido aspártico) preparado por policondensação térmica",
    year = "1981",
    howpublished = "Biopolymers, v. 20, p. 1605-1614",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Pivcova, H., Saudek, V., Drobnik, J., e Vlasak, J., 1981, Estudo de Ressonância Magnética Nuclear de polí (ácido aspártico) I. - e -ligações peptídicas em polí (ácido aspártico) preparado por policondensação térmica: Biopolymers, v. 20, p. 1605-1614.}"
}

@article{yockey1981self47,
    author = "Yockey, H. P",
    title = "Cenários de origem da vida por auto-organização e teoria da informação",
    year = "1981",
    journal = "Journal of Theoretical Biology, v. 91, p. 13-31",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Yockey, H. P., 1981, Cenários de origem da vida por auto-organização e teoria da informação: Journal of Theoretical Biology, v. 91, p. 13-31.}"
}

@misc{crick1982life3,
    author = "Crick, F",
    title = "Life Itself",
    year = "1982",
    howpublished = "Its Origin and Nature: New York, W.W. Norton, 192 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Crick, F., 1982, Life Itself: Its Origin and Nature: New York, W.W. Norton, 192 p.}"
}

@misc{salthe1982original34,
    author = "Salthe, S",
    title = "Original Life",
    year = "1982",
    howpublished = "Nature, v. 295, p. 452",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Salthe, S., 1982, Original Life: Nature, v. 295, p. 452.}"
}

@misc{doolittle1983probability5,
    author = "Doolittle, R. F",
    title = "Probability and the Origin of Life, in Godfrey, L. R., ed., Scientists Confront Creationists",
    year = "1983",
    howpublished = "New York, W.W. Norton \& Co., p. 85-97",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Doolittle, R. F., 1983, Probability and the Origin of Life, in Godfrey, L. R., ed., Scientists Confront Creationists: New York, W.W. Norton \& Co., p. 85-97.}"
}

@article{doi101007bf01808177,
    author = "Baross, John A. e Hoffman, Sarah",
    title = "Fontes hidrotermais submarinas e ambientes de gradiente associados como locais para a origem e evolução da vida",
    year = "1985",
    journal = "Origens da Vida e Evolução das Esferas Biológicas",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf01808177",
    doi = "10.1007/bf01808177",
    openalex = "W2082856886",
    references = "doi1010079781461262848, doi101007bf00425213, doi101029jb086ib04p02737, doi101126science1473658563, doi101126science20343851073, doi101126science20744381421, doi101126science2134505340, doi1023072403256, openalexw1759691579, openalexw2026796374"
}

@article{doi101038319618a0,
    author = "Gilbert, Walter",
    title = "Origem da vida: O mundo do RNA",
    year = "1986",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/319618a0",
    doi = "10.1038/319618a0",
    openalex = "W2050110866",
    references = "doi101007bf01732468, doi1010160092867482904147, doi1010160092867483901174, doi1010160092867485900923, doi101016s0074769608613704, doi101038319534a0, doi101038scientificamerican048188, doi101126science3941911, doi101126science6199841"
}

@misc{lewin1986rna16,
    author = "Lewin, R",
    title = "Catálise de RNA oferece nova perspectiva sobre a origem da vida",
    year = "1986",
    howpublished = "Science, v. 231, p. 545-546",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Lewin, R., 1986, Catálise de RNA oferece nova perspectiva sobre a origem da vida: Science, v. 231, p. 545-546.}"
}

@article{doi101038334609a0,
    author = "Miller, Stanley L. e Bada, Jeffrey L.",
    title = "Fontes hidrotermais submarinas e a origem da vida",
    year = "1988",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/334609a0",
    doi = "10.1038/334609a0",
    openalex = "W2053209359",
    references = "doi101007bf01660244, doi1010160012821x80901636, doi1010160016003251909593, doi1010160026265x73901124, doi101016s0047248478800529, doi101038201335a0, doi101038297187a0, doi101038331612a0, doi101073pnas84134398, doi101146annurevbi55070186003123, doi101146annurevbiochem551599, openalexw3193853653"
}

@article{doi101038338217a0,
    author = "Joyce, Gerald F.",
    title = "Evolução do RNA e as origens da vida",
    year = "1989",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/338217a0",
    doi = "10.1038/338217a0",
    openalex = "W1976379862",
    references = "doi101007bf01733901, doi1010160022283668903938, doi101016s0022283667800378, doi101016s0022519386800479, doi101016s0047248478800529, doi101038331612a0, openalexw2983085323, openalexw3038835020"
}

@misc{sachs1990translational33,
    author = "Sachs, A. B. e Davis, R. W",
    title = "Iniciação translacional e biogênese ribossomal",
    year = "1990",
    howpublished = "envolvimento de uma helicase de rRNA putativa e RPL46: Science, v. 247, p. 1077",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Sachs, A. B., e Davis, R. W., 1990, Iniciação translacional e biogênese ribossomal: envolvimento de uma helicase de rRNA putativa e RPL46: Science, v. 247, p. 1077.}"
}

@inproceedings{waldrop1990spontaneous43,
    author = "Waldrop, M. M",
    title = "Spontaneous Order, Evolution, and Life",
    year = "1990",
    booktitle = "Science, v. 247, p. 1543-1545; [Workshop on Artificial Life II, Feb. 5-9, 1990, Santa Fe, New Mexico]",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Waldrop, M. M., 1990, Spontaneous Order, Evolution, and Life: Science, v. 247, p. 1543-1545; [Workshop on Artificial Life II, Feb. 5-9, 1990, Santa Fe, New Mexico].}"
}

@misc{woese1990evolutionary45,
    author = "Woese, C. R",
    title = "Perguntas evolutivas",
    year = "1990",
    howpublished = {a "progenote" (carta): Science, v. 247, p. 789},
    note = {talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Woese, C. R., 1990, Perguntas evolutivas: a "progenote" (carta): Science, v. 247, p. 789.}}
}

Polímeros biológicos possuem uma quiralidade preferencial e podem replicar-se. Argumentos físicos fornecem insights sobre quais dessas propriedades únicas e aparentemente relacionadas evoluíram primeiro e por qual mecanismo.

@article{doi1010631881264,
    author = "Аветисов, В. А. and Кузьмин, В. В. and Goldanskii, V.I.",
    title = "Handedness, Origem da Vida e Evolução",
    year = "1991",
    journal = "Physics Today",
    abstract = "Polímeros biológicos possuem uma quiralidade preferencial e podem replicar-se. Argumentos físicos fornecem insights sobre quais dessas propriedades únicas e aparentemente relacionadas evoluíram primeiro e por qual mecanismo.",
    url = "https://doi.org/10.1063/1.881264",
    doi = "10.1063/1.881264",
    openalex = "W2049299235"
}

@article{doi101007bf01140180,
    author = "Hennet, Remy J.‐C. e Holm, Nils G. e Engel, Michael H.",
    title = "Síntese abiótica de aminoácidos sob condições hidrotermais e a origem da vida: Um fenômeno perpétuo?",
    year = "1992",
    journal = "Die Naturwissenschaften",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf01140180",
    doi = "10.1007/bf01140180",
    openalex = "W2079800805",
    references = "doi1010079781489904027, doi101007bf01808115, doi101016c20130121083, doi101016s0040402001993159, doi101029jb091ib10p10309, doi101038190442a0, doi101038297187a0, doi101038334609a0, doi101126science20744381421"
}

Apesar da rápida mudança mutacional típica dos vírus de RNA de fita positiva, as enzimas que medeiam a replicação e a expressão de genomas virais contêm arrays de motivos de sequência conservados. Proteínas com tais motivos incluem RNA-dependente RNA polimerase, putativa RNA helicase, proteases tipo quimotripsina e tipo papaína, e metiltransferases. Os genes para essas proteínas formam módulos parcialmente conservados em grandes subconjuntos de vírus. Discute-se um conceito do genoma viral como um "núcleo" relativamente estável evolutivamente de genes de manutenção celular, acompanhado por uma "casca" muito mais flexível consistindo principalmente de genes que codificam componentes do virião e várias proteínas acessórias. A reorganização dos genes da "casca", incluindo reorganização do genoma e recombinação entre grupos remotos de vírus, é considerada um dos principais fatores da evolução viral. Alinhamentos múltiplos para as proteínas virais conservadas foram construídos e utilizados para gerar as respectivas árvores filogenéticas. Baseando-se principalmente na filogenia provisória para a RNA-dependente RNA polimerase, que é a única proteína universalmente conservada dos vírus de RNA de fita positiva, foram delineadas três grandes classes de vírus, cada uma consistindo de divisões menores distintas. Observou-se uma forte correlação entre esta agrupamento e as filogenias provisórias para as outras proteínas conservadas, bem como a disposição dos genes que codificam essas proteínas no genoma viral. Uma correlação comparável com a filogenia da polimerase não foi encontrada para genes que codificam componentes do virião ou para estratégias de expressão do genoma. Supõe-se que vários tipos de disposição dos genes da "casca" bem como mecanismos básicos de expressão poderiam ter evoluído independentemente em diferentes linhagens evolutivas. O agrupamento revelado pela análise filogenética pode fornecer a base para revisão da classificação viral, e a taxonomia filogenética de vírus de RNA de fita positiva é esboçada. Algumas das divisões derivadas filogeneticamente de vírus de RNA de fita positiva também incluem vírus de RNA de fita dupla, indicando que, em certos casos, o tipo de ácido nucleico do genoma pode não ser um critério taxonômico confiável para vírus. Cenários evolutivos hipotéticos para vírus de RNA de fita positiva são propostos. Hipotetiza-se que todos os vírus de RNA de fita positiva e alguns vírus de RNA de fita dupla relacionados poderiam ter evoluído de um vírus ancestral comum que continha genes para RNA-dependente RNA polimerase, uma protease relacionada à quimotripsina que também funcionava como proteína do capsídeo, e possivelmente uma RNA helicase.

@article{doi10310910409239309078440,
    author = "Koonin, Eugene V. and Dolja, Valerian V. and Morris, T.J.",
    title = "Evolução e Taxonomia de Vírus de RNA de Fita Positiva: Implicações da Análise Comparativa de Sequências de Aminoácidos",
    year = "1993",
    journal = "Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology",
    abstract = {Apesar da rápida mudança mutacional típica dos vírus de RNA de fita positiva, as enzimas que medeiam a replicação e a expressão de genomas virais contêm arrays de motivos de sequência conservados. Proteínas com tais motivos incluem RNA-dependente RNA polimerase, putativa RNA helicase, proteases tipo quimotripsina e tipo papaína, e metiltransferases. Os genes para essas proteínas formam módulos parcialmente conservados em grandes subconjuntos de vírus. Discute-se um conceito do genoma viral como um "núcleo" relativamente estável evolutivamente de genes de manutenção celular, acompanhado por uma "casca" muito mais flexível consistindo principalmente de genes que codificam componentes do virião e várias proteínas acessórias. A reorganização dos genes da "casca", incluindo reorganização do genoma e recombinação entre grupos remotos de vírus, é considerada um dos principais fatores da evolução viral. Alinhamentos múltiplos para as proteínas virais conservadas foram construídos e utilizados para gerar as respectivas árvores filogenéticas. Baseando-se principalmente na filogenia provisória para a RNA-dependente RNA polimerase, que é a única proteína universalmente conservada dos vírus de RNA de fita positiva, foram delineadas três grandes classes de vírus, cada uma consistindo de divisões menores distintas. Observou-se uma forte correlação entre este agrupamento e as filogenias provisórias para as outras proteínas conservadas, bem como a disposição dos genes que codificam essas proteínas no genoma viral. Uma correlação comparável com a filogenia da polimerase não foi encontrada para genes que codificam componentes do virião ou para estratégias de expressão do genoma. Supõe-se que vários tipos de disposição dos genes da "casca" bem como mecanismos básicos de expressão poderiam ter evoluído independentemente em diferentes linhagens evolutivas. O agrupamento revelado pela análise filogenética pode fornecer a base para revisão da classificação viral, e a taxonomia filogenética de vírus de RNA de fita positiva é esboçada. Algumas das divisões derivadas filogeneticamente de vírus de RNA de fita positiva também incluem vírus de RNA de fita dupla, indicando que, em certos casos, o tipo de ácido nucleico do genoma pode não ser um critério taxonômico confiável para vírus. Cenários evolutivos hipotéticos para vírus de RNA de fita positiva são propostos. Hipotetiza-se que todos os vírus de RNA de fita positiva e alguns vírus de RNA de fita dupla relacionados poderiam ter evoluído de um vírus ancestral comum que continha genes para RNA-dependente RNA polimerase, uma protease relacionada à quimotripsina que também funcionava como proteína do capsídeo, e possivelmente uma RNA helicase.},
    url = "https://doi.org/10.3109/10409239309078440",
    doi = "10.3109/10409239309078440",
    openalex = "W2065717236",
    references = "doi10100703064746897, doi101038319618a0, doi101093aesa383396"
}

@article{fox1995thermal,
    author = "Fox, Sidney W.",
    title = "Síntese térmica de aminoácidos e a origem da vida",
    year = "1995",
    journal = "Geochimica et Cosmochimica Acta",
    url = "https://doi.org/10.1016/0016-7037(95)00037-z",
    doi = "10.1016/0016-7037(95)00037-z",
    number = "6",
    pages = "1213-1214",
    volume = "59"
}

@misc{crossref1999biogenesis,
    title = "Biogênese",
    year = "1999",
    booktitle = "Mitocôndrias",
    url = "https://doi.org/10.1002/0471223891.ch4",
    doi = "10.1002/0471223891.ch4",
    pages = "48-140"
}

@article{doi101016s1359029499000126,
    author = "Luisi, Pier Luigi e Walde, Peter e Oberholzer, Thomas",
    title = "Vesículas lipídicas como possíveis intermediários na origem da vida",
    year = "1999",
    journal = "Current Opinion in Colloid \& Interface Science",
    url = "https://doi.org/10.1016/s1359-0294(99)00012-6",
    doi = "10.1016/s1359-0294(99)00012-6",
    openalex = "W1985820082",
    references = "doi101016s0047248478800529"
}

@article{doi101023a1012790523136,
    author = "Viedma, Cristóbal",
    title = "Cristalização enantiomérica a partir de DL-Aspartato e DL-Glutamato: Implicações para a Quiralidade Biomolecular na Origem da Vida",
    year = "2001",
    journal = "Origins of Life and Evolution of Biospheres",
    url = "https://doi.org/10.1023/a:1012790523136",
    doi = "10.1023/a:1012790523136",
    openalex = "W229923164",
    references = "doi101007bf01809580, doi101038233136a0, doi101038314438a0, doi1010631881264, doi101093oso97801950447680010001, doi101126science1523720363, doi101126science2504983975, fox1995thermal, openalexw1512177901, openalexw3157327320"
}

@misc{crossref2004biogenesis,
    title = "Biogenesis",
    year = "2004",
    booktitle = "Dicionário Enciclopédico de Genética, Genômica e Proteômica",
    url = "https://doi.org/10.1002/0471684228.egp01375",
    doi = "10.1002/0471684228.egp01375"
}

@article{doi101007s0072600401064,
    author = "Zaia, Dimas Augusto Morozin",
    title = "Uma revisão sobre a adsorção de aminoácidos em minerais: Foi importante para a origem da vida?",
    year = "2004",
    journal = "Amino Acids",
    url = "https://doi.org/10.1007/s00726-004-0106-4",
    doi = "10.1007/s00726-004-0106-4",
    openalex = "W1970454669",
    references = "doi101023a1012790523136"
}

Assim como a evolução darwiniana na natureza levou ao desenvolvimento de muitas enzimas sofisticadas, a evolução darwiniana in vitro provou ser uma abordagem poderosa para obter resultados semelhantes em laboratório. Esta revisão foca no desenvolvimento de enzimas de ácidos nucleicos a partir de uma população de moléculas de RNA ou DNA de sequência aleatória. A fim de ilustrar os princípios e a prática da evolução in vitro, são consideradas duas categorias especialmente bem estudadas de ácidos nucleicos catalíticos: enzimas de RNA que catalisam a ligação direcionada por molde de RNA e enzimas de DNA que catalisam a clivagem de RNA. A reação anterior, que envolve o ataque de um grupo hidroxila 2'- ou 3' ao fosfato alfa de um trifosfato 5', é mais difícil. Ela requer um motivo catalítico comparativamente maior, contendo mais nucleotídeos do que podem ser amostrados exaustivamente dentro de uma população inicial de RNAs de sequência aleatória. A reação posterior envolve a desprotonação do grupo hidroxila 2' adjacente ao local de clivagem, resultando em produtos clivados que possuem um fosfato cíclico 2',3' e um grupo hidroxila 5'. A dificuldade desta reação, e, portanto, a complexidade da enzima de DNA correspondente, depende se um cofator catalítico, como um cátion metálico divalente ou uma pequena molécula, está presente na mistura de reação.

@article{doi101146annurevbiochem73011303073717,
    author = "Joyce, Gerald F.",
    title = "Directed Evolution of Nucleic Acid Enzymes",
    year = "2004",
    journal = "Annual Review of Biochemistry",
    abstract = "Assim como a evolução darwiniana na natureza levou ao desenvolvimento de muitas enzimas sofisticadas, a evolução darwiniana in vitro provou ser uma abordagem poderosa para obter resultados semelhantes em laboratório. Esta revisão foca no desenvolvimento de enzimas de ácidos nucleicos a partir de uma população de moléculas de RNA ou DNA de sequência aleatória. A fim de ilustrar os princípios e a prática da evolução in vitro, são consideradas duas categorias especialmente bem estudadas de ácidos nucleicos catalíticos: enzimas de RNA que catalisam a ligação direcionada por molde de RNA e enzimas de DNA que catalisam a clivagem de RNA. A reação anterior, que envolve o ataque de um grupo hidroxila 2'- ou 3' ao fosfato alfa de um trifosfato 5', é mais difícil. Ela requer um motivo catalítico comparativamente maior, contendo mais nucleotídeos do que podem ser amostrados exaustivamente dentro de uma população inicial de RNAs de sequência aleatória. A reação posterior envolve a desprotonação do grupo hidroxila 2' adjacente ao local de clivagem, resultando em produtos clivados que possuem um fosfato cíclico 2',3' e um grupo hidroxila 5'. A dificuldade desta reação, e, portanto, a complexidade da enzima de DNA correspondente, depende se um cofator catalítico, como um cátion metálico divalente ou uma pequena molécula, está presente na mistura de reação.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.biochem.73.011303.073717",
    doi = "10.1146/annurev.biochem.73.011303.073717",
    openalex = "W2073775872",
    references = "doi101021ja990592p"
}

@article{doi101016jtet200710012,
    author = "Eschenmoser, Albert",
    title = "A busca pela química da origem da vida",
    year = "2007",
    journal = "Tetrahedron",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tet.2007.10.012",
    doi = "10.1016/j.tet.2007.10.012",
    openalex = "W2953350983",
    references = "doi101007bf00439699, doi101007pl00006565, doi101016s0040403901994870, doi10108803701298629301, doi101098rstb20061904, lemmon1970chemical, openalexw2983085323"
}

@incollection{crossref2008biogenesis,
    title = "Biogenesis",
    year = "2008",
    booktitle = "Encyclopedia of Genetics, Genomics, Proteomics and Informatics",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-4020-6754-9\_1782",
    doi = "10.1007/978-1-4020-6754-9\_1782",
    pages = "212-212"
}

@article{doi101007s1108400891505,
    author = "Zaia, Dimas Augusto Morozin e Zaia, Cássia Thaïs Bussamra Vieira e de Santana, Henrique",
    title = "Quais Aminoácidos Devem Ser Usados em Estudos de Química Pré-biótica?",
    year = "2008",
    journal = "Origens da Vida e Evolução das Esferas Biológicas",
    url = "https://doi.org/10.1007/s11084-008-9150-5",
    doi = "10.1007/s11084-008-9150-5",
    openalex = "W1993490997",
    references = "doi101023a1006668322298, doi101038199219a0, doi102138am20062289"
}

A evolução inexorável da unicidade de quiralidade em fase sólida é demonstrada pela primeira vez para um aminoácido proteogênico. Enriquecimento enantiomérico é observado tanto sob condições aprimoradas por atrito quanto sem a ajuda de moagem de partículas. Diferenças na forma dos perfis de conversão para o processo sob os dois conjuntos de condições fornecem sugestões sobre o mecanismo da transformação.

@article{doi101021ja8074506,
    author = "Viedma, Cristóbal e Ortíz, José E. e de Torres, Trinidad e Izumi, Toshiko e Blackmond, Donna G.",
    title = "Evolução da Homociralidade de Fase Sólida para um Aminoácido Proteogênico",
    year = "2008",
    journal = "Journal of the American Chemical Society",
    abstract = "A evolução inexorável da unicidade de quiralidade em fase sólida é demonstrada pela primeira vez para um aminoácido proteogênico. Enriquecimento enantiomérico é observado tanto sob condições aprimoradas por atrito quanto sem a ajuda de moagem de partículas. Diferenças na forma dos perfis de conversão para o processo sob os dois conjuntos de condições fornecem sugestões sobre o mecanismo da transformação.",
    url = "https://doi.org/10.1021/ja8074506",
    doi = "10.1021/ja8074506",
    openalex = "W2025110978",
    references = "doi101007bf01809580, doi1010160006300253900821, doi101021ja7106349, doi101038378767a0, doi101038nature04780, doi101073pnas0308363101, doi101103physrevlett94065504, doi101126science1523720363, doi101126science2504983975, doi101146annurevaa09090171000245, fox1995thermal"
}

@article{doi101038nrmicro1991,
    author = "Martin, William e Baross, John A. e Kelley, Deborah S. e Russell, Michael J.",
    title = "Ventos hidrotermais e a origem da vida",
    year = "2008",
    journal = "Nature Reviews Microbiology",
    url = "https://doi.org/10.1038/nrmicro1991",
    doi = "10.1038/nrmicro1991",
    openalex = "W1993130196",
    references = "doi101007bf01808177, doi101038191144a0, doi101038319618a0, doi10103835036572, doi10103835084000, doi101038nature04617, doi101038nrmicro1931, doi10108010409230490460765, doi101098rstb20061881, doi101098rstb20061904, doi101111j157469762001tb00576x, doi101126science1102556, doi101126science1173046528, doi101126science20343851073, doi101144gsjgs15430377, miller1953a, openalexw3041019241"
}

Apesar das falhas termodinâmicas, bioenergéticas e filogenéticas, o conceito de 81 anos de antiguidade do caldo primordial permanece central no pensamento mainstream sobre a origem da vida. Mas o caldo é homogêneo em pH e potencial redox, e, portanto, não tem capacidade de acoplamento de energia por quimiosmose. Restrições termodinâmicas tornam a quimiosmose estritamente necessária para o metabolismo de carbono e energia em todos os quimiotróficos de vida livre, e presumivelmente nas primeiras células de vida livre também. Gradientes de prótons formam-se naturalmente em fontes hidrotermais alcalinas e são vistos como centrais para a origem da vida. Aqui consideramos como as primeiras células podem ter aproveitado uma força motriz de prótons criada geoquimicamente e depois aprendido a fazer a sua própria, uma transição que foi necessária para a sua fuga das fontes. A síntese de ATP por quimiosmose hoje envolve a geração de um gradiente iônico por meio de transferência vetorial de elétrons de um doador para um aceitador. Argumentamos que o primeiro doador foi o hidrogênio e o primeiro aceitador o CO2.

@article{doi101002bies200900131,
    author = "Lane, Nick e Allen, John F. e Martin, William",
    title = "Como o LUCA fazia a vida? Quimiosmose na origem da vida",
    year = "2010",
    journal = "BioEssays",
    abstract = "Apesar das falhas termodinâmicas, bioenergéticas e filogenéticas, o conceito de 81 anos de antiguidade do caldo primordial permanece central no pensamento mainstream sobre a origem da vida. Mas o caldo é homogêneo em pH e potencial redox, e, portanto, não tem capacidade de acoplamento de energia por quimiosmose. Restrições termodinâmicas tornam a quimiosmose estritamente necessária para o metabolismo de carbono e energia em todos os quimiotróficos de vida livre, e presumivelmente nas primeiras células de vida livre também. Gradientes de prótons formam-se naturalmente em fontes hidrotermais alcalinas e são vistos como centrais para a origem da vida. Aqui consideramos como as primeiras células podem ter aproveitado uma força motriz de prótons criada geoquimicamente e depois aprendido a fazer a sua própria, uma transição que foi necessária para a sua fuga das fontes. A síntese de ATP por quimiosmose hoje envolve a geração de um gradiente iônico por meio de transferência vetorial de elétrons de um doador para um aceitador. Argumentamos que o primeiro doador foi o hidrogênio e o primeiro aceitador o CO2.",
    url = "https://doi.org/10.1002/bies.200900131",
    doi = "10.1002/bies.200900131",
    openalex = "W2158033739",
    references = "doi101007bf01140180, doi101016jbbapap200808012, doi101038191144a0, doi10103835084000, doi101038nature04546, doi101038nature08013, doi101038nrmicro1931, doi101074jbcr000005200, doi101098rstb20021183, doi101098rstb20061904, doi101126science1173046528, doi101128mr5244524841988"
}

Abordagens sintéticas recentes para compreender a origem da vida têm proporcionado insights sobre caminhos plausíveis para o surgimento das primeiras células. Aqui, revisamos experimentos atuais com implicações para a origem da vida, enfatizando a capacidade de processos físicos inesperados de facilitar a auto-organização e a autorreplicação dos primeiros sistemas biológicos. Esses esforços laboratoriais revelaram novos mecanismos físicos para o surgimento da homociralidade; a concentração e purificação de blocos de construção pré-bióticos; e a capacidade das primeiras células de se organizar, crescer, dividir e adquirir maior complexidade. Na ausência de capacidades bioquímicas evoluídas, tais processos físicos provavelmente desempenharam um papel essencial na biologia primitiva.

@article{doi101146annurevbiophys050708133753,
    author = "Budin, Itay e Szostak, Jack W.",
    title = "Expanding Roles for Diverse Physical Phenomena During the Origin of Life",
    year = "2010",
    journal = "Annual Review of Biophysics",
    abstract = "Abordagens sintéticas recentes para compreender a origem da vida têm proporcionado insights sobre caminhos plausíveis para o surgimento das primeiras células. Aqui, revisamos experimentos atuais com implicações para a origem da vida, enfatizando a capacidade de processos físicos inesperados de facilitar a auto-organização e a autorreplicação dos primeiros sistemas biológicos. Esses esforços laboratoriais revelaram novos mecanismos físicos para o surgimento da homociralidade; a concentração e purificação de blocos de construção pré-bióticos; e a capacidade das primeiras células de se organizar, crescer, dividir e adquirir maior complexidade. Na ausência de capacidades bioquímicas evoluídas, tais processos físicos provavelmente desempenharam um papel essencial na biologia primitiva.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.biophys.050708.133753",
    doi = "10.1146/annurev.biophys.050708.133753",
    openalex = "W2105284342",
    references = "doi101021ja8074506"
}

@article{doi101016jplrev201112002,
    author = "Saladino, Raffaele e Crestini, Claudia e Pino, Samanta e Costanzo, Giovanna e Mauro, Ernesto Di",
    title = "Formamida e a origem da vida",
    year = "2011",
    journal = "Physics of Life Reviews",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.plrev.2011.12.002",
    doi = "10.1016/j.plrev.2011.12.002",
    openalex = "W2095429191",
    references = "doi101002bies200900131, doi101007s1108400791132, doi101016jresmic200905004, doi101073pnas591110, openalexw2983085323"
}

Vida sintética: a origem da vida na Terra primitiva e a transição ex novo de matéria não viva para sistemas vivos artificiais são desafios científicos profundos que fornecem um contexto para o desenvolvimento de novas químicas com consequências tecnológicas desconhecidas. Este ensaio tenta redefinir algumas das dificuldades epistemológicas associadas a essas questões em um quadro integrador de ciência da proto-vida. A química está no centro dessa empreitada.

@article{doi101002anie201204968,
    author = "Mann, Stephen",
    title = "The Origins of Life: Old Problems, New Chemistries",
    year = "2012",
    journal = "Angewandte Chemie International Edition",
    abstract = "Synthetic life: the origin of life on the early Earth, and the ex novo transition of non-living matter to artificial living systems are deep scientific challenges that provide a context for the development of new chemistries with unknown technological consequences. This Essay attempts to re-frame some of the epistemological difficulties associated with these questions into an integrative framework of proto-life science. Chemistry is at the heart of this endeavour.",
    url = "https://doi.org/10.1002/anie.201204968",
    doi = "10.1002/anie.201204968",
    openalex = "W2061543242",
    references = "doi101021ar200281t, doi10103835053176, doi101038nature07018, doi101038nature08013, doi101038nchem1110, doi101073pnas0408236101, doi10108010409230490460765, doi101098rstb20021183, doi101101cshperspecta002170, doi101126science1167856, doi101126science1217622, doi101146annurevbiophys37032807125817, doi1011861759220821, doi1011861759220832"
}

O processo de delinear as origens da química da vida começa com a consideração das moléculas que poderiam ter existido na Terra pré-biótica e estende-se à discussão de mecanismos potenciais para a montagem dessas moléculas em polímeros informacionais capazes de auto-replicação e transmissão de informação genética. Em algum ponto ao longo deste caminho, a propriedade de quiralidade única emerge como a marca registrada dos aminoácidos e açúcares presentes em moléculas biológicas. No século XX, os pesquisadores desenvolveram teses matemáticas abstratas para a origem da homociralidade biomolecular a partir de uma coleção presumivelmente racêmica de moléculas pré-bióticas. Antes do fim desse século, descobertas experimentais corroboraram uma série de características básicas desses modelos teóricos, mas esses estudos envolveram sistemas químicos sem relevância pré-biótica direta. Atualmente, os pesquisadores estão examinando condições plausíveis pré-bioticamente que acoplam processos químicos e físicos levando à quiralidade única de açúcares e aminoácidos com reações químicas subsequentes que aumentam a complexidade molecular. Embora esses estudos tenham sido conduzidos em grande parte no contexto da hipótese do Mundo do RNA, as descobertas experimentais permanecem relevantes para um modelo "metabolismo primeiro" para a origem da vida. Para muitos químicos interessados em quimbiogênese, a síntese de pirimidina ribonucleotídeos ativados sob condições potencialmente pré-bióticas pelo grupo de Sutherland forneceu uma demonstração marcante do que Eschenmoser descreveu como "uma propinquidade estrutural intrínseca" entre certas estruturas químicas elementares e moléculas biológicas modernas. Mesmo enquanto algumas questões sintéticas para a construção plausível pré-biótica de RNA permanecem sem solução, nosso trabalho tem se concentrado no acoplamento desses avanços sintéticos com conceitos para a evolução da homociralidade biomolecular. Baseando-nos em nossas próprias descobertas, bem como nas de outros, apresentamos um cenário intrigante "galinha ou ovo" para o surgimento da quiralidade única de açúcares e aminoácidos. Nosso trabalho incorpora fenômenos químicos e físicos que permitem a amplificação de um pequeno desequilíbrio inicial de açúcares por aminoácidos ou aminoácidos por açúcares, sugerindo que um pool quiral enriquecido em enantiômeros de um tipo de molécula poderia levar a um pool similarmente enriquecido em enantiômeros do outro.

@article{doi101021ar200316n,
    author = "Hein, Jason E. e Blackmond, Donna G.",
    title = "On the Origin of Single Chirality of Amino Acids and Sugars in Biogenesis",
    year = "2012",
    journal = "Accounts of Chemical Research",
    abstract = {O processo de delinear as origens da química da vida começa com a consideração das moléculas que poderiam ter existido na Terra pré-biótica e estende-se à discussão de mecanismos potenciais para a montagem dessas moléculas em polímeros informacionais capazes de auto-replicação e transmissão de informação genética. Em algum ponto ao longo deste caminho, a propriedade de quiralidade única emerge como a marca registrada dos aminoácidos e açúcares presentes em moléculas biológicas. No século XX, os pesquisadores desenvolveram teses matemáticas abstratas para a origem da homociralidade biomolecular a partir de uma coleção presumivelmente racêmica de moléculas pré-bióticas. Antes do fim desse século, descobertas experimentais corroboraram uma série de características básicas desses modelos teóricos, mas esses estudos envolveram sistemas químicos sem relevância pré-biótica direta. Atualmente, os pesquisadores estão examinando condições plausíveis pré-bioticamente que acoplam processos químicos e físicos levando à quiralidade única de açúcares e aminoácidos com reações químicas subsequentes que aumentam a complexidade molecular. Embora esses estudos tenham sido conduzidos em grande parte no contexto da hipótese do Mundo do RNA, as descobertas experimentais permanecem relevantes para um modelo "metabolismo primeiro" para a origem da vida. Para muitos químicos interessados em quimbiogênese, a síntese de pirimidina ribonucleotídeos ativados sob condições potencialmente pré-bióticas pelo grupo de Sutherland forneceu uma demonstração marcante do que Eschenmoser descreveu como "uma propinquidade estrutural intrínseca" entre certas estruturas químicas elementares e moléculas biológicas modernas. Mesmo enquanto algumas questões sintéticas para a construção plausível pré-biótica de RNA permanecem sem solução, nosso trabalho tem se concentrado no acoplamento desses avanços sintéticos com conceitos para a evolução da homociralidade biomolecular. Baseando-nos em nossas próprias descobertas, bem como nas de outros, apresentamos um cenário intrigante "galinha ou ovo" para o surgimento da quiralidade única de açúcares e aminoácidos. Nosso trabalho incorpora fenômenos químicos e físicos que permitem a amplificação de um pequeno desequilíbrio inicial de açúcares por aminoácidos ou aminoácidos por açúcares, sugerindo que um pool quiral enriquecido em enantiômeros de um tipo de molécula poderia levar a um pool similarmente enriquecido em enantiômeros do outro.},
    url = "https://doi.org/10.1021/ar200316n",
    doi = "10.1021/ar200316n",
    openalex = "W2334005130",
    references = "doi101021ja8074506"
}

@article{doi101021cr2004844,
    author = "Ruiz‐Mirazo, Kepa e Briones, Carlos e de la Escosura, Andrés",
    title = "Prebiotic Systems Chemistry: New Perspectives for the Origins of Life",
    year = "2013",
    journal = "Chemical Reviews",
    url = "https://doi.org/10.1021/cr2004844",
    doi = "10.1021/cr2004844",
    openalex = "W2033873715",
    references = "doi1010023527607439, doi101002anie201204968, doi101006bbrc19990404, doi10100797836427811004, doi101007s1108400791132, doi1010160003269781902815, doi1010160006291x60901388, doi1010160022283668903926, doi1010160022283668903938, doi1010161074552195900314, doi101016s0022283675800830, doi101016s0022519386800479, doi101016s1389172301803224, doi101021cr020452p, doi101021ja8074506, doi101023a1006746807104, doi101038171737a0, doi101038225535b0, doi101038280445a0, doi101038343033a0, doi101038346818a0, doi101038355125a0, doi101038365566a0, doi101038381059a0, doi101038nature03959, doi101038nature04764, doi101038nature08013, doi101039c2cs35109a, doi101073pnas0912157107, doi101073pnas1106493108, doi101073pnas384351, doi101073pnas581217, doi101073pnas742560, doi101073pnas9784112, doi10108010409230490460765, doi101098rstb19520012, doi101126science1092464, doi101126science1161527, doi101126science2200121, doi101126science2705235467, doi101128mr5244524841988, doi1011861759220832, fox1958thermal"
}

@article{doi101038nrg3841,
    author = "Higgs, Paul G. e Lehman, Niles",
    title = "The RNA World: cooperação molecular nas origens da vida",
    year = "2014",
    journal = "Nature Reviews Genetics",
    url = "https://doi.org/10.1038/nrg3841",
    doi = "10.1038/nrg3841",
    openalex = "W1970977492",
    references = "doi101007bf00420631, doi101016jchembiol201303012, doi101016jplrev201206001, doi101038nature08013, doi101126science1092464, doi101126science1241888, doi101128mmbr6122392611997"
}

@article{doi101016jcub201506016,
    author = "Pressman, Abe e Blanco, Celia e Chen, Irene A.",
    title = "O Mundo do RNA como um Sistema Modelo para Estudar a Origem da Vida",
    year = "2015",
    journal = "Current Biology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cub.2015.06.016",
    doi = "10.1016/j.cub.2015.06.016",
    openalex = "W1879750355",
    references = "doi101007s1108400791132, doi101016jchembiol201303012, doi1011861759220832"
}

Esta Perspectiva foca no RNA em compartimentos biológicos e não biológicos resultantes da separação de fases líquido-líquido (LLPS), com ênfase na origem da vida. Em células existentes, condensados líquidos intracelulares, muitos dos quais são ricos em RNAs e proteínas intrinsecamente desordenadas, fornecem regulação espacial de interações biomoleculares que podem resultar em expressão gênica alterada. Dada a diversidade de moléculas biogênicas e abiogênicas que sofrem LLPS, tais compartimentos membranosos podem também ter desempenhado papéis-chave em químicas pré-bióticas relevantes para a origem da vida. A hipótese do Mundo do RNA postula que o RNA pode ter servido tanto como transportador de informação genética quanto como catalisador durante a origem da vida. Devido à sua espinha dorsal polianiônica, o RNA pode sofrer LLPS por coacervação complexa na presença de poliacações. A separação de fases pode fornecer um mecanismo para concentrar monômeros para síntese de RNA e separar seletivamente RNAs mais longos com funções enzimáticas, assim impulsionando a evolução pré-biótica. Apresentamos vários tipos de LLPS que podem levar à compartimentalização e discutimos papéis potenciais na polimerização não enzimática mediada por molde de RNA e outras biomoléculas relacionadas, funções de ribozimas e aptâmeros, e benefícios ou penalidades impostas pela demistificação líquida. Concluímos que pequenas gotículas líquidas podem ter concentrado biomoléculas preciosas e atuado como biorreatores no Mundo do RNA.

@article{doi101021acsbiochem8b00081,
    author = "Poudyal, Raghav R. and Cakmak, Fatma Pir and Keating, Christine D. and Bevilacqua, Philip C.",
    title = "Physical Principles and Extant Biology Reveal Roles for RNA-Containing Membraneless Compartments in Origins of Life Chemistry",
    year = "2018",
    journal = "Biochemistry",
    abstract = "Esta Perspectiva foca no RNA em compartimentos biológicos e não biológicos resultantes da separação de fases líquido-líquido (LLPS), com ênfase na origem da vida. Em células existentes, condensados líquidos intracelulares, muitos dos quais são ricos em RNAs e proteínas intrinsecamente desordenadas, fornecem regulação espacial de interações biomoleculares que podem resultar em expressão gênica alterada. Dada a diversidade de moléculas biogênicas e abiogênicas que sofrem LLPS, tais compartimentos membranosos podem também ter desempenhado papéis-chave em químicas pré-bióticas relevantes para a origem da vida. A hipótese do Mundo do RNA postula que o RNA pode ter servido tanto como transportador de informação genética quanto como catalisador durante a origem da vida. Devido à sua espinha dorsal polianiônica, o RNA pode sofrer LLPS por coacervação complexa na presença de poliacações. A separação de fases pode fornecer um mecanismo para concentrar monômeros para síntese de RNA e separar seletivamente RNAs mais longos com funções enzimáticas, assim impulsionando a evolução pré-biótica. Apresentamos vários tipos de LLPS que podem levar à compartimentalização e discutimos papéis potenciais na polimerização não enzimática mediada por molde de RNA e outras biomoléculas relacionadas, funções de ribozimas e aptâmeros, e benefícios ou penalidades impostas pela demistificação líquida. Concluímos que pequenas gotículas líquidas podem ter concentrado biomoléculas preciosas e atuado como biorreatores no Mundo do RNA.",
    url = "https://doi.org/10.1021/acs.biochem.8b00081",
    doi = "10.1021/acs.biochem.8b00081",
    openalex = "W2791574316",
    references = "doi1011861759220832"
}

Significado O fosfato é crucial para a origem da vida porque é ubíquo em biomoléculas-chave. Um problema importante é que as sínteses pré-bióticas usam fosfato concentrado para incorporar fosfato em biomoléculas, enquanto as águas naturais são geralmente pobres em fosfato porque o fosfato reage com o cálcio para formar minerais de apatita de baixa solubilidade. Aqui mostramos que lagos ricos em carbonato podem concentrar fosfato para níveis >1 molal, prendendo o cálcio em minerais de carbonato, o que impede a remoção de fosfato pela precipitação de apatita. Lagos ricos em fosfato podem ter se formado preferencialmente na Terra pré-biótica devido à intemperização por ácido carbônico sob atmosferas ricas em CO2 e à ausência de consumo microbiano de fosfato. Isso aponta especificamente para uma origem da vida em lagos ricos em carbonato e, portanto, define condições aquosas que químicos pré-bióticos devem considerar.

@article{doi101073pnas1916109117,
    author = "Toner, J. D. e Catling, David C.",
    title = "Uma solução de lago rico em carbonato para o problema do fosfato na origem da vida",
    year = "2019",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Significado O fosfato é crucial para a origem da vida porque é ubíquo em biomoléculas-chave. Um problema importante é que as sínteses pré-bióticas usam fosfato concentrado para incorporar fosfato em biomoléculas, enquanto as águas naturais são geralmente pobres em fosfato porque o fosfato reage com o cálcio para formar minerais de apatita de baixa solubilidade. Aqui mostramos que lagos ricos em carbonato podem concentrar fosfato para níveis >1 molal, prendendo o cálcio em minerais de carbonato, o que impede a remoção de fosfato pela precipitação de apatita. Lagos ricos em fosfato podem ter se formado preferencialmente na Terra pré-biótica devido à intemperização por ácido carbônico sob atmosferas ricas em CO2 e à ausência de consumo microbiano de fosfato. Isso aponta especificamente para uma origem da vida em lagos ricos em carbonato e, portanto, define condições aquosas que químicos pré-bióticos devem considerar.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1916109117",
    doi = "10.1073/pnas.1916109117",
    openalex = "W2996847227",
    references = "doi101002iroh19650500307, doi101038nature08013, doi101038nchem2202, doi101038nchem2878, doi101073pnas1117774109, doi101073pnas1721296115, doi101126science1092464, doi101126science2434996, doi1012019781439833544, doi102138rmg2002486, doi103133pp135, openalexw1509310308"
}

Dois processos necessários para a origem da vida são reações de condensação que produzem biopolímeros essenciais por uma reação não enzimática, e auto-organização de compartimentos membranosos que encapsulam os polímeros em populações de protocélulas. Como a vida hoje prospera não apenas no oceano e lagos temperados, mas também em condições extremas de temperatura, salinidade e pH, há uma suposição geral de que qualquer forma de água líquida seria suficiente para suportar a origem da vida, desde que haja fontes de energia química e compostos orgânicos simples. Argumentamos aqui que as primeiras formas de vida seriam fisicamente e quimicamente frágeis e seriam fortemente afetadas por solutos iônicos e pH. Uma hipótese emerge dessa afirmação de que as fontes termais associadas a massas terrestres vulcânicas têm uma composição iônica mais propícia à auto-organização e polimerização do que a água do mar. Aqui comparamos os solutos iônicos da água do mar com os das fontes termais terrestres. Em seguida, descrevemos resultados experimentais preliminares que mostram como a hipótese pode ser testada em um ambiente análogo pré-biótico.

@article{doi101089ast20181979,
    author = "Deamer, David W. e Damer, Bruce e Kompanichenko, Vladimir",
    title = "Química hidrotermal e a Origem da Vida Celular",
    year = "2019",
    journal = "Astrobiologia",
    abstract = "Dois processos necessários para a origem da vida são reações de condensação que produzem biopolímeros essenciais por uma reação não enzimática, e auto-organização de compartimentos membranosos que encapsulam os polímeros em populações de protocélulas. Como a vida hoje prospera não apenas no oceano e lagos temperados, mas também em condições extremas de temperatura, salinidade e pH, há uma suposição geral de que qualquer forma de água líquida seria suficiente para suportar a origem da vida, desde que haja fontes de energia química e compostos orgânicos simples. Argumentamos aqui que as primeiras formas de vida seriam fisicamente e quimicamente frágeis e seriam fortemente afetadas por solutos iônicos e pH. Uma hipótese emerge dessa afirmação de que as fontes termais associadas a massas terrestres vulcânicas têm uma composição iônica mais propícia à auto-organização e polimerização do que a água do mar. Aqui comparamos os solutos iônicos da água do mar com os das fontes termais terrestres. Em seguida, descrevemos resultados experimentais preliminares que mostram como a hipótese pode ser testada em um ambiente análogo pré-biótico.",
    url = "https://doi.org/10.1089/ast.2018.1979",
    doi = "10.1089/ast.2018.1979",
    openalex = "W2979458459",
    references = "doi101126science12933571221a"
}

Apresentamos uma hipótese testável relacionada à origem da vida na terra, na qual poços de fontes termais vulcânicas flutuantes desempenham um papel central. A hipótese baseia-se em evidências experimentais de que polímeros encapsulados por lipídios podem ser sintetizados por ciclos de hidratação e desidratação para formar protocélulas. Utilizando metáforas da inicialização de um simples sistema operacional de computador, mostramos como protocélulas que ciclam através de fases úmidas, secas e úmidas submeterão polímeros a seleção combinatória e extrairão funções estruturais e catalíticas de sequências inicialmente aleatórias, incluindo estabilização estrutural, formação de poros e atividade metabólica primitiva. Propomos que protocélulas que se agregam em um hidrogel na fase úmida intermediária de ciclos úmido-secos representam um sistema progenote primitivo. Populações de progenotes podem sofrer seleção e distribuição, construir nichos em novos ambientes e permitir um efeito de rede de compartilhamento que pode evolutivamente transformá-los coletivamente nas primeiras comunidades microbianas. Experimentos de laboratório e de campo testando os primeiros passos do cenário são resumidos. O cenário é então colocado em um contexto geológico na Terra primitiva para sugerir um caminho plausível da origem da vida em poços de fontes termais de água doce quimicamente ótimos para o surgimento de comunidades microbianas tolerantes a condições mais extremas em lagos diluídos e condições salinas em ambientes marinhos. Observa-se uma continuidade para a biogênese começando com agregados simples de protocélulas, passando pela forma transicional do progenote, até biofilmes microbianos robustos que deixam impressões fósseis de estromatólitos tão representativas no registro rochoso. Apresenta-se um roteiro para testes futuros da hipótese. Comparamos o cenário de ventilação oceânica com cenários de poços terrestres para uma origem da vida e exploramos suas implicações para a evolução subsequente para vida multicelular, como plantas. Concluímos utilizando a hipótese para posicionar onde a vida também pode ter surgido em habitats como Marte ou a lua gelada de Saturno, Encélado. "Postular uma reação catalisada por acaso, talvez catalisada por um íon metálico, pode ser razoável, mas postular um conjunto delas é apelar à magia." - Leslie Orgel.

@article{doi101089ast20192045,
    author = "Damer, Bruce and Deamer, David W.",
    title = "A Hipótese da Fonte Quente para uma Origem da Vida",
    year = "2019",
    journal = "Astrobiology",
    abstract = {Apresentamos uma hipótese testável relacionada à origem da vida na terra, na qual poços de fontes termais vulcânicas flutuantes desempenham um papel central. A hipótese baseia-se em evidências experimentais de que polímeros encapsulados por lipídios podem ser sintetizados por ciclos de hidratação e desidratação para formar protocélulas. Utilizando metáforas da inicialização de um simples sistema operacional de computador, mostramos como protocélulas que ciclam através de fases úmidas, secas e úmidas submeterão polímeros a seleção combinatória e extrairão funções estruturais e catalíticas de sequências inicialmente aleatórias, incluindo estabilização estrutural, formação de poros e atividade metabólica primitiva. Propomos que protocélulas que se agregam em um hidrogel na fase úmida intermediária de ciclos úmido-secos representam um sistema progenote primitivo. Populações de progenotes podem sofrer seleção e distribuição, construir nichos em novos ambientes e permitir um efeito de rede de compartilhamento que pode evolutivamente transformá-los coletivamente nas primeiras comunidades microbianas. Experimentos de laboratório e de campo testando os primeiros passos do cenário são resumidos. O cenário é então colocado em um contexto geológico na Terra primitiva para sugerir um caminho plausível da origem da vida em poços de fontes termais de água doce quimicamente ótimos para o surgimento de comunidades microbianas tolerantes a condições mais extremas em lagos diluídos e condições salinas em ambientes marinhos. Observa-se uma continuidade para a biogênese começando com agregados simples de protocélulas, passando pela forma transicional do progenote, até biofilmes microbianos robustos que deixam impressões fósseis de estromatólitos tão representativas no registro rochoso. Apresenta-se um roteiro para testes futuros da hipótese. Comparamos o cenário de ventilação oceânica com cenários de poços terrestres para uma origem da vida e exploramos suas implicações para a evolução subsequente para vida multicelular, como plantas. Concluímos utilizando a hipótese para posicionar onde a vida também pode ter surgido em habitats como Marte ou a lua gelada de Saturno, Encélado. "Postular uma reação catalisada por acaso, talvez catalisada por um íon metálico, pode ser razoável, mas postular um conjunto delas é apelar à magia." - Leslie Orgel.},
    url = "https://doi.org/10.1089/ast.2019.2045",
    doi = "10.1089/ast.2019.2045",
    openalex = "W2996553307",
    references = "doi101007s1108400791132, doi101016jbioeng200703001, doi101023a1006746807104, doi101038nature08013, doi101038s415700160012, doi101073pnas1106493108, doi101073pnas1117774109, doi101098rstb20061881, doi101101cshperspecta034801, doi101126science1241888, doi101126scienceaax2747, fox1958thermal"
}

A vida procariótica dominou a maior parte da história evolutiva do nosso planeta, evoluindo para ocupar virtualmente todos os nichos ambientais disponíveis. Extremófilos, especialmente aqueles que prosperam sob múltiplas extremidades, representam uma área chave de pesquisa para múltiplas disciplinas, abrangendo desde o estudo de adaptações a condições severas até o ciclo biogeoquímico de elementos. A pesquisa sobre extremófilos também tem implicações para estudos sobre a origem da vida e a busca por vida em outros corpos planetários e celestes. Neste artigo, revisaremos o estado atual do conhecimento sobre o biospaço no qual a vida opera na Terra e discutiremos isso em um contexto planetário, destacando lacunas de conhecimento e áreas de oportunidade.

@article{doi103389fmicb201900780,
    author = "Merino, Nancy e Aronson, Heidi S. e Bojanova, Diana P. e Feyhl‐Buska, Jayme e Wong, Michael L. e Zhang, Shu e Giovannelli, Donato",
    title = "Living at the Extremes: Extremófilos e os Limites da Vida em um Contexto Planetário",
    year = "2019",
    journal = "Frontiers in Microbiology",
    abstract = "A vida procariótica dominou a maior parte da história evolutiva do nosso planeta, evoluindo para ocupar virtualmente todos os nichos ambientais disponíveis. Extremófilos, especialmente aqueles que prosperam sob múltiplas extremidades, representam uma área chave de pesquisa para múltiplas disciplinas, abrangendo desde o estudo de adaptações a condições severas até o ciclo biogeoquímico de elementos. A pesquisa sobre extremófilos também tem implicações para estudos sobre a origem da vida e a busca por vida em outros corpos planetários e celestes. Neste artigo, revisaremos o estado atual do conhecimento sobre o biospaço no qual a vida opera na Terra e discutiremos isso em um contexto planetário, destacando lacunas de conhecimento e áreas de oportunidade.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.00780",
    doi = "10.3389/fmicb.2019.00780",
    openalex = "W2936282025",
    references = "colman2018geobiological, doi101002bies200900131, doi10100797894007648801, doi101007s0025300314487, doi1010160009254194001404, doi1010160016703771900196, doi1010160016703795000382, doi101016s016864960300028x, doi1010292006je002784, doi10103835059215, doi101038ismej201058, doi101038nmicrobiol201648, doi101073pnas0400522101, doi101073pnas0611525104, doi101126science1172466, doi101128aem0033509"
}

A química pré-biótica visa explicar como a bioquímica da vida como a conhecemos surgiu. A maioria dos esforços nesta área concentrou-se na provisão de compostos importantes para a vida por meio de rotas sintéticas multietapa que não se assemelham à bioquímica. No entanto, obter insights sobre por que o metabolismo central utiliza as moléculas, reações, vias e organização geral que utiliza requer que consideremos as moléculas não apenas como objetivos finais sintéticos. Igualmente importantes são os processos dinâmicos que as constroem e as decompõem. Essa perspectiva levou muitos pesquisadores à hipótese de que a primeira etapa da origem da vida começou com o início de uma versão primitiva não enzimática do metabolismo, inicialmente catalisada por minerais e íons metálicos naturalmente ocorrentes. Essa visão das origens da vida passou a ser conhecida como "metabolismo primeiro". A continuidade com o metabolismo moderno exigiria que uma versão primitiva do metabolismo construísse e decompusesse cetoácidos, açúcares, aminoácidos e ribonucleotídeos de maneira muito semelhante às vias que o fazem hoje. Esta revisão discute vias metabólicas relevantes para a origem da vida de uma maneira acessível a químicos e resume experimentos sugerindo que várias vias podem ter suas raízes na química pré-biótica. Finalmente, são destacados os marcos principais restantes para a hipótese protometabólica.

@article{doi101021acschemrev0c00191,
    author = "Muchowska, Kamila B. e Varma, Sreejith J. e Moran, Joseph",
    title = "Reações Metabólicas Não Enzimáticas e as Origens da Vida",
    year = "2020",
    journal = "Chemical Reviews",
    abstract = {A química pré-biótica visa explicar como a bioquímica da vida como a conhecemos surgiu. A maioria dos esforços nesta área concentrou-se na provisão de compostos importantes para a vida por meio de rotas sintéticas multietapa que não se assemelham à bioquímica. No entanto, obter insights sobre por que o metabolismo central utiliza as moléculas, reações, vias e organização geral que utiliza requer que consideremos as moléculas não apenas como objetivos finais sintéticos. Igualmente importantes são os processos dinâmicos que as constroem e as decompõem. Essa perspectiva levou muitos pesquisadores à hipótese de que a primeira etapa da origem da vida começou com o início de uma versão primitiva não enzimática do metabolismo, inicialmente catalisada por minerais e íons metálicos naturalmente ocorrentes. Essa visão das origens da vida passou a ser conhecida como "metabolismo primeiro". A continuidade com o metabolismo moderno exigiria que uma versão primitiva do metabolismo construísse e decompusesse cetoácidos, açúcares, aminoácidos e ribonucleotídeos de maneira muito semelhante às vias que o fazem hoje. Esta revisão discute vias metabólicas relevantes para a origem da vida de uma maneira acessível a químicos e resume experimentos sugerindo que várias vias podem ter suas raízes na química pré-biótica. Finalmente, são destacados os marcos principais restantes para a hipótese protometabólica.},
    url = "https://doi.org/10.1021/acs.chemrev.0c00191",
    doi = "10.1021/acs.chemrev.0c00191",
    openalex = "W3044573208",
    references = "branscomb2018frankenstein, doi101002bies201700179, doi101002bies201700182, doi101007pl00006565, doi1010160020711x94901198, doi1010160022283668903926, doi101016jgsf201707007, doi101016s0040403901994870, doi101038319618a0, doi101038nature08013, doi101038nature13068, doi101038s415590180644x, doi101038s415700160012, doi101073pnas591110, doi10108010409230490460765, doi101098rsob130156, doi101098rstb20061904, doi101101cshperspecta034801, doi101111brv12140, doi101126science1173046528, doi101126science1186120, doi101126scienceaax2747, doi101146annurevmi30100176002205, doi1011861745615071"
}

O papel fundamental que os peptídeos e as proteínas desempenham na biologia de hoje torna quase indiscutível que os peptídeos foram jogadores-chave na origem da vida. Na medida em que é apropriado extrapolar para trás da biologia existente para o mundo pré-biótico, deve-se reconhecer a importância crítica que redes moleculares interconectadas, provavelmente com peptídeos como componentes-chave, teriam desempenhado na origem da vida. Nesta revisão, resumimos processos químicos envolvendo peptídeos que poderiam ter contribuído para a evolução química inicial, com ênfase nas interações moleculares entre peptídeos e outras classes de moléculas orgânicas. Primeiro, resumimos os mecanismos pelos quais os aminoácidos e blocos de construção semelhantes poderiam ter sido produzidos e elaborados em proto-peptídeos. Em seguida, são discutidas as interações não covalentes de peptídeos com outros peptídeos, bem como com ácidos nucleicos, lipídios, carboidratos, íons metálicos e moléculas aromáticas, em relação aos possíveis papéis dessas interações na evolução química de estrutura e função. Finalmente, descrevemos pesquisas envolvendo alternativas estruturais aos peptídeos e adutos covalentes entre aminoácidos/peptídeos e outras classes de moléculas. Propomos que futuros avanços abundantes na química da origem da vida emergirão de investigações de sistemas químicos interconectados nos quais interações sinérgicas entre diferentes classes de moléculas surgem.

@article{doi101021acschemrev9b00664,
    author = "Frenkel‐Pinter, Moran e Samanta, Mousumi e Ashkenasy, Gonen e Leman, Luke J.",
    title = "Peptídeos Pré-bióticos: Hubs Moleculares na Origem da Vida",
    year = "2020",
    journal = "Chemical Reviews",
    abstract = "O papel fundamental que os peptídeos e as proteínas desempenham na biologia de hoje torna quase indiscutível que os peptídeos foram jogadores-chave na origem da vida. Na medida em que é apropriado extrapolar para trás da biologia existente para o mundo pré-biótico, deve-se reconhecer a importância crítica que redes moleculares interconectadas, provavelmente com peptídeos como componentes-chave, teriam desempenhado na origem da vida. Nesta revisão, resumimos processos químicos envolvendo peptídeos que poderiam ter contribuído para a evolução química inicial, com ênfase nas interações moleculares entre peptídeos e outras classes de moléculas orgânicas. Primeiro, resumimos os mecanismos pelos quais os aminoácidos e blocos de construção semelhantes poderiam ter sido produzidos e elaborados em proto-peptídeos. Em seguida, são discutidas as interações não covalentes de peptídeos com outros peptídeos, bem como com ácidos nucleicos, lipídios, carboidratos, íons metálicos e moléculas aromáticas, em relação aos possíveis papéis dessas interações na evolução química de estrutura e função. Finalmente, descrevemos pesquisas envolvendo alternativas estruturais aos peptídeos e adutos covalentes entre aminoácidos/peptídeos e outras classes de moléculas. Propomos que futuros avanços abundantes na química da origem da vida emergirão de investigações de sistemas químicos interconectados nos quais interações sinérgicas entre diferentes classes de moléculas surgem.",
    url = "https://doi.org/10.1021/acs.chemrev.9b00664",
    doi = "10.1021/acs.chemrev.9b00664",
    openalex = "W3008483803",
    references = "doi101002anie201208397, doi101007pl00006565, doi101021cr2004844, doi101021ja01499a069, doi101038nchem2878, doi101038s415700160012, doi101073pnas9784112, doi101098rsob130156, doi101101cshperspecta034801, doi101126science1161527, doi1011861759220832, fox1958thermal"
}

@article{doi101016jearscirev2021103910,
    author = "Trolard, Fabienne e Duval, Simon e Nitschke, Wolfgang e Ménèz, Bénédicte e Pisapia, Céline e Nacib, Jihaine Ben e Andréani, M. e Bourrié, Guilhem",
    title = "Mineralogia, geoquímica e ocorrências de fougerite em um sistema hidrotermal moderno e suas implicações para a origem da vida",
    year = "2021",
    journal = "Earth-Science Reviews",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.earscirev.2021.103910",
    doi = "10.1016/j.earscirev.2021.103910",
    openalex = "W4200442220",
    references = "doi10100797836620364952, doi101016b9780126564464x50002, doi101016s0010854598002161, doi101016s0016703798002439, doi10103835084000, doi101126science1102556, doi101126science1151194, doi101180claymin19590042102, doi1015159781501508233, doi103390life11080777, openalexw599354073"
}

A hipótese de que moléculas pré-bióticas foram transformadas em polímeros que evoluíram para assembleias moleculares em proliferação e, eventualmente, para uma célula primitiva foi proposta pela primeira vez há cerca de 100 anos. Até onde sabemos, no entanto, nenhum modelo de um sistema pré-biótico em proliferação foi ainda realizado porque são necessárias condições diferentes para a geração de polímeros e auto-organização. Neste estudo, identificamos condições adequadas para a geração simultânea de peptídeos e auto-organização, e mostramos como uma gota baseada em peptídeos em proliferação pode ser criada usando tioésteres de aminoácidos sintetizados como monômeros pré-bióticos. Oligopeptídeos gerados a partir dos monômeros formaram espontaneamente gotas através da separação de fases líquido-líquido em água. As gotas passaram por um ciclo estável de crescimento-divisão pela adição periódica de monômeros através da auto-reprodução autocatalítica. Enriquecimento heterogêneo de RNA e lipídios dentro das gotas permitiu que o RNA protegesse a gota da dissolução por lipídios. Estes resultados fornecem construções experimentais para a pesquisa sobre as origens da vida e abrem direções no desenvolvimento de materiais baseados em peptídeos.

@article{doi101038s41467021255306,
    author = "Matsuo, Muneyuki e Kurihara, Kensuke",
    title = "Gotas de coacervato em proliferação como o elo perdido entre a química e a biologia nas origens da vida",
    year = "2021",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "A hipótese de que moléculas pré-bióticas foram transformadas em polímeros que evoluíram para assembleias moleculares em proliferação e, eventualmente, para uma célula primitiva foi proposta pela primeira vez há cerca de 100 anos. Até onde sabemos, no entanto, nenhum modelo de um sistema pré-biótico em proliferação foi ainda realizado porque são necessárias condições diferentes para a geração de polímeros e auto-organização. Neste estudo, identificamos condições adequadas para a geração simultânea de peptídeos e auto-organização, e mostramos como uma gota baseada em peptídeos em proliferação pode ser criada usando tioésteres de aminoácidos sintetizados como monômeros pré-bióticos. Oligopeptídeos gerados a partir dos monômeros formaram espontaneamente gotas através da separação de fases líquido-líquido em água. As gotas passaram por um ciclo estável de crescimento-divisão pela adição periódica de monômeros através da auto-reprodução autocatalítica. Enriquecimento heterogêneo de RNA e lipídios dentro das gotas permitiu que o RNA protegesse a gota da dissolução por lipídios. Estes resultados fornecem construções experimentais para a pesquisa sobre as origens da vida e abrem direções no desenvolvimento de materiais baseados em peptídeos.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41467-021-25530-6",
    doi = "10.1038/s41467-021-25530-6",
    openalex = "W3201258865",
    references = "doi101126science12933571221a"
}

@article{doi101038s4155702200999w,
    author = "Pulletikurti, Sunil e Yadav, Mahipal e Springsteen, Greg e Krishnamurthy, Ramanarayanan",
    title = "Síntese pré-biótica de α-aminoácidos e orotato a partir de α-cetoácidos potencializa a transição para vias metabólicas existentes",
    year = "2022",
    journal = "Nature Chemistry",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41557-022-00999-w",
    doi = "10.1038/s41557-022-00999-w",
    openalex = "W4288447280",
    references = "doi101073pnas1916109117"
}

Um grande conjunto de bases nitrogenadas e aminoácidos é encontrado em meteoritos, implicando que vários reservatórios químicos estão presentes no sistema solar. A hipótese da "continuidade geoquímica" explora como os caminhos protometabólicos se desenvolveram a partir das chamadas "pedras" em um mundo pré-biótico sem enzimas e como eles afetaram as origens da vida. Na célula viva, o segundo passo da síntese de monômeros de RNA uridina e citidina é uma transferência de carbamoila de um doador de carbamoila para o ácido aspártico. Aqui, comparamos dois cenários sem enzimas: cenários de solução aquosa e de superfície mineral em uma faixa térmica até 250 °C. Ambos os processos poderiam ter ocorrido em poças sob atmosfera aberta na Terra primitiva. A carbamoilação do ácido aspártico com cianato em soluções aquosas a 25 °C fornece altos rendimentos de N-carbamoyl aspartic acid em até 16 horas. É importante enfatizar que, embora várias moléculas possam ser agentes carbamoilantes eficientes de acordo com a termodinâmica, a cinética desempenha um papel determinante na seleção de caminhos pré-biologicamente possíveis.

@article{doi101038s41598022212727,
    author = "Ter-Ovanessian, Louis M P e Lambert, Jean-François e Maurel, Marie-Christine",
    title = "Building the uracil skeleton in primitive ponds at the origins of life: carbamoylation of aspartic acid.",
    year = "2022",
    journal = "Scientific reports",
    abstract = {Um grande conjunto de bases nitrogenadas e aminoácidos é encontrado em meteoritos, implicando que vários reservatórios químicos estão presentes no sistema solar. A hipótese da "continuidade geoquímica" explora como os caminhos protometabólicos se desenvolveram a partir das chamadas "pedras" em um mundo pré-biótico sem enzimas e como eles afetaram as origens da vida. Na célula viva, o segundo passo da síntese de monômeros de RNA uridina e citidina é uma transferência de carbamoila de um doador de carbamoila para o ácido aspártico. Aqui, comparamos dois cenários sem enzimas: cenários de solução aquosa e de superfície mineral em uma faixa térmica até 250 °C. Ambos os processos poderiam ter ocorrido em poças sob atmosfera aberta na Terra primitiva. A carbamoilação do ácido aspártico com cianato em soluções aquosas a 25 °C fornece altos rendimentos de N-carbamoyl aspartic acid em até 16 horas. É importante enfatizar que, embora várias moléculas possam ser agentes carbamoilantes eficientes de acordo com a termodinâmica, a cinética desempenha um papel determinante na seleção de caminhos pré-biologicamente possíveis.},
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9649776/",
    doi = "10.1038/s41598-022-21272-7",
    openalex = "W4309244441",
    pmcid = "PMC9649776",
    pmid = "36357418",
    references = "doi101007pl00006565, doi101021acschemrev0c00191, doi101021cm8001173, doi101021cr3003054, doi101021es3012854, doi101038nchem2878, doi101039b602051h, doi101073pnas1916109117, doi101093nargkr874, doi101371journalpcbi1003098"
}

Experimentos químicos de origem da vida geralmente visam produzir produtos finais químicos específicos, como aminoácidos, ácidos nucleicos ou açúcares. Os sistemas químicos resultantes não evoluem ou se adaptam porque carecem de processos de seleção natural. Modificamos aparelhos de origem da vida de Miller para incorporar vários fatores de seleção físico-química pré-biótica naturais que podem ser testados individualmente ou em conjunto: ciclos de congelamento-descongelamento; ciclos de secagem-umedecimento; ciclos de luz ultravioleta-escuridão; e superfícies catalíticas, como argilas ou minerais. Cada processo já é conhecido por impulsionar reações químicas importantes de origem da vida, como a produção de peptídeos e a síntese de bases de ácidos nucleicos, e cada um também pode destruir vários reagentes e produtos, resultando em seleção dentro do sistema químico. Nenhum aparelho anterior permitiu que todos esses processos de seleção trabalhassem juntos. A síntese contínua e a seleção de produtos podem ser realizadas ao longo de muitos meses porque os aparelhos podem ser re-gasificados. Assim, a evolução química de longo prazo de ecossistemas químicos sob várias combinações de seleção natural pode ser explorada pela primeira vez. Argumentamos que é hora de começar a experimentar com os efeitos de longo prazo de tais processos de seleção natural pré-biótica, pois eles podem ter ajudado a vida biótica a emergir ao domar a explosão química combinatória que resulta de sínteses químicas ilimitadas.

@article{doi103390life12101508,
    author = "Root‐Bernstein, Robert e Brown, Adam W.",
    title = "Novos Aparelhos para Incorporar Processos de Seleção Natural em Experimentos de Origem da Vida para Produzir Ecossistemas Químicos que Evoluem Adaptativamente",
    year = "2022",
    journal = "Life",
    abstract = "Experimentos químicos de origem da vida geralmente visam produzir produtos finais químicos específicos, como aminoácidos, ácidos nucleicos ou açúcares. Os sistemas químicos resultantes não evoluem ou se adaptam porque carecem de processos de seleção natural. Modificamos aparelhos de origem da vida de Miller para incorporar vários fatores de seleção físico-química pré-biótica naturais que podem ser testados individualmente ou em conjunto: ciclos de congelamento-descongelamento; ciclos de secagem-umedecimento; ciclos de luz ultravioleta-escuridão; e superfícies catalíticas, como argilas ou minerais. Cada processo já é conhecido por impulsionar reações químicas importantes de origem da vida, como a produção de peptídeos e a síntese de bases de ácidos nucleicos, e cada um também pode destruir vários reagentes e produtos, resultando em seleção dentro do sistema químico. Nenhum aparelho anterior permitiu que todos esses processos de seleção trabalhassem juntos. A síntese contínua e a seleção de produtos podem ser realizadas ao longo de muitos meses porque os aparelhos podem ser re-gasificados. Assim, a evolução química de longo prazo de ecossistemas químicos sob várias combinações de seleção natural pode ser explorada pela primeira vez. Argumentamos que é hora de começar a experimentar com os efeitos de longo prazo de tais processos de seleção natural pré-biótica, pois eles podem ter ajudado a vida biótica a emergir ao domar a explosão química combinatória que resulta de sínteses químicas ilimitadas.",
    url = "https://doi.org/10.3390/life12101508",
    doi = "10.3390/life12101508",
    openalex = "W4297477492",
    references = "doi103390life11080777"
}

O fósforo (P) é crítico para as funções bioquímicas modernas e pode controlar o crescimento dos ecossistemas. Presumivelmente, foi importante como reagente na química pré-biótica. No entanto, na Terra primitiva, as fontes de P podem ter consistido principalmente em fosfatos de cálcio pouco solúveis, o que pode ter tornado o fosfato um nutriente ou reagente minimamente disponível se esses minerais fossem a única fonte. Aqui, revisamos a disponibilidade de P aquoso na Terra primitiva (>2,5 Gyr atrás), considerando tanto fontes minerais quanto sumidouros geoquímicos relevantes para sua solvatação e ativação por vias abióticas e biológicas. O fósforo na superfície primitiva da Terra estaria presente como uma mistura de minerais de fosfato, como um elemento menor em minerais silicatados e em fases reativas e reduzidas provenientes de poeira, meteoritos e asteroides acréscimos. Essas fontes de P teriam sofrido intemperismo e plausivelmente fornecido à Terra pré-biótica P abundante e potencialmente reativo. Após a origem de uma biosfera, a vida evoluiu para utilizar não apenas fontes de P reativas e disponíveis, mas também fontes insolúveis e não reativas. O surgimento de um ecossistema dependente desse elemento, em algum momento, forjou uma biosfera limitada por P, com estresse evolutivo forçando a extração e reciclagem eficientes de P de ambas as fontes e sumidouros abióticos e bióticos. Uma revisão da disponibilidade de fósforo aquoso na superfície primitiva da Terra sugere que uma variedade de fontes de fósforo forneceu à Terra pré-biótica, mas que a disponibilidade de fósforo diminuiu conforme a vida evoluiu e alterou o ciclo geoquímico.

@article{doi101038s41561023011676,
    author = "Walton, Craig R. e Ewens, Sophia D. e Coates, John D. e Blake, Ruth E. e Planavsky, Noah J. e Reinhard, Christopher T. e Ju, Pengcheng e Hao, Jihua e Pasek, Matthew A.",
    title = "Disponibilidade de fósforo na Terra primitiva e os impactos da vida",
    year = "2023",
    journal = "Nature Geoscience",
    abstract = "O fósforo (P) é crítico para as funções bioquímicas modernas e pode controlar o crescimento dos ecossistemas. Presumivelmente, foi importante como reagente na química pré-biótica. No entanto, na Terra primitiva, as fontes de P podem ter consistido principalmente em fosfatos de cálcio pouco solúveis, o que pode ter tornado o fosfato um nutriente ou reagente minimamente disponível se esses minerais fossem a única fonte. Aqui, revisamos a disponibilidade de P aquoso na Terra primitiva (>2,5 Gyr atrás), considerando tanto fontes minerais quanto sumidouros geoquímicos relevantes para sua solvatação e ativação por vias abióticas e biológicas. O fósforo na superfície primitiva da Terra estaria presente como uma mistura de minerais de fosfato, como um elemento menor em minerais silicatados e em fases reativas e reduzidas provenientes de poeira, meteoritos e asteroides acréscimos. Essas fontes de P teriam sofrido intemperismo e plausivelmente fornecido à Terra pré-biótica P abundante e potencialmente reativo. Após a origem de uma biosfera, a vida evoluiu para utilizar não apenas fontes de P reativas e disponíveis, mas também fontes insolúveis e não reativas. O surgimento de um ecossistema dependente desse elemento, em algum momento, forjou uma biosfera limitada por P, com estresse evolutivo forçando a extração e reciclagem eficientes de P de ambas as fontes e sumidouros abióticos e bióticos. Uma revisão da disponibilidade de fósforo aquoso na superfície primitiva da Terra sugere que uma variedade de fontes de fósforo forneceu à Terra pré-biótica, mas que a disponibilidade de fósforo diminuiu conforme a vida evoluiu e alterou o ciclo geoquímico.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41561-023-01167-6",
    doi = "10.1038/s41561-023-01167-6",
    openalex = "W4366086019",
    references = "doi101038s41561023011676, doi101073pnas1916109117"
}

@article{doi101038s42254022005503,
    author = "Ianeselli, Alan e Salditt, Annalena e Mast, Christof B. e Ercolano, Barbara e Kufner, Corinna L. e Scheu, Bettina e Braun, Dieter",
    title = "Não-equilíbrio físico para química de ácidos nucleicos pré-bióticos",
    year = "2023",
    journal = "Nature Reviews Physics",
    url = "https://doi.org/10.1038/s42254-022-00550-3",
    doi = "10.1038/s42254-022-00550-3",
    openalex = "W4317234139",
    references = "doi103390life11080777"
}

A serpentinização em fontes hidrotermais é central para algumas teorias autotróficas sobre a origem da vida porque gera compartimentos, redutores, catalisadores e gradientes. Durante o processo de serpentinização, a água circula através de sistemas hidrotermais na crosta, onde oxida Fe (II) em minerais ultramáficos para gerar minerais de Fe (III) e H2. O hidrogênio molecular pode, por sua vez, servir como uma fonte de elétrons livremente difusível para a redução de CO2 a compostos orgânicos, desde que estejam presentes catalisadores adequados. Usando catalisadores sintetizados naturalmente em fontes hidrotermais durante a serpentinização, o H2 reduz o CO2 a formiato, acetato, piruvato e metano. Estes compostos representam a espinha dorsal do metabolismo de carbono e energia microbiano em acetogênicos e metanogênicos, quimiolitoautotróficos estritamente anaeróbicos que utilizam a via da acetil-CoA para a fixação de CO2 e que habitam ambientes serpentinizantes hoje. A serpentinização gera carbono reduzido, nitrogênio e - como sugerem descobertas mais recentes - compostos de fósforo reduzido que provavelmente foram favoráveis ao processo de origem. Além disso, ela dá origem a microcompartimentos inorgânicos e gradientes de prótons com a polaridade correta e de magnitude suficiente para suportar a síntese de ATP quimiosmótica pela ATP sintase rotor-estator. Isso ajudaria a explicar por que o princípio de aproveitamento de energia quimiosmótica é mais conservado (mais antigo) do que a maquinaria para gerar gradientes iônicos via bombas acopladas a reações químicas exergônicas, o que, no caso de acetogênicos e metanogênicos, envolve a redução de CO2 dependente de H2. Sistemas serpentinizantes existem em ambientes terrestres e de águas profundas. Na Terra primitiva, eles provavelmente eram mais abundantes do que hoje. Há evidências de que a serpentinização ocorreu uma vez em Marte e provavelmente ainda está ocorrendo na lua gelada de Saturno, Encélado, proporcionando uma perspectiva sobre a serpentinização como fonte de redutores, catalisadores e desequilíbrio químico para a vida em outros mundos.

@article{doi103389fmicb20231257597,
    author = "Schwander, Loraine e Brabender, Max e Mrnjavac, Natalia e Wimmer, Jessica L. E. e Preiner, Martina e Martin, William",
    title = "Serpentinização como fonte de energia, elétrons, orgânicos, catalisadores, nutrientes e gradientes de pH para a origem do LUCA e da vida",
    year = "2023",
    journal = "Frontiers in Microbiology",
    abstract = "A serpentinização em fontes hidrotermais é central para algumas teorias autotróficas sobre a origem da vida porque gera compartimentos, redutores, catalisadores e gradientes. Durante o processo de serpentinização, a água circula através de sistemas hidrotermais na crosta, onde oxida Fe (II) em minerais ultramáficos para gerar minerais de Fe (III) e H2. O hidrogênio molecular pode, por sua vez, servir como uma fonte de elétrons livremente difusível para a redução de CO2 a compostos orgânicos, desde que estejam presentes catalisadores adequados. Usando catalisadores sintetizados naturalmente em fontes hidrotermais durante a serpentinização, o H2 reduz o CO2 a formiato, acetato, piruvato e metano. Estes compostos representam a espinha dorsal do metabolismo de carbono e energia microbiano em acetogênicos e metanogênicos, quimiolitoautotróficos estritamente anaeróbicos que utilizam a via da acetil-CoA para a fixação de CO2 e que habitam ambientes serpentinizantes hoje. A serpentinização gera carbono reduzido, nitrogênio e - como sugerem descobertas mais recentes - compostos de fósforo reduzido que provavelmente foram favoráveis ao processo de origem. Além disso, ela dá origem a microcompartimentos inorgânicos e gradientes de prótons com a polaridade correta e de magnitude suficiente para suportar a síntese de ATP quimiosmótica pela ATP sintase rotor-estator. Isso ajudaria a explicar por que o princípio de aproveitamento de energia quimiosmótica é mais conservado (mais antigo) do que a maquinaria para gerar gradientes iônicos via bombas acopladas a reações químicas exergônicas, o que, no caso de acetogênicos e metanogênicos, envolve a redução de CO2 dependente de H2. Sistemas serpentinizantes existem em ambientes terrestres e de águas profundas. Na Terra primitiva, eles provavelmente eram mais abundantes do que hoje. Há evidências de que a serpentinização ocorreu uma vez em Marte e provavelmente ainda está ocorrendo na lua gelada de Saturno, Encélado, proporcionando uma perspectiva sobre a serpentinização como fonte de redutores, catalisadores e desequilíbrio químico para a vida em outros mundos.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fmicb.2023.1257597",
    doi = "10.3389/fmicb.2023.1257597",
    openalex = "W4387305102",
    references = "doi101073pnas1916109117, doi101098rsta20180421, openalexw287848292"
}

@incollection{doi101016b9780443157509001105,
    author = "Prosdocimi, Francisco e de Farías, Sávio Torres",
    title = "De Mitos a Moléculas: Uma História para as Origens da Vida na Terra",
    year = "2025",
    booktitle = "Elsevier eBooks",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-443-15750-9.00110-5",
    doi = "10.1016/b978-0-443-15750-9.00110-5",
    openalex = "W4410579837",
    references = "doi101016jpbiomolbio202407002"
}

, a principal força química motriz do envelhecimento. Com tudo isso, os benefícios energéticos do metabolismo aeróbico proporcionaram o advento de organismos multicelulares, em particular, aqueles que apresentam matéria extracelular massiva e populações celulares não renováveis, incluindo aquelas que compõem o cérebro. Suas funções são incompatíveis com a renovação completa. Isso faz com que o papel do oxigênio no envelhecimento não se limite a ser a fonte de espécies reativas de oxigênio. O oxigênio foi indispensável para o advento tanto dos acumuladores de dano químico quanto da capacidade de reconhecê-lo. Em certo sentido, não foi um problema para a natureza desenvolver o envelhecimento no curso da evolução em direção aos humanos, para quem estar ciente do envelhecimento é um problema. Sua solução satisfatória não pode ser química, física, farmacológica ou de outra forma técnica. Ela pode apenas ser mental.

@article{doi101134s0006297925601674,
    author = "Golubev, Aleksei G.",
    title = "Química da Origem e Evolução Conjuntas da Vida, da Morte e do Envelhecimento",
    year = "2025",
    journal = "Biochemistry (Moscow)",
    abstract = ", a principal força química motriz do envelhecimento. Com tudo isso, os benefícios energéticos do metabolismo aeróbico proporcionaram o advento de organismos multicelulares, em particular, aqueles que apresentam matéria extracelular massiva e populações celulares não renováveis, incluindo aquelas que compõem o cérebro. Suas funções são incompatíveis com a renovação completa. Isso faz com que o papel do oxigênio no envelhecimento não se limite a ser a fonte de espécies reativas de oxigênio. O oxigênio foi indispensável para o advento tanto dos acumuladores de dano químico quanto da capacidade de reconhecê-lo. Em certo sentido, não foi um problema para a natureza desenvolver o envelhecimento no curso da evolução em direção aos humanos, para quem estar ciente do envelhecimento é um problema. Sua solução satisfatória não pode ser química, física, farmacológica ou de outra forma técnica. Ela pode apenas ser mental.",
    url = "https://doi.org/10.1134/s0006297925601674",
    doi = "10.1134/s0006297925601674",
    openalex = "W4414691491",
    references = "doi1010021873346814906, doi101016jpbiomolbio202407002"
}

A teoria do vírus-primeiro apresenta um modelo no qual as linhagens virais emergiram antes das células. Esta proposta visa dar à teoria maior relevância ao oferecer um quadro evolutivo plausível que explica tanto (i) a origem dos vírus da química pré-biótica quanto (ii) como os vírus contribuíram para a emergência das células. Aqui, propomos que os vírus devem ser entendidos como uma classe distinta de sistemas de ribonucleoproteína (RNP), alguns dos quais evoluíram diretamente do mundo RNP. Em nosso modelo, progenotes simples produziram partículas semelhantes a cápsides através da evolução de um único gene que codifica um peptídeo de auto-organização. Isso permitiu a formação de cascas icosaédricas ao redor de genomas de RNA, como observado hoje em certas famílias virais cujas cápsides consistem em ~60 subunidades idênticas derivadas de um único produto gênico. Essas cápsides primitivas permitiram mobilidade e proteção, representando intermediários-chave rumo à complexidade biológica. Com o tempo, algumas dessas populações adquiriram peptídeos adicionais e evoluíram arquiteturas mais elaboradas. Finalmente, a incorporação de domínios de ligação a lipídios nesses peptídeos semelhantes a cápsides permitiu a formação de membranas proteolipídicas semelhantes às encontradas em células modernas. Este modelo fornece um caminho evolutivo gradualista e logicamente coerente do mundo RNP para a emergência da vida celular, enfatizando o papel fundamental dos vírus na evolução primitiva.

@article{doi103390microbiolres16070154,
    author = "Prosdocimi, Francisco e de Farías, Sávio Torres",
    title = "Virus-First Theory Revisited: Bridging RNP-World and Cellular Life",
    year = "2025",
    journal = "Microbiology Research",
    abstract = "A teoria do vírus-primeiro apresenta um modelo no qual as linhagens virais emergiram antes das células. Esta proposta visa dar à teoria maior relevância ao oferecer um quadro evolutivo plausível que explica tanto (i) a origem dos vírus da química pré-biótica quanto (ii) como os vírus contribuíram para a emergência das células. Aqui, propomos que os vírus devem ser entendidos como uma classe distinta de sistemas de ribonucleoproteína (RNP), alguns dos quais evoluíram diretamente do mundo RNP. Em nosso modelo, progenotes simples produziram partículas semelhantes a cápsides através da evolução de um único gene que codifica um peptídeo de auto-organização. Isso permitiu a formação de cascas icosaédricas ao redor de genomas de RNA, como observado hoje em certas famílias virais cujas cápsides consistem em \textasciitilde 60 subunidades idênticas derivadas de um único produto gênico. Essas cápsides primitivas permitiram mobilidade e proteção, representando intermediários-chave rumo à complexidade biológica. Com o tempo, algumas dessas populações adquiriram peptídeos adicionais e evoluíram arquiteturas mais elaboradas. Finalmente, a incorporação de domínios de ligação a lipídios nesses peptídeos semelhantes a cápsides permitiu a formação de membranas proteolipídicas semelhantes às encontradas em células modernas. Este modelo fornece um caminho evolutivo gradualista e logicamente coerente do mundo RNP para a emergência da vida celular, enfatizando o papel fundamental dos vírus na evolução primitiva.",
    url = "https://doi.org/10.3390/microbiolres16070154",
    doi = "10.3390/microbiolres16070154",
    openalex = "W4412095934",
    references = "doi101016jpbiomolbio202407002"
}

A replicação de ácidos nucleicos é um processo central na origem da vida. Na Terra primitiva, a replicação é desafiada pela diluição dos blocos de construção moleculares e pela dificuldade de separar as filhas das fitas parentais, uma necessidade para a replicação exponencial. Embora sistemas de gradiente térmico tenham sido mostrados como capazes de resolver esses problemas, temperaturas elevadas levam à degradação. Além disso, em comparação com ambientes de temperatura constante, tais sistemas são raros. O sistema isotérmico estudado aqui modela um ambiente geológico abundante da Terra pré-biótica, no qual a água é continuamente evaporada no ponto de contato com os fluxos de gás, induzindo padrões de concentração ascendente e fluxo circular na interface gás-água através da transferência de momento. Mostramos experimentalmente que esse ambiente impulsiona uma acumulação 30 vezes maior de ácidos nucleicos e sua separação periódica por uma redução tríplice na concentração de sal e produto. Simulações de dinâmica de fluidos concordam com observações do rastreamento de esferas fluorescentes. Neste sistema isotérmico, conseguimos impulsionar a replicação exponencial de DNA com polimerase Taq. Os resultados fornecem um modelo para um sistema não-equilibrado ubíquo para hospedar a evolução molecular darwiniana primitiva a temperatura constante.

@article{doi107554elife100152,
    author = "Schwintek, Philipp e Eren, Emre e Mast, Christof Bernhard e Braun, Dieter",
    title = "Ambiente de fluxo de gás pré-biótico permite replicação de ácidos nucleicos isotérmica.",
    year = "2025",
    journal = "eLife",
    abstract = "A replicação de ácidos nucleicos é um processo central na origem da vida. Na Terra primitiva, a replicação é desafiada pela diluição dos blocos de construção moleculares e pela dificuldade de separar as filhas das fitas parentais, uma necessidade para a replicação exponencial. Embora sistemas de gradiente térmico tenham sido mostrados como capazes de resolver esses problemas, temperaturas elevadas levam à degradação. Além disso, em comparação com ambientes de temperatura constante, tais sistemas são raros. O sistema isotérmico estudado aqui modela um ambiente geológico abundante da Terra pré-biótica, no qual a água é continuamente evaporada no ponto de contato com os fluxos de gás, induzindo padrões de concentração ascendente e fluxo circular na interface gás-água através da transferência de momento. Mostramos experimentalmente que esse ambiente impulsiona uma acumulação 30 vezes maior de ácidos nucleicos e sua separação periódica por uma redução tríplice na concentração de sal e produto. Simulações de dinâmica de fluidos concordam com observações do rastreamento de esferas fluorescentes. Neste sistema isotérmico, conseguimos impulsionar a replicação exponencial de DNA com polimerase Taq. Os resultados fornecem um modelo para um sistema não-equilibrado ubíquo para hospedar a evolução molecular darwiniana primitiva a temperatura constante.",
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC12240584/",
    doi = "10.7554/eLife.100152",
    openalex = "W4402970773",
    pmcid = "PMC12240584",
    pmid = "40631871",
    references = "doi101002bies200900131, doi101002bip360030207, doi101007s1089501210598, doi1010160016703774901458, doi101021ja990592p, doi101038319618a0, doi101038381059a0, doi101038nature08013, doi101126science2835402674, doi1011861759220832"
}

OBJETIVO: Investigar se a berberina (BBR) promove a biogênese mitocondrial via a via de sinalização do silenciador de informação do tipo de acasalamento 2 homólogo 1/coativador 1 alfa do receptor ativado por proliferadores de peroxissomos gama (SIRT1/PGC-1α) para exercer seus efeitos antiateroscleróticos. MÉTODOS: Um total de 42 camundongos AopE-/- de 8 semanas de idade foram alimentados com uma dieta rica em gordura por 12 semanas e, em seguida, divididos aleatoriamente em 7 grupos por meio de um método de randomização simples: o grupo modelo, os grupos de doses baixa, média e alta de BBR [BBRL 50 mg/(kg·d), BBRM 100 mg/(kg·d) e BBRH 150 mg/(kg·d), respectivamente], grupo controle positivo [atorvastatina, 3 mg/(kg·d)], grupo combinado de BBR com inibidor do fator respiratório nuclear 1 (Nrf1) (BBRH+EX527, 150 mg/kg BBR+10 mg/kg EX527) e grupo de inibidor de Nrf1 [EX527, 10 mg/(kg·d)]. Seis camundongos C57BL/6J alimentados com uma dieta normal serviram como controle. Após 4 semanas de administração intragástrica, as amostras foram coletadas e os tecidos de soro, aorta, coração e fígado foram isolados para experimentos subsequentes. Kits bioquímicos foram utilizados para detectar o conteúdo lipídico do soro nos camundongos. A coloração com hematoxilina-eosina, vermelho O de Oil e Masson foi utilizada para avaliar a gravidade das lesões, a deposição lipídica e a espessura da capa fibrosa. A microscopia eletrônica de transmissão e a imunofluorescência foram utilizadas para analisar a morfologia e a função mitocondrial. O ensaio de PCR quantitativo em tempo real e o Western blot foram utilizados para medir os níveis de expressão de SIRT1, PGC-1α, Nrf1 e fator de transcrição mitocondrial A (TFAM) tanto nos níveis de mRNA quanto de proteína, juntamente com a quantificação do número de cópias de DNA mitocondrial (mtDNA) nas aortas de camundongos. RESULTADOS: Após a intervenção com BBR, os grupos BBRM e BBRH reduziram significativamente os níveis de lipídios sanguíneos nos camundongos (P<0,01), aliviaram a deposição de placas aórticas e melhoraram o dano mitocondrial (P<0,05 ou P<0,01). Além disso, a BBR aumentou significativamente as expressões de mRNA e proteína de SIRT1, PGC-1α, Nrf1 e TFAM (P<0,05 ou P<0,01). E o número de cópias relativo de mtDNA aumentou de forma dependente da dose (P<0,01). No grupo BBRH+EX527, as lesões aórticas e o dano mitocondrial foram exacerbados, com diminuições concomitantes nos níveis de expressão de mRNA e proteína (P<0,05 ou P<0,01). CONCLUSÃO: A BBR promove a biogênese mitocondrial, mantém a função mitocondrial e inibe o dano mitocondrial através da via de sinalização SIRT1/PGC-1α, melhorando assim a aterosclerose.

@article{doi101007s1165502640378,
    author = "Wang, Si-Yu and Zheng, Jun-Meng and Han, Xin-Yi and Jin, Bo-Yuan and Hua, Cheng-Jun and Chen, Yu-Shan and Wang, Ting-Ting and Wang, Yun-Hao",
    title = "Berberine Ameliorates Atherosclerosis by Promoting Mitochondrial Biogenesis via SIRT1/PGC-1α Signaling Pathway.",
    year = "2026",
    journal = "Chinese journal of integrative medicine",
    abstract = "OBJETIVO: Investigar se a berberina (BBR) promove a biogênese mitocondrial via a via de sinalização do silenciador de informação do tipo de acasalamento 2 homólogo 1/coativador 1 alfa do receptor ativado por proliferadores de peroxissomos gama (SIRT1/PGC-1α) para exercer seus efeitos antiateroscleróticos. MÉTODOS: Um total de 42 camundongos AopE-/- de 8 semanas de idade foram alimentados com uma dieta rica em gordura por 12 semanas e, em seguida, divididos aleatoriamente em 7 grupos por meio de um método de randomização simples: o grupo modelo, os grupos de doses baixa, média e alta de BBR [BBRL 50 mg/(kg·d), BBRM 100 mg/(kg·d) e BBRH 150 mg/(kg·d), respectivamente], grupo controle positivo [atorvastatina, 3 mg/(kg·d)], grupo combinado de BBR com inibidor do fator respiratório nuclear 1 (Nrf1) (BBRH+EX527, 150 mg/kg BBR+10 mg/kg EX527) e grupo de inibidor de Nrf1 [EX527, 10 mg/(kg·d)]. Seis camundongos C57BL/6J alimentados com uma dieta normal serviram como controle. Após 4 semanas de administração intragástrica, as amostras foram coletadas e os tecidos de soro, aorta, coração e fígado foram isolados para experimentos subsequentes. Kits bioquímicos foram utilizados para detectar o conteúdo lipídico do soro nos camundongos. A coloração com hematoxilina-eosina, vermelho O de Oil e Masson foi utilizada para avaliar a gravidade das lesões, a deposição lipídica e a espessura da capa fibrosa. A microscopia eletrônica de transmissão e a imunofluorescência foram utilizadas para analisar a morfologia e a função mitocondrial. O ensaio de PCR quantitativo em tempo real e o Western blot foram utilizados para medir os níveis de expressão de SIRT1, PGC-1α, Nrf1 e fator de transcrição mitocondrial A (TFAM) tanto nos níveis de mRNA quanto de proteína, juntamente com a quantificação do número de cópias de DNA mitocondrial (mtDNA) nas aortas de camundongos. RESULTADOS: Após a intervenção com BBR, os grupos BBRM e BBRH reduziram significativamente os níveis de lipídios sanguíneos nos camundongos (P<0,01), aliviaram a deposição de placas aórticas e melhoraram o dano mitocondrial (P<0,05 ou P<0,01). Além disso, a BBR aumentou significativamente as expressões de mRNA e proteína de SIRT1, PGC-1α, Nrf1 e TFAM (P<0,05 ou P<0,01). E o número de cópias relativo de mtDNA aumentou de forma dependente da dose (P<0,01). No grupo BBRH+EX527, as lesões aórticas e o dano mitocondrial foram exacerbados, com diminuições concomitantes nos níveis de expressão de mRNA e proteína (P<0,05 ou P<0,01). CONCLUSÃO: A BBR promove a biogênese mitocondrial, mantém a função mitocondrial e inibe o dano mitocondrial através da via de sinalização SIRT1/PGC-1α, melhorando assim a aterosclerose.",
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/10487483/",
    doi = "10.1007/s11655-026-4037-8",
    pmcid = "10487483",
    pmid = "42043671"
}

Peroxissomos são organelas eucarióticas ubíquas que desempenham papéis críticos nos processos de infecção de muitos fungos patogênicos de plantas. A biogênese de peroxissomos depende de peroxinas codificadas por genes PEX. Pex8 é uma peroxina específica de fungos presente apenas em leveduras e fungos filamentosos. Neste estudo, investigamos a função de CoPEX8 no fungo da antracnose de pepino Colletotrichum orbiculare utilizando deleção direcionada de genes. Microscopia de fluorescência usando proteína fluorescente vermelha fundida ao sinal de direcionamento peroxissomal 1 (PTS1) mostrou que a importação de proteínas da matriz foi abolida no mutante ΔCopex8. Em comparação com a cepa selvagem, o mutante ΔCopex8 carecia de peroxissomos detectáveis e apresentava defeitos severos na produção de melanina, utilização de ácidos graxos, integridade da parede celular, tolerância ao estresse osmótico e eliminação de espécies reativas de oxigênio (ROS). A deleção de CoPEX8 também reduziu a conidição e prejudicou a formação de appressórios. Ensaios de patogenicidade em folhas de pepino revelaram que as lesões produzidas pelo mutante ΔCopex8 foram significativamente menores do que aquelas causadas pela cepa selvagem. Estes resultados demonstram que CoPEX8 é indispensável para a biogênese de peroxissomos e é essencial tanto para o desenvolvimento quanto para a virulência de C. orbiculare.

@article{doi103390jof12040248,
    author = "Wang, Xinhe e Wang, Jing e Yu, Shendan e Cai, Yingying e Lin, Yanxi e Zhang, Zhen e Noman, Muhammad e Qiu, Haiping e Hao, Zhongna e Chai, Rongyao e Wang, Yanli e Li, Lin e Li, Ling e Wang, Jiaoyu",
    title = "Pex8, uma Peroxina Específica de Fungos, Regula a Biogênese de Peroxissomos e a Patogenicidade no Fungo da Antracnose de Pepino Colletotrichum orbiculare.",
    year = "2026",
    journal = "Journal of fungi (Basel, Suíça)",
    abstract = "Peroxissomos são organelas eucarióticas ubíquas que desempenham papéis críticos nos processos de infecção de muitos fungos patogênicos de plantas. A biogênese de peroxissomos depende de peroxinas codificadas por genes PEX. Pex8 é uma peroxina específica de fungos presente apenas em leveduras e fungos filamentosos. Neste estudo, investigamos a função de CoPEX8 no fungo da antracnose de pepino Colletotrichum orbiculare utilizando deleção direcionada de genes. Microscopia de fluorescência usando proteína fluorescente vermelha fundida ao sinal de direcionamento peroxissomal 1 (PTS1) mostrou que a importação de proteínas da matriz foi abolida no mutante ΔCopex8. Em comparação com a cepa selvagem, o mutante ΔCopex8 carecia de peroxissomos detectáveis e apresentava defeitos severos na produção de melanina, utilização de ácidos graxos, integridade da parede celular, tolerância ao estresse osmótico e eliminação de espécies reativas de oxigênio (ROS). A deleção de CoPEX8 também reduziu a conidição e prejudicou a formação de appressórios. Ensaios de patogenicidade em folhas de pepino revelaram que as lesões produzidas pelo mutante ΔCopex8 foram significativamente menores do que aquelas causadas pela cepa selvagem. Estes resultados demonstram que CoPEX8 é indispensável para a biogênese de peroxissomos e é essencial tanto para o desenvolvimento quanto para a virulência de C. orbiculare.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/42042343/",
    doi = "10.3390/jof12040248",
    pmid = "42042343"
}

@incollection{drummondNonebiogenesis,
    author = "Drummond, Henry",
    title = "BIOGÊNESE",
    year = "None",
    booktitle = "Natural Law in the Spritural World",
    url = "https://doi.org/10.1017/cbo9780511692703.003",
    doi = "10.1017/cbo9780511692703.003",
    pages = "59-94"
}