Botânica

@article{crossref1870botany,
    title = "Botany",
    year = "1870",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/270557",
    doi = "10.1086/270557",
    number = "3",
    pages = "183-188",
    volume = "4"
}

@article{crossref1874botany,
    title = "Botânica",
    year = "1874",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/271273",
    doi = "10.1086/271273",
    number = "2",
    pages = "116-120",
    volume = "8"
}

@article{crossref1879botany,
    title = "Botânica",
    year = "1879",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/272411",
    doi = "10.1086/272411",
    number = "9",
    pages = "580-582",
    volume = "13"
}

@article{crossref1880botany,
    title = "BOTANY",
    year = "1880",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.os-1.26.306",
    doi = "10.1126/science.os-1.26.306",
    number = "26",
    pages = "306-306",
    volume = "os-1"
}

@misc{clements1920plant9,
    author = "Clements, F. E",
    title = "Sucessão Vegetal",
    year = "1920",
    howpublished = "Análise do Desenvolvimento da Vegetação: Washington, D.C., Carnegie Institute, 388 p.; Publicação No. 290",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Clements, F. E., 1920, Sucessão Vegetal: Análise do Desenvolvimento da Vegetação: Washington, D.C., Carnegie Institute, 388 p.; Publicação No. 290.}"
}

@misc{braunblanquet1932plant5,
    author = "Braun-Blanquet, J",
    title = "Plant Sociology",
    year = "1932",
    howpublished = "The study of plant communities: New York, McGraw-Hill, 439 p.; [Translated and edited by G.D. Fuller and H.C. Conrad]",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Braun-Blanquet, J., 1932, Plant Sociology: The study of plant communities: New York, McGraw-Hill, 439 p.; [Translated and edited by G.D. Fuller and H.C. Conrad].}"
}

@misc{copeland1936yellowstone11,
    author = "Copeland, J. J",
    title = "Myxofíceas térmicas de Yellowstone",
    year = "1936",
    howpublished = "Annals of the New York Academy of Sciences, v. 36, p. 1-232",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Copeland, J. J., 1936, Myxofíceas térmicas de Yellowstone: Annals of the New York Academy of Sciences, v. 36, p. 1-232.}"
}

@misc{doctersvanleeuwen1936krakatau15,
    author = "Docters van Leeuwen, W. M",
    title = "Krakatau, 1833 a 1933",
    year = "1936",
    howpublished = "Ann. Jard. Botan. Buitenzorg, v. 56-57, p. 1-506",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Docters van Leeuwen, W. M., 1936, Krakatau, 1833 a 1933: Ann. Jard. Botan. Buitenzorg, v. 56-57, p. 1-506.}"
}

@misc{elias1942tertiary17,
    author = "Elias, M. K",
    title = "Gramíneas de pradaria terciárias e outras ervas das Planícies Altas, 41 do Geological Society of America, Special Paper",
    year = "1942",
    howpublished = "p. 1-176",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Elias, M. K., 1942, Gramíneas de pradaria terciárias e outras ervas das Planícies Altas, 41 do Geological Society of America, Special Paper: p. 1-176.}"
}

@misc{arnold1947introduction2,
    author = "Arnold, C. A",
    title = "Introdução à Paleobotânica",
    year = "1947",
    howpublished = "Nova York, McGraw-Hill, 433 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Arnold, C. A., 1947, Introdução à Paleobotânica: Nova York, McGraw-Hill, 433 p.}"
}

@book{daubenmire1947plants12,
    author = "Daubenmire, R. F",
    title = "Plants and Environment",
    year = "1947",
    publisher = "New York, Wiley, 424 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Daubenmire, R. F., 1947, Plants and Environment: New York, Wiley, 424 p.}"
}

@misc{cheney1948metasequoia8,
    author = "Cheney, R. W",
    title = "Descoberta de Metasequoia",
    year = "1948",
    howpublished = "American Scientist, v. 36, p. 490- 494",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Cheney, R. W., 1948, Descoberta de Metasequoia: American Scientist, v. 36, p. 490- 494.}"
}

@misc{clements1949dynamics10,
    author = "Clements, F. E",
    title = "Dynamics of Vegetation",
    year = "1949",
    howpublished = "New York, Hafner, 296 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Clements, F. E., 1949, Dynamics of Vegetation: New York, Hafner, 296 p.}"
}

@book{stebbins1949rates30,
    author = "Stebbins, G. L. and Jr",
    title = "Taxas de evolução em plantas, em Jepsen, G. L., Simpson, G. G., e Mayr, E., eds., Genética, Paleontologia e Evolução",
    year = "1949",
    publisher = "Princeton, Princeton University Press, p. 229-242; 474 p",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Stebbins, G. L., Jr., 1949, Taxas de evolução em plantas, em Jepsen, G. L., Simpson, G. G., e Mayr, E., eds., Genética, Paleontologia e Evolução: Princeton, Princeton University Press, p. 229-242; 474 p.}"
}

@misc{florin1951evolution19,
    author = "Florin, R",
    title = "Evolução em cordiáceas e coníferas",
    year = "1951",
    howpublished = "Acta Horticulture Bergiani, v. 15, p. 285-388",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Florin, R., 1951, Evolução em cordiáceas e coníferas: Acta Horticulture Bergiani, v. 15, p. 285-388.}"
}

@misc{daubenmire1956climate13,
    author = "Daubenmire, R. F",
    title = "O clima como determinante da distribuição da vegetação no leste de Washington e no norte do Idaho",
    year = "1956",
    howpublished = "Ecological Monographs, v. 26, p. 131-154",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Daubenmire, R. F., 1956, O clima como determinante da distribuição da vegetação no leste de Washington e no norte do Idaho: Ecological Monographs, v. 26, p. 131-154.}"
}

@book{andrews1961studies1,
    author = "Andrews, H. N. and Jr",
    title = "Studies in Paleobotany",
    year = "1961",
    publisher = "New York, Wiley",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Andrews, H. N., Jr., 1961, Studies in Paleobotany: New York, Wiley.}"
}

A maioria das comunidades vegetais consiste em várias ou muitas espécies que competem por luz, água e nutrientes. As espécies em uma dada comunidade podem ser classificadas de acordo com seu sucesso relativo na competição; a produtividade parece ser a melhor medida de seu sucesso ou importância na comunidade. Curvas de produtividade decrescente conectam as poucas espécies mais importantes (os dominantes) com um maior número de espécies de importância intermediária (cujo número determina primariamente a diversidade ou riqueza em espécies da comunidade) e um menor número de espécies raras. Essas curvas apresentam formas variadas e acredita-se que expressem diferentes padrões de competição e diferenciação de nicho nas comunidades. Provavelmente é verdade para plantas, como para animais, que nenhuma espécie em uma comunidade estável ocupa o mesmo nicho. A evolução da diferenciação de nicho torna possível a ocorrência conjunta de muitas espécies vegetais que são competidoras parciais, em vez de diretas. As espécies tendem a evoluir também em direção à diferenciação de habitat, em direção à dispersão de seus centros de máxima densidade populacional em relação aos gradientes ambientais, de modo que poucas espécies competem umas com as outras em seus centros populacionais. A evolução tanto da diferenciação de nicho quanto da diferenciação de habitat permite que muitas espécies existam juntas nas comunidades como competidoras parciais, com distribuições amplamente e continuamente sobrepostas, formando as muitas comunidades intergradadas da paisagem.

@article{doi101126science1473655250,
    author = "Whittaker, R. H.",
    title = "Dominância e Diversidade em Comunidades de Plantas Terrestres",
    year = "1965",
    journal = "Science",
    abstract = "A maioria das comunidades vegetais consiste em várias ou muitas espécies que competem por luz, água e nutrientes. As espécies em uma dada comunidade podem ser classificadas de acordo com seu sucesso relativo na competição; a produtividade parece ser a melhor medida de seu sucesso ou importância na comunidade. Curvas de produtividade decrescente conectam as poucas espécies mais importantes (os dominantes) com um maior número de espécies de importância intermediária (cujo número determina primariamente a diversidade ou riqueza em espécies da comunidade) e um menor número de espécies raras. Essas curvas apresentam formas variadas e acredita-se que expressem diferentes padrões de competição e diferenciação de nicho nas comunidades. Provavelmente é verdade para plantas, como para animais, que nenhuma espécie em uma comunidade estável ocupa o mesmo nicho. A evolução da diferenciação de nicho torna possível a ocorrência conjunta de muitas espécies vegetais que são competidoras parciais, em vez de diretas. As espécies tendem a evoluir também em direção à diferenciação de habitat, em direção à dispersão de seus centros de máxima densidade populacional em relação aos gradientes ambientais, de modo que poucas espécies competem umas com as outras em seus centros populacionais. A evolução tanto da diferenciação de nicho quanto da diferenciação de habitat permite que muitas espécies existam juntas nas comunidades como competidoras parciais, com distribuições amplamente e continuamente sobrepostas, formando as muitas comunidades intergradadas da paisagem.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.147.3655.250",
    doi = "10.1126/science.147.3655.250",
    openalex = "W2035166278",
    references = "beauchamp1932competitive, doi101038163688a0, doi101086282070, doi101086282106, doi101086282286, doi101093biomet3812196, doi101126science13134091292, doi1023071411, doi1023071931600, doi1023071931976, doi1023071932254, doi1023071942268, doi1023071943563, doi1023072407089, doi1023072411924, doi104159harvard9780674865327, doi105962bhltitle4489, openalexw3035987306"
}

@misc{scagel1965an28,
    author = "Scagel, R. F. et al",
    title = "An Evolutionary Survey of the Plant Kingdom",
    year = "1965",
    howpublished = "Belmont, Wadsworth, 658 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Scagel, R. F. et al., 1965, An Evolutionary Survey of the Plant Kingdom: Belmont, Wadsworth, 658 p.}"
}

@article{crossref1969botany,
    title = "Botânica: Botânica de Estrada",
    year = "1969",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/2211090a0",
    doi = "10.1038/2211090a0",
    number = "5186",
    pages = "1090-1090",
    volume = "221"
}

@book{joravsky1970the25,
    author = "Joravsky, D",
    title = "The Lysenko Affair",
    year = "1970",
    publisher = "Cambridge, Mass., Harvard University Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Joravsky, D., 1970, The Lysenko Affair: Cambridge, Mass., Harvard University Press.}"
}

@article{gottlieb1973genetic24,
    author = "Gottlieb, L. D",
    title = "Diferenciação genética, especiação simpátrica e a origem de uma espécie diploide de Stephanomeria",
    year = "1973",
    journal = "American Journal of Botany, v. 60, p. 545-553",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gottlieb, L. D., 1973, Diferenciação genética, especiação simpátrica e a origem de uma espécie diploide de Stephanomeria: American Journal of Botany, v. 60, p. 545-553.}"
}

@techreport{mcandrews1976fossil26,
    author = "McAndrews, J. H",
    title = "História fóssil do impacto do homem sobre a flora canadense",
    year = "1976",
    howpublished = "um exemplo do sul de Ontário: Canadian Botanical Association Bulletin, v. 9, p. 1-6",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {McAndrews, J. H., 1976, História fóssil do impacto do homem sobre a flora canadense: um exemplo do sul de Ontário: Canadian Botanical Association Bulletin, v. 9, p. 1-6.}"
}

@misc{galston1979the22,
    author = "Galston, A. W. e Slayman, C. L",
    title = "THe Not-So-Secret Life of Plants",
    year = "1979",
    howpublished = "American Scientist, v. 67, p. 337-344",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Galston, A. W., e Slayman, C. L., 1979, THe Not-So-Secret Life of Plants: American Scientist, v. 67, p. 337-344.}"
}

@book{edwards1980early16,
    author = "Edwards, D",
    title = "Early Land Floras, in Panchen, A. L., ed., The Terrestrial Environment and the Origin of Land Vertebrates",
    year = "1980",
    publisher = "London, Academic Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Edwards, D., 1980, Early Land Floras, in Panchen, A. L., ed., The Terrestrial Environment and the Origin of Land Vertebrates: London, Academic Press.}"
}

@misc{baltscheffsky1981stepwise3,
    author = "Baltscheffsky, H",
    title = "Evolução molecular passo a passo da conversão de energia fotossintética bacteriana",
    year = "1981",
    howpublished = "BioSystems, v. 14, p. 49-56",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Baltscheffsky, H., 1981, Evolução molecular passo a passo da conversão de energia fotossintética bacteriana: BioSystems, v. 14, p. 49-56.}"
}

@misc{goldberg1988plants23,
    author = "Goldberg, R. B",
    title = "Plants",
    year = "1988",
    howpublished = "Novel Developmental Processes: Science, v. 240, p. 1460-1467",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Goldberg, R. B., 1988, Plants: Novel Developmental Processes: Science, v. 240, p. 1460-1467.}"
}

@misc{freidman1990double21,
    author = "Freidman, W. E",
    title = "Dupla fecundação em Ephedra, uma planta não-florífera; sua implicação na origem das angiospermas",
    year = "1990",
    howpublished = "Science, v. 247, p. 951",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Freidman, W. E., 1990, Dupla fecundação em Ephedra, uma planta não-florífera; sua implicação na origem das angiospermas: Science, v. 247, p. 951.}"
}

@article{doi1023073243920,
    author = "Schuster, R. M. e Stewart, Wilson N. e Rothwell, Gar W.",
    title = "Paleobotânica e a Evolução das Plantas",
    year = "1994",
    journal = "The Bryologist",
    url = "https://doi.org/10.2307/3243920",
    doi = "10.2307/3243920",
    openalex = "W1977838623"
}

Resumo O conceito de tipo funcional de planta propõe que as espécies podem ser agrupadas de acordo com respostas comuns ao ambiente e/ou efeitos comuns sobre os processos do ecossistema. No entanto, o conhecimento das relações entre características associadas à resposta das plantas a fatores ambientais, como recursos e perturbações (características de resposta), e características que determinam os efeitos das plantas sobre as funções do ecossistema (características de efeito), como o ciclo biogeoquímico ou a propensão à perturbação, permanece rudimentar. Apresentamos um quadro de referência usando conceitos e resultados da ecologia de comunidades, ecologia de ecossistemas e biologia evolutiva para fornecer essa ligação. O funcionamento do ecossistema é o resultado final da operação de múltiplos filtros ambientais em uma hierarquia de escalas que, ao selecionar indivíduos com respostas apropriadas, resultam em assembleias com composição variável de características. As ligações funcionais e compensações entre características, cada uma das quais se relaciona com um ou vários processos, determinam se ou não o filtramento por diferentes fatores dá uma correspondência, e se os efeitos do ecossistema podem ser facilmente deduzidos do conhecimento dos filtros. Para ilustrar este quadro de referência, analisamos um conjunto de fatores ambientais chave e processos do ecossistema. Embora as características associadas à resposta a gradientes de nutrientes sobreponham-se fortemente às que determinam a produção primária líquida, encontrou-se pouca sobreposição direta entre a resposta ao fogo e a inflamabilidade. Hipotetizamos que esses padrões refletem tendências gerais. As respostas à disponibilidade de recursos seriam determinadas por características que também estão envolvidas no ciclo biogeoquímico, porque tanto essas respostas quanto os efeitos são impulsionados pela compensação entre aquisição e conservação. Por outro lado, características de regeneração e demográficas associadas à resposta à perturbação, que são conhecidas por ter pouca conexão com características adultas envolvidas na ecofisiologia vegetal, seriam de pouca relevância para os processos do ecossistema. Este quadro de referência provavelmente será amplamente aplicável, embora deva ser exercida cautela para usar ligações de características e compensações apropriadas à escala, condições ambientais e contexto evolutivo. Pode orientar a seleção de tipos funcionais de plantas para modelos de vegetação em uma variedade de escalas e ajudar no desenho de estudos experimentais sobre as relações entre a diversidade vegetal e as propriedades do ecossistema.

@article{doi101046j13652435200200664x,
    author = "Lavorel, Sandra e Garnier, Éric",
    title = "Prever mudanças na composição da comunidade e no funcionamento do ecossistema a partir de características das plantas: revisitando o Santo Graal",
    year = "2002",
    journal = "Functional Ecology",
    abstract = "Resumo O conceito de tipo funcional de planta propõe que as espécies podem ser agrupadas de acordo com respostas comuns ao ambiente e/ou efeitos comuns sobre os processos do ecossistema. No entanto, o conhecimento das relações entre características associadas à resposta das plantas a fatores ambientais, como recursos e perturbações (características de resposta), e características que determinam os efeitos das plantas sobre as funções do ecossistema (características de efeito), como o ciclo biogeoquímico ou a propensão à perturbação, permanece rudimentar. Apresentamos um quadro de referência usando conceitos e resultados da ecologia de comunidades, ecologia de ecossistemas e biologia evolutiva para fornecer essa ligação. O funcionamento do ecossistema é o resultado final da operação de múltiplos filtros ambientais em uma hierarquia de escalas que, ao selecionar indivíduos com respostas apropriadas, resultam em assembleias com composição variável de características. As ligações funcionais e compensações entre características, cada uma das quais se relaciona com um ou vários processos, determinam se ou não o filtramento por diferentes fatores dá uma correspondência, e se os efeitos do ecossistema podem ser facilmente deduzidos do conhecimento dos filtros. Para ilustrar este quadro de referência, analisamos um conjunto de fatores ambientais chave e processos do ecossistema. Embora as características associadas à resposta a gradientes de nutrientes sobreponham-se fortemente às que determinam a produção primária líquida, encontrou-se pouca sobreposição direta entre a resposta ao fogo e a inflamabilidade. Hipotetizamos que esses padrões refletem tendências gerais. As respostas à disponibilidade de recursos seriam determinadas por características que também estão envolvidas no ciclo biogeoquímico, porque tanto essas respostas quanto os efeitos são impulsionados pela compensação entre aquisição e conservação. Por outro lado, características de regeneração e demográficas associadas à resposta à perturbação, que são conhecidas por ter pouca conexão com características adultas envolvidas na ecofisiologia vegetal, seriam de pouca relevância para os processos do ecossistema. Este quadro de referência provavelmente será amplamente aplicável, embora deva ser exercida cautela para usar ligações de características e compensações apropriadas à escala, condições ambientais e contexto evolutivo. Pode orientar a seleção de tipos funcionais de plantas para modelos de vegetação em uma variedade de escalas e ajudar no desenho de estudos experimentais sobre as relações entre a diversidade vegetal e as propriedades do ecossistema.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1365-2435.2002.00664.x",
    doi = "10.1046/j.1365-2435.2002.00664.x",
    openalex = "W2168173042",
    references = "doi1010079783642809132, doi101007bf00002772, doi101023a1004327224729, openalexw2097450069, openalexw2169917233"
}

@article{doi101046j109583392003t01100158x,
    author = "GROUP*, A FILogenia DAS ANGIOSPERMAS",
    title = "Uma atualização da classificação do Grupo de Filogenia das Angiospermas para as ordens e famílias de plantas com flores: APG II",
    year = "2003",
    journal = "Botanical Journal of the Linnean Society",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1095-8339.2003.t01-1-00158.x",
    doi = "10.1046/j.1095-8339.2003.t01-1-00158.x",
    openalex = "W2980373194",
    references = "doi1023072399846"
}

Nas últimas duas décadas, dados de filogenia molecular permitiram a avaliação de hipóteses sobre a evolução de algas verdes com base em caracteres morfológicos e ultraestruturais vegetativos. Taxas superiores são agora geralmente reconhecidas com base em caracteres ultraestruturais. As análises moleculares empregaram principalmente dados de rDNA subunidade pequena nuclear (18S) e rbcL plastídico, bem como dados sobre ganho de intrões, sequenciamento de genoma completo e sequências mitocondriais. Revisões baseadas em moléculas da classificação em quase todos os níveis ocorreram, desde a desmembragem de gêneros e famílias de longa data em múltiplas classes, até a delimitação de dois grandes linhagens dentro das algas verdes. Uma linhagem, as algas clorofíceas ou Chlorophyta sensu stricto, compreende a maioria do que comumente são chamadas de algas verdes e inclui a maioria dos membros do grupo de flagelados escamosos ancestralmente presumidos em Prasinophyceae, além de membros de Ulvophyceae, Trebouxiophyceae e Chlorophyceae. A outra linhagem (algas carofíceas e plantas terrestres embriófitas) compreende pelo menos cinco grupos monofiléticos de algas verdes, além de embriófitas. Uma análise multigênica recente corrobora uma relação próxima entre Mesostigma (anteriormente em Prasinophyceae) e as algas carofíceas, embora dados de sequência da análise do genoma mitocondrial de Mesostigma coloquem o gênero como irmão das algas carofíceas e clorofíceas. Estes estudos também apoiam Charales como irmão das plantas terrestres. A reorganização de taxas estimulada por análises moleculares é esperada que continue conforme mais dados acumulam e novas taxas e habitats são amostrados.

@article{doi103732ajb91101535,
    author = "Lewis, Louise A. e McCourt, Richard M.",
    title = "Green algae and the origin of land plants",
    year = "2004",
    journal = "American Journal of Botany",
    abstract = "Nas últimas duas décadas, dados de filogenia molecular permitiram a avaliação de hipóteses sobre a evolução de algas verdes com base em caracteres morfológicos e ultraestruturais vegetativos. Taxas superiores são agora geralmente reconhecidas com base em caracteres ultraestruturais. As análises moleculares empregaram principalmente dados de rDNA subunidade pequena nuclear (18S) e rbcL plastídico, bem como dados sobre ganho de intrões, sequenciamento de genoma completo e sequências mitocondriais. Revisões baseadas em moléculas da classificação em quase todos os níveis ocorreram, desde a desmembragem de gêneros e famílias de longa data em múltiplas classes, até a delimitação de dois grandes linhagens dentro das algas verdes. Uma linhagem, as algas clorofíceas ou Chlorophyta sensu stricto, compreende a maioria do que comumente são chamadas de algas verdes e inclui a maioria dos membros do grupo de flagelados escamosos ancestralmente presumidos em Prasinophyceae, além de membros de Ulvophyceae, Trebouxiophyceae e Chlorophyceae. A outra linhagem (algas carofíceas e plantas terrestres embriófitas) compreende pelo menos cinco grupos monofiléticos de algas verdes, além de embriófitas. Uma análise multigênica recente corrobora uma relação próxima entre Mesostigma (anteriormente em Prasinophyceae) e as algas carofíceas, embora dados de sequência da análise do genoma mitocondrial de Mesostigma coloquem o gênero como irmão das algas carofíceas e clorofíceas. Estes estudos também apoiam Charales como irmão das plantas terrestres. A reorganização de taxas estimulada por análises moleculares é esperada que continue conforme mais dados acumulam e novas taxas e habitats são amostrados.",
    url = "https://doi.org/10.3732/ajb.91.10.1535",
    doi = "10.3732/ajb.91.10.1535",
    openalex = "W2121480880",
    references = "doi101007bf01403990"
}

Relatamos a sequência do genoma em rascunho do musgo modelo Physcomitrella patens e comparamos suas características com as das plantas com flores, das quais está separado por mais de 400 milhões de anos, e com algas aquáticas unicelulares. Esta comparação revela mudanças genômicas concomitantes com o movimento evolutivo para a terra, incluindo um aumento geral na complexidade da família de genes; perda de genes associados a ambientes aquáticos (por exemplo, braços flagelares); aquisição de genes para tolerar estresses terrestres (por exemplo, variação de temperatura e disponibilidade de água); e o desenvolvimento das vias de sinalização de auxina e ácido abscísico para coordenar o crescimento multicelular e a resposta à desidratação. O genoma de Physcomitrella fornece um recurso para inferências filogenéticas sobre a função dos genes e para análise experimental de processos vegetais através da capacidade única desta planta para genética reversa.

@article{doi101126science1150646,
    author = "Rensing, Stefan A. e Lang, Daniel e Zimmer, Andreas e Terry, Astrid e Salamov, Asaf e Shapiro, Harris e Nishiyama, Tomoaki e Perroud, Pierre‐François e Lindquist, Erika e Kamisugi, Yasuko e Tanahashi, Takako e Sakakibara, Keiko e Fujita, Tomomichi e Oishi, Kazuko e Shin‐I, Tadasu e Kuroki, Yoko e Toyoda, Atsushi e Suzuki, Yutaka e Hashimoto, Shinichi e Yamaguchi, Kazuo e Sugano, Sumio e Kohara, Yuji e Fujiyama, Asao e Anterola, Aldwin M. e Aoki, Setsuyuki e Ashton, Neil W. e Barbazuk, W. Brad e Barker, Elizabeth I. e Bennetzen, Jeffrey L. e Blankenship, Robert E. e Cho, Sung Hyun e Dutcher, Susan K. e Estelle, Mark e Fawcett, Jeffrey A. e Gundlach, Heidrun e Hanada, Kousuke e Heyl, Alexander e Hicks, Karen A. e Hughes, Jon e Lohr, Martin e Mayer, Klaus e Melkozernov, Alexander N. e Murata, Takashi e Nelson, David R. e Pils, Birgit e Prigge, Michael J. e Reiss, Bernd e Renner, Tanya e Rombauts, Stéphane e Rushton, Paul J. e Sanderfoot, Anton A. e Schween, Gabriele e Shiu, Shin‐Han e Stueber, Kurt e Theodoulou, Frederica L. e Tu, Hank e de Peer, Yves Van e Verrier, Paul e Waters, Elizabeth R. e Wood, Andrew J. e Yang, Lixing e Cove, David J. e Cuming, Andrew C. e Hasebe, Mitsuyasu e Lucas, Susan e Mishler, Brent D. e Reski, Ralf e Grigoriev, Igor V. e Quatrano, Ralph S. e Boore, Jeffrey L.",
    title = "O Genoma de Physcomitrella Revela Insights Evolutivos sobre a Conquista da Terra pelas Plantas",
    year = "2007",
    journal = "Science",
    abstract = "Relatamos a sequência do genoma em rascunho do musgo modelo Physcomitrella patens e comparamos suas características com as das plantas com flores, das quais está separado por mais de 400 milhões de anos, e com algas aquáticas unicelulares. Esta comparação revela mudanças genômicas concomitantes com o movimento evolutivo para a terra, incluindo um aumento geral na complexidade da família de genes; perda de genes associados a ambientes aquáticos (por exemplo, braços flagelares); aquisição de genes para tolerar estresses terrestres (por exemplo, variação de temperatura e disponibilidade de água); e o desenvolvimento das vias de sinalização de auxina e ácido abscísico para coordenar o crescimento multicelular e a resposta à desidratação. O genoma de Physcomitrella fornece um recurso para inferências filogenéticas sobre a função dos genes e para análise experimental de processos vegetais através da capacidade única desta planta para genética reversa.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1150646",
    doi = "10.1126/science.1150646",
    openalex = "W2153488363",
    references = "doi10103837918, doi101126science1128691, doi101126science29054941151"
}

Fornece-se uma classificação revisada e atualizada para as famílias de plantas com flores. Muitos estudos recentes forneceram evidências cada vez mais detalhadas para as posições de famílias anteriormente não classificadas, resultando na adoção de várias novas ordens, incluindo Amborellales, Berberidopsidales, Bruniales, Buxales, Chloranthales, Escalloniales, Huerteales, Nymphaeales, Paracryphiales, Petrosaviales, Picramniales, Trochodendrales, Vitales e Zygophyllales. Vários gêneros e famílias anteriormente não classificados são incluídos aqui em ordens, reduzindo significativamente o número de táxons não classificados; estes incluem Hydatellaceae (Nymphaeales), Haptanthaceae (Buxales), Peridiscaceae (Saxifragales), Huaceae (Oxalidales), Centroplacaceae e Rafflesiaceae (ambas Malpighiales), Aphloiaceae, Geissolomataceae e Strasburgeriaceae (todas Crossosomatales), Picramniaceae (Picramniales), Dipentodontaceae e Gerrardinaceae (ambas Huerteales), Cytinaceae (Malvales), Balanophoraceae (Santalales), Mitrastemonaceae (Ericales) e Boraginaceae (agora pelo menos conhecida como membro do clade lamiid). Novas famílias segregadas para gêneros anteriormente entendidos como estando em outras famílias reconhecidas pela APG incluem Petermanniaceae (Liliales), Calophyllaceae (Malpighiales), Capparaceae e Cleomaceae (ambas Brassicales), Schoepfiaceae (Santalales), Anacampserotaceae, Limeaceae, Lophiocarpaceae, Montiaceae e Talinaceae (todas Caryophyllales) e Linderniaceae e Thomandersiaceae (ambas Lamiales). O uso de famílias entre colchetes é abandonado devido à sua impopularidade, e na maioria dos casos, as circunscrições mais amplas são mantidas; estas incluem Amaryllidaceae, Asparagaceace e Xanthorrheaceae (todas Asparagales), Passifloraceae (Malpighiales), Primulaceae (Ericales) e várias outras famílias menores. Artigos separados neste mesmo volume tratam de uma nova ordem linear para a APG, nomes subfamiliares que podem ser usados para uma comunicação mais precisa em Amaryllidaceae s.l., Asparagaceace s.l. e Xanthorrheaceae s.l. (todas Asparagales) e uma classificação supraordinal formal para as plantas com flores.

@article{doi101111j10958339200900996x,
    author = "GROUP, THE ANGIOSPERM PHYLOGENY",
    title = "An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG III",
    year = "2009",
    journal = "Botanical Journal of the Linnean Society",
    abstract = "A revised and updated classification for the families of flowering plants is provided. Many recent studies have yielded increasingly detailed evidence for the positions of formerly unplaced families, resulting in a number of newly adopted orders, including Amborellales, Berberidopsidales, Bruniales, Buxales, Chloranthales, Escalloniales, Huerteales, Nymphaeales, Paracryphiales, Petrosaviales, Picramniales, Trochodendrales, Vitales and Zygophyllales. A number of previously unplaced genera and families are included here in orders, greatly reducing the number of unplaced taxa; these include Hydatellaceae (Nymphaeales), Haptanthaceae (Buxales), Peridiscaceae (Saxifragales), Huaceae (Oxalidales), Centroplacaceae and Rafflesiaceae (both Malpighiales), Aphloiaceae, Geissolomataceae and Strasburgeriaceae (all Crossosomatales), Picramniaceae (Picramniales), Dipentodontaceae and Gerrardinaceae (both Huerteales), Cytinaceae (Malvales), Balanophoraceae (Santalales), Mitrastemonaceae (Ericales) and Boraginaceae (now at least known to be a member of lamiid clade). Newly segregated families for genera previously understood to be in other APG-recognized families include Petermanniaceae (Liliales), Calophyllaceae (Malpighiales), Capparaceae and Cleomaceae (both Brassicales), Schoepfiaceae (Santalales), Anacampserotaceae, Limeaceae, Lophiocarpaceae, Montiaceae and Talinaceae (all Caryophyllales) and Linderniaceae and Thomandersiaceae (both Lamiales). Use of bracketed families is abandoned because of its unpopularity, and in most cases the broader circumscriptions are retained; these include Amaryllidaceae, Asparagaceace and Xanthorrheaceae (all Asparagales), Passifloraceae (Malpighiales), Primulaceae (Ericales) and several other smaller families. Separate papers in this same volume deal with a new linear order for APG, subfamilial names that can be used for more accurate communication in Amaryllidaceae s.l., Asparagaceace s.l. and Xanthorrheaceae s.l. (all Asparagales) and a formal supraordinal classification for the flowering plants.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1095-8339.2009.00996.x",
    doi = "10.1111/j.1095-8339.2009.00996.x",
    openalex = "W4245471709",
    references = "doi101046j109583392003t01100158x, doi101073pnas0708072104, doi101073pnas0709121104, doi101073pnas0813376106, doi101111j175348871981tb06752x, doi1023072484473, doi1023072992015, doi103732ajb0800047, doi103732ajb891132, doi105860choice453190, openalexw2961549061"
}

@article{openalexw3148514506,
    author = "Apg",
    title = "An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG III",
    year = "2009",
    journal = "Botanical Journal of the Linnean Society",
    openalex = "W3148514506"
}

@article{doi101038nature09916,
    author = "Jiao, Yuannian e Wickett, Norman J. e Ayyampalayam, Saravanaraj e Chanderbali, André S. e Landherr, Lena e Ralph, Paula E. e Tomsho, Lynn P. e Hu, Yi e Liang, Haiying e Soltis, Pamela S. e Soltis, Pamela S. e Clifton, Sandra W. e Schlarbaum, Scott E. e Schuster, Stephan C. e Mā, Hong e Leebens‐Mack, Jim e dePamphilis, Claude W.",
    title = "Poliploidia ancestral em plantas com sementes e angiospermas",
    year = "2011",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature09916",
    doi = "10.1038/nature09916",
    openalex = "W2001374342",
    references = "doi1010020471250953bi0203s00, doi1010079783642866593, doi10103837918, doi10103875556, doi101038nature06148, doi101073pnas0900906106, doi101093bioinformatics179847, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093bioinformaticsbtp348, doi101093nargkh340, doi101093nargkl315, doi101093sysbio274401, doi101126science1128691, doi101196annals1438005, doi1023072412923"
}

Resumo As características das plantas – as características morfológicas, anatômicas, fisiológicas, bioquímicas e fenológicas das plantas e seus órgãos – determinam como os produtores primários respondem aos fatores ambientais, afetam outros níveis tróficos, influenciam os processos e serviços dos ecossistemas e fornecem uma ligação entre a riqueza de espécies e a diversidade funcional dos ecossistemas. Os dados de características representam, portanto, a matéria-prima para uma ampla gama de pesquisas, da biologia evolutiva à ecologia comunitária e funcional, até a biogeografia. Aqui apresentamos a iniciativa de banco de dados global denominada TRY, que uniu uma ampla gama da comunidade de pesquisa de características de plantas em todo o mundo e obteve um engajamento sem precedentes de dados de características: até agora, 93 bancos de dados de características foram contribuídos. O repositório de dados atualmente contém quase três milhões de entradas de características para 69 000 das 300 000 espécies de plantas do mundo, com foco em 52 grupos de características que caracterizam as etapas vegetativa e de regeneração do ciclo de vida da planta, incluindo crescimento, dispersão, estabelecimento e persistência. Uma primeira análise de dados mostra que a maioria das características das plantas é aproximadamente distribuída log-normamente, com amplamente diferentes faixas de variação entre as características. A maioria da variação das características ocorre entre espécies (interspecífica), mas também é documentada uma variação intraspecífica significativa, até 40% da variação total. Os tipos funcionais de plantas (PFTs), como comumente usados em modelos de vegetação, capturam uma fração substancial da variação observada – mas para várias características, a maioria da variação ocorre dentro dos PFTs, até 75% da variação total. No contexto de modelos de vegetação, essas características seriam melhor representadas por variáveis de estado em vez de valores de parâmetros fixos. A melhor disponibilidade de dados de características de plantas no banco de dados global unificado é esperada para apoiar uma mudança de paradigma da ecologia baseada em espécies para a ecologia baseada em características, oferecer novas oportunidades para pesquisas sintéticas de características de plantas e permitir uma representação mais realista e empiricamente fundamentada da vegetação terrestre em modelos de sistemas terrestres.

@article{doi101111j13652486201102451x,
    author = "Kattge, Jens e Dı́az, Soledad e Lavorel, Sandra e Prentice, I. Colin e Leadley, Paul e Bönisch, Gerhard e Garnier, Éric e Westoby, Mark e Reich, Peter B. e Wright, Ian J. e Cornelissen, J. H. C. e Violle, Cyrille e Harrison, Sandy P. e van Bodegom, Peter M. e Reichstein, Markus e Enquist, Brian J. e Soudzilovskaia, Nadejda A. e Ackerly, David D. e Anand, M. e Atkin, Owen K. e Bahn, Michael e Baker, Timothy R. e Baldocchi, Dennis e Bekker, R.M. e Blanco, C. e Blonder, Benjamin e Bond, William J. e Bradstock, Ross A. e Bunker, Dan e Casanoves, Fernando e Cavender‐Bares, Jeannine e Chambers, Jeffrey Q. e Chapin, F. Stuart e Chave, Jérôme e Coomes, David A. e Cornwell, William K. e Craine, Joseph M. e Dobrin, Barbara e Duarte, Leandro e Durka, Walter e Elser, James J. e Esser, G. e Estiarte, Marc e Fagan, William F. e Fang, Jinwei e Fernández‐Méndez, Fernando e Fidélis, Alessandra e Finegan, Bryan e Flores, Olivier e FORD, HENRY e Frank, Dorothea e Freschet, Grégoire T. e Fyllas, Nikolaos M. e Gallagher, Rachael V. e GREEN, W. A. e Gutiérrez, Álvaro G. e Hickler, Thomas e Higgins, Steven I. e Hodgson, J. G. e Jalili, Amir e Jansen, Steven e Joly, Carlos Alfredo e Kerkhoff, Andrew J. e Kirkup, Donald W. e Kitajima, Kaoru e Kleyer, Michael e Klotz, Stefan e Knops, Johannes M. H. e Krämer, K. e Kühn, Ingolf e Kurokawa, H. e Laughlin, Daniel C. e Lee, Tali D. e Leishman, Michelle R. e Lens, Frederic e Lenz, Tanja I. e Lewis, Simon L. e Lloyd, Jon e Llusià, Joan e Louault, Frédérique e Ma, Sai e Mahecha, Miguel D. e Manning, Peter e Massad, Tara Joy e Medlyn, Belinda E. e Messier, J. e Moles, Angela T. e Müller, Sandra Cristina e Nadrowski, Karin e NAEEM, S. e Niinemets, Ülo e Nöllert, Stephanie e Nuske, Alison e Ogaya, Romà e Oleksyn, Jacek e Onipchenko, V. G. e Onoda, Yusuke e Ordóñez, Jenny e Overbeck, Gerhard E. e Ozinga, W.A.",
    title = "TRY – um banco de dados global de características das plantas",
    year = "2011",
    journal = "Global Change Biology",
    abstract = "Resumo As características das plantas – as características morfológicas, anatômicas, fisiológicas, bioquímicas e fenológicas das plantas e seus órgãos – determinam como os produtores primários respondem aos fatores ambientais, afetam outros níveis tróficos, influenciam os processos e serviços dos ecossistemas e fornecem uma ligação entre a riqueza de espécies e a diversidade funcional dos ecossistemas. Os dados de características representam, portanto, a matéria-prima para uma ampla gama de pesquisas, da biologia evolutiva à ecologia comunitária e funcional, até a biogeografia. Aqui apresentamos a iniciativa de banco de dados global denominada TRY, que uniu uma ampla gama da comunidade de pesquisa de características das plantas em todo o mundo e obteve uma adesão sem precedentes aos dados de características: até agora, 93 bancos de dados de características foram contribuídos. O repositório de dados atualmente contém quase três milhões de entradas de características para 69 000 das 300 000 espécies de plantas do mundo, com foco em 52 grupos de características que caracterizam as etapas vegetativa e de regeneração do ciclo de vida das plantas, incluindo crescimento, dispersão, estabelecimento e persistência. Uma primeira análise de dados mostra que a maioria das características das plantas é aproximadamente distribuída log‐normalmente, com amplamente diferentes faixas de variação entre as características. A maioria da variação das características ocorre entre espécies (interspecífica), mas também é documentada uma variação intraspecífica significativa, até 40% da variação total. Os tipos funcionais das plantas (PFTs), como comumente usados em modelos de vegetação, capturam uma fração substancial da variação observada – mas para várias características, a maioria da variação ocorre dentro das PFTs, até 75% da variação total. No contexto de modelos de vegetação, essas características seriam melhor representadas por variáveis de estado em vez de valores de parâmetros fixos. A melhor disponibilidade de dados de características das plantas no banco de dados global unificado é esperada para apoiar uma mudança de paradigma da ecologia baseada em espécies para a ecologia baseada em características, oferecer novas oportunidades para a pesquisa sintética de características das plantas e permitir uma representação mais realista e empiricamente fundamentada da vegetação terrestre nos modelos do sistema terrestre.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-2486.2011.02451.x",
    doi = "10.1111/j.1365-2486.2011.02451.x",
    openalex = "W2162584119",
    references = "doi101007bf00386231, doi1010160165176580900245, doi101016jtree200602002, doi101023a1004327224729, doi101038nature02403, doi101046j13652435200200664x, doi101046j13652486200300569x, doi101071bt02124, doi101086283244, doi101111j00301299200715559x, doi101111j14610248200600924x, doi101111j14610248200801219x, doi101146annurevecolsys33010802150452, doi1011552009421425"
}

Reconstruir a origem e a evolução das plantas terrestres e seus parentes algais é um problema fundamental na filogenia das plantas, e é essencial para compreender como surgiram adaptações críticas, incluindo o embrião, o tecido vascular, as sementes e as flores. Apesar dos avanços na sistemática molecular, algumas hipóteses de relações permanecem pouco resolvidas. Inferir filogenias profundas com episódios de rápida diversificação pode ser problemático; no entanto, dados em escala de genoma devem aumentar significativamente o número de caracteres informativos para as análises. Reconstruções filogenômicas recentes focadas nas principais divergências das plantas resultaram em resultados promissores, mas inconsistentes. Uma limitação é a amostragem esparsa de táxons, provavelmente resultante da dificuldade e do custo da geração de dados. Para abordar essa limitação, dados de transcriptoma para 92 táxons de estreptófitos foram gerados e analisados juntamente com 11 sequências de genoma de plantas publicadas. Reconstruções filogenéticas foram conduzidas usando até 852 genes nucleares e 1.701.170 sítios alinhados. Foram realizadas 69 análises para testar a robustez das inferências filogenéticas a permutações da matriz de dados ou ao método filogenético, incluindo abordagens de supermatriz, supérárvore e baseadas em coalescência, métodos de máxima verossimilhança e Bayesianos, análises particionadas e não particionadas, e alinhamentos de aminoácidos versus DNA. Entre outros resultados, encontramos suporte robusto para uma relação de grupo-irmão entre as plantas terrestres e um grupo de algas verdes estreptófitas, as Zygnematophyceae. Suporte forte e robusto para um clado composto por hepáticas e musgos é inconsistente com uma visão amplamente aceita da evolução inicial das plantas terrestres e sugere que as hipóteses filogenéticas usadas para compreender a evolução de traços fundamentais das plantas devem ser reavaliadas.

@article{doi101073pnas1323926111,
    author = "Wickett, Norman J. and Mirarab, Siavash and Nguyen, Nam and Warnow, Tandy and Carpenter, Eric and Matasci, Naim and Ayyampalayam, Saravanaraj and Barker, Michael S. and Burleigh, J. Gordon and Gitzendanner, Matthew A. and Ruhfel, Brad R. and Wafula, Eric and Der, Joshua P. and Graham, Sean W. and Mathews, Sarah and Melkonian, Michael and Soltis, Pamela S. and Soltis, Pamela S. and Miles, Nicholas W. and Rothfels, Carl J. and Pokorny, Lisa and Shaw, A. Jonathan and DeGironimo, Lisa and Stevenson, Dennis and Surek, Barbara and Villarreal, Juan Carlos and Roure, Béatrice and Philippe, Hervé and dePamphilis, Claude W. and Chen, Tao and Deyholos, Michael K. and Baucom, Regina S. and Kutchan, Toni M. and Augustin, Megan M. and Wang, Jun and Zhang, Yong and Tian, Zhijian and Yan, Zhixiang and Wu, Xiaolei and Sun, Xiao and Wong, Gane Ka‐Shu and Leebens-Mack, James",
    title = "Phylotranscriptomic analysis of the origin and early diversification of land plants",
    year = "2014",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Reconstruir a origem e a evolução das plantas terrestres e seus parentes algais é um problema fundamental na filogenia das plantas, e é essencial para compreender como surgiram adaptações críticas, incluindo o embrião, o tecido vascular, as sementes e as flores. Apesar dos avanços na sistemática molecular, algumas hipóteses de relações permanecem pouco resolvidas. Inferir filogenias profundas com episódios de rápida diversificação pode ser problemático; no entanto, dados em escala de genoma devem aumentar significativamente o número de caracteres informativos para as análises. Reconstruções filogenômicas recentes focadas nas principais divergências das plantas resultaram em resultados promissores, mas inconsistentes. Uma limitação é a amostragem esparsa de táxons, provavelmente resultante da dificuldade e do custo da geração de dados. Para abordar essa limitação, dados de transcriptoma para 92 táxons de estreptófitos foram gerados e analisados juntamente com 11 sequências de genoma de plantas publicadas. Reconstruções filogenéticas foram conduzidas usando até 852 genes nucleares e 1.701.170 sítios alinhados. Foram realizadas 69 análises para testar a robustez das inferências filogenéticas a permutações da matriz de dados ou ao método filogenético, incluindo abordagens de supermatriz, supérárvore e baseadas em coalescência, métodos de máxima verossimilhança e Bayesianos, análises particionadas e não particionadas, e alinhamentos de aminoácidos versus DNA. Entre outros resultados, encontramos suporte robusto para uma relação de grupo-irmão entre as plantas terrestres e um grupo de algas verdes estreptófitas, as Zygnematophyceae. Suporte forte e robusto para um clado composto por hepáticas e musgos é inconsistente com uma visão amplamente aceita da evolução inicial das plantas terrestres e sugere que as hipóteses filogenéticas usadas para compreender a evolução de traços fundamentais das plantas devem ser reavaliadas.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1323926111",
    doi = "10.1073/pnas.1323926111",
    openalex = "W2013277649",
    references = "doi101016jtree200901009, doi101016s0022283605803602, doi10103837918, doi101046j109583392003t01100158x, doi101093bioinformatics83275, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093sysbio463523, doi101093sysbiosyt022, doi101111boj12385, doi101111j10958339200900996x, doi101111j10960031200800217x, doi1011861471214811104, doi101371journalpcbi1002195, doi1023072346830, openalexw3148514506"
}

Resumo O espectro da economia foliar (LES) fornece um quadro útil para examinar as estratégias das espécies moldadas por sua história evolutiva. No entanto, esse espectro, conforme originalmente descrito, envolvia apenas dois recursos chave (carbono e nutrientes) e um dos três órgãos vegetais economicamente importantes. Aqui, avalio se a ideia do espectro econômico pode ser amplamente estendida à água – o terceiro recurso chave – caules, raízes e plantas inteiras e para escalas individuais, comunitárias e de ecossistema. Minha hipótese abrangente é que uma seleção forte ao longo dos eixos de compromisso de características, em conjunto com restrições biofísicas, resulta em convergência para qualquer táxon em uma estratégia uniformemente rápida, média ou lenta (ou seja, taxas de aquisição e processamento de recursos) para todos os órgãos e todos os recursos. Evidências para espectros de características econômicas existem para caules e raízes, bem como para folhas, e para características relacionadas à água, bem como ao carbono e nutrientes. Estas aplicam-se geralmente dentro e entre escalas (dentro e entre comunidades, zonas climáticas, biomas e linhagens). Existem ligações entre órgãos e acoplamento entre recursos, resultando em um espectro de economia de planta inteira integrado. Espécies capazes de mover água rapidamente têm baixa densidade de tecido, vida útil de tecido curta e altas taxas de aquisição e fluxo de recursos em escalas de órgão e individual. O inverso é verdadeiro para espécies com a estratégia lenta. Diferentes características podem ser importantes em diferentes condições, mas, como ser rápido em um aspecto geralmente requer ser rápido em outros, ser rápido ou lento é uma característica geral das espécies. Características econômicas influenciam o desempenho e a aptidão de acordo com a teoria baseada em características sobre mecanismos adaptativos subjacentes. Características ajudam a explicar diferenças no crescimento e sobrevivência ao longo de gradientes de recursos e, portanto, ajudam a explicar a distribuição de espécies e a montagem de comunidades ao longo de gradientes de luz, água e nutrientes. Características se escalonam – características rápidas estão associadas a taxas mais rápidas de processos ecossistêmicos, como decomposição ou produtividade primária, e características lentas com taxas de processo lentas. Síntese. Características importam. Um único espectro de economia de planta 'rápido–lento' que integra folhas, caules e raízes é uma característica chave do universo vegetal e ajuda a explicar estratégias ecológicas individuais, processos de montagem de comunidades e o funcionamento de ecossistemas.

@article{doi1011111365274512211,
    author = "Reich, Peter B.",
    title = "The world‐wide 'fast–slow' plant economics spectrum: a traits manifesto",
    year = "2014",
    journal = "Journal of Ecology",
    abstract = "Resumo O espectro da economia foliar (LES) fornece um quadro útil para examinar as estratégias das espécies moldadas por sua história evolutiva. No entanto, esse espectro, conforme originalmente descrito, envolvia apenas dois recursos chave (carbono e nutrientes) e um dos três órgãos vegetais economicamente importantes. Aqui, avalio se a ideia do espectro econômico pode ser amplamente estendida à água – o terceiro recurso chave – caules, raízes e plantas inteiras e para escalas individuais, comunitárias e de ecossistema. Minha hipótese abrangente é que uma seleção forte ao longo dos eixos de compromisso de características, em conjunto com restrições biofísicas, resulta em convergência para qualquer táxon em uma estratégia uniformemente rápida, média ou lenta (ou seja, taxas de aquisição e processamento de recursos) para todos os órgãos e todos os recursos. Evidências para espectros de características econômicas existem para caules e raízes, bem como para folhas, e para características relacionadas à água, bem como ao carbono e nutrientes. Estas aplicam-se geralmente dentro e entre escalas (dentro e entre comunidades, zonas climáticas, biomas e linhagens). Existem ligações entre órgãos e acoplamento entre recursos, resultando em um espectro de economia de planta inteira integrado. Espécies capazes de mover água rapidamente têm baixa densidade de tecido, vida útil de tecido curta e altas taxas de aquisição e fluxo de recursos em escalas de órgão e individual. O inverso é verdadeiro para espécies com a estratégia lenta. Diferentes características podem ser importantes em diferentes condições, mas, como ser rápido em um aspecto geralmente requer ser rápido em outros, ser rápido ou lento é uma característica geral das espécies. Características econômicas influenciam o desempenho e a aptidão de acordo com a teoria baseada em características sobre mecanismos adaptativos subjacentes. Características ajudam a explicar diferenças no crescimento e sobrevivência ao longo de gradientes de recursos e, portanto, ajudam a explicar a distribuição de espécies e a montagem de comunidades ao longo de gradientes de luz, água e nutrientes. Características se escalonam – características rápidas estão associadas a taxas mais rápidas de processos ecossistêmicos, como decomposição ou produtividade primária, e características lentas com taxas de processo lentas. Síntese. Características importam. Um único espectro de economia de planta 'rápido–lento' que integra folhas, caules e raízes é uma característica chave do universo vegetal e ajuda a explicar estratégias ecológicas individuais, processos de montagem de comunidades e o funcionamento de ecossistemas.",
    url = "https://doi.org/10.1111/1365-2745.12211",
    doi = "10.1111/1365-2745.12211",
    openalex = "W2127928904",
    references = "doi101023a1004327224729, doi101038nature02403, doi101046j13652435200200664x, doi101046j13652745199800306x, doi101086283244, doi101098rspb20081919, doi101104pp107101352, doi101111j00301299200715559x, doi101111j109583121989tb00492x, doi101111j13652486201102451x, doi101111j14610248200801219x, doi101111j14610248200901285x, doi101111j14610248200901314x, doi101111j14610248200901410x, doi101146annureves11110180001313, doi1018900012965819970781958cafasa20co2, doi1023072259756, doi1023074549, doi1034172009143, openalexw1564371012, openalexw2097450069, openalexw2169917233"
}

Reconstruir as relações filogenéticas que unem todas as linhagens (a árvore da vida) é um grande desafio. A escassez de dados de caracteres homólogos através de linhagens distantes atualmente torna a inferência filogenética direta inviável. Para reconstruir uma árvore da vida abrangente, sintetizamos, portanto, filogenias publicadas, juntamente com classificações taxonômicas para táxons nunca incorporados em uma filogenia. Apresentamos uma árvore rascunho contendo 2,3 milhões de pontas - a Open Tree of Life. A realização desta árvore exigiu a montagem de dois recursos adicionais da comunidade: (i) uma taxonomia de referência global abrangente e (ii) um banco de dados de árvores filogenéticas publicadas mapeadas para esta taxonomia. Nosso framework de código aberto facilita comentários e contribuições da comunidade, permitindo que a árvore seja continuamente atualizada quando novos dados filogenéticos e taxonômicos se tornam digitalmente disponíveis. Embora a cobertura de dados e conflitos filogenéticos através da Open Tree of Life iluminem lacunas tanto nos dados subjacentes disponíveis para reconstrução filogenética quanto na publicação de árvores como objetos digitais, a árvore fornece um ponto de partida convincente para a contribuição da comunidade. Esta árvore abrangente impulsionará pesquisas fundamentais sobre a natureza da diversidade biológica, fornecendo finalmente filogenias atualizadas para aplicações subsequentes em biologia comparativa, ecologia, biologia da conservação, mudanças climáticas, agricultura e genômica.

@article{doi101073pnas1423041112,
    author = "Hinchliff, Cody E. e Smith, Stephen A. e Allman, James F. e Burleigh, J. Gordon e Chaudhary, Ruchi e Coghill, Lyndon M. e Crandall, Keith A. e Deng, Jiabin e Drew, Bryan T. e Gazis, Romina e Gude, Karl e Hibbett, David S. e Katz, Laura A. e Laughinghouse, Haywood Dail e McTavish, Emily Jane e Midford, Peter e Owen, Christopher L. e Ree, Richard H. e Rees, Jonathan e Soltis, Pamela S. e Williams, Tiffani L. e Cranston, Karen",
    title = "Síntese de filogenia e taxonomia em uma árvore da vida abrangente",
    year = "2015",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Reconstruir as relações filogenéticas que unem todas as linhagens (a árvore da vida) é um grande desafio. A escassez de dados de caracteres homólogos através de linhagens distantes atualmente torna a inferência filogenética direta inviável. Para reconstruir uma árvore da vida abrangente, sintetizamos, portanto, filogenias publicadas, juntamente com classificações taxonômicas para táxons nunca incorporados em uma filogenia. Apresentamos uma árvore rascunho contendo 2,3 milhões de pontas - a Open Tree of Life. A realização desta árvore exigiu a montagem de dois recursos adicionais da comunidade: (i) uma taxonomia de referência global abrangente e (ii) um banco de dados de árvores filogenéticas publicadas mapeadas para esta taxonomia. Nosso framework de código aberto facilita comentários e contribuições da comunidade, permitindo que a árvore seja continuamente atualizada quando novos dados filogenéticos e taxonômicos se tornam digitalmente disponíveis. Embora a cobertura de dados e conflitos filogenéticos através da Open Tree of Life iluminem lacunas tanto nos dados subjacentes disponíveis para reconstrução filogenética quanto na publicação de árvores como objetos digitais, a árvore fornece um ponto de partida convincente para a contribuição da comunidade. Esta árvore abrangente impulsionará pesquisas fundamentais sobre a natureza da diversidade biológica, fornecendo finalmente filogenias atualizadas para aplicações subsequentes em biologia comparativa, ecologia, biologia da conservação, mudanças climáticas, agricultura e genômica.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1423041112",
    doi = "10.1073/pnas.1423041112",
    openalex = "W2951002538",
    references = "doi101073pnas1110633108, doi105962bhltitle46292, doi105962bhltitle68064"
}

Todas as plantas são habitadas internamente por diversas comunidades microbianas que compreendem táxons bacterianos, arqueais, fúngicos e protistas. Estes microrganismos que exibem estilos de vida endofíticos desempenham papéis cruciais no desenvolvimento, crescimento, aptidão e diversificação das plantas. O crescente conhecimento e informações sobre endófitos fornecem insights sobre a complexidade do microbioma vegetal. A natureza das interações planta-endófito varia do mutualismo à patogenicidade. Isso depende de um conjunto de fatores abióticos e bióticos, incluindo os genótipos das plantas e microrganismos, condições ambientais e a rede dinâmica de interações dentro do bioma vegetal. Nesta revisão, abordamos o conceito de endofitismo, considerando os últimos insights sobre evolução, funcionamento do ecossistema vegetal e interações multipartes.

@article{doi101128mmbr0005014,
    author = "Hardoim, Pablo R. e van Overbeek, Leonard S. e Berg, Gabriele e Pirttilä, Anna Maria e Compant, Stéphane e Campisano, Andrea e Döring, Matthias e Sessitsch, Angela",
    title = "O Mundo Oculto dentro das Plantas: Considerações Ecológicas e Evolutivas para Definir o Funcionamento de Endófitos Microbianos",
    year = "2015",
    journal = "Microbiology and Molecular Biology Reviews",
    abstract = "Todas as plantas são habitadas internamente por diversas comunidades microbianas que compreendem táxons bacterianos, arqueais, fúngicos e protistas. Estes microrganismos que exibem estilos de vida endofíticos desempenham papéis cruciais no desenvolvimento, crescimento, aptidão e diversificação das plantas. O crescente conhecimento e informações sobre endófitos fornecem insights sobre a complexidade do microbioma vegetal. A natureza das interações planta-endófito varia do mutualismo à patogenicidade. Isso depende de um conjunto de fatores abióticos e bióticos, incluindo os genótipos das plantas e microrganismos, condições ambientais e a rede dinâmica de interações dentro do bioma vegetal. Nesta revisão, abordamos o conceito de endofitismo, considerando os últimos insights sobre evolução, funcionamento do ecossistema vegetal e interações multipartes.",
    url = "https://doi.org/10.1128/mmbr.00050-14",
    doi = "10.1128/mmbr.00050-14",
    openalex = "W2172598864",
    references = "doi101016b9780123705266x50016, doi101016jtplants201204001, doi101038nrmicro3109, doi101146annurevarplant050312120106, doi101146annurevcellbio21012704131001, openalexw1486903121"
}

© 2016 The Linnean Society of London. Apresenta-se uma atualização da classificação do Grupo de Filogenia das Angiospermas (APG) dos ordens e famílias das angiospermas. São reconhecidos vários novos ordens: Boraginales, Dilleniales, Icacinales, Metteniusiales e Vahliales. Isso eleva o número total de ordens e famílias reconhecidas no sistema APG para 64 e 416, respectivamente. Propomos dois clados informais adicionais, superrosids e superasterids, que cada um compreende os ordens adicionais incluídos nos clados maiores dominados pelos rosids e asterids. As famílias que compunham potencialmente ordens monofamiliais, Dasypogonaceae e Sabiaceae, são agora referidas a Arecales e Proteales, respectivamente. Duas famílias parasitas anteriormente de posições incertas são agora colocadas: Cynomoriaceae em Saxifragales e Apodanthaceae em Cucurbitales. Embora haja evidências de que algumas famílias reconhecidas no APG III não são monofiléticas, não fazemos alterações em Dioscoreales e Santalales em relação ao APG III e deixamos alguns gêneros em Lamiales sem classificação (por exemplo, Peltanthera). Essas alterações na circunscrição e reconhecimento de famílias resultaram todas de novos resultados publicados desde o APG III, exceto por algumas alterações simplesmente devido a questões nomenclaturais, que incluem substituir Asphodelaceae por Xanthorrhoeaceae (Asparagales) e Francoaceae por Melianthaceae (Geraniales); no entanto, em Francoaceae também incluímos Bersamaceae, Ledocarpaceae, Rhynchothecaceae e Vivianiaceae. Outras alterações aos limites das famílias não são drásticas ou numerosas e estão majoritariamente focadas em alguns membros dos lamiids, especialmente a antiga Icacinaceae que tem sido problemática há muito tempo, com vários gêneros transferidos para a anteriormente monogênérica Metteniusaceae, mas alterações menores na circunscrição incluem Aristolochiaceae (agora incluindo Lactoridaceae e Hydnoraceae; Aristolochiales), Maundiaceae (removida de Juncaginaceae; Alismatales), Restionaceae (agora re-incluindo Anarthriaceae e Centrolepidaceae; Poales), Buxaceae (agora incluindo Haptanthaceae; Buxales), Peraceae (dividida de Euphorbiaceae; Malpighiales), reconhecimento de Petenaeaceae (Huerteales), Kewaceae, Limeaceae, Macarthuriaceae e Microteaceae (todas Caryophyllales), Petiveriaceae dividida de Phytolaccaceae (Caryophyllales), alterações na composição genérica de Ixonanthaceae e Irvingiaceae (com transferência de Allantospermum da primeira para a segunda; Malpighiales), transferência de Pakaraimaea (anteriormente Dipterocarpaceae) para Cistaceae (Malvales), transferência de Borthwickia, Forchhammeria, Stixis e Tirania (anteriormente todas Capparaceae) para Resedaceae (Brassicales), Nyssaceae dividida de Cornaceae (Cornales), Pteleocarpa transferida para Gelsemiaceae (Gentianales), alterações na composição genérica de Gesneriaceae (Sanango transferido de Loganiaceae) e Orobanchaceae (agora incluindo Lindenbergiaceae e Rehmanniaceae) e reconhecimento de Mazaceae distinta de Phrymaceae (todas Lamiales).

@article{doi101111boj12385,
    author = "Group, The Angiosperm Phylogeny",
    title = "Uma atualização da classificação do Grupo de Filogenia das Angiospermas para as ordens e famílias de plantas com flores: APG IV",
    year = "2016",
    journal = "Botanical Journal of the Linnean Society",
    abstract = "© 2016 The Linnean Society of London. Apresenta-se uma atualização da classificação do Grupo de Filogenia das Angiospermas (APG) das ordens e famílias de angiospermas. São reconhecidas várias novas ordens: Boraginales, Dilleniales, Icacinales, Metteniusiales e Vahliales. Isso eleva o número total de ordens e famílias reconhecidas no sistema APG para 64 e 416, respectivamente. Propomos dois clados informais adicionais, superrosids e superasterids, que cada um compreende as ordens adicionais incluídas nos clados maiores dominados pelos rosids e asterids. Famílias que compunham ordens potencialmente monofamiliais, Dasypogonaceae e Sabiaceae, são agora referidas a Arecales e Proteales, respectivamente. Duas famílias parasitas anteriormente de posições incertas são agora colocadas: Cynomoriaceae em Saxifragales e Apodanthaceae em Cucurbitales. Embora haja evidências de que algumas famílias reconhecidas na APG III não são monofiléticas, não fazemos alterações em Dioscoreales e Santalales em relação à APG III e deixamos alguns gêneros em Lamiales sem classificação (por exemplo, Peltanthera). Essas alterações na circunscrição e reconhecimento de famílias resultaram todas de novos resultados publicados desde a APG III, exceto por algumas alterações simplesmente devido a questões nomenclaturais, que incluem substituir Asphodelaceae por Xanthorrhoeaceae (Asparagales) e Francoaceae por Melianthaceae (Geraniales); no entanto, na Francoaceae também incluímos Bersamaceae, Ledocarpaceae, Rhynchothecaceae e Vivianiaceae. Outras alterações aos limites das famílias não são drásticas ou numerosas e estão majoritariamente focadas em alguns membros dos lamiids, especialmente a ex-Icacinaeaceae que há muito tempo foram problemáticas com vários gêneros transferidos para a ex-Metteniusaceae monogênérica, mas alterações menores na circunscrição incluem Aristolochiaceae (agora incluindo Lactoridaceae e Hydnoraceae; Aristolochiales), Maundiaceae (removida de Juncaginaceae; Alismatales), Restionaceae (agora re-incluindo Anarthriaceae e Centrolepidaceae; Poales), Buxaceae (agora incluindo Haptanthaceae; Buxales), Peraceae (dividida de Euphorbiaceae; Malpighiales), reconhecimento de Petenaeaceae (Huerteales), Kewaceae, Limeaceae, Macarthuriaceae e Microteaceae (todas Caryophyllales), Petiveriaceae dividida de Phytolaccaceae (Caryophyllales), alterações na composição genérica de Ixonanthaceae e Irvingiaceae (com transferência de Allantospermum da primeira para a segunda; Malpighiales), transferência de Pakaraimaea (ex-Dipterocarpaceae) para Cistaceae (Malvales), transferência de Borthwickia, Forchhammeria, Stixis e Tirania (todas ex-Capparaceae) para Resedaceae (Brassicales), Nyssaceae dividida de Cornaceae (Cornales), Pteleocarpa transferida para Gelsemiaceae (Gentianales), alterações na composição genérica de Gesneriaceae (Sanango movido de Loganiaceae) e Orobanchaceae (agora incluindo Lindenbergiaceae e Rehmanniaceae) e reconhecimento de Mazaceae distinta de Phrymaceae (todas Lamiales).",
    url = "https://doi.org/10.1111/boj.12385",
    doi = "10.1111/boj.12385",
    openalex = "W2166152751",
    references = "doi1010079783642143977, doi101046j109583392003t01100158x, doi101073pnas1323926111, doi101111j10958339200900996x, doi101111j109600311996tb00196x, doi101111j155856461985tb00420x, doi1023071222465, doi1023072399846, doi10230725065646, doi103732ajb0800047, openalexw3148514506, openalexw70084438"
}

@article{doi101016jcell201709030,
    author = "Bowman, John L. e Kohchi, Takayuki e Yamato, Katsuyuki T. e Jenkins, Jerry e Shu, Shengqiang e Ishizaki, Kimitsune e Yamaoka, Shohei e Nishihama, Ryuichi e Nakamura, Yasukazu e Berger, Frédéric e Adam, Catherine e Aki, Shiori S. e Althoff, Felix e Araki, Takashi e Arteaga‐Vázquez, Mario A. e Balasubrmanian, Sureshkumar e Barry, Kerrie e Bauer, Diane e Boehm, Christian R. e Briginshaw, Liam N. e Caballero-Pérez, Juan e Catarino, Bruno e Chen, Feng e Chiyoda, Shota e Chovatia, Mansi e Davies, Kevin M. e Delmans, Mihails e Demura, Taku e Dierschke, Tom e Dolan, Liam e Dorantes-Acosta, Ana E. e Eklund, D. Magnus e Florent, Stevie N. e Flores‐Sandoval, Eduardo e Fujiyama, Asao e Fukuzawa, Hideya e Galik, Bence e Grimanelli, Daniel e Grimwood, Jane e Grossniklaus, Ueli e Hamada, Takahiro e Haseloff, Jim e Hetherington, Alexander J. e Higo, Asuka e Hirakawa, Yuki e Hundley, Hope N. e Ikeda, Yoko e Inoue, Keisuke e Inoue, Shin‐ichiro e Ishida, Sakiko e Jia, Qidong e Kakita, Mitsuru e Kanazawa, Takehiko e Kawai, Yosuke e Kawashima, Tomokazu e Kennedy, Megan e Kinose, Keita e Kinoshita, Toshinori e Kohara, Yuji e Koide, Eri e Komatsu, Kenji e Kopischke, Sarah e Kubo, Minoru e Kyozuka, Junko e Lagercrantz, Ulf e Lin, Shih‐Shun e Lindquist, Erika e Lipzen, Anna e Lu, Chia-Wei e Luna, Efraín De e Martienssen, Robert A. e Minamino, Naoki e Mizutani, Masaharu e Mizutani, Miya e Mochizuki, Nobuyoshi e Monte, Isabel e Mosher, Rebecca A. e Nagasaki, Hideki e Nakagami, Hirofumi e Naramoto, Satoshi e Nishitani, Kazuhiko e Ohtani, Misato e Okamoto, Takashi e Okumura, Masaki e Phillips, Jeremy e Pollak, Bernardo e Reinders, Anke e Rövekamp, Moritz e Sano, Ryosuke e Sawa, Shinichiro e Schmid, Marc W. e Shirakawa, Makoto e Solano, Roberto e Spunde, Alex e Suetsugu, Noriyuki e Sugano, Sumio e Sugiyama, Akifumi e Sun, Rui e Suzuki, Yutaka e Takenaka, Mizuki",
    title = "Insights into Land Plant Evolution Garnered from the Marchantia polymorpha Genome",
    year = "2017",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.09.030",
    doi = "10.1016/j.cell.2017.09.030",
    openalex = "W2763628303",
    references = "doi101038nrg201726, doi101073pnas1323926111, doi101111nph12643"
}

-fixing cyanobacteria, and we demonstrate a clear pattern of cospeciation between the two partners. Furthermore, the Azolla genome lacks genes that are common to arbuscular mycorrhizal and root nodule symbioses, and we identify several putative transporter genes specific to Azolla-cyanobacterial symbiosis. These genomic resources will help in exploring the biotechnological potential of Azolla and address fundamental questions in the evolution of plant life.

@article{doi101038s4147701801888,
    author = "Li, Fay‐Wei and Brouwer, Paul and Carretero‐Paulet, Lorenzo and Cheng, Shifeng and de Vries, Jan and Delaux, Pierre‐Marc and Eily, Ariana Noel and Koppers, Nils and Kuo, Li‐Yaung and Li, Zheng and Simenc, Mathew and Small, Ian and Wafula, Eric and Angarita, Stephany and Barker, Michael S. and Bräutigam, Andrea and dePamphilis, Claude W. and Gould, Sven B. and Hosmani, Prashant S. and Huang, Yao-Moan and Hüettel, Bruno and Kato, Yoichiro and Liu, Xin and Maere, Steven and McDowell, Rose and Mueller, Lukas A. and Nierop, Klaas G.J. and Rensing, Stefan A. and Robison, Tanner A. and Rothfels, Carl J. and Sigel, Erin M. and Song, Yue and Timilsena, Prakash Raj and de Peer, Yves Van and Wang, Hongli and Wilhelmsson, Per K.I. and Wolf, Paul G. and Xu, Xun and Der, Joshua P. and Schluepmann, Henriette and Wong, Gane Ka‐Shu and Pryer, Kathleen M.",
    title = "Fern genomes elucidate land plant evolution and cyanobacterial symbioses",
    year = "2018",
    journal = "Nature Plants",
    abstract = "-fixing cyanobacteria, and we demonstrate a clear pattern of cospeciation between the two partners. Furthermore, the Azolla genome lacks genes that are common to arbuscular mycorrhizal and root nodule symbioses, and we identify several putative transporter genes specific to Azolla-cyanobacterial symbiosis. These genomic resources will help in exploring the biotechnological potential of Azolla and address fundamental questions in the evolution of plant life.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41477-018-0188-8",
    doi = "10.1038/s41477-018-0188-8",
    openalex = "W2809850047",
    references = "doi101093nargkt371, doi101186s128590182129y, doi103732apps1600016"
}

Desde a colonização da terra por linhagens ancestrais de plantas há 450 milhões de anos, plantas e seus micróbios associados têm interagido entre si, formando um conjunto de espécies que é frequentemente referido como um "holobionte". A pressão seletiva atuando sobre os componentes do holobionte provavelmente moldou as comunidades microbianas associadas às plantas e selecionou microrganismos adaptados ao hospedeiro que impactam a aptidão das plantas. No entanto, as altas densidades microbianas detectadas nos tecidos vegetais, juntamente com o rápido tempo de geração dos micróbios e sua origem mais antiga em comparação com seu hospedeiro, sugerem que as interações microbe-microbe também são forças seletivas importantes que esculpem conjuntos microbianos complexos nos compartimentos da filossfera, rizosfera e endosfera vegetal. Abordagens reducionistas conduzidas em condições laboratoriais foram cruciais para decifrar as estratégias utilizadas por micróbios específicos para cooperar e competir dentro ou fora dos tecidos vegetais. No entanto, nosso entendimento dessas interações microbianas na formação de comunidades microbianas associadas às plantas mais complexas, juntamente com sua relevância para a saúde do hospedeiro em um contexto mais natural, permanece escasso. Usando exemplos obtidos de abordagens reducionistas e em nível de comunidade, discutimos o papel fundamental das interações microbe-microbe (procariotos e micro-eucariotos) para a estrutura da comunidade microbiana e a saúde das plantas. Fornecemos um quadro conceitual ilustrando que as interações entre membros da microbiota são críticas para o estabelecimento e a manutenção da homeostase hospedeiro-microbiana.

@article{doi101186s4016801804450,
    author = "Hassani, M. Amine e Durán, Paloma e Hacquard, Stéphane",
    title = "Interações microbianas dentro do holobionte vegetal",
    year = "2018",
    journal = "Microbiome",
    abstract = {Desde a colonização da terra por linhagens ancestrais de plantas há 450 milhões de anos, plantas e seus micróbios associados têm interagido entre si, formando um conjunto de espécies que é frequentemente referido como um "holobionte". A pressão seletiva atuando sobre os componentes do holobionte provavelmente moldou as comunidades microbianas associadas às plantas e selecionou microrganismos adaptados ao hospedeiro que impactam a aptidão das plantas. No entanto, as altas densidades microbianas detectadas nos tecidos vegetais, juntamente com o rápido tempo de geração dos micróbios e sua origem mais antiga em comparação com seu hospedeiro, sugerem que as interações microbe-microbe também são forças seletivas importantes que esculpem conjuntos microbianos complexos nos compartimentos da filossfera, rizosfera e endosfera vegetal. Abordagens reducionistas conduzidas em condições laboratoriais foram cruciais para decifrar as estratégias utilizadas por micróbios específicos para cooperar e competir dentro ou fora dos tecidos vegetais. No entanto, nosso entendimento dessas interações microbianas na formação de comunidades microbianas associadas às plantas mais complexas, juntamente com sua relevância para a saúde do hospedeiro em um contexto mais natural, permanece escasso. Usando exemplos obtidos de abordagens reducionistas e em nível de comunidade, discutimos o papel fundamental das interações microbe-microbe (procariotos e micro-eucariotos) para a estrutura da comunidade microbiana e a saúde das plantas. Fornecemos um quadro conceitual ilustrando que as interações entre membros da microbiota são críticas para o estabelecimento e a manutenção da homeostase hospedeiro-microbiana.},
    url = "https://doi.org/10.1186/s40168-018-0445-0",
    doi = "10.1186/s40168-018-0445-0",
    openalex = "W2795321853",
    references = "doi101126science1256688, doi101371journalpbio1002226, doi101371journalpbio1002352"
}

Plantas verdes (Viridiplantae) incluem cerca de 450.000-500.000 espécies 1,2 de grande diversidade e desempenham papéis importantes em ecossistemas terrestres e aquáticos. Aqui, como parte da Initiative, One Thousand Plant Transcriptomes, sequenciamos os transcriptomas vegetativos de 1.124 espécies que abrangem a diversidade das plantas em um sentido amplo (Archaeplastida), incluindo plantas verdes (Viridiplantae), glaucófitos (Glaucophyta) e algas vermelhas (Rhodophyta). Nossa análise fornece um quadro robusto de filogenômica para examinar a evolução das plantas verdes. A maioria das relações inferidas entre espécies é bem suportada em múltiplas análises de árvores de espécies e supermatrizes, mas a discordância entre árvores gênicas de plastídeos e nucleares em alguns nós importantes destaca a complexidade da evolução do genoma vegetal, incluindo poliploidia, períodos de rápida especiação e extinção. A ordenação incompleta da variação ancestral, a poliploidização e expansões massivas de famílias gênicas marcam a história evolutiva das plantas verdes. Notavelmente, encontramos que grandes expansões de famílias gênicas precederam as origens das plantas verdes, plantas terrestres e plantas vasculares, enquanto duplicações de genoma inteiro são inferidas a ter ocorrido repetidamente ao longo da evolução das plantas com flores e samambaias. A crescente disponibilidade de sequências de genoma vegetal de alta qualidade e avanços na genômica funcional estão permitindo pesquisas sobre evolução de genoma em toda a árvore da vida verde.

@article{doi101038s4158601916932,
    author = "Initiative, One Thousand Plant Transcriptomes",
    title = "One thousand plant transcriptomes and the phylogenomics of green plants",
    year = "2019",
    journal = "Nature",
    abstract = "Plantas verdes (Viridiplantae) incluem cerca de 450.000-500.000 espécies 1,2 de grande diversidade e desempenham papéis importantes em ecossistemas terrestres e aquáticos. Aqui, como parte da Initiative, One Thousand Plant Transcriptomes, sequenciamos os transcriptomas vegetativos de 1.124 espécies que abrangem a diversidade das plantas em um sentido amplo (Archaeplastida), incluindo plantas verdes (Viridiplantae), glaucófitos (Glaucophyta) e algas vermelhas (Rhodophyta). Nossa análise fornece um quadro robusto de filogenômica para examinar a evolução das plantas verdes. A maioria das relações inferidas entre espécies é bem suportada em múltiplas análises de árvores de espécies e supermatrizes, mas a discordância entre árvores gênicas de plastídeos e nucleares em alguns nós importantes destaca a complexidade da evolução do genoma vegetal, incluindo poliploidia, períodos de rápida especiação e extinção. A ordenação incompleta da variação ancestral, a poliploidização e expansões massivas de famílias gênicas marcam a história evolutiva das plantas verdes. Notavelmente, encontramos que grandes expansões de famílias gênicas precederam as origens das plantas verdes, plantas terrestres e plantas vasculares, enquanto duplicações de genoma inteiro são inferidas a ter ocorrido repetidamente ao longo da evolução das plantas com flores e samambaias. A crescente disponibilidade de sequências de genoma vegetal de alta qualidade e avanços na genômica funcional estão permitindo pesquisas sobre evolução de genoma em toda a árvore da vida verde.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41586-019-1693-2",
    doi = "10.1038/s41586-019-1693-2",
    openalex = "W2981543307",
    references = "doi101016jtree200901009, doi101038nature09916, doi101073pnas1323926111, doi10108014786440109462720, doi101093aobmcp044, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093bioinformaticsbtv351, doi101093genetics15141531, doi101093molbevmsm088, doi101093molbevmsx116, doi101093nargkf436, doi101093nargkh340, doi101093nargkr944, doi101371journalpcbi1002195, doi101371journalpone0009490, doi1023072346830"
}

@incollection{birks2020expedition,
    author = "Birks, John",
    title = "Expedition Botany/Hobby Botany",
    year = "2020",
    booktitle = "Curious about Nature",
    url = "https://doi.org/10.1017/9781108552172.014",
    doi = "10.1017/9781108552172.014",
    pages = "151-155"
}

A revelação da árvore da vida das angiospermas (plantas com flores) nas últimas três décadas tem sido uma das grandes histórias de sucesso da biologia vegetal moderna. As plantas com flores sustentam a maioria dos biomas terrestres: elas fixam vastas quantidades de carbono terrestre, produzindo, por sua vez, uma fração substancial do oxigênio planetário e impulsionam ciclos biogeoquímicos principais. A maior parte das calorias humanas é derivada diretamente (cultivos) ou indiretamente (ração) das angiospermas, assim como muitas medicações, combustíveis, tinturas, bebidas, madeira, fibras e outros materiais. Incontáveis itens indispensáveis e mundanos que impactam a existência humana encontram suas origens nas plantas com flores, e sem elas, a vida seria decididamente mais sombria — imagine um mundo sem ervas, especiarias ou flores de jardim, por exemplo. Neste contexto, a importância de uma compreensão abrangente da árvore da vida das angiospermas não pode ser exagerada. A árvore da vida é o mapa biológico fundamental para a evolução e propriedades das plantas (por exemplo, Wong et al., 2020). Para biólogos evolutivos, as filogenias permitem que entendamos melhor o espetacular ascenso das plantas com flores à dominância nos últimos 140 milhões de anos ou mais (por exemplo, Lutzoni et al., 2018; Ramírez-Barahona et al., 2020). Informações sobre as relações filogenéticas das angiospermas também sustentam a classificação moderna das angiospermas (por exemplo, APG IV, 2016) e ajudam-nos a entender melhor as origens e limites das espécies (por exemplo, Fazekas et al., 2009). Hoje, a pesquisa da árvore da vida está passando por um renascimento devido ao desenvolvimento de poderosos e novos métodos filogenômicos (Dodsworth et al., 2019). Neste número especial do American Journal of Botany, juntamente com um número companheiro de Applications in Plant Sciences, reunimos um conjunto de artigos que se concentram em um novo conjunto de ferramentas filogenômico comum, o conjunto de sondas Angiosperms353 (Johnson et al., 2019), e ilustramos seu potencial para síntese evolutiva promovendo colaboração aberta em toda a nossa comunidade.

@article{doi101002ajb21703,
    author = "Baker, William J. e Dodsworth, Steven e Forest, Félix e Graham, Sean W. e Johnson, Matthew G. e McDonnell, Angela e Pokorny, Lisa e Tate, Jennifer A. e Wicke, Susann e Wickett, Norman J.",
    title = "Exploring Angiosperms353: Um conjunto de ferramentas aberto e comunitário para pesquisa filogenômica colaborativa sobre plantas com flores",
    year = "2021",
    journal = "American Journal of Botany",
    abstract = "A revelação da árvore da vida das angiospermas (plantas com flores) nas últimas três décadas tem sido uma das grandes histórias de sucesso da biologia vegetal moderna. As plantas com flores sustentam a maioria dos biomas terrestres: elas fixam vastas quantidades de carbono terrestre, produzindo, por sua vez, uma fração substancial do oxigênio planetário e impulsionam ciclos biogeoquímicos principais. A maior parte das calorias humanas é derivada diretamente (cultivos) ou indiretamente (ração) das angiospermas, assim como muitas medicações, combustíveis, tinturas, bebidas, madeira, fibras e outros materiais. Incontáveis itens indispensáveis e mundanos que impactam a existência humana encontram suas origens nas plantas com flores, e sem elas, a vida seria decididamente mais sombria — imagine um mundo sem ervas, especiarias ou flores de jardim, por exemplo. Neste contexto, a importância de uma compreensão abrangente da árvore da vida das angiospermas não pode ser exagerada. A árvore da vida é o mapa biológico fundamental para a evolução e propriedades das plantas (por exemplo, Wong et al., 2020). Para biólogos evolutivos, as filogenias permitem que entendamos melhor o espetacular ascenso das plantas com flores à dominância nos últimos 140 milhões de anos ou mais (por exemplo, Lutzoni et al., 2018; Ramírez-Barahona et al., 2020). Informações sobre as relações filogenéticas das angiospermas também sustentam a classificação moderna das angiospermas (por exemplo, APG IV, 2016) e ajudam-nos a entender melhor as origens e limites das espécies (por exemplo, Fazekas et al., 2009). Hoje, a pesquisa da árvore da vida está passando por um renascimento devido ao desenvolvimento de poderosos e novos métodos filogenômicos (Dodsworth et al., 2019). Neste número especial do American Journal of Botany, juntamente com um número companheiro de Applications in Plant Sciences, reunimos um conjunto de artigos que se concentram em um novo conjunto de ferramentas filogenômico comum, o conjunto de sondas Angiosperms353 (Johnson et al., 2019), e ilustramos seu potencial para síntese evolutiva promovendo colaboração aberta em toda a nossa comunidade.",
    url = "https://doi.org/10.1002/ajb2.1703",
    doi = "10.1002/ajb2.1703",
    openalex = "W3184323062",
    references = "doi101038s4158601916932, doi101073pnas0905845106, doi101073pnas1323926111, doi101073pnas1720115115, doi101073pnas84249054, doi101093sysbio463523, doi101111boj12385, doi101186s128590182129y, doi1023072399846, doi103732apps1600016"
}

Enriquecimento por alvo representa um método útil e custo-efetivo para pesquisadores que trabalham na filogenômica de organismos não-modelo (por exemplo, Cronn et al., 2012; Hale et al., 2020). A capacidade de sequenciar um subconjunto genômico predefinido e personalizável para várias dezenas ou até centenas de táxons permite análises aprofundadas e o teste de hipóteses filogenéticas de maneiras que anteriormente não eram possíveis (revisado em McKain et al., 2018). Os métodos mais populares para sequenciamento de loci genômicos em filogenômica incluem sequenciamento de (longos) amplicons (Rothfels et al., 2017) e captura por hibridização (Mandel et al., 2014; Weitemier et al., 2014). O sequenciamento de amplicons direcionado baseia-se na amplificação por PCR de fragmento único ou utilizando métodos de multiplexação, como amplificação baseada em PCR microfluídica de múltiplas regiões genômicas pré-selecionadas (por exemplo, Zhang e Ozdemir, 2009; Ho et al., 2014), que podem então ser agrupadas e sequenciadas. O sequenciamento de amplicons de alta paralelização foi utilizado pela primeira vez em diagnósticos médicos (Turner et al., 2009) e posteriormente aplicado à filogenética de metazoários (Bybee et al., 2011; O’Neill et al., 2013). A PCR microfluídica e o sequenciamento de longos amplicons foram posteriormente aplicados em sistemática vegetal (Uribe-Convers et al., 2014, 2016; Gostel et al., 2015). Métodos baseados em amplicons podem ser demorados, pois requerem otimização e validação cuidadosas de primers. Esses métodos também são suscetíveis a muitos dos problemas comuns no PCR (como produtos não específicos, incapacidade de amplificar loci grandes em sua totalidade, ou simplesmente ausência de produtos). Recentemente, as abordagens baseadas em amplicons foram em grande parte substituídas pelo enriquecimento direcionado baseado em hibridização, que permite o desenho relativamente rápido de sondas com referência a poucos transcriptomas ou genomas relacionados, e permite a recuperação simultânea e eficiente de muitas centenas de genes. O enriquecimento por alvo via captura de sequência baseada em hibridização pode utilizar sondas personalizadas ou universais (fragmentos de nucleotídeos curtos entre 80 e 120 bp de comprimento, também chamadas de iscas). Esta abordagem versátil e poderosa depende de sondas para capturar conjuntos complementares de alvos genômicos de DNA de genoma inteiro ou amostras de cDNA usando hibridização em fase sólida ou em solução (Gnirke et al., 2009; Mamanova et al., 2010; Cronn et al., 2012). Para levar em conta eventos frequentes (antigos) de duplicação de genoma inteiro, sistemáticos vegetais podem identificar conjuntos de marcadores consistentemente de baixa a cópia única que equilibram dois problemas comuns: garantir a recuperação em uma ampla gama de táxons, enquanto contêm suficiente informatividade filogenética. As regiões alvo podem ser personalizadas para abordar perguntas de pesquisa específicas, incluindo genes comuns a uma via metabólica (Gardner et al., 2016; Folk et al., 2021) ou genes de interesse agronômico (Witek et al., 2016; Soto Gomez et al., 2019). Os alvos são frequentemente genes completos ou sequências exônicas, mas DNA não codificante, como introns ou regiões não traduzidas, também pode ser enriquecido. A captura em solução dos alvos de sonda depende da termodinâmica da hibridização. Este processo é governado, em parte, pela complexidade do DNA da isca e pelo comprimento da sonda. Sondas mais longas toleram mais desajustes, tornando-as mais adequadas para captura em diferentes espécies. Maior densidade de tilagem (o grau em que as sondas se sobrepõem, por exemplo, 75%) pode compensar falhas de sondas específicas em hibridizar ou material de entrada de baixa qualidade, como aqueles provenientes de espécimes de herbário históricos, abordagens herbariômicas (Brewer et al., 2019). Embora sondas sobrepostas aumentem a chance de capturar o alvo de interesse via sondas vizinhas, há um trade-off, pois uma maior densidade de tilagem tende a reduzir o número de loci que podem ser examinados por kit de captura. O enriquecimento direcionado de genes nucleares também supera várias desvantagens potenciais da estimativa de filogenias a partir de dados organelares apenas. O comportamento de locus único dos DNAs organelares significa que apenas uma única história é fornecida: espera-se que todo o genoma plastídico funcione como um único grupo de ligação (Birky, 2001; mas veja Zhang et al., 2020). Dados organelares também são propensos a altas taxas de deriva genética em tamanhos populacionais pequenos, o que poderia levar a uma estimativa menos precisa da diferenciação de linhagens, em comparação com grandes conjuntos de genes nucleares (revisado em Wicke e Schneeweiss, 2015). Embora os dados de captura de alvo forneçam muitas mais histórias gênicas, a análise desses dados requer abordagens bioinformáticas específicas, incluindo montagem de sequências gênicas sem referências genômicas e detecção de eventos de duplicação gênica local que violam as suposições de ortologia. Neste sentido, a comunidade de sistemática vegetal tem sido inovadora ao abordar os desafios computacionais relacionados, resultando na ampla adoção do sequenciamento direcionado para sistemática vegetal nos últimos anos. Angiosperms353 é uma ferramenta para permitir análise em nível filogenômico de qualquer grupo de angiospermas em qualquer escala; os genes direcionados e as sondas associadas (Johnson et al., 2019) foram desenvolvidos a partir de um conjunto de genes nucleares de baixa cópia usados para inferir a filogenia de todas as plantas verdes (One Thousand Plant Transcriptomes Initiative et al., 2019) para facilitar a coleta de dados filogenômicos de maneira relativamente custo-efetiva e repetível. Ao considerar Angiosperms353, é importante distinguir entre os genes ortólogos de baixa cópia encontrados em todas as angiospermas e as sequências de sonda de 120 bp usadas para enriquecer bibliotecas genômicas. Os genes foram selecionados com base no número de cópias (idealmente, genes que são de cópia única em mais de 1400 transcriptomas vegetais disponíveis) e contêm sinal filogenético útil em escalas de tempo profundas e recentes. As sequências de sonda foram desenhadas a partir de ~600 transcriptomas e genomas de angiospermas, e foram selecionadas para maximizar a similaridade de sequência com outras angiospermas, enquanto minimizam o número de sequências usadas para o desenho de sondas. Distinguir os genes das sondas é importante ao considerar as vantagens, limitações e direções futuras para Angiosperms353 na sistemática filogenética, como discutido abaixo. Embora os relatórios iniciais sobre a utilidade dos genes e sondas Angiosperms353 tenham sido promissores (Dodsworth et al., 2019), algumas questões-chave permanecem: (1) As sondas Angiosperms353 podem realmente ser usadas para recuperar confiavelmente genes ortólogos em todos os grupos de plantas com flores?; (2) O design de sondas abrangente para angiospermas é o mais eficiente para todos os projetos de sequenciamento direcionado?; (3) Quais novas ferramentas de bioinformática são necessárias para aplicar os genes Angiosperms353 a questões de pesquisa anteriormente intratáveis?; e (4) Os genes Angiosperms353 são variáveis o suficiente dentro das espécies para estender a utilidade das sondas para estudos de genética de populações? Neste número especial e seu número companheiro na American Journal of Botany (Baker et al., 2021b), os artigos reunidos abordam essas questões e demonstram várias maneiras pelas quais a pesquisa empregando Angiosperms353 beneficiará futuros estudos filogenômicos de angiospermas. Este número de Applications in Plant Sciences concentra-se em uma variedade de questões metodológicas, incluindo comparações entre o conjunto de sondas Angiosperms353 e conjuntos de sondas específicos de táxons, o desenvolvimento de novas ferramentas para linhagens específicas, uma nova técnica de laboratório para enriquecer bibliotecas usando simultaneamente Angiosperms353 e conjuntos de sondas específicos de táxons, e abordagens bioinformáticas para facilitar a montagem e análise cuidadosas dos dados obtidos usando o kit Angiosperms353. Marcadores nucleares de baixa a cópia única têm sido uma ferramenta importante em estudos evolutivos de angiospermas (por exemplo, Small et al., 2004; Wu et al., 2006; Duarte et al., 2010). A identificação de um conjunto de centenas de marcadores nucleares compartilhados entre angiospermas facilitou o design de sondas para enriquecimento direcionado e subsequente sequenciamento de alto rendimento (Johnson et al., 2019). Neste número, três artigos abordam a aplicação e expansão dos loci Angiosperms353. Esses artigos se baseiam em recursos existentes para projetar novas sondas específicas de linhagem que contêm os loci Angiosperms353 (Eserman et al., 2021; Ufimov et al., 2021), gerar comparações cuidadosas do desempenho de um conjunto de sondas específico de linhagem existente com o conjunto de sondas Angiosperms353 (Siniscalchi et al., 2021) e investigar a eficácia do enriquecimento simultâneo de bibliotecas usando sondas universais e específicas de linhagem em uma única reação de hibridização (Hendriks et al., 2021). Eserman et al. (2021) descrevem o desenvolvimento da Orchidaceae963, um novo conjunto de iscas que incorpora 254 dos loci Angiosperms353, que testaram em membros de três subfamílias de Orchidaceae. Este recurso facilitará trabalhos sistemáticos na família e também é esperado que seja útil em estudos genômicos de população e conservação. A incorporação dos loci Angiosperms353 juntamente com genes marcadores personalizados está se tornando mais comum (Yardeni et al., 2019; Jantzen et al., 2020; Christe et al., 2021; Ogutcen et al., 2021) e permitirá colaboração entre equipes de pesquisa e fomentará o compartilhamento de dados entre estudos. Análises comparativas dos conjuntos personalizados e do conjunto Angiosperms353 seguirão naturalmente (por exemplo, veja Larridon et al., 2020; Shah et al., 2021). Por exemplo, Ufimov et al. (2021) encontraram uma quantidade similar de sítios informativos de parcimônia usando o conjunto de sondas Angiosperms353 e um conjunto de sondas personalizado em seu estudo da subtribo Malinae de Rosaceae. Eles também mostraram que as sondas personalizadas permitiram taxas de recuperação de loci melhoradas entre as amostras e níveis menores de discordância de árvores genéticas (mas veja Yardeni et al., 2019). Siniscalchi et al. (2021) compararam suas sondas específicas de linhagem Compositae1061 com as sondas Angiosperms353 em oito membros da família das asteráceas. Embora tenham sido capazes de recuperar mais loci em média com as sondas específicas de linhagem, eles encontraram níveis menores de paralogia nas árvores genéticas baseadas nos loci Angiosperms353, o que pode simplificar análises subsequentes deste último versus este primeiro. Hendriks et al. (2021) realizaram um caso de teste para combinar tanto sondas específicas de linhagem (ou seja, Brassicaceae) quanto sondas universais em uma única reação de hibridização para enriquecer simultaneamente bibliotecas para ambos os conjuntos de loci. Eles encontraram altos níveis de enriquecimento e recuperação de loci para ambos os conjuntos de alvos em 26 amostras de Brassicaceae que incluíam 16 amostras de uma única tribo e 10 amostras refletindo uma amostragem mais ampla da família. Seu estudo mostra que é possível gerar dados para múltiplos conjuntos de sondas com pouco custo ou trabalho extra por amostra. Tomados juntos, esses artigos destacam que os pesquisadores têm várias opções ao escolher loci para captura de alvo em plantas com flores. Os genes Angiosperms353 fornecem um conjunto pronto de loci que são de baixa cópia e confiavelmente recuperados usando as sondas universais Angiosperms353, ou usando sondas personalizadas projetadas com ortólogos dos genes Angiosperms353 dos táxons-alvo. A viabilidade de combinar conjuntos de sondas durante a hibridização sugere flexibilidade adicional. Existe um trade-off, pois os designs de sondas personalizadas terão custos por amostra mais altos e requerem dados de sequência existentes no grupo focal. No entanto, serão necessárias muito menos sondas para os genes Angiosperms353 em um design personalizado, permitindo loci adicionais para um número dado de sondas. Qualquer que seja a escolha feita, ao incluir Angiosperms353 em um projeto de captura de alvo, os pesquisadores beneficiarão toda a comunidade de filogenética ao permitir meta-análises que paralelizam a ampla adoção de marcadores de único gene nas últimas décadas. O desenvolvimento de Angiosperms353 em uma ferramenta comum para filogenética molecular e genética de populações tem sido parallelo à necessidade de novos fluxos de trabalho analíticos. Uma das áreas mais ativas de desenvolvimento de ferramentas está no uso de extensões para ferramentas existentes para facilitar a análise de dados Angiosperms353. Neste número, três ferramentas se conectam especificamente ao HybPiper (Johnson et al., 2016), uma ferramenta popular para montagem e recuperação de genes e regiões flanqueantes a partir de leituras de sequenciamento de captura de alvo. Um problema comum identificado com AngiospeDados rms353 montados usando HybPiper apresentam recuperação relativamente baixa de sequências (por exemplo, Gaynor et al., 2020), mas frequentemente é incerto se o problema reside nas ferramentas moleculares (ou seja, baixa hibridização entre sondas e DNA alvo) ou nas ferramentas bioinformáticas (ou seja, baixa recuperação no HybPiper ou em outras ferramentas). Para testar isso, McLay et al. (2021) desenvolveram novos arquivos-alvo para melhorar a frequência de mapeamento de leituras para genes-alvo Angiosperms353, um resultado confirmado independentemente por Slimp et al. (2021) e Lee et al. (2021). McLay et al. (2021) também fornecem um fluxo de trabalho que utiliza um modelo de Markov oculto para escolher sequências-alvo específicas de clados a partir de um banco de dados de sequências potenciais Angiosperms353. Seus resultados indicam que a divergência de sequência entre as sequências de sondas Angiosperms353 e o DNA alvo de angiospermas durante a hibridização de ácidos nucleicos e a subsequente sequenciação é mais tolerante do que o efeito da mesma divergência na recuperação de genes durante a análise bioinformática. Para pesquisadores com dificuldades em eficiência de enriquecimento de alvo usando Angiosperms353, McLay et al. fornecem uma solução bioinformática potencial que pode reduzir a necessidade de re-enriquecer bibliotecas. Sua abordagem é melhorar o arquivo-alvo usado para recuperar genes no HybPiper selecionando ortólogos mais apropriados dos genes Angiosperms353. Nauheimer et al. (2021) descrevem o HybPhaser, um método para detectar táxons híbridos usando montagens do HybPiper. Usando um conjunto de dados Angiosperms353 coletado para Nepenthes, eles empregam uma estratégia inovadora em duas etapas na qual uma filogenia inicial é primeiro usada para identificar representantes de diferentes clados com baixa heterozigosidade (e, portanto, presumivelmente não híbridos). Na segunda etapa, leituras de híbridos putativos são mapeadas para esses representantes de clados escolhidos. Informações de mapeamento diferencial são então usadas para fasear sequências híbridas, que podem então ser colocadas em uma árvore com múltiplos rótulos para identificar origens híbridas. O método HybPhaser também tem promessa para abordar um problema comum na filogenética de captura de alvo: a identificação de genes paralogos. Isso se baseia em trabalhos anteriores usando referências de clado para identificar parálogos (Gardner et al., 2021), mas o desenvolvimento de um fluxo de trabalho mais generalizável no HybPhaser será útil para muitos pesquisadores incertos sobre se os genes capturados por alvo são de cópia única em seus dados. Slimp et al. (2021) também descrevem novos métodos para análise downstream da saída do HybPiper, para uso em estudos genômicos de populações e o cálculo de parâmetros demográficos dentro de espécies. Seu método adapta fluxos de trabalho previamente descritos (Kates et al., 2018) para usar "supercontíguas" do HybPiper (regiões codificantes direcionadas e regiões não codificantes flanqueantes) como sequências de referência dentro de espécies. Variantes dentro de espécies podem então ser avaliadas conjuntamente e usadas com programas padrão de genômica de populações (veja também Beck et al., 2021 e Wenzell et al., 2021). Slimp et al. demonstram ainda que os loci Angiosperms353 são variáveis dentro de populações de várias espécies, o que sugere que a estimativa em escala genômica de parâmetros populacionais é agora viável sem a necessidade de desenvolver métodos específicos de táxon. Desde sua publicação inicial, houve uma adoção rápida e substancial do Angiosperms353 para abordar questões de sistemática. Os artigos nesta edição e na edição companheira do American Journal of Botany ilustram ainda mais que a utilidade de dados gerados através de enriquecimento de alvo estende-se além da filogenômica, com aplicações promissoras em genômica populacional e de conservação. Claro, com a adaptabilidade dos dados vem a necessidade de métodos flexíveis e inovadores para processar e analisar esses dados. Enquanto novos métodos e aplicações inovadoras já estão emergindo, reconhecemos que existem alguns desafios e melhorias à frente. A necessidade de avaliar a eficiência de recuperação dos loci direcionados, tanto in vitro quanto in silico, é refletida em vários artigos nesta edição, destacando a distinção entre genes Angiosperms353 direcionados e as sondas usadas para recuperá-los. Os artigos apresentados aqui e na edição companheira constroem evidências adicionais de que os genes Angiosperms353 podem ser confiavelmente recuperados através da diversidade de espécies de plantas com flores, com forte sinal filogenético em escalas que variam do tempo profundo ao nível populacional. Vários artigos nesta edição descrevem inovações em como esses genes-alvo são recuperados. Conjuntos de sondas personalizadas ainda podem fornecer resolução filogenética adicional dentro de táxons focais capturando mais genes com o mesmo número de sondas, mas a inclusão de loci Angiosperms353 junto com conjuntos de sondas personalizadas permitirá que meta-análises comparem espécies entre plantas com flores. In silico, o uso de arquivos-alvo aprimorados oferece melhorias potenciais para a montagem de bibliotecas de sequências enriquecidas e ilustra que dados genômicos recém-disponíveis podem ser usados para complementar o arquivo-alvo e conjunto de sondas Angiosperms353 originais. Nesse sentido, a disponibilidade de um número crescente de sequências completas de genoma e transcriptoma de plantas com flores (por exemplo, One Thousand Plant Transcriptomes Initiative et al., 2019), e o aumento massivo de dados de sequência facilitado pelo Angiosperms353, deve permitir o refinamento futuro das sondas e a escolha de sequências-alvo para melhor representar a diversidade de angiospermas e maximizar o comprimento de sequências recuperadas através de um conjunto mais amplo de táxons, incluindo aqueles com estilos de vida extremamente alterados que afetam a taxa de evolução de sequência, como em táxons heterotróficos (por exemplo, Lam et al., 2018). Claro, a utilidade dos dados Angiosperms353, ou qualquer outro conjunto de dados de enriquecimento de alvo, depende da acessibilidade desses recursos genômicos. Atualmente, não há repositório central de dados especificamente adaptado para acessar dados de enriquecimento de alvo de uma maneira que não seja específica de táxon. O Kew Tree of Life Explorer (https://treeoflife.kew.org/) foi recentemente lançado (Baker et al., 2021a) para tornar gratuitodados pré e pós-publicação de Angiosperms353 disponíveis para milhares de táxons. O desenvolvimento contínuo de ferramentas acessíveis para armazenar e distribuir esses dados acelerará o progresso alcançado até agora. Por exemplo, a capacidade de baixar um conjunto específico de genes para um conjunto específico de táxons de um repositório central, em vez de ter que baixar e depois filtrar múltiplos conjuntos de dados de repositórios específicos de publicações, melhoraria significativamente a capacidade de incorporar dados existentes para abordar novas questões de pesquisa. Da mesma forma, um repositório centralizado para carregar dados de enriquecimento de alvo montados e anotados gerados para qualquer táxon em toda a árvore da vida facilita a padronização e a acessibilidade. Um conjunto simplificado de ferramentas para identificar homólogos de Angiosperms353 para a construção de conjuntos de sondas personalizadas também aumentaria a eficiência da coleta de dados, muito como o MarkerMiner (Chamala et al., 2015) fornece uma maneira de identificar ortólogos a partir de um conjunto de dados inicial. A adoção de Angiosperms353 e do enriquecimento de alvo em geral na sistemática de angiospermas deve cultivar um crescimento adicional em dados e em métodos, como vimos nesta edição especial. À medida que mais pessoas utilizarem esses dados e métodos, as oportunidades para desenvolvimentos positivos aumentarão ainda mais, e melhorias em conjuntos de sondas existentes, o desenvolvimento de novos conjuntos de sondas, oportunidades para criar soluções para desafios como a resolução de parálogos e o estabelecimento de bancos de dados complementares provavelmente serão abordados de frente e abraçados pela comunidade de sistemática de angiospermas. Agradecemos a todos os autores e revisores por suas valiosas contribuições para esta edição especial de Applications in Plant Sciences. Reconhecemos também o trabalho incansável da equipe de publicações do APPS, especialmente a Editora Gerente Beth Parada e a Editora-Chefe Theresa Culley.

@article{doi101002aps311443,
    author = "McDonnell, Angela and Baker, William J. and Dodsworth, Steven and Forest, Félix and Graham, Sean W. and Johnson, Matthew G. and Pokorny, Lisa and Tate, Jennifer A. and Wicke, Susann and Wickett, Norman J.",
    title = "Exploring Angiosperms353: Developing and applying a universal toolkit for flowering plant phylogenomics",
    year = "2021",
    journal = "Applications in Plant Sciences",
    abstract = "Target enrichment represents a useful, cost-effective method for researchers working on the phylogenomics of non-model organisms (e.g., Cronn et al., 2012; Hale et al., 2020). The ability to sequence a customizable predefined genomic subset for several dozens or even hundreds of taxa allows in-depth analyses and the testing of phylogenetic hypotheses in ways that were not previously possible (reviewed in McKain et al., 2018). The most popular methods for targeted sequencing of genomic loci in phylogenomics include (long-)amplicon sequencing (Rothfels et al., 2017) and hybridization capture (Mandel et al., 2014; Weitemier et al., 2014). Targeted amplicon sequencing is based on single-fragment PCR amplification or by using multiplexing methods such as a microfluidic PCR-based amplification of multiple pre-selected genomic regions (e.g., Zhang and Ozdemir, 2009; Ho et al., 2014), which can then be pooled and sequenced. Massively parallel amplicon sequencing was first used in medical diagnostics (Turner et al., 2009) and was later applied to metazoan phylogenetics (Bybee et al., 2011; O’Neill et al., 2013). Microfluidic PCR and long-amplicon sequencing were subsequently applied in plant systematics (Uribe-Convers et al., 2014, 2016; Gostel et al., 2015). Amplicon-based methods can be time consuming as they require careful optimization and validation of primers. These methods are also susceptible to many of the common problems in PCR (such as nonspecific products, inability to amplify large loci in their entirety, or simply no products). Recently, amplicon approaches have been largely supplanted by hybridization-based targeted enrichment, which allows for relatively rapid probe design with reference to a few related transcriptomes or genomes, and allows simultaneous and efficient recovery of many hundreds of genes. Target enrichment via hybridization-based sequence capture can use customized or universal probes (short nucleotide fragments between 80 and 120 bp in length, also called baits). This versatile and powerful approach relies on probes to capture complementary sets of genomic targets from whole genome DNA or cDNA samples using solid-phase or in-solution hybridization (Gnirke et al., 2009; Mamanova et al., 2010; Cronn et al., 2012). To account for frequent (ancient) whole genome duplication events, plant systematists can identify sets of consistently low-to-single-copy markers that balance two common issues: ensuring recovery across a broad range of taxa, while containing sufficient phylogenetic informativeness. Target regions can be customized to address specific research questions, including targeting genes common to a metabolic pathway (Gardner et al., 2016; Folk et al., 2021) or genes of agronomic interest (Witek et al., 2016; Soto Gomez et al., 2019). The targets are often complete genes or exonic sequences, but non-coding DNA such as introns or untranslated regions can also be enriched. In-solution capture of the probe targets depends on the thermodynamics of hybridization. This process is governed, in part, by the DNA complexity of the bait and the probe length. Longer probes tolerate more mismatches, making them more suitable for capture across different species. Higher tiling density (the degree to which probes overlap, e.g., 75\%) can compensate for failures of specific probes to hybridize or for low-quality input material, such as those stemming from historical herbarium specimens, so-called herbariomic approaches (Brewer et al., 2019). While overlapping probes increase the chance of capturing the target of interest via neighboring probes, there is a trade-off, as a higher tiling density tends to reduce the number of loci that can be examined per capture kit. Targeted enrichment of nuclear genes also overcomes several potential drawbacks of estimating phylogenies from organelle data alone. The single-locus behavior of organellar DNAs means that only a single history is provided: the entire plastid genome is expected to function as a single linkage group (Birky, 2001; but see Zhang et al., 2020). Organellar data are also prone to high rates of genetic drift in small population sizes, which could lead to a less accurate estimate of lineage differentiation, compared with large sets of nuclear genes (reviewed in Wicke and Schneeweiss, 2015). Although target capture data provide many more gene histories, analysis of these data requires specific bioinformatic approaches, including assembly of gene sequences without genomic references and detection of local gene duplication events that violate assumptions of orthology. In this regard, the plant systematics community has been innovative in addressing the related computational challenges, resulting in the wide adoption of targeted sequencing for plant systematics in recent years. Angiosperms353 is a tool for enabling phylogenomic-level analysis of any angiosperm group at any scale; the targeted genes and associated probes (Johnson et al., 2019) were developed from a set of low-copy nuclear genes used to infer the phylogeny of all green plants (One Thousand Plant Transcriptomes Initiative et al., 2019) to facilitate the collection of phylogenomic data in a relatively cost-effective and repeatable way. When considering Angiosperms353, it is important to distinguish between the low-copy orthologous genes found in all angiosperms and the 120-bp probe sequences used to enrich genomic libraries. The genes were selected based on copy number (ideally, genes that are single copy across more than 1400 available plant transcriptomes) and contain useful phylogenetic signal at deep and recent time scales. The probe sequences were designed from \textasciitilde 600 angiosperm transcriptomes and genomes, and were selected to maximize sequence similarity to other angiosperms, while minimizing the number of sequences used for probe design. Distinguishing the genes from the probes is important when considering the advantages, limitations, and future directions for Angiosperms353 in phylogenetic systematics, as discussed below. Although initial reports of the utility of Angiosperms353 genes and probes have been promising (Dodsworth et al., 2019), a few key questions remain: (1) Can Angiosperms353 probes truly be used to reliably recover orthologous genes across all groups of flowering plants?; (2) Is an angiosperm-wide probe design the most efficient for all targeted sequencing projects?; (3) What new bioinformatics tools are needed to apply Angiosperms353 genes to previously intractable research questions?; and (4) Are Angiosperms353 genes variable enough within species to extend the utility of the probes to population genetic studies? In this special issue and its companion issue in the American Journal of Botany (Baker et al., 2021b), the papers collected address these questions and demonstrate a number of ways in which research employing Angiosperms353 will benefit future angiosperm phylogenomic studies. This issue of Applications in Plant Sciences is focused on a variety of methodological issues, including comparisons between the Angiosperms353 probe set and taxon-specific probe sets, the development of new tools for specific lineages, a new lab technique to enrich libraries using Angiosperms353 and taxon-specific probe sets simultaneously, and bioinformatic approaches to facilitate careful assembly and analysis of data obtained using the Angiosperms353 kit. Low-to-single-copy nuclear markers have been an important tool in evolutionary studies of angiosperms (e.g., Small et al., 2004; Wu et al., 2006; Duarte et al., 2010). The identification of a set of hundreds of nuclear markers shared across angiosperms has facilitated the design of probes for targeted enrichment and subsequent high-throughput sequencing (Johnson et al., 2019). In this issue, three papers address the application and expansion of the Angiosperms353 loci. These papers build on existing resources to design new lineage-specific probes that contain the Angiosperms353 loci (Eserman et al., 2021; Ufimov et al., 2021), generate careful comparisons of the performance of an existing lineage-specific probe set with the Angiosperms353 probe set (Siniscalchi et al., 2021), and investigate the efficacy of simultaneous enrichment of libraries using universal and lineage-specific probes in a single hybridization reaction (Hendriks et al., 2021). Eserman et al. (2021) describe the development of Orchidaceae963, a new bait set that incorporates 254 of the Angiosperms353 loci, which they tested on members of three subfamilies of Orchidaceae. This resource will facilitate systematic work in the family and is also expected to be useful in population and conservation genomic studies. The incorporation of the Angiosperms353 loci along with custom marker genes is becoming more common (Yardeni et al., 2019; Jantzen et al., 2020; Christe et al., 2021; Ogutcen et al., 2021), and will allow collaboration between research teams and foster data sharing across studies. Comparative analyses of the custom sets and the Angiosperms353 set will naturally follow (e.g., see Larridon et al., 2020; Shah et al., 2021). For example, Ufimov et al. (2021) found a similar amount of parsimony informative sites using the Angiosperms353 probe set and a custom probe set in their study of Rosaceae subtribe Malinae. They also showed that the custom probes allowed for improved locus recovery rates across samples and lower levels of gene tree discordance (but see Yardeni et al., 2019). Siniscalchi et al. (2021) compared their lineage-specific Compositae1061 probes with the Angiosperms353 probes in eight members of the sunflower family. Although they were able to recover more loci on average with the lineage-specific probes, they found lower levels of paralogy in the gene trees based on the Angiosperms353 loci, which may simplify downstream analyses of the latter versus the former. Hendriks et al. (2021) performed a test case for combining both lineage-specific (i.e., Brassicaceae) and universal probes in a single hybridization reaction to simultaneously enrich libraries for both sets of loci. They found high levels of enrichment and locus recovery for both sets of targets across 26 Brassicaceae samples that included 16 samples from a single tribe and 10 samples reflecting broader sampling across the family. Their study shows that it is possible to generate data for multiple probe sets with little extra cost or work per sample. Taken together, these papers highlight that researchers have several options when choosing loci for target capture in flowering plants. The Angiosperms353 genes provide a ready set of loci that are low copy and reliably recovered using the universal Angiosperms353 probes, or by using custom probes designed with orthologs of the Angiosperms353 genes from the target taxa. The feasibility of combining probe sets during hybridization suggests additional flexibility. There is a trade-off, as custom probe designs will have higher per-sample costs and require existing sequence data in the focal group. However, far fewer probes will be needed for the Angiosperms353 genes in a custom design, allowing for additional loci for a given number of probes. Whichever choice is made, by including Angiosperms353 in a target capture project, researchers will benefit the entire phylogenetics community by enabling meta-analysis that parallels the broad adoption of single-gene markers in past decades. The development of Angiosperms353 into a common tool for molecular phylogenetics and population genetics has been paralleled by the need for new analytical workflows. One of the most active areas of tool development is in using extensions to existing tools to facilitate analysis of Angiosperms353 data. In this issue, three tools specifically tie in with HybPiper (Johnson et al., 2016), a popular tool for assembly and recovery of genes and flanking regions from target-capture sequencing reads. A common issue identified with Angiosperms353 data assembled using HybPiper is relatively low sequence recovery (e.g., Gaynor et al., 2020), but it is often unclear whether the issue lies with the molecular tools (i.e., poor hybridization between probes and target DNA) or bioinformatic tools (i.e., poor recovery in HybPiper or other tools). To test this, McLay et al. (2021) developed new target files to improve the mapping frequency of reads to Angiosperms353 target genes, a result independently confirmed by Slimp et al. (2021) and Lee et al. (2021). McLay et al. (2021) also provide a workflow that uses a hidden Markov model to choose clade-specific target sequences from a database of potential Angiosperms353 sequences. Their results indicate that the sequence divergence between the Angiosperms353 probe sequences and the target DNA of angiosperms during nucleic acid hybridization and subsequent sequencing is more forgiving than the effect of the same divergence on gene recovery during bioinformatic analysis. For researchers struggling with poor target enrichment efficiency using Angiosperms353, McLay et al. provide a potential bioinformatic solution that may reduce the need to re-enrich libraries. Their approach is to improve the target file used to recover genes in HybPiper by selecting more appropriate orthologs of the Angiosperms353 genes. Nauheimer et al. (2021) describe HybPhaser, a method for detecting hybrid taxa using HybPiper assemblies. Using an Angiosperms353 data set collected for Nepenthes, they employ an innovative two-step strategy in which an initial phylogeny is first used to identify representatives of different clades that have low heterozygosity (and are thus presumably not hybrids). In the second step, reads from putative hybrids are mapped to these chosen clade representatives. Differential mapping information is then used to phase hybrid sequences, which can then be placed on a multiply-labeled tree to identify hybrid origins. The HybPhaser method also has promise for addressing a common issue in target-capture phylogenetics: the identification of paralogous genes. This builds upon previous work using clade references to identify paralogs (Gardner et al., 2021), but the development of a more generalizable workflow in HybPhaser will be of use to many researchers unsure about whether target-captured genes are single copy in their data. Slimp et al. (2021) also describe new methods for downstream analysis of HybPiper output, for use in population genomic studies and the calculation of within-species demographic parameters. Their method adapts previously described workflows (Kates et al., 2018) to use HybPiper “supercontigs” (targeted coding regions and flanking non-coding regions) as reference sequences within species. Within-species variants can then be assessed jointly and used with standard population genomics programs (also see Beck et al., 2021 and Wenzell et al., 2021). Slimp et al. further demonstrate that the Angiosperms353 loci are variable within populations of several species, which suggests that genome-scale estimation of population parameters is now feasible without the need to develop taxon-specific methods. Since its initial publication, there has been a rapid and substantial uptake of Angiosperms353 to address systematics questions. The papers in this issue and its companion American Journal of Botany issue further illustrate that the utility of data generated through target enrichment extends beyond phylogenomics, with promising applications into population and conservation genomics. Of course, with the adaptability of data comes a requirement for flexible and innovative methods to process and analyze these data. While new methods and novel applications are already emerging, we recognize that there are some challenges and improvements that lie ahead. The need to evaluate the efficiency of recovering the targeted loci, both in vitro and in silico, is reflected in several papers in this issue, highlighting the distinction between targeted Angiosperms353 genes and the probes used to recover them. The papers presented here and in the companion issue build further evidence that the Angiosperms353 genes can be reliably recovered across the diversity of flowering plant species, with strong phylogenetic signal at scales ranging from deep time to the population level. Several papers in this issue describe innovations in how these target genes are recovered. Custom probe sets can still provide additional phylogenetic resolution within focal taxa by capturing more genes with the same number of probes, but the inclusion of Angiosperms353 loci along with custom probe sets will enable meta-analyses to compare species across flowering plants. In silico, the use of enhanced target files offers potential improvements for the assembly of enriched sequence libraries and illustrates that newly available genomic data can be used to complement the original Angiosperms353 target file and probe set. In this regard, the availability of an ever-increasing number of complete flowering plant genome and transcriptome sequences (e.g., One Thousand Plant Transcriptomes Initiative et al., 2019), and the massive increase in available sequence data facilitated by Angiosperms353, should allow for future refinement of the probes and choice of target sequences to better represent the diversity of angiosperms and maximize the length of sequences recovered across a broader set of taxa, including those with extremely altered lifestyles that affect the rate of sequence evolution, such as in heterotrophic taxa (e.g., Lam et al., 2018). Of course, the utility of Angiosperms353 data, or any other set of target enrichment data, relies on the accessibility of these genomic resources. Currently, there is no central data repository specifically tailored to access target enrichment data in a way that is not taxon specific. The Kew Tree of Life Explorer (https://treeoflife.kew.org/) was recently launched (Baker et al., 2021a) to make freely available pre- and post-publication Angiosperms353 data for thousands of taxa. The continued development of accessible tools to store and distribute these data will accelerate the progress that has been made thus far. For example, the ability to download a specific set of genes for a specific set of taxa from a central repository, rather than having to download and then filter multiple data sets from publication-specific repositories, would significantly improve the ability to incorporate existing data for addressing new research questions. Similarly, a centralized repository for uploading assembled and annotated target enrichment data generated for any taxon across the entire tree of life facilitates standardization and accessibility. A streamlined set of tools for identifying Angiosperms353 homologs for building custom probe sets would also increase the efficiency of data collection, much like how MarkerMiner (Chamala et al., 2015) provides a way to identify orthologs from a starting data set. The adoption of Angiosperms353 and target enrichment more generally in angiosperm systematics should cultivate further growth in data and in methods, as we have seen in this special issue. As more people use these data and methods, the opportunities for positive developments will only increase further, and improvements to existing probe sets, the development of new probe sets, opportunities to create solutions to challenges such as the resolution of paralogs, and the establishment of companion databases are all likely to be addressed head-on and embraced by the angiosperm systematics community. We thank all authors and reviewers for their valuable contributions to this special issue of Applications in Plant Sciences. We also acknowledge the tireless work of the APPS publications team, especially Managing Editor Beth Parada and Editor-in-Chief Theresa Culley.",
    url = "https://doi.org/10.1002/aps3.11443",
    doi = "10.1002/aps3.11443",
    openalex = "W3185917419",
    references = "doi101002ajb21703, doi101002aps311443, doi101038nbt1523, doi101038nbt3540, doi101038nmeth1419, doi101038s4158601916932, doi101071sb03015, doi101093sysbiosyy086, doi101146annurevgenet35102401090231, doi101186147121481061, doi103732apps1400042, doi103732apps1600016"
}

@article{doi101016jmolp202106028,
    author = "Hansen, Cecilie Cetti e Nelson, David R. e Møller, Birger Lindberg e Werck‐Reichhart, Danièle",
    title = "Plasticidade e evolução do citocromo P450 vegetal",
    year = "2021",
    journal = "Molecular Plant",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.molp.2021.06.028",
    doi = "10.1016/j.molp.2021.06.028",
    openalex = "W3174736387",
    references = "doi101038s4158601916932, doi101146annurevarplant050213040027"
}

A interação das plantas com comunidades microbianas complexas é o resultado da co-evolução ao longo de milhões de anos e contribuiu para a transição e adaptação das plantas ao solo. A capacidade das plantas de serem parte essencial de ecossistemas complexos e altamente dinâmicos depende da sua interação com comunidades microbianas diversas. A microbiota vegetal pode suportar e até mesmo permitir as diversas funções das plantas e é crucial para manter a aptidão das plantas em ambientes que frequentemente mudam rapidamente. A composição e a diversidade da microbiota diferem entre os compartimentos vegetal e do solo. Isso indica que as comunidades microbianas nesses compartimentos não são estáticas, mas são ajustadas pelo ambiente, bem como pela comunicação inter-microbiana e planta-microbio. Os hormônios desempenham um papel crucial na contribuição para a montagem dos microbiomas vegetais, e plantas e micróbios frequentemente empregam os mesmos hormônios com intenções completamente diferentes. Aqui, discute-se a função dos hormônios como intermediários entre plantas e micróbios para influenciar a forma das comunidades microbianas vegetais. A versatilidade dos hormônios derivados de plantas e micróbios contribui essencialmente para a criação de habitats que são a origem da diversidade e, portanto, da multifuncionalidade das plantas, da sua microbiota e, em última análise, dos ecossistemas.

@article{doi101111tpj15135,
    author = "Eichmann, Ruth e Richards, Luke e Schäfer, Patrick",
    title = "Hormônios como intermediários na montagem do microbioma vegetal.",
    year = "2021",
    journal = "The Plant journal: for cell and molecular biology",
    abstract = "A interação das plantas com comunidades microbianas complexas é o resultado da co-evolução ao longo de milhões de anos e contribuiu para a transição e adaptação das plantas ao solo. A capacidade das plantas de serem parte essencial de ecossistemas complexos e altamente dinâmicos depende da sua interação com comunidades microbianas diversas. A microbiota vegetal pode suportar e até mesmo permitir as diversas funções das plantas e é crucial para manter a aptidão das plantas em ambientes que frequentemente mudam rapidamente. A composição e a diversidade da microbiota diferem entre os compartimentos vegetal e do solo. Isso indica que as comunidades microbianas nesses compartimentos não são estáticas, mas são ajustadas pelo ambiente, bem como pela comunicação inter-microbiana e planta-microbio. Os hormônios desempenham um papel crucial na contribuição para a montagem dos microbiomas vegetais, e plantas e micróbios frequentemente empregam os mesmos hormônios com intenções completamente diferentes. Aqui, discute-se a função dos hormônios como intermediários entre plantas e micróbios para influenciar a forma das comunidades microbianas vegetais. A versatilidade dos hormônios derivados de plantas e micróbios contribui essencialmente para a criação de habitats que são a origem da diversidade e, portanto, da multifuncionalidade das plantas, da sua microbiota e, em última análise, dos ecossistemas.",
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC8629125/",
    doi = "10.1111/tpj.15135",
    openalex = "W3110836224",
    pmcid = "PMC8629125",
    pmid = "33332645",
    references = "doi101016jtplants201204001, doi101038nature05286, doi101038nprot2007199, doi101038nrmicro3109, doi101146annurevarplant042809112122, doi101146annurevarplant050312120106, doi101146annurevcellbio092910154055, doi101146annurevphyto082712102340, doi101146annurevphyto43040204135923, doi1060642012963401"
}

Os avanços acelerados pelas tecnologias de sequenciamento de nova geração e de leitura longa continuam a fornecer um impulso para o estudo filogenético de plantas. Na última década, emergiram um grande número de estudos filogenéticos que adotaram centenas a milhares de genes em uma vasta gama de clados, inaugurando uma nova era para a filogenética e evolução das plantas. Ao mesmo tempo, um roteiro para pesquisadores ao tomar decisões sobre diferentes abordagens para o design de sua pesquisa filogenômica está iminente. Esta revisão foca na utilidade de dados genômicos (de genomas organelares, tanto para sequenciamento de representação reduzida quanto para sequenciamento de genoma completo) em investigações filogenéticas e evolutivas, descreve a metodologia básica de procedimentos experimentais e analíticos e resume os recentes avanços na filogenômica de plantas com flores nos níveis ordinais, familiares, tribais e inferiores. Também discutimos os desafios, como o impacto adverso na inferência de ortologia e na reconstrução filogenética levantados por erros sistemáticos, e fatores biológicos subjacentes, como duplicação de genoma completo, hibridização/introgressão e ordenamento incompleto de linhagens, sugerindo juntos que uma árvore bifurcante pode não ser o melhor modelo para a árvore da vida. Finalmente, discutimos caminhos promissores para futuros estudos filogenômicos de plantas.

@article{doi101111jipb13415,
    author = "Guo, Cen e Luo, Yang e Gao, Lian‐Ming e Yi, Ting‐Shuang e Li, Hongtao e Yang, Junbo e D, Li",
    title = "Phylogenomics e a árvore da vida das plantas com flores",
    year = "2022",
    journal = "Journal of Integrative Plant Biology",
    abstract = "Os avanços acelerados pelas tecnologias de sequenciamento de nova geração e de leitura longa continuam a fornecer um impulso para o estudo filogenético de plantas. Na última década, emergiram um grande número de estudos filogenéticos que adotaram centenas a milhares de genes em uma vasta gama de clados, inaugurando uma nova era para a filogenética e evolução das plantas. Ao mesmo tempo, um roteiro para pesquisadores ao tomar decisões sobre diferentes abordagens para o design de sua pesquisa filogenômica está iminente. Esta revisão foca na utilidade de dados genômicos (de genomas organelares, tanto para sequenciamento de representação reduzida quanto para sequenciamento de genoma completo) em investigações filogenéticas e evolutivas, descreve a metodologia básica de procedimentos experimentais e analíticos e resume os recentes avanços na filogenômica de plantas com flores nos níveis ordinais, familiares, tribais e inferiores. Também discutimos os desafios, como o impacto adverso na inferência de ortologia e na reconstrução filogenética levantados por erros sistemáticos, e fatores biológicos subjacentes, como duplicação de genoma completo, hibridização/introgressão e ordenamento incompleto de linhagens, sugerindo juntos que uma árvore bifurcante pode não ser o melhor modelo para a árvore da vida. Finalmente, discutimos caminhos promissores para futuros estudos filogenômicos de plantas.",
    url = "https://doi.org/10.1111/jipb.13415",
    doi = "10.1111/jipb.13415",
    openalex = "W4309766482",
    references = "doi101002ajb21703, doi101016jympev201812023, doi101038nbt1883, doi101038nmeth2109, doi101038nrg2484, doi101038s415980160028x, doi101073pnas1903871116, doi101093bioinformaticsbtp348, doi101093bioinformaticsbtu170, doi101093molbevmsu300, doi101093nargkf436, doi101093oxfordjournalsmolbeva026334, doi101093sysbiosyaa013, doi101093sysbiosyab035, doi101111boj12385, doi101111jipb13246, doi101186s1291502000931z, doi101186s13059020021545"
}

A hibridização tem sido reconhecida há muito tempo como um processo evolutivo fundamental em plantas, mas, até recentemente, nossa compreensão de sua distribuição filogenética e significado biológico em escalas evolutivas profundas permaneceu em grande parte obscura. Ao longo da última década, conjuntos de dados genômicos e filogenômicos revelaram, talvez não surpreendentemente, que a hibridização, frequentemente associada à poliploidia, tem sido comum ao longo da história evolutiva das plantas, particularmente em vários linhagens de plantas com flores. No entanto, estudos filogenômicos também destacaram os desafios de separar sinais de hibridização antiga de outras fontes de conflito genômico (em particular, ordenamento incompleto de linhagens). Aqui, fornecemos uma revisão crítica da hibridização antiga em plantas vasculares, delineando casos bem documentados de hibridização antiga ao longo da filogenia das plantas, bem como os desafios únicos para documentar hibridização antiga versus recente. Fornecemos uma definição para hibridização antiga, que, ao nosso conhecimento, não foi explicitamente tentada antes. Documentar ainda mais a extensão da reticulação profunda em plantas deve permanecer um foco de pesquisa importante, especialmente porque os exemplos publicados provavelmente representam apenas a ponta do iceberg em termos da extensão total da hibridização antiga. No entanto, a pesquisa futura deve explorar cada vez mais o significado macroevolutivo desse processo, em termos de seu impacto nas trajetórias evolutivas (por exemplo, como a hibridização influencia a evolução de características ou a geração de biodiversidade em escalas de tempo longas?), bem como como fatores de história de vida e ecológicos moldam, ou moldaram, a frequência de hibridização ao longo do tempo geológico e da filogenia das plantas. Finalmente, consideramos as implicações da hibridização antiga ubíqua para como conceitualizamos, analisamos e classificamos a filogenia das plantas. Redes, em oposição a árvores bifurcantes, representam representações mais precisas da história evolutiva em muitos casos, embora nossa capacidade de inferir, visualizar e usar redes para análises comparativas seja altamente limitada. Desenvolver métodos aprimorados para a geração, visualização e uso de redes representa uma direção futura crítica para a biologia vegetal. Os sistemas de classificação atuais também não permitem geralmente o reconhecimento de linhagens reticuladas, e nossas próprias classificações são em grande parte baseadas em evidências do genoma cloroplástico. Atualizar a classificação vegetal para melhor refletir filogenias nucleares, bem como considerar se e como reconhecer hibridização em sistemas de classificação, representará um desafio importante para a comunidade de sistemática vegetal.

@article{doi101111tpj16142,
    author = "Stull, Gregory W. and Pham, Kasey and Soltis, Pamela S. and Soltis, Pamela S.",
    title = "Deep reticulation: the long legacy of hybridization in vascular plant evolution",
    year = "2023",
    journal = "The Plant Journal",
    abstract = "Hybridization has long been recognized as a fundamental evolutionary process in plants but, until recently, our understanding of its phylogenetic distribution and biological significance across deep evolutionary scales has been largely obscure. Over the past decade, genomic and phylogenomic datasets have revealed, perhaps not surprisingly, that hybridization, often associated with polyploidy, has been common throughout the evolutionary history of plants, particularly in various lineages of flowering plants. However, phylogenomic studies have also highlighted the challenges of disentangling signals of ancient hybridization from other sources of genomic conflict (in particular, incomplete lineage sorting). Here, we provide a critical review of ancient hybridization in vascular plants, outlining well-documented cases of ancient hybridization across plant phylogeny, as well as the challenges unique to documenting ancient versus recent hybridization. We provide a definition for ancient hybridization, which, to our knowledge, has not been explicitly attempted before. Further documenting the extent of deep reticulation in plants should remain an important research focus, especially because published examples likely represent the tip of the iceberg in terms of the total extent of ancient hybridization. However, future research should increasingly explore the macroevolutionary significance of this process, in terms of its impact on evolutionary trajectories (e.g. how does hybridization influence trait evolution or the generation of biodiversity over long time scales?), as well as how life history and ecological factors shape, or have shaped, the frequency of hybridization across geologic time and plant phylogeny. Finally, we consider the implications of ubiquitous ancient hybridization for how we conceptualize, analyze, and classify plant phylogeny. Networks, as opposed to bifurcating trees, represent more accurate representations of evolutionary history in many cases, although our ability to infer, visualize, and use networks for comparative analyses is highly limited. Developing improved methods for the generation, visualization, and use of networks represents a critical future direction for plant biology. Current classification systems also do not generally allow for the recognition of reticulate lineages, and our classifications themselves are largely based on evidence from the chloroplast genome. Updating plant classification to better reflect nuclear phylogenies, as well as considering whether and how to recognize hybridization in classification systems, will represent an important challenge for the plant systematics community.",
    url = "https://doi.org/10.1111/tpj.16142",
    doi = "10.1111/tpj.16142",
    openalex = "W4320494454",
    references = "doi101016jppees201002002, doi101093sysbiosyab035"
}

O triângulo das doenças é um modelo estruturalmente simples, mas conceitualmente rico, utilizado em fitopatologia e outras áreas de estudo para explicar a doença infecciosa como resultado da relação tríplice entre um hospedeiro, um patógeno e seu ambiente. Ele também serve como guia para encontrar soluções para tratar, prever e prevenir tais doenças. Com a realização baseada em evidências e impulsionada por ômicas de que a abundância e a atividade de um patógeno são impactadas pela proximidade e interação com uma diversidade multitude de outros microrganismos colonizando o mesmo hospedeiro, o triângulo das doenças evoluiu para uma forma tetraédrica, que apresenta uma quarta dimensão adicional representando a microbiota associada ao hospedeiro. Outra variante do triângulo das doenças emergiu do paradigma do patobioma recentemente formulado, que se desvia da etiologia clássica de "um patógeno" da doença infecciosa em favor de um cenário no qual a doença representa um resultado condicional de interações complexas entre e entre um hospedeiro, sua microbiota (incluindo micróbios com potencial patogênico) e o ambiente. O resultado é uma versão do triângulo das doenças original onde "patógeno" é substituído por "microbiota". Aqui, como parte de uma revisão cuidadosa e concisa sobre a origem, história e uso do triângulo das doenças, proponho um próximo passo em sua evolução, que é substituir a palavra "doença" no centro do tríade hospedeiro-microbiota-ambiente pela palavra "saúde". Este triângulo destaca a saúde como um resultado desejável (em vez de doença como um estado indesejável) e como uma propriedade emergente das interações hospedeiro-microbiota-ambiente. Aplicado à disciplina de fitopatologia, o triângulo da saúde oferece uma gama expandida de alvos e abordagens para o diagnóstico, previsão, restauração e manutenção de resultados de saúde vegetal. Suas aplicações não se restringem apenas a doenças infecciosas, e seu quadro subjacente é mais inclusivo de todas as contribuições microbianas ao bem-estar vegetal, incluindo aquelas por fungos micorrízicos e bactérias fixadoras de nitrogênio, para as quais nunca houve um lugar adequado no triângulo das doenças vegetais. O triângulo da saúde vegetal também pode ter uma vantagem como ferramenta de educação e comunicação para transmitir e enfatizar a importância de plantas saudáveis e sua microbiota associada ao público em geral e aos stakeholders.

@article{doi101146annurevphyto121423042021,
    author = "Leveau, Johan H. J.",
    title = "Re-Envisioning the Plant Disease Triangle: Full Integration of the Host Microbiota and a Focal Pivot to Health Outcomes",
    year = "2024",
    journal = "Annual Review of Phytopathology",
    abstract = {O triângulo das doenças é um modelo estruturalmente simples, mas conceitualmente rico, utilizado em fitopatologia e outras áreas de estudo para explicar a doença infecciosa como resultado da relação tríplice entre um hospedeiro, um patógeno e seu ambiente. Ele também serve como guia para encontrar soluções para tratar, prever e prevenir tais doenças. Com a realização baseada em evidências e impulsionada por ômicas de que a abundância e a atividade de um patógeno são impactadas pela proximidade e interação com uma diversidade multitude de outros microrganismos colonizando o mesmo hospedeiro, o triângulo das doenças evoluiu para uma forma tetraédrica, que apresenta uma quarta dimensão adicional representando a microbiota associada ao hospedeiro. Outra variante do triângulo das doenças emergiu do paradigma do patobioma recentemente formulado, que se desvia da etiologia clássica de "um patógeno" da doença infecciosa em favor de um cenário no qual a doença representa um resultado condicional de interações complexas entre e entre um hospedeiro, sua microbiota (incluindo micróbios com potencial patogênico) e o ambiente. O resultado é uma versão do triângulo das doenças original onde "patógeno" é substituído por "microbiota". Aqui, como parte de uma revisão cuidadosa e concisa sobre a origem, história e uso do triângulo das doenças, proponho um próximo passo em sua evolução, que é substituir a palavra "doença" no centro do tríade hospedeiro-microbiota-ambiente pela palavra "saúde". Este triângulo destaca a saúde como um resultado desejável (em vez de doença como um estado indesejável) e como uma propriedade emergente das interações hospedeiro-microbiota-ambiente. Aplicado à disciplina de fitopatologia, o triângulo da saúde oferece uma gama expandida de alvos e abordagens para o diagnóstico, previsão, restauração e manutenção de resultados de saúde vegetal. Suas aplicações não se restringem apenas a doenças infecciosas, e seu quadro subjacente é mais inclusivo de todas as contribuições microbianas ao bem-estar vegetal, incluindo aquelas por fungos micorrízicos e bactérias fixadoras de nitrogênio, para as quais nunca houve um lugar adequado no triângulo das doenças vegetais. O triângulo da saúde vegetal também pode ter uma vantagem como ferramenta de educação e comunicação para transmitir e enfatizar a importância de plantas saudáveis e sua microbiota associada ao público em geral e aos stakeholders.},
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-phyto-121423-042021",
    doi = "10.1146/annurev-phyto-121423-042021",
    openalex = "W4396212608",
    references = "doi101146annurevarplant102820032704"
}