Quordados

@article{bateson1886the,
    author = "Bateson, William",
    title = "The Ancestry of the Chordata",
    year = "1886",
    journal = "Journal of Cell Science",
    url = "https://doi.org/10.1242/jcs.s2-26.104.535",
    doi = "10.1242/jcs.s2-26.104.535",
    number = "104",
    openalex = "W2572595438",
    pages = "535-572",
    volume = "S2-26"
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@misc{garstang1894preliminary6,
    author = "Garstang, W",
    title = "Nota preliminar sobre uma Nova Teoria da Filogenia dos Chordata",
    year = "1894",
    howpublished = "Zoologischer Anzeiger, v. 17, p. 122-125",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Garstang, W., 1894, Nota preliminar sobre uma Nova Teoria da Filogenia dos Chordata: Zoologischer Anzeiger, v. 17, p. 122-125.}"
}

@misc{gaskell1908the8,
    author = "Gaskell, W. H",
    title = "A Origem dos Vertebrados",
    year = "1908",
    howpublished = "Londres, Longman",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Gaskell, W. H., 1908, A Origem dos Vertebrados: Londres, Longman.}"
}

@article{barrington1940observations2,
    author = "Barrington, E. J. W",
    title = "Observações sobre alimentação e digestão em Glossobalanus minutus",
    year = "1940",
    journal = "Quarterly Journal of Microscopical Science, v. 82, p. 227-260",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Barrington, E. J. W., 1940, Observações sobre alimentação e digestão em Glossobalanus minutus: Quarterly Journal of Microscopical Science, v. 82, p. 227-260.}"
}

Com o advento de classificações relativamente objetivas, como as classificações fenéticas produzidas pelas técnicas operacionais da taxonomia numérica (Sokal e Sneath, 1963), era inevitável que os biólogos se perguntassem quais conclusões filogenéticas poderiam ser extraídas delas e com que confiabilidade. Se essas taxonomias fenéticas não refletissem todos os elementos da filética (Sokal e Camin, 1965), poderiam ser concebidas técnicas para deduzir estes últimos? Por exemplo, poderiam ser concebidos métodos operacionais para deduzir as relações cladísticas entre táxons, de modo que, dada a mesma informação inicial, diferentes investigadores obtivessem os mesmos resultados? Por relações cladísticas entendemos as sequências evolutivas de ramificação entre unidades taxonômicas sem levar em conta as similaridades fenéticas entre elas ou uma escala de tempo absoluta. Não há dúvida de que as filogenias provavelmente poderiam ser reconstruídas sem erro para qualquer grupo taxonômico se estivessem disponíveis sequências fósseis completas para aquele grupo. No entanto, podem as reconstruções cladísticas ser realizadas com qualquer grau de 1 Este artigo foi apresentado em 29 de dezembro de 1964, em um simpósio intitulado "Interações entre taxonomias numéricas e ortodoxas" em Knoxville, Tennessee, perante a Sociedade de Zoologia Sistemática.2 Contribuição No.

@article{doi101111j155856461965tb01722x,
    author = "Camin, Joseph H. e Sokal, Robert R.",
    title = "UM MÉTODO PARA DEDUZIR SEQUÊNCIAS DE RAMIFICAÇÃO NA FILOGENIA",
    year = "1965",
    journal = "Evolution",
    abstract = {Com o advento de classificações relativamente objetivas, como as classificações fenéticas produzidas pelas técnicas operacionais da taxonomia numérica (Sokal e Sneath, 1963), era inevitável que os biólogos se perguntassem quais conclusões filogenéticas poderiam ser extraídas delas e com que confiabilidade. Se essas taxonomias fenéticas não refletissem todos os elementos da filética (Sokal e Camin, 1965), poderiam ser concebidas técnicas para deduzir estes últimos? Por exemplo, poderiam ser concebidos métodos operacionais para deduzir as relações cladísticas entre táxons, de modo que, dada a mesma informação inicial, diferentes investigadores obtivessem os mesmos resultados? Por relações cladísticas entendemos as sequências evolutivas de ramificação entre unidades taxonômicas sem levar em conta as similaridades fenéticas entre elas ou uma escala de tempo absoluta. Não há dúvida de que as filogenias provavelmente poderiam ser reconstruídas sem erro para qualquer grupo taxonômico se estivessem disponíveis sequências fósseis completas para aquele grupo. No entanto, podem as reconstruções cladísticas ser realizadas com qualquer grau de 1 Este artigo foi apresentado em 29 de dezembro de 1964, em um simpósio intitulado "Interações entre taxonomias numéricas e ortodoxas" em Knoxville, Tennessee, perante a Sociedade de Zoologia Sistemática.2 Contribuição No.},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1965.tb01722.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1965.tb01722.x",
    openalex = "W2120653759",
    references = "doi101038202147a0, doi1015159783112551080005, doi1023071377831, doi1023072411550, doi1023072411730, doi104324978020376680411, doi105962bhltitle84425, openalexw1541749163, openalexw3201999275"
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@article{doi101111j155856461965tb01734x,
    author = "Dillon, L.",
    title = "O HIDROCEL E A ANCESTRALIDADE DOS CORDADOS",
    year = "1965",
    journal = "Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1965.tb01734.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1965.tb01734.x",
    is_oa = "true",
    number = "3",
    pages = "436-446",
    semanticscholar_citation_count = "6",
    semanticscholar_id = "d372bec96512a803a7bf29e0d2a6dc93a163a468",
    volume = "19"
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@article{crossref1973palaeozoology,
    title = "Palaeozoology: Ancestry of Chordates",
    year = "1973",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/245123c0",
    doi = "10.1038/245123c0",
    number = "5421",
    pages = "123-124",
    volume = "245"
}

Lagynocystis pyramidalis (Barrande) do Ordoviciano Inferior marinho da Boêmia (Formação Šárka (Llanvirn)), possui características que sugerem que é ancestral, ou quase ancestral, dos cefalocordados vivos, como o anfioxo (Branchiostoma). L. pyramidalis pertence a um grupo estranho de fósseis classificados por alguns pesquisadores como equinodermos 'carpoide' (filo Echinodermata, subfilo Homalozoa, classe Stylophora). No entanto, são melhor vistos como cordados primitivos com afinidades equinodermas (filo Chordata, subfilo Calcichordata Jefferies, 1967, classe Stylophora). A característica mais marcante dos calcicordados semelhante à dos equinodermos é o esqueleto de calcita, com cada placa sendo um único cristal de calcita. Suas características cordadas incluem: (1) fendas branquiais; (2) uma cauda pós-anal (caule) com blocos musculares, notocorda, cordão nervoso dorsal e gânglios segmentares; (3) um cérebro e sistema nervoso craniano semelhantes aos de um peixe; e (4) várias assimetrias semelhantes às de cordados primitivos recentes. Os calcicordados são divididos em uma ordem mais primitiva, Cornuta, e uma ordem mais avançada, Mitrata, que evoluiu a partir da Cornuta. L. pyramidalis é um membro especializado da ordem Mitrata. As formas até agora associadas a ele no subordem Lagynocystida da Mitrata são melhor separadas dele para formar um novo subordem Peltocystida (Kirkocystidae mais Peltocystidae). As características que aliam L. pyramidalis ao anfioxo são as seguintes: (1) um átrio ventral mediano que se abre por um poro atrial ventral mediano; (2) um coeloma posterior provavelmente excretor que poderia dar origem aos nefrídios do anfioxo pelo crescimento ascendente das fendas branquiais; (3) evidências de que o ânus se abria externamente na esquerda; (4) evidências de que a boca e a cavidade bucal eram inervadas mais fortemente da esquerda do que da direita; (5) evidências sugerindo que, se nadasse, L. pyramidalis giraria em torno de seu eixo longitudinal, no sentido horário visto de trás, como o anfioxo larval tardio e os tunicados larvais. As características semelhantes ao anfioxo de L. pyramidalis são impostas sobre o padrão de um mitrato muito primitivo. Existia, portanto: (1) um cérebro bem desenvolvido e os nervos cranianos eram mais do padrão vertebrado do que os do anfioxo; (2) aberturas branquiais esquerda e direita, além do poro atrial mediano; e (3) a cauda ou caule tinha gânglios segmentares pares. O último ancestral comum dos vertebrados e do anfioxo seria um mitrato primitivo. Consequentemente, uma vez que Lagynocystis tinha um esqueleto de calcita, tal esqueleto foi perdido pelo menos duas vezes na evolução dos cordados.

@article{doi101098rstb19730032,
    author = "Jefferies, R.",
    title = "The Ordovician Fossil Lagynocystis pyramidalis (Barrande) and the Ancestry of Amphioxus",
    year = "1973",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B",
    abstract = "Lagynocystis pyramidalis (Barrande) from the marine Lower Ordovician of Bohemia (Šárka Formation (Llanvirn)), has features which suggest that it is ancestral, or nearly so, to living cephalochordates such as amphioxus (Branchiostoma). L. pyramidalis belongs to a strange group of fossils classified by some workers as ‘carpoid’ echinoderms (phylum Echinodermata, subphylum Homalozoa, class Stylophora). They are better seen, however, as primitive chordates with echinoderm affinities (phylum Chordata, subphylum Calcichordata Jefferies, 1967, class Stylophora). The most striking echinoderm-like feature of the calcichordates is their calcite skeleton with each plate a single crystal of calcite. Their chordate characters include: (1) branchial slits; (2) a postanal tail (stem) with muscle blocks, notochord, dorsal nerve cord and segmental ganglia; (3) a brain and cranial nervous system like those of a fish; and (4) various asymmetries like those of recent primitive chordates. The calcichordates are divided into a more primitive order, Cornuta, and a more advanced order Mitrata, which evolved from Cornuta. L. pyramidalis is a specialized member of the order Mitrata. Forms up till now associated with it in the suborder Lagynocystida of the Mitrata are better separated from it to form a new suborder Peltocystida (Kirkocystidae plus Peltocystidae). The features which ally L. pyramidalis to amphioxus are as follows: (1) a median ventral atrium opening by a median ventral atriopore; (2) a probably excretory posterior coelom which could give rise to the nephridia of amphioxus by upward growth of the gill slits; (3) evidence that the anus opened externally on the left; (4) evidence that the mouth and buccal cavity was innervated more strongly from the left than from the right; (5) evidence suggesting that, if it swam, L. pyramidalis would rotate about its long axis, clockwise as seen from behind, like late larval amphioxus and larval tunicates. The amphioxus-like features of L. pyramidalis are imposed on the pattern of a very primitive mitrate. There existed thus: (1) a well-developed brain and the cranial nerves were more of the vertebrate pattern than those of amphioxus; (2) left and right branchial openings in addition to the median atriopore; and (3) the tail or stem had paired segmental ganglia. The latest common ancestor of vertebrates and amphioxus would be a primitive mitrate. It follows, since Lagynocystis had a calcite skeleton, that such a skeleton has been lost at least twice in the evolution of the chordates.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/ca5b8f2f3a69f4cfcceb8adb101609f40eb57b2e",
    doi = "10.1098/RSTB.1973.0032",
    is_oa = "true",
    number = "871",
    pages = "409-469",
    semanticscholar_citation_count = "50",
    semanticscholar_id = "ca5b8f2f3a69f4cfcceb8adb101609f40eb57b2e",
    volume = "265"
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Lagynocystis pyramidalis (Barrande) do Ordoviciano Inferior marinho da Boêmia (Formação Šárka (Llanvirn)), possui características que sugerem que é ancestral, ou quase ancestral, dos cefalocordados vivos, como o amfioxo (Branchiostoma). L. pyramidalis pertence a um grupo estranho de fósseis classificados por alguns pesquisadores como equinodermos 'carpoide' (filo Echinodermata, subfilo Homalozoa, classe Stylophora). No entanto, são melhor vistos como cordados primitivos com afinidades equinodermas (filo Chordata, subfilo Calcichordata Jefferies, 1967, classe Stylophora). A característica mais marcante semelhante a equinodermos dos calcicordados é seu esqueleto de calcita, com cada placa sendo um único cristal de calcita. Seus caracteres cordados incluem: (1) fendas branquiais; (2) uma cauda pós-anal (caule) com blocos musculares, notocorda, cordão nervoso dorsal e gânglios segmentares; (3) um cérebro e sistema nervoso craniano semelhantes aos de um peixe; e (4) várias assimetrias semelhantes às de cordados primitivos recentes. Os calcicordados são divididos em uma ordem mais primitiva, Cornuta, e uma ordem mais avançada, Mitrata, que evoluiu a partir da Cornuta. L. pyramidalis é um membro especializado da ordem Mitrata. As formas até agora associadas a ele na subordem Lagynocystida da Mitrata são melhor separadas dele para formar uma nova subordem Peltocystida (Kirkocystidae mais Peltocystidae). As características que aliam L. pyramidalis ao amfioxo são as seguintes: (1) um átrio ventral mediano que se abre por um poro atrial ventral mediano; (2) um coeloma posterior provavelmente excretor que poderia dar origem aos nefrídios do amfioxo pelo crescimento ascendente das fendas branquiais; (3) evidências de que o ânus se abria externamente à esquerda; (4) evidências de que a boca e a cavidade bucal eram inervadas mais fortemente da esquerda do que da direita; (5) evidências sugerindo que, se nadasse, L. pyramidalis giraria em torno de seu eixo longitudinal, no sentido horário visto de trás, como o amfioxo larval tardio e os tunicados larvais. As características semelhantes ao amfioxo de L. pyramidalis são impostas sobre o padrão de um mitrato muito primitivo. Existia, portanto: (1) um cérebro bem desenvolvido e os nervos cranianos eram mais do padrão vertebrado do que os do amfioxo; (2) aberturas branquiais esquerda e direita, além do poro atrial mediano; e (3) a cauda ou caule tinha gânglios segmentares pares. O último ancestral comum dos vertebrados e do amfioxo seria um mitrato primitivo. Consequentemente, já que Lagynocystis tinha um esqueleto de calcita, tal esqueleto foi perdido pelo menos duas vezes na evolução dos cordados.

@article{jefferies1973the,
    author = "Jefferies, R. P. S.",
    title = "The Ordovician fossil Lagynocystis pyramidalis (Barrande) and the ancestry of amphioxus",
    year = "1973",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society of London. B, Biological Sciences",
    abstract = "Lagynocystis pyramidalis (Barrande) from the marine Lower Ordovician of Bohemia (Šárka Formation (Llanvirn)), has features which suggest that it is ancestral, or nearly so, to living cephalochordates such as amphioxus (Branchiostoma). L. pyramidalis belongs to a strange group of fossils classified by some workers as ‘carpoid’ echinoderms (phylum Echinodermata, subphylum Homalozoa, class Stylophora). They are better seen, however, as primitive chordates with echinoderm affinities (phylum Chordata, subphylum Calcichordata Jefferies, 1967, class Stylophora). The most striking echinoderm-like feature of the calcichordates is their calcite skeleton with each plate a single crystal of calcite. Their chordate characters include: (1) branchial slits; (2) a postanal tail (stem) with muscle blocks, notochord, dorsal nerve cord and segmental ganglia; (3) a brain and cranial nervous system like those of a fish; and (4) various asymmetries like those of recent primitive chordates. The calcichordates are divided into a more primitive order, Cornuta, and a more advanced order Mitrata, which evolved from Cornuta. L. pyramidalis is a specialized member of the order Mitrata. Forms up till now associated with it in the suborder Lagynocystida of the Mitrata are better separated from it to form a new suborder Peltocystida (Kirkocystidae plus Peltocystidae). The features which ally L. pyramidalis to amphioxus are as follows: (1) a median ventral atrium opening by a median ventral atriopore; (2) a probably excretory posterior coelom which could give rise to the nephridia of amphioxus by upward growth of the gill slits; (3) evidence that the anus opened externally on the left; (4) evidence that the mouth and buccal cavity was innervated more strongly from the left than from the right; (5) evidence suggesting that, if it swam, L. pyramidalis would rotate about its long axis, clockwise as seen from behind, like late larval amphioxus and larval tunicates. The amphioxus-like features of L. pyramidalis are imposed on the pattern of a very primitive mitrate. There existed thus: (1) a well-developed brain and the cranial nerves were more of the vertebrate pattern than those of amphioxus; (2) left and right branchial openings in addition to the median atriopore; and (3) the tail or stem had paired segmental ganglia. The latest common ancestor of vertebrates and amphioxus would be a primitive mitrate. It follows, since Lagynocystis had a calcite skeleton, that such a skeleton has been lost at least twice in the evolution of the chordates.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1973.0032",
    doi = "10.1098/rstb.1973.0032",
    number = "871",
    pages = "409-469",
    volume = "265"
}

@article{jefferies1973the10,
    author = "Jefferies, R. P. S",
    title = "The Ordovician fossil Lagynocystis pyramidalis (Barrande) e a ancestralidade do anfioxo",
    year = "1973",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society, London B, v. 265, p. 409-469",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Jefferies, R. P. S., 1973, The Ordovician fossil Lagynocystis pyramidalis (Barrande) e a ancestralidade do anfioxo: Philosophical Transactions of the Royal Society, London B, v. 265, p. 409-469.}"
}

@book{godeaux1974primitive9,
    author = "Godeaux, J. E. A",
    title = "Primitive Deuterostomians, in Florkin, M., and Scheer, B. T., eds., Chemical Zoology",
    year = "1974",
    publisher = "London, Academic Press, v. VIII, p. 4-60",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Godeaux, J. E. A., 1974, Primitive Deuterostomians, in Florkin, M., and Scheer, B. T., eds., Chemical Zoology: London, Academic Press, v. VIII, p. 4-60.}"
}

@inproceedings{jefferies1975fossil11,
    author = "Jefferies, R. P. S",
    title = "Evidências fósseis concernentes à origem dos cordados",
    year = "1975",
    booktitle = "Symposium of the Zoological Society, London, v. 36, p. 253-318",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Jefferies, R. P. S., 1975, Evidências fósseis concernentes à origem dos cordados: Symposium of the Zoological Society, London, v. 36, p. 253-318.}"
}

@inproceedings{watts1975evolution12,
    author = "Watts, D. C",
    title = "Evolução de quinases de fosfagenos na linhagem dos cordados",
    year = "1975",
    booktitle = "Simpósio da Sociedade Zoológica, Londres, v. 36, p. 105-127",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Watts, D. C., 1975, Evolução de quinases de fosfagenos na linhagem dos cordados: Simpósio da Sociedade Zoológica, Londres, v. 36, p. 105-127.}"
}

* *1. Prospecto * Parte I: Recapitulação *2. A Tradução Analógica de Anaximandro a Bonnet * As Sementes da Recapitulação na Ciência Grega? * Ontogenia e Filogenia no Conflito entre Epigênese e Recapitulação: A Idília de Charles Bonnet * Apêndice: A Revolução em *3. Origens Transcendentais, 1793--1860 * Naturphilosophie: Uma Expressão do Desenvolvementalismo * Dois Principais Recapitulationistas entre os Naturphilosophen: Oken e Meckel * A Classificação de Animais de Oken: Adições Lineares de Órgãos * A Declaração Soberana de J. F. Meckel dos Mesmos Princípios * Serres e os Transcendentalistas Franceses * Recapitulação e a Teoria das Paradas de Desenvolvimento * A Crítica de Von Baer à Recapitulação * A Direção do Desenvolvimento e a Classificação de Animais * Von Baer e a Naturphilosophie: Qual é a Direção Universal do Desenvolvimento? * Louis Agassiz e o Tríplice Paralelismo *4. Triunfo Evolutivo, 1859--1900 * Teoria Evolutiva e Prática Zoológica * Darwin e a Evolução das Leis de Von Baer * Evolução e a Mecânica da Recapitulação * Ernst Haeckel: Filogenia como Causa Mecânica da Ontogenia * O Mecanismo da Recapitulação * Os Neolamarckianos Americanos: A Lei da Aceleração como Motor da Evolução * Evolução Progressiva por Aceleração * O Alcance do Paralelismo * Por Que a Recapitulação Domina a História da Vida? * Alpheus Hyatt e a Aceleração Universal * Lamarckismo e a Analogia da Memória * Recapitulação e Darwinismo * Apêndice: A Tradução Evolutiva das Leis de Von Baer *5. Influência Pervasiva * Antropologia Criminal * Racismo * Desenvolvimento Infantil * Educação Primária * Psicanálise Freudiana * Epílogo *6. Declínio, Queda e Generalização * Um Argumento Astuto * Uma Crítica Empírica * Órgãos ou Ancestrais: A Transformação da Heterocronia de Haeckel * Interpolações em Estágios Juvenis * Introdução de Características Juvenis nos Adultos dos Descendentes * O Que Aconteceu com a Crítica de Von Baer? * Negligência Benigna: Recapitulação e o Surgimento da Embriologia Experimental * As Suposições Prévias da Recapitulação * Wilhelm His e Sua Embriologia Fisiológica: Um Encontro Preliminar * A Entwicklungsmechanik de Roux e a Lei Biogenética * Recapitulação e Questões Substantivas na Embriologia Experimental: O Novo Preformacionismo * A Ressurreição de Mendel, a Queda de Haeckel e a Generalização da Recapitulação * Parte II: Heterocronia e Paedomorfose *7. Heterocronia e o Paralelo entre Ontogenia e Filogenia * Aceleração e Retardo * Confusão no Rastro e Após Haeckel * Diretrizes para uma Resolução * A Redução das Categorias de Heterocronia de de Beer para Aceleração e Retardo * Um Paradoxo Histórico: A Suposta Dominância da Recapitulação * Dissociabilidade e Heterocronia * Correlação e Dissociabilidade * Dissociação dos Três Processos * Uma Métrica para Dissociação * Deslocamento Temporal como Mecanismo de Dissociação * Um Modelo de Relógio da Heterocronia * Apêndice: Uma Nota sobre a Representação Multivariada da Dissociação *8. O Significado Ecológico e Evolutivo da Heterocronia * O Argumento da Frequência * A Importância da Recapitulação * A Importância da Mudança Heterocrônica: Casos Selecionados * Frequência de Paedomorfose na Origem de Taxas Superiores * Uma Crítica do Significado Clássico da Heterocronia * Os Argumentos Clássicos * Significado Retrospectivo e Imediato * Heterocronia, Ecologia e Estratégias de História de Vida * A Facilidade e Rapidez Potenciais da Mudança Heterocrônica * O Controle da Metamorfose em Insetos * Paedomorfose Anfíbia e a Glândula Tireoide *9. Progenia e Neotenia Progenia de Insetos * Protese e Meta-tese * Paedogênese (Progenia Partenogenética) em Mosquitos de Galhas e Besouros * Progenia em Afídeos Ascomáticos Partenogenéticos e Alados * Casos Adicionais de Progenia com uma Base Ecológica Similar * Locustas Solitárias Neotênicas: São Elas uma Exceção à Regra? * Neotenia Anfíbia * Os Determinantes Ecológicos da Progenia * Ambientes Instáveis * Colonização * Parasitas * Dispersão Masculina * Progenia como Resposta Adaptativa a Pressões por Tamanho Pequeno * O Papel da Heterocronia na Macroevolução: Flexibilidades Contrastantes para Progenia e Neotenia * Progenia * Neotenia * Os Correlatos Sociais da Neotenia em Vertebrados Superiores *10. Retardo e Neotenia na Evolução Humana * As Sementes da Neotenia * A Teoria da Fetalização de Louis Bolk * Os Dados de Bolk * A Interpretação de Bolk * A Teoria Evolutiva de Bolk * Uma Tradição de Argumentação * Retardo na Evolução Humana * Morfologia na Matriz do Retardo * Sobre Enumeração * Sobre Protótipos * Sobre Correlação * O Significado Adaptativo do Desenvolvimento Retardado *11. Epílogo * Notas * Bibliografia * Glossário * Índice

@book{openalexw2506868775,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "Ontogenia e Filogenia",
    year = "1977",
    abstract = "* *1. Prospecto * Parte I: Recapitulação *2. A Tradução Analógica de Anaximandro a Bonnet * As Sementes da Recapitulação na Ciência Grega? * Ontogenia e Filogenia no Conflito de Epigênese: O Idílio de Charles Bonnet * Apêndice: A Revolução em *3. Origens Transcendentais, 1793--1860 * Naturphilosophie: Uma Expressão do Desenvolvementalismo * Dois Principais Recapitulationistas entre os Naturphilosophen: Oken e Meckel * A Classificação de Animais de Oken: Adições Lineares de Órgãos * A Declaração Soberana de J. F. Meckel dos Mesmos Princípios * Serres e os Transcendentalistas Franceses * Recapitulação e a Teoria das Paradas de Desenvolvimento * A Crítica de Von Baer à Recapitulação * A Direção do Desenvolvimento e a Classificação de Animais * Von Baer e Naturphilosophie: Qual é a Direção Universal do Desenvolvimento? * Louis Agassiz e o Tríplice Paralelismo *4. Triunfo Evolutivo, 1859--1900 * Teoria Evolutiva e Prática Zoológica * Darwin e a Evolução das Leis de Von Baer * Evolução e a Mecânica da Recapitulação * Ernst Haeckel: Filogenia como Causa Mecânica da Ontogenia * O Mecanismo da Recapitulação * Os Neolamarckianos Americanos: A Lei da Aceleração como Motor da Evolução * Evolução Progressiva por Aceleração * O Alcance do Paralelismo * Por que a Recapitulação Domina a História da Vida? * Alpheus Hyatt e Aceleração Universal * Lamarckismo e a Analogia da Memória * Recapitulação e Darwinismo * Apêndice: A Tradução Evolutiva das Leis de Von Baer *5. Influência Pervasiva * Antropologia Criminal * Racismo * Desenvolvimento Infantil * Educação Primária * Psicanálise Freudiana * Epílogo *6. Declínio, Queda e Generalização * Um Argumento Astuto * Uma Crítica Empírica * Órgãos ou Ancestrais: A Transformação da Heterocronia de Haeckel * Interpolações em Estágios Juvenis * Introdução de Características Juvenis nos Adultos dos Descendentes * O Que Aconteceu com a Crítica de Von Baer? * Negligência Benigna: Recapitulação e o Surgimento da Embriologia Experimental * As Suposições Prévia da Recapitulação * Wilhelm His e Sua Embriologia Fisiológica: Um Prelúdio de Escaramuça * A Entwicklungsmechanik de Roux e a Lei Biogenética * Recapitulação e Questões Substantivas na Embriologia Experimental: O Novo Preformacionismo * A Ressurreição de Mendel, a Queda de Haeckel e a Generalização da Recapitulação * Parte II: Heterocronia e Paedomorfose *7. Heterocronia e o Paralelo entre Ontogenia e Filogenia * Aceleração e Retardamento * Confusão no e após o Despertar de Haeckel * Diretrizes para uma Resolução * A Redução das Categorias de Heterocronia de de Beer para Aceleração e Retardamento * Um Paradoxo Histórico: A Suposta Dominância da Recapitulação * Dissociabilidade e Heterocronia * Correlação e Dissociabilidade * Dissociação dos Três Processos * Uma Métrica para Dissociação * Deslocamento Temporal como Mecanismo de Dissociação * Um Modelo de Relógio da Heterocronia * Apêndice: Uma Nota sobre a Representação Multivariada da Dissociação *8. O Significado Ecológico e Evolutivo da Heterocronia * O Argumento da Frequência * A Importância da Recapitulação * A Importância da Mudança Heterocrônica: Casos Selecionados * Frequência de Paedomorfose na Origem de Taxas Superiores * Uma Crítica do Significado Clássico da Heterocronia * Os Argumentos Clássicos * Significado Retrospectivo e Imediato * Heterocronia, Ecologia e Estratégias de História de Vida * A Facilidade e Rapidez Potenciais da Mudança Heterocrônica * O Controle da Metamorfose em Insetos * Paedomorfose Anfíbia e a Glândula Tireoide *9. Progenia e Neotenia Progenia de Insetos * Protese e Metatele * Paedogênese (Progenia Partenogenética) em Mosquitos de Galhas e Besouros * Progenia em Áfidos Aselados Partenogenéticos * Casos Adicionais de Progenia com uma Base Ecológica Similar * Locustas Solitárias Neotênicas: São Elas uma Exceção à Regra? * Neotenia Anfíbia * Os Determinantes Ecológicos da Progenia * Ambientes Instáveis * Colonização * Parasitas * Dispersão Masculina * Progenia como uma Resposta Adaptativa a Pressões por Tamanho Pequeno * O Papel da Heterocronia na Macroevolução: Flexibilidades Contrastantes para Progenia e Neotenia * Progenia * Neotenia * Os Correlatos Sociais da Neotenia em Vertebrados Superiores *10. Retardamento e Neotenia na Evolução Humana * As Sementes da Neotenia * A Teoria da Fetalização de Louis Bolk * Os Dados de Bolk * A Interpretação de Bolk * A Teoria Evolutiva de Bolk * Uma Tradição de Argumento * Retardamento na Evolução Humana * Morfologia na Matriz do Retardamento * Sobre Enumeração * Sobre Protótipos * Sobre Correlação * O Significado Adaptativo do Desenvolvimento Retardado *11. Epílogo * Notas * Bibliografia * Glossário * Índice",
    openalex = "W2506868775",
    references = "doi101086409052, doi101146annureves08110177001045"
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Placocystites forbesianus de Koninck, do Calcário de Dudley do Silúrio, perto de Dudley, West Midlands, é aqui interpretado como um cordado primitivo com um esqueleto de carbonato de cálcio do tipo equinodermo. Isso concorda com trabalhos anteriores do autor sênior e discorda do trabalho de Ubaghs (1968 etc.). Aplicando a terminologia de Hennig, Placocystites provavelmente pertence ao grupo tronco dos vertebrados e, portanto, lança luz sobre a anatomia dos vertebrados primitivos. Ele também pertence ao grupo Calcichordata, estabelecido por um de nós como um subfilo (Jefferies 1967). Os Calcichordata, no entanto, não são comparáveis em posição filogenética com os subfilos de cordados vivos, portanto, a palavra calcicordado será daqui em diante usada apenas informalmente, para qualquer cordado com um esqueleto do tipo equinodermo. Ubaghs, que desenvolveu uma interpretação totalmente diferente, atribui Placocystites ao subfilo Homalozoa do filo Echinodermata. Ao atribuí-lo a esse filo, o trabalho de Ubaghs é mais tradicional que o nosso. Dentro dos calcicordados, Placocystites forbesianus pertence ao grupo mais avançado conhecido como mitratos. Estes são distinguidos dos calcicordados mais primitivos (cornutos) por possuírem fendas branquiais à direita, além das da esquerda. Dentro dos mitratos, é possível sugerir os grupos tronco, no sentido hennigiano, dos acranianos, tunicados e vertebrados. O termo vertebrado padrão é proposto para denotar vertebrados no sentido usual, em contraste com aqueles vertebrados tronco incluídos nos mitratos. As duas partes óbvias de um calcicordado, anteriormente chamadas deca e cauda, ou corpo e cauda, devem ser melhor chamadas de cabeça e cauda por homologia com vertebrados padrão. Os mitratos correspondem ao protovertebrado semelhante a uma rã de tunicado dos morfologistas 'antisegmentaristas' como Froriep, Starck e Romer. O protovertebrado uniformemente segmentado dos morfologistas 'segmentaristas' como Goodrich representaria uma etapa real, mas posterior, na ancestralidade dos vertebrados padrão, descendentes de um mitrato. Os somitos dos vertebrados padrão e acranianos podem ser plausivelmente identificados dentro dos calcicordados. Os somitos premandibulares e mandibulares estariam localizados na cabeça, juntamente com a cavidade bucal, faringe, fendas branquiais e vísceras. Os somitos mandibulares esquerdo e direito provavelmente eram representados nos mitratos pelos coelomos anteriores esquerdo e direito. Os somitos premandibulares pares seriam representados por um corpo em forma de crescente situado na parte posterior da cabeça, logo à frente do cérebro. Os somitos hioideos seriam o par mais anterior de somitos da cauda, totalmente separados das fendas branquiais e das barras branquiais. Somitos mais posteriores também estariam na cauda, atrás dos somitos hioideos. Os homólogos dos olhos pares dos vertebrados padrão também podem ser reconhecidos como tendo existido nos mitratos (olhos cisfaringeos). Os supostos somitos premandibulares, mandibulares e hioideos foram agrupados ao redor deles em uma disposição que poderia dar origem aos músculos oculares extrínsecos dos vertebrados padrão. As orelhas dos mitratos estavam laterais aos somitos hioideos, como ocorre em embriões de vertebrados vivos. O sistema nervoso de Placocystites e seus parentes é comparável ao de um peixe. O cérebro era dividido em duas partes, correspondendo amplamente ao prosencéfalo e rombencéfalo de um vertebrado padrão inicial (embora o rombencéfalo dos vertebrados também inclua derivados da cauda do mitrato). Os nervos cranianos são deduzidos a terem incluído complexos olfativos, talvez terminalis, ópticos, trigêmeos e acusticolaterais. O complexo trigêmeo incluía ramos opthalmicus superficialis e opthalmicus profundus e um único par de gânglios. Em contraposição à teoria clássica, não era dividido em subcomplexos profundus e 'verdadeiro' trigêmeo. A faringe de Placocystites e mitratos relacionados era semelhante à de um tunicado, particularmente em certas assimetrias. Detalhes do esqueleto indicam fortemente que a faringe, na vida, teria contido uma armadilha mucosa endostilar do tipo tunicado ou ammocoete, como a teoria clássica preveria. A glândula neural ('hipófise') parece ter tido as mesmas relações como em uma rã de tunicado totalmente formada, mas provavelmente era de origem endodérmica, homóloga ao saco de Seessel de um vertebrado. A anatomia da cabeça do calcicordado primitivo Cothurnocystis, que era um cornuto e, como outros cornutos e o anfioxo larval, tinha apenas fendas branquiais à esquerda, é reconstruída trabalhando para trás a partir dos mitratos e por evidência direta de seu esqueleto. O ancestral comum mais recente hipotético de lampreias e gnatos é deduzido. As partes derivadas da cabeça do mitrato podem ser distinguidas das derivadas da cauda do mitrato. O animal provavelmente possuía uma região de cabeça notocordal e um tronco. Estes teriam se formado quando fendas branquiais e vísceras migraram para trás, ventralmente à parte anterior da cauda do mitrato. O pericárdio teria surgido pelo crescimento ventral dos somitos da cauda do mitrato ao longo das barras branquiais e sua fusão ventralmente para formar uma cavidade. O coeloma visceral surgiu pelo crescimento ventral dos somitos da cauda do mitrato ao redor das vísceras, acompanhado pelo desenvolvimento e fusão de cavidades nas partes ventrais desses somitos. Os nervos branquiais dos vertebrados padrão são uma mistura de elementos placodais, provavelmente derivados da cabeça do mitrato, e elementos da crista neural, provavelmente derivados da cauda do mitrato. Este animal hipotético provavelmente evoluiu dos mitratos quando um deles começou a nadar habitualmente para frente. Placocystites provavelmente arrastava-se para trás através do sedimento logo abaixo do fundo do mar, puxado pela cauda. Um par de espinhos perto da boca serviria para cortar no sedimento, provavelmente auxiliado por água jorrada ao longo deles a partir da cavidade bucal.

@article{doi101098rstb19780013,
    author = "Jefferies, R. and Lewis, D. N.",
    title = "The English Silurian fossil Placocystites forbesianus and the ancestry of the vertebrates",
    year = "1978",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B",
    abstract = "Placocystites forbesianus de Koninck, from the Silurian Dudley Limestone, near Dudley, West Midlands, is here interpreted as a primitive chordate with a calcite skeleton of echinoderm type. This agrees with earlier papers by the senior author and disagrees with the work of Ubaghs (1968 etc.). Applying Hennig’s terminology, Placocystites probably belongs to the stem group of the vertebrates and therefore throws light on primitive vertebrate anatomy. It also belongs to the group Calcichordata, set up by one of us as a subphylum (Jefferies 1967). The Calcichordata, however, are not comparable in phylogenetic position with the living chordate subphyla, so the word calcichordate will henceforth be used only informally, for any chordate with a skeleton of echinoderm type. Ubaghs, who has developed a totally different interpretation, assigns Placocystites to the subphylum Homalozoa of the phylum Echinodermata. In assigning it to that phylum, Ubaghs’s work is more traditional than ours. Within the calcichordates, Placocystites forbesianus belongs to the more advanced group known as mitrates. These are distinguished from more primitive calcichordates (cornutes) by having right gill slits in addition to left ones. Within the mitrates it is possible to suggest the stem groups, in the Hennigian sense, of acraniates, tunicates and vertebrates. The term standard vertebrate is proposed to denote vertebrates in the usual sense, as contrasted with those stem vertebrates included in the mitrates. The two obvious parts of a calcichordate, formerly called theca and stem, or body and tail, are best called head and tail by homology with standard vertebrates. Mitrates correspond to the tunicate-tadpole-like protovertebrate of ‘antisegmentationist’ morphologists such as Froriep, Starck and Romer. The uniformly segmented protovertebrate of 'segmentationist’ morphologists such as Goodrich would represent a real but later stage in the ancestry of standard vertebrates, descended from a mitrate. The somites of standard vertebrates and acraniates can be plausibly identified inside calcichordates. The premandibular and mandibular somites would be located in the head, along with the buccal cavity, pharynx, gill slits and viscera. The left and right mandibular somites were probably represented in mitrates by the left and right anterior coeloms. The paired premandibular somites would be represented by a crescentic body situated in the posterior part of the head just in front of the brain. The hyoidean somites would be the most anterior pair of somites of the tail, totally separated from gill slits and gill bars. More posterior somites would also be in the tail, behind the hyoidean somites. The homologues of the paired eyes of standard vertebrates can also be recognized as having existed in mitrates (cispharyngeal eyes). The presumed premandibular, mandibular and hyoidean somites were grouped round them in an arrangement which could give rise to the extrinsic eye muscles of standard vertebrates. The ears of mitrates were lateral to the hyoidean somites as they are in living vertebrate embryos. The nervous system of Placocystites and its relatives is comparable with that of a fish. The brain was divided into two parts broadly corresponding to the prosencephalon and rhombencephalon of an early standard vertebrate (though the rhombencephalon of vertebrates also includes derivatives of the mitrate tail). The cranial nerves are deduced to have included olfactory, perhaps terminalis, optic, trigeminal and acusticolateralis complexes. The trigeminal complex included opthalmicus superficialis and ophthalmicus profundus branches and a single pair of ganglia. Contrary to classical theory, it was not divided into profundus and ‘true’ trigeminal subcomplexes. The pharynx of Placocystites and related mitrates was like that of a tunicate, particularly in certain asymmetries. Details of the skeleton strongly indicate that the pharynx in life would have contained an endostylar mucous trap of tunicate or ammocoete type, as classical theory would predict. The neural gland (‘hypophysis’) seems to have had the same relations as in a fully formed tunicate tadpole, but was probably endodermal in origin, homologous with Seessel’s pouch of a vertebrate. The anatomy of the head of the primitive calcichordate Cothurnocystis, which was a cornute, and like other cornutes and larval amphioxus had left gill slits only, is reconstructed by working backwards from mitrates and by direct evidence from its skeleton. The hypothetical latest common ancestor of lampreys and gnathostomes is deduced. The parts derived from the mitrate head can be distinguished from those derived from the mitrate tail. The animal probably possessed a notochordal head region and a trunk. These would have formed when gill slits and viscera migrated backwards ventral to the anterior part of the mitrate tail. The pericardium would have arisen by ventral growth of mitrate tail somites down the gill bars and their fusion ventrally to form a cavity. The visceral coelom arose by the ventral growth of mitrate tail somites round the viscera, accompanied by the development and fusion of cavities in the ventral parts of these somites. The branchial nerves of standard vertebrates are a mixture of placodal elements, probably derived from the mitrate head, and neural crest elements, probably derived from the mitrate tail. This hypothetical animal probably evolved from the mitrates when one of them took to habitual forwards swimming. Placocystites probably crept backwards through the sediment just below the sea bottom, pulled by the tail. A pair of spines near the mouth would serve to cut into the sediment, probably assisted by water squirted along them from the buccal cavity.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/16b6f461c900ef5cd7480fbcd4ca74bc161ac131",
    doi = "10.1098/RSTB.1978.0013",
    is_oa = "true",
    number = "990",
    pages = "205-323",
    semanticscholar_citation_count = "86",
    semanticscholar_id = "16b6f461c900ef5cd7480fbcd4ca74bc161ac131",
    volume = "282"
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@misc{bone1979the5,
    author = "Bone, Q",
    title = "The Origin of the Chordates [2nd ed.]",
    year = "1979",
    howpublished = "Burlington, N.C., Carolina Biological Supply",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Bone, Q., 1979, The Origin of the Chordates [2nd ed.]: Burlington, N.C., Carolina Biological Supply.}"
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Apresentamos um método quantitativo para descrever como as mudanças heterocrônicas na ontogenia se relacionam com tendências filéticas. Este é um passo rumo à criação de uma visão unificada da biologia do desenvolvimento e da ecologia evolutiva no estudo da evolução morfológica. Usando esta representação, obtemos um esquema de classificação muito simplificado e lógico. Acreditamos que este esquema será particularmente útil no estudo dos dados da paleontologia e da morfologia comparada e na análise de processos que levam à radiação adaptativa. Ilustramos este esquema com exemplos retirados da literatura e do nosso próprio trabalho.

@article{doi101017s0094837300006588,
    author = "Alberch, Pere e Gould, Stephen Jay e Oster, George e Wake, David B.",
    title = "Size and shape in ontogeny and phylogeny",
    year = "1979",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Apresentamos um método quantitativo para descrever como as mudanças heterocrônicas na ontogenia se relacionam com tendências filéticas. Este é um passo rumo à criação de uma visão unificada da biologia do desenvolvimento e da ecologia evolutiva no estudo da evolução morfológica. Usando esta representação, obtemos um esquema de classificação muito simplificado e lógico. Acreditamos que este esquema será particularmente útil no estudo dos dados da paleontologia e da morfologia comparada e na análise de processos que levam à radiação adaptativa. Ilustramos este esquema com exemplos retirados da literatura e do nosso próprio trabalho.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300006588",
    doi = "10.1017/s0094837300006588",
    openalex = "W1860355084",
    references = "doi101086404940, doi101086409052, doi101111j1469185x1966tb01624x, doi101111j155856461949tb00010x, doi101111j155856461976tb00911x, doi101146annurevbi46070177003041, doi101146annureves08110177001045, doi1023072412825, doi1043249781315765471, doi105962bhltitle146947, openalexw1525434908, openalexw2506868775"
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O método estatístico recentemente desenvolvido conhecido como "bootstrap" pode ser usado para colocar intervalos de confiança em filogenias. Envolve resamplear pontos dos próprios dados, com reposição, para criar uma série de amostras bootstrap do mesmo tamanho dos dados originais. Cada uma dessas é analisada, e a variação entre as estimativas resultantes é tomada para indicar o tamanho do erro envolvido na realização de estimativas a partir dos dados originais. No caso de filogenias, argumenta-se que o método adequado de resamplear é manter todas as espécies originais enquanto se resampleiam caracteres com reposição, sob a premissa de que os caracteres foram independentemente extraídos pelo sistemático e evoluíram independentemente. Árvores de consenso de regra da maioria podem ser usadas para construir uma filogenia mostrando todos os grupos monofiléticos inferidos que ocorreram na maioria das amostras bootstrap. Se um grupo aparecer 95% do tempo ou mais, a evidência para ele é tomada como estatisticamente significativa. Programas de computador existentes podem ser usados para analisar diferentes amostras bootstrap usando pesos nos caracteres, o peso de um caráter sendo quantas vezes ele foi extraído no resampleamento bootstrap. Quando todos os caracteres são perfeitamente compatíveis, como envisioned por Hennig, o resampleamento bootstrap torna-se desnecessário; o método bootstrap mostraria evidência significativa para um grupo se ele for definido por três ou mais caracteres.

@article{doi101111j155856461985tb00420x,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "LIMITES DE CONFIANÇA EM FILOGENIAS: UMA ABORDAGEM USANDO O BOOTSTRAP",
    year = "1985",
    journal = "Evolução",
    abstract = {O método estatístico recentemente desenvolvido conhecido como "bootstrap" pode ser usado para colocar intervalos de confiança em filogenias. Envolve resamplear pontos dos próprios dados, com reposição, para criar uma série de amostras bootstrap do mesmo tamanho dos dados originais. Cada uma dessas é analisada, e a variação entre as estimativas resultantes é tomada para indicar o tamanho do erro envolvido na realização de estimativas a partir dos dados originais. No caso de filogenias, argumenta-se que o método adequado de resamplear é manter todas as espécies originais enquanto se resampleiam caracteres com reposição, sob a premissa de que os caracteres foram independentemente extraídos pelo sistemático e evoluíram independentemente. Árvores de consenso de regra da maioria podem ser usadas para construir uma filogenia mostrando todos os grupos monofiléticos inferidos que ocorreram na maioria das amostras bootstrap. Se um grupo aparecer 95\% do tempo ou mais, a evidência para ele é tomada como estatisticamente significativa. Programas de computador existentes podem ser usados para analisar diferentes amostras bootstrap usando pesos nos caracteres, o peso de um caráter sendo quantas vezes ele foi extraído no resampleamento bootstrap. Quando todos os caracteres são perfeitamente compatíveis, como envisioned por Hennig, o resampleamento bootstrap torna-se desnecessário; o método bootstrap mostraria evidência significativa para um grupo se ele for definido por três ou mais caracteres.},
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@incollection{crossref1990primitive,
    title = "Chordados primitivos",
    year = "1990",
    booktitle = "Animals",
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    pages = "295-322"
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Artigo de Revista Filogenia como um Princípio Central na Taxonomia: Definições Filogenéticas de Nomes de Taxa Obter acesso Kevin de Queiroz, Kevin de Queiroz Departamento de Herpetologia, Academia de Ciências da CalifórniaGolden Gate Park, São Francisco, Califórnia 94118 Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic PubMed Google Scholar Jacques Gauthier Jacques Gauthier Departamento de Herpetologia, Academia de Ciências da CalifórniaGolden Gate Park, São Francisco, Califórnia 94118 Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic PubMed Google Scholar Systematic Biology, Volume 39, Issue 4, Dezembro 1990, Páginas 307–322, https://doi.org/10.2307/2992353 Publicado: 01 Dezembro 1990 Histórico do Artigo Recebido: 13 Fevereiro 1990 Aceito: 25 Junho 1990 Publicado: 01 Dezembro 1990

@article{doi1023072992353,
    author = "de Queiroz, Kevin e Gauthier, Jacques",
    title = "Filogenia como um Princípio Central na Taxonomia: Definições Filogenéticas de Nomes de Taxa",
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    journal = "Zoologia Sistemática",
    abstract = "Artigo de Revista Filogenia como um Princípio Central na Taxonomia: Definições Filogenéticas de Nomes de Taxa Obter acesso Kevin de Queiroz, Kevin de Queiroz Departamento de Herpetologia, Academia de Ciências da CalifórniaGolden Gate Park, São Francisco, Califórnia 94118 Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic PubMed Google Scholar Jacques Gauthier Jacques Gauthier Departamento de Herpetologia, Academia de Ciências da CalifórniaGolden Gate Park, São Francisco, Califórnia 94118 Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic PubMed Google Scholar Systematic Biology, Volume 39, Issue 4, Dezembro 1990, Páginas 307–322, https://doi.org/10.2307/2992353 Publicado: 01 Dezembro 1990 Histórico do Artigo Recebido: 13 Fevereiro 1990 Aceito: 25 Junho 1990 Publicado: 01 Dezembro 1990",
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@article{doi101038376479a0,
    author = "Carroll, Sean B.",
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@article{doi10103841710,
    author = "Shubin, Neil e Tabin, Cliff e Carroll, Sean B.",
    title = "Fósseis, genes e a evolução dos membros animais",
    year = "1997",
    journal = "Nature",
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    openalex = "W1601043516",
    references = "doi101002jez1401080304, doi1010160092867493906262, doi1010160092867493906273, doi1010160092867493906284, doi101016s0092867400811149, doi101017s0263593300006787, doi101038368208a0, doi101038376479a0, doi10108011035899509546213, doi101093aesa283408, doi101111j109636421995tb00110x, doi101111j109636421995tb00119x, doi101111j150239311996tb01839x, doi101126science2504981658, doi10182618200376605199601, doi1023072992562, doi1023073223017, doi105281zenodo16171435, doi107208chicago97802262565730010001"
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Os caracteres morfológicos (incluindo ultraestruturais) e de desenvolvimento utilizados na literatura recente são criticamente revisados como base para reavaliar as relações filogenéticas dos gastrópodes. O objetivo deste artigo é fornecer um quadro de caracteres para estudos futuros e uma hipótese filogenética testável. Esta é uma das primeiras tentativas de utilizar tais caracteres para avaliar as relações de todos os principais clados usando métodos de parcimônia. A análise utiliza 117 caracteres e inclui 40 táxons, predominantemente 'prosobrânquios'. Cinco táxons de grupo externo são incluídos, representando quatro grupos conchíferos e Polyplacophora. Dos 117 caracteres revisados e incluídos nas análises, nove são caracteres de concha (quatro desses são de estrutura de concha), dois operculares, dois musculares, quatro ctenidiais, 12 renopericárdicos e 24 reprodutivos (incluindo 17 baseados em espermatozoides e espermatogênese), 27 do sistema digestivo, 32 do sistema nervoso e órgãos sensoriais; o restante é de desenvolvimento (3) e do pé e glândula hipobrânquial. Na análise inicial, o conjunto de dados incluía uma mistura de caracteres binários e multiestados, com todos os caracteres desordenados. Esses dados também foram analisados após escalonamento, de modo que cada caractere tivesse peso igual. Um terceiro conjunto de dados foi construído no qual todos os caracteres foram codificados como caracteres binários. Essas análises resultaram em algumas transformações de caracteres implausíveis, principalmente envolvendo a recuperação de estruturas páliais perdidas. Análises adicionais foram executadas em todos os três conjuntos de dados após remover cinco caracteres que mostraram as transformações mais improváveis. Essas análises resultaram em topologias geralmente semelhantes. A robustez dos clados foi testada usando declínio de clados. A radiação adaptativa dos gastrópodes e seus traços de história de vida são brevemente descritos e discutidos e a terminologia para hermafroditismo simultâneo é refinada. Um cenário para a evolução da torção equiparado ao registro fóssil é proposto e os efeitos da torção e do enrolamento sobre os gastrópodes são discutidos, juntamente com a assimetria imposta por formas corporais em forma de lapa. Sugere-se que os primeiros gastrópodes eram ultradextrais. A ideia de que a heterocronia desempenhou um papel importante na evolução dos gastrópodes é desenvolvida e discutida, particularmente o carimbo paedomórfico imposto aos apogastropodes. As larvas velígeras dos caenogastropodes e heterobrânquios são contrastadas e encontradas diferirem em muitos aspectos. A evolução da plânctotrofia dentro dos gastrópodes é discutida. Hipóteses filogenéticas recentes para gastrópodes baseadas em dados moleculares estão geralmente em amplo acordo com os resultados atuais. Com base em nossas análises, discutimos os principais grupos monofiléticos dentro dos gastrópodes. Os gastrópodes parecem ser um clado monofilético e dividem-se em dois grupos primários, os Eogastropoda (incorporando os patellogastropodes e seus ancestrais (provavelmente enrolados sinistralmente) e os Orthogastropoda - o restante dos gastrópodes. Os Orthogastropoda compreendem vários clados bem definidos. O clado vetigastropode abrange a maioria dos grupos anteriormente incluídos no Archaeogastropoda parafilético (fissurellídeos, trocoideanos, scissureloideanos, halioroideanos pleurotomarioideanos), bem como lamas lepto-driloideanas e lepeteloideanas e seguenzidas. A localização dos táxons de fontes termais Peltospiridae e Neomphalidae varia com cada análise, provavelmente porque há uma falta de dados ultraestruturais para esses táxons e paralelismo em muitos caracteres. Eles ou formam um grupo parafilético ou monofilético na base dos vetigastropodes ou um clado com os neritopsíneos e cocculinoideanos. Os neritopsíneos (Neritoidea etc.) consistentemente formam um clado com as lamas cocculinoideanas, mas sua posição na árvore também difere dependendo do conjunto de dados usado e (no caso dos dados escalonados) se o conjunto completo de caracteres é usado ou não. Eles são ou a irmã do resto dos orthogastropodes ou dos apogastropodes. Os caenogastropodes [Mesogastropoda (+ grupos architaenioglossan) + Neogastropoda] são consistentemente monofiléticos, assim como os heterobrânquios ('Heterostropha' + Opisthobranchia + Pulmonata). Os caenogastropodes e heterobrânquios também formam um clado em todas as análises e o nome Apogastropoda é redefinido para abranger este grupo. Novos táxons são propostos, Sorbeoconcha para os caenogastropodes exclusivos dos táxons architaenioglossan, e Hypsogastropoda para os 'caenogastropodes superiores' – os Sorbeoconcha exclusivos dos Cerithioidea e Campaniloidea.

@article{doi101111j109636421997tb00137x,
    author = "Ponder, Winston F. and Lindberg, David R.",
    title = "Em direção a uma filogenia de moluscos gastrópodes: uma análise utilizando caracteres morfológicos",
    year = "1997",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Caracteres morfológicos (incluindo ultraestruturais) e de desenvolvimento utilizados na literatura recente são criticamente revisados como base para reavaliar as relações filogenéticas dos gastrópodes. O objetivo deste artigo é fornecer um quadro de caracteres para estudos futuros e uma hipótese filogenética testável. Esta é uma das primeiras tentativas de utilizar tais caracteres para avaliar as relações de todos os principais clados utilizando métodos de parcimônia. A análise utiliza 117 caracteres e inclui 40 táxons, predominantemente 'prosobrânquios'. Cinco táxons de grupo externo são incluídos, representando quatro grupos conchíferos e Polyplacophora. Dos 117 caracteres revisados e incluídos nas análises, nove são caracteres de concha (quatro destes são de estrutura de concha), dois operculares, dois musculares, quatro ctenidiais, 12 renopericárdicos e 24 reprodutivos (incluindo 17 baseados em espermatozoides e espermatogênese), 27 do sistema digestivo, 32 do sistema nervoso e órgãos sensoriais; o restante é de desenvolvimento (3) e do pé e glândula hipobrânquial. Na análise inicial, o conjunto de dados incluía uma mistura de caracteres binários e multiestados, com todos os caracteres desordenados. Estes dados também foram analisados após escalonamento para que cada caractere tivesse peso igual. Um terceiro conjunto de dados foi construído no qual todos os caracteres foram codificados como caracteres binários. Estas análises resultaram em algumas transformações de caractere implausíveis, principalmente envolvendo a recuperação de estruturas paliais perdidas. Análises adicionais foram executadas em todos os três conjuntos de dados após remover cinco caracteres mostrando as transformações mais improváveis. Estas análises resultaram em topologias geralmente similares. A robustez dos clados foi testada utilizando declínio de clado. A radiação adaptativa dos gastrópodes e suas características de história de vida são brevemente descritas e discutidas e a terminologia para hermafroditismo simultâneo refinada. Um cenário para a evolução da torção equiparado ao registro fóssil é proposto e os efeitos da torção e enrolamento sobre os gastrópodes são discutidos juntamente com a assimetria imposta por formas corporais em forma de lapa. Sugere-se que os primeiros gastrópodes eram ultradextrais. A ideia de que a heterocronia desempenhou um papel importante na evolução dos gastrópodes é desenvolvida e discutida, particularmente o carimbo paedomórfico imposto aos apogastropodes. As larvas velígeras dos caenogastropodes e heterobrânquios são contrastadas e encontraram-se diferir em muitos aspectos. A evolução da plânctotrofia dentro dos gastrópodes é discutida. Hipóteses filogenéticas recentes para gastrópodes baseadas em dados moleculares estão geralmente em amplo acordo com os resultados presentes. Com base em nossas análises, discutimos os principais grupos monofiléticos dentro dos gastrópodes. Os gastrópodes parecem ser um clado monofilético e dividem-se em dois grupos primários, os Eogastropoda (incorporando os patellogastropodes e seus ancestrais (provavelmente enrolados sinistralmente) e os Orthogastropoda - o restante dos gastrópodes. Os Orthogastropoda compreendem vários clados bem definidos. O clado vetigastropode abrange a maioria dos grupos anteriormente incluídos no Archaeogastropoda parafilético (fissurellídeos, trocoideanos, scissurelloideanos, halioroideanos pleurotomarioideanos) bem como lepto-driloideanos e lepetelloideanos lamas e seguenzidos. A localização dos táxons de fontes quentes Peltospiridae e Neomphalidae varia com cada análise, provavelmente porque há falta de dados ultraestruturais para estes táxons e paralelismo em muitos caracteres. Eles ou formam um grupo parafilético ou monofilético na base dos vetigastropodes ou um clado com os neritopsíneos e cocculinoideanos. Os neritopsíneos (Neritoidea etc.) consistentemente formam um clado com as lamas cocculinoideanas, mas sua posição na árvore também difere dependendo do conjunto de dados utilizado e (no caso dos dados escalonados) se o conjunto completo de caracteres é utilizado. Eles são ou a irmã do resto dos orthogastropodes ou dos apogastropodes. Os caenogastropodes [Mesogastropoda (+ grupos architaenioglossan) + Neogastropoda] são consistentemente monofiléticos assim como os heterobrânquios ('Heterostropha'+ Opisthobranchia + Pulmonata). Os caenogastropodes e heterobrânquios também formam um clado em todas as análises e o nome Apogastropoda é redefinido para abarcar este grupo. Novos táxons são propostos, Sorbeoconcha para os caenogastropodes exclusivos dos táxons architaenioglossan, e Hypsogastropoda para os 'caenogastropodes superiores' – os Sorbeoconcha exclusivos dos Cerithioidea e Campaniloidea.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-3642.1997.tb00137.x",
    doi = "10.1111/j.1096-3642.1997.tb00137.x",
    openalex = "W1971435248",
    references = "doi1010079781489957405, doi101007bf02537225, doi1010160012825272900724, doi1010160016003258902862, doi1010160305197885900559, doi101016b9780122825057500129, doi101017s0022336000021454, doi101017s0094837300006588, doi101017s0094837300012793, doi10110809504120610655222, doi101111j146363951995tb00988x, doi101111j1469185x1950tb00585x, doi101126science3277277, doi1023071292581, doi1023072412182, doi1023072992272, doi1023073225209, openalexw2264583994, openalexw2506868775, openalexw638862129, openalexw659399033"
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Resumo. A interpretação da evolução primitiva dos deuterostômios e das suas relações tem sido dificultada pela falta de preservação de partes moles na maioria dos grupos. Além disso, uma orientação de vida invertida recentemente revelada nos vertebrados (os únicos notoneurianos reais) em comparação com outros animais bilaterais foi mal interpretada como evidência de um desenho corporal único em todos os deuterostômios, desviando qualquer busca por parentes. Quanto aos equinodermos, a variedade de planos corporais é confusa. A interpretação de alguns fósseis com esqueletos de calcita do tipo equinodermo como ancestrais "calcichordate" dos cordados, no entanto, envolve uma reconstrução hipotética de um plano corporal incomum e uma longa série de transições hipotéticas. O número de etapas necessárias é muito menor se os cefalocordados (amfioxo ou anfioxo) forem derivados diretamente de enteropneustos hemi-cordados. "Interpretações sensacionalistas" de fósseis (Yunnanozoon, Cathaymyrus) de depósitos do tipo Burgess Shale adicionaram ainda mais confusão. A preservação de partes moles de animais conodontos, com miomeros em forma de V e um notocórdio, mostra que eles eram cordados segmentados, enquanto prováveis olhos e dentes sugerem que eles já estavam do lado dos vertebrados. doi: 10.1002/mmng.19980010106

@article{doi101002mmng19980010106,
    author = "Bergström, J. and Naumann, W. and Viehweg, J. and Martí-Mus, M.",
    title = "Conodontos, Calcicordados e a Origem dos Vertebrados",
    year = "1998",
    journal = "Registro Fóssil",
    abstract = "Resumo. A interpretação da evolução primitiva dos deuterostômios e suas relações tem sido dificultada pela falta de preservação de partes moles na maioria dos grupos. Além disso, uma orientação de vida invertida recentemente revelada nos vertebrados (os únicos notoneurianos reais) em comparação com outros animais bilaterais foi mal interpretada como evidência de um desenho corporal único em todos os deuterostômios, desviando qualquer busca por parentes. Quanto aos equinodermos, a variedade de planos corporais é confusa. A interpretação de alguns fósseis com esqueletos de calcita do tipo equinodermo como ancestrais "calcicordados" dos cordados, no entanto, envolve uma reconstrução hipotética de um plano corporal incomum e uma longa série de transições hipotéticas. O número de etapas necessárias é muito menor se os cefalocordados (amfioxo ou anfioxo) forem derivados diretamente de enteropneustos hemicordados. "Interpretações sensacionalistas" de fósseis (Yunnanozoon, Cathaymyrus) de depósitos do tipo Burgess Shale adicionaram ainda mais confusão. A preservação de partes moles de animais conodontos, com miomeros em forma de V e um notocórdio, mostra que eles eram cordados segmentados, enquanto prováveis olhos e dentes sugerem que eles já estavam do lado dos vertebrados. Die Interpretation fruher Deuterostomia hinsichtlich ihrer Evolution und verwandtschaftlichen Beziehungen ist in den meisten Gruppen durch den Mangel an Weichkorpererhaltung sehr erschwert. Die kurzlich entdeckte Tatsache, das Vertebraten, d. h. die einzigen echten Notoneuralia, im Gegensatz zu anderen bilateral symmetrischen Organismen eine mit ihrer ursprunglichen Oberseite nach unten gerichtete Lebensstellung einnehmen, hat zu der irrtumlichen Ansicht gefuhrt, das alle Deuostomia uber einen im Tierreich einzigartigen Bauplan verfugen. Diese Interpretation brachte naturgemas jede Suche nach Verwandtschaftsverhaltnissen auf Abwege. Hinsichtlich der Echinodermata ist die bauplanmasige Variation in der Tat verwirrend. Die Interpretation einiger Fossilien mit Echinodermen-ahnlichen Kalzitskeletten als "calcichordate" Vorfahren der Chordata setzt jedoch die hypothetische Rekonstruktion eines ungewohnlichen Bauplans sowie eine lange Serie hypothetischer Ubergange voraus. Die Anzahl der notwendigen Schritte ist sehr viel geringer. wenn Cephalochordaten (Amphioxus oder das Lanzettfischchen) von hemichordaten Enteropneusta abgeleitet werden. Zusatzliche Verwirrung hat es durch sensationelle Interpretationen von Fossilien, Wie Yunnanozoon und Cathaymyrus aus Burgess-Schiefer-artigen Ablagerungen gegeben. Weichkorpererhaltung von Conodontentieren, die V-formige Myomere sowie einen Notochord besitzen, zeigen, das es sich um segmentierte Chordata handelte, wahrend sie die Prasenz moglicher Augenstrukturen und Zahne bereits auf die Seite der Vertebraten stellt. doi: 10.1002/mmng.19980010106",
    url = "https://fr.copernicus.org/articles/1/81/1998/fr-1-81-1998.pdf",
    doi = "10.1002/MMNG.19980010106",
    is_oa = "true",
    number = "1",
    pages = "81-91",
    semanticscholar_citation_count = "20",
    semanticscholar_id = "f366bb142ee9180100c34ce2b6934f0ff4dc6d40",
    volume = "1"
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Por muito tempo assumiu-se que os filos bilaterianos existentes geralmente têm sua origem na explosão cambriana, quando aparecem em uma forma essencialmente moderna. Ambas essas suposições são questionáveis. Uma aplicação estrita dos conceitos de grupo caule e grupo coroa aos filos mostra que, embora os pontos de ramificação de muitos clados possam ter ocorrido no Cambriano Inferior ou antes, a aparência dos planos corporais modernos foi, na maioria dos casos, posterior: muito poucos filos bilaterianos sensu stricto têm representantes demonstráveis no Cambriano mais antigo. Dado que os pontos de ramificação iniciais de clados principais são um resultado inevitável da geometria da diversi®cação de clados, o fenômeno alegado de filos aparecendo cedo e permanecer morfologicamente estático é visto como não exigindo explicação particular. A confusão na de®nição de um filo levou, assim, a tentativas de explicar (especialmente sob uma perspectiva do desenvolvimento) um traço que é parcialmente inevitável, parcialmente ilusório. Discutimos criticamente modelos para a diversi®cação proterozóica baseados em pequeno tamanho corporal, capacidade de desenvolvimento limitada e má preservação e hábitos cripticos, e mostramos que a perspectiva de diversi®cação de linhagens ocorrendo cedo no Proterozóico pode ser vista como improvável com base tanto na parcimônia quanto na morfologia funcional. De fato, a combinação do registro fóssil corporal e de rasto demonstra uma diversi®cação progressiva até o fim do Proterozóico, bem no Cambriano e além, uma imagem consistente com planos corporais sendo montados durante este período. É provável que os caracteres do plano corporal tenham sido adquiridos monofileticamente na história dos bilaterianos, e é apresentado um modelo explicando a diversidade em apenas um deles, o celoma. Esta análise aponta para a necessidade de uma aplicação cuidadosa da metodologia sistemática antes que se busquem explicações para alegados padrões de restrição e ¯fexibilidade.

@article{doi101017s000632310000548x,
    author = "Budd, Graham E. and Jensen, Sören",
    title = "A critical reappraisal of the fossil record of the bilaterian phyla",
    year = "2000",
    journal = "Biological reviews/Revisões biológicas da Sociedade Filosófica de Cambridge",
    abstract = "Por muito tempo assumiu-se que os filos bilaterianos existentes geralmente têm sua origem na explosão cambriana, quando aparecem em uma forma essencialmente moderna. Ambas essas suposições são questionáveis. Uma aplicação estrita dos conceitos de grupo caule e grupo coroa aos filos mostra que, embora os pontos de ramificação de muitos clados possam ter ocorrido no Cambriano Inferior ou antes, a aparência dos planos corporais modernos foi, na maioria dos casos, posterior: muito poucos filos bilaterianos sensu stricto têm representantes demonstráveis no Cambriano mais antigo. Dado que os pontos de ramificação iniciais de clados principais são um resultado inevitável da geometria da diversi®cação de clados, o fenômeno alegado de filos aparecendo cedo e permanecer morfologicamente estático é visto como não exigindo explicação particular. A confusão na de®nição de um filo levou, assim, a tentativas de explicar (especialmente sob uma perspectiva do desenvolvimento) um traço que é parcialmente inevitável, parcialmente ilusório. Discutimos criticamente modelos para a diversi®cação proterozóica baseados em pequeno tamanho corporal, capacidade de desenvolvimento limitada e má preservação e hábitos cripticos, e mostramos que a perspectiva de diversi®cação de linhagens ocorrendo cedo no Proterozóico pode ser vista como improvável com base tanto na parcimônia quanto na morfologia funcional. De fato, a combinação do registro fóssil corporal e de rasto demonstra uma diversi®cação progressiva até o fim do Proterozóico, bem no Cambriano e além, uma imagem consistente com planos corporais sendo montados durante este período. É provável que os caracteres do plano corporal tenham sido adquiridos monofileticamente na história dos bilaterianos, e é apresentado um modelo explicando a diversidade em apenas um deles, o celoma. Esta análise aponta para a necessidade de uma aplicação cuidadosa da metodologia sistemática antes que se busquem explicações para alegados padrões de restrição e ¯fexibilidade.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s000632310000548x",
    doi = "10.1017/s000632310000548x",
    openalex = "W2148377177",
    references = "doi101002aja1002030302, doi101002jmor1050540103, doi101017s0022336000024963, doi101017s0094837300012793, doi101017s009483730001681x, doi10103835318, doi101038361490a0, doi101038377720a0, doi101038382127a0, doi101038387489a0, doi10103846965, doi101098rstb19780005, doi101098rstb19790006, doi101098rstb19950029, doi101111j109583121996tb01693x, doi101111j109600311991tb00045x, doi101111j146363951991tb00312x, doi101111j146363951995tb00988x, doi101111j146364091991tb00303x, doi101111j1469185x1988tb00631x, doi101111j150239311975tb01311x, doi101111j150239311990tb01373x, doi101111j150239311998tb00509x, doi101126science28354091919, doi101126science28454232129, doi101126science7886451, doi101139e87124, doi101508300037918, doi101826182003741571989, doi101826182003769311997, doi1023073515360, doi1023073515362, doi1023073515363, doi105281zenodo16238847, dzik1988the, openalexw2055967869, openalexw2598873191, openalexw2754161204"
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O insight sobre a origem e a evolução inicial dos filos animais requer uma compreensão de como os grupos animais estão relacionados entre si. Assim, propusemos explorar a filogenia animal analisando, com parcimônia máxima, 138 caracteres morfológicos de 40 grupos metazoários e 304 sequências de 18S rDNA, tanto separadamente quanto juntas. Ambos os tipos de dados concordam em que os artrópodes não estão estreitamente relacionados aos anelídeos: o primeiro grupo com os nematoides e outros animais que mudam de pele (Ecdysozoa), e o segundo grupo com os moluscos e outros táxons com clivagem espiral. Além disso, nem os brachiopodes nem os chaetognaths se agrupam com os deuterostômios; os brachiopodes estão aliados aos moluscos e anelídeos (Lophotrochozoa), enquanto os chaetognaths estão aliados aos ecdisozoários. A discordância principal entre os dois tipos de dados diz respeito à raiz dos bilaterianos e ao táxon-irmão dos bilaterianos. A morfologia sugere que a raiz está entre os deuterostômios e os protostômios, com os ctenóforos sendo o grupo-irmão dos bilaterianos, enquanto o 18S rDNA sugere que a raiz está dentro dos Lophotrochozoa, com as planárias acoeladas e os gnathostomulídeos como bilaterianos basais, e com os cnidários sendo o grupo-irmão dos bilaterianos. Sugerimos que esta posição basal dos acoelados e gnathostomulídeos é artefactual porque, em 1.000 análises filogenéticas replicadas com uma sequência aleatória como grupo externo, a maioria das raízes tem uma planária acoelada ou um gnathostomulídeo como linhagem ingroup basal. Quando esses táxons problemáticos são eliminados da matriz, a análise combinada sugere que a raiz está entre os deuterostômios e os protostômios, e Ctenophora é o grupo-irmão dos bilaterianos. Sugerimos que, porque os chaetognaths e lophophorates, táxons tradicionalmente aliados aos deuterostômios, ocupam posições basais dentro de seus respectivos clados protostomianos, a deuterostomia provavelmente representa um conjunto de caracteres plesiomórficos para os bilaterianos.

@article{doi101046j1525142x2001003003170x,
    author = "Peterson, Kevin J. and Eernisse, Douglas J.",
    title = "Animal phylogeny and the ancestry of bilaterians: inferences from morphology and 18S rDNA gene sequences",
    year = "2001",
    journal = "Evolution \& Development",
    abstract = "Insight into the origin and early evolution of the animal phyla requires an understanding of how animal groups are related to one another. Thus, we set out to explore animal phylogeny by analyzing with maximum parsimony 138 morphological characters from 40 metazoan groups, and 304 18S rDNA sequences, both separately and together. Both types of data agree that arthropods are not closely related to annelids: the former group with nematodes and other molting animals (Ecdysozoa), and the latter group with molluscs and other taxa with spiral cleavage. Furthermore, neither brachiopods nor chaetognaths group with deuterostomes; brachiopods are allied with the molluscs and annelids (Lophotrochozoa), whereas chaetognaths are allied with the ecdysozoans. The major discordance between the two types of data concerns the rooting of the bilaterians, and the bilaterian sister-taxon. Morphology suggests that the root is between deuterostomes and protostomes, with ctenophores the bilaterian sister-group, whereas 18S rDNA suggests that the root is within the Lophotrochozoa with acoel flatworms and gnathostomulids as basal bilaterians, and with cnidarians the bilaterian sister-group. We suggest that this basal position of acoels and gnathostomulids is artifactal because for 1,000 replicate phylogenetic analyses with one random sequence as outgroup, the majority root with an acoel flatworm or gnathostomulid as the basal ingroup lineage. When these problematic taxa are eliminated from the matrix, the combined analysis suggests that the root lies between the deuterostomes and protostomes, and Ctenophora is the bilaterian sister-group. We suggest that because chaetognaths and lophophorates, taxa traditionally allied with deuterostomes, occupy basal positions within their respective protostomian clades, deuterostomy most likely represents a suite of characters plesiomorphic for bilaterians.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1525-142x.2001.003003170.x",
    doi = "10.1046/j.1525-142x.2001.003003170.x",
    openalex = "W2128919173",
    references = "burdonjones1952development, doi1010079789401149044, doi101016b9780122825057x50015, doi101017s0022336000059977, doi10103821631, doi101038387489a0, doi101073pnas972111359, doi101073pnas9794469, doi101093oxfordjournalsmolbeva026241, doi101093oxfordjournalsmolbeva040071, doi101098rspb20001111, doi101098rstb19940059, doi101098rstb19950029, doi101111j109600311995tb00092x, doi101111j109600311998tb00338x, doi101111j109600311999tb00277x, doi101111j109600311999tb00278x, doi101111j146363951991tb00312x, doi101111j146364091997tb00412x, doi101111j1469185x1988tb00631x, doi101111j150239311995tb01591x, doi101111j155856461985tb00420x, doi101111j155856461988tb02497x, doi101126science28354091919, doi101126science2905493972, doi101126science7886451, doi105860choice334500, doi105860choice501469, openalexw654005152, openalexw659399033"
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Biólogos evolutivos adotaram modelos simples de verossimilhança para fins de estimar estados ancestrais e avaliar a independência de caracteres em filogenias especificadas; no entanto, para fins de estimar filogenias usando dados morfológicos discretos, a parcimônia máxima permanece sendo a única opção. Este artigo explora a possibilidade de usar modelos de Markov padrão e bem-comportados para estimar filogenias morfológicas (incluindo comprimentos de ramos) sob o critério de verossimilhança. Uma modificação importante dos modelos de Markov padrão envolve tornar a verossimilhança condicional aos caracteres serem variáveis, porque caracteres constantes estão ausentes em conjuntos de dados morfológicos. Sem esta modificação, os comprimentos de ramos são frequentemente superestimados, resultando em potenciais vieses sérios na seleção de topologia da árvore. Várias novas frentes de pesquisa são abertas por uma abordagem explicitamente baseada em modelo para análise filogenética de dados morfológicos discretos, incluindo análises de verossimilhança de dados combinados (morfologia + dados de sequência), testes de razão de verossimilhança e análises Bayesianas.

@article{doi101080106351501753462876,
    author = "Lewis, Paul O.",
    title = "Uma Abordagem de Verossimilhança para Estimar Filogenia a partir de Dados de Caracteres Morfológicos Discretos",
    year = "2001",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Biólogos evolutivos adotaram modelos simples de verossimilhança para fins de estimar estados ancestrais e avaliar a independência de caracteres em filogenias especificadas; no entanto, para fins de estimar filogenias usando dados morfológicos discretos, a parcimônia máxima permanece sendo a única opção. Este artigo explora a possibilidade de usar modelos de Markov padrão e bem-comportados para estimar filogenias morfológicas (incluindo comprimentos de ramos) sob o critério de verossimilhança. Uma modificação importante dos modelos de Markov padrão envolve tornar a verossimilhança condicional aos caracteres serem variáveis, porque caracteres constantes estão ausentes em conjuntos de dados morfológicos. Sem esta modificação, os comprimentos de ramos são frequentemente superestimados, resultando em potenciais vieses sérios na seleção de topologia da árvore. Várias novas frentes de pesquisa são abertas por uma abordagem explicitamente baseada em modelo para análise filogenética de dados morfológicos discretos, incluindo análises de verossimilhança de dados combinados (morfologia + dados de sequência), testes de razão de verossimilhança e análises Bayesianas.",
    url = "https://doi.org/10.1080/106351501753462876",
    doi = "10.1080/106351501753462876",
    openalex = "W2122082385",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi101007bf02338839, doi101016b9781483232119500097, doi101093oxfordjournalsmolbeva025811, doi101093oxfordjournalsmolbeva026160, doi101098rspb19940006, doi1012019781003456285, openalexw2994240441"
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Como disciplina, a filogenética está sendo transformada por uma enxurrada de dados moleculares. Esses dados permitem que perguntas amplas sejam feitas sobre a história da vida, mas também apresentam problemas estatísticos e computacionais difíceis. A inferência bayesiana de filogenia traz uma nova perspectiva para uma série de questões em aberto na evolução, incluindo a análise de grandes árvores filogenéticas e modelos evolutivos complexos e a detecção da pegada da seleção natural em sequências de DNA.

@article{doi101126science1065889,
    author = "Huelsenbeck, John P. e Ronquist, Fredrik e Nielsen, Rasmus e Bollback, Jonathan P.",
    title = "Inferência Bayesiana de Filogenia e Seu Impacto na Evolução",
    year = "2001",
    journal = "Science",
    abstract = "Como disciplina, a filogenética está sendo transformada por uma enxurrada de dados moleculares. Esses dados permitem que perguntas amplas sejam feitas sobre a história da vida, mas também apresentam problemas estatísticos e computacionais difíceis. A inferência bayesiana de filogenia traz uma nova perspectiva para uma série de questões em aberto na evolução, incluindo a análise de grandes árvores filogenéticas e modelos evolutivos complexos e a detecção da pegada da seleção natural em sequências de DNA.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1065889",
    doi = "10.1126/science.1065889",
    openalex = "W2141913814",
    references = "doi101093bioinformatics178754, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi1023072412923"
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@article{doi101016s1055790302003329,
    author = "Miya, Masaki e Takeshima, Hirohiko e Endo, Hiromitsu e Ishiguro, Naoya B. e Inoue, Jun e Mukai, Takahiko e Satoh, Takashi e Yamaguchi, Motoomi e Kawaguchi, Akira e Mabuchi, Kohji e Shirai, Shigeru e Nishida, Mutsumi",
    title = "Padrões principais de filogenias de teleósteos superiores: uma nova perspectiva baseada em 100 sequências completas de DNA mitocondrial",
    year = "2002",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/s1055-7903(02)00332-9",
    doi = "10.1016/s1055-7903(02)00332-9",
    openalex = "W2170114989",
    references = "applegate1967phyletic, bonde1974interrelationships, doi101007bf00160154, doi101016s0016699588800664, doi101093bioinformatics149817, doi101093oxfordjournalsmolbeva003741, doi101111j109600311996tb00196x, doi101111j109600311999tb00277x, doi101111j155856461982tb05453x, doi101111j155856461983tb05533x, doi101111j155856461988tb02497x, doi101146annureven10010165000525, doi1023071375442, doi1023071437499, doi1023071444873, doi1023073514548, openalexw571605905"
}

O aumento no número de grandes conjuntos de dados e a complexidade dos atuais modelos probabilísticos de evolução de sequências exigem métodos rápidos e confiáveis de reconstrução de filogenia. Descrevemos uma nova abordagem, baseada no princípio da verossimilhança máxima, que claramente satisfaz esses requisitos. O núcleo deste método é um algoritmo simples de subida de morro que ajusta simultaneamente a topologia da árvore e os comprimentos dos ramos. Este algoritmo começa com uma árvore inicial construída por um método rápido baseado em distância e modifica esta árvore para melhorar sua verossimilhança em cada iteração. Devido a este ajuste simultâneo da topologia e dos comprimentos dos ramos, apenas algumas iterações são suficientes para alcançar um ótimo. Usamos simulações computacionais extensas e realistas para mostrar que a precisão topológica deste novo método é pelo menos tão alta quanto a dos programas existentes de verossimilhança máxima e muito superior ao desempenho das abordagens baseadas em distância e parcimônia. A redução do tempo de computação é dramática em comparação com outros pacotes de verossimilhança máxima, enquanto a capacidade de maximização da verossimilhança tende a ser maior. Por exemplo, foram necessários apenas 12 minutos em um computador pessoal padrão para analisar um conjunto de dados consistindo de 500 sequências de rbcL com 1.428 pares de bases de plastídeos vegetais, alcançando assim uma velocidade da mesma ordem de grandeza de alguns algoritmos populares baseados em distância e parcimônia. Este novo método é implementado no programa PHYML, que está disponível gratuitamente em nossa página da web: http://www.lirmm.fr/w3ifa/MAAS/.

@article{doi10108010635150390235520,
    author = "Guindon, Stéphane e Gascuel, Olivier",
    title = "Um Algoritmo Simples, Rápido e Preciso para Estimar Filogenias Grandes por Verossimilhança Máxima",
    year = "2003",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "O aumento no número de grandes conjuntos de dados e a complexidade dos atuais modelos probabilísticos de evolução de sequências exigem métodos rápidos e confiáveis de reconstrução de filogenia. Descrevemos uma nova abordagem, baseada no princípio da verossimilhança máxima, que claramente satisfaz esses requisitos. O núcleo deste método é um algoritmo simples de subida de morro que ajusta simultaneamente a topologia da árvore e os comprimentos dos ramos. Este algoritmo começa com uma árvore inicial construída por um método rápido baseado em distância e modifica esta árvore para melhorar sua verossimilhança em cada iteração. Devido a este ajuste simultâneo da topologia e dos comprimentos dos ramos, apenas algumas iterações são suficientes para alcançar um ótimo. Usamos simulações computacionais extensas e realistas para mostrar que a precisão topológica deste novo método é pelo menos tão alta quanto a dos programas existentes de verossimilhança máxima e muito superior ao desempenho das abordagens baseadas em distância e parcimônia. A redução do tempo de computação é dramática em comparação com outros pacotes de verossimilhança máxima, enquanto a capacidade de maximização da verossimilhança tende a ser maior. Por exemplo, foram necessários apenas 12 minutos em um computador pessoal padrão para analisar um conjunto de dados consistindo de 500 sequências de rbcL com 1.428 pares de bases de plastídeos vegetais, alcançando assim uma velocidade da mesma ordem de grandeza de alguns algoritmos populares baseados em distância e parcimônia. Este novo método é implementado no programa PHYML, que está disponível gratuitamente em nossa página da web: http://www.lirmm.fr/w3ifa/MAAS/.",
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150390235520",
    doi = "10.1080/10635150390235520",
    openalex = "W2103546861",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf01731581, doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi101016b9781483232119500097, doi101093bioinformatics178754, doi101093oxfordjournalsmolbeva025664, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101093oxfordjournalsmolbeva040454, doi101111j155856461985tb00420x, openalexw2002446259, openalexw2170120409, openalexw2994240441, openalexw3199943451, openalexw3217097258"
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@article{doi101038nature05241,
    author = "Bourlat, Sarah J. e Juliusdottir, Thorhildur e Lowe, Christopher J. e Freeman, Robert M. e Aronowicz, Jochanan e Kirschner, Mark e Lander, Eric S. e Thorndyke, Michael C. e Nakano, Hiroaki e Kohn, Andrea B. e Heyland, Andreas e Moroz, Leonid L. e Copley, Richard R. e Telford, Maximilian J.",
    title = "Filogenia deuterostoma revela cordados monofiléticos e o novo filo Xenoturbellida",
    year = "2006",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature05241",
    doi = "10.1038/nature05241",
    openalex = "W2062955619",
    references = "doi101016s0092867403004690, doi101038nature01851, doi101038nature02975, doi101038nature04336, doi101073pnas972111359, doi10108010635150500234583, doi101093molbevmsi111, doi101093molbevmsj055, doi101093sysbio274401, doi101126science28354091919, doi101126science7886451, doi101139z04158, doi1023072412923"
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Comparamos o desenvolvimento dorsoventral de hemi-cordados e cordados para deduzir a organização de seu ancestral comum e, assim, identificar as modificações evolutivas do eixo corporal dos cordados após a divergência das linhagens. No embrião de hemi-cordado, genes que codificam proteínas morfogenéticas ósseas (Bmp) 2/4 e 5/8, bem como vários genes para moduladores da atividade de Bmp, são expressos em uma fina faixa de ectoderma em uma linha média, historicamente chamada de "dorsal". Na linha média oposta, são expressos os genes que codificam Chordin e proteína morfogenética anti-dorsalizante (Admp). Assim, encontramos um eixo de desenvolvimento Bmp-Chordin que precede e subjaz ao eixo dorsoventral anatômico dos hemi-cordados, adicionando evidências vindas de Drosophila e cordados de que este eixo pode ser pelo menos tão antigo quanto os primeiros animais bilaterais. Vários genes que codificam fatores de transcrição e ligantes de sinalização são expressos nas três camadas germinativas de embriões de hemi-cordados em domínios dorsoventrais distintos, como pox neuro, pituitary homeobox, distalless e tbx2/3 no lado Bmp e netrin, mnx, mox e single-minded no lado Chordin-Admp. Quando expomos o embrião a proteína Bmp em excesso, ou quando depleta o Bmp endógeno por injeções de RNA de interferência, esses domínios de expressão expandem ou contraem, refletindo sua ativação ou repressão por Bmp, e os embriões desenvolvem-se como formas limites dorsalizadas ou ventralizadas. O padrão dorsoventral é independente do padrão anterior/posterior, como em Drosophila, mas não em cordados. Diferentemente tanto dos cordados quanto de Drosophila, a expressão gênica neural em hemi-cordados não é reprimida por altos níveis de Bmp, consistente com o desenvolvimento de um sistema nervoso difuso em vez de centralizado. Sugerimos que o ancestral comum de hemi-cordados e cordados não usou seu eixo Bmp-Chordin para segregarem ectoderma epidérmico e neural, mas para padronizar muitos outros aspectos dorsoventrais das camadas germinativas, incluindo destinos celulares neurais dentro de um sistema nervoso difuso. Consequentemente, a centralização foi adicionada na linhagem dos cordados pela segregação neural-epidérmica, mediada pelo eixo Bmp-Chordin pré-existente. Finalmente, como os hemi-cordados desenvolvem a boca no lado não-Bmp, como artrópodes, mas oposto aos cordados, a boca e o eixo Bmp-Chordin podem ter se rearranjado na linhagem dos cordados, um em relação ao outro.

@article{doi101371journalpbio0040291,
    author = "Lowe, Christopher J. and Terasaki, Mark and Wu, Michael and Freeman, Robert M. and Runft, Linda L. and Kwan, Kristen M. and Haigo, Saori L. and Aronowicz, Jochanan and Lander, Eric S. and Gruber, Chris and Smith, Mark A. and Kirschner, Marc W. and Gerhart, John C.",
    title = "Padronização Dorsoventral em Hemi-cordados: Insights sobre a Evolução Inicial dos Cordados",
    year = "2006",
    journal = "PLoS Biology",
    abstract = {Comparamos o desenvolvimento dorsoventral de hemi-cordados e cordados para deduzir a organização de seu ancestral comum e, assim, identificar as modificações evolutivas do eixo corporal dos cordados após a divergência das linhagens. No embrião de hemi-cordado, genes que codificam proteínas morfogenéticas ósseas (Bmp) 2/4 e 5/8, bem como vários genes para moduladores da atividade de Bmp, são expressos em uma fina faixa de ectoderma em uma linha média, historicamente chamada de "dorsal". Na linha média oposta, são expressos os genes que codificam Chordin e proteína morfogenética anti-dorsalizante (Admp). Assim, encontramos um eixo de desenvolvimento Bmp-Chordin que precede e subjaz ao eixo dorsoventral anatômico dos hemi-cordados, adicionando evidências vindas de Drosophila e cordados de que este eixo pode ser pelo menos tão antigo quanto os primeiros animais bilaterais. Vários genes que codificam fatores de transcrição e ligantes de sinalização são expressos nas três camadas germinativas de embriões de hemi-cordados em domínios dorsoventrais distintos, como pox neuro, pituitary homeobox, distalless e tbx2/3 no lado Bmp e netrin, mnx, mox e single-minded no lado Chordin-Admp. Quando expomos o embrião a proteína Bmp em excesso, ou quando depleta o Bmp endógeno por injeções de RNA de interferência, esses domínios de expressão expandem ou contraem, refletindo sua ativação ou repressão por Bmp, e os embriões desenvolvem-se como formas limites dorsalizadas ou ventralizadas. O padrão dorsoventral é independente do padrão anterior/posterior, como em Drosophila, mas não em cordados. Diferentemente tanto dos cordados quanto de Drosophila, a expressão gênica neural em hemi-cordados não é reprimida por altos níveis de Bmp, consistente com o desenvolvimento de um sistema nervoso difuso em vez de centralizado. Sugerimos que o ancestral comum de hemi-cordados e cordados não usou seu eixo Bmp-Chordin para segregarem ectoderma epidérmico e neural, mas para padronizar muitos outros aspectos dorsoventrais das camadas germinativas, incluindo destinos celulares neurais dentro de um sistema nervoso difuso. Consequentemente, a centralização foi adicionada na linhagem dos cordados pela segregação neural-epidérmica, mediada pelo eixo Bmp-Chordin pré-existente. Finalmente, como os hemi-cordados desenvolvem a boca no lado não-Bmp, como artrópodes, mas oposto aos cordados, a boca e o eixo Bmp-Chordin podem ter se rearranjado na linhagem dos cordados, um em relação ao outro.},
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0040291",
    doi = "10.1371/journal.pbio.0040291",
    openalex = "W2129829180",
    references = "doi101007s004270050225, doi1010160092867493906273, doi1010160092867494904219, doi1010160092867494905142, doi1010160092867495902767, doi101016jgde200506004, doi101016s009286740081795x, doi101016s0092867403004690, doi10103835049541, doi101038nature01851, doi101038nature02415, doi101038nrn1175, openalexw1809736813, openalexw659399033"
}

Nos últimos anos, a sistemática aviar tem sido caracterizada por uma menor dependência da cladística morfológica de táxons modernos, pesquisa paleornitológica intensiva estimulada por novas descobertas e uma inundação de análises baseadas em sequências de DNA. Infelizmente, em contraste com insights significativos sobre as origens basais, o panorama geral da filogenia neornitina permanece em grande parte não resolvido. Estudos morfológicos têm enfatizado caracteres úteis em contextos paleontológicos. Estudos moleculares, após o desencanto com o trabalho pioneiro, mas não cladístico, de Sibley e Ahlquist, diferiram marcadamente uns dos outros e dos trabalhos morfológicos tanto em métodos quanto em resultados. Consequentemente, no início do milênio, os pontos de acordo robusto entre as escolas concernentes à filogenia de ordem superior dos Neornithes foram limitados aos dois grupos basais e a vários grupos primários de nível intermediário. Este artigo descreve uma análise filogenética (cladística) de 150 táxons de Neornithes, incluindo exemplares de todas as famílias não passeriformes, e representantes subordinais dos Passeriformes. Trinta e cinco táxons de grupo externo, abrangendo Crocodylia, predominantemente Dinosauria terópodes, e aves selecionadas do Mesozoico, foram utilizados para enraizar as árvores. Com base no estudo de espécimes e na literatura, foram definidos 2954 caracteres morfológicos; estes caracteres foram descritos em um trabalho companheiro, aproximadamente um terço dos quais foram multiestados (ou seja, compreendiam pelo menos três estados), e os estados dentro de mais da metade destes caracteres multiestados foram ordenados para análise. Buscas heurísticas completas usando 10 000 réplicas de adição aleatória recuperaram um conjunto total de soluções de 97 árvores mais parcimoniosas e bem resolvidas (MPTs). O conjunto de MPTs foi confirmado por uma busca heurística expandida baseada em 10 000 réplicas de adição aleatória e uma exploração completa com ratchet-aumentado para ascertainment de ótimos globais. Uma árvore de consenso estrito de MPTs incluiu apenas seis tricotomias, ou seja, nós que diferem topologicamente entre as MPTs. Porcentagens de bootstrap (baseadas em 10 000 réplicas) e índices de suporte minimizados por ratchet (Bremer) indicaram que a maioria dos nós é robusta. Várias aves Neornithes fósseis (por exemplo, Dinornithiformes, Aepyornithiformes) foram posicionadas dentro do grupo interno a posteriori, seja através de buscas heurísticas não restritas baseadas na matriz completa aumentada por estes táxons separadamente ou usando restrições de backbone. A análise confirmou a topologia entre os terópodes do grupo externo e alcançou resolução robusta em praticamente todos os níveis dos Neornithes. As descobertas incluíram a monofilia das aves paleognatas, compreendendo os táxons irmãos Tinamiformes e ratitas, respectivamente, e os Anseriformes e Galliformes como grupos irmãos monofiléticos, formando juntos o grupo irmão de outros Neornithes exclusivos dos Paleognathae (Neoaves). Inferências notáveis incluem: (i) o grupo irmão das Neoaves remanescentes compreende uma diversidade de aves marinhas e nadadoras; (ii) Podicipedidae são o grupo irmão de Gaviidae, e não estão intimamente relacionados com os Phoenicopteridae, como recentemente sugerido; (iii) os tradicionais Pelecaniformes, incluindo o balaeniceps (Balaeniceps rex) como táxon irmão de outros membros, são monofiléticos; (iv) os tradicionais Ciconiiformes são monofiléticos; (v) Strigiformes e Falconiformes são grupos irmãos; (vi) Cathartidae é o grupo irmão dos Falconiformes remanescentes; (vii) Ralliformes (Rallidae e Heliornithidae) são o grupo irmão dos Charadriiformes monofiléticos, com os tradicionalmente compostos Gruiformes e Turniciformes (Turnicidae e Mesitornithidae) sequencialmente parafiléticos em relação a todo o clade anterior; (viii) Opisthocomus hoazin é o táxon irmão dos Cuculiformes (incluindo os Musophagidae); (ix) os tradicionais Caprimulgiformes são monofiléticos e o grupo irmão dos Apodiformes; (x) Trogoniformes são o grupo irmão dos Coliiformes; (xi) Coraciiformes, Piciformes e Passeriformes são mutuamente monofiléticos e intimamente relacionados; e (xii) os Galbulae são mantidos dentro dos Piciformes. As porções não resolvidas dos Neornithes (nós com mais de uma solução mais parcimoniosa) compreendem três partes da árvore: (a) vários nós interfamiliares dentro dos Charadriiformes; (b) uma tricotomia compreendendo (i) Psittaciformes, (ii) Columbiformes e (iii) Trogonomorphae (Trogoniformes, Coliiformes) + Passerimorphae (Coraciiformes, Piciformes, Passeriformes); e (c) uma tricotomia compreendendo os Coraciiformes, Piciformes e Passeriformes. As poliotomias remanescentes foram entre os grupos externos, embora vários dos nós de ordem superior tenham sido apenas marginalmente suportados; no entanto, a maioria dos nós foi resolvida e atendeu ou superou os padrões convencionais de suporte. Comparações quantitativas com hipóteses alternativas, exame de caracteres altamente suportados e diagnósticos para táxons de ordem superior, correspondências com estudos anteriores, complementaridade e diferenças filosóficas com a filogenética paleontológica, promessas e desafios da paleogeografia e calibração das taxas evolutivas de aves, e classes de evidências promissoras e direções futuras de estudo são revisadas. A homologia, aplicada a exemplos aviares de aparentes homólogos, é considerada em termos de teoria recente, e uma classificação anotada revisada de táxons de ordem superior de Neornithes e outros terópodes intimamente relacionados é proposta. (c) 2007 The Linnean Society of London, Zoological Journal of the Linnean Society, 2007, 149, 1-95.

@article{doi101111j10963642200600293x,
    author = "Livezey, Bradley C. and Zusi, Richard L.",
    title = "Higher-order phylogeny of modern birds (Theropoda, Aves: Neornithes) based on comparative anatomy. II. Analysis and discussion",
    year = "2007",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "In recent years, avian systematics has been characterized by a diminished reliance on morphological cladistics of modern taxa, intensive palaeornithogical research stimulated by new discoveries and an inundation by analyses based on DNA sequences. Unfortunately, in contrast to significant insights into basal origins, the broad picture of neornithine phylogeny remains largely unresolved. Morphological studies have emphasized characters of use in palaeontological contexts. Molecular studies, following disillusionment with the pioneering, but non-cladistic, work of Sibley and Ahlquist, have differed markedly from each other and from morphological works in both methods and findings. Consequently, at the turn of the millennium, points of robust agreement among schools concerning higher-order neornithine phylogeny have been limited to the two basalmost and several mid-level, primary groups. This paper describes a phylogenetic (cladistic) analysis of 150 taxa of Neornithes, including exemplars from all non-passeriform families, and subordinal representatives of Passeriformes. Thirty-five outgroup taxa encompassing Crocodylia, predominately theropod Dinosauria, and selected Mesozoic birds were used to root the trees. Based on study of specimens and the literature, 2954 morphological characters were defined; these characters have been described in a companion work, approximately one-third of which were multistate (i.e. comprised at least three states), and states within more than one-half of these multistate characters were ordered for analysis. Complete heuristic searches using 10 000 random-addition replicates recovered a total solution set of 97 well-resolved, most-parsimonious trees (MPTs). The set of MPTs was confirmed by an expanded heuristic search based on 10 000 random-addition replicates and a full ratchet-augmented exploration to ascertain global optima. A strict consensus tree of MPTs included only six trichotomies, i.e. nodes differing topologically among MPTs. Bootstrapping (based on 10 000 replicates) percentages and ratchet-minimized support (Bremer) indices indicated most nodes to be robust. Several fossil Neornithes (e.g. Dinornithiformes, Aepyornithiformes) were placed within the ingroup a posteriori either through unconstrained, heursitic searches based on the complete matrix augmented by these taxa separately or using backbone-constraints. Analysis confirmed the topology among outgroup Theropoda and achieved robust resolution at virtually all levels of the Neornithes. Findings included monophyly of the palaeognathous birds, comprising the sister taxa Tinamiformes and ratites, respectively, and the Anseriformes and Galliformes as monophyletic sister-groups, together forming the sister-group to other Neornithes exclusive of the Palaeognathae (Neoaves). Noteworthy inferences include: (i) the sister-group to remaining Neoaves comprises a diversity of marine and wading birds; (ii) Podicipedidae are the sister-group of Gaviidae, and not closely related to the Phoenicopteridae, as recently suggested; (iii) the traditional Pelecaniformes, including the shoebill (Balaeniceps rex) as sister-taxon to other members, are monophyletic; (iv) traditional Ciconiiformes are monophyletic; (v) Strigiformes and Falconiformes are sister-groups; (vi) Cathartidae is the sister-group of the remaining Falconiformes; (vii) Ralliformes (Rallidae and Heliornithidae) are the sister-group to the monophyletic Charadriiformes, with the traditionally composed Gruiformes and Turniciformes (Turnicidae and Mesitornithidae) sequentially paraphyletic to the entire foregoing clade; (viii) Opisthocomus hoazin is the sister-taxon to the Cuculiformes (including the Musophagidae); (ix) traditional Caprimulgiformes are monophyletic and the sister-group of the Apodiformes; (x) Trogoniformes are the sister-group of Coliiformes; (xi) Coraciiformes, Piciformes and Passeriformes are mutually monophyletic and closely related; and (xii) the Galbulae are retained within the Piciformes. Unresolved portions of the Neornithes (nodes having more than one most-parsimonious solution) comprised three parts of the tree: (a) several interfamilial nodes within the Charadriiformes; (b) a trichotomy comprising the (i) Psittaciformes, (ii) Columbiformes and (iii) Trogonomorphae (Trogoniformes, Coliiformes) + Passerimorphae (Coraciiformes, Piciformes, Passeriformes); and (c) a trichotomy comprising the Coraciiformes, Piciformes and Passeriformes. The remaining polytomies were among outgroups, although several of the highest-order nodes were only marginally supported; however, the majority of nodes were resolved and met or surpassed conventional standards of support. Quantitative comparisons with alternative hypotheses, examination of highly supportive and diagnostic characters for higher taxa, correspondences with prior studies, complementarity and philosophical differences with palaeontological phylogenetics, promises and challenges of palaeogeography and calibration of evolutionary rates of birds, and classes of promising evidence and future directions of study are reviewed. Homology, as applied to avian examples of apparent homologues, is considered in terms of recent theory, and a revised annotated classification of higher-order taxa of Neornithes and other closely related Theropoda is proposed. (c) 2007 The Linnean Society of London, Zoological Journal of the Linnean Society, 2007, 149, 1-95.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-3642.2006.00293.x",
    doi = "10.1111/j.1096-3642.2006.00293.x",
    openalex = "W2153165351",
    references = "crossref1995systematics, doi101002jmor10382, doi101002jmor10406, doi101002jmor1052090107, doi101007bf02101113, doi101016b978012249408650011x, doi101017s0006323197005100, doi101017s1464793102006103, doi101017s1464793105006779, doi101038nature03150, doi101073pnas0507106102, doi10108002724634199410011524, doi10108010635150500234583, doi10108010635150590950326, doi101093oso97801951223430010001, doi101093oso97801985052350010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva026092, doi101093sysbio33183, doi101093sysbio422182, doi101098rspb20001368, doi101111j109600311989tb00573x, doi101111j109600311993tb00217x, doi101111j109600312003tb00387x, doi101111j109636422001tb01313x, doi101111j109636422001tb01314x, doi101111j1469185x1997tb00024x, doi101111j146979981991tb04794x, doi101111j155856461959tb03005x, doi101111j155856461985tb00420x, doi101126science2665186779, doi1012060003008220023870001tmappo20co2, doi1012060003009020042860001mptaso20co2, doi1016660094837320050310192meam20co2, doi1023072408678, doi1023072413134, doi1023072992540, doi10230740168337, doi102992014590582006371pon20co2, doi105860choice323881, doi105860choice343307, doi105860choice392183, doi105860choice405235, doi105962bhltitle106607, gregor1988the, openalexw2506868775, openalexw3217097258"
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O modelo CAT parece ser mais robusto que o WAG contra artefatos de LBA, essencialmente porque ele antecipa corretamente a alta probabilidade de convergências e reversões implicadas pelo pequeno tamanho efetivo do alfabeto de aminoácidos em cada site do alinhamento. De forma mais geral, nossos resultados fornecem fortes evidências de que as especificidades de site no processo de substituição precisam ser consideradas para obter árvores filogenéticas mais confiáveis.

@article{doi101186147121487s1s4,
    author = "Lartillot, Nicolas e Brinkmann, Henner e Philippe, Hervé",
    title = "Supressão de artefatos de atração de ramos longos na filogenia animal usando um modelo site-heterogêneo",
    year = "2007",
    journal = "BMC Evolutionary Biology",
    abstract = "O modelo CAT parece ser mais robusto que o WAG contra artefatos de LBA, essencialmente porque ele antecipa corretamente a alta probabilidade de convergências e reversões implicadas pelo pequeno tamanho efetivo do alfabeto de aminoácidos em cada site do alinhamento. De forma mais geral, nossos resultados fornecem fortes evidências de que as especificidades de site no processo de substituição precisam ser consideradas para obter árvores filogenéticas mais confiáveis.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1471-2148-7-s1-s4",
    doi = "10.1186/1471-2148-7-s1-s4",
    openalex = "W2131527832",
    references = "doi101093molbevmsi111"
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Os anfioxos ('amphioxus') são os sobreviventes modernos de uma antiga linhagem de cordados, com um registro fóssil que remonta ao período Cambriano. Aqui, descrevemos a estrutura e o conteúdo gênico do altamente polimórfico genoma de aproximadamente 520 megabases do anfioxo da Flórida Branchiostoma floridae, e analisamos-no no contexto da evolução dos cordados. Comparações de genoma inteiro iluminam as relações obscuras entre os três grupos de cordados (tunicados, anfioxos e vertebrados), permitindo não apenas a reconstrução do complemento gênico do último ancestral comum dos cordados, mas também a reconstrução parcial de sua organização genômica, bem como a descrição de duas duplicações em todo o genoma e reorganizações subsequentes na linhagem vertebrada. Esses eventos em escala de genoma moldaram o genoma vertebrado e forneceram variação genética adicional para exploração durante a evolução vertebrada.

@article{doi101038nature06967,
    author = "Putnam, Nicholas H. e Butts, Thomas e Ferrier, David e Furlong, Rebecca F. e Hellsten, Uffe e Kawashima, Takeshi e Robinson‐Rechavi, Marc e Shoguchi, Eiichi e Terry, Astrid e Yu, Jr‐Kai e Benito-Gutiérrez, E`lia e Dubchak, Inna e García‐Fernàndez, Jordi e Gibson-Brown, Jeremy J. e Grigoriev, Igor V. e Horton, Amy C. e de Jong, Pieter J. e Jurka, Jerzy e Kapitonov, Vladimir V. e Kohara, Yuji e Kuroki, Yoko e Lindquist, Erika e Lucas, Susan e Osoegawa, Kazutoyo e Pennacchio, L e Salamov, Asaf A. e Satou, Yutaka e Sauka‐Spengler, Tatjana e Schmutz, Jeremy e Shin‐I, Tadasu e Toyoda, Atsushi e Bronner‐Fraser, Marianne e Fujiyama, Asao e Holland, Linda Z. e Holland, Peter W. H. e Satoh, Nori e Rokhsar, Daniel S.",
    title = "O genoma do anfioxo e a evolução do cariótipo dos cordados",
    year = "2008",
    journal = "Nature",
    abstract = "Os anfioxos ('amphioxus') são os sobreviventes modernos de uma antiga linhagem de cordados, com um registro fóssil que remonta ao período Cambriano. Aqui, descrevemos a estrutura e o conteúdo gênico do altamente polimórfico genoma de aproximadamente 520 megabases do anfioxo da Flórida Branchiostoma floridae, e analisamos-no no contexto da evolução dos cordados. Comparações de genoma inteiro iluminam as relações obscuras entre os três grupos de cordados (tunicados, anfioxos e vertebrados), permitindo não apenas a reconstrução do complemento gênico do último ancestral comum dos cordados, mas também a reconstrução parcial de sua organização genômica, bem como a descrição de duas duplicações em todo o genoma e reorganizações subsequentes na linhagem vertebrada. Esses eventos em escala de genoma moldaram o genoma vertebrado e forneceram variação genética adicional para exploração durante a evolução vertebrada.",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature06967",
    doi = "10.1038/nature06967",
    openalex = "W2131871062",
    references = "doi1010079783642866593, doi101016jtree200504008, doi101016s0092867403004690, doi10103835057062, doi101038370563a0, doi101038377720a0, doi101038nature04336, doi101038nature05241, doi101038scientificamerican0779122, doi101073pnas9794469, doi10108010635150390235520, doi101093bioinformatics178754, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093molbevmsi225, doi101093nar22224673, doi101093nar25173389, doi101093oxfordjournalsmolbeva026334, doi101101gr073676107, doi101126science1058040, doi101126science1080049, doi101126science1128691, doi101242dev1994supplement125, doi101371journalpbio0030007, doi101371journalpbio0030314, openalexw3217097258"
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Os deuterostomados são um grupo monofilético de animais que inclui os vertebrados, cordados invertebrados, ambulacrários e xenoturbelídeos. Representantes fósseis da maioria dos principais grupos de deuterostomados, incluindo alguns grupos coroados ao nível de filo, são encontrados no Cambriano Inferior, sugerindo que a divergência evolutiva ocorreu no Precambriano Superior, em conformidade com algumas estimativas de relógio molecular. Filogenias moleculares, morfologia larval e o complexo coração/rim adulto apoiam os equinodermos e hemi-cordados como um agrupamento irmão (Ambulacraria). Os xenoturbelídeos são um filo relativamente recém-descoberto de deuterostomados semelhantes a vermes que carece de registro fóssil, mas evidências moleculares sugerem que esses animais são um grupo irmão dos Ambulacraria. Dentro dos cordados, os cefalocordados compartilham grandes trechos de sinetia cromossômica com os vertebrados, possuem um complexo Hox completo e são grupo irmão dos vertebrados com base em evidências de genes ribossomais e mitocondriais. Em contraste, os tunicados possuem um plano corporal adulto altamente derivado e são grupo irmão dos vertebrados com base nas análises de sequências genômicas concatenadas. Cefalocordados e hemi-cordados compartilham fendas branquiais e cartilagem acelular, sugerindo que o ancestral deuterostomo também compartilhava essas características. Dados de redes gênicas sugerem que o ancestral deuterostomo tinha um eixo corporal antero-posterior especificado por genes Hox e Wnt, um eixo dorso-ventral especificado por um gradiente BMP/chordin e era bilateralmente simétrico com assimetria esquerda-direita determinada pela expressão de nodal.

@article{doi101098rstb20072246,
    author = "Swalla, Billie J. e Smith, Andrew B.",
    title = "Deciphering deuterostome phylogeny: molecular, morphological and palaeontological perspectives",
    year = "2008",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Os deuterostomados são um grupo monofilético de animais que inclui os vertebrados, cordados invertebrados, ambulacrários e xenoturbelídeos. Representantes fósseis da maioria dos principais grupos de deuterostomados, incluindo alguns grupos coroados ao nível de filo, são encontrados no Cambriano Inferior, sugerindo que a divergência evolutiva ocorreu no Precambriano Superior, em conformidade com algumas estimativas de relógio molecular. Filogenias moleculares, morfologia larval e o complexo coração/rim adulto apoiam os equinodermos e hemi-cordados como um agrupamento irmão (Ambulacraria). Os xenoturbelídeos são um filo relativamente recém-descoberto de deuterostomados semelhantes a vermes que carece de registro fóssil, mas evidências moleculares sugerem que esses animais são um grupo irmão dos Ambulacraria. Dentro dos cordados, os cefalocordados compartilham grandes trechos de sinetia cromossômica com os vertebrados, possuem um complexo Hox completo e são grupo irmão dos vertebrados com base em evidências de genes ribossomais e mitocondriais. Em contraste, os tunicados possuem um plano corporal adulto altamente derivado e são grupo irmão dos vertebrados com base nas análises de sequências genômicas concatenadas. Cefalocordados e hemi-cordados compartilham fendas branquiais e cartilagem acelular, sugerindo que o ancestral deuterostomo também compartilhava essas características. Dados de redes gênicas sugerem que o ancestral deuterostomo tinha um eixo corporal antero-posterior especificado por genes Hox e Wnt, um eixo dorso-ventral especificado por um gradiente BMP/chordin e era bilateralmente simétrico com assimetria esquerda-direita determinada pela expressão de nodal.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.2007.2246",
    doi = "10.1098/rstb.2007.2246",
    openalex = "W2102660198",
    references = "doi101038377720a0, doi101038nature01264, doi101093oxfordjournalsmolbeva025897, doi101139z04158, doi101139z04160, doi101139z04190, doi101146annureves10110179001551, doi101371journalpbio0040291, morris1979the"
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@incollection{crossref2009phylogeny,
    title = "Filogenia e Evolução de Cordados",
    year = "2009",
    booktitle = "Encyclopedia of Neuroscience",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-540-29678-2\_4581",
    doi = "10.1007/978-3-540-29678-2\_4581",
    pages = "3160-3160"
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@incollection{mallatt2009evolution,
    author = "Mallatt, Jon",
    title = "Evolução e Filogenia de Cordados",
    year = "2009",
    booktitle = "Enciclopédia de Neurociência",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-540-29678-2\_3116",
    doi = "10.1007/978-3-540-29678-2\_3116",
    pages = "1201-1208"
}

@article{doi101016jympev201110008,
    author = "Park, Eunji e Hwang, Dae‐Sik e Lee, Jae‐Seong e Song, Jun‐Im e Seo, Tae‐Kun e Won, Yong‐Jin",
    title = "Estimativa de tempos de divergência na evolução dos cnidários baseada em genes codificadores de proteínas mitocondriais e o registro fóssil",
    year = "2011",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ympev.2011.10.008",
    doi = "10.1016/j.ympev.2011.10.008",
    openalex = "W2057007227",
    references = "doi101038hdy200862, doi101111j14754983200700692x, doi101371journalpone0001121"
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@article{doi101016jcub201410016,
    author = "Cannon, Johanna T. e Kocot, Kevin M. e Waits, Damien S. e Weese, David e Swalla, Billie J. e Santos, Scott R. e Halanych, Kenneth M.",
    title = "Resolução Filogenômica do Clado de Hemicordados e Equinodermos",
    year = "2014",
    journal = "Current Biology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cub.2014.10.016",
    doi = "10.1016/j.cub.2014.10.016",
    openalex = "W1986400158",
    references = "doi101016jcub200905063, doi101111j15023931201200319x, doi101139z04190"
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@article{osugi2014evolutionary,
    author = "Osugi, Tomohiro e Okamura, Tomoki e Son, You Lee e Ohkubo, Makoto e Ubuka, Takayoshi e Henmi, Yasuhisa e Tsutsui, Kazuyoshi",
    title = "Origem Evolutiva de GnIH e NPFF em Cordados: Perspectivas de Novos Peptídeos RFamide de Amphioxus",
    year = "2014",
    journal = "PLoS ONE",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0100962",
    doi = "10.1371/journal.pone.0100962",
    number = "7",
    openalex = "W2071326593",
    pages = "e100962",
    volume = "9",
    references = "doi101006bbrc20003350, doi101006jmbi19970951, doi101016jyfrne201003001, doi101016s0006899399019095, doi101038nature04336, doi101093molbevmsr121, doi101093nar14114683, doi101126science1132040, doi101210en20111110, doi101371journalpbio0050101"
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@incollection{crossref2016chordates,
    title = "Chordates",
    year = "2016",
    booktitle = "The Marine World",
    url = "https://doi.org/10.1515/9780691232447-022",
    doi = "10.1515/9780691232447-022",
    openalex = "W4252901577",
    pages = "306-313"
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@misc{s27fd27686b95842cdc75b89c9ea4da5d36ad5f61b,
    author = "Subbotin, V.",
    title = "Argumentos sobre a origem do fígado vertebrado e do divertículo hepático do Amphioxus: uma hipótese sobre novidades evolutivas *",
    year = "2017",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/7fd27686b95842cdc75b89c9ea4da5d36ad5f61b",
    is_oa = "true",
    semanticscholar_citation_count = "5",
    semanticscholar_id = "7fd27686b95842cdc75b89c9ea4da5d36ad5f61b"
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@incollection{berman2019phylogeny,
    author = "Berman, Jules J.",
    title = "Filogenia: Eucariontes a Cordados",
    year = "2019",
    booktitle = "Guia Clínico da Evolução",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-12-817126-4.00005-9",
    doi = "10.1016/b978-0-12-817126-4.00005-9",
    pages = "173-205"
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As filogenias grandes e escaladas no tempo são fundamentais para conectar processos evolutivos aos padrões modernos de biodiversidade. No entanto, inferir árvores filogenéticas confiáveis para milhares de espécies envolve numerosos compromissos que limitaram sua utilidade para biólogos comparativos. Para estabelecer uma escala de tempo evolutivo robusta para todas as aproximadamente 6.000 espécies vivas de mamíferos, desenvolvemos conjuntos credíveis de árvores que capturam a incerteza da raiz à ponta na topologia e nos tempos de divergência. Nossa abordagem "esqueleto e patch" para construção de árvores aplica uma supermatriz de 31 genes recém-ensamblada a dois níveis de inferência bayesiana: (1) relações e idades do esqueleto entre linhagens principais, usando datação de nós ou pontas fóssis, e (2) filogenias ao nível das espécies "patch" com grupos internos não sobrepostos que cada um correspondem a uma linhagem representativa no esqueleto. Espécies não amostradas para DNA são ou excluídas ("árvores apenas-DNA") ou imputadas dentro de restrições taxonômicas usando comprimentos de ramo extraídos de modelos locais de nascimento e morte ("árvores completas"). Juntar patches escalados no tempo aos esqueletos resulta em árvores ao nível das espécies de Mammalia extantes com todos os ramos estimados sob o mesmo framework de modelagem, facilitando assim comparações de taxas entre linhagens tão distintas quanto marsupiais e placentárias. Comparamos nossas árvores filogenéticas com estimativas anteriores de filogenia e tempos de divergência em toda a ordem dos mamíferos, encontrando que (1) as idades dos nós são amplamente concordantes entre estudos, e (2) taxas recentes (ao nível das pontas) de especiação são estimadas com mais precisão em nosso estudo do que em abordagens anteriores de "supérvores", nas quais nós não resolvidos levaram a artefatos de comprimento de ramo. Conjuntos credíveis da história filogenética mamífera estão agora disponíveis para download em http://vertlife.org/phylosubsets, permitindo investigações de questões de longa data em biologia comparativa.

@article{doi101371journalpbio3000494,
    author = "Upham, Nathan S. e Esselstyn, Jacob A. e Jetz, Walter",
    title = "Inferindo a árvore dos mamíferos: Conjuntos de filogenias ao nível das espécies para questões em ecologia, evolução e conservação",
    year = "2019",
    journal = "PLoS Biology",
    abstract = {As filogenias grandes e escaladas no tempo são fundamentais para conectar processos evolutivos aos padrões modernos de biodiversidade. No entanto, inferir árvores filogenéticas confiáveis para milhares de espécies envolve numerosos compromissos que limitaram sua utilidade para biólogos comparativos. Para estabelecer uma escala de tempo evolutivo robusta para todas as aproximadamente 6.000 espécies vivas de mamíferos, desenvolvemos conjuntos credíveis de árvores que capturam a incerteza da raiz à ponta na topologia e nos tempos de divergência. Nossa abordagem "esqueleto e patch" para construção de árvores aplica uma supermatriz de 31 genes recém-ensamblada a dois níveis de inferência bayesiana: (1) relações e idades do esqueleto entre linhagens principais, usando datação de nós ou pontas fóssis, e (2) filogenias ao nível das espécies "patch" com grupos internos não sobrepostos que cada um correspondem a uma linhagem representativa no esqueleto. Espécies não amostradas para DNA são ou excluídas ("árvores apenas-DNA") ou imputadas dentro de restrições taxonômicas usando comprimentos de ramo extraídos de modelos locais de nascimento e morte ("árvores completas"). Juntar patches escalados no tempo aos esqueletos resulta em árvores ao nível das espécies de Mammalia extantes com todos os ramos estimados sob o mesmo framework de modelagem, facilitando assim comparações de taxas entre linhagens tão distintas quanto marsupiais e placentárias. Comparamos nossas árvores filogenéticas com estimativas anteriores de filogenia e tempos de divergência em toda a ordem dos mamíferos, encontrando que (1) as idades dos nós são amplamente concordantes entre estudos, e (2) taxas recentes (ao nível das pontas) de especiação são estimadas com mais precisão em nosso estudo do que em abordagens anteriores de "supérvores", nas quais nós não resolvidos levaram a artefatos de comprimento de ramo. Conjuntos credíveis da história filogenética mamífera estão agora disponíveis para download em http://vertlife.org/phylosubsets, permitindo investigações de questões de longa data em biologia comparativa.},
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3000494",
    doi = "10.1371/journal.pbio.3000494",
    openalex = "W2991998196",
    references = "doi10100703064746897, doi101007s1091401693638, doi101023a1011317930838, doi101038416816a, doi101038nature05634, doi101038nature06277, doi101038nature10291, doi101038nature11631, doi101038nature22897, doi101038nature25794, doi101073pnas1319091111, doi101073pnas1519387112, doi101093acprofoso97801985670280010001, doi101093bioinformaticsbts199, doi101093jmammalgyx147, doi101093jmammalgyy179, doi101093molbevmsm193, doi101093molbevmsv037, doi101093sysbiosyr047, doi101093sysbiosyr107, doi101093sysbiosyv080, doi101098rspb20120683, doi101111evo12681, doi101126science1157704, doi101126science1211028, doi101126science1229237, doi101371journalpone0089543, doi101371journalpone0183070, doi1026879424"
}

Os deuterostomes são a principal divisão da vida animal que inclui estrelas-do-mar, vermes de carvalho e humanos, entre uma ampla variedade de táxons ecologicamente e morfologicamente diversos. No entanto, sua evolução inicial é pouco compreendida, em parte devido à sua disparidade, o que torna difícil identificar semelhanças, bem como ao seu registro fóssil inicial relativamente pobre. Aqui, revisamos os dados morfológicos, paleontológicos, de desenvolvimento e moleculares disponíveis para estabelecer um quadro para explorar as origens deste grupo importante e enigmático. Descobertas fósseis recentes apoiam fortemente um ancestral vermiforme para o grupo Hemichordata e um nadador ativo fusiforme como ancestral dos Chordata. A diversa e anatomia confusa variedade de formas entre os primeiros equinodermos mostra evidências de simetria bilateral e radial. Consideramos quatro características mais críticas para entender a forma e função do último ancestral comum dos Deuterostomia: padrões de expressão de genes Hox, morfologia larval, capacidade de biomineralização e morfologia da região faríngea. Propomos um último ancestral comum dos deuterostomes com um sistema regulador gênico antero-posterior semelhante ao encontrado em vermes de carvalho modernos e cefalocordados, uma forma larval plânctonica simples, que foi posteriormente elaborada na linhagem ambulacrariana, a capacidade de secretar minerais de cálcio de forma limitada e uma região respiratória faríngea composta por poros simples. Este animal provavelmente era mótil na forma adulta, ao contrário das origens sésseis que foram historicamente sugeridas. Debates recentes sobre a monofilia dos deuterostomes, bem como a ampla gama de problematica afiliados aos deuterostomes, sugerem ainda mais a possibilidade de que essas características não apenas estavam presentes no último ancestral comum dos Deuterostomia, mas potencialmente no ur-bilateriano. Portanto, a morfologia e o desenvolvimento dos primeiros deuterostomes sustentam algumas das questões mais significativas no estudo da evolução metazoana.

@article{doi101111brv12908,
    author = "Nanglu, Karma e Cole, Selina R. e Wright, David F. e Souto, Camilla",
    title = "Minhocas e brânquias, placas e espinhos: as origens evolutivas e a incrível disparidade dos deuterostomes reveladas por fósseis, genes e desenvolvimento",
    year = "2022",
    journal = "Biological reviews/Revisões biológicas da Sociedade Filosófica de Cambridge",
    abstract = "Os deuterostomes são a principal divisão da vida animal que inclui estrelas-do-mar, vermes de carvalho e humanos, entre uma ampla variedade de táxons ecologicamente e morfologicamente diversos. No entanto, sua evolução inicial é pouco compreendida, em parte devido à sua disparidade, o que torna difícil identificar semelhanças, bem como ao seu registro fóssil inicial relativamente pobre. Aqui, revisamos os dados morfológicos, paleontológicos, de desenvolvimento e moleculares disponíveis para estabelecer um quadro para explorar as origens deste grupo importante e enigmático. Descobertas fósseis recentes apoiam fortemente um ancestral vermiforme para o grupo Hemichordata e um nadador ativo fusiforme como ancestral dos Chordata. A diversa e anatomia confusa variedade de formas entre os primeiros equinodermos mostra evidências de simetria bilateral e radial. Consideramos quatro características mais críticas para entender a forma e função do último ancestral comum dos Deuterostomia: padrões de expressão de genes Hox, morfologia larval, capacidade de biomineralização e morfologia da região faríngea. Propomos um último ancestral comum dos deuterostomes com um sistema regulador gênico antero-posterior semelhante ao encontrado em vermes de carvalho modernos e cefalocordados, uma forma larval plânctonica simples, que foi posteriormente elaborada na linhagem ambulacrariana, a capacidade de secretar minerais de cálcio de forma limitada e uma região respiratória faríngea composta por poros simples. Este animal provavelmente era mótil na forma adulta, ao contrário das origens sésseis que foram historicamente sugeridas. Debates recentes sobre a monofilia dos deuterostomes, bem como a ampla gama de problematica afiliados aos deuterostomes, sugerem ainda mais a possibilidade de que essas características não apenas estavam presentes no último ancestral comum dos Deuterostomia, mas potencialmente no ur-bilateriano. Portanto, a morfologia e o desenvolvimento dos primeiros deuterostomes sustentam algumas das questões mais significativas no estudo da evolução metazoana.",
    url = "https://doi.org/10.1111/brv.12908",
    doi = "10.1111/brv.12908",
    openalex = "W4306738504",
    references = "doi101016jcub202002054, doi101017jpa201720, doi101017pab201942, doi101111brv12614, doi101111j1469185x201200220x, doi101111j15023931201200319x, doi101111pala12475, doi101139z04190, doi101144jgs2015017, doi101186s1291501602714, doi101242dev066712, doi101371journalpone0009586, jefferies1973the"
}

Síntese Os Deuterostomia são um grupo monofilético, composto pelos Ambulacraria, com dois filos, Hemichordata e Echinodermata, e o filo Chordata, contendo os subfilos Cephalochordata (cefalocordados ou Amphioxus), Tunicata (Urocordata) e Vertebrata. Hemicordados e equinodermos são grupos irmãos e são críticos para compreender o ancestral deuterostomo e a origem e evolução dos cordados dentro dos deuterostomos. Enteropneustos, hemicordados semelhantes a vermes, compartilham muitas características cordadas como adultos, incluindo uma cauda pós-anal, fendas branquiais e um sistema nervoso central (SNC) que emprega redes reguladoras genéticas do desenvolvimento (GRNs) semelhantes. Comparações genômicas mostram que os cefalocordados compartilham sinetia e um plano corporal vermiforme semelhante ao dos vertebrados, mas análises filogenômicas colocam os tunicados como grupo irmão dos vertebrados. Os tunicados têm um intestino em forma de U e um plano corporal adulto muito diferente do resto dos cordados, e todos os tunicados têm genomas pequenos e muitas perdas gênicas, embora as GRNs subjacentes a tecidos específicos, como notocorda e músculo, sejam conservadas. Equinodermos e vertebrados têm registros fóssil extensos, com menos espécimes encontrados para tunicados e enteropneustos, ou hemicordados semelhantes a vermes. Os dados acumulam que o ancestral deuterostomo era um verme bentônico complexo, com fendas branquiais, um esqueleto cartilaginoso e um SNC. Dois grupos existentes, equinodermos e tunicados, evoluíram planos corporais altamente derivados, notavelmente diferentes do ancestral deuterostomo. Revisamos os dados genômicos e GRN atuais sobre as diferentes características dos grupos de deuterostomos para reavaliar diferentes hipóteses sobre as origens dos cordados. A perda de notocorda em equinodermos e hemicordados é tão parcimoniosa quanto o ganho de notocorda nos cordados, mas tem implicações para o ancestral deuterostomo. O ancestral cordado perdeu uma rede nervosa ancestral, manteve o SNC e evoluiu células da crista neural.

@article{doi101093icbicae134,
    author = "Swalla, B.",
    title = "Ancestrais dos Deuterostomados e Origens dos Cordados.",
    year = "2024",
    journal = "Biologia integrativa e comparativa",
    abstract = "Síntese Os Deuterostomia são um grupo monofilético, composto pelos Ambulacraria, com dois filos, Hemichordata e Echinodermata, e o filo Chordata, contendo os subfilos Cephalochordata (cefalocordados ou Amphioxus), Tunicata (Urocordata) e Vertebrata. Hemicordados e equinodermos são grupos irmãos e são críticos para compreender o ancestral deuterostomo e a origem e evolução dos cordados dentro dos deuterostomos. Enteropneustos, hemicordados semelhantes a vermes, compartilham muitas características cordadas como adultos, incluindo uma cauda pós-anal, fendas branquiais e um sistema nervoso central (SNC) que emprega redes reguladoras genéticas do desenvolvimento (GRNs) semelhantes. Comparações genômicas mostram que os cefalocordados compartilham sinetia e um plano corporal vermiforme semelhante ao dos vertebrados, mas análises filogenômicas colocam os tunicados como grupo irmão dos vertebrados. Os tunicados têm um intestino em forma de U e um plano corporal adulto muito diferente do resto dos cordados, e todos os tunicados têm genomas pequenos e muitas perdas gênicas, embora as GRNs subjacentes a tecidos específicos, como notocorda e músculo, sejam conservadas. Equinodermos e vertebrados têm registros fóssil extensos, com menos espécimes encontrados para tunicados e enteropneustos, ou hemicordados semelhantes a vermes. Os dados acumulam que o ancestral deuterostomo era um verme bentônico complexo, com fendas branquiais, um esqueleto cartilaginoso e um SNC. Dois grupos existentes, equinodermos e tunicados, evoluíram planos corporais altamente derivados, notavelmente diferentes do ancestral deuterostomo. Revisamos os dados genômicos e GRN atuais sobre as diferentes características dos grupos de deuterostomos para reavaliar diferentes hipóteses sobre as origens dos cordados. A perda de notocorda em equinodermos e hemicordados é tão parcimoniosa quanto o ganho de notocorda nos cordados, mas tem implicações para o ancestral deuterostomo. O ancestral cordado perdeu uma rede nervosa ancestral, manteve o SNC e evoluiu células da crista neural.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/93487d300190de7211de1d528192f4364b31d1ec",
    doi = "10.1093/icb/icae134",
    is_oa = "true",
    number = "5",
    pages = "1175-1181",
    semanticscholar_citation_count = "4",
    semanticscholar_id = "93487d300190de7211de1d528192f4364b31d1ec",
    volume = "64",
    references = "doi101186s12915022012827"
}

@misc{crossrefNoneevolution,
    title = "Evolução de moluscos aplacóforos",
    year = "None",
    booktitle = "AccessScience",
    url = "https://doi.org/10.1036/1097-8542.yb150943",
    doi = "10.1036/1097-8542.yb150943"
}