Cladística

@misc{gould1977the1,
    author = "Gould, S. J. e Raup, D. M. e Sepkoski, J. J. e Schopf, T. J. M. e Simberloff, D. S",
    title = "The shape of evolution",
    year = "1977",
    howpublished = "A comparison of real and random clades: Paleobiology, v. 3, p. 23-40",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Gould, S. J., Raup, D. M., Sepkoski, J. J., Schopf, T. J. M., and Simberloff, D. S., 1977, The shape of evolution: A comparison of real and random clades: Paleobiology, v. 3, p. 23-40.}"
}

@incollection{crossref1990transformed,
    title = "Cladística transformada e evolução",
    year = "1990",
    booktitle = "Cladística Transformada, Taxonomia e Evolução",
    url = "https://doi.org/10.1017/cbo9780511525759.008",
    doi = "10.1017/cbo9780511525759.008",
    openalex = "W2490755409",
    pages = "160-184"
}

Resumo— A equivalência lógica entre as noções de homologia e sinapomorfia é revisada e apoiada. A chamada homologia transformacional incorpora dois componentes lógicos distintos, um relacionado a comparações entre organismos diferentes e outro restrito a comparações dentro do mesmo organismo. O primeiro é essencialmente hierárquico em sua natureza, sendo, na verdade, uma forma menos óbvia de homologia taxonômica. O segundo é logicamente equivalente à chamada homologia serial em um sentido amplo (incluindo homonomia, homologia de massa ou homologia iterativa). Dos três testes de homologia propostos até hoje (semelhança, conjunção e congruência), apenas a congruência serve como um teste no sentido estrito. A semelhança ocupa um nível básico nas proposições de homologia, sendo a fonte da conjectura de homologia em primeiro lugar. A conjunção é inquestionavelmente um indicador de não-homologia, mas não é específica sobre a comparação par a par onde a não-homologia está presente, e depende de um esquema específico de relacionamento para refutar uma hipótese de homologia. O teste de congruência foi anteriormente visto como uma aplicação da análise de compatibilidade. No entanto, a congruência é mais apropriadamente vista como uma expressão da análise de parcimônia estrita. Propõe-se uma solução teórica geral para determinar a evolução de caracteres com distribuições ambíguas, baseada na noção de maximização de proposições de homologia. De acordo com essa noção, distribuições ambíguas de estados de caracteres devem ser resolvidas por uma otimização que maximize as reversões em relação aos paralelismos. As noções de homologia em morfologia e biologia molecular são essencialmente as mesmas. A tendência atual de adotar terminologias diferentes para as duas fontes de dados deve ser evitada, a fim de não ofuscar a uniformidade fundamental do conceito de homologia na biologia comparativa. "Uma hierarquia semelhante é encontrada tanto em 'estruturas' quanto em 'funções'. No último recurso, estrutura (ou seja, ordem das partes) e função (ordem dos processos) podem ser a mesma coisa [...]." L. von Bertalanffy "[...] é o fato de que certos critérios nos permitem combinar partes de coisas consistentemente que sugere que mecanismos de certos tipos devem ter sido envolvidos em sua origem." N. Jardine e C. Jardine

@article{doi101111j109600311991tb00045x,
    author = "de Pinna, Mário C. C.",
    title = "CONCEPTOS E TESTES DE HOMOLOGIA NO PARADIGMA CLADÍSTICO",
    year = "1991",
    journal = "Cladistics",
    abstract = "Resumo— A equivalência lógica entre as noções de homologia e sinapomorfia é revisada e apoiada. A chamada homologia transformacional incorpora dois componentes lógicos distintos, um relacionado a comparações entre organismos diferentes e outro restrito a comparações dentro do mesmo organismo. O primeiro é essencialmente hierárquico em sua natureza, sendo, na verdade, uma forma menos óbvia de homologia taxonômica. O segundo é logicamente equivalente à chamada homologia serial em um sentido amplo (incluindo homonomia, homologia de massa ou homologia iterativa). Dos três testes de homologia propostos até hoje (semelhança, conjunção e congruência), apenas a congruência serve como um teste no sentido estrito. A semelhança ocupa um nível básico nas proposições de homologia, sendo a fonte da conjectura de homologia em primeiro lugar. A conjunção é inquestionavelmente um indicador de não-homologia, mas não é específica sobre a comparação par a par onde a não-homologia está presente, e depende de um esquema específico de relacionamento para refutar uma hipótese de homologia. O teste de congruência foi anteriormente visto como uma aplicação da análise de compatibilidade. No entanto, a congruência é mais apropriadamente vista como uma expressão da análise de parcimônia estrita. Propõe-se uma solução teórica geral para determinar a evolução de caracteres com distribuições ambíguas, baseada na noção de maximização de proposições de homologia. De acordo com essa noção, distribuições ambíguas de estados de caracteres devem ser resolvidas por uma otimização que maximize as reversões em relação aos paralelismos. As noções de homologia em morfologia e biologia molecular são essencialmente as mesmas. A tendência atual de adotar terminologias diferentes para as duas fontes de dados deve ser evitada, a fim de não ofuscar a uniformidade fundamental do conceito de homologia na biologia comparativa. "Uma hierarquia semelhante é encontrada tanto em 'estruturas' quanto em 'funções'. No último recurso, estrutura (ou seja, ordem das partes) e função (ordem dos processos) podem ser a mesma coisa [...]." L. von Bertalanffy "[...] é o fato de que certos critérios nos permitem combinar partes de coisas consistentemente que sugere que mecanismos de certos tipos devem ter sido envolvidos em sua origem." N. Jardine e C. Jardine",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.1991.tb00045.x",
    doi = "10.1111/j.1096-0031.1991.tb00045.x",
    openalex = "W2142398288",
    references = "doi101007bf02603120, doi101093sysbio19183, doi101093sysbio242233, doi101126science7280687, doi101146annureven10010165000525, doi1023072411550, doi1023072412028, doi1023072412448, doi1023072413454, doi1023072806339, doi1023072992444, doi107312crac92306005, openalexw1988829823, openalexw3184837389"
}

Resumo- Dados pontuados para análises cladísticas podem ser quantitativos ou qualitativos, contínuos ou discretos, e apresentar valores sobrepostos ou não sobrepostos entre táxons. Quantitativo e qualitativo são modos de expressão de dados, enquanto contínuo ou discreto referem-se às propriedades do conjunto de números que expressam os dados; ambos esses pares de termos têm sido confundidos com sobreposto e não sobreposto. O grau de sobreposição de valores entre táxons é frequentemente usado para filtrar caracteres em análises cladísticas: se uma quantidade mínima de sobreposição for excedida, ou uma quantidade mínima de disjunção não for alcançada, os caracteres são rejeitados como "não cladísticos". No entanto, isso repousa sobre uma confusão entre características de táxons e características de organismos individuais (atributos). Caracteres cladísticos são características de táxons e compreendem distribuições de frequência de valores de atributos sobre indivíduos de um táxon. Caracteres cladísticos logicamente não podem sobrepor-se, embora táxons possam ter valores de atributos sobrepostos. Assim, a rejeição a priori de caracteres que possuem valores de atributos sobrepostos é sem sentido. Tais dados ainda podem ser rejeitados da consideração para análise cladística se puder ser demonstrado que eles contêm pouco sinal filogenético recuperável. Poucas análises publicadas testaram empiricamente isso. Uma análise de dados morfológicos sobrepostos de três séries de Banksia sugere que, pelo menos nesses casos, eles mapeiam a filogenia quase tão precisamente quanto dados morfológicos qualitativos mais convencionais. Embora sejam necessários mais testes desse tipo, dados morfológicos não devem ser rejeitados a priori de análises cladísticas.

@article{doi101111j109600311993tb00226x,
    author = "Thiele, Kevin R.",
    title = "O SANTO GRAAL DO CARACTER PERFEITO: O TRATAMENTO CLADÍSTICO DE DADOS MORFOMÉTRICOS",
    year = "1993",
    journal = "Cladistics",
    abstract = {Resumo- Dados pontuados para análises cladísticas podem ser quantitativos ou qualitativos, contínuos ou discretos, e apresentar valores sobrepostos ou não sobrepostos entre táxons. Quantitativo e qualitativo são modos de expressão de dados, enquanto contínuo ou discreto referem-se às propriedades do conjunto de números que expressam os dados; ambos esses pares de termos têm sido confundidos com sobreposto e não sobreposto. O grau de sobreposição de valores entre táxons é frequentemente usado para filtrar caracteres em análises cladísticas: se uma quantidade mínima de sobreposição for excedida, ou uma quantidade mínima de disjunção não for alcançada, os caracteres são rejeitados como "não cladísticos". No entanto, isso repousa sobre uma confusão entre características de táxons e características de organismos individuais (atributos). Caracteres cladísticos são características de táxons e compreendem distribuições de frequência de valores de atributos sobre indivíduos de um táxon. Caracteres cladísticos logicamente não podem sobrepor-se, embora táxons possam ter valores de atributos sobrepostos. Assim, a rejeição a priori de caracteres que possuem valores de atributos sobrepostos é sem sentido. Tais dados ainda podem ser rejeitados da consideração para análise cladística se puder ser demonstrado que eles contêm pouco sinal filogenético recuperável. Poucas análises publicadas testaram empiricamente isso. Uma análise de dados morfológicos sobrepostos de três séries de Banksia sugere que, pelo menos nesses casos, eles mapeiam a filogenia quase tão precisamente quanto dados morfológicos qualitativos mais convencionais. Embora sejam necessários mais testes desse tipo, dados morfológicos não devem ser rejeitados a priori de análises cladísticas.},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.1993.tb00226.x",
    doi = "10.1111/j.1096-0031.1993.tb00226.x",
    openalex = "W2077186234",
    references = "doi1023072412452"
}

Uma série de análises cladísticas avalia o status e a composição do táxon Polychaeta. A literatura disponível e uma revisão por Fauchald & Rouse (1997), sobre as 80 famílias aceitas dos Polychaeta, são utilizadas para desenvolver caracteres e matrizes de dados. Além das famílias de poliquetas, táxons não-poliquetas, como os Echiura, Euarthropoda, Onychophora, Pogonophora (como Frenulata e Vestimentifera), Clitellata, Aeolosomatidae e Potamodrilidae, são incluídos nas análises. Todas as árvores são enraizadas usando os Sipuncula como grupo externo. Os caracteres baseiam-se em características (quando presentes), como o prostômio, peristômio, antenas, palpos, órgãos nuciais, parapódios, estomodeu, estrutura e distribuição de órgãos segmentares, circulação e cerdas. São realizadas várias análises, envolvendo diferentes maneiras de codificar e ponderar os caracteres, bem como o número de táxons incluídos. Sérias de transformação são fornecidas para algumas dessas análises. Uma das análises é escolhida para fornecer uma nova classificação. Os Annelida são encontrados como monofiléticos, embora fracamente suportados, e compreendem os Clitellata e Polychaeta. Os Polychaeta são monofiléticos apenas se táxons como os Pogonophora, Aeolosomatidae e Potamodrilidae forem incluídos e também são fracamente suportados. Os Pogonophora são reduzidos ao nível de família dentro dos Polychaeta e retornam ao nome Siboglinidae Caullery, 1914. A nova classificação não usa categorias lineanas, e os Polychaeta compreendem dois clados, os Scolecida e Palpata. Os Palpata têm os clados Aciculata e Canalipalpata. A Aciculata contém os Phyllodocida e Eunicida. A Canalipalpata tem três clados; os Sabellida (incluindo os Siboglinidae), Spionida e Terebellida. A posição de um número de famílias requer investigação adicional.

@article{doi101111j146364091997tb00412x,
    author = "Rouse, Greg W. e Fauchald, Kristian",
    title = "Cladística e poliquetas",
    year = "1997",
    journal = "Zoologica Scripta",
    abstract = "Uma série de análises cladísticas avalia o status e a composição do táxon Polychaeta. A literatura disponível e uma revisão por Fauchald \& Rouse (1997), sobre as 80 famílias aceitas dos Polychaeta, são utilizadas para desenvolver caracteres e matrizes de dados. Além das famílias de poliquetas, táxons não-poliquetas, como os Echiura, Euarthropoda, Onychophora, Pogonophora (como Frenulata e Vestimentifera), Clitellata, Aeolosomatidae e Potamodrilidae, são incluídos nas análises. Todas as árvores são enraizadas usando os Sipuncula como grupo externo. Os caracteres baseiam-se em características (quando presentes), como o prostômio, peristômio, antenas, palpos, órgãos nuciais, parapódios, estomodeu, estrutura e distribuição de órgãos segmentares, circulação e cerdas. São realizadas várias análises, envolvendo diferentes maneiras de codificar e ponderar os caracteres, bem como o número de táxons incluídos. Sérias de transformação são fornecidas para algumas dessas análises. Uma das análises é escolhida para fornecer uma nova classificação. Os Annelida são encontrados como monofiléticos, embora fracamente suportados, e compreendem os Clitellata e Polychaeta. Os Polychaeta são monofiléticos apenas se táxons como os Pogonophora, Aeolosomatidae e Potamodrilidae forem incluídos e também são fracamente suportados. Os Pogonophora são reduzidos ao nível de família dentro dos Polychaeta e retornam ao nome Siboglinidae Caullery, 1914. A nova classificação não usa categorias lineanas, e os Polychaeta compreendem dois clados, os Scolecida e Palpata. Os Palpata têm os clados Aciculata e Canalipalpata. A Aciculata contém os Phyllodocida e Eunicida. A Canalipalpata tem três clados; os Sabellida (incluindo os Siboglinidae), Spionida e Terebellida. A posição de um número de famílias requer investigação adicional.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1463-6409.1997.tb00412.x",
    doi = "10.1111/j.1463-6409.1997.tb00412.x",
    openalex = "W2099988673",
    references = "doi101007978140206754912413, doi1010160305197885900559, doi101093oso97801985464120010001, doi101111j109600311994tb00179x, doi101111j109600311995tb00092x, doi101111j146364091997tb00411x, doi101111j1469185x1974tb01572x, doi101111j1469185x1988tb00631x, doi101111j155856461988tb02497x, doi1023072408870, doi1023072412182, doi1023072413134, doi105860choice295104, openalexw1575297980, openalexw1809736813, openalexw659399033"
}

@article{doi101006jasc20010681,
    author = "O’Brien, Michael J. e Darwent, John e Lyman, R. Lee",
    title = "Cladística é Útil para Reconstruir Filogenias Arqueológicas: Pontas Paleoíndias dos Estados Unidos do Sudeste",
    year = "2001",
    journal = "Journal of Archaeological Science",
    url = "https://doi.org/10.1006/jasc.2001.0681",
    doi = "10.1006/jasc.2001.0681",
    openalex = "W1973175607",
    references = "doi101017s0094837300005224, doi101086200289, doi101093auk1002507, doi101146annureven10010165000525, doi101722611310, doi1023071367778, doi1023071377078, doi104324978020376680411, doi105962bhltitle59991, doi105962bhltitle68064, openalexw1550375751, openalexw1988829823, openalexw3135630760, openalexw634659594"
}

Desenvolveu-se uma nova e muito simplificada metodologia para a avaliação das adaptações dietéticas de táxons vivos e fósseis, que permite analisar com precisão a topografia de cicatrizes de microssulcos em baixa ampliação (35×) utilizando um microscópio estereoscópico padrão. Além dos números tradicionais de riscos e cavidades, introduzimos quatro variáveis qualitativas: textura dos riscos, riscos cruzados, grandes cavidades e sulcos, que fornecem subdivisões mais finas dentro das categorias dietéticas básicas. Apresenta-se e interpreta-se um grande banco de dados comparativo de microssulcos de ungulados existentes (809 indivíduos; 50 espécies) para elucidar as dietas de ungulados existentes. Distinguímos três fases tróficas principais em ungulados existentes: pastadores e folhívoros tradicionais, duas fases representadas por apenas algumas espécies, e uma fase transicional de folhívoro-pastor onde a maioria das espécies se enquadra, incluindo todos os alimentadores mistos. Existem dois tipos de alimentadores mistos: alimentadores mistos sazonais ou regionais e alimentadores mistos refeição por refeição. Algumas espécies têm resultados que as separam dos membros tradicionais do seu grupo trófico; ou seja, folhívoros, pastadores e alimentadores mistos. Os duikers são únicos por abranger quase todo o espectro dietético. As espécies de Okapia, Tapirus, Tragulus e Moschus têm desgaste semelhante ao dos duikers. Os proboscídeos enquadram-se na fase transicional de folhívoro-pastor, assim como os dois suídeos estudados. Estes últimos diferem entre si pelo seu grau de escavação. Equídeos fósseis arcaicos que abrangem a suposta transição de folhívoro-pastor foram comparados a ungulados existentes. Dois grandes agrupamentos são discerníveis: (1) Hyracotherium tem microssulcos mais semelhantes aos do duiker Cephalopus silvicultor e era um folhívoro que se alimentava de frutas/sementes. (2) Mesohippus spp., M. bairdii, Mesohippus hypostylus, Meso-Miohippus (uma forma transicional maior que M. bairdii), Parahippus spp. e Merychippus insignis diferem de Hyracotherium e são mais semelhantes ao ungulado existente Cervus canadensis. O grupo (2) é caracterizado por riscos finos que são o resultado do pastoreio de C3, uma fase inicial de pastoreio em equídeos que provavelmente não ocorreu em habitats abertos. Uma diferenciação mais fina das dietas do grupo (2) mostra uma mudança dietética na direção esperada (para a incorporação de mais gramíneas na dieta) e segue a transição evolutiva esperada do Eoceno ao Oligoceno e início do Mioceno. Consequentemente, estes táxons de equídeos são aqui reconstruídos como alimentadores mistos que pastoreiam gramíneas C3 de floresta. A diferenciação dietética mais fina mostra uma diminuição progressiva no número de riscos e cavidades. Mesohippus tem mais cavidades e riscos, seguido por Parahippus e depois Merychippus (que tem o menos). O táxon que incorpora mais gramíneas no seu regime dietético nesta série é Merychippus. Em Mesohippus-Parahippus versus Merychippus, as diferenças na morfologia dentária são importantes, mas as diferenças em microssulcos são ligeiras.

@article{doi1012060003008220023660001aitrou20co2,
    author = "Solounias, Nikos and Semprebon, Gina M.",
    title = "Avanços na Reconstrução da Ecomorfologia de Ungulados com Aplicação a Equídeos Fósseis Iniciais",
    year = "2002",
    journal = "American Museum Novitates",
    abstract = "Desenvolveu-se uma nova e muito simplificada metodologia para a avaliação das adaptações dietéticas de táxons vivos e fósseis, que permite analisar com precisão a topografia de cicatrizes de microssulcos em baixa ampliação (35×) usando um microscópio estereoscópico padrão. Além do número tradicional de riscos e cavidades, introduzimos quatro variáveis qualitativas: textura dos riscos, riscos transversais, grandes cavidades e sulcos, que fornecem subdivisões mais finas dentro das categorias dietéticas básicas. Apresenta-se e interpreta-se um grande banco de dados comparativo de microssulcos de ungulados existentes (809 indivíduos; 50 espécies) para elucidar as dietas de ungulados existentes. Distinguímos três fases tróficas principais em ungulados existentes: pastadores e folhívoros tradicionais, duas fases representadas por apenas algumas espécies, e uma fase transicional de folhívoro-pastor onde a maioria das espécies se enquadra, incluindo todos os alimentadores mistos. Existem dois tipos de alimentadores mistos: alimentadores mistos sazonais ou regionais e alimentadores mistos refeição por refeição. Algumas espécies têm resultados que as separam de membros tradicionais do seu grupo trófico; ou seja, folhívoros, pastadores e alimentadores mistos. Duikers são únicos por abranger quase todo o espectro dietético. Espécies de Okapia, Tapirus, Tragulus e Moschus têm desgaste semelhante ao dos duikers. Proboscídeos enquadram-se na fase transicional de folhívoro-pastor, assim como os dois suídeos estudados. Estes últimos diferem entre si pelo grau de escavação. Equídeos fósseis arcaicos que abrangem a suposta transição de folhívoro-pastor foram comparados a ungulados existentes. Dois grandes agrupamentos são discerníveis: (1) Hyracotherium tem microssulcos mais semelhantes aos do duiker Cephalopus silvicultor e era um folhívoro que se alimentava de frutas/sementes. (2) Mesohippus spp., M. bairdii, Mesohippus hypostylus, Meso-Miohippus (uma forma transicional maior que M. bairdii), Parahippus spp. e Merychippus insignis diferem de Hyracotherium e são mais semelhantes ao ungulado existente Cervus canadensis. O grupo (2) é caracterizado por riscos finos que são o resultado do pastoreio C3, uma fase inicial de pastoreio em equídeos que provavelmente não ocorreu em habitats abertos. Uma diferenciação mais fina das dietas do grupo (2) mostra uma mudança dietética na direção esperada (em direção à incorporação de mais gramíneas na dieta) e segue a transição evolutiva esperada do Eoceno ao Oligoceno e início do Mioceno. Consequentemente, estes táxons de equídeos são aqui reconstruídos como alimentadores mistos que pastoreiam gramíneas C3 de floresta. A diferenciação dietética mais fina mostra uma diminuição progressiva no número de riscos e cavidades. Mesohippus tem mais cavidades e riscos, seguido por Parahippus e depois Merychippus (que tem o menor). O táxon que incorpora mais gramíneas no seu regime dietético nesta série é Merychippus. Em Mesohippus-Parahippus versus Merychippus, as diferenças na morfologia dentária são grandes, mas as diferenças de microssulcos são pequenas.",
    url = "https://doi.org/10.1206/0003-0082(2002)366<0001:aitrou>2.0.co;2",
    doi = "10.1206/0003-0082(2002)366<0001:aitrou>2.0.co;2",
    openalex = "W2169973548",
    references = "doi101007bf00378733, doi101086394242, doi101111j1469185x1982tb00370x, doi101111j1469185x1988tb00630x"
}

@article{andersen2009some,
    author = "Andersen, N. Møller",
    title = "Alguns princípios e métodos de análise cladística com notas sobre o uso da cladística na classificação e biogeografia",
    year = "2009",
    journal = "Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1439-0469.1978.tb00679.x",
    doi = "10.1111/j.1439-0469.1978.tb00679.x",
    number = "4",
    openalex = "W2152249538",
    pages = "242-255",
    volume = "16",
    references = "doi101093sysbio20163, doi101111j155856461965tb01722x, doi101146annureven10010165000525, doi1023071793007, doi1023072411550, doi1023072412182, doi1023072412452, doi1023073151168, doi107312simp93764"
}

Resumo Ambos os tipos de eventos evolutivos, divisão e anagênese, não podem ser combinados em uma única classificação. Apenas uma classificação cladística é objetiva e testável. Uma classificação evolutiva permanece subjetiva e ambígua, mas, apesar disso, contém muita informação valiosa. Portanto, ambos os tipos de classificação devem ser sobrepostos. Zusammenfassung Kladistische oder evolutionäre Klassifikation - eine endlose Debatte? In der immer mehr mit philosophischen Argumenten geführten Debatte über kladistische oder evo-lutionäre Klassifikation in "Systematic Zoology" wird immer wieder gefordert, daß eine Klassifikation beide Evolutionsereignisse, Aufspaltung und Anagenese, widerspiegeln sollte. Es wird gezeigt, daß das unmóglich ist und daß nur eine kladistische Klassifikation objektiv und falsifizierbar ist, daß aber eine notwendigerweise mehr oder wenier subjektive evolutionäre Klassifikation auch so viel Information enthält, daß man beide Klassifikationen nebeneinanderstellen sollte.

@article{doi101111j143904691979tb00714x,
    author = "Weygoldt, Peter",
    title = "Cladistic versus phenetic classification - an endless debate?",
    year = "2009",
    journal = "Journal of Zoological Systematics \& Evolutionary Research",
    abstract = "Resumo Ambos os tipos de eventos evolutivos, divisão e anagênese, não podem ser combinados em uma única classificação. Apenas uma classificação cladística é objetiva e testável. Uma classificação evolutiva permanece subjetiva e ambígua, mas, apesar disso, contém muita informação valiosa. Portanto, ambos os tipos de classificação devem ser sobrepostos. Zusammenfassung Kladistische oder evolutionäre Klassifikation - eine endlose Debatte? In der immer mehr mit philosophischen Argumenten geführten Debatte über kladistische oder evo-lutionäre Klassifikation in "Systematic Zoology" wird immer wieder gefordert, daß eine Klassifikation beide Evolutionsereignisse, Aufspaltung und Anagenese, widerspiegeln sollte. Es wird gezeigt, daß das unmóglich ist und daß nur eine kladistische Klassifikation objektiv und falsifizierbar ist, daß aber eine notwendigerweise mehr oder wenier subjektive evolutionäre Klassifikation auch so viel Information enthält, daß man beide Klassifikationen nebeneinanderstellen sollte.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1439-0469.1979.tb00714.x",
    doi = "10.1111/j.1439-0469.1979.tb00714.x",
    openalex = "W1971833370",
    references = "andersen2009some, doi101146annureven10010165000525, doi1023072412606, doi1023072412883, doi1023072412889, doi1023072412890, doi1023072412891"
}

Resumo 1. Aqui, apresento um novo pacote multifuncional de filogenética, phytools, para o ambiente de computação estatística R. 2. O foco do pacote está nos métodos para biologia comparativa filogenética; no entanto, ele também inclui ferramentas para inferência de árvores, entrada/saída de filogenia, plotagem, manipulação e várias outras tarefas. 3. Descrevo e tabelo os principais métodos implementados no phytools e, além disso, forneço algumas demonstrações de seu uso na forma de dois exemplos ilustrativos. 4. Finalmente, concluo descrevendo brevemente um blog ativo que uso para documentar desenvolvimentos atuais e futuros para o phytools. Também observo outros recursos da web para filogenética no ambiente computacional R.

@article{doi101111j2041210x201100169x,
    author = "Revell, Liam J.",
    title = "phytools: um pacote R para biologia comparativa filogenética (e outras coisas)",
    year = "2011",
    journal = "Methods in Ecology and Evolution",
    abstract = "Resumo 1. Aqui, apresento um novo pacote multifuncional de filogenética, phytools, para o ambiente de computação estatística R. 2. O foco do pacote está nos métodos para biologia comparativa filogenética; no entanto, ele também inclui ferramentas para inferência de árvores, entrada/saída de filogenia, plotagem, manipulação e várias outras tarefas. 3. Descrevo e tabelo os principais métodos implementados no phytools e, além disso, forneço algumas demonstrações de seu uso na forma de dois exemplos ilustrativos. 4. Finalmente, concluo descrevendo brevemente um blog ativo que uso para documentar desenvolvimentos atuais e futuros para o phytools. Também observo outros recursos da web para filogenética no ambiente computacional R.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.2041-210x.2011.00169.x",
    doi = "10.1111/j.2041-210x.2011.00169.x",
    openalex = "W1605984840",
    references = "doi1010179781316276259010, doi10103844766, doi10108010635150802302427, doi101086284325, doi101086343873, doi101086383584, doi101086660020, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093bioinformaticsbtq706, doi101093oso97801985464120010001, doi101111j001438202003tb00285x, doi101111j15585646201001026x, doi10118614712105788, doi105860choice295104, openalexw1549853756, openalexw229097380"
}

O gênero Equus está amplamente representado no registro fóssil, mas nossa compreensão das relações taxonômicas dentro deste gênero permanece limitada. Para estimar as relações filogenéticas entre cavalos modernos, zebras, burros e jumentos, geramos o primeiro conjunto de dados incluindo sequências mitocôndrias completas de todas as sete linhagens extantes dentro do gênero Equus. A inferência filogenética por máxima verossimilhança bayesiana e de máxima verossimilhança confirma que as zebras são monofiléticas dentro do gênero, e as zebras das planícies e de Grevy formam um grupo monofilético bem suportado. Usando técnicas de DNA antigo, caracterizamos ainda mais os genomas mitocôndrios completos de três linhagens de equídeos extintas (os cavalos de pernas estilizadas do Novo Mundo, NWSLH; o subgênero Sussemionus; e o Quagga, Equus quagga quagga). Comparações com táxons extantes confirmam que os NWSLH fazem parte dos caballines, e que o Quagga e as zebras das planícies são conspecíficos. No entanto, as relações evolutivas entre as linhagens não-caballines, incluindo o subgênero Sussemionus agora extinto, permanecem não resolvidas, provavelmente devido à radiação extremamente rápida dentro deste grupo. Os grupos externos vivos mais próximos (rinocerontes e tapires) foram encontrados como sendo filogeneticamente muito distantes para calibrar relógios moleculares confiáveis. Dados adicionais de sequenciamento de genoma mitocôndrio, incluindo equídeos antigos datados por radiocarbono, serão necessários antes de reavaliar o tempo exato da radiação das linhagens que levaram aos equídeos modernos, que, até agora, foram encontrados como tendo possivelmente compartilhado um ancestral comum há até 4 milhões de anos (Mya).

@article{doi101371journalpone0055950,
    author = "Vilstrup, Julia T. e Seguin‐Orlando, Andaine e Stiller, Mathias e Ginolhac, Aurélien e Raghavan, Maanasa e Nielsen, Sandra C. A. e Weinstock, Jacobo e Froese, Duane e Vasiliev, Sergei K. e Ovodov, Nikolai D. e Clary, Joël e Helgen, Kristofer M. e Fleischer, Robert C. e Cooper, Alan e Shapiro, Beth e Orlando, Ludovic",
    title = "Filogenômica Mitocôndrial de Equídeos Modernos e Antigos",
    year = "2013",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "O gênero Equus está amplamente representado no registro fóssil, mas nossa compreensão das relações taxonômicas dentro deste gênero permanece limitada. Para estimar as relações filogenéticas entre cavalos modernos, zebras, burros e jumentos, geramos o primeiro conjunto de dados incluindo sequências mitocôndrias completas de todas as sete linhagens extantes dentro do gênero Equus. A inferência filogenética por máxima verossimilhança bayesiana e de máxima verossimilhança confirma que as zebras são monofiléticas dentro do gênero, e as zebras das planícies e de Grevy formam um grupo monofilético bem suportado. Usando técnicas de DNA antigo, caracterizamos ainda mais os genomas mitocôndrios completos de três linhagens de equídeos extintas (os cavalos de pernas estilizadas do Novo Mundo, NWSLH; o subgênero Sussemionus; e o Quagga, Equus quagga quagga). Comparações com táxons extantes confirmam que os NWSLH fazem parte dos caballines, e que o Quagga e as zebras das planícies são conspecíficos. No entanto, as relações evolutivas entre as linhagens não-caballines, incluindo o subgênero Sussemionus agora extinto, permanecem não resolvidas, provavelmente devido à radiação extremamente rápida dentro deste grupo. Os grupos externos vivos mais próximos (rinocerontes e tapires) foram encontrados como sendo filogeneticamente muito distantes para calibrar relógios moleculares confiáveis. Dados adicionais de sequenciamento de genoma mitocôndrio, incluindo equídeos antigos datados por radiocarbono, serão necessários antes de reavaliar o tempo exato da radiação das linhagens que levaram aos equídeos modernos, que, até agora, foram encontrados como tendo possivelmente compartilhado um ancestral comum há até 4 milhões de anos (Mya).",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0055950",
    doi = "10.1371/journal.pone.0055950",
    openalex = "W2003372336",
    references = "doi101093sysbio293272"
}

Estudos de correlações evolutivas comumente usam regressão filogenética (ou seja, contrastes independentes e menores quadrados generalizados filogenéticos) para avaliar a covariação de traços em um contexto filogenético. No entanto, embora essa abordagem seja adequada para avaliar tendências em um ou poucos traços, ela é incapaz de avaliar padrões em dados altamente multivariados, pois o grande número de variáveis em relação ao tamanho da amostra impede o cálculo de estatísticas de teste paramétricas. Isso impõe limitações sérias para biólogos comparativos, que devem ou simplificar como quantificam traços fenotípicos, ou alterar as hipóteses biológicas que desejam examinar. Neste artigo, proponho um novo procedimento estatístico para realizar modelos de ANOVA e regressão em um contexto filogenético que possa acomutar conjuntos de dados de alta dimensão. A abordagem é derivada da equivalência estatística entre métodos paramétricos usando matrizes de covariância e métodos baseados em matrizes de distância. Usando simulações sob movimento browniano, mostro que o método apresenta taxas de erro Tipo I apropriadas e poder estatístico, enquanto procedimentos paramétricos padrão têm poder decrescente à medida que a dimensionalidade dos dados aumenta. Assim, o novo procedimento fornece um meio útil de avaliar a covariação de traços ao longo de um conjunto de táxons relacionados por uma filogenia, permitindo que biólogos macroevolutivos testem hipóteses de adaptação e mudança fenotípica em conjuntos de dados de alta dimensão.

@article{doi101111evo12463,
    author = "Adams, Dean C.",
    title = "UM MÉTODO PARA AVALIAR MODELOS DE MENORES QUADRADOS FILogenÉTICOS PARA FORMA E OUTROS DADOS MULTIVARIADOS DE ALTA DIMENSÃO",
    year = "2014",
    journal = "Evolution",
    abstract = "Estudos de correlações evolutivas comumente usam regressão filogenética (ou seja, contrastes independentes e menores quadrados generalizados filogenéticos) para avaliar a covariação de traços em um contexto filogenético. No entanto, embora essa abordagem seja adequada para avaliar tendências em um ou poucos traços, ela é incapaz de avaliar padrões em dados altamente multivariados, pois o grande número de variáveis em relação ao tamanho da amostra impede o cálculo de estatísticas de teste paramétricas. Isso impõe limitações sérias para biólogos comparativos, que devem ou simplificar como quantificam traços fenotípicos, ou alterar as hipóteses biológicas que desejam examinar. Neste artigo, proponho um novo procedimento estatístico para realizar modelos de ANOVA e regressão em um contexto filogenético que possa acomutar conjuntos de dados de alta dimensão. A abordagem é derivada da equivalência estatística entre métodos paramétricos usando matrizes de covariância e métodos baseados em matrizes de distância. Usando simulações sob movimento browniano, mostro que o método apresenta taxas de erro Tipo I apropriadas e poder estatístico, enquanto procedimentos paramétricos padrão têm poder decrescente à medida que a dimensionalidade dos dados aumenta. Assim, o novo procedimento fornece um meio útil de avaliar a covariação de traços ao longo de um conjunto de táxons relacionados por uma filogenia, permitindo que biólogos macroevolutivos testem hipóteses de adaptação e mudança fenotípica em conjuntos de dados de alta dimensão.",
    url = "https://doi.org/10.1111/evo.12463",
    doi = "10.1111/evo.12463",
    openalex = "W2102871571",
    references = "doi101093sysbiosyp106, doi101093sysbiosyt053, doi101111j14209101201102427x"
}