Conservação

@book{dasmann1972environmental1,
    author = "Dasmann, R. F",
    title = "Environmental Conservation [3rd ed.]",
    year = "1972",
    publisher = "New York, Wiley, 473 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Dasmann, R. F., 1972, Environmental Conservation [3rd ed.]: New York, Wiley, 473 p.}"
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I. Desconto e conservação, 359. — II. Um modelo para alocação de recursos ambientais naturais: o conceito de taxas de desconto efetivas, 362. — III. Considerações finais, 370.

@article{doi1023071885257,
    author = "Fisher, Anthony C. e Krutilla, John V.",
    title = "Conservação de Recursos, Preservação Ambiental e a Taxa de Desconto",
    year = "1975",
    journal = "The Quarterly Journal of Economics",
    abstract = "I. Desconto e conservação, 359. — II. Um modelo para alocação de recursos ambientais naturais: o conceito de taxas de desconto efetivas, 362. — III. Considerações finais, 370.",
    url = "https://doi.org/10.2307/1885257",
    doi = "10.2307/1885257",
    openalex = "W2068341906"
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@book{openalexw2123629586,
    author = "Young, Anthony",
    title = "Agroforestry for Soil Conservation",
    year = "1989",
    booktitle = "OpenGrey (Institut de l'Information Scientifique et Technique)",
    openalex = "W2123629586",
    references = "doi101016s0065211308603971"
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A erosão do solo é uma ameaça ambiental significativa à sustentabilidade e à capacidade produtiva da agricultura. Durante os últimos 40 anos, quase um terço das terras aráveis do mundo foi perdida por erosão e continua a ser perdida a uma taxa de mais de 10 milhões de hectares por ano. Com o acréscimo de um quarto de milhão de pessoas por dia, a demanda por alimentos da população mundial está aumentando em um momento em que a produtividade alimentar per capita está começando a declinar.

@article{doi101126science26752011117,
    author = "Pimentel, David e Harvey, Célia A. e Resosudarmo, Ida Aju Pradnja e Sinclair, K.B. e Kurz, Daniel e McNair, Michael e Crist, Scott D. e Shpritz, L. e Fitton, L. e Saffouri, R. e Blair, Ryan",
    title = "Custos Ambientais e Econômicos da Erosão do Solo e Benefícios de Conservação",
    year = "1995",
    journal = "Science",
    abstract = "A erosão do solo é uma ameaça ambiental significativa à sustentabilidade e à capacidade produtiva da agricultura. Durante os últimos 40 anos, quase um terço das terras aráveis do mundo foi perdida por erosão e continua a ser perdida a uma taxa de mais de 10 milhões de hectares por ano. Com o acréscimo de um quarto de milhão de pessoas por dia, a demanda por alimentos da população mundial está aumentando em um momento em que a produtividade alimentar per capita está começando a declinar.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.267.5201.1117",
    doi = "10.1126/science.267.5201.1117",
    openalex = "W2050154560",
    references = "doi101017cbo9780511735394, doi101071sr9910745, doi101111j136523891984tb00278x, doi1012019781351072519, doi102307215130, doi1023073451509, doi102307633494, doi105860choice451769, openalexw2123629586, openalexw3141838726"
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Lista de Contribuintes Agradecimentos e uma Advertência ao Leitor Lista de Figuras Lista de Tabelas I. Mudança Social e Conservação: uma Visão Geral de Questões e Conceitos Krishna B. Ghimire e Michel P. Pimbert II. Biodiversidade e Bem-Estar Humano Piers Blaikie e Sally Jeanrenaud III. Gestão de Parques Nacionais e Áreas Protegidas na Costa Rica e na Alemanha: uma Análise Comparativa Jens Briiggemann IV. Salvando a Natureza: Povos Indígenas e Áreas Protegidas Marcus Colchester V. Mulheres, Produtos Florestais e Áreas Protegidas: um Estudo de Caso do Santuário da Vida Selvagem de Jaldapara, Bengala Ocidental, Índia Chandana Dey VI. Desenvolvimento Local e Parques na França Andrea Finger-Stich e Krishna B. Ghimire VII. Conservação e Desenvolvimento Social: uma Avaliação de Wolong e outras Reservas de Panda na China Krishna B. Ghirnire VIII. Ecoturismo e Reconstrução Rural na África do Sul: Realidade ou Retórica? Eddie Koch IX. Gestão da Vida Selvagem, Turismo e Comunidades Locais no Zimbábue Chris Mayor X. Áreas Protegidas, Conservacionistas e Interesses Aborígenes no Canadá James Morrison XI. Parques, Pessoas e Profissionais: Colocando 'Participação' na Gestão de Áreas Protegidas Michel P. Pimbert e Jules N. Pretty Lista de Abreviaturas e Siglas Medidas de Terra e Peso Conversão de Moeda

@book{openalexw1546506088,
    author = "Ghimire, Krishna B. e Pimbert, Michel",
    title = "Mudança social e conservação: política ambiental e impactos de parques nacionais e áreas protegidas.",
    year = "1997",
    booktitle = "Earthscan Publications Ltd eBooks",
    abstract = "Lista de Contribuintes Agradecimentos e uma Advertência ao Leitor Lista de Figuras Lista de Tabelas I. Mudança Social e Conservação: uma Visão Geral de Questões e Conceitos Krishna B. Ghimire e Michel P. Pimbert II. Biodiversidade e Bem-Estar Humano Piers Blaikie e Sally Jeanrenaud III. Gestão de Parques Nacionais e Áreas Protegidas na Costa Rica e na Alemanha: uma Análise Comparativa Jens Briiggemann IV. Salvando a Natureza: Povos Indígenas e Áreas Protegidas Marcus Colchester V. Mulheres, Produtos Florestais e Áreas Protegidas: um Estudo de Caso do Santuário da Vida Selvagem de Jaldapara, Bengala Ocidental, Índia Chandana Dey VI. Desenvolvimento Local e Parques na França Andrea Finger-Stich e Krishna B. Ghimire VII. Conservação e Desenvolvimento Social: uma Avaliação de Wolong e outras Reservas de Panda na China Krishna B. Ghirnire VIII. Ecoturismo e Reconstrução Rural na África do Sul: Realidade ou Retórica? Eddie Koch IX. Gestão da Vida Selvagem, Turismo e Comunidades Locais no Zimbábue Chris Mayor X. Áreas Protegidas, Conservacionistas e Interesses Aborígenes no Canadá James Morrison XI. Parques, Pessoas e Profissionais: Colocando 'Participação' na Gestão de Áreas Protegidas Michel P. Pimbert e Jules N. Pretty Lista de Abreviaturas e Siglas Medidas de Terra e Peso Conversão de Moeda",
    url = "https://openalex.org/W1546506088",
    openalex = "W1546506088"
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Resumo A crescente preocupação com o impacto ambiental da agricultura na Europa levou à introdução de esquemas agro-ambientais. Estes esquemas compensam os agricultores financeiramente por qualquer perda de receita associada a medidas que visam beneficiar o ambiente ou a biodiversidade. Atualmente, existem esquemas agro-ambientais em 26 dos 44 países europeus. Os esquemas agro-ambientais variam significativamente entre os países, mesmo dentro da União Europeia. Os principais objetivos incluem a redução das emissões de nutrientes e pesticidas, a proteção da biodiversidade, a restauração das paisagens e a prevenção do despovoamento rural. Em praticamente todos os países, a adesão aos esquemas é mais elevada nas áreas de agricultura extensiva onde a biodiversidade é ainda relativamente alta e mais baixa nas áreas de agricultura intensiva onde a biodiversidade é baixa. Aproximadamente 24,3 mil milhões de euros foram gastos em esquemas agro-ambientais na União Europeia (UE) desde 1994, uma proporção desconhecida dos quais em esquemas com objetivos de conservação da biodiversidade. Realizámos uma pesquisa abrangente para estudos que testam a eficácia dos esquemas agro-ambientais em artigos publicados ou relatórios. Apenas 62 estudos de avaliação foram encontrados, provenientes de apenas cinco países da UE e da Suíça (5). De facto, 76% dos estudos foram dos Países Baixos e do Reino Unido, onde até agora apenas cerca de 6% do orçamento agro-ambiental da UE foi gasto. Outros estudos foram da Alemanha (6), Irlanda (3) e Portugal (1). Na maioria dos estudos, o desenho da investigação foi inadequado para avaliar de forma fiável a eficácia dos esquemas. Trinta e um por cento não continham uma análise estatística. Quando foi utilizado uma abordagem experimental, os desenhos eram geralmente fracos e tendenciosos para dar um resultado favorável. O desenho experimental mais comum (37% dos estudos) foi uma comparação da biodiversidade em esquemas agro-ambientais e áreas de controlo. No entanto, existe um risco de viés se os agricultores ou os coordenadores dos esquemas selecionarem os locais para os esquemas agro-ambientais. Nestes casos, os locais provavelmente terão uma biodiversidade mais elevada no início em comparação com os controlos. Este problema pode ser abordado pela recolha de dados de base (34% dos estudos), comparação de tendências (32%) ou alterações (26%) na biodiversidade entre áreas com e sem esquemas ou por pareamento de locais de esquemas e de controlo que experimentam condições ambientais semelhantes (16%). No geral, 54% das espécies (grupos) examinadas demonstraram aumentos e 6% diminuições na riqueza ou abundância de espécies em comparação com os controlos. Dezassete por cento mostraram aumentos para algumas espécies e diminuições para outras espécies, enquanto 23% não mostraram qualquer alteração em resposta aos esquemas agro-ambientais. A resposta variou entre os táxons. De 19 estudos que examinaram a resposta das aves que incluíram uma análise estatística, quatro mostraram aumentos significativos na riqueza ou abundância de espécies, dois mostraram diminuições e nove mostraram tanto aumentos como diminuições. Figuras comparativas para 20 estudos de artrópodes resultaram em 11 estudos que mostraram um aumento na riqueza ou abundância de espécies, nenhum estudo mostrou uma diminuição e três mostraram tanto aumentos como diminuições. Quatorze estudos de plantas resultaram em seis estudos que mostraram aumentos na riqueza ou abundância de espécies, dois mostraram diminuições e nenhum estudo mostrou tanto aumentos como diminuições. Síntese e aplicações. A falta de estudos de avaliação robustos não permite um julgamento geral da eficácia dos esquemas agro-ambientais europeus. Sugerimos que, no futuro, as avaliações ecológicas devem tornar-se uma parte integrante de qualquer esquema, incluindo a recolha de dados de base, a colocação aleatória de locais de esquemas e de controlo em áreas com condições iniciais semelhantes e replicação suficiente. Os resultados destes estudos devem ser recolhidos e divulgados mais amplamente, a fim de identificar as abordagens e prescrições que melhor promovem o aumento da biodiversidade e o valor do dinheiro proveniente do apoio da comunidade.

@article{doi101111j13652664200300868x,
    author = "Kleijn, David and Sutherland, William J.",
    title = "Quão eficazes são os esquemas agroambientais europeus na conservação e promoção da biodiversidade?",
    year = "2003",
    journal = "Journal of Applied Ecology",
    abstract = "Resumo A crescente preocupação com o impacto ambiental da agricultura na Europa levou à introdução de esquemas agroambientais. Estes esquemas compensam os agricultores financeiramente por qualquer perda de renda associada a medidas que visam beneficiar o ambiente ou a biodiversidade. Atualmente, existem esquemas agroambientais em 26 dos 44 países europeus. Os esquemas agroambientais variam significativamente entre os países, mesmo dentro da União Europeia. Os principais objetivos incluem a redução das emissões de nutrientes e pesticidas, a proteção da biodiversidade, a restauração das paisagens e a prevenção do despovoamento rural. Em praticamente todos os países, a adesão aos esquemas é maior nas áreas de agricultura extensiva onde a biodiversidade ainda é relativamente alta e menor nas áreas de agricultura intensiva onde a biodiversidade é baixa. Aproximadamente 24,3 mil milhões de euros foram gastos em esquemas agroambientais na União Europeia (UE) desde 1994, uma proporção desconhecida dos quais em esquemas com objetivos de conservação da biodiversidade. Realizamos uma pesquisa abrangente para estudos que testam a eficácia dos esquemas agroambientais em artigos publicados ou relatórios. Foram encontrados apenas 62 estudos de avaliação provenientes de apenas cinco países da UE e da Suíça (5). De fato, 76% dos estudos foram dos Países Baixos e do Reino Unido, onde até agora apenas cerca de 6% do orçamento agroambiental da UE foi gasto. Outros estudos foram da Alemanha (6), Irlanda (3) e Portugal (1). Na maioria dos estudos, o desenho da pesquisa foi inadequado para avaliar de forma confiável a eficácia dos esquemas. Trinta e um por cento não continham uma análise estatística. Quando uma abordagem experimental foi utilizada, os desenhos eram geralmente fracos e tendenciosos para dar um resultado favorável. O desenho experimental mais comum (37% dos estudos) foi uma comparação da biodiversidade em esquemas agroambientais e áreas de controle. No entanto, existe um risco de viés se os agricultores ou coordenadores dos esquemas selecionarem os locais para os esquemas agroambientais. Nestes casos, os locais provavelmente terão uma biodiversidade mais alta no início em comparação com os controles. Este problema pode ser abordado pela coleta de dados de linha de base (34% dos estudos), comparação de tendências (32%) ou mudanças (26%) na biodiversidade entre áreas com e sem esquemas ou por pareamento de locais de esquemas e de controle que experimentam condições ambientais semelhantes (16%). No geral, 54% das espécies (grupos) examinadas demonstraram aumentos e 6% diminuições na riqueza ou abundância de espécies em comparação com os controles. Dezessete por cento mostraram aumentos para algumas espécies e diminuições para outras espécies, enquanto 23% não mostraram nenhuma mudança em resposta aos esquemas agroambientais. A resposta variou entre os táxons. De 19 estudos que examinaram a resposta de aves que incluíram uma análise estatística, quatro mostraram aumentos significativos na riqueza ou abundância de espécies, dois mostraram diminuições e nove mostraram tanto aumentos quanto diminuições. Figuras comparativas para 20 estudos de artrópodes resultaram em 11 estudos que mostraram um aumento na riqueza ou abundância de espécies, nenhum estudo mostrou uma diminuição e três mostraram tanto aumentos quanto diminuições. Quatorze estudos de plantas resultaram em seis estudos que mostraram aumentos na riqueza ou abundância de espécies, dois mostraram diminuições e nenhum estudo mostrou tanto aumentos quanto diminuições. Síntese e aplicações. A falta de estudos de avaliação robustos não permite um julgamento geral da eficácia dos esquemas agroambientais europeus. Sugerimos que, no futuro, as avaliações ecológicas devem se tornar parte integrante de qualquer esquema, incluindo a coleta de dados de linha de base, a colocação aleatória de locais de esquemas e de controle em áreas com condições iniciais semelhantes e replicação suficiente. Os resultados destes estudos devem ser coletados e disseminados mais amplamente, a fim de identificar as abordagens e prescrições que melhor entregam o aprimoramento da biodiversidade e o melhor custo-benefício do apoio comunitário.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-2664.2003.00868.x",
    doi = "10.1111/j.1365-2664.2003.00868.x",
    openalex = "W2119442719",
    references = "openalexw2112482114"
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Aplicamos o "sequenciamento shotgun de genoma completo" a populações microbianas coletadas em massa em filtros de fluxo tangencial e de impacto a partir de amostras de água do mar coletadas do Mar de Sargasso, perto de Bermuda. Um total de 1,045 bilhão de pares de bases de sequência não redundante foi gerado, anotado e analisado para elucidar o conteúdo gênico, a diversidade e a abundância relativa dos organismos dentro dessas amostras ambientais. Estes dados são estimados para derivar de pelo menos 1800 espécies genômicas com base na similaridade de sequência, incluindo 148 filos bacterianos anteriormente desconhecidos. Identificamos mais de 1,2 milhão de genes anteriormente desconhecidos representados nessas amostras, incluindo mais de 782 novos fotorreceptores semelhantes à rodopsina. A variação nas espécies presentes e na estequiometria sugere uma diversidade microbiana oceânica substancial.

@article{doi101126science1093857,
    author = "Venter, J. Craig e Remington, Karin e Heidelberg, John F. e Halpern, Aaron L. e Rusch, Doug e Eisen, Jonathan A. e Wu, Dongying e Paulsen, Ian T. e Nelson, Karen E. e Nelson, William e Fouts, Derrick E. e Lévy, Samuel e Knap, Anthony H. e Lomas, Michael W. e Nealson, K. e White, Owen e Peterson, Jeremy e Hoffman, Jeff e Parsons, Rachel e Baden-Tillson, Holly e Pfannkoch, Cynthia e Rogers, Yu-Hui e Smith, Hamilton O.",
    title = "Sequenciamento Shotgun do Genoma Ambiental do Mar de Sargasso",
    year = "2004",
    journal = "Science",
    abstract = {Aplicamos o "sequenciamento shotgun de genoma completo" a populações microbianas coletadas em massa em filtros de fluxo tangencial e de impacto a partir de amostras de água do mar coletadas do Mar de Sargasso, perto de Bermuda. Um total de 1,045 bilhão de pares de bases de sequência não redundante foi gerado, anotado e analisado para elucidar o conteúdo gênico, a diversidade e a abundância relativa dos organismos dentro dessas amostras ambientais. Estes dados são estimados para derivar de pelo menos 1800 espécies genômicas com base na similaridade de sequência, incluindo 148 filos bacterianos anteriormente desconhecidos. Identificamos mais de 1,2 milhão de genes anteriormente desconhecidos representados nessas amostras, incluindo mais de 782 novos fotorreceptores semelhantes à rodopsina. A variação nas espécies presentes e na estequiometria sugere uma diversidade microbiana oceânica substancial.},
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1093857",
    doi = "10.1126/science.1093857",
    openalex = "W2113601822",
    references = "doi101038nature01947, doi101073pnas142680199, doi101093nargkg039, doi101093nargkg095, doi101126science28754612196, doi101126science28954861902, doi101128aem335122512281977, doi101128aem666254125472000, doi1023073875, openalexw1558982506"
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A biodiversidade de água doce é a prioridade de conservação preponderante durante a Década Internacional de Ação - 'Água para a Vida' - de 2005 a 2015. A água doce compõe apenas 0,01% da água do mundo e aproximadamente 0,8% da superfície da Terra, no entanto, esta pequena fração da água global sustenta pelo menos 100.000 espécies de aproximadamente 1,8 milhão - quase 6% de todas as espécies descritas. As águas interiores e a biodiversidade de água doce constituem um recurso natural valioso, em termos econômicos, culturais, estéticos, científicos e educacionais. Sua conservação e gestão são críticas para os interesses de todos os seres humanos, nações e governos. No entanto, este patrimônio precioso está em crise. As águas doces estão experimentando declínios na biodiversidade muito maiores do que aqueles nos ecossistemas terrestres mais afetados, e se as tendências nas demandas humanas por água permanecerem inalteradas e as perdas de espécies continuarem nas taxas atuais, a oportunidade de conservar grande parte da biodiversidade remanescente em água doce desaparecerá antes que a década 'Água para a Vida' termine em 2015. Por que é assim, e o que está sendo feito a respeito? Este artigo explora as características especiais dos habitats de água doce e a biodiversidade que eles sustentam, o que os torna especialmente vulneráveis às atividades humanas. Documentamos as ameaças à biodiversidade global de água doce sob cinco títulos: sobreexploração; poluição da água; modificação do fluxo; destruição ou degradação do habitat; e invasão por espécies exóticas. Suas influências combinadas e interativas resultaram em declínios populacionais e redução de distribuição da biodiversidade de água doce em todo o mundo. A conservação da biodiversidade é complicada pela posição paisagística de rios e zonas úmidas como 'receptores' de efluentes de uso do solo, e pelos problemas impostos pelo endemismo e, portanto, pela não substitutibilidade. Além disso, em muitas partes do mundo, a água doce está sujeita a uma competição severa entre múltiplos interessados humanos. A proteção da biodiversidade de água doce é talvez o desafio de conservação definitivo porque é influenciada pela rede de drenagem a montante, a terra circundante, a zona ripária e - no caso de fauna aquática migratória - trechos a jusante. Tais pré-requisitos raramente são atendidos. Ação imediata é necessária onde existem oportunidades para reservar ecossistemas de lago e rio intactos dentro de grandes áreas protegidas. Para a maior parte da superfície terrestre global, são necessárias compensações entre a conservação da biodiversidade de água doce e o uso humano de bens e serviços do ecossistema. Defendemos a continuação dos esforços para conter a perda de espécies, mas, em muitas situações, apelos à adoção de uma posição de compromisso de gestão para a conservação da biodiversidade, funcionamento do ecossistema e resiliência, e meios de subsistência humanos, a fim de fornecer uma base viável de longo prazo para a conservação de água doce. O reconhecimento dessa necessidade exigirá a adoção de um novo paradigma para a proteção da biodiversidade e a gestão de ecossistemas de água doce - um que foi apropriadamente denominado 'ecologia de reconciliação'.

@article{doi101017s1464793105006950,
    author = "Dudgeon, David and Arthington, Angela H. and Gessner, Mark O. and Kawabata, Zen'ichiro e Knowler, Duncan e Lévêque, Christian e Naiman, Robert J. e Prieur‐Richard, Anne‐Hélène e Soto, Doris e Stiassny, Melanie L. J. e Sullivan, Caroline A",
    title = "Biodiversidade de água doce: importância, ameaças, estado e desafios de conservação",
    year = "2005",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews da Sociedade Filosófica de Cambridge",
    abstract = "A biodiversidade de água doce é a prioridade de conservação preponderante durante a Década Internacional de Ação - 'Água para a Vida' - de 2005 a 2015. A água doce compõe apenas 0,01% da água do mundo e aproximadamente 0,8% da superfície da Terra, no entanto, esta pequena fração da água global sustenta pelo menos 100.000 espécies de aproximadamente 1,8 milhão - quase 6% de todas as espécies descritas. As águas interiores e a biodiversidade de água doce constituem um recurso natural valioso, em termos econômicos, culturais, estéticos, científicos e educacionais. Sua conservação e gestão são críticas para os interesses de todos os humanos, nações e governos. No entanto, este patrimônio precioso está em crise. As águas doces estão experimentando declínios na biodiversidade muito maiores do que aqueles nos ecossistemas terrestres mais afetados, e se as tendências nas demandas humanas por água permanecerem inalteradas e as perdas de espécies continuarem nas taxas atuais, a oportunidade de conservar grande parte da biodiversidade remanescente em água doce desaparecerá antes que a década 'Água para a Vida' termine em 2015. Por que é assim, e o que está sendo feito a respeito? Este artigo explora as características especiais dos habitats de água doce e a biodiversidade que eles sustentam, o que os torna especialmente vulneráveis às atividades humanas. Documentamos as ameaças à biodiversidade global de água doce sob cinco títulos: sobreexploração; poluição da água; modificação do fluxo; destruição ou degradação do habitat; e invasão por espécies exóticas. Suas influências combinadas e interativas resultaram em declínios populacionais e redução de distribuição da biodiversidade de água doce em todo o mundo. A conservação da biodiversidade é complicada pela posição paisagística de rios e zonas úmidas como 'receptores' de efluentes de uso da terra, e os problemas impostos pelo endemismo e, portanto, pela não substitutibilidade. Além disso, em muitas partes do mundo, a água doce está sujeita a uma competição severa entre múltiplos stakeholders humanos. A proteção da biodiversidade de água doce é talvez o desafio de conservação definitivo porque é influenciada pela rede de drenagem a montante, a terra circundante, a zona ripária e - no caso de fauna aquática migratória - trechos a jusante. Tais pré-requisitos raramente são atendidos. Ação imediata é necessária onde existem oportunidades para reservar ecossistemas de lago e rio intactos dentro de grandes áreas protegidas. Para a maior parte da superfície terrestre global, são necessárias compensações entre a conservação da biodiversidade de água doce e o uso humano de bens e serviços ecossistêmicos. Defendemos a continuidade dos esforços para conter a perda de espécies, mas, em muitas situações, urge a adoção de uma posição de compromisso de gestão para a conservação da biodiversidade, funcionamento e resiliência do ecossistema, e meios de subsistência humanos, a fim de fornecer uma base viável de longo prazo para a conservação de água doce. O reconhecimento dessa necessidade exigirá a adoção de um novo paradigma para a proteção da biodiversidade e a gestão de ecossistemas de água doce - um que foi apropriadamente denominado 'ecologia de reconciliação'.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s1464793105006950",
    doi = "10.1017/s1464793105006950",
    openalex = "W2107140090",
    references = "doi1010079789400958517, doi101007s1053300403700, doi10103835002501, doi101038387253a0, doi101065espr200212142, doi101093acprofoso97801985208630010001, doi101126science1064088, doi101126science1103538, doi101126science27753331808, doi101126science28754591770, doi101126science2895477284, doi1016410006356820010510933teotwa20co2, doi101890040922, doi1023071313099, doi1023072257385, doi105860choice496872"
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Os pagamentos por serviços ambientais (PSA) representam uma nova e mais direta maneira de promover a conservação. Eles reconhecem explicitamente a necessidade de abordar compensações difíceis, conectando os interesses de proprietários de terras e atores externos através de compensações. Avaliações teóricas elogiam as vantagens dos PSA em relação a abordagens indiretas, mas no trópico a aplicação dos PSA permaneceu incipiente. Aqui, meu objetivo é desmistificar os PSA e esclarecer seu escopo de aplicação como uma ferramenta para a conservação tropical. Foco no lado da oferta dos PSA (ou seja, como converter financiamento de PSA em conservação efetiva no terreno), que até agora foi amplamente negligenciado. Revisei a literatura sobre PSA para países em desenvolvimento e combinei essas descobertas com observações de meus próprios estudos de campo na América Latina e na Ásia. Um esquema de PSA, simplesmente dito, é um acordo voluntário e condicional entre pelo menos um "vendedor" e um "comprador" sobre um serviço ambiental bem definido --ou um uso da terra presumido para produzir aquele serviço. Obstáculos principais para PSA efetivos incluem limitações do lado da demanda e falta de know-how do lado da oferta em relação à implementação. O design de programas de PSA pode ser melhorado explicitando linhas de base, calculando custos de oportunidade de conservação, personalizando modalidades de pagamento e direcionando agentes com reivindicações de terra críveis e ameaças à conservação. A expansão dos PSA pode ocorrer se os esquemas puderem demonstrar adicionalidade clara (ou seja, efeitos incrementais de conservação em relação a linhas de base predefinidas), se as dinâmicas de subsistência dos receptores de PSA forem melhor compreendidas e se os objetivos de eficiência forem equilibrados com considerações de justiça. Os PSA são provavelmente mais adequados para cenários de custos de oportunidade de conservação moderados em terras marginais e em configurações com ameaças emergentes, ainda não realizadas. Atores que representam ameaças críveis ao meio ambiente receberão mais provavelmente PSA do que aqueles que já vivem em harmonia com a natureza. Um esquema de PSA pode, portanto, beneficiar tanto compradores quanto vendedores enquanto melhora a base de recursos, mas é improvável que substitua completamente outros instrumentos de conservação.

@article{doi101111j15231739200600559x,
    author = "Wunder, Sven",
    title = "The Efficiency of Payments for Environmental Services in Tropical Conservation",
    year = "2006",
    journal = "Conservation Biology",
    abstract = {Payments for environmental services (PES) represent a new, more direct way to promote conservation. They explicitly recognize the need to address difficult trade-offs by bridging the interests of landowners and external actors through compensations. Theoretical assessments praise the advantages of PES over indirect approaches, but in the tropics PES application has remained incipient. Here I aim to demystify PES and clarify its scope for application as a tool for tropical conservation. I focus on the supply side of PES (i.e., how to convert PES funding into effective conservation on the ground), which until now has been widely neglected. I reviewed the PES literature for developing countries and combined these findings with observations from my own field studies in Latin America and Asia. A PES scheme, simply stated, is a voluntary, conditional agreement between at least one "seller" and one "buyer" over a well-defined environmental service--or a land use presumed to produce that service. Major obstacles to effective PES include demand-side limitations and a lack of supply-side know-how regarding implementation. The design of PES programs can be improved by explicitly outlining baselines, calculating conservation opportunity costs, customizing payment modalities, and targeting agents with credible land claims and threats to conservation. Expansion of PES can occur if schemes can demonstrate clear additionality (i.e., incremental conservation effects vis-à-vis predefined baselines), if PES recipients' livelihood dynamics are better understood, and if efficiency goals are balanced with considerations of fairness. PES are arguably best suited to scenarios of moderate conservation opportunity costs on marginal lands and in settings with emerging, not-yet realized threats. Actors who represent credible threats to the environment will more likely receive PES than those already living in harmony with nature. A PES scheme can thus benefit both buyers and sellers while improving the resource base, but it is unlikely to fully replace other conservation instruments.},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1523-1739.2006.00559.x",
    doi = "10.1111/j.1523-1739.2006.00559.x",
    openalex = "W2082252945",
    references = "doi101016jagee200401015, doi101037003329091256627, doi101111j09567976200400757x, doi101111j15231739200400077x, doi101126science1078104, doi101126science1097920, doi101126science2915501125, doi101371journalpbio0040105, doi1017528cifor001760, openalexw915666225"
}

@book{doi10478869781888569797,
    author = "U.S Geological Survey 12201 Sunrise Park Drive, MS-301 Reston, Virginia 20192 e Kolar, Cindy S. e Chapman, Duane e Courtenay, Walter R. e Housel, Christine M. e Williams, James D. e Jennings, Dawn P. e Fish, U.S. e Wildlife Service North Florida Field Office 6620 Southpoint Drive South, Suite 310 Jacksonville, Florida 32216-0958",
    title = "Bigheaded Carps: A Biological Synopsis and Environmental Risk Assessment",
    year = "2007",
    booktitle = "American Fisheries Society eBooks",
    url = "https://doi.org/10.47886/9781888569797",
    doi = "10.47886/9781888569797",
    openalex = "W64675103"
}

Esforços globais para conservar a biodiversidade têm o potencial de gerar benefícios econômicos para as pessoas (ou seja, "serviços ecossistêmicos"). No entanto, regiões para as quais a conservação beneficia tanto a biodiversidade quanto os serviços ecossistêmicos não podem ser identificadas a menos que os serviços ecossistêmicos possam ser quantificados e valorados e suas áreas de produção mapeadas. Aqui, revisamos a teoria, os dados e as análises necessários para produzir tais mapas e descobrimos que a disponibilidade de dados permite que quantifiquemos apenas quatro serviços ecossistêmicos com proxies globais imperfeitos. Usando este conjunto incompleto como ilustração, comparamos mapas de serviços ecossistêmicos com as distribuições globais de alvos convencionais para conservação da biodiversidade. Nossos resultados preliminares mostram que as regiões selecionadas para maximizar a biodiversidade não fornecem mais serviços ecossistêmicos do que as regiões escolhidas aleatoriamente. Além disso, a concordância espacial entre diferentes serviços e entre serviços ecossistêmicos e prioridades de conservação estabelecidas varia amplamente. Apesar dessa falta de concordância geral, áreas "ganha-ganha" - regiões importantes tanto para serviços ecossistêmicos quanto para biodiversidade - podem ser identificadas de forma útil, tanto entre ecorregiões quanto em escalas mais finas dentro delas. É necessário um esforço de pesquisa interdisciplinar ambicioso para ir além dessas análises preliminares e ilustrativas e avaliar plenamente as sinergias e compensações na conservação da biodiversidade e dos serviços ecossistêmicos.

@article{doi101073pnas0707823105,
    author = "Naidoo, Robin and Balmford, Andrew and Costanza, Robert and Fisher, Brendan and Green, R. E. and Lehner, Bernhard and Malcolm, Trent R. and Ricketts, Taylor H.",
    title = "Global mapping of ecosystem services and conservation priorities",
    year = "2008",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {Global efforts to conserve biodiversity have the potential to deliver economic benefits to people (i.e., "ecosystem services"). However, regions for which conservation benefits both biodiversity and ecosystem services cannot be identified unless ecosystem services can be quantified and valued and their areas of production mapped. Here we review the theory, data, and analyses needed to produce such maps and find that data availability allows us to quantify imperfect global proxies for only four ecosystem services. Using this incomplete set as an illustration, we compare ecosystem service maps with the global distributions of conventional targets for biodiversity conservation. Our preliminary results show that regions selected to maximize biodiversity provide no more ecosystem services than regions chosen randomly. Furthermore, spatial concordance among different services, and between ecosystem services and established conservation priorities, varies widely. Despite this lack of general concordance, "win-win" areas-regions important for both ecosystem services and biodiversity-can be usefully identified, both among ecoregions and at finer scales within them. An ambitious interdisciplinary research effort is needed to move beyond these preliminary and illustrative analyses to fully assess synergies and trade-offs in conserving biodiversity and ecosystem services.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0707823105",
    doi = "10.1073/pnas.0707823105",
    openalex = "W2027370059",
    references = "doi101111j15231739200600559x"
}

A avaliação da distribuição de espécies é uma fase crítica inicial dos estudos de biodiversidade e é necessária para muitas disciplinas, como biogeografia, biologia da conservação e ecologia. No entanto, várias espécies são difíceis de detectar, especialmente durante períodos ou estágios de desenvolvimento particulares, o que pode enviesar os resultados dos estudos. Aqui, apresentamos uma abordagem inovadora, baseada na persistência limitada do DNA no ambiente, para detectar a presença de uma espécie em água doce. Utilizamos primers específicos que amplificam sequências curtas de DNA mitocondrial para rastrear a presença de um sapo (Rana catesbeiana) em ambientes controlados e pântanos naturais. Uma abordagem de amostragem múltipla permitiu a detecção de espécies em todos os ambientes onde estavam presentes, mesmo em baixas densidades. A confiabilidade dos resultados foi demonstrada pela identificação de fragmentos de DNA amplificados, usando técnicas de sequenciamento tradicionais e sequenciamento por pirrosequenciamento paralelo. Como o ambiente pode reter a impressão molecular das espécies que nele habitam, nossa abordagem permite a detecção confiável de organismos secretos em pântanos sem observação direta. Combinada com sequenciamento de massa e o desenvolvimento de códigos de barras de DNA que permitem a identificação de espécies, esta abordagem abre novas perspectivas para a avaliação da biodiversidade atual a partir de amostras ambientais.

@article{doi101098rsbl20080118,
    author = "Ficetola, Gentile Francesco e Miaud, Claude e Pompanon, François e Taberlet, Pierre",
    title = "Detecção de espécies usando DNA ambiental de amostras de água",
    year = "2008",
    journal = "Biology Letters",
    abstract = "A avaliação da distribuição de espécies é uma fase crítica inicial dos estudos de biodiversidade e é necessária para muitas disciplinas, como biogeografia, biologia da conservação e ecologia. No entanto, várias espécies são difíceis de detectar, especialmente durante períodos ou estágios de desenvolvimento particulares, o que pode enviesar os resultados dos estudos. Aqui, apresentamos uma abordagem inovadora, baseada na persistência limitada do DNA no ambiente, para detectar a presença de uma espécie em água doce. Utilizamos primers específicos que amplificam sequências curtas de DNA mitocondrial para rastrear a presença de um sapo (Rana catesbeiana) em ambientes controlados e pântanos naturais. Uma abordagem de amostragem múltipla permitiu a detecção de espécies em todos os ambientes onde estavam presentes, mesmo em baixas densidades. A confiabilidade dos resultados foi demonstrada pela identificação de fragmentos de DNA amplificados, usando técnicas de sequenciamento tradicionais e sequenciamento por pirrosequenciamento paralelo. Como o ambiente pode reter a impressão molecular das espécies que nele habitam, nossa abordagem permite a detecção confiável de organismos secretos em pântanos sem observação direta. Combinada com sequenciamento de massa e o desenvolvimento de códigos de barras de DNA que permitem a identificação de espécies, esta abordagem abre novas perspectivas para a avaliação da biodiversidade atual a partir de amostras ambientais.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rsbl.2008.0118",
    doi = "10.1098/rsbl.2008.0118",
    openalex = "W2131545754",
    references = "doi101038nature03959, doi101046j14610248200100230x, doi101093nar24163189, doi101093nargkl938, doi101111j13652664200601227x, doi101126science1084114, doi101126science1093857, doi101126science28954821139b, doi105860choice421547, openalexw1513215516"
}

Uma base essencial para qualquer ciência é um léxico padrão. Qualquer projeto de conservação específico pode ser descrito em termos de objetivos de biodiversidade, ameaças diretas, fatores contribuintes no local do projeto e as ações de conservação que a equipe do projeto está empregando para mudar a situação. Esses elementos comuns podem ser ligados em uma cadeia causal, que representa uma teoria de mudança sobre como as ações de conservação pretendem produzir os resultados desejados do projeto. Se as equipes de projeto desejam descrever e compartilhar seu trabalho e aprender umas com as outras, elas precisam de um léxico padrão e preciso para descrever especificamente cada nó ao longo dessa cadeia. Até o momento, houve vários esforços independentes para desenvolver classificações padrão para as ameaças diretas que afetam a biodiversidade e as ações de conservação necessárias para contrapor essas ameaças. Reconhecendo que é muito mais eficaz ter apenas um esquema global aceito, unificamos esses esforços separados em classificações unificadas de ameaças e ações, que apresentamos aqui. Cada classificação é uma lista hierárquica de termos e definições associadas. As classificações são abrangentes e exclusivas nos níveis superiores da hierarquia, expansíveis nos níveis inferiores e simples, consistentes e escaláveis em todos os níveis. Testamos essas classificações aplicando-as post hoc a 1191 espécies de aves ameaçadas e 737 projetos de conservação. Quase todas as ameaças e ações puderam ser atribuídas aos novos sistemas de classificação, exceto em alguns casos que carecem de informações detalhadas. Além disso, os novos sistemas de classificação forneceram uma maneira melhor de analisar e comparar informações entre projetos quando comparados com sistemas anteriores. Acreditamos que a adoção generalizada dessas classificações ajudará os profissionais a identificar de forma mais sistemática as ameaças e as ações apropriadas, os gestores a definir prioridades e alocar recursos de forma mais eficiente e, mais importante, facilitará a aprendizagem entre projetos e o desenvolvimento de uma ciência sistemática da conservação.

@article{doi101111j15231739200800937x,
    author = "Salafsky, Nick and Salzer, Daniel W. and Stattersfield, Alison J. and Hilton‐Taylor, Craig and Neugarten, Rachel and Butchart, Stuart H. M. and Collen, Ben and Cox, Neil A. and Master, Lawrence L. and O’Connor, Sheila and Wilkie, David",
    title = "A Standard Lexicon for Biodiversity Conservation: Unified Classifications of Threats and Actions",
    year = "2008",
    journal = "Conservation Biology",
    abstract = "Uma base essencial para qualquer ciência é um léxico padrão. Qualquer projeto de conservação específico pode ser descrito em termos de objetivos de biodiversidade, ameaças diretas, fatores contribuintes no local do projeto e as ações de conservação que a equipe do projeto está empregando para mudar a situação. Esses elementos comuns podem ser ligados em uma cadeia causal, que representa uma teoria de mudança sobre como as ações de conservação pretendem produzir os resultados desejados do projeto. Se as equipes de projeto desejam descrever e compartilhar seu trabalho e aprender umas com as outras, elas precisam de um léxico padrão e preciso para descrever especificamente cada nó ao longo dessa cadeia. Até o momento, houve vários esforços independentes para desenvolver classificações padrão para as ameaças diretas que afetam a biodiversidade e as ações de conservação necessárias para contrapor essas ameaças. Reconhecendo que é muito mais eficaz ter apenas um esquema global aceito, unificamos esses esforços separados em classificações unificadas de ameaças e ações, que apresentamos aqui. Cada classificação é uma lista hierárquica de termos e definições associadas. As classificações são abrangentes e exclusivas nos níveis superiores da hierarquia, expansíveis nos níveis inferiores e simples, consistentes e escaláveis em todos os níveis. Testamos essas classificações aplicando-as post hoc a 1191 espécies de aves ameaçadas e 737 projetos de conservação. Quase todas as ameaças e ações puderam ser atribuídas aos novos sistemas de classificação, exceto em alguns casos que carecem de informações detalhadas. Além disso, os novos sistemas de classificação forneceram uma maneira melhor de analisar e comparar informações entre projetos quando comparados com sistemas anteriores. Acreditamos que a adoção generalizada dessas classificações ajudará os profissionais a identificar de forma mais sistemática as ameaças e as ações apropriadas, os gestores a definir prioridades e alocar recursos de forma mais eficiente e, mais importante, facilitará a aprendizagem entre projetos e o desenvolvimento de uma ciência sistemática da conservação.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1523-1739.2008.00937.x",
    doi = "10.1111/j.1523-1739.2008.00937.x",
    openalex = "W2068031289",
    references = "doi101111j15231739200600485x"
}

@article{doi101016jbiocon200902021,
    author = "Ribeiro, Milton Cézar e Metzger, Jean Paul e Martensen, Alexandre Camargo e Ponzoni, Flávio Jorge e Hirota, Márcia Makiko",
    title = "A Floresta Atlântica Brasileira: Quanto resta e como a floresta remanescente está distribuída? Implicações para a conservação",
    year = "2009",
    journal = "Biological Conservation",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.biocon.2009.02.021",
    doi = "10.1016/j.biocon.2009.02.021",
    openalex = "W2104462056",
    references = "doi101016jbiocon200602019, doi101111j14610248200701114x"
}

Utilizando dados para 25.780 espécies categorizadas na Lista Vermelha da União Internacional para a Conservação da Natureza, apresentamos uma avaliação do status dos vertebrados do mundo. Um quinto das espécies é classificado como Ameaçado, e demonstramos que esta figura está aumentando: em média, 52 espécies de mamíferos, aves e anfíbios movem-se uma categoria mais próxima da extinção a cada ano. No entanto, este padrão geral esconde o impacto dos sucessos na conservação, e demonstramos que a taxa de deterioração teria sido pelo menos um quinto maior na ausência destes. Não obstante, os esforços atuais de conservação permanecem insuficientes para compensar os principais fatores de perda de biodiversidade nesses grupos: expansão agrícola, desmatamento, sobreexploração e espécies exóticas invasoras.

@article{doi101126science1194442,
    author = "Hoffmann, Michael and Hilton‐Taylor, Craig and Angulo, Ariadne and Böhm, Monika and Brooks, Thomas M. and Butchart, Stuart H. M. and Carpenter, Kent E. and Chanson, Janice and Collen, Ben and Cox, Neil A. and Darwall, William and Dulvy, Nicholas K. and Harrison, Lucy R. and Katariya, Vineet and Pollock, Caroline M. and Quader, Suhel and Richman, Nadia I. and Rodrigues, Ana S. L. and Tognelli, Marcelo F. and Vié, Jean-Christophe and Aguiar, John M. and Allen, David J. and Allen, Gerald R. and Amori, Giovanni and Ananjeva, Natalia B. and Andreone, Franco and Andrew, Paul and Ortiz, Aida Luz Aquino and Baillie, Jonathan and Baldi, Ricardo and Bell, Ben D. and Biju, S. D. and Bird, Jeremy P. and Black‐Décima, Patricia and Blanc, Julian and Bolaños, Federico and Bolívar-G, Wilmar and Burfield, Ian J. and Burton, James and Capper, David R. and Castro‐Herrera, Fernando and Catullo, Gianluca and Cavanagh, Rachel D. and Channing, Alan and Chao, Ning Labbish and Chenery, Anna M. and Chiozza, Federica and Clausnitzer, Viola and Collar, Nigel and Collett, Leah and Collette, Bruce B. and Fernández, Claudia Fabiola Cortez and Craig, Matthew T. and Crosby, Michael J. and Cumberlidge, Neil and Cuttelod, Annabelle and Derocher, Andrew E. and Diesmos, Arvin C. and Donaldson, John S. and Duckworth, J. W. and Dutson, Guy and Dutta, Sushil Kumar and Emslie, R.H. and Farjon, Aljos and Fowler, Sarah and Freyhof, Jörg and Garshelis, David L. and Gerlach, Justin and Gower, David J. and Grant, Tandora D. and Hammerson, Geoffrey A. and Harris, Richard B. and Heaney, Lawrence R. and Hedges, S. Blair and Hero, Jean‐Marc and Hughes, Baz and Hussain, Syed Ainul and M., Javier Icochea and Inger, Robert F. and Ishii, Nobuo and Iskandar, Djoko T. and Jenkins, Richard K. B. and Kaneko, Yoshio and Kottelat, Maurice and Kovacs, Kit M. and Kuzmin, Sergius L. and Marca, Enrique La and Lamoreux, John F. and Lau, Michael and Lavilla, Esteban O. and Leus, Kristin and Lewison, Rebecca L. and Lichtenstein, Gabriela and Livingstone, Suzanne R. and Lukoschek, Vimoksalehi and Mallon, David and McGowan, Philip J.K. and McIvor, Anna and Moehlman, Patricia D. and Molur, Sanjay",
    title = "The Impact of Conservation on the Status of the World’s Vertebrates",
    year = "2010",
    journal = "Science",
    abstract = "Using data for 25,780 species categorized on the International Union for Conservation of Nature Red List, we present an assessment of the status of the world's vertebrates. One-fifth of species are classified as Threatened, and we show that this figure is increasing: On average, 52 species of mammals, birds, and amphibians move one category closer to extinction each year. However, this overall pattern conceals the impact of conservation successes, and we show that the rate of deterioration would have been at least one-fifth again as much in the absence of these. Nonetheless, current conservation efforts remain insufficient to offset the main drivers of biodiversity loss in these groups: agricultural expansion, logging, overexploitation, and invasive alien species.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1194442",
    doi = "10.1126/science.1194442",
    openalex = "W2111760270",
    references = "doi101098rsbl20070292, doi101111j15231739200801044x, doi1023071223169"
}

Ecossistemas de água doce estão entre os habitats mais ameaçados da Terra, com milhares de espécies animais conhecidas como ameaçadas ou já extintas. O monitoramento confiável de organismos ameaçados é crucial para ações de conservação baseadas em dados, mas permanece um desafio devido a métodos não padronizados que dependem de expertise prática e taxonômica, que está rapidamente declinando. Aqui, mostramos que uma diversidade de animais de água doce raros e ameaçados — representando anfíbios, peixes, mamíferos, insetos e crustáceos — pode ser detectada e quantificada com base no DNA obtido diretamente de pequenas amostras de água de lagos, lagoas e riachos. Validamos com sucesso nossas descobertas em um experimento controlado em mesocosmo e mostramos que o DNA torna-se indetectável dentro de 2 semanas após a remoção dos animais, indicando que os traços de DNA são quase contemporâneos com a presença da espécie. Além disso, demonstramos que faunas inteiras de anfíbios e peixes podem ser detectadas por sequenciamento de alto rendimento do DNA extraído da água de lagoa. Nossas descobertas sustentam a natureza ubíqua dos traços de DNA no ambiente e estabelecem o DNA ambiental como uma ferramenta para monitorar espécies raras e ameaçadas em uma ampla gama de grupos taxonômicos.

@article{doi101111j1365294x201105418x,
    author = "Thomsen, Philip Francis e Kielgast, Jos e Iversen, Lars e Wiuf, Carsten e Rasmussen, Morten e Gilbert, M. Thomas P. e Orlando, Ludovic e Willerslev, Eske",
    title = "Monitoramento da biodiversidade de água doce ameaçada usando DNA ambiental",
    year = "2011",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "Ecossistemas de água doce estão entre os habitats mais ameaçados da Terra, com milhares de espécies animais conhecidas como ameaçadas ou já extintas. O monitoramento confiável de organismos ameaçados é crucial para ações de conservação baseadas em dados, mas permanece um desafio devido a métodos não padronizados que dependem de expertise prática e taxonômica, que está rapidamente declinando. Aqui, mostramos que uma diversidade de animais de água doce raros e ameaçados — representando anfíbios, peixes, mamíferos, insetos e crustáceos — pode ser detectada e quantificada com base no DNA obtido diretamente de pequenas amostras de água de lagos, lagoas e riachos. Validamos com sucesso nossas descobertas em um experimento controlado em mesocosmo e mostramos que o DNA torna-se indetectável dentro de 2 semanas após a remoção dos animais, indicando que os traços de DNA são quase contemporâneos com a presença da espécie. Além disso, demonstramos que faunas inteiras de anfíbios e peixes podem ser detectadas por sequenciamento de alto rendimento do DNA extraído da água de lagoa. Nossas descobertas sustentam a natureza ubíqua dos traços de DNA no ambiente e estabelecem o DNA ambiental como uma ferramenta para monitorar espécies raras e ameaçadas em uma ampla gama de grupos taxonômicos.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-294x.2011.05418.x",
    doi = "10.1111/j.1365-294x.2011.05418.x",
    openalex = "W2163290397",
    references = "doi101017s1464793105006950, doi101038362709a0, doi101038nature09678, doi101038nrg2626, doi101098rsbl20080118, doi101111j1755263x201000158x, doi101126science2695222347, doi101126science28754591770, doi101186147121051238, doi105860choice496872"
}

Resumo A gestão eficaz de espécies raras, incluindo espécies nativas em perigo de extinção e espécies não nativas recentemente introduzidas, exige a detecção de populações de baixa densidade. Para espécies em perigo, a detecção da distribuição localizada torna possível identificar e proteger habitats críticos para melhorar a sobrevivência ou o sucesso reprodutivo. Da mesma forma, a detecção precoce de uma invasão incipiente por uma espécie prejudicial aumenta a viabilidade de respostas rápidas para erradicar a espécie ou conter sua propagação. Aqui, demonstramos a eficácia do DNA ambiental (eDNA) como ferramenta de detecção em ambientes de água doce. Especificamente, delimitamos as frentes de invasão de duas espécies de carpas asiáticas nos canais e vias aquáticas da área de Chicago, Illinois, EUA. Comparações quantitativas com ferramentas tradicionais de vigilância pesqueira ilustram a maior sensibilidade do eDNA e revelam que o risco de invasão aos Grandes Lagos Laurentianos é iminente.

@article{doi101111j1755263x201000158x,
    author = "Jerde, Christopher L. e Mahon, Andrew R. e Chadderton, W. Lindsay e Lodge, David M.",
    title = "“Sight‐unseen” detection of rare aquatic species using environmental DNA",
    year = "2011",
    journal = "Conservation Letters",
    abstract = "Resumo A gestão eficaz de espécies raras, incluindo espécies nativas em perigo de extinção e espécies não nativas recentemente introduzidas, exige a detecção de populações de baixa densidade. Para espécies em perigo, a detecção da distribuição localizada torna possível identificar e proteger habitats críticos para melhorar a sobrevivência ou o sucesso reprodutivo. Da mesma forma, a detecção precoce de uma invasão incipiente por uma espécie prejudicial aumenta a viabilidade de respostas rápidas para erradicar a espécie ou conter sua propagação. Aqui, demonstramos a eficácia do DNA ambiental (eDNA) como ferramenta de detecção em ambientes de água doce. Especificamente, delimitamos as frentes de invasão de duas espécies de carpas asiáticas nos canais e vias aquáticas da área de Chicago, Illinois, EUA. Comparações quantitativas com ferramentas tradicionais de vigilância pesqueira ilustram a maior sensibilidade do eDNA e revelam que o risco de invasão aos Grandes Lagos Laurentianos é iminente.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1755-263x.2010.00158.x",
    doi = "10.1111/j.1755-263x.2010.00158.x",
    openalex = "W1552342091",
    references = "doi101007s1053000481226, doi101016jtree200502004, doi101016s0006320703001903, doi101093bibbbn017, doi101098rsbl20080118, doi101098rspb20022179, doi101111j17550998200902699x, doi1018901051076120060162035birfup20co2, doi10478869781888569797, openalexw2946440777"
}

Os ecossistemas marinhos em todo o mundo estão sob ameaça, com muitas espécies e populações de peixes sofrendo com a superexploração humana. Isso está impactando grandemente a biodiversidade global, a economia e a saúde humana. Curiosamente, os peixes marinhos são amplamente pesquisados usando métodos seletivos e invasivos, que são majoritariamente limitados a espécies comerciais e restritos a áreas particulares com condições favoráveis. Além disso, a identificação incorreta de espécies representa um problema majoritário. Aqui, investigamos o potencial de usar metabarcoding de DNA ambiental (eDNA) obtido diretamente de amostras de água do mar para contabilizar a biodiversidade de peixes marinhos. Esta abordagem de eDNA foi recentemente usada com sucesso em ambientes de água doce, mas nunca em ambientes marinhos. Isolamos eDNA de amostras de ½ litro de água do mar coletadas em um ecossistema marinho temperado na Dinamarca. Usando sequenciamento de DNA de nova geração de amplicons de PCR, obtemos eDNA de 15 espécies diferentes de peixes, incluindo tanto espécies importantes de consumo, quanto espécies raramente ou nunca registradas por monitoramento convencional. Também detectamos eDNA de uma espécie vagante rara na área; sardinha europeia (Sardina pilchardus). Além disso, detectamos quatro espécies de aves. Registros em bancos de dados nacionais confirmaram a ocorrência de todas as espécies detectadas. Para investigar a eficiência da abordagem de eDNA, comparamos seu desempenho com 9 métodos convencionalmente usados em pesquisas de peixes marinhos. Promissora, a eDNA cobriu a diversidade de peixes melhor ou igual a qualquer um dos métodos convencionais aplicados. Nosso estudo demonstra que mesmo pequenas amostras de água do mar contêm eDNA de uma ampla gama de espécies locais de peixes. Finalmente, a fim de examinar o potencial dispersão de eDNA nos oceanos, realizamos um experimento abordando a degradação de eDNA em água do mar, o que mostra que mesmo pequenos fragmentos de eDNA (100-bp) degradam-se além da detectabilidade em poucos dias. Embora sejam necessários estudos adicionais para validar a abordagem de eDNA em condições ambientais variáveis, nossas descobertas fornecem uma forte prova de conceito com grandes perspectivas para o futuro monitoramento da biodiversidade marinha e recursos.

@article{doi101371journalpone0041732,
    author = "Thomsen, Philip Francis e Kielgast, Jos e Iversen, Lars e Møller, Peter Rask e Rasmussen, Morten e Willerslev, Eske",
    title = "Detecção de uma Fauna Diversa de Peixes Marinhos Usando DNA Ambiental de Amostras de Água do Mar",
    year = "2012",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "Os ecossistemas marinhos em todo o mundo estão sob ameaça, com muitas espécies e populações de peixes sofrendo com a superexploração humana. Isso está impactando grandemente a biodiversidade global, a economia e a saúde humana. Curiosamente, os peixes marinhos são amplamente pesquisados usando métodos seletivos e invasivos, que são majoritariamente limitados a espécies comerciais e restritos a áreas particulares com condições favoráveis. Além disso, a identificação incorreta de espécies representa um problema majoritário. Aqui, investigamos o potencial de usar metabarcoding de DNA ambiental (eDNA) obtido diretamente de amostras de água do mar para contabilizar a biodiversidade de peixes marinhos. Esta abordagem de eDNA foi recentemente usada com sucesso em ambientes de água doce, mas nunca em ambientes marinhos. Isolamos eDNA de amostras de ½ litro de água do mar coletadas em um ecossistema marinho temperado na Dinamarca. Usando sequenciamento de DNA de nova geração de amplicons de PCR, obtemos eDNA de 15 espécies diferentes de peixes, incluindo tanto espécies importantes de consumo, quanto espécies raramente ou nunca registradas por monitoramento convencional. Também detectamos eDNA de uma espécie vagante rara na área; sardinha europeia (Sardina pilchardus). Além disso, detectamos quatro espécies de aves. Registros em bancos de dados nacionais confirmaram a ocorrência de todas as espécies detectadas. Para investigar a eficiência da abordagem de eDNA, comparamos seu desempenho com 9 métodos convencionalmente usados em pesquisas de peixes marinhos. Promissora, a eDNA cobriu a diversidade de peixes melhor ou igual a qualquer um dos métodos convencionais aplicados. Nosso estudo demonstra que mesmo pequenas amostras de água do mar contêm eDNA de uma ampla gama de espécies locais de peixes. Finalmente, a fim de examinar o potencial dispersão de eDNA nos oceanos, realizamos um experimento abordando a degradação de eDNA em água do mar, o que mostra que mesmo pequenos fragmentos de eDNA (100-bp) degradam-se além da detectabilidade em poucos dias. Embora sejam necessários estudos adicionais para validar a abordagem de eDNA em condições ambientais variáveis, nossas descobertas fornecem uma forte prova de conceito com grandes perspectivas para o futuro monitoramento da biodiversidade marinha e recursos.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0041732",
    doi = "10.1371/journal.pone.0041732",
    openalex = "W2039133821",
    references = "doi101111j1365294x201105418x, doi101111j1755263x201000158x, doi105860choice501469"
}

Métodos de DNA ambiental (eDNA) para detecção de espécies aquáticas estão avançando rapidamente, mas com pouca avaliação de protocolos de campo ou precisão das estimativas resultantes. Comparamos resultados de amostragem de métodos tradicionais de campo com métodos de eDNA para dois anfíbios em 13 riachos no Idaho central, EUA. Também avaliamos três protocolos de coleta de água e a influência da localização da amostragem, hora do dia e distância dos animais na concentração de eDNA na água. Não encontramos diferença na detecção ou quantidade de eDNA entre os protocolos de coleta de água. Os métodos de eDNA tiveram taxas de detecção ligeiramente mais altas do que os métodos tradicionais de campo, especialmente quando as espécies ocorriam em baixas densidades. A concentração de eDNA estava positivamente relacionada à densidade medida em campo, biomassa e proporção de transectos ocupados. A precisão das estimativas de abundância baseadas em eDNA aumentou com a quantidade de eDNA na água e o número de subamostras replicadas coletadas. A concentração de eDNA não variou significativamente com a localização da amostra no riacho, hora do dia ou distância a jusante dos animais. Nossos resultados avançam ainda mais a implementação de métodos de eDNA para monitorar vertebrados aquáticos em habitats de riacho.

@article{doi101139cjfas20130047,
    author = "Pilliod, David S. and Goldberg, Caren S. and Arkle, Robert S. and Waits, Lisette P.",
    title = "Estimating occupancy and abundance of stream amphibians using environmental DNA from filtered water samples",
    year = "2013",
    journal = "Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences",
    abstract = "Métodos de DNA ambiental (eDNA) para detecção de espécies aquáticas estão avançando rapidamente, mas com pouca avaliação de protocolos de campo ou precisão das estimativas resultantes. Comparamos resultados de amostragem de métodos tradicionais de campo com métodos de eDNA para dois anfíbios em 13 riachos no Idaho central, EUA. Também avaliamos três protocolos de coleta de água e a influência da localização da amostragem, hora do dia e distância dos animais na concentração de eDNA na água. Não encontramos diferença na detecção ou quantidade de eDNA entre os protocolos de coleta de água. Os métodos de eDNA tiveram taxas de detecção ligeiramente mais altas do que os métodos tradicionais de campo, especialmente quando as espécies ocorriam em baixas densidades. A concentração de eDNA estava positivamente relacionada à densidade medida em campo, biomassa e proporção de transectos ocupados. A precisão das estimativas de abundância baseadas em eDNA aumentou com a quantidade de eDNA na água e o número de subamostras replicadas coletadas. A concentração de eDNA não variou significativamente com a localização da amostra no riacho, hora do dia ou distância a jusante dos animais. Nossos resultados avançam ainda mais a implementação de métodos de eDNA para monitorar vertebrados aquáticos em habitats de riacho.",
    url = "https://doi.org/10.1139/cjfas-2013-0047",
    doi = "10.1139/cjfas-2013-0047",
    openalex = "W2000256327",
    references = "doi101016jbiocon201411019, doi101016jbiocon201411038, doi101021es404734p, doi101098rsbl20080118, doi1011111365266412306, doi101111j1365294x201105418x, doi101111j1755263x201000158x, doi101371journalpone0035868, openalexw2054580376"
}

O declínio contínuo da biodiversidade na Terra representa uma crise e um desafio principais para o século XXI, e há acordo político internacional para desacelerar ou deter esse declínio. O desafio é em grande parte impedido pela falta de conhecimento sobre o estado e a distribuição da biodiversidade – especialmente desde que a maioria das espécies na Terra não foi descrita pela ciência. Todos os esforços de conservação para salvar a biodiversidade dependem essencialmente do monitoramento de espécies e populações para obter padrões de distribuição confiáveis e estimativas de tamanho populacional. Tal monitoramento tradicionalmente dependeu da identificação física de espécies por levantamentos visuais e contagem de indivíduos. No entanto, as técnicas tradicionais de monitoramento permanecem problemáticas devido a dificuldades associadas à identificação correta de espécies crípticas ou estágios juvenis de vida, um declínio contínuo na expertise taxonômica, amostragem não padronizada e a natureza invasiva de algumas técnicas de levantamento. Portanto, há uma necessidade urgente de técnicas alternativas e eficientes para o monitoramento em larga escala da biodiversidade. DNA ambiental (eDNA) – definido aqui como: material genético obtido diretamente de amostras ambientais (solo, sedimento, água, etc.) sem quaisquer sinais óbvios de material biológico de origem – é uma abordagem de amostragem eficiente, não invasiva e fácil de padronizar. Acoplada com tecnologia de sequenciamento de DNA sensível, custo-eficiente e em constante avanço, pode ser uma candidata adequada para o desafio do monitoramento da biodiversidade. O DNA ambiental tem sido obtido de amostras antigas bem como modernas e abrange detecção de espécies únicas até análises de ecossistemas. A pesquisa sobre eDNA iniciou-se na microbiologia, reconhecendo que os métodos baseados em cultura distorcem grosseiramente a diversidade microbiana na natureza. Subsequentemente, como método para avaliar a diversidade de comunidades de macro-organismos, o eDNA foi primeiro analisado em sedimentos, revelando DNA de animais e plantas extintos e existentes, mas desde então tem sido obtido de várias amostras ambientais terrestres e aquáticas. Resultados de abordagens de eDNA forneceram insights valiosos para o estudo de ambientes antigos e provaram-se úteis para o monitoramento da biodiversidade contemporânea em ecossistemas terrestres e aquáticos. No futuro, esperamos que as abordagens baseadas em eDNA se movam de análises de marcadores únicos de espécies ou comunidades para levantamentos metagenômicos de ecossistemas inteiros para prever padrões espaciais e temporais de biodiversidade. Tais avanços têm aplicações para uma variedade de ciências biológicas, geológicas e ambientais. Aqui revisamos as conquistas obtidas através de análises de eDNA de macro-organismos em um contexto de conservação, e discutimos seus potenciais benefícios e limitações para o monitoramento da biodiversidade.

@article{doi101016jbiocon201411019,
    author = "Thomsen, Philip Francis and Willerslev, Eske",
    title = "DNA ambiental – Uma ferramenta emergente na conservação para monitorar a biodiversidade passada e presente",
    year = "2014",
    journal = "Biological Conservation",
    abstract = "O declínio contínuo da biodiversidade na Terra representa uma crise e um desafio principais para o século XXI, e há acordo político internacional para desacelerar ou parar esse declínio. O desafio é em grande parte impedido pela falta de conhecimento sobre o estado e a distribuição da biodiversidade – especialmente desde que a maioria das espécies na Terra não foi descrita pela ciência. Todos os esforços de conservação para salvar a biodiversidade essencialmente dependem do monitoramento de espécies e populações para obter padrões de distribuição confiáveis e estimativas de tamanho populacional. Tal monitoramento tradicionalmente dependeu da identificação física de espécies por levantamentos visuais e contagem de indivíduos. No entanto, as técnicas tradicionais de monitoramento permanecem problemáticas devido a dificuldades associadas à identificação correta de espécies crípticas ou estágios juvenis de vida, um declínio contínuo de expertise taxonômica, amostragem não padronizada e a natureza invasiva de algumas técnicas de levantamento. Portanto, há uma necessidade urgente de técnicas alternativas e eficientes para o monitoramento em larga escala da biodiversidade. DNA ambiental (eDNA) – definido aqui como: material genético obtido diretamente de amostras ambientais (solo, sedimento, água, etc.) sem quaisquer sinais óbvios de material biológico de origem – é uma abordagem de amostragem eficiente, não invasiva e fácil de padronizar. Acoplada com tecnologia de sequenciamento de DNA sensível, custo-eficiente e em constante avanço, pode ser um candidato apropriado para o desafio do monitoramento da biodiversidade. DNA ambiental tem sido obtido de amostras antigas bem como modernas e abrange detecção de espécies únicas até análises de ecossistemas. A pesquisa sobre eDNA iniciou-se na microbiologia, reconhecendo que os métodos baseados em cultura distorcem grosseiramente a diversidade microbiana na natureza. Subsequentemente, como um método para avaliar a diversidade de comunidades de macro-organismos, o eDNA foi primeiro analisado em sedimentos, revelando DNA de animais e plantas extintos e existentes, mas desde então tem sido obtido de várias amostras ambientais terrestres e aquáticas. Resultados de abordagens de eDNA forneceram insights valiosos para o estudo de ambientes antigos e provaram-se úteis para o monitoramento da biodiversidade contemporânea em ecossistemas terrestres e aquáticos. No futuro, esperamos que as abordagens baseadas em eDNA se movam de análises de marcadores únicos de espécies ou comunidades para levantamentos metagenômicos de ecossistemas inteiros para prever padrões espaciais e temporais de biodiversidade. Tais avanços têm aplicações para uma gama de ciências biológicas, geológicas e ambientais. Aqui revisamos as conquistas obtidas através de análises de eDNA de macro-organismos em um contexto de conservação, e discutimos seus potenciais vantagens e limitações para o monitoramento da biodiversidade.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.biocon.2014.11.019",
    doi = "10.1016/j.biocon.2014.11.019",
    openalex = "W2063580733",
    references = "doi101038nature09678, doi101038nature10574, doi101038nature12921, doi101038nmethf303, doi101073pnas0507535103, doi101073pnas0605127103, doi101073pnas1117018109, doi101098rsbl20080118, doi101098rspb20022218, doi101111j1365294x201105418x, doi101111j1365294x201205537x, doi101111j1755263x201000158x, doi101126science1093857, doi101126science1187512, doi101126science1251817, doi101139cjfas20130047, doi101371journalpone0059520, doi101373clinchem2008112797"
}

A vigilância de DNA ambiental (eDNA) oferece grandes promessas para melhorar a conservação e o manejo de espécies. No entanto, poucos estudos investigaram a dinâmica de eDNA sob condições naturais, e as interpretações dos resultados da vigilância de eDNA são obscurecidas por incertezas sobre a degradação de eDNA. Realizamos uma revisão da literatura para avaliar o entendimento atual sobre a degradação de eDNA em sistemas aquáticos e um experimento explorando como as condições ambientais podem influenciar a degradação de eDNA. Estudos anteriores relataram persistência de eDNA de macroorganismos variando de menos de 1 dia a mais de 2 semanas, sem tentativas de quantificar fatores que afetam a degradação. Utilizando um ensaio de PCR quantitativo SYBR Green para observar a degradação de eDNA de Carpa Comum (Cyprinus carpio) em mesocosmos de laboratório, nossa taxa de detecção de eDNA de Carpa Comum diminuiu ao longo do tempo. A concentração de eDNA de Carpa Comum seguiu um padrão de decaimento exponencial, e as taxas de decaimento observadas excederam valores anteriormente publicados para eDNA de macroorganismos aquáticos. Contrariamente às nossas expectativas, a taxa de degradação de eDNA diminuiu conforme a demanda bioquímica de oxigênio, clorofila e concentração total de eDNA (ou seja, de qualquer organismo) aumentaram. Nossos resultados ajudam a explicar as estimativas anteriormente publicadas amplamente divergentes para a degradação de eDNA. Medições das condições ambientais locais, consideração da influência ambiental na detecção de eDNA e quantificação das taxas locais de degradação de eDNA ajudarão a interpretar futuros resultados de vigilância de eDNA.

@article{doi101021es404734p,
    author = "Barnes, Matthew A. and Turner, Cameron R. and Jerde, Christopher L. and Renshaw, Mark A. and Chadderton, W. Lindsay and Lodge, David M.",
    title = "Environmental Conditions Influence eDNA Persistence in Aquatic Systems",
    year = "2014",
    journal = "Environmental Science \& Technology",
    abstract = "A vigilância de DNA ambiental (eDNA) oferece grandes promessas para melhorar a conservação e o manejo de espécies. No entanto, poucos estudos investigaram a dinâmica de eDNA sob condições naturais, e as interpretações dos resultados da vigilância de eDNA são obscurecidas por incertezas sobre a degradação de eDNA. Realizamos uma revisão da literatura para avaliar o entendimento atual sobre a degradação de eDNA em sistemas aquáticos e um experimento explorando como as condições ambientais podem influenciar a degradação de eDNA. Estudos anteriores relataram persistência de eDNA de macroorganismos variando de menos de 1 dia a mais de 2 semanas, sem tentativas de quantificar fatores que afetam a degradação. Utilizando um ensaio de PCR quantitativo SYBR Green para observar a degradação de eDNA de Carpa Comum (Cyprinus carpio) em mesocosmos de laboratório, nossa taxa de detecção de eDNA de Carpa Comum diminuiu ao longo do tempo. A concentração de eDNA de Carpa Comum seguiu um padrão de decaimento exponencial, e as taxas de decaimento observadas excederam valores anteriormente publicados para eDNA de macroorganismos aquáticos. Contrariamente às nossas expectativas, a taxa de degradação de eDNA diminuiu conforme a demanda bioquímica de oxigênio, clorofila e concentração total de eDNA (ou seja, de qualquer organismo) aumentaram. Nossos resultados ajudam a explicar as estimativas anteriormente publicadas amplamente divergentes para a degradação de eDNA. Medições das condições ambientais locais, consideração da influência ambiental na detecção de eDNA e quantificação das taxas locais de degradação de eDNA ajudarão a interpretar futuros resultados de vigilância de eDNA.",
    url = "https://doi.org/10.1021/es404734p",
    doi = "10.1021/es404734p",
    openalex = "W2329540589",
    references = "doi101139cjfas20130047"
}

Resumo O conhecimento da distribuição de espécies é crítico para a gestão ecológica e a biologia da conservação. Uma gestão eficaz requer a deteção de populações, que por vezes ocorrem a baixas densidades e é geralmente baseada na deteção visual e contagem. Recentemente, tem havido grande interesse na deteção de fragmentos curtos de DNA ambiental (eDNA) específicos de espécies para permitir o monitoramento de espécies aquáticas em diferentes ambientes, devido ao potencial de maior sensibilidade em comparação com métodos tradicionais de inquérito, que podem ser dispendiosos e demorados. A análise de DNA ambiental está cada vez mais a ser utilizada na deteção de espécies raras ou invasoras e também tem sido aplicada a estudos de persistência de eDNA e estimativas da biomassa e distribuição de espécies. Quando combinada com métodos de sequenciação de nova geração, demonstrou-se que é possível identificar faunas inteiras. Diferentes ambientes requerem diferentes metodologias de amostragem, mas permanecem áreas onde as metodologias laboratoriais poderiam ser padronizadas para permitir a comparação de resultados entre estudos. Síntese e aplicações. Revisamos estudos recentemente publicados que utilizam eDNA para monitorizar populações aquáticas, discutimos as metodologias utilizadas e a aplicação da análise de eDNA como ferramenta de inquérito em ecologia. Incluímos ideias inovadoras sobre como o eDNA pode ser utilizado para conservação e gestão, citando casos de teste, por exemplo, o potencial de análises in situ, incluindo a aplicação da análise de eDNA a plataformas de nanotubos de carbono ou espectroscopia de transmissão a laser para facilitar deteções rápidas in situ. O uso do monitoramento de eDNA já está a ser adotado no Reino Unido para inquéritos ecológicos.

@article{doi1011111365266412306,
    author = "Rees, Helen C. e Maddison, Ben C. e Middleditch, David J. e Patmore, James R. M. e Gough, Kevin C.",
    title = "REVIEW: A detecção de espécies de animais aquáticos utilizando DNA ambiental – uma revisão do eDNA como ferramenta de inquérito em ecologia",
    year = "2014",
    journal = "Journal of Applied Ecology",
    abstract = "Resumo O conhecimento da distribuição de espécies é crítico para a gestão ecológica e a biologia da conservação. Uma gestão eficaz requer a deteção de populações, que por vezes ocorrem a baixas densidades e é geralmente baseada na deteção visual e contagem. Recentemente, tem havido grande interesse na deteção de fragmentos curtos de DNA ambiental (eDNA) específicos de espécies para permitir o monitoramento de espécies aquáticas em diferentes ambientes, devido ao potencial de maior sensibilidade em comparação com métodos tradicionais de inquérito, que podem ser dispendiosos e demorados. A análise de DNA ambiental está cada vez mais a ser utilizada na deteção de espécies raras ou invasoras e também tem sido aplicada a estudos de persistência de eDNA e estimativas da biomassa e distribuição de espécies. Quando combinada com métodos de sequenciação de nova geração, demonstrou-se que é possível identificar faunas inteiras. Diferentes ambientes requerem diferentes metodologias de amostragem, mas permanecem áreas onde as metodologias laboratoriais poderiam ser padronizadas para permitir a comparação de resultados entre estudos. Síntese e aplicações. Revisamos estudos recentemente publicados que utilizam eDNA para monitorizar populações aquáticas, discutimos as metodologias utilizadas e a aplicação da análise de eDNA como ferramenta de inquérito em ecologia. Incluímos ideias inovadoras sobre como o eDNA pode ser utilizado para conservação e gestão, citando casos de teste, por exemplo, o potencial de análises in situ, incluindo a aplicação da análise de eDNA a plataformas de nanotubos de carbono ou espectroscopia de transmissão a laser para facilitar deteções rápidas in situ. O uso do monitoramento de eDNA já está a ser adotado no Reino Unido para inquéritos ecológicos.",
    url = "https://doi.org/10.1111/1365-2664.12306",
    doi = "10.1111/1365-2664.12306",
    openalex = "W2088695664",
    references = "doi101093nar24163189, doi101111j13652427200601592x, doi101111j1365294x201105418x, doi101111j1755263x201000158x, doi101139cjfas20130047, doi101371journalpone0059520"
}

O monitoramento de DNA ambiental (eDNA) é uma técnica molecular nova para detectar espécies em habitats naturais. Muitos estudos de eDNA em sistemas aquáticos focaram em lagos ou lagoas e/ou em espécies de vertebrados grandes, mas aplicações a invertebrados em sistemas fluviais estão emergindo. Um desafio na aplicação do monitoramento de eDNA em águas correntes é que o DNA de uma espécie pode ser transportado a jusante. Se e quanto o eDNA pode ser detectado devido ao transporte a jusante permanece em grande parte desconhecido. Neste estudo, testamos a detecção a jusante de eDNA para duas espécies de invertebrados, Daphnia longispina e Unio tumidus, que são espécies de água doce em nossa área de estudo. O objetivo foi determinar a que distância da população fonte em um lago o eDNA delas poderia ser detectado em um rio de saída. Amostrei água de onze locais de rio em intervalos regulares até 12,3 km a jusante do lago, desenvolvi novos sondas de eDNA para ambas as espécies e usei um método de detecção padrão de PCR e sequenciamento Sanger para confirmar a presença do eDNA de cada espécie no rio. Detectamos D. longispina em todos os locais e em dois pontos temporais (julho e outubro); enquanto com U. tumidus, observamos uma taxa de detecção diminuída e não detectamos seu eDNA após 9,1 km. Também observamos uma diferença na detecção para esta espécie em diferentes momentos do ano. O movimento observado de eDNA da fonte, totalizando quase 10 km para essas espécies, indica que a resolução de uma amostra de eDNA pode ser grande em sistemas fluviais. Nossos resultados indicam que pode haver distâncias de transporte específicas para espécies de eDNA e demonstram pela primeira vez que o eDNA de invertebrados pode persistir por distâncias relativamente grandes em um sistema fluvial natural.

@article{doi101371journalpone0088786,
    author = "Deiner, Kristy and Altermatt, Florian",
    title = "Transport Distance of Invertebrate Environmental DNA in a Natural River",
    year = "2014",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "Environmental DNA (eDNA) monitoring is a novel molecular technique to detect species in natural habitats. Many eDNA studies in aquatic systems have focused on lake or ponds, and/or on large vertebrate species, but applications to invertebrates in river systems are emerging. A challenge in applying eDNA monitoring in flowing waters is that a species' DNA can be transported downstream. Whether and how far eDNA can be detected due to downstream transport remains largely unknown. In this study we tested for downstream detection of eDNA for two invertebrate species, Daphnia longispina and Unio tumidus, which are lake dwelling species in our study area. The goal was to determine how far away from the source population in a lake their eDNA could be detected in an outflowing river. We sampled water from eleven river sites in regular intervals up to 12.3 km downstream of the lake, developed new eDNA probes for both species, and used a standard PCR and Sanger sequencing detection method to confirm presence of each species' eDNA in the river. We detected D. longispina at all locations and across two time points (July and October); whereas with U. tumidus, we observed a decreased detection rate and did not detect its eDNA after 9.1 km. We also observed a difference in detection for this species at different times of year. The observed movement of eDNA from the source amounting to nearly 10 km for these species indicates that the resolution of an eDNA sample can be large in river systems. Our results indicate that there may be species' specific transport distances for eDNA and demonstrate for the first time that invertebrate eDNA can persist over relatively large distances in a natural river system.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0088786",
    doi = "10.1371/journal.pone.0088786",
    openalex = "W2093478636",
    references = "doi101139cjfas20130047, doi101371journalpone0059520"
}

O DNA ambiental (eDNA) refere-se ao material genético que pode ser extraído de amostras ambientais em massa, como solo, água e até ar. O estudo em rápida expansão do eDNA gerou uma capacidade sem precedentes para detectar espécies e realizar análises genéticas para conservação, gestão e pesquisa, particularmente em cenários onde a coleta de organismos inteiros é impraticável ou impossível. Embora o número de estudos demonstrando detecção bem-sucedida de eDNA tenha aumentado rapidamente nos últimos anos, menos pesquisas exploraram a "ecologia" do eDNA — as inúmeras interações entre o material genético extraorganismal e seu ambiente — e sua influência na detecção, quantificação, análise e aplicação do eDNA à conservação e pesquisa. Aqui, delineamos um quadro para entender a ecologia do eDNA, incluindo a origem, estado, transporte e destino do material genético extraorganismal. Usando este quadro, revisamos e sintetizamos as descobertas de estudos de eDNA de diversos ambientes, táxons e campos de estudo para destacar conceitos importantes e lacunas de conhecimento no estudo e aplicação do eDNA. Além disso, identificamos fronteiras da aplicação do eDNA focada na conservação onde vemos o maior potencial de crescimento, incluindo o uso do eDNA para estimar o tamanho da população, análises genéticas e genômicas de população via eDNA, inclusão de outras biomoléculas indicadoras, como RNA ambiental ou proteínas, coleta e análise automatizada de amostras e consideração de uma gama expandida de amostras ambientais criativas. Discutimos como uma compreensão mais completa da ecologia do eDNA é integral para avançar essas fronteiras e maximizar o potencial de futuras aplicações de eDNA em conservação e pesquisa.

@article{doi101007s1059201507754,
    author = "Barnes, Matthew A. and Turner, Cameron R.",
    title = "The ecology of environmental DNA and implications for conservation genetics",
    year = "2015",
    journal = "Conservation Genetics",
    abstract = "Environmental DNA (eDNA) refers to the genetic material that can be extracted from bulk environmental samples such as soil, water, and even air. The rapidly expanding study of eDNA has generated unprecedented ability to detect species and conduct genetic analyses for conservation, management, and research, particularly in scenarios where collection of whole organisms is impractical or impossible. While the number of studies demonstrating successful eDNA detection has increased rapidly in recent years, less research has explored the ''ecology'' of eDNA-myriad interactions between extraorganismal genetic material and its environment-and its influence on eDNA detection, quantification, analysis, and application to conservation and research. Here, we outline a framework for understanding the ecology of eDNA, including the origin, state, transport, and fate of extraorganismal genetic material. Using this framework, we review and synthesize the findings of eDNA studies from diverse environments, taxa, and fields of study to highlight important concepts and knowledge gaps in eDNA study and application. Additionally, we identify frontiers of conservation-focused eDNA application where we see the most potential for growth, including the use of eDNA for estimating population size, population genetic and genomic analyses via eDNA, inclusion of other indicator biomolecules such as environmental RNA or proteins, automated sample collection and analysis, and consideration of an expanded array of creative environmental samples. We discuss how a more complete understanding of the ecology of eDNA is integral to advancing these frontiers and maximizing the potential of future eDNA applications in conservation and research.",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10592-015-0775-4",
    doi = "10.1007/s10592-015-0775-4",
    openalex = "W1815195908",
    references = "doi101016jbiocon201411019, doi101016jtree201404003, doi101038362709a0, doi101093bioinformaticsbtv401, doi101098rsbl20080118, doi101111j1365294x201105418x, doi101111j1365294x201205505x, doi101111j1755263x201000158x, doi101139cjfas20130047, doi101146annurevanimal090414014900, doi101371journalpone0027310, doi101371journalpone0059520, doi10261816153922fe919c"
}

@article{doi101016jtree201511005,
    author = "Socolar, Jacob B. e Gilroy, James J. e Kunin, William E. e Edwards, David P.",
    title = "Como a Beta-Diversidade Deve Informar a Conservação da Biodiversidade?",
    year = "2015",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2015.11.005",
    doi = "10.1016/j.tree.2015.11.005",
    openalex = "W2216692843",
    references = "doi101111j14610248201101628x, doi101126science1251817"
}

Desenvolvemos um conjunto de primers universais de PCR (MiFish-U/E) para metabarcoding de DNA ambiental (eDNA) de peixes. Os primers foram projetados usando sequências alinhadas de genoma mitocondrial completo (mitogenoma) de 880 espécies, suplementadas por sequências parciais de mitogenoma de 160 elasmobrânquios (tubarões e raias). Os primers alvejam uma região hipervariável do gene 12S rRNA (163-185 pb), que contém informações suficientes para identificar peixes até a família taxonômica, gênero e espécie, exceto para alguns congêneres muito relacionados. Para testar a versatilidade dos primers em uma ampla gama de peixes, coletamos eDNA de quatro tanques no Aquário Okinawa Churaumi com composições de espécies conhecidas, preparamos bibliotecas com índice duplo e realizamos sequenciamento de extremidades pareadas da região usando tecnologias de sequenciamento de nova geração de alto rendimento. Das 180 espécies marinhas de peixes contidas nos quatro tanques com sequências de referência em um banco de dados personalizado, detectamos 168 espécies (93,3%) distribuídas em 59 famílias e 123 gêneros. Estes peixes não são apenas taxonomicamente diversos, variando de tubarões e raias a teleósteos superiores, mas também são muito variados em sua ecologia, incluindo espécies pelágicas e bentônicas que vivem em águas costeiras rasas a profundas. Também coletamos águas marinhas naturais ao redor de recifes de coral perto do aquário e detectamos 93 espécies de peixes usando esta abordagem. Das 93 espécies, 64 não foram detectadas nos quatro tanques do aquário, resultando no número total de espécies detectadas em 232 (de 70 famílias e 152 gêneros). A abordagem de metabarcoding apresentada aqui é não invasiva, mais eficiente, mais econômica e mais sensível do que os métodos tradicionais de levantamento. Tem o potencial de servir como uma ferramenta alternativa (ou complementar) para monitoramento da biodiversidade que revoluciona a gestão de recursos naturais e estudos ecológicos de comunidades de peixes em escalas espaciais e temporais maiores.

@article{doi101098rsos150088,
    author = "Miya, Masaki e Sato, Yukuto e Fukunaga, Tsukasa e Sado, Tetsuya e Poulsen, Jan Yde e Sato, Keiichi e Minamoto, Toshifumi e Yamamoto, Satoshi e Yamanaka, Hiroki e Araki, Hitoshi e Kondoh, Michio e Iwasaki, Wataru",
    title = "MiFish, um conjunto de primers universais de PCR para metabarcoding de DNA ambiental de peixes: detecção de mais de 230 espécies marinhas subtropicais",
    year = "2015",
    journal = "Royal Society Open Science",
    abstract = "Desenvolvemos um conjunto de primers universais de PCR (MiFish-U/E) para metabarcoding de DNA ambiental (eDNA) de peixes. Os primers foram projetados usando sequências alinhadas de genoma mitocondrial completo (mitogenoma) de 880 espécies, suplementadas por sequências parciais de mitogenoma de 160 elasmobrânquios (tubarões e raias). Os primers alvejam uma região hipervariável do gene 12S rRNA (163-185 pb), que contém informações suficientes para identificar peixes até a família taxonômica, gênero e espécie, exceto para alguns congêneres muito relacionados. Para testar a versatilidade dos primers em uma ampla gama de peixes, coletamos eDNA de quatro tanques no Aquário Okinawa Churaumi com composições de espécies conhecidas, preparamos bibliotecas com índice duplo e realizamos sequenciamento de extremidades pareadas da região usando tecnologias de sequenciamento de nova geração de alto rendimento. Das 180 espécies marinhas de peixes contidas nos quatro tanques com sequências de referência em um banco de dados personalizado, detectamos 168 espécies (93,3\%) distribuídas em 59 famílias e 123 gêneros. Estes peixes não são apenas taxonomicamente diversos, variando de tubarões e raias a teleósteos superiores, mas também são muito variados em sua ecologia, incluindo espécies pelágicas e bentônicas que vivem em águas costeiras rasas a profundas. Também coletamos águas marinhas naturais ao redor de recifes de coral perto do aquário e detectamos 93 espécies de peixes usando esta abordagem. Das 93 espécies, 64 não foram detectadas nos quatro tanques do aquário, resultando no número total de espécies detectadas em 232 (de 70 famílias e 152 gêneros). A abordagem de metabarcoding apresentada aqui é não invasiva, mais eficiente, mais econômica e mais sensível do que os métodos tradicionais de levantamento. Tem o potencial de servir como uma ferramenta alternativa (ou complementar) para monitoramento da biodiversidade que revoluciona a gestão de recursos naturais e estudos ecológicos de comunidades de peixes em escalas espaciais e temporais maiores.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rsos.150088",
    doi = "10.1098/rsos.150088",
    openalex = "W2254267781",
    references = "doi101016jbiocon201411019, doi101093bibbbn013, doi101093bioinformaticsbtq461, doi101093bioinformaticsbtr507, doi101093nargkm234, doi101093nargkp1137, doi101098rsbl20080118, doi101098rspb20042813, doi101111j1365294x201105418x, doi101111j1365294x201205470x, doi101111j1755263x201000158x, doi1011861471210510421, doi1011861471210511485, doi101371journalpone0059520"
}

Resumo Preservar a biodiversidade é um desafio global que exige dados sobre a distribuição e abundância das espécies em grandes escalas geográficas e temporais. No entanto, os métodos tradicionais para investigar a distribuição e abundância de espécies móveis em ambientes marinhos são frequentemente ineficientes, destrutivos para o meio ambiente ou intensivos em recursos. A metabarcoding de DNA ambiental (eDNA) oferece um novo meio para avaliar a biodiversidade em escalas muito maiores, mas a adoção dessa abordagem para investigar comunidades animais inteiras em sistemas aquáticos grandes e dinâmicos tem sido retardada por incertezas significativas em torno das taxas de erro de detecção e da resolução espacial relevante das investigações de eDNA. Aqui, relatamos os resultados de uma investigação de transecto de eDNA de 2,5 km que avaliou a fauna de vertebrados presente ao longo de uma gradiação de diversos habitats marinhos associados a um ecossistema de floresta de algas. Usando primers de PCR que alvejam o gene 12S rRNA mitocondrial de peixes e mamíferos marinhos, geramos dados de sequência de eDNA e comparamos-os a investigações de mergulho visual simultâneas. Encontramos concordância espacial entre as tendências de eDNA e de investigação visual de espécies individuais, e que o eDNA é capaz de distinguir assembleias de comunidades de vertebrados de habitats separados por tão pouco quanto ~60 m. O eDNA detectou confiavelmente vertebrados com baixas taxas de erro de falso-negativo (1/12 táxons) quando comparado às investigações, e revelou espécies crípticas conhecidas por ocupar os habitats, mas negligenciadas pelos métodos visuais. Este estudo também apresenta uma contagem explícita de falsos negativos e positivos nos dados de metabarcoding, que ilustram a influência da seleção de marcadores gênicos, replicação, contaminação, vieses que impactam os dados de contagem de eDNA e a ecologia das espécies-alvo nas taxas de detecção de eDNA em um ecossistema aberto.

@article{doi101111mec13481,
    author = "Port, Jesse A. and O'Donnell, James L. and Romero-Maraccini, Ofelia C. and Leary, Paul and Litvin, Steven Y. and Nickols, Kerry J. and Yamahara, Kevan M. and Kelly, Ryan P.",
    title = "Avaliando a biodiversidade de vertebrados em um ecossistema de floresta de algas usando DNA ambiental",
    year = "2015",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "Resumo Preservar a biodiversidade é um desafio global que exige dados sobre a distribuição e abundância das espécies em grandes escalas geográficas e temporais. No entanto, os métodos tradicionais para investigar a distribuição e abundância de espécies móveis em ambientes marinhos são frequentemente ineficientes, destrutivos para o meio ambiente ou intensivos em recursos. A metabarcoding de DNA ambiental (eDNA) oferece um novo meio para avaliar a biodiversidade em escalas muito maiores, mas a adoção dessa abordagem para investigar comunidades animais inteiras em sistemas aquáticos grandes e dinâmicos tem sido retardada por incertezas significativas em torno das taxas de erro de detecção e da resolução espacial relevante das investigações de eDNA. Aqui, relatamos os resultados de uma investigação de transecto de eDNA de 2,5 km que avaliou a fauna de vertebrados presente ao longo de uma gradiação de diversos habitats marinhos associados a um ecossistema de floresta de algas. Usando primers de PCR que alvejam o gene 12S rRNA mitocondrial de peixes e mamíferos marinhos, geramos dados de sequência de eDNA e comparamos-os a investigações de mergulho visual simultâneas. Encontramos concordância espacial entre as tendências de eDNA e de investigação visual de espécies individuais, e que o eDNA é capaz de distinguir assembleias de comunidades de vertebrados de habitats separados por tão pouco quanto \textasciitilde 60 m. O eDNA detectou confiavelmente vertebrados com baixas taxas de erro de falso-negativo (1/12 táxons) quando comparado às investigações, e revelou espécies crípticas conhecidas por ocupar os habitats, mas negligenciadas pelos métodos visuais. Este estudo também apresenta uma contagem explícita de falsos negativos e positivos nos dados de metabarcoding, que ilustram a influência da seleção de marcadores gênicos, replicação, contaminação, vieses que impactam os dados de contagem de eDNA e a ecologia das espécies-alvo nas taxas de detecção de eDNA em um ecossistema aberto.",
    url = "https://doi.org/10.1111/mec.13481",
    doi = "10.1111/mec.13481",
    openalex = "W2248984422",
    references = "doi101098rsos150088"
}

O DNA amostrado do ambiente (eDNA) é uma maneira útil de revelar padrões de biodiversidade. Ao combinar um modelo conceitual e dados empíricos, testamos se o eDNA transportado em redes fluviais pode ser usado como uma maneira integrativa para avaliar a biodiversidade eucariótica para escalas espaciais amplas e através da interface terra-água. Usando uma abordagem de metabarcoding de eDNA, detectamos 296 famílias de eucariotos, abrangendo 19 filos ao longo da bacia de um rio. Mostramos para um subconjunto dessas famílias que as amostras de eDNA superam os vieses de autocorrelação espacial associados às avaliações clássicas de comunidades, integrando informações de biodiversidade no espaço. Além disso, demonstramos que muitas espécies terrestres são detectadas; assim, sugerindo que o eDNA na água dos rios também incorpora informações de biodiversidade através de biomas terrestres e aquáticos. O DNA ambiental transportado em redes fluviais oferece uma maneira nova e espacialmente integrada de avaliar a biodiversidade total para paisagens inteiras e transformará a aquisição de dados de biodiversidade na ecologia.

@article{doi101038ncomms12544,
    author = "Deiner, Kristy e Fronhofer, Emanuel A. e Mächler, Elvira e Walser, Jean‐Claude e Altermatt, Florian",
    title = "Environmental DNA reveals that rivers are conveyer belts of biodiversity information",
    year = "2016",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "DNA sampled from the environment (eDNA) is a useful way to uncover biodiversity patterns. By combining a conceptual model and empirical data, we test whether eDNA transported in river networks can be used as an integrative way to assess eukaryotic biodiversity for broad spatial scales and across the land-water interface. Using an eDNA metabarcode approach, we detect 296 families of eukaryotes, spanning 19 phyla across the catchment of a river. We show for a subset of these families that eDNA samples overcome spatial autocorrelation biases associated with the classical community assessments by integrating biodiversity information over space. In addition, we demonstrate that many terrestrial species are detected; thus suggesting eDNA in river water also incorporates biodiversity information across terrestrial and aquatic biomes. Environmental DNA transported in river networks offers a novel and spatially integrated way to assess the total biodiversity for whole landscapes and will transform biodiversity data acquisition in ecology.",
    url = "https://doi.org/10.1038/ncomms12544",
    doi = "10.1038/ncomms12544",
    openalex = "W2951985551",
    references = "doi101016jtree201404003"
}

Resumo A detecção de espécies usando DNA ambiental (eDNA) tem um potencial tremendo para contribuir para a compreensão da ecologia e conservação de espécies aquáticas. Detectar espécies usando métodos de eDNA, em vez de amostrar diretamente os organismos, pode reduzir os impactos em espécies sensíveis e aumentar a eficácia de levantamentos de campo para espécies raras e elusivas. No entanto, a sensibilidade dos métodos de eDNA exige uma maior conscientização e atenção aos protocolos de garantia e controle de qualidade. Além disso, a interpretação dos dados de eDNA exige uma consideração cuidadosa de múltiplos fatores. À medida que os métodos de eDNA têm crescido em aplicação, diversas abordagens têm sido implementadas para abordar essas questões. Com o interesse na eDNA continuando a se expandir, diretrizes de apoio para a realização de estudos de eDNA são muito necessárias. Pesquisadores de DNA ambiental de todo o mundo colaboraram para produzir este conjunto de diretrizes e considerações para a implementação de métodos de eDNA na detecção de macroorganismos aquáticos. Considerações críticas para o desenho do estudo incluem prevenir contaminação no campo e no laboratório, escolher métodos apropriados de análise de amostras, validar ensaios, testar para inibição de amostras e seguir diretrizes mínimas de relatórios. Considerações críticas para a inferência incluem processos temporais e espaciais, limites de correlação de eDNA com abundância, incerteza de resultados positivos e negativos e potenciais fontes de DNA aloctônico. Apresentamos uma síntese do conhecimento nesta etapa para a aplicação deste novo e poderoso método de detecção.

@article{doi1011112041210x12595,
    author = "Goldberg, Caren S. and Turner, Cameron R. and Deiner, Kristy and Klymus, Katy E. and Thomsen, Philip Francis and Murphy, Melanie A. and Spear, Stephen F. and McKee, Anna M. and Oyler‐McCance, Sara J. and Cornman, Robert S. and Laramie, Matthew B. and Mahon, Andrew R. and Lance, Richard F. and Pilliod, David S. and Strickler, Katherine M. and Waits, Lisette P. and Fremier, Alexander K. and Takahara, Teruhiko and Herder, Jelger and Taberlet, Pierre",
    title = "Critical considerations for the application of environmental DNA methods to detect aquatic species",
    year = "2016",
    journal = "Methods in Ecology and Evolution",
    abstract = "Resumo A detecção de espécies usando DNA ambiental (eDNA) tem um potencial tremendo para contribuir para a compreensão da ecologia e conservação de espécies aquáticas. Detectar espécies usando métodos de eDNA, em vez de amostrar diretamente os organismos, pode reduzir os impactos em espécies sensíveis e aumentar a eficácia de levantamentos de campo para espécies raras e elusivas. No entanto, a sensibilidade dos métodos de eDNA exige uma maior conscientização e atenção aos protocolos de garantia e controle de qualidade. Além disso, a interpretação dos dados de eDNA exige uma consideração cuidadosa de múltiplos fatores. À medida que os métodos de eDNA têm crescido em aplicação, diversas abordagens têm sido implementadas para abordar essas questões. Com o interesse na eDNA continuando a se expandir, diretrizes de apoio para a realização de estudos de eDNA são muito necessárias. Pesquisadores de DNA ambiental de todo o mundo colaboraram para produzir este conjunto de diretrizes e considerações para a implementação de métodos de eDNA na detecção de macroorganismos aquáticos. Considerações críticas para o desenho do estudo incluem prevenir contaminação no campo e no laboratório, escolher métodos apropriados de análise de amostras, validar ensaios, testar para inibição de amostras e seguir diretrizes mínimas de relatórios. Considerações críticas para a inferência incluem processos temporais e espaciais, limites de correlação de eDNA com abundância, incerteza de resultados positivos e negativos e potenciais fontes de DNA aloctônico. Apresentamos uma síntese do conhecimento nesta etapa para a aplicação deste novo e poderoso método de detecção.",
    url = "https://doi.org/10.1111/2041-210x.12595",
    doi = "10.1111/2041-210x.12595",
    openalex = "W2398092094",
    references = "doi101111j1755263x201000158x, doi101111mec13428, doi101139cjfas20130047, doi101371journalpone0059520, doi101373clinchem2008112797"
}

Os organismos liberam continuamente DNA para seus ambientes através de células descartadas, excreta, gametas e material em decomposição. A análise deste 'DNA ambiental' (eDNA) está revolucionando o monitoramento da biodiversidade. O eDNA supera muitos métodos de levantamento estabelecidos para a detecção direcionada de espécies individuais, mas poucos estudos investigaram o quão bem o eDNA reflete comunidades inteiras de organismos em ambientes naturais. Investigamos se o eDNA pode recuperar informações qualitativas e quantitativas precisas sobre comunidades de peixes em grandes lagos, comparando com o conjunto de dados mais abrangente de redes de arrasto de brânquias de longo prazo disponível no Reino Unido. Setenta e oito amostras de água de 2L foram coletadas ao longo de perfis de profundidade, em locais de redes de arrasto de brânquias e da margem em três grandes lagos profundos (Windermere, Bassenthwaite Lake e Derwent Water) no Distrito dos Lagos Ingleses. As amostras de água foram analisadas por metabarcoding de eDNA das regiões mitocondriais 12S e citocromo b. Quatorze das 16 espécies historicamente registradas em Windermere foram detectadas usando eDNA, comparadas a quatro espécies na mais recente pesquisa com redes de arrasto de brânquias, demonstrando que o eDNA é extremamente sensível para detectar espécies. Uma questão chave para o monitoramento da biodiversidade é se o eDNA pode estimar com precisão a abundância. Para testar isso, usamos o número de leituras de sequência por espécie e a proporção de locais de amostragem em que uma espécie foi detectada com eDNA (ou seja, ocupação do local) como proxies para abundância. Os dados de abundância de eDNA correlacionaram-se consistentemente com estimativas de abundância por classificação de levantamentos estabelecidos. Estes resultados demonstram que o metabarcoding de eDNA pode descrever comunidades de peixes em grandes lagos, tanto qualitativa quanto quantitativamente, e tem grande potencial como uma ferramenta complementar aos métodos de monitoramento estabelecidos.

@article{doi101111mec13660,
    author = "Hänfling, Bernd e Handley, Lori Lawson e Read, Daniel S. e Hahn, Christoph e Li, Jianlong e Nichols, Paul e Blackman, Rosetta C. e Oliver, Anna e Winfield, Ian J.",
    title = "Metabarcoding de DNA ambiental de comunidades de peixes de lagos reflete dados de longo prazo de métodos de levantamento estabelecidos",
    year = "2016",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "Os organismos liberam continuamente DNA para seus ambientes através de células descartadas, excreta, gametas e material em decomposição. A análise deste 'DNA ambiental' (eDNA) está revolucionando o monitoramento da biodiversidade. O eDNA supera muitos métodos de levantamento estabelecidos para a detecção direcionada de espécies individuais, mas poucos estudos investigaram o quão bem o eDNA reflete comunidades inteiras de organismos em ambientes naturais. Investigamos se o eDNA pode recuperar informações qualitativas e quantitativas precisas sobre comunidades de peixes em grandes lagos, comparando com o conjunto de dados mais abrangente de redes de arrasto de brânquias de longo prazo disponível no Reino Unido. Setenta e oito amostras de água de 2L foram coletadas ao longo de perfis de profundidade, em locais de redes de arrasto de brânquias e da margem em três grandes lagos profundos (Windermere, Bassenthwaite Lake e Derwent Water) no Distrito dos Lagos Ingleses. As amostras de água foram analisadas por metabarcoding de eDNA das regiões mitocondriais 12S e citocromo b. Quatorze das 16 espécies historicamente registradas em Windermere foram detectadas usando eDNA, comparadas a quatro espécies na mais recente pesquisa com redes de arrasto de brânquias, demonstrando que o eDNA é extremamente sensível para detectar espécies. Uma questão chave para o monitoramento da biodiversidade é se o eDNA pode estimar com precisão a abundância. Para testar isso, usamos o número de leituras de sequência por espécie e a proporção de locais de amostragem em que uma espécie foi detectada com eDNA (ou seja, ocupação do local) como proxies para abundância. Os dados de abundância de eDNA correlacionaram-se consistentemente com estimativas de abundância por classificação de levantamentos estabelecidos. Estes resultados demonstram que o metabarcoding de eDNA pode descrever comunidades de peixes em grandes lagos, tanto qualitativa quanto quantitativamente, e tem grande potencial como uma ferramenta complementar aos métodos de monitoramento estabelecidos.",
    url = "https://doi.org/10.1111/mec.13660",
    doi = "10.1111/mec.13660",
    openalex = "W2337259322",
    references = "doi101016jtree201404003, doi101098rsos150088, doi101111mec13428"
}

revelou a estrutura da comunidade de peixes em uma resolução de espécie. O metabarcoding de eDNA baseado em uma coleta de 6 horas de amostras de água detectou 128 espécies de peixes, das quais 62,5% (40 espécies) também foram observadas por censos visuais subaquáticos realizados ao longo de um período de 14 anos. Este método também detectou outros peixes locais (≥23 espécies) que não foram observados pelos censos visuais. Essas características de metabarcoding de eDNA aprimorarão pesquisas relacionadas a ecossistemas marinhos, e o método poderá potencialmente se tornar uma ferramenta padrão para a pesquisa de comunidades de peixes.

@article{doi101038srep40368,
    author = "Yamamoto, Satoshi e Masuda, Reiji e Sato, Yukuto e Sado, Tetsuya e Araki, Hitoshi e Kondoh, Michio e Minamoto, Toshifumi e Miya, Masaki",
    title = "Metabarcoding de DNA ambiental revela comunidades locais de peixes em um mar costeiro rico em espécies",
    year = "2017",
    journal = "Scientific Reports",
    abstract = "revelou a estrutura da comunidade de peixes em uma resolução de espécie. O metabarcoding de eDNA baseado em uma coleta de 6 horas de amostras de água detectou 128 espécies de peixes, das quais 62,5\% (40 espécies) também foram observadas por censos visuais subaquáticos realizados ao longo de um período de 14 anos. Este método também detectou outros peixes locais (≥23 espécies) que não foram observados pelos censos visuais. Essas características de metabarcoding de eDNA aprimorarão pesquisas relacionadas a ecossistemas marinhos, e o método poderá potencialmente se tornar uma ferramenta padrão para a pesquisa de comunidades de peixes.",
    url = "https://doi.org/10.1038/srep40368",
    doi = "10.1038/srep40368",
    openalex = "W2576417104",
    references = "doi101007s1059201507754, doi101016jbiocon201411019, doi101016jtree201404003, doi101038nature01610, doi101038nmeth1184, doi101093bioinformaticsbtr381, doi101093bioinformaticsbtr507, doi101098rsbl20080118, doi101098rsos150088, doi101111mec13428, doi1011861471210510421, openalexw1558982506"
}

Resumo O metabarcoding de amostras ambientais apresenta muitos desafios e limitações que exigem fluxos de trabalho laboratoriais e de análise cuidadosamente considerados para garantir resultados confiáveis. Exploramos como as decisões relativas ao desenho do estudo, ao estabelecimento do laboratório e ao processamento bioinformático afetam os resultados finais, e fornecemos diretrizes para o estudo confiável de amostras ambientais. Avaliamos o desempenho de quatro conjuntos de primers que alvejam as regiões COI e 16S, caracterizando a diversidade de artrópodes em amostras fecais de morcegos, e investigamos como os resultados do metabarcoding são afetados por parâmetros incluindo: (1) número de replicatas de PCR por amostra, (2) profundidade de sequenciamento, (3) estratégia de processamento de replicatas de PCR (ou seja, de forma aditiva, combinando as sequências obtidas das replicatas de PCR, ou de forma restritiva, mantendo apenas as sequências que ocorrem em múltiplas replicatas de PCR para cada amostra), (4) número mínimo de cópias para que as sequências sejam mantidas, (5) remoção de quimeras e (6) limiares de similaridade para o agrupamento de Unidades Taxonômicas Operacionais (OTU). Por fim, medimos as dissimilaridades intra- e inter-taxa ao utilizar sequências de bancos de dados públicos para determinar os limiares mais apropriados para o agrupamento de OTU e a atribuição taxonômica. Nossos resultados mostram que o uso de múltiplos conjuntos de primers reduz os vieses taxonômicos e aumenta a cobertura taxonômica. Os perfis taxonômicos resultantes de cada conjunto de primers são principalmente afetados pelo número de replicatas de PCR realizadas por amostra e pelo modo como as sequências são filtradas entre elas, pelo limiar de número de cópias da sequência e pelo limiar de agrupamento de OTU. Também relatamos diferenças consideráveis de diversidade entre as replicatas de PCR de cada amostra. A profundidade de sequenciamento aumenta a dissimilaridade entre as replicatas de PCR, a menos que as estratégias bioinformáticas para remover supostamente sequências artefatuais sejam ajustadas de acordo com o número de sequências analisadas. Finalmente, mostramos que os limiares de identidade apropriados para o agrupamento de OTU e a atribuição taxonômica diferem entre os marcadores. O metabarcoding de amostras ambientais complexas idealmente requer (1) investigação de se mais de um conjunto de primers que alveja o mesmo grupo taxonômico é necessário para compensar os vieses dos primers, (2) mais de uma replicata de PCR por amostra, (3) processamento bioinformático de sequências que equilibre a detecção de diversidade com a remoção de sequências artefatuais e (4) seleção empírica de limiares de agrupamento de OTU e atribuição taxonômica adaptados a cada marcador e aos taxons obtidos.

@article{doi1011112041210x12849,
    author = "Alberdi, Antton and Aizpurua, Ostaizka and Gilbert, M. Thomas P. and Bohmann, Kristine",
    title = "Scrutinizing key steps for reliable metabarcoding of environmental samples",
    year = "2017",
    journal = "Methods in Ecology and Evolution",
    abstract = "Resumo O metabarcoding de amostras ambientais apresenta muitos desafios e limitações que exigem fluxos de trabalho laboratoriais e de análise cuidadosamente considerados para garantir resultados confiáveis. Exploramos como as decisões relativas ao desenho do estudo, ao estabelecimento do laboratório e ao processamento bioinformático afetam os resultados finais, e fornecemos diretrizes para o estudo confiável de amostras ambientais. Avaliamos o desempenho de quatro conjuntos de primers que alvejam as regiões COI e 16S, caracterizando a diversidade de artrópodes em amostras fecais de morcegos, e investigamos como os resultados do metabarcoding são afetados por parâmetros incluindo: (1) número de replicatas de PCR por amostra, (2) profundidade de sequenciamento, (3) estratégia de processamento de replicatas de PCR (ou seja, de forma aditiva, combinando as sequências obtidas das replicatas de PCR, ou de forma restritiva, mantendo apenas as sequências que ocorrem em múltiplas replicatas de PCR para cada amostra), (4) número mínimo de cópias para que as sequências sejam mantidas, (5) remoção de quimeras e (6) limiares de similaridade para o agrupamento de Unidades Taxonômicas Operacionais (OTU). Por fim, medimos as dissimilaridades intra- e inter-taxa ao utilizar sequências de bancos de dados públicos para determinar os limiares mais apropriados para o agrupamento de OTU e a atribuição taxonômica. Nossos resultados mostram que o uso de múltiplos conjuntos de primers reduz os vieses taxonômicos e aumenta a cobertura taxonômica. Os perfis taxonômicos resultantes de cada conjunto de primers são principalmente afetados pelo número de replicatas de PCR realizadas por amostra e pelo modo como as sequências são filtradas entre elas, pelo limiar de número de cópias da sequência e pelo limiar de agrupamento de OTU. Também relatamos diferenças consideráveis de diversidade entre as replicatas de PCR de cada amostra. A profundidade de sequenciamento aumenta a dissimilaridade entre as replicatas de PCR, a menos que as estratégias bioinformáticas para remover supostamente sequências artefatuais sejam ajustadas de acordo com o número de sequências analisadas. Finalmente, mostramos que os limiares de identidade apropriados para o agrupamento de OTU e a atribuição taxonômica diferem entre os marcadores. O metabarcoding de amostras ambientais complexas idealmente requer (1) investigação de se mais de um conjunto de primers que alveja o mesmo grupo taxonômico é necessário para compensar os vieses dos primers, (2) mais de uma replicata de PCR por amostra, (3) processamento bioinformático de sequências que equilibre a detecção de diversidade com a remoção de sequências artefatuais e (4) seleção empírica de limiares de agrupamento de OTU e atribuição taxonômica adaptados a cada marcador e aos taxons obtidos.",
    url = "https://doi.org/10.1111/2041-210x.12849",
    doi = "10.1111/2041-210x.12849",
    openalex = "W2724989966",
    references = "doi101016jtree201404003, doi101111j1365294x201205537x"
}

Apesar da importância ecológica e social dos grandes rios, a amostragem de peixes permanece cara e limitada a habitats específicos (e.g., margens de rios). Utilizando uma abordagem de metabarcoding de eDNA, amostramos regularmente 500 km de um grande rio (Rio Ródano). Comparações com levantamentos de eletropesca de longo prazo demonstraram a capacidade do metabarcoding de eDNA de revelar qualitativa e quantitativamente as estruturas de assembleias de peixes (abundância relativa de espécies), mas o eDNA integrou um espaço maior do que o local de amostragem clássico. A combinação de uma revisão bibliográfica e dados de campo mostrou que o eDNA comporta-se na coluna de água como matéria orgânica particulada fina. Sua distância de detecção variou de alguns km em um pequeno riacho a mais de 100 km em um grande rio. Até onde sabemos, nossos resultados são a primeira demonstração da capacidade do metabarcoding de eDNA de descrever padrões longitudinais de assembleias de peixes em um grande rio, e o metabarcoding parece ser um método confiável e custo-efetivo para monitoramento futuro.

@article{doi101038s41598018284248,
    author = "Pont, Didier e Rocle, Mathieu e Valentini, Alice e Civade, Raphaël e Jean, Pauline e Maire, Anthony e Roset, Nicolas e Schabuss, Michael e Zornig, Horst e Déjean, Tony",
    title = "Environmental DNA reveals quantitative patterns of fish biodiversity in large rivers despite its downstream transportation",
    year = "2018",
    journal = "Scientific Reports",
    abstract = "Apesar da importância ecológica e social dos grandes rios, a amostragem de peixes permanece cara e limitada a habitats específicos (e.g., margens de rios). Utilizando uma abordagem de metabarcoding de eDNA, amostramos regularmente 500 km de um grande rio (Rio Ródano). Comparações com levantamentos de eletropesca de longo prazo demonstraram a capacidade do metabarcoding de eDNA de revelar qualitativa e quantitativamente as estruturas de assembleias de peixes (abundância relativa de espécies), mas o eDNA integrou um espaço maior do que o local de amostragem clássico. A combinação de uma revisão bibliográfica e dados de campo mostrou que o eDNA comporta-se na coluna de água como matéria orgânica particulada fina. Sua distância de detecção variou de alguns km em um pequeno riacho a mais de 100 km em um grande rio. Até onde sabemos, nossos resultados são a primeira demonstração da capacidade do metabarcoding de eDNA de descrever padrões longitudinais de assembleias de peixes em um grande rio, e o metabarcoding parece ser um método confiável e custo-efetivo para monitoramento futuro.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41598-018-28424-8",
    doi = "10.1038/s41598-018-28424-8",
    openalex = "W2809994961",
    references = "doi101038srep40368, doi101111mec14350"
}

À medida que o DNA ambiental (eDNA) se torna um recurso cada vez mais valioso para o monitoramento de ecossistemas marinhos, compreender a variação em sua persistência em ambientes contrastantes é crítico. Aqui, quantificamos a degradação do eDNA macrobial ao longo de um eixo espaço-temporal de condições localmente extremas, variando de áreas oceânicas influenciadas pelo oceano para áreas urbanas costeiras, e entre inverno e verão. Relatamos que o eDNA se degrada 1,6 vezes mais rápido no ambiente costeiro do que no ambiente oceânico, mas, contrariamente às expectativas, não encontramos diferença ao longo das estações. A análise de covariáveis ambientais mostra um gradiente espacial de salinidade e um gradiente temporal de pH, com a salinidade – ou as correlações bióticas dela – sendo as mais importantes. Com base na meia-vida estimada do eDNA costeiro e nas concentrações naturalmente ocorrentes de eDNA, estimamos que o eDNA pode ser detectado por cerca de 48 horas, oferecendo o potencial de coletar dados da comunidade ecológica de alta fidelidade local. Concluímos colocando esses resultados no contexto das taxas de decaimento de eDNA previamente publicadas.

@article{doi101038s4200301801926,
    author = "Collins, Rupert A. and Wangensteen, Owen S. and O’Gorman, Eoin J. and Mariani, Stefano and Sims, David and Genner, Martin J.",
    title = "Persistência de DNA ambiental em sistemas marinhos",
    year = "2018",
    journal = "Communications Biology",
    abstract = "À medida que o DNA ambiental (eDNA) se torna um recurso cada vez mais valioso para o monitoramento de ecossistemas marinhos, compreender a variação em sua persistência em ambientes contrastantes é crítico. Aqui, quantificamos a degradação do eDNA macrobial ao longo de um eixo espaço-temporal de condições localmente extremas, variando de áreas oceânicas influenciadas pelo oceano para áreas urbanas costeiras, e entre inverno e verão. Relatamos que o eDNA se degrada 1,6 vezes mais rápido no ambiente costeiro do que no ambiente oceânico, mas, contrariamente às expectativas, não encontramos diferença ao longo das estações. A análise de covariáveis ambientais mostra um gradiente espacial de salinidade e um gradiente temporal de pH, com a salinidade – ou as correlações bióticas dela – sendo as mais importantes. Com base na meia-vida estimada do eDNA costeiro e nas concentrações naturalmente ocorrentes de eDNA, estimamos que o eDNA pode ser detectado por cerca de 48 horas, oferecendo o potencial de coletar dados da comunidade ecológica de alta fidelidade local. Concluímos colocando esses resultados no contexto das taxas de decaimento de eDNA previamente publicadas.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s42003-018-0192-6",
    doi = "10.1038/s42003-018-0192-6",
    openalex = "W2899195544",
    references = "doi1010079780387874586, doi101007s1059201507754, doi101016jbiocon201411019, doi101016jtree201404003, doi101038srep40368, doi101093nargks596, doi101098rstb20051716, doi1011111365266412306, doi101111mec14350, doi1013851592591922365, openalexw3086315876"
}

Resumo O DNA ambiental (eDNA), ou seja, DNA liberado no ambiente por qualquer forma de vida, representa uma oportunidade formidável para reunir informações de alto rendimento e padronizadas sobre a distribuição ou hábitos alimentares de espécies. Portanto, tem grande potencial para aplicações em ecologia e gestão da biodiversidade. No entanto, este campo de pesquisa está em rápida evolução, envolve diferentes áreas de especialização e atualmente carece de abordagens padronizadas, o que exige uma síntese atualizada e abrangente. DNA ambiental para pesquisa e monitoramento da biodiversidade abrange métodos atuais baseados em eDNA, com foco especial no "metabarcoding de eDNA". Destinado a cientistas e gestores, fornece informações de base para permitir o desenho de experimentos sólidos. Revisa todos os passos necessários para produzir dados de metabarcoding de alta qualidade, como amostragem, desenho de metabarcodes, otimização de protocolos de PCR e sequenciamento, bem como análise de grandes conjuntos de dados de sequenciamento. Todos esses diferentes passos são apresentados discutindo o potencial e os desafios atuais das abordagens baseadas em eDNA para inferir parâmetros sobre biodiversidade ou processos ecológicos. Os últimos capítulos deste livro revisam como o metabarcoding de DNA tem sido usado até agora para desvendar novos padrões de diversidade no espaço e no tempo, detectar espécies particulares e responder a novas questões ecológicas em vários ecossistemas e para vários organismos. DNA ambiental para pesquisa e monitoramento da biodiversidade constitui uma leitura essencial para todos os estudantes de pós-graduação, pesquisadores e profissionais que não têm um forte background em genética molecular e que estão dispostos a usar abordagens de eDNA em ecologia e biomonitoramento.

@book{doi101093oso97801987672200010001,
    author = "Taberlet, Pierre and Bonin, Aurélie and Zinger, Lucie and Coissac, Éric",
    title = "Environmental DNA",
    year = "2018",
    abstract = "Resumo O DNA ambiental (eDNA), ou seja, DNA liberado no ambiente por qualquer forma de vida, representa uma oportunidade formidável para reunir informações de alto rendimento e padronizadas sobre a distribuição ou hábitos alimentares de espécies. Portanto, tem grande potencial para aplicações em ecologia e gestão da biodiversidade. No entanto, este campo de pesquisa está em rápida evolução, envolve diferentes áreas de especialização e atualmente carece de abordagens padronizadas, o que exige uma síntese atualizada e abrangente. DNA ambiental para pesquisa e monitoramento da biodiversidade abrange métodos atuais baseados em eDNA, com foco especial no "metabarcoding de eDNA". Destinado a cientistas e gestores, fornece informações de base para permitir o desenho de experimentos sólidos. Revisa todos os passos necessários para produzir dados de metabarcoding de alta qualidade, como amostragem, desenho de metabarcodes, otimização de protocolos de PCR e sequenciamento, bem como análise de grandes conjuntos de dados de sequenciamento. Todos esses diferentes passos são apresentados discutindo o potencial e os desafios atuais das abordagens baseadas em eDNA para inferir parâmetros sobre biodiversidade ou processos ecológicos. Os últimos capítulos deste livro revisam como o metabarcoding de DNA tem sido usado até agora para desvendar novos padrões de diversidade no espaço e no tempo, detectar espécies particulares e responder a novas questões ecológicas em vários ecossistemas e para vários organismos. DNA ambiental para pesquisa e monitoramento da biodiversidade constitui uma leitura essencial para todos os estudantes de pós-graduação, pesquisadores e profissionais que não têm um forte background em genética molecular e que estão dispostos a usar abordagens de eDNA em ecologia e biomonitoramento.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oso/9780198767220.001.0001",
    doi = "10.1093/oso/9780198767220.001.0001",
    openalex = "W4250963355",
    references = "doi101007s1059201507754, doi101016b9780123721808500421, doi101016jtree200504005, doi101016jtree201404003, doi101038nmeth3869, doi101038nmethf303, doi101038srep40368, doi101073pnas74125463, doi101093nar25173389, doi101093nargks1219, doi101098rsos150088, doi101111j1365294x201105418x, doi101111j1365294x201205537x, doi101111j175348871981tb06752x, doi101111j1755263x201000158x, doi101126science2448875, doi101126scienceaac9323, doi101126scienceaam9695, doi101128aem0006207, doi101128aem0154109, doi101139cjfas20130047, doi101146annurevgenet37110801143214, doi101371journalpone0059520, doi1018901119521"
}

A síntese confiável dos diversos corpos de evidências em rápida expansão é vital para o processo de tomada de decisão baseada em evidências em políticas, práticas e pesquisas ambientais. Com o surgimento da medicina baseada em evidências e o aumento do número de revisões sistemáticas publicadas, foram desenvolvidos critérios para avaliar a qualidade dos relatórios. Primeiro o QUOROM (Lancet 354:1896–1900, 1999) e depois o PRISMA (Ann Intern Med 151:264, 2009) foram desenvolvidos como diretrizes e padrões de relatório para garantir que as meta-análises médicas e as revisões sistemáticas sejam relatadas com alto nível de detalhe. O PRISMA é agora amplamente utilizado por uma variedade de revistas como uma lista de verificação pré-submissão. No entanto, devido ao seu desenvolvimento para revisões sistemáticas em saúde, o PRISMA tem aplicabilidade limitada para revisões em conservação e gestão ambiental. Destacamos 12 problemas-chave na aplicação do PRISMA a este campo, incluindo uma ênfase excessiva na meta-análise e nenhuma consideração para outros métodos de síntese. Apresentamos o ROSES (RepOrting standards for Systematic Evidence Syntheses), um formulário e diagrama de fluxo projetados especificamente para revisões sistemáticas e mapas sistemáticos no campo da conservação e gestão ambiental. Descrevemos como o ROSES resolve os problemas do PRISMA. Esboçamos os principais benefícios da nossa abordagem ao projetar o ROSES, em particular o nível de detalhe e a inclusão de declarações de orientação ricas. Também apresentamos a extração de metadados que descrevem aspectos-chave da condução da revisão. Juntos, este registro de resumo pode ajudar a facilitar a revisão e avaliação rápidas da condução de uma revisão sistemática ou mapa, potencialmente acelerando o processo de revisão por pares. Apresentamos os resultados de testes iniciais de estrada do ROSES com especialistas em revisão sistemática e propomos um plano para o desenvolvimento futuro do ROSES.

@article{doi101186s1375001801217,
    author = "Haddaway, Neal e Macura, Biljana e Whaley, Paul e Pullin, Andrew S.",
    title = "ROSES RepOrting standards for Systematic Evidence Syntheses: pro forma, flow-diagram and descriptive summary of the plan and conduct of environmental systematic reviews and systematic maps",
    year = "2018",
    journal = "Environmental Evidence",
    abstract = "A síntese confiável dos diversos corpos de evidências em rápida expansão é vital para o processo de tomada de decisão baseada em evidências em políticas, práticas e pesquisas ambientais. Com o surgimento da medicina baseada em evidências e o aumento do número de revisões sistemáticas publicadas, foram desenvolvidos critérios para avaliar a qualidade dos relatórios. Primeiro o QUOROM (Lancet 354:1896–1900, 1999) e depois o PRISMA (Ann Intern Med 151:264, 2009) foram desenvolvidos como diretrizes e padrões de relatório para garantir que as meta-análises médicas e as revisões sistemáticas sejam relatadas com alto nível de detalhe. O PRISMA é agora amplamente utilizado por uma variedade de revistas como uma lista de verificação pré-submissão. No entanto, devido ao seu desenvolvimento para revisões sistemáticas em saúde, o PRISMA tem aplicabilidade limitada para revisões em conservação e gestão ambiental. Destacamos 12 problemas-chave na aplicação do PRISMA a este campo, incluindo uma ênfase excessiva na meta-análise e nenhuma consideração para outros métodos de síntese. Apresentamos o ROSES (RepOrting standards for Systematic Evidence Syntheses), um formulário e diagrama de fluxo projetados especificamente para revisões sistemáticas e mapas sistemáticos no campo da conservação e gestão ambiental. Descrevemos como o ROSES resolve os problemas do PRISMA. Esboçamos os principais benefícios da nossa abordagem ao projetar o ROSES, em particular o nível de detalhe e a inclusão de declarações de orientação ricas. Também apresentamos a extração de metadados que descrevem aspectos-chave da condução da revisão. Juntos, este registro de resumo pode ajudar a facilitar a revisão e avaliação rápidas da condução de uma revisão sistemática ou mapa, potencialmente acelerando o processo de revisão por pares. Apresentamos os resultados de testes iniciais de estrada do ROSES com especialistas em revisão sistemática e propomos um plano para o desenvolvimento futuro do ROSES.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s13750-018-0121-7",
    doi = "10.1186/s13750-018-0121-7",
    openalex = "W2795357522",
    references = "doi101111j15231739200600485x"
}

Resumo O debate entre partilha de terras e poupança de terras recentemente estagnou, carecendo de uma perspectiva integradora em paisagens agrícolas, bem como de consideração dos serviços ecossistêmicos. Aqui, argumentamos que a partilha de terras (ou seja, sistemas agrícolas amigáveis à vida selvagem) e a poupança de terras (ou seja, separação da agricultura de alto rendimento e habitats naturais) não são mutuamente exclusivas, pois ambas são necessárias para equilibrar as necessidades de gestão para a multifuncionalidade das paisagens agrícolas. A partilha de terras promove serviços ecossistêmicos em ambientes agrícolas, permitindo assim uma produção ambientalmente amigável. As terras reservadas em áreas protegidas pela poupança de terras são cruciais para a conservação das espécies que são incompatíveis com a agricultura. Importante é que, à medida que as espécies se movem pela paisagem e exploram diferentes habitats, é necessária uma conectividade aumentada entre áreas geridas ambientalmente amigáveis e áreas protegidas para (a) promover o transbordamento de provedores de serviços ecossistêmicos de medidas de partilha/poupança de terras para a produção agrícola e resgatar espécies que fornecem serviços da extinção em áreas hostis, (b) facilitar a imigração e contrapor possíveis extinções em habitats poupados e (c) conservar a diversidade de respostas das comunidades de espécies para garantir a resiliência dos serviços ecossistêmicos em ambientes em mudança. Em conclusão, o gerenciamento bem-sucedido de paisagens multifuncionais requer a combinação de medidas específicas de contexto de partilha de terras e poupança de terras dentro de mosaicos de paisagem espacialmente bem conectados, resultando em paisagens de conectividade de partilha/poupança de terras. Um resumo em linguagem simples está disponível para este artigo.

@article{doi101002pan321,
    author = "Graß, Ingo e Loos, Jacqueline e Baensch, Svenja e Batáry, Péter e Librán‐Embid, Felipe e Ficiciyan, Anoush e Klaus, Felix e Riechers, Maraja e Rosa, Julia e Tiede, Julia e Udy, Kristy e Westphal, Catrin e Wurz, Annemarie e Tscharntke, Teja",
    title = "Land‐sharing/‐sparing connectivity landscapes for ecosystem services and biodiversity conservation",
    year = "2019",
    journal = "People and Nature",
    abstract = "Resumo O debate entre partilha de terras e poupança de terras recentemente estagnou, carecendo de uma perspectiva integradora em paisagens agrícolas, bem como de consideração dos serviços ecossistêmicos. Aqui, argumentamos que a partilha de terras (ou seja, sistemas agrícolas amigáveis à vida selvagem) e a poupança de terras (ou seja, separação da agricultura de alto rendimento e habitats naturais) não são mutuamente exclusivas, pois ambas são necessárias para equilibrar as necessidades de gestão para a multifuncionalidade das paisagens agrícolas. A partilha de terras promove serviços ecossistêmicos em ambientes agrícolas, permitindo assim uma produção ambientalmente amigável. As terras reservadas em áreas protegidas pela poupança de terras são cruciais para a conservação das espécies que são incompatíveis com a agricultura. Importante é que, à medida que as espécies se movem pela paisagem e exploram diferentes habitats, é necessária uma conectividade aumentada entre áreas geridas ambientalmente amigáveis e áreas protegidas para (a) promover o transbordamento de provedores de serviços ecossistêmicos de medidas de partilha/poupança de terras para a produção agrícola e resgatar espécies que fornecem serviços da extinção em áreas hostis, (b) facilitar a imigração e contrapor possíveis extinções em habitats poupados e (c) conservar a diversidade de respostas das comunidades de espécies para garantir a resiliência dos serviços ecossistêmicos em ambientes em mudança. Em conclusão, o gerenciamento bem-sucedido de paisagens multifuncionais requer a combinação de medidas específicas de contexto de partilha de terras e poupança de terras dentro de mosaicos de paisagem espacialmente bem conectados, resultando em paisagens de conectividade de partilha/poupança de terras. Um resumo em linguagem simples está disponível para este artigo.",
    url = "https://doi.org/10.1002/pan3.21",
    doi = "10.1002/pan3.21",
    openalex = "W2942710351",
    references = "doi101038nature24457, doi101111cobi12536"
}

Resumo À medida que os estudos de DNA ambiental (eDNA) ganharam popularidade para uso em aplicações ecológicas, tornou-se claro que seus resultados diferem de maneiras significativas daqueles de levantamentos tradicionais não baseados em PCR. Em geral, estudos de eDNA que dependem de sequenciamento de amplicons podem detectar centenas de espécies presentes em um ambiente amostrado, mas a composição resultante de espécies pode ser idiossincrática, refletindo mal ou não as abundâncias reais de biomassa das espécies. Aqui, usamos um conjunto de simulações para desenvolver uma compreensão mecanística dos processos que levam aos tipos de resultados comuns em estudos baseados em PCR de molde misto (metabarcodagem). Em particular, focamos nos efeitos do número de ciclos de PCR e da eficiência de amplificação de primers nos resultados de métricas de diversidade em estudos de sequenciamento. Em seguida, mostramos que índices proporcionais de leituras de amplicons capturam tendências na biomassa de táxons com alta precisão, especialmente onde a eficiência de amplificação é alta (correlação mediana até 0,97). Nossos resultados explicam grande parte do comportamento observado de estudos baseados em PCR e levam a recomendações para as melhores práticas na área.

@article{doi101038s4159801948546x,
    author = "Kelly, Ryan P. e Shelton, Andrew O. e Gallego, Ramón",
    title = "Understanding PCR Processes to Draw Meaningful Conclusions from Environmental DNA Studies",
    year = "2019",
    journal = "Scientific Reports",
    abstract = "Resumo À medida que os estudos de DNA ambiental (eDNA) ganharam popularidade para uso em aplicações ecológicas, tornou-se claro que seus resultados diferem de maneiras significativas daqueles de levantamentos tradicionais não baseados em PCR. Em geral, estudos de eDNA que dependem de sequenciamento de amplicons podem detectar centenas de espécies presentes em um ambiente amostrado, mas a composição resultante de espécies pode ser idiossincrática, refletindo mal ou não as abundâncias reais de biomassa das espécies. Aqui, usamos um conjunto de simulações para desenvolver uma compreensão mecanística dos processos que levam aos tipos de resultados comuns em estudos baseados em PCR de molde misto (metabarcodagem). Em particular, focamos nos efeitos do número de ciclos de PCR e da eficiência de amplificação de primers nos resultados de métricas de diversidade em estudos de sequenciamento. Em seguida, mostramos que índices proporcionais de leituras de amplicons capturam tendências na biomassa de táxons com alta precisão, especialmente onde a eficiência de amplificação é alta (correlação mediana até 0,97). Nossos resultados explicam grande parte do comportamento observado de estudos baseados em PCR e levam a recomendações para as melhores práticas na área.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41598-019-48546-x",
    doi = "10.1038/s41598-019-48546-x",
    openalex = "W2969600503",
    references = "doi101038s41598017125015, doi101073pnas0404300101"
}

Dados de genética de populações sustentam muitos estudos de processos comportamentais, ecológicos e evolutivos em populações selvagens e contribuem para uma gestão de conservação eficaz. No entanto, a coleta de amostras genéticas pode ser desafiadora ao trabalhar com espécies ameaçadas, invasoras ou crípticas. O DNA ambiental (eDNA) oferece uma maneira de amostrar material genético de forma não invasiva, sem exigir observação visual. Embora o eDNA tenha sido amplamente testado como uma ferramenta de monitoramento de biodiversidade e biosegurança com forte foco taxonômico, ainda não foi totalmente explorado como meio para obter informações de genética de populações. Aqui, revisamos a pesquisa atual que emprega abordagens de eDNA para o estudo de populações. Esboçamos os desafios enfrentados pelas metodologias de genética de populações baseadas em eDNA e sugerimos caminhos de pesquisa para desenvolvimentos futuros. Defendemos que, com otimizações adicionais, este campo emergente tem grande potencial como parte do kit de ferramentas de genética de populações.

@article{doi103390genes10030192,
    author = "Adams, Clare I. M. and Knapp, Michael and Gemmell, Neil J. and Jeunen, Gert‐Jan and Bunce, Michael and Lamare, Miles D. and Taylor, Helen R.",
    title = "Beyond Biodiversity: Can Environmental DNA (eDNA) Cut It as a Population Genetics Tool?",
    year = "2019",
    journal = "Genes",
    abstract = "Dados de genética de populações sustentam muitos estudos de processos comportamentais, ecológicos e evolutivos em populações selvagens e contribuem para uma gestão de conservação eficaz. No entanto, a coleta de amostras genéticas pode ser desafiadora ao trabalhar com espécies ameaçadas, invasoras ou crípticas. O DNA ambiental (eDNA) oferece uma maneira de amostrar material genético de forma não invasiva, sem exigir observação visual. Embora o eDNA tenha sido amplamente testado como uma ferramenta de monitoramento de biodiversidade e biosegurança com forte foco taxonômico, ainda não foi totalmente explorado como meio para obter informações de genética de populações. Aqui, revisamos a pesquisa atual que emprega abordagens de eDNA para o estudo de populações. Esboçamos os desafios enfrentados pelas metodologias de genética de populações baseadas em eDNA e sugerimos caminhos de pesquisa para desenvolvimentos futuros. Defendemos que, com otimizações adicionais, este campo emergente tem grande potencial como parte do kit de ferramentas de genética de populações.",
    url = "https://doi.org/10.3390/genes10030192",
    doi = "10.3390/genes10030192",
    openalex = "W2913725860",
    references = "doi101038s4200301801926"
}

Resumo A análise de DNA ambiental (eDNA) a partir de amostras de água é um novo método promissor para identificar tanto espécies-alvo quanto comunidades inteiras de organismos aquáticos. No entanto, a literatura atual sobre as taxas de liberação de eDNA concentra-se principalmente em peixes e a maioria das constantes de taxa de degradação é relatada para águas quentes e iluminadas pelo sol. Aqui, conduzimos experimentos para investigar como a liberação de eDNA difere entre formas animais e por quanto tempo o eDNA pode persistir em águas com condições variáveis de temperatura e luz. Projetamos ensaios de PCR quantitativo para um peixe (mummichog, Fundulus heteroclitus), um crustáceo (camarão de grama, Palaemon spp.) e duas medusas scyphomedusae (água-viva de lua, Aurelia aurita e água-viva, Chrysaora spp.) para estimar as taxas de liberação e degradação de eDNA. Encontramos que as taxas de liberação foram altamente variáveis para todos os organismos, mas o camarão de grama teve a menor taxa de liberação. Quantificamos as constantes de taxa de degradação de eDNA a 6, 15 e 23°C e descobrimos que as constantes de taxa de degradação do mummichog e do camarão de grama foram maiores em temperaturas mais altas, enquanto as das scyphomedusae não mostraram dependência clara da temperatura. Também encontramos que modelos de degradação de ordem superior com caudas se ajustaram melhor aos dados do que modelos log-lineares de primeira ordem, sugerindo variabilidade temporal nas taxas de degradação de eDNA. Os resultados indicam que diferentes formas animais liberam diferentes tipos de eDNA, impactando tanto as taxas de liberação quanto de degradação. Essas descobertas preenchem lacunas críticas de conhecimento sobre a variação na liberação e degradação de eDNA entre formas animais sob uma ampla gama de condições de temperatura marinha realistas. Esses dados serão úteis para interpretar estudos de campo que utilizam eDNA para investigar habitats oceânicos que, de outra forma, seriam difíceis de acessar.

@article{doi101002edn3141,
    author = "Allan, Elizabeth Andruszkiewicz e Zhang, Weifeng G. e Lavery, Andone C. e Govindarajan, Annette F.",
    title = "Environmental DNA shedding and decay rates from diverse animal forms and thermal regimes",
    year = "2020",
    journal = "Environmental DNA",
    abstract = "Resumo A análise de DNA ambiental (eDNA) a partir de amostras de água é um novo método promissor para identificar tanto espécies-alvo quanto comunidades inteiras de organismos aquáticos. No entanto, a literatura atual sobre as taxas de liberação de eDNA concentra-se principalmente em peixes e a maioria das constantes de taxa de degradação é relatada para águas quentes e iluminadas pelo sol. Aqui, conduzimos experimentos para investigar como a liberação de eDNA difere entre formas animais e por quanto tempo o eDNA pode persistir em águas com condições variáveis de temperatura e luz. Projetamos ensaios de PCR quantitativo para um peixe (mummichog, Fundulus heteroclitus), um crustáceo (camarão de grama, Palaemon spp.) e duas medusas scyphomedusae (água-viva de lua, Aurelia aurita e água-viva, Chrysaora spp.) para estimar as taxas de liberação e degradação de eDNA. Encontramos que as taxas de liberação foram altamente variáveis para todos os organismos, mas o camarão de grama teve a menor taxa de liberação. Quantificamos as constantes de taxa de degradação de eDNA a 6, 15 e 23°C e descobrimos que as constantes de taxa de degradação do mummichog e do camarão de grama foram maiores em temperaturas mais altas, enquanto as das scyphomedusae não mostraram dependência clara da temperatura. Também encontramos que modelos de degradação de ordem superior com caudas se ajustaram melhor aos dados do que modelos log-lineares de primeira ordem, sugerindo variabilidade temporal nas taxas de degradação de eDNA. Os resultados indicam que diferentes formas animais liberam diferentes tipos de eDNA, impactando tanto as taxas de liberação quanto de degradação. Essas descobertas preenchem lacunas críticas de conhecimento sobre a variação na liberação e degradação de eDNA entre formas animais sob uma ampla gama de condições de temperatura marinha realistas. Esses dados serão úteis para interpretar estudos de campo que utilizam eDNA para investigar habitats oceânicos que, de outra forma, seriam difíceis de acessar.",
    url = "https://doi.org/10.1002/edn3.141",
    doi = "10.1002/edn3.141",
    openalex = "W3090119047",
    references = "doi101016jgecco2019e00547, doi101038s4200301801926"
}

@article{doi101007s10531020019800,
    author = "Beng, Kingsly C. e Corlett, Richard T.",
    title = "Aplicações de DNA ambiental (eDNA) em ecologia e conservação: oportunidades, desafios e perspectivas",
    year = "2020",
    journal = "Biodiversidade e Conservação",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10531-020-01980-0",
    doi = "10.1007/s10531-020-01980-0",
    openalex = "W3016113032",
    references = "doi101007s1059201507754, doi101016jbiocon201411019, doi101016jwatres201803003, doi101038362709a0, doi101038s415980160028x, doi101038s41598018371862, doi101038s4200301801926, doi101038srep40368, doi101093bioinformaticsbtr381, doi101098rsbl20080118, doi101098rspb20191409, doi101111j13652672201205384x, doi101111j1365294x201205537x, doi101111j14718286200701678x, doi101111mec13428, doi101111mec14350, doi101186174299941034, doi101371journalpone0059520"
}

Uma década após cientistas ambientais integrarem tecnologias de sequenciamento de alto rendimento em suas ferramentas, o monitoramento baseado em genômica dos impactos antropogênicos na biodiversidade e no funcionamento dos ecossistemas ainda não foi implementado por estruturas regulatórias. Apesar do potencial amplamente reconhecido da genômica ambiental para esse fim, limitações técnicas e questões conceituais ainda impedem sua aplicação ampla por usuários finais. Além disso, a multiplicidade de estratégias potenciais de implementação pode contribuir para a percepção de que a aplicação rotineira dessa metodologia é prematura ou "em desenvolvimento", restringindo assim os reguladores de vincularem essas ferramentas a quadros legais. Aqui, revisamos implementações recentes de métodos baseados em genômica ambiental, aplicados ao biomonitoramento de ecossistemas. Ao adotar uma visão geral, sem restringir nossa perspectiva a habitats particulares ou grupos de organismos, este artigo visa comparar, revisar e discutir as forças e limitações de quatro estratégias gerais de implementação da genômica ambiental para monitoramento: (a) análises baseadas em taxonomia focadas na identificação de bioindicadores conhecidos ou táxons descritos; (b) análises de bioindicadores de novo; (c) métricas de comunidade estruturais incluindo redes ecológicas inferidas; e (d) métricas de comunidade funcionais (metagenômica ou metatranscriptômica). Enfatizamos a utilidade das três últimas estratégias para integrar meiofauna e microrganismos que não são tradicionalmente utilizados no biomonitoramento devido à difícil identificação taxonômica. Finalmente, propomos um roteiro para a implementação da genômica ambiental em programas de monitoramento rotineiro que aproveitem avanços analíticos recentes, enquanto apontam limitações atuais e necessidades futuras de pesquisa.

@article{doi101111mec15472,
    author = "Cordier, Tristan e Alonso‐Sáez, Laura e Apothéloz‐Perret‐Gentil, Laure e Aylagas, Eva e Bohan, David A. e Bouchez, Agnès e Chariton, Anthony A. e Creer, Simon e Frühe, Larissa e Keck, François e Keeley, Nigel e Laroche, Olivier e Leese, Florian e Pochon, Xavier e Stoeck, Thorsten e Pawłowski, Jan e Lanzén, Anders",
    title = "Monitoramento de ecossistemas impulsionado por genômica ambiental: uma revisão das estratégias atuais com um roteiro de implementação",
    year = "2020",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = {Uma década após cientistas ambientais integrarem tecnologias de sequenciamento de alto rendimento em suas ferramentas, o monitoramento baseado em genômica dos impactos antropogênicos na biodiversidade e no funcionamento dos ecossistemas ainda não foi implementado por estruturas regulatórias. Apesar do potencial amplamente reconhecido da genômica ambiental para esse fim, limitações técnicas e questões conceituais ainda impedem sua aplicação ampla por usuários finais. Além disso, a multiplicidade de estratégias potenciais de implementação pode contribuir para a percepção de que a aplicação rotineira dessa metodologia é prematura ou "em desenvolvimento", restringindo assim os reguladores de vincularem essas ferramentas a quadros legais. Aqui, revisamos implementações recentes de métodos baseados em genômica ambiental, aplicados ao biomonitoramento de ecossistemas. Ao adotar uma visão geral, sem restringir nossa perspectiva a habitats particulares ou grupos de organismos, este artigo visa comparar, revisar e discutir as forças e limitações de quatro estratégias gerais de implementação da genômica ambiental para monitoramento: (a) análises baseadas em taxonomia focadas na identificação de bioindicadores conhecidos ou táxons descritos; (b) análises de bioindicadores de novo; (c) métricas de comunidade estruturais incluindo redes ecológicas inferidas; e (d) métricas de comunidade funcionais (metagenômica ou metatranscriptômica). Enfatizamos a utilidade das três últimas estratégias para integrar meiofauna e microrganismos que não são tradicionalmente utilizados no biomonitoramento devido à difícil identificação taxonômica. Finalmente, propomos um roteiro para a implementação da genômica ambiental em programas de monitoramento rotineiro que aproveitem avanços analíticos recentes, enquanto apontam limitações atuais e necessidades futuras de pesquisa.},
    url = "https://doi.org/10.1111/mec.15472",
    doi = "10.1111/mec.15472",
    openalex = "W3002699777",
    references = "doi101016jgecco2019e00547, doi101016jwatres201803003, doi101038nature11148, doi101038nbt2676, doi101038nrmicro2832, doi101038s41598017125015, doi101038s4200301801926, doi101093nargks1219, doi101093nargky1022, doi101093oso97801987672200010001, doi1011111365243512425, doi101111brv12252, doi101111j14718286200701678x, doi101111mec15060, doi101111mec15472, doi101126science1187512, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi1018900012961519970670345saaist20co2, doi101890040922"
}

A última década trouxe um desenvolvimento espetacular dos estudos de DNA ambiental (e)DNA. Em geral, o "DNA ambiental" é definido como DNA isolado de amostras ambientais, em contraste com o DNA genômico que é extraído diretamente de espécimes. No entanto, a variedade de diferentes fontes de eDNA e a gama de grupos taxonômicos que são alvo dos estudos de eDNA é grande, o que levou a algumas discussões sobre a amplitude do conceito de eDNA. Em particular, há uma tendência recente de restringir o uso do termo "eDNA" ao DNA de macro-organismos, que não estão fisicamente presentes nas amostras ambientais. Neste artigo, argumentamos que tal distinção pode não ser ideal, porque o sinal de eDNA pode vir de organismos em toda a árvore da vida. Consequentemente, defendemos que o termo "eDNA" deve ser usado em seu sentido genérico, conforme originalmente definido, abrangendo o DNA de todos os organismos presentes em amostras ambientais, incluindo taxons microbianos, meiofaunais e macrobianos. Primeiramente, sugerimos especificar a origem ambiental da amostra de DNA, como eDNA de água, eDNA de sedimento ou eDNA de solo. Uma segunda especificação então definiria o grupo taxonômico alvo através da amplificação por reação em cadeia da polimerase, como eDNA de peixes, eDNA de invertebrados e eDNA bacteriano. Essa terminologia também não requer suposições sobre o estado específico do DNA amostrado (intracelular ou extracelular). Esperamos que tal terminologia ajude a definir melhor o escopo dos estudos de eDNA, especialmente para gestores ambientais, que os usam como referência em biomonitoramento e bioavaliação de rotina.

@article{doi101111mec15643,
    author = "Pawłowski, Jan e Apothéloz‐Perret‐Gentil, Laure e Altermatt, Florian",
    title = "DNA ambiental: O que está por trás do termo? Esclarecendo a terminologia e recomendações para seu uso futuro em biomonitoramento",
    year = "2020",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = {A última década trouxe um desenvolvimento espetacular dos estudos de DNA ambiental (e)DNA. Em geral, o "DNA ambiental" é definido como DNA isolado de amostras ambientais, em contraste com o DNA genômico que é extraído diretamente de espécimes. No entanto, a variedade de diferentes fontes de eDNA e a gama de grupos taxonômicos que são alvo dos estudos de eDNA é grande, o que levou a algumas discussões sobre a amplitude do conceito de eDNA. Em particular, há uma tendência recente de restringir o uso do termo "eDNA" ao DNA de macro-organismos, que não estão fisicamente presentes nas amostras ambientais. Neste artigo, argumentamos que tal distinção pode não ser ideal, porque o sinal de eDNA pode vir de organismos em toda a árvore da vida. Consequentemente, defendemos que o termo "eDNA" deve ser usado em seu sentido genérico, conforme originalmente definido, abrangendo o DNA de todos os organismos presentes em amostras ambientais, incluindo taxons microbianos, meiofaunais e macrobianos. Primeiramente, sugerimos especificar a origem ambiental da amostra de DNA, como eDNA de água, eDNA de sedimento ou eDNA de solo. Uma segunda especificação então definiria o grupo taxonômico alvo através da amplificação por reação em cadeia da polimerase, como eDNA de peixes, eDNA de invertebrados e eDNA bacteriano. Essa terminologia também não requer suposições sobre o estado específico do DNA amostrado (intracelular ou extracelular). Esperamos que tal terminologia ajude a definir melhor o escopo dos estudos de eDNA, especialmente para gestores ambientais, que os usam como referência em biomonitoramento e bioavaliação de rotina.},
    url = "https://doi.org/10.1111/mec.15643",
    doi = "10.1111/mec.15643",
    openalex = "W3088144981",
    references = "doi101038s41598017125015, doi101093oso97801987672200010001, doi101111j1365294x201205505x"
}

Resumo O DNA ambiental (eDNA) revolucionou nossa capacidade de identificar a presença e a distribuição de organismos terrestres e aquáticos. Evidências recentes sugerem que a concentração de eDNA também pode fornecer um indicador rápido e custo-efetivo de abundância e/ou biomassa para avaliações de estoques pesqueiros. Globalmente, os recursos pesqueiros estão sob imensa pressão, e sua colheita sustentável requer informações precisas sobre o tamanho dos estoques pesqueiros. No entanto, em muitos casos, as informações necessárias permanecem elusivas devido à dependência de dados dependentes e independentes da pesca imprecisos ou caros. Aqui, revisamos a literatura que descreve as relações entre concentrações de eDNA e a abundância e/ou biomassa de peixes, bem como fatores-chave influenciadores, como precursor para determinar a utilidade mais ampla do eDNA para monitorar populações de peixes. Revisamos 63 estudos publicados entre 2012 e 2020 e encontramos que 90% identificaram relações positivas entre concentrações de eDNA e a abundância e/ou biomassa de espécies focais. Fatores bióticos influenciadores-chave incluíram o táxon examinado, bem como seu tamanho corporal, distribuição, reprodução e migração. Fatores abióticos-chave compuseram principalmente processos hidrológicos que afetam a dispersão e a persistência do eDNA, especialmente o fluxo de água e a temperatura, embora os métodos de coleta de eDNA também fossem influentes. A influência cumulativa desses diferentes fatores provavelmente explica a variabilidade substancial observada nas concentrações de eDNA, tanto dentro quanto entre estudos. No entanto, há considerável evidência para apoiar o uso do eDNA como uma ferramenta auxiliar para avaliar a abundância e/ou biomassa de populações de peixes em escalas espaciotemporais discretas, após investigações preliminares para determinar fatores específicos da espécie e do contexto que influenciam a relação de abundância/biomassa do eDNA. As vantagens do monitoramento por eDNA em relação a outras abordagens incluem custos reduzidos, maior eficiência e amostragem não letal.

@article{doi101002edn3185,
    author = "Rourke, Meaghan L. e Fowler, Ashley M. e Hughes, Julian M. e Broadhurst, Matt K. e DiBattista, Joseph D. e Fielder, D. Stewart e Walburn, Jackson Wilkes e Furlan, Elise M.",
    title = "Environmental DNA (eDNA) como ferramenta para avaliar a biomassa de peixes: Uma revisão de abordagens e considerações futuras para levantamentos de recursos",
    year = "2021",
    journal = "Environmental DNA",
    abstract = "Resumo O DNA ambiental (eDNA) revolucionou nossa capacidade de identificar a presença e a distribuição de organismos terrestres e aquáticos. Evidências recentes sugerem que a concentração de eDNA também pode fornecer um indicador rápido e custo-efetivo de abundância e/ou biomassa para avaliações de estoques pesqueiros. Globalmente, os recursos pesqueiros estão sob imensa pressão, e sua colheita sustentável requer informações precisas sobre o tamanho dos estoques pesqueiros. No entanto, em muitos casos, as informações necessárias permanecem elusivas devido à dependência de dados dependentes e independentes da pesca imprecisos ou caros. Aqui, revisamos a literatura que descreve as relações entre concentrações de eDNA e a abundância e/ou biomassa de peixes, bem como fatores-chave influenciadores, como precursor para determinar a utilidade mais ampla do eDNA para monitorar populações de peixes. Revisamos 63 estudos publicados entre 2012 e 2020 e encontramos que 90% identificaram relações positivas entre concentrações de eDNA e a abundância e/ou biomassa de espécies focais. Fatores bióticos influenciadores-chave incluíram o táxon examinado, bem como seu tamanho corporal, distribuição, reprodução e migração. Fatores abióticos-chave compuseram principalmente processos hidrológicos que afetam a dispersão e a persistência do eDNA, especialmente o fluxo de água e a temperatura, embora os métodos de coleta de eDNA também fossem influentes. A influência cumulativa desses diferentes fatores provavelmente explica a variabilidade substancial observada nas concentrações de eDNA, tanto dentro quanto entre estudos. No entanto, há considerável evidência para apoiar o uso do eDNA como uma ferramenta auxiliar para avaliar a abundância e/ou biomassa de populações de peixes em escalas espaciotemporais discretas, após investigações preliminares para determinar fatores específicos da espécie e do contexto que influenciam a relação de abundância/biomassa do eDNA. As vantagens do monitoramento por eDNA em relação a outras abordagens incluem custos reduzidos, maior eficiência e amostragem não letal.",
    url = "https://doi.org/10.1002/edn3.185",
    doi = "10.1002/edn3.185",
    openalex = "W3133743945",
    references = "doi101016jtree200409004, doi101038s4200301801926, doi101038srep40368, doi101098rspb20191409, doi101111mec14350"
}

@article{doi101016jscitotenv2021146891,
    author = "Veilleux, Heather D. e Misutka, Melissa D. e Glover, Chris N.",
    title = "Environmental DNA and environmental RNA: Current and prospective applications for biological monitoring",
    year = "2021",
    journal = "The Science of The Total Environment",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2021.146891",
    doi = "10.1016/j.scitotenv.2021.146891",
    openalex = "W3145480541",
    references = "doi101007s10531020019800"
}

@article{doi101016jcub202112014,
    author = "Lynggaard, Christina e Bertelsen, Mads F. e Jensen, Casper Vindahl e Johnson, Matthew S. e Frøslev, Tobias Guldberg e Olsen, Morten Tange e Bohmann, Kristine",
    title = "DNA ambiental aéreo para monitoramento de comunidades de vertebrados terrestres",
    year = "2022",
    journal = "Current Biology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cub.2021.12.014",
    doi = "10.1016/j.cub.2021.12.014",
    openalex = "W4225722231",
    references = "doi101038s4146701701312x"
}

Resumo A perda de biodiversidade está entre os maiores problemas que o mundo enfrenta hoje. Conservation and the Genomics of Populations oferece uma visão geral abrangente do conhecimento de base essencial, conceitos e ferramentas necessários para entender como as informações genéticas podem ser utilizadas para conservar espécies ameaçadas de extinção e para gerenciar espécies de importância ecológica ou comercial. Novas técnicas moleculares, métodos estatísticos e programas de computador, princípios genéticos e métodos estão se tornando cada vez mais úteis na conservação da diversidade biológica. Usando um equilíbrio de dados e teoria, juntamente com exemplos de pesquisa básica e aplicada, este livro examina a variação genética e fenotípica em populações naturais, os princípios e mecanismos de mudança evolutiva, a interpretação de dados genéticos de populações naturais e como esses podem ser aplicados à conservação. O livro inclui exemplos de plantas, animais e micróbios em populações selvagens e em cativeiro. Esta terceira edição foi revisada minuciosamente para incluir avanços em genômica e contém novos capítulos sobre genômica de populações, monitoramento genético e genética da conservação na prática, bem como novas seções sobre mudanças climáticas, doenças emergentes, metagenômica e muito mais. Mais de um terço das referências nesta edição foram publicadas após a edição anterior. Cada um dos 24 capítulos e o Apêndice terminam com uma Guest Box escrita por um especialista que fornece um exemplo dos princípios apresentados no capítulo a partir do seu próprio trabalho. Este livro é essencial para estudantes de graduação avançada e pós-graduação em genética da conservação, gestão de recursos naturais e biologia da conservação, bem como para biólogos da conservação profissionais e formuladores de políticas que trabalham para agências de gestão de vida selvagem e habitats. Grande parte do livro também interessará a não profissionais que estão curiosos sobre o papel da genética na conservação e gestão de populações selvagens e em cativeiro.

@book{doi101093oso97801988565660010001,
    author = "Allendorf, Fred W. e Funk, W. Chris e Aitken, Sally N. e Byrne, Margaret e Luikart, Gordon e Antunes, Agostinho",
    title = "Conservation and the Genomics of Populations",
    year = "2022",
    abstract = "Resumo A perda de biodiversidade está entre os maiores problemas que o mundo enfrenta hoje. Conservation and the Genomics of Populations oferece uma visão geral abrangente do conhecimento de base essencial, conceitos e ferramentas necessários para entender como as informações genéticas podem ser utilizadas para conservar espécies ameaçadas de extinção e para gerenciar espécies de importância ecológica ou comercial. Novas técnicas moleculares, métodos estatísticos e programas de computador, princípios genéticos e métodos estão se tornando cada vez mais úteis na conservação da diversidade biológica. Usando um equilíbrio de dados e teoria, juntamente com exemplos de pesquisa básica e aplicada, este livro examina a variação genética e fenotípica em populações naturais, os princípios e mecanismos de mudança evolutiva, a interpretação de dados genéticos de populações naturais e como esses podem ser aplicados à conservação. O livro inclui exemplos de plantas, animais e micróbios em populações selvagens e em cativeiro. Esta terceira edição foi revisada minuciosamente para incluir avanços em genômica e contém novos capítulos sobre genômica de populações, monitoramento genético e genética da conservação na prática, bem como novas seções sobre mudanças climáticas, doenças emergentes, metagenômica e muito mais. Mais de um terço das referências nesta edição foram publicadas após a edição anterior. Cada um dos 24 capítulos e o Apêndice terminam com uma Guest Box escrita por um especialista que fornece um exemplo dos princípios apresentados no capítulo a partir do seu próprio trabalho. Este livro é essencial para estudantes de graduação avançada e pós-graduação em genética da conservação, gestão de recursos naturais e biologia da conservação, bem como para biólogos da conservação profissionais e formuladores de políticas que trabalham para agências de gestão de vida selvagem e habitats. Grande parte do livro também interessará a não profissionais que estão curiosos sobre o papel da genética na conservação e gestão de populações selvagens e em cativeiro.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oso/9780198856566.001.0001",
    doi = "10.1093/oso/9780198856566.001.0001",
    openalex = "W4224274233",
    references = "doi101002evl3189, doi101007s10531020019800, doi101016jppees201002002, doi101046j14209101200100339x, doi101093czzow088, doi101093genetics902349, doi101111gcb13976"
}

Os vastos declínios globais na diversidade e abundância populacional de peixes de água doce e marinha representam sérias ameaças tanto à sustentabilidade dos ecossistemas quanto aos meios de subsistência humanos. O biomonitoramento baseado em DNA ambiental (eDNA) fornece uma avaliação robusta, eficiente e economicamente viável da ocorrência de espécies e tendências populacionais em diversos ambientes aquáticos. Portanto, possui grande potencial para melhorar os quadros de vigilância convencionais, facilitando a conservação de peixes e a gestão pesqueira. No entanto, as muitas considerações técnicas e os rápidos desenvolvimentos em curso no campo do eDNA podem sobrecarregar pesquisadores e profissionais novos na área. Aqui, analisamos sistematicamente 416 estudos de eDNA de peixes para resumir as tendências de pesquisa em termos de alvos investigados, objetivos de pesquisa e sistemas de estudo, e revisamos as aplicações, fundamentos, considerações metodológicas e limitações dos métodos de eDNA, com ênfase na pesquisa de peixes e pesqueiras. Destacamos como a tecnologia de eDNA pode avançar nosso conhecimento sobre o comportamento dos peixes, distribuições de espécies, genética de populações, estruturas comunitárias e interações ecológicas. Também sintetizamos o conhecimento atual sobre várias preocupações metodológicas importantes, incluindo o poder qualitativo e quantitativo que o eDNA tem para recuperar a biodiversidade e a abundância de peixes, e as representações espaciais e temporais do eDNA em relação às suas fontes. Para facilitar as aplicações ecológicas que implementam técnicas de eDNA de peixes, a literatura recente foi resumida para gerar diretrizes para amostragem eficaz em habitats lenticos, lóticos e marinhos. Finalmente, identificamos lacunas e limitações atuais e apontamos novas vias de pesquisa emergentes para o eDNA de peixes. À medida que a otimização e a padronização metodológicas melhoram, a tecnologia de eDNA deve revolucionar o monitoramento de peixes e promover a conservação da biodiversidade e a gestão pesqueira que transcendem fronteiras geográficas e temporais.

@article{doi101111mec16659,
    author = "Yao, Meng e Zhang, Shan e Lu, Qi e Chen, Xiaoyu e Zhang, Si‐Yu e Kong, Yueqiao e Zhao, Jindong",
    title = "Fishing for fish environmental DNA: Ecological applications, methodological considerations, surveying designs, and ways forward",
    year = "2022",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "Os vastos declínios globais na diversidade e abundância populacional de peixes de água doce e marinha representam sérias ameaças tanto à sustentabilidade dos ecossistemas quanto aos meios de subsistência humanos. O biomonitoramento baseado em DNA ambiental (eDNA) fornece uma avaliação robusta, eficiente e economicamente viável da ocorrência de espécies e tendências populacionais em diversos ambientes aquáticos. Portanto, possui grande potencial para melhorar os quadros de vigilância convencionais, facilitando a conservação de peixes e a gestão pesqueira. No entanto, as muitas considerações técnicas e os rápidos desenvolvimentos em curso no campo do eDNA podem sobrecarregar pesquisadores e profissionais novos na área. Aqui, analisamos sistematicamente 416 estudos de eDNA de peixes para resumir as tendências de pesquisa em termos de alvos investigados, objetivos de pesquisa e sistemas de estudo, e revisamos as aplicações, fundamentos, considerações metodológicas e limitações dos métodos de eDNA, com ênfase na pesquisa de peixes e pesqueiras. Destacamos como a tecnologia de eDNA pode avançar nosso conhecimento sobre o comportamento dos peixes, distribuições de espécies, genética de populações, estruturas comunitárias e interações ecológicas. Também sintetizamos o conhecimento atual sobre várias preocupações metodológicas importantes, incluindo o poder qualitativo e quantitativo que o eDNA tem para recuperar a biodiversidade e a abundância de peixes, e as representações espaciais e temporais do eDNA em relação às suas fontes. Para facilitar as aplicações ecológicas que implementam técnicas de eDNA de peixes, a literatura recente foi resumida para gerar diretrizes para amostragem eficaz em habitats lenticos, lóticos e marinhos. Finalmente, identificamos lacunas e limitações atuais e apontamos novas vias de pesquisa emergentes para o eDNA de peixes. À medida que a otimização e a padronização metodológicas melhoram, a tecnologia de eDNA deve revolucionar o monitoramento de peixes e promover a conservação da biodiversidade e a gestão pesqueira que transcendem fronteiras geográficas e temporais.",
    url = "https://doi.org/10.1111/mec.16659",
    doi = "10.1111/mec.16659",
    openalex = "W4291963967",
    references = "doi101002edn3232, doi101038s4146702121655w, doi101098rspb20191409, doi101111mec15472"
}

A disponibilidade de recursos genômicos públicos pode auxiliar grandemente as avaliações de biodiversidade, conservação e esforços de restauração, fornecendo evidências para decisões de gestão informadas cientificamente. Aqui, revisamos as principais abordagens e aplicações em genômica da biodiversidade e conservação, considerando fatores práticos, como custo, tempo, habilidades pré-requisito e limitações atuais das aplicações. A maioria das abordagens funciona melhor em combinação com genomas de referência da espécie-alvo ou de espécies estreitamente relacionadas. Revisamos estudos de caso para ilustrar como os genomas de referência podem facilitar a pesquisa de biodiversidade e a conservação em toda a árvore da vida. Concluímos que o momento é propício para considerar os genomas de referência como recursos fundamentais e integrar seu uso como uma melhor prática na genômica da conservação.

@article{doi101016jtig202301005,
    author = "Theißinger, Kathrin and Fernandes, Carlos and Formenti, Giulio and Bista, Iliana and Berg, Paul R. and Bleidorn, Christoph and Bombarely, Aureliano and Crottini, Angelica and Gallo, Guido Roberto and Godoy, José A. and Jentoft, Sissel and Malukiewicz, Joanna and Mouton, Alice and Oomen, Rebekah A. and Paez, Sadye and Palsbøll, Per J. and Pampoulie, Christophe and Ruiz‐López, María José and Secomandi, Simona and Svardal, Hannes and Theofanopoulou, Constantina and de Vries, Jan and Waldvogel, Ann‐Marie and Zhang, Guojie and Jarvis, Erich D. and Bálint, Miklós and Ciofi, Claúdio and Waterhouse, Robert M. and Mazzoni, Camila J. and Höglund, ‎Jacob and Aghayan, Sargis A. and Alioto, Tyler and Almudí, Isabel and Álvarez, Nadir and Alves, Paulo C. and Amorim, Isabel R. and Antunes, Agostinho and Arribas, Paula and Baldrián, Petr and Bertorelle, Giorgio and Böhne, Astrid and Bonisoli‐Alquati, Andrea and Boštjančić, Ljudevit Luka and Boussau, Bastien and Breton, Catherine and Bužan, Elena and Campos, Paula F. and Carreras, Carlos and Castro, L. Filipe C. and Chueca, Luis J. and Čiampor, Fedor and Conti, Elena and Cook‐Deegan, Robert and Croll, Daniel and Cunha, Mónica V. and Delsuc, Frédéric and Dennis, Alice B. and Dimitrov, Dimitar and Faria, Rui and Favre, Adrien and Fédrigo, Olivier and Fernández, Rosa and Ficetola, Gentile Francesco and Flot, Jean‐François and Gabaldón, Toni and Agius, D. and Giani, Alice Maria and Gilbert, M. Thomas P. and Grebenc, Tine and Guschanski, Katerina and Guyot, Romain and Hausdorf, Bernhard and Hawlitschek, Oliver and Heintzman, Peter D. and Heinze, Berthold and Hiller, Michael and Husemann, Martin and Iannucci, Alessio and Irisarri, Iker and Jakobsen, Kjetill S. and Klinga, Peter and Kloch, Agnieszka and Kratochwil, Claudius F. and Kusche, Henrik and Layton, Kara K S and Leonard, Jennifer A. and Lerat, Emmanuelle and Liti, Gianni and Manousaki, Tereza and Marquès‐Bonet, Tomàs and Matos‐Maraví, Pável and Matschiner, Michael and Maumus, Florian and Cartney, Ann M. Mc and Meiri, Shai and Melo‐Ferreira, José and Mengual, Ximo and Monaghan, Michael T. and Montagna, Matteo and Mysłajek, Robert W.",
    title = "Como a genômica pode ajudar na conservação da biodiversidade",
    year = "2023",
    journal = "Trends in Genetics",
    abstract = "A disponibilidade de recursos genômicos públicos pode auxiliar grandemente as avaliações de biodiversidade, conservação e esforços de restauração, fornecendo evidências para decisões de gestão informadas cientificamente. Aqui, revisamos as principais abordagens e aplicações em genômica da biodiversidade e conservação, considerando fatores práticos, como custo, tempo, habilidades pré-requisito e limitações atuais das aplicações. A maioria das abordagens funciona melhor em combinação com genomas de referência da espécie-alvo ou de espécies estreitamente relacionadas. Revisamos estudos de caso para ilustrar como os genomas de referência podem facilitar a pesquisa de biodiversidade e a conservação em toda a árvore da vida. Concluímos que o momento é propício para considerar os genomas de referência como recursos fundamentais e integrar seu uso como uma melhor prática na genômica da conservação.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tig.2023.01.005",
    doi = "10.1016/j.tig.2023.01.005",
    openalex = "W4321019193",
    references = "doi101016jgecco2019e00547, doi101038s415590180717x, doi101111mec14350, doi101111mec14726"
}