Diversidade

@misc{hanson1961animal2,
    author = "Hanson, E. D",
    title = "Diversidade Animal",
    year = "1961",
    howpublished = "Englewood Cliffs, New Jersey, Prentice- Hall, 116 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Hanson, E. D., 1961, Diversidade Animal: Englewood Cliffs, New Jersey, Prentice- Hall, 116 p.}"
}

Resumo Dado um gradiente de recursos (por exemplo, intensidade da luz, tamanho da presa) em uma comunidade, as espécies evoluem para usar partes diferentes deste gradiente; a competição entre elas é, portanto, reduzida. As relações entre as espécies na comunidade podem ser concebidas em termos de um sistema de coordenadas multidimensional, cujos eixos são os vários gradientes de recursos (e outros aspectos das relações das espécies com o espaço, o tempo e umas com as outras na comunidade). Este sistema de coordenadas define um hiperespaço, e a faixa do espaço que uma dada espécie ocupa é seu hipervolume de nicho, como uma caracterização abstrata de sua posição intra-comunitária, ou nicho. As espécies evoluem em direção à diferença de nicho e, consequentemente, em direção à diferença na localização de seus hipervolumes no hiperespaço de nicho. Ao longo do tempo evolutivo, espécies adicionais podem se encaixar na comunidade em hipervolumes de nicho diferentes dos de outras espécies, e o hiperespaço de nicho pode se tornar cada vez mais complexo. Sua complexidade relaciona-se à riqueza da comunidade em espécies, sua diversidade alfa. As espécies diferem nas proporções do hiperespaço de nicho que são capazes de ocupar e na parcela dos recursos da comunidade que utilizam. A parcela de recursos utilizada é expressa nas produtividades das espécies, e quando as espécies são classificadas por produtividade relativa (ou alguma outra medida) da mais à menos importante, são formadas curvas de importância-valor ou dominância-diversidade. Três tipos de curvas podem representar as maneiras pelas quais os recursos são divididos entre as espécies: (a) preempção de nicho com forte dominância, expressa em uma série geométrica, (b) fronteiras aleatórias entre nichos, expressa na distribuição de MacArthur, e (c) determinação da importância relativa por muitos fatores, de modo que as espécies formam uma distribuição de frequência em uma base logarítmica de valores de importância, uma distribuição lognormal. As formas das curvas de importância-valor não permitem inferência forte sobre a divisão de recursos, mas são de interesse por sua expressão das relações entre espécies e sua relevância para a medição da diversidade.

@article{doi1023071218190,
    author = "Whittaker, R. H.",
    title = "EVOLUÇÃO E MEDIDA DA DIVERSIDADE DE ESPÉCIES",
    year = "1972",
    journal = "Taxon",
    abstract = "Resumo Dado um gradiente de recursos (por exemplo, intensidade da luz, tamanho da presa) em uma comunidade, as espécies evoluem para usar partes diferentes deste gradiente; a competição entre elas é, portanto, reduzida. As relações entre as espécies na comunidade podem ser concebidas em termos de um sistema de coordenadas multidimensional, cujos eixos são os vários gradientes de recursos (e outros aspectos das relações das espécies com o espaço, o tempo e umas com as outras na comunidade). Este sistema de coordenadas define um hiperespaço, e a faixa do espaço que uma dada espécie ocupa é seu hipervolume de nicho, como uma caracterização abstrata de sua posição intra-comunitária, ou nicho. As espécies evoluem em direção à diferença de nicho e, consequentemente, em direção à diferença na localização de seus hipervolumes no hiperespaço de nicho. Ao longo do tempo evolutivo, espécies adicionais podem se encaixar na comunidade em hipervolumes de nicho diferentes dos de outras espécies, e o hiperespaço de nicho pode se tornar cada vez mais complexo. Sua complexidade relaciona-se à riqueza da comunidade em espécies, sua diversidade alfa. As espécies diferem nas proporções do hiperespaço de nicho que são capazes de ocupar e na parcela dos recursos da comunidade que utilizam. A parcela de recursos utilizada é expressa nas produtividades das espécies, e quando as espécies são classificadas por produtividade relativa (ou alguma outra medida) da mais à menos importante, são formadas curvas de importância-valor ou dominância-diversidade. Três tipos de curvas podem representar as maneiras pelas quais os recursos são divididos entre as espécies: (a) preempção de nicho com forte dominância, expressa em uma série geométrica, (b) fronteiras aleatórias entre nichos, expressa na distribuição de MacArthur, e (c) determinação da importância relativa por muitos fatores, de modo que as espécies formam uma distribuição de frequência em uma base logarítmica de valores de importância, uma distribuição lognormal. As formas das curvas de importância-valor não permitem inferência forte sobre a divisão de recursos, mas são de interesse por sua expressão das relações entre espécies e sua relevância para a medição da diversidade.",
    url = "https://doi.org/10.2307/1218190",
    doi = "10.2307/1218190",
    openalex = "W2006690660",
    references = "doi1010160022519366900130, doi101038163688a0, doi101086282070, doi101086282106, doi101086282171, doi101086282286, doi101086282398, doi101086282400, doi101086282505, doi101086282687, doi101086282738, doi101111j1469185x1965tb00815x, doi101111j155856461960tb03057x, doi101111j155856461963tb03295x, doi101111j155856461964tb01674x, doi101111j155856461970tb01782x, doi101126science14235991575, doi101126science1473655250, doi101126science1643877262, doi1015159780691209418, doi1015159781400881376, doi1023071931976, doi1023071932254, doi1023071942268, doi1023071943577, doi1023072406825, doi1023072628, doi1023072989767, doi102307jctvx5wbbh, doi105962bhltitle4489, openalexw2418669733"
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@article{raup1973stochastic4,
    author = "Raup, D. M. e Gould, S. J. e Schopf, T. J. M. e Simberloff, D. S",
    title = "Modelos estocásticos de filogenia e a evolução da diversidade",
    year = "1973",
    journal = "Journal of Geology, v. 81, no. 5, p. 525-542",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Raup, D. M., Gould, S. J., Schopf, T. J. M., e Simberloff, D. S., 1973, Modelos estocásticos de filogenia e a evolução da diversidade: Journal of Geology, v. 81, no. 5, p. 525-542.}"
}

@book{mayr1982the3,
    author = "Mayr, E",
    title = "O Crescimento do Pensamento Biológico; Diversidade, Evolução e Herança",
    year = "1982",
    publisher = "Cambridge, Mass., Belknap Press da Harvard University Press, 974 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Mayr, E., 1982, O Crescimento do Pensamento Biológico; Diversidade, Evolução e Herança: Cambridge, Mass., Belknap Press da Harvard University Press, 974 p.}"
}

1 Introdução: Como escrever a história da biologia Subjetividade e viés Por que estudar a história da biologia? 2 O lugar da biologia nas ciências e sua estrutura conceitual A natureza da ciência Método na ciência A posição da biologia dentro das ciências Como e por que a biologia é diferente? Características especiais dos organismos vivos Redução e biologia Emergência A estrutura conceitual da biologia Uma nova filosofia da biologia 3 O cenário intelectual em mudança da biologia Antiguidade A visão de mundo cristã O Renascimento A descoberta da diversidade A biologia na Ilustração O surgimento da ciência do século XVII ao XIX Desenvolvimentos divisivos no século XIX A biologia no século XX Principais períodos na história da biologia Biologia e filosofia A biologia hoje PARTE I DIVERSIDADE DA VIDA 4 Macrotaxonomia, a ciência da classificação Aristóteles A classificação das plantas pelos antigos e pelos herbários Classificação descendente por divisão lógica Zoólogos pré-linianos Carl Linnaeus Buffon Um novo começo na classificação animal Caracteres taxonômicos Classificação ascendente por agrupamento empírico Período de transição (1758-1859) Classificações hierárquicas 5 Agrupamento de acordo com ancestralidade comum O declínio da pesquisa macrotaxonômica Fenética numérica Cladística Metodologia tradicional ou evolutiva Novos caracteres taxonômicos Facilitação da recuperação de informações O estudo da diversidade 6 Microtaxonomia, a ciência das espécies Conceitos iniciais de espécie Conceito essencialista de espécie Conceito nominalista de espécie Conceito de espécie de Darwin O surgimento do conceito de espécie biológica Aplicação do conceito de espécie biológica a táxons de espécies multidimensionais A importância das espécies na biologia PARTE II EVOLUÇÃO 7 Origens sem evolução A chegada do evolucionismo A Ilustração francesa 8 Evolução antes de Darwin Lamarck Cuvier Inglaterra Lyell e uniformitarismo Alemanha 9 Charles Darwin Darwin e evolução Alfred Russel Wallace A publicação da Origem 10 Evidências de Darwin para evolução e descendência comum Descendência comum e o sistema natural Descendência comum e distribuição geográfica Morfologia como evidência para evolução e descendência comum Embriologia como evidência para evolução e descendência comum 11 A causa da evolução: seleção natural Os componentes principais da teoria da seleção natural A origem do conceito de seleção natural O impacto da revolução darwiniana A resistência à seleção natural Teorias evolutivas alternativas 12 Diversidade e síntese do pensamento evolutivo A crescente divisão entre os evolucionistas Avanços na genética evolutiva Avanços na sistemática evolutiva A síntese evolutiva 13 Desenvolvimentos pós-síntese Biologia molecular Seleção natural Questões não resolvidas na seleção natural Modos de especiação Macroevolução A evolução do homem Evolução no pensamento moderno PARTE III VARIAÇÃO E SUA HERDANÇA 14 Teorias iniciais e experimentos de cruzamento Teorias de herança entre os antigos Precursores de Mendel 15 Células germinativas, veículos da herança Teoria celular de Schwann-Schleiden O significado do sexo e da fecundação Cromossomos e seu papel 16 A natureza da herança Darwin e variação August Weismann Hugo de Vries Gregor Mendel 17 O florescimento da genética mendeliana Os redescobridores de Mendel O período clássico da genética mendeliana A origem da nova variação (mutação) O surgimento da genética moderna A teoria cromossômica de Sutton-Boveri Determinação do sexo Morgan e o laboratório de moscas Meiose Morgan e a teoria cromossômica 18 Teorias do gene Teorias concorrentes de herança A explicação mendeliana da variação contínua 19 A base química da herança A descoberta da dupla hélice Genética no pensamento moderno 20 Epílogo: Em direção a uma ciência da ciência Cientistas e o cenário científico A maturação de teorias e conceitos Impedimentos à maturação de teorias e conceitos As ciências e o cenário externo Progresso na ciência Notas Referências Glossário Índice

@book{openalexw1550375751,
    author = "Mayr, Ernst",
    title = "The Growth of Biological Thought: Diversity, Evolution, and Inheritance",
    year = "1982",
    abstract = "1 Introdução: Como escrever a história da biologia Subjetividade e viés Por que estudar a história da biologia? 2 O lugar da biologia nas ciências e sua estrutura conceitual A natureza da ciência Método na ciência A posição da biologia dentro das ciências Como e por que a biologia é diferente? Características especiais dos organismos vivos Redução e biologia Emergência A estrutura conceitual da biologia Uma nova filosofia da biologia 3 O ambiente intelectual em mudança da biologia Antiguidade A visão de mundo cristã O Renascimento A descoberta da diversidade A biologia na Ilustração O surgimento da ciência do século XVII ao XIX Desenvolvimentos divisivos no século XIX A biologia no século XX Principais períodos na história da biologia Biologia e filosofia A biologia hoje PARTE I DIVERSIDADE DA VIDA 4 Macrotaxonomia, a ciência da classificação Aristóteles A classificação de plantas pelos antigos e pelos herbalistas Classificação descendente por divisão lógica Zoólogos pré-linianos Carl Linnaeus Buffon Um novo começo na classificação animal Caracteres taxonômicos Classificação ascendente por agrupamento empírico Período de transição (1758-1859) Classificações hierárquicas 5 Agrupamento de acordo com ancestralidade comum O declínio da pesquisa macrotaxonômica Fenética numérica Cladística Metodologia tradicional ou evolutiva Novos caracteres taxonômicos Facilitação da recuperação de informações O estudo da diversidade 6 Microtaxonomia, a ciência das espécies Conceitos iniciais de espécie O conceito essencialista de espécie O conceito nominalista de espécie O conceito de espécie de Darwin O surgimento do conceito de espécie biológica Aplicando o conceito de espécie biológica a táxons de espécies multidimensionais A importância das espécies na biologia PARTE II EVOLUÇÃO 7 Origens sem evolução A chegada do evolucionismo A Ilustração francesa 8 Evolução antes de Darwin Lamarck Cuvier Inglaterra Lyell e o uniformitarismo Alemanha 9 Charles Darwin Darwin e a evolução Alfred Russel Wallace A publicação da Origem 10 Evidências de Darwin para a evolução e a descendência comum Descendência comum e o sistema natural Descendência comum e distribuição geográfica Morfologia como evidência para a evolução e a descendência comum Embriologia como evidência para a evolução e a descendência comum 11 A causa da evolução: seleção natural Os componentes principais da teoria da seleção natural A origem do conceito de seleção natural O impacto da revolução darwiniana A resistência à seleção natural Teorias evolutivas alternativas 12 Diversidade e síntese do pensamento evolutivo A crescente divisão entre os evolucionistas Avanços na genética evolutiva Avanços na sistemática evolutiva A síntese evolutiva 13 Desenvolvimentos pós-síntese Biologia molecular Seleção natural Questões não resolvidas na seleção natural Modos de especiação Macroevolução A evolução do homem Evolução no pensamento moderno PARTE III VARIAÇÃO E SUA HERDANÇA 14 Teorias iniciais e experimentos de cruzamento Teorias de herança entre os antigos Precursores de Mendel 15 Células germinativas, veículos da herança Teoria celular de Schwann-Schleiden O significado do sexo e da fecundação Cromossomos e seu papel 16 A natureza da herança Darwin e a variação August Weismann Hugo de Vries Gregor Mendel 17 O florescimento da genética mendeliana Os redescobridores de Mendel O período clássico da genética mendeliana A origem da nova variação (mutação) O surgimento da genética moderna A teoria cromossômica de Sutton-Boveri Determinação do sexo Morgan e o laboratório de moscas Meiose Morgan e a teoria cromossômica 18 Teorias do gene Teorias concorrentes de herança A explicação mendeliana da variação contínua 19 A base química da herança A descoberta da dupla hélice Genética no pensamento moderno 20 Epílogo: Em direção a uma ciência da ciência Cientistas e o ambiente científico A maturação de teorias e conceitos Impedimentos à maturação de teorias e conceitos As ciências e o ambiente externo Progresso na ciência Notas Referências Glossário Índice",
    url = "https://openalex.org/W1550375751",
    openalex = "W1550375751"
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@article{doi101093auk1002507,
    author = "Farner, Donald S.",
    title = "O crescimento do pensamento biológico. Diversidade, evolução e herança",
    year = "1983",
    journal = "The Auk",
    url = "https://doi.org/10.1093/auk/100.2.507",
    doi = "10.1093/auk/100.2.507",
    openalex = "W2978851794"
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A evolução de micróbios marinhos ao longo de bilhões de anos prevê que a composição das comunidades microbianas deve ser muito maior do que as estimativas publicadas de alguns milhares de tipos distintos de micróbios por litro de água do mar. Ao adotar uma estratégia de sequenciamento de tags massivamente paralela, demonstramos que as comunidades bacterianas de massas de água profunda do Atlântico Norte e fontes hidrotermais de fluxo difuso são uma a duas ordens de magnitude mais complexas do que anteriormente relatado para qualquer ambiente microbiano. Um número relativamente pequeno de populações diferentes domina todas as amostras, mas milhares de populações de baixa abundância representam a maior parte da diversidade filogenética observada. Esta "biosfera rara" é muito antiga e pode representar uma fonte quase inesgotável de inovação genômica. Os membros da biosfera rara são altamente divergentes entre si e, em diferentes momentos da história da Terra, podem ter tido um impacto profundo na formação de processos planetários.

@article{doi101073pnas0605127103,
    author = "Sogin, Mitchell L. e Morrison, Hilary G. e Huber, Julie A. e Welch, David B. Mark e Huse, Susan M. e Neal, Phillip R. e Arrieta, Jesús M. e Herndl, Gerhard J.",
    title = "Diversidade microbiana no oceano profundo e a subexplorada "biosfera rara"",
    year = "2006",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {A evolução de micróbios marinhos ao longo de bilhões de anos prevê que a composição das comunidades microbianas deve ser muito maior do que as estimativas publicadas de alguns milhares de tipos distintos de micróbios por litro de água do mar. Ao adotar uma estratégia de sequenciamento de tags massivamente paralela, demonstramos que as comunidades bacterianas de massas de água profunda do Atlântico Norte e fontes hidrotermais de fluxo difuso são uma a duas ordens de magnitude mais complexas do que anteriormente relatado para qualquer ambiente microbiano. Um número relativamente pequeno de populações diferentes domina todas as amostras, mas milhares de populações de baixa abundância representam a maior parte da diversidade filogenética observada. Esta "biosfera rara" é muito antiga e pode representar uma fonte quase inesgotável de inovação genômica. Os membros da biosfera rara são altamente divergentes entre si e, em diferentes momentos da história da Terra, podem ter tido um impacto profundo na formação de processos planetários.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0605127103",
    doi = "10.1073/pnas.0605127103",
    openalex = "W2087671769",
    references = "doi101016s0168952500020242, doi101038nature03959, doi101073pnas89125685, doi101093nar25173389, doi101093nargkh073, doi101093nargkh293, doi101093nargkm864, doi101098rspb20022218, doi101128aem7112822882352005, doi101186147121055113, doi104319lo19802550943"
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Um gradiente latitudinal na biodiversidade existe desde antes da época dos dinossauros, mas como e por que esse gradiente surgiu permanece sem solução. Aqui, revisamos duas principais hipóteses para a origem do gradiente latitudinal de diversidade. A hipótese do tempo e da área sustenta que os climas tropicais são mais antigos e historicamente maiores, permitindo mais oportunidades para a diversificação. Esta hipótese é apoiada por observações de que os táxons temperados são frequentemente mais jovens que, e aninhados dentro de, os táxons tropicais, e que a diversidade está positivamente correlacionada com a idade e a área das regiões geográficas. A hipótese da taxa de diversificação sustenta que as regiões tropicais se diversificam mais rapidamente devido a taxas mais altas de especiação (causadas por oportunidades aumentadas para a evolução do isolamento reprodutivo, ou evolução molecular mais rápida, ou a importância aumentada das interações bióticas), ou devido a taxas de extinção mais baixas. Existem evidências filogenéticas para taxas mais altas de diversificação em clados tropicais, e dados paleontológicos demonstram taxas mais altas de origem para táxons tropicais, mas evidências mistas para diferenças latitudinais nas taxas de extinção. Estudos da variação latitudinal na especiação incipiente também sugerem especiação mais rápida nos trópicos. Distinguir os papéis da história, especiação e extinção na origem do gradiente latitudinal representa um grande desafio para a pesquisa futura.

@article{doi101111j14610248200701020x,
    author = "Mittelbach, Gary G. e Schemske, Douglas W. e Cornell, Howard V. e Allen, Andrew P. e Brown, J. Mark e Bush, Mark B. e Harrison, Susan e Hurlbert, Allen H. e Knowlton, Nancy e Lessios, H. A. e McCain, Christy M. e McCune, Amy R. e McDade, Lucinda A. e McPeek, Mark A. e Near, Thomas J. e Price, Trevor D. e Ricklefs, Robert E. e Roy, Kaustuv e Sax, Dov F. e Schluter, Dolph e Sobel, James M. e Turelli, Michael",
    title = "Evolução e o gradiente latitudinal de diversidade: especiação, extinção e biogeografia",
    year = "2007",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "Um gradiente latitudinal na biodiversidade existe desde antes da época dos dinossauros, mas como e por que esse gradiente surgiu permanece sem solução. Aqui, revisamos duas principais hipóteses para a origem do gradiente latitudinal de diversidade. A hipótese do tempo e da área sustenta que os climas tropicais são mais antigos e historicamente maiores, permitindo mais oportunidades para a diversificação. Esta hipótese é apoiada por observações de que os táxons temperados são frequentemente mais jovens que, e aninhados dentro de, os táxons tropicais, e que a diversidade está positivamente correlacionada com a idade e a área das regiões geográficas. A hipótese da taxa de diversificação sustenta que as regiões tropicais se diversificam mais rapidamente devido a taxas mais altas de especiação (causadas por oportunidades aumentadas para a evolução do isolamento reprodutivo, ou evolução molecular mais rápida, ou a importância aumentada das interações bióticas), ou devido a taxas de extinção mais baixas. Existem evidências filogenéticas para taxas mais altas de diversificação em clados tropicais, e dados paleontológicos demonstram taxas mais altas de origem para táxons tropicais, mas evidências mistas para diferenças latitudinais nas taxas de extinção. Estudos da variação latitudinal na especiação incipiente também sugerem especiação mais rápida nos trópicos. Distinguir os papéis da história, especiação e extinção na origem do gradiente latitudinal representa um grande desafio para a pesquisa futura.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1461-0248.2007.01020.x",
    doi = "10.1111/j.1461-0248.2007.01020.x",
    openalex = "W2142834673",
    references = "doi101038217624a0, doi101086381004, doi101093aibsbulletin2214b, doi101093oso97801985052350010001, doi101098rstb20031393, doi101111j001438202006tb01143x, doi101111j155856461960tb03057x, doi101111j20060906759004272x, doi101126science1059412, doi101126science1130880, doi101126science2354785167, doi101146annurevecolsys34012103144032, doi101722611310, doi1023071435536, doi1023072485224, doi105860choice332720, doi105860choice435875, doi105962bhltitle46292, doi105962bhltitle59991, openalexw1840956397, openalexw2145250129, openalexw2989964553"
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A avaliação da diversidade e distribuição microbianas é uma grande preocupação na microbiologia ambiental. Existem duas abordagens gerais para medir a diversidade da comunidade: medidas quantitativas, que usam a abundância de cada táxon, e medidas qualitativas, que usam apenas a presença/ausência de dados. Medidas quantitativas são ideais para revelar diferenças na comunidade que são devidas a mudanças na abundância relativa de táxons (por exemplo, quando um conjunto particular de táxons floresce porque uma fonte de nutriente limitante se torna abundante). Medidas qualitativas são mais informativas quando as comunidades diferem principalmente pelo que pode viver nelas (por exemplo, em altas temperaturas), em parte porque a informação de abundância pode ofuscar padrões significativos de variação em quais táxons estão presentes. Ilustramos esses princípios usando dois levantamentos baseados em 16S rRNA de populações microbianas e duas medidas filogenéticas de diversidade beta da comunidade: UniFrac não ponderado, uma medida qualitativa, e UniFrac ponderado, uma nova medida quantitativa, que adicionamos ao site UniFrac (http://bmf.colorado.edu/unifrac). Esses estudos consideraram as influências relativas da química mineral, temperatura e geografia na composição da comunidade microbiana em fontes termais ácidas no Parque Nacional Yellowstone e as influências da obesidade e parentesco na composição da comunidade microbiana no intestino do rato. Mostramos que aplicar medidas qualitativas e quantitativas ao mesmo conjunto de dados pode levar a conclusões dramaticamente diferentes sobre os principais fatores que estruturam a diversidade microbiana e pode fornecer insights sobre a natureza das diferenças da comunidade. Também demonstramos que tanto as medidas UniFrac ponderadas quanto não ponderadas são robustas aos métodos usados para construir a filogenia subjacente.

@article{doi101128aem0199606,
    author = "Lozupone, Catherine e Hamady, Micah e Kelley, Scott T. e Knight, Rob",
    title = "Medidas quantitativas e qualitativas de diversidade β levam a diferentes insights sobre os fatores que estruturam comunidades microbianas",
    year = "2007",
    journal = "Applied and Environmental Microbiology",
    abstract = "A avaliação da diversidade e distribuição microbianas é uma grande preocupação na microbiologia ambiental. Existem duas abordagens gerais para medir a diversidade da comunidade: medidas quantitativas, que usam a abundância de cada táxon, e medidas qualitativas, que usam apenas a presença/ausência de dados. Medidas quantitativas são ideais para revelar diferenças na comunidade que são devidas a mudanças na abundância relativa de táxons (por exemplo, quando um conjunto particular de táxons floresce porque uma fonte de nutriente limitante se torna abundante). Medidas qualitativas são mais informativas quando as comunidades diferem principalmente pelo que pode viver nelas (por exemplo, em altas temperaturas), em parte porque a informação de abundância pode ofuscar padrões significativos de variação em quais táxons estão presentes. Ilustramos esses princípios usando dois levantamentos baseados em 16S rRNA de populações microbianas e duas medidas filogenéticas de diversidade beta da comunidade: UniFrac não ponderado, uma medida qualitativa, e UniFrac ponderado, uma nova medida quantitativa, que adicionamos ao site UniFrac (http://bmf.colorado.edu/unifrac). Esses estudos consideraram as influências relativas da química mineral, temperatura e geografia na composição da comunidade microbiana em fontes termais ácidas no Parque Nacional Yellowstone e as influências da obesidade e parentesco na composição da comunidade microbiana no intestino do rato. Mostramos que aplicar medidas qualitativas e quantitativas ao mesmo conjunto de dados pode levar a conclusões dramaticamente diferentes sobre os principais fatores que estruturam a diversidade microbiana e pode fornecer insights sobre a natureza das diferenças da comunidade. Também demonstramos que tanto as medidas UniFrac ponderadas quanto não ponderadas são robustas aos métodos usados para construir a filogenia subjacente.",
    url = "https://doi.org/10.1128/aem.01996-06",
    doi = "10.1128/aem.01996-06",
    openalex = "W2145664556",
    references = "doi101038260204c0, doi101086321317, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi1023071218190, doi105860choice421547, openalexw2032279931"
}

A importância relativa dos processos ecológicos locais e históricos em larga escala na causa das diferenças na riqueza de espécies em todo o mundo continua a ser debatida intensamente. Para obter insights sobre essas questões, investigamos a montagem da diversidade vegetal no Cerrado na América do Sul, a savana tropical mais rica em espécies do mundo. Filogenias calibradas no tempo sugerem que as linhagens do Cerrado começaram a se diversificar há menos de 10 Mya, com a maioria das linhagens se diversificando há 4 Mya ou menos, coincidindo com o surgimento da dominância de gramíneas C4 inflamáveis e a expansão do bioma de savana em todo o mundo. Essas filogenias vegetais mostram que as linhagens do Cerrado estão fortemente associadas a adaptações ao fogo e têm grupos irmãos em florestas úmidas vizinhas predominantemente livres de fogo, florestas sazonalmente secas, pradarias subtropicais ou vegetação de áreas úmidas. Essas descobertas implicam que o Cerrado se formou in situ por meio de mudanças adaptativas recentes e frequentes para resistir ao fogo, em vez de por meio da dispersão de linhagens já adaptadas ao fogo. A localização do Cerrado cercada por uma variedade diversa de biomas ricos em espécies e a barreira adaptativa aparentemente modesta imposta pelo fogo provavelmente contribuíram para sua riqueza de espécies notável. Essas descobertas somam-se a evidências crescentes de que as origens e a montagem histórica de biomas ricos em espécies têm sido idiossincráticas, impulsionadas em grande parte por características únicas da geohistória em escala regional e continental e de que diferentes processos históricos podem levar a níveis similares de riqueza de espécies modernas.

@article{doi101073pnas0903410106,
    author = "Simon, Marcelo Fragomeni and Grether, Rosaura and de Queiroz, Luciano Paganucci and Skema, Cynthia and Pennington, R. Toby and Hughes, Colin E.",
    title = "Recent assembly of the Cerrado, a neotropical plant diversity hotspot, by in situ evolution of adaptations to fire",
    year = "2009",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "A importância relativa dos processos ecológicos locais e históricos em larga escala na causa das diferenças na riqueza de espécies em todo o mundo continua a ser debatida intensamente. Para obter insights sobre essas questões, investigamos a montagem da diversidade vegetal no Cerrado na América do Sul, a savana tropical mais rica em espécies do mundo. Filogenias calibradas no tempo sugerem que as linhagens do Cerrado começaram a se diversificar há menos de 10 Mya, com a maioria das linhagens se diversificando há 4 Mya ou menos, coincidindo com o surgimento da dominância de gramíneas C4 inflamáveis e a expansão do bioma de savana em todo o mundo. Essas filogenias vegetais mostram que as linhagens do Cerrado estão fortemente associadas a adaptações ao fogo e têm grupos irmãos em florestas úmidas vizinhas predominantemente livres de fogo, florestas sazonalmente secas, pradarias subtropicais ou vegetação de áreas úmidas. Essas descobertas implicam que o Cerrado se formou in situ por meio de mudanças adaptativas recentes e frequentes para resistir ao fogo, em vez de por meio da dispersão de linhagens já adaptadas ao fogo. A localização do Cerrado cercada por uma variedade diversa de biomas ricos em espécies e a barreira adaptativa aparentemente modesta imposta pelo fogo provavelmente contribuíram para sua riqueza de espécies notável. Essas descobertas somam-se a evidências crescentes de que as origens e a montagem histórica de biomas ricos em espécies têm sido idiossincráticas, impulsionadas em grande parte por características únicas da geohistória em escala regional e continental e de que diferentes processos históricos podem levar a níveis similares de riqueza de espécies modernas.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0903410106",
    doi = "10.1073/pnas.0903410106",
    openalex = "W2151396518",
    references = "doi101073pnas0608361104, doi101146annurevecolsys110308120327, openalexw2611511275"
}

Esta revisão sugere que a ecologia e a distribuição global fragmentada da floresta tropical estacionalmente seca (SDTF) estruturou distintamente a história evolutiva e a biogeografia de grupos de plantas lenhosas que são restritas a ela. As SDTFs têm poucas espécies amplamente distribuídas de plantas lenhosas, causando alta β-diversidade entre áreas separadas de florestas. Essas áreas separadas contêm clados monofiléticos de espécies vegetais endêmicas, que frequentemente apresentam variação genética intraspecífica estruturada geograficamente. Esses padrões de diversidade, endemismo e filogenia indicam um sistema de SDTF estável e limitado pela dispersão. As espécies de SDTF tendem a pertencer a clados maiores restritos a esta vegetação, exemplificando o conservadorismo de nicho filogenético, e argumentamos que isso é evidência de que a SDTF é uma metacomunidade (bioma) para clados de plantas lenhosas. O fato de os padrões filogenéticos, genéticos de populações, biogeográficos e ecológicos de comunidades diferirem em plantas lenhosas das florestas tropicais de chuva e savanas sugere uma hipótese de que ambientes ecológicos amplos influenciam fortemente a diversificação vegetal nos trópicos.

@article{doi101146annurevecolsys110308120327,
    author = "Pennington, R. Toby e Lavin, Matt e de Oliveira‐Filho, Ary Teixeira",
    title = "Diversidade, Evolução e Ecologia de Plantas Lenhosas nos Trópicos: Perspectivas de Florestas Tropicais Estacionalmente Secas",
    year = "2009",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "Esta revisão sugere que a ecologia e a distribuição global fragmentada da floresta tropical estacionalmente seca (SDTF) estruturou distintamente a história evolutiva e a biogeografia de grupos de plantas lenhosas que são restritas a ela. As SDTFs têm poucas espécies amplamente distribuídas de plantas lenhosas, causando alta β-diversidade entre áreas separadas de florestas. Essas áreas separadas contêm clados monofiléticos de espécies vegetais endêmicas, que frequentemente apresentam variação genética intraspecífica estruturada geograficamente. Esses padrões de diversidade, endemismo e filogenia indicam um sistema de SDTF estável e limitado pela dispersão. As espécies de SDTF tendem a pertencer a clados maiores restritos a esta vegetação, exemplificando o conservadorismo de nicho filogenético, e argumentamos que isso é evidência de que a SDTF é uma metacomunidade (bioma) para clados de plantas lenhosas. O fato de os padrões filogenéticos, genéticos de populações, biogeográficos e ecológicos de comunidades diferirem em plantas lenhosas das florestas tropicais de chuva e savanas sugere uma hipótese de que ambientes ecológicos amplos influenciam fortemente a diversificação vegetal nos trópicos.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.110308.120327",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.110308.120327",
    openalex = "W2108333212",
    references = "doi101007978146121694015, doi101093oso97801985464120010001, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi101146annurevecolsys37091305110035, doi1016410006356820010510933teotwa20co2, doi1018637jssv022i07, doi1018900012965820020831771tuntob20co2, doi1023073071998, doi1023073802723, doi1023073803199, doi105860choice295104"
}

Os genes para complexos de toxina-antitoxina (TA) são amplamente distribuídos em genomas de procariotos, e as espécies frequentemente possuem dezenas de loci de TA em plasmídeos e cromossomos. Os complexos são categorizados em três tipos com base na organização genética e no modo de ação. As toxinas são universalmente proteínas direcionadas contra alvos intracelulares específicos, enquanto os antitoxinas são ou proteínas ou pequenos RNAs que neutralizam a toxina ou inibem a síntese da toxina. Dentro dos três tipos de complexo, houve uma extensa reorganização evolutiva dos genes de toxina e antitoxina, levando a uma considerável diversidade nas combinações de TA. Os alvos intracelulares das toxinas proteicas também são variados. inúmeras toxinas, muitas das quais são endoribonucleases específicas de sequência, reduzem os níveis de síntese proteica em resposta a uma variedade de estímulos de estresse e nutricionais. Recursos-chave são conservados como resultado, garantindo a sobrevivência de células individuais e, portanto, da população bacteriana. Os efeitos das toxinas geralmente são transitórios e reversíveis, permitindo um conjunto de respostas dinâmicas e ajustáveis que refletem as condições ambientais. Além disso, ao abrigar múltiplas toxinas que intercedem na síntese proteica em resposta a diferentes sinais fisiológicos, as bactérias potencialmente sentem uma variedade de perturbações metabólicas que são canalizadas através de diferentes complexos de TA. Outras toxinas interferem na ação de topoisomerases, montagem da parede celular ou estruturas do citoesqueleto. As TAs também desempenham papéis importantes na persistência bacteriana, formação de biofilmes e tolerância a múltiplos fármacos, e têm um potencial considerável tanto como novos componentes da caixa de ferramentas genética quanto como alvos para novos antibióticos.

@article{doi103109104092382011600437,
    author = "Hayes, Finbarr e Melderen, Laurence Van",
    title = "Toxinas-antitoxinas: diversidade, evolução e função",
    year = "2011",
    journal = "Critical Reviews in Biochemistry and Molecular Biology",
    abstract = "Os genes para complexos de toxina-antitoxina (TA) são amplamente distribuídos em genomas de procariotos, e as espécies frequentemente possuem dezenas de loci de TA em plasmídeos e cromossomos. Os complexos são categorizados em três tipos com base na organização genética e no modo de ação. As toxinas são universalmente proteínas direcionadas contra alvos intracelulares específicos, enquanto os antitoxinas são ou proteínas ou pequenos RNAs que neutralizam a toxina ou inibem a síntese da toxina. Dentro dos três tipos de complexo, houve uma extensa reorganização evolutiva dos genes de toxina e antitoxina, levando a uma considerável diversidade nas combinações de TA. Os alvos intracelulares das toxinas proteicas também são variados. inúmeras toxinas, muitas das quais são endoribonucleases específicas de sequência, reduzem os níveis de síntese proteica em resposta a uma variedade de estímulos de estresse e nutricionais. Recursos-chave são conservados como resultado, garantindo a sobrevivência de células individuais e, portanto, da população bacteriana. Os efeitos das toxinas geralmente são transitórios e reversíveis, permitindo um conjunto de respostas dinâmicas e ajustáveis que refletem as condições ambientais. Além disso, ao abrigar múltiplas toxinas que intercedem na síntese proteica em resposta a diferentes sinais fisiológicos, as bactérias potencialmente sentem uma variedade de perturbações metabólicas que são canalizadas através de diferentes complexos de TA. Outras toxinas interferem na ação de topoisomerases, montagem da parede celular ou estruturas do citoesqueleto. As TAs também desempenham papéis importantes na persistência bacteriana, formação de biofilmes e tolerância a múltiplos fármacos, e têm um potencial considerável tanto como novos componentes da caixa de ferramentas genética quanto como alvos para novos antibióticos.",
    url = "https://doi.org/10.3109/10409238.2011.600437",
    doi = "10.3109/10409238.2011.600437",
    openalex = "W2163406805",
    references = "doi101038nrmicro1147, doi101073pnas252529799, doi101073pnas83103116, doi101073pnas93126059, doi101093nargki201, doi101128jb15527687751983, doi101128jb18624817281802004, doi101128mmbr0002110, doi101146annurevmicro112408134306, doi101371journalpbio1000317"
}

Sistemas de secreção de proteínas são nanomáquinas moleculares utilizadas por bactérias Gram-negativas para prosperar em seu ambiente. São usados para liberar enzimas que hidrolisam fontes de carbono complexas em compostos utilizáveis, ou para liberar proteínas que capturam íons essenciais, como o ferro. Também são usados para colonizar e sobreviver dentro de hospedeiros eucarióticos, causando infecções agudas ou crônicas, subvertendo a resposta da célula hospedeira e escapando do sistema imunológico. Neste artigo, o patógeno humano oportunista Pseudomonas aeruginosa é usado como modelo para revisar a diversidade de sistemas de secreção que as bactérias evoluíram para alcançar esses objetivos. Essa diversidade pode resultar de uma transformação progressiva de complexos da envelope celular que inicialmente não podem ter sido dedicados à secreção. As semelhanças notáveis entre sistemas de secreção e pili do tipo IV, flagelos, cauda de bacteriófagos ou bombas de efluxo são uma bela ilustração dessa evolução. Diferenças também são necessárias, já que várias configurações de secreção exigem diversidade. Por exemplo, algumas proteínas são liberadas no meio extracelular, enquanto outras são injetadas diretamente no citosol de células eucarióticas. Algumas proteínas são dobradas antes de serem liberadas e transitam para o periplasma. Outras proteínas atravessam toda a envelope celular de uma vez em um estado desdobrado. No entanto, o sistema de secreção requer elementos ou características básicas conservadas. Por exemplo, há necessidade de uma fonte de energia ou de um canal da membrana externa. A estrutura desta revisão é, portanto, bastante não convencional. Em vez de listar tipos de secreção um após o outro, ela apresenta uma mistura de conceitos indicando que os tipos de secreção estão em constante evolução e utilizam princípios básicos. Em outras palavras, a emergência de novos sistemas de secreção poderia ser prevista da mesma forma que Mendeleïev antecipou as características de elementos ainda desconhecidos.

@article{doi103389fmicb201100155,
    author = "Filloux, Alain",
    title = "Protein Secretion Systems in Pseudomonas aeruginosa: An Essay on Diversity, Evolution, and Function",
    year = "2011",
    journal = "Frontiers in Microbiology",
    abstract = "Sistemas de secreção de proteínas são nanomáquinas moleculares utilizadas por bactérias Gram-negativas para prosperar em seu ambiente. São usados para liberar enzimas que hidrolisam fontes de carbono complexas em compostos utilizáveis, ou para liberar proteínas que capturam íons essenciais, como o ferro. Também são usados para colonizar e sobreviver dentro de hospedeiros eucarióticos, causando infecções agudas ou crônicas, subvertendo a resposta da célula hospedeira e escapando do sistema imunológico. Neste artigo, o patógeno humano oportunista Pseudomonas aeruginosa é usado como modelo para revisar a diversidade de sistemas de secreção que as bactérias evoluíram para alcançar esses objetivos. Essa diversidade pode resultar de uma transformação progressiva de complexos da envelope celular que inicialmente não podem ter sido dedicados à secreção. As semelhanças notáveis entre sistemas de secreção e pili do tipo IV, flagelos, cauda de bacteriófagos ou bombas de efluxo são uma bela ilustração dessa evolução. Diferenças também são necessárias, já que várias configurações de secreção exigem diversidade. Por exemplo, algumas proteínas são liberadas no meio extracelular, enquanto outras são injetadas diretamente no citosol de células eucarióticas. Algumas proteínas são dobradas antes de serem liberadas e transitam para o periplasma. Outras proteínas atravessam toda a envelope celular de uma vez em um estado desdobrado. No entanto, o sistema de secreção requer elementos ou características básicas conservadas. Por exemplo, há necessidade de uma fonte de energia ou de um canal da membrana externa. A estrutura desta revisão é, portanto, bastante não convencional. Em vez de listar tipos de secreção um após o outro, ela apresenta uma mistura de conceitos indicando que os tipos de secreção estão em constante evolução e utilizam princípios básicos. Em outras palavras, a emergência de novos sistemas de secreção poderia ser prevista da mesma forma que Mendeleïev antecipou as características de elementos ainda desconhecidos.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fmicb.2011.00155",
    doi = "10.3389/fmicb.2011.00155",
    openalex = "W2166412853",
    references = "doi1010160022283685900464, doi10103835016007, doi10103835023079, doi101038358727a0, doi101038nprot20092, doi101038nrmicro1526, doi101073pnas0510322103, doi101126science1128393, doi101146annurevmicro56012302160938, doi101146annurevmicro58030603123811"
}

Apresentamos aqui uma análise comparativa de genoma de dez cepas dentro do grupo Pseudomonas fluorescens, incluindo sete novas sequências genômicas. Essas cepas exibem um espectro diverso de traços envolvidos no controle biológico e outras interações multitróficas com plantas, microrganismos e insetos. A análise de sequência multilocus posicionou as cepas em três sub-clados, o que foi reforçado por altos níveis de sinetia, tamanho dos genomas centrais e similaridade de genes ortólogos entre cepas dentro de um sub-clado. A heterogeneidade do grupo P. fluorescens foi refletida no grande tamanho de seu pan-genoma, que corresponde a aproximadamente 54% do pan-genoma do gênero como um todo, e em um genoma central que representa apenas 45-52% do genoma de qualquer cepa individual. Descobrimos genes para traços que não eram conhecidos anteriormente nas cepas, incluindo genes para a biossíntese dos sideróforos achromobactina e pseudomonina e do antibiótico 2-hexil-5-propil-alkylresorcinol; bacteriocinas novas; sistemas de secreção tipo II, III e VI; e toxinas de inseto. Certos clusters gênicos, como os de dois sistemas de secreção tipo III, estão presentes apenas em sub-clados específicos, sugerindo herança vertical. Quase todos os genes associados a interações multitróficas mapeiam-se em regiões genômicas presentes apenas em um subconjunto das cepas ou únicas a uma cepa específica. Para explorar a origem evolutiva desses genes, mapeamos suas distribuições relativas às localizações de elementos genéticos móveis e elementos palindrômicos extragênicos repetitivos (REP) em cada genoma. Os elementos genéticos móveis e muitos genes específicos de cepa caem em regiões desprovidas de elementos REP (ou seja, desertos REP) e em regiões que exibem composição tri-nucleotídica atípica, possivelmente indicando aquisição relativamente recente desses loci. Coletivamente, os resultados deste estudo destacam a enorme heterogeneidade do grupo P. fluorescens e a importância do genoma variável na adaptação de cepas individuais aos seus estilos de vida específicos e repertório funcional.

@article{doi101371journalpgen1002784,
    author = "Loper, Joyce E. and Hassan, Karl A. and Mavrodi, Dmitri V. and Davis, Edward W. and Lim, Chee Kent and Shaffer, Brenda T. and Elbourne, Liam D. H. and Stockwell, Virginia O. and Hartney, Sierra L. and Breakwell, Katy and Henkels, Marcella D. and Tetu, Sasha G. and Rangel, Lorena I. and Kidarsa, Teresa A. and Wilson, N. L. and van de Mortel, Judith E. and Song, Chunxu and Blumhagen, Rachel Z. and Radune, Diana and Hostetler, Jessica B. and Brinkac, Lauren and Durkin, A. Scott and Kluepfel, Daniel A. and Wechter, W. Patrick and Anderson, Anne J. and Kim, Young Cheol and Pierson, Leland S. and Pierson, Elizabeth A. and Lindow, Steven E. and Kobayashi, Donald Y. and Raaijmakers, Jos M. and Weller, David M. and Thomashow, Linda S. and Allen, Andrew E. and Paulsen, Ian T.",
    title = "Genômica Comparativa de Pseudomonas spp. Associadas a Plantas: Insights sobre a Diversidade e Herança de Traços Envolvidos em Interações Multitróficas",
    year = "2012",
    journal = "PLoS Genetics",
    abstract = "Apresentamos aqui uma análise comparativa de genoma de dez cepas dentro do grupo Pseudomonas fluorescens, incluindo sete novas sequências genômicas. Essas cepas exibem um espectro diverso de traços envolvidos no controle biológico e outras interações multitróficas com plantas, microrganismos e insetos. A análise de sequência multilocus posicionou as cepas em três sub-clados, o que foi reforçado por altos níveis de sinetia, tamanho dos genomas centrais e similaridade de genes ortólogos entre cepas dentro de um sub-clado. A heterogeneidade do grupo P. fluorescens foi refletida no grande tamanho de seu pan-genoma, que corresponde a aproximadamente 54% do pan-genoma do gênero como um todo, e em um genoma central que representa apenas 45-52% do genoma de qualquer cepa individual. Descobrimos genes para traços que não eram conhecidos anteriormente nas cepas, incluindo genes para a biossíntese dos sideróforos achromobactina e pseudomonina e do antibiótico 2-hexil-5-propil-alkylresorcinol; bacteriocinas novas; sistemas de secreção tipo II, III e VI; e toxinas de inseto. Certos clusters gênicos, como os de dois sistemas de secreção tipo III, estão presentes apenas em sub-clados específicos, sugerindo herança vertical. Quase todos os genes associados a interações multitróficas mapeiam-se em regiões genômicas presentes apenas em um subconjunto das cepas ou únicas a uma cepa específica. Para explorar a origem evolutiva desses genes, mapeamos suas distribuições relativas às localizações de elementos genéticos móveis e elementos palindrômicos extragênicos repetitivos (REP) em cada genoma. Os elementos genéticos móveis e muitos genes específicos de cepa caem em regiões desprovidas de elementos REP (ou seja, desertos REP) e em regiões que exibem composição tri-nucleotídica atípica, possivelmente indicando aquisição relativamente recente desses loci. Coletivamente, os resultados deste estudo destacam a enorme heterogeneidade do grupo P. fluorescens e a importância do genoma variável na adaptação de cepas individuais aos seus estilos de vida específicos e repertório funcional.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1002784",
    doi = "10.1371/journal.pgen.1002784",
    openalex = "W2055455922",
    references = "doi103389fmicb201100155"
}

Foi desenvolvido um número de métodos para inferir taxas diferenciais de diversificação de espécies ao longo do tempo e entre clados usando árvores filogenéticas calibradas no tempo. No entanto, não temos um quadro geral que possa delinear e quantificar misturas heterogêneas de processos dinâmicos dentro de filogenias únicas. Desenvolvi um método que pode identificar números arbitrários de processos de diversificação variáveis no tempo em filogenias sem especificar suas localizações com antecedência. O método usa Markov Chain Monte Carlo de salto reversível para mover entre subespaços de modelo que variam no número de regimes de diversificação distintos. O modelo assume que as mudanças nos regimes evolutivos ocorrem ao longo dos ramos de árvores filogenéticas sob um processo de Poisson composto e leva em conta explicitamente a variação de taxa ao longo do tempo e entre linhagens. Usando conjuntos de dados simulados, demonstro que o método pode ser usado para quantificar misturas complexas de processos de diversificação dependentes do tempo, dependentes da diversidade e de taxa constante. Comparei o desempenho do método com o modelo MEDUSA de variação de taxa entre linhagens. Como um exemplo empírico, analisei a história de especiação e extinção durante a radiação de baleias modernas. O método descrito aqui facilitará grandemente a exploração de dinâmicas macroevolutivas em grandes árvores filogenéticas, que podem ter sido moldadas por misturas heterogêneas de processos evolutivos distintos.

@article{doi101371journalpone0089543,
    author = "Rabosky, Daniel L.",
    title = "Detecção Automática de Inovações Chave, Mudanças de Taxa e Dependência da Diversidade em Árvores Filogenéticas",
    year = "2014",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "Foi desenvolvido um número de métodos para inferir taxas diferenciais de diversificação de espécies ao longo do tempo e entre clados usando árvores filogenéticas calibradas no tempo. No entanto, não temos um quadro geral que possa delinear e quantificar misturas heterogêneas de processos dinâmicos dentro de filogenias únicas. Desenvolvi um método que pode identificar números arbitrários de processos de diversificação variáveis no tempo em filogenias sem especificar suas localizações com antecedência. O método usa Markov Chain Monte Carlo de salto reversível para mover entre subespaços de modelo que variam no número de regimes de diversificação distintos. O modelo assume que as mudanças nos regimes evolutivos ocorrem ao longo dos ramos de árvores filogenéticas sob um processo de Poisson composto e leva em conta explicitamente a variação de taxa ao longo do tempo e entre linhagens. Usando conjuntos de dados simulados, demonstro que o método pode ser usado para quantificar misturas complexas de processos de diversificação dependentes do tempo, dependentes da diversidade e de taxa constante. Comparei o desempenho do método com o modelo MEDUSA de variação de taxa entre linhagens. Como um exemplo empírico, analisei a história de especiação e extinção durante a radiação de baleias modernas. O método descrito aqui facilitará grandemente a exploração de dinâmicas macroevolutivas em grandes árvores filogenéticas, que podem ter sido moldadas por misturas heterogêneas de processos evolutivos distintos.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0089543",
    doi = "10.1371/journal.pone.0089543",
    openalex = "W2042449834",
    references = "doi10100797814612066756, doi101017s0094837300005972, doi101038nature05634, doi101038nature11631, doi10106311699114, doi101093bioinformaticsbtm538, doi101093biomet57197, doi101093biomet824711, doi101111j14610248200701020x, doi101126science2354785167, doi101186147121481393"
}

Peptídeos antimicrobianos (PAMs) são proteínas curtas com atividade antimicrobiana. Uma grande parte dos PAMs conhecidos origina-se de insetos, e o número e a diversidade dessas moléculas em diferentes espécies variam consideravelmente. Os PAMs de insetos representam uma fonte potencial de antibióticos alternativos para abordar a limitação dos antibióticos atuais, causada pelo surgimento e disseminação de patógenos multirresistentes. Para obter mais insights sobre os PAMs, investigamos a diversidade e a evolução dos PAMs de insetos mapeando sua distribuição filogenética, permitindo-nos prever as origens evolutivas de famílias selecionadas de PAMs e identificar famílias evolutivamente conservadas e específicas de táxons. Além disso, destacamos o uso do nematódeo Caenorhabditis elegans como modelo de animal inteiro em métodos de triagem de alto rendimento para identificar PAMs com eficácia contra patógenos humanos, incluindo Acinetobacter baumanii e Staphylococcus aureus resistente à meticilina. Também discutimos as potenciais aplicações médicas dos PAMs, incluindo seu uso como alternativas para antibióticos convencionais em terapias ectópicas, seu uso combinado com antibióticos para restaurar a suscetibilidade de patógenos multirresistentes e seu uso como modelos para o desenho racional de fármacos peptidomiméticos que superam as desvantagens de peptídeos terapêuticos. O artigo faz parte da questão temática 'Ecologia evolutiva de peptídeos antimicrobianos de artrópodes'.

@article{doi101098rstb20150290,
    author = "Mylonakis, Eleftherios e Podsiadłowski, Lars e Muhammed, Maged e Vilcinskas, Andreas",
    title = "Diversidade, evolução e aplicações médicas de peptídeos antimicrobianos de insetos",
    year = "2016",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Peptídeos antimicrobianos (PAMs) são proteínas curtas com atividade antimicrobiana. Uma grande parte dos PAMs conhecidos origina-se de insetos, e o número e a diversidade dessas moléculas em diferentes espécies variam consideravelmente. Os PAMs de insetos representam uma fonte potencial de antibióticos alternativos para abordar a limitação dos antibióticos atuais, causada pelo surgimento e disseminação de patógenos multirresistentes. Para obter mais insights sobre os PAMs, investigamos a diversidade e a evolução dos PAMs de insetos mapeando sua distribuição filogenética, permitindo-nos prever as origens evolutivas de famílias selecionadas de PAMs e identificar famílias evolutivamente conservadas e específicas de táxons. Além disso, destacamos o uso do nematódeo Caenorhabditis elegans como modelo de animal inteiro em métodos de triagem de alto rendimento para identificar PAMs com eficácia contra patógenos humanos, incluindo Acinetobacter baumanii e Staphylococcus aureus resistente à meticilina. Também discutimos as potenciais aplicações médicas dos PAMs, incluindo seu uso como alternativas para antibióticos convencionais em terapias ectópicas, seu uso combinado com antibióticos para restaurar a suscetibilidade de patógenos multirresistentes e seu uso como modelos para o desenho racional de fármacos peptidomiméticos que superam as desvantagens de peptídeos terapêuticos. O artigo faz parte da questão temática 'Ecologia evolutiva de peptídeos antimicrobianos de artrópodes'.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.2015.0290",
    doi = "10.1098/rstb.2015.0290",
    openalex = "W2346044263",
    references = "doi101016jdrudis200910009, doi101016s1473309913703189, doi101038292246a0, doi101038nbt1267, doi101038nrmicro1098, doi101086533452, doi101086651263, doi101111j0105289620040124x, doi101126science1257570, doi101371journalpcbi1002195"
}

Debates recentes sobre o número de espécies de plantas nas vastas florestas tropicais de baixa altitude da Amazônia basearam-se em grande parte em estimativas de modelos, negligenciando listas de verificação publicadas baseadas em dados de vouchers verificados. Aqui, compilamos listas de verificação verificadas taxonomicamente para apresentar uma lista de espécies de plantas com sementes das florestas tropicais de baixa altitude da Amazônia. Nossa lista compreende 14.003 espécies, das quais 6.727 são árvores. Estes números são semelhantes às estimativas derivadas de modelos ecológicos não paramétricos, mas contrastam fortemente com previsões de muito maior diversidade de árvores derivadas de modelos paramétricos. Com base na proporção conhecida de espécies de árvores em comunidades de florestas tropicais de baixa altitude neotropicais, medida em censo de parcelas completas, e em estimativas gerais da diversidade de plantas com sementes no Brasil e nos neotrópicos em geral, é mais provável que a diversidade de árvores na Amazônia esteja mais próxima das estimativas inferiores derivadas de modelos não paramétricos. Muito ainda permanece desconhecido sobre a diversidade de plantas amazônica, mas este conjunto de dados verificado taxonomicamente fornece um ponto de partida válido para estudos macroecológicos e evolutivos destinados a compreender a origem, evolução e ecologia da biodiversidade excepcional das florestas amazônicas.

@article{doi101073pnas1706756114,
    author = "Cardoso, Domingos and Särkinen, Tiina and Alexander, Sara N. and Amorim, André M. and Bittrich, Volker and Celis, Marcela and Daly, Douglas C. and Fiaschi, Pedro and Funk, Vicki A. and Giacomin, Leandro Lacerda and Goldenberg, Renato and Heiden, Gustavo and Iganci, João Ricardo Vieira and Kelloff, Carol L. and Knapp, Sandra and de Lima, Haroldo Cavalcante and Machado, Anderson Ferreira Pinto and dos Santos, Rubens Manoel and de Mello‐Silva, Renato and Michelangeli, Fabián A. and Mitchell, John D. and Moonlight, Peter W. and de Moraes, Pedro Luís Rodrigues and Mori, Scott A. and Nunes, Teonildes Sacramento and Pennington, Terry D. and Pirani, José Rubens and Prance, Ghillean Τ. and de Queiroz, Luciano Paganucci and Rapini, Alessandro and Riina, Ricarda and Rincon, Carlos Alberto Vargas and Roque, Nádia and Shimizu, Gustavo Hiroaki and Sobral, Marcos and Stehmann, João Renato and Stevens, W. D. and Taylor, Charlotte M. and Trovó, Marcelo and van den Berg, Cássio and van der Werff, Henk and Viana, Pedro Lage and Zartman, Charles E. and Forzza, Rafaela Campostrini",
    title = "Amazon plant diversity revealed by a taxonomically verified species list",
    year = "2017",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Recent debates on the number of plant species in the vast lowland rain forests of the Amazon have been based largely on model estimates, neglecting published checklists based on verified voucher data. Here we collate taxonomically verified checklists to present a list of seed plant species from lowland Amazon rain forests. Our list comprises 14,003 species, of which 6,727 are trees. These figures are similar to estimates derived from nonparametric ecological models, but they contrast strongly with predictions of much higher tree diversity derived from parametric models. Based on the known proportion of tree species in neotropical lowland rain forest communities as measured in complete plot censuses, and on overall estimates of seed plant diversity in Brazil and in the neotropics in general, it is more likely that tree diversity in the Amazon is closer to the lower estimates derived from nonparametric models. Much remains unknown about Amazonian plant diversity, but this taxonomically verified dataset provides a valid starting point for macroecological and evolutionary studies aimed at understanding the origin, evolution, and ecology of the exceptional biodiversity of Amazonian forests.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1706756114",
    doi = "10.1073/pnas.1706756114",
    openalex = "W2754397646",
    references = "doi101146annurevecolsys110308120327"
}

@article{doi101038s415640200715z,
    author = "Baker, Brett J. e Anda, Valerie De e Seitz, Kiley W. e Dombrowski, Nina e Santoro, Alyson E. e Lloyd, Karen G.",
    title = "Diversidade, ecologia e evolução de Archaea",
    year = "2020",
    journal = "Nature Microbiology",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41564-020-0715-z",
    doi = "10.1038/s41564-020-0715-z",
    openalex = "W3022704487",
    references = "doi101038ismej2017122, doi101038nature03911, doi101038nature04983, doi101038nature21031, doi101038nbt4229, doi101038nmeth3103, doi101038s41467018074180, doi101073pnas74115088, doi101073pnas87124576, doi101073pnas89125685, doi101093bioinformaticsbts174, doi101111j13652958201107635x, doi101126science1093857, doi101126science2765313734"
}