Echini

@misc{agassiz1872revision,
    author = "Agassiz, Alexander",
    title = "Revisão dos Echini / por Alexander Agassiz",
    year = "1872",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.40080",
    doi = "10.5962/bhl.title.40080",
    openalex = "W2479287064"
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@article{crossref1874revision,
    title = "Revisão dos Echini. Alexander Agassiz",
    year = "1874",
    journal = "The American Naturalist",
    url = "https://doi.org/10.1086/271299",
    doi = "10.1086/271299",
    number = "4",
    openalex = "W4236861180",
    pages = "215-215",
    volume = "8"
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Este pequeno volume, que não impressiona à primeira vista, é a obra científica mais influente do século XIX. A primeira publicação de Darwin sobre sua teoria da evolução foi escrita para não especialistas e atraiu um interesse amplo e imediato. Darwin era um cientista eminente; suas descobertas foram levadas a sério e as evidências que apresentou geraram discussões científicas, filosóficas e religiosas. Dentro de duas décadas, havia um acordo científico geral de que a evolução, com um padrão de ramificação de descendência comum, havia ocorrido, mas os cientistas foram lentos em dar à seleção natural a importância que Darwin considerava apropriada. Com o desenvolvimento da síntese evolutiva moderna nas décadas de 1930 e 1940, o conceito de Darwin de adaptação evolutiva por meio da seleção natural tornou-se central para a teoria evolutiva moderna, e agora tornou-se o conceito unificador das ciências da vida.

@article{doi101093nqs9viii207495b,
    title = "A Origem das Espécies por Meio da Seleção Natural",
    year = "1901",
    journal = "Notes and Queries",
    abstract = "Este pequeno volume, que não impressiona à primeira vista, é a obra científica mais influente do século XIX. A primeira publicação de Darwin sobre sua teoria da evolução foi escrita para não especialistas e atraiu um interesse amplo e imediato. Darwin era um cientista eminente; suas descobertas foram levadas a sério e as evidências que apresentou geraram discussões científicas, filosóficas e religiosas. Dentro de duas décadas, havia um acordo científico geral de que a evolução, com um padrão de ramificação de descendência comum, havia ocorrido, mas os cientistas foram lentos em dar à seleção natural a importância que Darwin considerava apropriada. Com o desenvolvimento da síntese evolutiva moderna nas décadas de 1930 e 1940, o conceito de Darwin de adaptação evolutiva por meio da seleção natural tornou-se central para a teoria evolutiva moderna, e agora tornou-se o conceito unificador das ciências da vida.",
    url = "https://doi.org/10.1093/nq/s9-viii.207.495b",
    doi = "10.1093/nq/s9-viii.207.495b",
    openalex = "W4243601689"
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@book{doi105962bhltitle4630,
    author = "Jackson, Robert T.",
    title = "Filogenia dos Echini, com uma revisão das espécies Paleozóicas",
    year = "1912",
    journal = "Memórias lidas perante a Sociedade de História Natural de Boston",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.4630",
    doi = "10.5962/bhl.title.4630",
    openalex = "W658384462"
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@misc{jackson1912phylogeny,
    author = "Jackson, Robert Tracy",
    title = "Filogenia dos Echini, com uma revisão das espécies Paleozóicas",
    year = "1912",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.28491",
    doi = "10.5962/bhl.title.28491",
    openalex = "W4206354819"
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@misc{jackson1912phylogeny1,
    author = "Jackson, R. T",
    title = "Filogenia dos echini, com uma revisão das espécies Paleozóicas",
    year = "1912",
    howpublished = "Sociedade de História Natural de Boston, Memórias, v. 7, p. 1-491",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Jackson, R. T., 1912, Filogenia dos echini, com uma revisão das espécies Paleozóicas: Sociedade de História Natural de Boston, Memórias, v. 7, p. 1-491.}"
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@misc{sando1965revision,
    author = "Sando, W.J.",
    title = "Revisão de algumas espécies de coral do Paleozóico dos Estados Unidos Ocidentais",
    year = "1965",
    booktitle = "Professional Paper",
    url = "https://doi.org/10.3133/pp503e",
    doi = "10.3133/pp503e",
    openalex = "W950288184"
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@article{doi101007bf01796042,
    author = "Fitch, Walter M. e Farris, James S.",
    title = "Árvores evolutivas com substituições mínimas de nucleotídeos a partir de sequências de aminoácidos",
    year = "1974",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf01796042",
    doi = "10.1007/bf01796042",
    openalex = "W2024977466"
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Muitas tendências evolutivas são descritas nos equinodermos pós-Paleozóicos e suas vantagens funcionais são discutidas. Nos ambulácros, a placa composta apareceu pela primeira vez no Triássico Superior, tornando-se mais pronunciada durante o Mesozóico e atingindo seu auge no Cenozóico. A composição permitiu que o equinodermo tivesse mais pés tubulares, fortaleceu o teste e aumentou o tamanho dos tubérculos e espinhos ambulacrais. Esses espinhos maiores proporcionaram maior proteção contra predadores e locomoção mais rápida. As pétalas apareceram pela primeira vez no Jurássico Médio e foram desenvolvidas para uma respiração mais eficiente. As primeiras pétalas deprimidas ocorreram no Jurássico Superior e, no Cretáceo Superior, muitos equinodermos possuíam pétalas deprimidas, culminando em pétalas profundas no Cenozóico. Essas depressões canalizaram a água sobre os pés tubulares respiratórios, aumentaram a largura dos ambulácros e seus pés tubulares, e permitiram que esses pés tubulares fossem protegidos de predadores pela curvatura dos espinhos sobre eles. Um sulco anterior é ligeiramente desenvolvido no Jurássico Médio, distinto no Cretáceo e mais profundo no Cenozóico. Este sulco forneceu uma passagem para alimentos e abrigo para os grandes pés tubulares penicilados. Os filódios aparecem pela primeira vez no Jurássico Inferior tanto nos equinodermos regulares quanto nos irregulares. Durante o Mesozóico, o número de poros nos filódios dos equinodermos irregulares foi reduzido e, na maioria das espécies, um poro foi eliminado de um par de poros. Os filódios forneceram um grande número de pés tubulares alimentares próximos ao peristômio. No sistema apical dos equinodermos irregulares, o periprocto rompeu-se durante o Jurássico Inferior. Seu movimento posterior serviu para separar as fezes do equinodermo de suas áreas de alimentação e respiração. O número de placas genitais foi reduzido a uma única placa nos cassiduloides até o Cretáceo Superior, mas essa redução ocorreu mais tarde nos holasteroides e spatangoides; muitas espécies vivas hoje têm mais de uma placa genital. Os equinodermos do Triássico e do Jurássico Inferior eram pequenos; mas durante a segunda parte do Jurássico, espécies maiores ocorrem, particularmente entre os irregulares e os equinothurioides. Todos os equinodermos do Triássico, exceto um, eram circulares em contorno marginal, mas durante o Jurássico o teste em muitos irregulares tornou-se alongado, permitindo que o equinodermo desenvolvesse movimento unidirecional. O achatamento do teste permitiu que o equinodermo cobrisse seu teste mais facilmente, tornando o animal menos conspicuo, menos afetado pelo movimento das ondas e colocando mais dos pés tubulares de coleta de alimentos em contato com o fundo do mar. A lanterna do Triássico tinha dentes sulcados e um forame raso, mas até o Jurássico Inferior algumas lanternas tinham um forame magno mais profundo. Até o Jurássico Médio, dentes carenados estão presentes e, até o Cretáceo Superior, algumas lanternas têm epífises unidas. Essas mudanças permitiram que a lanterna fosse mais móvel e fortaleceram os dentes e as epífises. Os suportes da lanterna em todos os equinodermos do Triássico são prolongamentos de placas interambulacrais, mas no Jurássico Inferior muitas espécies têm suportes ambulacrais. Até o Jurássico Médio, esses suportes estão unidos em algumas espécies para formar um arco. Essas mudanças também aumentaram a mobilidade e o poder de movimento da lanterna. As fendas branquiais apareceram pela primeira vez no Jurássico Inferior (Hettangiense) e estavam bem desenvolvidas até o Toarciense. Os tubérculos e seus espinhos eram grandes no Triássico e gradualmente diminuíram de tamanho em algumas espécies durante o Mesozóico. Essa redução permitiu que esses equinodermos com espinhos menores cobrissem seus testes com sedimento. A taxa de introdução de novas placas era baixa no Triássico, aumentando durante o Jurássico. Esse aumento ocorreu principalmente nos ambulácros e serviu para aumentar o número de pés tubulares. Entre os holasteroides-spatangoides, algumas das placas interambulacrais ventrais aumentaram de tamanho em relação às placas adjacentes durante o Mesozóico e Cenozóico, formando o lábio e o plastrão. Essas mudanças permitiram o desenvolvimento do teste em forma de "coração" e um deslocamento anterior do peristômio. A diversidade de equinodermos aumentou desde o Triássico com o desenvolvimento de diferentes tipos de equinodermos capazes de habitar muitos habitats variados. Todos os equinodermos do Triássico viviam no topo do substrato, mas no Jurássico os equinodermos irregulares começaram a cavar no sedimento. Eles aumentaram em número de espécies durante o Mesozóico e agora são mais numerosos em espécies do que os equinodermos regulares. A diferença entre as espécies do Jurássico e do Triássico não é tão abrupta como anteriormente pensado, e todos os equinodermos do Jurássico são considerados ter tido um ancestral cidaroide.

@article{doi101017s0022336000061321,
    author = "Kier, Porter M.",
    title = "Tendências Evolutivas e sua Significância Funcional nos Equinodermos Pós-Paleozóicos",
    year = "1974",
    journal = "Journal of Paleontology",
    abstract = "Muitas tendências evolutivas são descritas nos equinodermos pós-paleozóicos e suas vantagens funcionais são discutidas. Nos ambulácros, a placa composta apareceu pela primeira vez no Triássico Superior, tornando-se mais pronunciada durante o Mesozóico e atingindo seu auge no Cenozóico. A composição permitiu que o equinodermo tivesse mais numerosos pés tubulares, fortaleceu o teste e aumentou o tamanho dos tubérculos ambulacrais e espinhos. Esses espinhos maiores proporcionaram maior proteção contra predadores e locomoção mais rápida. Os pétalos apareceram pela primeira vez no Jurássico Médio e foram desenvolvidos para uma respiração mais eficiente. Os primeiros pétalos deprimidos ocorreram no Jurássico Superior e, no Cretáceo Superior, muitos equinodermos possuíam pétalos deprimidos, culminando em pétalos profundos no Cenozóico. Essas depressões canalizaram a água sobre os pés tubulares respiratórios, aumentaram a largura dos ambulácros e seus pés tubulares e permitiram que esses pés tubulares fossem protegidos de predadores pela curvatura dos espinhos sobre eles. Um sulco anterior é ligeiramente desenvolvido no Jurássico Médio, distinto no Cretáceo e mais profundo no Cenozóico. Este sulco forneceu uma passagem para alimentos e abrigo para os grandes pés tubulares penicilados. Os filódios ocorrem pela primeira vez no Jurássico Inferior tanto nos equinodermos regulares quanto irregulares. Durante o Mesozóico, o número de poros nos filódios dos equinodermos irregulares foi reduzido e, na maioria das espécies, um poro foi eliminado de um par de poros. Os filódios forneceram um grande número de pés tubulares de alimentação perto do peristômio. No sistema apical dos equinodermos irregulares, o periprocto rompeu-se durante o Jurássico Inferior. Seu movimento posterior serviu para separar as fezes do equinodermo de suas áreas de alimentação e respiração. O número de placas genitais foi reduzido a uma única placa nos cassiduloides até o Cretáceo Superior, mas essa redução ocorreu mais tarde nos holasteroides e spatangoides; muitas espécies vivas hoje têm mais de uma placa genital. Os equinodermos triássicos e jurássicos iniciais eram pequenos; mas durante a parte final do Jurássico, espécies maiores ocorrem, particularmente entre os irregulares e os equinotúroides. Todos os equinodermos triássicos, exceto um, eram circulares em contorno marginal, mas durante o Jurássico o teste em muitos irregulares tornou-se alongado, permitindo que o equinodermo desenvolvesse movimento unidirecional. O achatamento do teste permitiu que o equinodermo cobrisse seu teste mais facilmente, tornando o animal menos conspicuo, menos afetado pelo movimento das ondas e colocando mais dos pés tubulares de coleta de alimentos em contato com o fundo do mar. O lanterna triássico tinha dentes sulcados e um forame raso, mas até o Jurássico Inferior algumas lanternas tinham um forame magno mais profundo. Até o Jurássico Médio, dentes carenados estão presentes e, até o Cretáceo Superior, algumas lanternas têm epífises unidas. Essas mudanças permitiram que a lanterna fosse mais móvel e fortalecessem os dentes e epífises. Os suportes da lanterna em todos os equinodermos triássicos são proeminências de placas interambulacrais, mas no Jurássico Inferior muitas espécies têm suportes ambulacrais. Até o Jurássico Médio, esses suportes estão unidos em algumas espécies para formar um arco. Essas mudanças também aumentaram a mobilidade e o poder de movimento da lanterna. As fendas branquiais apareceram pela primeira vez no Jurássico Inferior (Hettangiense) e estavam bem desenvolvidas até o Toarciense. Os tubérculos e seus espinhos eram grandes no Triássico e gradualmente diminuíram de tamanho em algumas espécies durante o Mesozóico. Essa redução permitiu que esses equinodermos com espinhos menores cobrissem seus testes com sedimento. A taxa de introdução de novas placas era baixa no Triássico, aumentando durante o Jurássico. Esse aumento foi principalmente nos ambulácros e serviu para aumentar o número de pés tubulares. Entre os holasteroides-spatangoides, algumas das placas interambulacrais ventrais aumentaram de tamanho em relação às placas adjacentes durante o Mesozóico e Cenozóico, formando o lábio e o plastrão. Essas mudanças permitiram o desenvolvimento do teste em forma de "coração" e um deslocamento anterior do peristômio. A diversidade de equinodermos aumentou desde o Triássico com o desenvolvimento de diferentes tipos de equinodermos capazes de habitar muitos habitats variados. Todos os equinodermos triássicos viviam no topo do substrato, mas no Jurássico os equinodermos irregulares começaram a cavar no sedimento. Eles aumentaram em número de espécies durante o Mesozóico e agora são mais numerosos em espécies do que os equinodermos regulares. A diferença entre as espécies jurássicas e triássicas não é tão abrupta como anteriormente pensado, e todos os equinodermos jurássicos são considerados ter tido um ancestral cidaroide.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0022336000061321",
    doi = "10.1017/s0022336000061321",
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    references = "doi101017s0025315400017574, doi101098rstb19590007, doi101126science17740541065, doi105962bhltitle11376, doi105962bhltitle30642, doi105962bhltitle4630, doi105962bhltitle54256, openalexw137635259, openalexw1522518756, openalexw2603113571"
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Resumo 1. Os equinodermes vivos são caracterizados por um extenso sistema vascular aquático desenvolvido a partir do hidrocólio esquerdo larval, um endoesqueleto complexo e multi‐placado com estrutura de estereoma, e pentameria. As evidências fósseis mostram que o estereoma evoluiu antes da pentameria, mas ambos foram adquiridos durante o Cambriano Inferior. 2. A análise cladística de gêneros do Cambriano Inferior revela muito poucos caracteres em comum entre os carpóides e os equinodermes verdadeiros, e que a divisão entre eles foi a primeira dicotomia evolutiva fundamental dentro dos Dexiothetica. 3. Os helicoplacóides são equinodermes do grupo caule com placas espirais e três ambulácros dispostos radialmente ao redor de uma boca lateral. Eles são os equinodermes mais primitivos e os primeiros a mostrar um arranjo radial dos sistemas vascular aquático e ambulacral. Diferentemente dos equinodermes posteriores, seu esqueleto não mostra diferenciação dorsal/ventral (aboral/oral). Eles eram provavelmente filtradores suspensórios sedentários. 4. O Camptostroma é o pentaradiado equinodermo mais primitivo conhecido e, na nossa opinião, possivelmente um ancestral comum de todos os grupos vivos. Ele tinha uma superfície dorsal (aboral) cônica curta com placas imbricadas, uma parede lateral acanalada e uma superfície ventral (oral) ligeiramente abaulada com cinco ambulácros curvos em um arranjo 2‐1‐2 herdado do padrão trirradiado dos helicoplacóides. As áreas interambulacrais possuíam epispires e o interambulacro CD continha o ânus, o poro hídrico e/ou o poro gonadal. Todas as partes da teca tinham placas em pelo menos duas camadas. 5. Todos os outros equinodermes pertencem a um dos dois subfilos monofiléticos, os Pelmatozoa e os Eleutherozoa. 6. O Stromatocystites é o eleutherozoano mais antigo conhecido e difere do Camptostroma por ter um teste com apenas uma camada de placas e por ter perdido a alongamento dorsal. Em Stromatocystites a superfície dorsal é plana e as placas são tesseladas. O Stromatocystites era um filtrador suspensório de baixo nível não fixo. 7. Os lepidocistóides são os pelmatozoanos mais antigos conhecidos. Eles diferem do Camptostroma por possuírem um pedúnculo dorsal fixo que manteve a imbricação primitiva das placas e por desenvolverem estruturas eretas de alimentação ao longo dos ambulácros. Em Kinzercystis, os ambulácros estão confinados à superfície da teca e bráquiolos eretos, bisériais, surgem alternadamente em ambos os lados. O Lepidocystis tem um arranjo similar, exceto que a parte distal de cada ambulácro se estende além da borda da teca como um braço livre. 8. Os pelmatozoanos divergiram mais ou menos imediatamente em crinóides, com múltiplos braços livres compostos por placas unisériais, e cistóides sensu lato, que mantiveram as bráquiolos. O Gogia (Cambriano Inferior ao Médio) é o cistóide mais primitivo conhecido e difere do Kinzercystis principalmente por ter todas as placas tesseladas, enquanto o Echmatocrinus (Cambriano Médio) é o crinóide mais primitivo conhecido e difere do Lepidocystis por não possuir bráquiolos e por ter mais de cinco braços livres com placas unisériais. 9. A diferenciação dos grupos pelmatozoanos após o Cambriano Inferior procedeu rapidamente, explorando o modo de vida primitivo de filtrador suspensório. A diversidade morfológica máxima foi alcançada no Ordoviciano, mas a partir daí os crinóides progressivamente deslocaram os grupos de cistóides e alcançaram sua diversidade máxima durante o Carbonífero. Os eleutherozoanos foram mais lentos a se diversificar, mas pelo Arenig os primeiros 'estrelas-do-mar' (na realidade, membros avançados do grupo caule dos eleutherozoanos) haviam revertido sua orientação de vida e haviam começado a explorar um modo de vida de alimentação por detritos. Estes, por sua vez, levaram aos ofiúreos, equinóides e holotúreos. 10. O ambulácro básico dos equinodermes já estava presente nos helicoplacóides. Ele tinha placas de piso bisériais, alternas e folhas complexamente placentadas de placas de cobertura em ambos os lados. O vaso radial de água estava no piso do ambulácro, externo à cavidade corporal, e dava origem ventralmente a ramos curtos, laterais (precursores dos pés tubulares) que eram usados para abrir as folhas de placas de cobertura, e dorsalmente estava conectado a sacos de compensação internos que atuavam como reservatórios de fluido (e estavam preadaptados para um papel na troca gasosa). A placentação nas folhas de placas de cobertura era organizada e refletia as posições dos ramos laterais do vaso radial de água. No Camptostroma, as folhas de placas de cobertura tinham fileiras de placas de cobertura alinhadas biserialmente associadas aos ramos laterais. 11. As bráquiolos surgiram pela extensão dos ramos laterais do vaso radial de água e das placas de cobertura alinhadas seriamente encontradas no Camptostroma. Elas carregam uma única série alternada de placas de cobertura. Em Lepidocystis os ambulácros se estenderam além da borda da superfície oral como verdadeiros braços. As placas braquiais dos braços são homólogas das placas de piso ambulacrais primárias, e os braços carregam múltiplas séries de placas de cobertura. A placentação ambulacral uniserial é uma condição derivada e evoluiu independentemente nos crinóides, paracrinóides e edrioasteróides isorófidos. As pinúlas nos crinóides surgiram independentemente nos inadunatos e cameratos por uma ramificação progressivamente mais desigual dos braços. Assim, todas as partes do sistema subvectivo nos crinóides são internamente homólogas, enquanto nos cistóides, bráquiolos e braços (ou ambulácros) não são estruturas homólogas. 12. A posição do poro hídrico é o melhor ponto de referência para orientar os equinodermes. O sistema de Carpenter de identificar ambulácros por letras, dispostos no sentido horário na vista oral com o ambulácro A oposto ao poro hídrico, é consistente em todas as classes de equinodermes. Em todos os equinodermes pentaradiados do Cambriano Inferior, o ânus, o poro gonadal e o poro hídrico estão no interambulacro CD e isso é aceito como o arranjo primitivo. Nos helicoplacóides sugerimos provisoriamente que o ambulácro A espiralou para baixo da boca enquanto os dois ambulácros que espiralaram para cima representam os ambulácros B + C e D + E combinados. 13. O caule pelmatozoano surgiu de um pedúnculo multiplacado, via um caule merico para uma coluna verdadeira com columnais holoméricos (peça única). Isso aconteceu independentemente nos crinóides e nos cistóides. 14. Nossa análise da filogenia dos equinodermos nos leva a recomendar as seguintes alterações na classificação de nível superior dos equinodermos: O filo Echinodermata inclui apenas aqueles grupos com simetria radial superposta a uma assimetria larval fundamental. Possui um grupo caule que contém os helicoplacoides trirradiados e um grupo coroa ao qual pertencem todos os outros (pentarradiados) equinodermos. O grupo coroa contém dois subfilos monofiléticos, os Pelmatozoa e os Eleutherozoa, e os Pelmatozoa contêm duas superclasses, os Crinoidea, que são extantes, e os Cystoidea, que são extintos.

@article{doi101111j1469185x1984tb00411x,
    author = "Paul, C. R. C. and Smith, A. B.",
    title = "THE EARLY RADIATION AND PHYLOGENY OF ECHINODERMS",
    year = "1984",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "Summary 1. Living echinoderms are characterized by an extensive water vascular system developed from the larval left hydrocoel, a complex, multi‐plated endoskeleton with stereom structure, and pentamery. Fossil evidence shows that stereom evolved before pentamery, but both were acquired during the Lower Cambrian. 2. Cladistic analysis of Lower Cambrian genera reveals very few characters in common between carpoids and true echinoderms, and that the split between them was the first fundamental evolutionary dichotomy within the Dexiothetica. 3. Helicoplacoids are stem group echinoderms with spiral plating and three ambulacra arranged radially around a lateral mouth. They are the most primitive echinoderms and the first to show a radial arrangement of the water vascular and ambulacral systems. Unlike later echinoderms, their skeleton shows no dorsal/ventral (aboral/oral) differentiation. They were probably sedentary suspension feeders. 4. Camptostroma is the most primitive known pentaradiate echinoderm and, in our view, possibly a common ancestor of all living groups. It had a short conical dorsal (aboral) surface with imbricate plating, a ridged lateral wall and a slightly domed ventral (oral) surface with five curved ambulacra in a 2‐1‐2 arrangement inherited from the triradiate pattern of the helicoplacoids. Interambulacral areas bore epispires and the CD interambulacrum contained the anus, hydropore and/or gonopore. All parts of the theca had plates in at least two layers. 5. All other echinoderms belong to one of two monophyletic subphyla, the Pelmatozoa and the Eleutherozoa. 6. Stromatocystites is the earliest known eleutherozoan and differs from Camptostroma in having a test with only one layer of plates and having lost the dorsal elongation. In Stromatocystites the dorsal surface is flat and the plating tesselate. Stromatocystites was an unattached, low‐level suspension feeder. 7. The lepidocystoids are the earliest known pelmatozoans. They differ from Camptostroma in having an attached dorsal stalk which retained the primitive imbricate plating, and by developing erect feeding structures along the ambulacra. In Kinzercystis, the ambulacra are confined to the thecal surface and erect, biserial brachioles arise alternately on either side. Lepidocystis has a similar arrangement except that, the distal part of each ambulacrum extends beyond the edge of the theca as a free arm. 8. Pelmatozoans diverged more or less immediately into crinoids, with multiple free arms composed of uniserial plates, and cystoids sensu lato, which retained brachioles. Gogia (Lower to Middle Cambrian) is the most primitive known cystoid and differs from Kinzercystis principally in having all plating tesselate, while Echmatocrinus (Middle Cambrian) is the most primitive known crinoid and differs from Lepidocystis in lacking brachioles and in having more than five free arms with uniserial plates. 9. Post Lower Cambrian differentiation of pelmatozoan groups proceeded rapidly, exploiting the primitive suspension‐feeding mode of life. Maximum morphological diversity was reached in the Ordovician, but thereafter crinoids progressively displaced cystoid groups and reached their peak diversity during the Carboniferous. The eleutherozoans were slower to diversify, but by the Arenig the earliest ‘sea‐stars’ (in reality, advanced members of the eleutherozoan stem group) had reversed their living orientation and had begun to exploit a deposit‐feeding mode of life. These in turn led to the ophiuroids, echinoids and holothuroids. 10. The basic echinoderm ambulacrum was already present in the helicoplacoids. It had biserial, alternate flooring plates and complexly plated sheets of cover plates on either side. The radial water vessel lay in the floor of the ambulacrum, external to the body cavity, and gave rise ventrally to short, lateral branches (fore‐runners of tube feet) that were used to open the cover plate sheets, and dorsally was connected to internal compensation sacs which acted as fluid reservoirs (and were preadapted for a role in gaseous exchange). Plating on the cover plate sheets was organized and reflected the positions of the lateral branches from the radial water vessel. In Camptostroma, the cover plate sheets had biserially aligned rows of cover plates associated with the lateral branches. 11. Brachioles arose by extension of the lateral branches of the radial water vessel and associated serially aligned cover plates found in Camptostroma. They bear a single alternate series of cover plates. In Lepidocystis the ambulacra extended beyond the edge of the oral surface as true arms. Brachial plates of arms are homologues of primary ambulacral flooring plates, and arms bear multiple series of cover plates. Uniserial ambulacral plating is a derived condition and evolved independently in crinoids, paracrinoids and isorophid edrioasteroids. Pinnules in crinoids arose independently in inadunates and camerates by a progressively more unequal branching of the arms. Thus all parts of the subvective system in crinoids are internally homologous, whereas in cystoids, brachioles and arms (or ambulacra) are not homologous structures. 12. The position of the hydropore is the best reference point in orientating echinoderms. Carpenter's system of identifying ambulacra by letters, arranged clock‐wise in oral view with the A ambulacrum opposite the hydropore, is consistent in all echinoderm classes. In all Lower Cambrian pentaradiate echinoderms the anus, gonopore and hydropore lie in the CD interambulacrum and this is accepted as the primitive arrangement. In helicoplacoids we tentatively suggest that the A ambulacrum spiralled down from the mouth while the two ambulacra that spiralled up represent the B + C and D + E ambulacra combined. 13. The pelmatozoan stem arose from a polyplated stalk, via a meric stem to a true column with holomeric (single piece) columnals. This happened independently in the crinoids and the cystoids. 14. Our analysis of echinoderm phylogeny leads us to recommend the following changes to the higher level classification of echinoderms: The phylum Echinodermata includes only those groups with radial symmetry superimposed upon a fundamental larval asymmetry. It has a stem group that contains the triradiate helicoplacoids and a crown group to which all other (pentaradiate) echinoderms belong. The crown group contains two monophyletic subphyla, the Pelmatozoa and the Eleutherozoa, and the Pelmatozoa contains two superclasses, the Crinoidea which are extant and the Cystoidea, which are extinct.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-185x.1984.tb00411.x",
    doi = "10.1111/j.1469-185x.1984.tb00411.x",
    openalex = "W2111237039",
    references = "doi101007bf03160383, doi101007bf03190413, doi1010160012825280900641, doi101098rstb19630010, doi101111j1469185x1979tb00845x, doi101126science1403568820, doi101146annurevea03050175000455, doi103133ofr81743, doi105281zenodo16118842, doi105962bhltitle66379, openalexw3034464084, openalexw3157064287"
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Resumo - Vários cladistas proeminentes questionaram a importância dos fósseis na inferência filogenética, e está se tornando cada vez mais popular simplesmente ajustar formas extintas, se elas forem consideradas de alguma forma, a um cladograma de táxons recentes. O estudo de Gardiner (1982) e Løvtrup (1985) sobre a filogenia dos amniotas exemplifica esse tratamento diferenciado, e focamos nesse grupo de organismos para testar a proposição de que os fósseis não podem derrubar uma teoria de relações baseada apenas na biota recente. Nossa análise de parcimônia da filogenia dos amniotas, evitando cuidadosamente o conhecimento especial contribuído pelos fósseis, levou à seguinte classificação de melhor ajuste, que é semelhante à hipótese inovadora publicada por Gardiner: (lepidossauros (tartarugas (mamíferos (aves, crocodilos)))). No entanto, adicionar fósseis resultou em um cladograma mais parcimonioso dos táxons existentes marcadamente diferente: (mamíferos (tartarugas (lepidossauros (aves, crocodilos)))). Essa classificação é semelhante à hipótese tradicional e fornece um melhor ajuste ao registro estratigráfico. Para isolar os táxons extintos responsáveis pela última classificação, os dados foram sucessivamente particionados em cada análise filogenética, e concluímos que: (1) os fósseis do grupo interno, não do grupo externo, foram importantes; (2) os fósseis sinápsidos, não reptilianos, foram centrais; (3) certos fósseis sinápsidos, não os mais antigos ou mais recentes, foram responsáveis. A natureza crítica dos fósseis sinápsidos parecia residir na combinação particular de conjuntos de caracteres primitivos e derivados que eles exibiam. Classificar esses fósseis, juntamente com os mamíferos, como grupo irmão da linhagem consistindo de aves e crocodilos resultou em um ajuste relativamente pobre aos dados; um envolvendo um aumento de 2 a 4 vezes nas reversões evolutivas! Assim, a importância dos fósseis críticos, coletivamente ou individualmente, parece residir em sua relativa primitividade, e a explicação mais simples para sua natureza mais conservadora é que eles tiveram menos tempo para evoluir. Embora os fósseis possam ser importantes na inferência filogenética apenas sob certas condições, não há motivo convincente para prejulgar sua contribuição. Exortamos os sistemáticos a avaliar com justiça todo o evidência disponível.

@article{doi101111j109600311988tb00514x,
    author = "Gauthier, Jacques and Kluge, Arnold G. and Rowe, Timothy",
    title = "AMNIOTE PHYLOGENY AND THE IMPORTANCE OF FOSSILS",
    year = "1988",
    journal = "Cladistics",
    abstract = "Resumo - Vários cladistas proeminentes questionaram a importância dos fósseis na inferência filogenética, e está se tornando cada vez mais popular simplesmente ajustar formas extintas, se elas forem consideradas de alguma forma, a um cladograma de táxons recentes. O estudo de Gardiner (1982) e Løvtrup (1985) sobre a filogenia dos amniotas exemplifica esse tratamento diferenciado, e focamos nesse grupo de organismos para testar a proposição de que os fósseis não podem derrubar uma teoria de relações baseada apenas na biota recente. Nossa análise de parcimônia da filogenia dos amniotas, evitando cuidadosamente o conhecimento especial contribuído pelos fósseis, levou à seguinte classificação de melhor ajuste, que é semelhante à hipótese inovadora publicada por Gardiner: (lepidossauros (tartarugas (mamíferos (aves, crocodilos)))). No entanto, adicionar fósseis resultou em um cladograma mais parcimonioso dos táxons existentes marcadamente diferente: (mamíferos (tartarugas (lepidossauros (aves, crocodilos)))). Essa classificação é semelhante à hipótese tradicional e fornece um melhor ajuste ao registro estratigráfico. Para isolar os táxons extintos responsáveis pela última classificação, os dados foram sucessivamente particionados em cada análise filogenética, e concluímos que: (1) os fósseis do grupo interno, não do grupo externo, foram importantes; (2) os fósseis sinápsidos, não reptilianos, foram centrais; (3) certos fósseis sinápsidos, não os mais antigos ou mais recentes, foram responsáveis. A natureza crítica dos fósseis sinápsidos parecia residir na combinação particular de conjuntos de caracteres primitivos e derivados que eles exibiam. Classificar esses fósseis, juntamente com os mamíferos, como grupo irmão da linhagem consistindo de aves e crocodilos resultou em um ajuste relativamente pobre aos dados; um envolvendo um aumento de 2 a 4 vezes nas reversões evolutivas! Assim, a importância dos fósseis críticos, coletivamente ou individualmente, parece residir em sua relativa primitividade, e a explicação mais simples para sua natureza mais conservadora é que eles tiveram menos tempo para evoluir. Embora os fósseis possam ser importantes na inferência filogenética apenas sob certas condições, não há motivo convincente para prejulgar sua contribuição. Exortamos os sistemáticos a avaliar com justiça todo o evidência disponível.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.1988.tb00514.x",
    doi = "10.1111/j.1096-0031.1988.tb00514.x",
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    references = "crossref1943the, currie1985cranial, doi101001jama194302840160064031, doi1010079781468488517, doi101007978146848851721, doi101016002555648290027x, doi1010160169534789901626, doi101016b9781483198279500198, doi101016b9781483231426500124, doi101017cbo9780511693281002, doi101038142004a0, doi10108002724634198810011708, doi101086628623, doi101093sysbio1811, doi101093sysbio33183, doi1010970000505319311100000026, doi101098rstb19830079, doi101111j109636421977tb01031x, doi101111j109636421985tb01796x, doi101146annureven10010165000525, doi1023071005355, doi1023071220820, doi1023071292217, doi1023071441916, doi1023072412407, doi1023072412685, doi1023072413134, doi1023072413259, doi1023072413454, doi1023072485224, doi105281zenodo16171435, doi10560219780801847806, doi105962bhltitle6408, doi105962bhltitle82144, openalexw1534787790, openalexw1534857865, openalexw2954279587, openalexw2983381470, openalexw3146596760, openalexw3184837389, openalexw575222456, roaf1943the"
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Os Platycrinites e Eucladocrinus do período Osagean tardio ao Meramecian, provenientes de Illinois, Iowa e Missouri, são redescritos e redefinidos com base no estudo do material tipo. Três das espécies mais antigas foram incorretamente sinonimizadas com P. sarae, e essa correção leva a um realinhamento da sistemática das espécies dentro do Platycrinites. Consequentemente, seis espécies de Platycrinites e uma espécie de Eucladocrinus são consideradas válidas no Calcário de Keokuk até o Calcário de St. Louis da área tipo estratigráfica. As espécies válidas incluem Platycrinites saffordi (Hall), P. sarae (Hall), P. georgii (Hall), P. pumilus (Hall), P. brevinodus (Hall), P. niotensis (Meek e Worthen), e Eucladocrinus millebrachiatus Wahsmuth e Springer. As mudanças nomenclatoriais incluem o seguinte: 1) P. sarae é redescrito e todos os sinônimos juniores são removidos; 2) P. georgii é um sinônimo sênior válido de P. bonoensis (White), P. aeternalis (Miller), P. boonvillensis (Miller) e P. cauducus; 3) P. pentagonus (Miller) é um sinônimo júnior de P. niotensis; 4) P. pumilus é um sinônimo sênior válido de P. prattenanus (Meek e Worthen) e P. monroensis (Worthen); 5) P. bloomfieldensis (Miller) é designado como nomen dubium; e 6) Eucladocrinus millebrachiatus immaturus é um sinônimo júnior de E. millebrachiatus. A evolução de novas espécies em Platycrinites ocorreu por uma combinação de cladogênese e possivelmente anagênese. Platycrinites sarae evoluiu de P. saffordi possivelmente através de anagênese, P. pumilus evoluiu de P. niotensis através de cladogênese, e P. hemisphaericus evoluiu através de cladogênese de P. brevinodus, embora P. hemisphaericus não ocorra na área geográfica deste estudo.

@article{doi101017s0022336000018977,
    author = "Ausich, William I. e Kammer, Thomas",
    title = "Sistemática e filogenia dos crinoides Platycrinites e Eucladocrinus do período Osagean tardio e Meramecian da região tipo estratigráfica do Mississippiano",
    year = "1990",
    journal = "Journal of Paleontology",
    abstract = "Os Platycrinites e Eucladocrinus do período Osagean tardio ao Meramecian, provenientes de Illinois, Iowa e Missouri, são redescritos e redefinidos com base no estudo do material tipo. Três das espécies mais antigas foram incorretamente sinonimizadas com P. sarae, e essa correção leva a um realinhamento da sistemática das espécies dentro do Platycrinites. Consequentemente, seis espécies de Platycrinites e uma espécie de Eucladocrinus são consideradas válidas no Calcário de Keokuk até o Calcário de St. Louis da área tipo estratigráfica. As espécies válidas incluem Platycrinites saffordi (Hall), P. sarae (Hall), P. georgii (Hall), P. pumilus (Hall), P. brevinodus (Hall), P. niotensis (Meek e Worthen), e Eucladocrinus millebrachiatus Wahsmuth e Springer. As mudanças nomenclatoriais incluem o seguinte: 1) P. sarae é redescrito e todos os sinônimos juniores são removidos; 2) P. georgii é um sinônimo sênior válido de P. bonoensis (White), P. aeternalis (Miller), P. boonvillensis (Miller) e P. cauducus; 3) P. pentagonus (Miller) é um sinônimo júnior de P. niotensis; 4) P. pumilus é um sinônimo sênior válido de P. prattenanus (Meek e Worthen) e P. monroensis (Worthen); 5) P. bloomfieldensis (Miller) é designado como nomen dubium; e 6) Eucladocrinus millebrachiatus immaturus é um sinônimo júnior de E. millebrachiatus. A evolução de novas espécies em Platycrinites ocorreu por uma combinação de cladogênese e possivelmente anagênese. Platycrinites sarae evoluiu de P. saffordi possivelmente através de anagênese, P. pumilus evoluiu de P. niotensis através de cladogênese, e P. hemisphaericus evoluiu através de cladogênese de P. brevinodus, embora P. hemisphaericus não ocorra na área geográfica deste estudo.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0022336000018977",
    doi = "10.1017/s0022336000018977",
    openalex = "W2383024533",
    references = "doi101130spe46p1"
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Artigo de Revista Filogenia como um Princípio Central na Taxonomia: Definições Filogenéticas de Nomes de Taxa Obter acesso Kevin de Queiroz, Kevin de Queiroz Departamento de Herpetologia, Academia de Ciências da CalifórniaGolden Gate Park, São Francisco, Califórnia 94118 Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic PubMed Google Scholar Jacques Gauthier Jacques Gauthier Departamento de Herpetologia, Academia de Ciências da CalifórniaGolden Gate Park, São Francisco, Califórnia 94118 Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic PubMed Google Scholar Systematic Biology, Volume 39, Issue 4, Dezembro 1990, Páginas 307–322, https://doi.org/10.2307/2992353 Publicado: 01 Dezembro 1990 Histórico do Artigo Recebido: 13 Fevereiro 1990 Aceito: 25 Junho 1990 Publicado: 01 Dezembro 1990

@article{doi1023072992353,
    author = "de Queiroz, Kevin e Gauthier, Jacques",
    title = "Filogenia como um Princípio Central na Taxonomia: Definições Filogenéticas de Nomes de Taxa",
    year = "1990",
    journal = "Zoologia Sistemática",
    abstract = "Artigo de Revista Filogenia como um Princípio Central na Taxonomia: Definições Filogenéticas de Nomes de Taxa Obter acesso Kevin de Queiroz, Kevin de Queiroz Departamento de Herpetologia, Academia de Ciências da CalifórniaGolden Gate Park, São Francisco, Califórnia 94118 Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic PubMed Google Scholar Jacques Gauthier Jacques Gauthier Departamento de Herpetologia, Academia de Ciências da CalifórniaGolden Gate Park, São Francisco, Califórnia 94118 Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic PubMed Google Scholar Systematic Biology, Volume 39, Issue 4, Dezembro 1990, Páginas 307–322, https://doi.org/10.2307/2992353 Publicado: 01 Dezembro 1990 Histórico do Artigo Recebido: 13 Fevereiro 1990 Aceito: 25 Junho 1990 Publicado: 01 Dezembro 1990",
    url = "https://doi.org/10.2307/2992353",
    doi = "10.2307/2992353",
    openalex = "W2004477458",
    references = "doi10108002724634198810011708, doi101086288811, doi1023071793007, doi1023072412685, doi1023072412744, doi1023072806339, doi1023072992272, doi1023073243026, doi105281zenodo16171435, openalexw2065464699, openalexw78510971"
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Vários métricas, incluindo a diferença média entre espécies, a amplitude do espaço morfológico ocupado e o número de combinações de estados de caracteres, são utilizadas para investigar a diversificação morfológica nos crinoides do Paleozóico. Apesar de várias fases de diversificação taxonômica, o nível máximo de disparidade alcançado no Ordoviciano permaneceu essencialmente inultrapassado. Embora novas regiões no espaço morfológico tenham sido ocupadas após o Devoniano, estas não foram tão extensas quanto aquelas que haviam sido evacuadas antes do Carbonífero. Esta discordância entre a mudança morfológica total extensa e a mudança líquida limitada reforça ainda mais os argumentos anteriores sobre a importância das restrições morfológicas na evolução dos crinoides. Mudanças principais na ocupação do espaço morfológico correspondem a mudanças na diversidade taxonômica dentro de certos táxons superiores. O grau em que os cladidos avançados (Poteriocrinina) parecem expandir-se para novos espaços morfológicos é exagerado pelo grande número de espécies muito semelhantes neste grupo. Se forem amostradas menos espécies, considerando apenas aquelas formas que diferem umas das outras em pelo menos alguma quantidade prescrita, os poteriocrines parecem ser menos extremos morfologicamente. Em contraste, outros grupos que parecem ocupar regiões únicas no espaço morfológico continuam a fazê-lo, mesmo que menos deles sejam amostrados. Grandes clados de crinoides—Camerata e Cladida+Flexibilia—não mostram o mesmo padrão evolutivo que Crinoidea, mas exibem, em vez disso, uma diversificação morfológica mais gradual. Esta observação fornece suporte adicional para a existência de diferenças qualitativas entre táxons de diferentes níveis.

@article{doi101017s0094837300013300,
    author = "Foote, Mike",
    title = "Diversificação morfológica dos crinoides do Paleozóico",
    year = "1995",
    journal = "Paleobiologia",
    abstract = "Vários métricas, incluindo a diferença média entre espécies, a amplitude do espaço morfológico ocupado e o número de combinações de estados de caracteres, são utilizadas para investigar a diversificação morfológica nos crinoides do Paleozóico. Apesar de várias fases de diversificação taxonômica, o nível máximo de disparidade alcançado no Ordoviciano permaneceu essencialmente inultrapassado. Embora novas regiões no espaço morfológico tenham sido ocupadas após o Devoniano, estas não foram tão extensas quanto aquelas que haviam sido evacuadas antes do Carbonífero. Esta discordância entre a mudança morfológica total extensa e a mudança líquida limitada reforça ainda mais os argumentos anteriores sobre a importância das restrições morfológicas na evolução dos crinoides. Mudanças principais na ocupação do espaço morfológico correspondem a mudanças na diversidade taxonômica dentro de certos táxons superiores. O grau em que os cladidos avançados (Poteriocrinina) parecem expandir-se para novos espaços morfológicos é exagerado pelo grande número de espécies muito semelhantes neste grupo. Se forem amostradas menos espécies, considerando apenas aquelas formas que diferem umas das outras em pelo menos alguma quantidade prescrita, os poteriocrines parecem ser menos extremos morfologicamente. Em contraste, outros grupos que parecem ocupar regiões únicas no espaço morfológico continuam a fazê-lo, mesmo que menos deles sejam amostrados. Grandes clados de crinoides—Camerata e Cladida+Flexibilia—não mostram o mesmo padrão evolutivo que Crinoidea, mas exibem, em vez disso, uma diversificação morfológica mais gradual. Esta observação fornece suporte adicional para a existência de diferenças qualitativas entre táxons de diferentes níveis.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300013300",
    doi = "10.1017/s0094837300013300",
    openalex = "W1934468248",
    references = "doi101130spe46p1"
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As relações filogenéticas de táxons superiores de equinoides foram investigadas usando uma base de dados morfológica de 163 caracteres e sequências moleculares de genes de RNA ribossômico (rRNA) de subunidades grande e pequena (LSU e SSU). O gene completo de rRNA SSU foi sequenciado para 21 táxons, com representantes de nove dos 14 ordens existentes de Echinoidea. Sequências parciais de LSU, representando os primeiros 400 pares de bases (b.p.) da extremidade 5', também foram sequenciadas para três táxons para complementar uma base de dados existente de dez táxons. As duas sequências moleculares forneceram um total de 371 sítios variáveis, dos quais 143 foram informativos filogeneticamente (comparado a 145 sítios informativos filogeneticamente a partir de dados morfológicos). Dados morfológicos, LSU e SSU foram analisados separadamente e juntos. Dados morfológicos e de sequência SSU geram topologias que não estão em conflito significativo (sob o teste de Templeton), mas o forte sinal de pareamento de arbaciídeos com clypeasteróides na árvore derivada de LSU marca os dados de sequência de LSU como anômalos para este táxon. Uma abordagem de 'evidência total' derivou uma árvore muito semelhante em topologia àquela derivada de dados morfológicos. Enraizada no grupo caule equinoide Archaeocidaris, nossa árvore de evidência total sugeriu as relações de táxons superiores da seguinte forma: Cidaroida (Phormosomatidae (Echinothuriidae (Diadematidae ((Spatangoida (Clypeasteroida, Cassiduloida)) ((Calycina, Arbacioida) (Stomopneustidae (Glyphocidaridae (Temnopleuridae (Echinometridae (Echinidae, Stronglyocentridae)))))))))). Análises filogenéticas executadas tanto com quanto sem táxons fósseis chave resultaram em topologias ligeiramente diferentes. É importante incluir táxons fósseis em uma análise filogenética onde há longos ramos de grupo caule ou onde o grupo coroa é altamente derivado.

@article{doi101098rstb19950023,
    author = "Littlewood, D. Timothy J. and Smith, Andrew",
    title = "A combined morphological and molecular phylogeny for sea urchins (Echinoidea: Echinodermata)",
    year = "1995",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Phylogenetic relationships of higher taxa of echinoids have been investigated using a 163 character morphological data base and molecular sequences from large and small subunit (LSU and SSU) ribosomal RNA (rRNA) genes. The complete SSU rRNA gene has been sequenced for 21 taxa, with representatives from nine of the 14 extant orders of Echinoidea. Partial LSU sequences, representing the first 400 base pairs (b.p.) from the 5' end were also sequenced for three taxa to complement an existing data base of ten taxa. The two molecular sequences provided a total of 371 variable sites, of which 143 were phylogenetically informative (compared to 145 phylogenetically informative sites from morphological data). Morphological, LSU and SSU data have been analysed separately and together. Morphological and SSU sequence data generate topologies that are not significantly in conflict (under Templeton's test), but the strong signal pairing arbaciids with clypeasteroids in the LSU derived tree marks the LSU sequence data as anomalous for this taxon. A 'total evidence' approach derived a tree very similar in topology to that derived from morphological data. Rooted on the stem group echinoid Archaeocidaris, our total evidence tree suggested relationships of higher taxa as follows: Cidaroida (Phormosomatidae (Echinothuriidae (Diadematidae ((Spatangoida (Clypeasteroida, Cassiduloida)) ((Calycina, Arbacioida) (Stomopneustidae (Glyphocidaridae (Temnopleuridae (Echinometridae (Echinidae, Stronglyocentridae)))))))))). Phylogenetic analyses run both with and without key fossil taxa yielded slightly different topologies. It is important to include fossil taxa in a phylogenetic analysis where there are long stem-group branches or where the crown group is highly derived.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1995.0023",
    doi = "10.1098/rstb.1995.0023",
    openalex = "W2037668986",
    references = "doi105281zenodo16046014"
}

@article{doi101007bf00987959,
    author = "Oxelman, Bengt e Lidén, Magnus e Berglund, Daniel",
    title = "Filogenia do intron de Chloroplasts16 da tribo Sileneae (Caryophyllaceae)",
    year = "1997",
    journal = "Plant Systematics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00987959",
    doi = "10.1007/bf00987959",
    openalex = "W30417703",
    references = "doi101111j109600311989tb00573x, openalexw638862129"
}

@article{doi101023a1001761008817,
    author = "Kurtzman, Cletus P. e Robnett, Christie J.",
    title = "Identificação e filogenia de leveduras ascomicetos a partir da análise de sequências parciais de DNA ribossômico nuclear grande subunidade (26S)",
    year = "1998",
    journal = "Antonie van Leeuwenhoek",
    url = "https://doi.org/10.1023/a:1001761008817",
    doi = "10.1023/a:1001761008817",
    openalex = "W1868830645",
    references = "doi101007978140206754912413, doi101093sysbio422182, doi1023072992540"
}

▪ Resumo A radiação primária de biotas terrestres do Silúrio-Devoniano é o equivalente terrestre da muito debatida "explosão" cambriana de faunas marinhas. Ambas mostram as marcas de radiações de novidade (a diversidade fenotípica aumenta muito mais rapidamente do que a diversidade de espécies ao longo de uma paisagem ecologicamente insaturada e, portanto, de baixa competição), e ambas terminaram com a formação de quadros evolutivos e ecológicos análogos aos dos ecossistemas modernos. Avanços profundos na compreensão da evolução precoce de plantas terrestres refletem recentes liberações de várias restrições de pesquisa: técnicas cladísticas mais dados de sequências de DNA de parentes existentes provocaram reinterpretações revolucionárias da filogenia de plantas terrestres e, portanto, da sistemática e dos padrões de aquisição de estados de caracteres. Técnicas experimentais biomecânicas e fisiológicas desenvolvidas para plantas existentes foram extrapoladas para espécies fósseis, com interpretações tanto auxiliadas quanto complicadas pelo conhecimento recente de que as posições das massas continentais globais, correntes, climas e composições atmosféricas foram profundamente variáveis (e, portanto, não uniformitaristas) durante o Fanerozoico. A combinação de dados filogenéticos e paleoecológicos oferece insights potenciais sobre a identidade e função de inovações-chave, embora as evidências atuais sugiram a importância de acumular dentro das linhagens uma massa crítica de caracteres fenotípicos. Desafios para o progresso futuro incluem a falta de dados de sequências e a escassez de características fenotípicas entre os clados de plantas terrestres iniciais, e um registro fóssil ainda inadequado para datar com precisão certos eventos evolutivos e ecológicos cruciais.

@article{doi101146annurevecolsys291263,
    author = "Bateman, Richard M. e Crane, Peter R. e DiMichele, William A. e Kenrick, Paul e Rowe, Nick e Speck, Thomas e Stein, William E.",
    title = "EVOLUÇÃO PRECOCE DE PLANTAS TERRESTRES: Filogenia, Fisiologia e Ecologia da Radiação Terrestre Primária",
    year = "1998",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "▪ Resumo A radiação primária de biotas terrestres do Silúrio-Devoniano é o equivalente terrestre da muito debatida "explosão" cambriana de faunas marinhas. Ambas mostram as marcas de radiações de novidade (a diversidade fenotípica aumenta muito mais rapidamente do que a diversidade de espécies ao longo de uma paisagem ecologicamente insaturada e, portanto, de baixa competição), e ambas terminaram com a formação de quadros evolutivos e ecológicos análogos aos dos ecossistemas modernos. Avanços profundos na compreensão da evolução precoce de plantas terrestres refletem recentes liberações de várias restrições de pesquisa: técnicas cladísticas mais dados de sequências de DNA de parentes existentes provocaram reinterpretações revolucionárias da filogenia de plantas terrestres e, portanto, da sistemática e dos padrões de aquisição de estados de caracteres. Técnicas experimentais biomecânicas e fisiológicas desenvolvidas para plantas existentes foram extrapoladas para espécies fósseis, com interpretações tanto auxiliadas quanto complicadas pelo conhecimento recente de que as posições das massas continentais globais, correntes, climas e composições atmosféricas foram profundamente variáveis (e, portanto, não uniformitaristas) durante o Fanerozoico. A combinação de dados filogenéticos e paleoecológicos oferece insights potenciais sobre a identidade e função de inovações-chave, embora as evidências atuais sugiram a importância de acumular dentro das linhagens uma massa crítica de caracteres fenotípicos. Desafios para o progresso futuro incluem a falta de dados de sequências e a escassez de características fenotípicas entre os clados de plantas terrestres iniciais, e um registro fóssil ainda inadequado para datar com precisão certos eventos evolutivos e ecológicos cruciais.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.29.1.263",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.29.1.263",
    openalex = "W2167760809",
    references = "doi101017s0031819100009189, doi101017s009483730001280x, doi1023073515409"
}

Resumo O padrão de longevidades diferenciais entre espécies de cinco clados de crinoides Osagean–Meramecian é analisado quanto à sua significância evolutiva. Diferenças na longevidade média entre espécies de clados podem ter resultado de ordenamento de espécies baseado em eurytopy (amplitude de nicho). Para testar a relação entre longevidade e eurytopy, foi primeiro necessário reconhecer objetivamente generalistas (eurytopes) vs. especialistas (stenotopes). Três abordagens diferentes foram utilizadas: (1) o "Índice de Eurytopy" (EI), que é uma medida do número médio de facies por espécie; (2) análise da morfologia funcional dos crinoides; e (3) uso de análise discriminante canônica para analisar distribuições de espécies entre facies a fim de separar generalistas de especialistas. A longevidade média de espécies de cada clado foi avaliada por quatro abordagens diferentes: (1) rarefação foi utilizada para controlar diferenças no tamanho da amostra, incluindo tanto riqueza de espécies quanto número de ocorrências, entre clados; (2) o controle potencial de facies na longevidade de espécies foi avaliado por um bootstrap que comparou os dados observados a um modelo nulo onde a longevidade de espécies era limitada apenas pelas ocorrências reais de cada espécie conhecida ao longo do tempo; (3) a uniformidade da riqueza de espécies de clados ao longo do tempo foi avaliada pelo "Índice de Uniformidade para Riqueza de Espécies" baseado no desvio padrão da riqueza de espécies de clados através dos intervalos de tempo; e (4) potenciais truncamentos de faixa de espécies foram avaliados por uma análise de lacunas bioestratigráficas baseada na distribuição binomial. A ordem geral de aumento de longevidade e eurytopy é (do menor para o maior): flexíveis, cladids avançados, camerates, disparids e cladids primitivos. Em geral, os crinoides pinnulate (cladids avançados e camerates) foram especialistas com menor longevidade média de espécies, e os crinoides não-pinnulate (disparids e cladids primitivos) foram generalistas com maior longevidade média de espécies. Os crinoides pinnulate foram especializados para alimentação em correntes de alta energia e, portanto, foram limitados em sua distribuição de facies e presumivelmente mais propensos à extinção. Os não-pinnulate podiam se alimentar tanto em correntes de baixa quanto de alta energia e, portanto, foram menos limitados em sua distribuição de facies e presumivelmente menos propensos à extinção. Os flexíveis foram a exceção, pois eram não-pinnulate mas tinham a menor longevidade média de espécies, aparentemente porque eram especializados para ambientes clásticos de águas mais profundas. Em média, clados generalistas têm longevidades médias de espécies que, no mínimo, são até 45% (≈1,0 ± 0,7 m.y.) mais longas do que clados especialistas. No entanto, maior longevidade média de espécies não necessariamente conferiu vantagens de longo prazo a um clado. Os especialistas cladids avançados tornaram-se o clado de crinoides dominante do Paleozóico tardio e deram origem aos crinoides articulados do pós-Paleozóico. Isso pode ter resultado da taxa de turnover de espécies mais rápida de stenotopes criando novidades evolutivas adaptativas para seu clado. Alternativamente, pode simplesmente ser o resultado de processos estocásticos. A subdivisão mais fina do espaço de nicho por especialistas levou trabalhadores anteriores a prever que clados especialistas devem ter maior riqueza de espécies do que clados generalistas. O presente estudo apoia essa previsão.

@article{doi1016660094837319980240155esodsl23co2,
    author = "Kammer, Thomas and Baumiller, Tomasz K. and Ausich, William I.",
    title = "Significado evolutivo da longevidade diferencial de espécies em clados de crinoides Osagean–Meramecian (Mississípio)",
    year = "1998",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Abstract O padrão de longevidades diferenciais de espécies entre cinco clados de crinoides Osagean–Meramecian é analisado em relação à sua significância evolutiva. Diferenças na longevidade média de espécies entre clados podem ter resultado de ordenamento de espécies baseado em euriptopia (amplitude de nicho). Para testar a relação entre longevidade e euriptopia, foi primeiro necessário reconhecer objetivamente generalistas (euriptopos) vs. especialistas (stenotopos). Três abordagens diferentes foram utilizadas: (1) o "Índice de Euriptopia" (EI), que é uma medida do número médio de fácies por espécie; (2) análise da morfologia funcional dos crinoides; e (3) uso de análise discriminante canônica para analisar distribuições de espécies entre fácies a fim de separar generalistas de especialistas. A longevidade média de espécies para cada clado foi avaliada por quatro abordagens diferentes: (1) rarefação foi utilizada para controlar diferenças no tamanho da amostra, incluindo tanto riqueza de espécies quanto número de ocorrências, entre clados; (2) o controle potencial de fácies na longevidade de espécies foi avaliado por um bootstrap que comparou os dados observados a um modelo nulo onde a longevidade de espécies era limitada apenas pelas ocorrências reais de cada espécie conhecida ao longo do tempo; (3) a uniformidade da riqueza de espécies de clados ao longo do tempo foi avaliada pelo "Índice de Uniformidade para Riqueza de Espécies" baseado no desvio padrão da riqueza de espécies de clados através dos intervalos de tempo; e (4) as potenciais truncaturas de faixa de espécies foram avaliadas por uma análise de lacunas bioestratigráficas baseada na distribuição binomial. A ordem geral de aumento de longevidade e euriptopia é (do menor para o maior): flexíveis, cladidos avançados, camaratas, disparídeos e cladidos primitivos. Em geral, os crinoides pinnulados (cladidos avançados e camaratas) foram especialistas com menor longevidade média de espécies, e os crinoides não-pinnulados (disparídeos e cladidos primitivos) foram generalistas com maior longevidade média de espécies. Os crinoides pinnulados foram especializados para alimentação em correntes de alta energia e, portanto, foram limitados em sua distribuição de fácies e presumivelmente mais propensos à extinção. Os não-pinnulados podiam se alimentar tanto em correntes de baixa quanto de alta energia e, portanto, foram menos limitados em sua distribuição de fácies e presumivelmente menos propensos à extinção. Os flexíveis foram a exceção, pois eram não-pinnulados mas tinham a menor longevidade média de espécies, aparentemente porque eram especializados para ambientes clásticos de águas mais profundas. Em média, clados generalistas têm longevidades médias de espécies que, no mínimo, são até 45% (≈1,0 ± 0,7 m.y.) mais longas do que clados especialistas. No entanto, maior longevidade média de espécies não necessariamente conferiu vantagens de longo prazo a um clado. Os cladidos avançados especialistas tornaram-se o clado de crinoides dominante do Paleozóico tardio e deram origem aos crinoides articulados do pós-Paleozóico. Isso pode ter resultado da taxa de turnover de espécies mais rápida de stenotopos criando novidades evolutivas adaptativas para seu clado. Alternativamente, pode simplesmente ser o resultado de processos estocásticos. A subdivisão mais fina do espaço de nicho por especialistas levou trabalhadores anteriores a prever que clados especialistas devem ter maior riqueza de espécies do que clados generalistas. O presente estudo apoia essa previsão.",
    url = "https://doi.org/10.1666/0094-8373(1998)024[0155:esodsl]2.3.co;2",
    doi = "10.1666/0094-8373(1998)024[0155:esodsl]2.3.co;2",
    openalex = "W2167883380",
    references = "doi101130spe46p1"
}

As radiações de crinóides do Paleozóico e pós-Paleozóico apresentam uma oportunidade para explorar explicações genômicas e ecológicas para padrões de diversificação morfológica. A análise de dados de caracteres discretos que cobrem as características principais do esqueleto dos crinóides mostra que tanto os aumentos na disparidade morfológica do Paleozóico quanto do pós-Paleozóico foram abruptos; isso é consistente com a exploração rápida de oportunidades ecológicas abertas em ambos os casos. Para o pós-Paleozóico, este resultado é sensível a alguns aspectos da análise de dados e amostragem, por isso não pode ser considerado inequívoco. A desaceleração na diversificação morfológica dentro de cada radiação é consistente com uma observada diminuição nas taxas de origem taxonômica, bem como com a obtenção de limites funcionais ou estruturais. Apesar dessas semelhanças nas duas radiações, os crinóides paleozóicos exploraram uma gama mais ampla de designs morfológicos do que seus sucessores pós-paleozóicos. Os crinóides pós-paleozóicos exploraram uma ampla gama de estratégias ecológicas, apesar de serem estereotipados em muitos aspectos da forma. Essa diferença entre as radiações é consistente com um aumento na rigidez dos sistemas genéticos e de desenvolvimento. A gama de designs pós-paleozóicos não é, em essência, um subconjunto do espectro paleozóico. As duas radiações resultaram em distribuições morfológicas que são em grande parte não sobrepostas, talvez refletindo uma gama diferente de estratégias ecológicas.

@article{doi101017s0094837300020236,
    author = "Foote, Mike",
    title = "Diversidade Morfológica na Radiação Evolutiva dos Crinóides Paleozóicos e Pós-Paleozóicos",
    year = "1999",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "As radiações de crinóides do Paleozóico e pós-Paleozóico apresentam uma oportunidade para explorar explicações genômicas e ecológicas para padrões de diversificação morfológica. A análise de dados de caracteres discretos que cobrem as características principais do esqueleto dos crinóides mostra que tanto os aumentos na disparidade morfológica do Paleozóico quanto do pós-Paleozóico foram abruptos; isso é consistente com a exploração rápida de oportunidades ecológicas abertas em ambos os casos. Para o pós-Paleozóico, este resultado é sensível a alguns aspectos da análise de dados e amostragem, por isso não pode ser considerado inequívoco. A desaceleração na diversificação morfológica dentro de cada radiação é consistente com uma observada diminuição nas taxas de origem taxonômica, bem como com a obtenção de limites funcionais ou estruturais. Apesar dessas semelhanças nas duas radiações, os crinóides paleozóicos exploraram uma gama mais ampla de designs morfológicos do que seus sucessores pós-paleozóicos. Os crinóides pós-paleozóicos exploraram uma ampla gama de estratégias ecológicas, apesar de serem estereotipados em muitos aspectos da forma. Essa diferença entre as radiações é consistente com um aumento na rigidez dos sistemas genéticos e de desenvolvimento. A gama de designs pós-paleozóicos não é, em essência, um subconjunto do espectro paleozóico. As duas radiações resultaram em distribuições morfológicas que são em grande parte não sobrepostas, talvez refletindo uma gama diferente de estratégias ecológicas.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300020236",
    doi = "10.1017/s0094837300020236",
    openalex = "W4249583477",
    references = "doi101111j150239311977tb00628x"
}

Uma filogenia descreve o padrão hierárquico de descendência de algum grupo de espécies a partir de um ancestral comum. Se houver informações disponíveis sobre os estados de caráter das espécies contemporâneas, abre-se a possibilidade de utilizar essas informações em combinação com a filogenia para reconstruir os eventos históricos da evolução. Essas reconstruções podem ser usadas para obter uma imagem do mundo conforme as espécies evoluíram ao longo do que se tornaram os ramos da filogenia. Isso, por sua vez, fornece uma maneira de testar hipóteses sobre evolução e adaptação. Métodos baseados no princípio da parcimônia reconstróem os estados ancestrais de caráter para minimizar o número de mudanças históricas de caráter necessárias para produzir a diversidade observada entre as espécies contemporâneas (veja Maddison et al., 1984, para uma visão geral). Uma alternativa às abordagens de parcimônia faz uso do princípio da máxima verossimilhança. As soluções de máxima verossimilhança tornam os dados observados mais prováveis dado algum modelo do processo em investigação (veja Edwards, 1972). Em um contexto filogenético, isso significa reconstruir os estados ancestrais de caráter para tornar os estados de caráter observados entre as espécies contemporâneas mais prováveis, dado algum modelo estatístico da maneira como a evolução prossegue. As soluções de máxima verossimilhança podem ou não ser a solução mais parcimoniosa. Restringo-me aqui ao uso de modelos de máxima verossimilhança para inferir estados ancestrais de caráter para caracteres binários discretos, ou seja, para caracteres que podem adotar apenas dois estados, embora a generalização para mais de dois estados não exija novos conceitos. Minha abordagem para reconstruir estados ancestrais faz uso de um modelo de Markov da evolução de caracteres binários em filogenias (Pagel, 1994). Sanderson (1993) descreve um modelo relacionado para investigar taxas de ganhos e perdas de caracteres para os quais os estados ancestrais são assumidos como conhecidos. Schluter (1995), Yang et al. (1995) e Koshi e Goldstein (1996) derivam métodos que são semelhantes aos procedimentos que descreverei aqui. No entanto, Yang et al. (1995) e Koshi e Goldstein (1996) usam o que chamarei de métodos "globais" para estimar caracteres ancestrais; argumento a favor de uma abordagem "local" com base no fato de que o método global não produz uma estimativa de máxima verossimilhança da hipótese de interesse. Schluter (1995) relatou estimadores globais e locais em sua investigação de ribonucleases de artiodáctilos, e Schluter et al. (1997) relatou estimadores globais. Em vários artigos recentes, Schluter (1995; Schluter et al., 1997) chamou a atenção para a utilidade de reconstruir estados ancestrais de caráter para testar ideias sobre adaptação e evolução, e grande parte do que digo aqui deve sua inspiração a essas investigações. Mooers e Schluter (1999) agora fornecem importantes exemplos adicionais de como os métodos de máxima verossimilhança podem retornar tanto mais informações sobre estados ancestrais de caráter do que as abordagens de parcimônia, quanto informações que estão em desacordo com as reconstruções de parcimônia. Intendo que este artigo sirva como um guia introdutório para aqueles que estão interessados em usar métodos de máxima verossimilhança, mas que podem não estar familiarizados com a matemática da abordagem. Consequentemente, começo com o caso mais simples de estimar o estado ancestral de duas espécies.

@article{doi101080106351599260184,
    author = "Pagel, Mark",
    title = "A Abordagem de Máxima Verossimilhança para Reconstruir Estados de Caracteres Ancestrais de Caracteres Discretos em Filogenias",
    year = "1999",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Uma filogenia descreve o padrão hierárquico de descendência de algum grupo de espécies a partir de um ancestral comum. Se estiver disponível informação sobre os estados de caracteres das espécies contemporâneas, levanta-se a possibilidade de utilizar essa informação em combinação com a filogenia para reconstruir os eventos históricos da evolução. Essas reconstruções podem ser utilizadas para obter uma imagem do mundo conforme as espécies evoluíram ao longo do que se tornaram os ramos da filogenia. Isso, por sua vez, fornece uma maneira de testar hipóteses sobre evolução e adaptação. Métodos baseados no princípio da parcimônia reconstróem os estados de caracteres ancestrais para minimizar o número de mudanças históricas de caracteres necessárias para produzir a diversidade observada entre as espécies contemporâneas (ver Maddison et al., 1984, para uma visão geral). Uma alternativa às abordagens de parcimônia faz uso do princípio da máxima verossimilhança. As soluções de máxima verossimilhança tornam os dados observados mais prováveis dado algum modelo do processo em investigação (ver Edwards, 1972). Em um contexto filogenético, isso significa reconstruir os estados de caracteres ancestrais para tornar os estados de caracteres observados entre as espécies contemporâneas mais prováveis, dado algum modelo estatístico da maneira como a evolução prossegue. As soluções de máxima verossimilhança podem ou não ser a solução mais parcimoniosa. Restringo-me aqui a utilizar modelos de máxima verossimilhança para inferir estados de caracteres ancestrais para caracteres discretos binários, ou seja, para caracteres que podem adotar apenas dois estados, embora a generalização para mais de dois estados não exija novos conceitos. Minha abordagem para reconstruir estados ancestrais faz uso de um modelo de Markov de evolução de caracteres binários em filogenias (Pagel, 1994). Sanderson (1993) descreve um modelo relacionado para investigar taxas de ganhos e perdas de caracteres para os quais os estados ancestrais são assumidos como conhecidos. Schluter (1995), Yang et al. (1995) e Koshi e Goldstein (1996) derivam métodos que são semelhantes aos procedimentos que descreverei aqui. No entanto, Yang et al. (1995) e Koshi e Goldstein (1996) utilizam o que chamarei de métodos "globais" para estimar caracteres ancestrais; argumento a favor de uma abordagem "local" com base no fato de que o método global não produz uma estimativa de máxima verossimilhança da hipótese de interesse. Schluter (1995) relatou estimadores globais e locais em sua investigação de ribonucleases de artiodáctilos, e Schluter et al. (1997) relatou estimadores globais. Em vários artigos recentes, Schluter (1995; Schluter et al., 1997) chamou a atenção para a utilidade de reconstruir estados de caracteres ancestrais para testar ideias sobre adaptação e evolução, e grande parte do que digo aqui deve sua inspiração a essas investigações. Mooers e Schluter (1999) agora fornecem importantes exemplos adicionais de como os métodos de máxima verossimilhança podem retornar tanto mais informação sobre estados de caracteres ancestrais do que as abordagens de parcimônia, quanto informação que está em desacordo com as reconstruções de parcimônia. Intendo que este artigo atue como um guia introdutório para aqueles que estão interessados em utilizar métodos de máxima verossimilhança, mas que podem não estar familiarizados com a matemática da abordagem. Consequentemente, começo com o caso mais simples de estimar o estado ancestral de duas espécies.",
    url = "https://doi.org/10.1080/106351599260184",
    doi = "10.1080/106351599260184",
    openalex = "W2114075279",
    references = "doi101093sysbio33183, doi101111j146364091997tb00423x, doi1023072413134"
}

As radiações paleozóicas e pós-paleozóicas de crinóides apresentam uma oportunidade para explorar explicações genômicas e ecológicas para padrões de diversificação morfológica. A análise de dados de caracteres discretos que cobrem as principais características do esqueleto dos crinóides mostra que tanto os aumentos paleozóicos quanto os pós-paleozóicos na disparidade morfológica foram abruptos; isso é consistente com a rápida exploração de oportunidades ecológicas abertas em ambos os casos. Para o período pós-paleozóico, este resultado é sensível a alguns aspectos da análise de dados e amostragem, por isso não pode ser considerado inequívoco. A desaceleração na diversificação morfológica dentro de cada radiação é consistente com uma observada diminuição nas taxas de origem taxonômica, bem como com a obtenção de limites funcionais ou estruturais. Apesar dessas semelhanças nas duas radiações, os crinóides paleozóicos exploraram uma gama mais ampla de designs morfológicos do que seus sucessores pós-paleozóicos. Os crinóides pós-paleozóicos exploraram uma ampla gama de estratégias ecológicas, apesar de serem estereotipados em muitos aspectos da forma. Esta diferença entre as radiações é consistente com um aumento na rigidez dos sistemas genéticos e de desenvolvimento. A gama de designs pós-paleozóicos não é, em essência, um subconjunto do espectro paleozóico. As duas radiações resultaram em distribuições morfológicas que são em grande parte não sobrepostas, talvez refletindo uma gama diferente de estratégias ecológicas.

@article{doi101666009483731999251mditer20co2,
    author = "Foote, Mike",
    title = "Diversidade Morfológica na Radiação Evolutiva dos Crinóides Paleozóicos e Pós-Paleozóicos",
    year = "1999",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "As radiações paleozóicas e pós-paleozóicas de crinóides apresentam uma oportunidade para explorar explicações genômicas e ecológicas para padrões de diversificação morfológica. A análise de dados de caracteres discretos que cobrem as principais características do esqueleto dos crinóides mostra que tanto os aumentos paleozóicos quanto os pós-paleozóicos na disparidade morfológica foram abruptos; isso é consistente com a rápida exploração de oportunidades ecológicas abertas em ambos os casos. Para o período pós-paleozóico, este resultado é sensível a alguns aspectos da análise de dados e amostragem, por isso não pode ser considerado inequívoco. A desaceleração na diversificação morfológica dentro de cada radiação é consistente com uma observada diminuição nas taxas de origem taxonômica, bem como com a obtenção de limites funcionais ou estruturais. Apesar dessas semelhanças nas duas radiações, os crinóides paleozóicos exploraram uma gama mais ampla de designs morfológicos do que seus sucessores pós-paleozóicos. Os crinóides pós-paleozóicos exploraram uma ampla gama de estratégias ecológicas, apesar de serem estereotipados em muitos aspectos da forma. Esta diferença entre as radiações é consistente com um aumento na rigidez dos sistemas genéticos e de desenvolvimento. A gama de designs pós-paleozóicos não é, em essência, um subconjunto do espectro paleozóico. As duas radiações resultaram em distribuições morfológicas que são em grande parte não sobrepostas, talvez refletindo uma gama diferente de estratégias ecológicas.",
    url = "https://doi.org/10.1666/0094-8373(1999)25[1:mditer]2.0.co;2",
    doi = "10.1666/0094-8373(1999)25[1:mditer]2.0.co;2",
    openalex = "W2177267176",
    references = "doi101007bf03190413, doi101017s0094837300003778, doi101017s0094837300012306, doi101017s009483730001263x, doi101038361219a0, doi101093biomet5334325, doi101126science2064415217, doi101126science21545391501, doi10113719781611970319, doi101146annurevecolsys281129, doi105962bhltitle66379"
}

Biólogos evolutivos adotaram modelos simples de verossimilhança para fins de estimar estados ancestrais e avaliar a independência de caracteres em filogenias especificadas; no entanto, para fins de estimar filogenias usando dados morfológicos discretos, a parcimônia máxima permanece sendo a única opção. Este artigo explora a possibilidade de usar modelos de Markov padrão e bem-comportados para estimar filogenias morfológicas (incluindo comprimentos de ramos) sob o critério de verossimilhança. Uma modificação importante dos modelos de Markov padrão envolve tornar a verossimilhança condicional aos caracteres serem variáveis, porque caracteres constantes estão ausentes em conjuntos de dados morfológicos. Sem esta modificação, os comprimentos de ramos são frequentemente superestimados, resultando em potenciais vieses sérios na seleção de topologia de árvore. Várias novas frentes de pesquisa são abertas por uma abordagem explicitamente baseada em modelo para análise filogenética de dados morfológicos discretos, incluindo análises de verossimilhança de dados combinados (morfologia + dados de sequência), testes de razão de verossimilhança e análises Bayesianas.

@article{doi101080106351501753462876,
    author = "Lewis, Paul O.",
    title = "Uma Abordagem de Verossimilhança para Estimar Filogenia a partir de Dados de Caracteres Morfológicos Discretos",
    year = "2001",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Biólogos evolutivos adotaram modelos simples de verossimilhança para fins de estimar estados ancestrais e avaliar a independência de caracteres em filogenias especificadas; no entanto, para fins de estimar filogenias usando dados morfológicos discretos, a parcimônia máxima permanece sendo a única opção. Este artigo explora a possibilidade de usar modelos de Markov padrão e bem-comportados para estimar filogenias morfológicas (incluindo comprimentos de ramos) sob o critério de verossimilhança. Uma modificação importante dos modelos de Markov padrão envolve tornar a verossimilhança condicional aos caracteres serem variáveis, porque caracteres constantes estão ausentes em conjuntos de dados morfológicos. Sem esta modificação, os comprimentos de ramos são frequentemente superestimados, resultando em potenciais vieses sérios na seleção de topologia de árvore. Várias novas frentes de pesquisa são abertas por uma abordagem explicitamente baseada em modelo para análise filogenética de dados morfológicos discretos, incluindo análises de verossimilhança de dados combinados (morfologia + dados de sequência), testes de razão de verossimilhança e análises Bayesianas.",
    url = "https://doi.org/10.1080/106351501753462876",
    doi = "10.1080/106351501753462876",
    openalex = "W2122082385",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi101007bf02338839, doi101016b9781483232119500097, doi101093oxfordjournalsmolbeva025811, doi101093oxfordjournalsmolbeva026160, doi101098rspb19940006, doi1012019781003456285, openalexw2994240441"
}

▪ Resumo À medida que melhores hipóteses filogenéticas se tornam disponíveis para muitos grupos de organismos, os estudos em ecologia de comunidades podem ser informados pelo conhecimento das relações evolutivas entre espécies coexistentes. Notamos três abordagens primárias para integrar informações filogenéticas em estudos de organização de comunidades: 1. examinar a estrutura filogenética de assembleias de comunidades, 2. explorar a base filogenética da estrutura de nicho de comunidades e 3. adicionar um contexto de comunidade a estudos de evolução de traços e biogeografia. Reconhecemos um padrão comum de conservadorismo filogenético em caráter ecológico e destacamos os desafios de usar filogenias de linhagens parciais. Também revisamos abordagens filogenéticas para três propriedades emergentes de comunidades: diversidade de espécies, distribuições de abundância relativa e tamanhos de distribuição. Avanços metodológicos na construção de supérbores filogenéticos, reconstrução de caracteres, modelos nulos para montagem de comunidades e evolução de caracteres, e métricas de estrutura filogenética de comunidades fundamentam o progresso recente nessas áreas. Destacamos o potencial de ecólogos de comunidades se beneficiarem do conhecimento filogenético e sugerimos várias vias para pesquisa futura.

@article{doi101146annurevecolsys33010802150448,
    author = "Webb, Campbell O. e Ackerly, David D. e McPeek, Mark A. e Donoghue, Michael J.",
    title = "Filogenias e Ecologia de Comunidades",
    year = "2002",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "▪ Resumo À medida que melhores hipóteses filogenéticas se tornam disponíveis para muitos grupos de organismos, os estudos em ecologia de comunidades podem ser informados pelo conhecimento das relações evolutivas entre espécies coexistentes. Notamos três abordagens primárias para integrar informações filogenéticas em estudos de organização de comunidades: 1. examinar a estrutura filogenética de assembleias de comunidades, 2. explorar a base filogenética da estrutura de nicho de comunidades e 3. adicionar um contexto de comunidade a estudos de evolução de traços e biogeografia. Reconhecemos um padrão comum de conservadorismo filogenético em caráter ecológico e destacamos os desafios de usar filogenias de linhagens parciais. Também revisamos abordagens filogenéticas para três propriedades emergentes de comunidades: diversidade de espécies, distribuições de abundância relativa e tamanhos de distribuição. Avanços metodológicos na construção de supérbores filogenéticos, reconstrução de caracteres, modelos nulos para montagem de comunidades e evolução de caracteres, e métricas de estrutura filogenética de comunidades fundamentam o progresso recente nessas áreas. Destacamos o potencial de ecólogos de comunidades se beneficiarem do conhecimento filogenético e sugerimos várias vias para pesquisa futura.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.33.010802.150448",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.33.010802.150448",
    openalex = "W2109628725",
    references = "doi10100797814615696881, doi101007978303487527124, doi101007bf02806171, doi101016s0169534701021619, doi101038363342a0, doi10108010292389509380518, doi101086282106, doi101086282505, doi101086284325, doi101086285258, doi101086285357, doi101086627905, doi101093oso97801985052350010001, doi101093oso97801985464120010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi101098rstb19950125, doi101111j001438202001tb00826x, doi101111j109583122001tb01368x, doi101126science20343871299, doi101126science2354785167, doi101126science2785338692, doi101126science27953592115, doi101126science28554311265, doi101146annurevecolsys311343, doi1015159781400881376, doi1023071446122, doi1023071939377, doi1023072412182, doi1023072413039, doi1023072485224, doi1023073071998, doi1023073544421, doi1023075503, doi102307jctv1nzfgj7, doi105860choice295104, doi105860choice375647, doi105860choice392183, openalexw2273605253, openalexw3035987306"
}

A homologia está na base dos estudos comparativos em biologia em todos os níveis, desde genes até fenótipos. A homologia é semelhança devido à descendência e ancestralidade comuns; a homoplasia é semelhança alcançada por meio de evolução independente. No entanto, dado que existe apenas uma árvore da vida, todos os organismos e, portanto, todas as características dos organismos, compartilham algum grau de relação e semelhança entre si. Esse compartilhamento pode ser semelhança ou até mesmo identidade de estrutura e o compartilhamento de um ancestral comum mais recente — como na homologia dos braços de humanos e símios — ou pode refletir algum (frequentemente pequeno) grau de semelhança, como o que existe entre as asas de insetos e as asas de aves, grupos cujo ancestral compartilhado está profundamente enraizado na história evolutiva dos Metazoa. Pode refletir o compartilhamento de vias de desenvolvimento inteiras, compartilhamento parcial ou vias divergentes. Esta revisão compara características classificadas como homólogas com as classes de características normalmente agrupadas como homoplásicas, estas últimas sendo convergência, paralelismo, reversões, rudimentos, vestígios e atavismos. De um lado, mecanismos de desenvolvimento podem ser conservados, mesmo quando uma estrutura completa não se forma (rudimentos, vestígios), ou quando uma estrutura aparece apenas em alguns indivíduos (atavismos). De outro lado, diferentes mecanismos de desenvolvimento podem produzir características semelhantes (homólogas). O exame conjunto da proximidade da relação e do grau de desenvolvimento compartilhado revela um contínuo dentro de uma categoria expandida de homologia, estendendo-se da homologia → reversões → rudimentos → vestígios → atavismos → paralelismo, com a convergência sendo a única classe de homoplasia, uma ideia que se revela surpreendentemente antiga. Este realinhamento oferece um vislumbre de uma maneira de conectar as abordagens filogenéticas e de desenvolvimento para a homologia e homoplasia, uma ponte que deve fornecer um pilar fundamental para a biologia evolutiva do desenvolvimento (evo-devo). Não alterará, e, em um sentido prático, não pode alterar, como as características homoplásicas são identificadas nas análises filogenéticas. Mas ver rudimentos, reversões, vestígios, atavismos e paralelismo como mais próximos da homologia do que da homoplasia deve nos guiar a buscar os elementos comuns subjacentes à formação do fenótipo (o que alguns chamaram de homologia profunda de mecanismos genéticos e/ou celulares), em vez de discutir características em termos de evolução compartilhada ou independente.

@article{doi101017s1464793102006097,
    author = "Hall, Brian K.",
    title = "Descent with modification: the unity underlying homology and homoplasy as seen through an analysis of development and evolution",
    year = "2003",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "A homologia está na base dos estudos comparativos em biologia em todos os níveis, desde genes até fenótipos. A homologia é semelhança devido à descendência e ancestralidade comuns; a homoplasia é semelhança alcançada por meio de evolução independente. No entanto, dado que existe apenas uma árvore da vida, todos os organismos e, portanto, todas as características dos organismos, compartilham algum grau de relação e semelhança entre si. Esse compartilhamento pode ser semelhança ou até mesmo identidade de estrutura e o compartilhamento de um ancestral comum mais recente — como na homologia dos braços de humanos e símios — ou pode refletir algum (frequentemente pequeno) grau de semelhança, como o que existe entre as asas de insetos e as asas de aves, grupos cujo ancestral compartilhado está profundamente enraizado na história evolutiva dos Metazoa. Pode refletir o compartilhamento de vias de desenvolvimento inteiras, compartilhamento parcial ou vias divergentes. Esta revisão compara características classificadas como homólogas com as classes de características normalmente agrupadas como homoplásicas, estas últimas sendo convergência, paralelismo, reversões, rudimentos, vestígios e atavismos. De um lado, mecanismos de desenvolvimento podem ser conservados, mesmo quando uma estrutura completa não se forma (rudimentos, vestígios), ou quando uma estrutura aparece apenas em alguns indivíduos (atavismos). De outro lado, diferentes mecanismos de desenvolvimento podem produzir características semelhantes (homólogas). O exame conjunto da proximidade da relação e do grau de desenvolvimento compartilhado revela um contínuo dentro de uma categoria expandida de homologia, estendendo-se da homologia → reversões → rudimentos → vestígios → atavismos → paralelismo, com a convergência sendo a única classe de homoplasia, uma ideia que se revela surpreendentemente antiga. Este realinhamento oferece um vislumbre de uma maneira de conectar as abordagens filogenéticas e de desenvolvimento para a homologia e homoplasia, uma ponte que deve fornecer um pilar fundamental para a biologia evolutiva do desenvolvimento (evo-devo). Não alterará, e, em um sentido prático, não pode alterar, como as características homoplásicas são identificadas nas análises filogenéticas. Mas ver rudimentos, reversões, vestígios, atavismos e paralelismo como mais próximos da homologia do que da homoplasia deve nos guiar a buscar os elementos comuns subjacentes à formação do fenótipo (o que alguns chamaram de homologia profunda de mecanismos genéticos e/ou celulares), em vez de discutir características em termos de evolução compartilhada ou independente.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s1464793102006097",
    doi = "10.1017/s1464793102006097",
    openalex = "W2168524476",
    references = "doi10100797814899175155, doi1010079789401579261, doi1016680003156920000400718bgadbt20co2, doi1023071377078, doi1023072992444, openalexw1511255518, openalexw1593551567, openalexw1600651929, openalexw2163836228, openalexw635257420"
}

Neste artigo, exploramos o paradoxo de por que os dados morfológicos são atualmente utilizados menos do que os dados de sequências de DNA, embora a maior parte do que sabemos sobre a evolução provenha de classificações baseadas em dados morfológicos. A diferença crucial entre as duas fontes de dados relaciona-se ao número de caracteres potencialmente não ambíguos disponíveis, à facilidade e velocidade de sua descoberta e à sua adequação para análise usando modelos transformacionais. Consideramos que o aumento do uso de dados de sequências de DNA, em relação à morfologia, para a evolução é inevitável e bem fundamentado, mas que uma questão crucial permanece concernente ao papel da morfologia na reconstrução. Apresentamos a visão de que estudos anatômicos rigorosos e críticos de um número menor de caracteres morfológicos, no contexto de filogenias moleculares, é uma abordagem mais frutífera para integrar as forças dos dados morfológicos com as dos dados de sequência. Esta abordagem é preferível à compilação de matrizes de dados maiores de caracteres morfológicos cada vez mais ambíguos e problemáticos. Argumentamos abaixo que uma principal restrição da inferência filogenética baseada na morfologia diz respeito ao número limitado de caracteres não ambíguos disponíveis para análise em um framework transformacional. Este problema de um número limitado de caracteres não ambíguos é ainda agravado por obstáculos à avaliação precisa da homologia e ao codificação de caracteres, o que reduz ainda mais o número de caracteres disponíveis para análise. Discutimos e discordamos da visão de que mais dados morfológicos devem ser utilizados na reconstrução. Além disso, consideramos a alegação de que a maior força dos dados morfológicos - o aumento da amostragem de táxons - estar equivocada. Na discussão que se segue, usamos reconstrução de filogenia para se referir às análises algorítmicas baseadas em computador realizadas rotineiramente na sistemática hoje.

@article{doi10108010635150390223613,
    author = "Scotland, Robert W. and Olmstead, Richard G. and Bennett, Jonathan R.",
    title = "Phylogeny Reconstruction: The Role of Morphology",
    year = "2003",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Neste artigo, exploramos o paradoxo de por que os dados morfológicos são atualmente utilizados menos do que os dados de sequências de DNA, embora a maior parte do que sabemos sobre a evolução provenha de classificações baseadas em dados morfológicos. A diferença crucial entre as duas fontes de dados relaciona-se ao número de caracteres potencialmente não ambíguos disponíveis, à facilidade e velocidade de sua descoberta e à sua adequação para análise usando modelos transformacionais. Consideramos que o aumento do uso de dados de sequências de DNA, em relação à morfologia, para a evolução é inevitável e bem fundamentado, mas que uma questão crucial permanece concernente ao papel da morfologia na reconstrução. Apresentamos a visão de que estudos anatômicos rigorosos e críticos de um número menor de caracteres morfológicos, no contexto de filogenias moleculares, é uma abordagem mais frutífera para integrar as forças dos dados morfológicos com as dos dados de sequência. Esta abordagem é preferível à compilação de matrizes de dados maiores de caracteres morfológicos cada vez mais ambíguos e problemáticos. Argumentamos abaixo que uma principal restrição da inferência filogenética baseada na morfologia diz respeito ao número limitado de caracteres não ambíguos disponíveis para análise em um framework transformacional. Este problema de um número limitado de caracteres não ambíguos é ainda agravado por obstáculos à avaliação precisa da homologia e ao codificação de caracteres, o que reduz ainda mais o número de caracteres disponíveis para análise. Discutimos e discordamos da visão de que mais dados morfológicos devem ser utilizados na reconstrução. Além disso, consideramos a alegação de que a maior força dos dados morfológicos - o aumento da amostragem de táxons - estar equivocada. Na discussão que se segue, usamos reconstrução de filogenia para se referir às análises algorítmicas baseadas em computador realizadas rotineiramente na sistemática hoje.",
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150390223613",
    doi = "10.1080/10635150390223613",
    openalex = "W2111931534",
    references = "crossref1995systematics, doi101111j109600311991tb00045x, doi101111j109600311995tb00092x, doi1023072992444, doi105860choice323881"
}

Datar com precisão quando surgiram os primeiros animais bilateralmente simétricos é crucial para a nossa compreensão da evolução animal primitiva. Os fósseis bilaterianos inequivocamente mais antigos têm aproximadamente 555 milhões de anos. Em contraste, análises de relógio molecular calibradas usando o registro fóssil de vertebrados estimam que os vertebrados se separaram dos dipteranos (Drosophila) aproximadamente 900 milhões de anos atrás (Ma). Não obstante, análises genômicas comparativas sugerem que existe uma diferença significativa na taxa entre vertebrados e dipteranos, porque a diferença percentual entre os genomas de mosquito e mosca é maior do que entre peixe e rato, mesmo que a divergência vertebrada seja quase o dobro da dipterana. Aqui mostramos que a taxa de evolução molecular dos dipteranos é similar a outros táxons invertebrados (equinodermos e moluscos bivalvos), mas não aos vertebrados, que reduziram significativamente sua taxa de evolução molecular em relação aos invertebrados. Usando um conjunto de dados consistindo na concatenação de sete sequências de aminoácidos diferentes de 23 táxons do grupo (resultando em um total de 11 pontos de calibração invertebrados diferentes espalhados pela árvore bilateriana e ao longo do Fanerozoico), estimamos que o último ancestral comum dos bilaterianos surgiu em algum lugar entre 573 e 656 Ma, dependendo do valor atribuído ao parâmetro que escala a heterogeneidade da taxa de substituição molecular. Estes resultados estão de acordo com o conhecido registro fóssil e apoiam a visão de que a explosão cambriana reflete, em parte, a diversificação dos filos bilaterianos.

@article{doi101073pnas0401670101,
    author = "Peterson, Kevin J. e Lyons, Jessica B. e Nowak, Kristin S. e Takacs, Carter M. e Wargo, Matthew J. e McPeek, Mark A.",
    title = "Estimando os tempos de divergência dos metazoários com um relógio molecular",
    year = "2004",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Datar com precisão quando surgiram os primeiros animais bilateralmente simétricos é crucial para a nossa compreensão da evolução animal primitiva. Os fósseis bilaterianos inequivocamente mais antigos têm aproximadamente 555 milhões de anos. Em contraste, análises de relógio molecular calibradas usando o registro fóssil de vertebrados estimam que os vertebrados se separaram dos dipteranos (Drosophila) aproximadamente 900 milhões de anos atrás (Ma). Não obstante, análises genômicas comparativas sugerem que existe uma diferença significativa na taxa entre vertebrados e dipteranos, porque a diferença percentual entre os genomas de mosquito e mosca é maior do que entre peixe e rato, mesmo que a divergência vertebrada seja quase o dobro da dipterana. Aqui mostramos que a taxa de evolução molecular dos dipteranos é similar a outros táxons invertebrados (equinodermos e moluscos bivalvos), mas não aos vertebrados, que reduziram significativamente sua taxa de evolução molecular em relação aos invertebrados. Usando um conjunto de dados consistindo na concatenação de sete sequências de aminoácidos diferentes de 23 táxons do grupo (resultando em um total de 11 pontos de calibração invertebrados diferentes espalhados pela árvore bilateriana e ao longo do Fanerozoico), estimamos que o último ancestral comum dos bilaterianos surgiu em algum lugar entre 573 e 656 Ma, dependendo do valor atribuído ao parâmetro que escala a heterogeneidade da taxa de substituição molecular. Estes resultados estão de acordo com o conhecido registro fóssil e apoiam a visão de que a explosão cambriana reflete, em parte, a diversificação dos filos bilaterianos.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0401670101",
    doi = "10.1073/pnas.0401670101",
    openalex = "W2143124634",
    references = "doi101017s009483730001681x, openalexw635257420"
}

As relações filogenéticas entre animais deuterostômios têm sido debatidas há muitos anos, e uma diversidade de hipóteses tem sido proposta com base tanto em dados morfológicos quanto moleculares. Aqui, compilamos sequências de 217 proteínas codificadas por núcleo para abordar questões específicas sobre suas relações e tempos de origem. Recuperamos suporte significativo para urocordados como o parente mais próximo dos vertebrados com uma análise de 59 proteínas (17.400 aminoácidos) e sugerimos que a posição basal dos urocordados encontrada em estudos moleculares anteriores pode ter sido o resultado de vieses de atração de ramos longos. Nossos resultados também suportam Ambulacraria, o pareamento de hemi-cordados com equinodermos (nove proteínas; 2.382 aminoácidos), e Cyclostomata, o pareamento de lampreias com peixes-bruxa (25 proteínas; 6.895 aminoácidos). Além disso, 325 proteínas compartilhadas (102.110 aminoácidos) foram obtidas dos genomas completos de seis vertebrados e um urocordado para análise filogenética e estimativa de tempo de divergência. Uma escala de tempo evolutiva foi estimada usando um método de relógio molecular local (Bayesiano). Encontramos que a maioria das linhagens principais de deuterostômios surgiu antes da Explosão Cambriana de fósseis (aproximadamente 520 MYA) e que várias linhagens haviam se originado antes de períodos de glaciação global no Pré-Cambriano.

@article{doi101093molbevmsi225,
    author = "Blair, Jaime E. and Hedges, S. Blair",
    title = "Molecular Phylogeny and Divergence Times of Deuterostome Animals",
    year = "2005",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "The phylogenetic relationships among deuterostome animals have been debated for many years, and a diversity of hypotheses have been proposed based on both morphological and molecular data. Here we have assembled sequences of 217 nuclear-encoded proteins to address specific questions concerning their relationships and times of origin. We recovered significant support for urochordates as the closest relative of vertebrates with an analysis of 59 proteins (17,400 amino acids) and suggest that the basal position of urochordates found in previous molecular studies may have been the result of long-branch attraction biases. Our results also support Ambulacraria, the pairing of hemichordates with echinoderms (nine proteins; 2,382 amino acids), and Cyclostomata, the pairing of lampreys with hagfish (25 proteins; 6,895 amino acids). In addition, 325 shared proteins (102,110 amino acids) were obtained from the complete genomes of six vertebrates and a urochordate for phylogenetic analysis and divergence time estimation. An evolutionary timescale was estimated using a local (Bayesian) molecular clock method. We found that most major lineages of deuterostomes arose prior to the Cambrian Explosion of fossils (approximately 520 MYA) and that several lineages had originated before periods of global glaciation in the Precambrian.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msi225",
    doi = "10.1093/molbev/msi225",
    openalex = "W1975553093",
    references = "doi101007bf02101113, doi101017s0006323199005472, doi10103835057062, doi10103846965, doi101038nature01262, doi101038nature01851, doi101073pnas9794469, doi101086425183, doi101093bib52150, doi101093nar25173389, doi101093nar25244876, doi101093oxfordjournalsmolbeva004134, doi101093oxfordjournalsmolbeva025664, doi101093oxfordjournalsmolbeva025897, doi101093oxfordjournalsmolbeva026201, doi101111j109600311998tb00338x, doi101126science1058040, doi101126science28153811342, doi101126science28754612185, doi101130g205191, doi1023072413259, nieuwenhuys1998the, openalexw635257420"
}

@article{doi101038nature05110,
    author = "James, Timothy Y. e Kauff, Frank e Schoch, Conrad L. e Matheny, P. Brandon e Hofstetter, Valérie e Cox, Cymon J. e Celio, Gail J. e Gueidan, Cécile e Fraker, Emily e Miądlikowska, Jolanta e Lumbsch, H. Thorsten e Rauhut, Alexandra e Reeb, Valérie e Arnold, A. Elizabeth e Wynns, Anja Amtoft e Stajich, Jason e Hosaka, Kentaro e Sung, Gi‐Ho e Johnson, Desiree e O’Rourke, Ben e Crockett, Michael e Binder, Manfred e Curtis, Judd M. e Slot, Jason C. e Wang, Zheng e Wilson, Andrew W. e Schüßler, Arthur e Longcore, Joyce E. e O’Donnell, Kerry e Mozley-Standridge, Sharon E. e Porter, David e Letcher, Peter M. e Powell, Martha J. e Taylor, John W. e White, Merlin M. e Griffith, Gareth e Davies, D. R. e Humber, Richard A. e Morton, Joseph B. e Sugiyama, Junta e Rossman, Amy Y. e Rogers, Jack D. e Pfister, D.H. e Hewitt, David e Hansen, Karen e Hambleton, Sarah e Shoemaker, R. A. e Kohlmeyer, Jan e Volkmann‐Kohlmeyer, Brigitte e Spotts, Robert A. e Serdani, Maryna e Crous, P.W. e Hughes, Karen W. e Matsuura, Kenji e Langer, Ewald e Langer, Gitta Jutta e Untereiner, Wendy A. e Lücking, Robert e Büdel, Burkhard e Geiser, David M. e Aptroot, André e Diederich, Paul e Schmitt, Imke e Schultz, Matthias e Yahr, Rebecca e Hibbett, David S. e Lutzoni, François e McLaughlin, David J. e Spatafora, Joseph W. e Vilgalys, Rytas",
    title = "Reconstructing the early evolution of Fungi using a six-gene phylogeny",
    year = "2006",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature05110",
    doi = "10.1038/nature05110",
    openalex = "W2054908644",
    references = "doi10108010635150290069913, doi101093bioinformatics183502, openalexw2611511275"
}

O catalogamento do grande número de espécies de insetos não descritas poderia ser muito acelerado por abordagens automatizadas baseadas em DNA, mas atualmente faltam procedimentos para a descoberta de espécies em grande escala a partir de dados de sequências. Aqui, usamos a variação de DNA mitocondrial para delimitar espécies em uma radiação de besouros pouco conhecida no gênero Rivacindela da Austrália árida. Entre 468 indivíduos amostrados de 65 locais e múltiplos tipos morfologicamente distinguíveis, a variação de sequência em três genes de DNA mitocondrial (citocromo oxidase subunidade 1, citocromo b, RNA ribossomal 16S) foi fortemente particionada entre 46 ou 47 espécies putativas identificadas com métodos quantitativos de reconhecimento de espécies baseados em caracteres únicos fixos ("diagnósticos"). As fronteiras entre os grupos também eram reconhecíveis a partir de um aumento marcante na taxa de ramificação em árvores calibradas com restrição de relógio. Modelos de crescimento estocástico de linhagens (modelos de Yule) foram combinados com a teoria de coalescência para desenvolver um novo método de verossimilhança que determina o ponto de transição de processos evolutivos em nível de espécie (especiação e extinção) para processos em nível de população (coalescência). Ajustar a localização das transições de especiação para nós de coalescência na árvore ultramétrica de Rivacindela produziu uma transição na taxa de ramificação ocorrendo há 0,43 Mya, levando a uma estimativa de 48 espécies putativas (intervalo de confiança para o limiar variando de 47 a 51 clusters dentro de 2 unidades de logL). Entidades delimitadas dessa forma exibiram propriedades biológicas de espécies tradicionalmente definidas, mostrando coerência de faixas geográficas, ampla congruência com espécies reconhecidas morfologicamente e níveis de divergência de sequência típicos para espécies de insetos estreitamente relacionadas. A descoberta de agrupamentos evolutivos descontínuos que são facilmente aparentes em padrões de variação de sequência permite a delimitação de espécies em grande parte automatizada a partir de levantamentos de DNA de comunidades locais como uma estrutura de base para a taxonomia neste grupo de insetos pouco conhecido.

@article{doi10108010635150600852011,
    author = "Pons, Joan e Barraclough, Timothy G. e Gómez‐Zurita, Jesús e Cardoso, Anabela e Duran, Daniel P. e Hazell, Steaphan P. e Kamoun, Sophien e Sumlin, W D e Vogler, Alfried P.",
    title = "Delimitação de Espécies Baseada em Sequências para a Taxonomia de DNA de Insetos Não Descritos",
    year = "2006",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = {O catalogamento do grande número de espécies de insetos não descritas poderia ser muito acelerado por abordagens automatizadas baseadas em DNA, mas atualmente faltam procedimentos para a descoberta de espécies em grande escala a partir de dados de sequências. Aqui, usamos a variação de DNA mitocondrial para delimitar espécies em uma radiação de besouros pouco conhecida no gênero Rivacindela da Austrália árida. Entre 468 indivíduos amostrados de 65 locais e múltiplos tipos morfologicamente distinguíveis, a variação de sequência em três genes de DNA mitocondrial (citocromo oxidase subunidade 1, citocromo b, RNA ribossomal 16S) foi fortemente particionada entre 46 ou 47 espécies putativas identificadas com métodos quantitativos de reconhecimento de espécies baseados em caracteres únicos fixos ("diagnósticos"). As fronteiras entre os grupos também eram reconhecíveis a partir de um aumento marcante na taxa de ramificação em árvores calibradas com restrição de relógio. Modelos de crescimento estocástico de linhagens (modelos de Yule) foram combinados com a teoria de coalescência para desenvolver um novo método de verossimilhança que determina o ponto de transição de processos evolutivos em nível de espécie (especiação e extinção) para processos em nível de população (coalescência). Ajustar a localização das transições de especiação para nós de coalescência na árvore ultramétrica de Rivacindela produziu uma transição na taxa de ramificação ocorrendo há 0,43 Mya, levando a uma estimativa de 48 espécies putativas (intervalo de confiança para o limiar variando de 47 a 51 clusters dentro de 2 unidades de logL). Entidades delimitadas dessa forma exibiram propriedades biológicas de espécies tradicionalmente definidas, mostrando coerência de faixas geográficas, ampla congruência com espécies reconhecidas morfologicamente e níveis de divergência de sequência típicos para espécies de insetos estreitamente relacionadas. A descoberta de agrupamentos evolutivos descontínuos que são facilmente aparentes em padrões de variação de sequência permite a delimitação de espécies em grande parte automatizada a partir de levantamentos de DNA de comunidades locais como uma estrutura de base para a taxonomia neste grupo de insetos pouco conhecido.},
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150600852011",
    doi = "10.1080/10635150600852011",
    openalex = "W2102883209",
    references = "doi101007978140206754912413, doi10100797814615678136, doi101016s0169534701021619, doi101046j1365294x200001020x, doi101073pnas0406166101, doi101073pnas89178322, doi101073pnas91146491, doi101080106351502753475880, doi101093genetics1322619, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101098rspb20022218, doi101111j109600311999tb00277x, doi101146annurevecolsys34011802132421, doi101146annureven10010165000525, doi101371journalpbio0020312, doi101371journalpbio0030422, doi1023072413039"
}

O mapeamento estocástico de caracteres, conforme implementado no software SIMMAP, permite aos usuários abordar questões que exigem o mapeamento de caracteres sobre filogenias usando uma abordagem probabilística que não depende da parcimônia. As análises podem ser realizadas usando uma abordagem totalmente bayesiana que não depende da consideração de uma única topologia, conjunto de parâmetros do modelo de substituição ou reconstrução de estados ancestrais. A incerteza nessas quantidades é acomodada usando amostras MCMC de suas respectivas distribuições posteriores.

@article{doi10118614712105788,
    author = "Bollback, Jonathan P.",
    title = "SIMMAP: Mapeamento estocástico de caracteres discretos em filogenias",
    year = "2006",
    journal = "BMC Bioinformatics",
    abstract = "O mapeamento estocástico de caracteres, conforme implementado no software SIMMAP, permite aos usuários abordar questões que exigem o mapeamento de caracteres sobre filogenias usando uma abordagem probabilística que não depende da parcimônia. As análises podem ser realizadas usando uma abordagem totalmente bayesiana que não depende da consideração de uma única topologia, conjunto de parâmetros do modelo de substituição ou reconstrução de estados ancestrais. A incerteza nessas quantidades é acomodada usando amostras MCMC de suas respectivas distribuições posteriores.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-88",
    doi = "10.1186/1471-2105-7-88",
    openalex = "W2118207809",
    references = "doi101007bf01734359, doi101016b9781483232119500097, doi10103844766, doi101080106351501753462876, doi101086284325, doi101093bioinformatics178754, doi101093oso97801985464120010001, doi105860choice295104, doi105860choice392183, openalexw2611511275, openalexw638862129"
}

Nos últimos anos, a sistemática aviar tem sido caracterizada por uma menor dependência da cladística morfológica de táxons modernos, pesquisa paleornitológica intensiva estimulada por novas descobertas e uma inundação de análises baseadas em sequências de DNA. Infelizmente, em contraste com insights significativos sobre origens basais, o panorama geral da filogenia neornitina permanece em grande parte não resolvido. Estudos morfológicos enfatizaram caracteres úteis em contextos paleontológicos. Estudos moleculares, após o desencanto com o trabalho pioneiro, mas não cladístico, de Sibley e Ahlquist, diferiram marcadamente uns dos outros e dos trabalhos morfológicos tanto em métodos quanto em resultados. Consequentemente, na virada do milênio, pontos de acordo robusto entre escolas concernentes à filogenia de ordem superior dos Neornithes foram limitados aos dois grupos mais basais e a vários grupos primários de nível intermediário. Este artigo descreve uma análise filogenética (cladística) de 150 táxons de Neornithes, incluindo exemplares de todas as famílias não passeriformes, e representantes subordinais dos Passeriformes. Trinta e cinco táxons externos (outgroups) abrangendo Crocodylia, predominantemente Dinosauria terópodes, e aves selecionadas do Mesozoico foram utilizados para enraizar as árvores. Com base no estudo de espécimes e na literatura, foram definidos 2954 caracteres morfológicos; estes caracteres foram descritos em um trabalho companheiro, aproximadamente um terço dos quais foram multiestados (ou seja, compreendiam pelo menos três estados), e os estados dentro de mais da metade destes caracteres multiestados foram ordenados para análise. Buscas heurísticas completas utilizando 10 000 réplicas de adição aleatória recuperaram um conjunto total de soluções de 97 árvores mais parcimoniosas (MPTs) bem resolvidas. O conjunto de MPTs foi confirmado por uma busca heurística expandida baseada em 10 000 réplicas de adição aleatória e uma exploração completa com ratchet-aumentado para ascertainment de ótimos globais. Uma árvore de consenso estrito de MPTs incluiu apenas seis tricotomias, ou seja, nós que diferem topologicamente entre as MPTs. Porcentagens de bootstrap (baseadas em 10 000 réplicas) e índices de suporte minimizados por ratchet (Bremer) indicaram que a maioria dos nós é robusta. Várias aves Neornithes fósseis (por exemplo, Dinornithiformes, Aepyornithiformes) foram colocadas dentro do grupo interno a posteriori, seja através de buscas heurísticas não restritas baseadas na matriz completa aumentada por estes táxons separadamente ou usando restrições de backbone. A análise confirmou a topologia entre os terópodes externos e alcançou resolução robusta em praticamente todos os níveis dos Neornithes. As descobertas incluíram a monofilia das aves paleognatas, compreendendo os táxons irmãos Tinamiformes e ratitas, respectivamente, e os Anseriformes e Galliformes como grupos irmãos monofiléticos, formando juntos o grupo irmão de outros Neornithes exclusivos dos Paleognathae (Neoaves). Inferências notáveis incluem: (i) o grupo irmão das Neoaves remanescentes compreende uma diversidade de aves marinhas e nadadoras; (ii) Podicipedidae são o grupo irmão de Gaviidae, e não estão intimamente relacionados com os Phoenicopteridae, como recentemente sugerido; (iii) os tradicionais Pelecaniformes, incluindo o balaeniceps (Balaeniceps rex) como táxon irmão de outros membros, são monofiléticos; (iv) os tradicionais Ciconiiformes são monofiléticos; (v) Strigiformes e Falconiformes são grupos irmãos; (vi) Cathartidae é o grupo irmão dos Falconiformes remanescentes; (vii) Ralliformes (Rallidae e Heliornithidae) são o grupo irmão dos Charadriiformes monofiléticos, com os tradicionalmente compostos Gruiformes e Turniciformes (Turnicidae e Mesitornithidae) sequencialmente parafiléticos em relação a todo o clade anterior; (viii) Opisthocomus hoazin é o táxon irmão dos Cuculiformes (incluindo os Musophagidae); (ix) os tradicionais Caprimulgiformes são monofiléticos e o grupo irmão dos Apodiformes; (x) Trogoniformes são o grupo irmão dos Coliiformes; (xi) Coraciiformes, Piciformes e Passeriformes são mutuamente monofiléticos e intimamente relacionados; e (xii) as Galbulae são mantidas dentro dos Piciformes. Porções não resolvidas dos Neornithes (nós com mais de uma solução mais parcimoniosa) compreendem três partes da árvore: (a) vários nós interfamiliares dentro dos Charadriiformes; (b) uma tricotomia compreendendo (i) Psittaciformes, (ii) Columbiformes e (iii) Trogonomorphae (Trogoniformes, Coliiformes) + Passerimorphae (Coraciiformes, Piciformes, Passeriformes); e (c) uma tricotomia compreendendo os Coraciiformes, Piciformes e Passeriformes. As poliotomias remanescentes foram entre os grupos externos, embora vários dos nós de ordem mais alta tenham sido apenas marginalmente suportados; no entanto, a maioria dos nós foi resolvida e atendeu ou superou os padrões convencionais de suporte. Comparações quantitativas com hipóteses alternativas, exame de caracteres altamente suportados e diagnósticos para táxons de ordem superior, correspondências com estudos anteriores, complementaridade e diferenças filosóficas com a filogenética paleontológica, promessas e desafios da paleogeografia e calibração das taxas evolutivas de aves, e classes de evidências promissoras e direções futuras de estudo são revisadas. A homologia, aplicada a exemplos aviares de aparentes homólogos, é considerada em termos de teoria recente, e uma classificação anotada revisada de táxons de ordem superior de Neornithes e outros terópodes intimamente relacionados é proposta. (c) 2007 The Linnean Society of London, Zoological Journal of the Linnean Society, 2007, 149, 1-95.

@article{doi101111j10963642200600293x,
    author = "Livezey, Bradley C. and Zusi, Richard L.",
    title = "Higher-order phylogeny of modern birds (Theropoda, Aves: Neornithes) based on comparative anatomy. II. Analysis and discussion",
    year = "2007",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "In recent years, avian systematics has been characterized by a diminished reliance on morphological cladistics of modern taxa, intensive palaeornithogical research stimulated by new discoveries and an inundation by analyses based on DNA sequences. Unfortunately, in contrast to significant insights into basal origins, the broad picture of neornithine phylogeny remains largely unresolved. Morphological studies have emphasized characters of use in palaeontological contexts. Molecular studies, following disillusionment with the pioneering, but non-cladistic, work of Sibley and Ahlquist, have differed markedly from each other and from morphological works in both methods and findings. Consequently, at the turn of the millennium, points of robust agreement among schools concerning higher-order neornithine phylogeny have been limited to the two basalmost and several mid-level, primary groups. This paper describes a phylogenetic (cladistic) analysis of 150 taxa of Neornithes, including exemplars from all non-passeriform families, and subordinal representatives of Passeriformes. Thirty-five outgroup taxa encompassing Crocodylia, predominately theropod Dinosauria, and selected Mesozoic birds were used to root the trees. Based on study of specimens and the literature, 2954 morphological characters were defined; these characters have been described in a companion work, approximately one-third of which were multistate (i.e. comprised at least three states), and states within more than one-half of these multistate characters were ordered for analysis. Complete heuristic searches using 10 000 random-addition replicates recovered a total solution set of 97 well-resolved, most-parsimonious trees (MPTs). The set of MPTs was confirmed by an expanded heuristic search based on 10 000 random-addition replicates and a full ratchet-augmented exploration to ascertain global optima. A strict consensus tree of MPTs included only six trichotomies, i.e. nodes differing topologically among MPTs. Bootstrapping (based on 10 000 replicates) percentages and ratchet-minimized support (Bremer) indices indicated most nodes to be robust. Several fossil Neornithes (e.g. Dinornithiformes, Aepyornithiformes) were placed within the ingroup a posteriori either through unconstrained, heursitic searches based on the complete matrix augmented by these taxa separately or using backbone-constraints. Analysis confirmed the topology among outgroup Theropoda and achieved robust resolution at virtually all levels of the Neornithes. Findings included monophyly of the palaeognathous birds, comprising the sister taxa Tinamiformes and ratites, respectively, and the Anseriformes and Galliformes as monophyletic sister-groups, together forming the sister-group to other Neornithes exclusive of the Palaeognathae (Neoaves). Noteworthy inferences include: (i) the sister-group to remaining Neoaves comprises a diversity of marine and wading birds; (ii) Podicipedidae are the sister-group of Gaviidae, and not closely related to the Phoenicopteridae, as recently suggested; (iii) the traditional Pelecaniformes, including the shoebill (Balaeniceps rex) as sister-taxon to other members, are monophyletic; (iv) traditional Ciconiiformes are monophyletic; (v) Strigiformes and Falconiformes are sister-groups; (vi) Cathartidae is the sister-group of the remaining Falconiformes; (vii) Ralliformes (Rallidae and Heliornithidae) are the sister-group to the monophyletic Charadriiformes, with the traditionally composed Gruiformes and Turniciformes (Turnicidae and Mesitornithidae) sequentially paraphyletic to the entire foregoing clade; (viii) Opisthocomus hoazin is the sister-taxon to the Cuculiformes (including the Musophagidae); (ix) traditional Caprimulgiformes are monophyletic and the sister-group of the Apodiformes; (x) Trogoniformes are the sister-group of Coliiformes; (xi) Coraciiformes, Piciformes and Passeriformes are mutually monophyletic and closely related; and (xii) the Galbulae are retained within the Piciformes. Unresolved portions of the Neornithes (nodes having more than one most-parsimonious solution) comprised three parts of the tree: (a) several interfamilial nodes within the Charadriiformes; (b) a trichotomy comprising the (i) Psittaciformes, (ii) Columbiformes and (iii) Trogonomorphae (Trogoniformes, Coliiformes) + Passerimorphae (Coraciiformes, Piciformes, Passeriformes); and (c) a trichotomy comprising the Coraciiformes, Piciformes and Passeriformes. The remaining polytomies were among outgroups, although several of the highest-order nodes were only marginally supported; however, the majority of nodes were resolved and met or surpassed conventional standards of support. Quantitative comparisons with alternative hypotheses, examination of highly supportive and diagnostic characters for higher taxa, correspondences with prior studies, complementarity and philosophical differences with palaeontological phylogenetics, promises and challenges of palaeogeography and calibration of evolutionary rates of birds, and classes of promising evidence and future directions of study are reviewed. Homology, as applied to avian examples of apparent homologues, is considered in terms of recent theory, and a revised annotated classification of higher-order taxa of Neornithes and other closely related Theropoda is proposed. (c) 2007 The Linnean Society of London, Zoological Journal of the Linnean Society, 2007, 149, 1-95.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-3642.2006.00293.x",
    doi = "10.1111/j.1096-3642.2006.00293.x",
    openalex = "W2153165351",
    references = "crossref1995systematics, doi101002jmor10382, doi101002jmor10406, doi101002jmor1052090107, doi101007bf02101113, doi101016b978012249408650011x, doi101017s0006323197005100, doi101017s1464793102006103, doi101017s1464793105006779, doi101038nature03150, doi101073pnas0507106102, doi10108002724634199410011524, doi10108010635150500234583, doi10108010635150590950326, doi101093oso97801951223430010001, doi101093oso97801985052350010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva026092, doi101093sysbio33183, doi101093sysbio422182, doi101098rspb20001368, doi101111j109600311989tb00573x, doi101111j109600311993tb00217x, doi101111j109600312003tb00387x, doi101111j109636422001tb01313x, doi101111j109636422001tb01314x, doi101111j1469185x1997tb00024x, doi101111j146979981991tb04794x, doi101111j155856461959tb03005x, doi101111j155856461985tb00420x, doi101126science2665186779, doi1012060003008220023870001tmappo20co2, doi1012060003009020042860001mptaso20co2, doi1016660094837320050310192meam20co2, doi1023072408678, doi1023072413134, doi1023072992540, doi10230740168337, doi102992014590582006371pon20co2, doi105860choice323881, doi105860choice343307, doi105860choice392183, doi105860choice405235, doi105962bhltitle106607, gregor1988the, openalexw2506868775, openalexw3217097258"
}

FUNDO: A radiação adaptativa, a evolução da diversidade ecológica e fenotípica a partir de um ancestral comum, é um conceito central na biologia evolutiva e caracteriza as histórias evolutivas de muitos grupos de organismos. Um desses grupos é a Mustelidae, a família mais rica em espécies dentro da ordem mamífera Carnívora, abrangendo 59 espécies classificadas em 22 gêneros. Os mustelídeos extantes exibem uma diversidade ecomorfológica extensa, com diferentes linhagens tendo evoluído para uma variedade de zonas adaptativas, de texugos fósseis a lontras semi-aquáticas. Os mustelídeos também são amplamente distribuídos, com múltiplos gêneros encontrados em diferentes continentes. Como em outros grupos que sofreram radiação adaptativa, resolver a história filogenética dos mustelídeos apresenta vários desafios porque a convergência ecomorfológica pode potencialmente confundir inferências filogenéticas baseadas em morfologia, e porque as radiações adaptativas frequentemente incluem um ou mais períodos de cladogênese rápida que exigem uma grande quantidade de dados para serem resolvidos. RESULTADOS: Construímos uma filogenia quase completa no nível de gênero da Mustelidae usando uma matriz de dados composta por 22 segmentos de genes (aproximadamente 12.000 pares de bases) analisados com métodos de parcimônia máxima, verossimilhança máxima e inferência bayesiana. Mostramos que os mustelídeos são consistentemente resolvidos com alto suporte nodal em quatro grandes clados e três linhagens monotípicas. Usando técnicas de datação bayesiana, fornecemos evidências de que os mustelídeos sofreram dois surtos de diversificação que coincidem com mudanças paleoambientais e bióticas principais que ocorreram durante o Neogeno e correspondem a surtos similares de cladogênese em outros grupos de vertebrados. As análises biogeográficas indicam que a maioria da diversidade extante dos mustelídeos originou-se na Eurásia e que os mustelídeos colonizaram a África, América do Norte e América do Sul em múltiplas ocasiões. CONCLUSÃO: Combinado com informações do registro fóssil, nossas análises filogenéticas e de datação sugerem que a diversificação dos mustelídeos pode ter sido impulsionada por uma combinação de eventos de turnover faunístico e diversificação em níveis tróficos inferiores, eventualmente causada por mudanças ambientais impulsionadas climaticamente. Nossas análises biogeográficas mostram a Eurásia como o centro de origem da diversidade dos mustelídeos e que os mustelídeos na África, América do Norte e América do Sul foram montados ao longo do tempo principalmente via dispersão, o que tem implicações importantes para entender a ecologia das comunidades de mustelídeos.

@article{doi10118617417007610,
    author = "Koepfli, Klaus‐Peter and Deere, Kerry A and Slater, Graham J. and Begg, Colleen and Begg, Keith S. and Grassman, Lon I. and Lucherini, Mauro and Veron, Géraldine and Wayne, Robert K.",
    title = "Multigene phylogeny of the Mustelidae: Resolving relationships, tempo and biogeographic history of a mammalian adaptive radiation",
    year = "2008",
    journal = "BMC Biology",
    abstract = "FUNDO: A radiação adaptativa, a evolução da diversidade ecológica e fenotípica a partir de um ancestral comum, é um conceito central na biologia evolutiva e caracteriza as histórias evolutivas de muitos grupos de organismos. Um desses grupos é a Mustelidae, a família mais rica em espécies dentro da ordem mamífera Carnívora, abrangendo 59 espécies classificadas em 22 gêneros. Os mustelídeos extantes exibem uma diversidade ecomorfológica extensa, com diferentes linhagens tendo evoluído para uma variedade de zonas adaptativas, de texugos fósseis a lontras semi-aquáticas. Os mustelídeos também são amplamente distribuídos, com múltiplos gêneros encontrados em diferentes continentes. Como em outros grupos que sofreram radiação adaptativa, resolver a história filogenética dos mustelídeos apresenta vários desafios porque a convergência ecomorfológica pode potencialmente confundir inferências filogenéticas baseadas em morfologia, e porque as radiações adaptativas frequentemente incluem um ou mais períodos de cladogênese rápida que exigem uma grande quantidade de dados para serem resolvidos. RESULTADOS: Construímos uma filogenia quase completa no nível de gênero da Mustelidae usando uma matriz de dados composta por 22 segmentos de genes (aproximadamente 12.000 pares de bases) analisados com métodos de parcimônia máxima, verossimilhança máxima e inferência bayesiana. Mostramos que os mustelídeos são consistentemente resolvidos com alto suporte nodal em quatro grandes clados e três linhagens monotípicas. Usando técnicas de datação bayesiana, fornecemos evidências de que os mustelídeos sofreram dois surtos de diversificação que coincidem com mudanças paleoambientais e bióticas principais que ocorreram durante o Neogeno e correspondem a surtos similares de cladogênese em outros grupos de vertebrados. As análises biogeográficas indicam que a maioria da diversidade extante dos mustelídeos originou-se na Eurásia e que os mustelídeos colonizaram a África, América do Norte e América do Sul em múltiplas ocasiões. CONCLUSÃO: Combinado com informações do registro fóssil, nossas análises filogenéticas e de datação sugerem que a diversificação dos mustelídeos pode ter sido impulsionada por uma combinação de eventos de turnover faunístico e diversificação em níveis tróficos inferiores, eventualmente causada por mudanças ambientais impulsionadas climaticamente. Nossas análises biogeográficas mostram a Eurásia como o centro de origem da diversidade dos mustelídeos e que os mustelídeos na África, América do Norte e América do Sul foram montados ao longo do tempo principalmente via dispersão, o que tem implicações importantes para entender a ecologia das comunidades de mustelídeos.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1741-7007-6-10",
    doi = "10.1186/1741-7007-6-10",
    openalex = "W1969810115",
    references = "doi101093oso97801985771880010001, doi101126science1122277"
}

@article{doi101016jtree201005002,
    author = "Quental, Tiago B. e Marshall, Charles R.",
    title = "Dinâmicas da diversidade: filogenias moleculares precisam do registro fóssil",
    year = "2010",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2010.05.002",
    doi = "10.1016/j.tree.2010.05.002",
    openalex = "W2157452947",
    references = "doi101017s0094837300016134, doi101073pnas111144698, doi101111j14754983200600612x"
}

As relações dos equinodermes pós-Palaeozóicos ao nível familiar são estabelecidas através de análise filogenética de 169 táxons e 306 caracteres esqueléticos (excluindo pedicelárias). Análises filogenéticas anteriores de equinodermes ou examinaram subgrupos específicos em detalhe ou analisaram um número relativamente pequeno de táxons selecionados de toda a classe, com amostragem esparsa que pode afetar adversamente a confiabilidade dos resultados. Nossas novas análises representam um compromisso entre abranger a diversidade de formas que existe, mantendo o número de táxons em um nível que não torna a análise rigorosa impossivelmente demorada. Ao construir a matriz de dados táxon-caracteres, encontramos uma surpreendente falta de dados primários sobre padrão de plating, lanterna e estrutura de cintura para muitos supostamente "bem conhecidos" táxons. Uma hipótese filogenética bem resolvida foi obtida e é usada como base para uma classificação formal. Os caracteres geralmente têm um alto índice de retenção (>0.7) mas baixo índice de consistência (<0.25), sugerindo que, embora os caracteres sejam em grande parte retidos após evoluírem pela primeira vez, a maioria também sofre reversão ou convergência ocasional. Embora partes das árvores resultantes sejam apenas fracamente suportadas (por exemplo, o grupo irmão preciso dos Irregulares), outras partes são inequivocamente resolvidas. Não inesperadamente, nós profundos são frequentemente não suportados por apomorfias únicas e táxons superiores adquirem seu conjunto característico de características ao longo do tempo. Diagnósticos baseados em táxons do grupo da coroa frequentemente falham em abarcar adequadamente membros do grupo caule fóssil. Estabelecer as relações de táxons na raiz de grandes grupos é prejudicado pela resolução limitada de caracteres. A influência de táxons fósseis na topologia foi explorada comparando as topologias das árvores obtidas com e sem sua inclusão. Mostramos que a remoção de fósseis de grupos caule não faz diferença onde seu grupo da coroa é morfologicamente conservador, mas tem uma influência majoritária onde grupos irmãos extantes são separados por grandes lacunas morfológicas. A completude do registro de equinodermes e seu ajuste ao registro estratigráfico de primeiras ocorrências é testada usando vários métricas e encontrada ser altamente congruente, com equinodermes irregulares mostrando uma maior congruência do que os regulares.

@article{doi10108014772011003603556,
    author = "Kroh, Andreas and Smith, Andrew B.",
    title = "The phylogeny and classification of post-Palaeozoic echinoids",
    year = "2010",
    journal = "Journal of Systematic Palaeontology",
    abstract = {The relationships of post-Palaeozoic echinoids at family level are established through phylogenetic analysis of 169 taxa and 306 skeletal characters (excluding pedicellariae). Previous phylogenetic analyses of echinoids have either examined specific subgroups in detail or have looked at a relatively small number of taxa selected from across the class, with sparse sampling potentially affecting the reliability of results adversely. Our new analyses represent a compromise between encompassing the diversity of form that exists, while keeping the number of taxa to a level that does not make rigorous analysis impossibly time-consuming. In constructing the taxon-character data matrix we have encountered a surprising lack of primary data on plating pattern, lantern, and girdle structure for many supposedly "well-known" taxa. A well-resolved phylogenetic hypothesis was obtained and is used as the basis for a formal classification. Characters generally have a high retention index (>0.7) but low consistency index (<0.25) suggesting that, although characters are largely retained after they first evolve, most also undergo occasional reversal or convergence. Although parts of the resulting trees are only weakly supported (e.g. the precise sister group of the Irregularia), other parts are unambiguously resolved. Not unexpectedly, deep nodes are often not supported by unique apomorphies and higher taxa acquire their characteristic set of features over time. Diagnoses based on crown group taxa thus often fail to encompass fossil stem-group members adequately. Establishing the relationships of taxa at the root of large groups is hampered by limited character resolution. The influence of fossil taxa on the topology was explored by comparing the tree topologies obtained with and without their inclusion. We show that removal of fossils from stem groups makes no difference where their crown group is morphologically conservative, but has a major influence where extant sister groups are separated by large morphological gaps. Completeness of the echinoid record and its match to the stratigraphical record of first occurrences is tested using various metrics and found to be highly congruent, with irregular echinoids showing a higher congruence than regular ones.},
    url = "https://doi.org/10.1080/14772011003603556",
    doi = "10.1080/14772011003603556",
    openalex = "W2072979411",
    references = "doi1010160031018268900989, doi101017s0022336000061321, doi101017s0094837300005248, doi101038019118a0, doi101038114085a0, doi10108010635150290102339, doi101093nqs5vi146318i, doi101111j00310239200400364x, doi101111j109600311999tb00277x, doi101111j10960031200800209x, doi101111j14636409200500201x, doi101111j146979981833tb06418x, doi101126science972526482b, doi103133pp321, doi105281zenodo16046014, doi105962bhltitle126954, doi105962bhltitle156765, doi105962bhltitle542, kier1974evolutionary, openalexw2894525608, openalexw635257420"
}

@article{doi101016jympev201209018,
    author = "Rouse, Greg W. e Jermiin, Lars S. e Wilson, Nerida G. e Eeckhaut, Igor e Lanterbecq, Déborah e Oji, Tatsuo e Young, Craig M. e Browning, Teena L. e Cisternas, Paula e Helgen, Lauren E. e Stuckey, Michelle e Messing, Charles G.",
    title = "Fixed, free, and fixed: The fickle phylogeny of extant Crinoidea (Echinodermata) and their Permian–Triassic origin",
    year = "2012",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ympev.2012.09.018",
    doi = "10.1016/j.ympev.2012.09.018",
    openalex = "W2116958898",
    references = "doi10101600310182689009898, doi101111j1469185x1984tb00411x"
}

As filogenias são geralmente datadas calibrando nós internos contra o registro fóssil. Isso depende de métodos indiretos que, no pior caso, distorcem as informações fóssis. Aqui, contrastamos essa datação de nós com uma abordagem que inclui fóssis juntamente com os táxons existentes em uma análise bayesiana de evidência total. Como caso de teste, focamos na radiação inicial dos Hymenoptera, documentada principalmente por fóssis de impressão mal preservados que são difíceis de posicionar filogeneticamente. Especificamente, comparamos a datação de nós usando nove pontos de calibração derivados do registro fóssil com a datação de evidência total baseada em 343 caracteres morfológicos pontuados para 45 táxons fóssis (4--20 completos) e 68 táxons existentes. Em ambos os casos, usamos dados moleculares de sete marcadores (∼5 kb) para os táxons existentes. Como é difícil modelar especiação, extinção, amostragem e preservação fóssil de forma realista, desenvolvemos um prior uniforme simples para árvores de relógio com fóssis, e usamos modelos de relógio relaxados para acomodar a variação de taxas ao longo da árvore. Apesar da considerável incerteza na posição da maioria dos fóssis, encontramos que eles contribuem significativamente para a estimativa de tempos de divergência na análise de evidência total. Em particular, as distribuições posteriores sobre os tempos de divergência são menos sensíveis a pressupostos de prior e tendem a ser mais precisas do que na datação de nós. A análise de evidência total também mostra que quatro dos sete pontos de calibração de Hymenoptera usados na datação de nós provavelmente são baseados em pressupostos errôneos ou duvidosos sobre a posição fóssil. Quanto à radiação inicial dos Hymenoptera, nossos resultados sugerem que a linhagem-coroa remonta ao Carbonífero, ∼309 Ma (intervalo de 95%: 291--347 Ma), e diversificou-se em linhagens existentes principais muito antes do previsto, muito antes do Triássico. [Inferência bayesiana; datação fóssil; evolução morfológica; relógio relaxado; filogenética estatística.].

@article{doi101093sysbiosys058,
    author = "Ronquist, Fredrik e Klopfstein, Seraina e Vilhelmsen, Lars e Schulmeister, Susanne e Murray, Debra L. e Rasnitsyn, Alexandr P.",
    title = "Uma Abordagem de Evidência Total para Datação com Fóssis, Aplicada à Radiação Inicial dos Hymenoptera",
    year = "2012",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "As filogenias são geralmente datadas calibrando nós internos contra o registro fóssil. Isso depende de métodos indiretos que, no pior caso, distorcem as informações fóssis. Aqui, contrastamos essa datação de nós com uma abordagem que inclui fóssis juntamente com os táxons existentes em uma análise bayesiana de evidência total. Como caso de teste, focamos na radiação inicial dos Hymenoptera, documentada principalmente por fóssis de impressão mal preservados que são difíceis de posicionar filogeneticamente. Especificamente, comparamos a datação de nós usando nove pontos de calibração derivados do registro fóssil com a datação de evidência total baseada em 343 caracteres morfológicos pontuados para 45 táxons fóssis (4--20 completos) e 68 táxons existentes. Em ambos os casos, usamos dados moleculares de sete marcadores (∼5 kb) para os táxons existentes. Como é difícil modelar especiação, extinção, amostragem e preservação fóssil de forma realista, desenvolvemos um prior uniforme simples para árvores de relógio com fóssis, e usamos modelos de relógio relaxados para acomodar a variação de taxas ao longo da árvore. Apesar da considerável incerteza na posição da maioria dos fóssis, encontramos que eles contribuem significativamente para a estimativa de tempos de divergência na análise de evidência total. Em particular, as distribuições posteriores sobre os tempos de divergência são menos sensíveis a pressupostos de prior e tendem a ser mais precisas do que na datação de nós. A análise de evidência total também mostra que quatro dos sete pontos de calibração de Hymenoptera usados na datação de nós provavelmente são baseados em pressupostos errôneos ou duvidosos sobre a posição fóssil. Quanto à radiação inicial dos Hymenoptera, nossos resultados sugerem que a linhagem-coroa remonta ao Carbonífero, ∼309 Ma (intervalo de 95%: 291--347 Ma), e diversificou-se em linhagens existentes principais muito antes do previsto, muito antes do Triássico. [Inferência bayesiana; datação fóssil; evolução morfológica; relógio relaxado; filogenética estatística.].",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/sys058",
    doi = "10.1093/sysbio/sys058",
    openalex = "W2159597448",
    references = "doi101016jympev201104003, doi10108010635150290102456, doi101093molbevmsm193, doi101093sysbiosyq085, doi101093sysbiosyr047, doi101093sysbiosyr107, openalexw1900040508, openalexw2733548038"
}

@incollection{doi101016b9780123964915000010,
    author = "Smith, Andrew B. e Kroh, Andreas",
    title = "Filogenia de Ouriços-do-mar",
    year = "2013",
    booktitle = "Desenvolvimentos na aquicultura e na ciência da pesca",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-12-396491-5.00001-0",
    doi = "10.1016/b978-0-12-396491-5.00001-0",
    openalex = "W28941992",
    references = "doi101111j00310239200400364x"
}

Uma medida chave do impacto global da humanidade é o quanto ela aumentou as taxas de extinção de espécies. Declarações familiares são que essas taxas são 100 a 1000 vezes maiores que os níveis de extinção pré-humanos ou de fundo. Estimar taxas recentes é direto, mas estabelecer uma taxa de fundo para comparação não é. Pesquisadores anteriores escolheram um marco aproximado de 1 extinção por milhão de espécies por ano (E/MSY). Exploramos linhas de evidência distintas que sugerem uma estimativa substancialmente menor. Dados fósseis fornecem estimativas diretas de taxas de extinção, mas são temporalmente grosseiros, limitados principalmente a táxons marinhos com corpo duro, e geralmente envolvem gêneros, não espécies. Com base nesses dados, a perda típica de fundo é de 0,01 gêneros por milhão de gêneros por ano. Filogenias moleculares estão disponíveis para mais táxons e ecossistemas, mas discute-se se elas podem ser usadas para estimar separadamente taxas de especiação e extinção. Selecionamos dados para abordar preocupações conhecidas e usamos-os para determinar estimativas medianas de extinção a partir de distribuições estatísticas de valores prováveis para plantas e animais terrestres. Em seguida, criamos simulações para explorar os efeitos de violar as suposições do modelo. Finalmente, compilamos estimativas de diversificação - a diferença entre taxas de especiação e extinção para diferentes táxons. As estimativas medianas de taxas de extinção variaram de 0,023 a 0,135 E/MSY. Os resultados das simulações sugeriram que a superestimativa e subestimativa de extinção a partir de filogenias individuais se cancelaram parcialmente quando grandes conjuntos de filogenias foram analisados. Não houve evidência de declínios gerais de diversidade pré-humanos recentes e generalizados. Isso implica que as taxas médias de extinção são menores que as taxas médias de diversificação. As taxas médias de diversificação foram de 0,05 a 0,2 novas espécies por milhão de espécies por ano. Com base nesses resultados, concluímos que as taxas típicas de extinção de fundo podem estar mais próximas de 0,1 E/MSY. Assim, as taxas atuais de extinção são 1.000 vezes maiores que as taxas naturais de fundo de extinção e as taxas futuras provavelmente serão 10.000 vezes maiores.

@article{doi101111cobi12380,
    author = "de Vos, Jurriaan M. e Joppa, Lucas e Gittleman, John L. e Stephens, Patrick R. e Pimm, Stuart L.",
    title = "Estimando a taxa normal de fundo de extinção de espécies",
    year = "2014",
    journal = "Conservation Biology",
    abstract = "Uma medida chave do impacto global da humanidade é o quanto ela aumentou as taxas de extinção de espécies. Declarações familiares são que essas taxas são 100 a 1000 vezes maiores que os níveis de extinção pré-humanos ou de fundo. Estimar taxas recentes é direto, mas estabelecer uma taxa de fundo para comparação não é. Pesquisadores anteriores escolheram um marco aproximado de 1 extinção por milhão de espécies por ano (E/MSY). Exploramos linhas de evidência distintas que sugerem uma estimativa substancialmente menor. Dados fósseis fornecem estimativas diretas de taxas de extinção, mas são temporalmente grosseiros, limitados principalmente a táxons marinhos com corpo duro, e geralmente envolvem gêneros, não espécies. Com base nesses dados, a perda típica de fundo é de 0,01 gêneros por milhão de gêneros por ano. Filogenias moleculares estão disponíveis para mais táxons e ecossistemas, mas discute-se se elas podem ser usadas para estimar separadamente taxas de especiação e extinção. Selecionamos dados para abordar preocupações conhecidas e usamos-os para determinar estimativas medianas de extinção a partir de distribuições estatísticas de valores prováveis para plantas e animais terrestres. Em seguida, criamos simulações para explorar os efeitos de violar as suposições do modelo. Finalmente, compilamos estimativas de diversificação - a diferença entre taxas de especiação e extinção para diferentes táxons. As estimativas medianas de taxas de extinção variaram de 0,023 a 0,135 E/MSY. Os resultados das simulações sugeriram que a superestimativa e subestimativa de extinção a partir de filogenias individuais se cancelaram parcialmente quando grandes conjuntos de filogenias foram analisados. Não houve evidência de declínios gerais de diversidade pré-humanos recentes e generalizados. Isso implica que as taxas médias de extinção são menores que as taxas médias de diversificação. As taxas médias de diversificação foram de 0,05 a 0,2 novas espécies por milhão de espécies por ano. Com base nesses resultados, concluímos que as taxas típicas de extinção de fundo podem estar mais próximas de 0,1 E/MSY. Assim, as taxas atuais de extinção são 1.000 vezes maiores que as taxas naturais de fundo de extinção e as taxas futuras provavelmente serão 10.000 vezes maiores.",
    url = "https://doi.org/10.1111/cobi.12380",
    doi = "10.1111/cobi.12380",
    openalex = "W2114051274",
    references = "doi101017s0094837300016134, doi101038ncomms2958, doi101098rspb20080630, doi101146annurevecolsys37091305110035, doi1016660094837320050310006poaeit20co2, doi10560219780801882210"
}

O pacote strap (Análise Estratigráfica de Árvore para Paleontologia) é um novo pacote para a linguagem de programação estatística R de livre acesso, projetado para realizar três tarefas principais: (1) datar filogenias de táxons fósseis; (2) plotar essas árvores datadas contra a estratigrafia; e (3) avaliar a congruência entre filogenias e estratigrafia. A datação é realizada com a função DatePhylo, com três abordagens oferecidas. Plotar árvores contra uma escolha de cinco diferentes escalas de tempo geológico é possível usando a função geoscalePhylo. Finalmente, a função StratPhyloCongruence calcula medidas de congruência estratigráfica para uma ou mais filogenias de entrada, sem limite de táxons. Todas as três principais medidas de congruência são oferecidas: Índice de Consistência Estratigráfica (SCI), Medida Estratigráfica de Manhattan (MSM *) e a razão de excesso de lacunas (GER; incluindo GER t e GER *), bem como a medida de pseudocongruência, o Índice de Completude Relativa (RCI). Cada medida tem um teste de significância acompanhado que funciona comparando as árvores de entrada contra um número definido pelo usuário de topologias geradas aleatoriamente com o mesmo conjunto de táxons e faixas de idade. Opções adicionais para gerar essas topologias aleatórias permitem ao usuário fixar o grupo externo ou reter a forma da árvore de entrada para fazer comparações mais justas. Um tutorial que pressupõe nenhum conhecimento prévio de R mostra todas as três funções usando dois conjuntos de dados de exemplo diferentes.

@article{doi101111pala12142,
    author = "Bell, Mark A. e Lloyd, Graeme T.",
    title = "strap: um pacote R para plotar filogenias contra estratigrafia e avaliar sua congruência estratigráfica",
    year = "2014",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "O pacote strap (Análise Estratigráfica de Árvore para Paleontologia) é um novo pacote para a linguagem de programação estatística R de livre acesso, projetado para realizar três tarefas principais: (1) datar filogenias de táxons fósseis; (2) plotar essas árvores datadas contra a estratigrafia; e (3) avaliar a congruência entre filogenias e estratigrafia. A datação é realizada com a função DatePhylo, com três abordagens oferecidas. Plotar árvores contra uma escolha de cinco diferentes escalas de tempo geológico é possível usando a função geoscalePhylo. Finalmente, a função StratPhyloCongruence calcula medidas de congruência estratigráfica para uma ou mais filogenias de entrada, sem limite de táxons. Todas as três principais medidas de congruência são oferecidas: Índice de Consistência Estratigráfica (SCI), Medida Estratigráfica de Manhattan (MSM *) e a razão de excesso de lacunas (GER; incluindo GER t e GER *), bem como a medida de pseudocongruência, o Índice de Completude Relativa (RCI). Cada medida tem um teste de significância acompanhado que funciona comparando as árvores de entrada contra um número definido pelo usuário de topologias geradas aleatoriamente com o mesmo conjunto de táxons e faixas de idade. Opções adicionais para gerar essas topologias aleatórias permitem ao usuário fixar o grupo externo ou reter a forma da árvore de entrada para fazer comparações mais justas. Um tutorial que pressupõe nenhum conhecimento prévio de R mostra todas as três funções usando dois conjuntos de dados de exemplo diferentes.",
    url = "https://doi.org/10.1111/pala.12142",
    doi = "10.1111/pala.12142",
    openalex = "W2058630418",
    references = "crossref1995systematics, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093sysbio1811, doi101093sysbiosys058, doi101098rspb20080715, doi101111j10960031200800217x, doi101111j2041210x201200223x, doi101126science1161833, doi101126science1252243, doi1018814epiiugs2013v36i3002, doi1023072412407, doi1023072412810, doi105860choice323881, openalexw2611511275, openalexw2989049194, openalexw592572837"
}

Como a diversidade ecológica e morfológica se acumula ao longo do tempo geológico tem sido muito debatida por paleobiologistas. Evidências do registro fóssil sugerem que muitos clados atingem a diversidade máxima no início de sua história evolutiva, seguidos por uma diminuição nas taxas evolutivas conforme o espaço ecológico se preenche ou devido a restrições internas. Aqui, aplicamos métodos recentemente desenvolvidos para estimar taxas de evolução morfológica durante a história pós-Paleozóica de um importante clado de invertebrados, os Echinoidea. Contrariando as expectativas, as taxas de evolução foram mais baixas durante a fase inicial de diversificação após a extinção em massa do Permiano-Triássico e aumentaram ao longo do tempo. Além disso, embora vários subclados mostrem altas taxas iniciais e diminuições líquidas nas taxas de evolução, consistentes com "explosões iniciais" de diversificação morfológica, em níveis taxonômicos mais inclusivos, essas explosões aparecem como picos episódicos. As taxas de pico coincidiram com mudanças principais na morfologia ecológica, principalmente associadas a inovações em estratégias de alimentação. Apesar de terem números similares de espécies nos oceanos de hoje, os equinóides regulares acumularam muito menos diversidade morfológica do que os equinóides irregulares devido a taxas intrínsecas mais baixas de evolução morfológica e menos inovação morfológica, esta última indicativa de evolução restrita ou limitada. Estes resultados indicam que as taxas de evolução são extremamente heterogêneas ao longo do tempo e sua interpretação depende da escala temporal e taxonômica da análise.

@article{doi101073pnas1418153112,
    author = "Hopkins, Melanie J. e Smith, Andrew B.",
    title = "Mudança evolutiva dinâmica em equinóides pós-Paleozóicos e a importância da escala ao interpretar mudanças nas taxas de evolução",
    year = "2015",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {Como a diversidade ecológica e morfológica se acumula ao longo do tempo geológico tem sido muito debatida por paleobiologistas. Evidências do registro fóssil sugerem que muitos clados atingem a diversidade máxima no início de sua história evolutiva, seguidos por uma diminuição nas taxas evolutivas conforme o espaço ecológico se preenche ou devido a restrições internas. Aqui, aplicamos métodos recentemente desenvolvidos para estimar taxas de evolução morfológica durante a história pós-Paleozóica de um importante clado de invertebrados, os Echinoidea. Contrariando as expectativas, as taxas de evolução foram mais baixas durante a fase inicial de diversificação após a extinção em massa do Permiano-Triássico e aumentaram ao longo do tempo. Além disso, embora vários subclados mostrem altas taxas iniciais e diminuições líquidas nas taxas de evolução, consistentes com "explosões iniciais" de diversificação morfológica, em níveis taxonômicos mais inclusivos, essas explosões aparecem como picos episódicos. As taxas de pico coincidiram com mudanças principais na morfologia ecológica, principalmente associadas a inovações em estratégias de alimentação. Apesar de terem números similares de espécies nos oceanos de hoje, os equinóides regulares acumularam muito menos diversidade morfológica do que os equinóides irregulares devido a taxas intrínsecas mais baixas de evolução morfológica e menos inovação morfológica, esta última indicativa de evolução restrita ou limitada. Estes resultados indicam que as taxas de evolução são extremamente heterogêneas ao longo do tempo e sua interpretação depende da escala temporal e taxonômica da análise.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1418153112",
    doi = "10.1073/pnas.1418153112",
    openalex = "W2068132819",
    references = "doi10108014772011003603556, doi1016660094837320000260056cefisg20co2"
}

Apesar de suas profundas adaptações ao ambiente aquático e do seu aparente sucesso durante o Triássico e o Jurássico, os ictiossauros extinguiram-se aproximadamente 30 milhões de anos antes da extinção em massa do final do Cretáceo. As hipóteses atuais para este desaparecimento precoce envolvem eventos bióticos relativamente menores, mas estão em desacordo com a compreensão recente do registro fóssil de ictiossauros. Aqui, mostramos que os ictiossauros mantiveram uma riqueza e disparidade elevadas, mas decrescentes, durante o Cretáceo Inferior. Os últimos ictiossauros são caracterizados por taxas reduzidas de origem e evolução fenotípica, e suas elevadas taxas de extinção correlacionam-se com uma maior volatilidade ambiental. Além disso, descobrimos que os ictiossauros sofreram uma profunda extinção no Cenomaniano Inferior, que reduziu sua diversidade ecológica, provavelmente contribuindo para sua extinção final no final do Cenomaniano. Nossos resultados apoiam um corpo crescente de evidências que revela que a mudança ambiental global resultou em um evento de turnover majoritário, temporalmente escalonado, que reorganizou profundamente os ecossistemas marinhos durante o Cenomaniano.

@article{doi101038ncomms10825,
    author = "Fischer, Valentin e Bardet, Nathalie e Benson, Roger e Arkhangelsky, M. S. e Friedman, Matt",
    title = "Extinção de répteis marinhos em forma de peixe associada a taxas evolutivas reduzidas e volatilidade ambiental global",
    year = "2016",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "Apesar de suas profundas adaptações ao ambiente aquático e do seu aparente sucesso durante o Triássico e o Jurássico, os ictiossauros extinguiram-se aproximadamente 30 milhões de anos antes da extinção em massa do final do Cretáceo. As hipóteses atuais para este desaparecimento precoce envolvem eventos bióticos relativamente menores, mas estão em desacordo com a compreensão recente do registro fóssil de ictiossauros. Aqui, mostramos que os ictiossauros mantiveram uma riqueza e disparidade elevadas, mas decrescentes, durante o Cretáceo Inferior. Os últimos ictiossauros são caracterizados por taxas reduzidas de origem e evolução fenotípica, e suas elevadas taxas de extinção correlacionam-se com uma maior volatilidade ambiental. Além disso, descobrimos que os ictiossauros sofreram uma profunda extinção no Cenomaniano Inferior, que reduziu sua diversidade ecológica, provavelmente contribuindo para sua extinção final no final do Cenomaniano. Nossos resultados apoiam um corpo crescente de evidências que revela que a mudança ambiental global resultou em um evento de turnover majoritário, temporalmente escalonado, que reorganizou profundamente os ecossistemas marinhos durante o Cenomaniano.",
    url = "https://doi.org/10.1038/ncomms10825",
    doi = "10.1038/ncomms10825",
    openalex = "W2295669701",
    references = "doi101016jcub201410064, doi101016jgloplacha201312007, doi101017cbo9780511802461005, doi101017s0016756812000994, doi1010292001pa000623, doi10108002724634199910011160, doi101080027246342011595464, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101098rspb20091845, doi101111brv12038, doi101111brv12203, doi101111j2041210x201200223x, doi101111pala12142, doi101126scienceaaa3716, doi101371journalpone0029234, doi101371journalpone0031838, doi101371journalpone0103152, doi1023071268794, doi1023073802723, druckenmiller2010a, openalexw2896296657"
}

A sistemática dos ophiuroideos encontra-se atualmente em um estado de turbulência, com estimativas moleculares recentes entrando em conflito fundamental com classificações tradicionais baseadas na morfologia. Aqui, tentamos uma revisão tardamente necessária de uma estimativa de filogenia morfológica dos Ophiuroidea, levando em conta os últimos insights sobre as características microestruturais do esqueleto dos braços. Nossa estimativa final baseia-se em um total de 45 táxons do grupo interno, incluindo 41 espécies recentes que cobrem toda a diversidade de táxons superiores de ophiuroideos extantes e 4 espécies fósseis conhecidas de material excepcionalmente preservado, e o Aganaster gregarius do Carbonífero Inferior como grupo externo. Um total de 130 caracteres foram avaliados diretamente em espécimes. A árvore resultante da análise de inferência bayesiana da matriz de dados completa está razoavelmente bem resolvida e bem suportada, refutando todas as classificações anteriores, com a maioria das famílias tradicionais sendo desacreditada como polifilética ou parafilética. Em contraste, nossa árvore concorda notavelmente bem com a última estimativa molecular, abrindo assim o caminho para uma nova classificação integrada dos Ophiuroidea. Entre os caracteres que foram qualitativamente encontrados como os que melhor concordam com a topologia da nossa árvore, selecionamos uma lista de sinapomorfias potenciais para futuras definições formais de clados. Além disso, uma análise com 13 dos táxons do grupo interno reduzida aos caracteres das placas laterais dos braços produziu uma árvore essencialmente semelhante à da matriz de dados completa. Isso sugere que as placas laterais dos braços dissociadas podem ser analisadas em combinação com táxons totalmente conhecidos e, assim, efetivamente desbloqueia o extenso registro de placas laterais dos braços fósseis para estimativas filogenéticas. Finalmente, a idade e a posição dentro da nossa árvore implicam que o grupo-coroa dos ophiuroideos já havia começado a diversificar-se no Triássico Inferior.

@article{doi101371journalpone0156140,
    author = "Thuy, Ben and Stöhr, Sabine",
    title = "A Nova Filogenia Morfológica dos Ophiuroidea (Echinodermata) Concorda com Evidências Moleculares e Torna Microfósseis Acessíveis para a Cladística",
    year = "2016",
    journal = "PLoS ONE",
    abstract = "A sistemática dos ophiuroideos encontra-se atualmente em um estado de turbulência, com estimativas moleculares recentes entrando em conflito fundamental com classificações tradicionais baseadas na morfologia. Aqui, tentamos uma revisão tardamente necessária de uma estimativa de filogenia morfológica dos Ophiuroidea, levando em conta os últimos insights sobre as características microestruturais do esqueleto dos braços. Nossa estimativa final baseia-se em um total de 45 táxons do grupo interno, incluindo 41 espécies recentes que cobrem toda a diversidade de táxons superiores de ophiuroideos extantes e 4 espécies fósseis conhecidas de material excepcionalmente preservado, e o Aganaster gregarius do Carbonífero Inferior como grupo externo. Um total de 130 caracteres foram avaliados diretamente em espécimes. A árvore resultante da análise de inferência bayesiana da matriz de dados completa está razoavelmente bem resolvida e bem suportada, refutando todas as classificações anteriores, com a maioria das famílias tradicionais sendo desacreditada como polifilética ou parafilética. Em contraste, nossa árvore concorda notavelmente bem com a última estimativa molecular, abrindo assim o caminho para uma nova classificação integrada dos Ophiuroidea. Entre os caracteres que foram qualitativamente encontrados como os que melhor concordam com a topologia da nossa árvore, selecionamos uma lista de sinapomorfias potenciais para futuras definições formais de clados. Além disso, uma análise com 13 dos táxons do grupo interno reduzida aos caracteres das placas laterais dos braços produziu uma árvore essencialmente semelhante à da matriz de dados completa. Isso sugere que as placas laterais dos braços dissociadas podem ser analisadas em combinação com táxons totalmente conhecidos e, assim, efetivamente desbloqueia o extenso registro de placas laterais dos braços fósseis para estimativas filogenéticas. Finalmente, a idade e a posição dentro da nossa árvore implicam que o grupo-coroa dos ophiuroideos já havia começado a diversificar-se no Triássico Inferior.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pone.0156140",
    doi = "10.1371/journal.pone.0156140",
    openalex = "W2408106615",
    references = "doi10108014772011003603556"
}

@article{doi101016jympev201702014,
    author = "Miller, Allison K. e Kerr, Alexander M. e Paulay, Gustav e Reich, Mike e Wilson, Nerida G. e Carvajal, Jose I. e Rouse, Greg W.",
    title = "Filogenia molecular de Holothuroidea (Echinodermata) existentes",
    year = "2017",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ympev.2017.02.014",
    doi = "10.1016/j.ympev.2017.02.014",
    openalex = "W2593325434",
    references = "doi101111j1469185x1984tb00411x"
}

Resumo A ordem Diplobathrida é um clado importante de crinóides camerados que abrange o Ordoviciano–Mississipiano, embora as relações filogenéticas tenham sido inferidas apenas para táxons ordovicianos. Isso tem dificultado os esforços para construir uma árvore da vida abrangente para crinóides e desenvolver um esquema de classificação que reflita adequadamente a história evolutiva dos diplobatrídeos. Aqui, aplico abordagens filogenéticas de máxima parcimônia e Bayesianas ao registro fóssil dos diplobatrídeos para inferir a maior árvore de crinóides fósseis até hoje, com mais de 100 gêneros incluídos. As árvores recuperadas fornecem um quadro para avaliar a classificação atual dos diplobatrídeos. Notavelmente, as divisões de subordem anteriores não são suportadas, e as divisões de superfamília exigirão modificações significativas. Embora sejam necessárias numerosas revisões para as famílias, a maioria pode ser mantida através da reatribuição de gêneros. Além disso, as árvores recuperadas foram utilizadas para produzir estimativas baseadas em filogenia da diversidade de linhagem dos diplobatrídeos. Ao considerar linhagens fantasma, as estimativas de riqueza baseadas em filogenia oferecem maior insight sobre as dinâmicas de diversificação e extinção do que as abordagens baseadas apenas na taxonomia tradicional e fornecem um resumo detalhado da história evolutiva de ~150 milhões de anos dos Diplobathrida. Este estudo constitui um passo importante para produzir uma filogenia dos Crinoidea e documentar as dinâmicas de diversidade dos crinóides. Além disso, servirá como um quadro para investigações subsequentes baseadas em filogenia de questões macroevolutivas.

@article{doi101111pala12401,
    author = "Cole, Selina R.",
    title = "Filogenia e história evolutiva de crinóides diplobatrídeos (Echinodermata)",
    year = "2018",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "Resumo A ordem Diplobathrida é um clado importante de crinóides camerados que abrange o Ordoviciano–Mississipiano, embora as relações filogenéticas tenham sido inferidas apenas para táxons ordovicianos. Isso tem dificultado os esforços para construir uma árvore da vida abrangente para crinóides e desenvolver um esquema de classificação que reflita adequadamente a história evolutiva dos diplobatrídeos. Aqui, aplico abordagens filogenéticas de máxima parcimônia e Bayesianas ao registro fóssil dos diplobatrídeos para inferir a maior árvore de crinóides fósseis até hoje, com mais de 100 gêneros incluídos. As árvores recuperadas fornecem um quadro para avaliar a classificação atual dos diplobatrídeos. Notavelmente, as divisões de subordem anteriores não são suportadas, e as divisões de superfamília exigirão modificações significativas. Embora sejam necessárias numerosas revisões para as famílias, a maioria pode ser mantida através da reatribuição de gêneros. Além disso, as árvores recuperadas foram utilizadas para produzir estimativas baseadas em filogenia da diversidade de linhagem dos diplobatrídeos. Ao considerar linhagens fantasma, as estimativas de riqueza baseadas em filogenia oferecem maior insight sobre as dinâmicas de diversificação e extinção do que as abordagens baseadas apenas na taxonomia tradicional e fornecem um resumo detalhado da história evolutiva de ~150 milhões de anos dos Diplobathrida. Este estudo constitui um passo importante para produzir uma filogenia dos Crinoidea e documentar as dinâmicas de diversidade dos crinóides. Além disso, servirá como um quadro para investigações subsequentes baseadas em filogenia de questões macroevolutivas.",
    url = "https://doi.org/10.1111/pala.12401",
    doi = "10.1111/pala.12401",
    openalex = "W2897788581",
    references = "doi101017jpa2016137, doi101017jpa2016142, doi101017jpa2017151, doi101017jpa201720, doi101017s0094837300003778, doi101093acprofosobl97801995871000010001, doi101093sysbiosys029, doi101111j2041210x201200223x, doi101126science1160006, doi101126science21545391501, doi101146annurevearth33092203122654, doi1012019781003077831, doi107312webb12678, openalexw2611511275"
}

As escalas de tempo são de importância fundamental para a biologia evolutiva, pois facilitam testes de hipóteses sobre processos evolutivos históricos. Através da incorporação de dados de ocorrência fóssil, o processo de nascimento-morte fossilizado (FBD) fornece um quadro para estimar tempos de divergência usando mais dados paleontológicos do que as abordagens tradicionais de calibração de nós permitiram. A inclusão de mais dados pode refinar as estimativas de escala de tempo evolutiva, mas para muitos grupos taxonômicos é computacionalmente inviável incluir todos os dados de ocorrência fóssil disponíveis. Aqui, utilizamos tanto dados empíricos quanto um quadro de simulação para identificar abordagens de subamostragem de dados de ocorrência fóssil que resultam nas estimativas mais precisas de tempos de divergência. Para alcançar isso, avaliamos o desempenho do modelo FBD-Skyline ao implementar múltiplas abordagens para incorporar dados de ocorrência fóssil subamostrados. Nossos resultados demonstram que é necessário levar em conta todos os dados de ocorrência fóssil disponíveis para alcançar as estimativas mais precisas da idade do clado. Mostramos que isso pode ser alcançado se uma abordagem de Bayes empírica, que leva em conta a amostragem fóssil ao longo do tempo, for aplicada ao processo FBD. A subamostragem aleatória de dados de ocorrência pode levar a estimativas da idade do clado que são incompatíveis com as evidências fóssis se não for imposta nenhuma controle sobre as afinidades das ocorrências fóssis. Nossos resultados colocam em questão a precisão de estudos anteriores de tempo de divergência que incorporaram o processo FBD e usaram apenas uma subamostra de todos os dados de ocorrência fóssil disponíveis.

@article{doi101093sysbiosyz037,
    author = "O’Reilly, Joseph e Donoghue, Philip C. J.",
    title = "O Efeito da Amostragem de Fósseis na Estimativa de Tempos de Divergência com o Processo de Nascimento–Morte Fossilizado",
    year = "2019",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "As escalas de tempo são de importância fundamental para a biologia evolutiva, pois facilitam testes de hipóteses sobre processos evolutivos históricos. Através da incorporação de dados de ocorrência fóssil, o processo de nascimento-morte fossilizado (FBD) fornece um quadro para estimar tempos de divergência usando mais dados paleontológicos do que as abordagens tradicionais de calibração de nós permitiram. A inclusão de mais dados pode refinar as estimativas de escala de tempo evolutiva, mas para muitos grupos taxonômicos é computacionalmente inviável incluir todos os dados de ocorrência fóssil disponíveis. Aqui, utilizamos tanto dados empíricos quanto um quadro de simulação para identificar abordagens de subamostragem de dados de ocorrência fóssil que resultam nas estimativas mais precisas de tempos de divergência. Para alcançar isso, avaliamos o desempenho do modelo FBD-Skyline ao implementar múltiplas abordagens para incorporar dados de ocorrência fóssil subamostrados. Nossos resultados demonstram que é necessário levar em conta todos os dados de ocorrência fóssil disponíveis para alcançar as estimativas mais precisas da idade do clado. Mostramos que isso pode ser alcançado se uma abordagem de Bayes empírica, que leva em conta a amostragem fóssil ao longo do tempo, for aplicada ao processo FBD. A subamostragem aleatória de dados de ocorrência pode levar a estimativas da idade do clado que são incompatíveis com as evidências fóssis se não for imposta nenhuma controle sobre as afinidades das ocorrências fóssis. Nossos resultados colocam em questão a precisão de estudos anteriores de tempo de divergência que incorporaram o processo FBD e usaram apenas uma subamostra de todos os dados de ocorrência fóssil disponíveis.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syz037",
    doi = "10.1093/sysbio/syz037",
    openalex = "W2946805451",
    references = "doi101017jpa2016141"
}