Biologia evolutiva

@article{openalexw2591687711,
    author = "de Beer, G. R.",
    title = "Evolução. Ensaios sobre aspectos da biologia evolutiva.",
    year = "1938",
    url = "https://openalex.org/W2591687711",
    openalex = "W2591687711"
}

@misc{ehrilch1963the1,
    author = "Ehrilch, P. R. e Holm, R. W",
    title = "O processo de evolução",
    year = "1963",
    howpublished = "Nova York, McGraw-Hill, 347 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Ehrilch, P. R., e Holm, R. W., 1963, O processo de evolução: Nova York, McGraw-Hill, 347 p.}"
}

@misc{erlich1967evolutionary2,
    author = "Erlich, P. e Birch, L. C",
    title = "História evolutiva e biologia populacional",
    year = "1967",
    howpublished = "Nature, v. 214, p. 349-352",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Erlich, P., e Birch, L. C., 1967, História evolutiva e biologia populacional: Nature, v. 214, p. 349-352.}"
}

@article{doi101111j155856461975tb00851x,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "THE GENÉTICA DA BASE DA MUDANÇA EVOLUCIONÁRIA",
    year = "1975",
    journal = "Evolução",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1975.tb00851.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1975.tb00851.x",
    openalex = "W1547248981"
}

@book{gould1977eternal4,
    author = "Gould, S. J",
    title = "Metáforas Eternas da Paleontologia, em Hallam, A., ed., Padrões de Evolução Ilustrados pelo Registro Fóssil",
    year = "1977",
    publisher = "Amsterdã, Elsevier, p. 1-26",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Gould, S. J., 1977, Metáforas Eternas da Paleontologia, em Hallam, A., ed., Padrões de Evolução Ilustrados pelo Registro Fóssil: Amsterdã, Elsevier, p. 1-26.}"
}

@misc{futuyma1979evolutionary3,
    author = "Futuyma, D. J",
    title = "Biologia Evolutiva",
    year = "1979",
    howpublished = "Sunderland, Mass., Sinauer Associates",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Futuyma, D. J., 1979, Biologia Evolutiva: Sunderland, Mass., Sinauer Associates.}"
}

@article{doi101007bf01731581,
    author = "Kimura, Motoo",
    title = "Um método simples para estimar as taxas evolutivas de substituições de bases através de estudos comparativos de sequências de nucleotídeos",
    year = "1980",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf01731581",
    doi = "10.1007/bf01731581",
    openalex = "W2065461553",
    references = "doi101007bf01653945, doi101007bf01732067, doi101007bf01732340, doi101016b9781483232119500097, doi101016s0021925817401566, doi101038217624a0, doi101038267275a0, doi101038scientificamerican117998, doi101073pnas7172848, doi101126science1643881788"
}

@misc{gould1980is5,
    author = "Gould, S. J",
    title = "Está surgindo uma nova e geral teoria da evolução?",
    year = "1980",
    howpublished = "Paleobiologia, v. 6, p. 119-130",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Gould, S. J., 1980, Está surgindo uma nova e geral teoria da evolução?: Paleobiologia, v. 6, p. 119-130.}"
}

@article{doi101007bf01734359,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "Árvores evolutivas a partir de sequências de DNA: Uma abordagem de máxima verossimilhança",
    year = "1981",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf01734359",
    doi = "10.1007/bf01734359",
    openalex = "W2102424972",
    references = "doi101007bf01659159, doi101007bf01797451, doi101093sysbio223240, doi101093sysbio274401, doi101111j155856461965tb01722x, doi101111j251761611977tb01600x, doi101126science1553760279, doi101159000152448, doi1023072412810, doi1023072412923, openalexw2341059552, openalexw3141390961"
}

Com o objetivo de analisar e interpretar dados sobre polimorfismo de DNA obtidos por sequenciamento de DNA ou técnica de enzimas de restrição, desenvolveu-se uma teoria matemática sobre a relação evolutiva esperada entre sequências de DNA (nucleons) amostradas, sob a suposição de que a mudança evolutiva dos nucleons é determinada exclusivamente por mutação e deriva genética aleatória. As propriedades estatísticas do número de diferenças de nucleotídeos entre nucleons escolhidos aleatoriamente e da heterozigose ou diversidade de nucleons são investigadas usando esta teoria. Estes estudos indicam que as estimativas do número médio de diferenças de nucleotídeos e da diversidade de nucleons têm uma grande variância, e uma grande parte desta variância é devido a fatores estocásticos. Portanto, aumentar o tamanho da amostra não ajuda a reduzir a variância significativamente. A distribuição das frequências alélicas (nucleomorfos) da amostra também é estudada, e mostra-se que um pequeno número de amostras é suficiente para conhecer o padrão de distribuição.

@article{doi101093genetics1052437,
    author = "Tajima, Fumio",
    title = "RELAÇÃO EVOLUTIVA DE SEQUÊNCIAS DE DNA EM POPULAÇÕES FINITAS",
    year = "1983",
    journal = "Genetics",
    abstract = "Com o objetivo de analisar e interpretar dados sobre polimorfismo de DNA obtidos por sequenciamento de DNA ou técnica de enzimas de restrição, desenvolveu-se uma teoria matemática sobre a relação evolutiva esperada entre sequências de DNA (nucleons) amostradas, sob a suposição de que a mudança evolutiva dos nucleons é determinada exclusivamente por mutação e deriva genética aleatória. As propriedades estatísticas do número de diferenças de nucleotídeos entre nucleons escolhidos aleatoriamente e da heterozigose ou diversidade de nucleons são investigadas usando esta teoria. Estes estudos indicam que as estimativas do número médio de diferenças de nucleotídeos e da diversidade de nucleons têm uma grande variância, e uma grande parte desta variância é devido a fatores estocásticos. Portanto, aumentar o tamanho da amostra não ajuda a reduzir a variância significativamente. A distribuição das frequências alélicas (nucleomorfos) da amostra também é estudada, e mostra-se que um pequeno número de amostras é suficiente para conhecer o padrão de distribuição.",
    url = "https://doi.org/10.1093/genetics/105.2.437",
    doi = "10.1093/genetics/105.2.437",
    openalex = "W1928220195",
    references = "doi1010160040580972900354, doi1010160040580974900252, doi1010160040580975900209, doi101017s000186780003994x, doi101073pnas7763605, doi101093genetics1032287, doi101093genetics893583, doi101093genetics971145, doi101111j155856461983tb05528x, doi1023072408186"
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@book{doi107312nei92038,
    author = "Nei, Masatoshi",
    title = "Genética Evolutiva Molecular",
    year = "1987",
    booktitle = "Columbia University Press eBooks",
    url = "https://doi.org/10.7312/nei-92038",
    doi = "10.7312/nei-92038",
    openalex = "W93588716"
}

@article{doi101007bf02100115,
    author = "Kishino, Hirohisa e Hasegawa, Masami",
    title = "Avaliação da estimativa de máxima verossimilhança das topologias da árvore evolutiva a partir de dados de sequências de DNA, e a ordem de ramificação em hominoidea",
    year = "1989",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf02100115",
    doi = "10.1007/bf02100115",
    openalex = "W2037667459",
    references = "doi101007978146121694015, doi101007bf01731581, doi101007bf01734101, doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi1010160016003259903680, doi101093sysbio274401, doi101109tac19741100705, doi101111j155856461985tb00420x, doi101126science15838051200, doi101214aoms1177729694, doi1023072412923, doi107312nei92038, sarich1967immunological"
}

Esta revisão trata dos seguintes sete aspectos dos tecidos esqueléticos e odontogênicos dos vertebrados. 1. A sequência evolutiva na qual os tecidos apareceram entre os táxons cranianos inferiores. 2. A associação topográfica entre os tecidos esqueléticos (cartilagem, osso) e dentários (dentina, cimento, esmalte) nos vertebrados mais antigos de cada táxon principal. 3. A origem desenvolvimental separada do exoesqueleto e do endoesqueleto. 4. A origem da crista neural dos tecidos esqueléticos e odontogênicos cranianos em vertebrados existentes. 5. A origem da crista neural dos tecidos esqueléticos e odontogênicos dérmicos do tronco em vertebrados existentes. 6. Os processos desenvolvimentais que controlam a diferenciação dos tecidos esqueléticos e odontogênicos em vertebrados existentes. 7. Manutenção das interações desenvolvimentais que regulam a diferenciação esquelética/odontogênica ao longo dos táxons de vertebrados. Derivamos doze postulados, oito relacionados aos primeiros tecidos esqueléticos e odontogênicos dos vertebrados e quatro relacionados ao desenvolvimento desses tecidos em vertebrados existentes, e extrapolamos os dados desenvolvimentais de volta à origem evolutiva dos tecidos esqueléticos e odontogênicos dos vertebrados. As conclusões que tiramos desta análise são as seguintes. 8. O exoesqueleto dérmico dos telodontes, heterostráceos e osteostráceos consistia em dentina, tecido de fixação (cimento ou osso) e osso. 9. Pode-se inferir que a cartilagem (não mineralizada) estava presente nos heterostráceos e osteostráceos, e que a cartilagem mineralizada globular estava presente no Eriptychius, um vertebrado do Ordoviciano Médio inicial não atribuído a nenhum grupo estabelecido, mas assumido ser um agnato ancestral. 10. O esmalte e possivelmente também o esmaltoide estavam presentes em alguns agnatos iniciais de afinidades incertas. A maioria dos tubérculos de dentina estava nua. 11. A aparência contemporânea de osso celular e acelular nos heterostráceos e osteostráceos durante o Ordoviciano não fornece nenhuma pista sobre se um é mais primitivo que o outro. 12. Interpretamos o aspidina como estando desenvolvimentalmente relacionada aos tecidos de fixação odontogênicos, seja mais próxima da dentina ou uma forma de cimento, em vez de derivada do osso. 13. A dentina está presente nos fósseis vertebrados assumidos mais antigos estratigraficamente (Câmbrico), atualmente incluídos apenas como Problemática, e é cladisticamente primitiva, em relação ao osso. 14. A primeira capacidade esquelética esquelética exoesquelética dos vertebrados foi expressa como dentículos de dentina. 15. A dentina, o osso de fixação associado à dentina, o osso basal ao qual os dentículos dérmicos estão fundidos e a cartilagem do exoesqueleto dérmico agnato do Ordoviciano foram todos derivados da crista neural e não do mesoderma. Portanto, os primeiros tecidos esqueléticos/odontogênicos dos vertebrados eram de origem da crista neural. (RESUMO CORTADO EM 400 PALAVRAS)

@article{doi101111j1469185x1990tb01427x,
    author = "Smith, Moya Meredith and Hall, Brian K.",
    title = "DEVELOPMENT AND EVOLUTIONARY ORIGINS OF VERTEBRATE SKELETOGENIC AND ODONTOGENIC TISSUES",
    year = "1990",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "Esta revisão trata dos seguintes sete aspectos dos tecidos esqueléticos e odontogênicos dos vertebrados. 1. A sequência evolutiva na qual os tecidos apareceram entre os táxons cranianos inferiores. 2. A associação topográfica entre os tecidos esqueléticos (cartilagem, osso) e dentários (dentina, cimento, esmalte) nos vertebrados mais antigos de cada táxon principal. 3. A origem desenvolvimental separada dos exoesqueletos e endoesqueletos. 4. A origem da crista neural dos tecidos esqueléticos e odontogênicos cranianos em vertebrados existentes. 5. A origem da crista neural dos tecidos esqueléticos e odontogênicos dérmicos do tronco em vertebrados existentes. 6. Os processos desenvolvimentais que controlam a diferenciação dos tecidos esqueléticos e odontogênicos em vertebrados existentes. 7. Manutenção das interações desenvolvimentais que regulam a diferenciação esquelética/odontogênica ao longo dos táxons de vertebrados. Derivamos doze postulados, oito relacionados aos tecidos esqueléticos e odontogênicos mais antigos dos vertebrados e quatro relacionados ao desenvolvimento desses tecidos em vertebrados existentes e extrapolamos os dados desenvolvimentais de volta à origem evolutiva dos tecidos esqueléticos e odontogênicos dos vertebrados. As conclusões que tiramos desta análise são as seguintes. 8. O exoesqueleto dérmico dos telodontes, heterostráceos e osteostráceos consistia em dentina, tecido de fixação (cimento ou osso) e osso. 9. Pode-se inferir que a cartilagem (não mineralizada) estava presente nos heterostráceos e osteostráceos, e que a cartilagem mineralizada globular estava presente em Eriptychius, um vertebrado do Ordoviciano Médio inicial não atribuído a nenhum grupo estabelecido, mas assumido ser um agnatão ancestral. 10. O esmalte e possivelmente também o esmaltoide estavam presentes em alguns agnatães iniciais de afinidades incertas. A maioria dos tubérculos de dentina estava nua. 11. A aparência simultânea de osso celular e acelular nos heterostráceos e osteostráceos durante o Ordoviciano não fornece nenhuma pista sobre se um é mais primitivo que o outro. 12. Interpretamos o aspidina como estando desenvolvimentalmente relacionada aos tecidos de fixação odontogênicos, seja mais próxima da dentina ou uma forma de cimento, em vez de derivada do osso. 13. A dentina está presente nos fósseis vertebrados assumidos mais antigos estratigraficamente (Cambriano), atualmente incluídos apenas como Problematica, e é cladisticamente primitiva, em relação ao osso. 14. A primeira capacidade esquelética esquelética dos vertebrados foi expressa como dentículos de dentina. 15. A dentina, o osso de fixação associado à dentina, o osso basal ao qual os dentículos dérmicos estão fundidos e a cartilagem do exoesqueleto dérmico agnatão do Ordoviciano foram todos derivados da crista neural e não do mesoderma. Portanto, os tecidos esqueléticos/odontogênicos mais antigos dos vertebrados eram de origem da crista neural.(RESUMO CORTADO EM 400 PALAVRAS)",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-185x.1990.tb01427.x",
    doi = "10.1111/j.1469-185x.1990.tb01427.x",
    openalex = "W2104126911",
    references = "doi10100797814615696887, doi101007bf02058654, doi1010160012160683903184, doi101017cbo9780511897948, doi101017s0016756800082856, doi101017s0080456800035237, doi101038282831a0, doi101038282833a0, doi101038scientificamerican0779122, doi10108002724634198110011886, doi10108002724634198410012014, doi101086413055, doi101093aesa323657, doi101111j109636421986tb00876x, doi101111j146363951940tb00339x, doi101111j146364091979tb00640x, doi101111j146364091980tb00660x, doi101111j1469185x1973tb01005x, doi101111j150239311983tb01993x, doi101111j150239311986tb00741x, doi101126science15737951472, doi101126science2204594268, doi101130gsab3153, doi1023072413259, doi1023072413454, doi1023072992444, doi105962bhltitle5752, doi105962bhltitle82144, halstead1969calcified, halstead1979agnathans, openalexw115975037, openalexw251296685, openalexw2591687711, openalexw2732375649, openalexw587905045"
}

Prólogo A Célula Bacteriana Enterica e a Era das Bactérias Variações sobre um Tema de Escherichia Parte I: Arquitetura Molecular e Montagem de Partes Celulares (11 capítulos) Parte II: Metabolismo e Fisiologia Geral (58 capítulos) Parte III: Utilização de Energia para Atividades Celulares (7 capítulos) Parte IV: Regulação da Expressão Gênica (19 capítulos) Parte V: Crescimento de Células e Culturas (12 capítulos) Parte VI: Genoma, Genética e Evolução (40 capítulos) Parte VII: Moleculopatogênese (7 capítulos)

@book{openalexw1512810258,
    author = "Neidhardt, Frederick C.",
    title = "Escherichia coli e Salmonella: biologia celular e molecular",
    year = "1996",
    booktitle = "ASM Press eBooks",
    abstract = "Prólogo A Célula Bacteriana Enterica e a Era das Bactérias Variações sobre um Tema de Escherichia Parte I: Arquitetura Molecular e Montagem de Partes Celulares (11 capítulos) Parte II: Metabolismo e Fisiologia Geral (58 capítulos) Parte III: Utilização de Energia para Atividades Celulares (7 capítulos) Parte IV: Regulação da Expressão Gênica (19 capítulos) Parte V: Crescimento de Células e Culturas (12 capítulos) Parte VI: Genoma, Genética e Evolução (40 capítulos) Parte VII: Moleculopatogênese (7 capítulos)",
    openalex = "W1512810258"
}

Toda forma de comportamento é moldada por tentativa e erro. Tal adaptação passo a passo pode ocorrer através da aprendizagem individual ou através da seleção natural, a base da evolução. Desde o trabalho de Maynard Smith e outros, percebeu-se como a teoria dos jogos pode modelar esse processo. A teoria dos jogos evolutiva substitui as soluções estáticas da teoria dos jogos clássica por uma abordagem dinâmica centrada não no conceito de jogadores racionais, mas na dinâmica populacional de programas comportamentais. Neste livro, os autores investigam a dinâmica não linear da autorregulação do comportamento social e econômico, e das interações entre espécies em comunidades ecológicas estreitamente relacionadas. As equações replicadoras descrevem como estratégias bem-sucedidas se espalham e, assim, criam novas condições que podem alterar a base de seu sucesso, ou seja, permitir-nos compreender as bases estratégicas e genéticas da crônica interminável de invasões e extinções que pontuam a evolução. Em suma, a teoria dos jogos evolutiva descreve quando escalar um conflito, como elicitar cooperação, por que esperar um equilíbrio dos sexos e como compreender a seleção natural em termos matemáticos.

@book{doi101017cbo9781139173179,
    author = "Hofbauer, Josef and Sigmund, Karl",
    title = "Evolutionary Games and Population Dynamics",
    year = "1998",
    booktitle = "Cambridge University Press eBooks",
    abstract = "Toda forma de comportamento é moldada por tentativa e erro. Tal adaptação passo a passo pode ocorrer através da aprendizagem individual ou através da seleção natural, a base da evolução. Desde o trabalho de Maynard Smith e outros, percebeu-se como a teoria dos jogos pode modelar esse processo. A teoria dos jogos evolutiva substitui as soluções estáticas da teoria dos jogos clássica por uma abordagem dinâmica centrada não no conceito de jogadores racionais, mas na dinâmica populacional de programas comportamentais. Neste livro, os autores investigam a dinâmica não linear da autorregulação do comportamento social e econômico, e das interações entre espécies em comunidades ecológicas estreitamente relacionadas. As equações replicadoras descrevem como estratégias bem-sucedidas se espalham e, assim, criam novas condições que podem alterar a base de seu sucesso, ou seja, permitir-nos compreender as bases estratégicas e genéticas da crônica interminável de invasões e extinções que pontuam a evolução. Em suma, a teoria dos jogos evolutiva descreve quando escalar um conflito, como elicitar cooperação, por que esperar um equilíbrio dos sexos e como compreender a seleção natural em termos matemáticos.",
    url = "https://doi.org/10.1017/cbo9781139173179",
    doi = "10.1017/cbo9781139173179",
    openalex = "W2085728653",
    references = "doi101007978146847862422, doi1010160040580977900429, doi101038119012b0, doi101086282272, doi1023071578, doi1023072965538, doi1023074549, doi1023075530, doi105962bhltitle4489"
}

Descrevemos a fauna de mamíferos não voadores do Rio Juruá, na Amazônia ocidental do Brasil, com base em coleções realizadas durante uma pesquisa de um ano ao longo do rio. Nós, juntamente com nossos colegas, os Drs. Claude Gascon e Carlos Peres, projetamos o projeto de campo para examinar os efeitos do rio na diferenciação entre vertebrados terrestres (mamíferos, aves e anfíbios e répteis) tanto nos níveis comunitários quanto populacionais. Este monográfico examina apenas os padrões de variação geográfica e estrutura comunitária dos mamíferos de pequeno porte. Inventários de espécies foram realizados em 16 localidades de armadilhas primárias divididas em oito pares de locais transversais ao rio, com dois pares em cada uma de quatro regiões, desde perto da foz até as nascentes do Rio Juruá. Foram obtidas um total de 81 espécies de mamíferos não voadores, incluindo nove novas para a ciência. Quatro delas são descritas aqui; as outras foram descritas em outros lugares. Utilizamos um protocolo padronizado de armadilhamento para avaliar a estrutura comunitária em cada uma das 16 localidades, que incluíam estações de armadilhas terrestres e de dossel em formações florestais de várzea (planície alagável) e terra firme (floresta de terra firme). Armadilhamento suplementar foi realizado em habitats secundários em todos os locais. Descrevemos esses locais, o esforço de armadilhamento realizado e a colocação das estações de armadilhas em relação aos habitats locais. Também descrevemos cada espécie de marsupial, roedor sciúrido, roedor murídeo e roedor ecimídeo encontrada; comentamos sobre sua sistemática; e resumimos aspectos do uso de habitat, história de vida, distribuição geográfica e diferenciação geográfica com base em características morfológicas e moleculares. Examinamos padrões de diferenciação no gene mitocondrial citocromo-b para amostras de 41 das 45 espécies de marsupiais e roedores obtidas dentro da Bacia do Rio Juruá, e discutimos esses padrões sob a perspectiva de toda a Amazônia e, em alguns casos, da Mata Atlântica do litoral do Brasil. Também examinamos padrões de organização comunitária dentro da bacia do Rio Juruá e em toda a Amazônia, chamando a atenção para a distribuição geográfica do que parecem ser unidades faunísticas principais que são independentes das diferenças de habitat. Finalmente, utilizamos princípios de filogeografia para analisar padrões de diferenciação geográfica entre os mamíferos não voadores em relação à Hipótese da Barreira Fluvial. Mostramos que, embora haja poucos exemplos de táxons para os quais o Rio Juruá parece ser uma barreira, a maioria dos táxons é ou pouco diferenciada em toda a bacia ou é nitidamente dividida em clados haplotípicos de mtDNA reciprocamente monofiléticos que podem ser separados em unidades a montante e a jusante. Argumentamos que a concordância na colocação geográfica das fronteiras dos clados sugere uma história comum; além disso, tanto a idade desses clados quanto sua posição geográfica em relação às características geológicas subjacentes sugerem que a evolução da forma do terreno tem sido um componente importante, mas pouco apreciado, da diversificação na Amazônia ocidental.

@article{doi1012060003009020002440001motrja20co2,
    author = "Patton, James L. and SILVA, MARIA NAZARETH F. DA and Malcolm, Jay R.",
    title = "MAMÍFEROS DO RIO JURUÁ E A DIVERSIFICAÇÃO EVOLUTIVA E ECOLÓGICA DA AMAZÔNIA",
    year = "2000",
    journal = "Bulletin of the American Museum of Natural History",
    abstract = "Descrevemos a fauna de mamíferos não voadores do Rio Juruá, na Amazônia ocidental do Brasil, com base em coleções feitas durante uma pesquisa de um ano ao longo do rio. Nós, juntamente com nossos colegas, os Drs. Claude Gascon e Carlos Peres, projetamos o projeto de campo para examinar os efeitos do rio na diferenciação entre vertebrados terrestres (mamíferos, aves e anfíbios e répteis) tanto nos níveis de comunidade quanto de população. Este monográfico examina apenas os padrões de variação geográfica e estrutura de comunidade dos mamíferos de pequeno porte. Foram realizadas inventários de espécies em 16 localidades de armadilha primárias divididas em oito pares de locais transversais ao rio, com dois pares em cada uma de quatro regiões, desde perto da foz até as nascentes do Rio Juruá. Foram obtidos um total de 81 espécies de mamíferos não voadores, incluindo nove novas para a ciência. Quatro delas são descritas aqui; as outras foram descritas em outros lugares. Usamos um protocolo de armadilha padronizado para avaliar a estrutura de comunidade em cada uma das 16 localidades, que incluíam estações de armadilha terrestres e de dossel em formações florestais de várzea (planície alagável) e terra firme (floresta de terra firme). Armadilhas suplementares foram feitas em habitats secundários em todos os locais. Descrevemos esses locais, o esforço de armadilha empregado e a colocação das estações de armadilha em relação aos habitats locais. Também descrevemos cada espécie de marsupial, roedor sciúrido, roedor murídeo e roedor ecimídeo encontrada; comentamos sobre sua sistemática; e resumimos aspectos do uso de habitat, história de vida, distribuição geográfica e diferenciação geográfica com base em características morfológicas e moleculares. Examinamos padrões de diferenciação no gene mitocondrial citocromo-b para amostras de 41 das 45 espécies de marsupiais e roedores obtidas dentro da Bacia do Rio Juruá, e discutimos esses padrões sob a perspectiva de toda a Amazônia e, em alguns casos, da Mata Atlântica do litoral do Brasil. Também examinamos padrões de organização de comunidade dentro da bacia do Rio Juruá e em toda a Amazônia, chamando a atenção para a distribuição geográfica do que parecem ser unidades faunísticas principais que são independentes das diferenças de habitat. Finalmente, usamos princípios de filogeografia para analisar padrões de diferenciação geográfica entre os mamíferos não voadores em relação à Hipótese da Barreira Fluvial. Mostramos que, embora haja poucos exemplos de táxons para os quais o Rio Juruá parece ser uma barreira, a maioria dos táxons é ou pouco diferenciada em toda a bacia ou é nitidamente dividida em clados haplotípicos de mtDNA reciprocamente monofiléticos que podem ser separados em unidades a montante e a jusante. Argumentamos que a concordância na colocação geográfica das fronteiras dos clados sugere uma história comum; além disso, tanto a idade desses clados quanto sua posição geográfica em relação às características geológicas subjacentes sugerem que a evolução da forma do terreno tem sido um componente importante, mas subestimado, da diversificação na Amazônia ocidental.",
    url = "https://doi.org/10.1206/0003-0090(2000)244<0001:motrja>2.0.co;2",
    doi = "10.1206/0003-0090(2000)244<0001:motrja>2.0.co;2",
    openalex = "W2135738065",
    references = "doi101093molbevmsab120, doi101111j155856461988tb04164x"
}

Além de alterar a ecologia global, a tecnologia e o crescimento da população humana também afetam as trajetórias evolutivas, acelerando dramaticamente a mudança evolutiva em outras espécies, especialmente em organismos comercialmente importantes, pragas e doenças. Tais mudanças são aparentes na resistência a antibióticos e ao vírus da imunodeficiência humana (HIV) a medicamentos, resistência de plantas e insetos a pesticidas, mudanças rápidas em espécies invasoras, mudanças no ciclo de vida na pesca comercial e adaptação de pragas a produtos de engenharia biológica. Essa evolução acelerada custa pelo menos 33 bilhões a 50 bilhões de dólares por ano nos Estados Unidos. O desaceleração e controle de corridas armamentistas no manejo de doenças e pragas têm sido bem-sucedidos em diversos sistemas ecológicos e econômicos, ilustrando como os princípios evolutivos aplicados podem ajudar a reduzir o impacto da humanidade na evolução.

@article{doi101126science29355361786,
    author = "Palumbi, Stephen R.",
    title = "Humanos como a Maior Força Evolutiva do Mundo",
    year = "2001",
    journal = "Science",
    abstract = "Além de alterar a ecologia global, a tecnologia e o crescimento da população humana também afetam as trajetórias evolutivas, acelerando dramaticamente a mudança evolutiva em outras espécies, especialmente em organismos comercialmente importantes, pragas e doenças. Tais mudanças são aparentes na resistência a antibióticos e ao vírus da imunodeficiência humana (HIV) a medicamentos, resistência de plantas e insetos a pesticidas, mudanças rápidas em espécies invasoras, mudanças no ciclo de vida na pesca comercial e adaptação de pragas a produtos de engenharia biológica. Essa evolução acelerada custa pelo menos 33 bilhões a 50 bilhões de dólares por ano nos Estados Unidos. O desaceleração e controle de corridas armamentistas no manejo de doenças e pragas têm sido bem-sucedidos em diversos sistemas ecológicos e econômicos, ilustrando como os princípios evolutivos aplicados podem ajudar a reduzir o impacto da humanidade na evolução.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.293.5536.1786",
    doi = "10.1126/science.293.5536.1786",
    openalex = "W2117753850"
}

▪ Abstract As contribuições do campo da biologia de populações oferecem perspectivas promissoras para compreender e gerenciar a invasividade; as espécies invasoras também oferecem excelentes oportunidades para estudar processos básicos na biologia de populações. Estudos de história de vida e modelos demográficos podem ser valiosos para examinar a introdução de espécies invasoras e identificar estágios da história de vida onde o gerenciamento será mais eficaz. Processos evolutivos podem ser características-chave na determinação se as espécies invasoras se estabelecem e se espalham. Estudos de diversidade genética e mudanças evolutivas devem ser úteis para compreender o potencial de colonização e estabelecimento, padrões geográficos de invasão e expansão de distribuição, tempos de latência e o potencial de respostas evolutivas a ambientes novos, incluindo práticas de gerenciamento. As consequências das invasões biológicas permitem o estudo de processos evolutivos básicos, pois as espécies invasoras frequentemente evoluem rapidamente em resposta a condições abióticas e bióticas novas, e as espécies nativas evoluem em resposta à invasão.

@article{doi101146annurevecolsys32081501114037,
    author = "Sakai, Ann K. e Allendorf, Fred W. e Holt, Jodie S. e Lodge, David M. e Molofsky, Jane e With, Kimberly A. e Baughman, Syndallas e Cabin, Robert J. e Cohen, Joel E. e Ellstrand, Norman C. e McCauley, David E. e O’Neil, Pamela e Parker, Ingrid M. e Thompson, John N. e Weller, Stephen G.",
    title = "The Population Biology of Invasive Species",
    year = "2001",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "▪ Abstract As contribuições do campo da biologia de populações oferecem perspectivas promissoras para compreender e gerenciar a invasividade; as espécies invasoras também oferecem excelentes oportunidades para estudar processos básicos na biologia de populações. Estudos de história de vida e modelos demográficos podem ser valiosos para examinar a introdução de espécies invasoras e identificar estágios da história de vida onde o gerenciamento será mais eficaz. Processos evolutivos podem ser características-chave na determinação se as espécies invasoras se estabelecem e se espalham. Estudos de diversidade genética e mudanças evolutivas devem ser úteis para compreender o potencial de colonização e estabelecimento, padrões geográficos de invasão e expansão de distribuição, tempos de latência e o potencial de respostas evolutivas a ambientes novos, incluindo práticas de gerenciamento. As consequências das invasões biológicas permitem o estudo de processos evolutivos básicos, pois as espécies invasoras frequentemente evoluem rapidamente em resposta a condições abióticas e bióticas novas, e as espécies nativas evoluem em resposta à invasão.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.32.081501.114037",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.32.081501.114037",
    openalex = "W2112388438",
    references = "doi1010079781489972149, doi1010079789400958517, doi1010160169534794902488, doi101016s0169534701021012, doi101023a1010086329619, doi10103835016000, doi101086282697, doi101126science28754591770, doi101146annurevecolsys27183, doi1015159781400881376, doi1018900012965819990801455tecoci20co2, doi1018901051076120000100689bicegc20co2, doi1023072257385, doi1023072529912, doi105962bhltitle27468, openalexw2169917233"
}

@article{doi101016s0169534702025545,
    author = "Lee, Carol Eunmi",
    title = "Genética evolutiva de espécies invasoras",
    year = "2002",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0169-5347(02)02554-5",
    doi = "10.1016/s0169-5347(02)02554-5",
    openalex = "W2155928419",
    references = "doi101038sjhdy6886170, doi101073pnas97137043, doi101073pnas97137051, doi101111j155856461951tb02788x, doi101126science2925517673, doi1016410006356820000500053eaecon23co2, doi1023072261425, doi1023072265769, doi1023072412809, doi104159harvard9780674865327, openalexw1554403518, openalexw1584633894"
}

@book{doi102307jctvjsf433,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "The Structure of Evolutionary Theory",
    year = "2002",
    booktitle = "Harvard University Press eBooks",
    url = "https://doi.org/10.2307/j.ctvjsf433",
    doi = "10.2307/j.ctvjsf433",
    openalex = "W4300925890"
}

Com sua base teórica firmemente estabelecida na genética evolutiva molecular e de populações, a análise comparativa de sequências de DNA e proteínas desempenha um papel central na reconstrução das histórias evolutivas de espécies e famílias de genes múltiplos, na estimativa das taxas de evolução molecular e na inferência da natureza e extensão das forças seletivas que moldam a evolução de genes e genomas. O escopo dessas investigações expandiu-se muito graças ao desenvolvimento de técnicas de sequenciamento de alto rendimento e de novos métodos estatísticos e computacionais. Esses métodos exigem programas de computador fáceis de usar. Um desses esforços foi produzir o software de Análise de Genética Evolutiva Molecular (MEGA), com foco em facilitar a exploração e análise da variação de sequências de DNA e proteínas sob uma perspectiva evolutiva. Atualmente em sua terceira versão principal, o MEGA3 contém recursos para alinhamento automático e manual de sequências, mineração baseada na web de bancos de dados, inferência de árvores filogenéticas, estimativa de distâncias evolutivas e teste de hipóteses evolutivas. Este artigo fornece uma visão geral dos métodos estatísticos, ferramentas computacionais e módulos de exploração visual para entrada de dados e dos resultados obtíveis no MEGA.

@article{doi101093bib52150,
    author = "Kumar, Sudhir",
    title = "MEGA3: Software integrado para Análise de Genética Evolutiva Molecular e alinhamento de sequências",
    year = "2004",
    journal = "Briefings in Bioinformatics",
    abstract = "Com sua base teórica firmemente estabelecida na genética evolutiva molecular e de populações, a análise comparativa de sequências de DNA e proteínas desempenha um papel central na reconstrução das histórias evolutivas de espécies e famílias de genes múltiplos, na estimativa das taxas de evolução molecular e na inferência da natureza e extensão das forças seletivas que moldam a evolução de genes e genomas. O escopo dessas investigações expandiu-se muito graças ao desenvolvimento de técnicas de sequenciamento de alto rendimento e de novos métodos estatísticos e computacionais. Esses métodos exigem programas de computador fáceis de usar. Um desses esforços foi produzir o software de Análise de Genética Evolutiva Molecular (MEGA), com foco em facilitar a exploração e análise da variação de sequências de DNA e proteínas sob uma perspectiva evolutiva. Atualmente em sua terceira versão principal, o MEGA3 contém recursos para alinhamento automático e manual de sequências, mineração baseada na web de bancos de dados, inferência de árvores filogenéticas, estimativa de distâncias evolutivas e teste de hipóteses evolutivas. Este artigo fornece uma visão geral dos métodos estatísticos, ferramentas computacionais e módulos de exploração visual para entrada de dados e dos resultados obtíveis no MEGA.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bib/5.2.150",
    doi = "10.1093/bib/5.2.150",
    openalex = "W2146396346",
    references = "doi101007bf01731581, doi101007bf02407308, doi101016b9781483232119500097, doi101093bioinformatics17121244, doi101093genetics1233585, doi101093nar22224673, doi101093nar25173389, doi101093oso97801951358480010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101093oxfordjournalsmolbeva040259, doi101093oxfordjournalsmolbeva040343, doi101093oxfordjournalsmolbeva040410, doi101093oxfordjournalsmolbeva040454, doi101093oxfordjournalsmolbeva040771, doi101111j155856461985tb00420x, doi1023072408678, doi1023072412074, doi105860choice392183, openalexw2032279931, openalexw3217097258"
}

A história evolutiva de um conjunto de táxons é geralmente representada por uma árvore filogenética, e este modelo tem facilitado grandemente a discussão e o teste de hipóteses. No entanto, é bem conhecido que cenários evolutivos mais complexos são mal descritos por tais modelos. Além disso, mesmo quando a evolução prossegue de maneira semelhante a uma árvore, a análise dos dados pode não ser melhor servida pelo uso de métodos que impõem uma estrutura de árvore, mas sim por uma visualização mais rica dos dados para avaliar suas propriedades, pelo menos como um primeiro passo essencial. Assim, redes filogenéticas devem ser empregadas quando eventos reticulados, como hibridização, transferência horizontal de genes, recombinação ou duplicação e perda de genes, são considerados envolvidos, e, mesmo na ausência de tais eventos, as redes filogenéticas têm um papel útil a desempenhar. Este artigo revisa a terminologia usada para redes filogenéticas e abrange tanto redes de divisão quanto redes reticuladas, como elas são definidas e como podem ser interpretadas. Além disso, o artigo esboça os inícios de um quadro estatístico abrangente para aplicar métodos de redes de divisão. Mostramos como as redes de divisão podem representar conjuntos de confiança de árvores e introduzimos um teste estatístico conservador para verificar se o sinal conflitante em uma rede é semelhante a uma árvore. Finalmente, este artigo descreve um novo programa, SplitsTree4, uma ferramenta interativa e abrangente para inferir diferentes tipos de redes filogenéticas a partir de sequências, distâncias e árvores.

@article{doi101093molbevmsj030,
    author = "Huson, Daniel H. e Bryant, David",
    title = "Aplicação de Redes Filogenéticas em Estudos Evolutivos",
    year = "2005",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "A história evolutiva de um conjunto de táxons é geralmente representada por uma árvore filogenética, e este modelo tem facilitado grandemente a discussão e o teste de hipóteses. No entanto, é bem conhecido que cenários evolutivos mais complexos são mal descritos por tais modelos. Além disso, mesmo quando a evolução prossegue de maneira semelhante a uma árvore, a análise dos dados pode não ser melhor servida pelo uso de métodos que impõem uma estrutura de árvore, mas sim por uma visualização mais rica dos dados para avaliar suas propriedades, pelo menos como um primeiro passo essencial. Assim, redes filogenéticas devem ser empregadas quando eventos reticulados, como hibridização, transferência horizontal de genes, recombinação ou duplicação e perda de genes, são considerados envolvidos, e, mesmo na ausência de tais eventos, as redes filogenéticas têm um papel útil a desempenhar. Este artigo revisa a terminologia usada para redes filogenéticas e abrange tanto redes de divisão quanto redes reticuladas, como elas são definidas e como podem ser interpretadas. Além disso, o artigo esboça os inícios de um quadro estatístico abrangente para aplicar métodos de redes de divisão. Mostramos como as redes de divisão podem representar conjuntos de confiança de árvores e introduzimos um teste estatístico conservador para verificar se o sinal conflitante em uma rede é semelhante a uma árvore. Finalmente, este artigo descreve um novo programa, SplitsTree4, uma ferramenta interativa e abrangente para inferir diferentes tipos de redes filogenéticas a partir de sequências, distâncias e árvores.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msj030",
    doi = "10.1093/molbev/msj030",
    openalex = "W2055298722",
    references = "doi101016s0169534700020267, doi101038nrg929, doi10108010635150390235520, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093molbevmsi111, doi101093sysbio463523, doi101111j155856461985tb00420x"
}

Resumo Estudos recentes documentaram taxas de evolução de fenótipos ecologicamente importantes suficientemente rápidas para terem o potencial de impactar o resultado de interações ecológicas enquanto elas estão em andamento. Observações deste tipo vão contra o senso comum aceito de que dinâmicas ecológicas e evolutivas ocorrem em escalas de tempo muito diferentes. Embora alguns autores tenham avaliado a rapidez de uma taxa evolutiva medida comparando-a com a distribuição geral de taxas evolutivas medidas, acreditamos que os ecologistas estão principalmente interessados na evolução rápida devido ao seu potencial de afetar processos ecológicos. Portanto, propomos que a evolução rápida seja definida como uma mudança genética que ocorre suficientemente rapidamente para ter um impacto mensurável na mudança ecológica simultânea. Usando esta definição, propomos um quadro para decompor taxas de mudança ecológica em componentes impulsionados por mudança evolutiva simultânea e por mudança em um fator não evolutivo (por exemplo, dinâmicas populacionais dependentes de densidade, mudança ambiental abiótica). A evolução é julgada como rápida neste contexto ecológico se sua contribuição para a mudança ecológica for grande em relação à contribuição de outros fatores. Fornecemos um exemplo prático desta abordagem baseado em uma interação teórica predador–presa [Abrams, P. & Matsuda, H. (1997). Evolution, 51, 1740], e encontramos que neste sistema o impacto da evolução das presas na taxa de crescimento per capita dos predadores é 63% da dinâmica ecológica interna. Em seguida, propomos métodos analíticos para medir essas contribuições em situações de campo e aplicamos-os a dois conjuntos de dados de longo prazo para os quais existem dados ecológicos e evolutivos adequados. Para ambos os conjuntos de dados, taxas relativamente altas de mudança evolutiva foram encontradas quando medidas como mudança de caracteres em desvios padrão por geração (haldanes). Para os tentilhões de Darwin evoluindo em resposta a chuvas flutuantes [Grant, P.R. & Grant, B.R. (2002). Science, 296, 707], estimamos que a mudança evolutiva tem sido mais rápida que a mudança ecológica por um fator de 2,2. Para uma população de copépodes de água doce cuja história de vida evolui em resposta à predação flutuante de peixes [Hairston, N.G. Jr & Dillon, T.A. (1990). Evolution, 44, 1796], encontramos que a mudança evolutiva tem sido cerca de um quarto da taxa de mudança ecológica – menos que no exemplo dos tentilhões, mas ainda assim substancial. Essas análises apoiam a visão de que, para entender as dinâmicas temporais em processos ecológicos, é crucial considerar o grau em que os atributos do sistema em investigação estão mudando simultaneamente como resultado da evolução rápida.

@article{doi101111j14610248200500812x,
    author = "Hairston, Nelson G. and Ellner, Stephen P. and Geber, Monica A. and Yoshida, Takehito and Fox, Jennifer",
    title = "Evolução rápida e a convergência de escalas de tempo ecológica e evolutiva",
    year = "2005",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "Abstract Estudos recentes documentaram taxas de evolução de fenótipos ecologicamente importantes suficientemente rápidas para terem o potencial de impactar o resultado de interações ecológicas enquanto elas estão em andamento. Observações deste tipo vão contra o senso comum aceito de que dinâmicas ecológicas e evolutivas ocorrem em escalas de tempo muito diferentes. Embora alguns autores tenham avaliado a rapidez de uma taxa evolutiva medida comparando-a com a distribuição geral de taxas evolutivas medidas, acreditamos que os ecologistas estão principalmente interessados na evolução rápida devido ao seu potencial de afetar processos ecológicos. Portanto, propomos que a evolução rápida seja definida como uma mudança genética ocorrendo suficientemente rapidamente para ter um impacto mensurável na mudança ecológica simultânea. Usando esta definição, propomos um quadro para decompor taxas de mudança ecológica em componentes impulsionados por mudança evolutiva simultânea e por mudança em um fator não-evolutivo (por exemplo, dinâmicas populacionais dependentes da densidade, mudança ambiental abiótica). A evolução é julgada como rápida neste contexto ecológico se sua contribuição para a mudança ecológica for grande em relação à contribuição de outros fatores. Fornecemos um exemplo prático desta abordagem baseado em uma interação teórica predador-presa [Abrams, P. \& Matsuda, H. (1997). Evolution, 51, 1740], e encontramos que neste sistema o impacto da evolução das presas na taxa de crescimento per capita dos predadores é de 63% da dinâmica ecológica interna. Em seguida, propomos métodos analíticos para medir essas contribuições em situações de campo e aplicamos-os a dois conjuntos de dados de longo prazo para os quais existem dados ecológicos e evolutivos adequados. Para ambos os conjuntos de dados, taxas relativamente altas de mudança evolutiva foram encontradas quando medidas como mudança de caracteres em desvios padrão por geração (haldanes). Para os tentilhões de Darwin evoluindo em resposta a chuvas flutuantes [Grant, P.R. \& Grant, B.R. (2002). Science, 296, 707], estimamos que a mudança evolutiva tem sido mais rápida que a mudança ecológica por um fator de 2,2. Para uma população de copépodes de água doce cuja história de vida evolui em resposta à predação flutuante de peixes [Hairston, N.G. Jr \& Dillon, T.A. (1990). Evolution, 44, 1796], encontramos que a mudança evolutiva tem sido cerca de um quarto da taxa de mudança ecológica – menos que no exemplo dos tentilhões, mas ainda assim substancial. Essas análises suportam a visão de que, para entender as dinâmicas temporais em processos ecológicos, é crucial considerar o grau em que os atributos do sistema em investigação estão mudando simultaneamente como resultado da evolução rápida.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1461-0248.2005.00812.x",
    doi = "10.1111/j.1461-0248.2005.00812.x",
    openalex = "W1541870771",
    references = "doi10100797894010058529, doi1010160169534787900280, doi101023a1013311015886, doi101038nature01767, doi101093aibsbulletin2214b, doi101126science1070315, doi101126science2224620159, doi101126science2925517673, doi1015159781400885695, doi101890030788, doi1023071435536, doi1023071445906, doi1023074785, doi105860choice306153"
}

▪ Resumo O conservadorismo de nicho é a tendência das espécies de reter características ecológicas ancestrais. Na literatura recente, emergiu um debate sobre se os nichos são conservados. Sugerimos que simplesmente testar se os nichos são conservados não é por si só particularmente útil ou interessante e que um foco mais útil é nos padrões que o conservadorismo de nicho pode (ou não) criar. Focamos especificamente em como o conservadorismo de nicho nas tolerâncias climáticas pode limitar a expansão do alcance geográfico e como este tipo de conservadorismo de nicho pode ser importante em (a) especiação alopátrica, (b) biogeografia histórica, (c) padrões de riqueza de espécies, (d) estrutura da comunidade, (e) a propagação de espécies invasoras introduzidas pelo ser humano, (f) respostas das espécies às mudanças climáticas globais e (g) história humana, de 13.000 anos atrás até o presente. Descrevemos como esses efeitos do conservadorismo de nicho podem ser examinados com novas ferramentas para modelagem de nicho ecológico.

@article{doi101146annurevecolsys36102803095431,
    author = "Wiens, John J. e Graham, Catherine H.",
    title = "Niche Conservatism: Integrating Evolution, Ecology, and Conservation Biology",
    year = "2005",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "▪ Resumo O conservadorismo de nicho é a tendência das espécies de reter características ecológicas ancestrais. Na literatura recente, emergiu um debate sobre se os nichos são conservados. Sugerimos que simplesmente testar se os nichos são conservados não é por si só particularmente útil ou interessante e que um foco mais útil é nos padrões que o conservadorismo de nicho pode (ou não) criar. Focamos especificamente em como o conservadorismo de nicho nas tolerâncias climáticas pode limitar a expansão do alcance geográfico e como este tipo de conservadorismo de nicho pode ser importante em (a) especiação alopátrica, (b) biogeografia histórica, (c) padrões de riqueza de espécies, (d) estrutura da comunidade, (e) a propagação de espécies invasoras introduzidas pelo ser humano, (f) respostas das espécies às mudanças climáticas globais e (g) história humana, de 13.000 anos atrás até o presente. Descrevemos como esses efeitos do conservadorismo de nicho podem ser examinados com novas ferramentas para modelagem de nicho ecológico.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.36.102803.095431",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.36.102803.095431",
    openalex = "W2113375225",
    references = "doi101016jtree200409011, doi101016s0169534702000447, doi101017cbo9780511623387, doi101093oso97801985491780010001, doi101111j001438202004tb00461x, doi101111j109583122001tb01368x, doi101126science27953592115, doi101126science28554311265, doi101126science7701342, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi101146annurevecolsys34012103144032, doi1023071444927, doi1023071933500, doi1023073515466, doi105860choice332720, openalexw2037503630, openalexw2273605253"
}

Mudanças ecológicas na fenologia e distribuição de plantas e animais estão ocorrendo em todos os grupos marinhos, de água doce e terrestres bem estudados. Essas mudanças observadas estão fortemente enviesadas nas direções previstas pelo aquecimento global e foram associadas a mudanças climáticas locais ou regionais através de correlações entre clima e variação biológica, experimentos de campo e laboratório, e pesquisa fisiológica. Espécies com distribuição restrita, particularmente espécies polares e de topo de montanha, mostram contrações severas de distribuição e foram os primeiros grupos nos quais espécies inteiras se extinguiram devido às mudanças climáticas recentes. Recifes de coral tropicais e anfíbios foram mais negativamente afetados. Interações predador-presa e planta-inseto foram interrompidas quando as espécies interagentes responderam de maneira diferente ao aquecimento. Adaptações evolutivas a condições mais quentes ocorreram no interior das faunas das espécies, e o uso de recursos e a dispersão evoluíram rapidamente nas margens de distribuição em expansão. Mudanças genéticas observadas modulam os efeitos locais das mudanças climáticas, mas há pouca evidência de que elas mitigarão os efeitos negativos no nível das espécies.

@article{doi101146annurevecolsys37091305110100,
    author = "Parmesan, Camille",
    title = "Ecological and Evolutionary Responses to Recent Climate Change",
    year = "2006",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "Mudanças ecológicas na fenologia e distribuição de plantas e animais estão ocorrendo em todos os grupos marinhos, de água doce e terrestres bem estudados. Essas mudanças observadas estão fortemente enviesadas nas direções previstas pelo aquecimento global e foram associadas a mudanças climáticas locais ou regionais através de correlações entre clima e variação biológica, experimentos de campo e laboratório, e pesquisa fisiológica. Espécies com distribuição restrita, particularmente espécies polares e de topo de montanha, mostram contrações severas de distribuição e foram os primeiros grupos nos quais espécies inteiras se extinguiram devido às mudanças climáticas recentes. Recifes de coral tropicais e anfíbios foram mais negativamente afetados. Interações predador-presa e planta-inseto foram interrompidas quando as espécies interagentes responderam de maneira diferente ao aquecimento. Adaptações evolutivas a condições mais quentes ocorreram no interior das faunas das espécies, e o uso de recursos e a dispersão evoluíram rapidamente nas margens de distribuição em expansão. Mudanças genéticas observadas modulam os efeitos locais das mudanças climáticas, mas há pouca evidência de que elas mitigarão os efeitos negativos no nível das espécies.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.37.091305.110100",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.37.091305.110100",
    openalex = "W2135858501",
    references = "doi1010160169534794902488, doi10103835079180, doi101038369448a0, doi101038382146a0, doi101038386698a0, doi101038nature01286, doi101038nature04095, doi101038nature04246, doi101071mf99078, doi101093aesa492190, doi101126science28954872068, doi101126science2925517673, doi1023071939337, doi1023071940431, doi105860choice301495, openalexw1500291103, openalexw2151235472"
}

Making Sense of Exploration explora a biologia evolutiva contemporânea, focando nos elementos das teorias-seleção, adaptação e espécie-que são complexos e abertos a múltiplas interpretações possíveis, muitas das quais são incompatíveis entre si e com outras práticas aceitas na disciplina. Métodos experimentais particulares, por exemplo, podem exigir uma compreensão de seleção, enquanto a aplicação do mesmo conceito a outra área da biologia evolutiva poderia necessitar de uma definição muito diferente. Destacando essas dificuldades conceituais e apresentando interpretações teóricas alternativas que aliviam essa incompatibilidade, Massimo Pigliucci e Jonathan Kaplan entrelaçam análise científica e filosófica para produzir uma imagem coerente da biologia evolutiva. Inovador e controverso, Making Sense of Evolution incentiva o desenvolvimento adicional da Síntese Moderna e descreve o que pode ser necessário para o refinamento contínuo deste campo em evolução.

@book{openalexw1524234678,
    author = "Pigliucci, Massimo e Kaplan, Jonathan Michael",
    title = "Making Sense of Evolution: The Conceptual Foundations of Evolutionary Biology",
    year = "2006",
    abstract = "Making Sense of Exploration explora a biologia evolutiva contemporânea, focando nos elementos das teorias-seleção, adaptação e espécie-que são complexos e abertos a múltiplas interpretações possíveis, muitas das quais são incompatíveis entre si e com outras práticas aceitas na disciplina. Métodos experimentais particulares, por exemplo, podem exigir uma compreensão de seleção, enquanto a aplicação do mesmo conceito a outra área da biologia evolutiva poderia necessitar de uma definição muito diferente. Destacando essas dificuldades conceituais e apresentando interpretações teóricas alternativas que aliviam essa incompatibilidade, Massimo Pigliucci e Jonathan Kaplan entrelaçam análise científica e filosófica para produzir uma imagem coerente da biologia evolutiva. Inovador e controverso, Making Sense of Evolution incentiva o desenvolvimento adicional da Síntese Moderna e descreve o que pode ser necessário para o refinamento contínuo deste campo em evolução.",
    url = "https://openalex.org/W1524234678",
    openalex = "W1524234678"
}

Anunciamos o lançamento da quarta versão do software MEGA, que expande as instalações existentes para edição de dados de sequências de DNA de autosequenciadores, mineração de bancos de dados na Web, realização de alinhamento de sequências automático e manual, análise de alinhamentos de sequências para estimar distâncias evolutivas, inferência de árvores filogenéticas e teste de hipóteses evolutivas. A versão 4 inclui uma instalação única para gerar legendas, escritas no formato de legenda de figura, a fim de fornecer descrições em linguagem natural dos modelos e métodos usados nas análises. Esta instalação visa promover uma melhor compreensão das suposições subjacentes usadas nas análises e dos resultados gerados. Outra nova característica é o método de Verossimilhança Composta Máxima (MCL) para estimar distâncias evolutivas entre todos os pares de sequências simultaneamente, com e sem incorporar variação de taxas entre sítios e heterogeneidades de padrão de substituição entre linhagens. Este método MCL também pode ser usado para estimar viés de transição/transversão e padrão de substituição de nucleotídeos sem conhecimento da árvore filogenética. Esta nova versão é um aplicativo nativo de 32 bits para Windows com suporte a multithreading e multiusuário, e também está disponível para rodar em um ambiente de desktop Linux (via a camada de compatibilidade Wine) e em computadores Macintosh baseados em Intel sob o programa Parallels. A versão atual do MEGA está disponível gratuitamente em (http://www.megasoftware.net).

@article{doi101093molbevmsm092,
    author = "Tamura, Koichiro e Dudley, Joel T. e Nei, M e Kumar, Sudhir",
    title = "MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) Software Version 4.0",
    year = "2007",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Anunciamos o lançamento da quarta versão do software MEGA, que expande as instalações existentes para edição de dados de sequências de DNA de autosequenciadores, mineração de bancos de dados na Web, realização de alinhamento de sequências automático e manual, análise de alinhamentos de sequências para estimar distâncias evolutivas, inferência de árvores filogenéticas e teste de hipóteses evolutivas. A versão 4 inclui uma instalação única para gerar legendas, escritas no formato de legenda de figura, a fim de fornecer descrições em linguagem natural dos modelos e métodos usados nas análises. Esta instalação visa promover uma melhor compreensão das suposições subjacentes usadas nas análises e dos resultados gerados. Outra nova característica é o método de Verossimilhança Composta Máxima (MCL) para estimar distâncias evolutivas entre todos os pares de sequências simultaneamente, com e sem incorporar variação de taxas entre sítios e heterogeneidades de padrão de substituição entre linhagens. Este método MCL também pode ser usado para estimar viés de transição/transversão e padrão de substituição de nucleotídeos sem conhecimento da árvore filogenética. Esta nova versão é um aplicativo nativo de 32 bits para Windows com suporte a multithreading e multiusuário, e também está disponível para rodar em um ambiente de desktop Linux (via a camada de compatibilidade Wine) e em computadores Macintosh baseados em Intel sob o programa Parallels. A versão atual do MEGA está disponível gratuitamente em (http://www.megasoftware.net).",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msm092",
    doi = "10.1093/molbev/msm092",
    openalex = "W2125121305",
    references = "doi101007bf01733904, doi101073pnas0404206101, doi101093bib52150, doi101093bioinformaticsbtm239, doi101093nar22224673, doi101093oxfordjournalsmolbeva025625, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101093oxfordjournalsmolbeva040454, openalexw1588193375"
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BEAST é um pacote de análise evolutiva poderoso e flexível para variação de sequências moleculares. Ele também fornece um recurso para o desenvolvimento adicional de novos modelos e métodos estatísticos de análise evolutiva.

@article{doi101186147121487214,
    author = "Drummond, Alexei J. e Rambaut, Andrew",
    title = "BEAST: análise evolutiva bayesiana por amostragem de árvores",
    year = "2007",
    journal = "BMC Evolutionary Biology",
    abstract = "BEAST é um pacote de análise evolutiva poderoso e flexível para variação de sequências moleculares. Ele também fornece um recurso para o desenvolvimento adicional de novos modelos e métodos estatísticos de análise evolutiva.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1471-2148-7-214",
    doi = "10.1186/1471-2148-7-214",
    openalex = "W2110835349",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf02101694, doi101007bf02101990, doi101016b9781483227344500176, doi101016s0169534703002167, doi10106311699114, doi101073pnas6341088, doi10108010635150290102456, doi101093bioinformatics178754, doi101093biomet57197, doi101093molbevmsi103, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi101093oxfordjournalsmolbeva040153, doi101126science1101074, doi101371journalpbio0040088, rambaut1998estimating"
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As interações entre seleção natural e mudanças ambientais são bem reconhecidas e situam-se no cerne da ecologia e da biologia evolutiva. As interações recíprocas entre ecologia e evolução, retroalimentações eco-evolutivas, são menos estudadas, embora possam ser críticas para compreender a evolução da diversidade biológica, a estrutura das comunidades e a função dos ecossistemas. As retroalimentações eco-evolutivas exigem que as populações alterem seu ambiente (construção de nicho) e que essas mudanças no ambiente retroalimentem para influenciar a evolução subsequente da população. Existem fortes evidências de que os organismos influenciam seu ambiente através da predação, excreção de nutrientes e modificação de habitat, e de que as populações evoluem em resposta a mudanças em seu ambiente em escalas de tempo congruentes com a mudança ecológica (evolução contemporânea). Aqui, delineamos como a construção de nicho e a evolução contemporânea interagem para alterar a direção da evolução e a estrutura e função de comunidades e ecossistemas. Em seguida, apresentamos cinco sistemas empíricos que destacam características importantes das retroalimentações eco-evolutivas: quimostatos de rotífero-alga; interações entre alewife e zooplâncton em lagos; evolução do ciclo de vida de guppy e ciclagem de nutrientes em riachos; predadores de sementes avianos e plantas; e química de folhas de árvores e processos do solo. O sistema alewife–zooplâncton fornece a evidência mais completa para retroalimentações eco-evolutivas, mas outros sistemas destacam o potencial de retroalimentações eco-evolutivas em uma ampla variedade de sistemas naturais.

@article{doi101098rstb20090012,
    author = "Post, David M. e Palkovacs, Eric P.",
    title = "Retroalimentações eco-evolutivas na ecologia de comunidades e ecossistemas: interações entre o teatro ecológico e a peça evolutiva",
    year = "2009",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "As interações entre seleção natural e mudanças ambientais são bem reconhecidas e situam-se no cerne da ecologia e da biologia evolutiva. As interações recíprocas entre ecologia e evolução, retroalimentações eco-evolutivas, são menos estudadas, embora possam ser críticas para compreender a evolução da diversidade biológica, a estrutura das comunidades e a função dos ecossistemas. As retroalimentações eco-evolutivas exigem que as populações alterem seu ambiente (construção de nicho) e que essas mudanças no ambiente retroalimentem para influenciar a evolução subsequente da população. Existem fortes evidências de que os organismos influenciam seu ambiente através da predação, excreção de nutrientes e modificação de habitat, e de que as populações evoluem em resposta a mudanças em seu ambiente em escalas de tempo congruentes com a mudança ecológica (evolução contemporânea). Aqui, delineamos como a construção de nicho e a evolução contemporânea interagem para alterar a direção da evolução e a estrutura e função de comunidades e ecossistemas. Em seguida, apresentamos cinco sistemas empíricos que destacam características importantes das retroalimentações eco-evolutivas: quimostatos de rotífero-alga; interações entre alewife e zooplâncton em lagos; evolução do ciclo de vida de guppy e ciclagem de nutrientes em riachos; predadores de sementes avianos e plantas; e química de folhas de árvores e processos do solo. O sistema alewife–zooplâncton fornece a evidência mais completa para retroalimentações eco-evolutivas, mas outros sistemas destacam o potencial de retroalimentações eco-evolutivas em uma ampla variedade de sistemas naturais.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.2009.0012",
    doi = "10.1098/rstb.2009.0012",
    openalex = "W2113720451",
    references = "doi101007978146124018114, doi101016b0122268652001759, doi101016s016953470102198x, doi101086282400, doi101111j13652435200701275x, doi101111j13652435200701278x, doi101111j13652435200701289x, doi101126science150369228, doi101146annurevecolsys31179, doi1015159781400847266, doi1023071312990, doi1023073545850, doi107208chicago97802261186970010001, openalexw1973833797, openalexw2040817479"
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A crescente disponibilidade de dados filogenéticos, poder computacional e ferramentas de informática facilitou uma rápida expansão de estudos que aplicam dados e métodos filogenéticos à ecologia de comunidades. São revisados vários domínios-chave nos quais as informações filogenéticas ajudam a resolver controvérsias de longa data na ecologia de comunidades, desafiam pressupostos anteriores e abrem novas áreas de investigação. Em particular, estudos em ecologia filogenética de comunidades ajudaram a revelar a multiplicidade de processos que impulsionam a montagem de comunidades e demonstraram a importância da evolução no processo de montagem. As abordagens filogenéticas também aumentaram a compreensão das consequências das interações de comunidades para a especiação, adaptação e extinção. Finalmente, a estrutura e composição filogenética das comunidades oferecem perspectivas promissoras para prever processos ecossistêmicos e impactos das mudanças globais. Permanecem grandes desafios para o avanço destas áreas. Em particular, determinar em que medida as características ecologicamente relevantes são filogeneticamente conservadas ou convergentes, e em que escala temporal, é crítico para compreender as causas da estrutura filogenética das comunidades e suas consequências evolutivas e ecossistêmicas. Aproveitar as informações filogenéticas para compreender e prever alterações na diversidade e dinâmica das comunidades é um passo crítico na gestão e restauração da biota da Terra em tempos de rápida mudança global.

@article{doi101111j14610248200901314x,
    author = "Cavender‐Bares, Jeannine and Kozak, Kenneth H. and Fine, Paul V. A. and Kembel, Steven W.",
    title = "The merging of community ecology and phylogenetic biology",
    year = "2009",
    journal = "Ecology Letters",
    abstract = "The increasing availability of phylogenetic data, computing power and informatics tools has facilitated a rapid expansion of studies that apply phylogenetic data and methods to community ecology. Several key areas are reviewed in which phylogenetic information helps to resolve long-standing controversies in community ecology, challenges previous assumptions, and opens new areas of investigation. In particular, studies in phylogenetic community ecology have helped to reveal the multitude of processes driving community assembly and have demonstrated the importance of evolution in the assembly process. Phylogenetic approaches have also increased understanding of the consequences of community interactions for speciation, adaptation and extinction. Finally, phylogenetic community structure and composition holds promise for predicting ecosystem processes and impacts of global change. Major challenges to advancing these areas remain. In particular, determining the extent to which ecologically relevant traits are phylogenetically conserved or convergent, and over what temporal scale, is critical to understanding the causes of community phylogenetic structure and its evolutionary and ecosystem consequences. Harnessing phylogenetic information to understand and forecast changes in diversity and dynamics of communities is a critical step in managing and restoring the Earth's biota in a time of rapid global change.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1461-0248.2009.01314.x",
    doi = "10.1111/j.1461-0248.2009.01314.x",
    openalex = "W2102384105",
    references = "doi1010160006320792912013, doi101016jppees200710001, doi101016jtree200409011, doi101038nature02403, doi10108010635150802302427, doi101086282505, doi101086282687, doi101093aibsbulletin2214b, doi101098rspb20080630, doi101111j14610248200701020x, doi101111j155856461964tb01674x, doi101111j15585646200800317x, doi101126science2304728895, doi101126science2354785167, doi101126science27953592115, doi101146annurevecolsys311343, doi101146annurevecolsys33010802150448, doi1015159781400881376, doi101722611310, doi1023071435536, doi1023071446122, doi1023072259756, doi1023073071998, doi1023073544421, doi1023074549, doi105860choice432194, doi105962bhltitle56234, doi107208chicago97802261186970010001, openalexw2273605253"
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A teoria evolutiva está passando por um período intenso de discussão e reavaliação. Isso, ao contrário das alegações enganosas dos criacionistas e de outros pseudocientistas, não é prenúncio de uma crise, mas sim o oposto: o campo está se expandindo dramaticamente em termos tanto de descobertas empíricas quanto de novas ideias. Neste ensaio, rastreio brevemente a história conceitual da teoria evolutiva do darwinismo ao neodarwinismo, e da Síntese Moderna ao que refiro como a Síntese Estendida, um quadro conceitual mais inclusivo que contém, entre outros, evo-devo, uma teoria expandida da hereditariedade, elementos da teoria da complexidade, ideias sobre evolvabilidade e uma reavaliação dos níveis de seleção. Argumento que a biologia evolutiva nunca viu uma mudança de paradigma, no sentido filosófico do termo, exceto quando passou da teologia natural à ciência empírica no meio do século XIX. A Síntese Estendida, portanto, é uma expansão da Síntese Moderna dos anos 1930 e 1940, e uma que, como seu predecessor, provavelmente levará décadas para ser concluída.

@article{doi101111j17496632200904578x,
    author = "Pigliucci, Massimo",
    title = "Uma Síntese Estendida para a Biologia Evolutiva",
    year = "2009",
    journal = "Anais da Academia de Ciências de Nova York",
    abstract = "A teoria evolutiva está passando por um período intenso de discussão e reavaliação. Isso, ao contrário das alegações enganosas dos criacionistas e de outros pseudocientistas, não é prenúncio de uma crise, mas sim o oposto: o campo está se expandindo dramaticamente em termos tanto de descobertas empíricas quanto de novas ideias. Neste ensaio, rastreio brevemente a história conceitual da teoria evolutiva do darwinismo ao neodarwinismo, e da Síntese Moderna ao que refiro como a Síntese Estendida, um quadro conceitual mais inclusivo que contém, entre outros, evo-devo, uma teoria expandida da hereditariedade, elementos da teoria da complexidade, ideias sobre evolvabilidade e uma reavaliação dos níveis de seleção. Argumento que a biologia evolutiva nunca viu uma mudança de paradigma, no sentido filosófico do termo, exceto quando passou da teologia natural à ciência empírica no meio do século XIX. A Síntese Estendida, portanto, é uma expansão da Síntese Moderna dos anos 1930 e 1940, e uma que, como seu predecessor, provavelmente levará décadas para ser concluída.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1749-6632.2009.04578.x",
    doi = "10.1111/j.1749-6632.2009.04578.x",
    openalex = "W2007542899",
    references = "doi101017cbo9780511498541, doi101017s0080456800012163, doi10106313050879, doi101093aibsbulletin2214b, doi101093oso97801951223430010001, doi101111j13652435200701283x, doi1015159780691183978018, doi101722611310, doi1023072217783, doi105860choice422215, doi107312steb94536, openalexw1524234678, openalexw3135630760"
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Os cientistas de hoje enfrentam o enorme desafio de prever como as mudanças climáticas afetarão as distribuições de espécies e assemblagens de espécies. Para isso, os ecologistas estão usando amplamente modelos fenomenológicos de distribuição de espécies que dependem principalmente do conceito de nicho de espécie e geralmente ignoram a demografia das espécies, o potencial adaptativo das espécies e as interações bióticas. Esta revisão examina o papel potencial da disciplina sintética emergente de ecologia evolutiva de comunidades na melhoria da nossa compreensão de como as mudanças climáticas alterarão a futura distribuição da biodiversidade. Revisamos avanços teóricos e empíricos sobre o papel da evolução do nicho, interações interespecíficas e sua interação na alteração das faixas geográficas das espécies e na montagem de comunidades. Discutimos maneiras potenciais de integrar feedbacks complexos entre ecologia e evolução na previsão ecológica. Também apontamos para uma série de ressalvas na nossa compreensão das consequências eco-evolutivas das mudanças climáticas e destacamos vários desafios para futuras pesquisas.

@article{doi101146annurevecolsys102209144628,
    author = "Lavergne, Sébastien e Mouquet, Nicolas e Thuiller, Wilfried e Ronce, Ophélie",
    title = "Biodiversidade e Mudanças Climáticas: Integrando Respostas Evolutivas e Ecológicas de Espécies e Comunidades",
    year = "2010",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "Os cientistas de hoje enfrentam o enorme desafio de prever como as mudanças climáticas afetarão as distribuições de espécies e assemblagens de espécies. Para isso, os ecologistas estão usando amplamente modelos fenomenológicos de distribuição de espécies que dependem principalmente do conceito de nicho de espécie e geralmente ignoram a demografia das espécies, o potencial adaptativo das espécies e as interações bióticas. Esta revisão examina o papel potencial da disciplina sintética emergente de ecologia evolutiva de comunidades na melhoria da nossa compreensão de como as mudanças climáticas alterarão a futura distribuição da biodiversidade. Revisamos avanços teóricos e empíricos sobre o papel da evolução do nicho, interações interespecíficas e sua interação na alteração das faixas geográficas das espécies e na montagem de comunidades. Discutimos maneiras potenciais de integrar feedbacks complexos entre ecologia e evolução na previsão ecológica. Também apontamos para uma série de ressalvas na nossa compreensão das consequências eco-evolutivas das mudanças climáticas e destacamos vários desafios para futuras pesquisas.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-ecolsys-102209-144628",
    doi = "10.1146/annurev-ecolsys-102209-144628",
    openalex = "W2170175048",
    references = "doi101038nature01286, doi10108010635150802302427, doi101093oso97801985052350010001, doi101098rstb20090012, doi101111j13652435200701275x, doi101111j13652435200701278x, doi101111j13652435200701289x, doi101111j14610248200500792x, doi101111j14610248200500812x, doi101146annurevecolsys110308120159, doi101146annurevecolsys110308120317, doi101146annurevecolsys311343, doi101146annurevecolsys37091305110100, doi1015159780691206912, doi1023072260079, doi1023073071998, doi105860choice185809, doi105962bhltitle59991, openalexw2045291252, openalexw2151235472"
}

@article{doi101007s1095601193009,
    author = "Nehm, Ross H. e Ha, Minsu e Mayfield, Elijah",
    title = "Transformando a Avaliação de Biologia com Aprendizado de Máquina: Pontuação Automatizada de Explicações Evolutivas Escritas",
    year = "2011",
    journal = "Journal of Science Education and Technology",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10956-011-9300-9",
    doi = "10.1007/s10956-011-9300-9",
    openalex = "W2074360952",
    references = "openalexw1524234678"
}

@article{doi101038nature09670,
    author = "Hoffmann, Ary A. e Sgrò, Carla M.",
    title = "Mudanças climáticas e adaptação evolutiva",
    year = "2011",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature09670",
    doi = "10.1038/nature09670",
    openalex = "W2008951609",
    references = "doi101038nature01286, doi101098rspb20081957, doi101111j1365294x200703428x, doi101111j14610248200801277x, doi101126science1070315, doi101146annurevecolsys110308120159, doi101146annurevecolsys271237"
}

A análise comparativa de dados de sequências moleculares é essencial para reconstruir as histórias evolutivas de espécies e inferir a natureza e a extensão das forças seletivas que moldam a evolução de genes e espécies. Aqui, anunciamos o lançamento da versão 5 da Análise de Genética Evolutiva Molecular (MEGA5), que é um software amigável para mineração de bancos de dados online, construção de alinhamentos de sequências e árvores filogenéticas, e uso de métodos de bioinformática evolutiva em biologia básica, biomedicina e evolução. A nova adição no MEGA5 é uma coleção de análises de verossimilhança máxima (ML) para inferir árvores evolutivas, selecionar modelos de substituição de melhor ajuste (nucleotídeo ou aminoácido), inferir estados e sequências ancestrais (juntamente com probabilidades) e estimar taxas evolutivas local por local. Em análises de simulação por computador, os algoritmos de inferência de árvores ML no MEGA5 compararam-se favoravelmente com outros pacotes de software em termos de eficiência computacional e da precisão das estimativas de árvores filogenéticas, parâmetros de substituição e variação de taxas entre locais. A interface do usuário do MEGA foi aprimorada para ser orientada por atividades, facilitando o uso tanto por iniciantes quanto por cientistas experientes. Esta versão do MEGA é destinada à plataforma Windows e foi configurada para uso eficaz em desktops Mac OS X e Linux. Está disponível gratuitamente em http://www.megasoftware.net.

@article{doi101093molbevmsr121,
    author = "Tamura, Koichiro e Peterson, Daniel G. e Peterson, Nora e Stecher, Glen e Nei, M e Kumar, Sudhir",
    title = "MEGA5: Análise de Genética Evolutiva Molecular Usando Métodos de Verossimilhança Máxima, Distância Evolutiva e Parsimônia Máxima",
    year = "2011",
    journal = "Biologia Molecular e Evolução",
    abstract = "A análise comparativa de dados de sequências moleculares é essencial para reconstruir as histórias evolutivas de espécies e inferir a natureza e a extensão das forças seletivas que moldam a evolução de genes e espécies. Aqui, anunciamos o lançamento da versão 5 da Análise de Genética Evolutiva Molecular (MEGA5), que é um software amigável para mineração de bancos de dados online, construção de alinhamentos de sequências e árvores filogenéticas, e uso de métodos de bioinformática evolutiva em biologia básica, biomedicina e evolução. A nova adição no MEGA5 é uma coleção de análises de verossimilhança máxima (ML) para inferir árvores evolutivas, selecionar modelos de substituição de melhor ajuste (nucleotídeo ou aminoácido), inferir estados e sequências ancestrais (juntamente com probabilidades) e estimar taxas evolutivas local por local. Em análises de simulação por computador, os algoritmos de inferência de árvores ML no MEGA5 compararam-se favoravelmente com outros pacotes de software em termos de eficiência computacional e da precisão das estimativas de árvores filogenéticas, parâmetros de substituição e variação de taxas entre locais. A interface do usuário do MEGA foi aprimorada para ser orientada por atividades, facilitando o uso tanto por iniciantes quanto por cientistas experientes. Esta versão do MEGA é destinada à plataforma Windows e foi configurada para uso eficaz em desktops Mac OS X e Linux. Está disponível gratuitamente em http://www.megasoftware.net.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msr121",
    doi = "10.1093/molbev/msr121",
    openalex = "W2132632499",
    references = "doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi10108010635150390235520, doi10108010635150490522304, doi101093bioinformatics149817, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093biomet762297, doi101093oso97801951358480010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101093oxfordjournalsmolbeva040454, doi101093sysbiosyq010, doi101111j155856461985tb00420x, doi101186147121055113, openalexw3217097258"
}

O efeito da mudança ecológica sobre a evolução tem sido há muito tempo um foco da pesquisa científica. O inverso—como as dinâmicas evolutivas afetam as características ecológicas—apenas recentemente chamou nossa atenção, no entanto, com a realização de que a evolução pode ocorrer em escalas de tempo ecológicas. Esta nova direção causal destacada e o ciclo de feedback implícito—dinâmicas eco-evolutivas—está revitalizando tanto ecólogos quanto evolucionistas e embaçando a distinção entre eles. Apesar de alguns estudos relevantes recentes, a importância do caminho da evolução para a ecologia através dos sistemas ainda é desconhecida. Apenas um esforço extenso de pesquisa envolvendo múltiplas abordagens experimentais—particularmente experimentos de campo de longo prazo—sobre uma variedade de comunidades ecológicas fornecerá a resposta.

@article{doi101126science1193954,
    author = "Schoener, Thomas W.",
    title = "A Nova Síntese: Compreendendo a Interação entre Dinâmicas Evolutivas e Ecológicas",
    year = "2011",
    journal = "Science",
    abstract = "O efeito da mudança ecológica sobre a evolução tem sido há muito tempo um foco da pesquisa científica. O inverso—como as dinâmicas evolutivas afetam as características ecológicas—apenas recentemente chamou nossa atenção, no entanto, com a realização de que a evolução pode ocorrer em escalas de tempo ecológicas. Esta nova direção causal destacada e o ciclo de feedback implícito—dinâmicas eco-evolutivas—está revitalizando tanto ecólogos quanto evolucionistas e embaçando a distinção entre eles. Apesar de alguns estudos relevantes recentes, a importância do caminho da evolução para a ecologia através dos sistemas ainda é desconhecida. Apenas um esforço extenso de pesquisa envolvendo múltiplas abordagens experimentais—particularmente experimentos de campo de longo prazo—sobre uma variedade de comunidades ecológicas fornecerá a resposta.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1193954",
    doi = "10.1126/science.1193954",
    openalex = "W2083310645",
    references = "doi101007978940100585212, doi101016s0169534798013780, doi101038nature02430, doi101038nrg1877, doi101086282160, doi101086510633, doi101111j13652435200701275x, doi101111j13652435200701278x, doi101111j13652435200701289x, doi101111j14610248200500812x, doi101111j14610248200801179x, doi101111j155856461983tb00236x, doi101111j155856461999tb04550x, doi101126science2224620159, doi101146annurevecolsys31179, doi1023072408842, doi105860choice455580"
}

Há cinquenta anos, Ernst Mayr publicou um artigo altamente influente sobre a natureza da causalidade na biologia, no qual distinguiu entre causas proximais e causas últimas. Mayr equiparou a causalidade proximal com fatores imediatos (por exemplo, fisiologia) e a causalidade última com explicações evolutivas (por exemplo, seleção natural). Ele argumentou que as causas proximais e últimas abordavam questões diferentes e não eram alternativas. A explicação de Mayr sobre a causalidade continua amplamente aceita hoje, com ramificações tanto positivas quanto negativas. Vários debates atuais na biologia (por exemplo, sobre evolução e desenvolvimento, construção de nicho, cooperação e a evolução da linguagem) estão ligados por um eixo comum de aceitação/rejeição do modelo de causalidade de Mayr. Argumentamos que a formulação de Mayr atuou para estabilizar o paradigma evolutivo dominante contra mudanças, mas agora pode atrapalhar o progresso nas ciências biológicas.

@article{doi101126science1210879,
    author = "Laland, Kevin N. e Sterelny, Kim e Odling‐Smee, John e Hoppitt, William e Uller, Tobias",
    title = "Cause and Effect in Biology Revisited: Is Mayr’s Proximate-Ultimate Dichotomy Still Useful?",
    year = "2011",
    journal = "Science",
    abstract = "Há cinquenta anos, Ernst Mayr publicou um artigo altamente influente sobre a natureza da causalidade na biologia, no qual distinguiu entre causas proximais e causas últimas. Mayr equiparou a causalidade proximal com fatores imediatos (por exemplo, fisiologia) e a causalidade última com explicações evolutivas (por exemplo, seleção natural). Ele argumentou que as causas proximais e últimas abordavam questões diferentes e não eram alternativas. A explicação de Mayr sobre a causalidade continua amplamente aceita hoje, com ramificações tanto positivas quanto negativas. Vários debates atuais na biologia (por exemplo, sobre evolução e desenvolvimento, construção de nicho, cooperação e a evolução da linguagem) estão ligados por um eixo comum de aceitação/rejeição do modelo de causalidade de Mayr. Argumentamos que a formulação de Mayr atuou para estabilizar o paradigma evolutivo dominante contra mudanças, mas agora pode atrapalhar o progresso nas ciências biológicas.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1210879",
    doi = "10.1126/science.1210879",
    openalex = "W1964687630",
    references = "doi101016jevolhumbehav201008001, doi101017cbo9781139164856, doi101017s0140525x0999094x, doi101098rstb20090012, openalexw2591687711"
}

@article{doi101016janbehav201212031,
    author = "Snell‐Rood, Emilie C.",
    title = "Uma visão geral das causas evolutivas e consequências da plasticidade comportamental",
    year = "2013",
    journal = "Animal Behaviour",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.anbehav.2012.12.031",
    doi = "10.1016/j.anbehav.2012.12.031",
    openalex = "W1968021996",
    references = "doi101007bf02763457, doi101111j1469185x201000164x, doi101126science2114485887"
}

O software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) amadureceu para conter uma grande coleção de métodos e ferramentas de evolução molecular computacional. Aqui, descrevemos novas adições que tornam o MEGA uma ferramenta mais abrangente para a construção de árvores temporais de espécies, patógenos e famílias gênicas usando métodos de relógio relaxado rápido. Métodos para estimar tempos de divergência e intervalos de confiança são implementados para usar densidades de probabilidade para restrições de calibração para datação de nós e datas de amostragem de sequências para análises de datação de pontas. Eles são suportados por novas opções para marcar sequências com informações de amostragem espaço-temporal, um Editor de Calibração de Nós interativo expandido e um Tree Explorer estendido para exibir árvores temporais. Também foi adicionado um método bayesiano para estimar probabilidades evolutivas neutras de alelos em uma espécie usando alinhamentos de sequências de múltiplas espécies e um método de aprendizado de máquina para testar a autocorrelação de taxas evolutivas em filogenias. Os requisitos de memória do computador para a análise de máxima verossimilhança foram reduzidos significativamente por meio de reprogramação, e a interface gráfica do usuário foi tornada mais responsiva e interativa para conjuntos de dados muito grandes. Essas melhorias melhorarão a experiência do usuário, a qualidade dos resultados e o ritmo da descoberta biológica. Versões nativamente compiladas de interface gráfica do usuário e de linha de comando do MEGA11 estão disponíveis para Microsoft Windows, Linux e macOS em www.megasoftware.net.

@article{doi101093molbevmst197,
    author = "Tamura, Koichiro e Stecher, Glen e Peterson, Daniel S. e Filipski, Alan e Kumar, Sudhir",
    title = "MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Versão 6.0",
    year = "2013",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "O software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) amadureceu para conter uma grande coleção de métodos e ferramentas de evolução molecular computacional. Aqui, descrevemos novas adições que tornam o MEGA uma ferramenta mais abrangente para a construção de árvores temporais de espécies, patógenos e famílias gênicas usando métodos de relógio relaxado rápido. Métodos para estimar tempos de divergência e intervalos de confiança são implementados para usar densidades de probabilidade para restrições de calibração para datação de nós e datas de amostragem de sequências para análises de datação de pontas. Eles são suportados por novas opções para marcar sequências com informações de amostragem espaço-temporal, um Editor de Calibração de Nós interativo expandido e um Tree Explorer estendido para exibir árvores temporais. Também foi adicionado um método bayesiano para estimar probabilidades evolutivas neutras de alelos em uma espécie usando alinhamentos de sequências de múltiplas espécies e um método de aprendizado de máquina para testar a autocorrelação de taxas evolutivas em filogenias. Os requisitos de memória do computador para a análise de máxima verossimilhança foram reduzidos significativamente por meio de reprogramação, e a interface gráfica do usuário foi tornada mais responsiva e interativa para conjuntos de dados muito grandes. Essas melhorias melhorarão a experiência do usuário, a qualidade dos resultados e o ritmo da descoberta biológica. Versões nativamente compiladas de interface gráfica do usuário e de linha de comando do MEGA11 estão disponíveis para Microsoft Windows, Linux e macOS em www.megasoftware.net.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/mst197",
    doi = "10.1093/molbev/mst197",
    openalex = "W2152207030",
    references = "doi101038scientificamerican117998, doi101073pnas1213199109, doi101093bib52150, doi101093bioinformatics102189, doi101093bioinformatics17121244, doi101093bioinformaticsbts507, doi101093molbevmsr121, doi101093oso97801951358480010001, doi101126science1211028, openalexw3217097258"
}

@article{doi101016jtree201406005,
    author = "Carlson, Stephanie M. e Cunningham, Curry J. e Westley, Peter A. H.",
    title = "Resgate evolutivo em um mundo em mudança",
    year = "2014",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2014.06.005",
    doi = "10.1016/j.tree.2014.06.005",
    openalex = "W2053063524",
    references = "doi10100703064746897, doi101016jtree200709008, doi101016s0169534702024977, doi101016s0169534799016833, doi101038415680a, doi101093aesa383396, doi101098rstb20120085, doi101111eva12137, doi101111j13652435200701278x, doi101126science29355361786, doi1023071935620, doi1023073547011"
}

Apresentamos uma nova plataforma de software de código aberto, extensível e flexível para análise evolutiva bayesiana chamada BEAST 2. Esta plataforma de software é um redesenho da popular plataforma BEAST 1 para corrigir deficiências estruturais que se tornaram evidentes à medida que o software BEAST 1 evoluiu. Entre essas deficiências, a principal foi a falta de extensibilidade pós-implementação. O BEAST 2 agora possui um sistema de gerenciamento de pacotes totalmente desenvolvido que permite que desenvolvedores de terceiros escrevam funcionalidades adicionais que podem ser instaladas diretamente na plataforma de análise BEAST 2 por meio de um gerenciador de pacotes, sem exigir uma nova versão de software da plataforma. Essa arquitetura de pacotes é demonstrada com vários novos modelos recentemente publicados que abrangem priores de árvores de nascimento-morte-amostragem, filodinâmica e média de modelos para modelos de substituição e particionamento de sítios. Uma segunda melhoria importante é a capacidade de ler/escrever todo o estado da cadeia MCMC para/do disco, permitindo que seja facilmente compartilhado entre múltiplas instâncias do software BEAST. Isso facilita o checkpointing e um melhor suporte para extensões de processamento multi-núcleo e computação de alto desempenho. Finalmente, a funcionalidade em novos pacotes pode ser facilmente adicionada à interface do usuário (BEAUti 2) por meio de um mecanismo simples baseado em modelos XML, porque o BEAST 2 foi redesenhado para fornecer maior integração entre o motor de análise e a interface do usuário, de modo que, por exemplo, o BEAST e o BEAUti usam exatamente o mesmo formato de arquivo XML.

@article{doi101371journalpcbi1003537,
    author = "Bouckaert, Remco e Heled, Joseph e Kühnert, Denise e Vaughan, Tim e Wu, Chieh‐Hsi e Xie, Dong e Suchard, Marc A. e Rambaut, Andrew e Drummond, Alexei J.",
    title = "BEAST 2: Uma Plataforma de Software para Análise Evolutiva Bayesiana",
    year = "2014",
    journal = "PLoS Computational Biology",
    abstract = "Apresentamos uma nova plataforma de software de código aberto, extensível e flexível para análise evolutiva bayesiana chamada BEAST 2. Esta plataforma de software é um redesenho da popular plataforma BEAST 1 para corrigir deficiências estruturais que se tornaram evidentes à medida que o software BEAST 1 evoluiu. Entre essas deficiências, a principal foi a falta de extensibilidade pós-implementação. O BEAST 2 agora possui um sistema de gerenciamento de pacotes totalmente desenvolvido que permite que desenvolvedores de terceiros escrevam funcionalidades adicionais que podem ser instaladas diretamente na plataforma de análise BEAST 2 por meio de um gerenciador de pacotes, sem exigir uma nova versão de software da plataforma. Essa arquitetura de pacotes é demonstrada com vários novos modelos recentemente publicados que abrangem priores de árvores de nascimento-morte-amostragem, filodinâmica e média de modelos para modelos de substituição e particionamento de sítios. Uma segunda melhoria importante é a capacidade de ler/escrever todo o estado da cadeia MCMC para/do disco, permitindo que seja facilmente compartilhado entre múltiplas instâncias do software BEAST. Isso facilita o checkpointing e um melhor suporte para extensões de processamento multi-núcleo e computação de alto desempenho. Finalmente, a funcionalidade em novos pacotes pode ser facilmente adicionada à interface do usuário (BEAUti 2) por meio de um mecanismo simples baseado em modelos XML, porque o BEAST 2 foi redesenhado para fornecer maior integração entre o motor de análise e a interface do usuário, de modo que, por exemplo, o BEAST e o BEAUti usam exatamente o mesmo formato de arquivo XML.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1003537",
    doi = "10.1371/journal.pcbi.1003537",
    openalex = "W2026062398",
    references = "doi101007bf01731581, doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi101093molbevmsi103, doi101093molbevmsp274, doi101093molbevmss075, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101186147121487214, doi101371journalpbio0040088, openalexw1593676244"
}

Apresentamos a versão mais recente do software de Análise de Genética Evolutiva Molecular (Mega), que contém muitos métodos e ferramentas sofisticadas para filogenômica e filomedicina. Nesta atualização importante, o Mega foi otimizado para uso em sistemas de computação de 64 bits para analisar conjuntos de dados maiores. Os pesquisadores agora podem explorar e analisar dezenas de milhares de sequências no Mega. A nova versão também fornece um assistente avançado para construir árvores temporais e inclui uma nova funcionalidade para prever automaticamente eventos de duplicação gênica em árvores de famílias gênicas. O Mega de 64 bits está disponível em duas interfaces: gráfica e linha de comando. A interface gráfica do usuário (GUI) é um aplicativo nativo do Microsoft Windows que também pode ser usado no Mac OS X. O Mega de linha de comando está disponível como aplicativos nativos para Windows, Linux e Mac OS X. Eles são destinados ao uso em análise de alto rendimento e scriptada. Ambas as versões estão disponíveis gratuitamente em www.megasoftware.net.

@article{doi101093molbevmsw054,
    author = "Kumar, Sudhir e Stecher, Glen e Tamura, Koichiro",
    title = "MEGA7: Análise de Genética Evolutiva Molecular Versão 7.0 para Conjuntos de Dados Maiores",
    year = "2016",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Apresentamos a versão mais recente do software de Análise de Genética Evolutiva Molecular (Mega), que contém muitos métodos e ferramentas sofisticadas para filogenômica e filomedicina. Nesta atualização importante, o Mega foi otimizado para uso em sistemas de computação de 64 bits para analisar conjuntos de dados maiores. Os pesquisadores agora podem explorar e analisar dezenas de milhares de sequências no Mega. A nova versão também fornece um assistente avançado para construir árvores temporais e inclui uma nova funcionalidade para prever automaticamente eventos de duplicação gênica em árvores de famílias gênicas. O Mega de 64 bits está disponível em duas interfaces: gráfica e linha de comando. A interface gráfica do usuário (GUI) é um aplicativo nativo do Microsoft Windows que também pode ser usado no Mac OS X. O Mega de linha de comando está disponível como aplicativos nativos para Windows, Linux e Mac OS X. Eles são destinados ao uso em análise de alto rendimento e scriptada. Ambas as versões estão disponíveis gratuitamente em www.megasoftware.net.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msw054",
    doi = "10.1093/molbev/msw054",
    openalex = "W2311203695",
    references = "doi101073pnas1213199109, doi101093bioinformatics102189, doi101093bioinformaticsbts507, doi101093molbevmst197, doi101093molbevmsv037, doi101093nargks1219, doi101093nargkt1209, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101093oxfordjournalsmolbeva040454, doi101186147121055113"
}

Os polyomavírus são uma família de vírus tumorais de DNA que são conhecidos por infectar mamíferos e aves. Para investigar a história evolutiva mais profunda da família, utilizamos uma combinação de metagenômica viral, bioinformática e abordagens de modelagem estrutural para identificar e caracterizar sequências de polyomavírus associadas a peixes e artrópodes. As análises que se baseiam nas novas sequências divergentes indicam que os polyomavírus têm co-evoluído gradualmente com seus hospedeiros animais há pelo menos meio bilhão de anos. As análises filogenéticas de genes individuais de polyomavírus sugerem que algumas espécies modernas de polyomavírus surgiram após eventos de recombinação antigos envolvendo linhagens de polyomavírus distantes. O modelo evolutivo aprimorado fornece uma plataforma útil para desenvolver um sistema de classificação taxonômica mais preciso para a família viral Polyomaviridae.

@article{openalexw3143678695,
    author = "Buck, CB e Van Doorslaer, K e Peretti, A e Geoghegan, EM e Tisza, MJ e An, P e Katz, JP e Pipas, JM e McBride, AA e Camus, AC e McDermott, AJ e Dill, JA e Delwart, E e Ng, TFF e Farkas, K e Austin, C e Kraberger, S e Davison, W e Pastrana, DV e Varsani, A",
    title = "The Ancient Evolutionary History of Polyomaviruses",
    year = "2016",
    journal = "D-Scholarship@Pitt (Universidade de Pittsburgh)",
    abstract = "Os polyomavírus são uma família de vírus tumorais de DNA que são conhecidos por infectar mamíferos e aves. Para investigar a história evolutiva mais profunda da família, utilizamos uma combinação de metagenômica viral, bioinformática e abordagens de modelagem estrutural para identificar e caracterizar sequências de polyomavírus associadas a peixes e artrópodes. As análises que se baseiam nas novas sequências divergentes indicam que os polyomavírus têm co-evoluído gradualmente com seus hospedeiros animais há pelo menos meio bilhão de anos. As análises filogenéticas de genes individuais de polyomavírus sugerem que algumas espécies modernas de polyomavírus surgiram após eventos de recombinação antigos envolvendo linhagens de polyomavírus distantes. O modelo evolutivo aprimorado fornece uma plataforma útil para desenvolver um sistema de classificação taxonômica mais preciso para a família viral Polyomaviridae.",
    openalex = "W3143678695",
    references = "doi101371journalpone0108277"
}

A evolução de bactérias e archaea envolve uma corrida armamentista incessante contra uma enorme diversidade de parasitas genéticos. Consequentemente, uma fração substancial dos genes na maioria das bactérias e archaea é dedicada à defesa antiparasitária. As funções desses sistemas de defesa seguem várias estratégias distintas, incluindo imunidade inata; imunidade adaptativa; e indução de dormência, ou morte celular programada. Estudos comparativos genômicos recentes que aproveitam a base de dados em expansão de genomas e metagenomas microbianos, combinados com experimentos diretos, resultaram na descoberta de vários sistemas de defesa anteriormente desconhecidos, incluindo imunidade inata centrada em proteínas Argonaute, exclusão de bacteriófagos e novos tipos de sistemas CRISPR-Cas de imunidade adaptativa. Alguns princípios gerais de função e evolução de sistemas de defesa estão começando a se cristalizar, em particular, ganho e perda extensivos de genes de defesa durante a evolução de procariotos; formação de ilhas genômicas de defesa; conexões evolutivas entre elementos genéticos móveis e defesa, onde genes de elementos móveis são repetidamente recrutados para funções de defesa; o comportamento parcialmente egoísta e aditivo dos sistemas de defesa; e acoplamento entre imunidade e indução de dormência/morte celular programada.

@article{doi101146annurevmicro090816093830,
    author = "Koonin, Eugene V. e Makarova, Kira S. e Wolf, Yuri I.",
    title = "Genômica Evolutiva de Sistemas de Defesa em Archaea e Bactérias",
    year = "2017",
    journal = "Annual Review of Microbiology",
    abstract = "A evolução de bactérias e archaea envolve uma corrida armamentista incessante contra uma enorme diversidade de parasitas genéticos. Consequentemente, uma fração substancial dos genes na maioria das bactérias e archaea é dedicada à defesa antiparasitária. As funções desses sistemas de defesa seguem várias estratégias distintas, incluindo imunidade inata; imunidade adaptativa; e indução de dormência, ou morte celular programada. Estudos comparativos genômicos recentes que aproveitam a base de dados em expansão de genomas e metagenomas microbianos, combinados com experimentos diretos, resultaram na descoberta de vários sistemas de defesa anteriormente desconhecidos, incluindo imunidade inata centrada em proteínas Argonaute, exclusão de bacteriófagos e novos tipos de sistemas CRISPR-Cas de imunidade adaptativa. Alguns princípios gerais de função e evolução de sistemas de defesa estão começando a se cristalizar, em particular, ganho e perda extensivos de genes de defesa durante a evolução de procariotos; formação de ilhas genômicas de defesa; conexões evolutivas entre elementos genéticos móveis e defesa, onde genes de elementos móveis são repetidamente recrutados para funções de defesa; o comportamento parcialmente egoísta e aditivo dos sistemas de defesa; e acoplamento entre imunidade e indução de dormência/morte celular programada.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-micro-090816-093830",
    doi = "10.1146/annurev-micro-090816-093830",
    openalex = "W2602907179",
    references = "doi101007s0023900400463, doi101016jcell201402001, doi101038nature04160, doi101038nmicrobiol201648, doi101038nrmicro1750, doi101038nrmicro2315, doi101038nrmicro2577, doi101038nrmicro3569, doi101126science1102513, doi101126scienceaaf5573, doi10118617456150442, doi103109104092382011600437, doi103389fcimb201200119"
}

@incollection{doi101016b9780124095489105482,
    author = "Pigeon, Gabriel e Pelletier, Fanie",
    title = "Eco-Evolutionary Dynamics",
    year = "2018",
    booktitle = "Elsevier eBooks",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-12-409548-9.10548-2",
    doi = "10.1016/b978-0-12-409548-9.10548-2",
    openalex = "W2153615431",
    references = "doi101098rstb20090012, doi101111j13652435200701289x, doi1018900012965820000810642alhvac20co2"
}

@article{doi101038s4155901908808,
    author = "Visser, Marcel E. e Gienapp, Phillip",
    title = "Consequências evolutivas e demográficas de dessincronias fenológicas",
    year = "2019",
    journal = "Nature Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41559-019-0880-8",
    doi = "10.1038/s41559-019-0880-8",
    openalex = "W2939724619",
    references = "doi101098rstb20100148"
}

@article{doi101038s415790190299x,
    author = "Makarova, Kira S. e Wolf, Yuri I. e Iranzo, Jaime e Shmakov, Sergey e Alkhnbashi, Omer S. e Brouns, Stan J. J. e Charpentier, Emmanuelle e Cheng, David R. e Haft, Daniel H. e Horvath, Philippe e Moineau, Sylvain e Mojica, Francisco J. M. e Scott, David e Shah, Shiraz A. e Šikšnys, Virginijus e Terns, Michael P. e Venclovas, Česlovas e White, Malcolm F. e Yakunin, Alexander F. e Yan, Winston X. e Zhang, Feng e Garrett, Roger A. e Backofen, Rolf e van der Oost, John e Barrangou, Rodolphe e Koonin, Eugene V.",
    title = "Classificação evolutiva de sistemas CRISPR–Cas: uma explosão de variantes da classe 2 e derivadas",
    year = "2019",
    journal = "Nature Reviews Microbiology",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41579-019-0299-x",
    doi = "10.1038/s41579-019-0299-x",
    openalex = "W2995081665",
    references = "doi101038nature21031, doi101038nrmicro3569, doi101038s4157901800762, doi101146annurevmicro090816093830"
}

O software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) permite análise comparativa de sequências moleculares em filogenia e medicina evolutiva. Aqui, apresentamos a versão para macOS do software MEGA. Esta nova versão elimina a necessidade de programas de virtualização e emulação anteriormente necessários para usar o MEGA em computadores Apple. O MEGA para macOS utiliza recursos de memória e computação de forma eficiente para realizar análises evolutivas no macOS. Possui uma interface gráfica nativa Cocoa programada para fornecer uma experiência de usuário consistente entre macOS, Windows e Linux. O MEGA para macOS está disponível gratuitamente em www.megasoftware.net.

@article{doi101093molbevmsz312,
    author = "Stecher, Glen e Tamura, Koichiro e Kumar, Sudhir",
    title = "Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) para macOS",
    year = "2019",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "O software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) permite análise comparativa de sequências moleculares em filogenia e medicina evolutiva. Aqui, apresentamos a versão para macOS do software MEGA. Esta nova versão elimina a necessidade de programas de virtualização e emulação anteriormente necessários para usar o MEGA em computadores Apple. O MEGA para macOS utiliza recursos de memória e computação de forma eficiente para realizar análises evolutivas no macOS. Possui uma interface gráfica nativa Cocoa programada para fornecer uma experiência de usuário consistente entre macOS, Windows e Linux. O MEGA para macOS está disponível gratuitamente em www.megasoftware.net.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msz312",
    doi = "10.1093/molbev/msz312",
    openalex = "W2999168229",
    references = "doi101093molbevmsw054"
}

Vírus são componentes integrais de todos os ecossistemas e microbiomas na Terra. Por meio de infecções generalizadas de seus hospedeiros celulares, os vírus podem remodelar a estrutura das comunidades microbianas e impulsionar o ciclo global de nutrientes. Ao longo da última década, sequências virais identificadas a partir de genomas e metagenomas forneceram uma visão sem precedentes da diversidade de genomas virais na natureza. Desde 2016, o banco de dados IMG/VR tem fornecido acesso à maior coleção de sequências virais obtidas de (meta)genomas. Aqui, apresentamos a terceira versão do IMG/VR, composta por 18 373 genomas virais cultivados e 2 314 329 genomas virais não cultivados (UViGs), quase triplicando o número total de sequências em comparação com a versão anterior. Estes agruparam-se em 935 362 Unidades Operacionais Taxonômicas virais (vOTUs), incluindo 188 930 com dois ou mais membros. Os UViGs no IMG/VR são agora relatados como contigs virais únicos, provírus integrados ou bins de genoma, e são anotados com um novo pipeline padronizado, incluindo estimativa de qualidade do genoma usando o CheckV, classificação taxonômica refletindo a atualização mais recente do ICTV e previsão expandida de taxonomia do hospedeiro. A nova interface do IMG/VR permite aos usuários navegar, pesquisar e selecionar eficientemente UViGs com base em características do genoma e/ou similaridade de sequência. O IMG/VR v3 está disponível em https://img.jgi.doe.gov/vr, e os dados subjacentes estão disponíveis para download em https://genome.jgi.doe.gov/portal/IMG_VR.

@article{doi101093nargkaa946,
    author = "Roux, Simon e Páez-Espino, David e Chen, I-Min A. e Palaniappan, Krishna e Ratner, Anna e Chu, Ken e Reddy, T. B. K. e Nayfach, Stephen e Schulz, Frederik e Call, Lee e Neches, Russell Y. e Woyke, Tanja e Ivanova, Natalia e Eloe‐Fadrosh, Emiley A. e Kyrpides, Nikos C.",
    title = "IMG/VR v3: um quadro ecológico e evolutivo integrado para interrogar genomas de vírus não cultivados",
    year = "2020",
    journal = "Nucleic Acids Research",
    abstract = "Vírus são componentes integrais de todos os ecossistemas e microbiomas na Terra. Por meio de infecções generalizadas de seus hospedeiros celulares, os vírus podem remodelar a estrutura das comunidades microbianas e impulsionar o ciclo global de nutrientes. Ao longo da última década, sequências virais identificadas a partir de genomas e metagenomas forneceram uma visão sem precedentes da diversidade de genomas virais na natureza. Desde 2016, o banco de dados IMG/VR tem fornecido acesso à maior coleção de sequências virais obtidas de (meta)genomas. Aqui, apresentamos a terceira versão do IMG/VR, composta por 18 373 genomas virais cultivados e 2 314 329 genomas virais não cultivados (UViGs), quase triplicando o número total de sequências em comparação com a versão anterior. Estes agruparam-se em 935 362 Unidades Operacionais Taxonômicas virais (vOTUs), incluindo 188 930 com dois ou mais membros. Os UViGs no IMG/VR são agora relatados como contigs virais únicos, provírus integrados ou bins de genoma, e são anotados com um novo pipeline padronizado, incluindo estimativa de qualidade do genoma usando o CheckV, classificação taxonômica refletindo a atualização mais recente do ICTV e previsão expandida de taxonomia do hospedeiro. A nova interface do IMG/VR permite aos usuários navegar, pesquisar e selecionar eficientemente UViGs com base em características do genoma e/ou similaridade de sequência. O IMG/VR v3 está disponível em https://img.jgi.doe.gov/vr, e os dados subjacentes estão disponíveis para download em https://genome.jgi.doe.gov/portal/IMG_VR.",
    url = "https://doi.org/10.1093/nar/gkaa946",
    doi = "10.1093/nar/gkaa946",
    openalex = "W3097008984",
    references = "doi101128mmbr0006119"
}

O microbioma molda muitas características do hospedeiro, mas a biologia dos microbiomas desafia os modelos evolutivos tradicionais. Aqui, ilustramos como integrar o microbioma na genética quantitativa pode ajudar a desvendar as complexidades da evolução hospedeiro-microbioma. Descrevemos duas maneiras gerais pelas quais o microbioma pode afetar o potencial evolutivo do hospedeiro: deslocando a média do fenótipo do hospedeiro e alterando a variância do fenótipo do hospedeiro na população. Sintetizamos a literatura em diversos táxons e discutimos como esses cenários podem moldar a resposta do hospedeiro à seleção. Concluímos delineando principais caminhos de pesquisa para melhorar nossa compreensão da interação complexa entre hospedeiros e microbiomas.

@article{doi101038s4146702125315x,
    author = "Henry, Lucas P. e Bruijning, Marjolein e Forsberg, Simon K. G. e Ayroles, Julien F.",
    title = "O microbioma estende o potencial evolutivo do hospedeiro",
    year = "2021",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "O microbioma molda muitas características do hospedeiro, mas a biologia dos microbiomas desafia os modelos evolutivos tradicionais. Aqui, ilustramos como integrar o microbioma na genética quantitativa pode ajudar a desvendar as complexidades da evolução hospedeiro-microbioma. Descrevemos duas maneiras gerais pelas quais o microbioma pode afetar o potencial evolutivo do hospedeiro: deslocando a média do fenótipo do hospedeiro e alterando a variância do fenótipo do hospedeiro na população. Sintetizamos a literatura em diversos táxons e discutimos como esses cenários podem moldar a resposta do hospedeiro à seleção. Concluímos delineando principais caminhos de pesquisa para melhorar nossa compreensão da interação complexa entre hospedeiros e microbiomas.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41467-021-25315-x",
    doi = "10.1038/s41467-021-25315-x",
    openalex = "W3195370685",
    references = "doi101016jcell201409053, doi101016jtree201101009, doi101016jzool201802004, doi101038nature11550, doi101038nature12820, doi101038nature25973, doi101038nm4517, doi101038nrg3182, doi101038nrmicro201787, doi101073pnas1218525110, doi101111j13652435200701283x, doi103389fcimb201200119"
}

Resumo O software de Análise de Genética Evolutiva Molecular (MEGA) amadureceu para conter uma grande coleção de métodos e ferramentas de evolução molecular computacional. Aqui, descrevemos novas adições que tornam o MEGA uma ferramenta mais abrangente para construir árvores temporais de espécies, patógenos e famílias gênicas usando métodos de relógio relaxado rápido. Métodos para estimar tempos de divergência e intervalos de confiança são implementados para usar densidades de probabilidade para restrições de calibração para datação de nós e datas de amostragem de sequências para análises de datação de pontas. Eles são suportados por novas opções para marcar sequências com informações de amostragem espaço-temporal, um Editor de Calibração de Nós interativo expandido e um Tree Explorer estendido para exibir árvores temporais. Também foi adicionado um método bayesiano para estimar probabilidades evolutivas neutras de alelos em uma espécie usando alinhamentos de sequências de múltiplas espécies e um método de aprendizado de máquina para testar a autocorrelação de taxas evolutivas em filogenias. Os requisitos de memória do computador para a análise de máxima verossimilhança foram reduzidos significativamente através de reprogramação, e a interface gráfica do usuário foi tornada mais responsiva e interativa para conjuntos de dados muito grandes. Essas melhorias melhorarão a experiência do usuário, a qualidade dos resultados e o ritmo da descoberta biológica. Versões nativamente compiladas de interface gráfica do usuário e linha de comando do MEGA11 estão disponíveis para Microsoft Windows, Linux e macOS em www.megasoftware.net.

@article{doi101093molbevmsab120,
    author = "Tamura, Koichiro e Stecher, Glen e Kumar, Sudhir",
    title = "MEGA11: Análise de Genética Evolutiva Molecular Versão 11",
    year = "2021",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Resumo O software de Análise de Genética Evolutiva Molecular (MEGA) amadureceu para conter uma grande coleção de métodos e ferramentas de evolução molecular computacional. Aqui, descrevemos novas adições que tornam o MEGA uma ferramenta mais abrangente para construir árvores temporais de espécies, patógenos e famílias gênicas usando métodos de relógio relaxado rápido. Métodos para estimar tempos de divergência e intervalos de confiança são implementados para usar densidades de probabilidade para restrições de calibração para datação de nós e datas de amostragem de sequências para análises de datação de pontas. Eles são suportados por novas opções para marcar sequências com informações de amostragem espaço-temporal, um Editor de Calibração de Nós interativo expandido e um Tree Explorer estendido para exibir árvores temporais. Também foi adicionado um método bayesiano para estimar probabilidades evolutivas neutras de alelos em uma espécie usando alinhamentos de sequências de múltiplas espécies e um método de aprendizado de máquina para testar a autocorrelação de taxas evolutivas em filogenias. Os requisitos de memória do computador para a análise de máxima verossimilhança foram reduzidos significativamente através de reprogramação, e a interface gráfica do usuário foi tornada mais responsiva e interativa para conjuntos de dados muito grandes. Essas melhorias melhorarão a experiência do usuário, a qualidade dos resultados e o ritmo da descoberta biológica. Versões nativamente compiladas de interface gráfica do usuário e linha de comando do MEGA11 estão disponíveis para Microsoft Windows, Linux e macOS em www.megasoftware.net.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msab120",
    doi = "10.1093/molbev/msab120",
    openalex = "W4251751280",
    references = "doi101073pnas1213199109, doi101093bib52150, doi101093bioinformatics102189, doi101093bioinformatics17121244, doi101093molbevmsr121, doi101093molbevmst197, doi101093molbevmsw054, doi101093molbevmsy096, doi101093molbevmsz312, doi101126science1211028"
}

Desde o início dos anos 1990, ecólogos e biólogos evolutivos têm agregado pesquisas primárias utilizando métodos meta-analíticos para compreender fenômenos ecológicos e evolutivos. Meta-análises podem resolver disputas de longa data, dissipar alegações falsas e gerar novas perguntas de pesquisa. No entanto, em seu pior cenário, publicações sobre meta-análises são lobos em pele de cordeiro: subjetivas com conclusões enviesadas, escondidas sob capas de autoridade objetiva. Conclusões podem ser tornadas não confiáveis por métodos estatísticos inadequados, problemas com os métodos utilizados para selecionar pesquisas primárias ou problemas dentro da própria pesquisa primária. Devido a esses riscos, meta-análises são cada vez mais realizadas como parte de revisões sistemáticas, que utilizam métodos estruturados, transparentes e reprodutíveis para compilar e resumir evidências. Para que os leitores determinem se as conclusões de uma revisão sistemática ou meta-análise devem ser confiadas - e para poderem construir sobre a revisão - os autores precisam relatar o que fizeram, por que fizeram e o que encontraram. Relato completo, transparente e reprodutível é medido pela 'qualidade do relato'. Para avaliar percepções e padrões de qualidade do relato de revisões sistemáticas e meta-análises publicadas em ecologia e biologia evolutiva, entrevistamos 208 pesquisadores com experiência relevante (como autores, revisores ou editores) e realizamos avaliações detalhadas de 102 artigos de revisão sistemática e meta-análise publicados entre 2010 e 2019. A qualidade do relato estava muito abaixo do ótimo e aproximadamente distribuída normalmente. A qualidade do relato medida foi menor do que o que a comunidade percebeu, particularmente para os métodos de revisão sistemática necessários para medir a confiabilidade. A minoria dos artigos avaliados que referenciaram uma diretriz (~16%) mostrou qualidade de relato substancialmente maior do que a média, e os pesquisadores entrevistados demonstraram interesse em utilizar uma diretriz de relato para melhorar a qualidade do relato. A diretriz líder para melhorar a qualidade do relato de revisões sistemáticas é o Preferred Reporting Items for Systematic reviews and Meta-Analyses (PRISMA) statement. Aqui, revelamos uma extensão do PRISMA para servir à comunidade de meta-análise em ecologia e biologia evolutiva: PRISMA-EcoEvo (versão 1.0). O PRISMA-EcoEvo é uma lista de verificação de 27 itens principais que, quando aplicáveis, devem ser relatados em publicações de revisão sistemática e meta-análise que resumem pesquisas primárias em ecologia e biologia evolutiva. Neste documento de explicação e elaboração, fornecemos orientações para autores, revisores e editores, com explicações para cada item na lista de verificação, incluindo exemplos suplementares de artigos publicados. Os autores podem consultar esta diretriz PRISMA-EcoEvo tanto nas etapas de planejamento quanto de escrita de uma revisão sistemática e meta-análise, para aumentar a qualidade do relato de manuscritos submetidos. Revisores e editores podem utilizar a lista de verificação para avaliar a qualidade do relato nos manuscritos que revisam. No geral, o PRISMA-EcoEvo é um recurso para a comunidade de ecologia e biologia evolutiva para facilitar revisões sistemáticas e meta-análises relatadas de forma transparente e abrangente.

@article{doi101111brv12721,
    author = "O'Dea, Rose E. e Lagisz, Malgorzata e Jennions, Michael D. e Koricheva, Julia e Noble, Daniel W. A. e Parker, Timothy e Gurevitch, Jessica e Page, Matthew J. e Stewart, Gavin e Moher, David e Nakagawa, Shinichi",
    title = "Itens de relato preferidos para revisões sistemáticas e meta-análises em ecologia e biologia evolutiva: uma extensão PRISMA",
    year = "2021",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews da Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "Desde o início dos anos 1990, ecólogos e biólogos evolutivos têm agregado pesquisas primárias usando métodos meta-analíticos para compreender fenômenos ecológicos e evolutivos. Meta-análises podem resolver disputas de longa data, dissipar alegações falsas e gerar novas perguntas de pesquisa. No entanto, em seu pior aspecto, as publicações de meta-análise são lobos em pele de cordeiro: subjetivas com conclusões enviesadas, escondidas sob capas de autoridade objetiva. Conclusões podem ser tornadas não confiáveis por métodos estatísticos inadequados, problemas com os métodos usados para selecionar pesquisas primárias ou problemas dentro da pesquisa primária em si. Devido a esses riscos, meta-análises são cada vez mais realizadas como parte de revisões sistemáticas, que usam métodos estruturados, transparentes e reprodutíveis para compilar e resumir evidências. Para que os leitores determinem se as conclusões de uma revisão sistemática ou meta-análise devem ser confiadas - e para poderem construir sobre a revisão - os autores precisam relatar o que fizeram, por que fizeram e o que encontraram. O relato completo, transparente e reprodutível é medido pela 'qualidade de relato'. Para avaliar percepções e padrões de qualidade de relato de revisões sistemáticas e meta-análises publicadas em ecologia e biologia evolutiva, entrevistamos 208 pesquisadores com experiência relevante (como autores, revisores ou editores) e realizamos avaliações detalhadas de 102 artigos de revisão sistemática e meta-análise publicados entre 2010 e 2019. A qualidade de relato estava muito abaixo do ótimo e aproximadamente normalmente distribuída. A qualidade de relato medida foi menor do que o que a comunidade percebeu, particularmente para os métodos de revisão sistemática necessários para medir confiabilidade. A minoria dos artigos avaliados que referenciaram uma diretriz (~16%) mostrou qualidade de relato substancialmente maior do que a média, e os pesquisadores entrevistados mostraram interesse em usar uma diretriz de relato para melhorar a qualidade de relato. A diretriz líder para melhorar a qualidade de relato de revisões sistemáticas é o Preferred Reporting Items for Systematic reviews and Meta-Analyses (PRISMA) statement. Aqui, revelamos uma extensão do PRISMA para servir à comunidade de meta-análise em ecologia e biologia evolutiva: PRISMA-EcoEvo (versão 1.0). O PRISMA-EcoEvo é uma lista de verificação de 27 itens principais que, quando aplicáveis, devem ser relatados em publicações de revisão sistemática e meta-análise que resumem pesquisas primárias em ecologia e biologia evolutiva. Neste documento de explicação e elaboração, fornecemos orientações para autores, revisores e editores, com explicações para cada item na lista de verificação, incluindo exemplos suplementares de artigos publicados. Os autores podem consultar esta diretriz PRISMA-EcoEvo tanto nas etapas de planejamento e escrita de uma revisão sistemática e meta-análise, para aumentar a qualidade de relato de manuscritos submetidos. Revisores e editores podem usar a lista de verificação para avaliar a qualidade de relato nos manuscritos que revisam. No geral, o PRISMA-EcoEvo é um recurso para a comunidade de ecologia e biologia evolutiva para facilitar revisões sistemáticas e meta-análises transparentes e amplamente relatadas.",
    url = "https://doi.org/10.1111/brv.12721",
    doi = "10.1111/brv.12721",
    openalex = "W3158015415",
    references = "doi101016jbiocon201506006, doi101038s4155901704025"
}

A evolução é a marca registrada da vida. As descrições da evolução de microrganismos forneceram uma riqueza de informações, mas o conhecimento sobre "o que aconteceu" impediu uma compreensão mais profunda de "como" a evolução prosseguiu, como no caso da resistência antimicrobiana. A dificuldade em responder à pergunta "como" reside nas dimensões multihierárquicas dos processos evolutivos, aninhadas em redes complexas, abrangendo todas as unidades de seleção, desde genes até comunidades e ecossistemas. No nível ontológico mais simples (como genes de resistência), a evolução prossegue por processos aleatórios (mutação e deriva) e direcionais (seleção natural); no entanto, ocasionalmente podem ser observadas sequências de vias de variação adaptativa, e sob circunstâncias fixas (paisagens de aptidão particulares), a evolução é previsível. No nível mais alto (como o de plasmídeos, clones, espécies, microbiotas), os graus de liberdade dos sistemas aumentam dramaticamente, relacionados à dispersão variável, fragmentação, parentesco ou coalescência de populações bacterianas, dependendo de nichos heterogêneos e em mudança e gradientes seletivos em ambientes complexos. As trajetórias evolutivas da resistência aos antibióticos encontram seu caminho nessas paisagens em mudança sujeitas a variações aleatórias, tornando-se altamente entrópicas e, portanto, imprevisíveis. No entanto, análises experimentais, filogenéticas e ecogenéticas revelam caminhos preferenciais frequentados (autoestradas) onde a resistência aos antibióticos flui e se propaga, permitindo alguma compreensão da dinâmica evolutiva, modelagem e desenho de intervenções. Estudos sobre resistência aos antibióticos têm um aspecto aplicado na melhoria da saúde individual, One Health e Global Health, bem como um valor acadêmico para compreender a evolução. Mais importante ainda, eles têm um significado heurístico como modelo para reduzir a influência negativa dos efeitos antropogênicos no ambiente.

@article{doi101128cmr0005019,
    author = "Baquero, F. e Martínez, J. L. e Lanza, V. F. e Rodríguez-Beltrán, J. e Galán, J. C. e Millán, A. San e Cantón, R. e Coque, T. M.",
    title = "Caminhos e Trajetórias Evolutivas na Resistência aos Antibióticos",
    year = "2021",
    journal = "Clinical Microbiology Reviews",
    abstract = {A evolução é a marca registrada da vida. As descrições da evolução de microrganismos forneceram uma riqueza de informações, mas o conhecimento sobre "o que aconteceu" impediu uma compreensão mais profunda de "como" a evolução prosseguiu, como no caso da resistência antimicrobiana. A dificuldade em responder à pergunta "como" reside nas dimensões multihierárquicas dos processos evolutivos, aninhadas em redes complexas, abrangendo todas as unidades de seleção, desde genes até comunidades e ecossistemas. No nível ontológico mais simples (como genes de resistência), a evolução prossegue por processos aleatórios (mutação e deriva) e direcionais (seleção natural); no entanto, ocasionalmente podem ser observadas sequências de vias de variação adaptativa, e sob circunstâncias fixas (paisagens de aptidão particulares), a evolução é previsível. No nível mais alto (como o de plasmídeos, clones, espécies, microbiotas), os graus de liberdade dos sistemas aumentam dramaticamente, relacionados à dispersão variável, fragmentação, parentesco ou coalescência de populações bacterianas, dependendo de nichos heterogêneos e em mudança e gradientes seletivos em ambientes complexos. As trajetórias evolutivas da resistência aos antibióticos encontram seu caminho nessas paisagens em mudança sujeitas a variações aleatórias, tornando-se altamente entrópicas e, portanto, imprevisíveis. No entanto, análises experimentais, filogenéticas e ecogenéticas revelam caminhos preferenciais frequentados (autoestradas) onde a resistência aos antibióticos flui e se propaga, permitindo alguma compreensão da dinâmica evolutiva, modelagem e desenho de intervenções. Estudos sobre resistência aos antibióticos têm um aspecto aplicado na melhoria da saúde individual, One Health e Global Health, bem como um valor acadêmico para compreender a evolução. Mais importante ainda, eles têm um significado heurístico como modelo para reduzir a influência negativa dos efeitos antropogênicos no ambiente.},
    url = "https://doi.org/10.1128/cmr.00050-19",
    doi = "10.1128/cmr.00050-19",
    openalex = "W3175889552",
    references = "doi101002bies201000127, doi101007bf01731581, doi101016jscitotenv201301032, doi101038nrmicro3028, doi101073pnas9563140, doi101093oso97801985459960010001, doi101098rstb19520012, doi101126science1227079, doi101128cmr0008817, doi101128microbiolspecplas00392014, doi101128mmbr0001610, doi101371journalpgen1000713, doi102307jctvjsf433, doi103389fcimb201200119"
}

mudanças (por exemplo, transferência horizontal de genes). Finalmente, sintetizamos como as associações microbianas observadas são o resultado dinâmico tanto de eventos de dispersão bem-sucedidos quanto mal-sucedidos de táxons e discutimos esses conceitos em conformidade com a literatura, permitindo assim uma apreciação mais rica desse processo na pesquisa do microbioma.

@article{doi103389fmicb2022855859,
    author = "Custer, Gordon e Bresciani, Luana e Dini‐Andreote, Francisco",
    title = "Implicações Ecológicas e Evolutivas da Dispersão Microbiana",
    year = "2022",
    journal = "Frontiers in Microbiology",
    abstract = "mudanças (por exemplo, transferência horizontal de genes). Finalmente, sintetizamos como as associações microbianas observadas são o resultado dinâmico tanto de eventos de dispersão bem-sucedidos quanto mal-sucedidos de táxons e discutimos esses conceitos em conformidade com a literatura, permitindo assim uma apreciação mais rica desse processo na pesquisa do microbioma.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.855859",
    doi = "10.3389/fmicb.2022.855859",
    openalex = "W4226315715",
    references = "doi101111ele13568, doi101128cmr0005019"
}

@article{doi101038s41579023009025,
    author = "Sanz‐García, Fernando e Gil‐Gil, Teresa e Laborda, Pablo e Blanco, Paula e Ochoa-Sánchez, Luz Edith e Baquero, Fernando e Martínez, José Luis e Hernando‐Amado, Sara",
    title = "Traduzir a biologia eco-evolutiva em terapia para enfrentar a resistência aos antibióticos",
    year = "2023",
    journal = "Nature Reviews Microbiology",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41579-023-00902-5",
    doi = "10.1038/s41579-023-00902-5",
    openalex = "W4377090310",
    references = "doi101128cmr0005019"
}

Apresentamos a 12ª versão do software de Análise Genética Evolutiva Molecular (MEGA12). Esta versão mais recente traz muitas melhorias significativas ao reduzir o tempo computacional necessário para selecionar modelos de substituição ótimos e realizar testes de bootstrap em filogenias usando métodos de máxima verossimilhança (ML). Essas melhorias são alcançadas pela implementação de heurísticas que minimizam cálculos desnecessários prováveis. Análises de conjuntos de dados empíricos e simulados mostram economias substanciais de tempo ao usar essas heurísticas sem comprometer a precisão dos resultados. O MEGA12 também incorpora uma abordagem de aprendizado esparsa evolutiva para identificar clados frágeis e sequências associadas em árvores evolutivas inferidas através de análises filogenômicas. Além disso, esta versão inclui paralelização de granulação fina para análises ML, suporte para monitores de alta resolução e um Tree Explorer aprimorado. O MEGA12 pode ser baixado de https://www.megasoftware.net.

@article{doi101093molbevmsae263,
    author = "Kumar, Sudhir e Stecher, Glen e Suleski, Michael e Sanderford, Maxwell e Sharma, Sudip e Tamura, Koichiro",
    title = "MEGA12: Análise Genética Evolutiva Molecular Versão 12 para Computação Adaptativa e Verde",
    year = "2024",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Apresentamos a 12ª versão do software de Análise Genética Evolutiva Molecular (MEGA12). Esta versão mais recente traz muitas melhorias significativas ao reduzir o tempo computacional necessário para selecionar modelos de substituição ótimos e realizar testes de bootstrap em filogenias usando métodos de máxima verossimilhança (ML). Essas melhorias são alcançadas pela implementação de heurísticas que minimizam cálculos desnecessários prováveis. Análises de conjuntos de dados empíricos e simulados mostram economias substanciais de tempo ao usar essas heurísticas sem comprometer a precisão dos resultados. O MEGA12 também incorpora uma abordagem de aprendizado esparsa evolutiva para identificar clados frágeis e sequências associadas em árvores evolutivas inferidas através de análises filogenômicas. Além disso, esta versão inclui paralelização de granulação fina para análises ML, suporte para monitores de alta resolução e um Tree Explorer aprimorado. O MEGA12 pode ser baixado de https://www.megasoftware.net.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msae263",
    doi = "10.1093/molbev/msae263",
    openalex = "W4405670661",
    references = "doi101073pnas1213199109, doi101093molbevmsab120"
}