Progresso evolutivo

Artigo de Revista SUGGESTÕES SOBRE A MEDIDA QUANTITATIVA DAS TAXAS DE EVOLUÇÃO Obter acesso J. B. S. Haldane J. B. S. Haldane Dept. of Biometry University College London Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic Google Scholar Evolution, Volume 3, Issue 1, 1 March 1949, Pages 51–56, https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1949.tb00004.x Publicado: 01 March 1949 Histórico do artigo Recebido: 05 November 1948 Publicado: 01 March 1949

@article{doi101111j155856461949tb00004x,
    author = "Haldane, J. B. S.",
    title = "SUGGESTÕES SOBRE A MEDIDA QUANTITATIVA DAS TAXAS DE EVOLUÇÃO",
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    journal = "Evolution",
    abstract = "Artigo de Revista SUGGESTÕES SOBRE A MEDIDA QUANTITATIVA DAS TAXAS DE EVOLUÇÃO Obter acesso J. B. S. Haldane J. B. S. Haldane Dept. of Biometry University College London Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic Google Scholar Evolution, Volume 3, Issue 1, 1 March 1949, Pages 51–56, https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1949.tb00004.x Publicado: 01 March 1949 Histórico do artigo Recebido: 05 November 1948 Publicado: 01 March 1949",
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@misc{haldane1949suggestions5,
    author = "Haldane, J. B. S",
    title = "Sugestões sobre medição quantitativa das taxas de evolução",
    year = "1949",
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@misc{dobzhansky1950evolution2,
    author = "Dobzhansky, T",
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    year = "1950",
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@misc{ehrilch1963the3,
    author = "Ehrilch, P. R. e Holm, R. W",
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    year = "1963",
    howpublished = "Nova York, McGraw-Hill, 347 p",
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@article{openalexw2145250129,
    author = "Valen, Leigh Van",
    title = "A NEW EVOLUTIONARY LAW.",
    year = "1973",
    journal = "Medical Entomology and Zoology",
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@book{crossref1977patterns,
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@article{cowen1979patterns,
    author = "Cowen, R.",
    title = "Padrões de evolução como ilustrados pelo registro fóssil",
    year = "1979",
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@article{haugh1979patterns,
    author = "Haugh, Bruce N.",
    title = "Padrões de evolução como ilustrados pelo registro fóssil",
    year = "1979",
    journal = "Precambrian Research",
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    number = "1-2",
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    pages = "147-148",
    volume = "8"
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Dados sobre o número de famílias marinhas dentro de 91 classes metazoanas conhecidas a partir do registro fóssil do Fanerozoico são analisados. A distribuição das 2800 famílias fósseis entre as classes é muito desigual, com a maioria pertencendo a uma pequena minoria de classes. Da mesma forma, a distribuição estratigráfica das classes é muito desigual, com a maioria aparecendo pela primeira vez no início do Paleozóico e com muitas das classes menores extinguindo-se antes do fim dessa era. No entanto, apesar dessa desigualdade, uma análise de fatores em modo Q indica que a estrutura desses dados é bastante simples. Apenas três fatores são necessários para explicar mais de 90% dos dados. Esses fatores são interpretados como refletindo as três grandes "faunas evolutivas" do registro fóssil marinho do Fanerozoico: uma fauna cambriana dominada por trilobitas, uma fauna paleozóica posterior dominada por braquiópodes e uma fauna mesozóica-cenozóica, ou "moderna", dominada por moluscos. Fatores menores relacionam-se à lenta taxa de turnover taxonômico dentro das faunas principais ao longo do tempo e a aspectos únicos de taxons e períodos específicos. Cada uma das três faunas principais parece ter sua própria diversidade característica, de modo que sua expansão ou contração parece estar intimamente associada a uma fase particular na história da diversidade marinha total. A fauna cambriana expande-se rapidamente durante as irradiações cambrianas iniciais e mantém a dominância durante o "equilíbrio" do Cambriano Médio a Final. A fauna paleozóica então ascende à dominância durante as irradiações ordovicianas, que aumentam dramaticamente a diversidade; essa nova fauna então mantém a dominância durante o longo intervalo de aparente equilíbrio que dura até o fim da Era Paleozóica. A fauna moderna, que aumenta lentamente em importância durante a Era Paleozóica, sobe rapidamente à dominância com as extinções permianas finais e mantém esse status durante o aumento geral na diversidade até o aparente máximo no Neógeno. O aumento na diversidade associado à expansão de cada nova fauna parece coincidir com um declínio aproximadamente exponencial da fauna anteriormente dominante, sugerindo uma possível substituição de cada fauna evolutiva por sua sucessora.

@article{doi101017s0094837300003778,
    author = "Sepkoski, J. John",
    title = "A factor analytic description of the Phanerozoic marine fossil record",
    year = "1981",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Data on numbers of marine families within 91 metazoan classes known from the Phanerozoic fossil record are analyzed. The distribution of the 2800 fossil families among the classes is very uneven, with most belonging to a small minority of classes. Similarly, the stratigraphic distribution of the classes is very uneven, with most first appearing early in the Paleozoic and with many of the smaller classes becoming extinct before the end of that era. However, despite this unevenness, a Q -mode factor analysis indicates that the structure of these data is rather simple. Only three factors are needed to account for more than 90\% of the data. These factors are interpreted as reflecting the three great “evolutionary faunas” of the Phanerozoic marine record: a trilobite-dominated Cambrian fauna, a brachiopod-dominated later Paleozoic fauna, and a mollusc-dominated Mesozoic-Cenozoic, or “modern,” fauna. Lesser factors relate to slow taxonomic turnover within the major faunas through time and to unique aspects of particular taxa and times. Each of the three major faunas seems to have its own characteristic diversity so that its expansion or contraction appears as being intimately associated with a particular phase in the history of total marine diversity. The Cambrian fauna expands rapidly during the Early Cambrian radiations and maintains dominance during the Middle to Late Cambrian “equilibrium.” The Paleozoic fauna then ascends to dominance during the Ordovician radiations, which increase diversity dramatically; this new fauna then maintains dominance throughout the long interval of apparent equilibrium that lasts until the end of the Paleozoic Era. The modern fauna, which slowly increases in importance during the Paleozoic Era, quickly rises to dominance with the Late Permian extinctions and maintains that status during the general rise in diversity to the apparent maximum in the Neogene. The increase in diversity associated with the expansion of each new fauna appears to coincide with an approximately exponential decline of the previously dominant fauna, suggesting possible displacement of each evolutionary fauna by its successor.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300003778",
    doi = "10.1017/s0094837300003778",
    openalex = "W2505144080",
    references = "doi10100797814613088367, doi1010160012825272900724, doi101017s0094837300004917, doi101017s009483730000508x, doi101017s0094837300005236, doi101017s0094837300005352, doi101017s0094837300005649, doi101017s0094837300005972, doi101017s0094837300012549, doi101126science17740541065, doi101126science2064415217, doi101130spe89p63, doi1023071483846, doi1023071796560, doi1023072405671, doi1023072412725, doi1023072412728, doi1023072806339, doi107312simp93764, openalexw1504049102, openalexw645218623"
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@article{doi1023072806339,
    author = "Funk, Vicki A. e Eldredge, Niles e Cracraft, Joël",
    title = "Padrões Filogenéticos e o Processo Evolutivo.",
    year = "1981",
    journal = "Brittonia",
    url = "https://doi.org/10.2307/2806339",
    doi = "10.2307/2806339",
    openalex = "W2330719889"
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@misc{jaanusson1981functional7,
    author = "Jaanusson, V",
    title = "Limites funcionais no progresso evolutivo",
    year = "1981",
    howpublished = "Lethaia, v. 14, p. 251-260",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Jaanusson, V., 1981, Limites funcionais no progresso evolutivo: Lethaia, v. 14, p. 251-260.}"
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Artigo de Revista DNA Mitocôndrial e duas perspectivas sobre genética evolutiva Obter acesso ALLAN C. WILSON, ALLAN C. WILSON 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic Google Scholar REBECCA L. CANN, REBECCA L. CANN 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA2Instituto Howard Hughes de Medicina, U426, Universidade da Califórnia, São Francisco, Califórnia 94143, EUA Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic Google Scholar STEVEN M. CARR, STEVEN M. CARR 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA3Laboratório de Genética da Vida Selvagem, Departamento de Ciências da Vida Selvagem e Pesca, Universidade Texas A & M, College Station, Texas 77843, EUA Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic Google Scholar MATTHEW GEORGE, MATTHEW GEORGE 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA4Departamento de Bioquímica, Universidade Howard, Washington, DC 20059, EUA Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic Google Scholar ULF B. GYLLENSTEN, ULF B. GYLLENSTEN 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA5Departamento de Genética Clínica, Hospital Karolinska, Caixa 60500, S-104 01 Estocolmo, Suécia Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic Google Scholar KATHLEEN M. HELM-BYCHOWSKI, KATHLEEN M. HELM-BYCHOWSKI 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic Google Scholar RUSSELL G. HIGUCHI, RUSSELL G. HIGUCHI 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic Google Scholar STEPHEN R. PALUMBI, STEPHEN R. PALUMBI 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA6Departamento de Zoologia, Universidade do Havaí, Honolulu, Havaí 96822, EUA Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic Google Scholar ELLEN M. PRAGER, ELLEN M. PRAGER 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic Google Scholar RICHARD D. SAGE, RICHARD D. SAGE 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA7Museu de Zoologia de Vertebrados, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic Google Scholar... Mostrar mais MARK STONEKING MARK STONEKING 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic Google Scholar Biological Journal of the Linnean Society, Volume 26, Issue 4, Dezembro 1985, Páginas 375–400, https://doi.org/10.1111/j.1095-8312.1985.tb02048.x Publicado: 28 de junho de 2008 Histórico do artigo Aceito: 01 de julho de 1985 Publicado: 28 de junho de 2008

@article{doi101111j109583121985tb02048x,
    author = "Wilson, Allan C. and Cann, Rebecca L. and Carr, Steven M. and George, Matthew and GYLLENSTEN, ULF B. and Helm‐Bychowski, Kathleen and Higuchi, Russell and Palumbi, Stephen R. and Prager, Ellen M. and Sage, Richard D. and Stoneking, Mark",
    title = "DNA mitocondrial e duas perspectivas sobre a genética evolutiva",
    year = "1985",
    journal = "Biological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Artigo de Revista DNA mitocondrial e duas perspectivas sobre a genética evolutiva Acesse TODOS C. WILSON, ALLAN C. WILSON 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar REBECCA L. CANN, REBECCA L. CANN 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA2Instituto Howard Hughes de Medicina Médica, U426, Universidade da Califórnia, São Francisco, Califórnia 94143, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar STEVEN M. CARR, STEVEN M. CARR 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA3Laboratório de Genética da Vida Selvagem, Departamento de Ciências da Vida Selvagem e Pesca, Universidade Texas A & M, College Station, Texas 77843, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar MATTHEW GEORGE, MATTHEW GEORGE 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA4Departamento de Bioquímica, Universidade Howard, Washington, DC 20059, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar ULF B. GYLLENSTEN, ULF B. GYLLENSTEN 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA5Departamento de Genética Clínica, Hospital Karolinska, Caixa 60500, S-104 01 Estocolmo, Suécia Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar KATHLEEN M. HELM-BYCHOWSKI, KATHLEEN M. HELM-BYCHOWSKI 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar RUSSELL G. HIGUCHI, RUSSELL G. HIGUCHI 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar STEPHEN R. PALUMBI, STEPHEN R. PALUMBI 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA6Departamento de Zoologia, Universidade do Havaí, Honolulu, Havaí 96822, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar ELLEN M. PRAGER, ELLEN M. PRAGER 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar RICHARD D. SAGE, RICHARD D. SAGE 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA7Museu de Zoologia de Vertebrados, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar... Mostrar mais MARK STONEKING MARK STONEKING 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar Biological Journal of the Linnean Society, Volume 26, Issue 4, Dezembro 1985, Páginas 375–400, https://doi.org/10.1111/j.1095-8312.1985.tb02048.x Publicado: 28 Junho 2008 Histórico do Artigo Aceito: 01 Julho 1985 Publicado: 28 Junho 2008",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1095-8312.1985.tb02048.x",
    doi = "10.1111/j.1095-8312.1985.tb02048.x",
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    references = "doi101038202147a0, doi101073pnas504672, doi101073pnas581142, doi101111j155856461983tb05533x, doi101126science15838051200, doi1023071438156, doi1023072407274, doi107312simp93764, openalexw788933220, sarich1967immunological"
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Inadequações na resolução estratigráfica ou na completude podem tornar impossível estimar com precisão as taxas verdadeiras de mudança morfológica ao longo do tempo geológico. No entanto, taxas relativas podem ser suficientes para testar se o ritmo de mudança dentro das espécies pode explicar as diferenças morfológicas através das fronteiras das espécies e, portanto, distinguir entre padrões graduais e pontuados de evolução. As condições sob as quais esses padrões podem ser distinguidos estatisticamente são exploradas simulando graus variados de variabilidade de taxa dentro da espécie em relação à diferença morfológica entre espécies. Os métodos estatísticos são então aplicados a dados morfológicos de múltiplos caracteres de populações sequenciais de briozoários do Neogeno Metrarabdotos, usando análise discriminante para comparar morfologias gerais. Em nove comparações de pares de espécies ancestrais e descendentes, todas mostram taxas de mudança morfológica dentro da espécie que não variam significativamente de zero, portanto, não explicam nenhuma das diferenças entre espécies. Em todos os casos, a razão entre a flutuação dentro da espécie e a diferença entre espécies é baixa o suficiente para permitir que o padrão pontuado seja distinguido com certeza virtual. Em pelo menos sete dos casos, as espécies ancestrais persistiram após dar origem aos descendentes, em conformidade com o modo de evolução de equilíbrio pontuado.

@article{doi101017s0094837300013658,
    author = "Cheetham, Alan H.",
    title = "Tempo da evolução em um briozoário do Neogeno: taxas de mudança morfológica dentro e através das fronteiras das espécies",
    year = "1986",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Inadequações na resolução estratigráfica ou na completude podem tornar impossível estimar com precisão as taxas verdadeiras de mudança morfológica ao longo do tempo geológico. No entanto, taxas relativas podem ser suficientes para testar se o ritmo de mudança dentro das espécies pode explicar as diferenças morfológicas através das fronteiras das espécies e, portanto, distinguir entre padrões graduais e pontuados de evolução. As condições sob as quais esses padrões podem ser distinguidos estatisticamente são exploradas simulando graus variados de variabilidade de taxa dentro da espécie em relação à diferença morfológica entre espécies. Os métodos estatísticos são então aplicados a dados morfológicos de múltiplos caracteres de populações sequenciais de briozoários do Neogeno Metrarabdotos, usando análise discriminante para comparar morfologias gerais. Em nove comparações de pares de espécies ancestrais e descendentes, todas mostram taxas de mudança morfológica dentro da espécie que não variam significativamente de zero, portanto, não explicam nenhuma das diferenças entre espécies. Em todos os casos, a razão entre a flutuação dentro da espécie e a diferença entre espécies é baixa o suficiente para permitir que o padrão pontuado seja distinguido com certeza virtual. Em pelo menos sete dos casos, as espécies ancestrais persistiram após dar origem aos descendentes, em conformidade com o modo de evolução de equilíbrio pontuado.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300013658",
    doi = "10.1017/s0094837300013658",
    openalex = "W2500056974",
    references = "doi101017s0094837300004000"
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@misc{runnegar1987rates9,
    author = "Runnegar, B",
    title = "Taxas e Modos de Evolução nos Moluscos, em Campbell, K. S. W., e Day, M. F., eds., Taxas de Evolução",
    year = "1987",
    howpublished = "Londres, Allen and Unwin, p. 39-60",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Runnegar, B., 1987, Taxas e Modos de Evolução nos Moluscos, em Campbell, K. S. W., e Day, M. F., eds., Taxas de Evolução: Londres, Allen and Unwin, p. 39-60.}"
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Resumo - Vários cladistas proeminentes questionaram a importância dos fósseis na inferência filogenética, e está se tornando cada vez mais popular simplesmente ajustar formas extintas, se elas forem consideradas de alguma forma, a um cladograma de táxons recentes. O estudo de Gardiner (1982) e Løvtrup (1985) sobre a filogenia dos amniotas exemplifica esse tratamento diferenciado, e focamos nesse grupo de organismos para testar a proposição de que os fósseis não podem derrubar uma teoria de relações baseada apenas na biota recente. Nossa análise de parcimônia da filogenia dos amniotas, evitando cuidadosamente o conhecimento especial contribuído pelos fósseis, levou à seguinte classificação melhor ajustada, que é semelhante à hipótese inovadora publicada por Gardiner: (lepidossauros (tartarugas (mamíferos (aves, crocodilos)))). No entanto, adicionar fósseis resultou em um cladograma mais parcimonioso dos táxons existentes marcadamente diferente: (mamíferos (tartarugas (lepidossauros (aves, crocodilos)))). Essa classificação é semelhante à hipótese tradicional e fornece um melhor ajuste ao registro estratigráfico. Para isolar os táxons extintos responsáveis pela última classificação, os dados foram sucessivamente particionados em cada análise filogenética, e concluímos que: (1) os fósseis do grupo interno, não do grupo externo, foram importantes; (2) os fósseis sinápsidos, não répteis, foram centrais; (3) certos fósseis sinápsidos, não os mais antigos ou mais recentes, foram responsáveis. A natureza crítica dos fósseis sinápsidos parece residir na combinação particular de conjuntos de caracteres primitivos e derivados que eles exibiram. Classificar esses fósseis, juntamente com os mamíferos, como o grupo irmão da linhagem consistindo de aves e crocodilos resultou em um ajuste relativamente pobre aos dados; um envolvendo um aumento de 2 a 4 vezes nas reversões evolutivas! Assim, a importância dos fósseis críticos, coletivamente ou individualmente, parece residir em sua relativa primitividade, e a explicação mais simples para sua natureza mais conservadora é que eles tiveram menos tempo para evoluir. Embora os fósseis possam ser importantes na inferência filogenética apenas sob certas condições, não há motivo convincente para prejulgar sua contribuição. Exortamos os sistemáticos a avaliar de forma justa todo o evidência disponível.

@article{doi101111j109600311988tb00514x,
    author = "Gauthier, Jacques and Kluge, Arnold G. and Rowe, Timothy",
    title = "AMNIOTE PHYLOGENY AND THE IMPORTANCE OF FOSSILS",
    year = "1988",
    journal = "Cladistics",
    abstract = "Resumo - Vários cladistas proeminentes questionaram a importância dos fósseis na inferência filogenética, e está se tornando cada vez mais popular simplesmente ajustar formas extintas, se elas forem consideradas de alguma forma, a um cladograma de táxons recentes. O estudo de Gardiner (1982) e Løvtrup (1985) sobre a filogenia dos amniotas exemplifica esse tratamento diferenciado, e focamos nesse grupo de organismos para testar a proposição de que os fósseis não podem derrubar uma teoria de relações baseada apenas na biota recente. Nossa análise de parcimônia da filogenia dos amniotas, evitando cuidadosamente o conhecimento especial contribuído pelos fósseis, levou à seguinte classificação melhor ajustada, que é semelhante à hipótese inovadora publicada por Gardiner: (lepidossauros (tartarugas (mamíferos (aves, crocodilos)))). No entanto, adicionar fósseis resultou em um cladograma mais parcimonioso dos táxons existentes marcadamente diferente: (mamíferos (tartarugas (lepidossauros (aves, crocodilos)))). Essa classificação é semelhante à hipótese tradicional e fornece um melhor ajuste ao registro estratigráfico. Para isolar os táxons extintos responsáveis pela última classificação, os dados foram sucessivamente particionados em cada análise filogenética, e concluímos que: (1) os fósseis do grupo interno, não do grupo externo, foram importantes; (2) os fósseis sinápsidos, não répteis, foram centrais; (3) certos fósseis sinápsidos, não os mais antigos ou mais recentes, foram responsáveis. A natureza crítica dos fósseis sinápsidos parece residir na combinação particular de conjuntos de caracteres primitivos e derivados que eles exibiram. Classificar esses fósseis, juntamente com os mamíferos, como o grupo irmão da linhagem consistindo de aves e crocodilos resultou em um ajuste relativamente pobre aos dados; um envolvendo um aumento de 2 a 4 vezes nas reversões evolutivas! Assim, a importância dos fósseis críticos, coletivamente ou individualmente, parece residir em sua relativa primitividade, e a explicação mais simples para sua natureza mais conservadora é que eles tiveram menos tempo para evoluir. Embora os fósseis possam ser importantes na inferência filogenética apenas sob certas condições, não há motivo convincente para prejulgar sua contribuição. Exortamos os sistemáticos a avaliar de forma justa todo o evidência disponível.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.1988.tb00514.x",
    doi = "10.1111/j.1096-0031.1988.tb00514.x",
    openalex = "W1978557909",
    references = "crossref1943the, currie1985cranial, doi101001jama194302840160064031, doi1010079781468488517, doi101007978146848851721, doi101016002555648290027x, doi1010160169534789901626, doi101016b9781483198279500198, doi101016b9781483231426500124, doi101017cbo9780511693281002, doi101038142004a0, doi10108002724634198810011708, doi101086628623, doi101093sysbio1811, doi101093sysbio33183, doi1010970000505319311100000026, doi101098rstb19830079, doi101111j109636421977tb01031x, doi101111j109636421985tb01796x, doi101146annureven10010165000525, doi1023071005355, doi1023071220820, doi1023071292217, doi1023071441916, doi1023072412407, doi1023072412685, doi1023072413134, doi1023072413259, doi1023072413454, doi1023072485224, doi105281zenodo16171435, doi10560219780801847806, doi105962bhltitle6408, doi105962bhltitle82144, openalexw1534787790, openalexw1534857865, openalexw2954279587, openalexw2983381470, openalexw3146596760, openalexw3184837389, openalexw575222456, roaf1943the"
}

Artigo de Revista A Significância Evolutiva da Plasticidade Fenotípica: As fontes fenotípicas de variação entre organismos podem ser descritas por interruptores de desenvolvimento e normas de reação. Acesse Stephen C. Stearns Stephen C. Stearns Pesquise por outras obras deste autor em: Oxford Academic Google Scholar BioScience, Volume 39, Issue 7, Julho/Agosto 1989, Páginas 436–445, https://doi.org/10.2307/1311135 Publicado: 01 Agosto 1989

@article{doi1023071311135,
    author = "Stearns, Stephen C.",
    title = "A Significância Evolutiva da Plasticidade Fenotípica",
    year = "1989",
    journal = "BioScience",
    abstract = "Artigo de Revista A Significância Evolutiva da Plasticidade Fenotípica: As fontes fenotípicas de variação entre organismos podem ser descritas por interruptores de desenvolvimento e normas de reação. Acesse Stephen C. Stearns Stephen C. Stearns Pesquise por outras obras deste autor em: Oxford Academic Google Scholar BioScience, Volume 39, Issue 7, Julho/Agosto 1989, Páginas 436–445, https://doi.org/10.2307/1311135 Publicado: 01 Agosto 1989",
    url = "https://doi.org/10.2307/1311135",
    doi = "10.2307/1311135",
    openalex = "W2058670567",
    references = "doi101001jama195002910300087029, doi1015159780691224244, doi1023071439305, doi1023072389364, openalexw1635425035"
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@misc{milner1990the8,
    author = "Milner, R",
    title = "The Encyclopedia of Evolution",
    year = "1990",
    howpublished = "Humanity's Search for Its Origin: New York, Facts on File, Inc., 482 p",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Milner, R., 1990, The Encyclopedia of Evolution: Humanity's Search for Its Origin: New York, Facts on File, Inc., 482 p.}"
}

RESUMO A osteologia comparativa e as relações filogenéticas de peixes-paddlefish fósseis e vivos (Polyodontidae) são investigadas em detalhe pela primeira vez. Este grupo peculiar e pouco conhecido é de grande significância para os estudos filogenéticos de actinopterygians primitivos, porque é uma das apenas duas famílias de condrosteus que sobreviveram até os dias atuais. Consequentemente, o grupo é frequentemente usado como grupo externo para estudos de muitos grupos fósseis de condrosteus e para estudos de nível superior das inter-relações actinopterygianas (e até mesmo osteichthyans). A família tem um registro fóssil longo, mas descontínuo, que remonta ao Cretáceo Superior, incluindo espécies representadas por esqueletos relativamente completos ou, pelo menos, crânios. Estes fósseis relativamente completos são extremamente raros e pertencem às espécies †Paleopsephurus wilsoni MacAlpin, 1947, da Formação Hell Creek do Cretáceo Superior de Montana (redescrita aqui); †Polyodon sp. nov. da Formação Tullock do Paleoceno inferior de Montana (descrita aqui); e †Crossopholis magnicaudatus Cope, 1883, de depósitos do Eoceno inferior da Formação Green River em Wyoming (descrita em detalhe aqui pela primeira vez com base em muito novo material). Entre os fósseis, †Crossopholis é de particular interesse, porque agora é conhecido por vários esqueletos quase completos (relatados e descritos aqui pela primeira vez). †Paleopsephurus e †Polyodon sp. nov. são conhecidos por um único crânio parcial cada um, e algum material pós-craniano fragmentário, mas são bem representados para serem incluídos em nossa análise filogenética. Outros materiais mais fragmentários do Cretáceo Superior e Paleoceno (alguns aqui relatados pela primeira vez) são colocados em Polyodontidae incertae sedis. Existem duas espécies extantes na família, frequentemente referidas na literatura como "fósseis vivos". Estas duas espécies são Polyodon spathula da bacia do rio Mississippi da América do Norte, e Psephurus gladius, principalmente da bacia do rio Yangtzé superior na China. A osteologia de Psephurus gladius é descrita aqui em detalhe pela primeira vez. Estudos anteriores de Polyodontidae foram quase exclusivamente baseados em Polyodon spathula, porque espécimes da outra espécie são extremamente raros e muito pouco conhecidos. Após acumular e preparar material por vários anos, conseguimos descrever mais completamente todas as espécies de polyodontidae e examinar a filogenia da família. Nosso estudo revela que Polyodon spathula é um membro altamente derivado da família e, geralmente, não é um bom representante da família quando a família é usada como grupo externo para estudos filogenéticos de nível superior de actinopterygians. O uso de Polyodon spathula como o polyodontid primitivo levou anteriormente a vários erros graves na literatura. Portanto, também resumimos neste artigo certos caracteres primitivos de Polyodontidae. Contrariamente a estudos anteriores, mostramos que †Paleopsephurus possui os ossos rostrais estelares únicos dos polyodontids (além dos longos ossos rostrais medianos e do focinho extremamente alongado também únicos ao grupo). Também contrariamente a estudos anteriores, Polyodontidae (pelo menos primitivamente) possui ossificações do quadratojugal, interclavícula e postcleitro. Também relatamos várias outras características osteológicas anteriormente desconhecidas da família. Nosso estudo resulta em uma hipótese filogenética para peixes-paddlefish que é radicalmente diferente do único outro cladograma publicado (Gardiner, 1984b). Demonstramos que †Paleopsephurus claramente pertence a Polyodontidae, e não a Acipenseridae, como proposto por Gardiner (1984b). †Paleopsephurus é o grupo irmão de Polyodontinae, nova subfamília (um grupo contendo Psephurus, †Crossopholis e duas espécies de Polyodon). Psephurus é o grupo irmão de Polyodontini, nova tribo (um grupo contendo †Crossopholis e Polyodon). Polyodon contém o extante Polyodon spathula, bem como uma nova espécie fóssil de depósitos de água doce do Paleoceno inicial de Montana. Uma melhor compreensão da osteologia de polyodontidae também nos permite fornecer uma hipótese filogenética para Acipenseriformes (assumindo a monofilia de Acipenseridae) que difere daquela de autores anteriores. Em particular, encontramos que †Chondrosteidae é o grupo irmão de um grupo contendo Acipenseridae mais Polyodontidae. Polyodontidae também fornecem evidências de que os supraneurais em actinopterygians são homólogos seriados de epurais, e não de radiais de nadadeiras. Como já era aparente anteriormente, Polyodontidae é um de vários grupos que indicam uma relação biogeográfica transpacífica para a América do Norte ocidental (a oeste da divisão continental) durante o Terciário Inicial. Também descrevemos variação ontogenética e intraspecífica na osteologia de peixes-paddlefish. Com base na grande quantidade de variação, concluímos que, em pelo menos alguns peixes, é importante examinar grandes números de espécimes, incluindo indivíduos extremamente antigos (ou seja, "ontogenia do extremo superior") na série de desenvolvimento para documentar mais completamente a morfologia. Peixes-paddlefish adultos de tamanho normal e reprodutivamente ativos carecem de ossificações particulares do escápulo-córacoide, coluna vertebral e neurocrânio presentes em outros osteichthyans; mas, como mostramos aqui, esses elementos eventualmente se ossificam em indivíduos muito grandes e mais velhos. Neste sentido, os peixes-paddlefish parecem ser os axolotes do mundo dos peixes, oferecendo um dos melhores casos documentados de paedomorfose (ou neotenia) conhecidos até hoje.

@article{doi10108002724634199110011424,
    author = "Grande, Lance and Bemis, William E.",
    title = "Osteology and Phylogenetic Relationships of Fossil and Recent Paddlefishes (Polyodontidae) with Comments on the Interrelationships of Acipenseriformes",
    year = "1991",
    journal = "Journal of Vertebrate Paleontology",
    abstract = "ABSTRACT The comparative osteology and phylogenetic relationships of fossil and living paddlefishes (Polyodontidae) are investigated in detail for the first time. This peculiar, poorly known group is of great significance to phylogenetic studies of primitive actinopterygians, because it is one of only two chondrostean families that have survived to the present. Consequently the group is frequently used as an outgroup for studies of the many fossil chondrostean groups and for higher-level studies of actinopterygian (and even osteichthyan) interrelationships. The family has a long but spotty fossil record dating back to the Upper Cretaceous, including species represented by relatively complete skeletons or at least skulls. These relatively complete fossils are extremely rare and belong to the species †Paleopsephurus wilsoni MacAlpin, 1947 from the Upper Cretaceous Hell Creek Formation of Montana (redescribed here); †Polyodon sp. nov. from the lower Paleocene Tullock Formation of Montana (described here); and †Crossopholis magnicaudatus Cope, 1883 from lower Eocene deposits of the Green River Formation in Wyoming (described in detail here for the first time based on much new material). Among the fossils, †Crossopholis is of particular interest, because it is now known by several nearly complete skeletons (reported and described here for the first time). †Paleopsephurus and †Polyodon sp. nov. are known from a single partial skull each, and some fragmentary postcranial material, but are well enough represented to include in our phylogenetic analysis. Other, more fragmentary, Upper Cretaceous and Paleocene material (some newly reported here) is placed in Polyodontidae incertae sedis. There are two extant species in the family, frequently referred to in the literature as “living fossils.” These two species are Polyodon spathula from the Mississippi River drainage of North America, and Psephurus gladius primarily from the upper Yangtze River drainage in China. The osteology of Psephurus gladius is described here in detail for the first time. Previous studies of Polyodontidae have been almost exclusively based on Polyodon spathula, because specimens of the other species are extremely rare and very poorly known. After accumulating and preparing material for several years, we were able to describe more fully all polyodontid species and examine the family phylogenetically. Our study reveals that Polyodon spathula is a highly derived member of the family, and generally not a good representative of the family when the family is used as an outgroup for higher-level phylogenetic studies of actinopterygians. The use of Polyodon spathula as the primitive polyodontid has previously led to several serious errors in the literature. We therefore also summarize certain primitive characters of Polyodontidae in this paper. Contrary to previous studies, we show that †Paleopsephurus has the stellate rostral bones unique to polyodontids (in addition to the long median rostral bones and extremely elongate snout also unique to the group). Also contrary to previous studies, Polyodontidae (at least primitively) does have ossifications of the quadratojugal, interclavicle and postcleithrum. We also report several other osteological features previously unknown from the family. Our study results in a phylogenetic hypothesis for paddlefishes that is radically different from the only other published cladogram (Gardiner, 1984b). We demonstrate that †Paleopsephurus clearly belongs in Polyodontidae, rather than Acipenseridae as proposed by Gardiner (1984b). †Paleopsephurus is the sistergroup to Polyodontinae, new subfamily (a group containing Psephurus, †Crossopholis, and two species of Polyodon). Psephurus is the sistergroup to Polyodontini, new tribe (a group containing †Crossopholis and Polyodon). Polyodon contains the extant Polyodon spathula as well as a new fossil species from early Paleocene freshwater deposits of Montana. A better understanding of polyodontid osteology also enables us to provide a phylogenetic hypothesis for Acipenseriformes (assuming monophyly of Acipenseridae) that differs from that of previous authors. In particular we find that †Chondrosteidae is the sistergroup to a group containing Acipenseridae plus Polyodontidae. Polyodontidae also provide evidence that the supraneurals in actinopterygians are the serial homologues of epurals, and not of fin radials. As has previously been apparent, Polyodontidae is one of several groups that indicate a transpacific biogeographic relationship for western North America (west of the continental divide) during the Early Tertiary. We also describe ontogenetic and intraspecific variation in paddlefish osteology. Based on the large amount of variation, we conclude that, in at least some fishes, it is important to examine large numbers of specimens, including extremely old individuals (i.e., “upper end ontogeny”) in the developmental series to more completely document the morphology. Normal-sized, reproductively active adult paddlefishes lack particular ossifications of the scapulocoracoid, vertebral column and neurocranium present in other osteichthyans; but as we show here, these elements eventually ossify in very large, older individuals. In this sense, paddlefishes appear to be the axolotls of the fish world, offering one of the best documented cases of paedomorphosis (or neoteny) known to date.",
    url = "https://doi.org/10.1080/02724634.1991.10011424",
    doi = "10.1080/02724634.1991.10011424",
    openalex = "W1980955783",
    references = "doi101038170405e0, doi101111j109636421932tb01553x, doi105281zenodo16298542, doi105962bhltitle159141, doi105962bhltitle6408, gardiner1989interrelationships, openalexw2246336267, openalexw610180004"
}

O método comparativo para estudar a adaptação por que se preocupar com a filogenia? reconstrução de árvores filogenéticas e estados ancestrais de caracteres análise comparativa de dados discretos análise comparativa de variáveis contínuas determinando a forma das relações comparativas.

@article{doi105860choice295104,
    title = "O método comparativo na biologia evolutiva",
    year = "1992",
    journal = "Choice Reviews Online",
    abstract = "O método comparativo para estudar a adaptação por que se preocupar com a filogenia? reconstrução de árvores filogenéticas e estados ancestrais de caracteres análise comparativa de dados discretos análise comparativa de variáveis contínuas determinando a forma das relações comparativas.",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.29-5104",
    doi = "10.5860/choice.29-5104",
    openalex = "W1488393970"
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@article{doi101038361219a0,
    author = "Morris, Simon Conway",
    title = "O registro fóssil e a evolução inicial dos Metazoa",
    year = "1993",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/361219a0",
    doi = "10.1038/361219a0",
    openalex = "W2143380472",
    references = "doi101016001670379290064p, doi1010160301926885900518, doi101016030192688590066x, doi101016s0959437x05801923, doi101017cbo9780511601064002, doi101038345802a0, doi101093oso97801985771880010001, doi101111j146364091991tb00303x, doi101111j150239311989tb01332x, doi101126science1585174, doi101126science1598573, doi101126science2464928339, doi101126science3277277, doi101144gsjgs14920171, doi101144gsjgs14940607, doi1023072992562, doi105860choice273873"
}

Um episódio explosivo de diversificação biológica ocorreu perto do início do período Cambriano. As taxas evolutivas no Cambriano têm sido difíceis de quantificar com precisão devido à falta de idades de alta precisão. Atualmente, a geocronologia de zircão urânio-chumbo é o método mais poderoso para datar rochas de idade Cambriana. Dados de zircão urânio-chumbo de rochas do Cambriano inferior localizadas no nordeste da Sibéria indicam que o período Cambriano começou há aproximadamente 544 milhões de anos e que sua etapa mais antiga (Manykaian) durou não menos de 10 milhões de anos. Outros dados indicam que as etapas Tommotiana e Atdabaniana juntas duraram apenas de 5 a 10 milhões de anos. A compressão resultante do tempo do Cambriano inicial acentua a rapidez tanto da diversificação faunística quanto da subsequente turnover cambriano.

@article{doi101126science11539488,
    author = "Bowring, Samuel A. e Grotzinger, J. P. e Isachsen, C. E. e Knoll, Andrew H. e Pelechaty, Shane M. e Kolosov, Peter",
    title = "Calibrando as Taxas de Evolução do Início do Cambriano",
    year = "1993",
    journal = "Science",
    abstract = "Um episódio explosivo de diversificação biológica ocorreu perto do início do período Cambriano. As taxas evolutivas no Cambriano têm sido difíceis de quantificar com precisão devido à falta de idades de alta precisão. Atualmente, a geocronologia de zircão urânio-chumbo é o método mais poderoso para datar rochas de idade Cambriana. Dados de zircão urânio-chumbo de rochas do Cambriano inferior localizadas no nordeste da Sibéria indicam que o período Cambriano começou há aproximadamente 544 milhões de anos e que sua etapa mais antiga (Manykaian) durou não menos de 10 milhões de anos. Outros dados indicam que as etapas Tommotiana e Atdabaniana juntas duraram apenas de 5 a 10 milhões de anos. A compressão resultante do tempo do Cambriano inicial acentua a rapidez tanto da diversificação faunística quanto da subsequente turnover cambriano.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.11539488",
    doi = "10.1126/science.11539488",
    openalex = "W2080974066",
    references = "doi101017s0094837300005649, doi101017s0094837300005972, doi101017s0094837300006539"
}

Introdução. Grupos basais. Monera (bactérias e algas verde-azuladas). Fungos. Algas. Animais: Invertebrados. Protozoários. Porifera. Coelenterata. Mollusca: Amphineura e Monoplacophora. Mollusca: Gastropoda. Mollusca: Cephalopoda (Nautiloidea). Mollusca: Cephalopoda (Pre-Jurassic Ammonoidea). Mollusca: Cephalopoda (Ammonoidea: Phylloceratina, Lytoceratina, Ammonitina, Ancyloceratina). Mollusca: Cephalopoda (Coleoidea). Mollusca: Rostroconchia, Scaphopoda, e Bivalvia. Mollusca: incertae sedis. Annelida. Arthropoda (Trilobita). Arthropoda (Aglaspidida, Chelicerata, Pycnogonida). Arthropoda (Crustacea, excluindo Ostracoda). Arthropoda (Crustacea: Ostracoda). Arthropoda (Euthycarcinoidea e Myriapoda). Arthropoda (Hexapoda: Insecta). Brachiopoda. Phoronida. Bryozoa. Echinodermata. Deuterostomes basais (chaetognaths, hemichordates, calcichordates, cephalochordates, e tunicates). Graptolithina. Problematica. Miscellania. Animais: Vertebrados. Conodonta. Agnatha. Placodermi. Acanthodii. Chondrichthyes. Osteichthyes: actinopterigians basais. Osteichthyes: Teleostei. Osteichthyes: Sarcopterygii. Tetrapoda de grau anfíbio. Reptilia. Aves. Mammalia. Plantas. Bryophyta. Pteridophyta. Gymnospermophyta. Magnoliophyta (Angiospermae). Índice.

@book{openalexw1599677799,
    author = "Benton, Michael J.",
    title = "O registro fóssil 2",
    year = "1993",
    abstract = "Introdução. Grupos basais. Monera (bactérias e algas verde-azuladas). Fungos. Algas. Animais: Invertebrados. Protozoários. Porifera. Coelenterata. Mollusca: Amphineura e Monoplacophora. Mollusca: Gastropoda. Mollusca: Cephalopoda (Nautiloidea). Mollusca: Cephalopoda (Pre-Jurassic Ammonoidea). Mollusca: Cephalopoda (Ammonoidea: Phylloceratina, Lytoceratina, Ammonitina, Ancyloceratina). Mollusca: Cephalopoda (Coleoidea). Mollusca: Rostroconchia, Scaphopoda, e Bivalvia. Mollusca: incertae sedis. Annelida. Arthropoda (Trilobita). Arthropoda (Aglaspidida, Chelicerata, Pycnogonida). Arthropoda (Crustacea, excluindo Ostracoda). Arthropoda (Crustacea: Ostracoda). Arthropoda (Euthycarcinoidea e Myriapoda). Arthropoda (Hexapoda: Insecta). Brachiopoda. Phoronida. Bryozoa. Echinodermata. Deuterostomes basais (chaetognaths, hemichordates, calcichordates, cephalochordates, e tunicates). Graptolithina. Problematica. Miscellania. Animais: Vertebrados. Conodonta. Agnatha. Placodermi. Acanthodii. Chondrichthyes. Osteichthyes: actinopterigians basais. Osteichthyes: Teleostei. Osteichthyes: Sarcopterygii. Tetrapoda de grau anfíbio. Reptilia. Aves. Mammalia. Plantas. Bryophyta. Pteridophyta. Gymnospermophyta. Magnoliophyta (Angiospermae). Índice.",
    openalex = "W1599677799"
}

Relatamos uma nova transformação, o LogDet, que é consistente para sequências com composição de nucleotídeos diferentes e que surgiram sob modelos estocásticos simples, mas assimétricos, de evolução. Esta transformação é necessária porque os métodos existentes tendem a agrupar sequências com base em sua composição de nucleotídeos, independentemente de sua história evolutiva. Este efeito de frequências de nucleotídeos diferentes é ilustrado usando um critério de seleção de árvores em uma medida de distância simples definida exclusivamente com base na composição de bases, independente das sequências reais. A nova transformação LogDet usa determinantes das matrizes de divergência observadas e funciona porque a multiplicação de determinantes (números reais) é comutativa, enquanto a multiplicação de matrizes não é, exceto em casos simétricos especiais. O uso de determinantes permite, portanto, modelos mais gerais de evolução com taxas simétricas de mudança de nucleotídeos. A transformação é ilustrada em um conjunto de dados teórico (onde os métodos existentes selecionam a árvore errada) e com três conjuntos de dados biológicos: cloroplastos, aves/mamíferos (nuclear) e abelhas melíferas (mitocondrial). A transformação LogDet reforça a distinção lógica entre transformações nos dados e critérios de seleção de árvores. As conclusões gerais deste estudo são que composições irregulares de A,C,G,T são uma causa importante e possível geral de padrões que podem enganar métodos de reconstrução de árvores, mesmo quando são obtidos altos valores de bootstrap. Consequentemente, muitos estudos publicados podem precisar ser reexaminados.

@article{doi101093oxfordjournalsmolbeva040136,
    author = "Lockhart, Peter J. and Steel, Mike and Hendy, Michael D. and Penny, David",
    title = "Recovering evolutionary trees under a more realistic model of sequence evolution.",
    year = "1994",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "We report a new transformation, the LogDet, that is consistent for sequences with differing nucleotide composition and that have arisen under simple but asymmetric stochastic models of evolution. This transformation is required because existing methods tend to group sequences on the basis of their nucleotide composition, irrespective of their evolutionary history. This effect of differing nucleotide frequencies is illustrated by using a tree-selection criterion on a simple distance measure defined solely on the basis of base composition, independent of the actual sequences. The new LogDet transformation uses determinants of the observed divergence matrices and works because multiplication of determinants (real numbers) is commutative, whereas multiplication of matrices is not,except in special symmetric cases. The use of determinants thus allows more general models of evolution with a symmetric rates of nucleotide change. The transformation is illustrated on a theoretical data set (where existing methods select the wrong tree) and with three biological data sets: chloroplasts, birds/mammals (nuclear), and honeybees (mitochondrial). The LogDet transformation reinforces the logical distinction between transformations on the data and tree-selection criteria. The overall conclusions from this study are that irregular A,C,G,T compositions are an important and possible general cause of patterns that can mislead tree-reconstruction methods, even when high bootstrap values are obtained. Consequently, many published studies may need to be reexamined.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a040136",
    doi = "10.1093/oxfordjournals.molbev.a040136",
    openalex = "W2162443218",
    references = "doi101093oxfordjournalsmolbeva040752, doi101093oxfordjournalsmolbeva040771, doi101126science3277277"
}

Tamanho e forma são analisados para linhagens do Plioceno do gênero de roedores Stephanomys Schaub 1938. Estudos filogenéticos anteriores basearam-se principalmente na variação de tamanho e comparações descritivas, sem qualquer tentativa de quantificar mudanças de forma. Portanto, com base no aumento regular de tamanho, o Stephanomys tem sido considerado um exemplo primário de gradualismo filético. A fim de quantificar a variação morfológica dentro da linhagem, um método para analisar contornos complexos, a transformada de Fourier elíptica, foi aplicada ao contorno do dente (primeiros molares superiores e inferiores). Foi então possível comparar a evolução no tamanho, estimada pela área do dente, bem como a evolução da forma, representada pelos coeficientes de Fourier. Embora o tamanho pareça mudar gradualmente ao longo do tempo, a morfologia fornece um padrão evolutivo bastante descontínuo tanto para o molar superior quanto para o inferior. Tal discrepância entre a evolução do tamanho e da forma de uma única estrutura sugere que diferentes determinismos genéticos e restrições mecânicas podem atuar sobre o tamanho e a forma. Portanto, pode ser enganoso inferir processos evolutivos generalizados a partir do tamanho ou da forma isoladamente.

@article{doi101017s0094837300016201,
    author = "Renaud, Sabrina e Michaux, Jacques e Jaeger, Jean‐Jacques e Auffray, Jean‐Christophe",
    title = "Análise de Fourier aplicada a Stephanomys (Rodentia, Muridae) molares: padrão evolutivo não progressivo em uma linhagem gradual",
    year = "1996",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Tamanho e forma são analisados para linhagens do Plioceno do gênero de roedores Stephanomys Schaub 1938. Estudos filogenéticos anteriores basearam-se principalmente na variação de tamanho e comparações descritivas, sem qualquer tentativa de quantificar mudanças de forma. Portanto, com base no aumento regular de tamanho, o Stephanomys tem sido considerado um exemplo primário de gradualismo filético. A fim de quantificar a variação morfológica dentro da linhagem, um método para analisar contornos complexos, a transformada de Fourier elíptica, foi aplicada ao contorno do dente (primeiros molares superiores e inferiores). Foi então possível comparar a evolução no tamanho, estimada pela área do dente, bem como a evolução da forma, representada pelos coeficientes de Fourier. Embora o tamanho pareça mudar gradualmente ao longo do tempo, a morfologia fornece um padrão evolutivo bastante descontínuo tanto para o molar superior quanto para o inferior. Tal discrepância entre a evolução do tamanho e da forma de uma única estrutura sugere que diferentes determinismos genéticos e restrições mecânicas podem atuar sobre o tamanho e a forma. Portanto, pode ser enganoso inferir processos evolutivos generalizados a partir do tamanho ou da forma isoladamente.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300016201",
    doi = "10.1017/s0094837300016201",
    openalex = "W2504052297",
    references = "doi1010160146664x8290034x, doi101016016953479390024j, doi101017s0094837300008289, doi101017s0094837300012963, doi101017s0094837300013658, doi101038366223a0, doi101038368696a0, doi1023071378990, doi1023072413076, doi1023072413345, gingerich1987evolution"
}

Populações naturais de peixes-zebra foram submetidas a um episódio de seleção direcional que imitou processos naturais. A taxa resultante de evolução da idade e do tamanho na maturidade foi semelhante às taxas tipicamente obtidas para características submetidas à seleção artificial em ambientes laboratoriais e até sete ordens de grandeza maiores do que as taxas inferidas do registro paleontológico. As características masculinas evoluíram mais rapidamente do que as características femininas, principalmente porque os machos possuíam mais variação genética sobre a qual a seleção natural poderia atuar. Estes resultados são considerados à luz do debate em curso sobre a importância da seleção natural versus outros processos no registro paleontológico da evolução.

@article{doi101126science27553081934,
    author = "Reznick, David N. e Shaw, Frank H. e Rodd, F. Helen e Shaw, Ruth G.",
    title = "Avaliação da Taxa de Evolução em Populações Naturais de Peixes-zebra (Poecilia reticulata)",
    year = "1997",
    journal = "Science",
    abstract = "Populações naturais de peixes-zebra foram submetidas a um episódio de seleção direcional que imitou processos naturais. A taxa resultante de evolução da idade e do tamanho na maturidade foi semelhante às taxas tipicamente obtidas para características submetidas à seleção artificial em ambientes laboratoriais e até sete ordens de grandeza maiores do que as taxas inferidas do registro paleontológico. As características masculinas evoluíram mais rapidamente do que as características femininas, principalmente porque os machos possuíam mais variação genética sobre a qual a seleção natural poderia atuar. Estes resultados são considerados à luz do debate em curso sobre a importância da seleção natural versus outros processos no registro paleontológico da evolução.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.275.5308.1934",
    doi = "10.1126/science.275.5308.1934",
    openalex = "W1981048891",
    references = "doi10100797894015768267, doi101111j155856461949tb00004x, doi101126science2224620159"
}

Apresenta-se um modelo simples para a evolução da taxa de evolução molecular. Com uma abordagem bayesiana, este modelo pode servir de base para estimar datas de eventos evolutivos importantes, mesmo na ausência da suposição de taxas constantes entre linhagens evolutivas. O método pode ser usado em conjunto com qualquer um dos modelos amplamente utilizados para substituição de nucleotídeos ou substituição de aminoácidos. É ilustrado pela análise de um conjunto de dados de sequências de proteína rbcL.

@article{doi101093oxfordjournalsmolbeva025892,
    author = "Thorne, Jeffrey L. and Kishino, Hirohisa and Painter, Ian",
    title = "Estimando a taxa de evolução da taxa de evolução molecular",
    year = "1998",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Apresenta-se um modelo simples para a evolução da taxa de evolução molecular. Com uma abordagem bayesiana, este modelo pode servir de base para estimar datas de eventos evolutivos importantes, mesmo na ausência da suposição de taxas constantes entre linhagens evolutivas. O método pode ser usado em conjunto com qualquer um dos modelos amplamente utilizados para substituição de nucleotídeos ou substituição de aminoácidos. É ilustrado pela análise de um conjunto de dados de sequências de proteína rbcL.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a025892",
    doi = "10.1093/oxfordjournals.molbev.a025892",
    openalex = "W2051296828",
    references = "doi101007bf01734359, doi101007bf01797451, doi101007bf02111276, doi101007bf02338839, doi101016b9781483227344500176, doi101016b9781483232119500097, doi101038scientificamerican117998, doi101093bioinformatics83275, doi101093biomet57197, doi101198tech2001s608, doi1012019780429258411, doi1023072291187"
}

@article{doi10103844766,
    author = "Pagel, Mark",
    title = "Inferindo os padrões históricos da evolução biológica",
    year = "1999",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/44766",
    doi = "10.1038/44766",
    openalex = "W2114525641",
    references = "doi101016s0092867400803104, doi10103818872, doi101038366223a0, doi101038384055a0, doi101086284325, doi101086286013, doi101093oso97801985464120010001, doi101093sysbio41118, doi101098rspb19940006, doi101111j146364091997tb00423x, doi101126science2740904, doi101126science2765313734, doi101128mr5122212711987, doi1015159781503621534, doi1023072407154, doi1023072485224, doi105860choice295104, rambaut1998estimating"
}

Os estromatolitos são estruturas sedimentares de crescimento aderentes e litificadas, que se acumulam afastadas de um ponto ou superfície limitada de início. Embora o processo de acumulação seja comumente considerado como resultante das atividades de aprisionamento de sedimentos ou indução de precipitação por tapetes microbianos, pouca evidência desse processo é preservada na maioria dos estromatolitos do Pré-Cambriano. O estudo e a interpretação bem-sucedidos de estromatolitos exigem uma abordagem baseada em processos, orientada para desconvolver as texturas de substituição de estromatolitos antigos. Os efeitos de recristalização diagênética devem primeiro ser considerados, seguidos pela análise de texturas de laminação e dedução de possíveis mecanismos de acumulação. Hipóteses de acumulação podem ser testadas usando simulações numéricas baseadas em processos de crescimento de estromatolitos modernos. A aplicação dessa abordagem mostrou que os estromatolitos foram originalmente formados em grande parte através da precipitação in situ de lamelas durante os tempos Arqueano e Proterozoico mais antigos, mas que os estromatolitos do Proterozoico mais jovem cresceram em grande parte através da acumulação de sedimentos carbonáticos, provavelmente através do processo físico de aprisionamento e ligação microbianos. Essa tendência provavelmente reflete a evolução de longo prazo do ambiente da Terra, em vez de comunidades microbianas.

@article{doi101146annurevearth271313,
    author = "Grotzinger, J. P. e Knoll, Andrew H.",
    title = "ESTROMATOLITOS EM CARBONATOS DO PRÉ-CAMBRIANO: Marcos Evolutivos ou Dipsticks Ambientais?",
    year = "1999",
    journal = "Annual Review of Earth and Planetary Sciences",
    abstract = "Os estromatolitos são estruturas sedimentares de crescimento aderentes e litificadas, que se acumulam afastadas de um ponto ou superfície limitada de início. Embora o processo de acumulação seja comumente considerado como resultante das atividades de aprisionamento de sedimentos ou indução de precipitação por tapetes microbianos, pouca evidência desse processo é preservada na maioria dos estromatolitos do Pré-Cambriano. O estudo e a interpretação bem-sucedidos de estromatolitos exigem uma abordagem baseada em processos, orientada para desconvolver as texturas de substituição de estromatolitos antigos. Os efeitos de recristalização diagênética devem primeiro ser considerados, seguidos pela análise de texturas de laminação e dedução de possíveis mecanismos de acumulação. Hipóteses de acumulação podem ser testadas usando simulações numéricas baseadas em processos de crescimento de estromatolitos modernos. A aplicação dessa abordagem mostrou que os estromatolitos foram originalmente formados em grande parte através da precipitação in situ de lamelas durante os tempos Arqueano e Proterozoico mais antigos, mas que os estromatolitos do Proterozoico mais jovem cresceram em grande parte através da acumulação de sedimentos carbonáticos, provavelmente através do processo físico de aprisionamento e ligação microbianos. Essa tendência provavelmente reflete a evolução de longo prazo do ambiente da Terra, em vez de comunidades microbianas.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.earth.27.1.313",
    doi = "10.1146/annurev.earth.27.1.313",
    openalex = "W2142539052",
    references = "doi101007978364276884234, doi101016001670379390347y, doi101016030192688590066x, doi101016s0070457108711373, doi101016s0070457108711567, doi101016s0070457108x70451, doi101017cbo9780511599798, doi101017cbo9780511601064, doi101038324055a0, doi101038368046a0, doi101038383423a0, doi101086628623, doi101103physrevb275686, doi101103physrevlett56889, doi101126science11539686, doi101126science1585174, doi101126science1744011825, doi101139e79088, doi101146annurevecolsys281129, doi1023073514631, doi1023073514973"
}

Condições ambientais estressantes podem ser definidas como aquelas que levam a uma redução acentuada na aptidão em populações. Ou seja, quando as condições ambientais alteradas causam uma redução drástica na produção reprodutiva, e quando a persistência das condições leva a danos permanentes, essas condições constituem um estresse ambiental. Estresses físicos que são encontrados raramente em populações — como períodos de seca ou frio extremo — ou que são encontrados por uma minoria de uma espécie — como em populações localizadas nas bordas de distribuição ou expostas a estresses químicos locais decorrentes de atividades humanas — podem, através de seus efeitos diretos ou indiretos, levar a reduções significativas no tamanho das populações (Glynn 1988, Hoffmann e Parsons 1991) e a ciclos repetidos de colonização e extinção (Andrewartha e Birch 1954).

@article{doi1016410006356820000500217esaaef23co2,
    author = "Hoffmann, Ary A. e Hercus, Miriam J.",
    title = "Estresse Ambiental como uma Força Evolutiva",
    year = "2000",
    journal = "BioScience",
    abstract = "Condições ambientais estressantes podem ser definidas como aquelas que levam a uma redução acentuada na aptidão em populações. Ou seja, quando as condições ambientais alteradas causam uma redução drástica na produção reprodutiva, e quando a persistência das condições leva a danos permanentes, essas condições constituem um estresse ambiental. Estresses físicos que são encontrados raramente em populações — como períodos de seca ou frio extremo — ou que são encontrados por uma minoria de uma espécie — como em populações localizadas nas bordas de distribuição ou expostas a estresses químicos locais decorrentes de atividades humanas — podem, através de seus efeitos diretos ou indiretos, levar a reduções significativas no tamanho das populações (Glynn 1988, Hoffmann e Parsons 1991) e a ciclos repetidos de colonização e extinção (Andrewartha e Birch 1954).",
    url = "https://doi.org/10.1641/0006-3568(2000)050[0217:esaaef]2.3.co;2",
    doi = "10.1641/0006-3568(2000)050[0217:esaaef]2.3.co;2",
    openalex = "W2157843549",
    references = "doi101016s0031018296000995, doi101146annureves10110179001335"
}

@article{doi101016s0031018201002085,
    author = "Steiner, Michael e Wallis, Eckart e Erdtmann, Bernd-Dietrich e Zhao, Yuanlong e Yang, Ruidong",
    title = "Camadas de minério exalativas hidrotermais submarinas em xistos pretos da China do Sul e fósseis associados — insights sobre uma fácies Cambriana Inferior e bio-evolução",
    year = "2001",
    journal = "Palaeogeography Palaeoclimatology Palaeoecology",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0031-0182(01)00208-5",
    doi = "10.1016/s0031-0182(01)00208-5",
    openalex = "W2115053158",
    references = "doi1010160009254180900479, doi1010160009254186900781, doi1010160012821x84900396, doi101016003101829390065q, doi1010160031920186900932, doi101016003192018990263x, doi101017cbo9780511601064, doi101038267403a0, doi101126science2464928339, doi101126science2705236598, doi1011300091761319940220179pcbgsr23co2, doi101144gsjgs14920171, doi101306m20377, doi10182618200374742199101, doi1023072992562, openalexw1624806571"
}

Analisamos padrões de dispersão animal, vicariância e diversificação na Holarctico baseados em filogenias completas de 57 táxons não marinhos extantes, totalizando 770 espécies, documentando eventos biogeográficos desde o Mesozoico Tardio até o presente. Quatro áreas principais, cada uma correspondendo a uma massa de terra historicamente persistente, foram utilizadas nas análises: Nearctico Oriental (EN), Nearctico Ocidental (WN), Palaeoarctico Oriental (EP) e Palaeoarctico Ocidental (WP). O ajuste de árvores baseado em parcimônia mostrou que não há um cladograma de área geral significativamente suportado para o conjunto de dados. No entanto, as distribuições são fortemente conservadas filogeneticamente, conforme revelado pela análise de dispersão-vicariância (DIVA). Testes de permutação baseados em DIVA foram utilizados para identificar padrões biogeográficos determinados filogeneticamente. Conforme esperado, dispersões continentais (WP↓EP e WN↓EN) são significativamente mais comuns do que dispersões paleocontinentais (WN↓EP e EN↓WP), que por sua vez são mais comuns do que dispersões disjuntas (EN↓EP e WN↓WP). Existe assimetria de dispersão significativa tanto dentro do Nearctico (WN⇒EN mais comum do que EN⇒WN) quanto do Palaeoarctico (EP⇒WP mais comum do que WP⇒EP). As conexões faunísticas trans-Beringianas têm sido tradicionalmente enfatizadas, mas não são mais importantes do que as conexões trans-Atlânticas em nosso conjunto de dados. Para analisar mudanças ao longo do tempo, classificamos os eventos biogeográficos em quatro períodos principais utilizando evidências fósseis, biogeográficas e moleculares combinadas com um «relógio de ramificação». Essas análises mostram que distribuições trans-Atlânticas (EN–WP) foram comuns no Terciário Inicial–Médio (70–20 Myr), enquanto distribuições trans-Beringianas (WN–EP) foram raras nesse período. A maioria das disjunções EN–EP remonta ao Terciário Inicial (70–45 Myr), sugerindo que resultaram da divisão de distribuições trans-Atlânticas em vez de trans-Beringianas. A diversificação em WN e WP aumentou no Quaternário (< 3 Myr), enquanto em EP e EN diminuiu a partir de um máximo no Terciário Inicial–Médio.

@article{doi101111j109583122001tb01368x,
    author = "Sanmartín, Isabel e Enghoff, Henrik e Ronquist, Fredrik",
    title = "Padrões de dispersão animal, vicariância e diversificação na Holarctico",
    year = "2001",
    journal = "Biological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Analisamos padrões de dispersão animal, vicariância e diversificação na Holarctico baseados em filogenias completas de 57 táxons não marinhos extantes, totalizando 770 espécies, documentando eventos biogeográficos desde o Mesozoico Tardio até o presente. Quatro áreas principais, cada uma correspondendo a uma massa de terra historicamente persistente, foram utilizadas nas análises: Nearctico Oriental (EN), Nearctico Ocidental (WN), Palaeoarctico Oriental (EP) e Palaeoarctico Ocidental (WP). O ajuste de árvores baseado em parcimônia mostrou que não há um cladograma de área geral significativamente suportado para o conjunto de dados. No entanto, as distribuições são fortemente conservadas filogeneticamente, conforme revelado pela análise de dispersão-vicariância (DIVA). Testes de permutação baseados em DIVA foram utilizados para identificar padrões biogeográficos determinados filogeneticamente. Conforme esperado, dispersões continentais (WP↓EP e WN↓EN) são significativamente mais comuns do que dispersões paleocontinentais (WN↓EP e EN↓WP), que por sua vez são mais comuns do que dispersões disjuntas (EN↓EP e WN↓WP). Existe assimetria de dispersão significativa tanto dentro do Nearctico (WN⇒EN mais comum do que EN⇒WN) quanto do Palaeoarctico (EP⇒WP mais comum do que WP⇒EP). As conexões faunísticas trans-Beringianas têm sido tradicionalmente enfatizadas, mas não são mais importantes do que as conexões trans-Atlânticas em nosso conjunto de dados. Para analisar mudanças ao longo do tempo, classificamos os eventos biogeográficos em quatro períodos principais utilizando evidências fósseis, biogeográficas e moleculares combinadas com um «relógio de ramificação». Essas análises mostram que distribuições trans-Atlânticas (EN–WP) foram comuns no Terciário Inicial–Médio (70–20 Myr), enquanto distribuições trans-Beringianas (WN–EP) foram raras nesse período. A maioria das disjunções EN–EP remonta ao Terciário Inicial (70–45 Myr), sugerindo que resultaram da divisão de distribuições trans-Atlânticas em vez de trans-Beringianas. A diversificação em WN e WP aumentou no Quaternário (< 3 Myr), enquanto em EP e EN diminuiu a partir de um máximo no Terciário Inicial–Médio.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1095-8312.2001.tb01368.x",
    doi = "10.1111/j.1095-8312.2001.tb01368.x",
    openalex = "W2142884638",
    references = "doi101007978146133485919, doi101007978303487527124, doi1010160169534794901635, doi10103835025052, doi101093oxfordjournalsmolbeva026092, doi101093sysbio461195, doi101146annurevecolsys301421, doi101146annureven15010170000525, doi1023071440574, doi1023072395021, doi1023072412970, doi105962bhlpart13183, openalexw1486025919, openalexw2989964553"
}

@book{doi102307jctvjsf433,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "The Structure of Evolutionary Theory",
    year = "2002",
    booktitle = "Harvard University Press eBooks",
    url = "https://doi.org/10.2307/j.ctvjsf433",
    doi = "10.2307/j.ctvjsf433",
    openalex = "W4300925890"
}

RESUMO Há pouca consistência na notação e terminologia de orientação usada em discussões sobre dentições de vertebrados fósseis não mamíferos. A padronização dessa terminologia, como feita nas ciências médicas e dentárias, facilitaria todas as futuras pesquisas sobre dentes fósseis. Para mamíferos, recomendamos seguir a convenção, onde os incisivos, caninos, pré-molares e molares são abreviados como In, Cn, Pn e Mn (n = número do dente) em mandíbulas superiores e como in, cn, pn e mn em mandíbulas inferiores. Dentes direito, esquerdo e decíduos são indicados por R, L e D (por exemplo, DP4, Rp2). Para não mamíferos, que podem ter pré-maxilas, maxilas e dentários dentíferos, bem como ossos adicionais portadores de dentes (por exemplo, vomeres, palatinos, pterigóides, ectopterigóides, esfenóides, splênios e até parasfenóides), encorajamos a identificação dos dentes usando a abreviação do osso (por exemplo, pmn, mxn, dn, vn, pain). Uma combinação de número e barra (/) pode ser usada para distinguir entre múltiplas fileiras de dentes (por exemplo, Pal1/n, Pal2/n), e mapas específicos de espécimes podem ser criados para dentições muito complicadas. Sugerimos o uso dos termos mesial e distal para designar superfícies dentárias e direções voltadas para e afastadas da sínfise mandibular. Labial é oferecido para aquelas superfícies e direções voltadas para os lábios ou bochechas e lingual para aquelas voltadas para a língua. Oferecemos os termos basal para a direção em direção às bases das coroas, apical para a direção em direção às pontas das coroas, oclusal para vistas das superfícies oclusais, e basal e apical da raiz para vistas das bases das coroas e raízes, respectivamente.

@article{doi101671027246342003231apfast20co2,
    author = "Smith, Joshua B. e Dodson, Peter",
    title = "Uma proposta para uma terminologia padrão de notação anatômica e orientação em dentições de vertebrados fósseis não mamíferos",
    year = "2003",
    journal = "Journal of Vertebrate Paleontology",
    abstract = "RESUMO Há pouca consistência na notação e terminologia de orientação usada em discussões sobre dentições de vertebrados fósseis não mamíferos. A padronização dessa terminologia, como feita nas ciências médicas e dentárias, facilitaria todas as futuras pesquisas sobre dentes fósseis. Para mamíferos, recomendamos seguir a convenção, onde os incisivos, caninos, pré-molares e molares são abreviados como In, Cn, Pn e Mn (n = número do dente) em mandíbulas superiores e como in, cn, pn e mn em mandíbulas inferiores. Dentes direito, esquerdo e decíduos são indicados por R, L e D (por exemplo, DP4, Rp2). Para não mamíferos, que podem ter pré-maxilas, maxilas e dentários dentíferos, bem como ossos adicionais portadores de dentes (por exemplo, vomeres, palatinos, pterigóides, ectopterigóides, esfenóides, splênios e até parasfenóides), encorajamos a identificação dos dentes usando a abreviação do osso (por exemplo, pmn, mxn, dn, vn, pain). Uma combinação de número e barra (/) pode ser usada para distinguir entre múltiplas fileiras de dentes (por exemplo, Pal1/n, Pal2/n), e mapas específicos de espécimes podem ser criados para dentições muito complicadas. Sugerimos o uso dos termos mesial e distal para designar superfícies dentárias e direções voltadas para e afastadas da sínfise mandibular. Labial é oferecido para aquelas superfícies e direções voltadas para os lábios ou bochechas e lingual para aquelas voltadas para a língua. Oferecemos os termos basal para a direção em direção às bases das coroas, apical para a direção em direção às pontas das coroas, oclusal para vistas das superfícies oclusais, e basal e apical da raiz para vistas das bases das coroas e raízes, respectivamente.",
    url = "https://doi.org/10.1671/0272-4634(2003)23[1:apfast]2.0.co;2",
    doi = "10.1671/0272-4634(2003)23[1:apfast]2.0.co;2",
    openalex = "W2177918895",
    references = "doi101001jama191104260090143037, doi101007bf02987808, doi101017cbo9780511608377011, doi101017s0094837300016201, doi10108002724634198710011638, doi10108002724634199510011250, doi10108002724634199810011101, doi10108002724634199810011114, doi101086273307, doi101098rstb19740001, doi101111j109636421978tb01049x, doi101126science10246376, doi101126science2665183267, doi101126science2725264986, doi101144gsjgs15310005, doi1016660022336020010750208lcsdaf20co2, doi1023073514548, doi1023073514751, doi105281zenodo1048848, doi105281zenodo16492064, doi105860choice383310, openalexw197683541, openalexw2609000594, rowe1989a, sues1978a"
}

Com sua base teórica firmemente estabelecida na genética evolutiva molecular e de populações, a análise comparativa de sequências de DNA e proteínas desempenha um papel central na reconstrução das histórias evolutivas de espécies e famílias de genes múltiplos, na estimativa das taxas de evolução molecular e na inferência da natureza e extensão das forças seletivas que moldam a evolução de genes e genomas. O escopo dessas investigações expandiu-se muito devido ao desenvolvimento de técnicas de sequenciamento de alto rendimento e de novos métodos estatísticos e computacionais. Esses métodos exigem programas de computador fáceis de usar. Um desses esforços foi produzir o software de Análise de Genética Evolutiva Molecular (MEGA), com foco em facilitar a exploração e análise da variação de sequências de DNA e proteínas sob uma perspectiva evolutiva. Atualmente em sua terceira versão principal, o MEGA3 contém facilidades para alinhamento automático e manual de sequências, mineração baseada na web de bancos de dados, inferência de árvores filogenéticas, estimativa de distâncias evolutivas e teste de hipóteses evolutivas. Este artigo fornece uma visão geral dos métodos estatísticos, ferramentas computacionais e módulos de exploração visual para entrada de dados e dos resultados obtíveis no MEGA.

@article{doi101093bib52150,
    author = "Kumar, Sudhir",
    title = "MEGA3: Software integrado para Análise de Genética Evolutiva Molecular e Alinhamento de Sequências",
    year = "2004",
    journal = "Briefings in Bioinformatics",
    abstract = "Com sua base teórica firmemente estabelecida na genética evolutiva molecular e de populações, a análise comparativa de sequências de DNA e proteínas desempenha um papel central na reconstrução das histórias evolutivas de espécies e famílias de genes múltiplos, na estimativa das taxas de evolução molecular e na inferência da natureza e extensão das forças seletivas que moldam a evolução de genes e genomas. O escopo dessas investigações expandiu-se muito devido ao desenvolvimento de técnicas de sequenciamento de alto rendimento e de novos métodos estatísticos e computacionais. Esses métodos exigem programas de computador fáceis de usar. Um desses esforços foi produzir o software de Análise de Genética Evolutiva Molecular (MEGA), com foco em facilitar a exploração e análise da variação de sequências de DNA e proteínas sob uma perspectiva evolutiva. Atualmente em sua terceira versão principal, o MEGA3 contém facilidades para alinhamento automático e manual de sequências, mineração baseada na web de bancos de dados, inferência de árvores filogenéticas, estimativa de distâncias evolutivas e teste de hipóteses evolutivas. Este artigo fornece uma visão geral dos métodos estatísticos, ferramentas computacionais e módulos de exploração visual para entrada de dados e dos resultados obtíveis no MEGA.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bib/5.2.150",
    doi = "10.1093/bib/5.2.150",
    openalex = "W2146396346",
    references = "doi101007bf01731581, doi101007bf02407308, doi101016b9781483232119500097, doi101093bioinformatics17121244, doi101093genetics1233585, doi101093nar22224673, doi101093nar25173389, doi101093oso97801951358480010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101093oxfordjournalsmolbeva040259, doi101093oxfordjournalsmolbeva040343, doi101093oxfordjournalsmolbeva040410, doi101093oxfordjournalsmolbeva040454, doi101093oxfordjournalsmolbeva040771, doi101111j155856461985tb00420x, doi1023072408678, doi1023072412074, doi105860choice392183, openalexw2032279931, openalexw3217097258"
}

A história evolutiva de um conjunto de táxons é geralmente representada por uma árvore filogenética, e este modelo facilitou grandemente a discussão e o teste de hipóteses. No entanto, é bem conhecido que cenários evolutivos mais complexos são mal descritos por tais modelos. Além disso, mesmo quando a evolução prossegue de maneira semelhante a uma árvore, a análise dos dados pode não ser melhor servida pelo uso de métodos que impõem uma estrutura de árvore, mas sim por uma visualização mais rica dos dados para avaliar suas propriedades, pelo menos como um primeiro passo essencial. Assim, redes filogenéticas devem ser empregadas quando eventos reticulados, como hibridização, transferência horizontal de genes, recombinação ou duplicação e perda de genes, são considerados envolvidos, e, mesmo na ausência de tais eventos, as redes filogenéticas têm um papel útil a desempenhar. Este artigo revisa a terminologia usada para redes filogenéticas e abrange tanto redes de divisão quanto redes reticuladas, como elas são definidas e como podem ser interpretadas. Além disso, o artigo esboça os inícios de um quadro estatístico abrangente para aplicar métodos de redes de divisão. Mostramos como as redes de divisão podem representar conjuntos de confiança de árvores e introduzimos um teste estatístico conservador para verificar se o sinal conflitante em uma rede é semelhante a uma árvore. Finalmente, este artigo descreve um novo programa, SplitsTree4, uma ferramenta interativa e abrangente para inferir diferentes tipos de redes filogenéticas a partir de sequências, distâncias e árvores.

@article{doi101093molbevmsj030,
    author = "Huson, Daniel H. e Bryant, David",
    title = "Aplicação de Redes Filogenéticas em Estudos Evolutivos",
    year = "2005",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "A história evolutiva de um conjunto de táxons é geralmente representada por uma árvore filogenética, e este modelo facilitou grandemente a discussão e o teste de hipóteses. No entanto, é bem conhecido que cenários evolutivos mais complexos são mal descritos por tais modelos. Além disso, mesmo quando a evolução prossegue de maneira semelhante a uma árvore, a análise dos dados pode não ser melhor servida pelo uso de métodos que impõem uma estrutura de árvore, mas sim por uma visualização mais rica dos dados para avaliar suas propriedades, pelo menos como um primeiro passo essencial. Assim, redes filogenéticas devem ser empregadas quando eventos reticulados, como hibridização, transferência horizontal de genes, recombinação ou duplicação e perda de genes, são considerados envolvidos, e, mesmo na ausência de tais eventos, as redes filogenéticas têm um papel útil a desempenhar. Este artigo revisa a terminologia usada para redes filogenéticas e abrange tanto redes de divisão quanto redes reticuladas, como elas são definidas e como podem ser interpretadas. Além disso, o artigo esboça os inícios de um quadro estatístico abrangente para aplicar métodos de redes de divisão. Mostramos como as redes de divisão podem representar conjuntos de confiança de árvores e introduzimos um teste estatístico conservador para verificar se o sinal conflitante em uma rede é semelhante a uma árvore. Finalmente, este artigo descreve um novo programa, SplitsTree4, uma ferramenta interativa e abrangente para inferir diferentes tipos de redes filogenéticas a partir de sequências, distâncias e árvores.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msj030",
    doi = "10.1093/molbev/msj030",
    openalex = "W2055298722",
    references = "doi101016s0169534700020267, doi101038nrg929, doi10108010635150390235520, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093molbevmsi111, doi101093sysbio463523, doi101111j155856461985tb00420x"
}

Os morcegos representam mais de 20% dos mamíferos existentes, mas sua história evolutiva é em grande parte desconhecida devido a um registro fóssil limitado e filogenias conflitantes ou incompletas. Aqui, apresentamos uma filogenia molecular altamente resolvida para todas as famílias de morcegos existentes. Nossos resultados apoiam a hipótese de que os megabatos estão inseridos entre quatro linhagens principais de microbatos, que originaram-se no Eoceno inicial [52 a 50 milhões de anos atrás (Mya)], coincidindo com um aumento significativo global na temperatura, aumento na diversidade e abundância de plantas e o auge da diversidade de insetos do Terciário. Nossos dados sugerem que os morcegos originaram-se na Laurásia, possivelmente na América do Norte, e que três das principais linhagens de microbatos são de origem Laurásica, enquanto a quarta é Gondwanana. Combinando princípios de análise de linhagem fantasma com datas de divergência molecular, estimamos que o registro fóssil de morcegos subestima (comprimento da ramificação basal não representada, UBBL) as primeiras ocorrências em, em média, 73% e que a soma da história fóssil ausente é de 61%.

@article{doi101126science1105113,
    author = "Teeling, Emma C. e Springer, Mark S. e Madsen, Ole e Bates, Paul J. J. e O’Brien, Stephen J. e Murphy, William J.",
    title = "Uma Filogenia Molecular para Morcegos Ilumina a Biogeografia e o Registro Fóssil",
    year = "2005",
    journal = "Science",
    abstract = "Os morcegos representam mais de 20% dos mamíferos existentes, mas sua história evolutiva é em grande parte desconhecida devido a um registro fóssil limitado e filogenias conflitantes ou incompletas. Aqui, apresentamos uma filogenia molecular altamente resolvida para todas as famílias de morcegos existentes. Nossos resultados apoiam a hipótese de que os megabatos estão inseridos entre quatro linhagens principais de microbatos, que originaram-se no Eoceno inicial [52 a 50 milhões de anos atrás (Mya)], coincidindo com um aumento significativo global na temperatura, aumento na diversidade e abundância de plantas e o auge da diversidade de insetos do Terciário. Nossos dados sugerem que os morcegos originaram-se na Laurásia, possivelmente na América do Norte, e que três das principais linhagens de microbatos são de origem Laurásica, enquanto a quarta é Gondwanana. Combinando princípios de análise de linhagem fantasma com datas de divergência molecular, estimamos que o registro fóssil de morcegos subestima (comprimento da ramificação basal não representada, UBBL) as primeiras ocorrências em, em média, 73% e que a soma da história fóssil ausente é de 61%.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1105113",
    doi = "10.1126/science.1105113",
    openalex = "W1997655974",
    references = "doi101007bf01454359, doi101017cbo9780511529924, doi10103835003188, doi10103835055536, doi101073pnas0334222100, doi101073pnas111551998, doi101126science1067179, doi101126science11536548, doi101126science15437541333, doi101126science28454232153, doi1023071223169"
}

Radiações de espécies fornecem insights únicos sobre os processos evolutivos subjacentes à diversificação de espécies e aos padrões de biodiversidade. Para comparar a diversificação de plantas ao longo de um período de tempo semelhante às recentes radiações de peixes ciclídeos, que são uma ordem de magnitude mais rápidas do que as radiações documentadas de aves, artrópodes e plantas, focamos na flora de alta altitude dos Andes, que é a mais rica em espécies de qualquer montanha tropical. Devido ao recente levantamento do norte dos Andes, os ambientes de altitude onde grande parte dessa rica flora endêmica é encontrada têm estado disponíveis para colonização apenas desde o Plioceno tardio ou Pleistoceno, há 2-4 milhões de anos (Myr). Usando dados de sequências de DNA, identificamos um grupo monofilético dentro do gênero Lupinus representando 81 espécies endêmicas dos Andes. A idade deste clado é estimada em 1,18-1,76 Myr, implicando uma taxa de diversificação de 2,49-3,72 espécies por Myr. Isso excede as estimativas anteriores para plantas, fornecendo o exemplo mais espetacular de diversificação explosiva de espécies de plantas documentado até agora. Além disso, sugere que as altas taxas de diversificação de ciclídeos não são únicas. A falta de inovações-chave associadas ao clado de Lupinus andino sugere que a diversificação foi impulsionada por oportunidades ecológicas proporcionadas pelo surgimento de habitats semelhantes a ilhas após o levantamento andino. Dados de outros gêneros indicam que os lupinos são um de um conjunto de radiações de plantas andinas igualmente rápidas, continentais em escala e semelhantes a ilhas no estímulo, sugerindo que a flora de alta altitude dos Andes fornece um sistema que rivaliza com outros grupos, incluindo ciclídeos, para entender a rápida diversificação de espécies.

@article{doi101073pnas0601928103,
    author = "Hughes, Colin E. e Eastwood, Ruth J.",
    title = "Radiação insular em escala continental: Taxas excepcionais de diversificação de plantas após o levantamento dos Andes",
    year = "2006",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Radiações de espécies fornecem insights únicos sobre os processos evolutivos subjacentes à diversificação de espécies e aos padrões de biodiversidade. Para comparar a diversificação de plantas ao longo de um período de tempo semelhante às recentes radiações de peixes ciclídeos, que são uma ordem de magnitude mais rápidas do que as radiações documentadas de aves, artrópodes e plantas, focamos na flora de alta altitude dos Andes, que é a mais rica em espécies de qualquer montanha tropical. Devido ao recente levantamento do norte dos Andes, os ambientes de altitude onde grande parte dessa rica flora endêmica é encontrada têm estado disponíveis para colonização apenas desde o Plioceno tardio ou Pleistoceno, há 2-4 milhões de anos (Myr). Usando dados de sequências de DNA, identificamos um grupo monofilético dentro do gênero Lupinus representando 81 espécies endêmicas dos Andes. A idade deste clado é estimada em 1,18-1,76 Myr, implicando uma taxa de diversificação de 2,49-3,72 espécies por Myr. Isso excede as estimativas anteriores para plantas, fornecendo o exemplo mais espetacular de diversificação explosiva de espécies de plantas documentado até agora. Além disso, sugere que as altas taxas de diversificação de ciclídeos não são únicas. A falta de inovações-chave associadas ao clado de Lupinus andino sugere que a diversificação foi impulsionada por oportunidades ecológicas proporcionadas pelo surgimento de habitats semelhantes a ilhas após o levantamento andino. Dados de outros gêneros indicam que os lupinos são um de um conjunto de radiações de plantas andinas igualmente rápidas, continentais em escala e semelhantes a ilhas no estímulo, sugerindo que a flora de alta altitude dos Andes fornece um sistema que rivaliza com outros grupos, incluindo ciclídeos, para entender a rápida diversificação de espécies.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0601928103",
    doi = "10.1073/pnas.0601928103",
    openalex = "W2045366837",
    references = "doi101038nrg1316, doi101073pnas0506330102, doi101073pnas89178322, doi1011300016760620001121091uhotca23co2, doi1023072419593"
}

Mudanças ecológicas na fenologia e distribuição de plantas e animais estão ocorrendo em todos os grupos marinhos, de água doce e terrestres bem estudados. Essas mudanças observadas são fortemente enviesadas nas direções previstas pelo aquecimento global e foram vinculadas a mudanças climáticas locais ou regionais através de correlações entre clima e variação biológica, experimentos de campo e laboratório, e pesquisa fisiológica. Espécies com distribuição restrita, particularmente espécies polares e de topo de montanha, mostram contrações severas de distribuição e foram os primeiros grupos nos quais espécies inteiras se extinguiram devido às mudanças climáticas recentes. Recifes de coral tropicais e anfíbios foram mais negativamente afetados. Interações predador-presa e planta-inseto foram interrompidas quando as espécies interagentes responderam de maneira diferente ao aquecimento. Adaptações evolutivas a condições mais quentes ocorreram no interior das faunas das espécies, e o uso de recursos e a dispersão evoluíram rapidamente nas margens de distribuição em expansão. Mudanças genéticas observadas modulam os efeitos locais das mudanças climáticas, mas há pouca evidência de que elas mitigarão os efeitos negativos no nível das espécies.

@article{doi101146annurevecolsys37091305110100,
    author = "Parmesan, Camille",
    title = "Ecological and Evolutionary Responses to Recent Climate Change",
    year = "2006",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "Mudanças ecológicas na fenologia e distribuição de plantas e animais estão ocorrendo em todos os grupos marinhos, de água doce e terrestres bem estudados. Essas mudanças observadas são fortemente enviesadas nas direções previstas pelo aquecimento global e foram vinculadas a mudanças climáticas locais ou regionais através de correlações entre clima e variação biológica, experimentos de campo e laboratório, e pesquisa fisiológica. Espécies com distribuição restrita, particularmente espécies polares e de topo de montanha, mostram contrações severas de distribuição e foram os primeiros grupos nos quais espécies inteiras se extinguiram devido às mudanças climáticas recentes. Recifes de coral tropicais e anfíbios foram mais negativamente afetados. Interações predador-presa e planta-inseto foram interrompidas quando as espécies interagentes responderam de maneira diferente ao aquecimento. Adaptações evolutivas a condições mais quentes ocorreram no interior das faunas das espécies, e o uso de recursos e a dispersão evoluíram rapidamente nas margens de distribuição em expansão. Mudanças genéticas observadas modulam os efeitos locais das mudanças climáticas, mas há pouca evidência de que elas mitigarão os efeitos negativos no nível das espécies.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.37.091305.110100",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.37.091305.110100",
    openalex = "W2135858501",
    references = "doi1010160169534794902488, doi10103835079180, doi101038369448a0, doi101038382146a0, doi101038386698a0, doi101038nature01286, doi101038nature04095, doi101038nature04246, doi101071mf99078, doi101093aesa492190, doi101126science28954872068, doi101126science2925517673, doi1023071939337, doi1023071940431, doi105860choice301495, openalexw1500291103, openalexw2151235472"
}

As árvores não formam um grupo natural, mas compartilham atributos como grande porte, longevidade e alta produção reprodutiva que afetam seu modo e ritmo de evolução. Em particular, as árvores são únicas por manterem altos níveis de diversidade enquanto acumulam novas mutações apenas lentamente. Elas também são capazes de adaptação local rápida e podem evoluir rapidamente de ancestrais não-arbóreos, mas a maioria dos linhagens arbóreas existentes tipicamente experimenta baixas taxas de especiação e extinção. Discutimos por que o hábito de crescimento das árvores deve levar a essas características aparentemente paradoxais.

@article{doi101146annurevecolsys37091305110215,
    author = "Petit, Rémy J. e Hampe, Arndt",
    title = "Algumas Consequências Evolutivas de Ser uma Árvore",
    year = "2006",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "As árvores não formam um grupo natural, mas compartilham atributos como grande porte, longevidade e alta produção reprodutiva que afetam seu modo e ritmo de evolução. Em particular, as árvores são únicas por manterem altos níveis de diversidade enquanto acumulam novas mutações apenas lentamente. Elas também são capazes de adaptação local rápida e podem evoluir rapidamente de ancestrais não-arbóreos, mas a maioria dos linhagens arbóreas existentes tipicamente experimentam baixas taxas de especiação e extinção. Discutimos por que o hábito de crescimento das árvores deve levar a essas características aparentemente paradoxais.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.37.091305.110215",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.37.091305.110215",
    openalex = "W2102352162",
    references = "doi101111j001438202001tb00826x, doi101111j14610248200500739x, doi101126science1061967, doi101146annurevecolsys271237, doi101146annureves10110179001133, doi101146annureves15110184000433, doi107208chicago97802261186970010001, openalexw2065039187, openalexw2145250129, openalexw2146778590"
}

@article{doi101016jcell200710022,
    author = "Otto, Sarah P.",
    title = "The Evolutionary Consequences of Polyploidy",
    year = "2007",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.10.022",
    doi = "10.1016/j.cell.2007.10.022",
    openalex = "W2010032067",
    references = "doi101371journalpbio0030314, openalexw1493831303, openalexw2065039187"
}

A natureza das mudanças evolutivas registradas pelo registro fóssil tem sido controversa há muito tempo, com desacordos particulares sobre a frequência relativa de mudança gradual versus estase dentro de linhagens. Aqui, apresento uma pesquisa estatística em grande escala do modo evolutivo em linhagens fósseis. Mais de 250 sequências de traços em evolução foram ajustadas usando verossimilhança máxima a três modelos evolutivos: mudança direcional, passeio aleatório e estase. A evolução nesses traços raramente foi direcional; em apenas 5% das sequências fósseis, a evolução direcional foi o modo de mudança mais fortemente suportado entre os três. Os 95% restantes das sequências foram divididos quase igualmente entre passeios aleatórios e estase. Variáveis relacionadas ao tamanho corporal foram significativamente menos propensas a experimentar estase do que traços de forma. Esta descoberta está de acordo com sugestões anteriores de que o tamanho pode ser mais evolutivamente lável do que a forma e é consistente com alguns, mas não todos, os mecanismos propostos para explicar a estase evolutiva. Em geral, padrões evolutivos semelhantes são observados em outras variáveis, como pertencimento a clado e resolução temporal, mas há alguma evidência de que a mudança direcional em organismos planctônicos é mais frequente do que em organismos bentônicos. A raridade com que a evolução direcional foi observada neste estudo corrobora uma afirmação-chave do equilíbrio pontuado e sugere que a evolução verdadeiramente direcional é infrequente ou, talvez mais importante, de duração curta o suficiente para raramente ser registrada na amostragem paleontológica.

@article{doi101073pnas0704088104,
    author = "Hunt, Gene",
    title = "A importância relativa da mudança direcional, passeios aleatórios e estase na evolução de linhagens fósseis",
    year = "2007",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "A natureza das mudanças evolutivas registradas pelo registro fóssil tem sido controversa há muito tempo, com desacordos particulares sobre a frequência relativa de mudança gradual versus estase dentro de linhagens. Aqui, apresento uma pesquisa estatística em grande escala do modo evolutivo em linhagens fósseis. Mais de 250 sequências de traços em evolução foram ajustadas usando verossimilhança máxima a três modelos evolutivos: mudança direcional, passeio aleatório e estase. A evolução nesses traços raramente foi direcional; em apenas 5% das sequências fósseis, a evolução direcional foi o modo de mudança mais fortemente suportado entre os três. Os 95% restantes das sequências foram divididos quase igualmente entre passeios aleatórios e estase. Variáveis relacionadas ao tamanho corporal foram significativamente menos propensas a experimentar estase do que traços de forma. Esta descoberta está de acordo com sugestões anteriores de que o tamanho pode ser mais evolutivamente lável do que a forma e é consistente com alguns, mas não todos, os mecanismos propostos para explicar a estase evolutiva. Em geral, padrões evolutivos semelhantes são observados em outras variáveis, como pertencimento a clado e resolução temporal, mas há alguma evidência de que a mudança direcional em organismos planctônicos é mais frequente do que em organismos bentônicos. A raridade com que a evolução direcional foi observada neste estudo corrobora uma afirmação-chave do equilíbrio pontuado e sugere que a evolução verdadeiramente direcional é infrequente ou, talvez mais importante, de duração curta o suficiente para raramente ser registrada na amostragem paleontológica.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0704088104",
    doi = "10.1073/pnas.0704088104",
    openalex = "W2123848440",
    references = "doi10100703064746897, doi10100797814613088367, doi101016s003101829600096x, doi101016s0031018296000995, doi101017s0094837300004000, doi101017s0094837300005224, doi101017s0094837300012549, doi101093aesa383396, doi101111j155856461979tb04694x, doi101111j155856461982tb05068x, doi1023073803199, doi102307jctvjsf433, doi105860choice333929, doi105860choice396411"
}

Este software de código aberto é escrito inteiramente na linguagem R e está disponível gratuitamente através da Comprehensive R Archive Network (CRAN) em http://cran.r-project.org/.

@article{doi101093bioinformaticsbtm538,
    author = "Harmon, Luke J. e Weir, Jason T. e Brock, Chad D. e Glor, Richard E. e Challenger, Wendell",
    title = "GEIGER: investigando radiações evolutivas",
    year = "2007",
    journal = "Bioinformatics",
    abstract = "Este software de código aberto é escrito inteiramente na linguagem R e está disponível gratuitamente através da Comprehensive R Archive Network (CRAN) em http://cran.r-project.org/.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm538",
    doi = "10.1093/bioinformatics/btm538",
    openalex = "W2117368100",
    references = "doi10103844766, doi101093oso97801985052350010001, doi101111j001438202001tb00826x"
}

Resumo: A distribuição de formas orgânicas é agrupada em qualquer escala, desde populações até as categorias taxonômicas mais altas, seja considerada dentro de clados ou dentro de ecossistemas. O registro fóssil oferece pouco suporte para as expectativas de que as lacunas morfológicas entre espécies ou grupos de espécies tenham aumentado ao longo do tempo, como poderia ser se as lacunas fossem criadas pela extinção de uma distribuição mais homogênea de morfologias. À medida que as avaliações quantitativas da morfologia substituíram os contagens de táxons superiores como métrica de disparidade morfológica, numerosos estudos demonstraram a rápida construção do morfossócio no início das irradiações evolutivas e enfatizaram a diferença entre medidas taxonômicas de diversidade morfológica e avaliações quantitativas de disparidade. Outros estudos avaliaram padrões mudantes de disparidade ao longo de extinções em massa, padrões eco-morfológicos e os padrões de convergência dentro de comunidades ecológicas, enquanto o desenvolvimento da morfologia teórica ajudou grandemente os esforços para entender por que algumas formas não ocorrem. Um esforço de pesquisa paralelo e, até recentemente, em grande parte separado na biologia evolutiva do desenvolvimento estabeleceu que o conjunto de ferramentas de desenvolvimento subjacente à notável amplitude da forma metazoana é em grande parte idêntico entre Bilateria, e muitos componentes são compartilhados entre todos os metazoos. Subjacente a esta preocupação com a disparidade está uma questão sobre a variação temporal na produção de inovações morfológicas, um debate sobre a significância relativa da geração de novas morfologias versus as probabilidades diferenciais de sua introdução bem-sucedida, e a importância relativa de restrição, convergência e contingência na evolução da forma.

@article{doi101111j14754983200600614x,
    author = "Erwin, Douglas H.",
    title = "DISPARIDADE: PADRÃO MORFOLÓGICO E CONTEXTO DESENVOLVIMENTAL",
    year = "2007",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "Resumo: A distribuição de formas orgânicas é agrupada em qualquer escala, desde populações até as categorias taxonômicas mais altas, seja considerada dentro de clados ou dentro de ecossistemas. O registro fóssil oferece pouco suporte para as expectativas de que as lacunas morfológicas entre espécies ou grupos de espécies tenham aumentado ao longo do tempo, como poderia ser se as lacunas fossem criadas pela extinção de uma distribuição mais homogênea de morfologias. À medida que as avaliações quantitativas da morfologia substituíram os contagens de táxons superiores como métrica de disparidade morfológica, numerosos estudos demonstraram a rápida construção do morfossócio no início das irradiações evolutivas e enfatizaram a diferença entre medidas taxonômicas de diversidade morfológica e avaliações quantitativas de disparidade. Outros estudos avaliaram padrões mudantes de disparidade ao longo de extinções em massa, padrões eco-morfológicos e os padrões de convergência dentro de comunidades ecológicas, enquanto o desenvolvimento da morfologia teórica ajudou grandemente os esforços para entender por que algumas formas não ocorrem. Um esforço de pesquisa paralelo e, até recentemente, em grande parte separado na biologia evolutiva do desenvolvimento estabeleceu que o conjunto de ferramentas de desenvolvimento subjacente à notável amplitude da forma metazoana é em grande parte idêntico entre Bilateria, e muitos componentes são compartilhados entre todos os metazoos. Subjacente a esta preocupação com a disparidade está uma questão sobre a variação temporal na produção de inovações morfológicas, um debate sobre a significância relativa da geração de novas morfologias versus as probabilidades diferenciais de sua introdução bem-sucedida, e a importância relativa de restrição, convergência e contingência na evolução da forma.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1475-4983.2006.00614.x",
    doi = "10.1111/j.1475-4983.2006.00614.x",
    openalex = "W2091948436",
    references = "doi101016jprecamres200511003, doi101017cbo9781139164856, doi101017s009483730001263x, doi101017s0094837300015864, doi101073pnas050586297, doi101111j1525142x200600101x, doi101666009483731999251mditer20co2, doi1016660094837320000260056cefisg20co2, doi1016660094837320040300652atrode20co2, doi105860choice333929, foote1996perspective, openalexw2055967869, openalexw635257420"
}

BEAST é um pacote de análise evolutiva poderoso e flexível para variação de sequências moleculares. Ele também fornece um recurso para o desenvolvimento adicional de novos modelos e métodos estatísticos de análise evolutiva.

@article{doi101186147121487214,
    author = "Drummond, Alexei J. e Rambaut, Andrew",
    title = "BEAST: análise evolutiva bayesiana por amostragem de árvores",
    year = "2007",
    journal = "BMC Evolutionary Biology",
    abstract = "BEAST é um pacote de análise evolutiva poderoso e flexível para variação de sequências moleculares. Ele também fornece um recurso para o desenvolvimento adicional de novos modelos e métodos estatísticos de análise evolutiva.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1471-2148-7-214",
    doi = "10.1186/1471-2148-7-214",
    openalex = "W2110835349",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf02101694, doi101007bf02101990, doi101016b9781483227344500176, doi101016s0169534703002167, doi10106311699114, doi101073pnas6341088, doi10108010635150290102456, doi101093bioinformatics178754, doi101093biomet57197, doi101093molbevmsi103, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi101093oxfordjournalsmolbeva040153, doi101126science1101074, doi101371journalpbio0040088, rambaut1998estimating"
}

@article{doi101016jjhevol200811001,
    author = "Lyman, R. Lee",
    title = "Gráfico de padrões e processos evolutivos: uma história de técnicas em arqueologia e paleobiologia",
    year = "2008",
    journal = "Journal of Human Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.jhevol.2008.11.001",
    doi = "10.1016/j.jhevol.2008.11.001",
    openalex = "W2111567600",
    references = "doi101017s001675680008660x, doi101111j1469185x1930tb00901x, doi101111j155856461947tb01335x, openalexw201159638"
}

O esforço em nível disciplinar para criar um banco de dados do registro fóssil no nível de ocorrência tornou possível estimar as taxas de extinção e origem de invertebrados marinhos com muito maior precisão. Os novos dados mostram que dois mecanismos bióticos aceleraram as recuperações após extinções em massa e confinaram a diversidade a uma faixa relativamente estreita nos últimos 500 milhões de anos (Myr). Primeiro, uma queda na diversidade de qualquer magnitude correlaciona-se com baixas taxas de extinção imediatamente após, a tal ponto que a extinção quase pararia se a diversidade caísse em 90%. Segundo, taxas de extinção muito altas são seguidas por taxas de origem igualmente altas. As duas relações preveem que a recuperação da atual extinção em massa levará pelo menos 10 Myr, e talvez 40 Myr se rivalizar com a catástrofe Permiano-Triássica. De qualquer forma, qualquer evento grande resultará em uma reestruturação ecológica e taxonômica dramática da biosfera. Os dados também confirmam que as taxas de extinção e origem ambas declinaram durante o Fanerozoico e que várias extinções, além do evento Permiano-Triássico, foram particularmente severas. No entanto, a tendência pode ser impulsionada por vieses taxonômicos e as taxas variam de acordo com uma distribuição log-normal simples, de modo que não há distinção nítida entre extinções de fundo e extinções em massa. Além disso, a falta de qualquer autocorrelação significativa nos dados é inconsistente com teorias macroevolutivas de periodicidade ou criticidade auto-organizada.

@article{doi101073pnas0802597105,
    author = "Alroy, John",
    title = "Dinâmica de origem e extinção no registro fóssil marinho",
    year = "2008",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "O esforço em nível disciplinar para criar um banco de dados do registro fóssil no nível de ocorrência tornou possível estimar as taxas de extinção e origem de invertebrados marinhos com muito maior precisão. Os novos dados mostram que dois mecanismos bióticos aceleraram as recuperações após extinções em massa e confinaram a diversidade a uma faixa relativamente estreita nos últimos 500 milhões de anos (Myr). Primeiro, uma queda na diversidade de qualquer magnitude correlaciona-se com baixas taxas de extinção imediatamente após, a tal ponto que a extinção quase pararia se a diversidade caísse em 90%. Segundo, taxas de extinção muito altas são seguidas por taxas de origem igualmente altas. As duas relações preveem que a recuperação da atual extinção em massa levará pelo menos 10 Myr, e talvez 40 Myr se rivalizar com a catástrofe Permiano-Triássica. De qualquer forma, qualquer evento grande resultará em uma reestruturação ecológica e taxonômica dramática da biosfera. Os dados também confirmam que as taxas de extinção e origem ambas declinaram durante o Fanerozoico e que várias extinções, além do evento Permiano-Triássico, foram particularmente severas. No entanto, a tendência pode ser impulsionada por vieses taxonômicos e as taxas variam de acordo com uma distribuição log-normal simples, de modo que não há distinção nítida entre extinções de fundo e extinções em massa. Além disso, a falta de qualquer autocorrelação significativa nos dados é inconsistente com teorias macroevolutivas de periodicidade ou criticidade auto-organizada.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0802597105",
    doi = "10.1073/pnas.0802597105",
    openalex = "W2075331526",
    references = "doi101017s0094837300003778, doi101017s0094837300004917, doi101017s0094837300006539, doi101073pnas111144698, doi101073pnas813801, doi101126science1156963, doi101666009483731999251mditer20co2, doi1016660094837320040300522oeamdo20co2, doi1016660094837320050310006poaeit20co2"
}

A análise comparativa de dados de sequências moleculares é essencial para reconstruir as histórias evolutivas das espécies e inferir a natureza e a extensão das forças seletivas que moldam a evolução de genes e espécies. Aqui, anunciamos o lançamento da versão 5 da Análise de Genética Evolutiva Molecular (MEGA5), que é um software amigável para mineração de bancos de dados online, construção de alinhamentos de sequências e árvores filogenéticas, e uso de métodos de bioinformática evolutiva em biologia básica, biomedicina e evolução. A nova adição no MEGA5 é uma coleção de análises de verossimilhança máxima (ML) para inferir árvores evolutivas, selecionar modelos de substituição de melhor ajuste (nucleotídeo ou aminoácido), inferir estados e sequências ancestrais (juntamente com probabilidades) e estimar taxas evolutivas local por local. Em análises de simulação por computador, os algoritmos de inferência de árvores ML no MEGA5 compararam-se favoravelmente com outros pacotes de software em termos de eficiência computacional e da precisão das estimativas de árvores filogenéticas, parâmetros de substituição e variação de taxas entre locais. A interface do usuário do MEGA foi aprimorada para ser orientada por atividades, facilitando o uso tanto por iniciantes quanto por cientistas experientes. Esta versão do MEGA é destinada à plataforma Windows e foi configurada para uso eficaz em desktops Mac OS X e Linux. Está disponível gratuitamente em http://www.megasoftware.net.

@article{doi101093molbevmsr121,
    author = "Tamura, Koichiro e Peterson, Daniel G. e Peterson, Nora e Stecher, Glen e Nei, M e Kumar, Sudhir",
    title = "MEGA5: Análise de Genética Evolutiva Molecular Usando Métodos de Verossimilhança Máxima, Distância Evolutiva e Parsimônia Máxima",
    year = "2011",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "A análise comparativa de dados de sequências moleculares é essencial para reconstruir as histórias evolutivas das espécies e inferir a natureza e a extensão das forças seletivas que moldam a evolução de genes e espécies. Aqui, anunciamos o lançamento da versão 5 da Análise de Genética Evolutiva Molecular (MEGA5), que é um software amigável para mineração de bancos de dados online, construção de alinhamentos de sequências e árvores filogenéticas, e uso de métodos de bioinformática evolutiva em biologia básica, biomedicina e evolução. A nova adição no MEGA5 é uma coleção de análises de verossimilhança máxima (ML) para inferir árvores evolutivas, selecionar modelos de substituição de melhor ajuste (nucleotídeo ou aminoácido), inferir estados e sequências ancestrais (juntamente com probabilidades) e estimar taxas evolutivas local por local. Em análises de simulação por computador, os algoritmos de inferência de árvores ML no MEGA5 compararam-se favoravelmente com outros pacotes de software em termos de eficiência computacional e da precisão das estimativas de árvores filogenéticas, parâmetros de substituição e variação de taxas entre locais. A interface do usuário do MEGA foi aprimorada para ser orientada por atividades, facilitando o uso tanto por iniciantes quanto por cientistas experientes. Esta versão do MEGA é destinada à plataforma Windows e foi configurada para uso eficaz em desktops Mac OS X e Linux. Está disponível gratuitamente em http://www.megasoftware.net.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msr121",
    doi = "10.1093/molbev/msr121",
    openalex = "W2132632499",
    references = "doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi10108010635150390235520, doi10108010635150490522304, doi101093bioinformatics149817, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093biomet762297, doi101093oso97801951358480010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101093oxfordjournalsmolbeva040454, doi101093sysbiosyq010, doi101111j155856461985tb00420x, doi101186147121055113, openalexw3217097258"
}

Quão rápido um mamífero pode evoluir do tamanho de um rato para o tamanho de um elefante? Atingir tal transformação grande exige uma reorganização biológica majoritária. Assim, a velocidade com que isso ocorre tem implicações importantes para mudanças faunísticas extensas, incluindo radiações adaptativas e recuperação de extinções em massa. Para quantificar o ritmo da evolução em grande escala, desenvolvemos uma métrica, taxa máxima do clado, que representa a taxa evolutiva máxima de um traço dentro de um clado. Aplicamos essa métrica à evolução da massa corporal em mamíferos nos últimos 70 milhões de anos, durante os quais ocorreram múltiplas grandes transições evolutivas nos oceanos e em continentes e ilhas. Nossas computações sugerem que foi necessário um mínimo de 1,6, 5,1 e 10 milhões de gerações para a massa de mamíferos terrestres aumentar 100-, e 1.000-, e 5.000-vezes, respectivamente. Os valores para baleias foram até metade do comprimento (ou seja, 1,1, 3 e 5 milhões de gerações), talvez devido às restrições mecânicas reduzidas de viver em um ambiente aquático. Quando as diferenças no tempo de geração são consideradas, encontramos um aumento exponencial na massa corporal máxima de mamíferos durante os 35 milhões de anos seguintes ao evento de extinção Cretáceo-Paleogeno (K-Pg). Nossos resultados também indicam uma assimetria básica na macroevolução: reduções muito grandes (como o nanismo insular extremo) podem ocorrer em mais de 10 vezes a taxa de aumentos. Nossas descobertas permitem comparações mais rigorosas de padrões e processos microevolutivos e macroevolutivos.

@article{doi101073pnas1120774109,
    author = "Evans, Alistair R. e Jones, David e Boyer, Alison G. e Brown, James H. e Costa, Daniel P. e Ernest, S. K. Morgan e Fitzgerald, Erich M. G. e Fortelius, Mikael e Gittleman, John L. e Hamilton, Marcus J. e Harding, Larisa E. e Lintulaakso, Kari e Lyons, S. Kathleen e Okie, Jordan G. e Saarinen, Juha e Sibly, Richard M. e Smith, Felisa A. e Stephens, Patrick R. e Theodor, Jessica M. e Uhen, Mark D.",
    title = "A taxa máxima de evolução de mamíferos",
    year = "2012",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Quão rápido um mamífero pode evoluir do tamanho de um rato para o tamanho de um elefante? Atingir tal transformação grande exige uma reorganização biológica majoritária. Assim, a velocidade com que isso ocorre tem implicações importantes para mudanças faunísticas extensas, incluindo radiações adaptativas e recuperação de extinções em massa. Para quantificar o ritmo da evolução em grande escala, desenvolvemos uma métrica, taxa máxima do clado, que representa a taxa evolutiva máxima de um traço dentro de um clado. Aplicamos essa métrica à evolução da massa corporal em mamíferos nos últimos 70 milhões de anos, durante os quais ocorreram múltiplas grandes transições evolutivas nos oceanos e em continentes e ilhas. Nossas computações sugerem que foi necessário um mínimo de 1,6, 5,1 e 10 milhões de gerações para a massa de mamíferos terrestres aumentar 100-, e 1.000-, e 5.000-vezes, respectivamente. Os valores para baleias foram até metade do comprimento (ou seja, 1,1, 3 e 5 milhões de gerações), talvez devido às restrições mecânicas reduzidas de viver em um ambiente aquático. Quando as diferenças no tempo de geração são consideradas, encontramos um aumento exponencial na massa corporal máxima de mamíferos durante os 35 milhões de anos seguintes ao evento de extinção Cretáceo-Paleogeno (K-Pg). Nossos resultados também indicam uma assimetria básica na macroevolução: reduções muito grandes (como o nanismo insular extremo) podem ocorrer em mais de 10 vezes a taxa de aumentos. Nossas descobertas permitem comparações mais rigorosas de padrões e processos microevolutivos e macroevolutivos.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1120774109",
    doi = "10.1073/pnas.1120774109",
    openalex = "W2035228868",
    references = "colbert1948evolution, doi101017cbo9780511608551, doi101017cbo9781139167826, doi101017s0094837300016201, doi101038387173a0, doi1018900814941, doi1023072405671, doi1023072529762, doi107312simp93764, openalexw1504049102, openalexw1558456135"
}

Biólogos comparativos frequentemente tentam tirar inferências sobre o ritmo e o modo na evolução ao comparar o ajuste de modelos evolutivos a dados comparativos filogenéticos consistindo em uma filogenia molecular com comprimentos de ramos e medições de traços de táxons existentes. Esses tipos de abordagens ignoram evidências históricas para padrões e processos evolutivos contidos no registro fóssil. Neste artigo, mostramos através de simulação que a incorporação de informações fósseis melhora dramaticamente nossa capacidade de distinguir entre modelos de evolução de traços quantitativos usando dados comparativos. Sugerimos ainda uma abordagem Bayesiana inovadora que permite integrar informações fósseis mesmo quando hipóteses filogenéticas explícitas estão ausentes para representantes extintos de clados existentes. Ao aplicar essa abordagem a um conjunto de dados comparativo composto por tamanhos corporais de carnívoros caniformes, mostramos que a incorporação de informações fósseis não apenas melhora as estimativas de estado ancestral em relação às derivadas apenas de táxons existentes, mas também resulta na preferência por um modelo de evolução com tendência para grande tamanho corporal em relação a modelos alternativos como movimento browniano ou processos de Ornstein-Uhlenbeck. Nossa abordagem destaca a importância de considerar informações fósseis ao fazer inferência macroevolutiva e fornece uma maneira de integrar o tipo de informações fósseis esparsas que estão disponíveis para a maioria dos biólogos evolutivos.

@article{doi101111j15585646201201723x,
    author = "Slater, Graham J. e Harmon, Luke J. e Alfaro, Michael E.",
    title = "INTEGRANDO FÓSSEIS COM FILogenias MOLECULARES MELHORA A INFERÊNCIA DA EVOLUÇÃO DE TRAÇOS",
    year = "2012",
    journal = "Evolution",
    abstract = "Biólogos comparativos frequentemente tentam tirar inferências sobre o ritmo e o modo na evolução ao comparar o ajuste de modelos evolutivos a dados comparativos filogenéticos consistindo em uma filogenia molecular com comprimentos de ramos e medições de traços de táxons existentes. Esses tipos de abordagens ignoram evidências históricas para padrões e processos evolutivos contidos no registro fóssil. Neste artigo, mostramos através de simulação que a incorporação de informações fósseis melhora dramaticamente nossa capacidade de distinguir entre modelos de evolução de traços quantitativos usando dados comparativos. Sugerimos ainda uma abordagem Bayesiana inovadora que permite integrar informações fósseis mesmo quando hipóteses filogenéticas explícitas estão ausentes para representantes extintos de clados existentes. Ao aplicar essa abordagem a um conjunto de dados comparativo composto por tamanhos corporais de carnívoros caniformes, mostramos que a incorporação de informações fósseis não apenas melhora as estimativas de estado ancestral em relação às derivadas apenas de táxons existentes, mas também resulta na preferência por um modelo de evolução com tendência para grande tamanho corporal em relação a modelos alternativos como movimento browniano ou processos de Ornstein-Uhlenbeck. Nossa abordagem destaca a importância de considerar informações fósseis ao fazer inferência macroevolutiva e fornece uma maneira de integrar o tipo de informações fósseis esparsas que estão disponíveis para a maioria dos biólogos evolutivos.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.2012.01723.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.2012.01723.x",
    openalex = "W1735656240",
    references = "doi101007s116920129171x, doi101017s0022336000059126, doi10106311699114, doi101073pnas0704088104, doi10108001621459199510476572, doi101086284325, doi101093bioinformaticsbtm538, doi101093biomet57197, doi101093oso97801985052350010001, doi101093sysbio274401, doi101111j001438202003tb00285x, doi101111j1469185x201100178x, doi101146annurevearth271463, doi101186147121487214, doi1023073802723, foote1996perspective, gingerich1987evolution"
}

@article{doi101038ncomms2958,
    author = "Rabosky, Daniel L. e Santini, Francesco e Eastman, Jonathan M. e Smith, Stephen A. e Sidlauskas, Brian L. e Chang, Jonathan e Alfaro, Michael E.",
    title = "Taxas de especiação e evolução morfológica estão correlacionadas ao longo da maior radiação de vertebrados",
    year = "2013",
    journal = "Nature Communications",
    url = "https://doi.org/10.1038/ncomms2958",
    doi = "10.1038/ncomms2958",
    openalex = "W2054715003",
    references = "doi10100797894010058529, doi101016jtree201204012, doi101017s009483730001280x, doi101023a1013311015886, doi10103714088000, doi101038248107a0, doi101038nature07893, doi101038nature10516, doi101038nrg2278, doi101073pnas0704088104, doi101086303327, doi101093bibbbn013, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093biomet824711, doi101093oxfordjournalsmolbeva003974, doi101093oxfordjournalsmolbeva025811, doi101111j155856461971tb01868x, doi101111j15585646201001026x, doi101146annurevecolsys281129, doi101146annurevecolsys291293, doi101186147121055113, doi1011861471214811275, doi1023072405671, doi105962bhltitle82303, doi107312simp93764"
}

A pesquisa que utiliza dados de forma provenientes de métodos morfométricos geométricos (GM) em ecologia e biologia evolutiva é tipicamente comparativa, analisando formas e mudanças de forma em diferentes pontos ao longo de gradientes ecológicos ou evolutivos. Embora os procedimentos estatísticos multivariados padrão sejam adequados para variação "estática" — testando diferenças de localização de grupos em espaços de dados multivariados — eles são limitados para variação "dinâmica" — testando diferenças específicas nas formas como os grupos mudam de localização associadas a mudanças de estado ao longo de gradientes ecológicos, desenvolvimentais ou evolutivos. Neste artigo, mostramos que a mudança fenotípica contínua pode ser descrita por trajetórias em espaços de dados multivariados. Descrevemos os atributos geométricos das trajetórias de mudança fenotípica (tamanho, direção e forma), especificamente para dados GM. Ilustramos, com exemplos, como diferenças nesses atributos podem funcionar como estatísticas de teste para análises comparativas a fim de compreender os mecanismos que produzem diferenças dinâmicas na mudança de forma. Demonstramos que a análise desses atributos — chamada de análise de trajetória fenotípica (PTA) — é uma análise geral que pode ser aplicada a vários tipos de perguntas de pesquisa preocupadas com a medição de variação dinâmica. Finalmente, apontamos alguns desafios futuros para este método analítico inovador.

@article{doi104404hystrix2416298,
    author = "Collyer, Michael L. e Adams, Dean C.",
    title = "Análise de trajetória fenotípica: comparação de padrões de mudança de forma na evolução e na ecologia",
    year = "2013",
    journal = "Bollettino del CILEA (CILEA)",
    abstract = {A pesquisa que utiliza dados de forma provenientes de métodos morfométricos geométricos (GM) em ecologia e biologia evolutiva é tipicamente comparativa, analisando formas e mudanças de forma em diferentes pontos ao longo de gradientes ecológicos ou evolutivos. Embora os procedimentos estatísticos multivariados padrão sejam adequados para variação "estática" — testando diferenças de localização de grupos em espaços de dados multivariados — eles são limitados para variação "dinâmica" — testando diferenças específicas nas formas como os grupos mudam de localização associadas a mudanças de estado ao longo de gradientes ecológicos, desenvolvimentais ou evolutivos. Neste artigo, mostramos que a mudança fenotípica contínua pode ser descrita por trajetórias em espaços de dados multivariados. Descrevemos os atributos geométricos das trajetórias de mudança fenotípica (tamanho, direção e forma), especificamente para dados GM. Ilustramos, com exemplos, como diferenças nesses atributos podem funcionar como estatísticas de teste para análises comparativas a fim de compreender os mecanismos que produzem diferenças dinâmicas na mudança de forma. Demonstramos que a análise desses atributos — chamada de análise de trajetória fenotípica (PTA) — é uma análise geral que pode ser aplicada a vários tipos de perguntas de pesquisa preocupadas com a medição de variação dinâmica. Finalmente, apontamos alguns desafios futuros para este método analítico inovador.},
    url = "https://doi.org/10.4404/hystrix-24.1-6298",
    doi = "10.4404/hystrix-24.1-6298",
    openalex = "W2156451393",
    references = "doi1011861471214811115"
}

A espécie humana é mais dependente da adaptação cultural do que qualquer outra espécie, mas não está claro como a aprendizagem observacional pode dar origem à transmissão fiel de adaptações culturais. Uma possibilidade é que o ensino facilite a transmissão social precisa ao reduzir o intervalo de inferências que os aprendizes fazem. No entanto, há ampla discordância sobre como definir o ensino e como interpretar as evidências empíricas para o ensino em diferentes culturas e espécies. Neste artigo, argumento que as disputas sobre a natureza e a prevalência do ensino em sociedades humanas e animais não humanos baseiam-se em várias diferenças teóricas profundamente enraizadas entre campos, bem como em diferenças importantes na forma como o ensino é definido. Para reconciliar esses corpos de pesquisa distintos, reviso as três principais abordagens para o estudo do ensino - mentalista, baseada na cultura e funcionalista - e delineio as perguntas de pesquisa sobre o ensino que cada uma aborda. Em seguida, argumento por um novo quadro integrado que diferencia entre tipos de ensino de acordo com os problemas adaptativos específicos que cada tipo resolve, e aplico este quadro para reestruturar as evidências empíricas atuais sobre o ensino em humanos e animais não humanos. Este quadro integrador gera novas perspectivas, com amplas implicações para o estudo da evolução do ensino, incluindo os papéis das restrições cognitivas e dilemas cooperativos em como e quando o ensino evolui. Finalmente, proponho uma explicação para por que alguns tipos de ensino são exclusivamente humanos e discuto novas direções para a pesquisa motivadas por este quadro.

@article{doi101017s0140525x14000090,
    author = "Kline, Michelle A.",
    title = "Como aprender sobre o ensino: Um quadro evolutivo para o estudo do comportamento de ensino em humanos e outros animais",
    year = "2014",
    journal = "Behavioral and Brain Sciences",
    abstract = "A espécie humana é mais dependente da adaptação cultural do que qualquer outra espécie, mas não está claro como a aprendizagem observacional pode dar origem à transmissão fiel de adaptações culturais. Uma possibilidade é que o ensino facilite a transmissão social precisa ao reduzir o intervalo de inferências que os aprendizes fazem. No entanto, há ampla discordância sobre como definir o ensino e como interpretar as evidências empíricas para o ensino em diferentes culturas e espécies. Neste artigo, argumento que as disputas sobre a natureza e a prevalência do ensino em sociedades humanas e animais não humanos baseiam-se em várias diferenças teóricas profundamente enraizadas entre campos, bem como em diferenças importantes na forma como o ensino é definido. Para reconciliar esses corpos de pesquisa distintos, reviso as três principais abordagens para o estudo do ensino - mentalista, baseada na cultura e funcionalista - e delineio as perguntas de pesquisa sobre o ensino que cada uma aborda. Em seguida, argumento por um novo quadro integrado que diferencia entre tipos de ensino de acordo com os problemas adaptativos específicos que cada tipo resolve, e aplico este quadro para reestruturar as evidências empíricas atuais sobre o ensino em humanos e animais não humanos. Este quadro integrador gera novas perspectivas, com amplas implicações para o estudo da evolução do ensino, incluindo os papéis das restrições cognitivas e dilemas cooperativos em como e quando o ensino evolui. Finalmente, proponho uma explicação para por que alguns tipos de ensino são exclusivamente humanos e discuto novas direções para a pesquisa motivadas por este quadro.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0140525x14000090",
    doi = "10.1017/s0140525x14000090",
    openalex = "W2064673991",
    references = "doi1010160022519364900384, doi1010160022519364900396, doi101016s1090513800000714, doi101017cbo9780511815355, doi101017s0140525x0100396x, doi101017s0140525x05000129, doi101086667653, doi101086668207, doi101126science7466396, doi101371journalpone0045150, doi101515mamm19673111, doi1023071367778, doi1023072804509, openalexw2135943618, openalexw2798374369"
}

Radiações adaptativas em grande escala podem explicar o sucesso desenfreado de uma minoria de clados de vertebrados existentes. Esta hipótese prevê, entre outras coisas, taxas rápidas de evolução morfológica durante a história inicial de grupos principais, à medida que linhagens invadem nichos ecológicos distintos. No entanto, poucos estudos sobre radiação adaptativa incluíram dados de tempo profundo, de modo que os links entre a diversidade existente e as grandes radiações extintas são pouco claros. O registro intensivamente estudado de dinossauros do Mesozoico fornece um sistema modelo para tal investigação, representando um grupo ecologicamente diverso que dominou os ecossistemas terrestres por 170 milhões de anos. Além disso, com 10.000 espécies, os dinossauros existentes (aves) são o clado de tetrápodes vivos mais diverso. Nós montamos árvores compostas de 614-622 dinossauros/aves do Mesozoico e um conjunto de dados abrangente de massa corporal usando a relação de escala da robustez dos ossos das extremidades. Modelagem de máxima verossimilhança e o teste de altura dos nós revelam taxas evolutivas rápidas e uma predominância de mudanças rápidas entre classes de tamanho em dinossauros iniciais (Triássicos). Isso indica um padrão de preenchimento de nicho de explosão inicial e contrasta com estudos anteriores que favoreceram taxas gradualistas. Subsequentemente, as taxas declinaram na maioria das linhagens, que raramente exploraram novos nichos ecológicos. No entanto, dinossauros maniraptoranos emplumados (incluindo aves do Mesozoico) sustentaram evolução rápida a partir de pelo menos o Jurássico Médio, sugerindo que esses táxons evitaram os efeitos de saturação de nicho. Isso indica que uma longa história evolutiva de inovação ecológica contínua abriu caminho para uma segunda grande radiação de dinossauros, nas aves. Portanto, demonstramos links entre a radiação adaptativa de tempo profundo predominantemente extinta de dinossauros não avianos e a diversificação fenomenal de aves, por meio de taxas contínuas e rápidas de evolução ao longo da linhagem de caule filogenética. Isso levanta a possibilidade de que a distribuição desigual da biodiversidade resulte não apenas da extrapolação em grande escala do processo de radiação adaptativa em poucos clados existentes, mas também da manutenção da evolvibilidade em escalas de tempo vastas ao longo da história da vida, em linhagens-chave.

@article{doi101371journalpbio1001853,
    author = "Benson, Roger and Campione, Nicolás E. and Carrano, Matthew T. and Mannion, Philip D. and Sullivan, Corwin and Upchurch, Paul and Evans, David C.",
    title = "Rates of Dinosaur Body Mass Evolution Indicate 170 Million Years of Sustained Ecological Innovation on the Avian Stem Lineage",
    year = "2014",
    journal = "PLoS Biology",
    abstract = "Radiações adaptativas em grande escala podem explicar o sucesso desenfreado de uma minoria de clados de vertebrados existentes. Esta hipótese prevê, entre outras coisas, taxas rápidas de evolução morfológica durante a história inicial de grupos principais, à medida que linhagens invadem nichos ecológicos distintos. No entanto, poucos estudos sobre radiação adaptativa incluíram dados de tempo profundo, de modo que os links entre a diversidade existente e as grandes radiações extintas são pouco claros. O registro intensivamente estudado de dinossauros do Mesozoico fornece um sistema modelo para tal investigação, representando um grupo ecologicamente diverso que dominou os ecossistemas terrestres por 170 milhões de anos. Além disso, com 10.000 espécies, os dinossauros existentes (aves) são o clado de tetrápodes vivos mais diverso. Nós montamos árvores compostas de 614-622 dinossauros/aves do Mesozoico e um conjunto de dados abrangente de massa corporal usando a relação de escala da robustez dos ossos das extremidades. Modelagem de máxima verossimilhança e o teste de altura dos nós revelam taxas evolutivas rápidas e uma predominância de mudanças rápidas entre classes de tamanho em dinossauros iniciais (Triássicos). Isso indica um padrão de preenchimento de nicho de explosão inicial e contrasta com estudos anteriores que favoreceram taxas gradualistas. Subsequentemente, as taxas declinaram na maioria das linhagens, que raramente exploraram novos nichos ecológicos. No entanto, dinossauros maniraptoranos emplumados (incluindo aves do Mesozoico) sustentaram evolução rápida a partir de pelo menos o Jurássico Médio, sugerindo que esses táxons evitaram os efeitos de saturação de nicho. Isso indica que uma longa história evolutiva de inovação ecológica contínua abriu caminho para uma segunda grande radiação de dinossauros, nas aves. Portanto, demonstramos links entre a radiação adaptativa de tempo profundo predominantemente extinta de dinossauros não avianos e a diversificação fenomenal de aves, por meio de taxas contínuas e rápidas de evolução ao longo da linhagem de caule filogenética. Isso levanta a possibilidade de que a distribuição desigual da biodiversidade resulte não apenas da extrapolação em grande escala do processo de radiação adaptativa em poucos clados existentes, mas também da manutenção da evolvibilidade em escalas de tempo vastas ao longo da história da vida, em linhagens-chave.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1001853",
    doi = "10.1371/journal.pbio.1001853",
    openalex = "W2155522161",
    references = "doi101007b97636, doi101017s009483730001263x, doi101017s009483730001280x, doi10103835086500, doi10103844766, doi101038nature11631, doi10108010635150490445706, doi101086284325, doi101093bioinformaticsbtm538, doi101093oso97801985052350010001, doi101093oso97801985404720010001, doi101098rspb20122526, doi101111j001438202003tb00285x, doi101111j1469185x201000137x, doi101111j15585646201201723x, doi101126science1144066, doi101126science1161833, doi101146annurevecolsys39110707173447, doi101159000452856, doi101186174170071060, doi101198tech2003s146, doi101371journalpbio1001853, doi101371journalpone0007390, doi101371journalpone0044318, doi10166612041, martinsander2006bone, openalexw2145250129"
}

Resumo Apresentamos o mv morph, um pacote de métodos comparativos filogenéticos multivariados para o ambiente estatístico r. O mv morph está disponível gratuitamente no repositório de pacotes cran (http://cran.r-project.org/web/packages/mvMORPH/). O mv morph permite ajustar uma variedade de modelos evolutivos multivariados sob um critério de máxima verossimilhança. Inicialmente desenvolvido no contexto da análise filogenética de múltiplos traços morfométricos, seu uso pode ser estendido a qualquer conjunto de dados biológicos com um ou múltiplos traços contínuos covariantes. Todos os modelos de ajuste incluem a possibilidade de usar mapeamento semelhante ao simmap, o que pode ser útil para ajustar mudanças ao longo de linhagens em um determinado ponto no tempo. Todos os modelos fornecem métricas diagnósticas para convergência e confiabilidade das estimativas, bem como a possibilidade de incluir erros de medição de traços nas estimativas do modelo. Novas funcionalidades fornecidas pelo pacote mv morph incluem a possibilidade de ajustar modelos com mudanças no modo de evolução ao longo da filogenia, o que será particularmente significativo em análises comparativas que incluem táxons extintos, por exemplo, ao testar mudanças no modo evolutivo associadas a eventos bióticos/abióticos globais. Descrevemos brevemente os modelos já incluídos no mv morph e fornecemos algumas demonstrações do uso do pacote com dois exemplos de trabalho simulados.

@article{doi1011112041210x12420,
    author = "Clavel, Julien e Escarguel, Gilles e Merceron, Gildas",
    title = "mv morph: um pacote r para ajustar modelos evolutivos multivariados a dados morfométricos",
    year = "2015",
    journal = "Methods in Ecology and Evolution",
    abstract = "Resumo Apresentamos o mv morph, um pacote de métodos comparativos filogenéticos multivariados para o ambiente estatístico r. O mv morph está disponível gratuitamente no repositório de pacotes cran (http://cran.r-project.org/web/packages/mvMORPH/). O mv morph permite ajustar uma variedade de modelos evolutivos multivariados sob um critério de máxima verossimilhança. Inicialmente desenvolvido no contexto da análise filogenética de múltiplos traços morfométricos, seu uso pode ser estendido a qualquer conjunto de dados biológicos com um ou múltiplos traços contínuos covariantes. Todos os modelos de ajuste incluem a possibilidade de usar mapeamento semelhante ao simmap, o que pode ser útil para ajustar mudanças ao longo de linhagens em um determinado ponto no tempo. Todos os modelos fornecem métricas diagnósticas para convergência e confiabilidade das estimativas, bem como a possibilidade de incluir erros de medição de traços nas estimativas do modelo. Novas funcionalidades fornecidas pelo pacote mv morph incluem a possibilidade de ajustar modelos com mudanças no modo de evolução ao longo da filogenia, o que será particularmente significativo em análises comparativas que incluem táxons extintos, por exemplo, ao testar mudanças no modo evolutivo associadas a eventos bióticos/abióticos globais. Descrevemos brevemente os modelos já incluídos no mv morph e fornecemos algumas demonstrações do uso do pacote com dois exemplos de trabalho simulados.",
    url = "https://doi.org/10.1111/2041-210x.12420",
    doi = "10.1111/2041-210x.12420",
    openalex = "W1527504944",
    references = "doi1010079783662024522, doi1010079783662053898, doi10103844766, doi101086284325, doi101086383584, doi1011112041210x12035, doi101111j001438202003tb00285x, doi101111j155856461979tb04694x, doi101111j155856461983tb00236x, doi101111j15585646201201723x, doi101111j2041210x201100169x, doi10118614712105788, doi1023073802723"
}

Estes resultados apoiam a teoria da otimalidade de Pareto como uma abordagem para estudar tradeoffs evolutivos, e demonstram como essa abordagem pode ser usada para inferir as tarefas supostamente responsáveis por moldar a seleção natural de fenótipos.

@article{doi101186s129180150149z,
    author = "Tendler, Avichai e Mayo, Avi e Alon, Uri",
    title = "Tradeoffs evolutivos, otimalidade de Pareto e a morfologia de conchas de amonites",
    year = "2015",
    journal = "BMC Systems Biology",
    abstract = "Estes resultados apoiam a teoria da otimalidade de Pareto como uma abordagem para estudar tradeoffs evolutivos, e demonstram como essa abordagem pode ser usada para inferir as tarefas supostamente responsáveis por moldar a seleção natural de fenótipos.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s12918-015-0149-z",
    doi = "10.1186/s12918-015-0149-z",
    openalex = "W2061815181",
    references = "doi101007978147579153216, doi101111jzo12118, doi1011861471214811115, doi101666100271"
}

Datar a árvore da vida é uma empreitada central na biologia evolutiva. As taxas de evolução são fundamentais para quase todos os modelos e processos evolutivos. As taxas precisam de datas. Existe muito debate sobre as formas mais apropriadas e razoáveis de datar a árvore da vida, e trabalhos recentes têm destacado algumas confusões e complexidades que podem ser evitadas. Se as árvores filogenéticas são datadas após serem estabelecidas ou como parte do processo de descoberta da árvore, os praticantes precisam saber quais calibrações usar. Enfatizamos a importância de identificar fósseis de coroa (não de caule), níveis de confiança em sua atribuição à coroa, precisão cronestratigráfica atual, a primazia da formação geológica hospedeira e intervalos de confiança assimétricos. Aqui apresentamos calibrações para 88 nós-chave ao longo da filogenia dos animais, variando da raiz dos Metazoa ao último ancestral comum de Homo sapiens. Atenção constante aos detalhes é necessária: por exemplo, a data clássica entre aves e mamíferos (base da coroa Amniota) tem sido frequentemente dada como 310-315 Ma; a escala de tempo internacional de 2014 indica uma idade mínima de 318 Ma.

@article{doi1026879424,
    author = "Benton, Michael J. e Donoghue, PCJ e Vinther, Jakob e Asher, RJ e Friedman, Mary M. e Near, Thomas J.",
    title = "Restrições à escala temporal da história evolutiva dos animais",
    year = "2015",
    journal = "Palaeontologia Electronica",
    abstract = "Dating the tree of life is a core endeavor in evolutionary biology. Rates of evolution are fundamental to nearly every evolutionary model and process. Rates need dates. There is much debate on the most appropriate and reasonable ways in which to date the tree of life, and recent work has highlighted some confusions and complexities that can be avoided. Whether phylogenetic trees are dated after they have been established, or as part of the process of tree finding, practitioners need to know which calibrations to use. We emphasize the importance of identifying crown (not stem) fossils, levels of confidence in their attribution to the crown, current chronostratigraphic precision, the primacy of the host geological formation and asymmetric confidence intervals. Here we present calibrations for 88 key nodes across the phylogeny of animals, ranging from the root of Metazoa to the last common ancestor of Homo sapiens. Close attention to detail is constantly required: for example, the classic bird-mammal date (base of crown Amniota) has often been given as 310-315 Ma; the 2014 international time scale indicates a minimum age of 318 Ma.",
    url = "https://doi.org/10.26879/424",
    doi = "10.26879/424",
    openalex = "W1962669040",
    references = "doi10100703064746897, doi101007978146139246016, doi101007bf02101694, doi101016b9780126709506500187, doi101016b9780444594259000196, doi101016b9780444594259000202, doi101016b9780444594259000214, doi101016b9780444594259000238, doi101016b9780444594259000287, doi101016jpalaeo200703046, doi101016jpalwor200911007, doi101016s0301926899000777, doi101016s096098220900431x, doi101017s0006323199005472, doi101017s0016756811000720, doi101017s1464793102006103, doi101017s1464793105006779, doi101017s1477201906002008, doi101023a1018471324332, doi101038377720a0, doi101038nature01264, doi101038nature03150, doi101038nature05634, doi101038nature06134, doi101038nature06277, doi101038nature06614, doi101038nature07855, doi101038nature08322, doi101038nature09810, doi101038nature09864, doi101038nature10291, doi101038nature13718, doi101073pnas1010350107, doi101073pnas1110395108, doi101073pnas9794469, doi10108002724634198110011886, doi10108002724634199710010948, doi10108002724634199810011114, doi10108010635150590950326, doi10108010635150600755396, doi10108010635150701397635, doi101098rstb19790006, doi101098rstb19990489, doi101111j109636421995tb00932x, doi101111j10963642200600293x, doi101111j1469185x1999tb00046x, doi101111j1469185x200900094x, doi101111j1469185x201200220x, doi101111j14754983201001019x, doi101111j14754983201201165x, doi101111pala12125, doi101111zoj12111, doi101126science1157704, doi101139e87124, doi1011861471214813208, doi1012060003009020062970001tatol20co2, doi1012066231, doi101242dev066712, doi101371journalpone0009586, doi101643004585112002002053220co2, doi1016660022336020030770822mbatho20co2, doi102307jctt1xp3v3r, doi105252g2010n4a1, doi105281zenodo18028696, doi105860choice320949, doi105860choice355657, doi105860choice405235, doi105860choice432801, doi105860choice503272, doi107312kiel11918, gardiner1989interrelationships, openalexw2898156694, openalexw78894702"
}

@article{doi101038nature21074,
    author = "Cooney, Christopher R. e Bright, Jen A. e Capp, Elliot J. R. e Chira, Angela M. e Hughes, Emma C. e Moody, Christopher J. e Nouri, L. O. e Varley, Zoë K. e Thomas, Gavin H.",
    title = "Dinâmicas mega-evolutivas da radiação adaptativa de aves",
    year = "2017",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature21074",
    doi = "10.1038/nature21074",
    openalex = "W2585565608",
    references = "doi10100703064746897, doi101016c20100662092, doi101016jcub201508003, doi101038nature10516, doi101038nature11631, doi101038nature15697, doi101073pnas1302642110, doi101093molbevmss075, doi1011112041210x12035, doi101111j2041210x201100169x, doi101126science1157704, doi101126science1160662, doi1018637jssv033i02, doi105860choice485062"
}

A análise em grande escala do registro fóssil requer a agregação de dados paleontológicos de localidades fósseis individuais. Antes dos computadores, esses conjuntos de dados sinóticos eram compilados manualmente, uma tarefa laboriosa que levou anos de esforço e forçou os paleontologistas a fazer escolhas difíceis sobre quais tipos de dados tabular. O advento dos computadores pessoais inaugurou a primeira revolução digital da paleontologia—bases de dados online baseadas em literatura, como o Paleobiology Database (PBDB). No entanto, a literatura publicada representa apenas uma pequena proporção dos dados paleontológicos alojados em coleções de museus. Embora essa questão tenha sido há muito tempo reconhecida, a magnitude e, portanto, a potencial significância desses chamados 'dados escuros' tem sido difícil de determinar. Aqui, nas fases iniciais de uma segunda revolução digital na paleontologia—a digitalização de coleções de museus—fornecemos uma estimativa da magnitude dos dados escuros da paleontologia. A digitalização de nossas nove instituições de coleções de invertebrados marinhos do Cenozoico da Califórnia, Oregon e Washington, nos EUA, revela que elas representam 23 vezes o número de localidades únicas do que está atualmente disponível no PBDB. Esses dados, e a vasta quantidade de dados escuros semelhantes ainda não explorados em outras coleções de museus, quando digitalmente mobilizados, melhorarão a capacidade dos paleontologistas de fazer inferências sobre os padrões e processos de mudanças evolutivas e ecológicas do passado.

@article{doi101098rsbl20180431,
    author = "Marshall, Charles R. e Finnegan, Seth e Clites, Erica C. e Holroyd, Patricia A. e Bonuso, N. e Cortez, Célia Martins e Davis, Edward e Dietl, Gregory P. e Druckenmiller, Patrick S. e Eng, Ronald e Garcia, Christine e Estes-Smargiassi, Kathryn e Hendy, Austin e Hollis, Kathy e Little, Holly e Nesbitt, Elizabeth A. e Roopnarine, Peter D. e Skibinski, L. e Vendetti, Jann E. e White, Lisa D.",
    title = "Quantificando os dados escuros em coleções de fósseis de museus enquanto a paleontologia passa por uma segunda revolução digital",
    year = "2018",
    journal = "Biology Letters",
    abstract = "A análise em grande escala do registro fóssil requer a agregação de dados paleontológicos de localidades fósseis individuais. Antes dos computadores, esses conjuntos de dados sinóticos eram compilados manualmente, uma tarefa laboriosa que levou anos de esforço e forçou os paleontologistas a fazer escolhas difíceis sobre quais tipos de dados tabular. O advento dos computadores pessoais inaugurou a primeira revolução digital da paleontologia—bases de dados online baseadas em literatura, como o Paleobiology Database (PBDB). No entanto, a literatura publicada representa apenas uma pequena proporção dos dados paleontológicos alojados em coleções de museus. Embora essa questão tenha sido há muito tempo reconhecida, a magnitude e, portanto, a potencial significância desses chamados 'dados escuros' tem sido difícil de determinar. Aqui, nas fases iniciais de uma segunda revolução digital na paleontologia—a digitalização de coleções de museus—fornecemos uma estimativa da magnitude dos dados escuros da paleontologia. A digitalização de nossas nove instituições de coleções de invertebrados marinhos do Cenozoico da Califórnia, Oregon e Washington, nos EUA, revela que elas representam 23 vezes o número de localidades únicas do que está atualmente disponível no PBDB. Esses dados, e a vasta quantidade de dados escuros semelhantes ainda não explorados em outras coleções de museus, quando digitalmente mobilizados, melhorarão a capacidade dos paleontologistas de fazer inferências sobre os padrões e processos de mudanças evolutivas e ecológicas do passado.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rsbl.2018.0431",
    doi = "10.1098/rsbl.2018.0431",
    openalex = "W2890070252",
    references = "crossref1977patterns, doi101080027246342012716114, doi101093bioscibiv104, doi101126science3526287762, doi101126scienceaah4787, doi105860choice500902, doi105962bhltitle22153, openalexw1599677799, openalexw45809738, simpson1978patterns"
}

A elaboração de métodos de inferência filogenética bayesiana continuou a um ritmo acelerado nos últimos anos, com avanços importantes em quase todos os aspectos da modelagem conjunta de dados evolutivos. Reconhece-se cada vez mais que algumas questões evolutivas só podem ser adequadamente respondidas combinando evidências de múltiplas fontes independentes de dados, incluindo sequências genômicas, datas de amostragem, dados fenotípicos, datas de carbono-14, ocorrências fósseis e informações sobre distribuição biogeográfica, entre outras. Incluir todos os dados relevantes em um único modelo conjunto é muito desafiador tanto conceitualmente quanto computacionalmente. Pacotes de software computacional avançados que permitem o desenvolvimento robusto de modelos compatíveis (sub-)modelos que podem ser compostos em uma hierarquia de modelos completa desempenharam um papel chave nesses desenvolvimentos. O desenvolvimento de tais estruturas de software tornou-se cada vez mais uma atividade científica importante em si mesma, e vem com desafios específicos, desde desafios práticos de design, desenvolvimento e engenharia de software até desafios de modelagem estatística e conceitual. O BEAST 2 é uma dessas plataformas de software computacional e foi anunciado pela primeira vez há mais de 4 anos. Aqui, descrevemos uma série de novos desenvolvimentos importantes na plataforma central e na hierarquia de modelos do BEAST 2 que ocorreram desde o primeiro lançamento do software, culminando no recente lançamento 2.5.

@article{doi101371journalpcbi1006650,
    author = "Bouckaert, Remco e Vaughan, Timothy G. e Barido‐Sottani, Joëlle e Duchêne, Sebastián e Fourment, Mathieu e Gavryushkina, Alexandra e Heled, Joseph e Jones, Graham e Kühnert, Denise e Maio, Nicola De e Matschiner, Michael e Mendes, Fábio K. e Müller, Nicola F. e Ogilvie, Huw A. e du Plessis, Louis e Popinga, Alex e Rambaut, Andrew e Rasmussen, David A. e Siveroni, Igor e Suchard, Marc A. e Wu, Chieh‐Hsi e Xie, Dong e Zhang, Chi e Stadler, Tanja e Drummond, Alexei J.",
    title = "BEAST 2.5: Uma plataforma de software avançada para análise evolutiva bayesiana",
    year = "2019",
    journal = "PLoS Computational Biology",
    abstract = "A elaboração de métodos de inferência filogenética bayesiana continuou a um ritmo acelerado nos últimos anos, com avanços importantes em quase todos os aspectos da modelagem conjunta de dados evolutivos. Reconhece-se cada vez mais que algumas questões evolutivas só podem ser adequadamente respondidas combinando evidências de múltiplas fontes independentes de dados, incluindo sequências genômicas, datas de amostragem, dados fenotípicos, datas de carbono-14, ocorrências fósseis e informações sobre distribuição biogeográfica, entre outras. Incluir todos os dados relevantes em um único modelo conjunto é muito desafiador tanto conceitualmente quanto computacionalmente. Pacotes de software computacional avançados que permitem o desenvolvimento robusto de modelos compatíveis (sub-)modelos que podem ser compostos em uma hierarquia de modelos completa desempenharam um papel chave nesses desenvolvimentos. O desenvolvimento de tais estruturas de software tornou-se cada vez mais uma atividade científica importante em si mesma, e vem com desafios específicos, desde desafios práticos de design, desenvolvimento e engenharia de software até desafios de modelagem estatística e conceitual. O BEAST 2 é uma dessas plataformas de software computacional e foi anunciado pela primeira vez há mais de 4 anos. Aqui, descrevemos uma série de novos desenvolvimentos importantes na plataforma central e na hierarquia de modelos do BEAST 2 que ocorreram desde o primeiro lançamento do software, culminando no recente lançamento 2.5.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006650",
    doi = "10.1371/journal.pcbi.1006650",
    openalex = "W2901954177",
    references = "doi101016jtree200901009, doi101038nature10231, doi101038nature13726, doi101073pnas1319091111, doi101073pnas89178322, doi101080106351501753462876, doi101093acprofoso97801985670280010001, doi101093genetics1551431, doi101093molbevmsp274, doi101093sysbiosyq085, doi101093sysbiosyr047, doi101093sysbiosyv080, doi101093vevey016, doi101098rspa19270118, doi101186147121487214, doi101186s1286201708906, doi1012019780429258411, doi101371journalpbio0040088, doi101371journalpcbi1003537"
}

O registro fóssil e geológico fornecem os dados primários utilizados para estabelecer escalas de tempo absolutas para árvores temporais. Para a avaliação paleontológica de escalas de tempo de árvores temporais propostas e para métodos baseados em nós para construir árvores temporais, o registro fóssil é utilizado para delimitar tempos de divergência. Delimitações mínimas (idades mínimas) podem ser estabelecidas robustamente usando fósseis bem datados que podem ser confiavelmente atribuídos a linhagens com base em evidências morfológicas positivas. Delimitações máximas são muito mais difíceis de estabelecer, principalmente porque é difícil estabelecer evidências definitivas de que a ausência de um táxon no registro fóssil é real e não apenas devido à incompletude dos registros fóssis e rochosos. Cinco métodos primários foram desenvolvidos para estimar delimitações de idade máxima, cada um dos quais é discutido. O fato de que o potencial de fossilização de um grupo tipicamente diminui quanto mais próximo se aproxima de seu tempo de origem aumenta o desafio de estimar delimitações de idade máxima. Complicações adicionais surgem: 1) porque os dados fóssis realmente delimitam o tempo de origem da primeira morfologia fossilizável relevante (apomorfia), não o tempo de divergência em si; 2) devido à incerteza filogenética na colocação de fósseis; 3) devido a lacunas temporais e geográficas idiossincráticas nos registros rochosos e fósseis; e 4) se o potencial de preservação de um grupo mudou significativamente durante sua história. Em contraste, as incertezas nas idades absolutas de fósseis são tipicamente relativamente pouco importantes, mesmo que a vasta maioria dos fósseis não possa ser datada diretamente. Estes problemas e métodos quantitativos relevantes são revisados, e suas magnitudes relativas são avaliadas, o que tipicamente correlaciona com a idade do grupo, sua distribuição geográfica e riqueza de espécies.

@article{doi103389fgene201901049,
    author = "Marshall, Charles R.",
    title = "Usando o Registro Fóssil para Avaliar Escalas de Tempo de Timetree",
    year = "2019",
    journal = "Frontiers in Genetics",
    abstract = "O registro fóssil e geológico fornecem os dados primários utilizados para estabelecer escalas de tempo absolutas para árvores temporais. Para a avaliação paleontológica de escalas de tempo de árvores temporais propostas e para métodos baseados em nós para construir árvores temporais, o registro fóssil é utilizado para delimitar tempos de divergência. Delimitações mínimas (idades mínimas) podem ser estabelecidas robustamente usando fósseis bem datados que podem ser confiavelmente atribuídos a linhagens com base em evidências morfológicas positivas. Delimitações máximas são muito mais difíceis de estabelecer, principalmente porque é difícil estabelecer evidências definitivas de que a ausência de um táxon no registro fóssil é real e não apenas devido à incompletude dos registros fóssis e rochosos. Cinco métodos primários foram desenvolvidos para estimar delimitações de idade máxima, cada um dos quais é discutido. O fato de que o potencial de fossilização de um grupo tipicamente diminui quanto mais próximo se aproxima de seu tempo de origem aumenta o desafio de estimar delimitações de idade máxima. Complicações adicionais surgem: 1) porque os dados fóssis realmente delimitam o tempo de origem da primeira morfologia fossilizável relevante (apomorfia), não o tempo de divergência em si; 2) devido à incerteza filogenética na colocação de fósseis; 3) devido a lacunas temporais e geográficas idiossincráticas nos registros rochosos e fósseis; e 4) se o potencial de preservação de um grupo mudou significativamente durante sua história. Em contraste, as incertezas nas idades absolutas de fósseis são tipicamente relativamente pouco importantes, mesmo que a vasta maioria dos fósseis não possa ser datada diretamente. Estes problemas e métodos quantitativos relevantes são revisados, e suas magnitudes relativas são avaliadas, o que tipicamente correlaciona com a idade do grupo, sua distribuição geográfica e riqueza de espécies.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fgene.2019.01049",
    doi = "10.3389/fgene.2019.01049",
    openalex = "W2983202100",
    references = "doi101016jympev201705008, doi101098rsbl20180431"
}

Resumo Mudanças espaciotemporais na completude dos espécimes fósseis podem enviesar nossa compreensão da história evolutiva de um grupo. A qualidade do registro fóssil de sauropodomorfos foi avaliada há uma década, mas o número de espécies válidas aumentou desde então em 60%, e 17% dos táxons desse estudo sofreram revisão taxonômica. Aqui, avaliamos como dez anos de pesquisa adicional alteraram nossa perspectiva sobre o registro fóssil do grupo. Quantificamos a completude de todas as 307 espécies de sauropodomorfos atualmente consideradas válidas usando a métrica de completude esquelética, que calcula a proporção de um esqueleto completo preservado para cada táxon. Revisões taxonômicas e de idade estratigráfica, em vez de novas espécies, são os responsáveis pelas diferenças mais significativas entre os resultados atuais e os da avaliação anterior. Nenhuma diferença estatística apareceu quando usamos nosso novo conjunto de dados para gerar curvas de completude temporal baseadas apenas em táxons conhecidos em 2009 ou 1999. Agora observamos uma queda severa nos valores médios de completude ao longo da fronteira Jurássico-Cretáceo que nunca se recupera aos níveis pré-Cretáceos. Explicar esse padrão é difícil, pois não encontramos evidências convincentes de que esteja relacionado a preferências ambientais ou mudanças no tamanho corporal. Em vez disso, pode resultar de: (1) redução do espaço de preservação fóssil terrestre devido ao aumento do nível do mar; (2) especificidades ecológicas e relativa alta diagnósticabilidade das espécies Cretáceas; e/ou (3) aumento da amostragem de novos locais explorados com muitos táxons anteriormente desconhecidos. Revisitar padrões dessa maneira nos permite testar a longevidade das conclusões feitas em estudos quantitativos anteriores.

@article{doi101111pala12496,
    author = "Cashmore, Daniel D. and Mannion, Philip D. and Upchurch, Paul and Butler, Richard J.",
    title = "Ten more years of discovery: revisiting the quality of the sauropodomorph dinosaur fossil record",
    year = "2020",
    journal = "Palaeontology",
    abstract = "Resumo Mudanças espaciotemporais na completude dos espécimes fósseis podem enviesar nossa compreensão da história evolutiva de um grupo. A qualidade do registro fóssil de sauropodomorfos foi avaliada há uma década, mas o número de espécies válidas aumentou desde então em 60\%, e 17\% dos táxons desse estudo sofreram revisão taxonômica. Aqui, avaliamos como dez anos de pesquisa adicional alteraram nossa perspectiva sobre o registro fóssil do grupo. Quantificamos a completude de todas as 307 espécies de sauropodomorfos atualmente consideradas válidas usando a métrica de completude esquelética, que calcula a proporção de um esqueleto completo preservado para cada táxon. Revisões taxonômicas e de idade estratigráfica, em vez de novas espécies, são os responsáveis pelas diferenças mais significativas entre os resultados atuais e os da avaliação anterior. Nenhuma diferença estatística apareceu quando usamos nosso novo conjunto de dados para gerar curvas de completude temporal baseadas apenas em táxons conhecidos em 2009 ou 1999. Agora observamos uma queda severa nos valores médios de completude ao longo da fronteira Jurássico-Cretáceo que nunca se recupera aos níveis pré-Cretáceos. Explicar esse padrão é difícil, pois não encontramos evidências convincentes de que esteja relacionado a preferências ambientais ou mudanças no tamanho corporal. Em vez disso, pode resultar de: (1) redução do espaço de preservação fóssil terrestre devido ao aumento do nível do mar; (2) especificidades ecológicas e relativa alta diagnósticabilidade das espécies Cretáceas; e/ou (3) aumento da amostragem de novos locais explorados com muitos táxons anteriormente desconhecidos. Revisitar padrões dessa maneira nos permite testar a longevidade das conclusões feitas em estudos quantitativos anteriores.",
    url = "https://doi.org/10.1111/pala.12496",
    doi = "10.1111/pala.12496",
    openalex = "W3017772092",
    references = "doi1010079780387981413, doi1010079783319242774, doi101016jjsames201411008, doi101016jpalaeo200901002, doi101016jpalaeo200906004, doi101016s0016787876800077, doi101038s41467018051281, doi101038s41467019089972, doi101046j14209101200200472x, doi101073pnas1521478113, doi10108008912969009386535, doi101093bioinformaticsbty633, doi101093zoolinneanzlx103, doi101093zoolinneanzly009, doi101093zoolinneanzly068, doi101098rsbl20180431, doi101098rspb20122526, doi101111brv12255, doi101111j2041210x201100169x, doi101111j2041210x201200196x, doi101111j251761611995tb02031x, doi101126science1105113, doi101126science23547931156, doi101371journalpone0078573, openalexw2611511275"
}