Teoria da evolução

@misc{lamarck1809zoological24,
    author = "Lamarck, J. B",
    title = "Filosofia Zoológica",
    year = "1809",
    howpublished = "Traduzido para o inglês por H. Elliott, 1914. Macmillan \& Co., Nova York",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Lamarck, J. B., 1809, Filosofia Zoológica. Traduzido para o inglês por H. Elliott, 1914. Macmillan \& Co., Nova York.}"
}

@misc{kellogg1907darwinism22,
    author = "Kellogg, V. L",
    title = "Darwinism to-day",
    year = "1907",
    howpublished = "London, England, Bell \& Sons",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Kellogg, V. L., 1907, Darwinism to-day: London, England, Bell \& Sons.}"
}

Não precisamos acrescentar que a contemplação, nas ciências naturais, de um domínio mais amplo do que o real conduz a uma compreensão muito melhor do real.' (p. 267, A Natureza do Mundo Físico.)x PREFACE A teoria evolutiva foi, assim, em grande parte retrogressiva; o vasto corpo de pesquisas mendelianas em todo o mundo evidentemente ultrapassou as falácias com as quais foi inicialmente fomentado. Como pioneiro da genética, ele fez mais do que o suficiente para expiar as polêmicas precipitadas de seus primeiros escritos. Tratar a Seleção Natural como uma agência baseada independentemente em suas próprias fundações não é minimizar sua importância na teoria da evolução. Pelo contrário, assim que precisamos formar opiniões por outros meios além da comparação e analogia, tal base dedutiva independente torna-se uma necessidade. Esta necessidade é particularmente a ser notada para a humanidade; já que temos algum conhecimento da estrutura da sociedade, dos motivos humanos e das estatísticas vitais desta espécie, o uso do método dedutivo pode fornecer um conhecimento mais íntimo dos processos evolutivos do que é possível em outro lugar. Além disso, será importante para nosso assunto chamar a atenção para várias consequências do princípio da Seleção Natural, as quais, já que não consistem na modificação adaptativa de formas específicas, necessariamente escaparam à atenção. Os fenômenos genéticos de dominância e ligação parecem oferecer exemplos desta classe; o futuro investigação dos quais pode adicionar muito ao escopo de nosso assunto. Nenhum esforço meu poderia tornar o livro uma leitura fácil. Esforcei-me para auxiliar o leitor fornecendo resumos curtos no final de todos os capítulos, exceto o Capítulo IV, que é resumido conjuntamente com o Capítulo V. Aqueles que preferirem podem considerar o Capítulo IV como um apêndice matemático à parte correspondente do resumo. As deduções respeitantes ao Homem são estritamente inseparáveis dos capítulos mais gerais, mas foram colocadas juntas em um grupo começando com o Capítulo VIII. Acredito que ninguém ficará surpreso que um grande número dos pontos considerados exija um tratamento muito mais completo, rigoroso e abrangente. Parece impossível que seja feita plena justiça ao assunto desta maneira, até que seja construída uma tradição de trabalho matemático dedicado a problemas biológicos, comparável às pesquisas nas quais um físico matemático pode se apoiar na resolução de dificuldades especiais.

@book{doi105962bhltitle27468,
    author = "Fisher, Ronald Aylmer",
    title = "The genetical theory of natural selection",
    year = "1930",
    booktitle = "Clarendon Press eBooks",
    abstract = "We need scarcely add that the contemplation in natural science of a wider domain than the actual leads to a far better understanding of the actual.' (p. 267,The, Nature of the Physical World.)x PREFACE evolutionary theory was thus chiefly retrogressive, the mighty body of Mendelian researches throughout the world has evidently out- grown the fallacies with which it was at first fostered.As a pioneer of genetics he has done more than enough to expiate the rash polemics of his early writings.To treat Natural Selection as an agency based independently on its own foundations is not to mimimize its importance in the theory of evolution.On the contrary, as soon as we require to form opinions by other means than by comparison and analogy, such an indepen- dent deductive basis becomes a necessity.This necessity is particu- larly to be noted for mankind; since we have some knowledge of the structure of society, of human motives, and of the vital statistics of this species, the use of the deductive method can supply a more intimate knowledge of the evolutionary processes than is elsewhere possible.In addition it will be of importance for our subject to call) attention to several consequences of the principle of Natural Selection!which, since they do not consist in the adaptive modification of specific I forms, have necessarily escaped attention.The genetic phenomena of I dominance and linkage seem to offer examples of this class, the future ' investigation of which may add greatly to the scope of our subject.No efforts of mine could avail to make the book easy reading.I have endeavoured to assist the reader by giving short summaries at the ends of all chapters, except Chapter IV, which is summarized conjointly with Chapter V.Those who prefer to do so may regardChapter IV as a mathematical appendix to the corresponding part of the summary.The deductions respecting Man are strictly in- separable from the more general chapters, but have been placed together in a group commencing with Chapter VIII.I believe no one will be surprised that a large number of the points considered demand a far fuller, more rigorous, and more comprehensive treat- ment.It seems impossible that full justice should be done to the subject in this way, until there is built up a tradition of mathematical work devoted to biological problems, comparable to the researches upon which a mathematical physicist can draw in the resolution of special difficulties.",
    url = "https://doi.org/10.5962/bhl.title.27468",
    doi = "10.5962/bhl.title.27468",
    openalex = "W2004778468",
    references = "darwin2009the, doi101017cbo9780511693946006, doi101017cbo9780511702884, doi101038033529a0, doi101111j136523111908tb02141x, doi1023071929022, doi1023074345450, doi105962bhltitle121292, doi105962bhltitle61004, doi105962bhltitle87899, openalexw2163836228"
}

@book{lovejoy1936the28,
    author = "Lovejoy, A. D",
    title = "The Great Chain of Being",
    year = "1936",
    publisher = "Cambridge, Mass., Harvard University Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Lovejoy, A. D., 1936, The Great Chain of Being: Cambridge, Mass., Harvard University Press.}"
}

@book{lack1947darwins23,
    author = "Lack, D",
    title = "Darwin's Finches",
    year = "1947",
    publisher = "An essay on the General Biological Theory of Evolution: Cambridge, Cambridge University Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Lack, D., 1947, Darwin's Finches: An essay on the General Biological Theory of Evolution: Cambridge, Cambridge University Press.}"
}

@misc{haldane1949suggestions16,
    author = "Haldane, J. B. S",
    title = "Sugestões sobre a medição quantitativa das taxas de evolução",
    year = "1949",
    howpublished = "Evolution, v. 3, p. 51-56",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Haldane, J. B. S., 1949, Sugestões sobre a medição quantitativa das taxas de evolução: Evolution, v. 3, p. 51-56.}"
}

@book{simpson1949the39,
    author = "Simpson, G. G",
    title = "O Significado da Evolução",
    year = "1949",
    publisher = "New Haven, Connecticut, Yale University Press",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Simpson, G. G., 1949, O Significado da Evolução: New Haven, Connecticut, Yale University Press.}"
}

@article{doi101001jama195002910300087029,
    title = "Fatores da Evolução:. A Teoria da Seleção Estabilizadora",
    year = "1950",
    journal = "Journal of the American Medical Association",
    url = "https://doi.org/10.1001/jama.1950.02910300087029",
    doi = "10.1001/jama.1950.02910300087029",
    openalex = "W1504663309"
}

@misc{irvine1955apes19,
    author = "Irvine, W",
    title = "Apes, Angels, and Victorians",
    year = "1955",
    howpublished = "New York, McGraw-Hill",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Irvine, W., 1955, Apes, Angels, and Victorians: New York, McGraw-Hill.}"
}

@misc{eiseley1958darwins5,
    author = "Eiseley, L. C",
    title = "Darwin's Century",
    year = "1958",
    howpublished = "Evolução e os Homens que a Descobriram: Nova York, Doubleday",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Eiseley, L. C., 1958, Darwin's Century: Evolução e os Homens que a Descobriram: Nova York, Doubleday.}"
}

@book{glass1959the8,
    author = "Glass, B. O. e Strauss, W. L. e Jr",
    title = "The Forerunners of Darwin",
    year = "1959",
    publisher = "1745- 1859: Baltimore, Johns Hopkins Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Glass, B. O., e Strauss, W. L., Jr., 1959, The Forerunners of Darwin: 1745- 1859: Baltimore, Johns Hopkins Press.}"
}

@inproceedings{lerner1959the25,
    author = "Lerner, I. M",
    title = "O conceito de seleção natural",
    year = "1959",
    booktitle = "Uma visão centenária: Proceedings of the American Philosophical Society, v. 103, p. 173-182",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Lerner, I. M., 1959, O conceito de seleção natural: Uma visão centenária: Proceedings of the American Philosophical Society, v. 103, p. 173-182.}"
}

@misc{scriven1959explanation38,
    author = "Scriven, M",
    title = "Explicação e previsão na teoria da evolução",
    year = "1959",
    howpublished = "Science, v. 130, p. 477-482",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Scriven, M., 1959, Explicação e previsão na teoria da evolução: Science, v. 130, p. 477-482.}"
}

@phdthesis{ross1962a36,
    author = "Ross, HH",
    title = "Uma Síntese da Teoria Evolutiva",
    year = "1962",
    publisher = "Englewood Cliffs, Nova Jersey, Prentice-Hall",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Ross,, HH, 1962, Uma Síntese da Teoria Evolutiva: Englewood Cliffs, Nova Jersey, Prentice-Hall.}"
}

@misc{ehrilch1963the4,
    author = "Ehrilch, P. R. e Holm, R. W",
    title = "O processo de evolução",
    year = "1963",
    howpublished = "Nova York, McGraw-Hill, 347 p",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Ehrilch, P. R., e Holm, R. W., 1963, O processo de evolução: Nova York, McGraw-Hill, 347 p.}"
}

@misc{gasking1967investigations7,
    author = "Gasking, E",
    title = "Investigações sobre a Geração",
    year = "1967",
    howpublished = "1651-1828: Londres, Hutchinson",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gasking, E., 1967, Investigações sobre a Geração: 1651-1828: Londres, Hutchinson.}"
}

@misc{moorehead1969darwin34,
    author = "Moorehead, A",
    title = "Darwin and the Beagle",
    year = "1969",
    howpublished = "London, Hamish Hamilton",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Moorehead, A., 1969, Darwin and the Beagle: London, Hamish Hamilton.}"
}

@book{mckinney1971lamarck30,
    author = "McKinney, H. L",
    title = "Lamarck to Darwin",
    year = "1971",
    publisher = "Contribuições para a Biologia Evolutiva, 1809-1859: Lawrence, Kansas, Coronado Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {McKinney, H. L., 1971, Lamarck to Darwin: Contribuições para a Biologia Evolutiva, 1809-1859: Lawrence, Kansas, Coronado Press.}"
}

@book{mckinney1972wallace31,
    author = "McKinney, H. L",
    title = "Wallace e Seleção Natural",
    year = "1972",
    publisher = "New Haven, Connecticut, Yale University Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {McKinney, H. L., 1972, Wallace e Seleção Natural: New Haven, Connecticut, Yale University Press.}"
}

@article{openalexw2145250129,
    author = "Valen, Leigh Van",
    title = "A NEW EVOLUTIONARY LAW.",
    year = "1973",
    journal = "Medical Entomology and Zoology",
    openalex = "W2145250129"
}

@misc{vanvalen1973a44,
    author = "Van Valen, L",
    title = "Uma nova lei evolutiva",
    year = "1973",
    howpublished = "Teoria Evolutiva, v. 1, p. 1-30",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Van Valen, L., 1973, Uma nova lei evolutiva: Teoria Evolutiva, v. 1, p. 1-30.}"
}

@article{doi101111j155856461975tb00851x,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "THE GENÉTICA DA BASE DA MUDANÇA EVOLUCIONÁRIA",
    year = "1975",
    journal = "Evolução",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1975.tb00851.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1975.tb00851.x",
    openalex = "W1547248981"
}

@misc{maynardsmith1975the29,
    author = "Maynard Smith, J",
    title = "The Theory of Evolution [3rd ed.]",
    year = "1975",
    howpublished = "New York, Penguin",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Maynard Smith, J., 1975, The Theory of Evolution [3rd ed.]: New York, Penguin.}"
}

@inproceedings{stanley1975a40,
    author = "Stanley, S. M",
    title = "Uma teoria da evolução acima do nível das espécies",
    year = "1975",
    booktitle = "Proceedings of the National Academy of Sciences, USA, v. 72, p. 646-650",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Stanley, S. M., 1975, Uma teoria da evolução acima do nível das espécies: Proceedings of the National Academy of Sciences, USA, v. 72, p. 646-650.}"
}

@book{gould1977eternal9,
    author = "Gould, S. J",
    title = "Metáforas Eternas da Paleontologia, em Hallam, A., ed., Padrões de Evolução Ilustrados pelo Registro Fóssil",
    year = "1977",
    publisher = "Amsterdã, Elsevier, p. 1-26",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Gould, S. J., 1977, Metáforas Eternas da Paleontologia, em Hallam, A., ed., Padrões de Evolução Ilustrados pelo Registro Fóssil: Amsterdã, Elsevier, p. 1-26.}"
}

@book{hallam1977patterns17,
    author = "Hallam, A",
    title = "Padrões de Evolução Ilustrados pelo Registro Fóssil, 5 de Desenvolvimentos em Paleontologia e Estratigrafia",
    year = "1977",
    publisher = "Amsterdã, Elsevier",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Hallam, A., 1977, Padrões de Evolução Ilustrados pelo Registro Fóssil, 5 de Desenvolvimentos em Paleontologia e Estratigrafia: Amsterdã, Elsevier.}"
}

@book{hanson1977the18,
    author = "Hanson, E. D",
    title = "The Origin and Early Evolution of Animals",
    year = "1977",
    publisher = "Middletown, Connecticut, Wesleyan University Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Hanson, E. D., 1977, The Origin and Early Evolution of Animals: Middletown, Connecticut, Wesleyan University Press.}"
}

@article{doi101038scientificamerican117998,
    author = "Kimura, Motoo",
    title = "A Teoria Neutra da Evolução Molecular",
    year = "1979",
    journal = "Scientific American",
    url = "https://doi.org/10.1038/scientificamerican1179-98",
    doi = "10.1038/scientificamerican1179-98",
    openalex = "W2045391589"
}

@misc{stanley1979macroevolution41,
    author = "Stanley, S. M",
    title = "Macroevolução",
    year = "1979",
    howpublished = "Padrão e Processo: São Francisco, W.H. Freeman",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Stanley, S. M., 1979, Macroevolução: Padrão e Processo: São Francisco, W.H. Freeman.}"
}

@article{doi101007bf01731581,
    author = "Kimura, Motoo",
    title = "Um método simples para estimar as taxas evolutivas de substituições de bases através de estudos comparativos de sequências de nucleotídeos",
    year = "1980",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf01731581",
    doi = "10.1007/bf01731581",
    openalex = "W2065461553",
    references = "doi101007bf01653945, doi101007bf01732067, doi101007bf01732340, doi101016b9781483232119500097, doi101016s0021925817401566, doi101038217624a0, doi101038267275a0, doi101038scientificamerican117998, doi101073pnas7172848, doi101126science1643881788"
}

@misc{lewin1980evolutionary26,
    author = "Lewin, R",
    title = "Teoria evolutiva sob fogo",
    year = "1980",
    howpublished = "Science, v. 210, p. 883-887",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Lewin, R., 1980, Teoria evolutiva sob fogo: Science, v. 210, p. 883-887.}"
}

@misc{jaanusson1981functional20,
    author = "Jaanusson, V",
    title = "Limiares funcionais no progresso evolutivo",
    year = "1981",
    howpublished = "Lethaia, v. 14, p. 251-260",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Jaanusson, V., 1981, Limiares funcionais no progresso evolutivo: Lethaia, v. 14, p. 251-260.}"
}

@misc{lewin1981no27,
    author = "Lewin, R",
    title = "Sem lacuna aqui no registro fóssil",
    year = "1981",
    howpublished = "Science, v. 214, p. 645-646",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Lewin, R., 1981, Sem lacuna aqui no registro fóssil: Science, v. 214, p. 645-646.}"
}

@book{ospovat1981the35,
    author = "Ospovat, D",
    title = "The Development of Darwin's Theory",
    year = "1981",
    publisher = "Natural History, Natural Theology, and Natural Selection, 1838-1859: Cambridge, Cambridge University Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Ospovat, D., 1981, The Development of Darwin's Theory: Natural History, Natural Theology, and Natural Selection, 1838-1859: Cambridge, Cambridge University Press.}"
}

@phdthesis{stebbins1981is42,
    author = "Stebbins, G. L. e Ayala, F. J",
    title = "É Necessária uma Nova Síntese Evolutiva?",
    year = "1981",
    publisher = "Science, v. 213, p. 967-971",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Stebbins, G. L., e Ayala, F. J., 1981, É Necessária uma Nova Síntese Evolutiva?: Science, v. 213, p. 967-971.}"
}

@article{doi1023071936778,
    author = "Lande, Russell",
    title = "Uma Teoria Genética Quantitativa da Evolução do Ciclo de Vida",
    year = "1982",
    journal = "Ecology",
    url = "https://doi.org/10.2307/1936778",
    doi = "10.2307/1936778",
    openalex = "W2089325551",
    references = "doi101001jama195002910300087029, doi101086404940, doi101111j146918091957tb01874x, doi101111j155856461980tb04817x"
}

@misc{gould1982darwinism10,
    author = "Gould, S. J",
    title = "Darwinismo e a expansão da teoria evolutiva",
    year = "1982",
    howpublished = "Science, v. 216, p. 380-387",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gould, S. J., 1982, Darwinismo e a expansão da teoria evolutiva: Science, v. 216, p. 380-387.}"
}

@article{sulloway1982darwin43,
    author = "Sulloway, F",
    title = "Darwin e seus tentilhões",
    year = "1982",
    journal = "a evolução de uma lenda: Journal of Historical Biology, v. 15, p. 1-53",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Sulloway, F., 1982, Darwin e seus tentilhões: a evolução de uma lenda: Journal of Historical Biology, v. 15, p. 1-53.}"
}

Com o objetivo de analisar e interpretar dados sobre polimorfismo de DNA obtidos por sequenciamento de DNA ou técnica de enzimas de restrição, desenvolveu-se uma teoria matemática sobre a relação evolutiva esperada entre sequências de DNA (nucleons) amostradas, sob a suposição de que a mudança evolutiva dos nucleons é determinada exclusivamente por mutação e deriva genética aleatória. A propriedade estatística do número de diferenças de nucleotídeos entre nucleons escolhidos aleatoriamente e a de heterozigose ou diversidade de nucleons é investigada usando esta teoria. Estes estudos indicam que as estimativas do número médio de diferenças de nucleotídeos e da diversidade de nucleons têm uma grande variância, e uma grande parte desta variância é devido a fatores estocásticos. Portanto, aumentar o tamanho da amostra não ajuda a reduzir a variância significativamente. A distribuição das frequências alélicas (nucleomorfos) da amostra também é estudada, e mostra-se que um pequeno número de amostras é suficiente para conhecer o padrão de distribuição.

@article{doi101093genetics1052437,
    author = "Tajima, Fumio",
    title = "RELAÇÃO EVOLUTIVA DE SEQUÊNCIAS DE DNA EM POPULAÇÕES FINITAS",
    year = "1983",
    journal = "Genetics",
    abstract = "Com o objetivo de analisar e interpretar dados sobre polimorfismo de DNA obtidos por sequenciamento de DNA ou técnica de enzimas de restrição, desenvolveu-se uma teoria matemática sobre a relação evolutiva esperada entre sequências de DNA (nucleons) amostradas, sob a suposição de que a mudança evolutiva dos nucleons é determinada exclusivamente por mutação e deriva genética aleatória. A propriedade estatística do número de diferenças de nucleotídeos entre nucleons escolhidos aleatoriamente e a de heterozigose ou diversidade de nucleons é investigada usando esta teoria. Estes estudos indicam que as estimativas do número médio de diferenças de nucleotídeos e da diversidade de nucleons têm uma grande variância, e uma grande parte desta variância é devido a fatores estocásticos. Portanto, aumentar o tamanho da amostra não ajuda a reduzir a variância significativamente. A distribuição das frequências alélicas (nucleomorfos) da amostra também é estudada, e mostra-se que um pequeno número de amostras é suficiente para conhecer o padrão de distribuição.",
    url = "https://doi.org/10.1093/genetics/105.2.437",
    doi = "10.1093/genetics/105.2.437",
    openalex = "W1928220195",
    references = "doi1010160040580972900354, doi1010160040580974900252, doi1010160040580975900209, doi101017s000186780003994x, doi101073pnas7763605, doi101093genetics1032287, doi101093genetics893583, doi101093genetics971145, doi101111j155856461983tb05528x, doi1023072408186"
}

@book{bowler1984evolution2,
    author = "Bowler, P. J",
    title = "Evolução",
    year = "1984",
    publisher = "A História de uma Ideia: Berkeley, University of California Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Bowler, P. J., 1984, Evolução: A História de uma Ideia: Berkeley, University of California Press.}"
}

@misc{dodson1985the3,
    author = "Dodson, E. O",
    title = "A Teoria da Evolução, em Encyclopedia Britannica [1ª ed.]",
    year = "1985",
    howpublished = "Chicago, Illinois, Encyclopedia Britannica, Inc., v. 18, p. 981-1011",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Dodson, E. O., 1985, A Teoria da Evolução, em Encyclopedia Britannica [1ª ed.]: Chicago, Illinois, Encyclopedia Britannica, Inc., v. 18, p. 981-1011.}"
}

Artigo de Revista DNA Mitocôndrial e duas perspectivas sobre genética evolutiva Obter acesso ALLAN C. WILSON, ALLAN C. WILSON 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar REBECCA L. CANN, REBECCA L. CANN 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA2Instituto Howard Hughes de Medicina, U426, Universidade da Califórnia, São Francisco, Califórnia 94143, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar STEVEN M. CARR, STEVEN M. CARR 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA3Laboratório de Genética da Vida Selvagem, Departamento de Ciências da Vida Selvagem e Pesca, Universidade Texas A & M, College Station, Texas 77843, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar MATTHEW GEORGE, MATTHEW GEORGE 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA4Departamento de Bioquímica, Universidade Howard, Washington, DC 20059, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar ULF B. GYLLENSTEN, ULF B. GYLLENSTEN 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA5Departamento de Genética Clínica, Hospital Karolinska, Caixa 60500, S-104 01 Estocolmo, Suécia Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar KATHLEEN M. HELM-BYCHOWSKI, KATHLEEN M. HELM-BYCHOWSKI 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar RUSSELL G. HIGUCHI, RUSSELL G. HIGUCHI 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar STEPHEN R. PALUMBI, STEPHEN R. PALUMBI 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA6Departamento de Zoologia, Universidade do Havaí, Honolulu, Havaí 96822, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar ELLEN M. PRAGER, ELLEN M. PRAGER 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar RICHARD D. SAGE, RICHARD D. SAGE 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA7Museu de Zoologia de Vertebrados, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar... Mostrar mais MARK STONEKING MARK STONEKING 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar Biological Journal of the Linnean Society, Volume 26, Issue 4, Dezembro 1985, Páginas 375–400, https://doi.org/10.1111/j.1095-8312.1985.tb02048.x Publicado: 28 Junho 2008 Histórico do Artigo Aceito: 01 Julho 1985 Publicado: 28 Junho 2008

@article{doi101111j109583121985tb02048x,
    author = "Wilson, Allan C. and Cann, Rebecca L. and Carr, Steven M. and George, Matthew and GYLLENSTEN, ULF B. and Helm‐Bychowski, Kathleen and Higuchi, Russell and Palumbi, Stephen R. and Prager, Ellen M. and Sage, Richard D. and Stoneking, Mark",
    title = "DNA mitocondrial e duas perspectivas sobre a genética da evolução",
    year = "1985",
    journal = "Biological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Artigo de Revista DNA mitocondrial e duas perspectivas sobre a genética da evolução Acesse TODOS C. WILSON, ALLAN C. WILSON 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar REBECCA L. CANN, REBECCA L. CANN 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA2Instituto Howard Hughes de Medicina Médica, U426, Universidade da Califórnia, São Francisco, Califórnia 94143, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar STEVEN M. CARR, STEVEN M. CARR 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA3Laboratório de Genética da Vida Selvagem, Departamento de Ciências da Vida Selvagem e Pesca, Universidade Texas A & M, College Station, Texas 77843, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar MATTHEW GEORGE, MATTHEW GEORGE 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA4Departamento de Bioquímica, Universidade Howard, Washington, DC 20059, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar ULF B. GYLLENSTEN, ULF B. GYLLENSTEN 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA5Departamento de Genética Clínica, Hospital Karolinska, Caixa 60500, S-104 01 Estocolmo, Suécia Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar KATHLEEN M. HELM-BYCHOWSKI, KATHLEEN M. HELM-BYCHOWSKI 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar RUSSELL G. HIGUCHI, RUSSELL G. HIGUCHI 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar STEPHEN R. PALUMBI, STEPHEN R. PALUMBI 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA6Departamento de Zoologia, Universidade do Havaí, Honolulu, Havaí 96822, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar ELLEN M. PRAGER, ELLEN M. PRAGER 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar RICHARD D. SAGE, RICHARD D. SAGE 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA7Museu de Zoologia de Vertebrados, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar... Mostrar mais MARK STONEKING MARK STONEKING 1Departamento de Bioquímica, Universidade da Califórnia, Berkeley, Califórnia 94720, EUA Pesquisar outros trabalhos deste autor em: Oxford Academic Google Scholar Biological Journal of the Linnean Society, Volume 26, Issue 4, Dezembro 1985, Páginas 375–400, https://doi.org/10.1111/j.1095-8312.1985.tb02048.x Publicado: 28 Junho 2008 Histórico do Artigo Aceito: 01 Julho 1985 Publicado: 28 Junho 2008",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1095-8312.1985.tb02048.x",
    doi = "10.1111/j.1095-8312.1985.tb02048.x",
    openalex = "W2065697254",
    references = "doi101038202147a0, doi101073pnas504672, doi101073pnas581142, doi101111j155856461983tb05533x, doi101126science15838051200, doi1023071438156, doi1023072407274, doi107312simp93764, openalexw788933220, sarich1967immunological"
}

@phdthesis{beardsley1986fossil1,
    author = "Beardsley, T",
    title = "Fossil bird shakes evolutionary hypothesis",
    year = "1986",
    publisher = "Nature, v. 322, p. 677",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Beardsley, T., 1986, Fossil bird shakes evolutionary hypothesis: Nature, v. 322, p. 677.}"
}

@misc{monastersky1986reining33,
    author = "Monastersky, R",
    title = "Reining in a runaway theory",
    year = "1986",
    howpublished = "Science News, v. 130, p. 374",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Monastersky, R., 1986, Reining in a runaway theory: Science News, v. 130, p. 374.}"
}

@book{doi107312nei92038,
    author = "Nei, Masatoshi",
    title = "Genética Evolutiva Molecular",
    year = "1987",
    booktitle = "Columbia University Press eBooks",
    url = "https://doi.org/10.7312/nei-92038",
    doi = "10.7312/nei-92038",
    openalex = "W93588716"
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@misc{gould1987asymmetry14,
    author = "Gould, S. J. e Gilinsky, N. L. e German, R. Z",
    title = "Assimetria de linhagens e as direções do tempo evolutivo",
    year = "1987",
    howpublished = "Science, v. 236, p. 1437-1441",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gould, S. J., Gilinsky, N. L., e German, R. Z., 1987, Assimetria de linhagens e as direções do tempo evolutivo: Science, v. 236, p. 1437-1441.}"
}

Resumo As preferências contemporâneas por parceiros podem fornecer pistas importantes sobre a história reprodutiva humana. Pouco se sabe sobre quais características as pessoas valorizam em parceiros potenciais. Foram feitas cinco previsões sobre diferenças sexuais nas preferências humanas por parceiros baseadas em concepções evolutivas de investimento parental, seleção sexual, capacidade reprodutiva humana e assimetrias sexuais em relação à certeza de paternidade versus maternidade. As previsões centraram-se em como cada sexo valoriza a capacidade de ganho, ambição—diligência, juventude, atratividade física e castidade. As previsões foram testadas em dados de 37 amostras retiradas de 33 países localizados em seis continentes e cinco ilhas (total N = 10.047). Para 27 países, dados demográficos sobre a idade real de casamento forneceram uma verificação de validade dos dados do questionário. Descobriu-se que as fêmeas valorizam mais as pistas de aquisição de recursos em parceiros potenciais do que os machos. Características que sinalizam capacidade reprodutiva foram valorizadas mais pelos machos do que pelas fêmeas. Essas diferenças sexuais podem refletir diferentes pressões de seleção evolutiva sobre machos e fêmeas humanos; elas fornecem evidências transculturais poderosas das atuais diferenças sexuais nas estratégias reprodutivas. A discussão foca nos mecanismos proximais subjacentes às preferências por parceiros, consequências para a competição intrasexual humana e as limitações deste estudo.

@article{doi101017s0140525x00023992,
    author = "Buss, David M.",
    title = "Diferenças sexuais nas preferências humanas por parceiros: Hipóteses evolutivas testadas em 37 culturas",
    year = "1989",
    journal = "Behavioral and Brain Sciences",
    abstract = "Resumo As preferências contemporâneas por parceiros podem fornecer pistas importantes sobre a história reprodutiva humana. Pouco se sabe sobre quais características as pessoas valorizam em parceiros potenciais. Foram feitas cinco previsões sobre diferenças sexuais nas preferências humanas por parceiros baseadas em concepções evolutivas de investimento parental, seleção sexual, capacidade reprodutiva humana e assimetrias sexuais em relação à certeza de paternidade versus maternidade. As previsões centraram-se em como cada sexo valoriza a capacidade de ganho, ambição—diligência, juventude, atratividade física e castidade. As previsões foram testadas em dados de 37 amostras retiradas de 33 países localizados em seis continentes e cinco ilhas (total N = 10.047). Para 27 países, dados demográficos sobre a idade real de casamento forneceram uma verificação de validade dos dados do questionário. Descobriu-se que as fêmeas valorizam mais as pistas de aquisição de recursos em parceiros potenciais do que os machos. Características que sinalizam capacidade reprodutiva foram valorizadas mais pelos machos do que pelas fêmeas. Essas diferenças sexuais podem refletir diferentes pressões de seleção evolutiva sobre machos e fêmeas humanos; elas fornecem evidências transculturais poderosas das atuais diferenças sexuais nas estratégias reprodutivas. A discussão foca nos mecanismos proximais subjacentes às preferências por parceiros, consequências para a competição intrasexual humana e as limitações deste estudo.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0140525x00023992",
    doi = "10.1017/s0140525x00023992",
    openalex = "W2157338817",
    references = "doi101007978146847862422, doi1010160022519364900384, doi1010160022519366901846, doi1010160162309582900279, doi1010160162309583900274, doi101016s0065260122x00026, doi101017cbo9780511806292, doi101017s0140525x00010128, doi10103711774000, doi10103712293000, doi101038246015a0, doi101038369716c0, doi101086284064, doi101111j155856461957tb02911x, doi101126science327542, doi1011425786, doi1011770022022190211001, doi101537ase188722495, doi1023072393017, doi1023072412191, doi1023072485224, doi1023072576242, doi1023075530, doi102307582242, doi1043249781315129266, doi10432497813151292667, doi1043249781410606266, doi105962bhltitle27468, doi105962bhltitle59991, doi105962bhltitle82303, openalexw1649242647, openalexw2000871817"
}

Artigo de Revista A Importância Evolutiva da Plasticidade Fenotípica: As fontes fenotípicas de variação entre organismos podem ser descritas por interruptores desenvolvimentais e normas de reação. Acesse Stephen C. Stearns Stephen C. Stearns Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic Google Scholar BioScience, Volume 39, Issue 7, Julho/Agosto 1989, Páginas 436–445, https://doi.org/10.2307/1311135 Publicado: 01 Agosto 1989

@article{doi1023071311135,
    author = "Stearns, Stephen C.",
    title = "A Importância Evolutiva da Plasticidade Fenotípica",
    year = "1989",
    journal = "BioScience",
    abstract = "Artigo de Revista A Importância Evolutiva da Plasticidade Fenotípica: As fontes fenotípicas de variação entre organismos podem ser descritas por interruptores desenvolvimentais e normas de reação. Acesse Stephen C. Stearns Stephen C. Stearns Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic Google Scholar BioScience, Volume 39, Issue 7, Julho/Agosto 1989, Páginas 436–445, https://doi.org/10.2307/1311135 Publicado: 01 Agosto 1989",
    url = "https://doi.org/10.2307/1311135",
    doi = "10.2307/1311135",
    openalex = "W2058670567",
    references = "doi101001jama195002910300087029, doi1015159780691224244, doi1023071439305, doi1023072389364, openalexw1635425035"
}

Resumo Desde Darwin, tornou-se segunda natureza para os biólogos evolutivos pensar de forma comparativa, pois as comparações estabelecem a generalidade dos fenômenos evolutivos. Genomas grandes retardam o desenvolvimento? Que estilos de vida selecionam cérebros grandes? As taxas de extinção estão relacionadas ao tamanho corporal? Todas essas são perguntas para o método comparativo, e este livro trata de como tais perguntas podem ser respondidas. O primeiro capítulo detalha perguntas adequadas para a abordagem comparativa e mostra como ela complementa outras abordagens para resolução de problemas em evolução. O segundo capítulo identifica as causas biológicas da semelhança entre espécies estreitamente relacionadas para quase qualquer caráter observado. O terceiro capítulo discute métodos para reconstruir árvores filogenéticas e estados ancestrais de caracteres. O quarto capítulo propõe desenvolver testes estatísticos que determinarão se diferentes caracteres que existem em estados discretos mostram evidências de evolução correlacionada. O Capítulo 5 volta para análises comparativas de caracteres continuamente variáveis. O Capítulo 6 examina a alometria para exemplificar os temas e métodos discutidos anteriormente, enquanto o último capítulo olha para o desenvolvimento futuro da abordagem comparativa tanto na biologia molecular quanto na biologia orgânica.

@book{doi101093oso97801985464120010001,
    author = "Harvey, Paul e Pagel, Mark",
    title = "The Comparative Method in Evolutionary Biology",
    year = "1991",
    abstract = "Resumo Desde Darwin, tornou-se segunda natureza para os biólogos evolutivos pensar de forma comparativa, pois as comparações estabelecem a generalidade dos fenômenos evolutivos. Genomas grandes retardam o desenvolvimento? Que estilos de vida selecionam cérebros grandes? As taxas de extinção estão relacionadas ao tamanho corporal? Todas essas são perguntas para o método comparativo, e este livro trata de como tais perguntas podem ser respondidas. O primeiro capítulo detalha perguntas adequadas para a abordagem comparativa e mostra como ela complementa outras abordagens para resolução de problemas em evolução. O segundo capítulo identifica as causas biológicas da semelhança entre espécies estreitamente relacionadas para quase qualquer caráter observado. O terceiro capítulo discute métodos para reconstruir árvores filogenéticas e estados ancestrais de caracteres. O quarto capítulo propõe desenvolver testes estatísticos que determinarão se diferentes caracteres que existem em estados discretos mostram evidências de evolução correlacionada. O Capítulo 5 volta para análises comparativas de caracteres continuamente variáveis. O Capítulo 6 examina a alometria para exemplificar os temas e métodos discutidos anteriormente, enquanto o último capítulo olha para o desenvolvimento futuro da abordagem comparativa tanto na biologia molecular quanto na biologia orgânica.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oso/9780198546412.001.0001",
    doi = "10.1093/oso/9780198546412.001.0001",
    openalex = "W4388245928"
}

O método comparativo para estudar adaptação por que se preocupar com filogenia? reconstrução de árvores filogenéticas e estados ancestrais de caracteres análise comparativa de dados discretos análise comparativa de variáveis contínuas determinando a forma das relações comparativas.

@article{doi105860choice295104,
    title = "O método comparativo na biologia evolutiva",
    year = "1992",
    journal = "Choice Reviews Online",
    abstract = "O método comparativo para estudar adaptação por que se preocupar com filogenia? reconstrução de árvores filogenéticas e estados ancestrais de caracteres análise comparativa de dados discretos análise comparativa de variáveis contínuas determinando a forma das relações comparativas.",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.29-5104",
    doi = "10.5860/choice.29-5104",
    openalex = "W1488393970"
}

Introdução. Grupos basais. Monera (bactérias e algas verde-azuladas). Fungos. Algas. Animais: Invertebrados. Protozoários. Porífera. Coelenterata. Moluscos: Amphineura e Monoplacophora. Moluscos: Gastropoda. Moluscos: Cephalopoda (Nautiloidea). Moluscos: Cephalopoda (Ammonoidea Pré-Jurássico). Moluscos: Cephalopoda (Ammonoidea: Phylloceratina, Lytoceratina, Ammonitina, Ancyloceratina). Moluscos: Cephalopoda (Coleoidea). Moluscos: Rostroconchia, Scaphopoda e Bivalvia. Moluscos: incertae sedis. Anelídeos. Artrópodes (Trilobitas). Artrópodes (Aglaspidida, Chelicerata, Pycnogonida). Artrópodes (Crustáceos, excluindo Ostracoda). Artrópodes (Crustáceos: Ostracoda). Artrópodes (Euthycarcinoidea e Miriápodes). Artrópodes (Hexápodes: Insetos). Brachiopoda. Foronídeos. Briozoários. Equinodermos. Deuterostomados basais (chaetognatos, hemi-cordados, calcicordados, cefalocordados e tunicados). Graptolitos. Problemática. Miscelânea. Animais: Vertebrados. Conodontos. Agnatos. Placodermos. Acanthodii. Condrictes. Osteíctios: actinopterígeos basais. Osteíctios: Teleósteos. Osteíctios: Sarcopterígeos. Tetrapodos de nível anfíbio. Répteis. Aves. Mamíferos. Plantas. Briófitas. Pteridófitas. Gimnospermas. Magnoliófitas (Angiospermas). Índice.

@book{openalexw1599677799,
    author = "Benton, Michael J.",
    title = "The fossil record 2",
    year = "1993",
    abstract = "Introdução. Grupos basais. Monera (bactérias e algas verde-azuladas). Fungos. Algas. Animais: Invertebrados. Protozoários. Porífera. Coelenterata. Moluscos: Amphineura e Monoplacophora. Moluscos: Gastropoda. Moluscos: Cephalopoda (Nautiloidea). Moluscos: Cephalopoda (Ammonoidea Pré-Jurássico). Moluscos: Cephalopoda (Ammonoidea: Phylloceratina, Lytoceratina, Ammonitina, Ancyloceratina). Moluscos: Cephalopoda (Coleoidea). Moluscos: Rostroconchia, Scaphopoda e Bivalvia. Moluscos: incertae sedis. Anelídeos. Artrópodes (Trilobitas). Artrópodes (Aglaspidida, Chelicerata, Pycnogonida). Artrópodes (Crustáceos, excluindo Ostracoda). Artrópodes (Crustáceos: Ostracoda). Artrópodes (Euthycarcinoidea e Miriápodes). Artrópodes (Hexápodes: Insetos). Brachiopoda. Foronídeos. Briozoários. Equinodermos. Deuterostomados basais (chaetognatos, hemi-cordados, calcicordados, cefalocordados e tunicados). Graptolitos. Problemática. Miscelânea. Animais: Vertebrados. Conodontos. Agnatos. Placodermos. Acanthodii. Condrictes. Osteíctios: actinopterígeos basais. Osteíctios: Teleósteos. Osteíctios: Sarcopterígeos. Tetrapodos de nível anfíbio. Répteis. Aves. Mamíferos. Plantas. Briófitas. Pteridófitas. Gimnospermas. Magnoliófitas (Angiospermas). Índice.",
    openalex = "W1599677799"
}

@book{doi1010079781461523819,
    author = "Avise, John C.",
    title = "Marcadores Moleculares, História Natural e Evolução",
    year = "1994",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-4615-2381-9",
    doi = "10.1007/978-1-4615-2381-9",
    openalex = "W2037882155"
}

Relatamos uma nova transformação, o LogDet, que é consistente para sequências com composição de nucleotídeos diferentes e que surgiram sob modelos estocásticos simples, mas assimétricos, de evolução. Esta transformação é necessária porque os métodos existentes tendem a agrupar sequências com base em sua composição de nucleotídeos, independentemente de sua história evolutiva. Este efeito de frequências de nucleotídeos diferentes é ilustrado usando um critério de seleção de árvores em uma medida de distância simples definida exclusivamente com base na composição de bases, independente das sequências reais. A nova transformação LogDet usa determinantes das matrizes de divergência observadas e funciona porque a multiplicação de determinantes (números reais) é comutativa, enquanto a multiplicação de matrizes não é, exceto em casos simétricos especiais. O uso de determinantes permite, assim, modelos mais gerais de evolução com taxas simétricas de mudança de nucleotídeos. A transformação é ilustrada em um conjunto de dados teórico (onde os métodos existentes selecionam a árvore errada) e com três conjuntos de dados biológicos: cloroplastos, aves/mamíferos (nuclear) e abelhas melíferas (mitocondrial). A transformação LogDet reforça a distinção lógica entre transformações nos dados e critérios de seleção de árvores. As conclusões gerais deste estudo são que composições irregulares de A,C,G,T são uma causa importante e possível geral de padrões que podem enganar métodos de reconstrução de árvores, mesmo quando são obtidos valores de bootstrap altos. Consequentemente, muitos estudos publicados podem precisar ser reexaminados.

@article{doi101093oxfordjournalsmolbeva040136,
    author = "Lockhart, Peter J. and Steel, Mike and Hendy, Michael D. and Penny, David",
    title = "Recovering evolutionary trees under a more realistic model of sequence evolution.",
    year = "1994",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "We report a new transformation, the LogDet, that is consistent for sequences with differing nucleotide composition and that have arisen under simple but asymmetric stochastic models of evolution. This transformation is required because existing methods tend to group sequences on the basis of their nucleotide composition, irrespective of their evolutionary history. This effect of differing nucleotide frequencies is illustrated by using a tree-selection criterion on a simple distance measure defined solely on the basis of base composition, independent of the actual sequences. The new LogDet transformation uses determinants of the observed divergence matrices and works because multiplication of determinants (real numbers) is commutative, whereas multiplication of matrices is not,except in special symmetric cases. The use of determinants thus allows more general models of evolution with a symmetric rates of nucleotide change. The transformation is illustrated on a theoretical data set (where existing methods select the wrong tree) and with three biological data sets: chloroplasts, birds/mammals (nuclear), and honeybees (mitochondrial). The LogDet transformation reinforces the logical distinction between transformations on the data and tree-selection criteria. The overall conclusions from this study are that irregular A,C,G,T compositions are an important and possible general cause of patterns that can mislead tree-reconstruction methods, even when high bootstrap values are obtained. Consequently, many published studies may need to be reexamined.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a040136",
    doi = "10.1093/oxfordjournals.molbev.a040136",
    openalex = "W2162443218",
    references = "doi101093oxfordjournalsmolbeva040752, doi101093oxfordjournalsmolbeva040771, doi101126science3277277"
}

@article{doi10103844766,
    author = "Pagel, Mark",
    title = "Inferindo os padrões históricos da evolução biológica",
    year = "1999",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/44766",
    doi = "10.1038/44766",
    openalex = "W2114525641",
    references = "doi101016s0092867400803104, doi10103818872, doi101038366223a0, doi101038384055a0, doi101086284325, doi101086286013, doi101093oso97801985464120010001, doi101093sysbio41118, doi101098rspb19940006, doi101111j146364091997tb00423x, doi101126science2740904, doi101126science2765313734, doi101128mr5122212711987, doi1015159781503621534, doi1023072407154, doi1023072485224, doi105860choice295104, rambaut1998estimating"
}

@book{doi102307jctvjsf433,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "The Structure of Evolutionary Theory",
    year = "2002",
    booktitle = "Harvard University Press eBooks",
    url = "https://doi.org/10.2307/j.ctvjsf433",
    doi = "10.2307/j.ctvjsf433",
    openalex = "W4300925890"
}

* *1. Definindo e Revisando a Estrutura da Teoria Evolutiva * Parte I: A História da Lógica Darwiniana e do Debate *2. A Essência do Darwinismo e a Base da Ortodoxia Moderna: Uma Exegese da Origem das Espécies *3. Sementes de Hierarquia *4. Internalismo e Leis da Forma: Alternativas Pré-Darwinianas ao Funcionalismo *5. As Facetas Frutíferas do Poliedro de Galton: Canais e Saltações no Formalismo Pós-Darwiniano *6. Padrão e Progresso no Palco Geológico *7. A Síntese Moderna como um Consenso Limitado * Parte II: Em Direção a uma Teoria Evolutiva Revisada e Expandida *8. Espécies como Indivíduos na Teoria Hierárquica da Seleção *9. Equilíbrio Punctuado e a Validação da Teoria Macroevolutiva *10. A Integração de Restrição e Adaptação (Estrutura e Função) na Ontogenia e Filogenia: Restrições Históricas e a Evolução do Desenvolvimento *11. A Integração de Restrição e Adaptação (Estrutura e Função) na Ontogenia e Filogenia: Restrições Estruturais, Spandrels e a Centralidade da Exaptação na Macroevolução *12. Níveis de Tempo e Ensaios do Extrapolacionismo, Com um Epílogo sobre a Interação entre Teoria Geral e História Contingente * Bibliografia * Índice

@article{doi105860choice396411,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "A estrutura da teoria evolutiva",
    year = "2002",
    journal = "Choice Reviews Online",
    abstract = "* *1. Definindo e Revisando a Estrutura da Teoria Evolutiva * Parte I: A História da Lógica Darwiniana e do Debate *2. A Essência do Darwinismo e a Base da Ortodoxia Moderna: Uma Exegese da Origem das Espécies *3. Sementes de Hierarquia *4. Internalismo e Leis da Forma: Alternativas Pré-Darwinianas ao Funcionalismo *5. As Facetas Frutíferas do Poliedro de Galton: Canais e Saltações no Formalismo Pós-Darwiniano *6. Padrão e Progresso no Palco Geológico *7. A Síntese Moderna como um Consenso Limitado * Parte II: Em Direção a uma Teoria Evolutiva Revisada e Expandida *8. Espécies como Indivíduos na Teoria Hierárquica da Seleção *9. Equilíbrio Punctuado e a Validação da Teoria Macroevolutiva *10. A Integração de Restrição e Adaptação (Estrutura e Função) na Ontogenia e Filogenia: Restrições Históricas e a Evolução do Desenvolvimento *11. A Integração de Restrição e Adaptação (Estrutura e Função) na Ontogenia e Filogenia: Restrições Estruturais, Spandrels e a Centralidade da Exaptação na Macroevolução *12. Níveis de Tempo e Ensaios do Extrapolacionismo, Com um Epílogo sobre a Interação entre Teoria Geral e História Contingente * Bibliografia * Índice",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.39-6411",
    doi = "10.5860/choice.39-6411",
    openalex = "W1539968307"
}

Morcegos representam mais de 20% dos mamíferos existentes, mas sua história evolutiva é em grande parte desconhecida devido a um registro fóssil limitado e filogenias conflitantes ou incompletas. Aqui, apresentamos uma filogenia molecular altamente resolvida para todas as famílias de morcegos existentes. Nossos resultados apoiam a hipótese de que os megabatos estão inseridos entre quatro linhagens principais de microbatos, que originaram-se no Eoceno inicial [52 a 50 milhões de anos atrás (Mya)], coincidindo com um aumento significativo global na temperatura, aumento na diversidade e abundância de plantas e o auge da diversidade de insetos do Terciário. Nossos dados sugerem que os morcegos originaram-se na Laurásia, possivelmente na América do Norte, e que três das principais linhagens de microbatos são de origem Laurásica, enquanto a quarta é de origem Gondwanana. Combinando princípios de análise de linhagem fantasma com datas de divergência molecular, estimamos que o registro fóssil de morcegos subestima (comprimento da ramificação basal não representada, UBBL) as primeiras ocorrências em, em média, 73% e que a soma da história fóssil ausente é de 61%.

@article{doi101126science1105113,
    author = "Teeling, Emma C. e Springer, Mark S. e Madsen, Ole e Bates, Paul J. J. e O’Brien, Stephen J. e Murphy, William J.",
    title = "Uma Filogenia Molecular para Morcegos Ilumina a Biogeografia e o Registro Fóssil",
    year = "2005",
    journal = "Science",
    abstract = "Morcegos representam mais de 20% dos mamíferos existentes, mas sua história evolutiva é em grande parte desconhecida devido a um registro fóssil limitado e filogenias conflitantes ou incompletas. Aqui, apresentamos uma filogenia molecular altamente resolvida para todas as famílias de morcegos existentes. Nossos resultados apoiam a hipótese de que os megabatos estão inseridos entre quatro linhagens principais de microbatos, que originaram-se no Eoceno inicial [52 a 50 milhões de anos atrás (Mya)], coincidindo com um aumento significativo global na temperatura, aumento na diversidade e abundância de plantas e o auge da diversidade de insetos do Terciário. Nossos dados sugerem que os morcegos originaram-se na Laurásia, possivelmente na América do Norte, e que três das principais linhagens de microbatos são de origem Laurásica, enquanto a quarta é de origem Gondwanana. Combinando princípios de análise de linhagem fantasma com datas de divergência molecular, estimamos que o registro fóssil de morcegos subestima (comprimento da ramificação basal não representada, UBBL) as primeiras ocorrências em, em média, 73% e que a soma da história fóssil ausente é de 61%.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1105113",
    doi = "10.1126/science.1105113",
    openalex = "W1997655974",
    references = "doi101007bf01454359, doi101017cbo9780511529924, doi10103835003188, doi10103835055536, doi101073pnas0334222100, doi101073pnas111551998, doi101126science1067179, doi101126science11536548, doi101126science15437541333, doi101126science28454232153, doi1023071223169"
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A dinâmica evolutiva subjacente ao gradiente latitudinal na biodiversidade tem sido controversa há mais de um século. Utilizando uma abordagem explicitamente espacial que incorpora não apenas a origem e extinção, mas também a imigração, uma análise global de gêneros e subgêneros de bivalves marinhos nos últimos 11 milhões de anos apoia um modelo "fora dos trópicos", no qual os táxons originam-se preferencialmente nos trópicos e expandem-se em direção aos polos sem perder sua presença tropical. Os trópicos são, portanto, tanto um berçário quanto um museu da biodiversidade, em contraposição à dicotomia conceitual dominante desde 1974; uma crise de diversidade tropical teria, portanto, efeitos evolutivos profundos em todas as latitudes.

@article{doi101126science1130880,
    author = "Jablonski, David e Roy, Kaustuv e Valentine, James W.",
    title = "Fora dos Trópicos: Dinâmica Evolutiva do Gradiente de Diversidade Latitudinal",
    year = "2006",
    journal = "Science",
    abstract = {A dinâmica evolutiva subjacente ao gradiente latitudinal na biodiversidade tem sido controversa há mais de um século. Utilizando uma abordagem explicitamente espacial que incorpora não apenas a origem e extinção, mas também a imigração, uma análise global de gêneros e subgêneros de bivalves marinhos nos últimos 11 milhões de anos apoia um modelo "fora dos trópicos", no qual os táxons originam-se preferencialmente nos trópicos e expandem-se em direção aos polos sem perder sua presença tropical. Os trópicos são, portanto, tanto um berçário quanto um museu da biodiversidade, em contraposição à dicotomia conceitual dominante desde 1974; uma crise de diversidade tropical teria, portanto, efeitos evolutivos profundos em todas as latitudes.},
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1130880",
    doi = "10.1126/science.1130880",
    openalex = "W2147544980",
    references = "darlington1959area, doi1010160169534794901635, doi101016jtree200409011, doi101017cbo9780511623387, doi10103835012228, doi101086381004, doi101093oso97801985052350010001, doi101146annurevecolsys34012103144032, doi1016660094837320050310192meam20co2, doi101890038006, doi1023072389612, doi105860choice332720"
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Mudanças ecológicas na fenologia e distribuição de plantas e animais estão ocorrendo em todos os grupos marinhos, de água doce e terrestres bem estudados. Essas mudanças observadas são fortemente enviesadas nas direções previstas pelo aquecimento global e foram vinculadas a mudanças climáticas locais ou regionais através de correlações entre clima e variação biológica, experimentos de campo e laboratório, e pesquisa fisiológica. Espécies com distribuição restrita, particularmente espécies polares e de topo de montanha, mostram contrações severas de distribuição e foram os primeiros grupos nos quais espécies inteiras se extinguiram devido às mudanças climáticas recentes. Recifes de coral tropicais e anfíbios foram mais negativamente afetados. Interações predador-presa e planta-inseto foram interrompidas quando as espécies interagentes responderam de maneira diferente ao aquecimento. Adaptações evolutivas a condições mais quentes ocorreram no interior das faunas das espécies, e o uso de recursos e a dispersão evoluíram rapidamente nas margens de distribuição em expansão. Mudanças genéticas observadas modulam os efeitos locais das mudanças climáticas, mas há pouca evidência de que elas mitigarão os efeitos negativos no nível das espécies.

@article{doi101146annurevecolsys37091305110100,
    author = "Parmesan, Camille",
    title = "Ecological and Evolutionary Responses to Recent Climate Change",
    year = "2006",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "Mudanças ecológicas na fenologia e distribuição de plantas e animais estão ocorrendo em todos os grupos marinhos, de água doce e terrestres bem estudados. Essas mudanças observadas são fortemente enviesadas nas direções previstas pelo aquecimento global e foram vinculadas a mudanças climáticas locais ou regionais através de correlações entre clima e variação biológica, experimentos de campo e laboratório, e pesquisa fisiológica. Espécies com distribuição restrita, particularmente espécies polares e de topo de montanha, mostram contrações severas de distribuição e foram os primeiros grupos nos quais espécies inteiras se extinguiram devido às mudanças climáticas recentes. Recifes de coral tropicais e anfíbios foram mais negativamente afetados. Interações predador-presa e planta-inseto foram interrompidas quando as espécies interagentes responderam de maneira diferente ao aquecimento. Adaptações evolutivas a condições mais quentes ocorreram no interior das faunas das espécies, e o uso de recursos e a dispersão evoluíram rapidamente nas margens de distribuição em expansão. Mudanças genéticas observadas modulam os efeitos locais das mudanças climáticas, mas há pouca evidência de que elas mitigarão os efeitos negativos no nível das espécies.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.37.091305.110100",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.37.091305.110100",
    openalex = "W2135858501",
    references = "doi1010160169534794902488, doi10103835079180, doi101038369448a0, doi101038382146a0, doi101038386698a0, doi101038nature01286, doi101038nature04095, doi101038nature04246, doi101071mf99078, doi101093aesa492190, doi101126science28954872068, doi101126science2925517673, doi1023071939337, doi1023071940431, doi105860choice301495, openalexw1500291103, openalexw2151235472"
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@article{doi101016jcell200806030,
    author = "Carroll, Sean B.",
    title = "Evo-Devo e uma Síntese Evolutiva em Expansão: Uma Teoria Genética da Evolução Morfológica",
    year = "2008",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cell.2008.06.030",
    doi = "10.1016/j.cell.2008.06.030",
    openalex = "W2171193618",
    references = "doi1010079783642866593, doi101016b9781483227344500176, doi101038276565a0, doi101038376479a0, doi10103841710, doi101038nature02415, doi101038nature03158, doi101038nrg2063, doi101086406830, doi101111j001438202000tb00544x, doi101111j15585646200700105x, doi101126science1090005, doi101126science1107239, doi101126science147365368, doi101126science7892602, doi101242dev1212333, doi101371journalpbio0030245, doi105860choice395182, openalexw591049712, openalexw614012683"
}

@article{doi101038nrg3028,
    author = "Danchin, Étienne e Charmantier, Anne e Champagne, Frances A. e Mesoudi, Alex e Pujol, Benoît e Blanchet, Simon",
    title = "Além do DNA: integrando a herança inclusiva em uma teoria estendida da evolução",
    year = "2011",
    journal = "Nature Reviews Genetics",
    url = "https://doi.org/10.1038/nrg3028",
    doi = "10.1038/nrg3028",
    openalex = "W2162016759",
    references = "doi101002evan10110, doi101016jtree200603015, doi101017s0140525x06009083, doi101038374227a0, doi101098rstb20061998, doi101111j15585646201001012x, doi1043249781315801889, doi107551mitpress97802625136780010001"
}

Sistemas biológicos que realizam múltiplas tarefas enfrentam uma compensação fundamental: um fenótipo dado não pode ser ótimo em todas as tarefas. Aqui, perguntamos como as compensações afetam a gama de fenótipos encontrados na natureza. Usando o conceito de frente de Pareto da economia e da engenharia, descobrimos que os fenótipos de melhor compensação são médias ponderadas de arquétipos -- fenótipos especializados para tarefas únicas. Para duas tarefas, os fenótipos caem na linha que conecta os dois arquétipos, o que poderia explicar correlações lineares de características, relações alométricas, bem como padrões de expressão gênica bacteriana. Para três tarefas, os fenótipos caem dentro de um triângulo no espaço fenotípico, cujos vértices são os arquétipos, como evidente em estudos morfológicos, incluindo nos tentilhões de Darwin. As tarefas podem ser inferidas a partir de fenótipos medidos com base no comportamento dos organismos mais próximos dos arquétipos.

@article{doi101126science1217405,
    author = "Shoval, Oren e Sheftel, Hila e Shinar, Guy e Hart, Yuval e Ramote, Omer e Mayo, Avi e Dekel, E. e Kavanagh, Kathryn D. e Alon, Uri",
    title = "Compensações Evolutivas, Otimidade de Pareto e a Geometria do Espaço Fenotípico",
    year = "2012",
    journal = "Science",
    abstract = "Sistemas biológicos que realizam múltiplas tarefas enfrentam uma compensação fundamental: um fenótipo dado não pode ser ótimo em todas as tarefas. Aqui, perguntamos como as compensações afetam a gama de fenótipos encontrados na natureza. Usando o conceito de frente de Pareto da economia e da engenharia, descobrimos que os fenótipos de melhor compensação são médias ponderadas de arquétipos -- fenótipos especializados para tarefas únicas. Para duas tarefas, os fenótipos caem na linha que conecta os dois arquétipos, o que poderia explicar correlações lineares de características, relações alométricas, bem como padrões de expressão gênica bacteriana. Para três tarefas, os fenótipos caem dentro de um triângulo no espaço fenotípico, cujos vértices são os arquétipos, como evidente em estudos morfológicos, incluindo nos tentilhões de Darwin. As tarefas podem ser inferidas a partir de fenótipos medidos com base no comportamento dos organismos mais próximos dos arquétipos.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1217405",
    doi = "10.1126/science.1217405",
    openalex = "W2010025771",
    references = "doi101098rstb19870030, openalexw1869415094"
}

Respostas evolutivas são necessárias para que as populações de árvores possam acompanhar as mudanças climáticas. Os resultados de 250 anos de experimentos em jardins comuns mostram que a maioria das árvores florestais evoluiu adaptação local, como evidenciado pela diferenciação adaptativa de populações em características quantitativas, refletindo as condições ambientais de origem das populações. Com base nos padrões de variação quantitativa de 19 características relacionadas à adaptação estudadas em 59 espécies de árvores (principalmente espécies temperadas e boreais do hemisfério norte), descobrimos que a diferenciação genética entre populações e a variação clinal ao longo de gradientes ambientais foram muito comuns (respectivamente, 90% e 78% dos casos). Portanto, responder às mudanças climáticas provavelmente exigirá que as características quantitativas das populações novamente correspondam aos seus ambientes. Examinamos que tipo de informação é necessária para avaliar o potencial de resposta e que informação já está disponível. Revisamos os modelos genéticos relacionados às respostas à seleção e o que se sabe atualmente sobre a base genética das características. Abordamos problemas especiais encontrados nas margens de distribuição e destacamos a necessidade de mais modelagem para entender questões específicas nas margens sul e norte. Precisamos de novos experimentos em jardins comuns para espécies menos conhecidas. Para espécies extensivamente estudadas, novos experimentos são necessários fora das faixas atuais. Melhorar as informações genômicas permitirá uma melhor previsão das respostas. Interações competitivas e outras dentro das espécies e interações entre espécies merecem mais consideração. Apesar dos longos tempos de geração, o forte background em genética quantitativa e os crescentes recursos genômicos tornam as árvores florestais espécies úteis para pesquisas sobre mudanças climáticas. A maior resposta adaptativa é esperada quando as populações são grandes, têm alta variabilidade genética, a seleção é forte e há oportunidade ecológica para o estabelecimento de genótipos melhor adaptados.

@article{doi101111gcb12181,
    author = "Alberto, Florian e Aitken, Sally N. e Alı́a, Ricardo e González‐Martínez, Santiago C. e Hänninen, Heikki e Kremer, Antoine e Lefèvre, François e Lenormand, Thomas e Yeaman, Sam e Whetten, Ross e Savolainen, Outi",
    title = "Potencial para respostas evolutivas às mudanças climáticas – evidências de populações de árvores",
    year = "2013",
    journal = "Global Change Biology",
    abstract = "Respostas evolutivas são necessárias para que as populações de árvores possam acompanhar as mudanças climáticas. Os resultados de 250 anos de experimentos em jardins comuns mostram que a maioria das árvores florestais evoluiu adaptação local, como evidenciado pela diferenciação adaptativa de populações em características quantitativas, refletindo as condições ambientais de origem das populações. Com base nos padrões de variação quantitativa de 19 características relacionadas à adaptação estudadas em 59 espécies de árvores (principalmente espécies temperadas e boreais do hemisfério norte), descobrimos que a diferenciação genética entre populações e a variação clinal ao longo de gradientes ambientais foram muito comuns (respectivamente, 90\% e 78\% dos casos). Portanto, responder às mudanças climáticas provavelmente exigirá que as características quantitativas das populações novamente correspondam aos seus ambientes. Examinamos que tipo de informação é necessária para avaliar o potencial de resposta e que informação já está disponível. Revisamos os modelos genéticos relacionados às respostas à seleção e o que se sabe atualmente sobre a base genética das características. Abordamos problemas especiais encontrados nas margens de distribuição e destacamos a necessidade de mais modelagem para entender questões específicas nas margens sul e norte. Precisamos de novos experimentos em jardins comuns para espécies menos conhecidas. Para espécies extensivamente estudadas, novos experimentos são necessários fora das faixas atuais. Melhorar as informações genômicas permitirá uma melhor previsão das respostas. Interações competitivas e outras dentro das espécies e interações entre espécies merecem mais consideração. Apesar dos longos tempos de geração, o forte background em genética quantitativa e os crescentes recursos genômicos tornam as árvores florestais espécies úteis para pesquisas sobre mudanças climáticas. A maior resposta adaptativa é esperada quando as populações são grandes, têm alta variabilidade genética, a seleção é forte e há oportunidade ecológica para o estabelecimento de genótipos melhor adaptados.",
    url = "https://doi.org/10.1111/gcb.12181",
    doi = "10.1111/gcb.12181",
    openalex = "W2152279961",
    references = "doi101111j00221112200400433x, doi101111j14209101200701445x"
}

Na era da síntese evolutiva estendida, que não considera mais a seleção natural como o único fator predominante da evolução, é significativo rever o legado de biólogos que discutiram o papel de fatores alternativos. Aqui analisamos as visões evolutivas de Sergei Meyen (1935-1987), um paleobotânico que argumentou que a teoria da evolução deve incorporar uma abordagem "nomotética" que infere as leis da morfogênese (ou seja, geração de forma) a partir dos padrões observados de variação em organismos vivos e nos registros fóssis. Meyen desenvolveu uma teoria de "conjuntos polimórficos repetidos" (RPSs), que aplicou consistentemente para descrever a variação inter-organismo em populações, variação intra-organismo de órgãos metaméricos, variação de anomalias, heterotopia, mudanças durante o desenvolvimento embrionário e variação interespécie dentro de linhagens evolutivas. A noção de RPS pressupõe a natureza ativa dos organismos que possuem capacidades morfogênicas e comportamentais ocultas. A teoria de Meyen é compatível com a seleção natural de Darwin; no entanto, Meyen enfatizou a importância de outras formas de seleção (por exemplo, seleção de trajetórias de desenvolvimento, habitats e comportamentos) na escolha de elementos específicos do RPS. Finalmente, Meyen desenvolveu um novo conceito tipológico de tempo, onde o tempo representa a variabilidade (ou seja, mudança) de objetos reais, como organismos vivos ou formações geológicas.

@article{doi101016jbiosystems201406008,
    author = "Sharov, Alexei A e Igamberdiev, Abir U",
    title = "Inferindo direções da evolução a partir de padrões de variação: o legado de Sergei Meyen.",
    year = "2014",
    journal = "Bio Systems",
    abstract = {Na era da síntese evolutiva estendida, que não considera mais a seleção natural como o único fator predominante da evolução, é significativo rever o legado de biólogos que discutiram o papel de fatores alternativos. Aqui analisamos as visões evolutivas de Sergei Meyen (1935-1987), um paleobotânico que argumentou que a teoria da evolução deve incorporar uma abordagem "nomotética" que infere as leis da morfogênese (ou seja, geração de forma) a partir dos padrões observados de variação em organismos vivos e nos registros fóssis. Meyen desenvolveu uma teoria de "conjuntos polimórficos repetidos" (RPSs), que aplicou consistentemente para descrever a variação inter-organismo em populações, variação intra-organismo de órgãos metaméricos, variação de anomalias, heterotopia, mudanças durante o desenvolvimento embrionário e variação interespécie dentro de linhagens evolutivas. A noção de RPS pressupõe a natureza ativa dos organismos que possuem capacidades morfogênicas e comportamentais ocultas. A teoria de Meyen é compatível com a seleção natural de Darwin; no entanto, Meyen enfatizou a importância de outras formas de seleção (por exemplo, seleção de trajetórias de desenvolvimento, habitats e comportamentos) na escolha de elementos específicos do RPS. Finalmente, Meyen desenvolveu um novo conceito tipológico de tempo, onde o tempo representa a variabilidade (ou seja, mudança) de objetos reais, como organismos vivos ou formações geológicas.},
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4254149/",
    doi = "10.1016/j.biosystems.2014.06.008",
    openalex = "W2018299764",
    pmcid = "PMC4254149",
    pmid = "25072709",
    references = "doi101001jama195002910300087029, doi101086276408, doi101126science1130880, doi101126science1483671754, doi1015159780691183978018, doi101890039000, doi105694j132653771958tb86500x, doi105962bhltitle27468, doi107551mitpress97802625136780010001, openalexw1869415094"
}

@article{doi101038514161a,
    author = "Laland, Kevin N. e Uller, Tobias e Feldman, Marc e Sterelny, Kim e Müller, Gerd B. e Moczek, Armin P. e Jablonka, Eva e Odling‐Smee, John e Wray, Gregory A. e Hoekstra, Hopi E. e Futuyma, Douglas J. e Lenski, Richard E. e Mackay, Trudy F. C. e Schluter, Dolph e Strassmann, Joan E.",
    title = "A teoria evolutiva precisa de uma reavaliação?",
    year = "2014",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/514161a",
    doi = "10.1038/514161a",
    openalex = "W1991285543",
    references = "doi107551mitpress97802625136780010001, openalexw135071171"
}

As atividades científicas ocorrem dentro de conjuntos estruturados de ideias e pressupostos que definem um campo e suas práticas. O quadro conceitual da biologia evolutiva emergiu com a Síntese Moderna no início do século XX e, desde então, expandiu-se em um programa de pesquisa altamente bem-sucedido para explorar os processos de diversificação e adaptação. No entanto, a capacidade desse quadro de acomodar satisfatoriamente os avanços rápidos na biologia do desenvolvimento, genômica e ecologia tem sido questionada. Revisamos alguns desses argumentos, focando em literaturas (evo-devo, plasticidade do desenvolvimento, herança inclusiva e construção de nicho) cujas implicações para a evolução podem ser interpretadas de duas maneiras: uma que preserva a estrutura interna da teoria evolutiva contemporânea e outra que aponta para um quadro conceitual alternativo. Esta última, que rotulamos como 'síntese evolutiva estendida' (SEE), retém os fundamentos da teoria evolutiva, mas difere em sua ênfase no papel dos processos construtivos no desenvolvimento e na evolução, e nas representações recíprocas da causalidade. Na SEE, os processos de desenvolvimento, operando por meio de viés de desenvolvimento, herança inclusiva e construção de nicho, compartilham a responsabilidade pela direção e taxa da evolução, a origem da variação de caracteres e a complementaridade organismo-ambiente. Esclarecemos a estrutura, os pressupostos centrais e as previsões novas da SEE, e mostramos como ela pode ser empregada para estimular e avançar a pesquisa nesses campos que estudam ou utilizam a biologia evolutiva.

@article{doi101098rspb20151019,
    author = "Laland, Kevin N. e Uller, Tobias e Feldman, Marcus W. e Sterelny, Kim e Müller, Gerd B. e Moczek, Armin P. e Jablonka, Eva e Odling‐Smee, John",
    title = "A síntese evolutiva estendida: sua estrutura, pressupostos e previsões",
    year = "2015",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "As atividades científicas ocorrem dentro de conjuntos estruturados de ideias e pressupostos que definem um campo e suas práticas. O quadro conceitual da biologia evolutiva emergiu com a Síntese Moderna no início do século XX e, desde então, expandiu-se em um programa de pesquisa altamente bem-sucedido para explorar os processos de diversificação e adaptação. No entanto, a capacidade desse quadro de acomodar satisfatoriamente os avanços rápidos na biologia do desenvolvimento, genômica e ecologia tem sido questionada. Revisamos alguns desses argumentos, focando em literaturas (evo-devo, plasticidade do desenvolvimento, herança inclusiva e construção de nicho) cujas implicações para a evolução podem ser interpretadas de duas maneiras: uma que preserva a estrutura interna da teoria evolutiva contemporânea e outra que aponta para um quadro conceitual alternativo. Esta última, que rotulamos como 'síntese evolutiva estendida' (SEE), retém os fundamentos da teoria evolutiva, mas difere em sua ênfase no papel dos processos construtivos no desenvolvimento e na evolução, e nas representações recíprocas da causalidade. Na SEE, os processos de desenvolvimento, operando por meio de viés de desenvolvimento, herança inclusiva e construção de nicho, compartilham a responsabilidade pela direção e taxa da evolução, a origem da variação de caracteres e a complementaridade organismo-ambiente. Esclarecemos a estrutura, os pressupostos centrais e as previsões novas da SEE, e mostramos como ela pode ser empregada para estimular e avançar a pesquisa nesses campos que estudam ou utilizam a biologia evolutiva.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2015.1019",
    doi = "10.1098/rspb.2015.1019",
    openalex = "W2103794982",
    references = "doi101001jama195002910300087029, doi101002jezb21081, doi101017cbo9780511621123, doi101038218525a0, doi10106313050879, doi101086346135, doi101093auk1002507, doi101093oso97801951223430010001, doi101111j155856461982tb05068x, doi101126science1113832, doi101146annureves01110170000245, doi1015159780691209418, doi1015159781400847266, doi1023071367778, doi1023072260026, doi102307jctvjsf433, doi102307jctvx5wbbh, doi105860choice364478, doi105860choice396411, doi105962bhltitle27468, doi107208chicago97802263088830010001, doi107551mitpress97802625136780010001, openalexw2080618944, openalexw227636185"
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Datar a árvore da vida é uma empreitada central na biologia evolutiva. As taxas de evolução são fundamentais para quase todos os modelos e processos evolutivos. As taxas precisam de datas. Existe muito debate sobre as formas mais apropriadas e razoáveis de datar a árvore da vida, e trabalhos recentes têm destacado algumas confusões e complexidades que podem ser evitadas. Se as árvores filogenéticas são datadas após serem estabelecidas ou como parte do processo de descoberta da árvore, os praticantes precisam saber quais calibrações usar. Enfatizamos a importância de identificar fósseis de coroa (não de caule), níveis de confiança em sua atribuição à coroa, precisão cronestratigráfica atual, a primazia da formação geológica hospedeira e intervalos de confiança assimétricos. Aqui apresentamos calibrações para 88 nós-chave ao longo da filogenia dos animais, variando da raiz dos Metazoa ao último ancestral comum de Homo sapiens. Atenção constante aos detalhes é necessária: por exemplo, a data clássica entre aves e mamíferos (base da coroa Amniota) tem sido frequentemente dada como 310-315 Ma; a escala de tempo internacional de 2014 indica uma idade mínima de 318 Ma.

@article{doi1026879424,
    author = "Benton, Michael J. e Donoghue, PCJ e Vinther, Jakob e Asher, RJ e Friedman, Mary M. e Near, Thomas J.",
    title = "Restrições à escala temporal da história evolutiva dos animais",
    year = "2015",
    journal = "Palaeontologia Electronica",
    abstract = "Dating the tree of life is a core endeavor in evolutionary biology. Rates of evolution are fundamental to nearly every evolutionary model and process. Rates need dates. There is much debate on the most appropriate and reasonable ways in which to date the tree of life, and recent work has highlighted some confusions and complexities that can be avoided. Whether phylogenetic trees are dated after they have been established, or as part of the process of tree finding, practitioners need to know which calibrations to use. We emphasize the importance of identifying crown (not stem) fossils, levels of confidence in their attribution to the crown, current chronostratigraphic precision, the primacy of the host geological formation and asymmetric confidence intervals. Here we present calibrations for 88 key nodes across the phylogeny of animals, ranging from the root of Metazoa to the last common ancestor of Homo sapiens. Close attention to detail is constantly required: for example, the classic bird-mammal date (base of crown Amniota) has often been given as 310-315 Ma; the 2014 international time scale indicates a minimum age of 318 Ma.",
    url = "https://doi.org/10.26879/424",
    doi = "10.26879/424",
    openalex = "W1962669040",
    references = "doi10100703064746897, doi101007978146139246016, doi101007bf02101694, doi101016b9780126709506500187, doi101016b9780444594259000196, doi101016b9780444594259000202, doi101016b9780444594259000214, doi101016b9780444594259000238, doi101016b9780444594259000287, doi101016jpalaeo200703046, doi101016jpalwor200911007, doi101016s0301926899000777, doi101016s096098220900431x, doi101017s0006323199005472, doi101017s0016756811000720, doi101017s1464793102006103, doi101017s1464793105006779, doi101017s1477201906002008, doi101023a1018471324332, doi101038377720a0, doi101038nature01264, doi101038nature03150, doi101038nature05634, doi101038nature06134, doi101038nature06277, doi101038nature06614, doi101038nature07855, doi101038nature08322, doi101038nature09810, doi101038nature09864, doi101038nature10291, doi101038nature13718, doi101073pnas1010350107, doi101073pnas1110395108, doi101073pnas9794469, doi10108002724634198110011886, doi10108002724634199710010948, doi10108002724634199810011114, doi10108010635150590950326, doi10108010635150600755396, doi10108010635150701397635, doi101098rstb19790006, doi101098rstb19990489, doi101111j109636421995tb00932x, doi101111j10963642200600293x, doi101111j1469185x1999tb00046x, doi101111j1469185x200900094x, doi101111j1469185x201200220x, doi101111j14754983201001019x, doi101111j14754983201201165x, doi101111pala12125, doi101111zoj12111, doi101126science1157704, doi101139e87124, doi1011861471214813208, doi1012060003009020062970001tatol20co2, doi1012066231, doi101242dev066712, doi101371journalpone0009586, doi101643004585112002002053220co2, doi1016660022336020030770822mbatho20co2, doi102307jctt1xp3v3r, doi105252g2010n4a1, doi105281zenodo18028696, doi105860choice320949, doi105860choice355657, doi105860choice405235, doi105860choice432801, doi105860choice503272, doi107312kiel11918, gardiner1989interrelationships, openalexw2898156694, openalexw78894702"
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Conjuntos de dados multigênicos e genômicos tornaram-se comuns no campo da filogenia, mas muitas ferramentas existentes não foram projetadas para tais conjuntos de dados, o que frequentemente torna a análise demorada e tediosa. Aqui, apresentamos o PhyloSuite, uma plataforma de área de trabalho de fluxo de trabalho amigável ao usuário (interface gráfica de usuário Python de código aberto, independente de plataforma e autônoma) dedicada a simplificar o gerenciamento de dados de sequências moleculares e estudos de filogenética evolutiva. Ele utiliza um sistema baseado em plugins que integra várias ferramentas filogenéticas e bioinformáticas, simplificando assim todo o procedimento, desde a aquisição de dados até a anotação da árvore filogenética (em combinação com o iTOL). Ele possui as seguintes características: (a) interface gráfica de usuário de clique e arrastar e soltar; (b) um ambiente de trabalho para gerenciar e organizar dados de sequências moleculares e resultados de análises; (c) extração de entradas do GenBank e estatísticas comparativas; e (d) um fluxo de trabalho filogenético com capacidade de processamento em lote, incluindo alinhamento de sequências (mafft e macse), otimização de alinhamento (trimAl, HmmCleaner e Gblocks), concatenação de conjuntos de dados, melhor esquema de particionamento e seleção do melhor modelo evolutivo (PartitionFinder e modelfinder), e inferência filogenética (MrBayes e iq-tree). O PhyloSuite é projetado tanto para iniciantes quanto para pesquisadores experientes, permitindo que os primeiros iniciem rapidamente sua jornada na análise filogenética e que os últimos realizem, armazenem e gerenciem seu trabalho de forma simplificada, gastando mais tempo investigando questões científicas em vez de desperdiçá-lo transferindo arquivos de um programa de software para outro.

@article{doi1011111755099813096,
    author = "Zhang, Dong e Gao, Fangluan e Jakovlić, Ivan e Zou, Hong e Zhang, Jin e Li, Wen X. e Wang, Gui T.",
    title = "PhyloSuite: Uma plataforma de área de trabalho integrada e escalável para gerenciamento simplificado de dados de sequências moleculares e estudos de filogenética evolutiva",
    year = "2019",
    journal = "Molecular Ecology Resources",
    abstract = "Conjuntos de dados multigênicos e genômicos tornaram-se comuns no campo da filogenia, mas muitas ferramentas existentes não foram projetadas para tais conjuntos de dados, o que frequentemente torna a análise demorada e tediosa. Aqui, apresentamos o PhyloSuite, uma plataforma de área de trabalho de fluxo de trabalho amigável ao usuário (interface gráfica de usuário Python de código aberto, independente de plataforma e autônoma) dedicada a simplificar o gerenciamento de dados de sequências moleculares e estudos de filogenética evolutiva. Ele utiliza um sistema baseado em plugins que integra várias ferramentas filogenéticas e bioinformáticas, simplificando assim todo o procedimento, desde a aquisição de dados até a anotação da árvore filogenética (em combinação com o iTOL). Ele possui as seguintes características: (a) interface gráfica de usuário de clique e arrastar e soltar; (b) um ambiente de trabalho para gerenciar e organizar dados de sequências moleculares e resultados de análises; (c) extração de entradas do GenBank e estatísticas comparativas; e (d) um fluxo de trabalho filogenético com capacidade de processamento em lote, incluindo alinhamento de sequências (mafft e macse), otimização de alinhamento (trimAl, HmmCleaner e Gblocks), concatenação de conjuntos de dados, melhor esquema de particionamento e seleção do melhor modelo evolutivo (PartitionFinder e modelfinder), e inferência filogenética (MrBayes e iq-tree). O PhyloSuite é projetado tanto para iniciantes quanto para pesquisadores experientes, permitindo que os primeiros iniciem rapidamente sua jornada na análise filogenética e que os últimos realizem, armazenem e gerenciem seu trabalho de forma simplificada, gastando mais tempo investigando questões científicas em vez de desperdiçá-lo transferindo arquivos de um programa de software para outro.",
    url = "https://doi.org/10.1111/1755-0998.13096",
    doi = "10.1111/1755-0998.13096",
    openalex = "W2979811825",
    references = "doi101016jtree200901009, doi101038nmeth4285, doi10108010635150701472164, doi101093bioinformaticsbtp348, doi101093bioinformaticsbts199, doi101093molbevmst010, doi101093sysbiosys029"
}

A elaboração de métodos de inferência filogenética bayesiana continuou a um ritmo acelerado nos últimos anos, com avanços importantes em quase todos os aspectos da modelagem conjunta de dados evolutivos. Reconhece-se cada vez mais que algumas questões evolutivas só podem ser adequadamente respondidas combinando evidências de múltiplas fontes independentes de dados, incluindo sequências genômicas, datas de amostragem, dados fenotípicos, datas de carbono-14, ocorrências fósseis e informações sobre distribuição biogeográfica, entre outras. Incluir todos os dados relevantes em um único modelo conjunto é muito desafiador tanto conceitualmente quanto computacionalmente. Pacotes de software computacional avançados que permitem o desenvolvimento robusto de modelos compatíveis (sub-)modelos que podem ser compostos em uma hierarquia de modelos completa desempenharam um papel chave nesses desenvolvimentos. O desenvolvimento de tais estruturas de software tornou-se cada vez mais uma atividade científica importante em si mesma e vem com desafios específicos, desde desafios práticos de design, desenvolvimento e engenharia de software até desafios de modelagem estatística e conceitual. O BEAST 2 é uma dessas plataformas de software computacional e foi anunciado pela primeira vez há mais de 4 anos. Aqui descrevemos uma série de novos desenvolvimentos importantes na plataforma central e na hierarquia de modelos do BEAST 2 que ocorreram desde o primeiro lançamento do software, culminando no recente lançamento 2.5.

@article{doi101371journalpcbi1006650,
    author = "Bouckaert, Remco e Vaughan, Timothy G. e Barido‐Sottani, Joëlle e Duchêne, Sebastián e Fourment, Mathieu e Gavryushkina, Alexandra e Heled, Joseph e Jones, Graham e Kühnert, Denise e Maio, Nicola De e Matschiner, Michael e Mendes, Fábio K. e Müller, Nicola F. e Ogilvie, Huw A. e du Plessis, Louis e Popinga, Alex e Rambaut, Andrew e Rasmussen, David A. e Siveroni, Igor e Suchard, Marc A. e Wu, Chieh‐Hsi e Xie, Dong e Zhang, Chi e Stadler, Tanja e Drummond, Alexei J.",
    title = "BEAST 2.5: Uma plataforma de software avançada para análise evolutiva bayesiana",
    year = "2019",
    journal = "PLoS Computational Biology",
    abstract = "A elaboração de métodos de inferência filogenética bayesiana continuou a um ritmo acelerado nos últimos anos, com avanços importantes em quase todos os aspectos da modelagem conjunta de dados evolutivos. Reconhece-se cada vez mais que algumas questões evolutivas só podem ser adequadamente respondidas combinando evidências de múltiplas fontes independentes de dados, incluindo sequências genômicas, datas de amostragem, dados fenotípicos, datas de carbono-14, ocorrências fósseis e informações sobre distribuição biogeográfica, entre outras. Incluir todos os dados relevantes em um único modelo conjunto é muito desafiador tanto conceitualmente quanto computacionalmente. Pacotes de software computacional avançados que permitem o desenvolvimento robusto de modelos compatíveis (sub-)modelos que podem ser compostos em uma hierarquia de modelos completa desempenharam um papel chave nesses desenvolvimentos. O desenvolvimento de tais estruturas de software tornou-se cada vez mais uma atividade científica importante em si mesma e vem com desafios específicos, desde desafios práticos de design, desenvolvimento e engenharia de software até desafios de modelagem estatística e conceitual. O BEAST 2 é uma dessas plataformas de software computacional e foi anunciado pela primeira vez há mais de 4 anos. Aqui descrevemos uma série de novos desenvolvimentos importantes na plataforma central e na hierarquia de modelos do BEAST 2 que ocorreram desde o primeiro lançamento do software, culminando no recente lançamento 2.5.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006650",
    doi = "10.1371/journal.pcbi.1006650",
    openalex = "W2901954177",
    references = "doi101016jtree200901009, doi101038nature10231, doi101038nature13726, doi101073pnas1319091111, doi101073pnas89178322, doi101080106351501753462876, doi101093acprofoso97801985670280010001, doi101093genetics1551431, doi101093molbevmsp274, doi101093sysbiosyq085, doi101093sysbiosyr047, doi101093sysbiosyv080, doi101093vevey016, doi101098rspa19270118, doi101186147121487214, doi101186s1286201708906, doi1012019780429258411, doi101371journalpbio0040088, doi101371journalpcbi1003537"
}

@incollection{doi101007978303065536513,
    author = "Granovitch, Andrei I.",
    title = "Seleção Natural, Morfoprocesso e um Campo Lógico de Conceitos Evolutivos",
    year = "2021",
    booktitle = "Biologia Evolutiva/Biologia da evolução",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-030-65536-5\_13",
    doi = "10.1007/978-3-030-65536-5\_13",
    openalex = "W3134657069",
    references = "doi101016jbiosystems201406008, doi101016jtree200611004, doi101038nrm2632, doi10106313050879, doi101093genetics16297, doi101093genetics286491, doi101093oso97801951223430010001, doi101098rstb19520012, doi101111j155856461975tb00851x, doi1015159781400820108, openalexw2624262714"
}

@incollection{doi10100797830306553656,
    author = "Ochoa, Carlos",
    title = "As Origens da Genética do Desenvolvimento Teórica: Reinterpretando o Papel de William Bateson na História do Pensamento Evolutivo",
    year = "2021",
    booktitle = "Biologia Evolutiva/Biologia evolutiva",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-030-65536-5\_6",
    doi = "10.1007/978-3-030-65536-5\_6",
    openalex = "W3133716585",
    references = "doi101007978303065536513"
}

@article{doi101016jbiosystems2021104454,
    author = "Igamberdiev, Abir U.",
    title = "A ponte levadiça da natureza: complexificação evolutiva como geração e interpretação nova de sistemas de codificação",
    year = "2021",
    journal = "Biosystems",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.biosystems.2021.104454",
    doi = "10.1016/j.biosystems.2021.104454",
    openalex = "W3171803253",
    references = "doi101016jbiosystems2019104063, doi101016jbiosystems2020104279"
}

A Síntese Moderna (ou "Neo-Darwinismo"), que surgiu da reconciliação da teoria da seleção natural de Darwin e das pesquisas de Mendel sobre genética, permanece como a base da teoria da evolução. No entanto, desde sua concepção, tem sido um alvo de críticas, que variaram de pequenas objeções à rejeição completa. Entre os críticos mais famosos estava Stephen Jay Gould, que, em 1980, proclamou que a Síntese Moderna estava "efetivamente morta". Gould e outros afirmaram que a ação da seleção natural sobre mutações aleatórias era insuficiente por si só para explicar padrões de diversidade e divergência macroevolutivas, e que novos processos eram necessários para explicar descobertas provenientes do registro fóssil. Em 1982, Charlesworth, Lande e Slatkin publicaram uma resposta a essa crítica em Evolution, na qual argumentaram que o Neo-Darwinismo era de fato suficiente para explicar padrões macroevolutivos. Nesta Perspectiva para o 75º Aniversário da Sociedade para o Estudo da Evolução, revisamos Charlesworth et al. em seu contexto histórico e fornecemos suporte moderno para seus argumentos. Enfatizamos a importância dos processos microevolutivos no estudo de padrões macroevolutivos. Em última análise, concluímos que o equilíbrio pontuado não representou uma revolução significativa na biologia evolutiva — embora o debate sobre esse ponto tenha estimulado pesquisas significativas e avançado o campo — e que o Neo-Darwinismo está vivo e bem.

@article{doi101111evo14268,
    author = "Hancock, Zachary B. e Lehmberg, Emma S. e Bradburd, Gideon S.",
    title = "Neo‐darwinism ainda assombra a teoria da evolução: uma perspectiva moderna sobre Charlesworth, Lande e Slatkin (1982)",
    year = "2021",
    journal = "Evolution",
    abstract = {A Síntese Moderna (ou "Neo-Darwinismo"), que surgiu da reconciliação da teoria da seleção natural de Darwin e das pesquisas de Mendel sobre genética, permanece como a base da teoria da evolução. No entanto, desde sua concepção, tem sido um alvo de críticas, que variaram de pequenas objeções à rejeição completa. Entre os críticos mais famosos estava Stephen Jay Gould, que, em 1980, proclamou que a Síntese Moderna estava "efetivamente morta". Gould e outros afirmaram que a ação da seleção natural sobre mutações aleatórias era insuficiente por si só para explicar padrões de diversidade e divergência macroevolutivas, e que novos processos eram necessários para explicar descobertas provenientes do registro fóssil. Em 1982, Charlesworth, Lande e Slatkin publicaram uma resposta a essa crítica em Evolution, na qual argumentaram que o Neo-Darwinismo era de fato suficiente para explicar padrões macroevolutivos. Nesta Perspectiva para o 75º Aniversário da Sociedade para o Estudo da Evolução, revisamos Charlesworth et al. em seu contexto histórico e fornecemos suporte moderno para seus argumentos. Enfatizamos a importância dos processos microevolutivos no estudo de padrões macroevolutivos. Em última análise, concluímos que o equilíbrio pontuado não representou uma revolução significativa na biologia evolutiva — embora o debate sobre esse ponto tenha estimulado pesquisas significativas e avançado o campo — e que o Neo-Darwinismo está vivo e bem.},
    url = "https://doi.org/10.1111/evo.14268",
    doi = "10.1111/evo.14268",
    openalex = "W3163859581",
    references = "doi101016jtree200611004, doi101016jtree200901009, doi101017s0094837300005224, doi101093sysbio463523, doi101111j001438202006tb01143x, doi101111j00221112200400433x, doi101128mmbr0001610, doi101146annureves01110170000245, doi1023071438156, doi1023072485224"
}

@incollection{doi10100797830310478319,
    author = "Granovitch, Andrei I.",
    title = "The Morphoprocess and the Diversity of Evolutionary Mechanisms of Metastable Structures",
    year = "2022",
    booktitle = "Evolutionary Biology/Evolutionary biology",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-031-04783-1\_9",
    doi = "10.1007/978-3-031-04783-1\_9",
    openalex = "W4285188686",
    references = "doi101007978303065536513"
}

@article{doi101016jbiosystems2022104706,
    author = "Olovnikov, A. M.",
    title = "Eco-crossover, ou crossing-over regulado pelo ambiente, e a seleção natural são dois impulsionadores irreplaceáveis da evolução adaptativa: Hipótese do Eco-crossover",
    year = "2022",
    journal = "Biosystems",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.biosystems.2022.104706",
    doi = "10.1016/j.biosystems.2022.104706",
    openalex = "W4281478058",
    references = "doi101007bf02984069, doi101016jbiosystems201406008, doi101016jmolcel201806034, doi101016jygeno201601008, doi101017s0094837300005224, doi101038227561a0, doi101038366223a0, doi101038s415800200243y, doi101073pnas1508347112, doi101093auk1002507, doi1015252embj2018100836, doi1023071437764"
}

@article{doi101016jbiosystems2022104719,
    author = "Shklovskiy-Kordi, Nikita E. e Matsuno, Koichiro e Marijuán, Pedro C. e Lgamberdiev, Abir U",
    title = "Editorial: Princípios fundamentais da computação biológica: Da computação molecular à complexidade evolutiva",
    year = "2022",
    journal = "Biosystems",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.biosystems.2022.104719",
    doi = "10.1016/j.biosystems.2022.104719",
    openalex = "W4281989749",
    references = "doi101016jbiosystems2022104712"
}

@article{doi101016jbiosystems2022104779,
    author = "Cottam, Ron e Iurato, Giuseppe e Igamberdiev, Abir U.",
    title = "Fundamentos de transformações evolutivas em sistemas biológicos",
    year = "2022",
    journal = "Biosystems",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.biosystems.2022.104779",
    doi = "10.1016/j.biosystems.2022.104779",
    openalex = "W4295166759",
    references = "doi101016jbiosystems2021104567, doi101016jbiosystems2022104706"
}

Teorias fundamentais bem-sucedidas são construídas sobre princípios verificáveis que incluem variáveis mensuráveis. Este artigo mostra que a teoria inclusiva de Darwin é construída sobre tais princípios e segue seu caminho difícil até as teorias operacionais modernas. Além da reprodução, variação e herança, as condições de diversificação de Darwin também incluem o potencial para crescimento populacional exponencial (geométrico) e sua natureza necessariamente limitada. A Luta pela Existência (Doutrina de Malthus), os Princípios da Seleção Natural, a Exclusão Competitiva (Regra de Verificações Similares) e a Divergência são meras deduções dessas condições. A teoria do sistema dinâmico de coexistência robusta, a teoria da dinâmica adaptativa e a teoria estendida da evolução todas assumem os princípios inclusivos de Darwin como essenciais. Incorporar os feedbacks que controlam o crescimento populacional e as compensações entre componentes de aptidão no núcleo da teoria evolutiva leva à conclusão de que a diversificação é uma característica fundamental e inerente da vida e fornece leis que suportam a determinação da direção esperada da evolução em qualquer caso particular.

@misc{doi1032942osfiouh3jq,
    author = "Pásztor, Líz and Meszéna, Géza",
    title = "Leis estáveis em um mundo em mudança: A estrutura das teorias evolutivas ao longo dos séculos",
    year = "2022",
    abstract = "Teorias fundamentais bem-sucedidas são construídas sobre princípios verificáveis que incluem variáveis mensuráveis. Este artigo mostra que a teoria inclusiva de Darwin é construída sobre tais princípios e segue seu caminho difícil até as teorias operacionais modernas. Além da reprodução, variação e herança, as condições de diversificação de Darwin também incluem o potencial para crescimento populacional exponencial (geométrico) e sua natureza necessariamente limitada. A Luta pela Existência (Doutrina de Malthus), os Princípios da Seleção Natural, a Exclusão Competitiva (Regra de Verificações Similares) e a Divergência são meras deduções dessas condições. A teoria do sistema dinâmico de coexistência robusta, a teoria da dinâmica adaptativa e a teoria estendida da evolução todas assumem os princípios inclusivos de Darwin como essenciais. Incorporar os feedbacks que controlam o crescimento populacional e as compensações entre componentes de aptidão no núcleo da teoria evolutiva leva à conclusão de que a diversificação é uma característica fundamental e inerente da vida e fornece leis que suportam a determinação da direção esperada da evolução em qualquer caso particular.",
    url = "https://doi.org/10.32942/osf.io/uh3jq",
    doi = "10.32942/osf.io/uh3jq",
    openalex = "W4297539941",
    references = "doi101007978303122028911"
}

@incollection{doi10100797830313030438,
    author = "Gefaell, Juan e Alejandro, Cristián",
    title = "Incomensurabilidade na Biologia Evolutiva: A Controvérsia da Síntese Evolutiva Estendida",
    year = "2023",
    booktitle = "Pesquisa interdisciplinar em evolução",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-031-30304-3\_8",
    doi = "10.1007/978-3-031-30304-3\_8",
    openalex = "W4380342996",
    references = "doi101007978303122028911"
}

Este ensaio tenta combinar alguns resultados teóricos recentes em (bio)semiótica sobre arbitrariedade, ajuste semiótico, umwelt, escolha e teoria estendida da evolução em um todo mais coerente. O modelo proposto descreve um ser vivo por meio de sua subjetividade e da capacidade de criar significado, aspectos frequentemente negligenciados em modelos baseados na replicabilidade. O conceito de umwelt é dividido em dois – o umwelt sincrônico e o umwelt distribuído ou diacrônico. Para este último, é introduzido um novo termo 'umweb'. Descreve-se um mecanismo de evolução no qual a relação arbitrária seguida pelo ajuste semiótico é em certa medida análoga ao mecanismo neodarwiniano de mutações aleatórias seguidas pela seleção natural. O artigo prossegue para discutir a alternatividade e a coexistência dessas duas formas radicalmente diferentes de evolução e aprendizado.

@article{doi1012697sss202351108,
    author = "Kull, Kalevi",
    title = "Considerações adicionais sobre a semiose na evolução: Arbitrariedade mais ajuste semiótico, e/ou mutabilidade mais seleção natural",
    year = "2023",
    journal = "Sign Systems Studies",
    abstract = "Este ensaio tenta combinar alguns resultados teóricos recentes em (bio)semiótica sobre arbitrariedade, ajuste semiótico, umwelt, escolha e teoria estendida da evolução em um todo mais coerente. O modelo proposto descreve um ser vivo por meio de sua subjetividade e da capacidade de criar significado, aspectos frequentemente negligenciados em modelos baseados na replicabilidade. O conceito de umwelt é dividido em dois – o umwelt sincrônico e o umwelt distribuído ou diacrônico. Para este último, é introduzido um novo termo 'umweb'. Descreve-se um mecanismo de evolução no qual a relação arbitrária seguida pelo ajuste semiótico é em certa medida análoga ao mecanismo neodarwiniano de mutações aleatórias seguidas pela seleção natural. O artigo prossegue para discutir a alternatividade e a coexistência dessas duas formas radicalmente diferentes de evolução e aprendizado.",
    url = "https://doi.org/10.12697/sss.2023.51.1.08",
    doi = "10.12697/sss.2023.51.1.08",
    openalex = "W4378233472",
    references = "doi101007978303122028911"
}

@article{doi101016jbiosystems2024105383,
    author = "Melkikh, Alexey V.",
    title = "O problema da direcionalidade evolutiva 50 anos após as obras de Sergei Meyen",
    year = "2024",
    journal = "Biosystems",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.biosystems.2024.105383",
    doi = "10.1016/j.biosystems.2024.105383",
    openalex = "W4405531738",
    references = "doi101007bf02983073, doi101016jbiosystems201406008, doi101016jplrev201307001, doi101038s41467018054455, doi101038s41586021042696, doi101073pnas0500398102, doi101073pnas1120658109, doi101096fj201500083, doi101126science13434891501, doi101186gb20131410r115, openalexw4207021716"
}

Se existe um elemento questionável na teoria da evolução, é provável que seja a aleatoriedade das mutações, que é vista como a fonte primária de mudança evolutiva. A ideia de que erros nas sequências de DNA são a fonte de mudança de espécies não parece aceitável para muitos cientistas e filósofos. De acordo com eles, a evolução adaptativa, que sugere que algumas mutações ocorrem de forma intencional, é possível. Ambas as visões parecem cientificamente defensáveis. No entanto, a ciência tipicamente exclui propósitos, especialmente devido às suas implicações sobrenaturais. Portanto, o problema filosófico aqui concerne a qual quadro metafísico explicaria melhor um mundo natural no qual propósitos estão em ação, assumindo que a evolução adaptativa é real. Neste artigo, proponho o panpsiquismo como um candidato para tal explicação. Embora o panpsiquismo seja uma visão metafísica bem conhecida, raramente foi associado à evolução. O panpsiquismo simplesmente afirma que todas as entidades naturais reais possuem alguma forma de mentalidade que é intrínseca à matéria. A mentalidade deve estar presente no nível mais fundamental da existência para se manifestar em qualquer forma de nível superior. Esta ideia de panpsiquismo de que a mentalidade se desenvolve gradualmente já é compatível com a visão tradicional da evolução de que as espécies mudam lentamente e incrementalmente por pequenos passos. No entanto, a hipótese da evolução adaptativa exige mais. A ideia de que os organismos podem alterar seu próprio DNA em resposta às condições ambientais implica que este processo ocorre voluntariamente de forma controlada. No entanto, a adaptação nem sempre ocorre voluntariamente, e tal compreensão torna-se difícil de aceitar ao atribuir funções cognitivas de nível superior, como escolher, vontade e tomada de decisões, a células e moléculas. Portanto, é necessária uma abordagem mais naturalista. O panpsiquismo pode assumir muitas formas, como o panpsiquismo dualista ou o panpsiquismo idealista. Sugiro o panpsiquismo de dois aspectos como uma versão inteiramente naturalista deste conceito. Consequentemente, a mentalidade e a fisicalidade são dois aspectos da mesma coisa ou substância. Assim como não há causalidade mental do mental para o físico, não há causalidade física do físico para o mental. Existem processos ou eventos que se manifestam como acontecimentos físicos quando observados de fora e como acontecimentos mentais quando experimentados de dentro. Juntamente com uma interpretação do panpsiquismo de dois aspectos que é compatível com o fisicalismo, quando aceitamos que a maneira mais plausível de estender a mentalidade a todas as entidades reais é pensar nela como intencionalidade, pode tornar-se ainda mais fácil situar a evolução adaptativa dentro de um quadro naturalista. Mutações não aleatórias não ocorrem como atos mentais de escolha, mas surgem do comportamento do organismo estar sobre ou dirigido para condições ambientais seletivas com o propósito de garantir a sobrevivência. O artigo consiste em duas partes principais. A primeira parte busca estabelecer a possibilidade de que algumas mutações podem não ser aleatórias com base científica-filosófica. A segunda parte visa mostrar a compatibilidade desta possibilidade com o panpsiquismo de dois aspectos. Como resultado, espera-se que uma interpretação aceitável da teoria evolutiva, combinada com uma interpretação naturalista do panpsiquismo, resulte em uma síntese frutífera que explica as ações aparentemente intencionais de células e organismos.

@article{doi1014395hid1521378,
    author = "ONUR, Ferhat",
    title = "Uma Interpretação Panpsiquista da Teoria Evolutiva",
    year = "2024",
    journal = "Hitit İlahiyat Dergisi",
    abstract = "Se há um elemento questionável na teoria da evolução, é provavelmente a aleatoriedade das mutações, que é vista como a fonte primária da mudança evolutiva. A ideia de que erros nas sequências de DNA são a fonte da mudança de espécies não parece aceitável para muitos cientistas e filósofos. De acordo com eles, a evolução adaptativa, que sugere que algumas mutações ocorrem intencionalmente, é possível. Ambas as visões parecem cientificamente defensáveis. No entanto, a ciência tipicamente exclui propósitos, especialmente devido às suas implicações sobrenaturais. Portanto, o problema filosófico aqui diz respeito a qual quadro metafísico explicaria melhor um mundo natural no qual os propósitos estão em ação, assumindo que a evolução adaptativa é real. Neste artigo, proponho o panpsiquismo como um candidato para tal explicação. Embora o panpsiquismo seja uma visão metafísica bem conhecida, raramente foi associado à evolução. O panpsiquismo simplesmente afirma que todas as entidades naturais reais possuem algum tipo de mentalidade que é intrínseca à matéria. A mentalidade deve estar presente no nível mais fundamental da existência para se manifestar em qualquer forma de nível superior. Essa ideia de panpsiquismo de que a mentalidade se desenvolve gradualmente já é compatível com a visão tradicional da evolução de que as espécies mudam lentamente e incrementalmente em pequenos passos. No entanto, a hipótese da evolução adaptativa exige mais. A ideia de que os organismos podem alterar seu próprio DNA em resposta às condições ambientais implica que esse processo ocorre voluntariamente de forma controlada. No entanto, a adaptação nem sempre ocorre voluntariamente, e tal compreensão torna-se difícil de aceitar ao atribuir funções cognitivas de nível superior, como escolher, vontade e tomada de decisão, a células e moléculas. Portanto, é necessária uma abordagem mais naturalista. O panpsiquismo pode assumir muitas formas, como o panpsiquismo dualista ou o panpsiquismo idealista. Sugiro o panpsiquismo de dois aspectos como uma versão inteiramente naturalista desse conceito. De acordo com isso, a mentalidade e a fisicalidade são dois aspectos da mesma coisa ou substância. Assim como não há causalidade mental do mental para o físico, não há causalidade física do físico para o mental. Existem processos ou eventos que se manifestam como acontecimentos físicos quando observados de fora e como acontecimentos mentais quando experimentados de dentro. Junto com uma interpretação do panpsiquismo de dois aspectos que seja compatível com o fisicalismo, quando aceitamos que a maneira mais plausível de estender a mentalidade a todas as entidades reais é pensar nela como intencionalidade, pode ficar ainda mais fácil situar a evolução adaptativa dentro de um quadro naturalista. As mutações não aleatórias não ocorrem como atos mentais de escolha, mas surgem do comportamento do organismo estar sobre ou dirigido para condições ambientais seletivas com o propósito de garantir a sobrevivência. O artigo consiste em duas partes principais. A primeira parte busca estabelecer a possibilidade de que algumas mutações podem não ser aleatórias com base científica-filosófica. A segunda parte visa mostrar a compatibilidade dessa possibilidade com o panpsiquismo de dois aspectos. Como resultado, espera-se que uma interpretação aceitável da teoria evolutiva, combinada com uma interpretação naturalista do panpsiquismo, resulte em uma síntese frutífera que explica as ações aparentemente intencionais de células e organismos.",
    url = "https://doi.org/10.14395/hid.1521378",
    doi = "10.14395/hid.1521378",
    openalex = "W4405793730",
    references = "doi101007978303122028911"
}

A biologia evolutiva foi anteriormente considerada uma ciência histórica, com previsões sobre trajetórias evolutivas acreditadas serem quase impossíveis. O desenvolvimento de tecnologias de sequenciamento de alto rendimento e análise de dados desafiou essa crença e forneceu uma abundância de dados que geram insights novos sobre processos evolutivos. Previsões evolutivas estão agora cada vez mais sendo utilizadas para desenvolver conhecimento fundamental sobre sistemas em evolução e/ou para demonstrar controle evolutivo. Aqui investigamos os fatores que tornam a repetibilidade evolutiva mais ou menos provável de aumentar a precisão das previsões evolutivas. Identificamos questões em aberto e fornecemos um ponto de partida potencial para determinar como a repetibilidade evolutiva é afetada pela parentesco genético.

@article{doi103389fevo20241335452,
    author = "Pearless, Stella M. e Freed, Nikki E.",
    title = "Desvendando os fatores da repetibilidade evolutiva: insights e perspectivas sobre a previsibilidade na biologia evolutiva",
    year = "2024",
    journal = "Frontiers in Ecology and Evolution",
    abstract = "A biologia evolutiva foi anteriormente considerada uma ciência histórica, com previsões sobre trajetórias evolutivas acreditadas serem quase impossíveis. O desenvolvimento de tecnologias de sequenciamento de alto rendimento e análise de dados desafiou essa crença e forneceu uma abundância de dados que geram insights novos sobre processos evolutivos. Previsões evolutivas estão agora cada vez mais sendo utilizadas para desenvolver conhecimento fundamental sobre sistemas em evolução e/ou para demonstrar controle evolutivo. Aqui investigamos os fatores que tornam a repetibilidade evolutiva mais ou menos provável de aumentar a precisão das previsões evolutivas. Identificamos questões em aberto e fornecemos um ponto de partida potencial para determinar como a repetibilidade evolutiva é afetada pela parentesco genético.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fevo.2024.1335452",
    doi = "10.3389/fevo.2024.1335452",
    openalex = "W4395036902",
    references = "doi101038nature04742, doi101038nrg2626, doi101038nrmicro3380, doi101093genetics14841667, doi101093oso97801985464120010001, doi101111evo14268, doi101111j1469185x201100216x, doi101126science959840, doi105860choice273873, doi105962bhltitle68064, doi107312simp92414"
}

@article{doi101093evolutqpaf036,
    author = "Bailey, Nick",
    title = "Passos em direção a uma genômica evolutiva unificada",
    year = "2025",
    journal = "Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1093/evolut/qpaf036",
    doi = "10.1093/evolut/qpaf036",
    openalex = "W4407796936",
    references = "doi101007978303122028911"
}