Tempo evolutivo

@article{openalexw2145250129,
    author = "Valen, Leigh Van",
    title = "A NEW EVOLUTIONARY LAW.",
    year = "1973",
    journal = "Medical Entomology and Zoology",
    openalex = "W2145250129"
}

A análise de rarefação de extinções no Permiano Tardio indica que até 96 por cento de todas as espécies marinhas podem ter se extinto, forçando assim a biosfera marinha a passar por um pequeno gargalo. Com tal severidade de extinção, a eliminação acidental de certos grupos biológicos teria sido provável. Algumas das mudanças na composição biológica observadas na fronteira Permiano-Triássica podem ser explicadas como um efeito fundador evolutivo que seguiu o gargalo.

@article{doi101126science2064415217,
    author = "Raup, David M.",
    title = "Tamanho do Permiano-Triássico Bottleneck e suas implicações evolutivas",
    year = "1979",
    journal = "Science",
    abstract = "A análise de rarefação de extinções no Permiano Tardio indica que até 96 por cento de todas as espécies marinhas podem ter se extinto, forçando assim a biosfera marinha a passar por um pequeno gargalo. Com tal severidade de extinção, a eliminação acidental de certos grupos biológicos teria sido provável. Algumas das mudanças na composição biológica observadas na fronteira Permiano-Triássica podem ser explicadas como um efeito fundador evolutivo que seguiu o gargalo.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.206.4415.217",
    doi = "10.1126/science.206.4415.217",
    openalex = "W2067885793",
    references = "doi101017s0094837300002633, doi101017s0094837300004917, doi101017s0094837300005972, doi101017s0094837300006539, doi101086282541, doi101086282781, doi101098rstb19250002, doi101126science17740541065, doi101126science2034379458, doi1023071934145, doi105281zenodo16226412, valentine1978a"
}

@article{doi101007bf01734359,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "Árvores evolutivas a partir de sequências de DNA: Uma abordagem de máxima verossimilhança",
    year = "1981",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf01734359",
    doi = "10.1007/bf01734359",
    openalex = "W2102424972",
    references = "doi101007bf01659159, doi101007bf01797451, doi101093sysbio223240, doi101093sysbio274401, doi101111j155856461965tb01722x, doi101111j251761611977tb01600x, doi101126science1553760279, doi101159000152448, doi1023072412810, doi1023072412923, openalexw2341059552, openalexw3141390961"
}

O tempo evolutivo tem uma direção característica, conforme demonstrado pela assimetria de diagramas de diversidade de clados em grandes amostras estatísticas. Grupos evolutivos geralmente concentram a diversidade durante suas histórias iniciais, produzindo uma predominância de clados com base pesada entre aqueles que surgem cedo na história de um grupo maior. Este padrão mantém-se através dos níveis taxonômicos e através das diferenças em anatomia e ecologia (invertebrados marinhos, mamíferos terrestres). O estudo quantitativo da direcionalidade na história da vida (substituindo noções vagas, não testáveis e culturalmente carregadas de "progresso") deve receber mais atenção dos paleobiologistas.

@article{doi101126science23648071437,
    author = "Gould, S J e Gilinsky, N L e German, R Z",
    title = "Asimetria de linhagens e a direção do tempo evolutivo.",
    year = "1987",
    journal = "Science (Nova York, N.Y.)",
    abstract = {O tempo evolutivo tem uma direção característica, conforme demonstrado pela assimetria de diagramas de diversidade de clados em grandes amostras estatísticas. Grupos evolutivos geralmente concentram a diversidade durante suas histórias iniciais, produzindo uma predominância de clados com base pesada entre aqueles que surgem cedo na história de um grupo maior. Este padrão mantém-se através dos níveis taxonômicos e através das diferenças em anatomia e ecologia (invertebrados marinhos, mamíferos terrestres). O estudo quantitativo da direcionalidade na história da vida (substituindo noções vagas, não testáveis e culturalmente carregadas de "progresso") deve receber mais atenção dos paleobiologistas.},
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17793231/",
    doi = "10.1126/science.236.4807.1437",
    openalex = "W1986740993",
    pmid = "17793231",
    references = "doi101017s009483730000508x, doi101017s0094837300008186, doi101038293435a0, doi101086627905, doi101093sysbio233305, doi101126science2064415217, doi1023072412538, doi1023072694382, openalexw2754161204, openalexw659460302"
}

@misc{gould1987asymmetry1,
    author = "Gould, S. J. e Gilinsky, N. L. e German, R. Z",
    title = "Assimetria de linhagens e as direções do tempo evolutivo",
    year = "1987",
    howpublished = "Science, v. 236, p. 1437-1441",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gould, S. J., Gilinsky, N. L., e German, R. Z., 1987, Assimetria de linhagens e as direções do tempo evolutivo: Science, v. 236, p. 1437-1441.}"
}

Disparidade é uma medida da amplitude ou significância da morfologia em uma amostra dada de organismos, ao contrário da diversidade, que é expressa em termos do número (e, às vezes, classificação) de táxons. Atualmente, não há uma definição acordada de disparidade, muito menos qualquer consenso sobre como medi-la. Duas categorias possíveis de métricas são consideradas aqui, uma independente de qualquer hipótese de relacionamento (fenética), a outra restrita dentro de um quadro evolutivo (cladística). A radiação cambriana inicial foi claramente um período de diversificação morfológica e taxonômica significativa. No entanto, questionamos a interpretação de seus primeiros produtos de geração como numerosos planos corporais no nível mais alto. Quatro medidas fenéticas e duas cladísticas foram usadas para comparar a disparidade entre artrópodes cambrianos com a da fauna viva. Métodos fenéticos que avaliam a variabilidade de estados de caráter e a quantidade de espaço de atributos morfológicos ocupados produzem resultados semelhantes para artrópodes cambrianos e recentes. Avaliações de disparidade dentro de um quadro taxonômico dependem da identificação de caracteres particulares que delimitam planos corporais de nível superior. Isso requer uma interpretação filogenética, uma investigação cladística da estrutura hierárquica nos dados. Ambos os conjuntos de artrópodes pertencem aos mesmos clados principais, e dentro deste quadro cladístico, a quantidade de evolução de estados de caráter nos dois grupos é comparável. Nenhum desses métodos identifica disparidade marcadamente maior entre os cambrianos em comparação com os táxons recentes. Embora as medidas de disparidade sejam aplicadas aqui a uma consideração da radiação cambriana, as métricas claramente têm um potencial muito mais amplo para estimar tendências macroevolutivas independentemente de quadros taxonômicos existentes. A morfometria geométrica é ideal para medir a variedade morfológica em níveis taxonômicos mais baixos, mas requer o reconhecimento de pontos de referência homólogos em todas as formas em comparação, ou a identificação de estruturas homólogas inteiras. A fenética convencional tem aplicação muito mais ampla, pois pode operar em dados codificados como estados de caráter homólogos discretos (esta facilidade também é um requisito da cladística), que são uma base mais apropriada para comparar disparidade em formas marcadamente diferentes.

@article{doi101017s009483730001263x,
    author = "Wills, Matthew A. and Briggs, Derek E. G. and Fortey, Richard A.",
    title = "Disparidade como um índice evolutivo: uma comparação de artrópodes cambrianos e recentes",
    year = "1994",
    journal = "Paleobiologia",
    abstract = "Disparidade é uma medida da amplitude ou significância da morfologia em uma amostra dada de organismos, ao contrário da diversidade, que é expressa em termos do número (e, às vezes, classificação) de táxons. Atualmente, não há uma definição acordada de disparidade, muito menos qualquer consenso sobre como medi-la. Duas categorias possíveis de métricas são consideradas aqui, uma independente de qualquer hipótese de relacionamento (fenética), a outra restrita dentro de um quadro evolutivo (cladística). A radiação cambriana inicial foi claramente um período de diversificação morfológica e taxonômica significativa. No entanto, questionamos a interpretação de seus primeiros produtos de geração como numerosos planos corporais no nível mais alto. Quatro medidas fenéticas e duas cladísticas foram usadas para comparar a disparidade entre artrópodes cambrianos com a da fauna viva. Métodos fenéticos que avaliam a variabilidade de estados de caráter e a quantidade de espaço de atributos morfológicos ocupados produzem resultados semelhantes para artrópodes cambrianos e recentes. Avaliações de disparidade dentro de um quadro taxonômico dependem da identificação de caracteres particulares que delimitam planos corporais de nível superior. Isso requer uma interpretação filogenética, uma investigação cladística da estrutura hierárquica nos dados. Ambos os conjuntos de artrópodes pertencem aos mesmos clados principais, e dentro deste quadro cladístico, a quantidade de evolução de estados de caráter nos dois grupos é comparável. Nenhum desses métodos identifica disparidade marcadamente maior entre os cambrianos em comparação com os táxons recentes. Embora as medidas de disparidade sejam aplicadas aqui a uma consideração da radiação cambriana, as métricas claramente têm um potencial muito mais amplo para estimar tendências macroevolutivas independentemente de quadros taxonômicos existentes. A morfometria geométrica é ideal para medir a variedade morfológica em níveis taxonômicos mais baixos, mas requer o reconhecimento de pontos de referência homólogos em todas as formas em comparação, ou a identificação de estruturas homólogas inteiras. A fenética convencional tem aplicação muito mais ampla, pois pode operar em dados codificados como estados de caráter homólogos discretos (esta facilidade também é um requisito da cladística), que são uma base mais apropriada para comparar disparidade em formas marcadamente diferentes.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s009483730001263x",
    doi = "10.1017/s009483730001263x",
    openalex = "W2131955742",
    references = "crossref1977chapter, doi101007bf02289565, doi101007bf02289630, doi101007bf02289694, doi101017s0094837300015864, doi101093biomet5334325, doi101098rstb19810007, doi101098rstb19830020, doi101098rstb19850005, doi101111j155856461982tb05453x, doi10113719781611970319, doi101144gsjgs14940631, doi1023072288218, doi1023072346439, doi103133ofr81743, doi105281zenodo16435756, doi105860choice273873, openalexw2754161204, openalexw2944885317"
}

As filogenias reconstruídas a partir de táxons contemporâneos não contêm informações sobre linhagens que se extinguiram. Derivamos modelos de probabilidade para tais filogenias, permitindo que dados reais sejam comparados com modelos nulos especificados de evolução, e que as taxas de nascimento e morte de linhagens sejam estimadas.

@article{doi101098rstb19940068,
    author = "Nee, Sean e May, Robert M. e Harvey, Paul",
    title = "O processo evolutivo reconstruído",
    year = "1994",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "As filogenias reconstruídas a partir de táxons contemporâneos não contêm informações sobre linhagens que se extinguiram. Derivamos modelos de probabilidade para tais filogenias, permitindo que dados reais sejam comparados com modelos nulos especificados de evolução, e que as taxas de nascimento e morte de linhagens sejam estimadas.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1994.0068",
    doi = "10.1098/rstb.1994.0068",
    openalex = "W2154552181",
    references = "doi101086627905"
}

Tendências evolutivas em grande escala podem resultar de forças impulsionadoras ou de difusão passiva em espaços delimitados. Tais tendências são mudanças direcionais persistentes em táxons superiores que abrangem períodos significativos de tempo geológico; exemplos incluem as tendências de longo prazo frequentemente citadas em tamanho, complexidade e aptidão na vida como um todo, bem como tendências em táxons supraspecíficos menores e tendências no espaço. Em uma tendência impulsionada, a média da distribuição aumenta devido a uma força (que pode se manifestar como um viés na direção da mudança) que atua sobre linhagens em todo o espaço em que ocorre a diversificação. Em um sistema passivo, não existe nenhuma força ou viés pervasivo, mas a média aumenta porque a mudança em uma direção é bloqueada por uma fronteira ou outra inhomogeneidade em alguma região limitada do espaço. Dois testes têm sido usados para distinguir esses mecanismos de tendência: (1) o teste baseado no comportamento do mínimo; e (2) o teste ancestral-descendente, baseado em comparações em uma amostra aleatória de pares ancestral-descendente que estão longe de qualquer limite inferior possível. Para distribuições assimétricas, um terceiro teste é introduzido aqui: (3) o teste de subclado, baseado na assimetria média de uma amostra de subclados retirados da cauda de uma distribuição terminal. Com certas restrições, um sistema é impulsionado se o mínimo aumenta, se os aumentos superam significativamente as diminuições entre pares ancestral-descendente, e se a assimetria média dos subclados é significativamente positiva. Um mecanismo passivo é mais difícil de demonstrar, mas é o mecanismo mais provável se as diminuições superarem os aumentos e se a assimetria média dos subclados for negativa. Diferentemente dos outros testes, o teste de subclado não requer filogenia detalhada ou séries temporais paleontológicas, mas apenas distribuições terminais (por exemplo, modernas). Simulações de Monte Carlo da diversificação de um clado são usadas para mostrar como o teste de subclado funciona. Nos casos empíricos examinados, os três testes deram resultados concordantes, sugerindo, primeiro, que eles funcionam, e, segundo, que os mecanismos passivos e impulsionados podem corresponder a categorias naturais de causas de tendências em grande escala.

@article{doi101111j155856461994tb02211x,
    author = "McShea, Daniel W.",
    title = "MECANISMOS DE TENDÊNCIAS EVOLUCIONÁrias EM GRANDE ESCALA",
    year = "1994",
    journal = "Evolução",
    abstract = "Tendências evolutivas em grande escala podem resultar de forças impulsionadoras ou de difusão passiva em espaços delimitados. Tais tendências são mudanças direcionais persistentes em táxons superiores que abrangem períodos significativos de tempo geológico; exemplos incluem as tendências de longo prazo frequentemente citadas em tamanho, complexidade e aptidão na vida como um todo, bem como tendências em táxons supraspecíficos menores e tendências no espaço. Em uma tendência impulsionada, a média da distribuição aumenta devido a uma força (que pode se manifestar como um viés na direção da mudança) que atua sobre linhagens em todo o espaço em que ocorre a diversificação. Em um sistema passivo, não existe nenhuma força ou viés pervasivo, mas a média aumenta porque a mudança em uma direção é bloqueada por uma fronteira ou outra inhomogeneidade em alguma região limitada do espaço. Dois testes têm sido usados para distinguir esses mecanismos de tendência: (1) o teste baseado no comportamento do mínimo; e (2) o teste ancestral-descendente, baseado em comparações em uma amostra aleatória de pares ancestral-descendente que estão longe de qualquer limite inferior possível. Para distribuições assimétricas, um terceiro teste é introduzido aqui: (3) o teste de subclado, baseado na assimetria média de uma amostra de subclados retirados da cauda de uma distribuição terminal. Com certas restrições, um sistema é impulsionado se o mínimo aumenta, se os aumentos superam significativamente as diminuições entre pares ancestral-descendente, e se a assimetria média dos subclados é significativamente positiva. Um mecanismo passivo é mais difícil de demonstrar, mas é o mecanismo mais provável se as diminuições superarem os aumentos e se a assimetria média dos subclados for negativa. Diferentemente dos outros testes, o teste de subclado não requer filogenia detalhada ou séries temporais paleontológicas, mas apenas distribuições terminais (por exemplo, modernas). Simulações de Monte Carlo da diversificação de um clado são usadas para mostrar como o teste de subclado funciona. Nos casos empíricos examinados, os três testes deram resultados concordantes, sugerindo, primeiro, que eles funcionam, e, segundo, que os mecanismos passivos e impulsionados podem corresponder a categorias naturais de causas de tendências em grande escala.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1994.tb02211.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1994.tb02211.x",
    openalex = "W1992960291",
    references = "doi101007bf00132234, doi101017s0022336000059126, doi101038365748a0, doi101111j109583121992tb00630x, doi1023072412538, doi1023073514444"
}

A hipótese de escalonamento afirma que inimigos-concorrentes, predadores e presas perigosas-são os agentes mais importantes da seleção natural entre organismos individuais, e que a adaptação e as respostas relacionadas a inimigos trouxeram tendências evolutivas de longo prazo na morfologia, comportamento e distribuição de organismos ao longo do Phanerozoico. Em contraste com esta visão de cima para baixo do papel dos organismos em determinar as direções da evolução, a hipótese de coevolução sustenta que duas espécies interagentes ou grupos de espécies mudam em resposta umas às outras. Reviso e avalio estas hipóteses à luz de críticas sobre a existência de tendências evolutivas e o papel das interações de espécies na evolução. Modelos que descrevem os efeitos evolutivos que os organismos têm uns sobre os outros têm sido baseados principalmente na dinâmica de populações e em análises de custo-benefício do resultado líquido das interações entre espécies. No entanto, as hipóteses de escalonamento e coevolução são afirmações sobre a natureza, frequência, causas e papel da seleção. Embora estes modelos tenham fornecido insights valiosos e tenham forçado algumas modificações nas hipóteses de escalonamento, estudos que buscam distinguir entre escalonamento e coevolução requerem observações empíricas e avaliações de custo-benefício dos eventos discretos de interação que coletivamente constituem a seleção causada por organismos.

@article{doi101146annureves25110194001251,
    author = "Vermeij, Geerat J.",
    title = "A INTERAÇÃO EVOLUTIVA ENTRE ESPÉCIES: Seleção, Escalonamento e Coevolução",
    year = "1994",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "A hipótese de escalonamento afirma que inimigos-concorrentes, predadores e presas perigosas-são os agentes mais importantes da seleção natural entre organismos individuais, e que a adaptação e as respostas relacionadas a inimigos trouxeram tendências evolutivas de longo prazo na morfologia, comportamento e distribuição de organismos ao longo do Phanerozoico. Em contraste com esta visão de cima para baixo do papel dos organismos em determinar as direções da evolução, a hipótese de coevolução sustenta que duas espécies interagentes ou grupos de espécies mudam em resposta umas às outras. Reviso e avalio estas hipóteses à luz de críticas sobre a existência de tendências evolutivas e o papel das interações de espécies na evolução. Modelos que descrevem os efeitos evolutivos que os organismos têm uns sobre os outros têm sido baseados principalmente na dinâmica de populações e em análises de custo-benefício do resultado líquido das interações entre espécies. No entanto, as hipóteses de escalonamento e coevolução são afirmações sobre a natureza, frequência, causas e papel da seleção. Embora estes modelos tenham fornecido insights valiosos e tenham forçado algumas modificações nas hipóteses de escalonamento, estudos que buscam distinguir entre escalonamento e coevolução requerem observações empíricas e avaliações de custo-benefício dos eventos discretos de interação que coletivamente constituem a seleção causada por organismos.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.es.25.110194.001251",
    doi = "10.1146/annurev.es.25.110194.001251",
    openalex = "W2112937332",
    references = "doi101017s0022336000059126, doi101017s0094837300011350, doi101017s0094837300012793, doi101017s0094837300013920, doi101111j155856461959tb03005x"
}

@article{doi101038374227a0,
    author = "Szathmáry, Eörs e Smith, John Maynard",
    title = "As principais transições evolutivas",
    year = "1995",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/374227a0",
    doi = "10.1038/374227a0",
    openalex = "W2058598267",
    references = "doi10100797836427811004, doi101007bf00450633, doi101007bf00623322, doi1010160022519364900384, doi101016s0022519389801699, doi101017s0140525x00081061, doi101038371215a0, doi101111j155856461995tb04464x, doi101128mr5244524841988, doi1015159781400820108, doi1015159781400858712, doi1023072063069, doi1023072576242, doi107312rens91062, openalexw2624262714"
}

Propõe-se um novo método para estimar tempos de divergência quando as taxas evolutivas variam entre linhagens. O método, chamado de suavização de taxa não paramétrica (NPRS), baseia-se na minimização de mudanças locais de taxa ancestral-descendente e é motivado pela probabilidade de que as taxas evolutivas sejam autocorrelacionadas no tempo. Informações fósseis relativas às idades mínimas e/ou máximas de nós em uma filogenia são incorporadas aos algoritmos por meio de técnicas de otimização restrita. A precisão da NPRS foi examinada por comparação com um método baseado em relógio de máxima verossimilhança em simulações computacionais. A NPRS fornece estimativas mais precisas de tempos de divergência quando (1) os comprimentos das sequências são suficientemente longos, (2) as taxas são verdadeiramente não relógio e (3) as taxas são moderadamente a altamente autocorrelacionadas no tempo. Os algoritmos foram aplicados para estimar tempos de divergência em plantas com sementes com base em dados do gene rbcL do cloroplasto. Tanto os métodos NPRS restritos quanto não restritos tenderam a produzir estimativas de tempo de divergência mais consistentes com as evidências paleobotânicas do que as estimativas baseadas em relógio.

@article{doi101093oxfordjournalsmolbeva025731,
    author = "Sanderson, Michael J.",
    title = "A Nonparametric Approach to Estimating Divergence Times in the Absence of Rate Constancy",
    year = "1997",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "A new method for estimating divergence times when evolutionary rates are variable across lineages is proposed. The method, called nonparametric rate smoothing (NPRS), relies on minimization of ancestor-descendant local rate changes and is motivated by the likelihood that evolutionary rates are autocorrelated in time. Fossil information pertaining to minimum and/or maximum ages of nodes in a phylogeny is incorporated into the algorithms by constrained optimization techniques. The accuracy of NPRS was examined by comparison to a clock-based maximum-likelihood method in computer simulations. NPRS provides more accurate estimates of divergence times when (1) sequence lengths are sufficiently long, (2) rates are truly nonclocklike, and (3) rates are moderately to highly autocorrelated in time. The algorithms were applied to estimate divergence times in seed plants based on data from the chloroplast rbcL gene. Both constrained and unconstrained NPRS methods tended to produce divergence time estimates more consistent with paleobotanical evidence than did clock-based estimates.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a025731",
    doi = "10.1093/oxfordjournals.molbev.a025731",
    openalex = "W1964575260",
    references = "doi101007bf01797451, doi101126science2715248470, doi10113000917613198311503tdonag20co2"
}

@article{doi105860choice344488,
    title = "Paleobiologia evolutiva",
    year = "1997",
    journal = "Choice Reviews Online",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.34-4488",
    doi = "10.5860/choice.34-4488",
    openalex = "W4249025931"
}

@book{doi102307jctvjsf433,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "A Estrutura da Teoria Evolutiva",
    year = "2002",
    booktitle = "Harvard University Press eBooks",
    url = "https://doi.org/10.2307/j.ctvjsf433",
    doi = "10.2307/j.ctvjsf433",
    openalex = "W4300925890"
}

A identificação de propriedades gerais de radiações evolutivas tem sido dificultada pela falta de uma abordagem estatística e filogenética geral aplicável a diversos táxons. Apresentamos um quadro analítico comparativo para examinar padrões filogenéticos de diversificação e disparidade morfológica com dados de quatro táxons de lagartos iguanianos que exibem padrões substancialmente diferentes de evolução. Os táxons cuja diversificação ocorreu desproporcionalmente cedo em sua história evolutiva particionam mais de sua disparidade morfológica entre, em vez de dentro, subclados. Esta relação inversa entre o tempo de diversificação e a disparidade morfológica dentro de subclados pode ser uma característica geral que transcende as propriedades historicamente contingentes de diferentes radiações evolutivas.

@article{doi101126science1084786,
    author = "Harmon, Luke J. e Schulte, James A. e Larson, Allan e Losos, Jonathan B.",
    title = "Tempo e Modo de Radiação Evolutiva em Lagartos Iguanianos",
    year = "2003",
    journal = "Science",
    abstract = "A identificação de propriedades gerais de radiações evolutivas tem sido dificultada pela falta de uma abordagem estatística e filogenética geral aplicável a diversos táxons. Apresentamos um quadro analítico comparativo para examinar padrões filogenéticos de diversificação e disparidade morfológica com dados de quatro táxons de lagartos iguanianos que exibem padrões substancialmente diferentes de evolução. Os táxons cuja diversificação ocorreu desproporcionalmente cedo em sua história evolutiva particionam mais de sua disparidade morfológica entre, em vez de dentro, subclados. Esta relação inversa entre o tempo de diversificação e a disparidade morfológica dentro de subclados pode ser uma característica geral que transcende as propriedades historicamente contingentes de diferentes radiações evolutivas.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1084786",
    doi = "10.1126/science.1084786",
    openalex = "W2002820714",
    references = "doi101017s0094837300015864, doi101111j109583121996tb01693x, doi101146annurevecolsys281129"
}

@incollection{doi101007978366206278418,
    author = "Bown, Paul R. e Lees, Jackie A. e Young, J. R.",
    title = "Evolução e diversidade do nannoplâncton calcário ao longo do tempo",
    year = "2004",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-662-06278-4\_18",
    doi = "10.1007/978-3-662-06278-4\_18",
    openalex = "W138655657",
    references = "doi1010079789401149020, doi1010160011747167900654, doi1010160012825273900925, doi1010160031018291900753, doi101016s0012825200000374, doi101017cbo9780511628948, doi101017s0094837300013178, doi1010292001pa000623, doi101093oso97801985491780010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva026092, doi101126science1059412, doi101126science23547931156, doi101126science23648071437, doi101130spe332, doi101144gsjgs15420265, doi102110pec95040129, doi1023073515466, doi102687999013, gould1987asymmetry"
}

@article{doi101016jphysrep200704004,
    author = "Szabó, György e Fáth, Gábor",
    title = "Jogos evolutivos em grafos",
    year = "2007",
    journal = "Physics Reports",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.physrep.2007.04.004",
    doi = "10.1016/j.physrep.2007.04.004",
    openalex = "W1992195122",
    references = "doi1010160022519364900384, doi1010160022519364900396, doi101017cbo9780511806292, doi101038246015a0, doi10103830918, doi101038366223a0, doi101038nature00823, doi101038nature03607, doi101090mbk12132, doi101098rspa19270118, doi101103revmodphys65851, doi101103revmodphys7447, doi10111911934457, doi10111911986710, doi101126science16238591243, doi101126science2865439509, doi101126science7466396, doi1011370129022, doi101137s003614450342480, doi1015159780691213255, doi1015159780691213255004, doi1023072256497, doi1023072341823, doi102307257983, doi102307jctvjghw98, doi105962bhltitle27468, openalexw2040525210, openalexw2624262714"
}

@article{doi101016jtree200702010,
    author = "Després, Laurence e David, Jean‐Philippe e Gallet, Christiane",
    title = "A ecologia evolutiva da resistência de insetos a produtos químicos vegetais",
    year = "2007",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2007.02.010",
    doi = "10.1016/j.tree.2007.02.010",
    openalex = "W2029436323",
    references = "doi101016s0378111900005333, doi101111j13652583200400529x, doi101146annurevento47091201145121"
}

Este software de código aberto é escrito inteiramente na linguagem R e está disponível gratuitamente através da Comprehensive R Archive Network (CRAN) em http://cran.r-project.org/.

@article{doi101093bioinformaticsbtm538,
    author = "Harmon, Luke J. e Weir, Jason T. e Brock, Chad D. e Glor, Richard E. e Challenger, Wendell",
    title = "GEIGER: investigando radiações evolutivas",
    year = "2007",
    journal = "Bioinformatics",
    abstract = "Este software de código aberto é escrito inteiramente na linguagem R e está disponível gratuitamente através da Comprehensive R Archive Network (CRAN) em http://cran.r-project.org/.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm538",
    doi = "10.1093/bioinformatics/btm538",
    openalex = "W2117368100",
    references = "doi10103844766, doi101093oso97801985052350010001, doi101111j001438202001tb00826x"
}

A pesca seletiva por tamanho, onde os indivíduos grandes de uma espécie específica são preferencialmente capturados, é comum tanto em habitats marinhos quanto terrestres. A remoção preferencial de indivíduos maiores de uma espécie demonstrou ter um efeito negativo sobre sua demografia, história de vida e ecologia, e estudos empíricos estão cada vez mais documentando tais impactos. No entanto, determinar se as mudanças observadas representam uma resposta evolutiva ou plasticidade fenotípica continua sendo um desafio. Além disso, o problema não é reconhecido na maioria dos planos de gestão para peixes e invertebrados marinhos que ainda mandam uma restrição de tamanho mínimo. Usamos exemplos de habitats aquáticos e terrestres para ilustrar algumas das consequências biológicas da pesca seletiva por tamanho e discutir possíveis direções futuras de pesquisa, bem como mudanças na política de gestão necessárias para mitigar seus impactos biológicos negativos.

@article{doi101111j1365294x200703522x,
    author = "Fenberg, Phillip B. e Roy, Kaustuv",
    title = "Consequências ecológicas e evolutivas da pesca seletiva por tamanho: o quanto sabemos?",
    year = "2007",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "A pesca seletiva por tamanho, onde os indivíduos grandes de uma espécie específica são preferencialmente capturados, é comum tanto em habitats marinhos quanto terrestres. A remoção preferencial de indivíduos maiores de uma espécie demonstrou ter um efeito negativo sobre sua demografia, história de vida e ecologia, e estudos empíricos estão cada vez mais documentando tais impactos. No entanto, determinar se as mudanças observadas representam uma resposta evolutiva ou plasticidade fenotípica continua sendo um desafio. Além disso, o problema não é reconhecido na maioria dos planos de gestão para peixes e invertebrados marinhos que ainda mandam uma restrição de tamanho mínimo. Usamos exemplos de habitats aquáticos e terrestres para ilustrar algumas das consequências biológicas da pesca seletiva por tamanho e discutir possíveis direções futuras de pesquisa, bem como mudanças na política de gestão necessárias para mitigar seus impactos biológicos negativos.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-294x.2007.03522.x",
    doi = "10.1111/j.1365-294x.2007.03522.x",
    openalex = "W2139419519",
    references = "doi101017s0022336000059126"
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@article{doi101111j15585646200700129x,
    author = "Hunt, G.",
    title = "DIVERGÊNCIA EVOLUTIVA EM DIREÇÕES DE ALTA VARIÂNCIA FENOTÍPICA NO GÊNERO DE OSTRÁCODOS POSEIDONAMICUS",
    year = "2007",
    journal = "Evolution; revista internacional de evolução orgânica",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/c8853205cef50626a90157a4927cf06a4364dc04",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.2007.00129.x",
    is_oa = "true",
    number = "7",
    pages = "1560-1576",
    semanticscholar_citation_count = "120",
    semanticscholar_id = "c8853205cef50626a90157a4927cf06a4364dc04",
    volume = "61"
}

A evolução pode ser dominada por fatores bióticos, como no modelo da Rainha Vermelha, ou por fatores abióticos, como no modelo do Palhaço do Tribunal, ou por uma mistura de ambos. Os dois modelos parecem operar predominantemente em escalas geográficas e temporais diferentes: a competição, a predação e outros fatores bióticos moldam ecossistemas localmente e em intervalos de tempo curtos, mas fatores extrínsecos, como o clima e eventos oceanográficos e tectônicos, moldam padrões em larga escala regional e globalmente, ao longo de milhares e milhões de anos. Estudos paleobiológicos sugerem que a diversidade de espécies é impulsionada em grande parte por fatores abióticos, como clima, paisagem ou suprimento de alimentos, e abordagens filogenéticas comparativas oferecem novas perspectivas sobre a dinâmica de clados.

@article{doi101126science1157719,
    author = "Benton, Michael J.",
    title = "A Rainha Vermelha e o Palhaço do Tribunal: Diversidade de Espécies e o Papel de Fatores Bióticos e Abióticos ao Longo do Tempo",
    year = "2009",
    journal = "Science",
    abstract = "A evolução pode ser dominada por fatores bióticos, como no modelo da Rainha Vermelha, ou por fatores abióticos, como no modelo do Palhaço do Tribunal, ou por uma mistura de ambos. Os dois modelos parecem operar predominantemente em escalas geográficas e temporais diferentes: a competição, a predação e outros fatores bióticos moldam ecossistemas localmente e em intervalos de tempo curtos, mas fatores extrínsecos, como o clima e eventos oceanográficos e tectônicos, moldam padrões em larga escala regional e globalmente, ao longo de milhares e milhões de anos. Estudos paleobiológicos sugerem que a diversidade de espécies é impulsionada em grande parte por fatores abióticos, como clima, paisagem ou suprimento de alimentos, e abordagens filogenéticas comparativas oferecem novas perspectivas sobre a dinâmica de clados.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1157719",
    doi = "10.1126/science.1157719",
    openalex = "W2092302011",
    references = "doi101017s0094837300008186, doi101073pnas092150999, doi101098rspb20080715, doi101111j14754983200600611x, doi101111j14754983200600612x, doi101111j15585646200800317x, doi101126science1130880, doi101126science1156963, doi101126science1161833, doi101126science7701342, doi1016710272463420010210172dteotr20co2"
}

Organismos estreitamente relacionados geralmente ocupam nichos ecológicos semelhantes, levando a intensa competição e até extinção. Tal competição também pode promover rápida evolução fenotípica e divergência ecológica. Este processo pode terminar com a ocupação estável de nichos distintos ou, alternativamente, pode envolver episódios repetidos de evolução. Aqui, examinamos duas linhagens de Escherichia coli, chamadas L e S, que coexistiram por mais de 30.000 gerações após divergirem de um ancestral comum. Ambas as linhagens sofreram evolução fenotípica sustentada com base em perfis de transcrição global e utilização de recursos, com L parecendo, ao longo do tempo, invadir o perfil catabólico de S. Experimentos de invasão recíproca com clones de L e S da mesma ou de gerações diferentes revelaram mudanças evolutivas em sua interação, incluindo uma assimetria que confirmou a invasão de L no nicho da linhagem de S. Em geral, clones de L e S da mesma geração mostraram efeitos dependentes da frequência negativos, consistentes com coexistência estável. No entanto, clones de L podiam invadir clones de S de gerações anteriores e posteriores, enquanto clones de S podiam invadir apenas clones de L de gerações anteriores. Neste sistema, a coexistência de longo prazo de linhagens competidoras evidentemente dependeu de rodadas sucessivas de evolução, em vez de divergência inicial seguida por um equilíbrio estático.

@article{doi101073pnas1207091109,
    author = "Gac, Mickael Le e Plucain, Jessica e Hindré, T. e Lenski, R. e Schneider, D.",
    title = "Dinâmicas ecológicas e evolutivas de linhagens coexistentes durante um experimento de longo prazo com Escherichia coli",
    year = "2012",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Organismos estreitamente relacionados geralmente ocupam nichos ecológicos semelhantes, levando a intensa competição e até extinção. Tal competição também pode promover rápida evolução fenotípica e divergência ecológica. Este processo pode terminar com a ocupação estável de nichos distintos ou, alternativamente, pode envolver episódios repetidos de evolução. Aqui, examinamos duas linhagens de Escherichia coli, chamadas L e S, que coexistiram por mais de 30.000 gerações após divergirem de um ancestral comum. Ambas as linhagens sofreram evolução fenotípica sustentada com base em perfis de transcrição global e utilização de recursos, com L parecendo, ao longo do tempo, invadir o perfil catabólico de S. Experimentos de invasão recíproca com clones de L e S da mesma ou de gerações diferentes revelaram mudanças evolutivas em sua interação, incluindo uma assimetria que confirmou a invasão de L no nicho da linhagem de S. Em geral, clones de L e S da mesma geração mostraram efeitos dependentes da frequência negativos, consistentes com coexistência estável. No entanto, clones de L podiam invadir clones de S de gerações anteriores e posteriores, enquanto clones de S podiam invadir apenas clones de L de gerações anteriores. Neste sistema, a coexistência de longo prazo de linhagens competidoras evidentemente dependeu de rodadas sucessivas de evolução, em vez de divergência inicial seguida por um equilíbrio estático.",
    url = "https://www.pnas.org/content/pnas/109/24/9487.full.pdf",
    doi = "10.1073/pnas.1207091109",
    is_oa = "true",
    number = "24",
    pages = "9487-9492",
    semanticscholar_citation_count = "122",
    semanticscholar_id = "68d9f3e134c3433c12e2a64df3ee190fa3543955",
    volume = "109"
}

O impressionante corpo de trabalho sobre as transições evolutivas principais nas últimas 20 y exige uma reconstrução da teoria, embora permaneça uma abordagem 2D (evolução de sistemas informacionais e transições na individualidade). Avanços significativos incluem o conceito de transições fraternas e igualitárias (unidades de nível inferior iguais e diferentes, respectivamente). A seleção multinível, primeiro sem, depois com, os coletivos em foco é um importante mecanismo explicativo. As transições são decompostas em fases de origem, manutenção e transformação (ou seja, evolução adicional) das unidades de nível superior, o que ajuda a reduzir o número de transições na lista revisada em duas, tornando-a menos top-heavy. Após a transição, as unidades mostram forte cooperação e conflito realizado muito limitado. As origens das células, o surgimento do código genético e da tradução, a evolução da célula eucariótica, a multicelularidade e a origem de grupos humanos com linguagem são reconsideradas em algum detalhe à luz de novos dados e considerações. São dados argumentos de por que o sexo não está na lista revisada como uma transição separada. Algumas das transições podem ser recursivas (por exemplo, plastos, multicelularidade) ou limitadas (transições que compartilham as características usuais de transições principais sem um impacto filogenético massivo, como os micro- e macronúcleos em ciliados). Durante as transições, novas unidades de reprodução emergem, e o estabelecimento de tais unidades requer alta fidelidade de reprodução (em oposição à mera replicação).

@article{doi101073pnas1421398112,
    author = "Szathmáry, Eörs",
    title = "Em direção à teoria 2.0 das transições evolutivas principais",
    year = "2015",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "O impressionante corpo de trabalho sobre as transições evolutivas principais nas últimas 20 y exige uma reconstrução da teoria, embora permaneça uma abordagem 2D (evolução de sistemas informacionais e transições na individualidade). Avanços significativos incluem o conceito de transições fraternas e igualitárias (unidades de nível inferior iguais e diferentes, respectivamente). A seleção multinível, primeiro sem, depois com, os coletivos em foco é um importante mecanismo explicativo. As transições são decompostas em fases de origem, manutenção e transformação (ou seja, evolução adicional) das unidades de nível superior, o que ajuda a reduzir o número de transições na lista revisada em duas, tornando-a menos top-heavy. Após a transição, as unidades mostram forte cooperação e conflito realizado muito limitado. As origens das células, o surgimento do código genético e da tradução, a evolução da célula eucariótica, a multicelularidade e a origem de grupos humanos com linguagem são reconsideradas em algum detalhe à luz de novos dados e considerações. São dados argumentos de por que o sexo não está na lista revisada como uma transição separada. Algumas das transições podem ser recursivas (por exemplo, plastos, multicelularidade) ou limitadas (transições que compartilham as características usuais de transições principais sem um impacto filogenético massivo, como os micro- e macronúcleos em ciliados). Durante as transições, novas unidades de reprodução emergem, e o estabelecimento de tais unidades requer alta fidelidade de reprodução (em oposição à mera replicação).",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1421398112",
    doi = "10.1073/pnas.1421398112",
    openalex = "W2158225543",
    references = "doi101002anie201204968, doi101002sici1520660219981127aidinbi430co26, doi101038280445a0, doi101093acprofosobl97801995520470010001, doi101098rstb20090095, doi1011861745615071, nunney1985group"
}

A evolução da vida na Terra tem sido impulsionada por um pequeno número de transições evolutivas principais. Essas transições têm sido caracterizadas por indivíduos que anteriormente podiam se replicar independentemente, cooperando para formar uma nova forma de vida mais complexa. Por exemplo, arqueias e eubactérias formaram células eucarióticas, e células formaram organismos multicelulares. No entanto, nem todos os grupos cooperativos estão a caminho de transições principais. Como podemos explicar por que transições evolutivas principais ocorreram ou não ocorreram em diferentes ramos da árvore da vida? Dividimos as transições principais em dois passos: a formação de um grupo cooperativo e a transformação desse grupo em uma entidade integrada. Mostramos como esses passos requerem cooperação, divisão do trabalho, comunicação, dependência mútua e conflito insignificante dentro do grupo. Descobrimos que certas condições ecológicas e as formas como os grupos se formaram desempenharam papéis recorrentes na impulsionamento de múltiplas transições. Em contraste, descobrimos que outros fatores desempenharam papéis relativamente menores em muitos pontos-chave, como discriminação de parentesco dentro do grupo e mecanismos para ativamente reprimir a competição. De forma mais geral, ao identificar o pequeno número de fatores que impulsionaram transições principais, fornecemos uma descrição mais simples e unificada de como a vida na Terra evoluiu.

@article{doi101073pnas1421402112,
    author = "West, Stuart A. e Fisher, Roberta M. e Gardner, Andy e Kiers, E. Toby",
    title = "Transições evolutivas principais na individualidade",
    year = "2015",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "A evolução da vida na Terra tem sido impulsionada por um pequeno número de transições evolutivas principais. Essas transições têm sido caracterizadas por indivíduos que anteriormente podiam se replicar independentemente, cooperando para formar uma nova forma de vida mais complexa. Por exemplo, arqueias e eubactérias formaram células eucarióticas, e células formaram organismos multicelulares. No entanto, nem todos os grupos cooperativos estão a caminho de transições principais. Como podemos explicar por que transições evolutivas principais ocorreram ou não ocorreram em diferentes ramos da árvore da vida? Dividimos as transições principais em dois passos: a formação de um grupo cooperativo e a transformação desse grupo em uma entidade integrada. Mostramos como esses passos requerem cooperação, divisão do trabalho, comunicação, dependência mútua e conflito insignificante dentro do grupo. Descobrimos que certas condições ecológicas e as formas como os grupos se formaram desempenharam papéis recorrentes na impulsionamento de múltiplas transições. Em contraste, descobrimos que outros fatores desempenharam papéis relativamente menores em muitos pontos-chave, como discriminação de parentesco dentro do grupo e mecanismos para ativamente reprimir a competição. De forma mais geral, ao identificar o pequeno número de fatores que impulsionaram transições principais, fornecemos uma descrição mais simples e unificada de como a vida na Terra evoluiu.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1421402112",
    doi = "10.1073/pnas.1421402112",
    openalex = "W2160332754",
    references = "doi101098rstb20090095, doi101111j14209101200801681x, doi101146annurevecolsys36102403114735"
}

A evolução da eusocialidade é uma das principais transições na evolução, mas as mudanças genômicas subjacentes são desconhecidas. Comparamos os genomas de 10 espécies de abelhas que variam em complexidade social, representando múltiplas transições independentes na evolução social, e relatamos três principais descobertas. Primeiro, muitos genes importantes mostram evidências de evolução neutra como consequência da seleção relaxada com o aumento da complexidade social. Segundo, não existe um único mapa para a eusocialidade; transições evolutivas independentes na socialidade têm bases genéticas independentes. Terceiro, embora claramente independentes em detalhes, essas transições possuem características gerais semelhantes, incluindo um aumento na evolução de proteínas restrita acompanhada por aumentos no potencial de regulação gênica e diminuições na diversidade e abundância de elementos transponíveis. A eusocialidade pode surgir através de diferentes mecanismos a cada vez, mas provavelmente sempre envolveria um aumento na complexidade das redes gênicas.

@article{doi101126scienceaaa4788,
    author = "Kapheim, Karen M. e Pan, Hailin e Li, Cai e Salzberg, Steven L. e Puiu, Daniela e Magoč, Tanja e Robertson, Hugh M. e Hudson, Matthew E. e Venkat, Aarti e Fischman, Brielle J. e Hernández, Álvaro González e Yandell, Mark e Ence, Daniel e Holt, Carson e Yocum, George D. e Kemp, William P. e Bosch, Jordi e Waterhouse, Robert M. e Zdobnov, Evgeny M. e Stolle, Eckart e Kraus, Frank Bernhard e Helbing, Sophie e Moritz, Robin F. A. e Glastad, Karl M. e Hunt, Brendan G. e Goodisman, Michael A. D. e Hauser, Frank e Grimmelikhuijzen, Cornelis J.P. e Pinheiro, Daniel Guariz e Nunes, Francis Morais Franco e Soares, Michelle Prioli Miranda e Tanaka, Erica D. e Simões, Zilá Luz Paulino e Hartfelder, Klaus e Evans, Jay D. e Barribeau, Seth M. e Johnson, Reed M. e Massey, Jonathan H. e Southey, Bruce R. e Hasselmann, Martin e Hamacher, Daniel e Biewer, Matthias e Kent, Clement F. e Zayed, Amro e Blatti, Charles e Sinha, Saurabh e Johnston, J. Spencer e Hanrahan, Shawn J. e Kocher, Sarah D. e Wang, Jun e Robinson, Gene E. e Zhang, Guojie",
    title = "Assinaturas genômicas de transições evolutivas de vida solitária para vida em grupo",
    year = "2015",
    journal = "Science",
    abstract = "A evolução da eusocialidade é uma das principais transições na evolução, mas as mudanças genômicas subjacentes são desconhecidas. Comparamos os genomas de 10 espécies de abelhas que variam em complexidade social, representando múltiplas transições independentes na evolução social, e relatamos três principais descobertas. Primeiro, muitos genes importantes mostram evidências de evolução neutra como consequência da seleção relaxada com o aumento da complexidade social. Segundo, não existe um único mapa para a eusocialidade; transições evolutivas independentes na socialidade têm bases genéticas independentes. Terceiro, embora claramente independentes em detalhes, essas transições possuem características gerais semelhantes, incluindo um aumento na evolução de proteínas restrita acompanhada por aumentos no potencial de regulação gênica e diminuições na diversidade e abundância de elementos transponíveis. A eusocialidade pode surgir através de diferentes mecanismos a cada vez, mas provavelmente sempre envolveria um aumento na complexidade das redes gênicas.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.aaa4788",
    doi = "10.1126/science.aaa4788",
    openalex = "W1592395964",
    references = "doi101016jbbapap201006012"
}

@article{doi101007s1053901695422,
    author = "Doolittle, W. Ford e Booth, Austin",
    title = "It's the song, not the singer: uma exploração da holobiose e da teoria evolutiva",
    year = "2016",
    journal = "Biology \& Philosophy",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10539-016-9542-2",
    doi = "10.1007/s10539-016-9542-2",
    openalex = "W2530941327",
    references = "doi101093acprofosobl97801995520470010001"
}

@article{doi101007s1169201693890,
    author = "Gontier, Nathalie",
    title = "Introdução ao Editorial de Convidado: Padrões Evolutivos Convergentes na Vida e na Cultura",
    year = "2016",
    journal = "Evolutionary Biology",
    url = "https://doi.org/10.1007/s11692-016-9389-0",
    doi = "10.1007/s11692-016-9389-0",
    openalex = "W2531608350",
    references = "doi10100797833191504517"
}

Matrizes de caracteres-taxon discretos estão cada vez mais sendo utilizadas na tentativa de compreender o padrão e o ritmo da evolução morfológica; no entanto, o refinamento metodológico e as implementações de software personalizadas têm ficado para trás. No presente estudo, faz-se uma tentativa de fornecer uma descrição de ponta das metodologias e introduzir um novo pacote R (Claddis) para realizar cálculos fundamentais de disparidade (diversidade morfológica) e taxa. Simulações usando suas funções principais mostram que: (1) das duas métricas de distância mais comumente utilizadas (Distância Euclidiana Generalizada e Coeficiente de Gower), esta última tende a preservar mais do sinal verdadeiro; (2) uma nova métrica de distância pode melhorar ainda mais a retenção do sinal; (3) essa retenção do sinal pode vir ao custo de eliminar táxons incompletos do conjunto de dados; e (4) a utilidade de gráficos bivariados de espaços de ordenação é minada por suas frequentemente extremamente baixas variâncias. Por contraste, os desafios para estimar o ritmo morfológico são apresentados qualitativamente, como a forma como as árvores são escalonadas no tempo e como as mudanças são contadas. Tanto a disparidade quanto as taxas merecem abordagens de séries temporais melhores que poderiam desbloquear novas análises macroevolutivas. No entanto, esses desafios não precisam ser fatais, e várias soluções e direções potenciais para o futuro são sugeridas.

@article{doi101111bij12746,
    author = "Lloyd, Graeme T.",
    title = "Estimando a diversidade morfológica e o ritmo com matrizes de caracteres-taxon discretos: implementação, desafios, progresso e direções futuras",
    year = "2016",
    journal = "Biological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Matrizes de caracteres-taxon discretos estão cada vez mais sendo utilizadas na tentativa de compreender o padrão e o ritmo da evolução morfológica; no entanto, o refinamento metodológico e as implementações de software personalizadas têm ficado para trás. No presente estudo, faz-se uma tentativa de fornecer uma descrição de ponta das metodologias e introduzir um novo pacote R (Claddis) para realizar cálculos fundamentais de disparidade (diversidade morfológica) e taxa. Simulações usando suas funções principais mostram que: (1) das duas métricas de distância mais comumente utilizadas (Distância Euclidiana Generalizada e Coeficiente de Gower), esta última tende a preservar mais do sinal verdadeiro; (2) uma nova métrica de distância pode melhorar ainda mais a retenção do sinal; (3) essa retenção do sinal pode vir ao custo de eliminar táxons incompletos do conjunto de dados; e (4) a utilidade de gráficos bivariados de espaços de ordenação é minada por suas frequentemente extremamente baixas variâncias. Por contraste, os desafios para estimar o ritmo morfológico são apresentados qualitativamente, como a forma como as árvores são escalonadas no tempo e como as mudanças são contadas. Tanto a disparidade quanto as taxas merecem abordagens de séries temporais melhores que poderiam desbloquear novas análises macroevolutivas. No entanto, esses desafios não precisam ser fatais, e várias soluções e direções potenciais para o futuro são sugeridas.",
    url = "https://doi.org/10.1111/bij.12746",
    doi = "10.1111/bij.12746",
    openalex = "W2280099985",
    references = "doi101016jcub201408034, doi101073pnas1302642110, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093biomet5234591, doi101093sysbio204406, doi101111brv12038, doi101111j10960031200800217x, doi101111j10963642200900571x, doi101111j2041210x201100169x, doi101111j2041210x201200223x, doi101111j251761611995tb02031x, doi101111pala12142, doi101126science1252243, doi101371journalpcbi1003537, doi101666009483731999251mditer20co2, doi1018637jssv022i04, doi1023072412116, doi102992014590582006371pon20co2, openalexw3217097258, openalexw586972754"
}

A assimetria craniana dos peixes-palhaço representa uma das inovações morfológicas mais notáveis entre os vertebrados e tem alimentado debates vigorosos sobre a maneira e a taxa na quais fenótipos divergentes surgem. Um resultado surpreendente de muitos estudos filogenéticos moleculares recentes é a falta de suporte para a monofilia dos peixes-palhaço, onde conjuntos de dados de DNA cada vez maiores, com até 23 loci, ou resultaram em um clado de peixes-palhaço fracamente suportado ou indicaram que o grupo é polifilético. A falta de resolução nas relações entre peixes-palhaço tem sido atribuída a limitações analíticas para lidar com processos como não-estacionaridade de nucleotídeos e ordenamento incompleto de linhagens (ILS). Abordamos este problema filogenético usando um conjunto de dados de sequências composto por mais de 1.000 loci de elementos de DNA ultraconservados (UCE) cobrindo 45 carangimorfos, o clado mais amplo contendo peixes-palhaço e várias outras linhagens especializadas, como remoras, peixes-palhaço e peixes-palhaço. Apresentamos uma filogenia baseada em loci UCE que inequivocamente suporta a monofilia dos peixes-palhaço e uma única origem da assimetria. Documentamos níveis similares de discordância entre loci UCE como em conjuntos de dados moleculares anteriores e menores. No entanto, as relações entre peixes-palhaço e carangimorfos recuperadas de análises concatenadas multilocus e de árvore de espécies dos nossos dados são robustas ao quadro analítico aplicado e ao tamanho da matriz de dados utilizada. Ao integrar os dados UCE com um rico registro fóssil, encontramos que os planos corporais mais distintos dos carangimorfos surgiram rapidamente durante o Paleogeno (66,0–23,03 Ma). Por exemplo, a assimetria dos peixes-palhaço provavelmente evoluiu ao longo de um intervalo de no máximo 2,97 milhões de anos. A incerteza de longa data nas hipóteses filogenéticas para peixes-palhaço e seus parentes carangimorfos destaca as limitações de conjuntos de dados moleculares menores quando aplicados a divergências sucessivas e rápidas. Aqui, recuperamos suporte significativo para a monofilia dos peixes-palhaço e as relações entre carangimorfos através da análise de mais de 1.000 loci UCE. A filogenia calibrada no tempo resultante aponta para divergência fenotípica precoce dentro da história dos carangimorfos que corresponde amplamente às previsões de modelos adaptativos de diversificação de linhagens.

@article{doi101186s128620160786x,
    author = "Harrington, R. e Faircloth, B. e Eytan, R. e Smith, W. e Near, T. e Alfaro, M. e Friedman, M.",
    title = "Análise filogenômica de peixes carangimorfos revela que a assimetria dos peixes-palhaço surgiu num piscar de olhos da evolução",
    year = "2016",
    journal = "BMC Evolutionary Biology",
    abstract = "A assimetria craniana dos peixes-palhaço representa uma das inovações morfológicas mais notáveis entre os vertebrados e tem alimentado debates vigorosos sobre a maneira e a taxa na quais fenótipos divergentes surgem. Um resultado surpreendente de muitos estudos filogenéticos moleculares recentes é a falta de suporte para a monofilia dos peixes-palhaço, onde conjuntos de dados de DNA cada vez maiores, com até 23 loci, ou resultaram em um clado de peixes-palhaço fracamente suportado ou indicaram que o grupo é polifilético. A falta de resolução nas relações entre peixes-palhaço tem sido atribuída a limitações analíticas para lidar com processos como não-estacionaridade de nucleotídeos e ordenamento incompleto de linhagens (ILS). Abordamos este problema filogenético usando um conjunto de dados de sequências composto por mais de 1.000 loci de elementos de DNA ultraconservados (UCE) cobrindo 45 carangimorfos, o clado mais amplo contendo peixes-palhaço e várias outras linhagens especializadas, como remoras, peixes-palhaço e peixes-palhaço. Apresentamos uma filogenia baseada em loci UCE que inequivocamente suporta a monofilia dos peixes-palhaço e uma única origem da assimetria. Documentamos níveis similares de discordância entre loci UCE como em conjuntos de dados moleculares anteriores e menores. No entanto, as relações entre peixes-palhaço e carangimorfos recuperadas de análises concatenadas multilocus e de árvore de espécies dos nossos dados são robustas ao quadro analítico aplicado e ao tamanho da matriz de dados utilizada. Ao integrar os dados UCE com um rico registro fóssil, encontramos que os planos corporais mais distintos dos carangimorfos surgiram rapidamente durante o Paleogeno (66,0–23,03 Ma). Por exemplo, a assimetria dos peixes-palhaço provavelmente evoluiu ao longo de um intervalo de no máximo 2,97 milhões de anos. A incerteza de longa data nas hipóteses filogenéticas para peixes-palhaço e seus parentes carangimorfos destaca as limitações de conjuntos de dados moleculares menores quando aplicados a divergências sucessivas e rápidas. Aqui, recuperamos suporte significativo para a monofilia dos peixes-palhaço e as relações entre carangimorfos através da análise de mais de 1.000 loci UCE. A filogenia calibrada no tempo resultante aponta para divergência fenotípica precoce dentro da história dos carangimorfos que corresponde amplamente às previsões de modelos adaptativos de diversificação de linhagens.",
    url = "https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s12862-016-0786-x",
    doi = "10.1186/s12862-016-0786-x",
    is_oa = "true",
    number = "1",
    semanticscholar_citation_count = "98",
    semanticscholar_id = "fba689bc183f88acbc28c2115005a9f0f2ed9dc8",
    volume = "16"
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@article{doi101038nature21074,
    author = "Cooney, Christopher R. e Bright, Jen A. e Capp, Elliot J. R. e Chira, Angela M. e Hughes, Emma C. e Moody, Christopher J. e Nouri, L. O. e Varley, Zoë K. e Thomas, Gavin H.",
    title = "Dinâmicas mega-evolutivas da radiação adaptativa de aves",
    year = "2017",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature21074",
    doi = "10.1038/nature21074",
    openalex = "W2585565608",
    references = "doi10100703064746897, doi101016c20100662092, doi101016jcub201508003, doi101038nature10516, doi101038nature11631, doi101038nature15697, doi101073pnas1302642110, doi101093molbevmss075, doi1011112041210x12035, doi101111j2041210x201100169x, doi101126science1157704, doi101126science1160662, doi1018637jssv033i02, doi105860choice485062"
}

@incollection{doi101007978331972478230,
    author = "Gontier, Nathalie",
    title = "Sobre Como a Epistemologia e a Ontologia Convergem Através da Evolução: A Abordagem Epistemológica Evolutiva Aplicada",
    year = "2018",
    booktitle = "«The» «frontiers collection",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-319-72478-2\_30",
    doi = "10.1007/978-3-319-72478-2\_30",
    openalex = "W2789395182",
    references = "doi10100797833191504517"
}

Borboletas e mariposas (Lepidoptera) são uma das principais superradiações de insetos, compreendendo quase 160.000 espécies descritas existentes. Como herbívoros, polinizadores e presas, os Lepidoptera desempenham um papel fundamental em quase todos os ecossistemas terrestres. Os Lepidoptera também são indicadores de mudanças ambientais e servem como modelos para pesquisas sobre mimetismo e genética. Eles têm sido centrais para o desenvolvimento de hipóteses de coevolução, como borboletas com plantas com flores e a corrida evolutiva das mariposas com morcegos ecolocalizadores. No entanto, essas hipóteses não foram rigorosamente testadas, porque falta uma filogenia robusta de lepidópteros e o momento de novidades evolutivas. Para abordar essas questões, inferimos uma filogenia abrangente de Lepidoptera, usando o maior conjunto de dados montado para a ordem (2.098 genes codificantes de proteínas ortólogos de transcriptomas de 186 espécies, representando quase todas as superfamílias), e datamos com fósseis baseados em sinapomorfias cuidadosamente avaliados. Os membros mais antigos do grupo coroa de Lepidoptera apareceram no Carbonífero Superior (∼300 Ma) e alimentaram-se de plantas terrestres não vasculares. Os Lepidoptera evoluíram a probóscide tubular no Triássico Médio (∼241 Ma), o que lhes permitiu adquirir néctar de plantas com flores. Essa inovação morfológica, juntamente com outras características, provavelmente promoveu a extraordinária diversificação dos grupos coroa de lepidópteros ao nível de superfamília. O ancestral das borboletas provavelmente era noturno, e nossos resultados indicam que as borboletas tornaram-se diurnas no Cretáceo Superior (∼98 Ma). Órgãos auditivos de mariposas surgiram múltiplas vezes antes da corrida evolutiva entre mariposas e morcegos, talvez inicialmente detectando uma ampla gama de frequências sonoras antes de serem cooptados para detectar especificamente o sonar de morcegos. Nosso estudo fornece uma estrutura essencial para futuros estudos comparativos sobre a evolução de borboletas e mariposas.

@article{doi101073pnas1907847116,
    author = "Kawahara, Akito Y. e Plotkin, David e Espeland, Marianne e Meusemann, Karen e Toussaint, Emmanuel F. A. e Donath, Alexander e Gimnich, France e Frandsen, Paul B. e Zwick, Andreas e dos Reis, Mario e Barber, Jesse R. e Peters, Ralph S. e Liu, Shanlin e Zhou, Xin e Mayer, Christoph e Podsiadłowski, Lars e Storer, Caroline e Yack, Jayne E. e Misof, Bernhard e Breinholt, Jesse W.",
    title = "Phylogenomics revela o momento evolutivo e o padrão de borboletas e mariposas",
    year = "2019",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Borboletas e mariposas (Lepidoptera) são uma das principais superradiações de insetos, compreendendo quase 160.000 espécies descritas existentes. Como herbívoros, polinizadores e presas, os Lepidoptera desempenham um papel fundamental em quase todos os ecossistemas terrestres. Os Lepidoptera também são indicadores de mudanças ambientais e servem como modelos para pesquisas sobre mimetismo e genética. Eles têm sido centrais para o desenvolvimento de hipóteses de coevolução, como borboletas com plantas com flores e a corrida evolutiva das mariposas com morcegos ecolocalizadores. No entanto, essas hipóteses não foram rigorosamente testadas, porque falta uma filogenia robusta de lepidópteros e o momento de novidades evolutivas. Para abordar essas questões, inferimos uma filogenia abrangente de Lepidoptera, usando o maior conjunto de dados montado para a ordem (2.098 genes codificantes de proteínas ortólogos de transcriptomas de 186 espécies, representando quase todas as superfamílias), e datamos com fósseis baseados em sinapomorfias cuidadosamente avaliados. Os membros mais antigos do grupo coroa de Lepidoptera apareceram no Carbonífero Superior (∼300 Ma) e alimentaram-se de plantas terrestres não vasculares. Os Lepidoptera evoluíram a probóscide tubular no Triássico Médio (∼241 Ma), o que lhes permitiu adquirir néctar de plantas com flores. Essa inovação morfológica, juntamente com outras características, provavelmente promoveu a extraordinária diversificação dos grupos coroa de lepidópteros ao nível de superfamília. O ancestral das borboletas provavelmente era noturno, e nossos resultados indicam que as borboletas tornaram-se diurnas no Cretáceo Superior (∼98 Ma). Órgãos auditivos de mariposas surgiram múltiplas vezes antes da corrida evolutiva entre mariposas e morcegos, talvez inicialmente detectando uma ampla gama de frequências sonoras antes de serem cooptados para detectar especificamente o sonar de morcegos. Nosso estudo fornece uma estrutura essencial para futuros estudos comparativos sobre a evolução de borboletas e mariposas.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1907847116",
    doi = "10.1073/pnas.1907847116",
    openalex = "W2982062771",
    references = "doi101073pnas1213621109, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093molbevmsm088, doi101093molbevmst010, doi101093molbevmsu300, doi101093molbevmsw260, doi101093molbevmsx281, doi101093nargkl315, doi101093sysbiosyq010, doi101098rspb20120683, doi101111evo12681, doi101111j155856461964tb01674x, doi101111j2041210x201100169x, doi101186s128590182129y"
}

O método comparativo tem sido por muito tempo uma ferramenta exploratória fundamental na biologia evolutiva, mas essa venerável abordagem foi revolucionada em 1985, quando Felsenstein publicou "Filogenias e o Método Comparativo" no The American Naturalist. Este artigo forçou biólogos comparativos a começar a pensar filogeneticamente ao realizar análises estatísticas da evolução de traços correlacionados, em vez de simplesmente aplicar métodos estatísticos convencionais que ignoram as relações evolutivas. Ele o fez introduzindo um novo método analítico (contrastes "independentes" filogeneticamente) que exigia uma topologia filogenética com comprimentos de ramos e que assumia um modelo de movimento browniano da evolução de traços. Os contrastes independentes permitiram aos biólogos comparativos evitar o dilema estatístico da não-independência dos valores das espécies, decorrente da ancestralidade compartilhada, mas vieram ao custo de precisar de uma filogenia detalhada e de aceitar um modelo específico de mudança de caracteres. No entanto, este artigo não apenas revitalizou a biologia comparativa, mas até incentivou estudos destinados a estimar filogenias. A declaração caracteristicamente lúcida e concisa do problema por Felsenstein (ilustrada com gráficos poderosos), combinada com uma crescente inundação de novos dados moleculares e técnicas para estimar filogenias, levou o artigo de 1985 de Felsenstein a se tornar o segundo artigo mais citado na história desta revista. Aqui apresentamos uma revisão pessoal da biologia comparativa antes, durante e após o artigo de Joe. Para contexto histórico, anexamos uma perspectiva escrita por Joe mesmo que descreve como seu artigo evoluiu, transcrições não editadas de revisões de seu manuscrito submetido e um guia para alguns cálculos não triviais. Esses materiais adicionais ajudam a enfatizar que o processo da ciência nem sempre ocorre gradualmente ou previsivelmente.

@article{doi101086703055,
    author = "Huey, Raymond B. e Garland, Theodore e Turelli, Michael",
    title = "Revisitando uma Inovação Chave na Biologia Evolutiva: Felsenstein's \"Filogenias e o Método Comparativo\"",
    year = "2019",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = {O método comparativo tem sido por muito tempo uma ferramenta exploratória fundamental na biologia evolutiva, mas essa venerável abordagem foi revolucionada em 1985, quando Felsenstein publicou "Filogenias e o Método Comparativo" no The American Naturalist. Este artigo forçou biólogos comparativos a começar a pensar filogeneticamente ao realizar análises estatísticas da evolução de traços correlacionados, em vez de simplesmente aplicar métodos estatísticos convencionais que ignoram as relações evolutivas. Ele o fez introduzindo um novo método analítico (contrastes "independentes" filogeneticamente) que exigia uma topologia filogenética com comprimentos de ramos e que assumia um modelo de movimento browniano da evolução de traços. Os contrastes independentes permitiram aos biólogos comparativos evitar o dilema estatístico da não-independência dos valores das espécies, decorrente da ancestralidade compartilhada, mas vieram ao custo de precisar de uma filogenia detalhada e de aceitar um modelo específico de mudança de caracteres. No entanto, este artigo não apenas revitalizou a biologia comparativa, mas até incentivou estudos destinados a estimar filogenias. A declaração caracteristicamente lúcida e concisa do problema por Felsenstein (ilustrada com gráficos poderosos), combinada com uma crescente inundação de novos dados moleculares e técnicas para estimar filogenias, levou o artigo de 1985 de Felsenstein a se tornar o segundo artigo mais citado na história desta revista. Aqui apresentamos uma revisão pessoal da biologia comparativa antes, durante e após o artigo de Joe. Para contexto histórico, anexamos uma perspectiva escrita por Joe mesmo que descreve como seu artigo evoluiu, transcrições não editadas de revisões de seu manuscrito submetido e um guia para alguns cálculos não triviais. Esses materiais adicionais ajudam a enfatizar que o processo da ciência nem sempre ocorre gradualmente ou previsivelmente.},
    url = "https://doi.org/10.1086/703055",
    doi = "10.1086/703055",
    openalex = "W2933507162",
    references = "doi101073pnas0704088104, doi101086660020, doi101086physzool67430163866, doi101093sysbiosyy031, doi101242jeb01745"
}

O processo contínuo de evolução do SARS-CoV-2 gerou várias variantes devido às suas mutações contínuas, tornando as pandemias mais críticas. O presente estudo ilustra a evolução do SARS-CoV-2 e suas mutações emergentes em cinco direções. Primeiro, as mutações significativas no genoma e na glicoproteína S foram analisadas em diferentes variantes. Três modelos lineares foram desenvolvidos com a linha de regressão para representar a carga mutacional para a glicoproteína S, genoma total excluindo a glicoproteína S e genoma completo. Segundo, a evolução continentais do SARS-CoV-2 e suas variantes, com seus clados e divergência, foram avaliadas. Mostrou a evolução por região das variantes do SARS-CoV-2 e seu evento de agrupamento. Os principais clados para cada variante foram identificados. Um exemplo é o clado 21K, um clado principal da variante Omicron. Terceiro, a dinâmica de linhagens e comparação entre linhagens de SARS-CoV-2 em diferentes países também são ilustradas, demonstrando variantes dominantes em vários países ao longo do tempo. Quarto, os padrões de mutação por gene e a variabilidade genética das variantes do SARS-CoV-2 em vários países são ilustrados. Padrões de alta mutação foram encontrados nos genes ORF10, ORF6, S, e padrão de baixa mutação no gene E. Finalmente, as mutações pontuais AA emergentes (T478K, L452R, N501Y, S477N, E484A, Q498R e Y505H), suas frequências e ocorrência por país foram identificadas, e o evento mais alto de duas mutações (T478K e L452R) foi observado.

@article{doi101007s1135702200619y,
    author = "Chakraborty, C. and Bhattacharya, M. and Sharma, A. R. and Dhama, K. and Lee, Sang-Soo",
    title = "Continent-wide evolutionary trends of emerging SARS-CoV-2 variants: dynamic profiles from Alpha to Omicron",
    year = "2022",
    journal = "GeroScience",
    abstract = "O processo contínuo de evolução do SARS-CoV-2 gerou várias variantes devido às suas mutações contínuas, tornando as pandemias mais críticas. O presente estudo ilustra a evolução do SARS-CoV-2 e suas mutações emergentes em cinco direções. Primeiro, as mutações significativas no genoma e na glicoproteína S foram analisadas em diferentes variantes. Três modelos lineares foram desenvolvidos com a linha de regressão para representar a carga mutacional para a glicoproteína S, genoma total excluindo a glicoproteína S e genoma completo. Segundo, a evolução continental do SARS-CoV-2 e suas variantes, com seus clados e divergência, foram avaliadas. Mostrou a evolução por região das variantes do SARS-CoV-2 e seu evento de agrupamento. Os principais clados para cada variante foram identificados. Um exemplo é o clado 21K, um clado principal da variante Omicron. Terceiro, a dinâmica de linhagens e comparação entre linhagens de SARS-CoV-2 em diferentes países também são ilustradas, demonstrando variantes dominantes em vários países ao longo do tempo. Quarto, os padrões de mutação por gene e a variabilidade genética das variantes do SARS-CoV-2 em vários países são ilustrados. Padrões de alta mutação foram encontrados nos genes ORF10, ORF6, S, e padrão de baixa mutação no gene E. Finalmente, as mutações pontuais AA emergentes (T478K, L452R, N501Y, S477N, E484A, Q498R e Y505H), suas frequências e ocorrência por país foram identificadas, e o evento mais alto de duas mutações (T478K e L452R) foi observado.",
    url = "https://link.springer.com/content/pdf/10.1007/s11357-022-00619-y.pdf",
    doi = "10.1007/s11357-022-00619-y",
    is_oa = "true",
    number = "5",
    pages = "2371-2392",
    semanticscholar_citation_count = "20",
    semanticscholar_id = "f62bf77d9714996231c7d496e675ce974c075ed9",
    volume = "44"
}

Introdução O tamanho corporal é uma característica fundamental dos organismos. No entanto, conforme o tamanho corporal e os contextos ecológicos mudam ao longo do tempo de desenvolvimento, a divergência evolutiva pode causar padrões inesperados de diversidade de tamanho corporal entre os estágios de desenvolvimento. Isso pode ser particularmente evidente em estágios de desenvolvimento polifenicos especializados para dispersão. A larva dauer é um desses estágios em nematoides, e as espécies de Caenorhabditis dispersam-se viajando em carreadores invertebrados. Aqui, descrevemos a morfologia de um estágio larval resistente ao estresse, semelhante a dauer, do nematoide Caenorhabditis inopinata, cujos adultos podem crescer para ser quase duas vezes mais longos que seu parente próximo, o organismo modelo C. elegans. Resultados Encontramos que um estágio larval semelhante a dauer, resistente ao estresse, em dois isolados de C. inopinata é em média 13% mais curto e 30% mais largo que as larvas dauer de C. elegans, apesar de seu estágio adulto muito mais longo. Além disso, muitas larvas semelhantes a dauer de C. inopinata estavam envoltas, uma possível novidade nesta linhagem reminiscente dos juvenis infectivos de nematoides parasitas. Também foi observada variação na frequência de formação de larvas semelhantes a dauer entre vinte e quatro isolados selvagens de C. inopinata, embora as frequências fossem baixas em todos os isolados (< 2%), com muitos isolados incapazes de produzir larvas semelhantes a dauer sob condições laboratoriais convencionais. Conclusão A maioria das espécies de Caenorhabditis prospera em plantas apodrecidas e dispersa-se em caracóis, lesmas ou isópodes (entre outros), enquanto C. inopinata é ecologicamente divergente e prospera em figos frescos de Ficus septica e dispersa-se em suas vespas polinizadoras. Embora exista algum fator desconhecido do ambiente do figo que promova tamanho corporal alongado em adultos de C. inopinata, o pequeno tamanho ou o histórico de vida único de sua vespa polinizadora do figo pode estar impulsionando a morfologia divergente de seus estágios larvais resistentes ao estresse. Uma caracterização mais detalhada do comportamento, desenvolvimento e morfologia deste estágio refinará as conexões com estágios de desenvolvimento homólogos em outras espécies e determinará se a divergência ecológica através de múltiplos estágios de desenvolvimento pode promover mudanças inesperadas e opostas nas dimensões do tamanho corporal dentro de uma única espécie.

@article{doi101186s4085002200131y,
    author = "Hammerschmith, Eric W. e Woodruff, Gavin C. e Moser, K. A. e Johnson, E. e Phillips, P.",
    title = "Mudanças na forma corporal específicas de estágio em direções opostas em um parente próximo de C. elegans",
    year = "2022",
    journal = "BMC Zoologia",
    abstract = "Introdução O tamanho corporal é uma característica fundamental dos organismos. No entanto, conforme o tamanho corporal e os contextos ecológicos mudam ao longo do tempo de desenvolvimento, a divergência evolutiva pode causar padrões inesperados de diversidade de tamanho corporal entre os estágios de desenvolvimento. Isso pode ser particularmente evidente em estágios de desenvolvimento polifenicos especializados para dispersão. A larva dauer é um desses estágios em nematoides, e as espécies de Caenorhabditis dispersam-se viajando em carreadores invertebrados. Aqui, descrevemos a morfologia de um estágio larval resistente ao estresse, semelhante a dauer, do nematoide Caenorhabditis inopinata, cujos adultos podem crescer para ser quase duas vezes mais longos que seu parente próximo, o organismo modelo C. elegans. Resultados Encontramos que um estágio larval semelhante a dauer, resistente ao estresse, em dois isolados de C. inopinata é em média 13% mais curto e 30% mais largo que as larvas dauer de C. elegans, apesar de seu estágio adulto muito mais longo. Além disso, muitas larvas semelhantes a dauer de C. inopinata estavam envoltas, uma possível novidade nesta linhagem reminiscente dos juvenis infectivos de nematoides parasitas. Também foi observada variação na frequência de formação de larvas semelhantes a dauer entre vinte e quatro isolados selvagens de C. inopinata, embora as frequências fossem baixas em todos os isolados (< 2%), com muitos isolados incapazes de produzir larvas semelhantes a dauer sob condições laboratoriais convencionais. Conclusão A maioria das espécies de Caenorhabditis prospera em plantas apodrecidas e dispersa-se em caracóis, lesmas ou isópodes (entre outros), enquanto C. inopinata é ecologicamente divergente e prospera em figos frescos de Ficus septica e dispersa-se em suas vespas polinizadoras. Embora exista algum fator desconhecido do ambiente do figo que promova tamanho corporal alongado em adultos de C. inopinata, o pequeno tamanho ou o histórico de vida único de sua vespa polinizadora do figo pode estar impulsionando a morfologia divergente de seus estágios larvais resistentes ao estresse. Uma caracterização mais detalhada do comportamento, desenvolvimento e morfologia deste estágio refinará as conexões com estágios de desenvolvimento homólogos em outras espécies e determinará se a divergência ecológica através de múltiplos estágios de desenvolvimento pode promover mudanças inesperadas e opostas nas dimensões do tamanho corporal dentro de uma única espécie.",
    url = "https://bmczool.biomedcentral.com/counter/pdf/10.1186/s40850-022-00131-y",
    doi = "10.1186/s40850-022-00131-y",
    is_oa = "true",
    number = "1",
    semanticscholar_citation_count = "7",
    semanticscholar_id = "1eb76294990b2d1b0f44719510233df8e545e375",
    volume = "7"
}

A poliploidização frequentemente resulta em rearranjos genômicos que podem envolver alterações tanto nas sequências de cópia única quanto na fração repetitiva do genoma. Neste estudo, realizamos uma análise comparativa abrangente de DNA repetitivo, com foco particular no DNA ribossomal (rDNA), em Brachypodium hybridum (2n = 4x = 30, composição de subgenoma DDSS), um aloetetraploide resultante de um cruzamento natural entre duas espécies diploides que se assemelham ao moderno B. distachyon (2n = 10; DD) e B. stacei (2n = 20; SS). Aproveitando a origem recorrente de B. hybridum, investigamos dois genótipos, Bhyb26 e ABR113, que diferem marcadamente em sua idade evolutiva (1,4 e 0,14 Mya, respectivamente) e que resultaram de direções de cruzamento opostas. Para identificar a origem dos loci de rDNA, empregamos métodos citogenéticos e moleculares (FISH, gCAPS e hibridização Southern), abordagens filogenéticas e genômicas. Diferente da manutenção geral da dose gênica dobrada em B. hybridum, os genes de rRNA mostraram uma tendência notável para a diploidização tanto nos níveis de locus quanto de unidade. Enquanto a eliminação parcial de unidades de rDNA 35S ocorreu na linhagem mais jovem ABR113, a eliminação unidirecional do locus inteiro foi observada na linhagem mais antiga Bhyb26. Além disso, uma nova família de rDNA 5S foi amplificada em Bhyb26, substituindo as unidades parentais. As unidades de rDNA 35S e 5S foram preferencialmente eliminadas dos subgenomas S e D, respectivamente. Assim, na linhagem mais antiga de B. hybridum, Bhyb26, os genes de rRNA 5S e 35S provavelmente são expressos de subgenomas diferentes, destacando a complexidade das redes regulatórias poliploides. Análises comparativas entre duas linhagens de B. hybridum de idades evolutivas distintas revelaram que, embora a linhagem recente ABR113 exibisse um padrão aditivo de distribuição de loci de rDNA, a linhagem antiga Bhyb26 demonstrou uma tendência pronunciada para a diploidização manifestada pela redução no número tanto de loci 35S quanto de 5S. Em conclusão, a idade do alopoliploide parece ser um fator decisivo na turnover de rDNA em B. hybridum.

@article{doi101186s12870024056585,
    author = "Trunova, Dana e Borowska-Zuchowska, Natalia e Mykhailyk, Serhii e Xia, Kai e Zhu, Yuanbin e Sancho, R. e Rojek-Jelonek, Magdalena e Garcia, Sònia e Wang, Kai e Catalán, P. e Kovařík, A. e Hasterok, R. e Kolano, B.",
    title = "Does time matter? Diversidade intraspecífica de genes de RNA ribossomal em linhagens da grama modelo alopoliploide Brachypodium hybridum com idades evolutivas diferentes",
    year = "2024",
    journal = "BMC Plant Biology",
    abstract = "A poliploidização frequentemente resulta em rearranjos genômicos que podem envolver alterações tanto nas sequências de cópia única quanto na fração repetitiva do genoma. Neste estudo, realizamos uma análise comparativa abrangente de DNA repetitivo, com foco particular no DNA ribossomal (rDNA), em Brachypodium hybridum (2n = 4x = 30, composição de subgenoma DDSS), um aloetetraploide resultante de um cruzamento natural entre duas espécies diploides que se assemelham ao moderno B. distachyon (2n = 10; DD) e B. stacei (2n = 20; SS). Aproveitando a origem recorrente de B. hybridum, investigamos dois genótipos, Bhyb26 e ABR113, que diferem marcadamente em sua idade evolutiva (1,4 e 0,14 Mya, respectivamente) e que resultaram de direções de cruzamento opostas. Para identificar a origem dos loci de rDNA, empregamos métodos citogenéticos e moleculares (FISH, gCAPS e hibridização Southern), abordagens filogenéticas e genômicas. Diferente da manutenção geral da dose gênica dobrada em B. hybridum, os genes de rRNA mostraram uma tendência notável para a diploidização tanto nos níveis de locus quanto de unidade. Enquanto a eliminação parcial de unidades de rDNA 35S ocorreu na linhagem mais jovem ABR113, a eliminação unidirecional do locus inteiro foi observada na linhagem mais antiga Bhyb26. Além disso, uma nova família de rDNA 5S foi amplificada em Bhyb26, substituindo as unidades parentais. As unidades de rDNA 35S e 5S foram preferencialmente eliminadas dos subgenomas S e D, respectivamente. Assim, na linhagem mais antiga de B. hybridum, Bhyb26, os genes de rRNA 5S e 35S provavelmente são expressos de subgenomas diferentes, destacando a complexidade das redes regulatórias poliploides. Análises comparativas entre duas linhagens de B. hybridum de idades evolutivas distintas revelaram que, embora a linhagem recente ABR113 exibisse um padrão aditivo de distribuição de loci de rDNA, a linhagem antiga Bhyb26 demonstrou uma tendência pronunciada para a diploidização manifestada pela redução no número tanto de loci 35S quanto de 5S. Em conclusão, a idade do alopoliploide parece ser um fator decisivo na turnover de rDNA em B. hybridum.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/b95986016ac0c4eb4a396a651d4e936a3475cb83",
    doi = "10.1186/s12870-024-05658-5",
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    volume = "24"
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, representativo de infecções arcaicas e contemporâneas, para estudar o impacto de profundas diferenças históricas moldadas por décadas de adaptação a pressões variáveis de antibióticos e hospedeiro. Avaliamos esses efeitos comparando respostas imediatas e adaptativas ao antibiótico de última instância, tigeciclina (TGC). As cepas demonstraram respostas transcricionais divergentes, sugerindo que os níveis basais de transcritos podem ditar respostas globais a antibióticos. A evolução experimental em TGC revelou diferenças claras na dinâmica populacional, com varreduras duras em populações fundadas por uma cepa e nenhuma mutação atingindo fixação na outra cepa. A RMA foi adquirida através de mecanismos previsíveis de aumento do efluxo e modificação do alvo do fármaco; no entanto, os alvos de efluxo foram ditados pelo fundo da cepa. A adaptação genética pode superar diferenças históricas em redes transcricionais, pois populações evoluídas não mostram mais assinaturas transcriptômicas de resposta a fármacos. Importante, compensações entre aptidão e resistência foram observadas apenas em linhagens evoluídas a partir da cepa arcaica, enquanto o isolado de referência contemporâneo não sofreu defeitos de aptidão. Isso sugere que décadas de adaptação a antibióticos resultaram em mecanismos compensatórios pré-existentes no isolado mais contemporâneo, um exemplo importante de um efeito benéfico de contingências históricas.

@article{doi101099mic0001570,
    author = "Rokes, Alecia B. e Santos-López, Alfonso e Cooper, Vaughn S.",
    title = "História molda respostas regulatórias e evolutivas à tigeciclina em duas cepas de referência de Acinetobacter baumannii",
    year = "2025",
    journal = "Microbiology",
    abstract = ", representativo de infecções arcaicas e contemporâneas, para estudar o impacto de profundas diferenças históricas moldadas por décadas de adaptação a pressões variáveis de antibióticos e hospedeiro. Avaliamos esses efeitos comparando respostas imediatas e adaptativas ao antibiótico de última instância, tigeciclina (TGC). As cepas demonstraram respostas transcricionais divergentes, sugerindo que os níveis basais de transcritos podem ditar respostas globais a antibióticos. A evolução experimental em TGC revelou diferenças claras na dinâmica populacional, com varreduras duras em populações fundadas por uma cepa e nenhuma mutação atingindo fixação na outra cepa. A RMA foi adquirida através de mecanismos previsíveis de aumento do efluxo e modificação do alvo do fármaco; no entanto, os alvos de efluxo foram ditados pelo fundo da cepa. A adaptação genética pode superar diferenças históricas em redes transcricionais, pois populações evoluídas não mostram mais assinaturas transcriptômicas de resposta a fármacos. Importante, compensações entre aptidão e resistência foram observadas apenas em linhagens evoluídas a partir da cepa arcaica, enquanto o isolado de referência contemporâneo não sofreu defeitos de aptidão. Isso sugere que décadas de adaptação a antibióticos resultaram em mecanismos compensatórios pré-existentes no isolado mais contemporâneo, um exemplo importante de um efeito benéfico de contingências históricas.",
    url = "https://doi.org/10.1099/mic.0.001570",
    doi = "10.1099/mic.0.001570",
    openalex = "W4411147558",
    references = "doi101126scienceadr2756"
}

Para residir em habitats marinhos, os peixes marinhos devem ativamente eliminar o excesso de Na+ e Cl- que adquirem do seu ambiente. Esses íons são absorvidos passivamente através das superfícies corporais e pela ingestão de água do mar (SW), o que é necessário para manter o equilíbrio hídrico. A secreção de sal ocorre através das ações de ionócitos ricos em mitocôndrias 'do tipo SW' nas brânquias ou em outros órgãos especializados na secreção de sal. Durante quase 50 anos, o modelo de ionócitos do tipo SW proposto por Patricio Silva e seus colegas provou-se notavelmente duradouro. O modelo de Silva guiou os pesquisadores na identificação de componentes moleculares-chave dos ionócitos do tipo SW, como o regulador de condutância transmembrana da fibrose cística 1 (Cftr1), o cotransportador 1 de Na+/K+/2Cl- (Nkcc1) e o canal de K+ com retificação para dentro (Kir). No entanto, descobertas emergentes indicam que mecanismos moleculares alternativos podem complementar, ou, em alguns casos, operar em substituição aos incluídos no modelo de Silva. Neste Comentário, argumentamos que é hora de avaliar criticamente se as estratégias baseadas em ionócitos para a secreção de sal são mais diversas do que atualmente reconhecido. Destacamos desenvolvimentos recentes sobre a operação de ionócitos independentes de Cftr em lampreias, o papel emergente da anoctamina 1 (Ano1) em lampreias e peixes ósseos, e várias 'novas' vias para Cl- e K+ entrarem e saírem dos ionócitos. Além disso, propomos direções futuras de pesquisa para identificar mecanismos novos de secreção de sal em várias linhagens de peixes marinhos. Concluímos este Comentário apresentando três hipóteses para a divergência da secreção de sal mediada por ionócitos em peixes marinhos e delineando um quadro conceitual para considerar a homologia evolutiva dos ionócitos secretores de sal entre vertebrados.

@article{doi101242jeb251075,
    author = "Shaughnessy, C. e Breves, Jason P.",
    title = "Ionócitos secretores de sal em peixes marinhos: novas dimensões e implicações evolutivas de um modelo fundamental.",
    year = "2025",
    journal = "The Journal of experimental biology",
    abstract = "Para residir em habitats marinhos, os peixes marinhos devem ativamente eliminar o excesso de Na+ e Cl- que adquirem do seu ambiente. Esses íons são absorvidos passivamente através das superfícies corporais e pela ingestão de água do mar (SW), o que é necessário para manter o equilíbrio hídrico. A secreção de sal ocorre através das ações de ionócitos ricos em mitocôndrias 'do tipo SW' nas brânquias ou em outros órgãos especializados na secreção de sal. Durante quase 50 anos, o modelo de ionócitos do tipo SW proposto por Patricio Silva e seus colegas provou-se notavelmente duradouro. O modelo de Silva guiou os pesquisadores na identificação de componentes moleculares-chave dos ionócitos do tipo SW, como o regulador de condutância transmembrana da fibrose cística 1 (Cftr1), o cotransportador 1 de Na+/K+/2Cl- (Nkcc1) e o canal de K+ com retificação para dentro (Kir). No entanto, descobertas emergentes indicam que mecanismos moleculares alternativos podem complementar, ou, em alguns casos, operar em substituição aos incluídos no modelo de Silva. Neste Comentário, argumentamos que é hora de avaliar criticamente se as estratégias baseadas em ionócitos para a secreção de sal são mais diversas do que atualmente reconhecido. Destacamos desenvolvimentos recentes sobre a operação de ionócitos independentes de Cftr em lampreias, o papel emergente da anoctamina 1 (Ano1) em lampreias e peixes ósseos, e várias 'novas' vias para Cl- e K+ entrarem e saírem dos ionócitos. Além disso, propomos direções futuras de pesquisa para identificar mecanismos novos de secreção de sal em várias linhagens de peixes marinhos. Concluímos este Comentário apresentando três hipóteses para a divergência da secreção de sal mediada por ionócitos em peixes marinhos e delineando um quadro conceitual para considerar a homologia evolutiva dos ionócitos secretores de sal entre vertebrados.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/5f9e689d82d3e0d9a60e4cd75793dd1f26ce3b7e",
    doi = "10.1242/jeb.251075",
    is_oa = "true",
    number = "21",
    semanticscholar_citation_count = "1",
    semanticscholar_id = "5f9e689d82d3e0d9a60e4cd75793dd1f26ce3b7e",
    volume = "228"
}