Organismos existentes

@article{crossref1966mcgrawhill,
    title = "Enciclopédia McGraw-Hill",
    year = "1966",
    journal = "Physics Today",
    url = "https://doi.org/10.1063/1.3048233",
    doi = "10.1063/1.3048233",
    number = "5",
    openalex = "W4214489217",
    pages = "113-113",
    volume = "19"
}

p. 341-455, [3] p. de placas: il.; 27 cm.

@article{openalexw1845290859,
    author = "Greenwood, Peter Humphry e Rosen, Donn Eric e Weitzman, Stanley H. e Myers, George S.",
    title = "Estudos filéticos de peixes teleósteos, com uma classificação provisória de formas vivas. Bulletin of the AMNH; v. 131, artigo 4",
    year = "1966",
    journal = "Biodiversity Heritage Library (Instituição Smithsonian)",
    abstract = "p. 341-455, [3] p. de placas: il.; 27 cm.",
    openalex = "W1845290859"
}

@article{applegate1967phyletic,
    author = "Applegate, Shelton P. e Greenwood, P. Humphrey e Rosen, Donn E. e Weitzman, Stanley H. e Myers, George S.",
    title = "Estudos Filéticos de Peixes Teleósteos, com uma Classificação Provisória de Formas Vivas",
    year = "1967",
    journal = "Copeia",
    url = "https://doi.org/10.2307/1442263",
    doi = "10.2307/1442263",
    number = "3",
    pages = "693",
    volume = "1967"
}

Este livro é uma importante adição ao crescente corpo de literatura sobre morfologia funcional—o estudo da forma e estrutura em animais em relação às funções das várias partes do corpo. O autor está particularmente preocupado em esclarecer as inter-relações entre mudanças evolutivas na morfologia e a classificação deste grande grupo de peixes. Ele parte do pressuposto de que a classificação deve resumir as relações evolutivas e que os principais passos na evolução são expressos em modificações de sistemas funcionais. Na visão do autor, as mudanças nas capacidades dos peixes de manobrar na água, de obter alimento e de forçar água sobre as brânquias—mudanças que são refletidas na morfologia, particularmente dos elementos esqueléticos—estão entre os avanços mais importantes realizados dentro do grupo de peixes teleósteos. Com grande habilidade e insight, o Dr. Gosline desenvolve esses conceitos difíceis na primeira seção do livro. Ao elaborar seu sistema de classificação de teleósteos, apresentado na segunda seção, o esforço principal do autor foi colocado em esclarecer os problemas zoológicos subjacentes: ele vê o sistema principalmente como um veículo para discutir informações zoológicas que sugerem relações entre grupos de peixes teleósteos. Qualquer estudante de zoologia—não apenas ictiólogos—acolherá com satisfação essa abordagem original e pensativa aos problemas de classificação animal.

@book{doi1015159780824885311,
    author = "Gosline, William A.",
    title = "Functional Morphology and Classification of Teleostean Fishes",
    year = "1971",
    booktitle = "University of Hawaii Press eBooks",
    abstract = "Este livro é uma importante adição ao crescente corpo de literatura sobre morfologia funcional—o estudo da forma e estrutura em animais em relação às funções das várias partes do corpo. O autor está particularmente preocupado em esclarecer as inter-relações entre mudanças evolutivas na morfologia e a classificação deste grande grupo de peixes. Ele parte do pressuposto de que a classificação deve resumir as relações evolutivas e que os principais passos na evolução são expressos em modificações de sistemas funcionais. Na visão do autor, as mudanças nas capacidades dos peixes de manobrar na água, de obter alimento e de forçar água sobre as brânquias—mudanças que são refletidas na morfologia, particularmente dos elementos esqueléticos—estão entre os avanços mais importantes realizados dentro do grupo de peixes teleósteos. Com grande habilidade e insight, o Dr. Gosline desenvolve esses conceitos difíceis na primeira seção do livro. Ao elaborar seu sistema de classificação de teleósteos, apresentado na segunda seção, o esforço principal do autor foi colocado em esclarecer os problemas zoológicos subjacentes: ele vê o sistema principalmente como um veículo para discutir informações zoológicas que sugerem relações entre grupos de peixes teleósteos. Qualquer estudante de zoologia—não apenas ictiólogos—acolherá com satisfação essa abordagem original e pensativa aos problemas de classificação animal.",
    url = "https://doi.org/10.1515/9780824885311",
    doi = "10.1515/9780824885311",
    openalex = "W1517274358"
}

Os organismos são capazes de formar uma variedade diversificada de minerais, alguns dos quais não podem ser formados inorganicamente na biosfera. Os precipitados iniciais podem diferir da forma em que são finalmente estabilizados, ou durante o desenvolvimento do organismo um mineral pode substituir outro. Minerais biogênicos comumente possuem atributos que os distinguem de seus equivalentes inorgânicos. Eles cumprem funções biológicas importantes. Eles têm sido formados em quantidades cada vez maiores nos últimos 600 milhões de anos e radicalmente alteraram o caráter da biosfera.

@article{doi101126science7008198,
    author = "Lowenstam, Heinz A.",
    title = "Minerais Formados por Organismos",
    year = "1981",
    journal = "Science",
    abstract = "Os organismos são capazes de formar uma variedade diversificada de minerais, alguns dos quais não podem ser formados inorganicamente na biosfera. Os precipitados iniciais podem diferir da forma em que são finalmente estabilizados, ou durante o desenvolvimento do organismo um mineral pode substituir outro. Minerais biogênicos comumente possuem atributos que os distinguem de seus equivalentes inorgânicos. Eles cumprem funções biológicas importantes. Eles têm sido formados em quantidades cada vez maiores nos últimos 600 milhões de anos e radicalmente alteraram o caráter da biosfera.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.7008198",
    doi = "10.1126/science.7008198",
    openalex = "W2031846886",
    references = "doi1010160021979767902664, doi1010160025322770900010, doi101029jc077i003p00463, doi101038208365a0, doi101038273199a0, doi101126science170679, doi101126science20143601026, doi101126science20343871355, doi101128jb14027207291979, doi10113000167606196273435midcir20co2"
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@incollection{crossref20034432,
    title = "(4432) McGraw-Hill",
    year = "2003",
    booktitle = "Dicionário de Nomes de Planetas Menores",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-540-29925-7\_4381",
    doi = "10.1007/978-3-540-29925-7\_4381",
    openalex = "W4235887303",
    pages = "381-381"
}

@incollection{crossref2012mcgrawhill,
    title = "Mcgraw-Hill",
    year = "2012",
    booktitle = "The Last American Diplomat",
    url = "https://doi.org/10.5040/9780755624034.ch-016",
    doi = "10.5040/9780755624034.ch-016",
    openalex = "W4243801099"
}

Os peixes de nadadeiras raiadas compõem metade de todas as espécies de vertebrados viventes. Quase todos os peixes de nadadeiras raiadas são teleósteos, que incluem a maioria das espécies de peixes comercialmente importantes, vários organismos modelo para genômica e biologia do desenvolvimento, e o componente dominante das faunas de vertebrados marinhos e de água doce. Apesar da importância econômica e científica dos peixes de nadadeiras raiadas, a falta de uma única filogenia abrangente com estimativas correspondentes de tempo de divergência limitou nossa compreensão da evolução e diversificação dessa radiação. Nossas análises, que utilizam sequências de múltiplos genes nucleares em conjunto com 36 restrições de idade fóssil, resultam em uma filogenia bem sustentada de todas as principais linhagens de peixes de nadadeiras raiadas e estimativas de idade molecular que são geralmente consistentes com o registro fóssil. Esta filogenia informa três problemas de longa data: especificamente identificar elomorfos (peixes-boi e tainhas) como a linhagem irmã de todos os outros teleósteos, fornecer uma hipótese única sobre a radiação dos primeiros euteleósteos e oferecer uma estratégia promissora para a resolução da "bush no topo da árvore" que inclui percomorfos e outros teleósteos de nadadeiras espinhosas. Contrastando nossas estimativas de tempo de divergência com estudos que utilizam um único gene nuclear ou genomas mitocondriais inteiros, encontramos que os primeiros subestimam as idades das divergências mais antigas de peixes de nadadeiras raiadas, mas os últimos superestimam dramaticamente as idades para linhagens de teleósteos derivadas. Nossa filogenia calibrada no tempo revela que grande parte da diversificação que levou aos grupos extantes de teleósteos ocorreu entre o Mesozoico tardio e o Cenozoico inicial, identificando este período como a "Segunda Era dos Peixes."

@article{doi101073pnas1206625109,
    author = "Near, Thomas J. and Eytan, Ron I. and Dornburg, Alex and Kuhn, Kristen L. and Moore, Jon A. and Davis, Matthew P. and Wainwright, Peter C. and Friedman, Matt and Smith, W. Leo",
    title = "Resolução da filogenia de peixes de nadadeiras raiadas e cronologia da diversificação",
    year = "2012",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {Os peixes de nadadeiras raiadas compõem metade de todas as espécies de vertebrados viventes. Quase todos os peixes de nadadeiras raiadas são teleósteos, que incluem a maioria das espécies de peixes comercialmente importantes, vários organismos modelo para genômica e biologia do desenvolvimento, e o componente dominante das faunas de vertebrados marinhos e de água doce. Apesar da importância econômica e científica dos peixes de nadadeiras raiadas, a falta de uma única filogenia abrangente com estimativas correspondentes de tempo de divergência limitou nossa compreensão da evolução e diversificação dessa radiação. Nossas análises, que utilizam sequências de múltiplos genes nucleares em conjunto com 36 restrições de idade fóssil, resultam em uma filogenia bem sustentada de todas as principais linhagens de peixes de nadadeiras raiadas e estimativas de idade molecular que são geralmente consistentes com o registro fóssil. Esta filogenia informa três problemas de longa data: especificamente identificar elomorfos (peixes-boi e tainhas) como a linhagem irmã de todos os outros teleósteos, fornecer uma hipótese única sobre a radiação dos primeiros euteleósteos e oferecer uma estratégia promissora para a resolução da "bush no topo da árvore" que inclui percomorfos e outros teleósteos de nadadeiras espinhosas. Contrastando nossas estimativas de tempo de divergência com estudos que utilizam um único gene nuclear ou genomas mitocondriais inteiros, encontramos que os primeiros subestimam as idades das divergências mais antigas de peixes de nadadeiras raiadas, mas os últimos superestimam dramaticamente as idades para linhagens de teleósteos derivadas. Nossa filogenia calibrada no tempo revela que grande parte da diversificação que levou aos grupos extantes de teleósteos ocorreu entre o Mesozoico tardio e o Cenozoico inicial, identificando este período como a "Segunda Era dos Peixes."},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1206625109",
    doi = "10.1073/pnas.1206625109",
    openalex = "W2081778808",
    references = "doi101016b9780126709506500138, doi101016s1055790302003329, doi101073pnas0811087106, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093bioinformaticsbtq228, doi101093oso97801985404720010001, doi101111j14754983201201165x, doi101126science1157704, doi101126science1211028, doi101186147121487214, doi101371journalpbio0040088, doi1023072412685, openalexw653978695"
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A ordem Cypriniformes é a ordem mais diversa de peixes de água doce. Estudos filogenéticos recentes têm se aproximado de um consenso sobre as relações filogenéticas de Cypriniformes e proposto uma nova classificação filogenética de agrupamentos em nível de família em Cypriniformes. A falta de uma referência para a colocação de gêneros entre famílias tem dificultado a adoção mais ampla dessa classificação filogenética. Apresentamos aqui uma compilação atualizada da composição de gêneros em táxons supragêneros com base nas classificações filogenéticas mais recentes. Propomos um novo táxon: subfamília Esominae dentro de Danionidae, para o gênero Esomus.

@article{doi1011646zootaxa447614,
    author = "Tan, Milton e Armbruster, Jonathan W.",
    title = "Classificação filogenética de gêneros existentes de peixes da ordem Cypriniformes (Teleostei: Ostariophysi)",
    year = "2018",
    journal = "Zootaxa",
    abstract = "A ordem Cypriniformes é a ordem mais diversa de peixes de água doce. Estudos filogenéticos recentes têm se aproximado de um consenso sobre as relações filogenéticas de Cypriniformes e proposto uma nova classificação filogenética de agrupamentos em nível de família em Cypriniformes. A falta de uma referência para a colocação de gêneros entre famílias tem dificultado a adoção mais ampla dessa classificação filogenética. Apresentamos aqui uma compilação atualizada da composição de gêneros em táxons supragêneros com base nas classificações filogenéticas mais recentes. Propomos um novo táxon: subfamília Esominae dentro de Danionidae, para o gênero Esomus.",
    url = "https://doi.org/10.11646/zootaxa.4476.1.4",
    doi = "10.11646/zootaxa.4476.1.4",
    openalex = "W2889922768",
    references = "doi101016jympev201501014, doi101038nature12111, doi101111j14672979200600227x, doi1011646zootaxa388211, doi10118614712148738, doi101186s1286201709583, doi105860choice436531, openalexw2751068043, openalexw2965787927, openalexw597149003"
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Resumo Tetras neotropicais da família Characidae formam o maior e mais taxonomicamente complexo clado dentro da ordem Characiformes. As relações filogenéticas anteriores concordam no reconhecimento de quatro subclados principais, enquanto o conhecimento sobre relações intergênicas e interespecíficas permanece em grande parte incompleto ou inexistente. Amostramos 575 espécimes de 494 espécies e 123 gêneros classificados em Characidae, geramos novos dados moleculares de elementos ultraconservados (UCEs) e usamos análises de verossimilhança e Bayesianas. A filogenia (1348 loci UCE: 538 472 bp) resultou em clados com resolução sem precedentes em níveis de espécie e gênero, permitindo-nos propor uma nova classificação dos antigos Characidae em quatro famílias: Spintherobolidae, Stevardiidae, Characidae e Acestrorhamphidae. A família Stevardiidae inclui nove subfamílias: Landoninae, Xenurobryconinae, Glandulocaudinae, Argopleurinae, Hemibryconinae, Stevardiinae, Planaltininae, Creagrutinae e Diapominae. A família Characidae inclui cinco subfamílias: Aphyocharacinae, Cheirodontinae, Exodontinae, Tetragonopterinae e Characinae. A família Acestrorhamphidae congrega 15 subfamílias: Oxybryconinae, Trochilocharacinae, Stygichthyinae, Megalamphodinae, Stichonodontinae, subfamília não nomeada, Stethaprioninae, Pristellinae, Jupiabinae, Tyttobryconinae, Hyphessobryconinae, Thayeriinae, Rhoadsiinae, Grundulinae e Acestrorhamphinae. A filogenia resolve as relações intergênicas e apoia a revalidação de Myxiops, Megalamphodus, Ramirezella, Holopristis e Astyanacinus, a sinonímia de Aphyodite, Genycharax e Psellogrammus, e a expansão de Cyanogaster, Makunaima, Deuterodon, Hasemania, Hemigrammus, Bario, Ctenobrycon e Psalidodon. A filogenia abre caminhos para novas revisões sistemáticas e redefinições dos gêneros incluídos.

@article{doi101093zoolinneanzlae101,
    author = "de Melo, Bruno Francelino e Ota, Rafaela Priscila e Benine, Ricardo C. e Carvalho, Fernando Rogério e de Lima, Flávio César Thadeo e Mattox, George Mendes Taliaferro e Souza, Camila S. e Faria, Tiago C. e Reia, Lais e Roxo, Fábio Fernandes e Valdéz-Moreno, Martha e Near, Thomas J. e Oliveira, Cláudio",
    title = "Filogenômica de Characidae, uma linhagem de peixes de água doce neotropical hiperdiversa, com uma classificação filogenética incluindo quatro famílias (Teleostei: Characiformes)",
    year = "2024",
    journal = "Zoological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Resumo Tetras neotropicais da família Characidae formam o maior e mais taxonomicamente complexo clado dentro da ordem Characiformes. As relações filogenéticas anteriores concordam no reconhecimento de quatro subclados principais, enquanto o conhecimento sobre relações intergênicas e interespecíficas permanece em grande parte incompleto ou inexistente. Amostramos 575 espécimes de 494 espécies e 123 gêneros classificados em Characidae, geramos novos dados moleculares de elementos ultraconservados (UCEs) e usamos análises de verossimilhança e Bayesianas. A filogenia (1348 loci UCE: 538 472 bp) resultou em clados com resolução sem precedentes em níveis de espécie e gênero, permitindo-nos propor uma nova classificação dos antigos Characidae em quatro famílias: Spintherobolidae, Stevardiidae, Characidae e Acestrorhamphidae. A família Stevardiidae inclui nove subfamílias: Landoninae, Xenurobryconinae, Glandulocaudinae, Argopleurinae, Hemibryconinae, Stevardiinae, Planaltininae, Creagrutinae e Diapominae. A família Characidae inclui cinco subfamílias: Aphyocharacinae, Cheirodontinae, Exodontinae, Tetragonopterinae e Characinae. A família Acestrorhamphidae congrega 15 subfamílias: Oxybryconinae, Trochilocharacinae, Stygichthyinae, Megalamphodinae, Stichonodontinae, subfamília não nomeada, Stethaprioninae, Pristellinae, Jupiabinae, Tyttobryconinae, Hyphessobryconinae, Thayeriinae, Rhoadsiinae, Grundulinae e Acestrorhamphinae. A filogenia resolve as relações intergênicas e apoia a revalidação de Myxiops, Megalamphodus, Ramirezella, Holopristis e Astyanacinus, a sinonímia de Aphyodite, Genycharax e Psellogrammus, e a expansão de Cyanogaster, Makunaima, Deuterodon, Hasemania, Hemigrammus, Bario, Ctenobrycon e Psalidodon. A filogenia abre caminhos para novas revisões sistemáticas e redefinições dos gêneros incluídos.",
    url = "https://doi.org/10.1093/zoolinnean/zlae101",
    doi = "10.1093/zoolinnean/zlae101",
    openalex = "W4402170922",
    references = "doi10108000222931108692993, doi1011646zootaxa447614"
}

A classificação da tremenda diversidade de peixes de raio-finados (Actinopterygii) começou com a designação de grupos taxonômicos com base na semelhança morfológica. A partir do final dos anos 1960, a filogenética morfológica tornou-se a base para a classificação dos Actinopterygii, mas falhou em resolver muitas relações, particularmente entre linhagens dentro do hiperdiverso Percomorpha. A introdução da filogenética molecular levou a uma reconfiguração dramática da filogenia dos actinopterygii. A resolução filogenética refinada proporcionada pelos estudos moleculares revelou uma diversidade desigual entre as linhagens de actinopterygii, resultando em uma proliferação de nomes de grupos redundantes em classificações de classificação de Linnean. Aqui, fornecemos uma classificação filogenética não classificada para peixes actinopterygii com base em uma filogenia resumida de 830 linhagens de peixes de raio-finados que inclui todas as famílias taxonômicas actinopterygii atualmente reconhecidas e 287 táxons fósseis. Fornecemos definições filogenéticas para 90 nomes de clados e revisamos sete nomes previamente definidos. Para cada um dos 97 nomes de clado, revisamos a etimologia do nome do clado, a diversidade de espécies do clado e as linhagens constituintes, as apomorfias morfológicas diagnósticas do clado, revisamos sinônimos e fornecemos uma discussão sobre a história nomenclatural e sistemática do clado. A nova classificação está livre de nomes de grupos redundantes e inclui apenas um novo nome entre os 97 nomes de clado que revisamos e descrevemos, resultando em uma classificação abrangente que é baseada explicitamente na filogenia de peixes de raio-finados que emergiu no século XXI e repousa sobre a fundação dos 200 anos anteriores de pesquisa sobre a sistemática de peixes de raio-finados.

@article{doi1033740140650101,
    author = "Near, Thomas J. e Thacker, Christine E.",
    title = "Classificação Filogenética de Peixes de Raio-Finados Vivos e Fóssil (Actinopterygii)",
    year = "2024",
    journal = "Boletim do Museu Peabody de História Natural",
    abstract = "A classificação da tremenda diversidade de peixes de raio-finados (Actinopterygii) começou com a designação de grupos taxonômicos com base na semelhança morfológica. A partir do final dos anos 1960, a filogenética morfológica tornou-se a base para a classificação dos Actinopterygii, mas falhou em resolver muitas relações, particularmente entre linhagens dentro do hiperdiverso Percomorpha. A introdução da filogenética molecular levou a uma reconfiguração dramática da filogenia dos actinopterygii. A resolução filogenética refinada proporcionada pelos estudos moleculares revelou uma diversidade desigual entre as linhagens de actinopterygii, resultando em uma proliferação de nomes de grupos redundantes em classificações de classificação de Linnean. Aqui, fornecemos uma classificação filogenética não classificada para peixes actinopterygii com base em uma filogenia resumida de 830 linhagens de peixes de raio-finados que inclui todas as famílias taxonômicas actinopterygii atualmente reconhecidas e 287 táxons fósseis. Fornecemos definições filogenéticas para 90 nomes de clados e revisamos sete nomes previamente definidos. Para cada um dos 97 nomes de clado, revisamos a etimologia do nome do clado, a diversidade de espécies do clado e as linhagens constituintes, as apomorfias morfológicas diagnósticas do clado, revisamos sinônimos e fornecemos uma discussão sobre a história nomenclatural e sistemática do clado. A nova classificação está livre de nomes de grupos redundantes e inclui apenas um novo nome entre os 97 nomes de clado que revisamos e descrevemos, resultando em uma classificação abrangente que é baseada explicitamente na filogenia de peixes de raio-finados que emergiu no século XXI e repousa sobre a fundação dos 200 anos anteriores de pesquisa sobre a sistemática de peixes de raio-finados.",
    url = "https://doi.org/10.3374/014.065.0101",
    doi = "10.3374/014.065.0101",
    openalex = "W4394948439",
    references = "branson1962the, doi101007s1022801404445, doi10108000222931108692993, doi101093sysbiosyy085, doi101093zoolinneanzlx040, doi101111brv12473, doi101126scienceaav4632, doi1011646zootaxa447614, doi101643004585112002002053220co2, doi101643cg17669, doi105962bhltitle53990, forey1996interrelationships, openalexw2898156694, openalexw568207017, openalexw63312880"
}