Silvicultura

@misc{cheney1948metasequoia3,
    author = "Cheney, R. W",
    title = "Descoberta de Metasequoia",
    year = "1948",
    howpublished = "American Scientist, v. 36, p. 490- 494",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cheney, R. W., 1948, Descoberta de Metasequoia: American Scientist, v. 36, p. 490- 494.}"
}

@book{chaney1949evolutionary2,
    author = "Chaney, R. W",
    title = "Tendências evolutivas nas angiospermas, em Jepsen, G. L., Simpson, G. G., e Mayr, E., eds., Genética, Paleontologia e Evolução",
    year = "1949",
    publisher = "Princeton, New Jersey, Princeton University Press, p. 190-201; 474 p",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Chaney, R. W., 1949, Evolutionary trends in the angiosperms, in Jepsen, G. L., Simpson, G. G., and Mayr, E., eds., Genetics, Paleontology and Evolution: Princeton, New Jersey, Princeton University Press, p. 190-201; 474 p.}"
}

Artigo de Revista SISTEMAS DE POLINIZAÇÃO COMO MECANISMOS ISOLADORES EM ANGIOSPERMAS Obter acesso Verne Grant Verne Grant Departamento de Botânica Universidade da Califórnia Berkeley Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic Google Scholar Evolução, Volume 3, Edição 1, 1 de março de 1949, Páginas 82–97, https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1949.tb00007.x Publicado: 01 de março de 1949 Histórico do artigo Recebido: 08 de dezembro de 1948 Publicado: 01 de março de 1949

@article{doi101111j155856461949tb00007x,
    author = "Grant, Verne",
    title = "SISTEMAS DE POLINIZAÇÃO COMO MECANISMOS ISOLADORES EM ANGIOSPERMAS",
    year = "1949",
    journal = "Evolução",
    abstract = "Artigo de Revista SISTEMAS DE POLINIZAÇÃO COMO MECANISMOS ISOLADORES EM ANGIOSPERMAS Obter acesso Verne Grant Verne Grant Departamento de Botânica Universidade da Califórnia Berkeley Pesquisar outras obras deste autor em: Oxford Academic Google Scholar Evolução, Volume 3, Edição 1, 1 de março de 1949, Páginas 82–97, https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1949.tb00007.x Publicado: 01 de março de 1949 Histórico do artigo Recebido: 08 de dezembro de 1948 Publicado: 01 de março de 1949",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1949.tb00007.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1949.tb00007.x",
    openalex = "W2318566535",
    references = "doi101093aesa304641"
}

@article{beal1950genetics,
    author = "Beal, J. M.",
    title = "Genética, Paleontologia e Evolução. G. L. Jepsen, G. G. Simpson, Ernst Mayr",
    year = "1950",
    journal = "Botanical Gazette",
    url = "https://doi.org/10.1086/335639",
    doi = "10.1086/335639",
    number = "1",
    pages = "141-141",
    volume = "112"
}

@article{crossref1950genetics,
    title = "Genética, Paleontologia e Evolução. Glenn L. Jepsen, Ernst Mayr, George Gaylord Simpson",
    year = "1950",
    journal = "The Journal of Geology",
    url = "https://doi.org/10.1086/625741",
    doi = "10.1086/625741",
    number = "3",
    pages = "283-283",
    volume = "58"
}

@article{glass1951genetics,
    author = "Glass, Bentley",
    title = "Genética, Paleontologia e Evolução. Glenn L. Jepsen, Ernst Mayr, George Gaylord Simpson",
    year = "1951",
    journal = "The Quarterly Review of Biology",
    url = "https://doi.org/10.1086/398105",
    doi = "10.1086/398105",
    number = "2",
    pages = "202-203",
    volume = "26"
}

@incollection{doi101016s0065266008600486,
    author = "Bradshaw, A. D.",
    title = "Significado Evolutivo da Plasticidade Fenotípica em Plantas",
    year = "1965",
    booktitle = "Avanços em genética",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0065-2660(08)60048-6",
    doi = "10.1016/s0065-2660(08)60048-6",
    openalex = "W206110177",
    references = "doi101016s0065211308603971, doi101111j146918091949tb02451x, doi104159harvard9780674865327, doi107312steb94536"
}

@article{bryant1971genetics,
    author = "Bryant, Peter J.",
    title = "Genética da Evolução: Genética do Processo Evolutivo T. Dobzhansky",
    year = "1971",
    journal = "BioScience",
    url = "https://doi.org/10.2307/1295826",
    doi = "10.2307/1295826",
    number = "16",
    openalex = "W2325350562",
    pages = "879-879",
    volume = "21"
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@article{doi101111j155856461975tb00851x,
    author = "Felsenstein, Joseph",
    title = "THE GENÉTICA DA BASE DA MUDANÇA EVOLUTIVA",
    year = "1975",
    journal = "Evolução",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1975.tb00851.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1975.tb00851.x",
    openalex = "W1547248981"
}

Originalmente publicado em 1982, O Mestre-Obra da Natureza examina o sexo como representante do desafio mais importante à teoria moderna da evolução. O livro sugere que o sexo evoluiu, não como resultado dos processos normais de seleção natural darwiniana, mas através da competição entre populações ou espécies - uma hipótese quase universalmente desacreditada em outros lugares. O livro também discute a natureza do sexo e suas consequências para o indivíduo e para a população, bem como várias outras teorias sobre o sexo. Como o valor dessas teorias é considerado residir inteiramente em sua capacidade de prever os padrões de sexualidade observados na natureza, o livro busca fornecer uma revisão extensa das circunstâncias em que a sexualidade é atenuada ou perdida em todo o reino animal, e esses fatos são então usados para avaliar os méritos das teorias rivais. Este livro será de interesse para pesquisadores na área de genética, ecologia e biologia evolutiva.

@book{openalexw1523843460,
    author = "Bell, Graham",
    title = "The Masterpiece of Nature: The Evolution and Genetics of Sexuality",
    year = "1981",
    abstract = "Originally published in 1982, The Masterpiece of Nature examines sex as representative of the most important challenge to the modern theory of evolution. The book suggests that sex evolved, not as the result of normal Darwinian processes of natural selection, but through competition between populations or species - a hypothesis elsewhere almost universally discredited. The book also discusses the nature of sex and its consequences for the individual and for the population, as well as various other theories of sex. Since the value of these theories is held to reside wholly in their ability to predict the patterns of sexuality observed in nature, the book seeks to provide an extensive review of the circumstances in which sexuality is attenuated or lost throughout the animal kingdom, and these facts are then used to weigh up the merits of the rival theories. This book will be of interest to researchers in the area of genetics, ecology and evolutionary biology.",
    openalex = "W1523843460"
}

Parte 1 Variação genética: essências genéticas e moleculares, tipos de polimorfismos, organização da variação genética, endogamia. Parte 2 As causas da evolução: mutação, migração, seleção natural, deriva genética aleatória. Parte 3 Genética de populações molecular: polimorfismos moleculares, padrões de mudança em sequências de nucleotídeos e aminoácidos, polimorfismo e divergência, filogenética molecular, elementos transponíveis. Parte 4 A arquitetura genética de traços complexos: tipos de traços complexos, variação fenotípica, genética e ambiente, seleção artificial, correlação entre parentes, genética quantitativa de populações naturais, traços complexos com expressão discreta, loci de traços quantitativos (QTLs).

@book{openalexw1525494019,
    author = "Hartl, Daniel L.",
    title = "Um guia de genética de populações",
    year = "1981",
    abstract = "Parte 1 Variação genética: essências genéticas e moleculares, tipos de polimorfismos, organização da variação genética, endogamia. Parte 2 As causas da evolução: mutação, migração, seleção natural, deriva genética aleatória. Parte 3 Genética de populações molecular: polimorfismos moleculares, padrões de mudança em sequências de nucleotídeos e aminoácidos, polimorfismo e divergência, filogenética molecular, elementos transponíveis. Parte 4 A arquitetura genética de traços complexos: tipos de traços complexos, variação fenotípica, genética e ambiente, seleção artificial, correlação entre parentes, genética quantitativa de populações naturais, traços complexos com expressão discreta, loci de traços quantitativos (QTLs).",
    openalex = "W1525494019"
}

A Quarta Edição de Genética de Populações é a introdução mais atual, abrangente e acessível ao campo para estudantes de graduação avançada e pós-graduação, e pesquisadores em genética, evolução, conservação e áreas relacionadas. Nos últimos anos, o interesse na aplicação de princípios de genética de populações a novos dados moleculares aumentou muito, e a nova edição do Dr. Hedrick exemplifica seu compromisso em acompanhar esta área dinâmica de estudo. Reorganizada para permitir que os estudantes foquem mais nitidamente no material-chave, a Quarta Edição integra a cobertura de questões teóricas com uma apresentação clara da genética de populações experimental e de dados empíricos. Trazendo exemplos de estudos recentes e clássicos e usando uma variedade de organismos para ilustrar os vastos desenvolvimentos da genética de populações, este texto fornece aos estudantes e pesquisadores o recurso mais abrangente no campo.

@book{openalexw1495050269,
    author = "Hedrick, Philip W.",
    title = "Genética de populações",
    year = "1983",
    abstract = "A Quarta Edição de Genética de Populações é a introdução mais atual, abrangente e acessível ao campo para estudantes de graduação avançada e pós-graduação, e pesquisadores em genética, evolução, conservação e áreas relacionadas. Nos últimos anos, o interesse na aplicação de princípios de genética de populações a novos dados moleculares aumentou muito, e a nova edição do Dr. Hedrick exemplifica seu compromisso em acompanhar esta área dinâmica de estudo. Reorganizada para permitir que os estudantes foquem mais nitidamente no material-chave, a Quarta Edição integra a cobertura de questões teóricas com uma apresentação clara da genética de populações experimental e de dados empíricos. Trazendo exemplos de estudos recentes e clássicos e usando uma variedade de organismos para ilustrar os vastos desenvolvimentos da genética de populações, este texto fornece aos estudantes e pesquisadores o recurso mais abrangente no campo.",
    openalex = "W1495050269"
}

@incollection{doi10100797836425158802,
    author = "Nevo, Eviatar e Beiles, Avigdor e Ben‐Shlomo, Rachel",
    title = "A Significância Evolutiva da Diversidade Genética: Correlatos Ecológicos, Demográficos e de História de Vida",
    year = "1984",
    booktitle = "Notas de aula em biomatemática",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-642-51588-0\_2",
    doi = "10.1007/978-3-642-51588-0\_2",
    openalex = "W175060409",
    references = "doi101111j155856461960tb03113x, doi101126science16238611453, doi101146annureves10110179001133, openalexw1523843460"
}

(Carregado por Plazi para o Projeto de Literatura sobre Morcegos) Nenhum resumo fornecido.

@article{doi101146annureves18110187001321,
    author = "Charlesworth, Deborah e Charlesworth, Brian",
    title = "DEPRESSÃO POR ENDOGAMIA E SUAS CONSEQUÊNCIAS EVOLUTIVAS",
    year = "1987",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "(Carregado por Plazi para o Projeto de Literatura sobre Morcegos) Nenhum resumo fornecido.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.es.18.110187.001321",
    doi = "10.1146/annurev.es.18.110187.001321",
    openalex = "W2167243456",
    references = "doi101017s0305004100015644, doi101073pnas4211855, doi101111j155856461975tb00851x, doi105962bhltitle122451, doi107312steb94536, openalexw2062594085"
}

Prever a extinção de populações ou espécies individuais requer informações ecológicas e evolutivas. Fatores demográficos primários que afetam a dinâmica populacional incluem estrutura social, variação no histórico de vida causada por flutuações ambientais, dispersão em ambientes espacialmente heterogêneos, e extinção e colonização locais. Em populações pequenas, a endogamia pode reduzir significativamente a aptidão média individual, e a perda de variabilidade genética devido à deriva genética aleatória pode diminuir a adaptabilidade futura a um ambiente em mudança. Teoria e exemplos empíricos sugerem que a demografia é geralmente de importância mais imediata do que a genética de populações na determinação dos tamanhos mínimos viáveis de populações selvagens. A necessidade prática na conservação biológica de compreender a interação de fatores demográficos e genéticos na extinção pode fornecer um foco para avanços fundamentais na interface entre ecologia e evolução.

@article{doi101126science3420403,
    author = "Lande, Russell",
    title = "Genetics and Demography in Biological Conservation",
    year = "1988",
    journal = "Science",
    abstract = "Prever a extinção de populações ou espécies individuais requer informações ecológicas e evolutivas. Fatores demográficos primários que afetam a dinâmica populacional incluem estrutura social, variação no histórico de vida causada por flutuações ambientais, dispersão em ambientes espacialmente heterogêneos, e extinção e colonização locais. Em populações pequenas, a endogamia pode reduzir significativamente a aptidão média individual, e a perda de variabilidade genética devido à deriva genética aleatória pode diminuir a adaptabilidade futura a um ambiente em mudança. Teoria e exemplos empíricos sugerem que a demografia é geralmente de importância mais imediata do que a genética de populações na determinação dos tamanhos mínimos viáveis de populações selvagens. A necessidade prática na conservação biológica de compreender a interação de fatores demográficos e genéticos na extinção pode fornecer um foco para avanços fundamentais na interface entre ecologia e evolução.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.3420403",
    doi = "10.1126/science.3420403",
    openalex = "W2094387116",
    references = "doi101016000632078690025x, doi101016c20090029523, doi101017s0016672300016037, doi101093besa153237, doi101111j146918091949tb02451x, doi101111j155856461975tb00851x, doi101126science2214609459, doi101126science2314734129, doi101146annureves18110187001321, doi1015159781400881376, doi1023071308256, doi1023072529912, openalexw1500291103, openalexw2318111898"
}

O método comparativo para estudar a adaptação por que se preocupar com a filogenia? reconstrução de árvores filogenéticas e estados ancestrais de caracteres análise comparativa de dados discretos análise comparativa de variáveis contínuas determinando a forma das relações comparativas.

@article{doi105860choice295104,
    title = "The comparative method in evolutionary biology",
    year = "1992",
    journal = "Choice Reviews Online",
    abstract = "The comparative method for studying adaptation why worry about phylogeny? reconstructing phylogenetic trees and ancestral character states comparative analysis of discrete data comparative analysis of continuous variables determining the form of comparative relationships.",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.29-5104",
    doi = "10.5860/choice.29-5104",
    openalex = "W1488393970"
}

@article{doi1010160304377093900688,
    author = "Barrett, Spencer C. H. e Eckert, Christopher G. e Husband, Brian C.",
    title = "Processos evolutivos em populações de plantas aquáticas",
    year = "1993",
    journal = "Aquatic Botany",
    url = "https://doi.org/10.1016/0304-3770(93)90068-8",
    doi = "10.1016/0304-3770(93)90068-8",
    openalex = "W1985368951",
    references = "doi101016037811199090073z, doi101086282771, doi101093genetics16297, doi101111j146918091949tb02451x, doi101146annureves16110185002141, doi1023072402622, doi1023072444338, doi1023072529912, laushman1993population, openalexw2021831883, openalexw2077454220, openalexw2146778590"
}

@article{laushman1993population,
    author = "Laushman, Roger H.",
    title = "Genética de populações de angiospermas hidrófilas",
    year = "1993",
    journal = "Aquatic Botany",
    url = "https://doi.org/10.1016/0304-3770(93)90069-9",
    doi = "10.1016/0304-3770(93)90069-9",
    number = "2-3",
    openalex = "W2060939568",
    pages = "147-158",
    volume = "44",
    references = "doi101002j153721971987tb08586x, doi1010160304377093900688, doi101093oxfordjournalsjhereda109497, doi101111j155856461975tb00851x, doi101146annureves10110179001133, doi101146annureves15110184000433, doi1023072444338, openalexw1495050269, openalexw1525494019, openalexw2146778590"
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▪ Resumo O estudo de populações vegetais naturais forneceu alguns dos casos mais fortes e convincentes da operação da seleção natural atualmente conhecidos, em parte devido à facilidade de realização de experimentos de transplante recíproco, trabalhos em jardim comum e manipulação in situ de longo prazo. A diferenciação genética entre populações vegetais em pequenas escalas (alguns cm a algumas centenas de cm) foi documentada e revisada aqui, em anuais e perenes herbáceas, perenes lenhosas, aquáticas, terrestres, endêmicas restritas e amplamente distribuídas. A diferenciação de caracteres foi documentada para a maioria das características importantes da estrutura e função das plantas. Exemplos são conhecidos para caracteres de sementes, traços foliares, fenologia, atividades fisiológicas e bioquímicas, tolerância a metais pesados, resistência a herbicidas, resistência a parasitas, capacidade competitiva, caracteres organelares, sistemas de reprodução e história de vida. Entre as forças que moldaram esses padrões de diferenciação estão solos tóxicos, fertilizantes, corte e pastejo, umidade do solo, temperatura, intensidade luminosa, vetores de polinização, parasitismo, fluxo gênico e dinâmica natural. A amplitude e profundidade das evidências revisadas aqui apoiam fortemente a ideia de que a seleção natural é a força principal que molda a arquitetura genética em populações vegetais naturais; essa visão precisa ser mais amplamente apreciada do que é atualmente.

@article{doi101146annurevecolsys271237,
    author = "Linhart, Yan B. and Grant, Michael C.",
    title = "SIGNIFICADO EVOLUCIONÁRIO DA DIFERENCIAÇÃO GENÉTICA LOCAL EM PLANTAS",
    year = "1996",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "▪ Resumo O estudo de populações vegetais naturais forneceu alguns dos casos mais fortes e convincentes da operação da seleção natural atualmente conhecidos, em parte devido à facilidade de realização de experimentos de transplante recíproco, trabalhos em jardim comum e manipulação in situ de longo prazo. A diferenciação genética entre populações vegetais em pequenas escalas (alguns cm a algumas centenas de cm) foi documentada e revisada aqui, em anuais e perenes herbáceas, perenes lenhosas, aquáticas, terrestres, endêmicas restritas e amplamente distribuídas. A diferenciação de caracteres foi documentada para a maioria das características importantes da estrutura e função das plantas. Exemplos são conhecidos para caracteres de sementes, traços foliares, fenologia, atividades fisiológicas e bioquímicas, tolerância a metais pesados, resistência a herbicidas, resistência a parasitas, capacidade competitiva, caracteres organelares, sistemas de reprodução e história de vida. Entre as forças que moldaram esses padrões de diferenciação estão solos tóxicos, fertilizantes, corte e pastejo, umidade do solo, temperatura, intensidade luminosa, vetores de polinização, parasitismo, fluxo gênico e dinâmica natural. A amplitude e profundidade das evidências revisadas aqui apoiam fortemente a ideia de que a seleção natural é a força principal que molda a arquitetura genética em populações vegetais naturais; essa visão precisa ser mais amplamente apreciada do que é atualmente.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.27.1.237",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.27.1.237",
    openalex = "W2130703487",
    references = "doi101002j153721971987tb08586x, doi10100797814615694425, doi1010079781489930439, doi101016037811199090073z, doi101038scientificamerican117998, doi101111j155856461993tb01215x, doi101126science15739260, doi101146annureves06110175002011, doi101146annureves10110179001133, doi101146annureves15110184000433, doi101146annureves18110187000323, doi101146annureves19110188000551, doi101146annurevge25120191000245, doi1015159781400820108, doi1023072444338, doi104159harvard9780674865327, openalexw2080618944, openalexw2146778590"
}

ambientes e tornaram-se aquáticos. Plantas aquáticas são espécies que perpetuam seu ciclo de vida em água parada ou corrente, ou em solos hídricos inundados ou não inundados. Angiospermas aquáticas habitam oceanos, lagos, rios e zonas úmidas. A transição para uma vida aquática foi alcançada por apenas 2% das aproximadamente 350.000 espécies de angiospermas (Cook 1990). Não obstante, a invasão evolutiva de ambientes aquáticos por angiospermas terrestres é estimada em representar 50-100 eventos independentes (Cook 1990). Embora as plantas aquáticas sejam tipicamente discutidas como um grupo biológico unificado, as formas como as espécies evoluíram para a vida no meio aquático são tão diversas quanto as diferentes

@article{doi1023071312967,
    author = "Philbrick, C. Thomas e Les, Donald H.",
    title = "Evolução dos Sistemas Reprodutivos de Angiospermas Aquáticas",
    year = "1996",
    journal = "BioScience",
    abstract = "ambientes e tornaram-se aquáticos. Plantas aquáticas são espécies que perpetuam seu ciclo de vida em água parada ou corrente, ou em solos hídricos inundados ou não inundados. Angiospermas aquáticas habitam oceanos, lagos, rios e zonas úmidas. A transição para uma vida aquática foi alcançada por apenas 2% das aproximadamente 350.000 espécies de angiospermas (Cook 1990). Não obstante, a invasão evolutiva de ambientes aquáticos por angiospermas terrestres é estimada em representar 50-100 eventos independentes (Cook 1990). Embora as plantas aquáticas sejam tipicamente discutidas como um grupo biológico unificado, as formas como as espécies evoluíram para a vida no meio aquático são tão diversas quanto as diferentes",
    url = "https://doi.org/10.2307/1312967",
    doi = "10.2307/1312967",
    openalex = "W1847045724",
    references = "laushman1993population"
}

Donald H. Les, Maryke A. Cleland, Michelle Waycott, Estudos Filogenéticos em Alismatidae, II: Evolução de Angiospermas Marinhos (Posidônias) e Hidrofilia, Systematic Botany, Vol. 22, No. 3 (Jul. - Set., 1997), pp. 443-463

@article{doi1023072419820,
    author = "Les, Donald H. e Cleland, Maryke A. e Waycott, Michelle",
    title = "Estudos Filogenéticos em Alismatidae, II: Evolução de Angiospermas Marinhos (Posidônias) e Hidrofilia",
    year = "1997",
    journal = "Systematic Botany",
    abstract = "Donald H. Les, Maryke A. Cleland, Michelle Waycott, Estudos Filogenéticos em Alismatidae, II: Evolução de Angiospermas Marinhos (Posidônias) e Hidrofilia, Systematic Botany, Vol. 22, No. 3 (Jul. - Set., 1997), pp. 443-463",
    url = "https://doi.org/10.2307/2419820",
    doi = "10.2307/2419820",
    openalex = "W2149777618",
    references = "doi1010160304377093900688"
}

As Ilhas Havaianas formam-se à medida que a Placa do Pacífico se move sobre um 'ponto quente' no manto da Terra, onde o magma extrude através da crosta para construir enormes vulcões escudos. As ilhas subsidem e sofrem erosão à medida que a placa as carrega para o noroeste, eventualmente tornando-se atóis de coral e montes submarinos. Assim, as ilhas são ordenadas linearmente por idade, com as ilhas mais antigas no noroeste (por exemplo, Kauai com 5,1 Ma) e as mais jovens no sudeste (por exemplo, Hawaii com 0,43 Ma). As estimativas de K-Ar da data de formação de uma ilha fornecem uma idade máxima para os táxons que habitam a ilha. Essas idades podem ser usadas para calibrar taxas de mudança molecular sob as seguintes suposições: (i) as datas de K-Ar são precisas; (ii) as topologias das árvores mostram que a derivação dos táxons acompanha o tempo de formação das ilhas; (iii) as populações não colonizam muito tempo após o surgimento da ilha; (iv) o ponto de coalescência para táxons irmãs não antecede muito a formação da ilha mais jovem colonizada; (v) os efeitos de saturação e (vi) a variação de taxas entre linhagens são mínimas ou corrigíveis; e (vii) os erros padrão não tendenciosos das distâncias e regressões podem ser estimados a partir de múltiplas comparações em pares. Usamos essa abordagem para obter calibrações de taxas corrigidas gerais para: (i) parte do gene citocromo b mitocondrial em drepanidíneos havaianos (0,016 divergência de sequência/Myr); (ii) o gene Yp1 em Drosophila havaiana (0,019/Myr Kambysellis et al. 1995); e (iii) partes do rRNA mitocondrial 12S e 16S e tRNAval em grilos Laupala (0,024-0,102/Myr, Shaw 1996). Discutimos a confiabilidade das estimativas dadas as suposições (i-vii) acima e contrastamos os resultados com calibrações anteriores de Adh em Drosophila havaiana e DNA de cloroplasto em lobelídeos.

@article{doi101046j1365294x199800364x,
    author = "Fleischer, Robert C. and McIntosh, Carl and Tarr, Cheryl L.",
    title = "Evolução em uma esteira transportadora vulcânica: usando reconstruções filogeográficas e idades baseadas em K–Ar das Ilhas Havaianas para estimar taxas de evolução molecular",
    year = "1998",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "As Ilhas Havaianas formam-se à medida que a Placa do Pacífico se move sobre um 'ponto quente' no manto da Terra, onde o magma extrude através da crosta para construir enormes vulcões escudos. As ilhas subsidem e sofrem erosão à medida que a placa as carrega para o noroeste, eventualmente tornando-se atóis de coral e montes submarinos. Assim, as ilhas são ordenadas linearmente por idade, com as ilhas mais antigas no noroeste (por exemplo, Kauai com 5,1 Ma) e as mais jovens no sudeste (por exemplo, Hawaii com 0,43 Ma). As estimativas de K-Ar da data de formação de uma ilha fornecem uma idade máxima para os táxons que habitam a ilha. Essas idades podem ser usadas para calibrar taxas de mudança molecular sob as seguintes suposições: (i) as datas de K-Ar são precisas; (ii) as topologias das árvores mostram que a derivação dos táxons acompanha o tempo de formação das ilhas; (iii) as populações não colonizam muito tempo após o surgimento da ilha; (iv) o ponto de coalescência para táxons irmãs não antecede muito a formação da ilha mais jovem colonizada; (v) os efeitos de saturação e (vi) a variação de taxas entre linhagens são mínimas ou corrigíveis; e (vii) os erros padrão não tendenciosos das distâncias e regressões podem ser estimados a partir de múltiplas comparações em pares. Usamos essa abordagem para obter calibrações de taxas corrigidas gerais para: (i) parte do gene citocromo b mitocondrial em drepanidíneos havaianos (0,016 divergência de sequência/Myr); (ii) o gene Yp1 em Drosophila havaiana (0,019/Myr Kambysellis et al. 1995); e (iii) partes do rRNA mitocondrial 12S e 16S e tRNAval em grilos Laupala (0,024-0,102/Myr, Shaw 1996). Discutimos a confiabilidade das estimativas dadas as suposições (i-vii) acima e contrastamos os resultados com calibrações anteriores de Adh em Drosophila havaiana e DNA de cloroplasto em lobelídeos.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1365-294x.1998.00364.x",
    doi = "10.1046/j.1365-294x.1998.00364.x",
    openalex = "W2093111338",
    references = "doi101093oxfordjournalsjhereda109497"
}

Sabemos muito pouco sobre a base genética da adaptação. De fato, não podemos fazer previsões teóricas, por mais heurísticas que sejam, sobre a distribuição de efeitos fenotípicos entre fatores fixados durante a adaptação, nem sobre o "tamanho" esperado do maior fator fixado. O estudo deste problema requer levar em conta que as populações gradualmente se aproximam de um ótimo fenotípico durante a adaptação por meio da substituição passo a passo de mutações favoráveis. Usando o modelo geométrico de adaptação de Fisher, analiso essa abordagem ao ótimo e derivou uma solução aproximada para a distribuição de tamanhos de fatores fixados durante a adaptação. Generalizo ainda mais esses resultados para permitir a entrada de qualquer distribuição de efeitos mutacionais. A distribuição de fatores fixados durante a adaptação assume uma forma exponencial surpreendentemente simples. Este resultado é notavelmente insensível a mudanças na função de aptidão e na distribuição de efeitos mutacionais. Uma tendência exponencial entre fatores fixados parece ser uma propriedade geral da adaptação em direção a um ótimo fixo.

@article{doi101111j155856461998tb01823x,
    author = "Orr, H. Allen",
    title = "THE POPULATION GENETICS OF ADAPTATION: THE DISTRIBUTION OF FACTORS FIXED DURING ADAPTIVE EVOLUTION",
    year = "1998",
    journal = "Evolution",
    abstract = {Sabemos muito pouco sobre a base genética da adaptação. De fato, não podemos fazer previsões teóricas, por mais heurísticas que sejam, sobre a distribuição de efeitos fenotípicos entre fatores fixados durante a adaptação, nem sobre o "tamanho" esperado do maior fator fixado. O estudo deste problema requer levar em conta que as populações gradualmente se aproximam de um ótimo fenotípico durante a adaptação por meio da substituição passo a passo de mutações favoráveis. Usando o modelo geométrico de adaptação de Fisher, analiso essa abordagem ao ótimo e derivou uma solução aproximada para a distribuição de tamanhos de fatores fixados durante a adaptação. Generalizo ainda mais esses resultados para permitir a entrada de qualquer distribuição de efeitos mutacionais. A distribuição de fatores fixados durante a adaptação assume uma forma exponencial surpreendentemente simples. Este resultado é notavelmente insensível a mudanças na função de aptidão e na distribuição de efeitos mutacionais. Uma tendência exponencial entre fatores fixados parece ser uma propriedade geral da adaptação em direção a um ótimo fixo.},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1998.tb01823.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1998.tb01823.x",
    openalex = "W2004671976",
    references = "doi101038376479a0, doi101038scientificamerican117998, doi101073pnas91156808, doi101093aibsbulletin2214b, doi101098rspb19790086, doi101146annurevge27120193001225, doi1023071435536, doi104159harvard9780674865327, doi105962bhltitle27468, doi107312gumb92958, doi107312rens91062"
}

@article{doi1023072411226,
    author = "Orr, H. Allen",
    title = "The Population Genetics of Adaptation: The Distribution of Factors Fixed during Adaptive Evolution",
    year = "1998",
    journal = "Evolution",
    url = "https://doi.org/10.2307/2411226",
    doi = "10.2307/2411226",
    openalex = "W4252998353"
}

Resumo 1 Eventos de dispersão a longa distância são biologicamente muito importantes para as plantas porque afetam as probabilidades de colonização, as probabilidades de persistência de populações em um habitat fragmentado e a estrutura de metapopulações. No entanto, são muito difíceis de investigar devido à sua baixa frequência. Revisamos o uso de marcadores moleculares na abordagem da genética de populações para estudar a dispersão. Com esses métodos, estudam-se as consequências da dispersão a longa distância, em vez da frequência dos próprios eventos de dispersão. 2 Os marcadores moleculares variam, exibindo diferentes quantidades de variação e diferentes modos de herança: podem ser dominantes ou codominantes e podem ou não estar sujeitos à recombinação genética. O uso de marcadores inspirou o desenvolvimento de técnicas de máxima verossimilhança que levam em conta a história evolutiva dos alelos ao estimar o fluxo gênico. 3 Inferir taxas de dispersão de sementes a partir de medições indiretas do fluxo gênico envolve três etapas: (i) quantificar a diferenciação genética entre populações e usar isso para estimar a taxa de fluxo gênico; (ii) produzir uma curva de dispersão genética regressando a distância geográfica entre populações contra a quantidade de fluxo gênico; e (iii) separar o fluxo gênico mediado por sementes do fluxo gênico mediado por pólen, comparando a diferenciação em marcadores moleculares nucleares vs. citoplasmáticos. Dessa forma, níveis potencialmente muito baixos de fluxo gênico podem ser detectados. 4 A abordagem indireta baseia-se em uma série de pressupostos. A validade de cada pressuposto deve ser avaliada por métodos independentes ou as estimativas de fluxo gênico e dispersão devem ser usadas principalmente em um contexto comparativo. Em metapopulações, com extinção e colonização frequentes, a relação entre diferenciação genética e fluxo gênico não é direta, e outros métodos devem ser usados. 5 Marcadores moleculares altamente variáveis, especialmente microsatélites, facilitaram uma abordagem genética direta para medir o fluxo gênico, baseada em análises parentais. 6 A abordagem da genética de populações fornece informações diferentes sobre a dispersão do que os métodos ecológicos. Assim, os métodos da genética de populações e ecológicos podem se complementar e, juntos, levar a uma melhor compreensão do processo de dispersão do que qualquer um dos métodos isoladamente.

@article{doi101046j13652745199900389x,
    author = "Ouborg, N. Joop and Piquot, Yves and van Groenendael, J.M.",
    title = "Genética de populações, marcadores moleculares e o estudo da dispersão em plantas",
    year = "1999",
    journal = "Journal of Ecology",
    abstract = "Resumo 1 Eventos de dispersão a longa distância são biologicamente muito importantes para as plantas porque afetam as probabilidades de colonização, as probabilidades de persistência de populações em um habitat fragmentado e a estrutura de metapopulações. No entanto, são muito difíceis de investigar devido à sua baixa frequência. Revisamos o uso de marcadores moleculares na abordagem da genética de populações para estudar a dispersão. Com esses métodos, estudam-se as consequências da dispersão a longa distância, em vez da frequência dos próprios eventos de dispersão. 2 Os marcadores moleculares variam, exibindo diferentes quantidades de variação e diferentes modos de herança: podem ser dominantes ou codominantes e podem ou não estar sujeitos à recombinação genética. O uso de marcadores inspirou o desenvolvimento de técnicas de máxima verossimilhança que levam em conta a história evolutiva dos alelos ao estimar o fluxo gênico. 3 Inferir taxas de dispersão de sementes a partir de medições indiretas do fluxo gênico envolve três etapas: (i) quantificar a diferenciação genética entre populações e usar isso para estimar a taxa de fluxo gênico; (ii) produzir uma curva de dispersão genética regressando a distância geográfica entre populações contra a quantidade de fluxo gênico; e (iii) separar o fluxo gênico mediado por sementes do fluxo gênico mediado por pólen, comparando a diferenciação em marcadores moleculares nucleares vs. citoplasmáticos. Dessa forma, níveis potencialmente muito baixos de fluxo gênico podem ser detectados. 4 A abordagem indireta baseia-se em uma série de pressupostos. A validade de cada pressuposto deve ser avaliada por métodos independentes ou as estimativas de fluxo gênico e dispersão devem ser usadas principalmente em um contexto comparativo. Em metapopulações, com extinção e colonização frequentes, a relação entre diferenciação genética e fluxo gênico não é direta, e outros métodos devem ser usados. 5 Marcadores moleculares altamente variáveis, especialmente microsatélites, facilitaram uma abordagem genética direta para medir o fluxo gênico, baseada em análises parentais. 6 A abordagem da genética de populações fornece informações diferentes sobre a dispersão do que os métodos ecológicos. Assim, os métodos da genética de populações e ecológicos podem se complementar e, juntos, levar a uma melhor compreensão do processo de dispersão do que qualquer um dos métodos isoladamente.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1365-2745.1999.00389.x",
    doi = "10.1046/j.1365-2745.1999.00389.x",
    openalex = "W2032487465",
    references = "doi1010160304377093900688"
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@article{doi10103835046017,
    author = "Kopp, Artyom e Duncan, Ian e Carroll, Sean B.",
    title = "Controle genético e evolução de caracteres sexualmente dimórficos em Drosophila",
    year = "2000",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/35046017",
    doi = "10.1038/35046017",
    openalex = "W1588649406",
    references = "doi101038384236a0, doi101073pnas7863721, doi101093oxfordjournalsmolbeva040214, doi101111j155856461982tb05003x, doi101111j155856461998tb05132x, doi101146annurevgenet301637, doi101242dev1212333, doi1015159780691207278, doi1023072341823, doi105962bhltitle27468"
}

Espécies raras são tipicamente consideradas como mantendo baixos níveis de variação genética, e essa visão tem sido apoiada por várias revisões de um grande número de estudos de isoenzimas. Embora essas revisões tenham fornecido dados valiosos sobre os níveis de variabilidade em espécies vegetais em geral, e em espécies raras em particular, essas visões gerais envolvem comparações que podem confundir os efeitos da raridade com uma multitude de outros fatores que afetam a variabilidade genética. Além disso, as análises estatísticas empregadas assumem que os dados são independentes, o que não é o caso para organismos que compartilham uma história filogenética comum. À medida que o papel da história evolutiva e das restrições históricas tem sido melhor compreendido, mais pesquisadores têm estudado congêneres amplamente distribuídos ao investigar a diversidade genética de espécies raras, em um esforço para controlar esses efeitos. Resumimos os dados disponíveis de tais estudos, comparando para congêneres raros e amplamente distribuídos (1) os níveis de variabilidade genética nos níveis populacional e de espécie e (2) medidas de subestruturação populacional. No nível populacional, resumimos dados para percentual de loci polimórficos (%P(pop)), número médio de alelos por locus (A(pop)) e heterozigosidade observada (H(o)). As medidas no nível de espécie utilizadas foram percentual de loci polimórficos (%P(spp)), número médio de alelos por locus (A(spp)) e diversidade genética total (H(T)). Índices de subdivisão populacional (seja F(ST) ou G(ST)) também foram examinados. Usando testes de Wilcoxon de postos sinalizados, encontramos diferenças significativas, mas pequenas, entre espécies raras e amplamente distribuídas para todas as medidas de diversidade, exceto H(T). No entanto, não parece haver diferença entre congêneres raros e amplamente distribuídos em termos de como a variação genética é particionada dentro e entre populações. Os níveis de diversidade, para todas as medidas examinadas, entre congêneres raros e amplamente distribuídos estão altamente correlacionados.

@article{doi1023072656886,
    author = "Gitzendanner, Matthew A. e Soltis, Pamela S.",
    title = "Padrões de variação genética em congêneres de plantas raras e amplamente distribuídos",
    year = "2000",
    journal = "American Journal of Botany",
    abstract = "Espécies raras são tipicamente consideradas como mantendo baixos níveis de variação genética, e essa visão tem sido apoiada por várias revisões de um grande número de estudos de isoenzimas. Embora essas revisões tenham fornecido dados valiosos sobre os níveis de variabilidade em espécies vegetais em geral, e em espécies raras em particular, essas visões gerais envolvem comparações que podem confundir os efeitos da raridade com uma multitude de outros fatores que afetam a variabilidade genética. Além disso, as análises estatísticas empregadas assumem que os dados são independentes, o que não é o caso para organismos que compartilham uma história filogenética comum. À medida que o papel da história evolutiva e das restrições históricas tem sido melhor compreendido, mais pesquisadores têm estudado congêneres amplamente distribuídos ao investigar a diversidade genética de espécies raras, em um esforço para controlar esses efeitos. Resumimos os dados disponíveis de tais estudos, comparando para congêneres raros e amplamente distribuídos (1) os níveis de variabilidade genética nos níveis populacional e de espécie e (2) medidas de subestruturação populacional. No nível populacional, resumimos dados para percentual de loci polimórficos (%P(pop)), número médio de alelos por locus (A(pop)) e heterozigosidade observada (H(o)). As medidas no nível de espécie utilizadas foram percentual de loci polimórficos (%P(spp)), número médio de alelos por locus (A(spp)) e diversidade genética total (H(T)). Índices de subdivisão populacional (seja F(ST) ou G(ST)) também foram examinados. Usando testes de Wilcoxon de postos sinalizados, encontramos diferenças significativas, mas pequenas, entre espécies raras e amplamente distribuídas para todas as medidas de diversidade, exceto H(T). No entanto, não parece haver diferença entre congêneres raros e amplamente distribuídos em termos de como a variação genética é particionada dentro e entre populações. Os níveis de diversidade, para todas as medidas examinadas, entre congêneres raros e amplamente distribuídos estão altamente correlacionados.",
    url = "https://doi.org/10.2307/2656886",
    doi = "10.2307/2656886",
    openalex = "W2141860334",
    references = "doi101146annureves10110179001133"
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@book{doi101016b9780127300559x50058,
    title = "O Conceito de Característica na Biologia Evolutiva",
    year = "2001",
    booktitle = "Elsevier eBooks",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-12-730055-9.x5005-8",
    doi = "10.1016/b978-0-12-730055-9.x5005-8",
    openalex = "W565848724",
    references = "doi101038384236a0"
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@article{gibson2001evolution,
    author = "Gibson, Greg e Palsson, Arnar",
    title = "Evolução: Um complemento para a genética evolutiva",
    year = "2001",
    journal = "Current Biology",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0960-9822(01)00014-8",
    doi = "10.1016/s0960-9822(01)00014-8",
    number = "2",
    pages = "R74-R76",
    volume = "11"
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@article{doi101038sjhdy6800154,
    author = "Gostling, Neil J.",
    title = "De DNA à Diversidade: Genética Molecular e a Evolução do Design Animal",
    year = "2002",
    journal = "Heredity",
    url = "https://doi.org/10.1038/sj.hdy.6800154",
    doi = "10.1038/sj.hdy.6800154",
    openalex = "W1968814137",
    references = "doi101016s0168952598016710"
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Prólogo.1. Uma Breve História dos Animais.2. O Kit Genético para o Desenvolvimento.3. Construindo Animais.4. Evolução do Kit.5. Diversificação de Planos Corporais e Partes do Corpo.6. Evolução de Novidades Morfológicas.7. Variação Morfológica e Divergência de Espécies.8. De DNA à Diversidade: A Primazia da Evolução Regulatória.Glossário.Índice

@article{doi105860choice395182,
    title = "De DNA à diversidade: genética molecular e a evolução do design animal",
    year = "2002",
    journal = "Choice Reviews Online",
    abstract = "Prólogo.1. Uma Breve História dos Animais.2. O Kit Genético para o Desenvolvimento.3. Construindo Animais.4. Evolução do Kit.5. Diversificação de Planos Corporais e Partes do Corpo.6. Evolução de Novidades Morfológicas.7. Variação Morfológica e Divergência de Espécies.8. De DNA à Diversidade: A Primazia da Evolução Regulatória.Glossário.Índice",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.39-5182",
    doi = "10.5860/choice.39-5182",
    openalex = "W2034536549",
    references = "doi1010079783642455322, doi101016b9780122053511x50009, doi101016b9780127300559x50058, doi101016s0070215321x00026, doi101037003329091274504, doi105860choice341536, openalexw1865748464, openalexw2506868775, openalexw587813093"
}

@article{doi101038nature01568,
    author = "Lenski, Richard E. e Ofria, Charles e Pennock, Robert T. e Adami, Christoph",
    title = "A origem evolutiva de características complexas",
    year = "2003",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature01568",
    doi = "10.1038/nature01568",
    openalex = "W2005946215",
    references = "doi101002j232619511995tb03633x, doi101002sici10990526199609102132aidcplx830co2h, doi10103835023115, doi10103835085569, doi101038nature01151, doi101093genetics14841667, doi101126science860134, doi1023072485224, doi107551mitpress10900010001, openalexw2074397232"
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@article{doi101038nrg1088,
    author = "Elena, Santiago F. e Lenski, Richard E.",
    title = "Experimentos de evolução com microrganismos: a dinâmica e as bases genéticas da adaptação",
    year = "2003",
    journal = "Nature Reviews Genetics",
    url = "https://doi.org/10.1038/nrg1088",
    doi = "10.1038/nrg1088",
    openalex = "W2112945902",
    references = "doi101007978940115210512, doi101023a1017067816551, doi101038336435a0, doi10103842701, doi101038nature01568, doi101073pnas74115088, doi101073pnas91156808, doi101086285289, doi101093oso97801985052350010001, doi101093oso97801985464120010001, doi101111j155856461998tb01823x, doi101126science147365368, doi101126science28854691251, doi1011289781555816704, doi1015159780691209418, doi1023072485224, doi1023074785, doi102307jctvx5wbbh, doi105860choice273873, doi105860choice295104, doi105962bhltitle27468"
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@article{doi101038nature02415,
    author = "Shapiro, Michael D. e Marks, Melissa E. e Peichel, Catherine L. e Blackman, Benjamin K. e Nereng, Kirsten S. e Jónsson, Bjarni e Schluter, Dolph e Kingsley, David M.",
    title = "Base genética e do desenvolvimento da redução pélvica evolutiva em espinhos-de-três-espigas",
    year = "2004",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature02415",
    doi = "10.1038/nature02415",
    openalex = "W2066908868",
    references = "doi1010020471142905, doi101016s0092867400808685, doi101016s0092867401004937, doi10103820944, doi10103835046017, doi101038414901a, doi101038nature02064, doi101073pnas9794530, doi101111j001438202000tb00544x, openalexw2062594085"
}

@article{doi101038nature02698,
    author = "Wittkopp, Patricia J. e Haerum, Belinda K. e Clark, Andrew G.",
    title = "Mudanças evolutivas na regulação gênica cis e trans",
    year = "2004",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature02698",
    doi = "10.1038/nature02698",
    openalex = "W2085454778",
    references = "doi101093molbevmsg140, doi105860choice395182"
}

@article{doi101038nrmicro863,
    author = "Moyá, Andrés e Holmes, Edward C. e Gónzález‐Candelas, Fernando",
    title = "A genética de populações e a epidemiologia evolutiva de vírus de RNA",
    year = "2004",
    journal = "Nature Reviews Microbiology",
    url = "https://doi.org/10.1038/nrmicro863",
    doi = "10.1038/nrmicro863",
    openalex = "W1990653767",
    references = "doi101038nature01151, doi101128mmbr6511511852001"
}

Avida é uma plataforma de software para experimentos com programas de computador autorreplicantes e em evolução. Ela oferece controle detalhado sobre configurações experimentais e protocolos, uma grande variedade de ferramentas de medição e métodos sofisticados para analisar e processar pós-experimentalmente dados experimentais. Explicamos os princípios gerais nos quais a Avida é construída, bem como seus principais componentes e suas interações. Também explicamos como os experimentos são configurados, realizados e analisados.

@article{doi101162106454604773563612,
    author = "Ofria, Charles and Wilke, Claus O.",
    title = "Avida: A Software Platform for Research in Computational Evolutionary Biology",
    year = "2004",
    journal = "Artificial Life",
    abstract = "Avida is a software platform for experiments with self-replicating and evolving computer programs. It provides detailed control over experimental settings and protocols, a large array of measurement tools, and sophisticated methods to analyze and post-process experimental data. We explain the general principles on which Avida is built, as well as its main components and their interactions. We also explain how experiments are set up, carried out, and analyzed.",
    url = "https://doi.org/10.1162/106454604773563612",
    doi = "10.1162/106454604773563612",
    openalex = "W2147276070",
    references = "doi101038nature01151, doi101038nature01568"
}

@article{doi101038nature03842,
    author = "Dekel, E. e Alon, Uri",
    title = "Otimidade e ajuste evolutivo do nível de expressão de uma proteína",
    year = "2005",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature03842",
    doi = "10.1038/nature03842",
    openalex = "W2068872007",
    references = "doi101038nrg1088, doi101146annurevge18120184000335"
}

A epistase para aptidão significa que o efeito seletivo de uma mutação é condicional ao fundo genético no qual ela aparece. Embora a epistase seja amplamente observada na natureza, nossa compreensão de suas consequências para a evolução por seleção natural permanece incompleta. Em particular, muita atenção foca apenas em sua influência na taxa instantânea de mudanças na frequência de alelos selecionados via contribuição epistática à variância genética aditiva para aptidão. Assim, neste quadro, a epistase tem importância evolutiva apenas se os loci interagentes estiverem segregando simultaneamente na população. No entanto, a acessibilidade seletiva de trajetórias mutacionais a genótipos de alta aptidão pode depender do fundo genético no qual as mutações novas aparecem, e este efeito é independente do polimorfismo populacional em outros loci. Aqui exploramos esta segunda influência da epistase na evolução por seleção natural. Mostramos que é a consequência de uma forma particular de epistase, que designamos epistase de sinal. Epistase de sinal significa que o sinal do efeito de aptidão de uma mutação está sob controle epistático; assim, tal mutação é benéfica em alguns fundos genéticos e deletéria em outros. Inovações experimentais recentes em sistemas microbianos agora permitem a avaliação dos efeitos de aptidão de mutações individuais em múltiplos fundos genéticos. Revisamos esta literatura e identificamos muitos exemplos de epistase de sinal, e sugerimos que as implicações destes resultados podem generalizar-se a outros organismos. Estas considerações teóricas e empíricas implicam que fortes restrições genéticas na acessibilidade seletiva de trajetórias a genótipos de alta aptidão podem existir e sugerem áreas específicas de investigação para futuras pesquisas.

@article{doi10155404272,
    author = "Weinreich, Daniel e Watson, Richard A. e Chao, Lin",
    title = "PERSPECTIVA: EPISTASE DE SINAL E RESTRIÇÃO GENÉTICA NAS TRAJETÓRIAS EVOLUTIVAS",
    year = "2005",
    journal = "Evolution",
    abstract = "A epistase para aptidão significa que o efeito seletivo de uma mutação é condicional ao fundo genético no qual ela aparece. Embora a epistase seja amplamente observada na natureza, nossa compreensão de suas consequências para a evolução por seleção natural permanece incompleta. Em particular, muita atenção foca apenas em sua influência na taxa instantânea de mudanças na frequência de alelos selecionados via contribuição epistática à variância genética aditiva para aptidão. Assim, neste quadro, a epistase tem importância evolutiva apenas se os loci interagentes estiverem segregando simultaneamente na população. No entanto, a acessibilidade seletiva de trajetórias mutacionais a genótipos de alta aptidão pode depender do fundo genético no qual as mutações novas aparecem, e este efeito é independente do polimorfismo populacional em outros loci. Aqui exploramos esta segunda influência da epistase na evolução por seleção natural. Mostramos que é a consequência de uma forma particular de epistase, que designamos epistase de sinal. Epistase de sinal significa que o sinal do efeito de aptidão de uma mutação está sob controle epistático; assim, tal mutação é benéfica em alguns fundos genéticos e deletéria em outros. Inovações experimentais recentes em sistemas microbianos agora permitem a avaliação dos efeitos de aptidão de mutações individuais em múltiplos fundos genéticos. Revisamos esta literatura e identificamos muitos exemplos de epistase de sinal, e sugerimos que as implicações destes resultados podem generalizar-se a outros organismos. Estas considerações teóricas e empíricas implicam que fortes restrições genéticas na acessibilidade seletiva de trajetórias a genótipos de alta aptidão podem existir e sugerem áreas específicas de investigação para futuras pesquisas.",
    url = "https://doi.org/10.1554/04-272",
    doi = "10.1554/04-272",
    openalex = "W4246887724"
}

Por que os indivíduos param de se reproduzir após uma certa idade e como essa idade é determinada? A teoria da pleiotropia antagonista para a evolução do envelhecimento prevê que o aumento do desempenho na vida inicial deve ser acompanhado por um envelhecimento mais precoce (ou mais rápido). Portanto, um indivíduo que começou a se reproduzir cedo também deve perder suas capacidades reprodutivas cedo. Investigamos aqui a relação entre a idade da primeira reprodução (AFR) e a idade da última reprodução (ALR) em uma população de cisne-mudo (Cygnus olor) monitorada por 36 anos. Usando análises multivariadas nos dados longitudinais, mostramos que ambas as características são fortemente selecionadas em direções opostas. A análise da covariância fenotípica entre essas características mostra que os indivíduos variam em sua qualidade inerente, de modo que alguns indivíduos têm AFR mais cedo e ALR mais tarde do que o esperado. Análises de pedigree genético quantitativo mostram que ambas as características possuem variância genética aditiva, mas também que AFR e ALR são geneticamente correlacionadas positivamente. Portanto, embora ambas as características exibam variação hereditária e estejam sob seleção direcional oposta, sua evolução é limitada por um forte compromisso evolutivo. Estes resultados são consistentes com a teoria de que o aumento do desempenho na vida inicial vem com um envelhecimento mais rápido devido a compromissos genéticos.

@article{doi101073pnas0511123103,
    author = "Charmantier, Anne and Perrins, Christopher M. and McCleery, R. H. and Sheldon, Ben C.",
    title = "Quantitative genetics of age at reproduction in wild swans: Support for antagonistic pleiotropy models of senescence",
    year = "2006",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Por que os indivíduos param de se reproduzir após uma certa idade e como essa idade é determinada? A teoria da pleiotropia antagonista para a evolução do envelhecimento prevê que o aumento do desempenho na vida inicial deve ser acompanhado por um envelhecimento mais precoce (ou mais rápido). Portanto, um indivíduo que começou a se reproduzir cedo também deve perder suas capacidades reprodutivas cedo. Investigamos aqui a relação entre a idade da primeira reprodução (AFR) e a idade da última reprodução (ALR) em uma população de cisne-mudo (Cygnus olor) monitorada por 36 anos. Usando análises multivariadas nos dados longitudinais, mostramos que ambas as características são fortemente selecionadas em direções opostas. A análise da covariância fenotípica entre essas características mostra que os indivíduos variam em sua qualidade inerente, de modo que alguns indivíduos têm AFR mais cedo e ALR mais tarde do que o esperado. Análises de pedigree genético quantitativo mostram que ambas as características possuem variância genética aditiva, mas também que AFR e ALR são geneticamente correlacionadas positivamente. Portanto, embora ambas as características exibam variação hereditária e estejam sob seleção direcional oposta, sua evolução é limitada por um forte compromisso evolutivo. Estes resultados são consistentes com a teoria de que o aumento do desempenho na vida inicial vem com um envelhecimento mais rápido devido a compromissos genéticos.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0511123103",
    doi = "10.1073/pnas.0511123103",
    openalex = "W2036516886",
    references = "doi101093oso97801951315430010001"
}

O artigo explica as semelhanças e diferenças entre as abordagens neoclássica, institucional e evolutiva que têm sido influentes na geografia econômica nas últimas duas décadas. Ao separar as três abordagens em termos de conteúdo teórico e metodologia de pesquisa, podemos apreciar tanto as semelhanças quanto as diferenças entre as três abordagens. Também é evidente que a teorização inovadora ocorre atualmente na interface entre a teoria neoclássica e a teoria evolutiva (especialmente na modelagem) e na interface entre a teoria institucional e a teoria evolutiva (especialmente na 'teorização apreciativa'). Juntos, argumentamos que a Geografia Econômica Evolutiva é um paradigma emergente na geografia econômica, mas faz isso sem se isolar dos desenvolvimentos em outras abordagens teóricas.

@article{doi101093jeglbi022,
    author = "Boschma, Ron e Frenken, Koen",
    title = "Por que a geografia econômica não é uma ciência evolutiva? Em direção a uma geografia econômica evolutiva",
    year = "2006",
    journal = "Journal of Economic Geography",
    abstract = "O artigo explica as semelhanças e diferenças entre as abordagens neoclássica, institucional e evolutiva que têm sido influentes na geografia econômica nas últimas duas décadas. Ao separar as três abordagens em termos de conteúdo teórico e metodologia de pesquisa, podemos apreciar tanto as semelhanças quanto as diferenças entre as três abordagens. Também é evidente que a teorização inovadora ocorre atualmente na interface entre a teoria neoclássica e a teoria evolutiva (especialmente na modelagem) e na interface entre a teoria institucional e a teoria evolutiva (especialmente na 'teorização apreciativa'). Juntos, argumentamos que a Geografia Econômica Evolutiva é um paradigma emergente na geografia econômica, mas faz isso sem se isolar dos desenvolvimentos em outras abordagens teóricas.",
    url = "https://doi.org/10.1093/jeg/lbi022",
    doi = "10.1093/jeg/lbi022",
    openalex = "W2130277684",
    references = "doi101002sici10970266199708187509aidsmj88230co2z, doi101007s001910050089, doi101017cbo9780511808678, doi101017cbo9780511815478, doi101086228311, doi101093iccdth026, doi101093oxfordjournalscjea013725, doi101103revmodphys7447, doi101111j146802971997tb00064x, doi101126science2865439509, doi1015159780691206820, doi1023071060065, doi1023071884852, doi1023072232409, doi105860choice416654, openalexw2061901927"
}

As relações entre o tamanho da população de plantas, aptidão e diversidade genética dentro da população são fundamentais para a ecologia, evolução e conservação das plantas. Realizamos meta-análises de estudos publicados entre 1987 e 2005 para testar se essas relações são geralmente positivas, se são sensíveis a diferenças metodológicas entre os estudos, se diferem entre espécies com diferentes durações de vida, sistemas de acasalamento ou raridade e se dependem das faixas de tamanho das populações estudadas. As correlações médias entre tamanho da população, aptidão e variação genética foram todas significativamente positivas. A correlação positiva entre tamanho da população e aptidão feminina tendeu a ser mais forte em estudos de campo do que em estudos de jardim comum, e a correlação positiva entre variação genética e aptidão foi significativamente mais forte em estudos de DNA do que em estudos de isoenzimas. A força e a direção das correlações entre tamanho da população, aptidão e variação genética foram independentes da duração de vida das plantas e da faixa de tamanho das populações estudadas. As correlações médias tendiam a ser mais fortes para as espécies raras do que para as espécies comuns. A heterozigosidade esperada, o número de alelos e o número ou proporção de loci polimórficos aumentaram significativamente com o tamanho da população, mas o nível de endogamia F IS foi independente do tamanho da população. A relação positiva entre tamanho da população e o número de alelos e o número ou proporção de loci polimórficos foi mais forte em espécies autocompatíveis do que em espécies autocompatíveis. Além disso, aptidão e variação genética foram positivamente correlacionadas em espécies autocompatíveis, mas independentes uma da outra em espécies autocompatíveis. As estreitas relações entre tamanho da população, variação genética e aptidão sugerem que o tamanho da população deve sempre ser levado em conta em estudos multipopulacionais de aptidão ou variação genética de plantas. A generalidade observada das relações positivas entre tamanho da população, aptidão das plantas e diversidade genética implica que os efeitos negativos da fragmentação de habitat sobre a aptidão e variação genética das plantas são comuns. Além disso, as associações positivas mais fortes observadas em espécies autocompatíveis e, em certa medida, em espécies raras, sugerem que essas espécies são mais suscetíveis aos efeitos negativos da fragmentação de habitat.

@article{doi101111j13652745200601150x,
    author = "Leimu, Roosa e Mutikäinen, Pia e Koricheva, Julia e Fischer, Markus",
    title = "Que tanto são gerais as relações positivas entre o tamanho da população de plantas, aptidão e variação genética?",
    year = "2006",
    journal = "Journal of Ecology",
    abstract = "Resumo As relações entre o tamanho da população de plantas, aptidão e diversidade genética dentro da população são fundamentais para a ecologia, evolução e conservação das plantas. Realizamos meta-análises de estudos publicados entre 1987 e 2005 para testar se essas relações são geralmente positivas, se são sensíveis a diferenças metodológicas entre os estudos, se diferem entre espécies com diferentes durações de vida, sistemas de acasalamento ou raridade e se dependem das faixas de tamanho das populações estudadas. As correlações médias entre tamanho da população, aptidão e variação genética foram todas significativamente positivas. A correlação positiva entre tamanho da população e aptidão feminina tendeu a ser mais forte em estudos de campo do que em estudos de jardim comum, e a correlação positiva entre variação genética e aptidão foi significativamente mais forte em estudos de DNA do que em estudos de isoenzimas. A força e a direção das correlações entre tamanho da população, aptidão e variação genética foram independentes da duração de vida das plantas e da faixa de tamanho das populações estudadas. As correlações médias tendiam a ser mais fortes para as espécies raras do que para as espécies comuns. A heterozigosidade esperada, o número de alelos e o número ou proporção de loci polimórficos aumentaram significativamente com o tamanho da população, mas o nível de endogamia F IS foi independente do tamanho da população. A relação positiva entre tamanho da população e o número de alelos e o número ou proporção de loci polimórficos foi mais forte em espécies autocompatíveis do que em espécies autocompatíveis. Além disso, aptidão e variação genética foram positivamente correlacionadas em espécies autocompatíveis, mas independentes uma da outra em espécies autocompatíveis. As estreitas relações entre tamanho da população, variação genética e aptidão sugerem que o tamanho da população deve sempre ser levado em conta em estudos multipopulacionais de aptidão ou variação genética de plantas. A generalidade observada das relações positivas entre tamanho da população, aptidão das plantas e diversidade genética implica que os efeitos negativos da fragmentação de habitat sobre a aptidão e variação genética das plantas são comuns. Além disso, as associações positivas mais fortes observadas em espécies autocompatíveis e, em certa medida, em espécies raras, sugerem que essas espécies são mais suscetíveis aos efeitos negativos da fragmentação de habitat.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-2745.2006.01150.x",
    doi = "10.1111/j.1365-2745.2006.01150.x",
    openalex = "W2041902086",
    references = "doi101146annureves10110179001133"
}

Revisamos definições de população comumente utilizadas tanto sob o paradigma ecológico (que enfatiza a coesão demográfica) quanto sob o paradigma evolutivo (que enfatiza a coesão reprodutiva) e constatamos que nenhuma delas é verdadeiramente operacional. Sugerimos vários critérios quantitativos que podem ser usados para determinar quando grupos de indivíduos são diferentes o suficiente para serem considerados 'populações'. As unidades para esses critérios são taxa de migração (m) para o paradigma ecológico e migrantes por geração (Nm) para o paradigma evolutivo. Esses critérios são então avaliados aplicando métodos analíticos a dados genéticos simulados para um modelo de ilha finita. Sob o conjunto padrão de parâmetros que inclui L = 20 loci de alta mutação (semelhantes a microsatélites) e amostras de S = 50 indivíduos de cada uma das n = 4 subpopulações, o poder para detectar desvios da panmixia foi muito alto (aproximadamente 100%; P < 0,001), mesmo com fluxo gênico elevado (Nm = 25). Um novo método, comparando o número de atribuições de população corretas com a expectativa aleatória, performou tão bem quanto um teste de contingência multilocus e merece consideração adicional. O uso de marcadores de baixa mutação (semelhantes a aloenzimas) reduziu o poder mais do que a metade de S ou L. Sob o conjunto padrão de parâmetros, o poder para detectar fluxo gênico restrito abaixo de um certo nível X (H(0): Nm < X) também pode ser alto, desde que o Nm verdadeiro < ou = 0,5X. No entanto, desenvolver o critério de teste apropriado requer suposições sobre vários parâmetros-chave que são difíceis de estimar na maioria das populações naturais. Métodos que agrupam indivíduos sem usar informações de amostragem a priori detectaram o número verdadeiro de populações apenas sob condições de fluxo gênico moderado ou baixo (Nm < ou = 5), e o poder caiu abruptamente com amostras menores de loci e indivíduos. Um algoritmo simples baseado em um teste de contingência multilocus das frequências alélicas em pares de amostras tem alto poder para detectar o número verdadeiro de populações mesmo com Nm = 25, mas requer uma avaliação estatística mais rigorosa. O paradigma ecológico continua desafiador para avaliações usando marcadores genéticos, porque a transição da dependência demográfica para a independência ocorre em uma região de alta migração onde os métodos genéticos têm relativamente pouco poder. Alguns desenvolvimentos teóricos recentes e avanços contínuos no poder computacional oferecem esperança de que essa situação possa mudar no futuro.

@article{doi101111j1365294x200602890x,
    author = "Waples, Robin S. and Gaggiotti, Oscar E.",
    title = "INVITED REVIEW: What is a population? An empirical evaluation of some genetic methods for identifying the number of gene pools and their degree of connectivity",
    year = "2006",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "Revisamos definições de população comumente utilizadas tanto sob o paradigma ecológico (que enfatiza a coesão demográfica) quanto sob o paradigma evolutivo (que enfatiza a coesão reprodutiva) e constatamos que nenhuma delas é verdadeiramente operacional. Sugerimos vários critérios quantitativos que podem ser usados para determinar quando grupos de indivíduos são diferentes o suficiente para serem considerados 'populações'. As unidades para esses critérios são taxa de migração (m) para o paradigma ecológico e migrantes por geração (Nm) para o paradigma evolutivo. Esses critérios são então avaliados aplicando métodos analíticos a dados genéticos simulados para um modelo de ilha finita. Sob o conjunto padrão de parâmetros que inclui L = 20 loci de alta mutação (semelhantes a microsatélites) e amostras de S = 50 indivíduos de cada uma das n = 4 subpopulações, o poder para detectar desvios da panmixia foi muito alto (aproximadamente 100\%; P < 0,001), mesmo com fluxo gênico elevado (Nm = 25). Um novo método, comparando o número de atribuições de população corretas com a expectativa aleatória, performou tão bem quanto um teste de contingência multilocus e merece consideração adicional. O uso de marcadores de baixa mutação (semelhantes a aloenzimas) reduziu o poder mais do que a metade de S ou L. Sob o conjunto padrão de parâmetros, o poder para detectar fluxo gênico restrito abaixo de um certo nível X (H(0): Nm < X) também pode ser alto, desde que o Nm verdadeiro < ou = 0,5X. No entanto, desenvolver o critério de teste apropriado requer suposições sobre vários parâmetros-chave que são difíceis de estimar na maioria das populações naturais. Métodos que agrupam indivíduos sem usar informações de amostragem a priori detectaram o número verdadeiro de populações apenas sob condições de fluxo gênico moderado ou baixo (Nm < ou = 5), e o poder caiu abruptamente com amostras menores de loci e indivíduos. Um algoritmo simples baseado em um teste de contingência multilocus das frequências alélicas em pares de amostras tem alto poder para detectar o número verdadeiro de populações mesmo com Nm = 25, mas requer uma avaliação estatística mais rigorosa. O paradigma ecológico continua desafiador para avaliações usando marcadores genéticos, porque a transição da dependência demográfica para a independência ocorre em uma região de alta migração onde os métodos genéticos têm relativamente pouco poder. Alguns desenvolvimentos teóricos recentes e avanços contínuos no poder computacional oferecem esperança de que essa situação possa mudar no futuro.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-294x.2006.02890.x",
    doi = "10.1111/j.1365-294x.2006.02890.x",
    openalex = "W2172086791",
    references = "doi101046j1365294x200402008x, doi101093jheredesh074, doi101111j146918091975tb00129x, doi105281zenodo10742832, openalexw1495050269"
}

As árvores não formam um grupo natural, mas compartilham atributos como grande porte, longevidade e alta produção reprodutiva que afetam seu modo e ritmo de evolução. Em particular, as árvores são únicas por manterem altos níveis de diversidade enquanto acumulam novas mutações apenas lentamente. Elas também são capazes de adaptação local rápida e podem evoluir rapidamente de ancestrais não-arbóreos, mas a maioria dos linhagens arbóreas existentes tipicamente experimenta baixas taxas de especiação e extinção. Discutimos por que o hábito de crescimento das árvores deve levar a essas características aparentemente paradoxais.

@article{doi101146annurevecolsys37091305110215,
    author = "Petit, Rémy J. e Hampe, Arndt",
    title = "Algumas Consequências Evolutivas de Ser uma Árvore",
    year = "2006",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "As árvores não formam um grupo natural, mas compartilham atributos como grande porte, longevidade e alta produção reprodutiva que afetam seu modo e ritmo de evolução. Em particular, as árvores são únicas por manterem altos níveis de diversidade enquanto acumulam novas mutações apenas lentamente. Elas também são capazes de adaptação local rápida e podem evoluir rapidamente de ancestrais não-arbóreos, mas a maioria dos linhagens arbóreas existentes tipicamente experimenta baixas taxas de especiação e extinção. Discutimos por que o hábito de crescimento das árvores deve levar a essas características aparentemente paradoxais.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.37.091305.110215",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.37.091305.110215",
    openalex = "W2102352162",
    references = "doi101111j001438202001tb00826x, doi101111j14610248200500739x, doi101126science1061967, doi101146annurevecolsys271237, doi101146annureves10110179001133, doi101146annureves15110184000433, doi107208chicago97802261186970010001, openalexw2065039187, openalexw2145250129, openalexw2146778590"
}

Um princípio importante da biologia do desenvolvimento evolutivo ("evo devo") é que as mutações adaptativas que afetam a morfologia são mais propensas a ocorrer nas regiões cis-reguladoras do que nas regiões de codificação de proteínas dos genes. Este argumento baseia-se em duas alegações: (1) a natureza modular dos elementos cis-reguladores liberta-os em grande parte de efeitos pleiotrópicos deletérios, e (2) um crescente corpo de evidências empíricas parece apoiar o papel predominante da mudança na regulação gênica na adaptação, especialmente na adaptação morfológica. Aqui discutimos e criticamos estas afirmações. Primeiro, mostramos que não há base teórica ou empírica para a controvérsia evo devo de que as adaptações envolvendo morfologia evoluem por mecanismos genéticos diferentes daqueles que envolvem fisiologia e outras características. Além disso, algumas formas de evolução proteica podem evitar as consequências negativas da pleiotropia, mais notavelmente via duplicação gênica. À luz das alegações evo devo, examinamos então os dados substanciais sobre a base genética da adaptação provenientes tanto de inquéritos em todo o genoma quanto de estudos de único locus. Estudos genômicos prestam pouco apoio à teoria cis-reguladora: muitos deles detectaram adaptação em regiões de codificação de proteínas, incluindo fatores de transcrição, enquanto poucos examinaram regiões reguladoras. Voltando aos estudos de único locus, notamos que os exemplos mais amplamente citados de mutações cis-reguladoras adaptativas focam na perda de traços em vez do ganho, e nenhum deles ainda identificou um sítio regulador evoluído. Em contraste, existem muitos estudos que tanto identificaram mutações estruturais quanto verificaram funcionalmente sua contribuição para a adaptação e especiação. Nem os argumentos teóricos nem os dados da natureza, portanto, apoiam a alegação de uma predominância de mutações cis-reguladoras na evolução. Embora esta alegação possa ser verdadeira, é, no máximo, prematura. A adaptação e a especiação provavelmente prosseguem através de uma combinação de mutações cis-reguladoras e estruturais, com uma contribuição substancial destas últimas.

@article{doi101111j15585646200700105x,
    author = "Hoekstra, Hopi E. e Coyne, Jerry A.",
    title = "O LÓCUS DA EVOLUÇÃO: EVO DEVO E A GENÉTICA DA ADAPTAÇÃO",
    year = "2007",
    journal = "Evolução",
    abstract = {Um princípio importante da biologia do desenvolvimento evolutivo ("evo devo") é que as mutações adaptativas que afetam a morfologia são mais propensas a ocorrer nas regiões cis-reguladoras do que nas regiões de codificação de proteínas dos genes. Este argumento baseia-se em duas alegações: (1) a natureza modular dos elementos cis-reguladores liberta-os em grande parte de efeitos pleiotrópicos deletérios, e (2) um crescente corpo de evidências empíricas parece apoiar o papel predominante da mudança na regulação gênica na adaptação, especialmente na adaptação morfológica. Aqui discutimos e criticamos estas afirmações. Primeiro, mostramos que não há base teórica ou empírica para a controvérsia evo devo de que as adaptações envolvendo morfologia evoluem por mecanismos genéticos diferentes daqueles que envolvem fisiologia e outras características. Além disso, algumas formas de evolução proteica podem evitar as consequências negativas da pleiotropia, mais notavelmente via duplicação gênica. À luz das alegações evo devo, examinamos então os dados substanciais sobre a base genética da adaptação provenientes tanto de inquéritos em todo o genoma quanto de estudos de único locus. Estudos genômicos prestam pouco apoio à teoria cis-reguladora: muitos deles detectaram adaptação em regiões de codificação de proteínas, incluindo fatores de transcrição, enquanto poucos examinaram regiões reguladoras. Voltando aos estudos de único locus, notamos que os exemplos mais amplamente citados de mutações cis-reguladoras adaptativas focam na perda de traços em vez do ganho, e nenhum deles ainda identificou um sítio regulador evoluído. Em contraste, existem muitos estudos que tanto identificaram mutações estruturais quanto verificaram funcionalmente sua contribuição para a adaptação e especiação. Nem os argumentos teóricos nem os dados da natureza, portanto, apoiam a alegação de uma predominância de mutações cis-reguladoras na evolução. Embora esta alegação possa ser verdadeira, é, no máximo, prematura. A adaptação e a especiação provavelmente prosseguem através de uma combinação de mutações cis-reguladoras e estruturais, com uma contribuição substancial destas últimas.},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.2007.00105.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.2007.00105.x",
    openalex = "W2101103652",
    references = "doi1010079783642866593, doi101016s0022283661800727, doi101017s0094837300005224, doi101038366223a0, doi10103847412, doi101038nature04843, doi101038nrg2063, doi101038scientificamerican117998, doi101038sjhdy6800154, doi101073pnas0431157100, doi101073pnas7183028, doi101073pnas9794530, doi101093molbevmsg140, doi101111j001438202000tb00544x, doi101111j001438202004tb00462x, doi101126science1090005, doi101126science1098095, doi101126science1113832, doi101126science29054941151, doi101126science860134, doi101146annurevphysiol631359, doi101371journalpbio0030245, doi105860choice395182, doi105962bhltitle27468, openalexw3135630760"
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@article{turner2007the,
    author = "Turner, Thomas F.",
    title = "A Evolução da Genética Evolutiva",
    year = "2007",
    journal = "BioScience",
    url = "https://doi.org/10.1641/b570413",
    doi = "10.1641/b570413",
    number = "4",
    pages = "375-376",
    volume = "57"
}

@article{doi101016jcell200806030,
    author = "Carroll, Sean B.",
    title = "Evo-Devo e uma Síntese Evolutiva em Expansão: Uma Teoria Genética da Evolução Morfológica",
    year = "2008",
    journal = "Cell",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cell.2008.06.030",
    doi = "10.1016/j.cell.2008.06.030",
    openalex = "W2171193618",
    references = "doi1010079783642866593, doi101016b9781483227344500176, doi101038276565a0, doi101038376479a0, doi10103841710, doi101038nature02415, doi101038nature03158, doi101038nrg2063, doi101086406830, doi101111j001438202000tb00544x, doi101111j15585646200700105x, doi101126science1090005, doi101126science1107239, doi101126science147365368, doi101126science7892602, doi101242dev1212333, doi101371journalpbio0030245, doi105860choice395182, openalexw591049712, openalexw614012683"
}

@article{doi101038nrg2398,
    author = "López‐Maury, Luis e Marguerat, Samuel e Bähler, Jürg",
    title = "Ajustando a expressão gênica a ambientes em mudança: de respostas rápidas à adaptação evolutiva",
    year = "2008",
    journal = "Nature Reviews Genetics",
    url = "https://doi.org/10.1038/nrg2398",
    doi = "10.1038/nrg2398",
    openalex = "W2028979517",
    references = "doi101038nrg1088, doi101038nrg2063"
}

Na teoria, fêmeas que se reproduzem assexuadamente deveriam desfrutar de uma vantagem dobrada em aptidão em relação às fêmeas sexuais, no entanto, o sexo permanece o modo predominante de reprodução em praticamente todos os eucariotos. A manutenção evolutiva do sexo é especialmente intrigante em plantas clonais porque a transição da reprodução sexual para exclusivamente assexuada é uma possibilidade sempre presente nessas espécies. Neste artigo, utilizo dados publicados sobre a diversidade genotípica de populações de plantas clonais para testar cinco hipóteses sobre as situações ecológicas que limitam ou favorecem a reprodução clonal em plantas vasculares. Os dados foram extraídos de 248 estudos abrangendo 69.000 indivíduos em >2000 populações de 218 espécies em 74 famílias de plantas. Os testes mostraram o seguinte: (1) a frequência de clonalidade aumenta com a idade da população, indicando que a reprodução clonal é limitada por perturbação; (2) a reprodução clonal é limitada pela dispersão; clones são mais frequentes em espécies aquáticas e apomícticas nas quais a dispersão de propágulos produzidos clonalmente é menos limitante; (3) clones são mais frequentes em populações de espécies raras ou em perigo de extinção; (4) populações de plantas exóticas têm frequências mais altas de clonalidade; e (5) clones são mais frequentes nas bordas das faixas geográficas das espécies. Assim, parece que a planta clonal eventualmente bem-sucedida seria uma apomíctica rara, aquática e exótica, vivendo em um habitat geograficamente marginal não perturbado. Como essa combinação de circunstâncias é tão restritiva, talvez seja melhor considerá-la como um sinal de falha sexual do que como uma receita para o sucesso clonal.

@article{doi101086523357,
    author = "Silvertown, Jonathan",
    title = "A Manutenção Evolutiva da Reprodução Sexual: Evidências da Distribuição Ecológica da Reprodução Assexuada em Plantas Clonais",
    year = "2008",
    journal = "International Journal of Plant Sciences",
    abstract = "Na teoria, fêmeas que se reproduzem assexuadamente deveriam desfrutar de uma vantagem dobrada em aptidão em relação às fêmeas sexuais, no entanto, o sexo permanece o modo predominante de reprodução em praticamente todos os eucariotos. A manutenção evolutiva do sexo é especialmente intrigante em plantas clonais porque a transição da reprodução sexual para exclusivamente assexuada é uma possibilidade sempre presente nessas espécies. Neste artigo, utilizo dados publicados sobre a diversidade genotípica de populações de plantas clonais para testar cinco hipóteses sobre as situações ecológicas que limitam ou favorecem a reprodução clonal em plantas vasculares. Os dados foram extraídos de 248 estudos abrangendo 69.000 indivíduos em >2000 populações de 218 espécies em 74 famílias de plantas. Os testes mostraram o seguinte: (1) a frequência de clonalidade aumenta com a idade da população, indicando que a reprodução clonal é limitada por perturbação; (2) a reprodução clonal é limitada pela dispersão; clones são mais frequentes em espécies aquáticas e apomícticas nas quais a dispersão de propágulos produzidos clonalmente é menos limitante; (3) clones são mais frequentes em populações de espécies raras ou em perigo de extinção; (4) populações de plantas exóticas têm frequências mais altas de clonalidade; e (5) clones são mais frequentes nas bordas das faixas geográficas das espécies. Assim, parece que a planta clonal eventualmente bem-sucedida seria uma apomíctica rara, aquática e exótica, vivendo em um habitat geograficamente marginal não perturbado. Como essa combinação de circunstâncias é tão restritiva, talvez seja melhor considerá-la como um sinal de falha sexual do que como uma receita para o sucesso clonal.",
    url = "https://doi.org/10.1086/523357",
    doi = "10.1086/523357",
    openalex = "W2127863127",
    references = "doi1010160304377093900688"
}

A conservação da diversidade genética, uma das três principais formas de biodiversidade, é uma preocupação fundamental na biologia da conservação, pois fornece a matéria-prima para a mudança evolutiva e, portanto, o potencial de se adaptar a ambientes em mudança. Por meio de meta-análises, testamos a generalidade das hipóteses de que a fragmentação de habitat afeta a diversidade genética de populações vegetais e que certas características de história de vida e ecológicas das plantas podem determinar a suscetibilidade diferencial à erosão genética em habitats fragmentados. Além disso, avaliamos se certas abordagens metodológicas utilizadas pelos autores influenciam a capacidade de detectar efeitos da fragmentação na diversidade genética vegetal. Encontramos efeitos gerais grandes e negativos da fragmentação na diversidade genética e nas taxas de cruzamento entre indivíduos, mas nenhum efeito nos coeficientes de endogamia. Aumentos significativos no coeficiente de endogamia em habitats fragmentados foram observados apenas em estudos que analisam prole. O sistema de acasalamento e o status de raridade das plantas explicaram a maior proporção de variação nos tamanhos de efeito entre espécies. A idade do fragmento também foi decisiva para explicar a variabilidade entre os tamanhos de efeito: quanto maior o número de gerações transcorridas em condições de fragmentação, maior a magnitude negativa dos tamanhos de efeito na heterozigose. Nossos resultados também sugerem que a fragmentação está deslocando os padrões de acasalamento para um aumento do autopolinização. Concluímos que os esforços atuais de conservação em habitats fragmentados devem ser focados em espécies comuns ou recentemente raras e principalmente em espécies de cruzamento entre indivíduos e delineiam questões importantes que precisam ser abordadas em futuras pesquisas nesta área.

@article{doi101111j1365294x200803971x,
    author = "Aguilar, Ramiro e Quesada, Maurício e Ashworth, Lorena e Herrerías‐Diego, Yvonne e Lobo, Jorge A.",
    title = "Consequências genéticas da fragmentação de habitat em populações vegetais: sinais suscetíveis em características vegetais e abordagens metodológicas",
    year = "2008",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "A conservação da diversidade genética, uma das três principais formas de biodiversidade, é uma preocupação fundamental na biologia da conservação, pois fornece a matéria-prima para a mudança evolutiva e, portanto, o potencial de se adaptar a ambientes em mudança. Por meio de meta-análises, testamos a generalidade das hipóteses de que a fragmentação de habitat afeta a diversidade genética de populações vegetais e que certas características de história de vida e ecológicas das plantas podem determinar a suscetibilidade diferencial à erosão genética em habitats fragmentados. Além disso, avaliamos se certas abordagens metodológicas utilizadas pelos autores influenciam a capacidade de detectar efeitos da fragmentação na diversidade genética vegetal. Encontramos efeitos gerais grandes e negativos da fragmentação na diversidade genética e nas taxas de cruzamento entre indivíduos, mas nenhum efeito nos coeficientes de endogamia. Aumentos significativos no coeficiente de endogamia em habitats fragmentados foram observados apenas em estudos que analisam prole. O sistema de acasalamento e o status de raridade das plantas explicaram a maior proporção de variação nos tamanhos de efeito entre espécies. A idade do fragmento também foi decisiva para explicar a variabilidade entre os tamanhos de efeito: quanto maior o número de gerações transcorridas em condições de fragmentação, maior a magnitude negativa dos tamanhos de efeito na heterozigose. Nossos resultados também sugerem que a fragmentação está deslocando os padrões de acasalamento para um aumento do autopolinização. Concluímos que os esforços atuais de conservação em habitats fragmentados devem ser focados em espécies comuns ou recentemente raras e principalmente em espécies de cruzamento entre indivíduos e delineiam questões importantes que precisam ser abordadas em futuras pesquisas nesta área.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-294x.2008.03971.x",
    doi = "10.1111/j.1365-294x.2008.03971.x",
    openalex = "W2143144439",
    references = "doi101126science8290956, doi101146annureves15110184000433"
}

A evolução genética é previsível? Biólogos evolutivos do desenvolvimento argumentaram que, pelo menos para características morfológicas, a resposta é um sim ressoante. A maioria das mutações que causam variação morfológica deve residir nas regiões cis-reguladoras, em vez das regiões codificantes, dos genes do desenvolvimento. Esta "hipótese cis-reguladora" recentemente vem sendo atacada. Nesta revisão, primeiro descrevemos e criticamos os argumentos que foram propostos em apoio à hipótese cis-reguladora. Em seguida, testamos o suporte empírico para a hipótese cis-reguladora com uma pesquisa abrangente de mutações responsáveis pela evolução fenotípica em organismos multicelulares. As mutações cis-reguladoras atualmente representam aproximadamente 22% de 331 mudanças genéticas identificadas, embora o número de mudanças cis-reguladoras publicadas anualmente esteja aumentando rapidamente. Acima do nível da espécie, as mutações cis-reguladoras que alteram a morfologia são mais comuns do que as mudanças codificantes. Além disso, acima do nível da espécie, as mutações cis-reguladoras predominam para genes não envolvidos na diferenciação terminal. Esses padrões implicam que a simples pergunta "Mutações codificantes ou cis-reguladoras causam mais evolução fenotípica?" esconde fenômenos mais interessantes. A evolução em diferentes tipos de populações e ao longo de diferentes durações pode resultar na seleção de diferentes tipos de mutações. Prever a base genética da evolução requer uma síntese abrangente da biologia do desenvolvimento molecular e da genética de populações.

@article{doi101111j15585646200800450x,
    author = "Stern, David L. e Courtier‐Orgogozo, Virginie",
    title = "THE LOCI OF EVOLUTION: HOW PREDICTABLE IS GENETIC EVOLUTION?",
    year = "2008",
    journal = "Evolution",
    abstract = {A evolução genética é previsível? Biólogos evolutivos do desenvolvimento argumentaram que, pelo menos para características morfológicas, a resposta é um sim ressoante. A maioria das mutações que causam variação morfológica deve residir nas regiões cis-reguladoras, em vez das regiões codificantes, dos genes do desenvolvimento. Esta "hipótese cis-reguladora" recentemente vem sendo atacada. Nesta revisão, primeiro descrevemos e criticamos os argumentos que foram propostos em apoio à hipótese cis-reguladora. Em seguida, testamos o suporte empírico para a hipótese cis-reguladora com uma pesquisa abrangente de mutações responsáveis pela evolução fenotípica em organismos multicelulares. As mutações cis-reguladoras atualmente representam aproximadamente 22% de 331 mudanças genéticas identificadas, embora o número de mudanças cis-reguladoras publicadas anualmente esteja aumentando rapidamente. Acima do nível da espécie, as mutações cis-reguladoras que alteram a morfologia são mais comuns do que as mudanças codificantes. Além disso, acima do nível da espécie, as mutações cis-reguladoras predominam para genes não envolvidos na diferenciação terminal. Esses padrões implicam que a simples pergunta "Mutações codificantes ou cis-reguladoras causam mais evolução fenotípica?" esconde fenômenos mais interessantes. A evolução em diferentes tipos de populações e ao longo de diferentes durações pode resultar na seleção de diferentes tipos de mutações. Prever a base genética da evolução requer uma síntese abrangente da biologia do desenvolvimento molecular e da genética de populações.},
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.2008.00450.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.2008.00450.x",
    openalex = "W2094005099",
    references = "doi101006dbio19960034, doi1010079783642866593, doi101016jibmb200403018, doi101038376479a0, doi101038nature05874, doi101073pnas9794530, doi101093genetics15141531, doi101093genetics16297, doi101098rspb19790086, doi101111j001438202000tb00002x, doi101126science1098095, doi101126science1113832, doi101126science29054941151, doi1023072529912, doi104159harvard9780674865327, doi105962bhltitle27468, doi105962bhltitle46292, doi105962bhltitle59991"
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As pressões evolutivas sobre proteínas são frequentemente quantificadas pela razão das taxas de substituição em sítios não sinônimos e sinônimos. A razão dN/dS foi originalmente desenvolvida para aplicação a sequências distantes, cujas diferenças representam substituições que se fixaram ao longo de linhagens independentes. No entanto, a medida dN/dS é frequentemente aplicada a sequências amostradas de uma única população, cujas diferenças representam polimorfismos segregantes. Aqui, estudamos a razão dN/dS esperada para amostras retiradas de uma única população sob seleção, e encontramos que, neste contexto, o dN/dS é relativamente insensível ao coeficiente de seleção. Além disso, a assinatura característica da seleção positiva ao longo de linhagens divergentes, dN/dS>1, é violada dentro de uma população. Para amostras de população, a relação entre seleção e dN/dS não segue uma função monotônica, e, portanto, pode ser impossível inferir pressões de seleção a partir do dN/dS. Estes resultados têm implicações significativas para a interpretação de medidas de dN/dS entre amostras de genética de populações.

@article{doi101371journalpgen1000304,
    author = "Kryazhimskiy, Sergey e Plotkin, Joshua B.",
    title = "A Genética de Populações de dN/dS",
    year = "2008",
    journal = "PLoS Genetics",
    abstract = "As pressões evolutivas sobre proteínas são frequentemente quantificadas pela razão das taxas de substituição em sítios não sinônimos e sinônimos. A razão dN/dS foi originalmente desenvolvida para aplicação a sequências distantes, cujas diferenças representam substituições que se fixaram ao longo de linhagens independentes. No entanto, a medida dN/dS é frequentemente aplicada a sequências amostradas de uma única população, cujas diferenças representam polimorfismos segregantes. Aqui, estudamos a razão dN/dS esperada para amostras retiradas de uma única população sob seleção, e encontramos que, neste contexto, o dN/dS é relativamente insensível ao coeficiente de seleção. Além disso, a assinatura característica da seleção positiva ao longo de linhagens divergentes, dN/dS>1, é violada dentro de uma população. Para amostras de população, a relação entre seleção e dN/dS não segue uma função monotônica, e, portanto, pode ser impossível inferir pressões de seleção a partir do dN/dS. Estes resultados têm implicações significativas para a interpretação de medidas de dN/dS entre amostras de genética de populações.",
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000304",
    doi = "10.1371/journal.pgen.1000304",
    openalex = "W2045641296",
    references = "doi101007978940115210512, doi101023a1017067816551, doi101146annureves23110192001403"
}

@article{doi101057jibs200995,
    author = "Cantwell, John e Dunning, John H. e Lundan, Sarianna M.",
    title = "Uma abordagem evolutiva para compreender a atividade de negócios internacionais: A co-evolução de MNEs e o ambiente institucional",
    year = "2009",
    journal = "Journal of International Business Studies",
    url = "https://doi.org/10.1057/jibs.2009.95",
    doi = "10.1057/jibs.2009.95",
    openalex = "W2093229054",
    references = "doi105860choice416654"
}

Muitas, se não a maioria, das enzimas podem catalisar promiscuamente reações, ou atuar sobre substratos, outros do que aqueles para os quais evoluíram. Aqui, discutimos as implicações estruturais, mecanísticas e evolutivas dessa manifestação de infidelidade do reconhecimento molecular. Definimos promiscuidade e fenômenos relacionados e também abordamos sua generalidade e implicações fisiológicas. Discutimos a enzimologia mecanística da promiscuidade—como enzimas, que geralmente exercem especificidade exata, catalisam outras, e às vezes mal relacionadas, reações. Finalmente, abordamos a hipótese de que atividades enzimáticas promiscuas servem como pontos de partida evolutivos e destacamos as características evolutivas únicas das funções enzimáticas promiscuas.

@article{doi101146annurevbiochem030409143718,
    author = "Khersonsky, Olga e Tawfik, Dan S.",
    title = "Promiscuidade Enzimática: Uma Perspectiva Mecanística e Evolutiva",
    year = "2010",
    journal = "Annual Review of Biochemistry",
    abstract = "Muitas, se não a maioria, das enzimas podem catalisar promiscuamente reações, ou atuar sobre substratos, outros do que aqueles para os quais evoluíram. Aqui, discutimos as implicações estruturais, mecanísticas e evolutivas dessa manifestação de infidelidade do reconhecimento molecular. Definimos promiscuidade e fenômenos relacionados e também abordamos sua generalidade e implicações fisiológicas. Discutimos a enzimologia mecanística da promiscuidade—como enzimas, que geralmente exercem especificidade exata, catalisam outras, e às vezes mal relacionadas, reações. Finalmente, abordamos a hipótese de que atividades enzimáticas promiscuas servem como pontos de partida evolutivos e destacamos as características evolutivas únicas das funções enzimáticas promiscuas.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-030409-143718",
    doi = "10.1146/annurev-biochem-030409-143718",
    openalex = "W2128312954",
    references = "doi1010079783642866593, doi101038nature06879, doi101038nrg2482, doi101073pnas95158420, doi101126science1123348, doi101126science1123539, doi101126science1152692, doi101126science860134, doi101146annurevmi30100176002205, doi105860choice370939, openalexw3086983054, openalexw588942190"
}

Muitas plantas com flores exibem modos reprodutivos duplos, produzindo descendentes tanto sexuais quanto assexuados. A forma mais comum de reprodução assexuada é o crescimento clonal, no qual módulos vegetativos (rametos) são produzidos pelo genótipo parental (genet). Em plantas, a reprodução sexual e assexuada geralmente ocorrem simultaneamente, o que pode levar a compromissos de alocação e antagonismo entre os modos reprodutivos. Nossa revisão considera as consequências ecológicas e evolutivas das interações funcionais entre a reprodução clonal e a polinização e o cruzamento. A reprodução clonal está comumente associada à floração em massa, dispersão restrita de pólen e autopolinização geitonógama, processos que podem resultar em depressão por endogamia e desconto de pólen. Revisamos evidências para a evolução correlacionada da clonalidade e dos sistemas sexuais, particularmente a incompatibilidade sexual, e identificamos vários mecanismos florais que funcionam para reduzir os custos de cruzamento limitando a autogamia e o desconto de pólen. Concluímos discutindo a perda da sexualidade em plantas clonais e considerando a base genética e ambiental da disfunção sexual.

@article{doi101146annurevecolsys110308120258,
    author = "Vallejo‐Marín, Mario e Dorken, Marcel E. e Barrett, Spencer C. H.",
    title = "Consequências Ecológicas e Evolutivas da Clonalidade para a Polinização de Plantas",
    year = "2010",
    journal = "Annual Review of Ecology Evolution and Systematics",
    abstract = "Muitas plantas com flores exibem modos reprodutivos duplos, produzindo descendentes tanto sexuais quanto assexuados. A forma mais comum de reprodução assexuada é o crescimento clonal, no qual módulos vegetativos (rametos) são produzidos pelo genótipo parental (genet). Em plantas, a reprodução sexual e assexuada geralmente ocorrem simultaneamente, o que pode levar a compromissos de alocação e antagonismo entre os modos reprodutivos. Nossa revisão considera as consequências ecológicas e evolutivas das interações funcionais entre a reprodução clonal e a polinização e o cruzamento. A reprodução clonal está comumente associada à floração em massa, dispersão restrita de pólen e autopolinização geitonógama, processos que podem resultar em depressão por endogamia e desconto de pólen. Revisamos evidências para a evolução correlacionada da clonalidade e dos sistemas sexuais, particularmente a incompatibilidade sexual, e identificamos vários mecanismos florais que funcionam para reduzir os custos de cruzamento limitando a autogamia e o desconto de pólen. Concluímos discutindo a perda da sexualidade em plantas clonais e considerando a base genética e ambiental da disfunção sexual.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.110308.120258",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.110308.120258",
    openalex = "W1993026968",
    references = "doi1010160304377093900688"
}

Mais de meio século se passou desde a integração de várias correntes de pensamento evolutivo no que veio a ser chamado de Síntese Moderna (SM), o quadro conceitual que definiu a teoria evolutiva desde a década de 1940. Apesar dos avanços significativos desde então em todos os domínios metodológicos e disciplinares da biologia, incluindo genética molecular, biologia do desenvolvimento e os campos "-ômicos", o quadro da Síntese Moderna permaneceu surpreendentemente inalterado. Embora ainda seja considerado o paradigma teórico padrão da biologia evolutiva, por vários anos agora dissidentes de diversos campos da biologia têm questionado aspectos da Síntese Moderna, e conceitos novos e fundamentais foram elaborados que se estendem além de seu escopo original (por exemplo, Maynard Smith e Szathmary 1995; Jablonka e Lamb 1995; Schlichting e Pigliucci 1998; Gould 2002; Muller e Newman 2003; Odling-Smee et al. 2003; West-Eberhard 2003; Kirschner e Gerhart 2005). Como resultado, os chamados por uma expansão do quadro da Síntese Moderna intensificaram-se (R. L. Carroll 2000; Love 2003a; Kutschera e Niklas 2004; Muller 2007; Pigliucci 2007; Rose e Oakley 2007; S. B. Carroll 2008), provocando mais debate científico (Pennisi 2008; Whitfield 2008). Sob o título "Síntese Estendida", este volume representa uma ampla revisão das ideias-chave neste programa de pesquisa multifacetado e uma primeira visão de uma teoria expandida da evolução como um trabalho em andamento. Reunimos alguns dos autores mais proeminentes que têm escrito sobre novas direções na biologia evolutiva e pedimos-lhes que expliquem onde eles acham que o campo está indo e como os novos conceitos se encaixam na visão da Síntese Moderna sobre o que é evolução. Alguns desses autores são céticos de que qualquer mudança fundamental seja discernível nas posições atuais, enquanto outros inclinam-se para revisões principais da SM. A maioria dos contribuintes cai em algum lugar no meio, aceitando muitos dos

@incollection{doi107551mitpress82780030003,
    author = "Pigliucci, Massimo and Müller, Gerd B.",
    title = "Elementos de uma Síntese Evolutiva Estendida",
    year = "2010",
    booktitle = "The MIT Press eBooks",
    abstract = "Mais de meio século se passou desde a integração de várias correntes de pensamento evolutivo no que veio a ser chamado de Síntese Moderna (SM), o quadro conceitual que definiu a teoria evolutiva desde a década de 1940. Apesar dos avanços significativos desde então em todos os domínios metodológicos e disciplinares da biologia, incluindo genética molecular, biologia do desenvolvimento e os campos "-ômicos", o quadro da Síntese Moderna permaneceu surpreendentemente inalterado. Embora ainda seja considerado o paradigma teórico padrão da biologia evolutiva, por vários anos agora dissidentes de diversos campos da biologia têm questionado aspectos da Síntese Moderna, e conceitos novos e fundamentais foram elaborados que se estendem além de seu escopo original (por exemplo, Maynard Smith e Szathmary 1995; Jablonka e Lamb 1995; Schlichting e Pigliucci 1998; Gould 2002; Muller e Newman 2003; Odling-Smee et al. 2003; West-Eberhard 2003; Kirschner e Gerhart 2005). Como resultado, os chamados por uma expansão do quadro da Síntese Moderna intensificaram-se (R. L. Carroll 2000; Love 2003a; Kutschera e Niklas 2004; Muller 2007; Pigliucci 2007; Rose e Oakley 2007; S. B. Carroll 2008), provocando mais debate científico (Pennisi 2008; Whitfield 2008). Sob o título "Síntese Estendida", este volume representa uma ampla revisão das ideias-chave neste programa de pesquisa multifacetado e uma primeira visão de uma teoria expandida da evolução como um trabalho em andamento. Reunimos alguns dos autores mais proeminentes que têm escrito sobre novas direções na biologia evolutiva e pedimos-lhes que expliquem onde eles acham que o campo está indo e como os novos conceitos se encaixam na visão da Síntese Moderna sobre o que é evolução. Alguns desses autores são céticos de que qualquer mudança fundamental seja discernível nas posições atuais, enquanto outros inclinam-se para revisões principais da SM. A maioria dos contribuintes cai em algum lugar no meio, aceitando muitos dos",
    url = "https://doi.org/10.7551/mitpress/8278.003.0003",
    doi = "10.7551/mitpress/8278.003.0003",
    openalex = "W2461851698",
    references = "doi101046j14209101200200455x"
}

@article{doi101038ng1034,
    author = "Toprak, Erdal e Veres, Adrian e Michel, Jean-Baptiste e Chait, Remy e Hartl, Daniel L. e Kishony, Roy",
    title = "Caminhos evolutivos para resistência a antibióticos sob seleção dinâmica sustentada por drogas",
    year = "2011",
    journal = "Nature Genetics",
    url = "https://doi.org/10.1038/ng.1034",
    doi = "10.1038/ng.1034",
    openalex = "W2012977051",
    references = "doi101126science1123539"
}

Explicar as origens de traços novos é central para a biologia evolutiva. A teoria consolidada sugere que a plasticidade do desenvolvimento, a capacidade de um indivíduo modificar seu desenvolvimento em resposta a condições ambientais, pode facilitar a evolução de traços novos. No entanto, se e como tal flexibilidade do desenvolvimento promove inovações que persistem ao longo do tempo evolutivo permanece incerto. Aqui, examinamos três maneiras distintas pelas quais a plasticidade do desenvolvimento pode promover inovação evolutiva. Primeiro, mostramos como o processo de acomodação genética fornece uma via viável e possivelmente comum pela qual fenótipos induzidos pelo ambiente podem se tornar sujeitos a modificação herdável. Segundo, postulamos que as bases do desenvolvimento da plasticidade aumentam os graus de liberdade pelos quais fatores ambientais e genéticos influenciam a ontogenia, diversificando assim os alvos para que os processos evolutivos atuem e aumentando as oportunidades para a construção de fenótipos novos, funcionais e potencialmente adaptativos. Finalmente, examinamos as arquiteturas genéticas do desenvolvimento da expressão de traços dependentes do ambiente e destacamos suas implicações específicas para a origem evolutiva de traços novos. Revisamos criticamente as evidências empíricas que suportam cada um desses processos e propomos experimentos e testes futuros que iluminariam ainda mais a interação entre fatores ambientais, desenvolvimento dependente de condições, e a iniciação e elaboração de fenótipos novos.

@article{doi101098rspb20110971,
    author = "Moczek, Armin P. e Sultan, Sonia E. e Foster, Susan A. e Ledón-Rettig, Cris C. e Dworkin, Ian e Nijhout, H. Fred e Abouheif, Ehab e Pfennig, David W.",
    title = "O papel da plasticidade do desenvolvimento na inovação evolutiva",
    year = "2011",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Explicar as origens de traços novos é central para a biologia evolutiva. A teoria consolidada sugere que a plasticidade do desenvolvimento, a capacidade de um indivíduo modificar seu desenvolvimento em resposta a condições ambientais, pode facilitar a evolução de traços novos. No entanto, se e como tal flexibilidade do desenvolvimento promove inovações que persistem ao longo do tempo evolutivo permanece incerto. Aqui, examinamos três maneiras distintas pelas quais a plasticidade do desenvolvimento pode promover inovação evolutiva. Primeiro, mostramos como o processo de acomodação genética fornece uma via viável e possivelmente comum pela qual fenótipos induzidos pelo ambiente podem se tornar sujeitos a modificação herdável. Segundo, postulamos que as bases do desenvolvimento da plasticidade aumentam os graus de liberdade pelos quais fatores ambientais e genéticos influenciam a ontogenia, diversificando assim os alvos para que os processos evolutivos atuem e aumentando as oportunidades para a construção de fenótipos novos, funcionais e potencialmente adaptativos. Finalmente, examinamos as arquiteturas genéticas do desenvolvimento da expressão de traços dependentes do ambiente e destacamos suas implicações específicas para a origem evolutiva de traços novos. Revisamos criticamente as evidências empíricas que suportam cada um desses processos e propomos experimentos e testes futuros que iluminariam ainda mais a interação entre fatores ambientais, desenvolvimento dependente de condições, e a iniciação e elaboração de fenótipos novos.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2011.0971",
    doi = "10.1098/rspb.2011.0971",
    openalex = "W2142774476",
    references = "doi101038sjhdy6800154, doi101098rstb20090263, doi101111j001438202003tb00377x, doi1023072411226"
}

@article{salverda2011evolutionary,
    author = "Salverda, Merijn L.M. e de Visser, J. Arjan G.M.",
    title = "Genética Evolutiva: Evolução com Visão de Futuro",
    year = "2011",
    journal = "Current Biology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cub.2011.04.023",
    doi = "10.1016/j.cub.2011.04.023",
    number = "10",
    pages = "R398-R400",
    volume = "21"
}

As ectossimbioses entre besouros-cortadores (Curculionidae, Scolytinae) e fungos (principalmente Ascomicetos ophiostomatoides) são amplamente distribuídas e diversas. As associações variam de mutualísticas a comensais, e de facultativas a obrigatórias. Alguns fungos são altamente específicos e associados apenas a uma única espécie de besouro, enquanto outros podem estar associados a muitos. Além disso, a maioria dessas simbioses é multipartida, com o besouro hospedeiro associado a dois ou mais parceiros consistentes. Os micângios, estruturas do tegumento do besouro que funcionam no transporte de fungos, evoluíram inúmeras vezes na subfamília Scolytinae. A evolução de estruturas tão complexas e especializadas indica um alto grau de dependência mútua entre os besouros e seus parceiros fúngicos. Infelizmente, os processos que moldaram as simbioses atuais de besouros e fungos permanecem pouco compreendidos. A filogenia, o grau e o tipo de dependência dos parceiros, o modo de transmissão dos simbiontes (vertical vs. horizontal), os efeitos do ambiente abiótico e as interações entre os próprios simbiontes ou com outros membros da comunidade biótica, desempenham papéis importantes na determinação da composição, fidelidade e longevidade das associações entre besouros e seus associados fúngicos. Nesta revisão, forneço uma visão geral dessas associações e discuto como a evolução e os processos ecológicos atuaram em conjunto para moldar essas simbioses fascinantes e complexas.

@article{doi103390insects3010339,
    author = "Six, Diana L.",
    title = "Determinantes Ecológicos e Evolutivos das Simbioses entre Besouros-cortadores e Fungos",
    year = "2012",
    journal = "Insects",
    abstract = "As ectossimbioses entre besouros-cortadores (Curculionidae, Scolytinae) e fungos (principalmente Ascomicetos ophiostomatoides) são amplamente distribuídas e diversas. As associações variam de mutualísticas a comensais, e de facultativas a obrigatórias. Alguns fungos são altamente específicos e associados apenas a uma única espécie de besouro, enquanto outros podem estar associados a muitos. Além disso, a maioria dessas simbioses é multipartida, com o besouro hospedeiro associado a dois ou mais parceiros consistentes. Os micângios, estruturas do tegumento do besouro que funcionam no transporte de fungos, evoluíram inúmeras vezes na subfamília Scolytinae. A evolução de estruturas tão complexas e especializadas indica um alto grau de dependência mútua entre os besouros e seus parceiros fúngicos. Infelizmente, os processos que moldaram as simbioses atuais de besouros e fungos permanecem pouco compreendidos. A filogenia, o grau e o tipo de dependência dos parceiros, o modo de transmissão dos simbiontes (vertical vs. horizontal), os efeitos do ambiente abiótico e as interações entre os próprios simbiontes ou com outros membros da comunidade biótica, desempenham papéis importantes na determinação da composição, fidelidade e longevidade das associações entre besouros e seus associados fúngicos. Nesta revisão, forneço uma visão geral dessas associações e discuto como a evolução e os processos ecológicos atuaram em conjunto para moldar essas simbioses fascinantes e complexas.",
    url = "https://doi.org/10.3390/insects3010339",
    doi = "10.3390/insects3010339",
    openalex = "W1982731458",
    references = "doi101093oso97801951315430010001"
}

@article{doi101038nrg3483,
    author = "Stern, David L.",
    title = "As causas genéticas da evolução convergente",
    year = "2013",
    journal = "Nature Reviews Genetics",
    url = "https://doi.org/10.1038/nrg3483",
    doi = "10.1038/nrg3483",
    openalex = "W2046793790",
    references = "doi101016jcell200806030, doi101016jtree200709008, doi101038287795a0, doi101038nature10944, doi101038nature11041, doi101038ng1946, doi101038nrg2452, doi101073pnas9794530, doi101093acref97801995711230010001, doi101105tpc115949, doi101111j001438202000tb00544x, doi101111j15585646200800450x, doi101111j15585646201101289x, doi101126science1113832, doi101126science1123539, doi101126science1188021, doi101126science1208227, doi101146annurevento451371, openalexw2080618944"
}

Sistemas naturais abrigam interações complexas que são partes fundamentais da ecologia e da evolução. Essas interações desafiam nossas inclinações e treinamento para buscar as explicações mais simples para os padrões na natureza. Não menos importante é a probabilidade de que alguns processos complexos possam ser perdidos quando seus padrões parecem semelhantes às previsões para mecanismos mais simples. Ao longo dessas linhas, a teoria e as evidências empíricas sugerem cada vez mais que os processos ambientais, ecológicos, fenotípicos e genéticos podem estar intimamente entrelaçados, resultando em dinâmicas eco‐evolutivas complexas e às vezes surpreendentes. O objetivo desta revisão é moderar as inclinações de buscar incansavelmente as explicações mais simples em ecologia e evolução, reconhecendo que alguns resultados eco‐evolutivos podem parecer muito semelhantes a expectativas puramente ecológicas, puramente evolutivas ou até mesmo nulas, e, portanto, serem ocultos. Fornecemos evidências teóricas e empíricas para vieses observacionais e mecanismos que podem operar entre os vários elos nos feedbacks eco‐evolutivos para produzir padrões ocultos. O reconhecimento de que as dinâmicas ocultas podem estar associadas a resultados como estabilidade, resiliência, recuperação ou coexistência em um mundo dinamicamente em mudança fornece um impulso adicional para encontrar maneiras de estudá-las.

@article{doi101111nyas12974,
    author = "Kinnison, Michael T. and Hairston, Nelson G. and Hendry, Andrew P.",
    title = "Cryptic eco‐evolutionary dynamics",
    year = "2015",
    journal = "Annals of the New York Academy of Sciences",
    abstract = "Natural systems harbor complex interactions that are fundamental parts of ecology and evolution. These interactions challenge our inclinations and training to seek the simplest explanations of patterns in nature. Not least is the likelihood that some complex processes might be missed when their patterns look similar to predictions for simpler mechanisms. Along these lines, theory and empirical evidence increasingly suggest that environmental, ecological, phenotypic, and genetic processes can be tightly intertwined, resulting in complex and sometimes surprising eco‐evolutionary dynamics. The goal of this review is to temper inclinations to unquestioningly seek the simplest explanations in ecology and evolution, by recognizing that some eco‐evolutionary outcomes may appear very similar to purely ecological, purely evolutionary, or even null expectations, and thus be cryptic. We provide theoretical and empirical evidence for observational biases and mechanisms that might operate among the various links in eco‐evolutionary feedbacks to produce cryptic patterns. Recognition that cryptic dynamics can be associated with outcomes like stability, resilience, recovery, or coexistence in a dynamically changing world provides added impetus for finding ways to study them.",
    url = "https://doi.org/10.1111/nyas.12974",
    doi = "10.1111/nyas.12974",
    openalex = "W2173108007",
    references = "doi101093oso97801951315430010001"
}

@article{doi101038nrg2016104,
    author = "Lynch, Michael e Ackerman, Matthew S. e Goût, Jean-François e Long, Hongan e Sung, Way e Thomas, W. Kelley e Foster, Patricia L.",
    title = "Deriva genética, seleção e a evolução da taxa de mutação",
    year = "2016",
    journal = "Nature Reviews Genetics",
    url = "https://doi.org/10.1038/nrg.2016.104",
    doi = "10.1038/nrg.2016.104",
    openalex = "W2529873061",
    references = "doi1010021521187820001222121057aidbies330co2w, doi101016jtig201005003, doi101038nrg2146, doi101073pnas0404656101"
}

processo que transcende o substrato no qual ocorre. De fato, muitos pesquisadores no campo da evolução digital podem fornecer exemplos de como seus algoritmos e organismos em evolução subverteram criativamente suas expectativas ou intenções, expuseram bugs não reconhecidos em seu código, produziram adaptações inesperadas ou se envolveram em comportamentos e resultados, estranhamente convergentes com os encontrados na natureza. Tais histórias rotineiramente revelam surpresa e criatividade por parte da evolução nesses mundos digitais, mas raramente se encaixam na narrativa científica padrão. Em vez disso, elas são frequentemente tratadas como meros obstáculos a serem superados, em vez de resultados que merecem estudo por si sós. Bugs são corrigidos, experimentos são refocados e surpresas únicas são colapsadas em um único ponto de dados. As próprias histórias são trocadas entre pesquisadores por meio da tradição oral, mas esse modo de transmissão de informações é ineficiente e propenso a erros e perda total. Além disso, o fato de que essas histórias tendem a ser compartilhadas apenas entre praticantes significa que muitos cientistas naturais não percebem o quão interessantes e semelhantes à vida são os organismos digitais e o quão natural pode ser sua evolução. Até onde sabemos, nenhuma coleção de tais anedotas foi publicada anteriormente. Este artigo é o produto crowdsourced de pesquisadores nos campos de vida artificial e computação evolutiva que forneceram relatos em primeira mão de tais casos. Assim, ele serve como uma coleção escrita e verificada factualmente de histórias cientificamente importantes e até mesmo divertidas. Ao fazê-lo, também apresentamos aqui evidências substanciais de que a existência e a importância das surpresas evolutivas se estendem além do mundo natural e podem, de fato, ser uma propriedade universal de todos os sistemas complexos em evolução.

@article{doi101162artla00319,
    author = "Lehman, Joel and Clune, Jeff and Misevic, Dusan and Adami, Christoph and Altenberg, Lee and Beaulieu, Julie and Bentley, Peter J. and BERNARD, S and Beslon, Guillaume and Bryson, David M. and Cheney, Nick and Chrabąszcz, Patryk and Cully, Antoine and Doncieux, Stéphane and Dyer, Fred C. and Ellefsen, Kai Olav and Feldt, Robert and Fischer, Stephan and Forrest, Stephanie and Frénoy, Antoine and Gagné, Christian and Goff, Léni Le and Grabowski, Laura M. and Hodjat, Babak and Hutter, Frank and Keller, Laurent and Knibbe, Carole and Krčah, Peter and Lenski, Richard E. and Lipson, Hod and MacCurdy, Robert and Maestre, Carlos and Miikkulainen, Risto and Mitri, Sara and Moriarty, David E. and Mouret, Jean-Baptiste and Nguyen, Anh and Ofria, Charles and Parizeau, Marc and Parsons, David and Pennock, Robert T. and Punch, William F. and Ray, Thomas S. and Schoenauer, Marc and Schulte, Eric and Sims, Karl and Stanley, Kenneth O. and Taddei, François and Tarapore, Danesh and Thibault, Simon and Watson, Richard A. and Weimer, Westley and Yosinski, Jason",
    title = "The Surprising Creativity of Digital Evolution: A Collection of Anecdotes from the Evolutionary Computation and Artificial Life Research Communities",
    year = "2020",
    journal = "Artificial Life",
    abstract = "processo que transcende o substrato no qual ocorre. De fato, muitos pesquisadores no campo da evolução digital podem fornecer exemplos de como seus algoritmos e organismos em evolução subverteram criativamente suas expectativas ou intenções, expuseram bugs não reconhecidos em seu código, produziram adaptações inesperadas ou se envolveram em comportamentos e resultados, estranhamente convergentes com os encontrados na natureza. Tais histórias rotineiramente revelam surpresa e criatividade por parte da evolução nesses mundos digitais, mas raramente se encaixam na narrativa científica padrão. Em vez disso, elas são frequentemente tratadas como meros obstáculos a serem superados, em vez de resultados que merecem estudo por si sós. Bugs são corrigidos, experimentos são refocados e surpresas únicas são colapsadas em um único ponto de dados. As próprias histórias são trocadas entre pesquisadores por meio da tradição oral, mas esse modo de transmissão de informações é ineficiente e propenso a erros e perda total. Além disso, o fato de que essas histórias tendem a ser compartilhadas apenas entre praticantes significa que muitos cientistas naturais não percebem o quão interessantes e semelhantes à vida são os organismos digitais e o quão natural pode ser sua evolução. Até onde sabemos, nenhuma coleção de tais anedotas foi publicada anteriormente. Este artigo é o produto crowdsourced de pesquisadores nos campos de vida artificial e computação evolutiva que forneceram relatos em primeira mão de tais casos. Assim, ele serve como uma coleção escrita e verificada factualmente de histórias cientificamente importantes e até mesmo divertidas. Ao fazê-lo, também apresentamos aqui evidências substanciais de que a existência e a importância das surpresas evolutivas se estendem além do mundo natural e podem, de fato, ser uma propriedade universal de todos os sistemas complexos em evolução.",
    url = "https://doi.org/10.1162/artl\_a\_00319",
    doi = "10.1162/artl\_a\_00319",
    openalex = "W3015475346",
    references = "doi101017cbo9780511730191, doi101038nature01151"
}

São apresentados os resultados da síntese da genética evolutiva e da genética do desenvolvimento, explicam-se as causas da crise da genética evolutiva e as formas de superá-la, e explica-se o mecanismo de especiação de organismos superiores. Palavras-chave: nova síntese evolutiva, genética evolutiva, genética da ontogênese, programa morfogenético, genes do desenvolvimento.

@article{vagyn2021evolution,
    author = "Vagyn, Yu. V.",
    title = "Evolução do darwinismo. Uma nova síntese evolutiva: combinando genética evolutiva e genética do desenvolvimento",
    year = "2021",
    journal = "Visnik ukrains'kogo tovaristva genetikiv i selekcioneriv",
    abstract = "São apresentados os resultados da síntese da genética evolutiva e da genética do desenvolvimento, explicam-se as causas da crise da genética evolutiva e as formas de superá-la, e explica-se o mecanismo de especiação de organismos superiores. Palavras-chave: nova síntese evolutiva, genética evolutiva, genética da ontogênese, programa morfogenético, genes do desenvolvimento.",
    url = "https://doi.org/10.7124/visnyk.utgis.18.1-2.1356",
    doi = "10.7124/visnyk.utgis.18.1-2.1356",
    number = "1-2",
    openalex = "W3134902110",
    pages = "70-75",
    volume = "18",
    references = "doi105860choice474406, doi105962bhltitle61216, doi107124visnykutgis161904, doi107124visnykutgis1711201"
}