Isolamento geográfico

@book{simpson1980splendid1,
    author = "Simpson, G. G",
    title = "Splendid Isolation",
    year = "1980",
    publisher = "The Curious History of South American Mammals: New Haven, Connecticut, Ylae University Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Simpson, G. G., 1980, Splendid Isolation: The Curious History of South American Mammals: New Haven, Connecticut, Ylae University Press.}"
}

Mostra-se que, para dados de frequência alélica, uma medida útil da extensão do fluxo gênico entre um par de populações é M∘=(1/FST-1)/4, que é o nível estimado de fluxo gênico em um modelo de ilhas em equilíbrio. Para dados de sequências de DNA, a mesma fórmula pode ser usada se F ST for substituído por N ST. Em uma população com dispersão restrita, a teoria analítica mostra que existe uma relação simples entre M̂ e a distância geográfica tanto em populações em equilíbrio quanto fora de equilíbrio e que essa relação é aproximadamente independente da taxa de mutação quando a taxa de mutação é pequena. Resultados de simulação mostram que, com tamanhos de amostra razoáveis, o isolamento por distância pode, de fato, ser detectado e que, pelo menos em alguns casos, padrões fora de equilíbrio podem ser distinguidos. Essa abordagem para analisar o isolamento por distância é usada para dois conjuntos de dados de aloenzimas, um de gaivotas e outro de esquilos-de-bolsa.

@article{doi101111j155856461993tb01215x,
    author = "Slatkin, Montgomery",
    title = "ISOLATION BY DISTANCE IN EQUILIBRIUM AND NON-EQUILIBRIUM POPULATIONS",
    year = "1993",
    journal = "Evolução",
    abstract = "Mostra-se que, para dados de frequência alélica, uma medida útil da extensão do fluxo gênico entre um par de populações é M∘=(1/FST-1)/4, que é o nível estimado de fluxo gênico em um modelo de ilhas em equilíbrio. Para dados de sequências de DNA, a mesma fórmula pode ser usada se F ST for substituído por N ST. Em uma população com dispersão restrita, a teoria analítica mostra que existe uma relação simples entre M̂ e a distância geográfica tanto em populações em equilíbrio quanto fora de equilíbrio e que essa relação é aproximadamente independente da taxa de mutação quando a taxa de mutação é pequena. Resultados de simulação mostram que, com tamanhos de amostra razoáveis, o isolamento por distância pode, de fato, ser detectado e que, pelo menos em alguns casos, padrões fora de equilíbrio podem ser distinguidos. Essa abordagem para analisar o isolamento por distância é usada para dois conjuntos de dados de aloenzimas, um de gaivotas e outro de esquilos-de-bolsa.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1993.tb01215.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1993.tb01215.x",
    openalex = "W1974744321",
    references = "doi101086282771, doi101093genetics1053767"
}

Formalizamos o uso de frequência alélica e informações geográficas para a construção de árvores gênicas no nível intraspecífico e estendemos o conceito de parcimônia evolutiva à parcimônia de variância molecular. O princípio central é considerar uma árvore gênica particular como uma variável a ser otimizada na estimação de um dado estatístico populacional. Propomos três estatísticas populacionais relacionadas a componentes de variância e que são funções explícitas de informações filogenéticas. A metodologia é aplicada no contexto de árvores geradoras mínimas (MSTs) e dados de restrição de DNA mitocondrial humano, mas poderia ser estendida para acomodar outros procedimentos de construção de árvores, bem como outros tipos de dados. Buscamos árvores ótimas por otimização heurística sobre um espaço de busca de mais de 1,29 bilhão de MSTs. Este número muito grande de árvores igualmente parcimoniosas sublinha a falta de resolução dos procedimentos convencionais de parcimônia. Esta falta de resolução é destacada pela observação de que árvores igualmente parcimoniosas produzem estimativas muito diferentes da diversidade genética populacional e da estrutura genética, conforme mostrado pelas distribuições nulas das estatísticas populacionais, obtidas pela avaliação de 10.000 MSTs aleatórios. Propomos um teste não paramétrico para a similaridade entre quaisquer duas árvores, baseado na distribuição de uma correlação coevolutiva ponderada. A capacidade de testar a parentesco entre árvores leva à definição de uma classe de soluções em vez de uma única solução. Os membros da classe compartilham virtualmente toda a estrutura interna crítica da árvore, mas diferem na colocação das pontas de ramos únicos.

@article{doi101093genetics1361343,
    author = "Excoffier, Laurent and Smouse, Peter E.",
    title = "Using allele frequencies and geographic subdivision to reconstruct gene trees within a species: molecular variance parsimony.",
    year = "1994",
    journal = "Genetics",
    abstract = "We formalize the use of allele frequency and geographic information for the construction of gene trees at the intraspecific level and extend the concept of evolutionary parsimony to molecular variance parsimony. The central principle is to consider a particular gene tree as a variable to be optimized in the estimation of a given population statistic. We propose three population statistics that are related to variance components and that are explicit functions of phylogenetic information. The methodology is applied in the context of minimum spanning trees (MSTs) and human mitochondrial DNA restriction data, but could be extended to accommodate other tree-making procedures, as well as other data types. We pursue optimal trees by heuristic optimization over a search space of more than 1.29 billion MSTs. This very large number of equally parsimonious trees underlines the lack of resolution of conventional parsimony procedures. This lack of resolution is highlighted by the observation that equally parsimonious trees yield very different estimates of population genetic diversity and genetic structure, as shown by null distributions of the population statistics, obtained by evaluation of 10,000 random MSTs. We propose a non-parametric test for the similarity between any two trees, based on the distribution of a weighted coevolutionary correlation. The ability to test for tree relatedness leads to the definition of a class of solutions instead of a single solution. Members of the class share virtually all of the critical internal structure of the tree but differ in the placement of singleton branch tips.",
    url = "https://doi.org/10.1093/genetics/136.1.343",
    doi = "10.1093/genetics/136.1.343",
    openalex = "W2287087292"
}

@article{lomolino1995splendid,
    author = "Lomolino, M. V. e Channell, R.",
    title = "Splendid Isolation: Padrões de Colapso de Faixa Geográfica em Mamíferos em Perigo de Extinção",
    year = "1995",
    journal = "Journal of Mammalogy",
    url = "https://doi.org/10.2307/1382345",
    doi = "10.2307/1382345",
    number = "2",
    pages = "335-347",
    volume = "76"
}

▪ Resumo Estudos biogeográficos comparativos e quantitativos estão revelando padrões empíricos de variação interespecífica nos tamanhos, formas, limites e estruturas internas de faixas geográficas; esses padrões prometem contribuir para a compreensão dos processos históricos e ecológicos que influenciam as distribuições das espécies. Esta revisão foca nas características das faixas que parecem refletir as influências de fatores limitantes ambientais e dispersão. Entre os organismos como um todo, o tamanho da faixa varia por mais de 12 ordens de magnitude. Dentro de gêneros, famílias, ordens e classes de plantas e animais, o tamanho da faixa frequentemente varia por várias ordens de magnitude, e essa variação está associada à variação no tamanho corporal, densidade populacional, modo de dispersão, latitude, altitude e profundidade (em sistemas marinhos). As formas das faixas e as mudanças dinâmicas nos limites das faixas refletem as influências interativas de condições ambientais limitantes (variáveis de nicho) e dinâmicas de dispersão/extinção. Esses processos também presumivelmente explicam a maior parte da estrutura interna das faixas: os padrões espaciais e as ordens de magnitude da variação na abundância de espécies entre locais dentro de suas faixas. Os resultados desse tipo de "biogeografia ecológica" precisam ser integrados aos resultados das abordagens filogenéticas e paleoambientais para a "biogeografia histórica" para que possamos melhor entender os processos que determinaram as distribuições geográficas dos organismos.

@article{doi101146annurevecolsys271597,
    author = "Brown, James H. e Stevens, George C. e Kaufman, Dawn M.",
    title = "THE GEOGRAPHIC RANGE: Tamanho, Forma, Limites e Estrutura Interna",
    year = "1996",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "▪ Resumo Estudos biogeográficos comparativos e quantitativos estão revelando padrões empíricos de variação interespecífica nos tamanhos, formas, limites e estruturas internas de faixas geográficas; esses padrões prometem contribuir para a compreensão dos processos históricos e ecológicos que influenciam as distribuições das espécies. Esta revisão foca nas características das faixas que parecem refletir as influências de fatores limitantes ambientais e dispersão. Entre os organismos como um todo, o tamanho da faixa varia por mais de 12 ordens de magnitude. Dentro de gêneros, famílias, ordens e classes de plantas e animais, o tamanho da faixa frequentemente varia por várias ordens de magnitude, e essa variação está associada à variação no tamanho corporal, densidade populacional, modo de dispersão, latitude, altitude e profundidade (em sistemas marinhos). As formas das faixas e as mudanças dinâmicas nos limites das faixas refletem as influências interativas de condições ambientais limitantes (variáveis de nicho) e dinâmicas de dispersão/extinção. Esses processos também presumivelmente explicam a maior parte da estrutura interna das faixas: os padrões espaciais e as ordens de magnitude da variação na abundância de espécies entre locais dentro de suas faixas. Os resultados desse tipo de "biogeografia ecológica" precisam ser integrados aos resultados das abordagens filogenéticas e paleoambientais para a "biogeografia histórica" para que possamos melhor entender os processos que determinaram as distribuições geográficas dos organismos.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.27.1.597",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.27.1.597",
    openalex = "W2170505236",
    references = "doi10103823876, doi10106312995555, doi101086284267, doi101086284880, doi101086284913, doi101093aesa492190, doi101111j1469185x1983tb00380x, doi101126science24348951145, doi1023071382345, doi1023071933500, doi1023071940431, doi1023072259626, doi1023073544021, doi1023073669094, jablonski1983larval, lomolino1995splendid, openalexw1500291103, openalexw1989371375"
}

Em um trabalho anterior, em seu estudo, Greenberg et al. usaram substituição gênica direcionada para construir linhagens com diferentes alelos do locus desaturase-2 (desat2) — um gene envolvido na síntese de hidrocarbonetos cuticulares. Eles descobriram que diferentes alelos tiveram efeitos diferentes nas respostas das moscas ao estresse de frio e de fome: os portadores do alelo africano e caribenho (ds2 Z) consistentemente tiveram menor resistência ao frio e maior resistência à fome do que os portadores do alelo cosmopolita (ds2 M). Como havia evidências anteriores de isolamento sexual entre portadores de diferentes alelos desat2 (fêmeas africanas homozigotas para ds2 Z discriminam contra machos não-africanos homozigotos para ds2 M; Fang et al. 2002), possivelmente porque diferentes hidrocarbonetos cuticulares atuam como sinais de acasalamento,

@article{doi101111j001438202006tb01143x,
    author = "Coyne, Jerry A. e Elwyn, Susannah",
    title = "DESATURASE‐2, ADAPTAÇÃO AMBIENTAL E ISOLAMENTO SEXUAL EM DROSOPHILA MELANOGASTER",
    year = "2006",
    journal = "Evolução",
    abstract = "Em um trabalho anterior, em seu estudo, Greenberg et al. usaram substituição gênica direcionada para construir linhagens com diferentes alelos do locus desaturase-2 (desat2) — um gene envolvido na síntese de hidrocarbonetos cuticulares. Eles descobriram que diferentes alelos tiveram efeitos diferentes nas respostas das moscas ao estresse de frio e de fome: os portadores do alelo africano e caribenho (ds2 Z) consistentemente tiveram menor resistência ao frio e maior resistência à fome do que os portadores do alelo cosmopolita (ds2 M). Como havia evidências anteriores de isolamento sexual entre portadores de diferentes alelos desat2 (fêmeas africanas homozigotas para ds2 Z discriminam contra machos não-africanos homozigotos para ds2 M; Fang et al. 2002), possivelmente porque diferentes hidrocarbonetos cuticulares atuam como sinais de acasalamento,",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.0014-3820.2006.tb01143.x",
    doi = "10.1111/j.0014-3820.2006.tb01143.x",
    openalex = "W4236671098",
    references = "doi101086428388, doi101093genetics1622781, doi101111j001438202006tb01106x, doi101111j001438202006tb01142x, doi101126science1090432"
}

Na biogeografia histórica, os métodos de inferência baseados em modelos para reconstruir a evolução de faixas geográficas em árvores filogenéticas estão pouco desenvolvidos em comparação com a diversidade de métodos análogos disponíveis para inferir a evolução de caracteres. Tentamos corrigir essa deficiência construindo um modelo de dispersão-extinção-cladogênese (DEC) para a evolução de faixas geográficas que especifica taxas de transição instantânea entre estados discretos (faixas) ao longo de ramos filogenéticos e aplicamos-o para estimar verossimilhanças de estados ancestrais (cenários de herança de faixa) em eventos de cladogênese. Diferente de uma versão anterior dessa abordagem, o presente modelo permite uma solução analítica para as probabilidades de transições de faixa como função do tempo, permitindo que os parâmetros livres do modelo, as taxas de dispersão e a extinção local sejam estimados por máxima verossimilhança. Os resultados das simulações indicam que a obtenção de estimativas precisas de parâmetros pode ser difícil na prática, mas também mostram que os cenários de herança de faixa ancestral podem, no entanto, ser corretamente recuperados com alto sucesso se as taxas de evolução de faixa forem baixas em relação à taxa de cladogênese. Aplicamos o modelo DEC a um estudo de caso exemplar previamente publicado de biogeografia de ilhas envolvendo angiospermas endêmicas havaianas em Psychotria (Rubiaceae), demonstrando como o modelo DEC pode ser refinado iterativamente ao inspecionar inferências de evolução de faixa e também como restrições geológicas envolvendo tempos de origem das ilhas podem ser impostas à função de verossimilhança. O modelo DEC é suficientemente similar aos modelos de caracteres que pode servir como uma porta de entrada através da qual muitos métodos comparativos existentes para caracteres poderiam ser importados para o domínio da biogeografia histórica; além disso, também pode inspirar a expansão conceitual dos modelos de caracteres para incluir a mudança evolutiva como diretamente coincidente, seja como causa ou consequência, com eventos de cladogênese. O modelo DEC é, portanto, um avanço incremental que destaca um potencial considerável no campo incipiente de inferência biogeográfica histórica baseada em modelos.

@article{doi10108010635150701883881,
    author = "Ree, Richard H. e Smith, Stephen A.",
    title = "Inferência de Máxima Verossimilhança da Evolução de Faixas Geográficas por Dispersão, Extinção Local e Cladogênese",
    year = "2008",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Na biogeografia histórica, os métodos de inferência baseados em modelos para reconstruir a evolução de faixas geográficas em árvores filogenéticas estão pouco desenvolvidos em comparação com a diversidade de métodos análogos disponíveis para inferir a evolução de caracteres. Tentamos corrigir essa deficiência construindo um modelo de dispersão-extinção-cladogênese (DEC) para a evolução de faixas geográficas que especifica taxas de transição instantânea entre estados discretos (faixas) ao longo de ramos filogenéticos e aplicamos-o para estimar verossimilhanças de estados ancestrais (cenários de herança de faixa) em eventos de cladogênese. Diferente de uma versão anterior dessa abordagem, o presente modelo permite uma solução analítica para as probabilidades de transições de faixa como função do tempo, permitindo que os parâmetros livres do modelo, as taxas de dispersão e a extinção local sejam estimados por máxima verossimilhança. Os resultados das simulações indicam que a obtenção de estimativas precisas de parâmetros pode ser difícil na prática, mas também mostram que os cenários de herança de faixa ancestral podem, no entanto, ser corretamente recuperados com alto sucesso se as taxas de evolução de faixa forem baixas em relação à taxa de cladogênese. Aplicamos o modelo DEC a um estudo de caso exemplar previamente publicado de biogeografia de ilhas envolvendo angiospermas endêmicas havaianas em Psychotria (Rubiaceae), demonstrando como o modelo DEC pode ser refinado iterativamente ao inspecionar inferências de evolução de faixa e também como restrições geológicas envolvendo tempos de origem das ilhas podem ser impostas à função de verossimilhança. O modelo DEC é suficientemente similar aos modelos de caracteres que pode servir como uma porta de entrada através da qual muitos métodos comparativos existentes para caracteres poderiam ser importados para o domínio da biogeografia histórica; além disso, também pode inspirar a expansão conceitual dos modelos de caracteres para incluir a mudança evolutiva como diretamente coincidente, seja como causa ou consequência, com eventos de cladogênese. O modelo DEC é, portanto, um avanço incremental que destaca um potencial considerável no campo incipiente de inferência biogeográfica histórica baseada em modelos.",
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150701883881",
    doi = "10.1080/10635150701883881",
    openalex = "W2101095863",
    references = "doi101007bf01734359, doi10108010635150390192780, doi10108010635150490522232, doi10108010635150701607033, doi101080106351599260184, doi101086503444, doi101093sysbio461195, doi101098rspb19940006, doi101111j001438202005tb00940x, doi101111j155856461997tb05095x"
}

A estrutura filogeográfica do melro‐fada esplêndido Malurus splendens, amplamente distribuído em áreas áridas e semi‐áridas da Austrália, foi investigada utilizando a variação em caracteres de plumagem e DNA mitocondrial (mtDNA). Examinamos sequências do gene ND2 do mtDNA e utilizamos espectrofotometria para quantificar a variação cromática na plumagem a fim de testar a taxonomia intraspecífica baseada na morfologia atual de M. splendens e discriminar entre hipóteses que invocam processos alopátricos e parapátricos na origem da diversidade no complexo. A diversidade genética de M. splendens dividiu‐se em três clados geograficamente estruturados divergentes. Um representa populações atribuídas à subespécie ocidental M. s. splendens, o outro populações centrais de M. s. musgravi e o terceiro todas as populações orientais atualmente atribuídas a M. s. emmottorum e M. s. melanotus. Os padrões de plumagem diferenciam claramente M. s. splendens e M. s. musgravi, e a espectrofotometria identificou uma transição passo‐a‐passo nos espectros entre M. s. melanotus e M. s. emmottorum. A congruência dos padrões de variação fenotípica e genética entre populações ocidentais, centrais e orientais de M. splendens sugere fortemente que essas populações divergiram em alopatria em ambos os lados de barreiras biogeográficas históricas nesta região. Padrões desacoplados de diversidade fenotípica e genética sugerem que a divergência de M. s. melanotus e M. s. emmottorum pode ter ocorrido sem períodos de isolamento, talvez em resposta a diferenças nas condições ambientais locais, ou alternativamente, o mtDNA e a plumagem podem ter taxas diferentes de evolução. Criticamente, encontramos problemas com a colocação da raiz do complexo M. splendens. A raiz foi colocada dentro da subespécie M. s. splendens, separando suas populações norte e sul e tornando a subespécie parafilética.

@article{doi101111j1600048x200804383x,
    author = "Kearns, Anna M. and Joseph, Leo and Edwards, Scott V. and Double, Michael C.",
    title = "Inferring the phylogeography and evolutionary history of the splendid fairy‐wren Malurus splendens from mitochondrial DNA and spectrophotometry",
    year = "2008",
    journal = "Journal of Avian Biology",
    abstract = "A estrutura filogeográfica do melro‐fada esplêndido Malurus splendens, amplamente distribuído em áreas áridas e semi‐áridas da Austrália, foi investigada utilizando a variação em caracteres de plumagem e DNA mitocondrial (mtDNA). Examinamos sequências do gene ND2 do mtDNA e utilizamos espectrofotometria para quantificar a variação cromática na plumagem a fim de testar a taxonomia intraspecífica baseada na morfologia atual de M. splendens e discriminar entre hipóteses que invocam processos alopátricos e parapátricos na origem da diversidade no complexo. A diversidade genética de M. splendens dividiu‐se em três clados geograficamente estruturados divergentes. Um representa populações atribuídas à subespécie ocidental M. s. splendens, o outro populações centrais de M. s. musgravi e o terceiro todas as populações orientais atualmente atribuídas a M. s. emmottorum e M. s. melanotus. Os padrões de plumagem diferenciam claramente M. s. splendens e M. s. musgravi, e a espectrofotometria identificou uma transição passo‐a‐passo nos espectros entre M. s. melanotus e M. s. emmottorum. A congruência dos padrões de variação fenotípica e genética entre populações ocidentais, centrais e orientais de M. splendens sugere fortemente que essas populações divergiram em alopatria em ambos os lados de barreiras biogeográficas históricas nesta região. Padrões desacoplados de diversidade fenotípica e genética sugerem que a divergência de M. s. melanotus e M. s. emmottorum pode ter ocorrido sem períodos de isolamento, talvez em resposta a diferenças nas condições ambientais locais, ou alternativamente, o mtDNA e a plumagem podem ter taxas diferentes de evolução. Criticamente, encontramos problemas com a colocação da raiz do complexo M. splendens. A raiz foi colocada dentro da subespécie M. s. splendens, separando suas populações norte e sul e tornando a subespécie parafilética.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1600-048x.2008.04383.x",
    doi = "10.1111/j.1600-048x.2008.04383.x",
    openalex = "W2079869095",
    references = "doi101046j1365294x200001020x, doi101093bioinformatics149817, doi101093bioinformatics178754, doi101093bioinformaticsbtg359, doi101093genetics1233585, doi101093genetics1472915, doi101093oxfordjournalsmolbeva026201, doi1013851592591922365, doi105860choice392183, openalexw2994240441"
}

A compreensão dos determinantes dos limites geográficos de distribuição das espécies permanece pouco integrada. Em parte, isso se deve à diversidade de perspectivas sobre o assunto e ao fato de que os estudos empíricos têm ficado substancialmente atrás dos desenvolvimentos na teoria. Aqui, forneço uma visão geral abrangente, reunindo muitos dos fios dispersos, considerando, por sua vez, como as influências nos termos de uma equação simples de população única podem determinar os limites de distribuição. Existem evidências teóricas e empíricas para mudanças sistemáticas em direção aos limites de distribuição em certas circunstâncias em cada um dos parâmetros demográficos. No entanto, em outras circunstâncias, tais mudanças podem não ocorrer em parâmetros específicos, ou podem ocorrer em uma direção diferente, com a limitação ainda ocorrendo. Isso sugere que (i) pouco sobre a limitação de distribuição pode ser inferido categoricamente de muitos estudos empíricos, que documentam mudanças em apenas um parâmetro demográfico, (ii) há necessidade de estudos que documentem variações em todos os parâmetros, e (iii) em concordância com as evidências teóricas de que os limites de distribuição podem ser formados na presença ou ausência de fronteiras rígidas, gradientes ambientais ou interações bióticas, pode haver poucos padrões gerais sobre os determinantes desses limites, com a maioria das generalidades alegadas tendo pelo menos muitas exceções.

@article{doi101098rspb20081480,
    author = "Gaston, Kevin J.",
    title = "Geographic range limits: achieving synthesis",
    year = "2009",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "Understanding of the determinants of species' geographic range limits remains poorly integrated. In part, this is because of the diversity of perspectives on the issue, and because empirical studies have lagged substantially behind developments in theory. Here, I provide a broad overview, drawing together many of the disparate threads, considering, in turn, how influences on the terms of a simple single-population equation can determine range limits. There is theoretical and empirical evidence for systematic changes towards range limits under some circumstances in each of the demographic parameters. However, under other circumstances, no such changes may take place in particular parameters, or they may occur in a different direction, with limitation still occurring. This suggests that (i) little about range limitation can categorically be inferred from many empirical studies, which document change in only one demographic parameter, (ii) there is a need for studies that document variation in all of the parameters, and (iii) in agreement with theoretical evidence that range limits can be formed in the presence or absence of hard boundaries, environmental gradients or biotic interactions, there may be few general patterns as to the determinants of these limits, with most claimed generalities at least having many exceptions.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.2008.1480",
    doi = "10.1098/rspb.2008.1480",
    openalex = "W2147134797",
    references = "doi101046j14610248200200297x, openalexw2151235472"
}

O alfonsino esplêndido Beryx splendens é uma espécie comercial em vários países, mas atualmente não é explorado na Nova Caledônia. Informações sobre a biologia e genética da espécie podem influenciar o desenvolvimento da pesca e auxiliar em sua gestão, mas a estruturação genética e a diversidade das populações de B. splendens permanecem em grande parte desconhecidas. Para melhorar o conhecimento dos parâmetros genéticos, utilizamos sequências de DNA mitocondrial para realizar um estudo comparativo de populações de todo o mundo. Fragmentos de 815 pb do gene citocromo b foram sequenciados e utilizados para interpretar a história da espécie. Analisamos 204 indivíduos representando 14 populações geográficas em todo o mundo. Um foco especial foi dado às populações da Nova Caledônia. A análise da variação entre sequências, baseada em estatísticas F pareadas e AMOVA, demonstrou uma subdivisão populacional entre os Oceanos Atlântico e Indo-Pacífico (Fst = 0,11-0,32; P < 0,05). A análise de rede de menor extensão revelou um padrão predominantemente em forma de estrela, com dois linhagens que podem representar expansão populacional após um evento de gargalo/fundador e/ou sugerir colonização por eventos migratórios em grandes distâncias. Nossas observações demonstraram que a espécie parece seguir as correntes oceânicas. A análise das sequências de nucleotídeos revelou 122 sítios variáveis, que definiram numerosos haplótipos, alguns associados a regiões geográficas particulares. Esses dados sugerem uma diversidade genética intra-específica extremamente alta, mesmo em pequenas escalas. Focando na área da Nova Caledônia, a análise estatística não revelou subestruturação entre as amostras, sugerindo novamente que pelo menos uma fração dos indivíduos migra. Não foi observado padrão significativo de isolamento por distância nesta espécie (R = -0,22; P = 0,79) entre populações de montes submarinos na ZEE.

@article{doi101007s107090129628y,
    author = "Lévy-Hartmann, Lauriana e Roussel, Valérie e Letourneur, Yves e Sellos, Daniel Y",
    title = "Padrões globais e da Nova Caledônia de variação genética de populações no alfonsino esplêndido de águas profundas, Beryx splendens, inferidos a partir de mtDNA.",
    year = "2011",
    journal = "Genética",
    abstract = "O alfonsino esplêndido Beryx splendens é uma espécie comercial em vários países, mas atualmente não é explorado na Nova Caledônia. Informações sobre a biologia e genética da espécie podem influenciar o desenvolvimento da pesca e auxiliar em sua gestão, mas a estruturação genética e a diversidade das populações de B. splendens permanecem em grande parte desconhecidas. Para melhorar o conhecimento dos parâmetros genéticos, utilizamos sequências de DNA mitocondrial para realizar um estudo comparativo de populações de todo o mundo. Fragmentos de 815 pb do gene citocromo b foram sequenciados e utilizados para interpretar a história da espécie. Analisamos 204 indivíduos representando 14 populações geográficas em todo o mundo. Um foco especial foi dado às populações da Nova Caledônia. A análise da variação entre sequências, baseada em estatísticas F pareadas e AMOVA, demonstrou uma subdivisão populacional entre os Oceanos Atlântico e Indo-Pacífico (Fst = 0,11-0,32; P < 0,05). A análise de rede de menor extensão revelou um padrão predominantemente em forma de estrela, com dois linhagens que podem representar expansão populacional após um evento de gargalo/fundador e/ou sugerir colonização por eventos migratórios em grandes distâncias. Nossas observações demonstraram que a espécie parece seguir as correntes oceânicas. A análise das sequências de nucleotídeos revelou 122 sítios variáveis, que definiram numerosos haplótipos, alguns associados a regiões geográficas particulares. Esses dados sugerem uma diversidade genética intra-específica extremamente alta, mesmo em pequenas escalas. Focando na área da Nova Caledônia, a análise estatística não revelou subestruturação entre as amostras, sugerindo novamente que pelo menos uma fração dos indivíduos migra. Não foi observado padrão significativo de isolamento por distância nesta espécie (R = -0,22; P = 0,79) entre populações de montes submarinos na ZEE.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22527688/",
    doi = "10.1007/s10709-012-9628-y",
    openalex = "W2002501489",
    pmid = "22527688",
    references = "doi101093bioinformatics124357, doi101093genetics1233585, doi101093genetics1312479, doi101093genetics1472915, doi101093molbevmsm092, doi101093oxfordjournalsmolbeva026036, doi101111jbi14281, doi107312nei92038, openalexw2119799171, openalexw3199943451"
}

Compreender os processos da paisagem que impulsionam padrões de diferenciação e diversidade genética de populações tem sido um foco de longa data da ecologia e da biologia evolutiva. O fluxo gênico pode ser reduzido por fatores históricos, ecológicos ou geográficos, resultando em padrões de isolamento por distância (IBD) ou isolamento por ambiente (IBE). Embora o IBE tenha sido encontrado em muitos sistemas naturais, a maioria dos estudos que investigam padrões de IBD e IBE na natureza tem utilizado marcadores genéticos neutros anônimos, impedindo a inferência de mecanismos de seleção ou a identificação de genes potencialmente sob seleção. Utilizando a genômica da paisagem, o estudo simultâneo de paisagens genômicas e ecológicas, investigamos os processos que impulsionam os padrões genéticos de populações de Sapeiras-de-peito-branco (Sitta carolinensis) nas sky islands (ilhas de habitat florestal montana) do Arquipélago Madreano. Utilizando mais de 4000 polimorfismos de nucleotídeo único e múltiplos testes para investigar a relação entre diferenciação genética e distância geográfica ou ecológica, identificamos o IBE e a ausência de IBD entre as populações de sky islands de S. carolinensis. Utilizando três testes para identificar seleção, encontramos 79 loci putativamente sob seleção; destes, sete correspondem a regiões CDS no Canário-de-listras. Os loci sob seleção foram altamente associados a extremos climáticos (temperatura máxima do mês mais quente e precipitação mínima do mês mais seco). Estes resultados fornecem evidências para o IBE - desvinculado do IBD - em vertebrados de sky islands e identificam variação genética adaptativa potencial.

@article{doi101111mec13258,
    author = "Manthey, Joseph D. and Moyle, Robert G.",
    title = "Isolation by environment in White‐breasted Nuthatches (Sitta carolinensis) of the Madrean Archipelago sky islands: a landscape genomics approach",
    year = "2015",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "Compreender os processos da paisagem que impulsionam padrões de diferenciação e diversidade genética de populações tem sido um foco de longa data da ecologia e da biologia evolutiva. O fluxo gênico pode ser reduzido por fatores históricos, ecológicos ou geográficos, resultando em padrões de isolamento por distância (IBD) ou isolamento por ambiente (IBE). Embora o IBE tenha sido encontrado em muitos sistemas naturais, a maioria dos estudos que investigam padrões de IBD e IBE na natureza tem utilizado marcadores genéticos neutros anônimos, impedindo a inferência de mecanismos de seleção ou a identificação de genes potencialmente sob seleção. Utilizando a genômica da paisagem, o estudo simultâneo de paisagens genômicas e ecológicas, investigamos os processos que impulsionam os padrões genéticos de populações de Sapeiras-de-peito-branco (Sitta carolinensis) nas sky islands (ilhas de habitat florestal montana) do Arquipélago Madreano. Utilizando mais de 4000 polimorfismos de nucleotídeo único e múltiplos testes para investigar a relação entre diferenciação genética e distância geográfica ou ecológica, identificamos o IBE e a ausência de IBD entre as populações de sky islands de S. carolinensis. Utilizando três testes para identificar seleção, encontramos 79 loci putativamente sob seleção; destes, sete correspondem a regiões CDS no Canário-de-listras. Os loci sob seleção foram altamente associados a extremos climáticos (temperatura máxima do mês mais quente e precipitação mínima do mês mais seco). Estes resultados fornecem evidências para o IBE - desvinculado do IBD - em vertebrados de sky islands e identificam variação genética adaptativa potencial.",
    url = "https://doi.org/10.1111/mec.13258",
    doi = "10.1111/mec.13258",
    openalex = "W2139226491",
    references = "doi101111evo12107"
}

FIGURA 1. Mapa de distribuição geográfica de Myrceugenia (Myrtaceae). As coleções datam de 1816 a 2023 (12.233 registros de herbários de 35 herbários).

@misc{proença2024figure,
    author = "Proença, Carolyn Elinore Barnes e Vieira, Fábio Christiano Speck e Sano, Paulo Takeo e Villarroel, Daniel",
    title = "FIGURA 1 em In splendid isolation: uma nova espécie de floresta de nuvens expande a distribuição de Myrceugenia (Myrtaceae) para Las Yungas e adiciona um novo gênero à flora da Bolívia",
    year = "2024",
    publisher = "Zenodo",
    abstract = "FIGURA 1. Mapa de distribuição geográfica de Myrceugenia (Myrtaceae). As coleções datam de 1816 a 2023 (12.233 registros de herbários de 35 herbários).",
    url = "https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.14520890",
    doi = "10.5281/zenodo.14520890"
}