Geologia histórica

@misc{komar1965additional4,
    author = "Komar, V. A. e Semikhatov, M. A",
    title = "Dados adicionais sobre a história geológica da Plataforma Siberiana durante o Precambriano tardio",
    year = "1965",
    howpublished = "Relatórios da Academia de Ciências da URSS, v. 161, no. 2, p. 421-424; tradução para o inglês pelo Instituto Geológico Americano, 1965, Academia de Ciências, URSS Doklady, v.161, p. 42-45",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Komar, V. A., e Semikhatov, M. A., 1965, Dados adicionais sobre a história geológica da Plataforma Siberiana durante o Precambriano tardio: Relatórios da Academia de Ciências da URSS, v. 161, no. 2, p. 421-424; tradução para o inglês pelo Instituto Geológico Americano, 1965, Academia de Ciências, URSS Doklady, v.161, p. 42-45.}"
}

@misc{newell1967revolutions7,
    author = "Newell, N. D",
    title = "Revoluções na história da vida",
    year = "1967",
    howpublished = "Sociedade Geológica dos Estados Unidos, Artigo Especial, v. 89, p. 63-91",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Newell, N. D., 1967, Revoluções na história da vida: Sociedade Geológica dos Estados Unidos, Artigo Especial, v. 89, p. 63-91.}"
}

@book{dunbar1969historical1,
    author = "Dunbar, C. e Waage, K. M",
    title = "Geologia Histórica [3ª ed.]",
    year = "1969",
    publisher = "Nova York, Wiley, 556 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Dunbar, C., e Waage, K. M., 1969, Geologia Histórica [3ª ed.]: Nova York, Wiley, 556 p.}"
}

@misc{kummel1970history5,
    author = "Kummel, B",
    title = "História da Terra [2ª ed.]",
    year = "1970",
    howpublished = "São Francisco, Freeman, 707 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Kummel, B., 1970, História da Terra [2ª ed.]: São Francisco, Freeman, 707 p.}"
}

@misc{mintz1977historical6,
    author = "Mintz, L. W",
    title = "Geologia Histórica",
    year = "1977",
    howpublished = "The Science of a Dynamic Earth [2nd ed.]: Columbus, Ohio, Charles E. Merrill Publishing Co., 588 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Mintz, L. W., 1977, Geologia Histórica: The Science of a Dynamic Earth [2nd ed.]: Columbus, Ohio, Charles E. Merrill Publishing Co., 588 p.}"
}

Platnick, N. I., e G. Nelson (Departamentos de Entomologia e Ictiologia, The American Museum of Natural History, Nova York, Nova York 10024) 1978. Um método de análise para biogeografia histórica. Syst. Zool. 27:1–16.—As explicações históricas da distribuição biótica dividem-se em duas classes: explicações de dispersão e explicações de vicariância. Modelos de dispersão explicam disjunções pela dispersão através de barreiras pré-existentes; modelos de vicariância pela aparência de barreiras que fragmentam as faunas de espécies ancestrais. Os dados de distribuição parecem insuficientes para resolver decisivamente se a dispersão ou a vicariância é a causa de padrões particulares de distribuição alopátrica. Ao enfrentar tal padrão, nossa primeira pergunta deve, portanto, ser direcionada não à sua causa, mas ao fato de se conformar ou não a um padrão geral de relações mostrado por táxons endêmicos das áreas ocupadas. Declarações de dois táxons são sempre compatíveis com um padrão geral; declarações de três táxons são, portanto, as unidades mais básicas possíveis de análise biogeográfica (assim como filogenética). A análise de declarações de três táxons envolve converter uma hipótese sobre as inter-relações de táxons (um cladograma indicando a recência relativa da ancestralidade comum) em uma sobre as inter-relações de áreas (um cladograma indicando a recência relativa das faunas ancestrais comuns). A generalidade da hipótese de área pode ser testada por comparação com outros grupos endêmicos das áreas relevantes. Se a hipótese de área for corroborada como geral, obtém-se uma declaração sobre a recência relativa das interconexões entre áreas, e evidências da geologia histórica podem permitir-nos especificar a natureza dessas interconexões e, assim, a causa dessas distribuições que se conformam ao padrão geral. A análise de declarações de quatro táxons indica que a disponibilidade de padrões estruturalmente diferentes e de grupos que podem servir como testes adequados da generalidade desses padrões aumenta com a adição de táxons à hipótese, e que nem a extinção nem a falha de alguns grupos em responder (por especiação) a eventos dados de dispersão ou vicariância interferem na análise.

@article{doi1023072412808,
    author = "Platnick, Norman I. and Nelson, Gareth",
    title = "A Method of Analysis for Historical Biogeography",
    year = "1978",
    journal = "Systematic Zoology",
    abstract = "Platnick, N. I., e G. Nelson (Departamentos de Entomologia e Ictiologia, The American Museum of Natural History, Nova York, Nova York 10024) 1978. Um método de análise para biogeografia histórica. Syst. Zool. 27:1–16.—As explicações históricas da distribuição biótica dividem-se em duas classes: explicações de dispersão e explicações de vicariância. Modelos de dispersão explicam disjunções pela dispersão através de barreiras pré-existentes; modelos de vicariância pela aparência de barreiras que fragmentam as faunas de espécies ancestrais. Os dados de distribuição parecem insuficientes para resolver decisivamente se a dispersão ou a vicariância é a causa de padrões particulares de distribuição alopátrica. Ao enfrentar tal padrão, nossa primeira pergunta deve, portanto, ser direcionada não à sua causa, mas ao fato de se conformar ou não a um padrão geral de relações mostrado por táxons endêmicos das áreas ocupadas. Declarações de dois táxons são sempre compatíveis com um padrão geral; declarações de três táxons são, portanto, as unidades mais básicas possíveis de análise biogeográfica (assim como filogenética). A análise de declarações de três táxons envolve converter uma hipótese sobre as inter-relações de táxons (um cladograma indicando a recência relativa da ancestralidade comum) em uma sobre as inter-relações de áreas (um cladograma indicando a recência relativa das faunas ancestrais comuns). A generalidade da hipótese de área pode ser testada por comparação com outros grupos endêmicos das áreas relevantes. Se a hipótese de área for corroborada como geral, obtém-se uma declaração sobre a recência relativa das interconexões entre áreas, e evidências da geologia histórica podem permitir-nos especificar a natureza dessas interconexões e, assim, a causa dessas distribuições que se conformam ao padrão geral. A análise de declarações de quatro táxons indica que a disponibilidade de padrões estruturalmente diferentes e de grupos que podem servir como testes adequados da generalidade desses padrões aumenta com a adição de táxons à hipótese, e que nem a extinção nem a falha de alguns grupos em responder (por especiação) a eventos dados de dispersão ou vicariância interferem na análise.",
    url = "https://doi.org/10.2307/2412808",
    doi = "10.2307/2412808",
    openalex = "W2114876283",
    references = "doi101093sysbio232265, doi101093sysbio242233, doi101093sysbio244431, doi1023071440574, doi1023072412735, openalexw1989371375"
}

Rosen, D. E. (Departamento de Ictiologia, Museu Americano de História Natural, Nova York, Nova York 10024) 1978. Padrões vicariantes e explicação histórica em biogeografia. Syst. Zool. 27:159–188.—A coincidência geográfica das distribuições de animais e plantas para formar padrões reconhecíveis sugere que os componentes separados dos padrões estão historicamente conectados entre si e com a história geográfica. Para buscar evidências dessas conexões históricas, cladogramas de áreas geográficas, representando sequências de eventos geológicos, climáticos ou geográficos disruptivos, podem ser comparados com cladogramas biológicos, representando sequências de eventos de especiação alopátrica em relação a essas áreas geográficas. Tais comparações, quando atendem aos requisitos mínimos de serem entre cladogramas cladísticos de três táxons dicotomizados, podem resolver fatores históricos similares ou dissimilares; afirmações de dois táxons não distinguem entre grupos com histórias diferentes. A congruência de cladogramas biológicos e geológicos de áreas em um nível de confiança alto (como a congruência de um cladograma de cinco táxons ou quatro cladogramas de três táxons com um cladograma geológico, onde o nível de confiança pode ser demonstrado na teoria cladística ser de 99%) significa que eventos específicos da paleogeografia podem ser adotados como uma explicação dos padrões biológicos. Em tal relação de causa e efeito, onde se assume que a Terra e sua vida evoluíram juntas, a paleogeografia é tomada por necessidade lógica como a variável independente e a história biológica, a variável dependente. Traçando uma semelhança matemática, o cladograma biológico y (variável dependente), é uma função do cladograma geológico x (variável independente), como em uma regressão simples de efeito y sobre causa x onde não temos escolha livre quanto a qual é a variável independente. Tal visão implica que qualquer sequência especificada na história da Terra deve coincidir com alguns padrões biológicos descobríveis; não implica um recíproco necessário de que cada padrão biológico deve coincidir com algum padrão paleogeográfico descobrível, porque algumas distribuições biológicas podem ter resultado de processos estocásticos (dispersão por acaso). Determinar que todos os padrões biológicos descobríveis conflitam com uma dada sequência corroborada ou observada de mudança geológica, climática ou geográfica (ou seja, que y não é uma função de x), em teoria, portanto, deveria falsificar a biogeografia vicariante. Como a biogeografia de dispersão pressupõe processos estocásticos, e qualquer falha em atender à expectativa de uma dispersão postulada é explicada por uma dispersão adicional, a biogeografia de dispersão é imune à falsificação. Sem recorrer à paleontologia ou à história da Terra, se uma dada relação histórica implicada pela congruência de cladogramas de áreas biológicos é o resultado de dispersão ou vicariância também pode ser pensado em termos que minimizam o número de pressupostos necessários: os organismos sedentários dispersaram com os vagilantes ou os organismos vagilantes vicariaram com os sedentários? A congruência cladística de um grupo de organismos sedentários com um grupo de organismos vagilantes rejeita a dispersão para ambos. Portanto, as distribuições de organismos sedentários têm o potencial de falsificar teorias de dispersão como aplicadas a organismos vagilantes, mas as distribuições de organismos vagilantes não podem falsificar teorias de vicariância como aplicadas a sedentários. Os problemas que surgem em vários tipos de explicação histórica são exemplificados por várias distribuições específicas de peixes e outros organismos na América do Norte e Central e no contexto mais amplo da história pangaea, e são discutidos em relação aos conceitos atuais de espécies.

@article{doi1023072412970,
    author = "Rosen, Donn Eric",
    title = "Padrões Vicariantes e Explicação Histórica na Biogeografia",
    year = "1978",
    journal = "Systematic Zoology",
    abstract = "Rosen, D. E. (Departamento de Ictiologia, American Museum of Natural History, Nova York, Nova York 10024) 1978. Padrões vicariantes e explicação histórica na biogeografia. Syst. Zool. 27:159–188.—A coincidência geográfica das distribuições de animais e plantas para formar padrões reconhecíveis sugere que os componentes separados dos padrões estão historicamente conectados uns com os outros e com a história geográfica. Para buscar evidências dessas conexões históricas, cladogramas de áreas geográficas, representando sequências de eventos geológicos, climáticos ou geográficos disruptivos, podem ser comparados com cladogramas biológicos, representando sequências de eventos de especiação alopátrica em relação a essas áreas geográficas. Tais comparações, quando atendem aos requisitos mínimos de serem entre cladogramas cladísticos de três táxons dicotomizados, podem resolver fatores históricos similares ou dissimilares; afirmações de dois táxons não distinguem entre grupos com histórias diferentes. A congruência de cladogramas biológicos e geológicos de áreas em um nível de confiança alto (como a congruência de um cladograma de cinco táxons ou quatro cladogramas de três táxons com um cladograma geológico, onde o nível de confiança pode ser demonstrado na teoria cladística ser de 99\%) significa que eventos específicos da paleogeografia podem ser adotados como uma explicação dos padrões biológicos. Em tal relação de causa e efeito, onde a Terra e sua vida são assumidas como tendo evoluído juntas, a paleogeografia é tomada por necessidade lógica como a variável independente e a história biológica, a variável dependente. Traçando uma semelhança matemática, o cladograma biológico y (variável dependente), é uma função do cladograma geológico x (variável independente), como em uma regressão simples de efeito y sobre causa x onde não temos escolha livre quanto a qual é a variável independente. Tal visão implica que qualquer sequência especificada na história da Terra deve coincidir com alguns padrões biológicos descobríveis; não implica um recíproco necessário de que cada padrão biológico deve coincidir com algum padrão paleogeográfico descobrível, porque algumas distribuições biológicas podem ter resultado de processos estocásticos (dispersão por acaso). Determinar que todos os padrões biológicos descobríveis conflitam com uma dada sequência corroborada ou observada de mudança geológica, climática ou geográfica (ou seja, que y não é uma função de x), em teoria, portanto, deveria falsificar a biogeografia vicariante. Como a biogeografia de dispersão pressupõe processos estocásticos, e qualquer falha em atender à expectativa de uma dispersão postulada é explicada por uma dispersão adicional, a biogeografia de dispersão é imune à falsificação. Sem recorrer à paleontologia ou à história da Terra, se uma dada relação histórica implicada pela congruência de cladogramas de áreas biológicos é o resultado de dispersão ou vicariância também pode ser pensada em termos que minimizam o número de pressupostos necessários: os organismos sedentários dispersaram com os vagilantes ou os organismos vagilantes vicariaram com os sedentários? A congruência cladística de um grupo de organismos sedentários com um grupo de organismos vagilantes rejeita a dispersão para ambos. Portanto, as distribuições de organismos sedentários têm o potencial de falsificar teorias de dispersão como aplicadas a organismos vagilantes, mas as distribuições de organismos vagilantes não podem falsificar teorias de vicariância como aplicadas a sedentários. Os problemas que surgem em vários tipos de explicação histórica são exemplificados por várias distribuições específicas de peixes e outros organismos na América do Norte e Central e no contexto mais amplo da história pangaea, e são discutidos em relação aos conceitos atuais de espécies.",
    url = "https://doi.org/10.2307/2412970",
    doi = "10.2307/2412970",
    openalex = "W2097059816",
    references = "doi1010079781468488517, doi101093sysbio232265, doi101519781400881376, doi1023071796560, doi1023072395199, doi1023072412140, doi1023072412744, doi1023072412808, doi1023073669094, doi105281zenodo13650418"
}

Se se concorda que a compreensão da biohistória, de certa forma, está ligada à compreensão da geohistória, então também se pode concordar que o que é necessário é um meio preciso de especificar como uma dada biohistória está explicitamente ligada a uma geohistória particular. A restrição neste tipo de análise é o diagrama ramificado, ou cladograma, que permite uma comparação precisa de cladogramas de áreas geográficas para demonstrar a congruência entre a mensagem cladística da biologia e a mensagem cladística da geologia. Uma proposta para identificar essas restrições cladísticas é apresentada usando uma comparação de várias geologias históricas diferentes da região do Caribe como exemplo, que contrasta com as restrições usadas por biogeografias anteriores nas quais uma noção a priori de processo, por exemplo, dispersão ou extinção, foi usada para direcionar o resultado da análise biogeográfica. Seja defendendo o dispersalismo (Darlington, 1957) ou o vicarismo (Croizat, 1958, 1962), os biólogos sempre assumiram que as distribuições de organismos, de alguma forma, refletem a natureza da geohistória do mundo. Assim, implicou-se que a compreensão da biohistória está ligada à compreensão da geohistória. Na tradição darwiniana-darlingtoniana, a geohistória relevante foi assumida como sendo de estabilismo, necessitando de uma interpretação da biohistória como sendo de dispersão ativa ou passiva. Em outras palavras, desde que os continentes estivessem parados, algo tinha que se mover para explicar a ocorrência de organismos estreitamente relacionados que abrangem grandes lacunas aquáticas. Assim foram invocadas pontes terrestres temporárias adequadas para atravessar barreiras oceânicas, pássaros com pés e penas aos quais sementes e pequenos animais se afixariam durante seus voos transoceânicos, e menageries sustentados em detritos flutuantes que eram expelidos nas correntes oceânicas a partir de fozes de rios e deltas. As dificuldades inerentes a esses cenários de uma biohistória desordenada são aparentes na hipótese de Darlington (1957) de que os ostariophysans surgiram na Ásia central e fizeram seu caminho arriscado ao longo de rotas de água doce efêmeras até os continentes sulinos sem deixar rastro dessas grandes migrações. Mas a hipótese de uma geografia firme e uma biota dançante foi desvalorizada após a teoria da tectônica de placas ser elaborada. Como a maioria dos biólogos tinha uma inclinação para acreditar que os geólogos tinham uma posse especial da verdade, a aceitação da deriva continental causou que alguns desses biólogos mudassem para uma estratégia reversa de propor que foi a geografia que se moveu enquanto os organismos foram levados para suas novas longitudes e latitudes. Outros biólogos (Darlington, 1965; McDowall, 1971; Briggs, 1984) tentaram e ainda tentam resgatar o passado concordando que a geografia de fato se moveu, mas que o tempo desses grandes eventos estava errado em relação às idades das biotas. Tais atitudes podem invocar as idades dos fósseis para mostrar que todos os táxons são muito jovens para terem sido influenciados pelos cataclismos geográficos. Essa visão envolve duas suposições, ambas erradas em algum nível: 1) que os fósseis podem nos dizer a idade de um táxon e 2) que as idades dos eventos geológicos foram corretamente atribuídas. A primeira suposição está errada porque os fósseis dão uma idade mínima, e não máxima, de um táxon, e a segunda suposição é colocada em questão por recentes reatribuições de idades. Por exemplo, partes do Caribe que originalmente se supunha estarem se movendo ao longo de uma falha transformante na taxa moderada de 2 cm por ano (Kellogg & Bonini, 1982) são agora acreditadas estar se movendo no ritmo mais ágil de 4 cm por ano (Sykes et al., 1982; Wadge & Burke, 1983), dobrando assim a taxa de movimento e reduzindo pela metade as idades dos eventos associados à translocação. Mas essas relações ainda nos deixam à mercê de suposições gerais quando o que é necessário é algum meio preciso de especificar que essa biohistória está explicitamente ligada a essa geohistória. Essa necessidade ainda não realizada de precisão é suprida por outra revolução conceitual que, em termos de intervalos de tempo envolvidos na história intelectual humana, pode-se dizer que ocorreu mais ou menos simultaneamente em sistemática e biogeografia. Esta revolução tem sido chamada de cladística, a ciência da análise de caracteres e o uso de diagramas ramificados. Seus pressupostos permitem comparações precisas entre sistemas biológicos e geológicos (por exemplo, Rosen, 1978). O objetivo geral da cladística é descobrir a congruência entre os dois que restringe a explicação histórica. Na tradição darwiniana em biogeografia, foi a dispersão que foi o conceito restritivo, exigindo uma interpretação da história da vida no espaço contrária ao que os dados da vida sugeriam. Leon Croizat (1958, 1962) foi um dos pioneiros que reconheceu que os dados biológicos contam sua própria história, que pode estar em desacordo com uma geologia estabilista. Agora que a geologia estabilista foi rejeitada em favor de um conceito de mobilismo, alguns biogeógrafos (Nelson & Platnick, 1981; Wiley, 1981) aceitam que a biologia tem uma história independente a contar sobre a história do mundo. É essa independência dos dados biológicos dos dados geológicos que torna a comparação dos dois tão interessante porque é difícil imaginar como a congruência entre os dois poderia ser o resultado de qualquer coisa além de uma história causal na qual a geologia atua como a variável independente fornecendo oportunidades para mudanças no mundo biológico dependente. A comparação torna-se especialmente interessante se houver uma congruência among geohistórias baseadas em diferentes abordagens para o problema geográfico, e se há uma congruência entre as relações cladísticas de diferentes táxons em relação às mesmas áreas geográficas. As perguntas específicas são: 1) os membros de diferentes grupos monofiléticos de organismos têm as mesmas relações uns com os outros em relação às regiões geográficas nas quais são endêmicos e sua congruência em relação a essas áreas é não aleatória; e 2) essa congruência não aleatória de diferentes grupos de organismos corresponde a um diagrama de ramificação que representa parte da história de alguma região geográfica? A restrição nessas comparações é o diagrama de ramificação, e não um processo assumido de importância causal. Em 1976 e 1978, sugeri uma história para a terra e água do Caribe que, em um nível bastante geral, é consistente com as distribuições atuais de plantas e animais na região, incluindo as Antilhas, América Central, norte da América do Sul e os Estados Unidos do sudeste e sudoeste. A proposta de 1976, que foi baseada em grande parte em uma história descritiva por Malfait e Dinkleman (1972) e Tedford (1974), foi questionada por Pregill (1981), cuja alegação foi que não há evidência geológica que justifique tal proposta. Essa alegação foi avaliada criticamente recentemente por Hedges (1982), que discordou de Pregill com base no fato de que dados geológicos abundantes estavam disponíveis há algum tempo em apoio à teoria de Malfait e Dinkleman-Tedford (ele citou 13 fontes literárias). Desde a época da resposta de Hedges a Pregill, tomei conhecimento de várias outras contas da história do Caribe baseadas em uma variedade de fontes de dados geológicos (Birnie, 1977: movimento ao longo de zonas de falha principais; Pindell & Dewey, 1982: correspondência de contorno de placas e dados paleomagnéticos; Kellogg & Bonini, 1982: dados de gravidade, perfis sísmicos, dados radiométricos e dados de terremotos; Sykes et al., 1982: vetores de deslizamento de terremotos superficiais e outros dados sísmicos; Wadge & Burke, 1983: reconstrução de movimentos de placas fechando o Vale das Cayman ao longo de suas falhas transformantes de contorno). É aparente, portanto, que Pregill estava operando com um conjunto diferente de restrições, a saber, que a biota é distribuída recentemente por meio de dispersão. Portanto, não se esperaria que nenhum número de contas geológicas ou quantidade de dados alterasse fundamentalmente sua posição. Minha restrição é o cladograma e como ele descreve as relações de táxons e áreas. O que proponho é dividir a geologia histórica do Caribe no número mínimo de períodos de tempo em que diferentes teorias geológicas concordam sobre os contatos geográficos entre diferentes áreas e a ruptura desses contatos. Dessa forma, cobri quatro períodos principais abrangendo 165 milhões de anos.

@article{doi1023072399218,
    author = "Rosen, Donn Eric",
    title = "Geological Hierarchies and Biogeographic Congruence in the Caribbean",
    year = "1985",
    journal = "Annals of the Missouri Botanical Garden",
    abstract = "If it is agreed that an understanding of biohistory in some ways is tied to an understanding of geohistory, then one might also agree that what is needed is a precise means of specifying how a given biohistory is explicitly tied to a particular geohistory. The constraint in this type of analysis is the branching diagram, or cladogram, that permits a precise comparison of geographic area cladograms to demonstrate congruence between the cladistic message from biology with the cladistic message from geology. A proposal for identifying these cladistic constraints is given using a comparison of several different historical geologies of the Caribbean region as an example that contrasts with the constraints used by previous biogeographies in which an a priori notion of process, e.g., dispersal or extinction, was used to direct the outcome of biogeographic analysis. Whether espousing dispersalism (Darlington, 1957) or vicariism (Croizat, 1958, 1962), biologists have always assumed that the distributions of organisms in some way reflect the nature of the world's geologic history. It was, thus, implied that an understanding of biohistory is tied to an understanding of geohistory. In the DarwinianDarlingtonian tradition the relevant geohistory was assumed to be one of stabilism necessitating an interpretation of biohistory as one of active or passive dispersal. In other words, so long as the continents stood still something had to move to account for the occurrence of closely related organisms spanning large water gaps. Thus were invoked temporary land bridges suitable for crossing ocean barriers, birds with feet and feathers to which seeds and small animals would adhere during their transoceanic flights, and menageries supported on floating debris that was spewed into the ocean's currents from river mouths and deltas. The difficulties inherent in these scenarios of a haphazard biohistory are apparent in Darlington's (1957) hypothesis that ostariophysans arose in central Asia and made their risky way along ephemeral freshwater routes to the southern continents without leaving a trace of these great migrations. But the hypothesis of a steadfast geography and a dancing biota was deemphasized after the theory of plate tectonics was elaborated. Since most biologists had a penchant for believing that geologists had a special hold on the truth, the acceptance of continental drift caused some of these biologists to shift into reverse strategy of proposing that it was the geography that moved while the organisms got carried about to their new longitudes and latitudes. Other biologists (Darlington, 1965; McDowall, 1971; Briggs, 1984) tried and still try to rescue the past by agreeing that the geography did in fact move but that the timing of these great events was wrong in relation to the ages of the biotas. Such attitudes might invoke the ages of fossils to show that all the taxa are too young to have been influenced by the geographic cataclysms. This view involves two assumptions, both wrong at some level: 1) that fossils can tell us how old a taxon is and 2) that the ages of the geologic events have been correctly assigned. The first assumption is wrong because fossils give a minimum rather than maximum age of a taxon, and the second assumption is put into question by recent age reassignments. For example, parts of the Caribbean which were originally supposed to have been moving along a transform fault at the moderate rate of 2 cm per year (Kellogg \& Bonini, 1982) are now believed to be moving at the brisker pace of 4 cm per year (Sykes et al., 1982; Wadge \& Burke, 1983), thus doubling the rate of motion and halving the ages of the events associated with translocation. But these relations leave us still at the mercy of general supposition when what is needed is some precise means of specifying that this biohistory is tied explicitly to that geohistory. This still unrealized need for precision is supplied by another conceptual revolution that, in terms of time spans involved in human intellectual history, might be said to have occurred more I For comments during the work and review of the typescript I thank Drs. Kevin Burke, Arnold Kluge, Lynne Parenti, Norman Platnick, Edward Robinson, Peter Tolson, Lynn Sykes, and, especially, Gareth Nelson. 2 Department of Ichthyology, American Museum of Natural History, New York, New York 10024. ANN. MISSOURI BOT. GARD. 7 2: 6 3 6-6 5 9. 19 8 5. This content downloaded from 207.46.13.64 on Sat, 03 Sep 2016 04:52:04 UTC All use subject to http://about.jstor.org/terms 1985] ROSEN-GEOLOGICAL HIERARCHIES 637 or less simultaneously in systematics and biogeography. This revolution has been called cladistics, the science of character analysis and the use of branching diagrams. Its premises permit precise comparisons between biological and geological systems (e.g., Rosen, 1978). The general objective of cladistics is to discover congruence between the two that constrains historical explanation. In the Darwinian tradition in biogeography it is dispersalthat was the constraining concept, requiring an interpretation of the history of life in space contrary to what the data of life suggested. Leon Croizat (1958, 1962) was one of the pioneers who recognized that the biological data tell their own story, which can be at odds with a stabilist geology. Now that stabilist geology has been rejected in favor of a concept of mobilism, some biogeographers (Nelson \& Platnick, 1981; Wiley, 1981) accept that biology has an independent story to tell about the history of the world. It is this independence of biological from geological data that makes the comparison of the two so interesting because it is hard to imagine how congruence between the two could be the result of anything but a causal history in which geology acts as the independent variable providing opportunities for change in the dependent biological world. The comparison becomes especially interesting if there is a congruence among geohistories based on different approaches to the geographic problem, and if there is a congruence among cladistic relations of different taxa with respect to the same geographic areas. The specific questions are: 1) do the members of different monophyletic groups of organisms have the same relations to each other with respect to geographic regions in which they are endemic and is their congruence with respect to these areas non-random; and 2) does this non-random congruence of different groups of organisms correspond to a branching diagram that represents part of the history of some geographic region? The constraint in these comparisons is the branching diagram rather than a process assumed to be of causal importance. In 1976 and 1978 I suggested a history for the Caribbean land and water that, at a rather general level, is consistent with the present distributions of plants and animals in the region including the Antilles, Central America, northern South America, and the southeastern and southwestern United States. The 1976 proposal, which was based largely on a descriptive history by Malfait and Dinkleman (1972) and Tedford (1974), was questioned by Pregill (1981) whose claim was that there is no geologic evidence warranting such a proposal. This claim was critically evaluated recently by Hedges (1982) who disagreed with Pregill on the grounds that ample geologic data had been available for some time in support of the Malfait and Dinkleman-Tedford theory (he cited 13 literature sources). Since the time of Hedges' reply to Pregill, I became aware of several other accounts of Caribbean history based on a variety of geologic data sources (Birnie, 1977: movement along major fault zones; Pindell \& Dewey, 1982: plate contour matching and paleomagmatic data; Kellogg \& Bonini, 1982: gravity data, seismic profiles, radiometric data, and earthquake data; Sykes et al., 1982: slip vectors of shallow earthquakes and other seismic data; Wadge \& Burke, 1983: reconstructing plate motions by closing the Cayman Trough along its bounding transform faults). It is apparent, therefore, that Pregill was operating with a different set of constraints, namely, that the biota is recently distributed by means of dispersal. Hence, no number of geologic accounts or amount of data would be expected fundamentally to alter his position. My constraint is the cladogram and how it describes relationships of taxa and areas. What I propose is to divide the historical geology of the Caribbean into the minimum number of time periods in which different geologic theories agree on the geographic contacts between different areas and the severing of those contacts. In this way I have covered four main periods spanning 165 million years.",
    url = "https://doi.org/10.2307/2399218",
    doi = "10.2307/2399218",
    openalex = "W2075640217",
    references = "doi101029jb087ib13p10656, doi101029tc001i002p00179, doi101029tc001i003p00251, doi101093sysbio244431, doi101130001676061973841105ctaiaa20co2, doi10113000167606198394941teomaa20co2, doi1023071376223, doi1023071440574, doi1023072412970, doi1023072413039"
}

Uma revisão do livro de geologia histórica mais vendido, completamente atualizado para fornecer uma introdução completa, mas clara, aos princípios da geologia histórica. A afirmação de Stanley de que "a história física e a história biológica da Terra estão intrinsecamente entrelaçadas" molda todo o seu texto. O material é organizado de forma clara e lógica. A progressão em duas partes apresenta primeiro os princípios básicos e, em seguida, prossegue com um estudo cronológico da história da vida. Para cada intervalo, eventos globais (como padrões gerais de mudança geográfica e ocorrências principais na evolução e extinção da vida) são revisados no contexto da tectônica de placas. Esta revisão é seguida por uma descrição de eventos regionais importantes e seu lugar dentro deste quadro global. Stanley oferece observações perspicazes sobre como as condições ambientais afetaram a vida ao longo das eras. Ilustrações atraentes e numerosas enriquecem o material textual. Revisões e exercícios no final dos capítulos reforçam a compreensão dos estudantes e há listas de leitura adicionais, um glossário completo e apêndices úteis. Stanley atualizou e melhorou seu texto para torná-lo ainda mais acessível aos estudantes. Mudanças notáveis incluem: Capítulo sobre a formação de montanhas simplificado e reorganizado, com novas discussões sobre movimentos antigos de placas; Cobertura condensada e atualizada do Pré-Cambriano; Discussões atualizadas e expandidas sobre extinções em massa ao longo do texto; Material adicional sobre isótopos e técnicas de datação; Discussão atualizada sobre a evolução humana.

@book{openalexw1529355574,
    author = "Stanley, Steven M.",
    title = "Earth and life through time",
    year = "1986",
    journal = "Bulletin of Miscellaneous Information (Royal Gardens Kew)",
    abstract = "Uma revisão do livro de geologia histórica mais vendido, completamente atualizado para fornecer uma introdução completa, mas clara, aos princípios da geologia histórica. A afirmação de Stanley de que "a história física e a história biológica da Terra estão intrinsecamente entrelaçadas" molda todo o seu texto. O material é organizado de forma clara e lógica. A progressão em duas partes apresenta primeiro os princípios básicos e, em seguida, prossegue com um estudo cronológico da história da vida. Para cada intervalo, eventos globais (como padrões gerais de mudança geográfica e ocorrências principais na evolução e extinção da vida) são revisados no contexto da tectônica de placas. Esta revisão é seguida por uma descrição de eventos regionais importantes e seu lugar dentro deste quadro global. Stanley oferece observações perspicazes sobre como as condições ambientais afetaram a vida ao longo das eras. Ilustrações atraentes e numerosas enriquecem o material textual. Revisões e exercícios no final dos capítulos reforçam a compreensão dos estudantes e há listas de leitura adicionais, um glossário completo e apêndices úteis. Stanley atualizou e melhorou seu texto para torná-lo ainda mais acessível aos estudantes. Mudanças notáveis incluem: Capítulo sobre a formação de montanhas simplificado e reorganizado, com novas discussões sobre movimentos antigos de placas; Cobertura condensada e atualizada do Pré-Cambriano; Discussões atualizadas e expandidas sobre extinções em massa ao longo do texto; Material adicional sobre isótopos e técnicas de datação; Discussão atualizada sobre a evolução humana.",
    url = "https://openalex.org/W1529355574",
    openalex = "W1529355574"
}

@misc{gould1989wonderful3,
    author = "Gould, S. J",
    title = "Wonderful Life",
    year = "1989",
    howpublished = "The Burgess Shale and the Nature of History: New York, W. W. Norton",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gould, S. J., 1989, Wonderful Life: The Burgess Shale and the Nature of History: New York, W. W. Norton.}"
}

Peixes de recife tropicais, juntamente com muitos invertebrados bentônicos, possuem um ciclo de vida que inclui uma fase reprodutiva sedentária e bentônica e uma fase planctônica que ocorre no início do desenvolvimento. As populações bentônicas adultas ocupam habitats disjuntos e descontínuos; a extensão do fluxo gênico devido à dispersão da fase de vida planctônica é geralmente desconhecida.

@article{doi101111j155856461995tb02325x,
    author = "Shulman, Myra J. e Bermingham, Eldredge",
    title = "HISTÓRIAS PRECOCES, CORRENTES OCEÂNICAS E A GENÉTICA DE POPULAÇÕES DE PEIXES DE RECIFE DO CARIBE",
    year = "1995",
    journal = "Evolução",
    abstract = "Peixes de recife tropicais, juntamente com muitos invertebrados bentônicos, possuem um ciclo de vida que inclui uma fase reprodutiva sedentária e bentônica e uma fase planctônica que ocorre no início do desenvolvimento. As populações bentônicas adultas ocupam habitats disjuntos e descontínuos; a extensão do fluxo gênico devido à dispersão da fase de vida planctônica é geralmente desconhecida.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1995.tb02325.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1995.tb02325.x",
    openalex = "W2331375795",
    references = "doi101007978140206754912413, doi101073pnas70123321, doi101086284325, doi101093genetics1312479, doi101093nar8194321, doi101093oso97801985464120010001, doi101111j1365294x200602908x, doi101111j1469185x1950tb00585x, doi1023072399218, doi105860choice295104, doi107312nei92038"
}

Os cinco métodos básicos de biogeografia histórica são: dispersalismo, biogeografia filogenética, panbiogeografia, biogeografia cladística e análise de parcimônia de endemicidade. O dispersalismo deriva dos conceitos tradicionais de centro de origem e dispersão. A implementação cladística recente do dispersalismo de Bremer estima a probabilidade relativa de que diferentes áreas tenham feito parte da distribuição ancestral de um grupo. A biogeografia filogenética aplica as regras de progressão e desvio para elucidar a história da distribuição geográfica de um grupo. A panbiogeografia consiste em plotar distribuições de diferentes táxons em mapas, conectando suas áreas de distribuição com linhas chamadas trilhas individuais, e procurando coincidência entre trilhas individuais para determinar trilhas generalizadas. Trilhas generalizadas indicam a preexistência de biotas ancestrais amplamente distribuídas, posteriormente fragmentadas por mudanças geológicas ou climáticas. A biogeografia cladística assume uma correspondência entre relações taxonômicas e relações de área, onde comparações entre cladogramas de área derivados de diferentes táxons permitem obter cladogramas gerais de área. Os procedimentos cladísticos biogeográficos mais importantes são: análise de componentes, análise de parcimônia de Brooks, afirmações de três áreas e árvores reconciliadas. A análise de parcimônia de endemicidade (PAE) classifica áreas por seus táxons compartilhados, análogos a caracteres, de acordo com a solução mais parcimoniosa. Acreditamos que os vários métodos não são alternativas mutuamente exclusivas, mas alguns deles podem ser integrados em uma única abordagem biogeográfica, com a capacidade de resolver diferentes problemas, como o reconhecimento de homologia espacial (panbiogeografia), a identificação de áreas de endemismo (PAE) e a formulação de hipóteses sobre relações de área (biogeografia cladística).

@article{doi101146annureves26110195002105,
    author = "Morrone, Juan J. and Crisci, Jorge V.",
    title = "HISTORICAL BIOGEOGRAPHY: Introduction to Methods",
    year = "1995",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "Os cinco métodos básicos de biogeografia histórica são: dispersalismo, biogeografia filogenética, panbiogeografia, biogeografia cladística e análise de parcimônia de endemicidade. O dispersalismo deriva dos conceitos tradicionais de centro de origem e dispersão. A implementação cladística recente do dispersalismo de Bremer estima a probabilidade relativa de que diferentes áreas tenham feito parte da distribuição ancestral de um grupo. A biogeografia filogenética aplica as regras de progressão e desvio para elucidar a história da distribuição geográfica de um grupo. A panbiogeografia consiste em plotar distribuições de diferentes táxons em mapas, conectando suas áreas de distribuição com linhas chamadas trilhas individuais, e procurando coincidência entre trilhas individuais para determinar trilhas generalizadas. Trilhas generalizadas indicam a preexistência de biotas ancestrais amplamente distribuídas, posteriormente fragmentadas por mudanças geológicas ou climáticas. A biogeografia cladística assume uma correspondência entre relações taxonômicas e relações de área, onde comparações entre cladogramas de área derivados de diferentes táxons permitem obter cladogramas gerais de área. Os procedimentos cladísticos biogeográficos mais importantes são: análise de componentes, análise de parcimônia de Brooks, afirmações de três áreas e árvores reconciliadas. A análise de parcimônia de endemicidade (PAE) classifica áreas por seus táxons compartilhados, análogos a caracteres, de acordo com a solução mais parcimoniosa. Acreditamos que os vários métodos não são alternativas mutuamente exclusivas, mas alguns deles podem ser integrados em uma única abordagem biogeográfica, com a capacidade de resolver diferentes problemas, como o reconhecimento de homologia espacial (panbiogeografia), a identificação de áreas de endemismo (PAE) e a formulação de hipóteses sobre relações de área (biogeografia cladística).",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.es.26.110195.002105",
    doi = "10.1146/annurev.es.26.110195.002105",
    openalex = "W2110750222",
    references = "doi101073pnas8951909, doi101093sysbio232265, doi101093sysbio244431, doi101144gslsp19880370119, doi1023072412808, doi1023072412970"
}

A quantificação na biogeografia histórica tem sido geralmente baseada na busca por uma única relação de ramificação entre áreas de endemismo. Diferentemente dos organismos, no entanto, as áreas raramente têm uma história hierárquica única. Barreiras de dispersão aparecem e desaparecem e podem ter efeitos diferentes em espécies diferentes. Como resultado, a biota de uma área pode consistir de vários componentes com histórias separadas, cada um dos quais pode ser reticulado em vez de ramificado. Em uma tentativa de abordar esses problemas, apresento um novo método biogeográfico, análise de dispersão-vicariância, que reconstrói as distribuições ancestrais em uma filogenia dada sem quaisquer pressupostos prévios sobre a forma das relações entre áreas. Uma matriz de passos tridimensional baseada em um modelo biogeográfico simples é usada na reconstrução. A especiação é assumida para subdividir as faixas de espécies amplamente distribuídas em componentes vicariantes; as distribuições ancestrais ótimas são aquelas que minimizam o número de eventos de dispersão e extinção implícitos. São descritos algoritmos exatos que encontram a(s) reconstrução(ões) ótimas. Além de seu uso na biogeografia de táxons, as histórias de distribuição inferidas de grupos individuais servem como base para o estudo de padrões gerais na biogeografia histórica, particularmente se a idade relativa dos nós nos cladogramas de origem for conhecida.

@article{doi101093sysbio461195,
    author = "Ronquist, Fredrik",
    title = "Análise de Dispersão-Vicariância: Uma Nova Abordagem para a Quantificação da Biogeografia Histórica",
    year = "1997",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "A quantificação na biogeografia histórica tem sido geralmente baseada na busca por uma única relação de ramificação entre áreas de endemismo. Diferentemente dos organismos, no entanto, as áreas raramente têm uma história hierárquica única. Barreiras de dispersão aparecem e desaparecem e podem ter efeitos diferentes em espécies diferentes. Como resultado, a biota de uma área pode consistir de vários componentes com histórias separadas, cada um dos quais pode ser reticulado em vez de ramificado. Em uma tentativa de abordar esses problemas, apresento um novo método biogeográfico, análise de dispersão-vicariância, que reconstrói as distribuições ancestrais em uma filogenia dada sem quaisquer pressupostos prévios sobre a forma das relações entre áreas. Uma matriz de passos tridimensional baseada em um modelo biogeográfico simples é usada na reconstrução. A especiação é assumida para subdividir as faixas de espécies amplamente distribuídas em componentes vicariantes; as distribuições ancestrais ótimas são aquelas que minimizam o número de eventos de dispersão e extinção implícitos. São descritos algoritmos exatos que encontram a(s) reconstrução(ões) ótimas. Além de seu uso na biogeografia de táxons, as histórias de distribuição inferidas de grupos individuais servem como base para o estudo de padrões gerais na biogeografia histórica, particularmente se a idade relativa dos nós nos cladogramas de origem for conhecida.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/46.1.195",
    doi = "10.1093/sysbio/46.1.195",
    openalex = "W2098673312",
    references = "doi101006clad19941010, doi101093sysbio293254, doi101093sysbio414436, doi101093sysbio43158, doi101111j109600311990tb00532x, doi101111j155856461994tb01326x, doi101111j155856461996tb04494x, doi1023072992205, doi104159harvard9780674865327, doi105860choice392183"
}

A biogeografia histórica busca explicar as distribuições contemporâneas de táxons no contexto de fatores biológicos intrínsecos e fatores geológicos e climáticos extrínsecos. Para decifrar a importância relativa das características biológicas versus as condições ambientais, é necessário perguntar se grupos de táxons com distribuições semelhantes compartilham a mesma história de diversificação. Como todos os táxons terão compartilhado a mesma história climática e geológica, evidências de história compartilhada entre múltiplas espécies fornecem uma estimativa do papel dos fatores extrínsecos na formação dos padrões biogeográficos contemporâneos. Da mesma forma, diferenças nos registros de história evolutiva entre espécies provavelmente serão assinaturas de diferenças biológicas. Neste estudo, focamos em inferir a história evolutiva para populações geográficas e espécies estreitamente relacionadas que representam três gêneros de peixes de água doce primários amplamente distribuídos na América Central Inferior (ACI) e no noroeste da Colômbia. A análise de árvores genéticas de genes mitocondriais oferece a oportunidade para testes robustos de história compartilhada entre táxons. Além disso, como o DNA mitocondrial permite a inferência da escala temporal da diversificação, podemos testar hipóteses sobre o desenvolvimento cronológico do corredor istmiano que liga a América do Norte e a América do Sul. Concentramos nossa atenção em duas questões. Primeiro, mostramos que muitas das populações distintas de peixes da ACI divergiram em um período relativamente breve de tempo, limitando assim o sinal filogenético disponível para testes de história compartilhada. Segundo, nossos resultados fornecem evidências reduzidas de história compartilhada quando todos os sistemas de drenagem são incluídos na análise, devido a eventos de dispersão inferidos que obscurecem a história evolutiva entre bacias hidrográficas. Quando restringimos a análise às áreas que abrigam linhagens mitocondriais endêmicas, há evidência de história compartilhada entre táxons. Hipotetizamos que houve duas a três ondas distintas de invasão na ACI a partir de populações-fonte supostas no noroeste da Colômbia. A primeira provavelmente ocorreu no Mioceno tardio, antes da emergência final do Istmo no Plioceno médio; a segunda provavelmente coincidiu com o surgimento do Istmo no Plioceno médio, e o terceiro evento ocorreu mais recentemente, talvez no Pleistoceno. Em cada caso, a escala geográfica da dispersão das linhagens foi progressivamente mais limitada, um padrão que atribuímos ao desenvolvimento contínuo da paisagem devido à orogenia e ao consequente aumento da insularização das bacias hidrográficas. Assim, a visão de peixe-olho da ACI sugere uma história biogeográfica complexa de ciclos sobrepostos de colonização, diversificação, ordenamento e extinção de linhagens.

@article{doi101046j1365294x199800358x,
    author = "Bermingham, Eldredge and Martin, A. P.",
    title = "Fislogeografia comparativa do mtDNA de peixes de água doce neotropicais: testando história compartilhada para inferir a paisagem evolutiva da América Central baixa",
    year = "1998",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "A biogeografia histórica busca explicar as distribuições contemporâneas de táxons no contexto de fatores biológicos intrínsecos e fatores geológicos e climáticos extrínsecos. Para decifrar a importância relativa das características biológicas versus as condições ambientais, é necessário perguntar se grupos de táxons com distribuições semelhantes compartilham a mesma história de diversificação. Como todos os táxons terão compartilhado a mesma história climática e geológica, evidências de história compartilhada através de múltiplas espécies fornecem uma estimativa do papel dos fatores extrínsecos na formação de padrões biogeográficos contemporâneos. Da mesma forma, diferenças nos registros de história evolutiva entre espécies provavelmente serão assinaturas de diferenças biológicas. Neste estudo, focamos em inferir a história evolutiva para populações geográficas e espécies estreitamente relacionadas que representam três gêneros de peixes de água doce primários amplamente distribuídos na América Central baixa (ACB) e no noroeste da Colômbia. A análise de árvores filogenéticas de genes mitocondriais oferece a oportunidade para testes robustos de história compartilhada entre táxons. Além disso, como o mtDNA permite a inferência da escala temporal da diversificação, podemos testar hipóteses sobre o desenvolvimento cronológico do corredor istmiano que liga a América do Norte e a América do Sul. Concentramos nossa atenção em duas questões. Primeiro, mostramos que muitas das populações distintas de peixes da ACB divergiram em um período relativamente breve de tempo, limitando assim o sinal filogenético disponível para testes de história compartilhada. Segundo, nossos resultados fornecem evidências reduzidas de história compartilhada quando todos os sistemas de drenagem são incluídos na análise devido a eventos de dispersão inferidos que obscurecem a história evolutiva entre bacias hidrográficas. Quando restringimos a análise a áreas que abrigam linhagens mitocondriais endêmicas, há evidência de história compartilhada entre táxons. Hipotetizamos que houve duas a três ondas distintas de invasão na ACB a partir de populações-fonte supostas no noroeste da Colômbia. A primeira provavelmente ocorreu no Mioceno tardio, antes da emergência final do Istmo no Plioceno médio; a segunda provavelmente coincidiu com o surgimento do Istmo no Plioceno médio, e o terceiro evento ocorreu mais recentemente, talvez no Pleistoceno. Em cada caso, a escala geográfica da dispersão das linhagens foi progressivamente mais limitada, um padrão que atribuímos ao desenvolvimento contínuo da paisagem devido à orogenia e ao consequente aumento da insularização das bacias hidrográficas. Assim, a visão de peixe-olho da ACB sugere uma história biogeográfica complexa de ciclos sobrepostos de colonização, diversificação, ordenamento e extinção de linhagens.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1365-294x.1998.00358.x",
    doi = "10.1046/j.1365-294x.1998.00358.x",
    openalex = "W2166585991",
    references = "doi1010079781461523819, doi101007bf02100115, doi101007bf02101694, doi101038342637a0, doi101093genetics1322583, doi101093oxfordjournalsmolbeva025664, doi101093sysbio232265, doi101093sysbio244431, doi101111jbi14281, doi101126science2354785167, doi101146annureves18110187001413, doi101146annureves18110187002421, doi1023072399218"
}

Resumo Objetivo Examinar como a diversidade genética de táxons selecionados de pequenos mamíferos que habitam florestas é distribuída entre e dentro dos principais domínios de floresta tropical da Amazônia e da Mata Atlântica e das florestas interiores do Brasil intercaladas, conforme inferido pelas relações entre genealogias gênicas e geografia. Abordei também a importância histórica das florestas centrais do Brasil na conexão entre populações de roedores e marsupiais da Amazônia e da Mata Atlântica. Métodos Avaliei a variação no gene mitocondrial citocromo b para estimar os níveis de divergência de sequência entre aqueles táxons que ocorrem em toda a Amazônia, Mata Atlântica e florestas nas regiões do Cerrado e Caatinga. Inferi as relações hierárquicas entre haplótipos, populações e táxons formais usando a abordagem cladística da parcimônia máxima. Comparei áreas e clados identificados sobrepondo cladogramas à distribuição geográfica das amostras. O grau de concordância tanto na filogenia quanto na profundidade dos nós nessas filogenias, além de padrões de distribuição geográfica de clados, permitiram-me fazer inferências sobre como, quando e onde os táxons se diferenciaram. Resultados A semelhança de sequência é frequentemente maior entre amostras da Mata Atlântica e da Amazônia ou das florestas centrais do Brasil do que é dentro de cada um dos dois domínios de floresta tropical. Os clados da Mata Atlântica são ou não reciprocamente monofiléticos ou são o grupo irmão de todos os outros clados. Há alguma indicação de componentes norte e sul na Mata Atlântica. Dada a distribuição geográfica dos clados e os níveis relativamente profundos de divergência, a área central do Brasil não se comporta como uma região separada, mas é complementar à Amazônia ou à Mata Atlântica. Padrões de relações de áreas diferem entre táxons, sugerindo que diferentes processos e/ou eventos históricos afetaram a diversificação dentro de cada linhagem. Conclusões principais A Amazônia e as florestas da Mata Atlântica não são exclusivas em termos de suas faunas de pequenos mamíferos; ambas se sobrepõem amplamente a táxons que ocorrem em florestas de galeria e florestas secas no centro do Brasil. As florestas centrais do Brasil são uma parte integrante do cenário evolutivo de pequenos mamíferos de terras baixas, desempenhando um papel importante como habitats presentes e passados para espécies de floresta tropical. Portanto, representantes desta área devem sempre ser incluídos em análises da história evolutiva de faunas de florestas tropicais de terras baixas. A incongruência dos padrões de ramificação entre áreas está de acordo com resultados recentes apresentados para aves neotropicais passeriformes e indica que uma única hipótese de relações de áreas neotropicais é improvável. Essas descobertas reforçam a ideia que a especiação nos Neotrópicos não será explicada por qualquer modelo único de vicariância ou mudanças climáticas.

@article{doi101046j13652699200300792x,
    author = "Costa, Leonora Pires",
    title = "A ponte histórica entre a Amazônia e a Mata Atlântica do Brasil: um estudo de filogeografia molecular com pequenos mamíferos",
    year = "2003",
    journal = "Journal of Biogeography",
    abstract = "Abstract Objetivo Examinar como a diversidade genética de táxons selecionados de pequenos mamíferos que habitam florestas está distribuída entre e dentro dos principais domínios de floresta tropical da Amazônia e da Mata Atlântica e das florestas interiores do Brasil, conforme inferido pelas relações entre genealogias gênicas e geografia. Abordei também a importância histórica das florestas do centro do Brasil na conexão entre populações de roedores e marsupiais da Amazônia e da Mata Atlântica. Métodos Avaliei a variação no gene mitocondrial citocromo b para estimar os níveis de divergência de sequência entre aqueles táxons que ocorrem em toda a Amazônia, Mata Atlântica e florestas nas regiões do Cerrado e Caatinga. Inferi as relações hierárquicas entre haplótipos, populações e táxons formais usando a abordagem cladística da parcimônia máxima. Comparei áreas e clados identificados sobrepondo cladogramas à distribuição geográfica das amostras. O grau de concordância tanto na filogenia quanto na profundidade dos nós nessas filogenias, além de padrões de distribuição geográfica de clados, permitiram-me fazer inferências sobre como, quando e onde os táxons se diferenciaram. Resultados A semelhança de sequência é frequentemente maior entre amostras da Mata Atlântica e da Amazônia ou das florestas do centro do Brasil do que é dentro de cada um dos dois domínios de floresta tropical. Os clados da Mata Atlântica são ou não reciprocamente monofiléticos ou são o grupo irmão de todos os outros clados. Há alguma indicação de componentes norte e sul na Mata Atlântica. Dada a distribuição geográfica dos clados e os níveis relativamente profundos de divergência, a área do centro do Brasil não se comporta como uma região separada, mas é complementar à Amazônia ou à Mata Atlântica. Padrões de relações de áreas diferem entre táxons, sugerindo que diferentes processos e/ou eventos históricos afetaram a diversificação dentro de cada linhagem. Conclusões principais A Amazônia e as florestas da Mata Atlântica não são exclusivas em termos de suas faunas de pequenos mamíferos; ambas se sobrepõem amplamente com táxons que ocorrem em florestas de galeria e florestas secas no centro do Brasil. As florestas do centro do Brasil são uma parte integrante do cenário evolutivo de pequenos mamíferos de terras baixas, desempenhando um papel importante como habitats presentes e passados para espécies de floresta tropical. Portanto, representantes desta área devem sempre ser incluídos em análises da história evolutiva de faunas de florestas tropicais de terras baixas. A incongruência dos padrões de ramificação entre áreas está de acordo com resultados recentes apresentados para aves neotropicais passeriformes e indica que uma única hipótese de relações de áreas neotropicais é improvável. Essas descobertas reforçam a ideia de que a especiação nos Neotrópicos não será explicada por qualquer modelo único de vicariância ou mudanças climáticas.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1365-2699.2003.00792.x",
    doi = "10.1046/j.1365-2699.2003.00792.x",
    openalex = "W2116889779",
    references = "doi101093sysbio461195, doi101111j155856461988tb04164x, doi10230740168278"
}

Resumo Os orogênios acréscionários formam-se nas fronteiras convergentes de placas em margens intraoceânicas e continentais. Eles incluem os componentes da zona de supra-subducção do arco frontal, arco magmático e arco de retroarcos. Os orogênios acréscionários podem ser agrupados em tipos recuantes e avançantes, com base em seu quadro cinemático e no caráter geológico resultante. Os orogênios recuantes (por exemplo, o Pacífico ocidental moderno) estão sofrendo extensão de longo prazo em resposta ao local de subducção da placa inferior que recua em relação à placa sobrejacente e são caracterizados por bacias de retroarco. Os orogênios avançantes (por exemplo, os Andes) desenvolvem-se em um ambiente em que a placa sobrejacente avança em direção à placa descendente, resultando no desenvolvimento de cinturões de dobras e empurrões de foreland e espessamento crustal. A cratonização dos orogênios acréscionários ocorre durante a convergência contínua das placas e requer acoplamento transitório através da fronteira de placas com deformação concentrada em zonas de enfraquecimento mecânico e térmico, como o arco magmático e a região de retroarcos. Os mecanismos potenciais de condução para o acoplamento incluem a acreção de litosfera flutuante (acreção de terrano), subducção de placa plana e movimento absoluto rápido da placa superior que sobrepõe a placa descendente. Os orogênios acréscionários têm sido ativos ao longo da história da Terra, estendendo-se até pelo menos 3,2 Ga, e potencialmente antes, e fornecem uma importante restrição sobre o início do movimento horizontal das placas litosféricas na Terra. Eles foram responsáveis pelo crescimento majoritário da litosfera continental através da adição de produtos magmáticos juvenis, mas também são locais principais de consumo e reprocessamento da crosta continental ao longo do tempo, através da subducção de sedimentos e erosão por subducção. É provável que as taxas de crescimento e destruição da crosta sejam aproximadamente iguais, implicando que o crescimento líquido desde o Arcaico é efetivamente zero.

@article{doi101144sp3181,
    author = "Cawood, Peter A. and Kröner, Alfred and Collins, William J. and Kusky, Timothy and Mooney, Walter D. and Windley, Brian F.",
    title = "Accretionary orogens through Earth history",
    year = "2009",
    journal = "Geological Society London Special Publications",
    abstract = "Resumo Os orogênios acréscionários formam-se nas fronteiras convergentes de placas em margens intraoceânicas e continentais. Eles incluem os componentes da zona de supra-subducção do arco frontal, arco magmático e arco de retroarcos. Os orogênios acréscionários podem ser agrupados em tipos recuantes e avançantes, com base em seu quadro cinemático e no caráter geológico resultante. Os orogênios recuantes (por exemplo, o Pacífico ocidental moderno) estão sofrendo extensão de longo prazo em resposta ao local de subducção da placa inferior que recua em relação à placa sobrejacente e são caracterizados por bacias de retroarco. Os orogênios avançantes (por exemplo, os Andes) desenvolvem-se em um ambiente em que a placa sobrejacente avança em direção à placa descendente, resultando no desenvolvimento de cinturões de dobras e empurrões de foreland e espessamento crustal. A cratonização dos orogênios acréscionários ocorre durante a convergência contínua das placas e requer acoplamento transitório através da fronteira de placas com deformação concentrada em zonas de enfraquecimento mecânico e térmico, como o arco magmático e a região de retroarcos. Os mecanismos potenciais de condução para o acoplamento incluem a acreção de litosfera flutuante (acreção de terrano), subducção de placa plana e movimento absoluto rápido da placa superior que sobrepõe a placa descendente. Os orogênios acréscionários têm sido ativos ao longo da história da Terra, estendendo-se até pelo menos 3,2 Ga, e potencialmente antes, e fornecem uma importante restrição sobre o início do movimento horizontal das placas litosféricas na Terra. Eles foram responsáveis pelo crescimento majoritário da litosfera continental através da adição de produtos magmáticos juvenis, mas também são locais principais de consumo e reprocessamento da crosta continental ao longo do tempo, através da subducção de sedimentos e erosão por subducção. É provável que as taxas de crescimento e destruição da crosta sejam aproximadamente iguais, implicando que o crescimento líquido desde o Arcaico é efetivamente zero.",
    url = "https://doi.org/10.1144/sp318.1",
    doi = "10.1144/sp318.1",
    openalex = "W2106713244",
    references = "crossref1974the, doi101007978940172809615, doi1010160031920186900932, doi1010160040195190900162, doi1010160301926894000775, doi101016s1367912001000694, doi101016s1367912002000172, doi1010292002tc001484, doi101038211676a0, doi101038288329a0, doi10108008120099608728282, doi101093petrology23277, doi101126science105978, doi101126science25250111409, doi101130g23193a1, doi1011440016764903165, doi101144001676492006022, doi101144gslsp19981430117, doi1013062f9188fb16ce11d78645000102c1865d, doi1018814epiiugs2000v23i2001, doi1023071796560, openalexw1624806571"
}

Rãs asiáticas do tribo Paini (Anura: Dicroglossidae) abrangem vários domínios tectono-morfológicos de primeira ordem da colisão Indo-Asiática do Cenozoico que incluem a Planície Tibetana, o Himalaia e a Indochina. Mostramos como os eventos tectônicos induzidos pela colisão Indo-Asiática afetaram a biota regional e, por sua vez, como a história geológica da Terra pode ser vista sob uma perspectiva biológica. Nossa análise de um conjunto de dados concatenado composto por quatro sequências gênicas nucleares de Paini revelou duas principais radiações, correspondentes aos gêneros Nanorana (I) e Quasipaa (II). Cinco clados distintos são reconhecidos: clado da Planície Tibetana (I-1), clado do Himalaia (I-2), entorno do clado Himalaia-Planície Tibetana (I-3), clado da China do Sul (II-1) e clado da Indochina (II-2). Este padrão de relações destaca a importância da geografia na moldagem da história evolutiva. Baseando-nos na nossa datação molecular, reconstrução de região ancestral e padrões de distribuição, hipótese-se uma transição geográfica e climática distinta na Ásia começando no Oligoceno e intensificando-se no Mioceno; isso estimulou a rápida diversificação de Paini. A vicariância explica a formação de espécies entre as principais linhagens dentro de Nanorana. A dispersão, em contraste, desempenha um papel importante entre Quasipaa, com os táxons chineses do sul originando-se da Indochina. Nossos resultados suportam a hipótese tectônica de que um levantamento na região do Himalaia-Planície Tibetana resultante do espessamento crustal e extrusão lateral da Indochina ocorreu sincronamente durante a transição entre Oligoceno e Mioceno em reação à colisão Indo-Asiática. A história filogenética de Paini ilumina aspectos críticos do tempo dos eventos geológicos responsáveis pela geografia atual do Sudeste Asiático.

@article{doi101073pnas1008415107,
    author = "Che, Jing e Zhou, Weiwei e Hu, Jiansheng e Fang, Yan e Papenfuss, Theodore J. e Wake, David B. e Zhang, Ya‐Ping",
    title = "Rãs espinhosas (Paini) iluminam a história da região do Himalaia e da Sudeste Asiático",
    year = "2010",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Rãs asiáticas do tribo Paini (Anura: Dicroglossidae) abrangem vários domínios tectono-morfológicos de primeira ordem da colisão Indo-Asiática do Cenozoico que incluem a Planície Tibetana, o Himalaia e a Indochina. Mostramos como os eventos tectônicos induzidos pela colisão Indo-Asiática afetaram a biota regional e, por sua vez, como a história geológica da Terra pode ser vista sob uma perspectiva biológica. Nossa análise de um conjunto de dados concatenado composto por quatro sequências gênicas nucleares de Paini revelou duas principais radiações, correspondentes aos gêneros Nanorana (I) e Quasipaa (II). Cinco clados distintos são reconhecidos: clado da Planície Tibetana (I-1), clado do Himalaia (I-2), entorno do clado Himalaia-Planície Tibetana (I-3), clado da China do Sul (II-1) e clado da Indochina (II-2). Este padrão de relações destaca a importância da geografia na moldagem da história evolutiva. Baseando-nos na nossa datação molecular, reconstrução de região ancestral e padrões de distribuição, hipótese-se uma transição geográfica e climática distinta na Ásia começando no Oligoceno e intensificando-se no Mioceno; isso estimulou a rápida diversificação de Paini. A vicariância explica a formação de espécies entre as principais linhagens dentro de Nanorana. A dispersão, em contraste, desempenha um papel importante entre Quasipaa, com os táxons chineses do sul originando-se da Indochina. Nossos resultados suportam a hipótese tectônica de que um levantamento na região do Himalaia-Planície Tibetana resultante do espessamento crustal e extrusão lateral da Indochina ocorreu sincronamente durante a transição entre Oligoceno e Mioceno em reação à colisão Indo-Asiática. A história filogenética de Paini ilumina aspectos críticos do tempo dos eventos geológicos responsáveis pela geografia atual do Sudeste Asiático.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1008415107",
    doi = "10.1073/pnas.1008415107",
    openalex = "W2069063902",
    references = "doi101073pnas0611051104"
}

Compreender como os processos históricos moldaram, de forma semelhante ou diferencial, a evolução de linhagens ou conjuntos bióticos é importante para uma ampla gama de campos. No entanto, adquirir tal compreensão pode ser particularmente desafiador, especialmente para regiões que possuem uma história geológica e biológica complexa. Neste estudo, aplicamos uma abordagem comparativa ampla para extrair tais perspectivas biogeográficas regionais, caracterizando conjuntos de tempos de divergência para fronteiras biogeográficas principais estimadas a partir de múltiplas linhagens codistribuídas de cobras. Utilizamos um conjunto de dados filogeográfico/filogenético combinado (sequência de genes mitocondriais) de grande porte contendo vários clados de cobras que abrangem a América Central – a região tropical entre o México e o noroeste da América do Sul. Esta região é conhecida por sua história tectônica complexa e biogeografia histórica pouco compreendida. Com base em nossos resultados, destacamos como as zonas de transição filogeográfica entre a América Central e a América do Sul e a Depressão de Nicarágua parecem ter passado por múltiplos episódios de diversificação em diferentes linhagens. Isso contrasta com outros exemplos que encontramos onde aparentemente um único período vicariante é compartilhado por múltiplas linhagens. Avaliamos especificamente as distribuições das estimativas de tempo de divergência ao longo de múltiplas linhagens e estimamos o número de períodos temporais de diversificação de linhagens por ruptura biogeográfica. No geral, nossos resultados destacam uma grande quantidade de divergência temporal compartilhada e fornecem hipóteses importantes para linhagens ainda não estudadas. Essas comparações multilinheares em múltiplas escalas espaciais e temporais fornecem excelente poder preditivo para identificar os papéis da geologia, clima, ecologia e história natural na formação da biodiversidade regional.

@article{doi101111j16000587201006281x,
    author = "Daza, Juan M. and Castoe, Todd A. and Parkinson, Christopher L.",
    title = "Using regional comparative phylogeographic data from snake lineages to infer historical processes in Middle America",
    year = "2010",
    journal = "Ecography",
    abstract = "Compreender como os processos históricos moldaram, de forma semelhante ou diferencial, a evolução de linhagens ou conjuntos bióticos é importante para uma ampla gama de campos. No entanto, adquirir tal compreensão pode ser particularmente desafiador, especialmente para regiões que possuem uma história geológica e biológica complexa. Neste estudo, aplicamos uma abordagem comparativa ampla para extrair tais perspectivas biogeográficas regionais, caracterizando conjuntos de tempos de divergência para fronteiras biogeográficas principais estimadas a partir de múltiplas linhagens codistribuídas de cobras. Utilizamos um conjunto de dados filogeográfico/filogenético combinado (sequência de genes mitocondriais) de grande porte contendo vários clados de cobras que abrangem a América Central – a região tropical entre o México e o noroeste da América do Sul. Esta região é conhecida por sua história tectônica complexa e biogeografia histórica pouco compreendida. Com base em nossos resultados, destacamos como as zonas de transição filogeográfica entre a América Central e a América do Sul e a Depressão de Nicarágua parecem ter passado por múltiplos episódios de diversificação em diferentes linhagens. Isso contrasta com outros exemplos que encontramos onde aparentemente um único período vicariante é compartilhado por múltiplas linhagens. Avaliamos especificamente as distribuições das estimativas de tempo de divergência ao longo de múltiplas linhagens e estimamos o número de períodos temporais de diversificação de linhagens por ruptura biogeográfica. No geral, nossos resultados destacam uma grande quantidade de divergência temporal compartilhada e fornecem hipóteses importantes para linhagens ainda não estudadas. Essas comparações multilinheares em múltiplas escalas espaciais e temporais fornecem excelente poder preditivo para identificar os papéis da geologia, clima, ecologia e história natural na formação da biodiversidade regional.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1600-0587.2010.06281.x",
    doi = "10.1111/j.1600-0587.2010.06281.x",
    openalex = "W2118088239",
    references = "doi10274700206814489791"
}

Em todo o manto, interpretamos 94 anomalias positivas de velocidade de ondas sísmicas como litosfera subducida e associamos essas placas ao seu registro geológico. Documentamos isso como o Atlas do Submundo, também acessível online em www.atlas-of-the-underworld.org, uma compilação que compreende sistemas de subducção ativos nos últimos ~ 300 Myr. Placas mais profundas são correlacionadas a registros geológicos mais antigos, assumindo não haver movimentos horizontais relativos entre placas adjacentes após o rompimento, usando conhecimento dos circuitos globais de placas, mas sem assumir um referencial de manto. As placas ativamente subducidas mais longas identificadas atingem a profundidade de ~ 2500 km e algumas placas têm atingido as Províncias de Grande Baixa Velocidade de Cisalhamento no manto mais profundo. O afundamento anormalmente rápido de algumas placas ocorre em regiões afetadas por plumas de longo prazo. Concluímos que os remanescentes de placas eventualmente afundam do manto superior até a fronteira núcleo-manto. A variação na idade de subducção versus profundidade no manto inferior é em grande parte herdada da história de subducção do manto superior. Encontramos uma variação significativa de profundidade na velocidade média de afundamento das placas. No topo do manto inferior, as velocidades médias de afundamento das placas estão entre 10 e 40 mm/ano, seguidas por uma desaceleração para 10–15 mm/ano até profundidades em torno de 1600–1700 km. Neste intervalo, as taxas de afundamento estacionárias no tempo in situ sugerem desaceleração de 20 a 30 mm/ano para 4–8 mm/ano, aumentando para 12–15 mm/ano abaixo de 2000 km. Isso corrobora a existência de uma zona de desaceleração de placas, mas não observamos estagnação de placas de longo prazo (> 60 My), excluindo estagnação de longo prazo devido a efeitos composicionais. A conversão de perfis de afundamento de placas para perfis de viscosidade mostra a tendência geral de que a viscosidade do manto aumenta na zona de desaceleração de placas, abaixo da qual a viscosidade diminui lentamente no manto profundo. Isso está em desacordo com a maioria dos perfis de viscosidade publicados que são derivados de diferentes observações, mas concorda qualitativamente com perfis de viscosidade recentes sugeridos a partir de experimentos de materiais.

@article{doi101016jtecto201710004,
    author = "van der Meer, Douwe G. and van Hinsbergen, Douwe J.J. and Spakman, Wim",
    title = "Atlas do submundo: Remanescentes de placas no manto, sua história de afundamento e uma nova perspectiva sobre a viscosidade do manto inferior",
    year = "2017",
    journal = "Tectonophysics",
    abstract = "Em todo o manto, interpretamos 94 anomalias positivas de velocidade de ondas sísmicas como litosfera subducida e associamos essas placas ao seu registro geológico. Documentamos isso como o Atlas do Submundo, também acessível online em www.atlas-of-the-underworld.org, uma compilação que compreende sistemas de subducção ativos nos últimos \textasciitilde\ 300 Myr. Placas mais profundas são correlacionadas a registros geológicos mais antigos, assumindo não haver movimentos horizontais relativos entre placas adjacentes após o rompimento, usando conhecimento dos circuitos globais de placas, mas sem assumir um referencial de manto. As placas ativamente subducidas mais longas identificadas atingem a profundidade de \textasciitilde\ 2500 km e algumas placas têm atingido as Províncias de Grande Baixa Velocidade de Cisalhamento no manto mais profundo. O afundamento anormalmente rápido de algumas placas ocorre em regiões afetadas por plumas de longo prazo. Concluímos que os remanescentes de placas eventualmente afundam do manto superior até a fronteira núcleo-manto. A variação na idade de subducção versus – profundidade no manto inferior é em grande parte herdada da história de subducção do manto superior. Encontramos uma variação significativa de profundidade na velocidade média de afundamento das placas. No topo do manto inferior, as velocidades médias de afundamento das placas estão entre 10 e 40 mm/ano, seguidas por uma desaceleração para 10–15 mm/ano até profundidades em torno de 1600–1700 km. Neste intervalo, as taxas de afundamento estacionárias no tempo in situ sugerem desaceleração de 20 a 30 mm/ano para 4–8 mm/ano, aumentando para 12–15 mm/ano abaixo de 2000 km. Isso corrobora a existência de uma zona de desaceleração de placas, mas não observamos estagnação de placas de longo prazo (> 60 My), excluindo estagnação de longo prazo devido a efeitos composicionais. A conversão de perfis de afundamento de placas para perfis de viscosidade mostra a tendência geral de que a viscosidade do manto aumenta na zona de desaceleração de placas, abaixo da qual a viscosidade diminui lentamente no manto profundo. Isso está em desacordo com a maioria dos perfis de viscosidade publicados que são derivados de diferentes observações, mas concorda qualitativamente com perfis de viscosidade recentes sugeridos a partir de experimentos de materiais.",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tecto.2017.10.004",
    doi = "10.1016/j.tecto.2017.10.004",
    openalex = "W2766661285",
    references = "doi1010022013rg000444, doi1010022013tc003349, doi101007s0053101410603, doi1010160025322771900533, doi1010160040195181902754, doi101016jearscirev201006002, doi101016jearscirev201101007, doi101016jearscirev201203002, doi101016jearscirev201403008, doi101016jjsames200806002, doi101016jpalaeo200402033, doi101016s0012821x0100588x, doi101016s1367912001000694, doi1010292005jb004035, doi1010292007gc001743, doi101029tc001i003p00251, doi101073pnas1411762111, doi101093gjiggt095, doi101126science29054981910, doi1011300091761320020301031euaads20co2, doi101130b257081, doi101130g23193a1, doi101130ges000541, doi101146annurevearth281211"
}

A diversificação aviar tem sido influenciada pelas mudanças climáticas globais, movimentos tectônicos de placas e eventos de extinção em massa. No entanto, o impacto desses fatores na diversificação dos pássaros perchedores hiperdiversos (passeriformes) é incerto porque as relações em nível familiar estão não resolvidas e o momento dos eventos de divisão entre linhagens é incerto. Analisamos dados de DNA de 4.060 loci nucleares e 137 famílias de passeriformes usando abordagens de concatenação e coalescência para inferir uma hipótese filogenética abrangente que esclarece as relações entre todas as famílias de passeriformes. Em seguida, calibramos esta filogenia usando 13 fósseis para examinar os efeitos de diferentes eventos na história da Terra no momento e na taxa de diversificação dos passeriformes. Nossas análises reconciliam a diversificação dos passeriformes com os registros fóssil e geológicos; sugerem que os passeriformes originaram-se na massa continental australiana ∼47 Ma; e mostram que a dispersão subsequente e a diversificação dos passeriformes foram afetadas por uma série de eventos climatológicos e geológicos, como a glaciação do Oligoceno e a inundação da massa continental da Nova Zelândia. Embora as taxas de diversificação dos passeriformes tenham flutuado ao longo do Cenozoico, não encontramos nenhuma ligação entre a taxa de diversificação dos passeriformes e a temperatura global do Cenozoico, e nossas análises mostram que os aumentos na taxa de diversificação dos passeriformes que observamos estão desconectados da colonização de novos continentes. Em conjunto, esses resultados sugerem mecanismos mais complexos do que a mudança de temperatura ou oportunidade ecológica controlaram os padrões em escala macro dos padrões de especiação dos passeriformes.

@article{doi101073pnas1813206116,
    author = "Oliveros, Carl H. e Field, Daniel J. e Ksepka, Daniel T. e Barker, F. Keith e Aleixo, Alexandre Luis Padovan e Andersen, Michael J. e Alström, Per e Benz, Brett W. e Braun, Edward L. e Braun, Michael J. e Bravo, Gustavo A. e Brumfield, Robb T. e Chesser, R. Terry e Claramunt, Santiago e Cracraft, Joël e Cuervo, Andrés M. e Derryberry, Elizabeth P. e Glenn, Travis C. e Harvey, Michael e Hosner, Peter A. e Joseph, Leo e Kimball, Rebecca T. e Mack, Andrew L. e Miskelly, Colin M. e Peterson, A. Townsend e Robbins, Mark B. e Sheldon, Frederick H. e Silveira, Luís Fábio e Smith, Brian Tilston e White, Noor D. e Moyle, Robert G. e Faircloth, Brant C.",
    title = "Earth history and the passerine superradiation",
    year = "2019",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "A diversificação aviar tem sido influenciada pelas mudanças climáticas globais, movimentos tectônicos de placas e eventos de extinção em massa. No entanto, o impacto desses fatores na diversificação dos pássaros perchedores hiperdiversos (passeriformes) é incerto porque as relações em nível familiar estão não resolvidas e o momento dos eventos de divisão entre linhagens é incerto. Analisamos dados de DNA de 4.060 loci nucleares e 137 famílias de passeriformes usando abordagens de concatenação e coalescência para inferir uma hipótese filogenética abrangente que esclarece as relações entre todas as famílias de passeriformes. Em seguida, calibramos esta filogenia usando 13 fósseis para examinar os efeitos de diferentes eventos na história da Terra no momento e na taxa de diversificação dos passeriformes. Nossas análises reconciliam a diversificação dos passeriformes com os registros fóssil e geológicos; sugerem que os passeriformes originaram-se na massa continental australiana ∼47 Ma; e mostram que a dispersão subsequente e a diversificação dos passeriformes foram afetadas por uma série de eventos climatológicos e geológicos, como a glaciação do Oligoceno e a inundação da massa continental da Nova Zelândia. Embora as taxas de diversificação dos passeriformes tenham flutuado ao longo do Cenozoico, não encontramos nenhuma ligação entre a taxa de diversificação dos passeriformes e a temperatura global do Cenozoico, e nossas análises mostram que os aumentos na taxa de diversificação dos passeriformes que observamos estão desconectados da colonização de novos continentes. Em conjunto, esses resultados sugerem mecanismos mais complexos do que a mudança de temperatura ou oportunidade ecológica controlaram os padrões em escala macro dos padrões de especiação dos passeriformes.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1813206116",
    doi = "10.1073/pnas.1813206116",
    openalex = "W2931899952",
    references = "doi101016jcub201804062, doi101017s0016756807004268, doi101038nature03150, doi101038nature11631, doi101038nature15697, doi101038nbt1883, doi10108001621459199510476572, doi10108010635150701883881, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093molbevmss075, doi101093sysbiosyu056, doi101126science1059412, doi101126science1157704, doi101126science1194585, doi101126science1253451"
}

Estudos da região da Papuasia forneceram insights fundamentais sobre os processos evolutivos que geram sua biodiversidade excepcional, mas a influência dos processos geológicos merece estudo adicional. Localizada na junção de cinco placas tectônicas, esta região experimentou uma história geológica turbulenta que não apenas produziu montanhas imponentes permitindo especialização elevacional e arquipélagos insulares com graus variados de isolamento promovendo vicariância, mas também margens ativas onde massas terrestres colidiram e foram subsequentemente riftadas criando um mosaico de terrenos intermistos com histórias geológicas vastamente diferentes. Rãs asterofríneas são um clade hiperdiverso representando metade da diversidade de microhílidos do mundo (mais de 360 espécies) centrado na Nova Guiné e suas ilhas satélites. Mostramos que a vicariância facilitada pela história geológica explica essa distribuição ampla e distante de um clade que deveria ter pobres capacidades de dispersão. Recuperamos uma unidade tectônica continental, o Terrano Composto da Papua Oriental (EPCT), como o centro de origem para Asterophryinae e não menos de 71 instâncias do que parecem ser eventos de dispersão de longa distância, 29 dos quais são entre regiões continentais, com 42 do continente para as ilhas, algumas atualmente tão distantes quanto 200 km de populações-fonte sobre o oceano aberto. Além disso, encontramos forte suporte para uma hipótese de "Lento e Constante" para a formação da margem norte da Nova Guiné por muitos eventos de acreção separados durante o Mioceno, sobre outras alternativas geológicas principais, consistente com a idade de 20 milhões de anos do clade e chegada via EPCT. Além disso, a biogeografia histórica de nossas rãs fortemente suporta uma afinidade do Arquipélago de Louisiade e da Ilha Woodlark com a Cordilheira Owen Stanley no EPCT, e a proximidade recente da grande Ilha Nova Bretanha. Nossos resultados mostram que Asterophryinae não teve que dispersar repetidamente e independentemente através de grandes barreiras oceânicas para as ilhas offshore, contra as previsões da teoria de biogeografia de ilhas, mas que a distribuição atual pode ser explicada através de vicariância e dispersão oceânica de curta distância conforme conexões terrestres históricas desapareceram e ilhas lentamente se separaram umas das outras. Mostramos que ilhas têm um ciclo de vida, mudando em distância de outras massas terrestres, com consequências oportunidades para dispersão, isolamento e cladogênese de suas biotas. Mais amplamente, podemos começar a ver como a história geológica da região da Papuasia pode resultar na rápida acumulação e número estonteante de espécies existentes.

@article{doi101093iobobad028,
    author = "Hill, Ethan C and Gao, Diana F and Polhemus, Dan A and Fraser, Claire J and Iova, Bulisa and Allison, Allen and Butler, Marguerite A",
    title = "Testando a Geologia com a Biologia: Tectônica de Placas e a Diversificação de Sapos Microhilídeos na Região Papuana.",
    year = "2023",
    journal = "Integrative organismal biology (Oxford, England)",
    abstract = {Estudos da região papuana forneceram insights fundamentais sobre os processos evolutivos que geram sua biodiversidade excepcional, mas a influência de processos geológicos merece estudo adicional. Localizada na junção de cinco placas tectônicas, esta região experimentou uma história geológica turbulenta que não apenas produziu montanhas imponentes permitindo especialização elevacional e arquipélagos insulares com graus variados de isolamento promovendo vicariância, mas também margens ativas onde massas terrestres colidiram e foram subsequentemente riftadas criando um mosaico de terrenos intermistos com histórias geológicas vastamente diferentes. Sapos asterofríneos são um clade hiperdiverso representando metade da diversidade mundial de microhilídeos (mais de 360 espécies) centrada na Nova Guiné e suas ilhas satélites. Mostramos que a vicariância facilitada pela história geológica explica essa distribuição ampla e distante de um clade que deveria ter pobres capacidades de dispersão. Recuperamos uma unidade tectônica continental, o Terrano Composto da Papua Oriental (EPCT), como o centro de origem para Asterophryinae e não menos de 71 instâncias do que parecem ser eventos de dispersão de longa distância, 29 dos quais são entre regiões continentais, com 42 do continente para as ilhas, algumas atualmente tão distantes quanto 200 km de populações-fonte sobre o oceano aberto. Além disso, encontramos forte suporte para uma hipótese "Lenta e Constante" para a formação da margem norte da Nova Guiné por muitos eventos de acreção separados durante o Mioceno, em detrimento de outras alternativas geológicas principais, consistente com a idade de 20 milhões de anos do clade e chegada via o EPCT. Além disso, a biogeografia histórica de nossos sapos fortemente suporta uma afinidade do Arquipélago de Louisiade e da Ilha Woodlark com a Cordilheira Owen Stanley no EPCT, e a proximidade recente da grande Ilha Nova Bretanha. Nossos resultados mostram que Asterophryinae não teve que dispersar repetidamente e independentemente através de grandes barreiras oceânicas para as ilhas offshore, contra as previsões da teoria de biogeografia de ilhas, mas que a distribuição atual pode ser explicada através de vicariância e dispersão oceânica de curta distância conforme conexões terrestres históricas desapareceram e ilhas lentamente se separaram umas das outras. Mostramos que ilhas têm um histórico de vida, mudando em distância de outras massas terrestres, com consequentes oportunidades para dispersão, isolamento e cladogênese de suas biotas. Mais amplamente, podemos começar a ver como a história geológica da região papuana pode resultar na rápida acumulação e número assombroso de espécies existentes.},
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10476510/",
    doi = "10.1093/iob/obad028",
    openalex = "W4385394856",
    pmcid = "PMC10476510",
    pmid = "37670952",
    references = "doi101016s1367912001000694, doi101038nature07893, doi10108010635150701883881, doi101093sysbiosyu056, doi1011112041210x12628, doi101126science1127609, doi1012060003009020062970001tatol20co2, doi1023073802723, openalexw641398428"
}

O Arquipélago Indo-australiano (IAA) é um hotspot de biodiversidade caracterizado por altos níveis de endemismo e turnover biótico. As explicações para esses padrões de biodiversidade tendem a focar no papel da história geológica complexa e dinâmica da região. No entanto, apenas na última década que análises em grande escala informadas por filogenia das dinâmicas macroevolutivas em toda a região se tornaram viáveis. Um estudo recente sobre distribuições e diversidade de aves no arquipélago destacou o turnover marcante de espécies entre áreas geograficamente próximas no IAA e o papel predominante das barreiras marítimas na formação do turnover. Para construir sobre este trabalho e melhor compreender as histórias relativas da diversificação de aves nas diferentes áreas do IAA, compilamos uma árvore filogenética supermatriz atualizada e o mais completa possível para aves passeriformes da região e usamos isso para estimar e comparar os níveis de endemismo em diferentes áreas do IAA. Este quadro genético enfatiza ainda mais histórias contrastantes de diversificação em diferentes áreas do arquipélago. Como esperado para este clado, descobrimos que a Austrália é consistentemente inferida como um hotspot de paleoendemismo, as ilhas da Melanésia Oriental e possivelmente Maluku são caracterizadas por neoendemismo, enquanto a maior e mais alta ilha tropical do mundo, Nova Guiné, é inferida como um centro de superendemismo, ou seja, tanto paleo- quanto neoendemismo. Nossa árvore atualizada também destaca um aumento significativo no número de espécies de aves reconhecidas em todo o IAA nos últimos 10 anos, bem como uma melhoria na completude da amostragem genética.

@article{doi101002ece371471,
    author = "Prasetya, Audrey e Jaya, Frederick R. e Moritz, Craig e Joseph, Leo e Oliver, Paul M.",
    title = "Supermatrix Phylogenetic Tree of Passerine Birds From the Indo‐Australian Archipelago Highlights Contrasting Histories of Regional Endemism",
    year = "2025",
    journal = "Ecology and Evolution",
    abstract = "O Arquipélago Indo-australiano (IAA) é um hotspot de biodiversidade caracterizado por altos níveis de endemismo e turnover biótico. As explicações para esses padrões de biodiversidade tendem a focar no papel da história geológica complexa e dinâmica da região. No entanto, apenas na última década que análises em grande escala informadas por filogenia das dinâmicas macroevolutivas em toda a região se tornaram viáveis. Um estudo recente sobre distribuições e diversidade de aves no arquipélago destacou o turnover marcante de espécies entre áreas geograficamente próximas no IAA e o papel predominante das barreiras marítimas na formação do turnover. Para construir sobre este trabalho e melhor compreender as histórias relativas da diversificação de aves nas diferentes áreas do IAA, compilamos uma árvore filogenética supermatriz atualizada e o mais completa possível para aves passeriformes da região e usamos isso para estimar e comparar os níveis de endemismo em diferentes áreas do IAA. Este quadro genético enfatiza ainda mais histórias contrastantes de diversificação em diferentes áreas do arquipélago. Como esperado para este clado, descobrimos que a Austrália é consistentemente inferida como um hotspot de paleoendemismo, as ilhas da Melanésia Oriental e possivelmente Maluku são caracterizadas por neoendemismo, enquanto a maior e mais alta ilha tropical do mundo, Nova Guiné, é inferida como um centro de superendemismo, ou seja, tanto paleo- quanto neoendemismo. Nossa árvore atualizada também destaca um aumento significativo no número de espécies de aves reconhecidas em todo o IAA nos últimos 10 anos, bem como uma melhoria na completude da amostragem genética.",
    url = "https://doi.org/10.1002/ece3.71471",
    doi = "10.1002/ece3.71471",
    openalex = "W4410798488",
    references = "doi1010160006320792912013, doi101038nature11631, doi101038nmeth4285, doi101093bioinformaticsbtp348, doi101093bioinformaticsbtq166, doi101093bioinformaticsbts199, doi101093iobobad028, doi101093molbevmsaa015, doi101093molbevmsm088, doi101093molbevmsx281, doi101093nargkh340"
}