Imunologia

Discutimos evidências moleculares publicadas sobre a relação entre o homem e os grandes símios africanos e os macacos do Velho Mundo. Comparações quantitativas das suas albuminas séricas, transferrinas, hemoglobinas e DNA mostram que o homem é geneticamente muito mais semelhante aos grandes símios africanos do que aos macacos do Velho Mundo. As sequências de aminoácidos das hemoglobinas de humanos, chimpanzés, gorilas e macacos rhesus são consistentes com a hipótese de que a probabilidade de uma substituição de aminoácido ocorrer em um determinado intervalo de tempo é a mesma para todas as linhagens de hemoglobina. Isso permite o uso desses dados como um relógio evolutivo de hemoglobina, assim como fizemos anteriormente com as albuminas. Mostra-se que existe concordância entre os resultados de hemoglobina e albumina e que ambos apoiam a sugestão de que a linhagem humana divergiu daquela que leva aos grandes símios africanos muito mais recentemente do que geralmente se supõe. Considerando tanto os dados de albumina quanto de hemoglobina, definiríamos a data mais provável entre 4 e 5 milhões de anos.

@article{doi101073pnas6341088,
    author = "Wilson, Allan C. e Sarich, Vincent M.",
    title = "UMA ESCALA DE TEMPO MOLECULAR PARA A EVOLUÇÃO HUMANA",
    year = "1969",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Discutimos evidências moleculares publicadas sobre a relação entre o homem e os grandes símios africanos e os macacos do Velho Mundo. Comparações quantitativas das suas albuminas séricas, transferrinas, hemoglobinas e DNA mostram que o homem é geneticamente muito mais semelhante aos grandes símios africanos do que aos macacos do Velho Mundo. As sequências de aminoácidos das hemoglobinas de humanos, chimpanzés, gorilas e macacos rhesus são consistentes com a hipótese de que a probabilidade de uma substituição de aminoácido ocorrer em um determinado intervalo de tempo é a mesma para todas as linhagens de hemoglobina. Isso permite o uso desses dados como um relógio evolutivo de hemoglobina, assim como fizemos anteriormente com as albuminas. Mostra-se que existe concordância entre os resultados de hemoglobina e albumina e que ambos apoiam a sugestão de que a linhagem humana divergiu daquela que leva aos grandes símios africanos muito mais recentemente do que geralmente se supõe. Considerando tanto os dados de albumina quanto de hemoglobina, definiríamos a data mais provável entre 4 e 5 milhões de anos.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.63.4.1088",
    doi = "10.1073/pnas.63.4.1088",
    openalex = "W2031209673",
    references = "doi101007bf02476695, doi1010160022283668902945, doi101038217624a0, doi1010382191335a0, doi101073pnas581142, doi101126science15137171530, doi101126science1613841529, doi101146annurevbi37070168003455, doi101515bchm219613251283, sarich1967immunological"
}

Recalibração do tempo de divergência dos Pongidae e Hominidae após correção da distância imunológica pela inclusão do comprimento da geração resulta em datas mínimas de aproximadamente 14 milhões de anos atrás.

@article{doi101126science1764036803,
    author = "Lovejoy, C. Owen e Burstein, Albert H. e Heiple, Kingsbury G.",
    title = "Filogenia de Primatas e Distância Imunológica",
    year = "1972",
    journal = "Science",
    abstract = "Recalibração do tempo de divergência dos Pongidae e Hominidae após correção da distância imunológica pela inclusão do comprimento da geração resulta em datas mínimas de aproximadamente 14 milhões de anos atrás.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.176.4036.803",
    doi = "10.1126/science.176.4036.803",
    openalex = "W1997728089",
    references = "doi101126science1683931578"
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@article{mettler1984imunológico,
    author = "Mettler, L. e Paul, S.",
    title = "Aspectos Imunológicos da Gravidez Patológica (Imunologia da Infertilidade)",
    year = "1984",
    journal = "Investigação Ginecológica e Obstétrica",
    url = "https://doi.org/10.1159/000299094",
    doi = "10.1159/000299094",
    number = "6",
    openalex = "W2049106428",
    pages = "281-288",
    volume = "18"
}

@article{soni1990imunologia,
    author = "Soni, N",
    title = "Imunologia, mediadores imunológicos e AIDS",
    year = "1990",
    journal = "Current Opinion in Anaesthesiology",
    url = "https://doi.org/10.1097/00001503-199006000-00026",
    doi = "10.1097/00001503-199006000-00026",
    number = "3",
    openalex = "W2033462912",
    pages = "444-448",
    volume = "3"
}

Existem evidências crescentes de variação nas taxas de substituição de nucleotídeos entre grupos taxonômicos divergentes. Aqui, resumimos dados de taxas publicados e demonstramos uma forte relação entre a taxa de substituição e o tamanho corporal. Por exemplo, as taxas de evolução nuclear e de mtDNA são lentas em baleias, intermediárias em primatas e rápidas em roedores. Uma relação semelhante existe para vertebrados poiquilotérmicos. No entanto, esses táxons têm, no geral, taxas de substituição de mtDNA mais lentas do que homeotermos de tamanho similar. Várias variáveis fisiológicas e de história de vida estão altamente correlacionadas com o tamanho corporal. Dentre essas, o tempo de geração e a taxa metabólica explicam igualmente bem alguns padrões de heterogeneidade de taxas. Em muitos casos, no entanto, diferenças na taxa metabólica explicam exceções importantes ao modelo de tempo de geração. A correlação entre taxa metabólica e substituição de nucleotídeos pode ser mediada por (i) os efeitos mutagênicos de radicais de oxigênio que são subprodutos abundantes da respiração aeróbica, e (ii) taxas aumentadas de síntese de DNA e substituição de nucleotídeos em organismos com taxas metabólicas mais altas. Ambos esses fatores aumentam a taxa de mutação ao diminuir o "tempo de geração de nucleotídeos", o comprimento médio de tempo antes que um nucleotídeo seja copiado, seja através de replicação ou reparo. A reconsideração da hipótese do tempo de geração para incluir efeitos fisiológicos como a taxa metabólica melhora as bases teóricas da evolução molecular.

@article{doi101073pnas9094087,
    author = "Martin, A. P. and Palumbi, Stephen R.",
    title = "Body size, metabolic rate, generation time, and the molecular clock.",
    year = "1993",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {There is increasing evidence for variation in rates of nucleotide substitution among divergent taxonomic groups. Here, we summarize published rate data and show a strong relationship between substitution rate and body size. For instance, rates of nuclear and mtDNA evolution are slow in whales, intermediate in primates, and fast in rodents. A similar relationship exists for poikilothermic vertebrates. However, these taxa have slower mtDNA substitution rates overall than do homeotherms of similar size. A number of physiological and life history variables are highly correlated with body size. Of these, generation time and metabolic rate explain some patterns of rate heterogeneity equally well. In many cases, however, differences in metabolic rate explain important exceptions to the generation time model. Correlation between metabolic rate and nucleotide substitution may be mediated by (i) the mutagenic effects of oxygen radicals that are abundant by-products of aerobic respiration, and (ii) increased rates of DNA synthesis and nucleotide replacement in organisms with higher metabolic rates. Both of these factors increase mutation rate by decreasing the "nucleotide generation time," the average length of time before a nucleotide is copied either through replication or repair. Reconsideration of the generation time hypothesis to include physiological effects such as metabolic rate improves the theoretical underpinnings of molecular evolution.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.90.9.4087",
    doi = "10.1073/pnas.90.9.4087",
    openalex = "W2074097929"
}

Resumo O primeiro terço (ca. 1200 pb) do éxon 1 do gene nuclear que codifica a proteína ligadora de retinoides intersticial (IRBP) foi sequenciado para 12 primatas representativos pertencentes a Lemuriformes, Lorisiformes, Tarsiiformes, Platyrrhini e Catarrhini, e combinado com dados disponíveis (13 outros primatas, 11 placentários não primatas e 2 marsupiais). As análises filogenéticas usando máxima verossimilhança em nucleotídeos e aminoácidos robustamente suportam a monofilia de primatas, Strepsirrhini, Lemuriformes, Lorisiformes, Anthropoidea, Catarrhini e Platyrrhini. É interessante notar que 1) Tarsiidae agruparam-se com Anthropoidea, e o suporte para este nó depende dos caracteres moleculares considerados; 2) Cheirogaleidae agruparam-se dentro de Lemuriformes; e 3) Daubentonia foi o grupo-irmão de todos os outros Lemuriformes. O estudo da taxa evolutiva da IRBP mostra uma alta heterogeneidade dentro dos placentários e também dentro dos primatas. Relógios moleculares locais de máxima verossimilhança foram atribuídos a três clados exibindo taxas evolutivas significativamente contrastadas. Paenungulata mostrou-se evoluir 2,5–3 vezes mais rápido que Perissodactyla e Lemuriformes. Seis pontos de calibração independentes foram usados para estimar as idades de divisão dos principais clados de primatas, e sua compatibilidade foi avaliada. Idades de divergência foram obtidas para os seguintes grupos de coroa: 13,8–14,2 MY para Lorisiformes, 26,5–27,2 MY para Lemuroidea, 39,6–40,7 MY para Lemuriformes, 45,4–46,7 MY para Strepsirrhini e 56,7–58,4 MY para Haplorrhini. A incompatibilidade entre algumas estimativas paleontológicas e moleculares pode refletir a incompletude do registro fóssil placentário e/ou indicar que as taxas evolutivas variáveis da IRBP não são totalmente acomodadas por relógios moleculares locais. Am J Phys Anthropol, 2003. © 2003 Wiley‐Liss, Inc.

@article{doi101002ajpa10322,
    author = "Poux, Céline e Douzery, Emmanuel",
    title = "Filogenia de primatas, variações nas taxas evolutivas e tempos de divergência: Uma contribuição do gene nuclear IRBP",
    year = "2003",
    journal = "American Journal of Physical Anthropology",
    abstract = "Resumo O primeiro terço (ca. 1200 pb) do éxon 1 do gene nuclear que codifica a proteína ligadora de retinoides intersticial (IRBP) foi sequenciado para 12 primatas representativos pertencentes a Lemuriformes, Lorisiformes, Tarsiiformes, Platyrrhini e Catarrhini, e combinado com dados disponíveis (13 outros primatas, 11 placentários não primatas e 2 marsupiais). As análises filogenéticas usando máxima verossimilhança em nucleotídeos e aminoácidos robustamente suportam a monofilia de primatas, Strepsirrhini, Lemuriformes, Lorisiformes, Anthropoidea, Catarrhini e Platyrrhini. É interessante notar que 1) Tarsiidae agruparam-se com Anthropoidea, e o suporte para este nó depende dos caracteres moleculares considerados; 2) Cheirogaleidae agruparam-se dentro de Lemuriformes; e 3) Daubentonia foi o grupo-irmão de todos os outros Lemuriformes. O estudo da taxa evolutiva da IRBP mostra uma alta heterogeneidade dentro dos placentários e também dentro dos primatas. Relógios moleculares locais de máxima verossimilhança foram atribuídos a três clados exibindo taxas evolutivas significativamente contrastadas. Paenungulata mostrou-se evoluir 2,5–3 vezes mais rápido que Perissodactyla e Lemuriformes. Seis pontos de calibração independentes foram usados para estimar as idades de divisão dos principais clados de primatas, e sua compatibilidade foi avaliada. Idades de divergência foram obtidas para os seguintes grupos de coroa: 13,8–14,2 MY para Lorisiformes, 26,5–27,2 MY para Lemuroidea, 39,6–40,7 MY para Lemuriformes, 45,4–46,7 MY para Strepsirrhini e 56,7–58,4 MY para Haplorrhini. A incompatibilidade entre algumas estimativas paleontológicas e moleculares pode refletir a incompletude do registro fóssil placentário e/ou indicar que as taxas evolutivas variáveis da IRBP não são totalmente acomodadas por relógios moleculares locais. Am J Phys Anthropol, 2003. © 2003 Wiley‐Liss, Inc.",
    url = "https://doi.org/10.1002/ajpa.10322",
    doi = "10.1002/ajpa.10322",
    openalex = "W1969394126",
    references = "doi101111j109583121997tb01480x"
}

@article{knapp2003evolução,
    author = "Knapp, Leslie A.",
    title = "Evolução e imunologia",
    year = "2003",
    journal = "Antropologia Evolutiva: Questões, Notícias e Resenhas",
    url = "https://doi.org/10.1002/evan.10077",
    doi = "10.1002/evan.10077",
    number = "S1",
    openalex = "W2111901725",
    pages = "140-144",
    volume = "11",
    references = "doi101034j139900392000550314x, doi101038335167a0, doi101038352595a0, doi101038352619a0, doi101038360434a0, doi101038nm0496405, doi101073pnas863958, doi101073pnas952011745, doi101093oxfordjournalsmolbeva040626, doi103201eid0303970301"
}

@article{inman2009cattle,
    author = "Inman, Charlotte e Hudson, Chris",
    title = "Imunologia bovina: vacinação e testes imunológicos",
    year = "2009",
    journal = "Gado",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.2044-3870.2009.tb00295.x",
    doi = "10.1111/j.2044-3870.2009.tb00295.x",
    number = "4",
    openalex = "W1979274972",
    pages = "35-39",
    volume = "14",
    references = "doi101111j204438702009tb00208x"
}

@article{shay2013imunológico,
    author = "Shay, Tal e Kang, Joonsoo",
    title = "Projeto Genoma Imunológico e imunologia de sistemas",
    year = "2013",
    journal = "Tendências em Imunologia",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.it.2013.03.004",
    doi = "10.1016/j.it.2013.03.004",
    number = "12",
    openalex = "W2171711783",
    pages = "602-609",
    volume = "34",
    references = "doi101002j153873051948tb01338x, doi101016jcell201101004, doi101016jcell201209016, doi101038nature11247, doi101038ni10081091, doi101038ni2370, doi101038ni2416, doi101038ni2419, doi10106313067010, doi101126science1198704"
}

Os primatas têm sido há muito tempo um caso de teste para o desenvolvimento de métodos filogenéticos para estimativa de tempo de divergência. Apesar de um grande número de estudos, no entanto, o tempo de origem dos Primatas da coroa em relação à fronteira Cretáceo-Paleogeno (K-Pg) e o tempo de diversificação dos principais grupos da coroa permanecem controversos. Aqui, analisamos um conjunto de dados de 372 táxons (367 Primatas e 5 grupos externos, 3,4 milhões de pares de bases alinhados) que inclui nove genomas de primatas. Exploramos sistematicamente o efeito de diferentes interpretações de calibrações fóssis e modelos de relógio molecular nas estimativas de tempo de divergência dos primatas. Encontramos que até pequenas diferenças na construção de calibrações fóssis podem ter um impacto perceptível nas estimativas de tempo de divergência, especialmente para os nós mais antigos na árvore. Notavelmente, a escolha do modelo de taxa molecular (taxas autocorrelacionadas ou taxas independentemente distribuídas) tem um efeito especialmente forte nas estimativas de tempo, com o modelo de taxas independentes produzindo estimativas de idade consideravelmente mais antigas para os nós mais profundos na filogenia. Implementamos integração termodinâmica, combinada com quadratura de Gauss, no programa MCMCTree, e usamos isso para calcular fatores de Bayes para modelos de relógio. A seleção de modelo bayesiana indica que o modelo de taxas autocorrelacionadas se ajusta substancialmente melhor aos dados de primatas, e concluímos que as estimativas de tempo sob este modelo devem ser preferidas. Mostramos que para oito nós centrais na filogenia, a incerteza nas estimativas de tempo está próxima do limite teórico imposto pelas incertezas fóssis. Assim, essas estimativas são improváveis de serem melhoradas pela coleta de dados adicionais de sequência molecular. Todas as análises colocam a origem dos Primatas próxima à fronteira K-Pg, seja no Cretáceo ou atravessando a fronteira para o Paleogeno.

@article{doi101093sysbiosyy001,
    author = "dos Reis, Mario e Gunnell, Gregg F. e Barba‐Montoya, Jose e Wilkins, Alex e Yang, Ziheng e Yoder, Anne D.",
    title = "Usando Dados Filogenômicos para Explorar os Efeitos de Relógios Relaxados e Estratégias de Calibração na Estimativa de Tempo de Divergência: Primatas como Caso de Teste",
    year = "2018",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Os primatas têm sido há muito tempo um caso de teste para o desenvolvimento de métodos filogenéticos para estimativa de tempo de divergência. Apesar de um grande número de estudos, no entanto, o tempo de origem dos Primatas da coroa em relação à fronteira Cretáceo-Paleogeno (K-Pg) e o tempo de diversificação dos principais grupos da coroa permanecem controversos. Aqui, analisamos um conjunto de dados de 372 táxons (367 Primatas e 5 grupos externos, 3,4 milhões de pares de bases alinhados) que inclui nove genomas de primatas. Exploramos sistematicamente o efeito de diferentes interpretações de calibrações fóssis e modelos de relógio molecular nas estimativas de tempo de divergência dos primatas. Encontramos que até pequenas diferenças na construção de calibrações fóssis podem ter um impacto perceptível nas estimativas de tempo de divergência, especialmente para os nós mais antigos na árvore. Notavelmente, a escolha do modelo de taxa molecular (taxas autocorrelacionadas ou taxas independentemente distribuídas) tem um efeito especialmente forte nas estimativas de tempo, com o modelo de taxas independentes produzindo estimativas de idade consideravelmente mais antigas para os nós mais profundos na filogenia. Implementamos integração termodinâmica, combinada com quadratura de Gauss, no programa MCMCTree, e usamos isso para calcular fatores de Bayes para modelos de relógio. A seleção de modelo bayesiana indica que o modelo de taxas autocorrelacionadas se ajusta substancialmente melhor aos dados de primatas, e concluímos que as estimativas de tempo sob este modelo devem ser preferidas. Mostramos que para oito nós centrais na filogenia, a incerteza nas estimativas de tempo está próxima do limite teórico imposto pelas incertezas fóssis. Assim, essas estimativas são improváveis de serem melhoradas pela coleta de dados adicionais de sequência molecular. Todas as análises colocam a origem dos Primatas próxima à fronteira K-Pg, seja no Cretáceo ou atravessando a fronteira para o Paleogeno.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syy001",
    doi = "10.1093/sysbio/syy001",
    openalex = "W2762173626",
    references = "doi101016jympev201402023, doi101038nature14120, doi101093sysbiosyv080, doi101126science1683931578"
}

Compreender a imunidade protetora contra a influenza e identificar os correlatos imunológicos da proteção representa um desafio importante e exige uma compreensão do sistema imunológico em toda a sua complexidade. Embora as respostas imunes adaptativas, como anticorpos neutralizantes e linfócitos T específicos da influenza, contribuam para o controle do vírus da influenza, os fatores-chave da proteção a longo prazo não estão bem definidos. Utilizando a imunologia de sistemas, uma abordagem que combina métodos experimentais e computacionais, podemos capturar o estado de nível de sistema da imunidade protetora e revelar as vias essenciais envolvidas. Novas abordagens e desenvolvimentos tecnológicos na imunologia de sistemas oferecem uma oportunidade para examinar os papéis e inter-relações de fatores clínicos, biológicos e genéticos no controle da infecção por influenza e têm o potencial de levar a novas descobertas sobre a imunidade à influenza que são essenciais para o desenvolvimento de vacinas mais eficazes para prevenir futuras pandemias. Aqui, revisamos os desenvolvimentos recentes na imunologia de sistemas que ajudam a revelar os fatores-chave que mediam a imunidade protetora.

@article{tomic2021systems,
    author = "Tomic, Adriana e Pollard, Andrew J. e Davis, Mark M.",
    title = "Systems Immunology: Revealing Influenza Immunological Imprint",
    year = "2021",
    journal = "Viruses",
    abstract = "Compreender a imunidade protetora contra a influenza e identificar os correlatos imunológicos da proteção representa um desafio importante e exige uma compreensão do sistema imunológico em toda a sua complexidade. Embora as respostas imunes adaptativas, como anticorpos neutralizantes e linfócitos T específicos da influenza, contribuam para o controle do vírus da influenza, os fatores-chave da proteção a longo prazo não estão bem definidos. Utilizando a imunologia de sistemas, uma abordagem que combina métodos experimentais e computacionais, podemos capturar o estado de nível de sistema da imunidade protetora e revelar as vias essenciais envolvidas. Novas abordagens e desenvolvimentos tecnológicos na imunologia de sistemas oferecem uma oportunidade para examinar os papéis e inter-relações de fatores clínicos, biológicos e genéticos no controle da infecção por influenza e têm o potencial de levar a novas descobertas sobre a imunidade à influenza que são essenciais para o desenvolvimento de vacinas mais eficazes para prevenir futuras pandemias. Aqui, revisamos os desenvolvimentos recentes na imunologia de sistemas que ajudam a revelar os fatores-chave que mediam a imunidade protetora.",
    url = "https://doi.org/10.3390/v13050948",
    doi = "10.3390/v13050948",
    number = "5",
    openalex = "W3161006937",
    pages = "948",
    volume = "13",
    references = "doi1010020471142727mb2129s109, doi101016s0140673617332932, doi101038nature08182, doi101038ni1688, doi101038nrg3920, doi101038s4157301900245, doi101038s4157601900937, doi101056nejmoa2001017, doi101126science1198704, doi101161circulationaha115001593"
}