Invertebrados

@misc{moore1952invertebrate41,
    author = "Moore, R. C. e Lalicker, C. G. e Fischer, A. G",
    title = "Fósseis Invertebrados",
    year = "1952",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Moore, R. C., Lalicker, C. G., e Fischer, A. G., 1952, Fósseis Invertebrados:}"
}

@misc{schrock1953principles50,
    author = "Schrock, R. R. e Twenhofel, W. H",
    title = "Principles of Invertebrate",
    year = "1953",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Schrock, R. R., e Twenhofel, W. H., 1953, Principles of Invertebrate}"
}

@misc{wells1956scleractinia58,
    author = "Wells, J. W",
    title = "Scleractinia",
    year = "1956",
    howpublished = "p.F328-F444, in Moore, R. C., ed., Treatise",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Wells, J. W., 1956, Scleractinia: p.F328-F444, in Moore, R. C., ed., Treatise}"
}

@misc{arkell1957mesozoic3,
    author = "Arkell, W. J. e Kummel, B. e Wright, C. W",
    title = "Ammonoidea Mesozoicos, em",
    year = "1957",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Arkell, W. J., Kummel, B., e Wright, C. W., 1957, Ammonoidea Mesozoicos, em}"
}

@misc{easton1960invertebrate24,
    author = "Easton, W. H",
    title = "Paleontologia Invertebrada",
    year = "1960",
    howpublished = "Nova York, Harper, 701 p",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Easton, W. H., 1960, Paleontologia Invertebrada: Nova York, Harper, 701 p.}"
}

@misc{knight1960monoplacophora39,
    author = "Knight, J. B. e Yochelson, E. L",
    title = "Monoplacophora",
    year = "1960",
    howpublished = "P. I77-I84, in",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Knight, J. B., e Yochelson, E. L., 1960, Monoplacophora: P. I77-I84, in}"
}

@misc{connell1961the18,
    author = "Connell, J. H",
    title = "A influência da competição interespecífica e de outros fatores sobre a",
    year = "1961",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Connell, J. H., 1961, A influência da competição interespecífica e de outros fatores sobre a}"
}

@misc{ross1962pennsylvanian48,
    author = "Ross, C. A. e Ross, J. P",
    title = "Corais rugosos do Pennsylvanian e Permian, Glass",
    year = "1962",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Ross, C. A., e Ross, J. P., 1962, Corais rugosos do Pennsylvanian e Permian, Glass}"
}

@article{doi101111j1469185x1966tb01624x,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "ALLOMETRIA E TAMANHO NA ONTOGÊNESE E NA FILOGENIA",
    year = "1966",
    journal = "Biological reviews/Revisões biológicas da Sociedade Filosófica de Cambridge",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-185x.1966.tb01624.x",
    doi = "10.1111/j.1469-185x.1966.tb01624.x",
    openalex = "W2082598566",
    references = "colbert1948evolution, doi101001jama196203050110085031, doi101007bf02982279, doi101038114895a0, doi101038137780b0, doi101038164820b0, doi101086280573, doi101093biomet371230, doi101111j155856461949tb00010x, doi101152physrev1947274511, doi1015159780691183978018, doi1023071538742, doi1023072405671, doi1023072527939, doi1023072532815, doi107312rens91062, doi107312simp93764, kermack1954a"
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@misc{beaver1967morphology6,
    author = "Beaver, H. H",
    title = "Morphology, in Moore, R",
    year = "1967",
    howpublished = "C., ed., Treatise on",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Beaver, H. H., 1967, Morphology, in Moore, R. C., ed., Treatise on}"
}

@article{doi1010160025322767900515,
    author = "Seilacher, Adolf",
    title = "Batimetria de fósseis de rastos",
    year = "1967",
    journal = "Marine Geology",
    url = "https://doi.org/10.1016/0025-3227(67)90051-5",
    doi = "10.1016/0025-3227(67)90051-5",
    openalex = "W1975115126",
    references = "doi1010079783662010204, doi101007bf01820746, doi101007bf02986976, doi101086626811, doi101126science150369260, doi10130674d70c452b2111d78648000102c1865d, doi1023071483846, openalexw2049573044, openalexw2343619380, openalexw574363047"
}

@misc{fay1967phylogeny27,
    author = "Fay, R. O",
    title = "Filogenia e Evolução, p",
    year = "1967",
    howpublished = "S392-S396, in Moore, R. C",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Fay, R. O., 1967, Filogenia e Evolução, p. S392-S396, in Moore, R. C.,}"
}

@misc{beklemishev1969principles8,
    author = "Beklemishev, W. N",
    title = "Princípios de Anatomia Comparada de Invertebrados",
    year = "1969",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Beklemishev, W. N., 1969, Princípios de Anatomia Comparada de Invertebrados:}"
}

@misc{glaessner1969decapoda33,
    author = "Glaessner, M. F",
    title = "Decapoda, p",
    year = "1969",
    howpublished = "R399-R533, in Moore, R. C., ed",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Glaessner, M. F., 1969, Decapoda, p. R399-R533, in Moore, R. C., ed.,}"
}

@misc{kaufmann1969form37,
    author = "Kaufmann, E. G",
    title = "Form, function, and evolution",
    year = "1969",
    howpublished = "P. N129-N205, in Moore",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Kaufmann, E. G., 1969, Form, function, and evolution: P. N129-N205, in Moore,}"
}

@misc{eldredge1971the25,
    author = "Eldredge, N",
    title = "O modelo alopátrico e a filogenia do Paleozóico",
    year = "1971",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Eldredge, N., 1971, O modelo alopátrico e a filogenia do Paleozóico}"
}

@misc{stenzel1971oysters55,
    author = "Stenzel, H. B",
    title = "Ostras",
    year = "1971",
    howpublished = "p. N953-N1214, in Moore, R. C., ed., Treatise",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Stenzel, H. B., 1971, Ostras: p. N953-N1214, in Moore, R. C., ed., Treatise}"
}

A distribuição do número de espécies e a mediana do número de espécies de 386 comunidades fósseis selecionadas são tabuladas para ambientes de alto estresse, costeiros variáveis e marinhos abertos durante o Paleozóico Inferior, Médio e Superior, o Mesozóico e o Cenozóico. O número de espécies sempre aumenta de ambientes de alto estresse para ambientes costeiros variáveis e depois para ambientes marinhos abertos. A variação intra-habitat no número de espécies é pequena para longos intervalos do Fanerozoico. A mediana do número de espécies em comunidades de ambientes de alto estresse permanece fixa em cerca de 8 do Cambriano ao Pleistoceno. Em ambientes marinhos abertos, a mediana é próxima de 30 para o Paleozóico Médio e Superior e quase a mesma para o Mesozóico. Aumentos de 50% na mediana do número de espécies entre o Paleozóico Inferior e Médio e 2 vezes entre o Mesozóico e o Cenozóico ocorrem em ambientes marinhos abertos, com aumentos paralelos, mas menos pronunciados, em ambientes costeiros variáveis. As condições que controlam a riqueza de espécies intra-habitat geral mudaram nesses momentos. Essas mudanças não correlacionam diretamente com a evolução de novos táxons principais, mudança nas condições físicas, predação, disponibilidade de espaço ou suprimento de oxigênio. Elas podem estar relacionadas a mudanças na disponibilidade de recursos influenciadas por fatores como a flora terrestre em desenvolvimento, ao tempo de atraso inerente ao processo evolutivo de diversificação ou a fatores ainda não determinados. Embora a provincialidade determine a riqueza total de espécies para a biosfera, os dados intra-habitat sugerem que o número de espécies de invertebrados marinhos no mundo aumentou desde o Paleozóico Médio, contrariando a afirmação de Raup (1976b), mas possivelmente apenas em cerca de 4 vezes, não a ordem de magnitude ou mais sugerida por Valentine (1970).

@article{doi101017s0094837300005236,
    author = "Bambach, Richard K.",
    title = "Species richness in marine benthic habitats through the Phanerozoic",
    year = "1977",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "A distribuição do número de espécies e a mediana do número de espécies de 386 comunidades fósseis selecionadas são tabuladas para ambientes de alto estresse, costeiros variáveis e marinhos abertos durante o Paleozóico Inferior, Médio e Superior, o Mesozóico e o Cenozóico. O número de espécies sempre aumenta de ambientes de alto estresse para ambientes costeiros variáveis e depois para ambientes marinhos abertos. A variação intra-habitat no número de espécies é pequena para longos intervalos do Fanerozoico. A mediana do número de espécies em comunidades de ambientes de alto estresse permanece fixa em cerca de 8 do Cambriano ao Pleistoceno. Em ambientes marinhos abertos, a mediana é próxima de 30 para o Paleozóico Médio e Superior e quase a mesma para o Mesozóico. Aumentos de 50\% na mediana do número de espécies entre o Paleozóico Inferior e Médio e 2 vezes entre o Mesozóico e o Cenozóico ocorrem em ambientes marinhos abertos, com aumentos paralelos, mas menos pronunciados, em ambientes costeiros variáveis. As condições que controlam a riqueza de espécies intra-habitat geral mudaram nesses momentos. Essas mudanças não correlacionam diretamente com a evolução de novos táxons principais, mudança nas condições físicas, predação, disponibilidade de espaço ou suprimento de oxigênio. Elas podem estar relacionadas a mudanças na disponibilidade de recursos influenciadas por fatores como a flora terrestre em desenvolvimento, ao tempo de atraso inerente ao processo evolutivo de diversificação ou a fatores ainda não determinados. Embora a provincialidade determine a riqueza total de espécies para a biosfera, os dados intra-habitat sugerem que o número de espécies de invertebrados marinhos no mundo aumentou desde o Paleozóico Médio, contrariando a afirmação de Raup (1976b), mas possivelmente apenas em cerca de 4 vezes, não a ordem de magnitude ou mais sugerida por Valentine (1970).",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300005236",
    doi = "10.1017/s0094837300005236",
    openalex = "W2148395366",
    references = "dayton1971competition, doi1010079783642659232, doi1010160031018268900473, doi101017s0094837300004930, doi101086282070, doi101086282400, doi101086282541, doi101086627723, doi101111j155856461963tb03295x, doi101130001676061968791315tailif20co2, doi101146annureves05110174001441, doi1015159781400881376, doi1023071948498, doi1023072258550, doi1023072485224, doi103133pp323, doi105281zenodo16238847, openalexw574363047"
}

@misc{plough1978sea43,
    author = "Plough, H. H",
    title = "Sea Squirts of the Atlantic Continental Shelf from Maine to",
    year = "1978",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Plough, H. H., 1978, Sea Squirts of the Atlantic Continental Shelf from Maine to}"
}

@misc{ford1979precambrian30,
    author = "Ford, T. D",
    title = "Fósseis Precambrianos e a Origem dos Filos, em House",
    year = "1979",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Ford, T. D., 1979, Fósseis Precambrianos e a Origem dos Filos, em House,}"
}

@misc{rolf1980early45,
    author = "Rolf, W. D. I",
    title = "Early Invertebrate Terrestrial Faunas, in Panchen, A",
    year = "1980",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Rolf, W. D. I., 1980, Early Invertebrate Terrestrial Faunas, in Panchen, A.}"
}

@article{bengtson1981fossils,
    author = "Bengtson, Stefan",
    title = "Fósseis, filogenia, evolução e ciência",
    year = "1981",
    journal = "Lethaia",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1502-3931.1981.tb01921.x",
    doi = "10.1111/j.1502-3931.1981.tb01921.x",
    number = "2",
    openalex = "W2076884206",
    pages = "166-166",
    volume = "14"
}

Dados sobre o número de famílias marinhas dentro de 91 classes metazoanas conhecidas a partir do registro fóssil do Fanerozoico são analisados. A distribuição das 2800 famílias fósseis entre as classes é muito desigual, com a maioria pertencendo a uma pequena minoria de classes. Da mesma forma, a distribuição estratigráfica das classes é muito desigual, com a maioria aparecendo pela primeira vez no início do Paleozóico e com muitas das classes menores extinguindo-se antes do fim dessa era. No entanto, apesar dessa desigualdade, uma análise de fatores em modo Q indica que a estrutura desses dados é bastante simples. Apenas três fatores são necessários para explicar mais de 90% dos dados. Esses fatores são interpretados como refletindo as três grandes "faunas evolutivas" do registro fóssil marinho do Fanerozoico: uma fauna cambriana dominada por trilobitas, uma fauna paleozóica posterior dominada por braquiópodes e uma fauna mesozóica-cenozóica, ou "moderna", dominada por moluscos. Fatores menores relacionam-se à lenta turnover taxonômico dentro das faunas principais ao longo do tempo e a aspectos únicos de taxons e períodos específicos. Cada uma das três faunas principais parece ter sua própria diversidade característica, de modo que sua expansão ou contração parece estar intimamente associada a uma fase particular na história da diversidade marinha total. A fauna cambriana expande-se rapidamente durante as irradiações cambrianas iniciais e mantém a dominância durante o equilíbrio do Cambriano Médio a Final. A fauna paleozóica então ascende à dominância durante as irradiações ordovicianas, que aumentam dramaticamente a diversidade; essa nova fauna então mantém a dominância durante o longo intervalo de aparente equilíbrio que dura até o fim da Era Paleozóica. A fauna moderna, que aumenta lentamente em importância durante a Era Paleozóica, sobe rapidamente à dominância com as extinções permianas finais e mantém esse status durante o aumento geral da diversidade até o aparente máximo no Neógeno. O aumento de diversidade associado à expansão de cada nova fauna parece coincidir com um declínio aproximadamente exponencial da fauna anteriormente dominante, sugerindo uma possível substituição de cada fauna evolutiva por sua sucessora.

@article{doi101017s0094837300003778,
    author = "Sepkoski, J. John",
    title = "Uma descrição analítica de fatores do registro fóssil marinho do Fanerozoico",
    year = "1981",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Dados sobre o número de famílias marinhas dentro de 91 classes metazoanas conhecidas a partir do registro fóssil do Fanerozoico são analisados. A distribuição das 2800 famílias fósseis entre as classes é muito desigual, com a maioria pertencendo a uma pequena minoria de classes. Da mesma forma, a distribuição estratigráfica das classes é muito desigual, com a maioria aparecendo pela primeira vez no início do Paleozóico e com muitas das classes menores extinguindo-se antes do fim dessa era. No entanto, apesar dessa desigualdade, uma análise de fatores em modo Q indica que a estrutura desses dados é bastante simples. Apenas três fatores são necessários para explicar mais de 90\% dos dados. Esses fatores são interpretados como refletindo as três grandes "faunas evolutivas" do registro fóssil marinho do Fanerozoico: uma fauna cambriana dominada por trilobitas, uma fauna paleozóica posterior dominada por braquiópodes e uma fauna mesozóica-cenozóica, ou "moderna", dominada por moluscos. Fatores menores relacionam-se à lenta turnover taxonômico dentro das faunas principais ao longo do tempo e a aspectos únicos de taxons e períodos específicos. Cada uma das três faunas principais parece ter sua própria diversidade característica, de modo que sua expansão ou contração parece estar intimamente associada a uma fase particular na história da diversidade marinha total. A fauna cambriana expande-se rapidamente durante as irradiações cambrianas iniciais e mantém a dominância durante o equilíbrio do Cambriano Médio a Final. A fauna paleozóica então ascende à dominância durante as irradiações ordovicianas, que aumentam dramaticamente a diversidade; essa nova fauna então mantém a dominância durante o longo intervalo de aparente equilíbrio que dura até o fim da Era Paleozóica. A fauna moderna, que aumenta lentamente em importância durante a Era Paleozóica, sobe rapidamente à dominância com as extinções permianas finais e mantém esse status durante o aumento geral da diversidade até o aparente máximo no Neógeno. O aumento de diversidade associado à expansão de cada nova fauna parece coincidir com um declínio aproximadamente exponencial da fauna anteriormente dominante, sugerindo uma possível substituição de cada fauna evolutiva por sua sucessora.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300003778",
    doi = "10.1017/s0094837300003778",
    openalex = "W2505144080",
    references = "doi10100797814613088367, doi1010160012825272900724, doi101017s0094837300004917, doi101017s009483730000508x, doi101017s0094837300005236, doi101017s0094837300005352, doi101017s0094837300005649, doi101017s0094837300005972, doi101017s0094837300012549, doi101126science17740541065, doi101126science2064415217, doi101130spe89p63, doi1023071483846, doi1023071796560, doi1023072405671, doi1023072412725, doi1023072412728, doi1023072806339, doi107312simp93764, openalexw1504049102, openalexw645218623"
}

@incollection{doi101007978147570740311,
    author = "Thayer, Charles W.",
    title = "Perturbação Biológica Mediada por Sedimentos e a Evolução do Bentos Marinho",
    year = "1983",
    booktitle = "Tópicos em geobiologia",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-1-4757-0740-3\_11",
    doi = "10.1007/978-1-4757-0740-3\_11",
    openalex = "W119980067",
    references = "doi1010160022098181901118, doi101016s0920544608703261, doi101038207270a0"
}

Resumo 1. Os modos de desenvolvimento larval desempenham papéis importantes na ecologia, biogeografia e evolução de organismos bentônicos marinhos. Estudos da ecologia larval de organismos fósseis podem contribuir grandemente para nossa compreensão de tais papéis ao permitir-nos avaliar efeitos em escalas de tempo evolutivo. 2. Os modos de desenvolvimento podem ser inferidos para fósseis de moluscos bem preservados porque o tamanho da concha larval inicial (Protoconch I em gastrópodes, Prodissoconch I em bivalves) reflete o tamanho do ovo. Outros critérios morfológicos também estão disponíveis, e uma abordagem comparativa baseada em táxons relacionados com desenvolvimento conhecido pode ser o método mais confiável. Ao combinar características larvais e adultas, é possível reconhecer modos de desenvolvimento larval em pelo menos alguns briozoários, braquiópodes e equinodermos fósseis também. (a) Larvas plancotróficas originam-se de ovos pequenos, são liberadas em números enormes com pouco investimento parental por descendente e sofrem mortalidade tremenda durante e logo após uma existência planctônica. Essas larvas alimentam-se do plâncton durante o desenvolvimento e são comumente capazes de uma existência livre-nadante prolongada, e, portanto, de ampla dispersão. (b) Larvas não-plancotróficas (que incluem tanto formas lecitotróficas planctônicas quanto 'desenvolvedores diretos') geralmente originam-se de ovos grandes, com relativamente poucos jovens produzidos por progenitor. Em relação às larvas plancotróficas, as larvas não-plancotróficas geralmente recebem maior investimento parental por larva, e a mortalidade larval é geralmente menor. Essas larvas dependem de gema para nutrição durante o desenvolvimento, e durações planctônicas são geralmente muito mais breves do que para espécies com larvas plancotróficas, de modo que a capacidade de dispersão é consideravelmente menor. O investimento energético por ovo é geralmente maior do que em plancotróficos, mas como há também menores fecundidades, é difícil generalizar sobre o custo energético total de um modo de reprodução contra o outro. 3. Devido à alta capacidade de dispersão das larvas plancotróficas, sugeriu-se que espécies com tais larvas serão geograficamente amplamente distribuídas, geologicamente de longa duração e apresentarão baixas taxas de especiação e extinção. Espécies com larvas não-plancotróficas tenderão a ser geograficamente mais restritas, geologicamente de curta duração e apresentarão altas taxas de especiação e extinção (novamente, como consequência de suas capacidades características de baixa dispersão larval). 4. O reconhecimento de capacidades de dispersão diferenciais pode desempenhar um papel em análises paleobiogeográficas. O estudo concorrente da distribuição de grupos com modos de desenvolvimento contrastantes permitirá o teste de hipóteses concernentes ao tempo, magnitudes e frequências de eventos de migração e vicariância. 5. Os tipos larvais não estão distribuídos aleatoriamente nos oceanos, mas as relações com outros aspectos da biologia e habitats dos organismos são muito complexas. O modo de desenvolvimento varia com: (a) Ecologia. Um modelo simples r–––K de estratégias adaptativas é claramente insuficiente para explicar as relações observadas: enquanto muitas espécies 'de equilíbrio' têm larvas não-plancotróficas, e organismos que vivem em ambientes menos previsíveis frequentemente têm larvas plancotróficas, algumas das espécies marinhas mais oportunistas têm larvas não-plancotróficas. Não obstante, o desenvolvimento plancotrófico parece mais adequado para a exploração de habitats fragmentados, mas amplamente distribuídos. (b) Latitude. Em profundidades de plataforma, a plancotrofia é predominante nos trópicos, e diminui acentuadamente em altas latitudes. (c) Profundidade. A incidência de plancotrofia diminui com a profundidade ao longo da plataforma continental, pelo menos em alguns táxons. Além da plataforma, muitos organismos de águas profundas são não-plancotróficos (por exemplo, a maioria dos bivalves, crustáceos peracáridos), mas o desenvolvimento plancotrófico parece estar presente em outros grupos (gastrópodes prosobrânquios, ofiúroides e bivalves que habitam habitats transitórios como madeira submersa e fontes hidrotermais). Essas tendências nos tipos de desenvolvimento serão acompanhadas por tendências nas taxas e padrões evolutivos conforme delineado acima. O estudo da ecologia larval por paleobiologistas fornecerá insights sobre os processos que deram origem a padrões evolutivos e biogeográficos antigos, e permitirá o desenvolvimento e teste de hipóteses sobre as origens dos padrões observados nos mares modernos.

@article{doi101111j1469185x1983tb00380x,
    author = "Jablonski, David and Lutz, Richard A.",
    title = "ECOLOGIA DE LARVAS DE INVERTEBRADOS BENTÔNICOS MARINHOS: IMPLICAÇÕES PALEOBIOLOGICAS",
    year = "1983",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "Resumo 1. Os modos de desenvolvimento larval desempenham papéis importantes na ecologia, biogeografia e evolução de organismos bentônicos marinhos. Estudos da ecologia larval de organismos fósseis podem contribuir grandemente para nossa compreensão de tais papéis ao permitir-nos rastrear efeitos em escalas de tempo evolutivo. 2. Os modos de desenvolvimento podem ser inferidos para fósseis de moluscos bem preservados porque o tamanho da concha larval inicial (Protoconch I em gastrópodes, Prodissoconch I em bivalves) reflete o tamanho do ovo. Outros critérios morfológicos também estão disponíveis, e uma abordagem comparativa baseada em táxons relacionados com desenvolvimento conhecido pode ser o método mais confiável. Ao combinar características larvais e adultas, é possível reconhecer modos de desenvolvimento larval em pelo menos alguns briozoários, braquiópodes e equinodermos fósseis. (a) Larvas plancotróficas surgem de ovos pequenos, são liberadas em números enormes com pouco investimento parental por descendente e sofrem mortalidade tremenda durante e logo após uma existência planctônica. Essas larvas alimentam-se do plâncton durante o desenvolvimento e são comumente capazes de uma existência livre-nadante prolongada, e, portanto, de ampla dispersão. (b) Larvas não-plancotróficas (que incluem tanto formas lecitotróficas planctônicas quanto 'desenvolvedores diretos') geralmente surgem de ovos grandes, com relativamente poucos jovens produzidos por progenitor. Em relação às larvas plancotróficas, as larvas não-plancotróficas geralmente recebem maior investimento parental por larva, e a mortalidade larval é geralmente menor. Essas larvas dependem do vitelo para nutrição durante o desenvolvimento, e as durações planctônicas são geralmente muito mais breves do que para espécies com larvas plancotróficas, de modo que a capacidade de dispersão é consideravelmente menor. O investimento energético por ovo é geralmente maior do que em plancotróficos, mas como há também menores fecundidades, é difícil generalizar sobre o custo energético total de um modo de reprodução contra o outro. 3. Devido à alta capacidade de dispersão das larvas plancotróficas, tem sido sugerido que espécies com tais larvas serão geograficamente amplamente distribuídas, geologicamente de longo alcance e apresentarão baixas taxas de especiação e extinção. Espécies com larvas não-plancotróficas tenderão a ser geograficamente mais restritas, geologicamente de curto alcance e apresentarão altas taxas de especiação e extinção (novamente, como consequência de suas características de baixa capacidade de dispersão larval). 4. O reconhecimento de capacidades de dispersão diferenciais pode desempenhar um papel em análises paleobiogeográficas. O estudo concorrente da distribuição de grupos com modos de desenvolvimento contrastantes permitirá o teste de hipóteses concernentes ao tempo, magnitudes e frequências de eventos de migração e vicariância. 5. Os tipos larvais não estão distribuídos aleatoriamente nos oceanos, mas as relações com outros aspectos da biologia e habitats dos organismos são muito complexas. O modo de desenvolvimento varia com: (a) Ecologia. Um modelo simples r–––K de estratégias adaptativas é claramente insuficiente para explicar as relações observadas: enquanto muitas espécies 'de equilíbrio' têm larvas não-plancotróficas, e organismos que vivem em ambientes menos previsíveis frequentemente têm larvas plancotróficas, algumas das espécies marinhas mais oportunistas têm larvas não-plancotróficas. Não obstante, o desenvolvimento plancotrófico parece mais adequado para a exploração de habitats fragmentados, mas amplamente distribuídos. (b) Latitude. Em profundidades de plataforma, a plancotrofia é predominante nos trópicos e diminui acentuadamente em altas latitudes. (c) Profundidade. A incidência de plancotrofia diminui com a profundidade ao longo da plataforma continental, pelo menos em alguns táxons. Além da plataforma, muitos organismos de águas profundas são não-plancotróficos (por exemplo, a maioria dos bivalves, crustáceos peracáridos), mas o desenvolvimento plancotrófico parece estar presente em outros grupos (gastrópodes prosobrânquios, ofiúroides e bivalves que habitam habitats transitórios como madeira submersa e fontes hidrotermais). Essas tendências nos tipos de desenvolvimento serão acompanhadas por tendências nas taxas e padrões evolutivos conforme delineado acima. O estudo da ecologia larval por paleobiologistas fornecerá insights sobre os processos que deram origem a padrões evolutivos e biogeográficos antigos, e permitirá o desenvolvimento e teste de hipóteses sobre as origens dos padrões observados nos mares modernos.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-185x.1983.tb00380.x",
    doi = "10.1111/j.1469-185x.1983.tb00380.x",
    openalex = "W2060347297",
    references = "doi1010160016003258902862, doi1010160302352475900389, doi101016b9780122825057500129, doi101016b9780122825057x50015, doi101017s0094837300003778, doi101017s0094837300005224, doi101017s0094837300005236, doi101017s0094837300005649, doi101017s0094837300005662, doi101017s0094837300016894, doi101086282697, doi101086409052, doi101093icb153717, doi101111j150239311977tb00628x, doi101111j155856461978tb04642x, doi101126science150369228, doi101126science18040931377, doi1015159781400881376, doi101525aa195052402a00270, doi1023071292581, doi1023071483846, doi1023072407204, doi1025773v5jaxgtq24, doi104159harvard9780674865327, hartnoll1975chemoreception, howells1950genetics, openalexw1549886310, openalexw2506868775, openalexw2531009674, openalexw3135630760, openalexw3208881761, openalexw565715315, stanley1978chronospecies"
}

Quatro tipos básicos de concentrações esqueléticas são modelados em termos de mudanças apenas na taxa de sedimentação. O modelo categoriza concentrações fósseis com base relativamente objetiva nos seus contatos de leito, e usa este critério para inferir mudanças direcionais na sedimentação líquida. Esta simplificação radical das histórias de acumulação, na qual a entrada de hardparts é mantida constante, produz um modelo surpreendentemente poderoso capaz de prever um amplo espectro de fenômenos tafonômicos e paleobiológicos. As concentrações do Tipo I variam de sedimentos menos fósseis e terminam em superfícies de omissão; se o fornecimento de hardparts for mantido constante, elas registram uma desaceleração da sedimentação líquida positiva para zero. As concentrações do Tipo II são as mesmas do Tipo I, mas terminam em superfícies de erosão (desaceleração para sedimentação líquida negativa), e as concentrações dos Tipos III e IV são caracterizadas, respectivamente, por erosão basal ou superfícies de omissão, variam para cima em direção a sedimentos menos fósseis e registram aumentos na sedimentação líquida de taxas negativas ou zero para taxas positivas. De acordo com o modelo, amostras coletadas de horizontes sucessivos dentro de qualquer um desses leitos de conchas diferirão no grau e tipo de viés pós-morte devido a histórias diferentes de exposição de hardparts na interface de deposição. Além disso, porque as taxas de acumulação de sedimentos governam a abundância de hardparts na interface de deposição e, portanto, muitas das características físicas do habitat bentônico, a dinâmica da acumulação de fósseis tem consequências diretas para a estrutura de comunidades bentônicas (feedback tafonômico) e para a morfometria de espécies controlada ecologicamente. O modelo é altamente robusto a flutuações na entrada de hardparts, conforme julgado pela sua capacidade de inferir corretamente os modos de formação de concentrações em seções estratigráficas sintéticas. Além disso, exemplos de campo de concentrações dos Tipos I–IV mostram evidências independentes de formação durante intervalos de sedimentação líquida reduzida, e muitos exibem tendências em características tafonômicas e paleobiológicas esperadas das mudanças postuladas na sedimentação líquida. O modelo, portanto, fornece uma hipótese de trabalho testável para a acumulação de material fóssil em uma ampla gama de ambientes, e deve ser aplicável a concentrações de qualquer composição taxonômica, estado de preservação ou idade geológica. O poder e a robustez deste modelo heurístico argumentam, de fato, que estratos ricos em fósseis e pobres em fósseis fornecem registros fundamentalmente diferentes de condições passadas, e que a sedimentação, em vez da entrada de hardparts, é o controle primário sobre a natureza do registro fóssil.

@article{doi101017s0094837300002943,
    author = "Kidwell, Susan M.",
    title = "Models for fossil concentrations: paleobiologic implications",
    year = "1986",
    journal = "Paleobiology",
    abstract = "Quatro tipos básicos de concentrações esqueléticas são modelados em termos de mudanças apenas na taxa de sedimentação. O modelo categoriza concentrações fósseis com base relativamente objetiva nos seus contatos de leito, e usa este critério para inferir mudanças direcionais na sedimentação líquida. Esta simplificação radical das histórias de acumulação, na qual a entrada de hardparts é mantida constante, produz um modelo surpreendentemente poderoso capaz de prever um amplo espectro de fenômenos tafonômicos e paleobiológicos. As concentrações do Tipo I variam de sedimentos menos fósseis e terminam em superfícies de omissão; se o fornecimento de hardparts for mantido constante, elas registram uma desaceleração da sedimentação líquida positiva para zero. As concentrações do Tipo II são as mesmas do Tipo I, mas terminam em superfícies de erosão (desaceleração para sedimentação líquida negativa), e as concentrações dos Tipos III e IV são caracterizadas, respectivamente, por erosão basal ou superfícies de omissão, variam para cima em direção a sedimentos menos fósseis e registram aumentos na sedimentação líquida de taxas negativas ou zero para taxas positivas. De acordo com o modelo, amostras coletadas de horizontes sucessivos dentro de qualquer um desses leitos de conchas diferirão no grau e tipo de viés pós-morte devido a histórias diferentes de exposição de hardparts na interface de deposição. Além disso, porque as taxas de acumulação de sedimentos governam a abundância de hardparts na interface de deposição e, portanto, muitas das características físicas do habitat bentônico, a dinâmica da acumulação de fósseis tem consequências diretas para a estrutura de comunidades bentônicas (feedback tafonômico) e para a morfometria de espécies controlada ecologicamente. O modelo é altamente robusto a flutuações na entrada de hardparts, conforme julgado pela sua capacidade de inferir corretamente os modos de formação de concentrações em seções estratigráficas sintéticas. Além disso, exemplos de campo de concentrações dos Tipos I–IV mostram evidências independentes de formação durante intervalos de sedimentação líquida reduzida, e muitos exibem tendências em características tafonômicas e paleobiológicas esperadas das mudanças postuladas na sedimentação líquida. O modelo, portanto, fornece uma hipótese de trabalho testável para a acumulação de material fóssil em uma ampla gama de ambientes, e deve ser aplicável a concentrações de qualquer composição taxonômica, estado de preservação ou idade geológica. O poder e a robustez deste modelo heurístico argumentam, de fato, que estratos ricos em fósseis e pobres em fósseis fornecem registros fundamentalmente diferentes de condições passadas, e que a sedimentação, em vez da entrada de hardparts, é o controle primário sobre a natureza do registro fóssil.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0094837300002943",
    doi = "10.1017/s0094837300002943",
    openalex = "W1810485278",
    references = "doi101007978364265923211, openalexw574363047"
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@misc{jablonski1986larval35,
    author = "Jablonski, D",
    title = "Ecologia larval e macroevolução em invertebrados marinhos",
    year = "1986",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Jablonski, D., 1986, Ecologia larval e macroevolução em invertebrados marinhos:}"
}

@article{doi1010160031018288900545,
    author = "Gray, Jane",
    title = "Evolução do ecossistema de água doce: O registro fóssil",
    year = "1988",
    journal = "Palaeogeography Palaeoclimatology Palaeoecology",
    url = "https://doi.org/10.1016/0031-0182(88)90054-5",
    doi = "10.1016/0031-0182(88)90054-5",
    openalex = "W1984241346",
    references = "applegate1967phyletic, doi1010079783642814983, doi1010079789400958517, doi1010160031018275900279, doi1010160031018279901123, doi1010160304377087900416, doi101038164766a0, doi10108002724634198410012014, doi10108003115518108567003, doi101093icb12177, doi101130001676061972831299peboto20co2, doi10113000917613198614567ltpots20co2, doi1023071292217, doi1023071441916, doi1023071442263, doi1023071797104, doi1023071933240, doi1023072258117, doi102475ajs242274, doi102475ajs2628975, doi102475ajs28211, doi103133pp690, doi105281zenodo16298542, doi105281zenodo3382461, doi105962bhltitle54054, doi105962p150189, openalexw1504637003, openalexw2163397885, openalexw2246336267, openalexw2982931797, openalexw337536883, openalexw568207017, openalexw637324698, sohl1960archeogastropoda, thomson1969the"
}

@incollection{doi101016b9780126709506500047,
    author = "de Carvalho, Marcelo R.",
    title = "Filogenia de Elasmobrânquios de Nível Superior, Squaleans Basais e Parafilia",
    year = "1996",
    booktitle = "Elsevier eBooks",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-012670950-6/50004-7",
    doi = "10.1016/b978-012670950-6/50004-7",
    openalex = "W2496781023",
    references = "doi101093icb172303, doi101111j109636421996tb02189x, doi101111j146363951940tb00339x, openalexw595691412"
}

@article{doi10103841710,
    author = "Shubin, Neil e Tabin, Cliff e Carroll, Sean B.",
    title = "Fósseis, genes e a evolução dos membros animais",
    year = "1997",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/41710",
    doi = "10.1038/41710",
    openalex = "W1601043516",
    references = "doi101002jez1401080304, doi1010160092867493906262, doi1010160092867493906273, doi1010160092867493906284, doi101016s0092867400811149, doi101017s0263593300006787, doi101038368208a0, doi101038376479a0, doi10108011035899509546213, doi101093aesa283408, doi101111j109636421995tb00110x, doi101111j109636421995tb00119x, doi101111j150239311996tb01839x, doi101126science2504981658, doi10182618200376605199601, doi1023072992562, doi1023073223017, doi105281zenodo16171435, doi107208chicago97802262565730010001"
}

Muitos invertebrados marinhos bentônicos se desenvolvem por meio de fases larvárias livres e dispersivas. As supostas vantagens dessas larvas incluem a evitação da competição por recursos com os adultos, redução temporária da mortalidade bentônica enquanto estão no plâncton, menor probabilidade de endogamia na próxima geração e maior capacidade de resistir à extinção local. No entanto, a direção da mudança evolutiva parece geralmente baseada na perda de larvas em muitos clados, implicando que as larvas são de alguma forma desvantajosas. Desvantagens possíveis incluem dispersão para longe de habitats favoráveis, incompatibilidades entre as tolerâncias fisiológicas larvárias e juvenis, maior suscetibilidade a estresses ambientais, maior suscetibilidade à predação e vários custos que podem estar associados à metamorfose em resposta a sinais químicos específicos e ao adiamento da metamorfose na ausência desses sinais. Compreender as forças responsáveis pela distribuição atual do desenvolvimento larvário e não larvário (aplânctônico) entre os invertebrados marinhos bentônicos, e a influência potencial das atividades humanas na direção da mudança evolutiva futura nos padrões reprodutivos, exigirá uma melhor compreensão das seguintes questões: o papel das forças macroevolutivas na seleção a favor ou contra larvas dispersivas; as tolerâncias relativas de embriões encapsulados e larvas livres em relação à salinidade, poluentes e outros estresses ambientais; o grau em que as massas de ovos, cápsulas de ovos e câmaras de incubação protegem os embriões em desenvolvimento contra estresses ambientais; a magnitude relativa da predação por predadores plânctônicos e bentônicos sobre tanto larvas quanto juvenis iniciais; a maneira como o tamanho larvário e juvenil afeta a vulnerabilidade aos predadores; o grau em que a encapsulação e a incubação protegem contra predadores; a quantidade de mudança genética associada à perda de larvas dos ciclos de vida de invertebrados e o tempo necessário para realizar essa mudança; e o grau em que a entrada contínua de larvas de outras populações inibe a seleção contra larvas dispersivas. A proeminência do desenvolvimento larvário nos ciclos de vida modernos pode refletir mais as dificuldades em perder larvas dos ciclos de vida do que a seleção pela sua retenção.

@article{doi103354meps177269,
    author = "Pechenik, JA",
    title = "On the advantages and disadvantages of larval stages in benthic marine invertebrate life cycles",
    year = "1999",
    journal = "Marine Ecology Progress Series",
    abstract = "many benthic marine invertebrates develop by means of free-livlng, dispersive larval stages. The presumed advantages of such larvae include the avoidance of competition for resources with adults, temporary reduct\textasciitilde on of benthic mortality while in the plankton, decreased likelihood of inbreeding in the next generation, and increased ability to withstand local extinction However, the direct\textasciitilde on of evolutionary change appears generally b \textasciitilde a s e d toward the loss of larvae in many clades, implying that larvae are somehow disadvantageous. Poss\textasciitilde ble disadvantages include dispersal away from favorable habitat, mismatches between larval and luvenile physiological tolerances, greater sus-ceptib\textasciitilde lity to env\textasciitilde ronmental stresses, greater susceptibihty to predation. and vanous costs that may be associated with n\textasciitilde etanlorphosing in response to specific chemical cues and postponing n\textasciitilde etamorphosis in the absence of those cues. Understanding the forces responsible for the present distribution of larval and non-larval (aplanktonlc) development among benthic marine invertebrates, and the potential influence of human activities on the direct\textasciitilde on of future evolutionary change in 1-eproductlve patterns, will require a better understanding of the following issues. the role of macro-evolutionary forces in selecting for or against dispersive larvae, the relative tolerances of encapsulated embryos and free-living larvae to salinity, pollutant, and other environmental stresses; the degree to which egg masses, e g g capsules, and brood chambers protect developing embryos from environmental stresses; the relative magmtude of predation by planktonic and benthic predators on both larvae and early juveniles; the way In which larval and juvenile size affect vulnerability to predators; the extent to w h \textasciitilde c h encapsulation and brooding protect against predators; the amount of genetic change associated with loss of larvae from invertebrate life cycles and the time required to accomplish that change; and the degree to which continued input of larvae from other populations deters selection against dispersive larvae The prominence of larval development in modern life cycles may reflect difficulties In loslng larvae from llfe cycles more than selection for their retention.",
    url = "https://doi.org/10.3354/meps177269",
    doi = "10.3354/meps177269",
    openalex = "W2065268282",
    references = "doi1010160169534796100288, doi101016b9780122825057x50015, doi101016s006528810860187x, doi10103841710, doi101126science11538249, doi101146annurevecolsys271237, doi101146annurevecolsys271477, doi101146annureves16110185002011, doi101146annureves16110185002141, doi105860choice341536, thorson1950reproductive"
}

@misc{doi10100797836425967425,
    author = "Zapata, A. e Amemiya, Chris T.",
    title = "Filogenia de Vertebrados Inferiores e Suas Estruturas Imunológicas",
    year = "2000",
    booktitle = "Tópicos atuais em microbiologia e imunologia",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-642-59674-2\_5",
    doi = "10.1007/978-3-642-59674-2\_5",
    openalex = "W1611932380",
    references = "crossref1997interrelationships, doi101001jama281242351, doi101002j146020751992tb05120x, doi101002jmor1051730108, doi1010079783642866593, doi1010160145305x81900458, doi1010160145305x87900103, doi101016b9780126709506500035, doi101016b9780126709506500187, doi10103831927, doi101073pnas89188794, doi10108002724634198110011886, doi101093icb112183, doi101093icb172303, doi101126science28253941711, doi101146annureven10010165000525, doi101242dev1994supplement125, doi1023071442263, doi1023073514548, openalexw2081952897, openalexw3041320757, openalexw3211386673"
}

O insight sobre a origem e a evolução inicial dos filos animais requer uma compreensão de como os grupos animais estão relacionados entre si. Assim, propusemos explorar a filogenia animal analisando, com parcimônia máxima, 138 caracteres morfológicos de 40 grupos metazoários e 304 sequências de 18S rDNA, tanto separadamente quanto juntas. Ambos os tipos de dados concordam em que os artrópodes não estão estreitamente relacionados aos anelídeos: o primeiro grupo com os nematodos e outros animais que mudam de pele (Ecdysozoa), e o segundo grupo com os moluscos e outros táxons com clivagem espiral. Além disso, nem os braquiópodes nem os caetognatos se agrupam com os deuterostômios; os braquiópodes estão aliados aos moluscos e anelídeos (Lophotrochozoa), enquanto os caetognatos estão aliados aos ecdisozoários. A discordância principal entre os dois tipos de dados diz respeito à raiz dos bilaterianos e ao táxon-irmão dos bilaterianos. A morfologia sugere que a raiz está entre os deuterostômios e os protostômios, com os ctenóforos sendo o grupo-irmão dos bilaterianos, enquanto o 18S rDNA sugere que a raiz está dentro dos Lophotrochozoa, com as planárias acoeladas e os gnathostomulídeos como bilaterianos basais, e com os cnidários sendo o grupo-irmão dos bilaterianos. Sugerimos que esta posição basal dos acoelados e gnathostomulídeos é artifactual porque, em 1.000 análises filogenéticas replicadas com uma sequência aleatória como grupo externo, a maioria das raízes tem uma planária acoelada ou um gnathostomulídeo como linhagem ingroup basal. Quando esses táxons problemáticos são eliminados da matriz, a análise combinada sugere que a raiz está entre os deuterostômios e os protostômios, e Ctenophora é o grupo-irmão dos bilaterianos. Sugerimos que, porque os caetognatos e lophóforos, táxons tradicionalmente aliados aos deuterostômios, ocupam posições basais dentro de seus respectivos clados protostômios, a deuterostomia provavelmente representa um conjunto de caracteres plesiomórficos para os bilaterianos.

@article{doi101046j1525142x2001003003170x,
    author = "Peterson, Kevin J. and Eernisse, Douglas J.",
    title = "Animal phylogeny and the ancestry of bilaterians: inferences from morphology and 18S rDNA gene sequences",
    year = "2001",
    journal = "Evolution \& Development",
    abstract = "Insight into the origin and early evolution of the animal phyla requires an understanding of how animal groups are related to one another. Thus, we set out to explore animal phylogeny by analyzing with maximum parsimony 138 morphological characters from 40 metazoan groups, and 304 18S rDNA sequences, both separately and together. Both types of data agree that arthropods are not closely related to annelids: the former group with nematodes and other molting animals (Ecdysozoa), and the latter group with molluscs and other taxa with spiral cleavage. Furthermore, neither brachiopods nor chaetognaths group with deuterostomes; brachiopods are allied with the molluscs and annelids (Lophotrochozoa), whereas chaetognaths are allied with the ecdysozoans. The major discordance between the two types of data concerns the rooting of the bilaterians, and the bilaterian sister-taxon. Morphology suggests that the root is between deuterostomes and protostomes, with ctenophores the bilaterian sister-group, whereas 18S rDNA suggests that the root is within the Lophotrochozoa with acoel flatworms and gnathostomulids as basal bilaterians, and with cnidarians the bilaterian sister-group. We suggest that this basal position of acoels and gnathostomulids is artifactal because for 1,000 replicate phylogenetic analyses with one random sequence as outgroup, the majority root with an acoel flatworm or gnathostomulid as the basal ingroup lineage. When these problematic taxa are eliminated from the matrix, the combined analysis suggests that the root lies between the deuterostomes and protostomes, and Ctenophora is the bilaterian sister-group. We suggest that because chaetognaths and lophophorates, taxa traditionally allied with deuterostomes, occupy basal positions within their respective protostomian clades, deuterostomy most likely represents a suite of characters plesiomorphic for bilaterians.",
    url = "https://doi.org/10.1046/j.1525-142x.2001.003003170.x",
    doi = "10.1046/j.1525-142x.2001.003003170.x",
    openalex = "W2128919173",
    references = "burdonjones1952development, doi1010079789401149044, doi101016b9780122825057x50015, doi101017s0022336000059977, doi10103821631, doi101038387489a0, doi101073pnas972111359, doi101073pnas9794469, doi101093oxfordjournalsmolbeva026241, doi101093oxfordjournalsmolbeva040071, doi101098rspb20001111, doi101098rstb19940059, doi101098rstb19950029, doi101111j109600311995tb00092x, doi101111j109600311998tb00338x, doi101111j109600311999tb00277x, doi101111j109600311999tb00278x, doi101111j146363951991tb00312x, doi101111j146364091997tb00412x, doi101111j1469185x1988tb00631x, doi101111j150239311995tb01591x, doi101111j155856461985tb00420x, doi101111j155856461988tb02497x, doi101126science28354091919, doi101126science2905493972, doi101126science7886451, doi105860choice334500, doi105860choice501469, openalexw654005152, openalexw659399033"
}

Biólogos evolutivos adotaram modelos simples de verossimilhança para fins de estimar estados ancestrais e avaliar a independência de caracteres em filogenias especificadas; no entanto, para fins de estimar filogenias usando dados morfológicos discretos, a parcimônia máxima permanece como a única opção. Este artigo explora a possibilidade de usar modelos de Markov padrão e bem-comportados para estimar filogenias morfológicas (incluindo comprimentos de ramos) sob o critério de verossimilhança. Uma modificação importante dos modelos de Markov padrão envolve tornar a verossimilhança condicional aos caracteres serem variáveis, porque caracteres constantes estão ausentes em conjuntos de dados morfológicos. Sem esta modificação, os comprimentos de ramos são frequentemente superestimados, resultando em potenciais vieses sérios na seleção de topologia da árvore. Várias novas frentes de pesquisa são abertas por uma abordagem explicitamente baseada em modelo para análise filogenética de dados morfológicos discretos, incluindo análises de verossimilhança de dados combinados (morfologia + dados de sequência), testes de razão de verossimilhança e análises Bayesianas.

@article{doi101080106351501753462876,
    author = "Lewis, Paul O.",
    title = "Uma Abordagem de Verossimilhança para Estimar Filogenia a partir de Dados de Caracteres Morfológicos Discretos",
    year = "2001",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Biólogos evolutivos adotaram modelos simples de verossimilhança para fins de estimar estados ancestrais e avaliar a independência de caracteres em filogenias especificadas; no entanto, para fins de estimar filogenias usando dados morfológicos discretos, a parcimônia máxima permanece como a única opção. Este artigo explora a possibilidade de usar modelos de Markov padrão e bem-comportados para estimar filogenias morfológicas (incluindo comprimentos de ramos) sob o critério de verossimilhança. Uma modificação importante dos modelos de Markov padrão envolve tornar a verossimilhança condicional aos caracteres serem variáveis, porque caracteres constantes estão ausentes em conjuntos de dados morfológicos. Sem esta modificação, os comprimentos de ramos são frequentemente superestimados, resultando em potenciais vieses sérios na seleção de topologia da árvore. Várias novas frentes de pesquisa são abertas por uma abordagem explicitamente baseada em modelo para análise filogenética de dados morfológicos discretos, incluindo análises de verossimilhança de dados combinados (morfologia + dados de sequência), testes de razão de verossimilhança e análises Bayesianas.",
    url = "https://doi.org/10.1080/106351501753462876",
    doi = "10.1080/106351501753462876",
    openalex = "W2122082385",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi101007bf02338839, doi101016b9781483232119500097, doi101093oxfordjournalsmolbeva025811, doi101093oxfordjournalsmolbeva026160, doi101098rspb19940006, doi1012019781003456285, openalexw2994240441"
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@article{doi101016s1055790302003329,
    author = "Miya, Masaki e Takeshima, Hirohiko e Endo, Hiromitsu e Ishiguro, Naoya B. e Inoue, Jun e Mukai, Takahiko e Satoh, Takashi e Yamaguchi, Motoomi e Kawaguchi, Akira e Mabuchi, Kohji e Shirai, Shigeru e Nishida, Mutsumi",
    title = "Padrões principais de filogenias de teleósteos superiores: uma nova perspectiva baseada em 100 sequências completas de DNA mitocondrial",
    year = "2002",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/s1055-7903(02)00332-9",
    doi = "10.1016/s1055-7903(02)00332-9",
    openalex = "W2170114989",
    references = "applegate1967phyletic, bonde1974interrelationships, doi101007bf00160154, doi101016s0016699588800664, doi101093bioinformatics149817, doi101093oxfordjournalsmolbeva003741, doi101111j109600311996tb00196x, doi101111j109600311999tb00277x, doi101111j155856461982tb05453x, doi101111j155856461983tb05533x, doi101111j155856461988tb02497x, doi101146annureven10010165000525, doi1023071375442, doi1023071437499, doi1023071444873, doi1023073514548, openalexw571605905"
}

@article{doi101016s0012825202001319,
    author = "Taylor, Paul D. e Wilson, Mark A.",
    title = "Paleoecologia e evolução de comunidades de substrato duro marinho",
    year = "2003",
    journal = "Earth-Science Reviews",
    url = "https://doi.org/10.1016/s0012-8252(02)00131-9",
    doi = "10.1016/s0012-8252(02)00131-9",
    openalex = "W1998311295",
    references = "crossref1977patterns, doi1010079781475707403, doi1010079783642659232, doi101007s003380000129, doi1010160037073894900264, doi101016c20090029031, doi101016s0301926896000617, doi101016s0967065397808939, doi101017s0022336000025567, doi101017s0022336000038932, doi101017s0094837300005352, doi101046j13653091200000003x, doi10108008927019809378348, doi101086283381, doi101086629241, doi101111j136530911990tb00147x, doi101111j136530911993tb01364x, doi101111j1469185x1983tb00380x, doi101126science11538249, doi1011300091761319980261091afrfoh23co2, doi101144pygs5211, doi101146annurevecolsys271477, doi1012019781003077831, doi1023071936969, doi1023072403105, doi1023073514631, doi1023073514786, doi1023073515314, doi1023073515363, doi103354meps058175, jablonski1983larval, openalexw1528487914, openalexw1608366422, openalexw2152529191, simpson1978patterns"
}

A evolução das temperaturas da camada superior do oceano subtropical (30–35°N) durante o Cretáceo é inferida a partir das composições de isótopos de oxigênio de 64 dentes de peixe (esmalte) provenientes da plataforma Tethyan ocidental. Os valores médios de δ 18 O de 22‰ na fronteira Berriasian-Valanginian diminuem, com oscilações para 18,5‰ em torno da fronteira Cenomanian-Turonian, e aumentam progressivamente para 21,5‰ até o final do Cretáceo. A semelhança desta curva de isótopos de oxigênio para bioapatites de ambientes de plataforma com aquelas para foraminíferos e carbonatos em massa que foram depositados em águas mais profundas e em outras paleolatitudes indica que elas registram sinais climáticos globais. Eventos de resfriamento principais na escala de milhões de anos podem ser distinguidos: (1) na fronteira Berriasian-Valanginian e (2) durante o início do Valanginian tardio. Um terceiro evento de resfriamento é detectado durante o início do Aptian. Estes eventos, já propostos como interlúdios de gelo durante o Cretáceo inferior, também são registrados em latitudes subtropicais. Um aquecimento progressivo é identificado do Aptian ao intervalo Cenomanian-Turonian que corresponde a um ótimo térmico, e então as temperaturas da camada superior do oceano diminuíram até o Maastrichtian. As temperaturas isotópicas mínimas variam de 15°C a 28°C, assumindo um δ 18 O da água do mar de −1‰, para um mundo sem gelo. Adotando valores mais realistas de δ 18 O da água do mar de ∼0‰ para águas tropicais, durante períodos glaciais (dentro do intervalo Berriasian-Valanginian e Aptian mais antigo) ou com salinidades acima da média (possivelmente o Maastrichtian), as temperaturas são aumentadas em 4–5°C. Diferenças de temperatura entre extremos climáticos do Valanginian e Cenomanian-Turonian são estimadas em 10°C. Gradientes térmicos latitudinais para o Albian-Cenomanian, Turonian e Maastrichtian foram de 0,2–0,3°C/° latitude e, portanto, mais fracos que os valores oceânicos modernos de cerca de 0,4°C/° latitude.

@article{doi1010292002pa000823,
    author = "Pucéat, Emmanuelle e Lécuyer, Christophe e Sheppard, Simon M.F. e Dromart, Gilles e Reboulet, Stéphane e Grandjean, Patricia",
    title = "Evolução térmica das águas marinhas do Cretáceo Tethyan inferida a partir da composição de isótopos de oxigênio dos esmaltes de dentes de peixe",
    year = "2003",
    journal = "Paleoceanography",
    abstract = "A evolução das temperaturas da camada superior do oceano subtropical (30–35°N) durante o Cretáceo é inferida a partir das composições de isótopos de oxigênio de 64 dentes de peixe (esmalte) provenientes da plataforma Tethyan ocidental. Os valores médios de δ 18 O de 22‰ na fronteira Berriasian-Valanginian diminuem, com oscilações para 18,5‰ em torno da fronteira Cenomanian-Turonian, e aumentam progressivamente para 21,5‰ até o final do Cretáceo. A semelhança desta curva de isótopos de oxigênio para bioapatites de ambientes de plataforma com aquelas para foraminíferos e carbonatos em massa que foram depositados em águas mais profundas e em outras paleolatitudes indica que elas registram sinais climáticos globais. Eventos de resfriamento principais na escala de milhões de anos podem ser distinguidos: (1) na fronteira Berriasian-Valanginian e (2) durante o início do Valanginian tardio. Um terceiro evento de resfriamento é detectado durante o início do Aptian. Estes eventos, já propostos como interlúdios de gelo durante o Cretáceo inferior, também são registrados em latitudes subtropicais. Um aquecimento progressivo é identificado do Aptian ao intervalo Cenomanian-Turonian que corresponde a um ótimo térmico, e então as temperaturas da camada superior do oceano diminuíram até o Maastrichtian. As temperaturas isotópicas mínimas variam de 15°C a 28°C, assumindo um δ 18 O da água do mar de −1‰, para um mundo sem gelo. Adotando valores mais realistas de δ 18 O da água do mar de ∼0‰ para águas tropicais, durante períodos glaciais (dentro do intervalo Berriasian-Valanginian e Aptian mais antigo) ou com salinidades acima da média (possivelmente o Maastrichtian), as temperaturas são aumentadas em 4–5°C. Diferenças de temperatura entre extremos climáticos do Valanginian e Cenomanian-Turonian são estimadas em 10°C. Gradientes térmicos latitudinais para o Albian-Cenomanian, Turonian e Maastrichtian foram de 0,2–0,3°C/° latitude e, portanto, mais fracos que os valores oceânicos modernos de cerca de 0,4°C/° latitude.",
    url = "https://doi.org/10.1029/2002pa000823",
    doi = "10.1029/2002pa000823",
    openalex = "W1639686691",
    references = "doi1010160012821x89900186, doi101016s0012825299000483, doi101126science28253972241, doi10113000917613198614703pefcnp20co2, doi1011300091761319880160022lctvan23co2, doi1011300091761319980260995adswat23co2"
}

O aumento no número de grandes conjuntos de dados e a complexidade dos atuais modelos probabilísticos de evolução de sequências exigem métodos rápidos e confiáveis de reconstrução de filogenia. Descrevemos uma nova abordagem, baseada no princípio da verossimilhança máxima, que claramente satisfaz esses requisitos. O núcleo deste método é um algoritmo simples de subida de morro que ajusta simultaneamente a topologia da árvore e os comprimentos dos ramos. Este algoritmo começa com uma árvore inicial construída por um método rápido baseado em distância e modifica esta árvore para melhorar sua verossimilhança em cada iteração. Devido a este ajuste simultâneo da topologia e dos comprimentos dos ramos, apenas algumas iterações são suficientes para alcançar um ótimo. Usamos simulações computacionais extensas e realistas para mostrar que a precisão topológica deste novo método é pelo menos tão alta quanto a dos programas existentes de verossimilhança máxima e muito maior do que o desempenho das abordagens baseadas em distância e parcimônia. A redução do tempo de computação é dramática em comparação com outros pacotes de verossimilhança máxima, enquanto a capacidade de maximização da verossimilhança tende a ser maior. Por exemplo, foram necessários apenas 12 minutos em um computador pessoal padrão para analisar um conjunto de dados consistindo de 500 sequências de rbcL com 1.428 pares de bases de plastídeos vegetais, alcançando assim uma velocidade da mesma ordem de grandeza de alguns algoritmos populares baseados em distância e parcimônia. Este novo método é implementado no programa PHYML, que está disponível gratuitamente em nossa página da web: http://www.lirmm.fr/w3ifa/MAAS/.

@article{doi10108010635150390235520,
    author = "Guindon, Stéphane e Gascuel, Olivier",
    title = "Um Algoritmo Simples, Rápido e Preciso para Estimar Filogenias Grandes por Verossimilhança Máxima",
    year = "2003",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "O aumento no número de grandes conjuntos de dados e a complexidade dos atuais modelos probabilísticos de evolução de sequências exigem métodos rápidos e confiáveis de reconstrução de filogenia. Descrevemos uma nova abordagem, baseada no princípio da verossimilhança máxima, que claramente satisfaz esses requisitos. O núcleo deste método é um algoritmo simples de subida de morro que ajusta simultaneamente a topologia da árvore e os comprimentos dos ramos. Este algoritmo começa com uma árvore inicial construída por um método rápido baseado em distância e modifica esta árvore para melhorar sua verossimilhança em cada iteração. Devido a este ajuste simultâneo da topologia e dos comprimentos dos ramos, apenas algumas iterações são suficientes para alcançar um ótimo. Usamos simulações computacionais extensas e realistas para mostrar que a precisão topológica deste novo método é pelo menos tão alta quanto a dos programas existentes de verossimilhança máxima e muito maior do que o desempenho das abordagens baseadas em distância e parcimônia. A redução do tempo de computação é dramática em comparação com outros pacotes de verossimilhança máxima, enquanto a capacidade de maximização da verossimilhança tende a ser maior. Por exemplo, foram necessários apenas 12 minutos em um computador pessoal padrão para analisar um conjunto de dados consistindo de 500 sequências de rbcL com 1.428 pares de bases de plastídeos vegetais, alcançando assim uma velocidade da mesma ordem de grandeza de alguns algoritmos populares baseados em distância e parcimônia. Este novo método é implementado no programa PHYML, que está disponível gratuitamente em nossa página da web: http://www.lirmm.fr/w3ifa/MAAS/.",
    url = "https://doi.org/10.1080/10635150390235520",
    doi = "10.1080/10635150390235520",
    openalex = "W2103546861",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf01731581, doi101007bf01734359, doi101007bf02101694, doi101016b9781483232119500097, doi101093bioinformatics178754, doi101093oxfordjournalsmolbeva025664, doi101093oxfordjournalsmolbeva040023, doi101093oxfordjournalsmolbeva040454, doi101111j155856461985tb00420x, openalexw2002446259, openalexw2170120409, openalexw2994240441, openalexw3199943451, openalexw3217097258"
}

Uma abordagem filogenética para a origem e manutenção da diversidade de espécies idealmente requer a amostragem de todas as espécies dentro de um clado, a confirmação de que são entidades evolutivamente distintas e o conhecimento de suas distribuições geográficas. Nos trópicos marinhos, tais estudos foram majoritariamente sobre peixes e organismos associados aos recifes, geralmente com alta dispersão. Em contraste, os caracóis do gênero Echinolittorina (Littorinidae) estão restritos a praias rochosas, possuem um desenvolvimento pelágico de quatro semanas (e dispersão registrada até 1400 km) e exibem padrões evolutivos diferentes. Apresentamos uma filogenia molecular completa de Echinolittorina, derivada da análise bayesiana de sequências de genes nucleares 28S rRNA e mitocondriais 12S rRNA e COI (o suporte nodal indicado por probabilidades posteriores, máxima verossimilhança e bootstrap de agrupamento vizinho). Isso consiste em 59 unidades evolutivamente significativas (UES), incluindo todas as 50 espécies taxonômicas conhecidas. As 26 UES encontradas na região Indo-Pacífico Ocidental formam um único clado, enquanto as espécies do Pacífico Oriental e Atlântico são basais. O fóssil mais antigo ocorreu no Tethys durante o Eoceno médio e sugerimos que o clado Indo-Pacífico Ocidental tem estado isolado desde o fechamento do seaway Tethyan no Mioceno inicial. As distribuições geográficas de todas as espécies (baseadas em mais de 3700 registros de localidades) parecem ser delimitadas por barreiras de baixa temperatura, habitat sedimentar inadequado, trechos de água aberta excedendo cerca de 1400 km e diferenças nas condições oceanográficas no continuum entre oceânico e continental. As faixas geográficas de espécies irmãs mostram pouca ou nenhuma sobreposição, indicando que o modo de especiação é predominantemente alopátrico. Além disso, a expansão de faixa após a especiação parece ter sido limitada, porque um alto grau de alopatria é mantido através de três a cinco pontos de ramificação da filogenia. Isso pode ser explicado pela colonização de longa distância infrequente, especialização de habitat no gradiente oceânico/continental e talvez pela competição interespecífica. No Pacífico Oriental mais Atlântico, identificamos cinco casos de divergência em ambos os lados do Istmo do Panamá, mas nossas estimativas de suas idades antecedem a emergência do Istmo. Existem três exemplos de relações irmãs entre espécies no Atlântico Ocidental e Atlântico Oriental, todos resultantes de dispersão para o leste. Dentro do Indo-Pacífico Ocidental, não encontramos padrão geográfico de eventos de especiação; espécies estreitamente endêmicas de origem recente estão presentes tanto nas partes periféricas quanto centrais da região. Evidências de tempos de divergência estimados de espécies irmãs e de um gráfico do número de linhagens ao longo do tempo sugerem que não houve aceleração da diversificação durante os ciclos glacio-eustáticos do Plio-Pleistoceno. Em comparação com organismos recifais, as espécies de Echinolittorina em praias rochosas podem ser menos suscetíveis à extinção ou isolamento durante flutuações do nível do mar. A riqueza de espécies de Echinolittorina nas províncias biogeográficas clássicas conforma o padrão comum de maior diversidade (11 espécies) no central "Triângulo das Índias Orientais" do Indo-Pacífico Ocidental, com um foco subsidiário no Pacífico Oriental e Atlântico Ocidental, e menor diversidade no Atlântico Oriental. O foco de diversidade no Triângulo das Índias Orientais é produzido por um mosaico de espécies alopátricas restritas e sobreposição de algumas amplamente distribuídas, e é o resultado de especialização de habitat em vez de vicariância histórica. Este estudo enfatiza a pluralidade de histórias biogeográficas e padrões de especiação nos trópicos marinhos.

@article{doi101111j001438202004tb01600x,
    author = "Williams, S T and Reid, D G",
    title = "Especiação e diversidade em costas rochosas tropicais: uma filogenia global de caracóis do gênero Echinolittorina.",
    year = "2004",
    journal = "Evolução; revista internacional de evolução orgânica",
    abstract = {Uma abordagem filogenética para a origem e manutenção da diversidade de espécies idealmente requer a amostragem de todas as espécies dentro de um clado, confirmação de que são entidades evolutivamente distintas e conhecimento de suas distribuições geográficas. Nos trópicos marinhos, tais estudos foram majoritariamente sobre peixes e organismos associados a recifes, geralmente com alta dispersão. Em contraste, caracóis do gênero Echinolittorina (Littorinidae) são restritos a costas rochosas, possuem um desenvolvimento pelágico de quatro semanas (e dispersão registrada até 1400 km) e exibem padrões evolutivos diferentes. Apresentamos uma filogenia molecular completa de Echinolittorina, derivada da análise bayesiana de sequências de genes nucleares 28S rRNA e mitocondriais 12S rRNA e COI (suporte nodal indicado por probabilidades posteriores, máxima verossimilhança e bootstrap de neighbor-joining). Isso consiste em 59 unidades evolutivamente significativas (ESUs), incluindo todas as 50 espécies taxonômicas conhecidas. As 26 ESUs encontradas na região Indo-Pacífico Ocidental formam um único clado, enquanto as espécies do Pacífico Oriental e Atlântico são basais. O fóssil mais antigo ocorreu no Tethys durante o Eoceno médio e sugerimos que o clado Indo-Pacífico Ocidental tem sido isolado desde o fechamento do seaway Tethyan no Mioceno inicial. As distribuições geográficas de todas as espécies (baseadas em mais de 3700 registros de localidade) parecem ser delimitadas por barreiras de baixa temperatura, habitat sedimentar inadequado, trechos de água aberta excedendo cerca de 1400 km e diferenças nas condições oceanográficas no continuum entre oceânico e continental. As faixas geográficas de espécies irmãs mostram pouca ou nenhuma sobreposição, indicando que o modo de especiação é predominantemente alopátrico. Além disso, a expansão de faixa após a especiação parece ter sido limitada, porque um alto grau de alopatria é mantido através de três a cinco pontos de ramificação da filogenia. Isso pode ser explicado pela colonização de longa distância infrequente, especialização de habitat no gradiente oceânico/continental e talvez pela competição interespecífica. No Pacífico Oriental mais Atlântico, identificamos cinco casos de divergência em ambos os lados do Istmo do Panamá, mas nossas estimativas de suas idades antecedem a emergência do Istmo. Existem três exemplos de relações irmãs entre espécies no Atlântico Ocidental e Atlântico Oriental, todos resultantes de dispersão para o leste. Dentro do Indo-Pacífico Ocidental, não encontramos padrão geográfico de eventos de especiação; espécies estreitamente endêmicas de origem recente estão presentes tanto nas partes periféricas quanto centrais da região. Evidências de tempos de divergência estimados de espécies irmãs e de um gráfico do número de linhagens ao longo do tempo sugerem que não houve aceleração da diversificação durante os ciclos glacio-eustáticos do Plio-Pleistoceno. Em comparação com organismos recifais, espécies de Echinolittorina em costas rochosas podem ser menos suscetíveis à extinção ou isolamento durante flutuações do nível do mar. A riqueza de espécies de Echinolittorina nas províncias biogeográficas clássicas conforma o padrão comum de maior diversidade (11 espécies) no central "Triângulo das Índias Orientais" do Indo-Pacífico Ocidental, com um foco subsidiário no Pacífico Oriental e Atlântico Ocidental, e menor diversidade no Atlântico Oriental. O foco de diversidade no Triângulo das Índias Orientais é produzido por um mosaico de espécies alopátricas restritas e sobreposição de algumas amplamente distribuídas, e é o resultado de especialização de habitat em vez de vicariância histórica. Este estudo enfatiza a pluralidade de histórias biogeográficas e padrões de especiação nos trópicos marinhos.},
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/15562687/",
    doi = "10.1111/j.0014-3820.2004.tb01600.x",
    openalex = "W2180951634",
    pmid = "15562687",
    references = "doi101016s016953470102198x, doi101038324137a0, doi101073pnas86166196, doi101093bioinformatics178754, doi101093nar22224673, doi101093nar25244876, doi1023071447682, openalexw1505736461, openalexw1840956397, openalexw3217097258"
}

Americanae nasce como um projeto conjunto que surge dentro da Rede Europeia de Informação e Documentação sobre América Latina (REDIAL), e que foi desenvolvido pela Biblioteca da Agência Espanhola de Cooperação Internacional para o Desenvolvimento (AECID). Esta nova biblioteca virtual torna mais acessíveis os livros digitais de temática americanista aos investigadores e utilizadores interessados de qualquer parte do mundo.

@incollection{doi1012019781420006391ch7,
    author = "Thiel, Martín e Haye, Pilar A.",
    title = "The Ecology Of Rafting In The Marine Environment. Iii. Biogeographical And Evolutionary Consequences",
    year = "2006",
    booktitle = "Oceanography and Marine Biology/Oceanography and marine biology - an annual review",
    abstract = "Americanae nasce como um projeto conjunto que surge dentro da Rede Europeia de Informação e Documentação sobre América Latina (REDIAL), e que foi desenvolvido pela Biblioteca da Agência Espanhola de Cooperação Internacional para o Desenvolvimento (AECID). Esta nova biblioteca virtual torna mais acessíveis os livros digitais de temática americanista aos investigadores e utilizadores interessados de qualquer parte do mundo.",
    url = "https://doi.org/10.1201/9781420006391.ch7",
    doi = "10.1201/9781420006391.ch7",
    openalex = "W24039824",
    references = "doi101111j001438202004tb01600x"
}

A temperatura controla a taxa de processos bioquímicos fundamentais e, assim, regula atributos organismos, incluindo a taxa de desenvolvimento e a sobrevivência. O aumento da taxa metabólica com a temperatura explica a variação substancial entre espécies em características do ciclo de vida, dinâmica populacional e processos ecossistêmicos. A temperatura também pode causar variabilidade na taxa metabólica dentro de espécies. Aqui, comparamos o efeito da temperatura em um componente chave dos ciclos de vida marinhos entre um grupo geograficamente e taxonomicamente diverso de peixes e invertebrados marinhos. Embora inúmeros estudos laboratoriais documentem o efeito negativo da temperatura no tempo de desenvolvimento larval, pouco se sabe sobre a generalidade versus dependência taxonômica dessa relação. Apresentamos um modelo unificado e parametrizado para a dependência da temperatura do desenvolvimento larval em animais marinhos. Como a duração do período larval é conhecida por influenciar a distância de dispersão larval e a sobrevivência, mudanças na temperatura dos oceanos poderiam ter uma influência direta e previsível na conectividade populacional, estrutura da comunidade e padrões de biodiversidade em escalas regionais a globais.

@article{doi101073pnas0603422104,
    author = "O’Connor, Mary I. and Bruno, John F. and Gaines, Steven D. and Halpern, Benjamin S. and Lester, Sarah E. and Kinlan, Brian P. and Weiss, Jack M.",
    title = "Temperature control of larval dispersal and the implications for marine ecology, evolution, and conservation",
    year = "2007",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Temperature controls the rate of fundamental biochemical processes and thereby regulates organismal attributes including development rate and survival. The increase in metabolic rate with temperature explains substantial among-species variation in life-history traits, population dynamics, and ecosystem processes. Temperature can also cause variability in metabolic rate within species. Here, we compare the effect of temperature on a key component of marine life cycles among a geographically and taxonomically diverse group of marine fish and invertebrates. Although innumerable lab studies document the negative effect of temperature on larval development time, little is known about the generality versus taxon-dependence of this relationship. We present a unified, parameterized model for the temperature dependence of larval development in marine animals. Because the duration of the larval period is known to influence larval dispersal distance and survival, changes in ocean temperature could have a direct and predictable influence on population connectivity, community structure, and regional-to-global scale patterns of biodiversity.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0603422104",
    doi = "10.1073/pnas.0603422104",
    openalex = "W2157367008",
    references = "doi101016b9780122825057x50015, doi101086381872, doi101111j1469185x1950tb00585x, doi101146annureves16110185002011, thorson1950reproductive"
}

O modelo CAT parece ser mais robusto que o WAG contra artefatos de LBA, essencialmente porque ele antecipa corretamente a alta probabilidade de convergências e reversões implicadas pelo pequeno tamanho efetivo do alfabeto de aminoácidos em cada site do alinhamento. De modo mais geral, nossos resultados fornecem fortes evidências de que as especificidades de site no processo de substituição precisam ser consideradas para obter árvores filogenéticas mais confiáveis.

@article{doi101186147121487s1s4,
    author = "Lartillot, Nicolas e Brinkmann, Henner e Philippe, Hervé",
    title = "Supressão de artefatos de atração de ramos longos na filogenia animal usando um modelo site-heterogêneo",
    year = "2007",
    journal = "BMC Evolutionary Biology",
    abstract = "O modelo CAT parece ser mais robusto que o WAG contra artefatos de LBA, essencialmente porque ele antecipa corretamente a alta probabilidade de convergências e reversões implicadas pelo pequeno tamanho efetivo do alfabeto de aminoácidos em cada site do alinhamento. De modo mais geral, nossos resultados fornecem fortes evidências de que as especificidades de site no processo de substituição precisam ser consideradas para obter árvores filogenéticas mais confiáveis.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1471-2148-7-s1-s4",
    doi = "10.1186/1471-2148-7-s1-s4",
    openalex = "W2131527832",
    references = "doi101093molbevmsi111"
}

As associações de gêneros e espécies fósseis comumente exibem padrões repetidos e previsíveis de mudança em seções estratigráficas. Essas mudanças apresentam algumas analogias com o fenômeno de sucessão ecológica, mas são mudanças temporais allogênicas de longo prazo, ocorrendo em escalas de tempo de dezenas a centenas de milhares de anos, que devem ser referidas como substituição biótica (faunal-floral). O rastreamento de habitat é um dos vários mecanismos possíveis de substituição biótica, mas que pode ser importante em certos ambientes marinhos. Evidências de rastreamento incluem (1) recorrência de séries de substituição semelhantes de idades diferentes; (2) espelhamento da substituição vertical de faunas por gradientes laterais de associações de espécies ao longo de planos temporais únicos; (3) a ocorrência de transectos de gradientes semelhantes em diferentes planos temporais; (4) a correlatabilidade de altos e baixos de curvas faunais quantitativas (por exemplo, variações de escores de análise de correspondência desfasada) em diferentes localidades, apesar de desvios nos escores absolutos; e (5) a recorrência de alta fidelidade de espécies stenotópicas em associações específicas que representam ambientes estreitamente definidos. O grau de fidelidade ecológica (por exemplo, similaridade de riqueza de espécies, estrutura de guildas) que é mantida durante o rastreamento é variável. Assemblagens recorrentes em diferentes ciclos, separadas por até vários milhões de anos, podem ser muito semelhantes em termos de composição de espécies e estrutura trófica. No entanto, espécies comuns podem apresentar diferenças significativas em classificação e abundâncias relativas. Essa evidência indica o rastreamento individualista de habitats preferidos por várias espécies. Em ambientes de plataforma rasa e rampa, flutuações do nível do mar podem produzir padrões aproximadamente simétricos de substituição biótica onde biofacies são dispostas tipicamente em cinturões alongados paralelos ao mergulho de deposição. Assimmetrias, no entanto, são comuns e podem resultar de variações no suprimento de sedimentos durante flutuações do nível do mar. Portanto, a baixa entrada siliciclástica típica de transgressões favoreve previsivelmente aqueles organismos que requerem menor sedimentação ou turbidez e talvez firmgrounds para hardgrounds, enquanto o ciclo regressivo na metade do ciclo em profundidades análogas favorece organismos mais euritópicos que toleram ou preferem maior sedimentação ou turbidez. O fenômeno de rastreamento pode ser de considerável importância na paleoecologia evolutiva. O rastreamento implica que as espécies comumente respondem a mudanças físicas de longo prazo, não por adaptação, mas principalmente pela migração de espécies para habitats preferidos, se a taxa ou magnitude da mudança ambiental não for muito grande. Desde que o mesmo ambiente básico tenha existido ao longo do tempo, apesar do deslocamento lateral de até centenas de quilômetros, a maioria das espécies de invertebrados bentônicos foi capaz de sobreviver com pouca ou nenhuma mudança evolutiva. O rastreamento pode ser a base primária de padrões de estase morfológica, bem como de estabilidade relativa na riqueza, composição e estrutura trófica de biofacies.

@article{doi102110palo2005p05028r,
    author = "BRETT, C. E. and Hendy, Austin e Bartholomew, Alexander e Bonelli, James R. e McLaughlin, Patrick I.",
    title = "RESPOSTA DAS BIOTAS MARINHAS SUPERFICIAIS ÀS FLUTUAÇÕES DO NÍVEL DO MAR: UMA REVISÃO DA SUBSTITUIÇÃO FAUNÍSTICA E DO PROCESSO DE RASTREAMENTO DE HABITAT",
    year = "2007",
    journal = "Palaios",
    abstract = "Associações de gêneros e espécies fósseis comumente exibem padrões repetidos e previsíveis de mudança em seções estratigráficas. Essas mudanças apresentam algumas analogias com o fenômeno de sucessão ecológica, mas são mudanças temporais allogênicas de longo prazo, ocorrendo em escalas de tempo de dezenas a centenas de milhares de anos, que devem ser referidas como substituição biótica (faunal-floral). O rastreamento de habitat é um dos vários mecanismos possíveis de substituição biótica, mas que pode ser importante em certos ambientes marinhos. Evidências de rastreamento incluem (1) recorrência de séries de substituição similares de idades diferentes; (2) espelhamento da substituição vertical de faunas por gradientes laterais de associações de espécies ao longo de planos temporais únicos; (3) ocorrência de transectos de gradientes similares em diferentes planos temporais; (4) correlacionabilidade de altos e baixos de curvas faunísticas quantitativas (por exemplo, variações de escores de análise de correspondência desviada) em diferentes localidades, apesar de desvios nos escores absolutos; e (5) a alta fidelidade na recorrência de espécies stenotópicas em associações específicas que representam ambientes estreitamente definidos. O grau de fidelidade ecológica (por exemplo, similaridade de riqueza de espécies, estrutura de guildas) mantida durante o rastreamento é variável. Assemblagens recorrentes em diferentes ciclos, separadas por até vários milhões de anos, podem ser muito similares em termos de composição de espécies e estrutura trófica. No entanto, espécies comuns podem apresentar diferenças significativas em classificação e abundâncias relativas. Essa evidência indica o rastreamento individualista do habitat preferido por várias espécies. Em ambientes de plataforma rasa e rampa, flutuações do nível do mar podem produzir padrões aproximadamente simétricos de substituição biótica onde biofacies são dispostas tipicamente em faixas alongadas paralelas ao mergulho de deposição. Assimmetrias, no entanto, são comuns e podem resultar de variações no suprimento de sedimentos durante flutuações do nível do mar. Portanto, a baixa entrada de siliciclásticos típica de transgressões favorece previsivelmente aqueles organismos que requerem menor sedimentação ou turbidez e talvez firmgrounds para hardgrounds, enquanto a metade regressiva do ciclo em profundidades análogas favorece organismos mais euritópicos que toleram ou preferem maior sedimentação ou turbidez. O fenômeno de rastreamento pode ser de considerável importância na paleoecologia evolutiva. O rastreamento implica que as espécies comumente respondem a mudanças físicas de longo prazo, não por adaptação, mas principalmente pela migração de espécies para habitats preferidos, se a taxa ou magnitude da mudança ambiental não for excessiva. Desde que o mesmo ambiente básico tenha existido ao longo do tempo, apesar de deslocamentos laterais de até centenas de quilômetros, a maioria das espécies de invertebrados bentônicos foi capaz de sobreviver com pouca ou nenhuma mudança evolutiva. O rastreamento pode ser a base primária de padrões de estase morfológica, bem como de estabilidade relativa na riqueza, composição e estrutura trófica de biofacies.",
    url = "https://doi.org/10.2110/palo.2005.p05-028r",
    doi = "10.2110/palo.2005.p05-028r",
    openalex = "W2029752719",
    references = "doi101038207270a0, doi101111j150239311978tb01893x, doi101111j150239311985tb00697x, doi1023073515180"
}

@article{openalexw2898156694,
    author = "Klug, Stefanie e Kriwet, Jürgen e Lirio, Mary Rose e Núñez, Héctor",
    title = "Peixes Mesozoicos 4 - Homologia e Filogenia",
    year = "2008",
    openalex = "W2898156694",
    references = "brinkman2002teleost, doi1010029780470715253ch10, doi101029pa002i001p00001, doi101093icesjms233366, doi101126science1059412, doi1016710272463420010210172dteotr20co2, doi1023071269588, doi1023071292845, doi1023071445079, doi1023071446835, openalexw2040817479, openalexw2588677549"
}

O PhyML é um software de filogenia baseado no princípio da máxima verossimilhança. As versões iniciais do PhyML utilizaram um algoritmo rápido que realiza trocas de vizinhos mais próximos para melhorar uma topologia de árvore de partida razoável. Desde a publicação original (Guindon S., Gascuel O. 2003. A simple, fast and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood. Syst. Biol. 52:696-704), o PhyML tem sido amplamente utilizado (>2500 citações no ISI Web of Science) devido à sua simplicidade e a um compromisso justo entre precisão e velocidade. Enquanto isso, a pesquisa em torno do PhyML continuou, e este artigo descreve os novos algoritmos e métodos implementados no programa. Primeiro, introduzimos um novo algoritmo para buscar o espaço da árvore com intensidade definida pelo usuário, usando movimentos topológicos de poda e enxerto de subárvores. O critério de parcimônia é usado aqui para filtrar as modificações de topologia menos promissoras em relação à função de verossimilhança. A análise de uma grande coleção de conjuntos de dados reais de nucleotídeos e aminoácidos de vários tamanhos demonstra o bom desempenho deste método. Segundo, descrevemos um novo teste para avaliar o suporte dos dados para ramos internos de uma filogenia. Esta abordagem estende o recentemente proposto teste de razão de verossimilhança aproximado e baseia-se em um procedimento não paramétrico, semelhante ao de Shimodaira-Hasegawa. Uma análise detalhada de alinhamentos reais esclarece os links entre esta nova abordagem e o método de bootstrap não paramétrico mais clássico. No geral, nossos testes mostram que a última versão (3.0) do PhyML é rápida, precisa, estável e pronta para uso. Um servidor Web e arquivos binários estão disponíveis em http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/.

@article{doi101093sysbiosyq010,
    author = "Guindon, Stéphane e Dufayard, Jean-François e Lefort, Vincent e Anisimova, Maria e Hordijk, Wim e Gascuel, Olivier",
    title = "Novos Algoritmos e Métodos para Estimar Filogenias de Máxima Verossimilhança: Avaliando o Desempenho do PhyML 3.0",
    year = "2010",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "O PhyML é um software de filogenia baseado no princípio da máxima verossimilhança. As versões iniciais do PhyML utilizaram um algoritmo rápido que realiza trocas de vizinhos mais próximos para melhorar uma topologia de árvore de partida razoável. Desde a publicação original (Guindon S., Gascuel O. 2003. A simple, fast and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood. Syst. Biol. 52:696-704), o PhyML tem sido amplamente utilizado (>2500 citações no ISI Web of Science) devido à sua simplicidade e a um compromisso justo entre precisão e velocidade. Enquanto isso, a pesquisa em torno do PhyML continuou, e este artigo descreve os novos algoritmos e métodos implementados no programa. Primeiro, introduzimos um novo algoritmo para buscar o espaço da árvore com intensidade definida pelo usuário, usando movimentos topológicos de poda e enxerto de subárvores. O critério de parcimônia é usado aqui para filtrar as modificações de topologia menos promissoras em relação à função de verossimilhança. A análise de uma grande coleção de conjuntos de dados reais de nucleotídeos e aminoácidos de vários tamanhos demonstra o bom desempenho deste método. Segundo, descrevemos um novo teste para avaliar o suporte dos dados para ramos internos de uma filogenia. Esta abordagem estende o recentemente proposto teste de razão de verossimilhança aproximado e baseia-se em um procedimento não paramétrico, semelhante ao de Shimodaira-Hasegawa. Uma análise detalhada de alinhamentos reais esclarece os links entre esta nova abordagem e o método de bootstrap não paramétrico mais clássico. No geral, nossos testes mostram que a última versão (3.0) do PhyML é rápida, precisa, estável e pronta para uso. Um servidor Web e arquivos binários estão disponíveis em http://www.atgc-montpellier.fr/phyml/.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syq010",
    doi = "10.1093/sysbio/syq010",
    openalex = "W2111211467",
    references = "doi101007bf02100115, doi101007bf02101990, doi101016b9781483232119500097, doi10108010635150390235520, doi10108010635150802429642, doi101086383584, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093molbevmsn067, doi101093oxfordjournalsmolbeva026201, doi101111j155856461985tb00420x, doi101146annurevge22120188002513, doi101371journalpone0009490"
}

O registro fóssil demonstra que cada grupo taxonômico principal tem uma taxa líquida consistente de diversificação e um limite para sua riqueza de espécies. Pensou-se que as mudanças de longo prazo na dominância dos principais grupos taxonômicos poderiam ser previstas a partir dessas características. No entanto, novas análises mostram que os limites de diversidade podem subir ou cair em resposta a radiações adaptativas ou extinções. Essas mudanças são idiossincráticas e ocorrem em tempos diferentes em cada táxon. Por exemplo, a extinção em massa do final do Permiano reduziu permanentemente a diversidade de grupos importantes e anteriormente dominantes, como braquiópodes e crinoides. Portanto, a atual crise global pode alterar permanentemente a composição taxonômica da biosfera ao mudar as regras da evolução.

@article{doi101126science1189910,
    author = "Alroy, John",
    title = "The Shifting Balance of Diversity Among Major Marine Animal Groups",
    year = "2010",
    journal = "Science",
    abstract = "The fossil record demonstrates that each major taxonomic group has a consistent net rate of diversification and a limit to its species richness. It has been thought that long-term changes in the dominance of major taxonomic groups can be predicted from these characteristics. However, new analyses show that diversity limits may rise or fall in response to adaptive radiations or extinctions. These changes are idiosyncratic and occur at different times in each taxa. For example, the end-Permian mass extinction permanently reduced the diversity of important, previously dominant groups such as brachiopods and crinoids. The current global crisis may therefore permanently alter the biosphere's taxonomic composition by changing the rules of evolution.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1189910",
    doi = "10.1126/science.1189910",
    openalex = "W1980420809",
    references = "doi101017s0022336000040026, doi101017s0094837300003778, doi101017s0094837300005352, doi101017s0094837300005972, doi101017s0094837300006539, doi101017s0094837300008186, doi101073pnas0802597105, doi101126science1156963, doi101126science21545391501, doi101126science7701342"
}

Nossa capacidade de correlacionar a evolução biológica com as mudanças climáticas, a evolução geológica e outros padrões históricos é essencial para compreender os processos que moldam a biodiversidade. Combinar dados do registro fóssil com a filogenética molecular representa uma abordagem sintética promissora para esse desafio. A primeira análise de datação de divergência molecular (Zuckerkandl e Pauling 1962) baseou-se em uma medida das diferenças de aminoácidos na molécula de hemoglobina, com taxas de substituição estabelecidas (calibradas) usando estimativas de idade paleontológicas de livros-texto (por exemplo, Dodson 1960). Desde então, a quantidade de dados de sequência molecular aumentou dramaticamente, oferecendo oportunidades cada vez maiores para aplicar abordagens de divergência molecular a problemas fundamentais na biologia evolutiva.

@article{doi101093sysbiosyr107,
    author = "Parham, James F. e Donoghue, Philip C. J. e Bell, Christopher J. e Calway, Tyler e Head, Jason J. e Holroyd, Patricia A. e Inoue, Jun e Irmis, Randall B. e Joyce, Walter G. e Ksepka, Daniel T. e Patané, José Salvatore Leister e Smith, Nathan D. e Tarver, James E. e van Tuinen, Marcel e Yang, Ziheng e Angielczyk, Kenneth D. e Greenwood, Jenny M. e Hipsley, Christy A. e Jacobs, Louis L. e Makovicky, Peter J. e Müller, Johannes e Smith, Krister T. e Theodor, Jessica M. e Warnock, Rachel C. M. e Benton, Michael J.",
    title = "Best Practices for Justifying Fossil Calibrations",
    year = "2011",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "Nossa capacidade de correlacionar a evolução biológica com as mudanças climáticas, a evolução geológica e outros padrões históricos é essencial para compreender os processos que moldam a biodiversidade. Combinar dados do registro fóssil com a filogenética molecular representa uma abordagem sintética promissora para esse desafio. A primeira análise de datação de divergência molecular (Zuckerkandl e Pauling 1962) baseou-se em uma medida das diferenças de aminoácidos na molécula de hemoglobina, com taxas de substituição estabelecidas (calibradas) usando estimativas de idade paleontológicas de livros-texto (por exemplo, Dodson 1960). Desde então, a quantidade de dados de sequência molecular aumentou dramaticamente, oferecendo oportunidades cada vez maiores para aplicar abordagens de divergência molecular a problemas fundamentais na biologia evolutiva.",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/syr107",
    doi = "10.1093/sysbio/syr107",
    openalex = "W2113525598",
    references = "doi101016jepsl200909013, doi101016jgca201006017, doi101016jtig200403007, doi101017cbo9780511536045, doi101038nature08745, doi101093molbevmsj024, doi101093molbevmsl150, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi101093sysbio3817, doi101111j00310239200300301x, doi101111j14698137201103794x, doi101126science1101012, doi101126science13334591105, doi1012060003009020073021taoeoa20co2, doi101371journalpbio0040088, doi101371journalpone0009329, doi1023072992432, doi104095215638, openalexw1535663436, openalexw2989049194, openalexw592572837"
}

As filogenias são geralmente datadas calibrando nós internos contra o registro fóssil. Isso depende de métodos indiretos que, no pior caso, distorcem as informações fósseis. Aqui, contrastamos essa datação de nós com uma abordagem que inclui fósseis juntamente com os táxons existentes em uma análise bayesiana de evidência total. Como caso de teste, focamos na radiação inicial dos Hymenoptera, documentada principalmente por fósseis de impressão mal preservados que são difíceis de classificar filogeneticamente. Especificamente, comparamos a datação de nós usando nove pontos de calibração derivados do registro fóssil com a datação de evidência total baseada em 343 caracteres morfológicos pontuados para 45 táxons fósseis (4--20 completos) e 68 táxons existentes. Em ambos os casos, usamos dados moleculares de sete marcadores (∼5 kb) para os táxons existentes. Como é difícil modelar especiação, extinção, amostragem e preservação fóssil de forma realista, desenvolvemos um prior uniforme simples para árvores de relógio com fósseis, e usamos modelos de relógio relaxados para acomodar a variação de taxas ao longo da árvore. Apesar da considerável incerteza na localização da maioria dos fósseis, encontramos que eles contribuem significativamente para a estimativa de tempos de divergência na análise de evidência total. Em particular, as distribuições posteriores sobre os tempos de divergência são menos sensíveis a pressupostos prévios e tendem a ser mais precisas do que na datação de nós. A análise de evidência total também mostra que quatro dos sete pontos de calibração de Hymenoptera usados na datação de nós provavelmente são baseados em pressupostos errôneos ou duvidosos sobre a localização fóssil. Quanto à radiação inicial dos Hymenoptera, nossos resultados sugerem que a linhagem-coroa remonta ao Carbonífero, ∼309 Ma (intervalo de 95%: 291--347 Ma), e diversificou-se em linhagens existentes principais muito antes do previsto, muito antes do Triássico. [Inferência bayesiana; datação fóssil; evolução morfológica; relógio relaxado; filogenética estatística.].

@article{doi101093sysbiosys058,
    author = "Ronquist, Fredrik e Klopfstein, Seraina e Vilhelmsen, Lars e Schulmeister, Susanne e Murray, Debra L. e Rasnitsyn, Alexandr P.",
    title = "Uma Abordagem de Evidência Total para Datação com Fóssis, Aplicada à Radiação Inicial dos Hymenoptera",
    year = "2012",
    journal = "Systematic Biology",
    abstract = "As filogenias são geralmente datadas calibrando nós internos contra o registro fóssil. Isso depende de métodos indiretos que, no pior caso, distorcem as informações fósseis. Aqui, contrastamos essa datação de nós com uma abordagem que inclui fósseis juntamente com os táxons existentes em uma análise bayesiana de evidência total. Como caso de teste, focamos na radiação inicial dos Hymenoptera, documentada principalmente por fósseis de impressão mal preservados que são difíceis de classificar filogeneticamente. Especificamente, comparamos a datação de nós usando nove pontos de calibração derivados do registro fóssil com a datação de evidência total baseada em 343 caracteres morfológicos pontuados para 45 táxons fósseis (4--20 completos) e 68 táxons existentes. Em ambos os casos, usamos dados moleculares de sete marcadores (∼5 kb) para os táxons existentes. Como é difícil modelar especiação, extinção, amostragem e preservação fóssil de forma realista, desenvolvemos um prior uniforme simples para árvores de relógio com fósseis, e usamos modelos de relógio relaxados para acomodar a variação de taxas ao longo da árvore. Apesar da considerável incerteza na localização da maioria dos fósseis, encontramos que eles contribuem significativamente para a estimativa de tempos de divergência na análise de evidência total. Em particular, as distribuições posteriores sobre os tempos de divergência são menos sensíveis a pressupostos prévios e tendem a ser mais precisas do que na datação de nós. A análise de evidência total também mostra que quatro dos sete pontos de calibração de Hymenoptera usados na datação de nós provavelmente são baseados em pressupostos errôneos ou duvidosos sobre a localização fóssil. Quanto à radiação inicial dos Hymenoptera, nossos resultados sugerem que a linhagem-coroa remonta ao Carbonífero, ∼309 Ma (intervalo de 95%: 291--347 Ma), e diversificou-se em linhagens existentes principais muito antes do previsto, muito antes do Triássico. [Inferência bayesiana; datação fóssil; evolução morfológica; relógio relaxado; filogenética estatística.].",
    url = "https://doi.org/10.1093/sysbio/sys058",
    doi = "10.1093/sysbio/sys058",
    openalex = "W2159597448",
    references = "doi101016jympev201104003, doi10108010635150290102456, doi101093molbevmsm193, doi101093sysbiosyq085, doi101093sysbiosyr047, doi101093sysbiosyr107, openalexw1900040508, openalexw2733548038"
}

A Subclasse Elasmobranchii é amplamente considerada atualmente como o grupo irmão da Subclasse Holocephali, embora os peixes quimeróides tenham sido originalmente classificados como elasmobrânquios juntamente com tubarões e raias modernos. Embora este tratamento sistemático moderno forneça uma reflexão precisa das relações filogenéticas entre os táxons existentes, a classificação de muitos chondrichthyans semelhantes a tubarões extintos não holocefalos como elasmobrânquios é contestada. Apresenta-se uma definição revisada, baseada em apomorfias, de elasmobrânquios, na qual são considerados equivalentes aos neoselachianos, ou seja, um grupo monofilético de tubarões e raias modernos que não apenas exclui todos os holocefalos de caule e coroa, mas também muitos chondrichthyans semelhantes a tubarões do Paleozóico e até mesmo parentes extintos próximos dos neoselachianos, como os hibodontos. O registro fóssil dos elasmobrânquios (ou seja, neoselachianos) é revisado, focando não apenas em seus registros mais antigos, mas também em seus padrões de distribuição subsequentes ao longo do tempo. Discute-se o valor e as limitações do registro fóssil na resposta a perguntas sobre a filogenia dos elasmobrânquios. A extinção é vista como um fator majoritário na moldagem da história inicial dos elasmobrânquios, especialmente durante o Triássico. As extinções também podem ter ajudado a moldar a diversidade moderna dos lamniformes, apesar das incertezas em torno das afinidades filogenéticas de clados supostamente extintos, como cretoxyrinídeos, anacoracídeos e odontídeos. Além desses exemplos e da suposta extinção cretácica dos 'sclerorincídeos', a evolução dos elasmobrânquios desde o Jurássico envolveu principalmente uma diversificação aumentada (especialmente durante o Cretáceo). A distribuição biogeográfica dos elasmobrânquios iniciais pode ser obscurecida por viés de amostragem, mas os registros mais antigos de numerosos grupos estão localizados dentro do reino Tetis. A fragmentação da Gondwana, e particularmente a abertura do Oceano Atlântico Sul (juntamente com o desenvolvimento de mares epicontinentais através do Brasil e da África durante o Cretáceo), proporcionou oportunidades repetidas para dispersão tanto do leste (Europeu) quanto do oeste (Caribenho) Tetis para bacias oceânicas recém-formadas.

@article{doi101111j10958649201203245x,
    author = "Maisey, John G.",
    title = "What is an 'elasmobranch'? The impact of palaeontology in understanding elasmobranch phylogeny and evolution",
    year = "2012",
    journal = "Journal of Fish Biology",
    abstract = "The Subclass Elasmobranchii is widely considered nowadays to be the sister group of the Subclass Holocephali, although chimaeroid fishes were originally classified as elasmobranchs along with modern sharks and rays. While this modern systematic treatment provides an accurate reflection of the phylogenetic relationships among extant taxa, the classification of many extinct non-holocephalan shark-like chondrichthyans as elasmobranchs is challenged. A revised, apomorphy-based definition of elasmobranchs is presented in which they are considered the equivalent of neoselachians, i.e. a monophyletic group of modern sharks and rays which not only excludes all stem and crown holocephalans, but also many Palaeozoic shark-like chondrichthyans and even close extinct relatives of neoselachians such as hybodonts. The fossil record of elasmobranchs (i.e. neoselachians) is reviewed, focusing not only on their earliest records but also on their subsequent distribution patterns through time. The value and limitations of the fossil record in answering questions about elasmobranch phylogeny are discussed. Extinction is seen as a major factor in shaping early elasmobranch history, especially during the Triassic. Extinctions may also have helped shape modern lamniform diversity, despite uncertainties surrounding the phylogenetic affinities of supposedly extinct clades such as cretoxyrhinids, anacoracids and odontids. Apart from these examples, and the supposed Cretaceous extinction of 'sclerorhynchids', elasmobranch evolution since the Jurassic has mostly involved increased diversification (especially during the Cretaceous). The biogeographical distribution of early elasmobranchs may be obscured by sampling bias, but the earliest records of numerous groups are located within the Tethyan realm. The break-up of Gondwana, and particularly the opening of the South Atlantic Ocean (together with the development of epicontinental seaways across Brazil and Africa during the Cretaceous), provided repeated opportunities for dispersal from both eastern (European) and western (Caribbean) Tethys into newly formed ocean basins.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1095-8649.2012.03245.x",
    doi = "10.1111/j.1095-8649.2012.03245.x",
    openalex = "W2036104980",
    references = "doi101016b9780126709506500035, doi101038003342a0, doi101038142004a0, doi101093icb172303, doi101093oso97801985404720010001, doi1012060003009020042840001fsotgr20co2, doi101371journalpone, doi1016710272463420050250478r20co2, doi1023071441916, doi105860choice421559, doi105962bhltitle20094, doi105962bhltitle82144, openalexw3041320757"
}

@incollection{doi101201b118674,
    author = "Naylor, Gavin J. P. e Caira, Janine N. e Jensen, Kirsten e Rosana, K. A. M. e Straube, Nicolas e Lakner, Clemens",
    title = "Filogenia de Elasmobrânquios",
    year = "2012",
    booktitle = "Biologia marinha/Série de biologia marinha do CRC",
    url = "https://doi.org/10.1201/b11867-4",
    doi = "10.1201/b11867-4",
    openalex = "W4243664349"
}

O interesse na biodiversidade e taxonomia de elasmobrânquios cresceu nos últimos anos, catalisado principalmente por quatro influências: (1) o grande número de novas espécies descritas nas últimas 30 anos (por exemplo, Last e Stevens, 2009); (2) o reconhecimento de que muitas espécies de elasmobrânquios, algumas das quais ainda não foram formalmente descritas, podem estar ameaçadas de extinção devido às pressões de pesca e à destruição de habitat (Stevens et al., 2000); (3) o crescente interesse no DNA "barcoding" como uma ferramenta para complementar a descrição taxonômica (por exemplo, Ward et al., 2007); e (4) um reconhecimento emergente do papel importante que os elasmobrânquios desempenham como predadores de topo nos ecossistemas marinhos (Heithaus et al., 2008).

@incollection{doi101201b118679,
    author = "Naylor, Janine N. Caira Gavin",
    title = "Elasmobranch Phylogeny: A Mitochondrial Estimate Based on 595 Species",
    year = "2012",
    abstract = "Interest in elasmobranch biodiversity and taxonomy has grown in recent years, catalyzed primarily by four inuences: (1) the large number of new species that have been described over the past 30 years (e.g., Last and Stevens, 2009); (2) the recognition that many species of elasmobranchs, several of which have not yet been formally described, may be threatened with extinction from shing pressures and habitat destruction (Stevens et al., 2000); (3) the growing interest in DNA "barcoding" as a tool to augment taxonomic description (e.g., Ward et al., 2007); and (4) an emerging recognition of the important role that elasmobranchs play as top predators in marine ecosystems (Heithaus et al., 2008).",
    url = "https://doi.org/10.1201/b11867-9",
    doi = "10.1201/b11867-9",
    openalex = "W2500401673",
    references = "doi101093icb172303, doi101111j109636421996tb02189x, doi1012060003009020042840001fsotgr20co2, doi1023071447424, openalexw3211386673"
}

Peixes espinhosos, ou acantómorfos, compõem quase um terço de todos os vertebrados vivos. Apesar de seu papel dominante nos ecossistemas aquáticos, a história evolutiva e o ritmo da diversificação dos acantómorfos são mal compreendidos. Investigamos o padrão de diversificação de linhagens em acantómorfos usando uma filogenia bem resolvida e calibrada no tempo inferida a partir de uma supermatriz de genes nucleares que inclui 520 espécies de acantómorfos e 37 restrições de idade fóssil. Esta filogenia fornece resolução para o que classicamente tem sido referido como a "bush at the top" da árvore dos teleósteos, e indica que os acantómorfos originaram-se no Cretáceo Inferior. Evidências paleontológicas sugerem que os acantómorfos exibem um pulso de diversificação morfológica após a extinção em massa do Cretáceo Superior; no entanto, o papel deste evento na acumulação da diversidade de acantómorfos vivos permanece incerto. As taxas de diversificação de linhagens ao longo do tempo não apresentam mudanças associadas à extinção em massa do Cretáceo Superior, mas há uma diminuição global nas taxas de diversificação de linhagens há 50 Ma que ocorre durante um período em que a disparidade morfológica entre acantómorfos fósseis aumenta acentuadamente. A análise de mudanças específicas de clado nas taxas de diversificação revela que a hiperdiversidade dos acantómorfos vivos é destacada por várias linhagens rapidamente radiantes, incluindo atuns, gobídeos, blênídeos, peixes de lama e ciclídeos afro-americanos. Estas linhagens com altas taxas de diversificação não estão associadas a um único tipo de habitat, como recifes de coral, indicando que não há uma única explicação para o sucesso dos acantómorfos, pois episódios excepcionais de diversificação ocorreram em uma ampla variedade de habitats marinhos e de água doce.

@article{doi101073pnas1304661110,
    author = "Near, Thomas J. and Dornburg, Alex and Eytan, Ron I. and Keck, Benjamin P. and Smith, W. Leo and Kuhn, Kristen L. and Moore, Jon A. and Price, Samantha A. and Burbrink, Frank T. and Friedman, Matt and Wainwright, Peter C.",
    title = "Filogenia e ritmo de diversificação na superradiação de peixes espinhosos",
    year = "2013",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Peixes espinhosos, ou acantómorfos, compõem quase um terço de todos os vertebrados vivos. Apesar de seu papel dominante nos ecossistemas aquáticos, a história evolutiva e o ritmo da diversificação dos acantómorfos são mal compreendidos. Investigamos o padrão de diversificação de linhagens em acantómorfos usando uma filogenia bem resolvida e calibrada no tempo inferida a partir de uma supermatriz de genes nucleares que inclui 520 espécies de acantómorfos e 37 restrições de idade fóssil. Esta filogenia fornece resolução para o que classicamente tem sido referido como a "bush at the top" da árvore dos teleósteos, e indica que os acantómorfos originaram-se no Cretáceo Inferior. Evidências paleontológicas sugerem que os acantómorfos exibem um pulso de diversificação morfológica após a extinção em massa do Cretáceo Superior; no entanto, o papel deste evento na acumulação da diversidade de acantómorfos vivos permanece incerto. As taxas de diversificação de linhagens ao longo do tempo não apresentam mudanças associadas à extinção em massa do Cretáceo Superior, mas há uma diminuição global nas taxas de diversificação de linhagens há 50 Ma que ocorre durante um período em que a disparidade morfológica entre acantómorfos fósseis aumenta acentuadamente. A análise de mudanças específicas de clado nas taxas de diversificação revela que a hiperdiversidade dos acantómorfos vivos é destacada por várias linhagens rapidamente radiantes, incluindo atuns, gobídeos, blênídeos, peixes de lama e ciclídeos afro-americanos. Estas linhagens com altas taxas de diversificação não estão associadas a um único tipo de habitat, como recifes de coral, indicando que não há uma única explicação para o sucesso dos acantómorfos, pois episódios excepcionais de diversificação ocorreram em uma ampla variedade de habitats marinhos e de água doce.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1304661110",
    doi = "10.1073/pnas.1304661110",
    openalex = "W2073550716",
    references = "doi101073pnas1110395108, doi101073pnas1206625109, doi101073pnas1211526110, doi101371currentstol53ba26640df0ccaee75bb165c8c26288"
}

Conjuntos de dados de filogenômica grandes exigem métodos rápidos de inferência de árvores, especialmente para filogenias de máxima verossimilhança (ML). Existem programas rápidos, mas devido a heurísticas inerentes para encontrar árvores ótimas, não está claro se a melhor árvore é encontrada. Assim, há necessidade de abordagens adicionais que empreguem diferentes estratégias de busca para encontrar árvores ML e que sejam, ao mesmo tempo, tão rápidas quanto os programas ML atualmente disponíveis. Mostramos que uma combinação de abordagens de subida de colina e um método de perturbação estocástica pode ser implementada de forma eficiente em termos de tempo. Se permitirmos o mesmo tempo de CPU que RAxML e PhyML, então nosso software IQ-TREE encontrou verossimilhanças mais altas entre 62,2% e 87,1% das alinhamentos estudados, explorando assim eficientemente o espaço das árvores. Se usarmos a regra de parada do IQ-TREE, RAxML e PhyML são mais rápidos em 75,7% e 47,1% dos alinhamentos de DNA e 42,2% e 100% dos alinhamentos de proteínas, respectivamente. No entanto, a faixa de obtenção de verossimilhanças mais altas com IQ-TREE melhora para 73,3-97,1%. IQ-TREE está disponível gratuitamente em http://www.cibiv.at/software/iqtree.

@article{doi101093molbevmsu300,
    author = "Nguyen, Lam-Tung e Schmidt, Heiko A. e von Haeseler, Arndt e Minh, Bùi Quang",
    title = "IQ-TREE: Um Algoritmo Estocástico Rápido e Eficaz para Estimar Filogenias de Máxima Verossimilhança",
    year = "2014",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "Conjuntos de dados de filogenômica grandes exigem métodos rápidos de inferência de árvores, especialmente para filogenias de máxima verossimilhança (ML). Existem programas rápidos, mas devido a heurísticas inerentes para encontrar árvores ótimas, não está claro se a melhor árvore é encontrada. Assim, há necessidade de abordagens adicionais que empreguem diferentes estratégias de busca para encontrar árvores ML e que sejam, ao mesmo tempo, tão rápidas quanto os programas ML atualmente disponíveis. Mostramos que uma combinação de abordagens de subida de colina e um método de perturbação estocástica pode ser implementada de forma eficiente em termos de tempo. Se permitirmos o mesmo tempo de CPU que RAxML e PhyML, então nosso software IQ-TREE encontrou verossimilhanças mais altas entre 62,2\% e 87,1\% dos alinhamentos estudados, explorando assim eficientemente o espaço das árvores. Se usarmos a regra de parada do IQ-TREE, RAxML e PhyML são mais rápidos em 75,7\% e 47,1\% dos alinhamentos de DNA e 42,2\% e 100\% dos alinhamentos de proteínas, respectivamente. No entanto, a faixa de obtenção de verossimilhanças mais altas com IQ-TREE melhora para 73,3-97,1\%. IQ-TREE está disponível gratuitamente em http://www.cibiv.at/software/iqtree.",
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msu300",
    doi = "10.1093/molbev/msu300",
    openalex = "W2111647009",
    references = "doi101002fedr4910860506, doi101007bf00160154, doi101007bf01734359, doi101007bf02101990, doi10108010635150390235520, doi101086383584, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093molbevmst024, doi101093sysbio204406, doi101093sysbiosyq010, doi1023072412116, openalexw1514875444, openalexw3217097258"
}

@article{doi101038nbt4229,
    author = "Parks, Donovan H. e Chuvochina, Maria e Waite, David W. e Rinke, Christian e Skarshewski, Adam e Chaumeil, Pierre-Alain e Hugenholtz, Philip",
    title = "Uma taxonomia bacteriana padronizada baseada em filogenia genômica revisa substancialmente a árvore da vida",
    year = "2018",
    journal = "Nature Biotechnology",
    url = "https://doi.org/10.1038/nbt.4229",
    doi = "10.1038/nbt.4229",
    openalex = "W2889019390",
    references = "doi101038nature12352, doi101038nature14486, doi101038nmicrobiol201648, doi101038nrmicro1341, doi101038nrmicro3330, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093molbevmsn067, doi101093molbevmsx116, doi101371journalpcbi1002195"
}

Nossa compreensão das relações filogenéticas entre peixes ósseos foi transformada pela análise de um pequeno número de genes, mas incertezas permanecem em torno de nós críticos. Inferências em escala de genoma até agora têm amostrado um número limitado de táxons e genes. Aqui, utilizamos 144 genomas e 159 transcriptomas para investigar a evolução dos peixes com uma escala de dados sem precedentes: >0,5 Mb de 1.105 sequências de éxons ortólogos de 303 espécies, representando 66 dos 72 ordens de peixes de nadadeiras raiadas. Aplicamos testes filogenéticos projetados para rastrear o efeito de eventos de duplicação do genoma inteiro em árvores gênicas e encontramos loci livres de paralogia usando uma abordagem de bioinformática. Dados em nível de genoma suportam a estrutura da filogenia dos peixes, e procedimentos de teste de hipótese apropriados para conjuntos de dados filogenômicos usando interrogação explícita da genealogia gênica resolvem algumas incertezas de longa data, como a ordem de ramificação na base dos teleósteos e entre euteleósteos iniciais, e a linhagem irmã das irradiações acantomorfos e percomorfos. Calibrações fóssil abrangentes datam a origem de todas as principais linhagens de peixes antes do fim do Cretáceo.

@article{doi101073pnas1719358115,
    author = "Hughes, Lily C. e Ortı́, Guillermo e Huang, Yu e Sun, Ying e Baldwin, Carole C. e Thompson, Andrew W. e Arcila, Dahiana e Betancur‐R, Ricardo e Li, Chenhong e Becker, L.A. e Bellora, Nicolás e Zhao, Xiaomeng e Li, Xiaofeng e Wang, Min e Fang, Chao e Xie, Bing e Zhou, Zhuocheng e Huang, Hai e Chen, Songlin e Venkatesh, Byrappa e Shi, Qiong",
    title = "Filogenia abrangente de peixes de nadadeiras raiadas (Actinopterygii) baseada em dados transcriptômicos e genômicos",
    year = "2018",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Nossa compreensão das relações filogenéticas entre peixes ósseos foi transformada pela análise de um pequeno número de genes, mas incertezas permanecem em torno de nós críticos. Inferências em escala de genoma até agora têm amostrado um número limitado de táxons e genes. Aqui, utilizamos 144 genomas e 159 transcriptomas para investigar a evolução dos peixes com uma escala de dados sem precedentes: >0,5 Mb de 1.105 sequências de éxons ortólogos de 303 espécies, representando 66 dos 72 ordens de peixes de nadadeiras raiadas. Aplicamos testes filogenéticos projetados para rastrear o efeito de eventos de duplicação do genoma inteiro em árvores gênicas e encontramos loci livres de paralogia usando uma abordagem de bioinformática. Dados em nível de genoma suportam a estrutura da filogenia dos peixes, e procedimentos de teste de hipótese apropriados para conjuntos de dados filogenômicos usando interrogação explícita da genealogia gênica resolvem algumas incertezas de longa data, como a ordem de ramificação na base dos teleósteos e entre euteleósteos iniciais, e a linhagem irmã das irradiações acantomorfos e percomorfos. Calibrações fóssil abrangentes datam a origem de todas as principais linhagens de peixes antes do fim do Cretáceo.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1719358115",
    doi = "10.1073/pnas.1719358115",
    openalex = "W2803572653",
    references = "doi101073pnas1206625109, doi10108010635150290069913, doi101093bioinformatics17121246, doi101093bioinformaticsbtt403, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093bioinformaticsbtu462, doi101093molbevmsm088, doi101093sysbiosys004, doi101111j109636421981tb01575x, doi101186s1286201709583, doi101371currentstol53ba26640df0ccaee75bb165c8c26288, doi101371journalpbio0030314, doi1023072412448"
}

@article{doi101016jcub201904057,
    author = "Giribet, Gonzalo e Edgecombe, Gregory D.",
    title = "A Filogenia e História Evolutiva dos Artrópodes",
    year = "2019",
    journal = "Current Biology",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.cub.2019.04.057",
    doi = "10.1016/j.cub.2019.04.057",
    openalex = "W2950592321",
    references = "doi101007s0042700600854, doi101016jasd200910002, doi101016jasd201610011, doi101016jcub201205018, doi101038nature10689, doi101038nature12520, doi101038nature14256, doi101038ncomms3485, doi101038s41467019102447, doi101073pnas1719962115, doi101093molbevmss216, doi101098rsos172206, doi101111brv12168, doi101111j10960031201200413x, doi101111j14754983201101124x, doi1011861471214812162, doi101186s1286201710887, doi1023072412988"
}

@article{doi101016jearscirev201902020,
    author = "Klompmaker, Adiël A. e Kelley, Patricia H. e Chattopadhyay, Devapriya e Clements, Jeff C. e Huntley, John Warren e Kowalewski, Michał",
    title = "Predação no registro fóssil marinho: Estudos, dados, reconhecimento, fatores ambientais e comportamento",
    year = "2019",
    journal = "Earth-Science Reviews",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.earscirev.2019.02.020",
    doi = "10.1016/j.earscirev.2019.02.020",
    openalex = "W2917611271",
    references = "doi101016001669959180043y, doi1010160195667182900416, doi101016jpalaeo200909010, doi101016jpalwor201104001, doi101016s001282520300014x, doi101080027246342011601714, doi101111j150239312002tb00062x, doi101111pala12042, doi101111pala12254, doi101146annureves10110179001551, doi101371journalpone0052200, morris1979the"
}

Compreender a heterogeneidade na riqueza de espécies entre clados estreitamente relacionados é uma questão de pesquisa fundamental em ecologia e biologia evolutiva. Múltiplas hipóteses foram propostas para interpretar tais contrastes de diversidade ao longo da árvore da vida, com a maioria dos estudos focando nas taxas de especiação para explicar as radiações evolutivas dos clados, enquanto frequentemente negligenciam as taxas de extinção. Aqui, estudamos um modelo biológico notório, exemplificado pelas relações irmãs entre tubarões-macarela (Lamniformes, 15 espécies existentes) e tubarões de fundo (Carcharhiniformes, ∼290 espécies existentes). Utilizando um conjunto de dados fóssil abrangente, descobrimos que a dinâmica de diversidade dos lamniformes oscilou seguindo ciclos repetidos de fases de radiação e fases de declínio. As fases de radiação atingiram picos de até 3 vezes a diversidade atual no início do Cretáceo Superior. Nos últimos 20 milhões de anos, o grupo declinou para sua diversidade atual. Junto com um maior risco de extinção para espécies jovens, demonstramos ainda que este padrão de declínio é provavelmente atribuído a uma combinação de fatores abióticos e bióticos, com uma extinção impulsionada pelo resfriamento (correlação negativa entre temperatura e extinção) e competição de clado com alguns tubarões de fundo. A competição de múltiplos clados sucessivamente impulsionou o desaparecimento e a substituição dos tubarões-macarela devido à incapacidade de se originarem frente ao surgimento dos tubarões de fundo, particularmente desde o Eoceno. Estes efeitos vieram de espécies carcharhiniformes ecologicamente semelhantes inibindo a diversificação de lamniformes de médio e grande porte. Estes resultados implicam que a interação entre impulsionadores abióticos e bióticos teve um papel substancial na extinção e na especiação, respectivamente, o que determina o surgimento sequencial e o declínio dos predadores de topo marinhos.

@article{doi101073pnas1902693116,
    author = "Condamine, Fabien L. e Romieu, Jules e Guinot, Guillaume",
    title = "O resfriamento climático e a competição entre clados provavelmente impulsionaram o declínio dos tubarões lamniformes",
    year = "2019",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Compreender a heterogeneidade na riqueza de espécies entre clados estreitamente relacionados é uma questão de pesquisa fundamental em ecologia e biologia evolutiva. Múltiplas hipóteses foram propostas para interpretar tais contrastes de diversidade ao longo da árvore da vida, com a maioria dos estudos focando nas taxas de especiação para explicar as radiações evolutivas dos clados, enquanto frequentemente negligenciam as taxas de extinção. Aqui, estudamos um modelo biológico notório, exemplificado pelas relações irmãs entre tubarões-macarela (Lamniformes, 15 espécies existentes) e tubarões de fundo (Carcharhiniformes, ∼290 espécies existentes). Utilizando um conjunto de dados fóssil abrangente, descobrimos que a dinâmica de diversidade dos lamniformes oscilou seguindo ciclos repetidos de fases de radiação e fases de declínio. As fases de radiação atingiram picos de até 3 vezes a diversidade atual no início do Cretáceo Superior. Nos últimos 20 milhões de anos, o grupo declinou para sua diversidade atual. Junto com um maior risco de extinção para espécies jovens, demonstramos ainda que este padrão de declínio é provavelmente atribuído a uma combinação de fatores abióticos e bióticos, com uma extinção impulsionada pelo resfriamento (correlação negativa entre temperatura e extinção) e competição de clado com alguns tubarões de fundo. A competição de múltiplos clados sucessivamente impulsionou o desaparecimento e a substituição dos tubarões-macarela devido à incapacidade de se originarem frente ao surgimento dos tubarões de fundo, particularmente desde o Eoceno. Estes efeitos vieram de espécies carcharhiniformes ecologicamente semelhantes inibindo a diversificação de lamniformes de médio e grande porte. Estes resultados implicam que a interação entre impulsionadores abióticos e bióticos teve um papel substancial na extinção e na especiação, respectivamente, o que determina o surgimento sequencial e o declínio dos predadores de topo marinhos.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1902693116",
    doi = "10.1073/pnas.1902693116",
    openalex = "W2976793806",
    references = "doi101016jearscirev200712003, doi101017s1464793104006517, doi101038nature06588, doi101038ncomms2958, doi101073pnas0603587103, doi101111brv12203, doi101126science1061967, doi101126science1116412, doi101126science1157719, doi101198016214502760047131, doi101371journalpone0185185, doi105860choice344488"
}

As filogenias grandes e escaladas no tempo são fundamentais para conectar processos evolutivos aos padrões modernos de biodiversidade. No entanto, inferir árvores filogenéticas confiáveis para milhares de espécies envolve numerosos compromissos que limitaram sua utilidade para biólogos comparativos. Para estabelecer uma escala de tempo evolutivo robusta para todas as aproximadamente 6.000 espécies vivas de mamíferos, desenvolvemos conjuntos de árvores confiáveis que capturam a incerteza da raiz à ponta na topologia e nos tempos de divergência. Nossa abordagem "esqueleto e patch" para construção de árvores aplica uma supermatriz de 31 genes recém-ensamblada a dois níveis de inferência bayesiana: (1) relações e idades do esqueleto entre linhagens principais, usando datação de nó fóssil ou datação de ponta, e (2) filogenias ao nível das espécies "patch" com grupos internos não sobrepostos que cada um correspondem a uma linhagem representativa no esqueleto. Espécies não amostradas para DNA são ou excluídas ("árvores apenas de DNA") ou imputadas dentro de restrições taxonômicas usando comprimentos de ramo extraídos de modelos locais de nascimento e morte ("árvores completas"). Juntar patches escalados no tempo aos esqueletos resulta em árvores ao nível das espécies de Mammalia extantes com todos os ramos estimados sob o mesmo framework de modelagem, facilitando assim comparações de taxas entre linhagens tão distintas quanto marsupiais e placentárias. Comparamos nossas árvores filogenéticas com estimativas anteriores da filogenia e tempos de divergência em toda a ordem dos mamíferos, encontrando que (1) as idades dos nós são amplamente concordantes entre estudos, e (2) taxas recentes (ao nível das pontas) de especiação são estimadas com mais precisão em nosso estudo do que em abordagens anteriores de "supérvores", nas quais nós não resolvidos levaram a artefatos de comprimento de ramo. Conjuntos confiáveis da história filogenética mamífera estão agora disponíveis para download em http://vertlife.org/phylosubsets, permitindo investigações de questões de longa data em biologia comparativa.

@article{doi101371journalpbio3000494,
    author = "Upham, Nathan S. e Esselstyn, Jacob A. e Jetz, Walter",
    title = "Inferindo a árvore dos mamíferos: Conjuntos de filogenias ao nível das espécies para questões em ecologia, evolução e conservação",
    year = "2019",
    journal = "PLoS Biology",
    abstract = {As filogenias grandes e escaladas no tempo são fundamentais para conectar processos evolutivos aos padrões modernos de biodiversidade. No entanto, inferir árvores filogenéticas confiáveis para milhares de espécies envolve numerosos compromissos que limitaram sua utilidade para biólogos comparativos. Para estabelecer uma escala de tempo evolutivo robusta para todas as aproximadamente 6.000 espécies vivas de mamíferos, desenvolvemos conjuntos de árvores confiáveis que capturam a incerteza da raiz à ponta na topologia e nos tempos de divergência. Nossa abordagem "esqueleto e patch" para construção de árvores aplica uma supermatriz de 31 genes recém-ensamblada a dois níveis de inferência bayesiana: (1) relações e idades do esqueleto entre linhagens principais, usando datação de nó fóssil ou datação de ponta, e (2) filogenias ao nível das espécies "patch" com grupos internos não sobrepostos que cada um correspondem a uma linhagem representativa no esqueleto. Espécies não amostradas para DNA são ou excluídas ("árvores apenas de DNA") ou imputadas dentro de restrições taxonômicas usando comprimentos de ramo extraídos de modelos locais de nascimento e morte ("árvores completas"). Juntar patches escalados no tempo aos esqueletos resulta em árvores ao nível das espécies de Mammalia extantes com todos os ramos estimados sob o mesmo framework de modelagem, facilitando assim comparações de taxas entre linhagens tão distintas quanto marsupiais e placentárias. Comparamos nossas árvores filogenéticas com estimativas anteriores da filogenia e tempos de divergência em toda a ordem dos mamíferos, encontrando que (1) as idades dos nós são amplamente concordantes entre estudos, e (2) taxas recentes (ao nível das pontas) de especiação são estimadas com mais precisão em nosso estudo do que em abordagens anteriores de "supérvores", nas quais nós não resolvidos levaram a artefatos de comprimento de ramo. Conjuntos confiáveis da história filogenética mamífera estão agora disponíveis para download em http://vertlife.org/phylosubsets, permitindo investigações de questões de longa data em biologia comparativa.},
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3000494",
    doi = "10.1371/journal.pbio.3000494",
    openalex = "W2991998196",
    references = "doi10100703064746897, doi101007s1091401693638, doi101023a1011317930838, doi101038416816a, doi101038nature05634, doi101038nature06277, doi101038nature10291, doi101038nature11631, doi101038nature22897, doi101038nature25794, doi101073pnas1319091111, doi101073pnas1519387112, doi101093acprofoso97801985670280010001, doi101093bioinformaticsbts199, doi101093jmammalgyx147, doi101093jmammalgyy179, doi101093molbevmsm193, doi101093molbevmsv037, doi101093sysbiosyr047, doi101093sysbiosyr107, doi101093sysbiosyv080, doi101098rspb20120683, doi101111evo12681, doi101126science1157704, doi101126science1211028, doi101126science1229237, doi101371journalpone0089543, doi101371journalpone0183070, doi1026879424"
}

Lamniformes (Chondrichthyes: Elasmobranchii) é um grupo de tubarões que consiste em 15 espécies existentes com uma ampla gama de diversidade morfológica. O lamniforme mais raramente capturado é Odontaspis noronhai, e muitos aspectos de sua biologia permanecem desconhecidos até hoje. Neste estudo, a anatomia esquelética de um espécime previamente descrito de O. noronhai foi examinada usando tomografia computadorizada. Os novos dados esqueléticos foram então adicionados a uma matriz de caracteres baseada em morfologia previamente publicada para conduzir uma nova análise filogenética dos Lamniformes. Nosso estudo filogenético sugere fortemente a não monofilia de Odontaspididae, que tradicionalmente consistia de Carcharias taurus, O. ferox e O. noronhai. Assim, a família Carchariidae é formalmente ressuscitada para o gênero Carcharias para separá-lo da família Odontaspididae sensu stricto para Odontaspis. A topologia geral das nossas árvores filogenéticas é semelhante à das árvores baseadas em morfologia previamente publicadas e drasticamente diferente da topologia da árvore geralmente alcançada por dados moleculares que agrupam Alopias, Megachasma, Odontaspis e Pseudocarcharias juntos como um clado separado. A discrepância topológica principal entre árvores moleculares e morfológicas pode ser atribuída a taxas não convencionalmente assíncronas entre evolução morfológica e molecular, pelo menos em certas espécies dentro dos Lamniformes, juntamente com a provável manifestação de evolução mosaica. O reconhecimento da família Carchariidae é importante para a biologia da conservação, porque a extinção de C. taurus não apenas significaria a eliminação do gênero Carcharias, mas também toda a família Carchariidae. Nosso estudo demonstra a importância da integração de informações tanto morfológicas quanto moleculares para entender a evolução dos organismos.

@article{doi101643cg18160,
    author = "Stone, Nicholas R. e Shimada, Kenshu",
    title = "Anatomia esquelética do Tubarão Areia de Olhos Grandes, Odontaspis noronhai (Lamniformes: Odontaspididae), e suas Implicações para a Filogenia, Taxonomia e Biologia da Conservação dos Lamniformes",
    year = "2019",
    journal = "Copeia",
    abstract = "Lamniformes (Chondrichthyes: Elasmobranchii) é um grupo de tubarões que consiste em 15 espécies existentes com uma ampla gama de diversidade morfológica. O lamniforme mais raramente capturado é Odontaspis noronhai, e muitos aspectos de sua biologia permanecem desconhecidos até hoje. Neste estudo, a anatomia esquelética de um espécime previamente descrito de O. noronhai foi examinada usando tomografia computadorizada. Os novos dados esqueléticos foram então adicionados a uma matriz de caracteres baseada em morfologia previamente publicada para conduzir uma nova análise filogenética dos Lamniformes. Nosso estudo filogenético sugere fortemente a não monofilia de Odontaspididae, que tradicionalmente consistia de Carcharias taurus, O. ferox e O. noronhai. Assim, a família Carchariidae é formalmente ressuscitada para o gênero Carcharias para separá-lo da família Odontaspididae sensu stricto para Odontaspis. A topologia geral das nossas árvores filogenéticas é semelhante à das árvores baseadas em morfologia previamente publicadas e drasticamente diferente da topologia da árvore geralmente alcançada por dados moleculares que agrupam Alopias, Megachasma, Odontaspis e Pseudocarcharias juntos como um clado separado. A discrepância topológica principal entre árvores moleculares e morfológicas pode ser atribuída a taxas não convencionalmente assíncronas entre evolução morfológica e molecular, pelo menos em certas espécies dentro dos Lamniformes, juntamente com a provável manifestação de evolução mosaica. O reconhecimento da família Carchariidae é importante para a biologia da conservação, porque a extinção de C. taurus não apenas significaria a eliminação do gênero Carcharias, mas também toda a família Carchariidae. Nosso estudo demonstra a importância da integração de informações tanto morfológicas quanto moleculares para entender a evolução dos organismos.",
    url = "https://doi.org/10.1643/cg-18-160",
    doi = "10.1643/cg-18-160",
    openalex = "W2986461835",
    references = "doi101002jmor10342"
}

O extenso registro fóssil de condricteios abrange mais de 400 milhões de anos e possui distribuição global. Estudos paleontológicos fornecem uma base de descrição e taxonomia para suportar investigações mais profundas em ecologia e evolução, considerando mudanças geográficas, morfológicas e funcionais ao longo do tempo com espécies não análogas e estados climáticos. Embora os dentes de condricteios sejam os mais estudados, análises de métricas de dentículos dérmicos e impressões de tecidos moles estão aumentando. Avanços metodológicos recentes em morfologia e geoquímica estão elucidando detalhes em escala fina, enquanto grandes conjuntos de dados e modelagem ecológica estão ampliando perspectivas taxonômicas, temporais e geográficas. A combinação de métricas ecológicas e modelagem com reconstrução ambiental e simulações climáticas está abrindo novos horizontes para explorar forma e função, dinâmica demográfica e estrutura de teias alimentares em ecossistemas marinhos antigos. Em última análise, as características e táxons que persistiram ou pereceram durante os muitos eventos catastróficos de perturbação na história da Terra contribuem para a paleobiologia de conservação, que é uma perspectiva muito necessária para condricteios existentes. ▪ A longevidade e abundância do registro fóssil de condricteios elucidam aspectos de histórias ecológicas, evolutivas e ambientais. ▪ Embora careçam de esqueletos mineralizados pós-cranianos, o esmaltoide dental e os dentículos dérmicos preservam exquisitamente morfologia e geoquímica. ▪ Avanços técnicos em imageamento, geoquímica e modelagem esclarecem as ligações entre forma e função em relação à fisiologia, dieta e ambiente. ▪ Esforços de conservação podem se beneficiar da perspectiva temporal e espacial da persistência de condricteios através de eventos globais de mudança passados.

@article{doi101146annurevearth040523010455,
    author = "Kim, Sora L. e Balk, Meghan A. e Sibert, Elizabeth C e Whitenack, Lisa B.",
    title = "Diving Deeper: Leveraging the Chondrichthyan Fossil Record to Investigate Environmental, Ecological, and Biological Change",
    year = "2024",
    journal = "Annual Review of Earth and Planetary Sciences",
    abstract = "O extenso registro fóssil de condricteios abrange mais de 400 milhões de anos e possui distribuição global. Estudos paleontológicos fornecem uma base de descrição e taxonomia para suportar investigações mais profundas em ecologia e evolução, considerando mudanças geográficas, morfológicas e funcionais ao longo do tempo com espécies não análogas e estados climáticos. Embora os dentes de condricteios sejam os mais estudados, análises de métricas de dentículos dérmicos e impressões de tecidos moles estão aumentando. Avanços metodológicos recentes em morfologia e geoquímica estão elucidando detalhes em escala fina, enquanto grandes conjuntos de dados e modelagem ecológica estão ampliando perspectivas taxonômicas, temporais e geográficas. A combinação de métricas ecológicas e modelagem com reconstrução ambiental e simulações climáticas está abrindo novos horizontes para explorar forma e função, dinâmica demográfica e estrutura de teias alimentares em ecossistemas marinhos antigos. Em última análise, as características e táxons que persistiram ou pereceram durante os muitos eventos catastróficos de perturbação na história da Terra contribuem para a paleobiologia de conservação, que é uma perspectiva muito necessária para condricteios existentes. ▪ A longevidade e abundância do registro fóssil de condricteios elucidam aspectos de histórias ecológicas, evolutivas e ambientais. ▪ Embora careçam de esqueletos mineralizados pós-cranianos, o esmaltoide dental e os dentículos dérmicos preservam exquisitamente morfologia e geoquímica. ▪ Avanços técnicos em imageamento, geoquímica e modelagem esclarecem as ligações entre forma e função em relação à fisiologia, dieta e ambiente. ▪ Esforços de conservação podem se beneficiar da perspectiva temporal e espacial da persistência de condricteios através de eventos globais de mudança passados.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-earth-040523-010455",
    doi = "10.1146/annurev-earth-040523-010455",
    openalex = "W4405708318",
    references = "doi101006jmsc20000724, doi101016jcub202108062, doi101093icb232347, doi101098rspb20240262, doi101126science1205106, doi101126science1239352, doi101126science1251817, doi101126science2795352860, doi101126scienceaad2622, doi101126scienceaad8745, doi107554elife00590"
}

e os parascilídeos existentes possuem uma morfologia vertebral distinta anteriormente descrita apenas em Carcharhiniformes, contribuindo com uma perspectiva esquelética para o quadro emergente das análises macroevolutivas de origens costeiras e de pequeno corpo para galeomorfos.

@article{doi101098rsos242011,
    author = "Dearden, Richard P. e Johanson, Zerina e O’Neill, Helen L. e Miles, K.J. e Bernard, Emma e Clark, Brett e Underwood, Charlie J. e Rücklin, Martin",
    title = "Fósseis tridimensionais de um tubarão tapete com gola do Cretáceo (Parascylliidae, Orectolobiformes) lançam luz sobre a evolução esquelética em galeomorfos",
    year = "2025",
    journal = "Royal Society Open Science",
    abstract = "e os parascilídeos existentes possuem uma morfologia vertebral distinta anteriormente descrita apenas em Carcharhiniformes, contribuindo com uma perspectiva esquelética para o quadro emergente das análises macroevolutivas de origens costeiras e de pequeno corpo para galeomorfos.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rsos.242011",
    doi = "10.1098/rsos.242011",
    openalex = "W4409912826",
    references = "doi101038s4155901704484, doi101093bioinformaticsbty633, doi101093sysbiosyr107, doi101093sysbiosys029, doi101093sysbiosyy032, doi101098rspb20240262, doi101126science1155674, doi101201b118674, doi101666040691, openalexw2898156694, openalexw349215600"
}