Linhas evolutivas

@article{openalexw2145250129,
    author = "Valen, Leigh Van",
    title = "A NEW EVOLUTIONARY LAW.",
    year = "1973",
    journal = "Medical Entomology and Zoology",
    openalex = "W2145250129"
}

A análise de rarefação das extinções no Permiano Superior indica que até 96 por cento de todas as espécies marinhas podem ter se extinto, forçando assim a biosfera marinha a passar por um pequeno gargalo. Com tal severidade de extinção, a eliminação acidental de certos grupos biológicos seria provável. Algumas das mudanças na composição biológica observadas na fronteira Permo-Triássica podem ser explicadas como um efeito fundador evolutivo que seguiu o gargalo.

@article{doi101126science2064415217,
    author = "Raup, David M.",
    title = "Size of the Permo-Triassic Bottleneck and Its Evolutionary Implications",
    year = "1979",
    journal = "Science",
    abstract = "Rarefaction analysis of extinctions in the Late Permian indicates that as many as 96 percent of all marine species may have died out, thus forcing the marine biosphere to pass through a small bottleneck. With such severity of extinction, chance elimination of certain biologic groups would have been probable. Some of the changes in biologic composition observed at the Permo-Triassic boundary may be explained as an evolutionary founder effect that followed the bottleneck.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.206.4415.217",
    doi = "10.1126/science.206.4415.217",
    openalex = "W2067885793",
    references = "doi101017s0094837300002633, doi101017s0094837300004917, doi101017s0094837300005972, doi101017s0094837300006539, doi101086282541, doi101086282781, doi101098rstb19250002, doi101126science17740541065, doi101126science2034379458, doi1023071934145, doi105281zenodo16226412, valentine1978a"
}

O tempo evolutivo possui uma direção característica, conforme demonstrado pela assimetria de diagramas de diversidade de clados em grandes amostras estatísticas. Grupos evolutivos geralmente concentram a diversidade durante suas histórias iniciais, produzindo uma predominância de clados com base pesada entre aqueles que surgem cedo na história de um grupo maior. Este padrão mantém-se através dos níveis taxonômicos e através das diferenças em anatomia e ecologia (invertebrados marinhos, mamíferos terrestres). O estudo quantitativo da direcionalidade na história da vida (substituindo noções vagas, não testáveis e culturalmente carregadas de "progresso") deve receber mais atenção dos paleobiologistas.

@article{doi101126science23648071437,
    author = "Gould, S J e Gilinsky, N L e German, R Z",
    title = "Asimetria de linhagens e a direção do tempo evolutivo.",
    year = "1987",
    journal = "Science (Nova York, N.Y.)",
    abstract = {O tempo evolutivo possui uma direção característica, conforme demonstrado pela assimetria de diagramas de diversidade de clados em grandes amostras estatísticas. Grupos evolutivos geralmente concentram a diversidade durante suas histórias iniciais, produzindo uma predominância de clados com base pesada entre aqueles que surgem cedo na história de um grupo maior. Este padrão mantém-se através dos níveis taxonômicos e através das diferenças em anatomia e ecologia (invertebrados marinhos, mamíferos terrestres). O estudo quantitativo da direcionalidade na história da vida (substituindo noções vagas, não testáveis e culturalmente carregadas de "progresso") deve receber mais atenção dos paleobiologistas.},
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/17793231/",
    doi = "10.1126/science.236.4807.1437",
    openalex = "W1986740993",
    pmid = "17793231",
    references = "doi101017s009483730000508x, doi101017s0094837300008186, doi101038293435a0, doi101086627905, doi101093sysbio233305, doi101126science2064415217, doi1023072412538, doi1023072694382, openalexw2754161204, openalexw659460302"
}

@misc{gould1987asymmetry1,
    author = "Gould, S. J. e Gilinsky, N. L. e German, R. Z",
    title = "Assimetria de linhagens e as direções do tempo evolutivo",
    year = "1987",
    howpublished = "Science, v. 236, p. 1437-1441",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Gould, S. J., Gilinsky, N. L., e German, R. Z., 1987, Assimetria de linhagens e as direções do tempo evolutivo: Science, v. 236, p. 1437-1441.}"
}

A disparidade é uma medida da amplitude ou significância da morfologia em uma amostra dada de organismos, ao contrário da diversidade, que é expressa em termos do número (e, às vezes, classificação) de táxons. Atualmente, não há uma definição acordada de disparidade, nem muito menos qualquer consenso sobre como medi-la. Duas categorias possíveis de métricas são consideradas aqui, uma independente de qualquer hipótese de relacionamento (fenética), e outra restrita dentro de um quadro evolutivo (cladística). A radiação cambriana inicial foi claramente um período de diversificação morfológica e taxonômica significativa. No entanto, questionamos a interpretação de seus primeiros produtos como numerosos planos corporais no nível mais alto. Quatro medidas fenéticas e duas cladísticas foram usadas para comparar a disparidade entre artrópodes cambrianos com a da fauna viva. Métodos fenéticos que avaliam a variabilidade de estados de caráter e a quantidade de espaço de atributos morfológicos ocupados produzem resultados semelhantes para artrópodes cambrianos e recentes. Avaliações de disparidade dentro de um quadro taxonômico dependem da identificação de caracteres particulares que delimitam planos corporais de nível superior. Isso requer uma interpretação filogenética, uma investigação cladística da estrutura hierárquica nos dados. Ambos os conjuntos de artrópodes pertencem aos mesmos clados principais, e dentro deste quadro cladístico, a quantidade de evolução de estados de caráter nos dois grupos é comparável. Nenhum desses métodos identifica disparidade marcadamente maior entre os cambrianos em comparação com os táxons recentes. Embora as medidas de disparidade sejam aplicadas aqui a uma consideração da radiação cambriana, as métricas claramente têm um potencial muito mais amplo para estimar tendências macroevolutivas independentemente de quadros taxonômicos existentes. A morfometria geométrica é ideal para medir a variedade morfológica em níveis taxonômicos mais baixos, mas requer o reconhecimento de pontos de referência homólogos em todas as formas em comparação, ou a identificação de estruturas homólogas inteiras. A fenética convencional tem aplicação muito mais ampla, pois pode operar em dados codificados como estados de caráter homólogos discretos (esta facilidade também é um requisito da cladística), que são uma base mais apropriada para comparar a disparidade em formas marcadamente diferentes.

@article{doi101017s009483730001263x,
    author = "Wills, Matthew A. and Briggs, Derek E. G. and Fortey, Richard A.",
    title = "Disparidade como índice evolutivo: uma comparação de artrópodes cambrianos e recentes",
    year = "1994",
    journal = "Paleobiologia",
    abstract = "A disparidade é uma medida da amplitude ou significância da morfologia em uma amostra dada de organismos, ao contrário da diversidade, que é expressa em termos do número (e, às vezes, classificação) de táxons. Atualmente, não há uma definição acordada de disparidade, nem muito menos qualquer consenso sobre como medi-la. Duas categorias possíveis de métricas são consideradas aqui, uma independente de qualquer hipótese de relacionamento (fenética), e outra restrita dentro de um quadro evolutivo (cladística). A radiação cambriana inicial foi claramente um período de diversificação morfológica e taxonômica significativa. No entanto, questionamos a interpretação de seus primeiros produtos como numerosos planos corporais no nível mais alto. Quatro medidas fenéticas e duas cladísticas foram usadas para comparar a disparidade entre artrópodes cambrianos com a da fauna viva. Métodos fenéticos que avaliam a variabilidade de estados de caráter e a quantidade de espaço de atributos morfológicos ocupados produzem resultados semelhantes para artrópodes cambrianos e recentes. Avaliações de disparidade dentro de um quadro taxonômico dependem da identificação de caracteres particulares que delimitam planos corporais de nível superior. Isso requer uma interpretação filogenética, uma investigação cladística da estrutura hierárquica nos dados. Ambos os conjuntos de artrópodes pertencem aos mesmos clados principais, e dentro deste quadro cladístico, a quantidade de evolução de estados de caráter nos dois grupos é comparável. Nenhum desses métodos identifica disparidade marcadamente maior entre os cambrianos em comparação com os táxons recentes. Embora as medidas de disparidade sejam aplicadas aqui a uma consideração da radiação cambriana, as métricas claramente têm um potencial muito mais amplo para estimar tendências macroevolutivas independentemente de quadros taxonômicos existentes. A morfometria geométrica é ideal para medir a variedade morfológica em níveis taxonômicos mais baixos, mas requer o reconhecimento de pontos de referência homólogos em todas as formas em comparação, ou a identificação de estruturas homólogas inteiras. A fenética convencional tem aplicação muito mais ampla, pois pode operar em dados codificados como estados de caráter homólogos discretos (esta facilidade também é um requisito da cladística), que são uma base mais apropriada para comparar a disparidade em formas marcadamente diferentes.",
    url = "https://doi.org/10.1017/s009483730001263x",
    doi = "10.1017/s009483730001263x",
    openalex = "W2131955742",
    references = "crossref1977chapter, doi101007bf02289565, doi101007bf02289630, doi101007bf02289694, doi101017s0094837300015864, doi101093biomet5334325, doi101098rstb19810007, doi101098rstb19830020, doi101098rstb19850005, doi101111j155856461982tb05453x, doi10113719781611970319, doi101144gsjgs14940631, doi1023072288218, doi1023072346439, doi103133ofr81743, doi105281zenodo16435756, doi105860choice273873, openalexw2754161204, openalexw2944885317"
}

As filogenias reconstruídas a partir de táxons contemporâneos não contêm informações sobre linhagens que se extinguiram. Derivamos modelos de probabilidade para tais filogenias, permitindo que dados reais sejam comparados com modelos nulos especificados de evolução, e que as taxas de nascimento e morte de linhagens sejam estimadas.

@article{doi101098rstb19940068,
    author = "Nee, Sean e May, Robert M. e Harvey, Paul",
    title = "O processo evolutivo reconstruído",
    year = "1994",
    journal = "Philosophical Transactions of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "As filogenias reconstruídas a partir de táxons contemporâneos não contêm informações sobre linhagens que se extinguiram. Derivamos modelos de probabilidade para tais filogenias, permitindo que dados reais sejam comparados com modelos nulos especificados de evolução, e que as taxas de nascimento e morte de linhagens sejam estimadas.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rstb.1994.0068",
    doi = "10.1098/rstb.1994.0068",
    openalex = "W2154552181",
    references = "doi101086627905"
}

Tendências evolutivas em grande escala podem resultar de forças impulsionadoras ou de difusão passiva em espaços delimitados. Tais tendências são mudanças direcionais persistentes em táxons superiores que abrangem períodos significativos de tempo geológico; exemplos incluem as tendências de longo prazo frequentemente citadas em tamanho, complexidade e aptidão na vida como um todo, bem como tendências em táxons supraspecíficos menores e tendências no espaço. Em uma tendência impulsionada, a média da distribuição aumenta devido a uma força (que pode se manifestar como um viés na direção da mudança) que atua sobre linhagens em todo o espaço em que ocorre a diversificação. Em um sistema passivo, não existe nenhuma força ou viés pervasivo, mas a média aumenta porque a mudança em uma direção é bloqueada por uma fronteira ou outra inhomogeneidade em alguma região limitada do espaço. Dois testes têm sido usados para distinguir esses mecanismos de tendência: (1) o teste baseado no comportamento do mínimo; e (2) o teste ancestral-descendente, baseado em comparações em uma amostra aleatória de pares ancestral-descendente que estão longe de qualquer limite inferior possível. Para distribuições assimétricas, um terceiro teste é introduzido aqui: (3) o teste de subclado, baseado na assimetria média de uma amostra de subclados extraídos da cauda de uma distribuição terminal. Com certas restrições, um sistema é impulsionado se o mínimo aumenta, se os aumentos superam significativamente as diminuições entre pares ancestral-descendente, e se a assimetria média dos subclados é significativamente positiva. Um mecanismo passivo é mais difícil de demonstrar, mas é o mecanismo mais provável se as diminuições superarem os aumentos e se a assimetria média dos subclados for negativa. Diferentemente dos outros testes, o teste de subclado não requer filogenia detalhada ou séries temporais paleontológicas, mas apenas distribuições terminais (por exemplo, modernas). Simulações de Monte Carlo da diversificação de um clado são usadas para mostrar como o teste de subclado funciona. Nos casos empíricos examinados, os três testes deram resultados concordantes, sugerindo, primeiro, que eles funcionam, e, segundo, que os mecanismos passivos e impulsionados podem corresponder a categorias naturais de causas de tendências em grande escala.

@article{doi101111j155856461994tb02211x,
    author = "McShea, Daniel W.",
    title = "MECANISMOS DE TENDÊNCIAS EVOLUCIONÁrias EM GRANDE ESCALA",
    year = "1994",
    journal = "Evolution",
    abstract = "Tendências evolutivas em grande escala podem resultar de forças impulsionadoras ou de difusão passiva em espaços delimitados. Tais tendências são mudanças direcionais persistentes em táxons superiores que abrangem períodos significativos de tempo geológico; exemplos incluem as tendências de longo prazo frequentemente citadas em tamanho, complexidade e aptidão na vida como um todo, bem como tendências em táxons supraspecíficos menores e tendências no espaço. Em uma tendência impulsionada, a média da distribuição aumenta devido a uma força (que pode se manifestar como um viés na direção da mudança) que atua sobre linhagens em todo o espaço em que ocorre a diversificação. Em um sistema passivo, não existe nenhuma força ou viés pervasivo, mas a média aumenta porque a mudança em uma direção é bloqueada por uma fronteira ou outra inhomogeneidade em alguma região limitada do espaço. Dois testes têm sido usados para distinguir esses mecanismos de tendência: (1) o teste baseado no comportamento do mínimo; e (2) o teste ancestral-descendente, baseado em comparações em uma amostra aleatória de pares ancestral-descendente que estão longe de qualquer limite inferior possível. Para distribuições assimétricas, um terceiro teste é introduzido aqui: (3) o teste de subclado, baseado na assimetria média de uma amostra de subclados extraídos da cauda de uma distribuição terminal. Com certas restrições, um sistema é impulsionado se o mínimo aumenta, se os aumentos superam significativamente as diminuições entre pares ancestral-descendente, e se a assimetria média dos subclados é significativamente positiva. Um mecanismo passivo é mais difícil de demonstrar, mas é o mecanismo mais provável se as diminuições superarem os aumentos e se a assimetria média dos subclados for negativa. Diferentemente dos outros testes, o teste de subclado não requer filogenia detalhada ou séries temporais paleontológicas, mas apenas distribuições terminais (por exemplo, modernas). Simulações de Monte Carlo da diversificação de um clado são usadas para mostrar como o teste de subclado funciona. Nos casos empíricos examinados, os três testes deram resultados concordantes, sugerindo, primeiro, que eles funcionam, e, segundo, que os mecanismos passivos e impulsionados podem corresponder a categorias naturais de causas de tendências em grande escala.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1994.tb02211.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1994.tb02211.x",
    openalex = "W1992960291",
    references = "doi101007bf00132234, doi101017s0022336000059126, doi101038365748a0, doi101111j109583121992tb00630x, doi1023072412538, doi1023073514444"
}

A hipótese de escalonamento afirma que inimigos-concorrentes, predadores e presas perigosas-são os agentes mais importantes da seleção natural entre organismos individuais, e que a adaptação e as respostas relacionadas a inimigos trouxeram tendências evolutivas de longo prazo na morfologia, comportamento e distribuição de organismos ao longo do Phanerozoico. Em contraste com esta visão de cima para baixo do papel dos organismos em determinar as direções da evolução, a hipótese de coevolução sustenta que duas espécies interagentes ou grupos de espécies mudam em resposta uma à outra. Reviso e avalio estas hipóteses à luz de críticas sobre a existência de tendências evolutivas e o papel das interações de espécies na evolução. Modelos que descrevem os efeitos evolutivos que os organismos têm uns sobre os outros têm sido baseados principalmente na dinâmica de populações e em análises de custo-benefício do resultado líquido das interações entre espécies. No entanto, as hipóteses de escalonamento e coevolução são afirmações sobre a natureza, frequência, causas e papel da seleção. Embora estes modelos tenham fornecido insights valiosos e tenham forçado algumas modificações nas hipóteses de escalonamento, estudos que buscam distinguir entre escalonamento e coevolução requerem observações empíricas e avaliações de custo-benefício dos eventos discretos de interação que coletivamente constituem a seleção causada por organismos.

@article{doi101146annureves25110194001251,
    author = "Vermeij, Geerat J.",
    title = "A INTERAÇÃO EVOLUTIVA ENTRE ESPÉCIES: Seleção, Escalonamento e Coevolução",
    year = "1994",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "A hipótese de escalonamento afirma que inimigos-concorrentes, predadores e presas perigosas-são os agentes mais importantes da seleção natural entre organismos individuais, e que a adaptação e as respostas relacionadas a inimigos trouxeram tendências evolutivas de longo prazo na morfologia, comportamento e distribuição de organismos ao longo do Phanerozoico. Em contraste com esta visão de cima para baixo do papel dos organismos em determinar as direções da evolução, a hipótese de coevolução sustenta que duas espécies interagentes ou grupos de espécies mudam em resposta uma à outra. Reviso e avalio estas hipóteses à luz de críticas sobre a existência de tendências evolutivas e o papel das interações de espécies na evolução. Modelos que descrevem os efeitos evolutivos que os organismos têm uns sobre os outros têm sido baseados principalmente na dinâmica de populações e em análises de custo-benefício do resultado líquido das interações entre espécies. No entanto, as hipóteses de escalonamento e coevolução são afirmações sobre a natureza, frequência, causas e papel da seleção. Embora estes modelos tenham fornecido insights valiosos e tenham forçado algumas modificações nas hipóteses de escalonamento, estudos que buscam distinguir entre escalonamento e coevolução requerem observações empíricas e avaliações de custo-benefício dos eventos discretos de interação que coletivamente constituem a seleção causada por organismos.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.es.25.110194.001251",
    doi = "10.1146/annurev.es.25.110194.001251",
    openalex = "W2112937332",
    references = "doi101017s0022336000059126, doi101017s0094837300011350, doi101017s0094837300012793, doi101017s0094837300013920, doi101111j155856461959tb03005x"
}

@article{doi101038374227a0,
    author = "Szathmáry, Eörs e Smith, John Maynard",
    title = "As principais transições evolutivas",
    year = "1995",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/374227a0",
    doi = "10.1038/374227a0",
    openalex = "W2058598267",
    references = "doi10100797836427811004, doi101007bf00450633, doi101007bf00623322, doi1010160022519364900384, doi101016s0022519389801699, doi101017s0140525x00081061, doi101038371215a0, doi101111j155856461995tb04464x, doi101128mr5244524841988, doi1015159781400820108, doi1015159781400858712, doi1023072063069, doi1023072576242, doi107312rens91062, openalexw2624262714"
}

Propõe-se um novo método para estimar tempos de divergência quando as taxas evolutivas variam entre linhagens. O método, chamado de suavização de taxas não paramétrica (NPRS), baseia-se na minimização de mudanças locais de taxas entre ancestrais e descendentes e é motivado pela probabilidade de que as taxas evolutivas sejam autocorrelacionadas no tempo. Informações fósseis relativas às idades mínimas e/ou máximas de nós em uma filogenia são incorporadas aos algoritmos por meio de técnicas de otimização restrita. A precisão da NPRS foi examinada por comparação com um método baseado em relógio de máxima verossimilhança em simulações computacionais. A NPRS fornece estimativas mais precisas de tempos de divergência quando (1) os comprimentos das sequências são suficientemente longos, (2) as taxas são verdadeiramente não horológicas e (3) as taxas são moderadamente a altamente autocorrelacionadas no tempo. Os algoritmos foram aplicados para estimar tempos de divergência em plantas com sementes com base em dados do gene rbcL do cloroplasto. Tanto os métodos NPRS restritos quanto não restritos tenderam a produzir estimativas de tempo de divergência mais consistentes com as evidências paleobotânicas do que as estimativas baseadas em relógio.

@article{doi101093oxfordjournalsmolbeva025731,
    author = "Sanderson, Michael J.",
    title = "A Nonparametric Approach to Estimating Divergence Times in the Absence of Rate Constancy",
    year = "1997",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "A new method for estimating divergence times when evolutionary rates are variable across lineages is proposed. The method, called nonparametric rate smoothing (NPRS), relies on minimization of ancestor-descendant local rate changes and is motivated by the likelihood that evolutionary rates are autocorrelated in time. Fossil information pertaining to minimum and/or maximum ages of nodes in a phylogeny is incorporated into the algorithms by constrained optimization techniques. The accuracy of NPRS was examined by comparison to a clock-based maximum-likelihood method in computer simulations. NPRS provides more accurate estimates of divergence times when (1) sequence lengths are sufficiently long, (2) rates are truly nonclocklike, and (3) rates are moderately to highly autocorrelated in time. The algorithms were applied to estimate divergence times in seed plants based on data from the chloroplast rbcL gene. Both constrained and unconstrained NPRS methods tended to produce divergence time estimates more consistent with paleobotanical evidence than did clock-based estimates.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a025731",
    doi = "10.1093/oxfordjournals.molbev.a025731",
    openalex = "W1964575260",
    references = "doi101007bf01797451, doi101126science2715248470, doi10113000917613198311503tdonag20co2"
}

@article{doi105860choice344488,
    title = "Paleobiologia evolutiva",
    year = "1997",
    journal = "Choice Reviews Online",
    url = "https://doi.org/10.5860/choice.34-4488",
    doi = "10.5860/choice.34-4488",
    openalex = "W4249025931"
}

@book{doi102307jctvjsf433,
    author = "Gould, Stephen Jay",
    title = "The Structure of Evolutionary Theory",
    year = "2002",
    booktitle = "Harvard University Press eBooks",
    url = "https://doi.org/10.2307/j.ctvjsf433",
    doi = "10.2307/j.ctvjsf433",
    openalex = "W4300925890"
}

@incollection{doi101007978366206278418,
    author = "Bown, Paul R. e Lees, Jackie A. e Young, J. R.",
    title = "Evolução e diversidade de nannoplâncton calcário ao longo do tempo",
    year = "2004",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-662-06278-4\_18",
    doi = "10.1007/978-3-662-06278-4\_18",
    openalex = "W138655657",
    references = "doi1010079789401149020, doi1010160011747167900654, doi1010160012825273900925, doi1010160031018291900753, doi101016s0012825200000374, doi101017cbo9780511628948, doi101017s0094837300013178, doi1010292001pa000623, doi101093oso97801985491780010001, doi101093oxfordjournalsmolbeva026092, doi101126science1059412, doi101126science23547931156, doi101126science23648071437, doi101130spe332, doi101144gsjgs15420265, doi102110pec95040129, doi1023073515466, doi102687999013, gould1987asymmetry"
}

@article{doi101016jtree200702010,
    author = "Després, Laurence e David, Jean‐Philippe e Gallet, Christiane",
    title = "A ecologia evolutiva da resistência de insetos a produtos químicos vegetais",
    year = "2007",
    journal = "Trends in Ecology \& Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.tree.2007.02.010",
    doi = "10.1016/j.tree.2007.02.010",
    openalex = "W2029436323",
    references = "doi101016s0378111900005333, doi101111j13652583200400529x, doi101146annurevento47091201145121"
}

Este software de código aberto é escrito inteiramente na linguagem R e está disponível gratuitamente através da Comprehensive R Archive Network (CRAN) em http://cran.r-project.org/.

@article{doi101093bioinformaticsbtm538,
    author = "Harmon, Luke J. e Weir, Jason T. e Brock, Chad D. e Glor, Richard E. e Challenger, Wendell",
    title = "GEIGER: investigando radiações evolutivas",
    year = "2007",
    journal = "Bioinformatics",
    abstract = "Este software de código aberto é escrito inteiramente na linguagem R e está disponível gratuitamente através da Comprehensive R Archive Network (CRAN) em http://cran.r-project.org/.",
    url = "https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm538",
    doi = "10.1093/bioinformatics/btm538",
    openalex = "W2117368100",
    references = "doi10103844766, doi101093oso97801985052350010001, doi101111j001438202001tb00826x"
}

A pesca seletiva por tamanho, onde os indivíduos grandes de uma espécie específica são preferencialmente capturados, é comum tanto em habitats marinhos quanto terrestres. A remoção preferencial de indivíduos maiores de uma espécie demonstrou ter um efeito negativo sobre sua demografia, história de vida e ecologia, e estudos empíricos estão cada vez mais documentando tais impactos. No entanto, determinar se as mudanças observadas representam uma resposta evolutiva ou plasticidade fenotípica continua sendo um desafio. Além disso, o problema não é reconhecido na maioria dos planos de gestão para peixes e invertebrados marinhos que ainda exigem uma restrição de tamanho mínimo. Utilizamos exemplos de habitats aquáticos e terrestres para ilustrar algumas das consequências biológicas da pesca seletiva por tamanho e discutir possíveis direções futuras de pesquisa, bem como mudanças na política de gestão necessárias para mitigar seus impactos biológicos negativos.

@article{doi101111j1365294x200703522x,
    author = "Fenberg, Phillip B. e Roy, Kaustuv",
    title = "Consequências ecológicas e evolutivas da pesca seletiva por tamanho: o quanto sabemos?",
    year = "2007",
    journal = "Molecular Ecology",
    abstract = "A pesca seletiva por tamanho, onde os indivíduos grandes de uma espécie específica são preferencialmente capturados, é comum tanto em habitats marinhos quanto terrestres. A remoção preferencial de indivíduos maiores de uma espécie demonstrou ter um efeito negativo sobre sua demografia, história de vida e ecologia, e estudos empíricos estão cada vez mais documentando tais impactos. No entanto, determinar se as mudanças observadas representam uma resposta evolutiva ou plasticidade fenotípica continua sendo um desafio. Além disso, o problema não é reconhecido na maioria dos planos de gestão para peixes e invertebrados marinhos que ainda exigem uma restrição de tamanho mínimo. Utilizamos exemplos de habitats aquáticos e terrestres para ilustrar algumas das consequências biológicas da pesca seletiva por tamanho e discutir possíveis direções futuras de pesquisa, bem como mudanças na política de gestão necessárias para mitigar seus impactos biológicos negativos.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-294x.2007.03522.x",
    doi = "10.1111/j.1365-294x.2007.03522.x",
    openalex = "W2139419519",
    references = "doi101017s0022336000059126"
}

A evolução pode ser dominada por fatores bióticos, como no modelo da Rainha Vermelha, ou por fatores abióticos, como no modelo do Palhaço do Tribunal, ou por uma mistura de ambos. Os dois modelos parecem operar predominantemente em escalas geográficas e temporais diferentes: a competição, a predação e outros fatores bióticos moldam ecossistemas localmente e em intervalos de tempo curtos, mas fatores extrínsecos, como o clima e eventos oceanográficos e tectônicos, moldam padrões em larga escala regional e globalmente, ao longo de milhares e milhões de anos. Estudos paleobiológicos sugerem que a diversidade de espécies é impulsionada em grande parte por fatores abióticos, como clima, paisagem ou suprimento de alimentos, e abordagens filogenéticas comparativas oferecem novas perspectivas sobre a dinâmica de clados.

@article{doi101126science1157719,
    author = "Benton, Michael J.",
    title = "A Rainha Vermelha e o Palhaço do Tribunal: Diversidade de Espécies e o Papel de Fatores Bióticos e Abióticos ao Longo do Tempo",
    year = "2009",
    journal = "Science",
    abstract = "A evolução pode ser dominada por fatores bióticos, como no modelo da Rainha Vermelha, ou por fatores abióticos, como no modelo do Palhaço do Tribunal, ou por uma mistura de ambos. Os dois modelos parecem operar predominantemente em escalas geográficas e temporais diferentes: a competição, a predação e outros fatores bióticos moldam ecossistemas localmente e em intervalos de tempo curtos, mas fatores extrínsecos, como o clima e eventos oceanográficos e tectônicos, moldam padrões em larga escala regional e globalmente, ao longo de milhares e milhões de anos. Estudos paleobiológicos sugerem que a diversidade de espécies é impulsionada em grande parte por fatores abióticos, como clima, paisagem ou suprimento de alimentos, e abordagens filogenéticas comparativas oferecem novas perspectivas sobre a dinâmica de clados.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1157719",
    doi = "10.1126/science.1157719",
    openalex = "W2092302011",
    references = "doi101017s0094837300008186, doi101073pnas092150999, doi101098rspb20080715, doi101111j14754983200600611x, doi101111j14754983200600612x, doi101111j15585646200800317x, doi101126science1130880, doi101126science1156963, doi101126science1161833, doi101126science7701342, doi1016710272463420010210172dteotr20co2"
}

@article{doi101007s1169201693890,
    author = "Gontier, Nathalie",
    title = "Introdução ao Editorial de Convidado: Padrões Evolutivos Convergentes na Vida e na Cultura",
    year = "2016",
    journal = "Evolutionary Biology",
    url = "https://doi.org/10.1007/s11692-016-9389-0",
    doi = "10.1007/s11692-016-9389-0",
    openalex = "W2531608350",
    references = "doi10100797833191504517"
}

Matrizes de caracteres-taxon discretos estão cada vez mais sendo utilizadas na tentativa de compreender o padrão e o ritmo da evolução morfológica; no entanto, o refinamento metodológico e as implementações de software personalizadas têm ficado para trás. No presente estudo, faz-se uma tentativa de fornecer uma descrição de ponta das metodologias e introduzir um novo pacote R (Claddis) para realizar cálculos fundamentais de disparidade (diversidade morfológica) e taxa. Simulações usando suas funções principais mostram que: (1) das duas métricas de distância mais comumente utilizadas (Distância Euclidiana Generalizada e Coeficiente de Gower), esta última tende a preservar mais do sinal verdadeiro; (2) uma nova métrica de distância pode melhorar ainda mais a retenção do sinal; (3) essa retenção do sinal pode vir ao custo de eliminar táxons incompletos do conjunto de dados; e (4) a utilidade de gráficos bivariados de espaços de ordenação é minada por suas frequentemente extremamente baixas variâncias. Por contraste, os desafios para estimar o ritmo morfológico são apresentados qualitativamente, como a forma como as árvores são escalonadas no tempo e como as mudanças são contadas. Tanto a disparidade quanto as taxas merecem abordagens de séries temporais melhores que poderiam desbloquear novas análises macroevolutivas. No entanto, esses desafios não precisam ser fatais, e várias soluções e direções potenciais para o futuro são sugeridas.

@article{doi101111bij12746,
    author = "Lloyd, Graeme T.",
    title = "Estimando a diversidade morfológica e o ritmo com matrizes de caracteres-taxon discretos: implementação, desafios, progresso e direções futuras",
    year = "2016",
    journal = "Biological Journal of the Linnean Society",
    abstract = "Matrizes de caracteres-taxon discretos estão cada vez mais sendo utilizadas na tentativa de compreender o padrão e o ritmo da evolução morfológica; no entanto, o refinamento metodológico e as implementações de software personalizadas têm ficado para trás. No presente estudo, faz-se uma tentativa de fornecer uma descrição de ponta das metodologias e introduzir um novo pacote R (Claddis) para realizar cálculos fundamentais de disparidade (diversidade morfológica) e taxa. Simulações usando suas funções principais mostram que: (1) das duas métricas de distância mais comumente utilizadas (Distância Euclidiana Generalizada e Coeficiente de Gower), esta última tende a preservar mais do sinal verdadeiro; (2) uma nova métrica de distância pode melhorar ainda mais a retenção do sinal; (3) essa retenção do sinal pode vir ao custo de eliminar táxons incompletos do conjunto de dados; e (4) a utilidade de gráficos bivariados de espaços de ordenação é minada por suas frequentemente extremamente baixas variâncias. Por contraste, os desafios para estimar o ritmo morfológico são apresentados qualitativamente, como a forma como as árvores são escalonadas no tempo e como as mudanças são contadas. Tanto a disparidade quanto as taxas merecem abordagens de séries temporais melhores que poderiam desbloquear novas análises macroevolutivas. No entanto, esses desafios não precisam ser fatais, e várias soluções e direções potenciais para o futuro são sugeridas.",
    url = "https://doi.org/10.1111/bij.12746",
    doi = "10.1111/bij.12746",
    openalex = "W2280099985",
    references = "doi101016jcub201408034, doi101073pnas1302642110, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093biomet5234591, doi101093sysbio204406, doi101111brv12038, doi101111j10960031200800217x, doi101111j10963642200900571x, doi101111j2041210x201100169x, doi101111j2041210x201200223x, doi101111j251761611995tb02031x, doi101111pala12142, doi101126science1252243, doi101371journalpcbi1003537, doi101666009483731999251mditer20co2, doi1018637jssv022i04, doi1023072412116, doi102992014590582006371pon20co2, openalexw3217097258, openalexw586972754"
}

@article{doi101038nature21074,
    author = "Cooney, Christopher R. e Bright, Jen A. e Capp, Elliot J. R. e Chira, Angela M. e Hughes, Emma C. e Moody, Christopher J. e Nouri, L. O. e Varley, Zoë K. e Thomas, Gavin H.",
    title = "Dinâmicas mega-evolutivas da radiação adaptativa de aves",
    year = "2017",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature21074",
    doi = "10.1038/nature21074",
    openalex = "W2585565608",
    references = "doi10100703064746897, doi101016c20100662092, doi101016jcub201508003, doi101038nature10516, doi101038nature11631, doi101038nature15697, doi101073pnas1302642110, doi101093molbevmss075, doi1011112041210x12035, doi101111j2041210x201100169x, doi101126science1157704, doi101126science1160662, doi1018637jssv033i02, doi105860choice485062"
}

@incollection{doi101007978331972478230,
    author = "Gontier, Nathalie",
    title = "Sobre Como a Epistemologia e a Ontologia Convergem Através da Evolução: A Abordagem Epistemológica Evolutiva Aplicada",
    year = "2018",
    booktitle = "«The» «frontiers collection»,
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-319-72478-2\_30",
    doi = "10.1007/978-3-319-72478-2\_30",
    openalex = "W2789395182",
    references = "doi10100797833191504517"
}

Borboletas e mariposas (Lepidoptera) são uma das principais superradiações de insetos, compreendendo quase 160.000 espécies descritas existentes. Como herbívoros, polinizadores e presas, os Lepidoptera desempenham um papel fundamental em quase todos os ecossistemas terrestres. Os Lepidoptera também são indicadores de mudanças ambientais e servem como modelos para pesquisas sobre mimetismo e genética. Eles foram centrais para o desenvolvimento de hipóteses coevolutivas, como borboletas com plantas com flores e a corrida armamentista evolutiva das mariposas com morcegos ecolocalizadores. No entanto, essas hipóteses não foram rigorosamente testadas, porque falta uma filogenia robusta de lepidópteros e o momento de novidades evolutivas. Para abordar essas questões, inferimos uma filogenia abrangente dos Lepidoptera, usando o maior conjunto de dados montado para a ordem (2.098 genes codificadores de proteínas ortólogos de transcriptomas de 186 espécies, representando quase todas as superfamílias), e datamos com fósseis baseados em sinapomorfias cuidadosamente avaliados. Os membros mais antigos do grupo coroa dos Lepidoptera apareceram no Carbonífero Superior (∼300 Ma) e alimentaram-se de plantas terrestres não vasculares. Os Lepidoptera evoluíram a probóscide tubular no Triássico Médio (∼241 Ma), o que lhes permitiu adquirir néctar de plantas com flores. Essa inovação morfológica, juntamente com outras características, provavelmente promoveu a extraordinária diversificação dos grupos coroa de lepidópteros no nível da superfamília. O ancestral das borboletas provavelmente era noturno, e nossos resultados indicam que as borboletas tornaram-se diurnas no Cretáceo Superior (∼98 Ma). Os órgãos auditivos das mariposas surgiram várias vezes antes da corrida armamentista evolutiva entre mariposas e morcegos, talvez inicialmente detectando uma ampla faixa de frequências sonoras antes de serem cooptados para detectar especificamente o sonar de morcegos. Nosso estudo fornece uma estrutura essencial para futuros estudos comparativos sobre a evolução de borboletas e mariposas.

@article{doi101073pnas1907847116,
    author = "Kawahara, Akito Y. e Plotkin, David e Espeland, Marianne e Meusemann, Karen e Toussaint, Emmanuel F. A. e Donath, Alexander e Gimnich, France e Frandsen, Paul B. e Zwick, Andreas e dos Reis, Mario e Barber, Jesse R. e Peters, Ralph S. e Liu, Shanlin e Zhou, Xin e Mayer, Christoph e Podsiadłowski, Lars e Storer, Caroline e Yack, Jayne E. e Misof, Bernhard e Breinholt, Jesse W.",
    title = "Phylogenomics revela o momento evolutivo e o padrão de borboletas e mariposas",
    year = "2019",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Borboletas e mariposas (Lepidoptera) são uma das principais superradiações de insetos, compreendendo quase 160.000 espécies descritas existentes. Como herbívoros, polinizadores e presas, os Lepidoptera desempenham um papel fundamental em quase todos os ecossistemas terrestres. Os Lepidoptera também são indicadores de mudanças ambientais e servem como modelos para pesquisas sobre mimetismo e genética. Eles foram centrais para o desenvolvimento de hipóteses coevolutivas, como borboletas com plantas com flores e a corrida armamentista evolutiva das mariposas com morcegos ecolocalizadores. No entanto, essas hipóteses não foram rigorosamente testadas, porque falta uma filogenia robusta de lepidópteros e o momento de novidades evolutivas. Para abordar essas questões, inferimos uma filogenia abrangente dos Lepidoptera, usando o maior conjunto de dados montado para a ordem (2.098 genes codificadores de proteínas ortólogos de transcriptomas de 186 espécies, representando quase todas as superfamílias), e datamos com fósseis baseados em sinapomorfias cuidadosamente avaliados. Os membros mais antigos do grupo coroa dos Lepidoptera apareceram no Carbonífero Superior (∼300 Ma) e alimentaram-se de plantas terrestres não vasculares. Os Lepidoptera evoluíram a probóscide tubular no Triássico Médio (∼241 Ma), o que lhes permitiu adquirir néctar de plantas com flores. Essa inovação morfológica, juntamente com outras características, provavelmente promoveu a extraordinária diversificação dos grupos coroa de lepidópteros no nível da superfamília. O ancestral das borboletas provavelmente era noturno, e nossos resultados indicam que as borboletas tornaram-se diurnas no Cretáceo Superior (∼98 Ma). Os órgãos auditivos das mariposas surgiram várias vezes antes da corrida armamentista evolutiva entre mariposas e morcegos, talvez inicialmente detectando uma ampla faixa de frequências sonoras antes de serem cooptados para detectar especificamente o sonar de morcegos. Nosso estudo fornece uma estrutura essencial para futuros estudos comparativos sobre a evolução de borboletas e mariposas.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1907847116",
    doi = "10.1073/pnas.1907847116",
    openalex = "W2982062771",
    references = "doi101073pnas1213621109, doi101093bioinformaticsbtu033, doi101093molbevmsm088, doi101093molbevmst010, doi101093molbevmsu300, doi101093molbevmsw260, doi101093molbevmsx281, doi101093nargkl315, doi101093sysbiosyq010, doi101098rspb20120683, doi101111evo12681, doi101111j155856461964tb01674x, doi101111j2041210x201100169x, doi101186s128590182129y"
}

O método comparativo tem sido, há muito tempo, uma ferramenta exploratória fundamental na biologia evolutiva, mas essa venerável abordagem foi revolucionada em 1985, quando Felsenstein publicou "Filogenias e o Método Comparativo" no The American Naturalist. Este artigo forçou biólogos comparativos a começar a pensar filogeneticamente ao realizar análises estatísticas da evolução de traços correlacionados, em vez de simplesmente aplicar métodos estatísticos convencionais que ignoram as relações evolutivas. Ele o fez ao introduzir um novo método analítico (contrastes "independentes" filogeneticamente) que exigia uma topologia filogenética com comprimentos de ramos e que assumia um modelo de movimento browniano da evolução de traços. Os contrastes independentes permitiram aos biólogos comparativos evitar o dilema estatístico da não-independência dos valores das espécies, decorrente da ancestralidade compartilhada, mas vieram ao custo de precisar de uma filogenia detalhada e de aceitar um modelo específico de mudança de caráter. No entanto, este artigo não apenas revitalizou a biologia comparativa, mas até mesmo encorajou estudos destinados a estimar filogenias. A declaração caracteristicamente lúcida e concisa do problema por Felsenstein (ilustrada com gráficos poderosos), combinada com uma crescente inundação de novos dados moleculares e técnicas para estimar filogenias, levou o artigo de 1985 de Felsenstein a se tornar o segundo artigo mais citado na história desta revista. Aqui, apresentamos uma revisão pessoal da biologia comparativa antes, durante e após o artigo de Joe. Para contexto histórico, anexamos uma perspectiva escrita por Joe mesmo, que descreve como seu artigo evoluiu, transcrições não editadas de revisões de seu manuscrito submetido e um guia para alguns cálculos não triviais. Esses materiais adicionais ajudam a enfatizar que o processo da ciência nem sempre ocorre gradualmente ou previsivelmente.

@article{doi101086703055,
    author = "Huey, Raymond B. e Garland, Theodore e Turelli, Michael",
    title = "Revisitando uma Inovação Chave na Biologia Evolutiva: Felsenstein's \"Filogenias e o Método Comparativo\"",
    year = "2019",
    journal = "The American Naturalist",
    abstract = {O método comparativo tem sido, há muito tempo, uma ferramenta exploratória fundamental na biologia evolutiva, mas essa venerável abordagem foi revolucionada em 1985, quando Felsenstein publicou "Filogenias e o Método Comparativo" no The American Naturalist. Este artigo forçou biólogos comparativos a começar a pensar filogeneticamente ao realizar análises estatísticas da evolução de traços correlacionados, em vez de simplesmente aplicar métodos estatísticos convencionais que ignoram as relações evolutivas. Ele o fez ao introduzir um novo método analítico (contrastes "independentes" filogeneticamente) que exigia uma topologia filogenética com comprimentos de ramos e que assumia um modelo de movimento browniano da evolução de traços. Os contrastes independentes permitiram aos biólogos comparativos evitar o dilema estatístico da não-independência dos valores das espécies, decorrente da ancestralidade compartilhada, mas vieram ao custo de precisar de uma filogenia detalhada e de aceitar um modelo específico de mudança de caráter. No entanto, este artigo não apenas revitalizou a biologia comparativa, mas até mesmo encorajou estudos destinados a estimar filogenias. A declaração caracteristicamente lúcida e concisa do problema por Felsenstein (ilustrada com gráficos poderosos), combinada com uma crescente inundação de novos dados moleculares e técnicas para estimar filogenias, levou o artigo de 1985 de Felsenstein a se tornar o segundo artigo mais citado na história desta revista. Aqui, apresentamos uma revisão pessoal da biologia comparativa antes, durante e após o artigo de Joe. Para contexto histórico, anexamos uma perspectiva escrita por Joe mesmo, que descreve como seu artigo evoluiu, transcrições não editadas de revisões de seu manuscrito submetido e um guia para alguns cálculos não triviais. Esses materiais adicionais ajudam a enfatizar que o processo da ciência nem sempre ocorre gradualmente ou previsivelmente.},
    url = "https://doi.org/10.1086/703055",
    doi = "10.1086/703055",
    openalex = "W2933507162",
    references = "doi101073pnas0704088104, doi101086660020, doi101086physzool67430163866, doi101093sysbiosyy031, doi101242jeb01745"
}