Macromoléculas

@article{fox1959review1,
    author = "Fox, S. W",
    title = "Revisão do livro The Biological Replication of Macromolecules",
    year = "1959",
    journal = "Journal of Chemical Education, v. 36, p. 706A",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Fox, S. W., 1959, Review of the book The Biological Replication of Macromolecules: Journal of Chemical Education, v. 36, p. 706A.}"
}

@article{doi101007bf01659185,
    author = "Fox, Sidney W.",
    title = "Origens da informação biológica e do código genético",
    year = "1974",
    journal = "Bioquímica Molecular e Celular",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf01659185",
    doi = "10.1007/bf01659185",
    openalex = "W2036713118",
    references = "doi101351pac197334030641"
}

@inproceedings{minakata1974dielectric,
    author = "Minakata, Akira e Takashima, Shiro",
    title = "Comportamento dielétrico de macromoléculas biológicas",
    year = "1974",
    booktitle = "Resumo da Literatura sobre Dielétricos Volume 38 1974",
    url = "https://doi.org/10.1109/dld.1974.7739039",
    doi = "10.1109/dld.1974.7739039",
    openalex = "W2556659871",
    pages = "661-674",
    references = "doi101002bip1970360090606, doi101002bip1974360130702, doi101007978940102185217, doi101007bf01381691, doi1010160006291x75903332, doi1010160301462274800475, doi1010160301462274800487, doi101016s0006349575857973, doi10108000222739197211688843, doi101109tbme1974324293"
}

A evolução da virulência parasitária e a origem de genomas cooperativos em células primitivas são ambos problemas que equilibram interações cooperativas e competitivas entre simbiontes. Analiso o compromisso entre três traços correlacionados: competitividade contra outros genótipos por recursos dentro dos hospedeiros (protocélulas), dano ao hospedeiro (virulência) e taxa de transmissão horizontal de um hospedeiro para outro. Todos os três componentes do histórico de vida são fortemente influenciados pela seleção de parentesco. Por exemplo, quando a parentesco genético dentro dos hospedeiros é alto, cada genótipo compete por recursos com genótipos geneticamente relacionados. Esta competição entre parentes favorece a transmissão horizontal aumentada para colonizar novos hospedeiros e competir contra não-parentes. Minha análise mostra que muitos aspectos da evolução parasitária e de protocélulas devem ser estudados com as ferramentas teóricas da evolução social. Discuto extensões que são necessárias para uma teoria geral de simbiose.

@article{doi101098rspb19940156,
    author = "Frank, Steven A.",
    title = "Seleção de parentesco e virulência na evolução de protocélulas e parasitas",
    year = "1994",
    journal = "Proceedings of the Royal Society B Biological Sciences",
    abstract = "A evolução da virulência parasitária e a origem de genomas cooperativos em células primitivas são ambos problemas que equilibram interações cooperativas e competitivas entre simbiontes. Analiso o compromisso entre três traços correlacionados: competitividade contra outros genótipos por recursos dentro dos hospedeiros (protocélulas), dano ao hospedeiro (virulência) e taxa de transmissão horizontal de um hospedeiro para outro. Todos os três componentes do histórico de vida são fortemente influenciados pela seleção de parentesco. Por exemplo, quando a parentesco genético dentro dos hospedeiros é alto, cada genótipo compete por recursos com genótipos geneticamente relacionados. Esta competição entre parentes favorece a transmissão horizontal aumentada para colonizar novos hospedeiros e competir contra não-parentes. Minha análise mostra que muitos aspectos da evolução parasitária e de protocélulas devem ser estudados com as ferramentas teóricas da evolução social. Discuto extensões que são necessárias para uma teoria geral de simbiose.",
    url = "https://doi.org/10.1098/rspb.1994.0156",
    doi = "10.1098/rspb.1994.0156",
    openalex = "W1990689735"
}

@article{doi101007bf00700418,
    author = "Fox, Sidney W. e Bahn, Peter e Dose, Klaus e Harada, Kaoru e Hsu, Laura e Ishima, Yoshio e Jungck, John R. e Kendrick, Jean e Krampitz, Gottfried e Lacey, James C. e Matsuno, Koichiro e Melius, Paul e Middlebrook, Mavis e Nakashima, Tadayoshi e Pappelis, A. J. e Pol, Alexander e Rohlfing, Duane L. e Vegotsky, Allen e Waehneldt, Thomas V. e Wax, Harry e Yu, Bi",
    title = "Experimental retracement of the origins of a protocell",
    year = "1995",
    journal = "Journal of Biological Physics",
    url = "https://doi.org/10.1007/bf00700418",
    doi = "10.1007/bf00700418",
    openalex = "W3003518638",
    references = "doi101007978364277211512, doi1010160303264781900046"
}

A compartimentalização de reações bioquímicas primitivas dentro de micro-gotas de água delimitadas por membranas é considerada um passo essencial na origem da vida. Na ausência de maquinaria bioquímica complexa, os precursores hipotéticos das primeiras células biológicas (protocélulas) dependeriam da auto-organização de seus componentes e das condições físico-químicas do ambiente para atingir um nível básico de autonomia e viabilidade evolutiva. Muitos pesquisadores consideram a auto-organização de moléculas lipídicas e de ácidos graxos em vesículas bicamadas como uma forma simples de compartimentalização baseada em membrana que pode ser desenvolvida para o desenho experimental e construção de modelos plausíveis de protocélulas. Neste resumo tutorial, destacamos alguns dos avanços recentes e questões concernentes à construção de sistemas simples semelhantes a células em laboratório. Superar muitos dos atuais desafios científicos deve levar a novos tipos de bio-reatores químicos e entidades artificiais semelhantes a células, e trazer novas insights sobre as possíveis vias responsáveis pela origem da vida.

@article{doi101039c1cs15211d,
    author = "Dzieciol, Alicja J. and Mann, Stephen",
    title = "Designs for life: protocell models in the laboratory",
    year = "2011",
    journal = "Chemical Society Reviews",
    abstract = "Compartmentalization of primitive biochemical reactions within membrane-bound water micro-droplets is considered an essential step in the origin of life. In the absence of complex biochemical machinery, the hypothetical precursors to the first biological cells (protocells) would be dependent on the self-organization of their components and physicochemical conditions of the environment to attain a basic level of autonomy and evolutionary viability. Many researchers consider the self-organization of lipid and fatty acid molecules into bilayer vesicles as a simple form of membrane-based compartmentalization that can be developed for the experimental design and construction of plausible protocell models. In this tutorial review, we highlight some of the recent advances and issues concerning the construction of simple cell-like systems in the laboratory. Overcoming many of the current scientific challenges should lead to new types of chemical bio-reactors and artificial cell-like entities, and bring new insights concerning the possible pathways responsible for the origin of life.",
    url = "https://doi.org/10.1039/c1cs15211d",
    doi = "10.1039/c1cs15211d",
    openalex = "W2132859930",
    references = "doi101002jcp1040730108, doi1010160005273677900992, doi101038319618a0, doi10103835053176, doi101038nature07018, doi101073pnas0408236101, doi101101cshperspecta002170, doi101126science1089904, doi101126science2705235397, doi1012019780203833445, doi105860choice421295"
}

@article{doi101007s1108401292914,
    author = "Melkikh, Alexey V. e Chesnokova, Oksana I.",
    title = "Origem do Movimento Direcionado de Protocélulas nas Primeiras Etapas da Evolução da Vida",
    year = "2012",
    journal = "Origins of Life and Evolution of Biospheres",
    url = "https://doi.org/10.1007/s11084-012-9291-4",
    doi = "10.1007/s11084-012-9291-4",
    openalex = "W2024995725",
    references = "doi101007s1108400891390"
}

Propomos uma hipótese de um algoritmo matemático para frequências quânticas coerentes que criam estabilidade da ordem biológica. O conceito baseia-se em uma extensa revisão da literatura, compreendendo 175 artigos de 1950 a 2015, que tratam dos efeitos da radiação eletromagnética em sistemas de vida in vitro e in vivo, indicando que frequências discretas coerentes típicas de ondas eletromagnéticas são capazes de estabilizar células, enquanto outras causam uma clara desestabilização. Encontramos apoio para a hipótese de H. FrA¶hlich, de que um conjunto de osciladores acionados se condensa em uma ampla faixa de energia, podendo ativar um modo vibracional em organismos vivos à temperatura ambiente. Tendo em conta as frequências sustentadoras da vida, extraídas da literatura, foi inferido um algoritmo de frequências coerentes de ondas estacionárias para a estabilidade da ordem biológica. Interessantemente, descobrimos que a origem do particular algoritmo biológico pode ser abordada matematicamente por uma escala ‘pitagórica temperada’ selecionada. O algoritmo expressa equações de onda unidimensionais conhecidas para cordas vibrantes e fornece uma resposta à pergunta de SchrA¶dinger: como resolver o 'problema dos pequenos números': a noção de que os sistemas de vida contêm informação interna insuficiente para explicar sua complexidade integral de vida. Este particular algoritmo foi verificado em relação a várias frequências de ondas eletromagnéticas, como aplicadas nos estudos biológicos independentes acima mencionados, além do registro de uma faixa de 23 ressonâncias quânticas diferentes medidas emitidas por um mineral silicatado inorgânico selecionado, que é capaz de catalisar a oligomerização do RNA. A origem do algoritmo biológico foi condensada em uma expressão matemática, na qual todas as frequências se aproximam apenas de razões de 1:2 e 2:3. Ondas eletromagnéticas com frequências discretas, descritas por este algoritmo, são capazes de estabilizar e até melhorar a qualidade de vida das células, enquanto frequências, exatamente entre frequências distintas do algoritmo, são capazes de desestabilizar ou até mesmo interromper células. Um silicato selecionado, conhecido como candidato catalisador para a promoção da síntese de RNA e como replicador quântico, cumpre plenamente este algoritmo. Replicadores quânticos de silicato, potencialmente, podem ter sido instrumentos na iniciação da primeira vida na borda da evolução biológica pré-biótica. Nosso modelo mostra que, na escala quântica, uma ordem subjacente pode ter estado presente, que foi um pré-requisito para a iniciação da primeira vida. Dinâmicas de infravermelho distante, reminiscentes de superfluidos coerentes não relativísticos em 3+1 dimensões, podem ter desempenhado um papel. Finalmente, abordamos a questão de como os campos eletromagnéticos identificados podem influenciar sistemas neurais em geral e a consciência humana (auto) em particular.

@article{doi1014704nq2016141911,
    author = "Geesink, Hans J. H. and Meijer, Dirk K. F.",
    title = "Informação de Onda Quântica da Vida Revelada: Um Algoritmo para Frequências Eletromagnéticas que Criam Estabilidade da Ordem Biológica, com Implicações para a Função Cerebral e Consciência",
    year = "2016",
    journal = "NeuroQuantology",
    abstract = "Propomos uma hipótese de um algoritmo matemático para frequências quânticas coerentes que criam estabilidade da ordem biológica. O conceito é baseado em uma extensa revisão da literatura, compreendendo 175 artigos de 1950 a 2015, lidando com efeitos de radiação eletromagnética em sistemas de vida in vitro e in vivo, indicando que frequências discretas coerentes típicas de ondas eletromagnéticas são capazes de estabilizar células, enquanto outras causam uma clara desestabilização. Encontramos suporte para a hipótese de H. Fröhlich, de que um conjunto de osciladores acionados se condensa em uma ampla faixa de energia, podendo ativar um modo vibracional em organismos vivos à temperatura ambiente. Tendo em conta as frequências sustentadoras da vida, extraídas da literatura, um algoritmo de frequências coerentes de ondas estacionárias para a estabilidade da ordem biológica foi inferido. Interessantemente, descobrimos que a origem do particular algoritmo biológico pode ser abordada matematicamente por uma escala ‘pitagórica temperada’ selecionada. O algoritmo expressa equações de onda unidimensionais conhecidas para cordas vibrantes e fornece uma resposta à pergunta de Schrödinger: como resolver o ‘problema dos pequenos números’: a noção de que sistemas de vida contêm informação interna insuficiente para explicar sua complexidade integral de vida. Este particular algoritmo foi verificado em relação a várias frequências de ondas eletromagnéticas, como aplicadas nos estudos biológicos independentes acima mencionados, além do registro de uma faixa de 23 diferentes ressonâncias quânticas medidas emitidas por um mineral silicatado inorgânico selecionado, que é capaz de catalisar a oligomerização de RNA. A origem do algoritmo biológico foi condensada em uma expressão matemática, na qual todas as frequências se aproximam apenas de razões de 1:2 e 2:3. Ondas eletromagnéticas com frequências discretas, descritas por este algoritmo, são capazes de estabilizar e até melhorar a qualidade de vida das células, enquanto frequências, exatamente entre frequências distintas do algoritmo, são capazes de desestabilizar ou até mesmo interromper células. Um silicato selecionado, conhecido como candidato catalisador para a promoção da síntese de RNA e como replicador quântico, cumpre plenamente este algoritmo. Replicadores quânticos de silicato, potencialmente, podem ter sido instrumentais na iniciação da primeira vida na borda da evolução biológica pré-biótica. Nosso modelo mostra que, na escala quântica, uma ordem subjacente pode ter estado presente, que foi um pré-requisito para a iniciação da primeira vida. Dinâmicas de infravermelho distante, reminiscentes de superfluidos coerentes não relativísticos em 3+1 dimensões, podem ter desempenhado um papel. Finalmente, abordamos a questão de como os campos eletromagnéticos identificados podem influenciar sistemas neurais em geral e a consciência humana (auto) em particular.",
    url = "https://doi.org/10.14704/nq.2016.14.1.911",
    doi = "10.14704/nq.2016.14.1.911",
    openalex = "W2308635093",
    references = "doi101016jbiosystems201310005"
}

A noção geral de um "mundo do RNA" é que, no desenvolvimento inicial da vida na Terra, a continuidade genética foi assegurada pela replicação do RNA, e as moléculas de RNA foram os principais agentes da função catalítica. Assumindo que todos os componentes do RNA estavam disponíveis em algum ambiente pré-biótico, esses componentes poderiam ter se montado em nucleotídeos ativados que condensaram para formar polímeros de RNA, preparando o cenário para a replicação química de polinucleotídeos através da polimerização de RNA por molde de RNA. Se uma diversidade suficiente de RNAs pudesse ser copiada com taxa e fidelidade razoáveis, então a evolução darwiniana começaria com RNAs que facilitavam sua própria reprodução, desfrutando de vantagem seletiva. O conceito de uma "protocélula" refere-se a um compartimento onde a replicação do material genético primitivo ocorreu e onde catalisadores primitivos deram origem a produtos que se acumularam localmente para o benefício da entidade celular replicante. A replicação tanto da protocélula quanto de seu material genético encapsulado teria permitido que a seleção natural operasse com base na aptidão diferencial de entidades celulares concorrentes, dando origem, em última análise, à vida celular moderna.

@article{doi101101cshperspecta034801,
    author = "Joyce, Gerald F. e Szostak, Jack W.",
    title = "Protocélulas e Autorreprodução do RNA",
    year = "2018",
    journal = "Cold Spring Harbor Perspectives in Biology",
    abstract = {A noção geral de um "mundo do RNA" é que, no desenvolvimento inicial da vida na Terra, a continuidade genética foi assegurada pela replicação do RNA, e as moléculas de RNA foram os principais agentes da função catalítica. Assumindo que todos os componentes do RNA estavam disponíveis em algum ambiente pré-biótico, esses componentes poderiam ter se montado em nucleotídeos ativados que condensaram para formar polímeros de RNA, preparando o cenário para a replicação química de polinucleotídeos através da polimerização de RNA por molde de RNA. Se uma diversidade suficiente de RNAs pudesse ser copiada com taxa e fidelidade razoáveis, então a evolução darwiniana começaria com RNAs que facilitavam sua própria reprodução, desfrutando de vantagem seletiva. O conceito de uma "protocélula" refere-se a um compartimento onde a replicação do material genético primitivo ocorreu e onde catalisadores primitivos deram origem a produtos que se acumularam localmente para o benefício da entidade celular replicante. A replicação tanto da protocélula quanto de seu material genético encapsulado teria permitido que a seleção natural operasse com base na aptidão diferencial de entidades celulares concorrentes, dando origem, em última análise, à vida celular moderna.},
    url = "https://doi.org/10.1101/cshperspect.a034801",
    doi = "10.1101/cshperspect.a034801",
    openalex = "W2892140782",
    references = "doi101007bf00623322, doi101021acschemrev6b00825, doi10103835053176, doi101038378767a0, doi101038418214a, doi101038nature02307, doi101038nature08013, doi101038nnano2011187, doi10108010409230490460765, doi101126science1059493"
}

@misc{crossref2022biological,
    title = "Macromoléculas Biológicas",
    year = "2022",
    url = "https://doi.org/10.1016/c2020-0-02562-4",
    doi = "10.1016/c2020-0-02562-4",
    openalex = "W4200582736"
}