Mamíferos

@inproceedings{huxley1880on13,
    author = "Huxley, T. H",
    title = "On the application of the laws of evolution to the arrangement of the Vertebrata, and more particularly of the Mammalia",
    year = "1880",
    booktitle = "Proceedings of the Zoological Society of London, v. 43, p. 649-661",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Huxley, T. H., 1880, On the application of the laws of evolution to the arrangement of the Vertebrata, and more particularly of the Mammalia: Proceedings of the Zoological Society of London, v. 43, p. 649-661.}"
}

@misc{scott1937a22,
    author = "Scott, W. B",
    title = "A History of Land Mammals in the Western Hemisphere [Rev. ed.]",
    year = "1937",
    howpublished = "New York, American Philosophical Society, 786 p.; Reprint: Hafner, New York",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Scott, W. B., 1937, A History of Land Mammals in the Western Hemisphere [Rev. ed.]: New York, American Philosophical Society, 786 p.; Reprint: Hafner, New York.}"
}

@misc{olson1944origin20,
    author = "Olson, E. C",
    title = "Origem dos mamíferos baseada na morfologia craniana das subordens terápsides",
    year = "1944",
    howpublished = "Sociedade Geológica dos Estados Unidos, Artigo Especial, v. 55",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Olson, E. C., 1944, Origem dos mamíferos baseada na morfologia craniana das subordens terápsides: Sociedade Geológica dos Estados Unidos, Artigo Especial, v. 55.}"
}

@book{walker1964mammals26,
    author = "Walker, E. P",
    title = "Mammals of the World",
    year = "1964",
    publisher = "Baltimore, Ohio, John Hopkins Press; 3 Volumes",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Walker, E. P., 1964, Mammals of the World: Baltimore, Ohio, John Hopkins Press; 3 Volumes.}"
}

@misc{caughley1966mortality5,
    author = "Caughley, G",
    title = "Padrões de mortalidade em mamíferos",
    year = "1966",
    howpublished = "Ecologia, v. 47, p. 906-918",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Caughley, G., 1966, Padrões de mortalidade em mamíferos: Ecologia, v. 47, p. 906-918.}"
}

@misc{kurten1968pleistocene15,
    author = "Kurten, B",
    title = "Mamíferos do Pleistoceno da Europa",
    year = "1968",
    howpublished = "Londres, Weidenfeld and Nicolson",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Kurten, B., 1968, Mamíferos do Pleistoceno da Europa: Londres, Weidenfeld and Nicolson.}"
}

@misc{matthews1969the18,
    author = "Matthews, L. H",
    title = "The Life of Mammals",
    year = "1969",
    howpublished = "London, Weidenfield and Nicholson; 2 Volumes",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Matthews, L. H., 1969, The Life of Mammals: London, Weidenfield and Nicholson; 2 Volumes.}"
}

@article{clemens1970mesozoic6,
    author = "Clemens, W. A",
    title = "Evolução de mamíferos do Mesozoico",
    year = "1970",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics, v. 1, p. 357-390",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Clemens, W. A., 1970, Evolução de mamíferos do Mesozoico: Annual Review of Ecology and Systematics, v. 1, p. 357-390.}"
}

@book{mech1970the19,
    author = "Mech, L. D",
    title = "The Wolf",
    year = "1970",
    publisher = "New York, Natural History Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Mech, L. D., 1970, The Wolf: New York, Natural History Press.}"
}

@inproceedings{tedford1970principles24,
    author = "Tedford, R. H",
    title = "Princípios e práticas de geocronologia mamífera na América do Norte",
    year = "1970",
    booktitle = "Convenção Paleontológica da América do Norte, Atas, p. 666-703; Parte F",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Tedford, R. H., 1970, Principles and practices of mammalian geochronology in North America: North American Paleontological Convention, Proceedings, p. 666-703; Part F.}"
}

@misc{kurtn1971the17,
    author = "Kurtn, B",
    title = "The Age of Mammals",
    year = "1971",
    howpublished = "London, Weidenfield",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Kurtn, B., 1971, The Age of Mammals: London, Weidenfield.}"
}

@book{austin1972continuing1,
    author = "Austin, C. R. e Short, R. V",
    title = "-continuing, Reprodução em Mamíferos",
    year = "1972",
    publisher = "Cambridge, Cambridge University Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Austin, C. R., e Short, R. V., 1972-continuing, Reprodução em Mamíferos: Cambridge, Cambridge University Press.}"
}

@article{berry1975adaptation2,
    author = "Berry, R. J. e Jakobson, M. E",
    title = "Adaptação e adaptabilidade em camundongos domésticos selvagens (Mus musculus)",
    year = "1975",
    journal = "Journal of Zoology, v. 176, p. 391- 402",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Berry, R. J., e Jakobson, M. E., 1975, Adaptação e adaptabilidade em camundongos domésticos selvagens (Mus musculus): Journal of Zoology, v. 176, p. 391- 402.}"
}

@book{young1975the28,
    author = "Young, J. Z",
    title = "The Life of Mammals, Their Anatomy and Physiology",
    year = "1975",
    publisher = "Oxford, Claredon Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Young, J. Z., 1975, The Life of Mammals, Their Anatomy and Physiology: Oxford, Claredon Press.}"
}

@article{gingerich1976paleontology11,
    author = "Gingerich, P. D",
    title = "Paleontologia e filogenia",
    year = "1976",
    journal = "padrões de evolução no nível de espécie em mamíferos do Terciário inicial: American Journal of Science, v. 276, p. 1-28",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gingerich, P. D., 1976, Paleontologia e filogenia: padrões de evolução no nível de espécie em mamíferos do Terciário inicial: American Journal of Science, v. 276, p. 1-28.}"
}

@article{doi101038272333a0,
    author = "Crompton, A. W. e Taylor, C. Richard e Jagger, James A.",
    title = "Evolução da homeotermia em mamíferos",
    year = "1978",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/272333a0",
    doi = "10.1038/272333a0",
    openalex = "W2077595219",
    references = "doi101098rstb19760022, doi101126science18441401001, doi101152ajplegacy197021841233, doi101152ajplegacy197021941104, doi101152jappl1975394619, doi1023072407154, doi1023072530028, openalexw1508361990, openalexw1562852527, openalexw611184576"
}

@misc{vaughan1978mammalogy25,
    author = "Vaughan, T. A",
    title = "Mammalogy",
    year = "1978",
    howpublished = "Philadelphia, Pa., Saunders",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Vaughan, T. A., 1978, Mammalogy: Philadelphia, Pa., Saunders.}"
}

@book{crompton1979origin9,
    author = "Crompton, A. W. e Jenkins, F. A",
    title = "Origem dos Mamíferos, em Lillegraven, J. A., Kielan-Jaworowska, Z., e Clemens, W. A., eds., Mamíferos Mesozóicos",
    year = "1979",
    publisher = "Berkeley, Ca., University of California Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Crompton, A. W., e Jenkins, F. A., 1979, Origem dos Mamíferos, em Lillegraven, J. A., Kielan-Jaworowska, Z., e Clemens, W. A., eds., Mamíferos Mesozóicos: Berkeley, Ca., University of California Press.}"
}

Resumo As leis alométricas que escalonam numerosos processos biomecânicos e fisiológicos para o tamanho em mamíferos foram reconhecidas há muito tempo e amplamente utilizadas na biologia. Agora há evidências suficientes para sugerir que aqueles parâmetros de história de vida, como crescimento e taxas máximas de reprodução, que dependem em parte da taxa metabólica, também são escalonados para o tamanho. São apresentados dados que, juntamente com uma revisão da literatura, mostram que o tempo de gestação, taxas de crescimento, idade à primeira reprodução, longevidade, a taxa intrínseca de aumento natural, taxa de natalidade, taxa de reprodução líquida e peso da ninhada são todos alometricamente escalonados para o tamanho e, em consequência, estão inter-relacionados. Os expoentes das funções de escalonamento são semelhantes em todas as ordens de mamíferos, mas em alguns táxons, como os primatas, as espécies crescem mais lentamente, vivem mais tempo e reproduzem-se a uma taxa menor. Para esses táxons, as diferenças nos parâmetros de história de vida podem ser explicadas por diferenças no tamanho do cérebro e uma hipótese existente de que a taxa máxima de crescimento do tecido neural limita a taxa máxima de crescimento e desenvolvimento de todo o organismo. Argumenta-se então que, como o tamanho escalona os principais parâmetros de história de vida dos mamíferos, ele também deve ser um tema central na ecologia, do nível individual ao nível de organização da comunidade. São apresentados exemplos para mostrar que o tamanho é ubíquo na ecologia e explica a maior parte da variação nos parâmetros de história de vida entre espécies. O escalonamento do tamanho oferece um método de reduzir espécies de tamanhos variados a dimensões semelhantes de tempo, espaço e taxas de ação. Portanto, é fundamental para distinguir aqueles parâmetros de história de vida que surgem como consequência do tamanho, as estratégias de primeira ordem, daqueles que variam entre populações e de acordo com circunstâncias ambientais, as estratégias de segunda ordem. Desta abordagem deve desenvolver-se uma síntese biológica mais ampla na qual os determinantes genéticos e fisiológicos inevitavelmente figurarão mais centralmente do que fazem na teoria ecológica e comportamental.

@article{doi101111j136520281979tb00256x,
    author = "Western, David",
    title = "Size, life history and ecology in mammals",
    year = "1979",
    journal = "African Journal of Ecology",
    abstract = "Summary Allometric laws which scale numerous biomechanical and physiological processes to size in mammals have long been recognized and widely used in biology. There is now sufficient evidence to suggest that those life history parameters such as growth and maximum rates of reproduction, which depend in part on metabolic rate, are also scaled to size. Data are presented which, coupled with a literature review, show that gestation time, growth rates, age at first reproduction, lifespan, the intrinsic rate of natural increase, birth rate, net reproductive rate and litter weight are allometrically scaled to size and are, in consequence, inter‐related. The exponents of the scaling functions are similar in all mammalian orders but in some taxa such as the primates, the species grow slower, live longer and reproduce at a lower rate. For these taxa the differences in life history parameters can be explained by differences in brain size and an existing hypothesis that the maximum rate of neural tissue growth constrains the maximum rate of growth and development of the entire organism. It is then argued that because size scales the main life history parameters of mammals it should also be a central theme in ecology from the individual to the community level of organisation. Examples are presented to show that size is ubiquitous in ecology and accounts for most of the variation in life history parameters between species. Size scaling offers a method of reducing species of varying size to similar dimensions of time, space and rates of action. It is therefore fundamental in distinguishing those life history parameters which arise as a consequence of size, the first order strategies, from those that vary between populations and according to environmental circumstances, the second order strategies. From this approach should develop a broader biological synthesis in which genetic and physiological determinants will inevitably feature more centrally than they do in ecological and behavioural theory. Résumé Les lois allométriques unissant les processus biomécaniques et physiologiques avec la taille chez les mammifères ont été reconnues depuis longtemps et largement utilisées en biologic Il y a maintenant assez de certitude pour suggérer que les paramètres biologiques tels que croissance et taux maximal de reproduction, qui dépendent partiellement du rendement métabolique, sont aussi fonctions de la taille. Les données présentées ici, couplées avec une revue de la littérature, montrent que la durée de gestation, le taux de croissance, l'âge à la première reproduction, la durée de vie, le taux intrinsèque d'accroissement naturel, le taux de natalité, le taux de reproduction net et le poids de la portée sont en relation allométrique avec la taille et, par conséquent, sont en interrelation.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1365-2028.1979.tb00256.x",
    doi = "10.1111/j.1365-2028.1979.tb00256.x",
    openalex = "W2030059955",
    references = "doi1010160003347268900298, doi101111j136520281966tb00878x"
}

@article{gingerich1980evolutionary12,
    author = "Gingerich, P. D",
    title = "Padrões evolutivos em mamíferos do Cenozóico inicial",
    year = "1980",
    journal = "Annual Review of Earth and Planetary Sciences, v. 8, p. 407-424",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Gingerich, P. D., 1980, Evolutionary patterns in early Cenozoic mammals: Annual Review of Earth and Planetary Sciences, v. 8, p. 407-424.}"
}

@misc{bower1984fossils3,
    author = "Bower, B",
    title = "Fósseis podem esclarecer a evolução dos mamíferos",
    year = "1984",
    howpublished = "Science News, v. 126, p. 213",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Bower, B., 1984, Fósseis podem esclarecer a evolução dos mamíferos: Science News, v. 126, p. 213.}"
}

@misc{cockrum1985mammal7,
    author = "Cockrum, E. L",
    title = "Mammal, in Encyclopedia Americana",
    year = "1985",
    howpublished = "Dnabury, Connecticut, Grolier, v. 18, p. 189-205",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Cockrum, E. L., 1985, Mammal, in Encyclopedia Americana: Dnabury, Connecticut, Grolier, v. 18, p. 189-205.}"
}

É bem conhecido que uma árvore filogenética (árvore de genes) construída a partir de sequências de DNA para um locus genético não necessariamente concorda com a árvore que representa o caminho evolutivo real das espécies envolvidas (árvore de espécies). Um dos fatores importantes que causam essa diferença é o polimorfismo genético nas espécies ancestrais. Sob a hipótese de mutações neutras, esse problema pode ser estudado avaliando a probabilidade (P) de que uma árvore de genes tenha a mesma topologia que a da árvore de espécies. Quando se usa um gene (alelo) de cada uma das espécies envolvidas, a probabilidade pode ser expressa como uma função simples de Ti = ti/(2N), onde ti é o tempo evolutivo medido em gerações para o ramo internodal i-ésimo da árvore de espécies e N é o tamanho efetivo da população. Quando qualquer um dos Ti's for menor que 1, a probabilidade P torna-se consideravelmente menor que 1,0. Essa probabilidade não pode ser substancialmente aumentada aumentando-se o número de alelos amostrados de um locus. Para aumentar a probabilidade, é necessário usar sequências de DNA de muitos loci diferentes que evoluíram independentemente uns dos outros.

@article{doi101093oxfordjournalsmolbeva040517,
    author = "Pamilo, Pekka and Nei, M",
    title = "Relationships between gene trees and species trees.",
    year = "1988",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    abstract = "É bem conhecido que uma árvore filogenética (árvore de genes) construída a partir de sequências de DNA para um locus genético não necessariamente concorda com a árvore que representa o caminho evolutivo real das espécies envolvidas (árvore de espécies). Um dos fatores importantes que causam essa diferença é o polimorfismo genético nas espécies ancestrais. Sob a hipótese de mutações neutras, esse problema pode ser estudado avaliando a probabilidade (P) de que uma árvore de genes tenha a mesma topologia que a da árvore de espécies. Quando se usa um gene (alelo) de cada uma das espécies envolvidas, a probabilidade pode ser expressa como uma função simples de Ti = ti/(2N), onde ti é o tempo evolutivo medido em gerações para o ramo internodal i-ésimo da árvore de espécies e N é o tamanho efetivo da população. Quando qualquer um dos Ti's for menor que 1, a probabilidade P torna-se consideravelmente menor que 1,0. Essa probabilidade não pode ser substancialmente aumentada aumentando-se o número de alelos amostrados de um locus. Para aumentar a probabilidade, é necessário usar sequências de DNA de muitos loci diferentes que evoluíram independentemente uns dos outros.",
    url = "https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a040517",
    doi = "10.1093/oxfordjournals.molbev.a040517",
    openalex = "W2142718629",
    references = "doi101126science15838051200, sarich1967immunological"
}

Estudos comparativos recentes apontam para a importância dos esquemas de mortalidade como determinantes na evolução das características do ciclo de vida. Neste artigo, comparamos padrões de mortalidade de populações naturais de mamíferos com uma variedade de ciclos de vida. Encontramos que, após remover os efeitos do peso corporal, a mortalidade é o melhor preditor da variação nas características do ciclo de vida. Mamíferos com altos níveis de mortalidade natural tendem a amadurecer cedo e dar à luz filhotes pequenos em ninhadas grandes após uma gestação curta, antes e depois que os efeitos do tamanho corporal são considerados. Examinamos a maneira como as características do ciclo de vida se relacionam com a mortalidade juvenil versus a mortalidade adulta e encontramos que a mortalidade juvenil está mais fortemente correlacionada com as características do ciclo de vida do que a mortalidade adulta. Discutimos a necessidade de distinguir entre fontes extrínsecas de mortalidade (por exemplo, predação) e mortalidade causada por fontes intrínsecas (por exemplo, custos da reprodução), e o papel que a ecologia pode desempenhar na evolução de padrões de mortalidade e fecundidade. Concluímos que esses resultados devem ser explicados não apenas à luz da necessidade demográfica de equilibrar mortalidade e fecundidade, mas como resultado de custos e benefícios específicos da idade da reprodução e investimento parental. Estudos comparativos detalhados de padrões de mortalidade em populações naturais de mamíferos oferecem uma via promissora para entender a evolução das estratégias do ciclo de vida.

@article{doi101111j146979981990tb04316x,
    author = "Promislow, Daniel and Harvey, Paul",
    title = "Living fast and dying young: A comparative analysis of life‐history variation among mammals",
    year = "1990",
    journal = "Journal of Zoology",
    abstract = "Recent comparative studies point to the importance of mortality schedules as determinants in the evolution of life‐history characteristics. In this paper, we compare patterns of mortality from natural populations of mammals with a variety of life histories. We find that, after removing the effects of body weight, mortality is the best predictor of variation in life‐history traits. Mammals with high levels of natural mortality tend to mature early and give birth to small offspring in large litters after a short gestation, before and after body size effects are factored out. We examine the way in which life‐history traits relate to juvenile mortality versus adult mortality and find that juvenile mortality is more highly correlated with life‐history traits than is adult mortality. We discuss the necessity of distinguishing between extrinsic sources of mortality (e.g. predation) and mortality caused by intrinsic sources (e.g. costs of reproduction), and the role that ecology might play in the evolution of patterns of mortality and fecundity. We conclude that these results must be explained not simply in the light of the demographic necessity of balancing mortality and fecundity, but as a result of age‐specific costs and benefits of reproduction and parental investment. Detailed comparative studies of mortality patterns in natural populations of mammals offer a promising avenue towards understanding the evolution of life‐history strategies.",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1469-7998.1990.tb04316.x",
    doi = "10.1111/j.1469-7998.1990.tb04316.x",
    openalex = "W2112097992",
    references = "doi101111j136520281966tb00878x, doi101111j17447429200700272x, doi1023071935638, doi1023072937268"
}

@article{doi101016016622369593932n,
    author = "Northcutt, R. Glenn e Kaas, J. H.",
    title = "A emergência e evolução do neocórtex mamífero",
    year = "1995",
    journal = "Trends in Neurosciences",
    url = "https://doi.org/10.1016/0166-2236(95)93932-n",
    doi = "10.1016/0166-2236(95)93932-n",
    openalex = "W2002082920",
    references = "crossref1980comparative, doi1010079781461329886, doi1010160166223693900806, doi101093cercor111, doi101093cercor111a, doi101111j155856461982tb05453x, doi1023071445584, doi1023072405671, doi1023072407154, doi1023072806339, doi105860choice325931, doi105860choice430626, openalexw1582697909"
}

A limitação alimentar é geralmente considerada a base de grande parte da variação nas características da história de vida das aves. Examinei a variação e a covariação das características da história de vida de 123 Passeriformes e Piciformes da América do Norte em relação a locais de nidificação, predação de nidificação e locais de alimentação, para examinar os possíveis papéis desses fatores ecológicos na evolução da história de vida das aves. A fecundidade anual estava fortemente relacionada inversamente à sobrevivência adulta, mesmo quando os efeitos filogenéticos foram controlados. Pouca da variação na fecundidade e sobrevivência estava relacionada aos locais de alimentação, enquanto essas características variavam fortemente entre locais de nidificação. Diferenças interespecíficas na predação de nidificação estavam correlacionadas com grande parte da variação nas características da história de vida entre locais de nidificação, embora trocas energéticas com características covariantes também possam explicar alguma variação. Por exemplo, o aumento da predação de nidificação está associado a um período de ninho encurtado e ambos estão associados a mais ninhadas por ano, mas o número de ninhadas está inversamente correlacionado com o tamanho da ninhada, possivelmente devido a uma troca energética. O número de ninhadas estava muito mais fortemente correlacionado com a fecundidade anual e a sobrevivência adulta entre espécies do que o tamanho da ninhada, sugerindo que o tamanho da ninhada pode não ser a característica primária de fecundidade sobre a qual a seleção está atuando. Em última análise, a limitação alimentar pode causar trocas entre fecundidade anual e sobrevivência adulta, mas as diferenças entre espécies em fecundidade e sobrevivência adulta podem não ser explicadas por diferenças na abundância de alimentos e, em vez disso, representar táticas diferentes para a partição de níveis similares de limitação alimentar. A variação na fecundidade e sobrevivência adulta está mais claramente organizada por locais de nidificação e mais fortemente correlacionada com a predação de nidificação; espécies que usam locais de nidificação com maior predação de ninho têm períodos de ninho mais curtos e mais ninhadas, resultando em maior fecundidade, que por sua vez está associada à redução da sobrevivência adulta. A fecundidade também variou com as tendências migratórias; migrantes de curta distância tiveram mais ninhadas e maior fecundidade do que migrantes neotropicais e residentes usando locais de nidificação similares. No entanto, as tendências migratórias e o uso de habitat estavam confundidos, tornando difícil a separação desses dois efeitos. Não obstante, a visão convencional de que migrantes neotropicais têm menos ninhadas do que residentes não foi suportada quando os efeitos do local de nidificação foram controlados.

@article{doi1023072937160,
    author = "Martin, Thomas E.",
    title = "Avian Life History Evolution in Relation to Nest Sites, Nest Predation, and Food",
    year = "1995",
    journal = "Ecological Monographs",
    abstract = "Food limitation is generally thought to underlie much of the variation in life history traits of birds. I examined variation and covariation of life history traits of 123 North American Passeriformes and Piciformes in relation to nest sites, nest predation, and foraging sites to examine the possible roles of these ecological factors in life history evolution of birds. Annual fecundity was strongly inversely related to adult survival, even when phylogenetic effects were controlled. Only a little of the variation in fecundity and survival was related to foraging sites, whereas these traits varied strongly among nest sites. Interspecific differences in nest predation were correlated with much of the variation in life history traits among nest sites, although energy trade—offs with covarying traits also may account for some variation. For example, increased nest predation is associated with a shortened nestling period and both are associated with more broods per year, but number of broods is inversely correlated with clutch size, possibly due to an energy trade—off. Number of broods was much more strongly correlated with annual fecundity and adult survival among species than was clutch size, suggesting that clutch size may not be the primary fecundity trait on which selection is acting. Ultimately, food limitation may cause trade—offs between annual fecundity and adult survival, but differences among species in fecundity and adult survival may not be explained by differences in food abundance and instead represent differing tactics for partitioning similar levels of food limitation. Variation in fecundity and adult survival is more clearly organized by nest sites and more closely correlated with nest predation; species that use nest sites with greater nest predation have shorter nestling periods and more broods,yielding higher fecundity, which in turn is associated with reduced adult survival. Fecundity also varied with migratory tendencies; short—distance migrants had more broods and greater fecundity than did neotropical migrants and residents using similar nest sites. However, migratory tendencies and habitat use were confounded, making separation of these two effects difficult. Nonetheless, the conventional view that neotropical migrants have fewer broods than residents was not supported when nest site effects were controlled.",
    url = "https://doi.org/10.2307/2937160",
    doi = "10.2307/2937160",
    openalex = "W2055512957",
    references = "doi101086282461, doi101086282697, doi101086400074, doi101086409052, doi101086410622, doi101093sysbio41118, doi101098rstb19890106, doi101111j1474919x1947tb04155x, doi101111j1474919x1968tb00058x, doi1023071446122, doi1023071935217, doi1023072874, doi10230740168301, doi1023075403, doi102307jctt1xp3v3r"
}

Estudos filogenéticos moleculares resolveram os mamíferos placentários em quatro grupos principais, mas não estabeleceram a hierarquia completa das relações interordens, incluindo a posição da raiz. Esta última é crítica para entender a história biogeográfica inicial dos placentários. Investigamos a filogenia placentária usando métodos bayesianos e de máxima verossimilhança e um conjunto de dados moleculares de 16,4 quilobases. As relações interordens estão quase totalmente resolvidas. A divisão basal é entre Afrotheria e outros placentários, por volta de 103 milhões de anos, e pode ser explicada pela separação da América do Sul e da África no Cretáceo. O grupo de coroa Eutheria pode ter sua ancestralidade comum mais recente no Hemisfério Sul (Gondwana).

@article{doi101126science1067179,
    author = "Murphy, William J. e Eizirik, Eduardo e O’Brien, Stephen J. e Madsen, Ole e Scally, Mark e Douady, Christophe J. e Teeling, Emma C. e Ryder, Oliver A. e Stanhope, Michael J. e de Jong, Wilfried W. e Springer, Mark S.",
    title = "Resolução da Radiação de Mamíferos Placentários Precoces Usando Filogenética Bayesiana",
    year = "2001",
    journal = "Science",
    abstract = "Estudos filogenéticos moleculares resolveram os mamíferos placentários em quatro grupos principais, mas não estabeleceram a hierarquia completa das relações interordens, incluindo a posição da raiz. Esta última é crítica para entender a história biogeográfica inicial dos placentários. Investigamos a filogenia placentária usando métodos bayesianos e de máxima verossimilhança e um conjunto de dados moleculares de 16,4 quilobases. As relações interordens estão quase totalmente resolvidas. A divisão basal é entre Afrotheria e outros placentários, por volta de 103 milhões de anos, e pode ser explicada pela separação da América do Sul e da África no Cretáceo. O grupo de coroa Eutheria pode ter sua ancestralidade comum mais recente no Hemisfério Sul (Gondwana).",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1067179",
    doi = "10.1126/science.1067179",
    openalex = "W2101671848",
    references = "doi10103831927, doi10103835054550, doi10103846536, doi101080106351500750049752, doi101093bioinformatics149817, doi101093bioinformatics178754, doi101093oxfordjournalsmolbeva026160, doi101093sysbio422182, doi1023071447682, doi1023072992540, rambaut1998estimating"
}

▪ Resumo As causas funcionais das compensações de história de vida têm sido um tópico de interesse para biólogos evolutivos há mais de seis décadas. Nossa revisão das compensações de história de vida discute questões conceituais associadas aos aspectos fisiológicos das compensações e descreve avanços recentes sobre este tópico. Focamos em estudos de quatro sistemas modelo: insetos com polimorfismo de asas, Drosophila, lagartos e aves. Os avanços recentes mais significativos foram: (a) incorporação da genética em estudos fisiológicos de compensações, (b) integração de investigações de entrada de nutrientes com alocação de nutrientes, (c) desenvolvimento de modelos mais sofisticados de aquisição e alocação de recursos, (d) uma mudança para estudos mais integrados e multidisciplinares de compensações intraespecíficas e (e) as primeiras investigações detalhadas da regulação endócrina das compensações de história de vida.

@article{doi101146annurevecolsys32081501114006,
    author = "Zera, Anthony J. e Harshman, Lawrence G.",
    title = "A Fisiologia das Compensações de História de Vida em Animais",
    year = "2001",
    journal = "Annual Review of Ecology and Systematics",
    abstract = "▪ Resumo As causas funcionais das compensações de história de vida têm sido um tópico de interesse para biólogos evolutivos há mais de seis décadas. Nossa revisão das compensações de história de vida discute questões conceituais associadas aos aspectos fisiológicos das compensações e descreve avanços recentes sobre este tópico. Focamos em estudos de quatro sistemas modelo: insetos com polimorfismo de asas, Drosophila, lagartos e aves. Os avanços recentes mais significativos foram: (a) incorporação da genética em estudos fisiológicos de compensações, (b) integração de investigações de entrada de nutrientes com alocação de nutrientes, (c) desenvolvimento de modelos mais sofisticados de aquisição e alocação de recursos, (d) uma mudança para estudos mais integrados e multidisciplinares de compensações intraespecíficas e (e) as primeiras investigações detalhadas da regulação endócrina das compensações de história de vida.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ecolsys.32.081501.114006",
    doi = "10.1146/annurev.ecolsys.32.081501.114006",
    openalex = "W2096260958",
    references = "doi101007bf00378945, doi101017s0031819100009189, doi101111j1474919x1947tb04155x, doi101126science7123238, doi1016500010542220001020009ddeoat20co2, doi1023072389364, openalexw1558456135, openalexw656806957"
}

Propomos uma filogenia de todos os principais grupos de mamíferos mesozóicos baseada em análises filogenéticas de 46 táxons e 275 caracteres osteológicos e dentários, utilizando métodos de parcimônia (Swofford 2000). Mammalia sensu lato (Mammaliaformes de alguns autores) são monofiléticos. Dentro dos mamíferos, Sinoconodon é o táxon mais primitivo. Sinoconodon, morganu−codontídeos, docodontídeos e Hadrocodium situam-se fora do grupo coroa dos mamíferos (terianos da coroa + Monotremata) e estão, sucessivamente, mais estreitamente relacionados ao grupo da coroa. Dentro do grupo coroa dos mamíferos, reconhecemos uma divisão funda−mental em clados australosfenídeos (Gondwana) e boreosfenídeos (Laurásia), possivelmente com distribuições geo−gráficas vicariantes durante o Jurássico e o Cretáceo Inferior. Fornecemos caracteres derivados adicionais que suportam esses dois clados antigos e apresentamos duas hipóteses evolutivas sobre como os molares dos monotremes primitivos poderiam ter evoluído. Consideramos duas colocações alternativas dos aloterianos (haramídeos + multituberculados). A primeira, apoiada pelo consenso estrito da maioria das árvores mais parcimoniosas, sugere que os multituberculados (mas não outros aloterianos) estão estreitamente re−lacionados a um clado que inclui spalacoterídeos + terianos da coroa (Trechnotheria conforme redefinido aqui). Alternativamente, os aloterianos podem ser colocados fora do grupo coroa dos mamíferos por uma busca restrita que reflete a ênfase tradicional na unicidade da dentição dos multituberculados. Dado nosso conjunto de dados, essas topologias alternativas diferem em comprimento de árvore por apenas ~0,6% do comprimento total da árvore; testes estatísticos mostram que essas posições não diferem significativamente umas das outras. Simi−larmente, existem duas posições alternativas dos eutriconodontídeos entre os mamíferos mesozóicos, condicionadas à colocação de outros clados mamíferos principais. Desses, favorecemos provisoriamente o reconhecimento de um Eutriconodonta monofilético, aninhado dentro do grupo coroa dos mamíferos. Sugerimos que os "simetrodontídeos de ângulo obtuso" são parafiléticos e que eles carecem de sinapomorfias confiáveis e não ambíguas.

@article{openalexw78894702,
    author = "Luo, Zhe‐Xi e Kielan‐Jaworowska, Zofia e Cifelli, Richard L.",
    title = "Em busca de uma filogenia dos mamíferos mesozóicos",
    year = "2002",
    journal = "reroDoc Digital Library",
    abstract = "Propomos uma filogenia de todos os principais grupos de mamíferos mesozóicos baseada em análises filogenéticas de 46 táxons e 275 caracteres osteológicos e dentários, utilizando métodos de parcimônia (Swofford 2000). Mammalia sensu lato (Mammaliaformes de alguns autores) são monofiléticos. Dentro dos mamíferos, Sinoconodon é o táxon mais primitivo. Sinoconodon, morganu−codontídeos, docodontídeos e Hadrocodium situam-se fora do grupo coroa dos mamíferos (terianos da coroa + Monotremata) e estão, sucessivamente, mais estreitamente relacionados ao grupo da coroa. Dentro do grupo coroa dos mamíferos, reconhecemos uma divisão funda−mental em clados australosfenídeos (Gondwana) e boreosfenídeos (Laurásia), possivelmente com distribuições geo−gráficas vicariantes durante o Jurássico e o Cretáceo Inferior. Fornecemos caracteres derivados adicionais que suportam esses dois clados antigos e apresentamos duas hipóteses evolutivas sobre como os molares dos monotremes primitivos poderiam ter evoluído. Consideramos duas colocações alternativas dos aloterianos (haramídeos + multituberculados). A primeira, apoiada pelo consenso estrito da maioria das árvores mais parcimoniosas, sugere que os multituberculados (mas não outros aloterianos) estão estreitamente re−lacionados a um clado que inclui spalacoterídeos + terianos da coroa (Trechnotheria conforme redefinido aqui). Alternativamente, os aloterianos podem ser colocados fora do grupo coroa dos mamíferos por uma busca restrita que reflete a ênfase tradicional na unicidade da dentição dos multituberculados. Dado nosso conjunto de dados, essas topologias alternativas diferem em comprimento de árvore por apenas \textasciitilde 0,6% do comprimento total da árvore; testes estatísticos mostram que essas posições não diferem significativamente umas das outras. Simi−larmente, existem duas posições alternativas dos eutriconodontídeos entre os mamíferos mesozóicos, condicionadas à colocação de outros clados mamíferos principais. Desses, favorecemos provisoriamente o reconhecimento de um Eutriconodonta monofilético, aninhado dentro do grupo coroa dos mamíferos. Sugerimos que os "simetrodontídeos de ângulo obtuso" são parafiléticos e que eles carecem de sinapomorfias confiáveis e não ambíguas.",
    openalex = "W78894702",
    references = "cifelli1998triconodont, doi101007978146122784737, doi101007978146139249113, doi10103835054544, doi10103835054550, doi101038356121a0, doi10108002724634198810011681, doi10108002724634199810011048, doi101080106351500750049752, doi101098rstb19630002, doi101098rstb19760022, doi101111j109600311988tb00514x, doi101111j109636421973tb00786x, doi101111j109636421984tb00544x, doi101111j109636421985tb01500x, doi101111j155856461983tb05533x, doi1023071445584, doi105281zenodo16386718, doi105281zenodo18028696, doi105860choice355657, doi105962bhltitle3460, heinrich1998late, openalexw1539913220, openalexw1988829823, openalexw610180004"
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Hipóteses concorrentes sobre o tempo de radiação de mamíferos placentários concentram-se em se as ordens placentárias existentes originaram e se diversificaram antes ou depois da fronteira Cretáceo-Terciário (KT). Estudos moleculares que abordaram essa questão sofrem de pontos de calibração únicos, suposições infundadas sobre o relógio molecular e amostragem de táxons que carece de representantes de todas as ordens placentárias. Investigamos esse problema usando o maior conjunto de dados moleculares disponível para mamíferos placentários, que inclui segmentos de 19 genes nucleares e três genes mitocondriais para representantes de todas as ordens placentárias existentes. Usamos o método ThorneKishino, que permite restrições simultâneas do registro fóssil e permite que as taxas de evolução molecular variem em diferentes ramos de uma árvore filogenética. Análises que usaram diferentes conjuntos de restrições fósseis, diferentes priors para a base de Placentalia e diferentes partições de dados todos suportam divergências interordinais no Cretáceo seguidas de diversificação intraordinal principalmente após a fronteira KT. Quatro ordens placentárias mostram diversificação intraordinal que antecede a fronteira KT, mas apenas em uma média de 10 milhões de anos. Em contraste com alguns estudos moleculares que datam a divisão rato-camundongo como antiga quanto 46 milhões de anos, nossos resultados mostram melhor concordância com o registro fóssil e colocam essa divisão em 16-23 milhões de anos. Para testar a hipótese de que estimativas moleculares de tempos de divergência do Cretáceo são um artefato de aumento de tamanho corporal subsequente à fronteira KT, também realizamos análises com um conjunto de táxons "tamanho corporal KT". Nessas análises, as divisões interordinais permaneceram no Cretáceo.

@article{doi101073pnas0334222100,
    author = "Springer, Mark S. and Murphy, William J. and Eizirik, Eduardo and O'Brien, Stephen J.",
    title = "Placental mammal diversification and the Cretaceous–Tertiary boundary",
    year = "2003",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = {Competing hypotheses for the timing of the placental mammal radiation focus on whether extant placental orders originated and diversified before or after the Cretaceous-Tertiary (KT) boundary. Molecular studies that have addressed this issue suffer from single calibration points, unwarranted assumptions about the molecular clock, andor taxon sampling that lacks representatives of all placental orders. We investigated this problem using the largest available molecular data set for placental mammals, which includes segments of 19 nuclear and three mitochondrial genes for representatives of all extant placental orders. We used the ThorneKishino method, which permits simultaneous constraints from the fossil record and allows rates of molecular evolution to vary on different branches of a phylogenetic tree. Analyses that used different sets of fossil constraints, different priors for the base of Placentalia, and different data partitions all support interordinal divergences in the Cretaceous followed by intraordinal diversification mostly after the KT boundary. Four placental orders show intraordinal diversification that predates the KT boundary, but only by an average of 10 million years. In contrast to some molecular studies that date the rat-mouse split as old as 46 million years, our results show improved agreement with the fossil record and place this split at 16-23 million years. To test the hypothesis that molecular estimates of Cretaceous divergence times are an artifact of increased body size subsequent to the KT boundary, we also performed analyses with a "KT body size" taxon set. In these analyses, interordinal splits remained in the Cretaceous.},
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.0334222100",
    doi = "10.1073/pnas.0334222100",
    openalex = "W2109258478",
    references = "crossref1977chapter, crossref1977patterns, doi101023a1011317930838, doi10103831927, doi10103835054544, doi10103835054550, doi101093oxfordjournalsmolbeva003811, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi101126science1067179, doi101126science1068700, doi101159000452856, doi105860choice355657, openalexw1599677799, openalexw3217097258"
}

@article{doi101038nature02426,
    author = "Gibbs, Richard A. e Weinstock, George M. e Metzker, Michael L. e Muzny, Donna M. e Sodergren, Erica e Scherer, Steven E. e Scott, Graham e Steffen, David L. e Worley, Kim C. e Burch, Paula E. e Okwuonu, Geoffrey e Hines, Sandra e Lewis, Lora e DeRamo, Christine e Delgado, Oliver e Dugan-Rocha, Shannon e Miner, George e Morgan, Margaret e Hawes, Alicia e Gill, Rachel e Holt, Celera Robert A. e Adams, Mark D. e Amanatides, Peter G. e Baden-Tillson, Holly e Barnstead, Mary e Chin, Soo H. e Evans, Cheryl e Ferriera, Steve e Fosler, Carl e Glodek, Anna e Gu, Zhiping e Jennings, D. E. e Kraft, Cheryl e Nguyen, Trixie e Pfannkoch, Cynthia e Sitter, Cynthia D. e Sutton, Granger e Venter, J. Craig e Woodage, Trevor e Therapeutics, Genome e Smith, Douglas e Lee, Hongmei e Gustafson, Erik e Cahill, Patrick e Kana, A. e Doucette‐Stamm, Lynn e Weinstock, Keith e Fechtel, Kim e Weiss, Robert B. e Dunn, Diane M. e NISC Comparative Sequencing Program, NHGRI e Green, Eric D. e Blakesley, Robert W. e Bouffard, Gerard G. e de Jong, Pieter J. e Osoegawa, Kazutoyo e Zhu, Baoli e Marra, Marco A. e Schein, Jacqueline E. e Bosdet, Ian e Fjell, Christopher D. e Jones, Steven J.M. e Krzywinski, Martin e Mathewson, Carrie e Siddiqui, Asim e Wye, Natasja e McPherson, John D. e end sequencing: TIGR, BAC e Zhao, Shaying e Fraser, Claire M. e Shetty, Jyoti e Shatsman, S. e Geer, Keita e Chen, Yixin e Abramzon, Sofyia e Nierman, William C. e Gibbs, Richard A. e Weinstock, George M. e Havlak, Paul e Chen, Rui e Durbin, K. James e Simons, R. e Ren, Yanru e Song, Xingzhi e Li, Bingshan e Liu, Yue e Qin, Xiang e Analysis e annotation: Affymetrix e Cawley, Simon e Weinstock, George M. e Worley, Kim C. e Cooney, Austin J. e Gibbs, Richard A. e D'Souza, Lisa M. e Martin, Kirt e Wu, Jia Qian e Gonzalez‐Garay, Manuel L. e Jackson, Andrew e Kalafus, Kenneth J. e McLeod, Michael P.",
    title = "Genome sequence of the Brown Norway rat yields insights into mammalian evolution",
    year = "2004",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature02426",
    doi = "10.1038/nature02426",
    openalex = "W2097040991",
    references = "doi101038nature01858, doi101073pnas0334222100, doi101126science1080049, doi101126science29054941151"
}

O papel dos fósseis na datação da árvore da vida tem sido mal compreendido. Os fósseis podem fornecer boas estimativas de idade "mínima" para os ramos na árvore, mas as restrições de idade "máxima" para essas idades são piores. Os debates atuais sobre quais são as "melhores" datas fóssis para calibração movem-se para a consideração das restrições mais apropriadas para as idades dos nós da árvore. Como as datas baseadas em fósseis são restrições e como a evolução molecular não é perfeitamente relógio, os analistas devem usar mais, em vez de menos, datas, mas deve haver um equilíbrio entre muitos genes e poucas datas versus muitas datas e poucos genes. Fornecemos restrições de idade "mínima" dura e "máxima" suave para 30 divergências entre organismos modelo de genoma chave; estas devem contribuir para uma melhor compreensão da datação da árvore da vida animal.

@article{doi101093molbevmsl150,
    author = "Benton, Michael J. e Donoghue, Philip C. J.",
    title = "Evidências Paleontológicas para Datar a Árvore da Vida",
    year = "2006",
    journal = "Biologia Molecular e Evolução",
    abstract = {O papel dos fósseis na datação da árvore da vida tem sido mal compreendido. Os fósseis podem fornecer boas estimativas de idade "mínima" para os ramos na árvore, mas as restrições de idade "máxima" para essas idades são piores. Os debates atuais sobre quais são as "melhores" datas fóssis para calibração movem-se para a consideração das restrições mais apropriadas para as idades dos nós da árvore. Como as datas baseadas em fósseis são restrições e como a evolução molecular não é perfeitamente relógio, os analistas devem usar mais, em vez de menos, datas, mas deve haver um equilíbrio entre muitos genes e poucas datas versus muitas datas e poucos genes. Fornecemos restrições de idade "mínima" dura e "máxima" suave para 30 divergências entre organismos modelo de genoma chave; estas devem contribuir para uma melhor compreensão da datação da árvore da vida animal.},
    url = "https://doi.org/10.1093/molbev/msl150",
    doi = "10.1093/molbev/msl150",
    openalex = "W2061352595",
    references = "doi101007bf02101113, doi101007bf02101694, doi1010160031018279901639, doi1010160169534789901626, doi101016b9780444594259000196, doi101016b9780444594259000238, doi101016b9780444594259000287, doi101016b9781483227344500176, doi101016jtig200403007, doi101016jtoxlet200611011, doi101016jtree200504008, doi101017cbo9780511536045, doi101017cbo9780511536045020, doi101017s000632310000548x, doi101017s009483730000508x, doi101017s1464793102006103, doi101038260293a0, doi10103835054550, doi10103835084063, doi101038371306a0, doi101038377720a0, doi101038416816a, doi10103846965, doi101038nature00879, doi101038nature01264, doi101038nature01420, doi101038nature03150, doi101038nature04890, doi101071zo9550654, doi101073pnas0334222100, doi10108002724634199110011426, doi101098rstb19990489, doi101111j109636421985tb01796x, doi101111j109636421995tb00932x, doi101126science1107765, doi101126science147365368, doi101126science1503697743, doi101126science17740541065, doi101371journalpbio0040088, doi1015159781400881376, doi101643004585112002002053220co2, doi105281zenodo16171435, doi105860choice332720, doi105860choice355657, doi105860choice405235, doi105860choice432801, openalexw1587561751, openalexw1599677799, openalexw1900040508, openalexw78894702"
}

@article{doi101038nature06277,
    author = "Luo, Zhe‐Xi",
    title = "Transformação e diversificação na evolução inicial dos mamíferos",
    year = "2007",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature06277",
    doi = "10.1038/nature06277",
    openalex = "W2146098040",
    references = "doi101007978146122784737, doi10100797814684216682, doi101023a1011317930838, doi101038416816a, doi101038nature01420, doi101038nature03102, doi101038nature05627, doi101038nature05634, doi101046j10958312200300146x, doi101073pnas0334222100, doi101073pnas0606028103, doi10108002724634198810011708, doi101093molbevmsl150, doi101098rstb19760022, doi101111j109636421973tb00786x, doi101111j109636421981tb01127x, doi101126science1067179, doi101126science1085672, doi101126science28554362031a, doi105860choice355657, doi105962bhltitle118972, doi105962bhltitle3460, doi107312kiel11918, openalexw1539913220, openalexw78894702"
}

A filogenia dos mamíferos placentários é uma estrutura crítica para escolher alvos futuros de sequenciamento genômico e para resolver o genoma ancestral dos mamíferos no nível dos nucleotídeos. Apesar dos consideráveis avanços recentes na definição de relações superordinais, várias ramificações permanecem mal resolvidas, incluindo a raiz da árvore placentária. Aqui, analisamos os conjuntos de sequências genômicas de humano, tatu, elefante e canguru-de-pescoço-longo para identificar indels codificantes informativos que serviriam como mudanças genômicas raras para inferir eventos iniciais na filogenia dos mamíferos placentários. Também expandimos nossa amostragem de espécies incluindo dados de sequência de >30 projetos genômicos em andamento, seguidos por validação por PCR e sequenciamento de cada indel em táxons adicionais. Nossos dados fornecem suporte para uma relação de grupo-irmão entre Afrotheria e Xenarthra (a hipótese Atlantogenata), que por sua vez é o táxon-irmão de Boreoeutheria. Não recuperamos nenhum indel em apoio a uma posição basal para Xenarthra (Epitheria), o que é sugerido pela morfologia e uma análise recente de retrotransposon, ou a uma hipótese com Afrotheria basal (Exafricoplacentalia), que é favorecida pela análise filogenética de grandes conjuntos de dados de genes nucleares. Além disso, identificamos duas inserções de retrotransposon que também suportam Atlantogenata e nenhuma para as hipóteses alternativas. Uma escala de tempo molecular revisada baseada nessas inferências filogenéticas sugere que Afrotheria e Xenarthra divergiram de outros mamíferos placentários aproximadamente 103 (95-114) milhões de anos atrás. Discutimos os impactos dessa topologia em reconstruções filogenéticas anteriores e inferências baseadas em repetições da filogenia.

@article{doi101101gr5918807,
    author = "Murphy, William J. e Pringle, Thomas H. e Crider, Tess A. e Springer, Mark S. e Miller, Webb",
    title = "Usando dados genômicos para desvendar a raiz da filogenia de mamíferos placentários",
    year = "2007",
    journal = "Genome Research",
    abstract = "A filogenia dos mamíferos placentários é uma estrutura crítica para escolher alvos futuros de sequenciamento genômico e para resolver o genoma ancestral dos mamíferos no nível dos nucleotídeos. Apesar dos consideráveis avanços recentes na definição de relações superordinais, várias ramificações permanecem mal resolvidas, incluindo a raiz da árvore placentária. Aqui, analisamos os conjuntos de sequências genômicas de humano, tatu, elefante e canguru-de-pescoço-longo para identificar indels codificantes informativos que serviriam como mudanças genômicas raras para inferir eventos iniciais na filogenia dos mamíferos placentários. Também expandimos nossa amostragem de espécies incluindo dados de sequência de >30 projetos genômicos em andamento, seguidos por validação por PCR e sequenciamento de cada indel em táxons adicionais. Nossos dados fornecem suporte para uma relação de grupo-irmão entre Afrotheria e Xenarthra (a hipótese Atlantogenata), que por sua vez é o táxon-irmão de Boreoeutheria. Não recuperamos nenhum indel em apoio a uma posição basal para Xenarthra (Epitheria), o que é sugerido pela morfologia e uma análise recente de retrotransposon, ou a uma hipótese com Afrotheria basal (Exafricoplacentalia), que é favorecida pela análise filogenética de grandes conjuntos de dados de genes nucleares. Além disso, identificamos duas inserções de retrotransposon que também suportam Atlantogenata e nenhuma para as hipóteses alternativas. Uma escala de tempo molecular revisada baseada nessas inferências filogenéticas sugere que Afrotheria e Xenarthra divergiram de outros mamíferos placentários aproximadamente 103 (95-114) milhões de anos atrás. Discutimos os impactos dessa topologia em reconstruções filogenéticas anteriores e inferências baseadas em repetições da filogenia.",
    url = "https://doi.org/10.1101/gr.5918807",
    doi = "10.1101/gr.5918807",
    openalex = "W2115031948",
    references = "doi101006jmbi20004042, doi101016s0169534700019674, doi10103831927, doi10103835054550, doi101038nature01858, doi101073pnas0334222100, doi101093nargkg500, doi101093oxfordjournalsmolbeva025892, doi101126science1067179, doi101159000452856"
}

FUNDO: Durante a última década, foram feitos avanços significativos na caracterização e compreensão da evolução do DNA mitocondrial, o marcador mais popular da biodiversidade molecular. Vários resultados importantes foram recentemente relatados usando mamíferos como organismos modelo, incluindo (i) a ausência de relação entre a diversidade do DNA mitocondrial e variáveis de história de vida ou ecológicas, (ii) a ausência de seleção adaptativa proeminente, ao contrário do que foi encontrado em invertebrados, e (iii) a inesperadamente grande variação na taxa de substituição neutra entre linhagens, revelando uma possível ligação com a longevidade máxima das espécies. Propomos desafiar esses resultados graças à comparação ave/mamífero. Estimativas diretas do tamanho da população estão disponíveis em aves, e este grupo apresenta diferenças marcantes nas características de história de vida em comparação com mamíferos (taxa metabólica específica de massa mais alta e maior longevidade). Essas propriedades tornam as aves o modelo ideal para testar diretamente os efeitos do tamanho da população e discriminar entre hipóteses concorrentes sobre as causas da variação na taxa de substituição. RESULTADOS: Uma análise filogenética da terceira posição do códon da citocromo b confirma que a taxa de mutação do DNA mitocondrial é bastante variável em aves, com os passeriformes sendo a ordem que evolui mais rapidamente. Em média, o DNA mitocondrial evolui mais lentamente em aves do que em mamíferos de tamanho corporal similar. Este resultado está de acordo com a hipótese da longevidade e contradiz a hipótese de uma taxa de mutação dependente da taxa metabólica. As aves não mostram vestígios de seleção adaptativa nos padrões evolutivos da citocromo b, mas também não há ligação entre estimativas diretas do tamanho da população e a diversidade da citocromo b. A taxa de mutação é o melhor preditor que temos da diversidade mitocondrial intraespecífica em aves. Ela explica parcialmente as diferenças nos padrões de diversidade do DNA mitocondrial observadas entre mamíferos e aves, anteriormente interpretadas como refletindo interferências de Hill-Robertson com o cromossomo W. CONCLUSÃO: Os padrões de diversidade do DNA mitocondrial em aves são fortemente influenciados pela ampla e inesperada variação da taxa de mutação entre espécies. Do ponto de vista fundamental, esses resultados são fortemente consistentes com uma relação entre a longevidade máxima das espécies e a taxa de mutação mitocondrial, de acordo com a teoria mitocondrial do envelhecimento. Do ponto de vista aplicado, este estudo reforça e estende a mensagem de cautela anteriormente expressa para mamíferos: os dados mitocondriais não dizem nada sobre os tamanhos populacionais das espécies e se afastam fortemente da suposição do relógio molecular.

@article{doi10118614712148954,
    author = "Nabholz, Benoît and Glémin, Sylvain and Galtier, Nicolas",
    title = "The erratic mitochondrial clock: variations of mutation rate, not population size, affect mtDNA diversity across birds and mammals",
    year = "2009",
    journal = "BMC Evolutionary Biology",
    abstract = "FUNDO: Durante a última década, foram feitos avanços significativos na caracterização e compreensão da evolução do DNA mitocondrial, o marcador mais popular da biodiversidade molecular. Vários resultados importantes foram recentemente relatados usando mamíferos como organismos modelo, incluindo (i) a ausência de relação entre a diversidade do DNA mitocondrial e variáveis de história de vida ou ecológicas, (ii) a ausência de seleção adaptativa proeminente, ao contrário do que foi encontrado em invertebrados, e (iii) a inesperadamente grande variação na taxa de substituição neutra entre linhagens, revelando uma possível ligação com a longevidade máxima das espécies. Propomos desafiar esses resultados graças à comparação ave/mamífero. Estimativas diretas do tamanho da população estão disponíveis em aves, e este grupo apresenta diferenças marcantes nas características de história de vida em comparação com mamíferos (taxa metabólica específica de massa mais alta e maior longevidade). Essas propriedades tornam as aves o modelo ideal para testar diretamente os efeitos do tamanho da população e discriminar entre hipóteses concorrentes sobre as causas da variação na taxa de substituição. RESULTADOS: Uma análise filogenética da terceira posição do códon da citocromo b confirma que a taxa de mutação do DNA mitocondrial é bastante variável em aves, com os passeriformes sendo a ordem que evolui mais rapidamente. Em média, o DNA mitocondrial evolui mais lentamente em aves do que em mamíferos de tamanho corporal similar. Este resultado está de acordo com a hipótese da longevidade e contradiz a hipótese de uma taxa de mutação dependente da taxa metabólica. As aves não mostram vestígios de seleção adaptativa nos padrões evolutivos da citocromo b, mas também não há ligação entre estimativas diretas do tamanho da população e a diversidade da citocromo b. A taxa de mutação é o melhor preditor que temos da diversidade mitocondrial intraespecífica em aves. Ela explica parcialmente as diferenças nos padrões de diversidade do DNA mitocondrial observadas entre mamíferos e aves, anteriormente interpretadas como refletindo interferências de Hill-Robertson com o cromossomo W. CONCLUSÃO: Os padrões de diversidade do DNA mitocondrial em aves são fortemente influenciados pela ampla e inesperada variação da taxa de mutação entre espécies. Do ponto de vista fundamental, esses resultados são fortemente consistentes com uma relação entre a longevidade máxima das espécies e a taxa de mutação mitocondrial, de acordo com a teoria mitocondrial do envelhecimento. Do ponto de vista aplicado, este estudo reforça e estende a mensagem de cautela anteriormente expressa para mamíferos: os dados mitocondriais não dizem nada sobre os tamanhos populacionais das espécies e se afastam fortemente da suposição do relógio molecular.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1471-2148-9-54",
    doi = "10.1186/1471-2148-9-54",
    openalex = "W2004746898",
    references = "openalexw1904943263"
}

A extinção dos dinossauros na fronteira Cretáceo/Paleogeno (K/Pg) foi o evento seminal que abriu a porta para a subsequente diversificação dos mamíferos terrestres. Nossa compilação do tamanho corporal máximo no nível ordinal por sub-época mostra um aumento quase exponencial após o K/Pg. Em cada continente, o tamanho máximo dos mamíferos estabilizou-se após 40 milhões de anos atrás e, a partir daí, permaneceu aproximadamente constante. Houve uma notável congruência na taxa, trajetória e limite superior entre continentes, ordens e guildas tróficas, apesar das diferenças na história geológica e climática, turnover de linhagens e variação ecológica. Nossa análise sugere que, embora o principal motor para a evolução de mamíferos gigantes tenha sido a diversificação para preencher nichos ecológicos, a temperatura ambiental e a área de terra podem ter limitado, em última análise, o tamanho máximo alcançado.

@article{doi101126science1194830,
    author = "Smith, Felisa A. e Boyer, Alison G. e Brown, James H. e Costa, Daniel P. e Dayan, Tamar e Ernest, S. K. Morgan e Evans, Alistair R. e Fortelius, Mikael e Gittleman, John L. e Hamilton, Marcus J. e Harding, Larisa E. e Lintulaakso, Kari e Lyons, S. Kathleen e McCain, Christy M. e Okie, Jordan G. e Saarinen, Juha e Sibly, Richard M. e Stephens, Patrick R. e Theodor, Jessica M. e Uhen, Mark D.",
    title = "A Evolução do Tamanho Corporal Máximo de Mamíferos Terrestres",
    year = "2010",
    journal = "Science",
    abstract = "A extinção dos dinossauros na fronteira Cretáceo/Paleogeno (K/Pg) foi o evento seminal que abriu a porta para a subsequente diversificação dos mamíferos terrestres. Nossa compilação do tamanho corporal máximo no nível ordinal por sub-época mostra um aumento quase exponencial após o K/Pg. Em cada continente, o tamanho máximo dos mamíferos estabilizou-se após 40 milhões de anos atrás e, a partir daí, permaneceu aproximadamente constante. Houve uma notável congruência na taxa, trajetória e limite superior entre continentes, ordens e guildas tróficas, apesar das diferenças na história geológica e climática, turnover de linhagens e variação ecológica. Nossa análise sugere que, embora o principal motor para a evolução de mamíferos gigantes tenha sido a diversificação para preencher nichos ecológicos, a temperatura ambiental e a área de terra podem ter limitado, em última análise, o tamanho máximo alcançado.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1194830",
    doi = "10.1126/science.1194830",
    openalex = "W2078822756",
    references = "doi101017s0022336000059126, doi101038324148a0, doi101038nature03102, doi101038nature06277, doi101073pnas251548698, doi101371journalpbio0050022"
}

Os dípteros são uma das quatro superradiações de insetos (juntamente com besouros, vespas e mariposas) que representam a maioria da vida animal na Terra. Os Díptera incluem espécies conhecidas por sua ubiquidade (Musca domestica, mosca doméstica), seu papel como pragas (Anopheles gambiae, mosquito da malária) e seu valor como organismos modelo em todas as ciências biológicas (Drosophila melanogaster). Uma filogenia resolvida para dípteros fornece um quadro para estudos genômicos, de desenvolvimento e evolutivos, facilitando comparações entre organismos modelo, embora pesquisas recentes tenham sugerido que as relações entre dípteros tenham sido ofuscadas por múltiplos episódios de rápida diversificação. Fornecemos uma estimativa filogenômica das relações entre dípteros baseada em moléculas e morfologia de 149 das 157 famílias, incluindo 30 kb de 14 loci nucleares e genomas mitocondriais completos combinados com 371 caracteres morfológicos. Múltiplas análises mostram suporte para grupos tradicionais (Brachycera, Cyclorrhapha e Schizophora) e corroboram achados controversos, como a anomalia dos Deuterophlebiidae como grupo-irmão de todos os dípteros remanescentes. Nossos achados revelam que os parentes mais próximos dos Drosophilidae são parasitas altamente modificados (incluindo os Braulidae alados) de abelhas e outros insetos. Além disso, usamos micro-RNAs para resolver um nó com implicações para a evolução do desenvolvimento embrionário nos Díptera. Demonstramos que os dípteros experimentaram três episódios de rápida radiação – dípteros inferiores (220 Ma), brachiceros inferiores (180 Ma) e Schizophora (65 Ma) – e uma série de transições de história de vida para hematofagia, fitofagia e parasitismo na história da evolução dos dípteros ao longo de 260 milhões de anos.

@article{doi101073pnas1012675108,
    author = "Wiegmann, Brian M. e Trautwein, Michelle e Winkler, Isaac S. e Barr, Norman B. e Kim, Jungwook e Lambkin, Christine L. e Bertone, Matthew A. e Cassel, Brian K. e Bayless, Keith M. e Heimberg, Alysha M. e Wheeler, Benjamin M. e Peterson, Kevin J. e Pape, Thomas e Sinclair, Bradley J. e Skevington, Jeffrey H. e Blagoderov, Vladimir e Caravas, Jason e Kutty, Sujatha Narayanan e Schmidt‐Ott, Urs e Kampmeier, Gail E. e Thompson, F. Christian e Grimaldi, David A. e Beckenbach, Andrew T. e Courtney, Gregory W. e Friedrich, Markus e Meier, Rudolf e Yeates, David K.",
    title = "Radiações episódicas na árvore da vida dos dípteros",
    year = "2011",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Os dípteros são uma das quatro superradiações de insetos (juntamente com besouros, vespas e mariposas) que representam a maioria da vida animal na Terra. Os Díptera incluem espécies conhecidas por sua ubiquidade (Musca domestica, mosca doméstica), seu papel como pragas (Anopheles gambiae, mosquito da malária) e seu valor como organismos modelo em todas as ciências biológicas (Drosophila melanogaster). Uma filogenia resolvida para dípteros fornece um quadro para estudos genômicos, de desenvolvimento e evolutivos, facilitando comparações entre organismos modelo, embora pesquisas recentes tenham sugerido que as relações entre dípteros tenham sido ofuscadas por múltiplos episódios de rápida diversificação. Fornecemos uma estimativa filogenômica das relações entre dípteros baseada em moléculas e morfologia de 149 das 157 famílias, incluindo 30 kb de 14 loci nucleares e genomas mitocondriais completos combinados com 371 caracteres morfológicos. Múltiplas análises mostram suporte para grupos tradicionais (Brachycera, Cyclorrhapha e Schizophora) e corroboram achados controversos, como a anomalia dos Deuterophlebiidae como grupo-irmão de todos os dípteros remanescentes. Nossos achados revelam que os parentes mais próximos dos Drosophilidae são parasitas altamente modificados (incluindo os Braulidae alados) de abelhas e outros insetos. Além disso, usamos micro-RNAs para resolver um nó com implicações para a evolução do desenvolvimento embrionário nos Díptera. Demonstramos que os dípteros experimentaram três episódios de rápida radiação – dípteros inferiores (220 Ma), brachiceros inferiores (180 Ma) e Schizophora (65 Ma) – e uma série de transições de história de vida para hematofagia, fitofagia e parasitismo na história da evolução dos dípteros ao longo de 260 milhões de anos.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1012675108",
    doi = "10.1073/pnas.1012675108",
    openalex = "W1994589056",
    references = "doi101073pnas1001225107, doi101093acprofoso97801995494290030015, doi101111j14754983200600612x, openalexw1900040508"
}

Árvores filogenéticas de espécies atuais permitem investigar a taxa de evolução que levou à diversidade atual. Uma análise recente da filogenia de mamíferos desafiou a visão de uma evolução explosiva de mamíferos após a fronteira Cretáceo-Terciário (K/T) (65 Mya). No entanto, devido à falta de métodos apropriados, as taxas de diversificação (especiação menos extinção) no passado mais recente da evolução dos mamíferos não puderam ser determinadas. Neste artigo, apresento um método que revela que o ritmo da evolução dos mamíferos não mudou até ∼33 Mya. Este período constante foi seguido por um pico de taxas de diversificação entre 33 e 30 Mya. A partir daí, as taxas de diversificação permaneceram altas e constantes até 8,55 Mya. As taxas de diversificação declinaram significativamente em 8,55 e 3,35 Mya. A investigação de subgrupos de mamíferos (marsupiais, placentários e os seis maiores subgrupos placentários) revela que o pico de taxa de diversificação em 33–30 Mya é impulsionado principalmente por roedores, cetartiodactyla e marsupiais. A recente diminuição na taxa de diversificação é significativa para todos os subgrupos analisados, exceto eulipotyphla, cetartiodactyla e primatas. Minha abordagem de verossimilhança não se limita à evolução dos mamíferos. Ela fornece um quadro robusto para inferir mudanças nas taxas de diversificação e eventos de extinção em massa em filogenias, reconstruídas, por exemplo, a partir de espécies atuais ou dados de vírus. Em particular, o método é muito robusto em relação ao ruído e à incerteza na filogenia e pode levar em conta a amostragem incompleta de táxons.

@article{doi101073pnas1016876108,
    author = "Stadler, Tanja",
    title = "Mammalian phylogeny reveals recent diversification rate shifts",
    year = "2011",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "Árvores filogenéticas de espécies atuais permitem investigar a taxa de evolução que levou à diversidade atual. Uma análise recente da filogenia de mamíferos desafiou a visão de uma evolução explosiva de mamíferos após a fronteira Cretáceo-Terciário (K/T) (65 Mya). No entanto, devido à falta de métodos apropriados, as taxas de diversificação (especiação menos extinção) no passado mais recente da evolução dos mamíferos não puderam ser determinadas. Neste artigo, apresento um método que revela que o ritmo da evolução dos mamíferos não mudou até ∼33 Mya. Este período constante foi seguido por um pico de taxas de diversificação entre 33 e 30 Mya. A partir daí, as taxas de diversificação permaneceram altas e constantes até 8,55 Mya. As taxas de diversificação declinaram significativamente em 8,55 e 3,35 Mya. A investigação de subgrupos de mamíferos (marsupiais, placentários e os seis maiores subgrupos placentários) revela que o pico de taxa de diversificação em 33–30 Mya é impulsionado principalmente por roedores, cetartiodactyla e marsupiais. A recente diminuição na taxa de diversificação é significativa para todos os subgrupos analisados, exceto eulipotyphla, cetartiodactyla e primatas. Minha abordagem de verossimilhança não se limita à evolução dos mamíferos. Ela fornece um quadro robusto para inferir mudanças nas taxas de diversificação e eventos de extinção em massa em filogenias, reconstruídas, por exemplo, a partir de espécies atuais ou dados de vírus. Em particular, o método é muito robusto em relação ao ruído e à incerteza na filogenia e pode levar em conta a amostragem incompleta de táxons.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1016876108",
    doi = "10.1073/pnas.1016876108",
    openalex = "W1986740368"
}

Análises anteriores das relações, tempos de divergência e padrões de diversificação entre famílias de mamíferos existentes basearam-se em métodos de supertree e relógios moleculares locais. Construímos uma supermatriz molecular para famílias de mamíferos e analisamos esses dados com métodos baseados em verossimilhança e relógios moleculares relaxados. As análises filogenéticas resultaram em uma filogenia robusta com melhor resolução do que as filogenias provenientes de métodos de supertree. As análises de relógio relaxado apoiam o modelo de diversificação de longo atraso e destacam a importância de incluir múltiplas calibrações fóssis espalhadas pela árvore. Árvores temporais moleculares e análises de diversificação sugerem papéis importantes da Revolução Terrestre do Cretáceo e da extinção em massa do Cretáceo-Paleogeno (KPg) na abertura de espaço ecológico que promoveu, respectivamente, a diversificação interordinal e intraordinal. Por contraste, as análises de diversificação não fornecem suporte para a hipótese concernente ao atraso no surgimento dos mamíferos atuais durante o Período Eoceno.

@article{doi101126science1211028,
    author = "Meredith, Robert W. e Janečka, Jan E. e Gatesy, John e Ryder, Oliver A. e Fisher, Colleen A. e Teeling, Emma C. e Goodbla, Alisha e Eizirik, Eduardo e Simão, Taiz L. L. e Stadler, Tanja e Rabosky, Daniel L. e Honeycutt, Rodney L. e Flynn, John J. e Ingram, Colleen M. e Steiner, Cynthia e Williams, Tiffani L. e Robinson, Terence J. e Burk-Herrick, Angela e Westerman, Michael e Ayoub, Nadia A. e Springer, Mark S. e Murphy, William J.",
    title = "Impactos da Revolução Terrestre do Cretáceo e da Extinção KPg na Diversificação de Mamíferos",
    year = "2011",
    journal = "Science",
    abstract = "Análises anteriores das relações, tempos de divergência e padrões de diversificação entre famílias de mamíferos existentes basearam-se em métodos de supertree e relógios moleculares locais. Construímos uma supermatriz molecular para famílias de mamíferos e analisamos esses dados com métodos baseados em verossimilhança e relógios moleculares relaxados. As análises filogenéticas resultaram em uma filogenia robusta com melhor resolução do que as filogenias provenientes de métodos de supertree. As análises de relógio relaxado apoiam o modelo de diversificação de longo atraso e destacam a importância de incluir múltiplas calibrações fóssis espalhadas pela árvore. Árvores temporais moleculares e análises de diversificação sugerem papéis importantes da Revolução Terrestre do Cretáceo e da extinção em massa do Cretáceo-Paleogeno (KPg) na abertura de espaço ecológico que promoveu, respectivamente, a diversificação interordinal e intraordinal. Por contraste, as análises de diversificação não fornecem suporte para a hipótese concernente ao atraso no surgimento dos mamíferos atuais durante o Período Eoceno.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1211028",
    doi = "10.1126/science.1211028",
    openalex = "W2140803428",
    references = "doi101016jtree200610002, doi101023a1011317930838, doi101038381226a0, doi101038nature05634, doi101038nature09705, doi101038nature10291, doi101073pnas0334222100, doi101073pnas1016876108, doi101093sysbiosyp031, doi101101gr5918807, doi101126science1067179, doi101353book59141"
}

Estruturas complexas com função biológica significativa podem surgir múltiplas vezes na evolução por meio de padrões gênicos comuns e vias de desenvolvimento. O ouvido médio dos mamíferos, com sua significativa função auditiva, é uma estrutura complexa desse tipo e uma inovação evolutiva chave. Fóssis recém-descobertos agora mostraram que a separação do ouvido da mandíbula, uma transformação importante do ouvido médio nos mamíferos primitivos, apresenta grandes homoplasias; a morfogênese dessas homoplasias também é elucidada por novos estudos genéticos sobre o desenvolvimento do ouvido em mamíferos existentes. Ao extrapolar a morfogênese do desenvolvimento dos estudos genéticos para o registro fóssil de mamíferos primitivos, a evolução do ouvido médio nos mamíferos primitivos fornece um estudo de caso integrado de como o desenvolvimento impactou, mecanicamente, a transformação de um complexo estrutural importante na evolução.

@article{luo2011developmental,
    author = "Luo, Zhe-Xi",
    title = "Developmental Patterns in Mesozoic Evolution of Mammal Ears",
    year = "2011",
    journal = "Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics",
    abstract = "Complex structures with significant biological function can arise multiple times in evolution by common gene patterning and developmental pathways. The mammalian middle ear, with its significant hearing function, is such a complex structure and a key evolutionary innovation. Newly discovered fossils have now shown that the detachment of the ear from the jaw, an important transformation of the middle ear in early mammals, has major homoplasies; the morphogenesis of these homoplasies is also illuminated by new genetic studies of ear development in extant mammals. By extrapolating the developmental morphogenesis of genetic studies into the early mammal fossil record, evolution of the middle ear in early mammals provides an integrated case study of how development has impacted, mechanistically, the transformation of a major structural complex in evolution.",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev-ecolsys-032511-142302",
    doi = "10.1146/annurev-ecolsys-032511-142302",
    number = "1",
    openalex = "W2160809000",
    pages = "355-380",
    volume = "42",
    references = "doi101002dvdy20833, doi101038142004a0, doi101038nature05634, doi101038nature06277, doi10108002724634198810011708, doi101242dev00505, doi101242dev122103229, doi1023071445584, doi107312kiel11918, openalexw1933280692"
}

A reconstrução da Árvore da Vida baseou-se quase inteiramente em métodos de concatenação, que não acomodam a heterogeneidade das árvores gênicas, uma propriedade que simulações e teoria identificaram como uma provável causa de filogenias incongruentes. No entanto, essa incongruência ainda não foi demonstrada em estudos empíricos. Várias relações-chave entre mamíferos euterianos permanecem controversas e conflitantes entre estudos anteriores, incluindo a raiz da árvore euteriana e as relações dentro de Euarchontoglires e Laurasiatheria. Tanto a análise bayesiana quanto a de máxima verossimilhança de dados em escala genômica de 447 genes nucleares de 37 espécies mostram que os métodos de concatenação realmente produzem forte incongruência na filogenia dos mamíferos euterianos, conforme revelado por análises de subamostragem de loci e táxons, que produziram topologias fortemente conflitantes. Em contraste, os métodos de coalescência, que acomodam a heterogeneidade das árvores gênicas, produzem uma filogenia que é robusta à variável amostragem de genes e táxons e é congruente com dados geográficos. Os dados também demonstram que a ordenação incompleta de linhagens, uma fonte principal de heterogeneidade das árvores gênicas, é relevante para filogenias de nível profundo, como aquelas entre mamíferos euterianos. Nossos resultados colocam firmemente a raiz euteriana entre Atlantogenata e Boreoeutheria e apoiam a polifilia dos ungulados e uma relação de grupo-irmão entre Scandentia e Primates. Este estudo demonstra que a incongruência introduzida pelos métodos de concatenação é uma causa principal da incerteza de longa data na filogenia dos mamíferos euterianos, e o mesmo pode se aplicar a outros clados. Nossas análises sugerem que tal incongruência pode ser resolvida usando dados filogenômicos e métodos de coalescência que lidam explicitamente com a heterogeneidade das árvores gênicas.

@article{doi101073pnas1211733109,
    author = "Song, Sen and Liu, Liang and Edwards, Scott V. and Wu, Shaoyuan",
    title = "Resolving conflict in eutherian mammal phylogeny using phylogenomics and the multispecies coalescent model",
    year = "2012",
    journal = "Proceedings of the National Academy of Sciences",
    abstract = "A reconstrução da Árvore da Vida baseou-se quase inteiramente em métodos de concatenação, que não acomodam a heterogeneidade das árvores gênicas, uma propriedade que simulações e teoria identificaram como uma provável causa de filogenias incongruentes. No entanto, essa incongruência ainda não foi demonstrada em estudos empíricos. Várias relações-chave entre mamíferos euterianos permanecem controversas e conflitantes entre estudos anteriores, incluindo a raiz da árvore euteriana e as relações dentro de Euarchontoglires e Laurasiatheria. Tanto a análise bayesiana quanto a de máxima verossimilhança de dados em escala genômica de 447 genes nucleares de 37 espécies mostram que os métodos de concatenação realmente produzem forte incongruência na filogenia dos mamíferos euterianos, conforme revelado por análises de subamostragem de loci e táxons, que produziram topologias fortemente conflitantes. Em contraste, os métodos de coalescência, que acomodam a heterogeneidade das árvores gênicas, produzem uma filogenia que é robusta à variável amostragem de genes e táxons e é congruente com dados geográficos. Os dados também demonstram que a ordenação incompleta de linhagens, uma fonte principal de heterogeneidade das árvores gênicas, é relevante para filogenias de nível profundo, como aquelas entre mamíferos euterianos. Nossos resultados colocam firmemente a raiz euteriana entre Atlantogenata e Boreoeutheria e apoiam a polifilia dos ungulados e uma relação de grupo-irmão entre Scandentia e Primates. Este estudo demonstra que a incongruência introduzida pelos métodos de concatenação é uma causa principal da incerteza de longa data na filogenia dos mamíferos euterianos, e o mesmo pode se aplicar a outros clados. Nossas análises sugerem que tal incongruência pode ser resolvida usando dados filogenômicos e métodos de coalescência que lidam explicitamente com a heterogeneidade das árvores gênicas.",
    url = "https://doi.org/10.1073/pnas.1211733109",
    doi = "10.1073/pnas.1211733109",
    openalex = "W2124511083",
    references = "doi101101gr5918807"
}

FUNDO: O tamanho corporal está intimamente relacionado à fisiologia e ecologia de um organismo. Portanto, estimativas precisas e consistentes de massa corporal são essenciais para inferir numerosos aspectos da paleobiologia em táxons extintos e investigar padrões evolutivos e ecológicos em grande escala na história da vida. As relações de escala entre medições esqueléticas e massa corporal em aves e mamíferos são comumente usadas para prever a massa corporal em membros extintos desses clados de coroa, mas a aplicabilidade desses modelos para prever massa em táxons de caule mais distantes, como dinossauros não avianos e sinápsides não mamíferos, tem sido criticada sob aspectos biomecânicos. Aqui, testamos as principais críticas aos métodos de escala para estimar massa corporal usando um conjunto de dados extenso de espécies mamíferas e reptilianas não avianas derivadas de esqueletos individuais com pesos vivos. RESULTADOS: Diferenças significativas na escala dos membros de mamíferos e répteis são observadas em comparações de proporções de membros e comprimento dos membros com massa corporal. Notavelmente, no entanto, a relação entre a circunferência dos ossos proximais (stylopodial) dos membros e a massa corporal é altamente conservada em mamíferos e répteis terrestres atuais, apesar de suas posturas de membros, gaivotas e histórias filogenéticas distintas. Como resultado, somos capazes de rejeitar conclusivamente as principais críticas aos métodos de escala que questionam a aplicabilidade de uma equação de escala universal para estimar massa corporal em táxons distantes. CONCLUSÕES: A natureza conservada da relação entre a circunferência stylopodial e a massa corporal sugere que a circunferência mínima diafisária dos principais ossos de sustentação de peso é apenas fracamente influenciada pelas forças variadas exercidas nos membros (ou seja, compressão ou torção) e mais fortemente relacionada à massa do animal. Portanto, nossos resultados fornecem uma estrutura robusta, corrigida filogeneticamente e muito necessária para a estimativa precisa e consistente da massa corporal em quadrúpedes terrestres extintos, o que é importante para uma ampla gama de estudos paleobiológicos (incluindo taxas de crescimento, metabolismo e energética) e meta-análises da evolução do tamanho corporal.

@article{doi101186174170071060,
    author = "Campione, Nicolás E. e Evans, David C.",
    title = "A universal scaling relationship between body mass and proximal limb bone dimensions in quadrupedal terrestrial tetrapods",
    year = "2012",
    journal = "BMC Biology",
    abstract = "FUNDO: O tamanho corporal está intimamente relacionado à fisiologia e ecologia de um organismo. Portanto, estimativas precisas e consistentes de massa corporal são essenciais para inferir numerosos aspectos da paleobiologia em táxons extintos e investigar padrões evolutivos e ecológicos em grande escala na história da vida. As relações de escala entre medições esqueléticas e massa corporal em aves e mamíferos são comumente usadas para prever a massa corporal em membros extintos desses clados de coroa, mas a aplicabilidade desses modelos para prever massa em táxons de caule mais distantes, como dinossauros não avianos e sinápsides não mamíferos, tem sido criticada sob aspectos biomecânicos. Aqui, testamos as principais críticas aos métodos de escala para estimar massa corporal usando um conjunto de dados extenso de espécies mamíferas e reptilianas não avianas derivadas de esqueletos individuais com pesos vivos. RESULTADOS: Diferenças significativas na escala dos membros de mamíferos e répteis são observadas em comparações de proporções de membros e comprimento dos membros com massa corporal. Notavelmente, no entanto, a relação entre a circunferência dos ossos proximais (stylopodial) dos membros e a massa corporal é altamente conservada em mamíferos e répteis terrestres atuais, apesar de suas posturas de membros, gaivotas e histórias filogenéticas distintas. Como resultado, somos capazes de rejeitar conclusivamente as principais críticas aos métodos de escala que questionam a aplicabilidade de uma equação de escala universal para estimar massa corporal em táxons distantes. CONCLUSÕES: A natureza conservada da relação entre a circunferência stylopodial e a massa corporal sugere que a circunferência mínima diafisária dos principais ossos de sustentação de peso é apenas fracamente influenciada pelas forças variadas exercidas nos membros (ou seja, compressão ou torção) e mais fortemente relacionada à massa do animal. Portanto, nossos resultados fornecem uma estrutura robusta, corrigida filogeneticamente e muito necessária para a estimativa precisa e consistente da massa corporal em quadrúpedes terrestres extintos, o que é importante para uma ampla gama de estudos paleobiológicos (incluindo taxas de crescimento, metabolismo e energética) e meta-análises da evolução do tamanho corporal.",
    url = "https://doi.org/10.1186/1741-7007-10-60",
    doi = "10.1186/1741-7007-10-60",
    openalex = "W2053913541",
    references = "christiansen2004mass, doi101016jympev200706018, doi101017cbo9780511608551, doi101017s1464793106007007, doi101086284325, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093sysbio41118, doi101111j146979981985tb04915x, doi101111j251761611995tb02031x, doi101126science1061967, doi101159000452856, doi103998mpub9690664, doi105860choice290302, doi105860choice490282, openalexw1558456135, openalexw2611511275"
}

Montamos um conjunto de dados de 192 espécies cuidadosamente selecionadas—51 extintas e 141 existentes—e 976 apomorfias distribuídas entre 610 caracteres fenotípicos para investigar a filogenia dos Squamata ("lagartos", incluindo cobras e amfisbianos). Esses dados permitiram-nos inferir uma árvore muito semelhante àquelas derivadas de análises morfológicas anteriores, mas com melhor suporte para alguns clados chave. Existem também vários elementos novos, alguns dos quais representam rupturas marcantes das ideias tradicionais sobre a evolução dos lagartos (por exemplo, que mosossauros e poliglifanodontianos estão no caule escleroglossano, em vez de serem partes da coroa, e relacionados a varanoides e teídeos, respectivamente). Lagartos fósseis de corpo longo, membros reduzidos e "semelhantes a cobras"—notadamente dibamídeos, amfisbianos e cobras—foram e continuam a ser a principal fonte de conflito de caracteres na filogenética morfológica dos squamata. Lagartos carnívoros (especialmente cobras, mosossauros e varanoides) provaram ser um segundo lugar muito próximo. Dados genéticos, presumivelmente menos onerados pelo potencial de convergência adaptativa relacionada à fossorialidade, esperava-se que resolvessem esses conflitos. Embora as filogenias genéticas recentes pareçam fazê-lo, elas também diferem radicalmente de qualquer filogenia baseada no fenótipo, especialmente para as divergências da coroa dos squamata mais antigas que ocorreram durante a segunda metade do Mesozoico. Nosso estudo baseou-se em espécimes tradicionalmente preparados, bem como em varreduras de tomografia computadorizada de alta resolução que proporcionaram acesso sem precedentes à anatomia craniana dos Squamata. Isso, juntamente com a inclusão de fósseis do caule, forneceu uma amostra sem igual do fenótipo, permitindo-nos explorar mais plenamente as incongruências extremas entre topologias moleculares e morfológicas para a árvore da vida dos squamata. Apesar deste extenso novo banco de dados, não conseguimos encontrar suporte morfológico para a grande reorganização das divergências profundas nos Squamata proposta por estudos moleculares recentes. Em vez disso, nossos dados fortemente apoiam a mesma topologia fundamental sugerida pela maioria dos estudos morfológicos anteriores—uma divisão basal Iguania-Scleroglossa, uma relação de grupo-irmão entre Gekkota e Autarchoglossa, e a divergência entre Anguimorpha e Scincomorpha—e documentam o grau extremo de homoplasia morfológica exigido por aquelas topologias moleculares.

@article{doi1033740140530101,
    author = "Gauthier, Jacques A. e Kearney, Maureen e Maisano, Jessica A. e Rieppel, Olivier e Behlke, Adam D.",
    title = "Montando a Árvore da Vida dos Squamata: Perspectivas do Fenótipo e do Registro Fóssil",
    year = "2012",
    journal = "Bulletin of the Peabody Museum of Natural History",
    abstract = "Montamos um conjunto de dados de 192 espécies cuidadosamente selecionadas—51 extintas e 141 existentes—e 976 apomorfias distribuídas entre 610 caracteres fenotípicos para investigar a filogenia dos Squamata ("lagartos", incluindo cobras e amfisbianos). Esses dados permitiram-nos inferir uma árvore muito semelhante àquelas derivadas de análises morfológicas anteriores, mas com melhor suporte para alguns clados chave. Existem também vários elementos novos, alguns dos quais representam rupturas marcantes das ideias tradicionais sobre a evolução dos lagartos (por exemplo, que mosossauros e poliglifanodontianos estão no caule escleroglossano, em vez de serem partes da coroa, e relacionados a varanoides e teídeos, respectivamente). Lagartos fósseis de corpo longo, membros reduzidos e "semelhantes a cobras"—notadamente dibamídeos, amfisbianos e cobras—foram e continuam a ser a principal fonte de conflito de caracteres na filogenética morfológica dos squamata. Lagartos carnívoros (especialmente cobras, mosossauros e varanoides) provaram ser um segundo lugar muito próximo. Dados genéticos, presumivelmente menos onerados pelo potencial de convergência adaptativa relacionada à fossorialidade, esperava-se que resolvessem esses conflitos. Embora as filogenias genéticas recentes pareçam fazê-lo, elas também diferem radicalmente de qualquer filogenia baseada no fenótipo, especialmente para as divergências da coroa dos squamata mais antigas que ocorreram durante a segunda metade do Mesozoico. Nosso estudo baseou-se em espécimes tradicionalmente preparados, bem como em varreduras de tomografia computadorizada de alta resolução que proporcionaram acesso sem precedentes à anatomia craniana dos Squamata. Isso, juntamente com a inclusão de fósseis do caule, forneceu uma amostra sem igual do fenótipo, permitindo-nos explorar mais plenamente as incongruências extremas entre topologias moleculares e morfológicas para a árvore da vida dos squamata. Apesar deste extenso novo banco de dados, não conseguimos encontrar suporte morfológico para a grande reorganização das divergências profundas nos Squamata proposta por estudos moleculares recentes. Em vez disso, nossos dados fortemente apoiam a mesma topologia fundamental sugerida pela maioria dos estudos morfológicos anteriores—uma divisão basal Iguania-Scleroglossa, uma relação de grupo-irmão entre Gekkota e Autarchoglossa, e a divergência entre Anguimorpha e Scincomorpha—e documentam o grau extremo de homoplasia morfológica exigido por aquelas topologias moleculares.",
    url = "https://doi.org/10.3374/014.053.0101",
    doi = "10.3374/014.053.0101",
    openalex = "W2126709923",
    references = "doi101093nqs5vi146318i, doi101111j109636421978tb00376x, doi101126science2562999, doi105281zenodo16435343, openalexw78510971"
}

@article{doi101038nature12429,
    author = "Zhou, Chang‐Fu e Wu, Shaoyuan e Martin, Thomas e Luo, Zhe‐Xi",
    title = "Um mamaliaforme do Jurássico e as primeiras adaptações evolutivas mamíferas",
    year = "2013",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature12429",
    doi = "10.1038/nature12429",
    openalex = "W2038978417",
    references = "doi101038nature05627, luo2011developmental"
}

A evolução é geralmente considerada que ocorre através da divergência de genes, proteínas e, em última análise, fenótipos. No entanto, traços semelhantes também podem evoluir convergentemente em táxons não relacionados devido a pressões seletivas semelhantes. A convergência fenotípica adaptativa é generalizada na natureza, e resultados recentes de vários genes sugeriram que este fenómeno é poderoso o suficiente para também conduzir evolução recorrente ao nível da sequência. Onde substituições homoplásicas ocorrem, estas foram por muito tempo consideradas o resultado de processos neutros. No entanto, estudos recentes demonstraram que a evolução convergente adaptativa de sequências pode ser detetada em vertebrados utilizando métodos estatísticos que modelam a evolução paralela, embora a extensão à qual a convergência de sequências entre géneros ocorre em genomas seja desconhecida. Aqui analisamos dados de sequências genómicas em mamíferos que evoluíram independentemente a ecolocalização e mostramos que a convergência não é um processo raro restrito a vários loci, mas é em vez disso generalizada, continuamente distribuída e comumente impulsionada pela seleção natural atuando sobre um pequeno número de sítios por locus. Analises sistemáticas da evolução convergente de sequências em 805.053 aminoácidos dentro de 2.326 sequências de genes codificantes ortólogos comparadas em 22 mamíferos (incluindo quatro genomas de morcego recém-sequenciados) revelaram assinaturas consistentes com convergência em quase 200 loci. Forte e significativa apoio para convergência entre morcegos e o golfinho-como foi visto em numerosos genes ligados à audição ou surdez, consistente com uma envolvimento na ecolocalização. Esperadamente, também encontramos convergência em muitos genes ligados à visão: o sinal convergente de muitos genes sensoriais foi robustamente correlacionado com a força da seleção natural. Esta primeira tentativa de detetar evolução convergente de sequências em escala genómica através de táxons divergentes revela o fenómeno ser muito mais pervasivo do que anteriormente reconhecido.

@article{doi101038nature12511,
    author = "Parker, Joe e Tsagkogeorga, Georgia e Cotton, James A. e Liu, Yuan e Provero, Paolo e Stupka, Elia e Rossiter, Stephen J.",
    title = "Assinaturas em escala genómica de evolução convergente em mamíferos ecolocalizadores",
    year = "2013",
    journal = "Nature",
    abstract = "A evolução é geralmente considerada que ocorre através da divergência de genes, proteínas e, em última análise, fenótipos. No entanto, traços semelhantes também podem evoluir convergentemente em táxons não relacionados devido a pressões seletivas semelhantes. A convergência fenotípica adaptativa é generalizada na natureza, e resultados recentes de vários genes sugeriram que este fenómeno é poderoso o suficiente para também conduzir evolução recorrente ao nível da sequência. Onde substituições homoplásicas ocorrem, estas foram por muito tempo consideradas o resultado de processos neutros. No entanto, estudos recentes demonstraram que a evolução convergente adaptativa de sequências pode ser detetada em vertebrados utilizando métodos estatísticos que modelam a evolução paralela, embora a extensão à qual a convergência de sequências entre géneros ocorre em genomas seja desconhecida. Aqui analisamos dados de sequências genómicas em mamíferos que evoluíram independentemente a ecolocalização e mostramos que a convergência não é um processo raro restrito a vários loci, mas é em vez disso generalizada, continuamente distribuída e comumente impulsionada pela seleção natural atuando sobre um pequeno número de sítios por locus. Analises sistemáticas da evolução convergente de sequências em 805.053 aminoácidos dentro de 2.326 sequências de genes codificantes ortólogos comparadas em 22 mamíferos (incluindo quatro genomas de morcego recém-sequenciados) revelaram assinaturas consistentes com convergência em quase 200 loci. Forte e significativa apoio para convergência entre morcegos e o golfinho-como foi visto em numerosos genes ligados à audição ou surdez, consistente com uma envolvimento na ecolocalização. Esperadamente, também encontramos convergência em muitos genes ligados à visão: o sinal convergente de muitos genes sensoriais foi robustamente correlacionado com a força da seleção natural. Esta primeira tentativa de detetar evolução convergente de sequências em escala genómica através de táxons divergentes revela o fenómeno ser muito mais pervasivo do que anteriormente reconhecido.",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature12511",
    doi = "10.1038/nature12511",
    openalex = "W2090336802",
    references = "doi101101gr5918807"
}

Para descobrir as relações interordais de mamíferos placentários vivos e fóssis e o tempo de origem dos placentários em relação à fronteira Cretáceo-Paleogeno (K-Pg), avaliamos 4541 caracteres fenômicos de novo para 86 espécies fósseis e vivas. Combinando esses dados com sequências moleculares, obtivemos uma árvore filogenética que, quando calibrada com fósseis, mostra que o clado coroa Placentalia e as ordens de placentários originaram-se após a fronteira K-Pg. Muitos nós descobertos usando dados moleculares são mantidos, mas os sinais fenômicos derrubam os sinais moleculares para mostrar Sundatheria (Dermoptera + Scandentia) como o táxon irmão de Primatas, um vínculo próximo entre Proboscidea (elefantes) e Sirenia (vacas-marinhas), e a monofilia de Chiroptera ecolocalizadores (morcegos). Nossa árvore sugere que Placentalia dividiu-se primeiro em Xenarthra e Epitheria; espécies extintas do Novo Mundo são os membros mais antigos de Afrotheria.

@article{doi101126science1229237,
    author = "O’Leary, Maureen A. e Bloch, Jonathan I. e Flynn, John J. e Gaudin, Timothy J. e Giallombardo, Andres e Giannini, Norberto P. e Goldberg, Suzann L. e Kraatz, Brian e Luo, Zhe‐Xi e Meng, Jin e Ni, Xijun e Novacek, Michael J. e Perini, Fernando A. e Randall, Zachary S. e Rougier, Guillermo W. e Sargis, Eric J. e Silcox, Mary e Simmons, Nancy B. e Spaulding, Michelle e Velazco, Paúl M. e Weksler, Marcelo e Wible, John R. e Cirranello, Andrea L.",
    title = "O Ancestral Mamífero Placentário e a Radiação Pós–K-Pg dos Placentários",
    year = "2013",
    journal = "Science",
    abstract = "Para descobrir as relações interordais de mamíferos placentários vivos e fóssis e o tempo de origem dos placentários em relação à fronteira Cretáceo-Paleogeno (K-Pg), avaliamos 4541 caracteres fenômicos de novo para 86 espécies fósseis e vivas. Combinando esses dados com sequências moleculares, obtivemos uma árvore filogenética que, quando calibrada com fósseis, mostra que o clado coroa Placentalia e as ordens de placentários originaram-se após a fronteira K-Pg. Muitos nós descobertos usando dados moleculares são mantidos, mas os sinais fenômicos derrubam os sinais moleculares para mostrar Sundatheria (Dermoptera + Scandentia) como o táxon irmão de Primatas, um vínculo próximo entre Proboscidea (elefantes) e Sirenia (vacas-marinhas), e a monofilia de Chiroptera ecolocalizadores (morcegos). Nossa árvore sugere que Placentalia dividiu-se primeiro em Xenarthra e Epitheria; espécies extintas do Novo Mundo são os membros mais antigos de Afrotheria.",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.1229237",
    doi = "10.1126/science.1229237",
    openalex = "W1992714434",
    references = "doi101007978146139246016, doi101023a1011317930838, doi10103835054550, doi101038416816a, doi101038nature05634, doi101038nature10291, doi101073pnas0334222100, doi10108002724634198810011708, doi10108002724634199910011129, doi101080106351501753462876, doi10108010635150802429642, doi101093bioinformaticsbtl446, doi101093molbevmsp259, doi101093molbevmss020, doi101093nar22224673, doi101098rstb19920117, doi101109gce20105676129, doi101111j109600311994tb00179x, doi101111j109600311999tb00270x, doi101111j10960031200800217x, doi101126science1067179, doi101126science1105113, doi101126science1154339, doi101126science1211028, doi1012066231, doi101353book59141, doi10166600948373200632236eohiet20co2, doi1023071223169, doi1023071375443, doi105281zenodo18028696, doi107312kiel11918, openalexw2982931797, openalexw78894702"
}

O aumento na riqueza de espécies dos polos aos trópicos, referido como gradiente latitudinal de diversidade, é um dos padrões de biodiversidade mais ubíquos no mundo natural. Embora compreender como as taxas de especiação e extinção variam com a latitude seja central para explicar esse padrão, tais análises têm sido impedidas pela dificuldade de estimar taxas de diversificação associadas a locais geográficos específicos. Aqui, usamos uma abordagem filogenética poderosa e uma filogenia quase completa de mamíferos para estimar taxas de especiação, extinção e dispersão associadas aos biomas tropicais e temperados. No geral, as taxas de especiação são mais altas e as taxas de extinção mais baixas nos trópicos do que em regiões temperadas. A diversidade dos oito ordens mamíferos mais ricos em espécies (cobrindo 92% de todos os mamíferos) atinge o pico nos trópicos, exceto a dos Lagomorpha (lebres, coelhos e pikas), que atinge um máximo em regiões temperadas do norte. Os padrões latitudinais nas taxas de diversificação são notavelmente consistentes com esses padrões de diversidade, com picos de riqueza de espécies associados a baixas taxas de extinção (Primates e Lagomorpha), altas taxas de especiação (Diprotodontia, Artiodactyla e Soricomorpha) ou ambos (Chiroptera e Rodentia). As taxas de expansão de distribuição foram tipicamente mais altas dos trópicos para as regiões temperadas do que na direção oposta, apoiando a hipótese "fora dos trópicos", na qual as espécies originam-se nos trópicos e dispersam para latitudes mais altas. No geral, esses resultados sugerem que as diferenças nas taxas de diversificação desempenharam um papel fundamental na formação do gradiente latitudinal de diversidade moderno em mamíferos e ilustram a utilidade das abordagens filogenéticas recentemente desenvolvidas para compreender esse famoso, porém misterioso, padrão.

@article{doi101371journalpbio1001775,
    author = "Rolland, Jonathan and Condamine, Fabien L. and Jiguet, Frédéric and Morlon, Hélène",
    title = "Faster Speciation and Reduced Extinction in the Tropics Contribute to the Mammalian Latitudinal Diversity Gradient",
    year = "2014",
    journal = "PLoS Biology",
    abstract = {The increase in species richness from the poles to the tropics, referred to as the latitudinal diversity gradient, is one of the most ubiquitous biodiversity patterns in the natural world. Although understanding how rates of speciation and extinction vary with latitude is central to explaining this pattern, such analyses have been impeded by the difficulty of estimating diversification rates associated with specific geographic locations. Here, we use a powerful phylogenetic approach and a nearly complete phylogeny of mammals to estimate speciation, extinction, and dispersal rates associated with the tropical and temperate biomes. Overall, speciation rates are higher, and extinction rates lower, in the tropics than in temperate regions. The diversity of the eight most species-rich mammalian orders (covering 92\% of all mammals) peaks in the tropics, except that of the Lagomorpha (hares, rabbits, and pikas) reaching a maxima in northern-temperate regions. Latitudinal patterns in diversification rates are strikingly consistent with these diversity patterns, with peaks in species richness associated with low extinction rates (Primates and Lagomorpha), high speciation rates (Diprotodontia, Artiodactyla, and Soricomorpha), or both (Chiroptera and Rodentia). Rates of range expansion were typically higher from the tropics to the temperate regions than in the other direction, supporting the "out of the tropics" hypothesis whereby species originate in the tropics and disperse into higher latitudes. Overall, these results suggest that differences in diversification rates have played a major role in shaping the modern latitudinal diversity gradient in mammals, and illustrate the usefulness of recently developed phylogenetic approaches for understanding this famous yet mysterious pattern.},
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1001775",
    doi = "10.1371/journal.pbio.1001775",
    openalex = "W2134936302",
    references = "darlington1959area, doi101016jtree200409011, doi101017cbo9780511623387, doi101038nature05634, doi101038nature11631, doi10108010635150701883881, doi101086282398, doi101086381004, doi101093molbevmss075, doi101126science1229237, doi101186147121481288, doi1023071223169, doi105860choice332720"
}

@article{doi101038nature14905,
    author = "Martin, Thomas e Marugán‐Lobón, Jesús e Vullo, Romain e Martín‐Abad, Hugo e Luo, Zhe‐Xi e Buscalioni, Ángela D.",
    title = "Um eutriconodonto do Cretáceo e evolução do tegumento em mamíferos primitivos",
    year = "2015",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature14905",
    doi = "10.1038/nature14905",
    openalex = "W1907899470",
    references = "luo2011developmental"
}

Dados paleontológicos recentes e novas hipóteses fisiológicas agora permitem uma reconstrução escalada no tempo da evolução da endotermia em aves e mamíferos. Apresenta-se um modelo iterativo de três fases descrevendo como a endotermia evoluiu a partir de ancestrais ectotérmicos do Permiano. Na Primeira Fase, proponho que a elevação da endotermia — metabolismo aumentado e temperatura corporal (Tb) — complementou a homeotermia de grande porte durante o Permiano e o Triássico em resposta aos benefícios de aptidão do desenvolvimento embrionário aprimorado (cuidado parental) e às demandas de atividade de conquistar a terra seca. Proponho que a Segunda Fase começou no Triássico Tardio e no Jurássico e foi marcada por miniaturização extrema do tamanho corporal, evolução de isolamento corporal aprimorado (pelos e penas), aumento do tamanho cerebral, controle termorregulatório e diversidade ecomorfológica aumentada. Sugerimos que a Terceira Fase ocorreu durante o Cretáceo e o Cenozóico e envolveu pulsos endotérmicos associados à evolução do voo batido impulsionado por músculos em aves, cursorialidade terrestre em mamíferos e adaptação climática em resposta ao resfriamento do Cenozóico Tardio tanto em aves quanto em mamíferos. Embora o modelo trifásico argumente por uma evolução iterativa da endotermia em pulsos ao longo do Mesozóico e do Cenozóico, também se argumenta que a endotermia poderia ter sido abandonada a qualquer momento em que um ave ou mamífero não dependesse de seus benefícios térmicos para o cuidado parental ou sucesso reprodutivo. O abandono teria tomado a forma de hibernação ou torpor diário, conforme observado em endotérmicos existentes. Assim, o torpor e a hibernação são argumentados para ser tão antigos quanto as origens da endotermia em si, uma característica plesiomórfica observada hoje em muitas aves e mamíferos pequenos.

@article{doi101111brv12280,
    author = "Lovegrove, Barry G.",
    title = "A phenology of the evolution of endothermy in birds and mammals",
    year = "2016",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "Recent palaeontological data and novel physiological hypotheses now allow a timescaled reconstruction of the evolution of endothermy in birds and mammals. A three-phase iterative model describing how endothermy evolved from Permian ectothermic ancestors is presented. In Phase One I propose that the elevation of endothermy - increased metabolism and body temperature (T b) - complemented large-body-size homeothermy during the Permian and Triassic in response to the fitness benefits of enhanced embryo development (parental care) and the activity demands of conquering dry land. I propose that Phase Two commenced in the Late Triassic and Jurassic and was marked by extreme body-size miniaturization, the evolution of enhanced body insulation (fur and feathers), increased brain size, thermoregulatory control, and increased ecomorphological diversity. I suggest that Phase Three occurred during the Cretaceous and Cenozoic and involved endothermic pulses associated with the evolution of muscle-powered flapping flight in birds, terrestrial cursoriality in mammals, and climate adaptation in response to Late Cenozoic cooling in both birds and mammals. Although the triphasic model argues for an iterative evolution of endothermy in pulses throughout the Mesozoic and Cenozoic, it is also argued that endothermy was potentially abandoned at any time that a bird or mammal did not rely upon its thermal benefits for parental care or breeding success. The abandonment would have taken the form of either hibernation or daily torpor as observed in extant endotherms. Thus torpor and hibernation are argued to be as ancient as the origins of endothermy itself, a plesiomorphic characteristic observed today in many small birds and mammals.",
    url = "https://doi.org/10.1111/brv.12280",
    doi = "10.1111/brv.12280",
    openalex = "W2346237294",
    references = "doi101002ara20206, doi101016jcub201408034, doi101016jcub201508003, doi101038nature11146, doi101038nature12424, doi101038nature12973, doi101038nature13467, doi101038nature13718, doi101073pnas1203238109, doi101073pnas1519387112, doi101086422766, doi101086425185, doi101098rspb20110238, doi101098rspb20130508, doi101111brv12157, doi101111j1469185x201100190x, doi101126science1180219, doi101126science1200043, doi101126science1206196, doi101126science1213780, doi101126science1228753, doi101126science1253143, doi101126science1253293, doi101371journalpone0068714, doi1016660094837320030290605etatoo20co2, doi1016710272463420050250865hitrif20co2"
}

@article{doi101038s4158601805214,
    author = "Lautenschlager, Stephan e Gill, Pamela G. e Luo, Zhe‐Xi e Fagan, Michael J. e Rayfield, Emily J.",
    title = "O papel da miniaturização na evolução da mandíbula e do ouvido médio dos mamíferos",
    year = "2018",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41586-018-0521-4",
    doi = "10.1038/s41586-018-0521-4",
    openalex = "W2892139824",
    references = "doi101002jmor1051470404, doi101002jmor1051600208, doi1010160021929088901674, doi101016jjtbi200808017, doi101038200835d0, doi101038nature06277, doi101038nature13622, doi101093oso97801985076040010001, doi101098rsos160342, doi101139z91327, doi101146annureves24110193002441, doi1016660094837320030290605etatoo20co2, doi107312kiel11918"
}

@article{doi101007s10914019094678,
    author = "Benoît, Julien e Ruf, Irina e Miyamae, Juri A. e Fernández, Vincent e Rodrigues, Pablo e Rubidge, Bruce S.",
    title = "A Evolução do Canal Maxilar em Probainognathia (Cynodontia, Synapsida): Reavaliação da Homologia do Forame Infraorbitário em Ancestrais Mamíferos",
    year = "2019",
    journal = "Journal of Mammalian Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1007/s10914-019-09467-8",
    doi = "10.1007/s10914-019-09467-8",
    openalex = "W2946246559",
    references = "doi101002ar23989"
}

@article{doi101038s4158601917920,
    author = "Wang, Haibing e Meng, Jin e Wang, Yuan",
    title = "Fóssil do Cretáceo revela um novo padrão na evolução do ouvido médio dos mamíferos",
    year = "2019",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41586-019-1792-0",
    doi = "10.1038/s41586-019-1792-0",
    openalex = "W2991444703",
    references = "doi101038s4158601805214"
}

As filogenias grandes e escaladas no tempo são fundamentais para conectar processos evolutivos aos padrões modernos de biodiversidade. No entanto, inferir árvores filogenéticas confiáveis para milhares de espécies envolve numerosos compromissos que limitaram sua utilidade para biólogos comparativos. Para estabelecer uma escala de tempo evolutivo robusta para todas as aproximadamente 6.000 espécies vivas de mamíferos, desenvolvemos conjuntos de árvores confiáveis que capturam a incerteza da raiz à ponta na topologia e nos tempos de divergência. Nossa abordagem "esqueleto e patch" para construção de árvores aplica uma supermatriz recém-ensamblada de 31 genes a dois níveis de inferência bayesiana: (1) relações e idades do esqueleto entre linhagens principais, usando datação de nós ou pontas fóssis, e (2) filogenias ao nível das espécies "patch" com grupos internos não sobrepostos que cada um correspondem a uma linhagem representativa no esqueleto. Espécies não amostradas para DNA são ou excluídas ("árvores apenas de DNA") ou imputadas dentro de restrições taxonômicas usando comprimentos de ramo extraídos de modelos locais de nascimento e morte ("árvores completas"). Juntar patches escalados no tempo aos esqueletos resulta em árvores ao nível das espécies de Mammalia extantes com todos os ramos estimados sob o mesmo quadro de modelagem, facilitando assim comparações de taxas entre linhagens tão distintas como marsupiais e placentárias. Comparamos nossas árvores filogenéticas com estimativas anteriores da filogenia e tempos de divergência em toda a ordem dos mamíferos, encontrando que (1) as idades dos nós são amplamente concordantes entre estudos, e (2) as taxas recentes (ao nível das pontas) de especiação são estimadas com mais precisão em nosso estudo do que em abordagens anteriores de "supérvores", nas quais nós não resolvidos levaram a artefatos de comprimento de ramo. Conjuntos confiáveis da história filogenética dos mamíferos estão agora disponíveis para download em http://vertlife.org/phylosubsets, permitindo investigações de questões de longa data em biologia comparativa.

@article{doi101371journalpbio3000494,
    author = "Upham, Nathan S. e Esselstyn, Jacob A. e Jetz, Walter",
    title = "Inferindo a árvore dos mamíferos: conjuntos de filogenias ao nível das espécies para questões em ecologia, evolução e conservação",
    year = "2019",
    journal = "PLoS Biology",
    abstract = {As filogenias grandes e escaladas no tempo são fundamentais para conectar processos evolutivos aos padrões modernos de biodiversidade. No entanto, inferir árvores filogenéticas confiáveis para milhares de espécies envolve numerosos compromissos que limitaram sua utilidade para biólogos comparativos. Para estabelecer uma escala de tempo evolutivo robusta para todas as aproximadamente 6.000 espécies vivas de mamíferos, desenvolvemos conjuntos de árvores confiáveis que capturam a incerteza da raiz à ponta na topologia e nos tempos de divergência. Nossa abordagem "esqueleto e patch" para construção de árvores aplica uma supermatriz recém-ensamblada de 31 genes a dois níveis de inferência bayesiana: (1) relações e idades do esqueleto entre linhagens principais, usando datação de nós ou pontas fóssis, e (2) filogenias ao nível das espécies "patch" com grupos internos não sobrepostos que cada um correspondem a uma linhagem representativa no esqueleto. Espécies não amostradas para DNA são ou excluídas ("árvores apenas de DNA") ou imputadas dentro de restrições taxonômicas usando comprimentos de ramo extraídos de modelos locais de nascimento e morte ("árvores completas"). Juntar patches escalados no tempo aos esqueletos resulta em árvores ao nível das espécies de Mammalia extantes com todos os ramos estimados sob o mesmo quadro de modelagem, facilitando assim comparações de taxas entre linhagens tão distintas como marsupiais e placentárias. Comparamos nossas árvores filogenéticas com estimativas anteriores da filogenia e tempos de divergência em toda a ordem dos mamíferos, encontrando que (1) as idades dos nós são amplamente concordantes entre estudos, e (2) as taxas recentes (ao nível das pontas) de especiação são estimadas com mais precisão em nosso estudo do que em abordagens anteriores de "supérvores", nas quais nós não resolvidos levaram a artefatos de comprimento de ramo. Conjuntos confiáveis da história filogenética dos mamíferos estão agora disponíveis para download em http://vertlife.org/phylosubsets, permitindo investigações de questões de longa data em biologia comparativa.},
    url = "https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3000494",
    doi = "10.1371/journal.pbio.3000494",
    openalex = "W2991998196",
    references = "doi10100703064746897, doi101007s1091401693638, doi101023a1011317930838, doi101038416816a, doi101038nature05634, doi101038nature06277, doi101038nature10291, doi101038nature11631, doi101038nature22897, doi101038nature25794, doi101073pnas1319091111, doi101073pnas1519387112, doi101093acprofoso97801985670280010001, doi101093bioinformaticsbts199, doi101093jmammalgyx147, doi101093jmammalgyy179, doi101093molbevmsm193, doi101093molbevmsv037, doi101093sysbiosyr047, doi101093sysbiosyr107, doi101093sysbiosyv080, doi101098rspb20120683, doi101111evo12681, doi101126science1157704, doi101126science1211028, doi101126science1229237, doi101371journalpone0089543, doi101371journalpone0183070, doi1026879424"
}

Apesar dos avanços consideráveis no conhecimento da anatomia, ecologia e evolução dos mamíferos primitivos, sabe-se muito menos sobre sua fisiologia. As evidências são contraditórias quanto ao momento e aos grupos fósseis em que surgiu a endotermia mamífera. Para determinar o estado da evolução metabólica em dois dos mamíferos ancestrais mais antigos, o Morganucodon e o Kuehneotherium do Jurássico Inferior, utilizamos proxies separados para as taxas metabólicas basal e máxima. Aqui relatamos, usando imageamento tomográfico de raios-X de sincrotron do cimento incremental do dente, que eles tinham idades máximas de vida consideravelmente mais longas do que mamíferos vivos de tamanho comparável, mas semelhantes às dos répteis, e, portanto, provavelmente possuíam taxas metabólicas basais em nível de répteis. Medições dos forâmenes de nutrientes femorais mostram que o Morganucodon tinha taxas de fluxo sanguíneo intermediárias entre mamíferos vivos e répteis, sugerindo que as taxas metabólicas máximas aumentaram evolutivamente antes das taxas metabólicas basais. Mamíferos ancestrais careciam da endotermia metabólica elevada dos mamíferos vivos, destacando a natureza mosaica da evolução fisiológica mamífera.

@article{doi101038s41467020188984,
    author = "Newham, Elis e Gill, Pamela G. e Brewer, Philippa e Benton, Michael J. e Fernández, Vincent e Gostling, Neil J. e Haberthür, David e Jernvall, Jukka e Kankaanpää, Tuomas e Kallonen, Aki e Navarro, Charles e Pacureanu, Alexandra e Richards, Kelly e Brown, Kate Robson e Schneider, Philipp e Suhonen, Heikki e Tafforeau, Paul e Williams, Katherine e Zeller‐Plumhoff, Berit e Corfe, Ian J.",
    title = "Fisiologia semelhante a répteis em mamíferos ancestrais do Jurássico Inferior",
    year = "2020",
    journal = "Nature Communications",
    abstract = "Apesar dos avanços consideráveis no conhecimento da anatomia, ecologia e evolução dos mamíferos primitivos, sabe-se muito menos sobre sua fisiologia. As evidências são contraditórias quanto ao momento e aos grupos fósseis em que surgiu a endotermia mamífera. Para determinar o estado da evolução metabólica em dois dos mamíferos ancestrais mais antigos, o Morganucodon e o Kuehneotherium do Jurássico Inferior, utilizamos proxies separados para as taxas metabólicas basal e máxima. Aqui relatamos, usando imageamento tomográfico de raios-X de sincrotron do cimento incremental do dente, que eles tinham idades máximas de vida consideravelmente mais longas do que mamíferos vivos de tamanho comparável, mas semelhantes às dos répteis, e, portanto, provavelmente possuíam taxas metabólicas basais em nível de répteis. Medições dos forâmenes de nutrientes femorais mostram que o Morganucodon tinha taxas de fluxo sanguíneo intermediárias entre mamíferos vivos e répteis, sugerindo que as taxas metabólicas máximas aumentaram evolutivamente antes das taxas metabólicas basais. Mamíferos ancestrais careciam da endotermia metabólica elevada dos mamíferos vivos, destacando a natureza mosaica da evolução fisiológica mamífera.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41467-020-18898-4",
    doi = "10.1038/s41467-020-18898-4",
    openalex = "W3091992950",
    references = "doi101038s4158601805214, doi101093biolinneanblw044, doi101371journalpone0088834"
}

A ecologia e a biomecânica desempenham papéis centrais na geração de diversidade fenotípica. Quando táxons não relacionados invadem um nicho ecológico similar, as demandas biomecânicas podem impulsionar transformações morfológicas convergentes. Assim, examinar a convergência ajuda a elucidar os principais catalisadores da mudança fenotípica. Mamíferos planadores são frequentemente apresentados como um caso clássico de evolução convergente porque evoluíram independentemente em numerosos clados, cada um possuindo patágios ("membranas de asa") que geram sustentação durante o planar. Utilizamos métodos comparativos filogenéticos para testar se as morfologias esqueléticas dos seis clados de mamíferos planadores extantes demonstram convergência. Nossos resultados indicam que os esqueletos de planadores são convergentes, com os grupos de planadores evoluindo consistentemente membros proporcionalmente mais longos e mais gracilizados do que os arborícolas, provavelmente para aumentar a área superficial do patágio. No entanto, interpretamos os planadores como representando convergência incompleta porque (1) análises de ajuste de modelos evolutivos não indicam fortes pressões seletivas para ótimos de traços de planadores, (2) os três grupos de planadores marsupiais divergem em vez de convergirem, e (3) os grupos planadores permanecem separados no espaço morfológico (em vez de convergirem em um único morfotipo), o que é refletido por um nível inesperadamente alto de disparidade morfológica. A diversidade morfológica dos esqueletos de planadores é ainda mais demonstrada por planadores fósseis da Era Mesozoica, que possuem características esqueléticas únicas ausentes em planadores extantes. As morfologias de planadores podem ser fortemente influenciadas por fatores como tamanho corporal e localização de fixação dos patágios no membro anterior, que podem variar entre clados. Assim, a convergência em planadores parece ser impulsionada por um simples alongamento dos membros, enquanto traços esqueléticos adicionais refletem nuances do aparelho de planar que são distintos entre diferentes linhagens evolutivas. Nossos resultados inesperados somam-se às crescentes evidências de que a convergência incompleta é prevalente em clados de vertebrados, mesmo entre casos clássicos de convergência, e destacam a importância de examinar as relações forma-função à luz da filogenia, da biomecânica e do registro fóssil.

@article{doi101111evo14094,
    author = "Grossnickle, David M. e Chen, Meng e Wauer, James G. A. e Pevsner, Spencer K. e Weaver, Lucas N. e Meng, Qingjin e Liu, Di e Zhang, Yuguang e Luo, Zhe‐Xi",
    title = "Convergência incompleta de esqueletos de mamíferos planadores*",
    year = "2020",
    journal = "Evolution",
    abstract = {A ecologia e a biomecânica desempenham papéis centrais na geração de diversidade fenotípica. Quando táxons não relacionados invadem um nicho ecológico similar, as demandas biomecânicas podem impulsionar transformações morfológicas convergentes. Assim, examinar a convergência ajuda a elucidar os principais catalisadores da mudança fenotípica. Mamíferos planadores são frequentemente apresentados como um caso clássico de evolução convergente porque evoluíram independentemente em numerosos clados, cada um possuindo patágios ("membranas de asa") que geram sustentação durante o planar. Utilizamos métodos comparativos filogenéticos para testar se as morfologias esqueléticas dos seis clados de mamíferos planadores extantes demonstram convergência. Nossos resultados indicam que os esqueletos de planadores são convergentes, com os grupos de planadores evoluindo consistentemente membros proporcionalmente mais longos e mais gracilizados do que os arborícolas, provavelmente para aumentar a área superficial do patágio. No entanto, interpretamos os planadores como representando convergência incompleta porque (1) análises de ajuste de modelos evolutivos não indicam fortes pressões seletivas para ótimos de traços de planadores, (2) os três grupos de planadores marsupiais divergem em vez de convergirem, e (3) os grupos planadores permanecem separados no espaço morfológico (em vez de convergirem em um único morfotipo), o que é refletido por um nível inesperadamente alto de disparidade morfológica. A diversidade morfológica dos esqueletos de planadores é ainda mais demonstrada por planadores fósseis da Era Mesozoica, que possuem características esqueléticas únicas ausentes em planadores extantes. As morfologias de planadores podem ser fortemente influenciadas por fatores como tamanho corporal e localização de fixação dos patágios no membro anterior, que podem variar entre clados. Assim, a convergência em planadores parece ser impulsionada por um simples alongamento dos membros, enquanto traços esqueléticos adicionais refletem nuances do aparelho de planar que são distintos entre diferentes linhagens evolutivas. Nossos resultados inesperados somam-se às crescentes evidências de que a convergência incompleta é prevalente em clados de vertebrados, mesmo entre casos clássicos de convergência, e destacam a importância de examinar as relações forma-função à luz da filogenia, da biomecânica e do registro fóssil.},
    url = "https://doi.org/10.1111/evo.14094",
    doi = "10.1111/evo.14094",
    openalex = "W3083173011",
    references = "doi101016jtree201905008, doi1010800272463420161111225"
}

A morfologia da mandíbula está intimamente ligada tanto à dieta quanto ao desempenho biomecânico, e as mandíbulas são um dos elementos fósseis de mamíferos do Mesozoico mais comuns. O conhecimento da diversidade dietética e funcional dos primeiros mamíferos informa sobre a estrutura ecológica das paleocomunidades ao longo da era mais longa da evolução dos mamíferos: o Mesozoico. Aqui, analisamos como a forma da mandíbula e a vantagem mecânica dos músculos masseter (MAM) e temporalis (MAT) se relacionam com a dieta em 70 mamíferos extantes e 45 extintos que abrangem o Triássico Tardio-Cretáceo Tardio. Em mamíferos extantes, a forma da mandíbula discrimina bem entre grupos dietéticos: insetívoros têm mandíbulas longas, carnívoros mandíbulas intermediárias a curtas, e herbívoros têm mandíbulas curtas. Insetívoros têm MAM e MAT baixos, carnívoros têm MAM baixo e MAT alto, e herbívoros têm MAM e MAT altos. Essas características também são informativas sobre a dieta entre mamíferos do Mesozoico (com base em determinações de dieta independentes anteriores) e estabelecem a base para futuros estudos ecomorfológicos.

@article{doi101038s42003021017573,
    author = "Morales-García, Nuria Melisa e Gill, Pamela G. e Janis, Christine M. e Rayfield, Emily J.",
    title = "Forma da mandíbula e vantagem mecânica são indicativas de dieta em mamíferos do Mesozoico",
    year = "2021",
    journal = "Communications Biology",
    abstract = "A morfologia da mandíbula está intimamente ligada tanto à dieta quanto ao desempenho biomecânico, e as mandíbulas são um dos elementos fósseis de mamíferos do Mesozoico mais comuns. O conhecimento da diversidade dietética e funcional dos primeiros mamíferos informa sobre a estrutura ecológica das paleocomunidades ao longo da era mais longa da evolução dos mamíferos: o Mesozoico. Aqui, analisamos como a forma da mandíbula e a vantagem mecânica dos músculos masseter (MAM) e temporalis (MAT) se relacionam com a dieta em 70 mamíferos extantes e 45 extintos que abrangem o Triássico Tardio-Cretáceo Tardio. Em mamíferos extantes, a forma da mandíbula discrimina bem entre grupos dietéticos: insetívoros têm mandíbulas longas, carnívoros mandíbulas intermediárias a curtas, e herbívoros têm mandíbulas curtas. Insetívoros têm MAM e MAT baixos, carnívoros têm MAM baixo e MAT alto, e herbívoros têm MAM e MAT altos. Essas características também são informativas sobre a dieta entre mamíferos do Mesozoico (com base em determinações de dieta independentes anteriores) e estabelecem a base para futuros estudos ecomorfológicos.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s42003-021-01757-3",
    doi = "10.1038/s42003-021-01757-3",
    openalex = "W3132456843",
    references = "doi101016jtree201905008"
}

-ATPase (SERCA) em músculo esquelético, semelhante a um processo observado em alguns peixes. Essa semelhança nos levou à conclusão de que a capacidade de endotermia corporal inteira poderia até ter precedido a divergência dos Amniota em Synapsida e Sauropsida, levando-nos a hipotetizar a homologia da endotermia corporal inteira em aves e mamíferos, em contraste com a atual suposição de sua evolução independente (convergente). Para explorar o grau de semelhança entre a NST muscular em mamíferos e aves, realizamos uma revisão detalhada desses processos e de seu controle em cada grupo. Encontramos uma semelhança considerável, mas não completa entre eles: em mamíferos atuais, o 'deslizamento' é controlado pela proteína sarcolipina (SLN); nas aves, a SLN é ligeiramente diferente estruturalmente e seu papel na NST ainda não foi comprovado. No entanto, considerando os milhões de anos desde a separação dos sinápsidos e dos diápsidos, consideramos que a semelhança na produção de NST entre aves e mamíferos é consistente com a endotermia corporal inteira ser homóloga. Se for assim, deveríamos esperar encontrar evidências disso muito mais cedo e mais amplamente entre amniotas extintos do que é atualmente reconhecido. Consequentemente, realizamos uma extensa pesquisa na literatura paleontológica usando proxies estabelecidos. A histologia óssea fóssil revela evidências de taxas de crescimento sustentadas e rápidas, indicando tachimetabolismo. Grande tamanho corporal e postura ereta indicam altas pressões arteriais sistêmicas e corações de quatro câmaras, características do tachimetabolismo. Grandes forâmenes nutritivos em ossos longos são indicativos de alta perfusão óssea para crescimento somático rápido e para reparo de microfraturas causadas por locomoção intensa. A bipedalia obrigatória apareceu cedo e apenas em endotermos de corpo inteiro. Perfis isotópicos de material fóssil indicam níveis de temperatura corporal endotérmicos. Esses proxies nos levaram a evidências convincentes da ocorrência generalizada de endotermia corporal inteira entre numerosos sinápsidos e sauropsídeos extintos, e muito cedo na árvore familiar de cada clado. Esses resultados são consistentes com e apoiam nossa hipótese de que a endotermia tachimetabólica é plesiomórfica em Amniota. Propõe-se uma estrutura hipotética para o coração dos primeiros amniotas endotérmicos. Concluímos que há fortes evidências de que a endotermia corporal inteira é antiga e generalizada entre os amniotas e que a semelhança dos processos bioquímicos que impulsionam a NST muscular em aves e mamíferos atuais fortalece o caso de sua plesiomorfia.

@article{doi101111brv12822,
    author = "Grigg, Gordon C. and Nowack, Julia and Bicudo, J. Eduardo P. W. and Bal, Naresh C. and Woodward, Holly N. and Seymour, Roger S.",
    title = "Endotermia de todo o corpo: antiga, homóloga e generalizada entre os ancestrais de mamíferos, aves e crocodilianos",
    year = "2021",
    journal = "Biological reviews/Biological reviews of the Cambridge Philosophical Society",
    abstract = "-ATPase (SERCA) no músculo esquelético, semelhante a um processo observado em alguns peixes. Essa semelhança nos levou a perceber que a capacidade de endotermia de todo o corpo poderia até ter precedido a divergência dos Amniota em Synapsida e Sauropsida, levando-nos a hipotetizar a homologia da endotermia de todo o corpo em aves e mamíferos, em contraste com a atual suposição de sua evolução independente (convergente). Para explorar o grau de semelhança entre a NST muscular em mamíferos e aves, realizamos uma revisão detalhada desses processos e de seu controle em cada grupo. Encontramos uma considerável, mas não completa, semelhança entre eles: em mamíferos atuais, o 'deslizamento' é controlado pela proteína sarcolipina (SLN); nas aves, a SLN é ligeiramente diferente estruturalmente e seu papel na NST ainda não foi comprovado. No entanto, considerando os milhões de anos desde a separação dos sinápsidos e dos diápsidos, consideramos que a semelhança entre a produção de NST em aves e mamíferos é consistente com a endotermia de todo o corpo ser homóloga. Se for assim, devemos esperar encontrar evidências disso muito antes e de forma mais generalizada entre os amniotas extintos do que é atualmente reconhecido. Consequentemente, realizamos uma extensa pesquisa na literatura paleontológica usando proxies estabelecidos. A histologia óssea fóssil revela evidências de taxas de crescimento sustentadas e rápidas, indicando tachimetabolismo. Grande tamanho corporal e postura ereta indicam altas pressões arteriais sistêmicas e corações de quatro câmaras, características do tachimetabolismo. Grandes forâmenes nutritivos em ossos longos são indicativos de alta perfusão óssea para crescimento somático rápido e reparo de microfraturas causadas por locomoção intensa. A bipedalia obrigatória apareceu cedo e apenas em endotérmicos de todo o corpo. Perfis isotópicos de material fóssil indicam níveis de temperatura corporal endotérmicos. Esses proxies nos levaram a evidências convincentes da ocorrência generalizada de endotermia de todo o corpo entre numerosos sinápsidos e sauropsídeos extintos, e muito cedo na árvore familiar de cada clado. Esses resultados são consistentes com e apoiam nossa hipótese de que a endotermia tachimetabólica é plesiomórfica nos Amniota. Propõe-se uma estrutura hipotética para o coração dos primeiros amniotas endotérmicos. Concluímos que há fortes evidências de que a endotermia de todo o corpo é antiga e generalizada entre os amniotas e que a semelhança dos processos bioquímicos que impulsionam a NST muscular em aves e mamíferos atuais fortalece o caso de sua plesiomorfia.",
    url = "https://doi.org/10.1111/brv.12822",
    doi = "10.1111/brv.12822",
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    references = "cubo2020were, doi101016jgr202008003, doi101016s0092867400814105, doi101017pab201519, doi101038262207a0, doi101038nature11264, doi101038ncomms9296, doi101038s4155901910473, doi101038srep06196, doi1010719781486300679, doi101073pnas1206625109, doi101086283547, doi101093biolinneanblw044, doi101093sysbiosyw033, doi101096fj020367com, doi101098rstb20190136, doi101098rstb20190142, doi101111brv12137, doi101111j10958312201001431x, doi101126sciadvaaw4486, doi101126science1187443, doi101126science493968, doi101126scienceaal4853, doi101152physiol000162016, doi101152physrev000152003, doi1012063521, doi101210er20020012, doi101371journalpone0011613, doi101371journalpone0033539, doi101371journalpone0069361, doi105860choice355657, doi107717peerj1778, doi107717peerj7764, köhler2012seasonal, pontzer2009biomechanics, seymour1976dinosaurs, zhao2019ontogenetic"
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As histórias de vida dos mamíferos do Paleoceno são pouco conhecidas, mas podem ter sido centrais para seu sucesso na diversificação através de ecossistemas terrestres após a extinção do Cretáceo final. Entre esses grupos de mamíferos, os euterianos Taeniodonta são particularmente enigmáticos, com poucos análogos modernos e sem descendentes vivos, apesar de serem um dos poucos linhagens a atravessarem aparentemente a fronteira Cretáceo-Paleogeno (K-Pg). Aqui, investigamos a história de vida de um taeniodonte do Paleoceno inicial, Conoryctes comma, com base em uma amostra multi-individual e multi-elemento. Quase todos os elementos amostrados exibem uma arquitetura osteohistológica similar, com uma pequena zona interna de osso esponjoso grosso compactado cercada por um córtex interno de osso fibrolamelar derivado do perióstio de espessura variável, e um córtex externo de osso lamelar. O complexo fibrolamelar bem vascularizado nos ossos das extremidades, sem marcas de crescimento cíclicas, é indicativo de crescimento geral rápido até o tamanho corporal próximo ao adulto. Marcas de crescimento cíclicas estão presentes no córtex externo após a transição para o osso lamelar de crescimento lento, mas não no córtex interno, sugerindo que a maturidade sexual foi alcançada em 1 ano. Em alguns elementos, uma marca de crescimento interna não cíclica compartilha similaridades histológicas com marcas de desmame em mamíferos vivos e outros mamíferos do Paleoceno contemporâneos, e ocorreu no tamanho corporal previsto para essa transição em mamíferos terianos. A presença incomum de osso esponjoso grosso compactado perto dos eixos médios de múltiplos ossos das extremidades pode estar relacionada ao espessamento cortical, e é similar à disposição descrita em alguns mamíferos fósseis, apoiando afirmações anteriores sobre esse estilo de vida em Conoryctes. Juntos, esses sinais paleohistológicos sugerem uma história de vida em C. comma similar a euterianos vivos, apesar da incerteza sobre se está dentro da Placentalia da coroa ou de um grupo externo próximo. Assim, nossos dados são consistentes com uma origem precoce de estratégias reprodutivas semelhantes às placentárias em seus ancestrais euterianos, embora esse atributo provavelmente tenha sido compartilhado mais amplamente entre as linhagens de mamíferos do Mesozoico antes da extinção do Cretáceo final.

@article{doi101111joa70010,
    author = "Funston, Gregory F and Kynigopoulou, Zoi and Williamson, Thomas E and Brusatte, Stephen L",
    title = "Paleohistologia e história de vida do taeniodonte do Paleoceno inicial Conoryctes comma (Mammalia: Eutheria).",
    year = "2025",
    journal = "Journal of anatomy",
    abstract = "As histórias de vida dos mamíferos do Paleoceno são pouco conhecidas, mas podem ter sido centrais para seu sucesso na diversificação através de ecossistemas terrestres após a extinção do Cretáceo final. Entre esses grupos de mamíferos, os euterianos Taeniodonta são particularmente enigmáticos, com poucos análogos modernos e sem descendentes vivos, apesar de serem um dos poucos linhagens a atravessarem aparentemente a fronteira Cretáceo-Paleogeno (K-Pg). Aqui, investigamos a história de vida de um taeniodonte do Paleoceno inicial, Conoryctes comma, com base em uma amostra multi-individual e multi-elemento. Quase todos os elementos amostrados exibem uma arquitetura osteohistológica similar, com uma pequena zona interna de osso esponjoso grosso compactado cercada por um córtex interno de osso fibrolamelar derivado do perióstio de espessura variável, e um córtex externo de osso lamelar. O complexo fibrolamelar bem vascularizado nos ossos das extremidades, sem marcas de crescimento cíclicas, é indicativo de crescimento geral rápido até o tamanho corporal próximo ao adulto. Marcas de crescimento cíclicas estão presentes no córtex externo após a transição para o osso lamelar de crescimento lento, mas não no córtex interno, sugerindo que a maturidade sexual foi alcançada em 1 ano. Em alguns elementos, uma marca de crescimento interna não cíclica compartilha similaridades histológicas com marcas de desmame em mamíferos vivos e outros mamíferos do Paleoceno contemporâneos, e ocorreu no tamanho corporal previsto para essa transição em mamíferos terianos. A presença incomum de osso esponjoso grosso compactado perto dos eixos médios de múltiplos ossos das extremidades pode estar relacionada ao espessamento cortical, e é similar à disposição descrita em alguns mamíferos fósseis, apoiando afirmações anteriores sobre esse estilo de vida em Conoryctes. Juntos, esses sinais paleohistológicos sugerem uma história de vida em C. comma similar a euterianos vivos, apesar da incerteza sobre se está dentro da Placentalia da coroa ou de um grupo externo próximo. Assim, nossos dados são consistentes com uma origem precoce de estratégias reprodutivas semelhantes às placentárias em seus ancestrais euterianos, embora esse atributo provavelmente tenha sido compartilhado mais amplamente entre as linhagens de mamíferos do Mesozoico antes da extinção do Cretáceo final.",
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC12397073/",
    doi = "10.1111/joa.70010",
    openalex = "W4412394202",
    pmcid = "PMC12397073",
    pmid = "40657952",
    references = "doi101086273307, doi101086410622, doi101093nqs5vi146318i, doi1011112041210x13087, doi101111j1469, doi101126science1229237, doi1016710272463420000200115lbhoth20co2, doi1018900814941, openalexw1904943263, openalexw2184264297"
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