Monofilia

@article{crossref1926heilmann,
    title = "Heilmann sobre 'A Origem dos Pássaros' A Origem dos Pássaros Gerhard Heilmann",
    year = "1926",
    journal = "The Auk",
    url = "https://doi.org/10.2307/4075461",
    doi = "10.2307/4075461",
    number = "3",
    pages = "390-391",
    volume = "43"
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@incollection{swinton1960the,
    author = "SWINTON, W.E.",
    title = "The Origin of Birds",
    year = "1960",
    booktitle = "Biology and Comparative Physiology of Birds",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-1-4832-3142-6.50006-9",
    doi = "10.1016/b978-1-4832-3142-6.50006-9",
    pages = "1-14"
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@article{valen1968monophyly,
    author = "Valen, Leigh Van",
    title = "MONOPHYLY OR DIPHYLY IN THE ORIGIN OF WHALES",
    year = "1968",
    journal = "Evolução",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1968.tb03446.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1968.tb03446.x",
    number = "1",
    pages = "37-41",
    volume = "22"
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@article{doi101111j155856461970tb01775x,
    author = "Galton, P.",
    title = "DINOSSÁURIOS ORNITISQUIOS E A ORIGEM DOS PÁSSAROS",
    year = "1970",
    journal = "Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1111/j.1558-5646.1970.tb01775.x",
    doi = "10.1111/j.1558-5646.1970.tb01775.x",
    is_oa = "true",
    number = "2",
    pages = "448-462",
    semanticscholar_citation_count = "37",
    semanticscholar_id = "d49bad7f9650d2e659f488b75b2cbde8c1f98494",
    volume = "24"
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@article{ostrom1975the,
    author = "Ostrom, John H.",
    title = "The Origin of Birds",
    year = "1975",
    journal = "Annual Review of Earth and Planetary Sciences",
    url = "https://doi.org/10.1146/annurev.ea.03.050175.000415",
    doi = "10.1146/annurev.ea.03.050175.000415",
    number = "1",
    pages = "55-77",
    volume = "3"
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(Carregado por Plazi da Biblioteca de Herança da Biodiversidade) Nenhum resumo fornecido.

@article{s25fa512b11dd3cb39575b0e1b6ca7c486b5f6c73d,
    author = "Gauthier, J.",
    title = "Monofilia saurisciana e a origem dos pássaros",
    year = "1986",
    publisher = "The Academy",
    abstract = "(Carregado por Plazi da Biblioteca de Herança da Biodiversidade) Nenhum resumo fornecido.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/5fa512b11dd3cb39575b0e1b6ca7c486b5f6c73d",
    doi = "10.5281/zenodo.16171435",
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    semanticscholar_citation_count = "1363",
    semanticscholar_id = "5fa512b11dd3cb39575b0e1b6ca7c486b5f6c73d"
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As relações inter e intrafamiliares dentro dos Piciformes das Américas Novas foram examinadas através de uma análise eletroforética de 20 loci codificadores de proteínas (19 dos quais variaram entre os táxons). Um indivíduo de cada uma das 26 espécies representando 25 gêneros e 5 famílias foi analisado; Monotus momota (Coraciiformes, Momotidae) foi usado como grupo externo. Embora os níveis de diferenciação genética tenham sido altos (a distância não viciada média de Nei foi 1,07), os dados provaram-se úteis para inferência filogenética. A técnica do jackknife foi usada para estimar a robustez das hipóteses filogenéticas. No nível interfamiliar, os resultados sugerem as seguintes agrupamentos: [[[(Bucconidae) (Galbulidae)]{(Picidae)[(Capitonidae) (Ramphastidae)]}]]. Estes resultados foram consistentes com hipóteses de relações familiares propostas por duas análises cladísticas recentes de complexos de caracteres morfológicos (Simpson e Cracraft 1981, Swierczewski e Raikow 1981). Nossos dados desafiam a monofilia atualmente aceita dos Piciformes, no entanto, de maneira muito semelhante aos dados de hibridização DNA-DNA. O acordo entre hipóteses de relações interfamiliares derivadas independentemente sugere confiança em nosso conhecimento dos padrões evolutivos entre táxons piciformes. Hipóteses de relações intrafamiliares, algumas das quais concordaram com padrões morfológicos obtidos em outros estudos, foram apresentadas. Este estudo mostra que a eletroforese em gel de amido pode ser útil em níveis taxonômicos mais altos.

@article{doi101093auk1044724,
    author = "Lanyon, S. and Zink, R.",
    title = "Genetic variation in piciform birds: monophyly and generic and familial relationships",
    year = "1987",
    journal = "The Auk",
    abstract = "Inter and intrafamilial relationships within the New World Piciformes were examined through an electrophoretic analysis of 20 protein-coding loci (19 of which varied between taxa). One individual from each of 26 species representing 25 genera and 5 families was analyzed; Monotus momota (Coraciiformes, Momotidae) was used as an outgroup. Although levels of genetic differentiation were high (the mean Nei's unbiased distance was 1.07), the data proved useful for phylogenetic inference. The jackknife technique was used to estimate the robustness of phylogenetic hypotheses. At the interfamilial level, the results suggest the following groupings: [[[(Bucconidae) (Galbulidae)]{(Picidae)[(Capitonidae) (Ramphastidae)]}]]. These results were consistent with hypotheses of familial relationships proposed by two recent cladistic analyses of morphological character complexes (Simpson and Cracraft 1981, Swierczewski and Raikow 1981). Our data challenge the currently accepted monophyly of the Piciformes, however, in much the same way as do DNA-DNA hybridization data. Agreement among independently derived hypotheses of interfamilial relationships suggests confidence in our knowledge of evolutionary patterns among piciform taxa. Hypotheses of intrafamilial relationships, some of which agreed with morphological patterns obtained in other studies, were presented. This study shows that starch-gel electrophoresis may be useful at higher taxonomic levels.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/a1c1890db02077eff1558be2f2e8c91bd6cf69fa",
    doi = "10.1093/AUK/104.4.724",
    is_oa = "true",
    number = "4",
    pages = "724-732",
    semanticscholar_citation_count = "35",
    semanticscholar_id = "a1c1890db02077eff1558be2f2e8c91bd6cf69fa",
    volume = "104"
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@article{doi101127njgpa180199021,
    author = "Sereno, P. e Arcucci, A.",
    title = "A monofilia dos arcosaurianos crurotarsais e a origem das articulações do tornozelo de aves e crocodilos",
    year = "1990",
    journal = "Neues Jahrbuch für Geologie und Paläontologie - Abhandlungen",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/63f8e112c27231d62beaf709876aacb861a6384f",
    doi = "10.1127/njgpa/180/1990/21",
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    number = "1",
    pages = "21-52",
    semanticscholar_citation_count = "87",
    semanticscholar_id = "63f8e112c27231d62beaf709876aacb861a6384f",
    volume = "180"
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@incollection{prideaux2004monophyly,
    author = "Prideaux, Gavin J.",
    title = "Monophyly and Origin",
    year = "2004",
    booktitle = "Systematics and Evolution of the Sthenurine Kangaroos",
    url = "https://doi.org/10.1525/california/9780520098459.003.0004",
    doi = "10.1525/california/9780520098459.003.0004",
    pages = "207-250"
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@article{s2e568f2c09496d3da8d217caa9a6c548e0aa8cdc6,
    author = "Witmer, L.",
    title = "Novos Aspectos das Origens das Aves: Relatório de Mesa Redonda",
    year = "2007",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/e568f2c09496d3da8d217caa9a6c548e0aa8cdc6",
    is_oa = "true",
    semanticscholar_citation_count = "1",
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@misc{crossref2016the,
    title = "A Origem dos Pássaros",
    year = "2016",
    booktitle = "Evolução Avascular",
    url = "https://doi.org/10.1002/9781119020677.ch2",
    doi = "10.1002/9781119020677.ch2",
    pages = "18-42"
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Uma das características mais notáveis nos dinossauros sauropodes relaciona-se aos seus esqueletos pneumatizados permeados por um sistema de sacos aéreos semelhante ao das aves. Muitos estudos descreveram a evolução tardia e a diversificação desta característica em formas do Mesozoico médio a tardio, mas poucos se concentraram na origem dos divertículos respiratórios invasivos nos sauropodomorfos. Felizmente, é possível resolver isso graças ao boom de novas espécies descritas na última década, bem como à ampla acessibilidade de novas tecnologias. Aqui analisamos o sauropodomorfo unaysáurido Macrocollum itaquii do Triássico Superior (noriense inicial) do sul do Brasil usando tomografia computadorizada microscópica. Descrevemos a evidência cronologicamente mais antiga e filogeneticamente mais antiga inequívoca de um sistema de sacos aéreos invasivos em um dinossauro. Surpreendentemente, esta espécie apresentou um padrão único de pneumatização em sauropodomorfos não-sauropodes, com forâmenes pneumáticos em vértebras cervicais posteriores e dorsais anteriores. Isso sugere que os padrões de pneumatização não eram cladisticamente consistentes antes da chegada dos eusauropodes jurássicos. Além disso, descrevemos o tecido protocamerae, um novo tipo de tecido pneumático com propriedades tanto de camellae quanto de camerae. Isso reverte a hipótese anterior que afirmava que a pneumatização esquelética evoluiu primeiro em camarae e derivou em arranjos delicados de trabéculas. Este tecido é evidência de tecido camellate fino desenvolvendo-se em câmaras maiores. Finalmente, Macrocollum é um exemplo da evolução gradual de tecidos esqueléticos respondendo ao sistema respiratório rapidamente especializado dos dinossauros sauríscios.

@article{doi101002ar25209,
    author = "Aureliano, T. e Ghilardi, A. e Müller, R. e Kerber, L. e Fernandes, M. e Ricardi-Branco, F. e Wedel, M.",
    title = "A origem de um sistema de sacos aéreos invasivos em dinossauros sauropodomorfos",
    year = "2023",
    journal = "The Anatomical Record",
    abstract = "Uma das características mais notáveis nos dinossauros sauropodes relaciona-se aos seus esqueletos pneumatizados permeados por um sistema de sacos aéreos semelhante ao das aves. Muitos estudos descreveram a evolução tardia e a diversificação desta característica em formas do Mesozoico médio a tardio, mas poucos se concentraram na origem dos divertículos respiratórios invasivos nos sauropodomorfos. Felizmente, é possível resolver isso graças ao boom de novas espécies descritas na última década, bem como à ampla acessibilidade de novas tecnologias. Aqui analisamos o sauropodomorfo unaysáurido Macrocollum itaquii do Triássico Superior (noriense inicial) do sul do Brasil usando tomografia computadorizada microscópica. Descrevemos a evidência cronologicamente mais antiga e filogeneticamente mais antiga inequívoca de um sistema de sacos aéreos invasivos em um dinossauro. Surpreendentemente, esta espécie apresentou um padrão único de pneumatização em sauropodomorfos não-sauropodes, com forâmenes pneumáticos em vértebras cervicais posteriores e dorsais anteriores. Isso sugere que os padrões de pneumatização não eram cladisticamente consistentes antes da chegada dos eusauropodes jurássicos. Além disso, descrevemos o tecido protocamerae, um novo tipo de tecido pneumático com propriedades tanto de camellae quanto de camerae. Isso reverte a hipótese anterior que afirmava que a pneumatização esquelética evoluiu primeiro em camarae e derivou em arranjos delicados de trabéculas. Este tecido é evidência de tecido camellate fino desenvolvendo-se em câmaras maiores. Finalmente, Macrocollum é um exemplo da evolução gradual de tecidos esqueléticos respondendo ao sistema respiratório rapidamente especializado dos dinossauros sauríscios.",
    url = "https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdfdirect/10.1002/ar.25209",
    doi = "10.1002/ar.25209",
    is_oa = "true",
    number = "4",
    pages = "1084-1092",
    semanticscholar_citation_count = "13",
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    volume = "307"
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A notável diversidade morfológica e abundância de espécies de peixes teleósteos oferecem um recurso valioso para compreender a evolução dos vertebrados. Na fase I do projeto Fish10K, genomas de 110 espécies de teleósteos foram sequenciados e montados, preenchendo lacunas em 3 ordens anteriormente não representadas, e integrados com dados existentes para gerar uma alinhamento de genoma completo de 464 espécies abrangendo todas as ordens de teleósteos — o maior recurso desse tipo além de mamíferos e aves. Análises comparativas revelam características genômicas distintas, incluindo compactação progressiva do genoma com encurtamento de intrões em relação a peixes de nadadeiras raiadas não teleósteos. A análise da paisagem de elementos transponíveis (TE) sugere uma possível associação entre a expansão de TE em genomas de teleósteos e diferentes habitats, bem como a singularidade da composição de transposons dominados por DNA entre os teleósteos entre os vertebrados. Análises filogenéticas em escala de genoma refutam a amplamente aceita monofilia da hipótese de "Siluriphysi" e apoiam a hipótese de uma única origem da eletrorecepção seguida de perda secundária em Characiformes. Uma linha do tempo evolutiva refinada de teleósteos por recurso de alinhamento de genoma completo posicionou os teleósteos em ∼253 milhões de anos atrás, antecedendo a extinção Permiano-Triássico, e delineia três fases de diversificação pontuadas por extinções em massa, desafiando modelos de aceleração contínua pós-Cretáceo-Palaeogeno. Este estudo estabelece um banco de dados genômico em grande escala e um recurso fundamental de alinhamento de genoma completo, avançando insights sobre a paisagem da arquitetura genômica de teleósteos e macroevolução.

@article{doi101016jxinn2025101177,
    author = "Song, Yue and Yuan, Zengbao and Fang, Chengchi and Zhang, Suyu and Yang, Liandong and Hu, Mingliang and Seim, Inge and Liu, Shanshan and Tian, Xiaolin and Wang, Cheng and Zhang, Yaolei and Pan, Zhaohui and Qu, Qingming and Liu, Hongyue and Li, Yuanning and Pan, Luyuan and Zhu, Chenglong and Yang, Hengjia and Chen, Xiao and Zhang, Mengqi and Hou, G. and Liu, Meiru and Wang, Jiahao and Liu, Qun and Gan, Xiaoni and Zeng, Honghui and Xu, Wenjie and Feng, Chenguang and Wang, Mengjun and Zhou, Zhuocheng and He, Song and Liu, Chenglong and Yu, Mengjun and Li, Hanbo and Liang, Jian and Zhang, He and Li, Yongxin and Lee, Simon Ming-Yuen and Sun, Yonghua and Qiu, Qiang and Liu, Xin and Kristiansen, Karsten and Wang, Wen and Wang, Jian and Zhu, Min and Yang, Huanming and Chen, Songlin and Gui, Jianfang and Chen, Yiyu and Zhang, Guojie and Xu, Xun and Wang, Kun and Fan, Guangyi and He, Shunping",
    title = "A genomic compendium of hundreds of teleost fishes reveals their evolutionary landscape.",
    year = "2025",
    journal = "Innovation (Cambridge (Mass.))",
    abstract = {The remarkable morphological diversity and species abundance of teleost fishes offer a valuable resource for understanding vertebrate evolution. In phase I of the Fish10K project, genomes of 110 teleost species were sequenced and assembled, filling gaps in 3 previously unrepresented orders, and integrated with existing data to generate a 464 species whole-genome alignment spanning all teleost orders-the largest such resource beyond mammals and birds. Comparative analyses reveal distinctive genomic features, including progressive genome compaction with shortened intron lengths relative to non-teleost ray-finned fishes. Analysis of the transposable element (TE) landscape suggests a potential association between TE expansion in teleost genomes and different habitats, as well as the uniqueness of teleosts' DNA-dominated transposon composition among vertebrates. Genome-wide phylogenetic analyses refute the widely accepted monophyly of "Siluriphysi" hypothesis and support the hypothesis of a single origin of electroreception followed by secondary loss in Characiformes. A refined evolutionary timeline of teleosts by whole-genome alignment resource placed teleosts at ∼253 million years ago, predating the Permian-Triassic extinction, and delineates three diversification phases punctuated by mass extinctions, challenging continuous post-Cretaceous-Palaeogene acceleration models. This study establishes a large-scale genomic database and a foundational whole-genome alignment resource, advancing insights into the landscape of teleost genomic architecture and macroevolution.},
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/5435c4e71880224ebb1458a87db8ff83f16fb711",
    doi = "10.1016/j.xinn.2025.101177",
    is_oa = "true",
    number = "3",
    pages = "101177",
    semanticscholar_citation_count = "3",
    semanticscholar_id = "5435c4e71880224ebb1458a87db8ff83f16fb711",
    volume = "7"
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