Morfometria

@article{huxley1927on4,
    author = "Huxley, J",
    title = "On the relation between egg-weight and body-weight in birds",
    year = "1927",
    journal = "Journal of the Linnaean Society of London, v. 36, p. 457-466",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Huxley, J., 1927, On the relation between egg-weight and body-weight in birds: Journal of the Linnaean Society of London, v. 36, p. 457-466.}"
}

@misc{franz1932vivaparus2,
    author = "Franz, V",
    title = "Vivaparus; Morfometria, Filogenia e Geografia das paludíneas europeias, fósseis e atuais",
    year = "1932",
    howpublished = "Med.-Naturw. Ges. Jena, Denkschr., v. 18",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Franz, V., 1932, Vivaparus; Morfometria, Filogenia e Geografia das paludíneas europeias, fósseis e atuais: Med.-Naturw. Ges. Jena, Denkschr., v. 18.}"
}

@misc{huxley1932problems5,
    author = "Huxley, J",
    title = "Problemas de Crescimento Relativo",
    year = "1932",
    howpublished = "Nova York, Lincoln McVeagh",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Huxley, J., 1932, Problemas de Crescimento Relativo: Nova York, Lincoln McVeagh.}"
}

@book{bonner1965size1,
    author = "Bonner, J. T",
    title = "Size and Cycle",
    year = "1965",
    publisher = "an Essay on the Structure of Biology: Princeton, New Jersey, Princeton University Press, 219 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Bonner, J. T., 1965, Size and Cycle: an Essay on the Structure of Biology: Princeton, New Jersey, Princeton University Press, 219 p.}"
}

@misc{pilbeam1974size7,
    author = "Pilbeam, D. e Gould, S. J",
    title = "Tamanho e escala na evolução humana",
    year = "1974",
    howpublished = "Science, v. 186, p. 892-901",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Pilbeam, D., e Gould, S. J., 1974, Tamanho e escala na evolução humana: Science, v. 186, p. 892-901.}"
}

@book{oxnard1975uniqueness6,
    author = "Oxnard, C. E",
    title = "Uniqueness and Diversity in Human Evolution",
    year = "1975",
    publisher = "Morphometric Studies of Australopithecines: Chicago, Ill., University of Chicago Press, 133 p",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Oxnard, C. E., 1975, Uniqueness and Diversity in Human Evolution: Morphometric Studies of Australopithecines: Chicago, Ill., University of Chicago Press, 133 p.}"
}

@misc{gould1982exaptation3,
    author = "Gould, S. J. e Vrba, E. S",
    title = "Exaptation - um termo ausente na ciência da forma",
    year = "1982",
    howpublished = "Paleobiology, v. 8, p. 4-15",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gould, S. J., e Vrba, E. S., 1982, Exaptation - um termo ausente na ciência da forma: Paleobiology, v. 8, p. 4-15.}"
}

Âncoras são apêndices de fixação importantes que impedem o deslocamento físico de um parasita monogeano das brânquias do hospedeiro peixe. A descendência comum e os processos evolutivos deixaram sua marca na morfometria das âncoras, na forma de padrões de variação de forma e tamanho úteis para estudos sistemáticos e evolutivos. Utilizamos uma abordagem morfométrica geométrica para explorar a variação de forma da âncora em 13 espécies de Ligophorus (Monogenea:Ancyrocephalidae) que infectam dois hospedeiros peixes mugilídeos marinhos (Teleostei: Mugilidae) (Moolgarda buchanani e Liza subviridis) nas águas ao largo da Península Ocidental da Malásia. Dados de sequência molecular de três marcadores nucleares: 28S rRNA, 18S rRNA e ITS1, foram utilizados para inferir uma filogenia de máxima verossimilhança para permitir a visualização da evolução da forma no filomorfospace. Para inferir padrões de evolução de tamanho na filogenia, utilizamos uma medida de tamanho baseada no primeiro componente principal de todas as distâncias euclidianas entre pontos de referência. O mapa de calor de clusters e a análise de componentes principais mostraram que a variação de forma da âncora possuía informação sistemática suficiente para delimitar 12 das 13 espécies. O teste multivariado K de Adams indicou correlação significativa entre a forma da âncora e a filogenia (valor-p = 0,0001). Também descobrimos que caracteres baseados na forma do eixo da âncora, o comprimento entre as pontas internas e externas da raiz e o comprimento entre a ponta interna da raiz e o ponto dentado eram mais informativos filogeneticamente do que os comprimentos interno e externo, conforme indicado por uma árvore de máxima parcimônia que estava melhor resolvida e possuía clados principais congruentes com os da árvore filogenética molecular. O mapeamento de caracteres contínuos de tamanho sobre a filogenia molecular inferida e o teste de Rayleigh para desvio da uniformidade direcional em cada espécie em relação ao ancestral indicaram que as espécies que infectam M. buchanani evoluíram geralmente âncoras maiores e mais robustas, enquanto aquelas que infectam L. subviridis evoluíram geralmente âncoras menores e mais delicadas. No entanto, a regressão filogenética da forma da âncora contra o tamanho corporal e o tamanho da âncora mostrou correlação significativa (valor-p = 0,02) entre a forma e o tamanho da âncora, sugerindo restrições morfométricas na evolução da âncora. Finalmente, a análise de integração morfológica revelou integração estreita entre os compartimentos da raiz e do ponto dentro das âncoras, confirmando que a âncora funciona como um único módulo totalmente integrado. O presente trabalho é apoiado pelo desenvolvimento de ferramentas analíticas integrativas na forma de um novo pacote R – monogeneaGM. Ao reduzir as barreiras à integração e análise de dados, visamos encorajar a comunidade científica a coletar e contribuir dados morfométricos e genéticos de outras espécies de Ligophorus, que são essenciais para desenvolver o Ligophorus como um sistema modelo para compreender a associação entre os padrões de evolução do tamanho e da forma da âncora e a biodiversidade nos Monogenea.

@misc{khang2015monogenean,
    author = "Khang, Tsung Fei and Soo, Oi Yoon Michelle and Tan, Wooi Boon and Lim, Lee Hong Susan",
    title = "Morfometria de âncoras monogêneas: valor sistemático, sinal filogenético e evolução",
    year = "2015",
    abstract = "As âncoras são apêndices de fixação importantes que impedem o desprendimento físico de um parasita monogêneo das brânquias do peixe hospedeiro. A descendência comum e os processos evolutivos deixaram sua marca na morfometria das âncoras, na forma de padrões de variação de forma e tamanho úteis para estudos sistemáticos e evolutivos. Utilizamos uma abordagem morfométrica geométrica para explorar a variação de forma das âncoras em 13 espécies de Ligophorus (Monogenea:Ancyrocephalidae) que infectam dois hospedeiros peixes mugilídeos marinhos (Teleostei: Mugilidae) nas águas fora da Península Ocidental da Malásia (Moolgarda buchanani e Liza subviridis). Dados de sequência molecular de três marcadores nucleares: 28S rRNA, 18S rRNA e ITS1, foram utilizados para inferir uma filogenia de máxima verossimilhança para permitir a visualização da evolução da forma no espaço filomórfico. Para inferir padrões de evolução de tamanho na filogenia, utilizamos uma medida de tamanho baseada no primeiro componente principal de todas as distâncias euclidianas entre pontos de referência. O mapa de calor de clusters e a análise de componentes principais mostraram que a variação de forma da âncara tinha informação sistemática suficiente para delimitar 12 das 13 espécies. O teste multivariado K de Adams indicou correlação significativa entre a forma da âncora e a filogenia (valor-p = 0,0001). Também descobrimos que caracteres baseados na forma do eixo da âncora, o comprimento entre as pontas internas e externas da raiz e o comprimento entre a ponta interna da raiz e o ponto dentado eram mais informativos filogeneticamente do que os comprimentos internos e externos, conforme indicado por uma árvore de parcimônia máxima que estava melhor resolvida e tinha clados principais congruentes com aqueles da árvore filogenética molecular. Mapeamento de caracteres contínuos de tamanho sobre a filogenia molecular inferida e o teste de Rayleigh para desvio da uniformidade direcional em cada espécie em relação ao ancestral indicaram que as espécies que infectam M. buchanani geralmente evoluíram âncoras maiores e mais robustas, enquanto aquelas que infectam L. subviridis geralmente evoluíram âncoras menores e mais delicadas. No entanto, a regressão filogenética da forma da âncora contra o tamanho corporal e o tamanho da âncora mostrou correlação significativa (valor-p = 0,02) entre a forma e o tamanho da âncora, sugerindo restrições morfométricas na evolução da âncora. Finalmente, a análise de integração morfológica revelou integração estreita entre os compartimentos de raiz e ponto dentro das âncoras, confirmando que a âncora funciona como um único módulo totalmente integrado. O presente trabalho é apoiado pelo desenvolvimento de ferramentas analíticas integrativas na forma de um novo pacote R – monogeneaGM. Ao reduzir as barreiras à integração e análise de dados, visamos encorajar a comunidade científica a coletar e contribuir dados morfométricos e genéticos de outras espécies de Ligophorus, que são essenciais para desenvolver Ligophorus como um sistema modelo para entender a associação entre padrões de evolução de forma e tamanho de âncoras e a biodiversidade nos Monogenea.",
    url = "https://doi.org/10.7287/peerj.preprints.1283v1",
    doi = "10.7287/peerj.preprints.1283v1"
}

Fundo. Âncoras são um dos apêndices de fixação importantes para parasitas monogêneos. A descendência comum e os processos evolutivos deixaram sua marca na morfometria das âncoras, na forma de padrões de variação de forma e tamanho úteis para estudos sistemáticos e evolutivos. Quando combinados com dados morfológicos e moleculares, a análise da morfometria das âncoras pode potencialmente responder a uma ampla gama de questões biológicas. Materiais e Métodos. Utilizamos dados de morfometria de âncoras, tamanho corporal e morfologia de 13 espécies de Ligophorus (Monogenea: Ancyrocephalidae) que infectam dois hospedeiros peixes mugilídeos marinhos (Teleostei: Mugilidae): Moolgarda buchanani (Bleeker) e Liza subviridis (Valenciennes) da Malásia. Os dados de forma e tamanho das âncoras (n = 530) foram gerados usando métodos de morfometria geométrica. Utilizamos dados de sequência de 28S rRNA, 18S rRNA e ITS1 para inferir uma filogenia de máxima verossimilhança. Discriminamos as espécies usando análise de componentes principais e análise de agrupamento de dados de forma. O K mult de Adams foi usado para detectar sinal filogenético na forma da âncora. Mudanças de tamanho e forma correlacionadas com a filogenia foram investigadas usando mapeamento de caracteres contínuos e estatística direcional, respectivamente. Avaliamos restrições morfológicas na morfometria das âncoras usando regressão filogenética da forma da âncora contra o tamanho corporal e o tamanho da âncora. A integração morfológica das âncoras foi estudada usando o método de mínimos quadrados parciais. A associação entre a morfologia do órgão copulatório e a forma e tamanho das âncoras no espaço filomórfico foi usada para testar a hipótese de Rohde-Hobbs. Criamos o monogeneaGM, um novo pacote R que integra análises de dados morfométricos geométricos de âncoras monogêneas com dados morfológicos e filogenéticos. Resultados. Discriminamos 12 das 13 espécies de Ligophorus usando dados de forma da âncora. Sinal filogenético significativo foi detectado na forma da âncora. Assim, descobrimos novos caracteres morfológicos baseados na forma do eixo da âncora, o comprimento entre o ponto de raiz interno e o ponto de raiz externo, e o comprimento entre o ponto de raiz interno e o ponto dentado. As espécies em M. buchanani evoluíram âncoras maiores e mais robustas; aquelas em L. subviridis evoluíram âncoras menores e mais delicadas. A forma e o tamanho das âncoras foram significativamente correlacionados, sugerindo restrições na evolução das âncoras. A integração apertada entre os compartimentos de raiz e de ponto dentro das âncoras confirma a âncora como um único módulo totalmente integrado. A correlação entre a morfologia e o tamanho do órgão copulatório masculino e a forma da âncora foi consistente com as previsões da hipótese de Rohde-Hobbs. Conclusões. As âncoras monogêneas são estruturas fortemente integradas, e sua variação de forma correlaciona-se fortemente com a filogenia, destacando assim seu valor para estudos de biologia sistemática e evolutiva. Nosso pacote R MonogeneaGM fornece ferramentas para pesquisadores explorarem insights biológicos a partir de dados morfométricos geométricos de gêneros monogêneos diversos.

@article{khang2016monogenean,
    author = "Khang, Tsung Fei and Soo, Oi Yoon Michelle and Tan, Wooi Boon and Lim, Lee Hong Susan",
    title = "Morfometria de âncoras monogêneas: valor sistemático, sinal filogenético e evolução",
    year = "2016",
    journal = "PeerJ",
    abstract = "Introdução. As âncoras são um dos apêndices de fixação importantes para parasitas monogêneos. A descendência comum e os processos evolutivos deixaram sua marca na morfometria das âncoras, na forma de padrões de variação de forma e tamanho úteis para estudos sistemáticos e evolutivos. Quando combinados com dados morfológicos e moleculares, a análise da morfometria das âncoras pode potencialmente responder a uma ampla gama de questões biológicas. Materiais e Métodos. Utilizamos dados de morfometria de âncoras, tamanho corporal e morfologia de 13 espécies de Ligophorus (Monogenea: Ancyrocephalidae) que infectam dois hospedeiros peixes mugilídeos marinhos (Teleostei: Mugilidae): Moolgarda buchanani (Bleeker) e Liza subviridis (Valenciennes) da Malásia. Os dados de forma e tamanho das âncoras (n = 530) foram gerados utilizando métodos de morfometria geométrica. Utilizamos dados de sequência de 28S rRNA, 18S rRNA e ITS1 para inferir uma filogenia de máxima verossimilhança. Discriminamos as espécies utilizando análise de componentes principais e análise de agrupamento de dados de forma. O K mult de Adams foi utilizado para detectar sinal filogenético na forma da âncora. Mudanças de tamanho e forma correlacionadas com a filogenia foram investigadas utilizando mapeamento de caracteres contínuos e estatística direcional, respectivamente. Avaliamos restrições morfológicas na morfometria das âncoras utilizando regressão filogenética da forma da âncora contra o tamanho corporal e o tamanho da âncora. A integração morfológica das âncoras foi estudada utilizando o método de mínimos quadrados parciais. A associação entre a morfologia do órgão copulatório e a forma e tamanho da âncora no espaço filomórfico foi utilizada para testar a hipótese de Rohde-Hobbs. Criamos o monogeneaGM, um novo pacote R que integra análises de dados de morfometria geométrica de âncoras monogêneas com dados morfológicos e filogenéticos. Resultados. Discriminamos 12 das 13 espécies de Ligophorus utilizando dados de forma da âncora. Sinal filogenético significativo foi detectado na forma da âncora. Assim, descobrimos novos caracteres morfológicos baseados na forma do eixo da âncora, o comprimento entre o ponto de raiz interno e o ponto de raiz externo, e o comprimento entre o ponto de raiz interno e o ponto de dente. As espécies em M. buchanani evoluíram âncoras maiores e mais robustas; aquelas em L. subviridis evoluíram âncoras menores e mais delicadas. A forma e o tamanho das âncoras foram significativamente correlacionados, sugerindo restrições na evolução das âncoras. A integração apertada entre os compartimentos de raiz e de ponto dentro das âncoras confirma a âncora como um único módulo totalmente integrado. A correlação entre a morfologia e o tamanho do órgão copulatório masculino e a forma da âncora foi consistente com as previsões da hipótese de Rohde-Hobbs. Conclusões. As âncoras monogêneas são estruturas apertamente integradas, e sua variação de forma correlaciona-se fortemente com a filogenia, destacando assim seu valor para estudos de biologia sistemática e evolutiva. Nosso pacote R MonogeneaGM fornece ferramentas para pesquisadores explorarem insights biológicos a partir de dados de morfometria geométrica de gêneros monogêneos diversos.",
    url = "https://doi.org/10.7717/peerj.1668",
    doi = "10.7717/peerj.1668",
    pages = "e1668",
    volume = "4"
}

O osso muda dinamicamente sua forma e estrutura em resposta a ambientes extratissulares, de modo que a morfometria óssea tem sido um método substancial para avaliar a fisiopatologia do osso. Osteócitos embutidos na matriz óssea mineralizada desempenham papéis-chave no metabolismo ósseo sistêmico e caracterizam sítios ósseos distintos. O osso da mandíbula tem sido descrito como um osso único no contexto da evolução e função dos vertebrados. A perda óssea no osso mandibular é menos óbvia em condições osteoporóticas do que em outros ossos, como ossos longos vertebrais e de membros, tanto em modelos animais quanto em estudos clínicos. Como as lacunas osteocíticas são complexas e pequenas (-10µm de comprimento) em forma e tamanho, respectivamente, a análise morfométrica abrangente e imparcial das mudanças no tamanho das lacunas osteocíticas ainda era um obstáculo. Este estudo estabeleceu uma morfometria impulsionada por inteligência artificial com imageamento baseado em microscopia de campo amplo de lacunas osteocíticas. Análises comparativas sucessivas demonstraram remodelação óssea perilacunar ativa no osso mandibular em comparação com o osso parietal. Esta abordagem nos permitiu comparar parâmetros morfométricos de maneira mais abrangente e imparcial. Discutimos ainda a possível contribuição única do osso mandibular para a fisiopatologia da osteoporose. Este estudo estabeleceu uma morfometria impulsionada por inteligência artificial com imageamento baseado em microscopia de campo amplo de lacunas osteocíticas. Análises comparativas sucessivas demonstraram remodelação óssea perilacunar ativa no osso mandibular em comparação com o osso parietal. Esta abordagem nos permitiu comparar parâmetros morfométricos de maneira mais abrangente e imparcial.

@article{doi101093jmicrodfaf046,
    author = "Nakanishi-Kimura, Atsuko e Watanabe, Haruhisa e Hoshi-Numahata, Marie e Goseki-Sone, Masae e Iimura, Tadahiro",
    title = "Establishment of artificial intelligence-driven fluorescence morphometry reveals involvement of osteocyte perilacunar remodeling specifically in mandibular bone of ovariectomized rats.",
    year = "2025",
    journal = "Microscopy (Oxford, England)",
    abstract = "O osso muda dinamicamente sua forma e estrutura em resposta a ambientes extratissulares, de modo que a morfometria óssea tem sido um método substancial para avaliar a fisiopatologia do osso. Osteócitos embutidos na matriz óssea mineralizada desempenham papéis-chave no metabolismo ósseo sistêmico e caracterizam sítios ósseos distintos. O osso da mandíbula tem sido descrito como um osso único no contexto da evolução e função dos vertebrados. A perda óssea no osso mandibular é menos óbvia em condições osteoporóticas do que em outros ossos, como ossos longos vertebrais e de membros, tanto em modelos animais quanto em estudos clínicos. Como as lacunas osteocíticas são complexas e pequenas (-10µm de comprimento) em forma e tamanho, respectivamente, a análise morfométrica abrangente e imparcial das mudanças no tamanho das lacunas osteocíticas ainda era um obstáculo. Este estudo estabeleceu uma morfometria impulsionada por inteligência artificial com imageamento baseado em microscopia de campo amplo de lacunas osteocíticas. Análises comparativas sucessivas demonstraram remodelação óssea perilacunar ativa no osso mandibular em comparação com o osso parietal. Esta abordagem nos permitiu comparar parâmetros morfométricos de maneira mais abrangente e imparcial. Discutimos ainda a possível contribuição única do osso mandibular para a fisiopatologia da osteoporose. Este estudo estabeleceu uma morfometria impulsionada por inteligência artificial com imageamento baseado em microscopia de campo amplo de lacunas osteocíticas. Análises comparativas sucessivas demonstraram remodelação óssea perilacunar ativa no osso mandibular em comparação com o osso parietal. Esta abordagem nos permitiu comparar parâmetros morfométricos de maneira mais abrangente e imparcial.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41104634/",
    doi = "10.1093/jmicro/dfaf046",
    pmid = "41104634"
}