Árvores filogenéticas

@article{gingerich1976paleontology2,
    author = "Gingerich, P. D",
    title = "Paleontologia e filogenia",
    year = "1976",
    journal = "padrões de evolução do nível de espécie em mamíferos do Terciário inicial: American Journal of Science, v. 276, p. 1-28",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Gingerich, P. D., 1976, Paleontologia e filogenia: padrões de evolução do nível de espécie em mamíferos do Terciário inicial: American Journal of Science, v. 276, p. 1-28.}"
}

Esta história inteligente e engraçada certamente será bem recebida pela sua turma, que se deleitará com o ritmo e o verso cativantes. Você encontrará nela um livro perfeito para ler em voz alta. Por Jenny Etheredge.

@article{donaldson2003monkey,
    author = "Donaldson, Julia e Scheffler, Axel",
    title = "Monkey Puzzle",
    year = "2003",
    journal = "Early Years Educator",
    abstract = "Esta história inteligente e engraçada certamente será bem recebida pela sua turma, que se deleitará com o ritmo e o verso cativantes. Você encontrará nela um livro perfeito para ler em voz alta. Por Jenny Etheredge.",
    url = "https://doi.org/10.12968/eyed.2003.5.6.14545",
    doi = "10.12968/eyed.2003.5.6.14545",
    number = "6",
    pages = "42-46",
    volume = "5"
}

Esforços sustentados em tecnologias de sequenciamento de nova geração estão mudando o campo da taxonomia. O aumento no número de genomas resolvidos tornou a taxonomia tradicional das espécies antiquada. Com métodos baseados em filogenia, as taxonomias estão sendo atualizadas e refinadas. Embora tais métodos preencham a lacuna entre filogenia e taxonomia, a taxonomia baseada em filogenia atualmente carece de abordagens de visualização interativa. Motivados por enriquecer e aumentar a consistência de estudos evolutivos e taxonômicos, propomos Árvore Filogenética Consciente do Contexto (CAPT) como uma ferramenta web interativa para apoiar usuários em tarefas baseadas em exploração e validação. Para complementar informações filogenéticas com taxonomia baseada em filogenia, oferecemos a ligação de duas visualizações interativas que compõem duas visualizações simultâneas: a visualização da árvore filogenética e a visualização de icicle taxonômica. Graças às suas propriedades de preenchimento de espaço, a visualização de icicle segue a intuição por trás das taxonomias, onde diferentes rankings hierárquicos com o mesmo número de elementos filhos podem ser representados com áreas retangulares do mesmo tamanho. Em outras palavras, ela fornece partições de tamanhos diferentes dependendo do número de elementos que contêm. A visualização de icicle integra sete rankings taxonômicos: domínio, filo, classe, ordem, família, gênero e espécie. CAPT enriquece os clados na visualização da árvore filogenética com contexto dos dados genômicos e suporta técnicas interativas como ligação e pincelamento para destacar a correspondência entre as duas visualizações. Quatro casos de uso diferentes, extraídos do Genome Taxonomy DataBase, foram empregados para criar quatro cenários usando nossa abordagem. CAPT foi usado com sucesso para explorar as árvores filogenéticas bem como os dados taxonômicos, fornecendo contexto e usando as técnicas de interação. Esta ferramenta é essencial para aumentar a precisão da categorização de novas espécies identificadas e validar taxonomias atualizadas. O código-fonte e os dados estão disponíveis gratuitamente em https://github.com/ghattab/CAPT.

@article{kaya2022contextaware,
    author = "Kaya, Gizem and Ezekannagha, Chisom and Heider, Dominik and Hattab, Georges",
    title = "Context-Aware Phylogenetic Trees for Phylogeny-Based Taxonomy Visualization",
    year = "2022",
    journal = "Frontiers in Genetics",
    abstract = "Esforços sustentados em tecnologias de sequenciamento de nova geração estão mudando o campo da taxonomia. O aumento no número de genomas resolvidos tornou a taxonomia tradicional das espécies antiquada. Com métodos baseados em filogenia, as taxonomias estão sendo atualizadas e refinadas. Embora tais métodos preencham a lacuna entre filogenia e taxonomia, a taxonomia baseada em filogenia atualmente carece de abordagens de visualização interativa. Motivados por enriquecer e aumentar a consistência de estudos evolutivos e taxonômicos, propomos Árvore Filogenética Consciente do Contexto (CAPT) como uma ferramenta web interativa para apoiar usuários em tarefas baseadas em exploração e validação. Para complementar informações filogenéticas com taxonomia baseada em filogenia, oferecemos a ligação de duas visualizações interativas que compõem duas visualizações simultâneas: a visualização da árvore filogenética e a visualização de icicle taxonômica. Graças às suas propriedades de preenchimento de espaço, a visualização de icicle segue a intuição por trás das taxonomias, onde diferentes rankings hierárquicos com o mesmo número de elementos filhos podem ser representados com áreas retangulares do mesmo tamanho. Em outras palavras, ela fornece partições de tamanhos diferentes dependendo do número de elementos que contêm. A visualização de icicle integra sete rankings taxonômicos: domínio, filo, classe, ordem, família, gênero e espécie. CAPT enriquece os clados na visualização da árvore filogenética com contexto dos dados genômicos e suporta técnicas interativas como ligação e pincelamento para destacar a correspondência entre as duas visualizações. Quatro casos de uso diferentes, extraídos do Genome Taxonomy DataBase, foram empregados para criar quatro cenários usando nossa abordagem. CAPT foi usado com sucesso para explorar as árvores filogenéticas bem como os dados taxonômicos, fornecendo contexto e usando as técnicas de interação. Esta ferramenta é essencial para aumentar a precisão da categorização de novas espécies identificadas e validar taxonomias atualizadas. O código-fonte e os dados estão disponíveis gratuitamente em https://github.com/ghattab/CAPT.",
    url = "https://doi.org/10.3389/fgene.2022.891240",
    doi = "10.3389/fgene.2022.891240",
    volume = "13"
}