Filogenia

@misc{garstang1894preliminary11,
    author = "Garstang, W",
    title = "Nota preliminar sobre uma Nova Teoria da Filogenia dos Chordata",
    year = "1894",
    howpublished = "Zoologischer Anzeiger, v. 17, p. 122-125",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Garstang, W., 1894, Nota preliminar sobre uma Nova Teoria da Filogenia dos Chordata: Zoologischer Anzeiger, v. 17, p. 122-125.}"
}

@misc{franz1932vivaparus10,
    author = "Franz, V",
    title = "Vivaparus; Morfometria, Filogenia e Geografia das paludíneas europeias, fósseis e recentes",
    year = "1932",
    howpublished = "Med.-Naturw. Ges. Jena, Denkschr., v. 18",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Franz, V., 1932, Vivaparus; Morfometria, Filogenia e Geografia das paludíneas europeias, fósseis e recentes: Med.-Naturw. Ges. Jena, Denkschr., v. 18.}"
}

@book{baker1938the1,
    author = "Baker, J. R",
    title = "A Evolução dos Sistemas de Reprodução, em Evolution, Ensaios apresentados a E.S. Goodrich",
    year = "1938",
    publisher = "Oxford, Oxford University Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Baker, J. R., 1938, A Evolução dos Sistemas de Reprodução, em Evolution, Ensaios apresentados a E.S. Goodrich: Oxford, Oxford University Press.}"
}

@book{camp1942phylogeny3,
    author = "Camp, C. L. e Smith, N",
    title = "Filogenia e função dos ligamentos digitais do cavalo",
    year = "1942",
    publisher = "Memórias da Universidade da Califórnia, Berkeley, v. 13, p. 69-124",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Camp, C. L., e Smith, N., 1942, Filogenia e função dos ligamentos digitais do cavalo: Memórias da Universidade da Califórnia, Berkeley, v. 13, p. 69-124.}"
}

@techreport{greenwood1966phyletic17,
    author = "Greenwood, P. H. e Miles, R. S. e Patterson, C. e Rosen, D. E. e Weitzman, S. H. e Myers, G. S",
    title = "Estudos filéticos de peixes teleósteos, com uma classificação provisória das formas vivas",
    year = "1966",
    howpublished = "Bulletin of the American Museum of Natural History, v. 131, no. Art. 4, p. 339-456",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Greenwood, P. H., Miles, R. S., Patterson, C., Rosen, D. E., Weitzman, S. H., e Myers, G. S., 1966, Estudos filéticos de peixes teleósteos, com uma classificação provisória das formas vivas: Bulletin of the American Museum of Natural History, v. 131, no. Art. 4, p. 339-456.}"
}

@book{hennig1966phylogenetic18,
    author = "Hennig, W",
    title = "Filogenética Sistemática",
    year = "1966",
    publisher = "Urbana, Illinois, University of Illinois Press; [2ª edição, 1979]",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Hennig, W., 1966, Filogenética Sistemática: Urbana, Illinois, University of Illinois Press; [2ª edição, 1979].}"
}

@misc{fitch1967construction9,
    author = "Fitch, W. M. e Margoliash, E",
    title = "Construção de árvores filogenéticas",
    year = "1967",
    howpublished = "Science, v. 155, p. 279-284",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Fitch, W. M., e Margoliash, E., 1967, Construção de árvores filogenéticas: Science, v. 155, p. 279-284.}"
}

@misc{eldredge1971the7,
    author = "Eldredge, N",
    title = "O modelo alopátrico e a filogenia de invertebrados do Paleozóico",
    year = "1971",
    howpublished = "Evolução, v. 25, p. 156-167",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Eldredge, N., 1971, O modelo alopátrico e a filogenia de invertebrados do Paleozóico: Evolução, v. 25, p. 156-167.}"
}

@misc{kavanaugh1972hennigs20,
    author = "Kavanaugh, D. H",
    title = "Princípios e métodos de Hennig para a sistemática filogenética",
    year = "1972",
    howpublished = "The Biologist, v. 54, p. 115-127",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Kavanaugh, D. H., 1972, Princípios e métodos de Hennig para a sistemática filogenética: The Biologist, v. 54, p. 115-127.}"
}

@article{raup1973stochastic22,
    author = "Raup, D. M. e Gould, S. J. e Schopf, T. J. M. e Simberloff, D. S",
    title = "Modelos estocásticos de filogenia e a evolução da diversidade",
    year = "1973",
    journal = "Journal of Geology, v. 81, no. 5, p. 525-542",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Raup, D. M., Gould, S. J., Schopf, T. J. M., e Simberloff, D. S., 1973, Modelos estocásticos de filogenia e a evolução da diversidade: Journal of Geology, v. 81, no. 5, p. 525-542.}"
}

@inproceedings{dilly1975the6,
    author = "Dilly, P. N",
    title = "The pterobranch Rhabdopleura compacta",
    year = "1975",
    booktitle = "its nervous system and phylogenetic position: Symposium of the Zoological Society, London, v. 36, p. 1-16",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Dilly, P. N., 1975, The pterobranch Rhabdopleura compacta: seu sistema nervoso e posição filogenética: Symposium of the Zoological Society, London, v. 36, p. 1-16.}"
}

@inproceedings{willner1975the26,
    author = "Willner, E. N",
    title = "A possível contribuição dos nemertíneos para o problema da filogenia dos protocordados",
    year = "1975",
    booktitle = "Simpósio da Sociedade Zoológica, Londres, v. 36, p. 319-345",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Willner, E. N., 1975, A possível contribuição dos nemertíneos para o problema da filogenia dos protocordados: Simpósio da Sociedade Zoológica, Londres, v. 36, p. 319-345.}"
}

@article{gingerich1976paleontology14,
    author = "Gingerich, P. D",
    title = "Paleontologia e filogenia",
    year = "1976",
    journal = "padrões de evolução do nível de espécie em mamíferos do Terciário inicial: American Journal of Science, v. 276, p. 1-28",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Gingerich, P. D., 1976, Paleontologia e filogenia: padrões de evolução do nível de espécie em mamíferos do Terciário inicial: American Journal of Science, v. 276, p. 1-28.}"
}

@book{gould1977ontogeny15,
    author = "Gould, S. J",
    title = "Ontogeny and Phylogeny",
    year = "1977",
    publisher = "Cambridge, Mass., Harvard University Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gould, S. J., 1977, Ontogeny and Phylogeny: Cambridge, Mass., Harvard University Press.}"
}

@article{brace1981tales2,
    author = "Brace, C. L",
    title = "Contos das matas filogenéticas",
    year = "1981",
    journal = "a evolução e a importância das árvores evolutivas: American Journal of Physical Anthropology, v. 56, no. 4, p. 411-429",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Brace, C. L., 1981, Contos das matas filogenéticas: a evolução e a importância das árvores evolutivas: American Journal of Physical Anthropology, v. 56, no. 4, p. 411-429.}"
}

@misc{gauthier1984phylogenetic13,
    author = "Gauthier, J. e Padian, K",
    title = "Análise Filogenética, Funcional e Aerodinâmica da Origem dos Pássaros, em Hecht, M. K., Ostrom, J. H., Viohl, G., e Wellnhofer, P., eds., The Beginnings of Birds",
    year = "1984",
    howpublished = "Eichstatt, Fruende des Jura-Museums, p. 185-198",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Gauthier, J., e Padian, K., 1984, Análise Filogenética, Funcional e Aerodinâmica da Origem dos Pássaros, em Hecht, M. K., Ostrom, J. H., Viohl, G., e Wellnhofer, P., eds., The Beginnings of Birds: Eichstatt, Fruende des Jura-Museums, p. 185-198.}"
}

@inproceedings{sereno1984the23,
    author = "Sereno, P. C",
    title = "A Filogenia dos Ornithischia, uma reavaliação, em Reif, W. E., e Westphal, F., eds., Terceiro Simpósio sobre Ambientes Terrestres do Mesozoico",
    year = "1984",
    booktitle = "Tbingen, ATTEMPTO-Verlag, p. 219-226",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Sereno, P. C., 1984, A Filogenia dos Ornithischia, uma reavaliação, em Reif, W. E., e Westphal, F., eds., Terceiro Simpósio sobre Ambientes Terrestres do Mesozoico: Tbingen, ATTEMPTO-Verlag, p. 219-226.}"
}

@article{ferraris2000phylogeny,
    author = "Ferraris, Carl J.",
    title = "Filogenia e Classificação de Peixes Neotropicais",
    year = "2000",
    journal = "Copeia",
    url = "https://doi.org/10.1643/0045-8511(2000)2000[0314:br]2.0.co;2",
    doi = "10.1643/0045-8511(2000)2000[0314:br]2.0.co;2",
    number = "1",
    pages = "314-315",
    volume = "2000"
}

@incollection{kapoor2004evolution,
    author = "Kapoor, B. G. e Khanna, Bhavna",
    title = "Evolução; Filogenia; Classificação",
    year = "2004",
    booktitle = "Manual de Ictiologia",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-3-662-07844-0\_1",
    doi = "10.1007/978-3-662-07844-0\_1",
    pages = "1-30"
}

@article{betancurr2017phylogenetic,
    author = "Betancur-R, Ricardo e Wiley, Edward O. e Arratia, Gloria e Acero, Arturo e Bailly, Nicolas e Miya, Masaki e Lecointre, Guillaume e Ortí, Guillermo",
    title = "Classificação filogenética de peixes ósseos",
    year = "2017",
    journal = "BMC Evolutionary Biology",
    url = "https://doi.org/10.1186/s12862-017-0958-3",
    doi = "10.1186/s12862-017-0958-3",
    number = "1",
    volume = "17"
}

@incollection{ji2021phylogeny,
    author = "Ji, Yunheng",
    title = "Filogenia, Classificação, Biogeografia e Evolução",
    year = "2021",
    booktitle = "Um Monografia de Paris (Melanthiaceae)",
    url = "https://doi.org/10.1007/978-981-15-7903-5\_5",
    doi = "10.1007/978-981-15-7903-5\_5",
    pages = "69-81"
}

@article{near2024phylogenetic,
    author = "Near, Thomas J. e Thacker, Christine E.",
    title = "Classificação Filogenética de Peixes de Raio-Finados Vivos e Fósseis (Actinopterygii)",
    year = "2024",
    journal = "Bulletin of the Peabody Museum of Natural History",
    url = "https://doi.org/10.3374/014.065.0101",
    doi = "10.3374/014.065.0101",
    number = "1",
    volume = "65"
}

A evolução das mandíbulas é hipotetizada como tendo impulsionado radiações entre os vertebrados, contribuindo para seu sucesso avassalador nos dias de hoje. Trabalhos passados mostram uma rápida expansão inicial da diversidade na estrutura da mandíbula em muitas linhagens; no entanto, as dinâmicas evolutivas subjacentes a esse padrão são pouco claras e dificultadas pela falta de um quadro comparativo robusto. Aqui, usando uma abordagem macroevolutiva, exploramos a diversificação das mandíbulas inferiores em peixes ósseos primitivos, um contribuinte majoritário para essa radiação inicial. Usando dados de forma mandibular tridimensional recém-gerados de 86 espécies, encontramos evidências de radiação adaptativa nas mandíbulas durante o intervalo mais antigo da história evolutiva dos peixes ósseos (423-359 Ma). Esses padrões são principalmente impulsionados por peixes pulmonados primitivos e celacantos, que exibem altas taxas de diversificação da mandíbula, mudanças rápidas para regiões funcionais novas do espaço de características e inovação substancial na morfologia da mandíbula e na ecologia alimentar, contrastando com seus descendentes "fósseis vivos" de hoje. Por outro lado, peixes de nadadeiras raiadas e tetrapodomorfos, grupos morfologicamente diversos nos dias de hoje, mostram poucas indicações de seu futuro sucesso, possuindo lentas taxas de evolução da mandíbula e baixa diversidade funcional. Esta inversão profunda de padrões em táxons modernos destaca a importância dos dados paleontológicos para entender os impulsionadores da diversificação evolutiva e as limitações de abordagens que usam apenas espécies vivas. No geral, nossas descobertas fornecem insights sobre as dinâmicas evolutivas associadas à evolução das mandíbulas e fornecem contexto para o papel das mandíbulas no sucesso dos vertebrados.

@article{doi101016jcub202508008,
    author = "Troyer, Emily M e Rivero-Vega, Rafael A e Cui, Xindong e Zhu, Min e Qiao, Tuo e Saad, Hadeel H e Figueroa, Rodrigo T e Andrews, James V e Clement, Alice M e Lebedev, Oleg A e Higgins, Robert e Igielman, Benjamin e Pierce, Stephanie E e Giles, Sam e Friedman, Matt",
    title = "O papel reversível da macroevolução na primeira radiação de peixes ósseos.",
    year = "2025",
    journal = "Current biology: CB",
    abstract = {A evolução das mandíbulas é hipotetizada como tendo impulsionado radiações entre os vertebrados, contribuindo para seu sucesso avassalador nos dias de hoje. Trabalhos passados mostram uma rápida expansão inicial da diversidade na estrutura da mandíbula em muitas linhagens; no entanto, as dinâmicas evolutivas subjacentes a esse padrão são pouco claras e dificultadas pela falta de um quadro comparativo robusto. Aqui, usando uma abordagem macroevolutiva, exploramos a diversificação das mandíbulas inferiores em peixes ósseos primitivos, um contribuinte majoritário para essa radiação inicial. Usando dados de forma mandibular tridimensional recém-gerados de 86 espécies, encontramos evidências de radiação adaptativa nas mandíbulas durante o intervalo mais antigo da história evolutiva dos peixes ósseos (423-359 Ma). Esses padrões são principalmente impulsionados por peixes pulmonados primitivos e celacantos, que exibem altas taxas de diversificação da mandíbula, mudanças rápidas para regiões funcionais novas do espaço de características e inovação substancial na morfologia da mandíbula e na ecologia alimentar, contrastando com seus descendentes "fósseis vivos" de hoje. Por outro lado, peixes de nadadeiras raiadas e tetrapodomorfos, grupos morfologicamente diversos nos dias de hoje, mostram poucas indicações de seu futuro sucesso, possuindo lentas taxas de evolução da mandíbula e baixa diversidade funcional. Esta inversão profunda de padrões em táxons modernos destaca a importância dos dados paleontológicos para entender os impulsionadores da diversificação evolutiva e as limitações de abordagens que usam apenas espécies vivas. No geral, nossas descobertas fornecem insights sobre as dinâmicas evolutivas associadas à evolução das mandíbulas e fornecem contexto para o papel das mandíbulas no sucesso dos vertebrados.},
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/40897172/",
    doi = "10.1016/j.cub.2025.08.008",
    pmid = "40897172"
}

A evolução genômica pode impulsionar e restringir a diversificação de espécies. A rápida evolução molecular e o rearranjo genômico estão frequentemente associados à maior diversificação de espécies, mas se a evolução estrutural do genoma mostra um ritmo lento em linhagens de longa duração e com poucas espécies permanece incerto. Aqui, apresentamos dois genomas em nível de cromossomo de garas, uma linhagem de sete espécies vivas de peixes de água doce que são quase idênticas em anatomia a espécies extintas de dezenas de milhões de anos atrás. Usando os novos genomas, mostramos que as garas têm as taxas mais lentas de evolução estrutural e de sequência genômica de todos os vertebrados. Nas espécies dos dois gêneros vivos de garas Atractosteus e Lepisosteus, 83,35% dos genomas permanecem idênticos, embora tenham divergido há mais de 100 milhões de anos. A variação no tamanho do genoma entre as garas é quase inteiramente atribuída a inserções e deleções de pares de bases únicos. No entanto, também detectamos números inflados de repetições de GC nos cromossomos 14 e 23 de Atractosteus spatula que estão ausentes em Lepisosteus e mostramos que os microcromossomos e macrocromossomos das garas exibem diferentes taxas de evolução estrutural. Nossas análises sugerem que a estabilidade genômica das garas, que pode explicar a capacidade de espécies de garas profundamente divergentes de hibridizar e contribuiu para sua maior similaridade estrutural com genomas de tetrápodes do que com os de peixes teleósteos muito mais estreitamente relacionados, pode resultar de taxas muito baixas de origem de elementos transponíveis e alta inatividade em comparação com outros vertebrados. Além de fornecer um ponto de referência para estudos genômicos comparativos de vertebrados, os novos genomas de garas iluminam um componente estrutural da evolução genômica lenta em fósseis vivos e mecanismos moleculares que podem subjacer à estabilidade excepcional do genoma.

@article{doi101101gr280800125,
    author = "Wang, Cheng e Brownstein, Chase D e Chen, Wenjun e Ding, Zufa e Yu, Dan e Deng, Yu e Feng, Chenguang e Near, Thomas J e He, Shunping e Yang, Liandong",
    title = "Estruturas genômicas estáveis em peixes fósseis vivos.",
    year = "2026",
    journal = "Genome research",
    abstract = "A evolução genômica pode impulsionar e restringir a diversificação de espécies. A rápida evolução molecular e o rearranjo genômico estão frequentemente associados à maior diversificação de espécies, mas se a evolução estrutural do genoma mostra um ritmo lento em linhagens de longa duração e com poucas espécies permanece incerto. Aqui, apresentamos dois genomas em nível de cromossomo de garas, uma linhagem de sete espécies vivas de peixes de água doce que são quase idênticas em anatomia a espécies extintas de dezenas de milhões de anos atrás. Usando os novos genomas, mostramos que as garas têm as taxas mais lentas de evolução estrutural e de sequência genômica de todos os vertebrados. Nas espécies dos dois gêneros vivos de garas Atractosteus e Lepisosteus, 83,35% dos genomas permanecem idênticos, embora tenham divergido há mais de 100 milhões de anos. A variação no tamanho do genoma entre as garas é quase inteiramente atribuída a inserções e deleções de pares de bases únicos. No entanto, também detectamos números inflados de repetições de GC nos cromossomos 14 e 23 de Atractosteus spatula que estão ausentes em Lepisosteus e mostramos que os microcromossomos e macrocromossomos das garas exibem diferentes taxas de evolução estrutural. Nossas análises sugerem que a estabilidade genômica das garas, que pode explicar a capacidade de espécies de garas profundamente divergentes de hibridizar e contribuiu para sua maior similaridade estrutural com genomas de tetrápodes do que com os de peixes teleósteos muito mais estreitamente relacionados, pode resultar de taxas muito baixas de origem de elementos transponíveis e alta inatividade em comparação com outros vertebrados. Além de fornecer um ponto de referência para estudos genômicos comparativos de vertebrados, os novos genomas de garas iluminam um componente estrutural da evolução genômica lenta em fósseis vivos e mecanismos moleculares que podem subjacer à estabilidade excepcional do genoma.",
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC12863190/",
    doi = "10.1101/gr.280800.125",
    pmcid = "PMC12863190",
    pmid = "41530049"
}

FUNDO: Padrões de pigmentação são centrais para a biologia animal, moldando camuflagem, sinalização e seleção de parceiros, e descobrir os mecanismos que impulsionam sua diversificação é fundamental para compreender os princípios evolutivos que geram esta dimensão fundamental da biodiversidade. Peixes de recife exibem uma incrível variedade de padrões, desde manchas simples até designs intrincados. Até o momento, os processos evolutivos subjacentes que governam sua diversificação permanecem obscuros. RESULTADOS: Aqui, investigamos a relação entre a diversidade de padrões de pigmentação, riqueza de espécies e geografia em seis famílias icônicas de peixes de recife. Fornecemos evidências de uma correlação positiva entre a diversidade de padrões e a riqueza de espécies, com uma alta divergência de padrões de pigmentação em todas as regiões biogeográficas. Em seguida, utilizando um conjunto de análises comparativas informadas filogeneticamente, demonstramos que a evolução de padrões de pigmentação é caracterizada por uma combinação de diversificação fenotípica rápida e restrita. CONCLUSÕES: No geral, nossas descobertas iluminam fatores que explicam a diversidade de padrões de pigmentação em peixes de recife vivos, revelando que eventos de especiação impulsionaram níveis constantes de disparidade de padrões de pigmentação dentro de subclados e através de assembleias globalmente variáveis de peixes de recife.

@article{doi101186s12915026025444,
    author = "Frédérich, Bruno e Mittelheiser, Laurent e Gillet, Amandine e Hodge, Jennifer R e Laudet, Vincent e Dornburg, Alex",
    title = "Evolução rápida e repetida de padrões de pigmentação em peixes de recife.",
    year = "2026",
    journal = "BMC biology",
    abstract = "FUNDO: Padrões de pigmentação são centrais para a biologia animal, moldando camuflagem, sinalização e seleção de parceiros, e descobrir os mecanismos que impulsionam sua diversificação é fundamental para compreender os princípios evolutivos que geram esta dimensão fundamental da biodiversidade. Peixes de recife exibem uma incrível variedade de padrões, desde manchas simples até designs intrincados. Até o momento, os processos evolutivos subjacentes que governam sua diversificação permanecem obscuros. RESULTADOS: Aqui, investigamos a relação entre a diversidade de padrões de pigmentação, riqueza de espécies e geografia em seis famílias icônicas de peixes de recife. Fornecemos evidências de uma correlação positiva entre a diversidade de padrões e a riqueza de espécies, com uma alta divergência de padrões de pigmentação em todas as regiões biogeográficas. Em seguida, utilizando um conjunto de análises comparativas informadas filogeneticamente, demonstramos que a evolução de padrões de pigmentação é caracterizada por uma combinação de diversificação fenotípica rápida e restrita. CONCLUSÕES: No geral, nossas descobertas iluminam fatores que explicam a diversidade de padrões de pigmentação em peixes de recife vivos, revelando que eventos de especiação impulsionaram níveis constantes de disparidade de padrões de pigmentação dentro de subclados e através de assembleias globalmente variáveis de peixes de recife.",
    url = "https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC12927226/",
    doi = "10.1186/s12915-026-02544-4",
    pmcid = "PMC12927226",
    pmid = "41724958"
}