Pogonomorpha

@incollection{dodge1973postscript,
    author = "DODGE, JOHN D.",
    title = "Postscript: Fine Structure and Phylogeny",
    year = "1973",
    booktitle = "The Fine Structure of Algal Cells",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-12-219150-3.50018-2",
    doi = "10.1016/b978-0-12-219150-3.50018-2",
    pages = "223-226"
}

@incollection{dodge1979the,
    author = "DODGE, JOHN D.",
    title = "The Phytoflagellates: Fine Structure and Phylogeny",
    year = "1979",
    booktitle = "Biochemistry and Physiology of Protozoa",
    url = "https://doi.org/10.1016/b978-0-12-444601-4.50009-6",
    doi = "10.1016/b978-0-12-444601-4.50009-6",
    pages = "7-57"
}

@article{moro2002pyramimonas,
    author = "MORO, ISABELLA e LA ROCCA, NICOLETTA e DALLA VALLE, LUISA e MOSCHIN, EMANUELA e NEGRISOLO, ENRICO e ANDREOLI, CARLO",
    title = "Pyramimonas australis sp. nov. (Prasinophyceae, Chlorophyta) da Antártica: estrutura fina e filogenia molecular",
    year = "2002",
    journal = "European Journal of Phycology",
    url = "https://doi.org/10.1017/s0967026201003493",
    doi = "10.1017/s0967026201003493",
    number = "1",
    pages = "103-114",
    volume = "37"
}

@article{chiesa2011finescale,
    author = "Chiesa, S. e Scalici, M. e Negrini, R. e Gibertini, G. e Nonnis Marzano, F.",
    title = "Estrutura genética em escala fina, filogenia e sistemática de complexo de espécies de camarões de água doce ameaçados",
    year = "2011",
    journal = "Molecular Phylogenetics and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1016/j.ympev.2011.03.031",
    doi = "10.1016/j.ympev.2011.03.031",
    number = "1",
    pages = "1-11",
    volume = "61"
}

OBJETIVOS: Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc), a bactéria responsável pelo cancro do citrino, é amplamente distribuída mundialmente e causa perdas severas à indústria cítrica. Compreender o surgimento e a disseminação da Xcc exige métodos confiáveis de identificação e rastreamento de cepas. Este estudo teve como objetivo desenvolver um esquema robusto de tipagem de sequência multilocus (MLST) para a Xcc. MÉTODOS E RESULTADOS: 123 cepas de Xcc de origens geográficas diversas foram tipadas molecularmente usando sete loci conservados. Foram identificados 27 tipos de sequência (STs), revelando um alto nível de diversidade genética dentro da população. O agrupamento por eBURST agrupou ainda mais esses STs em três principais complexos clonais (CC1, CC2 e CC3). Para avaliar a resolução do MLST, também foi realizada uma análise de polimorfismos de nucleotídeo único no genoma inteiro (wgSNP). A reconstrução filogenética de 49 cepas representativas resolveu-as em sete clados, em grande parte consistentes com os resultados do MLST, mas oferecendo maior precisão e resolução. A estruturação geográfica foi evidente nos padrões evolutivos; no entanto, cepas de diferentes variedades hospedeiras compartilharam tipos idênticos, e múltiplos tipos foram observados entre cepas coletadas da mesma variedade, indicando associações fracas com a variedade hospedeira. CONCLUSÕES: O esquema MLST desenvolvido neste estudo fornece um quadro confiável para identificar e rastrear cepas de Xcc, enquanto a análise wgSNP oferece resolução aprimorada para estudos epidemiológicos em escala fina. Juntos, essas abordagens destacam a estruturação geográfica das populações de Xcc, avançando assim a compreensão das dinâmicas evolutivas e da disseminação do patógeno.

@article{doi101093jambiolxag073,
    author = "Xu, Xiaoli e Shi, Jia e Guo, Feng e Gao, Ruifang e Jiang, Na e Li, Jianqiang e Zhang, Guiming e Luo, Laixin",
    title = "Tipagem de sequência multilocus e polimorfismos de nucleotídeo único no genoma inteiro revelam diversidade filogenética e estrutura populacional de Xanthomonas citri subsp. citri.",
    year = "2026",
    journal = "Journal of applied microbiology",
    abstract = "OBJETIVOS: Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc), a bactéria responsável pelo cancro do citrino, é amplamente distribuída mundialmente e causa perdas severas à indústria cítrica. Compreender o surgimento e a disseminação da Xcc exige métodos confiáveis de identificação e rastreamento de cepas. Este estudo teve como objetivo desenvolver um esquema robusto de tipagem de sequência multilocus (MLST) para a Xcc. MÉTODOS E RESULTADOS: 123 cepas de Xcc de origens geográficas diversas foram tipadas molecularmente usando sete loci conservados. Foram identificados 27 tipos de sequência (STs), revelando um alto nível de diversidade genética dentro da população. O agrupamento por eBURST agrupou ainda mais esses STs em três principais complexos clonais (CC1, CC2 e CC3). Para avaliar a resolução do MLST, também foi realizada uma análise de polimorfismos de nucleotídeo único no genoma inteiro (wgSNP). A reconstrução filogenética de 49 cepas representativas resolveu-as em sete clados, em grande parte consistentes com os resultados do MLST, mas oferecendo maior precisão e resolução. A estruturação geográfica foi evidente nos padrões evolutivos; no entanto, cepas de diferentes variedades hospedeiras compartilharam tipos idênticos, e múltiplos tipos foram observados entre cepas coletadas da mesma variedade, indicando associações fracas com a variedade hospedeira. CONCLUSÕES: O esquema MLST desenvolvido neste estudo fornece um quadro confiável para identificar e rastrear cepas de Xcc, enquanto a análise wgSNP oferece resolução aprimorada para estudos epidemiológicos em escala fina. Juntos, essas abordagens destacam a estruturação geográfica das populações de Xcc, avançando assim a compreensão das dinâmicas evolutivas e da disseminação do patógeno.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/41823301/",
    doi = "10.1093/jambio/lxag073",
    pmid = "41823301"
}