Polimorfismo

@misc{paulson1973predator2,
    author = "Paulson, D. R",
    title = "Polimorfismo de predadores e seleção estocástica",
    year = "1973",
    howpublished = "Evolução, v. 27, p. 269-277",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Paulson, D. R., 1973, Polimorfismo de predadores e seleção estocástica: Evolução, v. 27, p. 269-277.}"
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@misc{kimura1977causes1,
    author = "Kimura, M",
    title = "Causas da Evolução e Polimorfismo no Nível Molecular, em Kimura, M., ed., Evolução Molecular e Polimorfismo",
    year = "1977",
    howpublished = "Mishima, Japão, Instituto Nacional de Genética, p. 1-28",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Kimura, M., 1977, Causas da Evolução e Polimorfismo no Nível Molecular, em Kimura, M., ed., Evolução Molecular e Polimorfismo: Mishima, Japão, Instituto Nacional de Genética, p. 1-28.}"
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@article{crossref1985the,
    title = "The Neutral Theory of Molecular Evolution, by Motoo Kimura",
    year = "1985",
    journal = "Molecular Biology and Evolution",
    url = "https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a040364",
    doi = "10.1093/oxfordjournals.molbev.a040364"
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@article{doi101139g89009,
    author = "Kimura, M.",
    title = "A teoria neutra da evolução molecular e a visão de mundo dos neutralistas.",
    year = "1989",
    journal = "Genome",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/cf528095a1870d8bbc17a7e8f6bd8cf974cd96ca",
    doi = "10.1139/G89-009",
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    number = "1",
    pages = "24-31",
    semanticscholar_citation_count = "192",
    semanticscholar_id = "cf528095a1870d8bbc17a7e8f6bd8cf974cd96ca",
    volume = "31"
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@article{doi101266jjg66367,
    author = "Kimura, M.",
    title = "A teoria neutra da evolução molecular: uma revisão de evidências recentes.",
    year = "1991",
    journal = "Idengaku zasshi",
    url = "https://www.jstage.jst.go.jp/article/jjg/66/4/66_4_367/_pdf",
    doi = "10.1266/JJG.66.367",
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    number = "4",
    pages = "367-386",
    semanticscholar_citation_count = "93",
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    volume = "66"
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@article{benowitz2000causes,
    author = "Benowitz, S.",
    title = "Causas da Dor Investigadas ao Nível Molecular",
    year = "2000",
    journal = "Journal of the National Cancer Institute",
    url = "https://doi.org/10.1093/jnci/92.11.868",
    doi = "10.1093/jnci/92.11.868",
    number = "11",
    pages = "868-870",
    volume = "92"
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@article{doi101007bf01659390,
    author = "Kimura, M. e Ohta, T.",
    title = "Sobre a taxa de evolução molecular",
    year = "2005",
    journal = "Journal of Molecular Evolution",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/3afccf44513c0dc8ea68c2743b1784d035abcb1c",
    doi = "10.1007/BF01659390",
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    pages = "1-17",
    semanticscholar_citation_count = "129",
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    volume = "1"
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@article{saakian2008dynamics,
    author = "Saakian, David B. e Rozanova, Olga e Akmetzhanov, Andrei",
    title = "Dinâmica dos modelos de Eigen e Crow-Kimura para evolução molecular",
    year = "2008",
    journal = "Physical Review E",
    url = "https://doi.org/10.1103/physreve.78.041908",
    doi = "10.1103/physreve.78.041908",
    number = "4",
    volume = "78"
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Uma questão fundamental na genética evolutiva diz respeito ao grau em que a convergência fenotípica adaptativa é atribuída a mudanças convergentes ou paralelas no nível de sequência molecular. Aqui, relatamos uma análise comparativa da função da hemoglobina (Hb) em oito pares filogeneticamente replicados de táxons de aves aquáticas de alta e baixa altitude para testar a convergência nas propriedades de oxigenação da Hb e para avaliar o grau em que a convergência no fenótipo bioquímico é atribuída a substituições repetidas de aminoácidos. Experimentos funcionais em variantes nativas de Hb e experimentos de engenharia de proteínas baseados em mutagênese dirigida a sítios revelaram os efeitos fenotípicos de substituições específicas de aminoácidos que foram responsáveis por aumentos convergentes na afinidade Hb-O2 em múltiplos táxons de alta altitude. Em seis dos oito pares de táxons, os táxons de alta altitude evoluíram aumentos derivados na afinidade Hb-O2 causados por uma combinação de substituições únicas, substituições paralelas (envolvendo variantes idênticas por estado com origens mutacionais independentes em diferentes linhagens) e substituições colaterais (envolvendo variantes compartilhadas, idênticas por descendência, derivadas via hibridização introgressiva). Em varreduras genômicas de diferenciação de nucleotídeos envolvendo populações de alta e baixa altitude de três espécies separadas, polimorfismos de aminoácidos alteradores de função nos genes globina emergiram como outliers altamente significativos, fornecendo evidência independente para divergência adaptativa na função da Hb. Os resultados experimentais demonstram que mudanças convergentes na função proteica podem ocorrer através de múltiplos caminhos históricos e podem envolver múltiplas mutações possíveis. A maioria dos casos de convergência na função da Hb não envolveu substituições paralelas e a maioria das substituições paralelas não afetou a afinidade Hb-O2, indicando que a repetibilidade da evolução fenotípica não requer paralelismo no nível molecular.

@article{doi101371journalpgen1005681,
    author = "Natarajan, Chandrasekhar e Projecto-Garcia, J. e Moriyama, H. e Weber, R. e Muñoz-Fuentes, Violeta e Green, A. e Kopuchian, Cecilia e Tubaro, P. e Alza, Luis e Bulgarella, M. e Smith, Matthew M. e Wilson, R. e Fago, A. e McCracken, K. e Storz, J. F.",
    title = "Evolução Convergente da Função da Hemoglobina em Aves Aquáticas dos Andes em Altitude Elevada Envolve Limitado Paralelismo no Nível de Sequência Molecular",
    year = "2015",
    journal = "PLoS Genetics",
    abstract = "Uma questão fundamental na genética evolutiva diz respeito ao grau em que a convergência fenotípica adaptativa é atribuída a mudanças convergentes ou paralelas no nível de sequência molecular. Aqui, relatamos uma análise comparativa da função da hemoglobina (Hb) em oito pares filogeneticamente replicados de táxons de aves aquáticas de alta e baixa altitude para testar a convergência nas propriedades de oxigenação da Hb e para avaliar o grau em que a convergência no fenótipo bioquímico é atribuída a substituições repetidas de aminoácidos. Experimentos funcionais em variantes nativas de Hb e experimentos de engenharia de proteínas baseados em mutagênese dirigida a sítios revelaram os efeitos fenotípicos de substituições específicas de aminoácidos que foram responsáveis por aumentos convergentes na afinidade Hb-O2 em múltiplos táxons de alta altitude. Em seis dos oito pares de táxons, os táxons de alta altitude evoluíram aumentos derivados na afinidade Hb-O2 causados por uma combinação de substituições únicas, substituições paralelas (envolvendo variantes idênticas por estado com origens mutacionais independentes em diferentes linhagens) e substituições colaterais (envolvendo variantes compartilhadas, idênticas por descendência, derivadas via hibridização introgressiva). Em varreduras genômicas de diferenciação de nucleotídeos envolvendo populações de alta e baixa altitude de três espécies separadas, polimorfismos de aminoácidos alteradores de função nos genes globina emergiram como outliers altamente significativos, fornecendo evidência independente para divergência adaptativa na função da Hb. Os resultados experimentais demonstram que mudanças convergentes na função proteica podem ocorrer através de múltiplos caminhos históricos e podem envolver múltiplas mutações possíveis. A maioria dos casos de convergência na função da Hb não envolveu substituições paralelas e a maioria das substituições paralelas não afetou a afinidade Hb-O2, indicando que a repetibilidade da evolução fenotípica não requer paralelismo no nível molecular.",
    url = "https://journals.plos.org/plosgenetics/article/file?id=10.1371/journal.pgen.1005681\&type=printable",
    doi = "10.1371/journal.pgen.1005681",
    is_oa = "true",
    number = "12",
    pages = "e1005681",
    semanticscholar_citation_count = "115",
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    volume = "11"
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@article{cortez2017the,
    author = "Cortez, Michael H. e Patel, Swati",
    title = "The Effects of Predator Evolution and Genetic Variation on Predator–Prey Population-Level Dynamics",
    year = "2017",
    journal = "Bulletin of Mathematical Biology",
    url = "https://doi.org/10.1007/s11538-017-0297-y",
    doi = "10.1007/s11538-017-0297-y",
    number = "7",
    pages = "1510-1538",
    volume = "79"
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A exploração de genes de resistência a doenças (R) em plantas em programas de melhoramento é uma estratégia eficaz para lidar com patógenos. A compreensão da variação dos genes R é a base para esta estratégia. A doença do estiramento do arroz, causada pelo fungo Magnaporthe oryzae, é uma doença destrutiva do arroz. O gene de resistência ao estiramento do arroz Pi-d2 representa uma nova classe de genes R de plantas devido ao seu domínio extracelular inovador. Investigamos o polimorfismo de nucleotídeos, a topologia filogenética e os padrões evolutivos do gene Pi-d2 entre 67 parentes cultivados e selvagens de arroz. O gene Pi-d2 originou-se cedo no basal Poales e permaneceu como um único gene sem expansão. A descoberta marcante é que os alelos suscetíveis Pi-d2 podem ter sido derivados de uma substituição de um único nucleotídeo dos alelos resistentes após a divisão das subespécies de Oryza. A pleiotropia funcional e os efeitos de ligação são propostos para a evolução e retenção dos alelos suscetíveis à doença nas populações de arroz. Um conjunto de primers de DNA foi desenvolvido a partir da posição polimórfica para detectar o polimorfismo funcional de nucleotídeos para a resistência à doença do gene Pi-d2 com base na reação em cadeia de polimerase convencional. O nível de diversidade de nucleotídeos variou entre diferentes domínios do gene Pi-d2, o que pode estar relacionado a funções distintas de cada domínio na resposta de defesa contra doenças. A seleção direcional (ou purificadora) parece ser dominante na evolução molecular do gene Pi-d2 e moldou seu padrão de variação conservado.

@article{doi103389fgene2022991900,
    author = "Xie, Pengfei and Liu, Jia and Lu, R. and Zhang, Yanmei and Sun, Xiaoqin",
    title = "Molecular evolution of the Pi-d2 gene conferring resistance to rice blast in Oryza",
    year = "2022",
    journal = "Frontiers in Genetics",
    abstract = "The exploitation of plant disease resistance (R) genes in breeding programs is an effective strategy for coping with pathogens. An understanding of R gene variation is the basis for this strategy. Rice blast disease, caused by the Magnaporthe oryzae fungus, is a destructive disease of rice. The rice blast resistance gene Pi-d2 represents a new class of plant R gene because of its novel extracellular domain. We investigated the nucleotide polymorphism, phylogenetic topology and evolution patterns of the Pi-d2 gene among 67 cultivated and wild rice relatives. The Pi-d2 gene originated early in the basal Poales and has remained as a single gene without expansion. The striking finding is that susceptible Pi-d2 alleles might be derived from a single nucleotide substitution of the resistant alleles after the split of Oryza subspecies. Functional pleiotropy and linkage effects are proposed for the evolution and retention of the disease-susceptible alleles in rice populations. One set of DNA primers was developed from the polymorphic position to detect the functional nucleotide polymorphism for disease resistance of the Pi-d2 gene based on conventional Polymerase Chain Reaction. The nucleotide diversity level varied between different domains of the Pi-d2 gene, which might be related to distinct functions of each domain in the disease defense response. Directional (or purifying) selection appears dominant in the molecular evolution of the Pi-d2 gene and has shaped its conserved variation pattern.",
    url = "https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2022.991900/pdf",
    doi = "10.3389/fgene.2022.991900",
    is_oa = "true",
    semanticscholar_citation_count = "6",
    semanticscholar_id = "65291e48a635d47bb10c15449e23ebf20c049fc8",
    volume = "13"
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A ferrugem da folha do trigo, causada por Puccinia triticina, é uma das doenças fúngicas mais comuns do trigo na China e ocorre amplamente em várias regiões de cultivo de trigo. Para esclarecer as regras de epidemia, disseminação e estrutura populacional de P. triticina entre diferentes regiões, 217 isolados de P. triticina coletados da Hebei, Shandong, Sichuan e Xinjiang na China foram testados por 34 linhagens quase-isogênicas Thatcher e 21 pares de primers EST-SSR. Foram identificadas um total de 83 raças, e THTT, PHTT, THTS e PHJT foram as raças mais predominantes nas quatro províncias em 2009. Encontramos virulência e diversidade genética enriquecidas nas quatro populações de P. triticina e uma correlação significativa entre polimorfismo genético e regiões geográficas. No entanto, não foi encontrada correlação significativa entre fenótipos de virulência e genótipos moleculares. Além disso, foi detectado um notável alto nível de fluxo gênico (Nm = 2,82 > 1) entre as quatro populações de P. triticina. A relação genética entre as populações da Hebei, Shandong e Sichuan foi próxima, possivelmente devido à disseminação de P. triticina do Sichuan para o Shandong e depois para a Hebei. Em contraste, a população do Xinjiang foi relativamente independente. A análise de diferenciação genética mostrou algum nível de diferenciação entre ou dentro das populações de P. triticina nas quatro províncias, e a variação genética dentro das populações (74,97%) foi maior do que entre as populações (25,03%). Nosso estudo fornece uma base para uma melhor compreensão da migração regional, epidemia e estrutura populacional de P. triticina na China.

@article{doi103390plants13172438,
    author = "Zhang, Lin e Zhao, Panpan e Meng, Qingfang e Yan, Hongfei e Liu, Daqun",
    title = "A Migração, Diversidade e Evolução de Puccinia triticina na China",
    year = "2024",
    journal = "Plants",
    abstract = "A ferrugem da folha do trigo, causada por Puccinia triticina, é uma das doenças fúngicas mais comuns do trigo na China e ocorre amplamente em várias regiões de cultivo de trigo. Para esclarecer as regras de epidemia, disseminação e estrutura populacional de P. triticina entre diferentes regiões, 217 isolados de P. triticina coletados da Hebei, Shandong, Sichuan e Xinjiang na China foram testados por 34 linhagens quase-isogênicas Thatcher e 21 pares de primers EST-SSR. Foram identificadas um total de 83 raças, e THTT, PHTT, THTS e PHJT foram as raças mais predominantes nas quatro províncias em 2009. Encontramos virulência e diversidade genética enriquecidas nas quatro populações de P. triticina e uma correlação significativa entre polimorfismo genético e regiões geográficas. No entanto, não foi encontrada correlação significativa entre fenótipos de virulência e genótipos moleculares. Além disso, foi detectado um notável alto nível de fluxo gênico (Nm = 2,82 > 1) entre as quatro populações de P. triticina. A relação genética entre as populações da Hebei, Shandong e Sichuan foi próxima, possivelmente devido à disseminação de P. triticina do Sichuan para o Shandong e depois para a Hebei. Em contraste, a população do Xinjiang foi relativamente independente. A análise de diferenciação genética mostrou algum nível de diferenciação entre ou dentro das populações de P. triticina nas quatro províncias, e a variação genética dentro das populações (74,97%) foi maior do que entre as populações (25,03%). Nosso estudo fornece uma base para uma melhor compreensão da migração regional, epidemia e estrutura populacional de P. triticina na China.",
    url = "https://doi.org/10.3390/plants13172438",
    doi = "10.3390/plants13172438",
    is_oa = "true",
    number = "17",
    pages = "2438",
    semanticscholar_citation_count = "4",
    semanticscholar_id = "eb41a0ba4e3264431db5863f7a4395a0cc75b73d",
    volume = "13"
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O mamoeiro (Carica papaya L.) é uma fruta tropical, comercial, com alto valor nutritivo e medicinal. O vírus do anel da mamoeiro (PRSV) causa doenças destrutivas no cultivo de mamoeiro e cucurbitáceas em todo o mundo. O estudo atual analisou a diversidade genética e a relação filogenética de 115 isolados de PRSV submetidos até dezembro de 2024 no NCBI, incluindo uma sequência completa de genoma de Palampur, Índia, caracterizada neste estudo. O genoma completo de um isolado de PRSV de Palampur coletado durante março de 2020 nos planaltos da região do Himalaia, no norte da Índia, foi caracterizado. O isolado de Palampur (MW030522.1) mostrou identidade próxima de 90 % com o isolado do Bangladesh (MH397222). A análise de delimitação de espécies da sequência de nucleotídeos revelou um pico principal variando entre 79–85 %. A diversidade de nucleotídeos do genoma do PRSV foi de 0,13. A extremidade 5' do genoma contendo o gene P1 mostrou altos níveis de polimorfismo. A análise filogenética mostrou 4 grupos principais (G1-G4) e um isolado recombinante (MH444652). Os resultados sugerem que a região geográfica, em vez dos hospedeiros, é o fator provável que determina a diversidade genética dos isolados de PRSV. Os testes de neutralidade e a razão dN/dS mostraram valores negativos, indicando seleção purificadora. O estudo atual aprofenda a compreensão da diversidade genética e evolução do PRSV, que pode ser usado para o desenvolvimento de estratégias de manejo eficazes contra o PRSV.

@article{doi1014719pst12683,
    author = "Swati, B. e Chinnakaruppan, M. e Niranjana, Pmp e Yogita, M. e Susheel, K. e Vijayanandraj, S.",
    title = "Caracterização molecular e análise evolutiva do vírus do anel da mamoeiro infectando mamoeiro (Carica papaya L.)",
    year = "2026",
    journal = "Plant Science Today",
    abstract = "O mamoeiro (Carica papaya L.) é uma fruta tropical, comercial, com alto valor nutritivo e medicinal. O vírus do anel da mamoeiro (PRSV) causa doenças destrutivas no cultivo de mamoeiro e cucurbitáceas em todo o mundo. O estudo atual analisou a diversidade genética e a relação filogenética de 115 isolados de PRSV submetidos até dezembro de 2024 no NCBI, incluindo uma sequência completa de genoma de Palampur, Índia, caracterizada neste estudo. O genoma completo de um isolado de PRSV de Palampur coletado durante março de 2020 nos planaltos da região do Himalaia, no norte da Índia, foi caracterizado. O isolado de Palampur (MW030522.1) mostrou identidade próxima de 90 % com o isolado do Bangladesh (MH397222). A análise de delimitação de espécies da sequência de nucleotídeos revelou um pico principal variando entre 79–85 %. A diversidade de nucleotídeos do genoma do PRSV foi de 0,13. A extremidade 5' do genoma contendo o gene P1 mostrou altos níveis de polimorfismo. A análise filogenética mostrou 4 grupos principais (G1-G4) e um isolado recombinante (MH444652). Os resultados sugerem que a região geográfica, em vez dos hospedeiros, é o fator provável que determina a diversidade genética dos isolados de PRSV. Os testes de neutralidade e a razão dN/dS mostraram valores negativos, indicando seleção purificadora. O estudo atual aprofenda a compreensão da diversidade genética e evolução do PRSV, que pode ser usado para o desenvolvimento de estratégias de manejo eficazes contra o PRSV.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/7eb1748b2ccc802b1987ed8323562700769a16df",
    doi = "10.14719/pst.12683",
    is_oa = "true",
    semanticscholar_id = "7eb1748b2ccc802b1987ed8323562700769a16df"
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O parvovírus canino (CPV) é um patógeno importante que causa gastroenterite grave em cães. Desde sua emergência, o CPV passou por evolução contínua, levando à predominância de variantes como CPV-2a, CPV-2b e CPV-2c. Para caracterizar as características genéticas e as tendências evolutivas do CPV-2 em nível regional, foram coletadas 775 amostras fecais de cães domésticos e errantes com suspeita de infecção por CPV-2 em Xangai entre 2016 e 2025. A taxa geral de positividade foi de 23,2% (180/775); a incidência foi substancialmente maior em cães errantes (30,2%) do que em cães domésticos (15,9%). Trinta e uma cepas de CPV-2 foram isoladas com sucesso. A análise temporal revelou uma mudança pronunciada no genótipo: os isolados de 2016 a 2020 foram predominantemente Novo CPV-2a, enquanto o CPV-2c tornou-se o genótipo dominante de 2021 a 2025. A análise de sequências identificou a polimorfia do gene VP2 e mutações características F267Y, Y324I, N426E, Q370R e A440T em cepas de CPV-2c. Uma mutação nova I447M foi detectada em vários isolados. A análise filogenética mostrou que os isolados de Xangai formaram agrupamentos distintos; as cepas de CPV-2c estavam estreitamente relacionadas à linhagem asiática. Modelagem estrutural indicou que mutações nos resíduos L87M, T101I, Y267F, A297S, G300A, Y305D, I324Y, Q370R, N426E, A440T e I447M podem alterar a estrutura terciária da proteína VP2, potencialmente afetando a antigenicidade e o reconhecimento do receptor. Coletivamente, esses resultados demonstram a substituição completa do genótipo do CPV-2 em Xangai; o CPV-2c é agora predominante. A identificação da mutação nova I447M e a análise estrutural de substituições de aminoácidos chave fornecem insights sobre a evolução molecular do CPV. Essas descobertas sugerem que vacinas baseadas principalmente em genótipos mais antigos de CPV-2 ou CPV-2b oferecem proteção subótima, destacando a necessidade de estratégias de vacinação atualizadas direcionadas às variantes prevalentes de CPV-2c.

@article{doi103390microorganisms14040761,
    author = "Xia, Qiqi e Liu, Jian e Gui, Yaping e Xia, Luming e Cao, Chuangui e Chen, Bei-Lei e Yu, Xiangqian e Chen, Weifeng e Xu, Feng e Wang, Jian e Zhao, Hongjin",
    title = "Características Moleculares e Diversidade Genética do Parvovírus Canino em Xangai, China, de 2016 a 2025",
    year = "2026",
    journal = "Microorganisms",
    abstract = "O parvovírus canino (CPV) é um patógeno importante que causa gastroenterite grave em cães. Desde sua emergência, o CPV passou por evolução contínua, levando à predominância de variantes como CPV-2a, CPV-2b e CPV-2c. Para caracterizar as características genéticas e as tendências evolutivas do CPV-2 em nível regional, foram coletadas 775 amostras fecais de cães domésticos e errantes com suspeita de infecção por CPV-2 em Xangai entre 2016 e 2025. A taxa geral de positividade foi de 23,2% (180/775); a incidência foi substancialmente maior em cães errantes (30,2%) do que em cães domésticos (15,9%). Trinta e uma cepas de CPV-2 foram isoladas com sucesso. A análise temporal revelou uma mudança pronunciada no genótipo: os isolados de 2016 a 2020 foram predominantemente Novo CPV-2a, enquanto o CPV-2c tornou-se o genótipo dominante de 2021 a 2025. A análise de sequências identificou a polimorfia do gene VP2 e mutações características F267Y, Y324I, N426E, Q370R e A440T em cepas de CPV-2c. Uma mutação nova I447M foi detectada em vários isolados. A análise filogenética mostrou que os isolados de Xangai formaram agrupamentos distintos; as cepas de CPV-2c estavam estreitamente relacionadas à linhagem asiática. Modelagem estrutural indicou que mutações nos resíduos L87M, T101I, Y267F, A297S, G300A, Y305D, I324Y, Q370R, N426E, A440T e I447M podem alterar a estrutura terciária da proteína VP2, potencialmente afetando a antigenicidade e o reconhecimento do receptor. Coletivamente, esses resultados demonstram a substituição completa do genótipo do CPV-2 em Xangai; o CPV-2c é agora predominante. A identificação da mutação nova I447M e a análise estrutural de substituições de aminoácidos chave fornecem insights sobre a evolução molecular do CPV. Essas descobertas sugerem que vacinas baseadas principalmente em genótipos mais antigos de CPV-2 ou CPV-2b oferecem proteção subótima, destacando a necessidade de estratégias de vacinação atualizadas direcionadas às variantes prevalentes de CPV-2c.",
    url = "https://www.semanticscholar.org/paper/c5f5af84db0784387494c86465904df2ccd3d21b",
    doi = "10.3390/microorganisms14040761",
    is_oa = "true",
    number = "4",
    pages = "761",
    semanticscholar_id = "c5f5af84db0784387494c86465904df2ccd3d21b",
    volume = "14"
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