Popper

@misc{popper1959the1,
    author = "Popper, K",
    title = "A Lógica da Descoberta Científica",
    year = "1959",
    howpublished = "Nova York; Londres, Basic Books; Hutchinson, 480 p.; Tradução de Logik der Forschung, 1934",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Popper, K., 1959, A Lógica da Descoberta Científica: Nova York; Londres, Basic Books; Hutchinson, 480 p.; Tradução de Logik der Forschung, 1934.}"
}

@article{levison1963conjectures,
    author = "Levison, A. B.",
    title = "Conjecturas e Refutações. O crescimento do conhecimento científico. Karl R. Popper. Basic Books, Nova York, 1962. xii + 412 pp. Ilustrações. $10",
    year = "1963",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.140.3567.643",
    doi = "10.1126/science.140.3567.643",
    number = "3567",
    pages = "643-643",
    volume = "140"
}

@article{levison1963philosophy,
    author = "Levison, A. B.",
    title = "Filosofia da Ciência: Conjecturas e Refutações. O crescimento do conhecimento científico. Karl R. Popper. Basic Books, Nova York, 1962. xii + 412 pp. Ilustrações. $10.",
    year = "1963",
    journal = "Science",
    url = "https://doi.org/10.1126/science.140.3567.643-a",
    doi = "10.1126/science.140.3567.643-a",
    number = "3567",
    pages = "643-643",
    volume = "140"
}

@misc{popper1963conjectures4,
    author = "Popper, K. R",
    title = "Conjectures and Refutations",
    year = "1963",
    howpublished = "New York, Harper",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Popper, K. R., 1963, Conjectures and Refutations: New York, Harper.}"
}

@misc{popper1974darwinism5,
    author = "Popper, K. R",
    title = "Darwinismo como um programa de pesquisa metafísica, em Schlipp, P. A., ed., A Filosofia de Karl Popper",
    year = "1974",
    howpublished = "La Salle, Ill., Open Court",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Popper, K. R., 1974, Darwinismo como um programa de pesquisa metafísica, em Schlipp, P. A., ed., A Filosofia de Karl Popper: La Salle, Ill., Open Court.}"
}

@book{popper1974scientific2,
    author = "Popper, K",
    title = "Redução científica e a incompletude essencial de toda a ciência, em Estudos na Filosofia da Biologia",
    year = "1974",
    publisher = "Berkeley, University of California Press, p. 259-284",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Popper, K., 1974, Redução científica e a incompletude essencial de toda a ciência, em Estudos na Filosofia da Biologia: Berkeley, University of California Press, p. 259-284.}"
}

@book{schlipp1974the9,
    author = "Schlipp, P. A",
    title = "The Philosophy of Karl Popper",
    year = "1974",
    publisher = "La Salle, Ill., Open Court Press",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Schlipp, P. A., 1974, The Philosophy of Karl Popper: La Salle, Ill., Open Court Press.}"
}

@misc{popper1978natural7,
    author = "Popper, K. R",
    title = "Seleção natural e o surgimento da mente",
    year = "1978",
    howpublished = "Dialectica, v. 32, no. 3-4, p. 339-355",
    note = "talkorigins_source = {true}; raw_reference = {Popper, K. R., 1978, Seleção natural e o surgimento da mente: Dialectica, v. 32, no. 3-4, p. 339-355.}"
}

@misc{popper1980letter3,
    author = "Popper, K",
    title = "Carta ao Editor",
    year = "1980",
    howpublished = "New Scientist, v. 87, p. 611",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Popper, K., 1980, Carta ao Editor: New Scientist, v. 87, p. 611.}"
}

@incollection{popper1980science8,
    author = "Popper, K. R",
    editor = "Klemke, E. D. and Hollinger, R. and Kline, A. D.",
    title = "Science: Conjeturas e refutações",
    year = "1980",
    booktitle = "Leitura introdutória na Filosofia da Ciência",
    publisher = "Buffalo, Nova York, Prometheus Books, p. 19-34",
    note = "talkorigins\_source = {true}; raw\_reference = {Popper, K. R., 1980, Science: Conjectures and refutations, in Klemke, E. D., Hollinger, R., and Kline, A. D., eds., Introductory Readings in the Philosophy of Science: Buffalo, New York, Prometheus Books, p. 19-34.}"
}

O Sir Karl Popper é bem conhecido por explicar a ciência em termos falsificacionistas, pelo que seu formalismo de grau de confirmação, C(h,e,b), tornou-se pouco mais do que um símbolo. Por exemplo, de Queiroz e Poe neste número argumentam que C(h,e,b) reduz-se a uma única probabilidade relativa (condicional), p(e,hb), a verossimilhança da evidência e, dado tanto a hipótese h quanto o conhecimento de fundo b, e ao chegar a essa conclusão, sem declarar ou expressá-la, tornam Popper um verificacionista. A contradição que impõem é facilmente explicada: de Queiroz e Poe falham em levar em conta o fato de que Popper derivou C(h,e,b) da probabilidade absoluta (lógica) e da severidade do teste, S(e,h,b), onde a evidência crítica, p(e,b), é fundamental. Assim, a conjetura de de Queiroz e Poe de que p(e,hb) = C(h,e,b) é refutada. O falsificacionismo, não o verificacionismo, continua sendo uma descrição justa do método de inferência parcimonioso usado na sistemática filogenética, não obstante o entendimento equivocado de de Queiroz e Poe de que a probabilidade "estatística" justifica esse método. Embora de Queiroz e Poe afirmem que a verossimilhança máxima tenha o poder "de explicar dados", eles não demonstram com sucesso como a explicação causal é alcançada ou o que é que está sendo explicado. Isso não é surpreendente, tendo em mente que o que é assumido sobre a evolução de caracteres no modelo de verossimilhança M que acompanha não pode então ser explicado pelos resultados de uma análise de verossimilhança máxima.

@article{doi10108010635150119615,
    author = "Kluge, A G",
    title = "Conjeturas filosóficas e sua refutação.",
    year = "2001",
    journal = "Biologia sistemática",
    abstract = {O Sir Karl Popper é bem conhecido por explicar a ciência em termos falsificacionistas, pelo que seu formalismo de grau de confirmação, C(h,e,b), tornou-se pouco mais do que um símbolo. Por exemplo, de Queiroz e Poe neste número argumentam que C(h,e,b) reduz-se a uma única probabilidade relativa (condicional), p(e,hb), a verossimilhança da evidência e, dado tanto a hipótese h quanto o conhecimento de fundo b, e ao chegar a essa conclusão, sem declarar ou expressá-la, tornam Popper um verificacionista. A contradição que impõem é facilmente explicada: de Queiroz e Poe falham em levar em conta o fato de que Popper derivou C(h,e,b) da probabilidade absoluta (lógica) e da severidade do teste, S(e,h,b), onde a evidência crítica, p(e,b), é fundamental. Assim, a conjetura de de Queiroz e Poe de que p(e,hb) = C(h,e,b) é refutada. O falsificacionismo, não o verificacionismo, continua sendo uma descrição justa do método de inferência parcimonioso usado na sistemática filogenética, não obstante o entendimento equivocado de de Queiroz e Poe de que a probabilidade "estatística" justifica esse método. Embora de Queiroz e Poe afirmem que a verossimilhança máxima tenha o poder "de explicar dados", eles não demonstram com sucesso como a explicação causal é alcançada ou o que é que está sendo explicado. Isso não é surpreendente, tendo em mente que o que é assumido sobre a evolução de caracteres no modelo de verossimilhança M que acompanha não pode então ser explicado pelos resultados de uma análise de verossimilhança máxima.},
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12116578/",
    doi = "10.1080/10635150119615",
    pmid = "12116578"
}

Os argumentos contínuos de Kluge (2001, Syst. Biol. 50:322-330) de que os métodos filogenéticos baseados no princípio estatístico da verossimilhança são incompatíveis com a filosofia da ciência descrita por Karl Popper baseiam-se em premissas falsas relacionadas às distorções de Kluge da filosofia de Popper. Contrariando as conjecturas de Kluge, os métodos de verossimilhança não são inerentemente verificacionistas; eles não tratam cada instância de uma hipótese como confirmação dessa hipótese. A natureza histórica da filogenia não impede que as hipóteses filogenéticas sejam avaliadas usando a probabilidade das evidências. As baixas probabilidades absolutas das hipóteses são irrelevantes para a interpretação correta do conceito de Popper denominado grau de confirmação, que é definido inteiramente em termos de probabilidades relativas. Popper não defendeu a minimização do conhecimento de fundo; em qualquer caso, o conhecimento de fundo tanto dos métodos de parcimônia quanto da verossimilhança consiste na suposição geral de descendência com modificação e em suposições adicionais que são determinísticas, concernindo a qual árvore é considerada mais altamente corroborada. Embora os métodos de parcimônia não assumam (no sentido de implicar) que a homoplasia seja rara, eles assumem (no sentido de ser necessário para obter uma inferência filogenética correta) certas coisas sobre os padrões de homoplasia. Tanto os métodos de parcimônia quanto os de verossimilhança assumem (no sentido de implicar pela maneira como operam) várias coisas sobre os processos evolutivos, embora a violação dessas suposições nem sempre cause que os métodos produzam inferências filogenéticas incorretas. A severidade do teste é aumentada pela amostragem de caracteres adicionais relevantes em vez de pela reanálise de caracteres, embora ambas as interpretações sejam compatíveis com o uso de métodos de verossimilhança filogenética. Nem os métodos de parcimônia nem os de verossimilhança avaliam a severidade do teste (evidência crítica) quando usados para identificar a(s) árvore(s) mais altamente corroborada(s) com base em um único método ou modelo e um único conjunto de dados; no entanto, ambas as classes de métodos podem ser usadas para realizar testes severos. A suposição de descendência com modificação é conhecimento de fundo insuficiente para justificar a parcimônia cladística como um método para avaliar o grau de confirmação. Invocar equivalência entre métodos de parcimônia e modelos de verossimilhança que não assumem mecanismo comum enfatiza a necessidade de suposições adicionais, pelo menos algumas das quais são de natureza probabilística. Caracteres incongruentes não se qualificam como falsificadores de hipóteses filogenéticas exceto sob modelos evolutivos extremamente irrealistas; portanto, justificações dos métodos de parcimônia como falsificacionistas baseadas na ideia de que eles minimizam a dispensa ad hoc de falsificadores são questionáveis. Conceitos probabilísticos como grau de confirmação e verossimilhança fornecem um quadro mais apropriado para entender como a filogenética se conforma com a filosofia da ciência de Popper. Os testes de razão de verossimilhança não assumem o que está em questão, mas são métodos para testar hipóteses de acordo com um padrão aceito de significância estatística e para incorporar considerações sobre a severidade do teste. Esses testes são fundamentalmente semelhantes ao grau de confirmação de Popper em serem baseados na relação entre a probabilidade da evidência e na presença versus ausência da hipótese h, ou seja, entre p(e|hb) e p(e|b), onde b é o conhecimento de fundo. Tanto os métodos de parcimônia quanto os de verossimilhança são indutivos no sentido de que suas inferências (árvores particulares) contêm mais informações do que (e, portanto, não seguem necessariamente das) observações sobre as quais se baseiam; no entanto, ambos são dedutivos no sentido de que suas conclusões (comprimentos de árvores e verossimilhanças) seguem necessariamente de suas premissas (árvores particulares, distribuições de estados de caracteres observados e modelos evolutivos). Por estes e outros motivos, os métodos de verossimilhança filogenética são altamente compatíveis com a filosofia da ciência de Karl Popper e oferecem várias vantagens sobre os métodos de parcimônia neste contexto.

@article{pmid12775524,
    author = "de Queiroz, Kevin and Poe, Steven",
    title = "Refutações falhadas: comentários adicionais sobre métodos de parcimônia e verossimilhança e sua relação com o grau de corroborabilidade de Popper.",
    year = "2003",
    journal = "Systematic biology",
    abstract = "Os argumentos contínuos de Kluge (2001, Syst. Biol. 50:322-330) de que métodos filogenéticos baseados no princípio estatístico da verossimilhança são incompatíveis com a filosofia da ciência descrita por Karl Popper baseiam-se em premissas falsas relacionadas às distorções de Kluge da filosofia de Popper. Contrariamente às conjecturas de Kluge, os métodos de verossimilhança não são inerentemente verificacionistas; eles não tratam cada instância de uma hipótese como confirmação dessa hipótese. A natureza histórica da filogenia não impede que hipóteses filogenéticas sejam avaliadas usando a probabilidade das evidências. As baixas probabilidades absolutas das hipóteses são irrelevantes para a interpretação correta do conceito de Popper denominado grau de corroborabilidade, que é definido inteiramente em termos de probabilidades relativas. Popper não defendeu a minimização do conhecimento de fundo; em qualquer caso, o conhecimento de fundo tanto dos métodos de parcimônia quanto dos métodos de verossimilhança consiste na suposição geral de descendência com modificação e em suposições adicionais que são determinísticas, concernindo a qual árvore é considerada mais altamente corroborada. Embora os métodos de parcimônia não assumam (no sentido de implicar) que a homoplasia seja rara, eles assumem (no sentido de ser necessário para obter uma inferência filogenética correta) certas coisas sobre os padrões de homoplasia. Tanto os métodos de parcimônia quanto os métodos de verossimilhança assumem (no sentido de implicar pela maneira como operam) várias coisas sobre os processos evolutivos, embora a violação dessas suposições nem sempre cause que os métodos produzam inferências filogenéticas incorretas. A severidade do teste é aumentada pela amostragem de caracteres adicionais relevantes em vez de pela reanálise de caracteres, embora ambas as interpretações sejam compatíveis com o uso de métodos de verossimilhança filogenética. Nem os métodos de parcimônia nem os métodos de verossimilhança avaliam a severidade do teste (evidência crítica) quando usados para identificar uma ou mais árvores mais altamente corroboradas com base em um único método ou modelo e um único conjunto de dados; no entanto, ambas as classes de métodos podem ser usadas para realizar testes severos. A suposição de descendência com modificação é conhecimento de fundo insuficiente para justificar a parcimônia cladística como um método para avaliar o grau de corroborabilidade. Invocar equivalência entre métodos de parcimônia e modelos de verossimilhança que não assumem mecanismo comum enfatiza a necessidade de suposições adicionais, pelo menos algumas das quais são de natureza probabilística. Caracteres incongruentes não se qualificam como falsificadores de hipóteses filogenéticas exceto sob modelos evolutivos extremamente irrealistas; portanto, justificações dos métodos de parcimônia como falsificacionistas baseadas na ideia de que eles minimizam a dispensa ad hoc de falsificadores são questionáveis. Conceitos probabilísticos como grau de corroborabilidade e verossimilhança fornecem um quadro mais apropriado para entender como a filogenética se conforma com a filosofia da ciência de Popper. Os testes de razão de verossimilhança não assumem o que está em questão, mas são métodos para testar hipóteses de acordo com um padrão aceito de significância estatística e para incorporar considerações sobre a severidade do teste. Esses testes são fundamentalmente semelhantes ao grau de corroborabilidade de Popper por serem baseados na relação entre a probabilidade da evidência e na presença versus ausência da hipótese h, ou seja, entre p(e|hb) e p(e|b), onde b é o conhecimento de fundo. Tanto os métodos de parcimônia quanto os métodos de verossimilhança são indutivos no sentido de que suas inferências (árvores particulares) contêm mais informações do que (e, portanto, não seguem necessariamente das) observações sobre as quais se baseiam; no entanto, ambos são dedutivos no sentido de que suas conclusões (comprimentos de árvores e verossimilhanças) seguem necessariamente de suas premissas (árvores particulares, distribuições de estados de caracteres observados e modelos evolutivos). Por esses e outros motivos, os métodos de verossimilhança filogenética são altamente compatíveis com a filosofia da ciência de Karl Popper e oferecem várias vantagens sobre os métodos de parcimônia neste contexto.",
    url = "https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/12775524/",
    pmid = "12775524"
}