Gemeinsame Abstammung

Douglas Theobald hat kürzlich einen interessanten Test entwickelt, der angeblich in der Lage ist, den Beleg für eine Universal Common Ancestry zu quantifizieren, die die drei Domänen des Lebens (Eukarya, Archaea und Bacteria) gegen Hypothesen unabhängiger Ursprünge für einige dieser Domänen vereint. Wir besprechen hier sein Modell, insbesondere in Bezug auf die Behandlung des horizontalen Gentransfers (HGT) und die Qualität der Sequenzausrichtung.

@article{doi104081eb2012e5,
    author = "de Oliveira Martins, Leonardo and Posada, David",
    title = "Proving universal common ancestry with similar sequences",
    year = "2012",
    journal = "Trends in Evolutionary Biology",
    abstract = "Douglas Theobald hat kürzlich einen interessanten Test entwickelt, der angeblich in der Lage ist, den Beleg für eine Universal Common Ancestry zu quantifizieren, die die drei Domänen des Lebens (Eukarya, Archaea und Bacteria) gegen Hypothesen unabhängiger Ursprünge für einige dieser Domänen vereint. Wir besprechen hier sein Modell, insbesondere in Bezug auf die Behandlung des horizontalen Gentransfers (HGT) und die Qualität der Sequenzausrichtung.",
    url = "https://doi.org/10.4081/eb.2012.e5",
    doi = "10.4081/eb.2012.e5",
    number = "1",
    openalex = "W2099175457",
    pages = "5",
    volume = "4",
    references = "doi101007bf00160154, doi101007bf01734359, doi10108010635150390235520, doi10108010635150490522304, doi101093bioinformaticsbtg180, doi101093bioinformaticsbtr088, doi101093sysbiosyq085, doi101126science1065889"

@article{theobald2011universal,
    author = "Theobald, Douglas L.",
    title = "On universal common ancestry, sequence similarity, and phylogenetic structure: the sins of P-values and the virtues of Bayesian evidence",
    year = "2011",
    journal = "Biology Direct",
    url = "https://doi.org/10.1186/1745-6150-6-60",
    doi = "10.1186/1745-6150-6-60",
    number = "1",
    pages = "60",
    volume = "6"
}

@article{yonezawa2010universal,
    author = "Yonezawa, Takahiro and Hasegawa, Masami",
    title = "Was the universal common ancestry proved?",
    year = "2010",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature09482",
    doi = "10.1038/nature09482",
    number = "7326",
    pages = "E9--E9",
    volume = "468"
}

@article{theobald2010reply,
    author = "Theobald, D. L.",
    title = "Theobald reply",
    year = "2010",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature09483",
    doi = "10.1038/nature09483",
    number = "7326",
    pages = "E10--E10",
    volume = "468"
}

@article{theobald2010a,
    author = "Theobald, Douglas L.",
    title = "A formal test of the theory of universal common ancestry",
    year = "2010",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/nature09014",
    doi = "10.1038/nature09014",
    number = "7295",
    openalex = "W2068487992",
    pages = "219-222",
    volume = "465",
    references = "doi10108010635150390235520, doi101093molbevmsj030, doi1023071912557, doi1023072291091, doi1023073802723, doi105962bhltitle59991, doi105962bhltitle68064, doi105962bhltitle82303"
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@article{steel2010common,
    author = "Steel, Mike and Penny, David",
    title = "Common ancestry put to the test",
    year = "2010",
    journal = "Nature",
    url = "https://doi.org/10.1038/465168a",
    doi = "10.1038/465168a",
    number = "7295",
    pages = "168--169",
    volume = "465"
}

HINTERGRUND: Es ist eine verbreitete Überzeugung, dass alle zellulären Lebensformen auf der Erde einen gemeinsamen Ursprung haben. Diese Ansicht wird durch die Universalität des genetischen Codes und die universelle Erhaltung mehrerer Gene unterstützt, insbesondere jener, die Schlüsselkomponenten des Translationssystems kodieren. Eine bemerkenswerte jüngere Studie behauptet, einen formalen, homologieunabhängigen Test der Hypothese der Universal Common Ancestry zu liefern, indem sie die Fähigkeit eines gemeinsamen-Ursprungs-Modells und eines Mehr-Ursprungs-Modells vergleicht, Sequenzen universell erhaltener Proteine vorherzusagen. ERGEBNISSE: Wir entwarfen ein computergestütztes Experiment an einer verketteten Ausrichtung universell erhaltener Proteine, das zeigt, dass die behauptete Demonstration der universalen gemeinsamen Abstammung eine triviale Konsequenz der signifikanten Sequenzähnlichkeit zwischen den analysierten Proteinen ist. Die Natur und der Ursprung dieser Ähnlichkeit sind für die Vorhersage der „gemeinsamen Abstammung" durch den modellvergleichenden Ansatz irrelevant. Daher bleibt die Homologie (gemeinsamer Ursprung) der verglichenen Proteine eine Inferenz aus der Sequenzähnlichkeit und keine unabhängige Eigenschaft, die durch die Likelihood-Analyse demonstriert wird. SCHLUSSFOLGERUNG: Eine formale Demonstration der Hypothese der Universal Common Ancestry wurde nicht erreicht und ist prinzipiell wahrscheinlich nicht durchführbar. Dennoch ist der Beleg für diese Hypothese, der durch vergleichende Genomik erbracht wird, überwältigend.

@article{doi10118617456150564,
    author = "Koonin, Eugene V. and Wolf, Yuri I.",
    title = "The common ancestry of life",
    year = "2010",
    journal = "Biology Direct",
    abstract = {HINTERGRUND: Es ist eine verbreitete Überzeugung, dass alle zellulären Lebensformen auf der Erde einen gemeinsamen Ursprung haben. Diese Ansicht wird durch die Universalität des genetischen Codes und die universelle Erhaltung mehrerer Gene unterstützt, insbesondere jener, die Schlüsselkomponenten des Translationssystems kodieren. Eine bemerkenswerte jüngere Studie behauptet, einen formalen, homologieunabhängigen Test der Hypothese der Universal Common Ancestry zu liefern, indem sie die Fähigkeit eines gemeinsamen-Ursprungs-Modells und eines Mehr-Ursprungs-Modells vergleicht, Sequenzen universell erhaltener Proteine vorherzusagen. ERGEBNISSE: Wir entwarfen ein computergestütztes Experiment an einer verketteten Ausrichtung universell erhaltener Proteine, das zeigt, dass die behauptete Demonstration der universalen gemeinsamen Abstammung eine triviale Konsequenz der signifikanten Sequenzähnlichkeit zwischen den analysierten Proteinen ist. Die Natur und der Ursprung dieser Ähnlichkeit sind für die Vorhersage der „gemeinsamen Abstammung" durch den modellvergleichenden Ansatz irrelevant. Daher bleibt die Homologie (gemeinsamer Ursprung) der verglichenen Proteine eine Inferenz aus der Sequenzähnlichkeit und keine unabhängige Eigenschaft, die durch die Likelihood-Analyse demonstriert wird. SCHLUSSFOLGERUNG: Eine formale Demonstration der Hypothese der Universal Common Ancestry wurde nicht erreicht und ist prinzipiell wahrscheinlich nicht durchführbar. Dennoch ist der Beleg für diese Hypothese, der durch vergleichende Genomik erbracht wird, überwältigend.},
    url = "https://doi.org/10.1186/1745-6150-5-64",
    doi = "10.1186/1745-6150-5-64",
    openalex = "W2158197263",
    references = "doi1010160968000494901678, doi101038330401a0, doi10103890129, doi101038nrmicro751, doi10108010635150390235520, doi101126science1123061, doi101126science1123539, doi10118617456150329, doi10118617456150564"
}

Seit Darwin haben Biologen erkannt, dass die Theorie der Abstammung von gemeinsamer Abstammung (CA) sehr gut durch diverse Linien der Evidenz gestützt wird. Allerdings benötigen wir neben der überwältigenden qualitativen Evidenz auch formelle Methoden, um die evidenzielle Unterstützung für CA gegenüber der alternativen Hypothese der getrennten Abstammung (SA) zu quantifizieren. In diesem Artikel untersuchen wir eine Vielfalt statistischer Methoden unter Verwendung von Daten von Primaten. Wir konzentrieren uns auf zwei Alternativen zu CA, Art-SA (die getrennte Herkunft jeder benannten Art) und Familie-SA (die getrennte Herkunft jeder Familie). Wir implementierten statistische Tests basierend auf morphologischen, molekularen und biogeografischen Daten und entwickelten zwei neue Methoden: eine, die auf phylogenetische Autokorrelation testet, während sie Variation aufgrund von konfundierenden ökologischen Merkmalen korrigiert, und eine Methode, um zu untersuchen, ob fossile Taxa weniger abgeleitete Unterschiede aufweisen als lebende Taxa. Wir lehnten sowohl Art- als auch Familie-SA überwältigend mit infinitesimalen P-Werten ab. Wir vergleichen diese Ergebnisse mit denen von zwei Begleitartikeln, die ebenfalls eine extrem starke Unterstützung für die CA aller Primaten fanden, und diskutieren zukünftige Richtungen und allgemeine philosophische Fragen, die sich auf das statistische Testen historischer Hypothesen wie CA beziehen.

@article{doi101111evo12934,
    author = "Baum, David and Ané, Cécile and Larget, Bret and Solís‐Lemus, Claudia and Ho, Lam Si Tung and Boone, P L and Drummond, Chloe P. and Bontrager, Martin and Hunter, Steven and Saucier, William",
    title = "Statistische Evidenz für gemeinsame Abstammung: Anwendung auf Primaten",
    year = "2016",
    journal = "Evolution",
    abstract = "Seit Darwin haben Biologen erkannt, dass die Theorie der Abstammung von gemeinsamer Abstammung (CA) sehr gut durch diverse Linien der Evidenz gestützt wird. Allerdings benötigen wir neben der überwältigenden qualitativen Evidenz auch formelle Methoden, um die evidenzielle Unterstützung für CA gegenüber der alternativen Hypothese der getrennten Abstammung (SA) zu quantifizieren. In diesem Artikel untersuchen wir eine Vielfalt statistischer Methoden unter Verwendung von Daten von Primaten. Wir konzentrieren uns auf zwei Alternativen zu CA, Art-SA (die getrennte Herkunft jeder benannten Art) und Familie-SA (die getrennte Herkunft jeder Familie). Wir implementierten statistische Tests basierend auf morphologischen, molekularen und biogeografischen Daten und entwickelten zwei neue Methoden: eine, die auf phylogenetische Autokorrelation testet, während sie Variation aufgrund von konfundierenden ökologischen Merkmalen korrigiert, und eine Methode, um zu untersuchen, ob fossile Taxa weniger abgeleitete Unterschiede aufweisen als lebende Taxa. Wir lehnten sowohl Art- als auch Familie-SA überwältigend mit infinitesimalen P-Werten ab. Wir vergleichen diese Ergebnisse mit denen von zwei Begleitartikeln, die ebenfalls eine extrem starke Unterstützung für die CA aller Primaten fanden, und diskutieren zukünftige Richtungen und allgemeine philosophische Fragen, die sich auf das statistische Testen historischer Hypothesen wie CA beziehen.",
    url = "https://doi.org/10.1111/evo.12934",
    doi = "10.1111/evo.12934",
    openalex = "W2345386884",
    references = "deoliveiramartins2014testing, larget2016statistical"
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Zusammenfassung Die gemeinsame Abstammung des Lebens wird von einer enormen Menge an Evidenz gestützt und wird innerhalb der wissenschaftlichen Gemeinschaft universell akzeptiert. Allerdings wurden einige potenzielle Datenquellen, die verwendet werden können, um die These der gemeinsamen Abstammung zu testen, noch nicht formell analysiert. Wir entwickelten einen neuen Test der gemeinsamen Abstammung basierend auf Nukleotidsequenzen an Aminosäure-invarianten Stellen in ausgerichteten homologen protein-kodierenden Genen. Wir schlossen, dass da Nukleotidvariation an Aminosäure-invarianten Stellen selektiv neutral ist und somit unwahrscheinlich auf konvergente Evolution zurückzuführen ist, die Beobachtung, dass eine Aminosäure in verschiedenen Arten konsistent durch die gleiche Codon-Sequenz kodiert wird, starke Evidenz für ihre gemeinsame Abstammung liefern könnte. Unsere Methode verwendet die beobachtete Variation in Codon-Sequenzen an Aminosäure-invarianten Stellen als Teststatistik und vergleicht diese Variation mit derjenigen, die unter drei verschiedenen Modellen der Codon-Frequenz unter der alternativen Hypothese der getrennten Abstammung erwartet wird. Wir untersuchen auch hierarchische Struktur in den Nukleotidsequenzen an Aminosäure-invarianten Stellen und quantifizieren die Übereinstimmung zwischen Bäumen, die aus Aminosäuresequenzen generiert wurden, und denen, die aus den Nukleotidsequenzen an Aminosäure-invarianten Stellen abgeleitet wurden. Wenn diese Tests auf die Primatenfamilien als Testfall angewendet werden, finden wir, dass die beobachtete Nukleotidvariation an Aminosäure-invarianten Stellen erheblich niedriger ist als die Nukleotidvariation, die von jedem Modell der Codon-Frequenz unter getrennter Abstammung vorhergesagt wird. Phylogenetische Bäume, die aus Aminosäure-invarianten Stellen-Nukleotid-Daten generiert wurden, stimmen mit denen überein, die aus protein-kodierenden Daten generiert wurden, und es gibt weit mehr hierarchische Struktur in Aminosäure-invarianten Stellen-Daten, als unter getrennter Abstammung erwartet würde. Wir verwerfen definitiv die getrennte Abstammung der Primatenfamilien und zeigen, dass unsere Tests auf jede Gruppe von Interesse angewendet werden können, um die gemeinsame Abstammung zu testen.

@misc{doi101101035915,
    author = "Bontrager, Martin and Larget, Bret and Ané, Cécile and Baum, David",
    title = "Statistische Evidenz für gemeinsame Abstammung: Test auf Signale an stummen Stellen",
    year = "2016",
    booktitle = "bioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory)",
    abstract = "Zusammenfassung Die gemeinsame Abstammung des Lebens wird von einer enormen Menge an Evidenz gestützt und wird innerhalb der wissenschaftlichen Gemeinschaft universell akzeptiert. Allerdings wurden einige potenzielle Datenquellen, die verwendet werden können, um die These der gemeinsamen Abstammung zu testen, noch nicht formell analysiert. Wir entwickelten einen neuen Test der gemeinsamen Abstammung basierend auf Nukleotidsequenzen an Aminosäure-invarianten Stellen in ausgerichteten homologen protein-kodierenden Genen. Wir schlossen, dass da Nukleotidvariation an Aminosäure-invarianten Stellen selektiv neutral ist und somit unwahrscheinlich auf konvergente Evolution zurückzuführen ist, die Beobachtung, dass eine Aminosäure in verschiedenen Arten konsistent durch die gleiche Codon-Sequenz kodiert wird, starke Evidenz für ihre gemeinsame Abstammung liefern könnte. Unsere Methode verwendet die beobachtete Variation in Codon-Sequenzen an Aminosäure-invarianten Stellen als Teststatistik und vergleicht diese Variation mit derjenigen, die unter drei verschiedenen Modellen der Codon-Frequenz unter der alternativen Hypothese der getrennten Abstammung erwartet wird. Wir untersuchen auch hierarchische Struktur in den Nukleotidsequenzen an Aminosäure-invarianten Stellen und quantifizieren die Übereinstimmung zwischen Bäumen, die aus Aminosäuresequenzen generiert wurden, und denen, die aus den Nukleotidsequenzen an Aminosäure-invarianten Stellen abgeleitet wurden. Wenn diese Tests auf die Primatenfamilien als Testfall angewendet werden, finden wir, dass die beobachtete Nukleotidvariation an Aminosäure-invarianten Stellen erheblich niedriger ist als die Nukleotidvariation, die von jedem Modell der Codon-Frequenz unter getrennter Abstammung vorhergesagt wird. Phylogenetische Bäume, die aus Aminosäure-invarianten Stellen-Nukleotid-Daten generiert wurden, stimmen mit denen überein, die aus protein-kodierenden Daten generiert wurden, und es gibt weit mehr hierarchische Struktur in Aminosäure-invarianten Stellen-Daten, als unter getrennter Abstammung erwartet würde. Wir verwerfen definitiv die getrennte Abstammung der Primatenfamilien und zeigen, dass unsere Tests auf jede Gruppe von Interesse angewendet werden können, um die gemeinsame Abstammung zu testen.",
    url = "https://doi.org/10.1101/035915",
    doi = "10.1101/035915",
    openalex = "W2263396908",
    references = "deoliveiramartins2014testing, larget2016statistical"
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Die Natur des letzten universellen gemeinsamen Vorfahrens (LUCA), sein Alter und seine Auswirkungen auf das Erdsystem waren Gegenstand heftiger Debatten in verschiedenen Disziplinen, oft basierend auf disparaten Daten und Methoden. Altersschätzungen für LUCA basieren in der Regel auf dem Fossilbericht und variieren mit jeder Neuinterpretation. Die Natur des LUCA-Stoffwechsels hat sich als ebenso umstritten erwiesen, wobei einige alle Kernmetabolismen LUCA zuschreiben, während andere eine einfachere Lebensform rekonstruieren, die von Geochemie abhängt. Hier schließen wir, dass LUCA vor ~4,2 Ga (4,09-4,33 Ga) lebte, durch Analyse der Divergenzzeit von vor-LUCA-Gen-Duplikaten, kalibriert unter Verwendung von mikrobiellen Fossilien und Isotopenaufzeichnungen unter einer neuen Cross-Bracing-Implementierung. Phylogenetische Reconciliation deutet darauf hin, dass LUCA ein Genom von mindestens 2,5 Mb (2,49-2,99 Mb) hatte, das etwa 2.600 Proteine kodiert, vergleichbar mit modernen Prokaryoten. Unsere Ergebnisse deuten darauf hin, dass LUCA ein prokaryoten-gradiger anaerober Acetogen war, der ein frühes Immunsystem besaß. Obwohl LUCA manchmal als in Isolation lebend wahrgenommen wird, schließen wir, dass LUCA Teil eines etablierten ökologischen Systems war. Der Stoffwechsel von LUCA hätte eine Nische für andere Mitglieder der mikrobiellen Gemeinschaft bereitgestellt und die Wasserstoffrecycling durch atmosphärische Photochemie könnte ein mäßig produktives frühes Ökosystem unterstützt haben.

@article{doi101038s41559024024611,
    author = "Moody, Edmund R. R. and Álvarez-Carretero, Sandra and Mahendrarajah, Tara and Clark, James and Betts, Holly C. and Dombrowski, Nina and Szánthó, Lénárd L. and Boyle, Richard A. and Daines, Stuart J. and Chen, Xi and Lane, Nick and Yang, Ziheng and Shields, Graham and Szöllősi, Gergely J. and Spang, Anja and Pisani, Davide and Williams, Tom A. and Lenton, Timothy M. and Donoghue, Philip C. J.",
    title = "The nature of the last universal common ancestor and its impact on the early Earth system",
    year = "2024",
    journal = "Nature Ecology \& Evolution",
    abstract = "The nature of the last universal common ancestor (LUCA), its age and its impact on the Earth system have been the subject of vigorous debate across diverse disciplines, often based on disparate data and methods. Age estimates for LUCA are usually based on the fossil record, varying with every reinterpretation. The nature of LUCA's metabolism has proven equally contentious, with some attributing all core metabolisms to LUCA, whereas others reconstruct a simpler life form dependent on geochemistry. Here we infer that LUCA lived 	extasciitilde 4.2 Ga (4.09-4.33 Ga) through divergence time analysis of pre-LUCA gene duplicates, calibrated using microbial fossils and isotope records under a new cross-bracing implementation. Phylogenetic reconciliation suggests that LUCA had a genome of at least 2.5 Mb (2.49-2.99 Mb), encoding around 2,600 proteins, comparable to modern prokaryotes. Our results suggest LUCA was a prokaryote-grade anaerobic acetogen that possessed an early immune system. Although LUCA is sometimes perceived as living in isolation, we infer LUCA to have been part of an established ecological system. The metabolism of LUCA would have provided a niche for other microbial community members and hydrogen recycling by atmospheric photochemistry could have supported a modestly productive early ecosystem.",
    url = "https://doi.org/10.1038/s41559-024-02461-1",
    doi = "10.1038/s41559-024-02461-1",
    openalex = "W4400589084",
    references = "theobald2010a"
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Obwohl unter evolutionären Biologen kein Zweifel besteht, dass alle lebenden Arten oder zumindest alle lebenden Arten innerhalb einer bestimmten Gruppe (z. B. Tiere) einen gemeinsamen Vorfahren teilen, haben formale statistische Methoden zur Bewertung der gemeinsamen Abstammung aus alignierten DNA-Sequenzdaten Kritik erfahren. Eine Hauptkritik ist, dass frühere Methoden Sequenzähnlichkeit als Beweis für gemeinsame Abstammung betrachten, während sie andere potenzielle biologische Ursachen für Ähnlichkeit, wie funktionelle Einschränkungen, ignorieren. Wir präsentieren einen neuen statistischen Rahmen, um getrennte Abstammung versus gemeinsame Abstammung zu testen, der diesem Fallstrick ausweicht. Wir illustrieren die Wirksamkeit unseres Ansatzes unter Verwendung eines kürzlich veröffentlichten großen molekularen Alignments, um die gemeinsame Abstammung aller Primaten (einschließlich Menschen) zu untersuchen. Wir finden überwältigende Beweise gegen getrennte Abstammung und zugunsten der gemeinsamen Abstammung für Ordnungen und Familien von Primaten. Wir finden auch überwältigende Beweise dafür, dass Menschen einen gemeinsamen Vorfahren mit anderen Primatarten teilen. Die hier vorgestellten neuen statistischen Methoden bieten formale Mittel, um getrennte Abstammung versus gemeinsame Abstammung aus alignierten DNA-Sequenzdaten zu testen, während sie funktionelle Einschränkungen berücksichtigen, die die Nukleotidbasisnutzung auf einer Basis-zu-Basis-Basis begrenzen.

@misc{larget2016statistical,
    author = "Larget, Bret and Ané, Cécile and Bontrager, Martin and Hunter, Steve and Stenz, Noah and Baum, David A.",
    title = "Statistical evidence for common ancestry: New tests of universal ancestry",
    year = "2016",
    abstract = "While there is no doubt among evolutionary biologists that all living species, or merely all living species within a particular group (e.g., animals), share descent from a common ancestor, formal statistical methods for evaluating common ancestry from aligned DNA sequence data have received criticism. One primary criticism is that prior methods take sequence similarity as evidence for common ancestry while ignoring other potential biological causes of similarity, such as functional constraints. We present a new statistical framework to test separate ancestry versus common ancestry that avoids this pitfall. We illustrate the efficacy of our approach using a recently published large molecular alignment to examine common ancestry of all primates (including humans). We find overwhelming evidence against separate ancestry and in favor of common ancestry for orders and families of primates. We also find overwhelming evidence that humans share a common ancestor with other primate species. The novel statistical methods presented here provide formal means to test separate ancestry versus common ancestry from aligned DNA sequence data while accounting for functional constraints that limit nucleotide base usage on a site-by-site basis.",
    url = "https://doi.org/10.1101/036327",
    doi = "10.1101/036327",
    openalex = "W2288243766",
    references = "deoliveiramartins2014testing, doi101093bioinformaticsbtg412, doi101093bioinformaticsbtq706, doi101093bioinformaticsbtu033, doi1012019780429246593, doi101371journalpgen1001342, doi105962bhltitle59991, doi105962bhltitle68064, openalexw3217097258"
}

HINTERGRUND: Die Beweise für die universelle gemeinsame Abstammung (UCA) sind umfangreich und überzeugend. Ein phylogenetischer Test wurde vorgeschlagen, um die Wahrscheinlichkeit der UCA gegenüber unabhängig entstandenen Sequenzen zu quantifizieren, basierend auf dem Vergleich zwischen einem versus mehreren Bäumen. Dieser Test wurde erfolgreich auf eine gut unterstützte homologe Sequenzalignment angewendet, wurde jedoch kritisiert, basierend auf Simulationen, die zeigten, dass Alignments ohne jegliche phylogenetische Struktur seine Schlussfolgerungen irreführen könnten. ERGEBNISSE: Hier präsentieren wir eine vereinfachte Version desselben Gegenbeispiels, das als Baum mit willkürlich langen Ästen interpretiert werden kann, und bei dem der UCA-Test erneut versagt. Wir präsentieren auch einen weiteren Fall, bei dem jedes hinreichend ähnliche Alignment die UCA unabhängig von den wahren unabhängigen Ursprüngen der Sequenzen begünstigt. Schließlich präsentieren wir eine Klasse von frequentistischen Tests, die besser abschneiden als der angeblich formale UCA-Test. SCHLUSSFOLGERUNG: Trotz gegenteiliger Behauptungen zeigen wir, dass die Gegenbeispiele erfolgreich einen Mangel des ursprünglichen UCA-Tests aufgedeckt haben, der auf Sequenzähnlichkeit beruht. Angesichts unserer eigenen Simulationen schließen wir daher, dass der UCA-Test, wie ursprünglich vorgeschlagen, nicht vertraut werden sollte, es sei denn, Konvergenz wurde bereits a priori ausgeschlossen.

@article{doi101186s130620160120y,
    author = "Martins, Leonardo and Posada, David",
    title = "Infinitely long branches and an informal test of common ancestry",
    year = "2016",
    journal = "Biology Direct",
    abstract = "BACKGROUND: The evidence for universal common ancestry (UCA) is vast and persuasive. A phylogenetic test has been proposed for quantifying its odds against independently originated sequences based on the comparison between one versus several trees. This test was successfully applied to a well-supported homologous sequence alignment, which was however criticized on the basis of simulations showing that alignments without any phylogenetic structure could mislead its conclusions. RESULTS: Here we present a simplified version of this same counterexample, which can be interpreted as a tree with arbitrarily long branches, and where the UCA test fails again. We also present another case whereby any sufficiently similar alignment will favour UCA irrespective of the true independent origins for the sequences. Finally, we present a class of frequentist tests that perform better than the purportedly formal UCA test. CONCLUSION: Despite claims to the contrary, we show that the counterexamples successfully detected a drawback of the original UCA test, of relying on sequence similarity. In light of our own simulations, we therefore conclude that the UCA test as originally proposed should not be trusted unless convergence has already been ruled out a priori.",
    url = "https://doi.org/10.1186/s13062-016-0120-y",
    doi = "10.1186/s13062-016-0120-y",
    openalex = "W2323017461",
    references = "deoliveiramartins2014testing, doi104081eb2012e5, martins2012proving"
}