15. Zetsche, Bernd, Gootenberg, Jonathan S., Abudayyeh, Omar O., Slaymaker, Ian M., Makarova, Kira S., Essletzbichler, Patrick, Volz, Sara E., Joung, J. Keith, van der Oost, John, Regev, Aviv, Koonin, Eugene V., und Zhang, Feng, 2015, {Cpf1} ist eine einzelne {RNA}-gesteuerte Endonuklease eines Klasse-2-{CRISPR}-{Cas}-Systems, Cell: v. 163: no. 3: p. 759--771.
DOI: 10.1016/j.cell.2015.09.038
BibTeX
@article{zetsche2015cpf1,
author = "Zetsche, Bernd and Gootenberg, Jonathan S. and Abudayyeh, Omar O. and Slaymaker, Ian M. and Makarova, Kira S. and Essletzbichler, Patrick and Volz, Sara E. and Joung, J. Keith and van der Oost, John and Regev, Aviv14. Wang, Tim, Wei, Jenny J., Sabatini, David M., und Lander, Eric S., 2014, Genetische Screenings in menschlichen Zellen unter Verwendung des {CRISPR}-{Cas9}-Systems, Science: v. 343: no. 6166: p. 80--84.
BibTeX
@article{wang2014genetic,
author = "Wang, Tim and Wei, Jenny J. and Sabatini, David M. and Lander, Eric S.",
title = "Genetic screens in human cells using the {CRISPR}-{Cas9} system",
year = "2014",
journal = "Science",
url = "https://doi.org/10.1126/science.1246981",
doi = "10.1126/science.1246981",
number = "6166",
pages = "80--84",
volume = "343",
x-summary = "Foundational CRISPR-Cas9 screening platform paper in human cells."
}
13. Shalem, Ophir, Sanjana, Neville E., Hartenian, Ella, Shi, Xi, Scott, David A., Mikkelson, Tarjei, Heckl, Dirk, Ebert, Benjamin L., Root, David E., Doench, John G., und Zhang, Feng, 2014, Genomweite {CRISPR}-{Cas9}-Knockout-Screening in menschlichen Zellen, Science: v. 343: no. 6166: p. 84--87.
BibTeX
@article{shalem2014genome,
author = "Shalem, Ophir and Sanjana, Neville E. and Hartenian, Ella and Shi, Xi and Scott, David A. and Mikkelson, Tarjei and Heckl, Dirk and Ebert, Benjamin L. and Root, David E. and Doench, John G. and Zhang, Feng",
title = "Genome-scale {CRISPR}-{Cas9} knockout screening in human cells",
year = "2014",
journal = "Science",
url = "https://doi.org/10.1126/science.1247005",
doi = "10.1126/science.1247005",
number = "6166",
pages = "84--87",
volume = "343",
x-summary = "Foundational genome-scale CRISPR knockout screening study."
}
12. Doudna, Jennifer A. und Charpentier, Emmanuelle, 2014, Die neue Grenze der Genom-Engineering mit {CRISPR}-{Cas9}, Science: v. 346: no. 6213: p. 1258096.
BibTeX
@article{doudna2014new,
author = "Doudna, Jennifer A. and Charpentier, Emmanuelle",
title = "The new frontier of genome engineering with {CRISPR}-{Cas9}",
year = "2014",
journal = "Science",
url = "https://doi.org/10.1126/science.1258096",
doi = "10.1126/science.1258096",
number = "6213",
pages = "1258096",
volume = "346",
x-summary = "Review of CRISPR-Cas9 genome engineering by key developers of the technology."
}
11. Zhou, Yuexin, Zhu, Shiyou, Cai, Changzu, Yuan, Pengfei, Li, Chunmei, Huang, Yanyi, und Wei, Wensheng, 2014, Hochdurchsatz-Screening einer CRISPR/Cas9-Bibliothek für funktionelle Genomik in menschlichen Zellen, Nature: v. 509: no. 7501: p. 487-491.
BibTeX
@article{doi101038nature13166,
author = "Zhou, Yuexin and Zhu, Shiyou and Cai, Changzu and Yuan, Pengfei and Li, Chunmei and Huang, Yanyi and Wei, Wensheng",
title = "High-throughput screening of a CRISPR/Cas9 library for functional genomics in human cells",
year = "2014",
journal = "Nature",
url = "https://doi.org/10.1038/nature13166",
doi = "10.1038/nature13166",
note = "discovered\_from = {doi101186s1305901405508}",
number = "7501",
pages = "487-491",
volume = "509"
}
10. Hsu, Patrick D., Lander, Eric S., und Zhang, Feng, 2014, Entwicklung und Anwendungen von CRISPR-Cas9 für das Genom-Engineering, Cell: v. 157: no. 6: p. 1262-1278.
DOI: 10.1016/j.cell.2014.05.010
BibTeX
@article{doi101016jcell201405010,
author = "Hsu, Patrick D. and Lander, Eric S. and Zhang, Feng",
title = "Development and Applications of CRISPR-Cas9 for Genome Engineering",
year = "2014",
journal = "Cell",
url = "https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.05.010",
doi = "10.1016/j.cell.2014.05.010",
note = "discovered\_from = {doi101038s4157601901587}",
number = "6",
pages = "1262-1278",
volume = "157"
}
9. Mali, Prashant, Yang, Luhan, Esvelt, Kevin M., Aach, John, Guell, Marc, DiCarlo, James E., Norville, Julie E., und Church, George M., 2013, {RNA}-gesteuerte humane Genom-Engineering mittels {Cas9}, Science: v. 339: no. 6121: p. 823--826.
BibTeX
@article{mali2013rna,
author = "Mali, Prashant and Yang, Luhan and Esvelt, Kevin M. and Aach, John and Guell, Marc and DiCarlo, James E. and Norville, Julie E. and Church, George M.",
title = "{RNA}-guided human genome engineering via {Cas9}",
year = "2013",
journal = "Science",
url = "https://doi.org/10.1126/science.1232033",
doi = "10.1126/science.1232033",
number = "6121",
pages = "823--826",
volume = "339",
x-summary = "Early demonstration of RNA-guided Cas9 engineering in human cells."
}
8. Hwang, Woong Y., Fu, Yanfang, Reyon, Deepak, Maeder, Morgan L., Tsai, Shengdar Q., Sander, Jeffry D., Peterson, Randall T., Yeh, Joung K., und Joung, J. Keith, 2013, Effiziente Genom-Editierung bei Zebrafischen unter Verwendung eines {CRISPR}-{Cas}-Systems, Nature Biotechnology: v. 31: no. 3: p. 227--229.
BibTeX
@article{hwang2013efficient,
author = "Hwang, Woong Y. and Fu, Yanfang and Reyon, Deepak and Maeder, Morgan L. and Tsai, Shengdar Q. and Sander, Jeffry D. and Peterson, Randall T. and Yeh, Joung K. and Joung, J. Keith",
title = "Efficient genome editing in zebrafish using a {CRISPR}-{Cas} system",
year = "2013",
journal = "Nature Biotechnology",
url = "https://doi.org/10.1038/nbt.2501",
doi = "10.1038/nbt.2501",
number = "3",
pages = "227--229",
volume = "31",
x-summary = "Early demonstration of CRISPR-Cas genome editing in a vertebrate model organism."
}
24. Myhrvold, Cameron, Freije, Catherine A., Gootenberg, Jonathan S., Abudayyeh, Omar O., Metsky, Hayden C., Durbin, Ann F., Kellner, Max J., Tan, Amanda L., Paul, Lauren M., Parham, Leda A., Garcia, Kimberly F., Barnes, Kayla G., Chak, Bridget, Mondini, Adriano, Nogueira, Mauricio L., Isern, Sharon, Michael, Scott F., Lorenzana, Ivette, Yozwiak, Nathan L., MacInnis, Bronwyn L., Bosch, Irene, Gehrke, Lee, Zhang, Feng, und Sabeti, Pardis C., 2018, Field-deployable viral diagnostics using CRISPR-Cas13, Science: v. 360: no. 6387: p. 444-448.
Abstract
Taking CRISPR technology further CRISPR techniques are allowing the development of technologies for nucleic acid detection (see the Perspective by Chertow). Taking advantages of the distinctive enzymatic properties of CRISPR enzymes, Gootenberg et al. developed an improved nucleic acid detection technology for multiplexed quantitative and highly sensitive detection, combined with lateral flow for visual readout. Myhrvold et al. added a sample preparation protocol to create a field-deployable viral diagnostic platform for rapid detection of specific strains of pathogens in clinical samples. Cas12a (also known as Cpf1), a type V CRISPR protein, cleaves double-stranded DNA and has been adapted for genome editing. Chen et al. discovered that Cas12a also processes single-stranded DNA threading activity. A technology platform based on this activity detected human papillomavirus in patient samples with high sensitivity. Science, this issue p. 439, p. 444, p. 436; see also p. 381
BibTeX
@article{doi101126scienceaas8836,
author = "Myhrvold, Cameron and Freije, Catherine A. and Gootenberg, Jonathan S. and Abudayyeh, Omar23. Zhu, Haibao, Zhang, Linlin, Tong, Sheng, Lee, Ciaran M., Deshmukh, Harshavardhan, und Bao, Gang, 2018, Spatial control of in vivo CRISPR–Cas9 genome editing via nanomagnets, Nature Biomedical Engineering: v. 3: no. 2: p. 126-136.
DOI: 10.1038/s41551-018-0318-7
BibTeX
@article{doi101038s4155101803187,
author = "Zhu, Haibao and Zhang, Linlin and Tong, Sheng and Lee, Ciaran M. and Deshmukh, Harshavardhan and Bao, Gang",
title = "Spatial control of in vivo CRISPR–Cas9 genome editing via nanomagnets",
year = "2018",
journal = "Nature Biomedical Engineering",
url = "https://doi.org/10.1038/s41551-018-0318-7",
doi = "10.1038/s41551-018-0318-7",
note = "discovered\_from = {doi101038s4157801901486}",
number = "2",
pages = "126-136",
volume = "3"
}
22. Listgarten, Jennifer, Weinstein, Michael, Kleinstiver, Benjamin P., Sousa, Alexander A., Joung, J. Keith, Crawford, Jake, Gao, Kevin, Hoang, Luong, Elibol, Melih, Doench, John G., und Fusi, Nicolo, 2018, Prediction of off-target activities for the end-to-end design of CRISPR guide RNAs, Nature Biomedical Engineering: v. 2: no. 1: p. 38-47.
DOI: 10.1038/s41551-017-0178-6
BibTeX
@article{doi101038s4155101701786,
author = "Listgarten, Jennifer and Weinstein, Michael and Kleinstiver, Benjamin P. and Sousa, Alexander A. and Joung, J. Keith and Crawford, Jake and Gao, Kevin and Hoang, Luong and Elibol, Melih and Doench, John G. and Fusi, Nicolo",
title = "Prediction of off-target activities for the end-to-end design of CRISPR guide RNAs",
year = "2018",
journal = "Nature Biomedical Engineering",
url = "https://doi.org/10.1038/s41551-017-0178-6",
doi = "10.1038/s41551-017-0178-6",
note = "discovered\_from = {doi101038s4159101803007}",
number = "1",
pages = "38-47",
volume = "2"
}
21. Kim, Hui Kwon, Min, Seonwoo, Song, Myungjae, Jung, Soobin, Choi, Jae Woo, Kim, Younggwang, Lee, Sangeun, Yoon, Sungroh, und Kim, Hyongbum (Henry), 2018, Deep learning improves prediction of CRISPR–Cpf1 guide RNA activity, Nature Biotechnology: v. 36: no. 3: p. 239-241.
BibTeX
@article{doi101038nbt4061,
author = "Kim, Hui Kwon and Min, Seonwoo and Song, Myungjae and Jung, Soobin and Choi, Jae Woo and Kim, Younggwang and Lee, Sangeun and Yoon, Sungroh and Kim, Hyongbum (Henry)",
title = "Deep learning improves prediction of CRISPR–Cpf1 guide RNA activity",
year = "2018",
journal = "Nature Biotechnology",
url = "https://doi.org/10.1038/nbt.4061",
doi = "10.1038/nbt.4061",
note = "discovered\_from = {doi101038s4159101803007}",
number = "3",
pages = "239-241",
volume = "36"
}
20. Gootenberg, Jonathan S., Abudayyeh, Omar O., Lee, Jeong Wook, Essletzbichler, Patrick, Dy, Amy J., Joung, Julia, Verdine, Vanessa, Donghia, Nina, Daringer, Nichole M., Freije, Catherine A., Myhrvold, Cameron, Bhattacharyya, Rumi P., Livny, Jonathan, Regev, Aviv, Koonin, Eugene V., Hung, Deborah T., Sabeti, Pardis C., Collins, James J., und Zhang, Feng, 2017, Nucleic acid detection with {CRISPR}-{Cas13a}/{C2c2}, Science: v. 356: no. 6336: p. 438--442.
BibTeX
@article{gootenberg2017nucleic,
author = "Gootenberg, Jonathan S. and Abudayyeh, Omar O. and Lee, Jeong Wook and Essletzbichler, Patrick and Dy, Amy J. and Joung, Julia and Verdine, Vanessa and Donghia, Nina and Daringer, Nichole M. and Freije, Catherine A. and Myhrvold, Cameron and Bhattacharyya, Rumi P. and Livny, Jonathan and Regev, Aviv and Koonin, Eugene V. and Hung, Deborah T. and Sabeti, Pardis C. and Collins, James J. and Zhang, Feng",
title = "Nucleic acid detection with {CRISPR}-{Cas13a}/{C2c2}",
year = "2017",
journal = "Science",
url = "https://doi.org/10.1126/science.aam9321",
doi = "10.1126/science.aam9321",
number = "6336",
pages = "438--442",
volume = "356",
x-summary = "Introduces SHERLOCK-style CRISPR-Cas13 nucleic acid detection."
}
19. Gaudelli, Nicole M., Komor, Alexis C., Rees, Holly A., Packer, Michael S., Badran, Ahmed H., Bryson, David I., und Liu, David R., 2017, Programmable base editing of {A}•{T} to {G}•{C} in genomic {DNA} without {DNA} cleavage, Nature: v. 551: no. 7681: p. 464--471.
BibTeX
@article{gaudelli2017programmable,
author = "Gaudelli, Nicole M. and Komor, Alexis C. and Rees, Holly A. and Packer, Michael S. and Badran, Ahmed H. and Bryson, David I. and Liu, David R.",
title = "Programmable base editing of {A}•{T} to {G}•{C} in genomic {DNA} without {DNA} cleavage",
year = "2017",
journal = "Nature",
url = "https://doi.org/10.1038/nature24644",
doi = "10.1038/nature24644",
number = "7681",
pages = "464--471",
volume = "551",
x-summary = "Introduces adenine base editing."
}
18. Abudayyeh, Omar O., Gootenberg, Jonathan S., Essletzbichler, Patrick, Han, Shuo, Joung, Julia, Belanto, Joseph J., Verdine, Vanessa, Cox, David B. T., Kellner, Max J., Regev, Aviv, Lander, Eric S., Voytas, Daniel F., Ting, Alice Y., und Zhang, Feng, 2017, RNA targeting with CRISPR–Cas13, Nature: v. 550: no. 7675: p. 280-284.
BibTeX
@article{doi101038nature24049,
author = "Abudayyeh, Omar O. and Gootenberg, Jonathan S. and Essletzbichler, Patrick and Han, Shuo and Joung, Julia and Belanto, Joseph J. and Verdine, Vanessa and Cox, David B. T. and Kellner, Max J. and Regev, Aviv and Lander, Eric S. and Voytas, Daniel F. and Ting, Alice Y. and Zhang, Feng",
title = "RNA targeting with CRISPR–Cas13",
year = "2017",
journal = "Nature",
url = "https://doi.org/10.1038/nature24049",
doi = "10.1038/nature24049",
note = "discovered\_from = {doi101038s4157601901587}",
number = "7675",
pages = "280-284",
volume = "550"
}
29. Santiago-Fernández, Olaya, Osorio, Fernando G., Quesada, Víctor, Rodríguez, Francisco, Basso, Sammy, Maeso, Daniel, Rolas, Loïc, Barkaway, Anna, Nourshargh, Sussan, Folgueras, Alicia R., Freije, José M. P., und López-Otín, Carlos, 2019, Entwicklung einer CRISPR/Cas9-basierten Therapie für Hutchinson–Gilford-Progerie-Syndrom, Nature Medicine: v. 25: no. 3: p. 423-426.
DOI: 10.1038/s41591-018-0338-6
BibTeX
@article{doi101038s4159101803386,
author = "Santiago-Fernández, Olaya and Osorio, Fernando G. and Quesada, Víctor and Rodríguez, Francisco and Basso, Sammy and Maeso, Daniel and Rolas, Loïc and Barkaway, Anna and Nourshargh, Sussan and Folgueras, Alicia R. and Freije, José M. P. and López-Otín, Carlos",
title = "Entwicklung einer CRISPR/Cas9-basierten Therapie für Hutchinson–Gilford-Progerie-Syndrom",
year = "2019",
journal = "Nature Medicine",
url = "https://doi.org/10.1038/s41591-018-0338-6",
doi = "10.1038/s41591-018-0338-6",
note = "discovered\_from = {doi101016jcell202211001}",
number = "3",
pages = "423-426",
volume = "25"
}
28. Anzalone, Andrew V., Randolph, Peyton B., Davis, Jessie R., Sousa, Alexander A., Koblan, Luke W., Levy, Jonathan M., Chen, Peter J., Wilson, Christopher, Newby, Gregory A., Raguram, Aditya, und Liu, David R., 2019, Search-and-replace Genome-Editing ohne Doppelstrangbrüche oder Spender {DNA}, Nature: v. 576: no. 7785: p. 149--157.
DOI: 10.1038/s41586-019-1711-4
BibTeX
@article{anzalone2019search,
author = "Anzalone, Andrew V. and Randolph, Peyton B. and Davis, Jessie R. and Sousa, Alexander A. and Koblan, Luke W. and Levy, Jonathan M. and Chen, Peter J. and Wilson, Christopher and Newby, Gregory A. and Raguram, Aditya and Liu, David R.",
title = "Search-and-replace Genome-Editing ohne Doppelstrangbrüche oder Spender {DNA}",
year = "2019",
journal = "Nature",
url = "https://doi.org/10.1038/s41586-019-1711-4",
doi = "10.1038/s41586-019-1711-4",
number = "7785",
pages = "149--157",
volume = "576",
x-summary = "Führt Prime Editing ein."
}
27. Knott, Gavin J. und Doudna, Jennifer A., 2018, {CRISPR}-{Cas} leitet die Zukunft der genetischen Ingenieurskunst, Science: v. 361: no. 6405: p. 866--869.
BibTeX
@article{knott2018crispr,
author = "Knott, Gavin J. and Doudna, Jennifer A.",
title = "{CRISPR}-{Cas} leitet die Zukunft der genetischen Ingenieurskunst",
year = "2018",
journal = "Science",
url = "https://doi.org/10.1126/science.aat5011",
doi = "10.1126/science.aat5011",
number = "6405",
pages = "866--869",
volume = "361",
x-summary = "Zugängliche Übersicht über CRISPR-Cas-Technologie und Anwendungen."
}
26. Gootenberg, Jonathan S., Abudayyeh, Omar O., Kellner, Max J., Joung, Julia, Collins, James J., und Zhang, Feng, 2018, Multiplexed and portable nucleic acid detection platform mit {Cas13}, {Cas12a}, und {Csm6}, Science: v. 360: no. 6387: p. 439--444.
BibTeX
@article{gootenberg2018multiplexed,
author = "Gootenberg, Jonathan S. and Abudayyeh, Omar O. and Kellner, Max J. and Joung, Julia and Collins, James J. and Zhang, Feng",
title = "Multiplexed and portable nucleic acid detection platform mit {Cas13}, {Cas12a}, und {Csm6}",
year = "2018",
journal = "Science",
url = "https://doi.org/10.1126/science.aaq0179",
doi = "10.1126/science.aaq0179",
number = "6387",
pages = "439--444",
volume = "360",
x-summary = "Erweitert CRISPR-Diagnostik auf multiplexte und portable Detektion."
}
25. Granados-Riveron, Javier T. und Aquino-Jarquin, Guillermo, 2018, CRISPR–Cas13 Precision Transcriptome Engineering in Cancer, Cancer Research: v. 78: no. 15: p. 4107-4113.
DOI: 10.1158/0008-5472.can-18-0785
Zusammenfassung
Das System der gruppierten regelmäßig interspizierten kurzen palindromischen Wiederholungen (CRISPR)/CRISPR-assoziierten Gene (Cas) wurde schnell für verschiedene genomische Ingenieurleistungen genutzt. Kürzlich wurde nachgewiesen, dass ein neuartiger RNA-zielender CRISPR-Effektorprotein, genannt Cas13, RNA anstatt DNA-Substrate bindet und spaltet, analog zum eukaryotischen RNA-Interferenzsystem. Die bekannten Cas13a–Cas13d-Effektoren sind in der Lage, komplementäre Ziel-Einzelstrang-RNAs effizient zu spalten, was eine potenziell sicherere Alternative zur Desoxyribonuklease Cas9 darstellt, da es Funktionsverlust-Phänotypen induziert, ohne genomischen Verlust des Zielgens. Darüber hinaus wurde durch die Verbesserung der Cas13-Effektor-Funktionalitäten ein System namens REPAIR entwickelt, um Volltranskripte mit pathogenen Mutationen zu editieren, wodurch eine vielversprechende Möglichkeit für präzises Basen-Editing geboten wird. Darüber hinaus ermöglicht die fortschrittliche Ingenieurskunst dieses CRISPR-Effektors auch die Nukleinsäure-Detektion, was die Identifizierung von Mutationen in zellfreiem TumordNA durch eine Plattform namens Specific High Sensitivity Enzymatic Reporter Unlocking erlaubt. All diese Eigenschaften geben uns einen Einblick in das Potenzial des CRISPR-Toolkits für präzises Transcriptom-Ingenieurwesen, was möglicherweise zu einer Erweiterung der CRISPR-Technologien für Krebstherapien und Diagnostik führt. Hier untersuchen wir zuvor unbehandelte Aspekte des CRISPR-basierten RNA-zielenden Ansatzes als eine machbare Strategie zur globalen Abfrage der Genfunktion in Krebs auf programmierbare Weise. Cancer Res; 78(15); 4107–13. ©2018 AACR.
BibTeX
@article{doi10115800085472can180785,
author = "Granados-Riveron, Javier T. and Aquino-Jarquin, Guillermo",
title = "CRISPR–Cas13 Precision Transcriptome Engineering in Cancer",
year = "2018",
journal = "Cancer Research",
abstract = "Das System der gruppierten regelmäßig interspizierten kurzen palindromischen Wiederholungen (CRISPR)/CRISPR-assoziierten Gene (Cas) wurde schnell für verschiedene genomische Ingenieurleistungen genutzt. Kürzlich wurde nachgewiesen, dass ein neuartiger RNA-zielender CRISPR-Effektorprotein, genannt Cas13, RNA anstatt DNA-Substrate bindet und spaltet, analog zum eukaryotischen RNA-Interferenzsystem. Die bekannten Cas13a–Cas13d-Effektoren sind in der Lage, komplementäre Ziel-Einzelstrang-RNAs effizient zu spalten, was eine potenziell sicherere Alternative zur Desoxyribonuklease Cas9 darstellt, da es Funktionsverlust-Phänotypen induziert, ohne genomischen Verlust des Zielgens. Darüber hinaus wurde durch die Verbesserung der Cas13-Effektor-Funktionalitäten ein System namens REPAIR entwickelt, um Volltranskripte mit pathogenen Mutationen zu editieren, wodurch eine vielversprechende Möglichkeit für präzises Basen-Editing geboten wird. Darüber hinaus ermöglicht die fortschrittliche Ingenieurskunst dieses CRISPR-Effektors auch die Nukleinsäure-Detektion, was die Identifizierung von Mutationen in zellfreiem TumordNA durch eine Plattform namens Specific High Sensitivity Enzymatic Reporter Unlocking erlaubt. All diese Eigenschaften geben uns einen Einblick in das Potenzial des CRISPR-Toolkits für präzises Transcriptom-Ingenieurwesen, was möglicherweise zu einer Erweiterung der CRISPR-Technologien für Krebstherapien und Diagnostik führt. Hier untersuchen wir zuvor unbehandelte Aspekte des CRISPR-basierten RNA-zielenden Ansatzes als eine machbare Strategie zur globalen Abfrage der Genfunktion in Krebs auf programmierbare Weise. Cancer Res; 78(15); 4107–13. ©2018 AACR.",
url = "https://doi.org/10.1158/0008-5472.can-18-0785",
doi = "10.1158/0008-5472.can-18-0785",
note = "discovered\_from = {doi101038s4157601901587}",
number = "15",
pages = "4107-4113",
volume = "78"
}
33. Williams, Molly Ann, de Eyto, Elvira, Caestecker, Silke, Regan, Fiona, und Parle‐McDermott, Anne, 2023, Development and field validation of RPA‐CRISPR‐Cas environmental DNA assays for the detection of brown trout (Salmo trutta) and Arctic char (Salvelinus alpinus), Environmental DNA: v. 5: no. 2: p. 240-250.
Abstract
Molekulare Methoden entwickeln sich rasant, um Nukleinsäure-Diagnostik außerhalb eines Laborsettings zu ermöglichen. Solche Techniken nutzen primär isotherme Amplifikation wie Recombinase-Polymerase-Amplifikation (RPA) und Loop-vermittelte isotherme Amplifikation (LAMP), wurden aber noch nicht vollständig für das Monitoring unter Verwendung von Umwelt-DNA (eDNA) erforscht. Wir haben zuvor einen RPA‐CRISPR‐Cas-Ansatz zur Erkennung von Lachs in Irland und Kanada vorgestellt und präsentieren in diesem Manuskript eine weitere Anwendung dieser Technik für das Monitoring von Forellen und Arktischem Lachs im Burrishoole-Catchment, Co. Mayo, Irland. Bei der Entwicklung dieser Assays bieten wir einen alternativen Ansatz zu den zuvor veröffentlichten PCR-basierten Assays und haben einen optimierten Ansatz für das Einzelspezies-Monitoring unter Verwendung von RPA‐CRISPR‐Cas entwickelt, wodurch die Fluoreszenz-Erfassungszeit von 2 Stunden auf 30 Minuten reduziert wurde. Dies demonstriert die Anwendbarkeit von RPA‐CRISPR‐Cas-Assays für eDNA-basierte Detektion jenseits des Atlantischen Lachses mit dem zusätzlichen Vorteil einer schnelleren Assay-Zeit ohne Kompromisse bei der Detektionssensitivität.
BibTeX
@article{doi101002edn3384,
author = "Williams, Molly Ann and de Eyto, Elvira and Caestecker, Silke and Regan, Fiona and Parle‐McDermott, Anne",
title = "Development and field validation of RPA‐CRISPR‐Cas environmental DNA assays for the detection of brown trout (Salmo trutta) and Arctic char (Salvelinus alpinus)",
year = "2023",
journal = "Environmental DNA",
abstract = "Molekulare Methoden entwickeln sich rasant, um Nukleinsäure-Diagnostik außerhalb eines Laborsettings zu ermöglichen. Solche Techniken nutzen primär isotherme Amplifikation wie Recombinase-Polymerase-Amplifikation (RPA) und Loop-vermittelte isotherme Amplifikation (LAMP), wurden aber noch nicht vollständig für das Monitoring unter Verwendung von Umwelt-DNA (eDNA) erforscht. Wir haben zuvor einen RPA‐CRISPR‐Cas-Ansatz zur Erkennung von Lachs in Irland und Kanada vorgestellt und präsentieren in diesem Manuskript eine weitere Anwendung dieser Technik für das Monitoring von Forellen und Arktischem Lachs im Burrishoole-Catchment, Co. Mayo, Irland. Bei der Entwicklung dieser Assays bieten wir einen alternativen Ansatz zu den zuvor veröffentlichten PCR-basierten Assays und haben einen optimierten Ansatz für das Einzelspezies-Monitoring unter Verwendung von RPA‐CRISPR‐Cas entwickelt, wodurch die Fluoreszenz-Erfassungszeit von 2 Stunden auf 30 Minuten reduziert wurde. Dies demonstriert die Anwendbarkeit von RPA‐CRISPR‐Cas-Assays für eDNA-basierte Detektion jenseits des Atlantischen Lachses mit dem zusätzlichen Vorteil einer schnelleren Assay-Zeit ohne Kompromisse bei der Detektionssensitivität.",
url = "https://doi.org/10.1002/edn3.384",
doi = "10.1002/edn3.384",
note = "discovered\_from = {doi101002ece373386}",
number = "2",
pages = "240-250",
volume = "5"
}
32. Wang, Wei, Zheng, Yuxuan, Sun, Shuhui, Li, Wei, Song, Moshi, Ji, Qianzhao, Wu, Zeming, Liu, Zunpeng, Fan, Yanling, Liu, Feifei, Li, Jingyi, Esteban, Concepcion Rodriguez, Wang, Si, Zhou, Qi, Belmonte, Juan Carlos Izpisua, Zhang, Weiqi, Qu, Jing, Tang, Fuchou, und Liu, Guang-Hui, 2021, A genome-wide CRISPR-based screen identifies KAT7 as a driver of cellular senescence, Science Translational Medicine: v. 13: no. 575.
DOI: 10.1126/scitranslmed.abd2655
Abstract
Die Inaktivierung des Histonacetyltransferase-Gens KAT7 verlängert die Lebensdauer bei natürlich gealterten Mäusen und progeroiden Mäusen, die vorzeitig altern.
BibTeX
@article{doi101126scitranslmedabd2655,
author = "Wang, Wei and Zheng, Yuxuan and Sun, Shuhui and Li, Wei and Song, Moshi and Ji, Qianzhao and Wu, Zeming and Liu, Zunpeng and Fan, Yanling and Liu, Feifei and Li, Jingyi and Esteban, Concepcion Rodriguez and Wang, Si and Zhou, Qi and Belmonte, Juan Carlos Izpisua and Zhang, Weiqi and Qu, Jing and Tang, Fuchou and Liu, Guang-Hui",
title = "A genome-wide CRISPR-based screen identifies KAT7 as a driver of cellular senescence",
year = "2021",
journal = "Science Translational Medicine",
abstract = "Die Inaktivierung des Histonacetyltransferase-Gens KAT7 verlängert die Lebensdauer bei natürlich gealterten Mäusen und progeroiden Mäusen, die vorzeitig altern.",
url = "https://doi.org/10.1126/scitranslmed.abd2655",
doi = "10.1126/scitranslmed.abd2655",
note = "discovered\_from = {doi101016jcell202211001}",
number = "575",
volume = "13"
}
31. Pickar-Oliver, Adrian und Gersbach, Charles A., 2019, {CRISPR}-{Cas9} Genome-Editing-Technologie und Anwendungen, Nature Reviews Molecular Cell Biology: v. 20: no. 8: p. 490--507.
DOI: 10.1038/s41580-019-0131-5
BibTeX
@article{pickar2019crispr,
author = "Pickar-Oliver, Adrian and Gersbach, Charles A.",
title = "{CRISPR}-{Cas9} Genome-Editing-Technologie und Anwendungen",
year = "2019",
journal = "Nature Reviews Molecular Cell Biology",
url = "https://doi.org/10.1038/s41580-019-0131-5",
doi = "10.1038/s41580-019-0131-5",
number = "8",
pages = "490--507",
volume = "20",
x-summary = "Breiter Überblick über CRISPR-Cas9-Genome-Editing-Technologie und Anwendungen."
}
30. Williams, Molly‐Ann, O'Grady, Joyce, Ball, Bernard, Carlsson, Jens, de Eyto, Elvira, McGinnity, Philip, Jennings, Eleanor, Regan, Fiona, und Parle‐McDermott, Anne, 2019, The application of CRISPR‐Cas for single species identification from environmental DNA, Molecular Ecology Resources: v. 19: no. 5: p. 1106-1114.
Abstract
Wir berichten über die erste Anwendung der CRISPR‐Cas-Technologie zur Einzelspezies-Erkennung aus Umwelt-DNA (eDNA). Organismen geben und scheiden DNA in ihre Umgebung ab, wie beispielsweise in Hautzellen und Kot, was als Umwelt-DNA (eDNA) bezeichnet wird. Die Nutzung von eDNA ermöglicht ein nicht-invasives Monitoring mit erhöhter Spezifität und Sensitivität. Aktuelle Methoden setzen primär PCR-basierte Techniken ein, um eine bestimmte Spezies aus eDNA-Proben nachzuweisen, was eine logistische Herausforderung für das vor-Ort-Monitoring und eine potenzielle Anpassung an Biosensor-Geräte darstellt. Wir haben eine alternative Methode entwickelt: die Kopplung isothermer Amplifikation mit einem CRISPR‐Cas12a-Erkennungssystem. Dies nutzt die kollaterale Spaltaktivität von Cas12a, einer Ribonuklease, die von einer hochspezifischen einzelnen CRISPR-RNA geleitet wird. Wir verwendeten die Zielspezies Salmo salar als Proof-of-Concept-Test der Spezifität des Assays unter eng verwandten Arten und zeigten, dass der Assay bei einer einzigen Temperatur von 37°C erfolgreich ist mit Signalerkennung bei 535 nM. Der spezifische Assay erkennt mit attomolarer Sensitivität und schnellen Detektionsraten (
BibTeX
@article{doi1011111755099813045,
author = "Williams, Molly‐Ann and O'Grady, Joyce and Ball, Bernard and Carlsson, Jens and de Eyto, Elvira and McGinnity, Philip and Jennings, Eleanor and Regan, Fiona and Parle‐McDermott, Anne",
title = "The application of CRISPR‐Cas for single species identification from environmental DNA",
year = "2019",
journal = "Molecular Ecology Resources",
abstract = "Wir berichten über die erste Anwendung der CRISPR‐Cas-Technologie zur Einzelspezies-Erkennung aus Umwelt-DNA (eDNA). Organismen geben und scheiden DNA in ihre Umgebung ab, wie beispielsweise in Hautzellen und Kot, was als Umwelt-DNA (eDNA) bezeichnet wird. Die Nutzung von eDNA ermöglicht ein nicht-invasives Monitoring mit erhöhter Spezifität und Sensitivität. Aktuelle Methoden setzen primär PCR-basierte Techniken ein, um eine bestimmte Spezies aus eDNA-Proben nachzuweisen, was eine logistische Herausforderung für das vor-Ort-Monitoring und eine potenzielle Anpassung an Biosensor-Geräte darstellt. Wir haben eine alternative Methode entwickelt: die Kopplung isothermer Amplifikation mit einem CRISPR‐Cas12a-Erkennungssystem. Dies nutzt die kollaterale Spaltaktivität von Cas12a, einer Ribonuklease, die von einer hochspezifischen einzelnen CRISPR-RNA geleitet wird. Wir verwendeten die Zielspezies Salmo salar als Proof-of-Concept-Test der Spezifität des Assays unter eng verwandten Arten und zeigten, dass der Assay bei einer einzigen Temperatur von 37°C erfolgreich ist mit Signalerkennung bei 535 nM. Der spezifische Assay erkennt mit attomolarer Sensitivität und schnellen Detektionsraten (",
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doi = "10.1111/1755-0998.13045",
note = "discovered\_from = {doi101002ece373386}",
number = "5",
pages = "1106-1114",
volume = "19"
}
34. Makarova, Kira S., Shmakov, Sergey A., Wolf, Yuri I., Mutz, Pascal, Altae-Tran, Han, Beisel, Chase L., Brouns, Stan J. J., Charpentier, Emmanuelle, Cheng, David, Doudna, Jennifer, Haft, Daniel H., Horvath, Philippe, Moineau, Sylvain, Mojica, Francisco J. M., Pausch, Patrick, Pinilla-Redondo, Rafael, Shah, Shiraz A., Siksnys, Virginijus, Terns, Michael P., Tordoff, Jesse, Venclovas, Česlovas, White, Malcolm F., Yakunin, Alexander F., Zhang, Feng, Garrett, Roger A., Backofen, Rolf, van der Oost, John, Barrangou, Rodolphe, und Koonin, Eugene V., 2025, An updated evolutionary classification of CRISPR–Cas systems including rare variants, Nature Microbiology: v. 10: no. 12: p. 3346-3361.
DOI: 10.1038/s41564-025-02180-8
Abstract
Die bekannte Vielfalt der CRISPR–Cas-Systeme nimmt weiterhin zu. Um neue Entdeckungen zu umfassen, stellen wir hier eine aktualisierte evolutionäre Klassifizierung der CRISPR–Cas-Systeme vor. Die aktualisierte CRISPR–Cas-Klassifizierung umfasst 2 Klassen, 7 Typen und 46 Subtypen, verglichen mit den 6 Typen und 33 Subtypen in unserer früheren Umfrage vor 5 Jahren. Zusätzlich wird eine Klassifizierung des zyklischen oligoadenylat-abhängigen Signalwegs in Typ-III-Systemen vorgestellt. Wir diskutieren auch kürzlich charakterisierte alternative CRISPR–Cas-Funktionalitäten, insbesondere Typ-IV-Varianten, die die Zielf-DNA schneiden, und Typ-V-Varianten, die die Zielreplikation ohne Schneiden hemmen. Die Analyse der Häufigkeit von CRISPR–Cas-Varianten in Genomen und Metagenomen zeigt, dass die zuvor definierten Systeme relativ häufig sind, während die kürzlich charakterisierten Varianten vergleichsweise selten sind. Diese Varianten mit geringer Häufigkeit bilden den langen Schwanz der CRISPR–Cas-Verteilung in Prokaryoten und ihren Viren und müssen noch experimentell charakterisiert werden.
BibTeX
@article{doi101038s41564025021808,
author = "Makarova, Kira S. and Shmakov, Sergey A. and Wolf, Yuri I. and Mutz, Pascal and Altae-Tran, Han and Beisel, Chase L. and Brouns, Stan J. J. and Charpentier, Emmanuelle and Cheng, David and Doudna, Jennifer and Haft, Daniel H. and Horvath, Philippe and Moineau, Sylvain and Mojica, Francisco J. M. and Pausch, Patrick and Pinilla-Redondo, Rafael and Shah, Shiraz A. and Siksnys, Virginijus and Terns, Michael P. and Tordoff, Jesse and Venclovas, Česlovas and White, Malcolm F. and Yakunin, Alexander F. and Zhang, Feng and Garrett, Roger A. and Backofen, Rolf and van der Oost, John and Barrangou, Rodolphe and Koonin, Eugene V.",
title = "An updated evolutionary classification of CRISPR–Cas systems including rare variants",
year = "2025",
journal = "Nature Microbiology",
abstract = "Die bekannte Vielfalt der CRISPR–Cas-Systeme nimmt weiterhin zu. Um neue Entdeckungen zu umfassen, stellen wir hier eine aktualisierte evolutionäre Klassifizierung der CRISPR–Cas-Systeme vor. Die aktualisierte CRISPR–Cas-Klassifizierung umfasst 2 Klassen, 7 Typen und 46 Subtypen, verglichen mit den 6 Typen und 33 Subtypen in unserer früheren Umfrage vor 5 Jahren. Zusätzlich wird eine Klassifizierung des zyklischen oligoadenylat-abhängigen Signalwegs in Typ-III-Systemen vorgestellt. Wir diskutieren auch kürzlich charakterisierte alternative CRISPR–Cas-Funktionalitäten, insbesondere Typ-IV-Varianten, die die Zielf-DNA schneiden, und Typ-V-Varianten, die die Zielreplikation ohne Schneiden hemmen. Die Analyse der Häufigkeit von CRISPR–Cas-Varianten in Genomen und Metagenomen zeigt, dass die zuvor definierten Systeme relativ häufig sind, während die kürzlich charakterisierten Varianten vergleichsweise selten sind. Diese Varianten mit geringer Häufigkeit bilden den langen Schwanz der CRISPR–Cas-Verteilung in Prokaryoten und ihren Viren und müssen noch experimentell charakterisiert werden.",
url = "https://doi.org/10.1038/s41564-025-02180-8",
doi = "10.1038/s41564-025-02180-8",
note = "discovered\_from = {doi101038s41467026710966}",
number = "12",
pages = "3346-3361",
volume = "10"
}